JPWO2009048027A1 - 免疫関連遺伝子の多型の検出用プローブおよびその用途 - Google Patents
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Abstract
Description
(A)配列番号1における193番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって13〜21塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(B)配列番号2における191番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって15〜24塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(C)配列番号3における311番目のグアニンを一塩基目として5’方向に向かって16〜21塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを5’末端とするオリゴヌクレオチド
(D)配列番号4における391番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって16〜22塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(E)配列番号5における426番目のグアニンを一塩基目として5’方向に向かって15〜24塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを5’末端とするオリゴヌクレオチド
(F)配列番号6における165番目のシトシンを一塩基目として3’方向に向かって16〜27塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシンを5’末端とするオリゴヌクレオチド
(G)配列番号7における394番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって12〜16塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(H)配列番号300における393番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって15〜22塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(1)前記多型を検出する被検核酸と、本発明の多型検出用プローブとを含む反応系を準備する工程
(2)前記反応系の温度を変化させ、前記被検核酸と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
(3)温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記被検核酸における前記多型を決定する工程
本発明の多型検出用プローブは、前述のように、免疫関連遺伝子の多型を検出するためのプローブであって、下記(A)〜(H)からなる群から選択された少なくとも一つのオリゴヌクレオチドからなることを特徴とする。なお、後述するように、本発明の多型検出プローブは、例えば、以下の各種オリゴヌクレオチド以外に、例えば、標識化物質等を有してもよい。
下記(A)のオリゴヌクレオチドからなるプローブは、免疫関連遺伝子であるFCGR3A遺伝子の多型を検出するためのプローブである。以下、このプローブを「FCGR3Aプローブ」という。
(A)配列番号1における193番目のグアニン(g)を一塩基目として3’方向に向かって13〜21塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
下記(B)のオリゴヌクレオチドからなるプローブは、免疫関連遺伝子であるFCGR2A遺伝子の多型を検出するためのプローブである。以下、このプローブを「FCGR2Aプローブ」という。
(B)配列番号2における191番目のグアニン(g)を一塩基目として3’方向に向かって15〜24塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
下記(C)のオリゴヌクレオチドからなるプローブは、免疫関連遺伝子であるIL−10遺伝子の592番目の部位における多型を検出するためのプローブである。以下、このプローブを「IL−10(−592)プローブ」という。
(C)配列番号3における311番目のグアニン(G)を一塩基目として5’方向に向かって16〜21塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシン(C)を5’末端とするオリゴヌクレオチド
下記(D)のオリゴヌクレオチドからなるプローブは、免疫関連遺伝子であるIL−10遺伝子の819番目の部位における多型を検出するためのプローブである。以下、このプローブを「IL−10(−819)プローブ」という。
(D)配列番号4における391番目のグアニン(G)を一塩基目として3’方向に向かって16〜22塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシン(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
下記(E)のオリゴヌクレオチドからなるプローブは、免疫関連遺伝子であるIL−10遺伝子の1082番目の部位における多型を検出するためのプローブである。以下、このプローブを「IL−10(−1082)プローブ」という。
(E)配列番号5における426番目のグアニン(G)を一塩基目として5’方向に向かって15〜24塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシン(C)を5’末端とするオリゴヌクレオチド
下記(F)のオリゴヌクレオチドからなるプローブは、免疫関連遺伝子であるIL−10遺伝子の3575番目の部位における多型を検出するためのプローブである。以下、このプローブを「IL−10(−3575)プローブ」という。
(F)配列番号6における165番目のシトシン(C)を一塩基目として3’方向に向かって16〜27塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン(C)を5’末端とするオリゴヌクレオチド
下記(G)のオリゴヌクレオチドからなるプローブは、免疫関連遺伝子であるTNFα遺伝子の多型を検出するためのプローブである。以下、このプローブを「TNFα(−308)プローブまたはTNFαプローブ」という。
(G)配列番号7における394番目のグアニン(G)を一塩基目として3’方向に向かって12〜16塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシン(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
下記(H)のオリゴヌクレオチドからなるプローブは、免疫関連遺伝子であるTNFβ遺伝子の多型を検出するためのプローブである。以下、このプローブを「TNFβ(+252)プローブまたはTNFβプローブ」という。
(H)配列番号300における393番目のグアニン(G)を一塩基目として3’方向に向かって15〜22塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシン(C)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
本発明の多型検出方法は、前述のように、免疫関連遺伝子の多型の検出方法であって、下記(1)〜(3)工程を含むことを特徴とする。なお、本発明の多型検出方法は、本発明のプローブを使用することが特徴であって、その他の構成や条件等は、以下の記載に制限されない。
(1)前記多型を検出する被検核酸と、本発明の多型検出用プローブとを含む反応系を準備する工程
(2)前記反応系の温度を変化させ、前記被検核酸と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
(3)温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記被検核酸における前記多型を決定する工程
(1)FCGR3AプローブとIL−10(−819)プローブとの組み合わせ、好ましくは、配列番号14の配列を含むプローブと配列番号36の配列を含むプローブとの組み合わせ
(2)FCGR2AプローブとIL−10(−592)プローブとTNFα(−308)プローブとの組み合わせ、好ましくは、配列番号23の配列を含むプローブと配列番号30の配列を含むプローブと配列番号64の配列を含むプローブ
(3)IL−10(−1082)プローブとIL−10(−3575)プローブとの組み合わせ、好ましくは、配列番号47の配列を含むプローブと配列番号57の配列を含むプライマーとの組み合わせ
(4)IL−10(−592)プローブとIL−10(−1082)プローブとの組み合わせ、好ましくは、配列番号30の配列を含むプローブと配列番号47の配列を含むプローブとの組み合わせ
後者の場合、前記(1)工程は、下記(1a)工程を含むことが好ましい。
(1a)前記プローブを含む反応系において、核酸増幅法により、鋳型核酸から前記被検核酸となる増幅産物を生成する工程
FCGR3A多型の検出において、プライマーセットとしては、例えば、下記(F1)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R1)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセット(a)があげられる。
(F1)配列番号1の塩基配列における173番目のシトシン(c)を一塩基目として5’方向に向かって27〜46塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R1)配列番号1の塩基配列における307番目のアデニン(a)を1塩基目として3’方向に向かって23〜29塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記307番目のアデニン(a)に相補的なチミン(t)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
FCGR2A多型の検出において、プライマーセットとしては、例えば、下記(F2)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R2)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセット(b)があげられる。
下記(F2)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R2)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセット
(F2) 配列番号2の塩基配列における189番目のグアニン(g)を一塩基目として5’方向に向かって23〜38塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニン(g)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R2) 配列番号2の塩基配列における206番目のグアニン(g)を1塩基目として3’方向に向かって31〜48塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレ−オチドであって、前記206番目のグアニン(g)に相補的なシトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
IL−10(−592)多型の検出において、プライマーセットとしては、例えば、下記(F3)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R3)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセット(c)があげられる。
(F3)配列番号3の塩基配列における291番目のシトシン(c)を一塩基目として5’方向に向かって23〜41塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R3) 配列番号3の塩基配列における311番目のグアニン(g)を1塩基目として3’方向に向かって27〜41塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記311番目のグアニン(g)に相補的なシトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
IL−10(−819)多型の検出において、プライマーセットとしては、例えば、下記(F4)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R4)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセット(d)があげられる。
(F4)配列番号4の塩基配列における351番目のグアニン(g)を一塩基目として5’方向に向かって24〜39塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニン(g)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R4)配列番号4の塩基配列における420番目のグアニン(g)を1塩基目として3’方向に向かって29〜46塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記420番目のグアニン(g)に相補的なシトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
IL−10(−1082)多型の検出において、プライマーセットとしては、例えば、下記(F5)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R5)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセット(e)があげられる。
(F5)配列番号5の塩基配列における329番目のシトシン(c)を一塩基目として5’方向に向かって22〜32塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R5)配列番号5の塩基配列における447番目のグアニン(g)を1塩基目として3’方向に向かって23〜39塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記447番目のグアニン(g)に相補的なシトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
IL−10(−3575)多型の検出において、プライマーセットとしては、例えば、下記(F6)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R6)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセットがあげられる。
(F6)配列番号6の塩基配列における139番目のシトシン(c)を一塩基目として5’方向に向かって25〜42塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R6)配列番号6の塩基配列における223番目のグアニン(g)を1塩基目として3’方向に向かって19〜33塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記223番目のグアニン(g)に相補的なシトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
TNFα多型の検出において、プライマーセットとしては、例えば、下記(F7)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R7)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセットがあげられる。
(F7)配列番号7の塩基配列における386番目のグアニン(g)を一塩基目として5’方向に向かって26〜41塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニン(g)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R7)配列番号7の塩基配列における418番目のシトシン(c)を1塩基目として3’方向に向かって24〜40塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記418番目のシトシン(c)に相補的なグアニン(g)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
TNFβ多型の検出において、プライマーセットとしては、例えば、下記(F8)のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記(R8)のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含むプライマーセットがあげられる。
(F8)配列番号300の塩基配列における350番目のシトシン(c)を一塩基目として5’方向に向かって18〜37塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
(R8)配列番号300の塩基配列における443番目のグアニン(g)を1塩基目として3’方向に向かって17〜37塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記443番目のグアニン(g)に相補的なシトシン(c)を3’末端とするオリゴヌクレオチド
本発明の多型検出用試薬は、免疫関連遺伝子の多型を検出するための多型検出用試薬であって、本発明の多型検出用プローブを含むことを特徴とする。本発明においては、前述の本発明の多型検出用プローブを含むことが特徴であって、その他の構成や条件は何ら制限されない。なお、本発明の多型検出用試薬は、例えば、免疫関連遺伝子の多型の検出に使用するプローブキットともいえる。
FCGR3A多型およびIL−10(−819)多型の検出
本発明のプローブを使用して、Tm解析により、FCGR3A多型およびIL−10(−819)多型を検出した。
サンプル1 T/T C/C
サンプル2 G/T T/C
サンプル3 T/T T/T
10mmol/L Tris−HCl
0.1mmol/L) EDTA
0.05% NaN3
0.3% SDS
(検体希釈液2)
10mmol/L Tris−HCl
0.1mmol/L EDTA
0.05% NaN3
5’−tcccaaAaagccccc-(BODIPY FL)−3’
FCGR3A Fプライマー(配列番号77)
5’−tctgacttctacattccaaaagccacactcaaagac−3’
FCGR3A Rプライマー(配列番号97)
5’−ctcctcccaactcaacttcccagtgtgat−3’
IL−10(−819)プローブ(配列番号36)
5’−acagagatGttacatcacc-(TAMRA)−3’
IL−10(−819) Fプライマー(配列番号182)
5’−tgctggagatggtgtacagtagggtgagg−3’
IL−10(−819) Rプライマー(配列番号198)
5’−caccatgacccctaccgtctctattttatagtgagc−3’
FCGR2A多型、IL−10(−592)多型およびTNFα多型の検出
本発明のプローブを使用して、Tm解析により、FCGR2A多型、IL−10(−592)多型およびTNFα(−308)多型を検出した。
サンプル1 C/T C/A G/G
サンプル2 − − A/A
5’−(Pacific Blue)-cttcctacagTacaggcg-P−3’
IL−10(−592)Fプライマー(配列番号148)
5’−ggtaaaggagcctggaacacatcctgtgac−3’
IL−10(−592)Rプライマー(配列番号167)
5’−agcccttccattttactttccagagactggc−3’
FCGR2Aプローブ(配列番号23)
5’−ttctcccAtttggatccc-(BODIPY FL)−3’
FCGR2A Fプライマー(配列番号132)
5’−ctgtggtttgcttgtgggatggagaagg−3’
FCGR2A Rプライマー(配列番号38)
5’−aggtcacattcttccagaatggaaaatcccagaaattc−3’
TNFα(−308)プローブ(配列番号64)
5’−ccgtccCcatgccc-(TAMRA)−3’
TNFα(−308)Fプライマー(配列番号277)
5’−cctggtccccaaaagaaatggaggcaatagg−3’
TNFα(−308)Rプライマー(配列番号293)
5’−ccactgactgatttgtgtgtaggaccctgg−3’
IL−10(−1082)多型およびIL−10(−3575)多型の検出
本発明のプローブを使用して、Tm解析により、IL−10(−1082)多型およびIL−10(−3575)多型を検出した。
(−1082)多型 (−3575)多型
サンプル1 A/A T/T
サンプル2 A/G T/T
サンプル3 − A/A
5’−(BODIPY FL)-ccctacttccccCtccc-P−3’
IL−10(−1082)Fプライマー(配列番号213)
5’−ccgcaacccaactggctctccttac−3’
IL−10(−1082)Rプライマー(配列番号227)
5’−ggattccatggaggctggataggaggtcc−3’
IL−10(−3575)プローブ(配列番号57)
5’−(TAMRA)-cccactggaaaaatTcattt-P−3’
IL−10(−3575)Fプライマー(配列番号244)
5’−ggatggaagaagagaggtattccccttcccac−3’
IL−10(−3575)Rプライマー(配列番号260)
5’−ccagtttgccctcaagcccagatgc−3’
Claims (23)
- 免疫関連遺伝子の多型を検出するためのプローブであって、
下記(A)〜(H)からなる群から選択された少なくとも一つのオリゴヌクレオチドからなることを特徴とする多型検出用プローブ。
(A)配列番号1における193番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって13〜21塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(B)配列番号2における191番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって15〜24塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(C)配列番号3における311番目のグアニンを一塩基目として5’方向に向かって16〜21塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを5’末端とするオリゴヌクレオチド
(D)配列番号4における391番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって16〜22塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(E)配列番号5における426番目のグアニンを一塩基目として5’方向に向かって15〜24塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを5’末端とするオリゴヌクレオチド
(F)配列番号6における165番目のシトシンを一塩基目として3’方向に向かって16〜27塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシンを5’末端とするオリゴヌクレオチド
(G)配列番号7における394番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって12〜16塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド
(H)配列番号300における393番目のグアニンを一塩基目として3’方向に向かって15〜22塩基目までの領域に相補的な少なくとも一つのオリゴヌクレオチドであって、前記グアニンに相補的なシトシンを3’末端とするオリゴヌクレオチド - 前記(A)〜(H)のオリゴヌクレオチドが、それぞれ下記(A1)〜(H1)のオリゴヌクレオチドである、請求の範囲1記載の多型検出用プローブ。
(A1)配列番号14の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(B1)配列番号23の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(C1)配列番号30の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(D1)配列番号36の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(E1)配列番号47の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(F1)配列番号57の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(G1)配列番号64の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
(H1)配列番号306または配列番号307の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド - 前記プローブが、免疫関連遺伝子であるFCGR3A遺伝子の多型を検出するための、前記(A)のオリゴヌクレオチドからなるプローブである、請求の範囲1記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、免疫関連遺伝子であるFCGR2A遺伝子の多型を検出するための、前記(B)のオリゴヌクレオチドからなるプローブである、請求の範囲1記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、免疫関連遺伝子であるIL−10遺伝子の多型を検出するための、前記(C)、(D)、(E)および(F)からなる群から選択された少なくとも一つのオリゴヌクレオチドからなるプローブである、請求の範囲1記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、免疫関連遺伝子であるTNFα遺伝子の多型を検出するための、前記(G)のオリゴヌクレオチドからなるプローブである、請求の範囲1記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、免疫関連遺伝子であるTNFβ遺伝子の多型を検出するための、前記(H)のオリゴヌクレオチドからなるプローブである、請求の範囲1記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、前記オリゴヌクレオチドに標識化物質が結合した標識化プローブである、請求の範囲1記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、単独でシグナルを示し且つハイブリッド形成によりシグナルを示さない標識化プローブ、または、単独でシグナルを示さず且つハイブリッド形成によりシグナルを示す標識化プローブである、請求の範囲8記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、前記オリゴヌクレオチドに前記標識化物質として蛍光色素が結合した標識化プローブであり、単独で蛍光を示し且つハイブリッド形成により蛍光が減少するプローブである、請求の範囲8記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、前記オリゴヌクレオチドにおけるシトシンを有する末端ヌクレオチド残基に前記標識化物質が結合した標識化プローブである、請求の範囲8記載の多型検出用プローブ。
- 前記プローブが、Tm解析用のプローブである、請求の範囲1記載の多型検出用プローブ。
- 免疫関連遺伝子の多型を検出するための多型検出用試薬であって、
請求の範囲1記載の多型検出用プローブを含むことを特徴とする多型検出用試薬。 - 請求の範囲1記載の前記プローブを二種類以上含む、請求の範囲13記載の多型検出用試薬。
- FCGR3A遺伝子の多型を検出するための前記(A)のオリゴヌクレオチドからなるプローブ、およびIL−10遺伝子の多型を検出するための前記(D)のオリゴヌクレオチドからなるプローブを含む、請求の範囲14記載の多型検出用試薬。
- FCGR2A遺伝子の多型を検出するための前記(B)のオリゴヌクレオチドからなるプローブ、IL−10遺伝子の多型を検出するための前記(C)のオリゴヌクレオチドからなるプローブ、およびTNFα遺伝子の多型を検出するための前記(G)のオリゴヌクレオチドからなるプローブを含む、請求の範囲14記載の多型検出用試薬。
- IL−10遺伝子の多型を検出するための前記(E)のオリゴヌクレオチドからなるプローブ、および前記(F)のオリゴヌクレオチドからなるプローブを含む、請求の範囲14記載の多型検出用試薬。
- さらに、前記免疫関連遺伝子における検出目的の多型を含む配列を増幅するためのプライマーを含む、請求の範囲13記載の多型検出用試薬。
- 前記プローブおよびプライマーの組み合わせが、前記オリゴヌクレオチド(A)からなるプローブおよび下記プライマーセット(a)の組み合わせ、前記オリゴヌクレオチド(B)からなるプローブおよび下記プライマーセット(b)の組み合わせ、前記オリゴヌクレオチド(C)からなるプローブおよび下記プライマーセット(c)の組み合わせ、前記オリゴヌクレオチド(D)からなるプローブおよび下記プライマーセット(d)の組み合わせ、前記オリゴヌクレオチド(E)からなるプローブおよび下記プライマーセット(e)の組み合わせ、前記オリゴヌクレオチド(F)からなるプローブおよび下記プライマーセット(f)の組み合わせ、前記オリゴヌクレオチド(G)からなるプローブおよびプライマーセット(g)の組み合わせ、ならびに、前記オリゴヌクレオチド(H)からなるプローブおよび下記プライマーセット(h)の組み合わせからなる群から選択された少なくとも一つの組み合わせである、請求の範囲18記載の多型検出用試薬。
プライマーセット(a)
配列番号67〜配列番号86からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号87〜配列番号103からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(b)
配列番号122〜配列番号137からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号104〜配列番号121からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(c)
配列番号138〜配列番号156からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号157〜配列番号171からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(d)
配列番号172〜配列番号187からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号188〜配列番号205からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(e)
配列番号206〜配列番号216からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号217〜配列番号233からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(f)
配列番号234〜配列番号251からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号252〜配列番号266からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(g)
配列番号267〜配列番号282からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号283〜配列番号299からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(h)
配列番号330〜配列番号349からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号309〜配列番号329からなる群から選択された少なくとも一つの塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット - 前記プライマーセット(a)〜(h)が、それぞれ下記プライマーセット(a1)〜(h1)である、請求の範囲19記載の多型検出用試薬。
プライマーセット(a1)
配列番号77の塩基配列からなるフォワードプライマー、および、配列番号97の塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(b1)
配列番号132の塩基配列からなるフォワードプライマー、および、配列番号114の塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(c1)
配列番号148の塩基配列からなるフォワードプライマー、および、配列番号167の塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(d1)
配列番号182の塩基配列からなるフォワードプライマー、および、配列番号198の塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(e1)
配列番号213の塩基配列からなるフォワードプライマー、および、配列番号227の塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(f1)
配列番号244の塩基配列からなるフォワードプライマー、および、配列番号260の塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(g1)
配列番号277の塩基配列からなるフォワードプライマー、および、配列番号293の塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット
プライマーセット(h1)
配列番号337の塩基配列からなるフォワードプライマー、および、配列番号312の塩基配列からなるリバースプライマーを含むプライマーセット - 免疫関連遺伝子の多型の検出方法であって、下記(1)〜(3)工程を含むことを特徴とする多型検出方法。
(1)前記多型を検出する被検核酸と、請求の範囲1記載の多型検出用プローブとを含む反応系を準備する工程
(2)前記反応系の温度を変化させ、前記被検核酸と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
(3)温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記被検核酸における前記多型を決定する工程 - 前記(1)工程が、下記(1a)工程を含む、請求の範囲21記載の多型検出方法。
(1a)前記プローブを含む反応系において、核酸増幅法により、鋳型核酸から前記被検核酸となる増幅産物を生成する工程 - 前記(1a)工程において、前記免疫関連遺伝子における検出目的の多型を含む配列を増幅するためのプライマーを使用する、請求の範囲22記載の多型検出方法。
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