JPS6259293A - 螢光性ヌクレオシド又はヌクレオチド - Google Patents
螢光性ヌクレオシド又はヌクレオチドInfo
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- JPS6259293A JPS6259293A JP19769085A JP19769085A JPS6259293A JP S6259293 A JPS6259293 A JP S6259293A JP 19769085 A JP19769085 A JP 19769085A JP 19769085 A JP19769085 A JP 19769085A JP S6259293 A JPS6259293 A JP S6259293A
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- fluorescent
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
本発明は、螢光を発するヌクレオシド又はヌクレオチド
及びこれらを分子中又は分子末端に含むオリゴ又はポリ
ヌクレオチドに関する。
及びこれらを分子中又は分子末端に含むオリゴ又はポリ
ヌクレオチドに関する。
生体高分子、特に蛋白質や核酸にお番フる構造と機能の
相関を明らかにするために、螢光プ[1−ブを利用した
研究が広く行なわれている。そして核酸の研究において
は、核酸中に存在する螢光1110m1塩基をプローブ
として用いる方法や、核酸へ螢光分子を化学的に導入し
てこれをプローブとして用いる方法がある。螢光性塩基
を有するヌクレオシドの例としては、アデノシン類やシ
チジン類をり[1ルアセトアルデヒドで化学修飾して得
られる、下記式で示されるような螢光性のエテノ誘導体
がある。
相関を明らかにするために、螢光プ[1−ブを利用した
研究が広く行なわれている。そして核酸の研究において
は、核酸中に存在する螢光1110m1塩基をプローブ
として用いる方法や、核酸へ螢光分子を化学的に導入し
てこれをプローブとして用いる方法がある。螢光性塩基
を有するヌクレオシドの例としては、アデノシン類やシ
チジン類をり[1ルアセトアルデヒドで化学修飾して得
られる、下記式で示されるような螢光性のエテノ誘導体
がある。
i、NG Hテノア 3.N4−T−テノシ
デノシン チジン 特4.:、Iテノアデノシン類は、中性で強く螢光を発
することから、これをプローブとして用いて種々の研究
が行なわれてぎた。しかし、これらは塩基対形成能を右
しない。
デノシン チジン 特4.:、Iテノアデノシン類は、中性で強く螢光を発
することから、これをプローブとして用いて種々の研究
が行なわれてぎた。しかし、これらは塩基対形成能を右
しない。
本発明者らは、螢光性を有しグアニンあるいはアデニン
との塩基対形成が可能な、ビリミジンヌクレオシド又は
ヌクレオチド誘導体を得るべく鋭意研究を行ない、本発
明に到達した。
との塩基対形成が可能な、ビリミジンヌクレオシド又は
ヌクレオチド誘導体を得るべく鋭意研究を行ない、本発
明に到達した。
即ち、本発明は、
一般式(I)で表わされる螢光性ヌクレオシド又はヌク
レオチドである。
レオチドである。
一般式<r>においτ特に好ま()いのは、×1どYl
が共にH(’) −”C,7+が1−1−又は110−
でWlが11−の化合物、あるいは×1及び/又はI YlがIt O(V −(’l)n (n T、L
1 、2又は3の整数を承り)で21+が11−■は1
−10−でWlが11−−て・・ある。水酸基が公知の
適当(i保護基C゛保護され(いるしの1)、本発明の
節回に含まれる。
が共にH(’) −”C,7+が1−1−又は110−
でWlが11−の化合物、あるいは×1及び/又はI YlがIt O(V −(’l)n (n T、L
1 、2又は3の整数を承り)で21+が11−■は1
−10−でWlが11−−て・・ある。水酸基が公知の
適当(i保護基C゛保護され(いるしの1)、本発明の
節回に含まれる。
一般J(: (I’ )の化合物の製造法を、×1とY
1ツノ(共に110−で、/1どWlが共に11−の場
合を例にとって説明する。
1ツノ(共に110−で、/1どWlが共に11−の場
合を例にとって説明する。
一ヅ)の方法は、糖部の水酸基を保護した5−ヨートデ
AキシシチジンにO−ヨードベンゾイルクロライドを作
用さ1!、1りられた化合物をD M F中で、211
IIlのp (+の存在下に加熱処理し、次いで保護基
を除去する方法である。
AキシシチジンにO−ヨードベンゾイルクロライドを作
用さ1!、1りられた化合物をD M F中で、211
IIlのp (+の存在下に加熱処理し、次いで保護基
を除去する方法である。
他の方法は、デAギシシチジンから容易に得られるN4
−ペンゾイルデAキシシチジン誘導体を、メタノール中
J、うヨウ素の存71下で光照射し、次いで常法により
脱保護を行4丁う方法である。
−ペンゾイルデAキシシチジン誘導体を、メタノール中
J、うヨウ素の存71下で光照射し、次いで常法により
脱保護を行4丁う方法である。
L記の如くしてjqられた螢光性ヌクレオシドは、その
3′情又は5′位に後述の如き方法でリン酸基を導入し
ヌクレオチドとすることができる。
3′情又は5′位に後述の如き方法でリン酸基を導入し
ヌクレオチドとすることができる。
かくして得らだ一般式(I)の化合物は、螢光性であり
かつ核酸塩基のグアニンあるいはアデニンと塩基対を形
成J゛る能力があるので、これを分子中又は分子末端に
有するオリゴ又はポリヌクレオチドは、螢光プn−ブど
して利用できる。あるい(51、これらの化合物lま、
r)NA二重らせん中に組み入れた際に、塩基部分は空
間的に適合しておリ、相補的な塩111間の水素結合形
成能力やスタッギング作用をを増強づる可能性も考えら
れる。
かつ核酸塩基のグアニンあるいはアデニンと塩基対を形
成J゛る能力があるので、これを分子中又は分子末端に
有するオリゴ又はポリヌクレオチドは、螢光プn−ブど
して利用できる。あるい(51、これらの化合物lま、
r)NA二重らせん中に組み入れた際に、塩基部分は空
間的に適合しておリ、相補的な塩111間の水素結合形
成能力やスタッギング作用をを増強づる可能性も考えら
れる。
従つ−C1本発明はまた、分子中又は分子末端に、一般
式(II)で表わされる螢光竹タクレA−チドを、少な
くと61個含有Jるオリゴ又はポリヌクレオチドをも含
むものである。
式(II)で表わされる螢光竹タクレA−チドを、少な
くと61個含有Jるオリゴ又はポリヌクレオチドをも含
むものである。
〇
が−P−0−であり、Y2が一〇−でW2がll −O
ト( である、オリゴ又はポリヌクレオチドである。
ト( である、オリゴ又はポリヌクレオチドである。
螢光14ヌクレAシト又はヌクレオチドをONAオリゴ
マーあるはポリマーへ導入するには、有機化学的に合成
する方法と、酵素化学的に導入する2通りの方法がとら
れる。
マーあるはポリマーへ導入するには、有機化学的に合成
する方法と、酵素化学的に導入する2通りの方法がとら
れる。
有機化学的に合成する方法は、螢光性ヌクレオシド(F
)を含むオリゴヌクレオチドを直接合成する方法である
。l takuraらが開発した、固相リン酸トリエス
テル法を用いて、第1図に示すサイクルに従って合成を
行なった。
)を含むオリゴヌクレオチドを直接合成する方法である
。l takuraらが開発した、固相リン酸トリエス
テル法を用いて、第1図に示すサイクルに従って合成を
行なった。
すなわちステップ1として、ベンゼンスルホンM (B
SA)で、5′−水酸基のジメトキシトリチル基(DN
Tr W)を除去し、ステップ2で、ダイマーブロック
をメシチレンスルボン酸ニトロ]・リアゾール(M S
N T )で縮合し、固相■に担持されF含有オリゴ
マーの鎖を伸長した。また、目的と異なる配列のオリゴ
マー生成を防ぐために、綜合反応において未反応の5′
−水酸基は、4−ジメチルアミノピリジン(rlMAP
)存在下無水酢酸(AC20)でキャッピングを行なっ
た。
SA)で、5′−水酸基のジメトキシトリチル基(DN
Tr W)を除去し、ステップ2で、ダイマーブロック
をメシチレンスルボン酸ニトロ]・リアゾール(M S
N T )で縮合し、固相■に担持されF含有オリゴ
マーの鎖を伸長した。また、目的と異なる配列のオリゴ
マー生成を防ぐために、綜合反応において未反応の5′
−水酸基は、4−ジメチルアミノピリジン(rlMAP
)存在下無水酢酸(AC20)でキャッピングを行なっ
た。
このサイクルをくり返すことにJ:って、目的とするオ
リゴマーを合成した。オリゴマヌクレオチドのポリマー
支持体からの切り出しとリン酸の保護基の除去は、室温
でアンモニア水で処理することにより行なった。
リゴマーを合成した。オリゴマヌクレオチドのポリマー
支持体からの切り出しとリン酸の保護基の除去は、室温
でアンモニア水で処理することにより行なった。
更にアンモニア水で加熱処理することにより、塩基部の
アシル基を除去した。次いで逆層のシリカゲルカラムク
ロマトグラフィーで精製し、必要なフラクションを分取
し、5′末端のf)MTr Mを除去し、更に高速液体
クロマトグラフィーで精製した。
アシル基を除去した。次いで逆層のシリカゲルカラムク
ロマトグラフィーで精製し、必要なフラクションを分取
し、5′末端のf)MTr Mを除去し、更に高速液体
クロマトグラフィーで精製した。
螢光性ヌクレオシド又はヌクレオチドをDNAオリゴマ
ーあるいはポリマーに酵素化学的に導入する方法として
は、例えば、 (+)DNAポリメラーゼを用いるニックトランスレー
ション (RigI+y、 P、 W、ら、 J 、 MOl、
B iol、、 113゜237 (1977)参
照) (i) 末端デAキシヌクレオチドトランスフェラー
ゼを用いる3′−末端付加反応 (F、 J、 Bollum 、 The Enzy
wes、 (P、D。
ーあるいはポリマーに酵素化学的に導入する方法として
は、例えば、 (+)DNAポリメラーゼを用いるニックトランスレー
ション (RigI+y、 P、 W、ら、 J 、 MOl、
B iol、、 113゜237 (1977)参
照) (i) 末端デAキシヌクレオチドトランスフェラー
ゼを用いる3′−末端付加反応 (F、 J、 Bollum 、 The Enzy
wes、 (P、D。
Bower、 ed、 ) 、 3rrl
Ed、 Vol、10 、 pp、145−17
1. Academic Press、 New
York 、 N。
Ed、 Vol、10 、 pp、145−17
1. Academic Press、 New
York 、 N。
Y 、(1974)参照)
02つが、通常用いられる。
いずれの酵素を用いる場合にも、基質としては、好まし
くは、メクレAシト5′−モノリン酸が用いられる。螢
光性ヌクレオシドの51−トリリン酸の合成は、Y o
shikawaら(Ietrahedron 1.
ett、、 5065 (1967) )の方法に従っ
て合成できる。
くは、メクレAシト5′−モノリン酸が用いられる。螢
光性ヌクレオシドの51−トリリン酸の合成は、Y o
shikawaら(Ietrahedron 1.
ett、、 5065 (1967) )の方法に従っ
て合成できる。
また、5′ −七ノリン酸をイミダゾリドとした後シリ
ン酸と反応させる、5′−トリリン酸の合成は、□ t
toらの方法(J 、 A n、Chem、s oc、
、1785−1788 (1965) )に従って行な
うことができる。
ン酸と反応させる、5′−トリリン酸の合成は、□ t
toらの方法(J 、 A n、Chem、s oc、
、1785−1788 (1965) )に従って行な
うことができる。
次に合成した5′−トリリン酸を基質として用い、DN
Aポリメラーゼを用いて、ニック・1−ランスレージョ
ンを行なうと、シチジンの代りに、螢光性ヌクレオチド
が導入され螢光標識されたオリゴマーあるいはポリマー
を調製することができる。また、末端デオキシヌクレオ
チドトランスフJラーゼを用いると、3′−末端に螢光
性ヌクレオチドボリマーを付加することができる。
Aポリメラーゼを用いて、ニック・1−ランスレージョ
ンを行なうと、シチジンの代りに、螢光性ヌクレオチド
が導入され螢光標識されたオリゴマーあるいはポリマー
を調製することができる。また、末端デオキシヌクレオ
チドトランスフJラーゼを用いると、3′−末端に螢光
性ヌクレオチドボリマーを付加することができる。
以下、実施例により本発明を詳述する。
実施例1
+cb +
e+(1)5−ヨードデオキシシチジン+a+ 500
IRgを無水ピリジン10−に、懸濁させ、これに 1
.1,3.3−テ1ヘライソプロピル−1,3−ジクロ
ルジシ日キリ“ン0.!i7 d (1,2当品)を水
冷下で加え、その後室温で2時間反応さ1また。
e+(1)5−ヨードデオキシシチジン+a+ 500
IRgを無水ピリジン10−に、懸濁させ、これに 1
.1,3.3−テ1ヘライソプロピル−1,3−ジクロ
ルジシ日キリ“ン0.!i7 d (1,2当品)を水
冷下で加え、その後室温で2時間反応さ1また。
水冷下で、水2mを加えて反応を停止し、10分間放置
した後、溶媒を減圧下留去した。残渣を水−クロロホル
ム系で抽出し、クロロホルム層を無水硫酸す1〜リウム
で乾燥した。クロロホルムを留去した後、シリカゲルク
ロマトグラフィーにより精製し、メタノールで再結晶し
で、3’ 、5’ −0−(1,1,3,3−テトライ
ソプロピルジシロキサン−1,3−ジイル)−5−ヨー
ドデオキシシチジン山) 750 mgを得た。物性値
は次の通りであった。
した後、溶媒を減圧下留去した。残渣を水−クロロホル
ム系で抽出し、クロロホルム層を無水硫酸す1〜リウム
で乾燥した。クロロホルムを留去した後、シリカゲルク
ロマトグラフィーにより精製し、メタノールで再結晶し
で、3’ 、5’ −0−(1,1,3,3−テトライ
ソプロピルジシロキサン−1,3−ジイル)−5−ヨー
ドデオキシシチジン山) 750 mgを得た。物性値
は次の通りであった。
m、p、 210−211℃
メタ/−1し
tJ V λ+n a x 293 n ra
vass m/e 595 (M中 )、
552(M−43)[2+ 3’ 、5’ −0
−(1,1,3,3−テトライソプロピルジシロキサン
−1,3−ジイル)−5−ヨードデオキシシチジン+t
n 700ty)を無水ピリジン10#ll!に溶かし
、水冷下で、2−ヨードベンゾイルクロリド340mg
(1,2当艶)を加えて、50分間反応させた。水冷下
で水2ml’を加えて反応を停止し、10分間放置した
後、溶媒を減圧下留去した。残漬を水−クロロホルム系
で抽出し、りロロホルム層を無水硫酸す1ヘリウムで乾
燥した。クロロホルムを減圧下で留去した後、シリカゲ
ルクロマトグラフィーにより精製しく0.5%メタノー
ル/クロロホルム)、3’ 、5’ −0−(1,1,
3,3−テトライソプロピルジシロキサン−1,3−ジ
イル)−N4−(2−ヨードベンゾイル)−5−ヨード
デオキシシチジン(C1880mgを1qだ。物性値は
次の通りであった。
vass m/e 595 (M中 )、
552(M−43)[2+ 3’ 、5’ −0
−(1,1,3,3−テトライソプロピルジシロキサン
−1,3−ジイル)−5−ヨードデオキシシチジン+t
n 700ty)を無水ピリジン10#ll!に溶かし
、水冷下で、2−ヨードベンゾイルクロリド340mg
(1,2当艶)を加えて、50分間反応させた。水冷下
で水2ml’を加えて反応を停止し、10分間放置した
後、溶媒を減圧下留去した。残漬を水−クロロホルム系
で抽出し、りロロホルム層を無水硫酸す1ヘリウムで乾
燥した。クロロホルムを減圧下で留去した後、シリカゲ
ルクロマトグラフィーにより精製しく0.5%メタノー
ル/クロロホルム)、3’ 、5’ −0−(1,1,
3,3−テトライソプロピルジシロキサン−1,3−ジ
イル)−N4−(2−ヨードベンゾイル)−5−ヨード
デオキシシチジン(C1880mgを1qだ。物性値は
次の通りであった。
Mass m/e 825(M”)、 78
2(M−43)f31 3’ 、5’ −0−(1,1
,3,3−テトライソプロピルジシロキサン−1,3−
ジイル)−N4−(2−ヨードベンゾイル)−5−ヨー
ドデオキシシチジン(C) 5 (00s+gを無水ジ
メチルホルムアミド51dlに溶かし、酢酸パラジウム
14++y、i−リフェニルホスフィン30q、 ト
リエチルアミン0.37を加え、アルゴン気流下で、1
6時間100℃に加熱した。溶媒を留去し、残漬を水−
クロロホルム系で抽出し、クロロボルム層は無水硫酸ナ
トリウムで乾燥した。
2(M−43)f31 3’ 、5’ −0−(1,1
,3,3−テトライソプロピルジシロキサン−1,3−
ジイル)−N4−(2−ヨードベンゾイル)−5−ヨー
ドデオキシシチジン(C) 5 (00s+gを無水ジ
メチルホルムアミド51dlに溶かし、酢酸パラジウム
14++y、i−リフェニルホスフィン30q、 ト
リエチルアミン0.37を加え、アルゴン気流下で、1
6時間100℃に加熱した。溶媒を留去し、残漬を水−
クロロホルム系で抽出し、クロロボルム層は無水硫酸ナ
トリウムで乾燥した。
クロロホルムを留去した後、シリカゲルクロマトグラフ
ィーにより精製しく3%メタノール/クロ[]ホルム)
、2− [3’ 、5’ −0−(1,1,3,3−
テトライソプロピルジシロキサン−1,3−ジイル)−
β−D−デオキシリボフラノシル]−3,6−シオキソ
ビリミド[4,5−c]イソキノリン(小115mgを
得た。物性値は以下の通りであった。
ィーにより精製しく3%メタノール/クロ[]ホルム)
、2− [3’ 、5’ −0−(1,1,3,3−
テトライソプロピルジシロキサン−1,3−ジイル)−
β−D−デオキシリボフラノシル]−3,6−シオキソ
ビリミド[4,5−c]イソキノリン(小115mgを
得た。物性値は以下の通りであった。
Mass m/e F171(M” )、 52
g(M−43)NMR(CD(J3)δ4 9.09
(S 、 H−1) 。
g(M−43)NMR(CD(J3)δ4 9.09
(S 、 H−1) 。
8.89 (br s、 N−H) 8.4〜7.
5(Aroe+atic 。
5(Aroe+atic 。
4H)、 6.12 (d 、 J
= 5.9. Hz 、 H−1’
>(4) 上記(3)で得られた化合物(市の11
0ORをテトラヒドロフラン5dに溶解し、1Mデトラ
ブチルアンモニウムフルオリド0,2d (テトラヒド
ロフラン溶液を室温で1時間撹拌した溶媒を画人後、シ
リカゲルクロマトグラフィー(10%メタノール/クロ
ロホルム)により精製して2−β−D−デオキシリボフ
ラノシル−3,6−シオキソビリミド[4,5−C]イ
ソキノリン(e)481rr9を得た。
= 5.9. Hz 、 H−1’
>(4) 上記(3)で得られた化合物(市の11
0ORをテトラヒドロフラン5dに溶解し、1Mデトラ
ブチルアンモニウムフルオリド0,2d (テトラヒド
ロフラン溶液を室温で1時間撹拌した溶媒を画人後、シ
リカゲルクロマトグラフィー(10%メタノール/クロ
ロホルム)により精製して2−β−D−デオキシリボフ
ラノシル−3,6−シオキソビリミド[4,5−C]イ
ソキノリン(e)481rr9を得た。
物性値は以下の通りであった。
UVλ1llaX 252nlll (6= 36
500)343nm (e = 11700)NMR
(DMSO−d a )δ 12.02 (br s 、 N
−ト1)、 9.59 (S、 l−1
−1)8.2〜7.4(芳香族4H)、 6,19
(t 、 J=5.5Hz 、 H−1’ ) λeX 34301 (螢光スペクトルの励起波長
)λen+ 385nm (発光波長)なお、化合
物+01の相対螢光強度は、ピリドピリミジンヌクレオ
シドの約70%であった。
500)343nm (e = 11700)NMR
(DMSO−d a )δ 12.02 (br s 、 N
−ト1)、 9.59 (S、 l−1
−1)8.2〜7.4(芳香族4H)、 6,19
(t 、 J=5.5Hz 、 H−1’ ) λeX 34301 (螢光スペクトルの励起波長
)λen+ 385nm (発光波長)なお、化合
物+01の相対螢光強度は、ピリドピリミジンヌクレオ
シドの約70%であった。
+a+ <In3’ 、5’−
0−(1,1,3,3−テ1〜ライソプロピルジシロキ
4jンー 1.3−ジイル)−N’−ペンゾイルデオギ
シシチジン(a) 300mgを、メタノール300
meに溶かして、これにヨウ素40mgを加え、高圧水
銀灯で24時間、光照射した。反応液を重曹水で中和し
50−まで減圧上濃縮した。これに、水100dを加え
て、り「lロホルムで抽出し、クロロホルム層を無水硫
酸す1〜リウムで乾燥した。りロロホルムを留去した後
、シリカゲルクロマ1へグラフィーにより精製し、(3
%メタノール/クロロホルム) 、 2− [3’ 、
5’−0−(1,1,3,3−テトライソブ[1ビルジ
シロキ1ノン−1,3−ジイル)−β−D−デAキシリ
ボフラノシル]−3,6−シオキソビリミド[4,5−
c]イソニ1ノリン市186#1gを得た。
0−(1,1,3,3−テ1〜ライソプロピルジシロキ
4jンー 1.3−ジイル)−N’−ペンゾイルデオギ
シシチジン(a) 300mgを、メタノール300
meに溶かして、これにヨウ素40mgを加え、高圧水
銀灯で24時間、光照射した。反応液を重曹水で中和し
50−まで減圧上濃縮した。これに、水100dを加え
て、り「lロホルムで抽出し、クロロホルム層を無水硫
酸す1〜リウムで乾燥した。りロロホルムを留去した後
、シリカゲルクロマ1へグラフィーにより精製し、(3
%メタノール/クロロホルム) 、 2− [3’ 、
5’−0−(1,1,3,3−テトライソブ[1ビルジ
シロキ1ノン−1,3−ジイル)−β−D−デAキシリ
ボフラノシル]−3,6−シオキソビリミド[4,5−
c]イソニ1ノリン市186#1gを得た。
物性値は、実施例1において合成したものと一致した。
なお、糖水酸基の保護基をア[チル基にした場合にも、
はぼ同様の条件で目的物が得られた。
はぼ同様の条件で目的物が得られた。
実施例3
実施例1で得られた2−β−D−デオキシリボフラノシ
ルー3,6−シオキリビリミド[4,5−clイソキノ
リン+e+ 655mgを、無水トリエチルホスフェ−
1〜5 meに溶かし、0℃に冷却して、これにAキシ
塩化リン613m1を加えて、6時間反応させた後、氷
1gを加えて加水分解した。減圧上濃縮した後、残漬を
蒸留水1mに溶かして、DEAE−セファデックスA−
25(HCO3−型)を用い、1〜す]−チルアンモニ
ラ18ビカーボネートの直線濃度勾配にて、精製し、2
−(5’−0−ホスホリル−β−D〜デオキシリボフラ
ノシル) −3,6−シAキソビリミド[4,5−c
lイソキノリン(f)652 m9をi!J 1.:。
ルー3,6−シオキリビリミド[4,5−clイソキノ
リン+e+ 655mgを、無水トリエチルホスフェ−
1〜5 meに溶かし、0℃に冷却して、これにAキシ
塩化リン613m1を加えて、6時間反応させた後、氷
1gを加えて加水分解した。減圧上濃縮した後、残漬を
蒸留水1mに溶かして、DEAE−セファデックスA−
25(HCO3−型)を用い、1〜す]−チルアンモニ
ラ18ビカーボネートの直線濃度勾配にて、精製し、2
−(5’−0−ホスホリル−β−D〜デオキシリボフラ
ノシル) −3,6−シAキソビリミド[4,5−c
lイソキノリン(f)652 m9をi!J 1.:。
実施例4
腔
20一
実施例3で得られた2−(5’−0−ホスホリル−β〜
D−デ第1シリボフラノシル)−3,6−シオキソビリ
ミド[4,5−c]lイソキノリン0100mgを、無
水ジメチルホルムアミド5−に溶かし、カルボニルジイ
ミダゾール40011r9を加えて、室温で1時間反応
させた。その後、反応液を、20dの1%ヨウ化ナトリ
ウム/アセトンに注ぎ、生成した沈澱は濾別して、アセ
トンで洗浄し、減圧下で乾燥した。沈澱を無水ジメチル
ホルムアミド5Ill!!に溶かし、モノ−トリーn−
ブチルアンモニウムホスフェート2gを加えて、室温で
24時間反応さゼた。減圧下、濃縮した後、残渣を蒸留
水3−に溶かして、DEAE−セファデックスA−25
(HCOa−型)を用い、トリエチルアンモニウムビカ
ーボネートの直線濃度勾配にて精製し、2−(5’ −
0−ジホスホリルーβ−D−デオキシリボフラノシル)
−3,6−シオキソビリミド[4,5−c]lイソキノ
リン0)60mgを得た。
D−デ第1シリボフラノシル)−3,6−シオキソビリ
ミド[4,5−c]lイソキノリン0100mgを、無
水ジメチルホルムアミド5−に溶かし、カルボニルジイ
ミダゾール40011r9を加えて、室温で1時間反応
させた。その後、反応液を、20dの1%ヨウ化ナトリ
ウム/アセトンに注ぎ、生成した沈澱は濾別して、アセ
トンで洗浄し、減圧下で乾燥した。沈澱を無水ジメチル
ホルムアミド5Ill!!に溶かし、モノ−トリーn−
ブチルアンモニウムホスフェート2gを加えて、室温で
24時間反応さゼた。減圧下、濃縮した後、残渣を蒸留
水3−に溶かして、DEAE−セファデックスA−25
(HCOa−型)を用い、トリエチルアンモニウムビカ
ーボネートの直線濃度勾配にて精製し、2−(5’ −
0−ジホスホリルーβ−D−デオキシリボフラノシル)
−3,6−シオキソビリミド[4,5−c]lイソキノ
リン0)60mgを得た。
実施例5
(h)
実施例11にa;IIる−しノー1〜リ−n−ブヂルア
ントニウム小スーツJl −1−の代りに、ジーL・リ
ーn−/Jルアン【=ニウムジ小スノ1−1−を用いて
、同(じ操r1三を行)τい、2−(5’ −i’)i
〜リボスホリルーβ−D−デオキシリボフラノシル)
−3,6−ジAキリピリミド[4,5−c]イソキノリ
ン(h)を19た。
ントニウム小スーツJl −1−の代りに、ジーL・リ
ーn−/Jルアン【=ニウムジ小スノ1−1−を用いて
、同(じ操r1三を行)τい、2−(5’ −i’)i
〜リボスホリルーβ−D−デオキシリボフラノシル)
−3,6−ジAキリピリミド[4,5−c]イソキノリ
ン(h)を19た。
実施例6
木弁明の螢光性ヌクレオシドを含むドデカマーの合成を
以下の如きホスホ[−リエステル固相合成法(411図
参照)で行なった。固相支持体は、1%架橋ポリスチレ
ン樹脂を用い、3′−末9η1となるシチジンは、3′
−水酸L(と樹脂とをこはく耐]−ステルで結合し、担
持した。合成は、第1図に示すリーイクルに従って、ダ
イマーブロック縮合を行なった。
以下の如きホスホ[−リエステル固相合成法(411図
参照)で行なった。固相支持体は、1%架橋ポリスチレ
ン樹脂を用い、3′−末9η1となるシチジンは、3′
−水酸L(と樹脂とをこはく耐]−ステルで結合し、担
持した。合成は、第1図に示すリーイクルに従って、ダ
イマーブロック縮合を行なった。
ステン′7L(脱トリチル化反応)
5/、ZIllQIヌクレオシド相当の樹脂を用いて、
2%ベンt!ンスル小ン酸(BS△)クロロボルム溶液
2dで1分間!ii埋した(2回くり返した)。
2%ベンt!ンスル小ン酸(BS△)クロロボルム溶液
2dで1分間!ii埋した(2回くり返した)。
ステップ上(綜合反応)
ダイマー2071molを200〜300flQのピリ
ジンに溶かし、縮合剤として、メシヂレンスルホン酸:
l−[11−リアゾール(M S N T ) 7(
Dlmolを加えて、40℃で20分間反応させた。
ジンに溶かし、縮合剤として、メシヂレンスルホン酸:
l−[11−リアゾール(M S N T ) 7(
Dlmolを加えて、40℃で20分間反応させた。
ステラIre(キt・ラビング反応)(未反応物の非反
応化反応) 無水F+I’M (Ac 20) 0.2mlを O
,1fv14−ジメヂルアミノピリジン(DMAP)の
ピリジン溶液1.8mlと混合しく用B、’を調製)、
反応さけた。
応化反応) 無水F+I’M (Ac 20) 0.2mlを O
,1fv14−ジメヂルアミノピリジン(DMAP)の
ピリジン溶液1.8mlと混合しく用B、’を調製)、
反応さけた。
この操作(ステップ1〜3)を、5回くり返しドデカマ
ーを合成した。
ーを合成した。
合成したドデカマー((IGGG△ΔFTTTCCC・
・・・・・Fllffl光竹ヌクレAシト)1A5、次
の順序の操作に従って、説保護し精うツした、。
・・・・・Fllffl光竹ヌクレAシト)1A5、次
の順序の操作に従って、説保護し精うツした、。
(1)淵アンモニア水16 pieとピリジン4 mQ
を加え、室ンム1で24B1間f2応さUlこ。
を加え、室ンム1で24B1間f2応さUlこ。
(6) さらに、50℃に加熱して4時til1反応
させた。
させた。
13iD 逆相シリカゲルカラムクロマトグラフィー
(C18カラム:ウォータース社製,35〜100μm
)で、IA Elした(アセトニトリルグラジエン1〜
:10%−35%)。
(C18カラム:ウォータース社製,35〜100μm
)で、IA Elした(アセトニトリルグラジエン1〜
:10%−35%)。
080%酢酸に溶かし、至淘で20分間すl理しで、−
2 =l− 5′〜末端のジメトキシトリチル基を除去した。
2 =l− 5′〜末端のジメトキシトリチル基を除去した。
(ν) 逆相高速液体クロマトグラフィーにて精製した
く東)YソーダーニーrsK− 410AK)。
く東)YソーダーニーrsK− 410AK)。
QO イAン交後.高速液体夕日マドグラフィーにτ
椅簿゛シーして、甲−ピークを1qだ(東)エソ−ダニ
TS Koel I E X.540K >。
椅簿゛シーして、甲−ピークを1qだ(東)エソ−ダニ
TS Koel I E X.540K >。
1デカマーのすvスペクトルにおいて、343nmσ)
Illjν,J,す、螢光,性ヌクレオシドの存在が確
認された。
Illjν,J,す、螢光,性ヌクレオシドの存在が確
認された。
1・ご゛シ→ツマー5′−末端を放射性標識( P)し
、フィン#’−’プリントを行なった結果、jn基配列
の正しいことを示していた。
、フィン#’−’プリントを行なった結果、jn基配列
の正しいことを示していた。
実施例γ・
ニックトランスレーション法によるh法但)用いた試薬
大錫菌D N A 7I¥リメラ□. −”ti’ I
( B oehringer − □Man
nlleimなど>’. 、’.5 ii’j.j./
m Cl) 50%/ 1,1 t D −ル溶液を
原液のまま使Fn”) ’,肋5a l) N ase
l [ 1 rny/26一 m(lとなルヨう1.T 0101 Nj1m11m酸
二L、−20℃で保存。使用時に希釈液(1011M
Tris −HCl 。
( B oehringer − □Man
nlleimなど>’. 、’.5 ii’j.j./
m Cl) 50%/ 1,1 t D −ル溶液を
原液のまま使Fn”) ’,肋5a l) N ase
l [ 1 rny/26一 m(lとなルヨう1.T 0101 Nj1m11m酸
二L、−20℃で保存。使用時に希釈液(1011M
Tris −HCl 。
r)H7,5,5111M M(l Of 2 、1
#1g/#+1!ウシ而漬アルブミン)にで10倍に希
釈し、0℃で2時間h(置して活性化したあとさらに終
濃度0.14mg/meにして用いるコ、ニックトラン
スレーション緩衝液(10倍(i、 500 mM
Tris−ficl 、 p)−17,5,5On
+M MU CI 2 、10 mM2−メルカプト
エタノール>、IINTP溶液(各0.111MのdT
T P 、 dG T P 、 dA T Pお
よびピリミドイソキノリンヌクレオシド−5′−トリホ
スフェート((IFTP)溶液)、試料r)NA(10
mM Tris −1−ICI 、 pl−17,
5,10mM KCI 、 0.2mM EDT
Aに1μg/μρとなるようにλファージHindlフ
ラグメントDNAを溶か1−)。
#1g/#+1!ウシ而漬アルブミン)にで10倍に希
釈し、0℃で2時間h(置して活性化したあとさらに終
濃度0.14mg/meにして用いるコ、ニックトラン
スレーション緩衝液(10倍(i、 500 mM
Tris−ficl 、 p)−17,5,5On
+M MU CI 2 、10 mM2−メルカプト
エタノール>、IINTP溶液(各0.111MのdT
T P 、 dG T P 、 dA T Pお
よびピリミドイソキノリンヌクレオシド−5′−トリホ
スフェート((IFTP)溶液)、試料r)NA(10
mM Tris −1−ICI 、 pl−17,
5,10mM KCI 、 0.2mM EDT
Aに1μg/μρとなるようにλファージHindlフ
ラグメントDNAを溶か1−)。
山) 方法
+l) 6.5μ磨のニックトランスレーション緩衝
液、10μpのdN王P溶液、2μρの試FIDNA(
111’J/Itρ)と水を加えて全量を65μpとし
、よく撹拌した。
液、10μpのdN王P溶液、2μρの試FIDNA(
111’J/Itρ)と水を加えて全量を65μpとし
、よく撹拌した。
(2)活性化したDNaSe■溶液5 IIすを加えて
室温に2分間放置してニックを入れた。ついで、大腸菌
DNAポリメラーゼ■を2 II Q加えて14℃で1
時間反応させた。
室温に2分間放置してニックを入れた。ついで、大腸菌
DNAポリメラーゼ■を2 II Q加えて14℃で1
時間反応させた。
+31 0.25M El’)TAを35μす加えて
68℃で10分間加温し、酵素反応を止めた。フェノー
ル抽出を2回、エタノール沈澱を2回繰り返した。
68℃で10分間加温し、酵素反応を止めた。フェノー
ル抽出を2回、エタノール沈澱を2回繰り返した。
最後の沈澱を0,5fRRの10 mM Tris
−CI 。
−CI 。
pH7,5,101M KCI 、 0.2+++
M El’)TAに溶かして使用時まで一20℃に保
存した。
M El’)TAに溶かして使用時まで一20℃に保
存した。
第1図は、同相リン酸トリエステル法によるオリゴヌク
レオチドの合成システムを示す。
レオチドの合成システムを示す。
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1、一般式(I)で表わされる螢光性ヌクレオシド又は
ヌクレオチド。 ▲数式、化学式、表等があります▼・・・・・・( I
) 〔式( I )において、X_1とY_1は各々▲数式、
化学式、表等があります▼を表わす(nは0、1、2 又は3の整数を示す)。Z_1はH−又は ▲数式、化学式、表等があります▼を表わす(mは0、
1、2 又は3の整数を示す)。W_1はH−又はHO−を表わ
す。〕 2、一般式( I )において、X_1とY_1が共にH
O−でZ_1がH−又はHO−でW_1がH−である、
特許請求の範囲第1項記載の螢光性ヌクレオシド。 3、一般式( I )において、X_1及び/又はY_1
が▲数式、化学式、表等があります▼(nは1、2又は
3の整数を 示す)でZ_1がH−又はHO−でW_1がH−である
、特許請求の範囲第1項記載の螢光性ヌクレオチド。 4、分子中又は分子末端に、一般式(II)で表わされる
螢光性ヌクレオチド単位を、少なくとも1個含有するオ
リゴ又はポリヌクレオチド。 ▲数式、化学式、表等があります▼・・・・・・(II) 〔式(II)において、X_2は▲数式、化学式、表等が
あります▼ 又は▲数式、化学式、表等があります▼を表わし、X_
2が ▲数式、化学式、表等があります▼のときY_2又はZ
_2は−O −を表わし(但し他方はH−又はHO−を表わす)、 X_2が▲数式、化学式、表等があります▼のときY_
2又はZ_2は−O−又は▲数式、化学式、表等があり
ます▼を表わす(但し他方 はH−又はHO−を表わす)(rは0、1、2又は3の
整数を示し、sは1、2又は3の整数を示す)W_2は
H−又はHO−を表わす。〕5、一般式(II)において
、X_2が−P−O−であり、Y_2が−O−でW_2
がH−である、特許請求の範囲第4項記載のオリゴ又は
ポリヌクレオチド。
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP19769085A JPS6259293A (ja) | 1985-09-09 | 1985-09-09 | 螢光性ヌクレオシド又はヌクレオチド |
JP3144090A JPH0798834B2 (ja) | 1985-09-09 | 1991-05-21 | 螢光性ポリヌクレオチド |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP19769085A JPS6259293A (ja) | 1985-09-09 | 1985-09-09 | 螢光性ヌクレオシド又はヌクレオチド |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP3144090A Division JPH0798834B2 (ja) | 1985-09-09 | 1991-05-21 | 螢光性ポリヌクレオチド |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPS6259293A true JPS6259293A (ja) | 1987-03-14 |
JPH0371437B2 JPH0371437B2 (ja) | 1991-11-13 |
Family
ID=16378729
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP19769085A Granted JPS6259293A (ja) | 1985-09-09 | 1985-09-09 | 螢光性ヌクレオシド又はヌクレオチド |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPS6259293A (ja) |
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0549709A1 (en) * | 1990-09-20 | 1993-07-07 | Amoco Corp | PROBE COMPOSITIONS FOR CHROMOSOME IDENTIFICATION AND METHOD. |
WO1995005391A1 (en) * | 1993-08-18 | 1995-02-23 | Chromagen, Inc. | Applications of fluorescent n-nucleosides and fluorescent structural analogs of n-nucleosides |
WO1995007918A2 (en) * | 1993-09-17 | 1995-03-23 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US6007992A (en) * | 1997-11-10 | 1999-12-28 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US6028183A (en) * | 1997-11-07 | 2000-02-22 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives and oligonucleotides containing same |
WO2004046147A1 (ja) * | 2002-11-18 | 2004-06-03 | Otsuka Pharmaceutical Co., Ltd. | ポリヌクレオチド誘導体及びその利用 |
US7144995B2 (en) | 2002-03-08 | 2006-12-05 | Glen Research Corporation | Fluorescent nitrogenous base and nucleosides incorporating same |
-
1985
- 1985-09-09 JP JP19769085A patent/JPS6259293A/ja active Granted
Cited By (20)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0549709A4 (en) * | 1990-09-20 | 1994-07-27 | Amoco Corp | Probe compositions for chromosome identification and methods |
EP0787805A3 (en) * | 1990-09-20 | 2004-01-02 | Amoco Corporation | Probe compositions for chromosome identification and method |
EP0549709A1 (en) * | 1990-09-20 | 1993-07-07 | Amoco Corp | PROBE COMPOSITIONS FOR CHROMOSOME IDENTIFICATION AND METHOD. |
WO1995005391A1 (en) * | 1993-08-18 | 1995-02-23 | Chromagen, Inc. | Applications of fluorescent n-nucleosides and fluorescent structural analogs of n-nucleosides |
US6617437B1 (en) | 1993-09-17 | 2003-09-09 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
WO1995007918A2 (en) * | 1993-09-17 | 1995-03-23 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
WO1995007918A3 (en) * | 1993-09-17 | 1995-08-03 | Gilead Sciences Inc | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US5502177A (en) * | 1993-09-17 | 1996-03-26 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US5763588A (en) * | 1993-09-17 | 1998-06-09 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US6005096A (en) * | 1993-09-17 | 1999-12-21 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives |
US6967079B2 (en) | 1993-09-17 | 2005-11-22 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US6414127B1 (en) | 1997-11-07 | 2002-07-02 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US6028183A (en) * | 1997-11-07 | 2000-02-22 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives and oligonucleotides containing same |
US6800743B2 (en) | 1997-11-07 | 2004-10-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US6951931B2 (en) | 1997-11-07 | 2005-10-04 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
USRE39324E1 (en) * | 1997-11-07 | 2006-10-03 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Pyrimidine derivatives and oligonucleotides containing same |
US7511125B2 (en) | 1997-11-07 | 2009-03-31 | Carlsbad | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US6007992A (en) * | 1997-11-10 | 1999-12-28 | Gilead Sciences, Inc. | Pyrimidine derivatives for labeled binding partners |
US7144995B2 (en) | 2002-03-08 | 2006-12-05 | Glen Research Corporation | Fluorescent nitrogenous base and nucleosides incorporating same |
WO2004046147A1 (ja) * | 2002-11-18 | 2004-06-03 | Otsuka Pharmaceutical Co., Ltd. | ポリヌクレオチド誘導体及びその利用 |
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Publication number | Publication date |
---|---|
JPH0371437B2 (ja) | 1991-11-13 |
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