KR102563835B1

KR102563835B1 - 미생물군에서의 전달을 위해 최적화된 벡터

Info

Publication number: KR102563835B1
Application number: KR1020197025232A
Authority: KR
Inventors: 앙투안 데끄룰레; 지저스 페르난데스 로드리게즈; 자비에르 두포르테; 데이비드 비카드
Original assignee: 엘리고 바이오사이언스; 앵스티띠 파스퇴르
Priority date: 2017-02-03
Filing date: 2018-02-02
Publication date: 2023-08-03
Also published as: DE18705108T1; US11078490B2; US11946056B2; JP2020506726A; US20200040346A1; JP7250702B2; US20210380993A1; US20200248192A1; WO2018141907A1; CA3049511A1; CN110268062A; EP3358015A1; JP2023073319A; US20200399645A1; EP3577225A1; IL267932A; US11905516B2; US10808254B2; DK3577225T1; KR20190115019A

Abstract

본 발명은 관심 박테리아 그룹의 각각의 박테리아에 의해 인코딩되는 제한 효소에 의해 인지되는 100개 이하, 바람직하게는 10개 이하의 제한 부위를 포함하는 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다. 본 발명은 또한, 약물로서, 특히 이를 필요로 하는 환자에서 질병의 치료에서, 상기 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터의 용도에 관한 것이다.

Description

미생물군에서의 전달을 위해 최적화된 벡터

본 발명은 의약, 특히 박테리아 감염 분야에 관한 것이다. 본 발명은 새로운 파지(phage) 치료 전략을 제공한다.

오늘날, 박테리아 감염의 치료는 주로 항생제의 사용에 의존하고 있다. 그러나, 항생제의 과도하고 부적절한 사용은 항생제 내성 미생물의 출현 및 확산을 조장하였다. 사실상, "슈퍼버그(superbug)"로도 알려진 항생제-내성 미생물에 의해 유발된 감염은 종종 종래의 치료에 더이상 반응하지 않으며, 이로써 감염과 관련된 질병의 기간을 연장시키고 심지어 환자 사망을 초래한다. 이러한 항생제 내성 현상의 발달 및 새로운 항생제 부류(class)의 발견의 결여 때문에, 인류는 현재 박테리아 감염에 대한 효과적인 치료가 없는 미래의 가능성과 직면하고 있다.

더욱이, 최근 미생물군유전체(microbiome) 분야의 발전과 더불어, 증가하는 수의 연구는 항생제 치료의 유해 결과를 강조하였다. 사실상, 항생제의 낮은 특이성으로 인해, 이러한 항생제는, 건강한 미생물군유전체의 발달 및 보존의 핵심인 박테리아 다양성을 감소시킨다.

박테리오파지는 특이적인 박테리아 종에서 감염시키고 재생(reproduce)될 수 있으며 대부분의 경우 박테리아의 사망을 초래하는 바이러스이다. 1917년에 이들 박테리오파지가 발견된 이후부터, 이들은 서유럽에서 병원성 박테리아에 대한 치료제로서 사용되어 왔으며, 서유럽에서 이들 박테리오파지는 계속해서 항생제에 대한 대체물 또는 보완 요법(complementary therapy)이 되고 있다. 이러한 방법을 "파지 요법"이라고 한다.

광범위한 스펙트럼의 박테리아 종에 대해 활성인 전형적인 화학계 항생제와는 달리, 각각의 박테리오파지는 소수의 상이하지만 밀접하게-관련된 박테리아만 감염시키고 사멸시킬 수 있다. 살균 활성의 이러한 좁은 스펙트럼은 파지 요법의 사용에 대한 주요 걸림돌 중 하나이다. 현재까지, 특이성의 문제점을 피하기 위해 2가지 방법이 사용되어 왔다.

첫번째 방법은 파지 칵테일이라고도 하는 상이한 자연 발생 파지들의 혼합물을 사용하는 것으로 구성되며, 상기 혼합물에서 각각의 파지는 상이한 하위집합(subset) 박테리아 균주를 표적화한다. 이러한 칵테일의 주요 단점은 규제 승인 기준을 충족시키는 데 있어서의 어려움이다.

두번째 방법은 특이적인 파지의 숙주 범위를 돌연변이/선택 주기 또는 조작에 의해 넓히는 것이다.

돌연변이/선택 주기 전략에서, 파지는 표적화된 박테리아의 존재 하에 돌연변이 및 선택의 주기를 거친다. 그러나, 이러한 방법은 몇 가지 단점을 가진다. 사실상, 이들 돌연변이/선택 주기는 파지에 대한 각각의 표적화된 균주 면역을 위해 반복되어야 하고, 하나의 표적화된 균주에서 복제를 허용하는 돌연변이의 선택은 다른 균주 내로 들어갈 가능성을 감소시키거나 없앨 수 있다. 더욱이, 파지의 돌연변이 스펙트럼(접근 가능한 돌연변이의 공간)이 제한된다.

대조적으로, 파지 조작은, 감염에 중요한 것으로 공지된 파지의 특이적인 특징이 첨가되거나 변형되는 보다 합리적인 접근법을 허용한다. 파지 조작에서 대부분의 노력은 현재까지, 표적화된 균주를 미섬유(tail fiber) 단백질을 통해 인지하는 파지의 능력에 초점을 맞추었다. 2개의 파지들 사이에서 미섬유 교환은 원칙적으로, 이들의 인지 특징의 교환(exchange)을 허용한다. 일례로, 파지 T3 및 T7의 gp17 미섬유 유전자의 교환은, T7이 이의 숙주 범위를 확장시키고, T3이 아니라 T7을 사전에 면역화시키는 이. 콜라이 균주를 감염시킬 수 있게 하였다(문헌[Pires DP et al, 2016, Microbiology and Molecular Biology Reviews, 80(3): 523-543]).

그러나, 미섬유 단백질 변형은 박테리오파지 숙주-범위를 넓히는 데 있어서 제한된 성공을 보여주었다.

더욱이, 파지 조작은 파지 게놈 크기, 및 숙주(특히 용균(lytic) 파지를 다루는 경우) 내부에서 변형을 작동시키는 어려움을 포함한 몇 가지 이유에서 지루한 작업일 수 있다. 따라서, 연구원들은 최근에, 플라스미드 형태의 관심 DNA를 박테리아 내부에 주입하기 위해 파지 머시너리를 나노담체(nanocarrier)로서 사용해 왔다. 예를 들어, 파지미드라고도 하는 이들 플라스미드-파지 하이브리드는 박테리아의 서열 특이적인 사멸화를 허용하는 CRISPR Cas9 뉴클레아제를 코딩하는 유전자 회로(circuit)를 주입하는 데 사용되어 왔다(문헌[Bikard D et al, 2014, Nature Biotechnology, 32(11): 1146-1150; Citorik RJ et al, 2014, Nature Biotechnology, 32(11): 1141-1145]; WO2015/034872). 이러한 전략은, 주어진 항생제에 대한 내성을 함유하는 박테리아의 하위집단(subpopulation)을 특이적으로 사멸화시키는 데 효율적이었다.

그러나, 종래의 항생제에 대한 실제 광범위한 스펙트럼의 대안 치료는 현재 시장에 나와 있지 않다. 따라서, 전체적인 병원체 내성을 효율적으로 극복할 수 있는 새로운 광범위-스펙트럼 파지 또는 파지미드 요법, 특히 미생물군유전체 다양성을 손상시키지 않으면서 박테리아 병원체 균주를 표적화할 광범위-스펙트럼 요법을 개발하려는 지속적이고 긴급한 의료 요구가 여전히 존재한다.

본 발명자들은 놀랍게도, 파지/파지미드로부터 표적 박테리아 균주 내로의 DNA 진입에 대한 주요 걸림돌이 미섬유의 특이성과 관련이 없으며, 그보다는 이러한 파지/파지미드의 게놈에 존재하는 제한 부위의 수와 관련이 있음을 발견하였다. 따라서, 동일한 미섬유 단백질을 갖는 동일한 박테리오파지 스캐폴드는 이의 게놈에 존재하는 제한 부위의 수에 따라 다양한 효율(0 내지 100%)로 이의 DNA 카고(cargo)를 전달할 수 있다. 이들 결과는, 파지/파지미드 숙주 범위 문제를 전체적으로 상이한 방식으로 해결하고, 새롭게 조작된, 고도로 효율적인 파지 또는 파지미드계 입자의 설계를 위한 미개척된 경로를 제공한다. 사실상, 목적은 현재, 이전에 수행되었던 바이러스 입자에 대한 상이한 부착점 및 진입점의 조작 대신에, 감소된 수의 제한 부위를 갖는 파지미드 또는 박테리오파지 게놈을 합리적으로 설계하는 것이다.

이에, 본 발명은 박테리오파지 또는 패키징된(packaged) 파지미드에 관한 것이며, 여기서, 박테리오파지 또는 파지미드는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 인코딩되는 제한 효소의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.

특히, 관심 박테리아 그룹 중 적어도 10%가 제한 효소를 인코딩하는 경우, 이러한 제한 효소는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 인코딩된다.

바람직하게는, 관심 박테리아 그룹은 n개 박테리아 균주의 군으로 구성되며, n은 2 내지 약 100,000, 바람직하게는 10 내지 약 10,000으로 포함된 양의 정수이다. 바람직하게는, 박테리아 균주는 단일 종으로부터 선택된다.

선택적으로, 관심 박테리아는 예르시니아 종(Yersinia spp.), 에스케리키아 종(Escherichia spp.), 클레브시엘라 종(Klebsiella spp.), 액시네토박터 종(Acinetobacter spp.), 보르데텔라 종(Bordetella spp.), 나이쎄리아 종(Neisseria spp.), 애로모나스 종(Aeromonas spp.), 프란시에셀라 종(Franciesella spp.), 코리네박테리움 종(Corynebacterium spp.), 시트로박터 종(Citrobacter spp.), 클라미디아 종(Chlamydia spp.), 헤모필루스 종(Hemophilus spp.), 브루셀라 종(Brucella spp.), 미코박테리움 종(Mycobacterium spp.), 레지오넬라 종(Legionella spp.), 로도콕커스 종(Rhodococcus spp.), 슈도모나스 종(Pseudomonas spp.), 헬리코박터 종(Helicobacter spp.), 비브리오 종(Vibrio spp.), 바실러스 종(Bacillus spp.), 에리시펠로트릭스 종(Erysipelothrix spp.), 살모넬라 종(Salmonella spp.), 스트렙토마이세스 종(Streptomyces spp.), 스트렙토콕커스 종(Streptococcus spp.), 스타필로콕커스 종(Staphylococcus spp.), 박테로이데스 종(Bacteroides spp.), 프레보텔라 종(Prevotella spp.), 클로스트리듐 종(Clostridium spp.), 비피도박테리움 종(Bifidobacterium spp.), 클로스트리듐 종(Clostridium spp.), 브레비박테리움 종(Brevibacterium spp.), 락토콕커스 종(Lactococcus spp.), 류코노스톡 종(Leuconostoc spp.), 액티노바실러스 종(Actinobacillus spp.), 셀노모나스 종(Selnomonas spp.), 시겔라 종(Shigella spp.), 자이모나스 종(Zymonas spp.), 미코플라즈마 종(Mycoplasma spp.), 트레포네마 종(Treponema spp.), 류코노스톡 종(Leuconostoc spp.), 코리네박테리움 종(Corynebacterium spp.), 엔테로콕커스 종(Enterococcus spp.), 엔테로박터 종(Enterobacter spp.), 피로콕커스 종(Pyrococcus spp.), 세라티아 종(Serratia spp.), 모르가넬라 종(Morganella spp.), 파르비모나스 종(Parvimonas spp.), 푸소박테리움 종(Fusobacterium spp.), 액티모마이세스 종(Actinomyces spp.), 포르피로모나스 종(Porphyromonas spp.), 미크로콕커스 종(Micrococcus spp.), 바르토넬라 종(Bartonella spp.), 보렐리아 종(Borrelia spp.), 브루셀리아 종(Brucelia spp.), 캄필로박터 종(Campylobacter spp.), 클라미도필리아 종(Chlamydophilia spp.), 큐티박테리움(Cutibacterium)(과거에 프로피오니박테리움(Propionibacterium)) 종, 에흐리치아 종(Ehrlichia spp.), 해모필루스 종(Haemophilus spp.), 렙토스피라 종(Leptospira spp.), 리스테리아 종(Listeria spp.), 미코플라즈마 종, 노카디아 종(Nocardia spp.), 리켓트시아 종(Rickettsia spp.), 우레아플라즈마 종(Ureaplasma spp.) 및 락토바실러스 종(Lactobacillus spp) 및 이들의 혼합물로 구성된 군으로부터 선택되며, 바람직하게는 관심 박테리아는 에스케리키아 종으로부터 선택된다.

선택적으로, 관심 박테리아는 박테로이데스 테타이오타오미크론(Bacteroides thetaiotaomicron), 박테로이데스 프라길리스(Bacteroides fragilis), 박테로이데스 디스타소니스(Bacteroides distasonis), 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus), 클로스트리듐 렙툼(Clostridium leptum), 클로스트리듐 코코이데스(Clostridium coccoides), 스타필로콕커스 아우레우스(Staphylococcus aureus), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 클로스트리듐 부티리쿰(Clostridium butyricum), 브레비박테리움 락토페르멘툼(Brevibacterium lactofermentum), 스트렙토콕커스 아갈락티애(Streptococcus agalactiae), 락토콕커스 락티스(Lactococcus lactis), 류코노스톡 락티스(Leuconostoc lactis), 액티노바실러스 액티노비세템코미탄스(Actinobacillus actinobycetemcomitans), 시아노박테리아, 에스케리키아 콜라이, 헬리코박터 파일로리(Helicobacter pylori), 셀노모나스 루미나티움(Selnomonas ruminatium), 시겔라 손네이(Shigella sonnei), 자이모모나스 모빌리스(Zymomonas mobilis), 미코플라즈마 미코이데스(Mycoplasma mycoides), 트레포네마 덴티콜라(Treponema denticola), 바실러스 투린기엔시스(Bacillus thuringiensis), 스타필로콕커스 루그두넨시스(Staphilococcus lugdunensis), 류코노스톡 오에노스(Leuconostoc oenos), 코리네박테리움 제로시스(Corynebacterium xerosis), 락토바실러스 플란타룸(Lactobacillus plantarum), 락토바실러스 람노수스(Lactobacillus rhamnosus), 락토바실러스 카세이(Lactobacillus casei), 락토바실러스 액시도필루스(Lactobacillus acidophilus), 엔테로콕커스 패칼리스(Enterococcus faecalis), 바실러스 코아굴란스(Bacillus coagulans), 바실러스 세레우스(Bacillus cereus), 바실러스 포필래(Bacillus popillae), 시네코사이스티스 균주(Synechocystis strain) PCC6803, 바실러스 리퀘파시엔스(Bacillus liquefaciens), 피로콕커스 아비씨(Pyrococcus abyssi), 셀레노모나스 노미난티움(Selenomonas nominantium), 락토바실러스 힐가르디이(Lactobacillus hilgardii), 스트렙토콕커스 페루스(Streptococcus ferus), 락토바실러스 펜토수스(Lactobacillus pentosus), 박테로이데스 프라길리스(Bacteroides fragilis), 스타필로콕커스 에피데르미디스(Staphylococcus epidermidis), 스트렙토마이세스 패크로모게네스(Streptomyces phaechromogenes), 스트렙토마이세스 가낸시스(Streptomyces ghanaenis), 클레브시엘라 뉴모니애(Klebsiella pneumoniae), 엔테로박터 클로아캐(Enterobacter cloacae), 엔테로박터 애로게네스(Enterobacter aerogenes), 세라티아 마르케센스(Serratia marcescens), 모르가넬라 모르가니이(Morganella morganii), 시트로박터 프로운디이(Citrobacter freundii), 슈도모나스 애리구노사(Pseudomonas aerigunosa), 파르비모나스 미크라(Parvimonas micra), 프레보텔라 인테르메디아(Prevotella intermedia), 푸소박테리움 누클레아툼(Fusobacterium nucleatum), 프레보텔라 니그레센스(Prevotella nigrescens), 액티노마이세스 이스랠리이(Actinomyces israelii), 포르피로모나스 엔도돈탈리스(Porphyromonas endodontalis), 포르피로모나스 긴기발리스(Porphyromonas gingivalis), 미크로콕커스 루테우스(Micrococcus luteus), 바실러스 메가테리움(Bacillus megaterium), 애로모나스 하이드로필라(Aeromonas hydrophila), 애로모나스 카비애(Aeromonas caviae), 바실러스 안트라시스(Bacillus anthracis), 바르토넬라 헨셀래(Bartonella henselae), 바르토넬라 퀸타나(Bartonella Quintana), 보르데텔라 페르투씨스(Bordetella pertussis), 보렐리아 부르그도르페리(Borrelia burgdorferi), 보렐리아 가리니이(Borrelia garinii), 보렐리아 아프젤리이(Borrelia afzelii), 보렐리아 레쿠렌티스(Borrelia recurrentis), 브루셀라 아보르투스(Brucella abortus), 브루셀라 카니스(Brucella canis), 브루셀라 멜리텐시스(Brucella melitensis), 브루셀라 수이스(Brucella suis), 캄필로박터 예유니(Campylobacter jejuni), 캄필로박터 콜라이(Campylobacter coli), 캄필로박터 페투스(Campylobacter fetus), 클라미디아 뉴모니애(Chlamydia pneumoniae), 클라미디아 트라코마티스(Chlamydia trachomatis), 클라미도필라 프싯타키(Chlamydophila psittaci), 클로스트리듐 보툴리눔(Clostridium botulinum), 클로스트리듐 디피실레(Clostridium difficile), 클로스트리듐 페르프린겐스(Clostridium perfringens), 클로스트리듐 테타니(Clostridium tetani), 코리네박테리움 디프테리아(Corynebacterium diphtheria), 큐티박테리움 아크네스(Cutibacterium acnes)(과거에 프로피오니박테리움 아크네스(Propionibacterium acnes)), 에흐릴치아 카니스(Ehrlichia canis), 에흐릴치아 샤페엔시스(Ehrlichia chaffeensis), 엔테로콕커스 패시움(Enterococcus faecium), 프란치셀라 툴라렌시스(Francisella tularensis), 해모필루스 인플루엔자(Haemophilus influenza), 레지오넬라 뉴모필라(Legionella pneumophila), 렙토스피라 인테로간스(Leptospira interrogans), 렙토스피라 산타로사이(Leptospira santarosai), 렙토스피라 웨일리이(Leptospira weilii), 렙토스피라 노구치이(Leptospira noguchii), 리스테리아 모노사이토게네스(Listeria monocytogenes), 미코박테리움 레프래(Mycobacterium leprae), 미코박테리움 투베르쿨로시스(Mycobacterium tuberculosis), 미코박테리움 울세란스(Mycobacterium ulcerans), 미코플라즈마 뉴모니아(Mycoplasma pneumonia), 나이쎄리아 고노르회애(Neisseria gonorrhoeae), 나이쎄리아 메닌기티데스(Neisseria meningitides), 노카르디아 아스테로이드스(Nocardia asteroids), 리켓트시아 리켓트시아(Rickettsia rickettsia), 살모넬라 엔테리티디스(Salmonella enteritidis), 살모넬라 타이피(Salmonella typhi), 살모넬라 파라타이피(Salmonella paratyphi), 살모넬라 타이피무리움(Salmonella typhimurium), 시겔라 플렉스네리이(Shigella flexnerii), 시겔라 다이센테리애(Shigella dysenteriae), 스타필로콕커스 사프로피티쿠스(Staphylococcus saprophyticus), 스트렙토콕커스 뉴모니애(Streptococcus pneumoniae), 스트렙토콕커스 피오게네스(Streptococcus pyogenes), 스트렙토콕커스 비리단스(Streptococcus viridans), 트레포네마 팔리둠(Treponema pallidum), 우레아플라즈마 우레알리티쿰(Ureaplasma urealyticum), 비브리오 콜레라, 비브리오 파라해몰리티쿠스(Vibrio parahaemolyticus), 예르시니아 페스티스(Yersinia pestis), 예르시니아 엔테로콜리티카(Yersinia enterocolitica), 예르시니아 슈도투베르쿨로시스(Yersinia pseudotuberculosis), 액티노박터 바우마니이(Actinobacter baumanii), 슈도모나스 애리구노사(Pseudomonas aerigunosa) 및 이들의 혼합물로 구성된 군으로부터 선택되며, 바람직하게는 관심 박테리아는 에스케리키아 콜라이, 엔테로콕커스 패시움(Enterococcus faecium), 스타필로콕커스 아우레우스(Staphylococcus aureus), 클레브시엘라 뉴모니애(Klebsiella pneumoniae), 액시네토박터 바우마니이(Acinetobacter baumanii), 슈도모나스 애루기노사(Pseudomonas aeruginosa), 엔테로박터 클로아캐(Enterobacter cloacae) 및 엔테로박터 애로게네스(Enterobacter aerogenes) 및 이들의 혼합물로 구성된 군으로부터 선택되고, 보다 바람직하게는 관심 박테리아는 에스케리키아 콜라이 균주로부터 선택된다.

일 실시형태에서, 관심 박테리아는 표 1 또는 2의 군으로부터 선택되고, 박테리오파지 또는 파지미드는 관심 박테리아 그룹에 상응하는 표 1 또는 2의 제한 부위의 목록으로부터 선택되는 적어도 하나의 제한 부위를 포함하지 않는다. 바람직하게는, 박테리오파지 또는 파지미드는 박테리아 그룹에 상응하는 표 1 또는 2의 제한 부위의 목록의 제한 부위를 포함하지 않는다.

일 실시형태에서, 관심 박테리아는 에스케리키아 콜라이 균주로부터 선택되고, 박테리오파지 또는 파지미드는 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1); AACNNNNNNGTGC(서열번호 2); AACNNNNCTTT(서열번호 4); CACNNNNGTAY(서열번호 3); GGTCTC(서열번호 36); CTGCAG(서열번호 37); 및 GAAABCC(서열번호 34)로 구성된 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 제한 부위를 포함하지 않는다. 바람직하게는, 박테리오파지 또는 파지미드는 제한 부위 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1); CTGCAG(서열번호 37); 및 GAAABCC(서열번호 34)를 포함하지 않는다. 선택적으로, 박테리오파지 또는 파지미드는 제한 부위 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1); CTGCAG(서열번호 37); 및 GAAABCC(서열번호 34)를 포함하지 않고, 바람직하게는 제한 부위 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1); AACNNNNNNGTGC(서열번호 2); AACNNNNCTTT(서열번호 4); CACNNNNGTAY(서열번호 3); GGTCTC(서열번호 36); CTGCAG(서열번호 37); 및 GAAABCC(서열번호 34)를 포함하지 않는다.

선택적으로, 박테리오파지는 IKe, CTX-φ, Pfl, Pf2, Pf3, 미오비리대(Myoviridae)(예컨대 P1-유사, P2-유사, Mu-유사, SPOl-유사 및 phiH-유사 박테리오파지); 시포비리대(Siphoviridae)(예컨대 λ-유사, γ-유사, T1-유사, c2-유사, L5-유사, psiMl-유사, phiC31-유사 및 N15-유사 박테리오파지); 포도비리대(Podoviridae)(예컨대 phi29-유사, P22-유사 및 N4-유사 박테리오파지); 텍티비리대(Tectiviridae)(예컨대 텍티바이러스(Tectivirus)); 코르티코비리대(Corticoviridae)(예컨대 코르티코바이러스(Corticovirus)); 리포트릭스비리대(Lipothrixviridae)(예컨대 알파리포트릭스바이러스(Alphalipothrixvirus), 베타리포트릭스바이러스(Betalipothrixvirus), 감마리포트릭스바이러스(Gammalipothrixvirus) 및 델타리포트릭스바이러스(Deltalipothrixvirus)); 플라즈마비리대(Plasmaviridae)(예컨대 플라즈마바이러스(Plasmavirus)); 루디비리대(Rudiviridae)(예컨대 루디바이러스(Rudivirus)); 푸셀로비리대(Fuselloviridae)(예컨대 푸셀로바이러스(Fusellovirus)); 이노비리대(Inoviridae)(예컨대 이노바이러스(Inovirus), 플렉트로바이러스(Plectrovirus), M13-유사 및 fd-유사 박테리오파지); 미크로비리대(Microviridae)(예컨대 미크로바이러스(Microvirus), 스피로미크로바이러스(Spiromicrovirus), 브델로미크로바이러스(Bdellomicrovirus) 및 클라미디아미크로바이러스(Chlamydiamicrovirus)); 레비비리대(Leviviridae)(예컨대 레비바이러스(Levivirus) 및 알로레비바이러스(Allolevivirus)), 시스토비리대(Cystoviridae)(예컨대 시스토바이러스(Cystovirus)), 콜리파지(coliphage)(예를 들어 에스케리키아 콜라이를 감염시킴), B1(예를 들어 박테로이데스 테타이오타미크론(Bacteroides thetaiotamicron)을 감염시킴), ATCC 51477-B1, B40-8 또는 Bf-1(예를 들어 비. 프라길리스(B. fragilis)를 감염시킴), phiHSCO1 - 예를 들어 비. 칵캐(B. caccae)를 감염시킴), phiHSC02(예를 들어 비. 오바투스(B. ovatus)를 감염시킴), phiC2, phiC5, phiC6, phiC8, phiCD119 또는 phiCD27(예를 들어 클로스트리듐 디피실레를 감염시킴), KP01K2, Kl l, Kpn5, KP34 또는 JDOOl(예를 들어 클레브시엘라 뉴모니애를 감염시킴), phiNMl 또는 80알파(예를 들어 스타필로콕커스 아우레우스를 감염시킴), IME-EF1(예를 들어 엔테로콕커스 패칼리스를 감염시킴), ENB6 또는 C33(예를 들어 엔테로콕커스 패시움을 감염시킴) 및 phiKMV, PAK-P1, LKD16, LKA1, 델타, 시그마-1, J-1(예를 들어 슈도모나스 애루기노사를 감염시킴), T2, T4, T5, T7, RB49, phiX174, R17, PRD1 박테리오파지로 구성된 군으로부터 선택되거나, 파지미드는 이들 박테리오파지 중 하나의 캡시드 내로 패키징된다.

선택적으로, 파지미드는 람다 유래 파지미드, P4 유래 파지미드, M13-유래 파지미드, 예컨대 사상 파지(filamentous phage) 패키징을 위한 fl 기원을 함유하는 파지미드, 예를 들어 pBluescript II SK(+/-)와 KS(+/-) 파지미드, pBC SK와 KS 파지미드, pADL과 P1 유래 파지미드로 구성된 군으로부터 선택되며, 바람직하게는 본 발명에 따른 파지미드는 람다 유래 파지미드 및 P4 유래 파지미드로부터 선택되며, 보다 바람직하게는 본 발명에 따른 파지미드는 람다 유래 파지미드로부터 선택되고, 바람직하게는 HK022 유래 파지미드, mEP237 유래 파지미드, HK97 유래 파지미드, HK629 유래 파지미드, HK630 유래 파지미드, mEP043 유래 파지미드, mEP213 유래 파지미드, mEP234 유래 파지미드, mEP390 유래 파지미드, mEP460 유래 파지미드, mEPx1 유래 파지미드, mEPx2 유래 파지미드, phi80 유래 파지미드, mEP234 유래 파지미드로 구성된 군으로부터 선택된다.

제2 양태에서, 본 발명은 박테리아, 바람직하게는 상기 관심 박테리아 그룹으로부터 선택되는 박테리아를 감염시키기 위한, 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드의 용도에 관한 것이다.

제3 양태에서, 본 발명은 또한, 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 포함하거나 본질적으로 이로 구성된 약제학적 또는 수의학적 조성물에 관한 것이다.

제4 양태에서, 본 발명은 또한, 특히 대상체의 일반적인 건강을 향상시키기 위해, 병원성 또는 독성(virulent) 박테리아를 근절시키기 위해, 약물의 효능을 향상시키기 위해, 및/또는 미생물군유전체의 조성을 변형시키기 위해, 특히 감염, 염증성 질병, 자가면역 질병, 암 및 뇌장애의 치료를 위해 약물로서 사용하기 위한, 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물에 관한 것이다.

바람직하게는, 감염은 박테리아 감염, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹 중에서 선택되는 박테리아에 의해 유발되는 박테리아 감염이다.

도 1: 야생형 람다 파지 및 람다계 파지미드의 주입 효율. a) 89개 이. 콜라이 균주의 세트를 야생형 람다 파지 입자(48.5 kb 게놈)로 처리하고, 주입 효율을 플라크 형성에 의해 평가하였다. 백색, 플라크가 존재하며; 회색, 플라크가 존재하지 않고; 대각선, 균주가 성장하지 않았다(분석되지 않음). b) (a)에서 제시된 동일한 균주를 클로람페니콜 내성 및 GFP를 코딩하는 3.3 kb DNA 카고를 운반하는 패키징된 람다 파지미드로 처리하였다. 백색, 형광 콜로니가 존재하며; 회색, 콜로니가 존재하지 않고; 대각선, 균주가 자연적으로 클로람페니콜에 내성으로 되었다(분석되지 않음). c) (a) 및 (b)로부터의 균주의 예는, 3.3 kb 패키징된 람다계 파지미드가 표적 균주 내로 주입될 수 있는 한편(하부 열), 람다 야생형 박테리오파지는 그렇지 않다(상부 열).
도 2. 람다 파지미드의 형질도입 효율: CFU에 의해 평가된 시험 균주 1 및 허용성(permissive) 대조군 균주(대조군)에 대한 8 kb I형 및 8 kb RF(a), 3 kb I형 및 3 kb RF(b). 람다 파지미드 8 kb 및 3 kb RF는 시험 균주 1의 RM 뉴클레아제에 의해 인지된 제한 부위가 세정되는 반면, 람다 파지미드 8 kb I형 및 3 kb II형은 단일 제한 부위를 함유한다. 대조군 균주는 RF와 비-제한-프리 람다 파지미드 둘 모두에 대해 허용적이다. 형질도입에 사용된 파지미드의 희석[10^(-주어진 수)]은 각각의 줄(streak) 위에 표시되어 있다. 개별 계수 가능한 CFU를 가장 높은 수로 제공한 파지미드 희석을 가진 줄이 파지미드 역가의 계산에 사용되었다.
도 3. 람다 파지미드에 의한 형질도입 후 이. 콜라이 의 87개 상이한 균주의 성장: 8 kb WT 및 8 kb RF (a), 3 kb WT 및 3 kb RF (b). 개별 균주는 96-웰 플레이트 상에서의 위치에 의해 표시된다. 성장을 나타낸 균주(평판배양된 1개 스폿 당 10개 초과의 관찰 가능한 콜로니)는 회색으로 표시된다. 분석에 포함되지 않은 96-웰 플레이트의 위치는 검정색으로 표시된다. 위치 B7은 허용성 대조군 균주, 이. 콜라이 MG1655를 함유하며, 이는 시험된 모든 파미지드에 의한 형질도입 후 성장을 나타냈다. 더 많은 수의 균주를 람다 파지미드 8 kb 및 3 kb RF로 형질도입하고, 제한 부위가 결실되지 않은 상응하는 WT 파지미드 변이체와 비교하여, 상기 람다 파지미드에서는 이. 콜라이 RM 뉴클레아제에 의해 인지되는 대부분의 제한 부위가 세정된다.

본 발명자들은 놀랍게도, 파지/파지미드로부터 표적 박테리아 균주 내로의 DNA 전달에 대한 주요 걸림돌이 박테리오파지의 특이성, 특히 이의 미섬유와 관련이 있는 것이 아니며, 그보다는 이러한 파지/파지미드의 게놈에 존재하는 제한 부위의 수와 관련이 있음을 발견하였다. 따라서, 동일한 미섬유 단백질을 갖는 동일한 박테리오파지 스캐폴드는, 이의 게놈에 존재하고 표적화된 박테리아 그룹의 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위의 수에 따라 다양한 효율(0 내지 100%)로 이의 DNA 카고를 전달할 수 있다. 따라서, 본 발명자들은, 제한 부위의 수의 감소에 의존하여 이로써 표적화된 박테리아 그룹에서 스펙트럼을 향상시키는 조작된, 고도로 효율적인 파지미드계 입자의 설계를 위한 새로운 전략을 발견하였다.

정의

다르게 정의되지 않는 한, 본원에서 사용되는 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 발명이 속한 당업계의 당업자에 의해 보편적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다. 본원에 기재된 것과 유사하거나 동등한 임의의 방법 및 물질이 본 발명의 실시 또는 시험에 사용될 수 있긴 하지만, 바람직한 방법 및 물질이 기재된다. 본 출원에서 인용된 모든 특허 및 과학적 문헌은 이 분야에서 지식의 수준을 증명하고, 원용에 의해 본 명세서에 포함된다. 명확히 하기 위해, 하기 용어가 하기에 정의된다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "핵산"은 함께 공유 연결된 적어도 2개의 뉴클레오타이드를 지칭하고, 일부 경우, 포스포디에스테르 결합(예를 들어 포스포디에스테르 "백본")을 함유할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 핵산은 핵산 유사체인 것으로 여겨질 수 있으며, 이러한 핵산 유사체는 예를 들어, 포스포아미드, 포스포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, O-메틸포스포로아미다이트 연결, 및/또는 펩타이드 핵산을 포함하는 다른 백본을 함유할 수 있다. 본 개시내용의 핵산(예를 들어 핵산의 구성성분 또는 일부)은 자연 발생이거나 조작될 수 있다. 조작된 핵산은 재조합 핵산 및 합성 핵산을 포함한다. "재조합 핵산"은 핵산 분자를 접합시킴으로써 구축되는 분자를 지칭할 수 있고, 일부 실시형태에서, 살아 있는 세포에서 복제될 수 있다. "합성 핵산"은, 화학적으로 또는 다르게 변형되지만 자연 발생 핵산 분자와 염기쌍을 이룰 수 있는 것들을 포함하여 화학적으로 또는 다른 수단에 의해 합성되거나 증폭되는 분자를 지칭할 수 있다. 재조합 핵산 및 합성 핵산은 또한, 상기 중 어느 것의 복제로 인한 분자를 포함한다. 핵산은 명시된 바와 같이 단일-가닥(ss) 또는 이중-가닥(ds)일 수 있거나, 단일-가닥 서열과 이중-가닥 서열 둘 모두의 일부를 함유할 수 있다. 핵산은 게놈 DNA와 cDNA 둘 모두인 DNA, RNA 또는 하이브리드/키메라일 수 있으며, 여기서, 핵산은 데옥시리보뉴클레오타이드와 리보뉴클레오타이드의 임의의 조합, 및 우라실, 아데닌, 티민, 시토신, 구아닌, 이노신, 크산틴, 하이포크산틴, 이소시토신 및 이소구아닌을 포함한 염기의 임의의 조합을 함유한다. 바람직하게는, 재조합 및 합성 핵산은 자연 발생이 아니며, 특히 이러한 핵산은 자연상에서는 동일한 핵산 분자 상에서 확인되지 않는 2개의 서열을 포함한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "벡터" 및 "DNA 카고"는 동등하고, 전형적으로 패신저(passenger) 핵산 서열, 즉, DNA 또는 RNA를 숙주 세포 내로 이동시키는 역할을 하는 DNA 또는 RNA인 핵산 분자를 지칭한다. 벡터는 복제 기원, 선택 마커, 및 선택적으로 유전자의 삽입에 적합한 부위, 예컨대 다중 클로닝 부위를 포함할 수 있다. 플라스미드, 박테리오파지 게놈, 파지미드, 바이러스 게놈, 코스미드(cosmid) 및 인공 염색체를 포함하여 몇 가지 보편적인 유형의 벡터가 존재한다. "벡터"란, 파지미드 또는 박테리오파지 게놈을 지칭할 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "발현 벡터"는 세포에서 유전자 발현을 위해 설계된 벡터를 지칭한다. 발현 벡터는 특이적인 유전자가 표적 세포 내로 도입되게 할 수 있고, 세포의 단백질 합성 기전을 이용하여 상기 유전자에 의해 인코딩된 단백질을 생성할 수 있다. 발현 벡터는 예를 들어, 프로모터, 올바른 번역 개시 서열, 예컨대 리보좀 결합 부위 및 개시 코돈, 종결 코돈 및 전사 종결 서열을 포함하여 발현 요소를 포함한다. 발현 벡터는 또한, 주어진 유전자의 전사 수준을 지시하기 위해, 인핸서, 사일런서 및 경계 요소(boundary element)/인설레이터(insulator)와 같은 다른 조절 영역을 포함할 수 있다. 발현 벡터는 유전자의 안정한 발현 또는 일시적인 발현을 위한 벡터일 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "전달 비히클"은 벡터가 박테리아 내로 이동되게 할 수 있는 구조 또는 조성물을 지칭한다. 박테리오파지 스캐폴드, 바이러스 스캐폴드, 화학계 전달 비히클(예를 들어 사이클로덱스트린, 칼슘 포스페이트, 양이온성 중합체, 양이온성 리포좀), 나노입자계 전달 비히클(또는 플랫폼), 비-화학계 전달 비히클(예를 들어 전기천공, 초음파천공(sonoporation), 광학 형질감염(optical transfection)), 입자계 전달 비히클(예를 들어 유전자 총(gene gun), 마그네토펙션(magnetofection), 임팔레펙션(impalefection), 입자 충격(particle bombardment), 세포-침투성 펩타이드) 또는 공여자 박테리아를 포함하여 몇 가지 보편적인 유형의 전달 비히클이 존재한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "접합 플라스미드(conjugative plasmid)"는 접합(conjugation) 동안 하나의 박테리아 세포로부터 또 다른 박테리아 세포로 이동되는 플라스미드를 지칭하고, 본원에 사용된 바와 같이 "공여자(donor) 박테리아"는 접합 플라스미드를 또 다른 박테리아로 이동시킬 수 있는 박테리아이다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "박테리오파지" 또는 "파지"는 동등하고, 박테리아에서 감염시키고 복제되는 바이러스를 지칭한다. 박테리오파지는 박테리오파지 스캐폴드 및 박테리오파지 게놈으로 구성된다. 박테리오파지 게놈은 야생형이거나 유전자 조작될 수 있다. 특히, 박테리오파지는 조작된 박테리오파지이다. "조작된"이란, 박테리오파지 게놈이 특히 일부 제한 부위를 제거함으로써 유전자 조직된 것을 의도한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "박테리오파지 스캐폴드", "캡시드" 또는 "코트(coat) 단백질"은 동등하고, 박테리오파지 게놈, 파지미드 또는 플라스미드를 캡슐화하는 단백질을 지칭한다. 바람직하게는, 이들은 박테리오파지 캡시드 또는 코트 단백질을 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "박테리오파지 게놈"은 박테리오파지 스캐폴드에 패키징된 DNA 또는 RNA 게놈을 지칭한다. 박테리오파지 게놈은 야생형이거나 유전자 조작될 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "치사(lethal) 박테리오파지"는, 박테리아의 세포질 내로 박테리오파지의 게놈의 주입 후, 박테리아의 사멸을 초래하는 박테리오파지를 지칭한다. 본 발명에 따른 비-치사 박테리오파지로는, 박테리아 세포 용해(lysis)를 초래하는 복제의 용균 주기를 갖는 박테리오파지가 있으나 이로 한정되는 것은 아니다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "비-치사 박테리오파지"는, 박테리아의 세포질 내로 박테리오파지의 게놈의 주입 후, 박테리아의 사멸을 초래하지 않을 박테리오파지를 지칭한다. 특히, 본 발명에 따른 치사 박테리오파지는 복제의 비-용균 주기를 제시하며, 이러한 주기는 박테리아 세포를 온전하게 놔둔다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 박테리오파지는 비-치사 박테리오파지일 수 있다.

바람직한 실시형태에서, 본 발명의 박테리오파지는 치사 박테리오파지이다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "파지미드" 또는 "파즈미드(phasmid)"는 동등하고, 플라스미드와 박테리오파지 게놈 둘 모두로부터 유래되는 벡터를 지칭한다. 본 발명의 파지미드는 파지 패키징 부위 및 선택적으로 복제 기원(ori), 특히 박테리아 및/또는 파지 복제 기원을 포함한다. 일 실시형태에서, 본 발명에 따른 파지미드는 박테리아 복제 기원을 포함하지 않고, 따라서 일단 박테리아 내로 주입되면 그 자체가 복제될 수는 없다. 대안적으로, 본 발명에 따른 파지미드는 플라스미드 복제 기원, 특히 박테리아 및/또는 파지 복제 기원을 포함한다. 본 발명에 따르면, 용어 파지미드는 f1 복제 기원을 갖는 벡터로 한정되지 않는다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "패키징된 파지미드" 또는 "파지미드로부터 유래된 조작된 입자"는 박테리오파지 스캐폴드 또는 캡시드에서 캡시드화된 파지미드를 지칭한다. 특히, 이러한 용어는 박테리오파지 게놈이 없는 박테리오파지 스캐폴드 또는 캡시드를 지칭한다.

본 발명에 따른 패키징된 파지미드는 당업자에게 잘 공지된 헬퍼(helper) 파지 전략을 이용하여 생성될 수 있다. 헬퍼 파지는, 본 발명에 따른 파지미드를 캡시드화하는 데 있어서 없어서는 안되는 구조적 및 기능적 단백질을 코딩하는 모든 유전자를 포함한다.

본 발명에 따른 패키징된 파지미드는 당업자에게 또한 잘 공지된 위성 바이러스(satellite virus) 전략을 이용하여 생성될 수 있다. 위성 바이러스는 서브바이러스 작용제(subviral agent)이고, 모든 형태발생적(morphogenetic) 기능을 위해 헬퍼 바이러스에 의한 숙주 세포의 공동-감염에 의존하는 핵산으로 구성되는 반면, 모든 이의 에피솜 기능(통합 및 면역성, 다중복사체(multicopy) 플라스미드 복제)의 경우 위성은 헬퍼로부터 완전히 자율적(autonomous)이다. 일 실시형태에서, 위성 유전자는, P2 캡시드 크기를 이의 더 작은 게놈에 맞추기 위해 조절하는 P4 Sid 단백질에 대해 기재된 바와 같이 헬퍼 파지의 캡시드 크기 축소를 촉진하는 단백질을 인코딩할 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "치사 패키징된 파지미드"는, 박테리아의 세포질 내로 이러한 파지미드의 게놈의 주입 후, 박테리아의 사멸을 초래하는 패키징된 파지미드를 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "비-치사 패키징된 파지미드"는, 박테리아의 세포질 내로 이러한 파지미드의 게놈의 주입 후, 박테리아의 사멸을 초래하지 않을 파지미드를 지칭한다.

바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 패키징된 파지미드는 치사 패키징된 파지미드이다.

대안적으로, 본 발명에 따른 패키징된 파지미드는 비-치사 패키징된 파지미드이다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "프로모터" 및 "전사 프로모터"는 동등하고, 핵산 서열의 나머지의 전사 개시 및 전사율이 조절되는 핵산 서열의 조절 영역을 지칭한다. 프로모터는 또한, 하위-영역(sub-region)을 함유할 수 있으며, 이러한 하위-영역에 RNA 폴리머라제 및 다른 전사 인자와 같은 제어 단백질 및 분자가 결합될 수 있다. 프로모터는 이것이 제어하는 핵산 서열의 전사를 구동한다. 본원에서, 프로모터는 핵산 서열에 관하여 올바른 작동 위치 및 배향으로 놓여서 해당 서열의 전사 개시를 조절("구동")하는 것을 제어하는 경우, "작동적으로 연결된" 것으로 여겨진다.

프로모터는 RNA 폴리머라제(및/또는 시그마 인자)에 대한 상기 프로모터의 친화성에 따라 강한 것 또는 약한 것으로 분류될 수 있으며; 이는, 프로모터 서열이 폴리머라제 또는 시그마 인자에 대한 이상적인 공통(consensus) 서열과 얼마나 근접하게 닮아 있느냐와 관련이 있다. 프로모터의 강도는 전사 개시가 해당 프로모터에서 고빈도 또는 저빈도로 발생하는지의 여부에 의존할 수 있다. 상이한 강도를 갖는 상이한 프로모터가 본 발명에 사용되어, 상이한 수준의 유전자/단백질 발현(예를 들어 약한 프로모터로부터 기원하는 mRNA로부터 개시되는 발현 수준은 강한 프로모터로부터 개시되는 발현 수준보다 낮음)을 초래할 수 있다.

프로모터는 주어진 유전자 또는 서열의 코딩 분절의 업스트림에 위치한 5' 비-코딩 서열을 단리함으로서 수득될 수 있으므로, 유전자 또는 서열과 자연적으로 연관된 것일 수 있다. 이러한 프로모터는 "내인성"으로 지칭될 수 있다. 유사하게는, 활성자/인핸서는 핵산 서열 내에 또는 핵산 서열의 다운스트림 또는 업스트림에 위치하여, 해당 핵산 서열과 자연적으로 연관된 것일 수 있다.

일부 실시형태에서, 코딩 핵산 분절은, 프로모터의 자연적인 환경에서는 인코딩된 핵산 서열과 정상적으로 연관되어 있지 않은 프로모터를 지칭하는 재조합 또는 이종성 프로모터의 조절 하에 위치할 수 있다. 재조합 또는 이종성 인핸서는 인핸서의 자연적인 환경에서는 핵산 서열과 정상적으로 연관되어 있지 않은 인핸서를 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 "유도적(inducible) 프로모터"는 유도자(inducer) 또는 유도제의 존재 하에, 이에 의해 영향을 받거나, 이와 접촉 시, 전사 활성을 개시하거나 증강시키는 것을 특징으로 하는 것이다. "유도자" 또는 "유도제"는 유도적 프로모터로부터 전사 활성을 유도하는 내인성 또는 정상적으로 외인성 조건, 화합물 또는 단백질일 수 있다. 본원에 사용하기 위한 유도적 프로모터의 예로는 비제한적으로, 박테리오파지 프로모터(예를 들어 Plslcon, T3, T7, SP6, PL) 및 박테리아 프로모터(예를 들어 Pbad, PmgrB, Ptrc2, Plac/ara, Ptac, Pm) 또는 이들의 하이브리드(예를 들어 PLlacO, PLtetO)가 있다.

본 발명에 따라 사용하기 위한 박테리아 프로모터의 예로는 비제한적으로, 양성 제어되는(positively regulated) 이. 콜라이 프로모터, 예컨대 양성 제어되는 σ 70 프로모터(예를 들어 유도적 pBad/araC 프로모터, Lux 카세트 라이트(right) 프로모터, 변형된 람다 Prm 프로모터, plac Or2-62(양성), 잉여 REN 부위를 갖는 pBad/AraC, pBad, P(Las) TetO, P(Las) CIO, P(Rhl), Pu, FecA, pRE, cadC, hns, pLas, pLux), "s" 프로모터(예를 들어 Pdps), σ 32 프로모터(예를 들어 열 충격) 및 σ 54 프로모터(예를 들어 glnAp2); 음성 제어되는(negatively regulated) 이. 콜라이 프로모터, 예컨대 음성 제어되는 σ 70 프로모터(예를 들어 프로모터 (PRM+), 변형된 람다 Prm 프로모터, TetR - TetR-4C P(Las) TetO, P(Las) CIO, P(Lac) IQ, RecA_DlexO_DLac01, dapAp, FecA, Pspac-hy, pel, plux-cl, plux-lac, CinR, CinL, 글루코스 조절된, 변형된 Pr, 변형된 Prm+, FecA, Pcya, rec A(SOS), Rec A(SOS), EmrR_제어, Betl_제어, pLac_lux, pTet_Lac, pLac/Mnt, pTet/Mnt, LsrA/cI, pLux/cI, Lacl, LacIQ, pLacIQl, pLas/cI, pLas/Lux, pLux/Las, LexA 결합 부위를 갖는 pRecA, 리버스 BBa_R0011, pLacI/ara-1, pLacIq, rrnB PI, cadC, hns, PfhuA, pBad/araC, nhaA, OmpF, RcnR), σ S 프로모터(예를 들어 대체 시그마 인자 σ 38을 갖는 Lutz-Bujard LacO), σ 32 프로모터(예를 들어 대체 시그마 인자 σ 32를 갖는 Lutz-Bujard LacO), σ 54 프로모터(예를 들어 glnAp2); 음성 제어되는 비. 서브틸리스(B. subtilis) 프로모터, 예컨대 억제성 비. 서브틸리스 σ A 프로모터(예를 들어 그람-양성 IPTG-유도적, Xyl, 하이퍼-스팽크(hyper-spank)), σ 프로모터, 및 Mutalik VK 등(문헌[Nature Methods, 2013, 10: 354-360], 특히 보충 데이터를 참조함)뿐만 아니라 BioFAB 웹사이트(http://biofab.synberc.org/data) 상에 개시된 BioFAB 프로모터가 있다. 다른 유도적 미생물 프로모터 및/또는 박테리아 프로모터가 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 본 개시내용에 따라 사용하기 위한 유도적 프로모터는 하나 이상의 생리학적 조건(들), 예컨대 pH, 온도, 방사선, 삼투압, 식염수 구배, 세포 표면 결합, 및 하나 이상의 외인성 또는 내인성 유도제(들)의 농도의 변화에 의해 유도(또는 억제)될 수 있다. 외인성 유도자 또는 유도제는 제한 없이, 아미노산 및 아미노산 유사체, 당류 및 다당류, 핵산, 단백질 전사 활성자 및 억제자, 사이토카인, 독소, 석유계 화합물, 금속 함유 화합물, 염, 이온, 효소 기질 유사체, 호르몬 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다.

본 발명에 따라 사용하기에 특히 바람직한 박테리아 프로모터는 Anderson 컬렉션(http://parts.igem.org/Promoters/Catalog/Anderson)의 프로모터: BBa_J23100, BBa_J23101, BBa_J23102, BBa_J23103, BBa_J23104, BBa_J23105, BBa_J23106, BBa_J23107, BBa_J23108, BBa_J23109, BBa_J23110, BBa_J23111, BBa_J23112, BBa_J23113, BBa_J23114, BBa_J23115, BBa_J23116, BBa_J23117, BBa_J23118 및 BBa_J23119와 같이 σ 70에 의해 제어되는 구성적 프로모터로부터 선택될 수 있다.

본 발명의 일부 실시형태에서, 프로모터는 "인핸서"와 함께 사용될 수 있거나 사용되지 않을 수 있으며, 인핸서는 프로모터의 다운스트림에서 핵산 서열의 전사 활성화에 관여하는 ds-작용 제어 서열을 지칭한다. 인핸서는 프로모터 앞 또는 뒤의 임의의 작용 위치에 위치할 수 있다.

일부 실시형태에서, 본 발명의 벡터는 종결자 서열 또는 종결자를 포함할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이 "종결자"는 전사의 중단을 유발하는 핵산 서열이다. 종결자는 단방향성 또는 이방향성일 수 있다. 종결자는 RNA 폴리머라제에 의한 RNA 전사체의 특이적인 종결에 관여하는 DNA 서열로 구성된다. 종결자 서열은 업스트림 프로모터에 의한 다운스트림 핵산 서열의 전사 활성화를 방지한다. 따라서, 소정의 실시형태에서, RNA 전사체의 생성을 종료시키는 종결자가 고려된다. 종결자는 생체내에서 바람직한 유전자/단백질 발현 수준을 달성하기 위해 필요할 수 있다.

가장 보편적으로 사용되는 유형의 종결자는 포워드 종결자이다. 포워드 전사 종결자는 통상 전사되는 핵산 서열의 다운스트림에 놓이는 경우, 전사의 중단을 유발할 것이다. 일부 실시형태에서, 통상적으로 포워드 가닥과 리버스 가닥 둘 모두 상에서 전사의 종결을 유발하는 이방향성 전사 종결자가 제공된다. 일부 실시형태에서, 통상적으로 리버스 가닥 상에서만 전사를 종결시키는 리버스 전사 종결자가 제공된다. 원핵 시스템에서, 종결자는 통상적으로 2개의 범주 (1) rho-독립적 종결자 및 (2) rho-의존적 종결자로 나뉜다. Rho-독립적 종결자는 일반적으로, G-C 염기쌍이 풍부하고 뒤이어 우라실 염기의 스트링(string)이 이어지는 스템 루프(stem loop)를 형성하는 회문형(palindromic) 서열로 구성된다.

본 발명에 따라 사용하기 위한 종결자는 본원에 기재되거나 당업자에게 공지된 임의의 전사 종결자를 포함한다. 종결자의 예로는 비제한적으로, 유전자의 종결 서열, 예를 들어 소 성장 호르몬 종결자, 및 바이러스 종결 서열, 예를 들어 박테리아 시스템에서 확인되는 TO 종결자, TE 종결자, 람다 T1 및 T1T2 종결자가 있다. 일부 실시형태에서, 종결 신호는 전사 또는 번역이 될 수 없는 서열, 예컨대 서열 절단으로 인한 서열일 수 있다.

본 발명에 따라 사용하기 위한 종결자는 또한, 문헌[Chen YJ et al (2013, Nature Methods, 10: 659-664)]에 개시된 종결자 및 문헌[Cambray G et al (Nucl Acids Res, 2013, 41(9): 5139-5148)]에 개시된 BioFAB 종결자를 포함한다.

다른 유전적 요소는 당업계에 공지되어 있고, 본 개시내용에 따라 사용될 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "코돈 용법표(codon usage table)"는 코돈, 각각의 코돈에 의해 인코딩되는 아미노산, 및 이들 코돈이 정의된 유형의 아미노산에 대해 확인되는 빈도를 제공하는 데이터베이스이다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "코돈 용법을 충족시키다"는, 고려되는 숙주 또는 숙주 그룹에 대한 코돈 용법표에서 코돈 빈도에 가능한 한 가장 근접하게 되도록 하기 위한, 핵산에서의 코돈 빈도의 최적화를 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "변형", "변화" 및 "돌연변이"는 상호교환적으로 사용되고, 치환, 삽입 및/또는 결실과 같은 아미노산 또는 핵산 서열의 변화를 지칭한다.

본원에서 "치환"이란, 부모 핵산 또는 아미노산 서열 내 특정 위치의 뉴클레오타이드 또는 아미노산을 또 다른 뉴클레오타이드 또는 아미노산으로 대체하는 것을 의미한다.

"삽입"이란, 부모 핵산 또는 아미노산 서열 내 특정 위치에 핵산 또는 아미노산을 첨가하는 것을 의미한다.

"결실"이란, 부모 핵산 또는 아미노산 서열 내 특정 위치에서 뉴클레오타이드 또는 아미노산을 제거하는 것을 의미한다.

뉴클레오타이드 치환은 중성일 수 있다. 중성 뉴클레오타이드 치환은 주어진 뉴클레오타이드를, 동일한 아미노산을 코딩하는 코돈을 초래하는 또 다른 뉴클레오타이드로 대체하는 것이다. 동일한 아미노산을 코딩하는 코돈은 코돈 용법표에 의해 주어진다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "부모 서열"은 변이체를 발생시키기 위해 후속적으로 변형되는 핵산 또는 아미노산 서열을 지칭한다. 이러한 용어는 또한, 자연 발생 서열 또는 조작된 서열일 수 있는 참조 서열을 지칭하며, 이러한 서열 내에서 돌연변이(들) 또는 변형(들)이 이루어져서 변이체를 발생시킬 것이다. "부모 서열"은 파지미드 서열과 같은 벡터 서열을 지칭할 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "변이체 서열" 또는 "변이체"는 동등하고, 적어도 하나의 변형으로 인해 부모 서열과 상이한 핵산 서열 또는 아미노산 서열을 지칭한다. 변이체는 하나 또는 몇몇의 치환, 및/또는 하나 또는 몇몇의 삽입, 및/또는 하나 또는 몇몇의 결실을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 핵산 변이체는 하나 또는 몇몇의 중성 치환을 포함할 수 있다. 일부 다른 실시형태에서, 아미노산 변이체는 하나 또는 몇몇의 보존적 치환을 포함할 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "제한 부위" 및 "제한 효소 부위"는 동등하고, 제한 효소에 의해 인지되는 뉴클레오타이드의 특이적인 서열을 함유하는 핵산 상의 위치를 지칭한다. 특히, 핵산은 제한 효소에 의해 결합되고 절단되는 특이적인 서열을 포함한다. 제한 부위는 일반적으로, 길이가 4 내지 8개 염기쌍의 회문형 서열이다. 보다 정확하게는, 제한 부위는 제한 효소에 의해 결합되고 절단되는 특정 서열 및 변형 상태를 지칭한다. 특히, 제한 부위는 제한 효소에 의해 결합되고 절단되도록 하기 위한, 특정한 비변형된 서열을 지칭한다. 특히, 서열은 메틸화, 하이드록시메틸화 및 글루코실-하이드록시메틸화되지 않는다. 이러한 맥락에서, 제한 효소는 I형, II형 또는 III형이다. 대안적으로, 제한 효소는 제한 효소에 의해 결합되고 절단되도록 하기 위한, 특정한 변형된 서열, 예를 들어 메틸화, 하이드록시메틸화 및 글루코실-하이드록시메틸화된 DNA를 지칭할 수 있다. 이러한 맥락에서, 제한 효소는 IV형이다.

본원에 사용된 바와 같이, 제한 부위 및 제한 효소와 관련하여 "~에 의해 인지된"은, 제한 부위가 제한 효소에 의해 절단됨을 의미한다.

제한 부위에서, 서열 N은, 뉴클레오타이드가 A, C, G 또는 T일 수 있음을 의미하며; B는, 뉴클레오타이드가 C, G 또는 T일 수 있음을 의미하며; Y는, 뉴클레오타이드가 C 또는 T일 수 있음을 의미하며; W는, 뉴클레오타이드가 A 또는 T일 수 있음을 의미하며; R은, 뉴클레오타이드가 A 또는 G일 수 있음을 의미하고; D는 A, G 또는 T를 의미한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "제한 효소" 및 "제한 엔도뉴클레아제"는 동등하고, 제한 부위에서 또는 그 부근에서 핵산을 절단하는 효소를 지칭한다. 제한 효소는 보편적으로 4개 유형(I형 내지 IV형)으로 분류된다. REBASE 데이터베이스는, 주어진 박테리아가 이것이 발현하는 제한 효소에 따라 인지할 수 있는 제한 부위를 열거할 수 있게 한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "박테리움" 또는 "박테리아"는 단일 세포, 또는 단일 세포의 클러스터 또는 응집물로서 존재하는 원핵 미생물을 지칭한다. 용어 "박테리움"은 박테리아의 모든 변이체(예를 들어 밀폐된 시스템에서 자연적으로 거주하는 내인성 박테리아, 환경적 박테리아, 또는 생물적 환경 정화(bioremediation) 또는 다른 노력을 위해 방출되는 박테리아)를 포괄한다. 본 개시내용의 박테리아는 진정세균 및 고세균의 박테리아 세분(subdivision)을 포함한다. 진정세균은 세포벽 구조의 차이에 따라 그람-양성 및 그람-음성 진정세균으로 추가로 세분될 수 있다. 총 형태(gross morphology)만을 기초로 분류되는 것들(예를 들어 콕키(cocci), 바실리(bacilli))도 본원에 포함된다. 일부 실시형태에서 박테리아는 그람-음성 세포이고, 일부 실시형태에서 박테리아는 그람-양성 세포이다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "미생물군유전체" 또는 "미생물총(microbiota)"은 동등하고, 대상체, 바람직하게는 인간 대상체의 몸체 공간(body space)을 말 그대로 공유하는 공서(commensal), 공생(symbiotic), 병원성 미생물의 생태 공동체를 지칭한다.

미생물군유전체는 주어진 종, 신체 영역(body area), 신체 부분, 기관 또는 조직에 특이적일 수 있다. 이와 같이, 본원에 사용된 바와 같이 용어 인간 미생물군유전체는 인간의 미생물군유전체를 포함하는 공서, 공생 및 병원성 미생물의 생태 공동체를 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "감염"은 질병-유발 박테리아에 의한 유기체의 신체 조직의 침범, 이들 박테리아의 증식, 및 숙주 조직과 이들 박테리아 및 결국 상기 박테리아가 생성하는 독소의 반응을 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "감염제", "미생물 작용제", "병원체", "질병-유발 미생물" 및 "독성 박테리움"은 동등하고, 감염을 유발하는 박테리움을 지칭한다.

본 발명에 따른 독성 박테리아는 또한, 항균제 내성 박테리아를 포함한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "선택 마커"는, 유전자의 클로닝을 확인하거나 박테리움에서 플라스미드의 존재를 확인 또는 보장하기 위해 사용되는 유전자를 지칭한다. 선택 마커는 약물 내성, 영양요구성(auxotrophy), 세포독성제에 대한 내성, 또는 표면 단백질 발현과 같은 선택 가능한 표현형을 제공하는 마커 유전자일 수 있다. 예를 들어 항생제 내성 유전자, 영양요구성을 극복하게 하는 유전자, 발색 효소 유전자 또는 발광/형광 유전자가 사용될 수 있다. 이는 이러한 선택 마커를 운반하는 박테리아가 항생제, 중금속이 공급된 배지 상에서 또는 아미노산과 같은 필수 구성성분이 없는 배지 상에서 성장할 수 있도록 "선택적 이점"을 부여한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "항생제" 및 "항균제"는 동등하고, 박테리아 감염의 치료 및 예방에 사용되는 항미생물 활성 성분의 유형을 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "항균제 내성"은 이전에 박테리아를 치료하는 데 사용된 의약의 효과에 저항하는 박테리움의 능력을 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "치료", "치료하다" 또는 "치료하는"은 감염의 치료, 방지, 예방 및 지체와 같이 환자의 건강 상태를 개선하고자 하는 임의의 행위를 지칭한다. 소정의 실시형태에서, 이러한 용어는 감염 또는 이러한 감염과 연관된 증상의 개선 또는 근절을 지칭한다. 다른 실시형태에서, 이러한 용어는 이러한 질병을 갖는 대상체에게 하나 이상의 치료제를 투여함으로써 감염의 확산 또는 악화를 최소화하는 것을 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "대상체", "개체" 또는 "환자"는 상호교환적이고, 동물, 바람직하게는 포유류, 보다 더 바람직하게는 성인, 어린이, 신생아 및 태아기의 인간을 포함하여 인간을 지칭한다. 그러나, 용어 "대상체"는 또한, 특히 치료가 필요한 비-인간 동물, 특히 개, 고양이, 말, 소, 돼지, 양, 당나귀, 토끼, 흰담비, 게르빌루스쥐(gerbil), 햄스터, 친칠라, 래트, 마우스, 기니피그 및 비-인간 영장류와 같은 포유류를 지칭할 수 있다.

용어 "양," "함량" 및 "용량"은 본원에서 상호교환적으로 사용되고, 분자의 절대 정량화를 지칭할 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "유효 성분(active principle)", "활성 성분" 및 "활성 약제학적 성분"은 동등하고, 치료 효과를 갖는 약제학적 조성물의 구성성분을 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "치료 효과"는 감염의 출현을 예방하거나 지연시키거나 감염의 효과를 치유하거나 약화시킬 수 있는 본 발명에 따른 활성 성분, 약제학적 또는 수의학적 조성물, 키트, 생성물 또는 조합된 조제물에 의해 유도되는 효과를 지칭한다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "유효량"은 감염의 유해 효과를 예방하거나, 제거하거나 감소시키는 약제학적 또는 수의학적 조성물의 활성 성분의 양을 지칭한다. 투여되는 양이 치료받는 대상체, 감염의 성질 등에 따라 당업자에 의해 조정될 수 있음이 명백하다. 특히, 투여 용량 및 계획은 치료되는 감염의 성질, 단계 및 중증도, 뿐만 아니라 치료받는 대상체의 체중, 연령 및 전반적인 건강, 뿐만 아니라 의사의 판단의 함수일 수 있다.

본원에 사용된 바와 같이 용어 "본질적으로 ~로 구성된"은 임의의 다른 활성 성분을 포함하지 않는 약제학적 또는 수의학적 조성물을 지칭하고자 한다.

본 문헌에서, 용어 ≪ 약 ≫은 명시된 값의 ± 10%의 값의 범위를 지칭한다. 예를 들어, ≪ 약 50 ≫은 50의 ± 10%의 값, 즉, 45 내지 55 범위 내의 값을 포함한다. 바람직하게는, 용어 ≪ 약 ≫은 명시된 값의 ± 5%의 값의 범위를 지칭한다.

본 발명은 관심 박테리아 그룹과 관련하여 감소된 수의 제한 부위를 갖는 벡터, 박테리오파지 스캐폴드 내로 패키징된 상기 벡터, 및 박테리오파지 스캐폴드 내로 패키징된 상기 벡터의 용도 및 사용 방법에 관한 것이다. 즉, 본 발명은 관심 박테리아 그룹에 의해 인코딩되는 제한 효소에 상응하는 제한 부위를 적은 수로 가진다. 적은 수란, 바람직하게는, 벡터가 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개 이하의 제한 부위(들)를 포함하는 것으로 이해된다. 바람직한 실시형태에서, 벡터는 관심 박테리아 그룹에 의해 인코딩되는 제한 효소에 대하여, 또는 관심 박테리아 그룹에 고도로 존재하는 제한 효소 그룹에 대하여 어떠한 제한 부위도 갖지 않는다. 그러나, 벡터로부터 제거되는 제한 부위에 대한 선택은, 제한 효소를 인코딩하는 관심 박테리아로부터의 박테리아의 수에 의존한다.

제한 부위의 수

본 발명에 따른 벡터는, 관심 박테리아 그룹에 의해 인코딩되는 제한 효소의 제한 부위를 함유하지 않거나 또는 소수만 함유하도록 되어 있다.

보다 특히, 관심 박테리아 그룹에 의해 인코딩되는 일부 제한 효소가 상기 관심 박테리아 그룹에서 빈번하거나, 특히 고도로 빈번한 경우, 이들의 제한 부위는 본 발명에 따른 벡터에서 드물거나 존재하지 않으며, 바람직하게는 존재하지 않는다. "드문(rare)"이란, 벡터에서 제한 부위가 1 또는 2개 발생함을 의미한다. 바람직한 실시형태에서, 제한 부위는 본 발명에 따른 벡터로부터 존재하지 않는다.

관심 박테리아 그룹에서 "빈번한" 또는 "빈번하게"는, 그룹의 박테리아 중 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 75, 80, 85, 90, 95 또는 99%가 제한 효소를 인코딩함을 의미한다. 관심 박테리아 그룹에서 "고도로 빈번한"이란, 그룹의 박테리아 중 적어도 50, 60, 70, 75, 80, 85, 90, 95 또는 99%가 제한 효소를 인코딩함을 의미한다. 몇 가지 제한 효소가 동일한 제한 부위를 갖는 경우, 이들 제한 효소의 수는 빈도를 결정하는 데 고려된다. 보다 특히, 이들 제한 효소의 발생 합계는 빈도를 결정하는 것으로 여겨진다. 빈도는 박테리아에 존재하는 코딩 서열, 박테리아의 게놈, 또는 비제한적으로 플라스미드 서열, 트랜스포존 서열, 염색체 카세트 서열 및 게놈 섬(genomic islet) 서열을 포함하여 박테리아의 염색체외 또는 이동성 유전자 요소(mobile genetic element)(부속 게놈(accessory genome)이라고도 함)의 코딩 서열을 기초로 결정될 수 있다. 상기 기재된 바와 같이 박테리아의 게놈 또는 박테리아의 부속 게놈이 제한 효소를 인코딩하는 서열을 포함한다면, 상기 박테리아는 제한 효소를 인코딩하는 것으로 여겨질 것이다.

일 실시형태에서, 본 발명에 따른 벡터는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하거나 고도로 빈번한 제한 효소의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.

일부 제한 효소가 저빈도를 갖는 관심 박테리아 그룹에 의해 인코딩된다면, 이들의 제한 부위는 본 발명에 따른 벡터에 드물게 존재한다. "드문"이란, 벡터에서 제한 부위가 1 또는 2개 발생함을 의미한다. 일 실시형태에서, 제한 부위는 본 발명에 따른 벡터로부터 존재하지 않는다.

특정 실시형태에서, 관심 박테리아 그룹에서 "빈번한"은, 박테리아 그룹 중 적어도 10% 초과가 제한 효소를 인코딩함을 의미한다.

특정 실시형태에서, 본 발명에 따른 벡터는 관심 박테리아 그룹의 박테리아 중 10, 15, 20 또는 25% 초과에 의해 인코딩되는 제한 효소의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.

선택적으로, 그룹 박테리아 중 10% 미만이 제한 효소를 인코딩한다면, 제한 부위는 벡터에 존재할 수 있다.

본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 전달 비히클, 바람직하게는 박테리오파지 캡시드 내에 포함된 벡터는 100개 이하의 제한 부위를 포함한다. 바람직하게는, 본 발명에 따른, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터는 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개 이하의 제한 부위(들)를 포함한다. 바람직한 실시형태에서, 바람직하게는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터는 10개 이하의 제한 부위를 포함한다. 가장 바람직한 실시형태에서, 바람직하게는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터는 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.

특정 실시형태에서, 본 발명은 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이며, 여기서, 벡터에 원래 존재하는 제한 부위 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 99% 또는 100%가 제거되었다. 본원에 사용된 바와 같이 표현 "원래 존재하는"은, 벡터에 자연적으로 존재하거나 벡터의 구축 또는 변형 후이지만 제한 효소의 수를 감소시키려는 임의의 시도 전에 존재하는 제한 효소의 수를 지칭한다. 당업자는, 주어진 벡터에 존재하는 모든 공지된 제한 부위를 식별하기 위해 REBASE 데이터베이스와 같은 제한 부위 데이터베이스를 사용할 수 있다. 바람직하게는, 제거되는 제한 부위는, 관심 박테리아 그룹에서 빈번하거나 고도로 빈번한 제한 효소의 제한 부위 중에서 선택된다. 바람직하게는, 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터는, 상기 벡터에 원래 존재하는 제한 부위 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 99% 또는 100%가 제거되었고 바람직하게는 제한 부위가 관심 박테리아 그룹에서 빈번하거나 고도로 빈번한 제한 효소의 제한 부위인 것이다.

바람직한 실시형태에서, 본 발명은 인지된 제한 부위를 100개 이하로 포함하는 박테리오파지 게놈 또는 파지미드에 관한 것이다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드는 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개 이하의 인지된 제한 부위(들)를 포함한다. 바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드는 관심 박테리아 그룹의 각각의 박테리움에 의해 인코딩되는 제한 효소에 의해 인지되는 10개 이하의 제한 부위를 포함한다. 가장 바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드는 제한 부위를 포함하지 않는다.

특정 실시형태에서, 본 발명은, 박테리오파지 게놈 또는 파지미드에 원래 존재하는 제한 부위 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 99%가 제거된 박테리오파지 게놈 또는 파지미드에 관한 것이다. 바람직하게는, 제거되는 제한 부위는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하거나 고도로 빈번한 제한 효소의 제한 부위 중에서 선택된다. 바람직하게는, 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터는, 상기 벡터에 원래 존재하는 제한 부위 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 99% 또는 100%가 제거되었고 제한 부위가 관심 박테리아 그룹에서 빈번하거나 고도로 빈번한 제한 효소의 제한 부위인 것이다.

특정 실시형태에서, 본 발명은, 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 원래 존재하는 제한 부위 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 99%가 제거되었고 바람직하게는 제한 부위가 관심 박테리아 그룹에서 빈번하거나 고도로 빈번한 제한 효소의 제한 부위인 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다.

제1 양태에서, 제한 부위는 관심 박테리아 균주에 의해, 즉, 관심 박테리아 균주에 의해 발현되는 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위이다.

제2 양태에서, 제한 부위는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 인코딩되는 제한 효소의 제한 부위이다.

제3 양태에서, 제한 부위는 관심 박테리아 균주 그룹의 각각의 박테리아 균주에 의해, 즉, 관심 박테리아 균주의 각각의 박테리아 균주에 의해 발현되는 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위이다. 바람직하게는, 박테리아 균주의 그룹의 박테리아 균주는 동일한 박테리아 종으로부터의 균주이다.

제4 양태에서, 제한 부위는 관심 박테리아 종에 의해, 즉, 관심 박테리아 종에 의해 발현되는 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위이다.

제5 양태에서, 제한 부위는 관심 박테리아 종의 그룹의 각각의 박테리아 종에 의해, 즉, 관심 박테리아 종의 각각의 박테리아 종에 의해 발현되는 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위이다. 바람직하게는, 박테리아 종의 그룹의 박테리아 종은 동일한 박테리아 속(genus)으로부터의 종이다.

제6 양태에서, 제한 부위는 관심 박테리아 속에 의해, 즉, 관심 박테리아 속에 의해 발현되는 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위이다.

제7 양태에서, 제한 부위는 박테리아에 의해, 즉, 모든 박테리아에 의해 발현되는 제한 효소에 의해 인지될 수 있는 모든 제한 부위이다.

제8 양태에서, 제한 부위는 박테리아 집단, 예컨대 인간 미생물군유전체로부터의 박테리아, 예를 들어 즉, 모든 박테리아 집단에 의해 발현되는 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위이다.

관심 박테리아 균주, 박테리아 균주 그룹, 박테리아 종, 박테리아 종 그룹, 또는 박테리아 속의 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위의 목록은 REBASE와 같은 제한 부위 데이터베이스를 기초로 당업자에 의해 구축될 수 있다. 대안적으로, 당업자에게 잘 공지된 다른 데이터베이스, 예컨대 NCBI의 RefSeq(www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/, 특히 Release 86); Enterobase(enterobase.warwick.ac.uk/, 특히 2018년 1월 30일에 접근됨); 게놈 온라인 데이터베이스(gold.jgi.doe.gov/, 특히 Gold Reslease v-6); 및 Sanger(ftp.sanger.ac.uk/pub/project/pathogens/)가 사용될 수 있다.

관심 박테리아 그룹에서 각각의 제한 효소의 빈도를 결정하기 위해, 둘 모두가 제한-변형(R-M) 시스템의 종합 데이터베이스인 REBASE에 의존하는(문헌[Roberts, R. et al., 2003, Nucleic Acids Research 31, 1805-1812]) 2개의 상보적 접근법이 취해질 수 있다. REBASE는, 박테리아 게놈을 인지 부위가 실험적으로 입증된 R-M 시스템의 라이브러리와 비교함으로써 주어진 박테리아에서 R-M 유전자 및 이들 유전자의 동족(cognate) DNA 인지 부위를 식별한다. REBASE는, 2개의 단백질 서열이 고도로 유사하거나 동일한(예를 들어 100% 퍼센트 동일성을 갖는) 경우에만 새로운 인지 부위와 연관된다(associate). 보다 최근, 단일 분자 실시간 시퀀싱(SMRT; Single molecule real time sequencing)은 게놈에 걸쳐 메틸화 패턴의 식별을 가능하게 한다. R-M 시스템의 식별과 조합하여, 상기 시퀀싱은 R-M 시스템과 이들 시스템의 인지 부위와의 연관을 허용한다. 이용 가능한 게놈 및 SMRT 시퀀싱의 수가 증가함에 따라, 특징화된 R-M 시스템의 수도 기하급수적으로 증가하고 있다.

제1 접근법은 REBASE로부터 모든 I형 S(PacBIO 데이터를 포함함), II형 R, III형 R, R-M 유전자 명칭 및 이들의 연관된 부위를 추출하는 것으로 구성될 수 있다. 유전자의 명명법 덕분에(EcoRI는 에스케리키아 콜라이 균주 RY13 효소 I를 나타냄)(문헌[Roberts, R., et al, 2015, Nucleic Acids Res 43, D298-D299]), 이들 대부분의 R-M에 대한 종 및 균주가 식별될 수 있으며, 각각의 종에서 가장 빈번한 부위를 추론하는 것이 가능하다. 특히, 관심 박테리아 종의 균주 중 적어도 10%에 존재하는 R-M이 선택된다.

제2 접근법은 주어진 박테리아 종의 관심 균주의 특이적인 컬렉션의 시퀀싱에 의존한다. 원(raw) 시퀀싱 데이터는 게놈 조립체(assembler)(스페이드(spades)) 덕분에 콘틱(contigs)으로 조립될 수 있다(문헌[Bankevich, A. et al. 2012, J. Comput. Biol. 19, 455-77]). 그 후에, 콘틱은 RASTK(문헌[Brettin, T. et al., 2015, Sci Rep 5, 8365]) 또는 프로카 파이프라인(prokka pipeline)(문헌[Seemann, T., 2014, Bioinformatics 30, 2068-9]) 덕분에 주석이 달린다(annotated). 각각의 균주에 대해, 모든 주석이 달린 단백질을, 1e-120의 e-값을 역치로 하여 R-M의 각각의 REBASE 추출된 목록에 대하여 블라스팅하였다(blasted). 관심 박테리아 종의 균주 중 적어도 10%에 존재하고 80% 이상의 동일성 퍼센트를 갖는 R-M 시스템만 선택된다. 10% 역치는 선택된 빈도에 따라 조정될 수 있다.

특정 실시형태에서, 본 발명은 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이며, 상기 벡터는 제한 부위의 목록으로부터 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개 이하의 제한 부위(들)를 포함한다. 바람직하게는, 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터는 제한 부위 목록으로부터 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다. 상기 제한 부위 목록은 적어도 1개의 제한 부위 서열을 포함한다. 바람직하게는, 상기 제한 부위 목록은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000개의 제한 부위 서열을 포함한다. 바람직하게는, 상기 제한 부위 목록은 적어도 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99%, 100%의 공지된 제한 부위를 포함한다. 보다 바람직하게는, 상기 제한 부위 목록은, 주어진 박테리아 속, 관심 균주의 종 그룹, 종, 균주 그룹 또는 균주의 제한 효소에 의해 인지되는 것으로 공지된 적어도 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99%, 100%의 제한 부위를 포함한다. 일 실시형태에서, 상기 제한 부위 목록은 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 인코딩되는 제한 효소의 제한 부위를 포함한다. 매우 구체적인 실시형태에서, 상기 제한 부위 목록은 관심 박테리아 그룹의 박테리아 중 적어도 10%에 존재하는 제한 효소의 제한 부위를 포함한다. 구체적인 실시형태에서, 상기 목록은 각각의 관심 박테리아 그룹에 대해 표 1 또는 2에서 제공된 목록 중 하나이다.

다음으로, 본 발명은 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이며, 이러한 벡터는 제한 부위 목록, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 존재하는, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹의 박테리아 중 적어도 10%에 존재하는 제한 효소의 제한 부위를 포함하는 제한 부위 목록으로부터 0, 1 또는 2개의 제한 부위(들)를 포함한다. 구체적인 실시형태에서, 상기 목록은 각각의 관심 박테리아 그룹에 대해 표 1 또는 2에서 제공된 목록 중 하나이다. 바람직하게는, 상기 벡터는 특정 관심 박테리아 그룹에 대해 표 1 또는 2에서 제공된 목록의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.

특정 실시형태에서, 본 발명은 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이며, 이러한 벡터는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 존재하는, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹의 박테리아 중 적어도 10%에 존재하는 제한 효소의 제한 부위를 포함하는 제한 부위 목록으로부터 선택되는 하나의 제한 부위를 포함하지 않는다. 예를 들어, 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터는 제한 부위 목록, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 존재하는, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹의 박테리아 중 적어도 10%에 존재하는 제한 효소의 제한 부위를 포함하는 제한 부위 목록으로부터 선택되는 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 제한 부위를 포함하지 않는다. 특정 실시형태에서, 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터는 제한 부위 목록, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 존재하는, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹의 박테리아 중 적어도 10%에 존재하는 제한 효소의 제한 부위를 포함하는 제한 부위 목록의 어떠한 제한 부위도 포함하지 않는다. 구체적인 실시형태에서, 상기 목록은 각각의 관심 박테리아 그룹에 대해 표 1 또는 2에서 제공된 목록 중 하나이다. 바람직하게는, 상기 벡터는 특정 관심 박테리아 그룹에 대해 표 1 또는 2에서 제공된 목록의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.

특정 실시형태에서, 벡터는 관심 박테리아 그룹에서 인코딩되는 임의의 제한 효소의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 벡터는 박테리오파지 게놈 또는 파지미드이다.

보다 바람직하게는, 본 발명에 따른 벡터는 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드이다.

당업자는 REBASE와 같은 데이터베이스를 기초로 이러한 목록을 구축할 수 있다. 특정 실시형태에서, 상기 제한 부위 목록은 REBASE 데이터베이스 상에서 개시된 모든 제한 효소 서열을 포함한다. 대안적으로, 상기 제한 부위 목록은 주어진 박테리아 속, 관심 균주의 종 그룹, 종, 균주 그룹 또는 균주의 제한 효소에 의해 인지되는, REBASE 데이터베이스 상에서 개시된 모든 제한 효소 서열을 포함한다.

벡터에서 제한 부위의 수를 변형시키기 위한 기술은 당업자에게 잘 공지되어 있다. REBASE와 같은 구체적인 데이터베이스가 사용되어, 벡터에서 제한 부위 및 상응하는 제한 효소가 식별될 수 있다. 그 후에, 제한 부위는 예를 들어, 요망되는 수 또는 퍼센트의 제한 부위에 도달할 때까지 하나씩 변형될 수 있다.

제한 부위의 변형이란, 제한 부위의 변형된 서열이 이의 비-변형된 서열과 적어도 하나의 뉴클레오타이드 차이를 제시하고, 제한 효소가 제한 부위를 더 이상 인지할 수 없게 되고자 한다.

제한 부위의 변형은 제한 부위의 일부 또는 전체의 결실에 의해, 또는 제한 부위의 적어도 하나의 뉴클레오타이드의 뉴클레오타이드 치환에 의해 수행될 수 있다.

바람직하게는, 벡터의 비-코딩 영역 내 제한 부위가 먼저 변형되고, 벡터의 코딩 영역의 제한 부위는, 비-코딩 영역 내 제한 부위가 모두 변형된 후 요망되는 수 또는 퍼센트의 제한 부위에 도달되지 않는 경우에만 변형된다.

선택적으로, 결실은 비-코딩 영역에서만 수행된다.

제한 부위에서 치환은 바람직하게는 중성 치환, 특히 코딩 영역에서의 중성 치환이다. 코돈 용법표가 사용되어, 가능한 중성 치환을 결정할 수 있다.

제한 부위에서 어떠한 중성 치환도 가능하지 않고 다른 어떠한 제한 부위도 변형될 수 없는 경우, 보존적 아미노산 돌연변이를 초래하는 뉴클레오타이드 돌연변이가 수행될 수 있다.

제한 부위가 "N" 유형의 뉴클레오타이드를 포함하는 경우, 치환은 비-N 뉴클레오타이드에서 발생할 것이다.

바람직하게는, 치환은 박테리아의 코돈 용법을 충족시키도록 선택된다.

벡터는 돌연변이에 의해, 예를 들어 직접 돌연변이생성, 또는 당업자에게 공지된 임의의 적합한 기술에 의해, 또는 서열이 설계된 경우 핵산 합성에 의해 변형될 수 있다(예를 들어 문헌[Huges RA et al, 2017, Cold Spring Harb Perspect Biol, 9:a023812] 참조).

특히, 당업자에게 잘 공지된 전형적인 클로닝 기술이 사용되어 제한 부위를 변형시킬 수 있다. 이들 기술로는 비제한적으로, 제한 효소 클로닝, 깁슨 조립(gibson assembly) 및 인버스 PCR이 있다.

예를 들어, 박테리오파지는 효소-매개 클로닝에 의해 돌연변이화될 수 있다(예를 들어 문헌[Joska TM et al, 2014, Journal of Microbiological Methods, 100: 46-51] 참조). 다른 돌연변이 방법으로는 비제한적으로, 람다 Red-매개 삽입/결실(예를 들어 문헌[Murphy KC, 1998, J Bacteriol., 180(8): 2063-71] 참조), 다중 자동화 게놈 엔지니어링(MAGE; multiplex automated genome engineering)(예를 들어 문헌[Wang HH et al, 2009, Nature, 460(7257): 894-898] 참조), Cas9-매개 돌연변이(예를 들어 문헌[Jiang Yu et al, 2015, Appl. Environ. Microbiol, 81(7): 2506-2514] 참조)가 있다.

관심 박테리아

바람직하게는, 관심 박테리아 그룹은 n개 박테리아 종의 군으로 구성되며, n은 1 내지 약 100, 바람직하게는 1 내지 약 50, 보다 바람직하게는 1 내지 약 10, 더욱 바람직하게는 1 내지 약 5로 포함된 양의 정수이고, 더욱 더 바람직하게는 관심 박테리아 그룹은 단일 박테리아 종으로 구성된다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 박테리아 종은 단일 속으로부터 선택된다.

보다 바람직하게는, 관심 박테리아 그룹은 n개 박테리아 균주의 군으로 구성되며, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 내지 약 1000, 10,000 또는 100,000, 바람직하게는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 내지 약 500, 보다 바람직하게는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 내지 약 250, 보다 바람직하게는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 내지 약 100, 보다 더 바람직하게는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10 내지 약 50으로 포함된 양의 정수이다. 가장 바람직한 실시형태에서, 관심 박테리아 그룹은 n개 박테리아 균주의 군으로 구성되며, n은 1 내지 약 30, 바람직하게는 1 내지 약 20, 보다 바람직하게는 1 내지 약 10, 보다 더 바람직하게는 1 내지 약 5로 포함된 양의 정수이다. 특정 실시형태에서, 관심 박테리아 그룹은 단일 박테리아 균주로 구성된다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 박테리아 균주는 단일 종으로부터 선택된다.

관심 박테리아 그룹은 정의된 병상(pathology)을 유발하는 것으로 보고된 박테리아 균주를 포함할 수 있다.

본 발명에 따른 관심 박테리아는 진정세균 또는 고세균, 바람직하게는 진정세균일 수 있다. 본 발명에 따른 관심 박테리아는 그람-양성 또는 그람-음성 진정세균일 수 있다.

바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 독성 박테리아이다.

또 다른 바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 항균제 내성 박테리아이다.

보다 다른 바람직한 실시형태에서, 관심 박테리아는 동일한 종의 상이한 균주이다.

또 다른 바람직한 실시형태에서, 관심 박테리아는 상이한 종의 상이한 균주이다.

또 다른 바람직한 실시형태에서, 관심 박테리아는 인간 미생물군유전체, 특히 장내 미생물군유전체의 상이한 종 구성원의 상이한 균주이다.

본 발명에 따른 관심 박테리아의 예로는 비제한적으로, 예르시니아 종, 에스케리키아 종, 클레브시엘라 종, 액시네토박터 종, 보르데텔라 종, 나이쎄리아 종, 애로모나스 종, 프란시에셀라 종, 코리네박테리움 종, 시트로박터 종, 클라미디아 종, 헤모필루스 종, 브루셀라 종, 미코박테리움 종, 레지오넬라 종, 로도콕커스 종, 슈도모나스 종, 헬리코박터 종, 비브리오 종, 바실러스 종, 에리시펠로트릭스 종, 살모넬라 종, 스트렙토마이세스 종, 스트렙토콕커스 종, 스타필로콕커스 종, 박테로이데스 종, 프레보텔라 종, 클로스트리듐 종, 비피도박테리움 종, 클로스트리듐 종, 브레비박테리움 종, 락토콕커스 종, 류코노스톡 종, 액티노바실러스 종, 셀노모나스 종, 시겔라 종, 자이모나스 종, 미코플라즈마 종, 트레포네마 종, 류코노스톡 종, 코리네박테리움 종, 엔테로콕커스 종, 엔테로박터 종, 피로콕커스 종, 세라티아 종, 모르가넬라 종, 파르비모나스 종, 푸소박테리움 종, 액티모마이세스 종, 포르피로모나스 종, 미크로콕커스 종, 바르토넬라 종, 보렐리아 종, 캄필로박터 종, 클라미도필리아 종, 에흐리치아 종, 해모필루스 종, 렙토스피라 종, 리스테리아 종, 미코플라즈마 종, 노카디아 종, 리켓트시아 종, 우레아플라즈마 종, 큐티박테리움(과거에 프로피오니박테리움) 종, 락토바실러스 종 또는 이들의 혼합물로부터의 박테리아를 포함한다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 예르시니아 종, 에스케리키아 종, 클레브시엘라 종, 액시네토박터 종, 슈도모나스 종, 헬리코박터 종, 비브리오 종, 살모넬라 종, 스트렙토콕커스 종, 스타필로콕커스 종, 박테로이데스 종, 클로스트리듐 종, 시겔라 종, 엔테로콕커스 종, 엔테로박터 종 및 리스테리아 종으로 구성된 군으로부터 선택된다.

보다 바람직하게는, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 에스케리키아 종으로부터 선택된다.

바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 박테로이데스 테타이오타오미크론, 박테로이데스 프라길리스, 박테로이데스 디스타소니스, 박테로이데스 불가투스, 클로스트리듐 렙툼, 클로스트리듐 코코이데스, 스타필로콕커스 아우레우스, 바실러스 서브틸리스, 클로스트리듐 부티리쿰, 브레비박테리움 락토페르멘툼, 스트렙토콕커스 아갈락티애, 락토콕커스 락티스, 류코노스톡 락티스, 액티노바실러스 액티노비세템코미탄스, 시아노박테리아, 에스케리키아 콜라이, 헬리코박터 파일로리, 셀노모나스 루미나티움, 시겔라 손네이, 자이모모나스 모빌리스, 미코플라즈마 미코이데스, 트레포네마 덴티콜라, 바실러스 투린기엔시스, 스타필로콕커스 루그두넨시스, 류코노스톡 오에노스, 코리네박테리움 제로시스, 락토바실러스 플란타룸, 락토바실러스 람노수스, 락토바실러스 카세이, 락토바실러스 액시도필루스, 엔테로콕커스 패칼리스, 바실러스 코아굴란스, 바실러스 세레우스, 바실러스 포필래, 시네코사이스티스 균주 PCC6803, 바실러스 리퀘파시엔스, 피로콕커스 아비씨, 셀레노모나스 노미난티움, 락토바실러스 힐가르디이, 스트렙토콕커스 페루스, 락토바실러스 펜토수스, 박테로이데스 프라길리스, 스타필로콕커스 에피데르미디스, 스트렙토마이세스 패크로모게네스, 스트렙토마이세스 가낸시스, 클레브시엘라 뉴모니애, 엔테로박터 클로아캐, 엔테로박터 애로게네스, 세라티아 마르케센스, 모르가넬라 모르가니이, 시트로박터 프로운디이, 슈도모나스 애리구노사, 파르비모나스 미크라, 프레보텔라 인테르메디아, 푸소박테리움 누클레아툼, 프레보텔라 니그레센스, 액티노마이세스 이스랠리이, 포르피로모나스 엔도돈탈리스, 포르피로모나스 긴기발리스 미크로콕커스 루테우스, 바실러스 메가테리움, 애로모나스 하이드로필라, 애로모나스 카비애, 바실러스 안트라시스, 바르토넬라 헨셀래, 바르토넬라 퀸타나, 보르데텔라 페르투씨스, 보렐리아 부르그도르페리, 보렐리아 가리니이, 보렐리아 아프젤리이, 보렐리아 레쿠렌티스, 브루셀라 아보르투스, 브루셀라 카니스, 브루셀라 멜리텐시스, 브루셀라 수이스, 캄필로박터 예유니, 캄필로박터 콜라이, 캄필로박터 페투스, 클라미디아 뉴모니애, 클라미디아 트라코마티스, 클라미도필라 프싯타키, 클로스트리듐 보툴리눔, 클로스트리듐 디피실레, 클로스트리듐 페르프린겐스, 클로스트리듐 테타니, 코리네박테리움 디프테리아, 큐티박테리움 아크네스(과거에 프로피오니박테리움 아크네스), 에흐릴치아 카니스, 에흐릴치아 샤페엔시스, 엔테로콕커스 패시움, 프란치셀라 툴라렌시스, 해모필루스 인플루엔자, 레지오넬라 뉴모필라, 렙토스피라 인테로간스, 렙토스피라 산타로사이, 렙토스피라 웨일리이, 렙토스피라 노구치이, 리스테리아 모노사이토게네스, 미코박테리움 레프래, 미코박테리움 투베르쿨로시스, 미코박테리움 울세란스, 미코플라즈마 뉴모니아, 나이쎄리아 고노르회애, 나이쎄리아 메닌기티데스, 노카르디아 아스테로이드스, 리켓트시아 리켓트시아, 살모넬라 엔테리티디스, 살모넬라 타이피, 살모넬라 파라타이피, 살모넬라 타이피무리움, 시겔라 플렉스네리이, 시겔라 다이센테리애, 스타필로콕커스 사프로피티쿠스, 스트렙토콕커스 뉴모니애 스트렙토콕커스 피오게네스, 스트렙토콕커스 비리단스, 트레포네마 팔리둠, 우레아플라즈마 우레알리티쿰, 비브리오 콜레라, 비브리오 파라해몰리티쿠스, 예르시니아 페스티스, 예르시니아 엔테로콜리티카, 예르시니아 슈도투베르쿨로시스, 액시네토박터 바우마니이, 슈도모나스 애루기노사 및 이들의 혼합물로 구성된 군으로부터 선택된다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 에스케리키아 콜라이, 엔테로콕커스 패시움, 스타필로콕커스 아우레우스, 클레브시엘라 뉴모니애, 액시네토박터 바우마니이, 슈도모나스 애루기노사, 엔테로박터 클로아캐 및 엔테로박터 애로게네스 및 이들의 혼합물로 구성된 군으로부터 선택된다. 보다 바람직하게는, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 에스케리키아 콜라이 균주로부터 선택된다. 다른 박테리아가 또한, 선택될 수 있다.

또 다른 바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 항균제 내성 박테리아, 바람직하게는 확장-스펙트럼 베타-락타마제-생성(ESBL) 에스케리키아 콜라이, ESBL 클레브시엘라 뉴모니애(Klebsiella pneumoniae), 반코마이신-내성 엔테로콕커스(VRE), 메티실린-내성 스타필로콕커스 아우레우스(Staphylococcus aureus)(MRSA), 다제-내성(MDR; multidrug-resistant) 액시네토박터 바우만니이(Acinetobacter baumannii), MDR 엔테로박터 종(Enterobacter spp.), 카르파베넴 내성 엔테로박테리아세애(CRE; Carpabenem resistance Enterobacteriaceae), 콜리시틴(Colisitin) 내성 이. 콜라이 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택되는 항균제 내성 박테리아이다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 확장-스펙트럼 베타-락타마제-생성(ESBL) 에스케리키아 콜라이 균주로 구성된 군으로부터 선택되는 항균제 내성 박테리아이다.

관심 박테리아는 또한, 쉬가-독소-생성 에스케리키아 콜라이(STEC; Shiga-toxin-Producing Escherichia coli) 및 베로독소 생성 에스케리키아 콜라이(VTEC; Verotoxin producing Escherichia coli) 중에서 선택될 수 있다.

관심 박테리아는 또한, 장병원성 이. 콜라이(EPEC), 장출혈성 이. 콜라이(EHEC; Enterohemorrhagic E. coli), 장관집합성 이. 콜라이(EAEC; Enteroaggregative E. coli), 장독소생성 이. 콜라이(ETEC; Enterotoxigenic E. coli), 접착 및 침입성 이. 콜라이(AIEC; Adherent and Invasive E. coli), 요로병원성 이. 콜라이(UPEC; Uropathogenic E. coli) 중에서 선택될 수 있다.

더욱 다른 실시형태에서, 본 발명에 따른 관심 박테리아는 주어진 종의 미생물군유전체의 박테리아, 바람직하게는 인간 미생물총의 박테리아이다.

특정 실시형태에서, 관심 박테리아는 에스케리키아 콜라이 균주로부터 선택되고, 에스케리키아 콜라이 균주의 제한 효소에 의해 인지되는 상기 제한 부위는 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1), AACNNNNNNGTGC(서열번호 2), CACNNNNGTAY(서열번호 3), AACNNNNCTTT(서열번호 4), CCANNNNNNNCTTC(서열번호 5), TACNNNNNNNRTRTC(서열번호 6), GAGNNNNNNNGTCA(서열번호 7), TGANNNNNNNNTGCT(서열번호 8), AGCANNNNNNTGA(서열번호 9), TGANNNNNNCTTC(서열번호 10), GAGNNNNNGTTY(서열번호 11), GATGNNNNNNTAC(서열번호 12), GAANNNNNNRTCG(서열번호 13), RTCANNNNNNCTC(서열번호 14), GNAGNNNNRTDCA(서열번호 15), GAANNNNNNNRTCG(서열번호 16), GGANNNNNNNNATGC(서열번호 17), GAGNNNNNTCC(서열번호 18), CACNNNNNNNGTTG(서열번호 19), YTCANNNNNNGTTY(서열번호 20), GATGNNNNNCTG(서열번호 21), CCAYNNNNNGTTY(서열번호 22), RTCANNNNNNNNGTGG(서열번호 23), GAANNNNNNNTAAA(서열번호 24), TCANNNNNNNRTTC(서열번호 25), GACNNNNNNGTC(서열번호 26), TTCANNNNNNNNCTGG(서열번호 27), TTANNNNNNNGTCY(서열번호 28), CCANNNNNNNRTGC(서열번호 29), CCANNNNNNNNTGAA(서열번호 30), GAGNNNNNNNATGC(서열번호 31), CAGNNNNNNCGT(서열번호 32), GATGNNNNNGGC(서열번호 33), GAAABCC(서열번호 34), CCWGG(서열번호 35), GGTCTC(서열번호 36), CTGCAG(서열번호 37), GCCGGC(서열번호 38), RGGNCCY(서열번호 39), GTCGAC(서열번호 40), GCGCGC(서열번호 41), RCCGGY(서열번호 42), CCNGG(서열번호 43), AAGCTT(서열번호 44), CANCATC(서열번호 45), GRCGYC(서열번호 46), CYCGRG(서열번호 47), GCNGC(서열번호 48), YGGCCR(서열번호 49), CCGCGG(서열번호 50), GRGCYC(서열번호 51), CTGAAG(서열번호 52), GGWCC(서열번호 53), TGGCCA(서열번호 54), CCWWGG(서열번호 55), GGNCC(서열번호 56), GAGCTC(서열번호 57), GGTACC(서열번호 58), GGCGCC(서열번호 59), ACCYAC(서열번호 60), GAATTC(서열번호 61), GATATC(서열번호 62), CCTNAGG(서열번호 63), GGTNACC(서열번호 64), ATGCAT(서열번호 65), GGYRCC(서열번호 66), AGGCCT(서열번호 67), CTCAAT(서열번호 68), GCWGC(서열번호 69), TCGCGA (서열번호 70), CCTNNNNNAGG(서열번호 71), ACCACC(서열번호 72), CACAG(서열번호 73), GAACC(서열번호 74), GAGAC(서열번호 75), CAGCAG(서열번호 76), AGACC(서열번호 77) 및 CCGAG(서열번호 78)이다.

특정 실시형태에서, 에스케리키아 콜라이의 제한 효소는 하기 I형 제한 효소: CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1), AACNNNNNNGTGC(서열번호 2), CACNNNNGTAY(서열번호 3), AACNNNNCTTT(서열번호 4), CCANNNNNNNCTTC(서열번호 5), TACNNNNNNNRTRTC(서열번호 6), GAGNNNNNNNGTCA(서열번호 7), TGANNNNNNNNTGCT(서열번호 8), AGCANNNNNNTGA(서열번호 9), TGANNNNNNCTTC(서열번호 10), GAGNNNNNGTTY(서열번호 11), GATGNNNNNNTAC(서열번호 12), GAANNNNNNRTCG(서열번호 13), RTCANNNNNNCTC(서열번호 14), GNAGNNNNRTDCA(서열번호 15), GAANNNNNNNRTCG(서열번호 16), GGANNNNNNNNATGC(서열번호 17), GAGNNNNNTCC(서열번호 18), CACNNNNNNNGTTG(서열번호 19), YTCANNNNNNGTTY(서열번호 20), GATGNNNNNCTG(서열번호 21), CCAYNNNNNGTTY(서열번호 22), RTCANNNNNNNNGTGG(서열번호 23), GAANNNNNNNTAAA(서열번호 24), TCANNNNNNNRTTC(서열번호 25), GACNNNNNNGTC(서열번호 26), TTCANNNNNNNNCTGG(서열번호 27), TTANNNNNNNGTCY(서열번호 28), CCANNNNNNNRTGC(서열번호 29), CCANNNNNNNNTGAA(서열번호 30), GAGNNNNNNNATGC(서열번호 31), CAGNNNNNNCGT(서열번호 32), GATGNNNNNGGC(서열번호 33)이다.

또 다른 특정 실시형태에서, 에스케리키아 콜라이의 제한 효소는 하기 II형 제한 효소: GAAABCC(서열번호 34), CCWGG(서열번호 35), GGTCTC(서열번호 36), CTGCAG(서열번호 37), GCCGGC(서열번호 38), RGGNCCY(서열번호 39), GTCGAC(서열번호 40), GCGCGC(서열번호 41), RCCGGY(서열번호 42), CCNGG(서열번호 43), AAGCTT(서열번호 44), CANCATC(서열번호 45), GRCGYC(서열번호 46), CYCGRG(서열번호 47), GCNGC(서열번호 48), YGGCCR(서열번호 49), CCGCGG(서열번호 50), GRGCYC(서열번호 51), CTGAAG(서열번호 52), GGWCC(서열번호 53), TGGCCA(서열번호 54), CCWWGG(서열번호 55), GGNCC(서열번호 56), GAGCTC(서열번호 57), GGTACC(서열번호 58), GGCGCC(서열번호 59), ACCYAC(서열번호 60), GAATTC(서열번호 61), GATATC(서열번호 62), CCTNAGG(서열번호 63), GGTNACC(서열번호 64), ATGCAT(서열번호 65), GGYRCC(서열번호 66), AGGCCT(서열번호 67), CTCAAT(서열번호 68), GCWGC(서열번호 69), TCGCGA (서열번호 70), CCTNNNNNAGG(서열번호 71), ACCACC(서열번호 72)이다.

보다 다른 특정 실시형태에서, 에스케리키아 콜라이의 제한 효소는 하기 III형 제한 효소: CACAG(서열번호 73), GAACC(서열번호 74), GAGAC(서열번호 75), CAGCAG(서열번호 76), AGACC(서열번호 77) 및 CCGAG(서열번호 78)이다.

또 다른 특정 실시형태에서, 관심 박테리아의 제한 효소는 I형의 제한 효소 및/또는 II형의 제한 효소 및/또는 III형의 제한 효소 및/또는 IV형의 제한 효소로부터 선택된다. 바람직하게는, 관심 박테리아의 제한 효소는 I형의 제한 효소, II형의 제한 효소, III형의 제한 효소 및 IV형의 제한 효소로부터 선택된다.

특정 실시형태에서, 이. 콜라이로부터 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩되는 제한 효소의 제한 부위의 목록 A는:

- CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1)(REBASE에서 이. 콜라이 참조 균주의 24.5%에 존재함);

- AACNNNNNNGTGC(서열번호 2)(REBASE에서 이. 콜라이 참조 균주의 18%에 존재함);

- AACNNNNCTTT((서열번호 4)(REBASE에서 이. 콜라이 참조 균주의 12%에 존재함);

- CACNNNNGTAY(서열번호 3)(REBASE에서 이. 콜라이 참조 균주의 11%에 존재함);

- GGTCTC(서열번호 36)(REBASE에서 이. 콜라이 참조 균주의 18%에 존재함);

- CTGCAG(서열번호 37)(REBASE에서 이. 콜라이 참조 균주의 18%에 존재함) 및

- GAAABCC(서열번호 34)(REBASE에서 이. 콜라이 참조 균주의 26%에 존재함)

를 포함한다.

일 실시형태에서, 본 발명은 제한 부위의 이러한 목록 A로 구성된 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 제한 부위를 포함하지 않는 이. 콜라이 종에 속하는 관심 박테리아 그룹에 대해 설계된 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다. 특정 실시형태에서, 본 발명은 제한 부위 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1), CTGCAG(서열번호 37) 및 GAAABCC(서열번호 34) 중 임의의 제한 부위를 포함하지 않는 이. 콜라이 종에 속하는 관심 박테리아 그룹에 대해 설계된 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다. 바람직하게는, 본 발명은 제한 부위의 이러한 목록 A의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는 이. 콜라이 종에 속하는 관심 박테리아 그룹에 대해 설계된 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다.

또 다른 특정 실시형태에서, 이. 콜라이 STEC로부터의 관심 박테리아 그룹 또는 이러한 종의 하위그룹에 의해 빈번하게 인코딩되는 제한 효소의 제한 부위의 목록 B는:

- TACNNNNNNNRTRTC(서열번호 6)(STEC 균주 컬렉션의 24%에 존재함);

- CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1)(STEC 균주 컬렉션의 24%에 존재함);

- CTGCAG(서열번호 37)(STEC 균주 컬렉션의 27%에 존재함)

- GAAABCC(서열번호 34)(STEC 균주 컬렉션의 20%에 존재함); 및

- GATCAG(서열번호 79)(STEC 균주 컬렉션의 15%에 존재함)

를 포함한다.

일 실시형태에서, 본 발명은 제한 부위의 이러한 목록 B로 구성된 군으로부터 선택된 1, 2, 3, 4 또는 5개의 제한 부위를 포함하지 않는 이. 콜라이 STEC 종에 속하는 관심 박테리아 그룹에 대해 설계된 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다. 특정 실시형태에서, 본 발명은 제한 부위 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1), CTGCAG(서열번호 37) 및 GAAABCC(서열번호 34) 중 임의의 제한 부위를 포함하지 않는 이. 콜라이 STEC 종에 속하는 관심 박테리아 그룹에 대해 설계된 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다. 바람직하게는, 본 발명은 제한 부위의 이러한 목록 B의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는 이. 콜라이 STEC 종에 속하는 관심 박테리아 그룹에 대해 설계된 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다.

일 실시형태에서, 본 발명은 상기 표 1 또는 2에 제시된 바와 같은 박테리아 그룹 또는 이의 하위그룹에 대해 설계되고, 박테리아 그룹에 상응하는 표 1 또는 2의 제한 부위 목록으로 구성된 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 제한 부위, 예를 들어 제한 부위 목록으로 구성된 군으로부터 선택되는 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 제한 부위를 포함하지 않는 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다. 바람직하게는, 본 발명은 표 1 또는 2에 제시된 바와 같은 관심 박테리아 그룹 또는 이의 하위그룹에 대해 설계되고, 박테리아 그룹에 상응하는 표 1 또는 2의 이러한 제한 부위 목록의 임의의 제한 부위를 포함하지 않는 벡터, 바람직하게는 전달 비히클에 포함된 벡터에 관한 것이다.

더욱 다른 실시형태에서, 본 발명은 관심 박테리아 그룹의 각각의 박테리아에 의해 인코딩되는 제한 효소에 의해 인지되는 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개 이하의 제한 부위(들)를 포함하는 박테리오파지 게놈 또는 파지미드에 관한 것이다. 바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드는 관심 박테리아 그룹의 각각의 박테리아에 의해 인코딩되는 제한 효소에 의해 인지되는 10개 이하의 제한 부위를 포함한다. 가장 바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드는 관심 박테리아 그룹의 각각의 박테리아에 의해 인지되는 제한 효소에 의해 인코딩되는 임의의 제한 부위를 포함하지 않는다.

대안적인 실시형태에서, 본 발명은, 관심 박테리아 그룹의 각각의 박테리아에 의해 인코딩되는 제한 효소에 의해 인지되고 벡터에 원래 존재하는 제한 부위 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 99%가 제거된 박테리오파지 게놈 또는 파지미드에 관한 것이다.

또 다른 대안적인 실시형태에서, 본 발명은 벡터에 원래 존재하는 관심 박테리아 그룹에 대한 상기 표에서 제시된 목록의 제한 부위 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 99%가 제거된 박테리오파지 게놈 또는 파지미드에 관한 것이다.

대안적인 실시형태에서, 본 발명은 관심 박테리아 그룹의 각각의 박테리아에 의해 인코딩되는 제한 효소에 의해 인지되고 벡터에 원래 존재하는 제한 부위 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 99%가 제거된 박테리오파지 게놈 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다.

나아가, 본 발명은 박테리오파지 캡시드 내로 패키징된 상기 정의된 바와 같은 벡터에 관한 것이며, 상기 박테리오파지 캡시드는 관심 박테리아 그룹을 표적화하기에 적합하다. 본 발명은 또한, 박테리오파지 캡시드 내로 패키징된 상기 정의된 바와 같은 벡터를 포함하는 약제학적 조성물, 약물로서의 박테리오파지 캡시드 내로 패키징된 상기 정의된 바와 같은 벡터의 용도, 및 박테리오파지 캡시드 내로 패키징된 상기 정의된 바와 같은 벡터를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서 질병을 치료하는 방법에 관한 것이다. 보다 특히, 본 발명은 박테리오파지 캡시드 내로 패키징된 상기 정의된 바와 같은 벡터를 관심 박테리아 그룹에 전달하기 위한 상기 벡터의 용도에 관한 것이다.

액티노마이세스(Actinomyces) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: Av-I, Av-2, Av-3, BF307, CT1, CT2, CT3, CT4, CT6, CT7, CT8 및 1281.

애로모나스(Aeromonas) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: AA-I, Aeh2, N, PMl, TP446, 3, 4, 11, 13, 29, 31, 32, 37, 43, 43-10T, 51, 54, 55R.1, 56, 56RR2, 57, 58, 59.1, 60, 63, Aehl, F, PM2, 1, 25, 31, 40RR2.8t, (syn= 44R), (syn= 44RR2.8t), 65, PM3, PM4, PM5 및 PM6.

바실러스(Bacillus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: A, aizl, Al-K-I, B, BCJAl, BCl, BC2, BLLl, BLl, BP142, BSLl, BSL2, BSl, BS3, BS8, BS15, BS18, BS22, BS26, BS28, BS31, BS104, BS105, BS106, BTB, B1715V1, C, CK-I, Coll, Corl, CP-53, CS-I, CSi, D, D, D, D5, entl, FP8, FP9, FSi, FS2, FS3, FS5, FS8, FS9, G, GH8, GT8, GV-I, GV-2, GT-4, g3, gl2, gl3, gl4, gl6, gl7, g21, g23, g24, g29, H2, kenl, KK-88, Kuml, Kyul, J7W-1, LP52, (syn= LP-52), L7, Mexl, MJ-I, mor2, MP-7, MPlO, MP12, MP14, MP15, Neol, N°2, N5, N6P, PBCl, PBLA, PBPl, P2, S-a, SF2, SF6, Shal, Sill, SP02, (syn= ΦSPP1), SPβ, STI, STi, SU-Il, t, TbI, Tb2, Tb5, TbIO, Tb26, Tb51, Tb53, Tb55, Tb77, Tb97, Tb99, Tb560, Tb595, Td8, Td6, Tdl5, TgI, Tg4, Tg6, Tg7, Tg9, TgIO, TgIl, Tgl3, Tgl5, Tg21, Tinl, Tin7, Tin8, Tinl3, Tm3, Tocl, Togl, toll, TP-I, TP-10vir, TP-15c, TP-16c, TP-17c, TP-19, TP35, TP51, TP-84, Tt4, Tt6, 유형 A, 유형 B, 유형 C, 유형 D, 유형 E, Tφ3, VA-9, W, wx23, wx26, Yunl, α, γ, pl l,, φmed-2, φT, φμ-4, φ3T, φ75, φlO5, (syn= φlO5), IA, IB, 1-97A, 1-97B, 2, 2, 3, 3, 3, 5, 12, 14, 20, 30, 35, 36, 37, 38, 41C, 51, 63, 64, 138D, I, II, IV, NN-바실러스(13), alel, ARl, AR2, AR3, AR7, AR9, Bace-11, (syn= 11), 바스틸레(Bastille), BLl, BL2, BL3, BL4, BL5, BL6, BL8, BL9, BP124, BS28, BS80, Ch, CP-51, CP-54, D-5, darl, denl, DP-7, entl, FoSi, FoS2, FS4, FS6, FS7, G, gall, 감마, GEl, GF-2, GSi, GT-I, GT-2, GT-3, GT-4, GT-5, GT-6, GT-7, GV-6, gl5, 19, 110, ISi, K, MP9, MP13, MP21, MP23, MP24, MP28, MP29, MP30, MP32, MP34, MP36, MP37, MP39, MP40, MP41, MP43, MP44, MP45, MP47, MP50, NLP-I, No.l, N17, N19, PBSl, PKl, PMBl, PMB12, PMJl, S, SPOl, SP3, SP5, SP6, SP7, SP8, SP9, SPlO, SP-15, SP50, (syn= SP-50), SP82, SST, subl, SW, Tg8, Tgl2, Tgl3, Tgl4, thul, thuΛ, thuS, Tin4, Tin23, TP-13, TP33, TP50, TSP-I, 유형 V, 유형 VI, V, Vx, β22, φe, φNR2, φ25, φ63, 1, 1, 2, 2C, 3NT, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 12, 17, 18, 19, 21, 138, III, 4(비. 메가테리윈(B. megateriwn)), 4(비. 스패리쿠스(B. sphaericus)), AR13, BPP-IO, BS32, BS107, Bl, B2, GA-I, GP-IO, GV-3, GV-5, g8, MP20, MP27, MP49, Nf, PP5, PP6, SF5, Tgl8, TP-I, 베사일레스(Versailles), φl5, φ29, 1-97, 837/IV, mi-바실러스(1), BatlO, BSLlO, BSLI l, BS6, BSI l, BS16, BS23, BSlOl, BS102, gl8, morl, PBLl, SN45, thu2, thu3, TmI, Tm2, TP-20, TP21, TP52, 유형 F, 유형 G, 유형 IV, HN-BacMus(3), BLE, (syn= θc), BS2, BS4, BS5, BS7, BlO, B12, BS20, BS21, F, MJ-4, PBA12, AP50, AP50-04, AP50-11, AP50-23, AP50-26, AP50-27 및 Bam35. 하기 바실러스-특이적 파지는 결함이 있다: DLP10716, DLP-11946, DPB5, DPB12, DPB21, DPB22, DPB23, GA-2, M, No. IM, PBLB, PBSH, PBSV, PBSW, PBSX, PBSY, PBSZ, phi, SPa, 유형 1 및 μ.

박테리오데스(Bacteriodes) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: ad I2, Baf-44, Baf-48B, Baf-64, Bf-I, Bf-52, B40-8, Fl, βl, φAl, φBrOl, φBrO2, 11, 67.1, 67.3, 68.1, mt-박테리오데스 (3), Bf42, Bf71, HN-브델로비브리도(Bdellovibrio) (1) 및 BF-41.

보르데텔라(Bordetella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: 134 및 NN-보르데텔라 (3).

보렐리아(Borrellia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: NN-보렐리아 (1) 및 NN-보렐리아 (2).

브루셀라(Brucella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: A422, Bk, (syn= 버클리(Berkeley)), BM29, FOi, (syn= FOl), (syn= FQl), D, FP2, (syn= FP2), (syn= FD2), Fz, (syn= Fz75/13), (syn= 피렌체(Firenze) 75/13), (syn= Fi), Fi, (syn= Fl), Fim, (syn= FIm), (syn= Fim), FiU, (syn= FlU), (syn= FiU), F2, (syn= F2), F3, (syn= F3), F4, (syn= F4), F5, (syn= F5), F6, F7, (syn= F7), F25, (syn= F25), (syn= ￡25), F25U, (syn= F25u), (syn= F25U), (syn= F25V), F44, (syn- F44), F45, (syn= F45), F48, (syn= F48), I, Im, M, MC/75, M51, (syn= M85), P, (syn= D), S708, R, Tb, (syn= TB), (syn= 트빌릴시(Tbilisi)), W, (syn= Wb), (syn= 웨이브릿지(Weybridge)), X, 3, 6, 7, 10/1, (syn= 10), (syn= F8), (syn= F8), 12m, 24/11, (syn= 24), (syn= F9), (syn= F9), 45/111, (syn= 45), 75, 84, 212/XV, (syn= 212), (syn= Fi0), (syn= FlO), 371/XXIX, (syn= 371), (syn= Fn), (syn= Fl l) 및 513.

부르크홀데리아(Burkholderia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: CP75, NN-부르크홀데리아 (1) 및 42.

캄필로박터(Campylobacter) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: C 유형, NTCC12669, NTCC12670, NTCC12671, NTCC12672, NTCC12673, NTCC12674, NTCC12675, NTCC12676, NTCC12677, NTCC12678, NTCC12679, NTCC12680, NTCC12681, NTCC12682, NTCC12683, NTCC12684, 32f, 111c, 191, NN-캄필로박터 (2), Vfi-6, (syn= V19), VfV-3, V2, V3, V8, V16, (syn= Vfi-1), V19, V20(V45), V45, (syn= V-45) 및 NN-캄필로박터 (1).

클라미디아(Chlamydia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: Chpl.

클로스트리듐(Clostridium) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: CAKl, CA5, Ca7, CEβ, (syn= 1C), CEγ, Cldl, c-n71, c-203 Tox-, DEβ, (syn= ID), (syn= lDt0X+), HM3, KMl, KT, Ms, NAl, (syn= Naltox+), PA135Oe, Pfo, PL73, PL78, PL81, Pl, P50, P5771, P19402, lCt0X+, 2Ct0X\ 2D3 (syn= 2Dt0X+), 3C, (syn= 3Ctox+), 4C, (syn= 4Ct0X+), 56, III-l, NN-클로스트리듐 (61), NBlt0X+, αl, CAl, HMT, HM2, PFl5 P-23, P-46, Q-05, Q-oe, Q-16, Q-21, Q-26, Q-40, Q-46, S111, SA02, WA01, WA03, Wm, W523, 80, C, CA2, CA3, CPTl, CPT4, cl, c4, c5, HM7, H11/A1, H18/Ax, FWS23, Hi58ZA1, K2ZA1, K21ZS23, ML, NA2t0X; Pf2, Pf3, Pf4, S9ZS3, S41ZA1, S44ZS23, α2, 41, 112ZS23, 214/S23, 233/Ai, 234/S23, 235/S23, II-l, II-2, II-3, NN-클로스트리듐 (12), CAl, Fl, K, S2, 1, 5 및 NN-클로스트리듐 (8).

코리네박테리움(Corynebacterium) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: CGKl (결함성), A, A2, A3, AlOl, A128, A133, A137, A139, A155, A182, B, BF, B17, B18, B51, B271, B275, B276, B277, B279, B282, C, capi, CCl, CGl, CG2, CG33, CL31, Cog, (syn= CG5), D, E, F, H, H-I, hqi, hq2, 11ZH33, Ii/31, J, K, K, (syn= Ktox"), L, L, (syn= Ltox+), M, MC-I, MC-2, MC-3, MC-4, MLMa, N, O, ovi, ov2, ov3, P, P, R, RP6, RS29, S, T, U, UB1, ub2, UH1, UH3, uh3, uh5, uh6, β, (syn= βtox+), βhv64, βvir, γ, (syn= γtoχ-), γl9, δ, (syn= δ'ox+), p, (syn= ptoχ-), Φ9, φ984, ω, IA, 1/1180, 2, 2/1180, 5/1180, 5ad/9717, 7/4465, 8/4465, 8ad/10269, 10/9253, 13Z9253, 15/3148, 21/9253, 28, 29, 55, 2747, 2893, 4498 및 5848.

엔테로콕커스(Enterococcus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: DF78, Fl, F2, 1, 2, 4, 14, 41, 867, Dl, SB24, 2BV, 182, 225, C2, C2F, E3, E62, DS96, H24, M35, P3, P9, SBlOl, S2, 2BII, 5, 182a, 705, 873, 881, 940, 1051, 1057, 21096C, NN-엔테로콕커스 (1), PEl, Fl, F3, F4, VD13, 1, 200, 235 및 341.

에리시펠로트릭스(Erysipelothrix) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: NN-에이시펠로트릭스(Eiysipelothrix) (1).

에스케리키아 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: BW73, B278, D6, D108, E, El, E24, E41, FI-2, FI-4, FI-5, HI8A, Ffl8B, i, MM, Mu, (syn= mu), (syn= MuI), (syn= Mu-I), (syn= MU-I), (syn= MuI), (syn= μ), 025, PhI-5, Pk, PSP3, Pl, PlD, P2, P4(결함성), Sl, Wφ, φK13, φR73(결함성), φl, φ2, φ7, φ92, Ψ(결함성), 7 A, 8φ, 9φ, 15(결함성), 18, 28-1, 186, 299, HH-에스케리키아 (2), AB48, CM, C4, C16, DD-VI, (syn= Dd-Vi), (syn= DDVI), (syn= DDVi), E4, E7, E28, FIl, FI3, H, Hl, H3, H8, K3, M, N, ND-2, ND-3, ND4, ND-5, ND6, ND-7, Ox-I (syn= OXl), (syn= HF), Ox-2 (syn= 0x2), (syn= 0X2), Ox-3, Ox-4, Ox-5, (syn= 0X5), Ox-6, (syn= 66F), (syn= φ66t), (syn= φ66t-)5 0111, PhI-I, RB42, RB43, RB49, RB69, S, SaI-I, Sal-2, Sal-3, Sal-4, Sal-5, Sal-6, TC23, TC45, TuII*-6, (syn= TuII*), TuIP-24, TuII*46, TuIP-60, T2, (syn= ganuTia), (syn= γ), (syn= PC), (syn= P.C.), (syn= T-2), (syn= T2), (syn= P4), T4, (syn= T-4), (syn= T4), T6, T35, αl, 1, IA, 3, (syn= Ac3), 3A, 3T+, (syn= 3), (syn= Ml), 5φ, (syn= φ5), 9266Q, CFO103, HK620, J, K, KlF, m59, no. A, no. E, no. 3, no. 9, N4, sd, (syn= Sd), (syn= SD), (syn= Sa)3 (syn= sd), (syn= SD), (syn= CD), T3, (syn= T-3), (syn= T3), T7, (syn= T-7), (syn= T7), WPK, W31, △H, φC3888, φK3, φK7, φK12, φV-1, Φ04-CF, Φ05, Φ06, Φ07, φl, φl.2, φ20, φ95, φ263, φlO92, φl, φll, (syn=φW), Ω8, 1, 3, 7, 8, 26, 27, 28-2, 29, 30, 31, 32, 38, 39, 42, 933W, NN-에스케리키아 (1), Esc-7-11, AC30, CVX-5, Cl, DDUP, ECl, EC2, E21, E29, Fl, F26S, F27S, Hi, HK022, HK97, (syn= ΦHK97), HK139, HK253, HK256, K7, ND-I, no.D, PA-2, q, S2, Tl, (syn= α), (syn= P28), (syn= T-I), (syn= Tx), T3C, T5, (syn= T-5), (syn= T5), UC-I, w, β4, γ2, λ (syn= 람다), (syn= Φλ), ΦD326, φγ, Φ06, Φ7, Φ10, φ80, χ, (syn= χi), (syn= φχ), (syn= φχi), 2, 4, 4A, 6, 8A, 102, 150, 168, 174, 3000, AC6, AC7, AC28, AC43, AC50, AC57, AC81, AC95, HK243, KlO, ZG/3A, 5, 5A, 21EL, H19-J 및 933H.

푸소박테리움(Fusobacterium) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: NN-푸소박테리움 (2), fv83-554/3, fv88-531/2, 227, fv2377, fv2527 및 fv8501.

해모필루스 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: HPl, S2 및 N3.

헬리코박터 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: HPl 및 ^^-헬리코박터 (1).

클레브시엘라 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: AIO-2, KI4B, Kl6B, Kl9, (syn= K19), Kl14, Kl15, Kl21, Kl28, Kl29, KI32, Kl33, Kl35, Kl106B, Kl171B, Kl181B, Kl832B, AIO-I, AO-I, AO-2, AO-3, FC3-10, K, Kl1, (syn= KIl), Kl2, (syn= K12), Kl3, (syn= K13), (syn= Kl 70/11), Kl4, (syn= K14), Kl5, (syn= K15), Kl6, (syn= K16), Kl7, (syn= K17), Kl8, (syn= K18), Kl19, (syn= K19), Kl27, (syn= K127), Kl31, (syn= K131), Kl35, Kl171B, II, VI, IX, CI-I, Kl4B, Kl8, Kl11, Kl12, Kl13, Kl16, Kl17, Kl18, Kl20, Kl22, Kl23, Kl24, Kl26, Kl30, Kl34, Kl106B, KIi65B, Kl328B, KLXI, K328, P5046, 11, 380, III, IV, VII, VIII, FC3-11, Kl2B, (syn= K12B), Kl25, (syn= K125), Kl42B, (syn= K142), (syn= K142B), Kl181B, (syn= KIl 81), (syn= K1181B), Kl765/!, (syn= K1765/1), Kl842B, (syn= K1832B), Kl937B, (syn= K1937B), Ll, φ28, 7, 231, 483, 490, 632 및 864/100.

레피토스피라(Lepitospira) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: LEl, LE3, LE4 및 ~NN-렙토스피라 (1).

리스테리아 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: A511, 01761, 4211, 4286, (syn= BO54), A005, A006, A020, A500, A502, A511, Al 18, A620, A640, B012, B021, B024, B025, B035, B051, B053, B054, B055, B056, BlOl, BI lO, B545, B604, B653, C707, D441, HSO47, HlOG, H8/73, H19, H21, H43, H46, H107, H108, HI lO, H163/84, H312, H340, H387, H391/73, H684/74, H924A, PSA, U153, φMLUP5, (syn= P35), 00241, 00611, 02971A, 02971C, 5/476, 5/911, 5/939, 5/11302, 5/11605, 5/11704, 184, 575, 633, 699/694, 744, 900, 1090, 1317, 1444, 1652, 1806, 1807, 1921/959, 1921/11367, 1921/11500, 1921/11566, 1921/12460, 1921/12582, 1967, 2389, 2425, 2671, 2685, 3274, 3550, 3551, 3552, 4276, 4277, 4292, 4477, 5337, 5348/11363, 5348/11646, 5348/12430, 5348/12434, 10072, 11355C, 11711A, 12029, 12981, 13441, 90666, 90816, 93253, 907515, 910716 및 NN-리스페리아 (15).

모르가넬라(Morganella) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: 47.

미코박테리움 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: 13, AGl, ALi, ATCC 11759, A2, B.C3, BG2, BKl, BK5, 부티리쿰(butyricum), B-I, B5, B7, B30, B35, Clark, Cl, C2, DNAIII, DSP1, D4, D29, GS4E, (syn= GS4E), GS7, (syn= GS-7), (syn= GS7), IPa, 락티콜라(lacticola), 레젠드레(Legendre), Leo, L5, (syn= ΦL-5), MC-I, MC-3, MC-4, 미넷티(minetti), MTPHI l, Mx4, MyF3P/59a, phlei, (syn= phlei 1), phlei 4, 폴로누스(Polonus) II, 라비노빗취(rabinovitschi), 스메그마티스(smegmatis), TM4, TM9, TMlO, TM20, Y7, YlO, φ630, IB, IF, IH, 1/1, 67, 106, 1430, Bl, (syn= Bol), B24, D, D29, F-K, F-S, HP, 폴로누스 I, Roy, Rl, (syn= Rl-Myb), (syn= Ri), 11, 31, 40, 50, 103a, 103b, 128, 3111-D, 3215-D 및 NN-미코박테리움 (1).

나이쎄리아 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: 그룹 I, 그룹 II 및 NPl.

노카디아 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: MNP8, NJ-L, NS-8, N5 및 TtiN-노카디아.

프로테우스(Proteus) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: Pm5, 13vir, 2/44, 4/545, 6/1004, 13/807, 20/826, 57, 67b, 78, 107/69, 121, 9/0, 22/608, 30/680, PmI, Pm3, Pm4, Pm6, Pm7, Pm9, PmIO, PmI l, Pv2, πl, φm, 7/549, 9B/2, 10A/31, 12/55, 14, 15, 16/789, 17/971, 19A/653, 23/532, 25/909, 26/219, 27/953, 32A/909, 33/971, 34/13, 65, 5006M, 7480b, VI, 13/3a, Clichy 12, π2600, φχ7, 1/1004, 5/742, 9, 12, 14, 22, 24/860, 2600/D52, Pm8 및 24/2514.

프로비덴시아(Providencia) 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: PL25, PL26, PL37, 9211/9295, 9213/921 Ib, 9248, 7/R49, 7476/322, 7478/325, 7479, 7480, 9000/9402 및 9213/921 Ia.

슈도모나스 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: PfI, (syn= Pf-I), Pf2, Pf3, PP7, PRRl, 7s, im-슈도모나스 (1), AI-I, AI-2, B 17, B89, CB3, Col 2, Col 11, Col 18, Col 21, C154, C163, C167, C2121, E79, F8, ga, gb, H22, K1, M4, N2, Nu, PB-I, (syn= PBl), pfl6, PMN17, PPl, PP8, Psal, PsPl, PsP2, PsP3, PsP4, PsP5, PS3, PS17, PTB80, PX4, PX7, PYOl, PYO2, PYO5, PYO6, PYO9, PYOlO, PYO13, PYO14, PYO16, PYO18, PYO19, PYO20, PYO29, PYO32, PYO33, PYO35, PYO36, PYO37, PYO38, PYO39, PYO41, PYO42, PYO45, PYO47, PYO48, PYO64, PYO69, PYO103, PlK, SLPl, SL2, S2, UNL-I, wy, Yai, Ya4, Yan, φBE, φCTX, φC17, φKZ, (syn=ΦKZ), φ-LT, Φmu78, φNZ, φPLS-1, φST-1, φW-14, φ-2, 1/72, 2/79, 3, 3/DO, 4/237, 5/406, 6C, 6/6660, 7, 7v, 7/184, 8/280, 9/95, 10/502, 11/DE, 12/100, 12S, 16, 21, 24, 25F, 27, 31, 44, 68, 71, 95, 109, 188, 337, 352, 1214, HN-슈도모나스 (23), A856, B26, CI-I, CI-2, C5, D, gh-1, Fl 16, HF, H90, K5, K6, Kl 04, K109, K166, K267, N4, N5, O6N-25P, PE69, Pf, PPN25, PPN35, PPN89, PPN91, PP2, PP3, PP4, PP6, PP7, PP8, PP56, PP87, PPl 14, PP206, PP207, PP306, PP651, Psp231a, Pssy401, Pssy9220, psi, PTB2, PTB20, PTB42, PXl, PX3, PXlO, PX12, PX14, PYO70, PYO71, R, SH6, SH133, tf, Ya5, Ya7, φBS, ΦKf77, φ-MC, ΦmnF82, φPLS27, φPLS743, φS-1, 1, 2, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 12B, 13, 14, 15, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 20, 21, 21, 22, 23, 23, 24, 25, 31, 53, 73, 119x, 145, 147, 170, 267, 284, 308, 525, NN-슈도모나스 (5), af, A7, B3, B33, B39, BI-I, C22, D3, D37, D40, D62, D3112, F7, FlO, g, gd, ge, gξ Hwl2, Jb 19, KFl, L°, OXN-32P, O6N-52P, PCH-I, PC13-1, PC35-1, PH2, PH51, PH93, PH132, PMW, PM13, PM57, PM61, PM62, PM63, PM69, PM105, PMl 13, PM681, PM682, PO4, PPl, PP4, PP5, PP64, PP65, PP66, PP71, PP86, PP88, PP92, PP401, PP711, PP891, Pssy41, Pssy42, Pssy403, Pssy404, Pssy420, Pssy923, PS4, PS-IO, Pz, SDl, SLl, SL3, SL5, SM, φC5, φCl l, φCl l-1, φC13, φC15, φMO, φX, φO4, φl l, φ240, 2, 2F, 5, 7m, 11, 13, 13/441, 14, 20, 24, 40, 45, 49, 61, 73, 148, 160, 198, 218, 222, 236, 242, 246, 249, 258, 269, 295, 297, 309, 318, 342, 350, 351, 357-1, 400-1, HN-슈도모나스 (6), GlOl, M6, M6a, Ll, PB2, Pssyl5, Pssy4210, Pssy4220, PYO12, PYO34, PYO49, PYO50, PYO51, PYO52, PYO53, PYO57, PYO59, PYO200, PX2, PX5, SL4, φO3, φO6 및 1214.

리켓트시아 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: NN-리켓트시아.

살모넬라 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: b, 베클레스(Beccles), CT, d, 둔디(Dundee), f, FeIs 2, GI, GUI, GVI, GVIII, k, K, i, j, L, 01, (syn= 0-1), (syn= O1), (syn= O-I), (syn= 7), 02, 03, P3, P9a, PlO, Sab3, Sab5, SanlS, Sanl7, SI, 타운튼(Taunton), ViI, (syn= ViI), 9, im살모넬라(imSalmonella) (1), N-I, N-5, N-IO, N-17, N-22, 11, 12, 16-19, 20.2, 36, 449C/C178, 966A/C259, a, B.A.O.R., e, G4, GUI, L, LP7, M, MG40, N-18, PSA68, P4, P9c, P22, (syn= P22), (syn= PLT22), (syn= PLT22), P22al, P22-4, P22-7, P22-11, SNT-I, SNT-2, SP6, Villi, ViIV, ViV, ViVI, ViVII, 워크솝(Worksop), Sj5, ε34, 1,37, 1(40), (syn= φl[40]), 1,422, 2, 2.5, 3b, 4, 5, 6,14(18), 8, 14(6,7), 10, 27, 28B, 30, 31, 32, 33, 34, 36, 37, 39, 1412, SNT-3, 7-11, 40.3, c, C236, C557, C625, C966N, g, GV, G5, Gl 73, h, IRA, 저지(Jersey), MB78, P22-1, P22-3, P22-12, Sabl, Sab2, Sab2, Sab4, Sanl, San2, San3, San4, San6, San7, San8, San9, Sanl3, Sanl4, Sanl6, Sanl8, Sanl9, San20, San21, San22, San23, San24, San25, San26, SasLl, SasL2, SasL3, SasL4, SasL5, SlBL, SII, ViII, φl, 1, 2, 3a, 3al, 1010, Ym-살모넬라 (1), N-4, SasL6 및 27.

세라티아 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: A2P, PS20, SMB3, SMP, SMP5, SM2, V40, V56, ic, ΦCP-3, ΦCP-6, 3M, 10/la, 20A, 34CC, 34H, 38T, 345G, 345P, 501B, SMB2, SMP2, BC, BT, CW2, CW3, CW4, CW5, Lt232, L2232, L34, L.228, SLP, SMPA, V.43, σ, φCWl, ΦCP6-1, ΦCP6-2, ΦCP6-5, 3T, 5, 8, 9F, 10/1, 2OE, 32/6, 34B, 34CT, 34P, 37, 41, 56, 56D, 56P, 6OP, 61/6, 74/6, 76/4, 101/8900, 226, 227, 228, 229F, 286, 289, 290F, 512, 764a, 2847/10, 2847/1Oa, L.359 및 SMBl.

시겔라 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: Fsa, (syn=a), FSD2d, (syn= D2d), (syn= W2d), FSD2E, (syn= W2e), fv, F6, f7.8, H-Sh, PE5, P90, SfII, Sh, SHm, SHrv, (syn= HIV), SHvi, (syn= HVI), SHVvm, (syn= HVIII), SKγ66, (syn= 감마 66), (syn= yββ), (syn= γ66b), SKm, (syn= SIIIb)5 (syn= UI), SKw, (syn= Siva), (syn= IV), SIC™, (syn= SIVA.), (syn= IVA), SKvi, (syn= KVI), (syn= Svi), (syn= VI), SKvm, (syn= Svm), (syn= VIII), SKVÐIA, (syn= SvmA), (syn= VIIIA), STvi, STK, STx1, STxn, S66, W2, (syn= D2c), (syn= D20), φl, φIVb 3-SO-R, 8368-SO-R, F7, (syn= FS7), (syn= K29), FlO, (syn= FSlO), (syn= K31), I1, (syn= alfa), (syn= FSa), (syn= Kl 8), (syn= α), I2, (syn= a), (syn= K19), SG33, (syn= G35), (syn= SO-35/G), SG35, (syn= SO-55/G), SG3201, (syn= SO-3201/G), SHn, (syn= HII), SHv, (syn= SHV), SHx, SHX, SKn, (syn= K2), (syn= KII), (syn= Sn), (syn= SsII), (syn= II), SKrv, (syn= Sm), (syn= SsIV), (syn= IV), SK1Va, (syn= Swab), (syn= SsIVa), (syn= IVa), SKV, (syn= K4), (syn= KV), (syn= SV), (syn= SsV), (syn= V), SKx, (syn= K9), (syn= KX), (syn= SX), (syn= SsX), (syn= X), STV, (syn= T35), (syn= 35-50-R), STvm, (syn= T8345), (syn= 8345-SO-S-R), W1, (syn= D8), (syn= FSD8), W2a, (syn= D2A), (syn= FS2a), DD-2, Sf6, FSi, (syn= Fl), SF6, (syn= F6), SG42, (syn= SO-42/G), SG3203, (syn= SO-3203/G), SKF12, (syn= SsF12), (syn= F12), (syn= F12), STn, (syn= 1881-SO-R), γ66, (syn= 감마 66a), (syn= Ssγ66), φ2, BIl, DDVII, (syn= DD7), FSD2b, (syn= W2B), FS2, (syn= F2), (syn= F2), FS4, (syn= F4), (syn= F4), FS5, (syn= F5), (syn= F5), FS9, (syn= F9), (syn= F9), FI l, P2-S0-S, SG36, (syn= SO-36/G), (syn= G36), SG3204, (syn= SO-3204/G), SG3244, (syn= SO-3244/G), SHi, (syn= HI), SHvπ, (syn= HVII), SHK, (syn= HIX), SHx1, SHxπ, (syn= HXn), SKI, KI, (syn= S1), (syn= SsI), SKVII, (syn= KVII), (syn= Svπ), (syn= SsVII), SKIX, (syn= KIX), (syn= S1x), (syn= SsIX), SKXII, (syn= KXII), (syn= Sxn), (syn= SsXII), STi, STffl, STrv, STVi, STvπ, S70, S206, U2-S0-S, 3210-SO-S, 3859-SO-S, 4020-SO-S, φ3, φ5, φ7, φ8, φ9, φlO, φl l, φl3, φl4, φl8, SHm, (syn= Hπi), SHχi, (syn= HXt) 및 SKxI, (syn= KXI), (syn= Sχi), (syn= SsXI), (syn= XI).

스타필로콕커스 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: A, EW, K, Ph5, Ph9, PhIO, Phl3, Pl, P2, P3, P4, P8, P9, PlO, RG, SB-i, (syn= Sb-I), S3K, Twort, ΦSK311, φ812, 06, 40, 58, 119, 130, 131, 200, 1623, STCl, (syn=stcl), STC2, (syn=stc2), 44AHJD, 68, ACl, AC2, A6"C", A9"C", b581, CA-I, CA-2, CA-3, CA-4, CA-5, DI l, L39x35, L54a, M42, Nl, N2, N3, N4, N5, N7, N8, NlO, Ni l, N12, N13, N14, N16, Ph6, Phl2, Phl4, UC-18, U4, U15, Sl, S2, S3, S4, S5, X2, Z1, φB5-2, φD, ω, 11, (syn= φl l), (syn= P11-M15), 15, 28, 28A, 29, 31, 31B, 37, 42D, (syn= P42D), 44A, 48, 51, 52, 52A, (syn= P52A), 52B, 53, 55, 69, 71, (syn= P71), 71A, 72, 75, 76, 77, 79, 80, 80α, 82, 82A, 83 A, 84, 85, 86, 88, 88A, 89, 90, 92, 95, 96, 102, 107, 108, 111, 129-26, 130, 130A, 155, 157, 157A, 165, 187, 275, 275A, 275B, 356, 456, 459, 471, 471A, 489, 581, 676, 898, 1139, 1154A, 1259, 1314, 1380, 1405, 1563, 2148, 2638A, 2638B, 2638C, 2731, 2792A, 2792B, 2818, 2835, 2848A, 3619, 5841, 12100, AC3, A8, AlO, A13, b594n, D, HK2, N9, N15, P52, P87, Sl, S6, Z4, φRE, 3A, 3B, 3C, 6, 7, 16, 21, 42B, 42C, 42E, 44, 47, 47A5 47C, 51, 54, 54x1, 70, 73, 75, 78, 81, 82, 88, 93, 94, 101, 105, 110, 115, 129/16, 174, 594n, 1363/14, 2460 및 mS-스타필로콕커스 (1).

스트렙토콕커스 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: EJ-I, NN-스트렙토코카이스(Streptococais) (1), a, Cl, FL0Ths, H39, Cp-I, Cρ-5, Cp-7, Cp-9, Cp-IO, AT298, A5, alO/Jl, alO/J2, alO/J5, alO/J9, A25, BTI l, b6, CAl, c20-l, c20-2, DP-I, Dp-4, DTl, ET42, elO, FA101, FEThs, Fκ, FKKIOI, FKLIO, FKP74, FKH, FLOThs, FyIOl, fl, F10, F20140/76, g, GT-234, HB3, (syn= HB-3), HB-623, HB-746, M102, O1205, φO1205, PST, PO, Pl, P2, P3, P5, P6, P8, P9, P9, P12, P13, P14, P49, P50, P51, P52, P53, P54, P55, P56, P57, P58, P59, P64, P67, P69, P71, P73, P75, P76, P77, P82, P83, P88, sc, sch, sf, SfIl 1, (syn= SFiI l), (syn= φSFill), (syn= ΦSfil l), (syn= φSfil l), sfil9, (syn= SFil9), (syn= φSFil9), (syn= φSfil9), Sfi21, (syn= SFi21), (syn= φSFi21), (syn= φSfi21), ST0, STX, st2, ST2, ST4, S3, (syn= φS3), s265, Φ17, φ42, Φ57, φ80, φ81, φ82, φ83, φ84, φ85, φ86, φ87, φ88, φ89, φ90, φ91, φ92, φ93, φ94, φ95, φ96, φ97, φ98, φ99, φlOO, φlOl, φlO2, φ227, Φ7201, ωl, ω2, ω3, ω4, ω5, ω6, ω8, ωlO, 1, 6, 9, 1OF, 12/12, 14, 17SR, 19S, 24, 50/33, 50/34, 55/14, 55/15, 70/35, 70/36, 71/ST15, 71/45, 71/46, 74F, 79/37, 79/38, 80/J4, 80/J9, 80/ST16, 80/15, 80/47, 80/48, 101, 103/39, 103/40, 121/41, 121/42, 123/43, 123/44, 124/44, 337/ST17 및 m스트렙토콕커스 (34).

트레포네마 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: NN-트레포네마 (1).

비브리오 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: CTXΦ, fs, (syn= si), fs2, Ivpf5, Vfl2, Vf33, VPIΦ, VSK, v6, 493, CP-Tl, ET25, 카파, K139, Labol, )XN-69P, OXN-86, O6N-21P, PB-I, P147, rp-1, SE3, VA-I, (syn= VcA-I), VcA-2, VPl, VP2, VP4, VP7, VP8, VP9, VPlO, VP17, VP18, VP19, X29, (syn= 29 d'Herelle), t, ΦHAWI-1, ΦHAWI-2, ΦHAWI-3, ΦHAWI-4, ΦHAWI-5, ΦHAWI-6, ΦHAWI-7, XHAWI-8, ΦHAWI-9, ΦHAWI-10, ΦHCl-1, ΦHC1-2, ΦHC1-3, ΦHC1-4, ΦHC2-1, >HC2-2, ΦHC2-3, ΦHC2-4, ΦHC3-1, ΦHC3-2, ΦHC3-3, ΦHD1S-1, ΦHD1S-2, ΦHD2S-1, ΦHD2S-2, ΦHD2S-3, ΦHD2S-4, ΦHD2S-5, ΦHDO-1, ΦHDO-2, ΦHDO-3, ΦHDO-4, ΦHDO-5, ΦHDO-6, ΦKL-33, ΦKL-34, ΦKL-35, ΦKL-36, ΦKWH-2, ΦKWH-3, ΦKWH-4, ΦMARQ-1, ΦMARQ-2, ΦMARQ-3, ΦMOAT-1, ΦO139, ΦPEL1A-1, ΦPEL1A-2, ΦPEL8A-1, ΦPEL8A-2, ΦPEL8A-3, ΦPEL8C-1, ΦPEL8C-2, ΦPEL13A-1, ΦPEL13B-1, ΦPEL13B-2, ΦPEL13B-3, ΦPEL13B-4, ΦPEL13B-5, ΦPEL13B-6, ΦPEL13B-7, ΦPEL13B-8, ΦPEL13B-9, ΦPEL13B-10, φVP143, φVP253, Φ16, φl38, 1- II, 5, 13, 14, 16, 24, 32, 493, 6214, 7050, 7227, II, (syn= 그룹 II), (syn== φ2), V, VIII, ~m-비브리오 (13), KVP20, KVP40, nt-1, O6N-22P, P68, el, e2, e3, e4, e5, FK, G, I, K, nt-6, Nl, N2, N3, N4, N5, O6N-34P, OXN-72P, OXN-85P, OXN-100P, P, Ph-I, PL163/10, Q, S, T, φ92, 1-9, 37, 51, 57, 70A-8, 72A-4, 72A-10, 110A-4, 333, 4996, I (syn= 그룹 I), III (syn= 그룹 III), VI, (syn= A-Saratov), VII, IX, X, HN-비브리오 (6), pAl, 7, 7-8, 70A-2, 71A-6, 72A-5, 72A-8, 108A-10, 109A-6, 109A-8, l lOA-1, 110A-5, 110A-7, hv-1, OXN-52P, P13, P38, P53, P65, P108, Pill, TPl3 VP3, VP6, VP12, VP13, 70A-3, 70A-4, 70A-10, 72A-1, 108A-3, 109-B1, 110A-2, 149, (syn= φl49), IV, (syn= 그룹 IV), NN-비브리오 (22), VP5, VPIl, VP15, VP16, αl, α2, α3a, α3b, 353B 및 HN-비브리오 (7).

예르시니아 속의 박테리아는 하기 파지에 의해 또는 하기 파지의 캡시드 내로 패키징된 벡터에 의해 감염될 수 있다: H, H-I, H-2, H-3, H-4, 루카스(Lucas) 110, 루카스 303, 루카스 404, YerA3, YerA7, YerA20, YerA41, 3/M64-76, 5/G394-76, 6/C753-76, 8/C239-76, 9/F18167, 1701, 1710, PST, 1/F2852-76, D'Herelle, EV, H, 코틀야로바(Kotljarova), PTB, R, Y, YerA41, φYerO3-12, 3, 4/C1324-76, 7/F783-76, 903, 1/M6176 및 Yer2AT.

벡터

벡터는 당업자에게 잘 공지되어 있다. 본 발명에 따른 벡터는 DNA 벡터 또는 RNA 벡터일 수 있다. 벡터는 복제 기원, 선택 마커, 및 관심 유전자 또는 서열의 삽입에 적합한 부위, 예컨대 다중 클로닝 부위를 포함할 수 있다. "관심 서열"이란 치료 효과를 제공하는 서열을 지칭한다.

바람직하게는, 벡터는 발현 벡터, 바람직하게는 박테리아에서 발현을 허용하는 벡터이다.

본 발명에 따른 발현 벡터는 프로모터, 번역 개시 서열, 예컨대 리보좀 결합 부위 및 개시 코돈, 종결 코돈, 및 전사 종결 서열을 포함할 수 있다. 본 발명에 따른 발현 벡터는 또한, 주어진 유전자의 전사 수준을 지시하기 위해, 인핸서, 사일런서 및 경계 요소/인설레이터와 같은 다른 조절 영역을 포함할 수 있다.

발현 벡터는 유전자의 안정한 발현 또는 일시적인 발현을 위한 벡터일 수 있다.

본 발명에 따른 벡터는 플라스미드, 박테리오파지 게놈, 파지미드, 바이러스 게놈, 코스미드 및 인공 염색체로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 벡터는 박테리오파지 게놈 또는 파지미드이다.

바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 벡터는 박테리오파지 게놈이다. 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈은 박테리아 내에서 이의 복제, 새로운 비리온의 형성 및 이들의 방출에 필요한 모든 유전자를 포함한다. 게놈은 야생형이거나 유전자 조작될 수 있다.

본 발명에 따른 박테리오파지 게놈은 상기 정의된 바와 같은, 예를 들어 IKe, CTX-φ, Pfl, Pf2, Pf3, 미오비리대(예컨대 Pl-유사, P2-유사, Mu-유사, SPOl-유사 및 phiH-유사 박테리오파지); 시포비리대(예컨대 λ-유사, γ-유사, T1-유사, c2-유사, L5-유사, psiMl-유사, phiC31-유사 및 N15-유사 박테리오파지); 포도비리대(예컨대 phi29-유사, P22-유사 및 N4-유사 박테리오파지); 텍티비리대(예컨대 텍티바이러스); 코르티코비리대(예컨대 코르티코바이러스); 리포트릭스비리대(예컨대 알파리포트릭스바이러스, 베타리포트릭스바이러스, 감마리포트릭스바이러스 및 델타리포트릭스바이러스); 플라즈마비리대(예컨대 플라즈마바이러스); 루디비리대(예컨대 루디바이러스); 푸셀로비리대(예컨대 푸셀로바이러스); 이노비리대(예컨대 이노바이러스, 플렉트로바이러스, M13-유사 및 fd-유사 박테리오파지); 미크로비리대(예컨대 미크로바이러스, 스피로미크로바이러스, 브델로미크로바이러스 및 클라미디아미크로바이러스); 레비비리대(예컨대 레비바이러스 및 알로레비바이러스), 시스토비리대(예컨대 시스토바이러스), 콜리파지(예를 들어 에스케리키아 콜라이를 감염시킴), B1(예를 들어 박테로이데스 테타이오타미크론을 감염시킴), ATCC 51477-B1, B40-8 또는 Bf-1(예를 들어 비. 프라길리스를 감염시킴), phiHSCOl - 예를 들어 비. 칵캐를 감염시킴), phiHSC02(예를 들어 비. 오바투스를 감염시킴), phiC2, phiC5, phiC6, phiC8, phiCD119 또는 phiCD27(예를 들어 클로스트리듐 디피실레를 감염시킴), KP01K2, Kll, Kpn5, KP34 또는 JDOOl(예를 들어 클레브시엘라 뉴모니애를 감염시킴), phiNMl 또는 80알파(예를 들어 스타필로콕커스 아우레우스를 감염시킴), IME-EF1(예를 들어 엔테로콕커스 패칼리스를 감염시킴), ENB6 또는 C33(예를 들어 엔테로콕커스 패시움을 감염시킴), 및 phiKMV, PAK-P1, LKD16, LKA1, 델타, 시그마-1, J-l(예를 들어 슈도모나스 애루기노사를 감염시킴), T2, T4, T5, T7, RB49, phiX174, R17, PRD1 박테리오파지 및 이들의 임의의 박테리오파지 유도체로 구성된 군으로부터 선택되는 박테리오파지의 게놈일 수 있다.

본 발명에 따른 박테리오파지 게놈은 복제의 용균 또는 비-용균 주기를 갖는 박테리오파지의 게놈일 수 있다.

본 발명에 따른 복제의 비-용균 주기를 갖는 박테리오파지의 게놈은 IKe, CTX-φ, Pfl, Pf2, Pf3, 미오비리대(예컨대 Pl-유사, P2-유사, Mu-유사, SPOl-유사 및 phiH-유사 박테리오파지); 시포비리대(예컨대 λ-유사, γ-유사, T1-유사, c2-유사, L5-유사, psiMl-유사, phiC31-유사 및 N15-유사 박테리오파지); 포도비리대(예컨대 phi29-유사, P22-유사 및 N4-유사 박테리오파지); 텍티비리대(예컨대 텍티바이러스); 코르티코비리대(예컨대 코르티코바이러스); 리포트릭스비리대(예컨대 알파리포트릭스바이러스, 베타리포트릭스바이러스, 감마리포트릭스바이러스 및 델타리포트릭스바이러스); 플라즈마비리대(예컨대 플라즈마바이러스); 루디비리대(예컨대 루디바이러스); 푸셀로비리대(예컨대 푸셀로바이러스); 이노비리대(예컨대 이노바이러스, 플렉트로바이러스, M13-유사 및 fd-유사 박테리오파지); 미크로비리대(예컨대 미크로바이러스, 스피로미크로바이러스, 브델로미크로바이러스 및 클라미디아미크로바이러스); 레비비리대(예컨대 레비바이러스 및 알로레비바이러스), 시스토비리대(예컨대 시스토바이러스), 콜리파지(예를 들어 에스케리키아 콜라이를 감염시킴), B1(예를 들어 박테로이데스 테타이오타미크론을 감염시킴), ATCC 51477-B1, B40-8 또는 Bf-1(예를 들어 비. 프라길리스를 감염시킴), phiHSCOl - 예를 들어 비. 칵캐를 감염시킴), phiHSC02(예를 들어 비. 오바투스를 감염시킴), phiC2, phiC5, phiC6, phiC8, phiCD119 또는 phiCD27(예를 들어 클로스트리듐 디피실레를 감염시킴), KP01K2, Kll, Kpn5, KP34 또는 JDOOl(예를 들어 클레브시엘라 뉴모니애를 감염시킴), phiNMl 또는 80알파(예를 들어 스타필로콕커스 아우레우스를 감염시킴), IME-EF1(예를 들어 엔테로콕커스 패칼리스를 감염시킴), ENB6 또는 C33(예를 들어 엔테로콕커스 패시움을 감염시킴), 및 phiKMV, PAK-P1, LKD16, LKA1, 델타, 시그마-1, J-l(예를 들어 슈도모나스 애루기노사를 감염시킴) 박테리오파지 및 이들의 임의의 박테리오파지 유도체로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

본 발명에 따른 복제의 비-용균 주기(용원 주기(lysogenic cycle)라고도 함)를 갖는 박테리오파지의 게놈은 주형 박테리오파지로부터 유래된다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 복제의 비-용균 주기를 갖는 박테리오파지의 게놈은 P2-유사 및 람다-유사(λ-유사) 박테리오파지로 구성된 군으로부터 선택된다. 보다 바람직하게는, 본 발명에 따른 복제의 비-용균 주기를 갖는 박테리오파지의 게놈은 람다-유사 박테리오파지, 바람직하게는 HK022, mEP237, HK97, HK629, HK630, mEP043, mEP213, mEP234, mEP390, mEP460, mEPx1, mEPx2, phi80, mEP234 박테리오파지 및 이들의 임의의 박테리오파지 유도체로 구성된 군으로부터 선택된다.

본 발명에 따른 복제의 용균 주기를 갖는 박테리오파지의 게놈은 T2, T4, T5, T7, RB49, phiX174, R17, PRD1 박테리오파지 및 이들의 임의의 박테리오파지 유도체의 게놈으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

다른 박테리오파지의 게놈이 본 발명에 따라 사용될 수 있다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈은 치사 박테리오파지, 즉 재생의 용균 주기만 갖는 게놈이다.

대안적으로, 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈은 비-치사 박테리오파지, 즉, 재생의 용원 주기와 용균 주기를 둘 다 갖는 주형 박테리오파지의 게놈이다.

또 다른 바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 벡터는 파지미드이다. 본 발명에 따른 파지미드는 파지 패키징 부위 및 선택적으로 플라스미드 복제 기원(ori), 특히 박테리아 복제 기원 및/또는 파지 복제 기원을 포함한다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 파지미드는 플라스미드 복제 기원을 포함하지 않고, 따라서, 일단 박테리아 내에 주입 시 그 자체가 복제될 수는 없다.

본 발명에 따른 파지미드는 본원에 개시된 임의의 박테리오파지로부터 유래될 수 있다. 특히, 본 발명에 따른 파지미드는 본원에 개시된 임의의 박테리오파지 내로 패키징되기에 적합하고, 특히 패키징 부위 및 선택적으로 박테리오파지 복제 기원을 포함한다. 파지 복제 기원은 완전 파지 게놈의 보완과 더불어, 이후에 상이한 캡시드 내로 캡슐화하기 위한 플라스미드의 복제를 개시할 수 있다. 파지 복제 기원은 M13, f1, φX174, P4, 람다, P2, 람다-유사 박테리오파지, HK022, mEP237, HK97, HK629, HK630, mEP043, mEP213, mEP234, mEP390, mEP460, mEPx1, mEPx2, phi80, mEP234, T2, T4, T5, T7, RB49, phiX174, R17, PRD1 Pl-유사, P2-유사, P22-유사 N15-유사 박테리오파지의 야생형 또는 비-야생형 서열일 수 있다.

패키징 부위로는, SPP1(SPP1 pac 부위), P1(P1 pac 부위), T1(T1 pac 부위), T7(T7 연쇄동일서열 연접(concatemer junction)), 람다(λ cos 부위), P4(P4 cos 부위), mu(mu pac 부위), P22(P22 pac 부위), φ8(φ8 pac 부위), Sf6(Sf6 pac 부위), 149(149 pac 부위), 및 Al 122(Al 122-연쇄동일서열 연접)가 있으나, 이들로 한정되는 것은 아니다. 대부분의 박테리아 바이러스의 경우, 패키징 부위는 pac 부위라고 한다. 일부 경우, 패키징 부위는 연쇄동일서열 연접(예를 들어 T7 연쇄동일서열 연접)으로 지칭된다. 모든 경우, 패키징 부위는 박테리아 바이러스 게놈에서 이에 자연 발생적으로 인접해 있는 서열로부터 실질적으로 단리된다.

본 발명에 따른 파지미드는 람다 유래 파지미드, P4 유래 파지미드, M13-유래 파지미드, 예컨대 사상 파지 패키징을 위한 fl 기원을 함유하는 파지미드, 예를 들어, pBluescript II SK(+/-) 및 KS(+/-) 파지미드, pBC SK 및 KS 파지미드, pADL 및 Pl 유래 파지미드로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다(예를 들어 문헌[Westwater CA et al., Microbiology 148, 943-50 (2002); Kittleson JT et al., ACS Synthetoc Biology 1, 583-89 (2012); Mead DA et al, Biotechnology 10, 85-102 (1988)] 참조).

바람직하게는, 본 발명에 따른 파지미드는 람다 유래 파지미드 및 P4 유래 파지미드로부터 선택된다.

보다 바람직하게는, 본 발명에 따른 파지미드는 람다 유래 파지미드, 바람직하게는 HK022 유래 파지미드, mEP237 유래 파지미드, HK97 유래 파지미드, HK629 유래 파지미드, HK630 유래 파지미드, mEP043 유래 파지미드, mEP213 유래 파지미드, mEP234 유래 파지미드, mEP390 유래 파지미드, mEP460 유래 파지미드, mEPx1 유래 파지미드, mEPx2 유래 파지미드, phi80 유래 파지미드, mEP234 유래 파지미드로 구성된 군으로부터 선택된다.

다른 파지미드가 본 발명에 따라 사용될 수 있다.

예를 들어, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 박테리오파지 게놈 또는 파지미드는 또한, 관심 서열을 포함할 수 있다. 관심 서열은 박테리아에서 기술적 효과를 제공하는, 바람직하게는 치료 효과를 제공하는 서열이다. 관심 서열은 예를 들어, 박테리아를 사멸화시키거나, 유전자의 발현을 조정하거나, 특히 하나 또는 몇몇의 유전자의 발현을 억제시키거나 발현을 증가시키거나, 대사산물의 생성을 조정하거나, 특히 하나 또는 몇몇의 대사산물의 발현을 감소시키거나 증가시킬 수 있는 서열일 수 있다.

예를 들어, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 박테리오파지 게놈 또는 파지미드는 또한, 추가의 유전자, 특히 관심 박테리아에서 발현되는 것을 목표로 하는 유전자를 포함할 수 있다.

일 실시형태에서, 벡터는 관심 서열, 예를 들어 관심 단백질을 인코딩하는 서열을 포함할 수 있다. 관심 단백질은 박테리오신(bacteriocin)일 수 있으며, 이는 다른 박테리아를 사멸화시키거나 이의 성장을 저해하도록 박테리아에 의해 생성된 단백질성 독소일 수 있다. 박테리오신은 균주의 생성, 보편적인 내성 기전 및 사멸화 기전을 포함하여 몇 가지 방식에 의해 범주화된다. 이러한 박테리오신은 그람 음성 박테리아(예를 들어 미크로신(microcin), 콜리신(colicin)-유사 박테리오신 및 테일로신(tailocin))로부터 및 그람 양성 박테리아(예를 들어 부류 I, 부류 II, 부류 III 또는 부류 IV 박테리오신)로부터 기재되었었다. 그 후에, 관심 단백질은 미크로신, 콜리신-유사 박테리오신, 테일로신, 부류 I, 부류 II, 부류 III 및 부류 IV 박테리오신으로 구성된 군으로부터 선택되는 독소로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

특정 실시형태에서, 관심 박테리아로 전달되기 위해 프로그래밍 가능한 뉴클레아제 회로가 벡터에 첨가될 수 있다. 이러한 프로그래밍 가능한 뉴클레아제 회로는 관심 표적 유전자(예를 들어 인간에게 유해한 유전자)를 함유하는 박테리아의 생체내 서열-특이적 제거를 매개할 수 있다. 본 개시내용의 일부 실시형태는 스트렙토콕커스 피오게네스의 II형 CRISPR-Cas(일정한 간격을 두고 주기적으로 분포하는 짧은 회문 반복서열-CRISPR-연관(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-associated)) 시스템의 조작된 변이체에 관한 것으로서, 이러한 변이체는 본 개시내용에 따라 광범위한 미생물 유기체에서 항생제 내성을 역전시키거나 특이적으로 파괴하는 데 사용될 수 있다. 본 개시내용에 따라 사용될 수 있는 다른 프로그래밍 가능한 뉴클레아제는 다른 CRISPR-Cas 시스템, 조작된 TALEN(전사 활성자-유사 효과기 뉴클레아제) 변이체 및 조작된 아연 핑거 뉴클레아제(ZFN) 변이체를 포함한다. 따라서, 일부 실시형태에서, 본원에 제공된 조작된 자체적으로 분포된 회로는 관심 유전자, 예를 들어 독소 유전자, 독성 인자 유전자, 항생제 내성 유전자, 리모델링 유전자 또는 조정 유전자(WO2014124226 및 US2015/0064138 참조)를 인코딩하는 DNA를 선택적으로 절단하는 데 사용될 수 있다.

CRISPR 시스템은 2개의 개별 요소, 즉, i) 엔도뉴클레아제, 이러한 경우 CRISPR 연관 뉴클레아제(Cas 또는 "CRISPR 연관 단백질") 및 ii) 가이드 RNA를 함유한다. 가이드 RNA는 CRISPR(RNAcr) 박테리아 RNA와 RNAtracr(trans-작용 RNA CRISPR)의 조합으로 구성된 키메라 RNA 형태이다(문헌[Jinek et al., Science 2012]). gRNA는, Cas 단백질로의 가이드로서 역할을 하는 "스페이싱(spacing) 서열"에 상응하는 cRNA의 표적화 특이성과, 단일 전사체에서 Rtracr의 형태(conformational) 특성을 조합한다. gRNA 및 Cas 단백질이 세포에서 동시에 발현되는 경우, 표적 게놈 서열은 영구적으로 변형되거나 방해받을 수 있다. 이러한 변형은 유리하게는 수복 매트릭스(repair matrix)에 의해 가이드된다.

본 발명에 따른 관심 서열은 Cas 단백질을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 여러 가지 CRISPR 효소는 본 발명에 따른 플라스미드 상에서 관심 서열로서 사용하기에 이용 가능하다. 일부 실시형태에서, CRISPR 효소는 II형 CRISPR 효소이다. 일부 실시형태에서, CRISPR 효소는 DNA 절단을 촉매화한다. 일부 다른 실시형태에서, CRISPR 효소는 RNA 절단을 촉매화한다. 일 실시형태에서, CRISPR 효소는 sgRNA에 커플링될 수 있다. 소정의 실시형태에서, sgRNA는 항생제 내성 유전자, 독성 유전자, 독소 유전자, 및 병원체에 선택적 이점을 부여하거나 동일한 박테리아 종의 병원성 균주와 비-병원성 균주 사이에서 구별을 허용하는 임의의 다른 유전자로 구성된 군에서 선택된 유전자를 표적화한다.

Cas 단백질의 비제한적인 예로는, Casl, CaslB, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9(Csnl 및 Csxl2로도 공지됨), Cas 10, Csyl, Csy2, Csy3, Csel, Cse2, Cscl, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmrl, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csbl, Csb2, Csb3, Csxl7, Csxl4, CsxlO, Csxl6, CsaX, Csx3, Csxl, Csxl5, Csfl, Csf2, Csf3, Csf4, 이들의 호모로그(homologue) 또는 이들의 변이체가 있다. 일부 실시형태에서, CRISPR 효소는 프로토스페이서 인접 모티프(PAM; Protospacer Adjacent Motif) 부위에서 표적 핵산의 양쪽 가닥 모두를 절단한다.

특정 실시형태에서, CRISPR 효소는 임의의 Cas9 단백질, 예를 들어 임의의 자연 발생 박테리아 Cas9, 뿐만 아니라 이들의 임의의 변이체, 호모로그 또는 오르토로그(ortholog)이다.

"Cas9"이란, 단백질 Cas9(Csn1 또는 Csx12라고도 함) 또는 이의 기능성 단백질, 펩타이드 또는 폴리펩타이드 단편을 의미하며, 즉, 가이드 RNA(들)와 상호작용하고 효소적 활성(뉴클레아제)을 발휘하여 이것이 표적 게놈의 DNA의 이중-가닥 절단을 수행할 수 있게 한다. 따라서, "Cas9"은 변형된 단백질, 예를 들어 단백질의 예정된 기능에 필수적이지 않은 단백질의 도메인, 특히 gRNA(들)와의 상호작용에 필요하지 않은 도메인을 제거하기 위해 절단된 단백질을 의미할 수 있다.

본 발명의 맥락에 사용된 바와 같은 Cas9(전체 단백질 또는 이의 단편)을 인코딩하는 서열은 임의의 공지된 Cas9 단백질로부터 수득될 수 있다(문헌[Makarova et al., 2011]). 본 발명에 유용한 Cas9 단백질의 예로는, 스트렙토콕커스 피오게네스, 스트렙토콕커스 서모필루스(Streptococcus thermophilus), 스트렙토콕커스 무탄스(Streptococcus mutans), 캄필로박터 예유니, 프란치셀라 노비시다(Francisella novicida) 및 나이쎄리아 메닌기티디스(Neisseria meningitidis)의 Cas9 단백질이 있으나, 이들로 한정되는 것은 아니다. 본 발명에 사용될 수 있는 다른 Cas9 단백질은 또한, 문헌[Fonfara et al, 2013]에 의해 논문에 기재되어 있다.

특정 실시형태에서, 관심 핵산 서열은 항생제 내성 유전자, 독성 유전자, 독소 유전자, 및 병원체에 선택적 이점을 부여하거나 동일한 박테리아 종의 병원성 균주와 비-병원성 균주 사이에서 구별을 허용하는 임의의 다른 유전자로 구성된 군에서 선택된 유전자 발현의 감소 또는 유전자의 불활성화를 위한 CRISPR/Cas9 시스템이다.

일 실시형태에서, CRISPR/Cas9 시스템은 독성 인자를 표적화하고 불활성화시키는 데 사용된다. 독성 인자는 숙주에 가해지는 손상의 정도를 증가시킴으로써 숙주-병원체 상호작용을 변경시키는 병원체에 의해 생성되는 임의의 성분일 수 있다. 독성 인자는 예를 들어 세포 접착 또는 숙주 내 틈새(niche)의 콜로니화에서 숙주의 면역 반응을 모면하기 위해, 숙주 세포로의 진입 및 이로부터의 퇴보를 용이하게 하기 위해, 숙주로부터 영양분을 수득하기 위해, 또는 숙주에서 다른 생리학적 과정을 저해하기 위해서를 포함하여 많은 방식으로 병원체에 의해 사용된다. 독성 인자는 효소, 내독소, 접착 인자, 운동성 인자, 보체 모면에 관여하는 인자, 및 생물막 형성을 촉진하는 인자를 포함할 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 독성 인자 유전자는 이. 콜라이 독성 유전자 인자, 예컨대 eaeA, EHEC-HlyA, Stx1 (VT1), Stx2 (VT2), Stx2c (VT2c), Stx2d (VT2d), Stx2e (VT2e) 및 Stx2f (VT2f), fimH, neuC, kpsE, sfa, foc, iroN, aer, iha, papC, papGI, papGII, papGIII, hlyC, cnf1, hra, sat, ireA, usp ompT, ibeA, malX, fyuA, irp2, traT, afaD, ipaH, eltB, estA, bfpA, eae, aaiC, aatA, TEM, CTX, SHV일 수 있다.

또 다른 실시형태에서, CRISPR/Cas9 시스템은 항생제 내성 유전자(예를 들어 앰피실린 내성 유전자)를 표적화하고 불활성화시키는 데 사용된다.

또 다른 실시형태에서, CRISPR/Cas9 시스템은 박테리아 독소 유전자를 표적화하고 불활성화시키는 데 사용된다. 박테리아 독소는 외독소 또는 내독소로서 분류될 수 있다. 외독소는 발생되고 활성적으로(actively) 분비되며; 내독소는 박테리아의 일부로서 남아 있다. 박테리아 독소에 대한 반응은 중증 염증을 수반할 수 있고, 패혈증을 초래할 수 있다. 이러한 독소는 예를 들어, 보톨리늄 신경독소, 파상풍 독소, 스타필로콕커스 독소, 디프테리아 독소, 탄저병 독소, 알파(Alpha) 독소, 백일해 독소, 쉬가 독소, 열-안정한 장독소(이. 콜라이 ST) 또는 Henkel 등에 기재된 임의의 독소(문헌[EXS. 2010; 100: 1-29]에서 박테리아 유래의 독소)일 수 있다.

다른 유전자 회로, 바람직하게는 프로그래밍 가능한 유전자 회로는 관심 박테리아에 전달되기 위해 벡터에 첨가될 수 있다. 바람직하게는, 벡터에 첨가된 유전자 회로는 관심 박테리아의 세포 사멸을 초래한다. 예를 들어, 벡터에 첨가된 유전자 회로는 홀린(holin) 또는 독소를 인코딩할 수 있다. 대안적으로, 벡터에 첨가된 유전자 회로는 박테리아 사멸을 초래하지 않는다. 예를 들어, 유전자 회로는 발광 또는 형광 신호를 초래하는 리포터 유전자를 인코딩할 수 있다. 대안적으로, 유전자 회로는 박테리아의 대사 또는 이의 환경의 조성을 변형시키는 것과 같이 유용한 기능을 달성하는 단백질 및 효소를 포함할 수 있다.

벡터는 선택 마커를 추가로 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 선택 마커는 플라스미드에 의해 감염된 박테리아 세포에 선택적 이점, 예컨대 항생제에 대한 내성, 중금속에 대한 내성, 숙주 영양요구성의 보충, 및/또는 형광 또는 발광 단백질의 제시(exhibiting)를 제공한다.

플라스미드에서 적합한 선택 마커 유전자의 포함은 본 발명에 따른 플라스미드의 성공적인 전달을 위한 시험 및/또는 검출을 허용한다. 본 발명에 따른 플라스미드는 영양요구성 마커(예를 들어 LEU2, URA3, TRP 1 또는 HIS3, DapA, ThyA), 검출 가능한 표지, 예컨대 형광 또는 발광 단백질(예를 들어 GFP, eGFP, DsRed, CFP, YFP), 또는 화학적/독성 화합물에 내성을 부여하는 단백질(예를 들어 테모졸로마이드(temozolomide)에 대한 내성, 카나마이신 내성, 클로람페니콜 내성 등을 부여하는 MGMT 유전자) 또는 이들의 임의의 조합과 같은 선택 마커를 인코딩하는 하나 이상의 핵산 서열을 포함할 수 있다. 이들 마커는 본 발명에 따른 벡터를 포함하는 숙주 세포를 선별하거나 검출하는 데 사용될 수 있고, 숙주 세포에 따라 당업자에 의해 쉽게 선택될 수 있다.

대부분의 경우, 항생제 내성 유전자는 플라스미드의 분자생물학 클로닝을 용이하게 하고 이러한 플라스미드에 의해 형질변환된 박테리아의 검출 또는 선별을 허용하기 위해 보편적으로 사용되는 선택 마커이다. 항생제 내성 유전자는 당업계에 잘 공지되어 있고, 앰피실린 내성(Amp), 클로람페니콜 내성(Cm), 테트라사이클린 내성(Tet), 카나마이신 내성(Kan), 하이그로마이신 내성(Qiyg 또는 hph 유전자) 및 제오마이신 내성(Zeo)이 있으나 이들로 한정되는 것은 아니다.

전달 비히클

본 발명에 따른 벡터는 바람직하게는, 벡터를 관심 박테리아 내로 이동시킬 수 있는 전달 비히클에 포함된다.

전달 비히클은 당업자에게 잘 공지되어 있다. 비제한적으로, 화학계 전달 비히클, 비-화학계 전달 비히클, 입자계 전달 비히클, 나노입자계 전달 비히클, 공여자 박테리아, 박테리오파지 스캐폴드 및 바이러스 스캐폴드를 포함하여 몇 가지 보편적인 유형의 전달 비히클이 존재한다.

본 발명에 따른 화학계 전달 비히클은 사이클로덱스트린, 칼슘 포스페이트, 양이온성 중합체, 양이온성 리포좀 및 이들의 혼합물로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

본 발명에 따른 비-화학계 전달 비히클은 전기천공, 초음파천공, 광학 형질감염 및 이들의 혼합물로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

본 발명에 따른 입자계 전달 비히클은 유전자 총, 마그네토펙션, 임팔레펙션, 입자 충격, 세포-침투 펩타이드 및 이들의 혼합물로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

나노입자계 전달 비히클은 예를 들어 핵산 나노케이지일 수 있다.

공여자 박테리아는 접합 플라스미드용 전달 비히클일 수 있다. 본 발명에 따른 공여자 박테리아로는 비제한적으로, 공서(commensal) 박테리아 및 프로바이오틱 박테리아가 있다.

바람직한 실시형태에서, 본 발명에 따른 전달 비히클은 박테리오파지 스캐폴드 또는 캡시드 또는 박테리오파지 바이러스-유사 입자이다. 바람직하게는, 박테리오파지 스캐폴드에 포함된 벡터는 박테리오파지 게놈 또는 파지미드이다.

따라서, 특히 바람직한 실시형태에서, 본 발명은 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이며, 여기서, 벡터는 상기에 정의된 바와 같다.

박테리오파지 게놈 또는 파지미드는 천연, 조작된 또는 진화된 박테리오파지로부터의 박테리오파지 스캐폴드와 함께 작동하도록 제조될 수 있다. 바람직하게는, 박테리오파지 스캐폴드는 천연 박테리오파지로부터 유래된다.

바람직하게는, 본 발명의 박테리오파지는 동일한 기원의, 즉 동일한 종으로부터의, 바람직하게는 동일한 균주로부터의 박테리오파지 게놈 및 박테리오파지 스캐폴드를 포함한다. 보다 더 바람직하게는, 본 발명에 따른 박테리오파지 스캐폴드는 박테리오파지 게놈의 유전자에 의해 인코딩되는 단백질로부터 조립된다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 패키징된 파지미드는 파지미드의 박테리오파지 유전자와 동일한 기원의 박테리오파지 스캐폴드를 포함하며, 즉, 패키징된 파지미드의 박테리오파지 스캐폴드는 파지미드가 유래되는 박테리오파지 DNA와 동일한 종, 바람직하게는 동일한 균주의 박테리오파지 스캐폴드이다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 패키징된 파지미드는 파지미드의 박테리오파지 패키징 부위와 동일한 기원의 박테리오파지 스캐폴드를 포함한다.

본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드는 치사 또는 비-치사일 수 있다. 바람직하게는, 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드는 치사 박테리오파지 또는 치사 패키징된 파지미드이다. 대안적으로, 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드는 비-치사 박테리오파지 또는 비-치사 패키징된 파지미드이다.

본 발명에 따른 벡터의 용도 및 방법

또 다른 양태에서, 본 발명은 또한, 벡터를 박테리아, 바람직하게는 본 발명에 따른 관심 박테리아 내로 전달하기 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드의 용도에 관한 것이다.

특정 실시형태에서, 본 발명에 따른 벡터는 유전자 회로, 바람직하게는 프로그래밍 가능한 유전자 회로를 포함한다. 본 발명에 따른 유전자 회로는 박테리아, 즉, 관심 박테리아의 세포 사멸을 초래할 수 있다. 예를 들어, 벡터에 첨가된 유전자 회로는 홀린 또는 독소를 인코딩할 수 있다. 대안적으로, 벡터에 첨가된 유전자 회로는 박테리아 사멸을 초래하지 않는다. 예를 들어, 유전자 회로는 발광 또는 형광 신호를 초래하는 리포터 유전자를 인코딩할 수 있다. 대안적으로, 유전자 회로는 박테리아의 대사 또는 이의 환경의 조성을 변형시키는 것과 같이 유용한 기능을 달성하는 단백질 및 효소를 포함할 수 있다.

보다 다른 양태에서, 본 발명은 연구 툴로서, 특히 벡터가 전달될 수 있는 전달 빈도를 향상시키고/거나 박테리아의 균주를 넓히기 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드의 용도에 관한 것이다.

본 발명은 또한, 본 발명에 따른 벡터를 제조하는 방법에 관한 것이며, 여기서, 상기 방법은:

(i) 관심 박테리아 그룹을 선택하는 단계;

(ii) 벡터 서열을 기초로, 박테리아 그룹에 의해 인코딩된 제한 효소에 의해 인지되는 제한 부위를 식별하는 단계;

(iii) 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드의 서열을, 상기 벡터가 박테리아 그룹의 각각의 박테리아에 의해 인코딩된 제한 효소에 의해 인지되는 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개 이하의 제한 부위(들)를 포함하도록 변형시키는, 단계;

(iv) 선택적으로, 상기 변형된 벡터를 특히 벡터의 핵산 합성 또는 돌연변이에 의해 제조하는 단계

를 포함한다.

바람직하게는, 단계 (ii)에서, 관심 박테리아 그룹에서 제한 효소의 빈도가 결정되고, 단계 (iii)에서, 벡터의 서열은 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩된 제한 효소의 적어도 하나의 제한 부위, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩된 제한 효소의 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 제한 부위, 보다 바람직하게는 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩된 제한 효소의 제한 부위를 제거하도록 변형된다.

나아가, 본 발명은 본 발명에 따른 벡터를 제조하는 방법에 관한 것이며, 여기서, 상기 방법은:

(i) 관심 박테리아 그룹을 선택하는 단계;

(ii) 상기 관심 박테리아 그룹에 의해 인코딩되는 제한 효소를 식별하고, 관심 그룹에서 제한 효소를 인코딩하는 박테리아의 빈도를 결정하는 단계;

(iii) 선택적으로, 상기 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩된 제한 효소의 제한 부위를 선택하는 단계;

(iv) 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드의 서열을, 상기 벡터가 상기 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩되는 제한 효소의 제한 부위를 제거하도록 변형시키는, 단계;

(v) 선택적으로, 상기 변형된 벡터를 특히 벡터의 핵산 합성 또는 돌연변이에 의해 제조하는 단계

를 포함한다.

바람직한 실시형태에서, 벡터의 서열은, 상기 벡터가 박테리아 그룹의 각각의 박테리아에 의해 인코딩된 제한 효소에 의해 인지되는 임의의 제한 부위를 포함하지 않도록 변형된다. 제한 부위는, 제한 효소에 의한 인지를 방지하도록(제한 효소가 벡터에 결합하여 절단하는 것을 방지하도록) 서열 또는 변형 상태(예를 들어 메틸화되거나 메틸화되지 않거나, 글리코실화되거나 글리코실화되지 않거나)를 변화시킴으로써 변형될 수 있다. III형 제한 효소의 경우, 하나의 부위가 그 자체가 절단되지 않기 때문에, 모든 부위를 제거할 필요는 없다. 제한은, 2개의 역으로 배향된 제한 부위가 존재할 때에만 발생한다. 따라서, 벡터는 2개의 역으로 배향된 제한 부위의 존재를 제거하도록 변형된다.

바람직하게는, 박테리아 그룹은 상기 기재된 바와 같다.

바람직하게는, 박테리아 그룹은 단일 종의 박테리아 균주로 구성된다.

또 다른 양태에서, 본 발명은 관심 박테리아에서 벡터를 전달하기 위한 시험관내 방법에 관한 것이며, 여기서, 상기 방법은 본 발명에 따른 변형된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 변형된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 상기 박테리아 그룹의 박테리아에 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 변형된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 변형된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드는, 이것이 투여되는 박테리아에 의해 인코딩된 제한 효소에 의해 인지되는 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1개 이하의 제한 부위(들)를 포함하고, 바람직하게는 제한 부위를 포함하지 않는다.

약물의 용도

또 다른 양태에서, 본 발명은 또한, 약물로서 사용하기 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다.

본 발명은 또한, 의약의 제조를 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드의 용도에 관한 것이다.

바람직한 실시형태에서, 본 발명은 감염, 바람직하게는 박테리아 감염, 염증성 질병, 자가면역 질병, 암 및 뇌장애로 구성된 군으로부터 선택되는 질병의 치료에 사용하기 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다. 바람직하게는, 이러한 질병은 관심 박테리아 그룹에 의해 유발된다. 본 발명은 대상체의 일반적인 건강 상태를 향상시키기 위해, 병원성 또는 독성 박테리아를 근절시키기 위해, 약물의 효능을 향상시키기 위해, 및/또는 미생물군유전체의 조성을 변형시키기 위해 사용하기 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다.

본 발명은 또한, 감염, 바람직하게는 박테리아 감염, 염증성 질병, 자가면역 질병, 암 및 뇌장애로 구성된 군으로부터 선택되는 질병 치료용 약제의 제조를 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다. 바람직하게는, 질병은 관심 박테리아 그룹에 의해 유발된다. 본 발명은 대상체의 일반적인 건강 상태를 향상시키기 위한, 병원성 또는 독성 박테리아를 근절시키기 위한, 약물의 효능을 향상시키기 위한, 및/또는 미생물군유전체의 조성을 변형시키기 위한 약제의 제조를 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다.

나아가, 본 발명은 대상체에서 감염, 바람직하게는 박테리아 감염, 염증성 질병, 자가면역 질병, 암, 대사 질병 또는 장애, 비만, 당뇨병 및 뇌장애로 구성된 군으로부터 선택되는 질병을 치료하는 방법에 관한 것이며, 여기서, 치료적 유효량의 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 질병을 앓고 있는 상기 대상체에게 투여한다. 바람직하게는, 질병은 관심 박테리아 그룹에 의해 유발된다.

특히, 박테리아에 의해 유발되는 질병은 복부 경련(abdominal cramp), 급성 후두개염(acute epiglottitis), 관절염, 균혈증(bacteraemia), 보톨리눔독소증(botulism), 브루셀라병(Brucellosis), 뇌농양(brain abscess), 연성 하감 성병(chancroid venereal disease), 클라미디아, 결막염, 담낭염, 라임병(Lyme disease), 설사, 디프테리아, 십이지장 궤양, 심장 내막염(endocarditis), 에리시펠로트리코시스(erysipelothricosis), 장열(enteric fever), 열병, 사구체신염, 위장염, 위궤양, 길랑-바레 증후군(Guillain-Barre syndrome), 파상풍, 임질, 렙토스피라증(leptospirosis), 나병(leprosy), 리스테리아증(listeriosis), 결핵, 레이디 윈더미어 증후군(Lady Widermere syndrome), 레지오넬라병(Legionaire's disease), 수막염(meningitis), 점액화농성 결막염, 근괴사-가스 괴저(myonecrosis-gas gangrene), 미코박테리움 아비움 복합체(mycobacterium avium complex), 신생아 괴사성 장염(neonatal necrotizing enterocolitis), 노카르디아증(nocardiosis), 병원내 감염(nosocomial infection), 이염(otitis), 인두염, 폐렴, 복막염, 자반열(purpuric fever), 로키산 홍반열(Rocky Mountain spotted fever), 시겔라증(shigellosis), 매독, 부비강염, S상결장염(sigmoiditis), 폐혈증(septicaemia), 피부 농양(subcutaneous abscesse), 야토병(tularaemia), 기관기관지염(tracheobronchitis), 편도염, 장티푸스(typhoid fever), 요로 감염, 백일해(whooping cough)로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

본 발명에 따른 감염은 피부 감염, 예컨대 여드름, 장내 감염, 예컨대 식도염, 위염, 장염, 결장염, S상결장염, 직장염 및 복막염, 요로 감염, 질 감염, 여성 상부 생식관 감염(female upper genital tract infection), 예컨대 난관염(salpingitis), 자궁 내막염, 난소염, 자궁근염(myometritis), 자궁주위염(parametritis) 및 골반 복막(pelvic peritoneum)에서의 감염, 기도 감염, 예컨대 폐렴, 양막-내 감염(intra-amniotic infection), 치성 감염(odontogenic infection), 근관 감염(endodontic infection), 섬유증, 수막염, 혈류 감염, 병원내 감염, 예컨대 카테터-관련 감염, 병원성 페렴(hospital acquired pneumonia), 산후 감염(post-partum infection), 병원성 위장염, 병원성 요로 감염 또는 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 감염은 항생제 내성을 제시하는 박테리아에 의해 유발된다.

가장 바람직한 실시형태에서, 감염은 상기 열거된 바와 같은 관심 박테리아에 의해 유발된다.

바람직하게는 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드는 감염에 관여하는 박테리아 균주만 표적화하고, 따라서, 치료받는 대상체가 건강한 미생물군유전체는 보존시킬 수 있게 한다.

본 발명에 따른 대사 질병 또는 장애는 대사성 뇌질병, 칼슘 대사 장애, DNA 수복-결핍 장애, 글루코스 대사 장애, 고젖산혈증(Hyperlactatemia), 철 대사 장애, 지질 대사 장애, 흡수장애 증후군(Malabsorption syndrome), 대사 증후군 X, 선천성 대사 장애(Inborn error of metabolism), 미토콘드리아 질병, 인 대사 장애, 포르피린증(Porphyrias) 및 단백질항상성 결핍(Proteostasis deficiency)으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

본 발명에 따른 대사 질병 또는 장애는 유형 1 당뇨병; 유형 2 당뇨병; 대사 증후군; 바르데-비들 증후군(Bardet-Biedel syndrome); 프라더-윌리 증후군(Prader-Willi syndrome); 비-알코올성 지방간 질병(non-alcoholic fatty liver disease); 결절성 경화증(tuberous sclerosis); 알브라이트 유전성 골이영양증(Albright hereditary osteodystrophy); 뇌-유래 신경영양 인자(BDNF; brain-derived neurotrophic factor) 결핍; 싱글-마인디드 1(SEVIl; Single-minded 1) 결핍; 렙틴 결핍; 렙틴 수용체 결핍; 프로-오피오멜라노코르틴(POMC; pro-opiomelanocortin) 결함; 프로단백질 컨버타제 서브틸리신/켁신 유형 1(PCSKl; proprotein convertase subtilisin/kexin type 1) 결핍; Src 상동성 2B1(SH2B 1) 결핍; 프로-호르몬 컨버타제 1/3 결핍; 멜라노코르틴-4-수용체(MC4R) 결핍; 윌름 종양, 홍채결여증(aniridia), 비뇨생식기 이상(genitourinary anomalies) 및 정신 지체(WAGR) 증후군; 가성부갑상선 기능저하증(pseudohypoparathyroidism) 유형 1A; 취약 X 증후군(Fragile X syndrome); 보제슨-포스만-레만 증후군(Borjeson-Forsmann-Lehmann syndrome); 알스트롬 증후군(Alstrom syndrome); 코헨 증후군(Cohen syndrome); 및 척골-유방 증후군(ulnar-mammary syndrome), 산-염기 불균형(Acid-base imbalance)으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다.

상기 질병 및 질환과 연관된 증상으로는, 체중 증가, 비만, 피로, 고지혈증, 과식증, 과다갈증증(hyperdipsia), 다식증(polyphagia), 다갈증, 다뇨증, 사지 통증, 사지 무감각증(numbness of the extremities), 흐릿한 시야(blurry vision), 안구진탕증(nystagmus), 청력 상실, 심근병증, 인슐린 내성, 광 과민성(light sensitivity), 폐병, 간질환, 간경화증, 간부전, 신장질병, 신부전, 발작, 생식기능 저하증(hypogonadism) 및 불임 중 하나 이상이 있으나, 이들로 한정되는 것은 아니다.

대사 질병은 비제한적으로 상승된 글루코스 수준, 상승된 트리글리세라이드 수준, 상승된 콜레스테롤 수준, 인슐린 내성, 고혈압, 생식기능 저하증, 생식능력저하(subfertility), 불임, 복부 비만, 전-혈전증성 질환(pro-thrombotic condition) 및 전-염증성 질환을 포함하여 여러 가지 생리학적 변화와 연관되어 있다.

특정 실시형태에서, 본 발명은 또한, 박테리아 감염의 치료가 필요한 개체를 위한 개인화된 치료 방법에 관한 것이며, 상기 방법은: i) 상기 개체로부터 생물학적 시료를 수득하고, 상기 시료로부터 박테리아 DNA 서열의 그룹을 결정하는 단계; ii) 상기 서열의 결정을 기초로, 상기 시료에 있었던 하나 이상의 병원성 박테리아 균주 또는 종을 식별하는 단계; 및 iii) 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 상기 개체에게 투여하여, 이로써 하나 이상의 병원성 박테리아 균주 또는 종을 표적화하는 단계를 포함하며, 여기서, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드는, 시료에서 식별된 각각의 병원성 박테리아 균주 또는 종에 의해 인코딩된 제한 효소에 의해 인지되는 100개 이하의 제한 부위, 바람직하게는 50개 이하의 제한 부위, 보다 바람직하게는 10개 이하의 제한 부위를 포함하도록, 보다 더 바람직하게는 제한 부위를 포함하지 않도록 변형되어 있다. 병원성 박테리아는 관심 박테리아 그룹으로서 정의된다. 바람직하게는, 벡터는 병원성 박테리아 그룹을 표적화하기 위한 것으로서 상기에 정의된 바와 같다. 이러한 벡터는 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩된 제한 효소의 적어도 하나의 제한 부위, 바람직하게는 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩된 제한 효소의 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 제한 부위를 제거하기 위해, 보다 바람직하게는 관심 박테리아 그룹에 의해 빈번하게 인코딩된 제한 효소의 제한 부위를 제거하기 위해 변형되었다.

바람직하게는, 생물학적 시료는 병리학적 및 비-병리학적 박테리아 종을 포함하고, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 개체에게 투여하고 후속해서, 개체 상의 또는 개체 내의 병원성 박테리아의 양이 감소되지만, 비-병원성 박테리아의 양은 감소되지 않는다. 특히, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드는 표적화된 박테리아의 사멸을(즉, 독소 또는 프로그래밍 가능한 뉴클레아제 회로의 용해 또는 발현에 의해) 초래한다.

특정 실시형태에서, 본 발명은 인간 미생물군유전체의 박테리아를 수반하는 병상, 예컨대 염증성 및 자가면역 질병, 암, 감염, 대사 질병, 대사 장애, 예컨대 비만 및 당뇨병, 또는 뇌장애의 치료에 사용하기 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다. 사실상, 미생물군유전체 중 일부 박테리아는 임의의 감염을 촉발하지 않으면서, 염증성 또는 자가면역 질병, 또는 암 발병을 유도하고/거나 증강시킬 분자를 분비할 수 있다. 미생물군유전체 중 일부 박테리아는 또한, 뇌에 영향을 미칠 분자를 분비할 수도 있다.

또 다른 특정 실시형태에서, 본 발명은 약물의 효능을 향상시키기 위해 사용하기 위한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드에 관한 것이다. 사실상, 미생물군유전체 중 일부 박테리아는 그 자체가 병원성이지 않으면서, 약물을 대사시키고 무효하거나 유해한 분자에서 이들 약물을 변형시킬 수 있는 것으로 공지되어 있다.

본 발명은 또한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드의 비-치료적 용도에 관한 것이다. 예를 들어, 비-치료적 용도는 미용적 용도, 또는 대상체, 특히 질병을 앓고 있지 않는 대상체의 웰빙을 향상시키기 위한 용도일 수 있다. 이에, 본 발명은 또한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 포함하는 미용 조성물 또는 비-치료적 조성물에 관한 것이다.

약제학적 또는 수의학적 조성물

보다 다른 양태에서, 본 발명은 또한, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 포함하거나 이로 본질적으로 구성된 약제학적 또는 수의학적 조성물에 관한 것이다.

약제학적 또는 수의학적 조성물은 적어도 하나의 부형제 또는 약제학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다.

바람직하게는, 약제학적 또는 수의학적 조성물은 또 다른 활성 성분, 바람직하게는 항생제 또는 또 다른 항균제, 보다 더 바람직하게는 항생제를 추가로 포함한다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 항생제는 페니실린, 예컨대 페니실린 G, 페니실린 K, 페니실린 N, 페니실린 O, 페니실린 V, 메티실린, 벤질페니실린, 나프실린(nafcillin), 옥사실린(oxacillin), 클록사실린(cloxacillin), 디클록사실린(dicloxacillin), 앰피실린, 아목시실린(amoxicillin), 피뱀피실린(pivampicillin), 헤타실린(hetacillin), 바캄피실린(bacampicillin), 메탐피실린(metampicillin), 탈람피실린(talampicillin), 에피실린(epicillin), 카르베니실린(carbenicillin), 티카르실린(ticarcillin), 테모실린(temocillin), 메즐로실린(mezlocillin) 및 피페라실린(piperacillin); 세팔로스포린(cephalosporin), 예컨대 세파세트릴(cefacetrile), 세파드록실(cefadroxil), 세팔렉신(cephalexin), 세팔로글리신(cefaloglycin), 세팔로늄(cefalonium), 세팔로리딘(cefaloridine), 세팔로틴(cefalotin), 세파피린(cefapirin), 세파트리진(cefatrizine), 세파자플루(cefazaflur), 세파제돈(cefazedone), 세파졸린(cefazolin), 세프라딘(cefradine), 세프록사딘(cefroxadine), 세프테졸(ceftezole), 세파클로(cefaclor), 세포니시드(cefonicid), 세프프로질(cefprozil), 세푸록심(cefuroxime), 세푸조남(cefuzonam), 세프메타졸(cefmetazole), 세포테탄(cefotetan), 세폭시틴(cefoxitin), 로라카르베프(loracarbef), 세프부페라존(cefbuperazone), 세프미녹스(cefminox), 세포테탄(cefotetan), 세폭시틴(cefoxitin), 세포티암(cefotiam), 세프카펜(cefcapene), 세프달록심(cefdaloxime), 세프디니르(cefdinir), 세프디토렌(cefditoren), 세페타메트(cefetamet), 세픽심(cefixime), 세프메녹심(cefmenoxime), 세포디짐(cefodizime), 세포탁심(cefotaxime), 세포베신(cefovecin), 세프피미졸(cefpimizole), 세프포독심(cefpodoxime), 세프테람(cefteram), 세프타메레(ceftamere), 세프티부텐(ceftibuten), 세프티오푸르(ceftiofur), 세프티올렌(ceftiolene), 세프티족심(ceftizoxime), 세프트리악손(ceftriaxone), 세포페라존(cefoperazone), 세프타지딤(ceftazidime), 라타목세프(latamoxef), 세프클리딘(cefclidine), 세페핌(cefepime), 세플루프레남(cefluprenam), 세포셀리스(cefoselis), 세포조프란(cefozopran), 세프피롬(cefpirome), 세프퀴놈(cefquinome), 플로목세프(flomoxef), 세프토비프롤(ceftobiprole), 세프타롤린(ceftaroline), 세프톨로잔(ceftolozane), 세팔로람(cefaloram), 세파파롤(cefaparole), 세프카넬(cefcanel), 세페드롤로르(cefedrolor), 세펨피돈(cefempidone), 세페트리졸(cefetrizole), 세피비트릴(cefivitril), 세프마틸렌(cefmatilen), 세프메피듐(cefmepidium), 세폭사졸(cefoxazole), 세프로틸(cefrotil), 세프수미드(cefsumide), 세프티옥시드(ceftioxide), 세푸라세팀(cefuracetime) 및 니트로세핀(nitrocefin); 폴리믹신(polymyxin), 예컨대 폴리스포린(polysporin), 네오스포린(neosporin), 폴리믹신 B 및 폴리믹신 E, 리팜피신(rifampicin), 예컨대 리팜피신, 리파펜틴(rifapentine) 및 리팍시민(rifaximin); 피닥소미신(Fidaxomicin); 퀴놀론(quinolone), 예컨대 시녹사신(cinoxacin), 날리딕스산(nalidixic acid), 옥솔린산(oxolinic acid), 피로미드산(piromidic acid), 피페미드산(pipemidic acid), 로속사신(rosoxacin), 시프로플록사신(ciprofloxacin), 에녹사신(enoxacin), 플레록사신(fleroxacin), 로메플록사신(lomefloxacin), 나디플록사신(nadifloxacin), 노르플록사신(norfloxacin), 오플록사신(ofloxacin), 페플록사신(pefloxacin), 로플록사신(rufloxacin), 발로플록사신(balofloxacin), 그레파플록사신(grepafloxacin), 레보플록사신(levofloxacin), 파주플록사신(pazufloxacin), 테마플록사신(temafloxacin), 토수플록사신(tosufloxacin), 클리나플록사신(clinafloxacin), 가티플록사신(gatifloxacin), 게미플록사신(gemifloxacin), 목시플록사신(moxifloxacin), 시타플록사신(sitafloxacin), 트로바플록사신(trovafloxacin), 프룰리플록사신(prulifloxacin), 델라플록사신(delafloxacin), 네모녹사신(nemonoxacin) 및 자보플록사신(zabofloxacin); 설폰아미드, 예컨대 설파푸라졸(sulfafurazole), 설파세타미드, 설파디아진(sulfadiazine), 설파디미딘(sulfadimidine), 설파푸라졸(sulfafurazole), 설피소미딘(sulfisomidine), 설파독신(sulfadoxine), 설파메톡사졸(sulfamethoxazole), 설파목솔(sulfamoxole), 설파니트란(sulfanitran), 설파디메톡신(sulfadimethoxine), 설파메톡시피리다진(sulfamethoxypyridazine), 설파메톡시디아진(sulfametoxydiazine), 설파독신(sulfadoxine), 설파메토피라진(sulfametopyrazine) 및 테레프틸(terephtyl); 마크롤리드(macrolide), 예컨대 아지트로마이신(azithromycin), 클라리트로마이신(clarithromycin), 에리트로마이신, 피닥소미신(fidaxomicin), 텔리트로마이신(telithromycin), 카르보마이신 A(carbomycin A), 요자마이신(josamycin), 키타사마이신(kitasamycin), 미데카마이신(midecamycin), 올레안도마이신(oleandomycin), 솔리트로마이신(solithromycin), 스피라마이신(spiramycin), 트롤레안도마이신(troleandomycin), 틸로신(tylosin) 및 록시트로마이신(roxithromycin); 케톨리드(ketolide), 예컨대 텔리트로마이신(telithromycin) 및 세트로마이신(cethromycin); 루오로케톨리드(lluoroketolide), 예컨대 솔리트로마이신; 린코사미드(lincosamide), 예컨대 린코마이신(lincomycin), 클린다마이신(clindamycin) 및 피를리마이신(pirlimycin); 테트라사이클린, 예컨대 데메클로사이클린(demeclocycline), 독시사이클린(doxycycline), 미노사이클린(minocycline), 옥시테트라사이클린 및 테트라사이클린; 아미노글리코사이드, 예컨대 아미카신(amikacin), 디베카신(dibekacin), 겐타마이신(gentamicin), 카나마이신, 네오마이신(neomycin), 네틸마이신(netilmicin), 시소마이신(sisomicin), 토브라마이신(tobramycin), 파로모마이신(paromomycin) 및 스트렙토마이신(streptomycin); 안사마이신(ansamycin), 예컨대 겔다나마이신(geldanamycin), 헤르비마이신(herbimycin) 및 리팍시민(rifaximin); 카르바세펨(carbacephem), 예컨대 로라카르베프(loracarbef); 카르바페넴(carbapenem), 예컨대 에르타페넴(ertapenem), 도리페넴(doripenem), 이미페넴(imipenem)(또는 실라스타틴(cilastatin)) 및 메로페넴(meropenem); 글리코펩타이드, 예컨대 테이코플라닌(teicoplanin), 반코마이신, 텔라반신(telavancin), 달바반신(dalbavancin) 및 오리타반신(oritavancin); 린코사미드(lincosamide), 예컨대 클린다마이신(clindamycin) 및 린코마이신(lincomycin); 리포펩타이드, 예컨대 답토마이신(daptomycin); 모노박탐(monobactam), 예컨대 아즈트레오남(aztreonam); 니트로푸란(nitrofuran), 예컨대 푸라졸리돈(furazolidone) 및 니트로푸란토인(nitrofurantoin); 옥사졸리디논, 예컨대 리네졸리드(linezolid), 포시졸리드(posizolid), 라데졸리드(radezolid) 및 토레졸리드(torezolid); 테익소박틴(teixobactin), 클로파지민(clofazimine), 답손(dapsone), 카프레오마이신(capreomycin), 사이클로세린(cycloserine), 에탐부톨(ethambutol), 에티온아미드(ethionamide), 이소니아지드(isoniazid), 피라진아미드(pyrazinamide), 리파부틴(rifabutin), 아르스페나민(arsphenamine), 클로람페니콜, 포스포마이신(fosfomycin), 푸시드산(fusidic acid), 메트로니다졸(metronidazole), 무피로신(mupirocin), 플라텐시마이신(platensimycin), 퀴누프리스틴(quinupristin)(또는 달포프리스틴(dalfopristin)), 티암페니콜(thiamphenicol), 티게사이클린(tigecycline), 티니다졸(tinidazole), 트리메토프림(trimethoprim), 알라트로플록사신(alatrofloxacin), 피닥소마이신(fidaxomycin), 날리딕사이스 악시드(nalidixice acide), 리팜핀(rifampin), 이들의 유도체 및 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.

본 발명은 또한, 감염, 바람직하게는 박테리아 감염의 치료에 사용하기 위한, 본 발명의 약제학적 또는 수의학적 조성물에 관한 것이다.

본 발명은 또한, 대상체에서 감염, 바람직하게는 박테리아 감염 치료용 의약의 제조를 위한, 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물의 용도에 관한 것이다.

나아가, 본 발명은 대상체에서 감염, 바람직하게는 박테리아 감염을 치료하는 방법에 관한 것이며, 여기서, 치료적 유효량의 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물을 감염을 앓고 있는 상기 대상체에게 투여한다.

바람직하게는, 감염은 벡터의 용도에 대해 상기에서 정의된 바와 같다.

대상체, 계획 및 투여

본 발명에 따른 대상체는 동물, 바람직하게는 포유류, 보다 더 바람직하게는 인간이다. 그러나, 용어 "대상체"는 또한, 다른 것들 중에서도, 치료를 필요로 하는 비-인간 동물, 특히 개, 고양이, 말, 소, 돼지, 양, 당나귀, 토끼, 흰담비, 게르빌루스쥐, 햄스터, 친칠라, 래트, 마우스, 기니피그 및 비-인간 영장류와 같은 포유류를 지칭할 수 있다.

본 발명에 따른 인간 대상체는 태아기, 신생아, 어린이, 유아, 청소년 또는 성인, 특히 적어도 40세, 바람직하게는 적어도 50세의 성인, 보다 더 바람직하게는 적어도 60세의 성인, 보다 더 바람직하게는 적어도 70세의 성인에서의 인간일 수 있다.

바람직한 실시형태에서, 대상체는 감염, 바람직하게는 박테리아 감염을 진단받은 적이 있다. 감염의 진단 방법은 당업자에 의해 잘 공지되어 있다.

특정 실시형태에서, 감염은 치료에 대해 내성을 제시하며, 바람직하게는 감염은 항생제 내성을 제시한다.

특정 실시형태에서, 대상체는 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물의 투여 전에, 적어도 하나의 라인(line)의 치료, 바람직하게는 몇 개 라인의 치료를 이미 받았다.

본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물은 임의의 종래의 투여 경로에 의해 투여될 수 있다.

특히, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물은 국소, 장관(enteral), 경구, 비경구, 비강내, 정맥내, 근육내, 피하 또는 안내(intraocular) 투여 등을 위해 제제화될 수 있다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물은 장관 또는 비경구 투여 경로에 의해 투여될 수 있다. 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물은 비경구 투여되는 경우, 바람직하게는 정맥내 투여 경로에 의해 투여된다. 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물은 장관 투여되는 경우, 바람직하게는 경구 투여 경로에 의해 투여된다.

약제학적 또는 수의학적 조성물은 당업자에게 공지된 표준 약제학적 또는 수의학적 관행에 따라 제제화된다(문헌[Lippincott Williams & Wilkins, 2000 and Encyclopedia of Pharmaceutical Technology, eds. J. Swarbrick and J. C. Boylan, 1988-1999, Marcel Dekker, New York]).

경구 투여를 위해, 약제학적 또는 수의학적 조성물은 정제, 캡슐, 분말, 과립 및 액체 조제물, 예컨대 시럽, 엘릭셔(elixir) 및 농축 점적액(concentrated drop)과 같은 종래의 경구 투약 형태로 제제화될 수 있다. 예를 들어, 약제학적 등급의 만니톨, 락토스, 전분, 마그네슘 스테아레이트, 소듐 사카린, 탤컴(talcum), 셀룰로스, 글루코스, 수크로스, 마그네슘, 카르보네이트 등을 포함하는 무독성 고체 담체 또는 희석제가 사용될 수 있다. 압축 정제를 위해서는, 분말화된 물질에 점착성 품질을 부여하는 작용제인 결합제가 또한, 필요하다. 예를 들어, 전분, 젤라틴, 당, 예컨대 락토스 또는 덱스트로스, 및 천연 또는 합성 검(gum)이 결합제로서 사용될 수 있다. 정제의 해체를 용이하게 하기 위해 붕괴제(disintegrant)가 또한, 정제에 필요하다. 붕괴제로는, 전분, 점토, 셀룰로스, 알긴, 검 및 가교된 중합체가 있다. 더욱이, 제조 공정에서 표면으로의 정제 물질의 접착을 방지하고 제조 동안 분말 물질의 유동 특징을 향상시키기 위해 윤활제 및 활주제(glidant)가 또한, 정제에 포함된다. 콜로이드 실리콘 디옥사이드가 활주제로서 가장 보편적으로 사용되고, 활석 또는 스테아르산과 같은 화합물이 윤활제로서 가장 보편적으로 사용된다.

경피 투여를 위해, 약제학적 또는 수의학적 조성물은 연고, 크림 또는 젤로 제제화될 수 있고, 투과를 용이하게 하기 위해 디메틸 설폭사이드, 디메틸 아세타미드 및 디메틸포름아미드와 같은 적절한 침투제 또는 세제가 사용될 수 있을 것이다.

경점막 투여를 위해, 비강내 스프레이, 직장 또는 질 좌제가 사용될 수 있다. 활성 화합물은 당업계에 공지된 방법에 의해 임의의 공지된 좌제 베이스(base) 내로 혼입될 수 있다. 이러한 베이스의 예로는, 코코아 버터, 폴리에틸렌 글리콜(카보왁스(carbowax)), 폴리에틸렌 소르비탄 모노스테아레이트, 및 이들과 용융점 또는 해리 속도를 변형시키기 위한 다른 융화성 물질의 혼합물이 있다.

본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물은 실질적으로 투여 즉시, 또는 투여 후 임의의 예정된 시기 또는 기간에 활성 성분을 방출하도록 제제화될 수 있다.

바람직하게는, 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물을 이용한 치료는 감염의 진단 후 1달 이내에, 바람직하게는 1주 이내에 시작한다. 가장 바람직한 실시형태에서, 치료는 진단일에 시작한다.

본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물은 단일 용량으로서 또는 다중 용량에서 투여될 수 있다.

바람직하게는, 치료는 규칙적으로, 바람직하게는 매일 내지 매달, 보다 바람직하게는 매일 내지 2주마다, 보다 바람직하게는 매일 내지 매주 투여되고, 보다 더 바람직하게는 치료는 매일 투여된다. 특정 실시형태에서, 치료는 1일 수회, 바람직하게는 1일 2 또는 3회, 보다 더 바람직하게는 1일 3회 투여된다.

본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물을 이용한 치료 기간은 바람직하게는 1일 내지 20주, 보다 바람직하게는 1일 내지 10주, 보다 더 바람직하게는 1일 내지 4주, 보다 더 바람직하게는 1일 내지 2주로 포함된다. 특정 실시형태에서, 치료 기간은 약 1주이다. 대안적으로, 치료는 감염이 지속되는 한 지속될 수 있다.

투여되는 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물의 양은 당업자에게 잘 공지된 표준 절차에 의해 결정되어야 한다. 적절한 투여량을 결정하기 위해 환자의 생리학적 데이터(예를 들어 연령, 체격 및 체중) 및 투여 경로가 고려되어야 하며, 따라서 치료적 유효량이 환자에게 투여될 것이다.

바람직한 실시형태에서, 각각의 투여를 위한 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 또는 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드의 총 양은 10⁴ 내지 10¹⁴개의 활성 입자, 바람직하게는 10⁸ 내지 10¹⁴개의 활성 입자, 보다 더 바람직하게는 10¹² 내지 10¹⁴개의 활성 입자로 포함된다.

본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물의 상기 약제학적 또는 수의학적 조성물의 형태, 투여 경로 및 투여 용량은 감염의 유형 및 중증도, 환자, 특히 환자의 연령, 체중, 성별 및 일반적인 신체적 상태에 따라 당업자에 의해 조정될 수 있다.

키트 및 상기 키트의 용도

본 발명은 또한, 대상체에서 감염, 바람직하게는 박테리아 감염의 치료를 위한 키트에 관한 것이며, 여기서, 상기 키트는 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드, 본 발명에 따른 전달 비히클에 포함된 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드, 또는 본 발명에 따른 약제학적 또는 수의학적 조성물, 및 선택적으로 이러한 키트를 사용하기 위한 지침을 제공하는 책자를 포함한다.

바람직하게는, 상기 키트는 또 다른 활성 성분, 바람직하게는 항생제를 추가로 포함한다.

선택적으로, 상기 키트는 헬퍼 박테리오파지 및/또는 위성 박테리오파지를 추가로 포함한다.

특히, 상기 키트는 본 발명에 따른 벡터, 바람직하게는 본 발명에 따른 박테리오파지 게놈 또는 파지미드의 캡시드화를 촉진하기 위해 헬퍼 박테리오파지 및/또는 위성 박테리오파지를 추가로 포함한다.

본 발명은 또한, 감염, 바람직하게는 박테리아 감염, 염증성 질병, 자가면역 질병, 암 및 뇌장애로 구성된 군으로부터 선택되는 질병의 치료에서 이를 필요로 하는 대상체에서 상기 기재된 바와 같은 키트의 용도에 관한 것이다. 특히, 상기 기재된 바와 같은 키트는 대상체의 일반적인 건강을 향상시키기 위해, 병원성 또는 독성 박테리아를 근절시키기 위해, 약물의 효능을 향상시키기 위해, 및/또는 미생물군유전체의 조성을 변형시키기 위해 사용될 수 있다. 상기 기재된 바와 같은 키트는 또한, 미용 적용과 같은 비-치료적 적용을 위해, 또는 대상체의 웰빙을 향상시키기 위해 사용될 수 있다.

바람직하게는, 대상체는 인간이다.

과학 논문 및 요약, 공개된 특허 출원, 등록 특허 또는 임의의 다른 참조문헌을 포함하여 본 출원에서 인용된 모든 참조문헌은 원용에 의해 본 명세서에 완전히 포함되어 있으며, 이는 이들 참조문헌의 결과, 표, 도면 및 본문을 모두 포함한다.

용어 "포함하는", "갖는", "구성되는" 및 "함유하는"은 상이한 의미를 갖긴 하더라도, 전체 출원에서 하나의 것이 다른 것으로 대체될 수 있다.

본 발명의 추가의 양태 및 이점은 하기 실시예에 기재될 것이며, 이러한 실시예는 예시로서 간주되고 제한적이어서는 안 된다.

실시예

실시예 1

개념의 증거로서, 한 세트의 상이한 에스케리키아 콜라이 균주를 박테리오파지 람다에 의한 감염에 대해 시험하였다. 세포를 37℃에서 액체 LB + 말토스 0.2% 내에서 밤새 성장시켰다. 이튿날, 세포를 신선한 액체 LB 배지 + 0.2% 말토스에서 1:100으로 희석시키고, 37℃에서 2시간 동안 성장시켰다. 500 μL의 박테리아 배양물을 LB-한천 플레이트 상에 평판배양함으로써 박테리아 론(lawn)을 제조하였다. 야생형 48.5 kb 게놈을 함유하는 정제된 람다 박테리오파지 입자를 박테리아 론 상에 산재시키고, 37℃에서 18시간 동안 성장시켰다. 람다 주입 효율을 플라크의 존재에 의해 평가하였다(도 1a 및 1c). 균주 K12-MG1655 및 REL606만 플라크를 형성하는 것으로 관찰되었으며 이는 람다 파지 전달을 가리키는 한편, 89개의 시험된 균주 중 임의의 다른 균주에서는 어떠한 효과도 관찰되지 않았다.

다음, 본 발명자들은 주입 효율이 향상될 수 있는지의 여부를 패키징된 람다계 파지미드를 이용하여 시험하였다. 더 작은 크기의 파지미드를 사용함으로써, 잠재적인 제한 부위가 피해질 수 있다. 이를 위해, 본 발명자들은 람다 파지 cos 부위, 구성적으로 발현된 GFP 및 클로람페니콜 내성 유전자를 포함하는 3.3 kb 파지미드(이하 람다 파지미드로 지칭됨)를 구축하였고, 상기 파지미드를 CY2120b 균주 내로 형질변환시켰다. 이 균주는 야생형 람다 cos 부위가 결여되어 있으나, 다르게는 람다 파지 용균 주기의 유도를 위한 머시너리뿐만 아니라 DNA 패키징 시스템을 모두 갖고 있다. 람다 파지미드를 함유하는 CY2120b 세포를 액체 LB 배지 내에서 30℃에서 성장시켰다. 0.6의 OD600에서, 배양물을 25분 동안 42℃로 시프트(shift)하여, 용균 주기 내로의 진입을 유도하였다. 그후, 세포를 3시간 동안 37℃로 다시 시프트하여, 람다 코스미드를 함유하는 비리온 조립을 허용하였다. 그 후에, 세포를 원심분리하고, 람다 완충제(10 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgSO₄) 내에서 세척하였다. 클로로포름을 첨가하고, 시료를 17,000 g에서 5분 동안 스핀 다운시켰다. 마지막으로, 수성상을 수합하고, 0.2 μm 기공-크기 필터를 통해 여과하였다. 순수한 람다 패키징된 파지미드를 함유하는 이 상을 사용하여, 형질도입 검정법을 수행하였다. 95개의 상이한 이. 콜라이 균주를 37℃에서 액체 LB + 0.2% 말토스 내에서 밤새 성장시키고, 이튿날 신선한 LB + 말토스 내에서 1:100으로 희석시켰다. 37℃에서 2시간 인큐베이션한 후, 45 μL의 세포 배양물을 45 μL의 정제된 패키징된 파지미드에 첨가하고, 37℃에서 30분 동안 추가로 인큐베이션하였다. 마지막으로, 10 μL의 이러한 혼합물을 25 μg/mL 클로람페니콜을 함유하는 LB-한천 플레이트 상에 평판배양하고, 37℃에서 18시간 동안 인큐베이션하였다(도 1b 및 1c). 시험된 95개의 균주 중에서, 패키징된 람다 파지미드는 이의 카고를 이들 중 34개에 주입할 수 있으며, 이는 시험된 모든 균주 중 대략 36%를 나타낸다.

실시예 2

본 발명자들은, 파지미드 DNA 서열 내에서 제한 부위의 제거가 파지미드 전달의 효율을 향상시키는지의 여부 및/또는 파지미드가 전달될 수 있는 박테리아 균주의 수를 넓히는지의 여부를 6개의 패키징된 람다계 파지미드를 사용함으로써 시험하였다.

이를 위해 본 발명자들은, 이하 람다 파지미드 8 kb로 지칭되는 더 큰(7.2 내지 8.7 kb) 파지미드의 3개 변이체 및 이하 람다 파지미드 3 kb로 지칭되는 더 작은(2.9 내지 3.3 kb) 파지미드의 3개 변이체를 구축하였다. 2개 파지미드 각각의 3개 변이체는 이. 콜라이 균주의 I형 및 II형 제한 변형(RM) 시스템에 의해 인지되는 제한 부위의 존재에서 상이하다. 람다 파지미드 8 kb 및 람다 파지미드 3 kb의 야생형(WT) 변이체는 이. 콜라이 제한 부위가 결여되지 않았으며, 따라서 이. 콜라이 균주의 RM 뉴클레아제에 의해 인지되는 다수의 서열을 함유한다. 대조적으로, 람다 파지미드 8 kb 및 3 kb의 제한-프리(RF) 변이체의 DNA 서열은 이. 콜라이 균주의 대부분의 제한 부위를 제거하기 위해 유전적으로 재-코딩되었다. 이들 2개의 RF 람다 파지미드는, 이하 시험 균주 1로 지칭되는 특이적인 이. 콜라이 균주의 RM 시스템에 의해 인지되는 것으로 공지된 제한 부위가 완전히 결여되어 있다. 마지막으로, 람다 파지미드 8 kb 변이체 "I형" 및 람다 파지미드 3 kb 변이체 "II형"은 각각 시험 균주 1의 I형 또는 II형 RM 시스템에 의해 인지되는 단일 제한 부위(각각 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1) 및 GAABCC)만 함유한다.

람다 파지미드 8 kb와 람다 파지미드 3 kb 둘 모두는 p15a 복제 기원, 람다 파지 cos 부위 및 구성적으로 발현되는 클로람페니콜 내성 유전자를 포함한다. 람다 파지미드 8 kb는 작은 가이드 RNA 스캐폴드 서열 및 cas9 유전자와 phlF 유전자를 부가적으로 함유한다.

6개의 람다 파지미드를 CYC3 균주 내로 형질변환시켰다. 이 균주는 야생형 람다 cos 부위가 결여되어 있으나, 다르게는 람다 파지 용균 주기의 유도를 위한 머시너리뿐만 아니라 DNA 패키징 시스템을 모두 갖고 있다. 개별 람다 파지미드를 함유하는 CYC3 세포를 액체 LB 배지 내에서 30℃에서 성장시켰다. 0.7의 OD600에서, CYC3 배양물을 30분 동안 42℃로 시프트하여, 용균 주기 내로의 진입을 유도하였다. 그후, 세포를 3시간 동안 37℃로 다시 시프트하여, 람다 파지미드를 함유하는 비리온 조립을 허용하였다. 그 후에, 세포를 원심분리하고, 람다 완충제(10 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgSO₄) 내에서 세척하였다. 클로로포름을 첨가하고, 시료를 17,000 g에서 5분 동안 스핀 다운시켰다. 마지막으로, 수성상을 수합하고, 0.2 μm 기공-크기 필터를 통해 여과하였다. 순수한 람다 패키징된 파지미드를 함유하는 이 상을 사용하여, 시험 균주 I을 이용하고/거나 이. 콜라이의 96개의 상이한 균주의 컬렉션을 이용하여 형질도입 검정법을 수행하였다.

이. 콜라이 균주를 37℃에서 액체 LB 내에서 밤새 성장시키고, 이튿날 신선한 LB + 0.2% 말토스 + 5 mM CaCl₂ 내에서 1:60 또는 1:100으로 희석시켰다. 96개의 상이한 균주의 컬렉션의 경우 37℃에서 2.5시간 인큐베이션한 후 또는 시험 균주 I의 배양물이 2.5의 광학 밀도에 도달한 후, 형질도입 검정법을 수행하였다.

I형 또는 II형 RM 뉴클레아제에 의해 인지되는 단일 제한 부위의 존재가 파지미드 전달의 빈도에 영향을 미치는지 입증하기 위해, 시험 균주 I을 4개의 람다 파지미드: i) 8 kb I형; ii) 8 kb RF; iii) 3 kb II형 및 3 kb RF로 형질도입하였다. 시험 균주 I의 50 uL의 비-희석된 배양물을, 희석되지 않거나 LB + 5 mM CaCl₂에서 10^(-1) 내지 10^(-8)로 희석된 50 μL의 정제된 파지미드와 혼합하였다. 파지미드:박테리아 혼합물을 37℃에서 30분 동안 쉐이킹(shaking)하면서 인큐베이션하였다. 마지막으로, 10 μL의 이들 혼합물을 25 μg/mL 클로람페니콜을 함유하는 LB-한천 플레이트 상에 평판배양하였다. 각각의 10 μL 액적(droplet)이 LB-한천 표면 아래로 진행하여 줄을 형성하도록 하기 위해 상기 플레이트를 기울였다. LB-한천 플레이트를 37℃에서 18시간 동안 인큐베이션하였다. 콜로니 형성 단위(CFU)를, 개별 계수 가능한 콜로니를 가장 높은 수로 제공하는 파지미드 희석물을 갖는 줄에 대해 정량화하였다(도 2).

CFU는, 파지미드를 성공적으로 형질도입한 시험 균주 I 세포의 수에 상응한다. 시험 균주 I에서 4개 파지미드의 전달 효율을 평가하기 위해, 수득된 CFU 수를 각각의 파지미드의 총 역가에 대해 정상화하였다(표 3). 시험된 파지미드에 허용적인 이. 콜라이 균주 MG1655를 형질도입함으로써, 파지미드의 총 역가를 병행하여 평가하였다. 람다 파지미드 8 kb 및 3 kb RF의 전달 효율을 람다 파지미드 8 kb I형 및 람다 파지미드 3 kb II형의 전달 효율과 각각 비교하였다(표 3). 시험 균주 1의 RM 뉴클레아제에 의해 인지된 제한 부위가 없는 람다 파지미드 8 kb RF 및 3 kb RF는, I형 및 II형 RM 시스템에 대한 단일 제한 부위를 함유하는 람다 파지미드 8 kb I형 및 3 kb II형 각각보다 시험 균주 1에서 3-5log 및 1-2log 더 효율적으로 전달되었다. 이들 결과는, 특이적인 균주의 RM 시스템에 의해 인지된 제한 부위의 제거가 파지미드 전달 효율을 향상시킴을 가리킨다. 더욱이, 심지어 파지미드 DNA 서열 내에서 단지 1개의 부가적인 제한 부위의 존재라도, 박테리아 균주 내로의 이의 전달을 유의하게 감소시킬 수 있다.

본 발명자들은, 파지미드 DNA 서열로부터 다수의 제한 부위의 제거가 파지미드 전달의 효율을 향상시키는지의 여부 및/또는 파지미드가 전달될 수 있는 균주의 수를 넓히는지의 여부를 입증하였으며, 상기 제한 부위는 이. 콜라이의 상이한 균주의 다양한 RM 뉴클레아제에 의해 인지된다.

이를 위해, 87개의 상이한 이. 콜라이 균주의 컬렉션을 4개의 람다 파지미드: i) 8 kb WT; ii) 8 kb RF; iii) 3 kb WT 및 3 kb RF로 형질도입하였다. 87개 균주의 비-희석된 배양물 90 μL를 10 μL의 정제된 파지미드와 혼합하였다. 파지미드:박테리아 혼합물을 37℃에서 30분 동안 쉐이킹하면서 인큐베이션하였다. 마지막으로, 10 μL의 이들 혼합물을 25 μg/mL 클로람페니콜을 함유하는 LB-한천 플레이트 상에 산재시켰다. 상기 플레이트를 37℃에서 18시간 동안 인큐베이션한 후, 성공적인 파지미드 전달을 가리키는 87개의 산재된 이. 콜라이 균주의 성장을 평가하였다(도 3, 표 4). 다수의 이. 콜라이 제한 부위가 결여된 람다 파지미드 8 kb RF를 시험된 87개 균주 중 38개에 형질도입하였으며, 이는 시험된 모든 균주 중 대략 44%를 나타낸다(표 2, 도 2). 비교에서, 감소되지 않은 수의 제한 부위를 갖는 패키징된 람다 파지미드 8 kb WT를 시험된 균주 중 27개(31%)에 형질도입하였다. 유사하게는, 람다 파지미드 3 kb RF를 더 높은 수(64개)의 시험된 이. 콜라이 균주에 형질도입하였으며, 이는 람다 파지미드 3 kb WT(45 균주; 52%)와 비교하여 시험된 균주 중 74%를 나타낸다. 파지미드의 RF 변이체를 이용한 형질도입 후 성장하는 더 높은 수의 균주는, 다수의 제한 부위의 제거가, 2개의 파지미드가 전달되는 균주의 수를 넓힘을 가리킨다(표 4, 도 3).

SEQUENCE LISTING <110> Eligo Bioscience, Institut Pasteur <120> OPTIMIZED VECTOR FOR DELIVERY IN MICROBIAL POPULATIONS <130> B2437PC <160> 233 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 1 cacnnnnnnn ctgg 14 <210> 2 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 2 aacnnnnnng tgc 13 <210> 3 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(7) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <400> 3 cacnnnngta y 11 <210> 4 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restricition site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(7) <223> n is a, c, g, or t <400> 4 aacnnnnctt t 11 <210> 5 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restricition site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 5 ccannnnnnn cttc 14 <210> 6 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> r is A or G <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> r is A or G <400> 6 tacnnnnnnn rtrtc 15 <210> 7 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 7 gagnnnnnnn gtca 14 <210> 8 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 8 tgannnnnnn ntgct 15 <210> 9 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 9 agcannnnnn tga 13 <210> 10 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 10 tgannnnnnc ttc 13 <210> 11 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> y is c or t <400> 11 gagnnnnngt ty 12 <210> 12 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 12 gatgnnnnnn tac 13 <210> 13 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is a or g <400> 13 gaannnnnnr tcg 13 <210> 14 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> r is a or g <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 14 rtcannnnnn ctc 13 <210> 15 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (9)..(9) <223> r is a or g <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> d is a, g or t <400> 15 gnagnnnnrt dca 13 <210> 16 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> r is a or g <400> 16 gaannnnnnn rtcg 14 <210> 17 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 17 ggannnnnnn natgc 15 <210> 18 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 18 gagnnnnntc c 11 <210> 19 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 19 cacnnnnnnn gttg 14 <210> 20 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> y is c or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (14)..(14) <223> y is c or t <400> 20 ytcannnnnn gtty 14 <210> 21 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 21 gatgnnnnnc tg 12 <210> 22 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is c or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> y is c or t <400> 22 ccaynnnnng tty 13 <210> 23 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> r is a or g <220> <221> misc_feature <222> (5)..(12) <223> n is a, c, g, or t <400> 23 rtcannnnnn nngtgg 16 <210> 24 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 24 gaannnnnnn taaa 14 <210> 25 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> r is a or g <400> 25 tcannnnnnn rttc 14 <210> 26 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 26 gacnnnnnng tc 12 <210> 27 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(12) <223> n is a, c, g, or t <400> 27 ttcannnnnn nnctgg 16 <210> 28 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (14)..(14) <223> y is c or t <400> 28 ttannnnnnn gtcy 14 <210> 29 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Resztriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> r is a or g <400> 29 ccannnnnnn rtgc 14 <210> 30 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 30 ccannnnnnn ntgaa 15 <210> 31 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 31 gagnnnnnnn atgc 14 <210> 32 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 32 cagnnnnnnc gt 12 <210> 33 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 33 gatgnnnnng gc 12 <210> 34 <211> 7 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(5) <223> b is c, g or t <400> 34 gaaabcc 7 <210> 35 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> w is a or t <400> 35 ccwgg 5 <210> 36 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 36 ggtctc 6 <210> 37 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 37 ctgcag 6 <210> 38 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 38 gccggc 6 <210> 39 <211> 7 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> r is a or g <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (7)..(7) <223> y is c or t <400> 39 rggnccy 7 <210> 40 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 40 gtcgac 6 <210> 41 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 41 gcgcgc 6 <210> 42 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> r is a or g <220> <221> misc_feature <222> (6)..(6) <223> y is c or T <400> 42 rccggy 6 <210> 43 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> n is a, c, g, or t <400> 43 ccngg 5 <210> 44 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 44 aagctt 6 <210> 45 <211> 7 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> n is a, c, g, or t <400> 45 cancatc 7 <210> 46 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> r is a or g <220> <221> misc_feature <222> (5)..(5) <223> y is c or t <400> 46 grcgyc 6 <210> 47 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> y is c or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(5) <223> r is a or g <400> 47 cycgrg 6 <210> 48 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> n is a, c, g, or t <400> 48 gcngc 5 <210> 49 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> y is c or t <220> <221> misc_feature <222> (6)..(6) <223> r is a or g <400> 49 yggccr 6 <210> 50 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction Site <400> 50 ccgcgg 6 <210> 51 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> r is a or g <220> <221> misc_feature <222> (5)..(5) <223> y is c or t <400> 51 grgcyc 6 <210> 52 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 52 ctgaag 6 <210> 53 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> w is a or t <400> 53 ggwcc 5 <210> 54 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 54 tggcca 6 <210> 55 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(4) <223> w is a or t <400> 55 ccwwgg 6 <210> 56 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> n is a, c, g, or t <400> 56 ggncc 5 <210> 57 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 57 gagctc 6 <210> 58 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 58 ggtacc 6 <210> 59 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 59 ggcgcc 6 <210> 60 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is c or t <400> 60 accyac 6 <210> 61 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 61 gaattc 6 <210> 62 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 62 gatatc 6 <210> 63 <211> 7 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> n is a, c, g, or t <400> 63 cctnagg 7 <210> 64 <211> 7 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> n is a, c, g, or t <400> 64 ggtnacc 7 <210> 65 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 65 atgcat 6 <210> 66 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> y is c or t <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> r is a or g <400> 66 ggyrcc 6 <210> 67 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 67 aggcct 6 <210> 68 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 68 ctcaat 6 <210> 69 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> w is a or t <400> 69 gcwgc 5 <210> 70 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 70 tcgcga 6 <210> 71 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 71 cctnnnnnag g 11 <210> 72 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 72 accacc 6 <210> 73 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 73 cacag 5 <210> 74 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 74 gaacc 5 <210> 75 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 75 gagac 5 <210> 76 <211> 6 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 76 cagcag 6 <210> 77 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction enzyme <400> 77 agacc 5 <210> 78 <211> 5 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Restriction site <400> 78 ccgag 5 <210> 79 <211> 6 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> Restriction site <400> 79 gatcag 6 <210> 80 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 80 ggannnnnnn natgc 15 <210> 81 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 81 gagnnnnnta c 11 <210> 82 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 82 gcannnnnnn ntgc 14 <210> 83 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 83 gacnnnnntg a 11 <210> 84 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 84 ggtannnnnn tcg 13 <210> 85 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> y is t or c <400> 85 gagnnnnnnr tayg 14 <210> 86 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (9)..(9) <223> r is g or a <400> 86 cccnnnnnrt ag 12 <210> 87 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 87 ggyannnnnn tcg 13 <210> 88 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 88 ccannnnnnn ntgag 15 <210> 89 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 89 gcannnnnnt taa 13 <210> 90 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 90 craannnnnn ntgc 14 <210> 91 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> r is g or a <400> 91 craannnnnn ntgc 14 <210> 92 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 92 aagnnnnnnc atc 13 <210> 93 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 93 cagnnnnnnc gt 12 <210> 94 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 94 gaaynnnnnn nctgg 15 <210> 95 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 95 cgannnnnnn ntgcc 15 <210> 96 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 96 acgnnnnngt tg 12 <210> 97 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(3) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 97 cyyannnnnn cttc 14 <210> 98 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> r is g or a <400> 98 cacnnnnnnn rtgt 14 <210> 99 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 99 cccannnnnn tcg 13 <210> 100 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 100 aggnnnnnga t 11 <210> 101 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 101 ccaynnnnnn tgt 13 <210> 102 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 102 ccaynnnnnn gta 13 <210> 103 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 103 aagnnnnnnc atc 13 <210> 104 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(6) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (7)..(7) <223> r is g or a <400> 104 gatnnnnrta c 11 <210> 105 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (9)..(9) <223> r is g or a <400> 105 gcannnnnrt ta 12 <210> 106 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(13) <223> r is g or a <400> 106 raacnnnnnn rtta 14 <210> 107 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 107 agtnnnnnnr ttg 13 <210> 108 <211> 10 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 108 gagnnnnngt 10 <210> 109 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 109 gaaynnnnng tc 12 <210> 110 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 110 gannnnnntg cg 12 <210> 111 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 111 ttagnnnnnn ttc 13 <210> 112 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 112 gatgnnnntg t 11 <210> 113 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (9)..(9) <223> r is g or a <400> 113 gagnnnnnrt g 11 <210> 114 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 114 cacnnnnnta c 11 <210> 115 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (5)..(12) <223> n is a, c, g, or t <400> 115 craannnnnn nnctt 15 <210> 116 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 116 tgannnnnnn tatc 14 <210> 117 <211> 16 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (5)..(13) <223> n is a, c, g, or t <400> 117 craannnnnn nnnttc 16 <210> 118 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (5)..(12) <223> n is a, c, g, or t <400> 118 craannnnnn nnctg 15 <210> 119 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 119 cacnnnnnnn ctg 13 <210> 120 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 120 cacnnnnnnn nttc 14 <210> 121 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 121 cacnnnnnnn ctt 13 <210> 122 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 122 tttannnnnn ngtt 14 <210> 123 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (12)..(12) <223> y is t or c <400> 123 ctannnnngt ty 12 <210> 124 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 124 gaynnnnnng tt 12 <210> 125 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 125 cccannnnnc tg 12 <210> 126 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 126 tccannnnnn cgt 13 <210> 127 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (9)..(9) <223> r is g or a <400> 127 acgnnnnnrt gt 12 <210> 128 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 128 atgnnnnnnc ctc 13 <210> 129 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> b is g or c or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 129 tcabnnnnnn ntcca 15 <210> 130 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 130 gacnnnnnng atc 13 <210> 131 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 131 aggnnnnntt ca 12 <210> 132 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 132 gaagnnnnnt ac 12 <210> 133 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 133 ccaynnnnnt taa 13 <210> 134 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (12)..(12) <223> r is g or a <400> 134 cncannnnnn nrtgt 15 <210> 135 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> n is a, c, g, or t <400> 135 ccannnnnnr ttnc 14 <210> 136 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 136 acaynnnnnn nttgg 15 <210> 137 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 137 gatannnnnn ntgc 14 <210> 138 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 138 gccnnnnngt tg 12 <210> 139 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 139 catcnnnnnn tcc 13 <210> 140 <211> 17 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (5)..(13) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (15)..(15) <223> r is g or a <400> 140 rtcannnnnn nnntrgg 17 <210> 141 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 141 attcnnnnct g 11 <210> 142 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 142 taagnnnnnn ntgg 14 <210> 143 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 143 gagnnnnnnr tgc 13 <210> 144 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 144 cccnnnnnct c 11 <210> 145 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 145 agcnnnnnnt aca 13 <210> 146 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 146 ccannnnnnn ctta 14 <210> 147 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 147 gcaynnnnnn ctc 13 <210> 148 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 148 cannnnnnnt aaag 14 <210> 149 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (9)..(9) <223> r is g or a <400> 149 tagnnnnnrt gaa 13 <210> 150 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 150 attynnnnnc ttc 13 <210> 151 <211> 12 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 151 aygnnnnnnc tg 12 <210> 152 <211> 13 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 152 gaannnnnnr tgc 13 <210> 153 <211> 14 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> b is g, c or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> n is a, c, g, or t <400> 153 tacbnnnnnn gtng 14 <210> 154 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 154 gatgnnnntg t 11 <210> 155 <211> 11 <212> DNA <213> artificial sequenec <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 155 gacnnnnngg t 11 <210> 156 <211> 15 <212> DNA <213> artificial sequenec <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> r is g or a <400> 156 ggannnnnnn rtggc 15 <210> 157 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 157 ctannnnnnn ntgt 14 <210> 158 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 158 acannnnnnn ntag 14 <210> 159 <211> 11 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 159 ccannnnnnt c 11 <210> 160 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> y is t or c <400> 160 gannnnnnnt ayg 13 <210> 161 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> y is t or c <400> 161 rtaynnnnnr tay 13 <210> 162 <211> 11 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 162 aagnnnnnct t 11 <210> 163 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 163 aagnnnnnnt aaag 14 <210> 164 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restrictioon site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 164 ccannnnnnt tt 12 <210> 165 <211> 11 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 165 cagnnnnnga t 11 <210> 166 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 166 aagnnnnnct cc 12 <210> 167 <211> 11 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(7) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (8)..(8) <223> r is g or a <400> 167 gagnnnnrta a 11 <210> 168 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 168 ggannnnnnc ttt 13 <210> 169 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (14)..(14) <223> y is t or c <400> 169 ttannnnnnn gtcy 14 <210> 170 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 170 gaagnnnnnn ntcc 14 <210> 171 <211> 10 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(7) <223> n is a, c, g, or t <400> 171 cagnnnnctg 10 <210> 172 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 172 acannnnnnr tgg 13 <210> 173 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 173 gcaynnnnnn catc 14 <210> 174 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> y is t or c <400> 174 ataynnnnnc tay 13 <210> 175 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restrction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 175 gaaynnnnnr tac 13 <210> 176 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 176 ccannnnnnt tga 13 <210> 177 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is a or g <400> 177 ggannnnnnr taa 13 <210> 178 <211> 11 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restrction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (9)..(9) <223> r is g or a <400> 178 gaynnnnnrt c 11 <210> 179 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 179 cggannnnnn ttc 13 <210> 180 <211> 11 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 180 acannnnngt g 11 <210> 181 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 181 gtannnnnnn ctc 13 <210> 182 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 182 gcannnnnnt taa 13 <210> 183 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 183 acgnnnnngt tg 12 <210> 184 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 184 aagnnnnngt tc 12 <210> 185 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 185 caynnnnnnt ca 12 <210> 186 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> h is a or c or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 186 caahnnnnnn cttc 14 <210> 187 <211> 15 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 187 gcannnnnnn ngtgg 15 <210> 188 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 188 tcagnnnnnn tgc 13 <210> 189 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 189 caacnnnnnc tt 12 <210> 190 <211> 16 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (12)..(12) <223> r is g ro a <220> <221> misc_feature <222> (14)..(14) <223> d is a or g or t <400> 190 gaaynnnnnn nrtdcc 16 <210> 191 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 191 cgaannnnnt ga 12 <210> 192 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 192 gacnnnnnnc tgg 13 <210> 193 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 193 tgannnnnnn tggg 14 <210> 194 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 194 gagnnnnnnt ta 12 <210> 195 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 195 gagnnnnnnt gg 12 <210> 196 <211> 16 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(3) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (6)..(12) <223> n is a, c, g, or t <400> 196 gnngannnnn nntggg 16 <210> 197 <211> 11 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> k is g or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 197 taaknnnngt c 11 <210> 198 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 198 cgcannnnnc tg 12 <210> 199 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 199 ccannnnnnn tggg 14 <210> 200 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 200 agynnnnnnc ttc 13 <210> 201 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 201 ccannnnnnn ctc 13 <210> 202 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> Y IS T OR C <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> n is a, c, g, or t <400> 202 ccannnnnnr ttnc 14 <210> 203 <211> 16 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (5)..(12) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> r is g or a <400> 203 rgaannnnnn nnrtga 16 <210> 204 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 204 agtnnnnnnr tgc 13 <210> 205 <211> 15 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> h is a or c or t <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (14)..(14) <223> d is a or g or t <400> 205 ghtannnnnn ntadc 15 <210> 206 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 206 gyaynnnnnc ttg 13 <210> 207 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (14)..(14) <223> y is t or c <400> 207 tagnnnnnnc ttgy 14 <210> 208 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 208 ccaynnnnng ct 12 <210> 209 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 209 ctannnnnnr tgaa 14 <210> 210 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(5) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (6)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 210 tttaynnnnn gtg 13 <210> 211 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> r is g or a <400> 211 taaynnnnnn rttg 14 <210> 212 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 212 ccannnnnnt tga 13 <210> 213 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 213 ggannnnnnr taa 13 <210> 214 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (12)..(12) <223> y is t or c <400> 214 gannnnnnnt ay 12 <210> 215 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> y is t or c <400> 215 gagnnnnnnr tayg 14 <210> 216 <211> 15 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 216 gaannnnnnn ntcgc 15 <210> 217 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 217 ggtannnnnn tcg 13 <210> 218 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 218 gccnnnnnnt cg 12 <210> 219 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <400> 219 ggcannnnnc tc 12 <210> 220 <211> 15 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (15)..(15) <223> y is t or c <400> 220 gtannnnnnn ngtcy 15 <210> 221 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 221 ggcannnnnn tta 13 <210> 222 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 222 craannnnnn ctc 13 <210> 223 <211> 15 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 223 taaynnnnnn ntctt 15 <210> 224 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 224 gagnnnnnnn tcc 13 <210> 225 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(11) <223> n is a, c, g, or t <400> 225 ccannnnnnn ntgg 14 <210> 226 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(4) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is a or g <400> 226 gyaynnnngr tg 12 <210> 227 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(10) <223> n is a, c, g, or t <400> 227 ttcannnnnn tcc 13 <210> 228 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <400> 228 yacnnnnngt ag 12 <210> 229 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 229 tagnnnnnnr tgg 13 <210> 230 <211> 14 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (3)..(3) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (4)..(10) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> y is t or c <400> 230 gaynnnnnnn tcyc 14 <210> 231 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (5)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (12)..(12) <223> y is t or c <400> 231 taagnnnnct ay 12 <210> 232 <211> 12 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (2)..(2) <223> y is t or c <220> <221> misc_feature <222> (5)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (10)..(10) <223> r is g or a <400> 232 cytannnnnr tc 12 <210> 233 <211> 13 <212> DNA <213> artificial <220> <223> restriction site <220> <221> misc_feature <222> (4)..(8) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (9)..(9) <223> r is g or a <220> <221> misc_feature <222> (13)..(13) <223> y is t or c <400> 233 cccnnnnnrt tgy 13

Claims

박테리오파지 또는 패키징된 파지미드(packaged phagemid)로서,
여기서, 상기 박테리오파지 또는 파지미드는 관심 박테리아 그룹에서 빈번하게 인코딩되는 제한 효소에 상응하는 제한 부위 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1); CTGCAG(서열번호 37); 및 GAAABCC(서열번호 34)를 포함하지 않고,
상기 관심 박테리아는 에스케리키아 콜라이 균주로부터 선택된 것으로서,
상기 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드는 상기 관심 박테리아를 죽일 수 있는 관심 서열을 포함하고,
상기 박테리오파지는 람다-유사(lambda-like) 박테리오파지이거나, 또는 패키징된 파지미드는 람다-유래 파지미드인, 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드.
제1항에 있어서,
상기 박테리오파지 또는 파지미드가 제한 부위 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1); AACNNNNNNGTGC(서열번호 2); AACNNNNCTTT(서열번호 4); CACNNNNGTAY(서열번호 3); GGTCTC(서열번호 36); CTGCAG(서열번호 37); 및 GAAABCC(서열번호 34)를 포함하지 않는, 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드.
제1항에 있어서,
상기 박테리오파지 또는 파지미드가 제한 부위 CACNNNNNNNCTGG(서열번호 1); AACNNNNNNGTGC(서열번호 2); GGTCTC(서열번호 36); CTGCAG(서열번호 37); 및 GAAABCC(서열번호 34)를 포함하지 않는, 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드.
제1항에 있어서, 상기 관심 박테리아는 에스케리키아 콜라이 STEC 균주로부터 선택된 것인, 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드.
제1항에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 포함하거나 이로 구성된, 박테리아 감염의 치료를 위한 약제학적 또는 수의학적 조성물.
제1항에 따른 박테리오파지 또는 패키징된 파지미드를 포함하는, 박테리아 감염의 치료를 위한 약물.
제6항에 있어서, 상기 박테리아 감염은 관심 박테리아 그룹인 에스케리키아 콜라이 및 클레브시엘라 뉴모니애(Klebsiella pneumoniae)중에서 선택된 박테리아에 의해 발생하는, 약물.
제7항에 있어서, 상기 박테리아 감염은 에스케리키아 콜라이 STEC 균주로부터 선택된 박테리아에 의해 발생하는, 약물.
제5항에 있어서. 상기 박테리아 감염은 관심 박테리아 그룹인 에스케리키아 콜라이 및 클레브시엘라 뉴모니애(Klebsiella pneumoniae)중에서 선택된 박테리아에 의해 발생하는, 약제학적 또는 수의학적 조성물.
제9항에 있어서, 상기 박테리아 감염은 에스케리키아 콜라이 STEC 균주로부터 선택된 박테리아에 의해 발생하는, 약제학적 또는 수의학적 조성물.
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