JP2023522788A - 標的化されたゲノム組込みによってデュシェンヌ型筋ジストロフィーを矯正するためのcrispr/cas9療法 - Google Patents
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Abstract
ジストロフィン機能を復元することによってデュシェンヌ型筋ジストロフィーを処置するためのCRISPR/Casベースのゲノム編集組成物及び方法が、本明細書において開示される。CRISPR/Casベースのゲノム編集系は、突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とするガイドRNA(gRNA)と、Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含むドナー配列とを含み得る。
Description
関連出願の相互参照
本出願は、2020年4月27日に出願された米国仮特許出願第63/016,282号及び2021年3月12日に出願された米国仮特許出願第63/160,551号の優先権を主張し、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
連邦政府による資金提供を受けた研究に関する記述
本発明は、National Institutes of Healthにより授与された付与番号R01AR069085のもとに、政府の支援によりなされた。政府は、本発明に一定の権利を有する。
本出願は、2020年4月27日に出願された米国仮特許出願第63/016,282号及び2021年3月12日に出願された米国仮特許出願第63/160,551号の優先権を主張し、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
連邦政府による資金提供を受けた研究に関する記述
本発明は、National Institutes of Healthにより授与された付与番号R01AR069085のもとに、政府の支援によりなされた。政府は、本発明に一定の権利を有する。
本開示は、ジストロフィン機能を復元することによってデュシェンヌ型筋ジストロフィーを処置するためのCRISPR/Casベースのゲノム編集組成物及び方法を対象とする。
序説
デュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)は、およそ5000人の新生児男児に1人に発生するもっとも一般的な致死性の遺伝性小児疾患である。20代中頃での患者の死亡をもたらす進行性筋力低下は、ジストロフィン遺伝子における突然変異の結果である。ほとんどの症例(約60%)では、突然変異は、ジストロフィン遺伝子の79個のエクソンのうちの1つ又は複数における欠失からなり、リーディングフレームの破壊をもたらす。これまでの治療戦略は、典型的には、DMDと比べて症状が軽度であるベッカー型筋ジストロフィーに対応する遺伝子型を再現する、短縮されているが部分的に機能性のジストロフィンタンパク質の発現をもたらすことを目指したものである。例えば、いくつかのグループは、培養ヒトDMD細胞及びDMDのmdxマウスモデルにおいて、特定のエクソンを欠失させることによってジストロフィンリーディングフレームを復元するための遺伝子編集に、CRISPR/Cas9技術を採用している。しかしながら、完璧な完全機能性ジストロフィンタンパク質を復元するための遺伝子編集戦略を開発する必要性が残っている。
デュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)は、およそ5000人の新生児男児に1人に発生するもっとも一般的な致死性の遺伝性小児疾患である。20代中頃での患者の死亡をもたらす進行性筋力低下は、ジストロフィン遺伝子における突然変異の結果である。ほとんどの症例(約60%)では、突然変異は、ジストロフィン遺伝子の79個のエクソンのうちの1つ又は複数における欠失からなり、リーディングフレームの破壊をもたらす。これまでの治療戦略は、典型的には、DMDと比べて症状が軽度であるベッカー型筋ジストロフィーに対応する遺伝子型を再現する、短縮されているが部分的に機能性のジストロフィンタンパク質の発現をもたらすことを目指したものである。例えば、いくつかのグループは、培養ヒトDMD細胞及びDMDのmdxマウスモデルにおいて、特定のエクソンを欠失させることによってジストロフィンリーディングフレームを復元するための遺伝子編集に、CRISPR/Cas9技術を採用している。しかしながら、完璧な完全機能性ジストロフィンタンパク質を復元するための遺伝子編集戦略を開発する必要性が残っている。
ある態様において、本開示は、組成物をコードする1つ又は複数のベクターを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、組成物が、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系に関する。
さらなる態様において、本開示は、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系に関する。
さらなる態様において、本開示は、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系に関する。
本開示の別の態様は、組成物をコードする1つ又は複数のベクターを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系を提供する。組成物は、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)と、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列とを含み得る。
本開示の別の態様は、CRISPR/Casベースのゲノム編集系を提供する。この系は、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)と、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列とを含み得る。
いくつかの実施形態において、gRNAは、突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号128又は配列番号156のポリヌクレオチド配列内の標的配列にハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、配列番号53のポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントは、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接している。いくつかの実施形態において、gRNAは、突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン51とエクソン52との間にあるイントロンを標的とする。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物の複数のエクソンを含む。
いくつかの実施形態において、ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物のエクソン52、エクソン53、エクソン54、エクソン55、エクソン56、エクソン57、エクソン58、エクソン59、エクソン60、エクソン61、エクソン62、エクソン63、エクソン64、エクソン65、エクソン66、エクソン67、エクソン68、エクソン69、エクソン70、エクソン71、エクソン72、エクソン73、エクソン74、エクソン75、エクソン76、エクソン77、エクソン78、及びエクソン79から選択される1つ又は複数のエクソンを含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物のエクソン52~79を含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物のエクソン45~79を含む。いくつかの実施形態において、突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン52は、突然変異しているか、若しくはジストロフィン遺伝子から少なくとも部分的に欠失しているか、又は突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン52は、欠失しており、イントロンが、対応する野生型ジストロフィン遺伝子において欠失したエクソン52が存在するであろう場所に並置されている。いくつかの実施形態において、gRNAは、(a)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、(b)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列のフラグメント、(c)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列若しくはそのフラグメントの相補体、(d)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列若しくはその相補体に実質的に同一である、核酸、又は(e)ストリンジェントな条件下において、配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、その相補体、若しくはそれらに実質的に同一である配列にハイブリダイズする、核酸を含む、ポリヌクレオチド配列に結合し、それを標的とする。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号29~51、87、157~170から選択されるポリヌクレオチド配列、又はそのバリアントに結合し、それを標的とするか、又はそれによってコードされる。いくつかの実施形態において、gRNAスペーサーは、配列番号29~51、87、157~170から選択される配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号64~86、88、171~184から選択されるポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAは、配列番号35、40、及び44から選択されるポリヌクレオチド配列に結合するか若しくはそれによってコードされるか、又はgRNAは、配列番号70、75、及び79から選択されるポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、配列番号53~56、154、及び155から選択されるポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、配列番号55のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、配列番号56のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、Casタンパク質は、ストレプトコッカス・ピオゲネス(Streptococcus pyogenes)Cas9タンパク質、又はスタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)Cas9タンパク質である。いくつかの実施形態において、Casタンパク質は、配列番号18又は配列番号19のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ベクターは、ウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである。いくつかの実施形態において、AAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV-10、AAV-11、AAV-12、AAV-13、又はAAVrh.74ベクターである。いくつかの実施形態において、1つ又は複数のベクターのうちの1つは、配列番号57~60及び129~130から選択されるポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、gRNAとドナー配列との間のモル比は、1:1、又は1:5、又は5:1~1:10、又は1:1~1:5である。
本開示の別の態様は、ドナー配列をコードする組換えポリヌクレオチドであって、ドナー配列が、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接している、組換えポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソン52、エクソン53、エクソン54、エクソン55、エクソン56、エクソン57、エクソン58、エクソン59、エクソン60、エクソン61、エクソン62、エクソン63、エクソン64、エクソン65、エクソン66、エクソン67、エクソン68、エクソン69、エクソン70、エクソン71、エクソン72、エクソン73、エクソン74、エクソン75、エクソン76、エクソン77、エクソン78、及びエクソン79から選択される1つ又は複数のエクソンを含む。いくつかの実施形態において、ジストロフィン遺伝子は、ヒトジストロフィン遺伝子である。
いくつかの実施形態において、系は、配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン52~79を含むポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、配列番号55又は配列番号56のポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、組換えポリヌクレオチドは、配列番号57~60から選択される配列を含む。
本開示の別の態様は、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチドを含む、ベクターを提供する。
本開示の別の態様は、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド又は本明細書において詳述されるベクターを含む、細胞を提供する。
本開示の別の態様は、突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞において、ジストロフィン機能を復元するための組成物であって、本明細書において詳述される系、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド、又は本明細書において詳述されるベクターを含む、組成物を提供する。
本開示の別の態様は、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド又は本明細書において詳述されるベクターを含む、細胞を提供する。
本開示の別の態様は、突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞において、ジストロフィン機能を復元するための組成物であって、本明細書において詳述される系、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド、又は本明細書において詳述されるベクターを含む、組成物を提供する。
本開示の別の態様は、本明細書において詳述される系、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド、又は本明細書において詳述されるベクター、又は本明細書において詳述される組成物を含む、キットを提供する。
本開示の別の態様は、突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するための方法を提供する。本方法は、細胞又は対象を、本明細書において詳述される系、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド、又は本明細書において詳述されるベクター、又は本明細書において詳述される組成物と接触させるステップを含み得る。いくつかの実施形態において、本方法は、配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす。
本開示の別の態様は、1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンによって引き起こされる破壊されたジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元する方法を提供する。本方法は、細胞又は対象を、本明細書において詳述される系、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド、又は本明細書において詳述されるベクター、又は本明細書において詳述される組成物と接触させるステップを含み得る。いくつかの実施形態において、本方法は、配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす。いくつかの実施形態において、ジストロフィン機能は、1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンに対応するジストロフィン遺伝子の1つ又は複数の野生型エクソンを挿入することによって、復元される。いくつかの実施形態において、対象は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに罹患している。
本開示の別の態様は、ジストロフィン遺伝子を矯正するためのゲノム編集系を提供する。系は、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52~79又はエクソン45~79を含む、ドナー配列を含み得る。いくつかの実施形態において、ゲノム編集系は、ホーミングエンドヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、TALEN、及びCasタンパク質から選択されるヌクレアーゼをさらに含む。
本開示は、以下の詳細な説明及び添付の図面を踏まえて明らかとなるであろう他の態様及び実施形態を提供する。
本開示は、以下の詳細な説明及び添付の図面を踏まえて明らかとなるであろう他の態様及び実施形態を提供する。
ジストロフィン機能を復元することによってデュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)を処置するためのCRISPR/Casベースの遺伝子/ゲノム編集組成物及び方法が、本明細書に記載される。DMDは、典型的には、リーディングフレームを破壊するジストロフィン遺伝子における欠失によって引き起こされる。DMDを処置するための多くの戦略は、追加のエクソンを除去するか又はそれをスキップすることによって、リーディングフレームを復元することを目的としているが、これは、内部が短縮されたジストロフィンタンパク質が依然として部分的に機能性となり得ることが示されているためである。ジストロフィン遺伝子を矯正するためのAAVベースの相同性非依存性標的化組込み(HITI)に媒介される遺伝子編集療法が、本明細書において詳述される。具体的には、CRISPR/Cas9遺伝子編集技術を、ジストロフィン遺伝子への失われているエクソンの標的化挿入を誘導するように適応させた。治療的に関連する標的として、HITIに媒介されるゲノム編集戦略を、全長ヒトジストロフィン遺伝子を有するマウスのエクソン52が除去されているDMDのヒト化マウスモデル(hDMDΔ52/mdxマウス)において、最適化した。標的化組込みを達成するために、エクソン52、又はいくつかの場合にはエクソン52~79、又はいくつかの場合にはエクソン45~79を含む欠失したゲノム配列を含むAAVベクターを、骨格筋及び心筋における全長ジストロフィンの復元を達成するために、Cas9/gRNA発現カセットをコードするAAVベクターと共送達する。AAV送達系を使用して、Cas9及びgRNAを発現させて、標的化ゲノムDSBを生成し、切断部位におけるNHEJに媒介される組込みのドナー鋳型を送達する。培養細胞におけるエクソンの標的化組込みを、確認する。AAV送達と組み合わせて、失われているエクソンの標的化挿入のためのHITIに媒介される戦略は、全長ジストロフィンを復元し、機能的結果を改善するための方法を提供する。
1.定義
1.定義
別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語及び科学用語は、当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。矛盾が生じた場合には、定義を含め、本文書が優先される。好ましい方法及び材料が、以下に記載されているが、本明細書に記載されるものに類似するか又はそれと同等の方法及び材料を、本発明の実施又は試験において使用することができる。本明細書において記載されるすべての刊行物、特許出願、特許、及び他の参考文献は、参照によりその全体が組み込まれる。本明細書に開示される材料、方法、及び実施例は、例示に過ぎず、限定することを意図するものではない。
本明細書において使用される「含む(comprise)」、「含む(include)」、「有する(having)」)、「有する(has)」、「できる(can)」、「含む(contain)」、及びこれらの変化形は、追加の動作又は構造の可能性を排除しない、拡張可能な移行句、用語、又は言葉であることが意図される。単数形の「1つの(a)」、「及び(and)」、及び「その(the)」は、文脈により別途明確に示されない限り、複数形の参照物を含む。本開示は、明示的に記載されているかどうかにかかわらず、本明細書に提示される実施形態又は要素「を含む」、「からなる」、及び「から本質的になる」他の実施形態も企図する。
本明細書における数値範囲の記述について、その間のそれぞれの介在する数値が、同じ精度で明示的に企図される。例えば、6~9の範囲については、6及び9に加えて、7及び8という数が企図され、6.0~7.0の範囲については、6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、及び7.0という数が、明示的に企図される。
本明細書における数値範囲の記述について、その間のそれぞれの介在する数値が、同じ精度で明示的に企図される。例えば、6~9の範囲については、6及び9に加えて、7及び8という数が企図され、6.0~7.0の範囲については、6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、及び7.0という数が、明示的に企図される。
目的の1つ又は複数の値に適用される、本明細書において使用される「約」又は「およそ」という用語は、言及された参照値に類似であるか、又は当業者によって判定される特定の値に対する許容可能な誤差の範囲内である値を意味し、これは、部分的に、その値が、どのように測定又は判定されるか、すなわち、測定システムの制限に依存するであろう。ある特定の態様において、「約」という用語は、別途示されない限り又は文脈から明らかでない限り、言及された参照値のいずれかの方向での(より大きいか又は小さい)20%以内、19%以内、18%以内、17%以内、16%以内、15%以内、14%以内、13%以内、12%以内、11%以内、10%以内、9%以内、8%以内、7%以内、6%以内、5%以内、4%以内、3%以内、2%以内、1%以内、又はそれ以下に入る値の範囲を指す(ただし、かかる数が可能な値の100%を超える場合を除く)。或いは、「約」は、当該技術分野における慣例に従い、3又は3を上回る標準偏差以内を意味し得る。或いは、生物学的系又はプロセスに関するものなど、「約」という用語は、ある値の1桁以内、好ましくは5倍以内、より好ましくは2倍以内を意味し得る。
本明細書において互換可能に使用される「アデノ随伴ウイルス」又は「AAV」は、ヒト及びいくつかの他の霊長類種に感染する、パルボウイルス(Parvoviridae)科ディペンドウイルス(Dependovirus)属に属する小型のウイルスを指す。AAVは、現時点では疾患を引き起こすことは知られておらず、結果として、このウイルスは、非常に軽度な免疫応答を引き起こす。
本明細書において使用される「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸及び非天然の合成アミノ酸、並びに天然に存在するアミノ酸に類似の様式で機能するアミノ酸アナログ及びアミノ酸模倣体を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝子コードによってコードされるものである。「アミノ酸」は、本明細書において、一般的に知られている三文字記号又はIUPAC-IUB Biochemical Nomenclature Commissionによって推奨されている一文字記号のいずれかで参照され得る。アミノ酸は、側鎖及びポリペプチド骨格部分を含む。
本明細書において使用される「結合領域」は、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系によって認識及び結合される、標的領域内の領域を指す。
本明細書において使用される「結合領域」は、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系によって認識及び結合される、標的領域内の領域を指す。
本明細書において互換可能に使用される「クラスター化され規則的に間隔が空いた短い回文構造の反復配列」及び「CRISPR」は、シーケンシングされた細菌のおよそ40%及びシーケンシングされた古細菌の90%のゲノムにおいて見出される、複数の短い直接反復配列を含む遺伝子座を指す。
本明細書において使用される「コーディング配列」又は「核酸をコードする」とは、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、核酸(RNA又はDNA分子)を意味する。コーディング配列は、核酸が投与される個体又は哺乳動物の細胞において発現を誘導することができる、プロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントに作動可能に連結された開始及び終結シグナルをさらに含む。コーディング配列は、コドン最適化されていてもよい。
本明細書において使用される「コーディング配列」又は「核酸をコードする」とは、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、核酸(RNA又はDNA分子)を意味する。コーディング配列は、核酸が投与される個体又は哺乳動物の細胞において発現を誘導することができる、プロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントに作動可能に連結された開始及び終結シグナルをさらに含む。コーディング配列は、コドン最適化されていてもよい。
本明細書において使用される「相補体」又は「相補的」とは、核酸が、核酸分子のヌクレオチド間又はヌクレオチドアナログ間においてワトソンクリック(例えば、A-T/U及びC-G)又はフーグスティーン塩基対合し得ることを意味する。「相補性」は、2つの核酸配列を互いに逆平行にアライメントした場合に、それぞれの位置におけるヌクレオチド塩基が相補的となるような、2つの核酸配列間で共有される特性を指す。
「対照」、「参照レベル」、及び「参照物」という用語は、本明細書において互換可能に使用される。参照レベルは、測定された結果を評価するためのベンチマークとして利用される、所定の値又は範囲であり得る。本明細書において使用される「対照群」は、対照対象の群を指す。所定のレベルは、対照群から得られたカットオフ値であってもよい。所定のレベルは、対照群から得られた平均であってもよい。カットオフ値(又は所定のカットオフ値)は、Adaptive Index Model(AIM)手法によって判定することができる。カットオフ値(又は所定のカットオフ値)は、患者群の生物学的サンプルから受信者動作曲線(ROC)分析によって判定してもよい。ROC分析は、生物学の分野において一般に知られているように、例えば、CRCを有する患者を特定する際のそれぞれのマーカーの性能を判定するための、1つの状態を別のものと区別する試験の能力の判定である。ROC分析の説明は、P.J. Heagerty et al. (Biometrics 2000, 56, 337-44)に提供されており、その開示は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。或いは、カットオフ値は、患者群の生物学的サンプルの四分位分析によって判定してもよい。例えば、カットオフ値は、25~75パーセンタイルの範囲にある任意の値に対応する値、好ましくは、25パーセンタイル、50パーセンタイル、又は75パーセンタイルに対応する値、より好ましくは、75パーセンタイルに対応する値を選択することによって、判定され得る。そのような統計学的分析は、当該技術分野において公知の任意の方法を使用して行うことができ、任意の数の市販入手可能なソフトウェアパッケージ(例えば、Analyse-it Software Ltd.、Leeds、UK;StataCorp LP、College Station、TX;SAS Institute Inc.、Cary、NC.からのもの)を通じて実装することができる。標的又はタンパク質活性の健常又は正常なレベル又は範囲は、標準的な慣例に従って定義され得る。対照は、本明細書において詳述される組成物を用いていない対象又は細胞であり得る。対照は、疾患状態が判明している対象又はそれから得られるサンプルであり得る。対象又はそれから得られるサンプルは、健常体、罹患体、処置前の罹患体、処置中の罹患体、若しくは処置後の罹患体、又はこれらの組合せであり得る。
本明細書において使用される「矯正すること」、「遺伝子編集」、及び「復元すること」とは、全長機能性又は部分的全長機能性タンパク質の発現が得られるように、機能不全のタンパク質若しくは短縮型タンパク質をコードするか、又はタンパク質をまったくコードしない、突然変異体遺伝子を変化させることを指す。突然変異体遺伝子を矯正又は復元することには、突然変異を有する遺伝子の領域を置き換えること、又は修復機序、例えば、相同組換え修復(HDR)を用いて、突然変異体遺伝子全体を突然変異を有さない遺伝子のコピーと置き換えることが含まれ得る。突然変異体遺伝子を矯正又は復元することには、未成熟終止コドン、異常なスプライスアクセプター部位又は異常なスプライスドナー部位を引き起こすフレームシフト突然変異を、遺伝子において二本鎖切断を生成した後にそれを非相同末端結合(NHEJ)を使用して修復することによって、修復することもまた、含まれ得る。NHEJは、修復中に少なくとも1つの塩基対を付加し得るか、又は欠失させ得、それによって、適切なリーディングフレームを復元し、未成熟終止コドンを排除し得る。突然変異体遺伝子を矯正するか又は復元することには、異常なスプライスアクセプター部位又はスプライスドナー配列を破壊することも含まれ得る。突然変異体遺伝子を矯正又は復元することには、2つのヌクレアーゼ標的部位間のDNAを除去し、NHEJによってDNA切断を修復することによって、適切なリーディングフレームを復元するために、同じDNA鎖に対する2つのヌクレアーゼの同時作用によって、非必須遺伝子セグメントを欠失させることも含まれ得る。
本明細書において互換可能に使用される「ドナーDNA」、「ドナー鋳型」、及び「修復鋳型」は、目的の遺伝子の少なくとも一部分を含む、二本鎖DNAフラグメント又は分子を指す。ドナーDNAは、完全機能性タンパク質又は部分的機能性タンパク質をコードし得る。
本明細書において互換可能に使用される「デュシェンヌ型筋ジストロフィー」又は「DMD」は、筋変性及び最終的な死をもたらす、劣性遺伝の致死性X連鎖障害を指す。DMDは、一般的な一遺伝子遺伝性の疾患であり、3500人の男性に1人に生じる。DMDは、ジストロフィン遺伝子におけるナンセンス突然変異又はフレームシフト突然変異を引き起こす遺伝性又は自然発生性の突然変異の結果である。DMDを引き起こすジストロフィン突然変異の大半は、エクソンの欠失であり、それによってリーディングフレームが破壊され、ジストロフィン遺伝子における未成熟翻訳終結が引き起こされる。DMD患者は、典型的には、小児期に自身を物理的に支える能力を失い、10代の間に進行的に衰弱し、20代で死亡する。
本明細書において記載される「ジストロフィン」は、細胞膜を通じて筋線維の細胞骨格を周囲の細胞外マトリックスに接続するタンパク質複合体の一部である、円錐形の細胞質タンパク質を指す。ジストロフィンは、筋細胞の完全性及び機能の調節を担う細胞膜のジストログリカン複合体に構造安定性を提供する。本明細書において互換可能に使用されるジストロフィン遺伝子又は「DMD遺伝子」は、Xp21遺伝子座の2.2メガ塩基である。一次転写は、約2,400kbであり、成熟mRNAは、約14kbである。79個のエクソンが、3500個を上回るアミノ酸のタンパク質をコードする。
本明細書において使用される「エンハンサー」は、複数の活性化因子及びリプレッサー結合部位を含む、非コーディングDNA配列を指す。エンハンサーは、長さが200bp~1kbの範囲に及び、プロモーターに対して5’上流若しくは調節される遺伝子の第1のイントロン内である近位側、又は隣接する遺伝子のイントロン若しくは遺伝子座から離れた遺伝子間領域内である遠位側のいずれかにあり得る。DNAルーピングを通じて、活性なエンハンサーは、コアDNA結合モチーフプロモーター特異性に応じて、プロモーターと接触する。4~5個のエンハンサーが、プロモーターと相互作用し得る。同様に、エンハンサーは、連結の制限を伴うことなく1つを上回る遺伝子を調節し得、隣接する遺伝子を「スキップ」して、より遠位にあるものを調節してもよい。転写調節は、プロモーターが存在するものとは異なる染色体に位置するエレメントが関係し得る。隣接する遺伝子の近位のエンハンサー又はプロモーターは、より遠位にあるエレメントを導入するためのプラットフォームとしての機能を果たし得る。
本明細書において互換可能に使用される「フレームシフト」又は「フレームシフト突然変異」は、1つ又は複数のヌクレオチドの付加又は欠失が、mRNAにおけるコドンのリーディングフレームのシフトを引き起こす、1つのタイプの遺伝子突然変異を指す。リーディングフレームのシフトは、タンパク質翻訳時のアミノ酸配列の変更、例えば、ミスセンス突然変異又は未成熟終止コドンをもたらし得る。
本明細書において使用される「機能性」及び「完全機能性」は、生物学的活性を有するタンパク質について説明する。「機能性遺伝子」、はmRNAに転写され、機能性タンパク質へと翻訳される、遺伝子を指す。
本明細書において使用される「機能性」及び「完全機能性」は、生物学的活性を有するタンパク質について説明する。「機能性遺伝子」、はmRNAに転写され、機能性タンパク質へと翻訳される、遺伝子を指す。
本明細書において使用される「融合タンパク質」は、もともとは別個のタンパク質をコードしていた2つ又はそれ以上の遺伝子の結合を通じて作製される、キメラタンパク質を指す。融合遺伝子の翻訳は、もともとのタンパク質のそれぞれに由来する機能的特性を有する単一のポリペプチドをもたらす。
本明細書において互換可能に使用される「相同組換え修復」又は「HDR」は、多くは細胞周期のG2及びS期において、相同DNA片が核内に存在する場合に二本鎖DNA病変部を修復するための細胞における機序を指す。HDRは、ドナーDNA鋳型を使用して、修復をガイドし、全遺伝子の標的化付加を含む、ゲノムに特定の配列変化を作出するために使用することができる。ドナー鋳型が、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系とともに提供される場合、細胞内機序は、相同組換えによって切断を修復し、これが、DNA切断の存在下では数桁増強される。相同DNA片が不在である場合、非相同末端結合が、代わりに起こり得る。
本明細書において互換可能に使用される「相同組換え修復」又は「HDR」は、多くは細胞周期のG2及びS期において、相同DNA片が核内に存在する場合に二本鎖DNA病変部を修復するための細胞における機序を指す。HDRは、ドナーDNA鋳型を使用して、修復をガイドし、全遺伝子の標的化付加を含む、ゲノムに特定の配列変化を作出するために使用することができる。ドナー鋳型が、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系とともに提供される場合、細胞内機序は、相同組換えによって切断を修復し、これが、DNA切断の存在下では数桁増強される。相同DNA片が不在である場合、非相同末端結合が、代わりに起こり得る。
本明細書において使用される「遺伝子コンストラクト」は、タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むDNA又はRNA分子を指す。コーディング配列は、核酸分子が投与される個体の細胞において発現を誘導することができるプロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントに作動可能に連結された開始及び終結シグナルを含む。本明細書において使用される場合、「発現可能な形態」という用語は、個体の細胞に存在する場合に、コーディング配列が発現されるように、タンパク質をコードするコーディング配列に作動可能に連結された必要な調節エレメントを含む、遺伝子コンストラクトを指す。
本明細書において使用される「ゲノム編集」又は「遺伝子編集」は、遺伝子を変化させることを指す。ゲノム編集には、突然変異体遺伝子を矯正若しくは復元すること、又は追加の突然変異を付加することが含まれ得る。ゲノム編集には、遺伝子、例えば、突然変異体遺伝子又は正常な遺伝子をノックアウトすることが含まれ得る。ゲノム編集は、目的の遺伝子を変化させることによって、疾患を処置するか、又は例えば筋修復を増強させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書において詳述される組成物及び方法は、生殖細胞系列の細胞ではなく、体細胞において使用するためのものである。
本明細書において使用される「ゲノム編集」又は「遺伝子編集」は、遺伝子を変化させることを指す。ゲノム編集には、突然変異体遺伝子を矯正若しくは復元すること、又は追加の突然変異を付加することが含まれ得る。ゲノム編集には、遺伝子、例えば、突然変異体遺伝子又は正常な遺伝子をノックアウトすることが含まれ得る。ゲノム編集は、目的の遺伝子を変化させることによって、疾患を処置するか、又は例えば筋修復を増強させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書において詳述される組成物及び方法は、生殖細胞系列の細胞ではなく、体細胞において使用するためのものである。
本明細書において使用される「異種」という用語は、核酸が、自然界において互いに同じ関係性で見出されることがない2つ又はそれ以上の部分配列を含むことを指す。例えば、組換えで産生される核酸は、典型的に、新しい機能性核酸を作製するように合成で配置される無関係の遺伝子に由来する2つ又はそれ以上の配列、例えば、1つの供給源に由来するプロモーター及び別の供給源に由来するコーディング領域を有する。2つの核酸は、したがって、この状況において、互いに異種である。細胞に添加される場合、組換え核酸はまた、細胞の内在性遺伝子に対して異種である。したがって、染色体において、異種核酸は、染色体に組み込まれている非天然の(天然に存在しない)核酸、又は非天然の(天然に存在しない)染色体外核酸を含むであろう。同様に、異種タンパク質は、タンパク質が、自然界において互いに同じ関係では見出されない2つ又はそれ以上の部分配列を含むことを示す(例えば、2つの部分配列が、単一の核酸配列によってコードされる場合の「融合タンパク質」)。
2つ又はそれ以上のポリヌクレオチド又はポリペプチド配列の文脈で本明細書において使用される「同一」又は「同一性」は、配列が、指定された領域にわたって同じである、指定されたパーセンテージの残基を有することを意味する。パーセンテージは、2つの配列を最適にアライメントし、2つの配列を指定された領域にわたって比較し、両方の配列において同一の残基が生じる位置の数を判定して、一致する位置の数を得、一致する位置の数を指定された領域内の位置の総数で除算し、結果に100を乗じて、配列同一性のパーセンテージを得ることによって、計算され得る。2つの配列が、異なる長さのものであるか、又はアライメントにより1つ若しくは複数の不揃いな末端が生じ、指定される比較の領域が単一の配列のみを含む場合、単一の配列の残基は、計算の分子ではなく分母として含まれる。DNA及びRNAを比較する場合、チミン(T)及びウラシル(U)は、同等であると考えることができる。同一性は、手作業で行ってもよく、又はコンピュータ配列アルゴリズム、例えば、BLAST若しくはBLAST 2.0を使用して行ってもよい。
本明細書において互換可能に使用される「突然変異体遺伝子」又は「突然変異した遺伝子」は、検出可能な突然変異を受けている遺伝子を指す。突然変異体遺伝子は、変化、例えば、遺伝子材料の喪失、獲得、又は交換を受けており、この変化は、遺伝子の正常な伝達及び発現に影響を及ぼす。本明細書において使用される「破壊された遺伝子」は、未成熟終止コドンを引き起こす突然変異を有する突然変異体遺伝子を指す。破壊された遺伝子産物は、全長の破壊されていない遺伝子産物と比べて、短縮されている。
本明細書において使用される「非相同末端結合(NHEJ)経路」は、相同性鋳型を必要とすることなく、切断末端を直接的にライゲーションすることによって、DNAにおける二本鎖切断を修復する経路を指す。NHEJによるDNA末端の鋳型非依存性再ライゲーションは、DNA切断点においてランダムなマイクロ挿入及びマイクロ欠失(インデル)を導入する、確率的なエラーが生じやすい修復プロセスである。この方法は、標的とされる遺伝子配列のリーディングフレームを意図的に破壊、欠失、又は変更するために使用され得る。NHEJは、典型的に、修復をガイドするために、マイクロホモロジーと称される短い相同DNA配列を使用する。これらのマイクロホモロジーは、二本鎖切断の末端上の一本鎖オーバーハングに存在することが多い。オーバーハングが、完全に適合性である場合、NHEJは、通常、切断を正確に修復するとはいえ、ヌクレオチドの喪失につながる不正確な修復もまた発生し得るが、これは、オーバーハングが適合性でない場合にはより一般的である。
本明細書において使用される「正常な遺伝子」は、変化、例えば、遺伝子材料の喪失、獲得、又は交換を受けていない遺伝子を指す。正常な遺伝子は、正常な遺伝子伝達及び遺伝子発現を受ける。例えば、正常な遺伝子は、野生型遺伝子であり得る。
本明細書において使用される「正常な遺伝子」は、変化、例えば、遺伝子材料の喪失、獲得、又は交換を受けていない遺伝子を指す。正常な遺伝子は、正常な遺伝子伝達及び遺伝子発現を受ける。例えば、正常な遺伝子は、野生型遺伝子であり得る。
本明細書において使用される「核酸」又は「オリゴヌクレオチド」又は「ポリヌクレオチド」は、少なくとも2つのヌクレオチドが共有結合的に一緒に連結されていることを意味する。一本鎖の記述はまた、相補鎖の配列を定義する。したがって、ポリヌクレオチドはまた、示される一本鎖の相補鎖も包含する。ポリヌクレオチドの多数のバリアントが、所与のポリヌクレオチドと同じ目的に使用され得る。したがって、ポリヌクレオチドは、実質的に同一なポリヌクレオチド及びその相補体を包含する。一本鎖は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下において標的配列にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。したがって、ポリヌクレオチドはまた、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下においてハイブリダイズするプローブも包含する。ポリヌクレオチドは、一本鎖であっても二本鎖であってもよく、又は二本鎖及び一本鎖の両方の配列の部分を含んでもよい。ポリヌクレオチドは、核酸、天然若しくは合成、DNA、ゲノムDNA、cDNA、RNA、又はハイブリッドであり得、ここで、ポリヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドの組合せ、並びに例えばウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、及びイソグアニンを含む塩基の組合せを含み得る。ポリヌクレオチドは、化学合成方法によって、又は組換え方法によって、得ることができる。
「オープンリーディングフレーム」は、開始コドンで始まり、終止コドンで終わる、コドンのストレッチを指す。複数のエクソンを有する真核生物遺伝子において、イントロンが除去され、エクソンが、次いで、転写後一緒に結合されて、タンパク質翻訳のための最終的なmRNAが得られる。オープンリーディングフレームは、コドンの連続的なストレッチであり得る。いくつかの実施形態において、オープンリーディングフレームは、タンパク質の発現については、スプライシングされたmRNAにのみ適用され、ゲノムDNAには適用されない。
本明細書において使用される「作動可能に連結された」とは、遺伝子の発現が、それが空間的に接続されているプロモーターの制御下にあることを意味する。プロモーターは、その制御下にある遺伝子の5’(上流)又は3’(下流)に配置され得る。プロモーターと遺伝子との間の距離は、プロモーターが由来する遺伝子における、プロモーターとそれが制御する遺伝子との間の距離とおよそ同じであり得る。当該技術分野において公知のように、この距離の変動は、プロモーター機能の喪失を伴うことなく、適応され得る。核酸又はアミノ酸配列は、互いに機能的関係性におかれている場合に、「作動可能に連結されている」(又は「動作可能に連結されている」)。例えば、プロモーター又はエンハンサーは、それが、コーディング配列の転写を調節するか、転写のモジュレーションに寄与する場合、コーディング配列に作動可能に連結されている。作動可能に連結されたDNA配列は、典型的には、連続しており、作動可能に連結されたアミノ酸配列は、典型的に、連続しており、同じリーディングフレーム内にある。しかしながら、エンハンサーは、一般に、プロモーターとは最大で数キロベース以上離れて機能し、イントロン配列は可変の長さのものであり得るため、一部のポリヌクレオチドエレメントは、作動可能に連結されているが、連続的でない場合がある。同様に、一次ポリペプチド配列において非連続的であるある特定のアミノ酸配列は、いずれにせよ、例えば、ポリペプチド鎖のフォールディングに起因して、作動可能に連結され得る。融合ポリペプチドに関して、「動作可能に連結された」及び「作動可能に連結された」という用語は、構成要素のそれぞれが、他の構成要素と連結した状態で、そのように連結されていない場合に行うであろう機能と同じ機能を行うという事実を指し得る。
本明細書において使用される「部分的に機能性」とは、突然変異体遺伝子によってコードされるタンパク質が、機能性タンパク質よりも低いが、非機能性タンパク質よりも高い生物学的活性を有することを説明する。
「ペプチド」又は「ポリペプチド」は、ペプチド結合によって連結された2つ又はそれ以上のアミノ酸の連結された配列である。ポリペプチドは、天然、合成、又は天然及び合成の改変形態若しくは組合せであり得る。ペプチド及びポリペプチドは、タンパク質、例えば、結合性タンパク質、受容体、及び抗体を含む。「ポリペプチド」、「タンパク質」、及び「ペプチド」という用語は、本明細書において互換可能に使用される。「一次構造」は、特定のペプチドのアミノ酸配列を指す。「二次構造」は、ポリペプチド内の局所的に整列した三次元構造を指す。これらの構造は、ドメイン、例えば、酵素ドメイン、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、細孔ドメイン、及び細胞質尾部ドメインとして広く知られている。「ドメイン」は、ポリペプチドの小型ユニットを形成するポリペプチドの部分であり、典型的には、15~350個のアミノ酸の長さである。例示的なドメインとしては、酵素活性又はリガンド結合活性を有するドメインが挙げられる。典型的なドメインは、より小さな構成の区画、例えば、ベータシート及びアルファヘリックスのストレッチから構成される。「三次構造」は、ポリペプチドモノマーの完全な三次元構造を指す。「四次構造」は、独立した三次ユニットの非共有結合的会合によって形成される、三次元構造を指す。「モチーフ」は、ポリペプチド配列の一部分であり、少なくとも2つのアミノ酸を含む。モチーフは、2~20個、2~15個、又は2~10個のアミノ酸の長さであり得る。いくつかの実施形態において、モチーフは、3個、4個、5個、6個、又は7個の連続したアミノ酸を含む。ドメインは、同じタイプの一連のモチーフから構成されてもよい。
本明細書において互換可能に使用される「未成熟終止コドン」又は「フレーム外終止コドン」は、DNAの配列におけるナンセンス突然変異を指し、これは、野生型遺伝子においては通常見出されない位置に終止コドンをもたらす。未成熟終止コドンは、タンパク質が、タンパク質の全長バージョンと比較して短縮されるか又は短くなることを引き起こし得る。
本明細書において使用される「プロモーター」は、細胞における核酸の発現を付与、活性化、又は増強させることができる、合成又は天然に由来する分子を意味する。プロモーターは、発現をさらに増強させる、並びに/又はその空間的発現及び/若しくは時間的発現を変更するために、1つ又は複数の特定の転写調節配列を含み得る。プロモーターはまた、転写開始部位から数千塩基対程度離れて配置され得る、遠位エンハンサー又はリプレッサーエレメントも含み得る。プロモーターは、ウイルス、細菌、真菌、植物、昆虫、及び動物を含む供給源に由来し得る。プロモーターは、遺伝子成分の発現を、構成的に調節してもよく、或いは発現が生じる細胞、組織、若しくは器官に関して、又は発現が生じる発生段階に関して、又は外部刺激、例えば、生理学的ストレス、病原体、金属イオン、若しくは誘導剤に応答して、差次的に調節してもよい。プロモーターの代表的な例としては、バクテリオファージT7プロモーター、バクテリオファージT3プロモーター、SP6プロモーター、lacオペレーター-プロモーター、tacプロモーター、SV40後期プロモーター、SV40初期プロモーター、RSV-LTRプロモーター、CMV IEプロモーター、SV40初期プロモーター若しくはSV40後期プロモーター、ヒトU6(hU6)プロモーター、並びにCMV IEプロモーターが挙げられる。筋肉特異的幹細胞を標的とするプロモーターとしては、例えば、CK8プロモーター、Spc5-12プロモーター、及びMHCK7プロモーターを挙げることができる。
例えば、細胞、核酸、タンパク質、又はベクターを参照して使用される場合の「組換え」という用語は、細胞、核酸、タンパク質、又はベクターが、異種核酸若しくはタンパク質の導入、又は天然の核酸若しくはタンパク質の変更によって改変されていること、或いは、細胞が、そのように改変された細胞に由来することを示す。したがって、例えば、組換え細胞は、細胞の天然の(天然に存在する)形態内では見出されない遺伝子を発現するか、又はそれ以外の場合には正常若しくは異常に発現される、発現下にある、若しくはまったく発現されない、天然の遺伝子の第2のコピーを発現する。
本明細書において使用される「サンプル」又は「試験サンプル」は、標的の存在及び/又はレベルを検出若しくは判定しようとする任意のサンプル、又は本明細書において詳述されるDNA標的化若しくは遺伝子編集系又はその成分を含む任意のサンプルを意味し得る。サンプルとしては、液体、溶液、エマルション、又は懸濁液を挙げることができる。サンプルには、医療サンプルが含まれ得る。サンプルとしては、任意の生物学的流体若しくは組織、例えば、血液、全血、血液画分、例えば、血漿及び血清、筋肉、間質液、汗、唾液、尿、涙液、関節液、骨髄、脳脊髄液、鼻分泌液、喀痰、羊水、気管支肺胞洗浄液、胃洗浄液、嘔吐、糞便、肺組織、末梢血単核細胞、全白血球、リンパ節細胞、脾臓細胞、扁桃細胞、がん細胞、腫瘍細胞、胆汁、消化液、皮膚、又はこれらの組合せを挙げることができる。いくつかの実施形態において、サンプルは、アリコートを含む。他の実施形態において、サンプルは、生物学的流体を含む。サンプルは、当該技術分野において公知の任意の手段によって得ることができる。サンプルは、患者から得られた状態で直接的に使用することができるか、又は本明細書において考察されるか若しくはそれ以外の場合には当該技術分野において公知であるなんらかの様式でサンプルの特徴を改変するように、濾過、蒸留、抽出、濃縮、遠心分離、干渉成分の不活性化、試薬の添加などによって、事前処置してもよい。
本明細書において互換可能に使用される「対象」及び「患者」は、本明細書に記載される組成物又は方法を要望するか、又はそれを必要とする哺乳動物が挙げられるがこれに限定されない、任意の脊椎動物を指す。対象は、ヒトであってもよく、又は非ヒトであってもよい。対象は、脊椎動物であり得る。対象は、哺乳動物であり得る。哺乳動物は、霊長類であってもよく、又は非霊長類であってもよい。哺乳動物は、非霊長類、例えば、ウシ、ブタ、ラクダ、ラマ、ハリネズミ、アリクイ、カモノハシ、ゾウ、アルパカ、ウマ、ヤギ、ウサギ、ヒツジ、ハムスター、モルモット、ネコ、イヌ、ラット、及びマウスであり得る。哺乳動物は、霊長類、例えば、ヒトであり得る。哺乳動物は、非ヒト霊長類、例えば、サル、カニクイザル、アカゲザル、チンパンジー、ゴリラ、オランウータン、及びテナガザルなどであり得る。対象は、任意の年齢又は発達段階、例えば、成体、青年期、又は幼児であり得る。対象は、雄性であり得る。対象は、雌性であり得る。いくつかの実施形態において、対象は、特定の遺伝子マーカーを有する。対象は、他の形態の処置を受けていてもよい。
「実質的に同一」とは、第1及び第2のアミノ酸又はポリヌクレオチド配列が、それぞれ、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、30個、35個、40個、45個、50個、55個、60個、65個、70個、75個、80個、85個、90個、95個、100個、200個、300個、400個、500個、600個、700個、800個、900個、1000個、1100個のアミノ酸又はヌクレオチドの領域にわたって、少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は99%であることを意味し得る。
本明細書において使用される「標的遺伝子」は、判明しているか又は推定上の遺伝子産物をコードする任意のヌクレオチド配列を指す。標的遺伝子は、遺伝子疾患に関与する突然変異した遺伝子であり得る。標的遺伝子は、矯正することが意図されるか、又はその発現をモジュレートすることが意図される、判明しているか又は推定上の遺伝子産物をコードし得る。ある特定の実施形態において、標的遺伝子は、ジストロフィン遺伝子又はその一部分である。
本明細書において使用される「標的領域」は、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集又は標的化系が結合するように設計される、標的遺伝子の領域を指す。
本明細書において使用される「導入遺伝子」は、1つの生物から単離されており、別の生物に導入される、遺伝子配列を含む遺伝子又は遺伝子材料を指す。DNAのこの非天然のセグメントは、トランスジェニック生物においてRNA若しくはタンパク質を産生させる能力を保持し得るか、又はトランスジェニック生物の遺伝子コードの正常な機能を変更し得る。導入遺伝子の導入は、生物の表現型を変化させる可能性を有する。
本明細書において使用される「標的領域」は、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集又は標的化系が結合するように設計される、標的遺伝子の領域を指す。
本明細書において使用される「導入遺伝子」は、1つの生物から単離されており、別の生物に導入される、遺伝子配列を含む遺伝子又は遺伝子材料を指す。DNAのこの非天然のセグメントは、トランスジェニック生物においてRNA若しくはタンパク質を産生させる能力を保持し得るか、又はトランスジェニック生物の遺伝子コードの正常な機能を変更し得る。導入遺伝子の導入は、生物の表現型を変化させる可能性を有する。
「転写調節エレメント」又は「調節エレメント」は、核酸配列の発現を制御することができる、例えば、発現を活性化、増強、若しくは減少させることができるか、又は核酸配列の空間的及び/若しくは時間的発現を変更することができる、遺伝子エレメントを指す。調節エレメントの例としては、例えば、プロモーター、エンハンサー、スプライシングシグナル、ポリアデニル化シグナル、及び終結シグナルが挙げられる。調節エレメントは、それが作動可能に連結される遺伝子に対して、「内在性」、「外来性」、又は「異種」であり得る。「内在性」調節エレメントは、ゲノムにおいて所与の遺伝子と天然に連結されているものである。「外来性」又は「異種」調節エレメントは、所与の遺伝子と通常は連結されていないが、遺伝子操作によって遺伝子との作動可能な連結におかれたものである。
疾患からの対象の保護に言及する場合、「処置」又は「処置すること」又は「処置」は、疾患の進行を抑制すること、鎮静すること、逆転させること、緩和すること、改善すること、若しくは阻害すること、又は疾患を完全に排除することを意味する。処置は、急性又は慢性のいずれの様式で行われてもよい。この用語は、疾患又はそのような疾患と関連する症状の重症度を、疾患の罹患前に低減させることを指す。疾患を予防することは、疾患の発症前に、本発明の組成物を対象に投与することを含む。疾患を抑制することは、疾患の誘導後であるがその臨床的顕在化の前に、本発明の組成物を対象に投与することを含む。疾患を鎮静又は改善することは、疾患の臨床的顕在化の後に、本発明の組成物を対象に投与することを含む。本明細書において使用される場合、「遺伝子療法」という用語は、患者を処置する方法であって、特定の遺伝子活性及び/又は発現がモジュレートされるように、ポリペプチド又は核酸配列を患者の細胞に移入する、方法を指す。ある特定の実施形態において、遺伝子の発現は、抑制される。ある特定の実施形態において、遺伝子の発現は、増強される。ある特定の実施形態において、遺伝子の発現の時間的又は空間的パターンが、モジュレートされる。
ポリヌクレオチドに関して本明細書に置いて使用される「バリアント」は、(i)参照されるヌクレオチド配列の一部分若しくはフラグメント、(ii)参照されるヌクレオチド配列若しくはその一部分の相補体、(iii)参照される核酸若しくはその相補体に実質的に同一である核酸、又は(iv)ストリンジェントな条件下において、参照される核酸、その相補体、若しくはそれに実質的に同一である配列とハイブリダイズする、核酸を意味する。
アミノ酸の挿入、欠失、又は保存的置換によってアミノ酸配列が異なるが、少なくとも1つの生物学的活性を保持する、ペプチド又はポリペプチドに関する「バリアント」。バリアントはまた、少なくとも1つの生物学的活性を保持するアミノ酸配列を有する参照されるタンパク質に実質的に同一であるアミノ酸配列を有するタンパク質も意味する。「生物学的活性」の代表的な例としては、特定の抗体若しくはポリペプチドが結合するか、又は免疫応答を促進する、能力が挙げられる。バリアントは、その機能性フラグメントを意味し得る。バリアントは、ポリペプチドの複数のコピーも意味し得る。複数のコピーは、タンデムであってもよく、又はリンカーによって分離されていてもよい。アミノ酸の保存的置換、例えば、アミノ酸を、特性(例えば、親水性、荷電領域の程度及び分布)が類似する異なるアミノ酸と置き換えることは、当該技術分野において、典型的には軽微な変化をもたらすとして認識されている。これらの軽微な変化は、部分的に、当該技術分野において理解されるように、アミノ酸の疎水性親水性インデックス(hydropathic index)を考慮することによって特定され得る(Kyte et al., J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132)。アミノ酸の疎水性親水性インデックスは、その疎水性及び電荷の考察に基づく。類似の疎水性親水性インデックスのアミノ酸は、置換することができ、依然としてタンパク質の機能を保持し得ることが、当該技術分野において公知である。一態様において、±2の疎水性親水性インデックスを有するアミノ酸が、置換される。また、アミノ酸の親水性は、生物学的機能を保持するタンパク質をもたらすであろう置換を明らかにするために使用され得る。ペプチドの文脈におけるアミノ酸の親水性の考察は、そのペプチドの最大の局所平均親水性の計算を可能にする。置換は、互いの±2以内の親水性値を有するアミノ酸で行われ得る。アミノ酸の疎水性インデックス及び親水性値のいずれも、そのアミノ酸の特定の側鎖によって影響を受ける。その観察と一致して、生物学的機能と適合性であるアミノ酸置換は、疎水性、親水性、電荷、サイズ、及び他の特性によって明らかなように、アミノ酸、特に、アミノ酸の側鎖の相対的な類似性に依存することが、理解される。
本明細書において使用される「ベクター」は、複製起点を含む核酸配列を意味する。ベクターは、ウイルスベクター、バクテリオファージ、細菌人工染色体、又は酵母人工染色体であり得る。ベクターは、DNA又はRNAベクターであり得る。ベクターは、自己複製染色体外ベクターであってもよく、好ましくは、DNAプラスミドである。例えば、ベクターは、Cas9タンパク質及び少なくとも1つのgRNA分子をコードし得る。
本明細書において別途定義されない限り、本開示と関連して使用される科学用語及び技術用語は、当業者によって一般に理解されている意味を有するものとする。例えば、本明細書において記載される細胞及び組織の培養、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝子学、並びにタンパク質及び核酸の化学及びハイブリダイゼーションと関連して使用される任意の命名法、並びにそれらの技法は、当該技術分野において周知であり、一般的に使用されているものである。用語の意味及び趣旨は、明確であるべきだが、しかしながら、なんらかの潜在的曖昧さがある場合には、本明細書に提供される定義が、任意の辞書又は外部の定義よりも優先される。さらに、文脈によって別途必要とされない限り、単数形の用語は、複数形を含むものとし、複数形の用語は、単数形を含むものとする。
2.ジストロフィン
2.ジストロフィン
ジストロフィンは、円錐形の細胞質タンパク質であり、細胞膜を通じて筋線維の細胞骨格を周囲の細胞外マトリックスに接続するタンパク質複合体の一部である(図1)。ジストロフィンは、細胞膜のジストログリカン複合体に構造安定性を提供する。ジストロフィン遺伝子は、Xp21遺伝子座の2.2メガ塩基である。一次転写は、約2,400kbであり、成熟mRNAは、約14kbである。79個のエクソンには、およそ220万個のヌクレオチドが含まれ、3500個を上回るアミノ酸のタンパク質をコードする(図2)。ジストロフィン遺伝子の大きなサイズ、並びにその反復的エレメントにより、遺伝子は組換えを受けやすくなっており、1つ又は複数のエクソンの欠失が生じる。正常な骨格筋組織は、わずかな量のジストロフィンしか含まないが、異常な発現のその不在は、重度の治癒不能な症状の発生につながる。ジストロフィン遺伝子におけるいくつかの突然変異は、欠損したジストロフィンの産生、及び罹患した患者では重度のジストロフィー性表現型をもたらす。ジストロフィン遺伝子におけるいくつかの突然変異は、部分的機能性ジストロフィンタンパク質、及び罹患した患者でははるかに軽度なジストロフィー性表現型をもたらす。
DMDは、ジストロフィン遺伝子におけるナンセンス突然変異又はフレームシフト突然変異を引き起こす遺伝性又は自然発生性の突然変異の結果である。DMDは、もっとも一般的な致死性の遺伝性小児疾患であり、5,000人の新生児男児に1人が罹患する。DMDは、進行性筋衰弱によって特徴付けられ、機能性ジストロフィン遺伝子の欠如に起因して、20代中頃での対象の死亡をもたらすことが多い。ほとんどの突然変異は、リーディングフレームを破壊するジストロフィン遺伝子における欠失である。天然に存在する突然変異及びそれらの結果は、DMDに関して比較的よく理解されている。錐体ドメイン(rod domain)内に含まれるエクソン45~55領域において生じるインフレーム欠失は、高度に機能性のジストロフィンタンパク質をもたらし得、多くの保因者は、無症状であるか、又は軽度の症状を示す。ジストロフィンのエクソン45~55は、突然変異のホットスポットである。さらに、患者の60%よりも多くが、ジストロフィン遺伝子のこの領域におけるエクソンを標的とすることによって、処置することができる。DMD患者において、mRNAスプライシング中に非必須エクソンをスキップして(例えば、エクソン45スキッピング)、内部が欠失しているが機能性のジストロフィンタンパク質を産生させるによって、破壊されたジストロフィンリーディングフレームを復元する試みが、行われている。1つの治療目標は、DMDと比べて軽度な症状を伴うベッカー型筋ジストロフィー(BMD)におけるDMD遺伝子の産物に類似する、短縮されているが、部分的に機能性のジストロフィンタンパク質の発現をもたらすことであり得る。内部ジストロフィンエクソンの欠失(例えば、エクソン45の欠失)は、適切なリーディングフレームを保持し得、内部が短縮されているが、部分的に機能性のジストロフィンタンパク質を生成することができる。ジストロフィンのエクソン45~55の間の欠失は、DMDと比較してはるかに軽度である表現型をもたらし得る。
ジストロフィン遺伝子は、突然変異体ジストロフィン遺伝子であり得る。ジストロフィン遺伝子は、野生型ジストロフィン遺伝子であり得る。ジストロフィン遺伝子は、野生型ジストロフィン遺伝子に機能的に同一である配列を有し得、例えば、配列は、コドン最適化されていてもよいが、依然として、野生型ジストロフィンと同じタンパク質をコードする。突然変異体ジストロフィン遺伝子は、野生型ジストロフィン遺伝子と比べて1つ又は複数の突然変異を含み得る。突然変異としては、例えば、ヌクレオチド欠失、置換、付加、転換、又はこれらの組合せが挙げられる。突然変異は、1つ又は複数のエクソン及び/又はイントロンにおけるものであり得る。突然変異は、少なくとも1つのイントロン及び/又はエクソンのすべて又は一部の欠失を含み得る。突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソンは、突然変異されていてもよく、又はジストロフィン遺伝子から少なくとも部分的に欠失していてもよい。突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソンは、完全に欠失していてもよい。突然変異体ジストロフィン遺伝子は、野生型ジストロフィン遺伝子における対応する配列に対応する一部分又はそのフラグメントを有し得る。いくつかの実施形態において、欠失又は突然変異したエクソンによって引き起こされる破壊されたジストロフィン遺伝子は、対応する野生型エクソンを再度付加することによって、DMD患者において復元することができる。いくつかの実施形態において、例えば、欠失又は突然変異したエクソン52にとって引き起こされる破壊されたジストロフィンは、野生型エクソン52を再度付加することによって、DMD患者において復元することができる。ある特定の実施形態において、ジストロフィン遺伝子のエクソン52は、ジストロフィン遺伝子の52番目のエクソンを指す。エクソン52は、DMD患者において、フレームを破壊する欠失に隣接していることが多い。エクソン52を付加してリーディングフレームを復元することにより、欠失突然変異を有するDMD対象を含め、DMD対象において表現型が改善され得る。ある特定の実施形態において、1つ又は複数のエクソンが、破壊されたジストロフィン遺伝子に付加及び挿入され得る。ジストロフィンにおける対応する突然変異又は欠失したエクソンを復元するために、1つ又は複数のエクソンが、付加及び挿入され得る。1つ又は複数のエクソンは、エクソン52を再度付加及び挿入することに加えて、破壊されたジストロフィン遺伝子に付加及び挿入され得る。いくつかの実施形態において、破壊されたジストロフィン遺伝子に付加及び挿入される1つ又は複数のエクソンには、エクソン52~79が含まれる。いくつかの実施形態において、破壊されたジストロフィン遺伝子に付加及び挿入される1つ又は複数のエクソンには、エクソン45~79が含まれる。
3. CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系
3. CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系
本明細書において詳述される組成物及び方法は、2つの標的化ヌクレアーゼが組み合わされてゲノムに欠失を作出する、任意の遺伝子編集系又はツールに好適であり得る。遺伝子編集系としては、例えば、ホーミングエンドヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクター(TALE)ヌクレアーゼ(TALEN)、及びクラスター化され規則的に間隔が空いた短い回文構造の反復配列(CRISPR)-CRISPR関連タンパク質(Casタンパク質)、例えば、Cas9を含むものを挙げることができる。ホーミングエンドヌクレアーゼは、一般に、それらのDNA基質を二量体として切断し、異なる結合及び切断ドメインを有さない。ZFNは、FokI切断ドメインによって認識される5塩基対~7塩基対(bp)のスペーサー配列に隣接する2つの亜鉛フィンガー結合部位からなる標的部位を認識する。TALENは、FokI切断ドメインによって認識される12~20bpのスペーサー配列に隣接する2つのTALE DNA結合部位からなる標的部位を認識する。いくつかの実施形態において、本明細書において詳述される組成物及び方法は、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系とともに使用され得る。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系が、本明細書において提供される。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、ジストロフィン遺伝子機能を復元するために使用され得る。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、Cas9タンパク質又は融合タンパク質、及び少なくとも1つのgRNAを含み得る。
本明細書において互換可能に使用される「クラスター化され規則的に間隔が空いた短い回文構造の反復配列」及び「CRISPR」は、シーケンシングされた細菌のおよそ40%及びシーケンシングされた古細菌の90%のゲノムにおいて見出される、複数の短い直接反復配列を含む遺伝子座を指す。CRISPR系は、獲得免疫の一形態を提供する、侵入ファージ及びプラスミドに対する防御に関与する微生物ヌクレアーゼ系である。微生物宿主におけるCRISPR遺伝子座は、CRISPR関連(Cas)遺伝子の組合せ、並びにCRISPRに媒介される核酸切断の特異性をプログラムすることができる非コーディングRNAエレメントを含む。スペーサーと称される外来DNAの短いセグメントが、CRISPR反復配列間のゲノムに組み込まれ、過去の曝露の「メモリー」としての機能を果たす。Cas9は、sgRNA(本明細書において互換可能に「gRNA」と称され得る)の3’末端と複合体を形成し、タンパク質-RNA対は、sgRNA配列の5’末端と、プロトスペーサーとして知られる事前に定義される20bpのDNA配列との間の相補的な塩基対合によって、そのゲノム標的を認識する。この複合体は、crRNA内のコードされる領域、すなわちプロトスペーサー、及び病原体ゲノム内のプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を介して病原体DNAの相同遺伝子座に指向される。非コーディングCRISPRアレイは、転写され、直接反復配列内で個々のスペーサー配列を含む短いcrRNAに切断され、これが、Casヌクレアーゼを標的部位へと指向させる(プロトスペーサー)。発現されるsgRNAの20bpの認識配列を単純に交換することによって、Cas9ヌクレアーゼを、新しいゲノム標的へと指向させることができる。CRISPRスペーサーは、真核生物におけるRNAiに類似の様式で、外来性遺伝子エレメントを認識し、それをサイレンシングするために使用される。
3つのクラスのCRISPR系(I型、II型、及びIII型エフェクター系)が、公知である。II型エフェクター系は、4つの連続的なステップで、標的化されたDNA二本鎖切断を実行し、単一のエフェクター酵素Cas9を使用して、dsDNAを切断する。複数の異なるエフェクターが複合体として作用することを必要とするI型及びIII型エフェクター系と比較して、II型エフェクター系は、代替的な状況、例えば、真核生物細胞において、機能し得る。II型エフェクター系は、スペーサーを含むCRISPR遺伝子座から転写される長いプレ-crRNA、Cas9タンパク質、及びプレ-crRNAプロセシングに関与するtracrRNAからなる。tracrRNAは、プレ-crRNAのスペーサーを分離する反復領域にハイブリダイズし、したがって、内在性RNase IIIによるdsRNA切断を開始させる。この切断に続いて、Cas9によってそれぞれのスペーサー内で第2の切断事象が生じ、tracrRNA及びCas9と会合したままの成熟crRNAが産生され、Cas9:crRNA-tracrRNA複合体が形成される。
Cas9:crRNA-tracrRNA複合体は、DNA二重鎖をほどき、crRNAに一致する配列を探して切断する。標的認識は、標的DNAにおける「プロトスペーサー」配列と、crRNAにおける残存スペーサー配列との間の相補性の検出により生じる。Cas9は、正しいプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)が、プロトスペーサーの3’末端にも存在している場合に、標的DNAの切断を媒介する。プロトスペーサー標的化のために、配列には、DNA切断に必要とされるCas9ヌクレアーゼによって認識される短い配列であるプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)がすぐ後に続いていなければならない。異なるII型系は、異なるPAM要件を有する。
S.ピオゲネスのII型エフェクター系の操作された形態は、ゲノム操作のためにヒト細胞において機能することが示されている。この系において、Cas9タンパク質は、一般に、RNase III及びcrRNAプロセシングの必要性を除去するcrRNA-tracrRNA融合体である、合成で再構成された「ガイドRNA」(「gRNA」、本明細書においてキメラ一本鎖ガイドRNA(「sgRNA」)としても互換可能に使用される)によって、ゲノム標的部位へと指向されていた。遺伝子編集及び遺伝子疾患の処置において使用するためのCRISPR/Cas9ベースの操作された系が、本明細書において提供される。CRISPR/Cas9ベースの操作された系は、例えば、遺伝子疾患、加齢、組織再生、又は創傷治癒に関与する遺伝子を含む、任意の遺伝子を標的とするように設計することができる。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、Cas9タンパク質又はCas9融合タンパク質を含み得る。
a. Cas9タンパク質
a. Cas9タンパク質
Cas9タンパク質は、核酸を切断し、CRISPR遺伝子座によってコードされ、II型CRISPR系に関与する、エンドヌクレアーゼである。Cas9タンパク質は、ストレプトコッカス・ピオゲネス、スタフィロコッカス・アウレウス(S.アウレウス)、アシドボラクス・アバナエ(Acidovorax avenae)、アクチノバチルス・プルロニューモニエ(Actinobacillus pleuropneumoniae)、アクチノバチルス・スクシノゲン(Actinobacillus succinogenes)、アクチノバチルス・スイス(Actinobacillus suis)、アクチノマイセス種(Actinomyces sp.)、シクリフィリスデニトリフィカンス(cycliphilus denitrificans)、アミノモナス・パウシボランス(Aminomonas paucivorans)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、バチルス・スミシイ(Bacillus smithii)、バチルス・チューリンゲンシス(Bacillus thuringiensis)、バクテロイデス種(Bacteroides sp.)、ブラストピレルラ・マリナ(Blastopirellula marina)、ブラディリゾビウム種(Bradyrhizobium sp.)、ブレビバチルス・ラテロスポルス(Brevibacillus laterosporus)、カンピロバクター・コライ(Campylobacter coli)、カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)、カンピロバクター・ラリ(Campylobacter lari)、カンジダタス・プニセイスピリルム(Candidatus Puniceispirillum)、クロストリジウム・セルロリティカム(Clostridium cellulolyticum)、クロストリジウム・パーフリンジェンス(Clostridium perfringens)、コリネバクテリウム・アコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクテリウム・ジフテリア(Corynebacterium diphtheria)、コリネバクテリウム・マツルコチイ(Corynebacterium matruchotii)、ジノロゼオバクター・シバエ(Dinoroseobacter shibae)、ユーバクテリウム・ドリカム(Eubacterium dolichum)、ガンマプロテオバクテリウム(gamma proteobacterium)、グルコナセトバクター・ジアゾトロフィカス(Gluconacetobacter diazotrophicus)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ(Haemophilus parainfluenzae)、ヘモフィルス・スプトラム(Haemophilus sputorum)、ヘリコバクター・カナデンシス(Helicobacter canadensis)、ヘリコバクター・シナエジ(Helicobacter cinaedi)、ヘリコバクター・ムステラエ(Helicobacter mustelae)、イリオバクター・ポリトロパス(Ilyobacter polytropus)、キンゲラ・キンゲ(Kingella kingae)、ラクトバチルス・クリスパタス(Lactobacillus crispatus)、リステリア・イバノビイ(Listeria ivanovii)、リステリア・モノサイトゲネス(Listeria monocytogenes)、リステリア科(Listeriaceae)の細菌、メチロシスチス種(Methylocystis sp.)、メチロサイナス・トリコスポリウム(Methylosinus trichosporium)、モビルンカス・ムリエリス(Mobiluncus mulieris)、ナイセリア・バチリフォルミス(Neisseria bacilliformis)、ナイセリア・シネレア(Neisseria cinerea)、ナイセリア・フラベセンス(Neisseria flavescens)、ナイセリア・ラクタマイカ(Neisseria lactamica)、ナイセリア種(Neisseria sp.)、ナイセリア・ワズワーシイ(Neisseria wadsworthii)、ニトロソモナス種(Nitrosomonas sp.)、パルビバクラム・ラバメンチボラス(Parvibaculum lavamentivorans)、パスツレラ・ムルトシダ(Pasteurella multocida)、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナツテンス(Phascolarctobacterium succinatutens)、ラルストニア・シジギイ(Ralstonia syzygii)、ロドシュードモナス・パルストリス(Rhodopseudomonas palustris)、ロドブラム種(Rhodovulum sp.)、シモンシエラ・ムエレリ(Simonsiella muelleri)、スフィンゴモナス種(Sphingomonas sp.)、スポロラクトバチルス・ビネエ(Sporolactobacillus vineae)、スタフィロコッカス・ルグデュネシス(Staphylococcus lugdunensis)、ストレプトコッカス種(Streptococcus sp.)、サブドリグラヌルム種(Subdoligranulum sp.)、ティストレラ・モビリス(Tistrella mobilis)、トレポネーマ種(Treponema sp.)、又は、ベルミネフロバクター・エイセニエ(Verminephrobacter eiseniae)を含むがこれらに限定されない、任意の細菌又は古細菌種に由来し得る。ある特定の実施形態において、Cas9分子は、ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9分子(本明細書において「SpCas9」とも称される)である。SpCas9は、配列番号18のアミノ酸配列を含み得る。ある特定の実施形態において、Cas9分子は、スタフィロコッカス・アウレウスCas9分子(本明細書において「SaCas9」とも称される)である。SaCas9は、配列番号19のアミノ酸配列を含み得る。
Cas9分子又はCas9融合タンパク質は、1つ又は複数のgRNA分子と相互作用し得、gRNA分子とともに、標的ドメイン、及びある特定の実施形態においてはPAM配列を含む部位に局在化し得る。Cas9タンパク質は、gRNAの3’末端と複合体を形成する。PAM配列を認識するCas9分子又はCas9融合タンパク質の能力は、例えば、当該技術分野において公知の形質転換アッセイを使用することによって、判定することができる。
CRISPベースの系の特異性は、標的配列及びプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)の2つの因子に依存し得る。標的化配列は、gRNAの5’末端に位置し、プロトスペーサー又は標的配列として公知の正しいDNA配列で、宿主DNAの塩基対と結合するように設計される。gRNAの認識配列を単純に交換することによって、Cas9タンパク質を、新しいゲノム標的へと指向させることができる。PAM配列は、変更しようとするDNAに位置し、Cas9タンパク質によって認識される。Cas9タンパク質のPAM認識配列は、種特異的であり得る。
ある特定の実施形態において、標的核酸と相互作用し、それを切断する、Cas9分子又はCas9融合タンパク質の能力は、PAM配列依存性である。PAM配列は、標的核酸内の配列である。ある特定の実施形態において、標的核酸の切断は、PAM配列から上流で生じる。異なる細菌種に由来するCas9分子は、異なる配列モチーフ(例えば、PAM配列)を認識し得る。S.ピオゲネスのCas9分子は、NRGのPAM配列を認識し得る(5’-NRG-3’、Rは、任意のヌクレオチド残基であり、いくつかの実施形態において、Rは、A又はGのいずれかである、配列番号1)。ある特定の実施形態において、S.ピオゲネスのCas9分子は、天然に、配列モチーフNGG(配列番号2)を優先し、それを認識し得、その配列から1~10、例えば、3~5bp上流での標的核酸配列の切断を誘導し得る。いくつかの実施形態において、S.ピオゲネスのCas9分子は、操作された系における他のPAM配列、例えば、NAG(配列番号3)を許容する(Hsu et al., Nature Biotechnology 2013 doi:10.1038/nbt.2647)。ある特定の実施形態において、S.サーモフィラス(S. thermophilus)のCas9分子は、配列モチーフNGGNG(配列番号4)及び/又はNNAGAAW(W=A若しくはT)(配列番号5)を認識し、これらの配列から1~10、例えば、3~5bp上流での標的核酸配列の切断を誘導する。ある特定の実施形態において、S.ミュータンス(S. mutans)のCas9分子は、配列モチーフNGG(配列番号2)及び/又はNAAR(R=A若しくはG)(配列番号6)を認識し、この配列の1~10、例えば、3~5bp上流での標的は核酸配列の切断を誘導する。ある特定の実施形態において、S.アウレウスのCas9分子は、配列モチーフNNGRR(R=A又はG)(配列番号7)を認識し、その配列から1~10、例えば、3~5bp上流での標的核酸配列の切断を誘導する。ある特定の実施形態において、S.アウレウスのCas9分子は、配列モチーフNNGRRN(R=A又はG)(配列番号8)を認識し、その配列から1~10、例えば、3~5bp上流での標的核酸配列の切断を誘導する。ある特定の実施形態において、S.アウレウスのCas9分子は、配列モチーフNNGRRT(R=A又はG)(配列番号9)を認識し、その配列から1~10、例えば、3~5bp上流での標的核酸配列の切断を誘導する。ある特定の実施形態において、S.アウレウスのCas9分子は、配列モチーフNNGRRV(R=A又はG、V=A又はC又はG)(配列番号10)を認識し、その配列から1~10、例えば、3~5bp上流での標的核酸配列の切断を誘導する。ナイセリア・メニンギティディス(Neisseria meningitidis)に由来するCas9分子(NmCas9)は、通常、NNNNGATT(配列番号11)の天然のPAMを有するが、高度縮重NNNNGNNN PAM(配列番号12)を含む様々なPAMにわたって活性を有し得る(Esvelt et al. Nature Methods 2013 doi:10.1038/nmeth.2681)。前述の実施形態において、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのいずれかであり得る。Cas9分子は、Cas9分子のPAM特異性を変更するように操作することができる。
いくつかの実施形態において、Cas9タンパク質は、NGG(配列番号2)、又はNGA(配列番号13)、又はNNNRRT(R=A若しくはG)(配列番号14)、又はATTCCT(配列番号15)、又はNGAN(配列番号16)、又はNGNG(配列番号17)のPAM配列、又はそれを含むPAM配列を認識する。いくつかの実施形態において、Cas9タンパク質は、S.アウレウスのCas9タンパク質であり、配列モチーフNNGRR(R=A若しくはG)(配列番号7)、NNGRRN(R=A若しくはG)(配列番号8)、NNGRRT(R=A若しくはG)(配列番号9)、又はNNGRRV(R=A若しくはG)(V=A若しくはG若しくはC)(配列番号10)を認識する。前述の実施形態において、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのいずれかであり得る。いくつかの実施形態において、PAM配列は、ATTCCT(配列番号15)を含む。
追加として、又は代替的に、Cas9分子又はCas9ポリペプチドをコードする核酸は、核局在化配列(NLS)を含み得る。核局在化配列は、当該技術分野において公知であり、例えば、SV40 NLS(Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val、配列番号61である。
いくつかの実施形態において、少なくとも1つのCas9分子は、突然変異体Cas9分子である。Cas9タンパク質は、ヌクレアーゼ活性が不活性化されるように、突然変異することができる。エンドヌクレアーゼ活性を有さない不活性化されたCas9タンパク質(「iCas9」、「dCas9」とも称される)は、立体障害を通じて遺伝子発現をサイレンシングするように、gRNAによって細菌、酵母、及びヒト細胞における遺伝子へと標的化される。S.ピオゲネスCas9配列に関して、ヌクレアーゼ活性を不活性化する例示的な突然変異としては、D10A、E762A、H840A、N854A、N863A、およ/又はD986Aが挙げられる。D10A突然変異を有するS.ピオゲネスCas9タンパク質は、配列番号131のアミノ酸配列を含み得る。D10A及びH849A突然変異を有するS.ピオゲネスCas9タンパク質は、配列番号132のアミノ酸配列を含み得る。S.アウレウスCas9配列に関して、ヌクレアーゼ活性を不活性化する例示的な突然変異としては、D10A及びN580Aが挙げられる。ある特定の実施形態において、突然変異体S.アウレウスCas9分子は、D10A突然変異を含む。この突然変異体S.アウレウスCas9をコードするヌクレオチド配列は、配列番号133に記載されている。ある特定の実施形態において、突然変異体S.アウレウスCas9分子は、N580A突然変異体を含む。この突然変異体S.アウレウスCas9分子をコードするヌクレオチド配列は、配列番号134に記載されている。
いくつかの実施形態において、Cas9タンパク質は、VQRバリアントである。Cas9のVQRバリアントは、Kleinstiver, et al. (Nature 2015, 523, 481-485、参照により本明細書に組み込まれる)に詳述されるように、異なるPAM認識を有する突然変異体である。
Cas9分子をコードするポリヌクレオチドは、合成ポリヌクレオチドであり得る。例えば、合成ポリヌクレオチドは、化学的に改変されていてもよい。合成ポリヌクレオチドは、コドン最適化されていてもよく、例えば、少なくとも1つの一般的でないコドン又はあまり一般的でないコドンが、一般的なコドンによって置き換えられている。例えば、合成ポリヌクレオチドは、最適化されたメッセンジャーmRNA、例えば、本明細書に記載されるように、哺乳動物発現系における発現のために最適化されたものの合成を誘導することができる。S.ピオゲネスのCas9分子をコードするコドン最適化された例示的な核酸配列は、配列番号20に記載されている。S.アウレウスのCas9分子をコードし、核局在化配列(NLS)を含んでもよい、コドン最適化された例示的な核酸配列は、配列番号21~27に記載されている。S.アウレウスのCas9分子をコードするコドン最適化された別の例示的な核酸配列は、配列番号28のヌクレオチド1293~4451を含む。
b. Cas融合タンパク質
b. Cas融合タンパク質
代替的に、又は追加として、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、融合タンパク質を含み得る。融合タンパク質は、2つの異種ポリペプチドドメインを含み得る。第1のポリペプチドドメインは、Cas9タンパク質又は突然変異体Cas9タンパク質を含む。第1のポリペプチドドメインは、少なくとも1つの第2のポリペプチドドメインに融合される。第2のポリペプチドドメインは、Cas9タンパク質に内在性であるものとは異なる活性を有する。例えば、第2のポリペプチドドメインは、転写活性化活性、転写抑制活性、転写放出因子活性、ヒストン改変活性、ヌクレアーゼ活性、核酸会合活性、メチラーゼ活性、デメチラーゼ活性、アセチル化活性、及び/又は脱アセチル化活性などの活性を有し得る。第2のポリペプチドドメインの活性は、直接的であっても間接的であってもよい。第2のポリペプチドドメインは、このアッセイ自体を有してもよく(直接的)、又はそれが、この活性を有するポリペプチドドメインを動員する、及び/若しくはそれと相互作用してもよい(間接的)。第2のポリペプチドドメインは、第1のポリペプチドドメインのC末端側にあってもよく、又は第1のポリペプチドドメインのN末端側にあってもよく、又はその組合せであってもよい。融合タンパク質は、1つの第2のポリペプチドドメインを含み得る。融合タンパク質は、2つの第2のポリペプチドドメインを含み得る。例えば、融合タンパク質は、第1のポリペプチドドメインのN末端側に第2のポリペプチドドメインを含んでもよく、同様に、第1のポリペプチドドメインのC末端側に第2のポリペプチドドメインを含んでもよい。他の実施形態において、融合タンパク質は、単一の第1のポリペプチドドメイン、及び1つを上回る(例えば、2つ又は3つの)第2のポリペプチドドメインを、タンデムに含んでもよい。
第1のポリペプチドドメインから第2のポリペプチドドメインへの連結は、可逆的若しくは不可逆的な共有結合的連結を通じたものであってもよく、又は非共有結合的連結を通じたものであってもよいが、リンカーが、第2のポリペプチドドメインの機能を妨害しない場合に限る。例えば、Casポリペプチドは、融合タンパク質の一部として、第2のポリペプチドドメインに連結され得る。別の例として、それらは、可逆的な非共有結合的相互作用、例えば、アビジン(若しくはストレプトアビジン)-ビオチン相互作用、ヒスチジン-二価金属イオン相互作用(例えば、Ni、Co、Cu、Fe)、多量体形成(例えば、二量体形成)ドメイン間の相互作用、又はグルタチオンS-トランスフェラーゼ(GST)-グルタチオン相互作用を通じて連結され得る。さらに別の例として、それらは、リンカー、例えば、ジブロモマレイミド(DBM)又はアミノ-チオールコンジュゲーションなどのリンカーを用いて共有結合的であるが可逆的に連結され得る。
いくつかの実施形態において、融合タンパク質は、少なくとも1つのリンカーを含む。リンカーは、融合タンパク質のポリペプチド配列内の任意の場所、例えば、第1のポリペプチドドメインと第2のポリペプチドドメインとの間に含まれ得る。リンカーは、融合タンパク質における成分の移動性を促進又は制限するような任意の長さ及び設計のものであり得る。リンカーは、約2~約100個、約5~約80個、約10~約60個、又は約20~約50個のアミノ酸の任意のアミノ酸配列を含み得る。リンカーは、少なくとも約2個、3個、4個、5個、10個、15個、20個、25個、又は30個のアミノ酸のアミノ酸配列を含み得る。リンカーは、約100個未満、90個未満、80個未満、70個未満、60個未満、50個未満、又は40個未満のアミノ酸のアミノ酸配列を含み得る。リンカーは、2~20個のアミノ酸の長さであるアミノ酸配列の連続的又はタンデムの反復を含み得る。リンカーとしては、例えば、GSリンカー(Gly-Gly-Gly-Gly-Ser)nを挙げることができ、ここで、nは、0~10の整数である(配列番号135)。GSリンカーにおいて、nは、リンカーの長さを最適化し、機能性ドメインの適切な分離を達成するように、調節され得る。リンカーの他の例としては、例えば、Gly-Gly-Gly-Gly-Gly(配列番号136)、Gly-Gly-Ala-Gly-Gly(配列番号137)、Gly/Serリッチリンカー、例えば、Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Ser-Ser(配列番号138)、又はGly/Alaリッチリンカー、例えば、Gly-Gly-Gly-Gly-Ala-Ala-Ala(配列番号139)が挙げられる。
いくつかの実施形態において、第2のポリペプチドドメインは、ヌクレアーゼ活性を有する。ヌクレアーゼ活性を有する第2のポリペプチドドメインは、例えば、FokI又はTevIを含み得る。
i)転写活性化活性
i)転写活性化活性
第2のポリペプチドドメインは、転写活性化活性、例えば、トランス活性化ドメインを有し得る。例えば、内在性哺乳動物遺伝子、例えば、ヒト遺伝子の遺伝子発現は、第1のポリペプチドドメイン、例えば、dCas9、及びトランス活性化ドメインの融合タンパク質を、gRNAの組合せを介して哺乳動物プロモーターへと標的化することによって、達成することができる。トランス活性化ドメインとしては、VP16タンパク質、複数のVP16タンパク質、例えば、VP48ドメイン又はVP64ドメイン、NFカッパB転写活性化因子活性のp65ドメイン、TET1、VPR、VPH、Rta、及び/又はp300を挙げることができる。例えば、融合タンパク質は、dCas9-p300を含み得る。いくつかの実施形態において、p300は、配列番号140又は配列番号141のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。他の実施形態において、融合タンパク質は、dCas9-VP64を含む。他の実施形態において、融合タンパク質は、VP64-dCas9-VP64を含む。VP64-dCas9-VP64は、配列番号143のポリヌクレオチドによってコードされる、配列番号142のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含み得る。VPHは、配列番号145のポリヌクレオチドによってコードされる、配列番号144のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含み得る。VPRは、配列番号147のポリヌクレオチドによってコードされる、配列番号146のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含み得る。
ii)転写抑制活性
ii)転写抑制活性
第2のポリペプチドドメインは、転写抑制活性を有し得る。リプレッサーの非限定的な例としては、Kruppel関連ボックス活性、例えば、KRABドメイン若しくはKRAB、MECP2、EED、ERFリプレッサードメイン(ERD)、Mad mSIN3相互作用ドメイン(SID)若しくはMad-SIDリプレッサードメイン、SID4Xリプレッサードメイン、Mxilリプレッサードメイン、SUV39H1、SUV39H2、G9A、ESET/SETBD1、Cir4、Su(var)3-9、Pr-SET7/8、SUV4-20H1、PR-set7、Suv4-20、Set9、EZH2、RIZ1、JMJD2A/JHDM3A、JMJD2B、JMJ2D2C/GASC1、JMJD2D、Rph1、JARID1A/RBP2、JARID1B/PLU-1、JARID1C/SMCX、JARID1D/SMCY、Lid、Jhn2、Jmj2、HDAC1、HDAC2、HDAC3、HDAC8、Rpd3、Hos1、Cir6、HDAC4、HDAC5、HDAC7、HDAC9、Hda1、Cir3、SIRT1、SIRT2、Sir2、Hst1、Hst2、Hst3、Hst4、HDAC11、DNMT1、DNMT3a/3b、DNMT3A-3L、MET1、DRM3、ZMET2、CMT1、CMT2、ラミニンA、ラミニンB、CTCF、及び/又はTATAボックス結合タンパク質活性を有するドメイン、或いはこれらの組合せが挙げられる。いくつかの実施形態において、第2のポリペプチドドメインは、KRABドメイン活性、ERFリプレッサードメイン活性、Mxilリプレッサードメイン活性、SID4Xリプレッサードメイン活性、Mad-SIDリプレッサードメイン活性、DNMT3A若しくはDNMT3L、又はこれらの融合の活性、LSD1ヒストンデメチラーゼ活性、又はTATAボックス結合タンパク質活性を有する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドドメインは、KRABを含む。例えば、融合タンパク質は、S.ピオゲネスdCas9-KRAB(ポリヌクレオチド配列、配列番号148;タンパク質配列、配列番号149)であり得る。融合タンパク質は、S.アウレウスdCas9-KRAB(ポリヌクレオチド配列、配列番号150;タンパク質配列、配列番号151)であり得る。
iii)転写放出因子活性
iii)転写放出因子活性
第2のポリペプチドドメインは、転写放出因子活性を有し得る。第2のポリペプチドドメインは、真核生物放出因子1(ERF1)活性又は真核生物放出因子3(ERF3)活性を有し得る。
iv)ヒストン改変活性
iv)ヒストン改変活性
第2のポリペプチドドメインは、ヒストン改変活性を有し得る。第2のポリペプチドドメインは、ヒストンデアセチラーゼ、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデメチラーゼ、又はヒストンメチルトランスフェラーゼ活性を有し得る。ヒストンアセチルトランスフェラーゼは、p300若しくはCREB結合タンパク質(CBP)タンパク質、又はそのフラグメントであり得る。例えば、融合タンパク質は、dCas9-p300であり得る。いくつかの実施形態において、p300は、配列番号140又は配列番号141のポリペプチドを含む。
v)ヌクレアーゼ活性
v)ヌクレアーゼ活性
第2のポリペプチドドメインは、Cas9タンパク質のヌクレアーゼ活性とは異なるヌクレアーゼ活性を有し得る。ヌクレアーゼ、又はヌクレアーゼ活性を有するタンパク質は、核酸のヌクレオチドサブユニット間のホスホジエステル結合を切断することができる酵素である。ヌクレアーゼは、通常、エンドヌクレアーゼ及びエクソヌクレアーゼにさらに分割されるが、いくつかの酵素は、両方のカテゴリーに含まれ得る。周知のヌクレアーゼとしては、デオキシリボヌクレアーゼ及びリボヌクレアーゼが挙げられる。ヌクレアーゼ活性を有する第2のポリペプチドドメインは、例えば、FokI及び/又はTevIを含み得る。
vi)核酸会合活性
vi)核酸会合活性
第2のポリペプチドドメインは、核酸会合活性又は核酸結合性タンパク質-DNA結合ドメイン(DBD)を有し得る。DBDは、二本鎖又は一本鎖DNAを認識する少なくとも1つのモチーフを含む、独立してフォールディングされるタンパク質ドメインである。DBDは、特定のDNA配列(認識配列)を認識し得るか、又はDNAに対して通常の親和性を有し得る。核酸会合領域は、ヘリックス-ターン-ヘリックス領域、ロイシンジッパー領域、翼状ヘリックス領域、翼状ヘリックス-ターン-ヘリックス領域、ヘリックス-ループ-ヘリックス領域、免疫グロブリンフォールド、B3ドメイン、亜鉛フィンガー、HMG-ボックス、Wor3ドメイン、及びTALエフェクターDNA結合ドメインから選択され得る。
vii)メチラーゼ活性
vii)メチラーゼ活性
第2のポリペプチドドメインは、DNA、RNA、タンパク質、小分子、シトシン、又はアデニンへのメチル基の移行を含む、メチラーゼ活性を有し得る。いくつかの実施形態において、第2のポリペプチドドメインは、DNAメチルトランスフェラーゼを含む。
viii)デメチラーゼ活性
viii)デメチラーゼ活性
第2のポリペプチドドメインは、デメチラーゼ活性を有し得る。第2のポリペプチドドメインは、核酸、タンパク質(特に、ヒストン)、及び他の分子からメチル(CH3-)基を除去する酵素を含み得る。或いは、第2のポリペプチドは、DNAを脱メチル化するための機序において、メチル基をヒドロキシメチルシトシンに変換させることができる。第2のポリペプチドは、この反応を触媒し得る。例えば、この反応を触媒する第2のポリペプチドは、Tet1CD(10-11転座メチルシトシンジオキシゲナーゼ1、ポリヌクレオチド配列、配列番号152;アミノ酸配列、配列番号153)としても知られるTet1であり得る。いくつかの実施形態において、第2のポリペプチドドメインは、ヒストンデメチラーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、第2のポリペプチドドメインは、DNAデメチラーゼ活性を有する。
c.ガイドRNA(gRNA)
c.ガイドRNA(gRNA)
CRISPR/Casベースの遺伝子編集系は、少なくとも1つのgRNA分子を含む。例えば、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系は、2つのgRNA分子を含み得る。少なくとも1つのgRNA分子は、標的領域に結合し、それを認識することができる。gRNAは、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系の標的化を提供する。gRNAは、crRNA及びtracrRNAの2つの非コーディングRNAの融合体である。gRNAは、II型エフェクター系に関与する天然に存在するcrRNA:tracrRNA二重鎖を模倣する。例えば、42個のヌクレオチドのcrRNA及び75個のヌクレオチドのtracrRNAを含み得るこの二重鎖は、Cas9が標的核酸に結合し、いくつかの場合にはそれを切断するためのガイドとしての機能を果たす。gRNAは、所望されるDNA標的との相補的な塩基対合を通じて標的化特異性を付与するプロトスペーサーをコードする配列を交換することによって、任意の所望されるDNA配列を標的とすることができる。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、少なくとも1つのgRNAを含み得、gRNAは、異なるDNA配列を標的とする。標的DNA配列は、オーバーラップしてもよい。「標的領域」、又は「標的配列」、又は「プロトスペーサー」は、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系が標的とし、結合又はハイブリダイズする、標的遺伝子の領域を指す。ゲノム内の標的配列を標的とするgRNAの部分は、「標的化配列」、又は「標的化部分」、又は「標的化ドメイン」と称され得る。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、少なくとも1つのgRNAを含み得、gRNAは、異なるDNA配列を標的とするか、又はそれにハイブリダイズする。標的DNA配列は、オーバーラップしてもよい。gRNAは、その5’末端に、例えば、標的領域に続いて適切なプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)がある場合に標的遺伝子の標的領域の約10~約20個のヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、標的領域に十分に相補的である標的化ドメインを含み得る。標的配列又はプロトスペーサーには、ゲノム内の標的配列又はプロトスペーサーの3’末端にPAM配列が続く。異なるII型系は、上記に詳述されるように、異なるPAM要件を有する。
「プロトスペーサー」又は「gRNAスペーサー」は、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系が標的とし、結合又はハイブリダイズする、標的配列の領域を指し得、「プロトスペーサー」又は「gRNAスペーサー」はまた、ゲノム内の標的とされる配列に相補的であるgRNAの部分も指し得る。プロトスペーサーは、例えば、18個のヌクレオチド若しくは塩基対、19個のヌクレオチド若しくは塩基対、20個のヌクレオチド若しくは塩基対、21個のヌクレオチド若しくは塩基対、22個のヌクレオチド若しくは塩基対、23個のヌクレオチド若しくは塩基対、24個のヌクレオチド若しくは塩基対、25個のヌクレオチド若しくは塩基対、26個のヌクレオチド若しくは塩基対、又は27個のヌクレオチド若しくは塩基対の長さであり得る。
gRNAは、gRNAスキャフォールドを含み得る。gRNAスキャフォールドは、Cas9のgRNAへの結合を促進し、エンドヌクレアーゼ活性を促進し得る。gRNAスキャフォールドは、gRNAが標的とする配列に対応するgRNAの部分に続くポリヌクレオチド配列である。まとめると、gRNA標的化部分及びgRNAスキャフォールドは、1つのポリヌクレオチドを形成する。gRNAの定常領域は、配列番号63の配列(RNA)を含み得、これは、配列番号62を含む配列(DNA)によってコードされる。
gRNAの標的化ドメインは、標的DNAの標的領域に完全に相補的である必要はない。いくつかの実施形態において、gRNAの標的化ドメインは、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、又は20個のヌクレオチドなどの長さにわたって、標的領域に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、又は少なくとも99%相補的である(又はそれと比較して1つ、2つ、若しくは3つのミスマッチを有する)。例えば、gRNAのDNA標的化ドメインは、標的領域に少なくとも18個のヌクレオチドにわたって少なくとも80%相補的であり得る。標的領域は、標的DNAのいずれかの鎖にあり得る。
gRNAは、ジストロフィン遺伝子の領域又はフラグメントを標的とし得、それに結合又はハイブリダイズし得る。gRNAは、突然変異体ジストロフィン遺伝子の領域又はフラグメントを標的とし得、それに結合又はハイブリダイズし得る。gRNAは、野生型ジストロフィン遺伝子の領域又はフラグメントを標的とし得、それに結合又はハイブリダイズし得る。gRNAは、イントロンを標的とし得る。gRNAは、ジストロフィン遺伝子のエクソンに並置されているか又はそれに隣接するイントロンを標的とし得る。gRNAは、突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソンに並置されているか又はそれに隣接するイントロンを標的とし得る。フラグメントは、約5~約200個、約10~約200個、約5~約300個、又は約10~約300個のヌクレオチドの長さであり得る。フラグメントは、少なくとも約5個、少なくとも約10個、少なくとも約15個、少なくとも約20個、少なくとも約30個、少なくとも約40個、少なくとも約50個、又は少なくとも約100個のヌクレオチドの長さであり得る。gRNAは、突然変異若しくは欠失を含むジストロフィン遺伝子のフラグメント若しくはその一部分、又はそれに近接若しくは隣接しているか若しくは並置されている配列を標的とし得る。いくつかの実施形態において、gRNAは、イントロン51を標的とする。ヒトジストロフィン遺伝子のイントロン51は、配列番号128のポリヌクレオチド配列を含み得る。いくつかの実施形態において、gRNAは、イントロン44を標的とする。ヒトジストロフィン遺伝子のイントロン44は、配列番号156のポリヌクレオチド配列を含み得る。
gRNAは、配列番号29~51及び87のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態を標的とし得、かつ/又はそれに結合及び/若しくはハイブリダイズし得る。gRNAは、配列番号29~51及び87のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態によってコードされ得る。gRNAは、配列番号29~51及び87のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態を含み得る。gRNAは、配列番号64~86、88のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態を含み得る。gRNAスペーサーは、配列番号29~51、87のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態を含み得る。gRNAスペーサーは、配列番号29~51、87のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態によってコードされ得る。短縮形態は、参照配列よりも1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、又は9個のヌクレオチド短くあり得る。いくつかの実施形態において、gRNAスキャフォールドは、配列番号52のポリヌクレオチド配列、又はその相補体によってコードされる。
gRNAは、配列番号157~170のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態を標的とし得、かつ/又はそれに結合及び/若しくはハイブリダイズし得る。gRNAは、配列番号157~170のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態によってコードされ得る。gRNAは、配列番号171~184のうちの少なくとも1つを含むポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのバリアント、又はその短縮形態を含み得る。短縮形態は、参照配列よりも1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、又は9個のヌクレオチド短くあり得る。
上述のように、gRNA分子は、標的化ドメイン(標的化配列とも称される)を含み、これは、標的DNA配列に相補的なポリヌクレオチド配列である。gRNAは、標的化ドメイン又は相補的ポリヌクレオチド配列の5’末端に「G」を含み得る。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、様々な配列及び長さのgRNAを使用し得る。gRNA分子の標的化ドメインは、PAM配列が続く標的DNA配列の少なくとも10塩基対、少なくとも11塩基対、少なくとも12塩基対、少なくとも13塩基対、少なくとも14塩基対、少なくとも15塩基対、少なくとも16塩基対、少なくとも17塩基対、少なくとも18塩基対、少なくとも19塩基対、少なくとも20塩基対、少なくとも21塩基対、少なくとも22塩基対、少なくとも23塩基対、少なくとも24塩基対、少なくとも25塩基対、少なくとも30塩基対、又は少なくとも35塩基対の相補的なポリヌクレオチド配列を含み得る。ある特定の実施形態において、gRNA分子の標的化ドメインは、19~25個のヌクレオチドの長さを有する。ある特定の実施形態において、gRNA分子の標的化ドメインは、20個のヌクレオチドの長さである。ある特定の実施形態において、gRNA分子の標的化ドメインは、21個のヌクレオチドの長さである。ある特定の実施形態において、gRNA分子の標的化ドメインは、22個のヌクレオチドの長さである。ある特定の実施形態において、gRNA分子の標的化ドメインは、23個のヌクレオチドの長さである。
CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系に含まれ得るgRNA分子の数は、少なくとも1個のgRNA、少なくとも2個の異なるgRNA、少なくとも3個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA、少なくとも5個の異なるgRNA、少なくとも6個の異なるgRNA、少なくとも7個の異なるgRNA、少なくとも8個の異なるgRNA、少なくとも9個の異なるgRNA、少なくとも10個の異なるgRNA、少なくとも11個の異なるgRNA、少なくとも12個の異なるgRNA、少なくとも13個の異なるgRNA、少なくとも14個の異なるgRNA、少なくとも15個の異なるgRNA、少なくとも16個の異なるgRNA、少なくとも17個の異なるgRNA、少なくとも18個の異なるgRNA、少なくとも18個の異なるgRNA、少なくとも20個の異なるgRNA、少なくとも25個の異なるgRNA、少なくとも30個の異なるgRNA、少なくとも35個の異なるgRNA、少なくとも40個の異なるgRNA、少なくとも45個の異なるgRNA、又は少なくとも50個の異なるgRNAであり得る。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系に含まれ得るgRNA分子の数は、50個未満の異なるgRNA、45個未満の異なるgRNA、40個未満の異なるgRNA、35個未満の異なるgRNA、30個未満の異なるgRNA、25個未満の異なるgRNA、20個未満の異なるgRNA、19個未満の異なるgRNA、18個未満の異なるgRNA、17個未満の異なるgRNA、16個未満の異なるgRNA、15個未満の異なるgRNA、14個未満の異なるgRNA、13個未満の異なるgRNA、12個未満の異なるgRNA、11個未満の異なるgRNA、10個未満の異なるgRNA、9個未満の異なるgRNA、8個未満の異なるgRNA、7個未満の異なるgRNA、6個未満の異なるgRNA、5個未満の異なるgRNA、4個未満の異なるgRNA、3個未満の異なるgRNA、又は2個未満の異なるgRNAであり得る。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系に含まれ得るgRNAの数は、少なくとも1個のgRNA~少なくとも50個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも45個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも40個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも35個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも30個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも25個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも20個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも16個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも12個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも8個の異なるgRNA、少なくとも1個のgRNA~少なくとも4個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも50個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも45個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも40個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも35個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも30個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも25個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも20個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも16個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも12個の異なるgRNA、少なくとも4個の異なるgRNA~少なくとも8個の異なるgRNA、少なくとも8個の異なるgRNA~少なくとも50個の異なるgRNA、少なくとも8個の異なるgRNA~少なくとも45個の異なるgRNA、少なくとも8個の異なるgRNA~少なくとも40個の異なるgRNA、少なくとも8個の異なるgRNA~少なくとも35個の異なるgRNA、8個の異なるgRNA~少なくとも30個の異なるgRNA、少なくとも8個の異なるgRNA~少なくとも25個の異なるgRNA、8個の異なるgRNA~少なくとも20個の異なるgRNA、少なくとも8個の異なるgRNA~少なくとも16個の異なるgRNA、又は8個の異なるgRNA~少なくとも12個の異なるgRNAであり得る。
d.ドナー配列
d.ドナー配列
CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、少なくとも1つのドナー配列を含み得る。ドナー配列は、ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含み得る。ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含み得る。例えば、ドナー配列は、ジストロフィン遺伝子のエクソン又はエクソンの任意の組合せをコードする核酸配列を含み得る。ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物のエクソンを含み得る。ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物の1つ又は複数のエクソンを含み得る。ドナー配列は、野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物の1つ又は複数のエクソン及び/又はイントロンを含み得る。ドナー配列は、エクソン52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、及び79、又はこれらの組合せ、又はこれらの機能的同等物から選択される野生型ジストロフィン遺伝子の1つ又は複数のエクソンを含み得る。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、エクソン52を含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、エクソン52~79を含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、エクソン45~79を含む。いくつかの実施形態において、エクソン52~79は、スーパーエクソンと称される。いくつかの実施形態において、エクソン45~79は、スーパーエクソンと称される。ドナー配列は、挿入しようとするエクソンの周囲又はその近傍のイントロン配列に対応する少なくとも1つの追加のポリヌクレオチドをさらに含み得る。ドナー配列は、エクソン52の周囲又はその近傍のイントロン配列に対応する少なくとも1つの追加のポリヌクレオチドをさらに含み得る。ドナー配列は、配列番号53~56及び154~155から選択されるポリヌクレオチド配列を含み得る。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、エクソン52~79を含み、ドナー配列は、配列番号53~56から選択されるポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、ドナー配列は、エクソン45~79を含み、ドナー配列は、配列番号154~155から選択されるポリヌクレオチド配列を含む。
ドナー配列は、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接していてもよい。ドナー配列は、5’末端及び3’末端に、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が隣接していてもよい。ドナー配列に隣接するgRNAスペーサー及び/又はPAM配列は、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系からドナーフラグメントを切断又は切除するようにCas9タンパク質を誘導する。これによって、ドナー配列がゲノムへの挿入のために遊離され得る。いくつかの実施形態において、gRNAの標的化領域は、ドナー配列に隣接するgRNAスペーサーに相補的である。gRNAスペーサーは、配列番号29~51及び87及び157~170から選択されるポリヌクレオチドを含み得るか、又はそれによってコードされ得る。
gRNA及びドナー配列は、様々なモル比で存在し得る。gRNAとドナー配列との間のモル比は、1:1、又は1:5、又は5:1~1:10、又は1:1~1:5であり得る。gRNAとドナー配列との間のモル比は、少なくとも1:1、少なくとも1:2、少なくとも1:3、少なくとも1:4、少なくとも1:5、少なくとも1:6、少なくとも1:7、少なくとも1:8、少なくとも1:9、少なくとも1:10、少なくとも1:15、又は少なくとも1:20であり得る。gRNAとドナー配列との間のモル比は、20:1未満、15:1未満、10:1未満、9:1未満、8:1未満、7:1未満、6:1未満、5:1未満、4:1未満、3:1未満、2:1未満、又は1:1未満であり得る。
e.修復経路
e.修復経路
CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、標的とされるゲノム遺伝子座、例えば、ジストロフィン遺伝子のイントロン又はエクソンにおいて、部位特異的二本鎖切断を導入するために使用され得る。部位特異的二本鎖切断は、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系が、標的DNA配列に結合すると作成され、それによって標的DNAの切断が許容される。このDNA切断は、天然のDNA修復機序を刺激し、相同組換え修復(HDR)又は非相同末端結合(NHEJ)経路という2つの可能性のある修復経路のうちの1つをもたらす。
i)相同組換え修復(HDR)
i)相同組換え修復(HDR)
遺伝子からのタンパク質発現の復元は、相同組換え修復(HDR)を含み得る。ドナー鋳型が、細胞に投与され得る。ドナー鋳型には、完全機能性タンパク質又は部分的機能性タンパク質をコードするヌクレオチド配列が含まれ得る。そのような実施形態においてドナー鋳型は、突然変異体遺伝子を復元するための完全機能性遺伝子コンストラクト、又は相同組換え修復後に突然変異体遺伝子の復元をもたらす遺伝子のフラグメントを含み得る。他の実施形態において、ドナー鋳型は、遺伝子の阻害性調節エレメントの突然変異型バージョンをコードするヌクレオチド配列を含み得る。突然変異としては、例えば、ヌクレオチド置換、挿入、欠失、又はこれらの組合せを挙げることができる。そのような実施形態において、遺伝子の阻害性調節エレメントに導入される突然変異は、阻害性調節エレメントの転写又はそこへの結合を低減させ得る。
ii)NHEJ
ii)NHEJ
遺伝子からのタンパク質発現の復元は、鋳型を用いないNHEJに媒介されるDNA修復を通じたものであってもよい。ある特定の実施形態において、NHEJは、ヌクレアーゼに媒介されるNHEJであり、これは、ある特定の実施形態において、Cas9分子が二本鎖DNAを切断すると開始されるNHEJを指す。本方法は、本明細書に開示されるCRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系又はその組成物を、遺伝子編集のために、対象に投与するステップを含む。
ヌクレアーゼに媒介されるNHEJは、突然変異した標的遺伝子を矯正し、HDR経路よりも優れたいくつかの可能性のある利点を提供し得る。例えば、NHEJは、非特異的挿入突然変異生成を引き起こし得るドナー鋳型を必要としない。HDRとは対照的に、NHEJは、細胞周期のすべての段階で効率的に作動し、したがって、細胞周期の間及び有糸分裂の後の両方の細胞、例えば、筋線維において効果的に利用され得る。これは、オリゴヌクレオチドベースのエクソンスキッピング又は薬理学的に強制される終止コドンのリードスルーに対する、強固で恒久的な遺伝子復元の代替手法を提供し、理論上は必要とし得る薬物処置が1回程度と少なくてよい。
4.遺伝子コンストラクト
4.遺伝子コンストラクト
CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、1つ又は複数の遺伝子コンストラクトによってコードされ得るか、又はその中に含まれ得る。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、1つ又は複数の遺伝子コンストラクトを含み得る。遺伝子コンストラクト、例えば、プラスミド又は発現ベクターは、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系並びに/又はgRNA及び/若しくはドナー配列のうちの少なくとも1つをコードする核酸を含み得る。ある特定の実施形態において、遺伝子コンストラクトは、1つのgRNA分子、すなわち、第1のgRNA分子をコードし、Cas9分子又は融合タンパク質をコードしてもよい。いくつかの実施形態において、遺伝子コンストラクトは、2つのgRNA分子、すなわち、第1のgRNA分子及び第2のgRNA分子をコードし、Cas9分子又は融合タンパク質をコードしてもよい。いくつかの実施形態において、第1の遺伝子コンストラクトは、1つのgRNA分子、すなわち、第1のgRNA分子をコードし、Cas9分子又は融合タンパク質をコードしてもよく、第2の遺伝子コンストラクトは、1つのgRNA分子、すなわち、第2のgRNA分子をコードし、Cas9分子又は融合タンパク質をコードしてもよい。いくつかの実施形態において、第1の遺伝子コンストラクトは、1つのgRNA分子及び1つのドナー配列をコードし、第2の遺伝子コンストラクトは、Cas9分子又は融合タンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、第1の遺伝子コンストラクトは、1つのgRNA分子及びCas9分子又は融合タンパク質をコードし、第2の遺伝子コンストラクトは、1つのドナー配列をコードする。
遺伝子コンストラクトは、ポリヌクレオチド、例えば、ベクター及びプラスミドを含み得る。遺伝子コンストラクトは、セントロメア、テロメア、又はプラスミド若しくはコスミドを含む、線形ミニ染色体であり得る。ベクターは、Sambrook et al., Molecular Cloning and Laboratory Manual, Second Ed., Cold Spring Harbor (1989)を含む、日常的な技法及び容易に入手可能な出発材料によってタンパク質を産生させるための発現ベクター又は系であってもよく、この文献は、参照により全体が組み込まれる。コンストラクトは、組換えであり得る。遺伝子コンストラクトは、組換えレンチウイルス、組換えアデノウイルス、及び組換えアデノウイルス随伴ウイルスを含む、組換えウイルスベクターのゲノムの一部であってもよい。遺伝子コンストラクトは、核酸のコーディング配列の遺伝子発現のための調節エレメントを含み得る。調節エレメントは、プロモーター、エンハンサー、開始コドン、終止コドン、又はポリアデニル化シグナルであり得る。
遺伝子コンストラクトは、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系をコードする異種核酸を含み得、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系コーディング配列の上流にあり得る開始コドン、及びCRISPR/Casベースの遺伝子編集系コーディング配列の下流にあり得る終止コドンをさらに含み得る。遺伝子コンストラクトは、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系コーディング配列の下流にあり得る、1つを上回る終止コドンを含み得る。いくつかの実施形態において、遺伝子コンストラクトは、1個、2個、3個、4個、又は5個の終止コドンを含む。いくつかの実施形態において、遺伝子コンストラクトは、ドナー配列をコードする配列の下流に1個、2個、3個、4個、又は5個の終止コドンを含む。終止コドンは、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系において、コーディング配列とインフレームであり得る。例えば、1つ又は複数の終止コドンは、ドナー配列とインフレームであってもよい。遺伝子コンストラクトは、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系においてコーディング配列のフレーム外にある1つ又は複数の終止コドンを含み得る。例えば、1つの終止コドンは、ドナー配列とインフレームであってもよく、他の2つの可能性のあるリーディングフレーム内にある2つの他の終止コドンが、含まれてもよい。遺伝子コンストラクトは、3つすべての可能性のあるリーディングフレームについて終止コドンを含み得る。開始コドン及び終止コドンは、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系コーディング配列とインフレームであってもよい。
ベクターはまた、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系コーディング配列に作動可能に連結されているプロモーターも含み得る。プロモーターは、構成的プロモーター、誘導性プロモーター、抑制性プロモーター、又は調節性プロモーターであってもよい。プロモーターは、遍在性プロモーターであってもよい。プロモーターは、組織特異的プロモーターであってもよい。組織特異的プロモーターは、筋肉特異的プロモーターであり得る。組織特異的プロモーターは、皮膚特異的プロモーターであり得る。CRISPR/Casベースの遺伝子編集系は、遺伝子/ゲノム編集の空間及び時間における動的制御を可能にするために、光誘導性又は化学物質誘導性制御下にあってもよい。CRISPR/Casベースの遺伝子編集系コーディング配列に作動可能に連結されたプロモーターは、シミアンウイルス40(SV40)に由来するプロモーター、マウス乳房腫瘍ウイルス(MMTV)プロモーター、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)プロモーター、例えば、ウシ免疫不全ウイルス(BIV)長い末端反復(LTR)プロモーター、モロニーウイルスプロモーター、トリ白血病ウイルス(ALV)プロモーター、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、例えば、CMV最初期プロモーター、イプスタイン・バーウイルス(EBV)プロモーター、又はラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーターであり得る。プロモーターはまた、ヒト遺伝子、例えば、ヒトユビキチンC(hUbC)、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋クレアチン、又はヒトメタロチオネインに由来するプロモーターであってもよい。天然又は合成の組織特異的プロモーター、例えば、筋肉又は皮膚特異的プロモーターの例は、米国特許出願公開第US20040175727号に記載されており、この内容は、その全体が本明細書に組み込まれる。プロモーターは、例えば、CK8プロモーター、Spc512プロモーター、MHCK7プロモーターであり得る。
遺伝子コンストラクトはまた、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系の下流にあり得る、ポリアデニル化シグナルを含み得る。ポリアデニル化シグナルは、SV40ポリアデニル化シグナル、LTRポリアデニル化シグナル、ウシ成長ホルモン(bGH)ポリアデニル化シグナル、ヒト成長ホルモン(hGH)ポリアデニル化シグナル、又はヒトβ-グロビンポリアデニル化シグナルであり得る。SV40ポリアデニル化シグナルは、pCEP4ベクター(Invitrogen、San Diego、CA)に由来するポリアデニル化シグナルであり得る。
遺伝子コンストラクトにおけるコーディング配列は、安定性及び高いレベルの発現のために最適化されていてもよい。いくつかの事例において、コドンは、分子内結合に起因して形成されるものなどのRNAの二次構造形成を低減させるように選択される。
遺伝子コンストラクトにおけるコーディング配列は、安定性及び高いレベルの発現のために最適化されていてもよい。いくつかの事例において、コドンは、分子内結合に起因して形成されるものなどのRNAの二次構造形成を低減させるように選択される。
遺伝子コンストラクトはまた、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系又はgRNAの上流のエンハンサーを含み得る。エンハンサーは、DNA発現に必要であり得る。エンハンサーは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋クレアチン、又はウイルスエンハンサー、例えば、CMV、HA、RSV、若しくはEBVに由来するものであり得る。ポリヌクレオチド機能エンハンサーは、米国特許第5,593,972号、同第5,962,428号、及び国際公開第WO94/016737号に記載されており、それぞれの内容は、参照により全体が組み込まれる。遺伝子コンストラクトはまた、ベクターを染色体外に維持し、細胞においてベクターの複数のコピーを産生させるために、哺乳動物複製起点を含み得る。遺伝子コンストラクトはまた、ベクターが投与される哺乳動物又はヒト細胞における遺伝子発現に十分に適したものであり得る、調節配列も含み得る。遺伝子コンストラクトはまた、レポーター遺伝子、例えば、緑色蛍光タンパク質(「GFP」)及び/又は選択可能なマーカー、例えば、ハイグロマイシン(「Hygro」)も含み得る。
遺伝子コンストラクトは、細胞にCRISPR/Casベースの遺伝子編集系をコードする核酸をトランスフェクトするのに有用であり得、この形質転換された宿主細胞は、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系の発現が生じる条件下において培養及び維持される。遺伝子コンストラクトは、細胞に形質転換又は形質導入され得る。遺伝子コンストラクトは、細胞への送達のために、例えば、ウイルスベクター、レンチウイルス発現、mRNAエレクトロポレーション、及び脂質に媒介されるトランスフェクションを含む、任意の好適なタイプの送達ビヒクルに製剤化され得る。遺伝子コンストラクトは、細胞において生存する減弱化された生微生物又は組換え微生物ベクターにおける遺伝子材料の一部であり得る。遺伝子コンストラクトは、機能性染色体外分子として細胞に存在してもよい。
本明細書において詳述される系又はその成分が形質転換又は形質導入された細胞が、本明細書においてさらに提供される。好適な細胞型は、本明細書において詳述されている。いくつかの実施形態において、細胞は、幹細胞である。幹細胞は、ヒト幹細胞であってもよい。いくつかの実施形態において、細胞は、胚性幹細胞である。幹細胞は、ヒト多能性幹細胞(iPSC)であってもよい。幹細胞由来のニューロン、例えば、本明細書において詳述されるDNA標的化系又はその成分が形質転換又は形質導入されたiPSCに由来するニューロンが、さらに提供される。
a.ウイルスベクター
a.ウイルスベクター
遺伝子コンストラクトは、ウイルスベクターであってもよい。ウイルス送達系が、本明細書においてさらに提供される。ウイルス送達系としては、例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、mRNAエレクトロポレーション、又はナノ粒子を挙げることができる。いくつかの実施形態において、ベクターは、改変されたレンチウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである。AAVベクターは、ヒト及びいくつかの他の霊長類種に感染する、パルボウイルス科ディペンドウイルス属に属する小型のウイルスを指す。
AAVベクターは、様々なコンストラクト構成を使用して、CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系を送達するために使用され得る。例えば、AAVベクターは、Cas9又は融合タンパク質、及びgRNA発現カセットを、別個のベクター又は同じベクターで、送達し得る。或いは、スタフィロコッカス・アウレウス又はナイセリア・メニンギティディスなどの種に由来する小型のCas9タンパク質又は融合タンパク質が使用される場合、Cas9及び最大で2つのgRNA発現カセットの両方が、単一のAAVベクターにおいて組み合わされてもよい。いくつかの実施形態において、AAVベクターは、4.7kbのパッケージング限界を有する。
いくつかの実施形態において、AAVベクターは、改変されたAAVベクターである。改変されたAAVベクターは、増強された心筋及び/又は骨格筋組織指向性を有し得る。改変されたAAVベクターは、哺乳動物の細胞にCRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系を送達及び発現させることが可能であり得る。例えば、改変されたAAVベクターは、AAV-SASTGベクターであり得る(Piacentino et al. Human Gene Therapy 2012, 23, 635-646)。改変されたAAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV5、AAV6、AAV8、及びAAV9を含む、いくつかのキャプシドタイプのうちの1つ又は複数に基づき得る。改変されたAAVベクターは、全身及び局所送達によって骨格筋又は心筋に効率的に形質導入するAAV2/1、AAV2/6、AAV2/7、AAV2/8、AAV2/9、AAV2.5、及びAAV/SASTGベクターなど、代替的な筋指向性AAVキャプシドを有するAAV2シュードタイプに基づき得る(Seto et al. Current Gene Therapy 2012, 12, 139-151)。改変されたAAVベクターは、AAV2i8G9であり得る(Shen et al. J. Biol. Chem. 2013, 288, 28814-28823)。
いくつかの実施形態において、AAVベクターは、改変されたAAVベクターである。改変されたAAVベクターは、増強された心筋及び/又は骨格筋組織指向性を有し得る。改変されたAAVベクターは、哺乳動物の細胞にCRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系を送達及び発現させることが可能であり得る。例えば、改変されたAAVベクターは、AAV-SASTGベクターであり得る(Piacentino et al. Human Gene Therapy 2012, 23, 635-646)。改変されたAAVベクターは、AAV1、AAV2、AAV5、AAV6、AAV8、及びAAV9を含む、いくつかのキャプシドタイプのうちの1つ又は複数に基づき得る。改変されたAAVベクターは、全身及び局所送達によって骨格筋又は心筋に効率的に形質導入するAAV2/1、AAV2/6、AAV2/7、AAV2/8、AAV2/9、AAV2.5、及びAAV/SASTGベクターなど、代替的な筋指向性AAVキャプシドを有するAAV2シュードタイプに基づき得る(Seto et al. Current Gene Therapy 2012, 12, 139-151)。改変されたAAVベクターは、AAV2i8G9であり得る(Shen et al. J. Biol. Chem. 2013, 288, 28814-28823)。
遺伝子コンストラクトは、配列番号57~60から選択されるポリヌクレオチド配列を含み得る。遺伝子コンストラクトは、配列番号29~51、53~56、87、154~155、157~169、及び170から選択されるポリヌクレオチド配列、又はその相補体、又はそのフラグメントを含み得る。
5.医薬組成物
5.医薬組成物
上述の遺伝子コンストラクト又は遺伝子編集系を含む、医薬組成物が、本明細書においてさらに提供される。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系をコードする、約1ng~約10mgのDNAを含み得る。本明細書において詳述される系若しくは遺伝子コンストラクト、又はその少なくとも1つの成分は、医薬の分野における当業者に周知の標準的な技法に従って、医薬組成物に製剤化され得る。医薬組成物は、使用しようとする投与様式に応じて製剤化することができる。医薬組成物が、注射用医薬組成物である場合には、それらは、滅菌で、発熱物質を含まず、粒子を含まない。好ましくは、等張性製剤が、使用される。一般に、等張性のための添加剤としては、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール、及びラクトースを挙げることができる。いくつかの場合には、等張溶液、例えば、リン酸緩衝生理食塩水が、好ましい。安定化剤としては、ゼラチン及びアルブミンが挙げられる。いくつかの実施形態において、血管収縮剤が、製剤に添加される。
組成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含み得る。薬学的に許容される賦形剤は、ビヒクル、アジュバント、担体、又は希釈剤としての機能性分子であり得る。「薬学的に許容される担体」という用語は、非毒性で、不活性の固体、半固体、又は液体の充填剤、希釈剤、カプセル封入材料、又は任意のタイプの製剤補助剤であり得る。薬学的に許容される担体としては、例えば、希釈剤、滑沢剤、結合剤、崩壊剤、着色剤、香味剤、甘味剤、抗酸化剤、保存剤、滑剤、溶媒、懸濁化剤、湿潤剤、界面活性剤、軟化剤、噴射剤、保水剤、粉末、pH調節剤、及びこれらの組合せが挙げられる。薬学的に許容される賦形剤は、トランスフェクション促進剤であり得、これには、表面活性剤、例えば、免疫刺激複合体(ISCOMS)、フロイント不完全アジュバント、LPSアナログ、例えば、モノホスホリルリピドA、ムラミルペプチド、キノンアナログ、小胞、例えば、スクアレン及びスクアレン、ヒアルロン酸、脂質、リポソーム、カルシウムイオン、ウイルスタンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、若しくはナノ粒子、又は他の公知のトランスフェクション促進剤を挙げることができる。トランスフェクション促進剤は、ポリアニオン、ポリカチオン、例えば、ポリ-L-グルタメート(LGS)、又は脂質であり得る。トランスフェクション促進剤は、ポリ-L-グルタメートであり得、より好ましくは、ポリ-L-グルタメートは、骨格筋又は心筋における遺伝子編集のための組成物中に、6mg/mL未満の濃度で存在し得る。
6.投与
6.投与
本明細書において詳述される系若しくは遺伝子コンストラクト、又はその少なくとも1つの成分は、細胞に投与又は送達され得る。核酸を宿主細胞に導入する方法は、当該技術分野において公知であり、任意の公知の方法を使用して、核酸(例えば、発現コンストラクト)を細胞に導入することができる。好適な方法としては、例えば、ウイルス又はバクテリオファージ感染、トランスフェクション、コンジュゲーション、プロトプラスト融合、ポリカチオン又は脂質:核酸コンジュゲート、リポフェクション、エレクトロポレーション、ヌクレオフェクション、イムノリポソーム、リン酸カルシウム沈降、ポリエチレンイミン(PEI)に媒介されるトランスフェクション、DEAE-デキストランに媒介されるトランスフェクション、リポソームに媒介されるトランスフェクション、粒子銃技術、リン酸カルシウム沈降、直接的マイクロインジェクション、ナノ粒子に媒介される核酸送達などが挙げられる。いくつかの実施形態において、組成物は、mRNA送達及びリボヌクレオチドタンパク質(RNP)複合体送達によって、送達され得る。系、遺伝子コンストラクト、又はそれを含む組成物は、BioRad Gene Pulser Xcell若しくはAmaxa Nucleofector IIbデバイス又は他のエレクトロポレーションデバイスを使用して、エレクトロポレーションされ得る。BioRadエレクトロポレーション溶液、Sigmaリン酸緩衝生理食塩水製品番号D8537(PBS)、Invitrogen OptiMEM I (OM)、又はAmaxa Nucleofector溶液V(N.V.)を含む、いくつかの異なる緩衝液が、使用され得る。トランスフェクションは、トランスフェクション試薬、例えば、リポフェクタミン2000を含み得る。
本明細書において詳述される系若しくは遺伝子コンストラクト、又はその少なくとも1つの成分、又はそれを含む医薬組成物は、対象に投与され得る。そのような組成物は、年齢、性別、体重、及び具体的な対象の状態、及び投与の経路などの要因を考慮して、医薬の分野における当業者に周知の投薬量及び技法によって、投与することができる。本明細書に開示される系、又はその少なくとも1つの成分、遺伝子コンストラクト、又はそれを含む組成物は、経口、非経口、舌下、経皮、直腸、経粘膜、局所、鼻内、膣内、吸入を介して、頬内投与を介して、胸膜内、静脈内、動脈内、腹腔内、皮下、皮内、表皮、筋肉内、鼻内、髄腔内、頭蓋内、及び関節内、又はこれらの組合せを含む、異なる経路によって対象に投与され得る。ある特定の実施形態において、系、遺伝子コンストラクト、又はそれを含む組成物は、筋肉内、静脈内、又はこれらの組合せで、対象に投与される。系、遺伝子コンストラクト、又はそれを含む組成物は、インビボエレクトロポレーションあり及びなしでのDNA注射(DNAワクチン接種とも称される)、リポソーム媒介型、ナノ粒子促進型、組換えベクター、例えば、組換えレンチウイルス、組換えアデノウイルス、及び組換えアデノウイルス随伴ウイルスを含む、いくつかの技術によって、対象に送達され得る。組成物は、脳、又は中枢神経系の他の構成要素に、注射され得る。組成物は、骨格筋又は心筋に注射され得る。例えば、組成物は、前脛骨筋又は尾部に注射され得る。獣医学的使用については、系、遺伝子コンストラクト、又はそれを含む組成物は、通常の獣医学的慣例に従って好適に許容される製剤として、投与され得る。獣医であれば、特定の動物にもっとも適している投薬レジメン及び投与経路を容易に決定することができる。系、遺伝子コンストラクト、又はそれを含む組成物は、従来的なシリンジ、無針注射デバイス、「微粒子銃(microprojectile bombardment gone guns)」、又は他の物理的な方法、例えば、エレクトロポレーション(「EP」)、「流体力学的方法」、若しくは超音波によって投与され得る。或いは、非ウイルス若しくは非組込みウイルス遺伝子移入、又は精製されたタンパク質及び細胞透過性モチーフを含むgRNAの直接的な送達による、CRISPR/Casベース系の一過性インビボ送達により、外来DNAの組込みの危険性が最小限であるか又はそれをまったく伴わずに、インサイチュにおける高度に特異的な矯正及び/又は復元が可能となり得る。
本明細書において詳述される、本開示の系若しくは遺伝子コンストラクト、又はその少なくとも1つの成分、又はそれを含む医薬組成物が送達され、ベクターが対象の細胞に送達されると、トランスフェクトされた細胞は、gRNA分子及びCas9分子又は融合タンパク質を発現し得る。
a.細胞型
a.細胞型
本明細書において詳述される送達方法及び/又は投与経路のいずれも、多数の細胞型で利用することができる。本明細書において詳述される系又はその成分が形質転換又は形質導入された細胞が、本明細書においてさらに提供される。例えば、本明細書において詳述されるCRISPR/Cas9系をコードする単離されたポリヌクレオチドを含む細胞が、本明細書において提供される。好適な細胞型、例えば、細胞ベースの治療法に関して現在調査されている細胞型が、本明細書において詳述されており、これには、不死化筋芽細胞、例えば、野生型及びDMD患者に由来する株、初代DMD皮膚線維芽細胞、幹細胞、例えば、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、造血幹細胞、骨髄由来始原細胞、骨格筋始原細胞、DMD患者に由来するヒト骨格筋芽細胞、CD 133+細胞、中胚葉血管芽細胞(mesoangioblast)、心筋細胞、肝細胞、軟骨細胞、間葉始原細胞、造血幹細胞、平滑筋細胞、及びMyoD若しくはPax7形質導入細胞、又は他の筋原性始原細胞が挙げられるが、これらに限定されない。細胞は、ヒト幹細胞であり得る。幹細胞は、ヒト人工多能性幹細胞(iPSC)であってもよい。細胞は、筋細胞であり得る。ヒト筋原性細胞の不死化は、遺伝子矯正された筋原性細胞のクローン誘導に使用することができる。細胞は、遺伝子矯正又は復元されたジストロフィン遺伝子を含み、ゲノムのタンパク質コーディング領域内に他のヌクレアーゼに誘導される突然変異を含まない、不死化DMD筋芽細胞のクローン集団を単離及び拡大するように、エキソビボで改変させることができる。
7.キット
7.キット
突然変異したジストロフィン遺伝子を矯正し、かつ/又はジストロフィン機能を復元するために使用することができる、キットが、本明細書において提供される。キットは、上述のように、ジストロフィン機能を復元するための遺伝子コンストラクト又はそれを含む組成物と、前記組成物を使用するための説明書とを含む。いくつかの実施形態において、キットは、配列番号29~51、87、157~170から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、そのバリアント、若しくはそのフラグメントを含むか、若しくはそれにハイブリダイズするか、若しくはそれを標的化するか、若しくはそれによってコードされる、少なくとも1つのgRNA、並びに/又は配列番号29~51、87、157~170から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、そのバリアント、若しくはそのフラグメントを含むか若しくはそれによってコードされる、少なくとも1つのgRNAスペーサー、並びに/又は配列番号64~86、88、171~184から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、そのバリアント、若しくはそのフラグメントを含む少なくとも1つのgRNA、並びに/又は配列番号53~56、154、及び155から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、そのバリアント、若しくはそのフラグメントを含むドナー配列を含む。キットは、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系を使用するための説明書をさらに含み得る。
キットに含まれる説明書は、パッケージング材料に貼付されていてもよく、又は添付文書として含まれてもよい。説明書は、典型的に、印刷物に書かれたものであるが、そのようなものに限定されない。そのような説明を記憶し、それらをエンドユーザーに伝えることができる任意の媒体が、本開示によって企図される。そのような媒体としては、電子記憶媒体(たとえば、磁気ディスク、テープ、カートリッジ、チップ)、光学媒体(たとえば、CD ROM)などが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において使用される場合、「説明書」という用語には、説明書を提供するインターネットサイトのアドレスが含まれ得る。
ジストロフィン機能を復元するための遺伝子コンストラクト又はそれを含む組成物は、上述のように、ジストロフィン遺伝子の領域に特異的に結合し、それを切断する、gRNA分子及びCas9タンパク質又は融合タンパク質を含む、改変されたAAVベクターを含み得る。上述のように、CRISPR/Casベースの遺伝子編集系は、遺伝子における特定の領域、例えば、エクソン52、又はイントロン51、又はイントロン44に特異的に結合し、それを標的とするために、キット内に含まれ得る。
8.方法
a.ジストロフィン機能を復元するための方法
8.方法
a.ジストロフィン機能を復元するための方法
本明細書において提供されるCRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、ジストロフィン機能を復元するために使用され得る。CRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系は、1つ又は複数のエクソンを付加してジストロフィンのリーディングフレームを復元することによって、ジストロフィン機能を復元し得る。標的筋肉に送達される本明細書において開示されるCRISPR/Cas9ベースの遺伝子編集系の使用は、例えば、遺伝子全体又は突然変異を含む領域を置き換えることができる修復鋳型又はドナーDNAを用いて、完全機能性又は部分的機能性タンパク質の発現を復元し得る。
ジストロフィン機能を復元する方法が、本明細書において提供される。本方法は、突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するために使用され得る。本方法は、細胞又は対象を、本明細書において詳述される系、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド、又は本明細書において詳述されるベクターと接触させるステップを含み得る。いくつかの実施形態において、ジストロフィン機能は、ドナー配列の挿入、例えば、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52~79又はエクソン45~79の挿入によって、復元される。いくつかの実施形態において、対象は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに罹患している。
本方法は、1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンによって引き起こされる破壊されたジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するために使用され得る。本方法は、細胞又は対象を、本明細書において詳述される系、本明細書において詳述される組換えポリヌクレオチド、又は本明細書において詳述されるベクターと接触させるステップを含み得る。いくつかの実施形態において、ジストロフィン機能は、1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンに対応するジストロフィン遺伝子の1つ又は複数の野生型エクソンを挿入することによって、復元される。いくつかの実施形態において、ジストロフィン機能は、ドナー配列の挿入、例えば、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52~79又はエクソン45~79の挿入によって、復元される。いくつかの実施形態において、対象は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに罹患している。
9.実施例
例示目的で提示され、本発明の範囲を制限することを意図するものではない、以下の実施例を参照することによって、前述の内容がより良好に理解され得る。本開示は、付随する非限定的な実施例によって例示される複数の態様及び実施形態を有する。
(実施例1)
材料及び方法
例示目的で提示され、本発明の範囲を制限することを意図するものではない、以下の実施例を参照することによって、前述の内容がより良好に理解され得る。本開示は、付随する非限定的な実施例によって例示される複数の態様及び実施形態を有する。
(実施例1)
材料及び方法
プラスミド設計及びAAV産生。ITRを含むスタフィロコッカス・アウレウスCas9(pAAV-SaCas9)発現プラスミドを、ギブソンクローニング戦略を使用して、SaCas9のカルボキシル末端に3xHAエピトープを付加することによって生成した。CMV-SaCas9-3xHA-ポリAを、細胞培養実験において安定性のためにITRなしで新しいプラスミド(pSaCas9)に移入した。hU6作動性ガイドRNAカセット(Nelson, C. E., et al. Science 2016, 351, 403-407)を有する別個のプラスミド(pU6-gRNA)を、インビトロでガイドをスクリーニングするためにBbsIクローニングで使用した。AAV-gRNA-ドナープラスミド(pAAV-g12-Ex52、pAAV-g7-Ex52、及びpAAv-g7-スーパーエクソン)については、遺伝子ブロックを、Integrated DNA技術(IDT)によって合成し、ギブソンクローニング戦略によってITRを含むプラスミドに組み込んだ。インタクトなITRを、SmaI消化によって検証した後に、すべてのベクターにおいてAAV産生を行った。AAV2及びAAV9の複数のバッチを、Duke Universityにおいて産生した。力価を、プラスミド標準曲線を用いてqPCRによって測定した。
インビトロgRNAスクリーニング。gRNAのパネル(表1)を、ヒトDMD遺伝子のイントロン51を標的とするように設計し、HEK293T細胞及びDMD患者筋芽細胞において、SurveyorアッセイによってSaCas9活性に関して比較した。HEK293T細胞を、10%ウシ胎児血清(FBS、Sigma)及び1%ペニシリン-ストレプトマイシン(P/S、Gibco)を含むダルベッコ変法イーグル培地(DMEM、Invitrogen)において維持した。不死化DMD患者8036筋芽細胞(DM8036細胞株、DMD遺伝子におけるエクソン48~50が欠失している)(Mamchaoui, K., et al. Skelet. Muscle 2011, 1, 34)を、20% FBS(Sigma)、50μg/mLフェチュイン(Sigma)、10ng/mLヒト上皮成長因子(Sigma)、1ng/mLヒト塩基性線維芽細胞成長因子(bFGF、Sigma)、10μg/mLヒトインスリン(Sigma)、400ng/mLデキサメタゾン(Sigma)、1% GlutaMAX(Invitrogen)、及び1% P/Sを含む骨格筋培地(PromoCell)において維持した。細胞を、37℃、5% CO2でインキュベートした。HEK293T細胞に、製造業者のプロトコールに従って、リポフェクタミン2000(Invitrogen)を使用して、375ngのpSaCas9及び125ngのpU6-gRNAプラスミドをトランスフェクトした。DMD筋芽細胞に、事前に最適化した条件を使用して、PBSにおいてGene Pulser XCell(BioRAD)で10μgのpSaCas9及び10μgのpU6-gRNAプラスミドをエレクトロポレーションした(Ousterout, D. G., et al. Mol. Ther. 2015, 23, 523-532)。細胞を、72時間インキュベートし、ゲノムDNAを、DNeasyキット(Qiagen)で単離した。インデルを、Invitrogen AccuPrime High Fidelity PCRキットを使用して実行した目的の領域のPCRによって特定し(表2に提供されるSurveyor Primers)、続いて、Surveyor Nucleaseとともにインキュベートし、以前に説明されているように、TBEゲル(Life Technologies)で電気泳動させた(Nelson, C. E., et al. Science 2016, 351, 403-407、Guschin, D. Y., et al. Methods Mol. Biol. 2010, 649, 247-256)。
動物。動物が関与するすべての実験は、National Institutes of Health(NIH)の研究室動物の扱い及び使用に関するガイドラインに厳密に従って行った。すべての実験は、Duke UniversityのInstitutional Animal Care and Use Committee(IACUC)によって承認を受けていた。hDMD/mdxマウス(t Hoen, P. A., et al. J. Biol. Chem. 2008, 283, 5899-5907)は、Leiden University Medical Centerの厚意により提供を受けた。hDMDΔ52/mdxマウスの発生は、Duke Transgenic Mouse Facilityが完了させた。簡単に述べると、B6SJLF1/J雌性ドナーを、1日目に5IUのPMSG、及び3日目に5IUのHCGの腹腔内注射によって過排卵させ、続いて、繁殖能力のある雄性hDMD/mdxと交尾させた。4日目に、胚を採取し、S.ピオゲネスCas9をコードするmRNA、並びにヒトイントロン51(CTCTGATAACCCAGCTGTGTGTT、配列番号96)及びヒトイントロン52(CTAGACCATTTCCCACCAGTTCT、配列番号97)を標的とするgRNAを、注射した。注射した胚を、偽妊娠CD1雌性マウスに埋め込んだ。DNeasy Blood and Tissueキット(Qiagen)を使用して、ゲノムDNAをキメラ仔の耳パンチにより抽出し、エクソン52の存在又は欠失に関してスクリーニングした。エクソン52の喪失を有するマウスを、mdxマウスと交配させた。結果として得られた雄性hDMDΔ52/mdx(het;hemi)マウスを、実験に使用した。
インビトロAAV形質導入。初代筋芽細胞を、以前に説明されているように(Springer, M. L., Rando, T. A. & Blau, H. M. Gene delivery to muscle. Curr. Protoc. Hum. Genet. Chapter 13, Unit13.14)、hDMDΔ52/mdxマウスの前脛骨筋(TA)及び腓腹筋から単離し、20% FBS、5ng/mL bFGF、及び1% P/Sを補充したF10培地(Invitrogen)において維持した。細胞を、ウシI型コラーゲン(Sigma)でコーティングしたプレートで成長させ、37℃、5% CO2でインキュベートした。形質導入のために、細胞を、1.5時間播種した後、AAV2-SaCas9及びAAV2-gRNA-ドナーベクターを合わせ、細胞当たり1×106の総ベクターというMOIで、プレートに添加した。細胞を、即座に、3000xgで5分間遠心処理し、インキュベーターに戻した。細胞が70%のコンフルエンシーに達した後、培地を、5%ウマ血清及び1% P/Sを補充したDMEMに交換し、筋線維への分化のために、2日ごとに置き換えた。細胞を、10日間分化させ、記載されるように、ゲノムDNA、全RNA、及びタンパク質の分析のために処理した。
初代hDMDΔ52/mdx筋芽細胞に由来するゲノムDNA及びRNAの分析。DNeasyキット(Qiagen)を製造業者のプロトコールに従って使用して、ゲノムDNAを単離した。QIAshredder及びRNeasy Plusキット(Qiagen)を使用して、全RNAを単離した。ファーストストランドcDNA合成を、SuperScript VILO Reverse Transcriptionキット(Invitrogen)を使用し、サンプル1つ当たり500ngの全RNAを使用して行い、25℃で10分間、42℃で2時間、85℃で5分間、インキュベートした。ドナー組込みを、Invitrogen AccuPrime High Fidelity PCRキットを製造業者のプロトコールに従って使用したPCR(プライマーは表2に提供されている)によって検出し、1%アガロースゲルで電気泳動させた。製造業者の説明書に従ってProgram 1を使用して、cDNA合成及び一次PCR(プライマーは表2に提供されている)のために、SMARTer RACE 5’/3’キット(Takara)を使用して、3’ RACEをRNAサンプルに実行した。
インビボAAV投与。成体6~8週齢マウスに、マウス1匹当たり40μLのPBS又はAAVベクターを、前脛骨筋への筋肉内注射によって投与した。ドナー比較研究のために、1.56e12総vgを、1:1の処置群(7.81e11 AAV-Cas9及び7.81e11 AAV-ドナー)に投与し、2.13e12総vgを、1:5の処置群(3.55e11 AAV-Cas9及び1.77e12 AAV-ドナー)に投与した。gNRA比較研究のために、8.64e11総vgを、1:1の処置群(4.32e11 AAV-Cas9及び4.32e11 AAV-ドナー)に投与し、7.00e11総vgを、1:5の処置群(1.17e11 AAV-Cas9及び5.83e11 AAV-ドナー)に投与した。2日齢(P2)の新生児マウスに、マウス1匹当たり40μLのAAVベクターで、顔面静脈から静脈内注射によってAAVを投与した(Gombash Lampe, et al. J. Vis. Exp. 2014, e52037)。1:1処置群については、8.64e11総vgを投与し(4.32e11 AAV-Cas9及び4.32e11 AAV-ドナー)、1:5処置群については、7.00e11総vgを投与した(1.17e11 AAV-Cas9及び5.83e11 AAV-ドナー)。設定した時点で、マウスを安楽死させ、骨格筋、心筋、及び血清を採取した。
液滴デジタルPCR。WX200 Droplet Digital PCRシステムを製造業者の説明書に従って使用して、定量的ddPCRを、cDNA及びgDNAサンプルに行った。矯正された転写産物のレベルを定量化するために、Qiagen Universalキットを使用して、RNAをマウス組織から抽出した。続いて、上述のようにサンプル1つ当たり500ngの全RNAを使用して、ファーストストランドcDNA合成を行った。dUTPなしのQX200 ddPCR Supermix for Probes(BioRad)並びにヒトジストロフィンEx51-52ジャンクション(矯正、ThermoFisherカスタムアッセイ識別子:AP2XDZ9)、ヒトジストロフィンEx51-53ジャンクション(未編集、ThermoFisherカスタムアッセイ識別子:AP327K6)、及びヒトジストロフィンEx59-60(入力正規化、ThermoFisherカスタムアッセイ識別子:AP47Z63)に結合するように設計されたプローブを有するTaqmanアッセイ(表2)を使用して、エクソン52を含む矯正されたhDMD転写産物を検出した。QuantaSoft Analysisソフトウェア(BioRad)を使用して、それぞれの反応における陽性液滴の数に基づいて、定量化を判定した。矯正又は未編集の転写産物レベルのcDNAインプットは、それぞれ、陽性液滴のEx51-52又はEx51-53の数を、それぞれの反応における陽性Ex59-60液滴の数で除算することによって、正規化した。矯正された転写産物のパーセンテージを、(正規化Ex51-52)/[(正規化Ex51-52)+(正規化Ex51-53)]×100として計算した。ベクターゲノム定量化のために、Qiagen DNeasyキットを使用して、gDNAをマウス組織から抽出し、37℃で1時間、HindIII-HFで消化させた。dUTPなしのQX200 ddPCR Supermix for Probes(BioRad)、並びにSaCas9(AAV-SaCas9、BioRad固有アッセイ識別子:dCNS159380965)、U6(AAV-gRNA-ドナー、BioRad固有アッセイ識別子:dCNS116676529)、及びマウスEEF2(入力正規化、BioRad固有アッセイ識別子:dMmuCNS781688813)に結合するように設計されたプローブを有するBioRadアッセイ(表2)を使用して、エピソームを検出した。QuantaSoft Analysisソフトウェアを使用して、それぞれの反応における陽性液滴の数に基づいて、定量化を判定した。エピソーム定量化は、SaCas9又はU6陽性液滴の数を、対応する反応におけるマウスEEF2陽性液滴の数で除算することによって、二倍体ゲノム当たりのウイルスゲノム(vg/dg)として計算した。
トランスポゾンに媒介される標的濃縮及びシーケンシング。Tn5トランスポサーゼタンパク質を、以前に説明されているように発現させ、精製した(Picelli, S., et al. Genome Res. 2014, 24, 2033-2040)。ゲノムDNAのタグメンテーションは、固有の分子インデックス(UMI)を含めるように以下の改変を用いて、以前に説明されているように完了させた(Giannoukos, G., et al. BMC Genomics 2018, 19, 212)。RNA転写産物分析については、上述のようにサンプル1つ当たり500ngの全RNAを使用して、ファーストストランドcDNA合成を行った。クレノウフラグメントDNAポリメラーゼ(NEB)を使用して、セカンドストランド合成を行い、Ampureビーズ(Beckman Coulter)を1.8×で使用して精製した。すべてのプライマー配列は、表2に提供されている。簡単に述べると、リンカーオリゴヌクレオチド(Tn5-トップは、Illumina i7アダプター配列及び10ヌクレオチドのUMIを含み、Tn5-ボトムは、Tn5-ME配列を含む)をアニーリングし、Tn5でアセンブルした。ゲノムDNAを、NanoDrop(ThermoFisher)を使用して定量化し、セカンドストランド産物を、Qubit Fluorometric Quantification(ThermoFisher)を使用して定量化した。200ngのゲノムDNA又はセカンドストランド産物のタグメンテーションは、1:40希釈のアセンブルしたTn5を使用して行い、DNA Clean and Concentrator-5カラム又は96ウェルのキット(Zymo)を使用して精製した。標的とされる配列を濃縮するために、ゲノム特異的プライマー(Tn5-GSP、カスタムアダプターを含む)を使用した1回目のPCRは、25サイクルの間にトランスポゾンによって挿入されるi7アダプター配列に特異的なリバースプライマー(Tn5-ユニバーサル)とともに使用した。アンプリコンを、1.8xのAmpureビーズで精製した。カスタムアダプター配列に特異的なバーコードプライマー(Tn5-BC)を使用した2回目のPCRを使用して、6ヌクレオチドの実験バーコードを付加し、Illumina i5アダプターを、15サイクルの間Tn5-ユニバーサルリバースプライマーとともに使用した。アンプリコンを、ゲル精製し、続いて、0.6xのAmpureビーズで精製して、250bpを上回るフラグメントサイズを選択した。シーケンシングは、250/50-サイクルペアエンドリードをカスタムリード1プライマー(Tn5-リード1)とともに使用してIllumina Miseqで、又は300サイクルシングルエンドリードをカスタムリード1プライマー(Tn5-リード1)及びカスタムインデックス1プライマー(Tn5-インデックス1)とともに使用してIllumina Novaseq v1.5で、行った。Tn5ベースの方法は、アンプリコンのサイズに起因するPCR関連バイアスを低減させることが予測されるが、しかしながら、転位選択性に起因するなんらかのバイアスが残る場合がある(Giannoukos, G., et al. BMC Genomics 2018, 19, 212)。簡単に述べると、分析ステップは、以下の通りである:脱多重化する。それぞれのサンプルのバーコードの一覧を使用して、fastqファイルを脱多重化する。トリミングする。Trimmomaticを使用して、3’アダプター及び低品質塩基を除去する。アライメント及び脱重複処理。bwa-memを使用して、リードを参照ゲノムにアライメントし(gDNAを、マウスゲノム(GRCm38)+ヒトDMDにアライメントし、cDNAを、ヒトジストロフィンcDNAにアライメントする)、PCR重複物に、Picard MarkDuplicatesを使用して印をつけ、除去する。参照ビンの配列に対してアライメントする。標的とされる遺伝子座及び予測される編集にアライメントするための参照アンプリコンを構築する。誤ったプライミングに起因するリードを除去するために、GSP予測配列に直接的に隣接する20塩基を含まないリードをフィルタリング除去する。編集部位から十分に遠くに及んでいないリードを除去するために、ビンニングに必要とされる最小の長さよりも短いリードをフィルタリング除去する。オンサイトで脱重複処理したリードを、bwa-memを使用して参照アンプリコンにアライメントする。予測切断部位又はジャンクションにインデル±15bpが存在するリードを特定する。異なるUMIの数を、それぞれの編集についてカウントする。
ウエスタンブロット。タンパク質を、プロテアーゼ阻害剤カクテル(Roche)を含むRIPA緩衝液(Sigma)においてBioMasher II Micro Tissue Homogenizer(VWR)での破壊によって、筋組織から単離し、間欠的にボルテックスしながら氷上で30分間インキュベートした。サンプルを、4℃で30分間、16,000xgで遠心処理し、上清を回収した。BCA Proteinアッセイキット(Pierce)を製造業者のプロトコールに従って使用して、総タンパク質を定量化し、BioTek Synergy 2 Multi-Mode Microplate Readerで測定した。サンプルを、NuPAGEローディング緩衝液(Invitrogen)及び5% β-メルカプトエタノールと混合し、3.125μgのhDMD/mdxタンパク質又は25μgのすべての他のタンパク質サンプルを、100℃で10分間加熱した。サンプルを、MES緩衝液(Invitrogen)を含む4~12% NuPAGE Bis-Trisゲル(Invitrogen)にロードし、氷上で45分間、200Vで電気泳動させた。タンパク質を、90分間、4℃で400mAにおいて、0.01% SDSを含む1X トリス-グリシン移入緩衝液中で、ニトロセルロース膜に移した。ブロットを、5%ミルク-TBST(50mM Tris、150mM NaCl、及び0.1% Tween-20)において、4℃で一晩ブロッキングした。ブロットを切断し、抗MANDYS106(1:50希釈、Milliporeクローン2C6)、抗HA(1:1000希釈、Biolegendクローン16B12、又は抗GAPDH(1:5000希釈、Cell Signalingクローン14C10)とともに、5%ミルク-TBSTにおいて、室温で1時間インキュベートした。次いで、ブロットを、TBS-T中で洗浄し、ヤギ抗マウスコンジュゲート西洋ワサビペルオキシダーゼ(1:2500希釈、Sigma)又はヤギ抗ウサギコンジュゲート西洋ワサビペルオキシダーゼ(1:2500希釈、Sigma)とともに、5%ミルク-TBS-Tにおいて、室温で1時間インキュベートした。ブロットを、TBST中で洗浄し、次いで、ChemiDoc XRS+ System(Bio-Rad)でWestern-C ECL基質(Bio-Rad)を使用して、可視化処理した。
組織学的分析。筋肉を切除し、OCTに埋め込んだか、液体窒素で冷却したイソペンタンを使用して瞬間凍結させた。続いて、10μmの切片を、クライオスタット(Leica)を使用して、事前処理した組織学的スライドに切り出した。スライドを、PBS中で洗浄し、5% BSA及び0.1% Triton X-100を補充したPBSにおいてブロッキングした。スライドを、室温で1時間、ブロッキング緩衝液においてマウス抗MANDYS106(1:200希釈、Milliporeクローン2C6)及びウサギ抗ラミニン(1:300希釈、Sigma L9393)で染色した。スライドを、PBSで5分間、3回洗浄し、ヤギ抗マウスIgG2a、Alexa Fluor 594(1:500希釈、ThermoFisher A-21135)又はヤギ抗ウサギIgG(H+L)、Alexa Fluor 488(1:500希釈、ThermoFisher A-11034)を、室温で1時間、DAPI(1:1000希釈)とともに適用した。スライドを洗浄し、ProLong Gold Antifade Mountant(Invitrogen)で封入し、Zeiss AxioObserve 7顕微鏡でイメージングした。総線維(抗ラミニン)は、ImageJで粒子分析機能を使用してカウントし(Schindelin, J., et al. Nat. Methods 2012, 9, 676-682)、ヒトジストロフィン陽性線維(抗MANDYS106)は、それぞれのサンプルについて、5つの一連のランダム化画像から手作業でカウントした。ジストロフィン陽性線維パーセントは、それぞれの画像のジストロフィン陽性線維を総線維で除算したものとして計算した。P値は、テューキーの多重比較事後検定を用いてネスト型グローバル一元配置ANOVAによって計算した。
オフターゲット分析。CIRCLE-seqライブラリー(Tsai, S. Q., et al. Nat. Methods 2017, 14, 607-614)を、以前に説明されているように生成した(Kocak, D. D., et al. Nat. Biotechnol 2019, 37, 657-666)。およそ50~100μgのHEK293T gDNAを使用して、それぞれの反応についてサークルを生成した。4℃でDiagenode Bioruptor XL超音波処理装置を使用して、gDNAを、アガロースゲル電気泳動によって判定される可視範囲200~1000bpでおよそ50bpの平均サイズに超音波処理した。サークルを生成するための酵素手順を、以前に説明されているように実行した(Tsai, S. Q., et al. Nat. Methods 2017, 14, 607-614)。サークルのインビトロ消化のために、gRNAを、IDTから合成し、SaCas9を、Applied Biological Materialsから購入した。ライブラリー産生は、CHANGE-seqについて以前に説明されているように実行した(Lazzarotto, C. R., et al. Nat. Biotechnol. 2020, 38, 1317-1327)。ライブラリーを、qPCRベースのKAPA Library Quantification Kit(KAPA Biosystemsによって定量化し、プールし、150bpのペアエンドリードでIllumina NextSeq機器においてシーケンシングした。リードカウントは、CHANGE-seqについて以前に説明されている方法及びソフトウェアを使用して取得した(Lazzarotto, C. R., et al. Nat. Biotechnol. 2020, 38, 1317-1327)。分析パイプラインの実行には、以下のパラメーターを使用した:リード閾値4、ウインドウサイズ3、mapq閾値50、開始閾値1、ギャップ閾値3、ミスマッチ閾値6、及びNNGRRNのPAM(配列番号8、Ran, F. A., et al. Nature 2015, 520, 186-191)。
クレアチンキナーゼアッセイ。Liquid Creatine Kinase Reagentセット(Pointe Scientific)を製造業者の説明書に従って使用して、血清クレアチンキナーゼを測定した。簡単に述べると、5μLの血清を、45μLの滅菌PBS中に希釈し、試薬とともに37℃で2分間インキュベートした後、340nmの読み取りに設定したナノドロップ分光光度計を使用して、吸光度測定を1分ごと3回の読み取りで行った。U/L単位での総クレアチンキナーゼの計算を、製造業者の説明に従って行った。
統計学的分析。すべてのデータは、4~6個の生物学的複製物で分析し、平均±標準誤差として提示した。すべてのp値は、テューキーの事後検定を用いたグローバル一元配置ANOVAによって計算した(α=0.05)。
(実施例2)
DMDのヒト化マウスモデルの矯正戦略
(実施例2)
DMDのヒト化マウスモデルの矯正戦略
hDMD/mdxマウスは、特徴的なmdx突然変異に起因して、マウスジストロフィンが欠如しているが、マウス第5染色体上の全長ヒトDMD(hDMD)遺伝子によりヒトジストロフィンを産生する。これらのマウスを使用して、患者集団においては失われていることが知られているhDMDエクソンを除去し、それによってすべてのジストロフィン発現を排除することによって、ヒト化DMDマウスモデルを生成することができる。重要なことに、これらのヒト化モデルは、ヒトジストロフィン復元によりマウスジストロフィンの欠如を機能的に補うことができるため、治療戦略を試験するために使用することができる。様々な遺伝子編集治療戦略を研究するため、標的とされるhDMD遺伝子からエクソン52の欠失のために、ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9(SpCas9)及びgRNAをhDMD/mdx接合体に送達することによって、hDMDΔ52/mdxマウスモデルを生成した。エクソン52の欠失は、未成熟終止コドン、及びそれに続くジストロフィン発現の喪失を生じるフレーム外突然変異(図3A)をもたらす。全長ジストロフィン発現を復元するために、このヒト化hDMDΔ52/mdxマウスモデルにおいて、エクソン52を、hDMD遺伝子内の対応する位置に挿入するように、HITIベースのアプローチを開発した。この二重AAVベクターアプローチには、スタフィロコッカス・アウレウスCas9(SaCas9)発現カセットをコードする1つのAAVベクター(Ran, F. A., et al. Nature 2015, 520, 186-191)、及びhDMD遺伝子のイントロン51において見出される同じgRNA標的部位が隣接するエクソン52ドナー配列(Ex52)を有するgRNA発現カセットをコードする第2のAAVベクターが含まれる。両方のAAVベクターの共送達後に、Cas9及びgRNAを発現させ、ゲノム標的部位にDSBを作成し、同様に、Ex52ドナー配列をAAVベクターから遊離させ、NHEJベースの修復の後に、エクソン52配列が標的部位に組み込まれ、全長ジストロフィン遺伝子を復元するようにした。正しいドナー組込みにより、gRNA標的配列が破壊され、さらなるCas9ベースの編集が妨げられるように、gRNA標的部位は、ゲノムDNA及びAAVベクターにおいて反対の配向であった(図3A)。
(実施例3)
HITIに媒介される組込みのスクリーニング及び検証
(実施例3)
HITIに媒介される組込みのスクリーニング及び検証
CRISPR-Cas9系によるDNA切断の特異性は、このアプローチの安全性及び有効性を確保するために極めて重要である。可能性のあるオフターゲット作用を最小限に抑えるために、バイオインフォテック分析を使用して、マウス及びヒトゲノムにおける予測オフターゲット部位が限定されているgRNAを設計した。イントロン51を標的とするSaCas9 gRNAのパネル(図8A、表1)をスクリーニングして、まず、Surveyorアッセイ、続いてHEK293T細胞のプラスミドトランスフェクションを使用して、高い特異性及び活性を有する標的を特定した(図8B)。SaCas9活性は、スペーサーの長さの範囲にわたって変動し得るため、上位gRNAの19~23ntのスペーサーを生成し、DMD患者の筋芽細胞へのプラスミドエレクトロポレーションの後にSurveyorアッセイによって活性について個々にスクリーニングした(図8C)。もっとも高い活性レベル及びもっとも少ないオフターゲット部位を有する個々のgRNA配列(g12及びg7)を、スクランブル非標的対照gRNA(gScbl)とともに、gRNA発現のためにAAVベクタープラスミドにクローニングし、対応するスペーサー及びPAM標的配列は、ドナー配列に隣接して含まれた。
Ex52ドナー配列の標的化組込みを検証するために、初代筋芽細胞を、hDMDΔ52/mdx骨格筋から単離した(図3B)。AAVプラスミドのエレクトロポレーション後に、ゲノムDNA(gDNA)におけるEx52の標的化組込みが、g12-Ex52及びg7-Ex52で処置したhDMDΔ52/mdx初代筋芽細胞について、PCR増幅ゲノム-ドナージャンクションのサンガーシーケンシングによって確認されたが、gScbl処置細胞では確認されなかった(図8D)。AAVに媒介される標的化組込み及びそれに続くジストロフィン転写産物の矯正及びタンパク質の復元を検証するために、初代筋芽細胞に、AAV2を形質導入し、次いで、細胞を、ジストロフィン発現を上方調節する分化条件下において培養した(図3B)。両方のAAV2コンストラクトを同等の用量(1:1)で送達することに加えて、AAV-Cas9よりも5倍多いAAV-ドナー(1:5)の送達も、試験した。AAV調製物の総量は、1:1及び1:5処置群で一貫しており、1:1処置群について、より多くのAAV-Cas9ウイルスゲノムの送達がもたらされた。両方の送達比を使用して、Ex52の標的化組込みが、ゲノム-ドナージャンクションのPCR増幅によってgDNAにおいて確認された(図3C)。より大きなアンプリコンの存在が検出され、これは、サンガーシーケンシングによって、インタクトなAAV-ドナーの組込みであると確認された(データは示されない)。加えて、Ex52の存在が、PCR増幅の後にジストロフィンcDNAにおいて観察され(図3D)、ジストロフィンタンパク質の復元がもたらされた(図3E)。1:1処置細胞において観察されたより高いCas9発現は、高いAAV-Cas9ウイルス用量と相関していた。これらの結果により、Ex52の標的化組込み及び全長ジストロフィンタンパク質復元について、AAV-Cas9ベースの戦略の活性が確認される。
(実施例4)
AAV-Cas9のエクソン52組込みにより、インビボで全長ジストロフィンが復元される
(実施例4)
AAV-Cas9のエクソン52組込みにより、インビボで全長ジストロフィンが復元される
AAV9を、CRISPR-Cas系のhDMDΔ52/mdxマウス骨格筋及び心筋への送達に使用した。2つのAAVベクターを成体hDMDΔ52/mdx雄性マウスの前脛骨(TA)筋に共注射した後に(図4A)、g12及びg7ベクターの両方について、同等レベルでの局所AAVベクター送達を、DNAベクターゲノムのデジタル液滴PCR(ddPCR)によって確認した(図4B)。Ex52の標的化組込みは、両方のAAV送達比及びインタクトなAAV-ドナー組込みを使用したゲノム-ドナージャンクションのPCR増幅によって、TA組織に由来するgDNAにおいて確認された(図4C)。編集活性を定量化し、不偏的なアプローチにより可能性のあるゲノム編集結果を包括的にマッピングするために、Tn5-トランスポゾンベースのライブラリー調製方法(Nelson, C. E., et al. Nat. Med. 2019、Giannoukos, G., et al. BMC Genomics 2018, 19, 212)を適合させ、珍しい事象を定量化する精度を高めるためにPCR重複物を除去するための固有分子識別子(UMI)を含めた。Tn5ベースの方法は、gRNA切断部位に隣接する単一のゲノム特異的プライマー(GSP)を、Tn5が組み込まれたDNAタグのトランスポゾン特異的プライマーと組み合わせて使用することによって、標的特異性及びアンプリコンの長さに関連するPCRバイアスを排除した。正しい配向でのドナー組込みを定量化することに加えて、インデル、ドナー逆位組込み、及びAAV-ITR組込みを含むゲノム編集事象を、測定した(図4D)。高い矯正及び全ゲノム編集事象が、g7処置マウス(図4E、図4F、図9A、及び図9B)において測定されたが、しかしながら、インデル及びAAV組込み編集はまた、g12処置マウス(図4E、図9A、及び9B)においても観察された。矯正されたゲノムリードは、g12処置マウスにおいては検出されなかったが、すべての処置群について、エクソン52の存在が、PCR増幅後に、矯正されたジストロフィンcDNAにおいて観察され(図4G)、ddPCRによって定量化した(図4H)。全長ジストロフィン復元が、全TA組織ライセートのウエスタンブロットによって観察され(図4I)、ジストロフィン陽性線維を、免疫蛍光(IF)によって定量化した(図4J)。これらの結果により、hDMDΔ52/mdxマウス骨格筋への局所注射後のEx52の標的化組込み及び全長ジストロフィンタンパク質復元について、AAV-Cas9ベースの戦略のインビボ活性が確認された。
CRISPR-Cas標的化特異性を評価することは、前臨床開発に重要であり得る。まとめると、より高いゲノム編集活性及び後続のジストロフィン復元が、g7処置マウスについて観察され(図3A~3F)、したがって、特異性分析は、g7に焦点を当てた。不偏的な全ゲノムアッセイを用いてヒトゲノムにおけるg7の上位オフターゲット部位を経験的に判定するために、高スループットの全ゲノム編集定量化を行った(Tsai, S. Q., et al. Nat. Methods 2017, 14, 607-614、Lazzarotto, C. R., et al. Nat. Biotechnol. 2020, 38, 1317-1327)(図10)。これらの分析により、オンターゲットgDNA編集の編集活性が1.07%以下である6個の可能性のあるオフターゲット部位が特定され、このg7 gRNAの高い特異性が確認された。残りの研究については、g7標的化全長ジストロフィン復元戦略に焦点を当てた。
(実施例5)
全長ジストロフィン復元のためのAAV-Cas9スーパーエクソン戦略のインビトロ検証
(実施例5)
全長ジストロフィン復元のためのAAV-Cas9スーパーエクソン戦略のインビトロ検証
g7-Ex52組込みアプローチは、Δ52 DMD患者の全長ジストロフィンを矯正し、Δ52-58、Δ52-61、及びΔ52-76患者突然変異について、短縮されたジストロフィンタンパク質を産生させるための適切なリーディングフレームを復元する。全長ジストロフィン矯正戦略をエクソン51の下流の任意の遺伝子突然変異を処置するように拡張するために、AAV-スーパーエクソンドナーベクターを操作した。このスーパーエクソンは、エクソン52から79を含め、エクソン51の下流の完全ジストロフィンcDNAコーディング配列をコードするものであった。加えて、すべてのリーディングフレームにおいて確実に翻訳を終結するために、終止コドンを3x終止と置き換え、SV40ポリA配列を含め、ドナーカセットには以前に検証したg7標的部位を隣接させた(図5A)。このg7-スーパーエクソンコンストラクトの標的化組込みにより、すべてのDMD患者のうちの20%よりも多くにおいて、全長ジストロフィンを矯正することができた。
スーパーエクソンの組込み及びそれに続くジストロフィン転写産物の矯正及びタンパク質の復元を検証するために、初代筋芽細胞に、AAV2を、1:1及び1:5のベクター比で形質導入し、次いで、細胞を、ジストロフィン発現を上方調節する分化条件下において培養した(図5B)。インタクトなAAV-ドナー組込みの検出に加えて、すべての処置サンプルについて、ゲノム-ドナージャンクションのPCR増幅によって、gDNAにおいて標的化組込みが確認された(図5C)。両方のドナーからのエクソン52の存在が、PCR増幅の後にジストロフィンcDNAにおいて同等なレベルで観察された(図5D)。野生型ジストロフィン転写産物については、およそ2.7kbの非翻訳領域(3’ UTR)が、エクソン79において、終止コドンの後に含まれた。スーパーエクソンドナーにおいては、この配列を、AAVのパッケージングサイズ制限(約4.7kb)に起因して短縮されたポリAシグナルと置き換えた。この操作された3’ UTRを特徴付けるために、AAVを形質導入した細胞のcDNAを使用して、3’ RACEを行い、操作された3x終止を認識するGSPを使用して、スーパーエクソンにより矯正されたジストロフィン転写産物を増幅させた(図5E)。サンガーシーケンシングの後に、ポリA尾部の付加が、SV40ポリAシグナル配列内で観察された。次に、スーパーエクソンにより矯正されたジストロフィン転写産物が、ジストロフィンタンパク質の復元をもたらしたことを確認した(図5F)。これらの結果により、全長ジストロフィンタンパク質復元について、標的化されたAAV-Cas9ベースのEx52-79スーパーエクソン組込み戦略の活性が確認された。
(実施例6)
AAV-Cas9スーパーエクソン戦略により、骨格筋及び心筋における全長ジストロフィンが復元される
(実施例6)
AAV-Cas9スーパーエクソン戦略により、骨格筋及び心筋における全長ジストロフィンが復元される
スーパーエクソン戦略をインビボで試験するために、AAV9コンストラクトを、1:1及び1:5の比で、成体hDMDΔ52/mdx雄性マウスのTA筋に共注射した(図6A)。スクランブル非標的gRNAドナー(gScbl-Ex52)が、追加の対照として含まれた。注射の8週間後に、ddPCRによって、処置群間で同等のAAVベクターゲノムレベルが測定された(図6B)。Tn5ベースのライブラリー調製及び分析方法を使用して、標的化編集活性を定量化し、1:5処置マウスにおいて、もっとも高い編集レベルが得られた。このドナー比較研究において観察された低いg7-Ex52編集レベル(図6C及び図11A~11B)は、これまでのgRNA比較研究(図4E及び図9A~9B)とは対照的に、ベクターゲノム定量化における差によって示されるように、TAにおける低いAAV形質導入に起因する可能性が高かった(図4B及び図6B)。Tn5分析によってバックグラウンドを上回る矯正されたgDNAレベルは検出されなかったが、矯正された転写産物のパーセントの増加が、すべての処置群について観察された(図6D)。加えて、全長ジストロフィン発現が、ウエスタンブロット(図6E)及びIF(図6F)によって観察され、ジストロフィン陽性線維の定量化により、g7-Ex52処置マウスについて、スクランブル非標的化ドナー対照と比較して、有意な増加が得られた。これらの結果により、hDMDΔ52/mdxマウス骨格筋における局所注射後のスーパーエクソンの標的化組込み及び全長ジストロフィンタンパク質復元について、AAV-Cas9ベースの戦略のインビボ活性が確認された。
次に、これらの組込み戦略の矯正的治療能力を、全身送達後に評価した。心筋及び骨格筋の形質導入のために、AAV9コンストラクトを、1:1及び1:5の比で、P2新生児hDMDΔ52/mdx雄性マウスの顔面静脈注射によって共送達した(図7A)。注射の8週間後に、ddPCRによるベクターゲノム定量化により、心臓組織において、骨格(横隔膜及びTA)組織よりも高い形質導入レベルが判明し(図7B)、処置マウスの心臓における高い編集活性の可能性が示唆された。実際に、Tn5ベースの定量化により、すべての定量化結果について、心臓gDNAにおいて、横隔膜及びTAと比較して高い編集が判明し、g7-スーパーエクソン処置群の心臓において、もっとも高いオンターゲット矯正が得られた(図7C及び図12A~12B)。高いレベルの矯正されたジストロフィン転写産物が、g7-スーパーエクソン処置群の心臓において観察され、マウスは、25%を上回る矯正転写産物を達成した(図7D)。ddPCRベースの転写産物の定量化は、未編集(Ex51-Ex53ジャンクション)及び矯正(Ex51-Ex52ジャンクション)cDNA分子の検出に限定されていた。追加の心臓転写産物の特徴付けについては、推定上の異常なスプライシング事象を測定し、これには、逆位ドナー組込み、SaCas9コーディング配列でのスプライシング、環状RNA形成(エクソン1~51)、複数エクソンのスキッピング(エクソン53~79)、及び下流イントロン配列での選択的スプライシング(イントロン51~53)が含まれた(図7E)。ddPCRによって、Tn5ベースのディープシーケンシング戦略よりも高いレベルの編集が測定された。低いディープシーケンシング編集パーセンテージは、意図されない遺伝子編集結果を測定することにより生成される分母が大きいことに帰属し得る。cDNA分析については、高スループットのディープシーケンシング特徴付けにより、2匹の処置マウスにおいて、SaCas9コーディング配列での考慮すべき異常なスプライシングが判明した(図13A)。さらに調査すると、対応するゲノムマウスサンプルにおけるアライメント配列のゲノム組込みが、確認された(図13B)。部分的なSaCas9コーディング配列を含む、部分的なAAVゲノムを含む転写産物アイソフォームは、不明な生物学的作用を有し、今後の研究で調査され得る。心臓組織において、全長ジストロフィン復元が、ウエスタンブロットによって確認され(図7F)、ジストロフィン陽性細胞が、すべての処置マウスにおいて検出された(図7G及び図14)。スクランブル非標的化gRNAドナー対照と比較して、ジストロフィン陽性細胞の有意な増加が、g7-スーパーエクソン(1:1)処置マウスについて観察され、1匹のマウスについて、ほぼ50%のジストロフィン陽性細胞が観察された。筋変性のマーカーである血清クレアチンキナーゼレベルは、対照hDMDΔ52/mdxマウスについて、hDMD/mdxマウスと比較して有意に高く、罹患DMD表現型が示唆された(図7H)。加えて、血清クレアチンキナーゼレベルは、hDMDΔ52/mdxマウスにおいて、すべての全身処置後に、低減され、復元された全長ジストロフィンタンパク質によって筋損傷からの保護が示された。
(実施例7)
考察
(実施例7)
考察
DMD遺伝子療法戦略は、30年近く調査されているが、全長ジストロフィンを矯正する戦略は欠如している。本研究において、hDMDΔ52/mdxマウスにおける全長ヒトジストロフィン矯正及び復元のためのHITIに媒介される導入遺伝子の標的化挿入の使用が、実証された。Cas9標的化ゲノムDSBを生成し、切断部位におけるNHEJに媒介される組込みのためのドナー配列を送達するために、二重AAV送達系を使用した。本明細書において、骨格組織及び心臓組織における局所注射及び全身送達後のNHEJに媒介される組込みアプローチの治療能力が、実証された。加えて、ゲノム及び転写編集事象の特徴付け及び定量化のために、高スループットの不偏的シーケンシングを行った。
HITIに媒介される矯正の下流の結果としてジストロフィンタンパク質の復元がもたらされたが、ディープシーケンシング結果は、低いゲノム矯正効率を示す。高いジストロフィンタンパク質復元が低いゲノム編集効率から得られるという観察は、代替的なDMD遺伝子編集アプローチと一貫性がある。正常値の4%未満の低いジストロフィン発現レベルでさえも、潜在的な治療的利益が得られるが、HITI効率を改善することは、ノックイン遺伝子療法戦略の臨床適用への移行に役立つであろう。本明細書において詳述される遺伝子編集戦略は、それが、標的とされる組織及び細胞への強力な送達を必要とするという点においては、他の遺伝子移入戦略と同様であり得る。AAVに媒介される組織特異的形質導入及び発現を改善するための方法、例えば、AAVキャプシド進化及びプロモーター操作により、遺伝子編集活性及び治療能力が改善され得る。加えて、分裂細胞及び非分裂細胞における標的化組込みは、NHEJ調節因子を特定し、HITIに媒介される活性を増強させるための小分子標的の開発につなげることによって、増加し得る。或いは、マイクロホモロジーに媒介される末端結合(MMEJ)、標的染色体への正確な組込み(PiTCh、Precise Integration into Target Chromosome)、相同性に媒介される末端結合(HMEJ)、及び細胞内線形化単一相同アームドナー媒介型イントロン標的化組込み(SATI)を含む、他の標的化遺伝子ノックイン方法を、調査することができる。編集効率の継続的な進歩により、HITIに媒介される導入遺伝子ノックインは、矯正的遺伝子療法戦略の今後の開発に大いに有望である。
前臨床遺伝子編集研究は、ヒト化マウスモデルの使用により利益を得ることができるが、これは、それらが、特にヒト患者を処置するように設計された治療的アプローチの試験を許容するためである。HITIベースの遺伝子療法戦略を、患者において見出される突然変異を再現するDMD疾患モデルに適用するために、DMD患者の突然変異ホットスポットであるエクソン45~55における遺伝子欠失を含むhDMDΔ52/mdxマウスを利用した。失われているエクソン52コーディング配列の標的化組込みの後に、全長タンパク質復元が示された。この矯正的遺伝子療法アプローチを、より大きな患者集団(>20%)に拡大するために、エクソン51の後に位置するすべての患者突然変異を矯正することができる、エクソン51の下流の完全ヒトジストロフィンcDNAコーディング配列をコードするスーパーエクソンを操作し、このアプローチを使用した全長タンパク質の復元が実証された。本研究は、全長ジストロフィンを恒久的に矯正する標的化遺伝子編集アプローチの初めての実証である。このアプローチを、例えば、SaCas9及びイントロン44を標的とするgRNAをコードする1つのAAV、並びにエクソン44の下流(エクソン45~79)のヒトジストロフィンcDNAコーディング配列を含む第2のドナーAAVベクターを有する二重AAVベース系を用いて、エクソン45~55ホットスポット(すべての患者の50%超)内及びその下流に突然変異を有するすべての患者まで拡張した。イントロン44を標的とするgRNAの配列は、表3に示されている。ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン45~79は、配列番号154のポリヌクレオチドによってコードされ得、エクソン45~79の挿入のためのドナー配列の例は、配列番号155に示されている。
操作されたスーパーエクソンドナーは、矯正されたゲノム編集からのmRNA生成の際の正しい転写シグナルを確保するために、短縮されたポリAシグナルをコードする。3’ RACE特徴付けにより、スーパーエクソンにより矯正された転写産物におけるポリA尾部の付加が確認された(図4E)。mRNA安定性のために最適化された3’ UTRを有するスーパーエクソンドナーを操作することを目指す今後の取り組みは、増強された治療能力をもたらし得る。HITIに媒介される単一エクソン及びスーパーエクソン遺伝子編集アプローチはまた、AAV送達ベクターに完全にパッケージングするには大きすぎる場合があるか、又は血友病、嚢胞性線維症、及び1型神経線維腫症を含む広範な患者突然変異によって特徴付けることができる、DMDなどの遺伝子標的を有するものなどを含め、他の遺伝子疾患にも適用することができる。
これまでに、原理証明のHITIに媒介される遺伝子矯正的戦略により、Surveyor分析、インアウトPCR増幅、ddPCR、及びTOPOシーケンシングによる編集結果を特徴付けた。本研究において、多様なHITIに媒介される編集結果のより良好な分解のために、Tn5-トランスポゾンベースのライブラリー調製方法及び不偏的ディープシーケンシング特徴付けを使用した。これらの方法を使用して、意図されるドナー矯正のゲノム部位特異的組込み、逆位ドナー挿入、インデル、AAV-ITR組込み、及びAAV-Cas9コーディング配列を、検出した。cDNA編集の分析は、下流イントロンにおける意図されるドナーの包含、逆位ドナー配列、Cas9コーディング配列、環状RNA、複数エクソンスキップ、及び選択的スプライス部位を含む、オンターゲットの意図したスプライシング及び異常なスプライシングを示した。これらの結果は、すべて、AAV-CRISPRを使用した意図されない編集結果のこれまでの観察と一貫性がある。
これまでに、原理証明のHITIに媒介される遺伝子矯正的戦略により、Surveyor分析、インアウトPCR増幅、ddPCR、及びTOPOシーケンシングによる編集結果を特徴付けた。本研究において、多様なHITIに媒介される編集結果のより良好な分解のために、Tn5-トランスポゾンベースのライブラリー調製方法及び不偏的ディープシーケンシング特徴付けを使用した。これらの方法を使用して、意図されるドナー矯正のゲノム部位特異的組込み、逆位ドナー挿入、インデル、AAV-ITR組込み、及びAAV-Cas9コーディング配列を、検出した。cDNA編集の分析は、下流イントロンにおける意図されるドナーの包含、逆位ドナー配列、Cas9コーディング配列、環状RNA、複数エクソンスキップ、及び選択的スプライス部位を含む、オンターゲットの意図したスプライシング及び異常なスプライシングを示した。これらの結果は、すべて、AAV-CRISPRを使用した意図されない編集結果のこれまでの観察と一貫性がある。
遺伝子編集技術は、遺伝子突然変異を矯正して健常な野生型遺伝子配列を復元する能力に関して、信じられないほどの熱意を集めている。しかしながら、現在臨床試験に進んでいる遺伝子編集戦略の大半は、遺伝子破壊、代償となる因子の活性化、治療用遺伝子を非天然の「セーフハーバー」遺伝子座に導入すること、又は短縮された部分的に機能性の遺伝子配列の作成を伴う。本明細書において詳述される組成物及び方法は、遺伝子疾患の根本的な原因を処置するゲノム編集の完全な能力を実現することへの重要なステップを意味する。
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特定の態様に関する前述の説明は、本開示の一般概念から逸脱することなく、当業者が技能の範囲内の知識を適用することによって、過度の実験を行うことなくそのような特定の態様を容易に修正する、及び/又は様々な用途に適応することができる、本発明の一般的な本質を完全に明らかにしようとするものである。したがって、そのような適応及び修正は、本明細書に提示される教示及び案内に基づいて、開示される態様の均等物の意味及び範囲内であることが意図される。本明細書における表現法又は語法は、説明を目的とするものであり、制限を目的とするものではなく、そのため、本明細書の語法又は表現法は、当業者が教示及び案内を踏まえて解釈すべきものであることを、理解されたい。
本開示の広さ及び範囲は、上述の例示的な態様のいずれによっても制限されるものではなく、以下の特許請求の範囲及びそれらの均等物にのみ従って定義されるものである。
本出願において引用されるすべての刊行物、特許、特許出願、及び/又は他の文書は、それぞれ個々の公開、特許、特許出願、及び/又は他の文書があらゆる目的で参照により個々に組み込まれるのと同程度に、あらゆる目的で、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示の広さ及び範囲は、上述の例示的な態様のいずれによっても制限されるものではなく、以下の特許請求の範囲及びそれらの均等物にのみ従って定義されるものである。
本出願において引用されるすべての刊行物、特許、特許出願、及び/又は他の文書は、それぞれ個々の公開、特許、特許出願、及び/又は他の文書があらゆる目的で参照により個々に組み込まれるのと同程度に、あらゆる目的で、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
完全性の理由から、本発明の様々な態様は、以下の番号付けされた付記に記載される。
付記1.組成物をコードする1つ又は複数のベクターを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、前記組成物が、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
付記2. CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
付記3.組成物をコードする1つ又は複数のベクターを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、前記組成物が、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)と、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
付記4. CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)と、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
付記1.組成物をコードする1つ又は複数のベクターを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、前記組成物が、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
付記2. CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
付記3.組成物をコードする1つ又は複数のベクターを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、前記組成物が、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)と、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
付記4. CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)と、(b)Casタンパク質又はCasタンパク質を含む融合タンパク質と、(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列とを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
付記5.前記gRNAが、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、付記3又は4に記載の系。
付記6.前記gRNAが、配列番号128又は配列番号156のポリヌクレオチド配列内の標的配列にハイブリダイズする、付記1、2、又は5に記載の系。
付記7.前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、付記3~6のいずれか1つに記載の系。
付記8.ドナー配列が、配列番号53のポリヌクレオチド配列を含む、付記1、2、又は7に記載の系。
付記9.前記野生型ジストロフィン遺伝子の前記フラグメントが、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接している、付記1~8のいずれか1つに記載の系。
付記6.前記gRNAが、配列番号128又は配列番号156のポリヌクレオチド配列内の標的配列にハイブリダイズする、付記1、2、又は5に記載の系。
付記7.前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、付記3~6のいずれか1つに記載の系。
付記8.ドナー配列が、配列番号53のポリヌクレオチド配列を含む、付記1、2、又は7に記載の系。
付記9.前記野生型ジストロフィン遺伝子の前記フラグメントが、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接している、付記1~8のいずれか1つに記載の系。
付記10.前記gRNAが、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン51とエクソン52との間にあるイントロンを標的とする、付記1~9のいずれか1つに記載の系。
付記11.前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物の複数のエクソンを含む、付記1~10のいずれか1つに記載の系。
付記12.前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン52、エクソン53、エクソン54、エクソン55、エクソン56、エクソン57、エクソン58、エクソン59、エクソン60、エクソン61、エクソン62、エクソン63、エクソン64、エクソン65、エクソン66、エクソン67、エクソン68、エクソン69、エクソン70、エクソン71、エクソン72、エクソン73、エクソン74、エクソン75、エクソン76、エクソン77、エクソン78、及びエクソン79から選択される1つ若しくは複数のエクソンを含むか、又は前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン52~79を含むか、又は前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン45~79を含む、付記1~11のいずれか1つに記載の系。
付記13.前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン52が、突然変異しているか、若しくは前記ジストロフィン遺伝子から少なくとも部分的に欠失しているか、又は前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン52が、欠失しており、前記イントロンが、対応する野生型ジストロフィン遺伝子において前記欠失したエクソン52が存在するであろう場所に並置されている、付記1~12のいずれか1つに記載の系。
付記14.前記gRNAが、(a)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、(b)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列のフラグメント、(c)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列若しくはそのフラグメントの相補体、(d)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列若しくはその相補体に実質的に同一である、核酸、又は(e)ストリンジェントな条件下において、配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、若しくはその相補体、若しくはそれらに実質的に同一である配列にハイブリダイズする、核酸を含む、ポリヌクレオチド配列に結合し、それを標的とする、付記1~13のいずれか1つに記載の系。
付記11.前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物の複数のエクソンを含む、付記1~10のいずれか1つに記載の系。
付記12.前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン52、エクソン53、エクソン54、エクソン55、エクソン56、エクソン57、エクソン58、エクソン59、エクソン60、エクソン61、エクソン62、エクソン63、エクソン64、エクソン65、エクソン66、エクソン67、エクソン68、エクソン69、エクソン70、エクソン71、エクソン72、エクソン73、エクソン74、エクソン75、エクソン76、エクソン77、エクソン78、及びエクソン79から選択される1つ若しくは複数のエクソンを含むか、又は前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン52~79を含むか、又は前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン45~79を含む、付記1~11のいずれか1つに記載の系。
付記13.前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン52が、突然変異しているか、若しくは前記ジストロフィン遺伝子から少なくとも部分的に欠失しているか、又は前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン52が、欠失しており、前記イントロンが、対応する野生型ジストロフィン遺伝子において前記欠失したエクソン52が存在するであろう場所に並置されている、付記1~12のいずれか1つに記載の系。
付記14.前記gRNAが、(a)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、(b)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列のフラグメント、(c)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列若しくはそのフラグメントの相補体、(d)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列若しくはその相補体に実質的に同一である、核酸、又は(e)ストリンジェントな条件下において、配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、若しくはその相補体、若しくはそれらに実質的に同一である配列にハイブリダイズする、核酸を含む、ポリヌクレオチド配列に結合し、それを標的とする、付記1~13のいずれか1つに記載の系。
付記15.前記gRNAが、配列番号29~51、87、157~170から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、又はそのバリアントに結合し、それを標的とするか、又はそれによってコードされる、付記1~14のいずれか1つに記載の系。
付記16.前記gRNAスペーサーが、配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、その相補体、又はそのバリアントを含む、付記9~15のいずれか1つに記載の系。
付記17.前記gRNAが、配列番号64~86、88、171~184から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、又はそのバリアントを含む、付記1~16のいずれか1つに記載の系。
付記18.前記gRNAが、配列番号35、40、及び44から選択されるポリヌクレオチド配列に結合するか若しくはそれによってコードされるか、又は前記gRNAが、配列番号70、75、及び79から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、付記1~17のいずれか1つに記載の系。
付記19.前記ドナー配列が、配列番号53~56、154、及び155から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、付記1~18のいずれか1つに記載の系。
付記16.前記gRNAスペーサーが、配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、その相補体、又はそのバリアントを含む、付記9~15のいずれか1つに記載の系。
付記17.前記gRNAが、配列番号64~86、88、171~184から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、又はそのバリアントを含む、付記1~16のいずれか1つに記載の系。
付記18.前記gRNAが、配列番号35、40、及び44から選択されるポリヌクレオチド配列に結合するか若しくはそれによってコードされるか、又は前記gRNAが、配列番号70、75、及び79から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、付記1~17のいずれか1つに記載の系。
付記19.前記ドナー配列が、配列番号53~56、154、及び155から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、付記1~18のいずれか1つに記載の系。
付記20.前記ドナー配列が、配列番号55のポリヌクレオチドを含む、付記19に記載の系。
付記21.前記ドナー配列が、配列番号56のポリヌクレオチドを含む、付記19に記載の系。
付記22.前記Casタンパク質が、ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9タンパク質、又はスタフィロコッカス・アウレウスCas9タンパク質である、付記1~21のいずれか1つに記載の系。
付記23.前記Casタンパク質が、配列番号18又は配列番号19のアミノ酸配列を含む、付記1~22のいずれか1つに記載の系。
付記24.前記ベクターが、ウイルスベクターである、付記1、3、及び5~23のいずれか1つに記載の系。
付記21.前記ドナー配列が、配列番号56のポリヌクレオチドを含む、付記19に記載の系。
付記22.前記Casタンパク質が、ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9タンパク質、又はスタフィロコッカス・アウレウスCas9タンパク質である、付記1~21のいずれか1つに記載の系。
付記23.前記Casタンパク質が、配列番号18又は配列番号19のアミノ酸配列を含む、付記1~22のいずれか1つに記載の系。
付記24.前記ベクターが、ウイルスベクターである、付記1、3、及び5~23のいずれか1つに記載の系。
付記25.前記ベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである、付記24に記載の系。
付記26.前記AAVベクターが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV-10、AAV-11、AAV-12、AAV-13、又はAAVrh.74ベクターである、付記25に記載の系。
付記27.前記1つ又は複数のベクターのうちの1つが、配列番号57~60及び129~130から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、付記26に記載の系。
付記28.gRNAとドナー配列との間のモル比が、1:1、又は1:5、又は5:1~1:10、又は1:1~1:5である、付記1~27のいずれか1つに記載の系。
付記29.ドナー配列をコードする組換えポリヌクレオチドであって、前記ドナー配列が、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接しており、前記ドナー配列が、ジストロフィン遺伝子のエクソン52、エクソン53、エクソン54、エクソン55、エクソン56、エクソン57、エクソン58、エクソン59、エクソン60、エクソン61、エクソン62、エクソン63、エクソン64、エクソン65、エクソン66、エクソン67、エクソン68、エクソン69、エクソン70、エクソン71、エクソン72、エクソン73、エクソン74、エクソン75、エクソン76、エクソン77、エクソン78、及びエクソン79から選択される1つ又は複数のエクソンを含む、組換えポリヌクレオチド。
付記26.前記AAVベクターが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV-10、AAV-11、AAV-12、AAV-13、又はAAVrh.74ベクターである、付記25に記載の系。
付記27.前記1つ又は複数のベクターのうちの1つが、配列番号57~60及び129~130から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、付記26に記載の系。
付記28.gRNAとドナー配列との間のモル比が、1:1、又は1:5、又は5:1~1:10、又は1:1~1:5である、付記1~27のいずれか1つに記載の系。
付記29.ドナー配列をコードする組換えポリヌクレオチドであって、前記ドナー配列が、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接しており、前記ドナー配列が、ジストロフィン遺伝子のエクソン52、エクソン53、エクソン54、エクソン55、エクソン56、エクソン57、エクソン58、エクソン59、エクソン60、エクソン61、エクソン62、エクソン63、エクソン64、エクソン65、エクソン66、エクソン67、エクソン68、エクソン69、エクソン70、エクソン71、エクソン72、エクソン73、エクソン74、エクソン75、エクソン76、エクソン77、エクソン78、及びエクソン79から選択される1つ又は複数のエクソンを含む、組換えポリヌクレオチド。
付記30.前記ジストロフィン遺伝子が、ヒトジストロフィン遺伝子である、付記1~28のいずれか1つに記載の系、又は付記29に記載の組換えポリヌクレオチド。
付記31.前記系が、配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす、付記30に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
付記32.前記ドナー配列が、前記ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン52~79を含むポリヌクレオチド配列を含む、付記30又は31に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
付記33.前記ドナー配列が、配列番号55又は配列番号56のポリヌクレオチド配列を含む、付記32に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
付記34.配列番号57~60から選択される配列を含む、付記29に記載の組換えポリヌクレオチド。
付記31.前記系が、配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす、付記30に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
付記32.前記ドナー配列が、前記ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン52~79を含むポリヌクレオチド配列を含む、付記30又は31に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
付記33.前記ドナー配列が、配列番号55又は配列番号56のポリヌクレオチド配列を含む、付記32に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
付記34.配列番号57~60から選択される配列を含む、付記29に記載の組換えポリヌクレオチド。
付記35.付記27~32のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチドを含む、ベクター。
付記36.付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド又は付記35に記載のベクターを含む、細胞。
付記37.突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞において、ジストロフィン機能を復元するための組成物であって、付記1~28若しくは30~33のいずれか1つに記載の系、付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド、又は付記35に記載のベクターを含む、組成物。
付記38.付記1~28若しくは30~33のいずれか1つに記載の系、付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド、又は付記35に記載のベクター、又は付記35に記載の組成物を含む、キット。
付記39.突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するための方法であって、前記細胞又は対象を、付記1~28若しくは30~33のいずれか1つに記載の系、付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド、又は付記35に記載のベクター、又は付記37に記載の組成物と接触させるステップを含む、方法。
付記36.付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド又は付記35に記載のベクターを含む、細胞。
付記37.突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞において、ジストロフィン機能を復元するための組成物であって、付記1~28若しくは30~33のいずれか1つに記載の系、付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド、又は付記35に記載のベクターを含む、組成物。
付記38.付記1~28若しくは30~33のいずれか1つに記載の系、付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド、又は付記35に記載のベクター、又は付記35に記載の組成物を含む、キット。
付記39.突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するための方法であって、前記細胞又は対象を、付記1~28若しくは30~33のいずれか1つに記載の系、付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド、又は付記35に記載のベクター、又は付記37に記載の組成物と接触させるステップを含む、方法。
付記40.配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす、付記39に記載の方法。
付記41.1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンによって引き起こされる破壊されたジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するための方法であって、前記細胞又は前記対象を、付記1~28若しくは30~33のいずれか1つに記載の系、付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド、又は付記35に記載のベクター、又は付記37に記載の組成物と接触させるステップを含む、方法。
付記42.配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす、付記41に記載の方法。
付記43.ジストロフィン機能が、前記1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンに対応するジストロフィン遺伝子の1つ又は複数の野生型エクソンを挿入することによって復元される、付記41又は42に記載の方法。
付記44.前記対象が、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに罹患している、付記39~43のいずれか1つに記載の方法。
付記41.1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンによって引き起こされる破壊されたジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するための方法であって、前記細胞又は前記対象を、付記1~28若しくは30~33のいずれか1つに記載の系、付記29~34のいずれか1つに記載の組換えポリヌクレオチド、又は付記35に記載のベクター、又は付記37に記載の組成物と接触させるステップを含む、方法。
付記42.配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす、付記41に記載の方法。
付記43.ジストロフィン機能が、前記1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンに対応するジストロフィン遺伝子の1つ又は複数の野生型エクソンを挿入することによって復元される、付記41又は42に記載の方法。
付記44.前記対象が、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに罹患している、付記39~43のいずれか1つに記載の方法。
付記45.ジストロフィン遺伝子を矯正するためのゲノム編集系であって、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52~79又はエクソン45~79を含むドナー配列を含む、ゲノム編集系。
付記46.ホーミングエンドヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、TALEN、及びCasタンパク質から選択されるヌクレアーゼをさらに含む、付記45に記載のゲノム編集系。
配列
配列番号1
NRG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずかであり得る)
配列番号2
NGG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号3
NAG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号4
NGGNG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずかであり得る)
配列番号5
NNAGAAW(W=A又はT、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号6
NAAR(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号7
NNGRR(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号8
NNGRRN(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号9
NNGRRT(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号10
NNGRRV(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号11
NNNNGATT(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号12
NNNNGNNN(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずかであり得る)
配列番号13
NGA(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずかであり得る)
配列番号14
NNNRRT(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号15
ATTCCT
配列番号16
NGAN(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号17
NGNG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号18
ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9
MDKKYSIGLDIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
配列番号19
スタフィロコッカス・アウレウスCas9分子
MKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
配列番号20
S.ピオゲネスCas9をコードする、コドン最適化されたポリヌクレオチド
配列番号21
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
配列番号22
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
配列番号23
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
配列番号24
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
atggccccaaagaagaagcggaaggtcggtatccacggagtcccagcagccaagcggaactacatcctgggcctggacatcggcatcaccagcgtgggctacggcatcatcgactacgagacacgggacgtgatcgatgccggcgtgcggctgttcaaagaggccaacgtggaaaacaacgagggcaggcggagcaagagaggcgccagaaggctgaagcggcggaggcggcatagaatccagagagtgaagaagctgctgttcgactacaacctgctgaccgaccacagcgagctgagcggcatcaacccctacgaggccagagtgaagggcctgagccagaagctgagcgaggaagagttctctgccgccctgctgcacctggccaagagaagaggcgtgcacaacgtgaacgaggtggaagaggacaccggcaacgagctgtccaccagagagcagatcagccggaacagcaaggccctggaagagaaatacgtggccgaactgcagctggaacggctgaagaaagacggcgaagtgcggggcagcatcaacagattcaagaccagcgactacgtgaaagaagccaaacagctgctgaaggtgcagaaggcctaccaccagctggaccagagcttcatcgacacctacatcgacctgctggaaacccggcggacctactatgagggacctggcgagggcagccccttcggctggaaggacatcaaagaatggtacgagatgctgatgggccactgcacctacttccccgaggaactgcggagcgtgaagtacgcctacaacgccgacctgtacaacgccctgaacgacctgaacaatctcgtgatcaccagggacgagaacgagaagctggaatattacgagaagttccagatcatcgagaacgtgttcaagcagaagaagaagcccaccctgaagcagatcgccaaagaaatcctcgtgaacgaagaggatattaagggctacagagtgaccagcaccggcaagcccgagttcaccaacctgaaggtgtaccacgacatcaaggacattaccgcccggaaagagattattgagaacgccgagctgctggatcagattgccaagatcctgaccatctaccagagcagcgaggacatccaggaagaactgaccaatctgaactccgagctgacccaggaagagatcgagcagatctctaatctgaagggctataccggcacccacaacctgagcctgaaggccatcaacctgatcctggacgagctgtggcacaccaacgacaaccagatcgctatcttcaaccggctgaagctggtgcccaagaaggtggacctgtcccagcagaaagagatccccaccaccctggtggacgacttcatcctgagccccgtcgtgaagagaagcttcatccagagcatcaaagtgatcaacgccatcatcaagaagtacggcctgcccaacgacatcattatcgagctggcccgcgagaagaactccaaggacgcccagaaaatgatcaacgagatgcagaagcggaaccggcagaccaacgagcggatcgaggaaatcatccggaccaccggcaaagagaacgccaagtacctgatcgagaagatcaagctgcacgacatgcaggaaggcaagtgcctgtacagcctggaagccatccctctggaagatctgctgaacaaccccttcaactatgaggtggaccacatcatccccagaagcgtgtccttcgacaacagcttcaacaacaaggtgctcgtgaagcaggaagaaaacagcaagaagggcaaccggaccccattccagtacctgagcagcagcgacagcaagatcagctacgaaaccttcaagaagcacatcctgaatctggccaagggcaagggcagaatcagcaagaccaagaaagagtatctgctggaagaacgggacatcaacaggttctccgtgcagaaagacttcatcaaccggaacctggtggataccagatacgccaccagaggcctgatgaacctgctgcggagctacttcagagtgaacaacctggacgtgaaagtgaagtccatcaatggcggcttcaccagctttctgcggcggaagtggaagtttaagaaagagcggaacaaggggtacaagcaccacgccgaggacgccctgatcattgccaacgccgatttcatcttcaaagagtggaagaaactggacaaggccaaaaaagtgatggaaaaccagatgttcgaggaaaggcaggccgagagcatgcccgagatcgaaaccgagcaggagtacaaagagatcttcatcaccccccaccagatcaagcacattaaggacttcaaggactacaagtacagccaccgggtggacaagaagcctaatagagagctgattaacgacaccctgtactccacccggaaggacgacaagggcaacaccctgatcgtgaacaatctgaacggcctgtacgacaaggacaatgacaagctgaaaaagctgatcaacaagagccccgaaaagctgctgatgtaccaccacgacccccagacctaccagaaactgaagctgattatggaacagtacggcgacgagaagaatcccctgtacaagtactacgaggaaaccgggaactacctgaccaagtactccaaaaaggacaacggccccgtgatcaagaagattaagtattacggcaacaaactgaacgcccatctggacatcaccgacgactaccccaacagcagaaacaaggtcgtgaagctgtccctgaagccctacagattcgacgtgtacctggacaatggcgtgtacaagttcgtgaccgtgaagaatctggatgtgatcaaaaaagaaaactactacgaagtgaatagcaagtgctatgaggaagctaagaagctgaagaagatcagcaaccaggccgagtttatcgcctccttctacaacaacgatctgatcaagatcaacggcgagctgtatagagtgatcggcgtgaacaacgacctgctgaaccggatcgaagtgaacatgatcgacatcacctaccgcgagtacctggaaaacatgaacgacaagaggccccccaggatcattaagacaatcgcctccaagacccagagcattaagaagtacagcacagacattctgggcaacctgtatgaagtgaaatctaagaagcaccctcagatcatcaaaaagggcaaaaggccggcggccacgaaaaaggccggccaggcaaaaaagaaaaag
配列番号25
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
配列番号26
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
atggccccaaagaagaagcggaaggtcggtatccacggagtcccagcagccaagcggaactacatcctgggcctggacatcggcatcaccagcgtgggctacggcatcatcgactacgagacacgggacgtgatcgatgccggcgtgcggctgttcaaagaggccaacgtggaaaacaacgagggcaggcggagcaagagaggcgccagaaggctgaagcggcggaggcggcatagaatccagagagtgaagaagctgctgttcgactacaacctgctgaccgaccacagcgagctgagcggcatcaacccctacgaggccagagtgaagggcctgagccagaagctgagcgaggaagagttctctgccgccctgctgcacctggccaagagaagaggcgtgcacaacgtgaacgaggtggaagaggacaccggcaacgagctgtccaccaaagagcagatcagccggaacagcaaggccctggaagagaaatacgtggccgaactgcagctggaacggctgaagaaagacggcgaagtgcggggcagcatcaacagattcaagaccagcgactacgtgaaagaagccaaacagctgctgaaggtgcagaaggcctaccaccagctggaccagagcttcatcgacacctacatcgacctgctggaaacccggcggacctactatgagggacctggcgagggcagccccttcggctggaaggacatcaaagaatggtacgagatgctgatgggccactgcacctacttccccgaggaactgcggagcgtgaagtacgcctacaacgccgacctgtacaacgccctgaacgacctgaacaatctcgtgatcaccagggacgagaacgagaagctggaatattacgagaagttccagatcatcgagaacgtgttcaagcagaagaagaagcccaccctgaagcagatcgccaaagaaatcctcgtgaacgaagaggatattaagggctacagagtgaccagcaccggcaagcccgagttcaccaacctgaaggtgtaccacgacatcaaggacattaccgcccggaaagagattattgagaacgccgagctgctggatcagattgccaagatcctgaccatctaccagagcagcgaggacatccaggaagaactgaccaatctgaactccgagctgacccaggaagagatcgagcagatctctaatctgaagggctataccggcacccacaacctgagcctgaaggccatcaacctgatcctggacgagctgtggcacaccaacgacaaccagatcgctatcttcaaccggctgaagctggtgcccaagaaggtggacctgtcccagcagaaagagatccccaccaccctggtggacgacttcatcctgagccccgtcgtgaagagaagcttcatccagagcatcaaagtgatcaacgccatcatcaagaagtacggcctgcccaacgacatcattatcgagctggcccgcgagaagaactccaaggacgcccagaaaatgatcaacgagatgcagaagcggaaccggcagaccaacgagcggatcgaggaaatcatccggaccaccggcaaagagaacgccaagtacctgatcgagaagatcaagctgcacgacatgcaggaaggcaagtgcctgtacagcctggaagccatccctctggaagatctgctgaacaaccccttcaactatgaggtggaccacatcatccccagaagcgtgtccttcgacaacagcttcaacaacaaggtgctcgtgaagcaggaagaaaacagcaagaagggcaaccggaccccattccagtacctgagcagcagcgacagcaagatcagctacgaaaccttcaagaagcacatcctgaatctggccaagggcaagggcagaatcagcaagaccaagaaagagtatctgctggaagaacgggacatcaacaggttctccgtgcagaaagacttcatcaaccggaacctggtggataccagatacgccaccagaggcctgatgaacctgctgcggagctacttcagagtgaacaacctggacgtgaaagtgaagtccatcaatggcggcttcaccagctttctgcggcggaagtggaagtttaagaaagagcggaacaaggggtacaagcaccacgccgaggacgccctgatcattgccaacgccgatttcatcttcaaagagtggaagaaactggacaaggccaaaaaagtgatggaaaaccagatgttcgaggaaaagcaggccgagagcatgcccgagatcgaaaccgagcaggagtacaaagagatcttcatcaccccccaccagatcaagcacattaaggacttcaaggactacaagtacagccaccgggtggacaagaagcctaatagagagctgattaacgacaccctgtactccacccggaaggacgacaagggcaacaccctgatcgtgaacaatctgaacggcctgtacgacaaggacaatgacaagctgaaaaagctgatcaacaagagccccgaaaagctgctgatgtaccaccacgacccccagacctaccagaaactgaagctgattatggaacagtacggcgacgagaagaatcccctgtacaagtactacgaggaaaccgggaactacctgaccaagtactccaaaaaggacaacggccccgtgatcaagaagattaagtattacggcaacaaactgaacgcccatctggacatcaccgacgactaccccaacagcagaaacaaggtcgtgaagctgtccctgaagccctacagattcgacgtgtacctggacaatggcgtgtacaagttcgtgaccgtgaagaatctggatgtgatcaaaaaagaaaactactacgaagtgaatagcaagtgctatgaggaagctaagaagctgaagaagatcagcaaccaggccgagtttatcgcctccttctacaacaacgatctgatcaagatcaacggcgagctgtatagagtgatcggcgtgaacaacgacctgctgaaccggatcgaagtgaacatgatcgacatcacctaccgcgagtacctggaaaacatgaacgacaagaggccccccaggatcattaagacaatcgcctccaagacccagagcattaagaagtacagcacagacattctgggcaacctgtatgaagtgaaatctaagaagcaccctcagatcatcaaaaagggcaaaaggccggcggccacgaaaaaggccggccaggcaaaaaagaaaaag
配列番号27
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
aagcggaactacatcctgggcctggacatcggcatcaccagcgtgggctacggcatcatcgactacgagacacgggacgtgatcgatgccggcgtgcggctgttcaaagaggccaacgtggaaaacaacgagggcaggcggagcaagagaggcgccagaaggctgaagcggcggaggcggcatagaatccagagagtgaagaagctgctgttcgactacaacctgctgaccgaccacagcgagctgagcggcatcaacccctacgaggccagagtgaagggcctgagccagaagctgagcgaggaagagttctctgccgccctgctgcacctggccaagagaagaggcgtgcacaacgtgaacgaggtggaagaggacaccggcaacgagctgtccaccaaagagcagatcagccggaacagcaaggccctggaagagaaatacgtggccgaactgcagctggaacggctgaagaaagacggcgaagtgcggggcagcatcaacagattcaagaccagcgactacgtgaaagaagccaaacagctgctgaaggtgcagaaggcctaccaccagctggaccagagcttcatcgacacctacatcgacctgctggaaacccggcggacctactatgagggacctggcgagggcagccccttcggctggaaggacatcaaagaatggtacgagatgctgatgggccactgcacctacttccccgaggaactgcggagcgtgaagtacgcctacaacgccgacctgtacaacgccctgaacgacctgaacaatctcgtgatcaccagggacgagaacgagaagctggaatattacgagaagttccagatcatcgagaacgtgttcaagcagaagaagaagcccaccctgaagcagatcgccaaagaaatcctcgtgaacgaagaggatattaagggctacagagtgaccagcaccggcaagcccgagttcaccaacctgaaggtgtaccacgacatcaaggacattaccgcccggaaagagattattgagaacgccgagctgctggatcagattgccaagatcctgaccatctaccagagcagcgaggacatccaggaagaactgaccaatctgaactccgagctgacccaggaagagatcgagcagatctctaatctgaagggctataccggcacccacaacctgagcctgaaggccatcaacctgatcctggacgagctgtggcacaccaacgacaaccagatcgctatcttcaaccggctgaagctggtgcccaagaaggtggacctgtcccagcagaaagagatccccaccaccctggtggacgacttcatcctgagccccgtcgtgaagagaagcttcatccagagcatcaaagtgatcaacgccatcatcaagaagtacggcctgcccaacgacatcattatcgagctggcccgcgagaagaactccaaggacgcccagaaaatgatcaacgagatgcagaagcggaaccggcagaccaacgagcggatcgaggaaatcatccggaccaccggcaaagagaacgccaagtacctgatcgagaagatcaagctgcacgacatgcaggaaggcaagtgcctgtacagcctggaagccatccctctggaagatctgctgaacaaccccttcaactatgaggtggaccacatcatccccagaagcgtgtccttcgacaacagcttcaacaacaaggtgctcgtgaagcaggaagaaaacagcaagaagggcaaccggaccccattccagtacctgagcagcagcgacagcaagatcagctacgaaaccttcaagaagcacatcctgaatctggccaagggcaagggcagaatcagcaagaccaagaaagagtatctgctggaagaacgggacatcaacaggttctccgtgcagaaagacttcatcaaccggaacctggtggataccagatacgccaccagaggcctgatgaacctgctgcggagctacttcagagtgaacaacctggacgtgaaagtgaagtccatcaatggcggcttcaccagctttctgcggcggaagtggaagtttaagaaagagcggaacaaggggtacaagcaccacgccgaggacgccctgatcattgccaacgccgatttcatcttcaaagagtggaagaaactggacaaggccaaaaaagtgatggaaaaccagatgttcgaggaaaagcaggccgagagcatgcccgagatcgaaaccgagcaggagtacaaagagatcttcatcaccccccaccagatcaagcacattaaggacttcaaggactacaagtacagccaccgggtggacaagaagcctaatagagagctgattaacgacaccctgtactccacccggaaggacgacaagggcaacaccctgatcgtgaacaatctgaacggcctgtacgacaaggacaatgacaagctgaaaaagctgatcaacaagagccccgaaaagctgctgatgtaccaccacgacccccagacctaccagaaactgaagctgattatggaacagtacggcgacgagaagaatcccctgtacaagtactacgaggaaaccgggaactacctgaccaagtactccaaaaaggacaacggccccgtgatcaagaagattaagtattacggcaacaaactgaacgcccatctggacatcaccgacgactaccccaacagcagaaacaaggtcgtgaagctgtccctgaagccctacagattcgacgtgtacctggacaatggcgtgtacaagttcgtgaccgtgaagaatctggatgtgatcaaaaaagaaaactactacgaagtgaatagcaagtgctatgaggaagctaagaagctgaagaagatcagcaaccaggccgagtttatcgcctccttctacaacaacgatctgatcaagatcaacggcgagctgtatagagtgatcggcgtgaacaacgacctgctgaaccggatcgaagtgaacatgatcgacatcacctaccgcgagtacctggaaaacatgaacgacaagaggccccccaggatcattaagacaatcgcctccaagacccagagcattaagaagtacagcacagacattctgggcaacctgtatgaagtgaaatctaagaagcaccctcagatcatcaaaaagggc
配列番号28
S.アウレウスCas9をコードするコドン最適化された核酸配列をコードするベクター(pDO242)
付記46.ホーミングエンドヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、TALEN、及びCasタンパク質から選択されるヌクレアーゼをさらに含む、付記45に記載のゲノム編集系。
配列
配列番号1
NRG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずかであり得る)
配列番号2
NGG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号3
NAG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号4
NGGNG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずかであり得る)
配列番号5
NNAGAAW(W=A又はT、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号6
NAAR(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号7
NNGRR(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号8
NNGRRN(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号9
NNGRRT(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号10
NNGRRV(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号11
NNNNGATT(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号12
NNNNGNNN(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずかであり得る)
配列番号13
NGA(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずかであり得る)
配列番号14
NNNRRT(R=A又はG、Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号15
ATTCCT
配列番号16
NGAN(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号17
NGNG(Nは、任意のヌクレオチド残基、例えば、A、G、C、又はTのうちのいずれかであり得る)
配列番号18
ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9
MDKKYSIGLDIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
配列番号19
スタフィロコッカス・アウレウスCas9分子
MKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
配列番号20
S.ピオゲネスCas9をコードする、コドン最適化されたポリヌクレオチド
配列番号21
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
配列番号22
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
配列番号23
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
配列番号24
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
atggccccaaagaagaagcggaaggtcggtatccacggagtcccagcagccaagcggaactacatcctgggcctggacatcggcatcaccagcgtgggctacggcatcatcgactacgagacacgggacgtgatcgatgccggcgtgcggctgttcaaagaggccaacgtggaaaacaacgagggcaggcggagcaagagaggcgccagaaggctgaagcggcggaggcggcatagaatccagagagtgaagaagctgctgttcgactacaacctgctgaccgaccacagcgagctgagcggcatcaacccctacgaggccagagtgaagggcctgagccagaagctgagcgaggaagagttctctgccgccctgctgcacctggccaagagaagaggcgtgcacaacgtgaacgaggtggaagaggacaccggcaacgagctgtccaccagagagcagatcagccggaacagcaaggccctggaagagaaatacgtggccgaactgcagctggaacggctgaagaaagacggcgaagtgcggggcagcatcaacagattcaagaccagcgactacgtgaaagaagccaaacagctgctgaaggtgcagaaggcctaccaccagctggaccagagcttcatcgacacctacatcgacctgctggaaacccggcggacctactatgagggacctggcgagggcagccccttcggctggaaggacatcaaagaatggtacgagatgctgatgggccactgcacctacttccccgaggaactgcggagcgtgaagtacgcctacaacgccgacctgtacaacgccctgaacgacctgaacaatctcgtgatcaccagggacgagaacgagaagctggaatattacgagaagttccagatcatcgagaacgtgttcaagcagaagaagaagcccaccctgaagcagatcgccaaagaaatcctcgtgaacgaagaggatattaagggctacagagtgaccagcaccggcaagcccgagttcaccaacctgaaggtgtaccacgacatcaaggacattaccgcccggaaagagattattgagaacgccgagctgctggatcagattgccaagatcctgaccatctaccagagcagcgaggacatccaggaagaactgaccaatctgaactccgagctgacccaggaagagatcgagcagatctctaatctgaagggctataccggcacccacaacctgagcctgaaggccatcaacctgatcctggacgagctgtggcacaccaacgacaaccagatcgctatcttcaaccggctgaagctggtgcccaagaaggtggacctgtcccagcagaaagagatccccaccaccctggtggacgacttcatcctgagccccgtcgtgaagagaagcttcatccagagcatcaaagtgatcaacgccatcatcaagaagtacggcctgcccaacgacatcattatcgagctggcccgcgagaagaactccaaggacgcccagaaaatgatcaacgagatgcagaagcggaaccggcagaccaacgagcggatcgaggaaatcatccggaccaccggcaaagagaacgccaagtacctgatcgagaagatcaagctgcacgacatgcaggaaggcaagtgcctgtacagcctggaagccatccctctggaagatctgctgaacaaccccttcaactatgaggtggaccacatcatccccagaagcgtgtccttcgacaacagcttcaacaacaaggtgctcgtgaagcaggaagaaaacagcaagaagggcaaccggaccccattccagtacctgagcagcagcgacagcaagatcagctacgaaaccttcaagaagcacatcctgaatctggccaagggcaagggcagaatcagcaagaccaagaaagagtatctgctggaagaacgggacatcaacaggttctccgtgcagaaagacttcatcaaccggaacctggtggataccagatacgccaccagaggcctgatgaacctgctgcggagctacttcagagtgaacaacctggacgtgaaagtgaagtccatcaatggcggcttcaccagctttctgcggcggaagtggaagtttaagaaagagcggaacaaggggtacaagcaccacgccgaggacgccctgatcattgccaacgccgatttcatcttcaaagagtggaagaaactggacaaggccaaaaaagtgatggaaaaccagatgttcgaggaaaggcaggccgagagcatgcccgagatcgaaaccgagcaggagtacaaagagatcttcatcaccccccaccagatcaagcacattaaggacttcaaggactacaagtacagccaccgggtggacaagaagcctaatagagagctgattaacgacaccctgtactccacccggaaggacgacaagggcaacaccctgatcgtgaacaatctgaacggcctgtacgacaaggacaatgacaagctgaaaaagctgatcaacaagagccccgaaaagctgctgatgtaccaccacgacccccagacctaccagaaactgaagctgattatggaacagtacggcgacgagaagaatcccctgtacaagtactacgaggaaaccgggaactacctgaccaagtactccaaaaaggacaacggccccgtgatcaagaagattaagtattacggcaacaaactgaacgcccatctggacatcaccgacgactaccccaacagcagaaacaaggtcgtgaagctgtccctgaagccctacagattcgacgtgtacctggacaatggcgtgtacaagttcgtgaccgtgaagaatctggatgtgatcaaaaaagaaaactactacgaagtgaatagcaagtgctatgaggaagctaagaagctgaagaagatcagcaaccaggccgagtttatcgcctccttctacaacaacgatctgatcaagatcaacggcgagctgtatagagtgatcggcgtgaacaacgacctgctgaaccggatcgaagtgaacatgatcgacatcacctaccgcgagtacctggaaaacatgaacgacaagaggccccccaggatcattaagacaatcgcctccaagacccagagcattaagaagtacagcacagacattctgggcaacctgtatgaagtgaaatctaagaagcaccctcagatcatcaaaaagggcaaaaggccggcggccacgaaaaaggccggccaggcaaaaaagaaaaag
配列番号25
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
配列番号26
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
atggccccaaagaagaagcggaaggtcggtatccacggagtcccagcagccaagcggaactacatcctgggcctggacatcggcatcaccagcgtgggctacggcatcatcgactacgagacacgggacgtgatcgatgccggcgtgcggctgttcaaagaggccaacgtggaaaacaacgagggcaggcggagcaagagaggcgccagaaggctgaagcggcggaggcggcatagaatccagagagtgaagaagctgctgttcgactacaacctgctgaccgaccacagcgagctgagcggcatcaacccctacgaggccagagtgaagggcctgagccagaagctgagcgaggaagagttctctgccgccctgctgcacctggccaagagaagaggcgtgcacaacgtgaacgaggtggaagaggacaccggcaacgagctgtccaccaaagagcagatcagccggaacagcaaggccctggaagagaaatacgtggccgaactgcagctggaacggctgaagaaagacggcgaagtgcggggcagcatcaacagattcaagaccagcgactacgtgaaagaagccaaacagctgctgaaggtgcagaaggcctaccaccagctggaccagagcttcatcgacacctacatcgacctgctggaaacccggcggacctactatgagggacctggcgagggcagccccttcggctggaaggacatcaaagaatggtacgagatgctgatgggccactgcacctacttccccgaggaactgcggagcgtgaagtacgcctacaacgccgacctgtacaacgccctgaacgacctgaacaatctcgtgatcaccagggacgagaacgagaagctggaatattacgagaagttccagatcatcgagaacgtgttcaagcagaagaagaagcccaccctgaagcagatcgccaaagaaatcctcgtgaacgaagaggatattaagggctacagagtgaccagcaccggcaagcccgagttcaccaacctgaaggtgtaccacgacatcaaggacattaccgcccggaaagagattattgagaacgccgagctgctggatcagattgccaagatcctgaccatctaccagagcagcgaggacatccaggaagaactgaccaatctgaactccgagctgacccaggaagagatcgagcagatctctaatctgaagggctataccggcacccacaacctgagcctgaaggccatcaacctgatcctggacgagctgtggcacaccaacgacaaccagatcgctatcttcaaccggctgaagctggtgcccaagaaggtggacctgtcccagcagaaagagatccccaccaccctggtggacgacttcatcctgagccccgtcgtgaagagaagcttcatccagagcatcaaagtgatcaacgccatcatcaagaagtacggcctgcccaacgacatcattatcgagctggcccgcgagaagaactccaaggacgcccagaaaatgatcaacgagatgcagaagcggaaccggcagaccaacgagcggatcgaggaaatcatccggaccaccggcaaagagaacgccaagtacctgatcgagaagatcaagctgcacgacatgcaggaaggcaagtgcctgtacagcctggaagccatccctctggaagatctgctgaacaaccccttcaactatgaggtggaccacatcatccccagaagcgtgtccttcgacaacagcttcaacaacaaggtgctcgtgaagcaggaagaaaacagcaagaagggcaaccggaccccattccagtacctgagcagcagcgacagcaagatcagctacgaaaccttcaagaagcacatcctgaatctggccaagggcaagggcagaatcagcaagaccaagaaagagtatctgctggaagaacgggacatcaacaggttctccgtgcagaaagacttcatcaaccggaacctggtggataccagatacgccaccagaggcctgatgaacctgctgcggagctacttcagagtgaacaacctggacgtgaaagtgaagtccatcaatggcggcttcaccagctttctgcggcggaagtggaagtttaagaaagagcggaacaaggggtacaagcaccacgccgaggacgccctgatcattgccaacgccgatttcatcttcaaagagtggaagaaactggacaaggccaaaaaagtgatggaaaaccagatgttcgaggaaaagcaggccgagagcatgcccgagatcgaaaccgagcaggagtacaaagagatcttcatcaccccccaccagatcaagcacattaaggacttcaaggactacaagtacagccaccgggtggacaagaagcctaatagagagctgattaacgacaccctgtactccacccggaaggacgacaagggcaacaccctgatcgtgaacaatctgaacggcctgtacgacaaggacaatgacaagctgaaaaagctgatcaacaagagccccgaaaagctgctgatgtaccaccacgacccccagacctaccagaaactgaagctgattatggaacagtacggcgacgagaagaatcccctgtacaagtactacgaggaaaccgggaactacctgaccaagtactccaaaaaggacaacggccccgtgatcaagaagattaagtattacggcaacaaactgaacgcccatctggacatcaccgacgactaccccaacagcagaaacaaggtcgtgaagctgtccctgaagccctacagattcgacgtgtacctggacaatggcgtgtacaagttcgtgaccgtgaagaatctggatgtgatcaaaaaagaaaactactacgaagtgaatagcaagtgctatgaggaagctaagaagctgaagaagatcagcaaccaggccgagtttatcgcctccttctacaacaacgatctgatcaagatcaacggcgagctgtatagagtgatcggcgtgaacaacgacctgctgaaccggatcgaagtgaacatgatcgacatcacctaccgcgagtacctggaaaacatgaacgacaagaggccccccaggatcattaagacaatcgcctccaagacccagagcattaagaagtacagcacagacattctgggcaacctgtatgaagtgaaatctaagaagcaccctcagatcatcaaaaagggcaaaaggccggcggccacgaaaaaggccggccaggcaaaaaagaaaaag
配列番号27
S.アウレウスCas9をコードする、コドン最適化された核酸配列
aagcggaactacatcctgggcctggacatcggcatcaccagcgtgggctacggcatcatcgactacgagacacgggacgtgatcgatgccggcgtgcggctgttcaaagaggccaacgtggaaaacaacgagggcaggcggagcaagagaggcgccagaaggctgaagcggcggaggcggcatagaatccagagagtgaagaagctgctgttcgactacaacctgctgaccgaccacagcgagctgagcggcatcaacccctacgaggccagagtgaagggcctgagccagaagctgagcgaggaagagttctctgccgccctgctgcacctggccaagagaagaggcgtgcacaacgtgaacgaggtggaagaggacaccggcaacgagctgtccaccaaagagcagatcagccggaacagcaaggccctggaagagaaatacgtggccgaactgcagctggaacggctgaagaaagacggcgaagtgcggggcagcatcaacagattcaagaccagcgactacgtgaaagaagccaaacagctgctgaaggtgcagaaggcctaccaccagctggaccagagcttcatcgacacctacatcgacctgctggaaacccggcggacctactatgagggacctggcgagggcagccccttcggctggaaggacatcaaagaatggtacgagatgctgatgggccactgcacctacttccccgaggaactgcggagcgtgaagtacgcctacaacgccgacctgtacaacgccctgaacgacctgaacaatctcgtgatcaccagggacgagaacgagaagctggaatattacgagaagttccagatcatcgagaacgtgttcaagcagaagaagaagcccaccctgaagcagatcgccaaagaaatcctcgtgaacgaagaggatattaagggctacagagtgaccagcaccggcaagcccgagttcaccaacctgaaggtgtaccacgacatcaaggacattaccgcccggaaagagattattgagaacgccgagctgctggatcagattgccaagatcctgaccatctaccagagcagcgaggacatccaggaagaactgaccaatctgaactccgagctgacccaggaagagatcgagcagatctctaatctgaagggctataccggcacccacaacctgagcctgaaggccatcaacctgatcctggacgagctgtggcacaccaacgacaaccagatcgctatcttcaaccggctgaagctggtgcccaagaaggtggacctgtcccagcagaaagagatccccaccaccctggtggacgacttcatcctgagccccgtcgtgaagagaagcttcatccagagcatcaaagtgatcaacgccatcatcaagaagtacggcctgcccaacgacatcattatcgagctggcccgcgagaagaactccaaggacgcccagaaaatgatcaacgagatgcagaagcggaaccggcagaccaacgagcggatcgaggaaatcatccggaccaccggcaaagagaacgccaagtacctgatcgagaagatcaagctgcacgacatgcaggaaggcaagtgcctgtacagcctggaagccatccctctggaagatctgctgaacaaccccttcaactatgaggtggaccacatcatccccagaagcgtgtccttcgacaacagcttcaacaacaaggtgctcgtgaagcaggaagaaaacagcaagaagggcaaccggaccccattccagtacctgagcagcagcgacagcaagatcagctacgaaaccttcaagaagcacatcctgaatctggccaagggcaagggcagaatcagcaagaccaagaaagagtatctgctggaagaacgggacatcaacaggttctccgtgcagaaagacttcatcaaccggaacctggtggataccagatacgccaccagaggcctgatgaacctgctgcggagctacttcagagtgaacaacctggacgtgaaagtgaagtccatcaatggcggcttcaccagctttctgcggcggaagtggaagtttaagaaagagcggaacaaggggtacaagcaccacgccgaggacgccctgatcattgccaacgccgatttcatcttcaaagagtggaagaaactggacaaggccaaaaaagtgatggaaaaccagatgttcgaggaaaagcaggccgagagcatgcccgagatcgaaaccgagcaggagtacaaagagatcttcatcaccccccaccagatcaagcacattaaggacttcaaggactacaagtacagccaccgggtggacaagaagcctaatagagagctgattaacgacaccctgtactccacccggaaggacgacaagggcaacaccctgatcgtgaacaatctgaacggcctgtacgacaaggacaatgacaagctgaaaaagctgatcaacaagagccccgaaaagctgctgatgtaccaccacgacccccagacctaccagaaactgaagctgattatggaacagtacggcgacgagaagaatcccctgtacaagtactacgaggaaaccgggaactacctgaccaagtactccaaaaaggacaacggccccgtgatcaagaagattaagtattacggcaacaaactgaacgcccatctggacatcaccgacgactaccccaacagcagaaacaaggtcgtgaagctgtccctgaagccctacagattcgacgtgtacctggacaatggcgtgtacaagttcgtgaccgtgaagaatctggatgtgatcaaaaaagaaaactactacgaagtgaatagcaagtgctatgaggaagctaagaagctgaagaagatcagcaaccaggccgagtttatcgcctccttctacaacaacgatctgatcaagatcaacggcgagctgtatagagtgatcggcgtgaacaacgacctgctgaaccggatcgaagtgaacatgatcgacatcacctaccgcgagtacctggaaaacatgaacgacaagaggccccccaggatcattaagacaatcgcctccaagacccagagcattaagaagtacagcacagacattctgggcaacctgtatgaagtgaaatctaagaagcaccctcagatcatcaaaaagggc
配列番号28
S.アウレウスCas9をコードするコドン最適化された核酸配列をコードするベクター(pDO242)
配列番号52
SaCas9 gRNAスキャフォールド
GTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGA
配列番号53
エクソン52
GCAACAATGCAGGATTTGGAACAGAGGCGTCCCCAGTTGGAAGAACTCATTACCGCTGCCCAAAATTTGAAAAACAAGACCAGCAATCAAGAGGCTAGAACAATCATTACGGATCGAA
配列番号54
エクソン52を含むドナー配列
GTTAAATTGTTTTCTATAAACCCTTATACAGTAACATCTTTTTTATTTCTAAAAGTGTTTTGGCTGGTCTCACAATTGTACTTTACTTTGTATTATGTAAAAGGAATACACAACGCTGAAGAACCCTGATACTAAGGGATATTTGTTCTTACAGGCAACAATGCAGGATTTGGAACAGAGGCGTCCCCAGTTGGAAGAACTCATTACCGCTGCCCAAAATTTGAAAAACAAGACCAGCAATCAAGAGGCTAGAACAATCATTACGGATCGAAGTAAGTTTTTTAACAAGCATGGGACACACAAAGCAAGATGCATGACAAGTTTCAATAAAAACTTAAGTTCATATATCCCCCTCACATTTATAAAAATAATGTGAAATAATTGTAAATGATAACAATTGTGCTGAGATTTTCAGTCCATAATGTTACCTTTTAATAAATGAATGTAATTCCATTGAATAGAAGAAATAC
配列番号55
スーパーエクソン(エクソン52~79)
GCAACAATGCAGGATTTGGAACAGAGGCGTCCCCAGTTGGAAGAACTCATTACCGCTGCCCAAAATTTGAAAAACAAGACCAGCAATCAAGAGGCTAGAACAATCATTACGGATCGAATTGAAAGAATTCAGAATCAGTGGGATGAAGTACAAGAACACCTTCAGAACCGGAGGCAACAGTTGAATGAAATGTTAAAGGATTCAACACAATGGCTGGAAGCTAAGGAAGAAGCTGAGCAGGTCTTAGGACAGGCCAGAGCCAAGCTTGAGTCATGGAAGGAGGGTCCCTATACAGTAGATGCAATCCAAAAGAAAATCACAGAAACCAAGCAGTTGGCCAAAGACCTCCGCCAGTGGCAGACAAATGTAGATGTGGCAAATGACTTGGCCCTGAAACTTCTCCGGGATTATTCTGCAGATGATACCAGAAAAGTCCACATGATAACAGAGAATATCAATGCCTCTTGGAGAAGCATTCATAAAAGGGTGAGTGAGCGAGAGGCTGCTTTGGAAGAAACTCATAGATTACTGCAACAGTTCCCCCTGGACCTGGAAAAGTTTCTTGCCTGGCTTACAGAAGCTGAAACAACTGCCAATGTCCTACAGGATGCTACCCGTAAGGAAAGGCTCCTAGAAGACTCCAAGGGAGTAAAAGAGCTGATGAAACAATGGCAAGACCTCCAAGGTGAAATTGAAGCTCACACAGATGTTTATCACAACCTGGATGAAAACAGCCAAAAAATCCTGAGATCCCTGGAAGGTTCCGATGATGCAGTCCTGTTACAAAGACGTTTGGATAACATGAACTTCAAGTGGAGTGAACTTCGGAAAAAGTCTCTCAACATTAGGTCCCATTTGGAAGCCAGTTCTGACCAGTGGAAGCGTCTGCACCTTTCTCTGCAGGAACTTCTGGTGTGGCTACAGCTGAAAGATGATGAATTAAGCCGGCAGGCACCTATTGGAGGCGACTTTCCAGCAGTTCAGAAGCAGAACGATGTACATAGGGCCTTCAAGAGGGAATTGAAAACTAAAGAACCTGTAATCATGAGTACTCTTGAGACTGTACGAATATTTCTGACAGAGCAGCCTTTGGAAGGACTAGAGAAACTCTACCAGGAGCCCAGAGAGCTGCCTCCTGAGGAGAGAGCCCAGAATGTCACTCGGCTTCTACGAAAGCAGGCTGAGGAGGTCAATACTGAGTGGGAAAAATTGAACCTGCACTCCGCTGACTGGCAGAGAAAAATAGATGAGACCCTTGAAAGACTCCAGGAACTTCAAGAGGCCACGGATGAGCTGGACCTCAAGCTGCGCCAAGCTGAGGTGATCAAGGGATCCTGGCAGCCCGTGGGCGATCTCCTCATTGACTCTCTCCAAGATCACCTCGAGAAAGTCAAGGCACTTCGAGGAGAAATTGCGCCTCTGAAAGAGAACGTGAGCCACGTCAATGACCTTGCTCGCCAGCTTACCACTTTGGGCATTCAGCTCTCACCGTATAACCTCAGCACTCTGGAAGACCTGAACACCAGATGGAAGCTTCTGCAGGTGGCCGTCGAGGACCGAGTCAGGCAGCTGCATGAAGCCCACAGGGACTTTGGTCCAGCATCTCAGCACTTTCTTTCCACGTCTGTCCAGGGTCCCTGGGAGAGAGCCATCTCGCCAAACAAAGTGCCCTACTATATCAACCACGAGACTCAAACAACTTGCTGGGACCATCCCAAAATGACAGAGCTCTACCAGTCTTTAGCTGACCTGAATAATGTCAGATTCTCAGCTTATAGGACTGCCATGAAACTCCGAAGACTGCAGAAGGCCCTTTGCTTGGATCTCTTGAGCCTGTCAGCTGCATGTGATGCCTTGGACCAGCACAACCTCAAGCAAAATGACCAGCCCATGGATATCCTGCAGATTATTAATTGTTTGACCACTATTTATGACCGCCTGGAGCAAGAGCACAACAATTTGGTCAACGTCCCTCTCTGCGTGGATATGTGTCTGAACTGGCTGCTGAATGTTTATGATACGGGACGAACAGGGAGGATCCGTGTCCTGTCTTTTAAAACTGGCATCATTTCCCTGTGTAAAGCACATTTGGAAGACAAGTACAGATACCTTTTCAAGCAAGTGGCAAGTTCAACAGGATTTTGTGACCAGCGCAGGCTGGGCCTCCTTCTGCATGATTCTATCCAAATTCCAAGACAGTTGGGTGAAGTTGCATCCTTTGGGGGCAGTAACATTGAGCCAAGTGTCCGGAGCTGCTTCCAATTTGCTAATAATAAGCCAGAGATCGAAGCGGCCCTCTTCCTAGACTGGATGAGACTGGAACCCCAGTCCATGGTGTGGCTGCCCGTCCTGCACAGAGTGGCTGCTGCAGAAACTGCCAAGCATCAGGCCAAATGTAACATCTGCAAAGAGTGTCCAATCATTGGATTCAGGTACAGGAGTCTAAAGCACTTTAATTATGACATCTGCCAAAGCTGCTTTTTTTCTGGTCGAGTTGCAAAAGGCCATAAAATGCACTATCCCATGGTGGAATATTGCACTCCGACTACATCAGGAGAAGATGTTCGAGACTTTGCCAAGGTACTAAAAAACAAATTTCGAACCAAAAGGTATTTTGCGAAGCATCCCCGAATGGGCTACCTGCCAGTGCAGACTGTCTTAGAGGGGGACAACATGGAAACTCCCGTTACTCTGATCAACTTCTGGCCAGTAGATTCTGCGCCTGCCTCGTCCCCTCAGCTTTCACACGATGATACTCATTCACGCATTGAACATTATGCTAGCAGGCTAGCAGAAATGGAAAACAGCAATGGATCTTATCTAAATGATAGCATCTCTCCTAATGAGAGCATAGATGATGAACATTTGTTAATCCAGCATTACTGCCAAAGTTTGAACCAGGACTCCCCCCTGAGCCAGCCTCGTAGTCCTGCCCAGATCTTGATTTCCTTAGAGAGTGAGGAAAGAGGGGAGCTAGAGAGAATCCTAGCAGATCTTGAGGAAGAAAACAGGAATCTGCAAGCAGAATATGACCGTCTAAAGCAGCAGCACGAACATAAAGGCCTGTCCCCACTGCCGTCCCCTCCTGAAATGATGCCCACCTCTCCCCAGAGTCCCCGGGATGCTGAGCTCATTGCTGAGGCCAAGCTACTGCGTCAACACAAAGGCCGCCTGGAAGCCAGGATGCAAATCCTGGAAGACCACAATAAACAGCTGGAGTCACAGTTACACAGGCTAAGGCAGCTGCTGGAGCAACCCCAGGCAGAGGCCAAAGTGAATGGCACAACGGTGTCCTCTCCTTCTACCTCTCTACAGAGGTCCGACAGCAGTCAGCCTATGCTGCTCCGAGTGGTTGGCAGTCAAACTTCGGACTCCATGGGTGAGGAAGATCTTCTCAGTCCTCCCCAGGACACAAGCACAGGGTTAGAGGAGGTGATGGAGCAACTCAACAACTCCTTCCCTAGTTCAAGAGGAAGAAATACCCCTGGAAAGCCAATGAGAGAGGACACAATGTAG
配列番号56
スーパーエクソン(エクソン52~79)を含むドナー配列
gTTAAtTTGcgTTCTAgccACCgagATACAGTAACATCTTTTTTATTTCTAAAAGTGTTTTGGCTGGTCTCACAATTGTACTTTACTTTGTATTATGTAAAAGGAATACACAACGCTGAAGAACCCTGATACTAAGGGATATTTGTTCTTACAGGCAACAATGCAGGATTTGGAACAGAGGCGTCCCCAGTTGGAAGAACTCATTACCGCTGCCCAAAATTTGAAAAACAAGACCAGCAATCAAGAGGCTAGAACAATCATTACGGATCGAATTGAAAGAATTCAGAATCAGTGGGATGAAGTACAAGAACACCTTCAGAACCGGAGGCAACAGTTGAATGAAATGTTAAAGGATTCAACACAATGGCTGGAAGCTAAGGAAGAAGCTGAGCAGGTCTTAGGACAGGCCAGAGCCAAGCTTGAGTCATGGAAGGAGGGTCCCTATACAGTAGATGCAATCCAAAAGAAAATCACAGAAACCAAGCAGTTGGCCAAAGACCTCCGCCAGTGGCAGACAAATGTAGATGTGGCAAATGACTTGGCCCTGAAACTTCTCCGGGATTATTCTGCAGATGATACCAGAAAAGTCCACATGATAACAGAGAATATCAATGCCTCTTGGAGAAGCATTCATAAAAGGGTGAGTGAGCGAGAGGCTGCTTTGGAAGAAACTCATAGATTACTGCAACAGTTCCCCCTGGACCTGGAAAAGTTTCTTGCCTGGCTTACAGAAGCTGAAACAACTGCCAATGTCCTACAGGATGCTACCCGTAAGGAAAGGCTCCTAGAAGACTCCAAGGGAGTAAAAGAGCTGATGAAACAATGGCAAGACCTCCAAGGTGAAATTGAAGCTCACACAGATGTTTATCACAACCTGGATGAAAACAGCCAAAAAATCCTGAGATCCCTGGAAGGTTCCGATGATGCAGTCCTGTTACAAAGACGTTTGGATAACATGAACTTCAAGTGGAGTGAACTTCGGAAAAAGTCTCTCAACATTAGGTCCCATTTGGAAGCCAGTTCTGACCAGTGGAAGCGTCTGCACCTTTCTCTGCAGGAACTTCTGGTGTGGCTACAGCTGAAAGATGATGAATTAAGCCGGCAGGCACCTATTGGAGGCGACTTTCCAGCAGTTCAGAAGCAGAACGATGTACATAGGGCCTTCAAGAGGGAATTGAAAACTAAAGAACCTGTAATCATGAGTACTCTTGAGACTGTACGAATATTTCTGACAGAGCAGCCTTTGGAAGGACTAGAGAAACTCTACCAGGAGCCCAGAGAGCTGCCTCCTGAGGAGAGAGCCCAGAATGTCACTCGGCTTCTACGAAAGCAGGCTGAGGAGGTCAATACTGAGTGGGAAAAATTGAACCTGCACTCCGCTGACTGGCAGAGAAAAATAGATGAGACCCTTGAAAGACTCCAGGAACTTCAAGAGGCCACGGATGAGCTGGACCTCAAGCTGCGCCAAGCTGAGGTGATCAAGGGATCCTGGCAGCCCGTGGGCGATCTCCTCATTGACTCTCTCCAAGATCACCTCGAGAAAGTCAAGGCACTTCGAGGAGAAATTGCGCCTCTGAAAGAGAACGTGAGCCACGTCAATGACCTTGCTCGCCAGCTTACCACTTTGGGCATTCAGCTCTCACCGTATAACCTCAGCACTCTGGAAGACCTGAACACCAGATGGAAGCTTCTGCAGGTGGCCGTCGAGGACCGAGTCAGGCAGCTGCATGAAGCCCACAGGGACTTTGGTCCAGCATCTCAGCACTTTCTTTCCACGTCTGTCCAGGGTCCCTGGGAGAGAGCCATCTCGCCAAACAAAGTGCCCTACTATATCAACCACGAGACTCAAACAACTTGCTGGGACCATCCCAAAATGACAGAGCTCTACCAGTCTTTAGCTGACCTGAATAATGTCAGATTCTCAGCTTATAGGACTGCCATGAAACTCCGAAGACTGCAGAAGGCCCTTTGCTTGGATCTCTTGAGCCTGTCAGCTGCATGTGATGCCTTGGACCAGCACAACCTCAAGCAAAATGACCAGCCCATGGATATCCTGCAGATTATTAATTGTTTGACCACTATTTATGACCGCCTGGAGCAAGAGCACAACAATTTGGTCAACGTCCCTCTCTGCGTGGATATGTGTCTGAACTGGCTGCTGAATGTTTATGATACGGGACGAACAGGGAGGATCCGTGTCCTGTCTTTTAAAACTGGCATCATTTCCCTGTGTAAAGCACATTTGGAAGACAAGTACAGATACCTTTTCAAGCAAGTGGCAAGTTCAACAGGATTTTGTGACCAGCGCAGGCTGGGCCTCCTTCTGCATGATTCTATCCAAATTCCAAGACAGTTGGGTGAAGTTGCATCCTTTGGGGGCAGTAACATTGAGCCAAGTGTCCGGAGCTGCTTCCAATTTGCTAATAATAAGCCAGAGATCGAAGCGGCCCTCTTCCTAGACTGGATGAGACTGGAACCCCAGTCCATGGTGTGGCTGCCCGTCCTGCACAGAGTGGCTGCTGCAGAAACTGCCAAGCATCAGGCCAAATGTAACATCTGCAAAGAGTGTCCAATCATTGGATTCAGGTACAGGAGTCTAAAGCACTTTAATTATGACATCTGCCAAAGCTGCTTTTTTTCTGGTCGAGTTGCAAAAGGCCATAAAATGCACTATCCCATGGTGGAATATTGCACTCCGACTACATCAGGAGAAGATGTTCGAGACTTTGCCAAGGTACTAAAAAACAAATTTCGAACCAAAAGGTATTTTGCGAAGCATCCCCGAATGGGCTACCTGCCAGTGCAGACTGTCTTAGAGGGGGACAACATGGAAACTCCCGTTACTCTGATCAACTTCTGGCCAGTAGATTCTGCGCCTGCCTCGTCCCCTCAGCTTTCACACGATGATACTCATTCACGCATTGAACATTATGCTAGCAGGCTAGCAGAAATGGAAAACAGCAATGGATCTTATCTAAATGATAGCATCTCTCCTAATGAGAGCATAGATGATGAACATTTGTTAATCCAGCATTACTGCCAAAGTTTGAACCAGGACTCCCCCCTGAGCCAGCCTCGTAGTCCTGCCCAGATCTTGATTTCCTTAGAGAGTGAGGAAAGAGGGGAGCTAGAGAGAATCCTAGCAGATCTTGAGGAAGAAAACAGGAATCTGCAAGCAGAATATGACCGTCTAAAGCAGCAGCACGAACATAAAGGCCTGTCCCCACTGCCGTCCCCTCCTGAAATGATGCCCACCTCTCCCCAGAGTCCCCGGGATGCTGAGCTCATTGCTGAGGCCAAGCTACTGCGTCAACACAAAGGCCGCCTGGAAGCCAGGATGCAAATCCTGGAAGACCACAATAAACAGCTGGAGTCACAGTTACACAGGCTAAGGCAGCTGCTGGAGCAACCCCAGGCAGAGGCCAAAGTGAATGGCACAACGGTGTCCTCTCCTTCTACCTCTCTACAGAGGTCCGACAGCAGTCAGCCTATGCTGCTCCGAGTGGTTGGCAGTCAAACTTCGGACTCCATGGGTGAGGAAGATCTTCTCAGTCCTCCCCAGGACACAAGCACAGGGTTAGAGGAGGTGATGGAGCAACTCAACAACTCCTTCCCTAGTTCAAGAGGAAGAAATACCCCTGGAAAGCCAATGAGAGAGGACACAATGTAGTCGTTTAAACCGCTGATCAGCCTCGAAACTTGTTTATTGCAGCTTATAATGGTTACAAATAAAGCAATAGCATCACAAATTTCACAAATAAAGCATTTTTTTCACTGCATTCTAGTTGTGGTTTGTCCAAACTCATCAATGTATCTTAGTAAGTTTTTTAACAAGCATGGGACACACAAAGCAAGATGCATGACAAGTTTCAATAAAAACTTAAGTTCATATATCCCCCTCACATTTATAAAAATAATGTGAAATAATTGTAAATGATAACAATTGTGCTGAGATTTTCAGTCCATAATGTTACCTTTTAATAAATGAATGTAATTCCATTGAATAGAAGAAATAC
配列番号57
gRNA7を有するバージョン1のエクソン52ドナー配列のAAV発現カセット:
AAV ITR、U6プロモーター、gRNA7スペーサー、PAM(ATTCCT)、SaCas9 gRNAスキャフォールド、ドナー配列、エクソン52
TTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTCAGATCTGAATTCGGTACCTTCCTAGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTCATTTATAATACAGGGGAATGTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTTTTCTAGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTTGGCGTTTAAACATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAgttaaattgttttctataaacccttatacagtaacatcttttttatttctaaaagtgttttggctggtctcacaattgtactttactttgtattatgtaaaaggaatacacaacgctgaagaaccctgatactaagggatatttgttcttacaggcaacaatgcaggatttggaacagaggcgtccccagttggaagaactcattaccgctgcccaaaatttgaaaaacaagaccagcaatcaagaggctagaacaatcattacggatcgaagtaagttttttaacaagcatgggacacacaaagcaagatgcatgacaagtttcaataaaaacttaagttcatatatccccctcacatttataaaaataatgtgaaataattgtaaatgataacaattgtgctgagattttcagtccataatgttaccttttaataaatgaatgtaattccattgaatagaagaaatacATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAGCTAGCTCGGAGAGACGACATCTAGAATTAAACTGTCACTATCGATTACTAATTTTTTGCTCATAATAGAAGCAGCGATTAAAGGAATAGAATCAACAGTTCCAGTAACATCTCTTAGTGCATACATTTTTTTATCAGCAGGAACAATATCATCTGACTGACCTGTGATGCTCATTCCAACTTCATTAATTGTTTTAATGAATTTTTCTTTAGATAATTCACTTGTTCAACCTTTACATGACTCTAATTTATCAATAGTACCACCAGTTACTCCAAGTCCTCTACCAGAAAGTTTACAAACCTTTACTCCATAACTTGCAACTAACGGACTATATACTAAACTTGTTTTGTCTCCAACTCCGCCAGTTGAATGCTTATCAGCTTTTAAACCTGTAACCTCACTGACATCATAAACATATCCTGATTCAACATAAGATTGGGTTAATGCTAAAGTTTCTGCTTTGGTCATTCCATTAAAATAAACCGCCATAGCAAAAGCAGCCATTTGATAATCTGTTACATTATTTTTAACGTAACTGTTTATCAATCATTTAATTTCTTCAGCTGATAATTCTATTGAATGTTTCTTTTTTTCTATAATTTCACTAAAACTGTAGTTCATAAGTCTCCTTTTGTAAGAGTGCACAATATTTACACCATTACTCTTTCTACTATATTATAATAGAATAGACATATAAAAAACATAAGGAGTACAAATGGTTTTTGATAAAAATAACAAAGTTTATAGTGAATGAATAAATAGCCAAAAATTGGATGATGAGTTGAAAAGCCTTTTAGTAAATGCTACTGATGATGAATTGCATGCAGCATTTGAAGGAATAGAGTTAGAATTTGGAACAGCAGGTATAAGAGGTATTCTTGGAGCAGGACCTGGAAGATTTAACGTTTACACTGTTAAAAAAGTTACTATTGCATTTGCAGAATTATTAAAACAAAATTACCCAAATAGGTTGAATGATGGAATAGTTGTTGGTCATGATAACCGTCATAATTCTAAACAGTTTGCAAAAGTTGTAGCCGAAGTTTTATCAAGCTTGTGAAATAGCTGTTGAAGCTGGATTAGAATTTGTTAAAACATCAACAGGATTTTCAAAATCAGGTGCAACATTTGAAGATGTTAAACTAATGAAGTCAGTTGTTAAAGACAATGCTTTAGTTAAAGCAGCTGGTGGAGTTAGAACATTTGAAGATGCTCAAAAAATGATTGAAGCAGGAGCTGACCGCTTAGGAACAAGTGGTGGAGTAGCTATTATTAAAGGTGAAGAAAACAACGCGAGTTACTAAAACTAGCGTTTTTTTATTTTGCTCATTTTTATTAAAAGTTTGCAAAAAGGAACATAAAAATTCTAATTATTGATACTAAAGTTATTAAAAAGAAGATTTTGGTTGATTTTATAAAGGTCATAGAATATAATATTTTAGCATGTGTATTTTGTGTGCTCATTTACAACCGTCTCGCGGCCGCGGGGATCCAGACATGATAAGATACATTGATGAGTTTGGACAAACCACAACTAGAATGCAGTGAAAAAAATGCTTTATTTGTGAAATTTGTGATGCTATTGCTTTATTTGTAACCATTATAAGCTGCAATAAACAAGTTAACAACAACAATTGCATTCATTTTATGTTTCAGGTTCAGGGGGAGGTGTGGGAGGTTTTTTAGTCGACCTCGAGCAGTGTGGTTTTGCAAGAGGAAGCAAAAAGCCTCTCCACCCAGGCCTGGAATGTTTCCACCCAAGTCGAAGGCAGTGTGGTTTTGCAAGAGGAAGCAAAAAGCCTCTCCACCCAGGCCTGGAATGTTTCCACCCAATGTCGAGCAACCCCGCCCAGCGTCTTGTCATTGGCGAATTCGAACACGCAGATGCAGTCGGGGCGGCGCGGTCCCAGGTCCACTTCGCATATTAAGGTGACGCGTGTGGCCTCGAACACCGAGCGACCCTGCAGCCAATATGGGATCGGCCATTGAACAAGATGGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCACAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCGGTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCGCGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACTGAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCTCACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACGCTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGTACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTCGCGCCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGATTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACCCGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGAGGGGATCCGTCGACTAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGAGAGATCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAA
配列番号58
gRNA12を有するバージョン1のエクソン52ドナー配列のAAV発現カセット:
AAV ITR、U6プロモーター、gRNA12スペーサー、PAM、SaCas9 gRNAスキャフォールド、ドナー配列、エクソン52
TTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTCAGATCTGAATTCGGTACCTTCCTAGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTTAAGTAATCCGAGGTACTCGTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTTTTCTAGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTTGGCGTTTAAACATTCCTGAGTACCTCGGATTACTTAAgttaaattgttttctataaacccttatacagtaacatcttttttatttctaaaagtgttttggctggtctcacaattgtactttactttgtattatgtaaaaggaatacacaacgctgaagaaccctgatactaagggatatttgttcttacaggcaacaatgcaggatttggaacagaggcgtccccagttggaagaactcattaccgctgcccaaaatttgaaaaacaagaccagcaatcaagaggctagaacaatcattacggatcgaagtaagttttttaacaagcatgggacacacaaagcaagatgcatgacaagtttcaataaaaacttaagttcatatatccccctcacatttataaaaataatgtgaaataattgtaaatgataacaattgtgctgagattttcagtccataatgttaccttttaataaatgaatgtaattccattgaatagaagaaatacATTCCTGAGTACCTCGGATTACTTAAGCTAGCTCGGAGAGACGACATCTAGAATTAAACTGTCACTATCGATTACTAATTTTTTGCTCATAATAGAAGCAGCGATTAAAGGAATAGAATCAACAGTTCCAGTAACATCTCTTAGTGCATACATTTTTTTATCAGCAGGAACAATATCATCTGACTGACCTGTGATGCTCATTCCAACTTCATTAATTGTTTTAATGAATTTTTCTTTAGATAATTCACTTGTTCAACCTTTACATGACTCTAATTTATCAATAGTACCACCAGTTACTCCAAGTCCTCTACCAGAAAGTTTACAAACCTTTACTCCATAACTTGCAACTAACGGACTATATACTAAACTTGTTTTGTCTCCAACTCCGCCAGTTGAATGCTTATCAGCTTTTAAACCTGTAACCTCACTGACATCATAAACATATCCTGATTCAACATAAGATTGGGTTAATGCTAAAGTTTCTGCTTTGGTCATTCCATTAAAATAAACCGCCATAGCAAAAGCAGCCATTTGATAATCTGTTACATTATTTTTAACGTAACTGTTTATCAATCATTTAATTTCTTCAGCTGATAATTCTATTGAATGTTTCTTTTTTTCTATAATTTCACTAAAACTGTAGTTCATAAGTCTCCTTTTGTAAGAGTGCACAATATTTACACCATTACTCTTTCTACTATATTATAATAGAATAGACATATAAAAAACATAAGGAGTACAAATGGTTTTTGATAAAAATAACAAAGTTTATAGTGAATGAATAAATAGCCAAAAATTGGATGATGAGTTGAAAAGCCTTTTAGTAAATGCTACTGATGATGAATTGCATGCAGCATTTGAAGGAATAGAGTTAGAATTTGGAACAGCAGGTATAAGAGGTATTCTTGGAGCAGGACCTGGAAGATTTAACGTTTACACTGTTAAAAAAGTTACTATTGCATTTGCAGAATTATTAAAACAAAATTACCCAAATAGGTTGAATGATGGAATAGTTGTTGGTCATGATAACCGTCATAATTCTAAACAGTTTGCAAAAGTTGTAGCCGAAGTTTTATCAAGCTTGTGAAATAGCTGTTGAAGCTGGATTAGAATTTGTTAAAACATCAACAGGATTTTCAAAATCAGGTGCAACATTTGAAGATGTTAAACTAATGAAGTCAGTTGTTAAAGACAATGCTTTAGTTAAAGCAGCTGGTGGAGTTAGAACATTTGAAGATGCTCAAAAAATGATTGAAGCAGGAGCTGACCGCTTAGGAACAAGTGGTGGAGTAGCTATTATTAAAGGTGAAGAAAACAACGCGAGTTACTAAAACTAGCGTTTTTTTATTTTGCTCATTTTTATTAAAAGTTTGCAAAAAGGAACATAAAAATTCTAATTATTGATACTAAAGTTATTAAAAAGAAGATTTTGGTTGATTTTATAAAGGTCATAGAATATAATATTTTAGCATGTGTATTTTGTGTGCTCATTTACAACCGTCTCGCGGCCGCGGGGATCCAGACATGATAAGATACATTGATGAGTTTGGACAAACCACAACTAGAATGCAGTGAAAAAAATGCTTTATTTGTGAAATTTGTGATGCTATTGCTTTATTTGTAACCATTATAAGCTGCAATAAACAAGTTAACAACAACAATTGCATTCATTTTATGTTTCAGGTTCAGGGGGAGGTGTGGGAGGTTTTTTAGTCGACCTCGAGCAGTGTGGTTTTGCAAGAGGAAGCAAAAAGCCTCTCCACCCAGGCCTGGAATGTTTCCACCCAAGTCGAAGGCAGTGTGGTTTTGCAAGAGGAAGCAAAAAGCCTCTCCACCCAGGCCTGGAATGTTTCCACCCAATGTCGAGCAACCCCGCCCAGCGTCTTGTCATTGGCGAATTCGAACACGCAGATGCAGTCGGGGCGGCGCGGTCCCAGGTCCACTTCGCATATTAAGGTGACGCGTGTGGCCTCGAACACCGAGCGACCCTGCAGCCAATATGGGATCGGCCATTGAACAAGATGGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCACAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCGGTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCGCGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACTGAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCTCACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACGCTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGTACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTCGCGCCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGATTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACCCGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGAGGGGATCCGTCGACTAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGAGAGATCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAA
配列番号59
gRNA7を有するバージョン2のエクソン52ドナー配列のAAV発現カセット:
*注記:バージョン2は、ディープシーケンシング分析による改善された検出のための改変されたドナー配列を指す(これらの改変されたヌクレオチドは、小文字で提供されている)
AAV ITR、U6プロモーター、gRNA7スペーサー、PAM(ATTCCT)、SaCas9 gRNAスキャフォールド、ドナー配列、エクソン52
TTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTCAGATCTGAATTCGGTACCTTCCTAGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTCATTTATAATACAGGGGAATGTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTTTTCTAGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTTGGCGTTTAAACATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAgttaatttgcgttctagccaccgagatacagtaacatcttttttatttctaaaagtgttttggctggtctcacaattgtactttactttgtattatgtaaaaggaatacacaacgctgaagaaccctgatactaagggatatttgttcttacaggcaacaatgcaggatttggaacagaggcgtccccagttggaagaactcattaccgctgcccaaaatttgaaaaacaagaccagcaatcaagaggctagaacaatcattacggatcgaagtaagttttttaacaagcatgggacacacaaagcaagatgcatgacaagtttcaataaaaacttaagttcatatatccccctcacatttataaaaataatgtgaaataattgtaaatgataacaattgtgctgagattttcagtccataatgttaccttttaataaatgaatgtaattccattgaatagaagaaatacATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAGCTAGCTCGGAGAGACGACATCTAGAATTAAACTGTCACTATCGATTACTAATTTTTTGCTCATAATAGAAGCAGCGATTAAAGGAATAGAATCAACAGTTCCAGTAACATCTCTTAGTGCATACATTTTTTTATCAGCAGGAACAATATCATCTGACTGACCTGTGATGCTCATTCCAACTTCATTAATTGTTTTAATGAATTTTTCTTTAGATAATTCACTTGTTCAACCTTTACATGACTCTAATTTATCAATAGTACCACCAGTTACTCCAAGTCCTCTACCAGAAAGTTTACAAACCTTTACTCCATAACTTGCAACTAACGGACTATATACTAAACTTGTTTTGTCTCCAACTCCGCCAGTTGAATGCTTATCAGCTTTTAAACCTGTAACCTCACTGACATCATAAACATATCCTGATTCAACATAAGATTGGGTTAATGCTAAAGTTTCTGCTTTGGTCATTCCATTAAAATAAACCGCCATAGCAAAAGCAGCCATTTGATAATCTGTTACATTATTTTTAACGTAACTGTTTATCAATCATTTAATTTCTTCAGCTGATAATTCTATTGAATGTTTCTTTTTTTCTATAATTTCACTAAAACTGTAGTTCATAAGTCTCCTTTTGTAAGAGTGCACAATATTTACACCATTACTCTTTCTACTATATTATAATAGAATAGACATATAAAAAACATAAGGAGTACAAATGGTTTTTGATAAAAATAACAAAGTTTATAGTGAATGAATAAATAGCCAAAAATTGGATGATGAGTTGAAAAGCCTTTTAGTAAATGCTACTGATGATGAATTGCATGCAGCATTTGAAGGAATAGAGTTAGAATTTGGAACAGCAGGTATAAGAGGTATTCTTGGAGCAGGACCTGGAAGATTTAACGTTTACACTGTTAAAAAAGTTACTATTGCATTTGCAGAATTATTAAAACAAAATTACCCAAATAGGTTGAATGATGGAATAGTTGTTGGTCATGATAACCGTCATAATTCTAAACAGTTTGCAAAAGTTGTAGCCGAAGTTTTATCAAGCTTGTGAAATAGCTGTTGAAGCTGGATTAGAATTTGTTAAAACATCAACAGGATTTTCAAAATCAGGTGCAACATTTGAAGATGTTAAACTAATGAAGTCAGTTGTTAAAGACAATGCTTTAGTTAAAGCAGCTGGTGGAGTTAGAACATTTGAAGATGCTCAAAAAATGATTGAAGCAGGAGCTGACCGCTTAGGAACAAGTGGTGGAGTAGCTATTATTAAAGGTGAAGAAAACAACGCGAGTTACTAAAACTAGCGTTTTTTTATTTTGCTCATTTTTATTAAAAGTTTGCAAAAAGGAACATAAAAATTCTAATTATTGATACTAAAGTTATTAAAAAGAAGATTTTGGTTGATTTTATAAAGGTCATAGAATATAATATTTTAGCATGTGTATTTTGTGTGCTCATTTACAACCGTCTCGCGGCCGCGGGGATCCAGACATGATAAGATACATTGATGAGTTTGGACAAACCACAACTAGAATGCAGTGAAAAAAATGCTTTATTTGTGAAATTTGTGATGCTATTGCTTTATTTGTAACCATTATAAGCTGCAATAAACAAGTTAACAACAACAATTGCATTCATTTTATGTTTCAGGTTCAGGGGGAGGTGTGGGAGGTTTTTTAGTCGACCTCGAGCAGTGTGGTTTTGCAAGAGGAAGCAAAAAGCCTCTCCACCCAGGCCTGGAATGTTTCCACCCAAGTCGAAGGCAGTGTGGTTTTGCAAGAGGAAGCAAAAAGCCTCTCCACCCAGGCCTGGAATGTTTCCACCCAATGTCGAGCAACCCCGCCCAGCGTCTTGTCATTGGCGAATTCGAACACGCAGATGCAGTCGGGGCGGCGCGGTCCCAGGTCCACTTCGCATATTAAGGTGACGCGTGTGGCCTCGAACACCGAGCGACCCTGCAGCCAATATGGGATCGGCCATTGAACAAGATGGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCACAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCGGTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCGCGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACTGAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCTCACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACGCTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGTACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTCGCGCCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGATTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACCCGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGAGGGGATCCGTCGACTAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGAGAGATCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAA
配列番号60
gRNA7を有するスーパーエクソン(エクソン52~エクソン79)ドナー配列のAAV発現カセット:
*注記:バージョン2は、ディープシーケンシング分析による改善された検出のための改変されたドナー配列を指す(これらの改変されたヌクレオチドは、小文字で提供されている)
AAV ITR、U6プロモーター、gRNA7スペーサー、PAM(AATCCT)、SaCas9 gRNAスキャフォールド、ドナー配列、エクソン52~79 cDNA配列、3x終止、SV40ポリ(A)シグナル
TTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTCAGATCTGAATTCGGTACCTTCCTAGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTCATTTATAATACAGGGGAATGTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTTTTCTAGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTTGGCGTTTAAACATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAgttaatttgcgttctagccaccgagatacagtaacatcttttttatttctaaaagtgttttggctggtctcacaattgtactttactttgtattatgtaaaaggaatacacaacgctgaagaaccctgatactaagggatatttgttcttacaggcaacaatgcaggatttggaacagaggcgtccccagttggaagaactcattaccgctgcccaaaatttgaaaaacaagaccagcaatcaagaggctagaacaatcattacggatcgaattgaaagaattcagaatcagtgggatgaagtacaagaacaccttcagaaccggaggcaacagttgaatgaaatgttaaaggattcaacacaatggctggaagctaaggaagaagctgagcaggtcttaggacaggccagagccaagcttgagtcatggaaggagggtccctatacagtagatgcaatccaaaagaaaatcacagaaaccaagcagttggccaaagacctccgccagtggcagacaaatgtagatgtggcaaatgacttggccctgaaacttctccgggattattctgcagatgataccagaaaagtccacatgataacagagaatatcaatgcctcttggagaagcattcataaaagggtgagtgagcgagaggctgctttggaagaaactcatagattactgcaacagttccccctggacctggaaaagtttcttgcctggcttacagaagctgaaacaactgccaatgtcctacaggatgctacccgtaaggaaaggctcctagaagactccaagggagtaaaagagctgatgaaacaatggcaagacctccaaggtgaaattgaagctcacacagatgtttatcacaacctggatgaaaacagccaaaaaatcctgagatccctggaaggttccgatgatgcagtcctgttacaaagacgtttggataacatgaacttcaagtggagtgaacttcggaaaaagtctctcaacattaggtcccatttggaagccagttctgaccagtggaagcgtctgcacctttctctgcaggaacttctggtgtggctacagctgaaagatgatgaattaagccggcaggcacctattggaggcgactttccagcagttcagaagcagaacgatgtacatagggccttcaagagggaattgaaaactaaagaacctgtaatcatgagtactcttgagactgtacgaatatttctgacagagcagcctttggaaggactagagaaactctaccaggagcccagagagctgcctcctgaggagagagcccagaatgtcactcggcttctacgaaagcaggctgaggaggtcaatactgagtgggaaaaattgaacctgcactccgctgactggcagagaaaaatagatgagacccttgaaagactccaggaacttcaagaggccacggatgagctggacctcaagctgcgccaagctgaggtgatcaagggatcctggcagcccgtgggcgatctcctcattgactctctccaagatcacctcgagaaagtcaaggcacttcgaggagaaattgcgcctctgaaagagaacgtgagccacgtcaatgaccttgctcgccagcttaccactttgggcattcagctctcaccgtataacctcagcactctggaagacctgaacaccagatggaagcttctgcaggtggccgtcgaggaccgagtcaggcagctgcatgaagcccacagggactttggtccagcatctcagcactttctttccacgtctgtccagggtccctgggagagagccatctcgccaaacaaagtgccctactatatcaaccacgagactcaaacaacttgctgggaccatcccaaaatgacagagctctaccagtctttagctgacctgaataatgtcagattctcagcttataggactgccatgaaactccgaagactgcagaaggccctttgcttggatctcttgagcctgtcagctgcatgtgatgccttggaccagcacaacctcaagcaaaatgaccagcccatggatatcctgcagattattaattgtttgaccactatttatgaccgcctggagcaagagcacaacaatttggtcaacgtccctctctgcgtggatatgtgtctgaactggctgctgaatgtttatgatacgggacgaacagggaggatccgtgtcctgtcttttaaaactggcatcatttccctgtgtaaagcacatttggaagacaagtacagataccttttcaagcaagtggcaagttcaacaggattttgtgaccagcgcaggctgggcctccttctgcatgattctatccaaattccaagacagttgggtgaagttgcatcctttgggggcagtaacattgagccaagtgtccggagctgcttccaatttgctaataataagccagagatcgaagcggccctcttcctagactggatgagactggaaccccagtccatggtgtggctgcccgtcctgcacagagtggctgctgcagaaactgccaagcatcaggccaaatgtaacatctgcaaagagtgtccaatcattggattcaggtacaggagtctaaagcactttaattatgacatctgccaaagctgctttttttctggtcgagttgcaaaaggccataaaatgcactatcccatggtggaatattgcactccgactacatcaggagaagatgttcgagactttgccaaggtactaaaaaacaaatttcgaaccaaaaggtattttgcgaagcatccccgaatgggctacctgccagtgcagactgtcttagagggggacaacatggaaactcccgttactctgatcaacttctggccagtagattctgcgcctgcctcgtcccctcagctttcacacgatgatactcattcacgcattgaacattatgctagcaggctagcagaaatggaaaacagcaatggatcttatctaaatgatagcatctctcctaatgagagcatagatgatgaacatttgttaatccagcattactgccaaagtttgaaccaggactcccccctgagccagcctcgtagtcctgcccagatcttgatttccttagagagtgaggaaagaggggagctagagagaatcctagcagatcttgaggaagaaaacaggaatctgcaagcagaatatgaccgtctaaagcagcagcacgaacataaaggcctgtccccactgccgtcccctcctgaaatgatgcccacctctccccagagtccccgggatgctgagctcattgctgaggccaagctactgcgtcaacacaaaggccgcctggaagccaggatgcaaatcctggaagaccacaataaacagctggagtcacagttacacaggctaaggcagctgctggagcaaccccaggcagaggccaaagtgaatggcacaacggtgtcctctccttctacctctctacagaggtccgacagcagtcagcctatgctgctccgagtggttggcagtcaaacttcggactccatgggtgaggaagatcttctcagtcctccccaggacacaagcacagggttagaggaggtgatggagcaactcaacaactccttccctagttcaagaggaagaaatacccctggaaagccaatgagagaggacacaatgtagTCGTTTAAACCGCTGAtcagcctcgaaacttgtttattgcagcttataatggttacaaataaagcaatagcatcacaaatttcacaaataaagcatttttttcactgcattctagttgtggtttgtccaaactcatcaatgtatcttagtaagttttttaacaagcatgggacacacaaagcaagatgcatgacaagtttcaataaaaacttaagttcatatatccccctcacatttataaaaataatgtgaaataattgtaaatgataacaattgtgctgagattttcagtccataatgttaccttttaataaatgaatgtaattccattgaatagaagaaatacATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGACGGCCGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGAGAGATCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAA
配列番号61
SV40 NLS
Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val
配列番号62
gRNA定常領域のDNA配列
gtttaagagctatgctggaaacagcatagcaagtttaaataaggctagtccgttatcaacttgaaaaagtggcaccgagtcggtgc
配列番号63
gRNA定常領域のRNA配列
guuuaagagcuaugcuggaaacagcauagcaaguuuaaauaaggcuaguccguuaucaacuugaaaaaguggcaccgagucggugc
配列番号96
ヒトイントロン51を標的とするgRNA
CTCTGATAACCCAGCTGTGTGTT
配列番号97
ヒトイントロン52を標的とするgRNA
CTAGACCATTTCCCACCAGTTCT
配列番号129
U6-g7発現カセット及びEx52ドナーを含む、AAV部分:
U6プロモーター、gRNA7スペーサー、PAM(ATTCCT)、SaCas9 gRNAスキャフォールド、ドナー配列、エクソン52
AGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTCATTTATAATACAGGGGAATGTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTTTTCTAGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTTGGCGTTTAAACATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAgttaatttgcgttctagccaccgagatacagtaacatcttttttatttctaaaagtgttttggctggtctcacaattgtactttactttgtattatgtaaaaggaatacacaacgctgaagaaccctgatactaagggatatttgttcttacaggcaacaatgcaggatttggaacagaggcgtccccagttggaagaactcattaccgctgcccaaaatttgaaaaacaagaccagcaatcaagaggctagaacaatcattacggatcgaagtaagttttttaacaagcatgggacacacaaagcaagatgcatgacaagtttcaataaaaacttaagttcatatatccccctcacatttataaaaataatgtgaaataattgtaaatgataacaattgtgctgagattttcagtccataatgttaccttttaataaatgaatgtaattccattgaatagaagaaatacATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGA
U6-g7発現カセット及びEx52ドナーを含む、AAV部分:
U6プロモーター、gRNA7スペーサー、PAM(ATTCCT)、SaCas9 gRNAスキャフォールド、ドナー配列、エクソン52
AGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTCATTTATAATACAGGGGAATGTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTTTTCTAGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTTGGCGTTTAAACATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAgttaatttgcgttctagccaccgagatacagtaacatcttttttatttctaaaagtgttttggctggtctcacaattgtactttactttgtattatgtaaaaggaatacacaacgctgaagaaccctgatactaagggatatttgttcttacaggcaacaatgcaggatttggaacagaggcgtccccagttggaagaactcattaccgctgcccaaaatttgaaaaacaagaccagcaatcaagaggctagaacaatcattacggatcgaagtaagttttttaacaagcatgggacacacaaagcaagatgcatgacaagtttcaataaaaacttaagttcatatatccccctcacatttataaaaataatgtgaaataattgtaaatgataacaattgtgctgagattttcagtccataatgttaccttttaataaatgaatgtaattccattgaatagaagaaatacATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGA
配列番号130
U6-g7発現カセット及びスーパーエクソンドナーを含む、AAV部分:
U6プロモーター、gRNA7スペーサー、PAM(ATTCCT)、SaCas9 gRNAスキャフォールド、ドナー配列、エクソン52~79 cDNAコーディング配列、3x終止、SV40ポリ(A)シグナル
AGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTCATTTATAATACAGGGGAATGTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTTTTCTAGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTTGGCGTTTAAACATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAgttaatttgcgttctagccaccgagatacagtaacatcttttttatttctaaaagtgttttggctggtctcacaattgtactttactttgtattatgtaaaaggaatacacaacgctgaagaaccctgatactaagggatatttgttcttacaggcaacaatgcaggatttggaacagaggcgtccccagttggaagaactcattaccgctgcccaaaatttgaaaaacaagaccagcaatcaagaggctagaacaatcattacggatcgaattgaaagaattcagaatcagtgggatgaagtacaagaacaccttcagaaccggaggcaacagttgaatgaaatgttaaaggattcaacacaatggctggaagctaaggaagaagctgagcaggtcttaggacaggccagagccaagcttgagtcatggaaggagggtccctatacagtagatgcaatccaaaagaaaatcacagaaaccaagcagttggccaaagacctccgccagtggcagacaaatgtagatgtggcaaatgacttggccctgaaacttctccgggattattctgcagatgataccagaaaagtccacatgataacagagaatatcaatgcctcttggagaagcattcataaaagggtgagtgagcgagaggctgctttggaagaaactcatagattactgcaacagttccccctggacctggaaaagtttcttgcctggcttacagaagctgaaacaactgccaatgtcctacaggatgctacccgtaaggaaaggctcctagaagactccaagggagtaaaagagctgatgaaacaatggcaagacctccaaggtgaaattgaagctcacacagatgtttatcacaacctggatgaaaacagccaaaaaatcctgagatccctggaaggttccgatgatgcagtcctgttacaaagacgtttggataacatgaacttcaagtggagtgaacttcggaaaaagtctctcaacattaggtcccatttggaagccagttctgaccagtggaagcgtctgcacctttctctgcaggaacttctggtgtggctacagctgaaagatgatgaattaagccggcaggcacctattggaggcgactttccagcagttcagaagcagaacgatgtacatagggccttcaagagggaattgaaaactaaagaacctgtaatcatgagtactcttgagactgtacgaatatttctgacagagcagcctttggaaggactagagaaactctaccaggagcccagagagctgcctcctgaggagagagcccagaatgtcactcggcttctacgaaagcaggctgaggaggtcaatactgagtgggaaaaattgaacctgcactccgctgactggcagagaaaaatagatgagacccttgaaagactccaggaacttcaagaggccacggatgagctggacctcaagctgcgccaagctgaggtgatcaagggatcctggcagcccgtgggcgatctcctcattgactctctccaagatcacctcgagaaagtcaaggcacttcgaggagaaattgcgcctctgaaagagaacgtgagccacgtcaatgaccttgctcgccagcttaccactttgggcattcagctctcaccgtataacctcagcactctggaagacctgaacaccagatggaagcttctgcaggtggccgtcgaggaccgagtcaggcagctgcatgaagcccacagggactttggtccagcatctcagcactttctttccacgtctgtccagggtccctgggagagagccatctcgccaaacaaagtgccctactatatcaaccacgagactcaaacaacttgctgggaccatcccaaaatgacagagctctaccagtctttagctgacctgaataatgtcagattctcagcttataggactgccatgaaactccgaagactgcagaaggccctttgcttggatctcttgagcctgtcagctgcatgtgatgccttggaccagcacaacctcaagcaaaatgaccagcccatggatatcctgcagattattaattgtttgaccactatttatgaccgcctggagcaagagcacaacaatttggtcaacgtccctctctgcgtggatatgtgtctgaactggctgctgaatgtttatgatacgggacgaacagggaggatccgtgtcctgtcttttaaaactggcatcatttccctgtgtaaagcacatttggaagacaagtacagataccttttcaagcaagtggcaagttcaacaggattttgtgaccagcgcaggctgggcctccttctgcatgattctatccaaattccaagacagttgggtgaagttgcatcctttgggggcagtaacattgagccaagtgtccggagctgcttccaatttgctaataataagccagagatcgaagcggccctcttcctagactggatgagactggaaccccagtccatggtgtggctgcccgtcctgcacagagtggctgctgcagaaactgccaagcatcaggccaaatgtaacatctgcaaagagtgtccaatcattggattcaggtacaggagtctaaagcactttaattatgacatctgccaaagctgctttttttctggtcgagttgcaaaaggccataaaatgcactatcccatggtggaatattgcactccgactacatcaggagaagatgttcgagactttgccaaggtactaaaaaacaaatttcgaaccaaaaggtattttgcgaagcatccccgaatgggctacctgccagtgcagactgtcttagagggggacaacatggaaactcccgttactctgatcaacttctggccagtagattctgcgcctgcctcgtcccctcagctttcacacgatgatactcattcacgcattgaacattatgctagcaggctagcagaaatggaaaacagcaatggatcttatctaaatgatagcatctctcctaatgagagcatagatgatgaacatttgttaatccagcattactgccaaagtttgaaccaggactcccccctgagccagcctcgtagtcctgcccagatcttgatttccttagagagtgaggaaagaggggagctagagagaatcctagcagatcttgaggaagaaaacaggaatctgcaagcagaatatgaccgtctaaagcagcagcacgaacataaaggcctgtccccactgccgtcccctcctgaaatgatgcccacctctccccagagtccccgggatgctgagctcattgctgaggccaagctactgcgtcaacacaaaggccgcctggaagccaggatgcaaatcctggaagaccacaataaacagctggagtcacagttacacaggctaaggcagctgctggagcaaccccaggcagaggccaaagtgaatggcacaacggtgtcctctccttctacctctctacagaggtccgacagcagtcagcctatgctgctccgagtggttggcagtcaaacttcggactccatgggtgaggaagatcttctcagtcctccccaggacacaagcacagggttagaggaggtgatggagcaactcaacaactccttccctagttcaagaggaagaaatacccctggaaagccaatgagagaggacacaatgtagTCGTTTAAACCGCTGAtcagcctcgaaacttgtttattgcagcttataatggttacaaataaagcaatagcatcacaaatttcacaaataaagcatttttttcactgcattctagttgtggtttgtccaaactcatcaatgtatcttagtaagttttttaacaagcatgggacacacaaagcaagatgcatgacaagtttcaataaaaacttaagttcatatatccccctcacatttataaaaataatgtgaaataattgtaaatgataacaattgtgctgagattttcagtccataatgttaccttttaataaatgaatgtaattccattgaatagaagaaatacATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGA
U6-g7発現カセット及びスーパーエクソンドナーを含む、AAV部分:
U6プロモーター、gRNA7スペーサー、PAM(ATTCCT)、SaCas9 gRNAスキャフォールド、ドナー配列、エクソン52~79 cDNAコーディング配列、3x終止、SV40ポリ(A)シグナル
AGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTGGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGTCATTTATAATACAGGGGAATGTTTTAGTACTCTGGAAACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTTTTCTAGACCCAGCTTTCTTGTACAAAGTTGGCGTTTAAACATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGAgttaatttgcgttctagccaccgagatacagtaacatcttttttatttctaaaagtgttttggctggtctcacaattgtactttactttgtattatgtaaaaggaatacacaacgctgaagaaccctgatactaagggatatttgttcttacaggcaacaatgcaggatttggaacagaggcgtccccagttggaagaactcattaccgctgcccaaaatttgaaaaacaagaccagcaatcaagaggctagaacaatcattacggatcgaattgaaagaattcagaatcagtgggatgaagtacaagaacaccttcagaaccggaggcaacagttgaatgaaatgttaaaggattcaacacaatggctggaagctaaggaagaagctgagcaggtcttaggacaggccagagccaagcttgagtcatggaaggagggtccctatacagtagatgcaatccaaaagaaaatcacagaaaccaagcagttggccaaagacctccgccagtggcagacaaatgtagatgtggcaaatgacttggccctgaaacttctccgggattattctgcagatgataccagaaaagtccacatgataacagagaatatcaatgcctcttggagaagcattcataaaagggtgagtgagcgagaggctgctttggaagaaactcatagattactgcaacagttccccctggacctggaaaagtttcttgcctggcttacagaagctgaaacaactgccaatgtcctacaggatgctacccgtaaggaaaggctcctagaagactccaagggagtaaaagagctgatgaaacaatggcaagacctccaaggtgaaattgaagctcacacagatgtttatcacaacctggatgaaaacagccaaaaaatcctgagatccctggaaggttccgatgatgcagtcctgttacaaagacgtttggataacatgaacttcaagtggagtgaacttcggaaaaagtctctcaacattaggtcccatttggaagccagttctgaccagtggaagcgtctgcacctttctctgcaggaacttctggtgtggctacagctgaaagatgatgaattaagccggcaggcacctattggaggcgactttccagcagttcagaagcagaacgatgtacatagggccttcaagagggaattgaaaactaaagaacctgtaatcatgagtactcttgagactgtacgaatatttctgacagagcagcctttggaaggactagagaaactctaccaggagcccagagagctgcctcctgaggagagagcccagaatgtcactcggcttctacgaaagcaggctgaggaggtcaatactgagtgggaaaaattgaacctgcactccgctgactggcagagaaaaatagatgagacccttgaaagactccaggaacttcaagaggccacggatgagctggacctcaagctgcgccaagctgaggtgatcaagggatcctggcagcccgtgggcgatctcctcattgactctctccaagatcacctcgagaaagtcaaggcacttcgaggagaaattgcgcctctgaaagagaacgtgagccacgtcaatgaccttgctcgccagcttaccactttgggcattcagctctcaccgtataacctcagcactctggaagacctgaacaccagatggaagcttctgcaggtggccgtcgaggaccgagtcaggcagctgcatgaagcccacagggactttggtccagcatctcagcactttctttccacgtctgtccagggtccctgggagagagccatctcgccaaacaaagtgccctactatatcaaccacgagactcaaacaacttgctgggaccatcccaaaatgacagagctctaccagtctttagctgacctgaataatgtcagattctcagcttataggactgccatgaaactccgaagactgcagaaggccctttgcttggatctcttgagcctgtcagctgcatgtgatgccttggaccagcacaacctcaagcaaaatgaccagcccatggatatcctgcagattattaattgtttgaccactatttatgaccgcctggagcaagagcacaacaatttggtcaacgtccctctctgcgtggatatgtgtctgaactggctgctgaatgtttatgatacgggacgaacagggaggatccgtgtcctgtcttttaaaactggcatcatttccctgtgtaaagcacatttggaagacaagtacagataccttttcaagcaagtggcaagttcaacaggattttgtgaccagcgcaggctgggcctccttctgcatgattctatccaaattccaagacagttgggtgaagttgcatcctttgggggcagtaacattgagccaagtgtccggagctgcttccaatttgctaataataagccagagatcgaagcggccctcttcctagactggatgagactggaaccccagtccatggtgtggctgcccgtcctgcacagagtggctgctgcagaaactgccaagcatcaggccaaatgtaacatctgcaaagagtgtccaatcattggattcaggtacaggagtctaaagcactttaattatgacatctgccaaagctgctttttttctggtcgagttgcaaaaggccataaaatgcactatcccatggtggaatattgcactccgactacatcaggagaagatgttcgagactttgccaaggtactaaaaaacaaatttcgaaccaaaaggtattttgcgaagcatccccgaatgggctacctgccagtgcagactgtcttagagggggacaacatggaaactcccgttactctgatcaacttctggccagtagattctgcgcctgcctcgtcccctcagctttcacacgatgatactcattcacgcattgaacattatgctagcaggctagcagaaatggaaaacagcaatggatcttatctaaatgatagcatctctcctaatgagagcatagatgatgaacatttgttaatccagcattactgccaaagtttgaaccaggactcccccctgagccagcctcgtagtcctgcccagatcttgatttccttagagagtgaggaaagaggggagctagagagaatcctagcagatcttgaggaagaaaacaggaatctgcaagcagaatatgaccgtctaaagcagcagcacgaacataaaggcctgtccccactgccgtcccctcctgaaatgatgcccacctctccccagagtccccgggatgctgagctcattgctgaggccaagctactgcgtcaacacaaaggccgcctggaagccaggatgcaaatcctggaagaccacaataaacagctggagtcacagttacacaggctaaggcagctgctggagcaaccccaggcagaggccaaagtgaatggcacaacggtgtcctctccttctacctctctacagaggtccgacagcagtcagcctatgctgctccgagtggttggcagtcaaacttcggactccatgggtgaggaagatcttctcagtcctccccaggacacaagcacagggttagaggaggtgatggagcaactcaacaactccttccctagttcaagaggaagaaatacccctggaaagccaatgagagaggacacaatgtagTCGTTTAAACCGCTGAtcagcctcgaaacttgtttattgcagcttataatggttacaaataaagcaatagcatcacaaatttcacaaataaagcatttttttcactgcattctagttgtggtttgtccaaactcatcaatgtatcttagtaagttttttaacaagcatgggacacacaaagcaagatgcatgacaagtttcaataaaaacttaagttcatatatccccctcacatttataaaaataatgtgaaataattgtaaatgataacaattgtgctgagattttcagtccataatgttaccttttaataaatgaatgtaattccattgaatagaagaaatacATTCCTATTCCCCTGTATTATAAATGA
配列番号131
ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9(D10Aを有する)
MDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9(D10Aを有する)
MDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
配列番号132
ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9(D10A、H849Aを有する)
MDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9(D10A、H849Aを有する)
MDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
配列番号135
GSリンカー(Gly-Gly-Gly-Gly-Ser)n、ここで、nは、0~10の整数である
配列番号136
Gly-Gly-Gly-Gly-Gly
配列番号137
Gly-Gly-Ala-Gly-Gly
配列番号138
Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Ser-Ser
配列番号139
Gly-Gly-Gly-Gly-Ala-Ala-Ala
GSリンカー(Gly-Gly-Gly-Gly-Ser)n、ここで、nは、0~10の整数である
配列番号136
Gly-Gly-Gly-Gly-Gly
配列番号137
Gly-Gly-Ala-Gly-Gly
配列番号138
Gly-Gly-Gly-Gly-Ser-Ser-Ser
配列番号139
Gly-Gly-Gly-Gly-Ala-Ala-Ala
配列番号140
ヒトp300(L553M突然変異を有する)タンパク質
MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSLFDLEHDLPDELINSTELGLTNGGDINQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGLINSMVKSPMTQAGLTSPNMGMGTSGPNQGPTQSTGMMNSPVNQPAMGMNTGMNAGMNPGMLAAGNGQGIMPNQVMNGSIGAGRGRQNMQYPNPGMGSAGNLLTEPLQQGSPQMGGQTGLRGPQPLKMGMMNNPNPYGSPYTQNPGQQIGASGLGLQIQTKTVLSNNLSPFAMDKKAVPGGGMPNMGQQPAPQVQQPGLVTPVAQGMGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGEVRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNAGDKRNQQPILTGAPVGLGNPSSLGVGQQSAPNLSTVSQIDPSSIERAYAALGLPYQVNQMPTQPQVQAKNQQNQQPGQSPQGMRPMSNMSASPMGVNGGVGVQTPSLLSDSMLHSAINSQNPMMSENASVPSMGPMPTAAQPSTTGIRKQWHEDITQDLRNHLVHKLVQAIFPTPDPAALKDRRMENLVAYARKVEGDMYESANNRAEYYHLLAEKIYKIQKELEEKRRTRLQKQNMLPNAAGMVPVSMNPGPNMGQPQPGMTSNGPLPDPSMIRGSVPNQMMPRITPQSGLNQFGQMSMAQPPIVPRQTPPLQHHGQLAQPGALNPPMGYGPRMQQPSNQGQFLPQTQFPSQGMNVTNIPLAPSSGQAPVSQAQMSSSSCPVNSPIMPPGSQGSHIHCPQLPQPALHQNSPSPVPSRTPTPHHTPPSIGAQQPPATTIPAPVPTPPAMPPGPQSQALHPPPRQTPTPPTTQLPQQVQPSLPAAPSADQPQQQPRSQQSTAASVPTPTAPLLPPQPATPLSQPAVSIEGQVSNPPSTSSTEVNSQAIAEKQPSQEVKMEAKMEVDQPEPADTQPEDISESKVEDCKMESTETEERSTELKTEIKEEEDQPSTSATQSSPAPGQSKKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYKYCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHFCEKCFNEIQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVLHHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENKFSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGEVTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEIDGVDLCFFGMHVQEYGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPPSEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKELPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNKSSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAANSLPPIVDPDPLIPCDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQDRFVYTCNECKHHVETRWHCTVCEDYDLCITCYNTKNHDHKMEKLGLGLDDESNNQQAAATQSPGDSRRLSIQRCIQSLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQHTKGCKRKTNGGCPICKQLIALCCYHAKHCQENKCPVPFCLNIKQKLRQQQLQHRLQQAQMLRRRMASMQRTGVVGQQQGLPSPTPATPTTPTGQQPTTPQTPQPTSQPQPTPPNSMPPYLPRTQAAGPVSQGKAAGQVTPPTPPQTAQPPLPGPPPAAVEMAMQIQRAAETQRQMAHVQIFQRPIQHQMPPMTPMAPMGMNPPPMTRGPSGHLEPGMGPTGMQQQPPWSQGGLPQPQQLQSGMPRPAMMSVAQHGQPLNMAPQPGLGQVGISPLKPGTVSQQALQNLLRTLRSPSSPLQQQQVLSILHANPQLLAAFIKQRAAKYANSNPQPIPGQPGMPQGQPGLQPPTMPGQQGVHSNPAMQNMNPMQAGVQRAGLPQQQPQQQLQPPMGGMSPQAQQMNMNHNTMPSQFRDILRRQQMMQQQQQQGAGPGIGPGMANHNQFQQPQGVGYPPQQQQRMQHHMQQMQQGNMGQIGQLPQALGAEAGASLQAYQQRLLQQQMGSPVQPNPMSPQQHMLPNQAQSPHLQGQQIPNSLSNQVRSPQPVPSPRPQSQPPHSSPSPRMQPQPSPHHVSPQTSSPHPGLVAAQANPMEQGHFASPDQNSMLSQLASNPGMANLHGASATDLGLSTDNSDLNSNLSQSTLDIH
ヒトp300(L553M突然変異を有する)タンパク質
MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSLFDLEHDLPDELINSTELGLTNGGDINQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGLINSMVKSPMTQAGLTSPNMGMGTSGPNQGPTQSTGMMNSPVNQPAMGMNTGMNAGMNPGMLAAGNGQGIMPNQVMNGSIGAGRGRQNMQYPNPGMGSAGNLLTEPLQQGSPQMGGQTGLRGPQPLKMGMMNNPNPYGSPYTQNPGQQIGASGLGLQIQTKTVLSNNLSPFAMDKKAVPGGGMPNMGQQPAPQVQQPGLVTPVAQGMGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGEVRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNAGDKRNQQPILTGAPVGLGNPSSLGVGQQSAPNLSTVSQIDPSSIERAYAALGLPYQVNQMPTQPQVQAKNQQNQQPGQSPQGMRPMSNMSASPMGVNGGVGVQTPSLLSDSMLHSAINSQNPMMSENASVPSMGPMPTAAQPSTTGIRKQWHEDITQDLRNHLVHKLVQAIFPTPDPAALKDRRMENLVAYARKVEGDMYESANNRAEYYHLLAEKIYKIQKELEEKRRTRLQKQNMLPNAAGMVPVSMNPGPNMGQPQPGMTSNGPLPDPSMIRGSVPNQMMPRITPQSGLNQFGQMSMAQPPIVPRQTPPLQHHGQLAQPGALNPPMGYGPRMQQPSNQGQFLPQTQFPSQGMNVTNIPLAPSSGQAPVSQAQMSSSSCPVNSPIMPPGSQGSHIHCPQLPQPALHQNSPSPVPSRTPTPHHTPPSIGAQQPPATTIPAPVPTPPAMPPGPQSQALHPPPRQTPTPPTTQLPQQVQPSLPAAPSADQPQQQPRSQQSTAASVPTPTAPLLPPQPATPLSQPAVSIEGQVSNPPSTSSTEVNSQAIAEKQPSQEVKMEAKMEVDQPEPADTQPEDISESKVEDCKMESTETEERSTELKTEIKEEEDQPSTSATQSSPAPGQSKKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYKYCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHFCEKCFNEIQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVLHHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENKFSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGEVTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEIDGVDLCFFGMHVQEYGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPPSEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKELPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNKSSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAANSLPPIVDPDPLIPCDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQDRFVYTCNECKHHVETRWHCTVCEDYDLCITCYNTKNHDHKMEKLGLGLDDESNNQQAAATQSPGDSRRLSIQRCIQSLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQHTKGCKRKTNGGCPICKQLIALCCYHAKHCQENKCPVPFCLNIKQKLRQQQLQHRLQQAQMLRRRMASMQRTGVVGQQQGLPSPTPATPTTPTGQQPTTPQTPQPTSQPQPTPPNSMPPYLPRTQAAGPVSQGKAAGQVTPPTPPQTAQPPLPGPPPAAVEMAMQIQRAAETQRQMAHVQIFQRPIQHQMPPMTPMAPMGMNPPPMTRGPSGHLEPGMGPTGMQQQPPWSQGGLPQPQQLQSGMPRPAMMSVAQHGQPLNMAPQPGLGQVGISPLKPGTVSQQALQNLLRTLRSPSSPLQQQQVLSILHANPQLLAAFIKQRAAKYANSNPQPIPGQPGMPQGQPGLQPPTMPGQQGVHSNPAMQNMNPMQAGVQRAGLPQQQPQQQLQPPMGGMSPQAQQMNMNHNTMPSQFRDILRRQQMMQQQQQQGAGPGIGPGMANHNQFQQPQGVGYPPQQQQRMQHHMQQMQQGNMGQIGQLPQALGAEAGASLQAYQQRLLQQQMGSPVQPNPMSPQQHMLPNQAQSPHLQGQQIPNSLSNQVRSPQPVPSPRPQSQPPHSSPSPRMQPQPSPHHVSPQTSSPHPGLVAAQANPMEQGHFASPDQNSMLSQLASNPGMANLHGASATDLGLSTDNSDLNSNLSQSTLDIH
配列番号141
ヒトp300コアエフェクタータンパク質(配列番号140のアミノ酸1048~1664)
IFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYKYCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHFCEKCFNEIQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVLHHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENKFSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGEVTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEIDGVDLCFFGMHVQEYGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPPSEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKELPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNKSSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAANSLPPIVDPDPLIPCDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQD
ヒトp300コアエフェクタータンパク質(配列番号140のアミノ酸1048~1664)
IFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYKYCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHFCEKCFNEIQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVLHHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENKFSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGEVTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEIDGVDLCFFGMHVQEYGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPPSEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKELPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNKSSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAANSLPPIVDPDPLIPCDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQD
配列番号142
VP64-dCas9-VP64タンパク質
RADALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMVNPKKKRKVGRGMDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSRADPKKKRKVASRADALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLI
VP64-dCas9-VP64タンパク質
RADALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMVNPKKKRKVGRGMDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSRADPKKKRKVASRADALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLI
配列番号143
VP64-dCas9-VP64 DNA
cgggctgacgcattggacgattttgatctggatatgctgggaagtgacgccctcgatgattttgaccttgacatgcttggttcggatgcccttgatgactttgacctcgacatgctcggcagtgacgcccttgatgatttcgacctggacatggttaaccccaagaagaagaggaaggtgggccgcggaatggacaagaagtactccattgggctcgccatcggcacaaacagcgtcggctgggccgtcattacggacgagtacaaggtgccgagcaaaaaattcaaagttctgggcaataccgatcgccacagcataaagaagaacctcattggcgccctcctgttcgactccggggaaaccgccgaagccacgcggctcaaaagaacagcacggcgcagatatacccgcagaaagaatcggatctgctacctgcaggagatctttagtaatgagatggctaaggtggatgactctttcttccataggctggaggagtcctttttggtggaggaggataaaaagcacgagcgccacccaatctttggcaatatcgtggacgaggtggcgtaccatgaaaagtacccaaccatatatcatctgaggaagaagcttgtagacagtactgataaggctgacttgcggttgatctatctcgcgctggcgcatatgatcaaatttcggggacacttcctcatcgagggggacctgaacccagacaacagcgatgtcgacaaactctttatccaactggttcagacttacaatcagcttttcgaagagaacccgatcaacgcatccggagttgacgccaaagcaatcctgagcgctaggctgtccaaatcccggcggctcgaaaacctcatcgcacagctccctggggagaagaagaacggcctgtttggtaatcttatcgccctgtcactcgggctgacccccaactttaaatctaacttcgacctggccgaagatgccaagcttcaactgagcaaagacacctacgatgatgatctcgacaatctgctggcccagatcggcgaccagtacgcagacctttttttggcggcaaagaacctgtcagacgccattctgctgagtgatattctgcgagtgaacacggagatcaccaaagctccgctgagcgctagtatgatcaagcgctatgatgagcaccaccaagacttgactttgctgaaggcccttgtcagacagcaactgcctgagaagtacaaggaaattttcttcgatcagtctaaaaatggctacgccggatacattgacggcggagcaagccaggaggaattttacaaatttattaagcccatcttggaaaaaatggacggcaccgaggagctgctggtaaagcttaacagagaagatctgttgcgcaaacagcgcactttcgacaatggaagcatcccccaccagattcacctgggcgaactgcacgctatcctcaggcggcaagaggatttctacccctttttgaaagataacagggaaaagattgagaaaatcctcacatttcggataccctactatgtaggccccctcgcccggggaaattccagattcgcgtggatgactcgcaaatcagaagagaccatcactccctggaacttcgaggaagtcgtggataagggggcctctgcccagtccttcatcgaaaggatgactaactttgataaaaatctgcctaacgaaaaggtgcttcctaaacactctctgctgtacgagtacttcacagtttataacgagctcaccaaggtcaaatacgtcacagaagggatgagaaagccagcattcctgtctggagagcagaagaaagctatcgtggacctcctcttcaagacgaaccggaaagttaccgtgaaacagctcaaagaagactatttcaaaaagattgaatgtttcgactctgttgaaatcagcggagtggaggatcgcttcaacgcatccctgggaacgtatcacgatctcctgaaaatcattaaagacaaggacttcctggacaatgaggagaacgaggacattcttgaggacattgtcctcacccttacgttgtttgaagatagggagatgattgaagaacgcttgaaaacttacgctcatctcttcgacgacaaagtcatgaaacagctcaagaggcgccgatatacaggatgggggcggctgtcaagaaaactgatcaatgggatccgagacaagcagagtggaaagacaatcctggattttcttaagtccgatggatttgccaaccggaacttcatgcagttgatccatgatgactctctcacctttaaggaggacatccagaaagcacaagtttctggccagggggacagtcttcacgagcacatcgctaatcttgcaggtagcccagctatcaaaaagggaatactgcagaccgttaaggtcgtggatgaactcgtcaaagtaatgggaaggcataagcccgagaatatcgttatcgagatggcccgagagaaccaaactacccagaagggacagaagaacagtagggaaaggatgaagaggattgaagagggtataaaagaactggggtcccaaatccttaaggaacacccagttgaaaacacccagcttcagaatgagaagctctacctgtactacctgcagaacggcagggacatgtacgtggatcaggaactggacatcaatcggctctccgactacgacgtggatgccatcgtgccccagtcttttctcaaagatgattctattgataataaagtgttgacaagatccgataaaaatagagggaagagtgataacgtcccctcagaagaagttgtcaagaaaatgaaaaattattggcggcagctgctgaacgccaaactgatcacacaacggaagttcgataatctgactaaggctgaacgaggtggcctgtctgagttggataaagccggcttcatcaaaaggcagcttgttgagacacgccagatcaccaagcacgtggcccaaattctcgattcacgcatgaacaccaagtacgatgaaaatgacaaactgattcgagaggtgaaagttattactctgaagtctaagctggtctcagatttcagaaaggactttcagttttataaggtgagagagatcaacaattaccaccatgcgcatgatgcctacctgaatgcagtggtaggcactgcacttatcaaaaaatatcccaagcttgaatctgaatttgtttacggagactataaagtgtacgatgttaggaaaatgatcgcaaagtctgagcaggaaataggcaaggccaccgctaagtacttcttttacagcaatattatgaattttttcaagaccgagattacactggccaatggagagattcggaagcgaccacttatcgaaacaaacggagaaacaggagaaatcgtgtgggacaagggtagggatttcgcgacagtccggaaggtcctgtccatgccgcaggtgaacatcgttaaaaagaccgaagtacagaccggaggcttctccaaggaaagtatcctcccgaaaaggaacagcgacaagctgatcgcacgcaaaaaagattgggaccccaagaaatacggcggattcgattctcctacagtcgcttacagtgtactggttgtggccaaagtggagaaagggaagtctaaaaaactcaaaagcgtcaaggaactgctgggcatcacaatcatggagcgatcaagcttcgaaaaaaaccccatcgactttctcgaggcgaaaggatataaagaggtcaaaaaagacctcatcattaagcttcccaagtactctctctttgagcttgaaaacggccggaaacgaatgctcgctagtgcgggcgagctgcagaaaggtaacgagctggcactgccctctaaatacgttaatttcttgtatctggccagccactatgaaaagctcaaagggtctcccgaagataatgagcagaagcagctgttcgtggaacaacacaaacactaccttgatgagatcatcgagcaaataagcgaattctccaaaagagtgatcctcgccgacgctaacctcgataaggtgctttctgcttacaataagcacagggataagcccatcagggagcaggcagaaaacattatccacttgtttactctgaccaacttgggcgcgcctgcagccttcaagtacttcgacaccaccatagacagaaagcggtacacctctacaaaggaggtcctggacgccacactgattcatcagtcaattacggggctctatgaaacaagaatcgacctctctcagctcggtggagacagcagggctgaccccaagaagaagaggaaggtggctagccgcgccgacgcgctggacgatttcgatctcgacatgctgggttctgatgccctcgatgactttgacctggatatgttgggaagcgacgcattggatgactttgatctggacatgctcggctccgatgctctggacgatttcgatctcgatatgttaatc
VP64-dCas9-VP64 DNA
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配列番号144
VPHのタンパク質配列
DALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSLPSASVEFEGSGGPSGQISNQALALAPSSAPVLAQTMVPSSAMVPLAQPPAPAPVLTPGPPQSLSAPVPKSTQAGEGTLSEALLHLQFDADEDLGALLGNSTDPGVFTDLASVDNSEFQQLLNQGVSMSHSTAEPMLMEYPEAITRLVTGSQRPPDPAPTPLGTSGLPNGLSGDEDFSSIADMDFSALLSQISSSGQGGGGSGFSVDTSALLDLFSPSVTVPDMSLPDLDSSLASIQELLSPQEPPRPPEAENSSPDSGKQLVHYTAQPLFLLDPGSVDTGSNDLPVLFELGEGSYFSEGDGFAEDPTISLLTGSEPPKAKDPTVS
VPHのタンパク質配列
DALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSLPSASVEFEGSGGPSGQISNQALALAPSSAPVLAQTMVPSSAMVPLAQPPAPAPVLTPGPPQSLSAPVPKSTQAGEGTLSEALLHLQFDADEDLGALLGNSTDPGVFTDLASVDNSEFQQLLNQGVSMSHSTAEPMLMEYPEAITRLVTGSQRPPDPAPTPLGTSGLPNGLSGDEDFSSIADMDFSALLSQISSSGQGGGGSGFSVDTSALLDLFSPSVTVPDMSLPDLDSSLASIQELLSPQEPPRPPEAENSSPDSGKQLVHYTAQPLFLLDPGSVDTGSNDLPVLFELGEGSYFSEGDGFAEDPTISLLTGSEPPKAKDPTVS
配列番号145
VPHのDNA配列
gatgctttagacgattttgacttagatatgcttggttcagacgcgttagacgacttcgacctagacatgttaggctcagatgcattggacgacttcgatttagatatgttgggctccgatgccctagatgactttgatctagatatgctagggtcactacccagcgccagcgtcgagttcgaaggcagcggcgggccttcagggcagatcagcaaccaggccctggctctggcccctagctccgctccagtgctggcccagactatggtgccctctagtgctatggtgcctctggcccagccacctgctccagcccctgtgctgaccccaggaccaccccagtcactgagcgccccagtgcccaagtctacacaggccggcgaggggactctgagtgaagctctgctgcacctgcagttcgacgctgatgaggacctgggagctctgctggggaacagcaccgatcccggagtgttcacagatctggcctccgtggacaactctgagtttcagcagctgctgaatcagggcgtgtccatgtctcatagtacagccgaaccaatgctgatggagtaccccgaagccattacccggctggtgaccggcagccagcggccccccgaccccgctccaactcccctgggaaccagcggcctgcctaatgggctgtccggagatgaagacttctcaagcatcgctgatatggactttagtgccctgctgtcacagatttcctctagtgggcagggaggaggtggaagcggcttcagcgtggacaccagtgccctgctggacctgttcagcccctcggtgaccgtgcccgacatgagcctgcctgaccttgacagcagcctggccagtatccaagagctcctgtctccccaggagccccccaggcctcccgaggcagagaacagcagcccggattcagggaagcagctggtgcactacacagcgcagccgctgttcctgctggaccccggctccgtggacaccgggagcaacgacctgccggtgctgtttgagctgggagagggctcctacttctccgaaggggacggcttcgccgaggaccccaccatctccctgctgacaggctcggagcctcccaaagccaaggaccccactgtctcc
VPHのDNA配列
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配列番号146
VPRのタンパク質配列
DALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSPKKKRKVGSQYLPDTDDRHRIEEKRKRTYETFKSIMKKSPFSGPTDPRPPPRRIAVPSRSSASVPKPAPQPYPFTSSLSTINYDEFPTMVFPSGQISQASALAPAPPQVLPQAPAPAPAPAMVSALAQAPAPVPVLAPGPPQAVAPPAPKPTQAGEGTLSEALLQLQFDDEDLGALLGNSTDPAVFTDLASVDNSEFQQLLNQGIPVAPHTTEPMLMEYPEAITRLVTGAQRPPDPAPAPLGAPGLPNGLLSGDEDFSSIADMDFSALLSQISSGSGSGSRDSREGMFLPKPEAGSAISDVFEGREVCQPKRIRPFHPPGSPWANRPLPASLAPTPTGPVHEPVGSLTPAPVPQPLDPAPAVTPEASHLLEDPDEETSQAVKALREMADTVIPQKEEAAICGQMDLSHPPPRGHLDELTTTLESMTEDLNLDSPLTPELNEILDTFLNDECLLHAMHISTGLSIFDTSLF
VPRのタンパク質配列
DALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSDALDDFDLDMLGSPKKKRKVGSQYLPDTDDRHRIEEKRKRTYETFKSIMKKSPFSGPTDPRPPPRRIAVPSRSSASVPKPAPQPYPFTSSLSTINYDEFPTMVFPSGQISQASALAPAPPQVLPQAPAPAPAPAMVSALAQAPAPVPVLAPGPPQAVAPPAPKPTQAGEGTLSEALLQLQFDDEDLGALLGNSTDPAVFTDLASVDNSEFQQLLNQGIPVAPHTTEPMLMEYPEAITRLVTGAQRPPDPAPAPLGAPGLPNGLLSGDEDFSSIADMDFSALLSQISSGSGSGSRDSREGMFLPKPEAGSAISDVFEGREVCQPKRIRPFHPPGSPWANRPLPASLAPTPTGPVHEPVGSLTPAPVPQPLDPAPAVTPEASHLLEDPDEETSQAVKALREMADTVIPQKEEAAICGQMDLSHPPPRGHLDELTTTLESMTEDLNLDSPLTPELNEILDTFLNDECLLHAMHISTGLSIFDTSLF
配列番号147
VPRのDNA配列
gatgctttagacgattttgacttagatatgcttggttcagacgcgttagacgacttcgacctagacatgttaggctcagatgcattggacgacttcgatttagatatgttgggctccgatgccctagatgactttgatctagatatgctaggtagtcccaaaaagaagaggaaagtgggatcccagtatctgcccgacacagatgatagacaccgaatcgaagagaaacgcaagcgaacgtatgaaaccttcaaatcgatcatgaagaaatcgcccttctcgggtccgaccgatcccaggcccccaccgagaaggattgcggtcccgtcccgctcgtcggccagcgtgccgaagcctgcgccgcagccctaccccttcacgtcgagcctgagcacaatcaattatgacgagttcccgacgatggtgttcccctcgggacaaatctcacaagcctcggcgctcgcaccagcgcctccccaagtccttccgcaagcgcctgccccagcgcctgcaccggcaatggtgtccgccctcgcacaggcccctgcgcccgtccccgtgctcgcgcctggaccgccccaggcggtcgctccaccggctccgaagccgacgcaggccggagagggaacactctccgaagcacttcttcaactccagtttgatgacgaggatcttggagcactccttggaaactcgacagaccctgcggtgtttaccgacctcgcgtcagtagataactccgaatttcagcagcttttgaaccagggtatcccggtcgcgccacatacaacggagcccatgttgatggaataccccgaagcaatcacgagacttgtgacgggagcgcagcggcctcccgatcccgcacccgcacctttgggggcacctggcctccctaacggacttttgagcggcgacgaggatttctcctccatcgccgatatggatttctcagccttgctgtcacagatttccagcggctctggcagcggcagccgggattccagggaagggatgtttttgccgaagcctgaggccggctccgctattagtgacgtgtttgagggccgcgaggtgtgccagccaaaacgaatccggccatttcatcctccaggaagtccatgggccaaccgcccactccccgccagcctcgcaccaacaccaaccggtccagtacatgagccagtcgggtcactgaccccggcaccagtccctcagccactggatccagcgcccgcagtgactcccgaggccagtcacctgttggaggatcccgatgaagagacgagccaggctgtcaaagcccttcgggagatggccgatactgtgattccccagaaggaagaggctgcaatctgtggccaaatggacctttcccatccgcccccaaggggccatctggatgagctgacaaccacacttgagtccatgaccgaggatctgaacctggactcacccctgaccccggaattgaacgagattctggataccttcctgaacgacgagtgcctcttgcatgccatgcatatcagcacaggactgtccatcttcgacacatctctgttt
VPRのDNA配列
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配列番号148
ストレプトコッカス・ピオゲネスdCas9-KRABをコードするポリヌクレオチド配列
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ストレプトコッカス・ピオゲネスdCas9-KRABをコードするポリヌクレオチド配列
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配列番号149
ストレプトコッカス・ピオゲネスdCas9-KRABタンパク質のポリペプチド配列
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ストレプトコッカス・ピオゲネスdCas9-KRABタンパク質のポリペプチド配列
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配列番号150
スタフィロコッカス・アウレウスdCas9-KRABタンパク質のポリヌクレオチド配列
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スタフィロコッカス・アウレウスdCas9-KRABタンパク質のポリヌクレオチド配列
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配列番号151
スタフィロコッカス・アウレウスdCas9-KRABタンパク質のポリペプチド配列
MAPKKKRKVGIHGVPAAKRNYILGLAIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEEASKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKGKRPAATKKAGQAKKKKGSDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPKKKRKV
スタフィロコッカス・アウレウスdCas9-KRABタンパク質のポリペプチド配列
MAPKKKRKVGIHGVPAAKRNYILGLAIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEEASKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKGKRPAATKKAGQAKKKKGSDAKSLTAWSRTLVTFKDVFVDFTREEWKLLDTAQQILYRNVMLENYKNLVSLGYQLTKPDVILRLEKGEEPWLVEREIHQETHPDSETAFEIKSSVPKKKRKV
配列番号152
Tet1CDのポリヌクレオチド配列
CTGCCCACCTGCAGCTGTCTTGATCGAGTTATACAAAAAGACAAAGGCCCATATTATACACACCTTGGGGCAGGACCAAGTGTTGCTGCTGTCAGGGAAATCATGGAGAATAGGTATGGTCAAAAAGGAAACGCAATAAGGATAGAAATAGTAGTGTACACCGGTAAAGAAGGGAAAAGCTCTCATGGGTGTCCAATTGCTAAGTGGGTTTTAAGAAGAAGCAGTGATGAAGAAAAAGTTCTTTGTTTGGTCCGGCAGCGTACAGGCCACCACTGTCCAACTGCTGTGATGGTGGTGCTCATCATGGTGTGGGATGGCATCCCTCTTCCAATGGCCGACCGGCTATACACAGAGCTCACAGAGAATCTAAAGTCATACAATGGGCACCCTACCGACAGAAGATGCACCCTCAATGAAAATCGTACCTGTACATGTCAAGGAATTGATCCAGAGACTTGTGGAGCTTCATTCTCTTTTGGCTGTTCATGGAGTATGTACTTTAATGGCTGTAAGTTTGGTAGAAGCCCAAGCCCCAGAAGATTTAGAATTGATCCAAGCTCTCCCTTACATGAAAAAAACCTTGAAGATAACTTACAGAGTTTGGCTACACGATTAGCTCCAATTTATAAGCAGTATGCTCCAGTAGCTTACCAAAATCAGGTGGAATATGAAAATGTTGCCCGAGAATGTCGGCTTGGCAGCAAGGAAGGTCGACCCTTCTCTGGGGTCACTGCTTGCCTGGACTTCTGTGCTCATCCCCACAGGGACATTCACAACATGAATAATGGAAGCACTGTGGTTTGTACCTTAACTCGAGAAGATAACCGCTCTTTGGGTGTTATTCCTCAAGATGAGCAGCTCCATGTGCTACCTCTTTATAAGCTTTCAGACACAGATGAGTTTGGCTCCAAGGAAGGAATGGAAGCCAAGATCAAATCTGGGGCCATCGAGGTCCTGGCACCCCGCCGCAAAAAAAGAACGTGTTTCACTCAGCCTGTTCCCCGTTCTGGAAAGAAGAGGGCTGCGATGATGACAGAGGTTCTTGCACATAAGATAAGGGCAGTGGAAAAGAAACCTATTCCCCGAATCAAGCGGAAGAATAACTCAACAACAACAAACAACAGTAAGCCTTCGTCACTGCCAACCTTAGGGAGTAACACTGAGACCGTGCAACCTGAAGTAAAAAGTGAAACCGAACCCCATTTTATCTTAAAAAGTTCAGACAACACTAAAACTTATTCGCTGATGCCATCCGCTCCTCACCCAGTGAAAGAGGCATCTCCAGGCTTCTCCTGGTCCCCGAAGACTGCTTCAGCCACACCAGCTCCACTGAAGAATGACGCAACAGCCTCATGCGGGTTTTCAGAAAGAAGCAGCACTCCCCACTGTACGATGCCTTCGGGAAGACTCAGTGGTGCCAATGCTGCAGCTGCTGATGGCCCTGGCATTTCACAGCTTGGCGAAGTGGCTCCTCTCCCCACCCTGTCTGCTCCTGTGATGGAGCCCCTCATTAATTCTGAGCCTTCCACTGGTGTGACTGAGCCGCTAACGCCTCATCAGCCAAACCACCAGCCCTCCTTCCTCACCTCTCCTCAAGACCTTGCCTCTTCTCCAATGGAAGAAGATGAGCAGCATTCTGAAGCAGATGAGCCTCCATCAGACGAACCCCTATCTGATGACCCCCTGTCACCTGCTGAGGAGAAATTGCCCCACATTGATGAGTATTGGTCAGACAGTGAGCACATCTTTTTGGATGCAAATATTGGTGGGGTGGCCATCGCACCTGCTCACGGCTCGGTTTTGATTGAGTGTGCCCGGCGAGAGCTGCACGCTACCACTCCTGTTGAGCACCCCAACCGTAATCATCCAACCCGCCTCTCCCTTGTCTTTTACCAGCACAAAAACCTAAATAAGCCCCAACATGGTTTTGAACTAAACAAGATTAAGTTTGAGGCTAAAGAAGCTAAGAATAAGAAAATGAAGGCCTCAGAGCAAAAAGACCAGGCAGCTAATGAAGGTCCAGAACAGTCCTCTGAAGTAAATGAATTGAACCAAATTCCTTCTCATAAAGCATTAACATTAACCCATGACAATGTTGTCACCGTGTCCCCTTATGCTCTCACACACGTTGCGGGGCCCTATAACCATTGGGTC
Tet1CDのポリヌクレオチド配列
CTGCCCACCTGCAGCTGTCTTGATCGAGTTATACAAAAAGACAAAGGCCCATATTATACACACCTTGGGGCAGGACCAAGTGTTGCTGCTGTCAGGGAAATCATGGAGAATAGGTATGGTCAAAAAGGAAACGCAATAAGGATAGAAATAGTAGTGTACACCGGTAAAGAAGGGAAAAGCTCTCATGGGTGTCCAATTGCTAAGTGGGTTTTAAGAAGAAGCAGTGATGAAGAAAAAGTTCTTTGTTTGGTCCGGCAGCGTACAGGCCACCACTGTCCAACTGCTGTGATGGTGGTGCTCATCATGGTGTGGGATGGCATCCCTCTTCCAATGGCCGACCGGCTATACACAGAGCTCACAGAGAATCTAAAGTCATACAATGGGCACCCTACCGACAGAAGATGCACCCTCAATGAAAATCGTACCTGTACATGTCAAGGAATTGATCCAGAGACTTGTGGAGCTTCATTCTCTTTTGGCTGTTCATGGAGTATGTACTTTAATGGCTGTAAGTTTGGTAGAAGCCCAAGCCCCAGAAGATTTAGAATTGATCCAAGCTCTCCCTTACATGAAAAAAACCTTGAAGATAACTTACAGAGTTTGGCTACACGATTAGCTCCAATTTATAAGCAGTATGCTCCAGTAGCTTACCAAAATCAGGTGGAATATGAAAATGTTGCCCGAGAATGTCGGCTTGGCAGCAAGGAAGGTCGACCCTTCTCTGGGGTCACTGCTTGCCTGGACTTCTGTGCTCATCCCCACAGGGACATTCACAACATGAATAATGGAAGCACTGTGGTTTGTACCTTAACTCGAGAAGATAACCGCTCTTTGGGTGTTATTCCTCAAGATGAGCAGCTCCATGTGCTACCTCTTTATAAGCTTTCAGACACAGATGAGTTTGGCTCCAAGGAAGGAATGGAAGCCAAGATCAAATCTGGGGCCATCGAGGTCCTGGCACCCCGCCGCAAAAAAAGAACGTGTTTCACTCAGCCTGTTCCCCGTTCTGGAAAGAAGAGGGCTGCGATGATGACAGAGGTTCTTGCACATAAGATAAGGGCAGTGGAAAAGAAACCTATTCCCCGAATCAAGCGGAAGAATAACTCAACAACAACAAACAACAGTAAGCCTTCGTCACTGCCAACCTTAGGGAGTAACACTGAGACCGTGCAACCTGAAGTAAAAAGTGAAACCGAACCCCATTTTATCTTAAAAAGTTCAGACAACACTAAAACTTATTCGCTGATGCCATCCGCTCCTCACCCAGTGAAAGAGGCATCTCCAGGCTTCTCCTGGTCCCCGAAGACTGCTTCAGCCACACCAGCTCCACTGAAGAATGACGCAACAGCCTCATGCGGGTTTTCAGAAAGAAGCAGCACTCCCCACTGTACGATGCCTTCGGGAAGACTCAGTGGTGCCAATGCTGCAGCTGCTGATGGCCCTGGCATTTCACAGCTTGGCGAAGTGGCTCCTCTCCCCACCCTGTCTGCTCCTGTGATGGAGCCCCTCATTAATTCTGAGCCTTCCACTGGTGTGACTGAGCCGCTAACGCCTCATCAGCCAAACCACCAGCCCTCCTTCCTCACCTCTCCTCAAGACCTTGCCTCTTCTCCAATGGAAGAAGATGAGCAGCATTCTGAAGCAGATGAGCCTCCATCAGACGAACCCCTATCTGATGACCCCCTGTCACCTGCTGAGGAGAAATTGCCCCACATTGATGAGTATTGGTCAGACAGTGAGCACATCTTTTTGGATGCAAATATTGGTGGGGTGGCCATCGCACCTGCTCACGGCTCGGTTTTGATTGAGTGTGCCCGGCGAGAGCTGCACGCTACCACTCCTGTTGAGCACCCCAACCGTAATCATCCAACCCGCCTCTCCCTTGTCTTTTACCAGCACAAAAACCTAAATAAGCCCCAACATGGTTTTGAACTAAACAAGATTAAGTTTGAGGCTAAAGAAGCTAAGAATAAGAAAATGAAGGCCTCAGAGCAAAAAGACCAGGCAGCTAATGAAGGTCCAGAACAGTCCTCTGAAGTAAATGAATTGAACCAAATTCCTTCTCATAAAGCATTAACATTAACCCATGACAATGTTGTCACCGTGTCCCCTTATGCTCTCACACACGTTGCGGGGCCCTATAACCATTGGGTC
配列番号153
Tet1CDのポリペプチド配列
LPTCSCLDRVIQKDKGPYYTHLGAGPSVAAVREIMENRYGQKGNAIRIEIVVYTGKEGKSSHGCPIAKWVLRRSSDEEKVLCLVRQRTGHHCPTAVMVVLIMVWDGIPLPMADRLYTELTENLKSYNGHPTDRRCTLNENRTCTCQGIDPETCGASFSFGCSWSMYFNGCKFGRSPSPRRFRIDPSSPLHEKNLEDNLQSLATRLAPIYKQYAPVAYQNQVEYENVARECRLGSKEGRPFSGVTACLDFCAHPHRDIHNMNNGSTVVCTLTREDNRSLGVIPQDEQLHVLPLYKLSDTDEFGSKEGMEAKIKSGAIEVLAPRRKKRTCFTQPVPRSGKKRAAMMTEVLAHKIRAVEKKPIPRIKRKNNSTTTNNSKPSSLPTLGSNTETVQPEVKSETEPHFILKSSDNTKTYSLMPSAPHPVKEASPGFSWSPKTASATPAPLKNDATASCGFSERSSTPHCTMPSGRLSGANAAAADGPGISQLGEVAPLPTLSAPVMEPLINSEPSTGVTEPLTPHQPNHQPSFLTSPQDLASSPMEEDEQHSEADEPPSDEPLSDDPLSPAEEKLPHIDEYWSDSEHIFLDANIGGVAIAPAHGSVLIECARRELHATTPVEHPNRNHPTRLSLVFYQHKNLNKPQHGFELNKIKFEAKEAKNKKMKASEQKDQAANEGPEQSSEVNELNQIPSHKALTLTHDNVVTVSPYALTHVAGPYNHWV
Tet1CDのポリペプチド配列
LPTCSCLDRVIQKDKGPYYTHLGAGPSVAAVREIMENRYGQKGNAIRIEIVVYTGKEGKSSHGCPIAKWVLRRSSDEEKVLCLVRQRTGHHCPTAVMVVLIMVWDGIPLPMADRLYTELTENLKSYNGHPTDRRCTLNENRTCTCQGIDPETCGASFSFGCSWSMYFNGCKFGRSPSPRRFRIDPSSPLHEKNLEDNLQSLATRLAPIYKQYAPVAYQNQVEYENVARECRLGSKEGRPFSGVTACLDFCAHPHRDIHNMNNGSTVVCTLTREDNRSLGVIPQDEQLHVLPLYKLSDTDEFGSKEGMEAKIKSGAIEVLAPRRKKRTCFTQPVPRSGKKRAAMMTEVLAHKIRAVEKKPIPRIKRKNNSTTTNNSKPSSLPTLGSNTETVQPEVKSETEPHFILKSSDNTKTYSLMPSAPHPVKEASPGFSWSPKTASATPAPLKNDATASCGFSERSSTPHCTMPSGRLSGANAAAADGPGISQLGEVAPLPTLSAPVMEPLINSEPSTGVTEPLTPHQPNHQPSFLTSPQDLASSPMEEDEQHSEADEPPSDEPLSDDPLSPAEEKLPHIDEYWSDSEHIFLDANIGGVAIAPAHGSVLIECARRELHATTPVEHPNRNHPTRLSLVFYQHKNLNKPQHGFELNKIKFEAKEAKNKKMKASEQKDQAANEGPEQSSEVNELNQIPSHKALTLTHDNVVTVSPYALTHVAGPYNHWV
配列番号154
ヒトDMDのスーパーエクソン(エクソン45~79)をコードするDNA
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ヒトDMDのスーパーエクソン(エクソン45~79)をコードするDNA
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配列番号155
ヒトDMDのスーパーエクソン(エクソン45~79)を含むドナー配列
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ヒトDMDのスーパーエクソン(エクソン45~79)を含むドナー配列
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Claims (46)
- 組成物をコードする1つ又は複数のベクターを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、前記組成物が、
(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、
(b)Casタンパク質又は前記Casタンパク質を含む融合タンパク質と、
(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列と
を含む、
CRISPR/Casベースのゲノム編集系。 - CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、
(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)であって、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、gRNAと、
(b)Casタンパク質又は前記Casタンパク質を含む融合タンパク質と、
(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列であって、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、ドナー配列と
を含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。
- 組成物をコードする1つ又は複数のベクターを含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、前記組成物が、
(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)と、
(b)Casタンパク質又は前記Casタンパク質を含む融合タンパク質と、
(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列と、
を含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。 - CRISPR/Casベースのゲノム編集系であって、
(a)突然変異体ジストロフィン遺伝子のフラグメントを標的とする、ガイドRNA(gRNA)と、
(b)Casタンパク質又は前記Casタンパク質を含む融合タンパク質と、
(c)野生型ジストロフィン遺伝子のフラグメントを含む、ドナー配列と、
を含む、CRISPR/Casベースのゲノム編集系。 - 前記gRNAが、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のイントロン51又はイントロン44内の標的配列にハイブリダイズする、請求項3又は4に記載の系。
- 前記gRNAが、配列番号128又は配列番号156のポリヌクレオチド配列内の標的配列にハイブリダイズする、請求項1、2、又は5に記載の系。
- 前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52を含む、請求項3~6のいずれか1項に記載の系。
- ドナー配列が、配列番号53のポリヌクレオチド配列を含む、請求項1、2、又は7に記載の系。
- 前記野生型ジストロフィン遺伝子の前記フラグメントが、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接している、請求項1~8のいずれか1項に記載の系。
- 前記gRNAが、前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン51とエクソン52との間にあるイントロンを標的とする、請求項1~9のいずれか1項に記載の系。
- 前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子又はその機能的同等物の複数のエクソンを含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の系。
- 前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン52、エクソン53、エクソン54、エクソン55、エクソン56、エクソン57、エクソン58、エクソン59、エクソン60、エクソン61、エクソン62、エクソン63、エクソン64、エクソン65、エクソン66、エクソン67、エクソン68、エクソン69、エクソン70、エクソン71、エクソン72、エクソン73、エクソン74、エクソン75、エクソン76、エクソン77、エクソン78、及びエクソン79から選択される1つ若しくは複数のエクソンを含むか、又は前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン52~79を含むか、又は前記ドナー配列が、前記野生型ジストロフィン遺伝子若しくはその機能的同等物のエクソン45~79を含む、請求項1~11のいずれか1項に記載の系。
- 前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン52が、突然変異しているか、若しくは前記ジストロフィン遺伝子から少なくとも部分的に欠失しているか、又は前記突然変異体ジストロフィン遺伝子のエクソン52が、欠失しており、前記イントロンが、対応する野生型ジストロフィン遺伝子において前記欠失したエクソン52が存在するであろう場所に並置されている、請求項1~12のいずれか1項に記載の系。
- 前記gRNAが、
(a)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、
(b)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列のフラグメント、
(c)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列若しくはそのフラグメントの相補体、
(d)配列番号29~51、87、157~170から選択される配列若しくはその相補体に実質的に同一である、核酸、又は
(e)ストリンジェントな条件下において、配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、その相補体、若しくはそれに実質的に同一である配列にハイブリダイズする、核酸
を含むポリヌクレオチド配列に結合し、それを標的とする、請求項1~13のいずれか1項に記載の系。 - 前記gRNAが、配列番号29~51、87、157~170から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、又はそのバリアントに結合し、それを標的とするか、又はそれによってコードされる、請求項1~14のいずれか1項に記載の系。
- 前記gRNAスペーサーが、配列番号29~51、87、157~170から選択される配列、その相補体、又はそのバリアントを含む、請求項9~15のいずれか1項に記載の系。
- 前記gRNAが、配列番号64~86、88、171~184から選択されるポリヌクレオチド配列、その相補体、又はそのバリアントを含む、請求項1~16のいずれか1項に記載の系。
- 前記gRNAが、配列番号35、40、及び44から選択されるポリヌクレオチド配列に結合するか若しくはそれによってコードされるか、又は前記gRNAが、配列番号70、75、及び79から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、請求項1~17のいずれか1項に記載の系。
- 前記ドナー配列が、配列番号53~56、154、及び155から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、請求項1~18のいずれか1項に記載の系。
- 前記ドナー配列が、配列番号55のポリヌクレオチドを含む、請求項19に記載の系。
- 前記ドナー配列が、配列番号56のポリヌクレオチドを含む、請求項19に記載の系。
- 前記Casタンパク質が、ストレプトコッカス・ピオゲネス(Streptococcus pyogenes)Cas9タンパク質、又はスタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)Cas9タンパク質である、請求項1~21のいずれか1項に記載の系。
- 前記Casタンパク質が、配列番号18又は配列番号19のアミノ酸配列を含む、請求項1~22のいずれか1項に記載の系。
- 前記ベクターが、ウイルスベクターである、請求項1、3、及び5~23のいずれか1項に記載の系。
- 前記ベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターである、請求項24に記載の系。
- 前記AAVベクターが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV-10、AAV-11、AAV-12、AAV-13、又はAAVrh.74ベクターである、請求項25に記載の系。
- 前記1つ又は複数のベクターのうちの1つが、配列番号57~60及び129~130から選択されるポリヌクレオチド配列を含む、請求項26に記載の系。
- gRNAとドナー配列との間のモル比が、1:1、又は1:5、又は5:1~1:10、又は1:1~1:5である、請求項1~27のいずれか1項に記載の系。
- ドナー配列をコードする組換えポリヌクレオチドであって、前記ドナー配列が、gRNAスペーサー及び/又はPAM配列が両側に隣接しており、前記ドナー配列が、ジストロフィン遺伝子のエクソン52、エクソン53、エクソン54、エクソン55、エクソン56、エクソン57、エクソン58、エクソン59、エクソン60、エクソン61、エクソン62、エクソン63、エクソン64、エクソン65、エクソン66、エクソン67、エクソン68、エクソン69、エクソン70、エクソン71、エクソン72、エクソン73、エクソン74、エクソン75、エクソン76、エクソン77、エクソン78、及びエクソン79から選択される1つ又は複数のエクソンを含む、組換えポリヌクレオチド。
- 前記ジストロフィン遺伝子が、ヒトジストロフィン遺伝子である、請求項1~28のいずれか1項に記載の系、又は請求項29に記載の組換えポリヌクレオチド。
- 前記系が、配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす、請求項30に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
- 前記ドナー配列が、前記ヒトジストロフィン遺伝子のエクソン52~79を含むポリヌクレオチド配列を含む、請求項30又は31に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
- 前記ドナー配列が、配列番号55又は配列番号56のポリヌクレオチド配列を含む、請求項32に記載の系又は組換えポリヌクレオチド。
- 配列番号57~60から選択される配列を含む、請求項29に記載の組換えポリヌクレオチド。
- 請求項27~32のいずれか1項に記載の組換えポリヌクレオチドを含む、ベクター。
- 請求項29~34のいずれか1項に記載の組換えポリヌクレオチド又は請求項35に記載のベクターを含む、細胞。
- 突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞において、ジストロフィン機能を復元するための組成物、又は請求項1~28若しくは30~33のいずれか1項に記載の系、若しくは請求項29~34のいずれか1項に記載の組換えポリヌクレオチド、若しくは請求項35に記載のベクターを含む、前記組成物。
- 請求項1~28若しくは30~33のいずれか1項に記載の系、又は請求項29~34のいずれか1項に記載の組換えポリヌクレオチド、又は請求項35に記載のベクター、又は請求項35に記載の組成物を含む、キット。
- 突然変異体ジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するための方法であって、前記細胞又は対象を、請求項1~28若しくは30~33のいずれか1項に記載の系、又は請求項29~34のいずれか1項に記載の組換えポリヌクレオチド、又は請求項35に記載のベクター、又は請求項37に記載の組成物と接触させるステップを含む、方法。
- 配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす、請求項39に記載の方法。
- 1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンによって引き起こされる破壊されたジストロフィン遺伝子を有する細胞又は対象において、ジストロフィン機能を復元するための方法であって、前記細胞又は前記対象を、請求項1~28若しくは30~33のいずれか1項に記載の系、又は請求項29~34のいずれか1項に記載の組換えポリヌクレオチド、又は請求項35に記載のベクター、又は請求項37に記載の組成物と接触させるステップを含む、方法。
- 配列番号53又は配列番号55の配列を含むエクソンと接合されたエクソン51をその間のイントロンとともに含むインフレーム転写産物をコードするジストロフィン遺伝子をもたらす、請求項41に記載の方法。
- ジストロフィン機能が、前記1つ又は複数の欠失又は突然変異したエクソンに対応するジストロフィン遺伝子の1つ又は複数の野生型エクソンを挿入することによって復元される、請求項41又は42に記載の方法。
- 前記対象が、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに罹患している、請求項39~43のいずれか1項に記載の方法。
- ジストロフィン遺伝子を矯正するためのゲノム編集系であって、野生型ジストロフィン遺伝子のエクソン52~79又はエクソン45~79を含むドナー配列を含む、ゲノム編集系。
- ホーミングエンドヌクレアーゼ、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、TALEN、及びCasタンパク質から選択されるヌクレアーゼをさらに含む、請求項45に記載のゲノム編集系。
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