JPWO2020214613A5

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Publication number: JPWO2020214613A5
Application number: JP2021560850A
Authority: JP
Publication date: 2023-04-20

Claims

（ａ）突然変異ジストロフィン遺伝子の断片を標的とするガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、
（ｂ）Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質を含む融合タンパク質、および
（ｃ）野生型ジストロフィン遺伝子の断片を含むドナー配列
を含む組成物をコードしている１個または複数個のベクターを含む、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓをベースにしたゲノム編集システム。
（ａ）突然変異ジストロフィン遺伝子の断片を標的とするガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、
（ｂ）Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質を含む融合タンパク質、および
（ｃ）野生型ジストロフィン遺伝子の断片を含むドナー配列
を含む、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓをベースにしたゲノム編集システム。
野生型ジストロフィン遺伝子の断片が、２個のｇＲＮＡスペーサーおよび／またはＰＡＭ配列によって挟まれている、請求項１または２に記載のシステム。
ｇＲＮＡが、突然変異ジストロフィン遺伝子のエクソンと並置されているイントロンを標的とし、エクソンが、突然変異ジストロフィン遺伝子のエクソン１～８、１０、１１、１２、１４、１６～２２、４３～５９、および６１～６６から選択される、請求項１～３のいずれか１項に記載のシステム。
ドナー配列が、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソンまたはその機能的均等物を含み、エクソンが、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン１～８、１０、１１、１２、１４、１６～２２、４３～５９、および６１～６６から選択される、請求項１～３のいずれか１項に記載のシステム。
突然変異ジストロフィン遺伝子のエクソンがジストロフィン遺伝子から突然変異しているもしくは少なくとも部分的に欠失している、または、突然変異ジストロフィン遺伝子のエクソンが欠失しており、イントロンが、対応する野生型ジストロフィン遺伝子中で欠失したエクソンがあるはずであろう場所と並置されている、請求項４に記載のシステム。
エクソンがエクソン５２である、請求項４または５に記載のシステム。
ｇＲＮＡが、
ａ）配列番号１７もしくは配列番号１８、
ｂ）配列番号１７もしくは配列番号１８の断片、
ｃ）配列番号１７もしくは配列番号１８の相補体、またはその断片、
ｄ）配列番号１７もしくは配列番号１８と実質的に同一である核酸、またはその相補体、あるいは
ｅ）ストリンジェントな条件下で配列番号１７もしくは配列番号１８とハイブリダイズする核酸、その相補体、またはそれに実質的に同一な配列
を含むポリヌクレオチド配列と結合し、それを標的とする、請求項１～７のいずれか１項に記載のシステム。
ｇＲＮＡが、配列番号１９もしくは配列番号２０のポリヌクレオチド配列、またはその変異体を含む、またはそれによってコードされている、請求項１～８のいずれか１項に記載のシステム。
Ｃａｓタンパク質が、化膿性連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９タンパク質または黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９タンパク質である、請求項１～９のいずれか１項に記載のシステム。
Ｃａｓタンパク質が、配列番号１、２、３、または４のアミノ酸配列を含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載のシステム。
２個のｇＲＮＡスペーサーが、配列番号５～８および２５～４５から選択される配列を独立して含む、請求項３～１１のいずれか１項に記載のシステム。
２個のｇＲＮＡスペーサーが同一である、請求項１２に記載のシステム。
２個のｇＲＮＡスペーサーが異なる、請求項１２に記載のシステム。
２個のｇＲＮＡスペーサーのうちの少なくとも１個が、配列番号２５または配列番号２６の配列を含む、請求項３～１４のいずれか１項に記載のシステム。
ドナー配列が、配列番号２１または配列番号２２のポリヌクレオチドを含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載のシステム。
ベクターがウイルスベクターである、請求項１および３～１６のいずれか１項に記載のシステム。
ベクターがアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、請求項１７に記載のシステム。
ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ－１０、ＡＡＶ－１１、ＡＡＶ－１２、ＡＡＶ－１３、ＡＡＶｒｈ．７４ベクター、またはその変異体である、請求項１８に記載のシステム。
１個または複数個のベクターのうちの１個が、配列番号２３または２４のポリヌクレオチド配列を含む、請求項１８に記載のシステム。
ｇＲＮＡとドナー配列との間のモル比が、１：１、または１：１５、または５：１～１：１０、または１：１～１：５である、請求項１～２０のいずれか１項に記載のシステム。
野生型ジストロフィン遺伝子の断片を含むドナー配列またはその機能的均等物をコードしている組換えポリヌクレオチドであって、断片またはその機能的均等物が２個のｇＲＮＡスペーサーによって挟まれている、組換えポリヌクレオチド。
ドナー配列がジストロフィン遺伝子のエクソンを含み、エクソンが、エクソン１～８、１０、１１、１２、１４、１６～２２、４３～５９、および６１～６６から選択される、請求項２２に記載の組換えポリヌクレオチド。
組換えポリヌクレオチドが配列番号２３または２４の配列を含む、請求項２２または２３に記載の組換えポリヌクレオチド。
請求項２２～２４のいずれか１項に記載の組換えポリヌクレオチドを含むベクター。
ベクターが組換えポリヌクレオチドの発現を駆動する異種プロモーターを含む、請求項２５に記載のベクター。
請求項２２～２４のいずれか１項に記載の組換えポリヌクレオチドまたは請求項２５もしくは２６に記載のベクターを含む細胞。
請求項１～２１のいずれか１項に記載のシステム、請求項２２～２４のいずれか１項に記載の組換えポリヌクレオチド、または請求項２５もしくは２６に記載のベクターを含む組成物の、突然変異ジストロフィン遺伝子を有する細胞においてジストロフィン機能を修復するための医薬の製造における使用。
請求項１～２１のいずれか１項に記載のシステム、請求項２２～２４のいずれか１項に記載の組換えポリヌクレオチド、または請求項２５もしくは２６に記載のベクター、または請求項２８に記載の組成物を含むキット。
請求項１～２１のいずれか１項に記載のシステム、請求項２２～２４のいずれか１項に記載の組換えポリヌクレオチド、または請求項２５もしくは２６に記載のベクター、または請求項２８に記載の組成物を含む組成物であって、突然変異ジストロフィン遺伝子を有する細胞または対象においてジストロフィン機能を修復するための組成物。
ジストロフィン機能が、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン５２の挿入によって修復される、請求項３０に記載の組成物。
対象がデュシェンヌ筋ジストロフィーを患っている、請求項３０または３１に記載の組成物。
請求項１～２１のいずれか１項に記載のシステム、請求項２２～２４のいずれか１項に記載の組換えポリヌクレオチド、または請求項２５もしくは２６に記載のベクター、または請求項２８に記載の組成物を含む組成物であって、１個または複数個の欠失または突然変異したエクソンによって引き起こされた、破壊されたジストロフィン遺伝子を有する細胞または対象において、ジストロフィン機能の修復で使用するための組成物。
ジストロフィン機能が、１個または複数個の欠失または突然変異したエクソンに対応する、ジストロフィン遺伝子の１個または複数個の野生型エクソンを挿入することによって修復される、請求項３３に記載の使用するための組成物。
欠失または突然変異したエクソンのうちの１つがエクソン５２である、請求項３４に記載の使用するための組成物。