KR101796642B1 - 대장균 박테리오파지 Ｅｓｃ-ＣＯＰ-9 및 이의 병원성 대장균 증식 억제 용도 - Google Patents

대장균 박테리오파지 Ｅｓｃ-ＣＯＰ-9 및 이의 병원성 대장균 증식 억제 용도 Download PDF

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Abstract

본 발명은 대장균을 특이적으로 사멸시킬 수 있는 능력을 갖고 서열번호 1로 표시되는 유전체를 갖는 것을 특징으로 하는 자연으로부터 분리된 미오비리대 박테리오파지 Esc-COP-9(수탁번호 KCTC 13131BP), 및 이를 유효성분으로 포함하는 조성물을 이용한 병원성 대장균의 감염을 방지 및 치료하는 방법에 관한 것이다.

Description

대장균 박테리오파지 Ｅｓｃ-ＣＯＰ-9 및 이의 병원성 대장균 증식 억제 용도{Escherichia coli bacteriophage Esc-COP-9 and its use for preventing proliferation of pathogenic Escherichia coli}
본 발명은 대장균에 감염하여 대장균을 사멸시킬 수 있는 자연으로부터 분리된 박테리오파지 및 이를 유효성분으로 포함한 조성물을 이용한 병원성 대장균의 감염을 방지 및 처치하는 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 대장균을 특이적으로 사멸시킬 수 있는 능력을 갖는 서열번호 1로 표시되는 유전체를 갖는 것을 특징으로 하는 자연으로부터 분리한 시포비리대 박테리오파지 Esc-COP-9(수탁번호 KCTC 13131BP) 및 상기 박테리오파지를 유효성분으로 포함하는 조성물을 이용한 병원성 대장균의 감염 방지 및 감염 후 처치 방법에 관한 것이다.
대장균은 장내세균과에 속하며 그람음성 간균, 카탈라제(Catalase) 양성, 옥시다제(Oxidase) 음성, 통성혐기성 세균으로 대부분이 락토오즈를 분해한다. 대장균은 혈청학적으로 세포체(O), 편모(H), 혐막(K) 항원체로 구별되며, 이 항원들은 대장균의 병원성과 연관되어 있는 것으로 알려져 있다. 병원성 대장균은 대장균 중 소수의 병독성을 획득한 대장균을 지칭하는 것으로 발병특성, 독소의 종류 등에 따라 통상 장출혈성대장균, 장독소형대장균, 장침입성대장균, 장병원성대장균, 장관흡착성대장균과 같이 크게 5가지 타입으로 분류된다. 가축에서 병원성 대장균은 다양한 연령에 감염하여 병을 일으키며 주 증상은 설사이며 극심한 탈수로 인한 폐사율도 매우 높은 편이다. 이러한 병원성 대장균으로 인한 설사병은 우리나라의 거의 모든 축산농가에서 만연해 있는 주된 질병으로 알려져 있으며, 이에 따른 축산 산업에서의 피해는 상당히 크다 할 수 있다.
통상적으로 병원성 대장균의 감염 질환의 예방 및 치료를 위해서 실시하고 있는 방법은 백신 및 항생제를 이용하는 방법인데, 항생제를 이용한 치료는 내성균의 증가로 그 효과가 계속 떨어지고 있으며, 동물에의 항생제 사용에 대한 규제 강화로 항생제 이외 다른 효과적인 방법의 개발이 요구되고 있는 실정이다.
최근 세균성 질환의 대처 방안으로 박테리오파지(Bacteriophage)의 활용이 크게 주목을 받고 있다. 특히 자연친화적 방식의 선호로 인하여 박테리오파지에 대한 관심은 어느 때보다 높다고 할 수 있다. 박테리오파지는 세균에 감염하는 아주 작은 미생물로서 보통 파지(Phage)라고 줄여서 부르기도 한다. 박테리오파지는 세균에 감염(Infection)한 후 세균의 세포 내부에서 증식을 하고, 증식 후 자손 박테리오파지들이 세균 밖으로 나올 때 숙주인 세균의 세포벽을 파괴하는 방식으로 세균을 사멸시키는 능력을 갖고 있다. 박테리오파지의 세균 감염 방식은 매우 특이성이 높아서 특정 세균에 감염할 수 있는 박테리오파지의 종류는 일부로 한정된다. 즉, 특정 박테리오파지는 특정 범주의 세균에만 감염할 수 있고 이로 인하여 특정 박테리오파지는 특정 세균만을 사멸시키며 다른 세균에는 영향을 주지 않는다. 이러한 박테리오파지의 세균 특이성은 목적으로 하는 세균에 대해서만 항균효과를 제공하고 환경이나 동물 내의 상재균들에는 영향을 초래하지 않는다. 통상적으로 세균 처치에 널리 활용되던 기존의 항생제들은 여러 종류의 세균들에 대하여 동시에 영향을 끼쳤다. 이로 인하여 환경 오염이나 동물의 정상 세균총 교란 등의 문제를 초래하였다. 이와는 달리 박테리오파지는 특정 세균에 대해서만 작동하므로 박테리오파지 사용에 의해서 체내 정상균총 교란 등이 발생하지 않는다. 따라서 박테리오파지 사용이 항생제 사용에 비교하여 매우 안전하다고 할 수 있고, 그 만큼 사용에 의한 부작용 초래 가능성이 상대적으로 크게 낮다.
박테리오파지는 1915년 영국의 세균학자 Twort가 포도상구균(Micrococcus) 집락이 어떤 것에 의해 투명하게 녹는 현상에 대한 연구를 수행하면서 발견되었다. 또한, 1917년에는 프랑스의 세균학자 d'Herelle이 이질환자 변의 여과액 중에 적리균(Shigella dysenteriae)을 녹이는 작용을 가진 것이 있다는 것을 발견하고 이에 대한 연구를 통해 독립적으로 박테리오파지를 발견하였으며, 세균을 잡아먹는다는 뜻에서 박테리오파지라고 명명하였다. 이후 이질균, 장티푸스균, 콜레라균 등 여러 병원성 박테리아에 대한 박테리오파지가 계속적으로 발견되었다.
세균을 사멸시킬 수 있는 특별한 능력으로 인하여 박테리오파지는 발견 이후 세균 감염에 대응하는 효과적 방안으로 기대를 모았으며 관련하여 많은 연구들이 있었다. 그러나 Fleming에 의해 페니실린이 발견된 이후, 항생제의 보급이 일반화되면서 박테리오파지에 대한 연구는 일부 동유럽 국가들 및 구소련에 한정되어서만 명맥이 유지되었다. 그런데 2000년 이후에 항생제 내성균의 증가로 인하여 기존 항생제의 한계성이 나타나고, 기존 항생제의 대체 물질로의 개발 가능성이 부각되면서 다시 박테리오파지가 항-세균제로 주목을 받고 있다. 특히 최근 항생제 사용에 대한 정부 차원의 규제가 전 세계적으로 강화됨에 따라 박테리오파지에 대한 관심이 더욱 높아지고 있으며 산업적 활용 사례도 점차 증가하고 있다.
앞에서 설명했듯이 박테리오파지는 세균에 대한 특이성이 매우 높다. 이러한 특이성으로 인하여 박테리오파지는 동일 종(Species)에 속하는 세균들이라 할지라도 그 일부 주(Strain)에 대해서만 항균효과를 발휘하는 경우가 많다. 또한 대상 세균 주에 따라 발휘되는 박테리오파지의 항균력 세기 자체도 다를 수 있다. 이러한 이유로 특정 종류의 세균에 대하여 효과적 제어법을 확보하려면 다양한 종류의 유용 박테리오파지들의 확보가 필요하다. 병원성 대장균에 대응하여 효과적인 박테리오파지 활용법을 개발하기 위해서도 당연히 대장균에 대하여 항균효과를 제공할 수 있는 여러 종류의 다양한 박테리오파지들의 확보가 필요하고, 더 나아가 확보한 다양한 유용 박테리오파지들 중에서 항균력의 세기나 항균범위 측면에서 비교우위에 있는 박테리오파지의 선발 활용도 필요하다.
이에, 본 발명자들은 대장균을 선택적으로 사멸시킬 수 있는 자연으로부터 분리된 박테리오파지를 이용하여 병원성 대장균의 감염을 방지 또는 처치하는 데에 활용될 수 있는 조성물을 개발하고, 또 이 조성물을 이용하여 병원성 대장균의 감염을 방지 또는 처치하는 방법을 개발하고자 노력한 끝에, 이에 적합한 박테리오파지를 자연으로부터 분리하고 이 분리된 박테리오파지를 타 박테리오파지와 구별하여 특정 지을 수 있도록 유전체(Genome)의 유전자 서열을 확보한 후 상기 박테리오파지를 유효성분으로 한 조성물을 개발한 다음 이 조성물이 병원성 대장균의 감염 방지 및 처치에 효과적으로 활용될 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
따라서 본 발명의 목적은 대장균을 특이적으로 사멸시킬 수 있는 능력을 갖고 서열번호 1로 표시되는 유전체를 갖는 것을 특징으로 하는 자연으로부터 분리한 시포비리대(Siphoviridae) 박테리오파지 Esc-COP-9(수탁번호 KCTC 13131BP)를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 대장균에 감염하여 대장균을 사멸시킬 수 있는 박테리오파지 Esc-COP-9를 유효성분으로 포함하는 병원성 대장균의 감염을 방지하는 데에 활용 가능한 조성물 및 이 조성물을 이용한 병원성 대장균의 감염 방지 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 대장균에 감염하여 대장균을 사멸시킬 수 있는 박테리오파지 Esc-COP-9를 유효성분으로 포함하는 병원성 대장균의 감염을 처치하는 데에 활용 가능한 조성물 및 이 조성물을 이용한 병원성 대장균의 감염 처치 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 조성물들을 이용한 병원성 대장균의 감염 방지 및 처치 목적의 소독제를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 조성물들을 이용한 병원성 대장균의 감염 방지 및 처치 목적의 음수첨가제를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 조성물들을 이용한 병원성 대장균의 감염 방지 및 처치를 통한 사양 효과 제공 목적의 사료첨가제를 제공하는 것이다.
본 발명은 대장균을 특이적으로 사멸시킬 수 있는 능력을 갖고 서열번호 1로 표시되는 유전체를 갖는 것을 특징으로 하는 자연으로부터 분리한 시포비리대 박테리오파지 Esc-COP-9(수탁번호 KCTC 13131BP), 및 이를 유효성분으로 포함하는 조성물을 이용한 병원성 대장균의 감염 방지 및 처치 방법을 제공한다.
박테리오파지 Esc-COP-9는 본 발명자들에 의해 분리된 후 2016년 10월 17일자로 한국생명공학연구원 생물자원센터에 기탁되었다(수탁번호 KCTC 13131BP).
또한, 본 발명은 병원성 대장균의 감염을 방지 또는 처치하는 데에 활용될 수 있는 박테리오파지 Esc-COP-9를 유효성분으로 포함하는 소독제, 음수첨가제 및 사료첨가제를 제공한다.
본 발명의 조성물에 포함되는 박테리오파지 Esc-COP-9는 대장균을 효과적으로 사멸시키므로 병원성 대장균에 의해 유발되는 질환의 예방(감염 방지)이나 치료(감염 처치)에 효과를 나타낸다. 따라서 본 발명의 조성물은 병원성 대장균에 의해 유발되는 질환에 대한 예방 및 치료 목적으로 활용될 수 있다.
본 명세서에서 사용된 "방지" 또는 "예방"라는 용어는 (ⅰ) 병원성 대장균 감염의 방지; 및 (ⅱ) 병원성 대장균 감염에 의한 질병으로의 발전을 억제하는 것을 의미한다.
본 명세서에서 사용된 "처치" 또는 "치료"라는 용어는 (ⅰ) 병원성 대장균에 의해 유발된 질환의 억제; 및 (ⅱ) 병원성 대장균에 의해 유발된 질환의 병적 상태를 경감시키는 모든 행위를 의미한다.
본 명세서의 "분리", "분리한" 또는 "분리된"은 자연 상태로부터 여러 실험 기법을 활용하여 박테리오파지를 분리하는 것과 타 박테리오파지와 구별하여 특정 지을 수 있는 특징을 확보하는 일을 지칭하며, 이에 더하여 생물공학기술로 박테리오파지를 산업적으로 활용할 수 있게끔 증식시키는 것도 포함한다.
본 발명의 조성물에 포함되는 약제학적으로 허용되는 담체는 제제 시에 통상적으로 이용되는 것으로서, 락토오스, 덱스트로오스, 수크로오스, 솔비톨, 만니톨, 전분, 아카시아 고무, 인산칼슘, 알지네이트, 젤라틴, 규산칼슘, 미세결정성 셀룰로오스, 폴리비닐피롤리돈, 셀룰로오스, 물, 시럽, 메틸 셀룰로오스, 메틸히드록시벤조에이트, 프로필히드록시벤조에이트, 활석, 스테아르산 마그네슘 및 미네랄 오일 등을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다. 본 발명의 조성물은 상기 성분들 이외에 윤활제, 습윤제, 감미제, 향미제, 유화제, 현탁제, 보존제 등을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 조성물에는 박테리오파지 Esc-COP-9가 유효성분으로 포함된다. 이때 포함되는 박테리오파지 Esc-COP-9는 1× 101 pfu/㎖ 내지 1× 1030 pfu/㎖ 또는 1× 101 pfu/g 내지 1× 1030 pfu/g로 포함되며, 바람직하게는 1× 104 pfu/㎖ 내지 1× 1015 pfu/㎖ 또는 1× 104 pfu/g 내지 1× 1015 pfu/g로 포함된다.
본 발명의 조성물은 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자가 용이하게 실시할 수 있는 방법에 따라, 약학적으로 허용되는 담체 및/또는 부형제를 이용하여 제제화 됨으로써 단위 용량 형태로 제조되거나 또는 다용량 용기 내에 내입시켜 제조될 수도 있다. 이때 제형은 오일 또는 수성 매질 중의 용액, 현탁액 또는 유화액 형태이거나 엑스제, 분말제, 과립제, 정제 또는 캡슐제 형태일 수도 있으며, 분산제 또는 안정화제를 추가적으로 포함할 수도 있다.
본 발명의 조성물은 활용 방식에 따라, 이에 국한되지 않지만 소독제, 음수첨가제 및 사료첨가제로 구현될 수 있다.
이러한 활용 목적에서의 효율성을 높이기 위하여 다른 세균종에 대하여 항균활성을 제공할 수 있는 박테리오파지들이 본 발명의 조성물에 추가될 수 있다. 또한, 대장균에 대하여 항균활성을 갖는 다른 종류의 박테리오파지들도 추가될 수 있다. 대장균에 대하여 항균활성을 갖는 박테리오파지라 하더라도 항균력의 세기나 항균범위 측면에서 서로 간에 차이가 있으므로 이들의 적절한 조합은 그 효과를 극대화 할 수 있다.
본 발명의 박테리오파지 Esc-COP-9를 유효성분으로 포함하는 조성물을 이용한 병원성 대장균의 감염 방지 및 처치 방법은 기존의 항생제 등의 화학물질에 기반을 둔 방식에 비하여 대장균에 대한 특이성이 매우 높다는 장점을 제공할 수 있다. 이는 다른 유용한 상재균에는 영향을 주지 않으면서도 병원성 대장균의 감염 방지 또는 처치 목적으로 사용할 수 있음을 의미하며, 이의 사용에 따른 부작용이 매우 적다는 것을 의미한다. 통상적으로 항생제 등의 화학물질을 사용하면 일반 상재균들도 피해를 함께 입게 되어 결과적으로 동물의 면역력 저하 등을 초래시켜 사용에 따른 다양한 부작용이 나타난다. 또한, 본 발명은 자연계에 이미 존재하는 박테리오파지를 분리하여 조성물의 유효성분으로 사용하기 때문에 매우 자연 친화적이라는 장점 또한 제공할 수 있다. 한편, 박테리오파지는 항균활성을 발휘할 수 있는 세균종이 같다 하더라도 항균효과 발휘에 있어 항균력의 세기나 항균범위[대장균에 속하는 여러 세균 주(Strain)의 측면에서 개별 세균 주에 대하여 박테리오파지의 항균활성이 발휘되는 범위. 통상적으로 박테리오파지는 같은 세균 종(Species)에 속하는 일부 세균 주(Strain)에 대하여 항균활성을 발휘할 수 있음. 즉, 같은 세균 종에 속한다 하더라도 개별 세균 주에 따라 박테리오파지에 대한 감수성에서 차이가 있을 수 있음] 측면에서 차이가 있으므로 본 발명은 대장균에 대한 항균력을 갖는 타 박테리오파지에 비교하여 차별적 항균효과를 제공할 수 있다. 이는 산업현장 활용 시에 그 효과에 있어 큰 차이를 제공한다.
도 1은 박테리오파지 Esc-COP-9의 전자현미경 사진이다.
도 2는 박테리오파지 Esc-COP-9의 대장균에 대한 사멸능을 보여주는 실험 결과이다. 투명한 부분은 시험대상 세균이 용균되어 결과적으로 형성된 용균반이다.
이하, 실시예에 의거하여 본 발명을 보다 구체적으로 설명하지만, 이들 실시예는 본 발명의 예시일 뿐이며 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 대장균을 사멸시킬 수 있는 박테리오파지의 분리
대장균을 사멸시킬 수 있는 박테리오파지의 분리에는 자연 환경으로부터 확보된 시료들을 이용하였다. 한편, 박테리오파지 분리에 사용된 대장균은 본 발명자들에 의해 미리 분리되어 병원성 대장균으로 동정(identification)된 것들이다.
박테리오파지 분리 과정을 상세히 설명하면, 대장균을 1/1000 비율로 접종한 TSB(Tryptic Soy Broth) 배지(카제인 다이제스트, 17 g/L; 소이빈 다이제스트, 3 g/L; 덱스트로스, 2.5 g/L; NaCl, 5 g/L; 디포타슘 포스페이트, 2.5 g/L)에 수집된 시료를 함께 첨가한 다음 37℃에서 3-4시간동안 진탕배양 하였다. 배양 후, 8,000 rpm에서 20분간 원심분리하여 상등액을 회수하였다. 회수된 상등액에 대장균을 1/1000 비율로 접종한 다음 37℃에서 3-4시간동안 또 다시 진탕배양 하였다. 박테리오파지가 시료에 포함되어 있었을 경우에는 박테리오파지의 수(Titer)가 충분히 증가될 수 있도록 이러한 과정을 총 5회 반복 실시하였다. 5회 반복 실시 후에 배양액을 8,000 rpm에서 20분간 원심분리 하였다. 원심분리 후, 회수된 상등액에 대하여 0.45 ㎛의 필터를 이용하여 여과를 실시해 주었다. 이렇게 하여 얻어진 여과액을 사용한 통상의 점적 실험(Spot assay)을 통하여 대장균을 사멸시킬 수 있는 박테리오파지가 있는지를 조사하였다.
상기 점적 실험은 다음과 같이 실시하였다. TSB 배지에 대장균을 1/1000 비율로 접종한 다음 37℃에서 한밤동안 진탕배양 하였다. 이렇게 하여 준비된 대장균의 배양액 3 ㎖(OD600이 1.5)을 TSA(Tryptic Soy Agar) 평판배지(카제인 다이제스트, 15 g/L; 소이빈 다이제스트, 5 g/L; NaCl, 5 g/L; 아가, 15 g/L)에 도말(Spreading)하였다. 도말한 평판 배지를 클린벤치(Clean bench)에서 약 30분 정도 방치하여 도말액이 건조되게 하였다. 건조 후 앞에서 준비한 여과액 10 μl를 대장균이 도말된 평판 배지 위에 점적한 다음 이를 30분 정도 방치하여 건조시켰다. 건조 후 점적한 평판 배지를 37℃에서 하루 동안 정치 배양한 다음 여과액이 떨어진 위치에 투명환(Clear zone)이 생성되는가를 조사하였다. 투명환이 생성되는 여과액의 경우가 대장균을 사멸 시킬 수 있는 박테리오파지가 포함되어 있다고 판단할 수 있다. 이러한 조사를 통하여 대장균에 대한 사멸능을 가진 박테리오파지를 포함한 여과액을 확보할 수 있었다.
대장균에 대한 사멸능을 가진 박테리오파지의 존재가 확인된 여과액을 이용하여 순수 박테리오파지의 분리를 실시하였다. 순수 박테리오파지의 분리에는 통상의 용균반 분석(Plaque assay)을 이용하였다. 이를 자세히 설명하면, 용균반 분석에서 형성된 용균반 하나를 멸균된 팁을 이용하여 회수한 다음 이를 대장균 배양액에 첨가해 주어 4-5 시간 동안 37℃에서 함께 배양하였다. 배양 후 8,000 rpm에서 20분간 원심분리하여 상등액을 얻었다. 얻어진 상등액에 50분의 1의 부피로 대장균 배양액을 첨가해 준 다음 다시 37℃에서 4-5 시간 배양해 주었다. 박테리오파지의 수를 증가시키기 위하여 이러한 과정을 최소 5회 이상 실시한 다음 최종적으로 8,000 rpm에서 20분간 원심분리하여 상등액을 얻었다. 얻어진 상등액을 사용하여 다시 용균반 분석을 실시하였다. 통상 순수 박테리오파지의 분리가 상기 과정의 1회만으로는 달성되지 않기 때문에 이때 형성된 용균반을 이용하여 앞 단계를 전체적으로 다시 반복하였다. 이와 같은 과정을 최소 5회 이상 반복 실시하여 순수한 박테리오파지를 포함한 용액을 확보하였다. 통상적으로 순수 박테리오파지의 분리는 형성된 용균반의 크기 및 모양이 모두 유사하게 될 때까지 반복 수행하였다. 그리고 최종적으로는 전자현미경 분석을 통하여 박테리오파지의 순수 분리 여부를 확인하였다. 전자현미경 분석에서 순수 분리가 확인될 때까지 앞에 기술한 과정을 반복하였다. 전자현미경 분석은 통상의 방법에 따라 실시하였다. 이를 간단히 설명하면 다음과 같다. 순수한 박테리오파지를 포함한 용액을 구리 격자(Copper grid)에 묻히고 2% 우라닐 아세테이트(Uranyl acetate)로 역염색법(Negative staining)과 건조를 수행한 후 투과전자현미경을 통하여 그 형태를 관찰하였다. 순수 분리한 박테리오파지의 전자현미경 사진이 도 1에 제시되어 있다. 형태적 특징으로 판단할 때 신규 확보된 박테리오파지는 시포비리대(Siphoviridae) 박테리오파지에 속함을 확인할 수 있었다.
이런 방식으로 확인된 순수 박테리오파지를 포함한 용액은 다음의 정제 과정을 거쳤다. 순수 박테리오파지를 포함한 용액에 용액 전체 부피의 50분의 1의 부피로 대장균 배양액을 첨가해 준 다음 다시 4-5 시간 배양하였다. 배양 후 8,000 rpm에서 20분간 원심분리하여 상등액을 얻었다. 충분한 수의 박테리오파지가 포함된 액을 얻기 위해 이러한 과정을 총 5회 반복 수행하였다. 최종 원심분리로 얻어진 상등액을 0.45 μm의 필터를 이용하여 여과한 다음 통상의 폴리에틸렌 글리콜(Polyethylene Glycol; PEG) 침전 과정을 실시하였다. 구체적으로, 여과액 100 ㎖에 10% PEG 8000/0.5 M NaCl이 되게 PEG와 NaCl을 첨가한 다음 4℃에서 2-3시간 동안 정치한 후, 8,000 rpm에서 30분간 원심분리하여 박테리오파지 침전물을 얻었다. 이렇게 얻어진 박테리오파지 침전물을 완충액(Buffer; 10 mM Tris-HCl, 10 mM MgSO4, 0.1% Gelatin, pH 8.0) 5 ㎖로 부유시켰다. 이를 박테리오파지 부유액 또는 박테리오파지 액이라 지칭한다.
상기한 과정을 통하여 정제된 순수 박테리오파지를 확보할 수 있었고, 이 박테리오파지를 박테리오파지 Esc-COP-9로 명명한 뒤, 2016년 10월 17일자로 한국생명공학연구원 미생물자원센터에 기탁하였다(수탁번호 KCTC 13131BP).
실시예 2: 박테리오파지 Esc - COP -9의 유전체 분리 및 서열 분석
박테리오파지 Esc-COP-9의 유전체를 다음과 같이 분리하였다. 유전체 분리에는 실시예 1에서와 같은 방법으로 얻어진 박테리오파지 부유액을 이용하였다. 먼저 부유액에 포함되어 있을 수 있는 대장균의 DNA와 RNA를 제거하기 위해, 박테리오파지 부유액 10 ㎖에 DNase I과 RNase A를 각각 200 U씩 첨가한 다음 37℃에서 30분간 방치하였다. 30분 방치 후에 DNase I과 RNase A의 활성을 제거하기 위해, 0.5 M 에틸렌디아민테트라아세트산(Ethylenediaminetetraacetic acid; EDTA) 500 μl를 첨가한 다음 다시 10분간 정치시켰다. 그리고 이를 추가로 10분간 65℃에 정치시킨 다음 박테리오파지 외벽을 와해시키기 위해 proteinase K(20 ㎎/㎖) 100 μl를 첨가한 후 37℃에서 20분간 반응시켰다. 그 후 10% 도데실 황산 나트륨염(Sodium dodecyl sulfate; SDS) 500 μl를 첨가한 다음 다시 65℃에서 1시간 동안 반응시켰다. 1 시간 반응 후, 이 반응액에 25:24:1의 구성비를 갖는 페놀(Phenol) : 클로로포름(Chloroform) : 이소아밀알코올(Isoamylalcohol)의 혼합액 10 ㎖을 첨가해 준 후 잘 섞어 주었다. 그리고는 이것을 13,000 rpm에서 15분간 원심분리하여 층이 분리되게 한 다음 분리된 층들 중에서 위층을 취하여 여기에 1.5 부피비의 이소프로필 알코올(Isopropyl alcohol)을 첨가한 다음 13,000 rpm에서 10분간 원심분리하여 유전체를 침전시켰다. 침전물을 회수한 후 침전물에 70% 에탄올(Ethanol)을 첨가한 다음 다시 13,000 rpm에서 10분간 원심분리하여 침전물의 세척을 실시하였다. 세척된 침전물을 회수하고 진공 건조 시킨 다음 100 μl의 물에 녹였다. 상기 과정을 반복하여 박테리오파지 Esc-COP-9의 유전체를 다량 확보하였다.
이렇게 얻어진 유전체를 이용하여 서울대학교 농생명과학공동기기원(National Instrumentation Center for Environmental Management)에서 illumina Mi-Seq 기기를 이용하여 차세대 염기서열 분석(Next generation sequencing analysis)을 수행하여 박테리오파지 Esc-COP-9의 유전체 서열 정보를 확보하였다. 최종적으로 분석된 박테리오파지 Esc-COP-9 유전체는 51,102 bp의 크기를 가지며, 전체 유전자 서열은 서열번호 1로 제시되어 있다.
확보된 박테리오파지 Esc-COP-9의 유전체 서열을 기반으로 Web상의 BLAST(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)를 이용하여 기존에 알려진 박테리오파지 유전체 서열과의 상동성(Similarity)을 조사해 보았다. BLAST 조사 결과, 박테리오파지 Esc-COP-9의 유전체 서열은 시겔라 박테리오파지 pSf-1의 서열(Genbank Accession No. KC710998.1)과 비교적 높은 상동성을 가지고 있는 것으로 확인되었다(identity: 93%). 그러나 박테리오파지 Esc-COP-9는 환형의 유전체를 가짐에 반하여 시겔라 박테리오파지 pSf-1은 선형의 유전체를 가지는 유전체 형태에서 큰 차이를 가지고 있었으며, 박테리오파지 Esc-COP-9 유전체 상의 개방형해독틀(Open Reading Frame, ORF)의 개수가 89개임에 반하여, 시겔라 박테리오파지 pSf-1은 94개로 박테리오파지 Esc-COP-9와는 다른 개방형해독틀의 수를 가지고 있었다.
이러한 사실에 근거하여 박테리오파지 Esc-COP-9는 기존 보고된 박테리오파지들과는 다른 신규한 박테리오파지라 결론지을 수 있었다. 이러한 사실과 함께 통상적으로 박테리오파지의 종류가 다르면 제공할 수 있는 항균력의 세기 및 항균범위가 다르다는 사실로부터 박테리오파지 Esc-COP-9는 기존에 보고된 다른 박테리오파지들과는 다른 항균효과를 제공해 줄 수 있다고 판단하였다.
실시예 3: 박테리오파지 Esc - COP -9의 병원성 대장균에 대한 사멸능 조사
분리된 박테리오파지 Esc-COP-9의 병원성 대장균에 대한 사멸능을 조사하였다. 사멸능 조사는 실시예 1에서 제시한 점적 실험을 통하여 투명환 생성 여부를 조사하는 방식으로 수행하였다. 사멸능 조사에 사용되어진 병원성 대장균은 본 발명자들에 의해 분리되어 병원성 대장균으로 동정된 것들로 총 10주이었다. 박테리오파지 Esc-COP-9는 실험에 대상이 된 병원성 대장균 10주 중에 총 9주에 대하여 사멸능을 갖고 있었다. 대표적 실험 결과가 도 2에 제시되어 있다. 한편, 박테리오파지 Esc-COP-9의 보데텔라 브론치셉티카(Bordetella bronchiseptica), 엔테로코쿠스 패칼리스(Enterococcus faecalis), 엔테로코쿠스 패슘(Enterococcus faecium), 스트렙토코쿠스 미티스(Streptococcus mitis), 스트렙토코쿠스 우베리스(Streptococcus uberis) 및 슈도모나스 애루기노사(Pseudomonas aeruginosa)에 대한 사멸능 조사도 실시하였는데, 결과로 박테리오파지 Esc-COP-9는 이들 균종들에 대해서는 사멸능을 갖고 있지 않았다.
이상의 결과로 박테리오파지 Esc-COP-9는 병원성 대장균에 대하여 우수한 사멸능을 가지며, 다수의 병원성 대장균에 대하여 항균 효과를 발휘할 수 있음을 확인할 수 있었다. 이는 박테리오파지 Esc-COP-9가 병원성 대장균의 감염 방지 및 처치 목적의 조성물의 유효성분으로 활용 가능함을 의미한다.
실시예 4: 박테리오파지 Esc - COP -9의 병원성 대장균의 감염 예방에 대한 실험예
9 ㎖의 TSB 배지를 담은 하나의 튜브에 1× 108 pfu/㎖ 수준의 박테리오파지 Esc-COP-9 액 100 μl를 넣어주고, 다른 하나의 9 ㎖의 TSB 배지를 담은 튜브에는 동량의 TSB 배지만을 추가로 첨가하였다. 그 다음에 각 튜브에 600 nm에서 흡광도가 약 0.5 정도가 되도록 병원성 대장균의 배양액을 넣어 주었다. 병원성 대장균을 첨가한 후 튜브들을 37℃의 배양기에 옮겨 진탕배양하면서 병원성 대장균의 성장 상태를 관찰하였다. 표 1에 제시된 바와 같이, 박테리오파지 Esc-COP-9 액을 첨가해 준 튜브에서는 병원성 대장균의 성장 억제가 관찰된 반면에 박테리오파지 액을 첨가하지 않은 튜브에서는 병원성 대장균의 성장 억제가 관찰되지 않았다.
병원성 대장균의 성장 억제
구분 OD600 흡광도 값
배양 0분 배양후 30분 배양후 60분
박테리오파지 액 미첨가 0.5 0.7 1.5
박테리오파지 액 첨가 0.5 0.3 0.1
이 결과로부터 본 발명의 박테리오파지 Esc-COP-9가 병원성 대장균의 성장을 저해할 뿐만 아니라 사멸까지 시키는 능력이 있음을 확인할 수 있었고, 이로부터 박테리오파지 Esc-COP-9가 병원성 대장균의 감염을 방지하는 목적의 조성물의 유효성분으로 활용될 수 있다고 결론지을 수 있었다.
실시예 5: 박테리오파지 Esc - COP -9를 이용한 병원성 대장균의 감염 질환 치료예
박테리오파지 Esc-COP-9의 병원성 대장균에 의한 질환이 유발된 돼지에서의 치료 효과를 조사하였다. 생후 25일령의 이유자돈 4마리를 한 그룹으로 하여 총 두 그룹으로 나눈 후 실험사육돈방(1.1m × 1.0m)에서 분리 사육하면서 14일간 실험을 실시하였다. 보온시설 하에 주위환경을 통제하였고 돈방의 온도와 습도는 일정하게 유지시켰으며 돈방 바닥의 청소를 매일 실시하였다. 실험 개시일로부터 7일째 되는 날에 모든 돼지들에게 병원성 대장균 액을 경구 주입관을 사용하여 경구투여 하였다. 투여한 병원성 대장균 액은 다음과 같이 준비한 것이다. 병원성 대장균을 TSB 배지를 이용하여 37℃에서 18시간 배양한 후 균체만을 회수한 후 이를 생리식염수(pH 7.2)로 109 CFU/ml가 되게끔 조정하였다. 병원성 대장균 투여 다음날부터 실험군(박테리오파지 액 투여군)의 돼지들에게는 매일 2회씩 109 PFU의 박테리오파지 Esc-COP-9를 병원성 대장균 액 투여와 같은 방식으로 경구투여하였다. 대조군(박테리오파지 액의 미 투여군)의 돼지들은 어떠한 처치도 하지 않았다. 사료와 음수는 대조군과 실험군 모두 동일하게 급이하였다. 병원성 대장균 투여 후부터 매일 모든 시험동물들을 대상으로 설사 발생 상태를 조사하였다. 설사 발생 상태 조사는 설사지수를 측정 방식으로 실시하였다. 설사지수 측정은 통상 사용되는 Fecal Consistency(FC) score(정상: 0, 연변: 1, 묽은 설사: 2, 심한 설사: 3)를 측정하는 방식으로 실시하였다. 그 결과는 표 2와 같았다.
설사지수 측정 결과
병원성 대장균 투여 후 경과 일 0 1 2 3 4 5 6
대조군(박테리오파지 액 미 투여) 1.0 1.5 1.5 1.5 1.25 1.0 0.75
실험군(박테리오파지 액 투여) 0.5 0.5 0.5 0.25 0 0 0
이 결과로부터 본 발명의 박테리오파지 Esc-COP-9가 병원성 대장균을 원인으로 하는 감염 질환의 치료에도 매우 효과적이라는 것을 확인할 수 있었다.
실시예 6: 사료첨가제 및 사료의 제조
박테리오파지 Esc-COP-9 액을 이용하여 사료 첨가제 1 g당 1× 109 pfu의 박테리오파지 Esc-COP-9가 포함되도록 사료첨가제를 제조하였다. 사료첨가제의 제조 방법은 박테리오파지 액에 말토덱스트린을 첨가(50%, w/v)한 다음에 동결건조시켜 제조하였다. 최종적으로 고운 가루 형태로 분쇄하였다. 상기 제조 과정 중의 건조 과정에는 감압 건조, 가온 건조, 상온 건조도 대체 가능하다. 대조 실험을 위해, 박테리오파지가 포함되지 않은 사료첨가제도 박테리오파지 액 대신에 박테리오파지 액의 제조 시에 사용한 완충액(buffer; 10 mM Tris-HCl, 10 mM MgSO4, 0.1% Gelatin, pH 8.0)을 사용하는 방식으로 제조하였다.
이렇게 제조된 2종의 사료첨가제 각각을 중량비로 1,000배의 양돈용 사료와 혼합하여 최종 2종의 사료를 제조하였다.
실시예 7: 음수첨가제 및 소독제의 제조
음수첨가제나 소독제는 그 활용에서만 차이가 나고 제형은 동일하므로 같은 방식으로 제조하였다. 박테리오파지 Esc-COP-9 액을 이용하여 음수첨가제(또는 소독제) 1 ml당 1× 109 pfu의 박테리오파지 Esc-COP-9가 포함되도록 음수첨가제(또는 소독제)를 제조하였다. 음수첨가제(또는 소독제)의 제조 방법은 박테리오파지 액 제조 시에 사용하는 완충액 1 ml당 1× 109 pfu의 박테리오파지 Esc-COP-9가 포함되도록 상기 박테리오파지 Esc-COP-9 액을 첨가하여 잘 혼합해 주는 방식으로 제조하였다. 대조 실험을 위해, 박테리오파지가 포함되지 않은 음수첨가제(또는 소독제)로는 박테리오파지 액의 제조 시에 사용한 완충액 자체를 그대로 사용하였다.
이렇게 제조된 2종의 음수첨가제(또는 소독제)는 부피비로 1,000배의 물로 희석하여 최종적인 음수 또는 소독제로 사용하였다.
실시예 8: 돼지 사육에서의 사양 효과 확인
실시예 6 및 실시예 7에서 제조한 사료, 음수 및 소독제를 이용하여 돼지 사육 시의 사양 결과 개선 여부에 대하여 조사해 보았다. 특히 본 조사는 폐사율 관점에서 실시되었다. 총 30 마리의 자돈을 10 마리씩 한 그룹으로 총 3개 그룹(사료로 급이한 그룹-A; 음수로 공급한 그룹-B; 소독 처리한 그룹-C)으로 나누어 4주간 시험을 실시하였다. 각 그룹은 다시 5마리로 구성되는 소그룹으로 나누어지며 각 소그룹은 박테리오파지 Esc-COP-9가 적용된 소그룹(소그룹-①) 및 박테리오파지가 적용되지 않은 소그룹(소그룹 ②)으로 나누었다. 본 시험에 대상이 된 자돈은 20일령의 이유 자돈이었으며, 각 시험 소그룹의 자돈은 일정 간격을 두고 위치한 격리된 각각의 분방에서 사육되었다. 각 소그룹은 다음의 표 3과 같이 구분되고 지칭되었다.
돼지 사양 시험에서의 소그룹 구분 및 표시
적용 소그룹 구분 및 표시
박테리오파지 Esc-COP-9 적용 박테리오파지가 적용되지 않음
사료로 급이한 그룹 A-① A-②
음수로 공급한 그룹 B-① B-②
소독 처리한 그룹 C-① C-②
사료 급이의 경우에는 실시예 6에서 제조한 사료를 표 3의 구분에 따라 통상적인 사료 급이 방식을 따라 급이하였으며, 음수 급이의 경우에는 실시예 7에서 제조한 음수를 표 3의 구분에 따라 통상적인 음수 급이 방식에 따라 급이하였으며, 소독 처리의 경우에는 일주일에 3회씩 기존 소독과 번갈아 가면서 실시하였다. 본 발명의 소독제를 분무하는 날은 통상의 소독제를 이용한 소독은 실시하지 않았다. 시험 결과가 표 4에 제시되어 있다.
그룹 폐사율(%)
A-① 0
A-② 60
B-① 0
B-② 60
C-① 0
C-② 60
이상의 결과로 본 발명에 따라 제조된 사료 및 음수의 급이와 본 발명에 따른 소독 처리가 돼지 사육에서의 폐사율 감소에 효과가 있음을 확인할 수 있었다. 이로부터 본 발명의 조성물의 적용이 돼지의 사양 결과 개선에 효과적이라는 결론을 내릴 수 있었다.
이상으로 본 발명의 특정한 부분을 상세히 기술하였는바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적인 기술은 단지 바람직한 구현 예일 뿐이며, 이에 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백하다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항과 그의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
[수탁번호]
기탁기관명: KCTC
수탁번호: KCTC 13131BP
수탁일자: 20161017
SEQUENCE LISTING <110> iNtRON Biotechnology, Co. Ltd. <120> Escherichia coli bacteriophage Esc-COP-9 and its use for preventing proliferation of pathogenic Escherichia coli <130> KP090493 <160> 1 <170> PatentIn version 3.2 <210> 1 <211> 51102 <212> DNA <213> Bacteriophage Esc-COP-9 <400> 1 atattgaaac agcttttgac cttgcgaagc agtctgataa aatggcggcg cagcgtaaat 60 ctgttaaggg cgattctttc gagtctggca agagtgaaaa aaccgactcc cttgatccga 120 ctgcgcgttt gaaaaaactt aaataaggag aaataaacat ggctacaatt ggagcaagtt 180 attttgctgt aatgtctcgt gcgttacctg gtcaggtttc tgacacttca gcttataata 240 ttgatggcgc ttgtgttctt gagaatgcgg aaggaaacca gaacaaaaac atttttgttg 300 gtgttgcagt ccagcatggc ggcgttgatg ctatgggcaa taagctaatt aagccgatgg 360 cggcaagcgg caaggcttac ggtgttgcaa ttcgatccca cttccagacg acttcggctg 420 acggtcgaat gatttatgag tctggcggcg gaatcaacgt aatgactgag gggcgtgttt 480 ggatgttggc taaagacgct tccgcaccag cgttcggcgc tacaatcaaa ctgtctgatg 540 atggtcaggt tgataccgcg tctggtacta tcgaaaccaa ctggatcgcg actggtgatt 600 tcaccaagtt tcaagacttg aagctggtag aggttcaggt acaaaaagtt 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Claims (5)

  1. 대장균을 특이적으로 사멸시킬 수 있는 능력을 갖고 서열번호 1로 표시되는 유전체를 갖는 것을 특징으로 하는 자연으로부터 분리된 시포비리대 박테리오파지 Esc-COP-9(수탁번호 KCTC 13131BP).
  2. 제1항의 박테리오파지 Esc-COP-9(수탁번호 KCTC 13131BP)를 유효성분으로 포함하는 병원성 대장균의 감염 방지 및 병원성 대장균의 감염 치료용 조성물.
  3. 제2항에 있어서, 상기 조성물은 사료첨가제, 음수첨가제, 또는 소독제 제조 용도로 사용되는 것을 특징으로 하는 병원성 대장균의 감염 방지 및 병원성 대장균의 감염 치료용 조성물.
  4. 제2항 또는 제3항에 의한 박테리오파지 Esc-COP-9(수탁번호 KCTC 13131BP)를 유효성분으로 포함하는 조성물을 사람을 제외한 동물에 투여하는 단계를 포함하는, 병원성 대장균에 의한 감염을 방지 또는 병원성 대장균의 감염을 치료하는 방법.
  5. 제4항에 있어서, 상기 조성물이 사료첨가제, 음수첨가제, 또는 소독제 용도로 사람을 제외한 동물에 투여되는 것을 특징으로 하는 병원성 대장균에 의한 감염을 방지 또는 병원성 대장균에 의한 감염을 치료하는 방법.
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