KR100435230B1 - 간세포암 조직에서 특이적으로 상향 또는 하향 조절 발현되어지는 유전자 단편, 동 유전자 단편을 이용한 진단용 시약, 바이오 칩, 및 유전자 치료제 - Google Patents

간세포암 조직에서 특이적으로 상향 또는 하향 조절 발현되어지는 유전자 단편, 동 유전자 단편을 이용한 진단용 시약, 바이오 칩, 및 유전자 치료제 Download PDF

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Abstract

본 발명은 간세포암 조직에서 특이적으로 상향 또는 하향조절 발현되어지는 신규한 유전자 단편 6종을 개시한다. 이들 유전자 단편은 모두 간세포암 조직에서 특이적으로 상향 또는 하향조절 발현되어지므로 간세포암 진단용 프로브로 활용이 가능하며, 이들 단편으로부터 얻은 정보를 기초로 향후 단백질을 코딩하는 전체 cDNA 유전자를 확보할 수 있는 기초를 제공한다.

Description

간세포암 조직에서 특이적으로 상향 또는 하향조절 발현되어지는 유전자 단편, 동 유전자 단편을 이용한 진단용 시약, 바이오 칩, 및 유전자 치료제 {EST clones differetially expressed in hepatocellular carcinoma which are applicable for diagnostic probe, bio-chip, or gene-therapy}
본 발명은 간세포암 조직에서 특이적으로 상향 또는 하향조절 발현되어지는 신규한 유전자 단편에 관한 것이다.
암은 유전적인 질환이기 때문에 어떤 유전자가 관여하고 어떻게 작용하는지를 이해하는 것이 중요하다. 유전자와 분자상의 변화가 어떻게 암 발생을 일으키는지를 이해하는 방법 중의 하나는 종양과 비종양 조직에서 유전자 발현을 비교하는 것이다. 종양과 비종양 조직들 사이에 서로 다르게 발현되어 있는 전령 RNA(mRNA)를 발견하기 위하여 발현 염기서열 표지분석(expressed sequence tag analysis), 차별화 및 감산 하이브리디제이션 씨디엔에이 검색(differential or subtractive hybridization cDNA screening), 차별화 전시PCR(differential display (DD)-PCR), 감산 하이브리디제이션 PCR(subtractive hybridization PCR), 및 cDNA 마이크로어레이(cDNA microarrays) 등과 같은 몇 가지 기법들이 발전되어 왔다.
차별화 전시 PCR 방법은 특정 시발체 염기서열과 보합결합하는 성질을 이용하여 서로 다르게 발현된 전령RNA(mRNAs)를 밝혀준다. 상기 방법은 불과 소량의 RNA를 사용하여 증가하거나 감소한 전령RNA 수치를 동시에 그리고 비교적 빠르게 알아낼 수 있다. 기존에 씨디24(CD24)와 알돌레이세 환원계 단백 유전자들이 간세포암의 생물학적 표지 유전자(HCC biomarker gene)이며 간암발생에 관여한다는 것이 차별화 전시 PCR 클론닝 기법으로 성공적으로 밝혀졌다. 그러나, 여러 단계의 간세포암 발생과정에 관여하는 다른 많은 유전자들은 아직 밝혀지지 않고 있는 실정으로 암세포의 조기진단 및 정확성을 기하기 위해서는 보다 다양한 표지 유전자의 개발이 이루어져야 한다.
이에 따라 본 발명의 목적은 차별화 전시 PCR 클론닝 기법을 이용하여 간세포암에 특이적인 유전자나 그 단편을 분리하여 이를 제공함에 있다.
본 발명의 또 다른 목적으로는 상기 유전자 단편을 생물학적 표지로 하여 암조직의 조기 진단 및 치료에 이용되는 각종 진단용 시약, 바이오칩, 및 유전자 치료제를 제공함에 있다.
도 1은 간세포암 및 비종양 조직에서의 발현양상에 대하여 HA61T2를 프로브로 하여 시행한 노던블롯 분석결과.
도 2는 간세포암 및 비종양 조직에서의 발현양상에 대하여 DNT10을 프로브로 하여 시행한 노던블롯 분석결과.
본 발명은 서열번호 1 내지 6기재의 유전자 단편을 포함한다.
또한 본 발명은 상기 서열번호 1 내지 6기재의 유전자와 75%이상의 상동성을 지니는 유전자 단편을 포함한다.
상기 6종의 유전자 단편은 암세포 특히 간세포 암조직에서 상향 또는 하향 발현되어지는 것으로 암의 조기진단을 위한 생물학적 프로브로서 기능함이 가능하다.
상기 6종의 유전자 단편은 염색체상 B형 간염바이러스(HBV)의 삽입이 있으며, 간염바이러스 x단백(HBx) 및 B형 간염바이러스 중간표면항원(MHBs) 단백 mRNA를 발현하고 있거나 또는 발현하고 있지 않은 간세포암 조직으로부터 mRNA 차별화 전시 PCR 방법을 이용해 분리함이 가능하다.
상기 분리된 6종의 유전자 단편들은 암조직에서 상향조절 발현되는 4종의 유전자 단편과 하향조절 발현되는 2종의 유전자로 분류할 수 있다. 상향조절 발현되는 4종의 유전자는 HA61T2(서열번호 1), PT18(서열번호 2), HG63T1(서열번호 3), HG57T1(서열번호 4)로서 상기 유전자 단편은 2001년 8월 17일자로 생명공학연구소에 KCTC 10043BP, KCTC 10044BP, KCTC 10045BP, KCTC 10046BP로 각각 기탁되었고,하향조절 발현되는 2종의 유전자는 DNT10(서열번호 5), PT8(서열번호 6)으로 상향조절 발현 유전자 단편과 함께 KCTC 10047BP, KCTC 10048BP로 기탁하였다.
상기 6종의 유전자 단편의 염기서열은 공지의 DNA 염기서열분석기를 이용해 결정하였으며, 서열분석된 유전자 단편은 염기서열 데이터분석 프로그램(예를 들면 BLAST program)을 이용해 현재 널리 알려진 진뱅크, 이엠비엘 데이터베이스의 자료와 비교분석한 결과 상동성을 가지는 유전자를 발견할 수 없었다.
상기 유전자 단편들은 모두 간세포암의 진단 및 치료 등에 있어 매우 유용한 정보를 제공할 수 있으므로 각종 진단용 시약에 적용가능하며, cDNA 또는 올리고뉴클레오티드 칩 등을 포함한 각종 바이오 칩의 제작시 프로브로서 제공될 수 있다.
바이오 칩에 적용되는 경우 DNA 합성장치를 이용해 미리 합성한 상기 유전자 단편들을 슬라이드 기판 위에 고착하거나, 기판 상에서 직접 합성하는 방법 모두 본 발명의 실시에 바람직하다. 다만 이러한 바이오 칩의 제조기술은 공지된 것으로서 본 발명의 권리범위를 구성하지 아니하므로 이하 상세한 설명은 피하기로 한다.
본 발명은 또한 상기 6종의 유전자 단편과 적어도 75%의 상동성을 지니는 유전자 단편을 포함한다. 상기 유전자 단편의 염기서열과의 상동성이 75%이상인 유전자 단편이라면 간세포암의 진단을 위한 프로브로서 목표 유전자와의 하이브리디제이션을 수행하는데 전혀 문제가 없다. 따라서 임의의 돌연변이 처리과정을 거쳐 얻을 수 있는 상기 범위내의 유전자라면 본 발명의 권리범위를 벗어날 수 없다.
본 발명의 상기 6종의 유전자 단편은 단백질을 코딩하고 있는 전장의 유전자를 분리할 수 있는 프로브로 사용될 수 있으며 분리된 전장 유전자와 더불어 본 6종의 유전자단편은 유전자치료벡터 제작이 가능하기 때문에 유전자 치료제로 이용될 수 있다.
이하 본 발명에 의한 6종의 유전자 단편의 분리과정과 이들 유전자의 세포내 발현양상을 구체적인 실시예를 통해 설명하기로 한다(하기의 실제 실험에서는 하향발현조절되는 3종의 유전자 단편을 추가로 개시하고 있으나 본 발명의 권리범위는 이를 포함하지 않으므로 서열의 공개는 생략하였다).
<실시예 1> 인체 간세포암 및 비종양조직에서 차별화전시 PCR법에 의한 간세포암 특이 유전자 단편의 분리
샘플조직의 준비
샘플조직은 원발성 간암의 수술적 절제를 받은 환자로부터 원발성 간세포암과 주변의 비종양성 간조직을 분리하여 준비하였다.
실험과정
인간의 비종양 조직과 비교하여 간세포암 조직에 차별적으로 발현된 유전자를 알아내기 위해 하기와 같은 과정의 차별화 전시 PCR(DD-PCR)기법을 사용하였다.
(1) DD-PCR: 진헌터사의 이미지킷[GeneHunter RNA image kit (GeneHunter Corp, Nashville, TN)]를 이용하여 변형된 DD-PCR을 시행하였다. 종양 혹은 비종양 조직으로부터 얻은 전체 RNA 4㎍ 200U 수퍼스크립트 II 역전사효소(SuperScript IIRT enzyme ,Gibco-BRL)로 1μmol/L 단일 염기가 부착된 올리고 디티[oligo(dT)] 시발체를 이용하여 총용적 10㎕서 42℃ 에서 1시간 동안 역전사 반응을 시켰다. 반응은 75℃에서 10분 동안 반응시켜 종결하였다.
각 반응 혼합액 2㎕를 1μmol/L H-AP, 13-mer(5' 말단 시발자), 올리고 디티 15시발자(3'말단 시발자)에서 진앰프 PCR 시스템 9600(Perkin Elmer)를 이용하여 다이나자임(Finnzyme OY, Epsoo, Finland)으로 PCR증폭시켰다. 각 표본에 대해 240회의 PCR 반응을 시행하였다. 각 반응의 조건은 다음과 같다: 40회는 94℃ 에서 30 초, 42℃에서 1 분, 72℃ 에서 30 초간 반응시켰고, 72℃에서 5분간 1회 연장반응을 하였다. 각 PCR 반응은 중지용액을 첨가하여 중지시켰고 94℃ 에서 2분간 가열하고 변성 6% 폴리아크릴아마이드 겔에서 전시하였다. 좀더 희귀한 mRNAs를 잃어버릴 가능성을 피하고 가성 밴드를 생성하는 PCR 절차상의 오류를 최소화하기 위해 서로 다른 양의 RNA로 중복분석하였다. 한 PCR 반응에서 80개의 밴드가 생겼고, 따라서 각 표본으로부터 240개의 서로 다른 시발자 조합으로부터 얻은 DD-PCR 겔에서 40,000개 이상의 전사체를 얻었다.
(2) 재증폭된 cDNA의 회복과 클론닝
폴리아크릴라마이드는 와트만 3MM지 상에 블롯하여 건조시켰다. 자가방사기록을 만들고 건조된 겔로부터 관심 대상인 cDNA 밴드는 필름을 통해 관찰수거하였다. 겔 조각들은 100 ㎕ 증류수에 담았고 cDNAs를 용출하기 위해 15분 동안 끓였다. cDNAs는 에탄올 침전에 의해 회복시켰고 10㎕ 증류수에 녹였다. 용출된 cDNA 4㎕는 동일한 시발체 세트로 재증폭되었고 처음 mRNA 전개에 사용한 것과 동일한 PCR 조건을 사용하였다. PCR 산물들은 2% 한천 겔에서 용해하였고 젤로부터 추출 되었다.
상기 과정을 통해 증폭된 cDNAs는 티에이 클론닝 시스템[TA cloning system, pGemT(Promega, Madison, WI)]을 사용하여 pGEMT 벡터내로 클론시켰다. 위양성 클론을 제거하기 위해 클론들은 원래의 증폭된 cDNA로 도트블롯 하이브리디제이션 (dot-blot hybridization)에 의해 미리 검사하였다. 그 결과 종양과 비종양 간 조직 사이에 약 400개의 차별화 전시 cDNA 양상이 얻어졌고 TA 벡터내로 클론되었다. 정확한 클론을 선택하기 위해 원래 조직의 전체 RNA를 이용하여 모든 cDNA는 노던블롯분석을 시행하였다.
(3) 클론 cDNAs의 염기서열 분석과 자료분석
염기서열 분석은 T7과 SP6 시발체를 사용하여 형광자동화 ABI 프리즘 377 DNA 염기서열 분석기(Perkin Elmer)로 양방향으로 시행하였다. 염기서열 분석된 cDNAs는 블라스트 프로그램으로 진뱅크 데타베이스에서 분석하였고 파스타 분석(FASTA analysis)으로 서로 비교하였다.
실험결과
총 33종류의 cDNA 클론들이 종양조직에서 차별적으로 발현되어 있었고 31종류가 비종양 조직에 차별적으로 발현되어 있었다(표 2). 인산 카르바밀 합성효소I(CPS I)와 H19 유전자들은 다른 모든 유전자들 보다 현저하게 높은 곱 활성도를 보였다(각각 963배와 765배). 글루타민합성효소, 인슐린양성장인자 II(IGF), 아포지질단백 M, 로RNA hY1, 췌장분비트립신 억제제(PSTI), 구아니딘 결합 단백알파-1 서브유닛(GNAZ), H 인자 mRNA, 전압의존성 음이온채널 3(VDAC3), L44양 리보솜단백, 및 전사연장인자(TFSII)는 선택적으로 간암 조직에 발현되어 있었다. 게다가, 13개의 리보좀 단백질 유전자들(산성리보좀인단백 P0, S20, L27a, L8, L31, L37a, S24, S27a, L21, L35a, S8, L37a, 및 S3a)과 4개의 미토콘드리아 유전자들(ND3, ND1, ATPase 6/8, 및 시토크롬 b)이 간세포암 조직에서 상향 조절(up-regulated)되어 있었다(표 2a).
상기 상향조절 유전자 중 4개의 상향 조절된 유전자들은 이미 알려진 유전자들과 염기서열의 동일성을 보이지 않았으며 따라서 새로운 것으로 여겨진다. 반면에, 메탈치오네인 동종체 2, 알돌라제B, 아포지질단백 L-1, 니코틴아마이드-엔-메틸전이효소(NNMT), 아포지질단백 A1, 혈액응고인자 IX, 레티노산 수용체 반응체, 장쇄 아실-CoA 합성효소, 저밀도지질단백 C(LDLC), 프로트롬빈, 알콜탈수소효소, 인면역결핍바이러스 관련 비호지킨씨 임파종 상동체 3'말단, 케라틴 II형 세포골격 8 가성유전자, 수용체 관련 상호활성체 3(RAC3) mRNA, 및 트립토판 2,3 이중상화효소(TOD2)의 발현은 간세포암 조직에서 감소되어 있었다. 혈청아밀로이드 A 단백, C-반응성단백, 알파-1 산성 당단백, 전알부민, 알부민, 헤모펙신, 레티놀결합단백 4, 및 피브리노겐 알파쇄를 포함한 급성기 유전자들은 비종양 조직에 선택적으로 발현되어 있었다. 2개의 미토콘드리아 유전자(tRNA 및 ATPase 6/8), 1 개의 리보솜단백질(L7), 및 신규 5개의 새로운 유전자들의 발현은 간세포암 조직에서 감소되어 있었다(표 2B).
<표 2> B형 간염바이러스 관련 간세포암에서 차별화 발현으로 분리된 유전자. (a) 암조직에서 차별화 상향조절 유전자. (b) 암조직에서 차별화 하향조절 유전자.
(a)
클론 번호 Accession 번호 기술 증폭비(노던분석)
KHA19N1 AF154830.1 인산 카르바밀 합성효소 I(CPS I) 963
KHG59T2, PT17 AF125183.1 H19 유전자 765
HA65T1 S70290 글루타민합성효소 140.7
KHA29T1, PT12 X03562 인슐린양성장인자(IGF II) 51
KHA25T2, HA25T1 M17885 산성리보좀인단백 P0 21
HA60T1 LO6498 리보좀단백 S20 20.5
KHG3T1, KHG3T2 NM000990.1 리보좀단백 L27a 16.4
DNT33 AF118393 아포지질단백 M 13
KHG41T1, ET7 NM000973. 리보좀단백 L8 9.9
KHG73T1 X69181 리보좀단백 L31 8.9
KHA44T1 L22154 리보좀단백 L37a 8.7
HC33T1 M31520 리보좀단백 S24 8.6
KHG64T1 NM002954 리보좀단백 S27a 8.3
KHG54N2, KHA2T1 U14967 리보좀단백 L21 8.2
HA30N1 K01562 로 RNA (scRNA) hY1 8.1
KHA8T2 NM000996.1 리보좀단백 L35a 8.0
KHG58N3, DT32, DT34 M11949 췌장분비트립신 억제제(PSTI) 7.0
KHG67T2 AF055013 구아니딘 결합 단백알파-1 서브유닛(GNAZ) 6.8
HA78T1 M65294 H인자 3'말단 6.8
KHG69T1 NM001012.1 리보좀단백 S8 6.7
HC64T1, HG25T3, HG44T1 X66699 리보좀단백 L37a 5.7
KHC14T2 M777234 리보좀단백 S3a 5.7
HA61T2 4.9
HA78T0-1 NM005662.1 전압의존성 음이온채널 3(VDAC3) 4.3
HG38T3 X62996 미토콘드리아 유전자(ND3) 4.0
HA65T3 J01415 미토콘드리아 유전자(ND1) 3.5
HG23T1 AAB64204 L44-양 리보좀단백 3.2
HG63T1 2.5
HA6T4 2.4
HG57T1 2.4
HA19T1, HA22T1 X62996 미토콘드리아 유전자(ATPase 8/6) 2.4
HC37T2, ENT24, ENT25 AJ223473 전사연장인자(TFSII) 2.2
HA29T1 AF042507 미토콘드리아 유전자(cytochrome b) 2.0
(b)
클론번호 Accession 번호 기술 증폭율(노던분석)
KHC26N2, KHC26N5 X97260 메탈로치오네인 동족체 2 Over 1,000
KHG27N1, KHG27N2, KHG64N1 M15656 알돌라제 B(ALDOB) 483
DNT40, DNT42, DNT48, DNT49
DNT15 AF019225 아포지질단백 L-1 87
KHC33N2, KHC33N3, KHC35N1 L05920 혈청아밀로이드 A 단백 83
KHC20N1 M11725 C-반응성단백 59
KHG58N2 U08021 니코틴아마이드-엔-메틸전이효소 (NNMT) 49
KHA20T4, KHA54N1, KHA54N2 M13692 알파-1 산성당단백 43.3
KHG36N1, KHG54N3, KHA20T3 D000096 전알부민 31.5
PT16 NM000039.1 아포지질단백 A-1 11.8
HC23N1 M11309 혈액응고인자 IX 11.3
HA5N2 J01415 미토콘드리아 유전자(tRNA) 9.1
KHG45N1, KHG45N2 V00494 혈청알부민 9.0
PT1 NM002889 레티노산 수용체 반응체 8.5
KHC15N2 J03048 H헤모펙신 mRNA, 3'말단 8.5
KHG58N1 D10040 장쇄아실-CoA 합성효소 7.8
KHC74N1, PNT2 NM006744.1 레티놀결합단백 5.2
KHG56T4 L11910 망막모세포종 감수성 유전자 4.9
PT8 4.8
ENT25 4.5
HC56T1 Z34975 저밀도지질단백C(LDLC) 4.4
PT18 4.0
HA7T1 NM000971 리보좀단백 L7 3.5
HC56N1 J00307 프로트롬빈(phii-3 clones) 3.5
KHA53N3 NM000669.1 알콜탈수소효소 3.4
DNT10 3.0
KHA75N1 AF004340 미토콘드리아 유전자(ATPase 8/6) 2.9
KHC20N2 M64982 피브리노겐 알파 쇄 2.7
HA70N1 Y17172 인면역결핍바이러스 관련 비호지킨씨 임파종 상동체 3'말단 2.2
KHC31N1 AL024458 케라틴 ll형 세포골격 8가성유전자 2.1
HG32T1 AF010227 수용체관련상호활성체3(RAC3) mRNA 2.1
KHA28N1 NM005651.1 트립토판2,3이중상화효소(TOD2) 2.0
PT19 2.0
<실시예 2> 차별적으로 발현된 9종의 신규 유전자 단편의 염기서열결정
발견된 9개의 새로운 클론들(HA61T2, PT18, HG63T1, HG57T1, DNT10, PT8, PT19, ENT25, HA6T4)을 18S 리보좀 RNA로 표준화 한 후 각각의 mRNA치를 측정하기 위해 노던블롯 분석를 시행하였다. 9개 유전자들의 뉴클레오타이드 서열들이 완전히 결정되었고 이중 PT19, ENT25, HA6T4을 제외한 6종의 염기서열은 첨부된 서열목록번호 제 1∼6과 같다. 진뱅크(GenBank) 나 이엠비엘(EMBL) 데이타베이스에 대한 컴퓨터 분석을 한 결과 동일한 서열은 발견되지 않았다.
<실시예 3> 유전자 단편의 조직내 발현양상
상기 발견된 9개의 새로운 클론으로 노던 블롯 분석를 시행하여 혈청학적으로 HBV 양성 혹은 음성으로 구분하고, 그리고 높은 혈청 알파테아단백치(300ng/ml 이상)와 낮은 혈청 알파테아단백치로 세분화한 40개의 간세포암 표본에서 노던블롯분석에 의하여 각 클론의 mRNAs의 발현양상을 알아보았다.
실험과정
노던 블롯 분석:20μg의 종양 또는 비종양 전체 RNAs를 함유한 표본을 2.2% 포름알데하이드와 50mM MOPS(3-[N-모폴리노]프로판술폰산)를 함유한 1% 한천 겔에서 분획하였고 나일론막에 전이하였다. 나일론막은 자외선 교차연결기(Stratagen)로 교차연결 시켰고,32P-dCTP 표지(3,000 Ci/mmol; NEN Life Science Products, Boston, MA)가 부착된 소화된 cDNA로부터 무작위 시발에 의해 생성된 각 cDNA 소식자와 공지의 방법에 따라 각각 보합결합시켰다. 그런 다음 블롯을 -70℃ 에서 x-선 필름에 노출시켰다. 각 레인(lane)에 증량된 mRNA의 양을 확인하기 위해 블롯을 18S 리보좀단백유전자 cDNA 소식자와 보합결합 하였다.
노던하이브리디제이션의 자가방사기록은 퍼스날밀도측정기(Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA)]를 사용하여 스캔 하였다. 각 유전자의 발현정도는 18S mRNA치로 표준화하였고, 보합결합 신호들은 비종양 또는 종양조직으로부터, 혹은 역으로부터의 증폭비로 계산되었다.
실험결과
HA61T2 mRNA의 과다발현이 B형간염바이러스 혈청검사나 혈청 알파태아단백치와는 무관하게 간세포암에서 더 흔히 발견되었다(P < 0.001)(표 3a).
PT18 또는 HG63T1의 발현양상은 B형간염바이러스-양성과 B형간염바이러스-음성 조직간에 또는 높은 알파태아단백치와 낮은 알파태아단백치 조직간에 서로 유의한 차이는 없었다.
HG57T1 mRNA의 과다발현이 B형간염바이러스-양성과 높은 혈청 알파태아단백치와 연관이 매우 강하였다(P < 0.05).
DNT10의 발현은 B형간염바이러스 혈청검사와는 무관하게 높은 알파태아단백치를 가진 환자의 종양조직에서 유의하게 감소되어 있었다(P = 0.005)(표 3b).
HA6T4의 발현은 B형간염바이러스-양성이고 높은 알파태아단백치를 보이는 환자의 종양 조직에서 유의하게 감소되어 있었다(P = 0.038).
PT8 또는 PT19의 발현양상은 어느 군에서 어떤 특정 양상을 보이지는 않았다.
13개의 대표적 간세포암과 각 쌍의 비종양 조직에서의 대표적인 상향조절유전자 단편 HA61T2 노던블롯분석이 도 1에 나타나 있다. 13개의 대표적 간세포암과 각 쌍의 비종양 조직에서의 대표적인 하향조절유전자 단편 DNT10 mRNAs의 노던블롯분석이 도 2에 나타나 있다.
<표 3> 40쌍의 간세포암 및 주위 비종양조직에서의 9종의 유전자 단편이 발현양상. (a) 암조직에서 차별화 상향조절되는 4가지 유전자. (b) 암조직에서 차별화 하향조절되는 5가지 유전자.
(a)
클론 HA61T2 PT18 HG63T1 HG57T1
HBV(+)a High AFPc 5/6 (83.3%) 2/6 (33.3%) 3/4 (75%) 3/6 (50%)
Low AFPd 13/14 (92.9%) 8/14 (57.1%) 8/12 (66.7%) 11/12 (91.7%)*
18/20 (90%) 10/20 (50%) 11/16 (68.8%) 15/17 (88.2%)
HBV(－)b High AFP 2/4 (50%) 2/4 (50%) 4/5 (80%) 4/5 (80%)
Low AFP 12/16 (75%) 12/16 (75%) 8/19 (42.1%) 8/17 (47.1%)
14/20 (70%) 14/20 (70%) 12/24 (50%) 12/22 (54.5%)
총 32/40 (80%)** 24/40 (60%) 23/40 (57.5%) 22/40 (55%)
aB형 간염바이러스 혈청학적 양성;bB형간염바이러스 혈청학적 음성;
c혈청 알파태아단백이 n 300 ng/ml 이상;d혈청 알파태아단백이 300 ng/ml 이하.
통계학적 분석은 통계 패케지[statistical package (Minitab Inc., State College, PA)]를 이용한 카이스퀘어검사(Chi-Square test)나 비노미알 비율검사[binomial proportion(s)]에 의해 시행되었다.P< 0.05 가 유의한 것으로 여겨졌다. * P < 0.05; **, P < 0.01
(b)
클론 DNT10 PT8 PT19 ENT25 HA6T4
HBV(+)a High AFPc 6/7 (85.7%)* 3/6 (50%) 4/6 (66.7%) 5/7 (71.4%) 4/5 (80%)*
Low AFPd 5/12 (41.7%) 3/6 (50%) 7/13 (53.8%) 7/12 (58.3%) 4/12 (33.3%)
11/19 (57.9%) 10/17 (58.8%) 11/19 (57.9%) 12/19 (63.2%) 8/17 (47.1%)
HBV(－)b High AFP 4/4 (100%)** 3/5 (60%) 3/4 (75%) 3/4 (75%) 2/5 (40%)
Low AFP 11/17 (64.7%) 10/18 (55.6%) 7/17 (41.7%) 5/17 (29.4%) 8/18 (44.4%)
15/21 (71.4%) 13/23 (56.5%) 10/21 (47.6%) 8/21 (38.1%) 10/23 (43.5%)
Total 26/40 (65%) 23/40 (57.5%) 21/40 (52.5%) 20/40 (50%) 18/40 (45%)
aB형간염바이러스 혈청학적 양성;bB형간염바이러스 혈청학적 음성;
c혈청 알파태아단백이 300 ng/ml 이상;d혈청 알파태아단백이 300 ng/ml 이하.
통계학적 분석은 통계 패케지[statistical package (Minitab Inc., State College, PA)]를 이용한 카이스퀘어검사(Chi-Square test)나 비노미알 비율검사[binomial proportion(s)]에 의해 시행되었다.P< 0.05 가 유의한 것으로여겨졌다. *P< 0.05; **,P< 0.01
본 발명의 유전자 단편들은 모두 간세포암 조직에서 특이적으로 상향 또는 하향조절 발현되어지므로 간세포암 진단용 프로브로 활용이 가능하며, 이들 단편으로부터 얻은 정보를 기초로 향후 단백질을 코딩하는 전체 cDNA 유전자를 확보할 수 있는 기초를 제공한다.

Claims (10)

  1. 간세포암 조직에서 특이적으로 조절 발현되는 서열번호 1 기재 유전자 단편(KCTC 10043BP).
  2. 간세포암 조직에서 특이적으로 조절 발현되는 서열번호 2 기재 유전자 단편(KCTC 10044BP).
  3. 간세포암 조직에서 특이적으로 조절 발현되는 서열번호 3 기재 유전자 단편(KCTC 10045BP).
  4. 간세포암 조직에서 특이적으로 조절 발현되는 서열번호 4 기재 유전자 단편(KCTC 10046BP).
  5. 간세포암 조직에서 특이적으로 조절 발현되는 서열번호 5 기재 유전자 단편(KCTC 10047BP).
  6. 간세포암 조직에서 특이적으로 조절 발현되는 서열번호 6 기재 유전자 단편 (KCTC 10048BP).
  7. 삭제
  8. 삭제
  9. 삭제
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