KR102134936B1 - Crz1 돌연변이체 진균 세포 - Google Patents

Crz1 돌연변이체 진균 세포 Download PDF

Info

Publication number
KR102134936B1
KR102134936B1 KR1020157010030A KR20157010030A KR102134936B1 KR 102134936 B1 KR102134936 B1 KR 102134936B1 KR 1020157010030 A KR1020157010030 A KR 1020157010030A KR 20157010030 A KR20157010030 A KR 20157010030A KR 102134936 B1 KR102134936 B1 KR 102134936B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
crz1
host cell
ser
endogenous
polypeptide
Prior art date
Application number
KR1020157010030A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20150077412A (ko
Inventor
보 지앙
준 주앙
Original Assignee
머크 샤프 앤드 돔 코포레이션
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 머크 샤프 앤드 돔 코포레이션 filed Critical 머크 샤프 앤드 돔 코포레이션
Publication of KR20150077412A publication Critical patent/KR20150077412A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR102134936B1 publication Critical patent/KR102134936B1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P21/00—Preparation of peptides or proteins
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/80—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/37—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from fungi
    • C07K14/39—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from fungi from yeasts
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/80—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
    • C12N15/81—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi for yeasts
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/80—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
    • C12N15/81—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi for yeasts
    • C12N15/815—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi for yeasts for yeasts other than Saccharomyces
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/1048—Glycosyltransferases (2.4)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/1048—Glycosyltransferases (2.4)
    • C12N9/1051—Hexosyltransferases (2.4.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/1085—Transferases (2.) transferring alkyl or aryl groups other than methyl groups (2.5)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1205—Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor (2.7.1), e.g. protein kinases
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/24—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2)
    • C12N9/2402—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2) hydrolysing O- and S- glycosyl compounds (3.2.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P21/00—Preparation of peptides or proteins
    • C12P21/02—Preparation of peptides or proteins having a known sequence of two or more amino acids, e.g. glutathione
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/10—Immunoglobulins specific features characterized by their source of isolation or production
    • C07K2317/14—Specific host cells or culture conditions, e.g. components, pH or temperature

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 피키아 파스토리스(Pichia pastoris)와 같은 CRZ1 돌연변이체 진균 숙주세포를 제공한다. 돌연변이체 진균 숙주세포는 면역글로불린과 같은 이종 폴리펩티드의 온도-저항성, 증진된 발효 강건성 및 증가된 발현을 나타낸다. 그러한 돌연변이체 진균 숙주세포를 사용하여 면역글로불린과 같은 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법은 본 발명의 범위내에 들어온다.

Description

CRZ1 돌연변이체 진균 세포{CRZ1 MUTANT FUNGAL CELLS}
본 출원은 2012년 10월 22일에 출원된 미국 가출원 61/716,670을 우선권 주장하며, 상기 출원은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
본 발명은 CRZ1 돌연변이체 대립유전자 및 그러한 대립유전자를 포함하는 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 파스토리스(Pichia pastoris)와 더불어 그의 사용 방법에 관한 것이다.
GlycoFi는 피키아로 하여금 인간-유사 당화를 갖는 재조합 당단백질을 생산하도록 조작된다. 그러나, 다방면에 걸친 유전자 변형은 또한 세포벽 구조에 근본적 변화를 초래하여서, 이들 당-조작된 균주에게 세포 용해 및 발효중 감소된 세포 강건성(robustness)의 소지를 심어주게 된다. 이들 바람직하지 않은 형질은 세포 생존성의 실질적 감소 및 발효 브로스중으로의 세포내 프로테아제 누출의 현저한 증가를 가져오며, 그에 따라 재조합 생성물 수율과 품질 양쪽 모두의 감소로 귀결된다. 진균 당화 경로에서의 폴리펩티드인 기능성 OCH1이 결여되어 있는, 단리된 진균 숙주세포, 예컨대 캔디다 알비칸스(Candida albicans); 한세눌라 폴리모르파(Hansenula polymorpha); 스키조사카로마이세스 폼베(Schizosaccharomyces pombe); 사카로마이세스 세레비지애(Saccharomyces cerevisiae); 피키아 파스토리스는 온도-감수성인 것으로 알려져 있다. 예를 들어, 캔디다 알비칸스 och1 녹아웃은 42℃에서 온도-감수성이고 (Bates et al., Outer Chain N-Glycans Are Required for Cell Wall Integrity and Virulence of Candida albicans, The Journal of Biological Chemistry 281: 90-98 (2006)); 한세눌라 폴리모르파 och1 녹아웃은 45℃에서 온도-감수성이며 (Kim et al., Functional Characterization of the Hansenula polymorpha HOC1, OCH1, and OCR1 Genes as Members of the Yeast OCH1 Mannosyltransferase Family Involved in Protein Glycosylation, The Journal of Biological Chemistry, 281: 6261-6272 (2006)); 스키조사카로마이세스 폼베 och1 녹아웃은 37℃에서 온도-감수성이며 (Yoko-o et al., Schizosaccharomyces pombe och1+ encodes alpha-1,6-mannosyltransferase that is involved in outer chain elongation of N-linked oligosaccharides, FEBS Letters 489: 75-80 (2001)); 사카로마이세스 세레비지애 och1 녹아웃은 37℃에서 온도-감수성이며 (Nakayama et al., OCH1 encodes a novel membrane bound mannosyltransferase: outer chain elongation of asparagine-linked oligosaccharides, EMBO J. 11(7):2511-9 (1992)); 피키아 파스토리스 och1 녹아웃은 37℃에서 온도-감수성이다 (Choi et al., Use of combinatorial genetic libraries to humanize N-linked glycosylation in the yeast Pichia pastoris, Proc Natl Acad Sci U S A. 100(9):5022-7 (2003)). och1 - 진균 숙주세포 (예를 들어, 피키아 세포)를 세포 배양에서 보다 강건하게 하기 위한 부가적인 유전자 변형은 가치있을 것이다.
피키아 배양 강건성을 증가시키기 위한 유전자 변형용으로 전망이 흐린 후보자는 징크 핑거 전사인자인 CRZ1이다. CRZ1은 다수의 사카로마이세스 세레비지애 원형질막 및 세포벽 조절 유전자를 조절하는 것으로 알려져 있다 (Cyert, Biochemical and Biophysical Research Communications 311:1143-1150 (2003)). CRZ1의 돌연변이에 기인한 원형질막 및 세포벽 합성의 교란은 피키아 세포를 보다 덜 강건하게 할 것으로 예상되었을 것이다. 사카로마이세스 세레비지애 CRZ1의 발표된 특징은 통상의 기술자로 하여금 기능성 CRZ1이 결여되어 있는 피키아 세포는 고온 스트레스하에 놓일 때보다 덜 생존적이고 보다 덜 강건하리라고 예측하도록 인도하였을 것이다 (Matheos et al., Genes & Development 11:3445-3458 (1997); Stathopoulos et al., Genes & Development 11: 3432-3444 (1997)).
본 발명은 기능성 CRZ1 폴리펩티드가 결여되어 있고; 임의로는 면역글로불린과 같은 이종 폴리펩티드를 코딩하는 (예를 들어, 메탄올-유도성 프로모터와 같은 프로모터에 작동가능하게 연결된) 이종 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단리된 진균 숙주세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스와 같은 피키아)를 제공하며, 예를 들어 여기에서 세포는 기능성 CRZ1을 발현하는 세포와 비교하여, 이종 폴리펩티드, 예컨대 면역글로불린의 증가된 발효 강건성 및 생산을 보이고, 예를 들어 여기에서 내생성 CRZ1은 돌연변이, 붕괴 또는 부분적으로 또는 완전히 결실된다. 본 발명의 실시양태에서, (i) 내생성 CRZ1은 L33→정지; Q214→정지; L294→정지; S298→정지; E403→G; F406→S; F406→L; C411→F; 및 K469→N으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 돌연변이, 내생성 CRZ1의 붕괴, 완전한 내생성 CRZ1 결실, (예를 들어, CRZ1 폴리펩티드의 33aa-말단, 214aa-말단, 294-말단, 298-말단을 결실시키는) 부분적인 내생성 CRZ1 결실을 포함하는 폴리펩티드를 코딩하거나; 또는 (ii) 내생성 CRZ1은 a1407c; g1232t; t1216c; t1217c; a1208g; c893a; t881g; c640t; 및 t98a로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 돌연변이를 포함하거나; 또는 (iii) 내생성 CRZ1은 기능성 C-말단 징크 핑거 도메인을 코딩하지 않는다. 본 발명의 실시양태에서, 단리된 진균 숙주세포는 하기 특징 (i) 내지 (xiv) 중 1개 이상 (예를 들어, 임의의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14개)을 또한 포함한다: (i) 1개 이상의 내생성 β-만노실트랜스퍼라제 유전자가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨; (ii) α-1,2 만노시다제, α-1,3 만노시다제, 또는 α-1,6 만노시다제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함함; (iii) 1개 이상의 내생성 포스포만노실트랜스퍼라제가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨; (iv) 단일-서브유닛 올리고사카릴트랜스퍼라제 (예를 들어, 레이쉬마니아 종(Leishmania sp.) STT3D)를 포함함; (v) 내생성 돌리콜(dolichol)-P-Man 의존적 α-1,3-만노실트랜스퍼라제 (예를 들어, ALG3)가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨; (vi) 엔도만노시다제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함함; (vii) 2기능성 UDP-N-아세틸글루코사민-2-에피머라제/N-아세틸만노사민 키나제, N-아세틸뉴라미네이트-9-포스페이트 신타제, 또는 CMP-시알산 신타제를 코딩하는 1개 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함함; (viii) 내생성 ATT1 유전자가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨; (ix) α-1,6-만노실트랜스퍼라제 (예를 들어, OCH1)가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨; (x) 갈락토실트랜스퍼라제, 예를 들어 α-1,3-갈락토실트랜스퍼라제 또는 β-1,4-갈락토실트랜스퍼라제를 포함함; (xi) 뉴클레오티드 당 수송체, 예를 들어 UDP-갈락토스 수송체 (DmUGT)를 포함함; (xii) 시알릴트랜스퍼라제, 예를 들어 α-2,6-시알릴트랜스퍼라제 (MmST6-33)를 포함함; (xiii) 아세틸글루코사미닐트랜스퍼라제, 예를 들어 GNT1 또는 GNT2 또는 GNT4를 포함함; 및/또는 (xiv) 1개 이상의 내생성 프로테아제 유전자 (예를 들어, PEP4 및 PRB1)가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨. 본 발명은 내생성 CRZ1과 상동 재조합되고 내생성 CRZ1이 부분적으로 또는 완전히 결실되거나 또는 내생성 CRZ1이 붕괴된 이종 폴리뉴클레오티드를 세포 내로 도입하는 단계를 포함하는 본 발명의 단리된 진균 숙주세포를 제조하는 방법을 그러한 방법에 의하여 생산된 단리된 진균 숙주세포와 함께 또한 제공한다.
본 발명은 L33→정지; Q214→정지; L294→정지; S298→정지; E403→G; F406→S; F406→L; C411→F; 및 K469→N으로 이루어진 군으로부터 선택된 돌연변이를 포함하는 서열 3에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드를 코딩하고; 예를 들어 a1407c; g1232t; t1216c; t1217c; a1208g; c893a; t881g; c640t; 및 t98a로 이루어진 군으로부터 선택된 돌연변이를 포함하는 서열 2의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 단리된 폴리뉴클레오티드를 또한 제공한다. 그러한 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단리된 벡터 역시 본 발명의 일부를 형성한다. 그러한 폴리뉴클레오티드에 의하여 코딩된 단리된 폴리펩티드도 또한 본 발명의 일부이다.
본 발명은 진균 세포내 내생성 CRZ1 유전자중으로 L33→정지; Q214→정지; L294→정지; S298→정지; E403→G; F406→S; F406→L; C411→F; 및 K469→N으로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리펩티드를 코딩하는 돌연변이를 도입하는 단계를 포함하는, 고온 (예를 들어, 32℃)에서 향상된 생존성을 갖는 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스와 같은 피키아)를 생산하는 방법을 또한 제공한다.
본 발명은 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스와 같은 피키아) (예를 들어, 본원에 논의된 것들 중 어느 것)중으로 도입하는 단계; (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 (예를 들어, 24℃에서) 배양하는 단계; 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드 (예를 들어, 면역글로불린 폴리펩티드)를 생산하는 방법을 또한 제공한다. 본 발명의 실시양태에서, 이종 폴리펩티드를 코딩하는 이종 폴리뉴클레오티드는 메탄올-유도성 프로모터에 작동가능하게 연결되고, 여기에서 단리된 진균 숙주세포는 메탄올의 존재하에 이종 폴리펩티드의 발현에 호적한 조건하에서 배양된다.
도 1: 향상된 발효 강건성 및 Fc 역가를 보이는 온도-저항성 돌연변이체.
도 2(a-c): 돌연변이유발시킨 피키아 파스토리스 균주의 계통도.
도 3: 온도-저항성 돌연변이체의 N-글리칸 프로파일. G0 = GlcNac에 의하여 종결된 N-글리칸; G1 = 단일 갈락토스-종결 N-글리칸; G2 = 이중 갈락토스-종결 N-글리칸; A1 = 단일 시알산-종결 N-글리칸; A1H = A1 하이브리드, 하이브리드 구조를 갖는 단일 시알산-종결 N-글리칸; A2 = 이중 시알산-종결 N-글리칸; M5 = Man5; M6+ = Man6+.
도 4: 온도-저항성 돌연변이체의 심층 서열분석은 Pp02g02120 (CRZ1)에서 다수의 돌연변이 및 Pp01g00680 (ATT1)에서 두 돌연변이를 동정해내었으며, 동그라미를 친 "+" 기호에 해당한다.
도 5: 돌연변이된 단백질 Pp02g02120은 스트레스 반응에 관여하는 사카로마이세스 세레비지애 CRZ1 징크 핑거 전사인자와 상동이었다. 다양한 단리된 돌연변이체 PpCRZ1 대립유전자를 나타내었다. "*"는 표시된 돌연변이의 위치를 나타낸다.
도 6: 플라스미드 pGLY12829.
도 7: 플라스미드 pGLY12832.
도 8: 피키아 파스토리스 CRZ1 결실 및 절단에 대하여 구축된 DNA 구축물.
도 9: 피키아 파스토리스 CRZ1 결실 및 절단 돌연변이체는 32℃에서 향상된 발효 강건성을 나타내었다.
도 10: 피키아 파스토리스 CRZ1 결실은 34℃에서 att1 돌연변이체 균주에서의 발효 강건성을 더욱 향상시킨다.
예상한 바와는 반대로, 기능성 CRZ1이 결여되어 있는 피키아 파스토리스 세포는 증진된 온도-저항성 및 증가된 강건성을 나타내었다.
균주 품질을 폭넓게 향상시키기 위하여, 무작위 돌연변이유발을 수행하였고 현저히 향상된 발효 강건성을 보유한 몇몇 온도-저항성 돌연변이체 피키아 파스토리스 균주가 동정되었다. 비-돌연변이유발 당조작된 양친 균주는 온도-감수성 표현형을 보이고 (Choi et al., 2003), 32℃에서의 유도 후 40 내지 60시간 동안 생존 가능한 반면에, 돌연변이체는 전부 32℃에서의 유도 후 90 내지 110시간 지속하였다. 이러한 연장된 유도기간은 이들 온도-저항성 균주로부터 발현된 재조합 단백질의 수율과 품질을 현저히 증가시켰다. 이러한 증가된 열 내성 및 발효 강건성의 원인이 되는 돌연변이를 밝혀내기 위하여, 9개 독립적으로 단리된 돌연변이체에 대한 게놈-서열분석을 수행하였고, 돌연변이체당 독특한 오픈 리딩 프레임 (ORF)내 비-동의(non-synonymous) 돌연변이가 동정되었다. 현저하게, 모든 9개 돌연변이체는 1개 유전자, 피키아 파스토리스 CRZ1의 코딩 영역내에 독특한 돌연변이를 함유하였다. 보다 중요하게는, 피키아 파스토리스 CRZ1 돌연변이는 3개 돌연변이체 YGLY29010, YGL29031 및 YGL29042에서 검출된 유일한 비-동의 단일-뉴클레오티드-변이 (SNV)이었다. 종합하면, 이들 게놈-서열분석 결과는 피키아 파스토리스 CRZ1 유전자내 돌연변이가 온도-저항성 및 발효 강건성 표현형의 원인이었음을 보여준다. 또한, 내생성 CRZ1이 돌연변이되었고, 따라서 기능성 CRZ1 단백질이 결여된 비-돌연변이유발 당-조작된 균주도 마찬가지로 32℃에서의 유도 후 90 내지 110시간 동안 생존성을 나타내었다.
"CRZ1wt" 진균 숙주세포는 야생형 CRZ1을 포함한다.
"PpCRZ1"은 피키아 파스토리스 CRZ1이다.
"ScCRZ1"은 사카로마이세스 세레비지애 CRZ1이다.
단리된 진균 세포, 예컨대 피키아, 예를 들어 피키아 파스토리스의 성장에 관하여 고온은 28℃, 29℃ 또는 30℃ 초과, 예를 들어 32℃이다.
이종 폴리뉴클레오티드는 진균 숙주세포중으로 도입되고 이종 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드이다. 예를 들어, 이종 폴리뉴클레오티드는 예를 들어 항체 또는 그의 항원-결합 단편으로부터의, 예를 들어 완전 인간 항체, 인간화 항체, 키메라 항체, 이중특이성 항체, 항체의 항원-결합 단편, 예컨대 Fab 항체 단편, F(ab)2 항체 단편, Fv 항체 단편, 단일 쇄 Fv 항체 단편 또는 dsFv 항체 단편으로부터의 예를 들어 경쇄 또는 중쇄 가변 도메인 및 임의로는 항체 불변 도메인을 포함하는 면역글로불린 중쇄 또는 면역글로불린 경쇄를 코딩할 수 있다. 임의의 그러한 항체는 임의의 에피토프, 예컨대 인슐린-유사 성장인자 1 수용체, VEGF, 인터루킨-6 (IL6), IL6 수용체, 호흡기 합포체 바이러스 (RSV), CD20, 종양 괴사 인자 α, 수용체 활성화 NF 카파 B 리간드 (RANKL), 또는 RANKL 수용체 RANK, IgE, Her2, Her3, 또는 표피 성장인자 수용체에 특이적으로 결합할 수 있다.
"내생성" 유전자는 유전자의 염색체 카피이다.
본원에서 언급될 수 있는 유전자 명칭의 용어풀이는 다음과 같다:
ScSUC2 사카로마이세스 세레비지애 인버타제
OCH1 α-1,6-만노실트랜스퍼라제
KlMNN2-2 케이. 락티스(K. lactis) UDP-GlcNAc 수송체 뉴클레오티드 당 수송체
BMT1 β-만노스-트랜스퍼 (β-만노스 제거) β-만노실트랜스퍼라제
BMT2 β-만노스-트랜스퍼 (β-만노스 제거)
BMT3 β-만노스-트랜스퍼 (β-만노스 제거)
BMT4 β-만노스-트랜스퍼 (β-만노스 제거)
MNN4L1 MNN4-유사 1 (전하 제거)
MmSLC35A3 UDP-GlcNAc 수송체의 마우스 동족체
PNO1 N-결합형 올리고사카라이드의 포스포만노실화 (전하 제거)
MNN4 만노실트랜스퍼라제 (전하 제거)
ScGAL10 UDP-글루코스 4-에피머라제
XB33 ScKRE2 리더에 융합된 절단형 HsGalT1
DmUGT UDP-갈락토스 수송체
KD53 ScMNN2 리더에 융합된 절단형 DmMNSII
TC54 ScMNN2 리더에 융합된 절단형 RnGNTII
NA10 PpSEC12 리더에 융합된 절단형 HsGNTI
FB8: ScSEC12 리더에 융합된 절단형 MmMNS1A
MmCST 마우스 CMP-시알산 수송체
HsGNE 인간 UDP-GlcNAc 2-에피머라제/N-아세틸만노사민 키나제
HsCSS 인간 CMP-시알산 신타제
HsSPS 인간 N-아세틸뉴라미네이트-9-포스페이트 신타제
MmST6-33 ScKRE2 리더에 융합된 절단형 마우스 α-2,6-시알릴트랜스퍼라제
TrMDS1 분비형 티. 리세이(T. reseei) MNS1
STE13 골지 디펩티딜 아미노펩티다제
DAP2 액포성 디펩티딜 아미노펩티다제
ALG3 돌리콜-P-Man 의존적 α(1-3) 만노실트랜스퍼라제
STT3D 올리고사카릴트랜스퍼라제
CiMNS1 콕시디오이즈 이미티스(Coccidioides immitis) 만노시다제
분자생물학
본 발명에 따르면, 관련 기술분야내 통상적인 분자생물학, 미생물학, 및 재조합 DNA 기술이 이용될 수 있다. 본원에서 별도로 정의하지 않는 한, 본 발명과 관련하여 사용된 과학 및 기술 용어는 통상의 기술자에 의하여 통상적으로 이해되는 의미를 가진다. 또한, 문맥상 별도로 요구되지 않는 한, 단수형 용어는 복수형을 포함하고 복수형 용어는 단수형을 포함한다. 일반적으로, 본원에 기재된 생화학, 효소학, 분자 및 세포 생물학, 미생물학, 유전학과 단백질 및 핵산 화학 및 하이브리드화의 기술, 및 그들과 관련하여 사용된 명명법은 관련 기술분야에 주지이고 통용되는 것들이다. 본 발명의 방법 및 기술은 일반적으로 관련 기술분야에 주지이고 별도의 지시가 없는 한 본 명세서 전역에서 인용되고 논의되는 다양한 일반적이고 보다 구체적인 참조문헌에 기재된 바와 같은 통상적인 방법에 따라 수행된다. 예를 들어 다음의 문헌들 참조:
Figure 112015037698137-pct00001
"폴리뉴클레오티드" 또는 "핵산"은 단일 가닥 형태, 이중 가닥 형태 또는 다른 형태의 DNA 및 RNA를 포함한다.
"폴리뉴클레오티드 서열" 또는 "뉴클레오티드 서열"은 DNA 또는 RNA와 같은 핵산내 뉴클레오티드 염기 ("뉴클레오티드"로도 호칭)의 연속물이고, 2개 이상의 뉴클레오티드의 연속물을 의미한다. 본원에 제시된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 임의 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, crz1 mutant)는 본 발명의 일부를 형성한다.
발현 생성물, 예컨대 RNA 또는 폴리펩티드를 "코딩하는" 서열 또는 "코딩 서열"은 발현되었을 때 생성물 (예를 들어, 면역글로불린 중쇄 및/또는 경쇄와 같은 이종 폴리펩티드)의 생산을 가져오는 뉴클레오티드 서열 (예를 들어, 이종 폴리뉴클레오티드)이다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "올리고뉴클레오티드"는 폴리뉴클레오티드 분자와 하이브리드화 가능할 수 있는 일반적으로 약 100개 이하의 뉴클레오티드 (예를 들어, 30, 40, 50, 60, 70, 80 또는 90개)의 핵산을 지칭한다. 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 비오틴과 같은 표지가 공유접합되는 32P-뉴클레오티드, 3H-뉴클레오티드, 14C-뉴클레오티드, 35S-뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드의 혼입에 의하여 표지될 수 있다.
"단백질", "펩티드" 또는 "폴리펩티드" (예를 들어, 면역글로불린 중쇄 및/또는 경쇄와 같은 이종 폴리펩티드)는 2개 이상의 아미노산의 연속 스트링(contiguous string)을 포함한다. 본원에 제시된 아미노산 서열을 포함하는 임의 폴리펩티드 (예를 들어, Crz1 mutant 폴리펩티드)는 본 발명의 일부를 형성한다.
"단백질 서열", "펩티드 서열"이나 "폴리펩티드 서열" 또는 "아미노산 서열"은 단백질, 펩티드 또는 폴리펩티드내 2개 이상의 아미노산의 연속물을 지칭한다.
용어 "단리된 폴리뉴클레오티드" 또는 "단리된 폴리펩티드"는 각각 세포에서 또는 재조합 DNA 발현 시스템 또는 여타 오염물질에서 정상적으로 발견되는 다른 성분으로부터 부분적으로 또는 완전히 분리되는 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드를 포함한다. 이들 성분은 세포막, 세포벽, 리보좀, 폴리머라제, 혈청 성분 및 외부로부터의 게놈 서열을 포함하며 그들에 한정되지 않는다. 본 발명의 범위는 본원에 제시된 단리된 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, crz1 mutant ) 및 그러한 폴리뉴클레오티드에 의하여 코딩된 단리된 폴리펩티드를 포함한다.
단리된 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드는 바람직하게는 분자의 본질적으로 균질한 조성물이겠지만 약간의 이질성을 함유할 수는 있다.
사용되는 바와 같은 DNA의 "증폭"은 DNA 서열의 혼합물내 특정 DNA 서열의 농도를 증가시키기 위한 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR)의 사용을 포함한다. PCR의 설명에 대해서는 문헌(Saiki, et al., Science (1988) 239:487) 참조.
일반적으로, "프로모터" 또는 "프로모터 서열"은 (예를 들어, 직접적으로 또는 다른 프로모터-결합 단백질 또는 물질을 통해) 세포에서 RNA 폴리머라제에 결합할 수 있고 그것이 작동가능하게 연결된 코딩 서열의 전사를 개시할 수 있는 DNA 조절 영역이다. 프로모터에 작동가능하게 연결된 crz1 mutant 폴리뉴클레오티드는 본 발명의 일부를 형성한다. 또한, 프로모터에 작동가능하게 연결된 (예를 들어, 면역글로불린 폴리펩티드를 코딩하는) 이종 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 역시 본 발명의 일부를 형성한다.
(예를 들어, 이종 폴리뉴클레오티드, 예를 들어 리포터 유전자 또는 면역글로불린 중쇄 및/또는 경쇄의) 코딩 서열은, 전사 및 번역 제어 서열이 코딩 서열 → RNA, 바람직하게는 mRNA (이어서 이는 RNA 스플라이싱될 수 있고 (그것이 인트론을 함유하는 경우에), 임의로는 코딩 서열에 의하여 코딩된 단백질로 번역될 수 있다)로의 RNA 폴리머라제-매개 전사를 지시할 때, 그 전사 및 번역 제어 서열 (예를 들어, 본 발명의 프로모터)"에 작동가능하게 연결되거나", "의 제어하에 있거나", "과 기능적으로 회합되거나" 또는 "과 작동가능하게 회합된다".
본 발명은 crz1 mutant 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터 또는 카세트를 포함한다. 이종 폴리펩티드를 코딩하는 이종 폴리뉴클레오티드를 함유하는 벡터는 또한 이종 폴리펩티드 (예를 들어, 면역글로불린)의 생산을 위한 다양한 crz1 mutant 진균 숙주세포에 사용될 수 있다. 용어 "벡터"는 DNA 또는 RNA 서열을 숙주세포중으로 도입시켜 숙주를 형질전환시키고, 임의로는 도입된 서열의 발현 및/또는 복제를 촉진하도록 할 수 있는 비히클 (예를 들어, 플라스미드)을 포함한다. 본원에서 사용하기 위한 적합한 벡터는 플라스미드, 통합가능한 DNA 단편, 및 숙주세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)의 게놈중으로 핵산의 도입을 촉진할 수 있는 그 밖의 비히클을 포함한다. 플라스미드는 벡터의 가장 일반적으로 사용되는 형태이지만 유사한 기능의 일익을 담당하고 관련 기술분야에 알려져 있거나 또는 알려지고 있는 벡터의 모든 다른 형태가 본원에서 사용하기에 적합하다. 예를 들어, 하기 문헌 참조: Pouwels, et al., Cloning Vectors: A Laboratory Manual , 1985 and Supplements, Elsevier, N.Y., and Rodriguez et al. (eds.), Vectors: A Survey of Molecular Cloning Vectors and Their Uses , 1988, Buttersworth, Boston, MA. 그러한 벡터는 이종 폴리뉴클레오티드에 작동가능하게 연결된 분비 신호 (예를 들어, α-접합인자 (α-MF) 프리프로 리더 서열)를 임의로 포함한다. 또한, 예를 들어 프로모터에 작동가능하게 연결된 (예를 들어, 면역글로불린 폴리펩티드를 코딩하는) 이종 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터를 포함하는 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 역시 본 발명의 일부를 형성한다.
프로모터에 작동가능하게 연결된 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, 이종 폴리뉴클레오티드, 예를 들어 면역글로불린 중쇄 및/또는 경쇄를 코딩하는 이종 폴리뉴클레오티드)를 발현 시스템에서 발현시킬 수 있다. 용어 "발현 시스템"은 벡터에 의하여 운반되고 숙주세포에 도입되는 단백질 또는 핵산을 적합한 조건하에서 발현할 수 있는 숙주세포와 상용성 벡터를 의미한다. 통상의 발현 시스템은 진균 숙주세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)와 플라스미드 벡터, 곤충 숙주세포와 배큘로바이러스(Baculovirus) 벡터, 및 포유동물 숙주세포와 벡터를 포함한다.
용어 "메탄올-유도"는 숙주세포를 메탄올에 노출시킴으로써 본 발명의 숙주세포에서 메탄올-유도성 프로모터에 작동가능하게 연결된 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, 이종 폴리뉴클레오티드)의 발현을 증가시키는 것을 지칭한다. 메탄올-유도성 프로모터에 작동가능하게 연결된 폴리뉴클레오티드를 함유하는 crz1 mutant 는 본 발명의 일부를 형성한다. 프로모터 구축물을 포함하는 crz1 mutant 진균 세포를 메탄올에 노출시키고, 코딩된 이종 폴리펩티드의 발현에 호적한 조건하에서 세포를 배양함으로써 그러한 메탄올-유도성 프로모터에 융합된 이종 폴리뉴클레오티드의 발현을 유도하는 방법은 본 발명의 일부를 형성한다.
블라스트(BLAST) 알고리즘에 관한 하기 참조문헌은 본원에 참조로 포함된다:
Figure 112015037698137-pct00002
CRZ1
본 발명은 돌연변이를 포함하는 단리된 CRZ1 폴리뉴클레오티드 (crz1 mutant 폴리뉴클레오티드) 및 그러한 폴리뉴클레오티드에 의하여 코딩된 폴리펩티드 (crz1 mutant 폴리펩티드)와 더불어 그러한 방식으로 (예를 들어, 돌연변이, 부분 또는 완전 결실, 또는 붕괴에 의하여) 돌연변이시키는 내생성 CRZ1을 포함하는 단리된 진균 숙주세포를 함께 포함한다. 피키아 파스토리스 CRZ1 폴리뉴클레오티드내 그러한 돌연변이의 구체적 예는 하기 돌연변이 중 1개 이상을 보유하는 서열 2의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드이다: a1407c; g1232t; t1216c; t1217c; a1208g; c893a; t881g; c640t; 및 t98a. 이들 CRZ1 폴리뉴클레오티드는 하기 돌연변이 중 1개 이상을 보유하는 서열 3의 아미노산 서열을 갖는 CRZ1 폴리펩티드를 코딩한다: L33→정지; Q214→정지; L294→정지; S298→정지; E403→G; F406→S; F406→L; C411→F; 및 K469→N. 그러한 돌연변이체 폴리뉴클레오티드를 내생성 CRZ1 염색체 좌위에 도입시켜 야생형 내생성 CRZ1을 돌연변이된 CRZ1로 치환시킬 수 있다.
본 발명은 기능성 C-말단 징크 핑거 도메인이 결여되어 있는 CRZ1 폴리펩티드를 코딩하는 돌연변이 (예를 들어, 징크 핑거 도메인을 절단하는 넌센스 돌연변이 또는 결실)를 포함하는 임의 CRZ1 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 그러한 폴리펩티드 역시도 본 발명의 범위내에 들어온다.
피키아 파스토리스 CRZ1 폴리펩티드의 징크 핑거 도메인은 하기 아미노산 서열을 포함한다: SIYACSLCSKRFTRPYNLKSHLRTHADERPFQCSICGKAFARSHDRKR HEDLHSGERKYCCKGVLSDGVTTWGCEKRFARTDALGRHFKTECGKLC (서열 3의 아미노산 376-471).
무작위 돌연변이유발 스크린에서 동정된 사카로마이세스 세레비지애 CRZ1 폴리펩티드 (서열 1)와 피키아 파스토리스 CRZ1 폴리펩티드 (서열 3)간의 블라스트피(BLASTP) 비교는 다음과 같다:
Figure 112015037698137-pct00003
본 발명은 돌연변이체 피키아 파스토리스 및 사카로마이세스 세레비지애 CRZ1 폴리펩티드 및 그러한 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 피키아 파스토리스 및 사카로마이세스 세레비지애 CRZ1 폴리펩티드의 구체적 예는 상기 나타낸 블라스트피 비교에서 "*" 또는 "^"로 표시된 위치에 서열 1에 제시된 아미노산 서열에 대한 1개 이상의 변화를 포함한다.
CRZ1의 동일성은 관련 기술분야에 알려져 있다. CRZ1의 구체적 예는 후술된다. 본 발명의 실시양태에서, 사카로마이세스 세레비지애 또는 피키아 파스토리스 CRZ1 폴리펩티드는 각각 서열 1 또는 3과의 적어도 약 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%) 서열 유사성 또는 동일성을 포함한다. 본 발명의 실시양태에서, 피키아 파스토리스 CRZ1 폴리뉴클레오티드는 서열 2와의 적어도 약 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%) 서열 동일성을 포함한다.
사카로마이세스 세레비지애 CRZ1 야생형 폴리펩티드
Figure 112015037698137-pct00004
피키아 파스토리스 CRZ1 야생형 오픈 리딩 프레임
Figure 112015037698137-pct00005
피키아 파스토리스 CRZ1 야생형 폴리펩티드
Figure 112015037698137-pct00006
숙주세포
본 발명은 자신의 유전적 배경에 부가적인 돌연변이를 포함할 수 있는 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포를 포함한다. "crz1 mutant " 진균 숙주세포 (반수체 또는 이배체)에서, 내생성 염색체 CRZ1 유전자는 돌연변이, 붕괴 또는 부분적으로 또는 완전히 결실되거나, 또는 CRZ1 단백질의 발현은 임의 방식으로 (예를 들어, 안티센스 RNA, 간섭 RNA, 예컨대 소형 간섭 RNA (SiRNA)에 의하여) 감소되거나, 또는 CRZ1 폴리펩티드의 활성은 화학적으로 불활성화되며 (예를 들어, 소형 분자 억제제에 의하여), 따라서 세포는 CRZ1이 돌연변이되지 않거나 또는 간섭되지 않은 단리된 진균 숙주세포 등과 비교하여 어느 정도까지는 기능성 CRZ1 폴리펩티드 수준 및/또는 CRZ1 활성이 부분적으로 또는 완전히 결여되어 있다. 본 발명의 실시양태에서, crz1 mutant 진균 숙주세포는 CRZ1의 완전 수준을 포함하는 진균 숙주세포보다 고온에서 또는 24℃에서 더 생존가능하고 (예를 들어, 발효조 또는 생물반응기에서), 예를 들어 32℃에서, 예를 들어 32℃에서의 유도 약 90 내지 110시간까지 동안 더 생존가능하다. 본 발명의 실시양태에서, 예를 들어 Fc 폴리펩티드를 코딩하는 이종 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 (예를 들어, 발효조 또는 생물반응기에서)는 Fc 폴리펩티드를 코딩하는 그러한 이종 폴리뉴클레오티드를 포함하는 CRZ1 야생형 진균 숙주세포보다 현저히 더 많은 이종 폴리펩티드 (예를 들어, 4배 또는 5배 더), 예를 들어 Fc 폴리펩티드를 발현한다 (그러한 crz1 mutant 진균 숙주세포는 본 발명의 범위내에 들어온다). 본 발명의 실시양태에서, 예를 들어 이종 Fc 폴리펩티드를 코딩하는 이종 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 (예를 들어, 발효조 또는 생물반응기에서)는 CRZ1wt 진균 숙주세포의 것과 본질적으로 동일한 N-글리칸 프로파일을 갖는 이종 폴리펩티드, 예를 들어 Fc 폴리펩티드를 발현하며, 예를 들어 말단 시알산의 높은 수준, 및/또는 77 내지 84% 범위의 A2 수준, 및/또는 4 내지 7%의 A1 수준을 갖는 그들의 N-글리칸, 예를 들어 Fc N-글리칸을 효과적으로 변형시킬 수 있다 (그러한 crz1 mutant 진균 숙주세포는 본 발명의 범위내에 들어온다).
본 발명의 실시양태에서, 본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포는 예를 들어 하기 돌연변이: L33→정지; Q214→정지; L294→정지; S298→정지; E403→G; F406→S; F406→L; C411→F; 및 K469→N 중 1개 이상을 보유하는 서열 3의 아미노산 서열을 포함하는 내생성 돌연변이체 CRZ1 폴리펩티드를 포함하며; 예를 들어, 본 발명의 실시양태에서, 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포의 돌연변이체 내생성 CRZ1 폴리뉴클레오티드는 하기 돌연변이: a1407c; g1232t; t1216c; t1217c; a1208g; c893a; t881g; c640t; 및 t98a 중 1개 이상을 보유하는 서열 2의 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 본 발명의 실시양태에서, 본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포에서, 내생성 CRZ1은 그것이 예를 들어 돌연변이 또는 절단에 기인하여 기능성 C-말단 징크 핑거 도메인이 결여되도록 돌연변이된다. 본 발명의 실시양태에서, 진균 숙주세포 내생성 CRZ1은 돌연변이체 CRZ1, 예를 들어 본원에 제시된 것들 중 어느 것, 예컨대 부분 결실 돌연변이체, 완전 결실 돌연변이체 또는 넌센스 돌연변이를 포함하는 돌연변이체로 치환된다.
단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포내 내생성 CRZ1 유전자는 부분적으로 결실시킬 수 있으며, 그에 따라 CRZ1이 자연 발생하게 될 염색체 좌위에 CRZ1 코딩 서열의 부분만이 남게 되거나 (예를 들어, 여기에서 CRZ1 징크 핑거 도메인은 부분적으로 또는 완전히 결실된다); 완전히 결실시킬 수 있으며, 그에 따라 CRZ1이 자연 발생하게 될 염색체 좌위에 CRZ1 코딩 서열이 남지 않게 되거나 (예를 들어, 여기에서 CRZ1은 완전히 결실되고 또 다른 폴리뉴클레오티드, 예컨대 영양요구성 마커로 치환된다); 붕괴시킬 수 있으며, 그에 따라 이종 서열을 염색체 CRZ1 유전자중으로 삽입하게 되거나; 염색체 유전자내 1개 이상의 지점에서 돌연변이시킬 수 있거나; CRZ1을 그렇게 돌연변이시키지 않은 세포와 비교하여 세포에서의 CRZ1 발현 수준 또는 활성을 저하시키도록 돌연변이시킬 수 있거나 (예를 들어, 여기에서 부분적으로 또는 완전히 불활성화하는 돌연변이를 CRZ1 징크 핑거 도메인 중으로 도입시킨다); 또는 그렇지 않으면 어떤 식으로든 부분적으로 또는 완전히 불활성화시킬 수 있다. 이와 달리, 그러한 내생성 CRZ1 유전자의 조절 영역은 어떠한 유의미한 양의 기능성 CRZ1 폴리펩티드도 세포에서 발현되지 않도록 부분적으로 또는 완전히 결실, 붕괴 또는 돌연변이시킬 수 있다. 또한, CRZ1 발현은 임의 방식으로, 예를 들어 안티센스 CRZ1 분자, SiRNA CRZ1 분자를 사용하여 발현을 간섭함으로써, 또는 CRZ1 단백질 분해를 증진시킴으로써, 또는 소형 분자 억제제를 사용한 화학적 억제에 의하여 저하 또는 제거시킬 수 있다. 그러한 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포는 본 발명의 일부이다.
본 발명의 범위는 고온에서 "생존가능"하고, 발효 중에 보다 강건한 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 및 본원에서 논의되는 바와 같은 그러한 세포의 용도를 포함한다. 생물반응기/발효조 환경내, 예를 들어 32℃와 같은 고온에서 액체 세포 배양물에서의 단리된 진균 숙주세포 생존성은, 본 발명의 실시양태에서, 세포 배양물에서의 세포 용해를 측정함으로써 측정된다. crz1 mutant 진균 숙주세포 용해는, 본 발명의 실시양태에서, 현미경적으로 또는 배양배지의 이중 가닥 DNA 함량을 측정함으로써 평가된다. 현미경적 평가를 행하여 배양배지에서 관찰되는 세포 파편의 양을 채점한다. 배양배지중 세포 파편은 세포 용해의 결과이고, 따라서 세포 용해에 대한 마커 및 배양물에서의 세포 생존성을 측정할 수단이다. 1, 2, 3, 4 또는 5의 득점이 주어지며; 5는 대부분 용해, 즉 90% 초과 세포 용해를 나타낸다. crz1 mutant 진균 숙주세포는 32℃에서의 유도 뒤에 90 내지 110시간 동안 용해에 대하여 5 득점 미만을 보였다. 32℃에서 유도된 crz1 mutant 진균 숙주세포를 함유하는 배양배지는 90 내지 110시간 동안 30 마이크로그램/밀리리터 이하의 이중 가닥 DNA를 보유하였다. 세포가 용해되면, 이중 가닥 DNA는 배지중으로 방출되고; 따라서 배양물의 이중 가닥 DNA 함량은 세포 용해에 대한 마커 및 배양물에서의 세포 생존성을 측정할 수단이다. 이중 가닥 DNA는 이중 가닥 DNA에 대한 친화도 (예를 들어, 비스벤즈이미드, 인돌-유래 염색제, 예컨대 훽스트(Hoechst) 33342, 훽스트 33258 또는 49,6-디아미디노-2-페닐인돌; 페난트리디늄 염색제, 예컨대 에티듐 브로마이드 또는 프로피듐 아이오다이드; 또는 시아닌 염료, 예컨대 피코그린(PicoGreen), YOYO-1 아이오다이드, SYBR 그린(Green) I 또는 SYBR 골드(Gold); 예를 들어 문헌[Cosa et al., Photochemistry and Photobiology 73(6):585-599 (2001)] 참조)를 가지고서 배양배지중 이중 가닥 DNA에 결합된 형광 염료의 양을 측정하는 것에 의한 것을 포함하여 관련 기술분야에 알려진 몇몇 방법 중 어느 것을 사용하여 측정될 수 있다. 이어서 이를 기초로 배양물중 이중 가닥 DNA의 양이 측정될 수 있다. 따라서, 5 미만의 현미경적 용해 득점 및/또는 30 마이크로그램/밀리리터 이하의 이중 가닥 DNA 함량을 갖는 배양중 세포는 "생존가능"한 것으로 간주한다.
32℃에서의 유도 (예를 들어, 생물반응기 또는 발효조에서) 후에 약 90 내지 약 110시간 동안 생존가능한 단리된 진균 숙주세포는 본원에서는 "온도-저항성" 표현형으로서 지칭될 수 있다.
본 발명은 이종 폴리뉴클레오티드가 프로모터에 작동가능하게 연결될 수 있는 이종 폴리펩티드 (예를 들어, 리포터 또는 면역글로불린 중쇄 및/또는 경쇄)를 코딩하는 이종 폴리뉴클레오티드를 포함하는 그러한 숙주세포; 및 그의 사용 방법, 예를 들어 진균 숙주세포에서 이종 폴리펩티드를 발현시키는 방법을 포함한다. 예를 들어, 본 발명은 (i) 이종 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 crz1 mutant 진균 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) crz1 mutant 진균 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) crz1 mutant 진균 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드를 단리하는 단계를 포함하는, 임의로는 1개 이상의 추가 변화 (예를 들어, 내생성 유전자에 대한 돌연변이 및/또는 1개 이상의 다른 유전자의 발현; 예를 들어, 본원에서 논의되는 바와 같이, 예를 들어, 발현된 폴리펩티드의 변형된 당화를 산출하기 위하여)를 포함하는 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 (예를 들어, 피키아)에서 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 제조하는 방법을 포함한다.
본 발명의 실시양태에서, crz1 mutant 진균 숙주세포는 또한 ATT1에 돌연변이를 포함한다. 본 발명의 하나의 실시양태에서, crz1 mutant 진균 숙주세포는 ATT1에 돌연변이를 포함하지 않으며, 예를 들어 내생성 ATT1은 야생형이며, (예를 들어, 세포는 야생형 기능성 ATT1 폴리펩티드를 포함한다) - 본원에서 논의되는 바와 같은 그러한 세포 및 그들의 용도는 본 발명의 일부이다.
본 발명의 단리된 진균 숙주세포는 진균계에 속하는 세포이며, 예를 들어, 본 발명의 실시양태에서, 진균 숙주세포는 임의 효모, 예컨대 출아 효모 및/또는 분열 효모이다. 본 발명의 실시양태에서, 숙주세포는 임의 메틸로트로픽 효모이다. 메틸로트로픽 효모는 탄소와 에너지의 유일한 공급원으로서 메탄올을 이용할 수 있는 효모 종의 소형 군이다. 메틸로트로픽 효모의 예는 피키아 파스토리스, 피키아 앙구스타(Pichia angusta) (한세눌라 폴리모르파), 피키아 메탄올리카(Pichia methanolica), 및 캔디다 보이디니(Candida boidinii)를 포함한다. 본 발명의 실시양태에서, 숙주세포는 임의 피키아 세포, 예컨대 피키아 파스토리스, 피키아 앙구스타 (한세눌라 폴리모르파), 피키아 플른란디카(Pichia flnlandica), 피키아 트레할로필라(Pichia trehalophila), 피키아 코클라매(Pichia koclamae), 피키아 멤브라내파시엔스(Pichia membranaefaciens), 피키아 미누타(Pichia minuta) (오가테아 미누타(Ogataea minuta), 피키아 린드네리(Pichia lindneri)), 피키아 오푼티애(Pichia opuntiae), 피키아 서모톨레란스(Pichia thermotolerans), 피키아 살릭타리아(Pichia salictaria), 피키아 구에르쿰(Pichia guercuum), 피키아 피즈페리(Pichia pijperi), 피키아 스팁티스(Pichia stiptis) 또는 피키아 메탄올리카; 사카로마이세스 세레비지애, 사카로마이세스 종, 한세눌라 폴리모르파, 클루이베로마이세스(Kluyveromyces) 종, 클루이베로마이세스 락티스(Kluyveromyces lactis), 캔디다 알비칸스, 아스페르길루스 니둘란스(Aspergillus nidulans), 아스페르길루스 니거(Aspergillus niger), 아스페르길루스 오리재(Aspergillus oryzae), 트리코더마 리세이(Trichoderma reesei), 크리소스포리움 루크노웬스(Chrysosporium lucknowense), 푸사리움(Fusarium) 종, 푸사리움 그라미늄(Fusarium gramineum), 푸사리움 베네나툼(Fusarium venenatum) 및 뉴로스포라 크래사(Neurospora crassa)로 이루어진 군으로부터 선택된다. 본 발명의 하나의 특정 실시양태에서, 단리된 진균 숙주세포는 그 용어가 사카로마이세스 세레비지애를 배제하는 것을 제외하고는 상기 논의한 바와 같다.
본 발명의 실시양태에서, 단리된 진균 숙주세포는 당조작된다. 본 발명의 실시양태에서, 그러한 세포는 N- 또는 O-결합형 당화가 예를 들어 N-당화에 관여하는 유전자, 예컨대 OCH1, ALG3, PNO1, 및/또는 BMT1, BMT2, BMT3, BMT4, 또는 O-당화에 관여하는 유전자, 예컨대 PMT1, PMT2 및/또는 PMT4의 불활성화 또는 결실을 통해서 또는 글리코실트랜스퍼라제, 예컨대 GnTI, GnTII, GalT, 및/또는 SialT, 또는 글리코시다제, 예컨대 MNSI 및/또는 MNSII의 이종 발현을 통해서 그들의 천연 형태로부터 변형되는 당단백질을 생산하도록 유전자 조작된다. 예를 들어, 본 발명의 실시양태에서, 당조작된 단리된 진균 숙주세포는 하기 특징 (i) 내지 (xiv) 중 어느 1개 이상을 포함한다:
(i) 1개 이상의 내생성 β-만노실트랜스퍼라제 유전자가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨;
(ii) α-1,2 만노시다제 효소를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함함;
(iii) 1개 이상의 내생성 포스포만노실트랜스퍼라제가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨;
(iv) 단일-서브유닛 올리고사카릴트랜스퍼라제 (예를 들어, 레이쉬마니아 종 STT3D)를 포함함;
(v) 내생성 돌리콜-P-Man 의존적 α-1,3-만노실트랜스퍼라제 (예를 들어, Alg3)가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨;
(vi) 엔도만노시다제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함함;
(vii) 2기능성 UDP-N-아세틸글루코사민-2-에피머라제/N-아세틸만노사민 키나제, N-아세틸뉴라미네이트-9-포스페이트 신타제, 또는 CMP-시알산 신타제를 코딩하는 1개 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함함;
(viii) 내생성 ATT1 유전자가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨;
(ix) 내생성 α-1,6-만노실트랜스퍼라제 (예를 들어, OCH1)가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨;
(x) 갈락토실트랜스퍼라제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함함;
(xi) 뉴클레오티드 당 수송체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함함;
(xii) 시알릴트랜스퍼라제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함함;
(xiii) 아세틸글루코사미닐트랜스퍼라제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함함; 및/또는
(xiv) 1개 이상의 내생성 프로테아제 (예를 들어, PEP4 및 PRB1)가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실됨. 당조작된 단리된 진균 숙주세포내 CRZ1의 돌연변이는 본원에서는 그러한 세포에서 적어도 부분적으로는 이종 폴리펩티드, 예컨대 면역글로불린의 온도 감수성을 역전시키고, 발효중 세포 강건성을 증진시키고, 불량한 생산을 역전시키고, 즉 생산을 증가시키는 것으로 나타났다. 그러한 당조작된 단리된 진균 숙주세포는 본 발명의 일부이다. CRZ1을 돌연변이시키거나 또는 그렇지 않으면 CRZ1 폴리펩티드의 발현을 감소시킴으로써 당조작된 단리된 진균 숙주세포의 온도 감수성을 역전시키고/시키거나 발효중 세포 강건성을 증진시키는 방법 역시 본 발명의 일부이다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "N-글리칸" 및 "당형태"는 상호교환가능하게 사용되며, N-결합형 올리고사카라이드, 예를 들어 폴리펩티드의 아스파라긴 잔기와의 아스파라긴-N-아세틸글루코사민 결합에 의하여 부착되어 있는 것을 지칭한다. N-결합형 당단백질은 단백질에 아스파라긴 잔기의 아미드 질소에 결합된 N-아세틸글루코사민 잔기를 함유한다. 당단백질상에서 발견되는 우세형 당은 글루코스, 갈락토스, 만노스, 푸코스, N-아세틸갈락토사민 (GalNAc), N-아세틸글루코사민 (GlcNAc) 및 시알산 (예를 들어, N-아세틸-뉴라민산 (NANA))이다.
N-글리칸은 Man3GlcNAc2 ("Man"은 만노스를 지칭하고; "Glc"는 글루코스를 지칭하며; "NAc"는 N-아세틸을 지칭하며; GlcNAc는 N-아세틸글루코사민을 지칭한다)의 공통 펜타사카라이드 코어를 갖는다. N-글리칸은 "트리만노스 코어", "펜타사카라이드 코어" 또는 "포시만노스 코어"로도 호칭되는 Man3GlcNAc2 ("Man3") 코어 구조에 첨가되는 말초 당 (예를 들어, GlcNAc, 갈락토스, 푸코스 및 시알산)을 포함하는 가지 (안테나)의 수에 관하여 상이하다. N-글리칸은 그들의 분지형 구성성분에 따라 분류된다 (예를 들어, 고-만노스, 복합 또는 하이브리드). "고-만노스"형 N-글리칸은 5개 이상의 만노스 잔기를 갖는다. "복합"형 N-글리칸은 전형적으로는 "트리만노스" 코어의 1,3 만노스 아암에 부착된 적어도 1개 GlcNAc 및 1,6 만노스 아암에 부착된 적어도 1개 GlcNAc를 갖는다. 복합 N-글리칸은 시알산 또는 유도체 (예를 들어, "NANA" 또는 "NeuAc", 여기에서 "Neu"는 뉴라민산을 지칭하고 "Ac"는 아세틸을 지칭한다)로 임의로 변형되는 갈락토스 ("Gal") 또는 N-아세틸갈락토사민 ("GalNAc") 잔기를 또한 가질 수 있다. 복합 N-글리칸은 "양분성(bisecting)" GlcNAc 및 코어 푸코스 ("Fuc")를 포함하는 사슬내 치환을 또한 가질 수 있다. 복합 N-글리칸은 "트리만노스 코어"상에 종종 "다중 안테나 글리칸"으로 지칭되는 다중 안테나를 또한 가질 수 있다. "하이브리드" N-글리칸은 트리만노스 코어의 1,3 만노스 아암의 말단상에 적어도 1개 GlcNAc 및 트리만노스 코어의 1,6 만노스 아암상에 0개 이상의 만노스를 갖는다. 다양한 N-글리칸은 또한 "당형태"로도 지칭된다. "PNGase" 또는 "글리카나제"는 펩티드 N-글리코시다제 F (EC 3.2.2.18)를 지칭한다.
본 발명의 실시양태에서, 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 분비를 명령하는 신호 펩티드를 가지는 α-1,2-만노시다제를 코딩하는 핵산을 포함하도록 유전자 조작된다. 예를 들어, 본 발명의 실시양태에서, crz1 mutant 숙주세포는 5.1 내지 8.0, 바람직하게는 5.9 내지 7.5의 최적 pH를 갖는 외인성 α-1,2-만노시다제 효소를 발현하도록 조작된다. 본 발명의 실시양태에서, 외인성 효소는 숙주세포의 소포체 또는 골지장치로 표적화되며, 거기에서 그것은 N-글리칸, 예컨대 Man8GlcNAc2를 트리밍하여 Man5GlcNAc2를 산출한다. 미국 특허 7,029,872 참조. 본 발명은 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , α-1,2-만노시다제+ 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다. 본 발명은 또한 당단백질상 N-글리칸에 관하여 α-1,6 만노실트랜스퍼라제 (예를 들어, OCH1) 활성을 보이지 않는 crz1 mutant 진균 숙주세포에서 Man5GlcNAc2 당형태를 포함하는 N-글리칸 구조를 포함하는 이종 재조합 당단백질을 생산하는 방법을 포함하며, 그 방법은 crz1 mutant och1 - 진균 숙주세포중으로 이종 재조합 당단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드, 및 상기 숙주세포의 ER 또는 골지에서 최적 활성을 갖도록 선택된 α-1,2 만노시다제 효소를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 도입하는 단계 [효소는 상기 ER 또는 골지중 5.1 내지 8.0의 pH에서 최적 활성을 가지는 α-1,2 만노시다제 촉매 도메인 (a)을 포함하고; 만노시다제 효소를 숙주세포의 ER 또는 골지장치로 표적화하도록 선택된 촉매 도메인과 정상적으로는 회합되어 있지 않은 세포 표적화 신호 펩티드 (b)에 융합되어 있다]; 및 진균 숙주세포를 이종 재조합 당단백질의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계를 포함하고, 그에 의하여, 숙주세포의 ER 또는 골지장치를 통한 이종 재조합 당단백질의 발현 및 통과시, 거기에 부착된 N-글리칸 구조의 30 몰%보다 많은 양이 생체내에서 GlcNAc 트랜스퍼라제 I에 대한 기질로서 작용할 수 있는 Man5GlcNAc2 당형태를 갖는다.
본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 숙주세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는, 본 발명의 실시양태에서, β-만노실트랜스퍼라제 유전자 (예를 들어, BMTl, BMT2, BMT3, 및/또는 BMT4) (미국 특허 7,465,577 참조) 중 1개 이상을 결실 또는 붕괴시키거나 또는 간섭 RNA, 안티센스 RNA 등을 사용하여 β-만노실트랜스퍼라제 중 1개 이상을 코딩하는 RNA의 번역을 폐지시킴으로써 α-만노시다제-저항성 N-글리칸을 갖는 당단백질을 제거하도록 유전자 조작된다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , β-만노실트랜스퍼라제- (예를 들어, bmt1 - , bmt2 - , bmt3 - , 및/또는 bmt4 - ) 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 (예를 들어, 피키아, 예를 들어 피키아 파스토리스)는 또한, 포스포만노실트랜스퍼라제 중 1개 이상을 결실 또는 붕괴시키거나 또는 간섭 RNA, 안티센스 RNA 등을 사용하여 포스포만노실트랜스퍼라제 중 1개 이상을 코딩하는 RNA의 번역을 폐지시키는 것을 포함할 수 있는, 예를 들어 포스포만노실트랜스퍼라제 유전자 PNO1 및 MNN4B (예를 들어, 미국 특허 7,198,921 및 7,259,007 참조) 중 하나 또는 양쪽 모두를 결실 또는 붕괴시킴으로써 포스포만노스 잔기를 갖는 당단백질을 제거하도록 유전자 조작되는 것들을 포함한다. 본 발명의 실시양태에서, 그러한 진균 숙주세포는 주로 복합 N-글리칸, 하이브리드 N-글리칸 및 고-만노스 N-글리칸으로 이루어진 군으로부터 선택된 N-글리칸을 가지는 당단백질을 생산하며, 여기에서 복합 N-글리칸은, 본 발명의 실시양태에서, Man3GlcNAc2, GlcNAC(l-4)Man3GlcNAc2, NANA(1-4)GlcNAc(l-4)Man3GlcNAc2 및 NANA(l-4)Gal(1-4)Man3GlcNAc2로 이루어진 군으로부터 선택되고; 하이브리드 N-글리칸은, 본 발명의 실시양태에서, Man5GlcNAc2, GlcNAcMan5GlcNAc2, GalGlcNAcMan5GlcNAc2 및 NANAGalGlcNAcMan5GlcNAc2로 이루어진 군으로부터 선택되고; 고-만노스 N-글리칸은, 본 발명의 실시양태에서, Man6GlcNAc2, Man7GlcNAc2, Mang81cNAc2 및 Man9GlcNAc2로 이루어진 군으로부터 선택된다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , 포스포만노실트랜스퍼라제- (예를 들어, pno1 - 및/또는 mnn4b - ) 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 숙주세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 레이쉬마니아 종 단일-서브유닛 올리고사카릴트랜스퍼라제 STT3A 단백질, STT3B 단백질, STT3C 단백질, STT3D 단백질 또는 그들의 조합을 코딩하는 핵산을 포함하도록 유전자 조작되는 것들, 예컨대 WO2011/06389에 기재된 것들을 포함한다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , (레이쉬마니아 STT3A+, 레이쉬마니아 STT3B+, 레이쉬마니아 STT3C+, 및/또는 레이쉬마니아 STT3D+) 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 돌리콜-P-Man 의존적 α(1-3) 만노실트랜스퍼라제, 예를 들어 ALG3을 코딩하는 핵산을 제거하도록 유전자 조작되는 것들, 예컨대 미국 특허 공개 US2005/0170452에 기재된 것들을 또한 포함한다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , alg3 - 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
숙주세포내 소포성 구획으로 표적화되는 엔도만노시다제 활성을 갖는 폴리펩티드 (예를 들어, 인간 (예를 들어, 인간 간), 래트 또는 마우스 엔도만노시다제)를 발현하는 본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 본 발명의 일부이다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , 엔도만노시다제+ 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는, 본 발명의 실시양태에서, 숙주세포에서 재조합 시알릴화 당단백질을 생산하기 위하여 조작되며, 예를 들어 여기에서 숙주세포는 예를 들어 (a) crz1 mutant 진균 숙주세포중으로 2기능성 UDP-N-아세틸글루코사민-2-에피머라제/N-아세틸만노사민 키나제, N-아세틸뉴라미네이트-9-포스페이트 신타제, 및 CMP-시알산 신타제를 코딩하는 1개 이상의 폴리뉴클레오티드를 형질전환시키는 단계; (b) 숙주세포중으로 CMP-시알산 수송체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 형질전환시키는 단계; 및 (c) 숙주세포중으로 예를 들어 사카로마이세스 세레비지애 Mnn2의 뉴클레오티드 1-108에 의하여 코딩된 세포 표적화 신호 펩티드에 융합된 2,6-시알릴트랜스퍼라제 촉매 도메인을 코딩하는 폴리뉴클레오티드 분자를 형질전환시키는 단계를 포함하는 방법에 의하여 Gal(1-4)GlcNAc(1-4)Man3GlcNAc2로 이루어진 군으로부터 선택된 당형태를 포함하는 재조합 당단백질을 생산하도록 선택되거나 또는 조작되며; 여기에서 숙주세포의 분비 경로를 통한 재조합 당단백질의 통과시, NANA(1-4)Gal(1- 4)GlcNAc(1-4)Man3GlcNAc2 당형태로 이루어진 군으로부터 선택된 당형태를 포함하는 재조합 시알릴화 당단백질이 생산된다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 czr1 mutant , 2기능성 UDP-N-아세틸글루코사민-2-에피머라제/N-아세틸만노사민 키나제+, N-아세틸뉴라미네이트-9-포스페이트 신타제+, CMP-시알산 신타제+, CMP-시알산 수송체+, 2,6-시알릴트랜스퍼라제+ 진균 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
또한, 본 발명의 단리된 czr1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는, 본 발명의 실시양태에서, 예를 들어 당단백질상에 말단 갈락토스 잔기를 가지고 푸코스 및 시알산 잔기는 본질적으로 결여되어 있는 갈락토실화 단백질을 생성하기 위하여 조작된다. 본 발명의 하나의 실시양태에서, 단리된 czr1 mutant 진균 숙주세포는 β-갈락토실트랜스퍼라제 활성을 코딩하는 단리된 핵산 분자 및 적어도 UDP-갈락토스 수송 활성, UDP-갈락토스 C4 에피머라제 활성, 갈락토키나제 활성 또는 갈락토스-1-포스페이트 우리딜 트랜스퍼라제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하며, 예를 들어 여기에서 숙주세포는 말단 GlcNAc 잔기를 가지는 N-결합형 올리고사카라이드를 생산하도록 유전자 조작되고 숙주세포에서 갈락토스 잔기를 UDP-갈락토스로부터 당단백질의 N-글리칸의 N-결합형 올리고사카라이드 가지의 말단 GlcNAc 잔기상으로 전달하는 융합 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하며, 여기에서 N-결합형 올리고사카라이드 가지는 GlcNAcβ1,2-Manα1; GlcNAcβ1,4-Manα1,3, GlcNAcβ1,2-Manα1,6, GlcNAcβ1,4-Manα1,6 및 GlcNAcβ1,6-Manα1,6으로 이루어진 군으로부터 선택되며; 여기에서 숙주세포는 돌리킬-P-Man:Man5GlcNAc2-PP-돌리킬 α-1,3 만노실트랜스퍼라제 활성이 감소 또는 고갈되며, 여기에서 숙주세포는 1개 이상의 갈락토스 잔기를 가지는 당단백질을 생산한다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
본 발명의 실시양태에서, 본 발명의 단리된 czr1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 기능성 OCH1 단백질이 결여되어 있으며, 예를 들어 여기에서 내생성 OCH1은 돌연변이된다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , och1 - 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
갈락토실트랜스퍼라제, 예를 들어 α-1,3-갈락토실트랜스퍼라제 또는 β-1,4-갈락토실트랜스퍼라제를 발현하는 본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 본 발명의 일부이다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , 갈락토실트랜스퍼라제+ 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
뉴클레오티드 당 수송체를 발현하는 본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 본 발명의 일부이다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , 뉴클레오티드 당 수송체+ 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
시알릴트랜스퍼라제를 발현하는 본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 본 발명의 일부이다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , 시알릴트랜스퍼라제+ 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
아세틸글루코사미닐트랜스퍼라제, 예를 들어 GNT1 또는 GNT2 또는 GNT4를 발현하는 본 발명의 단리된 crz1 mutant 진균 숙주세포, 예컨대 피키아 세포 (예를 들어, 피키아 파스토리스)는 본 발명의 일부이다. 본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant , 아세틸글루코사미닐트랜스퍼라제+ 숙주세포중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다.
본원에 사용되는 바와 같이, 당단백질상에 푸코스 또는 갈락토스 등과 같은 특정 당 잔기의 결여에 관련되는 것과 같이 용어 "~이 본질적으로 존재하지 않는"은 당단백질 조성물이 그러한 잔기를 함유하는 N-글리칸이 실질적으로 없음을 표시하는 데 사용된다. 순도의 관점에서 표현하면, "본질적으로 존재하지 않는"은 그러한 당 잔기를 함유하는 N-글리칸 구조의 양이 10%를 초과하지 않고, 바람직하게는 5% 미만, 더욱 바람직하게는 1% 미만, 가장 바람직하게는 0.5% 미만임을 의미하며, 여기에서 %는 중량% 또는 몰%이다.
본원에 사용되는 바와 같이, 당단백질 조성물은, 푸코스 또는 갈락토스와 같은 특정 당 잔기의 검출가능한 양이 N-글리칸 구조상에 존재하지 않을 때, 그러한 당 잔기가 "결여되어 있거나" 또는 "결여된다". 예를 들어, 본 발명의 실시양태에서, 본 발명의 숙주세포에 의하여 생산된 당단백질 조성물은 그 세포가 푸코실화 N-글리칸 구조를 생산하기 위해 필요한 효소를 보유하지 않기 때문에 "푸코스가 결여될" 것이다. 따라서, 용어 "푸코스가 본질적으로 존재하지 않는"은 용어 "푸코스가 결여된"을 포함한다. 그러나, 조성물은 비록 그 조성물이 한때 푸코실화 N-글리칸 구조를 함유하였거나 또는 전술한 바와 같은 한정된 양이지만 검출가능한 양의 푸코실화 N-글리칸 구조를 함유할지라도 "푸코스가 본질적으로 존재하지 않을" 수 있다.
본 발명의 범위는 오직 하나의 내생성 염색체 CRZ1 유전자만이 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실되고 다른 하나의 내생성 염색체 CRZ1 유전자는 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실되지 않으며 기능성 CRZ1 폴리펩티드를 코딩하는 이배체성의 단리된 진균 숙주세포를 포함한다. 기능성 CRZ1 폴리펩티드가 결여되어 있는 동종 이배체는, 예를 들어 CRZ1 유전자의 양쪽 내생성 염색체 카피 모두가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실되기 때문에, 또한 본 발명의 일부이다.
단백질 발현
본 발명의 범위는 (i) 이종 폴리펩티드(들)를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 그러한 crz1 mutant 숙주세포 (예를 들어, 본원에서 논의되는 바와 같은)중으로 도입하는 단계, (ii) 숙주세포를 세포에서 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서, 예를 들어 세포가 생존가능한 한, 배양하는 단계, 및 임의로는 (iii) 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계를 포함하는, 1개 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법을 포함한다. 진균 숙주세포에서 이종 폴리펩티드를 발현시키는 방법은 관련 기술분야에 일반적으로 알려져 있고 통상적이다.
본 발명은 액체 배양배지에 현탁된 본원에서 논의되는 임의의 단리된 진균 숙주세포를 포함한다. 본원에서 논의되는 단리된 진균 숙주세포의 임의 용해물 역시도 본 발명의 범위내에 들어온다.
진균 숙주세포 발현 시스템을 위해 사용되는 배양조건은 목전의 특정 조건에 따라 변동될 수 있다. 본 발명의 실시양태에서, 진균 숙주세포는 진탕 플라스크에서 또는 발효조에서 (예를 들어, 1L, 2L, 5L, 10L, 20L, 30L, 50L, 100L, 200L, 500L,1000L, 10,000L 부피) 액체 배양배지에 성장시킬 수 있다. 다양한 성장배지가 진균 숙주세포 배양에 사용될 수 있다. 본 발명의 실시양태에서, 배지는 pH 3 내지 7 (예를 들어, 3, 4, 5, 6 또는 7)의 pH에 있고; 본 발명의 실시양태에서, pH는 수산화암모늄과 같은 염기로 증가시킨다. 본 발명의 실시양태에서, 온도는 약 24℃ 또는 26℃ 또는 28℃ 또는 30℃ 또는 32℃ 또는 34℃로 유지시킨다. 본 발명의 실시양태에서, 성장배지중 용존 산소는 약 20% 또는 30%로 유지시킨다. 본 발명의 실시양태에서, 성장배지는 효모 질소 염기 (예를 들어, 황산암모늄 존재하; 필수 아미노산 존재하 또는 부재하), 펩톤 및/또는 효모 추출물을 함유한다. 비오틴, 덱스트로스, 메탄올, 글리세롤, 카사미노산, L-아르기닌-히드로클로라이드, 암모늄 이온 (예를 들어, 인산암모늄의 형태로)과 같은 다양한 보충물이 성장배지에 첨가될 수 있다. 본 발명의 실시양태에서, 성장배지는 효모 질소 염기, 물, 탄소원, 예컨대 덱스트로스, 메탄올 또는 글리세롤, 비오틴 및 히스티딘을 함유하는 최소 배지이다. 본 발명의 실시양태에서, 세포 배양은 미량 무기물/영양소, 예컨대 구리, 요오드, 망간, 몰리브덴, 붕소, 코발트, 아연, 철, 비오틴 및/또는 황, 예를 들어 CuSO4, NaI, MnSO4, Na2MoO4, H3BO3, CoCl2, ZnCl2, FeSO4, 비오틴 및/또는 H2SO4를 포함한다. 본 발명의 실시양태에서, 세포 배양은 소포제 (예를 들어, 실리콘)를 포함한다.
본 발명은 단리된 진균 crz1 mutant 숙주세포 (예를 들어, 피키아, 예컨대 피키아 파스토리스)중으로 예를 들어 프로모터, 예를 들어 메탄올-유도성 프로모터에 작동가능하게 연결된 폴리펩티드-코딩 이종 폴리뉴클레오티드를 도입하는 단계 및 숙주세포를
(i) 세포가 비-발효성 탄소원, 예컨대 글리세롤에 의해 예를 들어 비-발효성 탄소원이 고갈될 때까지 성장되는 배치기(batch phase) (예를 들어, 글리세롤 배치기)에서;
(ii) 부가적인 비-발효성 탄소원 (예를 들어, 글리세롤)이 예를 들어 성장 제한 속도로 공급되는 배치-페드기(batch-fed phase) (예를 들어, 글리세롤 배치-페드기)에서; 및
(iii) 세포가 메탄올 및 임의로는 부가적인 글리세롤의 존재하에서 성장되는 메탄올 페드-배치기(fed-batch phase)에서
배양하는 단계를 포함하는, 이종 폴리펩티드 (예를 들어, 면역글로불린 쇄 또는 항체 또는 그의 항원-결합 단편)를 제조하는 방법을 포함한다.
본 발명의 실시양태에서, 메탄올 페드-배치기에서, 메탄올 농도는 약 2 그램 메탄올/리터 내지 약 5 그램 메탄올/리터 (예를 들어, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5 또는 5)로 설정된다.
본 발명의 실시양태에서, 배치기에 앞서, 초기 시드 배양물을 고밀도 (예를 들어, 약 2 이상의 OD600)로 성장시키고 시드 배양으로 성장시킨 세포를 사용하여 초기 배치기 배양배지를 접종한다.
본 발명의 실시양태에서, 배치-페드기 후 및 메탄올 페드-배치기 전에, 숙주세포를 세포가 배양물 리터당 약 2 ml 메탄올의 존재하에 성장되는 이행기(transitional phase)에서 성장시킨다. 예를 들어, 세포는 메탄올 농도가 약 0에 도달할 때까지 이행기에서 성장시킬 수 있다.
진균 숙주세포로부터 단리되는 이종 폴리펩티드는, 본 발명의 실시양태에서, 정제된다. 이종 폴리펩티드가 진균 숙주세포로부터 액체 성장배지중으로 분비되면, 폴리펩티드는 성장배지로부터 진균 숙주세포의 제거를 포함하는 공정에 의하여 정제될 수 있다. 배지로부터 세포의 제거는 원심분리를 이용하고, 세포를 폐기하고 액체 배지 상청액을 유지시켜 수행될 수 있다. 이종 폴리펩티드가 분비되지 않으면, 액체 배지는 유지되는 진균 숙주세포로부터의 분리 후에 폐기될 수 있다. 그 후, 진균 숙주세포를 용해시켜 조(crude) 세포 용해물을 산출할 수 있고 이로부터 이종 폴리펩티드가 추가 정제될 수 있다.
이종 폴리펩티드 정제는, 본 발명의 실시양태에서, 크로마토그래피, 예를 들어 칼럼 크로마토그래피에 의하여 수행된다. 크로마토그래피 정제는 이온 교환, 예를 들어 음이온 교환 및/또는 양이온 교환, 단백질-A 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피 및/또는 소수성 상호작용 크로마토그래피의 사용을 포함할 수 있다. 정제는 폴리펩티드를 포함하는 조성물의 바이러스 불활성화, 침전 및/또는 동결건조를 또한 포함할 수 있다.
실시예
당해 섹션은 본 발명을 보다 상세히 설명하고자 하는 것이며 본 발명을 더욱 한정하는 것으로 해석되지 않아야 한다. 본원에 제시된 임의 조성물 또는 방법은 본 발명의 일부를 구성한다.
실시예 1: CRZ1 돌연변이의 동정
실험 방법
UV 돌연변이유발, 페드-배치 발효, IgG 정제, N-글리칸 특성해석, 및 모든 다른 분석적 검정은 이전에 기술한 바대로 수행하였다 (Barnard et al. 2010; Jiang et al. 2011; Potgieter et al. 2009; Winston F 2008). 별도로 명시하는 경우를 제외하고는, 모든 1L 생물반응기 발효 실행은 MeOH 유도 100 내지 120시간 후에 종결하도록 예정되었다. 그러나, 과도한 세포 용해가 관찰되면 발효 실행은 때이르게 종결하였다. 세포 용해는 현미경 검사에 의하여, 또는 상청액중으로 방출된 핵 DNA의 양을 측정함으로써 측정되었다 (Barnard, 2010). 과도한 세포 용해는 현미경 검사로는 용해된 세포가 90%를 초과하는 것으로, 또는 피코그린(Picogreen) 검정으로 측정하여 상청액중 DNA 농도가 30 마이크로그램/ml를 초과하는 것으로 정의하였다.
결과 및 검토
온도-저항성 돌연변이체는 실질적으로 증진된 발효 강건성을 나타내었다. 증가된 발효 강건성을 지니는 피키아 숙주 균주를 동정하기 위하여, 본 발명자들은 온도-감수성 당-조작된 균주 (YGLY12905, YGLY22835, 및 YGLY27890)를 UV-돌연변이유발시킨 다음, 온도-감수성 결함을 억제하는 특정 2nd-부위 돌연변이가 세포 강건성 결손을 또한 벌충할 수도 있다는 이론적 근거를 가지고서 온도-저항성 돌연변이체를 선택하였다. 그들의 온도-저항성 표현형을 확인한 후, 이들 돌연변이체를 1L DasGip 생물반응기에서 표준 MeOH 페드-배치 실행을 이용하여 발효시켰다. 광범위한 발효 스크리닝 캠페인 후, 본 발명자들은 발효 공정중에 대단히 증진된 세포 강건성을 보이는 9개 돌연변이체를 동정하였다. 도 1에 도시한 바와 같이, 비-돌연변이유발 대조군 균주에 대한 발효 공정은 32℃에서의 유도 대략 48시간차에서 과도한 세포 용해에 기인하여 종결지어야 하였다. 그와 상반되게, 돌연변이체 전체는 현저히 향상된 발효 강건성을 나타내었다. YGLY29010, YGLY29030, YGLY29031 및 YGLY29012는 대략 90시간 발효할 수 있었고; YGLY28997, YGLY28998, YGLY17159, YGLY28999 및 YGLY29042 전체는 32℃에서 100시간 유도보다 오랫동안 지속하였다.
온도-저항성 돌연변이체의 단백질 생산성 및 N- 글리칸 품질 평가. 온도-저항성 돌연변이체 5개 (YGLY29010, YGLY29030, YGLY29031, YGLY29042 및 YGLY29012)는 인간 Fc 단편을 발현하는 YGLY27890 (도 2)으로부터 유도되었다. 이들 온도-저항성 돌연변이가 Fc 생산성 및 N-글리칸 품질에 어떤 영향을 미쳤는지를 평가하기 위하여, 본 발명자들은 32℃ 1L 생물반응기로부터 Fc 단편을 정제하고, 브로스 역가를 정량한 다음 (도 1), 4개 온도-저항성 돌연변이체, 및 그들의 비-돌연변이유발 양친 균주 YGLY27890의 N-글리칸 프로파일 (도 3)을 분석하였다. 양친 대조군과 비교하여, 4개 돌연변이체 (YGLY29010, YGLY29030, YGLY29031 및 YGLY29042)는 생성물 역가의 실질적인 증가를 보였으며: 사실상, YGLY29042 및 YGLY29010은 실제로 대략 4 내지 5배 더 많이 Fc 생성물을 분비하였다. 그와 상반되게, YGLY29012로부터의 생성물 역가는 대조군 균주의 역가의 대략 50%에 불과하였다. Fc 생성물에서 유래한 N-글리칸에 대하여, 본 발명자들은 N-글리칸 프로파일에 있어서 어떠한 유의미한 변화도 관찰하지 못하였다 (도 3). 마치 대조군 균주 YGLY27890 (83% A2 및 4% A1)과 같이, 모든 5개 돌연변이체는 말단 시알산의 고-수준, 77 내지 84% 범위의 A2 수준, 및 4 내지 7%의 A1 수준을 갖는 그들의 Fc N-글리칸을 효과적으로 변형시킬 수 있었다. 종합하면, 이들 결과는 YGLY29010, YGLY29030, YGLY29031, 및 YGLY29042에 의하여 획득된 UV-유발 돌연변이는 이종 발현된 인간 Fc 단편을 생산하는 그들의 능력에 악영향을 미치지 않았고, 그 돌연변이는 N-글리칸 품질에 주목할 만한 저하도 가져오지 않았음을 증명해 보여주었다.
증진된 열 내성 및 발효 강건성을 담당하는 원인 돌연변이(들) 동정을 위한 게놈 서열분석. 발효중 세포 강건성의 유지에 관여하는 분자 메카니즘을 보다 잘 이해하기 위하여, 본 발명자들은 이들 9개 온도-저항성 돌연변이체, 및 2개 비-돌연변이유발 공(empty) 숙주 균주 YGLY22812와 YGLY22835의 게놈을 서열분석하였다. 돌연변이체와 비-돌연변이유발 균주간의 게놈 전체 비교(genome-wide comparison) 후, 본 발명자들은 이들 9개 돌연변이체의 각각에서 1 내지 7개 비-동의 돌연변이 (도 4에서 "+"로 표시)를 동정하였다. 3개 돌연변이체 YGLY29010, YGLY29031 및 YGLY29042는 유전자 Pp02g02120내에 단일 돌연변이를 함유하였으며, 이는 사카로마이세스 세레비지애의 CRZ1 유전자와 고-수준의 서열 상동성을 보여주었다. 현저하게, 동일 PpCRZ1 유전자에서의 독특한 돌연변이가 YGLY28997, YGLY28998, YGLY17159, YGLY28999, YGLY29030 및 YGLY29012에서 또한 검출되었다. ScCRZ1은 스트레스 반응에 관여하는 캘시뉴린-반응성 징크 핑거 전사인자이다. 징크 핑거 도메인은 PpCRZ1과 ScCRZ1간에 매우 잘 보존되어 있으며, 양쪽 모두 c-말단에 위치한다 (상기 서열 정렬 참조). 도 5에 도해한 바와 같이, 온도-저항성 돌연변이체로부터 발견된 4개 넌센스 정지-코돈 돌연변이는 징크 핑거의 상류에 위치하였으며, 그에 따라 모두 징크 핑거 도메인이 없는 절단형 PpCRZ1 단편을 발생시킨다. 나머지 5개 돌연변이체의 경우, 그들은 미스센스 아미노산 치환 돌연변이를 함유하고, 그들 전부는 징크 핑거 도메인내에 위치하였으며, 그들 중 4개는 25 뉴클레오티드내에 밀집되어 있다. 9개 독립적으로 단리된 온도-저항성 돌연변이체가 PpCRZ1 유전자내에 상이한 넌센스 또는 미스센스 돌연변이를 함유하였다는 발견은 이들 CRZ1 돌연변이가 온도-저항성 및 증가된 발효 강건성 표현형에 대한 원인이 되었음을 강력하게 시사하였다. 또한, 돌연변이체 중 2개 (yGLY17159 및 yGLY28998)는 이전에 온도-내성 및 세포 강건성에서 또한 중요한 역할을 하는 것으로 나타난 유전자인 PpATT1에 부가적인 돌연변이를 또한 보유하였다. yGLY17159 및 yGLY28998 양쪽 모두가 단리된 가장 강건한 돌연변이체중에 있었다는 사실은 ATT1 및 CRZ1 돌연변이의 조합이 당-조작된 피키아 균주에서의 열 내성과 발효 강건성을 증가시키기 위한 상가 또는 상승작용 효과를 가질 수 있음을 시사하였다.
PpCRZ1 서열
1. 피키아 파스토리스 CRZ1 야생형 오픈 리딩 프레임
Figure 112015037698137-pct00007
2. yGLY28997로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: L33→정지 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00008
3. yGLY29012로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: Q214→정지 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00009
4. yGLY29010으로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: L294→정지 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00010
5. yGLY29042로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: S298→정지 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00011
6. yGLY28998로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: E403→G 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00012
7. yGLY17159로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: F406→S 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00013
8. yGLY28999로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: F406→L 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00014
9. yGLY29030으로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: C411→F 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00015
10. yGLY29031로부터 단리된 피키아 파스토리스 돌연변이체 CRZ1 (돌연변이: K469→N 코딩, 돌연변이된 뉴클레오티드는 볼드체로 표시)
Figure 112015037698137-pct00016
실시예 2: 지향성 균주 조작에 의한 표현형의 확인
본원에서 논의되는 바와 같이, 돌연변이체의 각각에서 동일 CRZ1 유전자에서의 독립적 돌연변이는 당해 전사인자의 불활성화가 관찰된 온도-저항성 및 발효 강건성 표현형의 원인이 됨을 강력하게 시사하였다. 이러한 결론을 확인하기 위하여, 5-FOA 역선택(counter-selection)에 의하여 YGLY17108로부터 유래된 비-돌연변이유발 ura5 영양요구체 피키아 균주인 YGLY21203에서 CRZ1 ORF를 완전히 결실시키거나, 또는 내생성 CRZ1 유전자를 도 8에 도시한 절단형 버전으로 치환시켰다.
플라스미드 pGLY12829 (도 6)를 ALG3 터미네이터 (그 뒤에는 lacZ-URA5-lacZ URAblaster가 이어짐)의 앞에 CRZ1 ORF의 바로 상류에 1.5 kb 게놈 DNA 단편을 클로닝시킴으로써 구축하고, 이어서 CRZ1 ORF의 마지막 234 bp + 하류 영역의 1.7 kb를 함유하는 2 kb 게놈 DNA 단편에 연결하였다. SfiI 소화 후, 당해 CRZ1-상류-URAblaster-CRZ1-하류 DNA 단편을 비-돌연변이유발 숙주 균주 (예를 들어, YGLY17108)중으로 형질전환시켰다. CRZ1 상류 및 하류 영역 양쪽 모두에서의 상동 재조합에 의하여, 당해 URAblaster-카세트가 내생성 CRZ1 유전자를 치환하였고, 그래서 CRZ1 코딩 영역의 85%가 결실되며, 그에 따라 완전한 CRZ1 녹아웃 돌연변이체를 생성하게 된다. CRZ1 ORF의 정확한 치환을 확인하기 위하여, 게놈 DNA 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 검정을 PCR 프라이머로서 하기 올리고뉴클레오티드: GTATGCGATATAGTGTGGA (서열 4, CRZ1 개시부의 1545 bp 상류) 및 TGGGGAGAAGGTACCGAAG (서열 5, ALG3 터미네이터내)를 사용하여 수행하여 유전자-치환의 5' 연접부를 확인하고; CACTACGCGTACTGTGAGCC (서열 6, lacZ내) 및 AGGATATCAAACCCGACCAG (서열 7, CRZ1 정지 코돈의 2045 bp 하류)를 사용하여 수행하여 유전자-치환의 3' 연접부를 확인하고; 더불어 "GACACATGCGAAATGTCCTG" (서열 8, CRZ1 정지 코돈의 120 bp 하류) 및 "TTGAGTTGGCAGCTTCTCAG" (서열 9, CRZ1 ORF내, 개시부에서 1075 bp 뒤)를 사용하여 수행하여 야생형 CRZ1 ORF의 부재를 확인하였다. 플라스미드 pGLY12832 (도 7)를 ALG3 터미네이터 서열 (뒤에는 lacZ-URA5-lacZ URAblaster가 이어짐)의 앞에 1.5 kb DNA 단편 (0.6 kb 상류 영역, CRZ1 ORF의 1st 879 bp + 2개 정지 코돈)을 클로닝함으로써 구축하고, 이어서 CRZ1 ORF의 마지막 234 bp + 하류 영역의 1.7 kb를 함유하는 2 kb 게놈 DNA 단편에 연결하였다. pGLY12832의 SfiI-단편 (도 7)과 염색체 CRZ1 영역간의 상동 재조합-매개 이중-교차는 내생성 CRZ1 ORF를 처음 294 아미노산 잔기만을 갖는 CRZ1의 절단형 버전으로 치환하였다.
DNA 구축물이 내생성 CRZ1 유전자를 상응하는 결실 또는 절단으로 정확하게 치환하였음을 확인한 후, 고체 배지상 35℃ 및 생물반응기내 액체 배지중 32℃에서의 그들의 성장능을 검사하였다. 이들 CRZ1Δ 절단 및 결실 돌연변이체는 UV 돌연변이유발에 의하여 단리된 원(original) 돌연변이체로부터 관찰된 것들과 매우 유사한 온도-저항성 표현형을 보인 것으로 확인되었다.
다음, 절단 및 결실 돌연변이체를 표준 DasGip MeOH 페드-배치 발효 실행 (Hopkins et al., 2011)에 투입하여 그들이 32℃에서 증가된 발효 강건성을 또한 보일지 여부를 측정하였다. 도 9에 도시한 바와 같이, YGLY17108 대조군 균주는 대량의(heavy) 용해를 보였고 32℃에서의 MeOH 유도 65시간내에서 생존가능하지 않았다. 그와 상반되게, CRZ1 유전자의 완전 결실 및 절단을 보유하는 균주는 발효 강건성의 현저한 증가를 나타내었고 130시간을 초과하는 MeOH 유도를 성공적으로 완료하였다. 이들 결과는 CRZ1 ORF를 완전히 또는 부분적으로 결실시킴에 의한 CRZ1 불활성화는 당-조작된 균주의 발효 강건성을 향상시키기에 충분함을 증명해 보여주었다. 또한, 이들 지향성 유전자-치환 균주에 의하여 보이는 표현형은 상응하는 UV-유발 돌연변이체가 보인 것들과 흡사하였으며, 이는 CRZ1 유전자내 돌연변이가 UV-유발 돌연변이체로부터 관찰된 향상된 열 내성 및 발효 강건성의 원인이 되었음을 구체적으로 설명해준다.
ATT1 유전자의 불활성화는 균주 발효 강건성의 극적인 향상을 가져왔다. CRZ1 및 ATT1의 불활성화는 매우 유사한 표현형 (즉, 온도-저항성 및 증진된 발효 강건성)을 발생시켰기 때문에, 본 발명자들은 CRZ1 결실이 ATT1 결실 돌연변이를 이미 함유하고 있는 균주의 발효 강건성을 더욱 향상시킬 것인지를 검사하기 원한다. 이 목적을 달성하기 위해, 본 발명자들은 crz1, att1 이중 결실 돌연변이체를 구축하고 1L DasGip 생물반응기중 34℃에서 표준 MeOH 페드-배치 발효 실행을 수행함으로써 그들의 발효 강건성을 시험하였다. 이러한 매우 엄중한 발효 조건하에서, att1 단일 결실 균주 YGLY29128은 75시간 동안 생존가능한 채로 남았고, 반면에 crz1, att1 이중 돌연변이체는 115시간보다 오랫동안 생존가능한 채로 남았다 (도 10). 이들 결과는 att1 결실 및 crz1 결실로부터 유래한 발효 강건성 향상이 상가적임을 명백히 증명해 보여주었고, crz1, att1 이중 돌연변이체는 단일 돌연변이체보다 한층 더 높은 수준의 발효 강건성을 나타내었음을 명백히 증명해 보여주었다.
참조문헌
Figure 112015037698137-pct00017
Figure 112015037698137-pct00018
본 발명은 본원 기재의 구체적 실시양태에 의하여 범위가 제한되지 않는 것으로 한다. 실제로, 본 발명의 범위는 본원에 구체적으로 제시된 실시양태 및 본원에 구체적으로 제시되지 않은 다른 실시양태를 포함하며; 본원에 구체적으로 제시된 실시양태가 반드시 전부를 망라하는 것으로 의도되지는 않는다. 본원에 기재된 것들 이외의 본 발명의 다양한 변형은 전술한 상세한 설명으로부터 통상의 기술자에게 자명해질 것이다. 그러한 변형은 청구범위 안에 들어오는 것으로 의도된다.
특허, 특허 출원, 간행물, 제품 설명서, 및 프로토콜은 본 출원 전반에 걸쳐서 인용되며, 그들의 개시내용은 모든 목적상 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
SEQUENCE LISTING <110> Merck Sharp and Dohme <120> CRZ1 Mutant Fungal Cells <130> 23341 <160> 9 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 676 <212> PRT <213> Saccharomyces cerevisiae <400> 1 Met Ser Phe Ser Asn Gly Asn Met Ala Ser Tyr Met Thr Ser Ser Asn 1 5 10 15 Gly Glu Glu Gln Ser Ile Asn Asn Lys Asn Asp Ile Asp Asp Asn Ser 20 25 30 Ala Tyr Arg Arg Asn Asn Phe Arg Asn Ser Ser Asn Ser Gly Ser His 35 40 45 Thr Phe Gln Leu Ser Asp Leu Asp Leu Asp Val Asp Met Arg Met Asp 50 55 60 Ser Ala Asn Ser Ser Glu Lys Ile Ser Lys Asn Leu Ser Ser Gly Ile 65 70 75 80 Pro Asp Ser Phe Asp Ser Asn Val Asn Ser Leu Leu Ser Pro Ser Ser 85 90 95 Gly Ser Tyr Ser Ala Asp Leu Asn Tyr Gln Ser Leu Tyr Lys Pro Asp 100 105 110 Leu Pro Gln Gln Gln Leu Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln 115 120 125 Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Lys Gln Thr Pro Thr Leu Lys Val 130 135 140 Glu Gln Ser Asp Thr Phe Gln Trp Asp Asp Ile Leu Thr Pro Ala Asp 145 150 155 160 Asn Gln His Arg Pro Ser Leu Thr Asn Gln Phe Leu Ser Pro Arg Ser 165 170 175 Asn Tyr Asp Gly Thr Thr Arg Ser Ser Gly Ile Asp Ser Asn Tyr Ser 180 185 190 Asp Thr Glu Ser Asn Tyr His Thr Pro Tyr Leu Tyr Pro Gln Asp Leu 195 200 205 Val Ser Ser Pro Ala Met Ser His Leu Thr Ala Asn Asn Asp Asp Phe 210 215 220 Asp Asp Leu Leu Ser Val Ala Ser Met Asn Ser Asn Tyr Leu Leu Pro 225 230 235 240 Val Asn Ser His Gly Tyr Lys His Ile Ser Asn Leu Asp Glu Leu Asp 245 250 255 Asp Leu Leu Ser Leu Thr Tyr Ser Asp Asn Asn Leu Leu Ser Ala Ser 260 265 270 Asn Asn Ser Asp Phe Asn Asn Ser Asn Asn Gly Ile Ile Asn Thr Ala 275 280 285 Asp Thr Gln Asn Ser Thr Ile Ala Ile Asn Lys Ser Lys Val Gly Thr 290 295 300 Asn Gln Lys Met Leu Leu Thr Ile Pro Thr Ser Ser Thr Pro Ser Pro 305 310 315 320 Ser Thr His Ala Ala Pro Val Thr Pro Ile Ile Ser Ile Gln Glu Phe 325 330 335 Asn Glu Gly His Phe Pro Val Lys Asn Glu Asp Asp Gly Thr Leu Gln 340 345 350 Leu Lys Val Arg Asp Asn Glu Ser Tyr Ser Ala Thr Asn Asn Asn Asn 355 360 365 Leu Leu Arg Pro Asp Asp Asn Asp Tyr Asn Asn Glu Ala Leu Ser Asp 370 375 380 Ile Asp Arg Ser Phe Glu Asp Ile Ile Asn Gly Arg Lys Leu Lys Leu 385 390 395 400 Lys Lys Ser Arg Arg Arg Ser Ser Gln Thr Ser Asn Asn Ser Phe Thr 405 410 415 Ser Arg Arg Ser Ser Arg Ser Arg Ser Ile Ser Pro Asp Glu Lys Ala 420 425 430 Lys Ser Ile Ser Ala Asn Arg Glu Lys Leu Leu Glu Met Ala Asp Leu 435 440 445 Leu Pro Ser Ser Glu Asn Asp Asn Asn Arg Glu Arg Tyr Asp Asn Asp 450 455 460 Ser Lys Thr Ser Tyr Asn Thr Ile Asn Ser Ser Asn Phe Asn Glu Asp 465 470 475 480 Asn Asn Asn Asn Asn Leu Leu Thr Ser Lys Pro Lys Ile Glu Ser Gly 485 490 495 Ile Val Asn Ile Lys Asn Glu Leu Asp Asp Thr Ser Lys Asp Leu Gly 500 505 510 Ile Leu Leu Asp Ile Asp Ser Leu Gly Gln Phe Glu Gln Lys Val Gly 515 520 525 Phe Lys Asn Asp Asp Asn His Glu Asn Asn Asp Asn Gly Thr Phe Ser 530 535 540 Val Lys Lys Asn Asp Asn Leu Glu Lys Leu Asp Ser Val Thr Asn Asn 545 550 555 560 Arg Lys Asn Pro Ala Asn Phe Ala Cys Asp Val Cys Gly Lys Lys Phe 565 570 575 Thr Arg Pro Tyr Asn Leu Lys Ser His Leu Arg Thr His Thr Asn Glu 580 585 590 Arg Pro Phe Ile Cys Ser Ile Cys Gly Lys Ala Phe Ala Arg Gln His 595 600 605 Asp Arg Lys Arg His Glu Asp Leu His Thr Gly Lys Lys Arg Tyr Val 610 615 620 Cys Gly Gly Lys Leu Lys Asp Gly Lys Pro Trp Gly Cys Gly Lys Lys 625 630 635 640 Phe Ala Arg Ser Asp Ala Leu Gly Arg His Phe Lys Thr Glu Ser Gly 645 650 655 Arg Arg Cys Ile Thr Pro Leu Tyr Glu Glu Ala Arg Gln Glu Lys Ser 660 665 670 Gly Gln Glu Ser 675 <210> 2 <211> 1557 <212> DNA <213> Pichia pastoris <220> <221> CDS <222> (1)..(1557) <400> 2 atg gca gac caa cgg ctt gag gat gag ttt gat atc tcc aga tac tta 48 Met Ala Asp Gln Arg Leu Glu Asp Glu Phe Asp Ile Ser Arg Tyr Leu 1 5 10 15 tct att tct cct atc gag tca gct tca atc gaa gaa tca atc aac ggt 96 Ser Ile Ser Pro Ile Glu Ser Ala Ser Ile Glu Glu Ser Ile Asn Gly 20 25 30 tta atg agt agt tgg att cct ccg gct aag ggt gag att aga gat tca 144 Leu Met Ser Ser Trp Ile Pro Pro Ala Lys Gly Glu Ile Arg Asp Ser 35 40 45 ctt cct cca aac gct tct ttt gaa gct aca gac agt ttt tca acc agt 192 Leu Pro Pro Asn Ala Ser Phe Glu Ala Thr Asp Ser Phe Ser Thr Ser 50 55 60 tca tac cag gaa att ata cca gca cag gtg aaa ata aaa ctg gag ttt 240 Ser Tyr Gln Glu Ile Ile Pro Ala Gln Val Lys Ile Lys Leu Glu Phe 65 70 75 80 gat aat gac cag cag cct gtt ttc tat caa gaa tcg caa cca gtt tat 288 Asp Asn Asp Gln Gln Pro Val Phe Tyr Gln Glu Ser Gln Pro Val Tyr 85 90 95 gat aag cat tta acc gtc aat gat cag gaa acc aga agc gcc caa gac 336 Asp Lys His Leu Thr Val Asn Asp Gln Glu Thr Arg Ser Ala Gln Asp 100 105 110 ttc aac caa tac ttg aat gct gat gcc gta tcg agg acc aac tcc atc 384 Phe Asn Gln Tyr Leu Asn Ala Asp Ala Val Ser Arg Thr Asn Ser Ile 115 120 125 tcc aac tta tcg gag ctg tca act cat tcc cat att acc cct cca acg 432 Ser Asn Leu Ser Glu Leu Ser Thr His Ser His Ile Thr Pro Pro Thr 130 135 140 cta ctt cat gat caa gcc tca ttg tct cct gct ctc tta tct atg aac 480 Leu Leu His Asp Gln Ala Ser Leu Ser Pro Ala Leu Leu Ser Met Asn 145 150 155 160 agt gat gaa aga aac gaa ctc aat ctg gaa aca cta cag cta gat caa 528 Ser Asp Glu Arg Asn Glu Leu Asn Leu Glu Thr Leu Gln Leu Asp Gln 165 170 175 acg tca cag cct tac gtg aat cag ata aaa acg gag gca gct tac gaa 576 Thr Ser Gln Pro Tyr Val Asn Gln Ile Lys Thr Glu Ala Ala Tyr Glu 180 185 190 gag ctt tca gag tta cac cac aga tta gaa aga ctc act gag aca aat 624 Glu Leu Ser Glu Leu His His Arg Leu Glu Arg Leu Thr Glu Thr Asn 195 200 205 tta att cat caa gac cag ctt caa ctc gaa caa caa gag caa caa aat 672 Leu Ile His Gln Asp Gln Leu Gln Leu Glu Gln Gln Glu Gln Gln Asn 210 215 220 cag act cct cat act ctc agt cct cct ata caa ctt cag act ccc ata 720 Gln Thr Pro His Thr Leu Ser Pro Pro Ile Gln Leu Gln Thr Pro Ile 225 230 235 240 atc aaa gtc ttg caa gcc cca aat gat ata gca gca aat acc ccg tct 768 Ile Lys Val Leu Gln Ala Pro Asn Asp Ile Ala Ala Asn Thr Pro Ser 245 250 255 ctt ttt tct caa tct aac cat tca tct cca tat aac aca ccc aaa cat 816 Leu Phe Ser Gln Ser Asn His Ser Ser Pro Tyr Asn Thr Pro Lys His 260 265 270 tcc agg tca aac tcg ttg agt tca aat gac aga caa cat gat att cca 864 Ser Arg Ser Asn Ser Leu Ser Ser Asn Asp Arg Gln His Asp Ile Pro 275 280 285 caa ata tcc tca gtt tta gac acg tct tcg ttt ttg gta cct gga gat 912 Gln Ile Ser Ser Val Leu Asp Thr Ser Ser Phe Leu Val Pro Gly Asp 290 295 300 cag ttt caa gca atg aga gaa ggt aga cag agg agg aaa tcc gag tcc 960 Gln Phe Gln Ala Met Arg Glu Gly Arg Gln Arg Arg Lys Ser Glu Ser 305 310 315 320 aac tct aga aac tcg aaa gaa cgt tct aaa tct agg gaa ccg cca aag 1008 Asn Ser Arg Asn Ser Lys Glu Arg Ser Lys Ser Arg Glu Pro Pro Lys 325 330 335 tcc agg tct aga tct aga gac agt gca aca gat cat cat atg gaa gtt 1056 Ser Arg Ser Arg Ser Arg Asp Ser Ala Thr Asp His His Met Glu Val 340 345 350 atg agc aga gaa aag act ctt gag ttg gca gct tct cag cca agc tcc 1104 Met Ser Arg Glu Lys Thr Leu Glu Leu Ala Ala Ser Gln Pro Ser Ser 355 360 365 aag acg ccg caa aag aac cct tcc atc tat gct tgc tcg ctc tgc tcc 1152 Lys Thr Pro Gln Lys Asn Pro Ser Ile Tyr Ala Cys Ser Leu Cys Ser 370 375 380 aag aga ttc aca aga cca tat aat ttg aag tct cac ctt cgc acg cac 1200 Lys Arg Phe Thr Arg Pro Tyr Asn Leu Lys Ser His Leu Arg Thr His 385 390 395 400 gct gat gaa agg cct ttc cag tgt tca ata tgc ggg aag gca ttt gct 1248 Ala Asp Glu Arg Pro Phe Gln Cys Ser Ile Cys Gly Lys Ala Phe Ala 405 410 415 cgt tct cac gac aga aag cgt cat gag gat ctg cat agt ggt gaa cga 1296 Arg Ser His Asp Arg Lys Arg His Glu Asp Leu His Ser Gly Glu Arg 420 425 430 aag tat tgc tgc aaa ggt gtt ttg tct gac gga gta act aca tgg ggc 1344 Lys Tyr Cys Cys Lys Gly Val Leu Ser Asp Gly Val Thr Thr Trp Gly 435 440 445 tgt gaa aaa aga ttt gcc cga aca gat gcg ctg ggt aga cat ttc aaa 1392 Cys Glu Lys Arg Phe Ala Arg Thr Asp Ala Leu Gly Arg His Phe Lys 450 455 460 act gaa tgt ggt aaa ctg tgt atc aag ccg ctg atg gat gaa cta aag 1440 Thr Glu Cys Gly Lys Leu Cys Ile Lys Pro Leu Met Asp Glu Leu Lys 465 470 475 480 agg gag gaa gct tac agg agg aat gaa cca gta aca gaa atg aat gac 1488 Arg Glu Glu Ala Tyr Arg Arg Asn Glu Pro Val Thr Glu Met Asn Asp 485 490 495 gag ctt tac tcc caa tct gtc caa gat ata ttt agc tct cag cgg ctt 1536 Glu Leu Tyr Ser Gln Ser Val Gln Asp Ile Phe Ser Ser Gln Arg Leu 500 505 510 ggt cag aac ata gat gac tga 1557 Gly Gln Asn Ile Asp Asp 515 <210> 3 <211> 518 <212> PRT <213> Pichia pastoris <400> 3 Met Ala Asp Gln Arg Leu Glu Asp Glu Phe Asp Ile Ser Arg Tyr Leu 1 5 10 15 Ser Ile Ser Pro Ile Glu Ser Ala Ser Ile Glu Glu Ser Ile Asn Gly 20 25 30 Leu Met Ser Ser Trp Ile Pro Pro Ala Lys Gly Glu Ile Arg Asp Ser 35 40 45 Leu Pro Pro Asn Ala Ser Phe Glu Ala Thr Asp Ser Phe Ser Thr Ser 50 55 60 Ser Tyr Gln Glu Ile Ile Pro Ala Gln Val Lys Ile Lys Leu Glu Phe 65 70 75 80 Asp Asn Asp Gln Gln Pro Val Phe Tyr Gln Glu Ser Gln Pro Val Tyr 85 90 95 Asp Lys His Leu Thr Val Asn Asp Gln Glu Thr Arg Ser Ala Gln Asp 100 105 110 Phe Asn Gln Tyr Leu Asn Ala Asp Ala Val Ser Arg Thr Asn Ser Ile 115 120 125 Ser Asn Leu Ser Glu Leu Ser Thr His Ser His Ile Thr Pro Pro Thr 130 135 140 Leu Leu His Asp Gln Ala Ser Leu Ser Pro Ala Leu Leu Ser Met Asn 145 150 155 160 Ser Asp Glu Arg Asn Glu Leu Asn Leu Glu Thr Leu Gln Leu Asp Gln 165 170 175 Thr Ser Gln Pro Tyr Val Asn Gln Ile Lys Thr Glu Ala Ala Tyr Glu 180 185 190 Glu Leu Ser Glu Leu His His Arg Leu Glu Arg Leu Thr Glu Thr Asn 195 200 205 Leu Ile His Gln Asp Gln Leu Gln Leu Glu Gln Gln Glu Gln Gln Asn 210 215 220 Gln Thr Pro His Thr Leu Ser Pro Pro Ile Gln Leu Gln Thr Pro Ile 225 230 235 240 Ile Lys Val Leu Gln Ala Pro Asn Asp Ile Ala Ala Asn Thr Pro Ser 245 250 255 Leu Phe Ser Gln Ser Asn His Ser Ser Pro Tyr Asn Thr Pro Lys His 260 265 270 Ser Arg Ser Asn Ser Leu Ser Ser Asn Asp Arg Gln His Asp Ile Pro 275 280 285 Gln Ile Ser Ser Val Leu Asp Thr Ser Ser Phe Leu Val Pro Gly Asp 290 295 300 Gln Phe Gln Ala Met Arg Glu Gly Arg Gln Arg Arg Lys Ser Glu Ser 305 310 315 320 Asn Ser Arg Asn Ser Lys Glu Arg Ser Lys Ser Arg Glu Pro Pro Lys 325 330 335 Ser Arg Ser Arg Ser Arg Asp Ser Ala Thr Asp His His Met Glu Val 340 345 350 Met Ser Arg Glu Lys Thr Leu Glu Leu Ala Ala Ser Gln Pro Ser Ser 355 360 365 Lys Thr Pro Gln Lys Asn Pro Ser Ile Tyr Ala Cys Ser Leu Cys Ser 370 375 380 Lys Arg Phe Thr Arg Pro Tyr Asn Leu Lys Ser His Leu Arg Thr His 385 390 395 400 Ala Asp Glu Arg Pro Phe Gln Cys Ser Ile Cys Gly Lys Ala Phe Ala 405 410 415 Arg Ser His Asp Arg Lys Arg His Glu Asp Leu His Ser Gly Glu Arg 420 425 430 Lys Tyr Cys Cys Lys Gly Val Leu Ser Asp Gly Val Thr Thr Trp Gly 435 440 445 Cys Glu Lys Arg Phe Ala Arg Thr Asp Ala Leu Gly Arg His Phe Lys 450 455 460 Thr Glu Cys Gly Lys Leu Cys Ile Lys Pro Leu Met Asp Glu Leu Lys 465 470 475 480 Arg Glu Glu Ala Tyr Arg Arg Asn Glu Pro Val Thr Glu Met Asn Asp 485 490 495 Glu Leu Tyr Ser Gln Ser Val Gln Asp Ile Phe Ser Ser Gln Arg Leu 500 505 510 Gly Gln Asn Ile Asp Asp 515 <210> 4 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Pichia pastoris <400> 4 gtatgcgata tagtgtgga 19 <210> 5 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Pichia pastoris <400> 5 tggggagaag gtaccgaag 19 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 cactacgcgt actgtgagcc 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Pichia pastoris <400> 7 aggatatcaa acccgaccag 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Pichia pastoris <400> 8 gacacatgcg aaatgtcctg 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Pichia pastoris <400> 9 ttgagttggc agcttctcag 20

Claims (16)

  1. 서열 3의 CRZ1 폴리펩티드가 결여되어 있고; 단, 면역글로불린인 이종 폴리펩티드를 코딩하는 이종 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단리된 피키아(Pichia) 숙주세포.
  2. 제1항에 있어서,
    내생성 CRZ1이 돌연변이, 붕괴, 부분적으로 결실 또는 완전히 결실되거나; 또는
    CRZ1 폴리펩티드 발현이 CRZ1 전사 또는 CRZ1 번역을 간섭함으로써 감소되거나 또는 CRZ1 폴리펩티드 분해가 증가되거나; 또는
    CRZ1 폴리펩티드 활성이 화학적 억제제에 의하여 억제된 것인
    단리된 피키아 숙주세포.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    (i) 내생성 CRZ1이
    L33→정지;
    Q214→정지;
    L294→정지;
    S298→정지;
    E403→G;
    F406→S;
    F406→L;
    C411→F; 및
    K469→N
    으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 돌연변이를 포함한다는 점에서 서열 3의 야생형 CRZ1과는 상이한 폴리펩티드를 코딩하거나; 또는
    (ii) 내생성 CRZ1이
    a1407c;
    g1232t;
    t1216c;
    t1217c;
    a1208g;
    c893a;
    t881g;
    c640t; 및
    t98a
    로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 돌연변이를 포함한다는 점에서 서열 2의 야생형 CRZ1과는 상이한 뉴클레오티드 서열을 포함하거나; 또는
    (iii) 내생성 CRZ1이 C-말단 징크 핑거 도메인을 코딩하지 않는다는 점에서 야생형 CRZ1과는 상이한 것인
    단리된 피키아 숙주세포.
  4. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    갈락토실트랜스퍼라제, 뉴클레오티드 당 수송체, 시알릴트랜스퍼라제, 아세틸글루코사미닐트랜스퍼라제, α-1,2 만노시다제 효소, 또는 엔도만노시다제를 코딩하는 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상을 포함하는 것인
    단리된 피키아 숙주세포.
  5. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    단일-서브유닛 올리고사카릴트랜스퍼라제를 포함하는 것인,
    단리된 피키아 숙주세포.
  6. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    UDP-N-아세틸글루코사민-2-에피머라제/N-아세틸만노사민 키나제, N-아세틸뉴라미네이트-9-포스페이트 신타제, 또는 CMP-시알산 신타제를 코딩하는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인,
    단리된 피키아 숙주세포.
  7. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    하나 이상의 내생성 β-만노실트랜스퍼라제 유전자, 하나 이상의 내생성 포스포만노실트랜스퍼라제 유전자, 내생성 프로테아제 유전자, 내생성 OCH1, 내생성 ATT1 유전자, 또는 내생성 ALG3가 돌연변이, 붕괴, 절단 또는 부분적으로 또는 완전히 결실된 것인,
    단리된 피키아 숙주세포.
  8. 제1항 또는 제2항에 있어서, 피키아 파스토리스(Pichia pastoris)인 단리된 피키아 숙주세포.
  9. L33→정지;
    Q214→정지;
    L294→정지;
    S298→정지;
    E403→G;
    F406→S;
    F406→L;
    C411→F; 및
    K469→N
    으로 이루어진 군으로부터 선택된 돌연변이를 피키아 세포 내의 서열 2의 내생성 CRZ1에 도입하는 단계
    를 포함하는, 32℃의 온도에서 성장시켰을 때 향상된 생존성을 갖는 제1항의 단리된 피키아 세포를 생산하는 방법.
  10. 서열 2의 내생성 CRZ1과 상동 재조합되고 내생성 CRZ1이 부분적으로 또는 완전히 결실되거나 또는 내생성 CRZ1이 붕괴된 폴리뉴클레오티드를 세포 내로 도입하는 단계
    를 포함하는, 제1항 또는 제2항의 단리된 피키아 숙주세포를 제조하는 방법.
  11. (i) 이종 폴리뉴클레오티드를 제1항 또는 제2항의 단리된 피키아 숙주세포 내로 도입하는 단계; 및
    (ii) 피키아 숙주세포를 피키아 숙주세포에서의 이종 폴리펩티드(들)의 발현에 호적한 조건하에서 배양하는 단계
    를 포함하는, 1종 이상의 이종 폴리펩티드를 생산하는 방법.
  12. 제11항에 있어서,
    (iii) 피키아 숙주세포로부터 이종 폴리펩티드(들)를 단리하는 단계
    를 추가로 포함하는 것인 방법.
  13. 제11항에 있어서, 이종 폴리뉴클레오티드가 메탄올-유도성 프로모터에 작동가능하게 연결되고, 단리된 피키아 숙주세포가 메탄올의 존재하에 이종 폴리펩티드의 발현에 호적한 조건하에서 배양되는 것인 방법.
  14. 제1항에 있어서, 서열 3의 CRZ1 폴리펩티드가 결여되어 있고; 단 ATT1 폴리펩티드를 포함하는 것인,
    단리된 피키아 숙주세포.
  15. 제14항에 있어서,
    (i) 내생성 CRZ1이
    L33→정지;
    Q214→정지;
    L294→정지;
    S298→정지;
    E403→G;
    F406→S;
    F406→L;
    C411→F; 및
    K469→N
    으로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 돌연변이를 포함한다는 점에서 서열 3의 야생형 CRZ1과는 상이한 폴리펩티드를 코딩하거나; 또는
    (ii) 내생성 CRZ1이
    a1407c;
    g1232t;
    t1216c;
    t1217c;
    a1208g;
    c893a;
    t881g;
    c640t; 및
    t98a
    로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상의 돌연변이를 포함한다는 점에서 서열 2의 야생형 CRZ1과는 상이한 뉴클레오티드 서열을 포함하거나; 또는
    (iii) 내생성 CRZ1이 C-말단 징크 핑거 도메인을 코딩하지 않는다는 점에서 야생형 CRZ1과는 상이한 것인
    단리된 피키아 숙주세포.
  16. 삭제
KR1020157010030A 2012-10-22 2013-10-17 Crz1 돌연변이체 진균 세포 KR102134936B1 (ko)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261716670P 2012-10-22 2012-10-22
US61/716,670 2012-10-22
PCT/US2013/065443 WO2014066134A1 (en) 2012-10-22 2013-10-17 Crz1 mutant fungal cells

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20150077412A KR20150077412A (ko) 2015-07-07
KR102134936B1 true KR102134936B1 (ko) 2020-07-16

Family

ID=50545125

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020157010030A KR102134936B1 (ko) 2012-10-22 2013-10-17 Crz1 돌연변이체 진균 세포

Country Status (8)

Country Link
US (2) US20150275222A1 (ko)
EP (1) EP2909306B1 (ko)
JP (1) JP6383359B2 (ko)
KR (1) KR102134936B1 (ko)
CN (1) CN104736694B (ko)
AU (1) AU2013335065B2 (ko)
CA (1) CA2884573A1 (ko)
WO (1) WO2014066134A1 (ko)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DK3016970T3 (da) 2013-07-04 2019-06-24 Glykos Finland Oy O-mannosyltransferase-defekte filamentøse svampeceller og fremgangsmåder til anvendelse deraf
AU2015293949B2 (en) 2014-07-21 2019-07-25 Teknologian Tutkimuskeskus Vtt Oy Production of glycoproteins with mammalian-like N-glycans in filamentous fungi
EP3830282A1 (en) * 2018-07-27 2021-06-09 Danisco US Inc. Increased alcohol production from yeast producing an increased amount of active crz1 protein
US20210222221A1 (en) * 2018-07-30 2021-07-22 Toray Industries, Inc. Mutant of trichoderma filamentous fungus and method for producing protein

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7198921B2 (en) 2000-05-17 2007-04-03 Mitsubishi Pharma Corporation Process for producing protein with reduction of acidic sugar chain and glycoprotein produced thereby
CA2412701A1 (en) * 2000-06-28 2002-01-03 Glycofi, Inc. Methods for producing modified glycoproteins
US7598055B2 (en) * 2000-06-28 2009-10-06 Glycofi, Inc. N-acetylglucosaminyltransferase III expression in lower eukaryotes
AU2002358296C1 (en) 2001-12-27 2009-01-22 Glycofi, Inc. Methods to engineer mammalian-type carbohydrate structures
AU2004311545B2 (en) 2003-12-24 2008-11-06 Glycofi, Inc. Methods for eliminating mannosylphosphorylation of glycans in the production of glycoproteins
CA2565125A1 (en) 2004-04-29 2005-11-10 Glycofi, Inc. Methods for reducing or eliminating alpha-mannosidase resistant glycans in the production of glycoproteins
EP2451960A2 (en) * 2009-07-09 2012-05-16 Verdezyne, Inc. Engineered microorganisms with enhanced fermentation activity
CN101606769A (zh) 2009-07-15 2009-12-23 陈德芳 一种宝石连接结构
DK2699667T3 (en) * 2011-04-22 2016-08-01 Danisco Us Inc Filamentous fungi with an altered VISCOSITETSFÆNOTYPE
EP2771461B1 (en) * 2011-10-28 2019-12-04 Merck Sharp & Dohme Corp. Engineered lower eukaryotic host strains for recombinant protein expression

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Dina P. Matheos 등. GENES & DEVELOPMENT. Vol. 11, No. 24, 페이지 3445-3458 (1997.)*
GenBank Accession Number XP_002491997 (2009.07.22.)*
Hui Wang 등. FEMS Yeast Res. Vol. 11, 페이지 430-439 (2011.)*

Also Published As

Publication number Publication date
US20150275222A1 (en) 2015-10-01
US10100343B2 (en) 2018-10-16
AU2013335065B2 (en) 2018-10-25
CN104736694A (zh) 2015-06-24
JP2015532120A (ja) 2015-11-09
WO2014066134A1 (en) 2014-05-01
CN104736694B (zh) 2020-08-11
EP2909306B1 (en) 2019-12-11
AU2013335065A1 (en) 2015-04-02
CA2884573A1 (en) 2014-05-01
JP6383359B2 (ja) 2018-08-29
KR20150077412A (ko) 2015-07-07
EP2909306A4 (en) 2016-04-20
EP2909306A1 (en) 2015-08-26
US20160355860A1 (en) 2016-12-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
AU2007248485B2 (en) Production of sialylated N-glycans in lower eukaryotes
JP5562647B2 (ja) 均質な糖タンパク質の生産のための遺伝的に修飾された酵母
EP1505149B1 (en) Methylotroph yeast producing mammalian type sugar chain
EP3172333B1 (en) Production of glycoproteins with mammalian-like n-glycans in filamentous fungi
CN104611245A (zh) 在低等真核生物中产生半乳糖基化糖蛋白
US20110207214A1 (en) Novel tools for the production of glycosylated proteins in host cells
JP2010207235A (ja) 改変されたｎ−グリカンを下等真核生物において産生するためのコンビナトリアルｄｎａライブラリー
KR20110122134A (ko) 글리코공학처리된 효모 피키아 파스토리스에서 갈락토스 동화 경로의 대사 공학
KR20090130029A (ko) 푸코실화가 변형된 당단백질의 제조
EP2771461B1 (en) Engineered lower eukaryotic host strains for recombinant protein expression
KR102134936B1 (ko) Crz1 돌연변이체 진균 세포
WO2013066765A1 (en) Mutation of tup1 in glycoengineered yeast
US8936918B2 (en) Yeast strain for the production of proteins with modified O-glycosylation
WO2021094935A1 (en) Glycoengineering of thermothelomyces heterothallica
US20140287463A1 (en) Engineered pichia strains with improved fermentation yield and n-glycosylation quality
JP2013535198A (ja) 哺乳類のグリコシル化経路を有する酵母人工染色体
US20140308702A1 (en) Yeast recombinant cell capable of producing gdp-fucose
JP2014509864A (ja) Ｇｄｐ−フコースを産生可能な酵母組換え細胞
WO2023144739A1 (en) Glycoengineering of thermothelomyces heterothallica
Class et al. Patent application title: ENGINEERED LOWER EUKARYOTIC HOST STRAINS FOR RECOMBINANT PROTEIN EXPRESSION Inventors: Bo Jiang (Norwich, VT, US) Rebecca D. Argyros (Hartford, VT, US) Stephanie Nelson (White River Junction, VT, US) Robert C. Davidson (Enfield, NH, US) Robert C. Davidson (Enfield, NH, US) Ronghua Chen (Needham Heights, MA, US) Jun Zhuang (Wellesley, MA, US)

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
E902 Notification of reason for refusal
E701 Decision to grant or registration of patent right