KR101751406B1 - 에피토프의 지정 확장에 의해 지정 서열 중합체 조성물을 포함하는 백신을 설계하고 제조하는 방법 - Google Patents

Abstract

본 발명은 에피토프로서 작용하고 백신으로서 유용한 지정 서열 중합체(DSP) 혼합물을 포함하는 조성물을 제조하는 방법을 포함하며, 이러한 DSP는 공지된 에피토프의 기본 또는 본래의 아미노산을 치환하는 아미노산들의 동일성과 존재 빈도에 관한 일련의 규칙들에 따라 합성된다. 생성된 조성물은 백신, 바람직하게는 면역 회피성 감염인자에 대한 백신으로서 치료적으로 사용되는 관련 펩티드들의 혼합물이다.

Description

에피토프의 지정 확장에 의해 지정 서열 중합체 조성물을 포함하는 백신을 설계하고 제조하는 방법{METHODS FOR DESIGNING AND PREPARING VACCINES COMPRISING DIRECTED SEQUENCE POLYMER COMPOSITIONS VIA THE DIRECTED EXPANSION OF EPITOPES}

관련 출원

본 출원은 2007년 10월 16일에 출원된 미국 가출원 60/999,284와 2008년 4월 17일에 출원된 미국 가출원 61/124,689를 우선권으로 주장한다.

발명의 분야

본 출원은 개선된 펩티드 백신 조성물을 제조하는 방법 및 면역 회피(immune evasion)와 관련된 약화되고 부적절한 면역 반응을 극복하는 방법을 제공한다.

발명의 배경

감염성 병원체에 의한 숙주의 감염은 그러한 병원체가 숙주의 자연 면역계와 적응 면역계 둘 모두를 회피하려 하는 일련의 협조적 사건들(coordinated events)을 포함하는 복잡한 사건이다. 상기 침입 병원체가 복제되어 생존하려고 하는 경우, 이러한 병원체는 숙주 손상을 초래한다. 일반적으로 그러한 파괴는, 세포내로의 병원체 진입 또는 그러한 병원체에 의해 생성된 내독소/외독소로 인한 세포 치사의 형태 뿐만 아니라 추가의 조직 손상, 반흔화(scarring) 또는 과민성을 초래하는 기능을 하는 숙주 세포 반응을 유도하는 형태를 취한다. 1938년 내지 1952년 사이에는 감염성 질병 관련 사망률이 해마다 8.2% 감소하였지만 (Armstrong, GL et al, JAMA 1999, 281 :61-6,), 1980년대 이래로 감염성 질병으로 인한 사망률이 증가해오고 있다. 더 내셔널 센터 포 인펙츄어스 디지지즈(the National Center for Infectious Diseases)에서 수행된 연구는, 사망의 근본적 원인으로서의 감염성 질병으로 인한 사망률이 1980에서 1992년까지 58% 증가하였음을 나타내었다. 1992년에는, 1,000명의 사망자 중 64명이 감염성 질병으로 인한 것이었다 (Pinner, RW et al, JAMA 1996, 275:3).

감염성 질병의 메커니즘은 다음과 같은 2가지의 구별되지만 상호연관된 양상을 포함한다: (1) 다양한 생물체가 숙주에 침입하려고 하며, 각각의 상이한 부류의 감염인자(infectious agents)는 숙주의 면역계를 회피하게 하려는 독특한 수단을 지닌다는 것, 그리고 (2) 침입 병원체에 대한 숙주의 면역 반응. 사람은 이러한 두 가지 양상 둘 모두에서 감염성 질병을 방어하는데, 첫 번째 양상의 경우에는 감염인자가 접근하지 못하게 함으로써 (예를 들어, 위생 습관(sanitary habit)에 의해) 방어하고, 두 번째 양상의 경우에는 예를 들어 백신접종에 의해 면역계를 보조하고 증강(boosting)시킴으로써 방어한다.

감염성 질병에 대항한 싸움

본래두(small-pox), 폴리오(polio), 홍역(measles), 이하선염(mumps), 풍진(rubella), 헤모필루스 인플루엔자(Haemophilus influenza)에 의해 야기된 인플루엔자 (독감(flu)), 백일해, 파상풍 및 디프테리아와 같은 감염성 질병을 제어하기 위한 면역화 프로그램은 살아있는 생물체에 의해 병원체로 감염되기 전에 숙주에서 면역 반응을 안전하게 생성시키기 위해 수 백년전 기술을 사용하였다. 이러한 백신접종 프로토콜은 숙주에게 비활성 형태(inactive form) 또는 매우 약한 형태의 실제 병원체를 도입하는 것을 필요로 하였고, 그렇게 하는 경우 활성 면역 반응이 생성되었다.

백신접종을 더욱 효과적이 되게 하기 위해, 보다 강력한 면역 반응을 일으키는 데에 있어서 진보가 이루어져 왔는데, 애쥬번트 알룸(alum)과 같은 면역 활성을 증강시키는 항원/에피토프 비-특이적(non-specific) 치료제가 개발되었을 (참조: Vaccine Adjuvants and Delivery Systems, edited by Manmohan Singh 2007 Wiley & Sons ISBN: 978-0-471-73907-4; 백신 애쥬번트의 광범위한 검토를 위해 본원에 참조로 포함됨) 뿐만 아니라, 이러한 병원체들의 유전학적 기초의 이해를 기반으로 하여 면역원들이 개발되었다 (더 내셔널 센터 포 바이오테크놀로지 인포메이션에 의해 관리되는 데이터베이스인 GenBank는 현재 8백5십억개가 넘는 염기쌍을 이의 데이터베이스에 보유하고 있음. 병원체에 기반한 검색은 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/에서 널리 사용되고 있음). 병원체들의 유전학적 기초의 이해를 기반으로 한 면역원들의 개발은 체액성 면역 (B세포/항체 매개성 면역)이 아닌 세포 매개성 면역 (MHC 클래스 I 및/또는 II를 통해 T 세포에 의해 매개됨)과 관련하여 병원체로부터 유래되는 단백질들의 별개의 서열들을 면역화제로서 이용할 가능성을 열어주었다. 이러한 펩티드 기반 백신은, 면역계 성분들과 상호작용하는 항원성 물질들내의 정확한 부분들인 에피토프 (항원 결정기로도 일컬어짐)에 대해 특이적이고, 면역 반응성을 증강시키도록 의도되고, 면역 기능을 자극하도록 설계된 방법을 이용하여 투여된다. 에피토프/펩티드 기반 방법의 한 가지 주된 제약은 사람 MHC 클래스 I 및 II 수용체가 펩티드와 결합하는 데에 있어서의 가변성이다.

병원체의 다양한 유형의 비활성화의 형태로 또는 면역원성을 향상시키기 위해 애쥬번트를 사용하는 데에 있어서 기술 개선이 이루어졌지만, 통상적인 백신 요법에 대해 전반적으로 불응성인 감염성 질병이 남아있다. 바이러스의 특정 균주에 대해 특이적인 인플루엔자 백신과 관련하여, 임상적 효능 비율(efficacy rate)은 유행주(circulating strain)에 대한 매치(match)가 존재하지 않는 경우 거의 40% 범위이다 (Ben-Yedidia, T and Arnon, R, Expert Rev. Vaccine 2007, 6:939-948).

사람 면역결핍바이러스(HIV), 사이토메갈로바이러스 및 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스와 같은 감염인자 뿐만 아니라 슈도모나스 애루기노사(Pseudomonas aeruginosa), 나이세리아 고노레아(Neisseria gonorrhea) 또는 미코박테리움 튜버큘로시스(Mycobacterium tuberculosis)와 같은 세균 또는 말라리아 또는 구충(hookworm) 질병과 같은 기생충 질병을 처리할 수 있는 백신을 개발할 필요가 있다. 인플루엔자와 관련하여, 현재 허가된 백신은 계란에서 생성되며, 50년전 기술을 사용하고 있다 (Ben-Yedidia 2007, 상기 참조).

이와 같은 감염인자, 세균 및 기생충 질병은 숙주 검출을 회피하는 그러한 생물체의 능력으로 인해 비활성 병원체 백신 방법을 이용하여 처리하기가 보다 어려원 실정이다. HIV 또는 독감 바이러스는 1년 이하의 기간내에 이의 면역 프로파일을 수 차례 변화시키는 능력을 지니며, 이는 과거 감염에 의해 획득된 면역성 및/또는 심지어 가장 최근 제조된 백신의 효과를 떨어뜨린다.

특히, 전세계적으로 광범위하고 도처에 쉽게 퍼질 수 있는 독감 바이러스는 사람 인구에 대해 커다란 유해 효과를 나타내는데, 전체 세계 인구의 10 내지 20%에게 영향을 미친다 (Ben-Yedidia 2007, 상기 참조). 독감 바이러스는 A, B 및 C의 세 가지 유형으로 분류된다. 인플루엔자 C는 사람을 거의 감염시키지 않지만, 인플루엔자 A 바이러스는 다양한 종을 감염시시키고, B 바이러스는 사람에 대해 특이적이다. A와 B는 매우 독성일 수 있다. 사람 면역계는 독감 바이러스의 표면 단백질들인 헤마글루티닌(hemagglutinin, HA) 및 뉴라미니다아제(neuraminidase, NA)를 표적화함으로써 독감 바이러스를 공격한다. 그러므로, 독감 바이러스의 서브타입은 HA 유형과 NA 유형의 조합으로서 분류된다. HA는 2개의 서브유닛인 H1과 H2를 지닌 3가의 바이러스 당단백질이다. 이러한 바이러스는, α2-6 결합 시알로시드(sialoside) (사람) 또는 2-3 결합 시알로시드 (조류)에 결합함으로써 숙주 세포에 진입하기 위해 H1 부분을 사용한다 (Stevens, J et al., J. MoI. Biol. 2008, 381:1382-1394). HA의 2차 및 3차 구조가 설명되었다 (Wilson, IA et al, Nature 1981, 289:366-73). 현재, HA의 서브타입은 15개가 공지되어 있고, NA의 서브타입은 9개가 공지되어 있다.

사람 신체가 인플루엔자 감염에 대해 효과적으로 반격하는 데에 있어서의 어려움은 HA 단백질이 신속한 변이를 일으켜서 바이러스가 숙주 생물체의 면역계를 회피하게 할 수 있다는 사실에 있다. 평균 아미노산 치환율은 1년에 3.6회이다 (Smith, DJ et al. Science 2004, 305:371-6). 변이가 인플루엔자 HA의 소정의 에피토프 영역에서 일어나는 경우, 그러한 에피토프 영역에서는 2차 변이가 즉시 일어나지 않아서 HA에서의 변이 서열 클러스터의 일시적 출현의 선형 프로파일을 생성시킨다 (Plotkin, JB et al, Proc. Nat. Acad. ScL USA 2002, 99:6263-68). HA의 H1 서브유닛은 5개의 주요 항원성 에피토프를 지니는 것으로 밝혀졌다. 이러한 영역들에서, 변이의 양은 그러한 단백질의 다른 영역들에서 보다 훨씬 많다.

하나의 인플루엔자 균주에 의한 면역화에 의해 숙주에서 유도되는 면역의 경계와 범위를 이해하는 것이 중요한데, 상기 숙주가 또 다른 균주에 대해 어떻게 반응하는 지가 다음 백신 균주의 선택을 나타낸다. 인플루엔자 HA 단백질에서의 변이는 2개의 군으로 세분되는데, 항원 드리프트(antigenic drift)와 항원 시프트(antigenic shift)가 그것이다. 항원 드리프트는 HA의 단백질 서열이 변화함으로써 면역 회피를 일으키고 바이러스가 숙주 세포에 진입하여 복제되는 능력을 개선시키는 현상이다. 드리프트 측정 메트릭(metric)이 개발되었는데, 이는 해밍(Hamming)과 미야타(Miyata) 메트릭을 포함한다 (Miyata, T et al, J. MoI. Evol. 1979, 12:219-36; Henikoff, S et al, Proc. Nat. Acad. ScL USA 1992, 89:10915-19). 항원 드리프트는 정상 면역계를 지닌 건강한 사람에게는 통상적으로 치사성이지 않은 계절 독감 서지(surge)를 초래하지만, 세계 보건 기구(WHO)에 따르면 여전히 세계 사람 인구의 10 내지 20%에 영향을 미치는데, 심각한 질병 환자는 5백만명 이하이고 사망자는 50만명이다. 해밍 메트릭을 사용하여, 연구자들은 평균 2년 내지 5년 마다 번갈아 출현하는 새로운 우성(dominant) 클러스터로 인해 7년을 넘게 지속하는 구성원을 지닌 바이러스 클러스터 (드리프팅된 서열(drifted sequences))가 없음을 제시하였다. 다른 연구자들은 인플루엔자의 인터-팬데믹(inter-pandemic) 진화를 현저한 항원 변화가 없는 면역학적 중성 서열 진화의 간격으로서 특징화하였다. 이러한 정지(stasis) 기간 동안, HA의 가변 또는 에프토프 영역에서의 신속하고 극적인 과도한 아미노산 치환과 대비되는 공존하는 바이러스 계통의 느린 절멸(extinction)이 존재하는데, 이는 앞서의 변이체의 희생에 의한 새로운 우성 균주의 등장을 초래한다 (WoIf YI et al, Biology Direct 2006, 34: 1-19). 이러한 연구자들에 의해 느린 절멸 (드리프트(drift))의 기간에서는 가변 또는 에피토프 영역 대 비-가변 영역에서의 아미노산 치환수의 비가 9:8이지만, 신속한 절멸 (시프트(shift))의 기간에서는 그러한 비가 23:1인 것으로 결정되었다 (Wolf, 2006, above). 따라서, 변이체들의 클러스터를 규정하는 한 가지 수단은 에피토프 영역과 비-에피토프 영역 사이의 아미노산 변화비가 9:1 보다 작은 비를 지닌 현재 존재하는 균주들이다.

다른 한편, 항원 시프트는 2개 또는 그 초과의 항원성 부위에 걸쳐 4개 또는 그 초과의 아미노산 변화를 필요로 하는 주요한 변화이다 (Plotkin, 2002 상기 참조). 이러한 항원 시프트는 새로운 균주에 대한 사람의 면역학적 무경험성(naivete)으로 인해 사람에서 질병율과 사망률을 증가시킨다. 과거에, 스페인 독감 또는 홍콩 독감의 빠른 확산은 치명적이었다. 최근, 하기 더욱 상세히 설명되는 "조류 독감(bird flu)"인 H5N1 균주가 사람 범유행성(pandemic) 균주로 변화하는 위협이 나타나고 있다.

현대 세계는 다음 번에 유행할 바이러스 서브타입을 예측하고 이에 대해 사람들을 백신접종시킴으로써 인플루엔자 유행에 맞서 싸워왔다. 1952년에, WHO는 인플루엔자 유행에 대항하여 싸우는 것을 보조하기 위해 더 인플루엔자 프로그램(the Influenza Program)을 설치하였고, 전세계에 걸쳐 100개가 넘는 인플루엔자 감시 센터의 네트워크를 운용하고 있다. 이러한 센터는 헤마글루티닌 억제(HI) 검정으로서 알려진 시험을 이용하여 분리된 바이러스들의 항원 특성을 특징화하는데, 상기 검정은 적혈구를 응집시키는 바이러스의 능력과 그러한 응집을 억제하는 관련 균주들에 대한 항혈청의 능력을 측정한다. HI 검정의 결과는 항원 거리(antigenic distance)로 일컬어지는 단위로 측정되는데, 상기 단위 각각은 검정에서 항혈청의 2배 희석물(twofold dilution)에 상응한다 (Smith, 2004, 상기 참조). 이와 같이, 변이체의 클러스터를 확인하기 위한 후속 수단은 HI 검정에서 항혈청의 2배 이하의 희석물을 갖는 현존하는 균주이다.

미국에서는, 식약청의 생물의약품의 평가 및 연구 센터(CBER)의 바이러스 상품의 분과위원회의 백신 및 관련 생물학적 제품 자문 위원회 ("백신 위원회")가 HI 검정를 사용한 백신 제품을 위한 가장 관련있는 균주를 규정한다. 항원 거리가 2보다 크면, 백신 위원회는 다가올 계절을 위해 변이체를 업데이트한다(상기 Smith, 2004). 예컨대, 북반구의 2008-9 계절에 대해서는, 백신 위원회는 허가된 백신의 계절 상품(불활성화 내지 약독화 바이러스)에 대해, 인플루엔자 A에 대해 H1N1 A/Brisbane/59/2007과 H3N2 A/Brisbane/10/2007 및 인플루엔자 B에 대해 B/Florida/4/2006를 추천하였다.

다가올 계절의 백신 생산 및 분배에 대한 적절한 균주에 대한 백신 위원회의 선택은 항원성에 아주 크게 기초한다. 수량 분류학 또는 이의 동등물을 포함하는 항원성 데이타의 정량적 측정(Papaud, A, Poisson A, J Mar Res 1986, 44:385; Mecking S, Warner J, Geophys Res 1999, 104: 1 1087), 결합 데이타의 해석으로 서수적인 다양한 스케일을 사용하는 Lapedes 및 Farber의 방법(Wallace DWR, Ocean Circulation and Climate Academic Press San Diego, CA 2001 pp489-521)은 항원성 지도 또는 항원과 항혈청사이의 거리를 가시화할 수 있다. Lapedes 및 Farber 방법의 개선(Smith DJ, 2004, above; Sabine CL et al, Global Biogeochem Cycles 16: 1083, 2002)은 지도상의 항원 및 항혈청의 위치/오버레이를 정한다.

클러스터를 정의하는 다른 접근은 유전적(DNA) 데이타 구성에 의한 계통수내로의 구분이다. 국제적 감시 프로그램은 혈청학상의 신규 인플루엔자 균주를 확인하기 위해 다수의 수행된 시퀀싱에 의존한다(Layne SP, Emerg. Infect. Dis. 12:562-68, 2006). 조사관은 1983년 및 1997년 사이의 기간동안 H3N2 서브타입 인플루엔자 바이러스에서 발생된 중요한 항원성의 변화가 계통수의 내부 및 외부가 아닌 가지에서 우세한 것을 발견했다고 보고하였다(Bush, RM et al Mol Biol Evol 1999, 16:1457-65). 이와 같이, 변이체의 클러스터를 확인하기 위한 추가적인 다음 수단은 유전적 데이타를 사용해서 얻어진 현존 균주의 가지화 구조이다.

인간에 사용하기에 유용한 다양한 백신이 있다: DNA-기초한, 세포성, 생 병원체, 약독화 또는 비활성화된 병원체-기초한, 재조합 단백질 및 펩티드. 인간에게 사용하기 위한 불활성화된 계절성 백신이 현재 5개가 있고(Fluzone^®, Fluvirin^®, Fluarix^®, FluLaval^®, 및 Afluria^®), 1개의 생 약독화 백신이 있다(FluMist^®). 펩티드에 기초한 백신은 재조합되거나 합성될 수 있다. 1993년 이후, 전임상 연구에 1,000개 이상, 인간 I상 임상실험에 100개 이상, II상에 소수의 펩티드 기초한 백신이 있고, III 상을 진행하는 것은 없었다(Hans, D et al, Medicinal Chemistry 2006, 2:627-46).

매년 플루 백신 업데이트에 대한 후보 바이러스 서브타입은 역사적으로 가금류를 감염시킨 주된 조류 감염성 H5N1를 포함하지 않는다. 그러나, Scripps 연구 기관의 조사관들 및 다른 조사관들은 인간 감염성의 가능성을 갖는 변이체로써 Egret/Egypt/1162/NAMRU-3/06를 확인하였다(Stevens, 2008, 상기). 사실, 인간을 감염시키는 H5N1 바이러스의 보고는 증가하고 있다. 관련된 서브-균주의 노출이 부족하기 때문에, 인간에서 H5N1 감염은 종종 심각하게 영향을 미쳤다. 최근 생겨난 인간을 감염시키는 바이러스의 능력은 바이러스에 의한 SAα2- 3GaI로부터 SAα2-6Gal 수용체의 인식의 변경에 기초한다고 생각된다. 조사관들은 인간을 감염시키는 H5N1 바이러스는 2개의 모든 수용체를 인식할 수 있다고 발견하였다(Yamada, S et al, Nature 2006, 444:378-82).

비록 질환을 어느 정도 예방하기에 도움이 되지만, WHO의 인플루엔자 프로그램의 성공은 몇가지 이유로 제한된다. 그 하나의 이유는 감시 장소의 제한된 수이고, 인플루엔자 감염의 발병에 비하여 적은 샘플링 수이다(2004-2005년에 100,000 케이스당 약 6000개 샘플). 다른 문제점은 이러한 후보 항원 서브타입이 선택된 후, 백신을 제조하기에 걸리는 시간이다(Layne, Emerging Infectious Disease 2004, 12(4): 562-568). 이러한 어려움에 더하여 상기 언급한 항원 드리프트 및 시프트이다. 새로운 균주가 언제라도 나타날 수 있다.

다른 복잡한 현상은 에피토프 퍼짐 과정을 통한 면역 반응의 확산이며, 시간의 경과에 따라 숙주의 면역 시스템은 주변 에피토프에 대한 면역 공격의 표적을 변화시킨다(N. Suciu-Foca et al., Immunol. Rev. 1998, 164:241). 이와 같이, 시간경과에 대한 관련된 항원성 결정군의 조절의 불활성화는 단기간에 샘플 백신의 불활성화를 부여한다.

따라서, 이러한 조건에서 유효한 백신의 개발 및 제조를 위한 새로운 방법이 필요하다.

활성 펩티드를 생성하기 위한 전략

최근 수년동안 보다 개선된 표적화 및 일관된 품질을 달성하기 쉽고, 비감염성으로 안정성을 희망하여 전체 항원성 분자보다 합성 펩티드 에피토프에 기초한 백신이 연구되고 개발되었다. 이 결과들은 혼합되었다. 실제적 문제로서, 백신으로서 유용할 수 있는 하나의 펩티드 또는 제한된 수의 펩티드를 확인하기 위해서 시간 및 재원을 집중해야 한다. 또한, 상기 약술한 감염성 물질(agent)의 면역 회피 전략때문에, 펩티드 에피토프-기초한 백신은 전통적 백신의 단점을 극복하지 못하였다. 조사관은 바이러스내에 보존된 에피토프를 사용하는 것을 시도하였다. 이들 부위는 변이되지 않아서, 광범위 펩티드-기초한 백신의 개발을 위한 접근이 된다(Ben-Yedidia, 2007, 상기). 그러나, 짧은 펩티드를 사용한 이들 접근들에 있어 적용된 면역력은 T 세포 기초한 것이고, 애쥬번트 또는 담체 단백질(플라젤라)가 필요하고, 이미 존재하는 항체의 병원체와 입증된 싸울 수 있는 능력을 결핍시킨다(Zinkernagel, RM, Nobel Lecture December 8, 1996).

조합 화학(combinatorial chemistry: CC)의 개발 및 이용은 약물 발견을 진행시켰다. 약물 발견은 2개의 주된 단계, 선두 세대 및 선두 최적화로 일반화될 수 있다. 종종 선두 화합물은 상업적으로 실행가능한 치료제의 목적하는 특징을 다소 갖는 것으로 확인되지만, 낮은 특정 활성, 독성, 불안정성 등의 단점을 갖는다. 이와 같이, 선두 화합물이 확인되면, 연구원들은 유사한 구조를 갖는 다른 관련 화합물들을 실험하는 것에 의해 선두 화합물을 최적화하기 위한 시도를 한다. CC는 연구원들에게 관심있는 표적에 대한 특정 활성을 갖는 화합물을 확인하기 위해 막대한 수의 후보군들로 이루어진 라이브러리를 만들고, 빠르게 스크린하는 것을 허용한다.

펩티드 기반 약물에 있어, 목적은 특정 활성이 입증된 단일 또는 제한된 세트의 펩티드를 확인하는 것이다. 펩티드 라이브러리 합성에 적용될 수 있는 CC 기술은 또한 진보되어, 큰 다양성을 갖는 매우 믿을 수 있는 펩티드 순수 혼합물을 생산한다. 디콘볼루션(deconvolution)이라 불리는 이 같은 다양한 라이브러리로부터 관찰된 활성에 의존하는 단일 또는 제한된 세트의 펩티드를 확인하는 과정은 도 IA에 도시된다.

CC에 기초한 약물발견은 강력하지만, 디콘볼루션은 어렵고, 시간 및 비용이 과다하게 소요될 수 있다. 이와 같이, 디콘볼루션을 단순화하고 단계를 보다 효율적으로 하기 위해, 연구원들은 적합한 합성 방법을 개발하기 위해 많은 노력을 기울였다. 조합 방법의 서브타입의 얻어된 진보의 예는 하기를 포함한다: 다수 합성(multiple synthesis), 반복 합성(iterative synthesis), 위치적 스케닝(positional scanning) 및 1-화합물-1-비드 포스트 검정 확인 디자인. 기술 상태 및 어떻게 펩티드 에피토프를 성공적으로 확인할 수 있는가를 보기 위해 하기에 간략하게 기술한다.

"다중 합성(multiple synthesis)"은 확인된 화합물의 라이브러리를 제조하기 위해 동시에 별개의 화합물을 동시에 합성하는 임의의 방법을 제공한다. 이들 화합물의 확인은 합성의 규칙으로부터 알 수 있다. 예컨대, H. M. Greysen et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1984, 81 :3998에서 발견되고, 연구원들은 108개의 겹치는 펩티드로부터 GDLQVL를 족구병 바이러스의 VPI 단백질에 대해 발생된 항체에 의해 인식되는 에피토프로서 확인하였다.

"반복 합성/스크리닝"은 디콘볼루션이 수행되는 것 같이, 펩티드 서열의 결정을 촉진하는 펩티드 합성 방법을 포함한다. 이것은 펩티드 푸울(pool)을 합성하는 것에 의해 수행되고, 각각의 푸울은 연구원들에게 확인되고 알려진 2개의 아미노 말단 잔기를 갖는 펩티드로 구성된다. 이들 펩티드는 O₁O₂XXXX로 나타낼 수 있고, 여기서, O1 및 02은 확인된 잔기이고, X는 무작위로 선택된다. 표적에 결합하는 펩티드를 포함하는 푸울이 확인될 때, 2개의 아미노 말단 잔기가 알려진다. 다음 단계는 펩티드를 합성함에 의해 3위에 대해 동일하게 수행되며, FiF₂O₃XXX로 나타낼 수 있고, 여기서 O3는 고정된 잔기이다. 다음 잔기는 유사한 방법으로 결정된다. 반복 합성의 예는 R. A. Houghten et al, Nature 1991, 354:84-86에서 확인될 수 있고, 연구원들은 ELISA 타입 검정 포맷을 사용하여 YPYDVPDYASLRS를 확인한 후에 코어 에피토프로서 서열 DVPDYA를 연구하였다.

"위치 스캐닝(positional scanning)"은 각각의 개별 펩티드의 활성을 결정하는 것을 가능하게 하는, 펩티드의 복합 혼합물을 생산하는 합성 방법이다. 상기 스크리닝 결과에 기초하여, 유도된 펩티드는 그 후 최적화를 위해 별개로 합성될 수 있다. C. Pinilla et al, Biochem J. 1994, 301 :847- 853 참조, 여기서는 위치 스캐닝 라이브러리는 동일 YPYDVPDYASLRS-결합 항체에 결합하는 데카펩티드를 확인하기 위해 사용되었다. 이 경우, 각각 20개 푸울을 포함하는 10개의 다른 라이브러리가 펩티드내에 각각 10 위치에서 확인된 아미노산을 갖는 것으로 분류된다. 15개의 펩티드가 확인되었다.

각각의 상기 방법들은 효소 기질(J.H. Till et al., J. Biol. Chem. 1994, 269:7423-7428, J. Wu et al, Biochemistry 1994, 33: 14825-14833, W. Tegge et al., Biochemistry 1995, 34: 10569- 10577) 또는 효소 억제제 (M. Bastos et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1995, 92:6738-6742, Meldal et al, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1994, 91 :3314-3318, R.A. Owens et al, Biomed Biophys. Res. Commun. 1994, 181 :402-408, J. Eichler et al, Pept. Res. 1994, 7:300-7)을 확인하기 위해 또한 사용되었다.

치료제로서, 특정 펩티드의 확인은 강력하고 명확하며, 이와 같이 확인된 펩티드는 유일한 그 자체가 유효하지 않는 리드 펩티드일 수 있다. 만일 자체 단백질을 닮거나 완화하려는 치료 목적인 그 질환을 가능하게 악화시킨다면, 확인된 펩티드 에피토프는 면역계에 의해 무시될 수 있다. 그러나, 유사한 서열의 펩티드를 디자인함에 의해, 이같은 펩티드에 기초하며, 당업자는 면역반응의 조절인자 및/또는 면역원성 반응의 자극인자로서 작용할 수 있는 에피토프 반응성 아날로그를 제조할 수 있다.

이 같은 연구의 하나는 변경된 펩티드 리간드(APL)의 제조이다. 이 접근은 도 IB에 도시된다. APL는 본래의 면역원성 펩티드 리간드의 서열과 같이 출발 서열로부터 변경되는 소수의 아미노산을 포함하는 아날로그 펩티드로 정의된다. 본래의 반응의 인식이 길항체-유사 반응을 유도하는 반면, APL은 또한 부분적 효능제 반응을 유도하거나, 반응성 T 세포 군에 에너지 상태를 유도할 수 있다. 동종이식편 거부 치료의 내용, Fairchild 등, Curr. Topics Peptide Protein Res. 2004, 6:237-44중 APL의 고찰에서 하나의 TCR에 대한 길항제로서 작용하는 APL은 다른 것에 대해서는 효능제가 될 수 있어, APL의 합리적 디자인을 까다롭게한다. APL의 개발의 장애를 강화하는 것은 동물계에서 개발된 반응을 인간에게 적용하는 어려움이다.

실례는 다발성 경화증을 일으키는 자가면역 반응의 타켓으로 보고된 수초 염기성 단백질, MBP83-99 ( EN PVVH E F K NIVTPRTP)의 에피토프에 기초한 APL이다. APL은 진하고 밑줄그어진 아미노산 잔기 "E", "N", "E" 및 "K,"를 치환시킴에 의해 수행되고, MBP83-99에 대한 중화 항체의 목적하는 활성을 갖는 것으로 보이는 아미노산 잔기 서열 AK PVVH L F A NIVTPRTP를 갖는 단일 펩티드를 확인할 수 있었다. Kim 등. Clinical Immunology, 2002, 104:105-1 14. 상기 펩티드는 펩티드에 대해 장기간 면역 반응성을 나타낸다고 보고된 제한된 인간 실험을 수행하였지만, MRI을 사용한 평가에 의해 치료는 임상적으로 효과가 없다고 판명되었다. 이와 같이, 확인된 바와 같이, APL은 치료제로서 사용될 수 있지만, 임상적 효능의 관점에서 이의 유효성은 제한될 수 있다.

회피 표적

감염성 질환을 예방하는 백신 개발의 내용중, 침투하는 병원체는 관련된 면역원성 에피토프에 가변성을 빠르게 일으키는 능력을 자연 선택에 의해 얻는다. 면역 탐지를 회피하는 회피 변이체를 생성하는 바이러스 변이의 예는 B형 간염, 인플루엔자, 및 HIV에 대해 보고되었다 (Tabor, E, Journal of Med. Virol., 2006, 78:S43- S47; Daniels, RS et al., EMBO Journal 1987, 6: 1459-65; D'Costa, S et al., AIDS Res Hum Retroviurses 2001, 17: 1205-9). 이러한 변이는 단일-에피토프 백신의 유용성을 계속해서 약화시킨다.

이에 따라, 연구자들은 백신으로서 사용되는 면역성-유발 에피토프의 혼합물을 형성시켜 변이성을 도입함으로써 이러한 한계를 극복하려고 시도하였다. 또한, 관련 펩티드들의 혼합물이 단일 펩티드 보다 치료학적으로 더욱 효과적일 수 있다는 것이 종래에 제시되었다 [Lustgarten et al, J. Immunol. 2006, 176: 1796-1805; Quandt et al, Molec. Immunol. 2003, 40: 1075-1087]. 단일 펩티드와 대조적인 펩티드 혼합물의 효과는 진화-유발 변이에 의해 광범위한 관련 에피토프와의 상호작용이 가능하다는 것이다. 이에 따라, 장시간 효과를 증대시키고 이를 유지하기 위하여, 이러한 종래 치료 방법이 변형되었다. 예를 들어, APL을 기초로 한 치료학적 조성물은 본래 펩티드와 조합한 APL 방법에 의해 형성된 다수의 펩티드, 또는 다른 APL을 포함할 수 있다 [Fairchild et al, Curr. Topics Peptide & Protein Res. 2004, 6:237-44]. 각 APL은 정의된 서열을 가지지만, 이러한 조성물은 하나를 초과하는 서열을 지닌 APL의 혼합물일 수 있다. 개념적으로 유사한 변형된 펩티드 리간드를 포함하는 반대 예는 백신접종에서 잠재적으로 유용한 펩티드의 제한된 여러 풀을 형성시키도록 에피토프 서열에서 병원체에 의해 형성된 상당한 변화를 이용함으로써, 면역 인식 (시간에 따른 면역원성 에피토프의 바이러스 변형, 예를 들어 변형된 펩티드 리간드의 생성)을 피하도록 병원체에 의해 생성된 변이의 정도를 감소시키려는 발명자들의 시도를 포함한다 [미국특허번호 7,118,874]. 이러한 발명에서, HCV 또는 인플루엔자 바이러스로부터의 별도의 과변이성 영역 서열이 비교되었다. 12% 보다 큰 빈도를 갖는 아미노산 변화는 2개 내지 64개의 상이한 펩티드의 혼합물에 도입되었다.

그러나, 여러 개의 가용성 펩티드 에피토프의 단순 혼합물은 가용성 펩티드 혼합물의 제조 있어서의 특정 문제, 예를 들어 혼합물 중의 각각의 펩티드의 일관된 비율 및 양을 전달하는데 있어서의 어려움을 갖는다.

펩티드 덴드리머는 가용성 펩티드 혼합물의 이러한 단점들 중 일부를 극복하기 위해, 및 다른 파악된 장점들을 제공하기 위해 고려되었다. 이러한 방법은 도 1C에서 개략적으로 나타나 있다. 덴드리머의 설계는 본래발생 생물학적 구조물의 두가지 특성, 즉 구형 구조와 리간드:기질 상호작용을 증폭시키기 위한 다원자가를 모방하도록 의도된다. 이러한 공통성 이외에, 덴드리머는 2 kDa에서 100 kDa 보다 큰 광범위한 크기를 갖는다는 보고와 함께 화학적 및 구조적으로 다양하다. 덴드리머는 두개의 종합적인 리뷰(comprehensive review) [P. Niederhafner et al, J. Peptide Sci. 2005 Dec;11(12):757-788; K. Sadler and J.P. Tarn, Rev. Mol. Biotechnol. 2002, 90: 195-229], 및 추가적인 문헌에서의 이들의 적용 [D. Zanini and R. Roy, J. Org. Chem. 1998, 63:3468-3491 ; J. Haensler and F.C. Szoka, Bioconjug Chem. 1993, 4:372-379; Tam, James P et al., J. Exp. Med. 1990, 171 :299-306]에 기재되어 있다.

덴드리머를 사용하려는 시도 및 이를 사용하는데 있어 성공적인 특정 양, 및 합성 및 정제 전략에 있어서의 일부 개선점에도 불구하고, 고비용의 제조 및 후속 분석 개발로 이러한 기술이 한층 더 상업적으로 개발되는 것에 방해된다.

상기 모든 전략은, 치료학적 펩티드 조성물에서의 변이의 장점을 인식하면서, 정의된 면역학적 반응을 유발시키는 하나 이상의 규정된 펩티드 서열이 존재한다는 개념으로부터 유도된다. 이러한 전략은 하나씩 수행되는 정의된 단일 변화의 도입에 의해 조절 펩티드를 증식시키고 다양화시키기 위해 시도되었다.

정의된 서열 펩티드 면역치료법과 함께 발달하는 전체적으로 상이한 방법은 랜덤(random) 에피토프 중합체를 사용하는 것이다. 랜덤 서열 중합체 (RSP)는 여러 비율로 두개 이상의 아미노산 잔기를 포함하는 아미노산 공중합체의 무작위적 순서 혼합물로서 기재될 수 있으며, 이는 이러한 아미노산 잔기의 무작위적 서열 결합에 의해, 바람직하게 펩티드 결합을 통해 공중합체를 형성시키며, 여기서 혼합물은 포유동물에 투여될 때 특정한 면역학적 반응을 야기시키거나 약화시키는데 유용하다. 서열 혼합물의 광범위한 다양성으로 인하여, 많은 수의 치료학적으로 유효한 펩티드 서열이 마찬가지로 혼합물에 포함된다. 또한, 임의의 특정 시점에서 치료학적으로 효과적이지 않지만 에피토프 시프팅(shifting)과 확산(spreading)이 일어나는 것 만큼 효과적인 것으로 드러날 수 있는 추가 펩티드로 인하여, 치료학적 조성물은 투여 요법 기간에 걸쳐 효과적일 수 있다. 이러한 방법은 도 1D에 개략적으로 나타나 있다.

코폴리머-1 (또한 Copaxone®, 글라티라머 아세테이트, COP-1, 또는 YEAK 랜덤 공중합체로 알려짐)은 Y, E, A, 및 K의 랜덤 공중합체를 포함하는 다발성 경화증의 치료를 위해 사용되는 FDA 승인된 상업적으로 입수가능한 치료제이다. 랜덤 공중합체는 PCT 국제공개번호 WO 00/05250, WO 00/05249; WO 02/59143, WO 0027417, WO 96/32119, WO/2005/085323, 미국특허공개번호 2004/003888, 2002/005546, 2003/0004099, 2003/0064915 및 2002/0037848, 미국특허번호 6,514,938, 5,800,808 및 5,858,964에 기재되어 있다. 이는 시간에 따라서 지속적으로 효과적인 몇 개의 다발성 경화증용 치료제 중 하나이다.

다른 RSP 및 관련된 펩티드 조성물을 형성시킴으로써 COP-1을 성공적으로 수득하기 위한 시도가 계속되었다. WO/2005/074579 ('579 공개문)에는 여러 아미노산 조성물의 복잡한 펩티드 혼합물이 기재되어 있다. 상기 기술내용은 또한 합성 규칙의 랜덤 특성에 의해 선택되는 것 보다 특정 위치에서 아미노산을 정의하는 다양성-제한 메카니즘을 포함한다. 이러한 다른 시도는 스트로밍거 등(Strominger et al. (WO/2003/029276))에 의해 시작되고 추가로 라스무센 등(Rasmussen et al. (US 2006/0194725))에 의해 발전된 방법으로서, 여기서 이들은 상이한 아미노산 비율을 갖는 아미노산 Y, F, A 및 K로 이루어진 RSP를 형성시켰으며, COP-1 알라닌 내용물 보다 평균적으로 보다 짧은 길이는 보다 높은 알라닌 함량 (10-60 몰퍼센트)을 갖는 EAK 중합체가 어떻게 "보다 양호한 항원"을 생산하는지를 기재하고 있는 문헌 [Pinchuck and Maurer, J. Exp Med 122(4), 673-9, 1965]을 기초로 증가되었으며; 라스무센 등(Rasmussen et al.)은 실제로 1:1:1:1의 YFAK 투입률이 1:1:10:6의 투입률을 갖는 YFAK 제조물과 비교하여 리콜 반응(recall response)을 수행하는데 효과적이지 않다는 것을 증명하였다.

WO/2005/032482 ('482 공개문)에는 [EYYK]로 예시되는 모티프를 기초로 한 퇴화 펩티드 서열을 형성시키기 위한 다른 방법이 기재되어 있다. 이러한 모티프는 그 상태로 사용되거나 아미노산 치환에 의해 변화될 수 있다 ('482 공개문의 10쪽-11쪽에서 정의됨). COP-1과의 큰 차이는 알라닌의 결여에 의한 것이다. 수많은 발명은 모티프의 아미노 말단에서 D-아미노산의 존재를 조건으로 삼는다.

규정된 펩티드 검색에 대한 단계들을 다시 추적하면서, 또한 RSP 혼합물내에 활성 펩티드(들)를 식별하는 것이 시도되었다. 이러한 기술의 단점은 COP-1을 포함하는 랜덤화를 위한 별도의 치환체를 결정하기 위한 시도의 상당한 특성에 있다.

랜덤 서열 중합체 방법이 효과적일 수 있지만, 심지어 이러한 개선은 예를 들어, 각 모티프에서 효과적인 것의 정의되지 않은 특성, 및 큰 비율의 실제 불활성 펩티드의 함유, 활성 성분 농도의 저감, 또는 면역계의 보다 불리한 자극의 가능성을 갖는 COP-1의 단점 및 한계를 해소하지 못한다. 또한, 이러한 화합물들은 로트에서 로트로 일관되게 제조하고 수득하기에 어렵다.

이러한 모든 방법은 종래 존재하는 시스템의 단점들을 극복하지 못하며, 병원체에 대해 일관 되게 및 시간에 따라 유익한 면역 반응을 유도함으로써 백신으로써 효과적으로 제공되는 조성물 및 이러한 조성물을 형성시키는 방법에 대한 필요성이 존재하며, 이에 대해, 현존하는 백신 조성물은 효과적이지 않다.

발명의 개요

본 발명은 감염성 질환의 치료에서 면역 기능의 상향-조절로 면역 반응을 유도하기 위해 유용한 지정 에피토프 펩티드 혼합물을 포함하는 조성물을 설계하고, 제조하고, 투여하는 방법으로서, 공지된 서열의 염기 또는 본래 아미노산, 또는 에피토프를 치환하는 아미노산의 식별 및 발생 횟수와 관련한 한 세트의 규칙에 의해 정의되는 방법을 포함한다. 본 발명의 방법은 출발점으로서 공지된 서열 중 한 서열, 또는 에피토프를 사용한다. 에피토프를 구성하는 아미노산은 한 세트의 규칙에 의해 정의된 상이한 관련 아미노산의 도입에 의해 변형된다. 그 결과는 치료제 중에서 유용하고 치료제 자체로서 유용한 관련 펩티드의 혼합물인데, 이는 본원에서 "지정-서열 중합체(directed-sequence polymer)" 또는 "DSP"를 포함하는 조성물로서 기재된다. 이러한 조성물은 "DSP 조성물"로서 칭한다. DSP 조성물을 합성하는 방법은 특정 길이의 규정된 펩티드 서열의 아미노산 잔기들의 본래 순서를 이용하고 이러한 순서를 유지시킨다. 각 아미노산 위치는 규정된 규칙 세트를 기초로 하여 변화된다. 바람직한 구체예에서, 아미노산은 문헌[Kosiol et al., J. Theoretical Biol., 2004, 228:97-106]에 기술된 방법에 따라 치환된다. 대안적으로, 아미노산은 PCT/US2004/032598 10쪽-11쪽에 기술된 대표적인 치환에 따라 변화될 수 있다. 대안적으로, 아미노산은 소정의 병원체내에서의 변이체들 간의 소정의 위치에서의 차이에 따라 변화될 수 있다. 대안적으로, 아미노산은 소정의 병원체의 아종(sub-species)의 변이체들 간의 소정의 위치에서의 차이에 따라 변화될 수 있다.

본 발명의 고체상 합성 과정을 위하여, 펩티드에서 소정의 위치에 대한 아미노산의 혼합물은 각각의 아미노산의 비율에 의해 정의된다. 합성을 개시하기 전에, 이러한 비율은 펩티드를 따라 각 위치에 대해 결정된다. 생성된 지정 순서(directed order) 펩티드 혼합물은 다수의 관련 펩티드 서열을 포함한다.

DSP의 길이는 본래 정의된 서열 펩티드, 또는 최대 약 30 반복 길이의 임의의 길이의 본래 정의된 서열 펩티드 중 하나일 수 있지만, 요망되는 최종 생성물의 최종 길이에 의해 지시된다. DSP 서열 전장의 길이는 약 25개 내지 약 300개 아미노산, 및 바람직하게 약 45개 내지 70개의 아미노산일 수 있다.

DSP의 전체 길이를 고려할 때, 결합된 DSP에서 다른 모든 아미노산과 비교한 알라닌의 백분율은 평균적으로 5% 보다 크고, 평균적으로 90%를 초과하지 않을 것이다. 바람직하게, 알라닌 백분율은 평균적으로 10% 내지 70%이다. 더욱 바람직하게, 알라닌의 백분율은 평균적으로 15% 내지 35%이다.

DPS의 전체 길이 보다 작은 DSP를 포함하는 "카세트(cassette)"를 고려할 때, DSP의 섹션에서의 다른 모든 아미노산과 비교한 알라닌의 백분율은 항상 평균적으로 1% 보다 클 것이고, 평균적으로 99%를 초과하지 않을 것이다. 바람직하게, 알라닌 백분율은 평균적으로 5% 내지 95%이다. 카세트는 정의된 상대적 아미노산 비율을 갖는 DSP의 합성 단위이고, 식별된 에피토프의 서열을 포함한다.

혼합물의 복잡성(complexity)은 5 x 10²개를 초과하는 상이한 펩티드이다. 추가의 하나의 구체예에서, 혼합물의 복잡성은 1 x 10⁴개를 초과하는 상이한 펩티드이다. 추가의 하나의 구체예에서, 혼합물의 복잡성은 1 x 10⁶개를 초과하는 상이한 펩티드이다. 추가의 하나의 구체예에서, 혼합물의 복잡성은 1 x 10⁸개를 초과하는 상이한 펩티드이다. 추가의 하나의 구체예에서, 혼합물의 복잡성은 1 x 10¹⁰개를 초과하는 상이한 펩티드이다. 추가의 하나의 구체예에서, 혼합물의 복잡성은 1 x 10¹²개를 초과하는 상이한 펩티드이다. 추가의 하나의 구체예에서, 혼합물의 복잡성은 1 x 10¹⁴개를 초과하는 상이한 펩티드이다.

몇몇의 구체예에서, DSP 서열이 유래하는 기본 펩티드 서열은 표 I에 기재된 SEQ ID NO:1-7로 구성된 군으로부터 선택된다.

다른 구체예에서, 이러한 기본 펩티드 서열은 AIDS, AIDS 관련 합병증(AIDS Related Complex), 수두 (Varicella), 감기(Common cold), 사이토메갈로바이러스 감염, (Colorado tick fever), 뎅기열(Dengue fever), 수족구병, 간염, 단순포진, 대상포진, HPV, 인플루엔자 (Flu), 라사열(Lassa fever), 홍역(Measles), 마버그 출혈열(Marburg haemorrhagic fever), 감염성 단핵구증(Infectious mononucleosis), 이하선염(Mumps), 폴리오(Poliomyelitis), 진행성 다초점 뇌백질병증(Progressive multifocal leukencephalopathy), 공수병(Rabies), 풍진(Rubella), SARS, 본래두(Smallpox) (Variola), 바이러스성 뇌염, 바이러스성 위장염, 바이러스성 수막염, 바이러스성 폐렴, 웨스트나일병(West Nile disease) 및 황열(Yellow fever)로 구성된 군으로부터 선택된 바이러스 감염성 질환의 병리와 관련된 에피토프이다.

특히, 본 발명은 인플루엔자 백신을 개발하고 제조하는데 매우 적합하다. 인플루엔자 HA 단백질의 예시적인 서열은 SEQ ID NO: 8-16이며, 이로부터 부분적인 서열이, 에피토프로서 그리고 이에 따라 본 발명에 대한 기본 서열로서 본원에 기술된 추가 예를 기초로 선택될 수 있다.

다른 구체예에서, 이러한 기본 펩티드 서열은 탄저병, 세균 수막염, 보툴리눔독소증, 브루셀라증, 캄필로박터증, 고양이 찰상병, 콜레라, 디프테리아, 임질, 농가진, 레지오넬라증, 나병(한센병), 렙토스피라증, 리스테리아증, 라임병, 유비저, MRSA 감염, 노카르디아증, 백일해 (백일 기침), 페스트, 폐렴구균성 폐렴, 앵무새병, Q열, 록키산 홍반열 (RMSF), 살모넬라증, 성홍열, 이질, 매독, 파상풍, 트라코마, 결핵, 야토병, 장티푸스, 발진티푸스 (유행성 발진티푸스 포함), 및 요로 감염으로 구성된 군으로부터 선택된 세균 감염성 질환의 병리와 관련된 에피토프이다.

다른 구체예에서, 이러한 기본 펩티드 서열은 아메바증, 회충증, 바베스열원충증, 챠가스병, 간흡충증, 와포자충증, 낭미충증, 긴촌충증, 메디나충증, 포충증, 요충증, 간질증, 비대흡충증, 사상충증, 자유-생활 아메바 감염, 편모충증, 악구충증, 막양조충증, 포자충증, 칼라-아자르, 리슈만편모충증, 말라리아, 메타고니무스흡충증, 구더기증, 회선사상충증, 이감염증, 요충 감염, 열원충증, 옴, 주혈흡충증, 조충증, 개회충증, 톡소포자충증, 선모충증(trichinellosis), 선모충증(trichinosis), 편충증, 트리코모나스증, 및 파동편모충증 (아프리카 트리파노소마증 포함)으로 구성된 군으로부터 선택된 기생충 감염성 질환의 병리와 관련된 에피토프이다.

본 발명의 다른 구체예는 프리온-질병과 관련된 기본 펩티드 서열에 기초한다. SEQ ID NO: 17은 사람 프리온 단백질 서열이다. 관련된 펩티드는 SEQ ID NO: 17의 부분 서열로부터 선택된다.

본 발명의 다른 양태는, 자연 발생 면역 반응이, 면역 반응이 유도되는 에피토프와 관련된 병리를 예방하고 치료하는데 적합하지 않은, 상기 기술된 DSP를 포함하는 조성물의 제조 방법에 관한 것이다.

본 발명의 일 양태는 임의로 약제학적으로 허용되는 염으로서의 DSP 조성물을 포함하는 약제 조성물에 관한 것이다. 하나의 바람직한 구체예에서, DSP 조성물을 포함하는 상기 약제 조성물은, 면역 반응을 유리하게 변형시킬 필요가 있는 피검체에게 투여시에, 투여되지 않았다면 제한적이고 부적절했을 면역 반응을 유리하게 변형시키는데, 예를 들어 적절한 면역 반응을 증가시킨다.

본 발명의 다른 양태는 필요로 하는 피검체에게 DSP 조성물을 투여함에 의해 면역 반응을 향상시키는 방법에 관한 것이다. 특정한 하나의 구체예에서, 피검체는 바람직하지 않은 병리에 대해 단지 제한되고 부적절한 면역 반응을 나타낸다. 특정 구체예에서, 피검체는 당업자에 의해 인식될 수 있는 감염 질환 또는 유사 질환으로 인해 그러한 투여를 필요로 한다. 본 발명의 다른 양태는 일반화된 면역 기능을 촉진시키는데 유용하며 관심갖는 병리와는 무관한 기본 펩티드 서열을 포함하는 DSP 조성물을 투여함에 의해 작은(diminutive) 면역 반응을 치료하는 방법에 관한 것이다.

본 발명의 더욱 다른 양태는, DSP 조성물을 포함하는 약제 조성물을 투여하는 단계를 포함하여, 인플루엔자 감염으로부터 피검체를 보호하는 방법이며, 여기서 상기 인플루엔자 바이러스는 새로운 면역학적 서브타입이고, 상기 DSP 조성물의 기본 서열은, 그러한 보호가 요망되는 임의의 소정의 시점에서 가장 직전의 유행병을 일으켰던 인플루엔자 바이러스 서브타입의 헤마글루티닌으로부터의 에피토프를 포함한다. 상기 새로운 면역학적 서브타입은 항원 드리프트(drift) 또는 항원 시프트(shift)일 수 있다.

본 발명의 더욱 추가의 구체예는 관련된 인플루엔자 바이러스의 가장 최근에 우세한 클러스터의 모든 변이체에 대한 백신을 설계, 제조 및 투여하는 방법에 관한 것이다. 상기 바이러스는 인플루엔자 A, B 또는 C로부터 유래할 수 있고, 이는 인플루엔자 A 서브타입 H3N2, H1N1, 또는 H5N1, 또는 이의 미래의 시프트된 변이체일 수 있다.

도면의 간단한 설명

도 1a 내지 1d는 합성 펩티드에 기초한 치료법을 설계하는 대표적인 기술(depicting) 방법이다. 패널 A: 에피토프 확인을 위해 펩티드 라이브러리를 사용하는 방법; 패널 B: 변형된 펩티드 리간드에 기초한 치료법을 생성하기 위한 구상 단계; 패널 C: 다가 펩티드 제공을 위한 덴드리머의 개략도; 패널 D: 랜덤 서열 중합체 생성.

도 2는 지정-서열 중합체를 생성하기 위한 구상 단계에 대한 개략도이다.

도 3은 지정-서열 중합체를 제조하는 단계들을 도시한다.

도 4는 에피토프 투과성의 지정 확장을 위한 바람직하게 정의된 치환 규칙을 도시한다.

도 5는 DSP 합성의 치환에 대한 일반적인 규칙 구조 및 범위를 도시한다.

도 6은 모의-공급 펩티드를 이용하여 DSP 합성 규칙을 적용하는 예를 도시한다.

도 7a 내지 7e는 공급 펩티드로서 인플루엔자 에피토프를 이용하는 DSP 합성 규칙을 적용하는 예를 도시한다.

발명의 상세한 설명

본 발명은 이전 치료 방법의 가장 유용한 특성을 설명하지만 그럼에도 불구하고 각각의 제약이 해소된다. 본 발명은, 백신으로 투여하는데 유용한 복잡하지만 지정 펩티드 라이브러리를 형성하는 에피토프 변이성의 변경 및 축퇴를 통해 지정 확장을 생성시키기 위해, (1) 규정된 에피토프 펩티드의 특정의 면역학적 관련성, (2) APL의 조절 특성, (3) 바람직한 다가성, 및 (4) RSP로부터의 알라닌 함량을 이용한다. 이 방법이 도 2에 개략적으로 도시되어 있다.

본 발명은 "지정-서열 중합체(DSP)"에 관한 것이다. DSP는 기본 펩티드 서열로부터 유래한 서열을 갖는 관련된 펩티드의 라이브러리 내의 펩티드이며, 이는 목적하는 면역 반응과 관련된 나이브 에피토프일 수 있으나 이로 제한되지 않는다. DSP는 기본 펩티드 서열과는 상이한 하나 이상의 아미노산 잔기를 가지며, 이의 치환은 규정된 규칙에 의해 결정된다. 다수 DSP를 포함하는 DSP 조성물은 아미노산 변이, 및 기본 펩티드 서열에 대한 상기 서열의 임의의 소정의 위치에서의 아미노산 잔기의 도입이 일어나는 비를 규정하는 일련의 합성 규칙을 적용함에 의해 합성된다. 따라서, DSP는 단일 펩티드로서 합성되지는 않지만, 항상 다수의 관련된 DSP를 포함하는 조성물의 일부로서 합성되고, 이의 전체 혼합물은 재생가능하고 적용된 합성 규칙과 일치된다. 기본 펩티드의 선택으로부터 시작되는 DSP 조성물의 생성 단계에 대한 개략 사항은 도 3에 도시되어 있다.

I. 기본 펩티드 서열

의미있는 DSP 조성물을 생성하기 위해, 먼저 DSP가 유래하는 기본 펩티드 서열을 정의할 필요가 있다. 기본 펩티드 서열은 수많은 방법으로 유래될 수 있다. 이러한 목적에 유용한 펩티드 서열은 포유동물에서 면역 반응에 관련된 펩티드 서열이다. 대안적으로, 기본 펩티드 서열은 바이러스, 세균 또는 기생충으로 구성된 군으로부터 유래할 수 있다. 펩티드 서열의 추가 예는 예를 들어, 조합 화학에 의해 형성된 라이브러리의 스크리닝을 통해서와 같은 경험적으로 유래한 펩티드 서열이다.

감염성 질환-유래한 기본 펩티드 서열

배경기술 부분에서 간략하게 설명되어 있듯이, 감염성 질환에 대항하기 위한 백신의 사용은 면역치료의 전통적인 패러다임이다. 그러나, 전부 공지되진 않았지만 중요한 감염성 병원체는 종래 방법으로 제조된 백신으로 용이하게 치료된다. 치료적으로 그리고 예방적으로 효과적인 에피토프는 드러나지 않을 수 있거나(cryptic), 개발된 백신이 비효과적이도록 그리고 무관하도록 빈번하게 변형될 수 있다. 신속하게 진화하는 바이러스는, 백신이 효과적일 수 있는 환자 집단을 단편화하기 때문에, 동일한 면역학적 프로파일을 갖는 바이러스를 지닌 사람의 수가 작아지게 됨을 의미할 것이다. 또한, HIV, C형 간염 바리어스(HCV), 및 사람 유두종바이러스(HPV)와 같은 병원체에 의해 야기된 만성 감염은, 이들이 면역계를 회피하고 불량한 항원이라는 사실 때문에 면역 유도에 대해 상이한 방법을 필요로 할 수 있다.

배경기술 부분에서 설명된 바대로, 가장 회피성의(evasive) 감염성 병원체는 인플루엔자 바이러스이다. 습성의 사람 면역계는 바이러스로부터 2개의 주요한 면역원성 단백질, 헤마글루티닌(HA) 및 뉴라미니다아제(NA)를 인식한다. HA 분자의 헤드 또는 최정상부의 공지된 에피토프 영역은 과변이가능한 영역에 상응한다. 이들 서열은 고도로 변이가능하며, 사실상 분리된 서열들은 이 영역 내에서 변이성을 갖는다.

독감 백신에 대한 표적으로 잠재적으로 유용할 것으로 생각되는 다른 에피토프는 모든 인플루엔자 A 균주에서 보존되는 통합형 M2 단백질의 세포외 펩티드 M2e이다[참조: Ben-Yadidia, T. and Arnon, R., 2007, Expert Rev. Vaccines 6(6): 939-948].

HIV 치료에 대한 현재의 치료 계획은 발현 벡터를 이용한 하기 단백질의 발현, 및 직접적인 면역화 둘 모두에 의한, 클레드 B 개그(gag), 프로테아제, 역 전사효소, gp120 및 nef 펩티드 및 리포펩티드를 이용한 면역화를 포함한다. 다른 면역원성 및 치료학적으로 유망한 HIV 단백질은 gp41 및 env 단백질이다.

효과적인 백신 및 항체 치료가 이용가능한 A형 간염 및 B형 간염과는 다르게, C형 간염은 면역 반응을 회피하였다. 엔블로프 글리코단백질(E1/E2) 및 바이러스 유사 입자에 기초한 백신은 제한된 성공에 만족하였다.

이러한 단백질 및 에피토프의 펩티드 서열은 광범위하게 연구되었고 당업자에게 용이하게 입수가능하다. 예를 들어, 이들 단백질이 인용되는 리뷰에 대해서는 문헌(Berzofsky et al., J. Clin. Invest. 114: 450-462 (2004))을 참조하길 바란다. 추가로, 특히 인플루엔자 HA 및 NA 단백질에 관한 데이터 및 분석을 얻는데 유용한 면역 에피토프 데이터베이스 및 분석 자원에 대해서는 http://www.immuneepitope.org를 참고하길 바란다.

이러한 에피토프와 유사한 활성을 갖는 것으로 확인된 자연 발생형의 전장 단백질 또는 합성 펩티드의 일부로서 확인된 에피토프의 예가 하기 표에 기재되어 있다:

표 I: 에피토프의 예

실험적으로 유래된 기본 펩티드 서열

상기 부분에 기재된 대로, 질병 상태나 부작용에 다소의 유의성을 갖는 펩티드 서열을 관련 에피토프의 실험적인 조사를 통해 확인할 수 있다. 이러한 서열들은 질병 또는 질환을 치료하는데 유용한 것으로 입증된 비-자연 발생 펩티드 서열을 포함할 수 있고, 그 예가 국제특허출원 공개 WO 2006/031727, 미국특허 6,930,168 및 관련된 과학 공개문헌[Stern et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2005, 102:1620-25]에서 확인된다.

추가로, 에피토프는 합성 조합 펩티드 라이브러리의 위치 스캐닝 (예를 들어, 상기한 D. Wilson et al.의 문헌; 상기한 R. Houghten et al.의 문헌; Hernandez et al., Eur J Immunol, 2004, 34:2331-41), 또는 관심있는 전체 단백질의 중복되는 펩티드 서열을 만들고, 에피토프를 얻고자 하는 종 및 질환에 적합한 시험관내 또는 생체내 검정 시스템에서, 예를 들어 HI 검정, 바이러스 접종 모델, 또는 문헌(Current Protocols in Immunology Edited by John E Coligan, Ada M Kruisbeek, David H Margulies, Ethan M Shevach, Warren Strober NIH, John Wiley & Sons)에 기재된 것과 같은 그러한 목적에 유용한 임의의 판독 검정을 이용하여 면역 반응성에 대해 그러한 펩티드를 시험함에 의해 후보 서열을 확인함으로써 실험적으로 결정된다. 후보 분자는 예를 들어, 당- 및 개질된 당 첨가, 예컨대 글리코실화 및 글리코겐화(glycogenation) N 또는 S-연결된, 지방산 변형물, 예컨대 미리스토일화 또는 디설파이드 결합 함유에 의해, 합성 동안 또는 합성 후에 변형되는 펩티드를 포함할 수 있다.

후보 에피토프를 확인한 후에, 유력한 세트의 추가 관련 에피토프를 병원체의 아-균주 변이체, 클러스터 변이체, 드리프트 변이체, 시프트 변이체를 이용하거나 WO 2000/042559와 같은 용이하게 이용가능한 참조문헌에 개시된 예측 알고리즘 및 모델링을 이용하여 생성하고, 정렬시키고, 이러한 유력한 에피토프의 돌연변이, 유력한 항체 접근가능한 에피토프 또는 예측된 결합을 예를 들어 WO 2005/103679, WO 2002/073193 및 WO 99/45954에 개시된 이용가능한 예측 방법을 이용하여 분석한다. 가장 높게 예측된 활성/결합을 지니는 펩티드로부터의 선택은 예측된 서열의 40%를 채용하며 각 위치에서 임의의 소정의 아미노산의 비율을 획득한다. DSP 합성으로의 아미노산 혼입을 위한 규칙을 생성하기 위해 이러한 비율을 이용한다.

II. 지정-서열 중합체의 합성 규칙

DSP를 생성하는 단계는 순차적으로 하기를 포함한다:

(a) 질병과 관련된 것으로 공지되거나 여겨지는 단백질을 확인한다.

(b) 단백질 내에서 펩티드 또는 펩티드들을 선택하는데, 각각은 질병과 연관되고 면역적으로 적절한 고정된 서열을 지닌다. 펩티드가 기술되지 않은 경우, 관심있는 질병의 치료에 유용한 펩티드를 생성한다. 한 예시적인 방법이 관심있는 단백질의 전체 길이에 총괄적으로 걸치는 펩티드의 라이브러리를 생성하는 것이다. 이것은, 예를 들어 부분적인 엔도펩티다아제 소화 또는 펩티드 합성에 의해 수행될 수 있다. 펩티드는 예를 들어 글리코실화 및 글리코게네이션과 같은 당- 및 변형된 당 첨가, 미리스토일화와 같은 지방산 변형 또는 이황화 결합을 도입시킴에 의해 추가로 화학적으로 변형될 수 있다. 라이브러리를 기능적 검정 HI와 같은 적합한 검출 방법 또는 바이러스 챌린지 또는 표적 질환을 지닌 환자의 혈청에서 검출된 항체를 이용한 결합 친화력 결정과 같은 적합한 검출 방법을 이용하여 면역적으로 관련된 펩티드에 대해 스크리닝한다. 펩티드를 시험관내 또는 생체내 실험용 시스템에서 질환을 치료하기에 유용한 면역원성에 대해 추가로 조사할 수 있다.

(c) 아미노산 치환을 정의되거나 실험적인 두 세트의 규칙에 기초하여 결정하며 이는 하기에 개시된다;

(d) 규칙에 따라 DSP의 고체상 합성을 수행하고, 약제학적으로 허용되는 제형인 DSP를 백신으로서 전달한다.

DSP를 포함하는 조성물의 합성 규칙은 하기 개요된다. 간단히 말해, DSP를 기본 펩티드 서열의 길이와 동일한 길이 또는 그 길이의 배수인 규정된 길이를 갖는 폴리펩티드로서 구상할 수 있다. 기본 펩티드 서열의 각 잔기 위치에 대하여, 하나 이상의 치환 잔기가 정의된다. 합성 규칙은 그 위치에 대한 원래 기본 펩티드 잔기 중에서 임의의 소정의 잔기 위치를 차지하는 첫 번째 치환 잔기, 두 번째 치환 잔기, 세 번째 치환 잔기, 네 번째 치환 잔기, 다섯 번째 치환 잔기, 여섯 번째 치환 잔기 및 알라닌의 비율을 정의한다.

치환 잔기는 (1) 치환 잔기에 대한 원래 잔기의 관련 특성의 유사성의 합리적인 비교 및 소견에 따라, (2) 종들간 소정의 위치에서의 차이에 따라 (미생물의 경우 "혈청형" 및 "면역학적 혈청형" 포함), (3) 동일한 종들의 변이체 내에서 소정의 위치에서의 차이에 따라, 또는 (4) 기본 서열로부터 약간의 변이를 갖는 실제 펩티드의 상대 활성에 대한 보고된 실험 결과의 비교에 따라 정의된다. 이러한 두 접근법 중 어느 하나에서 정의된 치환 잔기를 본원에서 "보존 치환"이라 명명한다.

유사성의 합리적인 비교 및 소견의 예가 문헌[Kosiol et al, J. Theoretical Biol, 2004, 228:97-106]에 개시된 방법이다. 아미노산을 거기에 PAM 치환 매트릭스로서 언급된 매트릭스로 함께 분류한다. 도 4는 크기, 전하, 소수성 등과 같은 잔기의 특성에 기초하여 코시올(Kosiol)에 따라 아미노산 유사성을 나타내고 분류한 표이다. 도 4에서, 함께 분류된 아미노산은 상호교환될 수 있는 것으로 고려되며, 그룹에서 공통된 특성을 보유할 가능성이 높다.

기본 서열로부터 다소 변이를 지니는 펩티드의 상대 활성을 나타내는 실험적인 비교 결과도 치환 규칙을 위한 기초로서 이용할 수 있다. 관찰된 변화의 원인이 되는 펩티드 서열을 정렬하고 신규한 아미노산의 유형 및 존재%를 기입한다. 펩티드의 임의의 소정의 위치에서 하나를 초과하는 아미노산 치환이 존재하는 경우, 아미노산의 발생 빈도 및 원래 서열에 대한 활성 변화의 크기를 유력한 치환 순서를 결정하기 위해 고려한다. 관심있는 전체 단백질을 나타내는 펩티드와 중복되는 변경된 펩티드 리간드를 제조함에 의해 (Atkinson et al. , J. Clin. Invest. 94:2125-29; Meini et al, J. Clin. Invest. 92:2633-43) 또는 새롭게 (US Patents 7,058,515; 6,376,246; 6,368,861; 7,024,312; 6,376,246; 7,024,312; 6,961,664; 6,917,882) DSP 합성을 위한 규칙을 생성하는 전체 공정의 예가 라이브러리를 이용하여 획득될 수 있다 (Molec. Immunol. 40:1047-1055; Molec. Immunol. 40:1063-74; J Autoimmunity 20:199-201; and J. Immunol 163:6424-34). 간단히 말해, 관심있는 세포 물질을 검정 시스템으로서 선택하여 조사된 펩티드의 면역반응성을 정렬시킨다. 이러한 검정 시스템은 시험관내 또는 생체내 시스템일 수 있고, 적응 또는 선천 면역 반응성을 포함할 수 있다. 검정 시스템용 판독은 단백질의 활성화 상태, 단백질의 국부화에서의 변화, 단백질을 엔코딩하는 mRNA의 발현, 단백질의 상대 농도, 특이적 세포 유형의 생성에서의 변화, 세포 표현형의 변화, 세포 활성화의 변화, 세포 수의 변화, 기관 크기 또는 기능의 변화, 동물 거동 또는 표현형의 변화, 적혈구의 혈구응집 또는 생존에서의 상태를 상향조절하거나 하향조절할 수 있다. 일단 검정이나 검정들을 수행하면, 결과를 분석하여 임의의 특정 아미노산의 보존 치환으로서의 유행을 결정한다. 펩티드 서열 내의 소정의 위치에서 여섯 개를 초과하는 잔기가 면역 기능의 변화를 생성하는 것으로 확인되면, 먼저, 조사된 펩티드에서의 표시 빈도에 의해, 그리고 다음으로 유도된 변화의 크기에 의해 상위 여섯 개의 잔기가 유도된다. 일단 선택되면, 잔기의 상대적인 양이 정의된다. 도 5에 도시된 대로, 각 카세트 "y"는 염기 (a), 일차 변화 (b), 이차 변화 (c), 및 삼차 변화 (d)에 대해 약 0-100의 범위를 지니는 한 세트의 아미노산 비율을 서로 지니는 반면, 알라닌 (e)는 약 0.5-100.0의 비율을 지닌다. DSP 합성 규칙은 지정된 순서로 카세트의 조합을 계속한다. 동일한 블록이 순차적으로 반복되거나 또 다른 블록에 의해 분리될 수 있다. 카세트의 한 쪽에서는 서열이 N- 및 C-말단 변형인자이다. 카세트의 수는 25개 아미노산 보다 길고 300개 아미노산 보다 짧을 것이 요구되는 DSP의 말단 길이의 요건에 의해 지시된다. 바람직하게는, DSP의 전체 길이가 약 300개 아미노산 내지 150개 아미노산이다. 보다 바람직하게는, DSP의 전체 길이가 약 45개 아미노산 내지 약 70개 아미노산이다.

도 6에 개시된 대로, 본 발명은 분리된 카세트로서 정의되고 순차적으로 합성되는 다중 에피토프를 구상한다. 동일한 DSP 내에서 카세트 비율은 상이한 비율의 아미노산을 지닐 수 있다. 추가로, 세 개 미만의 비-알라닌 아미노산 치환이 존재하는 경우, '분실(missing)' 치환의 비율이 기본 서열에 첨가된다. 추가로, 카세트는 전체 DSP 합성에서 다수 출현하며 임의의 순서로 정위될 수 있다. N- 및 C-말단 변형이 각각 전체 DSP 카세트의 앞과 뒤에 존재한다. 도 7a에 도시된 대로, 단일 기본 펩티드 서열은 본 실시예에서 분리된 카세트 y1, y2, 및 y3으로서 정의된 1을 초과하는 비율을 지닐 수 있다. 개개 카세트는 도 7b에 도시된 대로 전체 DSP 합성에서 다수 출현하며 임의의 순서로 정위될 수 있다.

카세트는 1회를 초과하여 반복될 수 있다. 카세트의 요망되는 배수 이후에, DSP의 요망되는 길이에 아직 도달하지 않았으면, DSP 서열을 동일한 공정을 적용시켜, 아마도 원래 잔기, 치환 잔기, 이차 치환 잔기, 및 알라닌 잔기의 상이한 비율을 이용하여 추가로 규정한다.

N 또는 C-말단의 DSP 변형인자가 합성 규칙에 첨가될 수 있다. 이러한 변형인자의 목적은 이로 제한되는 것은 아니나 KLH, 오브알부민 또는 소혈청 알부민과 같이 면역원성을 개선시키는 것과, RDG-기재 아미노산 서열 (미국특허 5,773,412; 5,770,565)이 표적화 부분으로서 이용되거나, HLA-DR 종의 넓은 어레이에 결합되는 것으로 공지된 펩티드, 예컨대 AKAVAAWTLK AAA (미국출원 공개 2006/0018915)가 DR-표적화 부분으로서 이용되는 경우에서와 같이 특이적 단백질에 대한 결합을 개선시키기 위한 것을 포함한다. 이러한 변형인자는 서방성 전달 시스템을 포함하는 전달 시스템에 대한 착물화를 개선시키는 부분을 포함할 수 있다. 변형인자는 재흡수될 수 있는 매트릭스 구성물/합성될 수 있는 백본, 예컨대 PLGA일 수 있다. 변형인자는 D-아미노산과 같은 프로테아제 내성 부분일 수 있다.

따라서, 임의의 소정의 기본 펩티드 서열의 경우에, 재현성 있는 일관된 DSP의 혼합물을 포함하는 조성물을 수득하기 위해 한 세트의 합성 규칙이 적용된다.

III. 펩티드 합성 방법

펩티드 합성을 위해 적합한 임의의 공지된 고체상 합성을 이용하여, 예를 들어 메리필드(Merrified)에 의해 최초에 개시된 대로 (J. Am. Chem. Soc, 1963, 85:2149) DSP 및 이의 임의의 변이체를 포함하는 조성물을 합성할 수 있다. 보다 구체적으로, 합성은 Fmoc 보호된 아미노산을 이용한 고체상 펩티드 합성(SPPS) 접근법에 의해 다단계로 수행된다. SPPS는 적합한 경우 측쇄 보호기를 갖는 보호된 아미노산 유도체의 중합체 지지체(비드)로의 연속된 첨가에 기초한다. 염기-불안정한 Fmoc 기가 N-보호에 사용된다. 보호기를 제거한 후 (피페리딘 가수분해를 통해), 다음 아미노산 혼합물을 커플링 시약(예를 들어 TBTU)으로서 우라늄 염을 이용하여 첨가한다. 최종 아미노산을 커플링시킨 후, N-말단을 아세틸화한다.

생성된 펩티드 (이의 C-말단을 통해 중합체 지지체에 부착됨)를 TFA 또는 TFA 절단 칵테일로 절단하여 미정제 펩티드를 수득한다. 이 절단 단계 동안, 모든 측쇄 보호기도 절단된다. 디이소프로필 에테르로 침전시킨 후, 고체를 여과하고 건조시킨다. 생성된 펩티드를 분석하고 8℃ 이하에서 저장한다.

추가로, 펩티드 서열의 임의의 주어지 위치에서 하나를 초과하는 아미노산 종을 제어된 속도로 혼입시키는 합성을 가능하게 하는 임의의 펩티드 합성 방법이 본 발명에 사용하기 적합하다. 추가로, 하기 개시된 대로, DSP는 펩티도미메틱이거나 비본래 또는 변형된 아미노산을 포함할 수 있는데, 이는 그러한 화학적 종을 합성된 중합체의 그 지점까지 첨가시킬 수 있는 개작을 필요로 한다.

합성은 비본래 아미노산, 또는 아미노산 유사체를 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, DSP는 본래 발생 및 합성 유도체, 예를 들어 셀레노시스테인을 포함한다. 아미노산은 추가로 아미노산 유사체를 포함한다. 아미노산 "유사체"는 상이한 형태를 지니는 아미노산의 화학적으로 관련된 형태이고, 예를 들어 이성질체, 또는 L-형태라기보다 D-형태, 또는 아미노산의 대략의 크기 및 형상을 갖는 유기 분자, 또는 펩티드 결합에 수반된 원자에 변형을 지녀 폴리펩티드에서 중합될 때 프로테아제 내성인 아미노산이다.

본 발명에 사용되는 DSP는 L- 또는 D-아미노산 또는 이들의 혼합물을 포함할 수 있다. 당업자에게 공지된 대로, L-아미노산은 대부분 본래 단백질로 생긴다. 그러나, D-아미노산은 시판되며, 본 발명의 DSP를 제조하기 위해 이용된 아미노산의 일부 또는 전부를 대신할 수 있다. 본 발명은 D- 및 L-아미노산 둘 모두를 함유하는 DSP 뿐만 아니라 L- 또는 D-아미노산 중 어느 하나를 본질적으로 포함하는 DSP를 고려한다.

특정 구체예에서, 본 발명의 DSP는 상이한 화학적 부분을 치환시키거나 추가함에 의해 추가로 변형된 그러한 선형 DSP를 포함한다. 일 구체예에서, 그러한 변형은 피검체의 DSP의 단백분해 퇴화를 억제하기에 충분한 양으로 잔기 위치에 있다. 예를 들어, 아미노산 변형은 서열 중 하나 이상의 프롤린 잔기의 존재일 있다; 잔기는 카르복시- 및 아미노 말단 중 하나 이상에 존재한다; 추가로, 프롤린은 카르복시- 및 아미노-말단 중 하나 이상에서의 네 개의 잔기 내에 존재할 수 있다. 추가로, 아미노산 변형은 D-아미노산의 존재일 수 있다.

특정 구체예에서, 당해 DSP는 펩티도미메틱이다. 펩티도미메틱은 펩티드 및 단백질에 기초하거나 이로부터 유래된 화합물이다. 본 발명의 DSP 펩티도미메틱은 통상적으로 하나 이상의 원시 아미노산 잔기의 구조적 변형에 의해, 예컨대 하나 이상의 비본래 아미노산, 형태적 억제, 등량 교체 등을 이용하여 수득될 수 있다. 당해 펩티도미메틱은 펩티드 및 비펩티드 합성 구조들간 구조적 공간의 연속체(continuum)를 구성한다.

이러한 펩티도미메틱은 가수분해될 수 없어서 이러한 속성을 지닐 수 있고 (예컨대 상응하는 펩티드 DSP를 분해시키는 프로테아제 또는 다른 생리적 조건에 대한 증가된 안정성) 증가된 특이성 및/또는 효능을 지닐 수 있다. 예시를 목적으로, 본 발명의 펩티드 유사체는 예를 들어 벤조디아제핀 (예컨대, Freidinger et al. in "Peptides: Chemistry and Biology," G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988 참조), 치환된 감마 락탐 고리 (Garvey et al. in "Peptides: Chemistry and Biology," G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988, pl23), C-7 모사체 (Huffman et al. in "Peptides: Chemistry and Biology," G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988, p. 105), 케토-메틸렌 슈도펩티드 (Ewenson et al. J. Med. Chem., 1986, 29:295; and Ewenson et al. in "Peptides: Structure and Function (Proceedings of the 9th American Peptide Symposium)," Pierce Chemical Co. Rockland, IL, 1985), β-회전 디펩티드 코어 (Nagai et al., Tetrahedron Lett., 1985 26:647; and Sato et al. J. Chem. Soc. Perkin Trans., 1986,1 :1231), β-아미노알코올 (Gordon et al. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1985, 126:419; and Dann et al. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1986, 134:71), 디아미노케톤 (Natarajan et al. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1984, 124:141), 및 메틸렌아미노-변형됨 (Roark et al. in "Peptides: Chemistry and Biology," G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988, p134)을 이용하여 생성될 수 있다. 또한, 일반적으로 문헌[Session III: Analytic and synthetic methods, in "Peptides: Chemistry and Biology," G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988]를 참조한다.

DSP 조성물의 분자량은 폴리펩티드 합성 동안이나 DSP가 합성된 후에 조정될 수 있다. 폴리펩티드 합성 동안 분자량을 조정하기 위해, 아미노산의 합성 조건 또는 양을, 폴리펩티드가 요망되는 대략의 길이에 도달할 때 합성을 중단시키도록 조정한다. 합성 후에, 요망되는 분자량을 갖는 폴리펩티드를, 분자량 사이징 컬럼 또는 겔 상에서 폴리펩티드의 크로마토그래피와 같은 임의의 이용가능한 크기 선택 절차, 및 요망되는 분자량 범위의 수집에 의해 수득할 수 있다. 본 폴리펩티드는 또한 부분적으로 가수분해되어, 예를 들어 산 또는 효소적 가수분해에 의해 고분자량 종을 제거한 다음, 산 또는 효소를 제거하도록 정제될 수 있다.

일 구체예에서, 보호된 폴리펩티드를 브롬화수소산과 반응시켜 요망되는 분자량 프로파일을 지니는 트리플루오로아세틸-폴리펩티드를 형성하는 것을 포함하는 공정에 의해 요망되는 분자량을 갖는 DSP를 제조할 수 있다. 이 반응은 하나 이상의 시험 반응에 의해 미리 결정된 시간과 온도에서 수행된다. 시험 반응 동안, 시간과 온도는 변화되며, 주어진 회분의 시험 폴리펩티드의 분자량 범위가 결정된다. 그 폴리펩티드 회분에 대한 최적의 분자량 범위를 제공하는 시험 조건을 그 회분에 이용한다. 따라서, 요망되는 분자량 프로파일을 갖는 트리플루오로아세틸-폴리펩티드를, 보호된 폴리펩티드를 시험 반응에 의해 미리 결정된 온도와 시간 동안 브롬화수소산과 반응시키는 것을 포함하는 공정에 의해 생성할 수 있다. 요망되는 분자량 프로파일을 갖는 트리플루오로아세틸-폴리펩티드를 이후 피페리딘 수용액으로 추가로 처리하여 요망되는 분자량을 갖는 저 독성 폴리펩티드를 형성한다.

바람직한 일 구체예에서, 주어된 회분으로부터의 보호된 폴리펩티드의 시험 샘플을 브롬화수소산과 약 10-50시간 동안 약 20-28℃의 온도에서 반응시킨다. 이 회분에 가장 좋은 조건은 여러 시험 반응을 거쳐 결정된다. 예를 들어, 일 구체예에서, 보호된 폴리펩티드를 브롬화수소산과 약 17시간 동안 약 26℃의 온도에서 반응시킨다.

특정 구체에에서, DSP를 합성 후에 변형시킨다. 이러한 변형은 예를 들어 탐색, 진단, 또는 치료적 환경에 적용되는 DSP의 특징에 대해 후속적인 항체 반응을 지시하기 위한 DSP를 생성하는데 유용하다. 합성-후 변형의 예로는 이로 제한되는 것은 아니나 당, 예컨대 글리코겐, 갈락토오스, 글루코오스, 시알산-갈락토오스와 같은 변형된 당 또는 이의 유도체 (시알산 = 5-아미노-3,5-디데옥시-D-글리세로-D-갈락토-논울로손산) 또는 대안적인 아미노산, 예컨대 시트룰린이 있다. 당에 의한 변형의 보다 구체적인 예는 에피토프의 항원성에 영향을 미치는 것으로 공지된 시알산-α2,3-갈락토오스 결합 및 시알산-α2,6-갈락토오스 결합이다 (Suzuki et al., J. Virol. 2000, 74(24): 11825-11831). 일 구체예에서, 합성-후 변형은 효소를 이용하여 수행된다. 추가의 구체예에서, 합성-후 변형은 당 분야에 널리 공지된 화학적 착물화 기술을 이용하여 수작업으로 수행된다.

본 발명의 추가의 구체예는 그러한 형태의 리간드에 대항하는 항체를 생성시키기 위한 특이적 글리코실화된/글리코겐화된 형태의 DSP의 용도이다. 한 가지 구체예에서, 리간드 자체는 바이러스성 코트 단백질(viral coat protein)이다. 또 다른 구체예에서, 리간드 자체는 항체이다. 본 발명의 한 가지 구체예에서, DSP의 전사후 변형이 글리코겐 신타아제(glycogen synthase)를 사용함으로써 수행되거나, 대안적으로는, 본 기술분야에서 공지된 화학적 복합화 기술을 이용함으로써 수행된다.

IV. 약제학적 조성물

본 발명의 한 가지 특징은 DSP 조성물을 포함하는 약제학적 조성물에 있다. 이하 기재된 바와 같이, 본 발명의 한 가지 특징으로서의 치료 방법에서, 본 발명의 방법에 의해서 생성된 DSP 조성물은 백신으로서 작용함으로써 감염성 질환을 예방하는데 유용하다.

본 발명의 DSP는 약제학적 유효량의 DSP와 허용되는 담체 및/또는 부형제를 포함하는 조성물로서 대상자에게 투여될 수 있다. 약제학적으로 허용되는 담체는 생리학적으로 조화 가능한 어떠한 용매, 분산매, 또는 코팅을 포함한다. 바람직하게는, 담체는 경구, 직장, 경점막(흡입을 포함), 비경구, 정맥내, 근육내, 복강내, 피부내, 경피, 국소, 또는 피하 투여에 적합하다. 한 가지 예시적인 약제학적으로 허용되는 담체는 생리식염수이다. 다른 약제학적으로 허용되는 담체 및 이들의 제형은 공지되어 있으며, 일반적으로는, 예를 들어, 문헌[Remington's Pharmaceutical Science, 18^th Ed., ed. Gennaro, Mack Publishing Co., Easton, PA, 1990]에 기재되어 있다. 다양한 약제학적으로 허용되는 부형제는 본 기술 분야에 공지되어 있으며, 예를 들어, 문헌[Handbook of Pharmaceutical Excipients, 4^th ed., Ed. Rowe et al. Pharmaceutical Press, Washington, D.C.]에서 찾아볼 수 있다. 조성물은 용액, 미세에멀션, 리포좀, 캡슐, 정제, 또는 그 밖의 적합한 형태로 제형화될 수 있다. 공중합체를 포함하는 활성 성분은 일정한 재료로 코팅되어 작용 표적 부위에 도달하기 전의 환경에 의한 불활성화로부터 보호될 수 있다. 본 발명의 약제학적 조성물은 바람직하게는 전달 시점에 무균이고 비-피로겐성(non-pyrogenic)이며, 바람직하게는 제조 및 저장 조건하에 안정하다. 요망되는 경우, 조성물은 추가로 안정성, 투과성, 및/또는 생체이용성을 향상시키기 위한 성분, 예컨대, 비경구, 폐, 코 및 경구를 포함한 다양한 투여 경로를 위한 비립자 형태의 보호 코팅, 프로테아제 억제제 또는 투과 향상제를 포함한다.

경구 투여의 경우에, 약제학적 제제(pharmaceutical preparation)는 액체 형태, 예를 들어, 용액, 시럼 또는 현탁액일 수 있거나, 사용 전에 물 또는 다른 적합한 비히클로 재구성하기 위한 약제 생성물로서 존재할 수 있다. 그러한 액체 제제는 통상의 수단에 의해서 약제학적으로 허용되는 첨가제, 예컨대, 현탁제(예, 소르비톨 시럽, 셀룰로오즈 유도체 또는 수소화된 식용 지방); 유화제(예, 레시틴 또는 아카시아); 비수성 비히클(예, 아몬드 오일, 오일성 에스테르, 또는 분별된 식물성 오일); 및 보존제(예, 메틸 또는 프로필-p-히드록시벤조에이트 또는 소르브산)으로 제조될 수 있다. 약제학적 조성물은 통상의 수단에 의해서 약제학적으로 허용되는 부형제, 예컨대, 결합제(예, 예비-젤라틴화 옥수수 전분, 폴리비닐 피롤리돈, 또는 히드록시프로필 메틸셀룰로오즈); 충전제(예, 락토오즈, 미세결정상 셀룰로오즈 또는 칼슘 하이드로겐 포스페이트); 윤활제(예, 마그네슘 스테아레이트, 탈크(talc) 또는 실리카); 붕해제(예, 감자 전분 또는 나트륨 전분 글리콜레이트); 또는 습윤화제(예, 소듐 라우릴 설페이트)로 제조된, 예를 들어, 정제 또는 캡슐의 형태를 취할 수 있다. 정제는 본 기술분야에 공지된 방법에 의해서 코팅될 수 있다.

한 가지 구체예에서, 경구 조성물은 장용피 코팅된다. 장용피의 사용은 본 기술분야에서 공지되어 있다. 예를 들어, 레만의 문헌(Lehman (1971 ))은 작용피, 예컨대, 유드라지트 S(Eudragit S) 및 유드라지트 L(Eudragit L)를 교시하고 있다. 문헌[The Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Ed.]이 또한 유드라지트 S 및 유드라지트 L 사용을 교시하고 있다. 본 발명에서 사용될 수 있는 한 가지 유드라지트는 L30D55이다. 경구 투여를 위한 제제는 활성 화합물이 조절 방출되기에 적합하게 제형화될 수 있다.

조성물은 또한 직장용 조성물, 예컨대, 좌제 또는 정체 관장제, 예를 들어, 통상의 좌제 베이스, 예컨대, 코코아 버터 또는 그 밖의 글리세라이드를 함유하는 좌제 또는 정체 관장제로 제형화될 수 있다.

흡입 투여의 경우, 본 발명에 따른 조성물은 통상적으로는, 적합한 추진제, 예를 들어, 디클로로디플루오로메탄, 트리클로로플루오로메탄, 디클로로테트라플루오로에탄, 이산화탄소 또는 그 밖의 적합한 가스의 사용에 의해서, 가압된 팩 또는 분사기로부터 에어로졸 스프레이 투여의 형태로 전달될 수 있다. 가압된 에어로졸의 경우에, 투여량 단위는 계측된 양을 전달하도록 밸브를 제공함으로써 결정될 수 있다. 화합물과 적합한 분말 베이스, 예컨대, 락토오즈 또는 전분의 분말 혼합물을 함유한, 흡입기 또는 취입기에 사용하기 위한, 예를 들어, 젤라틴의 캡슐 및 카트리지가 제형화될 수 있다.

조성물은 주사에 의해서, 예를 들어, 거환 주사(bolus injection) 또는 연속 주사에 의해서 비경구, 정맥내, 복강내, 근육내, 또는 피하 방법으로 투여하도록 제형화될 수 있다. 주입을 위한 제형은 첨가된 보존제와 함께 단위 투여량 형태로, 예를 들어, 앰플로, 또는 다중-투여 용기로 존재할 수 있다. 조성물은 유성 또는 수성 비히클중에 현탁액, 용액 또는 에멀션과 같은 형태를 취할 수 있으며, 제형화제, 예컨대, 현탁제, 안정화제 및/또는 분산제를 함유할 수 있다. 대안적으로, 활성 성분은 사용 전에 적합한 비히클, 예컨대, 무균 무피로겐 물(sterile pyrogen free water)로 재구성시키기 위한 분말 형태로 존재할 수 있다.

바람직한 구체예에서, DSP 조성물을 포함하는 조성물이 인간에게 정맥내 투여하기에 적합한 약제학적 조성물로서 통상의 과정에 따라서 제형화된다. 전형적으로는, 정맥내 투여를 위한 조성물은 무균의 등장성 수성 완충액중의 용액이다. 필요한 경우, 조성물은 또한 가용화제 및 주사 부위의 통증을 완화시키기 위한 국소 마취제, 예컨대, 리그노카인을 포함할 수 있다. 일반적으로는, 성분은 별도로 제공되거나 함께 혼합된다. 조성물이 주입에 의해서 투여되어야 하는 경우, 이는 무균의 약제학적 등급의 물 또는 염수를 함유한 주입 병(bottle)에, 24 시간 초과, 32 시간 초과, 더욱 바람직하게는 36 시간 또는 48 시간 초과의 투여 사이의 간격으로 분배될 수 있다. 조성물이 주사에 의해서 투여되는 경우에, 주사용 무균수 또는 염수의 앰플은 성분이 투여 전에 혼합될 수 있게 제공될 수 있다.

본 발명의 다른 구체예에서, 약제학적 조성물은 조절 방출 제형 또는 지속 방출 제형이다. 본 발명의 DSP 조성물은 즉각적인 환경으로의 공중합체의 방출 속도를 조절하는 생물학적 양립성 중합체 또는 매트릭스와 혼합될 수 있다. 조절 방출 또는 지속 방출 조성물은 친지성 데포(lipophilic depot)(예, 지방산, 왁스, 오일)중의 제형을 포함한다. 지속 방출 제형중 한 가지 구체예는 경피 패취이다.

본 발명의 일부 구체예에서, 약제학적 조성물은 오일 및 유화제로 제형화되어 유중수 미세입자 및/또는 에멀션을 형성하는 DSP를 포함한다. 오일은 주위 온도 내지 대체적인 체온에서 어떠한 비독성의 소수성 물질 액체, 예컨대, 잇꽃 오일, 대두유, 옥수수 오일, 및 캐놀라 오일을 포함한 식용 식물성 오일; 또는 무기 오일일 수 있다. 화학적으로 단일한 오일 물질(Chemically defined oil substance), 예컨대, 라우릴 글리콜이 또한 사용될 수 있다. 본 구체예에 유용한 유화제는 스팬 20(Span 20)(소르비탄 모노라우레이트) 및 포스파티딜콜린을 포함한다. 일부 구체예에서, DSP 조성물은 수용액으로서 제조되며 95 내지 65% 오일, 예컨대, 무기 오일, 및 5 내지 35% 유화제, 예컨대, 스팬 20에 분산된 유중수 에멀션내로 제조된다. 본 발명의 또 다른 구체예에서, 에멀션은 오일 및 유화제보다는 명반에 의해서 형성된다. 이들 에멀션 및 미세입자는 DSP의 흡수 속도를 감소시키고 조절된 전달을 달성시킨다.

또 다른 구체예에서, 조절된 및/또는 지속된 전달은 지속-방출 제형, 또는 활성 성분의 지속-방출에 적합한 이식 가능한 약제학적 제형으로 코팅된 이식 가능한 의료용 장치에 의해서 달성된다.

본 발명의 일부 구체예에서, 약제학적 조성물은, 대상자내에서 폴리펩티드로서 발현되는, DSP 조성물을 엔코딩하는 핵산 벡터의 세트를 포함한다. 벡터는 전사- 및/또는 번역-조절 요소를 포함하여 DSP 조성물이 생성되는 시점 및 수준이 조절될 수 있게 할 수 있다.

일부 구체예에서, 벡터는 또한 하나 이상의 추가의 코딩 서열을 포함하며, 그러한 코딩 서열은 치료학적으로 유익한 폴리펩티드 또는 제 1 DSP 조성물의 구성원이 아닌 제 2의 상이한 DSP 조성물을 엔코딩한다. 대안적인 구체예에서, 약제학적 조성물은 각각 하기 DNA 서열을 엔코딩하는 하나 이상의 벡터를 포함한다: 제 1 DSP 조성물의 DSP를 위한 DNA 서열, 또는 치료학적으로 유익한 폴리펩티드 또는 제 1 DSP 조성물의 구성원이 아닌 제 2 DSP 조성물의 DSP를 위한 DNA 서열. 그러한 치료학적으로 유익한 폴리펩티드는, 예를 들어, 면역조절 사이토카인 또는 성장 인자일 수 있다.

본 발명의 일부 구체예는 본 발명의 DSP 조성물의 표적 전달을 위한 약제학적 조성물이다. 그러한 구체예에서, 약제학적 조성물은 표적 부분과 복합되는 DSP 조성물을 포함한다. 표적 부분은 대상자내의 요구된 위치 또는 미세환경으로의 DSP 조성물의 국소 전달을 가능하게 한다. 표적 부분은 화학적 기 또는 작용성을 포함하는 기, 예컨대, 비오틴 또는 단당류, 다양한 길이의 단일 또는 이중 가닥 DNA 서열, 다양한 길이의 단일 또는 이중 가닥 RNA 서열, 다양한 길이의 펩티드, 단쇄 항체를 포함한 항체, Fab', 또는 변화된 항체, 지질, 또는 글리코지질을 포함하거나 그들로부터 선택될 수 있다. 그러한 부분중 하나 이상이 조합으로 동시에 사용될 수 있다. 표적 부분의 예에 대해서는, 미국특허 제6,268,488호; 미국특허공보 제2003/0190676호; 및 예를 들어, www.covx.com/tech creating.html을 참조할 수 있다.

본 발명의 한 가지 구체예에서, 복합체는 프로드러그의 특성을 지녀서, 대상자에서 복합체가 해리될 때까지 DSP 조성물이 본 발명의 약제학적 활성을 나타나지 않게 한다. 또 다른 구체예에서, 복합체는 DSP 조성물의 활성에 영향을 주지 않는다.

본 기술분야의 전문가에게는 일반적으로 공지된 어떠한 방법이 본 발명의 복합체 및 표적 부분을 생성시키는데 이용될 수 있다. 표적 부분은 직접적으로 공유결합, 이온 결합, 소수성 결합, 또는 반데르발스 힘일 수 있는 화학적 결합에 의해서 또는 또 다른 화학적 실체를 통해서 DSP에 복합될 수 있다. 대안적으로, 표적 부분은 DSP 조성물이 내부에 포함되는 공통의 매질, 예컨대, 생체 적합성 수지를 통해서 DSP와 공동-편재될 수 있다. 복합체를 형성시키는 방법은 또한, 조합된 상태로 존재하는 동안의 본 발명의 활성 상태를 기초로 하여, 및 영구적인 복합체가 요구되는지 또는 일시적인 복합체가 요구되는지에 기초하여 선택된다.

일부 구체예에서, 약제학적 조성물은 또한 추가의 치료학적 활성제를 포함한다. 그러한 추가의 성분은 상이한 표적에 결합하는 추가의 DSP 조성물, 염증성 분자를 활성화시키는 항체, 또는 사이토카인중 하나 이상일 수 있다. 추가의 성분은 Miplβ, Miplα, Mip-2, Mip3α, IP-10, MCP-1, TCA-3, IL-1, IL-18, IL-6, IFNγ, MIF, IL-12, 및 CCR7로 이루어진 군으로부터 선택된 활성화 사이토카인 및 케모킨(문헌[Shaw, Jennifer, Infection and Immunity 2001, 69:4667-4672]에 기재됨)일 수 있다.

추가로, 비타민 D를 수용하는 환자의 신체 내에서 생물학적으로 활성이거나 생물학적으로 활성이 되는 그러한 형태의 비타민 D가 또한 추가의 성분으로서 사용될 수 있다. 두 가지 주된 형태의 비타민 D는 햇빛 또는 자외선에 노출된 후에 피부에서 형성되는 비타민 D3 또는 콜레칼시페롤, 및 식물 또는 식물 재료 또는 식품에 대한 조사(irradiation)에 의해서 얻어지는 에르고칼시페롤 또는 비타민 D2이다. 이들의 차이는 측쇄에 있다. 비타민 D3은 본래 공급원, 예컨대, 지방어족, 예컨대, 청어 및 고등어로부터 얻을 수 있다. 신체에서, 두 가지의 상이한 형태의 비타민 D3가 발견될 수 있다. 비타민 D3은 간에서 25-히드록시비타민 D3(25(OH)D)로 히드록실화되고, 후속하여, 신장에서 장으로부터의 칼슘 흡수를 자극하는 활성 대상물인 1,25-디히드록시비타민 D3(1,25(OH)2D)로 히드록실화된다(Feldman et al., 2005). 1,25(OH)2D가 충분히 이용 가능한 경우, 24,25-디히드록시비타민 D(24,25(OH)2D)가 신장에서 형성되며, 이는 추가로 이화된다.

추가의 작용제로서 유용한 또 다른 부류의 치료학적 활성제는 다혈통 가능성 세포(multilineage potential cell)로부터 공통 림프구 전구체(common lymphoid precursor (CLP))의 생성을 증가시키는 면역 증강제(immune booster)이다. 그러한 작용제의 예는 캐나다 퀘벡 소재의 프로메틱(ProMetic)에 의해서 개발된 PBI-1402이다.

본 발명은 추가로 (i) DSP를 엔코딩하는 DNA를 포함한 DSP 조성물 또는 DNA 전달 비히클을 포함하는 조성물 및 (ii) 질환, 예컨대, 침습성 병원체에 의한 감염증의 치료를 위해서, 24 시간(h) 초과, 더욱 바람직하게는 36 시간 초과의 간격으로 그러한 치료를 필요로 하는 환자에게 조성물을 투여하기 위한 설명서를 포함하는 키트를 제공한다. 한 가지 구체예에서, 침습성 병원체는 바이러스이다. 바람직한 구체예에서, 바이러스는 인플루엔자이다. 바람직한 구체예에서, DSP 조성물은 약 24, 30, 36, 42, 48, 54, 60, 66, 72, 78, 84, 90, 96, 102, 108, 114, 120, 126, 132, 138, 144, 150, 156, 162, 168, 174, 180, 186, 192, 198, 204, 210, 216, 222, 228, 234, 또는 240 시간, 또는 이들의 어떠한 중간값의 시간 초과의 간격으로 투여하기 위한 투여량으로 제형된다. 본원에 기재된 키트의 또 다른 바람직한 구체예에서, 설명서는 DSP가 약 24, 30, 36, 42, 48, 54, 60, 66, 72, 78, 84, 90, 96, 102, 108, 114, 120, 126, 132, 138, 144, 150, 156, 162, 168, 174, 180, 186, 192, 198, 204, 210, 216, 222, 228, 234, 또는 240 시간, 또는 이들 사이의 어떠한 중간값의 시간 간격으로 투여되어야 함을 설명한다. 키트는 공중합체의 투여를 위한 추가의 구성요소, 예컨대, 패키징, 설명서, 및 하나 이상의 장치, 예컨대, 피하주사기를 포함할 수 있다.

V. 치료방법

본 발명은 백신의 유효성을 개선시킬 필요에 대한 추가의 개선을 제공한다. 그러한 개선은, T_H1 면역 포스쳐(immune posture) 또는 TH2 면역 포스쳐를 생성시키고 저수준 또는 고수준으로 항-화합물 항체를 생성시키면서, 증가된 면역 활성화를 달성하는 화합물의 능력을 기초로 하여 화합물을 역학적으로 투여하는 능력을 형성한다. 랜덤 서열 공중합체의 역학적 투여는 투여의 어떠한 조합, 섭생법, 투여 경로, 및/또는 제형으로 구성된다. 이러한 역학적 면역조절은 특정 환자내에서의 질환의 다수 단계중 어떠한 단계에서 유효성을 증가시킬 뿐만 아니라, 다중의 병원성 항원-결정기 비관련 질환을 더욱 효과적으로 처리하는 능력을 개선시킨다.

본 발명은 질환에 영향을 받고 있거나 질환에 영향을 받을 우려가 있는 대상자, 바람직하게는 인간에서의 질환의 치료 또는 질환(잠복된 상태의 질환을 포함함)의 추가 진행을 예방하기 위한 방법을 제공한다. 본 발명의 또 다른 구체예는 DSP 조성물을 투여함으로써, 예를 들어, 감염성 질환의 발병 위험에 있는 대상자를 예방적으로 처리하는 방법이다. 위험에 있는 대상자는, 예를 들어, HLA의 대립형질에 대해서 시험하고/거나 가족력, 지리적 위치, 경제적 또는 사회적 상황, 또는 유전적 마커에 기초하여 감염성 질환에 대한 유전적 민감성을 측정함으로써 확인된다.

본 발명의 특정의 특징은 인플루엔자 바이러스가 새로운 면역학적 서브타입인 인플루엔자 감염으로부터 대상자를 보호하는 방법으로서, 그러한 보호가 요구되는 때의 임의의 소정의 시점에서 가장 직전의 유행병을 유발시킨 인플루엔자 바이러스 서브타입의 헤마글루티닌(hemagglutinin)으로부터의 에피토프를 기초 서열이 포함하는 DSP 조성물을 포함한 약제학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는 방법에 있다. 그러한 새로운 서브타입은 항원소변이(antigenic drift) 또는 항원변위(antigenic shift)에 의해서 발생될 수 있다. 가장 직전의 유행병이라는 표현은, 보호가 요구되는 때의 어떠한 주어진 시점에서, 다수의 사람들을 감염시킨 최후의 감염성 사건일 것임을 의미한다. 서열 6 또는 7에 상응하며 에피토프를 함유하는 영역인 그러한 가장 직전의 유행병으로부터의 HA의 영역을 사용함으로써 생성되는 본 발명의 DSP는, 이것이 단순한 항원소변이 이든지 주된 항원변위 이든지 간에, 다음의 독감 서지에 대한 면역성을 부여하는데 특히 효과적일 것으로 예상된다. 그러한 이유는 두 가지의 시간적으로 근접한 독감 유행 사이에는 면역학적 중복이 존재하기 때문이며, DSP가 유도하는 면역반응성의 확장이 달리 새로운 미지의 항원으로 인식되는 새로운 인플루엔자 서브타입에 충분한 보호를 부여할 것으로 예상될 수 있기 때문이다.

본 발명의 일 양태는 DSP 조성물로 치료가능한 병원체의 침입에 의한 감염을 보호하기 위해 소정 투여 방식의 유효량의 DSP 조성물을 피검체에게 투여하는 것을 포함하는 질병을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 상기 유효량이 상기 피검체에 24 시간 초과, 36시간 초과, 또는 보다 바람직하게는 48시간 초과의 시간 간격으로 1회, 2회, 또는 다수회 투여되는 방법을 제공한다. DSP 조성물은 부스터 용량으로 1회 초과로 투여될 수 있다. 본 발명의 관련된 양태는 DSP 조성물로 치료가능한 질병을 개선하기 위해 소정 투여 방식의 유효량의 DSP 조성물을 질병의 치료를 필요로 하는 피검체에게 투여하는 것을 포함하는 피검체를 치료 또는 예방하는 방법으로서, 상기 유효량이 DSP 조성물을 2일 이상, 4일 이상, 또는 6일 이상 또는 10일 이상, 또는 14일 이상, 또는 28일 이상의 기간에 걸쳐 투여하는 서방형 제형을 사용하여 피검체에게 투여되고, 상기 유효량이 매일 투여되는 경우에 효과적인 양인 방법을 제공한다.

본 발명의 일 양태는 DSP의 투여에 의해 치료되는 병태, 또는 DSP의 투여에 의해 치료되는 병태를 동반하거나, 이와 동시에 일어나는 병태를 치료하는데 효과적인 다른 치료제와 함께, 상기 기술된 바와 같이, 그러한 치료를 필요로 하는 피검체에게 DSP 조성물을 투여하는 것이다. 추가의 치료적 활성제는 DSP 조성물과 동일하거나 관련된 질병을 치료하거나, 피하 주사 부위에서의 팽윤을 감소시키는 것과 같이 DSP 조성물의 투여에 대한 바람직하지 않은 부작용을 치료하는 것을 의도할 수 있다. 다르게는, 다른 치료제는 DSP 조성물의 활성을 증진시킨다. 이러한 추가의 치료제는 예를 들어, 항체, 사이토카인, 성장 인자, 효소 억제제, 항생제, 항바이러스제, 스테로이드를 포함하는 항염증제, 면역 부스터, 항대사물질, 가용성 사이토카인 수용체, 및 비타민 D 또는 순환성 비타민 D의 수준을 증가시키는 작용제, 톨형 수용체 길항제, CpG 올리고데옥시누클레오티드, 표면 하전된 폴리(락티드-코-글리콜리드) 미립자, 리포좀으로 캡슐화된 상기 치료제 중 어느 하나, 아르카에오좀 애주번트(archaeosome adjuvant), 점막 애주번트(mucosal adjuvant), 폴리포스파젠(polyphosphazene)이다. 애주번트는 알루미륨 히드록사이드, 알루미늄 포스페이트, 및 칼슘 포스페이트, 오일 에멀젼을 기반으로 하는 그 밖의 애주번트, 박테리아로부터의 생성물(이들의 합성 유도체 및 리포좀) 또는 비감염성 그램 음성 박테리아, 내독소(endotoxin), 콜레스테롤, 지방산, 지방족 아민, 파라핀 및 식물성 오일, 모노포스포릴 지질 A, Quil-A를 갖는 ISCOM, 및 트레오닐 유도체 또는 무라밀 디펩티드를 함유하는 신텍스 애주번트 제형(Syntex adjuvant formulation: (SAF)), 또는 톨형 수용체 길항제 또는 효능제를 포함할 수 있다. 또한, 추가의 치료적 활성제는 질병과 관련된 HLA 분자에 결합하는 공중합체, 예컨대, 코폴리머-1, 또는 또 다른 DSP 조성물을 포함한다. HLA 분자는 HLA-DQ 분자 또는 HLA-DR 분자일 수 있다. 효소 억제제는 프로테아제 억제제 또는 시클로옥시게나제 억제제일 수 있다. DSP 조성물과 함께 투여되는 치료적 활성제의 예는 섹션 IV의 "약제 조성물"에 언급되어 있으며, 이러한 활성제의 투여는 단일 조성물로서의 공동 투여로 제한되지 않는다. 추가의 치료제는 추가의 치료제의 효과와 DSP 조성물의 효과가 소정 시점에서 중첩하는 시간으로, DSP 조성물의 투여 전, 동시 또는 후에 투여될 수 있다.

본원에서 기술된 방법의 일 구체예에서, 투여 경로는 경구, 복강내, 경피, 피하, 정맥내, 근내 주사에 의해, 흡입, 경피, 병변내에 의해, 또는 주입에 의해; 리포좀 매개 투여, 구강, 수강내, 치은낭(gingival pocket), 직장, 질내, 기관지내, 비강, 경점막, 장, 눈 또는 귀 투여일 수 있거나, 당업자들에게 당해 공지되어 있는 임의의 다른 방법이 용이하게 인지될 수 있다. 투여는 전신 또는 국소적일 수 있다. 1회 초과의 경우, DSP 조성물은 동일하거나 중복되는 시간 동안에 피검체에게 투여되며, 그러한 추가 치료제는 DSP 조성물을 투여하는 경로와는 다른 경로로 투여될 수 있다.

일반적으로, 본 발명의 일 구체예는 예를 들어, 완화 증상과 같은 치료 효과를 나타내는 최저 유효 용량인 치료적 DSP 조성물의 적합한 용량을 투여하는 방법이다. 치료적 DSP 조성물은 바람직하게는 적합한 최소 출발 투여량으로서 약 0.0001mg 이상, 약 0.002mg 이상, 약 0.02mg 이상, 약 0.2mg 이상, 약 2mg, 또는 약 10mg 이상의 일당 용량 또는 약 xmg(여기서, x는 정수 1 내지 20의 천분의 1이다)에 상응하는 피검체에 대한 용량으로 투여된다. 본원에 기술된 방법의 일 구체예에서, 약 0.0001 내지 약 500mg/kg의 용량이 투여될 수 있다. 일반적으로, 본 발명의 DSP 조성물의 유효 투여량은 일당 피검체의 kg당 약 0.050 내지 약 400 마이크로그램(즉, 0.00005 내지 0.4mg/kg), 보다 구체적으로 일당 0.001 내지 0.01mg/피검체 kg이다. 일 특정 구체예에서, 일당 등가의 투여량은 이러한 용량이 투여되는 회수와 무관하게, 약 0.05 내지 100, 또는 보다 구체적으로, 약 0.10 내지 40, 또는 약 1 내지 20, 또는 보다 구체적으로 약 2.0mg/일이다. 또 다른 특정 구체예에서, 치료 방식에서의 각각의 개별적인 투여량은 용량당 약 0.0001 내지 100mg, 보다 구체적으로 약 0.001 내지 lmg의 용량, 보다 구체적으로 약 0.001 내지 0.0lmg이다. 특정 구체예에서, 일당 총 투여량은 일당 총 용량이다. 또 다른 특정 구체예에서, 투여량은 피검체의 신체 표면적과 관련하여 측정된다. 일반적으로 DSP 조성물의 유효 투여량은 약 0.05 내지 100마이크로그램/피검체의 신체 표면적 ㎡, 보다 구체적으로 약 0.10 내지 50, 보다 구체적으로 약 0.38 내지 38 마이크로그램/피검체의 신체 표면적 ㎡이다.

그러나, 본 발명의 DSP 조성물의 용량은 피검체 및 사용된 특정 투여 경로에 따라 달라질 것으로 당업자들에게 이해된다. 개개의 피검체에 맞추어 투여량을 조절하는 것은 당해 일반적인 것이다. 추가로, 유효량은 무엇보다도, DSP의 크기, DPS의 생분해성, DSP의 생활성 및 DSP의 생체이용성에 근거할 수 있다. DSP가 비본래 아미노산을 포함하거나, 펩티도미메틱(peptidomimetic)인 경우에 예상되는 것, 생활성인 것, 및 고도로 활성인 것과 같이 DSP가 신속하게 분해하지 않을 경우, 유효성을 갖는데 보다 적은 양이 요구될 것이다. 피검체에 적합한 실제 투여량은 예를 들어, 주어진 일반적인 출발 시점에서 담당의 또는 수의사와 같은 당업자에 의해 통상의 실시에 따라 용이하게 결정될 수 있다. 예를 들어, 담당의 또는 수의사는 약제 조성물에 사용되는 본 발명의 DSP 조성물의 용량을 요망되는 치료 효과를 달성하고, 요망되는 효과가 달성될 때까지 투여량을 증가시키기 위해 요구되는 것보다 낮은 수준으로 시작할 수 있다. DSP 조성물의 투여량은 환자가 현재의 투여량 수준에 별다른 반응을 하지 않은 경우에 증가되거나, 질병 또는 질환 상태의 증상의 완화가 관찰되는 경우, 질병 또는 질환 상태가 제거되는 경우, 또는 허용되지 않는 부작용이 출발 투여량으로 관찰되는 경우에 용량이 감소될 수 있다.

일 구체예에서, DSP 조성물의 치료 유효량은 투여 간 36시간 이상, 또는 더욱 바람직하게는 48시간 이상을 포함하는 치료 방식으로 피검체에 투여된다. 또 다른 구체예에서, DSP 조성물은 54, 60, 66, 72, 78, 84, 90, 96, 102, 108, 114, 120, 126, 132, 138, 144, 150, 156, 162, 168, 174, 180, 186, 192, 198, 204, 210, 216, 222, 228, 234, 또는 240시간 이상, 또는 이와 동일한 일(day)수의 시간 간격으로 투여된다. 몇몇 구체예에서, DSP 조성물은 격일로 투여되는 반면, 다른 구체예에서는 주당 투여된다. 두개의 상이한 DSP 조성물, 또는 다른 치료제와 함께 사용되는 DSP 조성물이 피검체에 투여되는 경우, 이러한 투여는 동일 시간에, 예컨대 동시에 또는 실질적으로 동일 시간에, 예컨대 연속해서 일어날 수 있다. 다르게는 이러한 투여는 엇갈릴 수 있다. 예를 들어, 각각 48시간 마다 투여되는 두개의 DSP 조성물은 둘 모두 동일한 날에 투여되거나, 하나는 어느 한 날에 투여되고, 다른 하나가 그 다음날에 투여되는 등 교호 방식으로 투여될 수 있다.

다른 구체예에서, DSP 조성물은 하나 이상의 고르지 않은 시간 간격을 포함하는 치료 방식으로 투여되며, 하나 이상의 투여 간격은 24, 30, 36, 42, 48, 54, 60, 66, 72, 78, 84, 90, 96, 102, 108, 114, 120, 126, 132, 138, 144, 150, 156, 162, 168, 174, 180, 186, 192, 198, 204, 210, 216, 222, 228, 234, 또는 240시간 이상 또는 이와 동일한 일수의 간격일 수 있다.

일 구체예에서, DSP 조성물은 피검체에 1회 투여된다. 일 구체예에서, DSP 조성물은 치료 요법 동안에 2회 이상 피검체에 투여된다. 따라서, 일 구체예에서, 투여간 하나 이상의 시간 간격은 약 24, 30, 36, 42, 48, 54, 60, 66, 72, 78, 84, 90, 96, 102, 108, 114, 120, 126, 132, 138, 144, 150, 156, 162, 168, 174, 180, 186, 192, 198, 204, 210, 216, 222, 228, 234, 또는 240시간 초과이다.

또 다른 구체예에서, 투여 방식은 두개 또는 그 초과의 일련의 상이한 간격으로 구성된다. 예를 들어, 투여 방식의 제 1 파트는 피검체에게 매일, 격일, 또는 3일 마다, 예를 들어, 약 22mg 공중합체/피검체의 신체 표면적 ㎡으로 투여되며, 여기서 피검체는 인간이다. 본 발명의 몇몇 구체예에서, 투여 방식은 피검체에 격일, 3일마다, 매주, 이주마다 또는 매달 투여하는 것으로 시작한다. 격일 또는 3일마다 투여하기 위한 투여량은 각각 약 65mg/㎡ 이하, 및 110mg/㎡ 이하이다. 매주 랜덤 공중합체를 투여하는 것을 포함하는 투여 방식에서, 용량은 약 500mg/㎡ 이하이고, 2주마다 또는 매달 랜덤 공중합체를 투여하는 것을 포함하는 투여 방식에서는 1.5g/㎡ 이하가 투여될 수 있다. 투여 방식의 제 1 파트는 30일 이하, 예를 들어, 7, 14, 21, 또는 30일 이하 동안에 투여될 수 있다. 매주, 14일 마다, 또는 매달 투여되는, 일반적으로 보다 적게 노출(스텝-다운 투여량)되면서 상이하고 보다 긴 간격으로 투여되는 투여 방식의 후속되는 제 2 파트는 예를 들어, 매주 500mg/신체 표면적 ㎡, 최대 약 1.5 g/신체 표면적 ㎡ 이하로, 4주에서 2년 이하, 예를 들어, 4, 6, 8, 12, 16, 26, 32, 40, 52, 63, 68, 78, 또는 104 주 동안 지속하는 것을 선택적으로 따를 수 있다. 다르게는 질병이 진정되거나 일반적으로 개선되는 경우, 투여량은 최대량보다 낮은 수준으로, 예를 들어, 매주 140mg/신체 표면적 ㎡로 유지될 수 있다. 스텝-다운 투여 방식 동안에, 질병 상태가 재발되는 경우, 제 1 투여 방식은 효과가 나타날 때 다시 시작되고,제 2 투여 방식이 이행될 수 있다. 이러한 사이클은 필요에 따라 다수회 반복될 수 있다.

본 발명의 다른 구체예에서, 본 발명의 어느 한 방법은 DSP 조성물을 포함하는 서방형 제형을 사용하여 실시될 수 있다. 서방형 제형을 사용하여 본 발명의 DPS 조성물을 투여하는 경우, DSP에 대한 전체 노출은 거환 투여보다 일반적으로 더 낮다. 예를 들어, 투여 방식의 제 1 파트는 피검체에게 매일, 격일 또는 3일마다, 예를 들어, 용량당 약 22mg DSP/피검체의 신체 표면적 ㎡으로 투여되며, 여기서 피검체는 인간이다. 본 발명의 몇몇 구체예에서, 투여 방식은 피검체에 격일, 3일마다, 매주, 이주마다 또는 매달 투여하여 공중합체가 이러한 간격 동안에 방출되도록 투여하는 서방형 제형을 사용한다. 격일 또는 3일마다 투여하기 위한 투여량은 각각 약 35mg/㎡ 이하, 및 65mg/㎡ 이하이다. 매주 DSP 조성물을 투여하는 것을 포함하는 투여 방식에서, 용량은 용량당 약 140mg/㎡ 이하이고, 2주마다 또는 매달 DSP 조성물을 투여하는 것을 포함하는 투여 방식에서는 750mg/㎡ 이하가 투여될 수 있다. 투여 방식의 제 1 파트는 30일 이하, 예를 들어, 7, 14, 21, 또는 30일 이하 동안에 투여될 수 있다. 매주, 14일 마다, 또는 매달 투여되는, 일반적으로 보다 적게 노출(스텝-다운 투여량)되면서 상이하고 보다 긴 간격으로 투여되는 투여 방식의 후속되는 제 2 파트는 예를 들어, 매주 140mg/신체 표면적 ㎡, 최대 약 1.5 g/신체 표면적 ㎡ 이하로, 4주에서 2년 이하, 예를 들어, 4, 6, 8, 12, 16, 26, 32, 40, 52, 63, 68, 78, 또는 104 주 동안 지속하는 것을 선택적으로 따를 수 있다. 다르게는 질병이 진정되거나 일반적으로 개선되는 경우, 투여량은 최대량보다 낮은 수준으로, 예를 들어, 매주 140mg/신체 표면적 ㎡으로 유지될 수 있다. 스텝-다운 투여 방식 동안에, 질병 상태가 재발되는 경우, 제 1 투여 방식은 효과가 나타날 때 다시 시작되고, 제 2 투여 방식이 이행될 수 있다. 이러한 사이클은 필요에 따라 다수회 반복될 수 있다.

이러한 서방형 투여에 있어서, 이와 같은 방법은 서방형 경피 패치를 사용하거나 서방형 캡슐 또는 코팅된 이식가능한 의료 기구를 이식하는 것을 포함하여 본 발명의 공중합체의 치료 유효량이 이러한 방법의 피검체에 정해진 시간 간격으로 투여되도록 한다. 본 발명의 DSP 조성물은 소정 기간 동안에 DSP의 조절된 방출을 허용하는 캡슐을 통해 투여될 수 있다. 제어된 또는 서방형 조성물은 친지성 데폿(depot)(예를 들어, 지방산, 왁스, 오일) 중의 제형을 포함한다. 또한, 본 발명에서는 중합체(예를 들어, 폴록사머 또는 폴록사민)으로 코팅된 미립 조성물이 고려된다. 특정 구체예에서, DSP 조성물의 공급원은 병원체 공격 영역 내에 또는 인접하여 정위적으로(stereotactically) 제공된다.

DSP 조성물의 투여에 따라 질병에 걸린 피검체의 증상의 개선은 질병 증상 사건의 재발 빈도 감소에 의해, 증상의 중증도 감소에 의해, 그리고 투여 개시 후 시간 동안 재발 사건의 소거에 의해 주지될 수 있다. 치료 유효량은 바람직하게는 치료받지 않은 피검체와 비교하여 하나 또는 그 초과의 증상 또는 자가면역 질병의 재발을 약 20% 이상, 예를 들어, 약 40% 이상, 약 60% 이상, 그리고 약 80% 이상, 또는 약 100% 소거율로 증상 및 재발 빈도를 감소시킨다. 기간은 약 한달 이상, 약 6개월 이상, 또는 약 1년 이상일 수 있다.

정의

"관련된"이라는 용어는 "같은 범위로" 또는 "관련하여"를 의미한다. 상기 용어는 이러한 관계가 존재할 수 있기는 하나, 반드시 인과관계인 것은 아님을 나타낸다.

"결합"이라는 용어는 생리적 조건하에, 예를 들어 공유, 정전기, 소수성, 이온 및/또는 수소-결합 상호작용으로 인한 두 분자간 직접 결합을 언급하며, 염 다리 및 수(water) 다리와 같은 상호작용을 포함한다.

"HLA 분자"라는 용어는 임의의 클래스 II 주조직적합성 복합체 당단백질을 의미한다.

"면역조절"이라는 용어는 주조직적합성 복합체("MHC") 및 항원에 의해 형성된 복합체의 T-세포 수용체 ("TCR") 인식을 통한 특정 항원성 결정인자에 대한 반응을 개시하는 면역 시스템의 능력을 증가시키거나 감소시키는 과정을 의미한다.

"환자"는 동물, 바람직하게는 인간을 포함하는 포유동물 뿐만 아니라 가축 및 다른 수의적 피검체를 언급한다.

"펩티드", "폴리펩티드" 및 "단백질"이라는 용어는 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 이러한 용어는 변형되지 않은 아미노산 사슬을 언급하며, 인산화, 글리코실화 및 지질 변형과 같은 작은 변형들도 포함한다. "펩티드" 및 "펩티도미메틱"이라는 용어는 상호 배타적이지 않으며 실질적인 중복을 포함한다.

"펩티도미메틱"은 비본래 백본 및/또는 측쇄 구조를 포함하며, 인산화, 캡핑, 지방산 변형과 같은 아미노산 사슬의 임의의 변형된 형태를 포함한다. 하기 개시된 대로, 펩티도미메틱은 아미노산 사슬과 비펩티드 소형 분자간에 구조적 연속체를 포함한다. 펩티도미메틱은 일반적으로 인식할 수 있는 펩티드-유사 중합체 유닛 구조를 보유한다. 따라서, 펩티도미메틱은 자가면역 질환에 걸린 환자에서 자가반응성 T 세포를 활성화시키는 복합체를 형성하는 HLA 단백질에 결합하는 능력을 보유할 수 있다.

"아미노산 잔기"는 당 분야에 공지되어 있다. 일반적으로 본원에서 아미노산 및 보호기를 언급하기 위해 사용된 약어들은 IUPAC-IUB 커미션 온 바이오케미컬 명명법 (Biochemistry (1972) 11:1726-1732 참조)에 의한 권고에 기초한다. 특정 구체예에서, 본 발명의 출원에 사용된 아미노산은 단백질에서 발견되는 본래 발생 아미노산이거나 아미노기 및 카르복실기를 함유하는 이러한 아미노산의 본래 발생 동화작용 및 이화작용 생성물이다. 특히 적합한 아미노산 측쇄는 하기 아미노산의 것들로부터 선택된 측쇄를 포함한다: 글리신, 알라닌, 발린, 시스테인, 류신, 이소류신, 세린, 트레오닌, 메티오닌, 글루탐산, 아스파르트산, 글루타민, 아스파라긴, 리신, 아르기닌, 프롤린, 히스티딘, 페닐알라닌, 티로신, 및 트립토판.

용어 "아미노산 잔기"는 본원에 언급된 임의의 특정 아미노산의 유사체, 유도체 및 동종체(congener), 뿐만 아니라 C-말단 또는 N-말단 보호된 아미노산 유도체(예를 들어, N-말단 또는 C-말단 보호기로 개질됨)를 추가로 포함한다. 예를 들어, 본 발명은 측쇄가 연장되거나 짧아지나, 고리화를 위한 카르복실, 아미노 또는 기타 반응성 전구체 작용기, 뿐만 아니라 적절한 작용기와 함께 변이체 측쇄를 갖는 아미노산 유사체를 여전히 제공하는 아미노산 유사체의 사용을 고려한다. 예를 들어, 본 발명의 화합물은 아미노산 유사체, 예를 들어, 시아노알라닌, 카나바닌, 젠콜산(djenkolic acid), 노르류신, 3-포스포세린, 호모세린, 디히드록시-페닐알라닌, 5-히드록시트립토판, 1-메틸히스티딘, 3-메틸히스티딘, 디아미노피멜산, 오르니틴, 또는 디아미노부티르산을 포함할 수 있다. 본원에 적합한 측쇄를 갖는 다른 본래 발생 아미노산 대사물 또는 전구체는 당업자에 의해 인지될 것이고, 이는 본 발명의 범위에 포함된다.

본 발명의 DSP에 사용된 아미노산 대부분은 특정 기하학적 또는 입체이성질체 형태로 존재할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 본 발명의 DSP를 형성시키는데 사용된 아미노산은 (L)-이성질체이지만, 비-앵커 위치 또는 DSP의 펩티도미메틱(peptidomimeti) 형태의 경우에 DSP에 (D)-이성질체가 포함될 수 있다.

본원에서 사용되는 용어 "예방하다"는, 예를 들어, 장애 또는 질환의 하나 이상의 증상의 발생을 측정가능하게 지연시키거나 배제시키는 것을 의미한다.

본원에서 사용되는 용어 "치료하다"는, 예를 들어, 장애 또는 질환의 하나 이상의 증상의 효과를 개선시키거나 중증도를 적어도 감소시키는 것을 의미한다.

본원에서 사용되는 용어 "치료 요법"은 하나 이상의 DSP 조성물을 포함하는 하나 이상의 조성물 투여의 치료적, 완화적 및 예방적 양상을 포함한다. 특정 치료 요법은 특정 투여 패턴으로 일정 기간 동안 지속될 수 있고, 이는 특정 질병 또는 장애의 특성, 상기 질병 또는 장애의 중증도 및 환자의 전반적인 상태에 따라 다양할 것이며, 이는 하루에 1회, 또는 더욱 바람직하게는 36시간 또는 48시간 또는 이 이상의 시간 마다 1회로부터 1개월 또는 수개월에 1회로 연장될 수 있다.

본 발명의 실시는, 적절하고 달리 지시되지 않는 경우, 세포 생물학, 세포 배양, 분자생물학, 트랜스제닉 생물학, 미생물학, 바이러스학, 재조합 DNA 및 면역학의 통상적인 기술을 이용할 것이며, 이는 해당 분야의 기술 내에 속한다. 이러한 기술은 문헌에 기재되어 있다. 예를 들어, 문헌[Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd Ed., ed. by Sambrook and Russell (Cold Spring Harbor Laboratory Press: 2001); the treatise, Methods In Enzymology (Academic Press, Inc., N. Y.); Using Antibodies, Second Edition by Harlow and Lane, Cold Spring Harbor Press, New York, 1999; Current Protocols in Cell Biology, ed. by Bonifacino, Dasso, Lippincott-Schwartz, Harford, and Yamada, John Wiley and Sons, Inc., New York, 1999; and PCR Protocols, ed. by Bartlett et al., Humana Press, 2003; PHARMACOLOGY A Pathophysiologic Approach Edited by Josehp T. DiPiro, Robert Talbert, Gary, Yee, Gary Matzke, Barbara Wells, and L. Michael Posey. 5th edition 2002 McGraw Hill; Pathologic Basis of Disease. Ramzi Cotran, Vinay Kumar, Tucker Collins. 6th Edition 1999. Saunders]을 참조하라.

실시예 1. 가공(fictitious) 기본 펩티드로부터 DSP 조성물의 제조.

이해의 용이함을 위해, 예시로서, 공지된 에피토프를 제시하는 2개의 가공 펩티드 서열로부터 유래되는 DSP 조성물의 제조가 기재되며, 도 6에 도시된 표에 제시된다. 이러한 예시에서, 카세트는 각각 5개의 아미노산으로 구성된다(x1, x2, x3, x4, x5 = y1에서 THMCE 및 y2에서 PWKNA). THMCE는 a=7, b=1, c=1, d=1, e=10의 입력비(input ratio)를 갖는 것으로 규정된다. PWKNA는 a=1, b=3, c=3, d=3, e=20의 입력비를 갖는 것으로 규정된다. 합성을 위해, 각각의 펩티드에 대한 각각의 아미노산 위치를 차지하는 아미노산 군의 확인이 도 4에 도시된 바와 같이 문헌[Kosiol et al., J. Theoretical Biol. 228:97-106, 2004]에 기재된 아미노산 치환의 바람직한 방법(또는 덜 바람직하게는 체계적으로 아미노산을 변경시키는 동등한 수단)을 이용하여 결정되고, 생성된 집합적 DSP 조성물 내에서 상기 위치 각각을 차지하는 아미노산의 전체적인 비율이 상기 제공된다. y₁ 및 y₂인 각각의 카세트는 2회로 두번 반복되어, y₁y₁y₂y₂y₁y₁y₂y₂의 순서를 발생시킨다. N _n 은 카세트 내의 서열이 반복되는 횟수이고, 본 발명의 가공 예에서 N=2이다. MN은 임의의 유형의 개질 부분일 수 있다. MN은 고상 합성 방법에 순응되어야 한다. 이러한 가공 예에서, 알파V베타3와 같은 특정 인테그린 상의 RGD 기반 서열 모티프와 같은, 피검체 내의 특정 위치로 DSP를 표적화 하는 아미노산의 개질 부분이 선택된다. 이러한 예에서, C-말단 개질제는 또한 RGD 기반 모티프일 것이나, 이는 D-아미노산으로 구성되지 않는다.

상기 기재된 DSP 조성물은 본 명세서의 다른 곳에 기재된 바와 같은 고상 펩티드 합성 방법을 이용하여 제조된다.

실시예 2. 공급원 펩티드로서 인플루엔자 헤마글루티닌 에피토프로부터의 DSP 조성물의 제조.

출발점으로서, 감염된 인간으로부터 분리된 인플루엔자 A 서브타입 H5N1 조류 독감 바이러스 균주 A/Egret/Egypt/1162/NAMRU-3/06의 헤마글루티닌 서열을 선택하였다(Steven J et al., J Mol Biol, 2008 381:1382-94). 데이터베이스:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/Database/multiple.cgi를 이용하여 등록 번호 ACD62257, 및 서열번호:15의 서열을 발견하였다. ModBase(Nucleic Acids Research 34, D291-D295, 2006), 또는 동등한 비교 모델링 데이터베이스를 이용하여 모델을 수득한 후에 RasMol(http://rasmol.org/) 또는 동등물을 이용하여 3D 단백질 구조를 생성시켰다. 동종 인플루엔자 A, B 또는 C 변이체를 확인하기 위해 서열의 최대수를 벌충하는 진보된 BLAST를 이용하여 BLAST 검색을 수행하였다(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/blast_table.cgi?taxid=11308&selectall). 신속한 최소 변화(minimum evolution), 0.85 최대 서열 그리신(Grishin) 차이를 이용하여 계통수(phylogenic tree)를 생성시켰다. 계통수에서 주요 교점은 전체 계통수의 정렬을 수득하도록 선택된다. 상기 정렬은 아미노산 치환에 대한 규칙을 수득하기 위해 검색에서 수득된 상이한 독감 변이체 사이의 아미노산의 돌연변이에 대해 분석된다. 각각의 아미노산 위치에서의 돌연변이의 패턴 및 빈도를 결정하기 위해 돌연변이를 요약하였다. 바이러스 단백질의 3D 구조의 상황에서 가변 영역의 확인을 위해 돌연변이 패턴을 RasMol로 코드화시켰다. ACD62257 HA aa 115-163 서열이 1열로서 하기 제시된다. 변이체 확인, 분석 및 요약에 기초하여, 아미노산이 선택되고, 2열 내지 6열에 배치되며, 7열은 항상 알라닌이다. 펩티드 합성 과정에서 상기 아미노산을 혼합하는 방법의 예시적 백분율이 다음 열에 제시된다. 생성된 펩티드의 각각의 위치에 대한 아미노산의 확인을 규정하기 위한 방법 및 규칙이 상기 실시예 1에 기재되어 있다. 실시예 1에 따라, 고상 펩티드 합성 방법을 이용하여 DSP 조성물이 합성된다.

약학적으로 허용되는 제제로 제형화된 후, DSP는 A/Egret/Egypt/1162/NAMRU-3/06 군집과 관련된 드리프트(drift)-변이체에 대한 면역 보호를 필요로 하는 피검체에 투여된다. DSP는 군집 내의 모든 변이체에 대해 피검체의 면역 반응을 유도하고, 이에 따라 하나의 군집으로부터 또 다른 더욱 유독한 군집으로의 전이 또는 시프트가 발생하는 다중 방향성(multiple direction)이 예견된다(Smith DJ et al., Science 305:371-6, 2004). 새로운 우세한 시프트된 변이체가 세계적 감시 네트워트 또는 동등물을 통해 확인된 후, 상기 방법을 이용하여 신규한 H5N1 HA-기반의 DSP 중합체가 디자인되고, 제조되고, 투여된다.

상기 예는 H5N1의 이후의 균주, 다른 혈청학적 변이체, 또는 CMV 당단백질 B, H, 및 gCⅢ, HIV-Ⅰ 외피 당단백질, RSV 외피 당단백질, HSV 외피 당단백질, EBV 외피 당단백질, VZV 외피 당단백질, HPV 외피 당단백질, 간염과의 표면 항원으로 구성된 군으로부터 선택된 다른 바이러스 단백질로 반복될 수 있음이 당업자에 의해 용이하게 인식될 수 있다.

하기 참고문헌이 기본 펩티드 서열로서 유용한 에피토프의 예시적 공급원이다:

본 출원에 언급된 임의의 특허, 특허 출원, 특허 공보, 또는 과학 문헌의 내용은 이의 전체내용이 참조로서 본원에 포함된다.

SEQUENCE LISTING <110> BONNIN, DUSTAN ZANELLI, ERIC KRIEGER, JEFF MATHERS, THOMAS <120> METHODS FOR DESIGNING AND PREPARING VACCINES COMPRISING DIRECTED SEQUENCE POLYMER COMPOSITIONS VIA THE DIRECTED EXPANSION OF EPITOPES <130> PEPT-022-WO1 <140> PCT/US2008/011871 <141> 2008-10-16 <150> 61/124,689 <151> 2008-04-17 <150> 60/999,284 <151> 2007-10-16 <160> 26 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 10 <212> PRT <213> Human cytomegalovirus <400> 1 Ile Leu Ala Arg Asn Leu Val Pro Met Val 1 5 10 <210> 2 <211> 9 <212> PRT <213> Human cytomegalovirus <400> 2 Glu Leu Glu Gly Val Trp Gln Pro Ala 1 5 <210> 3 <211> 9 <212> PRT <213> Human cytomegalovirus <400> 3 Arg Ile Phe Ala Glu Leu Glu Gly Val 1 5 <210> 4 <211> 9 <212> PRT <213> Human cytomegalovirus <400> 4 Asn Leu Val Pro Met Val Ala Thr Val 1 5 <210> 5 <211> 15 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 5 Arg Ile Gln Arg Gly Pro Gly Arg Ala Phe Val Thr Ile Gly Lys 1 5 10 15 <210> 6 <211> 126 <212> PRT <213> Influenza A virus <400> 6 Ile Ile Pro Lys Ser Ser Trp Ser Asp His Glu Ala Ser Ser Gly Val 1 5 10 15 Ser Ser Ala Cys Pro Tyr Gln Gly Arg Ser Ser Phe Phe Arg Asn Val 20 25 30 Val Trp Leu Ile Lys Lys Asp Asn Ala Tyr Pro Thr Ile Lys Arg Ser 35 40 45 Tyr Asn Asn Thr Asn Gln Glu Asp Leu Leu Val Leu Trp Gly Ile His 50 55 60 His Pro Asn Asp Ala Ala Glu Gln Thr Arg Leu Tyr Gln Asn Pro Thr 65 70 75 80 Thr Tyr Ile Ser Val Gly Thr Ser Thr Leu Asn Gln Arg Leu Val Pro 85 90 95 Lys Ile Ala Thr Arg Ser Lys Val Asn Gly Gln Ser Gly Arg Met Glu 100 105 110 Phe Phe Trp Thr Ile Leu Lys Ser Asn Asp Ala Ile Asn Phe 115 120 125 <210> 7 <211> 51 <212> PRT <213> Influenza A virus <400> 7 Cys Ile Ile Pro Lys Ser Ser Trp Ser Asp His Glu Ala Ser Ser Gly 1 5 10 15 Val Ser Ser Ala Cys Pro Tyr Gln Gly Arg Ser Ser Phe Phe Arg Asn 20 25 30 Val Val Trp Leu Ile Lys Lys Asp Asn Ala Tyr Pro Thr Ile Lys Arg 35 40 45 Ser Tyr Cys 50 <210> 8 <211> 565 <212> PRT <213> Influenza A virus <400> 8 Met Lys Val Lys Leu Leu Val Leu Leu Cys Thr Phe Thr Ala 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Leu Gln Leu Gly Asn Cys Ser Val Ala Gly Trp Ile Leu Gly 65 70 75 80 Asn Pro Glu Cys Glu Leu Leu Ile Ser Lys Glu Ser Trp Ser Tyr Ile 85 90 95 Val Glu Thr Pro Asn Pro Glu Asn Gly Thr Cys Tyr Pro Gly Tyr Phe 100 105 110 Ala Asp Tyr Glu Glu Leu Arg Glu Gln Leu Ser Ser Val Ser Ser Phe 115 120 125 Glu Arg Phe Glu Ile Phe Pro Lys Glu Ser Ser Trp Pro Asn His Thr 130 135 140 Val Thr Gly Val Ser Ala Ser Cys Ser His Asn Gly Lys Ser Ser Phe 145 150 155 160 Tyr Arg Asn Leu Leu Trp Leu Thr Gly Lys Asn Gly Leu Tyr Pro Asn 165 170 175 Leu Ser Lys Ser Tyr Ala Asn Asn Lys Glu Lys Glu Val Leu Val Leu 180 185 190 Trp Gly Val His His Pro Pro Asn Ile Gly Asx Gln Arg Ala Leu Tyr 195 200 205 His Thr Glu Asn Ala Tyr Val Ser Val Val Ser Ser His Tyr Ser Arg 210 215 220 Arg Phe Thr Pro Glu Ile Ala Lys Arg Pro Lys Val Arg Asp Gln Glu 225 230 235 240 Gly Arg Ile Asn Tyr Tyr Trp Thr Leu Leu Glu Pro Gly Asp Thr Ile 245 250 255 Ile Phe Glu Ala Asn Gly Asn Leu Ile Ala Pro Arg Phe Ala Phe Ala 260 265 270 Leu Ser Arg Gly Phe Gly Ser Gly Ile Ile Thr Ser Asn Ala Pro Met 275 280 285 Asp Glu Cys Asp Ala Lys Cys Gln Thr Pro Gln Gly Ala Ile Asn Ser 290 295 300 Ser Leu Pro Phe Gln Asn Val His Pro Val Thr Ile Gly Glu Cys Pro 305 310 315 320 Lys Tyr Val Arg Ser Ala Lys Leu Arg Met Val Thr Gly Leu Arg Asn 325 330 335 Ile Pro Ser Ile Gln Ser Arg Gly Leu Phe Gly Ala Ile Ala Gly Phe 340 345 350 Ile Glu Gly Gly Trp Thr Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly Tyr His 355 360 365 His Gln Asn Glu Gln Gly Ser Gly Tyr Ala Ala Asp Gln Lys Ser Thr 370 375 380 Gln Asn Ala Ile Asn Gly Ile Thr Asn Lys Val Asn Ser Val Ile Glu 385 390 395 400 Lys Met Asn Thr Gln Phe Thr Ala Val Gly Lys Glu Phe Asn Lys Leu 405 410 415 Glu Arg Arg Met Glu Asn Leu Asn Lys Lys Val Asp Asp Gly Phe Leu 420 425 430 Asp Ile Trp Thr Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Leu Leu Glu Asn Glu 435 440 445 Arg Thr Leu Asp Phe His Asp Ser Asn Val Lys Asn Leu Tyr Glu Lys 450 455 460 Val Lys Ser Gln Leu Lys Asn Asn Ala Lys Glu Ile Gly Asn Gly Cys 465 470 475 480 Phe Glu Phe Tyr 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Asn Arg Leu 370 375 380 Ile Gly Lys Thr Asn Glu Lys Phe His Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser 385 390 395 400 Glu Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr 405 410 415 Lys Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu 420 425 430 Asn Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp Ser Glu Met Asn Lys Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Thr Lys Lys Gln Leu Arg Glu Asn Ala Glu Asp Met Gly Asn 450 455 460 Gly Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys Asp Asn Ala Cys Ile Gly Ser 465 470 475 480 Ile Arg Asn Gly Thr Tyr Asp His Asp Val Tyr Arg Asp Glu Ala Leu 485 490 495 Asn Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Lys 500 505 510 Asp Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala Ile Ser Cys Phe Leu Leu Cys 515 520 525 Val Ala Leu Leu Gly Phe Ile Met Trp Ala Cys Gln Lys Gly Asn Ile 530 535 540 Arg Cys Asn Ile 545 <210> 12 <211> 566 <212> PRT <213> Influenza A virus <400> 12 Met Lys Thr Ile Ile Ala Leu Ser Tyr Ile Leu Cys Leu Val Phe Ala 1 5 10 15 Gln Lys Leu Pro Gly Asn Asp Asn Ser Thr Ala Thr Leu Cys Leu Gly 20 25 30 His His Ala Val Pro Asn Gly Thr Ile Val Lys Thr Ile Thr Asn Asp 35 40 45 Gln Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu Leu Val Gln Ser Ser Ser Thr 50 55 60 Gly Lys Ile Cys Asn Ser Pro His Gln Ile Leu Asp Gly Glu Asn Cys 65 70 75 80 Thr Leu Ile Asp Ala Leu Leu Gly Asp Pro Gln Cys Asp Gly Phe Gln 85 90 95 Asn Lys Lys Trp Asp Leu Phe Val Glu Arg Ser Lys Ala Ser Ser Asn 100 105 110 Cys Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala Ser Leu Arg Ser Leu Val 115 120 125 Ala Ser Ser Gly Thr Leu Glu Phe Asn Asn Glu Ser Phe Asn Trp Thr 130 135 140 Gly Val Thr Gln Asn Gly Thr Ser Ser Ala Cys Ile Arg Arg Ser Asn 145 150 155 160 Asn Ser Phe Phe Ser Arg Leu Asn Trp Leu Thr His Leu Lys Phe Lys 165 170 175 Tyr Pro Ala Leu Asn Val Thr Met Pro Asn Asn Glu Lys Phe Asp Lys 180 185 190 Leu Tyr Ile Trp Gly Val His His Pro Gly Thr Asp Asn Asp Gln Ile 195 200 205 Phe Leu Tyr Ala Gln Ala Thr Gly Arg Ile Thr Val Ser Thr Lys Arg 210 215 220 Ser Gln Gln Thr Val Ile Pro Asn Ile Gly Ser Arg Pro Arg Val Arg 225 230 235 240 Asn Ile Pro Ser Arg Ile Ser Ile Tyr Trp Thr Ile Val Lys Pro Gly 245 250 255 Asp Ile Phe Leu Ile Asn Ser Thr Gly Asn Leu Ile Ala Pro Arg Gly 260 265 270 Tyr Phe Lys Ile Gln Ser Gly Lys Ser Ser Ile Met Arg Ser Asp Ala 275 280 285 Pro Ile Gly Lys Cys Asn Ser Glu Cys Ile Thr Pro Asn Gly Ser Ile 290 295 300 Pro Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val Asn Arg Ile Thr Tyr Gly Ala 305 310 315 320 Cys Pro Arg Tyr Val Lys Gln Asn Thr Leu Lys Leu Ala Thr Gly Met 325 330 335 Arg Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg Gly Ile Phe Gly Ala Ile Ala 340 345 350 Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly 355 360 365 Phe Arg His Gln Asn Ser Glu Gly Ile Gly Gln Ala Ala Asp Leu Lys 370 375 380 Ser Thr Gln Ala Ala Ile Asp Gln Ile Asn Gly Lys Leu Asn Arg Leu 385 390 395 400 Ile Gly Lys Thr Asn Glu Lys Phe His Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser 405 410 415 Glu Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr 420 425 430 Lys Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu 435 440 445 Asn Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp Ser Glu Met Asn Lys Leu Phe 450 455 460 Glu Lys Thr Lys Lys Gln Leu Arg Glu Asn Ala Glu Asp Met Gly Asn 465 470 475 480 Gly Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys Asp Asn Ala Cys Ile Gly Ser 485 490 495 Ile Arg Asn Gly Thr Tyr Asp His Asp Val Tyr Arg Asp Glu Ala Leu 500 505 510 Asn Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Ile Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Lys 515 520 525 Asp Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala Ile Ser Cys Phe Leu Leu Cys 530 535 540 Val Ala Leu Leu Gly Phe Ile Met Trp Ala Cys Gln Lys Gly Asn Ile 545 550 555 560 Arg Cys Asn Ile Cys Ile 565 <210> 13 <211> 566 <212> PRT <213> Influenza A virus <400> 13 Met Lys Thr Ile Ile Ala Leu Ser Tyr Ile Leu Cys Leu Val Phe Ala 1 5 10 15 Gln Lys Leu Pro Gly Asn Asp Asn Ser Thr Ala Thr Leu Cys Leu Gly 20 25 30 His His Ala Val Pro Asn Gly Thr Ile Val Lys Thr Ile Thr Asn Asp 35 40 45 Gln Ile Glu Val Thr Asn Ala Thr Glu Leu Val Gln Ser Ser Ser Thr 50 55 60 Gly Glu Ile Cys Asp Ser Pro His Gln Ile Leu Asp Gly Glu Asn Cys 65 70 75 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Ile Gly Lys Cys Asn Ser Glu Cys Ile Thr Pro Asn Gly Ser Ile 290 295 300 Pro Asn Asp Lys Pro Phe Gln Asn Val Asn Arg Ile Thr Tyr Gly Ala 305 310 315 320 Cys Pro Arg Tyr Val Lys Gln Asn Thr Leu Lys Leu Ala Thr Gly Met 325 330 335 Arg Asn Val Pro Glu Lys Gln Thr Arg Gly Ile Phe Gly Ala Ile Ala 340 345 350 Gly Phe Ile Glu Asn Gly Trp Glu Gly Met Val Asp Gly Trp Tyr Gly 355 360 365 Phe Arg His Gln Asn Ser Glu Gly Ile Gly Gln Ala Ala Asp Leu Lys 370 375 380 Ser Thr Gln Ala Ala Ile Asp Gln Ile Asn Gly Lys Leu Asn Arg Leu 385 390 395 400 Ile Gly Lys Thr Asn Glu Lys Phe His Gln Ile Glu Lys Glu Phe Ser 405 410 415 Glu Val Glu Gly Arg Ile Gln Asp Leu Glu Lys Tyr Val Glu Asp Thr 420 425 430 Lys Ile Asp Leu Trp Ser Tyr Asn Ala Glu Leu Leu Val Ala Leu Glu 435 440 445 Asn Gln His Thr Ile Asp Leu Thr Asp Ser Glu Met Asn Lys Leu Phe 450 455 460 Glu Lys Thr Lys Lys Gln Leu Arg Glu Asn Ala Glu Asp Leu Gly Asn 465 470 475 480 Gly Cys Phe Lys Ile Tyr His Lys Cys Asp Asn Ala Cys Ile Gly Ser 485 490 495 Ile Arg Asn Gly Thr Tyr Asp His Asp Val Tyr Arg Asp Glu Ala Leu 500 505 510 Asn Asn Arg Phe Gln Ile Lys Gly Val Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Lys 515 520 525 Asp Trp Ile Leu Trp Ile Ser Phe Ala Ile Ser Cys Phe Leu Leu Cys 530 535 540 Val Ala Leu Leu Gly Phe Ile Met Trp Ala Cys Gln Lys Gly Asn Ile 545 550 555 560 Arg Cys Asn Ile Cys Ile 565 <210> 14 <211> 325 <212> PRT <213> Influenza A virus <400> 14 Asp Gln Ile Cys Ile Gly Tyr His Ala Asn Asn Ser Thr Glu Lys Val 1 5 10 15 Asp Thr Ile Leu Glu Arg Asn Val Thr Val Thr His Ala Lys Asp Ile 20 25 30 Leu Glu Lys Thr His Asn Gly Lys Leu Cys Lys Leu Asn Gly Ile Pro 35 40 45 Pro Leu Glu Leu Gly Asp Cys Ser Ile Ala Gly Trp Leu Leu Gly Asn 50 55 60 Pro Glu Cys Asp Arg Leu Leu Ser Val Pro Glu Trp Ser Tyr Ile Met 65 70 75 80 Glu Lys Glu Asn Pro Arg Tyr Ser Leu Cys Tyr Pro Gly Ser Phe Asn 85 90 95 Asp Tyr Glu Glu Leu Lys His Leu Leu Ser Ser Val Lys His Phe Glu 100 105 110 Lys Val Lys Ile Leu Pro Lys Asp Arg Trp Thr Gln His Thr Thr Thr 115 120 125 Gly Gly Ser Trp Ala Cys Ala Val Ser Gly Lys Pro Ser Phe Phe Arg 130 135 140 Asn Met Val Trp Leu Thr Arg Lys Gly Ser Asn Tyr Pro Val Ala Lys 145 150 155 160 Gly Ser Tyr Asn Asn Thr Ser Gly Glu Gln Met Leu Ile Ile Trp Gly 165 170 175 Val His His Pro Asn Asp Glu Ala Glu Gln Arg Ala Leu Tyr Gln Asn 180 185 190 Val Gly Thr Tyr Val Ser Val Ala Thr Ser Thr Leu Tyr Lys Arg Ser 195 200 205 Ile Pro Glu Ile Ala Ala Arg Pro Lys Val Asn Gly Leu Gly Arg Arg 210 215 220 Met Glu Phe Ser Trp Thr Leu Leu Asp Met Trp Asp Thr Ile Asn Phe 225 230 235 240 Glu Ser Thr Gly Asn Leu Val Ala Pro Glu Tyr Gly Phe Lys Ile Ser 245 250 255 Lys Arg Gly Ser Ser Gly Ile Met Lys Thr Glu Gly Thr Leu Glu Asn 260 265 270 Cys Glu Thr Lys Cys Gln Thr Pro Leu Gly Ala Ile Asn Thr Thr Leu 275 280 285 Pro Phe His Asn Val His Pro Leu Thr Ile Gly Glu Cys Pro Lys Tyr 290 295 300 Val Lys Ser Glu Lys Leu Val Leu Ala Thr Gly Leu Arg Asn Val Pro 305 310 315 320 Gln Ile Glu Ser Arg 325 <210> 15 <211> 535 <212> PRT <213> Influenza A virus <400> 15 Gln Ile Cys Ile Gly Tyr His Ala Asn Asn Ser Thr Glu Gln Val Asp 1 5 10 15 Thr Ile Met Glu Lys Asn Val Thr Val Thr His Ala Gln Asp Ile Leu 20 25 30 Glu Lys Thr His Asn Gly Lys Leu Cys Asp Leu Asp Gly Val Lys Pro 35 40 45 Leu Ile Leu Arg Asp Cys Ser Val Ala Gly Trp Leu Leu Gly Asn Pro 50 55 60 Met Cys Asp Glu Phe Leu Asn Val Pro Glu Trp Ser Tyr Ile Val Glu 65 70 75 80 Lys Ile Asn Pro Ala Asn Asp Leu Cys Tyr Pro Gly Asn Phe Asn Asp 85 90 95 Tyr Glu Glu Leu Lys His Leu Leu Ser Arg Ile Asn His Phe Glu Lys 100 105 110 Ile Gln Ile Ile Pro Lys Ser Ser Trp Ser Asp His Glu Ala Ser Ser 115 120 125 Gly Val Ser Ser Ala Cys Pro Tyr Gln Gly Arg Ser Ser Phe Phe Arg 130 135 140 Asn Val Val Trp Leu Ile Lys Lys Asp Asn Ala Tyr Pro Thr Ile Lys 145 150 155 160 Arg Ser Tyr Asn Asn Thr Asn Gln Glu Asp Leu Leu Val Leu Trp Gly 165 170 175 Ile His His Pro Asn Asp Ala Ala Glu Gln Thr Arg Leu Tyr Gln Asn 180 185 190 Pro Thr Thr Tyr Ile Ser Val Gly Thr Ser Thr Leu Asn Gln Arg Leu 195 200 205 Val Pro Lys Ile Ala 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Asp Val Asp Asp Gly His Phe Val Asn Ile Glu Leu 85 90 95 Glu <210> 17 <211> 592 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 17 Ala Phe Leu Leu Thr Ser Ala Cys Leu Ile Tyr Cys Lys Gln Tyr Val 1 5 10 15 Thr Val Phe Tyr Gly Ile Pro Ala Trp Lys Asn Ala Ser Ile Pro Leu 20 25 30 Phe Cys Ala Thr Arg Asn Arg Asp Thr Trp Gly Thr Ile Gln Cys Leu 35 40 45 Pro Asp Asn Asp Asp Tyr Gln Glu Ile Val Leu Asn Val Ala Glu Ala 50 55 60 Phe Asp Ala Trp Asp Asn Thr Val Thr Glu Gln Ala Ile Glu Asp Val 65 70 75 80 Trp Asn Leu Phe Glu Thr Ser Thr Lys Pro Cys Val Lys Leu Thr Pro 85 90 95 Leu Cys Val Thr Met Arg Cys Asn Thr Ser Thr Thr Thr Thr Thr Thr 100 105 110 Ala Pro Thr Ser Thr Ser Ala Gly Ser Thr Ala Thr Pro Lys Pro Ile 115 120 125 Met Val Asn Glu Asn Thr Ser Cys Met His Ala Asn Asn Cys Ser Gly 130 135 140 Leu Gly Glu Glu Glu Val Val Asn Cys Glu Phe Asn Met Thr Gly Leu 145 150 155 160 Val Arg Asp Lys Pro Lys Thr Tyr Asn Glu Thr Trp Tyr Ser Arg Asp 165 170 175 Val Asp Cys Glu Pro Asp Ser Thr Thr Asn Ser Arg Lys Cys Tyr Met 180 185 190 Asn His Cys Asn Thr Ser Val Ile Thr Glu Ser Cys Asp Lys His Tyr 195 200 205 Trp Asp Asp Ile Arg Phe Arg Tyr Cys Ala Pro Pro Gly Tyr Ala Leu 210 215 220 Leu Arg Cys Asn Asp Thr Asn Tyr Ser Gly Phe Ala Pro Asn Cys Ser 225 230 235 240 Lys Val Val Ala Ser Thr Cys Thr Arg Met Met Glu Thr Gln Thr Ser 245 250 255 Thr Trp Phe Gly Phe Asn Gly Thr Arg Ala Glu Asn Arg Thr Tyr Leu 260 265 270 Tyr Trp His Ser Lys Ser Asp Arg Thr Ile Ile Ser Leu Asn Lys Tyr 275 280 285 Tyr Asn Leu Ser Ile His Cys Lys Arg Pro Gly Asn Lys Thr Val Thr 290 295 300 Pro Ile Thr Leu Met Ser Gly Tyr Lys Phe His Ser Arg Pro Val Ile 305 310 315 320 Asn Thr Arg Pro Lys Gln Ala Trp Cys Trp Phe Lys Gly Arg Trp Lys 325 330 335 Asp Ala Met Gln Glu Val Lys Lys Thr Val Ala Glu His Pro Arg Ala 340 345 350 Val Thr Lys Asp Pro Lys Asn Ile Thr Phe Ala Ala Pro Gly Lys Gly 355 360 365 Ser Asp Pro Glu Val Glu Tyr Met Trp Thr Asn Cys Arg Gly Glu Phe 370 375 380 Leu Tyr Cys Asp Met Thr Trp Phe Leu Asp Trp Ile Glu Asn Arg Pro 385 390 395 400 Thr Arg Lys Ala Trp Arg Asn Tyr Val Pro Cys His Ile Arg Gln Ile 405 410 415 Ile Asn Thr Trp His Lys Val Gly Lys His Val Tyr Leu Pro Pro Arg 420 425 430 Glu Gly Glu Leu Thr Cys Asn Ser Thr Val Thr Ser Ile Ile Ala Asn 435 440 445 Ile Asp Val Asn Glu Ile Asp Lys Arg Thr Asn Ile Thr Phe Ser Ala 450 455 460 Glu Val Ala Glu Leu Tyr Arg Val Glu Leu Gly Asp Tyr Lys Leu Val 465 470 475 480 Glu Val Thr Pro Ile Gly Phe Ala Pro Thr Ser Glu Lys Arg Tyr Ser 485 490 495 Ser Gly His Arg Glu Thr Tyr Lys Arg Cys Ala Arg Ala Arg Ile Leu 500 505 510 Gly Phe Ser Arg Asn Ser Arg Phe Cys Asn Gly Arg Ser Val Leu Asp 515 520 525 Ala Val Arg Ser Ala Pro Asp Phe Thr Gly Arg Asp Ser Ala Ala Thr 530 535 540 Ala Thr Ala Val Gly Arg Gly Gln Glu Thr Thr Arg Asn Val Ala Thr 545 550 555 560 Asp Arg Leu Gly Asn Glu Lys Ser Pro Gly Lys Ser His Cys Tyr Arg 565 570 575 Glu Ile Pro Lys Gly Ser Gly Ala Ala Lys Phe Met Gly Met Cys Val 580 585 590 <210> 18 <211> 455 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 18 Val Pro Val Trp Arg Asp Ala Asp Thr Thr Leu Phe Cys Ala Ser Asp 1 5 10 15 Ala Lys Ser His Val Thr Glu Ala His Asn Val Trp Ala Thr His Ala 20 25 30 Cys Val Pro Thr Asp Pro Asn Pro Gln Glu Ile His Leu Glu Asn Val 35 40 45 Thr Glu Asn Phe Asn Met Trp Lys Asn Asn Met Val Glu Gln Met Gln 50 55 60 Glu Asp Val Ile Ser Leu Trp Glu Gln Ser Leu Lys Pro Cys Val Lys 65 70 75 80 Leu Thr Pro Leu Cys Val Thr Leu Asn Cys Thr Asn Ala Asn Leu Thr 85 90 95 Asn Ala Asn Leu Thr Asn Ala Asn Asn Ile Thr Asn Val Glu Asn Ile 100 105 110 Thr Asp Glu Val Arg Asn Cys Ser Phe Asn Val Thr Thr Asp Leu Arg 115 120 125 Asp Lys Gln Gln Lys Val His Ala Leu Phe Tyr Arg Leu Asp Ile Val 130 135 140 Gln Ile Asn Ser Lys Asn Ser Ser Asp Tyr Arg Leu Ile Asn Cys Asn 145 150 155 160 Thr Ser Val Ile Lys Gln Ala Cys Pro Lys Ile Ser Phe Asp Pro Ile 165 170 175 Pro Ile His Tyr Cys Thr Pro Ala Gly Tyr Ala Ile Leu Lys Cys Asn 180 185 190 Asp Lys Asn Phe Asn Gly Thr Gly Pro Cys Lys Asn Val Ser Ser Val 195 200 205 Gln Cys Thr His Gly Ile Lys Pro Val Val Ser Thr Gln Leu Leu Leu 210 215 220 Asn Gly Ser Leu Ala Glu Glu Glu Ile Ile Ile Arg Ser Glu Asn Leu 225 230 235 240 Thr Asn Asn Val Lys Thr Ile Ile Val His Leu Asn Lys Ser Val Glu 245 250 255 Ile Asn Cys Thr Arg Pro Ser Asn Asn Thr Arg Thr Ser Ile Thr Ile 260 265 270 Gly Pro Gly Gln Val Phe Tyr Arg Thr Gly Asp Ile Ile Gly Asp Ile 275 280 285 Arg Lys Val Ser Cys Glu Leu Asn Gly Thr Lys Trp Asn Glu Val Leu 290 295 300 Lys Gln Val Lys Glu Lys Leu Lys Glu His Phe Asn Lys Asn Ile Ser 305 310 315 320 Phe Gln Pro Pro Ser Gly Gly Asp Leu Glu Ile Thr Met His His Phe 325 330 335 Ser Cys Arg Gly Glu Phe Phe Tyr Cys Asn Thr Thr Gln Leu Phe Asn 340 345 350 Asn Thr Tyr Ser Asn Gly Thr Ile Thr Leu Pro Cys Lys Ile Lys Gln 355 360 365 Ile Ile Asn Met Trp Gln Gly Val Gly Gln Ala Met Tyr Ala Pro Pro 370 375 380 Ile Ser Gly Arg Ile Asn Cys Leu Ser Asn Ile Thr Gly Leu Leu Leu 385 390 395 400 Thr Arg Asp Gly Asn Asn Gly Thr Asn Glu Thr Phe Arg Pro Gly Gly 405 410 415 Gly Asn Ile Lys Asp Asn Trp Arg Ser Glu Leu Tyr Lys Cys Lys Val 420 425 430 Val Gln Ile Glu Pro Leu Gly Ile Ala Pro Thr Arg Ala Lys Arg Arg 435 440 445 Val Val Glu Arg Glu Lys Lys 450 455 <210> 19 <211> 354 <212> PRT <213> Human herpesvirus <400> 19 Met Phe Leu Ile Gln Cys Leu Ile Ser Ala Val Ile Phe Tyr Ile Gln 1 5 10 15 Val Thr Asn Ala Leu Ile Phe Lys Gly Asp His Val Ser Leu Gln Val 20 25 30 Asn Ser Ser Leu Thr Ser Ile Leu Ile Pro Met Gln Asn Asp Asn Tyr 35 40 45 Thr Glu Ile Lys Gly Gln Leu Val Phe Ile Gly Glu Gln Leu Pro Thr 50 55 60 Gly Thr Asn Tyr Ser Gly Thr Leu Glu Leu Leu Tyr Ala Asp Thr Val 65 70 75 80 Ala Phe Cys Phe Arg Ser Val Gln Val Ile Arg Tyr Asp Gly Cys Pro 85 90 95 Arg Ile Arg Thr Ser Ala Phe Ile Ser Cys Arg Tyr Lys His Ser Trp 100 105 110 His Tyr Gly Asn Ser Thr Asp Arg Ile Ser Thr Glu Pro Asp Ala Gly 115 120 125 Val Met Leu Lys Ile Thr Lys Pro Gly Ile Asn Asp Ala Gly Val Tyr 130 135 140 Val Leu Leu Val Arg Leu Asp His Ser Arg Ser Thr Asp Gly Phe Ile 145 150 155 160 Leu Gly Val Asn Val Tyr Thr Ala Gly Ser His His Asn Ile His Gly 165 170 175 Val Ile Tyr Thr Ser Pro Ser Leu Gln Asn Gly Tyr Ser Thr Arg Ala 180 185 190 Leu Phe Gln Gln Ala Arg Leu Cys Asp Leu Pro Ala Thr Pro Lys Gly 195 200 205 Ser Gly Thr Ser Leu Phe Gln His Met Leu Asp Leu Arg Ala Gly Lys 210 215 220 Ser Leu Glu Asp Asn Pro Trp Leu His Glu Asp Val Val Thr Thr Glu 225 230 235 240 Thr Lys Ser Val Val Lys Glu Gly Ile Glu Asn His Val Tyr Pro Thr 245 250 255 Asp Met Ser Thr Leu Pro Glu Lys Ser Leu Asn Asp Pro Pro Glu Asn 260 265 270 Leu Leu Ile Ile Ile Pro Ile Val Ala Ser Val Met Ile Leu Thr Ala 275 280 285 Met Val Ile Val Ile Val Ile Ser Val Lys Arg Arg Arg Ile Lys Lys 290 295 300 His Pro Ile Tyr Arg Pro Asn Thr Lys Thr Arg Arg Gly Ile Gln Asn 305 310 315 320 Ala Thr Pro Glu Ser Asp Val Met Leu Glu Ala Ala Ile Ala Gln Leu 325 330 335 Ala Thr Ile Arg Glu Glu Ser Pro Pro His Ser Val Val Asn Pro Phe 340 345 350 Val Lys <210> 20 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 20 Gly Asp Leu Gln Val Leu 1 5 <210> 21 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 21 Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1 5 <210> 22 <211> 13 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 22 Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala Ser Leu Arg Ser 1 5 10 <210> 23 <211> 17 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 23 Glu Asn Pro Val Val His Glu Phe Lys Asn Ile Val Thr Pro Arg Thr 1 5 10 15 Pro <210> 24 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 24 Ala Lys Pro Val Val His Leu Phe Ala Asn Ile Val Thr Pro Arg Thr 1 5 10 15 Pro <210> 25 <211> 13 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 25 Ala Lys Ala Val Ala Ala Trp Thr Leu Lys Ala Ala Ala 1 5 10 <210> 26 <211> 51 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <220> <221> MOD_RES <222> (2)..(2) <223> Ile or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (3)..(3) <223> Ile or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (4)..(4) <223> Pro or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (5)..(5) <223> Lys or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (6)..(6) <223> Ser or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (7)..(7) <223> Ser or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (8)..(8) <223> Trp or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (9)..(9) <223> Ser, Pro or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (10)..(10) <223> Asp, Ser, Asn or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (11)..(11) <223> His or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (12)..(12) <223> Glu, Asp or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (14)..(14) <223> Ser or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (15)..(15) <223> Ser, Leu or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (19)..(19) <223> Ser or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (21)..(21) <223> Cys or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (24)..(24) <223> Gln, His, Asn, Leu or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (25)..(25) <223> Gly or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (26)..(26) <223> Arg, Lys, Ser, Val, Thr, Gly or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (27)..(27) <223> Ser, Pro or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (30)..(30) <223> Phe or Tyr <220> <221> MOD_RES <222> (37)..(37) <223> Ile, Thr, Val or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (38)..(38) <223> Lys, Thr, Glu or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (39)..(39) <223> Lys, Arg or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (40)..(40) <223> Asp, Asn or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (41)..(41) <223> Asn, Ser, Asp or Ala <220> <221> MOD_RES <222> (42)..(42) <223> Ala, Thr or Ser <220> <221> MOD_RES <222> (48)..(48) <223> Arg or Lys <400> 26 Cys Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Ala Xaa Xaa Gly 1 5 10 15 Val Ser Xaa Ala Xaa Pro Tyr Xaa Xaa Xaa Xaa Ser Phe Xaa Arg Asn 20 25 30 Val Val Trp Leu Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Tyr Pro Thr Ile Lys Xaa 35 40 45 Ser Tyr Cys 50

Claims (46)

1. (a) 제1 기본 펩티드 서열을 선택하는 단계로서, 상기 서열은 에피토프에 대한 백신접종에 의해 치료될 수 있거나 예방될 수 있는 질병과 연관된 항원의 에피토프로부터 유래된 아미노산 서열을 포함하며, 상기 서열의 길이는 6개 이상의 아미노산인 것인 단계;
   (b) 지정-서열 중합체(directed-sequence polymers, DSP)의 제1 카세트를 고체상 펩티드 합성에 의해 합성하는 단계로서, 상기 카세트는 제1 기본 펩티드 서열의 각각의 아미노산에 해당하는 아미노산 위치에 있는 서열을 갖고,
   여기서 상기 제1 카세트의 하나 이상의 아미노산 위치에 대해 아미노산이 첨가되고, 상기 각각의 위치에 대한 상기 아미노산은 그 아미노산 위치에서 발견되는 본래의 아미노산, 알라닌(A), 및 임의로 하나 이상의 보존적 치환으로 구성된 아미노산들의 혼합물로부터 무작위로 선택되고,
   여기서, 상기 혼합물 내의 상기 아미노산들은, 합성을 개시하기 전에 결정된, 서로에 대해 고정된 몰 입력 비(input ratio)로 존재하고,
   여기서, A의 상대 몰량은 상기 DSP의 전체 아미노산 농도의 15% 내지 35% 인 것인, 단계;
   (c) 임의로, 다중 카세트를 차례대로 결합함으로써 상기 DSP의 길이를 추가로 신장시키는 단계;
   를 포함하는, 피검체에서 면역 반응을 일으키는 데에 유용한 지정-서열 중합체(directed-sequence polymers, DSP)를 포함하는 조성물을 제조하는 방법으로서,
   단계 (c)에서 카세트의 수는, 상기 DSP 조성물 내의 상기 폴리펩티드의 최종 길이가 25개 내지 300개의 아미노산 잔기가 되도록 선택되고, 상기 조성물은 적어도 상기 제1 기본 펩티드 서열을 기준으로 5 x 10²를 초과하는 상이한 폴리펩티드 복잡성을 갖는 것인, 방법.
2. 제 1항에 있어서, 상기 DSP 조성물 내의 상기 폴리펩티드의 길이가, 임의로,
   (ⅰ) 단계 (b)를, 상기 혼합물 내의 아미노산들의 입력 비를 포함하는 동일한 조건 하에서, 2회 내지 15회 사이클 동안 반복하여 상기 폴리펩티드의 길이를 신장시키는 단계;
   (ⅱ) 단계 (b)를, 각각의 사이클에 대해 상기 혼합물 내의 아미노산들의 상이한 입력 비를 이용하여, 2회 내지 15회 사이클 동안 반복하여 상기 폴리펩티드의 길이를 신장시키는 단계;
   (ⅲ) 단계 (a) 및 (b)를, 1개 초과의 기본 펩티드를 기초로 하는 카세트를 사용하여, 2회 내지 15회 사이클 동안 반복하여 상기 폴리펩티드의 길이를 신장시키는 단계;
   (ⅳ) 단계 (b)의 단일 사이클에서 합성된 2개 내지 15개의 카세트를 어셈블링(assembling)하는 단계;
   (ⅴ) 제1 카세트는 단계 (b)의 하나의 조건 하에서 합성된 것이고, 제2 및 그 다음 카세트들은 단계 (b)의 하나 이상의 상이한 조건 하에서 합성된 것인, 2개 내지 15개 카세트를 어셈블링하는 단계; 및
   (ⅵ) 단계 (a) 및 (b)를 이용하여 연속하여 합성된 2 내지 15개의 카세트를 어셈블링하는 단계로서, 상기 카세트는 1 초과의 펩티드에 기초하는 것인 단계 중에서 하나 이상을 선택함으로써 추가로 신장되고, 상기 DSP 조성물 내의 폴리펩티드의 최종 길이가 25개 내지 300개의 아미노산 잔기가 되는, 방법:
3. 제 1항에 있어서, 상기 제1 기본 펩티드 서열이 서열번호 1 내지 7, 및 서열번호 8 내지 19의 부분 서열인 공지된 에피토프 서열로부터 선택되는 방법.
4. 제 1항에 있어서, 상기 질병이 감염성 질병인 방법.
5. 제 4항에 있어서, 상기 감염성 질병이 바이러스 감염인 방법.
6. 제 5항에 있어서, 상기 감염이 인플루엔자 바이러스에 의해 유발되는 것인 방법.
7. 제 4항에 있어서, 상기 감염성 질병이 기생충 감염인 방법.
8. 제 4항에 있어서, 상기 감염성 질병이 박테리아 감염인 방법.
9. 제 5항에 있어서, 상기 감염이, AIDS, AIDS 관련 합병증(AIDS Related Complex), 수두(Varicella), 감기(Common cold), 사이토메갈로바이러스 감염, 콜로라도 진드기열(Colorado tick fever), 뎅기열(Dengue fever), 에볼라 출혈열(Ebola haemorrhagic fever), 수족구병, 간염, 단순포진, 대상포진, HPV, 인플루엔자 (Flu), 라사열(Lassa fever), 홍역(Measles), 마버그 출혈열(Marburg haemorrhagic fever), 감염성 단핵구증(Infectious mononucleosis), 이하선염(Mumps), 폴리오(Poliomyelitis), 진행성 다초점 뇌백질병증(Progressive multifocal leukencephalopathy), 공수병(Rabies), 풍진(Rubella), SARS, 본래두(Smallpox) (Variola), 바이러스성 뇌염, 바이러스성 위장염, 바이러스성 수막염, 바이러스성 폐렴, 웨스트나일병(West Nile disease) 및 황열(Yellow fever)로부터 선택되는 질병을 초래하는, 방법.
10. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, DSP 조성물 내의 폴리펩티드의 최종 평균 길이가 30개의 아미노산 내지 150개의 아미노산인 방법.
11. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 보존적 치환은 치환 잔기에 대한 원래 잔기의 크기, 전하 또는 소수성의 관련 특성의 유사성에 따라 정의되는 방법.
12. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 보존적 치환이 상기 에피토프의 공지된 변이체의 실험적 데이터(empirical data)를 기초로 하여 결정되는 방법.
13. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, DSP 조성물 내의 폴리펩티드가 1 초과의 카세트를 갖는 방법.
14. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 상기 제1 기본 펩티드 서열의 적어도 일부분을 기준으로 1 x 10⁶을 초과하는 상이한 폴리펩티드 복잡성을 갖는 방법.
15. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 기본 펩티드 서열의 길이가 6 내지 75개의 아미노산인 방법.
16. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, DSP 조성물 내의 하나 이상의 폴리펩티드에 이황화 결합을 도입하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
17. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, DSP 조성물 내의 하나 이상의 폴리펩티드에 글리코실화를 도입하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
18. 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 카세트의 하나 이상의 아미노산 위치에 대해 아미노산이 첨가되고, 상기 아미노산은 그 아미노산 위치에서 발견되는 본래의 아미노산, 알라닌(A), 및 임의로 하나 이상의 보존적 치환으로 구성된 아미노산들의 혼합물로부터 무작위로 선택되는 방법.
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