JP2021519070A - Ｔｍｐｒｓｓ２−ｅｒｇ融合状態により選択された、ｐｄｅ４ｄ変異発現、及び術後の臨床変数に基づく、術後リスクの層別化 - Google Patents
Ｔｍｐｒｓｓ２−ｅｒｇ融合状態により選択された、ｐｄｅ４ｄ変異発現、及び術後の臨床変数に基づく、術後リスクの層別化 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2021519070A JP2021519070A JP2020551514A JP2020551514A JP2021519070A JP 2021519070 A JP2021519070 A JP 2021519070A JP 2020551514 A JP2020551514 A JP 2020551514A JP 2020551514 A JP2020551514 A JP 2020551514A JP 2021519070 A JP2021519070 A JP 2021519070A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- phosphodiesterase
- postoperative
- score
- tmprss2
- subject
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 title claims abstract description 188
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 title claims abstract description 165
- 230000004927 fusion Effects 0.000 title claims abstract description 116
- 238000013517 stratification Methods 0.000 title claims abstract description 23
- 101000988419 Homo sapiens cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D Proteins 0.000 title 1
- 102100029170 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D Human genes 0.000 title 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 title 1
- 102000011017 Type 4 Cyclic Nucleotide Phosphodiesterases Human genes 0.000 claims abstract description 142
- 108010037584 Type 4 Cyclic Nucleotide Phosphodiesterases Proteins 0.000 claims abstract description 142
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 claims abstract description 138
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 claims abstract description 138
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 56
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims abstract description 55
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 51
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 claims abstract description 36
- 238000011519 second-line treatment Methods 0.000 claims abstract description 10
- 102000012479 Serine Proteases Human genes 0.000 claims abstract description 8
- 108010022999 Serine Proteases Proteins 0.000 claims abstract description 8
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 38
- 102000007066 Prostate-Specific Antigen Human genes 0.000 claims description 22
- 108010072866 Prostate-Specific Antigen Proteins 0.000 claims description 22
- 101000988834 Homo sapiens Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Proteins 0.000 claims description 17
- 101000838456 Homo sapiens Tubulin alpha-1B chain Proteins 0.000 claims description 17
- 102100029098 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Human genes 0.000 claims description 17
- 102100028969 Tubulin alpha-1B chain Human genes 0.000 claims description 17
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 claims description 15
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims description 13
- 102000006467 TATA-Box Binding Protein Human genes 0.000 claims description 13
- 108010044281 TATA-Box Binding Protein Proteins 0.000 claims description 13
- 238000004590 computer program Methods 0.000 claims description 13
- -1 PUM1 Proteins 0.000 claims description 10
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 9
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 claims description 9
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 claims description 9
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 9
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 claims description 8
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 claims description 8
- 238000012502 risk assessment Methods 0.000 claims description 7
- 208000014061 Extranodal Extension Diseases 0.000 claims description 6
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 claims description 5
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 claims description 5
- 101000891654 Homo sapiens TATA-box-binding protein Proteins 0.000 claims description 4
- 230000004570 RNA-binding Effects 0.000 claims description 4
- 102000045334 human TBP Human genes 0.000 claims description 4
- 102000047641 human pumilio Human genes 0.000 claims description 4
- 108700041164 human pumilio Proteins 0.000 claims description 4
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 claims description 4
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000001625 seminal vesicle Anatomy 0.000 claims description 4
- 201000010653 vesiculitis Diseases 0.000 claims description 4
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 claims description 3
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 claims description 3
- 239000004365 Protease Substances 0.000 claims description 3
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 claims description 3
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 2
- 238000012886 linear function Methods 0.000 claims description 2
- 238000009094 second-line therapy Methods 0.000 claims description 2
- 238000003762 quantitative reverse transcription PCR Methods 0.000 claims 1
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 45
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 44
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 34
- 238000011472 radical prostatectomy Methods 0.000 description 33
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 31
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 21
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 18
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 15
- 102000004861 Phosphoric Diester Hydrolases Human genes 0.000 description 14
- 108090001050 Phosphoric Diester Hydrolases Proteins 0.000 description 14
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 13
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 12
- 230000006870 function Effects 0.000 description 12
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 9
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 8
- 238000009167 androgen deprivation therapy Methods 0.000 description 8
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 8
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 8
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 8
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 7
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 7
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 7
- 206010061819 Disease recurrence Diseases 0.000 description 6
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 6
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 6
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 6
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 6
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 6
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 5
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 5
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 5
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 5
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 5
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 4
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 4
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 4
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 description 4
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 description 4
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 4
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 3
- 102000008130 Cyclic AMP-Dependent Protein Kinases Human genes 0.000 description 3
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 230000002280 anti-androgenic effect Effects 0.000 description 3
- 239000000051 antiandrogen Substances 0.000 description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 3
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000011221 initial treatment Methods 0.000 description 3
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 3
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 3
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 3
- 102100040881 60S acidic ribosomal protein P0 Human genes 0.000 description 2
- ZGXJTSGNIOSYLO-UHFFFAOYSA-N 88755TAZ87 Chemical compound NCC(=O)CCC(O)=O ZGXJTSGNIOSYLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 2
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 2
- 108010049894 Cyclic AMP-Dependent Protein Kinases Proteins 0.000 description 2
- 101100296720 Dictyostelium discoideum Pde4 gene Proteins 0.000 description 2
- 101000673456 Homo sapiens 60S acidic ribosomal protein P0 Proteins 0.000 description 2
- 101000909851 Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) cAMP/cGMP dual specificity phosphodiesterase Rv0805 Proteins 0.000 description 2
- 241000209094 Oryza Species 0.000 description 2
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 2
- 102000007982 Phosphoproteins Human genes 0.000 description 2
- 108010089430 Phosphoproteins Proteins 0.000 description 2
- 101100082610 Plasmodium falciparum (isolate 3D7) PDEdelta gene Proteins 0.000 description 2
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 2
- 238000011256 aggressive treatment Methods 0.000 description 2
- 230000011496 cAMP-mediated signaling Effects 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 2
- 230000034994 death Effects 0.000 description 2
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 2
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 2
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 210000005267 prostate cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000011471 prostatectomy Methods 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 238000011473 radical retropubic prostatectomy Methods 0.000 description 2
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 2
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 2
- 238000010998 test method Methods 0.000 description 2
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 2
- 101150030970 ucr-1 gene Proteins 0.000 description 2
- 230000004222 uncontrolled growth Effects 0.000 description 2
- 102100036009 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 Human genes 0.000 description 1
- 102100032187 Androgen receptor Human genes 0.000 description 1
- 208000020084 Bone disease Diseases 0.000 description 1
- 208000006545 Chronic Obstructive Pulmonary Disease Diseases 0.000 description 1
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 101000783681 Homo sapiens 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 Proteins 0.000 description 1
- 125000002066 L-histidyl group Chemical group [H]N1C([H])=NC(C([H])([H])[C@](C(=O)[*])([H])N([H])[H])=C1[H] 0.000 description 1
- 208000035346 Margins of Excision Diseases 0.000 description 1
- ZDZOTLJHXYCWBA-VCVYQWHSSA-N N-debenzoyl-N-(tert-butoxycarbonyl)-10-deacetyltaxol Chemical compound O([C@H]1[C@H]2[C@@](C([C@H](O)C3=C(C)[C@@H](OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)OC(C)(C)C)C=4C=CC=CC=4)C[C@]1(O)C3(C)C)=O)(C)[C@@H](O)C[C@H]1OC[C@]12OC(=O)C)C(=O)C1=CC=CC=C1 ZDZOTLJHXYCWBA-VCVYQWHSSA-N 0.000 description 1
- 102000039036 PDE4 family Human genes 0.000 description 1
- 108091065684 PDE4 family Proteins 0.000 description 1
- 102000001253 Protein Kinase Human genes 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 101100467189 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) QCR2 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 102000030621 adenylate cyclase Human genes 0.000 description 1
- 108060000200 adenylate cyclase Proteins 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 229940043215 aminolevulinate Drugs 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 108010080146 androgen receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- BMQGVNUXMIRLCK-OAGWZNDDSA-N cabazitaxel Chemical compound O([C@H]1[C@@H]2[C@]3(OC(C)=O)CO[C@@H]3C[C@@H]([C@]2(C(=O)[C@H](OC)C2=C(C)[C@@H](OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)OC(C)(C)C)C=3C=CC=CC=3)C[C@]1(O)C2(C)C)C)OC)C(=O)C1=CC=CC=C1 BMQGVNUXMIRLCK-OAGWZNDDSA-N 0.000 description 1
- 229960001573 cabazitaxel Drugs 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000007248 cellular mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000005754 cellular signaling Effects 0.000 description 1
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000000586 desensitisation Methods 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 229960003668 docetaxel Drugs 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 230000007783 downstream signaling Effects 0.000 description 1
- 210000001808 exosome Anatomy 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000000762 glandular Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011503 in vivo imaging Methods 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 description 1
- 210000004995 male reproductive system Anatomy 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000035479 physiological effects, processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 201000001514 prostate carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 108060006633 protein kinase Proteins 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 201000000980 schizophrenia Diseases 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 1
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 210000004243 sweat Anatomy 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本発明は、前立腺がん被験体の術後リスク層別化方法に関し、以下の：前記被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程；前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程；選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程；を含む方法であって、ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択される。これより、術後環境における前記被験体の層別化が改善され、術後の二次治療の決定が改善されうる。
Description
本発明は、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法に関する。さらに、本発明は、診断キット、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法における当該キットの使用、前立腺がん患者の術後リスク層別化におけるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用、及び対応するコンピュータプログラム製品に関する。
がんは、一群の細胞が制御不能な増殖、浸潤、及び時として転移を示す疾患の一種である。当該３つのがんの悪性度は、自己限定性で浸潤や転移がない良性腫瘍とは区別される。前立腺がん（ＰＣａ）は、男性で最も高頻度の皮膚以外の悪性腫瘍である。当該疾患は、致命的病型へと進行する可能性が様々で、不均一な疾患として呈示する。欧州における推定年間４１７，０００例の新規症例のうち、約９２，０００例が当該疾患で死亡すると考えられる（非特許文献１）。
一次介入後の二次治療の決定は、術後リスク分類の対象となる（非特許文献２）。従来、治療後のリスク評価の複数のアルゴリズム（抗アンドロゲン療法等）が開発されてきた。当該リスク層別化モデルは、病理学的グリソンスコア又はＴＮＭ悪性腫瘍分類等の治療後の臨床変数に基づく。疾患の再発リスク及びより広範な形態（すなわち、転移性疾患）への進行予測に基づいて、臨床医は、放射線療法（例えば、外照射療法（ＥＢＲＴ））、ホルモン療法（例えば、抗アンドロゲン療法）、化学療法（例えば、外照射療法（ＥＢＲＴ）、免疫療法又はそれらの併用）等の多くの補助二次治療を実施することを決定することができる。しかしながら、当該治療にはかなりの副作用が伴うため、当該治療は、疾患の進行及び終局的な前立腺がん関連の死亡を予防するためには、実際に当該積極的治療が必要な患者にのみ実施すべきである。
特許文献１は、前立腺がん又は前立腺がんの進行状態を診断、モニタリング又は予後判定する方法を開示し、ここで、前立腺がんの状態は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ（ＰＤＥ４Ｄ）変異体の発現レベルに基づいて、判定される。
Ferlay J. et al., GLOBOCAN 2012 v1.0, Cancer Incidence and Mortality Worldwide: IARC CancerBase No. 11 [Internet], Lyon, France, International Agency for Research on Cancer, 2013
Multiple algorithms for post-treatment risk assessment have been developed in the past (see Lughezani G. et al., "Predictive and prognostic models in radical prostatectomy candidates: A critical analysis of the literature", European Urology, Vol. 58, No. 5, pages 687-700, 2010
本発明の目的は、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法を提供することであり、これにより、術後の二次治療の決定を改善することができる。本発明のさらなる目的は、診断キット、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法における当該キットの使用、前立腺がん患者の術後リスク層別化におけるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用、及び対応するコンピュータプログラム製品の提供である。
本発明の第１態様では、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程；
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程；
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程；を含む方法であって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、かつ、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
方法が提供される。
−前記被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程；
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程；
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程；を含む方法であって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、かつ、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
方法が提供される。
ｃＡＭＰシグナル伝達経路は、前立腺がんの発生と進行にともに重要な機能を担うことが知られている（Merkle D. and Hoffmann R., “Roles of cAMP and cAMP-dependent protein kinase in the progression of prostate cancer: Cross-talk with the androgen receptor”, Cellular Signalling, Vol. 23, No. 3, pages 507-515, 2011参照）。ｃＡＭＰの合成にはアデニル酸シクラーゼファミリーが関与するが、環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼ（ＰＤＥ）はその分解の唯一の細胞機構であるようである。ＰＤＥは、シグナル終結と、重要には、細胞の３Ｄマトリクス内のｃＡＭＰシグナル伝達の区画化をともにもたらす。これは、局在化アンカータンパク質／シグナロソームにより隔離された別個のＰＤＥアイソフォームの亜集団を介した空間的に不連続なｃＡＭＰの破壊により達成される（例えば、Conti M. and Beavo J., “Biochemistry and physiology of cyclic nucleotide phosphodiesterases: essential components in cyclic nucleotide signaling”, Annual Review of Biochemistry, Vol. 76, pages 481-511, 2007参照）。このように、異なるＰＤＥアイソフォームの発現及び／又は活性変化は、疾患の発症及び進行中に下流のシグナル伝達経路を変化させる可能性があり、新たなバイオマーカー及び標的治療介入の標的となる可能性がある。実際、ｃＡＭＰ分解ＰＤＥ４ファミリーメンバーの発現の変化は、脳卒中、肢端骨症、統合失調症、及びＣＯＰＤを含む多くの他の疾患と関連するようである。最近、特定のＰＤＥ４アイソフォーム（ＰＤＥ４Ｄ７）のダウンレギュレーションは、前立腺がんに影響を及ぼす可能性があることが示された（例えば、Boettcher R. et al., “Human phosphodiesterase 4D7 (PDE4D7) expression is increased in TMPRSS2-ERG positive primary prostate cancer and independently adds to a reduced risk of post-surgical disease progression”, Britisch Journal of Cancer, Vol. 113, No. 10, pages 1502-1511, 2015参照）。ＰＤＥ４Ｄ７アイソフォームは、ＵＣＲ１及びＵＣＲ２調節ドメインをともに含むため、いわゆる長型アイソフォーム（long isoform）である。ＵＣＲ１は短型ではなく、長型ＰＤＥ４アイソフォームに存在するが、ＰＫＡやＭＫ２を含む様々なプロテインキナーゼによる調節を可能にし、またＥＲＫによる触媒ユニットのリン酸化の機能的効果を決定する。機能的には、ｃＡＭＰに対する細胞脱感作システムの部分を提供し、例えば、シグナル伝達経路間のクロストークにより、ＥＲＫ及びＡＭＰＫを活性化させる。
ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルに基づいて、前立腺がん患者の発現に基づくリスクスコアを決定すると、疾患の生物学を表す追加の分子情報が得られる。ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の予測能は、術後の患者のリスク評価で利用されるが、これは、被験体の術後の臨床変数及び、発現に基づくリスクスコアに基づいた術後予後リスクスコアを決定することで行われる。これにより、術後の状況における被験体の層別化が改善され、二次治療の決定がより改善されうる。例えば、術後予後リスクスコアにより、特定の前立腺がん患者の亜集団に対して、術後の特定の二次治療を選択するか否かの推奨を改善しうる。さらに、本発明者は、異なるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の予測能が、前立腺がんの分子サブタイプ、特に、前立腺がんのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性であるか否かに依存することを見出した。このように、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて術後予後リスクスコアに利用されるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体を選択すると、術後予後リスクスコアの信頼性及び表現性を改善することができる。この点に関し、我々は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の「選択」が、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存する術後予後リスクスコアにおけるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の利用に関することに留意する。ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性である場合、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体として選択され、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性である場合、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体として選択される。利用されるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルは、生物学的試料中のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を知らなくても、異なるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の多数の遺伝子発現プロファイルの１つとして、被験体から得られた生物学的試料中で決定することができる。
用語「生物学的試料」又は「被験体から得られた試料」は、被験体、例えば前立腺がん患者から当業者に公知の適当な方法を介して得られたいかなる生物学的物質をも意味する。用いられる生物学的試料は、例えば、核酸（特にＲＮＡ）又はタンパク質が保存される方法で、臨床的に許容される方法で収集され得る。
生物学的試料は、体組織及び／又は血液、汗、及び尿等の流体を含んでよいが、これらに限定されない。さらに、生物学的試料は、がん性上皮細胞又はがん性であることが疑われる組織に由来する上皮細胞等の上皮細胞に由来する細胞抽出物、又はそれらを含む細胞集団を含み得る。生物学的試料は、腺組織由来の細胞集団を含んでもよく、例えば、試料は、男性被験体の前立腺に由来してよい。さらに、必要に応じて、得られた体組織及び体液から細胞を精製してから、生物学的試料として用いてよい。実施形態では、試料は、組織試料、尿試料、尿沈渣試料、血液試料、唾液試料、精液試料、循環腫瘍細胞を含む試料、細胞外小胞、前立腺分泌エキソソームを含む試料、又は細胞株若しくはがん細胞株であり得る。
１の特定の実施態様では、生検又は切除試料が得られ、及び／又は用いられうる。当該試料は、細胞又は細胞溶解物を含み得る。
また、生物学的試料の内容物が濃縮工程に供されることも考えられる。例えば、試料は、特定の細胞型、例えば、前立腺細胞の細胞膜又は細胞小器官に特異的なリガンド、例えば、磁性粒子で機能化されたリガンドと接触され得る。その後、磁性粒子によって濃縮された材料を、上記又は以下に記載されるように、検出及び分析工程に用いてよい。
さらに、細胞、例えば、腫瘍細胞は、流体又は液体試料、例えば、血液、尿等の濾過プロセスを介して濃縮され得る。当該濾過プロセスはまた、上記のように、リガンド特異的相互作用に基づく濃縮工程と組み合わせることができる。
用語「前立腺がん」は、男性生殖器系の前立腺のがんをいい、前立腺細胞が突然変異を起こして制御不能な増殖を始めることで発生する。通常、前立腺がんは、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）のレベルの上昇と関連する。本発明の一実施形態では、用語「前立腺がん」は、ＰＳＡ値が４．０を超えるがんに関連する。他の実施形態では、用語「前立腺がん」は、ＰＳＡ値が２．０を超えるがんに関連する。用語「ＰＳＡ値（レベル）」は、血液中のＰＳＡ濃度をｎｇ／ｍｌで示す。
用語「非進行性前立腺がん状態」は、個体の試料が「生化学的再発」及び／又は「臨床的再発」を示すパラメータ値を示さないことをいう。
用語「進行性前立腺がん状態」は、個体の試料が「生化学的再発」及び／又は「臨床的再発」を示すパラメータ値を示すことをいう。
用語「生化学的再発」は、一般に、試料中の前立腺がん細胞の存在を示すＰＳＡの増加が再発した生物学的値をいう。しかしながら、当該存在の検出に用いうる、又は当該存在の疑義を生じさせる他のマーカーを用いてよい。
用語「臨床的再発」とは、例えば、インビボイメージングを用いて測定される腫瘍細胞の存在を示す臨床的徴候の存在をいう。
本明細書中で用いられる用語「前立腺がんを予測する」とは、例えば、所定期間中、治療中又は治療後の、診断された又は検出された前立腺がんの経過又は転帰の予測をいう。当該用語はまた、生存又は疾患の回復の可能性の決定、並びに被験体の期待生存時間の予測をいう。予後としては、具体的には、６ヵ月、１年、２年、３年、５年、１０年、又はその他の期間等、将来に至る期間に被験体が生存する可能性を確立することを含み得る。
ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体７（ＰＤＥ４Ｄ７）であるように選択され、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体５（ＰＤＥ４Ｄ５）又はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体９（ＰＤＥ４Ｄ９）であるように選択されることが好ましい。
上記のように、本発明者は、異なるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の予測能が、前立腺がんの分子サブタイプ、特に、前立腺がんのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性であるか否かに依存することを見出した。ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合陽性前立腺がんでは、ＰＤＥ４Ｄ７は良好な予測能をもたらすことが示されたが、これはＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合が陰性の前立腺がんには該当しなかった。対照的に、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態陰性前立腺がんでは、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ９はともに適当な予測能があることが明らかにされたが、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の前立腺がんでは、これと同様の拡大は認められなかった。
用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ７」又は「ＰＤＥ４Ｄ７」は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライス変異体７、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ７遺伝子をいい、例えば、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１６５８９９．１で特定される配列、具体的には、配列番号６に記載されるヌクレオチド配列であって、ＰＤＥ４Ｄ７転写産物の上記ＮＣＢＩ参照配列の配列に対応し、かつ、例えば、配列番号７に記載される対応するアミノ酸配列に関し、これは、ＰＤＥ４Ｄ７ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１１５９３７１．１で特定されるタンパク質配列に対応する。用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ７」又は「ＰＤＥ４Ｄ７」はまた、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｆｏｒｗａｒｄ（配列番号８）及びＰＤＥ４Ｄ７＿ｒｅｖｅｒｓｅ（配列番号９）のプライマー対で生成させることができ、配列番号１０のプローブで検出することができるアンプリコンに関する。
ＰＤＥ４Ｄ７ポリペプチドはまた、ＰＤＥ４Ｄ７−２＿ｆｏｒｗａｒｄ（配列番号１１）及びＰＤＥ４Ｄ７＿ｒｅｖｅｒｓｅ（配列番号１２）のプライマー対で検出することができ、配列番号１３のプローブで検出することができる。
用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ５」又は「ＰＤＥ４Ｄ５」は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライス変異体５、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ５遺伝子をいい、例えば、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１１９７２１８．１で特定される配列、具体的には、ＰＤＥ４Ｄ５転写産物の上記のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する配列番号１に記載されるヌクレオチド配列、かつ、また、配列番号２に記載される対応するアミノ酸配列に関し、これは、ＰＤＥ４Ｄ５ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１１８４１４７．１で特定されるタンパク質配列に対応する。用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ５」又は「ＰＤＥ４Ｄ５」はまた、ＰＤＥ４Ｄ５＿ｆｏｒｗａｒｄ（配列番号３）及びＰＤＥ４Ｄ５＿ｒｅｖｅｒｓｅ（配列番号４）のプライマー対により生成することができ、プローブ配列番号５により検出することができるアンプリコンに関する。
用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ９」又は「ＰＤＥ４Ｄ９」は、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄのスプライス変異体９、すなわち、ヒトホスホジエステラーゼＰＤＥ４Ｄ９遺伝子、例えば、ＮＣＢＩ参照配列： ＮＭ＿００１１９７２２０．１で特定される配列、具体的には、ＰＤＥ４Ｄ９転写産物の上記のＮＣＢＩ参照配列の配列に対応する配列番号１４に記載されるヌクレオチド配列、かつ、また、配列番号１５に記載される対応するアミノ酸配列に関し、これは、ＰＤＥ４Ｄ９ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１１８４１４９．１で特定されるタンパク質配列に対応する。用語「ホスホジエステラーゼ４Ｄ９」又は「ＰＤＥ４Ｄ９」はまた、ＰＤＥ４Ｄ９＿ｆｏｒｗａｒｄ（配列番号１６）及びＰＤＥ４Ｄ９＿ｒｅｖｅｒｓｅ（配列番号１７）のプライマー対により生成することができ、かつ配列番号１８のプローブにより検出することができるアンプリコンに関する。
用語「ＰＤＥ４Ｄ５」、「ＰＤＥ４Ｄ７」及び「ＰＤＥ４Ｄ９」はまた、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９に対して各々高度の相同性を示すヌクレオチド配列を含み、例えば、核酸配列が各々、配列番号１、６又は１４に示される配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくは９９％同一であるか、又はアミノ酸配列が各々、配列番号２、７又は１５に示される配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９５％、９２％、９３％、９４％、９５％、９７％、９８％若しくは９９％同一であるか、又はアミノ酸配列をコードする核酸配列が配列番号２、７又は１５に示す配列と各々、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、６％、９７％、９８％又は９９％と同一であるか、又は核酸配列によりコードされるアミノ酸配列が、配列番号１、６又は１４に示す配列と各々少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である。
術後の臨床変数は、（ｉ）前立腺特異抗原（ＰＳＡ）値、（ｉｉ）病理学的グリソンスコア（ｐＧＳ）、（ｉｉｉ）切除断端（ＳＭ）、（ｉｖ）被膜外進展（ＥＣＥ）、（ｖ）精嚢浸潤（ＳＶＩ）、及び（ｖｉ）リンパ節浸潤（ＬＮＩ）の１又はそれ以上を含むことが望ましい。
上記のように、治療後のリスク評価の複数のアルゴリズムが過去に開発された（Lughezani G. et al., “Predictive and prognostic models in radical prostatectomy candidates: A critical analysis of the literature”, European Urology, Vol. 58, No. 5, pages 687-700, 2010を参照）。術後の意思決定支援のための最も広範に検証された臨床リスクアルゴリズムの１つは、術後ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアである（Cooperberg M.R. et al., “The CAPRA-S score: A straightforward tool for improved prediction of outcomes after radical prostatectomy”, Cancer, Vol. 117, No. 22, pages 5039-5046, 2011を参照）。スコアは、臨床的に利用可能な情報、すなわち、術前ＰＳＡ、病理学的グリソンスコア（ｐＧＳ）、切除断端（ＳＭ）、被膜外進展（ＥＣＥ）、精嚢浸潤（ＳＶＩ）、及びリンパ節浸潤（ＬＮＩ）の組み合わせである。２０１１年に初めて発表されたこのスコアは、その後のいくつかの研究で検証されている（例えば、Punnen S. et al., “Multi-institutional validation of the CAPRA-S score to predict disease recurrence and mortality after radical prostatectomy”, European Urology, Vol. 65, No. 6, pages 1171-1177, 2014参照）。発現に基づくリスクスコアによって提供される分子情報と、このように広範に妥当性が確認された術後の臨床変数由来の情報とを組み合わせると、予測能が改善された術後予後リスクスコアが得られる可能性がある。
本方法はまた、さらに以下の：
−被験体の術後前立腺がんリスク評価（ＣＡＰＲＡ−Ｓ）スコアを決定する工程、
を含むのが好ましく、
ここで、術後予後リスクスコアは、発現に基づくリスクスコアとＣＡＰＲＡ−Ｓスコアを組み合わせて、決定される。
−被験体の術後前立腺がんリスク評価（ＣＡＰＲＡ−Ｓ）スコアを決定する工程、
を含むのが好ましく、
ここで、術後予後リスクスコアは、発現に基づくリスクスコアとＣＡＰＲＡ−Ｓスコアを組み合わせて、決定される。
上記のように、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、前立腺がんにおける術後の意思決定支援のための最も広範に検証された臨床リスクアルゴリズムのひとつである。分類スコアは１〜１２で、低リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア０〜２）、中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア３〜５）、高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア６〜１２）の３つの分類がある。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、現在、前立腺がんの予後予測アルゴリズムとしての妥当性が確認されており、解釈が容易な単一スコアの出力を考慮すると、発現に基づくリスクスコアと組み合わせて、臨床現場で容易に判定可能であり、術後ＣＡＰＲＡ−Ｓアルゴリズム単独の使用と比較して術後予後のさらなる改善を可能にする術後予後リスクスコアとすることが有利である。
さらに好ましくは、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは分類され、分類に応じて、好ましくは１〜３の範囲のポイントが、術後予後リスクスコアに加算される。
ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアの分類に応じて、術後予後リスクスコアの多くのポイントを加えることにより、例えば、それぞれの分類（高リスク）は、分かりやすく、直感的に分類を反映する術後予後リスクスコアに寄与する。特に、ポイント数が１〜３の範囲であれば、高い値は高いリスクに対応し、低い値は低いリスクに対応する（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアで示される）。
発現に基づくリスクスコアは、所定範囲の値であり、この値に応じて、術後予後リスクスコアに、好ましくは０〜３の範囲のポイント数が加算されるのがさらに好ましい。
これは、発現に基づくリスクスコアが、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアと実質的に同じ方法で、術後予後リスクスコアの決定で扱われるという利点がある。特に、ポイント数が０〜３の範囲である場合、発現に基づくリスクスコアとＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、発現に基づくリスクスコアに対して実質的に同じ影響を有し、その結果、２つのスコアによって提供される予後情報のバランスが良好となる。
好ましい一例では、発現に基づくリスクスコアは、１〜５の範囲の値であり、値が１〜２未満の範囲である場合には、３ポイントが術後予後リスクスコアに加算されるが、値が２〜３未満の範囲である場合には、２ポイントが加算され、値が３〜４未満の範囲である場合には、１ポイントが加算され、値が４〜５未満の範囲である場合には、ポイントは加算されない。
本方法は、さらに以下の：
−術後予後リスクスコアに基づいた術後の二次治療を提案する工程を含むことが好ましく、
ここで、前記術後の二次治療は、放射線療法、ホルモン療法、化学療法、免疫療法、又はそれらのいかなる組み合わせからなる群より選択される。
−術後予後リスクスコアに基づいた術後の二次治療を提案する工程を含むことが好ましく、
ここで、前記術後の二次治療は、放射線療法、ホルモン療法、化学療法、免疫療法、又はそれらのいかなる組み合わせからなる群より選択される。
放射線療法は、例えば、外照射療法（ＥＢＲＴ）であってよく、ホルモン療法は、例えば、抗アンドロゲン療法であってよく、化学療法は、例えば、ドセタキセル又はカバジタキセルに基づいてよい。
本方法は、さらに好ましくは、以下の：
−ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択された１又はそれ以上の参照遺伝子に対して、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルを正規化する工程を含み、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて、決定される。
−ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択された１又はそれ以上の参照遺伝子に対して、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルを正規化する工程を含み、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて、決定される。
１又はそれ以上の参照遺伝子に対して遺伝子発現プロファイルを正規化することによって、及び発現に基づくリスクスコアを、前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて、決定することで、発現に基づくリスクスコアの決定における変動性を低減することができる。これより、遺伝子発現プロファイルの実際の変動と測定プロセスによる変動を区別することができる。この点において、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰは、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体遺伝子発現プロファイルを正規化する参照遺伝子として特に適することが見出されている。
遺伝子発現プロファイルは、１又はそれ以上のプライマー及び／又はプローブ及び／又はそれらの１又はそれ以上のセットを用いてｍＲＮＡ発現を検出することで決定することができる。さらに、遺伝子発現プロファイルは、増幅ベースの方法及び／又はマイクロアレイ分析及び／又はＲＮＡ配列決定によって決定することができる。遺伝子発現プロファイルの決定には、生物試料から抽出したＲＮＡに対してリアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ‐ｑＰＣＲ）を行うことが含まれる。他の態様では、遺伝子発現プロファイルは、ＲＮＡ配列決定、従来のＰＣＲ（例えば、ゲル電気泳動によるエンドポイント分析を使用）、又はｍｕｌｔｉｐｌｅｘ−ＰＣＲによって決定される。ＲＴ−ｑＰＣＲの場合、遺伝子発現プロファイルの決定は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体及び１又はそれ以上の参照遺伝子の各々についての閾値サイクル値を決定することを含むことができる。ＰＣＲは、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰから選択される参照遺伝子を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブを用いて行うことができる。
１又はそれ以上の参照遺伝子は、少なくとも２つ、又は少なくとも３つのＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰを含むことが好ましい。特に好ましい実施態様では、１又はそれ以上の参照遺伝子は、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰの全てを含む。
ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体遺伝子発現プロファイルを正規化するために追加的又は代替的に使用され得る他の参照遺伝子としては、ホモサピエンスアクチン、ベータ、ｍＲＮＡ（ＡＣＴＢ）；ホモサピエンス６０Ｓ酸性リボソームホスホプロテインＰ０ｍＲＮＡ（ＲＰＬＰ０）；ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ指向性）ポリペプチドＡ、２２０ｋＤａ（ＰＯＬＲ２Ａ）；ベータ−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）；及びアミノレブリン酸−デルタ−シンターゼ（ＡＬＡＳ−１）があげられる。
さらに、発現に基づくリスクスコアは、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルに基づいて、スコアリング関数を用いて決定されることが好ましく、スコアリング関数は、前立腺がん患者の生物学的試料の遺伝子発現プロファイルから導出される。
本明細書では、スコアリング関数が、正規化された遺伝子発現プロファイル、例えば、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰの全てに関して正規化された遺伝子発現プロファイルに基づくこと、及びスコアリング関数が、前立腺がん患者の生物学的試料についての対応する正規化された遺伝子発現プロファイルから導かれることが特に好ましい。一つの好ましい実施形態では、スコアリング関数は、正規化された遺伝子発現プロファイルを、上記の１〜５の範囲のような所定範囲の値に変換する線形変換である。当該形質転換は、前立腺がん患者の集団の生物学的試料についてホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体についての正規化された遺伝子発現プロファイル値の頻度分布を考慮して、及び頻度分布を所望の範囲に形質転換する形質転換を決定して、決定することができる。当該スコアリング関数を用いると、発現に基づくリスクスコアは、小さな正の値の範囲のように、ユーザにとって直感的な方法で表現することができる。これは、例えば組織病理学的悪性度分類（グリソン）又はマルチパラメトリックＭＲＩ放射線スコアリング（ＰＩＲＡＤＳ）など、臨床ルーチンで用いられる他の分類と類似する。
ある特定の実施態様では、発現に基づくリスクスコアは以下の：
ＥＢＲＳ ＝ （（（ＰＤＥ４Ｄ＿ｎｏｒｍ ＋ Ａ）＊Ｂ）＋１）， （１）
ように決定される。ここで、「ＥＢＲＳ」は発現に基づくリスクスコア、「ＰＤＥ４Ｄ＿ｎｏｒｍ」は正規化されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体遺伝子発現プロファイル値、Ａ及びＢは変数である。
ＥＢＲＳ ＝ （（（ＰＤＥ４Ｄ＿ｎｏｒｍ ＋ Ａ）＊Ｂ）＋１）， （１）
ように決定される。ここで、「ＥＢＲＳ」は発現に基づくリスクスコア、「ＰＤＥ４Ｄ＿ｎｏｒｍ」は正規化されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体遺伝子発現プロファイル値、Ａ及びＢは変数である。
一例では、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体がＰＤＥ４Ｄ７であるように選択される場合、Ａは約６〜８、例えば６．７１６７４９９９９９９９９９であり得、Ｂは０．４〜０．４５、例えば０．４２０７８０２１７４７１３であり得、発現に基づくリスクスコアは１〜５の範囲の値であり得る（上記のように）。他の例では、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体がＰＤＥ４Ｄ５であるように選択される場合、Ａは約４〜６、例えば４．５９８２８００００００００００１であり得、Ｂは０．５〜０．６、例えば０．５５６５１７８７７０１７８９であり得る。さらにもう１つの例では、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体がＰＤＥ４Ｄ９であるように選択される場合、Ａは約３〜５、例えば３．９０９２９９９９９９９９９９であり得、Ｂは０．５〜０．６、例えば０．５４８７７０２４０１８９８７５であり得る。
発現に基づくリスクスコアは、発現に基づくリスクスコアの価値に基づいて、少なくとも２つのリスクグループの１つに分類又は分類することもできる。例えば、２つのリスク群、３つのリスク群、４つのリスク群、又は４つ以上の所定のリスク群がある。各リスク群は、（重複しない）発現に基づくリスクスコアの各範囲をカバーする。例えば、リスク群は、１から＜２までの表現に基づくすべてのリスクスコア、２から＜３までの他のリスク群、３から＜４までの他のリスク群、及び４から＜５までの他のリスク群を含み得る。
前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの決定工程は、前記生物学的試料から抽出されたＲＮＡに対してＲＴ−ｑＰＣＲの実施工程を含み、ここで、Ｃｑ値は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体及び前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々について決定され、かつ、ここで、前記発現に基づくリスクスコアの決定工程は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記Ｃｑ値を、前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々の前記Ｃｑ値を用いて正規化する工程及び前記正規化されたＣｑ値の線形関数として前記発現に基づくリスクスコアを計算する工程を含むことが特に好ましい。 例えば、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化されたＣｑ値は、以下の：
Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ）＝Ｍｅａｎ（Ｃｑｒｅｆ＿ｇｅｎｅｓ）−（ＣｑＰＤＥ４Ｄ），（２）
（式中、Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ）は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化された遺伝子発現プロファイル値（サイクル、Ｃｑ）、Ｍｅａｎ（Ｃｑｒｅｆ＿ｇｅｎｅｓ）は、前記１又はそれ以上の参照遺伝子の前記ＰＣＲ Ｃｑ値の計算平均値であり、ＣｑＰＤＥ４Ｄｉｓは、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記ＰＣＲ Ｃｑ値である）を適用して生成され得る。
Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ）＝Ｍｅａｎ（Ｃｑｒｅｆ＿ｇｅｎｅｓ）−（ＣｑＰＤＥ４Ｄ），（２）
（式中、Ｎ（ＣｑＰＤＥ４Ｄ）は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化された遺伝子発現プロファイル値（サイクル、Ｃｑ）、Ｍｅａｎ（Ｃｑｒｅｆ＿ｇｅｎｅｓ）は、前記１又はそれ以上の参照遺伝子の前記ＰＣＲ Ｃｑ値の計算平均値であり、ＣｑＰＤＥ４Ｄｉｓは、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記ＰＣＲ Ｃｑ値である）を適用して生成され得る。
本発明のさらなる態様では、以下の：
前立腺がん患者から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、前記被験体から得られた生物学的試料の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを測定する少なくとも１つの薬剤；並びに、
場合によっては、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は場合によって、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、
場合によっては、以下の：
−前記１又はそれ以上の参照遺伝子に対して前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルを正規化する工程であって、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて決定され、
場合によっては、ここで、前記術後の臨床変数は、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを含む；
を含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キットが提供される。
前立腺がん患者から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、前記被験体から得られた生物学的試料の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを測定する少なくとも１つの薬剤；並びに、
場合によっては、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は場合によって、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、
場合によっては、以下の：
−前記１又はそれ以上の参照遺伝子に対して前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルを正規化する工程であって、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて決定され、
場合によっては、ここで、前記術後の臨床変数は、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを含む；
を含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キットが提供される。
本発明のさらなる態様では、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法における、請求項１３に記載のキットの使用が提供される。
本発明の他の態様では、前立腺がん患者の術後リスク層別化における選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定し、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定し、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定し、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定し、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、を含む、使用が提供される。
−前記被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定し、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定し、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定し、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定し、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、を含む、使用が提供される。
本発明のさらなる態様では、コンピュータによってプログラムが実行される場合、コンピュータに以下の方法：
−前立腺がん患者から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程を含む、方法を実行させる命令を含む、コンピュータプログラムであって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、コンピュータプログラム製品が提供される。
−前立腺がん患者から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程を含む、方法を実行させる命令を含む、コンピュータプログラムであって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、コンピュータプログラム製品が提供される。
請求項１に記載の方法、請求項１２に記載の診断キット、請求項１３に記載の診断キット、請求項１４に記載の遺伝子発現プロファイル、及び請求項１５に記載のコンピュータプログラムには、特に、従属請求項で特定されるように、類似及び／又は同一の好ましい実施形態があることを理解されたい。
また、本発明の好ましい実施形態は、従属請求項の任意の組み合わせであってもよく、又は、上記の実施形態と、各独立クレームとの組み合わせであってもよいことを理解されたい。
本発明のこれら及び他の態様は、以下に記載する実施形態から明らかになり、説明される。
〔術後のリスク層別化の概要〕
図１は、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法の実施形態のフローチャートを概略的及び例示的に示す。
当該方法は工程Ｓ１００で開始する。
工程Ｓ１０２では、前立腺がんと診断された第１セットの患者（被験体）各々から生物学的試料が得られる。好ましくは、前立腺がんのモニタリングは、当該前立腺がん患者について、生物学的試料を得た後、少なくとも１年、少なくとも２年、又は約５年といった期間にわたり実施される。
図１は、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法の実施形態のフローチャートを概略的及び例示的に示す。
当該方法は工程Ｓ１００で開始する。
工程Ｓ１０２では、前立腺がんと診断された第１セットの患者（被験体）各々から生物学的試料が得られる。好ましくは、前立腺がんのモニタリングは、当該前立腺がん患者について、生物学的試料を得た後、少なくとも１年、少なくとも２年、又は約５年といった期間にわたり実施される。
工程Ｓ１０４では、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現プロファイルは、例えば、各生物学的試料から抽出されたＲＮＡに対してＲＴ−ｑＰＣＲ（リアルタイム定量ＰＣＲ）を実施することによって、前記第１セットの患者から得られた前記生物学的試料各々について個別に得られる。例示的な遺伝子発現プロファイルは、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９の発現レベル（例えば、値）を個別に含み、これは、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及び／又はＴＢＰ等の参照遺伝子セット各々の値を用いて正規化することができる。一の実施態様では、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、及びＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現プロファイル値は個別に、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰからなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子、例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は好ましくは、全ての当該参照遺伝子に関して正規化される。さらに、工程１０４では、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が、例えば、ＲＴ−ｑＰＣＲを実施することによって当該第１セットの患者から得られた生物学的試料の各々について得られる。
工程Ｓ１０６では、発現に基づくリスクスコアを割り当てるスコアリング関数が、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、及びＰＤＥ４Ｄ９について個別に、当該第１セットの患者について得られた当該生物学的試料の少なくとも部分について得られた遺伝子発現プロファイル及びモニタリングから得られた個々の結果に基づいて、決定される。特に、ＰＤＥ４Ｄ７の遺伝子発現プロファイルに基づいて、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性である生物学的試料から得られた遺伝子発現プロファイルのみを用いてスコアリング関数を決定する。対照的に、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ９個別の遺伝子発現プロファイルに基づいて、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性である生物学的試料から得られた遺伝子発現プロファイルのみを用いてスコアリング関数を決定する。一つの好ましい実施態様では、スコアリング関数は、正規化された遺伝子発現プロファイルを、上記の１〜５の範囲等の所定の範囲の値に変換する線形変換である。上記のように、当該形質転換は、前立腺がん患者の集団の生物学的試料（ここでは、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態陽性サブセット及びＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態は、第１セットの患者の陰性サブセットである）について、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９について個別に正規化された遺伝子発現プロファイル値の頻度分布を考慮することにより、及び頻度分布を所望の範囲に変換する形質転換を決定することにより、決定することができる。１つの特定の実施態様では、当該発現に基づくリスクスコアは、上記の式（１）で特定されるように決定される。
工程Ｓ１０８では、生物学的試料は患者（被験体又は個人）から得られる。当該患者は、新規患者でも、第１セットのうちの一人であってもよい。
工程Ｓ１１０では、例えば、生物学的試料についてＰＣＲを行うことにより、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９は個別の遺伝子発現プロファイルが得られる。一つの実施態様では、ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、及びＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現プロファイル値は個別に、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰからなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子、例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又は好ましくは、すべての参照遺伝子に関して正規化される。これは、工程Ｓ１０４と実質的に同一である。さらに、工程Ｓ１０４のように、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態は、例えば、ＲＴ−ｑＰＣＲを行うことで、患者から得られた生物学的試料について得られる。
段階Ｓ１０４及びＳ１１０では、追加的又は代替的に用いられうる他の参照遺伝子として、ホモサピエンスアクチン、ベータ、ｍＲＮＡ（ＡＣＴＢ）；ホモサピエンス６０Ｓ酸性リボソームホスホプロテインＰ０ ｍＲＮＡ（ＲＰＬＰ０）；ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ指向）ポリペプチドＡ、２２０ｋＤａ（ＰＯＬＲ２Ａ）；ベータ−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）；及びアミノレブリン酸デルタ−シンターゼ（ＡＬＡＳ−１）が挙げられる。
工程Ｓ１１２では、発現に基づくリスクスコアが患者について決定される。当該患者から得られた生物学的試料のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性である場合、ＰＤＥ４Ｄ７の導出スコアリング関数を用いて、ＰＤＥ４Ｄ７の遺伝子発現プロファイルに基づいて、発現に基づくリスクスコアが決定される。対照的に、当該患者から得られた生物学的試料のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性である場合、ＰＤＥ４Ｄ５又はＰＤＥ４Ｄ９の遺伝子発現プロファイルに基づいて、ＰＤＥ４Ｄ５又はＰＤＥ４Ｄ９の導出スコアリング関数を用いて、発現に基づくリスクスコアが決定される。
工程Ｓ１１４では、前記発現に基づくリスクスコア及び前記患者の術後の臨床変数に基づいて、前記患者の術後予後リスクスコアが決定される。これについては、後述する。
Ｓ１１６では、術後予後リスクスコアに基づいて、例えば、当該患者又はその保護者、医師、又は他の医療従事者に治療の推奨が提供される。このため、術後予後リスクスコアは、術後予後リスクスコアの価値に基づいて、所定のリスクグループのセットの１つに分類される。治療の推奨には、ａ）割り当てられたリスク群に基づいて、異なる治療法と関連する少なくとも２つのリスク群を用いる、当該患者に対する治療法の提案、ｂ）前立腺術後患者の術後疾患再発又は進行リスク予測の計算、ｃ）前立腺術後患者に対する治療反応予測の計算、のうちの１又はそれ以上が含まれる。例示的な治療法としては、少なくとも放射線療法、ホルモン療法、化学療法、免疫療法、又はそれらのいかなる組み合わせが挙げられる。
当該方法は、Ｓ１１８で終了する。
当該方法は、Ｓ１１８で終了する。
各リスク群は、個別の治療案に関連する可能性があり、その積極性は異なる。提案される各治療法は、当該リスク群に割り当てられた第１セットの患者の結果に基づいてよく、前立腺がん発生の臨床リスク閾値を超えない最も非積極的治療法を提供すると予測される治療法である。いくつかの症例では、これにより、術後ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア等の他のリスクプロファイリング法よりも積極的でない治療法が提案されたリスク群への新規患者の割り当てが可能となる。
１つの実施形態では、工程Ｓ１０４及びＳ１１０における遺伝子発現プロファイルは、１又はそれ以上のプライマー及び／又はプローブ及び／又はそれらの１又はそれ以上のセットを用いてｍＲＮＡ発現を検出することによって決定される。
ＰＤＥ４Ｄ５、ＰＤＥ４Ｄ７、ＰＤＥ４Ｄ９、及びそれらの転写産物ＩＤ（ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ）及びプライマー対及びプローブに対する対応するアミノ酸配列を含む１又はそれ以上の参照遺伝子の詳細な説明を表１に示す。当該表はまた、各遺伝子について、センスプライマー及びアンチセンスプライマー、並びにアンプリコンに特異的に結合するプローブ配列を示す。表１はまた、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧに関して対応する情報を含む。
〔患者コホート及び試料〕
表２に示す人口統計学的特性を備える根治的前立腺摘除術（ＲＰ）患者コホートを用いた。２０００〜２００４年にドイツの単一の大規模臨床センターで連続して手術を受けた患者６５６例から、切除された前立腺の代表的な腫瘍領域由来の組織の小さな生検パンチ（約１ｍｍ×２ｍｍ）を採取した。６５６名の被験体コホートのうち、６００名を、核酸抽出後の試料中のＲＮＡの質及び濃度に基づいて、ＲＮＡ次世代配列決定に選択した。ＲＮＡｓｅｑデータを品質管理した後、５７５例の被験体コホート試料が統計分析に適することが判明した。
表２に示す人口統計学的特性を備える根治的前立腺摘除術（ＲＰ）患者コホートを用いた。２０００〜２００４年にドイツの単一の大規模臨床センターで連続して手術を受けた患者６５６例から、切除された前立腺の代表的な腫瘍領域由来の組織の小さな生検パンチ（約１ｍｍ×２ｍｍ）を採取した。６５６名の被験体コホートのうち、６００名を、核酸抽出後の試料中のＲＮＡの質及び濃度に基づいて、ＲＮＡ次世代配列決定に選択した。ＲＮＡｓｅｑデータを品質管理した後、５７５例の被験体コホート試料が統計分析に適することが判明した。
〔試験方法〕
ＲＴ−ｑＰＣＲ（定量的リアルタイムＰＣＲ）用のオリゴヌクレオチドプライマー及びプローブ、ＲＮＡ抽出、並びに統計分析から試料の取捨選択を行う品質管理及び手順を含む、用いた試験方法はすべて、Boettcher R.らにより既に記載されるとおりであった。所定の被験体の遺伝子及び参照遺伝子の測定のためのＲＴ−ｑＰＣＲで用いられるプライマー及びプローブも、表１に示される。
ＲＴ−ｑＰＣＲ（定量的リアルタイムＰＣＲ）用のオリゴヌクレオチドプライマー及びプローブ、ＲＮＡ抽出、並びに統計分析から試料の取捨選択を行う品質管理及び手順を含む、用いた試験方法はすべて、Boettcher R.らにより既に記載されるとおりであった。所定の被験体の遺伝子及び参照遺伝子の測定のためのＲＴ−ｑＰＣＲで用いられるプライマー及びプローブも、表１に示される。
〔結果〕
〔発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づく術後予後リスクスコア〕
図２は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２５８患者；４３．８％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ７に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ７スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＝０．１とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ７スコアクラスのＢＣＲ無増悪生存期間に有意差がないことを示す。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類クラスについてリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ７クラス分類毎に、以下の、スコア（１〜２）：１１、７、７、６、５、５、４、１、０、０；スコア（２〜３）：１１０、７８、６４、５４、４９、３５、２５、１１、３、０；スコア（３〜４）：１３０、１０１、８３、７６、７１、６２、５３、２５、４、０；スコア（４〜５）：７、６、４、２、２、０、０、０、０、０を示す。
〔発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づく術後予後リスクスコア〕
図２は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２５８患者；４３．８％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ７に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ７スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＝０．１とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ７スコアクラスのＢＣＲ無増悪生存期間に有意差がないことを示す。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類クラスについてリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ７クラス分類毎に、以下の、スコア（１〜２）：１１、７、７、６、５、５、４、１、０、０；スコア（２〜３）：１１０、７８、６４、５４、４９、３５、２５、１１、３、０；スコア（３〜４）：１３０、１０１、８３、７６、７１、６２、５３、２５、４、０；スコア（４〜５）：７、６、４、２、２、０、０、０、０、０を示す。
図３は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８１患者；３８．１％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ７に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ７スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ７スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．０００１とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ７スコアクラスでＢＣＲ無増悪生存期間に有意差があることを示す。ＰＤＥ４Ｄ７リスクスコアが低いほど、初回治療後に疾患再発を経験する関連リスクが高い。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ７クラス分類毎：スコア（１〜２）：２、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０；スコア（２〜３）：３７、２５、１５、１２、１０、７、７、１、０、１３０、１２０、１０８、９２、７３、３６、６、０；スコア（４〜５）：５５、４６、４４、４０、３６、３１、２８、１７、４、０に示される。
図４は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２６１被験体；４４．１％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ５に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ５スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．０００１とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ５スコアクラスでＢＣＲ無増悪生存期間に有意差があることを示す。ＰＤＥ４Ｄ５リスクスコアが低いほど、初回治療後に疾患再発を経験する関連リスクが高い。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ５スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ５クラス分類ごとに、スコア（１〜２）：９、３、３、２、１、１、１、０、０、０、０；スコア（２〜３）：５１、２９、２３、１９、１７、１４、１１、３、０、０；スコア（３〜４）：１６７、１３１、１０８、９４、８９、７３、６１、２９、６、０；スコア（４〜５）：３４、３１、２６、２５、２１、１５、１０、５、１、０と示される。
図５は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８２被験体；３８．３％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ５に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ５スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ５スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．３９とした。これは、４つのＰＤＥ４Ｄ５スコアクラスのＢＣＲ無増悪生存期間に有意差がないことを示す。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ５スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ５分類ごとに：スコア（１〜２）：５、４、２、２、２、２、１、１、０、０、９２、７１、５６、５２、４６、３８、３３、３、１７、３、０、スコア（２〜３）：１７１、１４１、１２１、１０８、９６、８０、６６、３１、６、０、スコア（４〜５）：１４、１３、１０、１０、１０、８、５、１、０と示される。
図６は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陰性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲ−」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２６２被験体；４３．９％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ９に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ９スコアを以下の４群：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．０００１とした。このことは、４つのＰＤＥ４Ｄ９スコアクラスでＢＣＲ無増悪生存期間に有意差があることを示す。ＰＤＥ４Ｄ９リスクスコアが低いほど、初回治療後に疾患再発を経験する関連リスクが高い。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＰＤＥ４Ｄ９クラス分類毎に、スコア（１〜２）：６、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０；スコア（２〜３）：５９、３７、３３、３１、２９、２４、１９、９、１、０；スコア（３〜４）：１９４、１４５、１１７、１０１、９１、７３、６２、２６、６、０；スコア（４〜５）：１３、１２、１０、８、８、６、２、２、０、０、と示される。
図７は、ＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合陽性（「ＴＭＲＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＋」）前立腺がん患者コホート（ｎ＝２８２被験体；３８．３％事象）で測定したＰＤＥ４Ｄ９に基づく発現に基づくリスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＰＤＥ４Ｄ９スコアを以下の４群に分類した：スコア（１〜２）：値が１〜２未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（２〜３）：値が２〜３未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（３〜４）：値が３〜４未満の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；スコア（４〜５）：値が４〜５の全てのＰＤＥ４Ｄ９スコア；に分類した。当該スコア分類は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクのｐ値はｐ＜０．０１とした。このことは、４つのＰＤＥ４Ｄ９スコアクラスではＢＣＲ無増悪生存期間に有意差が限定されることを示す。以下の補足リストは、各ＰＤＥ４Ｄ９スコア分類のリスクのある被験体の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月の任意の時点でリスクのある被験体はＰＤＥ４Ｄ９クラス分類毎に示されている。スコア（１〜２）：３、１、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０、０；スコア（２〜３）：１１９、８８、７０、６３、５６、４４、３７、２１、２、０；スコア（３〜４）：１５１、１３１、１１１、１０２、９１、８０、６６、２９、８、０；スコア（４〜５）：９、９、８、７、７、６、５、４、０、０と示される。
図２〜７に示したカプランメイヤー曲線分析は、異なるホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の予測能が、前立腺がんの分子サブタイプ、特に前立腺がんのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性であるか否かに依存することを明確に示す。ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合陽性前立腺がんでは、ＰＤＥ４Ｄ７が予後良好な検出能を提供する（図３）が、これはＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合陰性前立腺がんには該当しない（図２）ことが明確に示された。対照的に、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態陰性前立腺がんでは、ＰＤＥ４Ｄ５及びＰＤＥ４Ｄ９はともに適当な予測能を備えることが明確にされた（図４及び６）ものの、その一方で、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態陰性の前立腺がんでは、これと同じような進展は認められなかった（図５及び７）。
これらの知見に基づいて、表３に示すように、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９スコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性の組み合わせを開発して、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＿ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７及びＰＤＥ４Ｄ９の総予後スコア（以下、「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」又は「総スコア」と簡略化する場合がある）を作成した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア（Cooperberg,M.R.ら、表３の第１欄参照）は３つのリスク群（低リスク、中程度のリスク、高リスク；表３第２欄）に分類される。各リスク群は、ポイント数の増加に関連する（低リスク＝１ポイント、中程度のリスク＝２ポイント、高リスク＝３ポイント）。ＰＤＥ４Ｄ７スコアは４群に分類される（ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類１＝ＰＤＥ４Ｄ７スコア１〜＜２；ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類２＝ＰＤＥ４Ｄ７スコア２〜＜３；ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類３＝ＰＤＥ４Ｄ７スコア３〜＜４；ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類４＝ＰＤＥ４Ｄ７スコア４〜５）。各ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類は、ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類と進行リスクとの逆相関（ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類１：３ポイント、ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類２：２ポイント、ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類３：１ポイント、ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類４：０ポイント；表３第３欄）のため、ポイント数の減少と関連する。組み合わせスコアＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７（表３第４欄）は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合事象が陽性であった試料について作成され、表３第２欄（ＣＡＰＲＡ−Ｓ分類）及び第３欄（ＰＤＥ４Ｄ７スコア分類）に与えられたポイントの合計である。このスコアは、ＰＤＥ４Ｄ９に基づいて計算されること以外は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合事象が陰性である試料（表３の第５列及び第６列）についてＰＤＥ４Ｄ７と同等の工程を行い、ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ９の組み合わせスコアを作成する。ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合が陽性であるか陰性であるかを問わず、ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７スコアとＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ９スコアを１つのスコアに加算することによってすべての試料のＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ＿Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆ＰＤＥ４Ｄ９スコアの合計が構築される。当該スコアでは、すべての試料が１〜６のスコアと関連する（表３第７欄）。
図９は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の組み合わせに基づいた術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。これは、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｎ＝３３７患者；治療後１０年以内のＢＣＲ事象１８．１％）がなされたＲＰにおける術後の１０年臨床（すなわち転移）再発（ＣＲ）予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓ分類と比較したものである。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８５対０．８３及びｐ＝０．１３であった。
図１０は、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｎ＝３０４患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率８．２％）のＲＰコホートにおける術後の前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．９１ｖｓ．０．８５及びｐ＝０．０１４であった。
図１１は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。これは、ＲＰサブコホートにおける１０年間の完全な追跡（根治的前立腺摘除術；ｐＧｌｅａｓｏｎ＞６；ｎ＝２３１患者；治療後１０年以内のＢＣＲ事象；２６．４％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年間の臨床的（すなわち転移）再発（ＣＲ）予測用のＣＡＰＲＡ−Ｓ分類である。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８ｖｓ．０．７６及びｐ＝０．０６であった。
図１２は、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ｐＧｌｅａｓｏｎ＞６；ｎ＝１９８患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率１２．６％）のＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８７対０．７９及びｐ＝０．０１３であった。
図１３は、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ＳＲＴ＝サルベージ放射線治療；＝９３患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡率２３．７％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８１ｖｓ．０．７２及びｐ＝０．０３であった。
図１４は、完全な１０年間の追跡（根治的前立腺摘除術；ＳＡＤＴ＝サルベージアンドロゲン遮断療法；ｎ＝６８患者；治療後１０年以内の前立腺がん死亡事象３０．９％）を伴うＲＰサブコホートにおける術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）予測用の、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）に基づくＣＡＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアと発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＲＯＣ曲線分析を示す。各ＡＵＣ（曲線下面積）及びＲＯＣ曲線間の統計学的差のｐ値は各々、０．８１ｖｓ．０．７２及びｐ＝０．０５であった。
図８〜１４に示したＲＯＣ曲線の解析から、解析対象とした全症例において、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）の発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのＡＵＣが、ＣＡＰＲＡ−Ｓ分類よりも大きいことが示された。術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）の予測（図１０）、術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）の予測（図１２）、術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）の予測（図１３）、及び術後の１０年前立腺がん特異的生存率（ＰＣＳＳ）の予測（図１４）等の症例では、この差は統計的に有意である（有意差はα＜０．０５と定義される）。
図１５は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；４０．９％事象）の生化学的再発（ＢＣＲ）を予測するためのＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関しており、月単位で示されている。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝５．０とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、：ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：４６１、３８５、３２７、２９３、２２４、１８２、８６、１７、０；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：７５、３４、１９、１６、１１、７、７、７、４、０、０と示される。
図１６は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；４０．９％の事象）の生化学的再発（ＢＣＲ）を予測するための、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを２群に分類した：スコア（１−３）対スコア（４−６）。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示された。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝４．８とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１−３）：４２２、３６３、３１３、２８０、２５６、２１４、１７３、８４、１７４、０；スコア分類（４−６）：１１４、５６、３３、２９、２４、１７、１６、６、０、０を示す。
図１７は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；１３．６％の事象）の臨床的（すなわち転移）再発を予測するためのＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＣＲ（臨床的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝６．９とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：４６０、４１９、４０１、３８０、３５２、２９９、２４８、１２３、１９、０；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：７４、６１、５０、４５、３７、２７、２５、９、１、０と示される。
図１８は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；１３．６％の事象）の臨床的（すなわち転移）再発の予測用の、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを２群：スコア（１−３）対スコア（４−６）に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＣＲ（臨床的再発）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝９．５とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１−３）：４２２、３９３、３７５、３５５、３３１、２８５、２３４、１１６、１８、０；スコア分類（４−６）：１１２、８７、７６、７０、５８、４１、３９、１６、２、０と示された。
図１９は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；５．２％事象）の前立腺がん特異的死亡を予測するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝１１．８とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：４６１、４２９、４０８、３８６、３５７、３０３、２５１、１３０、２２、４；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：７５、７１、６１、５３、４２、３４、２５、１１、１、０と示された。
図２０は、前立腺がん手術コホート（ｎ＝５３６患者；５．２％の事象）の前立腺がん特異的死亡を予測する、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性スコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアの組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを以下の２群：スコア（１−３）対スコア（４−６）に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝２２．０とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１〜３）：４２２、３９５、３７８、３５９、３３４、２８８、２３７、１２３、２０、３；スコア分類（４〜６）：１１４、１０５、９１、８０、６５、４９、３９、１８、３、１を示した。
図２１は、サルベージ放射線治療後の前立腺がん手術コホート（ＳＲＴ；ｎ＝１７３患者；１４．５％の事象）の前立腺がん特異的死亡を予測するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、カプランメイヤーにおいて、患者のＳＲＴ後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝３．８とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：１１５、１１２、１０６、９６、８１、６１、５３、２９、６、４；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：５８、５４、４７、３７、２７、１８、１５、６、１、０を示した。
図２２は、サルベージ放射線治療（ＳＲＴ；ｎ＝１７３患者；１４．５％の事象）後の前立腺がん手術コホートの前立腺がん特異的死亡を予測する、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存的組み合わせに基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを２群に分類した：スコア（１−３）対スコア（４−６）。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、カプランメイヤーにおいて、患者の術後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間と相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＜０．０００１、ハザード比はＨＲ＝６．４とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１−３）：９３、９３、８９、８２、７０、５６、４９、２５、４、３；スコア分類（４−６）：８０、７３、６４、５１、３８、２３、１９、１０、３、１を示した。
図２３は、サルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ；ｎ＝１１８患者；２０．３％事象）後の前立腺がん特異的死亡を予測するＣＡＰＲＡ−Ｓスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは、低及び中程度のリスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２））対高リスク（ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３））の２群に分類した。ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）対スコア分類（３）は、患者のＳＡＤＴ後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間とカプランメイヤーで相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＝０．０３、ハザード比はＨＲ＝２．４とした。以下の補足リストは、解析されたＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（１−２）：６８、６５、６２、５６、４９、３７、３２、２４、５、４；ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類（３）：５０、４６、４０、３１、２１、１３、１１、６、１、０を示した。
図２４は、サルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ；ｎ＝１１８患者；２０．３％の事象）後の前立腺がん手術コホートの前立腺がん特異的死亡を予測する、ＣＡＰＲＡ−ＳスコアとＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９（「ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」）のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコアのＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態依存性に基づくＴＭＰＲＳ２−ＥＲＧ融合状態に基づく術後予後リスクスコアのカプランメイヤー曲線分析を示す。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコアを２群に分類した：スコア（１−３）対スコア（４−６）。ＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類（１−３）対スコア分類（４−６）は、患者のＳＡＤＴ後のＰＣＳＳ（前立腺がん特異的生存）無増悪生存期間とカプランマイヤーで相関し、月単位で示される。ログランクｐ値はｐ＝０．０００７、ハザード比はＨＲ＝５．２とした。以下の補足リストは、分析したＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類のリスク含有患者の数を示す。すなわち、術後＋２０ヵ月のいずれかの時点でのリスク含有患者は、スコア分類（１〜３）：５１、５１、４９、４５、４０、３２、２８、２０、４、３、スコア分類（４〜６）：６７、６０、５３、４２、３０、１８、１５、１０、２、１を示した。
図１５〜２０は、ＣＡＰＲＡ−Ｓスコア分類をＣＡＰＲＡ−Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア分類と比較した場合、様々な試験した臨床エンドポイント（ＢＣＲ、転移、前立腺がん死亡）への進行リスクが低い被験体群と高い被験体群のハザード比が高いことを示す。図２１〜２４は、図１９、２０と同等のハザード比の上昇を示すが、現在、サルベージ放射線治療（ＳＲＴ）及び／又はサルベージアンドロゲン遮断療法（ＳＡＤＴ）を受けている男性に対するハザード比の上昇を示す。
上記図８〜図２４に示す解析結果は、ＴＭＰＲＳＳ２-ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ-Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７又はＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（以下、「ＣＡＰＲＡ-Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」という）の組み合わせに基づいて術後予後リスクスコアが決定される場合に提供されるが、本発明は、ＴＭＰＲＳＳ２-ＥＲＧ融合状態に依存するＣＡＰＲＡ-Ｓスコアと、ＰＤＥ４Ｄ７またはＰＤＥ４Ｄ９のいずれかに基づく発現に基づくリスクスコア（以下、「ＣＡＰＲＡ-Ｓ＆ＰＤＥ４Ｄ７＆９スコア」という）の組み合わせに基づいて術後予後リスクスコアが決定される場合について提供される。
ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態は、例えば、生物学的試料でＰＣＲを行う場合、被験体から得られた生物学的試料中で決定することができるが、例えば、ＲＮＡ−Ｓｅｑ等のアルゴリズムを用いた配列決定データから当該情報を得ることもできる。
開示された実施形態に対する他の変形例は、図面、開示、及び添付の請求の範囲の研究から、請求の範囲に記載された発明を実施する場合に当業者によって理解され、実施され得る。クレームにおける、用語「含む」は、他の要素又は工程を除外せず、原文記載の不定冠詞「ａ」又は「ａｎ」は、複数を除外しない。
図１に示す方法の１又はそれ以上の工程は、コンピュータ上で実行可能なコンピュータプログラム製品内に実装することができる。コンピュータプログラム製品は、ディスク、ハードドライブ等の、制御プログラムが記録される（記憶される）非一時的コンピュータ読取可能な記録媒体を含むことができる。非一時的コンピュータ読取可能媒体の一般的な形態には、例えば、フロッピーディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、又は他のいかなる磁気記憶媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、又は他のいかなる光学媒体、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＦＬＡＳＨ−ＥＰＲＯＭ、又は他のメモリチップ又はカートリッジ、又はコンピュータがそれから読出して用いうる他のいかなる非一時的媒体が含まれる。
あるいは、本方法の１又はそれ以上の工程は、伝送可能な送信波等の一時的な媒体に実装することができ、この伝送可能な搬送波では、制御プログラムは、例えば無線波及び赤外線データ通信の間に生成される、音波又は光波等の伝送媒体を用いるデータ信号として具現化される。
例示的な方法では、１又はそれ以上の汎用コンピュータ、専用コンピュータプログラムされたマイクロプロセッサ又はマイクロコントローラ及び周辺集積回路素子、ＡＳＩＣ又は他の集積回路、デジタル信号プロセッサ、個別素子回路等のハードワイヤード電子又は論理回路、ＰＬＤ、ＰＬＡ、ＦＰＧＡ、グラフィカルカードＣＰＵ、又はＰＡＬ等のプログラマブル論理デバイスに実装することができる。一般に、図１に示されたフローチャートを実行することができる有限状態マシンを実行することができるいかなる装置をも用いて、前立腺がん患者の治療選択のリスク層別化方法の１又はそれ以上の工程を実行することができる。本方法の工程はすべてコンピュータで実施することができるが、いくつかの実施形態では、工程のうちの１又はそれ以上を少なくとも部分的に手動で実施することができることが理解される。
コンピュータプログラム命令はまた、コンピュータ、他のプログラマブルデータ処理装置、又は他の装置にロードされて、コンピュータ、他のプログラマブル装置、又は他の装置で一連の操作工程を実行させて、コンピュータ又は他のプログラマブル装置上で実行される命令が、本明細書に特定される機能／動作を実行するためのプロセスを提供するように、コンピュータ実施プロセスを生成することができる。
クレーム中の引用符号は、その範囲を限定するものと解釈してはならない。
クレーム中の引用符号は、その範囲を限定するものと解釈してはならない。
本発明は、被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定すること、被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の個別の遺伝子発現プロファイルを決定すること、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定すること、及び発現に基づくリスクスコアに基づいて、被験体の術後予後リスクスコアを決定することを含む、前立腺がん患者の術後リスク層別化方法に関する。前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性である場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性である場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される。これにより、術後の対象の層別化が改善され、それにより、より良好な術後二次治療の決定が可能になりうる。例えば、術後予後リスクスコアは、前立腺癌患者の特定の亜集団に対して、特定の術後二次治療を選択するかどうかについてのより良い推奨を行うことを可能にし得る。
添付された配列表は、その全体が参照により本明細書に援用される。
本発明のさらなる態様では、以下の：
前立腺がん被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択されることを含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キットが提供される。
前立腺がん被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択されることを含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キットが提供される。
Claims (15)
- 前立腺がん被験体の術後リスク層別化方法であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程；
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程；
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程；を含む方法であって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、かつ、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
方法。 - 前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が正の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体７（ＰＤＥ４Ｄ７）であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が負の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体５（ＰＤＥ４Ｄ５）又はホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体９（ＰＤＥ４Ｄ９）であるように選択される、請求項１に記載の方法。
- 前記術後の臨床変数が、（ｉ）前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベル、（ｉｉ）病理学的グリソンスコア（ｐＧＳ）、（ｉｉｉ）切除断端（ＳＭ）、（ｉｖ）被膜外進展（ＥＣＥ）、（ｖ）精嚢浸潤（ＳＶＩ）、及び（ｖｉ）リンパ節浸潤（ＬＮＩ）の、１又はそれ以上を含む、請求項１に記載の方法。
- さらに、以下の：
−前記被験体の術後前立腺がんリスク評価（ＣＡＰＲＡ−Ｓ）スコアを決定する工程を含み、
ここで、前記術後予後リスクスコアは前記発現に基づくリスクスコアとＣＡＰＲＡ−Ｓスコアを組み合わせることにより決定される、請求項１に記載の方法。 - 前記ＣＡＰＲＡ−Ｓスコアは分類され、かつ、前記分類に応じて、ポイント数、好ましくは１〜３の範囲のポイント数が、前記術後予後リスクスコアに加算される、請求項４に記載の方法。
- 前記発現に基づくリスクスコアの値は所定の範囲であり、かつ、前記値に応じて、ポイント数、好ましくは０〜３の範囲のポイント数が、前記術後予後リスクスコアに加算される、請求項４に記載の方法。
- さらに、以下の：
−前記術後予後リスクスコアに基づいて、術後の二次治療を提案する工程を含み、
ここで、前記術後の二次治療は、放射線療法、ホルモン療法、化学療法、免疫療法及びそれらのいかなる組み合わせからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。 - さらに、以下の：
−ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択された１又はそれ以上の参照遺伝子に対して、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルを正規化する工程を含み、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて、決定される、
請求項１に記載の方法。 - 前記１又はそれ以上の参照遺伝子が、ＨＰＲＴ１、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＰＵＭ１、及びＴＢＰの少なくとも２つ、又は少なくとも３つ、又はすべてを含む、請求項８に記載の方法。
- 前記発現に基づくリスクスコアが、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前立腺がん被験体の生物学的試料の遺伝子発現プロファイルから導出されるスコアリング関数を用いて決定される、請求項１に記載の方法。
- 前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの決定工程は、前記生物学的試料から抽出されたＲＮＡに対してＲＴ−ｑＰＣＲの実施工程を含み、ここで、Ｃｑ値は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体及び前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々について決定され、かつ、ここで、前記発現に基づくリスクスコアの決定工程は、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記Ｃｑ値を、前記１又はそれ以上の参照遺伝子各々の前記Ｃｑ値を用いて正規化する工程及び前記正規化されたＣｑ値の線形関数として前記発現に基づくリスクスコアを計算する工程を含む、請求項８に記載の方法。
- 診断キットであって、以下の：
前立腺がん被験体から得られた生物学的試料中の膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ、
前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、ヒトヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１（ＨＰＲＴ１）、チューブリン−α−１ｂ（ＴＵＢＡ１Ｂ）、ヒトプミリオＲＮＡ結合ファミリーメンバー（ＰＵＭ１）、及びヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）からなる群から選択される１又はそれ以上の参照遺伝子の遺伝子発現プロファイルを決定する少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブ；並びに、
場合によっては、前記被験体から得られた生物学的試料の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを測定する少なくとも１つの薬剤；並びに、
場合によっては、選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイル及び前記被験体の術後の臨床変数に基づいて、術後予後リスクスコアを計算する命令を含み、前記命令は場合によって、コンピュータにより実行される場合、以下の工程：
−ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態を測定する工程；
−前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程；並びに、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び前記術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程であって、
ここで；前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体が前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４前記Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、
場合によっては、以下の：
−前記１又はそれ以上の参照遺伝子に対して前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルを正規化する工程であって、
ここで、前記発現に基づくリスクスコアは、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記正規化された遺伝子発現プロファイルに基づいて決定され、
場合によっては、ここで、前記術後の臨床変数は、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルを含む；
を含む、方法を実行するコンピュータプログラム製品に格納される；
を含む、診断キット。 - 前立腺がん被験体の術後リスク層別化方法における、請求項１２に記載のキットの使用。
- 前立腺がん被験体の術後リスク層別化における選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の遺伝子発現プロファイルの使用であって、以下の：
−前記被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定し、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定し、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定し、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定し、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、
を含む、使用。 - コンピュータによってプログラムが実行される場合、コンピュータに以下の方法：
−前立腺がん被験体から得られた生物学的試料における膜貫通プロテアーゼ、セリン２−ＥＴＳ関連遺伝子（ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ）融合状態を測定する工程、
−前記被験体から得られた生物学的試料中の１又はそれ以上のホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体各々の遺伝子発現プロファイルを測定する工程、
−選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体の前記遺伝子発現プロファイルに基づいて、前記被験体の発現に基づくリスクスコアを決定する工程、
−前記被験体の前記発現に基づくリスクスコア及び術後の臨床変数に基づいて、前記被験体の術後予後リスクスコアを決定する工程を含む、方法を実行させる命令を含む、コンピュータプログラムであって、
ここで、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態に応じて選択され、
ここで、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陽性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第１ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択され、前記ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合状態が陰性の場合、前記選択されたホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体は第２ホスホジエステラーゼ４Ｄ変異体であるように選択される、コンピュータプログラム。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP18164842.9A EP3546598A1 (en) | 2018-03-29 | 2018-03-29 | Post-surgical risk stratification based on pde4d variant expression, selected according to tmprss2-erg fusion status, and post-surgical clinical variables |
| EP18164842.9 | 2018-03-29 | ||
| PCT/EP2019/057829 WO2019185773A1 (en) | 2018-03-29 | 2019-03-28 | Post-surgical risk stratification based on pde4d variant expression, selected according to tmprss2-erg fusion status, and post-surgical clinical variables |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2021519070A true JP2021519070A (ja) | 2021-08-10 |
| JP7313374B2 JP7313374B2 (ja) | 2023-07-24 |
Family
ID=61837628
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2020551514A Active JP7313374B2 (ja) | 2018-03-29 | 2019-03-28 | Ｔｍｐｒｓｓ２－ｅｒｇ融合状態により選択された、ｐｄｅ４ｄ変異発現、及び術後の臨床変数に基づく、術後リスクの層別化 |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20210025010A1 (ja) |
| EP (2) | EP3546598A1 (ja) |
| JP (1) | JP7313374B2 (ja) |
| CN (1) | CN111954721A (ja) |
| WO (1) | WO2019185773A1 (ja) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP4357462A1 (en) | 2022-10-18 | 2024-04-24 | Koninklijke Philips N.V. | Prediction of an outcome of androgen deprivation therapy in a prostate cancer subject |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2016193110A1 (en) * | 2015-05-29 | 2016-12-08 | Koninklijke Philips N.V. | Methods of prostate cancer prognosis |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2014152950A1 (en) * | 2013-03-14 | 2014-09-25 | Wake Forest University Health Sciences | Methods and compositions for correlating genetic markers with risk of aggressive prostate cancer |
-
2018
- 2018-03-29 EP EP18164842.9A patent/EP3546598A1/en not_active Withdrawn
-
2019
- 2019-03-28 US US17/041,534 patent/US20210025010A1/en active Pending
- 2019-03-28 CN CN201980023592.XA patent/CN111954721A/zh active Pending
- 2019-03-28 JP JP2020551514A patent/JP7313374B2/ja active Active
- 2019-03-28 WO PCT/EP2019/057829 patent/WO2019185773A1/en active Application Filing
- 2019-03-28 EP EP19713478.6A patent/EP3775287B1/en active Active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2016193110A1 (en) * | 2015-05-29 | 2016-12-08 | Koninklijke Philips N.V. | Methods of prostate cancer prognosis |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| BOTTCHER, R. ET AL.: ""Human phosphodiesterase 4D7 (PDE4D7) expression is increased in TMPRSS2-ERG-positive primary prosta", BR. J. CANCER, vol. 113, JPN6023007138, 2017, pages 1502 - 1511, ISSN: 0004995710 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP3775287B1 (en) | 2022-11-30 |
| WO2019185773A1 (en) | 2019-10-03 |
| US20210025010A1 (en) | 2021-01-28 |
| EP3546598A1 (en) | 2019-10-02 |
| JP7313374B2 (ja) | 2023-07-24 |
| EP3775287A1 (en) | 2021-02-17 |
| CN111954721A (zh) | 2020-11-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| ES2754434T3 (es) | Métodos de pronóstico de cáncer de próstata | |
| JP6049739B2 (ja) | 前立腺癌の分類のためのマーカー遺伝子 | |
| JP2008521412A (ja) | 肺癌予後判定手段 | |
| JP2008536488A (ja) | 遺伝子発現署名を使用する、癌による死亡および前立腺癌生存率を予測するための方法および組成物 | |
| AU2008203226B2 (en) | Colorectal cancer prognostics | |
| EP3728640B1 (en) | Pre-surgical risk stratification based on pde4d7 expression and pre-surgical clinical variables | |
| Zoghlami et al. | BRAF mutation in papillary thyroid carcinoma: predictive value for long-term prognosis and radioiodine sensitivity | |
| WO2019213321A1 (en) | Methods of diagnosing and treating patients with cutaneous squamous cell carcinoma | |
| KR20210044233A (ko) | 흑색종의 전이 및 환자의 예후를 예측하기 위한 유전자 서명 | |
| JP7184771B2 (ja) | ヒトホスホジエステラーゼ４ｄバリアント７の発現に基づくリスクスコア | |
| JP7239477B2 (ja) | 前立腺がんにおける後期臨床エンドポイントを評価するためのアルゴリズムおよび方法 | |
| JP7463357B2 (ja) | Ｐｄｅ４ｄ７及びｄｈｘ９発現に基づく術前のリスク層別化 | |
| JP7313374B2 (ja) | Ｔｍｐｒｓｓ２－ｅｒｇ融合状態により選択された、ｐｄｅ４ｄ変異発現、及び術後の臨床変数に基づく、術後リスクの層別化 | |
| JP7210030B2 (ja) | 早期膵がんを診断するための方法およびキット | |
| JP2023538868A (ja) | Ｐｄｅ４ｄ７相関遺伝子に基づく放射線療法に対する前立腺癌被験者の反応の予測 | |
| Bonato | Survival Prediction For Brain Tumor Patients Using Gene Expression Data |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200930 |
|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220324 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230221 |
|
| A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20230222 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230510 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20230613 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20230711 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7313374 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |