KR102043802B1 - 갑상선 여포암 특이적 단백질분해조절 효소 유전자를 포함하는 갑상선 여포암 바이오마커 및 이를 이용한 갑상선 여포암 진단정보제공방법 - Google Patents
갑상선 여포암 특이적 단백질분해조절 효소 유전자를 포함하는 갑상선 여포암 바이오마커 및 이를 이용한 갑상선 여포암 진단정보제공방법 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명의 갑상선 여포암 진단용 조성물은 갑상선 여포암 의심환자 또는 갑상선 여포암 환자의 암 발생 영역의 조직에서 특이적으로 발현 수준이 변화되는 유전자의 수준을 측정함으로써, 갑상선 여포암의 진단을 위해 사용될 수 있다.
Description
본 발명은 갑상선 여포암(FTC; Follicular Thyroid Cancer) 특이적 단백질분해조절 효소 유전자를 포함하는 갑상선 여포암 바이오마커 및 이를 이용한 갑상선 여포암 진단을 위한 정보제공방법 또는 갑상선 여포암 치료방법에 대한 것이다.
임상적으로 분화갑상선암(well differentiated thyroid carcinoma)은 갑상선여포암(follicular thyroid carcinoma, FTC)과 유두암(papillary thyroid carcinoma, PTC)으로 분류되며 되며 치료나 예후 등에서도 같은 선상에서 논해진다. 그러나 FTC는 PTC와는 분자유전학적인 발병 기전과 임상적인 특성에서 차이를 보인다. 특히, FTC는 PTC에 비해 요오드 결핍 지역과 고령에서 더 흔하게 발생하는 것으로 보고되며, PTC와는 달리 가족력이 드문 것으로 보고된다. 또한 FTC는 주로 국소전이보다 원격 전이가 흔하게 일어나며 예후 측면에서도 PTC보다 좋지 않은 것으로 보고되지만 그 원인은 아직 명확하지 않다고 한다. FTC는 고형 형태로써 침습적인 성장을 하게 되는데 PTC와는 달리 괴사가 흔치 않고 대부분 단일 병소이며 피막으로 둘러싸여 있는 특징을 보이는데 피막 침습이 심하거나 혈관을 침범하는 경우에는 전이의 위험성이 높아지며 아주 크게 성장하게 되면 반대편 엽 부위와 주위 경부 조직도 침범하는 경우도 발생한다.
갑상선여포암(follicular thyroid carcinoma, FTC)의 감별법은 병리학적 육안 검사, 세침흡인세포검사, 수술 시 동결 조직검사 등으로는 여포선종(follicular adenoma, FA)이나 여포 변종 유두암과 감별할 수 없어 최종적인 병리학적 현미경 검사를 통해서만 가능하다는 문제가 존재한다.
통상적으로 여포성 종양(follicular neoplasm, FN)은 갑상선 여포선종(FA)과 여포암(FTC)을 통칭하고 있으나 이는 수술 전 진단의 모호성 때문으로 보고된다. 따라서 여포성 종양의 진단과 치료 과정과 갑상선 결절 진단 등에 있어서의 많은 문제점을 해결하는 것이 중요하다고 사료된다.
다시 말해 FTC의 경우 세포 검사로써는 갑상선 결절 진단에 문제가 있어 흔히 여포성 종양(FN)으로 진단되거나 선종성 과다 형성(adenomatous hyperplasia)과 같이 양성으로 진단되는 경우가 많다. 따라서 세침흡인세포검사(FNAC) 상 FN으로 진단된 경우 수술을 통해 종괴를 제거하고 병리학적 검사를 진행해야만 확진이 가능한 문제가 있고 확진에서 악성일 확률에 대해서는 전향적인 연구가 없는 상태이다.
갑상선 종양 중에서 여포암(FTC; Follicular Thyroid Cancer)의 경우, 수술을 해야지만 암인지를 알 수 있어 반드시 수술을 요구하는 암으로써, 여포암 중 약 15-20% 정도가 암이며, 80-85%는 양성 종양으로 유두암 또는 유두암의 여포성 변종이 차지한다. 또한 암이라 할지라도 90%의 암은 수술로 간단히 치료가 되며 발견되는 암의 10% 또는 양성 판정 후에도 종양과 동일한 형태를 보이는 경우 정기적인 추적 관찰이 반드시 필요하다.
이와 같이 FN으로 진단되는 경우, 70-80%의 환자가 불필요한 수술을 받는 것이며 수술 전에는 FA와 FTC를 감별할 방법이 없는 상태이다.
한편, 세포의 항상성에 가장 큰 영향을 끼치는 현상 중 하나인 단백질의 발현과 분해와 관련하여, 단백질 소단위체인 유비퀴틴 (ubiquitin)에 의해 단백질이 전사 후에 변형되는 유비퀴틴화 (ubiquitination)는 세포의 항상성 유지에 매우 결정적인 역할을 한다는 것이 1980년도에 Aaron Ciechanover, Avram Hershko, Irwin Rose 등 3인에 의하여 처음 밝혀졌다. 유비퀴틴이 표적단백질과 결합하는 현상인 유비퀴틴화 (ubiquitination)의 가장 큰 역할은 단백질의 분해를 유도하는 기전으로 목표 단백질의 유비퀴틴화가 일어날 경우 단백질은 세포질 내의 프로테아좀 (proteasome)에 의해 분해된다. 이러한 현상을 유비퀴틴-프로테아좀 경로 (ubiquitin-proteasome pathway)라 일컫는다. 세포 내 발현하는 대부분의 단백질들은 유비퀴틴화를 거치며, 이 과정은 유비퀴틴이 E1 (ubiquitin-activating), E2 (ubiquitin-conjugating), E3 (ubiquitin-ligase) 효소에 의해 순차적으로 촉진된다. 유비퀴틴은 76개의 아미노산으로 구성되어 있으며, 목표 단백질의 아미노산중 라이신 (lysine, K) 부분에 다중유비퀴틴 결합고리 (poly-ubiquitin chain)를 형성하여 부착되거나, 단일유비퀴틴 분자가 (mono-ubiquitination) 부착되기도 하는데, 다중유비퀴틴 결합고리는 유비퀴틴 분자상의 각각 6, 11, 27, 29, 33, 48, 63번째 라이신 고리마다 형성할 수 있으며, 현재까지 밝혀진 바에 따르면 11, 29, 48번째 라이신 부위를 통한 다중유비퀴틴 결합고리가 표적단백질의 분해를 조절하며, 63번째 고리 및 단일유비퀴틴은 단백질의 기능을 조절하는 것으로 나타났다. 유비퀴틴-프로테아좀 경로에 의한 기질 단백질의 분해과정은 단백질분해조절 효소 (탈유비퀴틴화 효소, deubiquitinating enzymes, DUBs)에 의해 가역적으로 조절된다.
다양한 질병의 발병원인을 규명하는 연구에서 유비퀴틴-프로테아좀 시스템 기능 억제에 대한 연구가 현재 국내외로 점점 각광을 받고 있으며, 다발성 골수종 (multiple-myeloma)이나 외투세포림프종 (mantle cell lymphoma)에서 프로테아좀 억제제 (proteasome inhibitor)로 알려진 Velcade (Bortezomib)의 항암 치료에 대한 효과가 최근 FDA 승인을 거쳐 암 치료에 있어서 매우 효과적인 항암치료제로 임상적으로 사용되고 있으나, 광범위한 단백질의 분해 억제를 유발하기 때문에 부작용뿐 아니라, 다른 항암제와 마찬가지로 항암제에 대한 내성이 생기는 현상이 보고되고 있다.
단백질의 유비퀴틴화 과정은 단백질분해조절 효소에 의해 가역적으로 일어날 수 있으며, 단백질분해조절 효소는 기본적으로 단백질에 결합한 유비퀴틴을 제거하여 특정 단백질이 분해되는 것을 막는 역할을 수행한다. 현재까지 단백질 유비퀴틴화 효소 (E1, E2, E3)는 약 500여 가지가 있는 것으로 추정되며, 단백질분해조절 효소는 100여 가지가 있는 것으로 밝혀졌다. 유비퀴틴화 효소는 많이 밝혀진 만큼 그 기능 또한 활발히 연구가 진행되어 유비퀴틴화 효소를 조절하는 억제제를 인위적으로 합성해 항암치료를 위한 임상치료제로 사용되고 있는 반면, 단백질분해조절 효소에 대한 세포 내 기능 연구는 매년 논문이 꾸준히 발표되고 있지만 유비퀴틴화 효소 연구에 비해 아직 미개척 분야로 평가받고 있다.
본 발명은 특정 질병을 진단하기 위해 단백질 분해를 막는 탈유비퀴틴화 경로에 관련된 효소계를 연구하던 중 단백질분해조절 효소와 갑상선 여포암과 밀접한 관련성이 있음을 발견하고, 본 발명을 완성하게 되었다.
본 발명의 목적은 USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y), USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14), USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21), USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45), USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47), USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52), OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3), OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4), OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B), COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), MPND (MPN domain-containing protein), PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14) 및 YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog)로 구성된 군으로부터 선택된 어느 하나 이상의 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 갑상선 여포암 진단용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 조성물을 갑상선 여포암 발병여부를 진단하고자 하는 개체에서 분리된 생체 시료에 처리하여, 갑상선 여포암 진단용 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 갑상선 여포암을 진단하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위한 하나의 실시양태로서, 본 발명은 USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y), USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14), USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21), USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45), USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47), USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52), OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3), OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4), OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B), COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), MPND (MPN domain-containing protein), PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14) 및 YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog)로 구성된 군으로부터 선택된 어느 하나 이상의 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현 수준을 측정하는 하나 이상의 제제를 포함하는 갑상선 여포암 진단용 조성물을 제공한다.
갑상선 여포암 진단용 유전자라 함은, 갑상선 여포암 발병 여부를 확인하려는 개체로부터 유래된 생체 시료에서의 발현 수준이 정상인의 생체 시료 또는 갑상선 여포선종(대조군)의 발현 수준보다 유의미하게 증가하거나 감소하는 유전자를 의미한다.
갑상선 여포암 진단용 유전자는 USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y), USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14), USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21), USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45), USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47), USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52), OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3), OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4), OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B), COPS5 (COP5 signalosome complex subunit 5), MPND (MPN domain-containing protein), PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14) 또는 YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog) 일 수 있다.
보다 바람직하게는 USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3) 및 MPND (MPN domain-containing protein)의 조합일 수 있으며, 더욱 바람직하게는 USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3), USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52) 및 MPND (MPN domain-containing protein)의 조합 일 수 있다.
상기 USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y)는 서열번호 1로 구성되고, USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14)는 서열번호 2로 구성되고, USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21)는 서열번호 3으로 구성되고, USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24)는 서열번호 4로 구성되고, USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34)는 서열번호 5로 구성되고, USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45)는 서열번호 6으로 구성되고, USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47)는 서열번호 7으로 구성되고, USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52)는 서열번호 8로 구성되고, OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1)는 서열번호 9로 구성되고, OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3)은 서열번호 10으로 구성되고, OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4)는 서열번호 11로 구성되고, OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B)는 서열번호 12로 구성되고, COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), 는 서열번호 13으로 구성되고, MPND (MPN domain-containing protein)은 서열번호 14로 구성되고, PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14)는 서열번호 15로 구성되고, YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog)는 서열번호 16으로 구성될 수 있다.
상기 유전자는 갑상선 여포암을 진단하거나 갑상선 여포함 예후 예측을 위해 단독으로 사용될 수 있고, 또는 유전자가 복합적으로 사용될 수 있으며, 복합적으로 사용되는 경우 진단 또는 예후 예측의 성공율을 향상시킬 수 있다.
상기 진단은 감별 진단일 수 있으며, 상기 감별 진단은 갑상선 여포선종(FA)로부터 갑상선 여포암(FTC)을 감별하기 위한 것일 수 있다.
상기 생체 시료는 갑상선 여포암 발병 여부를 확인하려는 개체로부터 분리된 조직, 체액(혈액, 오줌 등), 그의 추출물 및 채취한 조직의 배양물 등이 될 수 있으며, 갑상선 여포암 발병 유무를 확인하기 위한 세포를 포함하는 것이라면 특별히 한정되지 않는다.
상기 조직, 세포 또는 체액은 갑상선에서 유래된 것일 수 있다.
본 발명의 "유전자 및/또는 이로부터 발현되는 단백질"이란, 상기 유전자로부터 발현되고, 생체 시료에서 발현 수준이 유의미하게 변화하며, 갑상선 여포암의 진단 또는 갑상선 여포선종으로부터 갑상선 여포암의 감별진단에 사용될 수 있는 유전자를 의미한다.
상기 유전자 또는 단백질은 갑상선 여포암의 진단 뿐만 아니라, 갑상선 여포암의 예후 예측에도 활용될 수 있다.
상기 유전자 또는 단백질의 발현은 갑상선 여포암이 악화되고 있는 조직 또는 세포에서 변화하기 때문에 갑상선 여포암의 예후를 예측하는 마커로서 활용될 수 있다. 상기 마커의 발현 수준이 정상인의 발현 수준에 유의미하게 차이나는 경우 예후가 나쁘다고 예측할 수 있으며, 상기 마커의 발현수준이 정상인의 발현 수준에 유의미하게 차이나지 않는 경우 예후가 좋다고 예측할 수 있다. 여기서 예후란 질환 특히 갑상선 여포암의 경과를 예측하는 행위로 해석될 수 있다.
유전자의 발현 수준은 상기 유전자의 mRNA 수준 또는 상기 유전자에 의해 발현된 단백질의 수준을 통해 측정할 수 있다.
상기 "유전자의 mRNA 수준을 측정하는 제제"는 상기 유전자로부터 전사된 mRNA의 수준을 측정하는 방법에 사용되는 제제를 의미하며, 특별히 이에 한정되지 않으나, 일 예로서 RT-PCR, 정량적 실시간 PCR(quantified real time PCR), 경쟁적 RT-PCR(Competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR(real time quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블럿팅(Northern blotting), DNA 칩 분석법 등의 방법에 사용되는 표적 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 프라이머 세트 또는 프로브 등이 될 수 있다.
상기 프라이머 세트는 상기 유전자의 mRNA로부터 얻어진 cDNA를 PCR 증폭하기 위한 프라이머 세트일 수 있다.
상기 프라이머 세트는 갑상선 여포암을 진단하거나 예후 예측을 위해 단독으로 사용될 수 있고, 프라이머 세트가 복합적으로 사용될 수 있으며, 복합적으로 사용되는 경우 진단 또는 예후 예측의 성공율을 향상시킬 수 있다.
상기 프라이머 세트는 일 예로,
USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 17 및 서열번호 18의 프라이머 세트일 수 있고, USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 19 및 서열번호 20의 프라이머 세트일 수 있고, USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 21 및 서열번호 22의 프라이머 세트일 수 있고, USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 23 및 서열번호 24의 프라이머 세트일 수 있고, USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 25 및 서열번호 26의 프라이머 세트일 수 있고, USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 27 및 서열번호 28의 프라이머 세트일 수 있고, USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 29 및 서열번호 30의 프라이머 세트일 수 있고, USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 31 및 서열번호 32의 프라이머 세트일 수 있고, OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 33 및 서열번호 34의 프라이머 세트일 수 있고, OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 35 및 서열번호 36의 프라이머 세트일 수 있고, OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 37 및 서열번호 38의 프라이머 세트일 수 있고, OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 39 및 서열번호 40의 프라이머 세트일 수 있고, COPS5 (COP9 signalosome subunit 5) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 41 및 서열번호 42의 프라이머 세트일 수 있고, MPND (MPN domain-containing protein) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 43 및 서열번호 44의 프라이머 세트일 수 있고, PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 45 및 서열번호 46의 프라이머 세트일 수 있고 또는 YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 47 및 서열번호 48의 프라이머 세트일 수 있다.
본 발명의 용어 "프로브"란, mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미한다. 상기 프로브는 표지용 물질로 표지하여 특정 mRNA를 검출할 수 있도록 제작될 수 있는데, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.
본 발명의 목적상 상기 프로브는 상기 유전자의 mRNA와 상보적으로 혼성화 되는지의 여부를 확인함으로써, 갑상선 여포암의 진단 또는 예후 예측을 할 수 있다.
본 발명의 용어 "단백질 발현 수준 측정"이란, 목적하는 개체에서 갑상선 여포암의 진단 또는 예후 예측을 하기 위하여 상기 개체로부터 수득한 생체 시료에서 상기 유전자가 발현된 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정을 의미한다. 통상적으로는 상기 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머를 이용하여 단백질의 양을 확인함으로써 수행될 수 있다.
이를 위하여 웨스턴 블럿(western blotting), ELISA(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 오우크테로니(Ouchterlony) 면역 확산법, 로케트(rocket) 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), FACS 및 단백질 칩(protein chip) 분석법 등이 사용될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다.
본 발명은 다른 양태로서, 상기 갑상선 여포암 진단 또는 예후 예측용 조성물을 포함하는 갑상선 여포암 진단 또는 예후 예측용 키트를 제공한다.
본 발명의 키트는 갑상선 여포암 특이적 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 검출 여부를 확인함으로써 갑상선 여포암의 진단 또는 예후 예측을 할 수 있다. 본 발명의 갑상선 여포암의 진단 또는 예후 예측용 키트에는 갑상선 여포암 특이적 유전자의 발현 수준을 검출하기 위한 프라이머, 프로브 또는 단백질을 특이적으로 검출할 수 있는 항체 뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.
구체적인 일 예로서, 본 발명의 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. RT-PCR 키트는, 마커로 사용된 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한, 정량 대조구로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.
다른 예로서, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한, 기판은 정량 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.
또 다른 예로서, 본 발명의 키트는 항체의 면역학적 검출을 위하여 기질, 적당한 완충 용액, 발색 효소 또는 형광물질로 표지된 2차 항체, 발색 기질 등을 포함할 수 있다. 상기에서 기질은 니트로셀룰로오스 막, 폴리비닐 수지로 합성된 96 웰 플레이트, 폴리스티렌 수지로 합성된 96 웰 플레이트 및 유리로 된 슬라이드글라스 등이 이용될 수 있고, 발색 효소는 퍼옥시다아제(peroxidase), 알칼라인 포스파타아제(Alkaline Phosphatase)가 사용될 수 있고, 형광물질은 FITC, RITC 등이 사용될 수 있고, 발색 기질액은 ABTS(2,2'-아지노-비스(3-에틸벤조티아졸린-6-설폰산)) 또는 OPD(o-페닐렌디아민), TMB(테트라메틸 벤지딘)가 사용될 수 있다.
본 발명은 또 다른 양태로서, 상기 갑상선 여포암의 진단 또는 예후 예측용 조성물을 갑상선 여포암의 진단 또는 예후 예측을 하고자 하는 개체의 여포선종 조직 시료 및 갑상선 여포암 조직 시료에 처리하여, 상기 각 시료로부터 갑상선 여포암 진단 또는 예후 예측용 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 갑상선의 예후를 예측하기 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
본 발명의 용어 "개체"란, 갑상선 여포암의 예후을 예측하고자 하는 대상을 의미하는데, 대체로 갑상선 여포암 발병 후, 갑상선 여포암 치료 시술을 받은 개체를 의미한다. 이때, 상기 개체는 사람(보다 바람직하게는 여성)을 비롯하여, 개, 말, 소, 쥐, 염소, 토끼, 닭, 오리, 거위 등의 갑상선암이 발병될 수 있는 동물이라면 제한없이 포함할 수 있다.
상기 방법을 통하여, 갑상선 여포암의 진단 또는 예후를 예측하고자 하는 개체의 갑상선 여포암 조직 시료에서 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하고, 여포선종 조직의 발현 수준과 비교함으로써, 상기 환자의 갑상선 여포암의 예후가 좋은지 아니면 나쁜지를 예측하기 위한 정보를 제공할 수 있다. 즉, 갑상선 여포암 조직에서 측정된 상기 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준이 여포선종 갑상선 조직에서의 발현 수준에 비하여, 증가 하거나 또는 감소할 경우, 상기 개체의 예후가 나쁘다고 판정할 수 있고, 이에 반하여, 갑상선 조직에서 측정된 상기 유전자의 mRNA 또는 이로부터 발현되는 단백질의 발현 수준이 여포선종 갑상선 조직에서의 발현 수준에 비하여 큰 차이를 나타내지 않는 경우, 상기 개체의 예후가 좋다고 판정할 수 있다.
일 예로서, 갑상선 여포암 조직 시료로부터 측정된 갑상선 여포암 예후 예측용 유전자인 USP9Y, USP14, USP21, USP24, USP34, USP45, USP47, USP52, OTUD1, OTUD3, OTUD4, OTUD6B, COPS5, MPND, PSMD14 또는 YOD1 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준이 여포선종 갑상선 조직 시료로부터 측정된 발현 수준에 비하여 1.5배 이상 증가되거나 (USP52 단독의 경우) 및 1.2배 이하로 감소하는 경우 (USP9Y, USP14, USP21, USP24, USP34, USP45, USP47, OTUD1, OTUD3, OTUD4, OTUD6B, COPS5, MPND, PSMD14 또는 YOD1의 경우)를 갑상선 여포암의 예후가 나쁘다고 판정할 수 있다.
다른 예로서, 갑상선 여포암 조직 시료로부터 측정된 갑상선 여포암 예후 예측용 유전자인 USP9Y, USP14, USP21, USP24, USP34, USP45, USP47, USP52, OTUD1, OTUD3, OTUD4, OTUD6B, COPS5, MPND, PSMD14 또는 YOD1 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준이 여포선종 갑상선 조직 시료로부터 측정된 발현 수준에 비하여 1.2배 미만의 수준으로 정상과 유사해지고, USP52 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준이 1.5배 미만의 수준으로 정상과 유사해지는 경우, 갑상선 여포암의 예후가 좋다고 판정할 수 있다.
또한, 본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위해, 갑상선 여포암의 발병 여부를 진단하고자 하는 개체로부터 생체 시료를 분리하는 단계; 상기 생체시료에서 USP9Y, USP14, USP21, USP24, USP34, USP45, USP47, USP52, OTUD1, OTUD3, OTUD4, OTUD6B, COPS5, MPND, PSMD14 또는 YOD1 유전자의 발현량을 측정하는 단계; 상기 USP9Y, USP14, USP21, USP24, USP34, USP45, USP47, OTUD1, OTUD3, OTUD4, OTUD6B, COPS5, MPND, PSMD14 또는 YOD1 유전자의 발현량이 정상인의 세포보다 적게 발현되었는지 또는 USP52 유전자의 발현량이 정상인의 세포보다 많이 발현되었는지를 확인하여 갑상선 여포암 발병 여부를 확인하는 단계; 및 갑상선 여포암 치료제에 의한 갑상선 여포암 치료 예후 예측 방법을 제공한다.
상기 유전자는 갑상선 여포함 예후 예측을 위해 단독으로 사용될 수 있고, 또는 유전자가 복합적으로 사용될 수 있으며, 복합적으로 사용되는 경우 진단 또는 예후 예측의 성공율을 향상시킬 수 있다.
상기 치료방법에서 유전자의 발현량을 측정하기 위해,
USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 17 및 서열번호 18의 프라이머 세트, USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 19 및 서열번호 20의 프라이머 세트, USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 21 및 서열번호 22의 프라이머 세트, USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 23 및 서열번호 24의 프라이머 세트, USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 25 및 서열번호 26의 프라이머 세트, USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 27 및 서열번호 28의 프라이머 세트, USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 29 및 서열번호 30의 프라이머 세트, USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 31 및 서열번호 32의 프라이머 세트, OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 33 및 서열번호 34의 프라이머 세트, OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 35 및 서열번호 36의 프라이머 세트, OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 37 및 서열번호 38의 프라이머 세트, OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 39 및 서열번호 40의 프라이머 세트, COPS5 (COP9 signalosome subunit 5) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 41 및 서열번호 42의 프라이머 세트, MPND (MPN domain-containing protein) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 43 및 서열번호 44의 프라이머 세트, PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 45 및 서열번호 46의 프라이머 세트 또는 YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog) 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 47 및 서열번호 48의 프라이머 세트를 이용할 수 있다.
보다 바람직하게는 USP24 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 23 및 서열번호 24의 프라이머 세트, USP34 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 25 및 서열번호 26의 프라이머 세트, COPS5 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 41 및 서열번호 42의 프라이머 세트, OTUD3 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 35 및 서열번호 36의 프라이머 세트, USP52 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 31 및 서열번호 32의 프라이머 세트 또는 MPND 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 43 및 서열번호 44의 프라이머 세트를 이용할 수 있다.
본 발명은 갑상선 여포암의 진단용 조성물을 갑상선 여포암을 진단하고자 하는 개체의 조직 시료에 처리하여, 상기 각 시료로부터 갑상선 여포암 진단용 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 상기 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현수준을 기준값과 비교하는 단계; 갑상선 여포암의 가능성 또는 갑상선 여포선종 가능성을 판별하는 단계;를 포함하는 갑상선 여포암의 감별진단을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
상기 갑상선 여포암의 진단용 조성물은 USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y), USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14), USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21), USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45), USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47), USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52), OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3), OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4), OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B), COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), MPND (MPN domain-containing protein), PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14) 및 YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog)로 구성된 군으로부터 선택된 어느 하나 이상의 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현 수준을 측정하는 하나 이상의 제제를 포함하는 갑상선 여포암 진단용 조성물을 의미한다.
보다 구체적으로, 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현수준을 기준값과 비교하는 단계에서 USP52 유전자의 발현수준이 여포선종 갑상선 조직 시료로부터 측정된 발현수준보다 1.5배 이상 증가하거나, USP9Y, USP14, USP21, USP24, USP34, USP45, USP47, OTUD1, OTUD3, OTUD4, OTUD6B, COPS5, MPND, PSMD14 또는 YOD1 유전자 발현수준이 여포선종 갑상선 조직시료로부터 측정된 발현수준보다 1.2배 이하로 감소할 수 있다.
본 발명의 갑상선 여포암 진단용 조성물은 갑상선 여포암 의심 환자 또는 갑상선 여포암 환자의 암 발생 영역의 조직에서 특이적으로 발현 수준이 변화되는 유전자의 수준을 측정함으로써, 갑상선 여포암의 정확한 진단을 위해 사용될 수 있다.
도 1은 갑상선 여포암 환자 6명과 대조군 갑상선 여포선종 환자 11명의 조직을 이용한 단백질분해조절 효소 유전자의 발현량을 비교한 결과이다.
도 2. 갑상선 여포암 환자 조직에서 낮게 발현되는 단백질분해조절 효소계 (DUB) 유전자의 t-test의 결과 및 이에 따른 p-values 값이다.
도 3. 갑상선 여포암 환자 조직에서 낮게 발현되는 단백질분해조절 효소계 (DUB) 유전자인 USP34, USP24, COPS5, OTUD3 또는 MPND에 대한 ROC Curve (AUC) 결과이다.
도 4. USP34, USP24, COPS5, OTUD3 및 MPND의 조합에 대한 ROC Curve (AUC) 결과이다.
도 5. USP34, USP24, USP52, COPS5, OTUD3 및 MPND의 조합에 대한 ROC Curve (AUC) 결과이다
도 2. 갑상선 여포암 환자 조직에서 낮게 발현되는 단백질분해조절 효소계 (DUB) 유전자의 t-test의 결과 및 이에 따른 p-values 값이다.
도 3. 갑상선 여포암 환자 조직에서 낮게 발현되는 단백질분해조절 효소계 (DUB) 유전자인 USP34, USP24, COPS5, OTUD3 또는 MPND에 대한 ROC Curve (AUC) 결과이다.
도 4. USP34, USP24, COPS5, OTUD3 및 MPND의 조합에 대한 ROC Curve (AUC) 결과이다.
도 5. USP34, USP24, USP52, COPS5, OTUD3 및 MPND의 조합에 대한 ROC Curve (AUC) 결과이다
1. 조직 준비
2000년부터 2011년까지 서울아산병원에서 갑상선 여포암 및 갑상선 여포선종으로 진단되어 갑상선 검사를 위하여 조직 적출술을 시행 받은 환자 예를 대상으로 하였다.
2. Multiplex PCR
PCR primer sets는 6 아형의 그룹으로 나뉘어져 있는 단백질분해조절 효소를 총 12그룹으로 다시 나눈 후, 각 그룹별로 발현하는 패턴을 알아보기 쉽게 PCR 결과물의 크기가 다르게끔 디자인하였다. 이후, 환자 조직에서 뽑은 cDNA를 대상으로 하여 총 40 cycles의 PCR를 진행하여 2% agarose gel을 이용하여 gel electrophoresis을 진행하여 발현량을 비교 분석하였다. PCR 조건과 관련하여 모든 primer sets에 대한 유전자에서 denaturation 조건인 95℃에서 20초, annealing 조건인 60℃에서 40초, extension 조건인 72℃에서 1분간 반응하였다. 이 PCR 반응을 위한 primer sets는 표 2과 같다.
| 그룹 1 | 그룹 2 | 그룹 3 | 그룹 4 | 그룹 5 | 그룹 6 | 그룹 7 | 그룹 8 | 그룹 9 | 그룹 10 | 그룹 11 | 그룹 12 |
| USP4 | USP1 | USP3 | Ataxin3 | COPS5 | OTUB1 | OTUB6B | USP17 | USP2 | USP6 | USP38 | USP36 |
| USP5 | USP11 | USP10 | BRCC3 | COPS6 | OTUB2 | OTUD3 | USP26 | USP7 | USP29 | USP31 | USP24 |
| USP8 | USP12 | USP16 | EIF3S | EIF3S3 | OTUD1 | OTUD4 | USP35 | USP9Y | USP41 | USP28 | MPND |
| USP9X | USP13 | USP18 | JOSD1 | PSMD7 | OTUD5 | OTUD7B | USP50 | USP49 | OTUD6A | BAP1 | USP32 |
| USP27 | USP14 | USP19 | JOSD2 | PSMD14 | TNFAIP3 | PARP11 | OTUD7A | ATXIN3L | CYLD | USP39 | |
| USP42 | USP15 | USP21 | STAMBP | PRPF8 | VCPIP1 | YOD1 | USP43 | USP37 | |||
| USP47 | USP46 | USP33 | STAMBPL1 | ZRANB1 | USP20 | USPL1 | |||||
| USP51 | USP48 | USP34 | USP22 | ||||||||
| USP52 | USP53 | ||||||||||
| USP54 |
3. 갑상선 여포암 환자 조직에서 높거나 낮게 발현하는 단백질분해조절 효소계 (DUB) 유전자
갑상선 여포암 환자 조직과 이에 대한 대조군으로서의 여포선종 암 환자 조직에서 Multiplex PCR primer set를 이용하여 PCR을 진행한 후, 갑상선 여포암 환자 조직에서 높거나 낮게 발현하는 단백질분해조절 효소계 (DUB) 유전자를 발굴하였다 (도 1). 이 중에서, t-test 통계를 이용하여 p-values 값이 유의하게 나타나는 6종을 최종 panel로 확정하였다 (도 2).
| 단백질분해조절 효소계(DUB) 유전자 | 서열번호 | 프라이머 서열 | 크기 (base pair) | 프라이머 농도 (pmol) |
|
| USP9Y | 17 | Forward | 5'-TTGAGGACTCCTGGCAGACT-3' | 413 | 3 |
| 18 | Reverse | 5'-ATCCTGGTCATCTGGCTCCT-3' | |||
| USP14 | 19 | Forward | 5'-TCA GTG TAT TCG TTC TGT GCC TGA-3' | 268 | 4 |
| 20 | Reverse | 5'-CTC GCT CAT TTG TAT CCA ACA TTCA-3' | |||
| USP21 | 21 | Forward | 5'-TGA CAA AGC CGG AAG TCC TGT A-3' | 250 | 2 |
| 22 | Reverse | 5'-AAA GGG CTT CAC AGG TGC CAG A-3' | |||
| USP24 | 23 | Forward | 5'-CCGACAGTTGTCCGTGTCTG-3' | 380 | 5 |
| 24 | Reverse | 5'-TCCGAAGCTGTAGGCACGTA-3' | |||
| USP34 | 25 | Forward | 5'-CAG CCA TAG TGC TGA AGT TCA AGT-3' | 410 | 3 |
| 26 | Reverse | 5'-GAC TGA CAT CAC CAG ATT GTG CT-3' | |||
| USP45 | 27 | Forward | 5'-TGGGCTGTTCAGATCCAGTAGT-3' | 100 | 15 |
| 28 | Reverse | 5'-ACTGTCAGTCTCCTTGGTGTACAG-3' | |||
| USP47 | 29 | Forward | 5'-CGA TGA TCA ACA TGT CAG CAG GA-3' | 150 | 10 |
| 30 | Reverse | 5'-TTT CTG GCT GGA TCC TTC AGT CT-3' | |||
| USP52 | 31 | Forward | 5'-TCT GGC AAG GTT TCC CTG AGA GA-3' | 100 | 15 |
| 32 | Reverse | 5'-GGT TGC CAT GCA CAT CAA AGT CT-3' | |||
| OTUD1 | 33 | Forward | 5'-ATG GGG CAG ATG CTG AAT GTG A-3' | 199 | 5 |
| 34 | Reverse | 5'-TGC ACC AGT TGT CGT ACT CTG-3' | |||
| OTUD3 | 35 | Forward | 5'-GAA GAC GAC CTG AGA GAT GA-3' | 188 | 5 |
| 36 | Reverse | 5'-CTG GGC TCA AGA TTC TCT TC-3' | |||
| OTUD4 | 37 | Forward | 5'-GCT CTG CTA TGT GTC AGT CTC T-3' | 155 | 3 |
| 38 | Reverse | 5'-TTA CTT GCA ACT GTC ATC CTC TG-3' | |||
| OTUD6B | 39 | Forward | 5'-AAG AAT GCT GTT CCC AAG AA-3' | 301 | 15 |
| 40 | Reverse | 5'-CCA TAT GTC TGG CTC CTG TT-3' | |||
| COPS5 | 41 | Forward | 5'-GCA GTG GTG ATT GAT CCA ACA A-3' | 301 | 10 |
| 42 | Reverse | 5'-AGA CCT GAC CAG TGG TAT AGT C-3' | |||
| MPND | 43 | Forward | 5'-CGGGCAGACCTTCAACTCAC-3' | 285 | 20 |
| 44 | Reverse | 5'-CCCAGTGGTCTCCGACTCTT-3' | |||
| PSMD14 | 45 | Forward | 5'-GGT TTG ACA CTT CAG GAC TAC A-3' | 200 | 5 |
| 46 | Reverse | 5'-GAG GTC ATA AGT ACA TCC ACAT G-3' | |||
| YOD1 | 47 | Forward | 5'-ACT TGC CCA TCC AAT CTG GTG A-3' | 100 | 10 |
| 48 | Reverse | 5'-ACG TAA CTA GAA GCA CCA CGT T-3' | |||
4. Logistic regression model 과정
USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3) 및 MPND (MPN domain-containing protein)로 구성된 5종의 DUB panel의 확인을 위하여 Logistic regression model 을 적용하였고 그 결과 이 panel에 의해 갑상선 여포암에서 확실하게 낮게 발현되어 갑상선 여포선종과 구별되는 것을 확인하였다 (도 3 및 4).
또한, USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52), COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3) 및 MPND (MPN domain-containing protein)로 구성된 6종의 DUB panel의 확인을 위하여 Logistic regression model 을 적용하였고 그 결과 이 panel에 의해 갑상선 여포암에서 확실하게 높게 발현되거나 (USP52 ), 낮게 발현(USP24, USP34, COPS5, OTUD3, MPND) 되어 갑상선 여포선종과 구별되는 것을 확인하였다 (도5).
<110> 32323
<120> 323232
<130> 33
<160> 48
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 7668
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
atgacagcca tcactcatgg ctctccagta ggagggaacg acagccaggg ccaggttctt 60
gatggccagt ctcagcatct cttccaacag aaccagactt catcacctga ttcttccaat 120
gagaattccg tagcaactcc tcctccagag gaacaagggc aaggtgatgc cccaccacag 180
catgaagatg aagagcctgc atttccacat actgagctgg caaacctgga tgacatgatc 240
aacaggcctc gatgggtggt tcctgttttg ccaaaagggg aattagaagt gcttttagaa 300
gctgctattg atcttagtgt aaaaggcctt gatgttaaaa gtgaagcatg ccaacgtttt 360
tttcgagatg gactaacaat atctttcact aaaattctta tggatgaggc tgtgagtggc 420
tggaagtttg aaattcatag atgtattatt aacaatactc atcgcctagt ggagctttgt 480
gtggccaagt tgtcccaaga ttggtttcca cttctagaac ttctcgccat ggccttaaat 540
cctcactgca agtttcatat ctacaatggt acacgtccgt gtgaattaat ttcctcaaat 600
gctcagttgc ctgaagatga attatttgct cgttcttcag atcctcgatc accaaaaggt 660
tggctagtgg atctcatcaa taaatttggc acattaaatg ggttccagat tttgcatgat 720
cgttttttta atggatcagc attaaatatt caaataattg cagctcttat taaaccattt 780
ggacaatgct atgagtttct cagtcaacat acactgaaaa agtacttcat tccagttata 840
gaaatggttc cacatttatt ggaaaactta actgatgaag aactgaaaaa ggaggcaaag 900
aatgaagcca aaaatgatgc cctttcaatg attattaaat ctttgaagaa cttagcttca 960
agaatttcag gacaagatga gactataaaa aatttggaaa tttttaggtt aaagatgata 1020
ctcagattgt tgcaaatttc ctcttttaat ggaaagatga atgcactgaa tgaaataaat 1080
aaggttatat ctagtgtatc atattatact catcggcata gtaatcctga ggaggaagaa 1140
tggctgacag ctgagcgaat ggcagaatgg atacagcaaa ataatatctt atccatagtc 1200
ttgcaagaca gtcttcatca accacaatat gtagaaaagc tagagaaaat tcttcgtttt 1260
gtgattaaag aaaaggctct tacattacag gaccttgata atatctgggc agcacaggca 1320
ggaaaacatg aagccattgt gaagaatgta catgatctgc tagcaaagtt ggcttgggat 1380
ttttctcctg gacaacttga tcatcttttt gattgcttta aggcaagttg gacaaatgca 1440
agtaaaaagc aacgtgaaaa gctccttgag ttgatacgcc gtcttgcaga agatgataaa 1500
gatggtgtga tggcacacaa agtgttgaac cttctttgga acctggctca gagtgatgat 1560
gtgcctgtat acatcatgga ccttgctctt agtgcccaca taaaaatact agattatagt 1620
tgtgcccagg atcgagatgc acagaagatc cagtggatag atcactttat agaagaactt 1680
cgcacaaatg acaagtgggt aattcctgct ctgaaacaaa taagagaaat ttgtagtttg 1740
tttggtgaag catctcaaaa tttgagtcaa actcagcgaa gtccccacat attttatcgc 1800
catgatttaa tcaaccagct tcaacaaaat catgctttag ttactttggt agcagaaaac 1860
cttgcaacct acatgaatag catcagattg tatgctggag atcatgaaga ctatgatcca 1920
caaacagtga ggcttggaag tcgatacagt catgttcaag aagttcaaga acgactaaac 1980
ttccttagat ttttagtgaa ggatggccaa ctgtggctct gtgctcctca ggcaaaacaa 2040
atatggaagt gcttagcaga aaatgcagtt tatctttgtg atcgtgaagc ctgttttaag 2100
tggtattcca agttaatggg ggatgaacca gacttggatc ctgatattaa taaggacttc 2160
tttgaaagta atgtacttca gcttgatcct tcccttttaa ctgaaaatgg aatgaaatgc 2220
tttgaaagat ttttcaaagc tgtcaattgt cgagaaagga aactaatagc aaaaagaaga 2280
tcctatatga tggatgattt ggaattaatt ggactagact acctttggag ggttgtgatt 2340
cagagtagtg acgagattgc taacagagct atagatcttc ttaaagagat atacacaaac 2400
cttggcccaa gattaaaagc caatcaggtg gttatccatg aagacttcat tcagtcttgc 2460
tttgatcgtt taaaagcatc atatgataca ctgtgtgttt ttgatggtga caaaaacagc 2520
attaattgtg caagacaaga agccattcga atggttagag tattaactgt tataaaagag 2580
tacattaatg aatgtgacag tgattatcac aaggaaagaa tgattctacc tatgtcgaga 2640
gcatttcgtg gcaaacacct ctctcttata gttcggtttc caaaccaggg cagacaggtt 2700
gatgagttgg atatatggtc tcatacgaat gacacaattg gttcagtacg gcgatgtatt 2760
gttaatcgta ttaaagccaa tgtagcccac aaaaaaattg aactttttgt gggtggtgag 2820
ctgatagatt ctgaagatga cagaaagcta attggacaat taaacttaaa agataaatct 2880
ctaattacag ccaaacttac acaaataaat ttcaatatgc catcaagtcc tgatagctct 2940
tccgattcct caactgcatc tcctggaaac caccgtaatc attacaatga tggtcccaat 3000
ctagaggtgg aaagttgttt gcctggggtg ataatgtcag tgcatcccag atacatctct 3060
ttcctttggc aagttgcaga cttaggtagc aacctgaata tgccacctct tagagatgga 3120
gcaagagtac ttatgaaact tatgccacca gatagaacag ctgtagaaaa attacgagct 3180
gtttgtttgg accatgcaaa acttggagaa ggcaaactta gtccacccct tgactctctt 3240
ttctttggtc cttctgcctc ccaagttcta tacctaacag aggtagttta tgccttgtta 3300
atgcctgctg gtgtgcctct aactgatggg tcctctgact ttcaagttca cttcttgaaa 3360
agtggtggct tacctcttgt actgagtatg ctaataagaa ataacttctt gccaaataca 3420
gatatggaaa ctcgaagggg tgcttattta aatgctctta aaatagccaa actgttgtta 3480
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ccttctatca ggaacagtat tcttgcaatt gaaggcacag gtagtgattt acacgatgat 4800
atgttcgggg atgagaagca ggacagtgag agtaatgttg atccccgaga tgatgtattt 4860
ggatatcctc atcaatttga agacaagcca gcattaagta agacagaaga taggaaagag 4920
tataatattg gtgtcctaag acaccttcag gtcatctttg gtcatttagc tgcttcccaa 4980
ctacaatact atgtacccag aggattttgg aaacagttca ggctttgggg tgaacctgtt 5040
aatctccgtg aacaacatga tgccttagag ttttttaatt ctttggtgga tagtttagat 5100
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actttgaatg tggatattag aaatcatcaa aatcttcttg actctttgga acagtatatc 5280
aaaggagatt tattggaagg tgcaaatgca tatcattgtg aaaaatgtga taaaaaggtt 5340
gacacagtaa agcgcctgct aattaaaaaa ttgcctcggg ttcttgctat ccaactcaaa 5400
cgatttgact atgactggga aagagaatgt gcaattaaat tcaatgatta ttttgaattt 5460
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ggaggcacaa agtacagact tgtaggagtg cttgtacaca gtggtcaagc aagcggtggg 5640
cattattatt cttacatcat tcaaaggaat ggtaaagatg atcagacaga tcactggtat 5700
aaatttgatg atggagatgt aacagaatgc aaaatggatg atgatgaaga aatgaaaaat 5760
cagtgttttg gtggagagta catgggagaa gtatttgatc acatgatgaa gcgcatgtca 5820
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tatcagtatg ctgaattagg caagttatat tcagtagtgt ctcagctgat tcgttgttgc 6720
aatgtgtcat caacaatgca gtcttcaatc aatggtaatc cccctctccc caatcctttc 6780
ggtgacctta atttatcaca gcctataatg ccaattcagc agaatgtgtt agacatttta 6840
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atcaaattac ttcgcttttg ctcttgggag aatcctcagt tctcatctac tgtcctcagc 6960
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ggaccagcag cacatcactt gaacaaccct cagaaaacag gccaacgaac acaagaaaat 7620
tatgaaggca atgaagaagt atcctcacct cagatgaagg atcagtga 7668
<210> 2
<211> 1485
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 2
atgccgctct actccgttac tgtaaaatgg ggaaaggaga aatttgaagg tgtagaattg 60
aatacagatg aacctccaat ggtattcaag gctcagctgt ttgcgttgac tggagtccag 120
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atcaaaataa aaaatggaat gactctacta atgatggggt cagcagatgc tcttccagaa 240
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gattccatgg ataaaacttc ttccagtatt ccacctatta ttctactgca gtttttgcac 540
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agtttaatcg atcagttctt cggtgttgag tttgaaacta ccatgaaatg tacagaatct 780
gaagaagaag aagtcaccaa aggaaaggaa aatcaacttc agcttagctg ttttatcaat 840
caggaagtca agtatctttt tacaggactt aaattgcgac ttcaggaaga aatcaccaaa 900
cagtctccaa cgttgcaaag aaatgccttg tatatcaaat cttccaagat cagccggctg 960
cctgcttact tgaccattca gatggttcga tttttttata aagagaagga atctgtgaat 1020
gccaaagttc ttaaggatgt taaatttcct cttatgttgg atatgtatga actgtgtaca 1080
ccagaacttc aagagaaaat ggtgtctttt cgatccaaat tcaaggatct agaagataaa 1140
aaagtgaatc agcagccaaa tacaagtgac aaaaagagta gtccccagaa agaagttaag 1200
tatgaaccct tttcttttgc tgatgatatt ggctccaata attgtggata ctatgactta 1260
caagcagtac taacacacca gggaaggtct agttcttcag gtcattatgt atcatgggtg 1320
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gaagatatct tacggctttc tggtggtgga gactggcata tcgcttacgt tctactctat 1440
gggcctcgca gagttgaaat aatggaagag gaaagtgaac agtaa 1485
<210> 3
<211> 1698
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 3
atgccccagg cctctgagca ccgcctgggc cgtacccgag agccacctgt taatatccag 60
ccccgagtgg gatccaagct accatttgcc cccagggccc gcagcaagga gcgcagaaac 120
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gaacggctca agaaactgga gctgggacgg ggacggacct caggccctcg tcccagaggc 240
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ctgagaaggg acttccggca agaggtgcct ggaggaggcc gagcccaaga gctcactgaa 780
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<210> 4
<211> 7863
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 4
atggaatcgg aggaggagca gcacatgacc acgctgctgt gcatgggctt ctcagacccc 60
gccaccatcc gcaaggccct gcgcctggcc aagaacgaca ttaacgaggc cgtggcactg 120
ctcaccaacg agcggccggg cctcgactac ggcggctacg agcccatgga cagcggcggt 180
ggccccagcc ccgggcccgg cgggggcccg cggggcgacg gcggaggtga cggcggcggc 240
ggcggcccct cccgcggcgg gagcaccgga ggcgggggcg gcttcgaccc cccgcccgcc 300
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attgaattcc ctacaacaaa tttatatgaa ctggaaagcc gtgttttgac tgatcattgg 420
tccatccctt acaagcgaga agaatcacta ggcaaatgcc tgttggcatc tacctaccta 480
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caagatccaa ttcccactgg tctcctgggt gtgcttacaa tggctttcaa tcctgataat 720
gaataccatt ttaaaaacag aatgaaagtg tctcaaagga attgggcaga agtgtttgga 780
gagggaaata tgtttgctgt ttcacctgta tcgactttcc aaaaggagcc tcatggatgg 840
gttgtggatt tggtaaataa gtttggagaa ttaggtggat ttgcagcaat ccaagccaag 900
ctccattcag aagatataga acttggggct gtctcagcac tgattcagcc cttaggagtg 960
tgtgcagagt acctcaattc ctccgtggta cagcccatgc tagacccagt cattcttact 1020
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atccctgagc tcttgtctgc cgttaagtta ctttgcatgc gcttccaacc ggatctggtg 1140
acaattgtgg atgaccttcg actagatatt ctattgcgca tgctgaaatc accacatttc 1200
agtgctaaga tgaattctct caaagaagta accaaactaa tagaagatag cactttatcc 1260
aaatctgtga agaatgctat agatacagac agattattag attggctagt tgaaaactca 1320
gttctgtcga ttgcactgga aggcaacata gaccaagcac aatactgtga ccgtataaag 1380
ggaattattg aactcttggg tagtaaattg tcgttagatg aactcactaa aatttggaag 1440
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gctgtgaaat ttaattcaga tcagcttaat catttgtttg ttctcattca gaagagctgg 1560
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gaagctcgct ttgagaccac ttctggaaag gttttagacg tactctggga actggctcac 1680
cttccaaccc tgcccagtag ccttattcag caggccttgg aggagcacct gacaatcctt 1740
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cggtacactt accgggagta tttagaggca catctaaaat ttctagcgtt tttcttgcaa 2160
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ggccaggatg tttgtgaatt agatagagag atgtgttttg aatggtttac aaaaggacag 2280
catgatcttg agagtgatgt tcagcagcag ctcttcaagg agaaaattct taaattggag 2340
tcatatgaaa tcactatgaa tggttttaac ttatttaaaa ctttttttga aaatgtgaat 2400
ctttgtgatc atcgattgaa aagacaagga gctcagttgt atgtagaaaa gctggaattg 2460
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gaagctattc agctaatcat aaactatagt tacattaatc taaatcctag attaaagaag 2580
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ttttactctg ttccacgaac tattctacct catggtgcct catttcatgg acatctttta 2880
acccttaatg ttacctatga gtctaccaaa gataccttca ctgtcgaggc tcacagtaat 2940
gaaaccatag ggagtgtccg gtggaaaata gccaagcagt tgtgctctcc tgtggataat 3000
atacagatat ttacaaatga tagcctgctg acagtgaata aagatcaaaa gctactccac 3060
caactgggct tttctgatga acaaatcctt acagtgaaga cttctggcag tgggacccca 3120
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cggagccagc aactggcatc tttctataac ttgccctgtg ttgctgattt catcattgat 4320
attctgctcg gatcaccaag tgctgagatt cgccgggttg cctgtgatca gctgtacact 4380
cttagtcaga cagacacatc agcgcatcca gatgtgcaga agccaaatca gtttcttcta 4440
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caaagcctga aagaaaaaac agaaaaagta aaagatccta agactgctgc tgatgtggtc 2820
agccctgggg ccaactctgt tgatagcaga gtgcaaagac caaaagaaga gagttcagaa 2880
gatgaaaatg aagtgtctaa tattttgaga agtggtagat ccaagcagtt ctataatcaa 2940
acttatggaa gcaggaagta caaaagtgat tggggctatt ctggtagggg tggatatcaa 3000
catgtgagaa gtgaggagtc ctggaaagga cagccaagca gaagtcggga tgaaggttat 3060
cagtaccatc gaaatgtcag agggcgacca tttaggggag ataggaggag atcagggatg 3120
ggagatggcc ataggggaca gcacacttga 3150
<210> 12
<211> 972
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 12
atggagcccc gggtgagggt tgaggggtgg aaggtgccta ctagccggtg caggtttctt 60
ctagcgcgtg tgctggggta cctggtcgtc atggaggcgg tattgaccga agagcttgat 120
gaggaagagc agctgctgag aaggcatcgc aaagagaaga aggagttgca agccaaaatt 180
cagggcatga agaatgctgt tcccaagaat gacaagaaga ggaggaagca actcaccgaa 240
gatgtggcca agttggaaaa agaaatggaa cagaaacata gagaggaact ggagcaattg 300
aagctgacta ctaaggagaa taagatagat tctgttgctg ttaacatttc aaacttggtg 360
cttgagaatc agccacctcg gatatcaaaa gcacaaaaga gacgggaaaa gaaagctgca 420
ttggaaaagg agcgagaaga acggatagct gaagctgaaa ttgaaaactt aacaggagcc 480
agacatatgg aaagtgagaa acttgctcaa atattggcag ctagacagtt agaaattaaa 540
cagattccat ctgatggcca ctgtatgtat aaagccattg aagatcaact gaaagaaaag 600
gattgtgctc tgactgtggt tgccttgaga agtcagaccg ctgagtatat gcaaagccat 660
gtggaagact ttctgccatt tttaacaaac cctaatacag gagatatgta tactccagaa 720
gaatttcaga agtactgtga agatattgta aacacagctg catggggagg tcagcttgag 780
ctaagagctc tgtctcacat tttacaaaca ccaatagaga taatacaggc agattctcct 840
cccattatag ttggtgaaga atattcaaaa aaaccactaa tacttgtata tatgagacat 900
gcatatggct taggagaaca ttataattcg gttacacggt tggtaaacat agttactgaa 960
aattgcagct aa 972
<210> 13
<211> 1005
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 13
atggcggcgt ccgggagcgg tatggcccag aaaacctggg aactggccaa caacatgcag 60
gaagctcaga gtatcgatga aatctacaaa tacgacaaga aacagcagca agaaatcctg 120
gcggcgaagc cctggactaa ggatcaccat tactttaagt actgcaaaat ctcagcattg 180
gctctgctga agatggtgat gcatgccaga tcgggaggca acttggaagt gatgggtctg 240
atgctaggaa aggtggatgg tgaaaccatg atcattatgg acagttttgc tttgcctgtg 300
gagggcactg aaacccgagt aaatgctcag gctgctgcat atgaatacat ggctgcatac 360
atagaaaatg caaaacaggt tggccgcctt gaaaatgcaa tcgggtggta tcatagccac 420
cctggctatg gctgctggct ttctgggatt gatgttagta ctcagatgct caatcagcag 480
ttccaggaac catttgtagc agtggtgatt gatccaacaa gaacaatatc cgcagggaaa 540
gtgaatcttg gcgcctttag gacataccca aagggctaca aacctcctga tgaaggacct 600
tctgagtacc agactattcc acttaataaa atagaagatt ttggtgtaca ctgcaaacaa 660
tattatgcct tagaagtctc atatttcaaa tcctctttgg atcgcaaatt gcttgagctg 720
ttgtggaata aatactgggt gaatacgttg agttcttcta gcttgcttac taatgcagac 780
tataccactg gtcaggtctt tgatttgtct gaaaagttag agcagtcaga agcccagctg 840
ggacgaggga gtttcatgtt gggtttagaa acgcatgacc gaaaatcaga agacaaactt 900
gccaaagcta caagagacag ctgtaaaact accatagaag ctatccatgg attgatgtct 960
caggttatta aggataaact gtttaatcaa attaacatct cttaa 1005
<210> 14
<211> 1416
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 14
atggcagctc cggagccgct gtccccggcg ggcggtgcgg gcgaggaggc gccggaggag 60
gacgaggacg aagcggaggc cgaggaccct gagcggccga atgcgggagc gggcggtgga 120
cgcagtggcg gcggcggcag tagcgtcagc ggaggaggcg gcggcggcgg ggccggggcg 180
gggggctgcg gcgggcccgg gggcgcgctc accaggcgcg cggtcacact gcgggtgctc 240
ctcaaagacg cgctgctgga gcctggcgcc ggggtgctgt ccatctacta cctggggaag 300
aagttcctgg gcgacctgca gccagacgga aggatcatgt ggcaggagac cgggcagacc 360
ttcaactcac ccagcgcctg ggccacccac tgcaagaagc tggtgaaccc tgccaagaag 420
tcgggctgtg gctgggcctc tgtcaagtac aaaggccaga aactggacaa gtacaaggcc 480
acctggctcc ggctgcacca gctgcacacg cctgccacgg ctgctgatga gagcccagcc 540
agtgaagggg aggaggagga gttgctgatg gaagaggagg aggaggacgt tctggcaggg 600
gtctcagcag aggacaagag tcggagacca ctggggaaga gcccttcaga gcctgcccac 660
ccggaggcca caaccccagg gaagcgggtg gacagcaaga tccgggttcc ggtccgctac 720
tgcatgctgg gcagccgcga cttggccagg aacccccaca ccctggtgga agtaacatcc 780
tttgcagcca tcaacaagtt ccagccgttc aacgtggctg tttctagcaa cgtgctgttc 840
ctgctggact tccacagtca cctgacacgg agtgaggtcg tgggttacct ggggggccgc 900
tgggacgtca acagccagat gctgacggtg ctcagagcct tcccttgtcg gagccggctc 960
ggggacgcag agactgcagc tgccatcgaa gaggagatct accagagcct gttcctgcgg 1020
ggcctgtccc tggtgggctg gtaccacagc cacccacaca gcccggcgct gccatctctg 1080
caggacatcg acgcacagat ggactaccag ctgcggctgc agggctccag caatggcttc 1140
cagccctgcc tcgccctgct ctgctcccct tactattctg gcaacccagg ccccgagtcc 1200
aagatctcgc ctttctgggt gatgcctcct cccgagatgc tgctggtgga gttctacaag 1260
ggttcccctg acctcgtgag gctccaggaa ccctggagcc aggagcacac ctacctcgac 1320
aagcttaaga tctccttggc cagcaggacg cccaaggacc agagcctgtg tcacgtcctg 1380
gaacaggtgt gcggcgtcct caagcagggg agctga 1416
<210> 15
<211> 933
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 15
atggacagac ttcttagact tggaggaggt atgcctggac tgggccaggg gccacctaca 60
gatgctcctg cagtggacac agcagaacaa gtctatatct cttccctggc actgttaaaa 120
atgttaaaac atggccgtgc tggagttcca atggaagtta tgggtttgat gcttggagaa 180
tttgttgatg attataccgt cagagtgatt gatgtgtttg ctatgccaca gtcaggaaca 240
ggtgtcagtg tggaggcagt tgatccagtg ttccaagcta aaatgttgga tatgttgaag 300
cagacaggaa ggccggagat ggttgttggt tggtatcaca gtcaccctgg ctttggttgt 360
tggctttctg gtgtggatat caacactcag cagagctttg aagccttgtc ggagagagct 420
gtggcagtgg ttgtggatcc cattcagagt gtaaaaggaa aggttgttat tgatgccttc 480
agattgatca atgctaatat gatggtctta ggacatgaac caagacaaac aacttcgaat 540
ctgggtcact taaacaagcc atctatccag gcattaattc atggactaaa cagacattat 600
tactccatta ctattaacta tcggaaaaat gaactggaac agaagatgtt gctaaatttg 660
cataagaaga gttggatgga aggtttgaca cttcaggact acagtgaaca ttgtaaacac 720
aatgaatcag tggtaaaaga gatgttggaa ttagccaaga attacaataa ggctgtagaa 780
gaagaagata agatgacacc tgaacagctg gcaataaaga atgttggcaa gcaggacccc 840
aaacgtcatt tggaggaaca tgtggatgta cttatgacct caaatattgt ccagtgttta 900
gcagctatgt tggatactgt cgtatttaaa taa 933
<210> 16
<211> 1047
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 16
atgtttggcc ccgctaaagg tcgccatttt ggagtccacc cggcgcctgg tttccccggc 60
ggcgtctccc aacaggctgc cgggaccaaa gctggccccg cgggtgcctg gcctgtgggc 120
agccggaccg acacgatgtg gcggctccgc tgcaaggcca aggacggcac ccatgttttg 180
caggggctgt ccagccggac ccgggtgcgg gaactccagg gccaaattgc cgccatcacc 240
gggatcgccc ccggcggtca gcgaatcctc gtcggatacc ctcccgagtg cctggatctc 300
agcaatgggg ataccattct ggaagacttg cccatccaat ctggtgacat gctgatcatt 360
gaagaagacc aaaccaggcc cagaagttca cctgcattta ctaaacgtgg tgcttctagt 420
tacgtcaggg aaactttgcc tgtgcttacc agaaccgtgg tcccagcaga caactcttgc 480
ctctttacta gtgtgtacta tgtcgtcgaa ggaggagtct tgaatccagc ttgtgcccct 540
gagatgagac gcctcatagc acaaattgta gcaagcgatc cagacttcta tagtgaggca 600
atactgggaa aaacaaatca agagtactgt gactggatca aaagggatga cacttgggga 660
ggagcaatag agatatcgat tttgtccaag ttttaccaat gtgaaatatg tgtagtggat 720
acacagacag taagaattga tcgttttggg gaagatgcag gatataccaa aagggttctg 780
cttatttatg atggcatcca ctatgatcca cttcagcgta acttccctga tccagataca 840
cctcctctga ccattttctc ctctaatgat gatattgttc ttgtacaagc actggaatta 900
gcagatgaag ctagaagaag gagacagttt actgatgtca accgcttcac cctgagatgc 960
atggtatgtc agaaaggatt aactggacaa gcagaagcaa gggaacatgc caaggagaca 1020
ggccatacca actttggaga agtgtga 1047
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP9Y Forward primer
<400> 17
ttgaggactc ctggcagact 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP9Y reverse primer
<400> 18
atcctggtca tctggctcct 20
<210> 19
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP14 Forward primer
<400> 19
tcagtgtatt cgttctgtgc ctga 24
<210> 20
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP14 Reverse primer
<400> 20
ctcgctcatt tgtatccaac attca 25
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP21 forward primer
<400> 21
tgacaaagcc ggaagtcctg ta 22
<210> 22
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP21 Reverse primer
<400> 22
aaagggcttc acaggtgcca ga 22
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP24 Forward primer
<400> 23
ccgacagttg tccgtgtctg 20
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP24 Reverse primer
<400> 24
tccgaagctg taggcacgta 20
<210> 25
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP34 Forward primer
<400> 25
cagccatagt gctgaagttc aagt 24
<210> 26
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP34 Reverse primer
<400> 26
gactgacatc accagattgt gct 23
<210> 27
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP52 Forward primer
<400> 27
tgggctgttc agatccagta gt 22
<210> 28
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP45 Reverse primer
<400> 28
actgtcagtc tccttggtgt acag 24
<210> 29
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP47 Forward primer
<400> 29
cgatgatcaa catgtcagca gga 23
<210> 30
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP47 Reverse primer
<400> 30
tttctggctg gatccttcag tct 23
<210> 31
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP52 Forward primer
<400> 31
tctggcaagg tttccctgag aga 23
<210> 32
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> USP52 Reverse primer
<400> 32
ggttgccatg cacatcaaag tct 23
<210> 33
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OTUD1 Forward primer
<400> 33
atggggcaga tgctgaatgt ga 22
<210> 34
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OTUD1 Reverse primer
<400> 34
tgcaccagtt gtcgtactct g 21
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OTUD3 Forward primer
<400> 35
gaagacgacc tgagagatga 20
<210> 36
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OTUD3 Reverse primer
<400> 36
ctgggctcaa gattctcttc 20
<210> 37
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OTUD4 Forward primer
<400> 37
gctctgctat gtgtcagtct ct 22
<210> 38
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OTUD4 Reverse primer
<400> 38
ttacttgcaa ctgtcatcct ctg 23
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OTUD6B Forward primer
<400> 39
aagaatgctg ttcccaagaa 20
<210> 40
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OTUD6B Reverse primer
<400> 40
ccatatgtct ggctcctgtt 20
<210> 41
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> COPS5 Forward primer
<400> 41
gcagtggtga ttgatccaac aa 22
<210> 42
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> COPS5 Reverse primer
<400> 42
agacctgacc agtggtatag tc 22
<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MPND Forward primer
<400> 43
cgggcagacc ttcaactcac 20
<210> 44
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> MPND Reverse primer
<400> 44
cccagtggtc tccgactctt 20
<210> 45
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> PSMD14 Forward primer
<400> 45
ggtttgacac ttcaggacta ca 22
<210> 46
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> PSMD14 Reverse primer
<400> 46
gaggtcataa gtacatccac atg 23
<210> 47
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> YOD1 Forward primer
<400> 47
acttgcccat ccaatctggt ga 22
<210> 48
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> YOD1 Reverse primer
<400> 48
acgtaactag aagcaccacg tt 22
Claims (9)
- USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y), USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14), USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21), USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24), USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34), USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45), USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47), USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52), OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1), OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3), OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4), OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B), COPS5 (COP9 signalosome subunit 5), MPND (MPN domain-containing protein), PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14) 및 YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog)를 포함하는 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 갑상선 여포암 진단용 조성물.
- 제1항에 있어서, 상기 USP9Y (Ubiquitin specific peptidase 9Y)는 서열번호 1로 구성되고, USP14 (Ubiquitin specific peptidase 14)는 서열번호 2로 구성되고, USP21 (Ubiquitin specific peptidase 21)는 서열번호 3으로 구성되고, USP24 (Ubiquitin specific peptidase 24)는 서열번호 4로 구성되고, USP34 (Ubiquitin specific peptidase 34)는 서열번호 5로 구성되고, USP45 (Ubiquitin specific peptidase 45)는 서열번호 6으로 구성되고, USP47 (Ubiquitin specific peptidase 47)는 서열번호 7으로 구성되고, USP52 (Ubiquitin specific peptidase 52)는 서열번호 8로 구성되고, OTUD1 (OTU Deubiquitinase 1)는 서열번호 9로 구성되고, OTUD3 (OTU Deubiquitinase 3)은 서열번호 10으로 구성되고, OTUD4 (OTU Deubiquitinase 4)는 서열번호 11로 구성되고, OTUD6B (OTU Deubiquitinase 6B)는 서열번호 12로 구성되고, COPS5 (COP9 signalosome subunit 5)는 서열번호 13으로 구성되고, MPND (MPN domain-containing protein)은 서열번호 14로 구성되고, PSMD14 (Proteasome 26S subunit, non-ATPase, 14)는 서열번호 15로 구성되고, YOD1 (OUT deubiquitinating enzyme 1 homolog)는 서열번호 16으로 구성되는 것을 특징으로 하는 갑상선 여포암 진단용 조성물.
- 제1항에 있어서, 상기 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 갑상선 여포암 진단용 유전자에 특이적인 프라이머 세트 또는 프로브인 것을 특징으로 하는 갑상선 여포암 진단용 조성물.
- 제1항에 있어서, 상기 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 갑상선 여포암 진단용 유전자 단백질에 특이적인 항체 또는 앱타머인 것을 특징으로 하는 갑상선 여포암 진단용 조성물.
- 제3항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 USP9Y 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 17 및 서열번호 18의 프라이머 세트; USP14 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 19 및 서열번호 20의 프라이머 세트; USP21 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 21 및 서열번호 22의 프라이머 세트; USP24 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 23 및 서열번호 24의 프라이머 세트; USP34 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 25 및 서열번호 26의 프라이머 세트; USP45 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 27 및 서열번호 28의 프라이머 세트 ; USP47 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 29 및 서열번호 30의 프라이머 세트; USP52 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 31 및 서열번호 32의 프라이머 세트; OTUD1 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 33 및 서열번호 34의 프라이머 세트; OTUD3 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 35 및 서열번호 36의 프라이머 세트; OTUD4 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 37 및 서열번호 38의 프라이머 세트; OTUD6B 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 39 및 서열번호 40의 프라이머 세트;
COPS5 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 41 및 서열번호 42의 프라이머 세트; MPND 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 43 및 서열번호 44의 프라이머 세트; PSMD14 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 45 및 서열번호 46의 프라이머 세트 및 YOD1 유전자 발현량을 측정하기 위한 서열번호 47 및 서열번호 48의 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상을 포함하는, 갑상선 여포암 진단용 조성물. - 제1항에 있어서, 상기 갑상선 여포암 진단은 갑상선 여포선종으로부터 갑상선 여포암을 감별하기 위한 감별진단인 것을 특징으로 하는 갑상선 여포암 진단용 조성물.
- 제1항의 갑상선 여포암 진단용 조성물을 갑상선 여포암 의 발병 여부를 진단하고자 하는 개체에서 분리된 생체 시료에 처리하여, 상기 갑상선 여포암 진단용 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 갑상선 여포암의 진단을 위한 정보제공방법.
- 제1항의 갑상선 여포암의 진단용 조성물을 갑상선 여포암을 진단하고자 하는 개체의 조직 시료에 처리하여, 상기 각 시료로부터 갑상선 여포암 진단용 유전자의 mRNA 또는 상기 유전자로부터 발현되는 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 상기 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현수준을 기준값과 비교하는 단계; 갑상선 여포암의 가능성 또는 갑상선 여포선종 가능성을 판별하는 단계;를 포함하는 갑상선 여포암의 감별진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 제8항에 있어서, 갑상선 여포암 진단용 유전자의 발현수준을 기준값과 비교하는 단계는 USP52 유전자의 발현수준이 여포선종 갑상선 조직 시료로부터 측정된 발현수준보다 1.5배 이상 증가하거나, USP9Y, USP14, USP21, USP24, USP34, USP45, USP47, OTUD1, OTUD3, OTUD4, OTUD6B, COPS5, MPND, PSMD14 또는 YOD1 유전자 발현수준이 여포선종 갑상선 조직시료로부터 측정된 발현수준보다 1.2배 이하로 감소하는 것을 특징으로 하는 갑상선 여포암의 감별진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
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| KR1020170164314A KR102043802B1 (ko) | 2017-12-01 | 2017-12-01 | 갑상선 여포암 특이적 단백질분해조절 효소 유전자를 포함하는 갑상선 여포암 바이오마커 및 이를 이용한 갑상선 여포암 진단정보제공방법 |
Applications Claiming Priority (1)
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| KR1020170164314A KR102043802B1 (ko) | 2017-12-01 | 2017-12-01 | 갑상선 여포암 특이적 단백질분해조절 효소 유전자를 포함하는 갑상선 여포암 바이오마커 및 이를 이용한 갑상선 여포암 진단정보제공방법 |
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| MX2010008572A (es) * | 2008-02-04 | 2010-11-30 | Bipar Sciences Inc | Metodos de diagnostico y tratamiento de enfermedades mediadas por poli(adp-ribosa) polimerasa. |
-
2017
- 2017-12-01 KR KR1020170164314A patent/KR102043802B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (2)
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|---|---|---|---|---|
| WO2011079846A2 (en) | 2009-12-30 | 2011-07-07 | Rigshospitalet | Mrna classification of thyroid follicular neoplasia |
| WO2016097059A1 (en) | 2014-12-17 | 2016-06-23 | Diaxonhit | Compositions and methods for diagnosing thyroid cancer |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| BMC Med Genomics, 2013, 6: 38 (2013.10.07.)* |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
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