KR20100096330A - 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 ｓｓｒ 프라이머및 이의 용도 - Google Patents

미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 ｓｓｒ 프라이머및 이의 용도 Download PDF

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Abstract

본 발명은 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 SSR 프라이머 세트 및 이의 용도에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 29개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 2개 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트, 상기 SSR 프라이머 세트를 포함하는 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 키트, 및 상기 SSR 프라이머 세트를 이용하여 미백2호옥수수 품종을 구분하는 방법에 관한 것이다.
미백2호옥수수, 품종, 구분, SSR 프라이머 세트, 키트

Description

미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 ＳＳＲ 프라이머 및 이의 용도{Specific SSR primers for discriminating waxy corn cultivar 'Mibaek2', and uses thereof}
본 발명은 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 특이 SSR 프라이머 및 이의 용도에 관한 것이다.
옥수수(Zea mays L.)는 세계적으로 재배되고 있는 중요 작물로서 벼, 밀과 함께 세계 3대 작물 중의 하나이다. 우리나라에서 소비되는 대부분의 옥수수는 전량 외국에서 수입되고 있으며, 국내에서 옥수수 작물의 육종 성과는 타 작물과 비교하여도 상당히 부진한 상황에 있다. 그러나 이러한 여건에도 불구하고 우리나라에서 소비되는 식용 옥수수 중 찰옥수수가 유일하게 국내에서 재배되고 있으며, 최근에는 국민의 식생활 다변화와 더불어 육류 소비가 증가함에 따라 찰옥수수가 간식용, 다이어트 및 건강식품 등으로 소비자들에게 각광을 받아 그 소비가 점점 증가하고 있는 상황이다.
옥수수 작물의 육종은 방임수분 품종에서 복교잡종 그리고 단교잡종으로 품종육성 방법이 발전되어 왔으며, 현재에 이르러 단교잡종이 주류를 이루면서 우수 한 자식계통개발에 대해 관심이 높아지고 있다(Bernado R. 1996. Crop Sci. 36: 867-871). 특히 옥수수의 육종연구에서 자식계통들에 대한 유전적 다양성 및 계통유연관계에 대한 정보는 품종개량을 위한 옥수수 자식계통 육성에 유용한 정보를 제공할 것이다. 옥수수 작물에서 이러한 정보는 첫째, 교잡종과 계통육성, 둘째 이형잡종집단(heterotic groups)의 관리, 셋째 작물의 품종보호 등에 효율적으로 이용될 수 있다. 따라서 옥수수 자식계통들에 대한 계통유연관계 및 유전적 다양성을 평가하기 위해 많은 연구자들은 분자마커를 직접적으로 이용하고자 하였다(Ajmone et al., 1998. Theor. Appl. Genet. 96: 219-227).
오늘날 DNA에 기초한 분자마커 기술은 작물의 유전·육종연구에서 유전적 다양성과 계통유연관계 분석 그리고 식물유전자원의 보존과 관리 등에 유용한 정보를 제공하고 있다(Smith et al., 1997. Theor. Appl. Genet. 95: 163-173). 그 중에서 특히 SSR(simple sequence repeat) 분석법은 재현성이 뛰어난 공우성 마커(codominant marker)로서 이형집단의 개체들 내에서 대립유전자의 특성 및 유전분리 현상을 명확하게 나타낼 수가 있으므로 옥수수의 자식계통들의 계통유연관계 및 유전적 다양성을 분석하는데 널리 이용되고 있다(Akagi et al., 1997. Theor. Appl. Genet. 94: 61-67).
우리나라에서 옛날부터 식용으로 많이 재배ㅇ이용되고 있는 찰옥수수는 9번 염색체에 위치한 단일열성 유전자인 wx 유전자에 의해 조절되며, 찰옥수수의 원산지는 중국으로부터 알려져 있다. 국내의 찰옥수수 유전자원은 다양하면서도 전 세계적으로도 그 품질이 우수하여 고품질의 찰옥수수 품종을 개발할 수 있는 기본적 여건을 갖추고 있다. 그러나 오늘날 우리나라의 찰옥수수 유전자원에 대한 유전적 다양성과 계통유연관계에 대한 분석 연구가 거의 없는 실정이다. 현재 강원도 농업기술원 옥수수시험장에서는 우리나라에서 수집한 500여 계통의 찰옥수수 유전자원을 보유하고 있다. 이들 유전자원은 각기 다른 지역의 다양한 장소에서 농가로부터 수집하였거나, 우리나라 농촌진흥청 농업유전자원센터로부터 분양을 받았다. 그리고 이들 수집자원들 중에서 유용자원을 선발하여 다수의 찰옥수수 신품종을 개발하였다. 수집된 찰옥수수 유전자원에 대하여 DNA 분자마커를 이용한 유전적 특성 분석은 이들 계통들에서의 유전적 다양성 및 계통유연관계, 교배조합의 예측, 특정형질에 연관된 분자표지마커 개발 그리고 품종보호 및 F1 잡종의 순도검정 등에 유용한 정보를 제공할 수 있다
한국특허등록 제10-0723069호에는 유전자 변형 옥수수에 대한 특이 프라이머, 프로브 및 표준 플라스미드와 이를 이용한 정량 및 정성 분석 방법이 개시되어 있으며, 한국특허등록 제10-0664992호에는 옥수수 유전자 변형체의 검정을 위한 프라이머 세트，검정방법 및 이에 사용되는 표준 플라스미드가 개시되어 있으나, 본 발명의 SSR 프라이머 세트와는 상이하다.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 안출된 것으로서, 본 발명은 강원도 농업기술원 옥수수시험장에서 개발한 찰옥수수 품종들의 교배조합 양친계통들(11계통)에 대하여 SSR 분자마커를 이용하여 유전적 다양성 및 계통유연관계를 분석하여 찰옥수수 품종보호 및 F1 잡종의 순도검정 등에 유용한 SSR 프라이머 정보를 제공하고자 한다.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 29개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 2개 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 SSR 프라이머 세트를 포함하는 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 상기 SSR 프라이머 세트를 이용하여 미백2호옥수수 품종을 구분하는 방법을 제공한다.
본 발명에 따르면, 우리나라 찰옥수수 품종 식별 및 품종보호, F1 잡종의 순도검정 그리고 찰옥수수 유전자원들을 효율적으로 평가할 수 있는 최적의 SSR 마커 선발과 찰옥수수 분자육종연구 등에 유용한 정보를 제공할 것으로 기대한다.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 29개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 2개 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명의 SSR 프라이머 세트는 구체적으로 서열번호 1 및 2의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 37 및 38의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 43 및 44의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 51 및 52의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 57 및 58의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 59 및 60의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 63 및 64의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 65 및 66의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 67 및 68의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 75 및 76의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 77 및 78의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 89 및 90의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 91 및 92의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 93 및 94의 SSR 프라이머 세트; 및 서열번호 95 및 96의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 2 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함할 수 있다.
본 발명의 SSR 프라이머 세트는 바람직하게는 상기 29개의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상, 10개 이상, 11개 이상, 12개 이상, 13개 이상, 14개 이상, 15개 이상, 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상, 24개 이상, 25개 이상, 26개 이상, 27개 이상, 28개 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하며, 가장 바람직하게는 29개의 SSR 프라이머 세트, 즉, 서열번호 1 및 2의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 37 및 38의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 43 및 44의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 51 및 52의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 57 및 58의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 59 및 60의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 63 및 64의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 65 및 66의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 67 및 68의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 75 및 76의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 77 및 78의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 89 및 90의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 91 및 92의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 93 및 94의 SSR 프라이머 세트; 및 서열번호 95 및 96의 SSR 프라이머 세트를 모두 포함할 수 있다.
29개의 SSR 프라이머 세트를 동시에 이용하면 다른 옥수수 품종으로부터 미백2호옥수수 품종을 더욱 효율적으로 구분할 수 있다.
상기 SSR 프라이머는 각 SSR 프라이머의 서열 길이에 따라, 서열번호 1 내지 서열번호 96의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상, 24개 이상, 25개 이상, 26개 이상, 27개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들면, 서열번호 1의 SSR 프라이머(24개 올리고뉴클레오티드)는 서열번호 1의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 21개 이상, 22개 이상, 23개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있으며, 서열번호 2의 SSR 프라이머(21개 올리고뉴클레오티드)는 서열번호 2의 서열 내의 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상의 연속 뉴클레오티드의 절편으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또한, 상기 SSR 프라이머는 서열번호 1 내지 서열번호 96의 염기서열의 부가, 결실 또는 치환된 서열도 포함할 수 있다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity)뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.
본 명세서에 있어서, 프라이머로서 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
본 발명에 따른 SSR 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 키트를 제공한다.
본 발명의 키트에서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 버퍼 등을 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨, 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은
옥수수에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명에 따른 SSR 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 미백2호옥수수 품종을 구분하는 방법을 제공한다.
본 발명의 방법은 옥수수 시료에서 게놈(genomic) DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있으며, 예를 들면, CTAB 방법을 이용할 수도 있고, wizard prep 키트(Promega 사)를 이용할 수도 있다. 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일 실시예에 따른 SSR 프라이머 세트를 프라이머로 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 일 구현예에서, 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 Cy-5 또는 Cy-3이다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표 지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 표적 서열을 증폭하기 위해 이용된 프라이머 세트는 상기에 기재된 바와 같다.
본 발명의 방법은 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함한다. 상기 증폭 산물의 검출은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 모세관 전기영동을 수행할 수 있다. 모세관 전기영동은 예를 들면, ABi Sequencer를 이용할 수 있다. 또한, 겔 전기영동을 수행할 수 있으며, 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy-5 또는 Cy-3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
재료 및 방법
1. 식물재료
1) 우리나라 찰옥수수 품종교배친의 자식계통
강원도 농업기술원 옥수수시험장에서 수집하여 자식계통으로 분리한 11개의 원원종을 실험재료로 사용하였다. 이들 원원종들은 현재 품종으로 육성되는 계통으로서 찰옥수수 품종인 두메찰, 흑점찰, 미백찰, 미백2호, 조미찰 그리고 미흑찰과 종실사료용 옥수수 품종인 강일옥의 교배친이다 (표 1).
표 1. 본 발명에 이용된 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종 교배친
Cultivar Accession No. Line Parental lines of waxy
or normal corn cultivar
Waxy corn







 1 HW1 두메찰♀
2 KL103 흑점찰♀
3 HW3 미백찰♀, 미백2호♂
4 HW4 미백찰♂
5 HW5 조미찰♀
6 HW6 조미찰♂
7 HW7 미흑찰♀
8 HW8 미흑찰♂
9 HW9 미백2호♀
Normal corn
 10 HF1 강일옥♀
11 HF2 강일옥♂
2. DNA 추출
옥수수 게놈(Genomic) DNA는 Dellaporta 등(Dellaporta et al., 1983. Plant Mol. Biol. Rep. 1: 19-211983)의 방법을 약간 수정하여 신선한 어린 잎으로부터 추출하였다. 식물체의 어린 잎 조직을 잘라내어 1.5ml 튜브에 액체 질소를 부어 넣은 후 막자사발을 이용하여 곱게 갈아주었다. 65℃ 수조에 미리 넣어 준비한 추출 버퍼(1M Tris-HCl pH 8.0, 0.5M EDTA, 5M NACl, 20% SDS)에 0.16g의 소듐 비설페이트를 넣은 후 튜브에 600㎕를 넣고 탭핑(tapping) 하였다. 그리고 그 튜브에 다시 600㎕의 페놀:클로로포름:이소아밀알콜 (50:24:1)을 첨가하고 탭핑한 후 65℃ 수조에 15분간 인큐베이션하고, 그 후 바로 13,000rpm에서 20분간 원심분리한 후 상층액은 새 튜브에 옮겼다. 상층액에 클로로포름:이소아밀알콜(24:1) 용액을 600㎕을 첨가한 후 탭핑하고 다시 14,500rpm에서 20분간 원심분리하였다. 상층액을 새 튜브에 옮겨 95% EtOH 600㎕를 넣은 후 inverting하고 14,500rpm에서 20분간 원심분리 하였다. 침전된 펠렛이 떨어지지 않게 모든 용액을 버린 후 70% EtOH를 600㎕를 넣고 가볍게 탭핑한 후, 10,000rpm에 원심분리하고 EtOH를 버린 후 공기중에 건조하였다. 그 후 30㎕의 증류수로 녹이고, RNAase를 1㎕ 첨가하여 RNA를 완전히 제거하였다.
3. SSR 프라이머 선발과 PCR 증폭
우리나라 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종 교배친 11 계통들을 분석하기 위해 선발된 SSR 프라이머는 예비 실험으로 각 염색체당 12개씩의 SSR 프라이머를 증폭시킨 후, 그 중에서 증폭 양상이 명확한 SSR 프라이머를 각 염색체당 5개씩 선발하여 총 50개의 SSR 프라이머를 분석에 사용하였다(표 2).
표 2. 본 발명에 사용된 SSR 프라이머
Figure 112009011263871-PAT00001
Figure 112009011263871-PAT00002
PCR 증폭에서 용액의 조성은 총 30㎕로 구성되며 20ng의 게놈 DNA와 1X PCR 버퍼, 0.3M의 프라이머, 0.2mM의 dNTP 그리고 1unit의 Taq Polymerase(Biotools)로 하였다. PCR 반응은 처음 94℃에서 5분간 인큐베이션을 시킨 후, 1 사이클로 94℃에서 1분간 변성, 65℃에서 1분간 어닐링, 72℃에서 2분간 연장을 하고, 2번째 사이클부터 마지막까지 1℃씩 낮추며 최종 55℃까지 낮추었다. 마지막 사이클은 20번 반복하고, 사이클 완료 후 72℃에 10분간 연장하였다.
4. 전기영동과 Silver-staining
5㎕의 PCR 산물을 10㎕의 로딩 버퍼(98% 포름아미드, 0.02% BPH, 0.02% Xylene C, 및 5 mM NaOH)와 섞었다. 끓는 물에 변성 후에 바로 얼음에 냉각하여, 6% denaturing(7.5M urea) 아크릴아미드-비스아크릴아미드 겔 (19:1)에 1X TBE 버퍼를 채운 후 2㎕의 시료를 로딩하고, 1800V, 60W에 2시간 전기영동을 하였다. 전기영동이 끝난 겔은 silver-staining kit (Promega, USA)을 이용하여 DNA 밴드를 확인하였다.
5. 데이타 통계 분석
각 SSR 프라이머에서 증폭된 DNA 단편은 대립단편(allele band)의 유무에 따라 1(유)와 0(무)으로 기록하고, 유전적 다양성 값(gene diversity)은 [Nei M. 1973. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 70: 3321-3323]의 계산 방식(Gene diversity = 1-
Figure 112009011263871-PAT00003
Pi 2, Pi는 실험재료의 allele의 i번째 빈도를 나타내며, n은 allele의 수를 나타낸다)을 이용하였다. [Anderson et al., 1993. Genome 36: 181-186]는 유전적 다양성을 polymorphic information content(PIC)로 설명하였다. 유전적 유사성(genetic similarities, GS)은 Dice similarity index(Dice L.R. 1945. Ecology 26: 297-302)를 이용하여 계통 간 각 쌍을 계산하였으며, 이를 바탕으로 하여 NTsys-pc v2.1 프로그램을 이용하여 UPGMA 방법에 따라 dendrogram(SAHN-Clustering)을 작성하였다(Rohlf F.J. 1998: NTSYS- pc: Numerical taxonomy and multivariate analysis system. Version: 2.02. Exeter Software, Setauket, New York).
실시예 1: 찰옥수수 품종 교배친 계통들에서의 유전적 변이성
1) 교배친 자식계통들에서의 SSR 변이
옥수수 전체 게놈을 대표할 수 있도록 선택된 50개의 SSR 프라이머들은 11계통의 우리나라 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종인 교배친 자식계통들에 대한 유전적 다양성과 연관성을 평가하는데 이용되었다 (표 3, 도 1).
표 3. 11 계통의 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종인 교배친에서 대립인자 크기 범위, 대립인자 수 및 유전자 다양성을 포함하는 50개의 SSR 프라이머의 특성.
Primer name Allele size
range(bp)		 No. of alleles Gene diversity
umc1166 75-85 4 0.743
umc2226 90-100 3 0.562
umc1514 110-120 4 0.652
umc2232 140-150 3 0.578
umc2396 125-130 2 0.462
umc1265 110-120 4 0.727
umc1845 130-165 6 0.785
umc1024 160-170 5 0.776
umc2079 90-100 2 0.438
umc2402 150-160 4 0.694
umc1608 140-140 2 0.462
umc1449 95-100 3 0.595
umc1600 145-150 3 0.702
umc2376 145-160 4 0.586
umc1136 140-165 3 0.562
umc2280 110-130 3 0.752
umc1652 145-150 2 0.570
umc2038 115-130 3 0.528
umc2041 140-165 4 0.686
umc1532 130-160 4 0.900
umc1072 195-225 5 0.760
umc2198 135-160 4 0.628
umc1692 155-170 2 0.165
umc2036 140-160 2 0.462
umc1491 135-145 4 0.644
umc1250 145-160 4 0.743
umc1857 150-160 3 0.562
umc1595 155-160 2 0.338
umc2056 155-160 2 0.495
umc1229 215-255 5 0.743
umc1236 135-150 5 0.644
umc1241 140-150 3 0.429
umc1159 140-155 5 0.793
umc1710 85-100 4 0.710
umc1324 150-160 2 0.462
umc1149 120-135 4 0.644
umc1340 115-120 3 0.553
umc1974 130-160 5 0.752
umc1913 150-165 3 0.596
umc2366 225-260 4 0.628
Primer name Allele size
range(bp)		 No. of alleles Gene diversity
umc1279 100-110 2 0.396
umc1588 145-150 3 0.553
umc1271 155-170 3 0.553
umc2134 135-145 3 0.429
umc2089 135-145 3 0.388
umc1556 145-165 3 0.528
umc1176 135-140 2 0.462
umc1061 105-110 4 0.628
umc1506 110-125 5 0.876
umc2348 140-160 4 0.504
avg. 3.4 0.596
그 결과, 50개의 SSR 프라이머들은 우리나라 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종들의 교배친 자식계통들에서 총 171개의 대립단편(allele bands)들이 증폭되었다. 증폭된 대립단편의 크기는 사용된 SSR 프라이머에 따라 다소 차이를 보이지만, 전체적으로 75bp에서 260bp 사이에 분포하였다. 또한 SSR 프라이머 당 증폭된 대립단편의 수는 2개에서 6개로 나타났으며, 평균적으로 3.4개를 보여주었다(표 3). 그리고 분석에 이용된 50개의 SSR 프라이머들 중에서 umc-1845는 6개로 가장 많은 수의 대립단편을 나타내었고, umc-2396, umc-2079, umc-1652, umc-1692, umc-2036, umc-1595, umc-2056, umc-1324, umc-1279, umc-1176은 2개로 가장 적은 수의 대립단편을 나타내었다. 유전적 다양성 값(Gene diversity values)은 50개의 SSR 프라이머들에서 0.165에서 0.900 수준의 값을 보여 평균 0.596 값을 나타내었다. 그 중 umc-1692는 0.165로 가장 낮은 유전적 다양성 값을 나타내었으며, umc-1532은 0.900으로 가장 높은 유전적 다양성 값을 나타내었다. 한편 50개의 SSR 프라이머들 중에서 umc-1845, umc-1024, umc-1159 그리고 umc-1506 등은 비교적 높은 유전적 다양성 값을 나타내었으며, 반면에 umc-1692와 umc-1595는 비교적 낮은 유전적 다양성 값을 나타내었다.
그 결과, 분석에 이용된 50개의 SSR 프라이머들 중에서 특히 umc-1166, umc-1265, umc1845, umc-1024, umc-1532, umc-1072, umc-1159, umc-1974 등의 SSR 프라이머들은 우리나라 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종의 교배친 계통들에서 비교적 높은 대립단편 수 및 유전적 다양성 값을 나타내는 것으로 나타났다. 특히, 미백찰의 교배친인 HW3과 HW4 자식계통들은 50개의 SSR 프라이머들 중에서 34개의 SSR 프라이머들이 공우성 마커(codominant marker)인 것으로, 미백2호의 교배친인 HW3과 HW9 자식계통들은 29개의 SSR 프라이머들이 공우성 마커인 것으로, 조미찰의 교배친인 HW5와 HW6 자식계통들은 33개의 SSR 프라이머들이 공우성 마커인 것으로, 미흑찰의 교배친인 HW7과 HW8 자식계통들은 26개의 SSR 프라이머들이 공우성 마커인 것으로 나타나 앞으로 이들 찰옥수수 품종들의 F1 잡종의 순도 검정과 품종 판별 등에 유용하게 사용될 것으로 판명되었다. 그러나 종실용 옥수수인 강일옥의 교배친 HF1과 HF2의 자식계통들은 분석에 이용된 50개의 SSR 프라이머들 중 단지 1개의 SSR 프라이머(umc-1588)에서만 공우성 마커가 관찰되었다(표 4, 도 1).
표 4. 11 계통의 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종인 교배친에서 공우성 SSR 마커
Cultivar Cross combination of F1 hybrid Codominant SSR marker
in each waxy or normal corn cultivar
미백찰



 HW3 X HW4



 umc-1166, umc-2226, umc-1514, umc-2232, umc-1265, umc-1845, umc-1024, umc-2402, umc-1600, umc-2280, umc-2041, umc-1072, umc-2198, umc-2036, umc-1491, umc-1857, umc-1229, umc-1236, umc-1241, umc-1159, umc-1710, umc-1340, umc-1974, umc-1913, umc-2366, umc-1279, umc-1588, umc-1271, umc-2134, umc-1556, umc-1176, umc-1061, umc-1506, umc-2348
미백2호


 HW9 X HW3


 umc-1166, umc-2226, umc-1514, umc-1265, umc-1845, umc-1024, umc-2402, umc-2376, umc-2041, umc-1072, umc-2198, umc-2036, umc-1250, umc-1595, umc-2056, umc-1229, umc-1241, umc-1159, umc-1710, umc-1324, umc-1340, umc-1974, umc-1913, umc-2366, umc-2134, umc-2089, umc-1556, umc-1176, umc-1061
조미찰



 HW5 X HW6



 umc-1166, umc-1514, umc-1265, umc-1845, umc-1024, umc-2079, umc-2402, umc-1608, umc-1449, umc-1600, umc-1136, umc-2038, umc-2041, umc-1072, umc-2198, umc-1692, umc-2036, umc-1491, umc-1250, umc-1229, umc-1236, umc-1159, umc-1710, umc-1324, umc-1340, umc-1974, umc-2366, umc-1279, umc-2089, umc-1556, umc-1176, umc-1506, umc-2348
미흑찰


 HW7 X HW8


 umc-1166, umc-2226, umc-2232, umc-2396, umc-1265, umc-1845, umc-1024, umc-1608, umc-1449, umc-1600, umc-2038, umc-2041, umc-1072, umc-2036, umc-1491, umc-1857, umc-1229, umc-1241, umc-1159, umc-1710, umc-1324, umc-1974, umc-1271, umc-1556, umc-1506, umc-2348
강일옥 HF1 X HF2 umc-1588
2) 교배친 자식계통들에서의 계통유연관계
우리나라 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종 교배친 11 계통들에 대한 UPGMA법에 의해 구축된 계통유연관계는 도 2에 나타내었다. 그 결과, 유전적 유사성 0.599 수준에서 크게 3개의 그룹으로 구분되었다. 그룹Ⅰ은 유전적 유사성 0.578에서 0.730 수준의 범위에서 7계통을 포함하고 있었다. 그룹 Ⅱ는 유전적 유사성 0.959 수준에서 2계통을 포함하고 있었으며, 그룹 Ⅲ은 유전적 유사성 0.713 수준에서 2계통을 포함하고 있었다.
한편, 본 발명에서 대부분의 계통들을 포함하고 있는 그룹Ⅰ은 유전적 유사성 0.626 수준에서 다시 2개의 서브 그룹으로 구분되었다. 즉 첫 번째 서브 그룹Ⅰ은 HW1 한 계통만을 포함하고 있었고, 두 번째 서브 그룹Ⅱ는 유전적 유사성 0.578에서 0.730 수준의 범위에서 6계통(KL103, HW4, HW6, HW7, HW8, HW9)을 포함하고 있었다. 두 번째 그룹Ⅱ에서 강일옥의 교배친인 2계통(HF1, HF2)은 유전적 유사성 0.959 수준에서 매우 가까운 계통유연관계를 나타내었다. 그리고 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종들의 각 교배친들에서의 유전적 유사성은 미백찰의 교배친 자식계통(HW3, HW4)들이 0.584의 값을, 미백2호의 교배친 자식계통(HW3, HW9)들이 0.631의 값을, 조미찰의 교배친 자식계통(HW5, HW6)들이 0.590의 값을, 미흑찰의 교배친 자식계통(HW7, HW8)들이 0.631 값을, 강일옥의 교배친 자식계통(HF1, HF2)들이 0.959 값을 각각 나타내었다.
도 1은 SSR 프라이머 umc-1166(a), umc-2041(b), umc-1072(c), umc-2036(d), umc-1241(e), umc-1710(f), umc-1324(g), umc-1588(h), umc-1556(i), umc-2348(j), umc2396(k), umc1024(l), umc1136(m), umc1159(n), umc1176(o), umc1506(p), umc1514(q), umc2038(r), umc2198(s) 및 umc2226(t)를 이용하여, 11 계통의 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종인 교배친에서 SSR 프로필의 예를 보여준다. 11 계통의 accession number는 표 1에 기재된 바와 같다.
도 2는 SSR 마커에 기초한 UPGMA 계통도(dendrogram)를 보여준다. 찰옥수수 및 종실용 옥수수 품종인 교배친은 표 1에 보여준다.
<110> KNU-Industry Cooperation Foundation KANGWON PROVINCE <120> Specific SSR primers for discriminating waxy corn cultivar 'Mibaek2', and uses thereof <130> PN09025 <160> 100 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1166F primer <400> 1 cgatcagatc atacacaacc ttgc 24 <210> 2 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1166R primer <400> 2 gaggatcgat tcttggcgag t 21 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2226F primer <400> 3 agcttcacgc tcttctagac caaa 24 <210> 4 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2226R primer <400> 4 tgctgtgcag ttcttgcttc ttac 24 <210> 5 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1514F primer <400> 5 tgctgtctga cgatctctca aatc 24 <210> 6 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1514R primer <400> 6 tgccaccaaa tagaccatct atca 24 <210> 7 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2232F primer <400> 7 ctagattgcc tcggacctgt aaga 24 <210> 8 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2232R primer <400> 8 cattcatcca ccataaatat cctgc 25 <210> 9 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2396F primer <400> 9 tgcatgcatt tttaggtttg gaat 24 <210> 10 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2396R primer <400> 10 tgcatcttta gctacgagac aacct 25 <210> 11 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1265F primer <400> 11 gcctagtcgc ctaccctacc aat 23 <210> 12 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1265R primer <400> 12 tgtgttcttg attgggtgag acat 24 <210> 13 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1845F primer <400> 13 tggttgaact gttaaatctg tcctga 26 <210> 14 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1845R primer <400> 14 tggtaaccag attcccacag atg 23 <210> 15 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1024F primer <400> 15 cctttttcgc ctcgcttttt at 22 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1024R primer <400> 16 tcgtcgtctc caatcatacg tg 22 <210> 17 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2079F primer <400> 17 atgatcacgt cgtgctggta gtg 23 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2079R primer <400> 18 cggcctcgct gtcttctagc 20 <210> 19 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2402F primer <400> 19 caccgaggag aacagagcct ta 22 <210> 20 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2402R primer <400> 20 ccaagagcaa accgaagaag aag 23 <210> 21 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1608F primer <400> 21 taactactac accactcgcg caaa 24 <210> 22 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1608R primer <400> 22 gtgtcgtgtt gggagaacat gag 23 <210> 23 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1449F primer <400> 23 tcatcatgct ttcttcaagg tcaa 24 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1449R primer <400> 24 agtactgctc cgatgacggg 20 <210> 25 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1600F primer <400> 25 catattgata ggctaggcaa atggc 25 <210> 26 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1600R primer <400> 26 caatacaagt ttggtcccaa ataagc 26 <210> 27 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2376F primer <400> 27 catttgttcc tcgcatcctt tc 22 <210> 28 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2376R primer <400> 28 atctcccgtt gcatctaacc ac 22 <210> 29 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1136F primer <400> 29 ctctcgtctc atcacctttc cct 23 <210> 30 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1136R primer <400> 30 ctgcatacag acatccaacc aaag 24 <210> 31 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2280F primer <400> 31 aaaagaagac gctttgtttg ttgc 24 <210> 32 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2280R primer <400> 32 ttttcgtcaa cttgatgttt atgagagt 28 <210> 33 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1652F primer <400> 33 gagagcagta gcactgaccc tttc 24 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1652R primer <400> 34 cactcgacct cgatcggaac 20 <210> 35 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2038F primer <400> 35 acagaaacca atgcatgtga tgag 24 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2038R primer <400> 36 tgcatggttg cttcagcagt 20 <210> 37 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2041F primer <400> 37 ctacacaagc atagaggcct ggag 24 <210> 38 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2041R primer <400> 38 cagtacgaga cgatggagga cat 23 <210> 39 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1532F primer <400> 39 atctagaaaa ttataatggc atggattc 28 <210> 40 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1532R primer <400> 40 ctctcggttt tggactctgc t 21 <210> 41 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1072F primer <400> 41 gaggagaccg cctctggttc 20 <210> 42 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1072R primer <400> 42 cttcgggttc ctggaccttc t 21 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2198F primer <400> 43 agcccagaga agggaagcag 20 <210> 44 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2198R primer <400> 44 ctcttcactc gcttctccca ga 22 <210> 45 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1692F primer <400> 45 agagacgaac tgaagcctga agtg 24 <210> 46 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1692R primer <400> 46 gatgtccacg tcctggtaga agtt 24 <210> 47 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2036F primer <400> 47 tcaatcaagc ctctcgtaag gaac 24 <210> 48 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2036R primer <400> 48 ctcttgatct caaccgaaat cctg 24 <210> 49 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1491F primer <400> 49 taataatccc aaaccaccaa aagg 24 <210> 50 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1491R primer <400> 50 gatttgaggc catagtgctc ctta 24 <210> 51 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1250F primer <400> 51 gaggcaagag ctaggtctcg atag 24 <210> 52 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1250R primer <400> 52 ctgctgcttt tggtgttgtc tct 23 <210> 53 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1857F primer <400> 53 ttccttgcca acaaatacaa ggat 24 <210> 54 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1857R primer <400> 54 gttcattgct tcatcttgga acct 24 <210> 55 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1595F primer <400> 55 gctgctggtc tacaacctct tgtt 24 <210> 56 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1595R primer <400> 56 cgcttgaaat ggaaaggtag aaag 24 <210> 57 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2056F primer <400> 57 gcattagcaa acaaagtggg tttc 24 <210> 58 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2056R primer <400> 58 ggcgaaactg tgatgagaaa acat 24 <210> 59 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1229F primer <400> 59 aaacttctcc cccgcagttc 20 <210> 60 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1229R primer <400> 60 caccaactcc accacgttcc 20 <210> 61 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1236F primer <400> 61 acaatccatg gaggtcacaa gttt 24 <210> 62 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1236R primer <400> 62 cgcgctggag tatagcatag aagt 24 <210> 63 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1241F primer <400> 63 tgaagcaagt cactggtaag agca 24 <210> 64 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1241R primer <400> 64 tgacacaccc atacttccaa caag 24 <210> 65 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1159F primer <400> 65 ttcccatgtt catttcaggt tctt 24 <210> 66 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1159R primer <400> 66 tcatgggttt tgaggctgta tttt 24 <210> 67 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1710F primer <400> 67 actttgcaac taccgtacat gggt 24 <210> 68 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1710R primer <400> 68 ttcgactgca cgtgaaaatc tatc 24 <210> 69 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1324F primer <400> 69 atccatcatc atcatcattg cttg 24 <210> 70 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1324R primer <400> 70 atgtcatcat gtaccaggtg ttgg 24 <210> 71 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1149F primer <400> 71 tacagtaggg attcttgcag cctc 24 <210> 72 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1149R primer <400> 72 gtgggacctt gttgcttcct tt 22 <210> 73 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1340F primer <400> 73 gatgtctcta tggaacccag caac 24 <210> 74 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1340R primer <400> 74 gagacgccta cgagtaccac aact 24 <210> 75 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1974F primer <400> 75 acaaggagac cctcctcagc tagt 24 <210> 76 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1974R primer <400> 76 gtaagctgtg gccatactac cacc 24 <210> 77 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1913F primer <400> 77 aaacaactat ccatgtggct gacc 24 <210> 78 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1913R primer <400> 78 cgttcagtac aatttggctc agtg 24 <210> 79 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2366F primer <400> 79 ccttcttccc gtcattcttc ttct 24 <210> 80 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2366R primer <400> 80 acatcgatcc aaccgtcata aatc 24 <210> 81 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1279F primer <400> 81 gatgagcttg acgacgcctg 20 <210> 82 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1279R primer <400> 82 caatccaatc cgttgcaggt c 21 <210> 83 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1588F primer <400> 83 tgacaacagc tatgtgtctg ctcc 24 <210> 84 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1588R primer <400> 84 ggatgaagca aaccaagcac atac 24 <210> 85 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1271F primer <400> 85 ctctcctcgt ccggtaatta agc 23 <210> 86 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1271R primer <400> 86 gcttcttctt cttgcgcttc tct 23 <210> 87 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2134F primer <400> 87 caggcgacga agatgaattg aa 22 <210> 88 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2134R primer <400> 88 tagtctagcg tcgacgaaaa atgc 24 <210> 89 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2089F primer <400> 89 gccagctcta cggcctatga c 21 <210> 90 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2089R primer <400> 90 caggaagagg aagaagggtc ctc 23 <210> 91 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1556F primer <400> 91 ccgaacaaaa caagtaagca caca 24 <210> 92 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1556R primer <400> 92 gaagacagct agccatcatc gg 22 <210> 93 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1176F primer <400> 93 atgagttcat gacagagcgc tacc 24 <210> 94 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1176R primer <400> 94 gagtttgttc gtttgtgtgt ggag 24 <210> 95 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1061F primer <400> 95 agcaggagta cccatgaaag tcc 23 <210> 96 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1061R primer <400> 96 tatcacagca cgaagcgata gatg 24 <210> 97 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1506F primer <400> 97 aaaagaaaca tgttcagtcg agcg 24 <210> 98 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc1506R primer <400> 98 ataaaggttg gcaaaacgta gcct 24 <210> 99 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2348F primer <400> 99 agtcagaccg acgcactcac taa 23 <210> 100 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> umc2348R primer <400> 100 taacatcatc atcagcgacg attt 24

Claims (6)

  1. 서열번호 1 및 2의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 37 및 38의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 43 및 44의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 51 및 52의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 57 및 58의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 59 및 60의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 63 및 64의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 65 및 66의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 67 및 68의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 75 및 76의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 77 및 78의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 89 및 90의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 91 및 92의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 93 및 94의 SSR 프라이머 세트; 및 서열번호 95 및 96의 SSR 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 2 이상의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트.
  2. 제1항에 있어서, 서열번호 1 및 2의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 3 및 4의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 5 및 6의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 11 및 12의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 15 및 16의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 19 및 20의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 27 및 28의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 37 및 38의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 41 및 42의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 43 및 44의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 47 및 48의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 51 및 52의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 55 및 56의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 57 및 58의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 59 및 60의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 63 및 64의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 65 및 66의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 67 및 68의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 69 및 70의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 73 및 74의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 75 및 76의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 77 및 78의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 79 및 80의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 87 및 88의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 89 및 90의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 91 및 92의 SSR 프라이머 세트; 서열번호 93 및 94의 SSR 프라이머 세트; 및 서열번호 95 및 96의 SSR 프라이머 세트를 포함하는 미백2 옥수수 품종을 구분하기 위한 SSR 프라이머 세트.
  3. 제1항 또는 제2항에 따른 SSR 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 미백2호옥수수 품종을 구분하기 위한 키트.
  4. 제3항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼를 포함하는 것인 키트.
  5. 옥수수에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
    상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항 또는 제2항에 따른 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
    상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하는, 미백2호옥수수 품종을 구분하는 방법.
  6. 제5항에 있어서, 상기 증폭 산물의 검출은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것인 방법.
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