JPWO2011068218A1 - 爪白癬の起因菌の同定用キットおよびその同定方法 - Google Patents
爪白癬の起因菌の同定用キットおよびその同定方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2011068218A1 JPWO2011068218A1 JP2011544341A JP2011544341A JPWO2011068218A1 JP WO2011068218 A1 JPWO2011068218 A1 JP WO2011068218A1 JP 2011544341 A JP2011544341 A JP 2011544341A JP 2011544341 A JP2011544341 A JP 2011544341A JP WO2011068218 A1 JPWO2011068218 A1 JP WO2011068218A1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- primer
- probe
- base sequence
- onychomycosis
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
配列番号2:5’−TCGCTGCGTTCTTCATCGA−3’
配列番号3:5’−SSCCCCATTCTTGTCTACMTYAC−3’
配列番号4:5’−AACGCTCAGACTGACAGCTCTTC−3’
配列番号6:5’−CGCGCTCCCCCTGC−3’
配列番号7:5’−TTYAACAAYGGATCTCT−3’
爪白癬の起因菌のリボゾーマルDNAのITS1領域の配列に特異的なプライマーセットおよびプローブを用いて、リアルタイムPCRを行い、菌種特異性を検討した。プライマーセットは、(1)配列番号1の塩基配列を有するプライマーと配列番号2の塩基配列を有するプライマーとからなるプライマーセット(dermaF/dermaR)、および、(2)配列番号3の塩基配列を有するプライマーと配列番号4の塩基配列を有するプライマーとからなるプライマーセット(dermaF2/dermaR2)の2種類を使用した。インターナルコントロール用プライマーセットとして、配列番号8の塩基配列を有するプライマーと配列番号9の塩基配列を有するプライマーとからなるプライマーセット(MS2−TM3−F/MS2−TM3−R)を使用した。プライマーは全てシグマアルドリッチジャパン株式会社より購入した。
dermaF: 5’-TAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCT-3’
dermaR: 5’-TCGCTGCGTTCTTCATCGA-3’
dermaF2: 5’-SSCCCCATTCTTGTCTACMTYAC-3’
dermaR2: 5’-AACGCTCAGACTGACAGCTCTTC-3’
MS2-TM3-F: 5’- GGCTGCTCGCGGATACCC-3’
MS2-TM3-R: 5’-TGAGGGAATGTGGGAACCG -3’
TME-ITS1F: 5’-[FAM]-CTCTCTTTAGTGGCTAAAC-[NFQ-MGB]-3’
TRU-ITS1V: 5’- [VIC]CGCGCTCCCCCTGC-[NFQ-MGB]-3’
FU-ITS1N: 5’- [NED]TTYAACAAYGGATCTCT-[NFQ-MGB]-3’
MS2-TM2-Cy5: 5’-[Cy5]-ACCTCGGGTTTCCGTCTTGCTCGT-[BHQ3]-3’
水 357 μL
プライマー(30μM)×4 6.5 μL×4
ROX Reference Dye II 20 μL
プローブ(〜15)μM)×4 20 μL×4
Premix 500 μL
合計 950 μL
爪白癬の起因菌のリボゾーマルDNAのITS1領域の配列に特異的なプライマーセットおよびプローブを用いて、本発明の同定方法の検出感度を検討した。ポジティブコントロールとして、インビトロジェン社TOPO TA Cloning Kitに付属するpCR2.1ベクターに、Trichophyton rubrum、Trichophyton mentagrophytes、およびAspergillus fumigatusのITS1領域をクローニングしたものを使用した。鋳型濃度を希釈して検出感度の下限を調べた。
爪真菌症未治療の皮膚科患者に熟練した医師により直接鏡検を行い、感染の有無を確認した。感染が確認された患者の爪に対してエタノール消毒後、爪の遠位側を爪切りまたはニッパーで切り取り採取した。採取した爪をビーズショッカー(多検体細胞破砕機)(安井器械株式会社)で粉砕し、糸状菌バッファー(200mM Tris−HCl,pH 8.0,25mM EDTA,0.5%SDS,250mM NaCl)中で100℃10分間煮沸後、フェノール/クロロホルム抽出し、次いでエタノール沈澱してDNAを抽出した。DNAを50μLの超純水に溶解して保存した。得られたDNA含有液25μLを鋳型DNAサンプルとし、既知の濃度のポジティブコントロールと共に、実施例1の方法と同様にリアルタイムPCRを行った。
Claims (4)
- プライマーセットおよびプローブを含み、リアルタイムPCR法を用いて爪白癬の起因菌を同定するための同定用キットであって、
前記プライマーセットが、配列番号1の塩基配列を有するプライマーと配列番号2の塩基配列を有するプライマーとからなるプライマーセット、および、配列番号3の塩基配列を有するプライマーと配列番号4の塩基配列を有するプライマーとからなるプライマーセットからなる群より選択される少なくとも一つであり、
前記プローブが、配列番号5の塩基配列を有するプローブ、および、配列番号6の塩基配列を有するプローブからなる群より選択される少なくとも一つである、爪白癬の起因菌の同定用キット。 - 被検者より採取した爪から全DNAを抽出する工程と、
爪白癬の起因菌のリボゾーマルDNAのITS1領域に特異的な、プライマーセットおよびプローブを用意する工程と、
リアルタイムPCR法を用いて、前記プライマーセットによって前記抽出した全DNAにおける爪白癬の起因菌のリボゾーマルDNAのITS1領域を増幅すると同時に、前記プローブによって前記増幅したDNAを検出し、菌種を同定する工程と
を含む、爪白癬の起因菌の同定方法。 - 前記プライマーセットが、配列番号1の塩基配列を有するプライマーと配列番号2の塩基配列を有するプライマーとからなるプライマーセット、および、配列番号3の塩基配列を有するプライマーと配列番号4の塩基配列を有するプライマーとからなるプライマーセットからなる群より選択される少なくとも一つである、請求項2記載の爪白癬の起因菌の同定方法。
- 前記プローブが、配列番号5の塩基配列を有するプローブ、および、配列番号6の塩基配列を有するプローブからなる群より選択される少なくとも一つである、請求項2または3記載の爪白癬の起因菌の同定方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2009276711 | 2009-12-04 | ||
JP2009276711 | 2009-12-04 | ||
PCT/JP2010/071727 WO2011068218A1 (ja) | 2009-12-04 | 2010-12-03 | 爪白癬の起因菌の同定用キットおよびその同定方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2011068218A1 true JPWO2011068218A1 (ja) | 2013-04-18 |
JP5992685B2 JP5992685B2 (ja) | 2016-09-14 |
Family
ID=44115063
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011544341A Active JP5992685B2 (ja) | 2009-12-04 | 2010-12-03 | 爪白癬の起因菌の同定用キットおよびその同定方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20120309005A1 (ja) |
EP (1) | EP2508617B1 (ja) |
JP (1) | JP5992685B2 (ja) |
ES (1) | ES2542205T3 (ja) |
WO (1) | WO2011068218A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2018060451A1 (en) * | 2016-09-30 | 2018-04-05 | Universität Zürich | Primers and probes for diagnosis of dermatophyte infection |
CN108004337B (zh) * | 2017-12-18 | 2020-07-31 | 中国人民解放军军事医学科学院微生物流行病研究所 | 检测新型隐球菌的成套试剂 |
JP7176682B2 (ja) * | 2018-02-22 | 2022-11-22 | 佐藤製薬株式会社 | 白癬菌の遺伝子をlamp法により検出するためのプライマーセット及びそれを含むキット並びにそれらを用いて白癬菌を検出する方法 |
CN111206114B (zh) * | 2020-03-03 | 2023-10-03 | 杭州缔蓝生物技术有限公司 | 九种皮肤癣菌的荧光pcr检测用引物及试剂盒 |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006133701A2 (en) * | 2005-06-14 | 2006-12-21 | Statens Serum Institut | Pcr diagnostics of dermatophytes and other pathogenic fungi |
JP4936278B2 (ja) | 2006-09-12 | 2012-05-23 | 良治 坪井 | 爪真菌症の診断法 |
JP5317430B2 (ja) * | 2007-05-14 | 2013-10-16 | キヤノン株式会社 | プローブセット、プローブ担体、及び真菌の判別同定方法 |
-
2010
- 2010-12-03 EP EP10834668.5A patent/EP2508617B1/en active Active
- 2010-12-03 JP JP2011544341A patent/JP5992685B2/ja active Active
- 2010-12-03 US US13/513,300 patent/US20120309005A1/en not_active Abandoned
- 2010-12-03 WO PCT/JP2010/071727 patent/WO2011068218A1/ja active Application Filing
- 2010-12-03 ES ES10834668.5T patent/ES2542205T3/es active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP2508617A4 (en) | 2013-05-22 |
US20120309005A1 (en) | 2012-12-06 |
EP2508617B1 (en) | 2015-06-24 |
WO2011068218A1 (ja) | 2011-06-09 |
JP5992685B2 (ja) | 2016-09-14 |
ES2542205T3 (es) | 2015-08-03 |
EP2508617A1 (en) | 2012-10-10 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Paugam et al. | Comparison of real-time PCR with conventional methods to detect dermatophytes in samples from patients with suspected dermatophytosis | |
Miyajima et al. | Rapid real-time diagnostic PCR for Trichophyton rubrum and Trichophyton mentagrophytes in patients with tinea unguium and tinea pedis using specific fluorescent probes | |
JP2004201641A (ja) | 真菌検出方法 | |
Dhib et al. | Evaluation of Chitine synthase (CHS1) polymerase chain reaction assay in diagnosis of dermatophyte onychomycosis | |
CN112063747B (zh) | 一种基于荧光pcr技术快速高效检测耳念珠菌用引物探针组、试剂盒及其应用 | |
JP5992685B2 (ja) | 爪白癬の起因菌の同定用キットおよびその同定方法 | |
JP4936278B2 (ja) | 爪真菌症の診断法 | |
US20210087641A1 (en) | Method for determining dermatophytes | |
US11414713B2 (en) | Methods of screening for onychomycotic fungi | |
Zouhar et al. | Quantification of Tilletia caries and Tilletia controversa mycelium in wheat apical meristem by real-time PCR. | |
CN110819709A (zh) | 用于荧光定量pcr检测cyp2c9和vkorc1基因多态性的方法 | |
Wang et al. | Performance of the Real Fungus‐ID kit based on multiplex RT‐PCR assay for the rapid detection and identification of Trichophyton spp. and Microsporum spp. in clinical specimens with suspected dermatophyte infection | |
JP5799007B2 (ja) | 高精度な白癬菌の検出法 | |
US11560602B2 (en) | Primer set for detecting trichophyton gene by lamp method, kit including same, and method for detecting trichophyton using same | |
JP5746021B2 (ja) | 真菌および酵母種の同定用診断標的としてのeIF2γ遺伝子 | |
Tomoyuki et al. | Quantification of dermatophyte viability for evaluation of antifungal effect by quantitative PCR | |
KR20130142220A (ko) | 원-튜브 네스티드 실시간 피시알을 이용한 개선된 결핵균 진단방법 | |
CN115181803A (zh) | 检测多子小瓜虫的Taqman探针qPCR检测引物组和应用 | |
Seo et al. | Rapid and specific detection of Trichophyton rubrum and Trichophyton mentagrophytes using a loop-mediated isothermal amplification assay | |
KR102546048B1 (ko) | 진균 감염 검출용 조성물 및 이를 이용한 검출방법 | |
US20230323432A1 (en) | Assay for detecting point mutations | |
US20220403448A1 (en) | Primer, probe and kit for tuberculosis diagnosis using urine sample, and uses thereof | |
Jin et al. | Evaluation of a PCR-reverse blot hybridization assay to identify six dermatophytes predominant in the Republic of Korea | |
CN114908085A (zh) | 根霉菌pcr检测的引物、探针及其试剂盒 | |
JP2006280273A (ja) | 新規ポリヌクレオチド、それを用いた深在性輸入真菌症原因菌ヒストプラズマ属菌(Histoplasma属菌には、Histoplasmacapsulatumvar.capsulatum,Histoplasmacapsulatumvar.farciminosum,Histoplasmacapsulatumvar.duboisiiと有性世代の菌名であるEmmonsiellacapsulataを含む)の検出用マーカ、プローブ、プライマー、検出方法およびキット |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20130423 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20140819 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20141001 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20150303 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150409 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20150507 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20150626 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20160818 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5992685 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |