JPWO2005083073A1 - Dnaエンザイムおよびその活性制御方法 - Google Patents
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Abstract
Description
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 94.4262-4266(1997) Journal of Japanese Society for Biomaterials 21.290-296(2003)
本発明のDNAエンザイムは、前記非特許文献1記載のDNAエンザイムの触媒活性ループの3’側の端に、平面構造を有するアゾベンゼン、スピロピラン、スチルベンおよびこれらの誘導体からなる群から選ばれるいずれかの有機基が結合されたヌクレオチド残基が導入され、化学修飾されたものである。かかるDNAエンザイムの塩基配列は触媒活性ループを除き、基質RNAと相補的な塩基である。ただし、RNAの塩基配列は、特に制限されるものではない。
「アゾベンゼン誘導体導入DNAエンザイムの合成」
以下のスキームにて合成を行った。
先ず、3−アミノ安息香酸VIIを酢酸に溶解させ、これにニトロソベンゼンの酢酸溶液を混合し、12時間室温で攪拌することで、3−フェニルアゾ安息香酸VIIIの粗生成物を得た。次に、得られた粗生成物をエタノールを用い、再結晶を行うことにより精製した。得られた3−フェニルアゾ安息香酸VIIIとD−トレオニノールをN,N−ジメチルホルムアミド(DMF)中で、ジシクロヘキシルカルボジイミドと1−ヒドロキシベンゾトリアゾールの存在下にて反応させることにより3−フェニルアゾ安息香酸VIIIとD−トレオニノールとがアミド結合によって結合された化合物IXの粗生成物を得た。
で表されるフルオレセインイソチオシアナート(FITC)を導入した。
5’−(FITC)−AGGAAGAAGCCCUUCAG−3’(配列番号7)
「RNA切断実験」
合成例1にて合成したDNAエンザイム(DNA−N:配列番号3、DNA−1A:配列番号4、DNA−1B:配列番号5、DNA−1C:配列番号6)を用いて、以下の手順に従ってRNA切断実験を行った。まず、DNAエンザイムの水溶液を4μL,基質RNAの水溶液4μL、更にバッファー水溶液4μLをマイクロチューブに採取し、室温で十分に攪拌・混合した。反応液中に含まれる各物質の最終濃度は以下の通りとなるように調製した。
DNAエンザイム:16μmol/L
基質RNA:1.6μmol/L
Tris−HCl:50mmol/L
塩化マグネシウム: 10mmol/L
塩化ナトリウム: 1mol/L
「RNA切断活性の光制御」
合成例1の方法に準拠して、DNAエンザイムを追加合成した。その塩基配列を下記の表3に示す。塩基配列中、下線の引かれた塩基配列は触媒活性ループを表す。
Claims (7)
- DNAエンザイムの触媒活性ループの3’側の端に、アゾベンゼン、スピロピラン、スチルベンおよびこれらの誘導体からなる群から選ばれるいずれかの有機基が結合されたヌクレオチド残基が導入されていることを特徴とするDNAエンザイム。
- 前記Xが次式(I)、(II)または(III)、
(上記式中、R1、R11、R21は夫々直接の結合;未置換もしくはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数1〜20のアルキレン基、または未置換もしくはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数2〜20のアルケニレン基であり、Qは直接の結合、酸素原子、−(CH2)n−NH−CO−基または−(CH2)n−CO−NH−基、但しn=1〜5であり、R2〜R10、R12〜R20、R22〜R30は夫々独立に、未置換またはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数1〜20のアルキル基もしくはアルコキシ基;未置換またはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数2〜20のアルケニル基もしくはアルキニル基;水酸基;ハロゲン原子;アミノ基;ニトロ基;またはカルボキシル基を表す)で表される請求項2記載のDNAエンザイム。 - DNAエンザイムのRNA切断活性を制御するにあたり、アゾベンゼン、スピロピラン、スチルベンおよびこれらの誘導体からなる群から選ばれるいずれかの有機基が結合されたヌクレオチド残基が導入されているDNAエンザイムに対し、特定波長の光を照射することにより該有機基を平面構造と非平面構造とに可逆的に構造異性化させることを特徴とするDNAエンザイムの活性制御方法。
- 前記ヌクレオチド残基の導入位置が触媒活性ループの3’側の端である請求項4記載のDNAエンザイムの活性制御方法。
- 前記Xが次式(IV)、(V)または(VI)、
(上記式中、R31、R41、R51は夫々直接の結合;未置換もしくはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数1〜20のアルキレン基、または未置換もしくはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数2〜20のアルケニレン基であり、Qは直接の結合、酸素原子、−(CH2)n−NH−CO−基または−(CH2)n−CO−NH−基、但しn=1〜5であり、R32〜R37、R39、R40、R42〜R47、R49、R50、R52〜R57、R59、R60は夫々独立に、未置換またはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数1〜20のアルキル基もしくはアルコキシ基;未置換またはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数2〜20のアルケニル基もしくはアルキニル基;水酸基;ハロゲン原子;アミノ基;ニトロ基;またはカルボキシル基であり、R38、R48、R58は、夫々独立に、未置換またはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数1〜20のアルキル基もしくはアルコキシ基;未置換またはハロゲン原子、水酸基、アミノ基、ニトロ基、カルボキシル基で置換された炭素原子数2〜20のアルケニル基もしくはアルキニル基;水酸基;またはハロゲン原子を表す)で表される請求項6記載のDNAエンザイムの活性制御方法。
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