KR20060130039A - 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법, 질환 위험도판정 방법 및 판정용 어레이 - Google Patents

질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법, 질환 위험도판정 방법 및 판정용 어레이 Download PDF

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Abstract

본 발명은 질환의 발병하기 쉬움이나 진행되기 쉬움 등을 질환 위험도로서 정확하게 판정할 수 있어 질환의 예방 및 치료에 이용할 수 있는 질환 위험도 판정 방법, 해당 질환 위험도의 판정 등에 사용하기 위한 질환 위험도 판정용 유전자 다형을 결정하는 방법, 판정에 사용하기 위한 어레이, 유전자 다형 분석용 키트 및 질환 위험도 판정 장치 등을 제공한다. 질환 위험도의 판정의 주된 특징은 판정에 질환과 음(저항성)의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트를 이용하는 것, 특히 질환과 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트를 조합해서 이용하는 것이다.
질환 위험도 판정용 유전자 다형, 유전자 다형 분석용 키트, 유전자 다형 세트, 오즈비, 카이 제곱치, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도, 질환의 예방 및 치료

Description

질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법, 질환 위험도 판정 방법 및 판정용 어레이 {METHOD OF DETERMINING GENETIC POLYMORPHISM FOR JUDGMENT OF DEGREE OF DISEASE RISK, METHOD OF JUDGING DEGREE OF DISEASE RISK, AND JUDGMENT ARRAY}
본 발명은 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법에 관한 것이다. 또한 본 발명은 이러한 방법에 의해 결정된 유전자 다형을 이용해서 개개의 피험자에 대해 질환 위험도를 판정하는 방법에 관한 것이다. 더욱 상세하게는 각종 질환의 예방, 치료 및 진단에 이용할 수 있는 질환 위험도 판정 방법, 그것을 실효시키기 위해 사용할 수 있는 질환 위험도 판정 장치 및 질환 위험도 판정 프로그램에 관한 것이다.
또한 본 발명은 상기 질환으로서 당뇨병에 기인해서 생기는 동맥 경화성 질환에 관한 질환 위험도의 판정에 사용할 수 있는 질환 위험도 판정용 어레이, 질환 위험도 판정 방법, 유전자 마커, 및 분석 키트에 관한 것이다.
동맥 경화성 질환(허혈성 심질환)의 발증에는 고혈압, 당뇨병, 고지혈증, 비만, 흡연 등의 환경 요건이 위험 인자로서 관계하는 것이 알려져 있는데, 가족력 또한 위험 인자의 하나이다. 최근의 분자생물학적 수법의 발전에 의해 동맥 경화 에 관계하는 유전자상에 존재하는 여러 가지 유전자 다형이 밝혀지고 있고, 질병에의 관여가 연구되고 있다.
이러한 동맥 경화성 질환을 비롯해서 각종 질환에 대해, 피험자가 가지는 개개의 질환에 관여하는 유전자 다형의 유전자형 등의 정보에 근거해서 해당 피험자의 질환이 발병하기 쉬움이나 진행되기 쉬움 등의 이른바 「질환 위험도」를 판정할 수 있으면, 질환의 발증을 예방하거나 진행을 억제하기 위한 사전 대책이 가능해진다. 즉 그 질환 위험도가 높다고 판정된 피험 대상은 조기에 일상에서 질병의 예방에 유의할 수 있다. 또한 질환의 발증 가능성이나 발증 후의 진행도 등도 예측할 수도 있어 피험자에 따라 보다 세밀한 진단이나 치료가 가능해진다.
그러나 동맥 경화 질환을 비롯한 각종 질환에 관해서, 지금까지 보고되어 온 SNP를 포함하는 유전자 다형의 임상 관련 연구에 있어서는 단일의 유전자 다형을 조사해서 해당 유전자 다형에 대해 한 유전자형 집단과 다른 유전자형 집단에 있어서, 각각 환자와 건강한 정상인의 비율을 조사함으로써 질환이 발병하기 쉬움의 오즈비(Odds)를 산출했다(비 특허 문헌 1). 이러한 조사 방법에서는 대부분의 다형은 유의차가 없고, 유전자 다형으로부터 질환이 발병하기 쉬움이나 진행되기 쉬움 등의 질환 위험도를 예측할 수 없었다.
더욱이 검사를 받으면 그 중의 많은 피험자에 대해 높은 확률로 질환 위험도(질환이 발병하기 쉬움이나 진행되기 쉬움)를 예측할 수 있을 것 같은 방법은 전혀 존재하지 않았다.
또한 출원인은 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 유의한 양의 관 련성을 가지는 복수의 유전자 다형을 조합해서 동맥 경화성 질환을 판정하는 방법에 관해서, 2003년 4월 14일자로 국제 출원(PCT/IB03/01368)을 행하고 있다. 그 국제출원의 국제 조사에서 인용한 문헌(비 특허 문헌 2 내지 6)은 모두 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 유의한 양의 관련성을 가지는 유전자 다형에 언급하는 것에 지나지 않고, 질환 위험도의 판정에 「양의 관련성」과는 반대의 「음의 관련성」을 가지는 유전자 다형을 이용한다고 하는 발상은 전혀 기재되어 있지 않다.
비 특허 문헌 1: Yamada Y, Izawa H, Ichihara S, Takatsu F, Ishihara H, Hirayama H, Sone T, Tanaka M, Yokota M. Prediction of the risk of myocardial infarction from polymorphisms in candidate genes. N.Engl.J.Med. 2002;347 (24):1916-23
비 특허 문헌 2: Rauramaa R, et al., Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2000 Dec, vol.20, no.12, p.2657-2662
비 특허 문헌 3: Chapman CM, et al., Arteriosclerosis. 2001 Nov, vol.159, no.1, p.209-217
비 특허 문헌 4: McQuillan BM, et al., Circulation. 1999 May 11, vol.99, no.18, p.2383-2388
비 특허 문헌 5: Terry JG, et al., Stroke. 1996 Oct. vol.27, no.10, p.1755-1759
비 특허 문헌 6: Castellano M, et al, Circulation. 1995 Jun 1, vol.91, no.11, p.2721-2724
본 발명은, 질환이 발병하기 쉬움이나 진행되기 쉬움 등의 질환 위험도의 판정에 관한 종래의 문제를 해결하고, 이하의 목적을 달성하는 것을 과제로 한다.
즉 첫번째로 본 발명은 각종 질환에 대해 고유의 질환 위험도 판정용 유전자 다형을 결정하는 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다. 또한 두번째로 본 발명은 각종 질환에 대해 발병하기 쉬움이나 진행되기 쉬움 등을 판정할 수 있어 질환의 예방 및 치료에 이용할 수 있는 질환 위험도 판정 방법, 거기에 사용할 수 있는 질환 위험도 판정 장치 및 동맥 경화성 질환 위험도 판정 프로그램 등을 제공하는 것을 목적으로 한다. 또한 세번째로 본 발명은 질환 중에서도 특히 당뇨병에 기인해서 발병하는 동맥 경화성 질환에 대해 질환 위험도 판정용 어레이, 질환 위험도 판정 방법, 유전자 마커, 및 질환 고유의 유전자 다형 및 유전자 다형 세트를 검출하기 위한 분석 키트를 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명자 등은 당뇨병 환자를 대상으로 해서 유전자 다형과 동맥 경화성 질환의 판정 지표인 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 관계를 정량적으로 해석한 바, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와 음의 관련성(저항성)을 가지는 유전자 다형이 존재하는 것을 발견하고, 그러한 유전자 다형의 2 이상의 조합(유전자 다형 세트)에 의해 피험자에 대해 동맥 경화성 질환에 걸리기 어려움(발병하기 어려움)을 설명할 수 있는 것을 확인했다. 또한 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 양의 관련성(감수성)을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 상기 음의 관련성(저항성)을 가지는 유전자 다형 세트를 조합해서, 동맥 경화성 질환과의 관련을 검토했을 경우에는 양의 관련성(감수성)을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트만으로부터 판정하는 것보다도, 동맥 경화성 질환의 질환 위험도를 보다 고정밀도로 판정할 수 있는 것을 발견했다.
본 발명자에 관계되는 식견에 근거해서 더욱 검토를 진행시킨 바, 질환 위험도의 판정에 있어서, 동맥 경화성 질환뿐만 아니라 많은 질환에 대해 질환 감수성 유전자 다형(또는 유전자 다형 세트)과 질환 저항성 유전자 다형(또는 유전자 다형 세트) 양쪽 모두를 조합함으로써 보다 정밀도가 높은 결과를 얻을 수 있는 것을 확인했다. 또한 본 발명자는 상기 연구에 있어서 동맥 경화성 질환에 대해 이용한 질환 감수성 유전자 다형(또는 유전자 다형 세트)과 저항성 유전자 다형(또는 유전자 다형 세트)의 결정 방법을 다른 질환에 대해서도 마찬가지로 적용할 수 있을 것을 확신하고, 각종 질환에 고유의 유전자 다형(감수성 유전자 다형, 저항성 유전자 다형)의 결정 방법을 확립했다.
본 발명은 본 발명자 등의 상기 식견에 근거하는 것으로서, 상기 과제를 해결하기 위한 수단은 이하와 같다.
(1) 미리 지정된 복수의 유전자 다형 중에서, 유전자형을 지정해서 소정수의 유전자 다형을 빼내어 유전자 다형 세트로 하는 제1 단계,
질환의 지표, 및 유전자 형을 가지는 유전자 다형을 대응시켜 요소로 한 집합을 이용해서 상기 유전자 다형 세트에 관해서 상기 질환의 지표와의 관련성, 및 해당 관련성의 통계적 유의성을 계산하는 제2 단계, 및
계산된 상기 관련성이 음의 관련성이면서도 유의한 경우에, 상기 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 질환 위험도 판정용 유전자 다형으로서 채용하는 제3 단계를 포함하는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
(2) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이, 또는 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는, 심근경색 위험도 판정용 어레이.
(3) (b) 피험시료에 대해 검출된 유전자 다형을, 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정을 가지거나,
또한 상기 공정에 부가해서,
(b') 질환 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정, 및
(c) (b')의 결과로부터, 검출한 유전자 다형 세트에 대해 음의 관련성과 양의 관련성을 대비해서 그 편도를 산출하는 공정을 추가로 가지는 질환 위험도의 판정 방법.
(4) 유전자형을 포함하는 하나 이상의 유전자 다형으로 구성되는 제1 유전자 다형 세트, 및 해당 유전자 다형 세트와 질환 지표의 양의 관련성 또는 음의 관련성을 대응시킨 참조 테이블을 기록한 기록부와,
피험시료의 유전자형을 가지는 유전자 다형을 취득하는 인터페이스부와,
취득된 상기 피험시료의 유전자 다형 중 소정수의 유전자 다형으로 구성되는 제2 유전자 다형 세트와, 상기 참조 테이블에 있어서의 상기 제1 유전자 다형 세트를 조합하는 처리부를 구비하고,
상기 처리부가, 조합의 결과 일치하는 상기 제1 유전자 다형 세트가 있는 경우에, 해당 제1 유전자 다형 세트의 양의 관련성 또는 음의 관련성에 따라 상기 피험시료에 관한 편도를 계산하는, 질환 위험도 판정 장치.
(5) 컴퓨터에,
피험시료의 유전자형을 가지는 유전자 다형의 입력을 접수하는 기능,
유전자형을 가지는 하나 이상의 유전자 다형으로 구성되는 제1 유전자 다형 세트, 및 해당 유전자 다형 세트와 질환 지표의 양의 관련성 또는 음의 관련성을 대응시킨 참조 테이블을 기록부에 기록하는 기능,
상기 피험시료의 유전자 다형 중 소정수의 유전자 다형으로 구성되는 제2 유전자 다형 세트와, 상기 참조 테이블에 있어서의 상기 제1 유전자 다형 세트를 조합하는 기능, 및
조합의 결과 일치하는 상기 제1 유전자 다형 세트가 있는 경우에, 해당 제1 유전자 다형 세트의 양의 관련성 또는 음의 관련성에 따라 상기 피험시료에 관한 편도를 계산하는 기능을 실현시키기 위한 질환 위험도 판정 프로그램.
(6) 컴퓨터에,
피험시료의 유전자형을 가지는 유전자 다형의 입력을 접수하는 기능,
유전자형을 가지는 하나 이상의 유전자 다형으로 구성되는 제1 유전자 다형 세트, 및 해당 유전자 다형 세트와 질환 지표의 양의 관련성 또는 음의 관련성을 대응시킨 참조 테이블을 기록부에 기록하는 기능,
상기 피험시료의 유전자 다형 중 소정수의 유전자 다형으로 구성되는 제2 유전자 다형 세트와, 상기 참조 테이블에 있어서의 상기 제1 유전자 다형 세트를 조합하는 기능, 및
조합의 결과 일치하는 상기 제1 유전자 다형 세트가 있는 경우에, 해당 제1 유전자 다형 세트의 양의 관련성 또는 음의 관련성에 따라 상기 피험시료에 관한 편도를 계산하는 기능을 실현시키기 위한 질환 위험도 판정 프로그램을 기록한 컴퓨터 판독 가능한 기록 매체.
(7) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 마커, 또는 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는, 심근경색 저항성의 유전자 마커.
(8) (i) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 또는
(ii) 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는, 동맥 경화성 질환 저항성 유전자 다형 분석용 키트.
(9) 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는 심근경색 저항성 유전자 다형 분석용 키트.
도 1-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-2 이하).
도 1-B는 상기 도의 계속.
도 2-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-3 이하).
도 2-B는 상기 도의 계속.
도 3-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세 트를 나타낸다(Odds=-4 이하).
도 3-B는 상기 도의 계속.
도 4-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-5 이하).
도 4-B는 상기 도의 계속.
도 5-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-6 이하).
도 5-B는 상기 도의 계속.
도 6은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-7 이하).
도 7은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-8 이하).
도 8은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-9 이하).
도 9는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-10 이하).
도 10은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-2 이하).
도 11은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-3 이하).
도 12는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-4 이하).
도 13은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-5 이하).
도 14는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-6 이하).
도 15는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-7 이하).
도 16은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-8 이하).
도 17은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-9 이하).
도 18은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-10 이하).
도 19-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=2 이상).
도 19-B는 상기 도의 계속.
도 19-C는 상기 도의 계속.
도 20-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=3 이상).
도 20-B는 상기 도의 계속.
도 21은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=4 이상).
도 22는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=5 이상).
도 23은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=6 이상).
도 24는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=7 이상).
도 25는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=8 이상).
도 26은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=9 이상).
도 27은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=10 이상).
도 28은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=2 이상).
도 29는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=3 이상).
도 30은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트 를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=4 이상).
도 31은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=5 이상).
도 32는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=6 이상).
도 33은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=7 이상).
도 34는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=8 이상).
도 35는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=9 이상).
도 36은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=10 이상).
도 37-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 관련성을 가지는 유전자 다형을 열기한 것이다.
도 37-B는 상기 도의 계속.
도 38은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-2 이하).
도 39는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-3 이하).
도 40은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-4 이하).
도 41은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-5 이하).
도 42는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-6 이하).
도 43은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-7 이하).
도 44는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-2 이하).
도 45는 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-3 이하).
도 46은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-4 이하).
도 47은 동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-5 이하).
도 48-A는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=2 이상).
도 48B는 상기 도의 계속.
도 49A는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세 트를 나타낸다(Odds=3 이상).
도 49-B는 상기 도의 계속.
도 50은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=4 이상).
도 51은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=5 이상).
도 52는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=2 이상).
도 53은 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=3 이상).
도 54는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=4 이상).
도 55는 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=5 이상).
도 56은 심근경색에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-2 이하).
도 57은 심근경색에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-3 이하).
도 58은 심근경색에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=-4 이하).
도 59는 심근경색에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-2 이하).
도 60은 심근경색에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-3 이하).
도 61은 심근경색에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-4 이하).
도 62는 심근경색에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=-5 이하).
도 63은 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=2 이상).
도 64는 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=3 이상).
도 65는 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=4 이상).
도 66은 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=5 이상).
도 67은 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=6 이상).
도 68은 심근경색에 대해서 지의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=7 이상).
도 69는 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다(Odds=8 이상).
도 70은 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=2 이상).
도 71은 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=3 이상).
도 72는 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=4 이상).
도 73은 심근경색에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 열기한 것이다(Odds=5 이상).
도 74는 본 발명의 실시형태에 관계되는 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법을 나타내는 흐름도이다.
도 75는 본 발명의 실시형태에 관계되는 질환 위험도 판정 장치를 포함하는 시스템 전체를 나타내는 블럭도이다.
도 76은 본 발명의 실시형태에 관계되는 질환 위험도 판정 장치가 행하는 위험도의 판정 처리를 나타내는 흐름도이다.
도 77은 실시예 1의 결과를 나타내는 도면이다. 본 발명의 방법에 의해 판단된 동맥 경화성 질환 고위험도 예 또는 동맥 경화성 질환 저위험도 예가, 임상적 견지로부터의 판단과 일치하는 비율 및 일치하지 않는 비율을, 각각 「감수성(Sensitivity)률(정답률)」 및 「폴스 포지티브(false positive)율(오답률)」로서 구한 것이고, □는 감수성 「설명 SSNP」만, △는 저항성 「설명 SSNP」만, ●는 감수성 「설명 SSNP」 및 저항성 「설명 SSNP」의 양자에서, 추정한 감수성률(정답률), 및 폴스 포지티브율(오답률)의 계산값을 나타낸다.
<발명을 실시하기 위한 최선의 형태>
이하, 본 발명을 더욱 상세하게 설명한다.
(용어)
「유전자 다형」이란, 동일 집단 내에 있어서, 하나의 유전자좌위에 2종류 이상의 대립 유전자(allele)가 존재하는 유전자의 다양성을 의미한다. 구체적으로는 어느 집단에 있어서 일정한 빈도 이상으로 존재하는 유전자의 변이를 나타낸다. 여기서 말하는 유전자의 변이는 RNA로서 전사되는 영역으로 한정되는 것은 아니고, 프로모터, 인핸서 등의 제어 영역 등을 포함하는 인간 게놈 상에서 특정할 수 있는 모든 DNA에 있어서의 변이를 포함하는 것이다. 인간 게놈 DNA의 99.9％는 각 개인 사이에서 공통되어 있고, 남는 0.1％가 이러한 다양성의 원인이 되어, 특정의 질환에 대한 감수성, 약물이나 환경 인자에 대한 반응성의 개인차로서 관여할 수 있다. 유전자 다형이 있어도 표현형에 차이가 난다고는 할 수 없다. 또한 SNP(1 염기 다형)도 유전자 다형의 일종이지만, 본 발명이 대상으로 하는 유전자 다형은 이것으로 한정되지 않는다.
본 명세서에서 나타내는 유전자형(Genotype)은, 「1」은 치환 염기 중 염기의 알파벳 순서(A, C, G, T)로 앞에 오는 염기를 가지는 다형의 호모를, 「2」는 헤테로를, 「3」은 치환 염기 중 염기의 알파벳 순서로 뒤에 오는 염기를 가지는 다형의 호모를 나타낸다. 예를 들면 유전자 다형이, NCP-1(A-2518C)과 같이 나타내어지는 경우, A/A의 호모를 유전자형 1, 헤테로(A/G)를 유전자형 2, G/G의 호모를 유전자형 3이라고 한다. 「12」는 상기 1과 2의 유전자형(Genotype)의 양쪽의 유전자형, 「23」은 상기 2와 3의 유전자형(Genotype)의 양쪽의 유전자형을 나타낸다.
「유전자 다형 세트」 란, 복수의 유전자 다형의 조합을 말한다. 여기서 복수의 유전자 다형이란, 다른 유전자자리를 가지는 2종 이상의 유전자 다형을 의미한다. 또한 여기서 「유전자 다형」은 유전자형(Genotype)을 고려한 것이고, 그것을 포함하는 것이다. 즉 본 발명에 있어서 「유전자 다형」이란, 특양의 유전자형(Genotype)을 가지는 유전자 다형을 의미한다.
본 발명에 있어서 「유전자 다형 세트」란, 특히 대상으로 하는 질환에 대해서 조합 전체로서 음(저항성) 또는 양(감수성)의 관련성을 나타내는 「유전자 다형의 조합」을 말한다. 이러한 유전자 다형 세트(조합)의 일례를 나타낸 것이, 도 1 내지 도 9 및 도 38 내지 도 43〔동맥 경화성 질환에 대해서 음의 관련성을 나타내는 유전자 다형 세트 군〕, 도 19 내지 도 27 및 도 48 내지 도 51(동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 나타내는 유전자 다형 세트 군), 도 56 내지 도 58(심근경색에 대해서 음의 관련성을 나타내는 유전자 다형 세트 군), 도 63 내지 도 69(심근경색에 대해서 양의 관련성을 나타내는 유전자 다형 세트 군)이다. 즉 이들 각 도에 있어서, 각 행(횡 일렬)에는 전체적으로 질환에 대해서 정 또는 음의 관련성을 나타내는 유전자 다형(SNP)의 조합이 나타내어지게 된다. 또한 도 19 내 지 도 27에는 1행에, 2개 또는 3개의 유전자 다형이 나타내어져 있는 경우 외에, 단일의 유전자 다형이 나타내어져 있는 경우가 있다. 이 경우, 해당 유전자 다형은 단독으로 동맥 경화성 질환에 대해서 양의 관련성을 나타내는 유전자 다형이라고 말할 수 있다. 또한 본 명세서에서는 설명이 복잡해지는 것을 피하기 위해, 해당 단일의 유전자 다형에 대해서도 「유전자 다형 세트」로서 설명한다.
도 1을 예로 하면, 해당 도의 각 행에는 동맥 경화성 질환의 지표에 대해서 음의 관련성을 나타내는 유전자 다형 세트가 기재되어 있다. 구체적으로는 1행째에는 좌란으로부터 「CF12」(인자 XII 유전자)(유전자형: 3),「BKR1」(브라디키닌 B2 수용체 유전자)(유전자형: 3), 및 「IL-182」(인터루킨-18 유전자)(유전자형: 12)을 포함하는 유전자 다형 세트가 기재되어 있다. 「CF12」에는 46위가 G 또는 T인 대립 유전자가 존재하므로(도 37 참조), 상기 정의에 따르면, 좌란에는 「CF12」의 유전자 다형의 유전자형 3:T/T가 기재되어 있게 된다. 또한 「BKR1」에는 -58위가 C 또는 T인 대립 유전자가 존재하므로(도 37 참조), 마찬가지로 상기 정의에 따르면, 중란에는 「BKR1」의 유전자 다형의 유전자형 3:T/T가 기재되어 있게 된다. 또한 「IL-182」에는 -137위가 G 또는 C인 대립 유전자가 존재한다(도 37 참조). 여기서 유전자 다형 세트를 구성하는 「IL-182」의 유전자형이 「12」이기 때문에, 우란에는 「IL-182」의 유전자 다형의 유전자형 1:C/C와 2:C/G의 2개가 기재되어 있게 된다. 그래서 이들 3개의 유전자 다형이 가지는 유전자형의 조합을 생각하면, T/T(CF12)와 T/T(BKR1)와 C/C(Il-182)의 조합(세트), 및 T/T(CF12)와 T/T(BKR1)와 C/G(Il-182)의 조합(세트)의 두 가지의 유전자 다형 세트가 기재되어 있게 된다.
또한 여기서 이들 두 가지의 유전자 다형 세트를, 개개로 유전자 다형 세트로서 이용할 수도 있는데, C/C(Il-182)와 C/G(Il-182)를, C/?(Il-182)〔?는 가능한 후보, 여기에서는 G와 C를 의미한다〕로서 통합하여 T/T(CF12), T/T(BKR1) 및 C/?(Il-182)의 한 가지의 유전자 다형 세트로서 이용할 수도 있다.
「동맥 경화성 질환」이란, 넓게 허혈성 질환을 포함하는 것이고, 협심증, 심근경색, 뇌경색, 말초 동맥 폐색증이 포함된다. 본 발명이 대상으로 하는 동맥 경화성 질환은 특히 당뇨병에 기인해서 발병하는 동맥 경화성 질환이다. 「동맥 경화성 질환 위험도」란, 상기 동맥 경화성 질환의 발병하기 쉬움, 진행되기 쉬움을 나타내는 지표이다. 또한 「심근경색」은 동맥 경화성 질환의 일종인데, 「심근경색 위험도」란 동맥 경화성 질환 중에서도 특히 심근경색에 주목해서 그 발병하기 쉬움이나 진행되기 쉬움을 나타내는 지표이다.
(1)질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법
본 발명에 관련되는 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법은, 피험자가 어느 정도 질환에 걸리기 쉬운가, 또는 어느 정도 질환이 진행되기 쉬운가(질환 위험도)의 판정에 사용되는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법을 제공한다. 이하에 있어서는 동맥 경화성 질환을 예로 설명하는데, 본 발명은 이것으로 한정되지 않고, 유전자와의 관련성을 가지는 질환에 적용할 수 있다. 그 경우, 질환에 따른 판정 지표(예를 들면 동맥 경화성 질환이면 경동맥 내막 중막 복합체 비후도, 신증이면 뇨 중의 알부민 배설률, 심근경색이면 심전도상의 진구성(비정상 Q) 심근경색 파형의 유무 또는 심근경색의 과거 병력의 유무)을 이용해서 후술하는 상관성을 평가하면 된다(예를 들면 [일본 당뇨병 학회편 당뇨병 치료 가이드 2004-2005, 문광당] 참조).
(1-1)동맥 경화성 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 경우
본 발명에 관련되는 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법에 관해서 도 74에 나타낸 흐름도에 따라 설명한다. 또한 여기서의 처리는 CPU, 메모리, 기록장치(예를 들면 하드디스크), 조작 장치(예를 들면 키보드, 마우스), 표시장치(예를 들면 CRT 디스플레이) 등을 구비한 컴퓨터를 이용해서 행하는 것으로서 설명한다. 즉 처리 대상 데이터는 조작부 등으로부터 입력되어 기록부에 기록되어 있고, CPU가 메모리를 워크 영역으로서 사용해서 각 처리를 실행하고, 처리의 도중 결과, 최종 결과는 필요에 따라 기록음의 소정 영역에 기록된다.
우선, 사전에 목적 질환인 동맥 경화성 질환에 관계하는 유전자의 정보를, 문헌, 환자 진료 기록카드 등에서 수집해서, 본 결정 방법에서 사용하는 유전자 다형을 선택한다. 이 예비 선택은 당업자의 경험에 근거해서 행할 수도 있는데, 질환 명칭 또는 이것에 관련되는 말을 키워드로 해서, 컴퓨터를 이용해서 여러 가지 전문 기관에서 구축된 데이터 베이스를 검색하여 히트 건수 등에 따라 선택할 수 있다. 예비 선택된 유전자 다형의 일례를 도 37에 나타낸다.
도 37에는 여러 가지 문헌으로부터 취득한 약 200개의 유전자 다형 중에서, 경험에 의해 선택한 99개의 유전자 다형이 리스트 되어 있다(도 37의 상세한 설명은 후술한다). 또한 본 명세서에 있어서 나타내어지는 각 도의 번호는 지번(枝番) 이 명시적으로 나타내어져 있는 경우를 제외하고, 모든 지번을 포함하는 것으로 한다. 따라서, 도 37로 기재한 경우는 도 37-A 및 도 37-B를 의미한다.
도 74에 나타낸 흐름도는 상기의 예비 선택에 의해 선택된 소정수의 유전자 다형을 이용해서 행해진다.
또한 동맥 경화성 질환의 판정 지표로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)(이하, IMT라고 적는다)를 이용해서 유전자 다형과의 관련성을 통계적으로 해석한다. IMT의 측정에 관해서는 후술한다. 따라서, 미리 기록부에는 모집단의 구성요소인 각자의 질환의 판정 지표인 IMT와, 각자가 가지고 있는 유전자 다형(유전자형을 가진다. 이하 동일)가 대응되고, 피 해석 데이터로서 기록되어 있는 것으로 한다. 피 해석 데이터는 예를 들면 각자에 부여한 개인 ID를 이용해서 {개인 ID, IMT, 복수의 유전자 다형)의 형식으로 기록되어 있다.
단계 S1에 있어서, 단계 S2 이후의 처리에서 사용하는 임계치 TH1, TH2, 반복 처리의 카운터의 상한치 kmax를 설정하고, 카운터 k에 초기치로서 1을 설정한다. TH1 및 TH2는 각각 후술하는 Odds(오즈비) 및 Kai(카이 제곱치)에 대한 임계치이다. 여기서 TH1은 2 이상의 값, TH2는 통계적인 유의성을 결정하는 임계치이고, 0 이상의 값이다. 예를 들면 TH2=6.63이고, 이 경우, 대상으로 하는 사상이 일어나는 확률 P가 P＜0.01이다. 또한 상한치 kmax는 2 내지 5가 바람직하고, 보다 바람직하게는 2 또는 3이다. 해석이 번잡해지기는 하지만, 상한치 kmax가 6 이상, 즉 유전자 다형 6개 이상으로 구성되는 유전자 다형 세트에 대해서 처리를 행할 수 있다.
단계 S2에 있어서, 예비 선택한 유전자 다형 Gi(i=1 내지 n)중에서, 유전자형을 가지는 유전자 다형을 선택하고, 이것을 한 세트로 한다.
단계 S3에 있어서, 단계 S2에서 선택된 세트가, 그것보다 이전의 반복 처리에 있어서, 후술하는 단계 S4의 처리에서 유의성 있음으로 판단된 유전자 다형 세트를 포함하고 있는지의 여부를 판단하여, 포함하고 있다고 판단했을 경우, 단계 S5로 이행하고, 포함하지 않는다고 판단했을 경우, 단계 S4로 이행한다. k=1의 경우에는 단계 S4로 이행한다.
단계 S4에 있어서, 단계 S2에서 지정된 세트에 대해서 Odds(오즈비) 및 Kai(카이 제곱치)를 계산해서, Odds≤-TH1인 동시에 Kai≥TH2인 경우만, 세트와 대응시켜 Odds 및 Kai를 기록한다. 구체적으로는 그 세트를 구성하는 유전자 다형 Gj를 모두 포함하는 개인 ID에 대응하는 IMT를 이용해서 그 세트의 Odds를 계산한다. Odds(오즈비)의 계산방법은 문헌[Yamada Y, Izawa H, Ichihara S, Takatsu F, Ishihara H, Hirayama H, Sone T, Tanaka M, Yokota M. Prediction of the risk of myocardial infarction from polymophisms in candidate genes. N.Engl.J.Med. 2002;347(24):1916-23] 등에 의해 공지이고, Kai(카이 제곱치)의 계산 방법은 통계학상 주지이므로, 이들 계산방법의 자세한 것은 생략한다. 단, Odds의 값은 통상 0 이상의 값인데, 본 명세서 중에서는 공지의 방법으로 계산한 Odds가 1 이상인 경우, 그 값을 그대로 사용하는데, 1보다도 작은 경우에는 공지의 방법으로 계산한 Odds로부터 -1/Odds를 계산해서 이것을 Odds로 한다. 이때, 유전자 다형의 유전자형이 1과 2인 경우를 정리해서 하나의 세트로 할 수도 있는데, 유전자 다형의 유전 자형이 1인 경우와, 12를 정리했을 경우 양쪽 모두, Odds≤-TH1인 동시에 Kai≥TH2에 해당하는 경우에는 소정의 기준으로 취사 선택하는 것이 바람직하다. 예를 들면 Kai가 큰 쪽, Odds의 절대치가 큰 쪽, 또는 후술하는 제3 기여율이 큰 쪽을 채용하는 등에 의해 취사 선택한다.
단계 S5에 있어서, k개의 유전자 다형을 포함하는 모든 세트에 관해서, 단계 S2 내지 S4의 처리를 종료했는지의 여부를 판단하고, 종료할 때까지 단계 S2 내지 S4의 처리를 반복한다.
단계 S6에 있어서, k가 상한치 kmax 보다 큰지의 여부를 판단하고, k＞kmax가 아니라고 판단했을 경우, 단계 S7로 이행해서 카운터 k를 1증가시켜 단계 S2로 되돌아온다. 이것에 의해 k=1 내지 kmax까지 단계 S2 내지 S7이 반복된다.
이상의 단계 S2 내지 S7의 처리에 의해 질환 지표(여기서는 IMT)와 음의 관련성(Odds가 마이너스)을 가지는 세트가 결정된다. 예를 들면 도 37에 나타낸 유전자 다형을 이용해서 kmax=3, TH2=6.63으로 했을 경우, TH1=2로 설정하면 도 1에 나타낸 세트를 얻을 수 있고, TH1=3으로 설정하면 도 2에 나타낸 세트를 얻을 수 있다. 또한 각 도에 있어서의 각 항목의 의미는 후술한다. kmax=3, TH2=6.63의 조건으로, 마찬가지로 도 3은 TH1=4로 하고, 도 4는 TH1=5로 하고, 도 5는 TH1=6으로 하고, 도 6은 TH1=7로 하고, 도 7은 TH1=8로 하고, 도 8은 TH1=9로 하고, 도 9는 TH1=10으로 해서 얻어진 세트를 나타내고 있다.
단계 S8에 있어서, 단계 S2 내지 S7과 마찬가지로 양의 관련성(Odds가 플러스)을 가지는 세트를 결정하는 처리를 행하기 위해 카운터 k를 리셋트, 즉 k=1로 한다.
단계 S9 내지 S14에 있어서, 단계 S2 내지 S7과 같은 처리를 행한다. 단, 단계 S10에서는 그것보다 이전의 반복 처리에 있어서, 단계 S11의 처리에서 유의성 있음으로 판단된 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하고 있는지의 여부를 판단한다. 또한 단계 S11에 있어서는 Odds≥TH1인 동시에 Kai≥TH2인 경우만 세트와 대응시켜 Odds 및 Kai를 기록한다.
이상의 단계 S9 내지 S14의 처리에 의해 질환 지표(여기서는 IMT)와 양의 관련성(Odds가 플러스)을 가지는 세트가 결정된다. 예를 들면 도 37에 나타낸 유전자 다형을 이용해서 kmax=3, TH2=6.63으로 했을 경우, TH1=2로 설정하면 도 19에 나타낸 세트를 얻을 수 있고, TH1=3으로 설정하면 도 20에 나타낸 세트를 얻을 수 있다. kmax=3, TH2=6.63의 조건으로, 마찬가지로 도 21은 TH1=4로 하고, 도 22는 TH1=5로 하고, 도 23은 TH1=6으로 하고, 도 24는 TH1=7로 하고, 도 25는 TH1=8로 하고, 도 26은 TH1=9로 하고, 도 27은 TH1=10으로 해서 얻어진 세트를 나타내고 있다.
이상에서 동맥 경화성 질환의 위험도를 판정하는 경우에 유효한 유전자 다형 세트를 결정할 수 있었다.
또한 도 74에 나타낸 흐름도에 대해서 예를 들면 이하에 나타내는 바와 같이 여러 가지 수정을 행하고, 또는 처리의 추가를 행할 수 있다.
예를 들면 상기에서는 질환 지표(여기서는 IMT)와 양/음의 관련성 어느 것이나 동등하게 취급했지만, 어느 한쪽을 중시한 처리로 할 수도 있다. 즉 음의 관련 성을 중시하여, 우선 음의 관련성을 가지는 세트를 결정하고, 그 결과를 고려해서 양의 관련성을 가지는 세트를 결정할 수 있고, 반대로 양의 관련성을 중시하여, 최초로 양의 관련성을 가지는 세트를 결정하고, 그 결과를 고려해서 음의 관련성을 가지는 세트를 결정할 수 있다. 예를 들면 음의 관련성을 중시하는 경우, 도 74에 나타낸 단계 S10에 있어서, 그것보다 이전의 반복 처리에 있어서, 단계 S11의 처리에서 유의성 있음으로 판단된 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하고 있는지의 여부를 판단함에 부가해서, 단계 S4에서 유의성 있음으로 판단된 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하고 있는지의 여부를 판단하도록 하면 된다. 또한 양의 관련성을 중시하는 경우, 도 74에 나타낸 흐름도에 있어서, 단계 S4와 단계 S11에 있어서의 Odds의 판정식(Odds≤-TH1 및 Odds≥TH1)을 바꿔 넣고, 단계 S10에 있어서, 그것보다 이전의 반복 처리에 있어서, 단계 S11의 처리에서 유의성 있음으로 판단된 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하고 있는지의 여부를 판단함에 부가해서, 단계 S4에서 유의성 있음으로 판단된 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하고 있는지의 여부를 판단하도록 하면 된다. 그 결과 얻어지는 세트의 일례를, 도 38 내지 도 43, 및 도 48 내지 도 51에 나타낸다. 도 38 내지 도 43은 각각 TH1=2 내지 7의 값에 대응하는 음의 관련성을 가지는 세트를 나타낸다. 또한 도 48 내지 도 51은 각각 TH1=2 내지 5의 값에 대응하는 양의 관련성을 가지는 세트를 나타낸다.
또한 상기에서는 질환 위험도의 판정에 유효한 유전자 다형 세트를 결정했는데, 또한 유전자 다형의 수를 줄일 필요가 있는 경우에는 각각의 유전자 다형을 랭크 부여하고, 랭크에 따라 유전자 다형을 선별할 수 있다.
예를 들면 Odds에 따라 유전자 다형을 취사 선택할 수 있다. 그 결과, 예를 들면 도 1(TH1=2)에 대응해서 도 10에 나타낸 유전자 다형이 결정된다. 마찬가지로 도 11 내지 도 18을, 도 2(TH1=3) 내지 도 9(TH1=10)로부터, 도 28 내지 도 36 을, 도 19(TH1=2) 내지 도 27(TH1=10)로부터 각각 얻을 수 있다.
또한 보다 유효한 유전자 다형 세트를 선택하는 수법의 일례를 나타내면, 이하와 같다.
우선, 모집단 중의 피험자에 관해서, 도 74에 나타낸 일련의 처리에 의해 결정된 유전자 다형의 각각의 세트에 관해서, 각 케이스(질환자)마다, 몇 개의 유전자 다형 세트로 설명할 수 있는지를 결정해서 제1 기여율을 계산한다. 예를 들면 5 개의 세트(그 중의 하나의 세트를 세트 20으로 한다)로 케이스#210이 설명되었다고 하면, 그 증례(케이스#210)에 대한 하나의 세트(예를 들면 세트 20)의 제1 기여율(케이스에 대한 기여율)을 1/5=0.2로 한다.
다음에 세트가 설명한 각 케이스마다의 제1 기여율의 총계(세트 20이 10의 케이스를 설명했다고 하면, 10의 케이스에 대한 총계)을 구한 값으로부터, 각각의 유전자 다형의 유전자 형마다의 제2 기여율을 구한다. 예를 들면 세트 20이, SNP1-1과 SNP13-23의 2개의 유전자 다형을 포함하는 세트이면, 세트 20의 제1 기여율의 총계를 등분하여 유전자 다형의 유전자형마다 배당한다. 예를 들면 세트 20에 대한 제1 기여율의 총계가 1.4가 되었다고 하면, SNP1-1, SNP13-23에 각각 1.4/2=0.7을 할당한다. 모든 세트마다 제1 기여율의 총계를 각 유전자 다형에 할당하고(3개의 유전자형을 가지는 유전자 다형 세트라면 3 등분한다), 유전자 다형 의 유전자형마다의 제2 기여율을 계산한다. 또한 도 10 내지 도 18, 도 28 내지 도 37에서는 각 유전자 다형이, 제2 기여율(도시하지 않음)이 큰 순서로 위로부터 서열되어 있다.
또한 각각의 유전자 다형의 유전자형마다의 제2 기여율 중 최대치를, 그 유전자 다형의 제3 기여율로 하고, 최대 기여율을 나타내는 유전자 다형의 유전자형을 그 유전자 다형의 유효한 유전자형으로 한다. 예를 들면 ACE-DD(1)의 제2 기여율을 5, ACE-DD+D/I(1+2)의 제2 기여율을 2로 하면, ACE-DD를 유효한 유전자 다형으로 해서 제3 기여율을 5로 한다.
또한 도 74에 나타낸 일련의 처리에 의해 결정된 유전자 다형 세트 중, 상기의 유효한 유전자 다형을 포함하는 세트만을 선택한다. 예를 들면 ACE의 유효한 유전자형을 DD로 하면, DD+D/I(1+2)의 ACE 유전자형을 포함하고 있는 세트를 파기한다.
그 결과, 예를 들면 도 38(TH1=2)에 대응해서 도 44에 나타낸 유전자 다형이 결정된다. 마찬가지로 도 45 내지 도 47을, 도 39(TH1=3) 내지 도 43(TH1=7)으로부터, 도 52 내지 도 55를, 도 48(TH1=2) 내지 도 51(TH1=5)로부터 각각 얻을 수 있다. 도 44 내지 도 47에서는 유전자 다형이, 제3 기여율이 큰 것부터 순서대로 위로부터 서열되어 있다.
기여율은 각각의 유전자 다형과 IMT의 관련성, 즉 각각의 유전자 다형과 동맥 경화성 질환의 관련성의 정도를 나타내는 지표가 될 수 있다. 따라서, 기여율이 소정 이상인 유전자 다형을 선택함으로써, 보다 적은 유전자 다형을 이용해서 후술하는 위험도 판정을 행할 수 있다. 이때, 선택의 임계치를 적절히 지정하면, 정밀도를 거의 저하시키지 않는다.
또한 임상 데이터가 증가했을 경우, 그것들을 포함하는 새로운 피 해석 데이터의 집합에 대해서 상기한 질환 위험도 판정용 유전자 다형 결정 방법을 적용함으로써 보다 유효한 유전자 다형 세트를 결정할 수 있고, 질환 위험도의 판정 정밀도를향상시킬 수 있다.
또한 개인의 유전자 다형 정보 자체를 ID로서 이용할 수 있다. 예를 들면 상기한 것처럼 피 해석 데이터가 {개인 ID, 질환 지표의 값, 복수의 유전자 다형}의 형식으로 기록되어 있고, 개인 ID가 각 병원에 의해 부여되어 관리되고 있는 경우, 대상자가 병원을 바꾸면 개인 ID도 바뀌어 버리고, 개인의 이력을 추적할 수 없어 피 해석 데이터를 유효하게 이용할 수 없다. 그러나 유전자 다형 정보는 불변의 개인 고유의 정보이므로, 유전자 다형 정보 자체를 ID로서 사용함으로써 개인 ID를 사용하지 않고서 과거의 피 해석 데이터, 특히 과거의 질환 지표의 값(예를 들면 동맥 경화성 질환이면 IMT의 측정치)을 이용할 수 있다. 이것에 의해 개인의 이력을 고려한 해석을 행할 수 있고, 질환 위험도의 판정에 보다 유효한 유전자 다형을 결정할 수 있다. 여기서 피 해석 데이터는 {개인 ID, 질환 지표의 값, 복수의 유전자 다형}으로 한정되지 않고, 질환 지표의 값 이외에 여러 가지 임상 데이터 등이 부가되어 있을 수 있다.
(1-2) 심근경색 위험도 판정용 유전자 다형의 경우
심근경색에 관해서도, 질환의 지표로서 심전도상의 진구성(비정상 Q) 심근경 색 파형의 유무 또는 심근경색의 과거 병력의 유무를 사용해서 상기와 같은 처리를 행함으로써 위험도의 판정에 유효한 유전자 다형, 및 유전자 다형의 세트를 결정할 수 있다.
예를 들면 도 56 내지 도 58은 각각 TH1=2 내지 4로서 결정한, 심근경색과 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다. 또한 도 63 내지 도 69는 각각 TH1=2 내지 8로서 결정한, 심근경색과 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 나타낸다. 또한 도 59 내지 도 62는 각각 도 56 내지 도 58(TH1=2 내지 3)을 이용해서 결정한 유전자 다형을 나타낸다. 또한 도 70 내지 도 73은, 각각 도 63 내지 도 69(TH1=2 내지 8)를 이용해서 결정한 유전자 다형을 나타낸다.
또한 도 37 기재의 유전자 다형은 하기의 군으로 분류할 수 있다.
a) 지질 관련 유전자 다형군
b) 혈압 관련 유전자 다형군
c) 대사 관련 유전자 다형군
d) 인슐린 저항성 관련 유전자 다형군
c) 접착 인자 관련하는 유전자 다형군
f) 산화 스트레스 관련 유전자 다형군
g) 염증 반응 관련 유전자 다형군
h) 응고선용계 관련 유전자 다형군
i) 비만 관련 유전자 다형군
j) 세포 증식 또는 혈관 증식 관련 유전자 다형군.
여기서 어느 인자에게 관련하는 유전자 다형군이란, 해당 인자에 관련되는 유전자의 엑손, 인트론에 존재하는 다형에 한하지 않고, 프로모터 영역, 3' 비번역 영역, 5' 비번역 영역 등에 존재하는 다형도 포함된다. 일반적으로 코딩 영역 중의 다형은 아미노산 서열을 변화시키거나 mRNA의 발현량을 변화시키는 경우가 있고, 조절 영역 중의 다형이라도 mRNA의 발현량을 변화시키거나 스플라이싱을 변화시키는 경우가 있어, 어느 것이나 단백질의 발현량이나, 성질을 변화시킬 가능성도 있다.
보다 구체적으로,
a) 지질 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
ABCA1, HUMPONA, PPAR 감마, 간 리파제(C-480T), Apo E(Cys112Arg), PON1(Gly192Arg), 마이크로좀 트리글리세라이드 수송체 단백질(G-493T), CETP(Arg451Glu), 지단백질 리파제(Ser447STOP), PPAR 감마(Leu162Val), ABCC6(C3421T), 아포지단백질 E(엑손 4 중 E3(Arg 158Cys), 아디포넥틴(T94G), 아디포넥틴(G276T), 스카빈저 수용체 BI=CLA-1(G4A(Gly2SEr)), LDL 수용체 관련 단백질(C766T), 아디포넥틴(Arg112Cys), 스카빈저 수용체 BI=CLA-1(G403A(Val135Ile)) 등을 들 수 있다.
b) 혈압 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
도파민-D2 수용체(Ser311Cys), ACE(I/D), AT2-수용체(A1166C), 안지오텐시노겐(t704c), HANP(T2238C), HANP(C708T), 브라디키닌 B2 수용체(C-58T), 엔도텔린-1(G5665T) 등을 들 수 있다.
c) 대사 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
알파 에스트로겐 수용체(P vuII), MTHFR(C677T), CYP2J2*2(A14487G), CYP2J2*3(C14532T), CYP2J2*4(15028T), CYP2J2-6(A25661T), CYP2C9*3(Leu359Ile), CYP3A4(A-290G)등을 들 수 있다.
d) 인슐린 저항성 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
Enos(T-786C), 글리코겐 신타제((M416V), IRS-1(G3494A(Gly972Arg)), Enos(Glu298Asp(G894T)), TGF 베타(T29C(Leu10Pro)), 레시스틴(ATG repeat)(1:6/6, 2:6/7, 3:7/7, 4:7/8, 5:8/8), RAGE(Gly82Ser), PGC-1(G1302A(Thr394Thr)), PGC-1(G1564A(Gly482Ser)) 등을 들 수 있다.
e) 접착 인자 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
P-셀렉틴(A76666C(Thr715Pro)), 프락탈킨 수용체(G84635A (Val249Ile)), 콘넥신 37(C1019T(Pro319Ser)), E-셀렉틴(G98T), E-셀렉틴(Ser128Arg), ICAM1(E469K), 당단백질 VI(Ser219Pro), 당단백질 Ia (C807T) 등을 들 수 있다.
f) 산화 스트레스 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
p22phox(C242T(His72Tyr)), 미토콘드리아(A5178C), 미토콘드리아(A12026G), EPHX2(엑손 13 내의 Arg402-403ins.), 미토콘드리아(C1310T), 미토콘드리아(T14577C) 등을 들 수 있다.
g) 염증 반응 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
IL-6(G-174C), CRP(G1059C), TNF 알파(G-238A), 인터루킨 6(C-634G), MPO(G-463A), TNF-알파(G-308A), CD18(C1323T), LTA(A252G), LTA(C804A (Thr26Asn)), C-C chemokine 수용체 2(G190A), 인터루킨 10(G-1082A), 인터루킨 1 베타(C3953T), IL-18(C-607A), IL-10(C-819T), IL-18(G-137C), 인터루킨 1 수용체 길항제(인트론 2 내의 탄뎀 반복(2 반복)) 등을 들 수 있다.
h) 응고선용계 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
PIIbIIIa(C1565T(PIA2)), 트롬보모둘린(G-33A), 인자 XII, 세로토닌 2 수용체(T102C), PAI-1(4G-668/5G), GPla(A1648G), 베타 Fib(C 148T), 프로트롬빈(G20210), 알파-Fib(Thr312Ala), 인자 V(G1691A), GP Ia(G873A), 트롬보스폰딘 4(G1186C(Ala387Pro)), 트롬보스폰딘-1(A2210G), 본 빌레브란트 인자(G-1051A), 트롬보포이에틴(A5713G)등을 들 수 있다.
i) 비만 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
베타 3 아드레노 수용체(Trp64Arg), 베타 2 아드레노 수용체(C79T), 베타-아드레날린 수용체(A46G), 베타 2 아드레노 수용체(C491T) 등을 들 수 있다.
j) 세포 증식 또는 혈관 증식 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형으로서는,
VEGF(C-634G), 글루타메이트-시스테인 리가제(C-588T) 등을 들 수 있다.
또한 본 발명에서 이용하는 유전자 다형에 포함시킬 수 있는 유전자 다형으로서 그 외에,
신경펩티드 Y(T1128C(Leu7Pro)), MMP-12(A-82G), mmp-9=겔라티나제 B(C-1562T), MCP-1(A-2518G), HPA-2(Thr145Met), MMP7(C-153T), 마트릴린 프로모터(A-18 1G), AMPD(C34T), 메티오닌 신타제(A2756G(Asp919gly)), 매트릭스 Gla 단백질 (G-7A) 등도 들 수 있다.
(2) 질환 위험도 판정용 어레이
본 발명은 피험자가 보유하는 유전자 다형에 근거해서 해당 피험자에 대해 질환의 걸리기 쉬움이나 진행되기 쉬움(질환 위험도)을 판정하기 위해 사용되는, 질환 위험도 판정용 어레이를 제공한다. 본 발명에 관련되는 어레이는 이러한 유전자 다형을 검출하기 위한 프로브를 고밀도로 정렬시켜, 실리콘 웨이퍼나 유리 슬라이드 등의 지지체 상에 고정화한 것이다. 여기서 프로브로서는 특양의 유전자 다형을 특이적으로 인식해서 포착하는 것이면 된다. 구체적으로는 유전자 다형에 대응하는 염기 서열 또는 그 상보 서열의 전부 또는 일부를 포함하는 염기 서열을 가지는 프로브를 들 수 있다.
본 발명은 특히 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이, 및 심근경색 위험도 판정용 어레이를 제공한다.
(2-1) 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이
본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 동맥 경화성 질환의 걸리기 쉬움(발병하기 쉬움)이나 진행되기 쉬움을 판정하기 위해 사용할 수 있다. 아주 적합하게는 당뇨병 또는 그 경향이 있는 피험자에 대해서 동맥 경화성 질환의 위험도를 판정하기 위해 사용할 수 있다. 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 동맥 경화성 질환의 판정 지표가 되는 "경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)"와의 사이에 유의한 음(저항성)의 관련성을 가지는 「음(저항성)의 유전자 다형 세트」를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가진다고 하는 특 징을 가진다. 유전자 다형 세트가 IMT에 대해서 「음의 관련성」이 있는지의 여부는 상기 (1)의 방법으로 구해진 오즈비(Odds)로부터 판단할 수 있다. 즉 Odds의 값이 부(마이너스)인 경우를 「음의 관련성」이 있다고 하고, 반대로 Odds의 값이 정(플러스)인 경우는 「양의 관련성」이 있다고 판정할 수 있다. 또한 이 정 또는 음의 관련성에 유의성이 있는지의 여부는 Kai치로 평가할 수 있다.
이러한 「음(저항성)의 유전자 다형 세트」로서, 구체적으로는 도 1 내지 도 9 및 도 38 내지 도 43의 각 도에 게재하는 「음(저항성)의 유전자 다형 세트」를 예시할 수 있다. 보다 상세하게는 도 1 내지 도 9 및 도 38 내지 도 43의 각 도에 있어서, 각 행(횡 일렬)에 열기한 유전자 다형(SNP)의 조합이, 하나의 「동맥 경화성 질환에 관한 음(저항성)의 유전자 다형 세트」를 의미한다. 또한 앞서 설명한 바와 같이 예를 들면 도 1은 「도 1-A」와 거기에 이어지는 「도 1-B」라고 하는 지번으로 표시된 2개 도로 구성되어 있는데, 단지 「도 1」이라고 하는 경우는 「도 9-A」와 「도 9-B」 양쪽 모두를 가리키는 것이다(이하, 지번으로 표시되는 도를 포함하는 것에 대해서도 같음). 또한 여기서 「유전자 다형」이란, 전술한 바와 같이 유전자형(Genotype)을 포함하는 것, 즉 특유의 유전자형을 가지는 유전자 다형을 의미한다. 상기 각 도에 있어서, 유전자 다형을 「유전자 약칭」으로서, 또한 유전자형을 「Genotype」으로서 나타낸다. 각 유전자 다형에 관한 상세한 정보는 도 37에 나타내는 바와 같다.
본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 이러한 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가진다. 도 1 내지 도 9 중에서도 바람직하게는 도 5 내지 9 중 어느 것, 보다 바람직하게는 도 6 내지 도 9 중 어느 것, 더욱 바람직하게는 도 7 내지 도 9 중 어느 것, 특히 바람직하게는 도 8 내지 도 9 중 어느 것이다. 또한 유전자 다형 세트의 선택은, 특별히 제한되지 않고 임의로 행할 수 있는데, 그때에 각 도에 있어서 유전자 다형 세트마다 기재되어 있는 Odds치와 Kai치를 지표로 할 수 있다. 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 이러한 Odds치와 Kai치로 평가하여 IMT에 대해서 음(저항성)의 관련성이 높은 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 구비하고 있는 것이 바람직하다.
본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 검출용 프로브로서 도 10에 기재하는 유전자 다형군, 도 11에 기재하는 유전자 다형군, 도 12에 기재하는 유전자 다형군, 도 13에 기재하는 유전자 다형군, 도 14에 기재하는 유전자 다형군, 도 15에 기재하는 유전자 다형군, 도 16에 기재하는 유전자 다형군, 도 17에 기재하는 유전자 다형군, 및 도 18에 기재하는 유전자 다형군으로부터 선택되는 하나의 유전자 다형군의 반수 이상, 바람직하게는 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 9할 이상, 보다 바람직하게는 모든 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것이 바람직하다.
여기서 도 10 내지 도 18은 상기 도 1 내지 도 9에 근거해서 Odds마다 IMT와 음(저항성)의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형으로 분류한 도이다. 즉 도 10은 도 1에 근거해서 Odds가 -2 이하(즉 Odds비가 「1/2」 이 하)를 나타내는 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이고, 마찬가지로 도 11은 도 2에 근거해서 Odds가 -3 이하(즉 Odds가 「1/3」 이하), 도 12는 도 3에 근거해서 Odds가 -4 이하(즉 Odds가 「1/4」 이하), 도 13은 도 4에 근거해서 Odds가 -5 이하(즉 Odds가 「1/5」 이하), 도 14는 도 5에 근거해서 Odds가 -6 이하(즉 Odds가 「1/6」 이하), 도 15는 도 6에 근거해서 Odds가 -7 이하(즉 Odds가 「1/7」 이하), 도 16은 도 7에 근거해서 Odds가 -8 이하(즉 Odds가 「1/8 」 이하), 도 17은 도 8에 근거해서 Odds가 -9 이하(즉 Odds가 「1/9」 이하), 도 10은 도 9에 근거해서 Odds가 -10 이하(즉 Odds가 「1/10) 이하)를 나타내는 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이다.
각 도에 나타내어지는 유전자 다형군 중에서 반수 이상, 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 또는 9할 이상의 유전자 다형을 선택하는 경우는 제한은 되지 않지만, 컬럼의 차례에 따라서 상위로부터 중점적으로 선택되는 것이 바람직하다.
또한 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 또한 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가질 수도 있다. 도 38 내지 도 43 중에서도 바람직하게는 도 39 내지 도 43 중 어느 것, 보다 바람직하게는 도 40 내지 도 43 중 어느 것, 더욱 바람직하게는 도 41 내지 도 43 중 어느 것, 특히 바람직하게는 도 42 내지 도 43 중 어느 것이다. 전술한 바와 같이 판정용 어레이는 각 도에 있어서 유전자 다형 세트마다 기재되어 있는 Odds치와 Kai치로 평가하여 IMT에 대해서 음(저항성)의 관련성이 높은 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 구비하고 있는 것이 바람직하다.
이러한 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 검출용 프로브로서 도 44에 기재하는 유전자 다형군, 도 45에 기재하는 유전자 다형군, 도 46에 기재하는 유전자 다형군, 및 도 47에 기재하는 유전자 다형군으로부터 선택되는 하나의 유전자 다형군의 반수 이상, 바람직하게는 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 9할 이상, 보다 바람직하게는 모든 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것이 바람직하다. 여기서 도 44 내지 도 47은 상기 도 38 내지 도 43에 근거해서 Odds마다 IMT와 음(저항성)의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형으로 분류한 도이다. 즉 도 44는 도 38에 근거해서 Odds가 -2 이하(즉 Odds가 「1/2」 이하)를 나타내는 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이고, 마찬가지로 도 45는 도 39에 근거해서 Odds가 -3 이하(즉, Odds가 「1/3」 이하), 도 46은 도 40에 근거해서 Odds가 -4 이하(즉 Odds가 「1/4」 이하), 도 47은 도 41에 근거해서 Odds가 -5 이하(즉 Odds가 「1/5」 이하)를 나타내는 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이다. 도 10 내지 도 18과 마찬가지로 각 도에 나타내어지는 유전자 다형군 중에서 반수 이상, 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 또는 9할 이상의 유전자 다형을 선택하는 경우는 컬럼의 차례에 따라 상위로부터 중점적으로 선택되는 것이 바람직하다.
본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 전술하는 음(저항성)의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브에 부가해서, 양( 감수성)의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브 또는 양(감수성)의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것이 바람직하다.
「양(감수성)의 유전자 다형」이란, 동맥 경화성 질환 판정의 지표가 되는 "경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)"와의 사이에 유의한 양의 관련성을 가지는 유전자 다형을 말한다. 또한 「양(감수성)의 유전자 다형 세트」란, IMT와의 사이에 유의한 양(감수성)의 관련성을 가지는 "유전자 다형의 조합물"을 의미한다. 또한 유전자 다형 세트가 IMT에 대해서 「양의 관련성」이 있는지의 여부는 상기 (1)에 기재하는 방법으로 구해진 Odds로부터 판단할 수 있다. 즉 Odds의 값이 정(플러스)인 경우를 「양의 관련성」이 있다고 판정할 수 있다. 또한 이 양의 관련성에 유의성이 있는지의 여부는 Kai치로 평가할 수 있다.
구체적으로는 도 19 내지 도 27 및 도 48 내지 도 51에 이러한 「양(감수성)의 유전자 다형 세트」를 나타낸다. 보다 상세하게는 도 19 내지 도 27 및 도 48 내지 도 51의 각 도에 있어서, 각 행(횡 일렬)에 열기한 유전자 다형(SNP)의 조합이, IMT와의 사이에 양(감수성)의 관련성을 가지는 「양(감수성)의 유전자 다형 세트」를 의미한다. 또한 각 도에 있어서, 1행에 단일의 유전자 다형이 나타내어져 있는 경우는 해당 유전자 다형은, 단독으로 IMT와의 사이에 양(감수성)의 관련성을 가지는 「양(감수성)의 유전자 다형］이다(예를 들면 도 19에 있어서의 「GSY」 등).
구체적으로는 본 발명의 동맥 경화성 질환 판정용 어레이는 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검 출용 프로브에 부가해서, 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가진다. 또한 도 19 내지 도 27 중에서도 바람직하게는 도 23 내지 도 27 중 어느 것, 보다 바람직하게는 도 24 내지 도 27 중 어느 것, 더욱 바람직하게는 도 25 내지 도 27 중 어느 것, 특히 바람직하게는 도 26 내지 도 27 중 어느 것이다.
이러한 판정용 어레이는 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 검출하는 프로브로서, 검출용 프로브로서 도 28에 기재하는 유전자 다형군, 도 29에 기재하는 유전자 다형군, 도 30에 기재하는 유전자 다형군, 도 31에 기재하는 유전자 다형군, 도 32에 기재하는 유전자 다형군, 도 33에 기재하는 유전자 다형군, 도 34에 기재하는 유전자 다형군, 도 35에 기재하는 유전자 다형군, 및 도 36에 기재하는 유전자 다형군으로부터 선택되는 하나의 유전자 다형군의 반수 이상, 바람직하게는 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 9할 이상, 보다 바람직하게는 모든 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것이 바람직하다.
여기서 도 28 내지 도 36은 도 19 내지 도 27에 근거해서 Odds마다 IMT와 양(감수성)의 관련성을 가지는 유전자 다형을 분류한 도이다. 즉 도 28은 도 19에 근거해서 Odds가 2 이상을 나타내는 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이고, 마찬가지로 도 29는 도 20에 근거해서 Odds가 3 이상, 도 30은 도 21에 근거해서 Odds가 4 이상, 도 31은 도 22에 근거해서 Odds가 5 이상, 도 32는 도 23에 근거해서 Odds가 6 이상, 도 33은 도 24에 근거해서 Odds가 7 이상, 도 34는 도 25에 근거해서 Odds가 8 이상, 도 35는 도 26에 근거해서 Odds가 9 이상, 도 36은 도 27에 근거해서 Odds가 10 이상인 것을 나타내는 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이다. 이들 도 28 내지 도 36의 각 도에 나타내어지는 유전자 다형군 중에서 반수 이상, 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 또는 9할 이상의 유전자 다형을 선택하는 경우는 컬럼의 차례에 따라서 상위로부터 중점적으로 선택되는 것이 바람직하다.
또한 본 발명의 동맥 경화성 질환 판정용 어레이는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브에 부가해서, 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것일 수 있다. 또한 도 48 내지 도 51 중에서도 바람직하게는 도 49 내지 도 51 중 어느 것, 보다 바람직하게는 도 50 내지 도 51 중 어느 것이다.
이러한 판정용 어레이는 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 검출하는 프로브로서, 검출용 프로브로서 도 52에 기재하는 유전자 다형군, 도 53에 기재하는 유전자 다형군, 도 54에 기재하는 유전자 다형군, 및 도 55에 기재하는 유전자 다형군으로부터 선택되는 하나의 유전자 다형군의 반수 이상, 바람직하게는 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 9할 이상, 보다 바람직하게는 모든 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것이 바람직하다.
여기서 도 52 내지 도 55는 도 48 내지 도 51에 근거해서 Odds마다 IMT와 양(감수성)의 관련성을 가지는 유전자 다형을 분류한 도이다. 즉 도 52는 도 48에 근거해서 Odds가 2 이상을 나타내는 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다 형을 든 것이고, 마찬가지로 도 53은 도 49에 근거해서 Odds가 3 이상, 도 54는 도 50에 근거해서 Odds가 4 이상, 도 55는 도 51에 근거해서 Odds가 5 이상을 나타내는 양의 유전자 다형, 및 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이다. 이들 도 52 내지 도 55의 각 도에 나타내어지는 유전자 다형군 중에서 반수 이상, 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 또는 9할 이상의 유전자 다형을 선택하는 경우는 컬럼의 차례에 따라서 상위로부터 중점적으로 선택되는 것이 바람직하다.
본 발명자는 상기 여러 가지 요건을 검토한 결과, 당초의 예측대로, 도 37에 기재하는 유전자 다형이 동맥 경화성 질환, 특히 당뇨병에 기인하는 동맥 경화성 질환의 위험도의 판정에 유용하고, 이러한 유전자 다형을 단독 또는 조합해서 이용함으로써 동맥 경화성 질환의 위험도를 높은 정밀도로 판정할 수 있는 것을 확인했다. 따라서, 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 검출용 프로브로서 도 37에 기재하는 99개의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것으로 할 수도 있다.
본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 피험자에 대해 동맥 경화성 질환에 대한 저항성(걸리기 어려움)을 평가하기 위해 사용할 수 있다. 이것은 구체적으로는 예를 들면 어레이 상의 검출용 프로브와 피험시료로부터 조제한 프로브를 혼성화시켜 피험자에 대해 검출된 유전자 다형을, 동맥 경화성 질환의 판정 지표인 경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합함으로써 실시할 수 있다. 이때 얻어지는, 피험자가 IMT와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 가지고 있는지의 여음의 정보는 피험자가 동 맥 경화성 질환에 저항성인지의 여부(걸리기 어려운지의 여부)의 평가에 유효하게 이용된다.
또한 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 피험자에 대해 동맥 경화성 질환에 대한 저항성 및 감수성을 평가하기 위해 사용할 수 있다. 이것은 구체적으로는 예를 들면 어레이 상의 검출용 프로브와 피험시료로부터 조제한 프로브를 혼성화시켜 피험자에 대해 검출된 유전자 다형을, 동맥 경화성 질환의 판정 지표인 IMT와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트, 및 IMT와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 조합함으로써 실시할 수 있다. 이 때 얻어지는 정보(피험자가 IMT와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 가지고 있는지의 여부, IMT와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트를 가지고 있는지의 여음의 정보)는 피험자의 동맥 경화성 질환에 대한 저항성 및 감수성을 평가하기 위해 사용할 수 있다.
또한 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 피험자에 대해 동맥 경화성 질환에 대한 위험도의 유무나 그 고저(걸리기 쉬움이나 진행되기 쉬움의 유무 및 그 정도)를 평가하기 위해 사용할 수 있다. 이것은 구체적으로는 예를 들면 어레이 상의 검출용 프로브와 피험시료로부터 조제한 프로브를 혼성화시켜, 검출된 유전자 다형을, IMT와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트, 및 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 조합하여, 검출된 유전자 다형에 대해 얻어진 음의 관련성 또는 양의 관련성에 대한 편도를 구함으로써 실시할 수 있다. 이때 얻어지는 정보(피험자가 가지는 유전자 다형에 대해 음의 관련성과 양의 관련성의 편도에 관한 정보)는 피험자의 동맥 경화성 질환에 대한 위험도의 평가에 유효하게 이용된다.
이러한 경우, 조합에 사용되는 IMT와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상인 것이 바람직하다. 또한 조합에 사용되는 IMT와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트는 상기에서 음의 유전자 다형 세트로서 도 1 내지 도 9 중 어느 한 항에 기재되어 있는 세트를 사용했을 경우는 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상인 것이 바람직하고, 상기에서 음의 유전자 다형 세트로서 도 38 내지 도 43 중 어느 한 항에 기재되어 있는 세트를 사용했을 경우는 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상인 것이 바람직하다.
동맥 경화성 질환 위험도의 판정은 예를 들면 이하와 같이 행할 수 있다.
양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 수 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 수
케이스 1 +++ ＞ - → 고위험도
케이스 2 +++ ＞ 0 → 고위험도
케이스 3 + ＞ --- → 저위험도
케이스 4 0 ＞ --- → 저위험도
예를 들면 피험시료로부터 검출되는 유전자 다형을 IMT와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트(예를 들면 도 1 내지 도 9, 또는 도 38 내지 도 43), 및 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트(예를 들면 도 19 내지 도 27 또는 도 48 내지 도 51)와 조합했을 경우에 있어서, 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 토탈수가 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 토탈수보다도 많은 피험자(케이스 1)는 동맥 경화성 질환 고위험도 예로 판정된다. 또한 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 가지지만, 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 가지지 않는 피험자(케이스 2)도 동맥 경화성 질환 고위험도 예로 판정된다. 한편, 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 토탈수가 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 토탈수보다 적은 피험자(케이스 3)는 동맥 경화성 질환 저위험도 예로 판정된다. 또한 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 가지지만, 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 가지지 않는 피험자(케이스 4)도 동맥 경화성 질환 저위험도 예로 판정된다.
즉 피험자로부터 검출된 유전자 다형의 양의 관련성(감수성)과 음의 관련성(저항성)의 편도를 구하고, 양의 관련성이 유의하게 많은 경우에는 해당 피험자는 동맥 경화성 질환의 위험도가 높다(또는 발증)고 판정, 음의 관련성이 유의하게 많은 경우에는 해당 피험자는 동맥 경화성 질환의 위험도가 낮다(또는 비발증)고 판정할 수 있다.
바람직하게는 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이는 피험자에 있어서의 임상적 소견(예를 들면 IMT)과 대비했을 경우에, 정답률(임상적 소견과 일치하는 확률)이 60％ 이상, 바람직하게는 65％ 이상, 보다 바람직하게는 70％ 이상이고, 오답률(임상적 소견과 일치하지 않는 확률)이 45％ 이하, 바람직하게는 40％ 이하, 보다 바람직하게는 40％ 이하가 되는 결과를 얻을 수 있는 것이 바람직하다. 이 경우의 임상적 소견으로서는 예를 들면 피험자의 경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)가 1.1㎜ 미만을 비동맥 경화 질환예, IMT가 1.1㎜ 이상을 동맥 경화 질환예로 하는 방법을 예시할 수 있다. 또한 다른 방법으로서 중회귀 분석에 있어서의 경동맥 내막 중막 복합체의 평균 비후도의 증분(△IMT)이 0.2㎜이상인 경우, 또는 중회귀 분석에 있어서의 경동맥 내막 중막 복합체의 최대 비후도의 증분(△PIMT)이 0.3 ㎜이상인 경우를 동맥 경화 질환예로 하고, 그 이외의 경우를 비동맥 경화 질환예로 하는 방법을 들 수도 있다.
(1-2) 심근경색 위험도 판정용 어레이
본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 심근경색의 걸리기 쉬움(발병하기 쉬움)이나 진행되기 쉬움을 판정하기 위해 사용할 수 있다. 아주 적합하게는 당뇨병 환자 또는 경계형 당뇨병 환자에 대해서 심근경색의 위험도를 판정하기 위해 사용할 수 있다. 본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 심근경색의 판정 지표와의 사이에 유의한 음(저항성)의 관련성을 가지는 「음(저항성)의 유전자 다형 세트」를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가진다고 하는 특징을 가진다. 또한 여기서 심근경색의 판정 지표로서는 당업계에서 관용되고 있는 것이면 특별히 제한되지 않지만, 바람직하게는 심전도상에서 관찰되는 진구성 심근경색 파장(비정상 Q)의 유무 또는 피험자에 관한 심근경색의 환자의 과거 병력을 이용할 수 있다.
이러한 「음(저항성)의 유전자 다형 세트」로서, 구체적으로는 도 56 내지 도 58의 각 도에 게재하는 「음(저항성)의 유전자 다형 세트」를 예시할 수 있다. 보다 상세하게는 도 56 내지 도 58의 각 도에 있어서, 각 행(횡 일렬)에 열기한 유전자 다형(SNP)의 조합이, 하나의 「심근경색에 관한 음(저항성)의 유전자 다형 세트」를 의미한다.
본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 이러한 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가진다. 도 56 내지 도 58 중에서도 바람직하게는 도 57 내지 도 58 중 어느 것이다. 또한 유전자 다형 세트의 선택에는 각 도에 있어서 유전자 다형 세트마다 기재되어 있는 Odds치와 Kai치를 지표로 할 수 있다. 본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 이러한 Odds치와 Kai치로 평가하여, 심근경색 판정 지표에 대해서 음(저항성)의 관련성이 높은 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 구비하고 있는 것이 바람직하다.
본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 검출용 프로브로서 도 59에 기재하는 유전자 다형을 포함하는 유전자 다형군, 도 60에 기재하는 유전자 다형을 포함하는 유전자 다형군, 도 61에 기재하는 유전자 다형군, 및 도 62에 기재하는 유전자 다형군으로부터 선택되는 하나의 유전자 다형군의 반수 이상, 바람직하게는 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 9할 이상, 보다 바람직하게는 모든 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것이 바람직하다.
여기서 도 59 내지 도 62는 상기 도 56 내지 도 68에 근거해서 Odds마다 IMT와 음(저항성)의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형으로 분류한 도이다. 즉 도 59는 도 56에 근거해서 Odds가 -2 이하(즉 Odds가 「1/2」 이하)를 나타내는 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이고, 마찬가지로 도 60은 도 57에 근거해서 Odds가 -3 이하(즉 Odds가 「1/3」 이하), 도 61은 도 58에 근거해서 Odds가 -4 이하(즉 Odds가 「1/4」 이하), 도 64는 도 58에 근거해서 Odds가 -5 이하(즉 Odds가 「1/5」 이하)를 나타내는 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이다.
이들 각 도에 나타내어지는 유전자 다형군 중에서 반수 이상, 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 또는 9할 이상의 유전자 다형을 선택하는 경우는 컬럼의 차례에 따라 상위로부터 중점적으로 선택되는 것이 바람직하다.
본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 전술한 음(저항성)의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브에 부가해서, 양(감수성)의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브 또는 양(감수성)의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것이 바람직하다.
여기서 「양(감수성)의 유전자 다형」이란, 심근경색의 판정 지표와의 사이에 유의한 양의 관련성을 가지는 유전자 다형을 말한다. 또한 「양(감수성)의 유전자 다형 세트」란, 심근경색의 판정 지표와의 사이에 유의한 양(감수성)의 관련성을 가지는 "유전자 다형의 조합물"을 의미한다.
구체적으로는 도 63 내지 도 69에 이러한 「양(감수성)의 유전자 다형 세트」를 나타낸다. 보다 상세하게는 도 63 내지 도 69의 각 도에 있어서, 각 행(횡 일렬)에 열기한 유전자 다형(SNP)의 조합이, 심근경색의 판정 지표와의 사이에 양(감수성)의 관련성을 가지는 「양(감수성)의 유전자 다형 세트」를 의미한다.
구체적으로는 본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브에 부가해서, 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가진다. 또한 도 63 내지 도 69 중에서도 바람직하게는 도 64 내지 도 69 중 어느 것, 보다 바람직하게는 도 65 내지 도 69 중 어느 것이다.
이러한 판정용 어레이는 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 검출하는 프로브로서 검출용 프로브로서 도 70에 기재하는 유전자 다형군, 도 71에 기재하는 유전자 다형군, 도 72에 기재하는 유전자 다형군, 및 도 73에 기재하는 유전자 다형군으로부터 선택되는 하나의 유전자 다형군의 반수 이상, 바람직하게는 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 9할 이상, 보다 바람직하게는 모든 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것이 바람직하다.
여기서 도 70 내지 도 73은 도 63 내지 도 69에 근거해서 Odds마다 IMT와 양(감수성)의 관련성을 가지는 유전자 다형을 분류한 도이다. 즉 도 70은 도 63에 근거해서 Odds가 2 이상을 나타내는 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이고, 마찬가지로 도 71은 도 64에 근거해서 Odds가 3 이상, 도 72는 도 65에 근거해서 Odds가 4 이상, 도 73은 도 66에 근거해서 Odds가 5 이상을 나타내는 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 든 것이다. 이들 도 70 내지 도 73의 각 도에 나타내어지는 유전자 다형군 중에서 반수 이상, 6할 이상, 7할 이상, 8할 이상, 또는 9할 이상의 유전자 다형을 선택하는 경우는 컬럼의 차례에 따라서 상위로부터 중점적으로 선택되는 것이 바람직하다.
본 발명자는 심근경색, 특히 당뇨병에 기인하는 동맥 경화성 질환의 위험도의 판정에도 도 37에 기재한 유전자 다형이 유용하고, 이러한 유전자 다형을 단독 또는 조합해서 이용함으로써 심근경색의 위험도를 높은 정밀도로 판정할 수 있는 것을 확인했다. 따라서, 본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 검출용 프로브로서 도 37에 기재하는 99개의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것으로 할 수도 있다.
본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 전술하는 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이와 같이 피험자에 대해 심근경색에 대한 저항성(걸리기 어려움)을 평가하기 위해 사용할 수 있고, 또한 피험자에 대해 심근경색에 대한 저항성 및 감수성을 평가하기 위해 사용할 수 있다. 또한 본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이는 피험자에 대해 심근경색에 대한 위험도의 유무나 그 고저(걸리기 쉬움이나 진행되기 쉬움의 유무 및 그 정도)를 평가하기 위해 사용할 수 있다.
이러한 경우, 조합에 사용되는 심근경색 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상인 것이 바람직하다. 또한 조합에 사용되는 심근경색 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상인 것이 바람직하다.
심근경색 위험도의 판정은 전술의 동맥 경화성 질환의 위험도 판정 방법과 같은 방법으로 행할 수 있다.
이상 설명하는 본 발명의 질환 위험도 판정용 어레이는 각 질환에 따른 유전자 다형 검출용 프로브를 가지는 것이면, 본 발명의 목적을 달성하는 범위 내에 있어서, 상기 이외의 프로브 또는 공지의 프로브를 적절히 가지고 있을 수 있다. 또한 유전자 다형 검출용 프로브는 적당히 표식화해서 이용할 수 있다.
본 발명의 질환 판정용 어레이는 미리 준비한 프로브를 기재에 고정하는 방법 외, 기재상에서 합성하는 아피메트릭스(Affimetrix)사의 방법으로 조제할 수도 있고, 그 조제 방법으로 특별히 제한은 되지 않는다. 또한 프로브를 고정하는 기판에도 특별히 제한은 없고, 예를 들면 유리 플레이트나 필터 등 공지의 것을 이용할 수 있다. 또한 고정되는 프로브의 길이나 이용하는 핵산의 종류도 유전자 다형을 검출할 수 있는 한 특별히 제한은 없다. 유전자 다형을 포함하는 영역은 미리 PCR로 증폭해 두는 것이 감도의 점에서 바람직하다.
특히 표식한 프라이머를 이용해서 유전자 다형을 포함하는 영역을 증폭하는 방법은 감도, 간편함 등의 점에서 아주 적합하게 이용할 수 있다. 예를 들면 하이브리젠(Hybrigene)법에 있어서는 비오틴으로 표식한 프라이머를 이용해서 유전자 다형을 포함하는 영역을 증폭하고, 이것을 어레이에 첨가해서 혼성화시킨 후에, 혼성화하지 않은 핵산을 세정해서 제거한다. 그 다음에 혼성화한 프로브를, 아비딘 표식한 형광 색소로 검출한다. 이 방법에 의해 유전자 다형을 높은 감도로 검출할 수 있다.
본 발명의 질환 판정용 어레이에는 하기의 양태가 포함된다:
(A) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(B) 도 10 내지 도 18 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 도 44 내지 도 47 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는 것인, (A) 기재의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(C) 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재한, 양(감수성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재한 양(감수성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 추가로 갖는, (A) 또는 (B)에 기재하는 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(D) 도 28 내지 도 37 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 도 52 내지 도 55 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 추가로 갖는, (A) 또는 (b) 기재의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(E) 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는, 심근경색 위험도 판정용 어레이.
(F) 도 59 내지 도 62 중 어느 것 하나의 도에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는, (E) 기재의 심근경색 위험도 판정용 어레이.
(G) 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재한, 양(감수성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 추가로 갖는, (E) 또는 (F)에 기재하는 심근경색 위험도 판정용 어레이.
(H) 도 70 내지 도 73 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지는, (E) 또는 (F) 기재의 심근경색 위험도 판정용 어레이.
(I) 피험시료로부터 조제한 프로브와 혼성화시켜 피험자에 대해 검출된 유전자 다형을, 질환과 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하여, 검출된 유전자 다형 세트에 대해 질환에 대한 저항성을 평가하기 위해 사용되는 (A) 내지 (H) 중 어느 한 항 기재의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(J) 동맥 경화성 질환과 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상이거나, 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상인, (I)에 기재하는 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(K) 피험시료로부터 조제한 프로브와 혼성화시켜 피험자에 대해 검출된 유전자 다형을, 질환과 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트 및 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하여, 검출된 유전자 다형 세트에 대해 질환에 대한 저항성 및 감수성을 평가하기 위해 사용되는 (A) 내지 (H) 중 어느 한 항 기재의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(L) 피험시료로부터 조제한 프로브와 혼성화시켜 피험자에 대해 검출된 유전자 다형을, 질환과 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트 및 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하여, 검출된 유전자 다형 세트에 대해 얻어진 음의 관련성 또는 양의 관련성에 대한 편도로부터, 피험자에 대해 질환에 대한 위험도의 고저를 평가하기 위해 사용되는 (A) 내지 (H) 중 어느 한 항 기재의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(M) 동맥 경화성 질환과 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상이거나, 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상이고, 또한 동맥 경화성 질환과 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 그 세트가, 도 19 내지 도 27 중 어느 한 항에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상이거나, 도 48 내지 도 51 중 어느 한 항에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상인, (L)에 기재하는 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
(3) 질환 위험도의 판정 장치, 판정 방법 및 판정 프로그램
본 발명에 관련되는 질환 위험도의 판정 장치, 판정 방법 및 판정 프로그램은, 피험자가 어느 정도 질환에 걸리기 쉬운지, 또는 어느 정도 질환이 진행되기 쉬운지(질환 위험도)의 판정을 행할 수 있다. 이하에 있어서는 동맥 경화성 질환을 예로 설명하는데, 본 발명은 이것으로 한정되지 않고, 유전자와의 관련성을 가지는 질환에 적용할 수 있다. 그 경우, 질환에 따라 그 질환의 판정 지표(예를 들면 동맥 경화성 질환이면 경동맥 내막 중막 복합체 비후도, 신증이면 뇨 중의 알부민 배설률, 심근경색이면 심전도 상의 진구성(비정상 Q) 심근경색 파형의 유무 및 심근경색의 과거 병력의 유무)을 이용해서 후술하는 관련성을 평가하면 된다.
(3-1) 동맥 경화성 질환 위험도의 판정 장치, 판정 방법 및 판정 프로그램
도 75는 본 발명에 관련되는 동맥 경화성 질환 위험도의 판정 장치(이하, 판정 장치라고 적는다)를 포함하는 시스템 전체를 나타내는 블럭도이다. 도 75에 나타낸 것처럼, 병원(1)에 설치된 채혈 수단(n) 및 컴퓨터(12), 분석 기관(2)에 설치된 유전자 다형 해석용 어레이(21) 및 컴퓨터(22), 서비스 제공 기관(3)에 설치된 판정 장치(31)를 구비하고 있다. 여기서 컴퓨터(11, 21) 및 판정 장치(31)는 인터넷 등의 통신회선(4)에 접속되어 있다.
판정 장치(31)는 CPU(32)와 메모리(33)와 하드 디스크 등의 기록부(34)와 외음의 통신을 행하는 통신 인터페이스(이하, I/F라고 적는다)부(35)와 키보드 등의 조작부(36)와 CRT 디스플레이 등의 표시부(37)와 입출력 I/F부(38)와 각 부 사이에서 데이터를 교환하기 위한 내부 버스(39)를 구비하고 있다. 기록부(34)에는 동맥 경화성 질환에 관련하는 유전자 다형(예를 들면 도 10) 또는 유전자 다형 세트(예를 들면 도 1)의 정보가 참조 테이블로서 기록되어 있다.
판정 장치(31)에 의한 위험도 판정 처리의 자세한 것은 후술하기로 하고, 여기에서는 시스템 전체의 동작의 개요를 설명한다. 우선, 병원(1)에서 채혈 수단(11)에 의해 피험자의 혈액(이하, 피험시료라고 적는다)이 채취된다. 이때, 임상 데이터(피험자 ID, 검사치, 병력 정보, 채혈 정보 등)가 컴퓨터(12)의 기록부에 기록된다. 피험시료는 분석 기관(2)에 제공되고, 유전자 다형 해석용 어레이(21)를 이용해서 분석되어 유전자형을 가지는 유전자 다형이 검출된다. 여기서 유전자 다형 해석용 어레이(21)에는 예를 들면 상기한 동맥 경화성 질환 위험도 판정 어레이를 이용할 수 있다. 검출된 유전자 다형 정보는 일단 컴퓨터(22)의 기록 수단에 기록된 후 통신회선(4)을 통해 서비스 제공 기관(3)의 판정 장치(31)에 송신된다. 판정 장치(31)는 통신 I/F부(35)를 통해 유전자 다형 정보를 수신하여 일단 기록부(34)에 기록한다. 그 후, 판정 장치(31)는 수신한 유전자 다형이, 미리 기록부(34)에 기록되어 있는 참조 테이블에 포함되어 있는지의 여부를 검색하고, 그 결과에 따라 동맥 경화성 질환의 위험도를 판정한다. 또한 판정 장치(31)는 판정 결과를 통신회선(4)을 통해 병원(1)의 컴퓨터(12)에 송신한다. 컴퓨터(12)에 의해 수신된 판정 결과는 임상 데이터(적어도 피험자 ID)와 관련되어 컴퓨터(12)의 기록부에 기록되고, 적절히 호출되어 이용(예를 들면 피험자에게 제시)된다. 판정 결과를 송신하는 병원(1)의 컴퓨터(12)를 특정하는 정보는 예를 들면 병원(1)의 컴퓨터(12)로부터, 임상 데이터에 포함되어 송신하면 된다.
도 76은 판정 장치(31)가 행하는 판정 처리를 나타내는 흐름도이다. 이하, 도 76의 흐름도에 따라, 판정 장치(31)에 의한 위험도 판정 처리를 구체적으로 나타낸다. 또한 이하에 있어서는 특별히 단서가 없는 한 CPU(32)가 행하는 처리로서 기재한다. 또한 CPU(32)는 메모리(33)를, 워크 영역이나, 처리 도중의 데이터를 일시 기억하는 영역으로서 사용하고, 필요에 따라 처리 도중 및 처리 결과의 데이터를 기록부(34)에 기록한다.
단계 S21에 있어서, 분석 기관(2)으로부터 통신회선(4) 경유로, 유전자 다형 정보를 취득하여 기록부(34)에 기록한다. 여기서 유전자 다형 정보는 유전자형을 가지는 유전자 다형마다 부여한 유전자 다형 코드로서 전송되고, 데이터 형식은 예를 들면 의뢰처인 병원마다 부여한 병원 코드 및 피험자마다 부여한 피험자 ID의 조의 각각에 복수의 유전자 다형 코드 Gi(i=1 내지 n)가 대응된 형식이다.
단계 S22에 있어서, 하나의 {병원 코드, 피험자 ID}에 관한 복수의 유전자 다형 코드 Gi(i=1 내지 n)를 기록부(34)로부터 판독하여 유전자 다형 코드 Gi가 미리 기록부(34)에 기록된 참조 테이블에 포함되어 있는지의 여부를 판단한다. 예를 들면 참조 테이블로서 도 1에 대응시켜 유전자 다형 코드세트가 기록되고 있다고 하면, 복수의 유전자 다형 코드 Gi(i=1 내지 n)중에서 2개 또는 3개의 유전자 다형 코드 Gi를 선택하고, 그들 세트가 도 1에 대응하는 참조 테이블에 포함되어 있는지의 여부를 판단하여, 포함되어 있으면 그 세트에 대응하는 제1 플래그에 "1"을 세트한다(플래그는 미리 0으로 설정되어 있다). 또한 그들 세트가 도 19에 대응하는 참조 테이블에 포함되어 있으면, 그 세트에 대응하는 제2 플래그에 "1"을 설정한다.
단계 S23에 있어서, 제1 및 제2 플래그가 모두 0인지의 여부를 판단하고, 플래그가 모두 0, 즉 유전자 다형 코드 세트가 참조 테이블에 없으면 단계 S25로 이행하고, 어떤 플래그에 0 이외의 값이 설정되어 있으면 단계 S24로 이행한다.
단계 S24에 있어서, 단계 S22의 처리 결과에 따라 위험도를 결정한다. 결정된 위험도는 {병원 코드, 피험자 ID}에 대응시켜 기록부(34)에 기록한다. 이 위험도의 결정은 예를 들면 값이 "1"인 제1 플래그의 수 n1과 값이 "1"인 제2 플래그의 수 n2를 구해 표 1에 따라 위험도를 결정한다.
즉 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 수 n2가 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 수 n1 보다도 많은(n2＞n1) 피험자(표 1의 케이스 1)는 동맥 경화성 질환에 관해서 고위험도로 판정된다. 또한 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 그 세트를 가지는데(n2＞0), 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트를 가지지 않는(n1=0)의 피험자(케이스 2)도 고위험도로 판정된다. 한편, 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 수 n1이 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 그 세트의 수 n2 보다도 많은(n1＞n2) 피험자(케이스 3)는 저위험도로 판정된다. 또한 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 존재하는데(n1＞0), 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 그 세트는 존재하지 않는(n2=0)의 피험자(케이스 4)도 저위험도로 판정된다.
단계 S25에 있어서, 모든 {병원 코드, 피험자 ID}에 관해서 종료했다고 판단할 때까지 단계 S22 내지 S24의 처리를 반복한다.
모든 {병원 코드, 피험자 ID}에 관해서 처리가 종료하면 단계 S26에 있어서 결정된 위험도 코드(상기의 판정예에서는 고위험도 또는 저위험도를 나타내는 코드)와 피험자 ID를 대응시켜, 통신회선(4)을 통해 병원 코드에 대응하는 컴퓨터(12)에 송신한다.
이상의 처리에 의해 판정 장치(31)에 의한 일련의 위험도 판정 처리가 완료한다. 또한 이상의 위험도 판정 처리는 범용 컴퓨터를 사용해서 하드 디스크, CD 드 ROM 등의 컴퓨터 판독 가능한 기록 매체에 기록된 컴퓨터 프로그램을 판독하고, 또는 통신회선을 개입시켜 컴퓨터 프로그램을 취득하고 그것을 CPU가 실행함으로써 행하는 것도 가능하다.
또한 본 발명의 장치는 상기한 판정 기능을 실현 가능한 것인 한, 필요에 따라 다른 수단을 적당히 추가한 장치로 할 수 있다.
또한 단계 S24에 나타낸 위험도의 판정 기준은 표 1로 한정되지 않고, 피험자로부터 검출된 유전자 다형의 양의 관련성과 음의 관련성의 편도를 구하고, 양의 관련성이 유의한 경우에는 동맥 경화성 질환의 위험도가 높은(또는 발증) 것, 음의 관련성이 유의한 경우에는 동맥 경화성 질환의 위험도가 낮은(또는 비발증)것으로 판정할 수 있다. 또한 편도는 해당하는 세트가 양/음의 참조 테이블에 포함되어 있는 수의 차이로 한정되지 않고, 포함되어 있는 세트에 따른 중요도에 따른 산정, 또는 포함되어 있는 각각의 유전자 다형에 따른 중요도에 따른 산정을 해서 산출한 값이나, 또한 임상 데이터를 고려해서 산출한 값 등, 여러 가지 값을 이용할 수 있다.
동맥 경화성 질환 위험도의 판정에 사용하는 참조 테이블로서는 도 1 내지 도 36, 도 38 내지 도 55 중 어느 하나에 대응하는 테이블을 사용할 수 있는데, 상기한 것처럼 본 발명에 관련되는 질환 위험도의 판정 장치, 판정 방법 및 판정 프로그램의 적용 대상은 동맥 경화성 질환으로 한정되지 않는다. 심근경색 위험도의 판정에 사용하는 참조 테이블로서는 도 56 내지 도 73 중 어느 하나에 대응하는 테이블을 사용할 수 있다.
또한 상기에서는 서비스 제공 기관의 판정 장치가 분석 기관으로부터 취득한 피험자의 유전자 다형 정보를 판정의 대상으로 하는 경우를 설명했지만, 이것으로 한정되지 않는다. 과거에 해석된 개인의 유전자 다형 정보를 어떠한 기록 수단(예를 들면 개인마다 부여한 IC 카드, 메모리 카드 등의 휴대형 기록 수단)에 기록해 두고, 이것으로부터 유전자 다형 정보를 판독하여 질환 위험도의 판정 처리를 행할 수 있다. 생체의 유전자 정보는 변하지 않으므로, 한 번 해석된 유전자 다형 정보를 기록해 두면, 참조 테이블 또는 위험도의 판정 기준이 변경되어 판정 정밀도가 향상되었을 경우에도, 다시 유전자 해석을 위해 채혈 등을 행할 필요가 없고, 피험자의 부담이 경감된다.
또한 분석 기관으로부터 취득한 개인의 유전자 다형 정보를, 서비스 제공 기관의 데이터 베이스에 개인 ID와 대응시켜 기록해 두고, 각 개인에게 개인 ID를 통지해 두면, 개인 ID만의 연락을 받는 것만으로, 데이터 베이스에 기록된 대응하는 유전자 다형을 이용해서 재차의 위험도 판정이 가능해진다.
또한 상기한 질환 위험도 판정용 유전자 다형 결정 방법의 설명에서 기재한 것처럼 유전자 다형 정보자체를 ID로서 사용함으로써 개인 ID를 사용하지 않고, 새롭게 취득한 피 해석 데이터(예를 들면 동맥 경화성 질환이면 IMT의 측정치)에 부가해서 과거의 피 해석 데이터를 이용할 수 있다. 따라서, 위험도의 판정 정밀도의 이력을 추적하는 것이나, 이력을 고려한 위험도의 판정을 행하는 것이 가능해진다. 여기서 피 해석 데이터에는 질환 지표의 값 이외에 여러 가지 임상 데이터 등이 부가되어 있을 수 있다.
(3-2) 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법
이하, 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법에 대해 보다 상세하게 설명한다.
본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법은 동맥 경화성 질환의 걸리기 쉬움이나 진행되기 쉬움을 판정하기 위해 사용할 수 있다. 아주 적합하게는 당뇨병 환자 또는 그 경향이 있는 환자(당뇨병 경계형)에 대해서 동맥 경화성 질환의 위험도(걸리기 쉬움, 진행되기 쉬움 등)를 판정하기 위해 사용할 수 있다.
본 발명에 관련되는 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법은 (b) 피험시료에 대해 검출된 유전자 다형을, 동맥 경화성 질환의 판정 지표가 되는 "경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)"와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정을 가지는 것을 특징으로 한다. 또한 IMT와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트로서는 바람직하게는 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상을 들 수 있다.
본 발명의 판정 방법에는 동맥 경화성 질환의 판정 지표에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정과, 동맥 경화성 질환의 판정 지표에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정을 조합해서 실시하는 방법이 포함된다. 즉 상기 (b)의 공정에 부가해서, (b')공정으로서 피험시료에 대해 검출된 유전자 다형을, IMT와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정, 및 (c)공정으로서 상기 (b)와 (b')의 결과로부터, 검출된 유전자 다형에 대해 음의 관련성과 양의 관련성을 대비해서 그 편도를 산출하는 공정을 가지는 판정 방법이다. 또한 여기서 IMT와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트로서는 바람직하게는 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트, 및 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 들 수 있다.
또한 본 발명의 판정 방법은 상기 공정 (b) 또는 (b')에 앞서, (a)피험시료에 있어서 유전자 다형을 검출하는 공정을 가질 수 있다. 이러한 검출 공정 (a)는 도 37에 기재하는 99개의 유전자 다형으로부터 선택되는 2 또는 3 이상의 유전자 다형을 대상으로 한 검출 공정으로 할 수 있다.
검출 공정 (a)는 도 10 내지 도 18 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형의 존재, 및 도 28 내지 도 37 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정을 가질 수 있다. 구체적으로는 도 10 및 도 19에 기재된 유전자 다형, 도 11 및 도 20에 기재된 유전자 다형, 도 12 및 도 21에 기재된 유전자 다형, 도 13 및 도 22에 기재된 유전자 다형, 도 14 및 도 23에 기재된 유전자 다형, 도 15 및 도 24에 기재된 유전자 다형, 도 16 및 도 25에 기재된 유전자 다형, 도 17 및 도 26에 기재된 유전자 다형, 또는 도 18 및 도 27에 기재된 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정으로 할 수 있다.
또한 검출 공정 (a)는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형의 존재, 및 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정을 가지는 것일 수 있다. 구체적으로는 도 38 및 도 48에 기재된 유전자 다형, 도 39 및 도 49에 기재된 유전자 다형, 도 40 및 도 50에 기재된 유전자 다형, 도 41 및 도 51에 기재된 유전자 다형, 도 42 및 도 51에 기재된 유전자 다형, 또는 도 43 및 도 51에 기재된 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정으로 할 수 있다.
검출 공정 (a)는 상기 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이를 이용함으로써 높은 정밀도로 실시할 수 있다. 즉 검출 공정 (a)는 본 발명의 질환 판정용 어레이 상에서, 피험시료로부터 조제한 프로브와, 어레이 상의 유전자 다형 검출용 프로브를 혼성화시켜 유전자 다형을 검출하는 공정으로 할 수 있다.
상기 검출 공정 (a)에 있어서는 피험자의 유전자형을 검출하는 방법이면 어떠한 방법도 사용할 수 있다. 일반적인 방법으로서는 피험자의 혈액, 가래, 피부, 기관지 폐포 세정액, 그 밖의 체액, 또는 조직 등, DNA를 포함하는 것을 피험시료로서 이용한다. 해석 방법으로서는 많은 방법이 알려져 있고, 예를 들면 시퀀싱법, PCR법, ASP-PCR법, TaqMan법, 인베이더 에세이법, MALDI-TOF/MS법, 분자 비콘법, 라이게이션법 등을 예시할 수 있다[Clin. Chem. 43:1114-1120, 1997]. 또한 시퀀싱법이란, 유전자 다형을 포함하는 DNA 영역을 직접적으로 시퀀싱하는 방법이다. PCR법에 있어서는 유전자 다형에 특이적인 프라이머를 이용하여 어떤 유전자 다형만을 특이적으로 증폭한다. PCR법에 있어서는 가장 3'측에 유전자 다형의 핵산을 배치하는 것이 일반적이지만, 대립유전자 특이적 프라이머(ASP)-PCR법과 같이, 3' 말단측으로부터 2번째에 유전자 다형을 가지는 프라이머를 배치하는 방법 등과 같이, 유전자 다형을 프라이머의 어느 영역에 둘지, 또 검출하는 유전자 이외에 어떠한 핵산 서열을 넣을지 등 프라이머의 디자인에는 유전자 다형을 식별할 수 있는 한 특별히 제한은 없다. TaqMan법에 있어서 형광 색소와 소광물질에 의해 양단을 표식한 대립유전자 특이적 프로브를 표적 부위에 혼성화시키고, 이 부위를 포함하는 영역을 증폭하도록 설계한 프라이머로 PCR 반응을 행한다. 프라이머로의 PCR 반응이 이 대립유전자 특이적 프로브가 혼성화한 영역에 이르면, Taq 폴리메라아제의 5' 뉴클레아제 활성에 의해 혼성화한 프로브의 5'말단에 존재하는 형광 색소가 절단되어 소광물질로부터 멀어짐으로써 형광이 발생한다. 이 수법에 의해 대립유전자 특이적 프로브가 어느 정도 혼성화하고 있었는지를 알 수 있다. 인베이더 애세이법에 있어서는 주형의 유전자 다형 부위로부터 5'측에 특이적 서열을 가지고, 3'측에 플랩 서열을 가지는 대립유전자 프로브와, 주형의 유전자 다형 부위로부터의 3'측의 특이적 서열을 가지는 인베이더 프로브, 또한 플랩 서열에 상보적인 서열을 포함하는 FRET 프로브의 3종류의 올리고뉴클레오티드를 사용해서 TaqMan법과 같은 원리로 어느 대립유전자 프로브가 혼성화했는지를 특정할 수 있다. MALDI-TOF/MS 법에 있어서는 유전자 다형 부위에 인접하는 프라이머를 작성해서 이 영역을 증폭시킨 후, 유전자 다형 부위의 1염기만을 ddNTP를 이용해서 증폭한다. 그 다음에 MALDI-TOF/MS를 이용해서 부가한 ddNTP의 종류를 식별함으로써 유전자 다형을 분류한다. 하이브리젠법 등의 DNA칩법으로 총칭되는 방법에 있어서는 어레이 상에 유전자 다형을 포함하는 올리고뉴클레오티드 프로브를 배치하고, PCR 증폭시킨 샘플 DNA와의 혼성화을 검출한다.
본 발명의 판정 방법에 있어서 동맥 경화성 질환 위험도의 판정은 예를 들면 이하와 같이 행할 수 있다.
양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 수 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 수
케이스 1 +++ ＞ - → 고위험도
케이스 2 +++ ＞ 0 → 고위험도
케이스 3 + ＜ --- → 저위험도
케이스 4 0 ＜ --- → 저위험도
예를 들면 피험시료에 대해 검출된 유전자 다형을, 동맥 경화성 질환의 판정 지표인 IMT와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트 및 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합했을 경우에 있어서, 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 토탈수가 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 토탈수보다도 많은 피험자(케이스 1)는 동맥 경화성 질환 고위험도 예로 판정된다. 또한 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 존재하지만, 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 가지지 않는 피험자(케이스 2)도 동맥 경화성 질환 고위험도 예로 판정된다. 한편, 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 토탈수가 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트의 토탈수보다 적은 피험자(케이스 3)는 동맥 경화성 질환 저위험도 예로 판정된다. 또한 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 존재하지만, 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트는 존재하지 않는 피험자(케이스 4)도 동맥 경화성 질환 저위험도 예로 판정된다.
즉 피험자로부터 검출된 유전자 다형에 대해 양의 관련성(감수성)과 음의 관련성(저항성)의 편도를 구하고, 양의 관련성이 높은 경우에는 동맥 경화성 질환의 위험도가 높다(또는 발증)고, 음의 관련성이 높은 경우에는 동맥 경화성 질환의 위험도가 낮다(또는 비발증)고 판정할 수 있다.
본 발명의 판정 방법을 이용함으로써 높은 정밀도로 동맥 경화성 질환의 위험도에 대한 판정 결과를 얻을 수 있다.
예를 들면 피험자에 대해 검출한 유전자 다형을 기초로, 해당 피험자를 동맥 경화성 질환 저위험도 예 또는 동맥 경화성 질환 고위험도 예라고 판단했을 경우에, 해당 피험자가 임상적인 소견으로부터 비동맥 경화 질환예 또는 동맥 경화 질환예라고 판단되는(판단 결과가 일치한다) 비율이 60％ 이상, 바람직하게는 65％ 이상, 보다 바람직하게는 70％ 이상이 되고, 또 일치하지 않는 비율이 45％ 이하, 바람직하게는 40％ 이하, 보다 바람직하게는 45％ 이하가 되는 것이면, 고정밀의 판정 결과로서 평가할 수 있다. 또한 임상적인 소견으로서는 예를 들면 이 경우의 임상적 소견으로서는 예를 들면 피험자의 경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)가 1.1㎜ 미만을 비동맥 경화 질환예, IMT가 1.1㎜이상을 동맥 경화 질환예로 하는 방법을 예시할 수 있다. 또한 다른 방법으로서 중회귀 분석에 있어서의 경동맥 내막 중막 복합체의 평균 비후도의 증분(△IMT)이 0.2㎜ 이상인 경우, 또는 중회귀 분석에 있어서의 경동맥 내막 중막 복합체의 최대 비후도의 증분(△PIMT)이 0.3㎜이상인 경우를 동맥 경화 질환예로 하고, 그 이외의 경우를 비동맥 경화 질환예로 하는 방법을 이용할 수도 있다.
또한 동맥 경화 질환예 및 비동맥 경화 질환예의 집단은 모두 당뇨병으로서, 심근경색 병력이 없는 질환예의 집단으로 설정하는 것이 바람직하다. 또한 피험자로부터 검출하는 유전자 다형은 효율성 등의 관점에서, 2 또는 3의 유전자 다형의 배합을 가지는 것이 바람직하다.
본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도의 판정 방법은 또한 (d)공정으로서 (c)공정에서 얻어진 편도에 대해 다시 중요도에 따른 산정을 하여 편도의 정도(즉, 위험도의 정도)를 결정하는 공정을 가지는 것일 수 있다.
여기서 중요도에 따른 산정에 사용되는 인자로서는 예를 들면 질환(또는 그의 정도)과 밀접하게 관계되는 임상적 소견(질환 판정 지표로서 사용되는 것)을 들 수 있다. 또한 중요도에 따른 산정에 있어서는 유전자 다형과 상기 인자의 관계를 미리 해석해 두고, 관련성이나 그의 정도를 설정해 두는 것이 바람직하다. 바람직하게는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 질환(또는 그의 정도)과 밀접하게 관계되는 임상적 소견 사이에 유의한 정 또는 음의 관련성을 가지는 빈도를 오즈비로 설정하는 방법, 유의한 정 또는 음의 관련성을 가지는지의 여부를 1인지 0인지로 설정하는 방법 등을 들 수 있다.
예를 들면 동맥 경화성 질환의 경우, 밀접하게 관계되는 임상적 소견으로서는 경동맥의 경화도를 들 수 있다. 그리고 경동맥의 경화도를 나타내는 지표로서는 예를 들면 경동맥의 비후도를 들 수 있다. 이러한 경동맥의 비후도를 계측하는 방법으로서는 특별히 제한은 없지만, 초음파 단층 장치에 의한 경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)의 측정이 일반적이다. 해당 방법은, 초음파적으로 도달 가능한 경동맥의 비후도를 계측하는 무침습인 동시에 정량적 계측법이다. 상기 초음파 단층 장치는 7.5MHz 이상의 중심 주파수의 리니어형 펄스 에코 프로브를 가지는 것을 사용하는 것이 바람직하다. 두개외 경동맥은 피하천층에 존재하기 때문에 7.5MHz 이상의 주파수의 것이 사용 가능하고, 고해상도(거리 분해능 0.1㎜)를 얻을 수 있다. 단, 이것은 일례이다.
혈관벽은 혈관 내강 측의 1층의 저 에코 휘도 부분과 그 외의 고 에코 휘도층의 2층 구조로서 에코상 상 해석된다. 본 발명자 등은 104예의 건상예의 관찰로부터, 총 경동맥의 IMT가 10세부터 70세까지 가령과 함께 거의 직선적으로 증가하고, 그 비후도는 1.0㎜를 넘지 않는 것을 확인했다. 건강한 정상인의 총 경동맥 IMT는 연령으로부터 다음 식과 같이 구해진다:
IMT=0.06×연령+0.3(3＜연령＜80세)
상기 경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT) 이외의 경동맥의 경화도를 나타내는 지표로서는 IMT의 최대치를 나타내는 최대 IMT(Max-IMT), IMT의 평균치를 나타내는 평균 IMT(AvgIMT), 플라크 스코어(PS), 경동맥 스티프네스 등이 있고, 이들 각 지표에 대해서도 여러 가지 계측방법이 확립되어 있다. 전사위, 측면, 후사위의 각 종단상으로 최대의 내막 중막 비후도를 Max-IMT로 하고, 해당 Max-IMT를 나타내는 부위를 중심으로서 중추측 1cm 및 원위측 1cm의 합계 3포인트의 평균을 AvgIMT로 하는 방법;좌우의 총 경동맥(common carotid:CC)으로부터 경동맥 분기부, 내 경동맥(internal carotid:IC)의 3종단면의 피부에 대한 근위벽(near wall) 및 원위벽(far wall)의 합계 12의 비후도 중, 최대치를 AvgIMT로 하는 방법; 또한 좌우의 비후도의 평균을 AvgIMT로 하는 방법 등이다. 또한 원위벽의 일정 구획의 평균 비후도를 meanIMT로 하는 방법도 있다. 또한 한쪽 경동맥의 분기부로부터 중추측 10㎜의 원위벽의 비후도를 지표로 하는 수도 있다.
플라크 스코어(PS)는 분기부를 기준으로 해서 15㎜씩 경동맥을 4구획으로 구분하고, 각각의 부위에서의 1.1㎜ 이상의 플라크 두께의 좌우 경동맥 양쪽에서의 총계를 말한다. 또한 전술의 3 내지 4구획의 각 부위에서의 플라크(IMT 1.1cm 이상)의 수의 총계를 플라크 넘버(PN)라고 불러 지표로 하는 수도 있다.
경동맥 스티프네스는 수축기 및 확장기의 경동맥의 지름으로부터 계측되는 수치이다. 한쪽 경동맥의 분기부로부터 중추측 10mm의 원위벽의 비후도를 지표로 하는 방법은 측정이 간편하고, 총 경동맥에는 병변이 적은 것보다 측정 오차가 적다고 한다. IMT는 경동맥의 최대의 병변을 나타내는 지표이다. PS는 동맥 경화의 진전된 경동맥의 전체상을 나타낼 수 있는데, 비진전예(비후도가 1.1㎜ 미만)에서는 0이 되는 점에서 불리한 등, 측정하는 대상, 질환에 따라 적합한 지표가 다르다. 당뇨병이나 고지혈증을 수반하는 경우에는 경동맥벽은 비교적 균일하게 비후 하는 경우가 많아 AvgIMT나 meanIMT가 중요한 지표가 되지만, 고혈압증을 수반하는 경우는 플라크를 인지하는 경우가 많아 PS, PN 및 MaxIMT가 유효한 지표가 된다.
동맥 경화성 질환과 밀접하게 관계되는 임상적 소견으로서는 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가량을 들 수도 있다. 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가량으로서 평균 IMT의 증분(△IMT)이나 최대 IMT의 증분(△PIMT) 등을 지표로서 이용할 수 있다. 그 중에서도 △IMT는 종합적으로 동맥 경화성 질환의 위험도를 나타내는 것으로서 특히 바람직한 지표이다. 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가량과 동맥 경화성 질환의 관련성에 대해서는 많은 보고가 이루어지고 있고, 특히 △IMT에 대해서는 △IMT가 0.339㎜ 증가할 때마다 심근경색의 오즈가 4.9배가 되는 것이 알려져 있다[Yamasaki, Diabetes Care 2000(9)]. 그러므로 △IMT는 동맥 경화성 질환과 밀접하게 관계되는 임상적 소견으로서 평가되고, 이것을 이용하는 방법은 극히 유효하게 동맥 경화성 질환의 위험도를 판정할 수 있는 것이다. 또한 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가량은 그대로, 동맥 경화성 질환의 위험도의 평가에 이용할 수 있는데, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가량으로부터 적당히 함수를 이용해서 상기 평가에 이용할 수 있다.
경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가량(△IMT 및 △PIMT 등)은 집단으로부터 계측된 IMT치 또는 PIMT치로부터 중회귀 분석의 방법에 의해 계산되는 편회귀 계수에 의해 나타낼 수 있다.
또한 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법은 또한 피험자의 임상적 소견이나 질환과 밀접하게 관계되는 환경 인자로부터 동맥 경화 위험도를 결정하는 위험도 결정 공정을 또한 포함하고 있을 수 있다.
피험자의 임상적 소견에 의하면, 그만큼 측정시에 있어서의 피험자의 동맥 경화성 질환 상태를 알 수 있고, 또한 임상적 소견이나 환경 인자로부터도 발병의 위험성은 예측할 수 있는데, 전술하는 본 발명의 방법과 조합에 의해 피험자에 대해 현상을 확인하면서, 피험자가 가지는 고유의 동맥 경화성 질환의 위험도에 근거해서 장래의 발병의 위험성 및 진행되기 쉬움을 예측할 수 있다. 특히 아직 측정 시점에 있어서는 비후가 진행되지 않은 젊은 연령의 피험 대상에 있어서 장래의 위험도를 예측할 수 있으면, 위험도가 높은 경우에는 생활 습관의 개선 등의 예방을 행할 수 있고, 동맥 경화성 질환의 발병을 막을 수 있다.
동맥 경화성 질환과 관련되는 환경 인자로서는 연령, 성별, 고혈압, 비만, 흡연력, 헤모글로빈 Alc치, 당뇨병이나 고지혈증의 이환력이나 그 기간 등이 보고되고 있다.
비텔리(Vitelli) 등은 동맥 경화 위험도 조사(ARIC Study)에 있어서, 208예의 경동맥비후를 가지는(평균 IMT, 1.21㎜) 비당뇨병자와 208예의 비후를 갖지 않다(평균 IMT, 0.63㎜) 비당뇨병자를 비교해서 헤모글로빈 Alc의 1％의 증가가 동맥 경화의 리스크를 1.77배 높인다는 추계 결과를 보고하고 있다[Vitelli LL. Diabetes Care 1997;20:1454-8]. 흡연은 동맥 경화의 위험인자로 되어 있는데, 주 민을 대상으로 한 동맥 경화 위험도 조사(ARIC Study)에서 흡연력과 IMT의 강한 상관성을 나타내고 , 당뇨병 또는 고혈압 환자에서는 흡연이 더욱 강한 촉진 인자가 되는 것을 나타내고 있다[Howard G, JAMA 1998;279:119-24.]. 셔튼-티렐(Sutton-Tyrrell) 등은 동년대의 폐경전과 폐경 후 여성의 IMT와 플라크 병변을 검색하여 폐경에 의해 평균 IMT는 0.69→0.77mm, 플라크를 인지하는 여성은 25→54％로 유의하게 증가하는 것으로부터 폐경이 여성의 동맥 경화를 촉진하는 것을 보고하고 있다[Sutton-Tyrell K, Stroke 1998;29:1116-21).
동맥 경화의 원인으로서 또한 여러 가지 감염증의 관여가 생각되고 있다. Nieto 등은 동맥 경화 위험도 조사(ARIC Study)에서 IMT 진전군과 비진전군을 추출하여 사이토메가로 바이러스의 항체값을 검색한 바, 항체값이 20 이상의 증례의 항체값 4 미만군에 대한 오즈비는 5.3으로 유의하게 높고, 동맥 경화의 진전 인자로서의 사이토메가로 바이러스의 가능성을 시사하고 있다[Nieto FJ, Circulation 1996;94:922-7].
본 발명자는 이전에 1형 당뇨병, 2형 당뇨병, 경계형 증례의 IMT를 종속변수로 해서 중회귀 분석을 행하고, 1형 당뇨병자(30세 미만)에서는 연령, 당뇨병 이병 기간, 헤모글로빈 Alc치가 독립한 위험 인자인 것, 2형 당뇨병 환자(30세 이상)에서는 연령, 헤모글로빈 Alc치, nonHDL 콜레스테롤, 수축기 혈압, 흡연력이 독립한 위험 인자인 것, 경계형 당뇨병자에서는 가령 이외에 수축기 혈압, 흡연이 위험 인자인 것을 보고하고 있다[Yamasaki Y, Diabetes 1994;43:634-639].
상기 환경 인자 중에서도 특히 연령, 성별, 당뇨병 이병 기간 및 헤모글로빈 Alc치가 중요하다.
본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법은 질환 위험도를 주는 유전자 다형이 존재하고 있어도, 질환에 저항성을 주는 유전자 다형의 존재에 의해 그 위험도가 상쇄되는 것, 및 단일의 유전자 다형에서는 질환에 저항성을 주지 않는 경우에서도 복수의 유전자 다형이 조합되어 존재함으로써 질환에 저항성을 준다고 하는 식견에 근거하는 것이다. 따라서, 본 발명의 방법은 질환의 위험 판정에 유전자 다형을, 조합물(세트)로서 동맥 경화성 질환 위험도에 저항성을 주는 인자로서 파악하고, 그리고 해당 저항성 인자와 감수성 인자를 조합해서 질환의 발증 위험도를 판정한다고 하는 특징을 가지고, 이것에 의해 정밀도가 높은 판정이 가능하게 한 것이다. 특히 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법은 질환 판정 지표로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도라고 하는 건강한 정상인에 있어서도 질환을 가지는 인간에 있어서도 마찬가지로 정량적으로 계측 가능한 지표를 채용하고, 해당 지표와 유전자 다형의 관계를 정밀 조사하여 유전자 다형 세트와 비후도의 정 및 음의 관계를 적절히 지표화함으로써 보다 높은 정밀도를 실현한 판정 방법이다.
(3-3) 심근경색 위험도 판정 방법
본 발명의 심근경색 위험도 판정 방법은 심근경색의 걸리기 쉬움이나 진행되기 쉬움을 판정하기 위해 사용할 수 있다. 아주 적합하게는 당뇨병 환자 또는 그 경향이 있는 환자(경계형 당뇨병)에 대해서 심근경색의 위험도(걸리기 쉬움, 진행되기 쉬움 등)를 판정하기 위해 사용할 수 있다.
본 발명에 관련되는 심근경색 위험도 판정 방법은, (b)피험시료에 대해 검출 된 유전자 다형을, 심근경색의 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정을 가지는 것을 특징으로 한다. 심근경색의 판정 지표로서는 예를 들면 전술한 바와 같이 심전도상에서의 진구성 심근경색의 파형의 유무나 심근경색의 환자의 과거 병력을 들 수 있다. 심근경색의 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트로서는 바람직하게는 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상을 들 수 있다.
본 발명의 판정 방법에는 심근경색의 판정 지표에 대해서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정과, 심근경색의 판정 지표에 대해서 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정을 조합해서 실시하는 방법이 포함된다. 즉 상기 (b)의 공정에 부가해서, (b')공정으로서 피험시료에 대해 검출된 유전자 다형을, 심근경색의 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정, 및 (c)공정으로서 상기 (b)와 (b')의 결과로부터, 검출된 유전자 다형에 대해 음의 관련성과 양의 관련성을 대비해서 그 편도를 산출하는 공정을 가지는 판정 방법이다. 또한 여기서 심근경색의 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트로서는 바람직하게는 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 들 수 있다.
또한 본 발명의 판정 방법은 동맥 경화성 질환의 위험도 판정 방법과 마찬가지로, 상기 공정 (b) 또는 (b')에 앞서, (a)피험시료에 있어서 유전자 다형을 검출하는 공정을 가질 수 있다. 이러한 검출 공정 (a)는 도 37에 기재한 99개의 유전 자 다형으로부터 선택되는 2 또는 3 이상의 유전자 다형을 대상으로 한 검출 공정으로 할 수 있다. 이러한 검출 공정 (a)는 도 58 내지 도 62 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형의 존재, 및 도 70 내지 도 73 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정을 가질 수 있다. 구체적으로는 도 59 및 도 70에 기재된 유전자 다형, 도 60 및 도 71에 기재된 유전자 다형, 도 61 및 도 72에 기재된 유전자 다형, 또는 도 62 및 도 73에 기재된 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정으로 할 수 있다.
검출 공정 (a)는 상기 본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이를 이용함으로써 높은 정밀도로 실시할 수 있다. 즉 검출 공정 (a)는 본 발명의 질환 판정용 어레이 상에서, 피험시료로부터 조제한 프로브와, 어레이 상의 유전자 다형 검출용 프로브를 혼성화시켜 유전자 다형을 검출하는 공정으로 할 수 있다.
또한 본 발명의 심근경색 위험도 판정 방법은 상기 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법과 마찬가지로, 또한 (d)공정으로서 (c)공정에서 얻어진 편도에 대해 다시 중요도에 따른 산정을 하여 편도의 정도(즉, 위험도의 정도)를 결정하는 공정을 가지는 것일 수 있고, 또한 피험자의 임상적 소견이나 질환과 밀접하게 관계되는 환경 인자로부터 심근경색 위험도를 결정하는 위험도 결정 공정을 또한 포함하고 있을 수 있다.
본 발명의 심근경색 위험도 판정 방법은 상기 동맥 경화성 질환 위험도 판정 방법과 같은 방법으로 실시할 수 있는데, 이러한 방법을 이용함으로써 높은 정밀도 로 심근경색의 위험도에 대한 판정 결과를 얻을 수 있다.
본 발명의 판정 방법에는 하기의 양태가 포함된다:
(A) (b) 피험시료에 대해 검출된 유전자 다형을, 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정을 가지는 질환 위험도의 판정 방법.
(B) (b') 질환 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정, 및
(c) (b')의 결과로부터, 검출한 유전자 다형 세트에 대해 음의 관련성과 양의 관련성을 대비해서 그 편도를 산출하는 공정을 추가로 갖는, (A)에 기재하는 질환 위험도의 판정 방법.
(C) (d) 얻어진 편도로부터 질환 위험도를 평가하는 공정을 추가로 갖는, (B)에 기재하는 질환 위험도의 판정 방법.
(D) 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고, 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트로서 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상을 이용하는 (A) 내지 (D) 중 어느 한 항 기재의 질환 위험도의 판정 방법.
(E) 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
(1) 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상이고, 또한 질환 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트이거나, 또는
(2) 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상이고, 또한 질환 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트인, (b) 내지 (D) 중 어느 한 항 기재의 동맥 경화성 질환 위험도의 판정 방법.
(F) 공정 (b) 또는 (b')에 앞서, (a)피험시료에 있어서 유전자 다형을 검출하는 공정을 가지는 (A) 내지 (E) 중 어느 한 항 기재의 질환 위험도의 판정 방법.
(G) 검출 공정 (a)가, 도 37에 기재하는 99개의 유전자 다형으로부터 선택되는 2 또는 3 이상의 유전자 다형을 대상으로 한 검출 공정인 (F)에 기재하는 질환 위험도의 판정 방법.
(H) 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
검출 공정 (a)가, 본 발명의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이 상에서, 피험시료로부터 조제한 프로브와, 어레이 상의 유전자 다형 검출용 프로브를 혼성화시켜 유전자 다형을 검출하는 공정인 (F) 또는 (G)에 기재하는 질환 위험도의 판정 방법.
(I) 대상 질환이 심근경색이고,
검출 공정 (a)가, 본 발명의 심근경색 위험도 판정용 어레이 상에서, 피험시료로부터 조제한 프로브와, 어레이 상의 유전자 다형 검출용 프로브를 혼성화시켜 유전자 다형을 검출하는 공정인 (F)에 기재하는 질환 위험도의 판정 방법.
(J) 동맥 경화 질환예 및 비동맥 경화 질환예의 집단이 모두 당뇨병이고, 심근경색 병력이 없는 질환예의 집단인 (A) 내지 (I) 중 어느 한 항 기재의 질환 위험도 판정 방법.
(4) 질환 유효 약제 선정 방법
본 발명에는 피험 대상으로부터 검출된 유전자 다형이 해당하는 분류로부터, 각 피험자의 특성에 따른 유효한 약제를 선정하는 방법도 포함된다. 해당 방법은 피험 대상으로부터 검출된 유전자 다형에 근거해서 해당 유전자 다형의 분류로부터 적용 가능하다고 생각되는 약제를 선정함으로써 행해진다. 유전자 다형의 분류는 상기 a) 내지 j)의 분류를 이용할 수 있다.
구체적으로 제한되지 않지만,
a) 지질 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형에 대한 유효 약제로서는 스타틴을 들 수 있다.
b) 혈압 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형에 대한 유효 약제로서는 ACE 저해제 및 안지오텐신 II 수용체 저해제를 들 수 있다.
d)인슐린 저항성 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형에 대한 유효 약제로서는 인슐린 감수성 개선제를 들 수 있다.
f)산화 스트레스 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형에 대한 유효 약 제로서는 항산화제를 들 수 있다.
g)염증 반응 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형에 대한 유효 약제로서는 면역 억제제 및 스타틴을 들 수 있다.
h)응고선용계 관련 유전자 다형군에 속하는 유전자 다형에 대한 유효 약제로서는 항혈소판제를 들 수 있다.
그 외, MMP-12(A-82G), mmp-9=겔라티나제 B(C-1562T), MMP7(C-153T) 등의 유전자 다형이 검출되었을 경우에는 유효 약제로서 항프로테아제를 이용할 수 있다. 피검대상으로부터 복수의 유전자 다형이 검출되었을 경우에는 상기 약제를 2종 이상 병용해서 이용할 수도 있다.
이와 같이 피험자의 유전자 다형에 따른 적절한 약제를 선정함으로써 피험 대상의 체질 또는 특징에 따른 질환의 예방, 치료 또는 예후의 대응 등을 행하는 것이 가능해진다.
(5) 질환 저항성 인자 현재화 방법 또는 질환 위험도 현재화 방법
본 발명은 다른 각도에서, 피험자가 보유하는 질환 저항성 인자를 현재화하는 방법, 및 피험자가 보유하는 질환 위험도를 현재화하는 방법을 제공하는 것이기도 하다.
본 발명에 관련되는 질환 저항성 인자 현재화 방법은,
(i) 피험시료에 있어서 검출된 유전자 다형을, 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정,
(ii) (i)의 결과에 근거해서 피험시료에 있어서의 질환 저항성 인자를 현재 화시키는 공정을 가지는 것이다. 이들 공정을 포함하는 한, 다른 부가적인 어떠한 공정을 가지고 있어도 본 발명에 포함된다.
(ii)의 현재화 공정은, 피험시료에 있어서 검출된 유전자 다형이, 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트 중 어느 것에 해당하는지의 여부를 밝힘으로써 행해진다.
예를 들면 대상으로 하는 질환이 동맥 경화성 질환(바람직하게는 당뇨병에 기인하는 동맥 경화성 질환)인 경우, (i)의 공정은, 피험시료에 있어서 검출된 유전자 다형을, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 조합함으로써 행해진다. 이러한 유전자 다형 세트로서는 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상을 들 수 있다.
또한 예를 들면 대상으로 하는 질환이 심근경색(바람직하게는 당뇨병에 기인하는 심근경색)인 경우, (i)의 공정은, 피험시료에 있어서 검출된 유전자 다형을, 심근경색의 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 조합함으로써 행해진다. 이러한 유전자 다형 세트로서는 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상을 들 수 있다.
또한 상기 현재화 방법에 있어서는 공정 (i)에 앞서, (O)피험시료에 있어서 유전자 다형을 검출하는 공정을 가질 수 있다.
검출 공정 (O)는 도 37에 기재하는 99개의 유전자 다형으로부터 선택되는 적어도 2의 유전자 다형을 대상으로 한 검출 공정으로 할 수 있다. 대상으로 하는 질환이 동맥 경화성 질환(바람직하게는 당뇨병에 기인하는 동맥 경화성 질환)인 경우는 검출 대상으로 하는 유전자 다형으로서 도 10 내지 도 18로부터 선택되는 어느 도에 기재된 유전자 다형, 또는 도 44 내지 도 47로부터 선택되는 어느 도에 기재된 유전자 다형을 이용할 수 있다. 대상으로 하는 질환이 심근경색(바람직하게는 당뇨병에 기인하는 심근경색)인 경우는 검출 대상으로 하는 유전자 다형으로서 도 59 내지 도 62로부터 선택되는 어느 도에 기재된 유전자 다형을 이용할 수 있다.
검출 공정 (O)는 전술하는 발명의 질환 위험도 판정용 어레이 상에서, 피험시료로부터 조제한 프로브와, 어레이 상의 유전자 다형 검출용 프로브를 혼성화시켜 유전자 다형을 검출함으로써 행할 수 있다. 또한 피험시료는 특별히 제한되지 않지만, 당뇨병 환자로서, 동맥 경화성 질환의 병력 또는 심근경색 병력이 없는 피험자의 생체 시료인 경우에 본 발명에 의한 이익을 더욱 누릴 수 있다.
인간 게놈에는 극히 많은 유전자 다형이 있고, 그 중의 하나만으로는 오즈비가 낮고, 또한 빈도도 한정되어 있기 때문에 질환 위험도를 예측하는 것은 불가능하다. 따라서, 그러한 유전자 다형을 따로따로 보고 있는 것으로는, 개인이 가지는 유전자 다형 속에 조합으로서 내재하고 있는 질환과 관련되는 인자를 발견할 수 없다. 본 발명에 있어서는 다수의 모집단에 있어서의 해석에 의해 질환 판정 지표와의 사이에 유의한 음의 관련성을 가지는 복수의 유전자 다형 세트가 존재하는 것 이 밝혀진 것에 근거하여, 그들 유전자 다형 세트를 질환 저항성 인자로서 자리 매김 시키고, 피험시료에 있어서의 이들 특양의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형의 존재를 선택적으로 밝혔을 때에, 비로소 질환 저항성 인자를 현재화시킬 수 있다. 현재화된 질환 저항성 인자는 질환 위험도 판정의 정보로서 극히 가치가 높은 것이다. 또한 여기서 「선택적으로 밝힌다」란, 무수한 유전자 다형의 조합 중 특정의 것을 선택해서 밝히는 것이다.
또한 현재화 공정으로서는 단순히 해당 복수의 유전자 다형의, 조합에 관련되는 유전자형 세트를 일체로서 밝히는 것 외에, 선택적으로 밝혀진 복수의 유전자 다형의 유전자형이 질환 저항성 인자(질환 저항성 유전자 다형 세트)에 해당하는지의 여부(예를 들면 0인지 1인지)에 의해 또 선택적으로 밝혀진 복수의 유전자 다형의 유전자형이 질환 저항성 인자(질환 저항성 유전자 다형 세트)에 해당하는 경우에, 그 유전자 다형 세트와 질환 판정 지표 사이에 유의한 음의 관련성을 가지는 빈도의 오즈비에 의해 나타내는 것도 포함된다. 또한 선택적으로 밝혀진 복수의 유전자 다형의 유전자형이 질환 저항성 유전자 다형 세트에 해당하는 경우에, 질환 저항성 유전자 다형 세트에 고유의 질환 판정 지표의 증가 억제에 의해 나타내는 것도 포함된다. 즉 해당 피험 대상의 유전자 다형에 있어서의 질환 저항성 유전자 다형 세트를 현재화할 수 있는 방법이면 특별히 제한은 없다.
또한 본 발명에 관련되는 질환 위험도 현재화 방법은,
(i') 피험시료에 대해 검출된 유전자 다형을, 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트, 및 질환 판정 지표와 양의 관련성 을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정, 및
(ii') (i')의 결과에 근거해서 피험시료에 있어서의 질환 저항성 인자 또는 감수성 인자를 현재화시키는 공정을 가지는 것이다.
해당 공정을 포함하는 한, 다른 부가적인 어떠한 공정을 가지고 있어도 본 발명에 포함된다.
상기 위험도 현재화 방법은, 또한 (iii') 피험시료에 대해 현재화된 질환 저항성 인자와 감수성 인자의 편도를 산출하는 공정도 가지는 것으로 할 수 있다.
예를 들면 대상으로 하는 질환이 동맥 경화성 질환(바람직하게는 당뇨병에 기인하는 동맥 경화성 질환)인 경우, (i')의 공정은 피험시료에 있어서 검출된 유전자 다형을, 동맥 경화성 질환의 판정 지표인 「경동맥 내막 중막 복합체 비후도」(IMT)와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트, 및 IMT와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 조합함으로써 행해진다. 여기서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트로서는 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트를, 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트로서는 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트, 또는 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트를 들 수 있다.
또한 예를 들면 대상으로 하는 질환이 심근경색(바람직하게는 당뇨병에 기인하는 심근경색)인 경우, (i')의 공정은, 피험시료에 있어서 검출된 유전자 다형을, 심근경색의 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세 트, 및 심근경색의 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트와 조합함으로써 행해진다. 여기서 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트로서는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상을, 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트로서는 도 50 내지 도 53 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형, 또는 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상을 들 수 있다.
또한 공정 (i')에 앞서, (O') 피험시료에 있어서 유전자 다형을 검출하는 공정을 가질 수도 있다. 검출 공정 (O')은 도 38에 기재하는 99개의 유전자 다형으로부터 선택되는 적어도 2의 유전자 다형을 대상으로 한 검출 공정으로 할 수 있다. 대상으로 하는 질환이 동맥 경화성 질환(바람직하게는 당뇨병에 기인하는 동맥 경화성 질환)인 경우, 검출 공정 (O')는 예를 들면 도 10 및 도 28 기재의 유전자 다형, 도 11 및 도 29 기재의 유전자 다형, 도 12 및 도 30 기재의 유전자 다형, 도 13 및 도 31 기재의 유전자 다형, 도 14 및 도 32 기재의 유전자 다형, 도 15 및 도 33 기재의 유전자 다형, 도 16 및 도 34 기재의 유전자 다형, 도 17 및 도 35 기재의 유전자 다형, 또는 도 18 및 도 36 기재의 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정, 또는 도 38 및 도 48 기재의 유전자 다형, 도 39 및 도 49 기재의 유전자 다형, 도 40 및 도 50 기재의 유전자 다형, 도 41 및 도 51 기재의 유전자 다형, 도 42 및 도 51 기재의 유전자 다형, 또는 도 43 및 도 51 기재의 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정으로 할 수 있다.
또한 대상으로 하는 질환이 심근경색(바람직하게는 당뇨병에 기인하는 심근 경색)인 경우, 검출 공정 (O')는 예를 들면 도 59 및 도 70 기재의 유전자 다형, 도 60 및 도 71 기재의 유전자 다형, 도 61 및 도 72기재의 유전자 다형, 또는 도 62 및 도 73 기재의 유전자 다형의 존재를 검출하는 공정으로 할 수 있다.
또한 검출 공정 (O')는 상기 본 발명에 관련되는 질환 위험도 판정용 어레이 상에서, 검체 시료로 조제한 프로브와 어레이 상의 유전자 다형 검출용 프로브를 혼성화시켜 유전자 다형을 검출하는 공정으로 할 수 있다.
또한 피험시료는 당뇨병이며 동맥 경화성 질환 또는 심근경색 병력이 없는 피험자의 생체 시료로 설정하면, 본 발명의 효과를 보다 유효하게 이용할 수 있다.
전술한 바와 같이 본 발명은, 다수의 모집단에 있어서의 해석에 의해 질환 판정 지표와의 사이에 유의한 부 및 양의 관련성을 가지는 복수의 유전자 다형 세트가 존재하는 것을 발견하고, 다시 그것들을 각각 질환 저항성 인자 및 질환 감수성 인자로서 평가되고, 피험시료에 존재하는, 이들 두 가지로 분류되는 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형의 쌍방을 조합해서 평가했을 때에, 비로소 피험자의 질환 위험도를 현재화할 수 있는 것을 발견한 것에 기초를 둔다.
현재화된 질환 저항성 인자(질환 저항성 유전자 다형 세트) 및 질환 감수성 인자(질환 감수성 유전자 다형 세트)의 조합은 질환 위험도 판정의 정보로서 극히 가치가 높은 것이다.
현재화 공정으로서는 단순히 해당 복수의 유전자 다형의, 조합에 관계되는 유전자형 세트를 일체로서 밝히는 것 외에, 선택적으로 밝혀진 복수의 유전자 다형의 유전자형이, 원하는 질환 유전자 다형 세트에 해당하는 것인지의 여부에 의해, 또 선택적으로 밝혀진 복수의 유전자 다형의 유전자형이, 원하는 질환 유전자 다형 세트에 해당하는 경우에, 질환 관련 유전자 다형 세트에 고유의 질환 판정 지표와의 사이에 유의한 부 또는 양의 관련성을 가지는 빈도의 오즈비에 의해 나타내는 것도 포함된다. 또한 선택적으로 밝혀진 복수의 유전자 다형의 유전자형이, 원하는 질환 유전자 다형 세트에 해당하는 경우에, 질환 유전자 다형 세트에 고유의 질환 판정 지표의 증가도 또는 증가 억제도에 의해 나타내는 것도 포함된다. 즉 피험 대상의 유전자 다형에 대해 질환 유전자 다형 세트의 저항성 및 감수성을 판단해서 현재화할 수 있는 방법이면 특별히 제한은 없다.
(6) 유전자 마커
(6-1) 동맥 경화성 질환 저항성 또는 동맥 경화성 질환 감수성을 나타내는 유전자 마커
본 발명은 동맥 경화성 질환 저항성을 나타내는 유전자 마커를 제공한다. 해당 유전자 마커는 피험시료에 대해 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 다형의 검출 및 선택에 아주 적합하게 이용할 수 있다. 이러한 유전자 마커는 음(저항성)의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트 중에서 선택되는 하나 이상의 유전자 다형을 포함하는 것이다. 구체적으로는 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함한다.
또한 본 발명은 동맥 경화성 질환 감수성을 나타내는 유전자 마커도 제공한다. 해당 유전자 마커는 피험시료에 대해 동맥 경화성 질환 감수성의 유전자 다형의 검출에 아주 적합하게 이용할 수 있다. 이러한 유전자 마커는 양(감수성)의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트 중에서 선택되는 하나 이상의 유전자 다형을 포함하는 것이다. 구체적으로는 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형, 또는 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함한다. 이러한 동맥 경화성 질환 감수성을 나타내는 유전자 마커는 상기 동맥 경화성 질환 저항성을 나타내는 유전자 마커와 조합해서 사용하는 것이 바람직하다.
이들 동맥 경화성 질환 저항성을 나타내는 유전자 마커 및 동맥 경화성 질환 감수성을 나타내는 유전자 마커는 각각 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 다형의 검출이나 선택 및 동맥 경화성 질환 감수성의 유전자 다형의 검출이나 선택에 이용되는 것 외에 동맥 경화성 질환의 판정이나 측정을 위한 유전자 마커 등으로서도 이용할 수 있다.
(5-2) 심근경색성 질환 저항성 또는 심근경색성 질환 감수성을 나타내는 유전자 마커
본 발명은 또한 심근경색 저항성을 나타내는 유전자 마커를 제공한다. 해당 유전자 마커는 피험시료에 대해 심근경색 저항성의 유전자 다형의 검출이나 선택에 아주 적합하게 이용할 수 있다. 이러한 유전자 마커는 음(저항성)의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트 중에서 선택되는 하나 이상의 유전자 다형을 포함하는 것이다. 구체적으로는 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함한다. 또한 본 발명은 심근경색 감수성을 나타내는 유전자 마커도 제공한다. 해당 유전자 마커는 피험시료에 대해 심근경색 감수성의 유전자 다형의 검출에 아주 적합하게 이용할 수 있다. 이러한 유전자 마커는 양(감수성)의 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트 중에서 선택되는 하나 이상의 유전자 다형을 포함하는 것이다. 구체적으로는 도 63 내지 도 68 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함한다. 이러한 심근경색 감수성을 나타내는 유전자 마커는 상기 심근경색 저항성을 나타내는 유전자 마커와 조합시켜 사용하는 것이 바람직하다.
이들 심근경색 저항성을 나타내는 유전자 마커 및 심근경색 감수성을 나타내는 유전자 마커는 각각 심근경색 저항성의 유전자 다형의 검출이나 선택 및 심근경색 감수성의 유전자 다형의 검출이나 선택에 이용되는 것 외에 심근경색의 판정이나 측정을 위한 유전자 마커 등으로서도 이용할 수 있다.
또한 본 발명의 마커에는 하기의 양태가 포함된다:
(A) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 마커.
(B) (1)도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 마커, 및 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하거나, 또는
(2) 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 마커, 및 도 48 내지 도 55 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 동맥 경화성 질환 감수성의 유전자 마커.
(C) 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 심근경색 저항성의 유전자 마커.
(D) 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 심근경색 저항성의 유전자 마커, 및 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 심근경색 감수성의 유전자 마커.
(7) 유전자 다형 분석용 키트
본 발명의 유전자 다형 분석용 키트는, 음의 유전자 다형 또는 음의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍, 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는 것을 특징으로 한다. 해당 분석용 키트는, 질환 저항성 유전자 다형을 검출하는 분석용 키트로서 아주 적합하게 이용할 수 있다. 또한 본 발명의 유전자 다형 분석용 키트는, 양의 유전자 다형, 또는 양의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍, 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함할 수 있다. 이러한 분석용 키트는, 질환 저항성 유전자 다형 및 질환 감수성 유전자 다형을 검출하는 분석용 키트로서 아주 적합하게 이용할 수 있다.
음의 유전자 다형 세트의 일례로서 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 들 수 있다. 이러한 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는 분석용 키트는, 동맥 경화성 질환 저항성 유전자 다형을 검출하는 분석용 키트로서 아주 적합하게 이용할 수 있다. 또한 이 경우, 또한 도 19 내지 도 27에 기재된 양의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자, 또는 도 50 내지 53에 기재된 양의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함할 수 있다. 이러한 분석용 키트는, 동맥 경화성 질환 저항성 유전자 다형 및 동맥 경화성 질환 감수성 유전자 다형을 검출하는 분석용 키트로서 아주 적합하게 이용할 수 있다.
또한 음의 유전자 다형 세트의 다른 일례로서 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한, 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 들 수 있다. 이러한 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는 분석용 키트는, 심근경색 저항성 유전자 다형을 검출하는 분석용 키트로서 아주 적합하게 이용할 수 있다. 또한 이 경우, 또한 도 63 내지 도 68에 기재된 양의 유전자 다형 세트군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함할 수 있다. 이러한 분석용 키트는, 심근경색 저항성 유전자 다형 및 심근경색 감수성 유전자 다형을 검출하는 분석용 키트로서 아주 적합하게 이용할 수 있는 본 발명의 유전자 다형 분석용 키트는, 상기와 같은 프라이머 쌍 또는 핵산 프로브를 포함하는 것이면, 본 발명의 목적을 해치지 않는 범위에서, 다른 핵산 또는 시약 등을 적당히 포함하고 있을 수 있다. 또한 음의 유전자 다형 세트나 양의 유전자 다형 세트를 검출하기 위해서는 이들 세트를 구성하는 2개 이상의 유전자 다형을 검출하기 위한 프라이머 또는 프 로브를 가지는 것이 필요하다. 하나의 유전자 다형에 대해 유전자 다형 검출용 프라이머를 포함하고, 다른 유전자 다형에 대해 유전자 다형 검출용 프로브를 포함하는 것 같은 것이어도 상기 유전자 다형을 분석할 수 있는 한, 본 발명의 유전자 다형 분석용 키트에 포함된다.
유전자 다형의 검출은 상기 유전자 다형 검출 공정에서 기재한 어떤 방법도 이용할 수 있는데, PCR을 이용하는 하이브리젠법, TaqMan법, 인베이더법이나, 유전자 다형을 가지는 유전자에 특이적으로 혼성화하는 핵산 프로브를 이용하는 ASP-PCR법 등을 아주 적합하게 이용할 수 있다.
따라서, 유전자 다형 분석용 키트에는 이들 유전자 다계를 검출하는 공정에 이용하는 프라이머 및 프로브 중 어느 것이든 하나 이상이 포함될 필요가 있다. 유전자 다형을 검출하기 위한 PCR법에 있어서는 가장 3'측에 유전자 다형의 핵산을 배치하는 것이 일반적이지만, 대립유전자 특이적 프라이머(ASP)-PCR법과 같이, 3'말단측으로부터 2번째에 유전자 다형을 가지는 프라이머를 배치하는 방법 등과 같이, 유전자 다형을 프라이머의 어느 영역에 둘지, 또 검출하는 유전자 이외에 어떠한 핵산 서열을 넣을지 등 프라이머의 디자인에는 유전자 다형을 식별할 수 있는 한 특별히 제한은 없다. 프로브의 디자인에 있어서도 마찬가지로 유전자 다형을 식별할 수 있는 한 그 서열에 제한 없이 이용할 수 있다.
또한 본 발명의 분석 키트에는 하기의 양태가 포함된다;
(A) (1) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 또는
(2) 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성 유전자 다형 분석용 키트.
(B) (1) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 및 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 또는
(2) 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 및 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성 유전자 다형 또는 감수성 유전자 다형 분석용 키트.
(C) 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는 심근경색 저항성 유전자 다형 분석용 키트.
(D) 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 및 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는 심근경색 저항성 유전자 다형 또는 감수성 유전자 다형 분석용 키트.
이하, 본 발명의 실시예에 의해 본 발명을 보다 구체적으로 설명하는데, 본 발명은 이들 실시예로 하등 한정되는 것은 아니다.
실시예 1 동맥 경화성 질환의 위험도의 판정
1. 동맥 경화성 질환에 정 또는 음의 관련성이 있는 유전자 다형의 결정
＜해석 순서＞
당뇨병 질환예에 있어서, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도(IMT)의 비후가 동 년대의 정상군에게 비해, 0.2㎜ 이상 비후되어 있는 것을 케이스(발증예), 그것 이외를 대조(미발증예)로 했다. 이들 케이스군(발증례군) 및 대조군(미발증예군)에 대해 하기에 설명하는 조작으로 유전자 다형을 검출했다.
여기에서는 설명의 편의상, 예로서 ACE 유전자(약칭:ACE ID)의 삽입 유전자 다형의 경우를 이용해서 설명하는데, 다른 유전자에 대해서도 동일한 조작을 행했다.
(1)ACE 유전자 단편 증폭용 프라이머의 합성
퍼킨엘머사 DNA 신디사이저 392형을 이용해서 포스포아미다이트법으로 인간 ACE 유전자의 서열과 상동인 서열을 가지는 프라이머 1(CTGGAGACCA CTCCCATCCT TTCT) 및 인간 ACE 유전자의 서열과 상보적인 서열을 가지는 서열(프라이머 2:GATGTGGCCATCACATTCGT CAGAT)을 합성했다. 프라이머 2는 5'측에 비오틴을 연결하고 있다. 합성은 매뉴얼에 따라, 각종 올리고뉴클레오티드의 탈보호는 암모니아수로 55℃, 하룻밤 실시했다. 올리고뉴클레오티드의 정제는 퍼킨엘머사 OPC 컬럼으로 실시했다.
(2) 링커 암을 가지는 올리고뉴클레오티드의 합성
퍼킨엘머사 DNA 신디사이저 392형을 이용해서 포스포아미다이트법으로 인간 ACE 유전자의 서열과 상보적인 서열을 가지는, 5'말단에 링커 암을 가지는 올리고뉴클레오티드(I 프로브:TTACAGGCGT GATACAGTCA C) 및 인간 ACE 유전자의 서열과 상보적인 서열을 가지는 5'말단에 링커 암을 가지는 올리고뉴클레오티드(D프로브:GCCTATACAG TCACTTTTAT GTG)를 합성했다.
이때, 일본 특표 소60-500717 호 공보에 개시된 합성법에 의해 데옥시우리딘으로부터 화학 합성에 의해 조제한, 5위에 링커 암을 가지는 우리딘을 상기 올리고뉴클레오티드에 도입했다. 합성된 링커 올리고뉴클레오티드는 암모니아수로 50℃, 하룻밤 탈보호 처리를 한 후, 퍼킨엘머사 OPC 컬럼으로 실시했다.
(3) 프로브 올리고뉴클레오티드의 마이크로타이터 플레이트에의 결합
상기 (2)에서 합성한 프로브 올리고뉴클레오티드에 대해 그 링커 암을 통해 마이크로타이터 플레이트 내면에 결합시켰다. 올리고뉴클레오티드를 50mM 붕산완충액(pH10), 10OmM MgCl2의 용액에 0.05pmol/㎕이 되도록 희석하고, 마이크로타이터 플레이트(MicroFLUOR B;다이나테크사)에 각 100㎕씩 분주하고, 15시간 정도 실온에 방치함으로써 링커 올리고뉴클레오티드를 마이크로타이터 플레이트 내면에 결합시켰다. 그 후, 0.1pmol dNTP, 0.5％ PVP, 5×SSC로 치환하고, 비특이 반응을 억제하기 위한 블로킹을 실온으로 2시간 정도 행했다. 마지막으로 1×SSC로 세정해서 건조시켰다.
(4) PCR법에 의한 인간 ACE 유전자 단편의 증폭
인간 백혈구로부터 추출한 DNA 용액을 샘플로서 사용하고, 하기 시약을 첨가하여 하기 조건에 의해 인간 ACE 유전자 단편을 증폭했다.
＜시약＞
이하의 시약을 포함하는 25㎕ 용액을 조제했다.
프라이머 1 10pmol
프라이머 2 10pmol
×10 완충액 2.5㎕
2mM dNTP 2.5㎕
Tth DNA 폴리메라아제 1U
추출 DNA 용액 100ng
＜증폭 조건＞
94℃·2분
94℃·1분, 65℃·2분, 75℃·1.5분(35 사이클).
(5) 마이크로타이터 플레이트 중에서의 혼성화
(4)의 증폭 반응액을 10배로 희석하고, 0.3N NaOH 중에서 증폭 반응액 중의 증폭된 DNA를 변성시켜, 각 샘플마다 증폭 반응액 20㎕를 200mM 시트르산-인산 완충액(pH6.0), 2％ SDS, 750mM NaCl, 0.1％ NaN3의 용액 100㎕에 가하고, 상기 (3)의 포착 프로브가 결합한 마이크로타이터 플레이트에 투입했다. 증발을 막기 위해 유동 파라핀을 중층하고, 55℃로 30분간 진탕시켰다. 이것에 의해 증폭된 인간 ACE 유전자 단편이, 고정화된 프로브에 의해 특이적으로 마이크로타이터 플레이트에 포착된다.
다음에 2×SSC(pH7.0), 1％ SDS로 치환시키고 마찬가지로 증발을 막기 위해 유동 파라핀을 중층하고, 55℃로 20분간 진탕시켰다. 그 후, 알칼리 포스파타아제를 표식한 스트렙토아비딘(DAKO제 D0396)을 50mM 트리스-염산 완충액(pH7.5), 1％ BSA의 용액으로 2000배로 희석한 용액 100㎕로 치환하고, 37℃로 15분간 진탕시켰다. 이것에 의해 포착된 DNA의 비오틴에 알칼리성 포스파타아제 표식한 스트렙토아비딘이 특이적으로 결합했다. 250㎕의 50mM 트리스-염산 완충액(pH7.5), 0.025％ Tween20 용액으로 3회 세정 후, 알칼리성 포스파타아제의 발광 기질인 디옥세탄 화합물(상품명: 루미포스(Lumiphos) 480; 루미겐(Lumigen)사) 50㎕를 주입하고, 37℃로 15분간 보온 후에 암실 안에서 호톤 카운터(하마마츠 호트닉스사)로 발광량을 측정했다.
이들 공정은 모두, DNA 프로브 자동 측정 시스템([일본 임상 검사 자동화 학회회지 제20권, 제728페이지(1995년)]를 참조)에 의해 자동으로 행해지고, 소요 시간은 약 2.5시간이었다.
(6) 인간 ACE 유전자 삽입 다형 측정 검토 결과
상기 (4)에서 증폭하고, (5)에서 검출된 결과로부터 ACE 유전자 다형을 검토한다. I 시그날은 I 프로브와 반응한 증폭 핵산 단편의 검출 시그널, D 시그날은 D 프로브와 반응한 핵산 단편의 검출 시그널로 하고, 각 프로브에서 얻어진 시그널 비의 대수를 취함으로써 염기 다형을 분류할 수 있다. 즉 시그널 비의 대수가 0.0 이상인 것은 I형(삽입)의 호모 유전자형, -1.0 이하는 D형(결실)의 호모 유전자형, -1.0 내지 0.0의 사이가 I형과 D형의 헤테로 유전자형으로 동정할 수 있다.
2. SNP 의 해석
2-1. Odds 비와 Kai 치의 측정
각 SNP의 유전자형 각각에 대해서 Odds비와 Kai치를 구했다.
「유전자형」은 이미 설명한 규칙에 따라 1 내지 3의 번호로 나타낸다. 예를 들면 I/D로 나타내어지는 ACE 유전자의 경우,
1: DD(D의 호모 접합체)
2: I/D(헤테로)
3: II(I의 동질 접합체)로 했다.
또한 I/D+DD(D 아릴을 가지는 것)는 「12」와 II+I/D(I 아릴을 가지는 것)는 「23」으로 나타낸다.
「Odds비」는 SNP의 유전자형이 케이스 또는 대조로 치우치는 비율을 의미한다. Odds비가 2라면 케이스에서의 유전자형의 존재 빈도가 대조의 2배인 것을 나타낸다. 「Kai치」는 SNP의 유전자형이 케이스 또는 대조로 치우치는 통계학적인 유의성을 의미한다. Kai치가 3.8 이상이면 P＜0.05가 된다.
Kai 5.024→p＜0.025
Kai 6.635→p＜0.01
Kai 10.827→p＜0.001
또한 Kai치와 Odds비의 차이는 Odds비는 존재 빈도에 의존하지 않지만, Kai치는 피험자수가 많아지면 Odds비가 낮아지는 수가 있는 점이다. 예를 들면 피험자수가 500예인 경우에 케이스군의 1％에 보여지는 A 다형과, 피험자수가 5000예인 경우에 케이스군의 0.5％에 보여지는 B 다형에서는 같은 Odds비라도 B 다형이 Kai치가 높아지는 경우가 있다.
2-2 질환 감수성 유전자 다형 , 및 질환 저항성 유전자 다형의 추출
상기에서 요구한 각 SNP의 유전자형에 관한 Odds비와 Kai치를 기초로, Odds비＞2.0, Kai치＞3.8 이상을 선택 조건으로 해서 질환 감수성 SNP(케이스군의 중 Odds비＞2.0의 것), 질환 저항성 SNP(대조군의 Odds비＞2.0의 것)을 추출했다.
2-3 SNP 의 다중 해석
우선 논문으로부터 동맥 경화성 질환에 관한 키워드 검색 등에 의해 200개의 SNP를 선택하고, 다시 99개까지 좁혔다. 그 다음에 이 99개 중에서 임의로 2 내지 3개의 SNP를 선택하고, 이 2개의 SNP의 각 유전자형(1, 2, 3)마다의 모든 조합에 대해 케이스군 및 대조군의 각각에 대해 Odds비 및 Kai치를 구했다(2개의 SNP로 4×4=16가지, 99×98×16/2가지). 이 특정의 SNP의 조합을 SSNP(공동(Synergetic) SNP)로 칭하기로 한다.
2-4 유의한 SSNP 의 추출
(1)상기에서 얻어진 SSNP를, Kai치가 높은 순으로 서열한다(예를 들면 10개의 SSNP를 소트했을 경우, 위로부터 1번째, 2번째, 3번째…로 한다).
(2)케이스군, 및 대조군의 각 군에 대해 설명 가능한 SSNP(설명 SSNP)를 구한다.
구체적으로는 하기의 경우를 예로 해서 설명한다:
1번째의 SSNP로, 증례 번호 5, 10, 15, 20 및 28의 5명이 설명 가능하게 한다,
2번째의 SSNP로, 증례 번호 5, 6 및 30의 3명이 설명 가능하게 한다,
5번째의 SSNP로, 증례 번호 5, 10, 및 15의 3명이 설명 가능하게 한다.
상기의 경우, 우선 1번째의 SSNP는 「설명 SSNP」로서 채용된다. 2번째의 SNP는 1번째의 SSNP에서는 설명할 수 없는 증례 번호 6과 30을 설명할 수 있으므로, 「설명 SSNP」가 된다. 한편, 5번째의 SSNP는 그것으로 설명할 수 있는 것은, 모두 1번째의 「설명 SSNP」로 설명 가능해지기 때문에 채용하지 않는다. 이렇게 해서 케이스군, 및 대조군의 각 군에 대해 2-3에서 구한 SSNP로부터 「설명 SSNP」를 추출했다.
2-5 무효인 SNP 다형의 기각
2-4에서 구한 「설명 SSNP」의 군에 포함되는 SNP의 다형의 빈도(％)를 계산해서 빈도가 적은 것을 기각했다.
예를 들면 1번째 SSNP〔ACE-II와 MTHFR의 TT〕
2번째 SSNP〔ACE-II와 eNOS (약칭:N1)의 C 아릴〕
3번째 SSNP 〔ACE-I 아릴과 eN0S(약칭:N1)의 C 아릴)로 하면, ACE-II가 3.5％, ACE-I 아릴이 0.5％가 된다. 그래서 ACE-II만 채용하고, ACE-I 아릴은 기각한다(II 다형이든 I 아릴이든 빈도가 높은 쪽이 더 중요하다고 생각한다).
2-6 SSNP 의 재평가
2-3에서 구한 SSNP군으로부터, 2-5에서 기각된 SNP의 다형을 포함하는 SSNP를 추출하고, 이들 SSNP를 기각했다. 나머지 SSNP군으로 재차 2-4와 2-5의 조작을 행하여 설명 SSNP를 추출했다.
이렇게 해서 얻어진 케이스군(질환 발증군)에 관한 설명 SSNP(동맥 경화성 질환에 양의 관련성을 가지는 유전자 다형)를 리스트로 한 것이 도 19이고, 대조군 (질환 미발증군)에 관한 설명 SSNP(동맥 경화성 질환에 음의 관련성을 가지는 유전자 다형)를 리스트로 한 것이 도 1이다.
3. 설명 SNP 를 이용한 동맥 경화성 질환의 판정
심근경색의 병력이 없는 당뇨병 환자(피험자)를 대상으로 해서 전술과 같이 동맥 경화성 질환의 감수성 유전자 다형(「설명 SSNP」), 동맥 경화성 질환의 저항성 유전자 다형(「설명 SSNP」)을 추출했다. 그리고 각 피험자가 가지는 감수성 유전자 다형(「설명 SSNP」), 및 동맥 경화성 질환의 저항성 유전자 다형(「설명 SSNP」)의 개수를 각각 도 19 및 도 1을 참조해서 구하고, 감수성 유전자 다형의 수가 저항성 유전자 다형의 수보다 많은 경우를 「동맥 경화성 질환 고위험도 예」, 저항성 유전자 다형의 수가 감수성 유전자 다형의 수가 많은 경우를 「동맥 경화성 질환 저위험도 예」로 한다.
한편, 이들 각 피험자에 대해 경동맥 내막 중막 복합체 비후도를 측정하여, 건강한 정상인의 경동맥 내막 중막 복합체 비후도 평균보다도 0.2㎜ 이상 두꺼운 경우를 「동맥 경화 질환예」, 그것 이외를 「비동맥 경화 질환예」로 분류했다.
각 피험자에 대해 동맥 경화 질환예 및 비동맥 경화 질환예의 각각이, 동맥 경화성 질환 고위험도 예 및 동맥 경화성 질환 저위험도 예와 일치하는 비율을 「감수성률(정답률)」로서 구했다. 또한 동맥 경화 질환예 및 비동맥 경화 질환예의 각각이, 동맥 경화성 질환 고위험도 예 및 동맥 경화성 질환 저위험도 예와 일치하지 않는 비율을 「폴스 포지티브율(오답률)」로서 구했다.
＜해석 결과＞
해석 결과를 도 77 및 표 3에 나타낸다.
감수성+저항성 감수성 저항성
오답률 정답률 오답률 정답률 오답률 정답률
Odds 2 22.8 73.9 76.9 91.8 56.8 87.2
Odds 3 15.5 63.4 33.3 70.9 25.9 66.7
Odds 4 10.6 61.9 20.5 68.9 15.8 56.9
Odds 5 6.6 52.4 9.7 54.9 10.1 51.8
Odds 6 4.9 47.8 6.2 47.6 9.4 51.3
Odds 7 3.5 42.4 3.1 40.3 5.5 48.7
Odds 8 2.8 37.2 2.6 35.2 3.9 43.1
Odds 9 2.5 36.4 2.6 35.2 3.4 4.05
Odds 10 2.1 34 1.5 32 3 39
도 77에 있어서, □는 감수성 「설명 SSNP」만, △는 저항성 「설명 SSNP」만, ●는 감수성 「설명 SSNP」 및 저항성 「설명 SSNP」의 양자에서, 추정한 감수성률(정답률), 및 폴스 포지티브(오답률)의 계산값을 나타낸다. 각 플롯은 각각 Odds비 2 내지 10으로 추출한 유전자 다형 세트에 근거하는 계산값을 나타낸다.
도 77 및 표 3에 나타내는 바와 같이 감수성 유전자 다형(설명 SSNP) 및 저항성 유전자 다형(설명 SSNP)을 모두 이용해서 얻어진 값은 오답률이 현저하게 저하했다. 이것으로부터 감수성 「설명 SSNP」와 저항성 「설명 SSNP」를 조합해서 이용하여 동맥경화성 질환의 평가를 행함으로써 정밀도가 높은 판정을 행할 수 있는 것이 밝혀졌다.
본 발명에 의하면, 질환의 발병하기 쉬움이나, 진행되기 쉬움 등을 질환 위험도로서 고정밀도로 판정할 수 있어 질환 발증의 예방 및 치료에 이용할 수 있는 질환 위험도 판정 방법, 질환 위험도 판정 장치 및 질환 위험도 판정 프로그램을 제공할 수 있다. 해당 방법은, 당뇨병 환자 또는 그 경계형 당뇨병의 환자에 대해 동맥 경화성 질환이나 심근경색성 질환의 발병하기 쉬움이나 진행되기 쉬움 등을 정밀도 높게 판정할 수 있어 해당 질환의 발증의 예방이나 치료에 유효하게 이용할 수 있다.
종래의 질환 위험도의 판정 방법은 질환의 감수성(양의 관련성)만을 지표로 해서 질환과 위험도를 판정하는 것에 비해, 본 발명에 있어서는 질환에 대한 저항성(음의 관련성)도 지표에 포함하는 것이다. 이것에 의해 본 발명에 있어서는 질환 위험도를 감수성뿐만 아니라 저항성으로부터도 판정하여 종합적으로 판단하는 것이 가능해져, 질환의 위험도에 대해 보다 적확하면서도 정밀도가 높은 결과를 얻는 것이 가능해진다.
또한 본 발명은 동맥 경화성 질환, 특히 당뇨병에 기인하는 동맥 경화성 질환의 위험도 판정에 유용한 질환 저항성 인자 및 감수성 인자, 및 심근경색성 질환, 특히 당뇨병에 기인하는 심근경색성 질환의 위험도 판정에 유용한 질환 저항성 인자 및 감수성 인자를, 유전자 다형의 점에서 밝히고, 동맥 경화성 질환 저항성 유전자 다형 세트 및 동맥 경화성 질환 감수성 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트, 및 심근경색성 질환 저항성 유전자 다형 세트 및 심근경색성 질환 감수성 유전자 다형 또는 유전자 다형 세트로서 이것을 제공하는 것이다. 이것에 의해 피험자, 특히 당뇨병 환자 또는 그 경향이 있는 환자(당뇨병 경계형)에 대해, 동맥 경화성 질환 또는 심근경색성 질환의 위험도의 판정, 예방 및 치료 등을, 피험자의 특징에 따라 보다 적절한 양태로 행하는 것이 가능해진다. 본 발명이 제공하는 질 환 위험도 판정 방법, 질환 위험도 판정용 어레이, 질환 저항성 유전자 마커 및 질환 감수성 유전자 마커, 질환 저항성 유전자 다형 또는 질환 감수성 유전자 다형 분석용 키트는, 동맥 경화성 질환 또는 심근경색성 질환의 위험도의 판정의 실시에 유용한 것이다.
또한 이러한 본 발명의 기술은, 본 명세서에 일례로서 드는 동맥 경화성 질환이나 심근경색성 질환뿐만 아니라, 다른 질환에 있어서도 이와 같이 적용할 수 있다. 특히 당뇨병에 기인해서 발병하는 뇌경색, 당뇨병성 신부전, 당뇨병성 망막증, 당뇨병성 신경증 등에 있어서도 마찬가지로 적용할 수 있다.
<110> OSAKA INDUSTRIAL PROMOTION ORGANIZATION <120> Method for identification polymorphism for determination illness-risk, method and array for determination illness-risk <130> P04-130 <150> JP 2003-355716 <151> 2003-10-15 <160> 4 <170> PatentIn version 3.1 <210> 1 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> Primer <400> 1 ctggagacca ctcccatcct ttct 14 <210> 2 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> Primer <400> 2 gatgtggcca tcacattcgt cagat 25 <210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> Prove <400> 3 ttacaggcgt gatacagtca c 21 <210> 4 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> Prove <400> 4 gcctatacag tcacttttat gtg 23

Claims (53)

  1. 미리 지정된 복수의 유전자 다형 중에서, 유전자형을 지정해서 소정수의 유전자 다형을 빼내어 유전자 다형 세트로 하는 제1 단계,
    질환의 지표, 및 유전자형을 가지는 유전자 다형을 대응시켜 요소로 한 집합을 이용해서 상기 유전자 다형 세트에 관해서 상기 질환의 지표와의 관련성, 및 해당 관련성의 통계적 유의성을 계산하는 제2 단계, 및
    계산된 상기 관련성이 음의 관련성이면서도 유의한 경우에, 상기 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 질환 위험도 판정용 유전자 다형으로서 채용하는 제3 단계를 포함하는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  2. 제1항에 있어서, 계산된 상기 관련성이 양의 관련성이면서도 유의한 경우에, 상기 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 질환 위험도 판정용 유전자 다형으로서 채용하는 제4 단계를 추가로 포함하는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  3. 제2항에 있어서,
    상기 관련성이 오즈비(Odds)이고,
    상기 유의성이 카이 제곱치(Kai)이고,
    상기 질환이 동맥 경화성 질환이고, 또한
    상기 질환의 지표가 경동맥 내막 중막 복합체 비후도인, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  4. 제2항에 있어서,
    상기 관련성이 오즈비이고,
    상기 유의성이 카이 제곱치이고,
    상기 질환이 심근경색이고, 또한
    상기 질환의 지표가, 심전도상의 진구성(비정상 Q) 심근경색 파형의 유무 또는 심근경색의 과거 병력의 유무인, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  5. 제3항에 있어서,
    상기 제1 단계에 있어서 중복되지 않고 상기 유전자 다형 세트를 결정할 때마다 상기 제1 내지 제3 단계를 반복하고,
    상기 제1 단계이, 상기 유전자 다형 세트보다도 적은 수의 유전자 다형으로 구성되는 유전자 다형 세트가 이미 상기 제3 단계에 있어서 질환 위험도 판정용 유전자 다형으로서 채용되어 있는지의 여부를 판단하는 제5 단계를 포함하고,
    상기 판단의 결과, 채용되어 있다고 판단했을 경우, 상기 제3 단계를 실행하지 않는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  6. 제4항에 있어서,
    상기 제1 단계에 있어서 중복되지 않고 상기 유전자 다형 세트를 결정할 때마다 상기 제1 내지 제4 단계를 반복하고,
    상기 제1 단계이, 상기 유전자 다형 세트보다도 적은 수의 유전자 다형으로 구성되는 유전자 다형 세트가 이미 상기 제3 단계에 있어서 질환 위험도 판정용 유전자 다형으로서 채용되어 있는지의 여부를 판단하는 제6 단계를 포함하고,
    상기 판단의 결과, 채용되어 있다고 판단했을 경우, 상기 제 4 단계를 실행하지 않는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  7. 제3항에 있어서,
    상기 제3 단계에서 채용된 상기 유전자 다형마다의 기여율을 계산하는 제7 단계를 포함하고,
    상기 기여율에 따라 상기 질환 위험도 판정용 유전자 다형을 취사 선택하는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  8. 제4항에 있어서,
    상기 제 5 단계에서 채용된 상기 유전자 다형마다의 기여율을 계산하는 제8 단계를 포함하고,
    상기 기여율에 따라 상기 질환 위험도 판정용 유전자 다형을 취사 선택하는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  9. 제7항에 있어서, 상기 유전자 다형이 상기 유전자형마다의 상기 기여율 중 최대치인지의 여부에 따라 상기 질환 위험도 판정용 유전자 다형을 취사 선택하는 제9 단계를 포함하는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  10. 제8항에 있어서, 상기 유전자 다형이 상기 유전자형마다의 상기 기여율 중 최대치인지의 여부에 따라 상기 질환 위험도 판정용 유전자 다형을 취사 선택하는 제10 단계를 포함하는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  11. 제1항에 있어서,
    새로운 질환의 지표 및 유전자형을 가지는 유전자 다형을 취득했을 경우,
    새롭게 취득한 상기 유전자형을 가지는 유전자 다형을 이용해서 상기 집합을 검색하여 해당하는 질환의 지표를 취득하고, 해당 질환의 지표 및 상기 새로운 질환의 지표를 이용해서 질환 위험도 판정용 유전자 다형을 결정하는, 질환 위험도 판정용 유전자 다형의 결정 방법.
  12. 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 갖는, 동맥 경화성 질환 위험도 판정 용 어레이.
  13. 제12항에 있어서, 도 10 내지 도 18 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 도 44 내지 도 47 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 갖는, 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
  14. 제12항에 있어서, 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재한 양(감수성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재한 양(감수성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 추가로 갖는, 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
  15. 제12항에 있어서, 유전자 도 28 내지 도 37 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 가지거나, 도 52 내지 도 55 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 갖는, 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이.
  16. 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음(저항성)의 유전자 다형 세트 군 으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 갖는, 심근경색 위험도 판정용 어레이.
  17. 제16항에 있어서,
    도 59 내지 도 62 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 갖는, 심근경색 위험도 판정용 어레이.
  18. 제16항에 있어서, 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재한 양(감수성)의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 추가로 갖는, 심근경색 위험도 판정용 어레이.
  19. 제16항에 있어서, 도 70 내지 도 73 중 어느 하나에 기재된 유전자 다형군의 반수 이상의 유전자 다형에 대한 검출용 프로브를 갖는, 심근경색 위험도 판정용 어레이.
  20. (b) 피험시료에 대해 검출된 유전자 다형을, 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정을 갖는, 질환 위험도의 판정 방법.
  21. 제20항에 있어서, (b') 질환 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트와 조합하는 공정, 및
    (c) (b')의 결과로부터, 검출한 유전자 다형 세트에 대해 음의 관련성과 양의 관련성을 대비해서 그 편도를 산출하는 공정을 추가로 갖는, 질환 위험도의 판정 방법.
  22. 제21항에 있어서,
    (d) 얻어진 편도로부터 질환 위험도를 평가하는 공정을 추가로 갖는, 질환 위험도의 판정 방법.
  23. 제20항에 있어서, 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고, 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트로서 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 세트를 이용하는, 질환 위험도의 판정 방법.
  24. 제21항에 있어서,
    대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    (1) 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상이고, 또한 질환 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 양의 관 련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트이거나, 또는
    (2) 질환 판정 지표와 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재된 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 한 세트 이상이고, 또한 질환 판정 지표와 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재된 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트인, 동맥 경화성 질환 위험도의 판정 방법.
  25. 제20항 또는 제21항에 있어서, 공정 (b) 또는 (b')에 앞서, (a) 피험시료에 있어서 유전자 다형을 검출하는 공정을 갖는, 질환 위험도의 판정 방법.
  26. 제25항에 있어서, 검출 공정 (a)가, 도 37에 기재하는 99개의 유전자 다형으로부터 선택되는 2 또는 3 이상의 유전자 다형을 대상으로 한 검출 공정인, 질환 위험도의 판정 방법.
  27. 제25항에 있어서,
    대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    검출 공정 (a)가, 제12항 내지 제15항 중 어느 한 항 기재의 동맥 경화성 질환 위험도 판정용 어레이 상에서, 피험시료로부터 조제한 프로브와, 어레이 상의 유전자 다형 검출용 프로브를 혼성화시켜 유전자 다형을 검출하는 공정인, 질환 위험도의 판정 방법.
  28. 제25항에 있어서,
    대상 질환이 심근경색이고,
    검출 공정 (a)가, 제16항 내지 제19항 중 어느 한 항 기재의 심근경색 위험도 판정용 어레이 상에서, 피험시료로부터 조제한 프로브와, 어레이 상의 유전자 다형 검출용 프로브를 혼성화시켜 유전자 다형을 검출하는 공정인, 질환 위험도의 판정 방법.
  29. 유전자형을 포함하는 하나 이상의 유전자 다형으로 구성되는 제1 유전자 다형 세트, 및 해당 유전자 다형 세트와 질환 지표의 양의 관련성 또는 음의 관련성을 대응시킨 참조 테이블을 기록한 기록부와,
    피험시료의 유전자형을 가지는 유전자 다형을 취득하는 인터페이스부와,
    취득된 상기 피험시료의 유전자 다형 중 소정수의 유전자 다형으로 구성되는 제2의 유전자 다형 세트와, 상기 참조 테이블에 있어서의 상기 제1 유전자 다형 세트를 조합하는 처리부를 구비하고,
    상기 처리부가, 조합의 결과 일치하는 상기 제1 유전자 다형 세트가 있는 경우에, 해당 제1 유전자 다형 세트의 양의 관련성 또는 음의 관련성에 따라 상기 피험시료에 관한 편도를 계산하는 것을 특징으로 하는 질환 위험도 판정 장치.
  30. 제29항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트에, 동맥 경화성 질환 감수성으로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도가 정상 범위를 넘는 빈도의 오즈비를 대응시킨 것인, 질환 위험도 판정 장치.
  31. 제29항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트에, 동맥 경화성 질환 감수성으로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가를 대응시킨 것인, 질환 위험도 판정 장치.
  32. 제29항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 양의 관련성을 가지는 상기 제1 유전자 다형 세트가, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도가 정상 범위를 넘는 빈도의 오즈비가 일정 이상인 유전자 다형 세트, 및 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 평균치에 유의차가 있는 유전자 다형 세트 중 어느 하나 이상인, 질환 위험도 판정 장치.
  33. 제29항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트에, 동맥 경화성 질환 저항성으로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도가 정상 범위 이하의 빈도의 오즈비를 대응시킨 것인, 질환 위험도 판정 장치.
  34. 제29항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 그 세트에, 동맥 경화성 질환 저항성으로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가 억제를 대응시킨 것인, 질환 위험도 판정 장치.
  35. 제29항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 환경 인자의 유무 또는 수치와 동맥 경화성 질환 감수성 및 동맥 경화성 질환 저항성을 대응시킨 테이블이고, 또한,
    입력된, 피험 대상의 환경 인자의 유무 또는 수치와, 상기 참조 테이블에 있 어서의 환경 인자의 유무 또는 수치를 조합하여, 해당 환경 인자의 유무 또는 수치에 대응하는 동맥 경화 감수성 및 동맥 경화 저항성으로부터, 해당 동맥 경화 위험도를 검출하는 검출 수단을 추가로 구비한, 질환 위험도 판정 장치.
  36. 제29항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와, 동맥 경화성 질환 감수성 및 동맥 경화성 질환 저항성을 대응시킨 데이터 테이블이고, 또한,
    입력된, 피험자의 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와, 상기 참조 테이블에 있어서의 경동맥 내막 중막 복합체 비후도를 조합하여, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도에 대응하는 동맥 경화 감수성 및 동맥 경화 저항성으로부터 해당 동맥 경화 위험도를 검출하는 검출 수단을 추가로 구비한, 질환 위험도 판정 장치.
  37. 제39항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    피험자의 경동맥 내막 중막 복합체 비후도를 측정하여, 측정 결과의 상기 경동맥 내막 중막 복합체 비후도를 상기 인터페이스부에 공급하는 혈관벽 막압 측정 수단을 구비한, 질환 위험도 판정 장치.
  38. 컴퓨터에,
    피험시료의 유전자형을 가지는 유전자 다형의 입력을 접수하는 기능,
    유전자형을 가지는 하나 이상의 유전자 다형으로 구성되는 제1 유전자 다형 세트, 및 해당 유전자 다형 세트와 질환 지표의 양의 관련성 또는 음의 관련성을 대응시킨 참조 테이블을 기록부에 기록하는 기능,
    상기 피험시료의 유전자 다형 중 소정수의 유전자 다형으로 구성되는 제2의 유전자 다형 세트와, 상기 참조 테이블에 있어서의 상기 제1 유전자 다형 세트를 조합하는 기능, 및
    조합의 결과 일치하는 상기 제1 유전자 다형 세트가 있는 경우에, 해당 제1 유전자 다형 세트의 양의 관련성 또는 음의 관련성에 따라 상기 피험시료에 관한 편도를 계산하는 기능을 실현시키기 위한, 질환 위험도 판정 프로그램.
  39. 제38항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트에, 동맥 경화 감수성으로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도가 정상 범위를 넘는 빈도의 오즈비를 대응시킨 것인, 질환 위험도 판정 프로그램.
  40. 제38항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 유의한 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 그 세트에, 동맥 경화 감수성으로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가를 대응시킨 것인, 질환 위험도 판정 프로그램.
  41. 제38항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 유의한 양의 관련성을 가지는 유전자 다형 세트가, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도가 정상 범위를 넘는 빈도의 오즈비가 일정 이상인 유전자 다형 또는 그 세트, 및 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 평균치에 유의차가 있는 유전자 다형 또는 그 세트 중 어느 하나 이상인, 질환 위험도 판정 프로그램.
  42. 제38항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 그 세트에, 동맥 경화 저항성으로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도가 정상 범위 이하의 빈도의 오즈비를 대응시킨 것인, 질환 위험도 판정 프로그램.
  43. 제38항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    상기 참조 테이블이, 경동맥 내막 중막 복합체 비후도와의 사이에 음의 관련성을 가지는 유전자 다형 또는 그 세트에, 동맥 경화 저항성으로서 경동맥 내막 중막 복합체 비후도의 증가 억제를 대응시킨 것인, 질환 위험도 판정 프로그램.
  44. 제38항에 있어서,
    판정 대상 질환이 동맥 경화성 질환이고,
    경동맥 내막 중막 복합체 비후도가, 건강한 정상인의 경동맥 내막 중막 복합체 비후도 평균보다도 0.2㎜ 이상 두꺼운 경우를 동맥 경화 질환예라고 정의하고, 그것 이외를 비동맥 경화 질환예라고 정의하고, 또한 검출한 유전자 다형에 대해 음의 유전자 다형 또는 그 세트가 양의 유전자 다형 또는 그 세트보다 많은 경우를 동맥 경화성 질환 저위험도 예, 양의 유전자 다형 또는 그 세트가 음의 유전자 다형 또는 그 세트보다 많은 경우를 동맥 경화성 질환 고위험도 예라고 정의했을 경우에, 피험 대상에 있어서의 동맥 경화 질환예 및 비동맥 경화 질환예가 각각 동맥 경화성 질환 고위험도 예 및 동맥 경화성 질환 저위험도 예와 일치하는 비율이 30％ 이상 및 일치하지 않는 비율이 30％ 이하가 되는 것인, 질환 위험도 판정 프로그램.
  45. 컴퓨터에,
    피험시료의 유전자형을 가지는 유전자 다형의 입력을 접수하는 기능,
    유전자형을 가지는 하나 이상의 유전자 다형으로 구성되는 제1 유전자 다형 세트, 및 해당 유전자 다형 세트와 질환 지표의 양의 관련성 또는 음의 관련성을 대응시킨 참조 테이블을 기록부에 기록하는 기능,
    상기 피험시료의 유전자 다형 중 소정수의 유전자 다형으로 구성되는 제2의 유전자 다형 세트와, 상기 참조 테이블에 있어서의 상기 제1 유전자 다형 세트를 조합하는 기능, 및
    조합의 결과 일치하는 상기 제1 유전자 다형 세트가 있는 경우에, 해당 제1 유전자 다형 세트의 양의 관련성 또는 음의 관련성에 따라 상기 피험시료에 관한 편도를 계산하는 기능을 실현시키기 위한 질환 위험도 판정 프로그램을 기록하는, 컴퓨터 판독 가능한 기록 매체.
  46. 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형, 또는 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는, 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 마커.
  47. (1) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 마커, 및 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재 한 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하거나, 또는
    (2) 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성의 유전자 마커, 및 도 48 내지 도 55 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는, 동맥 경화성 질환 감수성의 유전자 마커.
  48. 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는, 심근경색 저항성의 유전자 마커.
  49. 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는 심근경색 저항성의 유전자 마커, 및 도 63 내지 도 69 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자 다형을 포함하는, 심근경색 감수성의 유전자 마커.
  50. (1) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭 할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 또는
    (2) 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는, 동맥 경화성 질환 저항성 유전자 다형 분석용 키트.
  51. (1) 도 1 내지 도 9 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 및 도 19 내지 도 27 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 또는
    (2) 도 38 내지 도 43 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브, 및 도 48 내지 도 51 중 어느 하나에 기재한 양의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵 산 프로브를 포함하는 동맥 경화성 질환 저항성 유전자 다형 또는 감수성 유전자 다형 분석용 키트.
  52. 도 56 내지 도 58 중 어느 하나에 기재한 음의 유전자 다형 세트 군으로부터 선택되는 하나 이상의 유전자 다형 세트를 구성하는 유전자를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 또는 해당 유전자에 특이적으로 혼성화할 수 있는 핵산 프로브를 포함하는, 심근경색 저항성 유전자 다형 분석용 키트.
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