KR20110073799A - 항암제 감수성 예측용 ｓｎｐ - Google Patents

항암제 감수성 예측용 ｓｎｐ Download PDF

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Abstract

본 발명은 항암제 감수성 예측용 단염기 다형성 표식자 (SNP, Single Nucleotide Polymorphism)를 스크리닝하는 방법, 항암제에 대한 감수성을 예측할 수 있는 SNP 마커 및 항암제 감수성 예측방법에 관한 것이다. 본 발명에 의하면 환자의 소량 시료를 이용하여 약제에 내성을 보이는 종양에 대해서도 유용한 약제를 미리 예측하게 하며 환자의 치료 경과 전체에 걸쳐서 가장 적합한 항암제 선택을 가능하게 해준다.
SNP, 항암제 감수성

Description

항암제 감수성 예측용 ＳＮＰ {SNP for predicting sensitivity to an anti-cancer agent}
본 발명은 항암제 감수성 예측용 SNP 스크리닝하는 방법, 항암제에 대한 감수성을 예측할 수 있는 SNP 및 이를 이용하여 특정 항암제에 대한 감수성을 예측할 수 있는 방법에 관한 것이다.
개인의 다양한 유전체적 차이는 대부분 단염기다형성(SNP)으로 구성되는데 일부의 유전자형에서는 해당 단백질과 그 대사에서 기능적인 차이를 보이며 이는 약리유전체적 대인적 감수성에 민감하게 작용하는 것으로 알려져 있다(Huang and Ratain, CA Cancer J Clin 2009;59:42-55).
한편, 항암제는 내성과 독성에 관해서 개인차가 크며 동일한 환자에서도 약 반수이상에서 내성을 보이는 문제가 있으므로 적합한 치료반응성 표식자를 이용한 선별은 항암제 치료의 획기적인 진보를 초래할 수 있다. 이에, SNP 유전자형에 따른 개별 항암제의 치료반응성에 관한 연구가 최근 지속적으로 활발하게 전개되고 있다.
그러나 특정약제에 대한 생체반응 관련요소의 복합적 작용, 치료제 및 투여방식의 다양성과 방대한 시료확보의 어려움으로 아직 괄목할 만한 성과가 미약한 현실이다.
본 발명자는 이러한 약점을 보완하고자, 일차로 종양의 약제반응성을 체외종양반응성분석을 통해 확인하여 그 결과를 동일한 대상환자의 림프구 DNA에서 연관 분석하여 선별하였으며 이를 현재까지 확인된 인간유전체 정보 및 인구유전학적 검정을 통해 가장 유용한 항암제 감수성 예측용 SNP 유전자형을 발굴하고, 본 발명을 완성하기에 이르렀다.
따라서 본 발명은 항암제 감수성 예측용 SNP의 스크리닝 방법을 제공한다.
본 발명의 다른 목적은 항암제 감수성 예측용 SNP 마커를 제공하는데 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 항암제 감수성 예측용 키트를 제공하는데 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 SNP 마커를 이용하여 항암제에 대한 감수성 예측방법을 제공하는데 있다.
본 발명의 한 측면은 항암제 감수성 예측용 SNP의 스크리닝 방법에 관한 것이다.
(1) 환자의 종양조직을 이용한 체외 종양 반응성 검사 결과와 동일 환자의 SNP 분석 결과를 연관 분석하여 항암제 감수성 예측용 후보 SNP 유전자형을 선별하는 단계; 및
(2) 상기 선별된 유전자형 중 명목 P-값이 0.1% 이하이고, 동양인 유전자형에서 대립유전자의 빈도, 교차불평형 블록 (linkage disequilibrium block)에 위치하는 유전자형, htSNP(haplotype tagging SNP), 기능성 SNP 및 정상 인구군에서 하디-와인버그 평형 P 값을 고려하여 SNP 유전자형을 선별하는 단계;
를 포함하는 항암제 감수성 예측용 SNP를 스크리닝하는 방법에 관한 것이다.
상기 방법 중 (1) 단계의 체외 종양 반응성 검사는 출원번호 10-2008-0115296 의 기재된 방법으로 시행될 수 있다. 체외 종양 반응성 검사는,
(i) 1차 항암제 반응판 및 2차 항암제 반응판을 준비하는 단계;
(ⅱ) 피검체로부터 준비한 종양조직 시료를 상기 항암제 반응판의 1차 항암제 반응정 및 2차 항암제 반응정에 분주하고 배양하는 단계;
(ⅲ) 1차 항암제 반응판의 반응정 및 2차 항암제 반응판의 반응정에 1차 항암제 후보들을 처리하고 반응시키는 단계;
(iv) 1차 항암제 반응판의 반응정에 처리된 1차 항암제 후보들의 감수성을 측정 및 분석하고, 2차 항암제 반응판의 반응정에는 1차 항암제와 상이한 조합의 2차 항암제 후보들을 처리하여 반응시키는 단계; 및
(v) 2차 항암제 반응판의 반응정에 처리된 2차 항암제 후보들의 감수성을 측정 및 분석하는 단계;
를 포함할 수 있으며 수년에 걸친 임상경과에 대한 분석이 필요하지 않고 신약에 대한 감수성까지도 스크리닝 할 수 있는 장점이 있다. 본 체외 검사방식은 이미 임상에서 사용 중이며 임상결과와 긴밀한 연관성은 이미 알려져 있다.
2단계 검증에서는 우선 고집적고속 SNP(Affymetrix SNP Array 5.0 사용)선별과 체외종양반응성 연관분석 결과, 군소 대립유전자의 빈도가 이미 알려진 한국인과 유사한 일본인과 중국인 데이트베이스 (5%이상이며, 일본인 데이트베이스상 교차 불평형 블록(linkage disequilibrium, LD; WGAViewer, Ge D, Zhang K, Need AC, et al. GenomeRes 2008;18:640-643)에서 재조합이 없는 경우, 일배체형 표지 SNP(haplotype tagging SNP, htSNP), 가능한 기능성 SNP 이며, 하디-와인버그 평형 P값이 0.01이상인 SNP를 대상으로 하였다. 군소 대립유전자의 빈도가 5%로 정한 것은 희귀한 변이를 놓치지 않고 표본 대상의 숫자를 줄일 수 있는 통계적 유의성이 있는 최소값으로써 산출하였다.
상기 교차 불평형 블록 (linkage disequilibrium block, LD block) 부위는 특정 게놈 상의 구간이 세대를 거치며 cross-over가 거의 일어나지 않을 정도로 짧거나 유전자가 밀집되어 있어서 생기는 부분이다. 따라서 이 구간에 존재하는 유전적 정보 (genomic information)는 거의 동일하고 세대를 거쳐도 거의 보존된다. 이와 유사하게 htSNP (haplotype tagging SNP) 란, 전체 일배체형(haplotype) 중에서 특정 haplotype을 구분할 수 있는 최소한의 SNP set을 칭하며 인접 SNP을 대표하는 특징을 보인다. 그러므로 LD block SNP와 htSNP은 유사한 성질의 SNP을 반복해서 검증하는 노력을 소멸하여 시간과 경비를 줄일 수 있다.
하디-와인버그 평형은 특정 인구군에서 무작위 결합될 때 유전체적으로 평형된 상태를 말하며 일반적으로 P값으로 나타내며 이 값이 0.01이하 일때는 평형상태를 벗어난 경우로써 혈족결혼, 유전자표류, 돌연변이, 선택, 유전자분석 혹은 인구군선정상의 오류를 나타내므로 이러한 결과로부터 생기는 위양성 SNP를 제외할 수 있다.
상기 2단계 검증까지 발굴된 11종 유전자의 11개의 항암제 반응성 후보 SNP 표식자는 하기 표 1과 같다.
[표 1]
regimens 유전자 SNP ID 대립유전자형 결과
참고 대체
FL GPC5 rs553717 G A A155V
카페시타빈 AJAP1 rs242056 G A G263R
카페시타빈 ERCC4 rs4309380 C T upstream
FOLFIRI TNFRSF11B rs2073618 C G N3K
FOLFOX SULT1C2 rs17036104 T G S255A
FOLFOX SULT1C4 rs7580171 C T upstream
FOLFOX EPHA7 rs2278106+ G A R278C
FOLFOX EPHA7 rs2278107 T C I138V
FL, FOLFIRI,
FOLFOX		 SSTR4 rs2567608 A G F321S
SAHA OR5AC2 rs4518168 G A M200I
SAHA OR5H1 rs6775533 T C upstream
PXD101 DPYD rs1801265 C T R29C
*FL, 5-FU/leucovorin; FOLFIRI, FL+ irinotecan; FOLFOX,FL + oxaliplatin
+ EPHA7-rs2278106 은 인구유전학적 검증 결과 배제함
상기 스크리닝 방법은 (2) 단계에서 선별된 SNP 유전자형을 기존 임상 경과와 연관 분석하는 단계를 추가로 더 포함하는 것이 바람직하다. 항암제를 사용하여 치료 경과가 확인된 항암제 제제 사용군을 대상으로 임상적 연관성을 검증할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에서는, 해당 환자의 임상경과 추적은 NCCN surveillance guideline(www.nccn,org)에 의거하였으며, 항암제의 종양 반응성 판정은 RECIST criteria(Therasse et al., J Natl Cancer Inst 2000;92:205-16)에 의거하였다. 해당 환자의 추적 관찰기간은 평균 40개월(범위 4-108개월)이었으며, 결과 판정에 충분한 기간으로 판단되었다. 본 단계를 통해서 체외 종양 반응성 검사의 체내 약물대사 환경과의 상이성을 배제하게 되며, 직접 임상시험에 진입할 수 있다.
상기 스크리닝 방법은 세포생물학적 검증을 추가로 포함하는 것이 바람직하다. 여기에는 유전자 형질전환, 세포 생존 및 세포독성분석, 카스파제-3 웨스턴 블롯 및 유세포분석에 의한 세포사멸검증을 포함한다. 이를 통해서 본 발명의 SNP 유전자형의 생물학적 기전을 제시할 수 있으며, 신약개발의 표적 후보물질로 적용이 가능하다.
한 양태로서, 상기 세포생물학적 검증은 야생형 유전자 또는 돌연변이 유전자로 종양세포를 형질전환시키는 단계; 상기 종양세포에 특정 항암제를 처리하는 단계; 상기 종양세포의 세포 생존율을 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명의 다른 측면은 항암제 감수성 예측용 SNP에 관한 것이다.
본 발명의 SNP는 구체적으로 다음과 같다.
항암제 FL(5-FU + 류코보린 (leucovorin))에 대한 감수성 예측용 SNP는 GPC5 (glypican5) 유전자의 일부를 구성하는 rs553717 (SNP id)폴리뉴클레오티드 (서열번호 1, 13번 염색체)에 있어서, 401번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체대립유전자형을 갖는 경우 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 FL 에 대한 반응성이 높다.
상기 류코보린 (leucovorin)은 항암제 5-FU의 효능을 증진시키는 보조 약제이다.
항암제 카페시타빈(capecitabine)에 대한 감수성 예측용 SNP는 AJAP1(adherens junctions associated protein 1) 유전자의 일부를 구성하는 rs242056 폴리뉴클레오티드 (서열번호 2, 1번 염색체)에 있어서, 401번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 카페시타빈에 대한 반응성이 높다.
항암제 카페시타빈에 대한 다른 감수성 예측용 SNP는 ERCC4(excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 4) 유전자의 일부를 구성하는 rs4309380 폴리뉴클레오티드 (서열번호 3, 16번 염색체)에 있어서, 201번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드 중 적어도 하나를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 카페시타빈에 대한 반응성이 높다.
항암제 FOLFIRI (5-FU + 류코보린 (leucovorin) + 이리노테칸 (irinotecan): 항암제 5-FU 와 이리노테칸의 복합제제이며, 류코보린은 5-FU의 작용 상승제임)에 대한 감수성 예측용 SNP는 TNFRSF11B (tumor necrosis factor receptor superfamily member 11B precursor) 유전자의 일부를 구성하는 rs2073618 폴리뉴클레오티드 (서열번호 4, 8번 염색체)에 있어서, 301번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 FOLFIRI 에 대한 반응성이 높다.
항암제 FOLFOX (5-FU+ 류코보린 (leucovorin) + oxaliplatin (옥살리플라틴 ): 5-FU와 옥살리플라틴의 복합제재이며 류코보린은 5-FU의 작용 상승제임)에 대한 감수성 예측용 SNP는 SULT1C2 (sulfotransferase 1C2) 유전자의 일부를 구성하는 rs17036104 폴리뉴클레오티드 (서열번호 5, 2번 염색체)에 있어서, 301번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 FOLFIRI 에 대한 반응성이 높다.
항암제 FOLFOX에 대한 다른 감수성 예측용 SNP는 SULT1C4 유전자의 일부를 구성하는 rs7580171 폴리뉴클레오티드 (서열번호: 6, 2번 염색체) 에 있어서, 201번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 FOLFIRI 에 대한 반응성이 높다.
항암제 FOLFOX에 대한 또 다른 감수성 예측용 SNP는 EPHA7 (ephrin type-A receptor 7 precursor) 유전자의 일부를 구성하는 rs2278107 (서열번호: 7, 6번 염색체) 폴리뉴클레오티드에 있어서, 301번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 FOLFIRI 에 대한 반응성이 높다.
항암제 FL, FOLFIRI 또는 FOLFOX 중 적어도 하나에 대한 감수성 예측용 SNP는 SSTR4 (somatostatin receptor type 4) 유전자의 일부를 구성하는 rs2567608 폴리뉴클레오티드 (서열번호: 8, 20번 염색체)에 있어서, 401번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 FL, FOLFIRI 또는 FOLFOX 중 적어도 하나에 대한 반응성이 높다.
항암제 SAHA (suberoylanilide hydroxamic acid)에 대한 감수성 예측용 SNP는 OR5AC2 (olfactory receptor 5AC2) 유전자의 일부를 구성하는 rs4518168 폴리뉴클레오티드 (서열번호: 9, 3번 염색체)에 있어서, 401번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 SAHA 에 대한 반응성이 높다.
항암제 SAHA (suberoylanilide hydroxamic acid)에 대한 다른 감수성 예측용 SNP는 OR5H1 (olfactory receptor 5H1) 유전자의 일부를 구성하는 rs6775533 폴리뉴클레오티드(서열번호:10, 3번 염색체)에 있어서, 251번째염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 중 적어도 하나를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 SAHA 에 대한 반응성이 높다.
항암제 PXD101에 대한 감수성 예측용 SNP는 DPYD (Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP+] precursor) 유전자의 일부를 구성하는 rs1801265 폴리뉴클레오티드(서열번호: 11, 1번 염색체)에 있어서, 401번째 염기를 포함하고 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 대체 대립유전자형을 갖는 경우, 참고대립유전자형을 갖는 경우에 비해 항암제 PXD101에 대한 반응성이 높다.
SNP는 단일염기다형을 나타내는 것으로, 여기서 rs란 reference sequence의 약자이며, 뒤의 숫자는 dbSNP라는 데이터베이스에서 제공하는 각각의 단일염기다형을 구분 짓는 고유 숫자(accession number)이다.
즉, 본 발명은 서열번호 1,2,8,9,11의 401번째 뉴클레오티드, 서열번호 3,6의 201번째 뉴클레오티드, 서열번호 4,5,7의 301번째 뉴클레오티드 및 서열번호 10의 251번째 뉴클레오티드를 포함하는 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드들로부터 선택되는 하나 이상의 항암제 감수성 예측용 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
상기 8개 이상의 연속 염기는 8 내지 100개의 연속 염기인 것이 바람직하다.
본 발명에서, 항암제에 대한 감수성 예측이란, 환자에게 해당 항암제를 처리 하였을 때 치료 효과가 어느 정도인지를 예측하는 것을 말한다. 해당 항암제에 대한 감수성이 높은 경우는 우수한 치료 효과를 기대할 수 있는 반면, 해당 항암제에 대한 감수성이 낮은 경우는 저조한 치료 효과가 예상된다.
본 발명에서, SNP(Single Nucleotide Polymorphism)는 개인과 개인간의 DNA에 존재하는 한 염기쌍(single base-pair variation)의 차이로, DNA 서열 다형성(polymorphism) 중에서 가장 많이 존재하는 형태이다.
전술된 서열번호 1 내지 11의 폴리뉴클레오티드는 다형성 서열(polymorphic sequence)이다. 다형성 서열이란 폴리뉴클레오티드 서열 중에서 SNP를 나타내는 다형성 부위(polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.
또한, 전술된 서열번호 1 내지 11의 폴리뉴클레오티드는 대립형질 특이적 (allelic-specific)이다. 상기 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드란 각 대립형질에 특이적으로 혼성화하는 것을 의미한다. 즉, 서열번호 1 내지 11의 각 다형성 서열 중의 다형성 부위의 염기를 특이적으로 구별할 수 있도록 혼성화하는 것을 말한다. 여기서, 혼성화란 엄격한 조건, 예를 들면 1M 이하의 염 농도 및 25℃ 이상의 온도하에서 보통 수행된다. 예를 들면, 5 x SSPE (750mM NaCl, 50mM Na Phosphate, 5mM EDTA, pH7.4) 및 25~30℃의 조건이 대립형질 특이적 프로브 혼성화에 적합할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 대립형질 특이적인 폴리뉴클레오티드는 프라이머 (primer)일 수 있다. 여기서, 프라이머란 적절한 완충용액 중의 적절한 조건 (예, dNTP 또는 dUTP, DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 일반적으로 짧은 프라이머 분자는 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 상기 프라이머는 그의 3' 말단이 서열번호 1 내지 11의 다형성 부위와 정렬하는 것이 바람직하다. 상기 프라이머는 다형성 부위를 포함하는 표적 DNA에 혼성화하고, 상기 프라이머가 완전한 상동성을 보이는 대립형질 형태의 증폭을 개시한다. 이 프라이머는 반대편에 혼성화되는 제 2 프라이머와 쌍을 이루어 사용된다. 증폭에 의하여 두 개의 프라이머로부터 산물이 증폭되고, 이는 특정 대립형질 형태가 존재한다는 것을 의미한다.
본 발명에 있어서, 상기 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드는 프로브 (probe)일 수 있다. 본 발명에서 프로브란 혼성화 프로브를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명의 프로브는 대립형질 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립형질간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립형질 중 하나에만 혼성화하도록 충분히 엄격해야 한다. 이러한 본 발명의 프로 브는 중앙부위 (예, 15개의 뉴클레오티드로 된 프로브이면 7번 위치가, 16개의 뉴클레오티드로 된 프로브이면 8번 또는 9번 위치)가 상기 서열의 다형성 부위와 정렬하는 것이 바람직하다. 이렇게 함으로써 다른 대립형질성 형태간에 좋은 형성화 차이를 유발할 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면은 본 발명에 따른 항암제 감수성 예측용 SNP, SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 마이크로어레이에 관한 것이다. 본 발명에 따른 마이크로어레이는 항암제 감수성 예측용 SNP를 이용하여 당분야의 당업자에게 알려져 있는 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다.
예컨대, 상기 뉴클레오티드는 아미노 실란 (amino-silane), 폴리-L-리신 (poly-L-lysine) 및 알데히드 (aldehyde)로 이루어진 군에서 선택되는 활성기가 코팅된 기판 상에 고정될 수 있다. 또한, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 및 플라스틱으로 이루어진 군에서 선택될 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드를 기판에 고정화시키는 방법은 파이조 일렉트릭 (piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅법 (micropipetting), 핀 (pin) 형태의 스폿터 (spotter)를 이용한 방법 등을 사용할 수 있다.
본 발명의 다른 측면은 본 발명에 따른 마이크로어레이를 포함하는 항암제 감수성 예측용 키트에 관한 것이다.
본 발명에 따른 키트는 본 발명의 마이크로어레이 이외에 피검체로부터 해당 SNP를 포함하는 DNA를 분리 및 증폭하는데 사용되는 프라이머 세트를 추가로 포함할 수 있다. 상기 적절한 프라이머 세트는 본 발명의 서열을 참조하여 당업자는 용이하게 설계할 수 있을 것이다.
본 발명의 또 다른 측면은 항암제 감수성 예측용 SNP를 이용하여 항암제 감수성을 예측하는 방법에 관한 것이다.
상기 방법은,
(1) 사람으로부터 핵산 시료를 분리하는 단계; 및
(2)서열번호 1내지 11로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP의 위치의 염기 타입을 상기 분리된 핵산분자에서 확인하는 단계를 포함한다.
예를 들어 대상자의 조직, 체액 또는 세포로부터 DNA를 분리해낸 후 PCR을 통해 DNA를 증폭시킨 후 SNP 분석을 실시한다. SNP 분석은 당업계에 공지된 통상적인 방법에 의해 수행될 수 있다. 예를 들면, Real time PCR System을 이용하여 SNP 분석을 수행하거나, 디데옥시법에 의해 직접적인 핵산의 뉴클레오티드 서열의 결정을 통해 수행할 수 있으며, 또는 SNP 부위의 서열을 포함하는 프로브 또는 그에 상보적인 프로브를 상기 DNA와 혼성화시키고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정함으로써 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하거나, 대립형질 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립형질 특이적 증폭 방 법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 에세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 에세이법(oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism) 등을 이용하여 수행될 수 있다.
상기 예측 방법에 있어서, 단계 (2)에서 서열번호 1의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 A로 확인 (G/A 혹은 A/A 이형유전자형으로 확인) 되면 항암제 FL (5-FU + 류코보린)에 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 일실시예에서는 FL 제제 사용군을 대상으로 임상연관분석을 한 결과, 유전자 GPC 5의 SNP id rs553717에서 동형대체대립유전자형 (homozygous substitution allele) 을 보이는 경우 참고대립유전자형 (reference allele)을 가지는 경우에 비해 다변량분석상 약 2배의 재발이 많았으며, 평균 무병 생존기간이 현저히 단축됨을 알 수 있었지만 (실시예 3-1) 세포사멸시험 상 이형대체대립유전자형을 갖는 경우 본 FL 제제에 대한 감수성이 높으므로 대체대립유전자형을 갖는 경우 다른 약제의 추가가 권장됨을 시사한다.
서열번호 2의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 A , 서열번호 3의 201번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 T 로 확인되면 항암제 카페시타빈에 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
서열번호 4의 301번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 G 로 확인되면 항암제 FOLFIRI (5-FU +류코보린 + 이리노테칸) 에 대한 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
서열번호 5의 301번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 G , 서열번호 6의 201번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 T 또는 서열번호 7의 301번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 C로 확인되면 항암제 FOLFOX (5-FU + 류코보린 + 옥살리플라틴)에 대한 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
서열번호 8의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 G 로 확인되면 항암제 FL, FOLFIRI 또는 FOLFOX 중 적어도 하나에 대한 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 의하면, FOLFIRI 또는 FOLFOX　제제 사용군을 대상으로 임상연관 분석을 실시한 결과, EPHA7 rs2272107과 SSTR4 rs2567608의 참고 대립유전자군을 가지는 경우 현저하게 항암제 반응성이 낮은 결과를 보였다 (실시예 3-2).
서열번호 9의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 A 또는 서열번호 10의 251번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 C 로 확인되면 항암제 SAHA에 대한 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
서열번호 11의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 T 로 확인되면 항암제 PXD101에 대한 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있다.
본 발명은 환자의 소량 혈액시료를 이용하여 약제에 내성을 보이는 종양에 대해서도 유용한 약제를 미리 예측하게 하며, 환자의 치료경과 전체에 걸쳐서 가장 적합한 항암제 선택을 가능하게 하며, 적절한 유전자적 진단도구를 개발하게 되었다.
또한, 본 발명은 향후 지속적으로 신약을 포함한 약제를 이용하여 항암제 및 일반 치료제의 반응성을 예측할 수 있는 SNP 표식자를 새로이 발굴할 수 있는 기술로 적용범위를 넓힐 수 있다.
이하, 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
<실시예 1> SNP 유전자형 선별 제 1단계
104명의 대장암 환자에서 고집적고속 SNP(Affymetrix SNP Array 5.0 사용)분석과 체외종양반응성분석 결과를 연관 분석하여 총 344,048개의 SNP 중 766개의 SNP를 선별함으로써 항암제 감수성 SNP 유전자형의 기본 자료를 획득하였다.
<실시예 2> SNP 유전자형 선별 제 2단계
상기 제 1단계에서 선별된 SNP 유전자형 중 명목 P-값이 0.001(0.1%)이하이며, 기존 일본인 및 중국인의 분석자료에서 5% 이상의 빈도를 보이고 (), 교차 불평형(Linkage disequilibrium)을 보이는 SNP 유전자형 후보를 선별하였으며, 추가로 non-synonymous, haplotype-tagging 및 기능성 SNP 선별을 통해서 12종의 후보 SNP를 발굴하였다 (도 1).
이어서, 330명의 정상 인구군 림프구 DNA 시료를 이용한 동일 SNP 유전자형 검증에서 하디-와인버그 평형이탈이 현저하지 않은 (P>0.01) 11종의 SNP를 제 3 단계의 실시예를 통한 최종 검증을 위한 임상 및 생물학적 검증 후보로 선별하였다 (표 2).
[표 2] 2단계 검증까지 발굴된 11종 유전자의 11개의 항암제 반응성 후보 SNP 표식자 (EPHA7-rs2278106 은 인구유전학적 검증결과 배제함)
regimens 유전자 SNP ID 대립유전자형 결과
참고 대체
FL GPC5 rs553717 G A A155V
카페시타빈 AJAP1 rs242056 G A G263R
카페시타빈 ERCC4 rs4309380 C T upstream
FOLFIRI TNFRSF11B rs2073618 C G N3K
FOLFOX SULT1C2 rs17036104 T G S255A
FOLFOX SULT1C4 rs7580171 C T upstream
FOLFOX EPHA7 rs2278106+ G A R278C
FOLFOX EPHA7 rs2278107 T C I138V
FL, FOLFIRI,
FOLFOX		 SSTR4 rs2567608 A G F321S
SAHA OR5AC2 rs4518168 G A M200I
SAHA OR5H1 rs6775533 T C upstream
PXD101 DPYD rs1801265 C T R29C
*FL, 5-FU/leucovorin; FOLFIRI, FL+ irinotecan; FOLFOX,FL + oxaliplatin
+ EPHA7-rs2278106 은 인구유전학적 검증 결과 배제함
<실시예 3> SNP 유전자형과 기존 임상경과의 연관 분석 단계
임상연관분석에서는 해당 항암제를 사용하여 치료 경과가 확인된 223 예의 FL(5-FU+leucovorin) 제제 사용군, 43 예의 FOLFIRI(capecitabine 포함) 제제 사용군, 36 예의 FOLFOX 제제 사용군을 대상으로 임상적 연관성을 검증하였다. 해당 환자의 임상경과 추적은 NCCN surveillance guideline(www.nccn,org)에 의거하였으며, 항암제의 종양 반응성 판정은 RECIST criteria(Therasse et al., J Natl Cancer Inst 2000;92:205-16)에 의거하였다. 해당 환자의 추적 관찰기간은 평균 40개월(범위 4-108개월)이었으며, 결과 판정에 충분한 기간으로 판단되었다.
3-1. FL 제제 사용군을 대상으로 한 임상연관분석
제 1~2 단계까지 도출된 개별 항암 제제별 반응성 SNP 유전자형을 임상에서 이미 해당 제제에 의한 치료가 종결된 대장암 환자에서 연관분석을 시행하였다. 우선 230명의 근치적절제후 FL 제제에 의한 수술 후 보조 치료군에서 관련 SNP 유전자형인 GPC5 rs553717에서 동형 대체 대립유전자형(homozygous substitution allele)을 보이는 경우 참고 대립 유전자형(reference allele)을 가지는 경우에 비해 다변량 분석상 약 2배의 재발이 많았으며(RR, 3,874 95% CI, 1.261-11.902, P=0.018), 평균 무병 생존기간이 현저히 단축되었다 (52.8± 7.3 months v. 87.9± 2.8months). FL 제제 선정시 GPC5 rs553717 유전자형 검사가 필수적임을 확인하였다 (도 2).
3-2. FOLFIRI 또는 FOLFOX 제제 사용군을 대상으로 한 임상연관분석
FOLFIRI (FL 대신 동일계 capecitabine 사용한 경우를 포함) 제제 치료군 43명 및 FOLFOX (FL 대신 동일계 capecitabine 사용한 경우를 포함) 제제 치료군 36명에서 각각 제 1~2단계에서 선별된 SNP 유전자형을 보면 EPHA7 rs2278107과 SSTR4 rs2567608의 참고 대립 유전자군을 가지는 경우 현저하게 질병 반응율이 낮은 결과를 보였다 (P = 0.014, 0.022)(표 3).
[표 3] 전이암환자에서 특이 항암제재에 대한 후보 SNP 유전자형에 따른 감수성
Genes SNP ID Genotypes No. with disease-control response/ total patients (%)
irinotecan P-value Oxaliplatin P-value
EPHA7 rs2278106 GG 21/33(64) 0.558 14/28(50) 0.064
GA+AA 6/10(60) 7/8(88)
EPHA7 rs2278107 TT 22/35(63) 0.642 14/29(48) 0.014
TC+CC 5/8(63) 7/7
SSTR4 rs2567608 AA 2/8(25) 0.022 4/7 0.633
AG+GG 25/35(71) 17/29
<실시예 4> 세포 생물학적 검증
해당 유전자의 cDNA 클론 (GPC5는 한국생명공학연구원으로부터 입수함; SSTR4 및 EPHA7은 OriGene Technologies, Rockville, MD, USA로부터 입수함)을 확보하였다. 위치 지정 돌연변이 키트(site-directed mutagenesis kit)를 이용하여 SNP형의 돌연변이 플라스미드를 제작하고 시퀀싱(sequencing) 방법을 통해 야생형과 돌연변형 플라스미드를 대장암 세포주인 RKO 세포에 이입하여 열흘간의 G418 선별을 통해 각각의 유전자가 과발현되는 세포주를 제작하였다. 상기 돌연변이 유발에 사용된 프라이머는 표 4에 기재하였다.
[표 4]
유전자 SNP ID 프라이머 서열 서열번호
GPC5 rs553717 포워드 - GTATTTATTTGGTGTGGATGTTAATCCTGAAG 12
리버스 - CTTCAGGATTAACATCCACACCAAATAAATAC 13
EPHA7 rs2278107 포워드 - GACACTGGCAGGAATGTAAGAGAAAACCTC 14
리버스 - GAGGTTTTCTCTTACATTCCTGCCAGTGTC 15
SSTR4 rs2567608 포워드 - GACAACTTCCGCCGATCCTTCCAGCGGGTTC 16
리버스 - GAACCCGCTGGAAGGATCGGCGGAAGTTGTC 17
상기 세포주들에 대한 해당 제제의 반응성을 트리판 블루 배제 에세이 (trypan blue exclusion assay)를 통해 세포사멸을 표시하였으며, 세포 생존율은 세포 독성 에세이 키트 (cell cytotoxicity assay kit, CCK8)를 사용하였다. 도 3은 24시간째 해당 항암 제제를 처리한 결과를 나타낸 것으로, 3회의 반복실험 결과 참고 대립 유전자형에서 임상 연관분석과 동일하게 낮은 감수성을 보였다 (P<0.001).
추가로 세포주기에 따른 세포사멸을 관찰하기 위해서 SSTR4 및 EPHA7 유전자형의 이입 세포주의 해당 항암 제제에 대한 유세포분석을 시행하였다. Annexin V-FITC Apoptosis Detection kit를 사용해서 FACscaliber flow cytometer (Becton Dickinson, SanJose, CA, USA)로 측정하였다.
도 1은 6종의 항암제에 감수성을 보이는 선별된 11종 유전자의 12개 SNP 후보를 나타낸 것이다.
도 2는 GPC5 rs553717자형에 따른 FL 보조 사용군에서의 전체생존(OS) 및 무병생존율(DFS)을 나타낸 것으로, 동형대체대립유전자형에서 유의한 DFS 감소를 보이고 있다.
도 3은 GPC5 대체대립유전자형을 지닌 경우 유의하게 높은 FL 제제 감수성을 보임을 나타내고 있다.
<110> The Asan Foundation <120> SNP for predicting sensitivity to an anti-cancer agent <160> 17 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 801 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 aagctccgcc atgtgcgcca ggcagcctcg catgacattg aggcagtatc ccatacaagg 60 cttagtgagc gccaggcctt ggcagtgcgg gcagtattgc atcttcagga gggctctgct 120 gcactctttg gagaagtgca gatagtctgt ggtgttgatg acttcaatgc ccagattgag 180 tgcctgcaga aaagtgcggc tgggcagcag ggacctcccc atctgtccca ttactctttg 240 gggaatatta ccaaatggac tcacatcccg gcgagccatc cggatgcatt ctgagtattc 300 cagggaactg tcagtcacac cagggttaat gaggtggttg tagaccagag gaaaaagact 360 gtcaaaaaat ctgtttacaa attcttcagg attaacatcc rcaccaaata aatacagccc 420 cacatcagtg aagaactcct gaaccgaagc agcagcctcc aaggccatgt tcctgtaggt 480 actgcaaaaa agtatactgg tgtaattttc tgcttgtttg atgagagttt caagggtttc 540 tgtaacacaa gcagaggtaa aacatgagaa ggtttagtat tcatgctaac accgtccatc 600 tgctccagac attaaatgac tcatcaaaac taatctaagt atctaaattg taactctcag 660 cctactcaac caaattcagc tttccaagga taatgaccgg acaagaatga 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gtgttagttt gatgagaatg atggtttcta gcttcatcca tgtccctgca aaggacatga 720 actcgtcctt ttttatggct gcatagtatt ccatggtgta tgtgtgccac attttcttta 780 tccagtctat ctttgatggg catttaaatg gctg 814 <210> 7 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 7 cactgctgac acatgtccct cgaacctcga ctaaagagga aaattctgaa ccagtcactg 60 tatctggaaa gatagctaag ttctcaataa tggaccagca cttcttgtag tacactttga 120 cagaaaccaa agctatgcaa gcccctacat cctgaaaggc aagatagaat ccctttttgg 180 acaaaggtcc aatctctctc acctcagtgt taagcttcat ctttctttca ccaaggtcac 240 cttgggtaaa actttcatct gcagcaatgg tgtctatttt tacatagagg ttttctctta 300 yattcctgcc agtgtcatag tctgtttcat aatagtacaa attaaatgtt tccttgcaag 360 ttcccagtac tccaggaaga ctgttacaat ccctcagggt gaatttcaat tctacaaaaa 420 tcctttgtgc attgcctttg gaaatccagt tagtccgcag ccagttgttt tggttgggct 480 ccatgacttg gcacacctgg tatgttcgta tcggggtata gttctcatcc aaaccactaa 540 tttcttccca ctgtaaaatt tgaaaaaagg tcatcagtca ttcagcaaaa aataacattt 600 t 601 <210> 8 <211> 801 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 8 ccttttgaaa gccagagtgc aggggagagg agagcagcag aagagttctg acactctccg 60 gcaggtacat gggctgctgg aaggaacagg tggtggagct taggtgagca ttcaggagat 120 gcagtcttcg gggctgtagg aatggtgccc accccttggg aggtggccac gcagggtggg 180 taggggaagg gctcctcaga aggtggtggt cctggtgagg gggatgcgct tgcggccggg 240 ttctggttgc agggcttcct gctggcaggg gagtgggggg cacatgcacc ctgccccacc 300 tttgctcttg agagcagtgg catagtagtc caggggctcc tcctcagcac ctccagcacc 360 ttccaggagg cagcagcgca ggcagagaac ccgctggaag ratcggcgga agttgtcgga 420 gaggaagcca tagagaatgg ggttggcgca gctgttggca tagctaagga taagggacac 480 gtggttgacg gtggcatcaa ggctggtcac gaagaggttc agcagctgca ccacgtagaa 540 aggcatccag cagagcacaa agacgaccac gaccatcagc accagcctgg tgattttctt 600 ctccgagcgc ctgcgctgct gccagccagc gcgcagggcc acggcgcgca tcttgcccac 660 gatgagcagg tagcacaggc caatggccag cacgggcagc aggaagccca gcaggaaagt 720 gtagaccacg aagactgccg accaggccgg gtgtggccac tgcaggttgc aggccacggc 780 ctggccgccg cgagccggtc t 801 <210> 9 <211> 801 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 9 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Sequence <220> <223> primer <400> 15 gaggttttct cttacattcc tgccagtgtc 30 <210> 16 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 16 gacaacttcc gccgatcctt ccagcgggtt c 31 <210> 17 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 17 gaacccgctg gaaggatcgg cggaagttgt c 31

Claims (21)

  1. (1) 환자의 종양조직을 이용한 체외 종양 반응성 검사 결과와 동일 환자의 SNP 분석 결과를 연관 분석하여 항암제 감수성 예측용 후보 SNP 유전자형을 선별하는 단계; 및
    (2) 상기 선별된 유전자형 중 명목 P-값이 0.1% 이하이고, 동양인 유전자형에서 대립유전자의 빈도, 교차불평형 블록 (linkage disequilibrium block)에 위치하는 유전자형, htSNP(haplotype tagging SNP), 기능성 SNP 및 정상 인구군에서 하디-와인버그 평형 P 값을 고려하여 SNP 유전자형을 선별하는 단계;
    를 포함하는 항암제 감수성 예측용 SNP를 스크리닝하는 방법.
  2. 제 1항에 있어서, 상기 (2) 단계의 대립유전자 빈도는 5% 이상인 것을 특징으로 하는 방법.
  3. 제 1항에 있어서, 상기 (2) 단계의 하디-와인버그 평형 P 값이 0.01 이상인 SNP 유전자형을 선별하는 것을 특징으로 하는 방법.
  4. 제 1항에 있어서, 상기 단계 (2)에서 선별된 SNP 유전자형을 기존 임상 경과와 연관 분석하는 단계를 추가로 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  5. 제 1항에 있어서, 세포 생물학적 검증을 추가로 더 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  6. 제 5항에 있어서, 상기 세포 생물학적 검증은 유전자 형질전환, 세포 생존 및 세포독성분석, 카스파제-3 웨스턴 블롯 또는 유세포 분석에 의한 것을 특징으로 하는 방법.
  7. 제 5항에 있어서, 상기 세포 생물학적 검증은 야생형 유전자 또는 돌연변이 유전자로 종양세포를 형질전환시키는 단계;
    상기 종양세포에 특정 항암제롤 처리하는 단계; 및
    상기 종양세포의 세포 생존율을 측정하는 단계;
    를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  8. 서열번호 1,2,8,9,11의 401번째 뉴클레오티드, 서열번호 3,6의 201번째 뉴클레오티드, 서열번호 4,5,7의 301번째 뉴클레오티드 및 서열번호 10의 251번째 뉴클레오티드를 포함하는 8개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드들로부터 선택되는 하나 이상의 항암제 감수성 예측용 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드.
  9. 제 8항에 있어서, 상기 8개 이상의 연속 염기는 8 내지 100 개의 연속 염기인 것을 특징으로 하는 폴리뉴클레오티드.
  10. 제 8항 또는 제 9항에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진 항암제 감수성 예측용 프라이머.
  11. 제 8항 또는 제 9항에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진 항암제 감수성 예측용 프로브.
  12. 제 8항 또는 제 9항에 따른 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티 드 또는 그의 cDNA 를 포함하는 항암제 감수성 예측용 마이크로어레이.
  13. 제 12항의 마이크로어레이를 포함하는 항암제 감수성 예측용 키트.
  14. (1) 사람으로부터 핵산 시료를 분리하는 단계; 및
    (2)서열번호 1 내지 11로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP의 위치의 염기 타입을 상기 분리된 핵산분자에서 확인하는 단계;
    를 포함하는 것을 특징으로 하는 항암제 감수성 예측방법.
  15. 제 14항에 있어서, 상기 단계 (2)에서, 서열번호 1의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 A 로 확인되면 항암제 FL (5-FU + 류코보린)에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 방법.
  16. 제 14항에 있어서, 상기 단계 (2)에서, 서열번호 2의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 A 또는 서열번호 3의 201번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 T 로 확인되면 항암제 카페시타빈에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 방법.
  17. 제 14항에 있어서, 상기 단계 (2)에서, 서열번호 4의 301번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 G 로 확인되면 항암제 FOLFIRI (5-FU +류코보린 + 이리노테칸) 에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 방법.
  18. 제 14항에 있어서, 상기 단계 (2)에서, 서열번호 5의 301번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 G , 서열번호 6의 201번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 T 또는 서열번호 7의 301번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 C로 확인되면 항암제 FOLFOX (5-FU + 류코보린 + 옥살리플라틴)에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 방법.
  19. 제 14항에 있어서, 상기 단계 (2)에서, 서열번호 8의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 G 로 확인되면 항암제 FL, FOLFIRI 또는 FOLFOX 중 적어도 하나에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 방법.
  20. 제 14항에 있어서, 상기 단계 (2)에서, 서열번호 9의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 A 또는 서열번호 10의 201번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 C 로 확인되면 항암제 SAHA에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 방법.
  21. 제 14항에 있어서, 상기 단계 (2)에서, 서열번호 11의 401번째 뉴클레오티드에 해당하는 SNP 위치의 염기가 T 로 확인되면 항암제 PXD101에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 방법.
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