KR102532417B1

KR102532417B1 - Dna 메틸화 수준 측정 제제를 포함하는 알레르기 비염 예측 또는 진단용 조성물

Info

Publication number: KR102532417B1
Application number: KR1020200154041A
Authority: KR
Inventors: 이욱빈; 정상훈; 김영주; 최용수; 최재영; 서문형; 강태겸
Original assignee: 한국과학기술연구원
Priority date: 2020-11-17
Filing date: 2020-11-17
Publication date: 2023-05-16
Also published as: KR20220067397A

Abstract

본 발명은 피험자에서 측정된 특정 유전자의 DNA 메틸화 수준에 따라 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 조성물, 키트 및 정보제공방법에 관한 것으로, 알레르기 비염군과 대조군 사이에 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, BCYRN1, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SLC37A1, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B, ZHX2, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 DNA 메틸화 수준이 차이가 있는바, 피험자의 샘플에서 측정된 상기 유전자의 DNA 메틸화 수준이 대조군과 차이가 있는 경우 알레르기 비염을 예측 또는 진단 우수한 효과가 있다.

Description

DNA 메틸화 수준 측정 제제를 포함하는 알레르기 비염 예측 또는 진단용 조성물 {Composition for predicting or diagnosing allergic rhinitis comprising measuring agent of the level of DNA methylation}

본 명세서에는 알레르기 비염을 예측 또는 진단하기 위한 바이오마커로 22 종의 유전자를 발굴하고, 피험자에서 측정된 상기 유전자의 DNA 메틸화 수준에 따라 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 조성물, 키트 및 정보제공방법이 개시된다.

만성 알레르기 비염은 재채기, 맑은 콧물, 코막힘 등의 증상을 나타내는 비강점막의 비정상적인 염증 반응으로 유전적인 요인과 환경적인 요인이 합쳐서 생겨나는 대표적인 만성염증질환이다. 만성 알레르기 비염은 단지 코만의 문제가 아니고, 호흡기 전체나 전신의 면역력 저하로 인해 건강상 커다란 위기를 겪을 수 있으며, 두통, 식욕부진, 만성피로, 학습장애 등 비염으로 인한 많은 관련 장애를 유발시켜 환자의 사회적 경쟁력과 삶의 질을 떨어뜨리는 질환이다. 최근 주거 환경의 변화와 식습관의 서구화 및 미세먼지와 같은 대기오염으로 인해 만성 알레르기 비염과 같은 호흡기 질환 환자가 증가하고 있는 추세다.

또한 만성 알레르기 비염의 높은 유병률과 이로 인해 지출하는 사회, 경제적 비용은 국가 및 개인에게 부담으로 작용하고 있다. 만성 알레르기 비염은 비슷한 증상을 보이지만 다양한 원인들에 의해 발병하므로 원인에 따른 알맞은 치료가 필요하다. 때문에, 후성 유전학적 분석을 통해 원인을 파악하고 알맞은 치료 방법을 찾을 필요가 있다.

한편, 포유류 세포의 게놈 DNA에는 A, C, G, T 외에 5번째 염기가 존재하며, 이는 시토신 환의 5번째 탄소에 메틸기가 붙은 5-메틸시토신(5-mC)이다. 5-mC는 항상 CG 다이뉴클레오타이드의 C에만 오는 것으로 알려져 있으며(5'-mCG-3'), 이러한 CG를 흔히 CpG라고 표시한다. CpG의 C는 대부분이 메틸기가 붙어서 메틸화되어 있다. 이러한 CpG의 메틸화는 알루(alu)나 전이인자(transposon)와 같이 게놈 내에 반복되는 염기서열(repetitive sequence)이 발현되지 못하도록 억제하며, 포유류 세포에서 유전자외 변화가 가장 흔히 나타나는 부위이다. 이러한 CpG의 5-mC는 자연히 탈아미노화(deamination)되어 T로 바뀌며, 이에 따라 포유류 게놈 내 CpG는 정상적으로 나타나야 할 빈도(1/4 x 1/4=6.25%)보다 훨씬 낮은 1%의 빈도만을 나타낸다.

CpG 중에 예외적으로 밀집되어 나타나는 것들이 있으며, 이를 CpG 섬이라고 한다. CpG 섬은 길이가 0.2 내지 3kb이고, C 및 G염기의 분포백분율이 50%를 넘으며, CpG의 분포백분율이 3.75%이상으로 높게 집중되어 나타나는 부위를 가리킨다. CpG 섬은 전체 인체 유전체에 약 45,000개가 나타나며, 특히 유전자의 발현을 조절하는 프로모터 부위에 집중되어 나타난다. 실제로 인체 유전자중 약 절반을 차지하는 중요 유전자(housekeeping genes)의 프로모터에는 CpG 섬이 나타난다 (Cross, S. et al., Curr. Opin. Gene Develop., 5:309, 1995). 이에 실제 혈액이나 객담, 침, 대변, 소변 등에서 종양관련 유전자의 프로모터 메틸화를 조사하여 각종 암 진료에 사용하려는 시도가 최근 활발하게 이루어지고 있다 (Esteller, M. et al., Cancer Res., 59:67, 1999; Sanchez-Cespedez, M. et al., Cancer Res., 60:892, 2000; Ahlquist, D.A. et al., Gastroenterol., 119:1219, 2000). 하지만 알레르기 비염 환자와 정상의 비강 조직에서 DNA 메틸화 변이 경향성에 따른 발현 변화에 미치는 영향에 대해서는 크게 알려진바 없다.

이에, 본 발명자는 알레르기 비염을 예측 또는 진단하기 위한 바이오마커를 발굴하기 위하여 알레르기 비염 환자군과 정상군 각각으로부터 얻은 샘플에서 게놈 DNA를 추출하여 DNA 메틸화 수준에 차이가 있는 유전자를 발굴하고자 연구를 수행하여, 본 발명을 완성하였다.

KR 10-2102051 B1 KR 10-1283629 B1

A Nasal Brush-based Classifier of Asthma Identified by Machine Learning Analysis of Nasal RNA Sequence Data. Sci Rep. 2018,8(1):8826 DNA methylation in nasal epithelium, atopy, and atopic asthma in children: a genome-wide study. Lancet Respir Med . 2019, 7(4):336-346

본 발명자는 알레르기 비염 환자와, 알레르기 비염이 없는 환자를 대상으로 연구를 수행하여 알레르기 비염의 바이오마커로서 22 종의 유전자를 발굴하고, 피험자의 샘플에서 측정된 상기 유전자의 DNA 메틸화 수준이 대조군과 차이가 있는 경우 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있음을 검증하였다.

따라서, 일 측면에서, 본 발명의 목적은, 알레르기 비염을 예측 또는 진단하기 위한 바이오마커를 제공하는 것이다.

일 측면에서, 본 발명은, 피험자의 샘플에서 APBB2(Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2, 아밀로이드 베타 A4 전구체 단백질-결합 패밀리 B 멤버 2), CASD1(CAS1 domain containing 1, CAS1 도메인 포함 1), SOS1(SOS Ras/Rac guanine nucleotide exchange factor 1, SOS Ras/Rac 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 1), DISC1(Disrupted in schizophrenia 1, 정신 분열증 1), ZNF117(Zinc finger protein 117, 징크 핑거 단백질 117), TLE4(Transducin-like enhancer protein 4, 트랜스듀신-유사 인핸서 단백질 4), BCYRN1(Brain cytoplasmic RNA 1, 브레인 사이토플라스믹 RNA 1), TLL1(Tolloid-like protein 1, 톨로이드-유사 단백질 1), PTPN14(Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14, 티로신-단백질 포스파타제 비-수용체 유형 14), BRD1(Bromodomain containing 1, 브로모도메인 포함 1), ARHGEF10(Rho guanine nucleotide exchange factor 10, Rho 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 10), PDE11A(Phosphodiesterase 11A, 포스포디에스터라제 11A), SLC37A1(Solute carrier family 37 member 1, 용질 운반체 패밀리 37 멤버 1), SNHG22(Small nucleolar RNA host gene 22, 소핵 RNA 숙주 유전자 22), KAT6B(Lysine acetyltransferase 6B, 리신 아세틸트랜스퍼라제 6B), NHSL2(NHS like 2, NHS 유사 2), CHMP2B(Charged multivesicular body protein 2B, 하전된 다포체 단백질 2B), POLR1B(RNA polymerase I subunit B, RNA 중합효소 I 서브유닛 B), ZHX2(Zinc fingers and homeoboxes 2, 징크 핑거와 호메오박스 2), CSMD1(CUB and Sushi multiple domains 1, CUB와 스시 복합 도메인 1), PTPRN2(Protein tyrosine phosphatase receptor type N2, 단백질 티로신 포스파타제 수용체 유형 N2) 및 LRRC27(leucine rich repeat containing 27, 류신 풍부 반복 포함 27)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 알레르기 비염 예측 또는 진단용 조성물을 제공한다.

다른 일 측면에서, 본 발명은, 상기 조성물을 포함하는, 알레르기 비염 예측 또는 진단용 키트를 제공한다.

또 다른 일 측면에서, 본 발명은, 피험자의 샘플로부터 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, BCYRN1, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SLC37A1, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B, ZHX2, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 측정하는 단계;를 포함하는, 알레르기 비염 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다.

본 발명의 일 측면에서, 알레르기 비염 환자(알레르기 비염군)와, 알레르기 비염이 없는 환자(대조군)를 대상으로 연구를 수행하여 알레르기 비염군과 대조군 사이에 DNA 메틸화 수준이 차이가 있는 알레르기 비염의 바이오마커로서 22 종의 유전자를 발굴하였는바, 피험자의 샘플에서 측정된 상기 유전자의 DNA 메틸화 수준이 대조군과 차이가 있는 경우 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있음을 검증하였다. 이를 통해, APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, BCYRN1, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SLC37A1, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B, ZHX2, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정하는 제제를 포함하는 조성물 및 이를 포함하는 키트와 상기 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는 정보제공방법은 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 우수한 효과가 있다.

도 1은 본 발명의 일 측면에 따른 알레르기 비염군(Test, 1 내지 15)과 대조군(Control, 16 내지 20)의 샘플을 나타낸 표이다.
도 2a 및 2b는 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 샘플로부터 얻은 게놈 DNA의 백그라운드 보정 전(도 2a)과 후(도 2b)를 나타낸 도이다.
도 3은 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 DNA 메틸화 분석 과정에서 Dye bias 평준화에서의 Box plot 결과를 나타낸 도이다.
도 4a 및 4b는 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 DNA 메틸화 분석 과정에서 Dye bias 평준화에서의 Scatter plot 결과를 나타낸 도이다.
도 5는 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 DNA 메틸화 분석 과정에서 데이터 퀄리티 체크에서의 Box plot 결과를 나타낸 도이다.
도 6은 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 DNA 메틸화 분석 과정에서 데이터 퀄리티 체크에서의 Density plot 결과를 나타낸 도이다.
도 7a 및 7b는 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 샘플 간 재현성을 체크한 결과를 나타낸 도이다.
도 8a 및 8b는 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 DNA 메틸화 분석 과정에서 위상분석(도 8a) 및 PCA 분석(도 8b) 결과를 나타낸 도이다.
도 9a 및 9b는 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 DNA 메틸화 수준 분포(도 9a) 및 DM(delta mean)>0.2 지역의 그룹을 분석한 결과(도 9b)를 나타낸 도이다.
도 10a 및 10b는 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자의 과(hyper) 또는 저(hypo) 메틸화된 CpG의 수를 비교한 그래프(도 10a)와 이들의 DM(delta mean) 분석 결과(도 10b)를 나타낸 도이다.
도 11a 및 11b는 본 발명의 일 실시예에 따른 알레르기 비염군(Test)과 대조군(Control)의 Volcano plot 분석 결과(도 11a)와 클러스터 분석 결과(도 11b)를 나타낸 도이다.
도 12a 및 12b는 본 발명의 일 실시예에 따른 알레르기 비염군과 대조군 사이에 DNA 메틸화 수준이 2배 이상 차이가 나는 유전자를 발굴하기 위한 DEG(differential expression group) 분석 결과(도 12a)와 Volcano plot 결과(도 12b)를 나타낸 도이다.
도 13a 및 13b는 본 발명의 일 실시예에 따른 알레르기 비염을 예측 또는 진단하기 위한 바이오마커인 유전자들(도 13a) 및 이들의 대조군(EPIC_Con)과 알레르기 비염군(EPC_AR) 간의 DNA 메틸화 수준을 비교한 그래프(도 13b)이다.

이하, 본 발명을 상세하게 설명한다.

본 발명의 일 측면에서, "알레르기 비염 위암 예측"이란 피험자에 대하여 알레르기 비염이 발병할 가능성이 있는지, 알레르기 비염이 발병할 가능성이 상대적으로 높은지, 알레르기 비염의 원인인자가 무엇인지, 또는 알레르기 비염이 이미 발병하였는지 여부를 예측 또는 진단하는 것을 의미할 수 있다. 또한, 본 발명의 일 측면에서, "알레르기 비염 진단"이란 피험자에 대하여 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미하며, 본 발명의 일 측면에 따른 목적상, 진단은 알레르기 비염의 발병 여부를 확인하는 것을 의미할 수 있다. 본 발명의 일 측면에 따른 조성물, 키트 또는 방법은 임의의 특정 환자에 대한 알레르기 비염 발병 위험도가 높은 환자로써 특별하고 적절한 관리를 통하여 발병 시기를 늦추거나 발병하지 않도록 하는데 사용할 수 있다. 또한, 본 발명의 일 측면에 따른 조성물, 키트 또는 방법은 알레르기 비염을 조기에 진단하여 가장 적절한 치료방식을 선택함으로써 치료를 결정하기 위해 임상적으로 사용될 수 있다.

본 발명의 일 측면에서, "메틸화"는 DNA를 구성하는 염기에 메틸기가 부착되는 것을 의미하며, 구체적으로 메틸화 여부는 특정 유전자의 특정 CpG 부위의 시토신에서 일어나는 메틸화 여부를 의미하고, 메틸화 상태는 DNA 염기서열 내에서의 하나 이상의 CpG 디뉴클레오티드의 5-메틸-시토신의 존재 또는 비존재를 의미한다.

본 발명의 일 측면에 따른 "메틸화 수준"은 모든 또는 일부 게놈 영역과 모든 또는 일부 비-게놈 영역 내의 표적 DNA 메틸화 유전자의 DNA 염기서열에 존재하는 메틸화의 양을 의미한다.

일 측면에서, 본 발명은 피험자의 샘플에서 APBB2(Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2, 아밀로이드 베타 A4 전구체 단백질-결합 패밀리 B 멤버 2), CASD1(CAS1 domain containing 1, CAS1 도메인 포함 1), SOS1(SOS Ras/Rac guanine nucleotide exchange factor 1, SOS Ras/Rac 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 1), DISC1(Disrupted in schizophrenia 1, 정신 분열증 1), ZNF117(Zinc finger protein 117, 징크 핑거 단백질 117), TLE4(Transducin-like enhancer protein 4, 트랜스듀신-유사 인핸서 단백질 4), BCYRN1(Brain cytoplasmic RNA 1, 브레인 사이토플라스믹 RNA 1), TLL1(Tolloid-like protein 1, 톨로이드-유사 단백질 1), PTPN14(Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14, 티로신-단백질 포스파타제 비-수용체 유형 14), BRD1(Bromodomain containing 1, 브로모도메인 포함 1), ARHGEF10(Rho guanine nucleotide exchange factor 10, Rho 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 10), PDE11A(Phosphodiesterase 11A, 포스포디에스터라제 11A), SLC37A1(Solute carrier family 37 member 1, 용질 운반체 패밀리 37 멤버 1), SNHG22(Small nucleolar RNA host gene 22, 소핵 RNA 숙주 유전자 22), KAT6B(Lysine acetyltransferase 6B, 리신 아세틸트랜스퍼라제 6B), NHSL2(NHS like 2, NHS 유사 2), CHMP2B(Charged multivesicular body protein 2B, 하전된 다포체 단백질 2B), POLR1B(RNA polymerase I subunit B, RNA 중합효소 I 서브유닛 B), ZHX2(Zinc fingers and homeoboxes 2, 징크 핑거와 호메오박스 2), CSMD1(CUB and Sushi multiple domains 1, CUB와 스시 복합 도메인 1), PTPRN2(Protein tyrosine phosphatase receptor type N2, 단백질 티로신 포스파타제 수용체 유형 N2) 및 LRRC27(leucine rich repeat containing 27, 류신 풍부 반복 포함 27)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 알레르기 비염 예측 또는 진단용 조성물을 제공한다.

본 발명의 일 측면에 따른 샘플은 피험자의 조직, 세포, 혈액, 혈장, 대변 및 소변으로 이루어진 군으로부터 하나 이상일 수 있고, 구체적으로 피험자의 비강 조직일 수 있으나, 피험자의 샘플로부터 DNA 메틸화 수준을 측정하여 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 샘플이라면 그 종류 및 수득방법은 제한되지 않는다.

본 발명의 일 측면에 따른 조성물은 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정하는 제제를 포함할 수 있고, 구체적으로, APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, BCYRN1, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SLC37A1, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B, ZHX2, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 CpG 부위의 메틸화 수준을 개별적으로 측정할 수 있는 제제일 수 있으며, 보다 구체적으로 상기 22 종의 유전자 중 1 종 이상, 2 종 이상, 3 종 이상, 또는 4 종 이상의 유전자의 CpG 부위를 동시에 분석함으로써 예측 또는 진단의 정확성을 향상시킬 수 있다. 또한, 상기 22종의 유전자 중 하나 이상의 CpG 부위의 메틸화 수준을 개별적으로 측정할 수 있는 제제는 서열번호 1 내지 24로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열; 또는 상기 서열과 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. 구체적으로, APBB2 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 1의 서열 또는 상기 서열번호 1에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. CASD1 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 2의 서열 또는 상기 서열번호 2에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. SOS1 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 3의 서열 또는 상기 서열번호 3에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. DISC1 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 4의 서열 또는 상기 서열번호 4에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. ZNF117 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 5의 서열 또는 상기 서열번호 5에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. TLE4 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 6의 서열 또는 상기 서열번호 6에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. BCYRN1 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 7의 서열 또는 상기 서열번호 7에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. TLL1 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 8의 서열 또는 상기 서열번호 8에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. PTPN14 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 9의 서열 또는 상기 서열번호 9에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. BRD1 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 10의 서열 또는 상기 서열번호 10에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. ARHGEF10 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 11의 서열 또는 상기 서열번호 11에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. PDE11A 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 12 또는 13의 서열, 또는 상기 서열번호 12 또는 13의 서열에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. SLC37A1 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 14의 서열 또는 상기 서열번호 14에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. SNHG22 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 15의 서열 또는 상기 서열번호 15에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. KAT6B 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 16의 서열 또는 상기 서열번호 16에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. NHSL2 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 17의 서열 또는 상기 서열번호 17에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. CHMP2B 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 18의 서열 또는 상기 서열번호 18에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. POLR1B 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 19의 서열 또는 상기 서열번호 19에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. ZHX2 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 20 또는 21의 서열, 또는 상기 서열번호 20 또는 21의 서열에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. CSMD1 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 22의 서열 또는 상기 서열번호 22에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다. PTPRN2 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 23 또는 상기 서열번호 23에 혼성화 가능한 서열의 서열로 표시되는 것일 수 있다. LRRC27 유전자의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 서열번호 24의 서열 또는 상기 서열번호 24에 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다.

본 발명의 일 측면에 따른 상기 측정 제제는 서열번호 1 내지 24로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열, 또는 서열번호 1 내지 24로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열과 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다.

본 발명의 일 측면에 따른 상기 메틸화 수준은 PCR, 메틸화 특이 PCR(methylation specific PCR), 실시간 메틸화 특이 PCR(real time methylation specific PCR), MethyLight PCR, MehtyLight digital PCR, EpiTYPER, 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 정량 PCR, DNA 칩, 파이로시퀀싱 및 바이설파이트 시퀀싱으로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 방법으로 측정될 수 있으나, 피험자의 샘플에서 특정 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정하여 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 방법이라면, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 일 측면에 따른 상기 메틸화 수준은 마이크로어레이에 의해 식별될 수 있다. 상기 마이크로어레이는 고상표면에 고정화된 프로브를 이용할 수 있다. 상기 프로브는 상기 SNP를 포함하는 각 유전자상의 10 내지 100개의 연속 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 서열을 포함할 수 있다.

본 발명의 일 측면에 따른 측정 제제는 비메틸화 사이토신 염기를 변형시키는 화합물; 메틸화 민감성 제한효소; 또는 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, BCYRN1, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SLC37A1, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B, ZHX2, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 또는 비메틸화된 대립형질 서열에 특이적인 프라이머일 수 있고, 구체적으로 상기 유전자의 메틸화된 CpG섬을 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머쌍, 상기 메틸화된 CpG섬과 혼성화할 수 있는 프로브, 시퀀싱 프라이머, 시퀀싱 바이신세시스 프라이머 및 시퀀싱 바이 라이게이션 프라이머로 구성된 군에서 선택된 어느 하나 이상일 수 있으나, 피험자의 샘플에서 특정 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정하여 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 제제라면, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 일 측면에 따른 CpG 부위는 상기 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, BCYRN1, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SLC37A1, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B, ZHX2, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자 상에 존재하는 CpG 부위를 의미하며, 상기 유전자의 DNA는 발현하는데 필요하며 서로 작동가능하게 연결되어 있는 일련의 구성 단위를 모두 포함하는 개념으로, 예컨대, 프로모터 영역, 단백질 코딩 영역(open reading frame, ORF) 및 터미네이터 영역을 포함할 수 있다. 따라서, 상기 유전자의 CpG 부위는 해당 유전자의 프로모터 영역, 단백질 코딩 영역(open reading frame, ORF) 또는 터미네이터 영역 등에 존재할 수 있고, 구체적으로 상기 유전자의 프로모터 영역에 존재하는 CpG 부위일 수 있다.

또한, 상기 유전자의 CpG 부위의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제는 구체적으로 서열번호 25 내지 167로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열, 또는 서열번호 25 내지 167로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열과 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것일 수 있다.

본 발명의 일 실시예에 따르면, APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2의 유전자의 메틸화 수준은 알레르기 비염군이 대조군에 비하여 낮은 반면, BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27의 유전자의 메틸화 수준은 알레르기 비염군이 대조군에 비하여 높은바, 상기 22종의 유전자 중 하나 이상의 유전자의 DNA 메틸화 수준은 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 바이오마커임을 확인하였다(도 13b).

다른 측면에서, 본 발명은 상기 알레르기 비염 예측 또는 진단용 조성물을 포함하는 알레르기 비염 예측 또는 진단용 키트를 제공한다. 상기 알레르기 비염, 피험자, 유전자, DNA 메틸화, DNA 메틸화 측정 제제 등에 대한 설명은 상술한 바와 같다.

본 발명의 일 측면에 따른 키트는 피험자의 조직, 세포, 혈액, 혈장, 대변 및 소변으로 이루어진 군으로부터 하나 이상인 샘플에 적용되는 것일 수 있고, 구체적으로 상기 샘플은 피험자의 비강 조직일 수 있다.

본 발명의 일 측면에 따른 키트는 피험자의 샘플로부터 얻어진 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 낮은 경우 알레르기 비염인 것으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.

예시로서, 본 발명의 일 측면에 따른 키트는 설명서 또는 정보 제공부를 추가로 포함하고, 상기 설명서 또는 정보 제공부는 피험자의 샘플로부터 얻어진 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 낮은 경우 알레르기 비염인 것으로 예측 또는 진단하는 것으로 기재 또는 정보 제공할 수 있다.

본 발명의 일 측면에 따른 키트는 피험자의 샘플로부터 얻어진 BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 높은 경우 알레르기 비염인 것으로 예측 또는 진단하는 것으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.

예시로서, 본 발명의 일 측면에 따른 키트는 설명서 또는 정보 제공부를 추가로 포함하고, 상기 설명서 또는 정보 제공부는 피험자의 샘플로부터 얻어진 BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 높은 경우 알레르기 비염인 것으로 예측 또는 진단하는 것으로 기재 또는 정보 제공할 수 있다.

참고로, 본 단락 및 이후의 단락을 포함한 본 명세서에서 정보 제공부의 "부"라는 용어는 하드웨어뿐만 아니라 해당 하드웨어에 의하여 구동되는 소프트웨어의 조합을 지칭할 수 있다. 예컨대, 하드웨어는 CPU 또는 다른 프로세서(processor)를 포함하는 데이터 처리 기기일 수 있다. 또한, 하드웨어에 의해 구동되는 소프트웨어는 실행중인 프로세스, 객체(object), 실행파일(executable), 실행 스레드(thread of execution), 계산 프로그램(program) 등의 프로그램일 수 있지만 이에 제한되지 않는다.

본 발명의 일 실시예에 따르면, APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2의 유전자의 메틸화 수준은 알레르기 비염군이 대조군에 비하여 낮은 반면, BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27의 유전자의 메틸화 수준은 알레르기 비염군이 대조군에 비하여 높은바, 상기 22종의 유전자 중 하나 이상의 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정함으로써 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 우수한 효과가 있음을 확인하였다(도 13b).

또 다른 측면에서, 본 발명은 피험자의 샘플로부터 게놈 DNA를 추출하는 단계; 및 상기 추출된 게놈 DNA에서 APBB2(Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2, 아밀로이드 베타 A4 전구체 단백질-결합 패밀리 B 멤버 2), CASD1(CAS1 domain containing 1, CAS1 도메인 포함 1), SOS1(SOS Ras/Rac guanine nucleotide exchange factor 1, SOS Ras/Rac 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 1), DISC1(Disrupted in schizophrenia 1, 정신 분열증 1), ZNF117(Zinc finger protein 117, 징크 핑거 단백질 117), TLE4(Transducin-like enhancer protein 4, 트랜스듀신-유사 인핸서 단백질 4), BCYRN1(Brain cytoplasmic RNA 1, 브레인 사이토플라스믹 RNA 1), TLL1(Tolloid-like protein 1, 톨로이드-유사 단백질 1), PTPN14(Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14, 티로신-단백질 포스파타제 비-수용체 유형 14), BRD1(Bromodomain containing 1, 브로모도메인 포함 1), ARHGEF10(Rho guanine nucleotide exchange factor 10, Rho 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 10), PDE11A(Phosphodiesterase 11A, 포스포디에스터라제 11A), SLC37A1(Solute carrier family 37 member 1, 용질 운반체 패밀리 37 멤버 1), SNHG22(Small nucleolar RNA host gene 22, 소핵 RNA 숙주 유전자 22), KAT6B(Lysine acetyltransferase 6B, 리신 아세틸트랜스퍼라제 6B), NHSL2(NHS like 2, NHS 유사 2), CHMP2B(Charged multivesicular body protein 2B, 하전된 다포체 단백질 2B), POLR1B(RNA polymerase I subunit B, RNA 중합효소 I 서브유닛 B), ZHX2(Zinc fingers and homeoboxes 2, 징크 핑거와 호메오박스 2), CSMD1(CUB and Sushi multiple domains 1, CUB와 스시 복합 도메인 1), PTPRN2(Protein tyrosine phosphatase receptor type N2, 단백질 티로신 포스파타제 수용체 유형 N2) 및 LRRC27(leucine rich repeat containing 27, 류신 풍부 반복 포함 27)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 측정하는 단계;를 포함하는, 알레르기 비염 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다. 상기 알레르기 비염, 피험자, 유전자, DNA 메틸화, DNA 메틸화 측정 등에 대한 설명은 상술한 바와 같다.

본 발명의 일 측면에 따른 정보제공방법은 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있고, 구체적으로, APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, BCYRN1, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SLC37A1, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B, ZHX2, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 CpG 부위의 메틸화 수준을 개별적으로 측정할 수 있는 단계일 수 있으며, 보다 구체적으로 상기 22 종의 유전자 중 1 종 이상, 2 종 이상, 3 종 이상, 또는 4 종 이상의 유전자의 CpG 부위를 동시에 측정하는 단계일 수 있으며, 상기 동시 측정 및 분석을 통해 예측 또는 진단의 정확성을 향상시킬 수 있다.

본 발명의 일 측면에 따른 메틸화 수준 측정은 비메틸화 사이토신 염기를 변형시키는 화합물; 메틸화 민감성 제한효소; 또는 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, BCYRN1, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SLC37A1, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B, ZHX2, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 또는 비메틸화된 대립형질 서열에 특이적인 프라이머일 수 있고, 구체적으로 상기 유전자의 메틸화된 CpG섬을 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머쌍, 상기 메틸화된 CpG섬과 혼성화할 수 있는 프로브, 시퀀싱 프라이머, 시퀀싱 바이신세시스 프라이머 및 시퀀싱 바이 라이게이션 프라이머로 구성된 군에서 선택된 어느 하나 이상을 이용하여 측정하는 것일 수 있으나, 피험자의 샘플에서 특정 유전자의 DNA 메틸화 수준을 측정하여 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 방법이라면, 이에 제한되는 것은 아니다.

본 발명의 일 측면에 따른 정보제공방법은 피험자의 샘플로부터 얻어진 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 낮은 경우 알레르기 비염인 것으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.

또한, 본 발명의 일 측면에 따른 정보제공방법은 피험자의 샘플로부터 얻어진 BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 높은 경우 알레르기 비염인 것으로 예측 또는 진단하는 것으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.

본 발명의 일 측면에 따른 정보제공방법은 상기 피험자의 상기 유전자의 메틸화 수준과 대조군의 메틸화 수준을 비교하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 본 발명의 일 측면에서 상기 대조군은 알레르기 비염이 없는 자를 의미한다.

본 발명의 일 측면에 따른 정보제공방법은 상기 피험자의 상기 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 낮은 경우 알레르기 비염일 가능성이 높은 것으로 판별하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 또한, 본 발명의 일 측면에 따른 정보제공방법은 상기 피험자의 상기 BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 높은 경우 알레르기 비염일 가능성이 높은 것으로 판별하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.

이하, 실시예를 들어 본 발명의 구성 및 효과를 보다 구체적으로 설명한다. 그러나 아래 실시예는 본 발명에 대한 이해를 돕기 위해 예시의 목적으로만 제공된 것일 뿐 본 발명의 범주 및 범위가 그에 의해 제한되는 것은 아니다.

[실시예 1] 피험자의 DNA 메틸화 분석을 위한 데이터 표준화

알레르기 비염을 예측 또는 진단하기 위한 바이오마커 발굴을 위해, 알레르기 비염 환자인 피험자(이하, 알레르기 비염군)와 알레르기 비염이 없는 피험자(이하, 대조군)의 게놈 DNA를 추출하여 DNA 메틸화 분석을 수행하였다.

상기 알레르기 비염군은 서울아산병원 이비인후과에서 만성 비염 환자 15명으로, 상기 환자의 비강 조직 샘플로부터 하기와 같은 방법으로 DNA와 RNA를 분리하여 분석을 수행하였다. 또한, 상기 대조군은 서울아산병원 신경외과 환자 중 비염이 없는 환자 5인으로, 상기 대조군도 마찬가지로 비강 조직 샘플로부터 DNA와 RNA를 분리하여 분석을 수행하였다.

[실시예 1-1] 게놈 DNA의 정량 및 바이설파이트(bisulfite) 변환

각 환자의 하비갑개(inferior turbinate) 샘플 25mg로부터 수득한 게놈 DNA를 AllPrep DNA/RNA 미니 키트 (Qiagen)로 정제하였다. NanoDrop® ND-2000 UV-Vis 분광 광도계(Spectrophotometer)를 사용하여 DNA 샘플의 품질을 확인하였다. 그런 다음, 샘플을 아가로스 겔에서 전기 영동하고 아가로그 겔 전기 영동에 번짐이 없는 온전한 게놈 DNA를 선택하여 실험에서 사용하였다. 온전한 게놈 DNA를 Quant-iT Picogreen (Invitrogen) 정량에 기초하여 50 ng/㎕ 농도로 희석하였으며, 이의 결과를 바탕으로 농도를 조정하였다. 제조된 모든 샘플을 Zymo EZ DNA 메틸화 키트 프로토콜(methylation kit protocols)에 따라 바이설파이트(bisulfite) 변환을 수행하였다.바이설파이트 변환에는 600 ng의 gDNA가 필요하며, 이에 변환 시약을 첨가하고 열 순환기에서 배양하여 변성시켰다. CT 변환된 DNA는 탈설포화 완충액(desulphonation buffer)으로 탈설포화하였다. 탈설포화 후, DNA를 다시 세척하고 12 ul 용출 완충액으로 용리시켰다.

[실시예 1-2] 샘플 증폭 및 BeadChip에 대한 혼성화

전체 게놈 증폭 과정은 250 ng의 바이설파이트-변환된 DNA 다중 샘플 증폭 1 mix(MA1, Multi-Sample Amplification 1 Mix)가 필요하며, 인피니움 메틸화 분석(Illumina RPM 및 MSM)에서 단일 BeadChip(Illumina MethylationEPIC array BeadChip (850k))(Illumina 사)에 사용할 만큼 충분한 양의 DNA (1000X 증폭)를 생성하였다. 증폭 후, 생성물을 독점 시약(proprietary reagent)(FMS)을 사용하여 단편화하고, 2-프로판올(침전 시약 포함; PM1)으로 침진시키고, 포름아미드-함유 혼성화 완충액(RA1)에 재현탁시켰다. DNA 샘플을 95℃에서 20분 동안 변성시킨 다음, 48℃에서 최소 16시간 동안 가습 용기에 넣어 CpG 유전자좌가 50mer 포획 프로브(capture probe)에 혼성화되도록 하였다.

[실시예 1-3] BeadChip의 대립 유전자 특이적 단일-염기 확장 및 염색

혼성화 후, BeadChip/Te-Flow 챔버 어셈블리를 온도-제어된 Tecan Flowthrough Chamber Rack에 놓고, Te-Flow 챔버에 시약을 첨가하여 모든 이후의 세척, 확장 및 염색을 수행하였다.

대립 유전자 특이적 단일-염기 확장 분석을 위해, 프라이머를 중합효소와 표지된 뉴클레오티드 믹스 (TEM)로 연장하고, STM (염색 시약) 및 ATM (항-염색 시약)을 반복적으로 적용하여 염색하였다. 염색이 완료된 후, 슬라이드를 저염 세척 버퍼 (PB1)으로 세척하고, 즉시 XC4로 코팅한 다음 The iScan System에서 이미지화하였다.

상기 iScan System은 0.54 μm 픽셀 해상도의 2 색 (532 nm/658 nm) 공초점 형광 스캐너이다. 상기 스캐너는 BeadChip의 대립 유전자-특이적 (1 색) 확장 생성물의 신호 증폭/염색 동안 생성된 형광체를 여기시킨다. 이미지 강도를 Illumina의 GenomeStudio 소프트웨어를 사용하여 추출하였다.

[실시예 1-4] RNA 시퀀싱 및 데이터 분석

25mg의 하비갑개(inferior turbinate) 샘플로부터 수득한 RNA를 AllPrep DNA/RNA 미니 키트 (Qiagen)로 정제하고, Illumina TruSeq Stranded mRNA Sample Preparation Guide (Part #15031047)에 따라 cDNA 라이브러리로 변환하였다. 토탈 RNA 시퀀싱을 한국의 Macrogen에서 Illumina NovaSeq-6000 플랫폼으로 수행하였다. 그런 다음, Trapnell et al.에 소개된, RNA 시퀀싱 데이터 처리를 위해 Tuxedo 툴을 사용하였다. RNA-시퀀싱 데이터를 단편 서열 얼라이너(short-read)로 Bowtie를 포함하는 TopHat (version 2.0.10)을 사용하여 게놈 mm10에 맵핑하였다. 맵핑된 판독(alignment)를 Cufflinks (version 2.1.1)로 게놈에 어셈블리하였다. Cufflinks는 전사체들 간의 상대적 풍부도를 계산한다. 전사체를 어셈블리할 때, NCBI mRNA 참조 서열 컬렉션 (RefSeq)을 사용하였다. 그 후, 샘플 세트를 Cuffnorm Cuffnorm (version 2.2.1)으로 정규화하여 샘플 간 차이(variation)을 최소화하고 서로 다른 실험 조건의 모든 샘플들의 백만 맵핑된 판독 값 당 전사체의 킬로베이스 당 단편을 비교하였다.

[실시예 2] 바이오마커 후보군 발굴

상기 실시예 1로부터 하기와 같은 분석을 통해 알레르기 비염군과 정상군 사이에 차이가 있는 143 개의 CpGs 사이트를 얻고, DNA 메틸화 변이와 알레르기 비염과의 관계를 추가로 확인하였다.

구체적으로, 내부 품질 관리 체크와 원 스캔 데이터의 육안 검사로 검사하여 혼성화 품질(도 5 내지 8)과 전체 칩 성능을 모니터링하였다. 원 데이터를 R 수반 패키지(R watermelon package)를 사용하여 각 샘플에 대한 각 CpG에 대한 베타 값으로 추출하였다. 어레이에서 음성 대조군을 사용하여 배경을 빼고 메틸화된 신호 강도와 메틸화되지 않은 신호 강도의 합에 대한 메틸화된 신호 강도의 비율을 취하여 베타 값을 계산하였다. 0-1.0의 베타 값은 각 CpG 부위에 대해, 각각 0%에서 100%까지 유의한 메틸화 백분율로 보고되었다.

25% 이상의 샘플에서 검출 p-값이 0.05 이상인 (신호 대 노이즈와 유사) 어레이 CpG 프로브를 필터링하였다 (데이터 분석에 필터링 기준 적용). 그런 다음 필터링된 데이터를 R methylumi & lumi package에 의한 배경 보정 및 염료 편향 균등화(dye bias equalization)하였다(도 2 내지 4). Infinium I 및 Infinium II 분석 편향을 줄이기 위해, 수정된 신호 값을 BMIQ(Beta Mixture Quantile) 방법으로 정규화하였다.

차별적으로 표현된 메틸화 목록을 델타 평균(delta_mean) 절대값이 0.2 이상 (메틸화 신호의 차이, 케이스의 평균 베타 값 - 대조군의 평균 베타 값) 및 두 그룹 간 귀무 가술(null hypothesis)이 차이가 없다는 독립 t-검정의 p 값<0.05를 사용하여 결정하였다.

실험군 대 대조군 분석 결과는 p-값이 0.05 미만이고(p-값 < 0.05) 델타 평균의 절대값이 0.2 이상인(|델타 평균|≥0.2)에 만족하는 143 종의 DECpG를 보여준다 (과 메틸화된 CpG의 수: 57, 저 메틸화된 CpG의 수: 86)(도 9 내지 11).

모든 데이터 분석 및 차별적으로 표현된 유전자의 시각화는 R 3.3.3 (www.r-project.org)를 사용하여 수행되었다.

[실시예 3] 알레르기 비염 예측 또는 진단을 위한 바이오마커 확인

위의 실험을 통해 확인된 알레르기 비염 예측 또는 진단을 위한 바이오마커 22 종은 하기 표 1과 도 13a 및 도 13b와 같다.

[표 1]

또한, 위의 실험을 통해 확인된 알레르기 비염 예측 또는 진단을 위한 CpG 각각에 대한 143 종의 프로브는 하기 표 2 내지 표 5와 같다.

[표 2]

[표 3]

[표 4]

[표 5]

도 13b에 나타난 바와 같이, APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2의 유전자의 메틸화 수준은 알레르기 비염군이 대조군에 비하여 낮은 반면, BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27의 유전자의 메틸화 수준은 알레르기 비염군이 대조군에 비하여 높음을 확인하였다.

따라서, 본 발명의 일 실시예에 따르면, 피험자의 상기 22 종의 유전자 중 하나 이상의 메틸화 수준을 측정할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 키트, 및 상기 유전자의 메틸화 수준을 측정하는 단계를 포함하는 정보제공방법은 알레르기 비염을 예측 또는 진단할 수 있는 우수한 효과가 있다.

<110> Korea Institute of Science and Technology <120> Composition for predicting or diagnosing allergic rhinitis comprising measuring agent of the level of DNA methylation <130> 20p218ind <160> 167 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> APBB2 probe <400> 1 ccrtcttcaa aactaaacta aaatctattt aatttctaca acaacaaatc 50 <210> 2 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CASD1 probe <400> 2 caccttaatc aaacttcaat atctaaaatt atacatctat ataaattacc 50 <210> 3 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SOS1 probe <400> 3 taaaaaaatc ataactcact acacatacta cttatcttaa tatttcttac 50 <210> 4 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DISC1 probe <400> 4 aaaaaatact ataaattaat ctccaaatca caactctttc aattatatac 50 <210> 5 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF117 probe <400> 5 cctcattatc aaaaatatcc aaacaaccat aaaaactctt ataaacaaac 50 <210> 6 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TLE4 probe <400> 6 aactataatc tcacaattta ccrtttttac aaaaaacctc ttttattttc 50 <210> 7 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BCYRN1 probe <400> 7 craaaaacaa aacctaaact ttcctcattt caaacacaaa catatacaac 50 <210> 8 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TLL1 probe <400> 8 acccaaaact taaaaaatat aacrtatatt caaaactcaa ctacatcacc 50 <210> 9 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTPN14 probe <400> 9 acrttaattc cctcatctat aaaataaaaa caataactac atatcacrac 50 <210> 10 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BRD1 probe <400> 10 taaacattca ataaatacrc rtataacrca aaaacacaca aaaattctac 50 <210> 11 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ARHGEF10 probe <400> 11 tcatctctaa accaaaataa ccctaacrca accatctaat taaaaaattc 50 <210> 12 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PDE11A probe <400> 12 tactaataac tcactacaca taatcaccat aaaccttaaa atttaaattc 50 <210> 13 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PDE11A probe <400> 13 acataatcaa ttaaaatcta aaaccctcta taacaaacaa aaatacacac 50 <210> 14 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC37A1 probe <400> 14 tttactatat cccaataaac taaataaact actcccaaac aattaaaatc 50 <210> 15 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNHG22 probe <400> 15 aactatcatt ccaacactat cacaattact atcacataca aaaatcaaac 50 <210> 16 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KAT6B probe <400> 16 atacattcta taataaaaca aataatcctc aaacaacrac aaacaaaacc 50 <210> 17 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NHSL2 probe <400> 17 aacctccaca taacaaatat aaccctacac aaaaaattaa atacccttca 50 <210> 18 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CHMP2B probe <400> 18 actttaccca aaccattcca tttatatatc tctatataat taaaccctac 50 <210> 19 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> POLR1B probe <400> 19 catctaaaat catactataa cctcccaacc acctccctaa aattaacctc 50 <210> 20 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZHX2 probe <400> 20 cttaataaat aaaaactact atttttacta caactactac tactattatc 50 <210> 21 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZHX2 probe <400> 21 ttattaaatc atcraaacct aaaacaatac ctaactccta ctaaacaaac 50 <210> 22 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CSMD1 probe <400> 22 aaacccaaaa cctcaacaac tatataaaaa caccrtctta aaaacaaaac 50 <210> 23 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTPRN2 probe <400> 23 ctatttacaa ataacractc rctcactaac ccatccaaaa cacattaaac 50 <210> 24 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRRC27 probe <400> 24 acratacaaa ttcctcccct aattcctcat aaacaaaata ctataaaatc 50 <210> 25 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RPL17 CpG probe <400> 25 taactccaaa ccttctaaac catactaaaa aattttatca tcaaaacttc 50 <210> 26 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RPL17 CpG probe <400> 26 tactaaatcc taaaaataaa aacrcaatcc actatataac ctataaaccc 50 <210> 27 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLFN13 CpG probe <400> 27 actataccta tctttcttac tattatctta tcccaacaca tattaaacac 50 <210> 28 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC14A1 CpG probe <400> 28 cccactctaa tccttaattt tctcttctat aaaataaaaa cttaaactac 50 <210> 29 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PXDNL CpG probe <400> 29 aaaacacctt aaacaaacat ttccataata acctatacat caaaaatacc 50 <210> 30 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LIPC CpG probe <400> 30 ctaatactaa ctctacaaac attttctaca taactatcta tatacatacc 50 <210> 31 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LIPC CpG probe <400> 31 tctcaaacac ctaaaaactt ttaaaattat tattctttat caatctccac 50 <210> 32 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CHMP2B CpG probe <400> 32 actttaccca aaccattcca tttatatatc tctatataat taaaccctac 50 <210> 33 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CHMP2B CpG probe <400> 33 accattctta ttaaataaac tcatttaacc aaacaaaata actcaaactc 50 <210> 34 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CHMP2B CpG probe <400> 34 atatataata cactatacca aaccraacaa ctaaacaaca attctactcc 50 <210> 35 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CHMP2B CpG probe <400> 35 caaaacacac aaaaactcta aaatctaaaa tataacctct aatccccaac 50 <210> 36 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AIPL1 CpG probe <400> 36 ctcctaacta aataaatccc aaaatctcaa ccacctaaat atcttcccca 50 <210> 37 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SOS1 CpG probe <400> 37 taaaaaaatc ataactcact acacatacta cttatcttaa tatttcttac 50 <210> 38 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> APBB2 CpG probe <400> 38 ccrtcttcaa aactaaacta aaatctattt aatttctaca acaacaaatc 50 <210> 39 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CCDC77 CpG probe <400> 39 atttaactta acaaaatcra actaaattat catatctatt tctccaaccc 50 <210> 40 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CCDC77 CpG probe <400> 40 acctaataaa tctactataa ctaacatacc ctaaacaatc taaaatctcc 50 <210> 41 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SETD4 CpG probe <400> 41 aaatatatct cccacccaaa aatatttctt aaccaaatat aataactcac 50 <210> 42 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF117 CpG probe <400> 42 cctcattatc aaaaatatcc aaacaaccat aaaaactctt ataaacaaac 50 <210> 43 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF117 CpG probe <400> 43 acactttact acttaaaaat tctccctcct aataccctaa atcatcactc 50 <210> 44 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TLL1 CpG probe <400> 44 acccaaaact taaaaaatat aacrtatatt caaaactcaa ctacatcacc 50 <210> 45 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PGS1 CpG probe <400> 45 aatcacttta ctatatcacc ttaaatcaac tctaacttta tcttttacac 50 <210> 46 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PGS1 CpG probe <400> 46 cattaactct ataaccttaa ataaattatc tatccattct ctatctcaac 50 <210> 47 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PGS1 CpG probe <400> 47 caacaaatta ataaaataca ctaaaaacta caacacctac aacaaacatc 50 <210> 48 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OCA2 CpG probe <400> 48 rctaccttca craactaatt aaatattaaa tatctacraa ttttccaaac 50 <210> 49 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OCA2 CpG probe <400> 49 taaaaattat cctctctacc aaactaataa aacctactta aaccttatcc 50 <210> 50 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NR1I3 CpG probe <400> 50 tcaacacttt cataatacta caaatcatca aatttactaa aaacctaccc 50 <210> 51 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BTNL2 CpG probe <400> 51 acaacraaaa tatttataac ccttaacaat atctacacrt aaaacaaccc 50 <210> 52 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ADRA1B CpG probe <400> 52 tctttcctcc ccatctaaaa ctctaatata aaactaatat actattaaac 50 <210> 53 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ADRA1B CpG probe <400> 53 raccctaaat actcctaact tcraaaataa tttaaattcc ttaacataac 50 <210> 54 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CMTM1 CpG probe <400> 54 acaccaaacc taaatcatcc aaaacacctt caaaaaactt aaaacaacca 50 <210> 55 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GNA12 CpG probe <400> 55 accaaaaaac aaactcaaac tacacaactc aaaacttata aattttctac 50 <210> 56 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GNA12 CpG probe <400> 56 aataattccc tctttaaaaa acttcaaaca taactttaaa tttcacttac 50 <210> 57 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC38A7 CpG probe <400> 57 aaaataaaac tcataactaa acaaacaaaa caattctcca aaaatctaac 50 <210> 58 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ARHGEF10 CpG probe <400> 58 tcatctctaa accaaaataa ccctaacrca accatctaat taaaaaattc 50 <210> 59 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTPRN2 CpG probe <400> 59 ctatttacaa ataacractc rctcactaac ccatccaaaa cacattaaac 50 <210> 60 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZHX2 CpG probe <400> 60 cttaataaat aaaaactact atttttacta caactactac tactattatc 50 <210> 61 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> WNK2 CpG probe <400> 61 tctaataccc ttaacttaat ataattaaac rcaataaact taacaccctc 50 <210> 62 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KIAA0748 CpG probe <400> 62 acrtcatcca aactaaaaaa ctcaaaatct aaaacatcct acaaaacrac 50 <210> 63 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNX19 CpG probe <400> 63 aaaaatctcc ctataaaata aaacccccat aaacaataaa aactctaatc 50 <210> 64 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNX19 CpG probe <400> 64 tacttaatcc taactccaaa acccaaaaat tctataacct taaacaaatc 50 <210> 65 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNX19 CpG probe <400> 65 tataaaatca taactcttca atttctttaa tcctttaaaa atctcttccc 50 <210> 66 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNX19 CpG probe <400> 66 aaaaatcraa atccctatca tatcatttct tactcacatt acttccctac 50 <210> 67 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNX19 CpG probe <400> 67 cctaatactc aaccracaac tatcctaata tataaataac cctaactaac 50 <210> 68 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNX19 CpG probe <400> 68 ttaaccatct ttaataaccc atcctcaaaa acttccttca ccacaaaaac 50 <210> 69 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FTO CpG probe <400> 69 cttctcaaat cataacraaa caaaaatatc acrtaactct aaccaaaaac 50 <210> 70 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BRD1 CpG probe <400> 70 taaacattca ataaatacrc rtataacrca aaaacacaca aaaattctac 50 <210> 71 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BRD1 CpG probe <400> 71 ctacrtctaa aaattaactc aaaaaacaaa catatccttt aaaaaaaacc 50 <210> 72 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NPAS3 CpG probe <400> 72 tcctttatct tcttttcaaa ttcacttaaa cctataaaaa aaatcaacrc 50 <210> 73 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DLG1 CpG probe <400> 73 ccactataaa cctaaatacc taaactctaa ttataatcaa accatatccc 50 <210> 74 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CASD1 CpG probe <400> 74 caccttaatc aaacttcaat atctaaaatt atacatctat ataaattacc 50 <210> 75 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KIRREL3 CpG probe <400> 75 tatataaata accctacrat aaaaaaatat cctatcraaa actaactccc 50 <210> 76 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NSF CpG probe <400> 76 aaaaaatcct ctctatatac caaacatacc atactaaata ctacaaaaac 50 <210> 77 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SLC37A1 CpG probe <400> 77 tttactatat cccaataaac taaataaact actcccaaac aattaaaatc 50 <210> 78 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CHTF18 CpG probe <400> 78 actcaaaaca actaaaaaac ctcctaccac accaaaaaaa accctctaca 50 <210> 79 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> C1orf52 CpG probe <400> 79 tatcctcata tatattaaac cattttatta ccatatcaaa ctctaaaaac 50 <210> 80 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> C1orf52 CpG probe <400> 80 ccctcctata acctatctaa aaactttcca aaacacacta aaataaatac 50 <210> 81 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> C16orf45 CpG probe <400> 81 cactttcrca aacacaaata cattcaaccc tcaccaaaaa actaaattac 50 <210> 82 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NHSL2 CpG probe <400> 82 aacctccaca taacaaatat aaccctacac aaaaaattaa atacccttca 50 <210> 83 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CAPZB CpG probe <400> 83 aaccactcta aaaaataaat ctataacctt ctacaactcc aaaaaacaac 50 <210> 84 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MAN2B1 CpG probe <400> 84 rtaatactaa aacacaacca tcrcctcatc tactcataaa caataaatcc 50 <210> 85 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MAN2B1 CpG probe <400> 85 aaaaaacacr ataaaatcta tcctataaaa acacraatcc cttaaaaaac 50 <210> 86 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SNHG22 CpG probe <400> 86 aactatcatt ccaacactat cacaattact atcacataca aaaatcaaac 50 <210> 87 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTPN14 CpG probe <400> 87 acrttaattc cctcatctat aaaataaaaa caataactac atatcacrac 50 <210> 88 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTPN14 CpG probe <400> 88 taaacaaaat ctctcaccaa aaccacaaaa ccraaataaa ctataaaaac 50 <210> 89 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTPN14 CpG probe <400> 89 atccctaaat atcctaaaaa ccaactttac aaaaaataac aaaaaacctc 50 <210> 90 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PTPN14 CpG probe <400> 90 ctccaaccac acaaaaaccc ataacaaaac aataaaaaaa aactcaaaca 50 <210> 91 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> COL4A2 CpG probe <400> 91 atttcctata crtctaaaat aattttaaaa aaatctcttt tacccataac 50 <210> 92 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZHX2 CpG probe <400> 92 ttattaaatc atcraaacct aaaacaatac ctaactccta ctaaacaaac 50 <210> 93 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LOC152225 CpG probe <400> 93 ccttactttt ctattctatt aactttcctc ctaaatctaa aattaacaac 50 <210> 94 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LOC152225 CpG probe <400> 94 acttattaaa taaattcttc acctctacac ccatattttc tatttctaac 50 <210> 95 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MTCL1 CpG probe <400> 95 cttcaatctc tcaaaaaatc tacaaaataa tattcacaca acatcrctac 50 <210> 96 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MTCL1 CpG probe <400> 96 acttaaattc aaaaattcrt aatcaaccta accaatatta taaaacaccc 50 <210> 97 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KAT6B CpG probe <400> 97 atacattcta taataaaaca aataatcctc aaacaacrac aaacaaaacc 50 <210> 98 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KAT6B CpG probe <400> 98 ccaacaaaaa cccaaaacaa caaaacctta ttatatactt aaaactatcc 50 <210> 99 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LOC101927973 CpG probe <400> 99 ctactacaaa cacaactaaa acctttccta ctaaaaacta acacaaatac 50 <210> 100 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LOC101927973 CpG probe <400> 100 ctcacaccac taacccccac accttacata aactaaacaa atatataaca 50 <210> 101 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LOC101927973 CpG probe <400> 101 cactaattta aacattacta tcccaattaa tatttaaata atcacaaccc 50 <210> 102 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LINC00669 CpG probe <400> 102 aactaataaa caccaaacca aaactaaaat ttaaaacatc aactcacctc 50 <210> 103 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LINC00669 CpG probe <400> 103 taatacaaat aatacattca tacctaactt attacaccat ctaaataacc 50 <210> 104 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD44 CpG probe <400> 104 attacaataa actaaaatta tacctctaca ttacaactta acaacaaaac 50 <210> 105 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ODZ4 CpG probe <400> 105 aattcaaact acctcaaata aactaaatca cttaaaacca atcattcccc 50 <210> 106 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MKX CpG probe <400> 106 attttaaact ctccaaacra ttctaatact cactaatatt aaaccttctc 50 <210> 107 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CELF4 CpG probe <400> 107 aatctcacca ttcttacacc tcaacataaa ctcraaataa aatacrtatc 50 <210> 108 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TLE4 CpG probe <400> 108 aactataatc tcacaattta ccrtttttac aaaaaacctc ttttattttc 50 <210> 109 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TLE4 CpG probe <400> 109 tatatatatt tctttaaaat tttatcacrt ataacttcat ataacttacc 50 <210> 110 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TLE4 CpG probe <400> 110 tttctcctaa acttaaaact aactcttaac actaatttac tacaactacc 50 <210> 111 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNAJB6 CpG probe <400> 111 craactaaaa cataaattca acctccttat accrtctcta aatattttac 50 <210> 112 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRRC27 CpG probe <400> 112 acratacaaa ttcctcccct aattcctcat aaacaaaata ctataaaatc 50 <210> 113 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BNIP3 CpG probe <400> 113 cataatctca accccaaaaa acttccttcc tatacccaaa aaatatatac 50 <210> 114 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DYNC2H1 CpG probe <400> 114 aactaactat ataacacaaa atataaccta ccactataaa caccctatac 50 <210> 115 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> POLR1B CpG probe <400> 115 catctaaaat catactataa cctcccaacc acctccctaa aattaacctc 50 <210> 116 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF673 CpG probe <400> 116 aaaaaacttc aacctcccta caaacaaaaa ctaaaccact aaaaaatcca 50 <210> 117 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF673 CpG probe <400> 117 tatactcatc aaaaaataat cctaataaaa ttctcttatt ccaaccttcc 50 <210> 118 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF673 CpG probe <400> 118 taattacaac ttaatacctc acttaaaaat ttacaaaatc tctactctcc 50 <210> 119 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ZNF673 CpG probe <400> 119 aaccacatat cttcctacta aaacaactac ctcaataatt tttttttaac 50 <210> 120 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PDE11A CpG probe <400> 120 acataatcaa ttaaaatcta aaaccctcta taacaaacaa aaatacacac 50 <210> 121 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AKR1B1 CpG probe <400> 121 acaatcaata acraaactaa tctctataac caaataatat ccatatctcc 50 <210> 122 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SEC24D CpG probe <400> 122 atattcrtac cracttccta aatactctta attaaataaa cttaaccaac 50 <210> 123 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SEC24D CpG probe <400> 123 ataaaaaaaa acacccaata tacttcctct taaaatacaa cratataacc 50 <210> 124 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PCCA CpG probe <400> 124 tccttcactt tattatatta acaaaaacac tttatcacaa attccaaaac 50 <210> 125 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CSMD1 CpG probe <400> 125 aaacccaaaa cctcaacaac tatataaaaa caccrtctta aaaacaaaac 50 <210> 126 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OR52M1 CpG probe <400> 126 ctaaacttaa aatatactac attaaacttc ttacacrctc ctcacctttc 50 <210> 127 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OR52M1 CpG probe <400> 127 tattccctat ccrtttctat caacaaatac ttcatactaa taaatctaac 50 <210> 128 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> XRCC2 CpG probe <400> 128 aaaaaaatac tattaattcc cctaaaattt aaaactttaa aactaaacac 50 <210> 129 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ATP13A5 CpG probe <400> 129 ttttttcttc taacctatca taatccacca ttcaaaaaac ctattactac 50 <210> 130 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ATP13A5 CpG probe <400> 130 taataaaatt cacrttaaat aacattccta ttctataatc tatcacatac 50 <210> 131 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ATP13A5 CpG probe <400> 131 acraataaat ctactaatta aaaccaccaa tcaataccat ttatctcrac 50 <210> 132 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TRIOBP CpG probe <400> 132 rtattaaact aacaaaactc ccaaaactca acacctttaa aaatatacac 50 <210> 133 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TRIOBP CpG probe <400> 133 atcttattca tcccctcttc tacttaacac atactataaa ttttacttac 50 <210> 134 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HLA-DPB2 CpG probe <400> 134 ctcaaacata tactaaatca ttactacttc tatatacaca tacacctacc 50 <210> 135 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HIST1H3B CpG probe <400> 135 tacattttct tataacratt ttcccttatc aaaaataatt atatctaatc 50 <210> 136 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HIST1H3B CpG probe <400> 136 ataaatcaat ttcrattcca acaaacraca aaaatcctat taatacctcc 50 <210> 137 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HIST1H3B CpG probe <400> 137 ccttctaata catacaacta ttcttatctc cttaacratc cctcaataac 50 <210> 138 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CDH23 CpG probe <400> 138 cctatacaca ataaaacaaa tacaactcaa ccctaaatct taaacraatc 50 <210> 139 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> MED16 CpG probe <400> 139 aataacctat aacaaataaa actacrtata aaatatactc ccaaaaaccc 50 <210> 140 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HLA-DPB1 CpG probe <400> 140 tcactaatta atacctctac aaaatcttaa taacaatttt taccaattac 50 <210> 141 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HLA-DPB1 CpG probe <400> 141 tttacttact atctataact actttcctac tacaataaca aaactaaaac 50 <210> 142 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SERPINB5 CpG probe <400> 142 accaccaaaa caaaacaaaa caaaacataa aactaaacta acaataaaca 50 <210> 143 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SERPINB5 CpG probe <400> 143 aaaactatat atttaaaaaa actaaaaccc tatccactac actcaaaaca 50 <210> 144 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SERPINB5 CpG probe <400> 144 aaataataca cctaaataac rcacttacca taaacraaac ttacaaaaac 50 <210> 145 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GNB2L1 CpG probe <400> 145 acaaaaaata ttttaaaaat ttccaactct ccaaccctcc taacaactac 50 <210> 146 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ADAMTS19 CpG probe <400> 146 acrtccaaaa cacaaaaaat aaactcatct cctaattcrc caaaaaactc 50 <210> 147 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> PDE11A CpG probe <400> 147 tactaataac tcactacaca taatcaccat aaaccttaaa atttaaattc 50 <210> 148 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> IL1F10 CpG probe <400> 148 aaccccaaca ctatttatct aactacaaac ccactaataa cataatcaac 50 <210> 149 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> C3orf21 CpG probe <400> 149 aaaaaaccct atccttcccc caaatctaaa aaccccaaaa acaaaacaca 50 <210> 150 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DISC1 CpG probe <400> 150 aaaaaatact ataaattaat ctccaaatca caactctttc aattatatac 50 <210> 151 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> KCNMA1 CpG probe <400> 151 taccaatttt attttcaaaa actataaaaa caatctaatc aatttctatc 50 <210> 152 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HLA-DPB1 CpG probe <400> 152 actccaaact aacctactcc tatcaaaaaa tattaaacaa aatacctctc 50 <210> 153 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HLA-DPB1 CpG probe <400> 153 ccratcccat crttttctta tctttattcc taataaaaat ttaaaattac 50 <210> 154 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TCERG1L CpG probe <400> 154 accttcccta aaattataaa aaaccaaact ataacrtatt tttaaaaaac 50 <210> 155 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TCERG1L CpG probe <400> 155 tatctctaat cctaataaat ccaatctaaa cctaaaataa tcaaaaccac 50 <210> 156 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NCOR2;NCOR2 CpG probe <400> 156 tacaacaaaa aacaccaaca acacccaaaa caaataacaa taaaaaaaca 50 <210> 157 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BCYRN1 CpG probe <400> 157 craaaaacaa aacctaaact ttcctcattt caaacacaaa catatacaac 50 <210> 158 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BCYRN1 CpG probe <400> 158 aaaacacaac cacctataat cctctacata ttacatataa ttactttcac 50 <210> 159 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BCYRN1 CpG probe <400> 159 aatactttcc aaaaaaatta aatacaaaaa taacccaaat aaactaaaac 50 <210> 160 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BCYRN1 CpG probe <400> 160 atacaaaaaa ttatccacat tcatatttaa ctatacaaaa aacaaaacac 50 <210> 161 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GALNT2 CpG probe <400> 161 ttcccactct aacttacata aaaaaccaaa tttaactttt taccaactac 50 <210> 162 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GALNT2 CpG probe <400> 162 aaaccaaacc ttttctacac rtccaaaaaa aacataacrt tctaatactc 50 <210> 163 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> SCARA3 CpG probe <400> 163 ttcatccaaa aacaaacaca aacaaactat aacacaaaaa ctaacaatac 50 <210> 164 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> OR52B4 CpG probe <400> 164 aacattcttt acratatcac caaaaactta taacatattc cataatcttc 50 <210> 165 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HLA-B CpG probe <400> 165 aactacaaaa aacaacaatc ataaacaaat tctaattaat cataataaac 50 <210> 166 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HLA-B CpG probe <400> 166 acaataaaaa caataaacat atctaaaata ccaacaatat acttaatacc 50 <210> 167 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HLA-B CpG probe <400> 167 ttctctttcc atctctaaaa caacaaacaa atcctccctc ttaccaaata 50

Claims

피험자의 샘플에서 APBB2(Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2, 아밀로이드 베타 A4 전구체 단백질-결합 패밀리 B 멤버 2), CASD1(CAS1 domain containing 1, CAS1 도메인 포함 1), SOS1(SOS Ras/Rac guanine nucleotide exchange factor 1, SOS Ras/Rac 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 1), DISC1(Disrupted in schizophrenia 1, 정신 분열증 1), ZNF117(Zinc finger protein 117, 징크 핑거 단백질 117), TLE4(Transducin-like enhancer protein 4, 트랜스듀신-유사 인핸서 단백질 4), BCYRN1(Brain cytoplasmic RNA 1, 브레인 사이토플라스믹 RNA 1), TLL1(Tolloid-like protein 1, 톨로이드-유사 단백질 1), PTPN14(Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14, 티로신-단백질 포스파타제 비-수용체 유형 14), BRD1(Bromodomain containing 1, 브로모도메인 포함 1), ARHGEF10(Rho guanine nucleotide exchange factor 10, Rho 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 10), PDE11A(Phosphodiesterase 11A, 포스포디에스터라제 11A), SLC37A1(Solute carrier family 37 member 1, 용질 운반체 패밀리 37 멤버 1), SNHG22(Small nucleolar RNA host gene 22, 소핵 RNA 숙주 유전자 22), KAT6B(Lysine acetyltransferase 6B, 리신 아세틸트랜스퍼라제 6B), NHSL2(NHS like 2, NHS 유사 2), CHMP2B(Charged multivesicular body protein 2B, 하전된 다포체 단백질 2B), POLR1B(RNA polymerase I subunit B, RNA 중합효소 I 서브유닛 B), ZHX2(Zinc fingers and homeoboxes 2, 징크 핑거와 호메오박스 2), CSMD1(CUB and Sushi multiple domains 1, CUB와 스시 복합 도메인 1), PTPRN2(Protein tyrosine phosphatase receptor type N2, 단백질 티로신 포스파타제 수용체 유형 N2) 및 LRRC27(leucine rich repeat containing 27, 류신 풍부 반복 포함 27)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 알레르기 비염 진단용 조성물.
제1항에 있어서,
상기 측정 제제는 서열번호 1 내지 24로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열, 또는 서열번호 1 내지 24로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열과 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것인, 알레르기 비염 진단용 조성물.
제1항에 있어서,
상기 샘플은 피험자의 조직, 세포, 혈액, 혈장, 대변 및 소변으로 이루어진 군으로부터 하나 이상인, 알레르기 비염 진단용 조성물.
제3항에 있어서,
상기 샘플은 피험자의 비강 조직인, 알레르기 비염 진단용 조성물.
제1항에 있어서,
상기 측정 제제는 상기 유전자의 비메틸화 사이토신 염기를 변형시키는 화합물; 메틸화 민감성 제한효소; 또는 상기 유전자의 메틸화 또는 비메틸화된 대립형질 서열에 특이적인 프라이머인, 알레르기 비염 진단용 조성물.
제5항에 있어서,
상기 측정 제제는 서열번호 25 내지 167로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열, 또는 서열번호 25 내지 167로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 서열과 혼성화 가능한 서열로 표시되는 것인, 알레르기 비염 진단용 조성물.
제1항 내지 제6항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는, 알레르기 비염 진단용 키트.
제7항에 있어서,
상기 키트는 피험자의 샘플로부터 얻어진 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 낮은 경우 알레르기 비염인 것으로 진단하는 것인, 키트.
제7항에 있어서,
상기 키트는 피험자의 샘플로부터 얻어진 BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 높은 경우 알레르기 비염인 것으로 진단하는 것인, 키트.
피험자의 샘플로부터 게놈 DNA를 추출하는 단계; 및
상기 추출된 게놈 DNA에서 APBB2(Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2, 아밀로이드 베타 A4 전구체 단백질-결합 패밀리 B 멤버 2), CASD1(CAS1 domain containing 1, CAS1 도메인 포함 1), SOS1(SOS Ras/Rac guanine nucleotide exchange factor 1, SOS Ras/Rac 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 1), DISC1(Disrupted in schizophrenia 1, 정신 분열증 1), ZNF117(Zinc finger protein 117, 징크 핑거 단백질 117), TLE4(Transducin-like enhancer protein 4, 트랜스듀신-유사 인핸서 단백질 4), BCYRN1(Brain cytoplasmic RNA 1, 브레인 사이토플라스믹 RNA 1), TLL1(Tolloid-like protein 1, 톨로이드-유사 단백질 1), PTPN14(Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14, 티로신-단백질 포스파타제 비-수용체 유형 14), BRD1(Bromodomain containing 1, 브로모도메인 포함 1), ARHGEF10(Rho guanine nucleotide exchange factor 10, Rho 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 10), PDE11A(Phosphodiesterase 11A, 포스포디에스터라제 11A), SLC37A1(Solute carrier family 37 member 1, 용질 운반체 패밀리 37 멤버 1), SNHG22(Small nucleolar RNA host gene 22, 소핵 RNA 숙주 유전자 22), KAT6B(Lysine acetyltransferase 6B, 리신 아세틸트랜스퍼라제 6B), NHSL2(NHS like 2, NHS 유사 2), CHMP2B(Charged multivesicular body protein 2B, 하전된 다포체 단백질 2B), POLR1B(RNA polymerase I subunit B, RNA 중합효소 I 서브유닛 B), ZHX2(Zinc fingers and homeoboxes 2, 징크 핑거와 호메오박스 2), CSMD1(CUB and Sushi multiple domains 1, CUB와 스시 복합 도메인 1), PTPRN2(Protein tyrosine phosphatase receptor type N2, 단백질 티로신 포스파타제 수용체 유형 N2) 및 LRRC27(leucine rich repeat containing 27, 류신 풍부 반복 포함 27)로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준을 측정하는 단계;
를 포함하는, 알레르기 비염 진단을 위한 정보제공방법.
제10항에 있어서,
상기 정보제공방법은 상기 피험자의 상기 유전자의 메틸화 수준과 대조군의 메틸화 수준을 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 알레르기 비염 진단을 위한 정보제공방법.
제11항에 있어서,
상기 정보제공방법은 피험자의 상기 APBB2, CASD1, SOS1, DISC1, ZNF117, TLE4, TLL1, PTPN14, BRD1, ARHGEF10, PDE11A, SNHG22, KAT6B, NHSL2, CHMP2B, POLR1B 및 ZHX2로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 낮은 경우 알레르기 비염일 가능성이 높은 것으로 판별하는 단계를 추가로 포함하는, 알레르기 비염 진단을 위한 정보제공방법.
제11항에 있어서,
상기 정보제공방법은 피험자의 상기 BCYRN1, SLC37A1, CSMD1, PTPRN2 및 LRRC27로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 메틸화 수준이 대조군에 비하여 높은 경우 알레르기 비염일 가능성이 높은 것으로 판별하는 단계를 추가로 포함하는, 알레르기 비염 진단을 위한 정보제공방법.
제10항에 있어서,
상기 샘플은 피험자의 조직, 세포, 혈액, 혈장, 대변 및 소변으로 이루어진 군으로부터 하나 이상인, 알레르기 비염 진단을 위한 정보제공방법.
제14항에 있어서,
상기 샘플은 피험자의 비강 조직인, 알레르기 비염 진단을 위한 정보제공방법.