KR20080108145A - 생화학 검사 장치 및 생화학 검사 방법 - Google Patents
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Abstract
우선 ExpStart의 노광 시간에서 촬영한다. 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart보다 작으면 노광 시간을 증가하여 다시 촬영한다. 이 후, 촬영된 광 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart 이상으로 될 때까지, 노광 시간의 증가와 촬영을 반복하여 행한다. 최대 강도치가 TransStart 이상으로 되면, 화상 데이터를 컴퓨터에 전송하여 하드디스크에 기록함과 함께, 기록 매수를 카운트한다. 이 이후, 노광 시간의 증가, 촬영, 화상 데이터의 전송과 기록, 기록 매수의 카운트를 반복하여 행한다. 그 사이, 광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 최소 강도치가 TransEnd보다 커지거나, 기록 매수가 TransPicts보다 커지거나, 노광 시간이 MaxExpTime보다 커지거나 하면, 촬영을 종료한다.
생화학 검사 장치, 스테이지, 검사용 어레이, 여기광원, 셔터 유닛, 렌즈, 필터 유닛, 대물 렌즈, 다이크로익 미러, 결상 렌즈, CCD 카메라, 유니버셜 컨트롤 박스, 컴퓨터, 키보드, 마우스, 모니터, 스테이지 컨트롤러
Description
본 발명은, 생화학 반응을 해석하기 위한 장치와 방법에 관한 것이다.
최근, 인간을 포함하는 많은 생물이나 벼를 비롯한 많은 식물의 유전자 해석이 진행되고 있다. 최근에서는, 반도체 등에 DNA를 규칙적으로 배열한 DNA 칩 혹은 DNA 마이크로 어레이를 이용한 검사 방법이 개발되고 있다. 이 검사 방법으로는, 동시에 복수의 유전자를 검사할 수 있다. 동일 검사 방법은, 예를 들면 3차원 어레이와 그것을 검출하는 선행 기술예로서, 일본 특개 2002-350446호 공보에 소개되어 있다. 동일 문헌에서는, 통상의 다이내믹 레인지를 갖는 에리어 센서 또는 라인 센서를 이용하여, 실용상 큰 다이내믹 레인지에서 각 프로브 어레이 요소에 대응하는 광 강도를 동시에 검출할 수 있는 생화학적 검사 방법을 개시하고 있다.
<발명의 개시>
일본 특개 2002-350446호 공보는, 통상의 다이내믹 레인지를 갖는 에리어 센서 또는 라인 센서를 이용하여, 실용상 큰 다이내믹 레인지에서 각 프로브 어레이 요소에 대응하는 광 강도를 동시에 검출할 수 있는 생화학 검사 방법의 하나로서, 검사자가 ND 필터를 절환하여 원하는 ND 필터를 관찰 광로 상에 배치하는 방법을 개시하고 있다. 그러나, 검사자가 ND 필터를 절환하여 어레이형 검출기에 모든 프로브 어레이 요소의 형광 화상을 받아들이게 하기 위해서는 많은 ND 필터를 반복하여 빼고 꽂아야만 한다. 이 때문에, 생화학 검사용 어레이의 형광 화상을 얻는 데에 많은 시간이 걸려 작업 효율이 현저하게 나쁘다.
또한 일본 특개 2002-350446호 공보는, 별도의 생화학 검사 방법으로서, CCD 카메라에서의 CCD의 축적 시간을 바꿈으로써 형광의 수광량을 변화시키는 방법을 개시하고 있다. 예를 들면, 축적 시간을 (t0, 2t0, 4t0, …, 2n-1t0(n=1,2,…))로 일정한 비율로 순차적으로 증가시켜, 생화학 검사용 어레이의 형광 화상을 받아들여, CCD가 포화 상태로 되기 직전에서의 각 형광 화상을 대상 화상으로서 화상 처리부로 보낸다. 그러나, 이것으로는 프로브 어레이의 형광 발광량이 적고, 또한, CCD의 축적 시간이 적은 받아들임 조건의 경우에는, 새까만 아무것도 찍혀 있지 않은 화상을 화상 처리부로 계속하여 보내게 된다. 또한, 그 만큼 화상을 기억하는 영역을 쓸모없이 소비하게 된다. 또한 일본 특개 2002-350446호 공보는, CCD의 최대 축적 시간의 결정 방법에 관해서, 생화학 검사용 어레이에서의 어레이 요소의 영역의 최소 발광 강도에 대응하는 수광량이 어레이형 검출기의 출력 특성의 선형 영역 내에 존재한다고 하는 조건에 의해 축적 시간의 최대치를 결정하는 방법을 개시하고 있다. 그러나, 이 방법으로는, 예를 들면, 검사자가 생화학적 물질의 용액을 작성 미스했기 때문에 생화학 검사용 어레이에서의 각 어레이 요소의 발광 강도 가 현저하게 작아지게 된 경우, 전술한 조건을 충족시킬 때까지 많은 축적 시간(예를 들면 300초)을 요하고, 검사자가 부담을 강요받을 뿐만 아니라, 300초 대기하여도 결국 원하는 형광 화상이 얻어지지 않는다고 하는 검사 효율의 저하를 초래하게 된다.
본 발명은, 이러한 실상을 고려하여 이루어진 것으로서, 그 목적은, 생화학 검사용 어레이의 화상 해석에 최적의 강도를 갖는 화상을 효율적으로 취득하는 장치와 방법을 제공하는 것이다.
본 발명은, 하나의 견지에 의하면, 생화학 검사용 어레이로부터 발생되는 형광을 측정하여 생화학 반응을 해석하기 위한 생화학적 검사 장치를 향하고 있다. 본 발명의 생화학적 검사 장치는, 생화학 검사용 어레이에 여기광을 조사하기 위한 조명 수단과, 생화학 검사용 어레이로부터 발생되는 광 화상을 촬영하기 위한 촬영 수단과, 촬영된 광 화상을 보존하기 위한 기록 수단을 구비하고 있고, 촬영 수단은, 노광 시간을 제1 파라미터로 규정된 초기치로부터 서서히 길게 하면서 광 화상을 반복 촬영하고, 촬영된 광 화상의 전체 픽셀 중의 최대 강도가 제2 파라미터로 규정된 강도 이상으로 되면 기록 수단에 의한 광 화상의 기록이 개시되고, 또한, 촬영된 광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 픽셀 중의 최소 강도가 제3 파라미터로 규정된 강도보다 커지면 기록 수단에 의한 광 화상의 기록이 종료된다.
본 발명은, 다른 하나의 견지에 의하면, 생화학 검사용 어레이로부터 발생되는 형광을 측정하여 생화학 반응을 해석하기 위한 생화학적 검사 방법을 향하고 있다. 본 발명의 생화학적 검사 방법은, 생화학 검사용 어레이에 여기광을 조사하고, 여기광의 조사에 따라서 생화학 검사용 어레이로부터 발생되는 광 화상을, 노광 시간을 제1 파라미터로 규정된 초기치로부터 서서히 길게 하면서 반복 촬영하고, 반복 촬영 동안, 촬영된 광 화상의 전체 픽셀 중의 최대 강도가 제2 파라미터로 규정된 강도 이상으로 되면 광 화상의 기록을 개시하고, 또한, 촬영된 광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 픽셀 중의 최소 강도가 제3 파라미터로 규정된 강도보다 커지면 광 화상의 기록을 종료한다.
본 발명에 따르면, 생화학 검사용 어레이의 화상 해석에 최적의 강도를 갖는 화상을 효율적으로 취득하는 장치와 방법이 제공된다.
이하, 도면을 참조하면서 본 발명의 실시 형태에 대하여 설명한다.
도 1은, 본 발명의 실시 형태에 따른 생화학 검사 장치의 구성을 도시하고 있다. 도 1에서, 여기광원(204)은 수은광원 등의 다양한 램프나 LED 등으로서, 전원 유닛(206)에 접속되어 있다. 여기광원(204)으로부터 사출되는 여기광의 광로 상에는, 셔터판(208a)을 내장하고 있는 셔터 유닛(208), 렌즈(210), 2매의 여기 필터(212a)를 내장하고 있는 필터 유닛(212), 다이크로익 미러(214)가 배치되어 있다. 다이크로익 미러(214)의 반사 광로 상에는, 대물 렌즈(216)와 생화학 검사용 어레이(100)가 실려지는 스테이지(202)가 배치되어 있다. 또한, 다이크로익 미러(214)의 투과 광로 상에는, 결상 렌즈(218)와 촬상 소자인 CCD 카메라(220)가 배치되어 있다. CCD 카메라(220)는, 적어도 1매분의 촬영 화상을 일시적으로 기억할 수 있는 도시하지 않은 버퍼 메모리와, 버퍼 메모리 상의 화상에 대하여 신호 강도 검출 등의 화상 연산이 행해지는 도시하지 않은 시그널 프로세서를 내장하고 있다. 셔터 유닛(208)과 필터 유닛(212)은 유니버설 컨트롤 박스(222)를 통하여 컴퓨터(224)에 의해 제어 가능하게 되어 있다. 스테이지(202)는 XY방향으로 전동으로 위치 결정 가능하고, 스테이지 컨트롤러(232)를 통하여 컴퓨터(224)에 의해 제어 가능하게 되어 있다. 컴퓨터(224)에는 키보드(226)와 모니터(228)와 마우스(230)가 접속되어 있다.
바꿔 말하면, 생화학 검사 장치(200)는, 생화학 검사용 어레이(100)가 실려지는 스테이지(202)와, 여기광을 발하는 여기광원(204)과, 여기광을 생화학 검사용 어레이(100)를 향하여 반사함과 함께 생화학 검사용 어레이(100)로부터 생기는 형광을 투과하는 다이크로익 미러(214)와, 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 찍기 위한 CCD 카메라(220)를 구비하고 있다. 여기에서 형광 화상은 광 화상의 일종이다. 광 화상이란, 형광, 인광, 화학 발광, 생물 발광, 산란광, 반사광 등의 다양한 광을 신호로 한 화상의 것이다.
또한 생화학 검사 장치(200)는, 여기광을 적절히 차단하기 위한 셔터 유닛(208)과, 렌즈(210)와, 여기광의 파장을 선택하기 위한 필터 유닛(212)을 구비하고 있다. 셔터 유닛(208)과 렌즈(210)와 필터 유닛(212)은, 여기광원(204)으로부 터 다이크로익 미러(214)까지의 광로 상에 순서대로 배치되어 있다.
또한 생화학 검사 장치(200)는, 다이크로익 미러(214)와 스테이지(202) 사이에 위치하는 대물 렌즈(216)와, 다이크로익 미러(214)와 CCD 카메라(220) 사이에 위치하는 결상 렌즈(218)를 구비하고 있다.
이와 같이 구성되는 광학계에서, 여기광원(204)과 셔터 유닛(208)과 렌즈(210)와 필터 유닛(212)과 다이크로익 미러(214)와 대물 렌즈(216)는, 생화학 검사용 어레이(100)에 여기광을 조사하기 위한 조명 수단을 구성하고 있다. 또한, 대물 렌즈(216)와 결상 렌즈(218)와 CCD 카메라(220)는, 생화학 검사용 어레이(100)로부터 발생되는 광 화상을 촬영하기 위한 촬영 수단을 구성하고 있다.
또한 생화학 검사 장치(200)는, 여기광원(204)을 구동하기 위한 전원 유닛(206)과, 스테이지(202)를 구동하기 위한 스테이지 컨트롤러(232)와, 셔터 유닛(208)과 필터 유닛(212)을 구동하기 위한 유니버설 컨트롤 박스(222)를 구비하고 있다.
또한 생화학 검사 장치(200)는, CCD 카메라(220)와 스테이지 컨트롤러(232)와 유니버설 컨트롤 박스(222)를 제어하는 컴퓨터(224)를 구비하고 있다. 컴퓨터(224)에는 유저 인터페이스로서 키보드(226)와 모니터(228)와 마우스(230)가 접속되어 있다. 컴퓨터(224)는 하드디스크를 내장하고 있고, 촬영된 광 화상을 보존하기 위한 기록 수단을 구성하고 있다.
도 2와 도 3은, 도 1에 도시된 생화학 검사 장치에 의해 검사되는 생화학 검사용 어레이를 도시하고 있다. 생화학 검사용 어레이(100)는 3차원 어레이로서, 도 2에 도시되는 바와 같이, 다공질의 3차원 기재(102)와, 3차원 기재(102)에 형성된 다수의 프로브 어레이 요소(프로브 스폿)(106)를 갖고 있다. 프로브 어레이 요소(106)는 3차원 기재(102) 상에 2차원적으로 배열되어 있고, 프로브 어레이 요소(106)의 배열 영역의 네 구석에는 위치 검출용 어레이 요소(위치 검출용 스폿)(104)가 형성되어 있다. 3차원 기재(102)는 다수의 관통 구멍을 갖고 있고, 도 3에 도시되는 바와 같이, 프로브 어레이 요소(106) 내에 위치하는 관통 구멍(108)의 내벽에는 특정한 물질과 반응하는 프로브(110)가 고상화되어 있다. 프로브 어레이 요소(프로브 스폿)(106)는 예를 들면 프로브를 포함하는 용액을 3차원 기재(102) 상에 필요량을 분주함으로써 형성된다.
3차원 기재(102) 상의 복수의 프로브 어레이 요소(106)는 복수의 종류를 포함하고 있다. 각 프로브 어레이 요소(106)는 동일한 종류의 프로브(110)를 포함하고 있고, 그 프로브(110)가 특정한 물질과 반응하면, 특정한 여기광의 조사에 대하여 특정한 형광을 발광하게 된다.
생화학 검사 장치(200)는, 컴퓨터(224) 상에서 동작하는 제어 프로그램에 의해 제어된다. 바꿔 말하면, 컴퓨터(224)는, 생화학 검사 장치(200) 전체를 제어하기 위한 제어 프로그램을 포함하고 있다. 이 제어 프로그램은, 도 4에 도시되는 바와 같은 이니셜 데이터 파일로부터 제어 프로그램 자신의 동작이나 각 유닛의 동작 파라미터를 읽어내어 생화학 검사 장치(200) 전체를 제어한다.
도 4는, 이니셜 데이터 파일의 일부를 뽑아내어 도시하고 있다. 검사자 또는 장치의 관리자는 이 이니셜 데이터 파일을 일반적인 에디터 등에 의해 간단히 수정 변경할 수 있다. 즉, 검사자나 장치 관리자는, 모니터(228)를 보면서, 키보드(226)를 조작하여, 필요하면 마우스(230)도 조작하여, 이니셜 데이터 파일을 용이하게 수정 변경할 수 있다. 이니셜 데이터 파일은 다양한 파라미터를 포함하고 있고, 모니터(228)와 키보드(226), 또한 마우스(230)는, 이니셜 데이터 파일 중의 파라미터를 임의로 설정하는 것을 가능하게 하기 위한 입력 수단을 구성하고 있다.
도 4에 도시되어 있는 파라미터는, CCD 카메라(220)에 의해 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 촬영할 때의 촬영 파라미터이다.
ExpStart는, CCD 카메라(220)가 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 촬영할 때의 노광 시간(CCD의 전하 축적 시간)의 초기치이다. 검사자가 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상의 촬영 개시를 지시하면, CCD 카메라(220)는, 여기에 나타내어져 있는 초기치로부터 서서히 길어지도록 노광 시간을 변화시키면서, 생화학 검사용 어레이(100)를 반복 촬영한다. 노광 시간은, 이에 한하지 않지만, 예를 들면 10×2n-1(n=1,2, …)[㎳]의 비율로 변화된다.
TransStart는, CCD 카메라(220)가 형광 화상의 기록(보존) 개시를 판단하기 위한 픽셀 강도치의 기준치이다. 즉, CCD 카메라(220)는, 촬영된 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상의 전체 픽셀 중에서 가장 밝은 픽셀의 강도치가 TransStart의 값 이상으로 되면 컴퓨터(224)에 화상 데이터를 전송하는 것을 개시하고, 이에 따라서 기억 장치(컴퓨터(224) 내의 하드디스크)는 화상 데이터의 기록(보존)을 개시한다.
TransEnd는, CCD 카메라(220)가 형광 화상의 기록(보존) 종료를 판단하기 위한 픽셀 강도치의 기준치이다. 즉, CCD 카메라(220)는, 촬영된 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상의 전체 영역보다 작은 중심 부근의 영역 내의 픽셀 중에서 가장 어두운 픽셀의 강도치가 TransEnd의 값보다 커지면 컴퓨터(224)에 화상 데이터를 전송하는 것을 종료하고, 이에 따라서 기억 장치(컴퓨터(224) 내의 하드디스크)는 화상 데이터의 기록(보존)을 종료한다.
TransPicts은, CCD 카메라(220)가 형광 화상의 기록(보존) 종료를 판단하기 위한 기록(보존) 매수의 기준치이다. 즉, CCD 카메라(220)는, 컴퓨터(224)에 전송한 생화학 검사용 어레이의 형광 화상의 매수가 TransPicts의 값보다도 커지면 컴퓨터(224)에 화상 데이터를 전송하는 것을 종료하고, 이에 따라서 기억 장치(컴퓨터(224) 내의 하드디스크)는 화상 데이터의 기록(보존)을 종료한다.
MaxExpTime은, CCD 카메라(220)가 형광 화상의 기록(보존) 종료를 판단하기 위한 노광 시간의 기준치이다. 즉, CCD 카메라(220)는, 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 촬영하는 노광 시간이 MaxExpTime 값보다도 커지면 컴퓨터(224)에 화상 데이터를 전송하는 것을 종료하고, 이에 따라서 기억 장치(컴퓨터(224) 내의 하드디스크)는 화상 데이터의 기록(보존)을 종료한다.
다음으로, 생화학 검사 장치(200)의 동작에 대하여 설명한다.
검사자는, 생화학 검사의 준비로서 예를 들면 2색의 형광 분자(또는 화학 발광 분자)로 표식한 2종의 생화학적 물질을 함유한 용액을 작성한다. 이 경우, 검사자는, 비교하고자 하는 2종의 생화학적 물질의 용액을 동일 농도로 작성하고, 한 쪽을 FITC로, 다른쪽을 로다민으로 표식한다. 이들의 표식 물질은, 형광 파장이 서로 다른 물질의 조합이면 다른 물질이어도 상관없다. 그 후, 작성한 2종의 생화학적 물질의 용액을 체적비로 1:1의 비율로 혼합하여 교반하고, 생화학적 물질의 혼합 용액으로 한다. 혼합 비율에 대해서는, 2종의 생화학적 물질의 용액 및 표식 물질의 특성에 따라서 변경하여도 된다.
검사자는, 생화학 검사용 어레이(100)에 생화학적 물질의 혼합 용액을 공급하여 프로브와 특이적으로 반응시킨다. 이 경우, 검사자는, 도 1에 도시한 생화학 검사 장치(200)에 의한 관찰 하에서, 스테이지(202) 상에 생화학 검사용 어레이(100)를 배치하고, 그 표면에 균일하게 생화학적 물질의 혼합 용액을 공급한다. 이에 의해, 생화학 검사용 어레이(100) 상의 프로브 어레이 요소(106) 내의 프로브와 혼합 용액에 포함되는 생화학적 물질 사이에 특이적인 결합 반응이 생긴다. 이 결과, 각 프로브 어레이 요소(106) 내에서 반응의 강도에 따른 수량의 형광 분자(또는 화학 발광 분자)가 간접적으로 프로브에 결합하게 된다.
검사자는, 생화학 검사용 어레이(100)로부터 미반응의 생화학적 물질을 제거한다. 이 경우, 검사자는, 전술한 결합 반응 후에, 생화학 검사용 어레이(100)의 각 프로브 어레이 요소(106)로부터 미결합의 생화학적 물질을 제거한다. 일반적으로는 세정액을 이용하여 세정하는 방법이 채용되지만, 반응 담체가 입체 구조인 경우에는 세정액을 이용하지 않고 펌프 등으로 용액마다 제거하여도 된다. 단, 세정액을 이용하는 쪽이 확실하게 제거되는 것은 물론이다.
검사자는, 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 표식 물질마다 CCD 카 메라(220)로 찍어 넣기 위해서, 모니터(228)를 통하여 컴퓨터(224)를 조작한다. 검사자가 모니터(228) 상에 표시되어 있는 「촬영」 버튼을 마우스(230)에 의해 클릭하면, 컴퓨터(224)는 유니버설 컨트롤 박스(222)에 커맨드를 송신하고, 필터 유닛(212)에 내장되어 있는 2매의 여기 필터(212a)를 절환하여 원하는 형광 분자의 색에 대응하는 여기 필터를 조명 광로 상에 배치한다. 그리고, 동일하게 컴퓨터(224)는 유니버설 컨트롤 박스(222)에 셔터 유닛(208)에 내장되어 있는 셔터판(208a)을 여는 커맨드를 송신한다. 이에 의해 여기광원(204)으로부터의 여기광은, 렌즈(210)와 여기 필터(212a)를 통과하고, 다이크로익 미러(214)에 의해 반사되고, 대물 렌즈(216)를 통하여 생화학 검사용 어레이(100)의 상면 전체에 조사된다. 그 결과, 각 프로브 어레이 요소(106) 내의 형광 분자가 발생하는 형광은 대물 렌즈(216)와 다이크로익 미러(214)와 결상 렌즈(218)를 통과하여 CCD 카메라(220)에 유도된다.
CCD 카메라(220)는, 노광 시간(축적 시간)을 이니셜 데이터 파일에 쓰여진 ExpStart로 나타내어지는 초기치로부터 서서히 길게 하면서 반복 촬영한다. 본 실시 형태에서는, ExpStart는 10㎳이며, 노광 시간(축적 시간)은 10×2n-1(n=1, 2… )㎳의 비율로 증가된다. 촬영이 종료할 때마다, 촬영된 형광 화상의 전체 픽셀의 강도의 최대치가 이니셜 데이터 파일에 쓰여진 TransStart로 나타내어지는 픽셀 강도이상으로 되어 있는지가 스캔하여 판단된다.
CCD 카메라(220)는, 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart보다 작은 동안에는 컴퓨터(224)에 화상 데이터를 전송하지 않는다. 도 5a는, 촬영 개시 직후에 촬영된 화상을 도시하고 있다. 즉, 10㎳의 노광 시간에서 촬영된 화상을 나타내고 있다. 도 5a의 화상에서는, 전체 픽셀의 강도치의 최대치는 TransStart보다 작다. 이 때문에 CCD 카메라(220)는, 도 5a의 화상 데이터는 컴퓨터(224)에 전송하지 않는다. CCD 카메라(220)는, 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart 이상으로 될 때까지 동일한 동작을 반복한다.
CCD 카메라(220)는, 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart 이상으로 되면, 컴퓨터(224)에의 화상 데이터의 전송을 개시한다. 도 5b는, 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart 이상으로 된 직후의 화상을 도시하고 있다. 도 5b의 화상에서는, 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart 이상으로 되어 있어, 2개의 프로브 어레이 요소가 나타나고 있다. 이 때문에 CCD 카메라(220)는, 도 5b의 화상 데이터를 컴퓨터(224)에 전송한다. 전송된 화상 데이터는, 컴퓨터(224) 내의 하드디스크에 기록(보존)된다.
CCD 카메라(220)는, 형광 화상의 전체 영역보다 작은 중심 부근의 영역 내의 최소 강도치가 TransEnd 이하인 동안에는 컴퓨터(224)에 화상 데이터의 전송을 계속한다. 노광 시간이 길어짐에 따라서, 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상에는, 순서대로, 도 5c, 도 5d, 도 5e에 도시되는 바와 같이, 점점 많은 프로브 어레이 요소가 나타내어져 온다.
CCD 카메라(220)는, 형광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 최소 강도치가 TransEnd보다 커지면, 컴퓨터(224)에의 화상 데이터의 전송을 종료한다. 이에 의해, 컴퓨터(224) 내의 하드디스크에의 화상 데이터의 기록(보존)이 종료된다.
이 때, 화상 데이터를 일단 컴퓨터로 보내고, 보존할 것인지의 여부를 판단하도록 하여도 된다. 이 경우에는, CCD 카메라에 화상 연산용의 시그널 프로세서가 불필요해진다.
보다 바람직하게는, 화상 데이터를 컴퓨터(224)에 전송하고 있는 동안, 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상의 촬영을 할 때에, 각각의 노광 시간에 대하여 조명광을 닿게 하지 않은 상태, 즉 셔터 유닛(208)을 닫은 상태에서도 촬영하고, 그 화상 데이터를 컴퓨터(224)에 전송한다. 그리고, 동일한 노광 시간에서 조명광이 닿은 상태에서의 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상으로부터 셔터 유닛(208)을 닫은 상태에서 촬영한 화상을 컴퓨터(224)에 의해 뺄셈 연산을 행하고, CCD 카메라(220) 자체에 의해 발생하는 암 노이즈를 제거하는 처리를 한다. 또한, 이 노이즈 제거 처리는 CCD 카메라(220) 내에서 행하고, 처리 후의 화상을 컴퓨터(224)에 전송하여도 된다. 그렇게 하면, 전송 처리가 한번으로 되므로 더욱 처리 속도의 향상이 도모된다.
통상적으로, 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 노광 시간을 길게 하면서 촬영해 가면, 조명 광학계의 수차나 관찰 광학계(본 실시 형태에서는 CCD 카메라의 촬영 광학계)의 수차의 영향에 의해, 도 5d 내지 도 5e에의 변화로부터 알 수 있는 바와 같이, 또한 도 6에 도시되는 바와 같이, 중심부로부터 외주부를 향하여 강도 얼룩이 발생한다. 이에 의해, 중심부와 주변부에서는 발광 형광량이 동일한 프로브 어레이 요소에서도 CCD 카메라(220)로 촬영되었을 때에 서로 다른 강도 치로 촬영되게 되어, 올바르고 정확한 생화학 검사를 행할 수 없다. 이 때문에, 컴퓨터(224)는, 생화학 검사용 어레이(100)의 조명 강도 얼룩 분포로부터 보정 계수를 산출하고, 이미 기록(보존)되어 있는 화상에 대하여, 노광 시간마다 모든 프로브 어레이 요소의 형광 발광 강도를 산출한 보정 계수에 의해 보정한다. 바꿔 말하면, 컴퓨터(224)는, 보존되어 있는 화상에 대하여 노광 시간마다 모든 프로브 어레이 요소의 형광 발광 강도를 조명 강도 얼룩 분포로부터 산출한 보정 계수에 의해 보정하는 보정 수단을 구성하고 있다.
본 실시 형태에서는, 이 보정 계수를 산출하기 위한 화상으로서, 형광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 픽셀 강도의 최소치가 TransEnd보다 커지기 직전에 컴퓨터(224)에 전송된 화상을 이용한다. 이는, CCD 카메라(220)의 다이내믹 레인지를 유효하게 이용하여, 보다 정확한 보정 계수를 산출하기 위해서이다. 이 때 얻어지는 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상은 예를 들면 도 5e에서 나타내어지는 바와 같은 화상이지만, 이대로는 프로브 어레이 요소가 형광 발광하고 있으므로, 화상에 필터 처리를 실시하여 화소 보간에 의해 프로브 어레이 요소를 소거하여 도 6에서 도시되는 바와 같은 보정 계수 계산용 화상을 만들어낸다. 이 보정 계수 계산용 화상으로부터 보정 계수가 산출된다.
통상적으로, 전술한 일련의 동작에 의해, 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상은 문제없이 촬영된다. 그러나, 검사자가 생화학 물질의 혼합 용액을 잘못하고 있는 경우나, 프로브 어레이 요소가 올바르게 작성되어 있지 않은 등의 경우, 생화학 검사용 어레이(100) 내에서 올바른 결합 반응이 행해지지 않고, 그 결과, 프로브 어레이 요소가 형광을 기대한 바와 같이 발하지 않는 경우도 있다. 그 경우에는, 생화학 검사용 어레이(100) 중의 최대 강도가 TransStart로 나타내어지는 픽셀 강도보다 커질 때까지 상당히 긴 시간이 필요하게 된다. 그 경우, 실험 그 자체가 실패인 데다가 노광 시간이 상당히 길어질 때까지 무의미하게 대기하게 되므로 검사에 쓸모없는 시간을 소비하게 된다.
이러한 사태를 회피하기 위해서, 본 실시 형태에서는, 반복 촬영 동안에, 노광 시간이 MaxExpTime보다 커지면, 그 시점에서, 원하는 화상을 촬영할 수 없었다는 취지의 메시지를 모니터(228)에 표시하고, 촬영을 종료한다.
또한, 지금까지의 경험으로부터, 노광 시간의 증가의 비율을 고려하여, 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상의 필요한 매수의 예상을 하는 경우도 적지 않다. 그 경우, 형광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 픽셀 강도의 최소치가 TransEnd보다 커질 때까지 대기하는 것은, 검사에 쓸모없는 시간을 소비하게 된다.
이 때문에, 본 실시 형태에서는, 반복 촬영 동안에, TransPicts로 나타내어지는 매수보다 커지면, 그 시점에서, TransPicts로 나타내어지는 매수에 도달하였다는 취지의 메시지를 모니터(228)에 표시하고, 촬영을 종료한다.
전술한 일련의 동작의 플로우차트를 도 7에 도시한다. 도 7로부터 알 수 있는 바와 같이, 전술한 일련의 동작을 요약하면 다음과 같아진다. 우선 ExpStart의 노광 시간에서 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 촬영한다. 형광 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart보다 작으면 노광 시간을 증가하여 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 다시 촬영한다. 이 후, 촬영된 형광 화상의 전 체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart 이상으로 될 때까지, 노광 시간의 증가와 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상의 촬영을 반복하여 행한다. 촬영된 형광 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart 이상으로 되면, 화상 데이터를 컴퓨터(224)에 전송하여 컴퓨터(224) 내의 하드디스크에 기록(보존)함과 함께, 기록 매수를 카운트한다. 이 이후, 노광 시간의 증가, 촬영, 화상 데이터의 전송과 기록, 기록 매수의 카운트를 반복하여 행한다. 그 동안, 형광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 최소 강도치가 TransEnd보다 커지거나, 기록 매수가 TransPicts보다 커지거나, 노광 시간이 MaxExpTime보다 커지거나 하면, 촬영을 종료한다.
전술된 바와 같이 하여 촬영·전송·화상 처리에 의해 취득된 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상은, 컴퓨터(224)에 의해 프로브 어레이 요소마다 분할되고, 분할 화상으로서 보존된다. 그 때, 각 분할 화상에는, 프로브 어레이 요소 영역의 최대 강도치와 노광 시간이 데이터로서 추가된다. 이들을 모든 노광 시간에 대하여 행하고, 최종적으로 하이브리드 화상을 작성한다. 하이브리드 화상에 대하여, 도 8a 내지 도 8d를 이용하여 설명한다.
도 8a와 도 8b와 도 8c는, 각각, 400㎳와 800㎳와 1600㎳의 노광 시간에서 촬영된 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 도시하고 있다. 도 8a의 형광 화상에서는, 프로브 어레이 요소 A1과 A9의 강도치는 200으로 낮고, 화면 상에서는 광을 확인할 수 없다. 또한, 본 실시 형태에서 사용되고 있는 CCD 카메라(220)에서는, CCD 및 그 주변 회로의 관계 상, 강도치가 400∼3000의 범위를 가장 리니어로 신뢰할 수 있는 범위로 하고 있다.
컴퓨터(224)는, 프로브 어레이 요소의 각각에 대해서, 기록(보존)된 복수의 화상 중에서 3000 이하에서 3000에 가장 가까운 강도치와 그 노광 시간을 찾아낸다. 구체적으로는, 도 8a와 도 8b와 도 8c의 화상에서, 프로브 어레이 요소의 각각에 대하여 강도치를 검출하고, 동일한 프로브의 복수의 강도치(예를 들면 A1과 B1과 C1의 강도치) 중에서, 3000에 가장 가까운 강도치의 데이터와 그 노광 시간의 데이터를 추출한다. 모든 프로브 어레이 요소에 대하여 이 작업이 종료하면, 모든 프로브 어레이 요소에 대하여 강도치를 예를 들면 1초의 노광 시간으로 환산하여(규격화하여), 환산 후의 모든 프로브 어레이 요소의 화상을 합성하여 도 8d에 도시되는 하이브리드 화상을 형성하고, 이를 의사 그래픽 화상으로서 모니터(228)에 표시한다.
검사자는, 이 의사 그래픽 화상과 강도치의 환산 데이터에 기초하여 각 프로브 어레이 요소의 반응 정도를 검사한다.
지금까지의 설명으로부터 알 수 있는 바와 같이, 본 실시 형태의 생화학 검사 장치에 의하면, 기록(보존)되는 생화학 검사용 어레이의 형광 화상은 원하는 강도 범위에 있기 때문에, 쓸모없는 화상이 기록(보존)되는 것이 방지된다. 또한, 최대 노광 시간을 규정함으로써, 또한 형광 화상의 취득 매수를 규정함으로써, 무의미한 시간의 낭비가 방지된다. 따라서, 화상 해석에 최적의 강도를 갖는 생화학 검사용 어레이의 화상을 효율적으로 취득할 수 있다.
본 실시 형태에서는, 생화학적 물질의 표식에 형광 색소를 이용하여, 생화학 검사용 어레이를 광원에 의해 조명하여 형광을 광 화상으로서 취득하는 경우에 대 하여 설명했다. 형광 물질은 다양한 특성을 갖는 것이 수많이 있고, 용도에 의해 선택의 범위가 넓으므로 바람직하다. 그러나, 이 이외에도, 다양한 검출 방법이나 표식을 본 발명에 적용하는 것이 가능하다. 화학 발광이나 생물 발광을 이용하는 경우에는, 생화학 검사용 어레이를 조명하는 광원은 불필요하다. 예를 들면, 효소를 생화학적 물질의 표식에 이용하여 화학 발광법에 의해 검출을 행하는 경우에는, 효소와 기질의 반응에 의해 발광하므로, 생화학 검사용 어레이를 조명하는 광원은 불필요하다. 이 경우에는, 도 1에서, 유니버설 컨트롤 박스(222), 필터 유닛(212), 렌즈(210), 셔터 유닛(208), 여기광원(204), 전원 유닛(206)은 반드시 필요한 것은 아니게 된다.
또한 형광으로 검출하는 경우에도 다양한 형광 물질을 표식으로서 이용하는 것이 가능하다. 형광 색소 외에, 형광 글래스 입자, 형광 세라믹스, GFP 등의 형광 단백질 등도 이용할 수 있다. 산란광이나 반사광으로 검출을 행하는 경우에는, 금속 입자나 유전체 입자를 표식으로서 이용한다. 예를 들면 금 미립자, 은, 백금, 실리콘 등의 미립자나 라텍스 입자를 이용할 수 있다. 특히, 금, 은, 백금 등의 미립자는, 입경이 0.1∼1㎛의 것이, 마찬가지로, 운동 상태에 있는 입자의 속도가 최적으로 되기 때문에 특히 바람직하다. 최적의 입경은, 입자의 비중과 브라운 운동의 속도에 의해 결정된다. 여기에서, 입자의 운동 상태는, 예를 들면 브라운 운동이나 진동 등을 들 수 있다.
이상과 같이, 생화학적 물질을 표식하여 검출하는 경우에, 형광 색소뿐만 아니라 다른 표식을 이용한 경우에도 본 발명은 적용이 가능하다.
지금까지, 도면을 참조하면서 본 발명의 실시 형태를 설명했지만, 본 발명은, 이들의 실시 형태에 한정되는 것은 아니고, 그 요지를 일탈하지 않는 범위에서 다양한 변형이나 변경이 실시되어도 된다.
예를 들면, 도 7에 도시된 플로우차트에서, 반복 촬영 동안에 노광 시간이 MaxExpTime보다 커지면 촬영을 종료하는 처리는 생략되어도 된다. 마찬가지로, 반복 촬영 동안에 TransPicts으로 나타내어지는 매수보다 커지면 촬영을 종료하는 처리도 생략되어도 된다.
또한 실시 형태에서는, 노광 시간을 10×2n-1[㎳]에 따라서 증가시키고 있지만, 이는 본 발명자들이 경험적으로 특히 유효한 것을 확인한 것이다. 그러나, 노광 시간의 증가의 방법은 이에 한정되는 것은 아니다. 예를 들면, 노광 시간은 일정한 비율에 의해(등비수열적으로) 증가되어도 되고, 또한 일정한 증분에 의해 (등차수열적으로) 증가되어도 된다. 나아가서는, 연속하는 2개의 노광 시간 동안에 규칙성이 없는 소정의 증가 패턴에 따라서 증가되어도 된다.
노광 시간을 증가시키는 바람직한 비율은, 카메라의 특성(다이내믹 레인지(입력에 대하여 출력의 직선성이 좋은 범위), 광전 변환 효율, 1픽셀당 포화 전하량)과, 취득하고자 하는 신호의 최소와 최대의 차에 의존한다. 즉, 사용하는 카메라와 검출의 대상물에 의해 서로 다르다. 이 때문에, 몇 회 실험을 반복하여, 그 결과에 기초하여 결정되면 된다.
노광 시간의 증가의 비율은 작을수록, 취득하는 정보량은 많아지는 반면, 처 리에 요하는 시간은 길어진다. 따라서, 노광 시간의 증가의 비율은, 취득하는 정보량과 처리에 요하는 시간의 트레이드 오프를 고려한 후에 결정되면 된다.
또한, 유사한 샘플과 반응된 다수의 생화학 검사용 어레이를 검사하는 경우, 생화학 검사용 어레이의 검사 때마다, 검사 조건을 피드백하여, 노광 시간의 증가의 비율의 최적화를 도모하면서 검사하여도 된다. 이는, 처리에 요하는 시간을 단축하는 데에 있어서 유효하다.
도 1은 본 발명의 실시 형태에 따른 생화학 검사 장치의 구성을 도시하는 도면.
도 2는 도 1에 도시된 생화학 검사 장치에서 검사되는 생화학 검사용 어레이의 평면도.
도 3은 도 2에 도시된 생화학 검사용 어레이의 어레이 요소의 단면도.
도 4는 도 1에 도시된 컴퓨터 상에서 동작하는 제어 프로그램에 읽어 들여지는 이니셜 데이터 파일의 일부를 도시하는 도면.
도 5a는 촬영 개시 직후에 촬영된 화상을 도시하는 도면.
도 5b는 화상의 전체 픽셀의 최대 강도치가 TransStart 이상으로 된 직후의 화상을 도시하는 도면.
도 5c는 도 5b에 도시된 화상의 촬영 후에 노광 시간을 길게 하여 촬영된 화상을 도시하는 도면.
도 5d는 도 5c에 도시된 화상의 촬영 후에 노광 시간을 길게 하여 촬영된 화상을 도시하는 도면.
도 5e는 도 5d에 도시된 화상의 촬영 후에 노광 시간을 길게 하여 촬영된 화상을 도시하는 도면.
도 5f는 TransEnd와 비교되는 최소 강도치가 조사되는 형광 화상의 전체 영역보다 작은 영역을 도시하는 도면.
도 6은 중심부로부터 외주부를 향하여 조명의 강도 얼룩이 발생하고 있는 모 습을 도시하는 도면.
도 7은 도 1에 도시된 생화학 검사 장치의 동작의 플로우차트를 나타내고 있는 도면.
도 8a는 400㎳의 노광 시간에서 촬영된 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 도시하는 도면.
도 8b는 80O㎳의 노광 시간에서 촬영된 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 도시하는 도면.
도 8c는 1600㎳의 노광 시간에서 촬영된 생화학 검사용 어레이(100)의 형광 화상을 도시하는 도면.
도 8d는 도 8a와 도 8b와 도 8c의 화상에 기초하여 형성된 하이브리드 화상을 도시하는 도면.
<도면의 주요 부분에 대한 부호의 설명>
100: 생화학 검사용 어레이
204: 여기광원
208: 셔터 유닛
210: 렌즈
212: 필터 유닛
214: 다이크로익 미러
Claims (8)
- 생화학 검사용 어레이로부터 발생되는 광을 측정하여 생화학 반응을 해석하기 위한 생화학 검사 장치로서,생화학 검사용 어레이에 여기광을 조사하기 위한 조명 수단과,생화학 검사용 어레이로부터 발생되는 광 화상을 촬영하기 위한 촬영 수단과,촬영된 광 화상을 보존하기 위한 기록 수단을 구비하고 있고,촬영 수단은, 노광 시간을 제1 파라미터로 규정된 초기치로부터 서서히 길게 하면서 광 화상을 반복 촬영하고,촬영된 광 화상의 전체 픽셀 중의 최대 강도가 제2 파라미터로 규정된 강도 이상으로 되면 기록 수단에 의한 광 화상의 기록이 개시되고, 또한, 촬영된 광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 픽셀 중의 최소 강도가 제3 파라미터로 규정된 강도보다 커지면 기록 수단에 의한 광 화상의 기록이 종료되는 생화학 검사 장치.
- 제1항에 있어서,상기 촬영 수단은 노광 시간을 규정의 비율로 길게 하는 생화학 검사 장치.
- 제1항에 있어서,사용자가 적어도 제1 파라미터 내지 제5 파라미터 중 어느 하나를 임의로 설 정하는 것을 가능하게 하기 위한 입력 수단을 더 구비하고 있는 생화학 검사 장치.
- 제1항에 있어서,보존되어 있는 화상에 대하여 노광 시간마다 모든 프로브 어레이 요소의 발광 강도를 조명 강도 얼룩 분포로부터 산출한 보정 계수에 의해 보정하는 보정 수단을 더 구비하고 있는 생화학 검사 장치.
- 제1항에 있어서,촬영 수단은 촬상 소자를 갖고, 촬상 소자는 CCD 카메라인 생화학 검사 장치.
- 생화학 검사용 어레이로부터 발생되는 광을 측정하여 생화학 반응을 해석하기 위한 생화학 검사 방법으로서,생화학 검사용 어레이에 여기광을 조사하고,여기광의 조사에 따라서 생화학 검사용 어레이로부터 발생되는 광 화상을, 노광 시간을 제1 파라미터로 규정된 초기치로부터 서서히 길게 하면서 반복 촬영하고,반복 촬영 동안, 촬영된 광 화상의 전체 픽셀 중의 최대 강도가 제2 파라미터로 규정된 강도 이상으로 되면 광 화상의 기록을 개시하고, 또한, 촬영된 광 화상의 전체 영역보다 작은 영역 내의 픽셀 중의 최소 강도가 제3 파라미터로 규정된 강도보다 커지면 광 화상의 기록을 종료하는 생화학 검사 방법.
- 제6항에 있어서,노광 시간을 규정의 비율로 길게 하는 생화학 검사 방법.
- 제6항에 있어서,보존되어 있는 화상에 대하여 노광 시간마다 모든 프로브 어레이 요소의 발광 강도를 조명 강도 얼룩 분포로부터 산출한 보정 계수에 의해 보정하는 생화학 검사 방법.
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