JPWO2015093557A1 - 胃がんの責任因子としての新規融合遺伝子 - Google Patents
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Abstract
胃がんなどのがんにおいて薬剤による治療の有効性を予測する指標となりうる変異を同定すること、当該変異を検出する手段を提供すること、当該変異に基づき、当該変異を有する遺伝子またはそれにコードされるタンパク質を標的とする薬剤が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する手段を提供することなど。がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出方法であって、被験者由来の単離された試料におけるATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、もしくはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドのいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程を含む、方法。
Description
本発明は、がんの責任変異である遺伝子融合の検出方法、該遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する方法などに関する。
がんは日本における死因の第一位を占める疾病である。がん細胞は、遺伝的変化により悪性化することが知られている。がんのタイプに特徴的な遺伝的変化を特定することは、発がん機構の解明のみならず、がんの診断および予後予測、がんの治療法の開発および選択などにも貢献することが期待されている。
これまでに、がんに関連する多数の遺伝子が報告されている。
例えば、EPHB1遺伝子は、神経系などの発生に関わるレセプターチロシンキナーゼをコードしており、そのタンパク質発現の喪失又は低下は、胃がんにおける浸潤及び転移（非特許文献１）、結腸直腸がんにおける浸潤（非特許文献２）などと関連していることが報告されている。
TNIK（Traf2- and Nck-interacting kinase）遺伝子は、結腸直腸がんの増殖に必須であること（非特許文献３）、乳がん細胞の増殖に影響する可能性があること（非特許文献４）などが報告されている。
SLC12A2遺伝子は、NKCC1（Na-K-Clコトランスポーター1）とも呼ばれ、神経膠腫細胞の移動（migration）を調節していることが示唆されている（非特許文献５）。
NRG2遺伝子は、ERBBファミリーレセプターとの相互作用を介して細胞増殖と分化を制御するニューレギュリンファミリーのタンパク質をコードしており、その高発現は腫瘍の侵攻性と関連することが示されている（非特許文献６）。
また近年、がんに対する分子標的薬の開発が進められており、がん化に関与するシグナル伝達経路の構成因子（例えば、キナーゼ）に対する分子標的療法の成功例も増加している。例えば、ALKタンパク質を標的とするチロシンキナーゼ阻害剤（例えば、クリゾチニブ）がEML4-ALK融合遺伝子を有する肺がん患者の治療に有効であること、BCR-ABL融合遺伝子によってコードされるタンパク質を標的とするチロシンキナーゼ阻害剤（例えば、イマチニブ）が当該融合遺伝子を有する白血病患者の治療に有効であることなどが示されている。
胃がんは、罹患率の国際比較では、日本を含む東アジア諸国及び南米で高いことが知られている。日本におけるがんによる死者数の部位別比較では、男女とも胃がんによる死者数が第2位となっている。胃がんの分子治療においてはHER2など数種の標的が知られている。
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胃がんなどのがんにおける変異の同定はいまだ十分になされているとはいえず、治療標的となり得、そして薬剤による治療の有効性を予測する指標となりうる変異のさらなる同定が望まれているのが現状である。
したがって本発明は、胃がんなどのがんにおいて薬剤による治療の有効性を予測する指標となりうる変異を同定すること、当該変異を検出する手段を提供すること、当該変異に基づき、当該変異を有する遺伝子またはそれにコードされるタンパク質を標的とする薬剤が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する手段を提供することなどを目的とする。
本発明者らは、前記目的を達成すべく鋭意研究を重ねた結果、胃がんにおける新規のゲノム異常としてキナーゼ融合遺伝子（ATG3-EPHB1及びTNIK-RNF123）及びキナーゼ関連分子融合遺伝子（SLC12A2-NRG2）を見出した。これらの融合遺伝子が正常胃粘膜組織においては発現しておらず、またこれらの融合遺伝子が検出された症例において公知の胃がんの原因遺伝子変異であるKRAS変異、NRAS変異、およびBRAF変異は検出されなかったことから、これらの融合遺伝子はがんの責任変異（ドライバー変異）であると考えられた。
ATG3-EPHB1およびTNIK-RNF123融合遺伝子については、それぞれEPHB1キナーゼおよびTNIKキナーゼが恒常活性化することによりがん化に寄与すると考えられた。これらの遺伝子融合陽性がんに対しては、それぞれEPHB1キナーゼ及びTNIKキナーゼの阻害薬などが治療効果をもたらすと考えられる。
またSLC12A2-NRG2融合遺伝子については、細胞増殖因子NRG2が胃がんの治療標的として既に知られているHER2のリガンドであることから、HER2変異と同様の分子機序で胃がんの発生に寄与すると考えられた。この遺伝子融合陽性がんに対しては、NRG2に対する抗体薬あるいはその受容体であるHERタンパク質群に対する抗体薬又はキナーゼ阻害薬などが治療効果をもたらすと考えられる。
本発明者らは、これら知見に基づきさらに研究を重ね、本発明を完成するに至った。
即ち、本発明は以下の通りである。
［１］がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出方法であって、被験者由来の単離された試料における下記（a）〜（c）のいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程を含む、方法：
（a）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（b）TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであって、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（c）SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであって、SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
［２］融合ポリヌクレオチドが下記（a）〜（c）のいずれかである、［１］に記載の方法：
（a）下記のポリペプチドをコードするATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号2で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；
（b）下記のポリペプチドをコードするTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；および
（c）下記のポリペプチドをコードするSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド。
［３］融合ポリヌクレオチドが下記（a）〜（c）のいずれかである、［１］または［２］に記載の方法：
（a）（i）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（b）（i）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（c）（i）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
［４］がんが胃がんである、［１］〜［３］のいずれかに記載の方法。
［５］がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する方法であって、下記の工程を含む、方法：
（1）被験者由来の単離された試料における下記（a）〜（c）のいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程：
（a）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（b）TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであって、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および
（c）SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであって、SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに
（2）前記融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、前記ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が前記被験者において治療効果をもたらすと判定する工程。
［６］がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出用キットであって、下記（A）〜（C）のいずれかまたはそれらの組合せを含む、キット：
（A）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に認識するように設計されたプローブであるポリヌクレオチド；
（B）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計された一対のプライマーであるポリヌクレオチド；および
（C）ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体。
［７］EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたATG3-EPHB1融合ポリペプチドまたはその断片。
［８］TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたTNIK-RNF123融合ポリペプチドまたはその断片。
［９］SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有する、単離されたSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドまたはその断片。
［１０］［７］〜［９］のいずれかに記載の融合ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチド。
［１１］ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がんの治療剤。
［１２］EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質を有効成分として含む、［１１］に記載の治療剤。
［１３］がんが胃がんである、［１１］または［１２］に記載の治療剤。
［１４］がん治療における使用のための薬剤であって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質を含む薬剤。
［１５］がんが、ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がんである、［１４］に記載の薬剤。
［１６］がんが胃がんである、［１４］または［１５］に記載の薬剤。
［１７］がんの治療方法であって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質の治療上有効量を被験者に投与する工程を含む、方法。
［１８］被験者が、ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がん患者である、［１７］に記載の方法。
［１９］被験者が胃がん患者である、［１７］に記載の方法。
［２０］がん治療剤のスクリーニング方法であって、下記の工程を含む、方法：
（1）EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを発現している細胞に被験物質を接触させる工程；
（2）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性が抑制されるか否かを決定する工程；ならびに
（3）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制すると決定された物質をがん治療剤として選択する工程。
［１］がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出方法であって、被験者由来の単離された試料における下記（a）〜（c）のいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程を含む、方法：
（a）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（b）TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであって、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（c）SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであって、SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
［２］融合ポリヌクレオチドが下記（a）〜（c）のいずれかである、［１］に記載の方法：
（a）下記のポリペプチドをコードするATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号2で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；
（b）下記のポリペプチドをコードするTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；および
（c）下記のポリペプチドをコードするSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド。
［３］融合ポリヌクレオチドが下記（a）〜（c）のいずれかである、［１］または［２］に記載の方法：
（a）（i）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（b）（i）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（c）（i）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
［４］がんが胃がんである、［１］〜［３］のいずれかに記載の方法。
［５］がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する方法であって、下記の工程を含む、方法：
（1）被験者由来の単離された試料における下記（a）〜（c）のいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程：
（a）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（b）TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであって、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および
（c）SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであって、SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに
（2）前記融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、前記ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が前記被験者において治療効果をもたらすと判定する工程。
［６］がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出用キットであって、下記（A）〜（C）のいずれかまたはそれらの組合せを含む、キット：
（A）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に認識するように設計されたプローブであるポリヌクレオチド；
（B）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計された一対のプライマーであるポリヌクレオチド；および
（C）ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体。
［７］EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたATG3-EPHB1融合ポリペプチドまたはその断片。
［８］TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたTNIK-RNF123融合ポリペプチドまたはその断片。
［９］SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有する、単離されたSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドまたはその断片。
［１０］［７］〜［９］のいずれかに記載の融合ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチド。
［１１］ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がんの治療剤。
［１２］EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質を有効成分として含む、［１１］に記載の治療剤。
［１３］がんが胃がんである、［１１］または［１２］に記載の治療剤。
［１４］がん治療における使用のための薬剤であって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質を含む薬剤。
［１５］がんが、ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がんである、［１４］に記載の薬剤。
［１６］がんが胃がんである、［１４］または［１５］に記載の薬剤。
［１７］がんの治療方法であって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質の治療上有効量を被験者に投与する工程を含む、方法。
［１８］被験者が、ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がん患者である、［１７］に記載の方法。
［１９］被験者が胃がん患者である、［１７］に記載の方法。
［２０］がん治療剤のスクリーニング方法であって、下記の工程を含む、方法：
（1）EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを発現している細胞に被験物質を接触させる工程；
（2）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性が抑制されるか否かを決定する工程；ならびに
（3）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制すると決定された物質をがん治療剤として選択する工程。
本発明によれば、本願発明によりはじめて明らかとなった特定のがんの未知の責任変異を検出することが可能となり、当該責任変異の存在に基づくがん治療が効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定すること、さらには当該がん患者を治療することが可能となる。すなわち本発明は、がんの個別化医療のための層別化バイオマーカーを提供するとともに、がんの分子標的治療における新たな標的を提供するものである。
後述の実施例において示す通り、本発明者らは、がん組織において、がんの責任変異（ドライバー変異）として3タイプの遺伝子融合、すなわちATG3-EPHB1遺伝子融合、TNIK-RNF123遺伝子融合、及びSLC12A2-NRG2遺伝子融合を初めて見出した。本発明はかかる知見に基づき、当該遺伝子融合の検出方法、当該責任変異の存在に基づくがん治療が効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者の同定方法、がんの治療方法およびがん治療剤、がん治療剤のスクリーニング方法等を提供する。
本発明において「がんの責任変異」とは、ドライバー変異と互換的に使用される用語であるが、がん組織に存在する変異であって、細胞に対するがん化能を有する変異をいう。典型的には、ある変異が見出されたがん組織において、既知のがん遺伝子変異がいずれも存在しない場合（すなわち、当該変異が前記既知のがん遺伝子変異と相互排他的に存在する場合）、当該変異はがんの責任変異であるということができる。
＜具体的ながんの責任変異＞
以下、各遺伝子融合について説明する。なお本明細書中、融合ポリヌクレオチドにおける「融合点」とは、5’側の遺伝子部分と3’側の遺伝子部分とが接続される境界を意味し、これは2つのヌクレオチド残基の間の境界である。また融合ポリペプチドにおける「融合点」とは、N末端側のポリペプチドとC末端側のポリペプチドとが接続される境界を意味し、これは2つのアミノ酸残基の間の境界であるか、または遺伝子融合が1つのコドン内で生じた場合には当該コドンによりコードされる1つのアミノ酸残基自体である。
以下、各遺伝子融合について説明する。なお本明細書中、融合ポリヌクレオチドにおける「融合点」とは、5’側の遺伝子部分と3’側の遺伝子部分とが接続される境界を意味し、これは2つのヌクレオチド残基の間の境界である。また融合ポリペプチドにおける「融合点」とは、N末端側のポリペプチドとC末端側のポリペプチドとが接続される境界を意味し、これは2つのアミノ酸残基の間の境界であるか、または遺伝子融合が1つのコドン内で生じた場合には当該コドンによりコードされる1つのアミノ酸残基自体である。
（1）ATG3-EPHB1遺伝子融合
本遺伝子融合は、ATG3タンパク質とEPHB1タンパク質の融合タンパク質（以下、ATG3-EPHB1融合ポリペプチドとも称する）の発現を生じる変異であり、ヒト染色体においては3q13.2および3q21-q23の領域内に切断点を有する逆位（inv3）により生じる変異である。
本遺伝子融合は、ATG3タンパク質とEPHB1タンパク質の融合タンパク質（以下、ATG3-EPHB1融合ポリペプチドとも称する）の発現を生じる変異であり、ヒト染色体においては3q13.2および3q21-q23の領域内に切断点を有する逆位（inv3）により生じる変異である。
ATG3タンパク質は、ヒトにおいては3q13.2に存在する遺伝子にコードされるタンパク質であり、典型的には配列番号30で表されるアミノ酸配列（NCBIアクセッション番号NP_071933.2（29-Sep-2013）からなるタンパク質である。ATG3タンパク質は、オートファジーに必要なE2様の結合酵素である（Human Apg3p/Aut1p homologue is an authentic E2 enzyme for multiple substrates, GATE-16, GABARAP, and MAP-LC3, and facilitates the conjugation of hApg12p to hApg5p. Tanida I, Tanida-Miyake E, Komatsu M, Ueno T, Kominami E. J Biol Chem. 2002 Apr 19;277(16):13739-44.）。
EPHB1タンパク質は、ヒトにおいては3q21-q23に存在する遺伝子にコードされるタンパク質であり、典型的には配列番号32で表されるアミノ酸配列（NCBIアクセッション番号NP_004432.1（25-Aug-2013）からなるタンパク質である。EPHB1タンパク質は、レセプターチロシンキナーゼファミリーに属する膜貫通型エフリンレセプタータンパク質である（EphB1 recruits c-Src and p52Shc to activate MAPK/ERK and promote chemotaxis. Vindis C, Cerretti DP, Daniel TO, Huynh-Do U. J Cell Biol. 2003 Aug 18;162(4):661-71.）。EPHB1タンパク質は、キナーゼドメインを有することを特徴としており（図１）、当該ドメインは、例えば、ヒトであれば配列番号32で表されるアミノ酸配列の619〜878位のアミノ酸配列に該当する。
またEPHB1タンパク質において、キナーゼドメインのC末端側にはSAMドメイン（例えば、配列番号32で表されるアミノ酸配列の908〜975位）が存在する。
ATG3-EPHB1融合ポリペプチドは、EPHB1タンパク質のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドである。
ATG3-EPHB1融合ポリペプチドには、EPHB1タンパク質のキナーゼドメインの全部が含まれてもよいし、ATG3-EPHB1融合ポリペプチドがキナーゼ活性を有する限り、キナーゼドメインの一部が含まれてもよい。
ATG3-EPHB1融合ポリペプチドが「キナーゼ活性を有する」とは、EPHB1タンパク質由来のキナーゼドメインに起因してチロシンをリン酸化する酵素としての活性を有することを意味する。ATG3-EPHB1融合ポリペプチドのキナーゼ活性は、定法により測定され、通常、適切な条件下で基質（合成ペプチド基質など）及びATPと共にインキュベーションした後、基質のリン酸化チロシンを検出する。また市販の測定キットを用いて測定することもできる。
またATG3-EPHB1融合ポリペプチドに含まれるATG3タンパク質由来の配列には特に制限はない。
本発明において、ATG3-EPHB1融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（以下、ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドとも称する）は、EPHB1タンパク質のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドは、mRNA、cDNAおよびゲノムDNAのいずれであってもよい。
本発明におけるATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドは、例えば、下記のポリペプチドをコードするATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであり得る：
（i）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号2で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド。
（i）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号2で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド。
配列番号2で表されるアミノ酸配列は、後述の実施例において示すように、ヒトがん組織由来のサンプル中に見出されたATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列である。
上記(ii)において、「1若しくは複数のアミノ酸」とは、通常、1〜50個、好ましくは1〜30個、より好ましくは1〜10個、さらにより好ましくは1〜数個（例えば、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1若しくは2個、または1個）のアミノ酸を意味する。
上記(iii)において、「80％以上の配列同一性」とは、好ましくは８５%以上、より好ましくは９０％以上、９５％以上、さらにより好ましくは９７%以上、９８％以上、９９%以上の配列同一性を意味する。アミノ酸配列の同一性は、カーリンおよびアルチュールによるアルゴリズムBLAST（Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-2268, 1990、Proc Natl Acad Sci USA 90: 5873, 1993）に基づくBLASTXまたはBLASTPと呼ばれるプログラム（Altschul SF, et al: J Mol Biol 215: 403, 1990）を利用して決定することができる。BLASTXを用いてアミノ酸配列を解析する場合は、パラメーターは、例えばscore＝50、wordlength＝3とする。BLASTとGapped BLASTプログラムを用いる場合は、各プログラムのデフォルトパラメーターを用いる。これらの解析方法の具体的な手法は当業者にはよく知られている（例えば、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。
また本発明におけるATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドは、例えば、下記のいずれかのポリヌクレオチドであり得る：
（i）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
（i）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
配列番号１で表される塩基配列は、後述の実施例において示すように、ヒトがん組織由来のサンプル中に見出されたATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドの塩基配列である。
上記(ii)において、「ストリンジェントな条件下」とは、特に記載した場合を除き、中程度または高程度にストリンジェントな条件をいう。
中程度にストリンジェントな条件は、例えば、対象となるポリヌクレオチドの長さに基づき、当業者であれば容易に設計することができる。基本的な条件は、Sambrookら，Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第3版、第6〜7章、Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001に示されている。典型的には、中程度にストリンジェントな条件は、ニトロセルロースフィルターに関し、5×SSC、0.5％SDS、1.0 mM EDTA（pH8.0）の前洗浄条件；約40〜50℃での、約50％ホルムアミド、2〜6×SSC（または、約42℃での、約50％ホルムアミド中のStark's solutionなどの他の同様のハイブリダイゼーション溶液）のハイブリダイゼーション条件；および約40℃〜60℃、0.5〜6×SSC、0.1％ SDSの洗浄条件を含む。中程度にストリンジェントな条件は、好ましくは、約50℃、6×SSCのハイブリダイゼーション条件を含み、前述の洗浄条件および／または洗浄条件を含んでいてもよい。
高程度にストリンジェントな条件（高ストリンジェントな条件）もまた、例えば、対象となるポリヌクレオチドの長さに基づき、当業者であれば容易に設計することができる。高ストリンジェントな条件は、中程度にストリンジェントな条件よりも高い温度および／または低い塩濃度が含まれる。典型的には、約65℃、0.2〜6×SSC、好ましくは6×SSC、より好ましくは2×SSC、さらに好ましくは0.2×SSCのハイブリダイゼーション条件を含む。いずれの場合も、約65〜68℃、0.2×SSC、0.1％ SDSの洗浄条件を含むことが好ましい。
いずれの場合も、ハイブリダイゼーション、前洗浄および洗浄のための緩衝液として、SSC（1×SSCは、0.15 M NaClおよび15 mM クエン酸ナトリウムである。）の代わりにSSPE（1×SSPEは、0.15 M NaCl、10 mM NaH2PO4、および1.25 mM EDTA、pH7.4である。）を代用することができる。いずれの場合も、洗浄は、ハイブリダイゼーションが完了した後、約15分間行うことができる。
上記(iii)において、「1若しくは複数のヌクレオチド」とは、通常、1〜50個、好ましくは1〜30個、より好ましくは1〜10個、さらにより好ましくは1〜数個（例えば、1〜5個、1〜4個、1〜3個、1若しくは2個、または1個）のヌクレオチドを意味する。
上記(iv)において、「80％以上の配列同一性」とは、好ましくは８５%以上、より好ましくは９０％以上、９５％以上、さらにより好ましくは９７%以上、９８％以上、９９%以上の配列同一性を意味する。塩基配列の同一性は、前記アルゴリズムBLASTに基づくBLASTNと呼ばれるプログラム（Altschul SF, et al: J Mol Biol 215: 403, 1990）を利用して決定することができる。BLASTNを用いて塩基配列を解析する場合は、パラメーターは、例えばscore＝100、wordlength＝12とする。
（2）TNIK-RNF123遺伝子融合
本遺伝子融合は、TNIKタンパク質とRNF123タンパク質の融合タンパク質（以下、TNIK-RNF123融合ポリペプチドとも称する）の発現を生じる変異であり、ヒト染色体においては3q26.31および3p24.3の領域内に切断点を有する逆位（inv3）により生じる変異である。
本遺伝子融合は、TNIKタンパク質とRNF123タンパク質の融合タンパク質（以下、TNIK-RNF123融合ポリペプチドとも称する）の発現を生じる変異であり、ヒト染色体においては3q26.31および3p24.3の領域内に切断点を有する逆位（inv3）により生じる変異である。
TNIKタンパク質は、ヒトにおいては3q26.31に存在する遺伝子にコードされるタンパク質であり、典型的には配列番号34、36、38、40、42、44、46、または48で表されるアミノ酸配列（NCBIアクセッション番号NP_055843.1（17-Apr-2013）、NP_001155032.1（17-Apr-2013）、NP_001155033.1（17-Apr-2013）、NP_001155034.1（17-Apr-2013）、NP_001155035.1（17-Apr-2013）、NP_001155036.1（17-Apr-2013）、NP_001155037.1（17-Apr-2013）、またはNP_001155038.1（17-Apr-2013））からなるタンパク質である。TNIKタンパク質は、N末端にセリン／スレオニンキナーゼドメインを、C末端にCNH（GCK）ドメインを有し（図２）、細胞骨格の制御（TNIK, a novel member of the germinal center kinase family that activates the c-Jun N-terminal kinase pathway and regulates the cytoskeleton. Fu CA, Shen M, Huang BC, Lasaga J, Payan DG, Luo Y. J Biol Chem. 1999 Oct 22;274(43):30729-37.）、Wntシグナル伝達の活性化（The kinase TNIK is an essential activator of Wnt target genes. Mahmoudi T, Li VS, Ng SS, Taouatas N, Vries RG, Mohammed S, Heck AJ, Clevers H. EMBO J. 2009 Nov 4;28(21):3329-40.）などに関与することが知られている。キナーゼドメインは、例えば、ヒトであれば配列番号34で表されるアミノ酸配列の25〜289位のアミノ酸配列に該当する。CNHドメインは、例えば、ヒトであれば配列番号34で表されるアミノ酸配列の1042〜1340位のアミノ酸配列に該当する。
RNF123タンパク質は、ヒトにおいては3p24.3に存在する遺伝子にコードされるタンパク質であり、典型的には配列番号50で表されるアミノ酸配列（NCBIアクセッション番号NP_071347.2（26-Aug-2013））からなるタンパク質である。RNF123タンパク質は、E3ユビキチンリガーゼ酵素であり、サイクリン依存性キナーゼインヒビター1B（CDKN1B=p27, Kip1）をユビキチン化する（Cytoplasmic ubiquitin ligase KPC regulates proteolysis of p27(Kip1) at G1 phase. Kamura T, Hara T, Matsumoto M, Ishida N, Okumura F, Hatakeyama S, Yoshida M, Nakayama K, Nakayama KI. Nat Cell Biol. 2004 Dec;6(12):1229-35.）。RNF123タンパク質は、SPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを有することを特徴としている（図２）。SPRYドメインは、ヒトであれば配列番号50で表されるアミノ酸配列の132〜251位のアミノ酸配列に該当する。RINGフィンガードメインは、ヒトであれば配列番号50で表されるアミノ酸配列の1254〜1295位のアミノ酸配列に該当する。
TNIK-RNF123融合ポリペプチドは、TNIKタンパク質のキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドである。
TNIK-RNF123融合ポリペプチドには、TNIKタンパク質のキナーゼドメインの全部が含まれてもよいし、TNIK-RNF123融合ポリペプチドがキナーゼ活性を有する限り、キナーゼドメインの一部が含まれてもよい。
TNIK-RNF123融合ポリペプチドが「キナーゼ活性を有する」とは、TNIKタンパク質由来のキナーゼドメインに起因してセリン又はスレオニンをリン酸化する酵素としての活性を有することを意味する。TNIK-RNF123融合ポリペプチドのキナーゼ活性は、定法により測定され、通常、適切な条件下で基質（合成ペプチド基質など）及びATPと共にインキュベーションした後、基質のリン酸化セリン又はスレオニンを検出する。また市販の測定キットを用いて測定することもできる。
TNIK-RNF123融合ポリペプチドには、RNF123タンパク質のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインの全部が含まれてもよいし、RNF123タンパク質におけるそれらの本来の機能を保持し得る限り、SPRYドメインおよびRINGフィンガードメインの一部が含まれてもよい。SPRYドメインおよびRINGフィンガードメインの一部がRNF123タンパク質におけるそれらの本来の機能を保持しているとは、SPRYドメインおよびRINGフィンガードメインとして当該一部を有するRNF123タンパク質がE3活性を有すること意味する。E3活性は、Kamura, T. et al., Nature Cell Biology, 2004, 6(12), 1229-35に記載された方法などにより測定すればよい。
本発明において、TNIK-RNF123融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（以下、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドとも称する）は、TNIKタンパク質のキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドは、mRNA、cDNAおよびゲノムDNAのいずれであってもよい。
本発明におけるTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドは、例えば、下記のポリペプチドをコードするTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであり得る：
（i）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド。
（i）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド。
配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列は、後述の実施例において示すように、ヒトがん組織由来のサンプル中に見出された部分配列を含むTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列である。
上記(ii)における「1若しくは複数のアミノ酸」、および上記(iii)における「80％以上の配列同一性」の意味は、上記「（1）ATG3-EPHB1遺伝子融合」に記載した通りである。
また本発明におけるTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドは、例えば、下記のいずれかのポリヌクレオチドであり得る：
（i）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
（i）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
配列番号3で表される塩基配列は、後述の実施例において示すように、ヒトがん組織由来のサンプル中に見出された部分配列を含むTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドの塩基配列である。
上記(ii)における「ストリンジェントな条件下」、上記(iii)における「1若しくは複数のヌクレオチド」、および上記(iv)における「80％以上の配列同一性」の意味は、上記「（1）ATG3-EPHB1遺伝子融合」に記載した通りである。
（3）SLC12A2-NRG2遺伝子融合
本遺伝子融合は、SLC12A2タンパク質とNRG2タンパク質の融合タンパク質（以下、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドとも称する）の発現を生じる変異であり、ヒト染色体においては5q23.3および5q23-q33の領域内に切断点を有する逆位（inv5）により生じる変異である。
本遺伝子融合は、SLC12A2タンパク質とNRG2タンパク質の融合タンパク質（以下、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドとも称する）の発現を生じる変異であり、ヒト染色体においては5q23.3および5q23-q33の領域内に切断点を有する逆位（inv5）により生じる変異である。
SLC12A2タンパク質は、ヒトにおいては5q23.3に存在する遺伝子にコードされるタンパク質であり、典型的には配列番号52または54で表されるアミノ酸配列（NCBIアクセッション番号NP_001037.1（22-Sep-2013）またはNP_001243390.1（28-Sep-2013））からなるタンパク質である。SLC12A2タンパク質は、Na-K-Clコトランスポーターとして機能する膜タンパク質であり（Loop diuretic and ion-binding residues revealed by scanning mutagenesis of transmembrane helix 3 (TM3) of Na-K-Cl cotransporter (NKCC1). Somasekharan S, Tanis J, Forbush B. J Biol Chem. 2012 May 18;287(21):17308-17.）、N末端にAA_permease_N super familyドメインを有する（図１）。当該ドメインは、例えば、ヒトであれば配列番号52で表されるアミノ酸配列の210〜267位のアミノ酸配列に該当する。
NRG2タンパク質は、ヒトにおいては5q23-q33に存在する遺伝子にコードされるタンパク質であり、典型的には配列番号56、58、60、62、または64で表されるアミノ酸配列（NCBIアクセッション番号NP_004874.1（25-Aug-2013）、NP_053584.1（25-Aug-2013）、NP_053585.1（25-Aug-2013）、NP_053586.1（25-Aug-2013）、またはNP_001171864.1（25-Aug-2013））からなるタンパク質である。NRG2タンパク質は、ERBBファミリーレセプターとの相互作用を介して細胞増殖と分化を制御するニューレギュリンファミリーに属するタンパク質である（Ligands for ErbB-family receptors encoded by a neuregulin-like gene. Chang H, Riese DJ 2nd, Gilbert W, Stern DF, McMahan UJ. Nature. 1997 May 29;387(6632):509-12; Neuregulin-2, a new ligand of ErbB3/ErbB4-receptor tyrosine kinases. Carraway KL 3rd, Weber JL, Unger MJ, Ledesma J, Yu N, Gassmann M, Lai C. Nature. 1997 May 29;387(6632):512-6; Neuregulin isoforms exhibit distinct patterns of ErbB family receptor activation. Hobbs SS, Coffing SL, Le AT, Cameron EM, Williams EE, Andrew M, Blommel EN, Hammer RP, Chang H, Riese DJ 2nd. Oncogene. 2002 Dec 5;21(55):8442-52; The N-terminal region of NTAK/neuregulin-2 isoforms has an inhibitory activity on angiogenesis. Nakano N, Higashiyama S, Ohmoto H, Ishiguro H, Taniguchi N, Wada Y. J Biol Chem. 2004 Mar 19;279(12):11465-70.）。NRG2タンパク質は、ニューレギュリンファミリー保存領域を有することを特徴としている（図１）。当該ドメインは、例えば、ヒトであれば配列番号56で表されるアミノ酸配列の398〜718位のアミノ酸配列に該当する。
またNRG2タンパク質において、ニューレギュリンファミリー保存領域のN末端側にはI-setドメイン（例えば、配列番号56で表されるアミノ酸配列の239〜328位）が存在する。さらにI-setドメインとニューレギュリンファミリー保存領域の間にEGFドメイン（例えば、配列番号56で表されるアミノ酸配列の353〜381位）を有するアイソフォームも存在する。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドは、SLC12A2タンパク質のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2タンパク質のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドである。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドには、SLC12A2タンパク質のAA_permease_N super familyドメインの全部が含まれてもよいし、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドが細胞内情報伝達を亢進する活性を有する限り、AA_permease_N super familyドメインの一部が含まれてもよい。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドには、NRG2タンパク質のニューレギュリンファミリー保存領域の全部が含まれてもよいし、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドが細胞内情報伝達を亢進する活性を有する限り、ニューレギュリンファミリー保存領域の一部が含まれてもよい。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドが「細胞内情報伝達を亢進する活性を有する」とは、NRG2タンパク質由来のニューレギュリンファミリー保存領域に起因して、細胞内情報伝達を亢進する活性を有することを意味する。この活性は、Wilson, T.R. et al., Cancer Cell, 2011, 20, 158-172に記載された以下の方法により測定される。
血清を除いた状態で培養したEFM-19細胞（DSMZ, No. ACC-231）に被験物質を添加し、30分間処理したのち、EFM-19細胞を溶解し、タンパク質を抽出する。ウエスタンブロット解析により、EGFR、ERBB2、ERBB3又はERBB4のリン酸化状態を調べ、被験物質非添加の場合と比較してリン酸化が上昇した場合、被験物質が細胞内情報伝達を亢進する活性を有すると決定される。ここで被験物質としては、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチド全体を使用してもよいが、溶解性等を考慮して、膜貫通ドメインを欠きかつニューレギュリンファミリー保存領域を含むその断片を使用してもよい。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドは、細胞内情報伝達を亢進する活性を有する限り、NRG2タンパク質のI-setドメインの全部又は一部を含んでもよい。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドは、細胞内情報伝達を亢進する活性を有する限り、NRG2タンパク質のEGFドメインの全部又は一部を含んでもよい。
本発明において、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（以下、SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドとも称する）は、SLC12A2タンパク質のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2タンパク質のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドは、mRNA、cDNAおよびゲノムDNAのいずれであってもよい。
本発明におけるSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドは、例えば、下記のポリペプチドをコードするSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであり得る：
（i）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達殖を亢進する活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド。
（i）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達殖を亢進する活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド。
配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列は、後述の実施例において示すように、ヒトがん組織由来のサンプル中に見出された部分配列を含むSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列である。
上記(ii)における「1若しくは複数のアミノ酸」、および上記(iii)における「80％以上の配列同一性」の意味は、上記「（1）ATG3-EPHB1遺伝子融合」に記載した通りである。
また本発明におけるSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドは、例えば、下記のいずれかのポリヌクレオチドであり得る：
（i）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
（i）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列は、後述の実施例において示すように、ヒトがん組織由来のサンプル中に見出された部分配列を含むSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドの塩基配列である。
上記(ii)における「ストリンジェントな条件下」、上記(iii)における「1若しくは複数のヌクレオチド」、および上記(iv)における「80％以上の配列同一性」の意味は、上記「（1）ATG3-EPHB1遺伝子融合」に記載した通りである。
＜がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出方法＞
本発明は、前記3タイプの遺伝子融合の検出方法（以下、本発明の検出方法とも称する）を提供する。本発明の検出方法は、被験者由来の単離された試料における前記いずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程を含む。
本発明は、前記3タイプの遺伝子融合の検出方法（以下、本発明の検出方法とも称する）を提供する。本発明の検出方法は、被験者由来の単離された試料における前記いずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程を含む。
本発明の検出方法において、被験者は、哺乳動物であれば特に限定されない。哺乳動物としては、例えば、マウス、ラット、ハムスター、シマリス、モルモット等のげっ歯類、ウサギ、ブタ、ウシ、ヤギ、ウマ、ヒツジ、ミンク、イヌ、ネコ、ヒト、サル、カニクイザル、アカゲザル、マーモセット、オランウータン、チンパンジーなどの霊長類等を挙げることができるが、ヒトが好ましい。
被験者は、がんに罹患している被験者のみならず、がんに罹患している疑いのある被験者、又は将来がんになるリスクを有する被験者であってもよい。本発明の検出方法を適用する対象となる「がん」としては、前記3タイプの遺伝子融合のうちいずれかが検出され得るがんであれば特に限定されないが、好ましくは胃がんであり、さらに好ましくは特殊型胃がん、未分化型胃がん、または中分化型胃がんである。
被験者由来の「単離された試料」は、生体試料（例えば、細胞、組織、臓器（例えば、小腸、脾臓、腎臓、肝臓、胃、肺、副腎、心臓、脳、膵臓、大動脈等）、体液（例えば、血液、リンパ液、骨髄液等）、消化液、喀痰、肺胞・気管支洗浄液、尿、便）のみならず、これらの生体試料から得られる核酸抽出物（ゲノムDNA抽出物、mRNA抽出物、mRNA抽出物から調製されたcDNA調製物やcRNA調製物等）やタンパク質抽出物も含む。ゲノムDNA、mRNA、cDNA又はタンパク質は、当業者であれば、前記試料の種類及び状態等を考慮し、それに適した公知の手法を選択して調製することが可能である。また、前記試料は、ホルマリン固定処理、アルコール固定処理、凍結処理又はパラフィン包埋処理が施してあるものでもよい。
また「単離された試料」は、前記がんが存在するか又は存在すると疑われる臓器由来であることが好ましく、より好ましくは前記がんが存在するかまたは存在すると疑われる胃由来である。そのような「単離された試料」としては、例えば胃がん（好ましくは特殊型胃がん、未分化型胃がん、または中分化型胃がん）患者または胃がんに罹患している疑いのある被験者の胃組織、当該胃組織から抽出した全RNAなどが挙げられる。
本発明の検出方法において、融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドの検出は、自体公知の手法を用いて行なうことができる。
ゲノムDNAからの転写産物（mRNAまたはmRNAから調製したcDNA）を対象とする場合、例えば、RT-PCR法、シークエンシング、TaqManプローブ法、ノーザンブロッティング、ドットブロット法、cDNAマイクロアレイ解析等を利用してmRNA又はcDNAである融合ポリヌクレオチドを検出することができる。
またゲノムDNAを対象とする場合、例えば、in situハイブリダイゼーション（ISH）、ゲノムPCR法、シークエンシング、TaqManプローブ法、サザンブロッティング、ゲノムマイクロアレイ解析等を利用してゲノムDNAである融合ポリヌクレオチドを検出することができる。
これらの手法はそれぞれ単独で利用することができるが、組み合わせて利用してもよい。例えば、前記3タイプの遺伝子融合は、融合ポリペプチドを発現することによりがん化に寄与すると考えられることから、ゲノムDNAである融合ポリヌクレオチドを検出する場合（例えばin situハイブリダイゼーション等による）には、転写産物またはタンパク質が生成することをさらに確認すること（例えばRT-PCR、免疫染色法等による）も好ましい。
ハイブリダイゼーション技術（例えば、TaqManプローブ法、ノーザンブロッティング、サザンブロッティング、ドットブロット法、マイクロアレイ解析、in situハイブリダイゼーション（ISH）など）により融合ポリヌクレオチドを検出する場合には、前記融合ポリヌクレオチドを特異的に認識するように設計されたプローブであるポリヌクレオチドを使用することができる。ここで「融合ポリヌクレオチドを特異的に認識する」とは、ストリンジェントな条件で、当該融合ポリヌクレオチドの融合点から5’末端側及び3’末端側の部分が由来する野生型遺伝子を含めて当該融合ポリヌクレオチド以外のポリヌクレオチドから、当該融合ポリヌクレオチドを識別して認識することをいう。
本発明の検出方法においては、治療又は診断の過程で得られる生体試料（生検サンプル等）は、ホルマリン固定されていることが多いため、検出対象であるゲノムＤＮＡがホルマリン固定下においても安定しており、検出感度が高いという観点から、in situハイブリダイゼーションを用いることが好適である。
in situハイブリダイゼーションにおいては、前記生体試料に、融合ポリヌクレオチドを特異的に認識するように設計されたプローブであるポリヌクレオチドとして少なくとも１５塩基の鎖長を有する下記（ａ）または（ｂ）に記載のポリヌクレオチドをハイブリダイズさせることにより、融合ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡ（融合ポリヌクレオチド）を検出することができる。
（ａ）各融合遺伝子について、5’側融合パートナー遺伝子（ATG3、TNIK、またはSLC12A2遺伝子）の塩基配列にハイブリダイズするプローブ及び3’側融合パートナー遺伝子（EPHB1、RNF123、またはNRG2遺伝子）の塩基配列にハイブリダイズするプローブからなる群から選択される少なくとも一つのプローブであるポリヌクレオチド
（ｂ）各融合遺伝子について、5’側融合パートナー遺伝子と3’側融合パートナー遺伝子との融合点を含む塩基配列にハイブリダイズするプローブであるポリヌクレオチド。
（ａ）各融合遺伝子について、5’側融合パートナー遺伝子（ATG3、TNIK、またはSLC12A2遺伝子）の塩基配列にハイブリダイズするプローブ及び3’側融合パートナー遺伝子（EPHB1、RNF123、またはNRG2遺伝子）の塩基配列にハイブリダイズするプローブからなる群から選択される少なくとも一つのプローブであるポリヌクレオチド
（ｂ）各融合遺伝子について、5’側融合パートナー遺伝子と3’側融合パートナー遺伝子との融合点を含む塩基配列にハイブリダイズするプローブであるポリヌクレオチド。
本発明にかかるATG3遺伝子は、ヒト由来のものであれば、典型的にはＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号 NC_000003.11で特定されるゲノムの配列のうち112251354から112280810番目のＤＮＡ配列（相補鎖にコードされる）からなる遺伝子である。
本発明にかかるTNIK遺伝子は、ヒト由来のものであれば、典型的にはＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号 NC_000003.11で特定されるゲノムの配列のうち170780292〜171178197番目のＤＮＡ配列（相補鎖にコードされる）からなる遺伝子である。
本発明にかかるSLC12A2遺伝子は、ヒト由来のものであれば、典型的にはＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号 NC_000005.9で特定されるゲノムの配列のうち127419483〜127525380番目のＤＮＡ配列からなる遺伝子である。
本発明にかかるEPHB1遺伝子は、ヒト由来のものであれば、典型的にはＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号 NC_000003.11で特定されるゲノムの配列のうち134514099〜134979309番目のＤＮＡ配列からなる遺伝子である。
本発明にかかるRNF123遺伝子は、ヒト由来のものであれば、典型的にはＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号 NC_000003.11で特定されるゲノムの配列のうち49726950〜49758962番目のＤＮＡ配列からなる遺伝子である。
また、本発明にかかるNRG2遺伝子は、ヒト由来のものであれば、典型的にはＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号 NC_000005.9で特定されるゲノムの配列のうち139226364〜139422884番目のＤＮＡ配列（相補鎖にコードされる）からなる遺伝子である。
しかしながら、遺伝子のＤＮＡ配列は、その変異等により、自然界において（すなわち、非人工的に）変化しうる。従って、このような天然の変異体も本発明の対象になりうる（以下、同様）。
本発明の（ａ）に記載のポリヌクレオチドは、該ポリヌクレオチドの標的塩基配列である、5’側融合パートナー遺伝子（ATG3、TNIK、またはSLC12A2遺伝子）の塩基配列および／または3’側融合パートナー遺伝子（EPHB1、RNF123、またはNRG2遺伝子）の塩基配列にハイブリダイズすることにより、前記生体試料における融合ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡの存在を検出できるものであればよいが、好ましくは、下記（ａ１）〜（ａ３）に記載のポリヌクレオチドである：
（ａ１） 5’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「5’融合パートナー遺伝子プローブ１」とも称する）と、3’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「3’融合パートナー遺伝子プローブ１」とも称する）との組み合わせ；
（ａ２） 5’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「5’融合パートナー遺伝子プローブ１」とも称する）と、5’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「5’融合パートナー遺伝子プローブ２」とも称する）との組み合わせ；
（ａ３） 3’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「3’融合パートナー遺伝子プローブ２」とも称する）と、3’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「3’融合パートナー遺伝子プローブ１」とも称する）との組み合わせ。
（ａ１） 5’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「5’融合パートナー遺伝子プローブ１」とも称する）と、3’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「3’融合パートナー遺伝子プローブ１」とも称する）との組み合わせ；
（ａ２） 5’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「5’融合パートナー遺伝子プローブ１」とも称する）と、5’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「5’融合パートナー遺伝子プローブ２」とも称する）との組み合わせ；
（ａ３） 3’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「3’融合パートナー遺伝子プローブ２」とも称する）と、3’側融合パートナー遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド（以下、「3’融合パートナー遺伝子プローブ１」とも称する）との組み合わせ。
上記（ａ１）〜（ａ３）において、5’側融合パートナー遺伝子がATG3遺伝子である場合、当該遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列には、典型的にはATG3遺伝子のエクソン2（配列番号29で表わされる塩基配列においては508-549位）およびその上流領域が含まれる。
上記（ａ１）〜（ａ３）において、3’側融合パートナー遺伝子がEPHB1遺伝子である場合、当該遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列には、典型的にはEPHB1遺伝子のエクソン7（配列番号31で表わされる塩基配列においては1798-1960位）およびその下流領域が含まれる。
上記（ａ１）〜（ａ３）において、5’側融合パートナー遺伝子がTNIK遺伝子である場合、当該遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列には、典型的にはTNIK遺伝子のエクソン32（配列番号33で表わされる塩基配列においては4205-4344位）およびその上流領域が含まれる。
上記（ａ１）〜（ａ３）において、3’側融合パートナー遺伝子がRNF123遺伝子である場合、当該遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列には、典型的にはRNF123遺伝子のエクソン6（配列番号49で表わされる塩基配列においては469-523位）およびその下流領域が含まれる。
上記（ａ１）〜（ａ３）において、5’側融合パートナー遺伝子がSLC12A2遺伝子である場合、当該遺伝子の切断点よりも5’側の上流領域の塩基配列には、典型的にはSLC12A2遺伝子のエクソン4（配列番号51で表わされる塩基配列においては1117-1212位）およびその上流領域が含まれる。
上記（ａ１）〜（ａ３）において、3’側融合パートナー遺伝子がNRG2遺伝子である場合、当該遺伝子の切断点よりも3’側の下流領域の塩基配列には、典型的にはNRG2遺伝子のエクソン2（配列番号55で表わされる塩基配列においては931-1102位）およびその下流領域が含まれる。
前記（ａ１）に記載のポリヌクレオチドとしては、例えば、以下の(a1-1)〜(a1-3)のポリヌクレオチドの組み合わせが挙げられる：
(a1-1)ATG3遺伝子のエクソン2にハイブリダイズするポリヌクレオチドと、EPHB1遺伝子のエクソン7にハイブリダイズするポリヌクレオチドの組み合わせ、
(a1-2)TNIK遺伝子のエクソン32にハイブリダイズするポリヌクレオチドと、RNF123遺伝子のエクソン6にハイブリダイズするポリヌクレオチドの組み合わせ、および
(a1-3)SLC12A2遺伝子のエクソン4にハイブリダイズするポリヌクレオチドと、NRG2遺伝子のエクソン2にハイブリダイズするポリヌクレオチドの組み合わせ。
(a1-1)ATG3遺伝子のエクソン2にハイブリダイズするポリヌクレオチドと、EPHB1遺伝子のエクソン7にハイブリダイズするポリヌクレオチドの組み合わせ、
(a1-2)TNIK遺伝子のエクソン32にハイブリダイズするポリヌクレオチドと、RNF123遺伝子のエクソン6にハイブリダイズするポリヌクレオチドの組み合わせ、および
(a1-3)SLC12A2遺伝子のエクソン4にハイブリダイズするポリヌクレオチドと、NRG2遺伝子のエクソン2にハイブリダイズするポリヌクレオチドの組み合わせ。
本発明において、in situハイブリダイゼーションに用いられる前記（ａ）に記載のポリヌクレオチドがハイブリダイズする領域（標的塩基配列）としては、標的塩基配列に対する特異性及び検出の感度の観点から、5’側融合パートナー遺伝子（ATG3、TNIK、またはSLC12A2遺伝子）と3’側融合パートナー遺伝子（EPHB1、RNF123、またはNRG2遺伝子）との融合点から１００００００塩基以内の領域であることが好ましい。
また、本発明において、in situハイブリダイゼーションに用いられる前記（ｂ）に記載のポリヌクレオチドは、該ポリヌクレオチドの標的塩基配列である、5’側融合パートナー遺伝子と3’側融合パートナー遺伝子との融合点を含む塩基配列にハイブリダイズすることにより、前記生体試料における融合ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡの存在を検出できるものであればよいが、典型例としては、配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、または27に記載の塩基配列中の融合点を含む塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドである。
また、本発明において、in situハイブリダイゼーションに用いられる前記（ａ）または（ｂ）に記載のポリヌクレオチドは、標的塩基配列に対する特異性及び検出の感度の観点から、前記標的塩基配列全体をカバーすることのできる、複数種のポリヌクレオチドからなる集団であることが好ましい。かかる場合、該集団を構成するポリヌクレオチドの長さは少なくとも１５塩基であるが、１００〜１０００塩基であることが好ましい。
in situハイブリダイゼーションに用いられる前記（ａ）または（ｂ）に記載のポリヌクレオチドは、検出のため、蛍光色素等によって標識されていることが好ましい。かかる蛍光色素としては、例えば、ＤＥＡＣ、ＦＩＴＣ、Ｒ６Ｇ、ＴｅｘＲｅｄ、Ｃｙ５が挙げられるが、これらに制限されない。また、蛍光色素以外に放射性同位元素（例：125Ｉ、131Ｉ、3Ｈ、14Ｃ、33Ｐ、32Ｐ等）、酵素（例：β−ガラクトシダーゼ、β−グルコシダーゼ、アルカリホスファターゼ、パーオキシダーゼ、リンゴ酸脱水素酵素等）、発光物質（例：ルミノール、ルミノール誘導体、ルシフェリン、ルシゲニン、3,3'-ジアミノベンジジン（DAB）等）、によって、前記ポリヌクレオチドを標識してもよい。
in situハイブリダイゼーションにおいて、5’側融合パートナー遺伝子プローブ１と3’側融合パートナー遺伝子プローブ１とを用いる場合、5’側融合パートナー遺伝子プローブ１と5’側融合パートナー遺伝子２とを用いる場合、または3’融合パートナー遺伝子プローブ２と3’融合パートナー遺伝子プローブ１とを用いる場合、これらプローブは互いに異なる色素にて標識されていることが好ましい。そして、このように異なる色素にて標識したプローブの組み合わせを用いてin situハイブリダイゼーションを行った場合、5’側融合パートナー遺伝子プローブ１の標識が発するシグナル（例えば、蛍光）と3’側融合パートナー遺伝子プローブ１の標識が発するシグナルとの重なりが観察された際に融合ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡを検出できたと判定することができる。一方、5’側融合パートナー遺伝子プローブ１の標識が発するシグナルと5’側融合パートナー遺伝子プローブ２の標識が発するシグナルとの分離、3’側融合パートナー遺伝子プローブ２の標識が発するシグナルと3’側融合パートナー遺伝子プローブ１の標識が発するシグナルとの分離が観察された際に融合ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡを検出できたと判定することができる。
なお、ポリヌクレオチドの標識は、公知の手法により行うことができる。例えば、ニックトランスレーション法やランダムプライム法により、蛍光色素等によって標識された基質塩基をポリヌクレオチドに取り込ませ、該ポリヌクレオチドを標識することができる。
in situハイブリダイゼーションにおいて、前記（ａ）または（ｂ）に記載のポリヌクレオチドと前記生体試料とをハイブリダイズさせる際の条件は、当該ポリヌクレオチドの長さ等の諸要因により変動し得るが、高ストリンジェンシーなハイブリダイズの条件として、例えば、０．２ｘＳＳＣ、６５℃という条件が挙げられ、低ストリンジェンシーなハイブリダイズの条件として、例えば、２．０ｘＳＳＣ、５０℃という条件が挙げられる。なお、当業者であれば、塩濃度（ＳＳＣの希釈率等）と温度の他、例えば、界面活性剤（ＮＰ−４０等）の濃度、ホルムアミドの濃度、ｐＨ等の諸条件を適宜選択することで、前記条件と同様のストリンジェントなハイブリダイゼーションの条件を実現することができる。
前記（ａ）または（ｂ）に記載のポリヌクレオチドを用いて、融合ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡを検出する方法としては、前記in situハイブリダイゼーション以外に、サザンブロッティング、ノーザンブロッティング及びドットブロッティングが挙げられる。これら方法においては、前記生体試料から得られる核酸抽出物を転写したメンブレンに、前記（ａ）または（ｂ）に記載のポリヌクレオチドをハイブリダイズさせることにより、前記融合遺伝子を検出する。前記（ａ）のポリヌクレオチドを用いた場合、5’側融合パートナー遺伝子の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドと3’側融合パートナー遺伝子の塩基配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドとが、メンブレンにおいて展開された同一のバンドを認識した場合に、融合ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡを検出することができたと判定することができる。
前記（ｂ）のポリヌクレオチドを用いて融合ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡを検出する方法としては、さらに、ゲノムマイクロアレイ解析やＤＮＡマイクロアレイ解析が挙げられる。これら方法においては、前記（ｂ）のポリヌクレオチドを基板に固定したアレイを作製し、当該アレイ上のポリヌクレオチドに前記生体試料を接触させることにより、当該ゲノムＤＮＡを検出する。基板としては、オリゴまたはポリヌクレオチドを固相化できるものであれば特に限定されず、例えばガラス板、ナイロンメンブレン、マイクロビーズ、シリコンチップ、キャピラリーなどを挙げることができる。
本発明の検出方法においては、PCRを利用して融合ポリヌクレオチドを検出することも好ましい。
PCRにおいては、前記生体試料から調製したDNA（ゲノムDNA、cDNA）やRNAを鋳型として融合ポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計された一対のプライマーであるポリヌクレオチドを使用することができる。ここで「融合ポリヌクレオチドを特異的に増幅できる」とは、当該融合ポリヌクレオチドの融合点から5’末端側及び3’末端側の部分が由来する野生型遺伝子を増幅することなく、当該融合ポリヌクレオチドのみを増幅できることをいい、当該融合ポリヌクレオチドの全部が増幅されてもよいし、融合点を含む当該融合ポリヌクレオチドの一部が増幅されてもよい。
PCR等で利用する「一対のプライマーであるポリヌクレオチド」は、標的となる融合ポリヌクレオチドを特異的に増幅するセンスプライマー（フォワードプライマー）とアンチセンスプライマー（リバースプライマー）とからなり、センスプライマーは当該融合ポリヌクレオチドの融合点から5’末端側の塩基配列から設計し、アンチセンスプライマーは当該融合ポリヌクレオチドの融合点から3’末端側の塩基配列から設計する。またこれらのプライマーは、PCR法による検出の精度や感度の観点から、通常PCR産物が5 kb以下になるよう設計される。プライマーの設計は、公知の手法により適宜行なうことができ、例えば、Primer Express（登録商標）ソフトウェア（Applied Biosystems）を利用することができる。これらのポリヌクレオチドの長さは、通常15塩基以上（好ましくは16、17、18、19または20塩基以上、より好ましくは21塩基以上）であり、100塩基以下（好ましくは90、80、70、60、50または40塩基以下、より好ましくは30塩基以下）である。
「一対のプライマーであるポリヌクレオチド」の好適な例としては、ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドに対しては配列番号65で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと配列番号66で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドとからなるプライマーセット、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドに対しては配列番号67で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと配列番号68で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドとからなるプライマーセット、そしてSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドに対しては配列番号69で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと配列番号70で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドとからなるプライマーセットが挙げられる（後述の表１を参照のこと）。
PCRを利用して融合ポリヌクレオチドを検出する場合、PCR産物を対象としてダイレクトシークエンシングを行い、融合点を含む塩基配列を決定することで、5’側の遺伝子部分と3’側の遺伝子部分とがインフレームで連結されていることおよび／または融合ポリヌクレオチド中に所定のドメインが含まれていることを確認することができる。シークエンシングは公知の手法により行うことができ、シークエンサー（例えば、ABI-PRISM 310 Genetic Analyzer（Applied Biosystems Inc.）などを）を取扱説明書に従って使用することにより、簡単に実施することができる。
またPCRを利用して融合ポリヌクレオチドを検出する場合、TaqManプローブ法をにより、5’側の遺伝子部分と3’側の遺伝子部分とがインフレームで連結されていることおよび／または融合ポリヌクレオチド中に所定のドメインが含まれていることを確認することができる。TaqManプローブ法において使用するプローブとしては、例えば前記（ａ）または（ｂ）に記載のポリヌクレオチドが挙げられる。プローブは、レポーター色素（例えば、FAM、FITC、VIC等）とクエンチャー（例えば、TAMRA、Eclipse、DABCYL、MGBなど）で標識される。
上記プライマー及びプローブは、DNAであってもRNAであってもよく、あるいはDNA/RNAキメラであってもよいが、好ましくはDNAである。またその一部又は全部において、PNA（polyamide nucleic acid、ペプチド核酸）、LNA（登録商標、locked nucleic acid、Bridged Nucleic Acid、架橋化核酸）、ENA（登録商標、2'-O,4'-C-Ethylene-bridged nucleic acids）、GNA（Glycerol nucleic acid、グリセロール核酸）、TNA（Threose nucleic acid、トレオース核酸）等の人工核酸によって、ヌクレオチドが置換されているものであってもよい。また上記プライマー及びプローブは、二本鎖であっても一本鎖であってもよいが、好ましくは一本鎖である。
また上記プライマーおよびプローブは、標的配列に特異的にハイブリダイズし得る限り、1又は複数のヌクレオチドのミスマッチを含んでいてもよく、標的配列の相補配列に対して通常80％以上、好ましくは90、91、92、93、94％以上、より好ましくは95、96、97、98、99％以上の同一性を有し、最も好ましくは100％の同一性を有する。
上記プライマー及びプローブは、例えば、本明細書に記載された塩基配列の情報に基づいて、DNA/RNA自動合成機を用いて常法に従って合成することができる。
本発明の検出方法においては、全トランスクリプトームシークエンシング（RNAシークエンシング）またはゲノムシークエンシングにより融合ポリヌクレオチドを検出してもよい。これらの手法は、例えば、次世代シークエンサー（例えば、ゲノムアナライザーIIx（Illumina社）、ハイセックシークエンサー(HiSeq2000、イルミナ社）ゲノムシークエンサー FLX System（Roche社）など）を使用して製造者の説明書に従って行なうことができる。RNAシークエンシングは、例えば、市販のキット（例えば、mRNA-Seqサンプル調製キット（Illumina社）など）を用いて製造者の説明書に従ってトータルRNAからcDNAライブラリーを調製し、これを次世代シークエンサーを使用するシークエンシングに供することにより行なうことができる。
本発明の検出方法において、融合ポリヌクレオチドの翻訳産物（すなわち、融合ポリペプチド）を対象とする場合、例えば、免疫染色法、ウェスタンブロッティング法、RIA法、ELISA法、フローサイトメトリー法、免疫沈降法、抗体アレイ解析などを利用して当該翻訳産物を検出することができる。これらの方法においては、融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体が用いられる。ここで「融合ポリペプチドを特異的に認識する」とは、当該融合ポリペプチドの融合点からN末端側及びC末端側の部分が由来する野生型タンパク質を含めて当該融合ポリペプチド以外のタンパク質を認識することなく、当該融合ポリペプチドのみを認識することをいう。本発明の検出方法において使用される「融合ポリペプチドを特異的に認識する」抗体は、1つの抗体であってもよいし、2つ以上の抗体の組み合わせであってもよい。
「融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体」としては、融合ポリペプチドの融合点を含むポリペプチドに特異的な抗体（以下、「融合点特異的抗体」とも称する）が挙げられる。ここで、「融合点特異的抗体」とは、前記融合点を含むポリペプチドに特異的に結合するが、N末端側及びC末端側の部分が由来する野生型タンパク質には結合しない抗体を意味する。
また「融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体」としては、融合ポリペプチドの融合点からN末端側の領域からなるポリペプチドに結合する抗体と融合ポリペプチドの融合点からC末端側の領域からなるポリペプチドに結合する抗体の組み合わせも挙げられる。これら2つの抗体を用いてサンドイッチELISA、免疫染色法、免疫沈降法、ウェスタンブロッティング法などを行なうことにより、融合ポリペプチドを検出することができる。
本発明において、抗体には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体（mAb）等の天然型抗体、遺伝子組換え技術を用いて製造され得るキメラ抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、およびこれらの結合性断片が含まれるが、これらに限定されない。結合性断片とは、特異的結合活性を有する前記抗体の一部分の領域を意味し、具体的には例えばFab、Fab’、F(ab')2、Fv、及び単鎖抗体などが挙げられる。抗体のクラスは、特に限定されず、IgG、IgM、IgA、IgDまたはIgEなどのいずれのアイソタイプを有する抗体であってもよいが、精製の容易性等を考慮するとより好ましくはIgGである。
「融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体」は、当業者であれば適宜公知の手法を選択して調製することができる。かかる公知の手法としては、前記融合ポリペプチドの融合点を含むポリペプチド、前記融合ポリペプチドの融合点からN末端側の領域からなるポリペプチド、または前記融合ポリペプチドの融合点からC末端側の領域からなるポリペプチドを免疫動物に接種し、該動物の免疫系を活性化させた後、該動物の血清（ポリクローナル抗体）を回収する方法や、ハイブリドーマ法、組換えDNA法、ファージディスプレイ法等のモノクローナル抗体の作製方法が挙げられる。市販の抗体を利用してもよい。また標識物質を結合させた抗体を用いれば、当該標識を検出することにより、標的蛋白質を直接検出することが可能である。標識物質としては、抗体に結合することができ、検出可能なものであれば特に制限されることはなく、例えば、ペルオキシダーゼ、β-D-ガラクトシダーゼ、マイクロペルオキシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（HRP）、フルオレセインイソチオシアネート（FITC）、ローダミンイソチオシアネート（RITC）、アルカリホスファターゼ、ビオチン、及び放射性物質などが挙げられる。さらに、標識物質を結合させた抗体を用いて標的タンパク質を直接検出する方法以外に、標識物質を結合させた二次抗体、プロテインGまたはプロテインA等を用いて標的タンパク質を間接的に検出する方法を利用することもできる。
＜がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出用キット＞
以上のように、がんの責任変異である遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを、前記プライマー、プローブ、または抗体、あるいはそれらの組み合わせを用いて検出することができ、それにより当該遺伝子融合を検出することができる。したがって、本発明は、下記のいずれかまたはそれらの組み合わせを含む、がんの責任変異である遺伝子融合の検出用キット（以下、本発明のキットとも称する）を提供する：
（A）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に認識するように設計されたプローブであるポリヌクレオチド；
（B）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計された一対のプライマーであるポリヌクレオチド；あるいは
（C）ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体。
以上のように、がんの責任変異である遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを、前記プライマー、プローブ、または抗体、あるいはそれらの組み合わせを用いて検出することができ、それにより当該遺伝子融合を検出することができる。したがって、本発明は、下記のいずれかまたはそれらの組み合わせを含む、がんの責任変異である遺伝子融合の検出用キット（以下、本発明のキットとも称する）を提供する：
（A）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に認識するように設計されたプローブであるポリヌクレオチド；
（B）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計された一対のプライマーであるポリヌクレオチド；あるいは
（C）ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体。
本発明のキットには、ポリヌクレオチドや抗体に加えて、ポリヌクレオチドや抗体に付加した標識の検出に必要な基質、陽性対照（例えば、ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチド、ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチド、あるいはこれらを保持する細胞等）や陰性対照、PCR用試薬、in situハイブリダイゼーション等において用いられる対比染色用試薬（DAPI等）、抗体の検出に必要な分子（例えば、二次抗体、プロテインG、プロテインA）、試料の希釈や洗浄に用いる緩衝液等を適宜組み合わせて含めることができる。本発明のキットには、使用説明書を含めることもできる。本発明のキットを使用することにより、上記本発明の検出方法を容易に実施することが可能である。
本発明の検出方法及び検出用キットは、がんの責任変異として新たに見出した遺伝子融合の検出を可能にするものであり、後述のように当該遺伝子融合の陽性例を同定し個別化医療を適用する上で極めて有用である。
＜がんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する方法＞
前記3タイプの遺伝子融合は、がんの責任変異であり、それぞれEPHB1キナーゼ活性の恒常活性化、TNIKキナーゼ活性の恒常活性化、およびNRG2の細胞増殖因子としての機能の亢進により、がんの悪性化等に寄与していると考えられる。そのため、このような遺伝子融合が検出されるがん患者においては、当該遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質による治療が有効である蓋然性が高い。
前記3タイプの遺伝子融合は、がんの責任変異であり、それぞれEPHB1キナーゼ活性の恒常活性化、TNIKキナーゼ活性の恒常活性化、およびNRG2の細胞増殖因子としての機能の亢進により、がんの悪性化等に寄与していると考えられる。そのため、このような遺伝子融合が検出されるがん患者においては、当該遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質による治療が有効である蓋然性が高い。
したがって、本発明は、がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する方法（以下、本発明の同定方法とも称する）を提供する。
本発明の同定方法は、下記の工程を含む：
（1）被験者由来の単離された試料における下記（a）〜（c）のいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程：
（a）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（b）TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであって、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（c）SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであって、SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2タンパク質のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに
（2）前記融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、前記ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が前記被験者において治療効果をもたらすと判定する工程。
（1）被験者由来の単離された試料における下記（a）〜（c）のいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程：
（a）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（b）TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであって、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（c）SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであって、SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2タンパク質のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに
（2）前記融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、前記ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が前記被験者において治療効果をもたらすと判定する工程。
本発明の同定方法において、「がんの患者またはがんのリスクを有する被験者」は、がんに罹患しているか、またはがんに罹患している疑いのある哺乳動物、好ましくはヒトである。本発明の同定方法を適用する対象となる「がん」としては、前記3種の遺伝子融合のうちいずれかが検出され得るがんであれば特に限定されないが、好ましくは胃がんであり、さらに好ましくは特殊型胃がん、未分化型胃がん、または中分化型胃がんである。
本発明の同定方法において、「治療効果」とは、がん治療の効果であって、患者に対する有益な効果であれば特に限定されず、例えば、腫瘍縮小効果、無増悪生存期間延長効果、延命効果などが挙げられる。
本発明の同定方法において、ATG3-EPHB1遺伝子融合に関してがん治療の有効性を評価する対象となる「がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質」（以下、本発明の同定方法における対象物質とも称する）としては、ATG3-EPHB1融合ポリペプチドの発現および／またはその機能を直接または間接的に阻害する物質であれば特に限定されない。
ATG3-EPHB1融合ポリペプチドの発現を阻害する物質としては、例えば、ATG3-EPHB1融合ポリペプチドの発現を抑制するsiRNA（small interfering RNA）、shRNA（short hairpin RNA）、miRNA（micro RNA)、アンチセンス核酸、これらのポリヌクレオチドを発現し得る発現ベクター、低分子化合物などが挙げられる。
ATG3-EPHB1融合ポリペプチドの機能を阻害する物質としては、例えば、EPHB1キナーゼ活性を阻害する物質（例えば、低分子化合物等）、ATG3-EPHB1融合ポリペプチドに結合する抗体等が挙げられる。
これらの物質は、ATG3-EPHB1融合ポリペプチドの発現および／または活性を特異的に抑制する物質であってもよいし、野生型EPHB1タンパク質の発現および／または活性をも抑制する物質であってもよい。このような物質の具体例としては、dasatinib、PD-173955、foretinib、bosutinib、crizotinib、AST-487、staurosporine、vandetanib、MLN-8054、TAE 684、nilotinib、dorsomorphin、Cdk1/2インヒビターIII、IKK-2インヒビターIV、GSK-3βインヒビターXII、PP1アナログII等（Ephrin receptor family: EPH receptor B1. Last modified on 26/03/2013. Accessed on 10/12/2013. IUPHAR database (IUPHAR-DB), http://www.iuphar-db.org/DATABASE/ObjectDisplayForward?objectId=1830.参照）が挙げられる。
これらの物質は、本明細書中に開示されたATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドおよび／またはATG3-EPHB1融合ポリペプチドの配列情報等に基づいて、自体公知の方法により調製することができる。また市販の物質を利用してもよい。
これらの物質は、被験者由来の単離された試料においてATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、当該被験者に対してがん治療剤として有効である。
TNIK-RNF123遺伝子融合に関して、本発明の同定方法における対象物質としては、TNIK-RNF123融合ポリペプチドの発現および／またはその機能を直接または間接的に阻害する物質であれば特に限定されない。
TNIK-RNF123融合ポリペプチドの発現を阻害する物質としては、例えば、TNIK-RNF123融合ポリペプチドの発現を抑制するsiRNA（small interfering RNA）、shRNA（short hairpin RNA）、miRNA（micro RNA)、アンチセンス核酸、これらのポリヌクレオチドを発現し得る発現ベクター、低分子化合物などが挙げられる。
TNIK-RNF123融合ポリペプチドの機能を阻害する物質としては、例えば、TNIKキナーゼ活性を阻害する物質（例えば、低分子化合物等）、TNIK-RNF123融合ポリペプチドに結合する抗体等が挙げられる。
これらの物質は、TNIK-RNF123融合ポリペプチドの発現および／または活性を特異的に抑制する物質であってもよいし、野生型TNIKタンパク質の発現および／または活性をも抑制する物質であってもよい。このような物質の具体例としては、アミノチアゾール誘導体（WO/2010/064111参照）、4-フェニル-2-フェニルアミノピリジンベースの化合物（Ho KK et al., Bioorg Med Chem Lett, 2013, 23(2):569-73 (Epub 2012 Nov 16)参照）等が挙げられる。
これらの物質は、本明細書中に開示されたTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドおよび／またはTNIK-RNF123融合ポリペプチドの配列情報等に基づいて、自体公知の方法により調製することができる。また市販の物質を利用してもよい。
これらの物質は、被験者由来の単離された試料においてTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、当該被験者に対してがん治療剤として有効である。
SLC12A2-NRG2遺伝子融合に関して、本発明の同定方法における対象物質としては、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／またはその機能を直接または間接的に阻害する物質であれば特に限定されない。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現を阻害する物質としては、例えば、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現を抑制するsiRNA（small interfering RNA）、shRNA（short hairpin RNA）、miRNA（micro RNA)、アンチセンス核酸、これらのポリヌクレオチドを発現し得る発現ベクター、低分子化合物などが挙げられる。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの機能を阻害する物質としては、例えば、NRG2の細胞内情報伝達を亢進する活性を阻害する物質（例えば、低分子化合物等）、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドに結合する抗体等が挙げられる。
これらの物質は、SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を特異的に抑制する物質であってもよいし、野生型NRG2タンパク質の発現および／または活性をも抑制する物質であってもよい。
これらの物質は、本明細書中に開示されたSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドおよび／またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの配列情報等に基づいて、自体公知の方法により調製することができる。また市販の物質を利用してもよい。
さらに、野生型NRG2タンパク質は、その受容体であるHERタンパク質群に属するタンパク質を介して細胞内情報伝達を亢進すると考えられることから、本発明の同定方法における対象物質としては、HERタンパク質の発現および／またはその機能を直接または間接的に阻害する物質も挙げられる。ここでHERタンパク質群は、チロシンキナーゼ型受容体の一群であり、HER1（ErbB1）、HER2（ErbB2）、HER3（ErbB3）、およびHER4（ErbB4）の4つのタンパク質が含まれる。
HERタンパク質の発現を阻害する物質としては、例えば、HERタンパク質の発現を抑制するsiRNA（small interfering RNA）、shRNA（short hairpin RNA）、miRNA（micro RNA)、アンチセンス核酸、これらのポリヌクレオチドを発現し得る発現ベクター、低分子化合物などが挙げられる。
HERタンパク質の機能を阻害する物質としては、例えば、HERタンパク質のキナーゼ活性を阻害する物質（例えば、低分子化合物等）、HERタンパク質に結合する抗体等が挙げられる。このような物質の具体例としては、rapatinib、afatinib、dacomitinib、trastuzumab等が挙げられる。
これらの物質は、公知の配列情報等に基づいて、自体公知の方法により調製することができる。また市販の物質を利用してもよい。
これらの物質は、被験者由来の単離された試料においてSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、当該被験者に対してがん治療剤として有効である。
本発明の同定方法における工程(1)は、前記本発明の検出方法に含まれる工程と同様に実施することができる。
本発明の同定方法における工程(2)では、工程(1)で被験者（すなわちがんの患者またはがんのリスクを有する被験者）由来の単離された試料において融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、本発明の同定方法における対象物質が前記被験者において治療効果をもたらすと判定され、一方、融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出されなかった場合には、本発明の同定方法における対象物質が前記被験者において治療効果をもたらす可能性が低いと判定される。
本発明の同定方法によれば、がんの患者またはがんのリスクを有する被験者の中からがんの責任変異として新たに見出した遺伝子融合の陽性例を検出し、当該遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定することが可能であり、本発明はそのような対象に適した治療を行うことが可能になる点で有用である。
＜がんの治療方法およびがん治療剤＞
上記の通り、本発明の同定方法により、前記3タイプの遺伝子融合のいずれかにより生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがん患者が同定される。そのため、がん患者のうち、当該融合遺伝子を保持する患者に選択的に当該物質を投与することにより、効率的にがんの治療を行うことが可能である。従って、本発明は、がんの治療方法であって、被験者に、当該物質を投与する工程を含む方法（以下、本発明の治療方法とも称する）を提供する。
上記の通り、本発明の同定方法により、前記3タイプの遺伝子融合のいずれかにより生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがん患者が同定される。そのため、がん患者のうち、当該融合遺伝子を保持する患者に選択的に当該物質を投与することにより、効率的にがんの治療を行うことが可能である。従って、本発明は、がんの治療方法であって、被験者に、当該物質を投与する工程を含む方法（以下、本発明の治療方法とも称する）を提供する。
本発明の治療方法において、被験者は、典型的にはATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がん患者である。がんは、特に限定されないが、好ましくは胃がんであり、さらに好ましくは特殊型胃がん、未分化型胃がん、または中分化型胃がんである。ここで、ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がんとは、本発明の検出方法によってそれぞれの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出されるがんを意味する。
また本発明は、ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がんの治療剤（以下、本発明のがん治療剤とも称する）を提供する。前記3タイプの遺伝子融合陽性がんに対しては、これまで当該遺伝子融合を標的とする治療は行われていなかった。またこれらの遺伝子融合の存在については、いずれの先行技術文献等を考慮しても全く予想できないものであった。したがって、本発明のがん治療剤は、前記3種の遺伝子融合陽性がんに対して有効な新規の治療手段を提供するものである。
本発明のがん治療剤において、がんは、特に限定されないが、好ましくは胃がんであり、さらに好ましくは特殊型胃がん、未分化型胃がん、または中分化型胃がんである。
本発明のがん治療剤は、典型的にはEPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質を有効成分として含む。
本発明の治療方法およびがん治療剤において、前記3タイプの融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質としては、上記＜がんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する方法＞において記載した物質が挙げられる。
本発明のがん治療剤は、それらの製剤化に通常用いられる薬理学上許容される担体、賦形剤、および／またはその他の添加剤を用いて、医薬組成物として調製することができる。
本発明のがん治療剤の投与方法は、当該阻害剤の種類やがんの種類などに応じて適宜選択されるが、例えば、経口、静脈内、腹腔内、経皮、筋肉内、気管内（エアゾール）、直腸内、膣内等の投与形態を採用することができる。
本発明のがん治療剤の投与量は、有効成分の活性や種類、投与様式（例、経口、非経口）、病気の重篤度、投与対象となる動物種、投与対象の薬物受容性、体重、年齢等を考慮して、適宜決定することができる。
本発明の治療方法およびがん治療剤は、従来知られておらず本願発明により明らかとなった特定のがんの責任変異を有する患者の治療を可能にするため有用である。
＜がん治療剤のスクリーニング方法＞
本発明は、前記3種の遺伝子融合のいずれかを有するがん患者に対して治療効果をもたらすがん治療剤のスクリーニング方法（以下、本発明のスクリーニング方法とも称する）を提供する。本発明のスクリーニング方法により、前記3タイプの融合ポリペプチド（すなわち、ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、およびSLC12A2-NRG2融合ポリペプチド）のうちいずれかの発現および／または活性を抑制する物質を、がん治療剤として得ることができる。
本発明は、前記3種の遺伝子融合のいずれかを有するがん患者に対して治療効果をもたらすがん治療剤のスクリーニング方法（以下、本発明のスクリーニング方法とも称する）を提供する。本発明のスクリーニング方法により、前記3タイプの融合ポリペプチド（すなわち、ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、およびSLC12A2-NRG2融合ポリペプチド）のうちいずれかの発現および／または活性を抑制する物質を、がん治療剤として得ることができる。
本発明のスクリーニング方法に供される被験物質は、いかなる化合物又は組成物であってもよく、例えば、核酸（例、ヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド）、糖質（例、単糖、二糖、オリゴ糖、多糖）、脂質（例、飽和又は不飽和の直鎖、分岐鎖及び／又は環を含む脂肪酸）、アミノ酸、タンパク質（例、オリゴペプチド、ポリペプチド）、低分子化合物、化合物ライブラリー、ランダムペプチドライブラリー、天然成分（例、微生物、動植物、海洋生物等由来の成分）、あるいは食品等が挙げられる。
本発明のスクリーニング方法は、被験物質が前記3種の融合ポリペプチドのうちいずれかの発現および／または活性を抑制するか否かを評価可能である限り、いかなる形態であってもよい。典型的には、本発明のスクリーニング方法は、下記の工程を含む：
（1）ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを発現している細胞に被験物質を接触させる工程；
（2）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性が抑制されるか否かを決定する工程；ならびに
（3）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制すると決定された物質をがん治療剤として選択する工程。
（1）ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを発現している細胞に被験物質を接触させる工程；
（2）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性が抑制されるか否かを決定する工程；ならびに
（3）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制すると決定された物質をがん治療剤として選択する工程。
工程（1）では、前記3タイプの融合ポリペプチドのうちいずれかを発現している細胞と被験物質を接触させる。対照として、被験物質を含まない溶媒（例えば、DMSOなど）を用いることができる。当該接触は、培地中で行うことができる。培地は、用いられる細胞の種類などに応じて適宜選択されるが、例えば、約5〜20％のウシ胎仔血清を含む最少必須培地（MEM）、ダルベッコ改変最少必須培地（DMEM）、RPMI1640培地、199培地などである。培養条件もまた、用いられる細胞の種類などに応じて適宜決定されるが、例えば、培地のpHは約6〜約8であり、培養温度は約30〜約40℃であり、培養時間は約12〜約72時間である。
前記3タイプの融合ポリペプチドのうちいずれかを発現している細胞としては、例えば、内在的に当該融合ポリペプチドを発現しているがん組織由来の細胞、当該細胞から誘導された細胞株、遺伝子工学的に作製された細胞株などが挙げられるが、これらに限定されない。ある細胞が前記3タイプの融合ポリペプチドのうちいずれかを発現しているか否かは、上記本発明の検出方法を利用して確認することもできる。また細胞は、通常哺乳動物の細胞であり、好ましくはヒトの細胞である。
工程（2）では、前記融合ポリペプチドの発現および／または活性が抑制されるか否かが決定される。融合ポリペプチドの発現は、細胞におけるmRNAレベルまたはタンパク質レベルを公知の分析方法、例えば、ノーザンブロット法、定量的PCR法、イムノブロット法、ELISA法等を用いて決定することにより測定することができる。また融合ポリペプチドの活性も、公知の分析方法（例えば、キナーゼ活性測定など）により測定することができる。得られた測定値を被験物質と接触させない対照細胞における測定値と比較する。測定値の比較は、好ましくは有意差の有無に基づいて行われる。被験物質と接触させた細胞における測定値が対照と比較して有意に低い場合、当該被験物質が融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制すると決定することができる。
あるいは、これらの融合ポリペプチドを発現している細胞は、増殖が亢進していることから、当該細胞の増殖を本工程における決定のための指標とすることができる。この場合、まず、被験物質と接触させた当該細胞の増殖を測定する。細胞増殖の測定は、セルカウント、3Hチミジンの取り込み、BRDU法等の自体公知の方法により行うことができる。次に、被験物質と接触させた当該細胞の増殖を、被験物質と接触させない対照細胞の増殖と比較する。増殖レベルの比較は、好ましくは、有意差の有無に基づいて行なわれる。被験物質と接触させない対照細胞の増殖は、被験物質と接触させた細胞の増殖の測定に対し、事前に測定した値であっても、同時に測定した値であってもよいが、実験の精度、再現性の観点から同時に測定した値であることが好ましい。比較の結果、被験物質と接触させた当該細胞の増殖が抑制された場合に、当該被験物質が融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制すると決定することができる。
工程（3）では、工程（2）において融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制すると決定された被験物質をがん治療剤として選択する。
以上のように、本発明のスクリーニング方法によれば、従来知られていなかったがんの責任変異を有する患者の治療に適用可能ながん治療剤を取得することが可能となる。
＜単離された融合ポリペプチドまたはその断片、およびそれらをコードするポリヌクレオチド＞
本発明は、以下の単離された融合ポリペプチド（以下、本発明の融合ポリペプチドとも称する）またはその断片を提供する：
（1）EPHB1タンパク質のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたATG3-EPHB1融合ポリペプチド、
（2）TNIKタンパク質のキナーゼドメインならびにRNF123タンパク質のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたTNIK-RNF123融合ポリペプチド、
（3）SLC12A2タンパク質のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2タンパク質のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有する、単離されたSLC12A2-NRG2融合ポリペプチド。
本発明は、以下の単離された融合ポリペプチド（以下、本発明の融合ポリペプチドとも称する）またはその断片を提供する：
（1）EPHB1タンパク質のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたATG3-EPHB1融合ポリペプチド、
（2）TNIKタンパク質のキナーゼドメインならびにRNF123タンパク質のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたTNIK-RNF123融合ポリペプチド、
（3）SLC12A2タンパク質のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2タンパク質のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有する、単離されたSLC12A2-NRG2融合ポリペプチド。
本明細書中、「単離された」物質とは、ある物質が天然に存在する環境（例えば、生物体の細胞内）の他の物質（好ましくは、生物学的因子）（例えば、核酸である場合、核酸以外の因子および目的とする核酸以外の核酸配列を含む核酸；タンパク質である場合、タンパク質以外の因子および目的とするタンパク質以外のアミノ酸配列を含むタンパク質など）から実質的に分離または精製されたものをいう。本明細書において「単離された」とは、好ましくは７５重量％以上、より好ましくは８５重量％以上、よりさらに好ましくは９５重量％以上、そして最も好ましくは９６重量％以上、９７重量％以上、９８重量％以上、９９重量％以上、又は１００％の純度を有することを意味する。「単離された」ポリヌクレオチドおよびポリペプチドには、標準的な精製方法によって精製されたポリヌクレオチドおよびポリペプチドが含まれ、また化学的に合成したポリヌクレオチドおよびポリペプチドも含まれる。
上記（1）〜（3）中のその他の各用語の意味については、上記＜具体的ながんの責任変異＞において記載した通りである。
「断片」とは、本発明の融合ポリペプチドの断片であって、融合点の上流および下流の配列を含む連続した部分配列からなるものをいう。当該部分配列に含まれる融合点の上流の配列は、融合点から1アミノ酸残基以上（例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、100アミノ酸残基以上）を含み、本発明の融合ポリペプチドのN末端までを含みうる。当該部分配列に含まれる融合点の下流の配列は、融合点から1アミノ酸残基以上（例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、100アミノ酸残基以上）を含み、本発明の融合ポリペプチドのC末端までを含みうる。断片の長さは、特に限定されないが、通常8アミノ酸残基以上（例えば、9、10、11、12、13、14、15、20、25、50、100アミノ酸残基以上）である。
また本発明の融合ポリペプチドは、例えば下記の単離された融合ポリペプチドであり得る。
（1）ATG3-EPHB1融合ポリペプチドに関して、
（i）配列番号2で表わされるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、あるいは
（iii）配列番号2で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；
（2）TNIK-RNF123融合ポリペプチドに関して、
（i）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表わされるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、あるいは
（iii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；
（3）SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドに関して、
（i）配列番号20、22、24、26、または28で表わされるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド、あるいは
（iii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド。
（1）ATG3-EPHB1融合ポリペプチドに関して、
（i）配列番号2で表わされるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、あるいは
（iii）配列番号2で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；
（2）TNIK-RNF123融合ポリペプチドに関して、
（i）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表わされるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、あるいは
（iii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；
（3）SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドに関して、
（i）配列番号20、22、24、26、または28で表わされるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド、あるいは
（iii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド。
上記(i)〜(iii)中の各用語の意味については、上記＜具体的ながんの責任変異＞において記載した通りである。
さらに本発明は、上記本発明の融合ポリペプチドまたはその断片をコードする単離されたポリヌクレオチド（以下、本発明のポリヌクレオチドとも称する）を提供する。本発明のポリヌクレオチドは、mRNA、cDNAおよびゲノムDNAのいずれであってもよい。また二本鎖であっても一本鎖であってもよい。
ATG3-EPHB1融合ポリペプチドをコードするcDNAの典型例は、配列番号1で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
TNIK-RNF123融合ポリペプチドをコードするcDNAの典型例は、配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
SLC12A2-NRG2融合ポリペプチドをコードするcDNAの典型例は、配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
本発明のポリヌクレオチドは、自体公知の方法により作製することができる。例えば、ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを保持するがん組織等から調製したcDNAライブラリーまたはゲノムライブラリーから公知のハイブリダイゼーション技術を利用して抽出することができる。また、前記がん組織等から調製したmRNA、cDNAまたはゲノムDNAを鋳型として公知の遺伝子増幅技術（PCR）を用いて増幅することにより調製することもできる。さらに、各融合ポリヌクレオチドの5’末端側及び3’末端側の部分が由来する野生型遺伝子のcDNAを材料とし、PCR、制限酵素処理、部位特異的変異誘発（site-directed mutagenesis）法（Kramer, W. & Fritz, HJ., Methods Enzymol, 1987, 154, 350．）等の公知の遺伝子増幅技術や組換え技術を利用して調製することもできる。
本発明の融合ポリペプチドまたはその断片も、自体公知の方法により作製することができる。例えば、上記のようにして調製したポリヌクレオチドを適当な発現ベクターに挿入し、該ベクターを無細胞タンパク質合成系（例えば、網状赤血球抽出液、小麦胚芽抽出液）に導入してインキュベーションすることにより、また該ベクターを適当な細胞（例えば、大腸菌、酵母、昆虫細胞、動物細胞）に導入し、得られた形質転換体を培養することにより、本発明の融合ポリペプチドを調製することができる。
本発明の融合ポリペプチドまたはその断片は、本発明の検出方法等におけるマーカーとして使用することができ、また本発明の融合ポリペプチドに対する抗体の作製等にも使用することができる。
以下、実施例に基づいて本発明をより具体的に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
＜サンプル＞
RNAシークエンシング用サンプルとして、51症例（中分化型5症例、特殊型mucinous 3症例、未分化型43症例）の胃がん患者から摘出した胃組織から定法により全RNAを調製した。また、RT-PCRおよびサンガーシークエンシング用のサンプルとして、149症例（高分化型27症例、中分化型65症例、特殊型mucinous 2症例、未分化型55症例）の胃がん患者から摘出した胃組織から定法により全RNAを調製した。なお、この研究は、本研究に係る組織の倫理審査員会の承認を得て進められた。
RNAシークエンシング用サンプルとして、51症例（中分化型5症例、特殊型mucinous 3症例、未分化型43症例）の胃がん患者から摘出した胃組織から定法により全RNAを調製した。また、RT-PCRおよびサンガーシークエンシング用のサンプルとして、149症例（高分化型27症例、中分化型65症例、特殊型mucinous 2症例、未分化型55症例）の胃がん患者から摘出した胃組織から定法により全RNAを調製した。なお、この研究は、本研究に係る組織の倫理審査員会の承認を得て進められた。
＜RNAシークエンシング＞
RNAシークエンシングライブラリーは製造者の標準プロトコールに従い、イルミナ社TruSeq RNA Sample Prep Kit v2を用いて作製した。このライブラリーについて、次世代シークエンサー、Hiseq2000またはGAIIxで、100 bpのペアエンドリードを行なった。得られたペアエンドリードをRefSeq（NCBI Reference Sequence）データベースに参照することにより、融合遺伝子候補を検出した。
RNAシークエンシングライブラリーは製造者の標準プロトコールに従い、イルミナ社TruSeq RNA Sample Prep Kit v2を用いて作製した。このライブラリーについて、次世代シークエンサー、Hiseq2000またはGAIIxで、100 bpのペアエンドリードを行なった。得られたペアエンドリードをRefSeq（NCBI Reference Sequence）データベースに参照することにより、融合遺伝子候補を検出した。
＜RT-PCR、サンガーシークエンシング＞
胃がん患者から摘出した胃組織から抽出した全RNAから、逆転写酵素法によりcDNAを合成した。得られたcDNAをPCR増幅に供した。得られたPCR産物の塩基配列は、BigDyeターミネーターキットとABI 3130xl DNAシークエンサー（アプライドバイオシステムス社製）とを用いて直接決定した。なお、本研究で用いたプライマーを表１に示す。
胃がん患者から摘出した胃組織から抽出した全RNAから、逆転写酵素法によりcDNAを合成した。得られたcDNAをPCR増幅に供した。得られたPCR産物の塩基配列は、BigDyeターミネーターキットとABI 3130xl DNAシークエンサー（アプライドバイオシステムス社製）とを用いて直接決定した。なお、本研究で用いたプライマーを表１に示す。
（実施例）
本実施例は、胃がん組織における新規融合転写産物の同定について記載する。
本実施例は、胃がん組織における新規融合転写産物の同定について記載する。
治療標的となりうる新規融合転写産物を同定するため、51症例（中分化型5症例、特殊型mucinous 3症例、未分化型43症例）の胃がん患者から摘出した胃組織の全トランスクリプトームシークエンシング（RNAシークエンシング、Meyerson, M. et al., Nat Rev Genet, 2010, 11, 685-696）を行った。
ＰＣＲによる重複クローンを除外した結果、各々８．０ｘ１０７以上のペア塩基配列が得られた。それらを既存の遺伝子データベースに参照した結果、1例（特殊型mucinous）においてATG3遺伝子とEPHB1遺伝子との融合遺伝子候補を、1例（未分化型）においてTNIK遺伝子とRNF123遺伝子との融合遺伝子候補を、そして1例（中分化型）においてSLC12A2遺伝子とNRG2遺伝子との融合遺伝子候補を検出した。融合遺伝子の構造を、表２および図１〜４に示す。
さらに、上記融合遺伝子が検出された検体について、表１に記載したプライマーを用いてRT-PCRを行い、得られたPCR産物をシークエンス解析することにより、上記3タイプの融合遺伝子の発現を確認した。増幅されたPCR産物の配列は以下の通りである。
ATG3-EPHB1（大文字および小文字は、それぞれATG3遺伝子由来の配列およびEPHB1遺伝子由来の配列を表す）
CACTGGAAGTGGCTGAGTACCTGACCCCGGTCCTCAAGGAATCAAAGTTTAAGGAAACAGGTGTAATTACCCCAGAAGAGgaacacaatgagttcaactcctccatggccaggagtcagaccaacacagcaaggattgatgggctgcggc（配列番号71）
TNIK-RNF123（大文字および小文字は、それぞれTNIK遺伝子由来の配列およびRNF123遺伝子由来の配列を表す）
GGTCAGTGGAAACAGGACATTTGGATGGAGTATTTATGCATAAGCGAGCTCAAAGGTTAAAGTTTCTATGTGAAAGAAATGATAAGgtgattggacacagcaactttggcaccatccgctctaccacatgcgtgtacaaagggaaatggctctacgaggtcctcatctcctcccaggggctcatgcagatcggctggtgcaccatcagctgccgcttcaaccaggaggagggggttggagatacacacaactcctatgcctatgatggcaaccgcgtgcgcaagtggaatgtgaccacaacgaattatggcaaggcgt（配列番号72）
SLC12A2-NRG2融合遺伝子（大文字および小文字は、それぞれSLC12A2遺伝子由来の配列およびNRG2遺伝子由来の配列を表す）
GGTCAAGCTGGAATAGGTCTATCAGTCCTTGTAATAATGATGGCCACTGTTGTGACAACTATCACAGGATTGTCTACTTCAGCAATAGCAACTAATGGATTTGTAAGAGGAGccacccggcccaagttgaagaagatgaagagccagacgggacaggtgggtgagaagcaatcgctgaagtgtgaggca（配列番号73）
ATG3-EPHB1（大文字および小文字は、それぞれATG3遺伝子由来の配列およびEPHB1遺伝子由来の配列を表す）
CACTGGAAGTGGCTGAGTACCTGACCCCGGTCCTCAAGGAATCAAAGTTTAAGGAAACAGGTGTAATTACCCCAGAAGAGgaacacaatgagttcaactcctccatggccaggagtcagaccaacacagcaaggattgatgggctgcggc（配列番号71）
TNIK-RNF123（大文字および小文字は、それぞれTNIK遺伝子由来の配列およびRNF123遺伝子由来の配列を表す）
GGTCAGTGGAAACAGGACATTTGGATGGAGTATTTATGCATAAGCGAGCTCAAAGGTTAAAGTTTCTATGTGAAAGAAATGATAAGgtgattggacacagcaactttggcaccatccgctctaccacatgcgtgtacaaagggaaatggctctacgaggtcctcatctcctcccaggggctcatgcagatcggctggtgcaccatcagctgccgcttcaaccaggaggagggggttggagatacacacaactcctatgcctatgatggcaaccgcgtgcgcaagtggaatgtgaccacaacgaattatggcaaggcgt（配列番号72）
SLC12A2-NRG2融合遺伝子（大文字および小文字は、それぞれSLC12A2遺伝子由来の配列およびNRG2遺伝子由来の配列を表す）
GGTCAAGCTGGAATAGGTCTATCAGTCCTTGTAATAATGATGGCCACTGTTGTGACAACTATCACAGGATTGTCTACTTCAGCAATAGCAACTAATGGATTTGTAAGAGGAGccacccggcccaagttgaagaagatgaagagccagacgggacaggtgggtgagaagcaatcgctgaagtgtgaggca（配列番号73）
ATG3-EPHB1は、染色体逆位（inv3）により生じた、ATG3遺伝子のエクソン2とEPHB1遺伝子のエクソン7とが読み枠にずれを生じることなく直接結合した融合遺伝子である。なお、ATG3-EPHB1融合遺伝子については、コード領域全体をクローニングし配列決定した（配列番号1）。
TNIK-RNF123は、染色体逆位（inv3）により生じた、TNIK遺伝子のエクソン32とRNF123遺伝子のエクソン6とが読み枠にずれを生じることなく直接結合した融合遺伝子である。
SLC12A2-NRG2は、染色体逆位（inv5）により生じた、SLC12A2遺伝子のエクソン4とNRG2遺伝子のエクソン2とが読み枠にずれを生じることなく直接結合した融合遺伝子である。
以上の結果から、RT-PCRによる特異的なバンドの増幅の有無の検査やPCR産物の塩基配列決定により、実施例１で見出された遺伝子融合を検出することができることが示された。
さらに、正常胃粘膜組織について表１に記載したプライマーを用いてRT-PCRを行ったところ、特異的なバンドは増幅されず、上記3タイプの融合遺伝子がいずれも発現していないことが確認された。以上の結果から、上記3タイプの遺伝子融合ががん細胞に特異的であることが示された。
さらに、公知の胃がんの原因遺伝子変異として知られているKRAS変異(N末端から12、13、または61番目のアミノ酸残基の変異)、NRAS変異(N末端から12、13、または61番目のアミノ酸残基の変異)、およびBRAF変異(N末端から600番目およびその周辺のアミノ酸残基の変異)は、上記3タイプの融合遺伝子が検出された3症例のいずれにおいても検出されなかった。したがって、これらの融合遺伝子が胃がんの責任変異である可能性が高いことが示唆された。
本発明によれば、がんの責任変異として新たに見出した遺伝子融合を検出すること、当該遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定すること、さらにはそのようながんの患者に適した治療（個別化医療）を行うことが可能となる。
配列番号１：ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド
配列番号2：ATG3-EPHB1融合ポリペプチド
配列番号3、5、7、9、11、13、15、および17：TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド
配列番号4、6、8、10、12、14、16、および18：TNIK-RNF123融合ポリペプチド
配列番号19、21、23、25、および27：SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチド
配列番号20、22、24、26、および28：SLC12A2-NRG2融合ポリペプチド
配列番号29：ATG3 cDNA
配列番号30：ATG3ポリペプチド
配列番号31：EPHB1 cDNA
配列番号32：EPHB1ポリペプチド
配列番号33、35、37、39、41、43、45、および47：TNIK cDNA
配列番号34、36、38、40、42、44、46、および48：TNIKポリペプチド
配列番号49：RNF123 cDNA
配列番号50：RNF123ポリペプチド
配列番号51および53：SLC12A2 cDNA
配列番号52および54：SLC12A2ポリペプチド
配列番号55、57、59、61、および63：NRG2 cDNA
配列番号56、58、60、62、および64：NRG2ポリペプチド
配列番号65：ATG3センスプライマー
配列番号66：EPHB1プライマー
配列番号67：TNIKセンスプライマー
配列番号68：RNF123プライマー
配列番号69：SLC12A2センスプライマー
配列番号70：NRG2プライマー
配列番号71：ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドの部分配列
配列番号72：TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドの部分配列
配列番号73：SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドの部分配列
配列番号2：ATG3-EPHB1融合ポリペプチド
配列番号3、5、7、9、11、13、15、および17：TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド
配列番号4、6、8、10、12、14、16、および18：TNIK-RNF123融合ポリペプチド
配列番号19、21、23、25、および27：SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチド
配列番号20、22、24、26、および28：SLC12A2-NRG2融合ポリペプチド
配列番号29：ATG3 cDNA
配列番号30：ATG3ポリペプチド
配列番号31：EPHB1 cDNA
配列番号32：EPHB1ポリペプチド
配列番号33、35、37、39、41、43、45、および47：TNIK cDNA
配列番号34、36、38、40、42、44、46、および48：TNIKポリペプチド
配列番号49：RNF123 cDNA
配列番号50：RNF123ポリペプチド
配列番号51および53：SLC12A2 cDNA
配列番号52および54：SLC12A2ポリペプチド
配列番号55、57、59、61、および63：NRG2 cDNA
配列番号56、58、60、62、および64：NRG2ポリペプチド
配列番号65：ATG3センスプライマー
配列番号66：EPHB1プライマー
配列番号67：TNIKセンスプライマー
配列番号68：RNF123プライマー
配列番号69：SLC12A2センスプライマー
配列番号70：NRG2プライマー
配列番号71：ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドの部分配列
配列番号72：TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドの部分配列
配列番号73：SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドの部分配列
Claims (14)
- がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出方法であって、被験者由来の単離された試料における下記（a）〜（c）のいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程を含む、方法：
（a）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（b）TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであって、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（c）SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであって、SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。 - 融合ポリヌクレオチドが下記（a）〜（c）のいずれかである、請求項１に記載の方法：
（a）下記のポリペプチドをコードするATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号2で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；
（b）下記のポリペプチドをコードするTNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号4、6、8、10、12、14、16、または18で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチド；および
（c）下記のポリペプチドをコードするSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチド：
（i）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、
（ii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドにおいて、1若しくは複数のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド、または
（iii）配列番号20、22、24、26、または28で表されるアミノ酸配列と80％以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチド。 - 融合ポリヌクレオチドが下記（a）〜（c）のいずれかである、請求項１または２に記載の方法：
（a）（i）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号１で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（b）（i）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号3、5、7、9、11、13、15、または17で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（c）（i）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、
（ii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（iii）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにおいて、1若しくは複数のヌクレオチドが欠失、置換若しくは付加された塩基配列からなり、かつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または
（iv）配列番号19、21、23、25、または27で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと80％以上の配列同一性を有し、かつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。 - がんが胃がんである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
- がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合により生じる融合ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する方法であって、下記の工程を含む、方法：
（1）被験者由来の単離された試料における下記（a）〜（c）のいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程：
（a）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチドであって、EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（b）TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチドであって、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および
（c）SLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドであって、SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに
（2）前記融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドが検出された場合に、前記ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質が前記被験者において治療効果をもたらすと判定する工程。 - がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出用キットであって、下記（A）〜（C）のいずれかまたはそれらの組合せを含む、キット：
（A）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に認識するように設計されたプローブであるポリヌクレオチド；
（B）ATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドを特異的に増幅できるように設計された一対のプライマーであるポリヌクレオチド；および
（C）ATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを特異的に認識する抗体。 - EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたATG3-EPHB1融合ポリペプチドまたはその断片。
- TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有する、単離されたTNIK-RNF123融合ポリペプチドまたはその断片。
- SLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有する、単離されたSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドまたはその断片。
- 請求項７〜９のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチド。
- ATG3-EPHB1、TNIK-RNF123、またはSLC12A2-NRG2遺伝子融合陽性がんの治療剤。
- EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制する物質を有効成分として含む、請求項１１に記載の治療剤。
- がんが胃がんである、請求項１１または１２に記載の治療剤。
- がん治療剤のスクリーニング方法であって、下記の工程を含む、方法：
（1）EPHB1のキナーゼドメインを含みかつキナーゼ活性を有するATG3-EPHB1融合ポリペプチド、TNIKのキナーゼドメインならびにRNF123のSPRYドメインおよびRINGフィンガードメインを含みかつキナーゼ活性を有するTNIK-RNF123融合ポリペプチド、またはSLC12A2のAA_permease_N super familyドメインおよびNRG2のニューレギュリンファミリー保存領域を含みかつ細胞内情報伝達を亢進する活性を有するSLC12A2-NRG2融合ポリペプチドを発現している細胞に被験物質を接触させる工程；
（2）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性が抑制されるか否かを決定する工程；ならびに
（3）前記融合ポリペプチドの発現および／または活性を抑制すると決定された物質をがん治療剤として選択する工程。
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