JPWO2021130199A5 - - Google Patents
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Claims (13)
- サンプル中のｍｅｃＡ含有メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ｍｅｃＡ－ＭＲＳＡ）を検出する方法であって、
－ 前記サンプル中にｍｅｃＡ－ＭＲＳＡが存在する場合、前記サンプルを、配列番号１のヌクレオチド配列を含むフォワードプライマー、および配列番号２のヌクレオチド配列を含むリバースプライマーと接触させて増幅産物を産生することを含む増幅工程を実施すること；
－ 前記増幅産物を１つ以上の検出可能なｍｅｃＡ－ＭＲＳＡプローブと接触させることを含むハイブリダイズ工程を実施する工程であって、前記１つ以上の検出可能なｍｅｃＡ－ＭＲＳＡプローブのうちの１つが配列番号３の配列またはその相補体を含む、ハイブリダイズ工程を実施すること；および
－ 増幅された前記増幅産物の存在または非存在を検出する工程であって、前記増幅された増幅産物の存在が、前記サンプル中のｍｅｃＡ－ＭＲＳＡの存在を示し、前記増幅された増幅産物の非存在が前記サンプル中のｍｅｃＡ－ＭＲＳＡの非存在を示す、増幅された前記増幅産物の存在または非存在を検出する工程
を含む、方法。 - － 前記ハイブリダイズ工程が、前記増幅産物をドナー蛍光部分および対応するアクセプター蛍光部分で標識されたプローブと接触させることを含み；
－ 前記検出する工程が、前記プローブの前記ドナー蛍光部分と前記アクセプター蛍光部分との間の蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）の存在または非存在を検出することを含み、蛍光ＦＲＥＴの存在または非存在が、前記サンプル中のｍｅｃＡ－ＭＲＳＡの存在または非存在を示す、請求項１に記載の方法。 - 前記ドナー蛍光部分および前記対応するアクセプター蛍光部分が、前記プローブ上で互いに８ヌクレオチド以内にある、請求項２に記載の方法。
- 前記アクセプター蛍光部分がクエンチャーである、請求項２または３に記載の方法。
- 前記増幅工程が、５’→３’ヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼ酵素を使用する、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
- － 前記サンプル中にｍｅｃＣ－ＭＲＳＡが存在する場合、前記増幅工程における前記サンプルを、配列番号４もしくは５のヌクレオチド配列を含むフォワードプライマー、および配列番号６のヌクレオチド配列を含むリバースプライマーと更に接触させて増幅産物を産生する工程；
－ 前記ハイブリダイズ工程における前記増幅産物を、１つ以上の検出可能なｍｅｃＣ－ＭＲＳＡプローブと更に接触させる工程であって、前記１つ以上の検出可能なｍｅｃＣ－ＭＲＳＡプローブのうちの１つが、配列番号７の配列またはその相補体を含む、接触させる工程；および
－ 増幅された前記増幅産物の存在または非存在を検出する工程であって、前記増幅された増幅産物の存在が前記サンプル中のｍｅｃＣ－ＭＲＳＡの存在を示し、前記増幅された増幅産物の非存在が前記サンプル中のｍｅｃＣ－ＭＲＳＡの非存在を示す、増幅された前記増幅産物の存在または非存在を検出する工程
によって、同じ反応において、前記サンプル中のｍｅｃＣ含有メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ｍｅｃＣ－ＭＲＳＡ）を検出することを更に含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。 - 前記ｍｅｃ－ＭＲＳＡプローブが、前記標識されたｍｅｃＡ－ＭＲＳＡプローブの前記ドナー蛍光部分および前記対応するアクセプター蛍光部分とは異なる、ドナー蛍光部分および対応するアクセプター蛍光部分で標識されている、請求項６に記載の方法。
- ｍｅｃＡ含有黄色ブドウ球菌（ｍｅｃＡ－ＭＲＳＡ）の核酸を検出するためのキットであって、
－ 配列番号１の配列を含む第１のオリゴヌクレオチド；
－ 配列番号２の配列を含む第２のオリゴヌクレオチド；および
－ 前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のオリゴヌクレオチドによって生成されるアンプリコンにハイブリダイズするように構成された、配列番号３またはその相補体を含む第３の検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド
を含む、キット。 - 前記第３の検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドが、ドナー蛍光部分および対応するアクセプター蛍光部分を含む、請求項８に記載のキット。
- 前記アクセプター蛍光部分がクエンチャーである、請求項９に記載のキット。
- ヌクレオシド三リン酸、核酸ポリメラーゼ、および前記核酸ポリメラーゼの機能に必要な緩衝液を更に含む、請求項８～１０のいずれか一項に記載のキット。
- ｍｅｃＣ含有黄色ブドウ球菌（ｍｅｃＣ－ＭＲＳＡ）の核酸を更に検出するための請求項８～１１のいずれか一項に記載のキットであって、
－ 配列番号４および５からなる群から選択される配列を含む第４のオリゴヌクレオチド；
－ 配列番号６の配列を含む第５のオリゴヌクレオチド；および
－ 前記第４のオリゴヌクレオチドおよび前記第５のオリゴヌクレオチドによって生成されるアンプリコンにハイブリダイズするように構成された、配列番号７またはその相補体を含む第６の検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド
を更に含む、前記キット。 - 前記第６の検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドプローブが、前記第３の検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドの前記ドナー蛍光部分および前記対応するアクセプター蛍光部分とは異なる、ドナー蛍光部分および対応するアクセプター蛍光部分で標識されている、請求項１２に記載のキット。
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