KR100436554B1 - 혼성화된 핵산의 검출감도를 증가시키는 방법 - Google Patents

혼성화된 핵산의 검출감도를 증가시키는 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 핵산 가수분해효소를 이용하여 비혼성화된 핵산 프로브를 제거함으로써, 유전자 분석용 센서 소자의 기판 위에 고정화된 핵산의 혼성화 검출감도를 증가시키는 방법을 제공한다. 본 발명의 방법은 표적 핵산과 혼성화되지 않고 남아있는 단일가닥의 핵산 프로브에 의해 발생하는 배경 시그날 혹은 표적 핵산과 프로브간의 비특이적 결합에 의한 시그날을 감소시키거나 제거하므로, 핵산의 혼성화 검출감도 및 정확도를 높일 수 있다. 또한, 본 발명의 방법은 세척에 의해 배경 시그날을 감소시키는 기존의 방법에서 발생되는, 혼성화된 핵산의 손실을 최소화시킬 수 있다.

Description

혼성화된 핵산의 검출감도를 증가시키는 방법{A Method for Improving a Sensitivity of Sensing Device in the Detection of a Hybridized Nucleic Acid}
본 발명은 혼성화된 핵산의 검출감도를 증가시키는 방법에 관한 것이다. 좀 더 구체적으로, 본 발명은 핵산 가수분해효소를 이용하여 비혼성화된(non-hybridized) 핵산 프로브를 제거함으로써, 유전자 분석용 센서 소자의 기판 위에고정화된 핵산의 혼성화 검출감도를 증가시키는 방법에 관한 것이다.
프로브를 기초로 하는 분석법(probe-based assay)은 핵산의 검출, 정량화(quantitation) 및 분석(analysis)에 유용하다. 핵산 프로브는 목적으로 하는 핵산의 존재 여부를 확인하기 위해, 오래 전부터 박테리아, 곰팡이, 바이러스 또는 기타 다른 생물체의 샘플 분석에 사용되어 왔다(참조: 미국특허 제 4,851,330호; 미국특허 제 5,288,611호; 미국특허 제 5,567,587호; 미국특허 제 5,601,984호; 미국특허 제 5,612,183호). 아울러, 프로브를 기초로 하는 분석법은 유전자 관련 질병을 조사하는데도 유용하다. 그럼에도 불구하고, 프로브를 기초로 하는 분석법은 특이성(specificity), 민감성(sensitivity) 및 신뢰성(reliability) 확보가 미흡하여 아직 상업적 성공에는 이르지 못하고 있다,
최근, 인간의 유전자 서열이 밝혀짐에 따라, 유전자 서열 분석 및 질병 진단을 목적으로 하는 DNA 칩을 개발하려는 움직임이 활발하다. DNA 칩은 실리콘이나 유리 등의 고체 표면 위에 염기서열을 알고 있는 단일 가닥 DNA 프로브들을 고밀도로 고정시킨 칩이다. 이러한 칩 위에 분석하고자 하는 유전자(unknown sample)를 결합 반응시켰을 때, 서로 간에 염기 서열의 짝이 맞으면 혼성화(hybridization)되어 이중 가닥을 형성하므로, DNA 칩 상의 어떤 위치에 염기 혼성화가 이루어지는 지를 확인하면, 샘플 유전자의 염기서열을 결정할 수 있다.
DNA 칩을 사용하면, 방대한 양의 유전 정보를 단시간 내에 동시에 분석할 수 있을 뿐만 아니라, 유전자간의 상호 연관성까지 규명할 수 있게 되어, 앞으로 유전병 및 암의 진단, 돌연변이의 탐색, 병원균의 검출, 유전자 발현 분석, 신약 개발등 폭넓은 응용분야가 예상된다. 또한, 미생물이나 환경오염의 감지기로 이용하여, 해독물질에 대한 유전자를 찾아내어 유전자 재조합 기술을 적용함으로써, 해독물질을 대량 생산하거나 의약용 농작물, 저 지방 함유 육류의 생산에도 응용할 수 있는 등 거의 대부분의 생물관련 산업에 혁명적인 발전을 가져올 수 있다.
DNA 칩은 사용된 프로브의 종류에 따라 올리고 칩(oligo chip)과 cDNA 칩으로 구분하기도 하고, 제작된 방법에 따라 포토리쏘그래피 칩과 핀 방식의 스포팅 칩(spotting chip), 잉크젯 방식의 스포팅 칩, 전기를 이용하여 DNA를 기판에 집적시키는 칩(electronic addressing DNA chip) 등으로 분류하기도 한다. 그러나, 현재까지 모든 DNA 칩의 공통점은 칩 위에 종류가 다른 단일가닥 DNA 프로브가 고정되어 있고, 분석하고자 하는 표적 DNA(target DNA)와의 혼성화 반응 정도를 검출하여 원하는 정보를 얻는다는 것이다.
그러므로, DNA 칩에서 프로브 DNA와 표적 DNA 사이의 혼성화 반응에 의한 시그날을 정확하게 얻어낼 수 있는 검출방법을 개발하는 것은 정확한 분석결과를 얻는다는 측면에서 아주 중요하다.
기존의 DNA 칩은 대부분 표적 DNA에 형광물질을 표지하고, 칩 위의 프로브와 반응시킨 후 공촛점 현미경(confocal microscope)이나 CCD 카메라를 사용하여 칩 표면에 남은 형광물질을 검출한다(참조: 미국특허 제 6,141,096호). 형광 이미지 분석 시, 기존의 값이 비싼 공촛점(confocal) 유형의 스캐너를 사용하지 않고 비교적 값이 저렴한 CCD 유형의 스캐너로도 검출이 가능하도록 하기 위하여, 표면에 붙을 수 있는 형광 물질의 양을 증가시키려는 다양한 연구가 진행 중이다. 예를 들어, 3차원의 하이드로젤 패드(hydrogel pad)를 이용하는 방법(참조: Analytical Biochemistry, 259:34-41, 1998), 덴드리머(dendrimer)를 이용하여 프로브와 형광물질의 밀도를 증가시키는 방법(참조: 미국특허 제 6,117,631호), 일정한 모양의 기공(pore)으로 구성된 유리 기판을 사용하여 기공 표면에 프로브를 고정시키는 방법(참조: Microarray Biochip Technology, pp. 87-117, Edited by Mark Schena, 2000 Bio Techniques Books, Natick, MA) 등의 많은 새로운 시도가 행해지고 있다.
그러나, 이러한 광학적인 검출법은 작은 양의 혼성화 시그날을 검출하는데 어려움이 있으며, 항상 배경 시그날(background signal)에 의한 노이즈(noise)로 인하여 정확한 검출을 하는데 어려움이 있고, 또한 소형화가 어렵고, 디지털화된 출력을 볼 수가 없다는 문제점을 가지고 있다. 이러한 단점을 일부 해결하기 위해, 광학 시그날 대신에 전기적인 신호로 결과를 낼 수 있는 새로운 검출법의 개발에 관하여도 많은 연구가 진행 중이다.
산화/환원이 용이한 금속 화합물을 사용하여, DNA 혼성화를 전기화학적인 방법으로 검출하는 방법이 보고되고 있다(참조: 미국특허 제 6,096,273호; 미국특허 제 6,090,933호). DNA가 혼성화되었을 때, 산화/환원이 쉬운 금속을 포함한 다른 화합물이 함께 복합체(complex)를 이루게 되고, 이를 전기화학적으로 검출하는 것이다(참조: Anal. Chem., 70:4670-4677, 1998; J. Am. Chem. Soc., 119:9861-9870, 1997; Analytica Chimica Acta, 286:219-224, 1994; Bioconjugate Chem., 8:906-913, 1997).
이외에도, 형광물질이나 다른 어떤 표지를 사용하지 않고 분석하는 방법에관하여도 연구가 활발히 진행 중인데, 일예로서 미세 제조된 칸틸레버(microfabricated cantilever)를 이용하여 DNA 올리고머 프로브와 표적 DNA간의 분자간 결합력을 측정하는 방법이 있는데, 이 방법으로 하나의 염기 차이까지 분석할 수 있다(참조: Science, 288:316-318, 2000). 뿐만 아니라, 수정진동저울자(quartz crystal microbalance)를 이용하여 결합 전후의 질량 차이를 측정하는 방법(참조: Anal. Chem., 70:1288-1296, 1998), MALDI 질량 분석기(Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization mass spectrometry)를 이용하여 분석하는 방법(참조: Anal. Chem., 69:4540-4546, 1997; 미국특허 제 6,043,031호) 등이 개발되고 있다.
상술한 바에서 알 수 있듯이, DNA의 상보적인 결합을 이용하는 DNA 칩의 모든 검출 방법에 있어서, DNA 혼성화 전후의 차이를 극대화하는 방안은 혼성화된 DNA에 대한 검출의 선택성을 높일 수 있다.
상기 혼성화된 DNA에 대한 검출의 선택성을 향상시키기 위하여, 혼성화 반응 후 반응하지 않고 남아있는 단일가닥 DNA 프로브에 의해 발생하는 배경 시그날, 혹은 표적 DNA와 프로브간의 비특이적 결합(non-specific binding)에 의한 시그날을 감소시키거나 제거할 수 있으면, 이는 DNA의 상보적인 결합을 이용하는 혼성화 검출의 정확도를 향상시킬 수 있을 것으로 기대된다.
이에, 본 발명자들은 핵산 가수분해효소를 이용하여, 혼성화 반응 후 반응하지 않고 남아있는 단일가닥의 핵산 프로브를 제거함으로써, 핵산의 혼성화 검출감도를 크게 증가시킬 수 있음을 확인하고, 본 발명을 완성하게 되었다.
따라서, 본 발명의 목적은 핵산 가수분해효소를 이용하여 비혼성화된 핵산 프로브를 제거함으로써, 유전자 분석용 센서 소자의 기판 위에 고정화된 핵산의 혼성화 검출감도를 증가시키는 방법을 제공하는 것이다.
도 1은 핵산 가수분해효소를 이용하여, 혼성화된 DNA의 검출 선택성을 향상시키는 원리를 나타내는 도면이다.
도 2는 DNA 프로브가 고정화된 DNA 칩 표면에서 엑소뉴클레이즈 I의 효소 반응을 시키고, FITC가 표지된 표적 DNA를 혼성화시킨 다음, 이미지 분석한 결과를 나타내는 형광 사진이다.
도 3은 칩 상의 DNA 프로브와 FITC가 표지된 표적 DNA를 혼성화시킨 다음, 엑소뉴클레이즈 I을 처리하고 이미지 분석한 결과를 나타내는 형광 사진이다.
이하, 본 발명을 보다 구체적으로 설명하고자 한다.
본 발명에서는 염기서열을 알고 있는 단일가닥의 핵산 프로브를 유전자 분석용 센서의 기판 위에 고정시키고, 분석하고자 하는 표적 핵산과 혼성화 반응시킨 후에, 핵산 가수분해효소를 이용하여 반응하지 않고 남은 단일가닥의 핵산 프로브를 제거하여, 핵산의 혼성화 검출감도를 증가시키는 방법을 제공한다. 이때, 유전자 분석용 센서의 기판은 편평하고 비다공성의 고체 지지체(a planar, non-porous solid support)로서, 유리, 석영, 실리콘, 플라스틱 등이다.
도 1은 핵산 가수분해효소를 이용하여, 혼성화된 DNA에 대한 검출의 선택성을 향상시키는 원리를 보여주는 도면인데, (A)는 DNA 프로브가 고정된 DNA 칩 표면을 나타내고, (B)는 표적 DNA와의 혼성화 후의 칩 표면을 나타내며, (C)는 핵산 가수분해효소 반응 후의 칩 표면을 나타낸다.
상기에서, 핵산 프로브는 DNA, RNA 또는 PNA(peptide nucleic acid)이고; 핵산 가수분해효소는 단일가닥의 핵산을 절단하는 엑소뉴클레이즈(exonuclease) 또는 엔도뉴클레이즈(endonuclease)를 단독으로 혹은 이들을 혼합하여 사용하며, 엑소뉴클레이즈나 엔도뉴클레이즈의 구체적인 예로서는 엑소뉴클레이즈 I(exonuclease I), S1 뉴클레이즈(S1 nuclease), 멍빈 뉴클레이즈(Mung bean nuclease), 리보뉴클레이즈 A(ribonuclease A), 리보뉴클레이즈 T1(ribonuclease T1) 또는 뉴클레이즈 P1(nuclease P1) 등이다.
본 발명의 상술한 방법은 현재 많이 사용되고 있는 형광 검출법, 전기화학적 검출법, 질량 변화를 이용한 검출법, 전하량 변화를 이용한 검출법 또는 광학적 성질의 차이를 이용한 검출법 등 핵산의 혼성화에 의해 단일가닥, 이중가닥을 구별하는 다른 모든 검출 방법에 효과적으로 적용될 수 있다.
위에서 제시한 검출방법 이외에도, 본 발명은 혼성화 반응 유무에 따라 단일가닥의 핵산과 이중가닥의 핵산이 구별되는 모든 핵산 분석 방법에도 적용될 수 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하기로 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게서 자명할 것이다.
실시예 1: 혼성화 반응 전의 엑소뉴클레이즈 I 처리에 의한 단일가닥 DNA 프로브의 제거
실시예 1-1: 프로브 고정
알데하이드 기(aldehyde group)가 코팅되어 있는 슬라이드 글라스(SuperAldehyde substrates, TeleChem International, Inc., U.S.A.) 위에, 5`-말단 또는 3'-말단에 아민(amine)기가 치환되어 있는 올리고머(15mer, 100pmole/㎕)를 피펫(pippette)을 이용하여 0.5㎕씩 스폿팅하는 방법으로 프로브 DNA를 고정하였다. 스폿팅 이후에 슬라이드 글라스를 12시간 건조시키고, 25℃에서 세척하여 글라스 표면에 붙지 않고 남은 프로브 DNA와 스폿팅 용액(spotting solution)의 잔류물을 제거한 다음 다시 건조시켰다. 이때, 세척은 0.2% SDS(sodium dodecyl sulfate)로 5분간 두 번, 25℃ 증류수로 5분간 두 번, 95℃ 증류수로 5분간 두 번, 25℃ 소디움 보로하이드라이드(sodium borohydride)로 5분간 2번, 0.2% SDS로 1분간 3번, 25℃ 증류수로 1분간 두 번씩 세척하는 것으로 하였다. 그런 다음, 고정화된 올리고머 프루브에 형광물질 FITC(fluorescein-5-isothiocyanate)를 표지하였다.
실시예 1-2: 엑소뉴클레이즈 I 효소 반응
실시예 1-1과 같은 방법으로 프로브가 고정화된 슬라이드 글라스 위에서 엑소뉴클레이즈 I 효소(엑소뉴클레이즈 I(10 units) 1㎕, 10x 완충용액 2㎕ 및 ddH2O 17㎕로 구성됨)를 37℃에서 1~2시간 동안 반응시켰다.
실시예 1-3: 이미지 분석
Scanarray 5000(GSI Lumonics, USA)을 사용함으로써 형광 시그날을 분석하였다.
도 2는 DNA 프로브가 고정화된 DNA 칩 표면에서 엑소뉴클레이즈 I의 효소 반응을 시키고, FITC가 표지된 표적 DNA를 혼성화시킨 다음, 이미지 분석한 결과를 나타내는 형광 사진이다.
도 2에서, (A)는 3`-말단이 표면에 고정되어 있고, 5'-말단에 형광물질이 표지된 프로브를 사용한 경우의 형광사진이고; (B)는 5`-말단이 표면에 고정되어 있고, 3'-말단에 형광물질이 표지된 프로브를 사용한 경우의 형광사진이며; (C)는 5`-말단이 표면에 고정되어 있고, 3'-말단에 형광물질이 표지되지 않고 OH기가 노출된 프로브를 사용한 경우의 형광사진이다. (A) 및 (B)에서, (I)은 엑소뉴클레이즈 I의 효소 반응 전, 프로브가 고정화된 DNA 칩에 대한 형광사진이고; (II)는 칩상의 DNA 프로브에 엑소뉴클레이즈 I 효소를 반응시킨 다음의 DNA 칩에 대한 형광사진이다. (C)에서, (I)은 엑소뉴클레이즈 I의 효소 반응과정 없이, 칩상의 DNA 프로브와 FITC가 표지된 표적 DNA를 혼성화시킨 다음의 DNA 칩에 대한 형광사진이고; (II)는 칩상의 DNA 프로브에 엑소뉴클레이즈 I의 효소를 반응시키고, FITC가 표지된 표적 DNA를 혼성화시킨 다음의 DNA 칩에 대한 형광사진이다.
도 2에서 보듯이, (A)의 경우와 같이 3`-말단이 표면에 붙어 있거나, (B)의 경우와 같이 3'-말단에 형광물질이 붙어 있는 프로브의 경우는 엑소뉴클레이즈 I이 제대로 반응하지 않아서, 그 가수분해효소의 반응 전(I), 후(II)에 형광 이미지의 변화가 별로 없었다. 반면에, (C)와 같이 3'-말단에 OH기가 남아 있는 프로브의 경우에는 엑소뉴클레이즈 I에 의해 그 프로브 DNA가 많이 제거되어, 엑소뉴클레이즈 I의 반응과정 유무에 따라 형광 이미지의 변화가 크게 나타남을 알 수 있었다.
이러한 결과는 다음과 같은 엑소뉴클레이즈 I 효소의 성질과 잘 일치한다. 엑소뉴클레이즈 I 효소는 단일가닥 DNA의 3'-말단에서 5'-말단 방향으로 DNA를 가수분해하는 것으로 알려져 있는데, 이 효소는 이중가닥 DNA의 말단을 인식하지 못하고 단일가닥 DNA의 3'-말단만을 인식하며, 특히 단일가닥의 3'-말단이 OH기를 가지는 상태로 존재하여야 DNA를 가수분해한다.
실시예 2: 혼성화 반응 후의 엑소뉴클레이즈 I 처리에 의한 단일가닥 DNA 프로브의 제거
실시예 2-1: 프로브 고정
실시예 1-1과 동일한 방법으로 DNA 올리고머를 고정하였다.
실시예 2-2: DNA 혼성화 반응
실시예 1-1과 같은 방법으로 프로브가 고정화된 슬라이드 글라스 위에, FITC-표지의 표적 DNA(15mer의 perfect matched oligonucleotides)가 용해된 혼성화 용액(UniHybTM Hybridization Solution, TeleChem International, Inc., USA)을 10㎕ 넣고, 커버 글라스로 덮어서 38℃에서 2 내지 4시간 동안 반응시켰다.
실시예 2-3: 엑소뉴클레이즈 I 효소 반응
실시예 2-2의 방법으로 DNA 혼성화가 이루어진 슬라이드 글라스 위에서, 실시예 1-2와 동일한 방법으로 효소 반응을 수행하였다.
실시예 2-4: DNA 혼성화의 분석
실시예 1-3과 동일한 방법으로 형광 이미지를 분석하였다.
도 3은 DNA 칩 상의 DNA 프로브와 FITC가 표지된 표적 DNA를 혼성화시킨 다음, 엑소뉴클레이즈 I을 처리하고 이미지 분석한 결과를 나타내는 형광 사진이다. 도 3에서, (I)은 엑소뉴클레이즈 I의 효소 반응과정 없이, 칩상의 DNA 프로브와 FITC가 표지된 표적 DNA를 혼성화시킨 다음의 DNA 칩에 대한 형광사진이고; (II)는 칩상의 DNA 프로브와 FITC가 표지된 표적 DNA를 혼성화시킨 다음, 엑소뉴클레이즈 I의 효소를 처리한 DNA 칩에 대한 형광사진이다.
도 3에서 보듯이, DNA의 혼성화 후에 엑소뉴클레이즈 I을 처리한 결과, 처리후에 형광 이미지가 조금 감소된 것을 알 수 있다. 또한, 대조 스폿(control spot, 도 3에 있어서 위에서 5번째 스폿)이 엑소뉴클레이즈 I의 처리 후에 거의 완전히 제거된 것으로 보아서, 비특이적인 배경 시그널이 제거된 것으로 여겨진다.
이상에서 설명하고 입증하였듯이, 본 발명은 핵산 가수분해효소를 이용하여 비혼성화된 핵산 프로브를 제거함으로써, 유전자 분석용 센서 소자의 기판 위에 고정화된 핵산의 혼성화 검출감도를 증가시키는 방법을 제공한다. 본 발명의 방법은 표적 핵산과 혼성화되지 않고 남아있는 단일가닥의 핵산 프로브에 의해 발생하는 배경 시그날 혹은 표적 핵산과 프로브간의 비특이적 결합에 의한 시그날을 감소시키거나 제거하므로, 핵산의 혼성화 검출감도 및 정확도를 높일 수 있다. 또한, 본 발명의 방법은 세척에 의해 배경 시그날을 감소시키는 기존의 방법에서 발생되는, 혼성화된 핵산의 손실을 최소화시킬 수 있다.

Claims (7)

  1. 엑소뉴클레이즈 I(exonuclease I)를 이용하여 DNA의 5'-말단이 기판에 고정되고 3'-말단의 -OH기가 노출된 비혼성화된(non-hybridized) DNA 프로브를 제거함으로써, 유전자 분석용 센서 소자의 기판 위에 고정화된 핵산의 혼성화 검출 감도를 증가시키는 방법.
  2. 제 1항에 있어서,
    유전자 분석용 센서 소자의 기판은 유리, 석영, 실리콘 또는
    플라스틱인 것을 특징으로 하는
    방법.
  3. 제 1항 또는 제 2항에 있어서,
    유전자 분석용 센서 소자는 핵산이 집적된 칩인 것을 특징으로 하는
    방법.
  4. 삭제
  5. 삭제
  6. 삭제
  7. 제 1항에 있어서,
    핵산의 혼성화 검출 형광 검출법, 전기화학적 방법, 질량 변화를
    이용한 검출법, 전하량 변화를 이용한 검출법 또는 광학적 성질의
    차이를 이용한 검출법에 의해 수행되는 것을 특징으로 하는
    방법.
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CN (1) CN1316035C (ko)
WO (1) WO2002083949A1 (ko)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008103015A1 (en) 2007-02-23 2008-08-28 Panagene Inc. Methods, compositions and kits for increasing efficiency or specificity of hybridization between pna probes immobilized on support and target nucleic acids

Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20030049802A (ko) * 2001-12-17 2003-06-25 권윤정 바이오 칩에서 프로브와 시료 핵산의 혼성화 여부를 효소반응으로 구별하는 방법
JPWO2004061100A1 (ja) * 2002-12-10 2006-05-11 オリンパス株式会社 核酸の変異解析方法および遺伝子の発現解析方法
US9145582B2 (en) * 2004-09-22 2015-09-29 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Microarray techniques for nucleic acid expression analyses
JP2006296279A (ja) * 2005-04-20 2006-11-02 Sony Corp インターカレーターを用いるハイブリダイゼーション検出方法
WO2006127609A2 (en) * 2005-05-23 2006-11-30 The United States Of America As Represented By The Department Of Veterans Affairs Polymorphism in the macrophage migration inhibitory factor (mif) gene as marker for prostate cancer
US7871571B2 (en) * 2007-10-25 2011-01-18 Parker John A Biomolecule analyzing system
KR101072900B1 (ko) * 2007-12-04 2011-10-17 주식회사 파나진 고정화된 펩티드핵산 프로브를 사용한 표적핵산의 선택적 표지 및 검출 방법
KR101668107B1 (ko) * 2010-09-20 2016-10-24 주식회사 씨젠 단일-표지 고정화 프로브 및 엑소핵산 절단 활성을 이용한 고상에서의 타겟 핵산서열 검출
US9677132B2 (en) * 2014-01-16 2017-06-13 Illumina, Inc. Polynucleotide modification on solid support
CN103983679B (zh) * 2014-05-30 2017-08-25 首都师范大学 一种降低电化学传感器背景信号的方法及应用其的传感器
CN108519417B (zh) * 2018-04-16 2020-07-03 湖南文理学院 一种检测两种肿瘤标志物的适体探针、电化学生物传感器及其制备方法和用途
CN112292459A (zh) * 2018-06-01 2021-01-29 基纳生物技术有限公司 用于核酸检测和定量的产品和方法

Family Cites Families (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE3486488T2 (de) 1983-01-10 2003-04-03 Gen Probe Inc Verfahren zum Nachweis, Identifizieren und Quantifizieren von Organismen und Viren
US5688645A (en) 1983-01-10 1997-11-18 Gen-Probe Incorporated Method for detecting, identifying, and quantitating non-viral organisms
US5288611A (en) 1983-01-10 1994-02-22 Gen-Probe Incorporated Method for detecting, identifying, and quantitating organisms and viruses
US5605798A (en) 1993-01-07 1997-02-25 Sequenom, Inc. DNA diagnostic based on mass spectrometry
US5631734A (en) 1994-02-10 1997-05-20 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for detection of fluorescently labeled materials
US5770370A (en) * 1996-06-14 1998-06-23 David Sarnoff Research Center, Inc. Nuclease protection assays
US6117631A (en) 1996-10-29 2000-09-12 Polyprobe, Inc. Detection of antigens via oligonucleotide antibody conjugates
US6096273A (en) 1996-11-05 2000-08-01 Clinical Micro Sensors Electrodes linked via conductive oligomers to nucleic acids
US7014992B1 (en) 1996-11-05 2006-03-21 Clinical Micro Sensors, Inc. Conductive oligomers attached to electrodes and nucleoside analogs
CA2302827A1 (en) * 2000-04-12 2001-10-12 Michelle Furtado Oligonucleotide and dna de-hybridization on surfaces
CN1277933C (zh) * 2000-08-24 2006-10-04 清华大学 用核酸酶解活性和杂交技术鉴别核酸分子的方法和组合物
AU2001285219A1 (en) * 2000-08-24 2002-03-04 Aviva Biosciences Corporation Methods and compositions for identifying nucleic acid molecules using nucleolytic activities and hybridization
JP2002369700A (ja) * 2000-10-11 2002-12-24 Internatl Reagents Corp 核酸分析方法
WO2002059137A1 (en) * 2000-11-03 2002-08-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease-based method for detecting and quantitating oligonucleotides
US20020090614A1 (en) * 2001-01-09 2002-07-11 Jia Zhang Direct measurement method for gene expression using single chain antisense array

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008103015A1 (en) 2007-02-23 2008-08-28 Panagene Inc. Methods, compositions and kits for increasing efficiency or specificity of hybridization between pna probes immobilized on support and target nucleic acids

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US20030198979A1 (en) 2003-10-23
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US6905829B2 (en) 2005-06-14
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CN1316035C (zh) 2007-05-16

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