JPWO2013133402A1 - 核酸中の一塩基多型の検出方法 - Google Patents
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Abstract
Description
ナフチリジン環含有化合物 + DNA ⇔ ナフチリジン環含有化合物・DNA
という平衡が存在しているため、PCR時には過剰のナフチリジン環含有化合物を要することになる。そのため、バルジ構造に非結合のナフチリジン環含有化合物の蛍光がバックグランドとして検出されるため、検出感度を下げるという問題があった。
〔1〕 (A)i)少なくとも一つの一塩基多型を含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、又は
ii)少なくとも一つの一塩基多型を含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ
と、
(B)前記評価対象核酸と、
を混合し、
前記核酸プローブと評価対象核酸とがハイブリダイズした際に前記シトシンバルジ又はチミンバルジが消失することによる2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物に基づくシグナルを検出し、
前記一塩基多型を評価することを特徴とする、核酸中の一塩基多型の検出方法。
〔2〕 i’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に野生型ヌクレオチドを含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、及び
ii’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に野生型ヌクレオチドを含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、
及び、
i’’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に変異型ヌクレオチドを含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、
ii’’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に変異型ヌクレオチドを含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、
を含有してなる、前記〔1〕記載の核酸中の一塩基多型の検出方法に用いるためのキット。
i)少なくとも一つの一塩基多型を含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が導入されてなる核酸プローブ、
ii)少なくとも一つの一塩基多型を含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ
5' - ATCATGCTTTTGCCATGAT - 3'(配列番号1)
に示すような配列が挙げられる。かかる配列において、例えば、5’末端から5番目のTに後述の2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化され、3’末端から6番目のCがバルジ構造を形成する。
で表される化合物が挙げられる。
で表される化合物、下記式(IV):
で表される化合物等が挙げられる。
1)一塩基多型存在位置に野生型ヌクレオチドを含む野生型評価対象核酸と、該野生型評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ、
2)一塩基多型存在位置に変異型ヌクレオチドを含む変異型評価対象核酸と、該変異型評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ、
3)前記野生型評価対象核酸と、前記変異型評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ、及び
4)前記変異型評価対象核酸と、前記野生型評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ、
のそれぞれをハイブリダイズさせた際の2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物に基づくシグナルに基づき、評価対象核酸における一塩基多型を同定する。
i’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に野生型ヌクレオチドを含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、及び
ii’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に野生型ヌクレオチドを含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、
及び
i’’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に変異型ヌクレオチドを含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、及び
ii’’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に変異型ヌクレオチドを含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、
を含有する。
シトシンバルジ、チミンバルジ、グアニンバルジ、又はアデニンバルジを有する塩基配列にDANPを結合させた塩基配列の蛍光強度を測定した。
(template) xcD1: 5' -TCCATGCAAC- 3'(配列番号2)
(C bulge) cD1-1: 5' -GTTGCCATGGA- 3'(配列番号3)
(A bulge) cD1-3: 5' -GTTGACATGGA- 3'(配列番号4)
(G bulge) cD1-4: 5' -GTTGGCATGGA- 3'(配列番号5)
(T bulge) cD1-5: 5' -GTTGTCATGGA- 3'(配列番号6)
特開2004−262827号公報に記載の方法により、アミノ基をBoc保護したN,N’−ビス−3−アミノプロピル−2,7−ジアミノ−1,8−ナフチリジンを合成した後、4N HCl溶液を用い、脱保護してDANP塩酸塩を得た。得られたDANP塩酸塩は、ジメチルスルホキシドに溶解後、N,N−ジイソプロピルエチルアミンを用いて中和し、DANPの溶液を調製した(濃度0.1M)。
(primer 1): 5' -ATCATGCTTTTGCCATGATCAGGAAACAGCTATGAC- 3'(配列番号7)
得られた核酸プローブ(5’末端にシトシンバルジ構造を含んだへアピンタグを持つプライマー)(primer 1)を用いて、PCRを行った。具体的には、pUC18をテンプレートとして、Qiagen社のTaq PCR Master Mix、へアピンタグを持つセンスプライマー(primer 1)とへアピンタグを持たないアンチセンスプライマー〔M13M3(配列番号8)〕をそれぞれ最終濃度0.5μM、pUC18を加えPCR溶液を調製した。このPCR溶液を95℃ 1分加熱後、1サイクル95℃ 10秒、55℃ 30秒、72℃ 30秒の反応を40サイクル行った。途中5回毎にサンプルを採取し、蛍光強度(励起波長355nm、発光波長450nm)を測定した。その結果、PCRの進行に伴い、蛍光強度の増大が観測された(図7)。
(primer 1): 5' -ATCATGCTTTTGCCATGATCAGGAAACAGCTATGAC- 3'(配列番号7)
(M13M3): 5' -GTTGTAAAACGACGGCCAGT- 3'(配列番号8)
PCRの試験例1とテンプレートの量だけ変えてPCRを行い、5回毎の蛍光強度(励起波長355nm、発光波長450nm)をPCR回数に対してプロットしたグラフが図8である。この図8の蛍光強度380の時のテンプレート量を縦軸にとり、横軸にPCRサイクルをプロットしたものが図9となる。
PCRの試験例1において、テンプレートのSNPサイトがグアニンからチミンに変異したテンプレートを用いて試験例1と同様にしてPCRを行った。5回毎の蛍光強度(励起波長355nm、発光波長450nm)をPCR回数に対してプロットしたグラフが図10である。図10より、明らかにテンプレートがプライマーの3’末端とマッチの時と比べて蛍光強度の増大が小さく、このプライマーでSNP検出が可能である事が示唆される。
N,N’−ビス−3−アミノブチル−2,7−ジアミノ−1,8−ナフチリジン(式(V)で表される化合物)をDANPの合成方法を参照にして合成したものを用いて、DNA自動合成機を使って、核酸プローブの調製例1における配列番号7にて示される塩基配列において、DANPが結合したのと同じ位置に、式(V)で表される化合物を結合させた核酸プローブを調製した。次いで、PCRの試験例1と同様にして、PCR反応を行って蛍光強度を測定した。なお、PCRの試験例1におけるDANPの40サイクル後の蛍光強度増加量を100%とした場合の、相対蛍光強度を算出して示した(図11)。
配列表の配列番号2は、合成DNA(鋳型配列)の塩基配列である。
配列表の配列番号3は、合成DNA(シトシンバルジ)の塩基配列である。
配列表の配列番号4は、合成DNA(チミンバルジ)の塩基配列である。
配列表の配列番号5は、合成DNA(グアニンバルジ)の塩基配列である。
配列表の配列番号6は、合成DNA(アデニンバルジ)の塩基配列である。
配列表の配列番号7は、合成DNA(primer 1)の塩基配列である。
配列表の配列番号8は、合成DNA(M13M3)の塩基配列である。
Claims (5)
- (A)i)少なくとも一つの一塩基多型を含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、又は
ii)少なくとも一つの一塩基多型を含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ
と、
(B)前記評価対象核酸と、
を混合し、
前記核酸プローブと評価対象核酸とがハイブリダイズした際に前記シトシンバルジ又はチミンバルジが消失することによる2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物に基づくシグナルを検出し、
前記一塩基多型を評価することを特徴とする、核酸中の一塩基多型の検出方法。 - 下記1)〜4):
1)一塩基多型存在位置に野生型ヌクレオチドを含む野生型評価対象核酸と、該野生型評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ、
2)一塩基多型存在位置に変異型ヌクレオチドを含む変異型評価対象核酸と、該変異型評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ、
3)前記野生型評価対象核酸と、前記変異型評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ、及び
4)前記変異型評価対象核酸と、前記野生型評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能である核酸プローブ、
の少なくとも一つをハイブリダイズさせ、その際の2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物に基づくシグナルに基づき、評価対象核酸における一塩基多型を同定する、請求項1記載の検出方法。 - シグナルが蛍光である請求項1又は2記載の検出方法。
- i’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に野生型ヌクレオチドを含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、及び
ii’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に野生型ヌクレオチドを含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、
及び、
i’’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に変異型ヌクレオチドを含む評価対象核酸に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、
ii’’)少なくとも一つの一塩基多型を含み、該一塩基多型存在位置に変異型ヌクレオチドを含む評価対象核酸のアンチセンス鎖に対し相補的にハイブリダイズ可能な塩基配列を有し、該塩基配列の5’末端にシトシンバルジ又はチミンバルジを有するヘアピン構造の塩基配列が付加されたものであって、該シトシンバルジ又はチミンバルジの5’若しくは3’末端側に隣接した位置にグアニン残基が導入され、かつ、該シトシンバルジ又はチミンバルジに2,7−ジアミノナフチリジン誘導体化合物が固定化されてなる核酸プローブ、
を含有してなる、請求項1〜4いずれかに記載の核酸中の一塩基多型の検出方法に用いるためのキット。
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