JPS63282658A - 核酸分子のような高複合分子をシーケンス分析する方法および装置 - Google Patents

核酸分子のような高複合分子をシーケンス分析する方法および装置

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JPS63282658A
JPS63282658A JP30848387A JP30848387A JPS63282658A JP S63282658 A JPS63282658 A JP S63282658A JP 30848387 A JP30848387 A JP 30848387A JP 30848387 A JP30848387 A JP 30848387A JP S63282658 A JPS63282658 A JP S63282658A
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nucleic acid
counter
electrophoresis
segments
sequence analysis
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JP30848387A
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ピエール ジャロン
ミシエル ガゾー
パトリス パスキエ
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JIYUNOFUITSUTO SA
Original Assignee
JIYUNOFUITSUTO SA
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    • G01MEASURING; TESTING
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    • G01N27/26Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/416Systems
    • G01N27/447Systems using electrophoresis
    • G01N27/44704Details; Accessories
    • G01N27/44717Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones
    • G01N27/4473Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones by electric means

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  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 〔産業上の利用分野〕 本発明は、核酸分子のような高複合分子のセグメントを
シーケンス分析する方法と装置に関するものである。
〔従来の技術およびその問題点〕
微生物もしくは細胞組織により生産され、かつ放射性同
位体(たとえば35Sやl業p)で標識を付した基礎生
成物から得られる核酸を、シーケンス分析する方法は、
現在のところ、いくつか知られている。
これらの方法によれば、化学的方法(Maxa−とG1
1bert)で細胞を断片化し、もしくは酵素的方法(
SangerとCou13on)で合成して、特性のあ
るフラグメントを得る。これらのフラグメントは、以下
の四つの塩基のうちの一つもしくはそれ以上に対して特
定的(specific)である。四つの塩基とは、ア
デノシン(A)、シトシン(C)、グアノシン(G)、
チミジン(T)である。これらの塩基は核酸(鎖のリン
ク)を形成するものであり、四つの異なった反応−これ
らの反応から化学的に相違する四つの混合物が生じるー
により得られるものである。次に、四つの混合物に含ま
れている核酸フラグメントを、薄層上での電気泳動(ア
クリルアミドゲルの電気泳動)により、並行に、四つの
列に分離する。四つの列の各列はフラグメントの分子量
と電荷に応じて並べられる。この後、電気泳動プレート
を、オートラジオグラム(autoradiogras
)が得られるまで、電子感光膜と接触状態におく、つぎ
に、オペレータがオートラジオグラムを分析する。オペ
レータは、各塩基について特性のあるフラグメントを読
み取り、それであると同定して、出発点の核酸の鎖を再
認する(標定、参照、相互検証)。
いま述べた方法は、多くの研究室で最も普通に用いられ
ているものであるが、この方法には以下の如き問題点が
ある。
イ)分離の不十分という問題、特に、重いフラグメント
の場合に、移動が電気泳動のプレート長に限定を受ける
ため、生じやすい。
口)オートラジオグラムの解釈が困難、さらには不正確
になるという問題。これは分解能が不適切なときに生じ
る。
ハ)蓬WA(film)の感度が低く、比較的多くの放
射性生成物を必要とするという問題。
薄膜は、ゲルから来る電子が薄膜に衝突することにより
、黒くなって感光するが、薄膜の感度が低いため、この
作業には、相当な時間を要することになる。その結果、
電子が散乱し、また薄膜が全体的により暗くなるため(
バックグラウンド放射能)、分解能が低下する。
二)アナリストによるオートラジオグラムの読み取りお
よび解釈に時間がかかるという問題(人的因子)。
二つめの既知の方法(S、BeckおよびF、M、Po
hl。
1984、DNA sequencing with 
direct blotting electroph
oresis 、 ENBOJ、 3:2905−29
09)は、標識が付された生成物の帯(band)を支
持するゲルを、垂直壁の間に、位置せしめ、その基部に
長手方向に可動性を有する帯を配置して、電界効果によ
りゲルの他端から出る標識付き核酸分子を捕捉する、と
いうものである。
この方法からは、その上に核酸分子の帯と帯が比較的、
離れてのっている支持体を得ることが可能である。しか
し、その分析は、先の方法すなわち写真フィルム上への
転写により行う必要がある。
帯と帯の間隔が調節できるので、分割能は改善するが、
他方では、第1の公知方法について言及したところの分
解能の低下因子は、依然として、除去されていない。
もう一つ別のシーケンス分析方法が、最近、公知になっ
た(L 1oyd M、 Sm1thその他、、Nat
ure。
vol、 321.1986年6月12日)、この方法
は、上述の諸問題の一部を解決し、かつ放射性物質の使
用に伴う危険を解消する目的で、提出されたものである
。この方法は、螢光発色団(fluorescent 
chro曽ophoric groups)を用いて標
識を付した核酸フラグメントを必要とする。
既存の酵素的方法により、様々なサイズの核酸フラグメ
ントを合成して、い(つかの異なった、フラグメントの
混合物を得る。標識付け(Iabelins)は、各塩
基(A、C,G、T)に特徴的な発色団(chro■o
phore)により行う、このようにして標識を付した
混合物を、次に、電気泳動のカラム上に通す。カラムの
底部で、適当な周波数のレーザ光線により、カラムの一
部を励起させる。そして、螢光フラグメントが、感光電
池(photosensitivecell)の前方を
通過するにつれて、検出される。
捕捉した光信号を増大して、コンピュータにより処理(
積分、比較、記憶、測定)し、グラフの形態で結果を得
る。
この方法の長所は、放射性生成物を排除し、また、デー
タの迅速な検出と処理を可能にした点にある。しかし、
分子に付着している、異なった発色団により、分子の移
動速度が影響を受けるので、誤差が生じる可能性を排除
できない。さらに、この方法は、感度が低いので、酵素
的方法を用いる場合にしか、適切に適用できない。
〔問題点を解決するための手段〕
本発明が提供する方法は、上記の公知方法に比べて、注
目に値する改良を実現するものである。
この方法は、放射性標識の使用に基づくものであるが、
その量は、前述の第1および第2の公知方法に比べて少
量である。この方法は、また、電子(ベータ粒子)デテ
クタ・カウンタの使用に基づいている。この装置によっ
て標識からの電子を捕捉して、その数を数え、また、自
動的手段によってそこから必要な情報を引き出す。
このために、本発明では、方法と装置を以下のように構
成した。
1−汲 放射性同位体により標識を付した、高複合分子(たとえ
ば核酸分子)のセグメントから、分子量の異なった化学
的に区別できるフラグメントを(たとえば化学的もしく
は酵素的方法を用いて)つくり、つぎにこれらのフラグ
メントを薄層の電気泳動にかけ分子量に応じて、順次、
配列させる、核酸分子のような高複合分子のセグメント
をシーケンス分析する方法において、フラグメントの標
識が放出する電子を捕捉するための電子デテクタ・カウ
ンタによって、フラグメントの各列を自動的に分析し、
かつこの電子デテクタ・カウンタの出力信号をコンビエ
ータに送って処理と分析を行うようにした。
装−■ セグメントに放射性同位体で標識を付して分子量が異な
った化学的に区別できるフラグメントに分割し、 各タイプのフラグメントを分子量に応じて分離して順次
に配列するために薄層の上で電気泳動を行う装置を備え
た、 核酸分子のような高複合分子のセグメントをシーケンス
分析するための装置において、 前記フラグメント上の標識が放出する電子をtl′ti
捉しかつ数えるように設けられた電子デテクタ・カウン
タを少なくとも一つ有し、この電子デテクタ・カウンタ
の出力側をコンピュータに接続して、その出力信号の処
理と分析を行うようにした。
〔実施例〕
本発明の方法を実行する仕方、および本発明の装置の実
施例を、添付図面に例示する。
番号1はガラスプレートを示す。このガラスプレート上
には、ゲル2の層(薄層)が置かれている。分析すべき
、標識を付されたフラグメントが、このゲルの中に混じ
っている。ゲルの層の厚さは、たとえば、200ミクロ
ンである。番号3によりもう一つのプレートが示されて
いる。このプレートは、熱伝導性と電気絶縁性を有する
物質(たとえばガラス)より成っており、保護膜12に
よりゲル2かられずかに離れて(たとえば20ミクロン
)位置している。保jl膜12は、電気絶縁性と不透過
性を有する。視差の誤差(parallax erro
r)を最小にとどめるため、保護膜12は、可能なかぎ
り薄くするのがよい。
プレート3には、このプレートを横切る孔4が設けられ
ている。この孔4は、一つの窓を形成しており、この窓
の中に、電子デテクタ5の素子が固定されている。この
素子は、シリコンのような半導体物質のウェファ−より
成っている。その表面の一つは、プレート3のゲルに近
い表面と殆ど同じ平面にある。を子デテクタ5の厚みは
、たとえば、300ミクロンである。
分解能を向上させるには、ゲル2の厚みを最小にする必
要がある。
第1図で電子デテクタ5の素子が位置する部分を、第2
図に拡大して示す。
核酸セグメントの様々なフラグメントを、電気泳動の効
果によって、帯状に集める。フラグメントの移動速度が
異なるから、帯は、相互に分離する。帯は、それぞれ、
同じフラグメントから形成される。電気泳動の電界効果
により、これらの帯の移動速度は、フラグメントの分子
量およびその電荷によって決定される。この速度の違い
により、帯と帯の間に間隅ができる。
ここで取り上げる例においては、以下のような好ましい
値を持たせてもよい。
プレート1の高さ :  150龍 検出素子5の幅  X 3.5鶴 検出素子相互の距離:  1.5vn 電界          ; 2〜6ポルト/−1使用
温度     ;40℃〜60℃ 帯の平均移動速度 :分子■により50龍/時〜300
0/時 翫         電子デテクタ5の幾何学的特性を
決定するには、最小コントラストを設定して、一方で統
計的限界により、他方ではバックグラウンドによって、
所定の帯の存在を調べることが重要である。
■キエリーは、毎秒3.7X10”個の崩壊数に対応す
ると分っているから、帯ごとに、放射能つまり放出され
た電子の数を、帯が電子デテクタ5の前を通過するにつ
れて、計算することが可能である。
かりに、生成物が、標識付き帯の占有率10%でもって
、完全に3メートルに渡り移動し、トレーサの濃度(I
S3あるいは38P)が均一であり(単純仮設)、また
電子デテクタ5の幅(帯の移動方向に対して直角に測る
)を帯の最大幅(同じ直角方向)よりも少しばかり広く
とるなら、帯がおおう単位表面当たりの平均計数率と一
つの帯から受は取る電子(もしくはパルス)の数および
帯それぞれの所定長当りの重心とを計算することが可能
になる。
以下のことを達成するには、電子デテクタ5の幾何学的
特性を適切化しなければならない。すなわち、最大検出
効率、可能なかぎりすぐれた空間分解能、最も近接した
二つの帯□これはゲル上で検出しなければならない−を
区別すること(double−band rosolu
tion)、さいごに、すでに触れたことであるが、視
差の誤差を最小にとどめるために、電子デテクタの検出
面とゲルの表面との間の距離を最小にすること、などで
ある。
上述の値を用いた場合、電子デテクタ内の電子散乱が、
90℃の立体角に対して、270ミクロンになると算定
できる。第2図の6は、帯11が放出する電子の散乱錐
面(scattering cone)を表わし、線7
は、電子デテクタの中での電子散乱(もしくは浸透)の
限界を表わしている。この270ミクロンという値は、
幾何学的効果のみを考慮に入れた単純計算により轟かれ
たものであって、ゲルやシリコンの内部での電子の多重
散乱の効果は、考慮されていない。
電子デテクタのシリコン内における電子散乱に起因する
不正確さは、隣接するストリップ(第7図および第8図
を見よ)を作ることにより、部分的に解消することがで
きる。この場合、隣接する二つのストリップの上に電子
コインシデンスによるバリヤーが形成されて、広い角度
でやってくる電子がはねのけられることになる。別の解
決法もある。これは、第3図による実施例に示されてい
るが、金属製のマスクつまりコリメータ8(好ましくは
鉛製)を電子デテクタ5とゲル2との間に配置する。こ
のコリメータ8には、狭いスリット9が設けられている
。このマスク(コリメータ)の金属部分に電子が吸収さ
れるから、スリット9を通過する電子だけが電子デテク
タ5に捕捉される。
長方形11により、作動位置つまりスリットSの対向位
置にある帯によって占められる空間を示す。
比較するために、第2図の散乱錐面6とコリメータ8に
より得られる散乱錐面10とを、ともに第3図に示す。
浸透限界7は、明らかに、第2図の場合と同じである。
さらに、十分な比較を行うために、第1図と第2図の両
方の場合における電子デテクタの動作を示すダイヤグラ
ムを第4図に示す、また、第3図の場合のそれを第5図
に示す。
第2図および第3図の右側に描かれた曲線は、捕捉した
電子の強度を表わしている。
二    J4(double−band resol
iNo)(’  −、デ迂!」ツυ1九り 第4図においては、線形を付した長方形13により電子
デテクタ5の活動面が、14によりゲル中に存在する核
酸セグメントのフラグメントからなる細い帯が、15に
より他種のフラグメントからなり、幅のより広い帯が、
それぞれ示されている。電気泳動の間、これらの帯は電
子デテクタ5の前を動いてゆく。パルス数を時間tの関
数として表示する第4図のダイヤグラムにより、そのと
きに生じることを説明する。すなわち、a:細い帯14
が場(field) 13に侵入する。
b:帯14が場13を通過している。
C:広い帯15が場13に侵入しはじめる。
d:細い帯14が場13から出ていく。
e:広い帯15が場13への侵入を完了する。
f:広い帯15が場13を通過している。
g:広い帯15が場13から出ていく。
比較のために、第3図の場合に生じることを第5図のダ
イヤグラムに示す。この場合、電子デテクタの有効幅は
、帯の有効幅より狭く成っている。
第5図において、線形を付した長方形13aは、第4図
の長方形13より細い、この長方形13aは、電子デテ
クタの活動面を表わしている。この活動面は、マスクの
スリットSにより決定される(デテクタ自体の幾何学的
特性によって決定されるのではない)、その検出幅は、
13aの幅に比例する。
第5図に示すように、この場合に、分解能はよりすぐれ
たものとなっている。
″” (resolution) 分解能は、以下より決定される。
□視差の誤差(parallax error)、□ゲ
ル内およびゲルとデテクタのインターフェース内でおこ
る電子の弾性的散乱、 □デテクタの幾何学的特性、 □帯の変形、 □検出ヘッドと移動軸との軸合せ、 □統計的不確実性に起因する量子効率。
み  システムの  工 第6図に、第2図および第3図による電子デテフタ・カ
ウンタの構成を示す。この電子デテクタ・カウンタは、
四つの検出素子を備えている。
エレクトロフォレトグラム(electrophore
togra+a)に含まれたトレーサつまり標9% (
3S 3あるいは38P)により放出され、ゲルから出
て行く電子が、電子デテクタ5の中に入る。これらの電
子は、シリコンの中で、ある距M(”Sの場合、数十ミ
クロン)を移動したのち、最後に吸収されて、その全エ
ネルギーを電子・正孔対(electron−hole
 pair)のかたちで、結晶に譲り与える。これらの
電子・正孔対は、電子デテクタの前−接続面で採取され
る。
この面には、四つの電極16A、16C116G116
Tが設けられ、それぞれ、四つの化学塩基(A、、C1
G、T)に対応している。電子デテクタの後面(ゲルに
さらされている)には、電極17が一つ設けられ、この
電極はソース18により正の分極電圧を印加されている
電極16A、16C116G、16T上で集められた電
荷が、ノイズレベルが低い4倍増幅器19により増幅さ
れ、そしてパルスが発生する。これらのアナログパルス
信号は、次に、低レベル4倍高速コンパレータ20 (
quadwple low−1ovel fast c
oIIparator)により、判別される。このコン
パレータ20の最小検出闇値は、前置増幅器の入力側に
適用され、調節が可能である。
次に、パルスは、4倍計数ばかり21へ送られる。
コンピュータ(図示していない)に接続する線により、
この計数ばかりは、周期的に読み取られる。
第7図に、多用性を考慮に入れた望ましいトポロジーを
概略的に示す0例として、寸法はミリメートル単位で示
す。
一つの検出素子に対して、200〜1000ミクロンの
マイクロストリップが五つある。電子の放出強度および
所望の分解能に応じて、マイクロストリップのうちどれ
かを選択したり、マイクロストリップを一緒に集めたり
、あるいは、コインシデンスを実現したりして、入射角
の大きい電子をはねのけることが可能である。
幅が1.4aの垂直スペーサストリップにより、ゲル中
の帯の移動軸に対して、電子デテクタの中心を合わせる
ことが可能になる。この中心は、右側のスペーサストリ
ップの計数率を左側のスペーサストリップのそれと比較
することにより、測定する。
第8図に、四つのチャネルASC,G、Tに対する、完
全な電子デテクタのトポロジーを示す。
電子デテクタは、その背面にある4チャネル前1増幅器
に対して接続できる状態にある。
1Ω再盪底 標識を付されたフラグメントの通過を直接、検出するこ
とにより、以下の情報を引き出すことができる。
一非常に高度な分解能で、帯の出現の発生を測定、 一帯一つ当りのパイプ数の測定つまり正確な定量測定、 一一帯の寸法の測定、 □帯の重心の位置決め。
第9図に、動作を例示するダイヤグラムを示す。
左の部分に時間tおよびパルス数が平行線で表わされて
いる。右部分に、帯一つ当りの積分パルス数が同じ仕方
で表わされている。また矢印により、帯一つ当りの積分
パルス数の全部がコンピュータ(場合によってはレコー
ダ)に送られることが示されている。このコンピュータ
は図示されていない。
電子デテクタを電気泳動のカラムの下部に固定して配置
した場合について述べてきたけれども、次のような配置
を採用しても等価であること、このことは自明であろう
、すなわち、電子デテクタ・カウンタと電気泳動を受け
たゲル(このとき、帯は固定さけている)とを、相互に
可動的にしてもよい、また、前提部で示した第2の公知
技術に従って、電気泳動のあとで帯を捕捉するストリッ
プの上に、電子デテクタを取り付けてもよい。
〔効果〕
日の  と1 の1占 1、可動部材と外部刺激が全く存在しない。
2.電子を数えることにより動作するから、結果が非常
に正確であり、また帯の定義がすぐれたものとなる。
3、読取りプロセスが自動化されたから、核酸シーケン
スを獲得する速度と譬が改善される。
4、感度の良さと高い分解能によりゲルの長さを短くす
ることができ、あらかじめ作ったゲルが使いやすくなる
5、どのような断片化(fragsenLation)
の方法をあらかじめの採用をしようと(化学的であろう
と酵素的であろうと)、この方法を適用することができ
る。
6、各フラグメントが通過する際に検出された電子が発
する信号は、コンピュータによりただちに記録され処理
される。つまり、オートラジオダラム(au tora
d iogram)を現像して読取り終わるよりも早く
結果が得られる。
7、検出装置のすぐれた感度により、標識率を低下させ
ることが可能になり、その結果、放射能の用量を、オー
トラジオダラムの感光に要するそれに比べて減らすこと
が可能になる。よって、操作・を扱に伴う危険が現象す
る。
8、標識を付されたフラグメントは、移動するにつれて
検出されるから、電気泳動のプレート長□これにより分
離の分解能が決められる−による制限が取り除かれる。
よって、最初の混合物のフラグメントがすべてなくなる
まで、電気泳動を実行することができる。
【図面の簡単な説明】
第1図に、本発明に係る装置の第1実施例の断面概略図
を示す。 第2図に、第1図の部分拡大図を示す。 第2図に類似する図を第3図に示す、これは本発明に係
る装置の第2実施例である。 第4図に、第1実施例の電子デテクタの動作を説明する
ダイヤグラムを示す。 第5図に、第4図と類似するダイヤグラムを示す、これ
は第2の実施例に関するものである。 第6図のダイヤグラムは、第1図および第2図もしくは
第3図による、電子デテクタを含む装置の全体を、概略
的に表わしている。 第7図と第8図に、二つの実施例のうちいずれかの電子
デテクタのトポロジーを一例として示す。 第1図の概略図は、電気泳動カラムの下部の断面を拡大
して示したものである。この部分には、本発明に係る装
置の電子デテクタの第1実施例が備えられている。 1・・・・・・ガラスプレート、2・・・・・・ゲル、
4・・・・・・孔、       5・・・・・・電子
デテクタ、8・・・・・・コリメータ、   9・・・
・・・スリット、19・・・・・・増幅ts、20・・
・・・・コンパレータ。

Claims (8)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)放射性同位体により標識を付した、高複合分子(
    たとえば核酸分子)のセグメントから、分子量の異なっ
    た化学的に区別できるフラグメントを(たとえば化学的
    もしくは酵素的方法を用いて)つくり、つぎにこれらの
    フラグメントを薄層の電気泳動にかけ分子量に応じて、
    順次、配列させる、核酸分子のような高複合分子のセグ
    メントをシーケンス分析する方法において、フラグメン
    トの標識が放出する電子を捕捉するための電子デテクタ
    ・カウンタによって、フラグメントの各列を自動的に分
    析し、かつこの電子デテクタ・カウンタの出力信号をコ
    ンピュータに送って処理と分析を行うことを特徴とする
    核酸分子のような高複合分子のセグメントをシーケンス
    分析する方法。
  2. (2)電気泳動の進行につれて、各タイプの前記フラグ
    メントを、選択的移動運動の状態で、電子デテクタ・カ
    ウンタの前を通過させることを特徴とする特許請求の範
    囲第1項に記載の核酸分子のような高複合分子のセグメ
    ントをシーケンス分析する方法。
  3. (3)電気泳動によりあらかじめ分離させた、各タイプ
    のフラグメントの列と電子デテクタ・カウンタとを協動
    させることにより、電気泳動のあとで電子を数えること
    を特徴とする特許請求の範囲第1項に記載の核酸分子の
    ような高複合分子のセグメントをシーケンス分析する方
    法。
  4. (4)セグメントに放射性同位体で標識を付して分子量
    が異なった化学的に区別できるフラグメントに分割し、 各タイプのフラグメントを分子量に応じて分離して順次
    に配列するために薄層2の上で電気泳動を行う装置を備
    えた、 核酸分子のような高複合分子のセグメントをシーケンス
    分析するための装置において、 前記フラグメント上の標識が放出する電子を捕捉しかつ
    数えるように設けられた電子デテクタ・カウンタ5を少
    なくとも一つ有し、この電子デテクタ・カウンタ5の出
    力側をコンピュータに接続して、その出力信号の処理と
    分析を行うことを特徴とする核酸分子のような高複合分
    子のセグメントをシーケンス分析する装置。
  5. (5)電子デテクタ・カウンタ5の前方を選択的移動運
    動状態で通過する前記フラグメントの標識より放出され
    る電子を、電気泳動の進行につれて、捕捉しかつ数える
    ために、電子デテクタ・カウンタ5を電気泳動カラムの
    下部に、電気泳動を受ける薄層2と対向させて配置する
    ことを特徴とする特許請求の範囲第4項に記載の核酸分
    子のような高複合分子のセグメントをシーケンス分析す
    る装置。
  6. (6)電子デテクタ・カウンタが半導体を有しているこ
    とを特徴とする特許請求の範囲第4項または第5項に記
    載の核酸分子のような高複合分子のセグメントをシーケ
    ンス分析する装置。
  7. (7)電子デテクタ・カウンタが四つの検出素子を備え
    、そのそれぞれが、核酸セグメントの同一フラグメント
    から、電気泳動により形成された帯A、C、G、Tの列
    の一つに対応していることを特徴とする特許請求の範囲
    第4項または第5項に記載の核酸分子のような高複合分
    子のセグメントをシーケンス分析する装置。
  8. (8)各検出素子が、並んで配置された多重電極を備え
    ていることを特徴とする特許請求の範囲第4項または第
    7項に記載の核酸分子のような高複合分子のセグメント
    をシーケンス分析する装置。
JP30848387A 1986-12-05 1987-12-04 核酸分子のような高複合分子をシーケンス分析する方法および装置 Pending JPS63282658A (ja)

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