KR20120078221A - 벼 품종을 식별하기 위한 다중 실시간 ｐｃｒ 방법 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 국내외산 벼의 품종 구분이 가능한 벼 품종 식별용 마커 세트 및 실시간 다중 PCR을 이용한 벼 품종의 식별 방법에 관한 것으로, 국내외에서 생산되는 151 종을 식별할 수 있다.

Description

벼 품종을 식별하기 위한 다중 실시간 ＰＣＲ 방법{MULTIPLEX REAL TIME PCR METHOD FOR DISCRIMINATION OF RICE CULTIVAR}
본 발명은 벼 품종을 식별하기 위한 다중 실시간 PCR 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는, 514종의 벼(또는 쌀)를 신속, 정확하게 식별할 수 있는 자동화된 다중 실시간 PCR 방법에 관한 것이다.
벼는 화본(Gramineae)과 벼속(genus Oryza) 식물로서, 국제 미작연구소(IRRI, Int'l Rice Research Institute)에 의하면 60,000여 종이 있는 것으로 알려져 있다. 2004년 농림부의 보고에 따르면, 국내에는 정부에서 공급한 113개 품종과 195개 육종 품종이 있다. 재배벼에는 아시아벼(O. sativa)와 아프리카벼(O. glaberrima)의 두 종이 있으며, 이중에 아시아벼(O. sativa)가 세계적으로 더 널리 경작되고 있다.
벼는, 최근 10여개 국이 참여하는 국제 벼 게놈 염기해석 프로젝트(IRGSP: International Rice Genome Sequencing Project)를 통하여 니폰바레(Nipponbare) 품종에 대한 게놈 염기서열 분석이 이루어지고 있으며(Japan, America, China, France, India, Taiwan, Korea, Brazil, Thailand and England), 2002년도를 기준으로 니폰바레 게놈의 약 4억여 개의 염기서열 중 92％의 염기서열이 밝혀진 상태이다.
한편, 우리나라에서는 쌀시장 개방에 대한 '도하 개발 아젠다'에 앞서, 고품질의 쌀 생산을 장려하기 위하여 2004년도부터 정부가 정부 품종제한 수매제를 시행하여, 지역별 3개의 품종을 선정하여 28개 품종에 대한 수매를 실시하고 있으며, 또한, 벼의 품종에 대한 정보를 포장지에 표시하도록 하는 포장양곡 표시제를 2004년도 1월부터 실시하여, 브랜드쌀 평가제의 실시를 통하여 농림부는 쌀의 고품질화와 유통질서 확립을 추진하고 있다.(Announcement of MAF: Law of rice management Subsection 1 of Article 20). 이러한 제도는 쌀의 품질에 대한 알권리 충족을 위한 것이며, 생산과 소비, 투명한 유통과정의 확립을 목적으로 하고 있다.
따라서, 벼의 품종을 식별하는 기술에 대한 관심이 집중되고 있으며, 최근들어 여러가지 DNA 마커를 이용하여 벼 품종을 식별하기 위한 많은 연구들이 진행되었다. 그중에서도, RAPD(random amplified polymorphic DNA), AFLP(amplified fragment length polymorphism)와 마이크로세틀라이트(microsatellite)가 품종 식별에 사용되고 있다. 예로, Wang 등의 RFLP(restricted fragment length polymorphism) 마커를 이용한 품종을 식별 방법(Wang, Z.Y., Tanksley, S.D. 1989 L. Genome. 32, 1113-1118), Ryu의 단백질 모세관 전기영동 방법을 이용한 품종 식별 방법(Ryu, D.J. 1998 J. food science and nutrition. 3, 43-347), 6개의 마이크로세틀라이트 마커를 이용한 유전자 지도에서의 위치 확인으로 자포니카 벼 51개 품종의 식별 방법(Ji, H.S. et al., 1998 Korean J. Breed. 30, 350-360)이 보고되었으며, RAPD, 마이크로세틀라이트, STS(sequence tagged site), 및 PCR(polymerase chain reaction) 방법을 이용한 국내산 40개의 품종 식별 방법과 각 방법의 장단점이 비교되기도 하였다(Jeong O.Y. et al., Korean 1998 J. Breed. 30, 136-137). 아울러, RAPD와 마이크로세틀라이트를 이용한 31개 벼 품종의 식별 방법(Kwon, S.J. et al., 1999 Korean J Crop Science 44, 112-116), 화상분석기술을 이용한 벼 품종의 식별 방법Kwon, S.J. et al., 1998 Korean J Crop Science 43, 33-34)들도 보고되었다.
그러나 이러한 식별 방법들과 이미지 기술은 특이적인 단일 밴드를 형성할 수 없으므로, 혼합된 품종들로부터 각각의 품종을 식별하기가 어렵고, 분석 결과를 논의하기가 어려운 단점이 있다.
또한, 국내 출원번호 제2005-69858호에서도 프라이머를 이용한 PCR 방법에 의한 벼 품종 식별방법이 개시되어 있으며, 이는 현재 국내 표준검사법으로 고시되어 있다. 그러나, 상기한 방법은 1개의 벼 시료를 검사하였을 경우, 무작위적으로 선별된 24립의 벼(또는 쌀)로부터 각각 추출된 24개의 DNA를 주형으로 하여 9가지의 SNP 분석용 프라이머로 쌀 내재유전자를 포함하여, 총 240번 이상의 PCR 반응을 수행하여야 한다. 아울러, PCR 종료 후, 240개의 PCR 산물에 대하여 27 웰 아가로스 젤 10장의 전기영동이 요구된다. 또한, 이러한 과정은 1인의 검사원이 3일간 수행해야 하는 노동력 집약적이며, 결과를 얻기까지 장기간이 소요되는 문제가 있다.
따라서, 각각의 벼 품종에 특이적인 식별 마커를 동시에 신속 정확하게 분석하여, 자동화된 방식으로 그 결과를 산출할 수 있는 보다 효율적인 방법이 필요한 실정이다.
본 발명은 상기한 문제점을 해결하기 위한 것으로, 본 발명의 목적은 국내외산 벼 상호간에 품종을 복수개의 마커로 동시에 분석할 수 있는, 신속하고 간단하며, 자동화된 식별 방법을 제공하는 것이다.
상기한 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 (a) 내지 (o)로 이루어진 군으로부터 선택된 벼 품종 식별용 마커 세트 2종 이상을 포함하는, 벼 품종을 식별하기 위한 마커 조합 조성물을 제공한다:
(a) 서열번호 1을 포함하는 프라이머, 서열번호 2를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 3을 포함하는 프로브;
(b) 서열번호 4를 포함하는 프라이머, 서열번호 5를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 6을 포함하는 프로브;
(c) 서열번호 7을 포함하는 프라이머, 서열번호 8을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 9를 포함하는 프로브;
(d) 서열번호 10을 포함하는 프라이머, 서열번호 11을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 12를 포함하는 프로브;
(e) 서열번호 13을 포함하는 프라이머, 서열번호 14를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 15를 포함하는 프로브;
(f) 서열번호 16을 포함하는 프라이머, 서열번호 17을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 18을 포함하는 프로브;
(g) 서열번호 19를 포함하는 프라이머, 서열번호 20을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 21을 포함하는 프로브;
(h) 서열번호 22를 포함하는 프라이머, 서열번호 23을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 24를 포함하는 프로브;
(i) 서열번호 25를 포함하는 프라이머, 서열번호 26을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 27을 포함하는 프로브;
(j) 서열번호 28을 포함하는 프라이머, 서열번호 29을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 30을 포함하는 프로브;
(k) 서열번호 31을 포함하는 프라이머, 서열번호 32를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 33을 포함하는 프로브;
(l) 서열번호 34를 포함하는 프라이머, 서열번호 35를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 36을 포함하는 프로브;
(m) 서열번호 37을 포함하는 프라이머, 서열번호 38을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 39을 포함하는 프로브;
(n) 서열번호 40을 포함하는 프라이머, 서열번호 41을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 42를 포함하는 프로브; 및
(o) 서열번호 43을 포함하는 프라이머, 서열번호 44를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 45를 포함하는 프로브.
또한, 본 발명은 상기 벼 품종을 식별하기 위한 마커 조합 조성물을 이용하여 벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시하는 단계; 상기 실시간 PCR 결과로 구현된 형광물질 피크를 감지하여, 각 벼 품종 식별용 마커 세트에 의한 PCR 증폭 여부를 확인하는 단계; 및 상기 PCR 증폭 여부에 따라 벼의 품종을 식별하는 단계를 포함하는, 복수개의 벼 품종용 식별 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별 방법을 제공한다.
상기에서 살펴본 바와 같이, 본 발명의 벼 품종 식별 방법은 벼 품종 식별용 마커 세트 2종, 3종, 4종 또는 5종 이상을 동시에 사용한 실시간 PCR 방법을 확립한 것으로, 기존의 벼 품종을 식별하기 위해 각 마커별로 실시하여야 하는 PCR 과정을 현저하게 단축시킬 수 있을 뿐만 아니라, 결과가 분석되어 검사가 종료되기까지 모든 시험과정이 자동 시스템으로 운영되기 때문에 시험자의 실수, 검사의 오류 등이 발생할 확률이 낮으며, 데이터의 수집, 분석이 용이하고 소요되는 검사시간과 노동력을 최소화시킬 수 있다는 점에서 매우 유용하다. 따라서, 현재 정부 품종제한 수매제, 포장양곡 표시제, 브랜드쌀 평가제 등의 다양한 정책을 과학적으로 뒷받침해 줄 수 있으며, 유통중인 쌀의 원산지 관리를 위한 품종 식별에도 유용하게 이용될 수 있다.
도 1 내지 도 514는 국내외 벼 514개 품종으로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시한 결과를 나타낸 것이다.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명자들은 하나의 SNP만을 검출할 수 있는 현재 국내 검사법은 시간, 비용, 노동력 측면에서 비효율적임을 인식하여, 다수종의 SNP를 한꺼번에 검출할 수 있는 프라이머 쌍과 프로브의 조합, PCR 조건 및 PCR 증폭 결과를 확인하는 방법에 대해 연구하던 중, 서로 다른 SNP를 타겟으로 하더라도 하나의 PCR 반응물에서 그 각각의 고유 PCR 증폭을 효율적으로 수행할 수 있는 프라이머 쌍과 프로브의 조합, 상기 프라이머 쌍과 프로브의 조합이 동시에 작용할 수 있는 PCR 조건 및 PCR 증폭 결과를 한꺼번에 파악할 수 있는 방법을 확립하게 되었으며, 이를 토대로 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명은 각 벼 품종에 특이적인 SNP를 PCR을 통해 증폭시키고, 동시에 증폭 산물에 혼성가능하며 검출가능한 수단으로 표지된 프로브를 반응시킴으로써, 실시간 PCR 방법을 통해 테스트한 벼의 품종을 식별하는 방법에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 각 벼 품종에 특이적인 SNP를 증폭시키는 프라이머 세트와 프로브를 한 세트로 하여, 2세트 이상의 벼 품종 식별용 마커 세트를 동시에 이용한 벼 품종 식별 방법에 관한 것으로, 벼 품종 식별에 필요한 과정을 현저하게 단축시킨 경제 효용성이 높은 방법이다.
하기 표 1에 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트를 나타낸다.
구분 마커 명칭 타입 명명 서열 서열번호
a DK17-1 SNP P1(정방향) atc ccc ata att ctt gac aa 1
P2(역방향) gga atc cgt ctt gat ttg tg 2
프로브1 tgt cgc gga gaa cata 3
b DK34 In/Del P3(정방향) atg tca tgt ggc ttg tct gg 4
P4(역방향) aac tca gga acc atg cca ctg 5
프로브2 tga tca acg tca gac tc 6
c DK50 SNP P5(정방향) cgc gaa cta aac aag ccc ga 7
P6(역방향) aac cct tcc gat atc ctg tc 8
프로브3 ttg gtg tta cat cag atg 9
d DK63 SNP P7(정방향) aca cgc aat gag tgt ggc agt gtg 10
P8(역방향) cgg cca tgt gtt tac cta ctg 11
프로브4 tgt atg gct ttt gta cc 12
e DK560 SNP P9(정방향) gcc acg tct tct tta aag att 13
P10(역방향) att agg ctg cat aca tta gtc atc c 14
프로브5 tag aat ccc gac ccc ct 15
f DK1412 SNP P11(정방향) tat tgg gcc gaa tct gat tcg t 16
P12(역방향) tct ccg aca gtt tag ggc tta ggg 17
프로브6 tcg cag tac cgg ata tct 18
g DK2171 SNP P13(정방향) aca caa aat aat gtc cat att a 19
P14(역방향) aac tag caa att gcc tat gcg ttg 20
프로브7 ctt tac aag tat gta gtg aag ga 21
h DK2394 SNP P15(정방향) tga tat ctt gga tta gaa gtt aac 22
P16(역방향) ctg ata cag aaa ctt tcc aac cat tgg 23
프로브8 gaa cca caa cat ttt gcc gc 24
i DK2401 SNP P17(정방향) cac atc atc ttc aat ttc aac caa aat 25
P18(역방향) tat aca cca ttg att tct cta aat gg 26
프로브9 taa act ttg cgc tga ac 27
j DK1123 SNP P19(정방향) cga gct ctg gct ctg act atc a 28
P20(역방향) cga tac ctc ctc aat aac cat aaa atc 29
프로브10 cgt att tac aca ttc tta gtt 30
k DK1361 SNP P21(정방향) aca aac cag gga ttc caa acc 31
P22(역방향) cgt aca aag tca ttg gag gtt ga 32
프로브11 tat aat gcg aag tgg ttg aa 33
l DK600 In/Del P23(정방향) aac ggt gga gat ctg cgt aga 34
P24(역방향) acg atc acg cag caa gat ctt 35
프로브12 cta gga tgt tgg taa tgg tg 36
m DK2511
 SNP P25(정방향) agc aat gct gat aat gaa agc tca a 37
P26(역방향) tgc tcc ttt cat act tac aat tgg aag 38
프로브13 ata ttg tgg aga cta ctt 39
n DK601 In/Del P27(정방향) gaa ccg ttt tca ccc cta g 40
P28(역방향) gaa gga agc tac tac atc cta a 41
프로브14 caa gtc gag ggc tga ag 42
o
DK2708 SNP P29(정방향 gat aat gga ata gtc atc ccg gcc ttt gct 43
P30(역방향) att ttt tct atc att tct gaa cta cac tcg 44
프로브15 att aca att tag cac tct a 45
상기 표 1의 마커는 서열번호 1 내지 45로 염기 서열을 기재한 것이다. 상기 표 1에서, 마커 명칭은 임의로 설정한 것이며, 타입은 SNP 및 In/Del 마커 타입이다. SNP 마커는 어느 하나의 대립형질의 염기부가 정확하게 매치되어지지만, 이와는 다른 특정 대립형질에는 미스매치되어지는 염기로 치환되어져 있는 마커를 말하며, In/Del 마커는 어느 하나의 대립형질에는 정확하게 매치되는 염기를 가지지만, 이와는 다른 특정 대립형질에는 염기가 삽입(insertion) 또는 삭제(deletion)되어 미스매치되어지는 마커를 의미한다.
상기 본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커에 따른 프라이머는 모든 벼 품종의 염기서열과 일치하나, 프로브는 SNP를 나타내는 특정 대립유전자(the specific allele)와 일치한다. 따라서 상보적으로 일치하는 대립유전자형에 대해서는 프로브가 특이적으로 주형 DNA에 혼성화(hybridization) 하나, 비 특이 대립유전자에 대해서는 프로브가 혼성화 하지 않는다. 이때 프로브는 검출가능한 수단으로 표지되므로 PCR로 증폭된 산물의 SNP 타입을 확인할 수 있다. 이러한 프라이머 쌍과 각 벼 품종에 특이적인 프로브 세트를 2 세트 이상으로 벼 품종을 쉽게 분석할 수 있다.
본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커 세트는 자포니카 재배 벼(쌀)에 대한 품종 식별을 위해 고안되었다. 자포니카 벼 품종은 Oryza sativa L.의 학명을 가진 아종의 국내산 및 외국산 품종이다. 상기 본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커는 벼 게놈상의 DNA의 단일 염기차이를 이용한 것으로 벼의 12개 염색체 내에 산재하여 존재한다. 본 발명에 따른 상기 각각의 마커는 벼의 12개 염색체중 일본 니폰바레 품종에 대한 CAPS 사이트를 참고하여 일정 부위를 PCR을 이용하여 증폭한 후 이 부위의 염기서열을 분석하여 개별 벼 품종 중에 존재하는 SNP 또는 InDel 위치를 찾아내고, 이 위치를 이용하여 품종별 식별이 가능한 대립유전자 특이 프로브로서 고안한 것이다.
본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커 세트의 특징은 구체적으로 다음과 같다.
DK17-1: 8번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP003886 클론
DK34: 1번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP003209 클론
DK50: 11번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AC145367 클론
DK63: 3번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AC135495 클론
DK560: 12번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 BX000560 클론
DK1412: 7번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP005198 클론
DK2394: 7번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP003866 클론
DK2401: 7번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP004010 클론
DK1123: 2번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AC091238 클론
DK1361: 10번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AC079888 클론
DK600: 4번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AL606660 클론
DK2511: 2번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP005111 클론
DK601: 2번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AP005284 클론
DK2708: 12번 염색체상에 존재하며, 염기서열 분석을 위하여 사용된 부위의 위치는 AL731784 클론
아울러, 본 발명의 벼 품종 식별 방법의 양성 대조군으로, 벼 내재 유전자, 예컨대 내재 유전자로서 벼에 존재하는 곡물중심체 염기서열(Cereal Centromeric Sequence)과 유사한 CCS1으로 AB013614 클론 위치에 존재하는 게놈 DNA를 이용할 수 있다.
본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트 총 15종, DK17-1, DK34, DK50, DK63, DK560, DK1412, DK2171, DK2394, DK2401, DK1123, DK1361, DK600, DK600, DK2511, DK601 및 DK2708 중 이들의 2종 이상의 조합, 바람직하기로는 3종 이상의 조합을 동시에 사용하여 실시간 PCR을 수행할 수 있다. 이들 총 15종의 벼 품종 식별용 마커 세트의 조합은 프로브 표지에 이용할 수 있는 검출가능한 수단의 종류 및 개수에 따라 결정할 수 있다.
즉, 상기 검출가능한 수단은 실시하는 하나의 실시간 PCR 반응물에 동시에 사용할 수 있으며, 사용한 각각의 검출가능한 수단은 각각 검출할 수 있어야 한다. 예컨대, 단일 PCR 반응물에 동시에 사용가능하며 종류별로 특이적으로 검출할 수 있는 검출가능한 수단의 종류가 2종이라면, 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트는 총 2종을 조합하여 실시간 PCR을 동시 실시할 수 있다. 다른 예로, 특이적인 검출가능한 수단의 종류가 3종, 4종, 5종, 6종 또는 7종 이상인 경우, 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트는 각각 3종, 4종, 5종, 6종 또는 7종 이상의 조합으로 사용할 수 있다. 상기에서, 특이적인 검출가능한 수단에 사용된 "특이적인"은 단일 PCR 반응물에 2종 이상을 동시에 사용가능할 뿐만 아니라 검출가능한 조건에서 사용한 각각의 것을 별도로 검출할 수 있는 특성을 의미한다.
상기 검출가능한 수단은 프로브에 연결, 결합, 또는 부착시켜 통상적인 방식으로 밀도, 농도, 양 등을 확인할 수 있는 화합물, 생체 분자 또는 생체 분자 모방체 등을 의미한다. 그 예로, 통상적으로 사용되는 형광물질, 발광물질, 생발광물질, 동위원소 등이 있으나, 이로 한정되는 것은 아니다. 다른 예로, 형광물질이 가장 바람직하다. 형광물질은 현재 시중에 다수 종이 시판되고 있으므로, 용이하게 입수가능하다. 형광물질의 예로는, FAM™(6-카르복시플루오레세인), SYBR　 Green, VIC(2'-클로로-7'-페닐-1,4-디클로로-6-카르복시플루오레세인), JOE(카르복시-4', 5'-디클로로-2', 7'-디메톡시플루오레세인), NED™(2'-클로로-5'-플루오로-7' 8'-융합된 페닐-1,4-디클로로-6-카르복시플루오레세인), TAMRA™(카르복시테트라메틸로다민), Cy3™, ROX™(카르복시-X-로다민), HEX(2', 4', 5', 7'-테트라클로로-6-카르복시-4,7-디클로로플루오레세인), TET(2', 7'-디클로로-6-카르복시-4,7-디클로로플루오레세인), Texas Red, Cy5™ 등이 있으나, 이로 한정되는 것은 아니다. 형광물질은 종류에 따라 여기 및 방사 파장이 다르면 사용방법 또한 상이하므로, 이를 고려하여 하나의 PCR 반응물에 함께 사용하는 형광물질은 별개로 검출가능한지 여부를 판단하여 선택 사용하여야 한다. 대표적인 형광물질의 특징은 아래 표 2에 간략하게 나타내었다.
Filter 여기 파장 방사 파장 형광물질
1 490 520 FAM, SYBR Green
2 520 550 JOE, VIC, HEX, TET
3 550 580 NED, TAMRA, CY3
4 580 610 Taxas Red, ROX, RED610
5 640 670 CY5, RED670
본 발명의 일 예로, 형광물질은 통상의 방법으로 본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커 세트에 포함된 프로브에 표지된다. 표지 방법은 인터컬레이팅(interchelating) 방법, TaqMan™ 프로브법 및 분자 비콘(Molecualr beacon) 방법들이 있다. 인터컬레이팅 방법은 이중가닥 DNA에 결합하여 형광을 나타내는 시약(inter-chelator: SYBR　 Green I, EtBr 등)을 PCR 반응에 첨가하여 증폭과 함께 발색하는 형광을 검출하는 방법으로, 인터컬레이터가 PCR 반응으로 합성된 이중가닥 DNA에 결합하여 형광을 발하며 이 형광강도를 검출하여 증폭산물의 생성량을 측정할 수 있다. TaqMan™ 프로브법은 5말단을 형광물질(FAM 등)로 3말단을 quencher 물질(TAMRA 등)로 수식한 올리고뉴클레오티드(TaqManTM probe)를 PCR 반응액에 첨가하는 방법으로, TaqManTM 프로브가 어닐링 단계에서 주형 DNA에 특이적으로 혼성화하지만, 프로브상의 quencher에 의해 형광 발생이 억제되고, 연장 단계에서 Taq DNA 중합효소가 갖는 5→ 3 엑소뉴클레아제 활성으로 주형에 혼성화한 TaqMan™ 프로브만 분해되어 형광색소가 프로브에서 유리되므로서 quencher에 의한 억제가 해제되어 형광을 발하게 된다. 분자 비콘 방법은 양 말단을 형광물질(FAM, TAMRA 등)과 quencher 물질(DABCYL 등)로 수식한 헤어핀형 이차구조를 만드는 올리고뉴클레오티드 프로브(Molecular Beacon probe)를 PCR 반응계에 첨가하는 방법이다. 분자 비콘 프로브는 유리 상태에서 헤어핀 구조를 취하며 형광물질과 quencher 물질에 근접해 있어 형광발생이 억제되지만, 어닐링 단계에서 주형 DNA와 상보적인 영역에서 특이적으로 혼성화할때 형광물질과 quencher 물질과의 거리가 멀어져 quencher 물질에 의한 억제가 해소됨으로써 프로브상의 형광색소가 형광을 나타내게 된다. 그러나, 혼성화되지 않은 분자 비콘 프로브는 헤어핀 구조를 유지하고 있어 형광을 나타내지 않게 된다.
이러한 방법을 본 발명의 벼 품종을 식별하기 위한 다중 실시간 PCR 법에 적용할 수 있다. 상기한 방법들은 당업계에 공지된 것이므로, 반응 효율, 시간, 형광물질 타입 등을 적절히 고려하여, 특정 방법을 선택할 수 있을 것이다. 본 발명에서는 일 예로, TaqMan™ 프로브 방법을 사용할 수 있다.
본 발명에 따른 벼 품종 식별용 마커 세트 3종을 트리플렉스 실시간 PCR에 사용할 경우, 형광물질로 FAM, VIC 및 NEDTM 3종을 각각 사용하여 프로브 5' 말단에 표지하며, 프로브 3' 말단은 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)를 부착시킨다. 일예로, 트리플렉스 실시간 PCR에 사용가능한 벼 품종 식별용 마커 세트의 조합은, 다음과 같을 수 있다:
DK2401, DK50 및 DK2171로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;
DK17-1, DK1412 및 DK34로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;
DK560, DK2394 및 DK63로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;
DK1123, DK11361 및 DK600로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;
및
DK2511, DK2708 및 DK601로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종.
상기한 조합은 서로 다른 형광물질로 표지된 마커 세트를 함께 사용할 수 있다는 조건에 의한 것으로, 일 예에 불과하며, 상기 조합 외에도 형광물질을 변경하면서 다양한 조합을 만들 수 있다. 이는, 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자라면 용이하게 이해 및 실시할 수 있을 것이다. 본 발명의 다른 예로, (1) DK2401(FAM), DK50(VIC), DK2171(NED); (2) DK17-1(FAM), DK1412(VIC), DK34(NED); (3) DK560(FAM), DK2394(VIC), DK63(NED); (4) DK1123(FAM), DK11361(VIC), DK600(NED); 및 (5) DK2511(FAM), DK2708(VIC), DK601(NED); 조합을 사용할 수 있다.
또한, 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트는 통상적인 실시간 PCR 방법 및 장치를 사용하여, 실시할 수 있다. 상기 실시간 PCR 방법은 DNA 중합효소와 형광공명 에너지이동(Fluorescence Resonance Energy Transfer, FRET)의 원리에 의해 PCR의 매 주기마다 실시간으로 시행되는 형광을 검출하고 정량하는 방법이다. 이러한 방법은 특이적인 증폭산물을 비 특이적인 증폭산물로부터 구별하여 확인할 수 있으며, 자동화된 양상으로 분석 결과를 쉽게 입수할 수 있다.
본 발명에 사용가능한 실시간 PCR 기기로는 AB 사의 Real-time PCR 기기 7900, 7500, 7300, Stratagene 사의 Mx3000p, 및 BioRad 사의 Chromo 4 기기 등이 있으나, 이로 한정되는 것은 아니다. PCR 종료시 이러한 실시간 PCR 기기의 레이저는 증폭된 PCR 산물의 프로브에 표지된 형광물질을 감지하여 도 1과 같은 피크를 구현한다. 이에, 전기영동과정 없이 기기에 내장된 프로그램을 실행시켜 자동으로 결과를 분석할 수 있다.
본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트 및 이를 이용한 벼 품종 식별 방법을 통해, 수종의 벼 품종을 식별할 수 있으며, 특히 아래 표 3에 기재된 총 514종의 국내외산 벼 품종을 각각 식별할 수 있다.
국가 품종
한국(286개종) 간척, 수라벼, 탐진벼, 대안, 보라미, 보석찰, 금안, 청청진미, 풍미1호, 눈보라, 화선찰벼, 신선찰벼, 고아미2, ARC11895, 청안, 그루, 금오, 조광, CI5483-2, 삼덕, 금남, 화명, 화진, 광안, 고아미, YJ06-01, 흑남벼, 영덕벼, 팔공벼, 일미, 까락찰, 해찰물결, 서안, 고운, 진흥, 풍미, 호품벼, 편영도, 호광, 상옥벼, YJ06-14, 새계화, 삼평, 화영, 백진주1호, 신풍, 영광, 하이아미, 팔기, 재건, 풍옥, 다미벼, PAIKANTA+ 8217, L+P ledves type, 은구6호, 애국, 소비벼, 냉조, 백설찰, 신동진, 흑광, 설악벼, YJ06-02, 안산, YJ06-04, YJ06-15, 청아, 조아미, Koshihikari, 황금누리, 삼백, 황금노들, 칠보벼, 팔금, 동해진미, 말그미, 주남, 농광, 평안, 아랑향찰벼, 조생흑찰, 흑향, 해평찰, 팔굉, 새누리, 해오르미, 해평벼, 동진1호, 고아미3호, 백진주, 설갱, 일품벼, 큰눈, 관옥, 고품, 상풍벼, 설향찰, 진부올, 다다조, 선서, 난쟁이벼, 대구나, 삼각립도, 조동지, YJ06-07, 홍진주, 장안, 문장벼, Hitomebore, 원산찰벼, 도봉벼, 남풍벼, YJ06-10, YJ06-06, 이리239호, 녹원찰벼, 운미, 배달, 한들, 남선102호, 오봉, PEMBE, Tillenag 8219, YJ06-03, YJ06-17, 노인도, 운봉벼, 일진, 삼천, 생동찰, 상산, 오대, 운두, 신운봉벼, 신농흑찰, 관악벼, 노인조, 남선13호, 적진주, 중산벼, 둔내, 다마금, 백해달, 서안1호, 운광벼, MAN+NG BALAY, 상주, 신운봉1호, 삼광벼, 새상주, 진부, 상미, 진품, 진미벼, YJ06-16, 보석, 진봉, 만나, 내풍벼, 중화, 황금보라, 화동, 새추청, 동안, 원황벼, 진수미, 추청, 안중벼, 화안, 남평, 만경, 만풍, 화성, 낙동벼, 중모1006, 화청벼, 황도, 만추, 영안벼, 동진, YJ06-11, 태봉, 석정, 동진찰, 한양조, 밀성, 은구5호, 신명흑찰, 육우132호, 화중, 남일, 서진, 이리265호, 만미, 자도, 간척9호, 풍광, 자광찰, 자대흑, 진부찰벼, F1-312 8223, YJ06-13, 흑설, 흑진주, 계화벼, 남천벼, 아름벼, YJ06-05, YJ06-08, 농림나1호, 상남밭벼, 온누리, YJ06-12,Ling Ta 150, Shin-Pa, YJ06-09, 밀양30호, 삼강벼, 용문벼, 원풍벼, 한강찰1호, IR10179-23-1-3, 향미벼1호, IR667-98-1-3-25, 다산1호, 다산벼, 영남조생, 조생통일, 황금벼, 남영벼, 드래찬, 백양벼, 장성벼, 중원벼, 통일찰, 풍산벼, 한아름벼, 대진, 양조벼, 화봉, 미향벼, KASHIMIR BASMATI, 산두도, 태성, 보석흑찰, 조안, 오대1호, 녹양, CR126-42-5, KAKAI 272/51, 단미, 쪽재비찰벼, Crass-pd8244, 소백, YJ06-19, 냉도13, 수상조, 쌀벼3호, BKNFR 76106-16-0-1-0, Pai Hsu, 용주벼, 한강찰벼, BABUNIYA, 향미벼2호, IR9669-PP830-1, Lu Chin Tsi, 밀양42호, 추풍벼, 태백벼, 가야벼, 만석벼, 밀양23호, 샛별벼, 수정벼, 신광벼, 청청벼, 밀양21호, 밀양22호, 농안, 2869(16667), 평원, 상주찰, 향남벼, 대립벼1호, HP904B-1 8212, 차나락
중국(94개종) 용도 3, 서안, Shan Gu, 흑설감미, 염도11호, 중수갱 5, 요염나, SAN BANG QISHI LU+, 샤사니, 수갱 7, 부토광, 요염241, 용도4, 홍혈나, 운남수집12, 합계42, 북지18, 향찰, 요염283호, 중추전소정(아기다고마찌), 용농1, 용도 2, 길특, 간도 10, 연갱23, 용갱13, 통경808, 용농4, 통우163, 중국 9-23, 백점, 천락도, 장백7호, 간도 9, 도화향2호, 길냉2호, 운갱20호, 합계41, 중수갱 6, 통육201, 통육211, 송갱 7, 합계35호, 길갱61호, 용갱 12, 염도11호, 홍감미, 흑각나, 공육 131, 용도 5, 동농416, 길농대19, 송갱 2, 흑도, 북지, 동연2호, 통육 308, 향연미, 용순 104, 요갱151, 요성 2102, 송경 3, 통우192, 통연5호, 반금 8, 세간황도, 고도1호, 동농415, 97-39-1, 98-49-1, BIR-H+, Hung-Fam-Goo, LIEN-CHAN-ZE-TH+U, NANTA 16, NAN-TA-H+W, Pl161010, SH+A-M+A-FAN, 고도2호, 길갱 88, 갱도(천진), 간감도 8, 길갱 9, 통연6, 갱도(의홍), 길향1호, 도화향1호, 향미벼, 길농대12, Daen-chon-Bir, Low-Shun-Dau, Shan-Tsan, 향도, 갱도(상주), 목단강 19
일본(62개종) K+GY+KA, 육도나부지풍, 단은방주, 육도욱, 신력, 웅정, Hitome bare, 경북곡량도, 충승재래, 밀키퀸, 고가네모찌, D+IKU 154, 조신력, 곡량도, 북해적모, 중생도나, 사사니시끼, 일야모나, 자나, Hoshiyudaka, SANTAM+MI, Kanto PL3, Nippon bare, 마우레쓰, 오백만석, 자도, 풍년나, RIKUT+ SAKUMAI, GINSUKEYAKAN, HATA K+GANE M+CHI, +NJ+HAKAM+D+SHI, TACHIMINAMI, 국광나, 대도3호, 육도농림16호, 육도농림19호, 육도농림21호, 육도농림나13호, 육도농림나1호, 육도농림나4호, 충승륙도, HATA K+GANEM++, +TSUKAM+D+SHI, Satominori
고성, 홍소륙도5호, 대도4호, B+ZUY AKAN, 개량 13호, 육도2호, 육도신력1호, HIN+DE, 주부지, MIYAMAM+CHI, 대도1호, 사국나, 육도농림9호, 사향도, 개량 41호, 육도농림11호, 모나, 육도농림나3호
가이아니(2개종) NAR8F5-1-3-2, NAR163 F3-1-4
나이지리아(2개종) T+-3133-59-1-2-4-1, T+-3027-42-1-E-2-1-1-1
네팔(2개종) Tadukan, P+KHARELIMASIN+
러시아(3개종) Krasnodarskill, Novoselskill, H+459
마다가스(2개종) ANG IN AF+TSY, WIR 7085
멕시코(1개종) +M987-1
미국(9개종) IRRI16302, Jasmine 85, California Blue Rose, 19b1014b-9n-1, NAHNGM+N S-4 SELECTI+N, 무명4, 무명1, 무명2, 무명3
방글라데시(5개종) Bashtus, Boteswar-2, Mati Char, Dharga Sail, BR1543-9-2-1
베트남(2개종) JMANG PAI HAUTA+, Bui Tap49
부탄(2개종) Chumro, Bajo Kaapl
북한(4개종) 염주4호, 서해13, 평도1호, 함주
브라질(2개종) CAIAP+, MARAVILHA
스리랑카(2개종) SUDAHAL+W, SEENATTY
스페인(1개종) ARIETE
아제르바이잔(1개종) kessa red
아프가니스탄(2개종) SPINMERE, LUN++PUN
우즈벡(1개종) Debzere
이란(2개종) D+MS+ F++D, HASSNAY
이집트(2개종) GIZA, GIZA 170
이탈리아(3개종) ZENA, ARIRTE, ARG+
인도(2개종) KAGI, BASMATI
인도네시아(2개종) Mendawak, Mayang
칠레(2개종) QUILLA, Diamaute
카자흐(1개종) Zarya
콜롬비아(2개종) Blue bell, Lemont
태국(1개종) +S248
파키스탄(2개종) BASAMATI, Muzzaffar-8
페루(1개종) CAR+LINA
필리핀(7개종) GIANT GRAIN, KINAGAYKAY, IR1552, IR1750-F5B-22, IR1487-194--3-4, IRRI 10320, IR12780
헝가리(2개종) Cgi-Csing, DAMA
원산지 및 품종에 대한 판정은 15개 마커의 증폭 여부에 따라 결정되는데, 각 품종은 증폭된 마커의 조합이 다르게 나타나도록 하였다. 위 514개 품종에 대한 15개 SNP 마커의 Real-time PCR 결과는 표 4와 같다. 해당 마커에 대하여 PCR 증폭이 일어난 경우에는 + 로, 그렇지 않은 경우는 - 로 표기하였다.
Figure pat00001
Figure pat00002
Figure pat00003
Figure pat00004
Figure pat00005
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Figure pat00007
Figure pat00008
Figure pat00009
Figure pat00010
Figure pat00011
Figure pat00012
Figure pat00013
Figure pat00014
또한, 품종 및 원산지에 대한 판정을 용이하게 하기 위해 각 마커에 score를 부여함으로써 각 품종 당 증폭된 마커에 대한 score의 합으로 구별을 할 수 있게 하였다. 해당 마커 별 스코어는 아래 표 5와 같다.
SNP 마커 Score
DK2394 1
DK50 2
DK2401 4
DK1412 8
DK17-1 16
DK34 32
DK63 64
DK560 128
DK2171 256
DK2708 512
DK1361 2048
DK2511 131072
DK601 524288
DK600 1048576
DK1123 2097152
상기한 본 발명의 벼 품종 식별용 마커 세트 2종, 3종, 4종 또는 5종 이상을 동시에 사용한 실시간 PCR 방법에 의해, 기존의 벼 품종을 식별하기 위해 각 마커별로 실시하여야 하는 PCR 과정을 현저하게 단축시킬 수 있을 뿐만 아니라, 그 결과를 실시간으로 신속하게 확인할 수 있다. 이러한 방법은 전기영동법으로는 분별하기 어려웠던 적은 농도의 DNA 절편의 유무나 100 bp 미만의 PCR 산물의 확인을 레이저 감광으로 구분할 수 있고, PCR 산물에 의한 오염에 대한 우려가 없으며, 결과가 분석되어 검사가 종료되기까지 모든 시험과정이 자동 시스템으로 운영되기 때문에 시험자의 실수, 검사의 오류 등이 발생할 확률이 낮으며, 데이터의 수집, 분석이 용이하고 소요되는 검사시간과 노동력을 최소화시킬 수 있다는 점에서 매우 유용하다.
하기 실시예를 들어 본 발명을 상세히 설명한다. 하기 실시예들은 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 보호 범위를 한정하는 것은 아니다.
실시예 1: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 간척벼 품종 식별
1-1. 주형 DNA 추출
특허 출원 제2005-69858호의 방법에 따라, 시료 벼로부터 DNA를 추출하였다. 간략하게는, 식물에서 DNA를 추출할 때 일반적으로 사용되는 CTAB 방법을 변형하여 본 발명에 사용하였다.
시료의 오염을 방지하기 위해, 기름종이에 올려놓고 간척벼 쌀 시료를 망치를 이용하여 아주 작은 조각으로 분쇄한다. 분쇄한 시료(약 30 ㎎)를 1.5 ㎖ 튜브에 넣고, CTBA 용액 500 ㎕를 첨가하여 잘 섞은 후, 65 ℃ 항온 수조에 30분간 담가 둔다. CTAB 용액의 조성은 다음과 같다: DNA 추출 완충액(Sorbitol 63.75 g, Tris-base 12.1 g, EDTA-Na2 1.68 g/1ℓ)와 핵 융해 완충액(CTAB 20 g, 1M Tris(pH 8.0) 200 ㎖, 0.25M EDTA 200 ㎖, 5M NaCl 400 ㎖/1ℓ)를 1:1로 섞고, 0.2 부피 10％ 사르코실, 0.2 부피 식염수, 1％ 2-머르캅토에탄올을 65 ℃ 항온 수조에서 혼합한다. 14,240 xg(15,000rpm)에서 10분 동안 원심분리한 후, 상등액에 3.8 g/ℓ 소디움 바이설파이트 1 부피와 페놀: 클로로포름: 이소아밀알콜(25:24:1) 1 부피를 섞어서 상온에서 5분 동안 방치한 후, 14,240 xg에서 5분 동안 원심분리 한다. 상등액을 1.5 ㎖ 튜브로 옮기고 클로로포름: 이소아밀알콜(24:1) 1 부피를 섞어서 상온에서 5분 동안 회전시켜 섞어준다. 14,240 xg에서 5분 동안 원심분리를 하여, 상등액을 1.5 ㎖ 튜브로 옮긴다. 상기의 절차를 경계면이 투명해질 때까지 반복한다. 동량의 이소프로판올을 넣고 5분 동안 잘 섞어주고, -20 ℃에 20분간 넣어두었다가 4 ℃에서 15분 동안 원심분리를 실시한다. 상등액을 버리고 DNA 펠렛을 70％ 에탄올 200 ㎕를 넣어서 4 ℃에서 5분 동안 원심분리를 실시한다. 상등액을 버리고 남은 에탄올을 바람이나 진공 건조기로 건조시킨다. 여기에 멸균 증류수 65㎕와 RNase A(1㎎/ ㎖) 15 ㎕를 넣어 37 ℃ 수조에 15분 동안 넣어둔다.
1-2. 실시간 PCR 반응
2x Master mix 12.5 ㎕, 10-20 ng 주형 DNA, 벼 품종 식별용 마커 세트 4 ㎕, 최종적으로 ddH2O를 포함하여 총 25 ㎕ 부피로 반응액을 혼합한다. 프라이머와 프로브의 적정 농도는 아래 표 6에 나타내었다. 이때 벼 품족 식별용 마커세트는 (1) DK2401(FAM), DK50(VIC), DK2171(NED); (2) DK17-1(FAM), DK1412(VIC), DK34(NED); (3) DK560(FAM), DK2394(VIC), DK63(NED); (4) DK1123(FAM), DK11361(VIC), DK600(NED); 및 (5) DK2511(FAM), DK2708(VIC), DK601(NED)의 조합을 사용하여 3번의 트리플렉스 실시간 PCR을 수행하였다.
멀티플렉스 세트 SNP 마커 프라이머/프로브 최종 농도 (pmol/rxn)
Triplex 1 DK2401 정방향 프라이머 7
역방향 프라이머 7
프로브 1.5
DK50 정방향 프라이머 5
역방향 프라이머 5
프로브 1
DK2171 정방향 프라이머 15
역방향 프라이머 15
프로브 1
Triplex 2 DK17-1 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 1
DK1412 정방향 프라이머 5
역방향 프라이머 5
프로브 1
DK34 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 1
Triplex 3 DK560 정방향 프라이머 5
역방향 프라이머 5
프로브 2
DK2394 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 2
DK63 정방향 프라이머 5
역방향 프라이머 5
프로브 2
Triplex 4 DK1123 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 2
DK1361 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 2
DK600 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 2
Triplex 5 DK2511 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 2
DK601 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 2
DK2708 정방향 프라이머 10
역방향 프라이머 10
프로브 2
이 반응액을 50 ℃에서 2분, 95 ℃에서 10분간의 DNA 변성(pre-denaturation) 반응 후, 95 ℃에서 15초, 60 ℃에서 1분의 반응을 40회 반복하여 실시간 PCR을 수행한다.
1-3. 실시간 PCR을 이용한 PCR 산물의 분석
본 발명은 AB 사의 Real-time PCR 기기 7500에 적용할 수 있다. PCR이 종료되면 기기의 레이저가 증폭된 PCR 산물의 프로브에 표지된 형광물질을 감지하여 도 1과 같은 피크로 구현된다. 즉, 전기영동과정 없이도 기기에 내장된 프로그램을 실행시켜 자동적으로 결과를 분석할 수 있다.
1-4. 최종 판정
도 1은 남평벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시한 결과를 나타낸 것이다.
도 1을 참조하면, 벼 품종 식별용 마커세트 DK2401 및 DK560에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 간척벼로 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 2 내지 50: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 7에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 7 및 도 2 내지 도 50에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
2 수라벼 DK2401, DK560
3 탐진벼 DK50, DK2401, DK1412, DK560
4 대안 DK50, DK2401, DK17-1, DK560
5 보라미 DK1412, DK17-1, DK34, DK560
6 보석찰 DK50, DK2401, DK1412, DK17-1, DK34, DK560
7 금안 DK63, DK560
8 청청진미 DK63, DK560
9 풍미1호 DK2401, DK560, DK2171
10 눈보라 DK2394, DK2401, DK560, DK2171
11 화선찰벼 DK50, DK1412, DK560, DK2708
12 신선찰벼 DK50, DK2401, DK1412, DK560, DK2708
13 고아미2 DK63, DK560, DK2708
14 ARC11895 DK17-1, DK63, DK560, DK2171, DK2708
15 청안 DK50, DK2401, DK17-1, DK34, DK560, DK1361
16 그루 DK560, DK1361, DK2708
17 금오 DK34, DK560, DK1361, DK2708
18 조광 DK560, DK2171, DK2511
19 CI5483-2 DK17-1, DK63, DK560, DK2171, DK2511, DK2708
20 삼덕 DK50, DK2401, DK17-1, DK560, DK601
21 금남 DK50, DK2401, DK1412, DK17-1, DK63, DK560, DK601
22 화명 DK50, DK2401, DK1412, DK17-1, DK63, DK560, DK601
23 화진 DK50, DK2401, DK1412, DK17-1, DK63, DK560, DK601
24 광안 DK17-1, DK34, DK63, DK601, DK2708
25 고아미 DK2394, DK1412, DK17-1, DK560, DK601, DK2708
26 YJ06-01 DK2394, DK50, DK2401, DK1412, DK63, DK560, DK601, DK2708
27 흑남벼 DK2394, DK50, DK2401, DK1412, DK63, DK560, DK601, DK2708
28 영덕벼 DK50, DK34, DK63, DK560, DK1361, DK601
29 팔공벼 DK50, DK34, DK63, DK560, DK1361, DK601
30 일미 DK2401, DK1412, DK17-1, DK34, DK560, DK2171, DK1361, DK601
31 까락찰 DK560, DK1361, DK601, DK2708
32 해찰물결 DK50, DK560, DK600
33 서안 DK2401, DK560, DK600
34 고운 DK2394, DK2401, DK560, DK600
35 진흥 DK2394, DK2401, DK560, DK600
36 풍미 DK50, DK17-1, DK560, DK600
37 호품벼 DK50, DK17-1, DK560, DK600
38 편영도 DK2394, DK2401, DK17-1, DK560, DK600
39 호광 DK2394, DK2401, DK17-1, DK560, DK600
40 상옥벼 DK50, DK2401, DK17-1, DK560, DK600
41 YJ06-14 DK2394, DK2401, DK1412, DK17-1, DK560, DK600
42 새계화 DK34, DK560, DK600
43 삼평 DK2394, DK2401, DK34, DK560, DK600
44 화영 DK2394, DK50, DK2401, DK1412, DK17-1, DK34, DK560, DK600
45 백진주1호 DK63, DK560, DK600
46 신풍 DK63, DK560, DK600
47 영광 DK63, DK560, DK600
48 하이아미 DK63, DK560, DK600
49 팔기 DK2394, DK63, DK560, DK600
50 재건 DK1412, DK63, DK560, DK600
상기 표 7 및 도 2 내지 도 50의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 51 내지 100: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 8에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 8 및 도 51 내지 도 100에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
51 풍옥 DK1412,DK63,DK560,DK600
52 다미벼 DK50,DK17-1,DK63,DK560,DK600
53 PAIKANTA+ 8217 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600
54 L+P ledves type DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600
55 은구6호 DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600
56 애국 DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600
57 소비벼 DK50,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600
58 냉조 DK2394,DK2401,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600
59 백설찰 DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600
60 신동진 DK2394,DK50,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600
61 흑광 DK50,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600
62 설악벼 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600
63 YJ06-02 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600
64 안산 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600
65 YJ06-04 DK2401,DK1412,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600
66 YJ06-15 DK2401,DK1412,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600
67 청아 DK2394,,DK600,DK2708
68 조아미 DK560,DK600,DK2708
69 Koshihikari DK2394,DK560,DK600,DK2708
70 황금누리 DK50,DK560,DK600,DK2708
71 삼백 DK2401,DK560,DK600,DK2708
72 황금노들 DK50,DK2401,DK560,DK600,DK2708
73 칠보벼 DK2394,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
74 팔금 DK2394,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
75 동해진미 DK50,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
76 말그미 DK50,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
77 주남 DK2394,DK50,DK2401,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
78 농광 DK2394,DK2401,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
79 평안 DK50,DK2401,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
80 아랑향찰벼 DK1412,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
81 조생흑찰 DK2401,DK1412,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
82 흑향 DK2394,DK2401,DK1412,DK17-1,DK560,DK600,DK2708
83 해평찰 DK50,DK1412,DK34,DK560,DK600,DK2708
84 팔굉 DK2401,DK1412,DK34,DK560,DK600,DK2708
85 새누리 DK50,DK1412,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK2708
86 해오르미 DK50,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK2708
87 해평벼 DK50,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK2708
88 동진1호 DK50,DK1412,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK2708
89 고아미3호 DK63,DK560,DK600,DK2708
90 백진주 DK63,DK560,DK600,DK2708
91 설갱 DK63,DK560,DK600,DK2708
92 일품벼 DK63,DK560,DK600,DK2708
93 큰눈 DK63,DK560,DK600,DK2708
94 관옥 DK1412,DK63,DK560,DK600,DK2708
95 고품 DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
96 상풍벼 DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
97 설향찰 DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
98 진부올 DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
99 다다조 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
100 선서 DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
상기 표 8 및 도 51 내지 도 100의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 101 내지 150: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 9에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 9 및 도 101 내지 도 150에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
101 난쟁이벼 DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
102 대구나 DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
103 삼각립도 DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
104 조동지 DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
105 YJ06-07 DK2401,DK34,DK63,DK560,DK600,DK2708
106 홍진주 DK2401,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600,DK2708
107 장안 DK17-1,DK34,DK2171,DK600,DK2708
108 문장벼 DK560,DK2171,DK600,DK2708
109 Hitomebore DK2394,DK2401,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK2708
110 원산찰벼 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
111 도봉벼 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
112 남풍벼 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
113 YJ06-10 DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
114 YJ06-06 DK2401,DK1412,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
115 이리239호 DK1412,DK560,DK600,DK1361
116 녹원찰벼 DK2394,DK17-1,DK560,DK600,DK1361
117 운미 DK50,DK17-1,DK560,DK600,DK1361
118 배달 DK2394,DK1412,DK17-1,DK560,DK600,DK1361
119 한들 DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK1361
120 남선102호 DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK1361
121 오봉 DK17-1,DK2171,DK600,DK1361
122 PEMBE DK50,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
123 Tillenag 8219 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
124 YJ06-03 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
125 YJ06-17 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
126 노인도 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
127 운봉벼 DK2394,DK560,DK600,DK1361,DK2708
128 일진 DK1412,DK560,DK600,DK1361,DK2708
129 삼천 DK17-1,DK560,DK600,DK1361,DK2708
130 생동찰 DK2394,DK17-1,DK560,DK600,DK1361,DK2708
131 상산 DK34,DK560,DK600,DK1361,DK2708
132 오대 DK2394,DK34,DK560,DK600,DK1361,DK2708
133 운두 DK2394,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK1361,DK2708
134 신운봉벼 DK2401,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK1361,DK2708
135 신농흑찰 DK2394,DK50,DK2401,DK1412,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK2708
136 관악벼 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK2708
137 노인조 DK2394,DK34,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK2708
138 남선13호 DK2394,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK2708
139 적진주 DK17-1,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
140 중산벼 DK2401,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
141 둔내 DK2394,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
142 다마금 DK2394,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
143 백해달 ,DK1412,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
144 서안1호 DK2401,DK34,DK600,DK2511
145 운광벼 DK50,DK1412,DK17-1,DK560,DK600,DK2511
146 MAN+NG BALAY DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2511
147 상주 DK17-1,DK600,DK2511,DK2708
148 신운봉1호 DK17-1,DK600,DK2511,DK2708
149 삼광벼 DK50,DK2401,DK17-1,DK34,DK600,DK2511,DK2708
150 새상주 DK2394,DK2401,DK560,DK600,DK2511,DK2708
상기 표 9 및 도 101 내지 도 150의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 151 내지 200: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 10에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 10 및 도 151 내지 도 200에 나타내었다.
실시예 시료 증폭마커
151 진부 DK2394,DK63,DK560,DK600,DK2511,DK2708
152 상미 DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2511,DK2708
153 진품 DK50,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2511,DK2708
154 진미벼 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK2511,DK2708
155 YJ06-16 DK2401,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2511,DK2708
156 보석 DK2394,,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
157 진봉 DK560,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
158 만나 DK17-1,DK560,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
159 내풍벼 DK2394,DK2401,DK17-1,DK560,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
160 중화 DK2394,DK2401,DK17-1,DK560,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
161 황금보라 DK2171,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
162 화동 DK17-1,DK2171,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
163 새추청 DK2401,DK17-1,DK600,DK601
164 동안 DK2401,DK1412,DK560,DK600,DK601
165 원황벼 DK2401,DK1412,DK560,DK600,DK601
166 진수미 DK50,DK17-1,DK560,DK600,DK601
167 추청 DK2401,DK17-1,DK560,DK600,DK601
168 안중벼 DK2394,DK34,DK560,DK600,DK601
169 화안 DK2394,DK34,DK560,DK600,DK601
170 남평 DK2401,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK601
171 만경 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK601
172 만풍 DK34,DK63,DK560,DK600,DK601
173 화성 DK34,DK63,DK560,DK600,DK601
174 낙동벼 DK50,DK34,DK63,DK560,DK600,DK601
175 중모1006 DK50,DK34,DK63,DK560,DK600,DK601
176 화청벼 DK50,DK34,DK63,DK560,DK600,DK601
177 황도 DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600,DK601
178 만추 DK560,DK2171,DK600,DK601,
179 영안벼 DK50,DK2401,DK1412,DK560,DK2171,DK600,DK601
180 동진 DK50,DK2401,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK601
181 YJ06-11 DK50,DK2401,DK1412,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK601
182 태봉 DK2394,DK2401,DK17-1,DK600,DK601,DK2708
183 석정 DK2394,DK50,DK2401,DK34,DK600,DK601,DK2708
184 동진찰 DK2401,DK560,DK600,DK601,DK2708
185 한양조 DK2401,DK560,DK600,DK601,DK2708
186 밀성 DK2394,DK2401,DK34,DK560,DK600,DK601,DK2708
187 은구5호 DK63,DK560,DK600,DK601,DK2708
188 신명흑찰 DK2401,DK63,DK560,DK600,DK601,DK2708
189 육우132호 DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK601,DK2708
190 화중 DK50,DK2401,DK34,DK63,DK560,DK600,DK601,DK2708
191 남일 DK50,DK34,DK2171,DK600,DK601,DK2708
192 서진 DK2394,DK2401,DK560,DK600,DK1361,DK601
193 이리265호 DK2394,DK2401,DK560,DK600,DK1361,DK601
194 만미 DK2401,DK1412,DK560,DK600,DK1361,DK601
195 자도 DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK601
196 간척9호 DK2401,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK601,
197 풍광 DK1412,DK34,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK601,DK2708
198 자광찰 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
199 자대흑 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
200 진부찰벼 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
상기 표 10 및 도 151 내지 도 200의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 201 내지 250: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 11에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 11 및 도 201 내지 도 250에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
201 F1-312 8223 DK2394,DK1412,DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
202 YJ06-13 DK2401,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2511
203 흑설 DK2401,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600,DK601,DK2511,DK2708
204 흑진주 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2511,DK2708
205 계화벼 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK1123
206 남천벼 DK560,DK2171,DK1123,DK2708
207 아름벼 DK560,DK2171,DK1123,DK2708
208 YJ06-05 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
209 YJ06-08 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
210 농림나1호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
211 상남밭벼 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
212 온누리 DK50,DK2401,DK17-1,DK560,DK1123,DK1361,DK2708
213 YJ06-12 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK1361
214 Ling Ta 150 DK2171,DK1123,DK2511
215 Shin-Pa DK2171,DK1123,DK2511
216 YJ06-09 DK2171,DK1123,DK2511
217 밀양30호 DK2171,DK1123,DK2511
218 삼강벼 DK2171,DK1123,DK2511
219 용문벼 DK2171,DK1123,DK2511
220 원풍벼 DK2171,DK1123,DK2511
221 한강찰1호 DK2171,DK1123,DK2511
222 IR10179-23-1-3 DK560,DK2171,DK1123,DK2511
223 향미벼1호 DK1123,DK2511,DK2708
224 IR667-98-1-3-25 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
225 다산1호 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
226 다산벼 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
227 영남조생 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
228 조생통일 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
229 황금벼 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
230 남영벼 DK63,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
231 드래찬 DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
232 백양벼 DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
233 장성벼 DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
234 중원벼 DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
235 통일찰 DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
236 풍산벼 DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
237 한아름벼 DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
238 대진 DK2401,DK1412,DK17-1,DK2171,DK1123,DK1361,DK2511,DK2708
239 양조벼 DK2401,DK1412,DK63,DK560,DK1123,DK601
240 화봉 DK2401,DK1412,DK17-1,DK34,DK560,DK1123,DK1361,DK601,
241 미향벼 DK50,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK1361,DK601,DK2708
242 KASHIMIR BASMATI DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK601,DK2511,
243 산두도 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,
244 태성 DK17-1,DK63,DK1123,DK600,DK2708
245 보석흑찰 DK560,DK1123,DK600,DK2708
246 조안 DK2394,DK2401,DK34,DK560,DK1123,DK600,DK2708
247 오대1호 DK63,DK560,DK1123,DK600,DK2708
248 녹양 DK2171,DK1123,DK600,DK2708
249 CR126-42-5 DK50,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
250 KAKAI 272/51 DK50,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
상기 표 11 및 도 201 내지 도 250의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 251 내지 300: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 12에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 12 및 도 251 내지 도 300에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
251 단미 DK2394,DK2401,DK17-1,DK560,DK1123,DK600,DK1361
252 쪽재비찰벼 DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK1361
253 Crass-pd8244 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK1361
254 소백 DK560,DK1123,DK600,DK1361,DK2708
255 YJ06-19 DK2394,DK2401,DK1412,DK17-1,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361,DK2708
256 냉도13 DK2401,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361,DK2708
257 수상조 DK2401,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361,DK2708
258 쌀벼3호 DK2401,DK1412,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361,DK2708
259 BKNFR 76106-16-0-1-0 DK2171,DK1123,DK600,DK2511
260 Pai Hsu DK2171,DK1123,DK600,DK2511
261 용주벼 DK2171,DK1123,DK600,DK2511
262 한강찰벼 DK2171,DK1123,DK600,DK2511
263 BABUNIYA DK34,DK2171,DK1123,DK600,DK2511
264 향미벼2호 DK1123,DK600,DK2511,DK2708
265 IR9669-PP830-1 DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
266 Lu Chin Tsi DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
267 밀양42호 DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
268 추풍벼 DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
269 태백벼 DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
270 가야벼 DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
271 만석벼 DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
272 밀양23호 DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
273 샛별벼 DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
274 수정벼 DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
275 신광벼 DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
276 청청벼 DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
277 밀양21호 DK2394,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
278 밀양22호 DK2394,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
279 농안 DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
280 2869(16667) DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
281 평원 DK2401,DK34,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK601
282 상주찰 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK601,DK2708
283 향남벼 DK50,DK17-1,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK601,DK2708
284 대립벼1호 DK34,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK1361,DK601
285 HP904B-1 8212 DK2401,DK17-1,DK560,DK1123,DK600,DK1361,DK601,DK2708
286 차나락 DK2401,DK1412,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361,DK601,DK2708
287 용도 3 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34
288 서안 DK560,
289 Shan Gu DK17-1,DK63,DK560,DK2171
290 흑설감미 DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171
291 염도11호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK2708
292 중수갱 5 DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK1361,DK2708
293 요염나 DK2394,DK1412,DK63,DK560,DK600
294 SAN BANG QISHI LU+ DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600
295 샤사니 DK2394,DK2401,DK34,DK600,DK2708
296 수갱 7 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34,DK600,DK2708
297 부토광 DK2394,DK2401,DK34,DK560,DK600,DK2708
298 요염241 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK2708
299 용도4 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK2708
300 홍혈나 ,K17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
상기 표 12 및 도 251 내지 도 300의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 301 내지 350: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 13에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 13 및 도 301 내지 도 350에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
301 운남수집12 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
302 합계42 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
303 북지18 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600,DK2708
304 향찰 DK17-1,DK2171,DK600,DK2708
305 요염283호 DK2401,DK34,DK2171,DK600,DK2708
306 중추전소정(아기다고마찌) DK2394,DK560,DK2171,DK600,DK2708
307 용농1 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK2708
308 용도 2 DK2394,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK2708
309 길특 DK2401,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK2708
310 간도 10 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK2708
311 연갱23 DK2394,DK2401,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
312 용갱13 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
313 통경808 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK1361,
314 용농4 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,
315 통우163 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK2708
316 중국 9-23 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
317 백점 DK2394,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
318 천락도 DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
319 장백7호 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
320 간도 9 DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
321 도화향2호 DK2394,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK600,DK2511,
322 길냉2호 DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK2511,
323 운갱20호 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2511,DK2708
324 합계41 DK2394,DK50,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2511,DK2708
325 중수갱 6 DK2394,DK34,DK2171,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
326 통육201 DK2394,DK34,DK2171,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
327 통육211 DK2394,DK34,DK2171,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
328 송갱 7 DK2394,DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2511,DK2708
329 합계35호 DK2401,DK17-1,DK560,DK600,DK601,
330 길갱61호 DK2394,DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK601,
331 용갱 12 DK2394,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
332 염도11호 DK2394,DK2401,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
333 홍감미 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
334 흑각나 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
335 공육 131 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
336 용도 5 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
337 동농416 DK2394,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
338 길농대19 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,
339 송갱 2 DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,
340 흑도 DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,
341 북지 DK2401,DK1412,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,
342 동연2호 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK1361,DK601,DK2708
343 통육 308 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
344 향연미 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
345 용순 104 DK2394,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
346 요갱151 DK2401,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
347 요성 2102 DK2401,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
348 송경 3 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
349 통우192 DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2511,DK2708
350 통연5호 DK2394,-,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2511,DK2708
상기 표 13 및 도 301 내지 도 350의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 351 내지 400: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 12에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 14 및 도 351 내지 도 400에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
351 반금 8 DK2401,DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2511,DK2708
352 세간황도 DK50,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123
353 고도1호 DK560,DK1123,DK2708
354 동농415 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
355 97-39-1 DK2171,DK1123,DK2511
356 98-49-1 DK2171,DK1123,DK2511
357 BIR-H+ DK2171,DK1123,DK2511
358 Hung-Fam-Goo DK2171,DK1123,DK2511
359 LIEN-CHAN-ZE-TH+U DK2171,DK1123,DK2511
360 NANTA 16 DK2171,DK1123,DK2511
361 NAN-TA-H+W DK2171,DK1123,DK2511
362 Pl161010 DK2171,DK1123,DK2511
363 SH+A-M+A-FAN DK2171,DK1123,DK2511
364 고도2호 DK560,DK1123,DK601
365 길갱 88 DK560,DK2171,DK1123,DK601,DK2708
366 갱도(천진) DK17-1,DK560,DK1123,DK600,DK2708
367 간감도 8 DK2394,DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
368 길갱 9 DK2401,DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
369 통연6 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
370 갱도(의홍) DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
371 길향1호 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK1361
372 도화향1호 DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK1361
373 향미벼 DK2394,DK2401,DK1412,DK17-1,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361,DK2708
374 길농대12 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361,DK2708
375 Daen-chon-Bir DK2171,DK1123,DK600,DK2511
376 Low-Shun-Dau DK63,DK2171,DK1123,DK600,DK2511
377 Shan-Tsan DK63,DK2171,DK1123,DK600,DK2511
378 향도 DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
379 갱도(상주) DK17-1,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK601,DK2708
380 목단강 19 DK2401,DK17-1,DK560,DK1123,DK600,DK1361,DK601,DK2708
381 K+GY+KA DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171
382 육도나부지풍 DK1412,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK601,DK2708
383 단은방주 DK17-1,DK560,DK600,
384 육도욱 DK50,DK2401,DK17-1,DK560,DK600,
385 신력 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,
386 웅정 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600
387 Hitome bare DK2394,,DK600,DK2708
388 경북곡량도 DK1412,DK63,DK560,DK600,DK2708
389 충승재래 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
390 밀키퀸 DK2394,DK560,DK2171,DK600,DK2708
391 고가네모찌 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
392 D+IKU 154 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
393 조신력 DK2394,DK2401,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK1361
394 곡량도 DK2394,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361
395 북해적모 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
396 중생도나 DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,
397 사사니시끼 DK2401,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
398 일야모나 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
399 자나 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
400 Hoshiyudaka DK2401,DK17-1,DK560,DK600,DK2511,
상기 표 14 및 도 351 내지 도 400의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 401 내지 450: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 15에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 15 및 도 401 내지 도 450에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
401 SANTAM+MI DK2401,DK34,DK560,DK600,DK601
402 Kanto PL3 DK1412,DK17-1,DK34,DK600,DK601,DK2708
403 Nippon bare DK2401,DK1412,DK17-1,DK34,DK560,DK600,DK601,DK2708
404 마우레쓰 DK2401,DK1412,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
405 오백만석 DK2394,DK17-1,DK34,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
406 자도 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
407 풍년나 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2708
408 RIKUT+ SAKUMAI DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK2708
409 GINSUKEYAKAN DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
410 HATA K+GANE M+CHI DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
411 +NJ+HAKAM+D+SHI DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
412 TACHIMINAMI DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
413 국광나 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
414 대도3호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
415 육도농림16호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
416 육도농림19호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
417 육도농림21호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
418 육도농림나13호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
419 육도농림나1호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
420 육도농림나4호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
421 충승륙도 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
422 HATA K+GANEM++ DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
423 +TSUKAM+D+SHI DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
424 Satominori DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
425 고성 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
426 홍소륙도5호 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
427 대도4호 DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
428 B+ZUY AKAN DK2401,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
429 개량 13호 DK2401,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
430 육도2호 DK2401,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
431 육도신력1호 DK2401,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2708
432 HIN+DE DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK1361,DK2708
433 주부지 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK1361,DK2708
434 MIYAMAM+CHI DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK1361,DK2708
435 대도1호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK1361,DK2708
436 사국나 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK1361,DK2708
437 육도농림9호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK1361,DK2708
438 사향도 DK2401,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK1361,DK2708
439 개량 41호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
440 육도농림11호 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
441 모나 DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361,DK2708
442 육도농림나3호 DK2171,DK1123,DK600,DK2511
443 NAR8F5-1-3-2 DK560,DK2171,DK600,DK2511
444 NAR163 F3-1-4 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
445 T+-3133-59-1-2-4-1 DK560,DK2171,DK1123,DK2511
446 T+-3027-42-1-E-2-1-1-1 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
447 Tadukan DK50,DK34,DK2171,DK1123,DK2511
448 P+KHARELIMASIN+ DK63,DK2171,DK1123,DK2511
449 Krasnodarskill DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
450 Novoselskill DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
상기 표 15 및 도 401 내지 도 450의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 451 내지 500: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 16에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 16 및 도 451 내지 도 500에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
451 H+459 DK50,DK17-1,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
452 ANG IN AF+TSY DK17-1,DK560,DK2171,DK2511,DK2708
453 WIR 7085 DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK1361
454 #REF! DK560,DK2171,DK1123,DK2511
455 IRRI16302 DK50,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
456 Jasmine 85 DK34,DK560,DK2171,DK600,DK601,DK2511,DK2708
457 California Blue Rose DK2394,DK17-1,DK63,DK560,DK1123
458 19b1014b-9n-1 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
459 NAHNGM+N S-4 SELECTI+N DK2171,DK1123,DK600,DK2511
460 무명4 DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
461 무명1 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
462 무명2 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
463 무명3 DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
464 Bashtus DK34,DK560,DK2171,DK1123
465 Boteswar-2 DK34,DK2171,DK1123,DK2511
466 Mati Char DK34,DK2171,DK1123,DK2511
467 Dharga Sail DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK2511
468 BR1543-9-2-1 DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
469 JMANG PAI HAUTA+ DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2511
470 Bui Tap49 DK2394,DK2401,DK1412,DK560,DK2171,DK1123,DK2511
471 Chumro DK17-1,DK63,DK560,DK2171
472 Bajo Kaapl DK2171,DK1123,DK2511
473 염주4호 DK17-1,DK34,DK560,DK600
474 서해13 DK2401,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK601,DK2708
475 평도1호 DK2401,DK17-1,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
476 함주 DK2401,DK17-1,DK34,DK1123,DK600,DK601,DK2511,DK2708
477 CAIAP+ DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
478 MARAVILHA DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
479 SUDAHAL+W DK50,DK2171,DK1123
480 SEENATTY DK50,DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511
481 ARIETE DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600
482 kessa red DK50,DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
483 SPINMERE DK34,DK560,DK2171,DK1123
484 LUN++PUN DK2394,DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK1361
485 Debzere DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK1361
486 D+MS+ F++D DK34,DK560,DK2171,DK1123
487 HASSNAY DK50,DK34,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2708
488 GIZA DK2171,DK1123,DK2511
489 GIZA 170 DK17-1,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
490 ZENA DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600
491 ARIRTE DK2401,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600
492 ARG+ DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361,DK2708
493 KAGI DK34,DK2171,DK1123
494 BASMATI DK34,DK2171,DK1123,DK600,DK2511
495 Mendawak DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK2511
496 Mayang DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
497 QUILLA DK2394,DK50,DK17-1,DK560,DK2171,DK600,DK1361
498 Diamaute DK50,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
499 Zarya DK2394,DK50,DK17-1,DK63,DK560,DK1123,DK600,DK1361
500 Blue bell DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2708
상기 표 16 및 도 451 내지 도 500의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
실시예 501 내지 514: 벼 품종 식별용 복수개의 마커 세트를 이용한 품종 식별
상기 실시예 1의 방법에 따라, 하기 표 17에 기재된 시료를 사용하여 실시간 PCR을 수행하여, 그 결과는 표 17 및 도 501 내지 도 514에 나타내었다.
실시예 시료 증폭 마커
501 Lemont DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK2511,DK2708
502 #REF! DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK2511
503 BASAMATI DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK2511
504 Muzzaffar-8 DK34,DK560,DK2171,DK1123,DK601,DK2511
505 CAR+LINA DK17-1,DK560,DK2171,DK1123,DK2511
506 GIANT GRAIN DK17-1,DK63,DK560,DK2171
507 KINAGAYKAY DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK2708
508 IR1552 DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
509 IR1750-F5B-22 DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
510 IR1487-194--3-4 DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK2511,DK2708
511 IRRI 10320 DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
512 IR12780 DK2401,DK63,DK560,DK2171,DK1123,DK600,DK2511,DK2708
513 Cgi-Csing DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK600,DK2708
514 DAMA DK2394,DK1412,DK17-1,DK63,DK560,DK2171,DK600,DK1361
상기 표 17 및 도 501 내지 도 514의 결과에 따르면, 시료 벼로부터 추출한 DNA는 각각의 벼 품종 식별용 마커 세트에서 특이적으로 증폭되어, 시료 벼가 바르게 판정되었음을 확인하였다.
<110> KogeneBiotech Co., LTD <120> MULTIPLEX REAL TIME PCR METHOD FOR DISCRIMINATION OF RICE CULTIVAR <130> DP100323 <160> 45 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK17-1 forward primer <400> 1 atccccataa ttcttgacaa 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK17-1 reverse primer <400> 2 ggaatccgtc ttgatttgtg 20 <210> 3 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK17-1 probe <400> 3 tgtcgcggag aacata 16 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK34 forward primer <400> 4 atgtcatgtg gcttgtctgg 20 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK34 reverse primer <400> 5 aactcaggaa ccatgccact g 21 <210> 6 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK34 probe <400> 6 tgatcaacgt cagactc 17 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK50 forward primer <400> 7 cgcgaactaa acaagcccga 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK50 reverse primer <400> 8 aacccttccg atatcctgtc 20 <210> 9 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK50 probe <400> 9 ttggtgttac atcagatg 18 <210> 10 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK63 forward primer <400> 10 acacgcaatg agtgtggcag tgtg 24 <210> 11 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK63 reverse primer <400> 11 cggccatgtg tttacctact g 21 <210> 12 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK63 probe <400> 12 tgtatggctt ttgtacc 17 <210> 13 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK560 forward primer <400> 13 gccacgtctt ctttaaagat t 21 <210> 14 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK560 reverse primer <400> 14 attaggctgc atacattagt catcc 25 <210> 15 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK560 probe <400> 15 tagaatcccg accccct 17 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK1412 forward primer <400> 16 tattgggccg aatctgattc gt 22 <210> 17 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK1412 reverse primer <400> 17 tctccgacag tttagggctt aggg 24 <210> 18 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK1412 probe <400> 18 tcgcagtacc ggatatct 18 <210> 19 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2171 forward primer <400> 19 acacaaaata atgtccatat ta 22 <210> 20 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2171 reverse primer <400> 20 aactagcaaa ttgcctatgc gttg 24 <210> 21 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2171 probe <400> 21 ctttacaagt atgtagtgaa gga 23 <210> 22 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2394 forward primer <400> 22 tgatatcttg gattagaagt taac 24 <210> 23 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2394 reverse primer <400> 23 ctgatacaga aactttccaa ccattgg 27 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2394 probe <400> 24 gaaccacaac 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23 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK1361 probe <400> 33 tataatgcga agtggttgaa 20 <210> 34 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK600 forward primer <400> 34 aacggtggag atctgcgtag a 21 <210> 35 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK600 reverse primer <400> 35 acgatcacgc agcaagatct t 21 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK600 reverse primer <400> 36 ctaggatgtt ggtaatggtg 20 <210> 37 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2511 forward primer <400> 37 agcaatgctg ataatgaaag ctcaa 25 <210> 38 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2511 reverse primer <400> 38 tgctcctttc atacttacaa ttggaag 27 <210> 39 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2511 probe <400> 39 atattgtgga gactactt 18 <210> 40 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK601 forward primer <400> 40 gaaccgtttt cacccctag 19 <210> 41 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK601 reverse primer <400> 41 gaaggaagct actacatcct aa 22 <210> 42 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK601 probe <400> 42 caagtcgagg gctgaag 17 <210> 43 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2708 forward primer <400> 43 gataatggaa tagtcatccc ggcctttgct 30 <210> 44 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2708 reverse primer <400> 44 attttttcta tcatttctga actacactcg 30 <210> 45 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DK2708 probe <400> 45 attacaattt agcactcta 19

Claims (7)

  1. (a) 내지 (o)로 이루어진 군으로부터 선택된 벼 품종 식별용 마커 세트 2종 이상을 포함하는, 벼 품종을 식별하기 위한 마커 조합 조성물:
    (a) 서열번호 1을 포함하는 프라이머, 서열번호 2를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 3을 포함하는 프로브;
    (b) 서열번호 4를 포함하는 프라이머, 서열번호 5를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 6을 포함하는 프로브;
    (c) 서열번호 7을 포함하는 프라이머, 서열번호 8을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 9를 포함하는 프로브;
    (d) 서열번호 10을 포함하는 프라이머, 서열번호 11을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 12를 포함하는 프로브;
    (e) 서열번호 13을 포함하는 프라이머, 서열번호 14를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 15를 포함하는 프로브;
    (f) 서열번호 16을 포함하는 프라이머, 서열번호 17을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 18을 포함하는 프로브;
    (g) 서열번호 19를 포함하는 프라이머, 서열번호 20을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 21을 포함하는 프로브;
    (h) 서열번호 22를 포함하는 프라이머, 서열번호 23을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 24를 포함하는 프로브;
    (i) 서열번호 25를 포함하는 프라이머, 서열번호 26을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 27을 포함하는 프로브;
    (j) 서열번호 28을 포함하는 프라이머, 서열번호 29를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 30을 포함하는 프로브;
    (k) 서열번호 31을 포함하는 프라이머, 서열번호 32를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 33을 포함하는 프로브;
    (l) 서열번호 34를 포함하는 프라이머, 서열번호 35를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 36을 포함하는 프로브;
    (m) 서열번호 37을 포함하는 프라이머, 서열번호 38을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 39를 포함하는 프로브;
    (n) 서열번호 40을 포함하는 프라이머, 서열번호 41을 포함하는 프라이머, 및 서열번호 42를 포함하는 프로브; 및
    (o) 서열번호 43을 포함하는 프라이머, 서열번호 44를 포함하는 프라이머, 및 서열번호 45를 포함하는 프로브.
  2. 제1항에 있어서, 벼 품종 식별용 마커 세트 3종 이상을 포함하는 것을 특징으로 하는 마커 조합 조성물.
  3. 제1항에 있어서, 상기 마커 조합 조성물은 프로브 종류에 따라 별개의 검출가능한 수단으로 표지된 프로브를 포함하며, 상기 검출가능한 수단은 특이적인 PCR 산물이 증폭된 경우에 검출되는 것을 특징으로 하는 마커 조합 조성물.
  4. 제3항에 있어서, 상기 검출가능한 수단이 형광물질인 것을 특징으로 하는 마커 조합 조성물.
  5. 제3항에 있어서, 상기 프로브는 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 형광물질로 표지되며, 프로브 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된 것을 특징으로 하는 마커 조합 조성물.
  6. 제1항에 있어서, 상기 벼 품종을 식별하기 위한 마커 조합 조성물은
    프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, (c), (g) 및 (i)로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;
    프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, (a), (b) 및 (f)로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;
    프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, (d), (e) 및 (h)로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종;
    프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, (j), (k) 및 (l)로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종; 및
    프로브의 5' 말단이 FAM, VIC, TET, JOE, HEX, TAMRA, CY3, CY5, ROX, RED610, TEXAS RED, RED670 및 NED로 이루어진 군으로부터 선택된 1종의 형광물질로 표지되며 3' 말단이 MGBNFQ(molecular grove binding non-fluorescence quencher)로 표지된, (m), (n) 및 (o)로 이루어진 군으로부터 선택된 마커 세트 1종을 포함하며,
    상기 선택된 마커 세트에 포함된 프로브는 종류에 따라 각각 별개의 형광물질로 표지된 것을 특징으로 하는 마커 조합 조성물.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 따른 벼 품종을 식별하기 위한 마커 조합 조성물을 이용하여 벼로부터 추출한 DNA를 주형으로 실시간 PCR을 실시하는 단계;
    상기 실시간 PCR 결과로 구현된 형광물질 피크를 감지하여, 각 벼 품종 식별용 마커 세트에 의한 PCR 증폭 여부를 확인하는 단계; 및
    상기 PCR 증폭 여부에 따라 벼의 품종을 식별하는 단계;
    를 포함하는, 복수개의 벼 품종용 식별 마커 세트를 이용한 벼 품종 식별 방법.
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