JPWO2021086945A5 - サンプル調製のためのデバイス - Google Patents
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Description
発明のさらなる態様
上記の例示的な実施形態および実施例の態様は、本発明のさらなる実施形態をもたらすために、様々な組み合わせおよびサブコンビネーションで組み合わせることができる。上記の例示的な実施形態および実施例の態様が相互に排他的でない限り、そのようなすべての組み合わせおよびサブコンビネーションが本発明の範囲内にあることが意図される。本発明の実施形態がいくつかの態様を含むことは当業者には明らかであろう。したがって、特許請求の範囲は、明細書および実施例に記載された好ましい実施形態によって制限されるべきではなく、全体として明細書と一致する最も広い解釈が与えられるべきである。
以下に、上記実施形態から把握できる技術思想を付記として記載する。
［付記１］
生物学的サンプルから標的分子を濃縮するためのデバイスであって、前記デバイスは、取り外し可能なカートリッジを受承するように構成されたカートリッジハウジングを含む自動サンプル調製モジュールを含む、デバイス。
［付記２］
前記取り外し可能なカートリッジは、単回使用カートリッジまたは複数回使用カートリッジである、付記１に記載のデバイス。
［付記３］
前記取り外し可能なカートリッジは、前記生物学的サンプルを受承するように構成される、付記１または付記２に記載のデバイス。
［付記４］
前記取り外し可能なカートリッジは、前記生物学的サンプルをさらに含む、付記３に記載のデバイス。
［付記５］
前記カートリッジは、サンプル調製プロセスで使用される流体を収容および／または輸送するように構成された１つまたは複数のマイクロ流体チャネルを含む、付記１～４のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記６］
前記カートリッジは、１つまたは複数のアフィニティーマトリックスを含み、各アフィニティーマトリックスは、前記標的分子に対して結合親和性を有する固定化捕捉プローブを含む、付記１～５のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記７］
前記生物学的サンプルは、血液、唾液、喀痰、糞便、尿または頬スワブサンプルである、付記１～６のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記８］
前記標的分子は標的核酸である、付記１～７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記９］
前記標的核酸はＲＮＡまたはＤＮＡ分子である、付記８に記載のデバイス。
［付記１０］
前記固定化捕捉プローブはオリゴヌクレオチド捕捉プローブであり、前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは前記標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的である配列を含む、付記３～９のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１１］
前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは、前記標的核酸に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、または１００％相補的である配列を含む、付記１０に記載のデバイス。
［付記１２］
前記デバイスは、下流配列決定用途のための平均リード長であって制御方法を使用して作製される平均リード長よりも長い平均リード長を有する標的核酸を作製する、付記８～１１のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１３］
前記標的分子は標的タンパク質である、付記１～７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１４］
前記固定化捕捉プローブは、前記標的タンパク質に結合するタンパク質捕捉プローブである、付記１～７または１３のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１５］
前記タンパク質捕捉プローブは、アプタマーまたは抗体である、付記１３に記載のデバイス。
［付記１６］
前記タンパク質捕捉プローブは、１０ －９ ～１０ －８ Ｍ、１０ －８ ～１０ －７ Ｍ、１０ －７ ～１０ －６ Ｍ、１０ －６ ～１０ －５ Ｍ、１０ －５ ～１０ －４ Ｍ、１０ －４ ～１０ －３ Ｍ、または１０ －３ ～１０ －２ Ｍの結合親和性で前記標的タンパク質に結合する、付記１４または付記１５に記載のデバイス。
［付記１７］
前記デバイスが配列決定モジュールをさらに含む、付記１～１６のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１８］
前記自動化サンプル調製モジュールは、前記配列決定モジュールに直接または間接的に連結されている、付記１７に記載のデバイス。
［付記１９］
前記デバイスは、前記自動化サンプル調製モジュールから前記配列決定モジュールに前記標的分子を送達するように構成されている、付記１７または付記１８に記載のデバイス。
［付記２０］
前記配列決定モジュールが核酸の配列決定を行う、付記１７～１９のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記２１］
前記核酸の配列決定は、単一分子リアルタイム配列決定、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ナノポア配列決定、および／またはサンガー配列決定を含む、付記２０に記載のデバイス。
［付記２２］
前記配列決定モジュールがポリペプチドの配列決定を行う、付記１７～１９のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記２３］
前記ポリペプチドの配列決定はエドマン分解または質量分析を含む、付記２２に記載のデバイス。
［付記２４］
前記配列決定モジュールが単一分子ポリペプチドの配列決定を行う、付記１７～１９のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記２５］
生物学的サンプルから標的分子を精製するための方法であって、前記方法は：
（ｉ）前記生物学的サンプルを溶解すること；
（ｉｉ）（ｉ）の溶解したサンプルを断片化すること；
（ｉｉｉ）前記標的分子に対して結合親和性を有する固定化捕捉プローブを含むアフィニティーマトリックスを使用して前記サンプルを濃縮すること；
それにより前記標的分子を精製すること、
を含む方法。
［付記２６］
前記標的分子が標的核酸である分子である、付記２５に記載の方法。
［付記２７］
前記標的核酸がＲＮＡまたはＤＮＡ分子である、付記２６に記載の方法。
［付記２８］
前記固定化捕捉プローブはオリゴヌクレオチド捕捉プローブであり、前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは前記標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的である配列を含む、付記２５～２７のいずれか一つに記載の方法。
［付記２９］
前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは、前記標的核酸に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、または１００％相補的である配列を含む、付記２８に記載の方法。
［付記３０］
前記標的分子が標的タンパク質である、付記２８に記載の方法。
［付記３１］
前記固定化捕捉プローブは、前記標的タンパク質に結合するタンパク質捕捉プローブである、付記２５または３０に記載の方法。
［付記３２］
前記タンパク質捕捉プローブは、アプタマーまたは抗体である、付記３１に記載の方法。
［付記３３］
前記タンパク質捕捉プローブは、１０ －９ ～１０ －８ Ｍ、１０ －８ ～１０ －７ Ｍ、１０ －７ ～１０ －６ Ｍ、１０ －６ ～１０ －５ Ｍ、１０ －５ ～１０ －４ Ｍ、１０ －４ ～１０ －３ Ｍ、または１０ －３ ～１０ －２ Ｍの結合親和性で前記標的タンパク質に結合する、付記３１または付記３２に記載の方法。
［付記３４］
ステップ（ｉ）は、電解法、酵素法、界面活性剤ベースの方法、および／または機械的ホモジナイゼーションを含む、付記２５～３３のいずれか一つに記載の方法。
［付記３５］
ステップ（ｉ）は、連続して実施される複数の溶解方法を含む、付記２５～３４のいずれか一つに記載の方法。
［付記３６］
溶解後、かつステップ（ｉｉ）または（ｉｉｉ）の前に前記サンプルが精製される、付記２５～３５のいずれか一つに記載の方法。
［付記３７］
ステップ（ｉｉ）が、機械的、化学的および／または酵素的断片化方法を含む、付記２５～３６のいずれか一つに記載の方法。
［付記３８］
断片化後、かつステップ（ｉｉｉ）の前に前記サンプルが精製される、付記２５～３７のいずれか一つに記載の方法。
［付記３９］
ステップ（ｉｉｉ）が電気泳動法を使用する濃縮を含む、付記２５～３８のいずれか一つに記載の方法。
［付記４０］
前記電気泳動法が、アフィニティーＳＣＯＤＡ、ＦＩＧＥ、またはＰＦＧＥである、付記３９に記載の方法。
［付記４１］
（ｉｖ）前記標的分子を検出することをさらに含む、付記２５～４０のいずれか一つに記載の方法。
［付記４２］
ステップ（ｉｖ）は、吸光度、蛍光、質量分析、および／または配列決定法を使用する検出を含む、付記４１に記載の方法。
［付記４３］
前記生物学的サンプルは、血液、唾液、喀痰、糞便、尿または頬スワブサンプルである、付記２５～４２のいずれか一つに記載の方法。
［付記４４］
前記生物学的サンプルは、ヒト、非ヒト霊長類、齧歯動物、イヌ、ネコ、またはウマからのものである、付記２５～４３のいずれか一つに記載の方法。
［付記４５］
前記生物学的サンプルは、細菌細胞または細菌細胞の集団を含む、付記２５～４４のいずれか一つに記載の方法。
［付記４６］
生物学的サンプルから標的分子を濃縮するためのデバイスであって、前記デバイスは自動サンプル調製モジュールを含み、前記自動サンプル調製モジュールは以下のステップ：
（ｉ）生物学的サンプルを受承すること；
（ｉｉ）前記生物学的サンプルを溶解すること；（ｉｉｉ）（ｉｉ）のサンプルを断片化すること；および
（ｉｖ）前記標的分子に対して結合親和性を有する固定化捕捉プローブを含むアフィニティーマトリックスを使用して前記サンプルを濃縮すること；
を実行する、デバイス。
［付記４７］
前記標的分子が標的核酸である分子である、付記４６に記載のデバイス。
［付記４８］
前記標的核酸はＲＮＡまたはＤＮＡ分子である、付記４６に記載のデバイス。
［付記４９］
前記固定化捕捉プローブはオリゴヌクレオチド捕捉プローブであり、前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは前記標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的である配列を含む、付記４６～４８のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記５０］
前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは、前記標的核酸に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、または１００％相補的である配列を含む、付記４９に記載のデバイス。
［付記５１］
前記標的分子が標的タンパク質である、付記４６に記載のデバイス。
［付記５２］
前記固定化捕捉プローブは、前記標的タンパク質に結合するタンパク質捕捉プローブである、付記４６または付記５１に記載のデバイス。
［付記５３］
前記タンパク質捕捉プローブは、アプタマーまたは抗体である、付記５２に記載のデバイス。
［付記５４］
前記タンパク質捕捉プローブは、１０ －９ ～１０ －８ Ｍ、１０ －８ ～１０ －７ Ｍ、１０ －７ ～１０ －６ Ｍ、１０ －６ ～１０ －５ Ｍ、１０ －５ ～１０ －４ Ｍ、１０ －４ ～１０ －３ Ｍ、または１０ －３ ～１０ －２ Ｍの結合親和性で前記標的タンパク質に結合する、付記５２または付記５３に記載のデバイス。
［付記５５］
前記デバイスが配列決定モジュールをさらに含む、付記４６～５４のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記５６］
前記自動化サンプル調製モジュールは、前記配列決定モジュールに直接連結されているか、または間接的に連結されている、付記５５に記載のデバイス。
［付記５７］
前記デバイスは、前記自動化サンプル調製モジュールから前記配列決定モジュールに前記標的分子を送達するように構成されている、付記５５または付記５６に記載のデバイス。
［付記５８］
前記配列決定モジュールが核酸の配列決定を行う、付記５５～５７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記５９］
前記核酸の配列決定は、単一分子リアルタイム配列決定、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ナノポア配列決定、および／またはサンガー配列決定を含む、付記５８に記載のデバイス。
［付記６０］
前記配列決定モジュールがポリペプチドの配列決定を行う、付記５５～５７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記６１］
前記ポリペプチドの配列決定はエドマン分解または質量分析を含む、付記６０に記載のデバイス。
［付記６２］
前記配列決定モジュールが単一分子ポリペプチドの配列決定を行う、付記５５～５７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記６３］
前記デバイスは、制御方法を使用して作製される平均配列決定リード長よりも長い平均配列決定リード長を有する標的核酸を作製する、付記５５～５９のいずれか一つに記載のデバイス。
上記の例示的な実施形態および実施例の態様は、本発明のさらなる実施形態をもたらすために、様々な組み合わせおよびサブコンビネーションで組み合わせることができる。上記の例示的な実施形態および実施例の態様が相互に排他的でない限り、そのようなすべての組み合わせおよびサブコンビネーションが本発明の範囲内にあることが意図される。本発明の実施形態がいくつかの態様を含むことは当業者には明らかであろう。したがって、特許請求の範囲は、明細書および実施例に記載された好ましい実施形態によって制限されるべきではなく、全体として明細書と一致する最も広い解釈が与えられるべきである。
以下に、上記実施形態から把握できる技術思想を付記として記載する。
［付記１］
生物学的サンプルから標的分子を濃縮するためのデバイスであって、前記デバイスは、取り外し可能なカートリッジを受承するように構成されたカートリッジハウジングを含む自動サンプル調製モジュールを含む、デバイス。
［付記２］
前記取り外し可能なカートリッジは、単回使用カートリッジまたは複数回使用カートリッジである、付記１に記載のデバイス。
［付記３］
前記取り外し可能なカートリッジは、前記生物学的サンプルを受承するように構成される、付記１または付記２に記載のデバイス。
［付記４］
前記取り外し可能なカートリッジは、前記生物学的サンプルをさらに含む、付記３に記載のデバイス。
［付記５］
前記カートリッジは、サンプル調製プロセスで使用される流体を収容および／または輸送するように構成された１つまたは複数のマイクロ流体チャネルを含む、付記１～４のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記６］
前記カートリッジは、１つまたは複数のアフィニティーマトリックスを含み、各アフィニティーマトリックスは、前記標的分子に対して結合親和性を有する固定化捕捉プローブを含む、付記１～５のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記７］
前記生物学的サンプルは、血液、唾液、喀痰、糞便、尿または頬スワブサンプルである、付記１～６のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記８］
前記標的分子は標的核酸である、付記１～７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記９］
前記標的核酸はＲＮＡまたはＤＮＡ分子である、付記８に記載のデバイス。
［付記１０］
前記固定化捕捉プローブはオリゴヌクレオチド捕捉プローブであり、前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは前記標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的である配列を含む、付記３～９のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１１］
前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは、前記標的核酸に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、または１００％相補的である配列を含む、付記１０に記載のデバイス。
［付記１２］
前記デバイスは、下流配列決定用途のための平均リード長であって制御方法を使用して作製される平均リード長よりも長い平均リード長を有する標的核酸を作製する、付記８～１１のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１３］
前記標的分子は標的タンパク質である、付記１～７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１４］
前記固定化捕捉プローブは、前記標的タンパク質に結合するタンパク質捕捉プローブである、付記１～７または１３のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１５］
前記タンパク質捕捉プローブは、アプタマーまたは抗体である、付記１３に記載のデバイス。
［付記１６］
前記タンパク質捕捉プローブは、１０ －９ ～１０ －８ Ｍ、１０ －８ ～１０ －７ Ｍ、１０ －７ ～１０ －６ Ｍ、１０ －６ ～１０ －５ Ｍ、１０ －５ ～１０ －４ Ｍ、１０ －４ ～１０ －３ Ｍ、または１０ －３ ～１０ －２ Ｍの結合親和性で前記標的タンパク質に結合する、付記１４または付記１５に記載のデバイス。
［付記１７］
前記デバイスが配列決定モジュールをさらに含む、付記１～１６のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記１８］
前記自動化サンプル調製モジュールは、前記配列決定モジュールに直接または間接的に連結されている、付記１７に記載のデバイス。
［付記１９］
前記デバイスは、前記自動化サンプル調製モジュールから前記配列決定モジュールに前記標的分子を送達するように構成されている、付記１７または付記１８に記載のデバイス。
［付記２０］
前記配列決定モジュールが核酸の配列決定を行う、付記１７～１９のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記２１］
前記核酸の配列決定は、単一分子リアルタイム配列決定、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ナノポア配列決定、および／またはサンガー配列決定を含む、付記２０に記載のデバイス。
［付記２２］
前記配列決定モジュールがポリペプチドの配列決定を行う、付記１７～１９のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記２３］
前記ポリペプチドの配列決定はエドマン分解または質量分析を含む、付記２２に記載のデバイス。
［付記２４］
前記配列決定モジュールが単一分子ポリペプチドの配列決定を行う、付記１７～１９のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記２５］
生物学的サンプルから標的分子を精製するための方法であって、前記方法は：
（ｉ）前記生物学的サンプルを溶解すること；
（ｉｉ）（ｉ）の溶解したサンプルを断片化すること；
（ｉｉｉ）前記標的分子に対して結合親和性を有する固定化捕捉プローブを含むアフィニティーマトリックスを使用して前記サンプルを濃縮すること；
それにより前記標的分子を精製すること、
を含む方法。
［付記２６］
前記標的分子が標的核酸である分子である、付記２５に記載の方法。
［付記２７］
前記標的核酸がＲＮＡまたはＤＮＡ分子である、付記２６に記載の方法。
［付記２８］
前記固定化捕捉プローブはオリゴヌクレオチド捕捉プローブであり、前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは前記標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的である配列を含む、付記２５～２７のいずれか一つに記載の方法。
［付記２９］
前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは、前記標的核酸に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、または１００％相補的である配列を含む、付記２８に記載の方法。
［付記３０］
前記標的分子が標的タンパク質である、付記２８に記載の方法。
［付記３１］
前記固定化捕捉プローブは、前記標的タンパク質に結合するタンパク質捕捉プローブである、付記２５または３０に記載の方法。
［付記３２］
前記タンパク質捕捉プローブは、アプタマーまたは抗体である、付記３１に記載の方法。
［付記３３］
前記タンパク質捕捉プローブは、１０ －９ ～１０ －８ Ｍ、１０ －８ ～１０ －７ Ｍ、１０ －７ ～１０ －６ Ｍ、１０ －６ ～１０ －５ Ｍ、１０ －５ ～１０ －４ Ｍ、１０ －４ ～１０ －３ Ｍ、または１０ －３ ～１０ －２ Ｍの結合親和性で前記標的タンパク質に結合する、付記３１または付記３２に記載の方法。
［付記３４］
ステップ（ｉ）は、電解法、酵素法、界面活性剤ベースの方法、および／または機械的ホモジナイゼーションを含む、付記２５～３３のいずれか一つに記載の方法。
［付記３５］
ステップ（ｉ）は、連続して実施される複数の溶解方法を含む、付記２５～３４のいずれか一つに記載の方法。
［付記３６］
溶解後、かつステップ（ｉｉ）または（ｉｉｉ）の前に前記サンプルが精製される、付記２５～３５のいずれか一つに記載の方法。
［付記３７］
ステップ（ｉｉ）が、機械的、化学的および／または酵素的断片化方法を含む、付記２５～３６のいずれか一つに記載の方法。
［付記３８］
断片化後、かつステップ（ｉｉｉ）の前に前記サンプルが精製される、付記２５～３７のいずれか一つに記載の方法。
［付記３９］
ステップ（ｉｉｉ）が電気泳動法を使用する濃縮を含む、付記２５～３８のいずれか一つに記載の方法。
［付記４０］
前記電気泳動法が、アフィニティーＳＣＯＤＡ、ＦＩＧＥ、またはＰＦＧＥである、付記３９に記載の方法。
［付記４１］
（ｉｖ）前記標的分子を検出することをさらに含む、付記２５～４０のいずれか一つに記載の方法。
［付記４２］
ステップ（ｉｖ）は、吸光度、蛍光、質量分析、および／または配列決定法を使用する検出を含む、付記４１に記載の方法。
［付記４３］
前記生物学的サンプルは、血液、唾液、喀痰、糞便、尿または頬スワブサンプルである、付記２５～４２のいずれか一つに記載の方法。
［付記４４］
前記生物学的サンプルは、ヒト、非ヒト霊長類、齧歯動物、イヌ、ネコ、またはウマからのものである、付記２５～４３のいずれか一つに記載の方法。
［付記４５］
前記生物学的サンプルは、細菌細胞または細菌細胞の集団を含む、付記２５～４４のいずれか一つに記載の方法。
［付記４６］
生物学的サンプルから標的分子を濃縮するためのデバイスであって、前記デバイスは自動サンプル調製モジュールを含み、前記自動サンプル調製モジュールは以下のステップ：
（ｉ）生物学的サンプルを受承すること；
（ｉｉ）前記生物学的サンプルを溶解すること；（ｉｉｉ）（ｉｉ）のサンプルを断片化すること；および
（ｉｖ）前記標的分子に対して結合親和性を有する固定化捕捉プローブを含むアフィニティーマトリックスを使用して前記サンプルを濃縮すること；
を実行する、デバイス。
［付記４７］
前記標的分子が標的核酸である分子である、付記４６に記載のデバイス。
［付記４８］
前記標的核酸はＲＮＡまたはＤＮＡ分子である、付記４６に記載のデバイス。
［付記４９］
前記固定化捕捉プローブはオリゴヌクレオチド捕捉プローブであり、前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは前記標的核酸に対して少なくとも部分的に相補的である配列を含む、付記４６～４８のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記５０］
前記オリゴヌクレオチド捕捉プローブは、前記標的核酸に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、または１００％相補的である配列を含む、付記４９に記載のデバイス。
［付記５１］
前記標的分子が標的タンパク質である、付記４６に記載のデバイス。
［付記５２］
前記固定化捕捉プローブは、前記標的タンパク質に結合するタンパク質捕捉プローブである、付記４６または付記５１に記載のデバイス。
［付記５３］
前記タンパク質捕捉プローブは、アプタマーまたは抗体である、付記５２に記載のデバイス。
［付記５４］
前記タンパク質捕捉プローブは、１０ －９ ～１０ －８ Ｍ、１０ －８ ～１０ －７ Ｍ、１０ －７ ～１０ －６ Ｍ、１０ －６ ～１０ －５ Ｍ、１０ －５ ～１０ －４ Ｍ、１０ －４ ～１０ －３ Ｍ、または１０ －３ ～１０ －２ Ｍの結合親和性で前記標的タンパク質に結合する、付記５２または付記５３に記載のデバイス。
［付記５５］
前記デバイスが配列決定モジュールをさらに含む、付記４６～５４のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記５６］
前記自動化サンプル調製モジュールは、前記配列決定モジュールに直接連結されているか、または間接的に連結されている、付記５５に記載のデバイス。
［付記５７］
前記デバイスは、前記自動化サンプル調製モジュールから前記配列決定モジュールに前記標的分子を送達するように構成されている、付記５５または付記５６に記載のデバイス。
［付記５８］
前記配列決定モジュールが核酸の配列決定を行う、付記５５～５７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記５９］
前記核酸の配列決定は、単一分子リアルタイム配列決定、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ナノポア配列決定、および／またはサンガー配列決定を含む、付記５８に記載のデバイス。
［付記６０］
前記配列決定モジュールがポリペプチドの配列決定を行う、付記５５～５７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記６１］
前記ポリペプチドの配列決定はエドマン分解または質量分析を含む、付記６０に記載のデバイス。
［付記６２］
前記配列決定モジュールが単一分子ポリペプチドの配列決定を行う、付記５５～５７のいずれか一つに記載のデバイス。
［付記６３］
前記デバイスは、制御方法を使用して作製される平均配列決定リード長よりも長い平均配列決定リード長を有する標的核酸を作製する、付記５５～５９のいずれか一つに記載のデバイス。
Claims (15)
- 生物学的サンプルから標的タンパク質を濃縮するためのデバイスであって、前記デバイスは、
（ａ）取り外し可能なカートリッジを受承するように構成されたカートリッジハウジングを含む自動サンプル調製モジュールであって、前記取り外し可能なカートリッジが１つまたは複数のアフィニティーマトリックスを含み、各アフィニティーマトリックスは、前記標的タンパク質に対して結合親和性を有する固定化捕捉プローブを含む、自動サンプル調製モジュールと、
（ｂ）配列決定モジュールと、
を含む、デバイス。 - 前記取り外し可能なカートリッジは、単回使用カートリッジまたは複数回使用カートリッジである、請求項１に記載のデバイス。
- 前記カートリッジは、サンプル調製プロセスで使用される流体を収容および／または輸送するように構成された１つまたは複数のマイクロ流体チャネルを含む、請求項１に記載のデバイス。
- 前記自動サンプル調製モジュールは、前記生物学的サンプルを受承するように構成されている、請求項１に記載のデバイス。
- 前記固定化捕捉プローブは、前記標的タンパク質に結合するタンパク質捕捉プローブである、請求項１に記載のデバイス。
- 前記配列決定モジュールがポリペプチドの配列決定、または単一分子ポリペプチドの配列決定を行う、請求項１に記載のデバイス。
- 前記タンパク質捕捉プローブは、アプタマーまたは抗体である、請求項５に記載のデバイス。
- 前記自動サンプル調製モジュールは、血液、唾液、喀痰、糞便、尿または頬スワブサンプルを受承するように構成されている、請求項１に記載のデバイス。
- 前記取り外し可能なカートリッジは、前記生物学的サンプルを受承するように構成されている、請求項１に記載のデバイス。
- 前記取り外し可能なカートリッジは、血液、唾液、喀痰、糞便、尿または頬スワブサンプルを受承するように構成されている、請求項１に記載のデバイス。
- 前記タンパク質捕捉プローブは、１０ －９ ～１０ －８ Ｍ、１０ －８ ～１０ －７ Ｍ、１０ －７ ～１０ －６ Ｍ、１０ －６ ～１０ －５ Ｍ、１０ －５ ～１０ －４ Ｍ、１０ －４ ～１０ －３ Ｍ、または１０ －３ ～１０ －２ Ｍの結合親和性で前記標的タンパク質に結合する、請求項５に記載のデバイス。
- 前記自動サンプル調製モジュールは、前記配列決定モジュールに直接連結されている、請求項１に記載のデバイス。
- 前記自動サンプル調製モジュールは、前記配列決定モジュールに間接的に連結されている、請求項１に記載のデバイス。
- 前記デバイスは、前記自動サンプル調製モジュールから前記配列決定モジュールに前記標的タンパク質を送達するように構成されている、請求項１に記載のデバイス。
- 前記ポリペプチドの配列決定はエドマン分解または質量分析を含む、請求項６に記載のデバイス。
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