JPWO2003083139A1 - アレルギー性疾患の検査方法 - Google Patents
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Abstract
複数の健常者とアレルギー性疾患の患者の血液を採取し、ディファレンシャルディスプレイ法により発現に差の見られる遺伝子を探索した結果、患者群で有意に発現量が上昇する遺伝子B1799を同定することに成功した。この遺伝子は、特にT細胞で発現が高く、T細胞の活性化により発現が上昇した。本発明者らは、この遺伝子をアレルギー性疾患の検査、およびアレルギー性疾患治療薬のスクリーニングに使用できることを見出した。
Description
技術分野
本発明は、アレルギー性疾患の検査方法およびアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法に関する。
背景技術
アトピー性皮膚炎等のアレルギー性疾患は、多因子性の病気(multifactorial diseases)と考えられている。これらの病気は多くの異なる遺伝子の発現の相互作用によって起こり、これらの個々の遺伝子の発現は、複数の環境要因によって影響を受ける。このため、特定の病気を起こす特定の遺伝子を解明することは、非常に困難である。またアレルギー性疾患には、変異や欠陥を有する遺伝子の発現、または特定の遺伝子の過剰発現や発現量の減少が関わっていると考えられている。病気に関して遺伝子発現が果たしている役割を解明するためには、遺伝子が発症にどのように関わり、薬剤などの外的な刺激が遺伝子発現をどのように変化させるのかを理解する必要がある。
現在アレルギー性疾患の診断においては、一般に、問診、家族歴、そして本人の既往症の確認が重要な要素となっている。またアレルギーをより客観的な情報に基づいて診断するために、血液を試料とする試験方法や、アレルゲンに対する患者の免疫学的な応答を観察する方法も実施されている。前者の例として、アレルゲン特異的IgE測定、白血球ヒスタミン遊離試験、あるいはリンパ球幼若化試験等が挙げられる。アレルゲン特異的IgEの存在は、そのアレルゲンに対するアレルギー反応の証明である。しかし患者によっては、必ずしもアレルゲン特異的なIgEを検出できるとは限らない場合もある。また、その測定原理上、診断に必要なアレルゲンの全てに対して試験を実施しなければならない。白血球ヒスタミン遊離試験やリンパ球幼若化試験は、免疫システムのアレルゲンに対する反応をin vitroで観察する方法である。これらの方法は、操作が煩雑である。
一方、患者を実際にアレルゲンに接触させたときに観察される免疫応答をアレルギーの診断に役立てる方法も公知である。プリック・テスト、スクラッチ・テスト、パッチ・テスト、皮内反応、あるいは誘発試験等が、この種の試験に含まれる。これらの試験方法は、患者のアレルギー反応を直接診断することができる反面、実際に被検者をアレルゲンに曝露する侵襲性を伴った検査である。
この他、アレルゲンに関わらず、アレルギー反応の関与を証明するための試験方法も試みられている。たとえば、血清IgE値が高値である場合、その患者にはアレルギー反応が起きていると推定することができる。血清IgE値は、アレルゲン特異IgEの総量に相当する情報である。アレルゲンの種類に関わらずIgEの総量を決定することは容易であるが、非アトピー型気管支炎等の疾患を持つ患者では、IgEが低値となる場合がある。
好酸球数とECP値は、I型アレルギーに引き続いて起きる遅延型反応や、アレルギー性炎症反応に関連する診断項目である。好酸球の数は、アレルギー症状の進展を反映するとされている。また、好酸球の顆粒に含まれる蛋白質であるECP(eosinophil cationic protein)も、喘息患者の発作に伴って強く活性化される。これらの診断項目は、確かにアレルギー症状を反映するものではある。しかし、実際に診断の指標とできる範囲は限られている。
したがって、患者に対する侵襲が少なく、しかも診断に必要な情報を容易に得ることができる、アレルギー性疾患のマーカーが提供されれば有用である。このようなマーカーは、アレルギー性疾患の発症に深く関与していると考えられるので、診断のみならず、アレルギー症状のコントロールにおいても、重要な標的となる可能性がある。
発明の開示
本発明は、アレルギー性疾患の検査を可能とする指標遺伝子を提供することを課題とする。さらに、本発明は該遺伝子の発現を指標とした、アレルギー性疾患の検査方法およびアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法を提供することを課題とする。
本発明者らは、既に確立された「蛍光DD(Fluorescent DD)法」(T.Itoら,1994,FEBS Lett.351:231−236)の手順に基づき、複数のヒトの血液から調製したT細胞RNAサンプルを解析できるDDシステムを開発した。本出願人は、このDDシステムを利用して、花粉症患者の末梢血の血液細胞において発現レベルが変化している次の遺伝子の単離に成功し、特許出願している。
また同様にしてディファレンシャルディスプレイ法によりアレルギー性疾患の患者末梢血T細胞と健常者の間で発現に差の見られる遺伝子を探索した結果,患者群で有意に発現量が上昇する遺伝子B1153を見出し特許出願した(WO02/50269)。
本発明者らは、このシステムをアレルギー性疾患特異的に発現量が異なる遺伝子の単離に応用した。すなわち、まず本発明者らは、健常者およびアレルギー性疾患(アトピー性皮膚炎患者およびアレルギー性喘息患者)の患者から血液を採取し、その血液からT細胞を分離して、前記システムを利用し、健常者群と患者群で発現量が変化する遺伝子のスクリーニングを行った。その結果、患者群において有意に高い発現量を示す遺伝子B1799の同定に成功した。単離されたこの遺伝子は、KIAA0603(GenBankアクセッションNo.AB011175)と同一の遺伝子であった。KIAA0603(GenBankアクセッションNo.AB011175)のマウスホモログについては、ゲノム配列情報と組織における発現データが示されている(Genomics 2002 Feb;79(2):154−61 Candidate genes required for embryonic development:a comparative analysis of distal mouse chromosome 14 and human chromosome 13q22.Kurihara LJ,Semenova E,Miller W,Ingram RS,Guan XJ,Tilghman SM.Howard Hughes Medical Institute and Department of Molecular Biology,Princeton University,Princeton,NewJersey 08544,USA.)。この報告においては、Endothelin B receptorをコードする近傍を配列決定し、マウスホモログはこの領域に含まれる複数の遺伝子の一つとして示されている。この領域を欠損するとマウスの胎生致死となる領域であり、それらの遺伝子がなんらかの関与をするかもしれないと判断している。免疫、アレルギーと関連した情報は含まれていない。
単離されたヒトB1799遺伝子は、1299アミノ酸残基からなる蛋白質をコードし、その蛋白質はGTPase activating proteinの特徴を有していることから、細胞の分化、細胞周期制御に関与することが示唆された。B1799遺伝子の発現は、健常者よりアトピー性皮膚炎患者での発現が高く、特に中等症患者での発現が高いことが判明した。様々なタイプの白血球において、この遺伝子の発現を調べたところ、特にT細胞での発現が高く、その中でもメモリーT細胞における発現が高かった(CD4+かつCD45RO+の表現形を示す細胞)。また、in vitro刺激実験の結果、本発明者らはT細胞の活性化細胞死の過程でB1799のmRNA発現が誘導されることを見出した。T細胞受容体からの刺激やカルシウムイオノフォア(イオノマイシン)の刺激などのT細胞が活性化される条件で、B1799のmRNA発現が誘導された。B1799遺伝子の発現とT細胞の活性化状態との相関は、この遺伝子のアレルギー性疾患への関与を裏付ける。そして本発明者らは、この遺伝子の発現量を指標として、アレルギー性疾患の検査、およびアレルギー性疾患治療薬候補化合物のスクリーニングを行うことが可能であることを見出し、本発明を完成した。
すなわち本発明は、アレルギー性疾患患者で高い発現を示す遺伝子B1799の発現を指標としたアレルギー性疾患の検査方法およびアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法に関する。より具体的には、以下のアレルギー性疾患検査方法、そのためのキット、並びにアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法に関する。
〔1〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の検査方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)被検者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程
(b)該発現レベルを、健常者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルと比較する工程
(c)該被検者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルの有意な上昇が観察された場合に被検者がアレルギー性疾患を有すると判定する工程
〔2〕アレルギー性疾患がアトピー性皮膚炎である、〔1〕に記載の検査方法、
〔3〕遺伝子の発現レベルを、cDNAのPCRによって測定する〔1〕に記載の検査方法、
〔4〕遺伝子の発現レベルを、該遺伝子によってコードされる蛋白質の検出によって測定する〔1〕に記載の検査方法、
〔5〕生体試料が末梢血T細胞を含む試料である〔1〕に記載の方法。
〔6〕B1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続する少なくとも15塩基の配列を含むポリヌクレオチドからなる、アレルギー性疾患検査用試薬、
〔7〕B1799遺伝子によってコードされるアミノ酸配列からなるポリペプチドに結合する抗体からなる、アレルギー性疾患検査用試薬、
〔8〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)該指標遺伝子を発現する細胞に候補化合物を接触させる工程
(b)該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
〔9〕細胞がT細胞である〔7〕に記載の方法、
〔10〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)被験動物に候補化合物を投与する工程、
(b)該被験動物の白血球における該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を投与しない対照と比較して該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
〔11〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)該指標遺伝子の転写調節領域の制御下に連結されたレポーター遺伝子を含む細胞に候補化合物を接触させる工程、
(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
〔12〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)該指標遺伝子またはそれと機能的に同等な遺伝子によってコードされる蛋白質と候補化合物とを接触させる工程、
(b)該蛋白質の活性を測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該蛋白質の活性を低下させる化合物を選択する工程
〔13〕〔8〕、〔10〕、〔11〕、および〔12〕のいずれかに記載のスクリーニング方法によって得ることができる化合物を主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬、
〔14〕指標遺伝子のセンス鎖の塩基配列の連続する少なくとも15塩基の配列に対して相補的な配列を含むアンチセンスDNAを主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である治療薬、
〔15〕指標遺伝子によってコードされる蛋白質に結合する抗体を主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である治療薬、
〔16〕T細胞における指標遺伝子またはそれと機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させたトランスジェニック非ヒト脊椎動物のアレルギー性疾患のモデル動物としての使用であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である使用、
〔17〕指標遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続する少なくとも15塩基の配列を含むポリヌクレオチド、および該指標遺伝子を発現する細胞を含む、アレルギー性疾患の治療薬をスクリーニングするためのキットであって、該指標遺伝子がB1799遺伝子であるキット、
〔18〕指標遺伝子によってコードされるアミノ酸配列からなるポリペプチドに結合する抗体、および該指標遺伝子を発現する細胞を含む、アレルギー性疾患の治療薬をスクリーニングするためのキットであって、該指標遺伝子がB1799遺伝子であるキット。
また本発明は、以下の(A)−(C)のいずれかに示す化合物を投与する工程を含む、アレルギー性疾患の治療方法に関する。あるいは本発明は、以下の(A)−(C)のいずれかに示す化合物のアレルギー性疾患の治療薬の製造における使用に関する。
(A)〔8〕、〔10〕、〔11〕、および〔12〕のいずれかに記載のスクリーニング方法によって得ることができる化合物
(B)B1799遺伝子のセンス鎖の塩基配列の連続する少なくとも15塩基の配列に対して相補的な配列を含むアンチセンスDNA
(C)B1799遺伝子によってコードされる蛋白質に結合する抗体
更に本発明は、非ヒト脊椎動物におけるT細胞のB1799またはB1799と機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させる工程を含む、アレルギー性疾患のモデル動物の製造方法に関する。あるいは本発明は、B1799またはB1799と機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させたトランスジェニック非ヒト脊椎動物のアレルギー性疾患のモデル動物としての使用に関する。
本発明は、被検者の白血球におけるB1799遺伝子の発現レベルを指標とする、アレルギー性疾患の検査方法に関する。本発明において、B1799遺伝子は、健常者群とアレルギー性疾患の患者群との比較において、患者群で高い発現を示すことが証明された。従って、B1799遺伝子の発現レベルを指標として、アレルギー性疾患の検査を行うことができる。本発明においてB1799遺伝子を、「指標遺伝子」と称する。本発明において、アレルギー性疾患(allergic disease)とはアレルギー反応の関与する疾患の総称である。より具体的には、アレルゲンが同定され、アレルゲンへの曝露と病変の発症に深い結びつきが証明され、その病変に免疫学的な機序が証明されることと定義することができる。ここで、免疫学的な機序とは、アレルゲンの刺激によって白血球が免疫応答を示すことを意味する。アレルゲンとしては、ダニ抗原や花粉抗原等を例示することができる。
代表的なアレルギー性疾患には、アトピー性皮膚炎、アレルギー性鼻炎、花粉症、気管支喘息、あるいは昆虫アレルギー等を示すことができる。アレルギー素因(allergic diathesis)とは、アレルギー性疾患を持つ親から子に伝えられる遺伝的な因子である。家族性に発症するアレルギー性疾患はアトピー性疾患とも呼ばれ、その原因となる遺伝的に伝えられる因子がアトピー素因である。喘息は、アレルギー性疾患のうち、特に呼吸器症状を伴う疾患に対して与えられた総称である。
本発明においてB1799遺伝子とは、本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子およびそれと同一の遺伝子座または他生物において相同の遺伝子座にある遺伝子を言う。例えば本発明においてB1799遺伝子は、本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子と同じまたは相同の遺伝子座にある任意の対立遺伝子が含まれる。本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子がコードする転写産物の塩基配列を配列番号:1に、この遺伝子がコードする蛋白質のアミノ酸配列を配列番号:2に示す。本発明においてB1799遺伝子には、具体的には、本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子(配列番号:1)、その多型(SNPを含む)、変異体、スプライシングバリアント、および他生物のホモログを含む。これらの遺伝子は、配列番号:1に記載のヒトB1799遺伝子と実質的に同一または類似の発現制御を受けていると考えられることから、それらの発現を検出することにより、本発明のアレルギー性疾患の検査を行うことが可能である。
具体的には、本発明においてB1799遺伝子は、以下の核酸からなる内在性遺伝子と実質的に同一の遺伝子である。内在性遺伝子とは、自然界の生物が元来保持している、人の手により改変されていない遺伝子を言い、それと同一の塩基配列からなる遺伝子は、内在性遺伝子と実質的に同一の遺伝子である。また「遺伝子」とは、ここでは転写産物またはそれをコードする核酸(DNAまたはRNAなど)を言う。
(a)配列番号:1に記載の塩基配列から選択された塩基配列を含む核酸。
(b)配列番号:1のコード配列の塩基配列において、1または複数の塩基が置換、欠失、および/または挿入した塩基配列を含む核酸。
(c)配列番号:2に記載のアミノ酸配列の連続した少なくとも15アミノ酸をコードする核酸。
(d)配列番号:2に記載のアミノ酸配列において、1または複数のアミノ酸が置換、欠失、および/または挿入したアミノ酸配列を含む蛋白質をコードする核酸。
(e)配列番号:1に記載の連続した少なくとも50塩基を含み、配列番号:1に記載した塩基配列以外の配列を含まない核酸と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸。
(a)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:1(より好ましくは配列番号:1のコード配列;塩基位置348〜4244)に記載の塩基配列の連続した少なくとも40塩基、より好ましくは60塩基以上、より好ましくは100塩基以上、より好ましくは200塩基以上、より好ましくは500塩基以上、より好ましくは1000塩基以上、最も好ましくは5922塩基(すなわち全長)を含む核酸が含まれる。このような核酸には、主に同一種内の遺伝子の多型、変異体、およびスプライシングバリアントが含まれ得る。また(a)に記載の核酸としては、配列番号:1に記載の塩基配列の連続した少なくとも30塩基、より好ましくは35塩基以上、より好ましくは40塩基以上、より好ましくは45塩基以上、より好ましくは50塩基以上の塩基配列を含む核酸が挙げられる。塩基配列は、配列番号:1のコード配列(塩基位置348〜4244)から選択することが好ましい。塩基配列は、任意の数を選択することができる。複数の塩基配列を選択する場合には、オーバーラップしないように2箇所以上、好ましくは3箇所以上、より好ましくは4箇所以上、より好ましくは5箇所以上の連続した塩基配列を含む核酸がより好ましい。
(b)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:1のコード配列(配列番号:1の塩基位置348〜4244)において、全塩基数の15%以内、より好ましくは10%以内、より好ましくは8%以内、より好ましくは5%以内、より好ましくは1%以内の塩基が置換、欠失、および/または挿入した塩基配列を含む核酸が含まれる。このような核酸には、近縁の他種生物のカウンターパートの遺伝子、その多型、その変異体、およびそのスプライシングバリアントなどが含まれ得る。このような核酸は、好ましくは配列番号:1のコード配列と85%以上、より好ましくは90%以上、より好ましくは92%以上、より好ましくは95%以上、より好ましくは99%以上の同一性を有する塩基配列を含む核酸である。
塩基配列またはアミノ酸配列の同一性は、例えばBLASTプログラム(Altschul,S.F.et al.,1990,J.Mol.Biol.215:403−410)を用いて決定することができる。具体的には、塩基配列の同一性を決定するにはblastnプログラム、アミノ酸配列の同一性を決定するにはblastpプログラムを用い、例えばNCBI(National Center for Biothchnology Information)のBLASTのウェブサイトにおいてLow complexityを含むフィルターは全てOFFにして、デフォルトのパラメータを用いて検索を行う(Altschul,S.F.et al.(1993)Nature Genet.3:266−272;Madden,T.L.et al.(1996)Meth.Enzymol.266:131−141;Altschul,S.F.et al.(1997)Nucleic Acids Res.25:3389−3402;Zhang,J.& Madden,T.L.(1997)Genome Res.7:649−656)。例えば2つの配列の比較を行うblast2sequencesプログラム(Tatiana A et al.(1999)FEMS Microbiol Lett.174:247−250)により、2配列のアライメントを作成し、配列の同一性を決定することができる。ギャップはミスマッチと同様に扱い、配列番号:1のコード配列全体に対する同一性の値を計算する。
(c)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:2に記載のアミノ酸配列の連続した少なくとも20アミノ酸、より好ましくは30アミノ酸以上、より好ましくは50アミノ酸以上、より好ましくは100アミノ酸以上、より好ましくは300アミノ酸以上、より好ましくは500アミノ酸以上、最も好ましくは1299アミノ酸(すなわち全長)をコードする核酸が含まれる。このような核酸には、上記の(a)と同様に、主に同一種内の遺伝子の多型、変異体、およびスプライシングバリアントが含まれ得る。また(c)に記載の核酸としては、配列番号:2に記載の塩基配列の連続した少なくとも8アミノ酸、より好ましくは10アミノ酸以上、より好ましくは15アミノ酸以上、より好ましくは20アミノ酸以上、より好ましくは25アミノ酸以上のアミノ酸配列をコードする塩基配列部分を、オーバーラップしないように2箇所以上、好ましくは3箇所以上、より好ましくは4箇所以上、より好ましくは5箇所以上含む核酸がより好ましい。
(d)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:2に記載のアミノ酸配列において、全アミノ酸数の15%以内、より好ましくは10%以内、より好ましくは8%以内、より好ましくは5%以内、より好ましくは1%以内のアミノ酸が置換、欠失、および/または挿入したアミノ酸配列を含む蛋白質をコードする核酸が含まれる。この核酸は、非翻訳配列を含んでいてよい。このような核酸には、近縁の他種生物のカウンターパートの遺伝子、その多型、その変異体、およびそのスプライシングバリアントなどが含まれ得る。このような核酸は、好ましくは配列番号:2に記載のアミノ酸配列と85%以上、より好ましくは90%以上、より好ましくは92%以上、より好ましくは95%以上、より好ましくは99%以上の同一性を有するアミノ酸配列を含む蛋白質をコードする核酸である。ギャップはミスマッチと同様に扱い、配列番号:2のアミノ酸配列全体に対する同一性の値を計算する。アミノ酸配列の同一性は上記に従って決定することができる。
(e)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:1(より好ましくは配列番号:1のコード配列;塩基位置348〜4244)に記載の連続した少なくとも80塩基、より好ましくは100塩基以上、より好ましくは120塩基以上、より好ましくは200塩基以上を含み、配列番号:1(より好ましくは配列番号:1のコード配列;塩基位置348〜4244)に記載した塩基配列以外の配列を実質的に含まない核酸と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸が含まれる。このような核酸は、例えば配列番号:1に記載の塩基配列を含む核酸を鋳型にして作製されたプローブと、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸であってよい。50塩基から数百塩基の長さのプローブは、例えばDNA合成により合成することもできるし、あるいはランダムプライム法、ニックトランスレーション、またはPCR法などにより作製することができる。
(e)に記載の核酸における、ストリンジェントな条件とは、好ましくは0.5〜0.9M程度のNaClを含むハイブリダイゼーション溶液中、60℃、好ましくは62℃、より好ましくは65℃でハイブリダイゼーションを行い、その後ハイブリダイゼーションと同じ温度で1×SSC中、好ましくは0.5×SSC中、より好ましくは0.2×SSC中、より好ましくは0.1×SSC中で、1時間洗浄する条件である。但し、ストリンジェンシーを大きく左右するハイブリダイゼーションや洗浄の温度条件は、プローブの融解温度(Tm)に応じて調整することができる。Tmはハイブリダイズする塩基対に占める構成塩基の割合、プローブの鎖長、ハイブリダイゼーション溶液組成(塩濃度およびホルムアミド濃度)によって変動する。したがって、当業者であればこれらの条件を考慮して同等のストリンジェンシーを与える条件を経験的に設定することができる。ハイブリダイゼーション溶液としては、例えば4×SSC、または好ましくはExpressHyb(登録商標)Hybridization Solution(Clontech社製)などを用いることができる。
B1799遺伝子は、好ましくはGTPase activating protein(GAP)をコードしている。GAPはGTP結合蛋白質に結合する蛋白質である。GAPが相互作用することにより、GTP結合蛋白質のGTPase活性は増強される(Scheffzek,K.et al.,Trends Biochem.Sci.,1998,23(7):257−262)。シグナル伝達で重要な役割を担うGTP結合蛋白質はGTP結合型がシグナル伝達における活性型であり、結合しているGTPがGDPに変換されると不活性型となる。GTP結合蛋白質自身がGTPase活性を有しており、GAPはそのGTPase活性を増強する働きを持つ。GAPはGTP結合蛋白質が不活性化型に変換することを助けることによって、シグナル伝達の制御を行っている。また本発明においてB1799遺伝子は、好ましくはリン酸化チロシン結合領域で蛋白質間結合に関与するホスフォチロシン相互作用ドメイン(Phosphotyrosine interaction domain;PTB/PID)およびTBCドメインを持つ蛋白質をコードしている。PTB/PIDはリン酸化チロシンと相互作用する蛋白質に保存されたドメインであり、細胞表面受容体または蛋白質輸送などにおけるシグナル伝達を含む種々の生物学的プロセスに関与する一群の蛋白質に見出される(Bork,P.and Margolis,B.,1995,Cell 80(5):693−694)。TBCドメインはTbc1(Richardson,P.M.and Zon,L.I.,1995,Oncogene 11(6):1139−1148)で見出されたドメインで、オンコジーンtre−2ならびに酵母の細胞周期制御因子BUB2およびcdc16に共通している。TBCドメインはGyp6やGyp7に存在し、Rab−like GTPaseのGAPに広く存在するドメインと考えられている(Neuwald,A.F.,1997,Trends Biochem.Sci.22(7):243−244)。
また、B1799遺伝子は、好ましい態様において、天然のヒト細胞において配列番号:1に記載の塩基配列からなるmRNAをコードするゲノムDNAの転写を制御するプロモーターから転写される転写産物または他の生物におけるそのカウンターパートのプロモーターから転写される転写産物をコードする核酸である。
本発明のアレルギー性疾患の検査方法は、具体的には、(a)被検者の生体試料における指標遺伝子(すなわちB1799遺伝子)の発現レベルを測定する工程、(b)該発現レベルを健常者の対応する生体試料における該遺伝子の発現レベルと比較する工程、および(c)該被検者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルが上昇していた場合に被検者がアレルギー性疾患を有すると判定する工程、を含む。本発明においてB1799遺伝子は検査の指標とすることができることから、本発明においてB1799遺伝子を単に指標遺伝子とも言う。上記のように、本発明において、B1799遺伝子は、ヒト遺伝子のみならず他種におけるホモログを含む。したがって、ヒト以外の種におけるB1799遺伝子とは、特に断らないときには、ヒトB1799遺伝子のその種における内因性ホモログを言う。被検者および健常者におけるB1799遺伝子の発現レベルの比較の結果、被検者の発現レベルが健常者のそれに比べ有意に高ければ、被検者はアレルギー性疾患と判定される。あるいは、健常者におけるB1799遺伝子の発現レベルに基づいて、予め標準値を設定しておき、被検者の発現レベルを、この標準値に対して比較してもよい。指標遺伝子の測定値に基づいて、標準値や許容範囲を設定する手法は公知である。たとえば±2S.D.の範囲を許容範囲とすることもできる。被検者における指標遺伝子の発現レベルが許容範囲にあれば、その被検者はアレルギー性疾患に関して正常と予想され、高ければ、その被検者はアレルギー性疾患と判定される。
本発明の検査は、B1799遺伝子のみを用いるのでなはく、アレルギー性疾患の指標となる他の遺伝子と組み合わせて用いて実施することもできる。複数の遺伝子を組み合わせてそれらの遺伝子の発現を測定することによって検査精度を高めることができる。アレルギー性疾患患者は、多くの場合ヘテロジーニアス(不均一)な集団なので、複数の遺伝子を指標とすることにより、より確実な診断を行うことができる。
本発明において指標遺伝子の発現には転写および翻訳が含まれる。すなわち、指標遺伝子の発現レベルは、指標遺伝子のmRNAレベルまたは蛋白質レベルであってよい。従って、本発明によるアレルギー性疾患の検査方法は、該遺伝子に対応するmRNAレベル、あるいは該遺伝子によってコードされる蛋白質レベルの比較に基づいて行うことができる。mRNAレベルの測定は、公知の遺伝子解析方法にしたがって実施することができる。具体的には、たとえばこの遺伝子にハイブリダイズする核酸をプローブとしたハイブリダイゼーション技術、またはこの遺伝子にハイブリダイズするDNAをプライマーとした遺伝子増幅技術等を利用することができる。
本発明の検査に用いられるプローブまたはプライマーは、前記指標遺伝子の塩基配列に基づいて設定することができる。例えば、本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子の塩基配列、並びに該遺伝子によってコードされる蛋白質のアミノ酸配列として、それぞれ配列番号:1および2を示すことができる。なお一般に高等動物の遺伝子は、高い頻度で多型を伴う。また、スプライシングの過程で相互に異なるアミノ酸配列からなるアイソフォームを生じる分子も多く存在する。多型や選択的スプライシング等によって塩基配列が上記と異なる遺伝子であっても、本発明において指標遺伝子として用いることができる。
プライマーあるいはプローブには、B1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続した少なくとも15ヌクレオチド、好ましくは少なくとも20ヌクレオチド、さらに好ましくは少なくとも30ヌクレオチド、さらに好ましくは少なくとも35ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを利用することができる。ここで「相補配列」とは、A:T(またはA:U)および/またはG:Cの塩基対からなる2本鎖ポリヌクレオチドの一方の鎖の塩基配列に対する他方の鎖の塩基配列を指す。また、このようなポリヌクレオチドは、上記のB1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の一部以外に他の塩基配列を含んでいてもよい。また、B1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続した少なくとも20個、好ましくは30個、さらに好ましくは35個、さらに好ましくは40個の連続したヌクレオチドの塩基配列と少なくとも70%、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上の塩基配列上の同一性を有するポリヌクレオチドも、本発明のアレルギー性疾患検査用試薬として用いることができる。塩基配列の相同性は、BLAST等のアルゴリズムにより決定することができる。上記ポリヌクレオチドは、指標遺伝子に特異的にハイブリダイズすることによりこの遺伝子の検出を可能にする。特異的なハイブリダイゼーションとは、上記のストリンジェントなハイブリダイゼーションの条件下で、他の遺伝子をコードするDNAおよび/またはRNAとクロスハイブリダイゼーションが有意に生じないことにより確認することができる。
このようなポリヌクレオチドは、該指標遺伝子を検出するためのプローブとして、また該指標遺伝子を増幅するためのプライマーとして利用することができる。プライマーとして用いる場合には、通常、15bp〜100bp、好ましくは15bp〜35bpの鎖長を有する。また、プローブとして用いる場合には、該指標遺伝子の少なくとも一部若しくは全部の配列(またはその相補鎖)を有し、少なくとも15bpの鎖長のDNAが用いられる。プライマーとして用いる場合、3’側の領域は相補的である必要があるが、5’側には制限酵素認識配列やタグなどを付加することができる。
なお、本発明における「ポリヌクレオチド」は、DNAあるいはRNAであることができる。これらポリヌクレオチドは、合成されたものでも天然のものでもよい。ハイブリダイゼーションに用いるプローブは、通常、標識したものが用いられる。標識方法としては、例えば次のような方法を示すことができる。なお用語オリゴヌクレオチドは、ポリヌクレオチドのうち、重合度が比較的低いものを意味している。オリゴヌクレオチドの鎖長は、例えば100ヌクレオチド以内である。なおオリゴヌクレオチドは、ポリヌクレオチドに含まれる。
・DNAポリメラーゼIを用いるニックトランスレーションによる標識
・ポリヌクレオチドキナーゼを用いる末端標識
・クレノウフラグメントによるフィルイン末端標識(Berger SL,Kimmel AR.(1987)Guide to Molecular Cloning Techniques,Method in Enzymology,Academic Press;Hames BD,Higgins SJ(1985)Genes Probes:A Practical Approach.IRL Press;Sambrook J,Fritsch EF,Maniatis T.(1989)Molecular Cloning:a Laboratory Manual,2nd Edn.Cold Spring Harbor Laboratory Press)
・RNAポリメラーゼを用いる転写による標識(Melton DA,Krieg,PA,Rebagkiati MR,Maniatis T,Zinn K,Green MR.(1984)Nucleic Acid Res.,12,7035−7056)
・放射性同位体を用いない修飾ヌクレオチドをDNAに取り込ませる方法(Kricka LJ.(1992)Nonisotopic DNA Probing Techniques.Academic Press)
ハイブリダイゼーション技術を利用したアレルギー性疾患の検査は、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション法、ドットブロット法、DNAマイクロアレイを用いた方法などを使用して行うことができる。さらには、RT−PCR法等の遺伝子増幅技術を利用することができる。RT−PCR法においては、生物試料からRNAを抽出し、これを逆転写してcDNAを調製し、得られたcDNAを鋳型にPCRを行うことにより遺伝子発現レベルを測定する。RT−PCR法においては、遺伝子の増幅過程においてPCR増幅モニター法を用いることにより、遺伝子発現のより定量的な解析を行うことが可能である。
PCR遺伝子増幅モニター法においては、両端を互いの蛍光を打ち消し合う異なった蛍光色素で標識したプローブを用い、検出対象(DNAもしくはRNAの逆転写産物)にハイブリダイズさせる。PCR反応が進んでTaqポリメラーゼの5’−3’エキソヌクレアーゼ(exonuclease)活性により同プローブが分解されると二つの蛍光色素が離れ、蛍光が検出されるようになる。この蛍光の検出をリアルタイムに行う。検出対象についてコピー数の明らかな標準試料について同時に測定することにより、PCR増幅の直線性のあるサイクル数で目的試料中の検出対象のコピー数を決定する(Holland,P.M.et al.,1991,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:7276−7280;Livak,K.J.et al.,1995,PCR Methods and Applications 4(6):357−362;Heid,C.A.et al.,Genome Research 6:986−994;Gibson,E.M.U.et al.,1996,Genome Research 6:995−1001)。PCR増幅モニター法においては、例えば、ABI PRISM7700(PEバイオシステムズ社)を用いることができる。
また本発明のアレルギー性疾患の検査方法は、本発明における指標遺伝子によりコードされる蛋白質を検出することにより行うこともできる。以下、本明細書において、本発明における指標遺伝子によりコードされる蛋白質を指標蛋白質と記載する。このような検査方法としては、例えば、これら指標蛋白質に結合する抗体を利用したウェスタンブロッティング法、免疫沈降法、ELISA法などを利用することができる。
この検出に用いる、前記指標蛋白質に結合する抗体は、当業者に周知の技法を用いて得ることができる。本発明に用いる抗体は、ポリクローナル抗体、あるいはモノクローナル抗体(Milstein C,et al.,1983,Nature 305(5934):537−40)であることができる。例えば、指標蛋白質に対するポリクローナル抗体は、抗原を感作した哺乳動物の血液を取り出し、この血液から公知の方法により血清を分離する。ポリクローナル抗体としては、ポリクローナル抗体を含む血清を使用することができる。あるいは必要に応じてこの血清からポリクローナル抗体を含む画分をさらに単離することもできる。また、モノクローナル抗体を得るには、上記抗原を感作した哺乳動物から免疫細胞を取り出して骨髄腫細胞などと細胞融合させる。こうして得られたハイブリドーマをクローニングして、その培養物から抗体を回収しモノクローナル抗体とすることができる。
指標蛋白質の検出には、これらの抗体を適宜標識して用いればよい。また、この抗体を標識せずに、該抗体に特異的に結合する物質、例えば、プロテインAやプロテインGを標識して間接的に検出することもできる。具体的な検出方法としては、例えば、ELISA法を挙げることができる。
抗原に用いる蛋白質もしくはその部分ペプチドは、例えばこの蛋白質もしくはその一部をコードする遺伝子を発現ベクターに組み込み、これを適当な宿主細胞に導入して、形質転換体を作成し、該形質転換体を培養して組み換え蛋白質を発現させ、発現させた組み換え蛋白質を培養体または培養上清から精製することにより得ることができる。あるいは、この蛋白質のアミノ酸配列の部分アミノ酸配列からなるオリゴペプチドを化学的に合成し、免疫原として用いることもできる。
また本発明においては、白血球に含まれる指標蛋白質の活性を指標として、アレルギー性疾患の検査を行うこともできる。指標蛋白質の活性とは、該蛋白質が備える生物学的な活性を言う。具体的には、本発明における指標蛋白質の活性としてGAP活性、すなわちGTP結合蛋白質の活性化を挙げることができる。また、GTP結合蛋白質との相互作用を活性の指標とすることもできる。該指標蛋白質の活性の検出は、公知の方法に基づいて行うことができる。具体的には、GAPの活性測定は、この蛋白質が作用する特異的なGTP結合蛋白のGTPase活性を測定することで可能である。例えば、Gyp6蛋白はGTP結合蛋白であるYpt6蛋白に特異的に作用してそのGTPase活性を上昇させる。従って、Ypt6蛋白のGTPase活性の上昇を測定することによってGyp6蛋白の活性を測定することができる(Strom,M.et al.,1993,Nature 361(6414):736−739)。本発明における指標蛋白質B1799においても、この蛋白質が作用する特異的GTP結合蛋白の活性を測定することにより、指標蛋白質の活性を検出することができる。
本発明の検査方法においては、通常、被検者の生体試料を試料とする。生体試料としては、末梢血T細胞等を用いることができる。検査を行う白血球は精製試料でも粗精製試料でもよい。検査試料は、好ましくは被検者の末梢血白血球、より好ましくは末梢血T細胞である。T細胞は、末梢血から公知の方法によって調製することができる。すなわち、たとえばヘパリン採血した血液を希釈してフィコールを利用して遠心分離によって分画し、PBMCを分離する。分離されたPBMCは、そのまま本発明によるアレルギー性疾患の検査に用いることができる。PBMCには、リンパ球(lymphocyte)や単球(monocyte)が含まれる。しかし、実施例にも示すように、これらの血液細胞においては、指標遺伝子はT細胞で高い発現が見られる。T細胞以外の細胞から大きな影響を受けずに発現レベルを測定することができる。純粋なT細胞集団ではなく、リンパ球分画を試料として直接分析することにより、ベッドサイドにおける簡便な検査が可能となる。あるいは抗CD3抗体を固定したマイクロビーズでT細胞を特異的に吸着し分離することもできる。
血液細胞を破壊し、細胞中の指標遺伝子のmRNA、あるいは指標蛋白質を測定することができる。また血中に存在する指標蛋白質を測定することもできる。T細胞のライセートやmRNAの抽出には、市販のキットを利用すると便利である。例えば、RNeasy Mini(登録商標)(Qiagen製)またはISOGEN(登録商標)(ニッポンジーン)等を用いることができる。
被検生体試料における指標遺伝子の発現レベルの測定値は、公知の方法によって補正することができる。補正により、該生体試料における遺伝子の発現レベルの変化を比較することができる。測定値の補正は、該生体試料に発現し、かつ細胞の状態に関わらず発現レベルが大きく変動しない遺伝子(ハウスキーピング遺伝子など)の発現レベルの測定値に基づいて、本発明において指標とすべき遺伝子の発現レベルの測定値を補正することによって行うことができる。このような遺伝子としては、β−アクチン(β−actin)遺伝子、およびグリセルアルデヒド3リン酸脱水素酵素(GAPDH)遺伝子が挙げられる。
本発明の検査においては、被検者の白血球および健常者の対応する白血球における指標遺伝子の発現レベルを測定する。そして、被検者の白血球における発現レベルが、健常者のそれに比べ上昇しているかを調べる。被検者の白血球における指標遺伝子の発現レベルの上昇はアレルギー性疾患と関連付けられる。
本発明におけるアレルギー性疾患の検査とは、たとえば以下のような検査が含まれる。アレルギー性疾患様の症状を示しながら、一般的な検査ではアレルギー性疾患と判定できない患者であっても、本発明に基づく検査を行えばアレルギー性疾患の患者であることが容易に判定できる。より具体的には、アレルギー性疾患が疑われる症状を示す患者における指標遺伝子の発現の上昇は、その症状の原因がアレルギー性疾患である可能性が高いことを示している。アレルギー性疾患様の症状としては、具体的には、皮膚炎(かゆみ、発赤)、鼻炎(はなづまり、鼻水、くしゃみ)、喘息(喘鳴、呼吸困難)等を示すことができる。また、本発明におけるアレルギー性疾患の検査とは、たとえば上記のようなアレルギー性疾患様の症状がアレルギー反応に起因するものであるかどうかを判断するための検査が挙げられる。これらの症状は、それぞれ皮膚乾燥症、かぜ症候群(鼻風邪)、気管支炎などでも認められるが、本発明の検査方法により、その症状がアレルギー反応に起因しているのかどうかを判別可能である。また本発明のアレルギーの検査方法には、アレルギー素因を有するか否かを判断するための検査が含まれる。すなわち顕著な症状を示していない被検者に対して検査を行い、指標遺伝子の発現の上昇が認められればアレルギー素因を有すると判断される。あるアレルギー性疾患様の症状が、アレルギー反応が原因となっているか否かを診断することは、治療上、非常に重要な工程である。本発明の検査方法は、疾患原因の特定において、きわめて重要な情報を提供することができる。また、症状に関する情報を参照せずに被検者試料を検査して、指標遺伝子の発現が高い試料をスクリーニングすることによりアレルギー性疾患患者のスクリーニングを実施することもできる。
あるいは本発明の検査は、アレルギー症状が改善に向かっているのかどうかを判断するために有用である。本発明の指標遺伝子は、アレルギー性疾患の患者のPBMCに含まれるT細胞において発現量の増加を示した。T細胞は免疫応答において司令塔としての役割を果たす細胞である。したがって、アレルギー性疾患と診断された患者における指標遺伝子の発現の低下は、アレルギーの症状の改善を示唆し、指標遺伝子の発現の上昇は、アレルギーの症状が進行している可能性が高いことを示唆する。
また指標遺伝子B1799は、リンパ球の中でもT細胞での発現が高く、その中でも特にCD4+かつCD45RO+の表現形を示すT細胞すなわち、メモリーT細胞における発現が高いことが判明した。従って、該指標遺伝子はこれらのT細胞に対するマーカーとして利用することができる。また該指標遺伝子は、T細胞の活性化細胞死において発現が顕著に誘導される。また、イオノマイシンなどによる活性化刺激によっても発現が誘導される。このように該指標遺伝子の発現はT細胞の活性化状態を反映していることから、T細胞における該指標遺伝子の発現を測定することにより、T細胞の活性化レベルを知ることもできる。
また本発明は、T細胞における、指標遺伝子B1799またはB1799遺伝子と機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させたトランスジェニック非ヒト動物のアレルギー性疾患モデル動物としての使用に関する。アレルギー性疾患モデル動物は、アレルギーにおける生体内の変化を明らかにするために有用である。更に、本発明のアレルギー性疾患モデル動物は、アレルギー性疾患の治療薬の評価に有用である。
本発明によって、T細胞において前記指標遺伝子の発現レベルが、上昇することが明らかとなった。したがって、T細胞においてB1799遺伝子、またはB1799遺伝子と機能的に同等な遺伝子の発現レベルを人為的に増強した動物は、アレルギー性疾患のモデル動物として利用することができる。本発明においてトランスジェニック動物とは、ゲノムDNAにおける1または複数のヌクレオチドの挿入、置換、および/または欠失を伴う、遺伝的に改変された動物(genetically modified animals)を言う。このアレルギー性疾患モデル動物は、アレルギーにおける生体内の変化を明らかにするために有用である。更に、本発明のアレルギー性疾患モデル動物は、アレルギー性疾患の治療薬の評価およびスクリーニングに有用である。なおT細胞における発現レベルの上昇とは、血液細胞全体における指標遺伝子の発現レベルの上昇を含む。すなわち、前記指標遺伝子の発現レベルを上昇させるのはT細胞のみである場合のみならず、血液細胞全体において、あるいは全身性に前記遺伝子の発現レベルが上昇している場合を含む。
本発明においてB1799遺伝子と機能的に同等な遺伝子とは、指標遺伝子B1799によってコードされる蛋白質(指標蛋白質)の活性と同等の活性を備えた蛋白質をコードする遺伝子である。このような遺伝子としては、ヒトB1799遺伝子または他の生物のそのカウンターパートの人為的な改変体などが含まれる。例えば、ある遺伝子を発現ベクターに挿入する場合には、N末端またはC末端の数アミノ酸を欠失させたり、タグペプチドの配列または発現ベクター由来の他のアミノ酸配列を付加することが頻繁に行われる。このような蛋白質は天然の細胞が持つ内在性蛋白質とアミノ酸配列が異なるが、その活性は実質的に内因性蛋白質と同等である。本発明においてこのような蛋白質をコードする遺伝子は、内因性遺伝子と機能的に同等な遺伝子と称する。
本発明における指標蛋白質の活性としてはGAP活性が挙げられる。例えば配列番号:2に記載のヒトB1799蛋白質の1または複数のアミノ酸を欠失、挿入、および/または置換した蛋白質であって、GAP活性を有する蛋白質をコードする遺伝子を、本発明のトランスジェニックモデル動物の作製のために用いることができる。このような改変体蛋白質は、ヒトB1799蛋白質のアミノ酸配列に対して、たとえば90%以上、望ましくは95%以上、更に望ましくは99%以上の相同性を有する蛋白質である。また、配列番号:1とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列を含む遺伝子であって、GAP活性を有する蛋白質をコードする遺伝子も、B1799遺伝子と機能的に同等な遺伝子として用いることができる。
本発明のモデル動物は、例えば(a)該モデル動物の表現型を検出する工程、および(b)該モデル動物と比べT細胞における該指標遺伝子の発現レベルが低い動物(対照)の対応する表現型に対する違いをアレルギー疾患と関連付ける工程により、アレルギー疾患のモデルとして使用することができる。対照の動物としては、該モデル動物と同じ遺伝背景を持つ非トランスジェニック動物、または空のベクターを導入したトランスジェニック動物などが挙げられる。表現型としては、例えば皮膚炎、鼻炎、または喘息等のアレルギー症状、あるいは免疫系細胞の活性化または遺伝子発現の変化などを含む、所望の表現型が挙げられる。
本発明において、指標遺伝子B1799のT細胞における発現レベルを上昇させることによって得ることができるトランスジェニック動物をアレルギー性疾患モデル動物として使用し、この遺伝子の役割や、この遺伝子を標的とする薬剤を評価することには大きな意義がある。また本発明によるアレルギー性疾患モデル動物は、後に述べるアレルギー性疾患の治療または予防のための医薬品のスクリーニングに有用であると同時に、アレルギー性疾患のメカニズムの解明、さらにはスクリーニングされた化合物の安全性の試験にも有用である。たとえば本発明によるアレルギー性疾患モデル動物がアトピー性皮膚炎またはアレルギー性喘息を発症したり、何らかのアレルギー性疾患に関連した測定値の変化を示せば、それを回復させる作用を持った化合物を探索するスクリーニングシステムが構築できる。
本発明において、発現レベルの上昇とは、目的とする遺伝子が外来遺伝子として導入され強制発現している状態、宿主が備える遺伝子の転写および/または蛋白質への翻訳が増強されている状態、並びに翻訳産物である蛋白質の分解が抑制された状態のいずれかを意味する。遺伝子の発現レベルは、たとえば実施例に示すような定量的なPCRにより確認することができる。また翻訳産物である蛋白質の発現量または活性は、正常な状態と比較することにより確認することができる。
代表的なトランスジェニック動物は、目的とする遺伝子を導入し強制発現させた動物である。この他のトランスジェニック動物には、たとえばmRNAの非翻訳領域(UTR)の配列などからRNA不安定化の要因となる配列を除去してmRNAの半減期を伸ばしたりすることができる。また、指標遺伝子のコード領域に変異を導入し、その活性を増強したり、あるいは分解されにくいアミノ酸配列に改変することなどを示すことができる。アミノ酸配列の変異には、置換、欠失、挿入、あるいは付加を示すことができる。その他、遺伝子の転写調節領域を変異させることにより、指標遺伝子の発現そのものを上昇させることもできる。
特定の遺伝子を対象として、トランスジェニック動物を得る方法は公知である。すなわち、遺伝子と卵を混合してリン酸カルシウムで処理する方法や、位相差顕微鏡下で前核期卵の核に、微小ピペットで遺伝子を直接導入する方法(マイクロインジェクション法、米国特許第4873191号)、胚性幹細胞(ES細胞)に遺伝子を導入する方法などによってトランスジェニック動物を得ることができる。その他、レトロウィルスベクターに遺伝子を挿入し、卵に感染させる方法、および、精子を介して遺伝子を卵に導入する精子ベクター法等も開発されている。精子ベクター法とは、精子に外来遺伝子を付着またはエレクトロポレーション等の方法で精子細胞内に取り込ませた後に、この精子を卵子に受精させることにより、外来遺伝子を導入する遺伝子組換え法である(M.Lavitranoetら,Cell,57,717,1989)。
本発明のアレルギー性疾患モデル動物として用いるトランスジェニック動物は、ヒト以外のあらゆる脊椎動物を利用して作成することができる。具体的には、マウス、ラット、ウサギ、ミニブタ、ヤギ、ヒツジ、サル、あるいはウシ等の脊椎動物において様々な遺伝子の導入や発現レベルを改変されたトランスジェニック動物が作り出されている。
また本発明は、アレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法に関する。本発明において指標遺伝子は、アレルギー性疾患により統計学的に有意に発現レベルが上昇している。したがって、これらの遺伝子の発現レベルを低下させることができる化合物を選択することによって、アレルギー性疾患の治療薬を得ることができる。本発明において遺伝子の発現レベルを低下させる化合物とは、遺伝子の転写、翻訳、転写産物(mRNA)または翻訳産物(蛋白質)の安定性、および蛋白質の作用などの遺伝子機能の発現の過程のいずれかのステップに対して阻害的に作用する活性を持つ化合物である。
本発明のアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法は、in vivoで行なうこともin vitroで行うこともできる。in vivoのスクリーニングは、たとえば以下のような工程にしたがって実施することができる。
(a)被験動物に候補化合物を投与する工程、
(b)被験動物の白血球において、本発明における指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を投与しない対照と比較して、該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
本発明のスクリーニング方法における被験動物としては、本発明における指標遺伝子を発現する所望の動物を用いることができる。具体的には、例えばマウス、ラット、モルモット、ウサギ、ネコ、ブタ、ミニブタ、ヤギ、ウシ、ヒツジ、およびサルなどが挙げられる。スクリーニングには、特に指標遺伝子の発現が亢進した個体を用いることが好適である。また、アレルギー症状を発症した個体を用いることにより、症状に対する候補化合物の効果も評価することができる。
被験動物に薬剤候補化合物を投与し、該動物の白血球における指標遺伝子の発現に対する化合物の作用をモニターすることにより、指標遺伝子の発現レベルに与える薬剤候補化合物の影響を検出することができる。被験動物の白血球における指標遺伝子の発現レベルの変動は、上記の本発明の検査方法と同様の手法によってモニターすることができる。更にこの検出の結果に基づいて、指標遺伝子の発現レベルを低下させる薬剤候補化合物を選択すれば、アレルギー性疾患に対する薬剤候補化合物をスクリーニングすることができる。
より具体的には、候補化合物を投与した被験動物から白血球を採取し、前記指標遺伝子の発現レベルを該化合物未投与の動物から採取した対応する白血球における該遺伝子の発現レベル(対照)と比較することにより、本発明によるスクリーニングを実施することができる。白血球としては粗精製試料でも精製試料でもよく、PBMC、あるいは精製T細胞等を利用することができる。好ましくは精製T細胞が用いられる。これらの生体試料の採取方法、および調製方法は公知である。
このようなスクリーニングにより、指標遺伝子の発現に様々な形で関与する薬剤を選択することができる。具体的には、たとえば次のような作用を持つ薬剤候補化合物を見出すことができる。
指標遺伝子の転写活性を低下させる作用、
指標遺伝子の転写産物からの翻訳を低下させる作用、
指標遺伝子の翻訳産物の活性を阻害する作用、
指標遺伝子の転写産物の安定化を低下もしくは分解を促進する作用等、
また前記スクリーニング方法において、候補化合物の投与前および/または投与後に、被験動物をアレルゲンで刺激する工程を含む方法も本発明に含まれる。候補化合物の投与前にアレルゲンで刺激した場合には、候補化合物の、アレルゲン刺激後の免疫応答を抑制する作用を検出することができる。このようなスクリーニングによって得ることができる化合物には、アレルギー性疾患の治療効果を期待できる。また候補化合物の投与後にアレルゲンで刺激した場合には、候補化合物の、アレルゲン刺激による免疫応答の開始を抑制する作用を検出することができる。このようなスクリーニングによって得ることができる化合物には、アレルギー性疾患の予防効果を期待できる。本発明のスクリーニング方法に用いることができるアレルゲンとしては、公知のアレルゲン性の物質を用いることができる。具体的には、ダニ、ハウスダスト、植物の花粉、あるいは各種の食品由来のタンパク質等がアレルゲン性物質として公知である。これらのアレルゲンは、天然に由来するものであっても良いし、遺伝子組換えなどの手法によって合成されたものであっても良い。またアレルゲンは、タンパク質の断片であることもできる。精製アレルゲンの調製方法も公知である。
たとえば人間のアトピー性皮膚炎に近いモデルとして、NC/Ngaマウスを用いた皮膚炎自然発症モデルが報告されている。このマウスの耳介にダニ抗原(5μg/耳)を2−3日間隔で計8回投与すると、2週間以降にはヒトのアトピー性皮膚炎に酷似した症状を誘発することができる。この系に候補化合物を投与し、本発明の指標遺伝子の発現レベルの変化を追跡することによって本発明によるスクリーニングを実施することができる。
また、in vitroでのスクリーニングにおいては、例えば、指標遺伝子を発現する細胞に候補化合物を接触させ、指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する方法が挙げられる。このスクリーニングは、たとえば以下のような工程にしたがって実施することができる。
(a)指標遺伝子を発現する細胞に候補化合物を接触させる工程
(b)該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して、該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
指標遺伝子を発現する細胞として、たとえば末梢血白血球細胞や白血球由来株化細胞を用いることができる。白血球細胞としては、特にT細胞を例示することができる。株化T細胞としてMolt4細胞およびJurkat細胞を例示できる。ヒト急性白血病T細胞Jurkat(ATCC Number TIB−152)は、ATCCより購入することができる。
本発明のスクリーニングの方法は、まず該細胞に候補化合物を添加する。その後、該細胞における指標遺伝子の発現レベルを測定し、該候補化合物を接触させない場合の該細胞における該遺伝子の発現レベル(対照)と比較して該遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する。
なお本発明のスクリーニング方法において、指標遺伝子の発現レベルは、これらの遺伝子から転写されるmRNAレベルまたは該遺伝子がコードする蛋白質レベルを検出することにより比較することができる。mRNAによって発現レベルの比較を行うには先に述べたように細胞からmRNA試料を調製する工程を実施する。また蛋白質によって発現レベルの比較を行うには、細胞から蛋白質試料を調製する工程を実施する。mRNAおよび蛋白質の検出は、先に述べたような公知の方法によって実施することができる。
さらに本発明の開示に基づいて本発明の指標遺伝子の転写調節領域を取得し、レポーターアッセイ系を構築することができる。レポーターアッセイ系とは、転写調節領域の下流に配置したレポーター遺伝子の発現レベルを指標として、該転写調節領域の転写活性を調節する化合物をスクリーニングするアッセイ系をいう。このようなスクリーニングは、具体的には以下の工程を含む。
(a)指標遺伝子の転写調節領域の制御下に連結されたレポーター遺伝子を含む細胞に候補化合物を接触させる工程、
(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
転写調節領域としては、指標遺伝子の転写開始点付近から上流0.5kbから5kb程度の領域のDNAを利用することができる。転写調節領域には、既知の転写因子結合配列、転写調節エレメント、さらには、通常プロモーター領域に見られるCAATボックス、およびTATAボックス等が含まれていてよい。レポーター遺伝子としては、CAT(chloramphenicol acetyltransferase)遺伝子、ルシフェラーゼ(luciferase)遺伝子、成長ホルモン遺伝子等を利用することができる。これらのレポーター遺伝子の発現レベルは、発現した蛋白質の活性を検出することにより測定することが可能である。これらの蛋白質の活性を検出する方法はよく知られている。候補化合物を接触させない場合の該細胞における該レポーター遺伝子の発現レベル(対照)と比較して、該候補化合物を接触させた場合に該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する。
ヒトB1799遺伝子をコードするゲノム配列(GenBank Ac.No.AL139230)が明らかにされており、その配列を基にして、転写開始点や上流のプロモーター配列を決定することが可能である。この配列情報を基にB1799遺伝子のプロモーター領域をPCR等により増幅し、その下流にレポーター遺伝子を連結してレポーター構築物を作製することができる。具体的には、たとえば、本発明のスクリーニングに用いる転写調節領域を次のようにして取得することもできる。すなわち、まず本発明で開示した指標遺伝子の塩基配列または上記のB1799遺伝子のプロモーター領域の配列に基づいて、BACライブラリー、YACライブラリー等のヒトゲノムDNAライブラリーから、PCRまたはハイブリダイゼーションを用いる方法によりスクリーニングを行い、該cDNAの配列を含むゲノムDNAクローンを得る。得られたゲノムDNAの配列を基に、本発明で開示したcDNAの上流から転写調節領域を取得する。得られた転写調節領域を、レポーター遺伝子の上流に位置するようにクローニングしてレポーターコンストラクトを構築する。得られたレポーターコンストラクトを培養細胞株等に導入してスクリーニング用の形質転換体とする。この形質転換体に候補化合物を接触させ、レポーター遺伝子の発現を制御する化合物のスクリーニングを行うことができる。
また、指標遺伝子の転写調節領域の制御下に連結されたレポーター遺伝子を含む細胞は、いわゆるノックイン動物の細胞であってもよい。ノックイン動物とは、内在性標的遺伝子の蛋白質コード領域に他の外来遺伝子が挿入された遺伝子改変動物を言う。ノックインされたこの外来遺伝子は、標的遺伝子の転写調節領域の下流に挿入されるため、内在性標的遺伝子と同様の発現制御を受けて発現する。ノックイン遺伝子としてレポーター遺伝子を用い、得られたノックイン動物またはその動物から得た細胞を使ってスクリーニングを行うことができる。ノックイン動物を用いてスクリーニングを行う方法は、(a)指標遺伝子部位にレポーター遺伝子がノックインされた動物に候補化合物を投与する工程、(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および(c)該候補化合物を投与しない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程、を含む。例えば候補化合物を投与した場合および投与しない場合で、該ノックイン動物の白血球好ましくはT細胞における該レポーター遺伝子の発現レベルを測定し、その発現を低下させる化合物を選択する。またノックイン動物からの細胞を用いたスクリーニングは、(a)指標遺伝子部位にレポーター遺伝子がノックインされた動物からの細胞に候補化合物を接触させる工程、(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程、を含む。例えば候補化合物の存在下または非存在下でノックイン動物から得た白血球好ましくはT細胞における該レポーター遺伝子の発現レベルを測定し、該発現レベルを低下させる化合物を選択する。これらのスクリーニングは本発明の方法に含まれる。特に個体を用いたスクリーニングにおいては、指標遺伝子本来の機能を完全に欠損させないように、片方のアレルは正常のままにして指標遺伝子が発現するようにして、もう片方のアレルにレポーター遺伝子がノックインされているヘテロノックイン接合体を用いてスクリーニングを行うことが好ましい。
in vitroでの本発明によるスクリーニング方法として、指標蛋白質の活性に基づくスクリーニング方法を利用することもできる。すなわち本発明は、次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法に関する。
(a)本発明における指標遺伝子またはそれと機能的に同等な遺伝子によってコードされる蛋白質と候補化合物とを接触させる工程、
(b)該蛋白質の活性を測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該蛋白質の活性を低下させる化合物を選択する工程
ここで指標遺伝子と機能的に同等な遺伝子としては、上記のように内在性B1799遺伝子の人為的な改変体などが含まれる。
このようなスクリーニングは、例えば指標遺伝子を外来的に細胞で発現させ、その細胞内における指標蛋白質の活性を測定することにより実施することができる。このためには、指標遺伝子を発現ベクターに挿入し、該ベクターを適当な哺乳動物細胞などに導入する。ベクターの宿主への導入方法としては、生物学的方法、物理的方法、化学的方法などを示すことができる。生物学的方法としては、例えば、ウイルスベクターを使用する方法、特異的受容体を利用する方法、細胞融合法(HVJ(センダイウイルス)、ポリエチレングリコール(PEG)、電気的細胞融合法、微少核融合法(染色体移入))が挙げられる。また、物理的方法としては、マイクロインジェクション法、エレクトロポレーション法、ジーンパーティクルガン(genegun)を用いる方法が挙げられる。化学的方法としては、リン酸カルシウム沈殿法、リポソーム法、DEAEデキストラン法、プロトプラスト法、赤血球ゴースト法、赤血球膜ゴースト法、マイクロカプセル法が挙げられる。
このスクリーニングにおいて測定される指標蛋白質の活性としては、例えばGTP結合蛋白質に対する結合活性、またはGAP活性などが挙げられる。また該指標蛋白質は、たとえばT細胞の細胞内シグナル伝達の制御に関与し、T細胞の分化または増殖を調節していることが示唆される。これらの活性を指標として、その活性を阻害する活性を有する化合物をスクリーニングすることができる。このようにして得ることができる化合物は、該指標蛋白質の働きを抑制する。その結果、T細胞において発現が誘導された該指標蛋白質の活性の阻害を通じて、アレルギー性の免疫応答を抑制することができる。
本発明による各種のスクリーニング方法に必要な、ポリヌクレオチド、抗体、細胞株、あるいはモデル動物は、予め組み合わせてキットとすることができる。より具体的には、たとえば指標遺伝子を発現する細胞(培養細胞または個体など)と、これらの指標遺伝子の発現レベルを測定するための試薬とで構成される。指標遺伝子の発現レベルを測定するための試薬としては、たとえば指標遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続した少なくとも15ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドが用いられる。あるいは指標蛋白質のアミノ酸配列を含むポリペプチドに結合する抗体を試薬として用いることができる。これらのキットには、標識の検出に用いられる基質化合物、細胞の培養のための培地や容器、陽性や陰性の標準試料、更にはキットの使用方法を記載した指示書等をパッケージしておくこともできる。
これらスクリーニングに用いる候補化合物としては、免疫抑制物質等の既存の化学的方法により合成された化合物標品、コンビナトリアルケミストリーにより合成された化合物標品のほか、動・植物組織の抽出物もしくは微生物培養物等の複数の化合物を含む混合物、またそれらから精製された標品などが挙げられる。
本発明のスクリーニング方法によって選択される化合物は、アレルギー性疾患の治療薬として有用である。あるいは、本発明における指標遺伝子の発現を抑制することができるアンチセンスDNAも、アレルギー性疾患の治療薬として有用である。好ましくはこのようなアンチセンスDNAは、本発明における指標遺伝子のセンス鎖の塩基配列の連続する少なくとも20塩基、より好ましくは25塩基以上、より好ましくは30塩基以上、より好ましくは40塩基以上、より好ましくは50塩基以上、より好ましくは100塩基以上の配列に対して相補的な配列を含むアンチセンスDNAである。アンチセンス領域としては、指標遺伝子の転写産物(プロセッシング前、中間産物、またはプロセッシング後のいずれの転写産物でもよい)の任意の部位のアンチセンスであってもよい。このような部位としては、例えば翻訳開始コドンを含む領域などが挙げられる。更に、本発明における指標遺伝子によってコードされる蛋白質に結合する抗体は、アレルギー性疾患の治療薬として有用である。抗体は、例えばGTP結合蛋白質との相互作用ドメインに結合する抗体などが好ましく、例えばTBCドメイン(配列番号:2の965〜1184番目のアミノ酸領域またはその相同領域)に対する抗体、特にGTPase活性化部位として必須なArg残基(例えば配列番号:2の973番目のArg残基)を含むペプチドをエピトープとする抗体などが例示できる。またホスフォチロシン相互作用ドメイン(PTD/PID)(配列番号:2の167〜237番目のアミノ酸領域、415〜487番目のアミノ酸領域、またはそれらの相同領域)に対する抗体なども好ましい。本発明のアレルギー性疾患の治療薬は、前記スクリーニング方法によって選択された化合物、該アンチセンスDNA、または該抗体を少なくとも1つの主成分として含み、生理学的に許容される担体、賦形剤、あるいは希釈剤等と混合することによって製造することができる。本発明のアレルギー性疾患の治療剤は、アレルギー症状の改善を目的として、経口、あるいは非経口的に投与することができる。
経口剤としては、顆粒剤、散剤、錠剤、カプセル剤、溶剤、乳剤、あるいは懸濁剤等の剤型を選択することができる。注射剤には、皮下注射剤、筋肉注射剤、あるいは腹腔内注射剤等を示すことができる。
また、投与すべき化合物が蛋白質である場合には、それをコードする遺伝子を遺伝子治療の手法を用いて生体に導入することにより、治療効果を達成することができる。治療効果をもたらす蛋白質をコードする遺伝子を生体に導入し、発現させることによって、疾患を治療する手法は公知である。
あるいはアンチセンスDNAは、それ自体を投与することができる。その場合は、5’末端および/または3’末端の修飾等により細胞膜透過性または安定性を高めることができる。あるいはアンチセンスDNAは、適当なプロモーター配列の下流に組み込み、アンチセンスRNA発現ベクターとして投与することができる。この発現ベクターをアレルギー性疾患患者のT細胞へ導入すれば、標的遺伝子のアンチセンスを発現し、当該遺伝子の発現レベルの低下によってアレルギーの治療効果を達成することができる。T細胞への発現ベクターの導入としては、in vivo、あるいはex vivoで行う方法が公知である。
本発明のアレルギー疾患の治療薬の投与量は、患者の年齢、性別、体重および症状、治療効果、投与方法、処理時間、あるいは該医薬組成物に含有される活性成分の種類などにより異なるが、通常成人一人あたり、一回につき0.1mgから500mgの範囲で、好ましくは0.5mgから20mgの範囲で投与することができる。しかし、投与量は種々の条件により変動するため、上記投与量よりも少ない量で充分な場合もあり、また上記の範囲を超える投与量が必要な場合もある。
発明を実施するための最良の形態
以下、本発明を実施例により具体的に説明するが、本発明はこれら実施例に制限されるものではない。なお本明細書において引用された全ての先行技術文献は、参照として本明細書に組み入れられる。
〔実施例1〕B1799の同定
ディファレンシャルディスプレイ(DD)法(Liang and Pardee,Science,1992,257:967−971;T.Ito et al.,1994,FEBS Lett.351:231−236)により、アトピー性皮膚炎患者およびアレルギー性喘息患者のT細胞において健常者のT細胞よりも強く発現される、164bpのDNA断片(クローンB1799−01)(配列番号:3;プライマー配列は除いてある)を見出した。この断片を検出したDD解析において用いたアンカープライマーはGT15C(配列番号:5)、任意プライマーはAG00189(TCTCTGGAGT/配列番号:6)である。この断片が由来する遺伝子をB1799と名付けた。
〔実施例2〕B1799のクローニング
DD配列を利用して、ヒト白血球cDNAライブラリーを鋳型にして、5’−RACE法によるPCRクローニングを行った結果、全長486bpのDNA断片を得た(配列番号:4)。公共データベースでBLAST検索を行った結果、この塩基配列の塩基番号27〜255の領域の配列が、かずさDNA研究所で同定された遺伝子KIAA0603(GenBankアクセッションNo.AB011175)の配列と100%一致することが判明した。KIAA0603は5922bpのcDNAであり、ORF中にメチオニンで始まる1299アミノ酸残基からなる蛋白質をコードする。相同性配列領域はKIAA0603遺伝子のORF領域内で塩基番号2152〜2380領域である。また486bp配列は13番染色体ゲノム配列であるGenBankアクセッションNo.AL162571の塩基番号128071〜127586領域(逆鎖)と完全に一致した。
〔実施例3〕B1799の定量的PCRによる発現定量
DD配列はKIAA0603遺伝子由来の未成熟なmRNAのイントロン領域に由来すると判断された。以後、B1799はKIAA0603遺伝子と同一であると判断して、KIAA0603遺伝子を解析した。KIAA0603のORF領域内に以下に示したmRNA定量用のプライマー、プローブを設計し、発現定量に用いた。TQ1799orfはTaqMan法による遺伝子発現定量に使用したTaqManプローブで、5’端はFAM(6−carboxyfluorescein)で、3’端はTAMRA(6−carboxy−tetramethyl−rhodamine)で蛍光標識されている。ABI−PRISM7700を用いてDNA増幅をリアルタイムに検出した。
〔実施例4〕病態関連性
アトピー性皮膚炎患者のT細胞から調製したRNAにおけるB1799遺伝子の発現を、実施例3に記載の方法により測定した。結果を表1に示した。健常者とアトピー性皮膚炎患者の2群に分けてt−検定を行ったところ、患者群での発現量が有意差(p<0.05)に高いことが判明した。
特に、健常者および軽症患者と比べて中等症患者で発現が高かった。具体的には、アトピー性皮膚炎を、軽症、中等症、重症で群分けし、健常群を加えて4群で分散分析を行った。その結果、4群の中の発現量に有意差(p<0.05)があることが判明した。FisherのPLSD法を用いてポストホック検定を行い、群間差を比較した結果、以下の群わけで有意差および傾向があることが判明した。群わけでの発現を図1に示した。
健常者<軽症 (傾向 p<0.1)
健常者<中等症 (有意差 p<0.01)
重症<中等症 (傾向 p<0.1)
以上のように、健常者よりアトピー性皮膚炎患者での発現が高く、特に中等症患者での発現が高いことが判明した。
〔実施例5〕各種免疫細胞での発現量
T細胞、B細胞、好酸球、単球、および好中球での発現量をそれぞれ5人に由来するRNA試料を用いて測定した。その結果、T細胞での発現が最も高かった(図2)。その中ではCD4+,CD45RO+の表現形を示すT細胞すなわち、メモリーT細胞における発現が高いことが判明した(図3)。
〔実施例6〕T細胞活性化における発現変化
成熟T細胞が一度抗原刺激を受けた後に、さらに抗原刺激を受けるとアポトーシスを起こすことが知られ、T細胞の活性化細胞死と言われている。T細胞の活性化細胞死は末梢における免疫寛容や免疫反応の制御に関与していると考えられている(Yili Yang et al.,J.Exp.Med.181:1673−1682,1995)。これらの制御におけるB1799の役割を検討するため、T細胞活性化細胞死とグルココルチコイドによる細胞死におけるB1799の発現変動を測定した。末梢血由来T細胞は、5%FCS含有RPMI1640に、1mMピルビン酸ナトリウム、2mM L−グルタミン、100u/mlペニシリン、および100μg/mlストレプトマイシンを加え、さらに200u/mlのIL−2(イムネース,塩野義製薬)を添加した培地を用い、5%二酸化炭素、湿度95%、37℃で培養した。まず、末梢から分離したCD3+細胞を抗CD3抗体(OKT3,ヤンセン協和)をコートしたプレートで5日間培養し、続いて、抗CD3抗体のない状態で3日間培養した。得られたT細胞を、再度抗CD3抗体をコートしたプレートで刺激培養し活性化細胞死を測定した。経時的に細胞を回収し、常法によってRNAを抽出し、定量的PCRに使用した。無刺激コントロールは抗CD3抗体をコートしないプレートを用いた。
また、T細胞にアポトーシスを誘導するグルココルチコイド(Kofler R.,Histochem.Cell Biol.,2000 Jul;114(1):1−7)としてデキサメサゾン(100nM、シグマ)を無刺激コントロールに添加し、その影響を検討した。
図4aに示したように、抗CD3抗体を用いてヒト末梢血由来T細胞に、T細胞受容体からの2度目の刺激をかけると、刺激をかけた49時間後から明らかな細胞死が誘導された。このT細胞活性化の過程でB1799は刺激後2時間において顕著に誘導を受けた。一方、デキサメサゾンでは末梢血T細胞には顕著な細胞死は誘導されず、B1799の発現にも変動は認められなかった(図4b″DEX″)。同様な実験で、T細胞をいろいろな薬剤で刺激すると、抗CD3抗体のほかに、カルシウムイオノフォアであるイオノマイシン1μg/ml(シグマ)単独の刺激(図中″イオノマイシン″)、あるいはイオノマイシンとフォルボル12−ミリステート13−アセテート25ng/ml(PMA、シグマ)の刺激(図中″io+PMA″)によってもB1799の顕著な発現誘導が認められた(図5)。以上から、B1799はT細胞の活性化に伴って発現が上昇することが明らかとなった。さらに、その後に起こる活性化細胞死になんらかの関わりを持つ可能性が示された。
〔実施例7〕アミノ酸配列構造解析
B1799がコードする蛋白質の構造を図6に示した。リン酸化チロシン結合領域で蛋白質結合に関与するホスフォチロシン相互作用ドメイン(Phosphotyrosine interaction domain;PTB/PID)をN末領域に2箇所持つ。C末側にTBCドメインを持つ。
このTBCドメインを含む886番目のアミノ酸から1237番目のアミノ酸の領域は、ヒトrab6 GTPase activating protein(Cuif,M.H.et al.,EMBO J.:18(7):1772−82,1999)(ACCESSION NP_036329)とBLAST検索において31%の相同性を示す。また、853番目のアミノ酸から1107番目のアミノ酸領域は酵母GTPase activating protein(GAP)であるGyp1p蛋白(ACCESSION NP_014713)とBLAST検索において21%の相同性が認められた。結晶構造が決定されているGyp1pのGTPase活性化部位構造を基にして(Rak,A.et al.,EMBO J.19:5105−5113,2000)、B1799蛋白質の構造を予測すると図7のように非常に似た立体構造をとりうることが判明した。B1799蛋白質のArg973残基はGyp1pのGTPase活性化部位として必須なArg343残基に相当する。従って、B1799蛋白質はGTPase activating proteinである可能性が高く、しかもArg973残基がその活性に重要な役割を果たすことが予測された。
シグナル伝達で重要な役割を担うGTP結合蛋白質はGTP結合型がシグナル伝達における活性型であり、結合しているGTPがGDPに変換されると不活性型となる。GTP結合蛋白質自身がGTPase活性を有しており、GTPase activating proteinはそのGTPase活性を増強する働きを持つ。GTPase activating proteinはGTP結合蛋白質が不活性化型に変換することを助けることによって、シグナル伝達の制御を行っている。
以上から、B1799はGTP結合蛋白質の活性を制御することでT細胞が活性化されるシグナル伝達経路のなかで重要な役割を果たしていると考えられる。
また、B1799がコードするアミノ酸配列は全領域にわたってマウスTbc1と高い相同性を示した。Tbc1はマスト細胞分化で変動する遺伝子として発見され、細胞の分化、細胞周期抑制に関与することが示唆されている(Paul M.Richardson and Leonard I.Zon.,Oncogene 11:1139−1148,1995)。Tbc1と同様にB1799も細胞の分化、細胞周期抑制に関与する可能性がある。
産業上の利用の可能性
本発明により、健常者とアレルギー性疾患の患者との間で発現に差の見られる遺伝子が提供された。本発明の遺伝子の発現を指標とすることにより、アレルギー性疾患の検査、および治療薬候補化合物のスクリーニングを行うことが可能となった。本発明は指標遺伝子の発現レベルの測定により簡便に検査を実施することが可能で、アレルギー反応の病態を迅速に把握することができる。また本発明によるアレルギーの検査方法は、末梢血白血球などの生体試料を試料としてその発現レベルを解析することができるので、患者に対する侵襲性が低い。しかも遺伝子発現解析に関しては、微量サンプルによる高感度な測定が可能である。遺伝子解析技術は、年々ハイスループット化、低価格化が進行している。したがって本発明によるアレルギーの検査方法は、近い将来、ベッドサイドにおける重要な診断方法となることが期待される。この意味でこれらの病態関連遺伝子の診断的価値は高い。また、本発明のスクリーニング方法は、新たなアレルギー性疾患治療薬の開発への応用が期待できる。
【配列表】
【図面の簡単な説明】
図1は、B1799のアトピー性皮膚炎患者試料における発現量を示す図である。
図2は、末梢血白血球細胞におけるB1799の発現量を示す図である。
図3は、末梢血由来T細胞亜集団でのB1799の発現量を示す図である。
図4は、T細胞活性化細胞死での死細胞率変化(a)およびT細胞活性化細胞死におけるB1799の発現変化(b)を示す図である。
図5は、T細胞刺激によるB1799の発現変化を示す図である。
図6は、B1799の構造を示す図である。
図7は、B1799の蛋白質立体構造予測モデルを示す写真である。Gyp1pのArg343とB1799のArg973を矢印で示した。
本発明は、アレルギー性疾患の検査方法およびアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法に関する。
背景技術
アトピー性皮膚炎等のアレルギー性疾患は、多因子性の病気(multifactorial diseases)と考えられている。これらの病気は多くの異なる遺伝子の発現の相互作用によって起こり、これらの個々の遺伝子の発現は、複数の環境要因によって影響を受ける。このため、特定の病気を起こす特定の遺伝子を解明することは、非常に困難である。またアレルギー性疾患には、変異や欠陥を有する遺伝子の発現、または特定の遺伝子の過剰発現や発現量の減少が関わっていると考えられている。病気に関して遺伝子発現が果たしている役割を解明するためには、遺伝子が発症にどのように関わり、薬剤などの外的な刺激が遺伝子発現をどのように変化させるのかを理解する必要がある。
現在アレルギー性疾患の診断においては、一般に、問診、家族歴、そして本人の既往症の確認が重要な要素となっている。またアレルギーをより客観的な情報に基づいて診断するために、血液を試料とする試験方法や、アレルゲンに対する患者の免疫学的な応答を観察する方法も実施されている。前者の例として、アレルゲン特異的IgE測定、白血球ヒスタミン遊離試験、あるいはリンパ球幼若化試験等が挙げられる。アレルゲン特異的IgEの存在は、そのアレルゲンに対するアレルギー反応の証明である。しかし患者によっては、必ずしもアレルゲン特異的なIgEを検出できるとは限らない場合もある。また、その測定原理上、診断に必要なアレルゲンの全てに対して試験を実施しなければならない。白血球ヒスタミン遊離試験やリンパ球幼若化試験は、免疫システムのアレルゲンに対する反応をin vitroで観察する方法である。これらの方法は、操作が煩雑である。
一方、患者を実際にアレルゲンに接触させたときに観察される免疫応答をアレルギーの診断に役立てる方法も公知である。プリック・テスト、スクラッチ・テスト、パッチ・テスト、皮内反応、あるいは誘発試験等が、この種の試験に含まれる。これらの試験方法は、患者のアレルギー反応を直接診断することができる反面、実際に被検者をアレルゲンに曝露する侵襲性を伴った検査である。
この他、アレルゲンに関わらず、アレルギー反応の関与を証明するための試験方法も試みられている。たとえば、血清IgE値が高値である場合、その患者にはアレルギー反応が起きていると推定することができる。血清IgE値は、アレルゲン特異IgEの総量に相当する情報である。アレルゲンの種類に関わらずIgEの総量を決定することは容易であるが、非アトピー型気管支炎等の疾患を持つ患者では、IgEが低値となる場合がある。
好酸球数とECP値は、I型アレルギーに引き続いて起きる遅延型反応や、アレルギー性炎症反応に関連する診断項目である。好酸球の数は、アレルギー症状の進展を反映するとされている。また、好酸球の顆粒に含まれる蛋白質であるECP(eosinophil cationic protein)も、喘息患者の発作に伴って強く活性化される。これらの診断項目は、確かにアレルギー症状を反映するものではある。しかし、実際に診断の指標とできる範囲は限られている。
したがって、患者に対する侵襲が少なく、しかも診断に必要な情報を容易に得ることができる、アレルギー性疾患のマーカーが提供されれば有用である。このようなマーカーは、アレルギー性疾患の発症に深く関与していると考えられるので、診断のみならず、アレルギー症状のコントロールにおいても、重要な標的となる可能性がある。
発明の開示
本発明は、アレルギー性疾患の検査を可能とする指標遺伝子を提供することを課題とする。さらに、本発明は該遺伝子の発現を指標とした、アレルギー性疾患の検査方法およびアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法を提供することを課題とする。
本発明者らは、既に確立された「蛍光DD(Fluorescent DD)法」(T.Itoら,1994,FEBS Lett.351:231−236)の手順に基づき、複数のヒトの血液から調製したT細胞RNAサンプルを解析できるDDシステムを開発した。本出願人は、このDDシステムを利用して、花粉症患者の末梢血の血液細胞において発現レベルが変化している次の遺伝子の単離に成功し、特許出願している。
また同様にしてディファレンシャルディスプレイ法によりアレルギー性疾患の患者末梢血T細胞と健常者の間で発現に差の見られる遺伝子を探索した結果,患者群で有意に発現量が上昇する遺伝子B1153を見出し特許出願した(WO02/50269)。
本発明者らは、このシステムをアレルギー性疾患特異的に発現量が異なる遺伝子の単離に応用した。すなわち、まず本発明者らは、健常者およびアレルギー性疾患(アトピー性皮膚炎患者およびアレルギー性喘息患者)の患者から血液を採取し、その血液からT細胞を分離して、前記システムを利用し、健常者群と患者群で発現量が変化する遺伝子のスクリーニングを行った。その結果、患者群において有意に高い発現量を示す遺伝子B1799の同定に成功した。単離されたこの遺伝子は、KIAA0603(GenBankアクセッションNo.AB011175)と同一の遺伝子であった。KIAA0603(GenBankアクセッションNo.AB011175)のマウスホモログについては、ゲノム配列情報と組織における発現データが示されている(Genomics 2002 Feb;79(2):154−61 Candidate genes required for embryonic development:a comparative analysis of distal mouse chromosome 14 and human chromosome 13q22.Kurihara LJ,Semenova E,Miller W,Ingram RS,Guan XJ,Tilghman SM.Howard Hughes Medical Institute and Department of Molecular Biology,Princeton University,Princeton,NewJersey 08544,USA.)。この報告においては、Endothelin B receptorをコードする近傍を配列決定し、マウスホモログはこの領域に含まれる複数の遺伝子の一つとして示されている。この領域を欠損するとマウスの胎生致死となる領域であり、それらの遺伝子がなんらかの関与をするかもしれないと判断している。免疫、アレルギーと関連した情報は含まれていない。
単離されたヒトB1799遺伝子は、1299アミノ酸残基からなる蛋白質をコードし、その蛋白質はGTPase activating proteinの特徴を有していることから、細胞の分化、細胞周期制御に関与することが示唆された。B1799遺伝子の発現は、健常者よりアトピー性皮膚炎患者での発現が高く、特に中等症患者での発現が高いことが判明した。様々なタイプの白血球において、この遺伝子の発現を調べたところ、特にT細胞での発現が高く、その中でもメモリーT細胞における発現が高かった(CD4+かつCD45RO+の表現形を示す細胞)。また、in vitro刺激実験の結果、本発明者らはT細胞の活性化細胞死の過程でB1799のmRNA発現が誘導されることを見出した。T細胞受容体からの刺激やカルシウムイオノフォア(イオノマイシン)の刺激などのT細胞が活性化される条件で、B1799のmRNA発現が誘導された。B1799遺伝子の発現とT細胞の活性化状態との相関は、この遺伝子のアレルギー性疾患への関与を裏付ける。そして本発明者らは、この遺伝子の発現量を指標として、アレルギー性疾患の検査、およびアレルギー性疾患治療薬候補化合物のスクリーニングを行うことが可能であることを見出し、本発明を完成した。
すなわち本発明は、アレルギー性疾患患者で高い発現を示す遺伝子B1799の発現を指標としたアレルギー性疾患の検査方法およびアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法に関する。より具体的には、以下のアレルギー性疾患検査方法、そのためのキット、並びにアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法に関する。
〔1〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の検査方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)被検者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程
(b)該発現レベルを、健常者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルと比較する工程
(c)該被検者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルの有意な上昇が観察された場合に被検者がアレルギー性疾患を有すると判定する工程
〔2〕アレルギー性疾患がアトピー性皮膚炎である、〔1〕に記載の検査方法、
〔3〕遺伝子の発現レベルを、cDNAのPCRによって測定する〔1〕に記載の検査方法、
〔4〕遺伝子の発現レベルを、該遺伝子によってコードされる蛋白質の検出によって測定する〔1〕に記載の検査方法、
〔5〕生体試料が末梢血T細胞を含む試料である〔1〕に記載の方法。
〔6〕B1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続する少なくとも15塩基の配列を含むポリヌクレオチドからなる、アレルギー性疾患検査用試薬、
〔7〕B1799遺伝子によってコードされるアミノ酸配列からなるポリペプチドに結合する抗体からなる、アレルギー性疾患検査用試薬、
〔8〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)該指標遺伝子を発現する細胞に候補化合物を接触させる工程
(b)該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
〔9〕細胞がT細胞である〔7〕に記載の方法、
〔10〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)被験動物に候補化合物を投与する工程、
(b)該被験動物の白血球における該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を投与しない対照と比較して該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
〔11〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)該指標遺伝子の転写調節領域の制御下に連結されたレポーター遺伝子を含む細胞に候補化合物を接触させる工程、
(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
〔12〕次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法、
(a)該指標遺伝子またはそれと機能的に同等な遺伝子によってコードされる蛋白質と候補化合物とを接触させる工程、
(b)該蛋白質の活性を測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該蛋白質の活性を低下させる化合物を選択する工程
〔13〕〔8〕、〔10〕、〔11〕、および〔12〕のいずれかに記載のスクリーニング方法によって得ることができる化合物を主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬、
〔14〕指標遺伝子のセンス鎖の塩基配列の連続する少なくとも15塩基の配列に対して相補的な配列を含むアンチセンスDNAを主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である治療薬、
〔15〕指標遺伝子によってコードされる蛋白質に結合する抗体を主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である治療薬、
〔16〕T細胞における指標遺伝子またはそれと機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させたトランスジェニック非ヒト脊椎動物のアレルギー性疾患のモデル動物としての使用であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である使用、
〔17〕指標遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続する少なくとも15塩基の配列を含むポリヌクレオチド、および該指標遺伝子を発現する細胞を含む、アレルギー性疾患の治療薬をスクリーニングするためのキットであって、該指標遺伝子がB1799遺伝子であるキット、
〔18〕指標遺伝子によってコードされるアミノ酸配列からなるポリペプチドに結合する抗体、および該指標遺伝子を発現する細胞を含む、アレルギー性疾患の治療薬をスクリーニングするためのキットであって、該指標遺伝子がB1799遺伝子であるキット。
また本発明は、以下の(A)−(C)のいずれかに示す化合物を投与する工程を含む、アレルギー性疾患の治療方法に関する。あるいは本発明は、以下の(A)−(C)のいずれかに示す化合物のアレルギー性疾患の治療薬の製造における使用に関する。
(A)〔8〕、〔10〕、〔11〕、および〔12〕のいずれかに記載のスクリーニング方法によって得ることができる化合物
(B)B1799遺伝子のセンス鎖の塩基配列の連続する少なくとも15塩基の配列に対して相補的な配列を含むアンチセンスDNA
(C)B1799遺伝子によってコードされる蛋白質に結合する抗体
更に本発明は、非ヒト脊椎動物におけるT細胞のB1799またはB1799と機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させる工程を含む、アレルギー性疾患のモデル動物の製造方法に関する。あるいは本発明は、B1799またはB1799と機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させたトランスジェニック非ヒト脊椎動物のアレルギー性疾患のモデル動物としての使用に関する。
本発明は、被検者の白血球におけるB1799遺伝子の発現レベルを指標とする、アレルギー性疾患の検査方法に関する。本発明において、B1799遺伝子は、健常者群とアレルギー性疾患の患者群との比較において、患者群で高い発現を示すことが証明された。従って、B1799遺伝子の発現レベルを指標として、アレルギー性疾患の検査を行うことができる。本発明においてB1799遺伝子を、「指標遺伝子」と称する。本発明において、アレルギー性疾患(allergic disease)とはアレルギー反応の関与する疾患の総称である。より具体的には、アレルゲンが同定され、アレルゲンへの曝露と病変の発症に深い結びつきが証明され、その病変に免疫学的な機序が証明されることと定義することができる。ここで、免疫学的な機序とは、アレルゲンの刺激によって白血球が免疫応答を示すことを意味する。アレルゲンとしては、ダニ抗原や花粉抗原等を例示することができる。
代表的なアレルギー性疾患には、アトピー性皮膚炎、アレルギー性鼻炎、花粉症、気管支喘息、あるいは昆虫アレルギー等を示すことができる。アレルギー素因(allergic diathesis)とは、アレルギー性疾患を持つ親から子に伝えられる遺伝的な因子である。家族性に発症するアレルギー性疾患はアトピー性疾患とも呼ばれ、その原因となる遺伝的に伝えられる因子がアトピー素因である。喘息は、アレルギー性疾患のうち、特に呼吸器症状を伴う疾患に対して与えられた総称である。
本発明においてB1799遺伝子とは、本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子およびそれと同一の遺伝子座または他生物において相同の遺伝子座にある遺伝子を言う。例えば本発明においてB1799遺伝子は、本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子と同じまたは相同の遺伝子座にある任意の対立遺伝子が含まれる。本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子がコードする転写産物の塩基配列を配列番号:1に、この遺伝子がコードする蛋白質のアミノ酸配列を配列番号:2に示す。本発明においてB1799遺伝子には、具体的には、本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子(配列番号:1)、その多型(SNPを含む)、変異体、スプライシングバリアント、および他生物のホモログを含む。これらの遺伝子は、配列番号:1に記載のヒトB1799遺伝子と実質的に同一または類似の発現制御を受けていると考えられることから、それらの発現を検出することにより、本発明のアレルギー性疾患の検査を行うことが可能である。
具体的には、本発明においてB1799遺伝子は、以下の核酸からなる内在性遺伝子と実質的に同一の遺伝子である。内在性遺伝子とは、自然界の生物が元来保持している、人の手により改変されていない遺伝子を言い、それと同一の塩基配列からなる遺伝子は、内在性遺伝子と実質的に同一の遺伝子である。また「遺伝子」とは、ここでは転写産物またはそれをコードする核酸(DNAまたはRNAなど)を言う。
(a)配列番号:1に記載の塩基配列から選択された塩基配列を含む核酸。
(b)配列番号:1のコード配列の塩基配列において、1または複数の塩基が置換、欠失、および/または挿入した塩基配列を含む核酸。
(c)配列番号:2に記載のアミノ酸配列の連続した少なくとも15アミノ酸をコードする核酸。
(d)配列番号:2に記載のアミノ酸配列において、1または複数のアミノ酸が置換、欠失、および/または挿入したアミノ酸配列を含む蛋白質をコードする核酸。
(e)配列番号:1に記載の連続した少なくとも50塩基を含み、配列番号:1に記載した塩基配列以外の配列を含まない核酸と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸。
(a)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:1(より好ましくは配列番号:1のコード配列;塩基位置348〜4244)に記載の塩基配列の連続した少なくとも40塩基、より好ましくは60塩基以上、より好ましくは100塩基以上、より好ましくは200塩基以上、より好ましくは500塩基以上、より好ましくは1000塩基以上、最も好ましくは5922塩基(すなわち全長)を含む核酸が含まれる。このような核酸には、主に同一種内の遺伝子の多型、変異体、およびスプライシングバリアントが含まれ得る。また(a)に記載の核酸としては、配列番号:1に記載の塩基配列の連続した少なくとも30塩基、より好ましくは35塩基以上、より好ましくは40塩基以上、より好ましくは45塩基以上、より好ましくは50塩基以上の塩基配列を含む核酸が挙げられる。塩基配列は、配列番号:1のコード配列(塩基位置348〜4244)から選択することが好ましい。塩基配列は、任意の数を選択することができる。複数の塩基配列を選択する場合には、オーバーラップしないように2箇所以上、好ましくは3箇所以上、より好ましくは4箇所以上、より好ましくは5箇所以上の連続した塩基配列を含む核酸がより好ましい。
(b)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:1のコード配列(配列番号:1の塩基位置348〜4244)において、全塩基数の15%以内、より好ましくは10%以内、より好ましくは8%以内、より好ましくは5%以内、より好ましくは1%以内の塩基が置換、欠失、および/または挿入した塩基配列を含む核酸が含まれる。このような核酸には、近縁の他種生物のカウンターパートの遺伝子、その多型、その変異体、およびそのスプライシングバリアントなどが含まれ得る。このような核酸は、好ましくは配列番号:1のコード配列と85%以上、より好ましくは90%以上、より好ましくは92%以上、より好ましくは95%以上、より好ましくは99%以上の同一性を有する塩基配列を含む核酸である。
塩基配列またはアミノ酸配列の同一性は、例えばBLASTプログラム(Altschul,S.F.et al.,1990,J.Mol.Biol.215:403−410)を用いて決定することができる。具体的には、塩基配列の同一性を決定するにはblastnプログラム、アミノ酸配列の同一性を決定するにはblastpプログラムを用い、例えばNCBI(National Center for Biothchnology Information)のBLASTのウェブサイトにおいてLow complexityを含むフィルターは全てOFFにして、デフォルトのパラメータを用いて検索を行う(Altschul,S.F.et al.(1993)Nature Genet.3:266−272;Madden,T.L.et al.(1996)Meth.Enzymol.266:131−141;Altschul,S.F.et al.(1997)Nucleic Acids Res.25:3389−3402;Zhang,J.& Madden,T.L.(1997)Genome Res.7:649−656)。例えば2つの配列の比較を行うblast2sequencesプログラム(Tatiana A et al.(1999)FEMS Microbiol Lett.174:247−250)により、2配列のアライメントを作成し、配列の同一性を決定することができる。ギャップはミスマッチと同様に扱い、配列番号:1のコード配列全体に対する同一性の値を計算する。
(c)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:2に記載のアミノ酸配列の連続した少なくとも20アミノ酸、より好ましくは30アミノ酸以上、より好ましくは50アミノ酸以上、より好ましくは100アミノ酸以上、より好ましくは300アミノ酸以上、より好ましくは500アミノ酸以上、最も好ましくは1299アミノ酸(すなわち全長)をコードする核酸が含まれる。このような核酸には、上記の(a)と同様に、主に同一種内の遺伝子の多型、変異体、およびスプライシングバリアントが含まれ得る。また(c)に記載の核酸としては、配列番号:2に記載の塩基配列の連続した少なくとも8アミノ酸、より好ましくは10アミノ酸以上、より好ましくは15アミノ酸以上、より好ましくは20アミノ酸以上、より好ましくは25アミノ酸以上のアミノ酸配列をコードする塩基配列部分を、オーバーラップしないように2箇所以上、好ましくは3箇所以上、より好ましくは4箇所以上、より好ましくは5箇所以上含む核酸がより好ましい。
(d)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:2に記載のアミノ酸配列において、全アミノ酸数の15%以内、より好ましくは10%以内、より好ましくは8%以内、より好ましくは5%以内、より好ましくは1%以内のアミノ酸が置換、欠失、および/または挿入したアミノ酸配列を含む蛋白質をコードする核酸が含まれる。この核酸は、非翻訳配列を含んでいてよい。このような核酸には、近縁の他種生物のカウンターパートの遺伝子、その多型、その変異体、およびそのスプライシングバリアントなどが含まれ得る。このような核酸は、好ましくは配列番号:2に記載のアミノ酸配列と85%以上、より好ましくは90%以上、より好ましくは92%以上、より好ましくは95%以上、より好ましくは99%以上の同一性を有するアミノ酸配列を含む蛋白質をコードする核酸である。ギャップはミスマッチと同様に扱い、配列番号:2のアミノ酸配列全体に対する同一性の値を計算する。アミノ酸配列の同一性は上記に従って決定することができる。
(e)に記載の核酸には、好ましくは配列番号:1(より好ましくは配列番号:1のコード配列;塩基位置348〜4244)に記載の連続した少なくとも80塩基、より好ましくは100塩基以上、より好ましくは120塩基以上、より好ましくは200塩基以上を含み、配列番号:1(より好ましくは配列番号:1のコード配列;塩基位置348〜4244)に記載した塩基配列以外の配列を実質的に含まない核酸と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸が含まれる。このような核酸は、例えば配列番号:1に記載の塩基配列を含む核酸を鋳型にして作製されたプローブと、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸であってよい。50塩基から数百塩基の長さのプローブは、例えばDNA合成により合成することもできるし、あるいはランダムプライム法、ニックトランスレーション、またはPCR法などにより作製することができる。
(e)に記載の核酸における、ストリンジェントな条件とは、好ましくは0.5〜0.9M程度のNaClを含むハイブリダイゼーション溶液中、60℃、好ましくは62℃、より好ましくは65℃でハイブリダイゼーションを行い、その後ハイブリダイゼーションと同じ温度で1×SSC中、好ましくは0.5×SSC中、より好ましくは0.2×SSC中、より好ましくは0.1×SSC中で、1時間洗浄する条件である。但し、ストリンジェンシーを大きく左右するハイブリダイゼーションや洗浄の温度条件は、プローブの融解温度(Tm)に応じて調整することができる。Tmはハイブリダイズする塩基対に占める構成塩基の割合、プローブの鎖長、ハイブリダイゼーション溶液組成(塩濃度およびホルムアミド濃度)によって変動する。したがって、当業者であればこれらの条件を考慮して同等のストリンジェンシーを与える条件を経験的に設定することができる。ハイブリダイゼーション溶液としては、例えば4×SSC、または好ましくはExpressHyb(登録商標)Hybridization Solution(Clontech社製)などを用いることができる。
B1799遺伝子は、好ましくはGTPase activating protein(GAP)をコードしている。GAPはGTP結合蛋白質に結合する蛋白質である。GAPが相互作用することにより、GTP結合蛋白質のGTPase活性は増強される(Scheffzek,K.et al.,Trends Biochem.Sci.,1998,23(7):257−262)。シグナル伝達で重要な役割を担うGTP結合蛋白質はGTP結合型がシグナル伝達における活性型であり、結合しているGTPがGDPに変換されると不活性型となる。GTP結合蛋白質自身がGTPase活性を有しており、GAPはそのGTPase活性を増強する働きを持つ。GAPはGTP結合蛋白質が不活性化型に変換することを助けることによって、シグナル伝達の制御を行っている。また本発明においてB1799遺伝子は、好ましくはリン酸化チロシン結合領域で蛋白質間結合に関与するホスフォチロシン相互作用ドメイン(Phosphotyrosine interaction domain;PTB/PID)およびTBCドメインを持つ蛋白質をコードしている。PTB/PIDはリン酸化チロシンと相互作用する蛋白質に保存されたドメインであり、細胞表面受容体または蛋白質輸送などにおけるシグナル伝達を含む種々の生物学的プロセスに関与する一群の蛋白質に見出される(Bork,P.and Margolis,B.,1995,Cell 80(5):693−694)。TBCドメインはTbc1(Richardson,P.M.and Zon,L.I.,1995,Oncogene 11(6):1139−1148)で見出されたドメインで、オンコジーンtre−2ならびに酵母の細胞周期制御因子BUB2およびcdc16に共通している。TBCドメインはGyp6やGyp7に存在し、Rab−like GTPaseのGAPに広く存在するドメインと考えられている(Neuwald,A.F.,1997,Trends Biochem.Sci.22(7):243−244)。
また、B1799遺伝子は、好ましい態様において、天然のヒト細胞において配列番号:1に記載の塩基配列からなるmRNAをコードするゲノムDNAの転写を制御するプロモーターから転写される転写産物または他の生物におけるそのカウンターパートのプロモーターから転写される転写産物をコードする核酸である。
本発明のアレルギー性疾患の検査方法は、具体的には、(a)被検者の生体試料における指標遺伝子(すなわちB1799遺伝子)の発現レベルを測定する工程、(b)該発現レベルを健常者の対応する生体試料における該遺伝子の発現レベルと比較する工程、および(c)該被検者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルが上昇していた場合に被検者がアレルギー性疾患を有すると判定する工程、を含む。本発明においてB1799遺伝子は検査の指標とすることができることから、本発明においてB1799遺伝子を単に指標遺伝子とも言う。上記のように、本発明において、B1799遺伝子は、ヒト遺伝子のみならず他種におけるホモログを含む。したがって、ヒト以外の種におけるB1799遺伝子とは、特に断らないときには、ヒトB1799遺伝子のその種における内因性ホモログを言う。被検者および健常者におけるB1799遺伝子の発現レベルの比較の結果、被検者の発現レベルが健常者のそれに比べ有意に高ければ、被検者はアレルギー性疾患と判定される。あるいは、健常者におけるB1799遺伝子の発現レベルに基づいて、予め標準値を設定しておき、被検者の発現レベルを、この標準値に対して比較してもよい。指標遺伝子の測定値に基づいて、標準値や許容範囲を設定する手法は公知である。たとえば±2S.D.の範囲を許容範囲とすることもできる。被検者における指標遺伝子の発現レベルが許容範囲にあれば、その被検者はアレルギー性疾患に関して正常と予想され、高ければ、その被検者はアレルギー性疾患と判定される。
本発明の検査は、B1799遺伝子のみを用いるのでなはく、アレルギー性疾患の指標となる他の遺伝子と組み合わせて用いて実施することもできる。複数の遺伝子を組み合わせてそれらの遺伝子の発現を測定することによって検査精度を高めることができる。アレルギー性疾患患者は、多くの場合ヘテロジーニアス(不均一)な集団なので、複数の遺伝子を指標とすることにより、より確実な診断を行うことができる。
本発明において指標遺伝子の発現には転写および翻訳が含まれる。すなわち、指標遺伝子の発現レベルは、指標遺伝子のmRNAレベルまたは蛋白質レベルであってよい。従って、本発明によるアレルギー性疾患の検査方法は、該遺伝子に対応するmRNAレベル、あるいは該遺伝子によってコードされる蛋白質レベルの比較に基づいて行うことができる。mRNAレベルの測定は、公知の遺伝子解析方法にしたがって実施することができる。具体的には、たとえばこの遺伝子にハイブリダイズする核酸をプローブとしたハイブリダイゼーション技術、またはこの遺伝子にハイブリダイズするDNAをプライマーとした遺伝子増幅技術等を利用することができる。
本発明の検査に用いられるプローブまたはプライマーは、前記指標遺伝子の塩基配列に基づいて設定することができる。例えば、本実施例において同定されたヒトB1799遺伝子の塩基配列、並びに該遺伝子によってコードされる蛋白質のアミノ酸配列として、それぞれ配列番号:1および2を示すことができる。なお一般に高等動物の遺伝子は、高い頻度で多型を伴う。また、スプライシングの過程で相互に異なるアミノ酸配列からなるアイソフォームを生じる分子も多く存在する。多型や選択的スプライシング等によって塩基配列が上記と異なる遺伝子であっても、本発明において指標遺伝子として用いることができる。
プライマーあるいはプローブには、B1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続した少なくとも15ヌクレオチド、好ましくは少なくとも20ヌクレオチド、さらに好ましくは少なくとも30ヌクレオチド、さらに好ましくは少なくとも35ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを利用することができる。ここで「相補配列」とは、A:T(またはA:U)および/またはG:Cの塩基対からなる2本鎖ポリヌクレオチドの一方の鎖の塩基配列に対する他方の鎖の塩基配列を指す。また、このようなポリヌクレオチドは、上記のB1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の一部以外に他の塩基配列を含んでいてもよい。また、B1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続した少なくとも20個、好ましくは30個、さらに好ましくは35個、さらに好ましくは40個の連続したヌクレオチドの塩基配列と少なくとも70%、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上の塩基配列上の同一性を有するポリヌクレオチドも、本発明のアレルギー性疾患検査用試薬として用いることができる。塩基配列の相同性は、BLAST等のアルゴリズムにより決定することができる。上記ポリヌクレオチドは、指標遺伝子に特異的にハイブリダイズすることによりこの遺伝子の検出を可能にする。特異的なハイブリダイゼーションとは、上記のストリンジェントなハイブリダイゼーションの条件下で、他の遺伝子をコードするDNAおよび/またはRNAとクロスハイブリダイゼーションが有意に生じないことにより確認することができる。
このようなポリヌクレオチドは、該指標遺伝子を検出するためのプローブとして、また該指標遺伝子を増幅するためのプライマーとして利用することができる。プライマーとして用いる場合には、通常、15bp〜100bp、好ましくは15bp〜35bpの鎖長を有する。また、プローブとして用いる場合には、該指標遺伝子の少なくとも一部若しくは全部の配列(またはその相補鎖)を有し、少なくとも15bpの鎖長のDNAが用いられる。プライマーとして用いる場合、3’側の領域は相補的である必要があるが、5’側には制限酵素認識配列やタグなどを付加することができる。
なお、本発明における「ポリヌクレオチド」は、DNAあるいはRNAであることができる。これらポリヌクレオチドは、合成されたものでも天然のものでもよい。ハイブリダイゼーションに用いるプローブは、通常、標識したものが用いられる。標識方法としては、例えば次のような方法を示すことができる。なお用語オリゴヌクレオチドは、ポリヌクレオチドのうち、重合度が比較的低いものを意味している。オリゴヌクレオチドの鎖長は、例えば100ヌクレオチド以内である。なおオリゴヌクレオチドは、ポリヌクレオチドに含まれる。
・DNAポリメラーゼIを用いるニックトランスレーションによる標識
・ポリヌクレオチドキナーゼを用いる末端標識
・クレノウフラグメントによるフィルイン末端標識(Berger SL,Kimmel AR.(1987)Guide to Molecular Cloning Techniques,Method in Enzymology,Academic Press;Hames BD,Higgins SJ(1985)Genes Probes:A Practical Approach.IRL Press;Sambrook J,Fritsch EF,Maniatis T.(1989)Molecular Cloning:a Laboratory Manual,2nd Edn.Cold Spring Harbor Laboratory Press)
・RNAポリメラーゼを用いる転写による標識(Melton DA,Krieg,PA,Rebagkiati MR,Maniatis T,Zinn K,Green MR.(1984)Nucleic Acid Res.,12,7035−7056)
・放射性同位体を用いない修飾ヌクレオチドをDNAに取り込ませる方法(Kricka LJ.(1992)Nonisotopic DNA Probing Techniques.Academic Press)
ハイブリダイゼーション技術を利用したアレルギー性疾患の検査は、例えば、ノーザンハイブリダイゼーション法、ドットブロット法、DNAマイクロアレイを用いた方法などを使用して行うことができる。さらには、RT−PCR法等の遺伝子増幅技術を利用することができる。RT−PCR法においては、生物試料からRNAを抽出し、これを逆転写してcDNAを調製し、得られたcDNAを鋳型にPCRを行うことにより遺伝子発現レベルを測定する。RT−PCR法においては、遺伝子の増幅過程においてPCR増幅モニター法を用いることにより、遺伝子発現のより定量的な解析を行うことが可能である。
PCR遺伝子増幅モニター法においては、両端を互いの蛍光を打ち消し合う異なった蛍光色素で標識したプローブを用い、検出対象(DNAもしくはRNAの逆転写産物)にハイブリダイズさせる。PCR反応が進んでTaqポリメラーゼの5’−3’エキソヌクレアーゼ(exonuclease)活性により同プローブが分解されると二つの蛍光色素が離れ、蛍光が検出されるようになる。この蛍光の検出をリアルタイムに行う。検出対象についてコピー数の明らかな標準試料について同時に測定することにより、PCR増幅の直線性のあるサイクル数で目的試料中の検出対象のコピー数を決定する(Holland,P.M.et al.,1991,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:7276−7280;Livak,K.J.et al.,1995,PCR Methods and Applications 4(6):357−362;Heid,C.A.et al.,Genome Research 6:986−994;Gibson,E.M.U.et al.,1996,Genome Research 6:995−1001)。PCR増幅モニター法においては、例えば、ABI PRISM7700(PEバイオシステムズ社)を用いることができる。
また本発明のアレルギー性疾患の検査方法は、本発明における指標遺伝子によりコードされる蛋白質を検出することにより行うこともできる。以下、本明細書において、本発明における指標遺伝子によりコードされる蛋白質を指標蛋白質と記載する。このような検査方法としては、例えば、これら指標蛋白質に結合する抗体を利用したウェスタンブロッティング法、免疫沈降法、ELISA法などを利用することができる。
この検出に用いる、前記指標蛋白質に結合する抗体は、当業者に周知の技法を用いて得ることができる。本発明に用いる抗体は、ポリクローナル抗体、あるいはモノクローナル抗体(Milstein C,et al.,1983,Nature 305(5934):537−40)であることができる。例えば、指標蛋白質に対するポリクローナル抗体は、抗原を感作した哺乳動物の血液を取り出し、この血液から公知の方法により血清を分離する。ポリクローナル抗体としては、ポリクローナル抗体を含む血清を使用することができる。あるいは必要に応じてこの血清からポリクローナル抗体を含む画分をさらに単離することもできる。また、モノクローナル抗体を得るには、上記抗原を感作した哺乳動物から免疫細胞を取り出して骨髄腫細胞などと細胞融合させる。こうして得られたハイブリドーマをクローニングして、その培養物から抗体を回収しモノクローナル抗体とすることができる。
指標蛋白質の検出には、これらの抗体を適宜標識して用いればよい。また、この抗体を標識せずに、該抗体に特異的に結合する物質、例えば、プロテインAやプロテインGを標識して間接的に検出することもできる。具体的な検出方法としては、例えば、ELISA法を挙げることができる。
抗原に用いる蛋白質もしくはその部分ペプチドは、例えばこの蛋白質もしくはその一部をコードする遺伝子を発現ベクターに組み込み、これを適当な宿主細胞に導入して、形質転換体を作成し、該形質転換体を培養して組み換え蛋白質を発現させ、発現させた組み換え蛋白質を培養体または培養上清から精製することにより得ることができる。あるいは、この蛋白質のアミノ酸配列の部分アミノ酸配列からなるオリゴペプチドを化学的に合成し、免疫原として用いることもできる。
また本発明においては、白血球に含まれる指標蛋白質の活性を指標として、アレルギー性疾患の検査を行うこともできる。指標蛋白質の活性とは、該蛋白質が備える生物学的な活性を言う。具体的には、本発明における指標蛋白質の活性としてGAP活性、すなわちGTP結合蛋白質の活性化を挙げることができる。また、GTP結合蛋白質との相互作用を活性の指標とすることもできる。該指標蛋白質の活性の検出は、公知の方法に基づいて行うことができる。具体的には、GAPの活性測定は、この蛋白質が作用する特異的なGTP結合蛋白のGTPase活性を測定することで可能である。例えば、Gyp6蛋白はGTP結合蛋白であるYpt6蛋白に特異的に作用してそのGTPase活性を上昇させる。従って、Ypt6蛋白のGTPase活性の上昇を測定することによってGyp6蛋白の活性を測定することができる(Strom,M.et al.,1993,Nature 361(6414):736−739)。本発明における指標蛋白質B1799においても、この蛋白質が作用する特異的GTP結合蛋白の活性を測定することにより、指標蛋白質の活性を検出することができる。
本発明の検査方法においては、通常、被検者の生体試料を試料とする。生体試料としては、末梢血T細胞等を用いることができる。検査を行う白血球は精製試料でも粗精製試料でもよい。検査試料は、好ましくは被検者の末梢血白血球、より好ましくは末梢血T細胞である。T細胞は、末梢血から公知の方法によって調製することができる。すなわち、たとえばヘパリン採血した血液を希釈してフィコールを利用して遠心分離によって分画し、PBMCを分離する。分離されたPBMCは、そのまま本発明によるアレルギー性疾患の検査に用いることができる。PBMCには、リンパ球(lymphocyte)や単球(monocyte)が含まれる。しかし、実施例にも示すように、これらの血液細胞においては、指標遺伝子はT細胞で高い発現が見られる。T細胞以外の細胞から大きな影響を受けずに発現レベルを測定することができる。純粋なT細胞集団ではなく、リンパ球分画を試料として直接分析することにより、ベッドサイドにおける簡便な検査が可能となる。あるいは抗CD3抗体を固定したマイクロビーズでT細胞を特異的に吸着し分離することもできる。
血液細胞を破壊し、細胞中の指標遺伝子のmRNA、あるいは指標蛋白質を測定することができる。また血中に存在する指標蛋白質を測定することもできる。T細胞のライセートやmRNAの抽出には、市販のキットを利用すると便利である。例えば、RNeasy Mini(登録商標)(Qiagen製)またはISOGEN(登録商標)(ニッポンジーン)等を用いることができる。
被検生体試料における指標遺伝子の発現レベルの測定値は、公知の方法によって補正することができる。補正により、該生体試料における遺伝子の発現レベルの変化を比較することができる。測定値の補正は、該生体試料に発現し、かつ細胞の状態に関わらず発現レベルが大きく変動しない遺伝子(ハウスキーピング遺伝子など)の発現レベルの測定値に基づいて、本発明において指標とすべき遺伝子の発現レベルの測定値を補正することによって行うことができる。このような遺伝子としては、β−アクチン(β−actin)遺伝子、およびグリセルアルデヒド3リン酸脱水素酵素(GAPDH)遺伝子が挙げられる。
本発明の検査においては、被検者の白血球および健常者の対応する白血球における指標遺伝子の発現レベルを測定する。そして、被検者の白血球における発現レベルが、健常者のそれに比べ上昇しているかを調べる。被検者の白血球における指標遺伝子の発現レベルの上昇はアレルギー性疾患と関連付けられる。
本発明におけるアレルギー性疾患の検査とは、たとえば以下のような検査が含まれる。アレルギー性疾患様の症状を示しながら、一般的な検査ではアレルギー性疾患と判定できない患者であっても、本発明に基づく検査を行えばアレルギー性疾患の患者であることが容易に判定できる。より具体的には、アレルギー性疾患が疑われる症状を示す患者における指標遺伝子の発現の上昇は、その症状の原因がアレルギー性疾患である可能性が高いことを示している。アレルギー性疾患様の症状としては、具体的には、皮膚炎(かゆみ、発赤)、鼻炎(はなづまり、鼻水、くしゃみ)、喘息(喘鳴、呼吸困難)等を示すことができる。また、本発明におけるアレルギー性疾患の検査とは、たとえば上記のようなアレルギー性疾患様の症状がアレルギー反応に起因するものであるかどうかを判断するための検査が挙げられる。これらの症状は、それぞれ皮膚乾燥症、かぜ症候群(鼻風邪)、気管支炎などでも認められるが、本発明の検査方法により、その症状がアレルギー反応に起因しているのかどうかを判別可能である。また本発明のアレルギーの検査方法には、アレルギー素因を有するか否かを判断するための検査が含まれる。すなわち顕著な症状を示していない被検者に対して検査を行い、指標遺伝子の発現の上昇が認められればアレルギー素因を有すると判断される。あるアレルギー性疾患様の症状が、アレルギー反応が原因となっているか否かを診断することは、治療上、非常に重要な工程である。本発明の検査方法は、疾患原因の特定において、きわめて重要な情報を提供することができる。また、症状に関する情報を参照せずに被検者試料を検査して、指標遺伝子の発現が高い試料をスクリーニングすることによりアレルギー性疾患患者のスクリーニングを実施することもできる。
あるいは本発明の検査は、アレルギー症状が改善に向かっているのかどうかを判断するために有用である。本発明の指標遺伝子は、アレルギー性疾患の患者のPBMCに含まれるT細胞において発現量の増加を示した。T細胞は免疫応答において司令塔としての役割を果たす細胞である。したがって、アレルギー性疾患と診断された患者における指標遺伝子の発現の低下は、アレルギーの症状の改善を示唆し、指標遺伝子の発現の上昇は、アレルギーの症状が進行している可能性が高いことを示唆する。
また指標遺伝子B1799は、リンパ球の中でもT細胞での発現が高く、その中でも特にCD4+かつCD45RO+の表現形を示すT細胞すなわち、メモリーT細胞における発現が高いことが判明した。従って、該指標遺伝子はこれらのT細胞に対するマーカーとして利用することができる。また該指標遺伝子は、T細胞の活性化細胞死において発現が顕著に誘導される。また、イオノマイシンなどによる活性化刺激によっても発現が誘導される。このように該指標遺伝子の発現はT細胞の活性化状態を反映していることから、T細胞における該指標遺伝子の発現を測定することにより、T細胞の活性化レベルを知ることもできる。
また本発明は、T細胞における、指標遺伝子B1799またはB1799遺伝子と機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させたトランスジェニック非ヒト動物のアレルギー性疾患モデル動物としての使用に関する。アレルギー性疾患モデル動物は、アレルギーにおける生体内の変化を明らかにするために有用である。更に、本発明のアレルギー性疾患モデル動物は、アレルギー性疾患の治療薬の評価に有用である。
本発明によって、T細胞において前記指標遺伝子の発現レベルが、上昇することが明らかとなった。したがって、T細胞においてB1799遺伝子、またはB1799遺伝子と機能的に同等な遺伝子の発現レベルを人為的に増強した動物は、アレルギー性疾患のモデル動物として利用することができる。本発明においてトランスジェニック動物とは、ゲノムDNAにおける1または複数のヌクレオチドの挿入、置換、および/または欠失を伴う、遺伝的に改変された動物(genetically modified animals)を言う。このアレルギー性疾患モデル動物は、アレルギーにおける生体内の変化を明らかにするために有用である。更に、本発明のアレルギー性疾患モデル動物は、アレルギー性疾患の治療薬の評価およびスクリーニングに有用である。なおT細胞における発現レベルの上昇とは、血液細胞全体における指標遺伝子の発現レベルの上昇を含む。すなわち、前記指標遺伝子の発現レベルを上昇させるのはT細胞のみである場合のみならず、血液細胞全体において、あるいは全身性に前記遺伝子の発現レベルが上昇している場合を含む。
本発明においてB1799遺伝子と機能的に同等な遺伝子とは、指標遺伝子B1799によってコードされる蛋白質(指標蛋白質)の活性と同等の活性を備えた蛋白質をコードする遺伝子である。このような遺伝子としては、ヒトB1799遺伝子または他の生物のそのカウンターパートの人為的な改変体などが含まれる。例えば、ある遺伝子を発現ベクターに挿入する場合には、N末端またはC末端の数アミノ酸を欠失させたり、タグペプチドの配列または発現ベクター由来の他のアミノ酸配列を付加することが頻繁に行われる。このような蛋白質は天然の細胞が持つ内在性蛋白質とアミノ酸配列が異なるが、その活性は実質的に内因性蛋白質と同等である。本発明においてこのような蛋白質をコードする遺伝子は、内因性遺伝子と機能的に同等な遺伝子と称する。
本発明における指標蛋白質の活性としてはGAP活性が挙げられる。例えば配列番号:2に記載のヒトB1799蛋白質の1または複数のアミノ酸を欠失、挿入、および/または置換した蛋白質であって、GAP活性を有する蛋白質をコードする遺伝子を、本発明のトランスジェニックモデル動物の作製のために用いることができる。このような改変体蛋白質は、ヒトB1799蛋白質のアミノ酸配列に対して、たとえば90%以上、望ましくは95%以上、更に望ましくは99%以上の相同性を有する蛋白質である。また、配列番号:1とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列を含む遺伝子であって、GAP活性を有する蛋白質をコードする遺伝子も、B1799遺伝子と機能的に同等な遺伝子として用いることができる。
本発明のモデル動物は、例えば(a)該モデル動物の表現型を検出する工程、および(b)該モデル動物と比べT細胞における該指標遺伝子の発現レベルが低い動物(対照)の対応する表現型に対する違いをアレルギー疾患と関連付ける工程により、アレルギー疾患のモデルとして使用することができる。対照の動物としては、該モデル動物と同じ遺伝背景を持つ非トランスジェニック動物、または空のベクターを導入したトランスジェニック動物などが挙げられる。表現型としては、例えば皮膚炎、鼻炎、または喘息等のアレルギー症状、あるいは免疫系細胞の活性化または遺伝子発現の変化などを含む、所望の表現型が挙げられる。
本発明において、指標遺伝子B1799のT細胞における発現レベルを上昇させることによって得ることができるトランスジェニック動物をアレルギー性疾患モデル動物として使用し、この遺伝子の役割や、この遺伝子を標的とする薬剤を評価することには大きな意義がある。また本発明によるアレルギー性疾患モデル動物は、後に述べるアレルギー性疾患の治療または予防のための医薬品のスクリーニングに有用であると同時に、アレルギー性疾患のメカニズムの解明、さらにはスクリーニングされた化合物の安全性の試験にも有用である。たとえば本発明によるアレルギー性疾患モデル動物がアトピー性皮膚炎またはアレルギー性喘息を発症したり、何らかのアレルギー性疾患に関連した測定値の変化を示せば、それを回復させる作用を持った化合物を探索するスクリーニングシステムが構築できる。
本発明において、発現レベルの上昇とは、目的とする遺伝子が外来遺伝子として導入され強制発現している状態、宿主が備える遺伝子の転写および/または蛋白質への翻訳が増強されている状態、並びに翻訳産物である蛋白質の分解が抑制された状態のいずれかを意味する。遺伝子の発現レベルは、たとえば実施例に示すような定量的なPCRにより確認することができる。また翻訳産物である蛋白質の発現量または活性は、正常な状態と比較することにより確認することができる。
代表的なトランスジェニック動物は、目的とする遺伝子を導入し強制発現させた動物である。この他のトランスジェニック動物には、たとえばmRNAの非翻訳領域(UTR)の配列などからRNA不安定化の要因となる配列を除去してmRNAの半減期を伸ばしたりすることができる。また、指標遺伝子のコード領域に変異を導入し、その活性を増強したり、あるいは分解されにくいアミノ酸配列に改変することなどを示すことができる。アミノ酸配列の変異には、置換、欠失、挿入、あるいは付加を示すことができる。その他、遺伝子の転写調節領域を変異させることにより、指標遺伝子の発現そのものを上昇させることもできる。
特定の遺伝子を対象として、トランスジェニック動物を得る方法は公知である。すなわち、遺伝子と卵を混合してリン酸カルシウムで処理する方法や、位相差顕微鏡下で前核期卵の核に、微小ピペットで遺伝子を直接導入する方法(マイクロインジェクション法、米国特許第4873191号)、胚性幹細胞(ES細胞)に遺伝子を導入する方法などによってトランスジェニック動物を得ることができる。その他、レトロウィルスベクターに遺伝子を挿入し、卵に感染させる方法、および、精子を介して遺伝子を卵に導入する精子ベクター法等も開発されている。精子ベクター法とは、精子に外来遺伝子を付着またはエレクトロポレーション等の方法で精子細胞内に取り込ませた後に、この精子を卵子に受精させることにより、外来遺伝子を導入する遺伝子組換え法である(M.Lavitranoetら,Cell,57,717,1989)。
本発明のアレルギー性疾患モデル動物として用いるトランスジェニック動物は、ヒト以外のあらゆる脊椎動物を利用して作成することができる。具体的には、マウス、ラット、ウサギ、ミニブタ、ヤギ、ヒツジ、サル、あるいはウシ等の脊椎動物において様々な遺伝子の導入や発現レベルを改変されたトランスジェニック動物が作り出されている。
また本発明は、アレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法に関する。本発明において指標遺伝子は、アレルギー性疾患により統計学的に有意に発現レベルが上昇している。したがって、これらの遺伝子の発現レベルを低下させることができる化合物を選択することによって、アレルギー性疾患の治療薬を得ることができる。本発明において遺伝子の発現レベルを低下させる化合物とは、遺伝子の転写、翻訳、転写産物(mRNA)または翻訳産物(蛋白質)の安定性、および蛋白質の作用などの遺伝子機能の発現の過程のいずれかのステップに対して阻害的に作用する活性を持つ化合物である。
本発明のアレルギー性疾患治療薬のスクリーニング方法は、in vivoで行なうこともin vitroで行うこともできる。in vivoのスクリーニングは、たとえば以下のような工程にしたがって実施することができる。
(a)被験動物に候補化合物を投与する工程、
(b)被験動物の白血球において、本発明における指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を投与しない対照と比較して、該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
本発明のスクリーニング方法における被験動物としては、本発明における指標遺伝子を発現する所望の動物を用いることができる。具体的には、例えばマウス、ラット、モルモット、ウサギ、ネコ、ブタ、ミニブタ、ヤギ、ウシ、ヒツジ、およびサルなどが挙げられる。スクリーニングには、特に指標遺伝子の発現が亢進した個体を用いることが好適である。また、アレルギー症状を発症した個体を用いることにより、症状に対する候補化合物の効果も評価することができる。
被験動物に薬剤候補化合物を投与し、該動物の白血球における指標遺伝子の発現に対する化合物の作用をモニターすることにより、指標遺伝子の発現レベルに与える薬剤候補化合物の影響を検出することができる。被験動物の白血球における指標遺伝子の発現レベルの変動は、上記の本発明の検査方法と同様の手法によってモニターすることができる。更にこの検出の結果に基づいて、指標遺伝子の発現レベルを低下させる薬剤候補化合物を選択すれば、アレルギー性疾患に対する薬剤候補化合物をスクリーニングすることができる。
より具体的には、候補化合物を投与した被験動物から白血球を採取し、前記指標遺伝子の発現レベルを該化合物未投与の動物から採取した対応する白血球における該遺伝子の発現レベル(対照)と比較することにより、本発明によるスクリーニングを実施することができる。白血球としては粗精製試料でも精製試料でもよく、PBMC、あるいは精製T細胞等を利用することができる。好ましくは精製T細胞が用いられる。これらの生体試料の採取方法、および調製方法は公知である。
このようなスクリーニングにより、指標遺伝子の発現に様々な形で関与する薬剤を選択することができる。具体的には、たとえば次のような作用を持つ薬剤候補化合物を見出すことができる。
指標遺伝子の転写活性を低下させる作用、
指標遺伝子の転写産物からの翻訳を低下させる作用、
指標遺伝子の翻訳産物の活性を阻害する作用、
指標遺伝子の転写産物の安定化を低下もしくは分解を促進する作用等、
また前記スクリーニング方法において、候補化合物の投与前および/または投与後に、被験動物をアレルゲンで刺激する工程を含む方法も本発明に含まれる。候補化合物の投与前にアレルゲンで刺激した場合には、候補化合物の、アレルゲン刺激後の免疫応答を抑制する作用を検出することができる。このようなスクリーニングによって得ることができる化合物には、アレルギー性疾患の治療効果を期待できる。また候補化合物の投与後にアレルゲンで刺激した場合には、候補化合物の、アレルゲン刺激による免疫応答の開始を抑制する作用を検出することができる。このようなスクリーニングによって得ることができる化合物には、アレルギー性疾患の予防効果を期待できる。本発明のスクリーニング方法に用いることができるアレルゲンとしては、公知のアレルゲン性の物質を用いることができる。具体的には、ダニ、ハウスダスト、植物の花粉、あるいは各種の食品由来のタンパク質等がアレルゲン性物質として公知である。これらのアレルゲンは、天然に由来するものであっても良いし、遺伝子組換えなどの手法によって合成されたものであっても良い。またアレルゲンは、タンパク質の断片であることもできる。精製アレルゲンの調製方法も公知である。
たとえば人間のアトピー性皮膚炎に近いモデルとして、NC/Ngaマウスを用いた皮膚炎自然発症モデルが報告されている。このマウスの耳介にダニ抗原(5μg/耳)を2−3日間隔で計8回投与すると、2週間以降にはヒトのアトピー性皮膚炎に酷似した症状を誘発することができる。この系に候補化合物を投与し、本発明の指標遺伝子の発現レベルの変化を追跡することによって本発明によるスクリーニングを実施することができる。
また、in vitroでのスクリーニングにおいては、例えば、指標遺伝子を発現する細胞に候補化合物を接触させ、指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する方法が挙げられる。このスクリーニングは、たとえば以下のような工程にしたがって実施することができる。
(a)指標遺伝子を発現する細胞に候補化合物を接触させる工程
(b)該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して、該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
指標遺伝子を発現する細胞として、たとえば末梢血白血球細胞や白血球由来株化細胞を用いることができる。白血球細胞としては、特にT細胞を例示することができる。株化T細胞としてMolt4細胞およびJurkat細胞を例示できる。ヒト急性白血病T細胞Jurkat(ATCC Number TIB−152)は、ATCCより購入することができる。
本発明のスクリーニングの方法は、まず該細胞に候補化合物を添加する。その後、該細胞における指標遺伝子の発現レベルを測定し、該候補化合物を接触させない場合の該細胞における該遺伝子の発現レベル(対照)と比較して該遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する。
なお本発明のスクリーニング方法において、指標遺伝子の発現レベルは、これらの遺伝子から転写されるmRNAレベルまたは該遺伝子がコードする蛋白質レベルを検出することにより比較することができる。mRNAによって発現レベルの比較を行うには先に述べたように細胞からmRNA試料を調製する工程を実施する。また蛋白質によって発現レベルの比較を行うには、細胞から蛋白質試料を調製する工程を実施する。mRNAおよび蛋白質の検出は、先に述べたような公知の方法によって実施することができる。
さらに本発明の開示に基づいて本発明の指標遺伝子の転写調節領域を取得し、レポーターアッセイ系を構築することができる。レポーターアッセイ系とは、転写調節領域の下流に配置したレポーター遺伝子の発現レベルを指標として、該転写調節領域の転写活性を調節する化合物をスクリーニングするアッセイ系をいう。このようなスクリーニングは、具体的には以下の工程を含む。
(a)指標遺伝子の転写調節領域の制御下に連結されたレポーター遺伝子を含む細胞に候補化合物を接触させる工程、
(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程
転写調節領域としては、指標遺伝子の転写開始点付近から上流0.5kbから5kb程度の領域のDNAを利用することができる。転写調節領域には、既知の転写因子結合配列、転写調節エレメント、さらには、通常プロモーター領域に見られるCAATボックス、およびTATAボックス等が含まれていてよい。レポーター遺伝子としては、CAT(chloramphenicol acetyltransferase)遺伝子、ルシフェラーゼ(luciferase)遺伝子、成長ホルモン遺伝子等を利用することができる。これらのレポーター遺伝子の発現レベルは、発現した蛋白質の活性を検出することにより測定することが可能である。これらの蛋白質の活性を検出する方法はよく知られている。候補化合物を接触させない場合の該細胞における該レポーター遺伝子の発現レベル(対照)と比較して、該候補化合物を接触させた場合に該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する。
ヒトB1799遺伝子をコードするゲノム配列(GenBank Ac.No.AL139230)が明らかにされており、その配列を基にして、転写開始点や上流のプロモーター配列を決定することが可能である。この配列情報を基にB1799遺伝子のプロモーター領域をPCR等により増幅し、その下流にレポーター遺伝子を連結してレポーター構築物を作製することができる。具体的には、たとえば、本発明のスクリーニングに用いる転写調節領域を次のようにして取得することもできる。すなわち、まず本発明で開示した指標遺伝子の塩基配列または上記のB1799遺伝子のプロモーター領域の配列に基づいて、BACライブラリー、YACライブラリー等のヒトゲノムDNAライブラリーから、PCRまたはハイブリダイゼーションを用いる方法によりスクリーニングを行い、該cDNAの配列を含むゲノムDNAクローンを得る。得られたゲノムDNAの配列を基に、本発明で開示したcDNAの上流から転写調節領域を取得する。得られた転写調節領域を、レポーター遺伝子の上流に位置するようにクローニングしてレポーターコンストラクトを構築する。得られたレポーターコンストラクトを培養細胞株等に導入してスクリーニング用の形質転換体とする。この形質転換体に候補化合物を接触させ、レポーター遺伝子の発現を制御する化合物のスクリーニングを行うことができる。
また、指標遺伝子の転写調節領域の制御下に連結されたレポーター遺伝子を含む細胞は、いわゆるノックイン動物の細胞であってもよい。ノックイン動物とは、内在性標的遺伝子の蛋白質コード領域に他の外来遺伝子が挿入された遺伝子改変動物を言う。ノックインされたこの外来遺伝子は、標的遺伝子の転写調節領域の下流に挿入されるため、内在性標的遺伝子と同様の発現制御を受けて発現する。ノックイン遺伝子としてレポーター遺伝子を用い、得られたノックイン動物またはその動物から得た細胞を使ってスクリーニングを行うことができる。ノックイン動物を用いてスクリーニングを行う方法は、(a)指標遺伝子部位にレポーター遺伝子がノックインされた動物に候補化合物を投与する工程、(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および(c)該候補化合物を投与しない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程、を含む。例えば候補化合物を投与した場合および投与しない場合で、該ノックイン動物の白血球好ましくはT細胞における該レポーター遺伝子の発現レベルを測定し、その発現を低下させる化合物を選択する。またノックイン動物からの細胞を用いたスクリーニングは、(a)指標遺伝子部位にレポーター遺伝子がノックインされた動物からの細胞に候補化合物を接触させる工程、(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程、を含む。例えば候補化合物の存在下または非存在下でノックイン動物から得た白血球好ましくはT細胞における該レポーター遺伝子の発現レベルを測定し、該発現レベルを低下させる化合物を選択する。これらのスクリーニングは本発明の方法に含まれる。特に個体を用いたスクリーニングにおいては、指標遺伝子本来の機能を完全に欠損させないように、片方のアレルは正常のままにして指標遺伝子が発現するようにして、もう片方のアレルにレポーター遺伝子がノックインされているヘテロノックイン接合体を用いてスクリーニングを行うことが好ましい。
in vitroでの本発明によるスクリーニング方法として、指標蛋白質の活性に基づくスクリーニング方法を利用することもできる。すなわち本発明は、次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法に関する。
(a)本発明における指標遺伝子またはそれと機能的に同等な遺伝子によってコードされる蛋白質と候補化合物とを接触させる工程、
(b)該蛋白質の活性を測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該蛋白質の活性を低下させる化合物を選択する工程
ここで指標遺伝子と機能的に同等な遺伝子としては、上記のように内在性B1799遺伝子の人為的な改変体などが含まれる。
このようなスクリーニングは、例えば指標遺伝子を外来的に細胞で発現させ、その細胞内における指標蛋白質の活性を測定することにより実施することができる。このためには、指標遺伝子を発現ベクターに挿入し、該ベクターを適当な哺乳動物細胞などに導入する。ベクターの宿主への導入方法としては、生物学的方法、物理的方法、化学的方法などを示すことができる。生物学的方法としては、例えば、ウイルスベクターを使用する方法、特異的受容体を利用する方法、細胞融合法(HVJ(センダイウイルス)、ポリエチレングリコール(PEG)、電気的細胞融合法、微少核融合法(染色体移入))が挙げられる。また、物理的方法としては、マイクロインジェクション法、エレクトロポレーション法、ジーンパーティクルガン(genegun)を用いる方法が挙げられる。化学的方法としては、リン酸カルシウム沈殿法、リポソーム法、DEAEデキストラン法、プロトプラスト法、赤血球ゴースト法、赤血球膜ゴースト法、マイクロカプセル法が挙げられる。
このスクリーニングにおいて測定される指標蛋白質の活性としては、例えばGTP結合蛋白質に対する結合活性、またはGAP活性などが挙げられる。また該指標蛋白質は、たとえばT細胞の細胞内シグナル伝達の制御に関与し、T細胞の分化または増殖を調節していることが示唆される。これらの活性を指標として、その活性を阻害する活性を有する化合物をスクリーニングすることができる。このようにして得ることができる化合物は、該指標蛋白質の働きを抑制する。その結果、T細胞において発現が誘導された該指標蛋白質の活性の阻害を通じて、アレルギー性の免疫応答を抑制することができる。
本発明による各種のスクリーニング方法に必要な、ポリヌクレオチド、抗体、細胞株、あるいはモデル動物は、予め組み合わせてキットとすることができる。より具体的には、たとえば指標遺伝子を発現する細胞(培養細胞または個体など)と、これらの指標遺伝子の発現レベルを測定するための試薬とで構成される。指標遺伝子の発現レベルを測定するための試薬としては、たとえば指標遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続した少なくとも15ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドが用いられる。あるいは指標蛋白質のアミノ酸配列を含むポリペプチドに結合する抗体を試薬として用いることができる。これらのキットには、標識の検出に用いられる基質化合物、細胞の培養のための培地や容器、陽性や陰性の標準試料、更にはキットの使用方法を記載した指示書等をパッケージしておくこともできる。
これらスクリーニングに用いる候補化合物としては、免疫抑制物質等の既存の化学的方法により合成された化合物標品、コンビナトリアルケミストリーにより合成された化合物標品のほか、動・植物組織の抽出物もしくは微生物培養物等の複数の化合物を含む混合物、またそれらから精製された標品などが挙げられる。
本発明のスクリーニング方法によって選択される化合物は、アレルギー性疾患の治療薬として有用である。あるいは、本発明における指標遺伝子の発現を抑制することができるアンチセンスDNAも、アレルギー性疾患の治療薬として有用である。好ましくはこのようなアンチセンスDNAは、本発明における指標遺伝子のセンス鎖の塩基配列の連続する少なくとも20塩基、より好ましくは25塩基以上、より好ましくは30塩基以上、より好ましくは40塩基以上、より好ましくは50塩基以上、より好ましくは100塩基以上の配列に対して相補的な配列を含むアンチセンスDNAである。アンチセンス領域としては、指標遺伝子の転写産物(プロセッシング前、中間産物、またはプロセッシング後のいずれの転写産物でもよい)の任意の部位のアンチセンスであってもよい。このような部位としては、例えば翻訳開始コドンを含む領域などが挙げられる。更に、本発明における指標遺伝子によってコードされる蛋白質に結合する抗体は、アレルギー性疾患の治療薬として有用である。抗体は、例えばGTP結合蛋白質との相互作用ドメインに結合する抗体などが好ましく、例えばTBCドメイン(配列番号:2の965〜1184番目のアミノ酸領域またはその相同領域)に対する抗体、特にGTPase活性化部位として必須なArg残基(例えば配列番号:2の973番目のArg残基)を含むペプチドをエピトープとする抗体などが例示できる。またホスフォチロシン相互作用ドメイン(PTD/PID)(配列番号:2の167〜237番目のアミノ酸領域、415〜487番目のアミノ酸領域、またはそれらの相同領域)に対する抗体なども好ましい。本発明のアレルギー性疾患の治療薬は、前記スクリーニング方法によって選択された化合物、該アンチセンスDNA、または該抗体を少なくとも1つの主成分として含み、生理学的に許容される担体、賦形剤、あるいは希釈剤等と混合することによって製造することができる。本発明のアレルギー性疾患の治療剤は、アレルギー症状の改善を目的として、経口、あるいは非経口的に投与することができる。
経口剤としては、顆粒剤、散剤、錠剤、カプセル剤、溶剤、乳剤、あるいは懸濁剤等の剤型を選択することができる。注射剤には、皮下注射剤、筋肉注射剤、あるいは腹腔内注射剤等を示すことができる。
また、投与すべき化合物が蛋白質である場合には、それをコードする遺伝子を遺伝子治療の手法を用いて生体に導入することにより、治療効果を達成することができる。治療効果をもたらす蛋白質をコードする遺伝子を生体に導入し、発現させることによって、疾患を治療する手法は公知である。
あるいはアンチセンスDNAは、それ自体を投与することができる。その場合は、5’末端および/または3’末端の修飾等により細胞膜透過性または安定性を高めることができる。あるいはアンチセンスDNAは、適当なプロモーター配列の下流に組み込み、アンチセンスRNA発現ベクターとして投与することができる。この発現ベクターをアレルギー性疾患患者のT細胞へ導入すれば、標的遺伝子のアンチセンスを発現し、当該遺伝子の発現レベルの低下によってアレルギーの治療効果を達成することができる。T細胞への発現ベクターの導入としては、in vivo、あるいはex vivoで行う方法が公知である。
本発明のアレルギー疾患の治療薬の投与量は、患者の年齢、性別、体重および症状、治療効果、投与方法、処理時間、あるいは該医薬組成物に含有される活性成分の種類などにより異なるが、通常成人一人あたり、一回につき0.1mgから500mgの範囲で、好ましくは0.5mgから20mgの範囲で投与することができる。しかし、投与量は種々の条件により変動するため、上記投与量よりも少ない量で充分な場合もあり、また上記の範囲を超える投与量が必要な場合もある。
発明を実施するための最良の形態
以下、本発明を実施例により具体的に説明するが、本発明はこれら実施例に制限されるものではない。なお本明細書において引用された全ての先行技術文献は、参照として本明細書に組み入れられる。
〔実施例1〕B1799の同定
ディファレンシャルディスプレイ(DD)法(Liang and Pardee,Science,1992,257:967−971;T.Ito et al.,1994,FEBS Lett.351:231−236)により、アトピー性皮膚炎患者およびアレルギー性喘息患者のT細胞において健常者のT細胞よりも強く発現される、164bpのDNA断片(クローンB1799−01)(配列番号:3;プライマー配列は除いてある)を見出した。この断片を検出したDD解析において用いたアンカープライマーはGT15C(配列番号:5)、任意プライマーはAG00189(TCTCTGGAGT/配列番号:6)である。この断片が由来する遺伝子をB1799と名付けた。
〔実施例2〕B1799のクローニング
DD配列を利用して、ヒト白血球cDNAライブラリーを鋳型にして、5’−RACE法によるPCRクローニングを行った結果、全長486bpのDNA断片を得た(配列番号:4)。公共データベースでBLAST検索を行った結果、この塩基配列の塩基番号27〜255の領域の配列が、かずさDNA研究所で同定された遺伝子KIAA0603(GenBankアクセッションNo.AB011175)の配列と100%一致することが判明した。KIAA0603は5922bpのcDNAであり、ORF中にメチオニンで始まる1299アミノ酸残基からなる蛋白質をコードする。相同性配列領域はKIAA0603遺伝子のORF領域内で塩基番号2152〜2380領域である。また486bp配列は13番染色体ゲノム配列であるGenBankアクセッションNo.AL162571の塩基番号128071〜127586領域(逆鎖)と完全に一致した。
〔実施例3〕B1799の定量的PCRによる発現定量
DD配列はKIAA0603遺伝子由来の未成熟なmRNAのイントロン領域に由来すると判断された。以後、B1799はKIAA0603遺伝子と同一であると判断して、KIAA0603遺伝子を解析した。KIAA0603のORF領域内に以下に示したmRNA定量用のプライマー、プローブを設計し、発現定量に用いた。TQ1799orfはTaqMan法による遺伝子発現定量に使用したTaqManプローブで、5’端はFAM(6−carboxyfluorescein)で、3’端はTAMRA(6−carboxy−tetramethyl−rhodamine)で蛍光標識されている。ABI−PRISM7700を用いてDNA増幅をリアルタイムに検出した。
〔実施例4〕病態関連性
アトピー性皮膚炎患者のT細胞から調製したRNAにおけるB1799遺伝子の発現を、実施例3に記載の方法により測定した。結果を表1に示した。健常者とアトピー性皮膚炎患者の2群に分けてt−検定を行ったところ、患者群での発現量が有意差(p<0.05)に高いことが判明した。
特に、健常者および軽症患者と比べて中等症患者で発現が高かった。具体的には、アトピー性皮膚炎を、軽症、中等症、重症で群分けし、健常群を加えて4群で分散分析を行った。その結果、4群の中の発現量に有意差(p<0.05)があることが判明した。FisherのPLSD法を用いてポストホック検定を行い、群間差を比較した結果、以下の群わけで有意差および傾向があることが判明した。群わけでの発現を図1に示した。
健常者<軽症 (傾向 p<0.1)
健常者<中等症 (有意差 p<0.01)
重症<中等症 (傾向 p<0.1)
以上のように、健常者よりアトピー性皮膚炎患者での発現が高く、特に中等症患者での発現が高いことが判明した。
〔実施例5〕各種免疫細胞での発現量
T細胞、B細胞、好酸球、単球、および好中球での発現量をそれぞれ5人に由来するRNA試料を用いて測定した。その結果、T細胞での発現が最も高かった(図2)。その中ではCD4+,CD45RO+の表現形を示すT細胞すなわち、メモリーT細胞における発現が高いことが判明した(図3)。
〔実施例6〕T細胞活性化における発現変化
成熟T細胞が一度抗原刺激を受けた後に、さらに抗原刺激を受けるとアポトーシスを起こすことが知られ、T細胞の活性化細胞死と言われている。T細胞の活性化細胞死は末梢における免疫寛容や免疫反応の制御に関与していると考えられている(Yili Yang et al.,J.Exp.Med.181:1673−1682,1995)。これらの制御におけるB1799の役割を検討するため、T細胞活性化細胞死とグルココルチコイドによる細胞死におけるB1799の発現変動を測定した。末梢血由来T細胞は、5%FCS含有RPMI1640に、1mMピルビン酸ナトリウム、2mM L−グルタミン、100u/mlペニシリン、および100μg/mlストレプトマイシンを加え、さらに200u/mlのIL−2(イムネース,塩野義製薬)を添加した培地を用い、5%二酸化炭素、湿度95%、37℃で培養した。まず、末梢から分離したCD3+細胞を抗CD3抗体(OKT3,ヤンセン協和)をコートしたプレートで5日間培養し、続いて、抗CD3抗体のない状態で3日間培養した。得られたT細胞を、再度抗CD3抗体をコートしたプレートで刺激培養し活性化細胞死を測定した。経時的に細胞を回収し、常法によってRNAを抽出し、定量的PCRに使用した。無刺激コントロールは抗CD3抗体をコートしないプレートを用いた。
また、T細胞にアポトーシスを誘導するグルココルチコイド(Kofler R.,Histochem.Cell Biol.,2000 Jul;114(1):1−7)としてデキサメサゾン(100nM、シグマ)を無刺激コントロールに添加し、その影響を検討した。
図4aに示したように、抗CD3抗体を用いてヒト末梢血由来T細胞に、T細胞受容体からの2度目の刺激をかけると、刺激をかけた49時間後から明らかな細胞死が誘導された。このT細胞活性化の過程でB1799は刺激後2時間において顕著に誘導を受けた。一方、デキサメサゾンでは末梢血T細胞には顕著な細胞死は誘導されず、B1799の発現にも変動は認められなかった(図4b″DEX″)。同様な実験で、T細胞をいろいろな薬剤で刺激すると、抗CD3抗体のほかに、カルシウムイオノフォアであるイオノマイシン1μg/ml(シグマ)単独の刺激(図中″イオノマイシン″)、あるいはイオノマイシンとフォルボル12−ミリステート13−アセテート25ng/ml(PMA、シグマ)の刺激(図中″io+PMA″)によってもB1799の顕著な発現誘導が認められた(図5)。以上から、B1799はT細胞の活性化に伴って発現が上昇することが明らかとなった。さらに、その後に起こる活性化細胞死になんらかの関わりを持つ可能性が示された。
〔実施例7〕アミノ酸配列構造解析
B1799がコードする蛋白質の構造を図6に示した。リン酸化チロシン結合領域で蛋白質結合に関与するホスフォチロシン相互作用ドメイン(Phosphotyrosine interaction domain;PTB/PID)をN末領域に2箇所持つ。C末側にTBCドメインを持つ。
このTBCドメインを含む886番目のアミノ酸から1237番目のアミノ酸の領域は、ヒトrab6 GTPase activating protein(Cuif,M.H.et al.,EMBO J.:18(7):1772−82,1999)(ACCESSION NP_036329)とBLAST検索において31%の相同性を示す。また、853番目のアミノ酸から1107番目のアミノ酸領域は酵母GTPase activating protein(GAP)であるGyp1p蛋白(ACCESSION NP_014713)とBLAST検索において21%の相同性が認められた。結晶構造が決定されているGyp1pのGTPase活性化部位構造を基にして(Rak,A.et al.,EMBO J.19:5105−5113,2000)、B1799蛋白質の構造を予測すると図7のように非常に似た立体構造をとりうることが判明した。B1799蛋白質のArg973残基はGyp1pのGTPase活性化部位として必須なArg343残基に相当する。従って、B1799蛋白質はGTPase activating proteinである可能性が高く、しかもArg973残基がその活性に重要な役割を果たすことが予測された。
シグナル伝達で重要な役割を担うGTP結合蛋白質はGTP結合型がシグナル伝達における活性型であり、結合しているGTPがGDPに変換されると不活性型となる。GTP結合蛋白質自身がGTPase活性を有しており、GTPase activating proteinはそのGTPase活性を増強する働きを持つ。GTPase activating proteinはGTP結合蛋白質が不活性化型に変換することを助けることによって、シグナル伝達の制御を行っている。
以上から、B1799はGTP結合蛋白質の活性を制御することでT細胞が活性化されるシグナル伝達経路のなかで重要な役割を果たしていると考えられる。
また、B1799がコードするアミノ酸配列は全領域にわたってマウスTbc1と高い相同性を示した。Tbc1はマスト細胞分化で変動する遺伝子として発見され、細胞の分化、細胞周期抑制に関与することが示唆されている(Paul M.Richardson and Leonard I.Zon.,Oncogene 11:1139−1148,1995)。Tbc1と同様にB1799も細胞の分化、細胞周期抑制に関与する可能性がある。
産業上の利用の可能性
本発明により、健常者とアレルギー性疾患の患者との間で発現に差の見られる遺伝子が提供された。本発明の遺伝子の発現を指標とすることにより、アレルギー性疾患の検査、および治療薬候補化合物のスクリーニングを行うことが可能となった。本発明は指標遺伝子の発現レベルの測定により簡便に検査を実施することが可能で、アレルギー反応の病態を迅速に把握することができる。また本発明によるアレルギーの検査方法は、末梢血白血球などの生体試料を試料としてその発現レベルを解析することができるので、患者に対する侵襲性が低い。しかも遺伝子発現解析に関しては、微量サンプルによる高感度な測定が可能である。遺伝子解析技術は、年々ハイスループット化、低価格化が進行している。したがって本発明によるアレルギーの検査方法は、近い将来、ベッドサイドにおける重要な診断方法となることが期待される。この意味でこれらの病態関連遺伝子の診断的価値は高い。また、本発明のスクリーニング方法は、新たなアレルギー性疾患治療薬の開発への応用が期待できる。
【配列表】
【図面の簡単な説明】
図1は、B1799のアトピー性皮膚炎患者試料における発現量を示す図である。
図2は、末梢血白血球細胞におけるB1799の発現量を示す図である。
図3は、末梢血由来T細胞亜集団でのB1799の発現量を示す図である。
図4は、T細胞活性化細胞死での死細胞率変化(a)およびT細胞活性化細胞死におけるB1799の発現変化(b)を示す図である。
図5は、T細胞刺激によるB1799の発現変化を示す図である。
図6は、B1799の構造を示す図である。
図7は、B1799の蛋白質立体構造予測モデルを示す写真である。Gyp1pのArg343とB1799のArg973を矢印で示した。
Claims (18)
- 次の工程を含む、アレルギー性疾患の検査方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法。
(a)被検者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程
(b)該発現レベルを、健常者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルと比較する工程
(c)該被検者の生体試料における該指標遺伝子の発現レベルの有意な上昇が観察された場合に被検者がアレルギー性疾患を有すると判定する工程 - アレルギー性疾患がアトピー性皮膚炎である、請求項1に記載の検査方法。
- 遺伝子の発現レベルを、cDNAのPCRによって測定する請求項1に記載の検査方法。
- 遺伝子の発現レベルを、該遺伝子によってコードされる蛋白質の検出によって測定する請求項1に記載の検査方法。
- 生体試料が末梢血T細胞を含む試料である請求項1に記載の方法。
- B1799遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続する少なくとも15塩基の配列を含むポリヌクレオチドからなる、アレルギー性疾患検査用試薬。
- B1799遺伝子によってコードされるアミノ酸配列からなるポリペプチドに結合する抗体からなる、アレルギー性疾患検査用試薬。
- 次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法。
(a)該指標遺伝子を発現する細胞に候補化合物を接触させる工程
(b)該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程 - 細胞がT細胞である請求項8に記載の方法。
- 次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法。
(a)被験動物に候補化合物を投与する工程、
(b)該被験動物の白血球における該指標遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を投与しない対照と比較して該指標遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程 - 次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法。
(a)該指標遺伝子の転写調節領域の制御下に連結されたレポーター遺伝子を含む細胞に候補化合物を接触させる工程、
(b)該レポーター遺伝子の発現レベルを測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを低下させる化合物を選択する工程 - 次の工程を含む、アレルギー性疾患の治療薬のスクリーニング方法であって、指標遺伝子がB1799遺伝子である方法。
(a)該指標遺伝子またはそれと機能的に同等な遺伝子によってコードされる蛋白質と候補化合物とを接触させる工程、
(b)該蛋白質の活性を測定する工程、および
(c)該候補化合物を接触させない対照と比較して該蛋白質の活性を低下させる化合物を選択する工程 - 請求項8、請求項10、請求項11、および請求項12のいずれかに記載のスクリーニング方法によって得ることができる化合物を主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬。
- 指標遺伝子のセンス鎖の塩基配列の連続する少なくとも15塩基の配列に対して相補的な配列を含むアンチセンスDNAを主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である治療薬。
- 指標遺伝子によってコードされる蛋白質に結合する抗体を主成分として含む、アレルギー性疾患の治療薬であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である治療薬。
- T細胞における指標遺伝子またはそれと機能的に同等な遺伝子の発現レベルを上昇させたトランスジェニック非ヒト脊椎動物のアレルギー性疾患のモデル動物としての使用であって、該指標遺伝子がB1799遺伝子である使用。
- 指標遺伝子の塩基配列またはその相補配列の連続する少なくとも15塩基の配列を含むポリヌクレオチド、および該指標遺伝子を発現する細胞を含む、アレルギー性疾患の治療薬をスクリーニングするためのキットであって、該指標遺伝子がB1799遺伝子であるキット。
- 指標遺伝子によってコードされるアミノ酸配列からなるポリペプチドに結合する抗体、および該指標遺伝子を発現する細胞を含む、アレルギー性疾患の治療薬をスクリーニングするためのキットであって、該指標遺伝子がB1799遺伝子であるキット。
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