CN111954721A

CN111954721A - 基于根据tmprss2-erg融合状态选定的pde4d变体表达和手术后临床变量的手术后风险分层

Info

Publication number: CN111954721A
Application number: CN201980023592.XA
Authority: CN
Inventors: R·D·霍夫曼
Original assignee: Koninklijke Philips NV
Current assignee: Koninklijke Philips NV
Priority date: 2018-03-29
Filing date: 2019-03-28
Publication date: 2020-11-17
Also published as: JP2021519070A; JP7313374B2; WO2019185773A1; EP3775287A1; EP3775287B1; EP3546598A1; US20210025010A1

Abstract

本发明涉及前列腺癌对象的手术后风险分层的方法，包括确定得自所述对象的生物学样品中跨膜蛋白酶丝氨酸2‑ETS相关基因(TMPRSS2‑ERG)融合状态，确定得自对象的生物学样品中一或多个磷酸二酯酶4D变体各自的基因表达谱，基于选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱确定对象的基于表达的风险评分，及根据基于表达的风险评分和对象的手术后临床变量确定手术后预后风险评分，其中选定的磷酸二酯酶4D变体是根据TMPRSS2‑ERG融合状态选择的。这样可以在手术后设置中改善对象的分层，可以获得更好的手术后二级治疗决定。

Description

基于根据TMPRSS2-ERG融合状态选定的PDE4D变体表达和手术后临床变量的手术后风险分层

发明领域

本发明涉及一种前列腺癌对象的手术后风险分层的方法。此外，本发明涉及诊断试剂盒，涉及所述试剂盒在前列腺癌对象的手术后风险分层方法中的应用，涉及磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱在前列腺癌对象手术后风险分层中的应用，以及涉及相应的计算机程序产品。

发明背景

癌症是其中一组细胞呈现出不受控制的生长、侵袭及有时转移的一类疾病。癌症的这三种恶性性质使其与良性肿瘤区分开来，良性肿瘤是自限性的且不会侵袭或转移。前列腺癌(PCa)是男性中最常见的非皮肤恶性肿瘤。其呈现出是一种异质性疾病，具有逐渐发展为疾病致命形式的各种潜力。在欧洲估计每年417,000例新病例中，约有92,000例会死于其疾病(参见Ferlay J.et al.,GLOBOCAN 2012v1.0,Cancer Incidence and MortalityWorldwide:IARC CancerBase No.11[Internet],Lyon,France,International Agencyfor Research on Cancer,2013)。

一级干预后的二级治疗(secondary treatment)决定应遵循手术后风险分类。过去已经开发出了多种用于治疗后风险评估的算法(见Lughezani G.et al.,“Predictiveand prognostic models in radical prostatectomy candidates:A critical analysisof the literature”,European Urology,Vol.58,No.5,pages 687-700,2010)。这些风险分层模型基于治疗后临床变量，例如病理性Gleason评分或TNM恶性肿瘤分类。基于预计的疾病复发和发展为更广泛形式的疾病(即转移性疾病)的风险，临床医生可以决定执行许多辅助性二级治疗，例如放疗(例如外粒子束放射治疗(EBRT))、激素疗法(例如抗雄激素治疗)、化法(例如多西他赛或卡巴他赛)、免疫疗法或其任何组合。然而，由于这种治疗具有明显的副作用，因此仅应将其用于真正需要这种侵入性治疗(aggressive therapy)以防止疾病进展并最终预防与前列腺癌相关死亡的患者。

WO 2016/193110A1公开了用于诊断、监测或预后前列腺癌或前列腺癌进展状态的方法，其中基于磷酸二酯酶4D(PDE4D)变体的表达水平确定前列腺癌的状态。

发明概述

本发明的一个目的是提供一种前列腺癌对象的手术后风险分层的方法，其可以允许做出更好的手术后二级治疗决定。本发明的另一个目的是提供诊断试剂盒，所述试剂盒在前列腺癌对象的手术后风险分层方法中的应用，磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱在前列腺癌对象的术后风险分层中的应用，以及相应的计算机程序产品。

在本发明的第一方面，提出了一种前列腺癌对象手术后风险分层的方法，其包括：

-确定得自对象的生物学样品中跨膜蛋白酶丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)融合状态，

-确定得自对象的生物学样品中一或多种磷酸二酯酶4D变体的每一变体的基因表达谱，

-基于选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱，确定对象的基于表达的风险评分，以及

-根据对象的基于表达的风险评分和手术后临床变量，确定对象的手术后预后风险评分，

其中选定的磷酸二酯酶4D变体是根据TMPRSS2-ERG融合状态选择的，

其中，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是第一种磷酸二酯酶4D变体，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是第二磷酸二酯酶4D变体。

已知cAMP信号传导途径在前列腺癌的发生和进展中均起重要作用(见MerkleD.and Hoffmann R.,“Roles of cAMP and cAMP-dependent protein kinase in theprogression of prostate cancer:Cross-talk with the androgen receptor”,Cellular Signalling,Vol.23,No.3,pages 507-515,2011)。虽然腺苷酸环化酶家族负责cAMP的合成，但环状核苷酸磷酸二酯酶(PDE)似乎代表了其破坏的唯一细胞机制。PDE既提供信号终止功能，更重要的是提供cAMP信号传导在细胞3D基质内的区室化。这是通过局部定位的锚蛋白/信号体螯合的不同PDE同种型的亚群，在空间上离散破坏cAMP实现的(见例如Conti M.and Beavo J.,“Biochemistry and physiology of cyclic nucleotidephosphodiesterases:essential components in cyclic nucleotide signaling”,Annual Review of Biochemistry,Vol.76,pages481-511,2007)。因此，不同PDE同种型的表达和/或活性的改变可以改变疾病发展和进展过程中下游信号传导途径，为新型生物标志物和靶向治疗干预提供潜在的靶标。事实上，降解cAMP的PDE4家族成员表达的改变似乎与许多不同疾病相关，包括中风、肢端发育不全、精神分裂症和COPD。最近，有研究表明特定PDE4同种型(PDE4D7)的下调可能对前列腺癌有影响(见例如

R.et al.,“Humanphosphodiesterase 4D7(PDE4D7)expression is increased in TMPRSS2-ERG positiveprimary prostate cancer and independently adds to a reduced risk of post-surgical disease progression”,Britisch Journal of Cancer,Vol.113,No.10,pages1502-1511,2015)。PDE4D7同种型是所谓的长同种型，因为其同时包含UCR1和UCR2调节结构域。UCR1存在于长的而不是短的PDE4同种型中，且可以通过各种蛋白激酶包括PKA和MK2进行调节，以及还确定ERK催化单元磷酸化的功能结果。在功能上，其为cAMP提供部分细胞脱敏系统，及例如使得导致ERK和AMPK激活的信号传导途径之间的串扰。

通过基于磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱确定前列腺癌对象的基于表达的风险评分，获得了代表疾病生物学的其它分子信息。磷酸二酯酶4D变体的预后能力可通过确定术后预后风险评分来用于术后患者风险评估，所述评分不仅基于对象的术后临床变量，而且还依据基于表达的风险评分。这可以允许在手术后设置中改善对象的分层，可以导致更好的二级治疗决定。例如，手术后预后风险评分可以为前列腺癌患者的某些亚群是否选择特定的手术后二级治疗提出更好的建议。此外，本发明人发现，不同的磷酸二酯酶4D变体的预后能力取决于前列腺癌的分子亚型，特别是取决于前列腺癌的TMPRSS2-ERG融合状态是阳性还是阴性。因此，通过根据TMPRSS2-ERG融合状态选择用于手术后预后风险评分中的磷酸二酯酶4D变体，可以改善手术后预后风险评分的可靠性和表现性(expressiveness)。在这方面，我们注意到磷酸二酯酶4D变体的“选择”与根据TMPRSS2-ERG融合状态的手术后预后风险评分中磷酸二酯酶4D变体的利用相关，其中如果TMPRSS2-ERG融合如果状态为阳性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是第一磷酸二酯酶4D变体，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是第二磷酸二酯酶4D变体。可以在得自对象的生物学样品中确定所用磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱，作为针对不同磷酸二酯酶4D变体的许多基因表达谱之一，而不知晓生物学样品中的TMPRSS2-ERG融合状态。

术语“生物学样品”或“得自对象的样品”是指通过本领域技术人员已知的合适方法从对象例如前列腺癌患者获得的任何生物材料。可以以临床上可接受的方式，例如以保存核酸(特别是RNA)或蛋白质的方式来收集所使用的生物学样品。

生物学样品可以包括身体组织和/或体液，例如但不限于血液、汗液和尿液。此外，生物学样品可以含有来源于上皮细胞的细胞提取物或者包含上皮细胞的细胞群，例如癌上皮细胞或来源于怀疑为癌性的组织的上皮细胞。所述生物学样品可以包含源自腺组织的细胞群，例如所述样品可以源自男性对象的前列腺。另外，如果需要，可以从获得的身体组织和体液纯化细胞，然后用作生物学样品。在一些实施方案中，样品可以是组织样品、尿液样品、尿沉渣样品、血液样品、唾液样品、精液样品、包括循环肿瘤细胞的样品、细胞外囊泡、包含前列腺分泌的外泌体的样品，或者细胞系或癌细胞系。

在一个特定实施方案中，可以获得和/或使用活检样品或者手术切除样品。这种样品可包括细胞或细胞裂解物。

还可以想到的是，将生物学样品的内容物进行富集步骤。例如，可以将样品与特异于某些细胞类型例如前列腺细胞的细胞膜或细胞器的配体接触，用例如磁性粒子功能化。由磁性粒子浓缩的材料可随后用于如上文或下文所述的检测和分析步骤。

此外，细胞(例如肿瘤细胞)可通过体液或液体样品(例如血液，尿液等)的过滤过程来富集。这种过滤过程还可以与如上所述基于配体特异性相互作用的富集步骤组合。

术语“前列腺癌”是指男性生殖系统中前列腺的癌症，当前列腺细胞突变并开始不受控制地倍增时发生。通常，前列腺癌与前列腺特异性抗原(PSA)水平升高相关。在本发明的一个实施方案中，术语“前列腺癌”涉及PSA水平高于4.0的癌症。在另一个实施方案中，该术语涉及示出PSA水平高于2.0的癌症。术语“PSA水平”是指血液中PSA的浓度，单位为ng/ml。

术语“非进行性前列腺癌状态”是指个体样品未显示出指示“生化复发”和/或“临床复发”的参数值。

术语“进行性前列腺癌状态”是指个体样品显示出指示“生化复发”和/或“临床复发”的参数值。

术语“生化复发”通常是指PSA升高的复发生物学值，表明样品中存在前列腺癌细胞。但是，也可能使用可用于检测存在或怀疑其存在的其它标记。

术语“临床复发”是指存在表示肿瘤细胞存在的临床体征，例如使用体内成像测量的。

如本文中所使用的，术语“前列腺癌预后”是指例如在一定时间段内、在治疗期间或在治疗之后对已诊断或检测到的前列腺癌的进程或结果的预测。该术语也是指确定从疾病生存或恢复的机会，以及预测对象的预期生存时间。具体而言，预后可涉及确定对象在未来一段时间内(例如6个月，1年，2年，3年，5年，10年或任何其它时间段)生存的可能性。

优选地，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是磷酸二酯酶4D变体7(PDE4D7)，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是磷酸二酯酶4D变体5(PDE4D5)或磷酸二酯酶4D变体9(PDE4D9)。

如上所述，发明人发现不同的磷酸二酯酶4D变体的预后能力取决于前列腺癌的分子亚型，特别是取决于前列腺癌的TMPRSS2-ERG融合状态是阳性或是阴性。在TMPRSS2-ERG融合状态阳性的前列腺癌中，发现PDE4D7提供了良好的预后能力，而在TMPRSS2-ERG融合状态阴性的前列腺癌中没有这种情况。相反，在TMPRSS2-ERG融合状态阴性前列腺癌中，发现PDE4D5和PDE4D9均具有合适的预后能力，而在TMPRSS2-ERG融合状态阴性的前列腺癌中没有发现同样的预后能力。

术语“磷酸二酯酶4D7”或“PDE4D7”是指人磷酸二酯酶PDE4D的剪接变体7，即人磷酸二酯酶PDE4D7基因，例如NCBI参考序列:NM_001165899.1所定义的序列，特别是SEQ IDNO:6所示的核苷酸序列，其对应于上述PDE4D7转录物的NCBI参考序列的序列，以及还涉及例如SEQ ID NO:7所示相应氨基酸序列，其对应于NCBI蛋白质登录参考序列NP_001159371.1中定义的编码PDE4D7多肽的蛋白质序列。术语“磷酸二酯酶4D7”或“PDE4D7”还涉及可由引物对PDE4D7_正向引物(SEQ ID NO:8)和PDE4D7_反向引物(SEQ ID NO:9)产生及可由探针SEQ ID NO:10检测的扩增子。

PDE4D7多肽也可以用引物对PDE4D7-2_正向引物(SEQ ID NO:11)和PDE4D7_反向引物(SEQ ID NO:12)检测以及可以通过探针SEQ ID NO:13检测。

术语“磷酸二酯酶4D5”或“PDE4D5”是指人磷酸二酯酶PDE4D的剪接变体5，即人磷酸二酯酶PDE4D5基因，例如NCBI参考序列:NM_001197218.1所定义的序列，特别是如SEQ IDNO:1所示核苷酸序列，其对应于上述PDE4D5转录物的NCBI参考序列的序列，以及还涉及例如SEQ ID NO:2所示相应氨基酸序列，其对应于NCBI蛋白质登录参考序列NP_001184147.1定义的编码PDE4D5多肽的蛋白质序列。术语“磷酸二酯酶4D5”或“PDE4D5”还涉及可由引物对PDE4D5_正向引物(SEQ ID NO:3)和PDE4D5_反向引物(SEQ ID NO:4)生成及可由探针SEQID NO:5检测的扩增子。

术语“磷酸二酯酶4D9”或“PDE4D9”涉及人磷酸二酯酶PDE4D的剪接变体9，即人磷酸二酯酶PDE4D9基因，例如NCBI参考序列:NM_001197220.1定义的序列，特别是SEQ ID NO:14所示核苷酸序列，其对应于上述PDE4D9转录物的NCBI参考序列的序列，以及还涉及例如SEQ ID NO:15所示相应氨基酸序列，其对应于NCBI蛋白质登录参考序列NP_001184149.1定义的编码PDE4D9多肽的蛋白质序列。术语“磷酸二酯酶4D9”或“PDE4D9”还涉及可由引物对PDE4D9_正向引物(SEQ ID NO:16)和PDE4D9_反向引物(SEQ ID NO:17)生成及可由探针SEQID NO:18检测的扩增子。

术语“PDE4D5”、“PDE4D7”和“PDE4D9”还包括分别与PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9具有高度同源性的核苷酸序列，例如分别与SEQ ID NO:1、6或14所示序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同性的核酸序列，或者分别与SEQ ID NO:2、7或15具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、8％或99％相同性的氨基酸序列，或者编码分别与SEQ ID NO:2、7或15所示序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同性的氨基酸序列的核酸序列，或者由分别与SEQ ID NO:1、6或14所示序列具有至少75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同性的核酸序列编码的氨基酸序列。

优选地，手术后临床变量包括以下一或多项：(i)前列腺特异性抗原(PSA)水平；(ii)病理性Gleason评分(pGS)；(iii)手术切缘(SM)；(iv)囊外扩展(ECE)；(v)精囊侵润(SVI)；和(vi)淋巴结浸润(LNI)。

如上所述，过去已经开发出了多种用于治疗后风险评估的算法(见LughezaniG.et al.,“Predictive and prognostic models in radical prostatectomycandidates:A critical analysis of the literature”,European Urology,Vol.58,No.5,pages 687-700,2010)。手术后CAPRA-S评分是用于手术后决策支持的最广泛验证的临床风险算法之一(见Cooperberg M.R.et al.,“The CAPRA-S score:A straightforwardtool for improved prediction of outcomes after radical prostatectomy”,Cancer,Vol.117,No.22,pages 5039-5046,2011)。所述评分是临床可用信息的组合，即术前PSA、病理学Gleason评分(pGS)、手术切缘(SM)、囊外扩展(ECE)、精囊侵润(SVI)和淋巴结侵润(LNI)。所述评分最初于2011年发布，此后已在数项研究中得到验证(见例如Punnen S.etal.,“Multi-institutional validation of the CAPRA-S score to predict diseaserecurrence and mortality after radical prostatectomy”,European Urology,Vol.65,No.6,pages 1171-1177,2014)。通过组合基于表达的风险评分提供的分子信息与来自这种广泛验证的手术后临床变量的信息，可以获得具有改良的预后能力的手术后预后风险评分。

还优选所述方法进一步包括：

-确定对象的手术后前列腺癌风险评估(CAPRA-S)评分，

其中通过组合基于表达的风险评分和CAPRA-S评分确定手术后预后风险评分。

如上所述，CAPRA-S评分是用于前列腺癌手术后决策支持的最广泛验证的临床风险算法之一。其提供了1-12之间的分类评分，分为三类：低风险(CAPRA-S评分0-2)，中风险(CAPRA-S评分3-5)和高风险(CAPRA-S评分6-12)。鉴于其目前在前列腺癌中作为预后算法的验证水平以及其易于解释的单一评分输出，CAPRA-S评分可以有利地与基于表达的风险评分组合为手术后预后风险评分，与仅使用手术后CAPRA-S算法相比，组合评分可以在临床实践中易于确定，以及可以进一步改善手术后预后。

进一步优选地，对CAPRA-S评分进行分类，其中根据类别在手术后预后风险评分中加入多个点，优选在1-3的范围内。

根据CAPRA-S评分的类别，通过在手术后预后风险评分中加入多个点，相应的类别(例如高风险)以易于理解和直观反映类别的方式对手术后预后风险评分有所帮助。特别是，如果点数在1-3范围内，则较高的值对应较高的风险，而较低的值对应较低的风险(如CAPRA-S评分所示)。

进一步优选地，基于表达的风险评分是在预定范围内的值，其中根据所述值在手术后预后风险评分中加入多个点，优选在0-3的范围内。

这具有的优点是，在确定手术后预后风险评分时，以与CAPRA-S评分基本相同的方式来处理基于表达的风险评分。特别是，如果点数在0-3的范围内，则基于表达的风险评分和CAPRA-S评分对基于表达的风险评分具有基本相同的影响，从而使由两个评分提供的预后信息达到良好的平衡。

在一个优选的实例中，基于表达的风险评分是1-5范围内的值，如果该值在1至＜2的范围内，则在手术后预后风险评分中加3点，而如果值在2至<3的范围内则加2点，如果值在3至<4的范围内，则加1点，如果值在4至<5的范围内，则不加点。

优选地，所述方法进一步包括：

-基于手术后预后风险评分，为对象建议手术后二级治疗，

其中，手术后二级治疗选自：放疗，激素疗法，化疗，免疫疗法或其任何组合。

放疗可以是例如外粒子束放射疗法(EBRT)，激素疗法可以是例如抗雄激素疗法，化疗可以基于例如多西他赛或卡巴他赛。

进一步优选地，所述方法包括：

-相对于选自以下的一或多个参考基因，将选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱标准化：智人(Homo sapiens)次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶1(HPRT1)，微管蛋白-α-1b(TUBA1B)，智人pumilio RNA-结合家族成员(PUM1)和智人TATA盒结合蛋白(TBP)，其中基于表达的风险评分是基于标准化的基因表达谱确定的。

通过相对于一或多个参考基因标准化基因表达谱及通过基于标准化的基因表达谱确定基于表达的风险评分，可以降低确定基于表达的风险评分中的可变性。这使得可以区分基因表达谱的实际变化和由于测量方法所致变化。在这方面，已经发现HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP特别适合用作标准化磷酸二酯酶4D变体基因表达谱的参考基因。

基因表达谱可以通过使用一或多种和/或一或多组引物和/或探针检测mRNA表达而确定。此外，基因表达谱可以通过基于扩增的方法和/或微阵列分析和/或RNA测序而确定。确定基因表达谱可包括对提取自生物学样品的RNA进行实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)。在其它实施方案中，通过RNA测序、常规PCR(使用例如通过凝胶电泳的终点分析)或多重PCR确定基因表达谱。在RT-qPCR的情况中，基因表达谱的确定可以包括确定磷酸二酯酶4D变体和一或多个参考基因的每个基因的阈值循环(Ct)值。可以使用至少一种用于测量选自HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP的参考基因的引物和/或探针进行PCR。

优选所述一或多个参考基因包含HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP中的至少两个或至少三个。在一个特别优选的实施方案中，一或多个参考基因包括所有HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP。

可以另外或者替代用于标准化磷酸二酯酶4D变体基因表达谱的其它参考基因包括：智人肌动蛋白βmRNA(ACTB)；智人60S酸性核糖体磷蛋白P0 mRNA(RPLP0)；聚合酶(RNA)II(DNA定向)多肽A，220kDa(POLR2A)；β-2-微球蛋白(B2M)；和氨基乙酰丙酸酯-δ合酶(ALAS-1)。

进一步优选地，用评分函数基于选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱确定基于表达的风险评分，所述评分函数源自前列腺癌对象的生物学样品的基因表达谱。

在此，特别优选所述评分函数基于标准化的基因表达谱，例如，相对于全部HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP标准化的基因表达谱，所述评分函数源自前列腺癌对象生物学样品相应标准化的基因表达谱。在一个优选的实施方案中，评分函数是线性变换，其将标准化的基因表达谱转化为预定范围的值，例如上述1-5的范围。可以通过考虑针对前列腺癌对象群体的生物学样品的磷酸二酯酶4D变体的标准化基因表达谱值的频率分布，并通过确定将频率分布转化为所需范围的转化来确定这种转化。通过利用这种评分函数，基于表达的风险评分可以以用户直观的方式例如在小的正值范围内表示。这类似于临床常规中使用的其它类别，例如组织病理学分级(Gleason)或多参数MRI放射评分(PIRADS)。

在一个特殊的实施方案中，基于表达的风险评分如下确定：

EBRS＝(((PDE4D_norm+A)*B)+1),1)

其中“EBRS”是基于表达的风险评分，“PDE4D_norm”是标准化的磷酸二酯酶4D变体基因表达谱值，以及A和B是变量。

在一个实例中，当磷酸二酯酶4D变体被选择是PDE4D7时，A可以是大约6-8，例如6.7167499999999，B可以是0.4-0.45，例如0.420780231744713，基于表达的风险评分可以是范围为1-5的值(如上所述)。在另一个实例中，当磷酸二酯酶4D变体被选择是PDE4D5时，A可以是约4-6，例如4.59820000000001，B可以是0.5-0.6，例如0.556517867701789。在又一个实例中，当磷酸二酯酶4D变体被选择是PDE4D9时，A可以是大约3-5，例如3.90929999999999，B可以是0.5-0.6，例如0.548770240189875。

基于表达的风险评分还可以依据基于表达的风险评分的值被归类或分类为至少两个风险组之一。例如，有两个风险组，或三个风险组，或四个风险组，或四个以上的预定义风险组。每个风险组涵盖各自(不重叠)范围的基于表达的风险评分。例如，一个风险组可以包括从1至<2的所有基于表达的风险评分，另一个风险组包括从2至<3，另一个风险组包括从3至<4以及另一个风险组包括从4至<5。

特别优选地，确定选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱包括对从生物学样品中提取的RNA进行RT-qPCR，其中针对选定的磷酸二酯酶4D变体以及一或多个参考基因的每个基因确定Cq值，及其中确定基于表达的风险评分包括使用一或多个参考基因中每个基因的Cq值对选定的磷酸二酯酶4D变体的Cq值进行标准化，以及将基于表达的风险评分计算为标准化的Cq值的线性函数。例如，可以通过应用下式产生选定的磷酸二酯酶4D变体的标准化Cq值：

N(Cq_PDE4D)＝Mean(Cq_{ref_genes})–(Cq_PDE4D),2)

其中N(Cq_PDE4D)是选定的磷酸二酯酶4D变体的标准化的基因表达谱值(量化周期，Cq)，Mean(Cq_{ref_genes})是一或多个参考基因的PCR Cq值的算术平均值，Cq_PDE4D是选定的磷酸二酯酶4D变体的PCR Cq值。

在本发明的另一方面，提供了一种诊断试剂盒，其包括：

至少一种引物和/或探针，用于确定得自前列腺癌对象的生物学样品中的跨膜蛋白酶丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)融合状态，

至少一种引物和/或探针，用于确定得自所述对象的生物学样品的一或多种磷酸二酯酶4D变体的每一变体的基因表达谱；和

任选地包括用于确定一或多种参考基因的基因表达谱的至少一种引物和/或探针，所述参考基因选自：智人次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶1(HPRT1)，微管蛋白α-1b(TUBA1B)，智人pumilio RNA-结合家族成员(PUM1)和智人TATA盒结合蛋白(TBP)；和

任选地包括用于确定得自所述对象的生物学样品中前列腺特异性抗原(PSA)水平的至少一种物质；和

任选地包括用于基于所述对象的选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱和手术后临床变量计算手术后预后风险评分的指令，所述指令任选地存储在计算机程序产品上，当由计算机执行时进行一种方法，所述方法包括：

-确定TMPRSS2-ERG融合状态，

-基于选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱，确定所述对象的基于表达的风险评分，以及

-基于所述对象的所述基于表达的风险评分和手术后临床变量，确定所述对象的手术后预后风险评分，

其中，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是第一磷酸二酯酶4D变体，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是第二磷酸二酯酶4D变体，

任选地，其中所述方法包括：

-相对于一或多个参考基因标准化选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱，其中基于表达的风险评分是根据选定的磷酸二酯酶4D变体的标准化的基因表达谱确定的，

任选地，其中用于确定前列腺特异性抗原(PSA)水平的至少一种物质可以是例如PSA特异性抗体等。

在本发明的另一方面，提供了如权利要求13所述的试剂盒在前列腺癌对象的手术后风险分层方法中的应用。

在本发明的另一方面，提供了选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱在前列腺癌对象的手术后风险分层中的应用，包括：

-确定得自所述对象的生物学样品中跨膜蛋白酶丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)融合状态，

-确定得自所述对象的生物学样品中一或多种磷酸二酯酶4D变体的每一变体的基因表达谱，

其中，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是第一磷酸二酯酶4D变体，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择是第二磷酸二酯酶4D变体。

在本发明的另一方面，提供了一种包含指令的计算机程序产品，当该程序由计算机执行时，使计算机执行一种方法，所述方法包括：

-确定得自前列腺癌对象的生物学样品中跨膜蛋白酶丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)融合状态，

应当理解，权利要求1的方法、权利要求12的诊断试剂盒、权利要求13的诊断试剂盒的应用、利要求14的基因表达谱的应用和权利要求15的计算机程序具有相似和/或或相同的优选实施方案，特别是如从属权利要求中所定义的。

应当理解，本发明的优选实施方案也可以是从属权利要求或以上实施方案与各个独立权利要求的任意组合。

通过参考下文描述的实施方案将更明了本发明的这些及其它方面。

附图简述

在以下附图中：

图1示意性及示例性地示出前列腺癌对象手术后风险分层方法的实施方案的流程图。

图2示出在TMDERS2-ERG融合阴性(TMRPRSS2-ER–)前列腺癌患者队列(n＝258名患者；43.8％事件)测量的基于PDE4D7的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。

图3示出在TMPRRS2-ERG融合阳性(TMRPRSS2-ERG+)前列腺癌患者队列(n＝281名患者；38.1％事件)测量的基于PDE4D7的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。

图4示出在TMDERS2-ERG融合阴性(TMRPRSS2-ER–)前列腺癌患者队列(n＝261名患者；44.1％事件)测量的基于PDE4D5的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。

图5示出在TMPRRS2-ERG融合阳性(TMRPRSS2-ERG+)前列腺癌患者队列(n＝282名患者；38.3％事件)测量的基于PDE4D5的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。

图6示出在TMPRRS2-ERG融合阴性(TMRPRSS2-ER–)前列腺癌患者队列(n＝261名患者；43.9％事件)测量的基于PDE4D9的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。

图7示出在TMPRRS2-ERG融合阳性(TMRPRSS2-ERG+)前列腺癌患者队列(n＝282名患者；38.3％事件)测量的基于PDE4D9的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。

图8示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)相对于CAPRA-S分类在预测手术后5年生化复发(BCR)中的手术后预后风险评分的ROC曲线分析，在5年完整随访的RP队列中进行(根治性前列腺切除术；n＝482名患者；在治疗后5年内35.5％的BCR事件)。

图9示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)相对于CAPRA-S分类在预测手术后10年临床(即转移)复发(CR)的手术后预后风险评分的ROC曲线分析，在10年完整随访的RP队列中进行(根治性前列腺切除术；n＝337名患者；在治疗后10年内18.1％的BCR事件)。

图10示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)相对于CAPRA-S分类在预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)的手术后预后风险评分的ROC曲线分析，在10年完整随访的RP队列中进行(根治性前列腺切除术；n＝304名患者；在治疗后10年内8.2％的前列腺癌死亡事件)。

图11示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)相对于CAPRA-S分类在预测手术后10年临床(即转移)复发(CR)的手术后预后风险评分的ROC曲线分析，在10年完整随访的RP队列中进行(根治性前列腺切除术；pGleason>6；n＝231名患者；在治疗后10年内26.4％的BCR事件)。

图12示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)相对于CAPRA-S分类在预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)的手术后预后风险评分的ROC曲线分析，在10年完整随访的RP队列中进行(根治性前列腺切除术；pGleason>6；n＝198名患者；在治疗后10年内12.6％的前列腺癌死亡事件)。

图13示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)相对于CAPRA-S分类在预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)的手术后预后风险评分的ROC曲线分析，在10年完整随访的RP队列中进行(根治性前列腺切除术；SRT＝挽救性放射治疗；n＝93名患者；在治疗后10年内23.7％的前列腺癌死亡事件)。

图14示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)相对于CAPRA-S分类在预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)的手术后预后风险评分的ROC曲线分析，在10年完整随访的RP队列中进行(根治性前列腺切除术；SADT＝挽救性雄激素剥夺治疗；n＝68名患者；在治疗后10年内30.9％的前列腺癌死亡事件)。

图15示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列(n＝536名患者；40.9％事件)的生化复发(BCR)。

图16示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的生化复发(BCR)(n＝536名患者；40.9％事件)。

图17示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的临床(即转移)复发(n＝536名患者；13.6％事件)。

图18示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的临床(即转移)复发(n＝536名患者；13.6％事件)。

图19示出了CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(n＝536名患者；5.2％事件)。

图20示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(n＝536名患者；5.2％事件)。

图21示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测挽救性放射治疗后的前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(SRT；n＝173名患者；14.5％事件)。

图22示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列在挽救性放射治疗之后的前列腺癌特异性死亡(SRT；n＝173名患者；14.5％事件)。

图23示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测在挽救性雄激素剥夺治疗后的前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(SADT；n＝118名患者；20.3％事件)。

图24示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分组合基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列在挽救性雄激素剥夺治疗之后的前列腺癌特异性死亡(SADT；n＝118名患者；20.3％事件)。

实施方案详述

手术后风险分层综述

图1示意及示例性示出前列腺癌对象的手术后风险分层方法的实施方案流程图。

所述方法开始于步骤S100。

在步骤S102，从被诊断患有前列腺癌的第一组患者(对象)的每个患者获得生物学样品。优选地，在获得生物学样品之后的一段时间内对这些前列腺癌患者进行前列腺癌监测，例如至少一年，或至少两年，或大约五年。

在步骤S104，对得自第一组患者的每个生物学样品分别获得PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9的基因表达谱，例如通过对提取自每个生物学样品的RNA进行RT-qPCR(实时定量PCR)。示例的基因表达谱包括PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9的表达水平(例如，值)，可以将其使用一组参考基因例如HPRT1、TUBA1B、PUM1和/或TBP中每个基因的值标准化。在一个实施方案中，PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9的基因表达谱值分别相对于选自HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP的一或多个参考基因例如至少一个、或至少两个、或至少三个或者优选全部这些参考基因进行标准化。进一步在步骤104中，TMPRSS2-ERG融合状态是对于得自第一组患者的每个生物学样品获得的，例如通过进行RT-qPCR获得。

在步骤S106，基于得自第一组患者的至少一些生物学样品分别获得的PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9的基因表达谱，以及得自监测的各自结果，确定用于指定基于表达的风险评分的评分函数。特别地，为了基于PDE4D7的基因表达谱确定评分函数，仅使用得自其中TMPRSS2-ERG融合状态为阳性的生物学样品的基因表达谱。相反，为了分别基于PDE4D5和PDE4D9的基因表达谱确定评分函数，仅使用得自其中TMPRSS2-ERG融合状态为阴性的生物学样品的基因表达谱。在一个优选的实施方案中，评分函数是线性变换，其将标准化的基因表达谱转化为预定范围的值，例如上述1-5的范围。如上所述，确定这种转换可以通过分别考虑一组前列腺癌对象的生物学样品的PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9的标准化的基因表达谱值的频率分布(在此，第一组患者的TMPRSS2-ERG融合状态阳性子集和TMPRSS2-ERG融合状态阴性子集)以及通过确定将频率分布转换为希望范围的转换来进行。在一个特定的实施方案中，如上文等式(1)所示确定基于表达的风险评分。

在步骤S108，生物学样品得自患者(对象或个体)。所述患者可以是新患者或者第一组患者之一。

在步骤S110，例如通过对生物学样品进行PCR，分别获得PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9的基因表达谱。在一个实施方案中，将PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9的基因表达谱值分别相对于选自HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP的一或多个参考基因例如至少一个、或者至少两个或者至少三个或者优选全部这些参考基因进行标准化。这与步骤S104基本相同。此外，与步骤S104相同，例如通过进行RT-qPCR，获得得自患者的生物学样品的TMPRSS2-ERG融合状态。

可以在步骤S104和S110中另外或者替代地使用的其它参考基因包括：智人肌动蛋白βmRNA(ACTB)；智人60S酸性核糖体磷蛋白P0 mRNA(RPLP0)；聚合酶(RNA)II(DNA定向)多肽A，220kDa(POLR2A)；β-2-微球蛋白(B2M)；及氨基乙酰丙酸酯-δ合酶(ALAS-1)。

在步骤S112，确定患者的基于表达的风险评分。如果得自患者的生物学样品的TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则基于PDE4D7的基因表达谱使用针对PDE4D7的衍生的评分函数确定基于表达的风险评分。相反，如果得自患者的生物学样品的TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则基于PDE4D5或PDE4D9的基因表达谱使用针对PDE4D5或PDE4D9的衍生的评分函数确定基于表达的风险评分。

在步骤S114，基于患者的基于表达的风险评分和手术后临床变量确定患者的手术后预后风险评分。下文描述中对此进行更详细地阐述。

在S116，基于手术后预后风险评分，可以例如向患者或其监护人、医生或另一位医护人员提供治疗建议。为此，可以基于手术后预后风险评分的值将手术后预后风险评分分类为预定风险组之一。提供治疗建议可包括以下一或多项：a)基于指定的风险组为患者提出治疗方案，其中至少两个风险组与不同的治疗相关；b)计算前列腺手术后患者的术后疾病复发或进展风险预测；和c)计算前列腺手术后患者的治疗反应预测。示例疗法至少包括放疗、激素疗法、化疗、免疫疗法或其任何组合。

所述方法在S118结束。

每个风险组都可能与各自提议的疗法相关，因为其侵袭性不同。每种提议的疗法可以基于分配为风险组的第一组患者的结果，且是被预测为提供最小侵袭性的疗法，其不超过前列腺癌发展的阈值临床风险。在一些情况中，与其它风险预测方法如术后CAPRA-S评分的情况相比，这使得新患者被分配为与较低侵袭性提议疗法相关的风险组。

在一个实施方案中，在步骤S104和S110，通过使用一或多种和/或一或多组引物和/或探针检测mRNA表达来确定基因表达谱。

表1示出PDE4D5、PDE4D7、PDE4D9和一或多个参考基因的详细说明，包括其转录物ID(NCBI RefSeq)以及引物对和探针的相应氨基酸序列。该表还示出对于每个基因的正义引物和反义引物以及特异性结合扩增子的探针序列。表1还包括TMPRSS2-ERG的相应信息。

表1：示例的引物和探针核酸序列

为了探讨PDE4D5、PDE4D7和PDE4D9的预后能力分别在术后患者风险评估中对前列腺癌分子亚型的依赖性，研究了在术后风险变量和算法如术后CAPRA-S评分与疾病复发和进展的相关性。在手术队列中开发了基于表达的风险评分与手术后变量的组合模型。结果表明，根据TMPRSS2-ERG融合状态，通过选择用于手术后预后风险评分的磷酸二酯酶4D变体，可以提高手术后预后风险评分的可靠性和表现性。

实施例

患者队列和样品

使用根治性前列腺切除术(RP)患者队列，其人口统计数据如表2所示。从德国的一个大型临床中心在2000年至2004年间连续手术的656名患者中，从切除的前列腺中收集了一个具有代表性的肿瘤区域的小型钳取式活组织检验样品(约1mm×2mm)。在656位患者中，基于核酸提取后样品中的RNA质量和浓度，选择600个进行RNA下一代测序。在对RNAseq数据进行质量控制后，发现有575名患者样本符合统计分析要求。

表2：根治性前列腺切除术(RP)患者队列的人口统计学资料

表中示出了患者年龄、术前PSA、活检中肿瘤百分率、前列腺体积和PSA密度，队列中的最小值和最大值，括号中示出中位数。对于CAPRA-S风险类别，表中示出每个风险组的患者数和百分比。在术后病理学中，示出病理学Gleason评分(pGS)和Gleason等级组、病理学阶段、前列腺切除术后的手术切缘状态以及精囊和盆腔淋巴结的肿瘤浸润状态(以患者的数量和百分比示出)。在这方面，要注意的是囊外扩展不是作为主要参数提供的，而是得自病理学阶段pT3a。随访表明所有患者术后数月的平均和中位随访期。结果类别示例出手术一级治疗(primary treatment)后累积的5年和10年生化复发(BCR)以及临床复发至转移(CR)。治疗类别列出了手术后累积的5年和10年开始挽救性放疗(SRT)或挽救性雄激素剥夺疗法(SADT)。死亡率以前列腺癌特异性生存率(PCSS)和总体生存率(OS)示出。对于所有结果，示出了每5年或10年随访的经历结果的男性人数/男性总人数，其中事件的百分比在括号中给出。

实验室方法

所有使用的实验室方法，包括用于RT-qPCR(定量实时PCR)的寡核苷酸引物和探针、RNA提取、质量控制以及包括/丢弃来自统计分析的样品的程序，如先前

R.等人所述。表1还列出了用于RT-qPCR以测量感兴趣的基因和参考基因的引物和探针。

结果

基于基于表达的风险评分和手术后临床变量的手术后预后风险评分

图2示出针对TMDERS2-ERG融合阴性(“TMRPRSS2-ER-”)前列腺癌患者队列(n＝258名患者；43.8％事件)测量的基于PDE4D7的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。PDE4D7评分分为四组：评分(1-2)：所有PDE4D7评分值在1至<2之间；评分(2-3)：所有PDE4D7评分值均在2至<3之间；评分(3-4)：所有PDE4D7评分值在3至<4之间；评分(4-5)：所有PDE4D7评分均介于4-5之间。在Kaplan Meier中评分类别与患者手术后无BCR(生化复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p＝0.1。这表明在四个PDE4D7评分类别的无BCR进展生存率方面没有显著差异。以下补充列表示出每个PDE4D7评分类别的有风险患者的数目，即示出每个PDE4D7类别在手术后+20个月的任何时间间隔有风险的患者：评分(1-2)：11，7，7，6，5，5，4，1，0，0；评分(2-3)：110，78，64，54，49，35，25，11，3，0；评分(3-4)：130，101，83，76，71，62，53，25，4，0；评分(4-5)：7，6，4，2，2，0，0，0，0，0。

图3示出在TMPRRS2-ERG融合阳性(“TMRPRSS2-ERG+”)前列腺癌患者队列(n＝281名患者；38.1％事件)中测量的基于PDE4D7的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。PDE4D7评分值分为四组：评分(1-2)：所有PDE4D7评分值在1至<2之间；评分(2-3)：所有PDE4D7评分值在2至<3之间；评分(3-4)：所有PDE4D7评分值在3至<4之间；评分(4-5)：所有PDE4D7评分值均介于4-5之间。在Kaplan Meier中，评分类别与患者手术后的无BCR(生化复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001。这表明在四个PDE4D7评分类别的无BCR进展生存方面存在显著差异。PDE4D7风险评分越低，则一级治疗后经历疾病复发的相关风险越高。以下补充列表示出每个PDE4D7评分类别的风险患者人数，即示出每个PDE4D7类别在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：评分(1-2)：2 0，0，0，0，0，0，0，0，0，0；评分(2-3)：37，25，15，12，10，7，7，1，0，0；评分(3-4)：187，158，130，120，108，92，73，36，6，0；评分(4-5)：55，46，44，40，36，31，28，17，4，0。

图4示出基于TMDERS2-ERG融合阴性(“TMRPRSS2-ER-”)前列腺癌患者队列(n＝261名患者；44.1％事件)的基于PDE4D5的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。PDE4D5评分分为四组：评分(1-2)：所有PDE4D5评分值在1至<2之间；评分(2-3)：所有PDE4D5评分值在2至<3之间；评分值(3-4)：所有PDE4D5评分在3至<4之间；评分(4-5)：所有PDE4D5评分均介于4-5之间。在Kaplan Meier中，评分类别与患者手术后的无BCR(生化复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001。这表明在四个PDE4D5评分类别的无BCR进展生存率方面存在显著差异。PDE4D5风险评分越低，则一级治疗后经历疾病复发的相关风险越高。以下补充列表示出每个PDE4D5评分类别的风险患者人数，即示出每个PDE4D5类别在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：评分(1-2)：9，3，3，2，1，1，1，1，0，0；评分(2-3)：51，29，23，19，17，14，11，3，0，0；评分(3-4)：167，131，108，94，89，73，61，29，6，0；评分(4-5)：34，31，26，25，21，15，10，5，1，0。

图5示出在TMPRRS2-ERG融合阳性(“TMRPRSS2-ERG+”)前列腺癌患者队列(n＝282名患者；38.3％事件)中测量的基于PDE4D5的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。PDE4D5评分分为四组：评分(1-2)：所有PDE4D5评分的值在1至<2之间；评分(2-3)：所有PDE4D5评分在2至<3之间；评分(3-4)：所有PDE4D5评分在3至<4之间；评分(4-5)：所有PDE4D5评分均介于4-5之间。在Kaplan Meier中，评分类别与患者手术后的无BCR(生化复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.39。这表明在四个PDE4D5评分类别的无BCR进展生存率方面没有显著差异。以下补充列表示出每个PDE4D5评分类别的风险患者人数，即示出每个PDE4D5类别在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者数：评分(1-2)：5，4，2，2，2，2，1，1，0，0；评分(2-3)：92，71，56，52，46，38，33，17，3，0；评分(3-4)：171，141，121，108，96，80，66，31，6，0；评分(4-5)：14，13，10，10，10，10，8，5，1，1，0。

图6示出基于TMDERS2-ERG融合阴性(“TMRPRSS2-ER-”)前列腺癌患者队列(n＝262名患者；43.9％事件)测量的基于PDE4D9的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。PDE4D9评分分为四组：评分(1-2)：所有PDE4D9评分均在1至<2之间；评分(2-3)：所有PDE4D9评分在2至<3之间；评分(3-4)：所有PDE4D9评分在3至<4之间；评分(4-5)：所有PDE4D9评分在4-5之间。在Kaplan Meier中评分类别与患者手术后的无BCR(生化复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001。这表明四个PDE4D9评分类别的无BCR进展生存率存在显著差异。PDE4D9风险评分越低，则一级治疗后经历疾病复发的相关风险越高。以下补充列表示出每个PDE4D9评分类别的风险患者人数，即示出每个PDE4D9类别在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者数：评分(1-2)：6，0，0，0，0，0，0，0，0，0；评分(2-3)：59，37，33，31，29，24，19，9，1，0；评分(3-4)：194，145，117，101，91，73，62，26，6，0；评分(4-5)：13，12，10，8，8，6，2，2，0，0。

图7示出在TMPRRS2-ERG融合阳性(“TMRPRSS2-ERG+”)前列腺癌患者队列(n＝282名患者；38.3％事件)中测量的基于PDE4D9的基于表达的风险评分的Kaplan Meier曲线分析。PDE4D9评分分为四组：评分(1-2)：所有PDE4D9评分均在1至<2之间；评分(2-3)：所有PDE4D9评分在2至<3之间；评分(3-4)：所有PDE4D9评分在3至<4之间；评分(4-5)：所有PDE4D9评分在4-5之间。在Kaplan Meier中评分类别与患者手术后的无BCR(生化复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.01。这表明在四个PDE4D9评分类别的无BCR进展生存率方面有限的显著差异。以下补充列表示出每个PDE4D9评分类别的风险患者数量，即示出每个PDE4D9类别在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者数：评分(1-2)：3，1，0，0，0，0，0，0，0，0；评分(2-3)：119，88，70，63，56，44，37，21，2，0；评分(3-4)：151，131，111，102，91，80，66，29，8，0；评分(4-5)：9，9，8，7，7，6，5，4，0，0。

图2-图7中示出的Kaplan Meier曲线分析清晰地表明不同的磷酸二酯酶4D变体的预后能力取决于前列腺癌的分子亚型，特别是取决于前列腺癌的TMPRSS2-ERG融合状态是阳性或阴性。在TMPRSS2-ERG融合状态阳性前列腺癌中，发现PDE4D7提供了良好预后能力(图3)，而在TMPRSS2-ERG融合状态阴性前列腺癌中则没有这种预后能力(图2)。相反，在TMPRSS2-ERG融合状态阴性前列腺癌中，发现PDE4D5和PDE4D9都具有合适的预后能力(图4和6)，而在TMPRSS2-ERG融合状态阴性的前列腺癌中却未发现同样的预后能力(图5和7)。

根据这些发现，开发了依赖于TMPRSS2-ERG融合状态的CAPRA-S评分与PDE4D7和PDE4D9评分的组合，如表3所示，以产生总TMPRSS2-ERG_CAPRA-S&PDE4D7&PDE4D9手术后预后评分(为简洁起见，以下也简称为“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”或“总评分”)。CAPRA-S评分(见Cooperberg M.R.等人，表3中的第1列)分为三个风险组(低风险，中风险和高风险；表3中的第2列)。每个风险组与增加的评分关联(低风险＝1分；中度风险＝2分；高风险＝3分)。PDE4D7评分分为四组(PDE4D7评分类别1＝PDE4D7评分1至<2；PDE4D7评分类别2＝PDE4D7评分2至<3；PDE4D7评分类别3＝PDE4D7评分3至<4；PDE4D7评分类别4＝PDE4D7评分为4-5)。由于PDE4D7与进展风险成反比关系，每个PDE4D7评分类别都与评分减少关联(PDE4D7评分类别1：3点；PDE4D7评分类别2：2点；PDE4D7评分类别3：1点；PDE4D7评分类别4：0点；表3第3列)。针对具有阳性TMPRSS2-ERG融合事件的样品生成组合评分CAPRA-S&PDE4D7(表3第4列)是表3第2列(CAPRA-S类别)和第3列(PDE4D7评分类别)给出的点数总和。为生成CAPRA-S&PDE4D9组合评分，执行与PDE4D7相同的步骤，不同的是这个评分针对阴性TMPRSS2-ERG融合事件的样品基于PDE4D9计算得出(表3第5和6列)。通过将CAPRA-S&PDE4D7和CAPRA-S&PDE4D9评分加入一个单独评分中构建所有样本的总TMPRSS2-ERG_CAPRA-S&PDE4D7&PDE4D9评分，无论TMPRSS2-ERG融合是阳性还是阴性，其中每个样本与1-6之间的评分相关(表3第7列)。

表3：依赖于TMPRSS2-ERG融合状态的CAPRA-S评分与PDE4D7和PDE4D9评分的组合(SC＝评分类别)。

图8示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分的组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分相对于CAPRA-S类别的ROC曲线分析，以预测在5年的完整随访的RP队列中手术后5年生化复发(BCR)(根治性前列腺切除术；n＝482名患者；治疗后5年内35.5％BCR事件)。确定各自的AUC(曲线下面积)以及ROC曲线之间统计学差异的p值分别为0.79和0.78和p＝0.64。

图9示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分相对于CAPRA-S类别的ROC曲线分析，以预测完整10年随访的RP中术后10年临床(即转移)复发(CR)(根治性前列腺切除术；n＝337名患者；治疗后10年内18.1％BCR事件)。确定各自的AUC(曲线下面积)以及ROC曲线之间统计学差异的p值分别为0.85和0.83和p＝0.13。

图10示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分相对于CAPRA-S类别的ROC曲线分析，以在10年完整随访的RP队列中预测术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)(根治性前列腺切除术；n＝304名患者；治疗后10年内8.2％前列腺癌死亡事件)。确定各自的AUC(曲线下面积)以及ROC曲线之间统计学差异的p值分别为0.91和0.85和p＝0.014。

图11示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分相对于CAPRA-S类别的ROC曲线分析，以在10年完整随访的RP亚队列中预测术后10年临床(即转移)复发(CR)(根治性前列腺切除术；pGleason>6；n＝231名患者；治疗后10年内26.4％BCR事件)。确定各自的AUC(曲线下面积)以及ROC曲线之间统计差异的p值分别为0.8和0.76和p＝0.06。

图12示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分相对于CAPRA-S类别的ROC曲线分析，以在10年完整随访的RP亚队列中预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)(根治性前列腺切除术；pGleason>6；n＝198名患者；治疗后10年内12.6％前列腺癌死亡事件)。确定各自的AUC(曲线下面积)以及ROC曲线之间统计学差异的p值分别为0.87和0.79和p＝0.013。

图13示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分相对于CAPRA-S类别的ROC曲线分析，以在10年完整随访的RP亚队列中预测术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)(根治性前列腺切除术；SRT＝挽救性放射治疗；n＝93名患者；治疗后10年内23.7％前列腺癌死亡事件)。确定各自的AUC(曲线下面积)以及ROC曲线之间统计差异的p值分别为0.81和0.72和p＝0.03。

图14示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分相对于CAPRA-S类别的ROC曲线分析，以在10年完整随访的RP亚队列中预测术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)(根治性前列腺切除术；SADT＝挽救性雄激素剥夺疗法；n＝68名患者；治疗后10年内30.9％前列腺癌死亡事件)。确定各自的AUC(曲线下面积)以及ROC曲线之间统计学差异的p值分别为0.81和0.72和p＝0.05。

图8-14示出的ROC曲线分析示出对于所有分析的病例，基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分的组合(CAPRA-S&PDE4D7&9评分)的手术后预后风险评分的AUC大于CAPRA-S类别。在某些情况中，例如预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)(图10)、预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)(图12)、预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)(图13)以及预测手术后10年前列腺癌特异性生存(PCSS)(图14)，这个差异具有统计学意义(显著性定义为alpha<0.05)。

图15示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的生化复发(BCR)(n＝536名患者；40.9％事件)。CAPRA-S评分分为两组：低风险和中风险(CAPRA-S评分类别(1-2))与高风险(CAPRA-S评分类别(3))。CAPRA-S评分类别(1-2)与评分类别(3)在Kaplan Meier中与患者手术后的无BCR(生化复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001，风险比确定为HR＝5.0。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：CAPRA-S评分类别(1-2)：461，385，327，293，224，182，86，17，0；CAPRA-S评分类别(3)：75，34，19，16，11，7，7，4，0，0。

图16示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分的组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的术后预后风险评分的KaplanMeier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列(n＝536名患者；40.9％事件)的生化复发(BCR)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分分为两组：评分(1-3)和评分(4-6)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别(1-3)与评分类别(4-6)在Kaplan Meier中与患者手术后的无BCR(生化复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001，风险比确定为HR＝4.8。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：评分类别(1-3)：422，363，313，280，256，214，173，84，17，0；评分类别(4-6)：114，56，33，29，24，17，16，6，0，0。

图17示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的临床(即转移)复发(n＝536名患者；13.6％事件)。CAPRA-S评分分为两组：低风险和中风险(CAPRA-S评分类别(1-2))与高风险(CAPRA-S评分类别(3))。CAPRA-S评分类别(1-2)与评分类别(3)在Kaplan Meier中与患者手术后的无CR(临床复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001，风险比确定为HR＝6.9。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：CAPRA-S评分类别(1-2)：460，419，401，380，352，299，248，123，19，0；CAPRA-S评分类别(3)：74，61，50，45，37，27，25，9，1，0。

图18示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分的组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的临床(即转移)复发(n＝536名患者；13.6％事件)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分分为两组：评分(1-3)和评分(4-6)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别(1-3)与评分类别(4-6)在Kaplan Meier中与患者手术后的无CR(临床复发)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001，风险比确定为HR＝9.5。以下补充列表示出对于CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：评分类别(1-3)：422，393，375，355，331，285，234，116，18，0；评分类别(4-6)：112，87，76，70，58，41，39，16，2，0。

图19示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(n＝536名患者；5.2％事件)。CAPRA-S评分分为两组：低风险和中风险(CAPRA-S评分类别(1-2))与高风险(CAPRA-S评分类别(3))。CAPRA-S评分类别(1-2)与评分类别(3)在Kaplan Meier中与患者手术后的无PCSS(前列腺癌特异性生存)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001，风险比确定为HR＝11.8。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：CAPRA-S评分类别(1-2)：461，429，408，386，357，303，251，130，22，4；CAPRA-S评分类别(3)：75，71，61，53，42，34，25，11，1，0。

图20示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的KaplanMeier曲线分析，以预测前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(n＝536名患者；5.2％事件)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分分为两组：评分(1-3)和评分(4-6)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别(1-3)与评分类别(4-6)在Kaplan Meier中与患者手术后的无PCSS(前列腺癌特异性生存)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001，风险比确定为HR＝22.0。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔内处于风险的患者：评分类别(1-3)：422，395，378，359，334，288，237，123，20，3；评分类别(4-6)：114，105，91，80，65，49，39，18，3，1。

图21示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测挽救性放射治疗后前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(SRT；n＝173名患者；14.5％事件)。CAPRA-S评分分为两组：低风险和中风险(CAPRA-S评分类别(1-2))与高风险(CAPRA-S评分类别(3))。CAPRA-S评分类别(1-2)与评分类别(3)在Kaplan Meier中与患者SRT后的无PCSS(前列腺癌特异性生存)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001，风险比确定为HR＝3.8。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：CAPRA-S评分类别(1-2)：115，112，106，96，81，61，53，29，6，4；CAPRA-S评分类别(3)：58，54，47，37，27，18，15，6，1，0。

图22示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的KaplanMeier曲线分析，以预测挽救性放射治疗后前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(SRT；n＝173名患者；14.5％事件)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分分为两组：评分(1-3)和评分(4-6)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别(1-3)与评分类别(4-6)在Kaplan Meier中与患者手术后的无PCSS(前列腺癌特异性生存)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p<0.0001，风险比确定为HR＝6.4。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔内处于风险的患者数：评分类别(1-3)：93，93，89，82，70，56，49，25，4，3；评分类别(4-6)：80，73，64，51，38，23，19，10，3，1。

图23示出CAPRA-S评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测在挽救性雄激素剥夺治疗后前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(SADT；n＝118名患者；20.3％事件)。CAPRA-S评分分为两组：低风险和中风险(CAPRA-S评分类别(1-2))与高风险(CAPRA-S评分类别(3))。CAPRA-S评分类别(1-2)与评分类别(3)在Kaplan Meier中与患者SADT后的无PCSS(前列腺癌特异性生存)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p＝0.03，风险比确定为HR＝2.4。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔处于风险的患者：CAPRA-S评分类别(1-2)：68，65，62，56，49，37，32，24，5，4；CAPRA-S评分类别(3)：50，46，40，31，21，13，11，6，1，0。

图24示出基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分的组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)的手术后预后风险评分的Kaplan Meier曲线分析，以预测挽救性雄激素剥夺治疗后前列腺癌手术队列的前列腺癌特异性死亡(SADT；n＝118名患者；20.3％事件)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分分为两组：评分(1-3)和评分(4-6)。CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别(1-3)与评分类别(4-6)在Kaplan Meier中与患者SADT后的无PCSS(前列腺癌特异性生存)进展生存时间相关，以月表示。logrank检验p值确定为p＝0.0007，风险比确定为HR＝5.2。以下补充列表示出对于分析的CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别处于风险的患者数，即示出在手术后+20个月的任何时间间隔内处于风险的患者：评分类别(1-3)：51，51，49，45，40，32，28，20，4，3；评分类别(4-6)：67，60，53，42，30，18，15，10，2，1。

图15-20表明当将CAPRA-S评分类别与CAPRA-S&PDE4D7&9评分类别比较时，具有较低风险和较高风险进展为各种测试的临床终点(BCR，转移，前列腺癌死亡)的患者组中风险比增加。图21-24示出增加的危害比等价于图19和20，但现在针对接受挽救性放射治疗(SRT)和/或挽救性雄激素剥夺治疗(SADT)的男性。

虽然在上图8-24示出的分析提供了手术后预后风险评分基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分和基于PDE4D7或PDE4D9的基于表达的风险评分的组合(“CAPRA-S&PDE4D7&9评分”)确定的事例，但是如果手术后预后风险评分是基于TMPRSS2-ERG融合状态依赖的CAPRA-S评分与基于PDE4D7或PDE4D5的基于表达的风险评分组合(“CAPRA-S&PDE4D7&5评分”)确定的，也可以获得相当的结果，即如果在表3中，如果TMPRSS2-ERG融合状态是阴性的，使用基于CAPRA-S评分和PDE4D5的CAPRA-S&PDE4D5组合评分代替CAPRA-S&PDE4D9组合评分。

虽然TMPRSS2-ERG融合状态可以在得自对象的生物学样品中确定，例如通过对生物学样品进行PCR，也可以例如使用算法如RNA-Seq从测序数据中获得这个信息。

通过研究附图、公开内容和所附权利要求，本领域技术人员在实践请求保护的发明时可以理解和实现所公开的实施方案的其它变化。

在权利要求中，词语“包含”不排除其它元素或步骤，及不定冠词“一个”或“一种”不排除多个。

图1所示方法的一或多个步骤可以在可在计算机上执行的计算机程序产品中实现。所述计算机程序产品可包括其上记录(存储)有控制程序的非暂时性计算机可读记录介质，例如磁盘、硬盘驱动器等。非暂时性计算机可读介质的常见形式包括例如软盘、挠盘、硬盘、磁带或任何其它磁性存储介质，CD-ROM、DVD或任何其它光学介质，RAM、PROM、EPROM、FLASH-EPROM或其它存储芯片或盒式磁带，或计算机可以从中读取和使用的任何其它非暂时性介质。

或者，所述方法的一或多个步骤可以在如可传输载波的瞬时介质中实现，其中使用如声波或光波之类的传输介质将控制程序具体化为数据信号，例如在无线电波和红外数据通信等期间产生的那些。

示例的方法可以在一或多个通用计算机、专用计算机、编程的微处理器或微控制器以及外围集成电路元件、ASIC或其它集成电路、数字信号处理器、硬连线的电子或逻辑电路如分立元件电路、可编程逻辑设备如PLD、PLA、FPGA、图形卡CPU(GPU)或PAL等上实施。一般而言，能执行有限状态机，进而能执行图1所示流程图的任何设备，均可以用于执行风险分层方法的一或多个步骤，以示例在前列腺癌患者中的治疗方案选择。如将认识到的，虽然所述方法的步骤可以全部由计算机执行，但是在一些实施方案中一或多个步骤可以至少部分地手动进行。

计算机程序指令也可以加载至计算机、其它可编程数据处理设备或其它设备上，以使一系列操作步骤在计算机、其它可编程装置或其它设备上执行以产生计算机执行的处理，从而使在计算机或其它可编程装置上执行的指令提供了用于实现本文指定的功能/动作的过程。

权利要求中的任何参考标号不应理解为限制所述范围。

本发明涉及前列腺癌对象的手术后风险分层的方法，包括确定得自所述对象的生物学样品中的跨膜蛋白酶丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)融合状态，确定得自所述对象的生物学样品中一或多个磷酸二酯酶4D变体每一个的基因表达谱，基于选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱确定所述对象的基于表达的风险评分，及基于所述对象的基于表达的风险评分和手术后临床变量确定所述对象的手术后预后风险评分，其中选定的磷酸二酯酶4D变体根据TMPRSS2-ERG融合状态进行选择，其中如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选为第一磷酸二酯酶4D变体，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为第二磷酸二酯酶4D变体。这可以允许在手术后设置中改善对象的分层，可以导致更好的手术后二级治疗决定。例如，手术后预后风险评分可以允许就是否为前列腺癌患者的某些亚群选择特定的手术后二级治疗提出更好的建议。

所附题目为2017PF02537_Sequence Listing_ST25的序列表以其全部内容并入本文作参考。

序列表

<110> 皇家飞利浦有限公司

<120> 基于根据TMPRSS2-ERG融合状态选定的PDE4D变体表达和手术后临床变量的手术后风险分层

<130> 2017PF02537

<160> 65

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 7979

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

cagcagcagg ctcagacctg cttccctgga catttccggg accgtgagcg agggaaccac 60

gttgccctgg attcttgcca gctgtacaaa gttgaccagg aaaatggctc agcagacaag 120

cccggacact ttaacagtac ctgaagtgga taatccgcat tgtccaaacc cgtggctgaa 180

cgaagacctt gtgaaatcct tgcgagaaaa cctgttgcag catgagaagt ccaagacagc 240

gaggaaatcg gtttctccca agctctctcc agtgatctct ccgagaaatt cccccaggct 300

tctgcgcaga atgcttctca gcagcaacat ccccaaacag cggcgtttca cggtggcaca 360

tacatgtttt gatgtggaca atggcacatc tgcgggacgg agtcccttgg atcccatgac 420

cagcccagga tccgggctaa ttctccaagc aaattttgtc cacagtcaac gacgggagtc 480

cttcctgtat cgatccgaca gcgattatga cctctctcca aagtctatgt cccggaactc 540

ctccattgcc agtgatatac acggagatga cttgattgtg actccatttg ctcaggtctt 600

ggccagtctg cgaactgtac gaaacaactt tgctgcatta actaatttgc aagatcgagc 660

acctagcaaa agatcaccca tgtgcaacca accatccatc aacaaagcca ccataacaga 720

ggaggcctac cagaaactgg ccagcgagac cctggaggag ctggactggt gtctggacca 780

gctagagacc ctacagacca ggcactccgt cagtgagatg gcctccaaca agtttaaaag 840

gatgcttaat cgggagctca cccatctctc tgaaatgagt cggtctggaa atcaagtgtc 900

agagtttata tcaaacacat tcttagataa gcaacatgaa gtggaaattc cttctccaac 960

tcagaaggaa aaggagaaaa agaaaagacc aatgtctcag atcagtggag tcaagaaatt 1020

gatgcacagc tctagtctga ctaattcaag tatcccaagg tttggagtta aaactgaaca 1080

agaagatgtc cttgccaagg aactagaaga tgtgaacaaa tggggtcttc atgttttcag 1140

aatagcagag ttgtctggta accggccctt gactgttatc atgcacacca tttttcagga 1200

acgggattta ttaaaaacat ttaaaattcc agtagatact ttaattacat atcttatgac 1260

tctcgaagac cattaccatg ctgatgtggc ctatcacaac aatatccatg ctgcagatgt 1320

tgtccagtct actcatgtgc tattatctac acctgctttg gaggctgtgt ttacagattt 1380

ggagattctt gcagcaattt ttgccagtgc aatacatgat gtagatcatc ctggtgtgtc 1440

caatcaattt ctgatcaata caaactctga acttgccttg atgtacaatg attcctcagt 1500

cttagagaac catcatttgg ctgtgggctt taaattgctt caggaagaaa actgtgacat 1560

tttccagaat ttgaccaaaa aacaaagaca atctttaagg aaaatggtca ttgacatcgt 1620

acttgcaaca gatatgtcaa aacacatgaa tctactggct gatttgaaga ctatggttga 1680

aactaagaaa gtgacaagct ctggagttct tcttcttgat aattattccg ataggattca 1740

ggttcttcag aatatggtgc actgtgcaga tctgagcaac ccaacaaagc ctctccagct 1800

gtaccgccag tggacggacc ggataatgga ggagttcttc cgccaaggag accgagagag 1860

ggaacgtggc atggagataa gccccatgtg tgacaagcac aatgcttccg tggaaaaatc 1920

acaggtgggc ttcatagact atattgttca tcccctctgg gagacatggg cagacctcgt 1980

ccaccctgac gcccaggata ttttggacac tttggaggac aatcgtgaat ggtaccagag 2040

cacaatccct cagagcccct ctcctgcacc tgatgaccca gaggagggcc ggcagggtca 2100

aactgagaaa ttccagtttg aactaacttt agaggaagat ggtgagtcag acacggaaaa 2160

ggacagtggc agtcaagtgg aagaagacac tagctgcagt gactccaaga ctctttgtac 2220

tcaagactca gagtctactg aaattcccct tgatgaacag gttgaagagg aggcagtagg 2280

ggaagaagag gaaagccagc ctgaagcctg tgtcatagat gatcgttctc ctgacacgta 2340

acagtgcaaa aactttcatg cctttttttt ttttaagtag aaaaattgtt tccaaagtgc 2400

atgtcacatg ccacaaccac ggtcacacct cactgtcatc tgccaggacg tttgttgaac 2460

aaaactgacc ttgactactc agtccagcgc tcaggaatat cgtaaccagt tttttcacct 2520

ccatgtcatc cgagcaaggt ggacatcttc acgaacagcg tttttaacaa gatttcagct 2580

tggtagagct gacaaagcag ataaaatcta ctccaaatta ttttcaagag agtgtgactc 2640

atcaggcagc ccaaaagttt attggacttg gggtttctat tcctttttat ttgtttgcaa 2700

tattttcaga agaaaggcat tgcacagagt gaacttaatg gacgaagcaa caaatatgtc 2760

aagaacagga catagcacga atctgttacc agtaggagga ggatgagcca cagaaattgc 2820

ataattttct aatttcaagt cttcctgata catgactgaa tagtgtggtt cagtgagctg 2880

cactgacctc tacattttgt atgatatgta aaacagattt tttgtagagc ttacttttat 2940

tattaaatgt attgaggtat tatatttaaa aaaaactatg ttcagaactt catctgccac 3000

tggttatttt tttctaagga gtaacttgca agttttcagt acaaatctgt gctacactgg 3060

ataaaaatct aatttatgaa ttttacttgc accttatagt tcatagcaat taactgattt 3120

gtagtgattc attgtttgtt ttatatacca atgacttcca tattttaaaa gagaaaaaca 3180

actttatgtt gcaggaaacc ctttttgtaa gtctttatta tttactttgc attttgtttc 3240

actctttcca gataagcaga gttgctcttc accagtgttt ttcttcatgt gcaaagtgac 3300

tatttgttct ataatacttt tatgtgtgtt atatcaaatg tgtcttaagc ttcatgcaaa 3360

ctcagtcatc agttcgtgtt gtctgaagca agtgggagat atataaatac ccagtagcta 3420

aaatggtcag tcttttttag atgttttcct acttagtatc tcctaataac gttttgctgt 3480

gtcactagat gttcatttca caagtgcatg tctttctaat aatccacaca tttcatgctc 3540

taataatcca cacatttcat gctcattttt attgttttta cagccagtta tagtaagaaa 3600

aaggtttttc cccttgtgct gctttataat ttagcgtgtg tctgaacctt atccatgttt 3660

gctagatgag gtcttgtcaa atatatcact accattgtca ccggtgaaaa gaaacaggta 3720

gttaagttag ggttaacatt catttcaacc acgaggttgt atatcatgac tagcttttac 3780

tcttggttta cagagaaaag ttaaacagcc aactaggcag tttttaagaa tattaacaat 3840

atattaacaa acaccaatac aactaatcct atttggtttt aatgatttca ccatgggatt 3900

aagaactata tcaggaacat ccctgagaaa cggttttaag tgtagcaact actcttcctt 3960

aatggacagc cacataacgt gtaggaagtc ctttatcact tatcctcgat ccataagcat 4020

atcttgcaga ggggaactac ttctttaaac acatggaggg aaagaagatg atgccactgg 4080

caccagaggg ttagtactgt gatgcatcct aaaatattta ttatattggt aaaaattctg 4140

gttaaataaa aaattagaga tcactcttgg ctgatttcag caccaggaac tgtattacag 4200

ttttagagat taattcctag tgtttacctg attatagcag ttggcatcat ggggcattta 4260

attctgactt tatccccacg tcagccttaa taaagtcttc tttaccttct ctatgaagac 4320

tttaaagccc aaataatcat ttttcacatt gatattcaag aattgagata gatagaagcc 4380

aaagtgggta tctgacaagt ggaaaatcaa acgtttaaga agaattacaa ctctgaaaag 4440

catttatatg tggaacttct caaggagcct cctggggact ggaaagtaag tcatcagcca 4500

ggcaaatgac tcatgctgaa gagagtcccc atttcagtcc cctgagatct agctgatgct 4560

tagatccttt gaaataaaaa ttatgtcttt ataactctga tcttttacat aaagcagaag 4620

aggaatcaac tagttaattg caaggtttct actctgtttc ctctgtaaag atcagatggt 4680

aatctttcaa ataagaaaaa aataaagacg tatgtttgac caagtagttt cacaagaata 4740

tttgggaact tgtttctttt aattttattt gtccctgagt gaagtctaga aagaaaggta 4800

aagagtctag agtttattcc tctttccaaa acattctcat tcctctcctc cctacactta 4860

gtatttcccc cacagagtgc ctagaatctt aataatgaat aaaataaaaa gcagcaatat 4920

gtcattaaca aatccagacc tgaaagggta aagggtttat aactgcacta ataaagagag 4980

gctctttttt tttcttccag tttgttggtt tttaatggta ccgtgttgta aagataccca 5040

ctaatggaca atcaaattgc agaaaaggct caatatccaa gagacaggga ctaatgcact 5100

gtacaatctg cttatccttg cccttctctc ttgccaaagt gtgcttcaga aatatatact 5160

gctttaaaaa agaataaaag aatatccttt tacaagtggc tttacatttc ctaaaatgcc 5220

ataagaaaat gcaatatctg ggtactgtat ggggaaaaaa atgtccaagt ttgtgtaaaa 5280

ccagtgcatt tcagcttgca agttactgaa cacaataatg ctgttttaat tttgttttat 5340

atcagttaaa attcacaata atgtagatag aacaaattac agacaaggaa agaaaaaact 5400

tgaatgaaat ggattttaca gaaagcttta tgataatttt tgaatgcatt atttattttt 5460

tgtgccatgc attttttttc tcaccaaatg accttacctg taatacagtc ttgtttgtct 5520

gtttacaacc atgtatttat tgcaatgtac atactgtaat gttaattgta aattatctgt 5580

tcttattaaa acatcatccc atgatgggat ggtgttgata tatttggaaa ctcttggtga 5640

gagaatgaat ggtgtgtata catactctgt acatttttct tttctcctgt aatatagtct 5700

tgtcacctta gagcttgttt atggaagatt caagaaaact ataaaatact taaagatata 5760

taaatttaaa aaaacatagc tgcaggtctt tggtcccagg gctgtgcctt aactttaacc 5820

aatattttct tctgttttgc tgcatttgaa aggtaacagt ggagctaggg ctgggcattt 5880

tacatccagg cttttaattg attagaattc tgccaatagg tggattttac aaaaccacag 5940

acaacctctg aaagattctg agaccctttt gagacagaag ctcttaagta cttcttgcca 6000

gggagcagca ctgcatgtgt gatggttgtt tgccatctgt tgatcaggaa ctacttcagc 6060

tacttgcatt tgattatttc cttttttttt ttttttaact cggaaacaca actggggaaa 6120

tatattcttt cccagtgatt ataaacaatc tttttctttt ttttaagtcc ttttggcttc 6180

tagagctcat aggaaaatgg acttgatttg aaattggagc cagagtttac tcgtgttggt 6240

tatctattca tcagcttcct gacatgttaa gagaatacat taaagagaaa atactgtttt 6300

ttaatcctaa aatttttctt ccactaagat aaaccaaatg tccttacata tatgtaaacc 6360

catctattta aacgcaaagg tgggttgatg tcagtttaca tagcagaaag cattcactat 6420

cctctaagat ttgtttctgc aaaactttca ttgctttaga attttaaaat ttcaccttgt 6480

acaatggcca gcccctaaag caggaaacat ttataatgga ttatatggaa acatcctccc 6540

agtacttgcc cagcccttga atcatgtggc ttttcagtga aaggaaagat tctttttcta 6600

ggaaaaatga gcctatttta ttttatttta ttttattttt tgacacaaac tgtagatttt 6660

agcagccctg gcccaaagga atttgattac ttttgtttta aacagtacaa aggggacact 6720

ataattacaa aaacatcctt aactgatttg agttgttttt atttctttgg atatattttc 6780

agagtggtaa attgtgtgtg agaattacaa atgattattc ttttagtggt ttcttagcct 6840

ctcttacagc ccacggggat agtactgtac atcaatacct tcatatgaaa tttttatatg 6900

caatgaaaat aaaagcatgg gttgattctg cctatttatg actcaatctt ttacaaataa 6960

aagattattc attttaaatt atagttcaat cagcatgtct cttaggatac tgaacgtggt 7020

tgaaatgaaa ggatagtgac atcataagtt agtactgata ttcataacca aataaagcca 7080

acttgagtaa ttttgctaca ttaaaaatta ccaaaattac ttagatggcc tataagatta 7140

agcatggtgt tttctaagca agctttgaaa ggggccttcc atacttactt aattgaatat 7200

tctgggatat tgaaaattat tcagatactt gacaattatt tttggttacc tactccgcaa 7260

actacaaagt tttaaggact caacaataag ttaatgagac acagtgtttg ctttcatgga 7320

gcttacagtc tggaggggac aaaggcttaa acaatactca tataattata tatgtgatca 7380

gtacaatgaa ggagctcagt ggggtaaata agcaggaacc tgaacttgat ctgttccgga 7440

gggccacaga aggcttcctt gaggccttga gaaagtgatt tgcatctgag ttctgaagga 7500

ttgtaagagg taactaggga aaaagttgac aggaagagga aggggatcca gacaagaaac 7560

atttgcaaag atcttgaggc ataaatgagc ttgagacatc tggagaaact gaggaaaagt 7620

gagagagtag gcagggcctg gagccgcaga gccattgcta accatcctgt gtgagatatc 7680

ccccattctg tagctttatt ctcataaccc tgctcaattt tctttataac acttctcaca 7740

gatttatata cgtgtttgtt tttgttatct gtctctccca ccagaccaca gctccatgag 7800

agcaaggtct ttgcttacca atatatcact agcacttaaa actatgcctg gtacacagta 7860

ggttcttaat atgtgttgaa tatagccatc aaattgatat tggatataat tcaatctgat 7920

aagatatttt gagatattaa agagttttta acttgatacc ataaaaaaaa aaaaaaaaa 7979

<210> 2

<211> 745

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 2

Met Ala Gln Gln Thr Ser Pro Asp Thr Leu Thr Val Pro Glu Val Asp

1 5 10 15

Asn Pro His Cys Pro Asn Pro Trp Leu Asn Glu Asp Leu Val Lys Ser

20 25 30

Leu Arg Glu Asn Leu Leu Gln His Glu Lys Ser Lys Thr Ala Arg Lys

35 40 45

Ser Val Ser Pro Lys Leu Ser Pro Val Ile Ser Pro Arg Asn Ser Pro

50 55 60

Arg Leu Leu Arg Arg Met Leu Leu Ser Ser Asn Ile Pro Lys Gln Arg

65 70 75 80

Arg Phe Thr Val Ala His Thr Cys Phe Asp Val Asp Asn Gly Thr Ser

85 90 95

Ala Gly Arg Ser Pro Leu Asp Pro Met Thr Ser Pro Gly Ser Gly Leu

100 105 110

Ile Leu Gln Ala Asn Phe Val His Ser Gln Arg Arg Glu Ser Phe Leu

115 120 125

Tyr Arg Ser Asp Ser Asp Tyr Asp Leu Ser Pro Lys Ser Met Ser Arg

130 135 140

Asn Ser Ser Ile Ala Ser Asp Ile His Gly Asp Asp Leu Ile Val Thr

145 150 155 160

Pro Phe Ala Gln Val Leu Ala Ser Leu Arg Thr Val Arg Asn Asn Phe

165 170 175

Ala Ala Leu Thr Asn Leu Gln Asp Arg Ala Pro Ser Lys Arg Ser Pro

180 185 190

Met Cys Asn Gln Pro Ser Ile Asn Lys Ala Thr Ile Thr Glu Glu Ala

195 200 205

Tyr Gln Lys Leu Ala Ser Glu Thr Leu Glu Glu Leu Asp Trp Cys Leu

210 215 220

Asp Gln Leu Glu Thr Leu Gln Thr Arg His Ser Val Ser Glu Met Ala

225 230 235 240

Ser Asn Lys Phe Lys Arg Met Leu Asn Arg Glu Leu Thr His Leu Ser

245 250 255

Glu Met Ser Arg Ser Gly Asn Gln Val Ser Glu Phe Ile Ser Asn Thr

260 265 270

Phe Leu Asp Lys Gln His Glu Val Glu Ile Pro Ser Pro Thr Gln Lys

275 280 285

Glu Lys Glu Lys Lys Lys Arg Pro Met Ser Gln Ile Ser Gly Val Lys

290 295 300

Lys Leu Met His Ser Ser Ser Leu Thr Asn Ser Ser Ile Pro Arg Phe

305 310 315 320

Gly Val Lys Thr Glu Gln Glu Asp Val Leu Ala Lys Glu Leu Glu Asp

325 330 335

Val Asn Lys Trp Gly Leu His Val Phe Arg Ile Ala Glu Leu Ser Gly

340 345 350

Asn Arg Pro Leu Thr Val Ile Met His Thr Ile Phe Gln Glu Arg Asp

355 360 365

Leu Leu Lys Thr Phe Lys Ile Pro Val Asp Thr Leu Ile Thr Tyr Leu

370 375 380

Met Thr Leu Glu Asp His Tyr His Ala Asp Val Ala Tyr His Asn Asn

385 390 395 400

Ile His Ala Ala Asp Val Val Gln Ser Thr His Val Leu Leu Ser Thr

405 410 415

Pro Ala Leu Glu Ala Val Phe Thr Asp Leu Glu Ile Leu Ala Ala Ile

420 425 430

Phe Ala Ser Ala Ile His Asp Val Asp His Pro Gly Val Ser Asn Gln

435 440 445

Phe Leu Ile Asn Thr Asn Ser Glu Leu Ala Leu Met Tyr Asn Asp Ser

450 455 460

Ser Val Leu Glu Asn His His Leu Ala Val Gly Phe Lys Leu Leu Gln

465 470 475 480

Glu Glu Asn Cys Asp Ile Phe Gln Asn Leu Thr Lys Lys Gln Arg Gln

485 490 495

Ser Leu Arg Lys Met Val Ile Asp Ile Val Leu Ala Thr Asp Met Ser

500 505 510

Lys His Met Asn Leu Leu Ala Asp Leu Lys Thr Met Val Glu Thr Lys

515 520 525

Lys Val Thr Ser Ser Gly Val Leu Leu Leu Asp Asn Tyr Ser Asp Arg

530 535 540

Ile Gln Val Leu Gln Asn Met Val His Cys Ala Asp Leu Ser Asn Pro

545 550 555 560

Thr Lys Pro Leu Gln Leu Tyr Arg Gln Trp Thr Asp Arg Ile Met Glu

565 570 575

Glu Phe Phe Arg Gln Gly Asp Arg Glu Arg Glu Arg Gly Met Glu Ile

580 585 590

Ser Pro Met Cys Asp Lys His Asn Ala Ser Val Glu Lys Ser Gln Val

595 600 605

Gly Phe Ile Asp Tyr Ile Val His Pro Leu Trp Glu Thr Trp Ala Asp

610 615 620

Leu Val His Pro Asp Ala Gln Asp Ile Leu Asp Thr Leu Glu Asp Asn

625 630 635 640

Arg Glu Trp Tyr Gln Ser Thr Ile Pro Gln Ser Pro Ser Pro Ala Pro

645 650 655

Asp Asp Pro Glu Glu Gly Arg Gln Gly Gln Thr Glu Lys Phe Gln Phe

660 665 670

Glu Leu Thr Leu Glu Glu Asp Gly Glu Ser Asp Thr Glu Lys Asp Ser

675 680 685

Gly Ser Gln Val Glu Glu Asp Thr Ser Cys Ser Asp Ser Lys Thr Leu

690 695 700

Cys Thr Gln Asp Ser Glu Ser Thr Glu Ile Pro Leu Asp Glu Gln Val

705 710 715 720

Glu Glu Glu Ala Val Gly Glu Glu Glu Glu Ser Gln Pro Glu Ala Cys

725 730 735

Val Ile Asp Asp Arg Ser Pro Asp Thr

740 745

<210> 3

<211> 19

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D5_forward primer

<400> 3

gcttctcagc agcaacatc 19

<210> 4

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D5_reverse primer

<400> 4

tgccattgtc cacatcaaaa 20

<210> 5

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D5 probe

<400> 5

acagcggcgt ttcacggtgg caca 24

<210> 6

<211> 8130

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 6

agattatagc ccagcgtacg agaagcacga gtcctatagt tggcgtaccc tgaggcctgc 60

cagttcctgc cttaatgcat atgtagtcgt aattgagttc tgacacggcc ttggatgttt 120

ctgtcctaaa tagctgacat tgcatcttca agactgtcat tccagttggc ttttgagtgg 180

atacgtgcag tgagatcatt gacactggaa acactagttc ccattttaat tacttaaaac 240

accacgatga aaagaaatac ctgtgatttg ctttctcgga gcaaaagtgc ctctgaggaa 300

acactacatt ccagtaatga agaggaagac cctttccgcg gaatggaacc ctatcttgtc 360

cggagacttt catgtcgcaa tattcagctt ccccctctcg ccttcagaca gttggaacaa 420

gctgacttga aaagtgaatc agagaacatt caacgaccaa ccagcctccc cctgaagatt 480

ctgccgctga ttgctatcac ttctgcagaa tccagtggtt ttgatgtgga caatggcaca 540

tctgcgggac ggagtccctt ggatcccatg accagcccag gatccgggct aattctccaa 600

gcaaattttg tccacagtca acgacgggag tccttcctgt atcgatccga cagcgattat 660

gacctctctc caaagtctat gtcccggaac tcctccattg ccagtgatat acacggagat 720

gacttgattg tgactccatt tgctcaggtc ttggccagtc tgcgaactgt acgaaacaac 780

tttgctgcat taactaattt gcaagatcga gcacctagca aaagatcacc catgtgcaac 840

caaccatcca tcaacaaagc caccataaca gaggaggcct accagaaact ggccagcgag 900

accctggagg agctggactg gtgtctggac cagctagaga ccctacagac caggcactcc 960

gtcagtgaga tggcctccaa caagtttaaa aggatgctta atcgggagct cacccatctc 1020

tctgaaatga gtcggtctgg aaatcaagtg tcagagttta tatcaaacac attcttagat 1080

aagcaacatg aagtggaaat tccttctcca actcagaagg aaaaggagaa aaagaaaaga 1140

ccaatgtctc agatcagtgg agtcaagaaa ttgatgcaca gctctagtct gactaattca 1200

agtatcccaa ggtttggagt taaaactgaa caagaagatg tccttgccaa ggaactagaa 1260

gatgtgaaca aatggggtct tcatgttttc agaatagcag agttgtctgg taaccggccc 1320

ttgactgtta tcatgcacac catttttcag gaacgggatt tattaaaaac atttaaaatt 1380

ccagtagata ctttaattac atatcttatg actctcgaag accattacca tgctgatgtg 1440

gcctatcaca acaatatcca tgctgcagat gttgtccagt ctactcatgt gctattatct 1500

acacctgctt tggaggctgt gtttacagat ttggagattc ttgcagcaat ttttgccagt 1560

gcaatacatg atgtagatca tcctggtgtg tccaatcaat ttctgatcaa tacaaactct 1620

gaacttgcct tgatgtacaa tgattcctca gtcttagaga accatcattt ggctgtgggc 1680

tttaaattgc ttcaggaaga aaactgtgac attttccaga atttgaccaa aaaacaaaga 1740

caatctttaa ggaaaatggt cattgacatc gtacttgcaa cagatatgtc aaaacacatg 1800

aatctactgg ctgatttgaa gactatggtt gaaactaaga aagtgacaag ctctggagtt 1860

cttcttcttg ataattattc cgataggatt caggttcttc agaatatggt gcactgtgca 1920

gatctgagca acccaacaaa gcctctccag ctgtaccgcc agtggacgga ccggataatg 1980

gaggagttct tccgccaagg agaccgagag agggaacgtg gcatggagat aagccccatg 2040

tgtgacaagc acaatgcttc cgtggaaaaa tcacaggtgg gcttcataga ctatattgtt 2100

catcccctct gggagacatg ggcagacctc gtccaccctg acgcccagga tattttggac 2160

actttggagg acaatcgtga atggtaccag agcacaatcc ctcagagccc ctctcctgca 2220

cctgatgacc cagaggaggg ccggcagggt caaactgaga aattccagtt tgaactaact 2280

ttagaggaag atggtgagtc agacacggaa aaggacagtg gcagtcaagt ggaagaagac 2340

actagctgca gtgactccaa gactctttgt actcaagact cagagtctac tgaaattccc 2400

cttgatgaac aggttgaaga ggaggcagta ggggaagaag aggaaagcca gcctgaagcc 2460

tgtgtcatag atgatcgttc tcctgacacg taacagtgca aaaactttca tgcctttttt 2520

ttttttaagt agaaaaattg tttccaaagt gcatgtcaca tgccacaacc acggtcacac 2580

ctcactgtca tctgccagga cgtttgttga acaaaactga ccttgactac tcagtccagc 2640

gctcaggaat atcgtaacca gttttttcac ctccatgtca tccgagcaag gtggacatct 2700

tcacgaacag cgtttttaac aagatttcag cttggtagag ctgacaaagc agataaaatc 2760

tactccaaat tattttcaag agagtgtgac tcatcaggca gcccaaaagt ttattggact 2820

tggggtttct attccttttt atttgtttgc aatattttca gaagaaaggc attgcacaga 2880

gtgaacttaa tggacgaagc aacaaatatg tcaagaacag gacatagcac gaatctgtta 2940

ccagtaggag gaggatgagc cacagaaatt gcataatttt ctaatttcaa gtcttcctga 3000

tacatgactg aatagtgtgg ttcagtgagc tgcactgacc tctacatttt gtatgatatg 3060

taaaacagat tttttgtaga gcttactttt attattaaat gtattgaggt attatattta 3120

aaaaaaacta tgttcagaac ttcatctgcc actggttatt tttttctaag gagtaacttg 3180

caagttttca gtacaaatct gtgctacact ggataaaaat ctaatttatg aattttactt 3240

gcaccttata gttcatagca attaactgat ttgtagtgat tcattgtttg ttttatatac 3300

caatgacttc catattttaa aagagaaaaa caactttatg ttgcaggaaa ccctttttgt 3360

aagtctttat tatttacttt gcattttgtt tcactctttc cagataagca gagttgctct 3420

tcaccagtgt ttttcttcat gtgcaaagtg actatttgtt ctataatact tttatgtgtg 3480

ttatatcaaa tgtgtcttaa gcttcatgca aactcagtca tcagttcgtg ttgtctgaag 3540

caagtgggag atatataaat acccagtagc taaaatggtc agtctttttt agatgttttc 3600

ctacttagta tctcctaata acgttttgct gtgtcactag atgttcattt cacaagtgca 3660

tgtctttcta ataatccaca catttcatgc tctaataatc cacacatttc atgctcattt 3720

ttattgtttt tacagccagt tatagtaaga aaaaggtttt tccccttgtg ctgctttata 3780

atttagcgtg tgtctgaacc ttatccatgt ttgctagatg aggtcttgtc aaatatatca 3840

ctaccattgt caccggtgaa aagaaacagg tagttaagtt agggttaaca ttcatttcaa 3900

ccacgaggtt gtatatcatg actagctttt actcttggtt tacagagaaa agttaaacag 3960

ccaactaggc agtttttaag aatattaaca atatattaac aaacaccaat acaactaatc 4020

ctatttggtt ttaatgattt caccatggga ttaagaacta tatcaggaac atccctgaga 4080

aacggtttta agtgtagcaa ctactcttcc ttaatggaca gccacataac gtgtaggaag 4140

tcctttatca cttatcctcg atccataagc atatcttgca gaggggaact acttctttaa 4200

acacatggag ggaaagaaga tgatgccact ggcaccagag ggttagtact gtgatgcatc 4260

ctaaaatatt tattatattg gtaaaaattc tggttaaata aaaaattaga gatcactctt 4320

ggctgatttc agcaccagga actgtattac agttttagag attaattcct agtgtttacc 4380

tgattatagc agttggcatc atggggcatt taattctgac tttatcccca cgtcagcctt 4440

aataaagtct tctttacctt ctctatgaag actttaaagc ccaaataatc atttttcaca 4500

ttgatattca agaattgaga tagatagaag ccaaagtggg tatctgacaa gtggaaaatc 4560

aaacgtttaa gaagaattac aactctgaaa agcatttata tgtggaactt ctcaaggagc 4620

ctcctgggga ctggaaagta agtcatcagc caggcaaatg actcatgctg aagagagtcc 4680

ccatttcagt cccctgagat ctagctgatg cttagatcct ttgaaataaa aattatgtct 4740

ttataactct gatcttttac ataaagcaga agaggaatca actagttaat tgcaaggttt 4800

ctactctgtt tcctctgtaa agatcagatg gtaatctttc aaataagaaa aaaataaaga 4860

cgtatgtttg accaagtagt ttcacaagaa tatttgggaa cttgtttctt ttaattttat 4920

ttgtccctga gtgaagtcta gaaagaaagg taaagagtct agagtttatt cctctttcca 4980

aaacattctc attcctctcc tccctacact tagtatttcc cccacagagt gcctagaatc 5040

ttaataatga ataaaataaa aagcagcaat atgtcattaa caaatccaga cctgaaaggg 5100

taaagggttt ataactgcac taataaagag aggctctttt tttttcttcc agtttgttgg 5160

tttttaatgg taccgtgttg taaagatacc cactaatgga caatcaaatt gcagaaaagg 5220

ctcaatatcc aagagacagg gactaatgca ctgtacaatc tgcttatcct tgcccttctc 5280

tcttgccaaa gtgtgcttca gaaatatata ctgctttaaa aaagaataaa agaatatcct 5340

tttacaagtg gctttacatt tcctaaaatg ccataagaaa atgcaatatc tgggtactgt 5400

atggggaaaa aaatgtccaa gtttgtgtaa aaccagtgca tttcagcttg caagttactg 5460

aacacaataa tgctgtttta attttgtttt atatcagtta aaattcacaa taatgtagat 5520

agaacaaatt acagacaagg aaagaaaaaa cttgaatgaa atggatttta cagaaagctt 5580

tatgataatt tttgaatgca ttatttattt tttgtgccat gcattttttt tctcaccaaa 5640

tgaccttacc tgtaatacag tcttgtttgt ctgtttacaa ccatgtattt attgcaatgt 5700

acatactgta atgttaattg taaattatct gttcttatta aaacatcatc ccatgatggg 5760

atggtgttga tatatttgga aactcttggt gagagaatga atggtgtgta tacatactct 5820

gtacattttt cttttctcct gtaatatagt cttgtcacct tagagcttgt ttatggaaga 5880

ttcaagaaaa ctataaaata cttaaagata tataaattta aaaaaacata gctgcaggtc 5940

tttggtccca gggctgtgcc ttaactttaa ccaatatttt cttctgtttt gctgcatttg 6000

aaaggtaaca gtggagctag ggctgggcat tttacatcca ggcttttaat tgattagaat 6060

tctgccaata ggtggatttt acaaaaccac agacaacctc tgaaagattc tgagaccctt 6120

ttgagacaga agctcttaag tacttcttgc cagggagcag cactgcatgt gtgatggttg 6180

tttgccatct gttgatcagg aactacttca gctacttgca tttgattatt tccttttttt 6240

ttttttttaa ctcggaaaca caactgggga aatatattct ttcccagtga ttataaacaa 6300

tctttttctt ttttttaagt ccttttggct tctagagctc ataggaaaat ggacttgatt 6360

tgaaattgga gccagagttt actcgtgttg gttatctatt catcagcttc ctgacatgtt 6420

aagagaatac attaaagaga aaatactgtt ttttaatcct aaaatttttc ttccactaag 6480

ataaaccaaa tgtccttaca tatatgtaaa cccatctatt taaacgcaaa ggtgggttga 6540

tgtcagttta catagcagaa agcattcact atcctctaag atttgtttct gcaaaacttt 6600

cattgcttta gaattttaaa atttcacctt gtacaatggc cagcccctaa agcaggaaac 6660

atttataatg gattatatgg aaacatcctc ccagtacttg cccagccctt gaatcatgtg 6720

gcttttcagt gaaaggaaag attctttttc taggaaaaat gagcctattt tattttattt 6780

tattttattt tttgacacaa actgtagatt ttagcagccc tggcccaaag gaatttgatt 6840

acttttgttt taaacagtac aaaggggaca ctataattac aaaaacatcc ttaactgatt 6900

tgagttgttt ttatttcttt ggatatattt tcagagtggt aaattgtgtg tgagaattac 6960

aaatgattat tcttttagtg gtttcttagc ctctcttaca gcccacgggg atagtactgt 7020

acatcaatac cttcatatga aatttttata tgcaatgaaa ataaaagcat gggttgattc 7080

tgcctattta tgactcaatc ttttacaaat aaaagattat tcattttaaa ttatagttca 7140

atcagcatgt ctcttaggat actgaacgtg gttgaaatga aaggatagtg acatcataag 7200

ttagtactga tattcataac caaataaagc caacttgagt aattttgcta cattaaaaat 7260

taccaaaatt acttagatgg cctataagat taagcatggt gttttctaag caagctttga 7320

aaggggcctt ccatacttac ttaattgaat attctgggat attgaaaatt attcagatac 7380

ttgacaatta tttttggtta cctactccgc aaactacaaa gttttaagga ctcaacaata 7440

agttaatgag acacagtgtt tgctttcatg gagcttacag tctggagggg acaaaggctt 7500

aaacaatact catataatta tatatgtgat cagtacaatg aaggagctca gtggggtaaa 7560

taagcaggaa cctgaacttg atctgttccg gagggccaca gaaggcttcc ttgaggcctt 7620

gagaaagtga tttgcatctg agttctgaag gattgtaaga ggtaactagg gaaaaagttg 7680

acaggaagag gaaggggatc cagacaagaa acatttgcaa agatcttgag gcataaatga 7740

gcttgagaca tctggagaaa ctgaggaaaa gtgagagagt aggcagggcc tggagccgca 7800

gagccattgc taaccatcct gtgtgagata tcccccattc tgtagcttta ttctcataac 7860

cctgctcaat tttctttata acacttctca cagatttata tacgtgtttg tttttgttat 7920

ctgtctctcc caccagacca cagctccatg agagcaaggt ctttgcttac caatatatca 7980

ctagcactta aaactatgcc tggtacacag taggttctta atatgtgttg aatatagcca 8040

tcaaattgat attggatata attcaatctg ataagatatt ttgagatatt aaagagtttt 8100

taacttgata ccataaaaaa aaaaaaaaaa 8130

<210> 7

<211> 748

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 7

Met Lys Arg Asn Thr Cys Asp Leu Leu Ser Arg Ser Lys Ser Ala Ser

1 5 10 15

Glu Glu Thr Leu His Ser Ser Asn Glu Glu Glu Asp Pro Phe Arg Gly

20 25 30

Met Glu Pro Tyr Leu Val Arg Arg Leu Ser Cys Arg Asn Ile Gln Leu

35 40 45

Pro Pro Leu Ala Phe Arg Gln Leu Glu Gln Ala Asp Leu Lys Ser Glu

50 55 60

Ser Glu Asn Ile Gln Arg Pro Thr Ser Leu Pro Leu Lys Ile Leu Pro

65 70 75 80

Leu Ile Ala Ile Thr Ser Ala Glu Ser Ser Gly Phe Asp Val Asp Asn

85 90 95

Gly Thr Ser Ala Gly Arg Ser Pro Leu Asp Pro Met Thr Ser Pro Gly

100 105 110

Ser Gly Leu Ile Leu Gln Ala Asn Phe Val His Ser Gln Arg Arg Glu

115 120 125

Ser Phe Leu Tyr Arg Ser Asp Ser Asp Tyr Asp Leu Ser Pro Lys Ser

130 135 140

Met Ser Arg Asn Ser Ser Ile Ala Ser Asp Ile His Gly Asp Asp Leu

145 150 155 160

Ile Val Thr Pro Phe Ala Gln Val Leu Ala Ser Leu Arg Thr Val Arg

165 170 175

Asn Asn Phe Ala Ala Leu Thr Asn Leu Gln Asp Arg Ala Pro Ser Lys

180 185 190

Arg Ser Pro Met Cys Asn Gln Pro Ser Ile Asn Lys Ala Thr Ile Thr

195 200 205

Glu Glu Ala Tyr Gln Lys Leu Ala Ser Glu Thr Leu Glu Glu Leu Asp

210 215 220

Trp Cys Leu Asp Gln Leu Glu Thr Leu Gln Thr Arg His Ser Val Ser

225 230 235 240

Glu Met Ala Ser Asn Lys Phe Lys Arg Met Leu Asn Arg Glu Leu Thr

245 250 255

His Leu Ser Glu Met Ser Arg Ser Gly Asn Gln Val Ser Glu Phe Ile

260 265 270

Ser Asn Thr Phe Leu Asp Lys Gln His Glu Val Glu Ile Pro Ser Pro

275 280 285

Thr Gln Lys Glu Lys Glu Lys Lys Lys Arg Pro Met Ser Gln Ile Ser

290 295 300

Gly Val Lys Lys Leu Met His Ser Ser Ser Leu Thr Asn Ser Ser Ile

305 310 315 320

Pro Arg Phe Gly Val Lys Thr Glu Gln Glu Asp Val Leu Ala Lys Glu

325 330 335

Leu Glu Asp Val Asn Lys Trp Gly Leu His Val Phe Arg Ile Ala Glu

340 345 350

Leu Ser Gly Asn Arg Pro Leu Thr Val Ile Met His Thr Ile Phe Gln

355 360 365

Glu Arg Asp Leu Leu Lys Thr Phe Lys Ile Pro Val Asp Thr Leu Ile

370 375 380

Thr Tyr Leu Met Thr Leu Glu Asp His Tyr His Ala Asp Val Ala Tyr

385 390 395 400

His Asn Asn Ile His Ala Ala Asp Val Val Gln Ser Thr His Val Leu

405 410 415

Leu Ser Thr Pro Ala Leu Glu Ala Val Phe Thr Asp Leu Glu Ile Leu

420 425 430

Ala Ala Ile Phe Ala Ser Ala Ile His Asp Val Asp His Pro Gly Val

435 440 445

Ser Asn Gln Phe Leu Ile Asn Thr Asn Ser Glu Leu Ala Leu Met Tyr

450 455 460

Asn Asp Ser Ser Val Leu Glu Asn His His Leu Ala Val Gly Phe Lys

465 470 475 480

Leu Leu Gln Glu Glu Asn Cys Asp Ile Phe Gln Asn Leu Thr Lys Lys

485 490 495

Gln Arg Gln Ser Leu Arg Lys Met Val Ile Asp Ile Val Leu Ala Thr

500 505 510

Asp Met Ser Lys His Met Asn Leu Leu Ala Asp Leu Lys Thr Met Val

515 520 525

Glu Thr Lys Lys Val Thr Ser Ser Gly Val Leu Leu Leu Asp Asn Tyr

530 535 540

Ser Asp Arg Ile Gln Val Leu Gln Asn Met Val His Cys Ala Asp Leu

545 550 555 560

Ser Asn Pro Thr Lys Pro Leu Gln Leu Tyr Arg Gln Trp Thr Asp Arg

565 570 575

Ile Met Glu Glu Phe Phe Arg Gln Gly Asp Arg Glu Arg Glu Arg Gly

580 585 590

Met Glu Ile Ser Pro Met Cys Asp Lys His Asn Ala Ser Val Glu Lys

595 600 605

Ser Gln Val Gly Phe Ile Asp Tyr Ile Val His Pro Leu Trp Glu Thr

610 615 620

Trp Ala Asp Leu Val His Pro Asp Ala Gln Asp Ile Leu Asp Thr Leu

625 630 635 640

Glu Asp Asn Arg Glu Trp Tyr Gln Ser Thr Ile Pro Gln Ser Pro Ser

645 650 655

Pro Ala Pro Asp Asp Pro Glu Glu Gly Arg Gln Gly Gln Thr Glu Lys

660 665 670

Phe Gln Phe Glu Leu Thr Leu Glu Glu Asp Gly Glu Ser Asp Thr Glu

675 680 685

Lys Asp Ser Gly Ser Gln Val Glu Glu Asp Thr Ser Cys Ser Asp Ser

690 695 700

Lys Thr Leu Cys Thr Gln Asp Ser Glu Ser Thr Glu Ile Pro Leu Asp

705 710 715 720

Glu Gln Val Glu Glu Glu Ala Val Gly Glu Glu Glu Glu Ser Gln Pro

725 730 735

Glu Ala Cys Val Ile Asp Asp Arg Ser Pro Asp Thr

740 745

<210> 8

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D7_forward primer

<400> 8

gaacattcaa cgaccaacca 20

<210> 9

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D7_reverse primer

<400> 9

tgccattgtc cacatcaaaa 20

<210> 10

<211> 27

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D7 probe

<400> 10

ctgccgctga ttgctatcac ttctgca 27

<210> 11

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D7 Forward Primer 2

<400> 11

cgctgattgc tatcacttct gc 22

<210> 12

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D7 Reverse primer

<400> 12

gtcgttgact gtggacaaaa tttg 24

<210> 13

<211> 34

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D7 Probe 2

<400> 13

ttcccttgga tcccatgacc agcccataag ggaa 34

<210> 14

<211> 8395

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 14

ttctcactgc cctgcggtgt tttgaactgc cttcttacag acgtcataca gcccttgagg 60

aatagtttct gcctggtgag attgaatgat agttctcatt cacaaaaccc tggattctaa 120

gcagggacac acagaaatta ctttcgcagg taaatcagcc cacccagcca aagtgtggag 180

agatttgttc cttggctgac ttctttgctc cacggagagg agtgttttcc tgtgcttgcc 240

ctgaaatgga acttccttga cagctctccc gtgttacagt acctcccggt cattttcttt 300

ttctctctct ctacctgcgc tcttcgagtg tcagaaacct ttaaagctgt tactatggaa 360

ttgcaaaaaa gagatcaagt gactctttca ctatgctggt ttcccttgtg acccagatga 420

agaatcaatt cagaattcag ttcctccctt ggcattgcaa gacacagaag aaactgtcac 480

ttcctaacag cctagtactg gagtaaattc agtatgaagg aagaaagcgc tcctgcgtgt 540

tagaaccttg cccatgagct ggaccgagga caggagatgg actccaggaa aattggattt 600

cttcaagcag cctcccttgg aaatggaata tctttaaaat cttctttgca gaaagacagt 660

tagaatgtat taatcagaat agttgaagac ttattttcct ttttattttt tttcaaaatg 720

agcattatta tgaagccaag atcccgatct acaagttccc taaggactgc agaggcagtt 780

tgttttgatg tggacaatgg cacatctgcg ggacggagtc ccttggatcc catgaccagc 840

ccaggatccg ggctaattct ccaagcaaat tttgtccaca gtcaacgacg ggagtccttc 900

ctgtatcgat ccgacagcga ttatgacctc tctccaaagt ctatgtcccg gaactcctcc 960

attgccagtg atatacacgg agatgacttg attgtgactc catttgctca ggtcttggcc 1020

agtctgcgaa ctgtacgaaa caactttgct gcattaacta atttgcaaga tcgagcacct 1080

agcaaaagat cacccatgtg caaccaacca tccatcaaca aagccaccat aacagaggag 1140

gcctaccaga aactggccag cgagaccctg gaggagctgg actggtgtct ggaccagcta 1200

gagaccctac agaccaggca ctccgtcagt gagatggcct ccaacaagtt taaaaggatg 1260

cttaatcggg agctcaccca tctctctgaa atgagtcggt ctggaaatca agtgtcagag 1320

tttatatcaa acacattctt agataagcaa catgaagtgg aaattccttc tccaactcag 1380

aaggaaaagg agaaaaagaa aagaccaatg tctcagatca gtggagtcaa gaaattgatg 1440

cacagctcta gtctgactaa ttcaagtatc ccaaggtttg gagttaaaac tgaacaagaa 1500

gatgtccttg ccaaggaact agaagatgtg aacaaatggg gtcttcatgt tttcagaata 1560

gcagagttgt ctggtaaccg gcccttgact gttatcatgc acaccatttt tcaggaacgg 1620

gatttattaa aaacatttaa aattccagta gatactttaa ttacatatct tatgactctc 1680

gaagaccatt accatgctga tgtggcctat cacaacaata tccatgctgc agatgttgtc 1740

cagtctactc atgtgctatt atctacacct gctttggagg ctgtgtttac agatttggag 1800

attcttgcag caatttttgc cagtgcaata catgatgtag atcatcctgg tgtgtccaat 1860

caatttctga tcaatacaaa ctctgaactt gccttgatgt acaatgattc ctcagtctta 1920

gagaaccatc atttggctgt gggctttaaa ttgcttcagg aagaaaactg tgacattttc 1980

cagaatttga ccaaaaaaca aagacaatct ttaaggaaaa tggtcattga catcgtactt 2040

gcaacagata tgtcaaaaca catgaatcta ctggctgatt tgaagactat ggttgaaact 2100

aagaaagtga caagctctgg agttcttctt cttgataatt attccgatag gattcaggtt 2160

cttcagaata tggtgcactg tgcagatctg agcaacccaa caaagcctct ccagctgtac 2220

cgccagtgga cggaccggat aatggaggag ttcttccgcc aaggagaccg agagagggaa 2280

cgtggcatgg agataagccc catgtgtgac aagcacaatg cttccgtgga aaaatcacag 2340

gtgggcttca tagactatat tgttcatccc ctctgggaga catgggcaga cctcgtccac 2400

cctgacgccc aggatatttt ggacactttg gaggacaatc gtgaatggta ccagagcaca 2460

atccctcaga gcccctctcc tgcacctgat gacccagagg agggccggca gggtcaaact 2520

gagaaattcc agtttgaact aactttagag gaagatggtg agtcagacac ggaaaaggac 2580

agtggcagtc aagtggaaga agacactagc tgcagtgact ccaagactct ttgtactcaa 2640

gactcagagt ctactgaaat tccccttgat gaacaggttg aagaggaggc agtaggggaa 2700

gaagaggaaa gccagcctga agcctgtgtc atagatgatc gttctcctga cacgtaacag 2760

tgcaaaaact ttcatgcctt tttttttttt aagtagaaaa attgtttcca aagtgcatgt 2820

cacatgccac aaccacggtc acacctcact gtcatctgcc aggacgtttg ttgaacaaaa 2880

ctgaccttga ctactcagtc cagcgctcag gaatatcgta accagttttt tcacctccat 2940

gtcatccgag caaggtggac atcttcacga acagcgtttt taacaagatt tcagcttggt 3000

agagctgaca aagcagataa aatctactcc aaattatttt caagagagtg tgactcatca 3060

ggcagcccaa aagtttattg gacttggggt ttctattcct ttttatttgt ttgcaatatt 3120

ttcagaagaa aggcattgca cagagtgaac ttaatggacg aagcaacaaa tatgtcaaga 3180

acaggacata gcacgaatct gttaccagta ggaggaggat gagccacaga aattgcataa 3240

ttttctaatt tcaagtcttc ctgatacatg actgaatagt gtggttcagt gagctgcact 3300

gacctctaca ttttgtatga tatgtaaaac agattttttg tagagcttac ttttattatt 3360

aaatgtattg aggtattata tttaaaaaaa actatgttca gaacttcatc tgccactggt 3420

tatttttttc taaggagtaa cttgcaagtt ttcagtacaa atctgtgcta cactggataa 3480

aaatctaatt tatgaatttt acttgcacct tatagttcat agcaattaac tgatttgtag 3540

tgattcattg tttgttttat ataccaatga cttccatatt ttaaaagaga aaaacaactt 3600

tatgttgcag gaaacccttt ttgtaagtct ttattattta ctttgcattt tgtttcactc 3660

tttccagata agcagagttg ctcttcacca gtgtttttct tcatgtgcaa agtgactatt 3720

tgttctataa tacttttatg tgtgttatat caaatgtgtc ttaagcttca tgcaaactca 3780

gtcatcagtt cgtgttgtct gaagcaagtg ggagatatat aaatacccag tagctaaaat 3840

ggtcagtctt ttttagatgt tttcctactt agtatctcct aataacgttt tgctgtgtca 3900

ctagatgttc atttcacaag tgcatgtctt tctaataatc cacacatttc atgctctaat 3960

aatccacaca tttcatgctc atttttattg tttttacagc cagttatagt aagaaaaagg 4020

tttttcccct tgtgctgctt tataatttag cgtgtgtctg aaccttatcc atgtttgcta 4080

gatgaggtct tgtcaaatat atcactacca ttgtcaccgg tgaaaagaaa caggtagtta 4140

agttagggtt aacattcatt tcaaccacga ggttgtatat catgactagc ttttactctt 4200

ggtttacaga gaaaagttaa acagccaact aggcagtttt taagaatatt aacaatatat 4260

taacaaacac caatacaact aatcctattt ggttttaatg atttcaccat gggattaaga 4320

actatatcag gaacatccct gagaaacggt tttaagtgta gcaactactc ttccttaatg 4380

gacagccaca taacgtgtag gaagtccttt atcacttatc ctcgatccat aagcatatct 4440

tgcagagggg aactacttct ttaaacacat ggagggaaag aagatgatgc cactggcacc 4500

agagggttag tactgtgatg catcctaaaa tatttattat attggtaaaa attctggtta 4560

aataaaaaat tagagatcac tcttggctga tttcagcacc aggaactgta ttacagtttt 4620

agagattaat tcctagtgtt tacctgatta tagcagttgg catcatgggg catttaattc 4680

tgactttatc cccacgtcag ccttaataaa gtcttcttta ccttctctat gaagacttta 4740

aagcccaaat aatcattttt cacattgata ttcaagaatt gagatagata gaagccaaag 4800

tgggtatctg acaagtggaa aatcaaacgt ttaagaagaa ttacaactct gaaaagcatt 4860

tatatgtgga acttctcaag gagcctcctg gggactggaa agtaagtcat cagccaggca 4920

aatgactcat gctgaagaga gtccccattt cagtcccctg agatctagct gatgcttaga 4980

tcctttgaaa taaaaattat gtctttataa ctctgatctt ttacataaag cagaagagga 5040

atcaactagt taattgcaag gtttctactc tgtttcctct gtaaagatca gatggtaatc 5100

tttcaaataa gaaaaaaata aagacgtatg tttgaccaag tagtttcaca agaatatttg 5160

ggaacttgtt tcttttaatt ttatttgtcc ctgagtgaag tctagaaaga aaggtaaaga 5220

gtctagagtt tattcctctt tccaaaacat tctcattcct ctcctcccta cacttagtat 5280

ttcccccaca gagtgcctag aatcttaata atgaataaaa taaaaagcag caatatgtca 5340

ttaacaaatc cagacctgaa agggtaaagg gtttataact gcactaataa agagaggctc 5400

tttttttttc ttccagtttg ttggttttta atggtaccgt gttgtaaaga tacccactaa 5460

tggacaatca aattgcagaa aaggctcaat atccaagaga cagggactaa tgcactgtac 5520

aatctgctta tccttgccct tctctcttgc caaagtgtgc ttcagaaata tatactgctt 5580

taaaaaagaa taaaagaata tccttttaca agtggcttta catttcctaa aatgccataa 5640

gaaaatgcaa tatctgggta ctgtatgggg aaaaaaatgt ccaagtttgt gtaaaaccag 5700

tgcatttcag cttgcaagtt actgaacaca ataatgctgt tttaattttg ttttatatca 5760

gttaaaattc acaataatgt agatagaaca aattacagac aaggaaagaa aaaacttgaa 5820

tgaaatggat tttacagaaa gctttatgat aatttttgaa tgcattattt attttttgtg 5880

ccatgcattt tttttctcac caaatgacct tacctgtaat acagtcttgt ttgtctgttt 5940

acaaccatgt atttattgca atgtacatac tgtaatgtta attgtaaatt atctgttctt 6000

attaaaacat catcccatga tgggatggtg ttgatatatt tggaaactct tggtgagaga 6060

atgaatggtg tgtatacata ctctgtacat ttttcttttc tcctgtaata tagtcttgtc 6120

accttagagc ttgtttatgg aagattcaag aaaactataa aatacttaaa gatatataaa 6180

tttaaaaaaa catagctgca ggtctttggt cccagggctg tgccttaact ttaaccaata 6240

ttttcttctg ttttgctgca tttgaaaggt aacagtggag ctagggctgg gcattttaca 6300

tccaggcttt taattgatta gaattctgcc aataggtgga ttttacaaaa ccacagacaa 6360

cctctgaaag attctgagac ccttttgaga cagaagctct taagtacttc ttgccaggga 6420

gcagcactgc atgtgtgatg gttgtttgcc atctgttgat caggaactac ttcagctact 6480

tgcatttgat tatttccttt tttttttttt ttaactcgga aacacaactg gggaaatata 6540

ttctttccca gtgattataa acaatctttt tctttttttt aagtcctttt ggcttctaga 6600

gctcatagga aaatggactt gatttgaaat tggagccaga gtttactcgt gttggttatc 6660

tattcatcag cttcctgaca tgttaagaga atacattaaa gagaaaatac tgttttttaa 6720

tcctaaaatt tttcttccac taagataaac caaatgtcct tacatatatg taaacccatc 6780

tatttaaacg caaaggtggg ttgatgtcag tttacatagc agaaagcatt cactatcctc 6840

taagatttgt ttctgcaaaa ctttcattgc tttagaattt taaaatttca ccttgtacaa 6900

tggccagccc ctaaagcagg aaacatttat aatggattat atggaaacat cctcccagta 6960

cttgcccagc ccttgaatca tgtggctttt cagtgaaagg aaagattctt tttctaggaa 7020

aaatgagcct attttatttt attttatttt attttttgac acaaactgta gattttagca 7080

gccctggccc aaaggaattt gattactttt gttttaaaca gtacaaaggg gacactataa 7140

ttacaaaaac atccttaact gatttgagtt gtttttattt ctttggatat attttcagag 7200

tggtaaattg tgtgtgagaa ttacaaatga ttattctttt agtggtttct tagcctctct 7260

tacagcccac ggggatagta ctgtacatca ataccttcat atgaaatttt tatatgcaat 7320

gaaaataaaa gcatgggttg attctgccta tttatgactc aatcttttac aaataaaaga 7380

ttattcattt taaattatag ttcaatcagc atgtctctta ggatactgaa cgtggttgaa 7440

atgaaaggat agtgacatca taagttagta ctgatattca taaccaaata aagccaactt 7500

gagtaatttt gctacattaa aaattaccaa aattacttag atggcctata agattaagca 7560

tggtgttttc taagcaagct ttgaaagggg ccttccatac ttacttaatt gaatattctg 7620

ggatattgaa aattattcag atacttgaca attatttttg gttacctact ccgcaaacta 7680

caaagtttta aggactcaac aataagttaa tgagacacag tgtttgcttt catggagctt 7740

acagtctgga ggggacaaag gcttaaacaa tactcatata attatatatg tgatcagtac 7800

aatgaaggag ctcagtgggg taaataagca ggaacctgaa cttgatctgt tccggagggc 7860

cacagaaggc ttccttgagg ccttgagaaa gtgatttgca tctgagttct gaaggattgt 7920

aagaggtaac tagggaaaaa gttgacagga agaggaaggg gatccagaca agaaacattt 7980

gcaaagatct tgaggcataa atgagcttga gacatctgga gaaactgagg aaaagtgaga 8040

gagtaggcag ggcctggagc cgcagagcca ttgctaacca tcctgtgtga gatatccccc 8100

attctgtagc tttattctca taaccctgct caattttctt tataacactt ctcacagatt 8160

tatatacgtg tttgtttttg ttatctgtct ctcccaccag accacagctc catgagagca 8220

aggtctttgc ttaccaatat atcactagca cttaaaacta tgcctggtac acagtaggtt 8280

cttaatatgt gttgaatata gccatcaaat tgatattgga tataattcaa tctgataaga 8340

tattttgaga tattaaagag tttttaactt gataccataa aaaaaaaaaa aaaaa 8395

<210> 15

<211> 679

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 15

Met Ser Ile Ile Met Lys Pro Arg Ser Arg Ser Thr Ser Ser Leu Arg

1 5 10 15

Thr Ala Glu Ala Val Cys Phe Asp Val Asp Asn Gly Thr Ser Ala Gly

20 25 30

Arg Ser Pro Leu Asp Pro Met Thr Ser Pro Gly Ser Gly Leu Ile Leu

35 40 45

Gln Ala Asn Phe Val His Ser Gln Arg Arg Glu Ser Phe Leu Tyr Arg

50 55 60

Ser Asp Ser Asp Tyr Asp Leu Ser Pro Lys Ser Met Ser Arg Asn Ser

65 70 75 80

Ser Ile Ala Ser Asp Ile His Gly Asp Asp Leu Ile Val Thr Pro Phe

85 90 95

Ala Gln Val Leu Ala Ser Leu Arg Thr Val Arg Asn Asn Phe Ala Ala

100 105 110

Leu Thr Asn Leu Gln Asp Arg Ala Pro Ser Lys Arg Ser Pro Met Cys

115 120 125

Asn Gln Pro Ser Ile Asn Lys Ala Thr Ile Thr Glu Glu Ala Tyr Gln

130 135 140

Lys Leu Ala Ser Glu Thr Leu Glu Glu Leu Asp Trp Cys Leu Asp Gln

145 150 155 160

Leu Glu Thr Leu Gln Thr Arg His Ser Val Ser Glu Met Ala Ser Asn

165 170 175

Lys Phe Lys Arg Met Leu Asn Arg Glu Leu Thr His Leu Ser Glu Met

180 185 190

Ser Arg Ser Gly Asn Gln Val Ser Glu Phe Ile Ser Asn Thr Phe Leu

195 200 205

Asp Lys Gln His Glu Val Glu Ile Pro Ser Pro Thr Gln Lys Glu Lys

210 215 220

Glu Lys Lys Lys Arg Pro Met Ser Gln Ile Ser Gly Val Lys Lys Leu

225 230 235 240

Met His Ser Ser Ser Leu Thr Asn Ser Ser Ile Pro Arg Phe Gly Val

245 250 255

Lys Thr Glu Gln Glu Asp Val Leu Ala Lys Glu Leu Glu Asp Val Asn

260 265 270

Lys Trp Gly Leu His Val Phe Arg Ile Ala Glu Leu Ser Gly Asn Arg

275 280 285

Pro Leu Thr Val Ile Met His Thr Ile Phe Gln Glu Arg Asp Leu Leu

290 295 300

Lys Thr Phe Lys Ile Pro Val Asp Thr Leu Ile Thr Tyr Leu Met Thr

305 310 315 320

Leu Glu Asp His Tyr His Ala Asp Val Ala Tyr His Asn Asn Ile His

325 330 335

Ala Ala Asp Val Val Gln Ser Thr His Val Leu Leu Ser Thr Pro Ala

340 345 350

Leu Glu Ala Val Phe Thr Asp Leu Glu Ile Leu Ala Ala Ile Phe Ala

355 360 365

Ser Ala Ile His Asp Val Asp His Pro Gly Val Ser Asn Gln Phe Leu

370 375 380

Ile Asn Thr Asn Ser Glu Leu Ala Leu Met Tyr Asn Asp Ser Ser Val

385 390 395 400

Leu Glu Asn His His Leu Ala Val Gly Phe Lys Leu Leu Gln Glu Glu

405 410 415

Asn Cys Asp Ile Phe Gln Asn Leu Thr Lys Lys Gln Arg Gln Ser Leu

420 425 430

Arg Lys Met Val Ile Asp Ile Val Leu Ala Thr Asp Met Ser Lys His

435 440 445

Met Asn Leu Leu Ala Asp Leu Lys Thr Met Val Glu Thr Lys Lys Val

450 455 460

Thr Ser Ser Gly Val Leu Leu Leu Asp Asn Tyr Ser Asp Arg Ile Gln

465 470 475 480

Val Leu Gln Asn Met Val His Cys Ala Asp Leu Ser Asn Pro Thr Lys

485 490 495

Pro Leu Gln Leu Tyr Arg Gln Trp Thr Asp Arg Ile Met Glu Glu Phe

500 505 510

Phe Arg Gln Gly Asp Arg Glu Arg Glu Arg Gly Met Glu Ile Ser Pro

515 520 525

Met Cys Asp Lys His Asn Ala Ser Val Glu Lys Ser Gln Val Gly Phe

530 535 540

Ile Asp Tyr Ile Val His Pro Leu Trp Glu Thr Trp Ala Asp Leu Val

545 550 555 560

His Pro Asp Ala Gln Asp Ile Leu Asp Thr Leu Glu Asp Asn Arg Glu

565 570 575

Trp Tyr Gln Ser Thr Ile Pro Gln Ser Pro Ser Pro Ala Pro Asp Asp

580 585 590

Pro Glu Glu Gly Arg Gln Gly Gln Thr Glu Lys Phe Gln Phe Glu Leu

595 600 605

Thr Leu Glu Glu Asp Gly Glu Ser Asp Thr Glu Lys Asp Ser Gly Ser

610 615 620

Gln Val Glu Glu Asp Thr Ser Cys Ser Asp Ser Lys Thr Leu Cys Thr

625 630 635 640

Gln Asp Ser Glu Ser Thr Glu Ile Pro Leu Asp Glu Gln Val Glu Glu

645 650 655

Glu Ala Val Gly Glu Glu Glu Glu Ser Gln Pro Glu Ala Cys Val Ile

660 665 670

Asp Asp Arg Ser Pro Asp Thr

675

<210> 16

<211> 26

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D9_forward primer

<400> 16

atgagcatta ttatgaagcc aagatc 26

<210> 17

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D9_reverse primer

<400> 17

gtgccattgt ccacatcaaa ac 22

<210> 18

<211> 27

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PDE4D9 probe

<400> 18

ctacaagttc cctaaggact gcagagg 27

<210> 19

<211> 1435

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 19

ggcggggcct gcttctcctc agcttcaggc ggctgcgacg agccctcagg cgaacctctc 60

ggctttcccg cgcggcgccg cctcttgctg cgcctccgcc tcctcctctg ctccgccacc 120

ggcttcctcc tcctgagcag tcagcccgcg cgccggccgg ctccgttatg gcgacccgca 180

gccctggcgt cgtgattagt gatgatgaac caggttatga ccttgattta ttttgcatac 240

ctaatcatta tgctgaggat ttggaaaggg tgtttattcc tcatggacta attatggaca 300

ggactgaacg tcttgctcga gatgtgatga aggagatggg aggccatcac attgtagccc 360

tctgtgtgct caaggggggc tataaattct ttgctgacct gctggattac atcaaagcac 420

tgaatagaaa tagtgataga tccattccta tgactgtaga ttttatcaga ctgaagagct 480

attgtaatga ccagtcaaca ggggacataa aagtaattgg tggagatgat ctctcaactt 540

taactggaaa gaatgtcttg attgtggaag atataattga cactggcaaa acaatgcaga 600

ctttgctttc cttggtcagg cagtataatc caaagatggt caaggtcgca agcttgctgg 660

tgaaaaggac cccacgaagt gttggatata agccagactt tgttggattt gaaattccag 720

acaagtttgt tgtaggatat gcccttgact ataatgaata cttcagggat ttgaatcatg 780

tttgtgtcat tagtgaaact ggaaaagcaa aatacaaagc ctaagatgag agttcaagtt 840

gagtttggaa acatctggag tcctattgac atcgccagta aaattatcaa tgttctagtt 900

ctgtggccat ctgcttagta gagctttttg catgtatctt ctaagaattt tatctgtttt 960

gtactttaga aatgtcagtt gctgcattcc taaactgttt atttgcacta tgagcctata 1020

gactatcagt tccctttggg cggattgttg tttaacttgt aaatgaaaaa attctcttaa 1080

accacagcac tattgagtga aacattgaac tcatatctgt aagaaataaa gagaagatat 1140

attagttttt taattggtat tttaattttt atatatgcag gaaagaatag aagtgattga 1200

atattgttaa ttataccacc gtgtgttaga aaagtaagaa gcagtcaatt ttcacatcaa 1260

agacagcatc taagaagttt tgttctgtcc tggaattatt ttagtagtgt ttcagtaatg 1320

ttgactgtat tttccaactt gttcaaatta ttaccagtga atctttgtca gcagttccct 1380

tttaaatgca aatcaataaa ttcccaaaaa tttaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaa 1435

<210> 20

<211> 218

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 20

Met Ala Thr Arg Ser Pro Gly Val Val Ile Ser Asp Asp Glu Pro Gly

1 5 10 15

Tyr Asp Leu Asp Leu Phe Cys Ile Pro Asn His Tyr Ala Glu Asp Leu

20 25 30

Glu Arg Val Phe Ile Pro His Gly Leu Ile Met Asp Arg Thr Glu Arg

35 40 45

Leu Ala Arg Asp Val Met Lys Glu Met Gly Gly His His Ile Val Ala

50 55 60

Leu Cys Val Leu Lys Gly Gly Tyr Lys Phe Phe Ala Asp Leu Leu Asp

65 70 75 80

Tyr Ile Lys Ala Leu Asn Arg Asn Ser Asp Arg Ser Ile Pro Met Thr

85 90 95

Val Asp Phe Ile Arg Leu Lys Ser Tyr Cys Asn Asp Gln Ser Thr Gly

100 105 110

Asp Ile Lys Val Ile Gly Gly Asp Asp Leu Ser Thr Leu Thr Gly Lys

115 120 125

Asn Val Leu Ile Val Glu Asp Ile Ile Asp Thr Gly Lys Thr Met Gln

130 135 140

Thr Leu Leu Ser Leu Val Arg Gln Tyr Asn Pro Lys Met Val Lys Val

145 150 155 160

Ala Ser Leu Leu Val Lys Arg Thr Pro Arg Ser Val Gly Tyr Lys Pro

165 170 175

Asp Phe Val Gly Phe Glu Ile Pro Asp Lys Phe Val Val Gly Tyr Ala

180 185 190

Leu Asp Tyr Asn Glu Tyr Phe Arg Asp Leu Asn His Val Cys Val Ile

195 200 205

Ser Glu Thr Gly Lys Ala Lys Tyr Lys Ala

210 215

<210> 21

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> HPRT1_forward primer

<400> 21

gaggatttgg aaagggtgtt tatt 24

<210> 22

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> HPRT1_reverse primer

<400> 22

acagagggct acaatgtgat g 21

<210> 23

<211> 26

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> HPRT1 probe

<400> 23

acgtcttgct cgagatgtga tgaagg 26

<210> 24

<211> 1771

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 24

ggcggccagg ccgggcgcgg agtgggcgcg cggggccgga ggaggggcca gcgaccgcgg 60

caccgcctgt gcccgcccgc ccctccgcag ccgctactta agaggctcca gcgccggccc 120

cgccctagtg cgttacttac ctcgactctt agcttgtcgg ggacggtaac cgggacccgg 180

tgtctgctcc tgtcgccttc gcctcctaat ccctagccac tatgcgtgag tgcatctcca 240

tccacgttgg ccaggctggt gtccagattg gcaatgcctg ctgggagctc tactgcctgg 300

aacacggcat ccagcccgat ggccagatgc caagtgacaa gaccattggg ggaggagatg 360

actccttcaa caccttcttc agtgagacgg gcgctggcaa gcacgtgccc cgggctgtgt 420

ttgtagactt ggaacccaca gtcattgatg aagttcgcac tggcacctac cgccagctct 480

tccaccctga gcagctcatc acaggcaagg aagatgctgc caataactat gcccgagggc 540

actacaccat tggcaaggag atcattgacc ttgtgttgga ccgaattcgc aagctggctg 600

accagtgcac cggtcttcag ggcttcttgg ttttccacag ctttggtggg ggaactggtt 660

ctgggttcac ctccctgctc atggaacgtc tctcagttga ttatggcaag aagtccaagc 720

tggagttctc catttaccca gcaccccagg tttccacagc tgtagttgag ccctacaact 780

ccatcctcac cacccacacc accctggagc actctgattg tgccttcatg gtagacaatg 840

aggccatcta tgacatctgt cgtagaaacc tcgatatcga gcgcccaacc tacactaacc 900

ttaaccgcct tattagccag attgtgtcct ccatcactgc ttccctgaga tttgatggag 960

ccctgaatgt tgacctgaca gaattccaga ccaacctggt gccctacccc cgcatccact 1020

tccctctggc cacatatgcc cctgtcatct ctgctgagaa agcctaccat gaacagcttt 1080

ctgtagcaga gatcaccaat gcttgctttg agccagccaa ccagatggtg aaatgtgacc 1140

ctcgccatgg taaatacatg gcttgctgcc tgttgtaccg tggtgacgtg gttcccaaag 1200

atgtcaatgc tgccattgcc accatcaaaa ccaagcgcag catccagttt gtggattggt 1260

gccccactgg cttcaaggtt ggcatcaact accagcctcc cactgtggtg cctggtggag 1320

acctggccaa ggtacagaga gctgtgtgca tgctgagcaa caccacagcc attgctgagg 1380

cctgggctcg cctggaccac aagtttgacc tgatgtatgc caagcgtgcc tttgttcact 1440

ggtacgtggg tgaggggatg gaggaaggcg agttttcaga ggcccgtgaa gatatggctg 1500

cccttgagaa ggattatgag gaggttggtg tggattctgt tgaaggagag ggtgaggaag 1560

aaggagagga atactaatta tccattcctt ttggccctgc agcatgtcat gctcccagaa 1620

tttcagcttc agcttaactg acagacgtta aagctttctg gttagattgt tttcacttgg 1680

tgatcatgtc ttttccatgt gtacctgtaa tatttttcca tcatatctca aagtaaagtc 1740

attaacatca aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa a 1771

<210> 25

<211> 451

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 25

Met Arg Glu Cys Ile Ser Ile His Val Gly Gln Ala Gly Val Gln Ile

1 5 10 15

Gly Asn Ala Cys Trp Glu Leu Tyr Cys Leu Glu His Gly Ile Gln Pro

20 25 30

Asp Gly Gln Met Pro Ser Asp Lys Thr Ile Gly Gly Gly Asp Asp Ser

35 40 45

Phe Asn Thr Phe Phe Ser Glu Thr Gly Ala Gly Lys His Val Pro Arg

50 55 60

Ala Val Phe Val Asp Leu Glu Pro Thr Val Ile Asp Glu Val Arg Thr

65 70 75 80

Gly Thr Tyr Arg Gln Leu Phe His Pro Glu Gln Leu Ile Thr Gly Lys

85 90 95

Glu Asp Ala Ala Asn Asn Tyr Ala Arg Gly His Tyr Thr Ile Gly Lys

100 105 110

Glu Ile Ile Asp Leu Val Leu Asp Arg Ile Arg Lys Leu Ala Asp Gln

115 120 125

Cys Thr Gly Leu Gln Gly Phe Leu Val Phe His Ser Phe Gly Gly Gly

130 135 140

Thr Gly Ser Gly Phe Thr Ser Leu Leu Met Glu Arg Leu Ser Val Asp

145 150 155 160

Tyr Gly Lys Lys Ser Lys Leu Glu Phe Ser Ile Tyr Pro Ala Pro Gln

165 170 175

Val Ser Thr Ala Val Val Glu Pro Tyr Asn Ser Ile Leu Thr Thr His

180 185 190

Thr Thr Leu Glu His Ser Asp Cys Ala Phe Met Val Asp Asn Glu Ala

195 200 205

Ile Tyr Asp Ile Cys Arg Arg Asn Leu Asp Ile Glu Arg Pro Thr Tyr

210 215 220

Thr Asn Leu Asn Arg Leu Ile Ser Gln Ile Val Ser Ser Ile Thr Ala

225 230 235 240

Ser Leu Arg Phe Asp Gly Ala Leu Asn Val Asp Leu Thr Glu Phe Gln

245 250 255

Thr Asn Leu Val Pro Tyr Pro Arg Ile His Phe Pro Leu Ala Thr Tyr

260 265 270

Ala Pro Val Ile Ser Ala Glu Lys Ala Tyr His Glu Gln Leu Ser Val

275 280 285

Ala Glu Ile Thr Asn Ala Cys Phe Glu Pro Ala Asn Gln Met Val Lys

290 295 300

Cys Asp Pro Arg His Gly Lys Tyr Met Ala Cys Cys Leu Leu Tyr Arg

305 310 315 320

Gly Asp Val Val Pro Lys Asp Val Asn Ala Ala Ile Ala Thr Ile Lys

325 330 335

Thr Lys Arg Ser Ile Gln Phe Val Asp Trp Cys Pro Thr Gly Phe Lys

340 345 350

Val Gly Ile Asn Tyr Gln Pro Pro Thr Val Val Pro Gly Gly Asp Leu

355 360 365

Ala Lys Val Gln Arg Ala Val Cys Met Leu Ser Asn Thr Thr Ala Ile

370 375 380

Ala Glu Ala Trp Ala Arg Leu Asp His Lys Phe Asp Leu Met Tyr Ala

385 390 395 400

Lys Arg Ala Phe Val His Trp Tyr Val Gly Glu Gly Met Glu Glu Gly

405 410 415

Glu Phe Ser Glu Ala Arg Glu Asp Met Ala Ala Leu Glu Lys Asp Tyr

420 425 430

Glu Glu Val Gly Val Asp Ser Val Glu Gly Glu Gly Glu Glu Glu Gly

435 440 445

Glu Glu Tyr

450

<210> 26

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> K-ALPHA-1_forward primer

<400> 26

tgactccttc aacaccttct tc 22

<210> 27

<211> 18

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> K-ALPHA-1_reverse primer

<400> 27

tgccagtgcg aacttcat 18

<210> 28

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> K-ALPHA-1 probe

<400> 28

ccgggctgtg tttgtagact tgga 24

<210> 29

<211> 5416

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 29

agtgggccgc catgttgtcg gagtgaaagg taagggggag cgagagcgcc agagagagaa 60

gatcgggggg ctgaaatcca tcttcatcct accgctccgc ccgtgttggt ggaatgagcg 120

ttgcatgtgt cttgaagaga aaagcagtgc tttggcagga ctctttcagc ccccacctga 180

aacatcaccc tcaagaacca gctaatccca acatgcctgt tgttttgaca tctggaacag 240

ggtcgcaagc gcagccacaa ccagctgcaa atcaggctct tgcagctggg actcactcca 300

gccctgtccc aggatctata ggagttgcag gccgttccca ggacgacgct atggtggact 360

acttctttca gaggcagcat ggtgagcagc ttgggggagg aggaagtgga ggaggcggct 420

ataataatag caaacatcga tggcctactg gggataacat tcatgcagaa catcaggtgc 480

gttccatgga tgaactgaat catgattttc aagcacttgc tctggaggga agagcgatgg 540

gagagcagct cttgccaggt aaaaagtttt gggaaacaga tgaatccagc aaagatggac 600

caaaaggaat attcctgggt gatcaatggc gagacagtgc ctggggaaca tcagatcatt 660

cagtttccca gccaatcatg gtgcagagaa gacctggtca gagtttccat gtgaacagtg 720

aggtcaattc tgtactgtcc ccacgatcgg agagtggggg actaggcgtt agcatggtgg 780

agtatgtgtt gagctcatcc ccgggcgatt cctgtctaag aaaaggagga tttggcccaa 840

gggatgcaga cagtgatgaa aacgacaaag gtgaaaagaa gaacaagggt acgtttgatg 900

gagataagct aggagatttg aaggaggagg gtgatgtgat ggacaagacc aatggtttac 960

cagtgcagaa tgggattgat gcagacgtca aagattttag ccgtacccct ggtaattgcc 1020

agaactctgc taatgaagtg gatcttctgg gtccaaacca gaatggttct gagggcttag 1080

cccagctgac cagcaccaat ggtgccaagc ctgtggagga tttctccaac atggagtccc 1140

agagtgtccc cttggacccc atggaacatg tgggcatgga gcctcttcag tttgattatt 1200

caggcacgca ggtacctgtg gactcagcag cagcaactgt gggacttttt gactacaatt 1260

ctcaacaaca gctgttccaa agacctaatg cgcttgctgt ccagcagttg acagctgctc 1320

agcagcagca gtatgcactg gcagctgctc atcagccgca catcggttta gctcccgctg 1380

cgtttgtccc caatccatac atcatcagcg ctgctccccc agggacggac ccctacacag 1440

ctggattggc tgcagcagcg acactaggcc cagctgtggt ccctcaccag tattatggag 1500

ttactccctg gggagtctac cctgccagtc ttttccagca gcaagctgcc gctgccgctg 1560

cagcaactaa ttcagctaat caacagacca ccccacaggc tcagcaagga cagcagcagg 1620

ttctccgtgg aggagccagc caacgtcctt tgaccccaaa ccagaaccag cagggacagc 1680

aaacggatcc ccttgtggca gctgcagcag tgaattctgc ccttgcattt ggacaaggtc 1740

tggcagcagg catgccaggt tatccggtgt tggctcctgc tgcttactat gaccaaactg 1800

gtgcccttgt agtgaatgca ggcgcgagaa atggtcttgg agctcctgtt cgacttgtag 1860

ctcctgcccc agtcatcatt agttcctcag ctgcacaagc agctgttgca gcagccgcag 1920

cttcagcaaa tggagcagct ggtggtcttg ctggaacaac aaatggacca tttcgccctt 1980

taggaacaca gcagcctcag ccccagcccc agcagcagcc caataacaac ctggcatcca 2040

gttctttcta cggcaacaac tctctgaaca gcaattcaca gagcagctcc ctcttctccc 2100

agggctctgc ccagcctgcc aacacatcct tgggattcgg aagtagcagt tctctcggcg 2160

ccaccctggg atccgccctt ggagggtttg gaacagcagt tgcaaactcc aacactggca 2220

gtggctcccg ccgtgactcc ctgactggca gcagtgacct ttataagagg acatcgagca 2280

gcttgacccc cattggacac agtttttata acggccttag cttttcctcc tctcctggac 2340

ccgtgggcat gcctctccct agtcagggac caggacattc acagacacca cctccttccc 2400

tctcttcaca tggatcctct tcaagcttaa acctgggagg actcacgaat ggcagtggaa 2460

gatacatctc tgctgctcca ggcgctgaag ccaagtaccg cagtgcaagc agcgcctcca 2520

gcctcttcag cccgagcagc actcttttct cttcctctcg tttgcgatat ggaatgtctg 2580

atgtcatgcc ttctggcagg agcaggcttt tggaagattt tcgaaacaac cggtacccca 2640

atttacaact gcgggagatt gctggacata taatggaatt ttcccaagac cagcatgggt 2700

ccagattcat tcagctgaaa ctggagcgtg ccacaccagc tgagcgccag cttgtcttca 2760

atgaaatcct ccaggctgcc taccaactca tggtggatgt gtttggtaat tacgtcattc 2820

agaagttctt tgaatttggc agtcttgaac agaagctggc tttggcagaa cggattcgag 2880

gccacgtcct gtcattggca ctacagatgt atggctgccg tgttatccag aaagctcttg 2940

agtttattcc ttcagaccag caggtaatta atgagatggt tcgggaacta gatggccatg 3000

tcttgaagtg tgtgaaagat cagaatggca atcacgtggt tcagaaatgc attgaatgtg 3060

tacagcccca gtctttgcaa tttatcatcg atgcgtttaa gggacaggta tttgccttat 3120

ccacacatcc ttatggctgc cgagtgattc agagaatcct ggagcactgt ctccctgacc 3180

agacactccc tattttagag gagcttcacc agcacacaga gcagcttgta caggatcaat 3240

atggaaatta tgtaatccaa catgtactgg agcacggtcg tcctgaggat aaaagcaaaa 3300

ttgtagcaga aatccgaggc aatgtacttg tattgagtca gcacaaattt gcaagcaatg 3360

ttgtggagaa gtgtgttact cacgcctcac gtacggagcg cgctgtgctc atcgatgagg 3420

tgtgcaccat gaacgacggt ccccacagtg ccttatacac catgatgaag gaccagtatg 3480

ccaactacgt ggtccagaag atgattgacg tggcggagcc aggccagcgg aagatcgtca 3540

tgcataagat ccggccccac atcgcaactc ttcgtaagta cacctatggc aagcacattc 3600

tggccaagct ggagaagtac tacatgaaga acggtgttga cttagggccc atctgtggcc 3660

cccctaatgg tatcatctga ggcagtgtca cccgctgttc cctcattccc gctgacctca 3720

ctggcccact ggcaaatcca accagcaacc agaaatgttc tagtgtagag tctgagacgg 3780

gcaagtggtt gctccaggat tactccctcc tccaaaaaag gaatcaaatc cacgagtgga 3840

aaagcctttg taaatttaat tttattacac ataacatgta ctattttttt taattgacta 3900

attgccctgc tgttttactg gtgtatagga tacttgtaca taggtaacca atgtacatgg 3960

gaggccacat attttgttca ctgttgtatc tatatttcac atgtggaaac tttcagggtg 4020

gttggtttaa caaaaaaaaa aagctttaaa aaaaaaagaa aaaaaggaaa aggtttttag 4080

ctcatttgcc tggccggcaa gttttgcaaa tagctcttcc ccacctcctc attttagtaa 4140

aaaacaaaca aaaacaaaaa aacctgagaa gtttgaattg tagttaaatg accccaaact 4200

ggcatttaac actgtttata aaaaatatat atatatatat atatatatat aatgaaaaag 4260

gtttcagagt tgctaaagct tcagtttgtg acattaagtt tatgaaattc taaaaaatgc 4320

cttttttgga gactatatta tgctgaagaa ggctgttcgt gaggaggaga tgcgagcacc 4380

cagaacgtct tttgaggctg ggcgggtgtg attgtttact gcctactgga tttttttcta 4440

ttaacattga aaggtaaaat ctgattattt agcatgagaa aaaaaaatcc aactctgctt 4500

ttggtcttgc ttctataaat atatagtgta tacttggtgt agactttgca tatatacaaa 4560

tttgtagtat tttcttgttt tgatgtctaa tctgtatcta taatgtaccc tagtagtcga 4620

acatactttt gattgtacaa ttgtacattt gtatacctgt aatgtaaatg tggagaagtt 4680

tgaatcaaca taaacacgtt ttttggtaag aaaagagaat tagccagccc tgtgcattca 4740

gtgtatattc tcacctttta tggtcgtagc atatagtgtt gtatattgta aattgtaatt 4800

tcaaccagaa gtaaattttt ttcttttgaa ggaataaatg ttctttatac agcctagtta 4860

atgtttaaaa agaaaaaaat agcttggttt tatttgtcat ctagtctcaa gtatagcgag 4920

attctttcta aatgttattc aagattgagt tctcactagt gtttttttaa tcctaaaaaa 4980

gtaatgtttt gattttgtga cagtcaaaag gacgtgcaaa agtctagcct tgcccgagct 5040

ttccttacaa tcagagcccc tctcaccttg taaagtgtga atcgcccttc ccttttgtac 5100

agaagatgaa ctgtattttg cattttgtct acttgtaagt gaatgtaaca tactgtcaat 5160

tttccttgtt tgaatataga attgtaacac tacacggtgt acatttccag agccttgtgt 5220

atatttccaa tgaacttttt tgcaagcaca cttgtaacca tatgtgtata attaacaaac 5280

ctgtgtatgc ttatgcctgg gcaactattt tttgtaactc ttgtgtagat tgtctctaaa 5340

caatgtgtga tctttatttt gaaaaataca gaactttgga atctgaaaaa aaaaaaaaaa 5400

aaaaaaaaaa aaaaaa 5416

<210> 30

<211> 5410

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 30

agtgggccgc catgttgtcg gagtgaaagg taagggggag cgagagcgcc agagagagaa 60

gatcgggggg ctgaaatcca tcttcatcct accgctccgc ccgtgttggt ggaatgagcg 120

ttgcatgtgt cttgaagaga aaagcagtgc tttggcagga ctctttcagc ccccacctga 180

aacatcaccc tcaagaacca gctaatccca acatgcctgt tgttttgaca tctggaacag 240

ggtcgcaagc gcagccacaa ccagctgcaa atcaggctct tgcagctggg actcactcca 300

gccctgtccc aggatctata ggagttgcag gccgttccca ggacgacgct atggtggact 360

acttctttca gaggcagcat ggtgagcagc ttgggggagg aggaagtgga ggaggcggct 420

ataataatag caaacatcga tggcctactg gggataacat tcatgcagaa catcaggtgc 480

gttccatgga tgaactgaat catgattttc aagcacttgc tctggaggga agagcgatgg 540

gagagcagct cttgccaggt aaaaagtttt gggaaacaga tgaatccagc aaagatggac 600

caaaaggaat attcctgggt gatcaatggc gagacagtgc ctggggaaca tcagatcatt 660

cagtttccca gccaatcatg gtgcagagaa gacctggtca gagtttccat gtgaacagtg 720

aggtcaattc tgtactgtcc ccacgatcgg agagtggggg actaggcgtt agcatggtgg 780

agtatgtgtt gagctcatcc ccgggcgatt cctgtctaag aaaaggagga tttggcccaa 840

gggatgcaga cagtgatgaa aacgacaaag gtgaaaagaa gaacaagggt acgtttgatg 900

gagataagct aggagatttg aaggaggagg gtgatgtgat ggacaagacc aatggtttac 960

cagtgcagaa tgggattgat gcagacgtca aagattttag ccgtacccct ggtaattgcc 1020

agaactctgc taatgaagtg gatcttctgg gtccaaacca gaatggttct gagggcttag 1080

cccagctgac cagcaccaat ggtgccaagc ctgtggagga tttctccaac atggagtccc 1140

agagtgtccc cttggacccc atggaacatg tgggcatgga gcctcttcag tttgattatt 1200

caggcacgca ggtacctgtg gactcagcag cagcaactgt gggacttttt gactacaatt 1260

ctcaacaaca gctgttccaa agacctaatg cgcttgctgt ccagcagttg acagctgctc 1320

agcagcagca gtatgcactg gcagctgctc atcagccgca catcggttta gctcccgctg 1380

cgtttgtccc caatccatac atcatcagcg ctgctccccc agggacggac ccctacacag 1440

ctggattggc tgcagcagcg acactaggcc cagctgtggt ccctcaccag tattatggag 1500

ttactccctg gggagtctac cctgccagtc ttttccagca gcaagctgcc gctgccgctg 1560

cagcaactaa ttcagctaat caacagacca ccccacaggc tcagcaagga cagcagcagg 1620

ttctccgtgg aggagccagc caacgtcctt tgaccccaaa ccagaaccag cagggacagc 1680

aaacggatcc ccttgtggca gctgcagcag tgaattctgc ccttgcattt ggacaaggtc 1740

tggcagcagg catgccaggt tatccggtgt tggctcctgc tgcttactat gaccaaactg 1800

gtgcccttgt agtgaatgca ggcgcgagaa atggtcttgg agctcctgtt cgacttgtag 1860

ctcctgcccc agtcatcatt agttcctcag ctgcacaagc agctgttgca gcagccgcag 1920

cttcagcaaa tggagcagct ggtggtcttg ctggaacaac aaatggacca tttcgccctt 1980

taggaacaca gcagcctcag ccccagcccc agcagcagcc caataacaac ctggcatcca 2040

gttctttcta cggcaacaac tctctgaaca gcaattcaca gagcagctcc ctcttctccc 2100

agggctctgc ccagcctgcc aacacatcct tgggattcgg aagtagcagt tctctcggcg 2160

ccaccctggg atccgccctt ggagggtttg gaacagcagt tgcaaactcc aacactggca 2220

gtggctcccg ccgtgactcc ctgactggca gcagtgacct ttataagagg acatcgagca 2280

gcttgacccc cattggacac agtttttata acggccttag cttttcctcc tctcctggac 2340

ccgtgggcat gcctctccct agtcagggac caggacattc acagacacca cctccttccc 2400

tctcttcaca tggatcctct tcaagcttaa acctgggagg actcacgaat ggcagtggaa 2460

gatacatctc tgctgctcca ggcgctgaag ccaagtaccg cagtgcaagc agcgcctcca 2520

gcctcttcag cccgagcagc actcttttct cttcctctcg tttgcgatat ggaatgtctg 2580

atgtcatgcc ttctggcagg agcaggcttt tggaagattt tcgaaacaac cggtacccca 2640

atttacaact gcgggagatt gctggacata taatggaatt ttcccaagac cagcatgggt 2700

ccagattcat tcagctgaaa ctggagcgtg ccacaccagc tgagcgccag cttgtcttca 2760

atgaaatcct ccaggctgcc taccaactca tggtggatgt gtttggtaat tacgtcattc 2820

agaagttctt tgaatttggc agtcttgaac agaagctggc tttggcagaa cggattcgag 2880

gccacgtcct gtcattggca ctacagatgt atggctgccg tgttatccag aaagctcttg 2940

agtttattcc ttcagaccag cagaatgaga tggttcggga actagatggc catgtcttga 3000

agtgtgtgaa agatcagaat ggcaatcacg tggttcagaa atgcattgaa tgtgtacagc 3060

cccagtcttt gcaatttatc atcgatgcgt ttaagggaca ggtatttgcc ttatccacac 3120

atccttatgg ctgccgagtg attcagagaa tcctggagca ctgtctccct gaccagacac 3180

tccctatttt agaggagctt caccagcaca cagagcagct tgtacaggat caatatggaa 3240

attatgtaat ccaacatgta ctggagcacg gtcgtcctga ggataaaagc aaaattgtag 3300

cagaaatccg aggcaatgta cttgtattga gtcagcacaa atttgcaagc aatgttgtgg 3360

agaagtgtgt tactcacgcc tcacgtacgg agcgcgctgt gctcatcgat gaggtgtgca 3420

ccatgaacga cggtccccac agtgccttat acaccatgat gaaggaccag tatgccaact 3480

acgtggtcca gaagatgatt gacgtggcgg agccaggcca gcggaagatc gtcatgcata 3540

agatccggcc ccacatcgca actcttcgta agtacaccta tggcaagcac attctggcca 3600

agctggagaa gtactacatg aagaacggtg ttgacttagg gcccatctgt ggccccccta 3660

atggtatcat ctgaggcagt gtcacccgct gttccctcat tcccgctgac ctcactggcc 3720

cactggcaaa tccaaccagc aaccagaaat gttctagtgt agagtctgag acgggcaagt 3780

ggttgctcca ggattactcc ctcctccaaa aaaggaatca aatccacgag tggaaaagcc 3840

tttgtaaatt taattttatt acacataaca tgtactattt tttttaattg actaattgcc 3900

ctgctgtttt actggtgtat aggatacttg tacataggta accaatgtac atgggaggcc 3960

acatattttg ttcactgttg tatctatatt tcacatgtgg aaactttcag ggtggttggt 4020

ttaacaaaaa aaaaaagctt taaaaaaaaa agaaaaaaag gaaaaggttt ttagctcatt 4080

tgcctggccg gcaagttttg caaatagctc ttccccacct cctcatttta gtaaaaaaca 4140

aacaaaaaca aaaaaacctg agaagtttga attgtagtta aatgacccca aactggcatt 4200

taacactgtt tataaaaaat atatatatat atatatatat atataatgaa aaaggtttca 4260

gagttgctaa agcttcagtt tgtgacatta agtttatgaa attctaaaaa atgccttttt 4320

tggagactat attatgctga agaaggctgt tcgtgaggag gagatgcgag cacccagaac 4380

gtcttttgag gctgggcggg tgtgattgtt tactgcctac tggatttttt tctattaaca 4440

ttgaaaggta aaatctgatt atttagcatg agaaaaaaaa atccaactct gcttttggtc 4500

ttgcttctat aaatatatag tgtatacttg gtgtagactt tgcatatata caaatttgta 4560

gtattttctt gttttgatgt ctaatctgta tctataatgt accctagtag tcgaacatac 4620

ttttgattgt acaattgtac atttgtatac ctgtaatgta aatgtggaga agtttgaatc 4680

aacataaaca cgttttttgg taagaaaaga gaattagcca gccctgtgca ttcagtgtat 4740

attctcacct tttatggtcg tagcatatag tgttgtatat tgtaaattgt aatttcaacc 4800

agaagtaaat ttttttcttt tgaaggaata aatgttcttt atacagccta gttaatgttt 4860

aaaaagaaaa aaatagcttg gttttatttg tcatctagtc tcaagtatag cgagattctt 4920

tctaaatgtt attcaagatt gagttctcac tagtgttttt ttaatcctaa aaaagtaatg 4980

ttttgatttt gtgacagtca aaaggacgtg caaaagtcta gccttgcccg agctttcctt 5040

acaatcagag cccctctcac cttgtaaagt gtgaatcgcc cttccctttt gtacagaaga 5100

tgaactgtat tttgcatttt gtctacttgt aagtgaatgt aacatactgt caattttcct 5160

tgtttgaata tagaattgta acactacacg gtgtacattt ccagagcctt gtgtatattt 5220

ccaatgaact tttttgcaag cacacttgta accatatgtg tataattaac aaacctgtgt 5280

atgcttatgc ctgggcaact attttttgta actcttgtgt agattgtctc taaacaatgt 5340

gtgatcttta ttttgaaaaa tacagaactt tggaatctga aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 5400

aaaaaaaaaa 5410

<210> 31

<211> 1188

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 31

Met Ser Val Ala Cys Val Leu Lys Arg Lys Ala Val Leu Trp Gln Asp

1 5 10 15

Ser Phe Ser Pro His Leu Lys His His Pro Gln Glu Pro Ala Asn Pro

20 25 30

Asn Met Pro Val Val Leu Thr Ser Gly Thr Gly Ser Gln Ala Gln Pro

35 40 45

Gln Pro Ala Ala Asn Gln Ala Leu Ala Ala Gly Thr His Ser Ser Pro

50 55 60

Val Pro Gly Ser Ile Gly Val Ala Gly Arg Ser Gln Asp Asp Ala Met

65 70 75 80

Val Asp Tyr Phe Phe Gln Arg Gln His Gly Glu Gln Leu Gly Gly Gly

85 90 95

Gly Ser Gly Gly Gly Gly Tyr Asn Asn Ser Lys His Arg Trp Pro Thr

100 105 110

Gly Asp Asn Ile His Ala Glu His Gln Val Arg Ser Met Asp Glu Leu

115 120 125

Asn His Asp Phe Gln Ala Leu Ala Leu Glu Gly Arg Ala Met Gly Glu

130 135 140

Gln Leu Leu Pro Gly Lys Lys Phe Trp Glu Thr Asp Glu Ser Ser Lys

145 150 155 160

Asp Gly Pro Lys Gly Ile Phe Leu Gly Asp Gln Trp Arg Asp Ser Ala

165 170 175

Trp Gly Thr Ser Asp His Ser Val Ser Gln Pro Ile Met Val Gln Arg

180 185 190

Arg Pro Gly Gln Ser Phe His Val Asn Ser Glu Val Asn Ser Val Leu

195 200 205

Ser Pro Arg Ser Glu Ser Gly Gly Leu Gly Val Ser Met Val Glu Tyr

210 215 220

Val Leu Ser Ser Ser Pro Gly Asp Ser Cys Leu Arg Lys Gly Gly Phe

225 230 235 240

Gly Pro Arg Asp Ala Asp Ser Asp Glu Asn Asp Lys Gly Glu Lys Lys

245 250 255

Asn Lys Gly Thr Phe Asp Gly Asp Lys Leu Gly Asp Leu Lys Glu Glu

260 265 270

Gly Asp Val Met Asp Lys Thr Asn Gly Leu Pro Val Gln Asn Gly Ile

275 280 285

Asp Ala Asp Val Lys Asp Phe Ser Arg Thr Pro Gly Asn Cys Gln Asn

290 295 300

Ser Ala Asn Glu Val Asp Leu Leu Gly Pro Asn Gln Asn Gly Ser Glu

305 310 315 320

Gly Leu Ala Gln Leu Thr Ser Thr Asn Gly Ala Lys Pro Val Glu Asp

325 330 335

Phe Ser Asn Met Glu Ser Gln Ser Val Pro Leu Asp Pro Met Glu His

340 345 350

Val Gly Met Glu Pro Leu Gln Phe Asp Tyr Ser Gly Thr Gln Val Pro

355 360 365

Val Asp Ser Ala Ala Ala Thr Val Gly Leu Phe Asp Tyr Asn Ser Gln

370 375 380

Gln Gln Leu Phe Gln Arg Pro Asn Ala Leu Ala Val Gln Gln Leu Thr

385 390 395 400

Ala Ala Gln Gln Gln Gln Tyr Ala Leu Ala Ala Ala His Gln Pro His

405 410 415

Ile Gly Leu Ala Pro Ala Ala Phe Val Pro Asn Pro Tyr Ile Ile Ser

420 425 430

Ala Ala Pro Pro Gly Thr Asp Pro Tyr Thr Ala Gly Leu Ala Ala Ala

435 440 445

Ala Thr Leu Gly Pro Ala Val Val Pro His Gln Tyr Tyr Gly Val Thr

450 455 460

Pro Trp Gly Val Tyr Pro Ala Ser Leu Phe Gln Gln Gln Ala Ala Ala

465 470 475 480

Ala Ala Ala Ala Thr Asn Ser Ala Asn Gln Gln Thr Thr Pro Gln Ala

485 490 495

Gln Gln Gly Gln Gln Gln Val Leu Arg Gly Gly Ala Ser Gln Arg Pro

500 505 510

Leu Thr Pro Asn Gln Asn Gln Gln Gly Gln Gln Thr Asp Pro Leu Val

515 520 525

Ala Ala Ala Ala Val Asn Ser Ala Leu Ala Phe Gly Gln Gly Leu Ala

530 535 540

Ala Gly Met Pro Gly Tyr Pro Val Leu Ala Pro Ala Ala Tyr Tyr Asp

545 550 555 560

Gln Thr Gly Ala Leu Val Val Asn Ala Gly Ala Arg Asn Gly Leu Gly

565 570 575

Ala Pro Val Arg Leu Val Ala Pro Ala Pro Val Ile Ile Ser Ser Ser

580 585 590

Ala Ala Gln Ala Ala Val Ala Ala Ala Ala Ala Ser Ala Asn Gly Ala

595 600 605

Ala Gly Gly Leu Ala Gly Thr Thr Asn Gly Pro Phe Arg Pro Leu Gly

610 615 620

Thr Gln Gln Pro Gln Pro Gln Pro Gln Gln Gln Pro Asn Asn Asn Leu

625 630 635 640

Ala Ser Ser Ser Phe Tyr Gly Asn Asn Ser Leu Asn Ser Asn Ser Gln

645 650 655

Ser Ser Ser Leu Phe Ser Gln Gly Ser Ala Gln Pro Ala Asn Thr Ser

660 665 670

Leu Gly Phe Gly Ser Ser Ser Ser Leu Gly Ala Thr Leu Gly Ser Ala

675 680 685

Leu Gly Gly Phe Gly Thr Ala Val Ala Asn Ser Asn Thr Gly Ser Gly

690 695 700

Ser Arg Arg Asp Ser Leu Thr Gly Ser Ser Asp Leu Tyr Lys Arg Thr

705 710 715 720

Ser Ser Ser Leu Thr Pro Ile Gly His Ser Phe Tyr Asn Gly Leu Ser

725 730 735

Phe Ser Ser Ser Pro Gly Pro Val Gly Met Pro Leu Pro Ser Gln Gly

740 745 750

Pro Gly His Ser Gln Thr Pro Pro Pro Ser Leu Ser Ser His Gly Ser

755 760 765

Ser Ser Ser Leu Asn Leu Gly Gly Leu Thr Asn Gly Ser Gly Arg Tyr

770 775 780

Ile Ser Ala Ala Pro Gly Ala Glu Ala Lys Tyr Arg Ser Ala Ser Ser

785 790 795 800

Ala Ser Ser Leu Phe Ser Pro Ser Ser Thr Leu Phe Ser Ser Ser Arg

805 810 815

Leu Arg Tyr Gly Met Ser Asp Val Met Pro Ser Gly Arg Ser Arg Leu

820 825 830

Leu Glu Asp Phe Arg Asn Asn Arg Tyr Pro Asn Leu Gln Leu Arg Glu

835 840 845

Ile Ala Gly His Ile Met Glu Phe Ser Gln Asp Gln His Gly Ser Arg

850 855 860

Phe Ile Gln Leu Lys Leu Glu Arg Ala Thr Pro Ala Glu Arg Gln Leu

865 870 875 880

Val Phe Asn Glu Ile Leu Gln Ala Ala Tyr Gln Leu Met Val Asp Val

885 890 895

Phe Gly Asn Tyr Val Ile Gln Lys Phe Phe Glu Phe Gly Ser Leu Glu

900 905 910

Gln Lys Leu Ala Leu Ala Glu Arg Ile Arg Gly His Val Leu Ser Leu

915 920 925

Ala Leu Gln Met Tyr Gly Cys Arg Val Ile Gln Lys Ala Leu Glu Phe

930 935 940

Ile Pro Ser Asp Gln Gln Val Ile Asn Glu Met Val Arg Glu Leu Asp

945 950 955 960

Gly His Val Leu Lys Cys Val Lys Asp Gln Asn Gly Asn His Val Val

965 970 975

Gln Lys Cys Ile Glu Cys Val Gln Pro Gln Ser Leu Gln Phe Ile Ile

980 985 990

Asp Ala Phe Lys Gly Gln Val Phe Ala Leu Ser Thr His Pro Tyr Gly

995 1000 1005

Cys Arg Val Ile Gln Arg Ile Leu Glu His Cys Leu Pro Asp Gln

1010 1015 1020

Thr Leu Pro Ile Leu Glu Glu Leu His Gln His Thr Glu Gln Leu

1025 1030 1035

Val Gln Asp Gln Tyr Gly Asn Tyr Val Ile Gln His Val Leu Glu

1040 1045 1050

His Gly Arg Pro Glu Asp Lys Ser Lys Ile Val Ala Glu Ile Arg

1055 1060 1065

Gly Asn Val Leu Val Leu Ser Gln His Lys Phe Ala Ser Asn Val

1070 1075 1080

Val Glu Lys Cys Val Thr His Ala Ser Arg Thr Glu Arg Ala Val

1085 1090 1095

Leu Ile Asp Glu Val Cys Thr Met Asn Asp Gly Pro His Ser Ala

1100 1105 1110

Leu Tyr Thr Met Met Lys Asp Gln Tyr Ala Asn Tyr Val Val Gln

1115 1120 1125

Lys Met Ile Asp Val Ala Glu Pro Gly Gln Arg Lys Ile Val Met

1130 1135 1140

His Lys Ile Arg Pro His Ile Ala Thr Leu Arg Lys Tyr Thr Tyr

1145 1150 1155

Gly Lys His Ile Leu Ala Lys Leu Glu Lys Tyr Tyr Met Lys Asn

1160 1165 1170

Gly Val Asp Leu Gly Pro Ile Cys Gly Pro Pro Asn Gly Ile Ile

1175 1180 1185

<210> 32

<211> 1186

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 32

Met Ser Val Ala Cys Val Leu Lys Arg Lys Ala Val Leu Trp Gln Asp

1 5 10 15

Ser Phe Ser Pro His Leu Lys His His Pro Gln Glu Pro Ala Asn Pro

20 25 30

Asn Met Pro Val Val Leu Thr Ser Gly Thr Gly Ser Gln Ala Gln Pro

35 40 45

Gln Pro Ala Ala Asn Gln Ala Leu Ala Ala Gly Thr His Ser Ser Pro

50 55 60

Val Pro Gly Ser Ile Gly Val Ala Gly Arg Ser Gln Asp Asp Ala Met

65 70 75 80

Val Asp Tyr Phe Phe Gln Arg Gln His Gly Glu Gln Leu Gly Gly Gly

85 90 95

Gly Ser Gly Gly Gly Gly Tyr Asn Asn Ser Lys His Arg Trp Pro Thr

100 105 110

Gly Asp Asn Ile His Ala Glu His Gln Val Arg Ser Met Asp Glu Leu

115 120 125

Asn His Asp Phe Gln Ala Leu Ala Leu Glu Gly Arg Ala Met Gly Glu

130 135 140

Gln Leu Leu Pro Gly Lys Lys Phe Trp Glu Thr Asp Glu Ser Ser Lys

145 150 155 160

Asp Gly Pro Lys Gly Ile Phe Leu Gly Asp Gln Trp Arg Asp Ser Ala

165 170 175

Trp Gly Thr Ser Asp His Ser Val Ser Gln Pro Ile Met Val Gln Arg

180 185 190

Arg Pro Gly Gln Ser Phe His Val Asn Ser Glu Val Asn Ser Val Leu

195 200 205

Ser Pro Arg Ser Glu Ser Gly Gly Leu Gly Val Ser Met Val Glu Tyr

210 215 220

Val Leu Ser Ser Ser Pro Gly Asp Ser Cys Leu Arg Lys Gly Gly Phe

225 230 235 240

Gly Pro Arg Asp Ala Asp Ser Asp Glu Asn Asp Lys Gly Glu Lys Lys

245 250 255

Asn Lys Gly Thr Phe Asp Gly Asp Lys Leu Gly Asp Leu Lys Glu Glu

260 265 270

Gly Asp Val Met Asp Lys Thr Asn Gly Leu Pro Val Gln Asn Gly Ile

275 280 285

Asp Ala Asp Val Lys Asp Phe Ser Arg Thr Pro Gly Asn Cys Gln Asn

290 295 300

Ser Ala Asn Glu Val Asp Leu Leu Gly Pro Asn Gln Asn Gly Ser Glu

305 310 315 320

Gly Leu Ala Gln Leu Thr Ser Thr Asn Gly Ala Lys Pro Val Glu Asp

325 330 335

Phe Ser Asn Met Glu Ser Gln Ser Val Pro Leu Asp Pro Met Glu His

340 345 350

Val Gly Met Glu Pro Leu Gln Phe Asp Tyr Ser Gly Thr Gln Val Pro

355 360 365

Val Asp Ser Ala Ala Ala Thr Val Gly Leu Phe Asp Tyr Asn Ser Gln

370 375 380

Gln Gln Leu Phe Gln Arg Pro Asn Ala Leu Ala Val Gln Gln Leu Thr

385 390 395 400

Ala Ala Gln Gln Gln Gln Tyr Ala Leu Ala Ala Ala His Gln Pro His

405 410 415

Ile Gly Leu Ala Pro Ala Ala Phe Val Pro Asn Pro Tyr Ile Ile Ser

420 425 430

Ala Ala Pro Pro Gly Thr Asp Pro Tyr Thr Ala Gly Leu Ala Ala Ala

435 440 445

Ala Thr Leu Gly Pro Ala Val Val Pro His Gln Tyr Tyr Gly Val Thr

450 455 460

Pro Trp Gly Val Tyr Pro Ala Ser Leu Phe Gln Gln Gln Ala Ala Ala

465 470 475 480

Ala Ala Ala Ala Thr Asn Ser Ala Asn Gln Gln Thr Thr Pro Gln Ala

485 490 495

Gln Gln Gly Gln Gln Gln Val Leu Arg Gly Gly Ala Ser Gln Arg Pro

500 505 510

Leu Thr Pro Asn Gln Asn Gln Gln Gly Gln Gln Thr Asp Pro Leu Val

515 520 525

Ala Ala Ala Ala Val Asn Ser Ala Leu Ala Phe Gly Gln Gly Leu Ala

530 535 540

Ala Gly Met Pro Gly Tyr Pro Val Leu Ala Pro Ala Ala Tyr Tyr Asp

545 550 555 560

Gln Thr Gly Ala Leu Val Val Asn Ala Gly Ala Arg Asn Gly Leu Gly

565 570 575

Ala Pro Val Arg Leu Val Ala Pro Ala Pro Val Ile Ile Ser Ser Ser

580 585 590

Ala Ala Gln Ala Ala Val Ala Ala Ala Ala Ala Ser Ala Asn Gly Ala

595 600 605

Ala Gly Gly Leu Ala Gly Thr Thr Asn Gly Pro Phe Arg Pro Leu Gly

610 615 620

Thr Gln Gln Pro Gln Pro Gln Pro Gln Gln Gln Pro Asn Asn Asn Leu

625 630 635 640

Ala Ser Ser Ser Phe Tyr Gly Asn Asn Ser Leu Asn Ser Asn Ser Gln

645 650 655

Ser Ser Ser Leu Phe Ser Gln Gly Ser Ala Gln Pro Ala Asn Thr Ser

660 665 670

Leu Gly Phe Gly Ser Ser Ser Ser Leu Gly Ala Thr Leu Gly Ser Ala

675 680 685

Leu Gly Gly Phe Gly Thr Ala Val Ala Asn Ser Asn Thr Gly Ser Gly

690 695 700

Ser Arg Arg Asp Ser Leu Thr Gly Ser Ser Asp Leu Tyr Lys Arg Thr

705 710 715 720

Ser Ser Ser Leu Thr Pro Ile Gly His Ser Phe Tyr Asn Gly Leu Ser

725 730 735

Phe Ser Ser Ser Pro Gly Pro Val Gly Met Pro Leu Pro Ser Gln Gly

740 745 750

Pro Gly His Ser Gln Thr Pro Pro Pro Ser Leu Ser Ser His Gly Ser

755 760 765

Ser Ser Ser Leu Asn Leu Gly Gly Leu Thr Asn Gly Ser Gly Arg Tyr

770 775 780

Ile Ser Ala Ala Pro Gly Ala Glu Ala Lys Tyr Arg Ser Ala Ser Ser

785 790 795 800

Ala Ser Ser Leu Phe Ser Pro Ser Ser Thr Leu Phe Ser Ser Ser Arg

805 810 815

Leu Arg Tyr Gly Met Ser Asp Val Met Pro Ser Gly Arg Ser Arg Leu

820 825 830

Leu Glu Asp Phe Arg Asn Asn Arg Tyr Pro Asn Leu Gln Leu Arg Glu

835 840 845

Ile Ala Gly His Ile Met Glu Phe Ser Gln Asp Gln His Gly Ser Arg

850 855 860

Phe Ile Gln Leu Lys Leu Glu Arg Ala Thr Pro Ala Glu Arg Gln Leu

865 870 875 880

Val Phe Asn Glu Ile Leu Gln Ala Ala Tyr Gln Leu Met Val Asp Val

885 890 895

Phe Gly Asn Tyr Val Ile Gln Lys Phe Phe Glu Phe Gly Ser Leu Glu

900 905 910

Gln Lys Leu Ala Leu Ala Glu Arg Ile Arg Gly His Val Leu Ser Leu

915 920 925

Ala Leu Gln Met Tyr Gly Cys Arg Val Ile Gln Lys Ala Leu Glu Phe

930 935 940

Ile Pro Ser Asp Gln Gln Asn Glu Met Val Arg Glu Leu Asp Gly His

945 950 955 960

Val Leu Lys Cys Val Lys Asp Gln Asn Gly Asn His Val Val Gln Lys

965 970 975

Cys Ile Glu Cys Val Gln Pro Gln Ser Leu Gln Phe Ile Ile Asp Ala

980 985 990

Phe Lys Gly Gln Val Phe Ala Leu Ser Thr His Pro Tyr Gly Cys Arg

995 1000 1005

Val Ile Gln Arg Ile Leu Glu His Cys Leu Pro Asp Gln Thr Leu

1010 1015 1020

Pro Ile Leu Glu Glu Leu His Gln His Thr Glu Gln Leu Val Gln

1025 1030 1035

Asp Gln Tyr Gly Asn Tyr Val Ile Gln His Val Leu Glu His Gly

1040 1045 1050

Arg Pro Glu Asp Lys Ser Lys Ile Val Ala Glu Ile Arg Gly Asn

1055 1060 1065

Val Leu Val Leu Ser Gln His Lys Phe Ala Ser Asn Val Val Glu

1070 1075 1080

Lys Cys Val Thr His Ala Ser Arg Thr Glu Arg Ala Val Leu Ile

1085 1090 1095

Asp Glu Val Cys Thr Met Asn Asp Gly Pro His Ser Ala Leu Tyr

1100 1105 1110

Thr Met Met Lys Asp Gln Tyr Ala Asn Tyr Val Val Gln Lys Met

1115 1120 1125

Ile Asp Val Ala Glu Pro Gly Gln Arg Lys Ile Val Met His Lys

1130 1135 1140

Ile Arg Pro His Ile Ala Thr Leu Arg Lys Tyr Thr Tyr Gly Lys

1145 1150 1155

His Ile Leu Ala Lys Leu Glu Lys Tyr Tyr Met Lys Asn Gly Val

1160 1165 1170

Asp Leu Gly Pro Ile Cys Gly Pro Pro Asn Gly Ile Ile

1175 1180 1185

<210> 33

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PUM1_forward primer

<400> 33

gccagcttgt cttcaatgaa at 22

<210> 34

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PUM1_reverse primer

<400> 34

caaagccagc ttctgttcaa g 21

<210> 35

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> PUM1 probe

<400> 35

atccaccatg agttggtagg cagc 24

<210> 36

<211> 1921

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 36

ggcggaagtg acattatcaa cgcgcgccag gggttcagtg aggtcgggca ggttcgctgt 60

ggcgggcgcc tgggccgccg gctgtttaac ttcgcttccg ctggcccata gtgatctttg 120

cagtgaccca gcatcactgt ttcttggcgt gtgaagataa cccaaggaat tgaggaagtt 180

gctgagaaga gtgtgctgga gatgctctag gaaaaaattg aatagtgaga cgagttccag 240

cgcaagggtt tctggtttgc caagaagaaa gtgaacatca tggatcagaa caacagcctg 300

ccaccttacg ctcagggctt ggcctcccct cagggtgcca tgactcccgg aatccctatc 360

tttagtccaa tgatgcctta tggcactgga ctgaccccac agcctattca gaacaccaat 420

agtctgtcta ttttggaaga gcaacaaagg cagcagcagc aacaacaaca gcagcagcag 480

cagcagcagc agcaacagca acagcagcag cagcagcagc agcagcagca gcagcagcag 540

cagcagcagc agcagcagca acaggcagtg gcagctgcag ccgttcagca gtcaacgtcc 600

cagcaggcaa cacagggaac ctcaggccag gcaccacagc tcttccactc acagactctc 660

acaactgcac ccttgccggg caccactcca ctgtatccct cccccatgac tcccatgacc 720

cccatcactc ctgccacgcc agcttcggag agttctggga ttgtaccgca gctgcaaaat 780

attgtatcca cagtgaatct tggttgtaaa cttgacctaa agaccattgc acttcgtgcc 840

cgaaacgccg aatataatcc caagcggttt gctgcggtaa tcatgaggat aagagagcca 900

cgaaccacgg cactgatttt cagttctggg aaaatggtgt gcacaggagc caagagtgaa 960

gaacagtcca gactggcagc aagaaaatat gctagagttg tacagaagtt gggttttcca 1020

gctaagttct tggacttcaa gattcagaat atggtgggga gctgtgatgt gaagtttcct 1080

ataaggttag aaggccttgt gctcacccac caacaattta gtagttatga gccagagtta 1140

tttcctggtt taatctacag aatgatcaaa cccagaattg ttctccttat ttttgtttct 1200

ggaaaagttg tattaacagg tgctaaagtc agagcagaaa tttatgaagc atttgaaaac 1260

atctacccta ttctaaaggg attcaggaag acgacgtaat ggctctcatg tacccttgcc 1320

tcccccaccc ccttcttttt ttttttttaa acaaatcagt ttgttttggt acctttaaat 1380

ggtggtgttg tgagaagatg gatgttgagt tgcagggtgt ggcaccaggt gatgcccttc 1440

tgtaagtgcc caccgcggga tgccgggaag gggcattatt tgtgcactga gaacaccgcg 1500

cagcgtgact gtgagttgct cataccgtgc tgctatctgg gcagcgctgc ccatttattt 1560

atatgtagat tttaaacact gctgttgaca agttggtttg agggagaaaa ctttaagtgt 1620

taaagccacc tctataattg attggacttt ttaattttaa tgtttttccc catgaaccac 1680

agtttttata tttctaccag aaaagtaaaa atctttttta aaagtgttgt ttttctaatt 1740

tataactcct aggggttatt tctgtgccag acacattcca cctctccagt attgcaggac 1800

agaatatatg tgttaatgaa aatgaatggc tgtacatatt tttttctttc ttcagagtac 1860

tctgtacaat aaatgcagtt tataaaagtg ttagattgtt gttaaaaaaa aaaaaaaaaa 1920

a 1921

<210> 37

<211> 339

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 37

Met Asp Gln Asn Asn Ser Leu Pro Pro Tyr Ala Gln Gly Leu Ala Ser

1 5 10 15

Pro Gln Gly Ala Met Thr Pro Gly Ile Pro Ile Phe Ser Pro Met Met

20 25 30

Pro Tyr Gly Thr Gly Leu Thr Pro Gln Pro Ile Gln Asn Thr Asn Ser

35 40 45

Leu Ser Ile Leu Glu Glu Gln Gln Arg Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln

50 55 60

Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln

65 70 75 80

Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Gln Ala

85 90 95

Val Ala Ala Ala Ala Val Gln Gln Ser Thr Ser Gln Gln Ala Thr Gln

100 105 110

Gly Thr Ser Gly Gln Ala Pro Gln Leu Phe His Ser Gln Thr Leu Thr

115 120 125

Thr Ala Pro Leu Pro Gly Thr Thr Pro Leu Tyr Pro Ser Pro Met Thr

130 135 140

Pro Met Thr Pro Ile Thr Pro Ala Thr Pro Ala Ser Glu Ser Ser Gly

145 150 155 160

Ile Val Pro Gln Leu Gln Asn Ile Val Ser Thr Val Asn Leu Gly Cys

165 170 175

Lys Leu Asp Leu Lys Thr Ile Ala Leu Arg Ala Arg Asn Ala Glu Tyr

180 185 190

Asn Pro Lys Arg Phe Ala Ala Val Ile Met Arg Ile Arg Glu Pro Arg

195 200 205

Thr Thr Ala Leu Ile Phe Ser Ser Gly Lys Met Val Cys Thr Gly Ala

210 215 220

Lys Ser Glu Glu Gln Ser Arg Leu Ala Ala Arg Lys Tyr Ala Arg Val

225 230 235 240

Val Gln Lys Leu Gly Phe Pro Ala Lys Phe Leu Asp Phe Lys Ile Gln

245 250 255

Asn Met Val Gly Ser Cys Asp Val Lys Phe Pro Ile Arg Leu Glu Gly

260 265 270

Leu Val Leu Thr His Gln Gln Phe Ser Ser Tyr Glu Pro Glu Leu Phe

275 280 285

Pro Gly Leu Ile Tyr Arg Met Ile Lys Pro Arg Ile Val Leu Leu Ile

290 295 300

Phe Val Ser Gly Lys Val Val Leu Thr Gly Ala Lys Val Arg Ala Glu

305 310 315 320

Ile Tyr Glu Ala Phe Glu Asn Ile Tyr Pro Ile Leu Lys Gly Phe Arg

325 330 335

Lys Thr Thr

<210> 38

<211> 23

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> TBP_forward primer

<400> 38

gccaagaaga aagtgaacat cat 23

<210> 39

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> TBP_reverse primer

<400> 39

atagggattc cgggagtcat 20

<210> 40

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> TBP probe

<400> 40

tcagaacaac agcctgccac ctta 24

<210> 41

<211> 1852

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 41

accgccgaga ccgcgtccgc cccgcgagca cagagcctcg cctttgccga tccgccgccc 60

gtccacaccc gccgccagct caccatggat gatgatatcg ccgcgctcgt cgtcgacaac 120

ggctccggca tgtgcaaggc cggcttcgcg ggcgacgatg ccccccgggc cgtcttcccc 180

tccatcgtgg ggcgccccag gcaccagggc gtgatggtgg gcatgggtca gaaggattcc 240

tatgtgggcg acgaggccca gagcaagaga ggcatcctca ccctgaagta ccccatcgag 300

cacggcatcg tcaccaactg ggacgacatg gagaaaatct ggcaccacac cttctacaat 360

gagctgcgtg tggctcccga ggagcacccc gtgctgctga ccgaggcccc cctgaacccc 420

aaggccaacc gcgagaagat gacccagatc atgtttgaga ccttcaacac cccagccatg 480

tacgttgcta tccaggctgt gctatccctg tacgcctctg gccgtaccac tggcatcgtg 540

atggactccg gtgacggggt cacccacact gtgcccatct acgaggggta tgccctcccc 600

catgccatcc tgcgtctgga cctggctggc cgggacctga ctgactacct catgaagatc 660

ctcaccgagc gcggctacag cttcaccacc acggccgagc gggaaatcgt gcgtgacatt 720

aaggagaagc tgtgctacgt cgccctggac ttcgagcaag agatggccac ggctgcttcc 780

agctcctccc tggagaagag ctacgagctg cctgacggcc aggtcatcac cattggcaat 840

gagcggttcc gctgccctga ggcactcttc cagccttcct tcctgggcat ggagtcctgt 900

ggcatccacg aaactacctt caactccatc atgaagtgtg acgtggacat ccgcaaagac 960

ctgtacgcca acacagtgct gtctggcggc accaccatgt accctggcat tgccgacagg 1020

atgcagaagg agatcactgc cctggcaccc agcacaatga agatcaagat cattgctcct 1080

cctgagcgca agtactccgt gtggatcggc ggctccatcc tggcctcgct gtccaccttc 1140

cagcagatgt ggatcagcaa gcaggagtat gacgagtccg gcccctccat cgtccaccgc 1200

aaatgcttct aggcggacta tgacttagtt gcgttacacc ctttcttgac aaaacctaac 1260

ttgcgcagaa aacaagatga gattggcatg gctttatttg ttttttttgt tttgttttgg 1320

tttttttttt ttttttggct tgactcagga tttaaaaact ggaacggtga aggtgacagc 1380

agtcggttgg agcgagcatc ccccaaagtt cacaatgtgg ccgaggactt tgattgcaca 1440

ttgttgtttt tttaatagtc attccaaata tgagatgcgt tgttacagga agtcccttgc 1500

catcctaaaa gccaccccac ttctctctaa ggagaatggc ccagtcctct cccaagtcca 1560

cacaggggag gtgatagcat tgctttcgtg taaattatgt aatgcaaaat ttttttaatc 1620

ttcgccttaa tactttttta ttttgtttta ttttgaatga tgagccttcg tgccccccct 1680

tccccctttt ttgtccccca acttgagatg tatgaaggct tttggtctcc ctgggagtgg 1740

gtggaggcag ccagggctta cctgtacact gacttgagac cagttgaata aaagtgcaca 1800

ccttaaaaat gaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aa 1852

<210> 42

<211> 375

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 42

Met Asp Asp Asp Ile Ala Ala Leu Val Val Asp Asn Gly Ser Gly Met

1 5 10 15

Cys Lys Ala Gly Phe Ala Gly Asp Asp Ala Pro Arg Ala Val Phe Pro

20 25 30

Ser Ile Val Gly Arg Pro Arg His Gln Gly Val Met Val Gly Met Gly

35 40 45

Gln Lys Asp Ser Tyr Val Gly Asp Glu Ala Gln Ser Lys Arg Gly Ile

50 55 60

Leu Thr Leu Lys Tyr Pro Ile Glu His Gly Ile Val Thr Asn Trp Asp

65 70 75 80

Asp Met Glu Lys Ile Trp His His Thr Phe Tyr Asn Glu Leu Arg Val

85 90 95

Ala Pro Glu Glu His Pro Val Leu Leu Thr Glu Ala Pro Leu Asn Pro

100 105 110

Lys Ala Asn Arg Glu Lys Met Thr Gln Ile Met Phe Glu Thr Phe Asn

115 120 125

Thr Pro Ala Met Tyr Val Ala Ile Gln Ala Val Leu Ser Leu Tyr Ala

130 135 140

Ser Gly Arg Thr Thr Gly Ile Val Met Asp Ser Gly Asp Gly Val Thr

145 150 155 160

His Thr Val Pro Ile Tyr Glu Gly Tyr Ala Leu Pro His Ala Ile Leu

165 170 175

Arg Leu Asp Leu Ala Gly Arg Asp Leu Thr Asp Tyr Leu Met Lys Ile

180 185 190

Leu Thr Glu Arg Gly Tyr Ser Phe Thr Thr Thr Ala Glu Arg Glu Ile

195 200 205

Val Arg Asp Ile Lys Glu Lys Leu Cys Tyr Val Ala Leu Asp Phe Glu

210 215 220

Gln Glu Met Ala Thr Ala Ala Ser Ser Ser Ser Leu Glu Lys Ser Tyr

225 230 235 240

Glu Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Thr Ile Gly Asn Glu Arg Phe Arg

245 250 255

Cys Pro Glu Ala Leu Phe Gln Pro Ser Phe Leu Gly Met Glu Ser Cys

260 265 270

Gly Ile His Glu Thr Thr Phe Asn Ser Ile Met Lys Cys Asp Val Asp

275 280 285

Ile Arg Lys Asp Leu Tyr Ala Asn Thr Val Leu Ser Gly Gly Thr Thr

290 295 300

Met Tyr Pro Gly Ile Ala Asp Arg Met Gln Lys Glu Ile Thr Ala Leu

305 310 315 320

Ala Pro Ser Thr Met Lys Ile Lys Ile Ile Ala Pro Pro Glu Arg Lys

325 330 335

Tyr Ser Val Trp Ile Gly Gly Ser Ile Leu Ala Ser Leu Ser Thr Phe

340 345 350

Gln Gln Met Trp Ile Ser Lys Gln Glu Tyr Asp Glu Ser Gly Pro Ser

355 360 365

Ile Val His Arg Lys Cys Phe

370 375

<210> 43

<211> 18

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> ACTB_forward primer

<400> 43

ccaaccgcga gaagatga 18

<210> 44

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> ACTB_reverse primer

<400> 44

ccagaggcgt acagggatag 20

<210> 45

<211> 23

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> ACTB probe

<400> 45

ccatgtacgt tgctatccag gct 23

<210> 46

<211> 1229

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 46

gtctgacggg cgatggcgca gccaatagac aggagcgcta tccgcggttt ctgattggct 60

actttgttcg cattataaaa ggcacgcgcg ggcgcgaggc ccttctctcg ccaggcgtcc 120

tcgtggaagt gacatcgtct ttaaaccctg cgtggcaatc cctgacgcac cgccgtgatg 180

cccagggaag acagggcgac ctggaagtcc aactacttcc ttaagatcat ccaactattg 240

gatgattatc cgaaatgttt cattgtggga gcagacaatg tgggctccaa gcagatgcag 300

cagatccgca tgtcccttcg cgggaaggct gtggtgctga tgggcaagaa caccatgatg 360

cgcaaggcca tccgagggca cctggaaaac aacccagctc tggagaaact gctgcctcat 420

atccggggga atgtgggctt tgtgttcacc aaggaggacc tcactgagat cagggacatg 480

ttgctggcca ataaggtgcc agctgctgcc cgtgctggtg ccattgcccc atgtgaagtc 540

actgtgccag cccagaacac tggtctcggg cccgagaaga cctccttttt ccaggcttta 600

ggtatcacca ctaaaatctc caggggcacc attgaaatcc tgagtgatgt gcagctgatc 660

aagactggag acaaagtggg agccagcgaa gccacgctgc tgaacatgct caacatctcc 720

cccttctcct ttgggctggt catccagcag gtgttcgaca atggcagcat ctacaaccct 780

gaagtgcttg atatcacaga ggaaactctg cattctcgct tcctggaggg tgtccgcaat 840

gttgccagtg tctgtctgca gattggctac ccaactgttg catcagtacc ccattctatc 900

atcaacgggt acaaacgagt cctggccttg tctgtggaga cggattacac cttcccactt 960

gctgaaaagg tcaaggcctt cttggctgat ccatctgcct ttgtggctgc tgcccctgtg 1020

gctgctgcca ccacagctgc tcctgctgct gctgcagccc cagctaaggt tgaagccaag 1080

gaagagtcgg aggagtcgga cgaggatatg ggatttggtc tctttgacta atcaccaaaa 1140

agcaaccaac ttagccagtt ttatttgcaa aacaaggaaa taaaggctta cttctttaaa 1200

aagtaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaa 1229

<210> 47

<211> 317

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 47

Met Pro Arg Glu Asp Arg Ala Thr Trp Lys Ser Asn Tyr Phe Leu Lys

1 5 10 15

Ile Ile Gln Leu Leu Asp Asp Tyr Pro Lys Cys Phe Ile Val Gly Ala

20 25 30

Asp Asn Val Gly Ser Lys Gln Met Gln Gln Ile Arg Met Ser Leu Arg

35 40 45

Gly Lys Ala Val Val Leu Met Gly Lys Asn Thr Met Met Arg Lys Ala

50 55 60

Ile Arg Gly His Leu Glu Asn Asn Pro Ala Leu Glu Lys Leu Leu Pro

65 70 75 80

His Ile Arg Gly Asn Val Gly Phe Val Phe Thr Lys Glu Asp Leu Thr

85 90 95

Glu Ile Arg Asp Met Leu Leu Ala Asn Lys Val Pro Ala Ala Ala Arg

100 105 110

Ala Gly Ala Ile Ala Pro Cys Glu Val Thr Val Pro Ala Gln Asn Thr

115 120 125

Gly Leu Gly Pro Glu Lys Thr Ser Phe Phe Gln Ala Leu Gly Ile Thr

130 135 140

Thr Lys Ile Ser Arg Gly Thr Ile Glu Ile Leu Ser Asp Val Gln Leu

145 150 155 160

Ile Lys Thr Gly Asp Lys Val Gly Ala Ser Glu Ala Thr Leu Leu Asn

165 170 175

Met Leu Asn Ile Ser Pro Phe Ser Phe Gly Leu Val Ile Gln Gln Val

180 185 190

Phe Asp Asn Gly Ser Ile Tyr Asn Pro Glu Val Leu Asp Ile Thr Glu

195 200 205

Glu Thr Leu His Ser Arg Phe Leu Glu Gly Val Arg Asn Val Ala Ser

210 215 220

Val Cys Leu Gln Ile Gly Tyr Pro Thr Val Ala Ser Val Pro His Ser

225 230 235 240

Ile Ile Asn Gly Tyr Lys Arg Val Leu Ala Leu Ser Val Glu Thr Asp

245 250 255

Tyr Thr Phe Pro Leu Ala Glu Lys Val Lys Ala Phe Leu Ala Asp Pro

260 265 270

Ser Ala Phe Val Ala Ala Ala Pro Val Ala Ala Ala Thr Thr Ala Ala

275 280 285

Pro Ala Ala Ala Ala Ala Pro Ala Lys Val Glu Ala Lys Glu Glu Ser

290 295 300

Glu Glu Ser Asp Glu Asp Met Gly Phe Gly Leu Phe Asp

305 310 315

<210> 48

<211> 317

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 48

Met Pro Arg Glu Asp Arg Ala Thr Trp Lys Ser Asn Tyr Phe Leu Lys

1 5 10 15

Ile Ile Gln Leu Leu Asp Asp Tyr Pro Lys Cys Phe Ile Val Gly Ala

20 25 30

Asp Asn Val Gly Ser Lys Gln Met Gln Gln Ile Arg Met Ser Leu Arg

35 40 45

Gly Lys Ala Val Val Leu Met Gly Lys Asn Thr Met Met Arg Lys Ala

50 55 60

Ile Arg Gly His Leu Glu Asn Asn Pro Ala Leu Glu Lys Leu Leu Pro

65 70 75 80

His Ile Arg Gly Asn Val Gly Phe Val Phe Thr Lys Glu Asp Leu Thr

85 90 95

Glu Ile Arg Asp Met Leu Leu Ala Asn Lys Val Pro Ala Ala Ala Arg

100 105 110

Ala Gly Ala Ile Ala Pro Cys Glu Val Thr Val Pro Ala Gln Asn Thr

115 120 125

Gly Leu Gly Pro Glu Lys Thr Ser Phe Phe Gln Ala Leu Gly Ile Thr

130 135 140

Thr Lys Ile Ser Arg Gly Thr Ile Glu Ile Leu Ser Asp Val Gln Leu

145 150 155 160

Ile Lys Thr Gly Asp Lys Val Gly Ala Ser Glu Ala Thr Leu Leu Asn

165 170 175

Met Leu Asn Ile Ser Pro Phe Ser Phe Gly Leu Val Ile Gln Gln Val

180 185 190

Phe Asp Asn Gly Ser Ile Tyr Asn Pro Glu Val Leu Asp Ile Thr Glu

195 200 205

Glu Thr Leu His Ser Arg Phe Leu Glu Gly Val Arg Asn Val Ala Ser

210 215 220

Val Cys Leu Gln Ile Gly Tyr Pro Thr Val Ala Ser Val Pro His Ser

225 230 235 240

Ile Ile Asn Gly Tyr Lys Arg Val Leu Ala Leu Ser Val Glu Thr Asp

245 250 255

Tyr Thr Phe Pro Leu Ala Glu Lys Val Lys Ala Phe Leu Ala Asp Pro

260 265 270

Ser Ala Phe Val Ala Ala Ala Pro Val Ala Ala Ala Thr Thr Ala Ala

275 280 285

Pro Ala Ala Ala Ala Ala Pro Ala Lys Val Glu Ala Lys Glu Glu Ser

290 295 300

Glu Glu Ser Asp Glu Asp Met Gly Phe Gly Leu Phe Asp

305 310 315

<210> 49

<211> 18

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> RPLP0_forward primer

<400> 49

taaaccctgc gtggcaat 18

<210> 50

<211> 27

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> RPLP0_reverse primer

<400> 50

acatttcgga taatcatcca atagttg 27

<210> 51

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> RPLP0 probe

<400> 51

aagtagttgg acttccaggt cgcc 24

<210> 52

<211> 2458

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 52

cagaagaagg cagcgcccaa ggcgcatgcg cagcggtcac tcccgctgta tattaaggcg 60

ccggcgatcg cggcctgagg ctgctcccgg acaagggcaa cgagcgtttc gtttggactt 120

ctcgacttga gtgcccgcct ccttcgccgc cgcctctgca gtcctcagcg cagttatgcc 180

cagttcttcc cgctgtgggg acacgaccac ggaggaatcc ttgcttcagg gactcgggac 240

cctgctggac cccttcctcg ggtttagggg atgtggggac caggagaaag tcaggatccc 300

taagagtctt ccctgcctgg atggatgagt ggcttcttct ccacctagat tctttccaca 360

ggagccagca tacttcctga acatggagag tgttgttcgc cgctgcccat tcttatcccg 420

agtcccccag gcctttctgc agaaagcagg caaatctctg ttgttctatg cccaaaactg 480

ccccaagatg atggaagttg gggccaagcc agcccctcgg gcattgtcca ctgcagcagt 540

acactaccaa cagatcaaag aaacccctcc ggccagtgag aaagacaaaa ctgctaaggc 600

caaggtccaa cagactcctg atggatccca gcagagtcca gatggcacac agcttccgtc 660

tggacacccc ttgcctgcca caagccaggg cactgcaagc aaatgccctt tcctggcagc 720

acagatgaat cagagaggca gcagtgtctt ctgcaaagcc agtcttgagc ttcaggagga 780

tgtgcaggaa atgaatgccg tgaggaaaga ggttgctgaa acctcagcag gccccagtgt 840

ggttagtgtg aaaaccgatg gaggggatcc cagtggactg ctgaagaact tccaggacat 900

catgcaaaag caaagaccag aaagagtgtc tcatcttctt caagataact tgccaaaatc 960

tgtttccact tttcagtatg atcgtttctt tgagaaaaaa attgatgaga aaaagaatga 1020

ccacacctat cgagttttta aaactgtgaa ccggcgagca cacatcttcc ccatggcaga 1080

tgactattca gactccctca tcaccaaaaa gcaagtgtca gtctggtgca gtaatgacta 1140

cctaggaatg agtcgccacc cacgggtgtg tggggcagtt atggacactt tgaaacaaca 1200

tggtgctggg gcaggtggta ctagaaatat ttctggaact agtaaattcc atgtggactt 1260

agagcgggag ctggcagacc tccatgggaa agatgccgca ctcttgtttt cctcgtgctt 1320

tgtggccaat gactcaaccc tcttcaccct ggctaagatg atgccaggct gtgagattta 1380

ctctgattct gggaaccatg cctccatgat ccaagggatt cgaaacagcc gagtgccaaa 1440

gtacatcttc cgccacaatg atgtcagcca cctcagagaa ctgctgcaaa gatctgaccc 1500

ctcagtcccc aagattgtgg catttgaaac tgtccattca atggatgggg cggtgtgccc 1560

actggaagag ctgtgtgatg tggcccatga gtttggagca atcaccttcg tggatgaggt 1620

ccacgcagtg gggctttatg gggctcgagg cggagggatt ggggatcggg atggagtcat 1680

gccaaaaatg gacatcattt ctggaacact tggcaaagcc tttggttgtg ttggagggta 1740

catcgccagc acgagttctc tgattgacac cgtacggtcc tatgctgctg gcttcatctt 1800

caccacctct ctgccaccca tgctgctggc tggagccctg gagtctgtgc ggatcctgaa 1860

gagcgctgag ggacgggtgc ttcgccgcca gcaccagcgc aacgtcaaac tcatgagaca 1920

gatgctaatg gatgccggcc tccctgttgt ccactgcccc agccacatca tccctgtgcg 1980

ggttgcagat gctgctaaaa acacagaagt ctgtgatgaa ctaatgagca gacataacat 2040

ctacgtgcaa gcaatcaatt accctacggt gccccgggga gaagagctcc tacggattgc 2100

ccccacccct caccacacac cccagatgat gaactacttc cttgagaatc tgctagtcac 2160

atggaagcaa gtggggctgg aactgaagcc tcattcctca gctgagtgca acttctgcag 2220

gaggccactg cattttgaag tgatgagtga aagagagaag tcctatttct caggcttgag 2280

caagttggta tctgctcagg cctgagcatg acctcaatta tttcacttaa ccccaggcca 2340

ttatcatatc cagatggtct tcagagttgt ctttatatgt gaattaagtt atattaaatt 2400

ttaatctata gtaaaaacat agtcctggaa ataaattctt gcttaaatgg tgaaaaaa 2458

<210> 53

<211> 2281

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 53

cagaagaagg cagcgcccaa ggcgcatgcg cagcggtcac tcccgctgta tattaaggcg 60

ccggcgatcg cggcctgagg ctgctcccgg acaagggcaa cgagcgtttc gtttggactt 120

ctcgacttga gtgcccgcct ccttcgccgc cgcctctgca gtcctcagcg cagtctttcc 180

acaggagcca gcatacttcc tgaacatgga gagtgttgtt cgccgctgcc cattcttatc 240

ccgagtcccc caggcctttc tgcagaaagc aggcaaatct ctgttgttct atgcccaaaa 300

ctgccccaag atgatggaag ttggggccaa gccagcccct cgggcattgt ccactgcagc 360

agtacactac caacagatca aagaaacccc tccggccagt gagaaagaca aaactgctaa 420

ggccaaggtc caacagactc ctgatggatc ccagcagagt ccagatggca cacagcttcc 480

gtctggacac cccttgcctg ccacaagcca gggcactgca agcaaatgcc ctttcctggc 540

agcacagatg aatcagagag gcagcagtgt cttctgcaaa gccagtcttg agcttcagga 600

ggatgtgcag gaaatgaatg ccgtgaggaa agaggttgct gaaacctcag caggccccag 660

tgtggttagt gtgaaaaccg atggagggga tcccagtgga ctgctgaaga acttccagga 720

catcatgcaa aagcaaagac cagaaagagt gtctcatctt cttcaagata acttgccaaa 780

atctgtttcc acttttcagt atgatcgttt ctttgagaaa aaaattgatg agaaaaagaa 840

tgaccacacc tatcgagttt ttaaaactgt gaaccggcga gcacacatct tccccatggc 900

agatgactat tcagactccc tcatcaccaa aaagcaagtg tcagtctggt gcagtaatga 960

ctacctagga atgagtcgcc acccacgggt gtgtggggca gttatggaca ctttgaaaca 1020

acatggtgct ggggcaggtg gtactagaaa tatttctgga actagtaaat tccatgtgga 1080

cttagagcgg gagctggcag acctccatgg gaaagatgcc gcactcttgt tttcctcgtg 1140

ctttgtggcc aatgactcaa ccctcttcac cctggctaag atgatgccag gctgtgagat 1200

ttactctgat tctgggaacc atgcctccat gatccaaggg attcgaaaca gccgagtgcc 1260

aaagtacatc ttccgccaca atgatgtcag ccacctcaga gaactgctgc aaagatctga 1320

cccctcagtc cccaagattg tggcatttga aactgtccat tcaatggatg gggcggtgtg 1380

cccactggaa gagctgtgtg atgtggccca tgagtttgga gcaatcacct tcgtggatga 1440

ggtccacgca gtggggcttt atggggctcg aggcggaggg attggggatc gggatggagt 1500

catgccaaaa atggacatca tttctggaac acttggcaaa gcctttggtt gtgttggagg 1560

gtacatcgcc agcacgagtt ctctgattga caccgtacgg tcctatgctg ctggcttcat 1620

cttcaccacc tctctgccac ccatgctgct ggctggagcc ctggagtctg tgcggatcct 1680

gaagagcgct gagggacggg tgcttcgccg ccagcaccag cgcaacgtca aactcatgag 1740

acagatgcta atggatgccg gcctccctgt tgtccactgc cccagccaca tcatccctgt 1800

gcgggttgca gatgctgcta aaaacacaga agtctgtgat gaactaatga gcagacataa 1860

catctacgtg caagcaatca attaccctac ggtgccccgg ggagaagagc tcctacggat 1920

tgcccccacc cctcaccaca caccccagat gatgaactac ttccttgaga atctgctagt 1980

cacatggaag caagtggggc tggaactgaa gcctcattcc tcagctgagt gcaacttctg 2040

caggaggcca ctgcattttg aagtgatgag tgaaagagag aagtcctatt tctcaggctt 2100

gagcaagttg gtatctgctc aggcctgagc atgacctcaa ttatttcact taaccccagg 2160

ccattatcat atccagatgg tcttcagagt tgtctttata tgtgaattaa gttatattaa 2220

attttaatct atagtaaaaa catagtcctg gaaataaatt cttgcttaaa tggtgaaaaa 2280

a 2281

<210> 54

<211> 640

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 54

Met Glu Ser Val Val Arg Arg Cys Pro Phe Leu Ser Arg Val Pro Gln

1 5 10 15

Ala Phe Leu Gln Lys Ala Gly Lys Ser Leu Leu Phe Tyr Ala Gln Asn

20 25 30

Cys Pro Lys Met Met Glu Val Gly Ala Lys Pro Ala Pro Arg Ala Leu

35 40 45

Ser Thr Ala Ala Val His Tyr Gln Gln Ile Lys Glu Thr Pro Pro Ala

50 55 60

Ser Glu Lys Asp Lys Thr Ala Lys Ala Lys Val Gln Gln Thr Pro Asp

65 70 75 80

Gly Ser Gln Gln Ser Pro Asp Gly Thr Gln Leu Pro Ser Gly His Pro

85 90 95

Leu Pro Ala Thr Ser Gln Gly Thr Ala Ser Lys Cys Pro Phe Leu Ala

100 105 110

Ala Gln Met Asn Gln Arg Gly Ser Ser Val Phe Cys Lys Ala Ser Leu

115 120 125

Glu Leu Gln Glu Asp Val Gln Glu Met Asn Ala Val Arg Lys Glu Val

130 135 140

Ala Glu Thr Ser Ala Gly Pro Ser Val Val Ser Val Lys Thr Asp Gly

145 150 155 160

Gly Asp Pro Ser Gly Leu Leu Lys Asn Phe Gln Asp Ile Met Gln Lys

165 170 175

Gln Arg Pro Glu Arg Val Ser His Leu Leu Gln Asp Asn Leu Pro Lys

180 185 190

Ser Val Ser Thr Phe Gln Tyr Asp Arg Phe Phe Glu Lys Lys Ile Asp

195 200 205

Glu Lys Lys Asn Asp His Thr Tyr Arg Val Phe Lys Thr Val Asn Arg

210 215 220

Arg Ala His Ile Phe Pro Met Ala Asp Asp Tyr Ser Asp Ser Leu Ile

225 230 235 240

Thr Lys Lys Gln Val Ser Val Trp Cys Ser Asn Asp Tyr Leu Gly Met

245 250 255

Ser Arg His Pro Arg Val Cys Gly Ala Val Met Asp Thr Leu Lys Gln

260 265 270

His Gly Ala Gly Ala Gly Gly Thr Arg Asn Ile Ser Gly Thr Ser Lys

275 280 285

Phe His Val Asp Leu Glu Arg Glu Leu Ala Asp Leu His Gly Lys Asp

290 295 300

Ala Ala Leu Leu Phe Ser Ser Cys Phe Val Ala Asn Asp Ser Thr Leu

305 310 315 320

Phe Thr Leu Ala Lys Met Met Pro Gly Cys Glu Ile Tyr Ser Asp Ser

325 330 335

Gly Asn His Ala Ser Met Ile Gln Gly Ile Arg Asn Ser Arg Val Pro

340 345 350

Lys Tyr Ile Phe Arg His Asn Asp Val Ser His Leu Arg Glu Leu Leu

355 360 365

Gln Arg Ser Asp Pro Ser Val Pro Lys Ile Val Ala Phe Glu Thr Val

370 375 380

His Ser Met Asp Gly Ala Val Cys Pro Leu Glu Glu Leu Cys Asp Val

385 390 395 400

Ala His Glu Phe Gly Ala Ile Thr Phe Val Asp Glu Val His Ala Val

405 410 415

Gly Leu Tyr Gly Ala Arg Gly Gly Gly Ile Gly Asp Arg Asp Gly Val

420 425 430

Met Pro Lys Met Asp Ile Ile Ser Gly Thr Leu Gly Lys Ala Phe Gly

435 440 445

Cys Val Gly Gly Tyr Ile Ala Ser Thr Ser Ser Leu Ile Asp Thr Val

450 455 460

Arg Ser Tyr Ala Ala Gly Phe Ile Phe Thr Thr Ser Leu Pro Pro Met

465 470 475 480

Leu Leu Ala Gly Ala Leu Glu Ser Val Arg Ile Leu Lys Ser Ala Glu

485 490 495

Gly Arg Val Leu Arg Arg Gln His Gln Arg Asn Val Lys Leu Met Arg

500 505 510

Gln Met Leu Met Asp Ala Gly Leu Pro Val Val His Cys Pro Ser His

515 520 525

Ile Ile Pro Val Arg Val Ala Asp Ala Ala Lys Asn Thr Glu Val Cys

530 535 540

Asp Glu Leu Met Ser Arg His Asn Ile Tyr Val Gln Ala Ile Asn Tyr

545 550 555 560

Pro Thr Val Pro Arg Gly Glu Glu Leu Leu Arg Ile Ala Pro Thr Pro

565 570 575

His His Thr Pro Gln Met Met Asn Tyr Phe Leu Glu Asn Leu Leu Val

580 585 590

Thr Trp Lys Gln Val Gly Leu Glu Leu Lys Pro His Ser Ser Ala Glu

595 600 605

Cys Asn Phe Cys Arg Arg Pro Leu His Phe Glu Val Met Ser Glu Arg

610 615 620

Glu Lys Ser Tyr Phe Ser Gly Leu Ser Lys Leu Val Ser Ala Gln Ala

625 630 635 640

<210> 55

<211> 640

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 55

Met Glu Ser Val Val Arg Arg Cys Pro Phe Leu Ser Arg Val Pro Gln

1 5 10 15

Ala Phe Leu Gln Lys Ala Gly Lys Ser Leu Leu Phe Tyr Ala Gln Asn

20 25 30

Cys Pro Lys Met Met Glu Val Gly Ala Lys Pro Ala Pro Arg Ala Leu

35 40 45

Ser Thr Ala Ala Val His Tyr Gln Gln Ile Lys Glu Thr Pro Pro Ala

50 55 60

Ser Glu Lys Asp Lys Thr Ala Lys Ala Lys Val Gln Gln Thr Pro Asp

65 70 75 80

Gly Ser Gln Gln Ser Pro Asp Gly Thr Gln Leu Pro Ser Gly His Pro

85 90 95

Leu Pro Ala Thr Ser Gln Gly Thr Ala Ser Lys Cys Pro Phe Leu Ala

100 105 110

Ala Gln Met Asn Gln Arg Gly Ser Ser Val Phe Cys Lys Ala Ser Leu

115 120 125

Glu Leu Gln Glu Asp Val Gln Glu Met Asn Ala Val Arg Lys Glu Val

130 135 140

Ala Glu Thr Ser Ala Gly Pro Ser Val Val Ser Val Lys Thr Asp Gly

145 150 155 160

Gly Asp Pro Ser Gly Leu Leu Lys Asn Phe Gln Asp Ile Met Gln Lys

165 170 175

Gln Arg Pro Glu Arg Val Ser His Leu Leu Gln Asp Asn Leu Pro Lys

180 185 190

Ser Val Ser Thr Phe Gln Tyr Asp Arg Phe Phe Glu Lys Lys Ile Asp

195 200 205

Glu Lys Lys Asn Asp His Thr Tyr Arg Val Phe Lys Thr Val Asn Arg

210 215 220

Arg Ala His Ile Phe Pro Met Ala Asp Asp Tyr Ser Asp Ser Leu Ile

225 230 235 240

Thr Lys Lys Gln Val Ser Val Trp Cys Ser Asn Asp Tyr Leu Gly Met

245 250 255

Ser Arg His Pro Arg Val Cys Gly Ala Val Met Asp Thr Leu Lys Gln

260 265 270

His Gly Ala Gly Ala Gly Gly Thr Arg Asn Ile Ser Gly Thr Ser Lys

275 280 285

Phe His Val Asp Leu Glu Arg Glu Leu Ala Asp Leu His Gly Lys Asp

290 295 300

Ala Ala Leu Leu Phe Ser Ser Cys Phe Val Ala Asn Asp Ser Thr Leu

305 310 315 320

Phe Thr Leu Ala Lys Met Met Pro Gly Cys Glu Ile Tyr Ser Asp Ser

325 330 335

Gly Asn His Ala Ser Met Ile Gln Gly Ile Arg Asn Ser Arg Val Pro

340 345 350

Lys Tyr Ile Phe Arg His Asn Asp Val Ser His Leu Arg Glu Leu Leu

355 360 365

Gln Arg Ser Asp Pro Ser Val Pro Lys Ile Val Ala Phe Glu Thr Val

370 375 380

His Ser Met Asp Gly Ala Val Cys Pro Leu Glu Glu Leu Cys Asp Val

385 390 395 400

Ala His Glu Phe Gly Ala Ile Thr Phe Val Asp Glu Val His Ala Val

405 410 415

Gly Leu Tyr Gly Ala Arg Gly Gly Gly Ile Gly Asp Arg Asp Gly Val

420 425 430

Met Pro Lys Met Asp Ile Ile Ser Gly Thr Leu Gly Lys Ala Phe Gly

435 440 445

Cys Val Gly Gly Tyr Ile Ala Ser Thr Ser Ser Leu Ile Asp Thr Val

450 455 460

Arg Ser Tyr Ala Ala Gly Phe Ile Phe Thr Thr Ser Leu Pro Pro Met

465 470 475 480

Leu Leu Ala Gly Ala Leu Glu Ser Val Arg Ile Leu Lys Ser Ala Glu

485 490 495

Gly Arg Val Leu Arg Arg Gln His Gln Arg Asn Val Lys Leu Met Arg

500 505 510

Gln Met Leu Met Asp Ala Gly Leu Pro Val Val His Cys Pro Ser His

515 520 525

Ile Ile Pro Val Arg Val Ala Asp Ala Ala Lys Asn Thr Glu Val Cys

530 535 540

Asp Glu Leu Met Ser Arg His Asn Ile Tyr Val Gln Ala Ile Asn Tyr

545 550 555 560

Pro Thr Val Pro Arg Gly Glu Glu Leu Leu Arg Ile Ala Pro Thr Pro

565 570 575

His His Thr Pro Gln Met Met Asn Tyr Phe Leu Glu Asn Leu Leu Val

580 585 590

Thr Trp Lys Gln Val Gly Leu Glu Leu Lys Pro His Ser Ser Ala Glu

595 600 605

Cys Asn Phe Cys Arg Arg Pro Leu His Phe Glu Val Met Ser Glu Arg

610 615 620

Glu Lys Ser Tyr Phe Ser Gly Leu Ser Lys Leu Val Ser Ala Gln Ala

625 630 635 640

<210> 56

<211> 17

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> ALAS-1_forward primer

<400> 56

agccacatca tccctgt 17

<210> 57

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> ALAS-1_reverse primer

<400> 57

cgtagatgtt atgtctgctc at 22

<210> 58

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> ALAS-1 probe

<400> 58

tttagcagca tctgcaaccc gc 22

<210> 59

<211> 3212

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 59

gagtaggcgc gagctaagca ggaggcggag gcggaggcgg agggcgaggg gcggggagcg 60

ccgcctggag cgcggcaggt catattgaac attccagata cctatcatta ctcgatgctg 120

ttgataacag caagatggct ttgaactcag ggtcaccacc agctattgga ccttactatg 180

aaaaccatgg ataccaaccg gaaaacccct atcccgcaca gcccactgtg gtccccactg 240

tctacgaggt gcatccggct cagtactacc cgtcccccgt gccccagtac gccccgaggg 300

tcctgacgca ggcttccaac cccgtcgtct gcacgcagcc caaatcccca tccgggacag 360

tgtgcacctc aaagactaag aaagcactgt gcatcacctt gaccctgggg accttcctcg 420

tgggagctgc gctggccgct ggcctactct ggaagttcat gggcagcaag tgctccaact 480

ctgggataga gtgcgactcc tcaggtacct gcatcaaccc ctctaactgg tgtgatggcg 540

tgtcacactg ccccggcggg gaggacgaga atcggtgtgt tcgcctctac ggaccaaact 600

tcatccttca ggtgtactca tctcagagga agtcctggca ccctgtgtgc caagacgact 660

ggaacgagaa ctacgggcgg gcggcctgca gggacatggg ctataagaat aatttttact 720

ctagccaagg aatagtggat gacagcggat ccaccagctt tatgaaactg aacacaagtg 780

ccggcaatgt cgatatctat aaaaaactgt accacagtga tgcctgttct tcaaaagcag 840

tggtttcttt acgctgtata gcctgcgggg tcaacttgaa ctcaagccgc cagagcagga 900

ttgtgggcgg cgagagcgcg ctcccggggg cctggccctg gcaggtcagc ctgcacgtcc 960

agaacgtcca cgtgtgcgga ggctccatca tcacccccga gtggatcgtg acagccgccc 1020

actgcgtgga aaaacctctt aacaatccat ggcattggac ggcatttgcg gggattttga 1080

gacaatcttt catgttctat ggagccggat accaagtaga aaaagtgatt tctcatccaa 1140

attatgactc caagaccaag aacaatgaca ttgcgctgat gaagctgcag aagcctctga 1200

ctttcaacga cctagtgaaa ccagtgtgtc tgcccaaccc aggcatgatg ctgcagccag 1260

aacagctctg ctggatttcc gggtgggggg ccaccgagga gaaagggaag acctcagaag 1320

tgctgaacgc tgccaaggtg cttctcattg agacacagag atgcaacagc agatatgtct 1380

atgacaacct gatcacacca gccatgatct gtgccggctt cctgcagggg aacgtcgatt 1440

cttgccaggg tgacagtgga gggcctctgg tcacttcgaa gaacaatatc tggtggctga 1500

taggggatac aagctggggt tctggctgtg ccaaagctta cagaccagga gtgtacggga 1560

atgtgatggt attcacggac tggatttatc gacaaatgag ggcagacggc taatccacat 1620

ggtcttcgtc cttgacgtcg ttttacaaga aaacaatggg gctggttttg cttccccgtg 1680

catgatttac tcttagagat gattcagagg tcacttcatt tttattaaac agtgaacttg 1740

tctggctttg gcactctctg ccattctgtg caggctgcag tggctcccct gcccagcctg 1800

ctctccctaa ccccttgtcc gcaaggggtg atggccggct ggttgtgggc actggcggtc 1860

aagtgtggag gagaggggtg gaggctgccc cattgagatc ttcctgctga gtcctttcca 1920

ggggccaatt ttggatgagc atggagctgt cacctctcag ctgctggatg acttgagatg 1980

aaaaaggaga gacatggaaa gggagacagc caggtggcac ctgcagcggc tgccctctgg 2040

ggccacttgg tagtgtcccc agcctacctc tccacaaggg gattttgctg atgggttctt 2100

agagccttag cagccctgga tggtggccag aaataaaggg accagccctt catgggtggt 2160

gacgtggtag tcacttgtaa ggggaacaga aacatttttg ttcttatggg gtgagaatat 2220

agacagtgcc cttggtgcga gggaagcaat tgaaaaggaa cttgccctga gcactcctgg 2280

tgcaggtctc cacctgcaca ttgggtgggg ctcctgggag ggagactcag ccttcctcct 2340

catcctccct gaccctgctc ctagcaccct ggagagtgca catgcccctt ggtcctggca 2400

gggcgccaag tctggcacca tgttggcctc ttcaggcctg ctagtcactg gaaattgagg 2460

tccatggggg aaatcaagga tgctcagttt aaggtacact gtttccatgt tatgtttcta 2520

cacattgcta cctcagtgct cctggaaact tagcttttga tgtctccaag tagtccacct 2580

tcatttaact ctttgaaact gtatcatctt tgccaagtaa gagtggtggc ctatttcagc 2640

tgctttgaca aaatgactgg ctcctgactt aacgttctat aaatgaatgt gctgaagcaa 2700

agtgcccatg gtggcggcga agaagagaaa gatgtgtttt gttttggact ctctgtggtc 2760

ccttccaatg ctgtgggttt ccaaccaggg gaagggtccc ttttgcattg ccaagtgcca 2820

taaccatgag cactactcta ccatggttct gcctcctggc caagcaggct ggtttgcaag 2880

aatgaaatga atgattctac agctaggact taaccttgaa atggaaagtc atgcaatccc 2940

atttgcagga tctgtctgtg cacatgcctc tgtagagagc agcattccca gggaccttgg 3000

aaacagttgg cactgtaagg tgcttgctcc ccaagacaca tcctaaaagg tgttgtaatg 3060

gtgaaaacgt cttccttctt tattgcccct tcttatttat gtgaacaact gtttgtcttt 3120

ttttgtatct tttttaaact gtaaagttca attgtgaaaa tgaatatcat gcaaataaat 3180

tatgcaattt ttttttcaaa gtaaaaaaaa aa 3212

<210> 60

<211> 4945

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 60

ttcatttccc agacttagca caatctcatc cgctctaaac aacctcatca aaactacttt 60

ctggtcagag agaagcaata attattatta acatttatta acgatcaata aacttgatcg 120

cattatggcc agcactatta aggaagcctt atcagttgtg agtgaggacc agtcgttgtt 180

tgagtgtgcc tacggaacgc cacacctggc taagacagag atgaccgcgt cctcctccag 240

cgactatgga cagacttcca agatgagccc acgcgtccct cagcaggatt ggctgtctca 300

acccccagcc agggtcacca tcaaaatgga atgtaaccct agccaggtga atggctcaag 360

gaactctcct gatgaatgca gtgtggccaa aggcgggaag atggtgggca gcccagacac 420

cgttgggatg aactacggca gctacatgga ggagaagcac atgccacccc caaacatgac 480

cacgaacgag cgcagagtta tcgtgccagc agatcctacg ctatggagta cagaccatgt 540

gcggcagtgg ctggagtggg cggtgaaaga atatggcctt ccagacgtca acatcttgtt 600

attccagaac atcgatggga aggaactgtg caagatgacc aaggacgact tccagaggct 660

cacccccagc tacaacgccg acatccttct ctcacatctc cactacctca gagagactcc 720

tcttccacat ttgacttcag atgatgttga taaagcctta caaaactctc cacggttaat 780

gcatgctaga aacacagggg gtgcagcttt tattttccca aatacttcag tatatcctga 840

agctacgcaa agaattacaa ctaggccaga tttaccatat gagcccccca ggagatcagc 900

ctggaccggt cacggccacc ccacgcccca gtcgaaagct gctcaaccat ctccttccac 960

agtgcccaaa actgaagacc agcgtcctca gttagatcct tatcagattc ttggaccaac 1020

aagtagccgc cttgcaaatc caggcagtgg ccagatccag ctttggcagt tcctcctgga 1080

gctcctgtcg gacagctcca actccagctg catcacctgg gaaggcacca acggggagtt 1140

caagatgacg gatcccgacg aggtggcccg gcgctgggga gagcggaaga gcaaacccaa 1200

catgaactac gataagctca gccgcgccct ccgttactac tatgacaaga acatcatgac 1260

caaggtccat gggaagcgct acgcctacaa gttcgacttc cacgggatcg cccaggccct 1320

ccagccccac cccccggagt catctctgta caagtacccc tcagacctcc cgtacatggg 1380

ctcctatcac gcccacccac agaagatgaa ctttgtggcg ccccaccctc cagccctccc 1440

cgtgacatct tccagttttt ttgctgcccc aaacccatac tggaattcac caactggggg 1500

tatatacccc aacactaggc tccccaccag ccatatgcct tctcatctgg gcacttacta 1560

ctaaagacct ggcggaggct tttcccatca gcgtgcattc accagcccat cgccacaaac 1620

tctatcggag aacatgaatc aaaagtgcct caagaggaat gaaaaaagct ttactggggc 1680

tggggaagga agccggggaa gagatccaaa gactcttggg agggagttac tgaagtctta 1740

ctacagaaat gaggaggatg ctaaaaatgt cacgaatatg gacatatcat ctgtggactg 1800

accttgtaaa agacagtgta tgtagaagca tgaagtctta aggacaaagt gccaaagaaa 1860

gtggtcttaa gaaatgtata aactttagag tagagtttgg aatcccacta atgcaaactg 1920

ggatgaaact aaagcaatag aaacaacaca gttttgacct aacataccgt ttataatgcc 1980

attttaagga aaactacctg tatttaaaaa tagaaacata tcaaaaacaa gagaaaagac 2040

acgagagaga ctgtggccca tcaacagacg ttgatatgca actgcatggc atgtgctgtt 2100

ttggttgaaa tcaaatacat tccgtttgat ggacagctgt cagctttctc aaactgtgaa 2160

gatgacccaa agtttccaac tcctttacag tattaccggg actatgaact aaaaggtggg 2220

actgaggatg tgtatagagt gagcgtgtga ttgtagacag aggggtgaag aaggaggagg 2280

aagaggcaga gaaggaggag accagggctg ggaaagaaac ttctcaagca atgaagactg 2340

gactcaggac atttggggac tgtgtacaat gagttatgga gactcgaggg ttcatgcagt 2400

cagtgttata ccaaacccag tgttaggaga aaggacacag cgtaatggag aaaggggaag 2460

tagtagaatt cagaaacaaa aatgcgcatc tctttctttg tttgtcaaat gaaaatttta 2520

actggaattg tctgatattt aagagaaaca ttcaggacct catcattatg tgggggcttt 2580

gttctccaca gggtcaggta agagatggcc ttcttggctg ccacaatcag aaatcacgca 2640

ggcattttgg gtaggcggcc tccagttttc ctttgagtcg cgaacgctgt gcgtttgtca 2700

gaatgaagta tacaagtcaa tgtttttccc cctttttata taataattat ataacttatg 2760

catttataca ctacgagttg atctcggcca gccaaagaca cacgacaaaa gagacaatcg 2820

atataatgtg gccttgaatt ttaactctgt atgcttaatg tttacaatat gaagttatta 2880

gttcttagaa tgcagaatgt atgtaataaa ataagcttgg cctagcatgg caaatcagat 2940

ttatacagga gtctgcattt gcactttttt tagtgactaa agttgcttaa tgaaaacatg 3000

tgctgaatgt tgtggatttt gtgttataat ttactttgtc caggaacttg tgcaagggag 3060

agccaaggaa ataggatgtt tggcacccaa atggcgtcag cctctccagg tccttcttgc 3120

ctcccctcct gtcttttatt tctagcccct tttggaacag aaggaccccg ggtttcacat 3180

tggagcctcc atatttatgc ctggaatgga aagaggccta tgaagctggg gttgtcattg 3240

agaaattcta gttcagcacc tggtcacaaa tcacccttaa ttcctgctat gattaaaata 3300

catttgttga acagtgaaca agctaccact cgtaaggcaa actgtattat tactggcaaa 3360

taaagcgtca tggatagctg caatttctca ctttacagaa acaagggata acgtctagat 3420

ttgctgcggg gtttctcttt caggagctct cactaggtag acagctttag tcctgctaca 3480

tcagagttac ctgggcactg tggcttggga ttcactagcc ctgagcctga tgttgctggc 3540

tatcccttga agacaatgtt tatttccata atctagagtc agtttccctg ggcatctttt 3600

ctttgaatca caaatgctgc caaccttggt ccaggtgaag gcaactcaaa aggtgaaaat 3660

acaaggtgac cgtgcgaagg cgctagccga aacatcttag ctgaataggt ttctgaactg 3720

gcccttttca tagctgtttc agggcctgtt tttttcacgt tgcagtcctt ttgctatgat 3780

tatgtgaagt tgccaaacct ctgtgctgtg gatgttttgg cagtgggctt tgaagtcggc 3840

aggacacgat taccaatgct cctgacaccc cgtgtcattt ggattagacg gagcccaacc 3900

atccatcatt ttgcagcagc ctgggaaggc ccacaaagtg cccgtatctc cttagggaaa 3960

ataaataaat acaatcatga aagctggcag ttaggctgac ccaaactgtg ctaatggaaa 4020

agatcagtca tttttatttt ggaatgcaaa gtcaagacac acctacattc ttcatagaaa 4080

tacacattta cttggataat cactcagttc tctcttcaag actgtctcat gagcaagatc 4140

ataaaaacaa gacatgatta tcatattcaa ttttaacaga tgttttccat tagatccctc 4200

aaccctccac ccccagtcca ggttattagc aagtcttatg agcaactggg ataattttgg 4260

ataacatgat aatactgagt tccttcaaat acataattct taaattgttt caaaatggca 4320

ttaactctct gttactgttg taatctaatt ccaaagcccc ctccaggtca tattcataat 4380

tgcatgaacc ttttctctct gtttgtccct gtctcttggc ttgccctgat gtatactcag 4440

actcctgtac aatcttactc ctgctggcaa gagatttgtc ttcttttctt gtcttcaatt 4500

ggctttcggg ccttgtatgt ggtaaaatca ccaaatcaca gtcaagactg tgtttttgtt 4560

cctagtttga tgcccttatg tcccggaggg gttcacaaag tgctttgtca ggactgctgc 4620

agttagaagg ctcactgctt ctcctaagcc ttctgcacag atgtggcacc tgcaacccag 4680

gagcaggagc cggaggagct gccctctgac agcaggtgca gcagagatgg ctacagctca 4740

ggagctggga aggtgatggg gcacagggaa agcacagatg ttctgcagcg ccccaaagtg 4800

acccattgcc tggagaaaga gaagaaaata ttttttaaaa agctagttta tttagcttct 4860

cattaattca ttcaaataaa gtcgtgaggt gactaattag agaataaaaa ttactttgga 4920

ctactcaaaa atacaccaaa aaaaa 4945

<210> 61

<211> 492

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 61

Met Ala Leu Asn Ser Gly Ser Pro Pro Ala Ile Gly Pro Tyr Tyr Glu

1 5 10 15

Asn His Gly Tyr Gln Pro Glu Asn Pro Tyr Pro Ala Gln Pro Thr Val

20 25 30

Val Pro Thr Val Tyr Glu Val His Pro Ala Gln Tyr Tyr Pro Ser Pro

35 40 45

Val Pro Gln Tyr Ala Pro Arg Val Leu Thr Gln Ala Ser Asn Pro Val

50 55 60

Val Cys Thr Gln Pro Lys Ser Pro Ser Gly Thr Val Cys Thr Ser Lys

65 70 75 80

Thr Lys Lys Ala Leu Cys Ile Thr Leu Thr Leu Gly Thr Phe Leu Val

85 90 95

Gly Ala Ala Leu Ala Ala Gly Leu Leu Trp Lys Phe Met Gly Ser Lys

100 105 110

Cys Ser Asn Ser Gly Ile Glu Cys Asp Ser Ser Gly Thr Cys Ile Asn

115 120 125

Pro Ser Asn Trp Cys Asp Gly Val Ser His Cys Pro Gly Gly Glu Asp

130 135 140

Glu Asn Arg Cys Val Arg Leu Tyr Gly Pro Asn Phe Ile Leu Gln Val

145 150 155 160

Tyr Ser Ser Gln Arg Lys Ser Trp His Pro Val Cys Gln Asp Asp Trp

165 170 175

Asn Glu Asn Tyr Gly Arg Ala Ala Cys Arg Asp Met Gly Tyr Lys Asn

180 185 190

Asn Phe Tyr Ser Ser Gln Gly Ile Val Asp Asp Ser Gly Ser Thr Ser

195 200 205

Phe Met Lys Leu Asn Thr Ser Ala Gly Asn Val Asp Ile Tyr Lys Lys

210 215 220

Leu Tyr His Ser Asp Ala Cys Ser Ser Lys Ala Val Val Ser Leu Arg

225 230 235 240

Cys Ile Ala Cys Gly Val Asn Leu Asn Ser Ser Arg Gln Ser Arg Ile

245 250 255

Val Gly Gly Glu Ser Ala Leu Pro Gly Ala Trp Pro Trp Gln Val Ser

260 265 270

Leu His Val Gln Asn Val His Val Cys Gly Gly Ser Ile Ile Thr Pro

275 280 285

Glu Trp Ile Val Thr Ala Ala His Cys Val Glu Lys Pro Leu Asn Asn

290 295 300

Pro Trp His Trp Thr Ala Phe Ala Gly Ile Leu Arg Gln Ser Phe Met

305 310 315 320

Phe Tyr Gly Ala Gly Tyr Gln Val Glu Lys Val Ile Ser His Pro Asn

325 330 335

Tyr Asp Ser Lys Thr Lys Asn Asn Asp Ile Ala Leu Met Lys Leu Gln

340 345 350

Lys Pro Leu Thr Phe Asn Asp Leu Val Lys Pro Val Cys Leu Pro Asn

355 360 365

Pro Gly Met Met Leu Gln Pro Glu Gln Leu Cys Trp Ile Ser Gly Trp

370 375 380

Gly Ala Thr Glu Glu Lys Gly Lys Thr Ser Glu Val Leu Asn Ala Ala

385 390 395 400

Lys Val Leu Leu Ile Glu Thr Gln Arg Cys Asn Ser Arg Tyr Val Tyr

405 410 415

Asp Asn Leu Ile Thr Pro Ala Met Ile Cys Ala Gly Phe Leu Gln Gly

420 425 430

Asn Val Asp Ser Cys Gln Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Thr Ser

435 440 445

Lys Asn Asn Ile Trp Trp Leu Ile Gly Asp Thr Ser Trp Gly Ser Gly

450 455 460

Cys Ala Lys Ala Tyr Arg Pro Gly Val Tyr Gly Asn Val Met Val Phe

465 470 475 480

Thr Asp Trp Ile Tyr Arg Gln Met Arg Ala Asp Gly

485 490

<210> 62

<211> 479

<212> PRT

<213> Homo sapiens

<400> 62

Met Ala Ser Thr Ile Lys Glu Ala Leu Ser Val Val Ser Glu Asp Gln

1 5 10 15

Ser Leu Phe Glu Cys Ala Tyr Gly Thr Pro His Leu Ala Lys Thr Glu

20 25 30

Met Thr Ala Ser Ser Ser Ser Asp Tyr Gly Gln Thr Ser Lys Met Ser

35 40 45

Pro Arg Val Pro Gln Gln Asp Trp Leu Ser Gln Pro Pro Ala Arg Val

50 55 60

Thr Ile Lys Met Glu Cys Asn Pro Ser Gln Val Asn Gly Ser Arg Asn

65 70 75 80

Ser Pro Asp Glu Cys Ser Val Ala Lys Gly Gly Lys Met Val Gly Ser

85 90 95

Pro Asp Thr Val Gly Met Asn Tyr Gly Ser Tyr Met Glu Glu Lys His

100 105 110

Met Pro Pro Pro Asn Met Thr Thr Asn Glu Arg Arg Val Ile Val Pro

115 120 125

Ala Asp Pro Thr Leu Trp Ser Thr Asp His Val Arg Gln Trp Leu Glu

130 135 140

Trp Ala Val Lys Glu Tyr Gly Leu Pro Asp Val Asn Ile Leu Leu Phe

145 150 155 160

Gln Asn Ile Asp Gly Lys Glu Leu Cys Lys Met Thr Lys Asp Asp Phe

165 170 175

Gln Arg Leu Thr Pro Ser Tyr Asn Ala Asp Ile Leu Leu Ser His Leu

180 185 190

His Tyr Leu Arg Glu Thr Pro Leu Pro His Leu Thr Ser Asp Asp Val

195 200 205

Asp Lys Ala Leu Gln Asn Ser Pro Arg Leu Met His Ala Arg Asn Thr

210 215 220

Gly Gly Ala Ala Phe Ile Phe Pro Asn Thr Ser Val Tyr Pro Glu Ala

225 230 235 240

Thr Gln Arg Ile Thr Thr Arg Pro Asp Leu Pro Tyr Glu Pro Pro Arg

245 250 255

Arg Ser Ala Trp Thr Gly His Gly His Pro Thr Pro Gln Ser Lys Ala

260 265 270

Ala Gln Pro Ser Pro Ser Thr Val Pro Lys Thr Glu Asp Gln Arg Pro

275 280 285

Gln Leu Asp Pro Tyr Gln Ile Leu Gly Pro Thr Ser Ser Arg Leu Ala

290 295 300

Asn Pro Gly Ser Gly Gln Ile Gln Leu Trp Gln Phe Leu Leu Glu Leu

305 310 315 320

Leu Ser Asp Ser Ser Asn Ser Ser Cys Ile Thr Trp Glu Gly Thr Asn

325 330 335

Gly Glu Phe Lys Met Thr Asp Pro Asp Glu Val Ala Arg Arg Trp Gly

340 345 350

Glu Arg Lys Ser Lys Pro Asn Met Asn Tyr Asp Lys Leu Ser Arg Ala

355 360 365

Leu Arg Tyr Tyr Tyr Asp Lys Asn Ile Met Thr Lys Val His Gly Lys

370 375 380

Arg Tyr Ala Tyr Lys Phe Asp Phe His Gly Ile Ala Gln Ala Leu Gln

385 390 395 400

Pro His Pro Pro Glu Ser Ser Leu Tyr Lys Tyr Pro Ser Asp Leu Pro

405 410 415

Tyr Met Gly Ser Tyr His Ala His Pro Gln Lys Met Asn Phe Val Ala

420 425 430

Pro His Pro Pro Ala Leu Pro Val Thr Ser Ser Ser Phe Phe Ala Ala

435 440 445

Pro Asn Pro Tyr Trp Asn Ser Pro Thr Gly Gly Ile Tyr Pro Asn Thr

450 455 460

Arg Leu Pro Thr Ser His Met Pro Ser His Leu Gly Thr Tyr Tyr

465 470 475

<210> 63

<211> 17

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> TMPRSS2-ERG_forward primer

<400> 63

ctggagcgcg gcaggaa 17

<210> 64

<211> 23

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> TMPRSS2-ERG_reverse primer

<400> 64

ccgtaggcac actcaaacaa cga 23

<210> 65

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> TMPRSS2-ERG probe

<400> 65

ttatcagttg tgagtgagga c 21

Claims

1.一种前列腺癌对象的手术后风险分层的方法，包括：

-确定得自所述对象的生物学样品中跨膜蛋白酶，丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)的融合状态，

-确定得自所述对象的生物学样品中一或多种磷酸二酯酶4D变体每一个的基因表达谱，

-根据所述对象的基于表达的风险评分和手术后临床变量，确定所述对象的手术后预后风险评分，

其中所述选定的磷酸二酯酶4D变体是根据TMPRSS2-ERG融合状态选择的，

其中，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为第一磷酸二酯酶4D变体，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为第二磷酸二酯酶4D变体。

2.权利要求1的方法，其中如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为磷酸二酯酶4D变体7(PDE4D7)，及如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为磷酸二酯酶4D变体5(PDE4D5)或磷酸二酯酶4D变体9(PDE4D9)。

3.权利要求1的方法，其中所述手术后临床变量包括以下一或多项：(i)前列腺特异性抗原(PSA)水平；(ii)病理性Gleason评分(pGS)；(iii)手术切缘(SM)；(iv)囊外扩展(ECE)；(v)精囊侵润(SVI)；及(vi)淋巴结浸润(LNI)。

4.权利要求1的方法，进一步包括：

-确定所述对象的手术后前列腺癌风险评估(CAPRA-S)评分，

其中通过组合所述基于表达的风险评分和CAPRA-S评分来确定手术后预后风险评分。

5.权利要求4的方法，其中所述CAPRA-S评分被分类，其中根据类别在手术后预后风险评分中添加若干分数，优选地在1-3的范围内。

6.权利要求4的方法，其中基于表达的风险评分是在预定范围内的值，其中根据所述值在手术后预后风险评分中添加若干分数，优选在0-3范围内。

7.权利要求1的方法，进一步包括：

-基于所述手术后预后风险评分，为所述对象建议手术后二级治疗，

其中，所述手术后二级治疗选自：放疗，激素疗法，化疗，免疫疗法或其任何组合。

8.权利要求1的方法，进一步包括：

-相对于选自以下的一或多个参考基因将所述选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱标准化：智人(Homo sapiens)次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶1(HPRT1)，微管蛋白-α-1b(TUBA1B)，智人pumilio RNA-结合家族成员(PUM1)和智人TATA盒结合蛋白(TBP)，

其中基于标准化的基因表达谱确定所述基于表达的风险评分。

9.权利要求8的方法，其中所述一或多个参考基因包括HPRT1、TUBA1B、PUM1和TBP中的至少两个或至少三个或全部。

10.权利要求1的方法，其中基于所述选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱，利用评分函数确定所述基于表达的风险评分，所述评分函数是得自前列腺癌对象的生物学样品的基因表达谱。

11.权利要求8的方法，其中确定所述选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱包括对提取自所述生物学样品的RNA进行RT-qPCR，其中针对所述选定的磷酸二酯酶4D变体和针对一或多个参考基因的每一个确定Cq值，及其中确定所述基于表达的风险评分包括使用所述一或多个参考基因的每一个的Cq值对所述选定的磷酸二酯酶4D变体的Cq值进行标准化，以及以标准化的Cq值的线性函数计算所述基于表达的风险评分。

12.一种诊断试剂盒，其包括：

至少一种引物和/或探针，用于确定得自前列腺癌对象的生物学样品中跨膜蛋白酶，丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)融合状态，

至少一种引物和/或探针，用于确定得自所述对象的生物学样品中一或多种磷酸二酯酶4D变体每一种的基因表达谱；和

任选地包括至少一种引物和/或探针，用于确定选自如下的一或多个参考基因的基因表达谱：智人次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶1(HPRT1)，微管蛋白α-1b(TUBA1B)，智人pumilioRNA-结合家族成员(PUM1)和智人TATA盒结合蛋白(TBP)；和

任选地包括至少一种用于确定得自所述对象的生物学样品中前列腺特异性抗原(PSA)水平的物质；和

任选地包括基于所述对象的选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱和手术后临床变量计算手术后预后风险评分的指令，所述指令任选地存储在计算机程序产品上，当由计算机执行时，进行包括如下的方法：

-确定TMPRSS2-ERG融合状态，

-基于所述选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱，确定所述对象的基于表达的风险评分，以及

其中，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阳性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为第一磷酸二酯酶4D变体，如果TMPRSS2-ERG融合状态为阴性，则所述选定的磷酸二酯酶4D变体被选择为第二磷酸二酯酶4D变体，

任选地，其中所述方法包括：

-相对于一或多个参考基因将所述选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱标准化，

其中基于所述选定的磷酸二酯酶4D变体的标准化的基因表达谱确定所述基于表达的风险评分，

任选地，其中所述手术后临床变量包括前列腺特异性抗原(PSA)水平。

13.权利要求12的试剂盒在前列腺癌对象的手术后风险分层方法中的应用。

14.选定的磷酸二酯酶4D变体的基因表达谱在前列腺癌对象的手术后风险分层中的应用，包括：

-确定得自所述对象的生物学样品中跨膜蛋白酶丝氨酸，2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)融合状态，

-确定得自所述对象的生物学样品中一或多种磷酸二酯酶4D变体每一种的基因表达谱，

-基于所述对象的基于表达的风险评分和手术后临床变量，确定所述对象的手术后预后风险评分，

15.一种包括指令的计算机程序产品，当所述程序由计算机执行时，所述指令使所述计算机执行一种方法，所述方法包括：

-确定得自前列腺癌对象的生物学样品中跨膜蛋白酶，丝氨酸2-ETS相关基因(TMPRSS2-ERG)融合状态，