KR101516190B1 - 참외 계통 또는 품종의 구별을 위한 ｓｓｒ 프라이머 세트 및 이들의 용도 - Google Patents

참외 계통 또는 품종의 구별을 위한 ｓｓｒ 프라이머 세트 및 이들의 용도 Download PDF

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Abstract

본 발명은 서열번호 1 내지 14로 표시된 7개 쌍의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 키트 및 상기 프라이머 세트를 이용하여 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 방법에 관한 것으로, 본 발명의 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트를 통하여, 참외의 계통 또는 품종 구분, 동일 계통 또는 품종의 개체 분석을 통한 이형주의 식별 및 제거를 통한 계통 또는 품종의 순도 향상, 이를 이용한 우수 계통 또는 품종의 종자보급체계 향상, 개발된 품종 육성뿐만 아니라 품종보호에 효율적인 분자표지가 될 수 있어 국내 참외 시장 및 참외 수출 산업의 품질향상을 통한 수입 증대를 기대할 수 있다.

Description

참외 계통 또는 품종의 구별을 위한 ＳＳＲ 프라이머 세트 및 이들의 용도 {SSR primer sets for discrimination of oriental melon line or cultivar and uses thereof}
본 발명은 참외 계통 또는 품종의 구별을 위한 SSR (simple sequence repeat) 프라이머 세트 및 이들의 용도에 관한 것으로서, 더욱 구체적으로 서열번호 1 내지 14로 표시된 7개 쌍의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 키트 및 상기 프라이머 세트를 이용하여 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 방법에 관한 것이다.
참외(Cucumis melo var. makuwa)는 박과에 속하는 덩굴식물로 분류학적으로 멜론(Cucumis melo)의 한 변종이다. 박과 작물의 국내 종자 시장은 320억 정도로 전체 채소 종자시장의 약 20%를 차지하고 있으며, 그 중 참외는 박과 작물 중 수박에 이어 2번째로 종자시장 규모가 크며, 매년 시장 규모와 재배 면적이 다소 증가하는 추세에 있다. 또한, 최근 참외의 향미와 당도 같은 중요 형질을 멜론과 같은 다른 박과 작물에 도입하려는 시도가 일어나고 있으며, 이를 위해 분자마커의 중요성은 더욱 커져가고 있다. 참외는 또한 비타민 C가 풍부하여 피로회복에 좋고, 항암효과, 해독작용, 식중독 예방에도 효과적인 것으로 알려져 있다.
현재 유통 중인 참외는 거의 모두 양친의 교배를 통하여 생산된 일대잡종 품종들이다. 일대잡종 품종에서는 생산된 종자에 대하여 순도검정을 실시하게 되는데, 이는 의도하는 양친간 교배의 성립여부, 즉 이형성(heterozygosity)을 검정하고 그 정도를 순도(%)로서 표시하는 품질관리 행위를 말한다. 이와 관련하여 순도가 떨어지는 원인으로는 수정 시 타화분의 오염과 모본의 자식, 다른 종자의 단순 혼입 등이 있을 수 있다. 이 중에서 모본의 자식 개체 발생의 경우 빈도가 가장 높은 것으로 알려져 있다. 따라서 모든 종자회사는 F1 종자의 순도검정을 위한 자체 검정 시스템으로서 그 과정과 인력, 시설을 기본적으로 유지하고 있다. 이는 해당 교배종 품종의 기본 유전적 특성을 유지시키는 품질관리 차원으로서 뿐만 아니라, 고품질 농산물의 재배 생산을 위하여 필수적인 고순도 종자를 확보하기 위한 기술적 수단이며, 종자의 품질 저하에서 초래되는 재배농민의 소득저하와 민원발생 요인을 원천적으로 방지하는 효과 등 매우 중요한 의미를 갖는 과정이다.
세계적으로 볼 때 국내에서 유일하게 지속적으로 육종을 하고 있는 참외는 국내에서는 경제적, 상업적으로 중요한 작물이며, 수출 품종 육성의 중요성도 눈에 띄게 대두되고 있다. 이에 맞춰, 참외는 세대가 짧고 타 작물에 비해 고정이 잘되어 계통 개발에 걸리는 시간이 매우 짧기 때문에, 개발된 품종 및 계통의 보호를 위해서는 품종 보호를 위한 분자표지 개발이 필수적이다.
한국등록특허 제0652501호에서는 금싸라기 계통 참외의 에프1 종자 순도검정방법이 개시되어 있고, 한국등록특허 제0919753호에서는 메론 및 참외에서 유용한 흰가루병 저항성 연관 ＳＣＡＲ마커 및 이를 이용한 저항성 참외 품종 선발방법이 개시되어 있으나, 본 발명에서와 같이 참외 계통 또는 품종의 구별을 위한 SSR 프라이머 세트 및 이들의 용도에 대해서는 밝혀진 바가 없다.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 안출된 것으로서, 본 발명에서는 참외 유전체 분석을 통해 SSR 분자표지를 개발하고, 이 중에서 품종 혹은 계통을 구별할 수 있는 판별 마커인 7개의 분자표지를 개발하여 국내 재래종 참외와 고정된 계통 1종, 그리고 중국품종 1종을 포함한 시판 4품종 참외에 PCR 분석을 실시하였다. 분석 결과 2계통 및 4개 품종은 7개 분자표지 군에서 각각 다른 밴드 패턴을 보이는바, 상기 7개의 분자표지는 품종간 혹은 계통간의 차이를 확인할 수 있어 품종 판별 분자표지로 사용될 수 있었다. 따라서, 본 발명의 참외 품종 구별을 위한 분자표지는 품종 육성뿐만 아니라 품종보호에 효율적인 분자표지가 될 수 있을 것임을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 서열번호 1 내지 14로 표시된 7개 쌍의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 이용하여 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 방법을 제공한다.
본 발명에 따른 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트를 통하여, 참외의 계통 또는 품종 구분, 동일 계통 또는 품종의 개체 분석을 통한 이형주의 식별 및 제거를 통한 계통 또는 품종의 순도 향상, 이를 이용한 우수 계통 또는 품종의 종자보급체계 향상, 개발된 품종 육성뿐만 아니라 품종보호에 효율적인 분자표지가 될 수 있어 국내 참외 시장 및 참외 수출 산업의 품질향상을 통한 수입 증대를 기대할 수 있다.
도 1은 각 계통 및 품종의 게놈 DNA로부터 분자표지 마커를 이용하여 증폭된 DNA 단편을 2% 아가로스 젤에서 분리하여 가시화한 밴드패턴을 나타낸다. 1, 곶감참외 (한국재래종계통); 2, SW3 (계통); 3, 빙비취 (중국품종); 4, 오복꿀 (한국품종); 5, 오복플러스꿀 (한국품종); 6: 스마트꿀 (한국 품종).
도 2는 본 발명의 분자표지 마커로 구별된 참외 계통 또는 품종의 밴드패턴의 차이를 나타낸다. 기원(origin)이 매우 유사한 '오복꿀' 및 '오복플러스꿀'은 매우 유사한 패턴을 보이며, 곶감참외를 포함한 나머지 계통 및 품종은 다른 패턴을 나타낸다.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 내지 14로 표시된 7개 쌍의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 프라이머 세트를 제공한다.
상기 서열번호 1 내지 14로 표시된 7개 쌍의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 각각 정방향 프라이머와 역방향 프라이머로 이루어져 있으며, 홀수로 표시된 서열번호가 정방향 프라이머이며, 짝수로 표시된 서열번호가 역방향 프라이머이다. 따라서, 본 발명의 프라이머 세트는 서열번호 1 및 2의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트일 수 있다.
본 발명은 참외 계통 또는 품종인 곶감참외 계통, SW3 참외 계통, 빙비취 참외 품종, 오복꿀 참외 품종, 오복플러스꿀 참외 품종, 또는 스마트꿀 참외 품종의 식별에 사용할 수 있는 SSR 프라이머 세트에 관한 것이다. 이들 모든 프라이머 조합은 다형성이 가장 많이 생성되는 단순반복서열 (simple sequence repeat)의 주변서열로부터 제작하였으며, PCR을 통해 증폭하여 전기영동을 통해 산물을 확인함으로써 계통 또는 품종간 혹은 개체간 혹은 종간 식별하는 방법으로 이를 이용한 목적에 활용하는 방법에 적용될 수 있다.
상기 올리고뉴클레오티드는 각 프라이머의 서열 길이에 따라 각 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 예를 들면, 서열번호 1의 프라이머(22개 뉴클레오티드)는 서열번호 1의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있으며, 서열번호 4의 프라이머(20개 뉴클레오티드)는 서열번호 1의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에 따른 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 서열번호 1 내지 14로 표시된 7개 쌍의 프라이머 세트를 모두 포함할 수 있다. 7개 쌍의 프라이머 세트를 동시에 이용하면 참외 계통 또는 품종을 더욱 정확하게 구별할 수 있다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
본 명세서에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 본 발명에 따른 SSR 프라이머 세트를 포함하는 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 키트를 제공한다. 상기 키트는 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함할 수 있으며, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 내열성 DNA 중합효소, dNTPs, 및 버퍼를 포함할 수 있다. 상기 dNTP 혼합물은 dATP, dCTP, dGTP, dTTP를 포함하며, 내열성 DNA 중합효소는 Taq DNA 중합효소, Tth DNA 중합효소 등 시판되는 내열성 중합효소를 이용할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 설명서를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
참외 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명에 따른 SSR 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 산물을 동정하는 단계를 포함하는, 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 방법을 제공한다.
본 발명의 방법은 참외 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 시료에서 게놈 DNA의 추출은 당업계에서 통상적으로 사용되는 페놀/클로로포름 추출법, SDS 추출법 (Tai et al., Plant Mol. Biol. Reporter, 8: 297-303, 1990), CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., Nuc. Res., 4321-4325, 1980) 또는 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 이용하여 수행할 수 있다. 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 참외 계통 또는 품종은 곶감참외 계통, SW3 참외 계통, 빙비취 참외 품종, 오복꿀 참외 품종, 오복플러스꿀 참외 품종, 또는 스마트꿀 참외 품종일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 일 구현예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 표적 서열을 증폭하기 위해 이용된 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트는 상기에 기재된 바와 같다.
본 발명의 방법은 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함한다. 상기 증폭 산물의 검출은 DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 겔 전기영동을 수행할 수 있다. 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에 따른 방법에서, 상기 게놈 DNA는 동일 계통 또는 품종내 여러 개체로부터 추출된 DNA를 혼합한 것일 수 있다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
재료 및 방법
식물 재료 및 DNA 추출
곶감참외, SW3, 빙비취, 오복꿀, 오복플러스꿀 및 스마트꿀의 잎을 채취하여 각각 0.1g씩 액체질소를 이용하여 마쇄하였다. 마쇄된 샘플들과 CTAB 추출 버퍼를 넣고 55℃ 항온기에 30분간 처리하였다. 페놀:클로로포름:이소아밀알콜 (25:24:1)을 넣고 원심분리기에 13000rpm, 15분 처리 후 상층만 다른 튜브에 담아 에탄올을 넣고 여러 번 흔들어 섞은 후, 다시 원심분리기에 13000rpm, 15분간 원심분리하여 DNA를 침전시킨 후 에탄올 침전을 하여 DNA를 정제하였다. 건조 후 1mM Tris-Hcl에 보관하였다.
SSR 프라이머 디자인
게놈상에 존재하는 interspersed repeat과 low complexity DNA 서열을 RepeatMasker로 제거한 후, SciRoKo (ver. 3.4)를 이용해 게놈상의 SSR을 동정하였다. 두 게놈을 BLASTn을 이용하여 정렬한 후 보존 영역(conserved region)에서 10 bp 이상의 polymorphic SSR이 있는지 확인하였다. 그리고 10 bp 이상의 길이 차이가 있는 영역의 flanking region 중 보존된 부분을 기반으로 Primer3를 이용하여 SSR을 증폭하기 위한 프라이머를 디자인하였다.
PCR 증폭과 전기영동 분석
PCR 증폭하기 위해 PCR 튜브를 이용하여 각 샘플당 주형 DNA 5㎕(10ng/㎕), 프라이머(정방향 또는 역방향, 10 pMoles) 2㎕, 10X PCR 버퍼 2㎕, dNTP 혼합물 2㎕ (각 2.5mM), Taq 0.5㎕(5U/㎕), 멸균수 8.5㎕를 넣었다. PCR 조건은 초기 변성 94℃, 2분; 변성 94℃, 20초; 어닐링 55℃, 10초; 확장 72℃, 30초;를 35회 진행 후 최종 확장은 72℃, 5분간 진행 후 4℃, 10분으로 PCR을 진행하였다. 전기영동을 하기 위해 0.5X TBE 버퍼를 사용하여 2% 아가로스 젤을 만들었으며, 135V, 120분간 전기영동을 한 후, EtBr을 이용하여 염색 후 밴드를 확인하였다.
데이터 분석 및 마커 조합의 개발
각 품종 및 계통의 밴드패턴을 확인 후, 각 밴드의 위치별로 식별할 수 있는 번호를 부여하여 분석하였으며, 20개의 후보 마커 군 중 7개의 마커군에서 품종 및 계통에 대한 확연한 차이를 나타내어 이를 이용하여 마커군을 형성할 수 있었다.
실시예 1. 참외 계통 또는 품종을 구별하기 위한 SSR( simple sequence repeat) 프라이머 세트 개발
참외 유전체 초안을 기반으로 분석하여 SSR 반복서열이 차이가 나는 부분을 증폭할 수 있는 프라이머를 개발하여 분석한 결과 표 1과 같은 7개의 분자표지군을 개발하였다.
　 Forward primer(서열번호) Reverse primer(서열번호)
CMMS2 CATTGACTTCTTTTGCAACACT (1) TGCCTTCCCTTCTTTCTTGA (2)
CMMS3 AAGTGGGAAGCCACCATTTT (3) GAGAGGGATCGACAGAGTGC (4)
CMMS4 GCATTGATTTGGAAGGCAAC (5) CCCCCGAAATAAATTTGGTC (6)
CMMS39 GGCTATTCTCGTTTCTTGCTTT (7) TTGCTTGGAAACCAAAGGAT (8)
CMMS44 ATATTGAATTTGGGAGGGGG (9) CTCCTCTCAAATGCTCCAACT (10)
CMMS85 TGCTCTTTACAAACATGCCAA (11) GGTGTTATGGGGCATTTGTC (12)
CMMS185 CGAAATGGGGAATTGAAAGA (13) CAAAGCAGCGTTTCCAAAAT (14)
7개의 분자 표지군(표 1)에 대한 참외 2계통과 4품종에 대한 PCR 분석결과는 도 1과 같이 나타났다. 6개의 샘플에서 증폭된 밴드 패턴은 각 분자표지별로 다양하였으며, 7개 분자표지의 증폭 패턴을 조합하여 6개의 샘플을 구별할 수 있었다. 도 1은 곶감참외 (한국 재래종 참외), SW3 (계통), 빙비취 (중국 시판 품종), 오복꿀, 오복플러스꿀 및 스마트꿀의 분자표지 패턴을 보여주며, 이 중에서 개발된 기원(origin)이 거의 비슷한 '오복꿀'과 '오복플러스'은 매우 유사한 분자표지 증폭 패턴을 보인다.
도 2는 밴드패턴의 차이에 대한 이해를 돕고자 도식화한 그림이며 마찬가지로 품종 개발된 기원이 매우 유사한 '오복꿀'과 '오복플러스'은 매우 유사한 패턴을 보이며, 곶감참외를 포함한 나머지 계통 및 품종은 다른 밴드 패턴을 보이기 때문에 이를 이용하여 명확하게 품종 구별을 할 수 있다.
<110> Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology <120> SSR primer sets for discrimination of oriental melon line or cultivar and uses thereof <130> PN12258 <160> 14 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 cattgacttc ttttgcaaca ct 22 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 tgccttccct tctttcttga 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 aagtgggaag ccaccatttt 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 gagagggatc gacagagtgc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 gcattgattt ggaaggcaac 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 cccccgaaat aaatttggtc 20 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 ggctattctc gtttcttgct tt 22 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 ttgcttggaa accaaaggat 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 atattgaatt tgggaggggg 20 <210> 10 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 ctcctctcaa atgctccaac t 21 <210> 11 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 tgctctttac aaacatgcca a 21 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 12 ggtgttatgg ggcatttgtc 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 13 cgaaatgggg aattgaaaga 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 14 caaagcagcg tttccaaaat 20

Claims (7)

  1. 서열번호 1 및 2의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 7 및 8의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 9 및 10의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트; 및 서열번호 13 및 14의 올리고뉴클레오티드 프라이머 세트를 포함하는 곶감참외 계통, SW3 계통, 빙비취 품종, 오복꿀 품종, 오복플러스꿀 품종, 또는 스마트꿀 품종을 구별하기 위한 SSR(simple sequence repeat) 프라이머 세트.
  2. 삭제
  3. 삭제
  4. 제1항에 따른 SSR 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 곶감참외 계통, SW3 계통, 빙비취 품종, 오복꿀 품종, 오복플러스꿀 품종, 또는 스마트꿀 품종을 구별하기 위한 키트.
  5. 제4항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것인 곶감참외 계통, SW3 계통, 빙비취 품종, 오복꿀 품종, 오복플러스꿀 품종, 또는 스마트꿀 품종을 구별하기 위한 키트.
  6. 참외 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
    상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항에 따른 SSR 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
    상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 곶감참외 계통, SW3 계통, 빙비취 품종, 오복꿀 품종, 오복플러스꿀 품종, 또는 스마트꿀 품종을 구별하기 위한 방법.
  7. 제6항에 있어서, 상기 증폭 산물의 검출은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것인 곶감참외 계통, SW3 계통, 빙비취 품종, 오복꿀 품종, 오복플러스꿀 품종, 또는 스마트꿀 품종을 구별하기 위한 방법.
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