JPS60230061A - 遺伝子配列処理装置 - Google Patents

遺伝子配列処理装置

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JPS60230061A
JPS60230061A JP59085929A JP8592984A JPS60230061A JP S60230061 A JPS60230061 A JP S60230061A JP 59085929 A JP59085929 A JP 59085929A JP 8592984 A JP8592984 A JP 8592984A JP S60230061 A JPS60230061 A JP S60230061A
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JP59085929A
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Eisuke Nasu
永典 奈須
Osamu Suzuki
理 鈴木
Yuichi Fukuda
福田 友一
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Hitachi Software Engineering Co Ltd
Original Assignee
Hitachi Software Engineering Co Ltd
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    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06FELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F3/00Input arrangements for transferring data to be processed into a form capable of being handled by the computer; Output arrangements for transferring data from processing unit to output unit, e.g. interface arrangements
    • G06F3/16Sound input; Sound output

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  • Engineering & Computer Science (AREA)
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  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Character Discrimination (AREA)

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 〔発明の利用分野〕 本発明は1.遺伝子配列(DNAシーケンス)がX線像
映されているフィルムをコンピータに入力する時の確認
に好適な遺伝子配列処理装置に関する。
〔発明の背景〕
周知のように、遺伝子はA″、G、C,Tという4種類
の核酸塩基(DNA)が2重螺旋状に配列された構造を
有している。以下、この塩基配列をDNAシーケンスと
呼ぶことにする。DNAシーケンスはマキサム・ギルバ
ート法などによりXIS像映することが可能である。第
2図はDNAシーケンスのフィルムの一例を示したもの
で、A、G。
C,Tの各映像をバンドと呼んでいる。一般にDN A
シーケンスの解析は、第2図に示すDNAシーケンスが
X線像映されているフィルム1をディジタイザの上に置
き、カーソル又はペンでバンド2を順次積してコンピュ
ータへ入力することで行っている。例えば第2図の例に
おいては、フィルムlのバンド2をイ11ロ、ハ二、・
・・と指すことにより、rAGCCTAC・・・・・・
」のDNAシーケンスが得られる。
このような装置においては、カーソル又はペンで指され
たバンドに対応する塩基コード(A、G。
C,T)が正しくコンピュータへ入力されたかを確認す
る必要がある。しかしながら、従来はカーソル又はペン
で指されたバンドを、それに対応する塩基コードに変換
してディスプレイ又はプリンタに出力することで確認し
ており、以下の欠点があった。
(イ) ディスプレイを用いる場合、デジタイザがら入
力する毎にディスプレイに表示される塩基コードを確認
することになるため、視線がデジタイザとディスプレイ
に交互に移動し、入力効率が悪い。
(ロ) プリンタを用いる場合は、入力したデータを一
度プレントアウトし、フィルムとプリント用紙のデータ
を相互目視チェックにより一括確認することになるため
、確認効率が悪い。
〔発明の目的〕
! 本発明の目的は、DNAシーケンスのコンピュータへの
入力確認作業の効率向上をもたらす遺伝子配列処理装置
を提供することにある。
〔発明の概要〕
従来のDNAシーケンスのコンピュータ入力は眼でフィ
ルムを読んでコンピュータに入力し、入力したデ°−夕
をディスプレイ又はプリンタにより眼で確認チェックす
るというように、全て眼で行っているため作成効率が悪
かった。そこで、本発明では、コンピュータ入力は眼で
フィルムを読んで行うが、入力したデータは音声で確認
するようにして、視線を変えることなく連続して入力す
ることを可能とするものである。
〔発明の実施例〕
第1図は本発明に係る遺伝子配列処理装置の一実施例の
全体構成図を示す。DNAシーケンスがX線像映されて
いるフィルム1をデジタイザ1゜上に置き、遺伝子の塩
基コード(A、G、C,T)が表示さ九ているバンド2
をカーソル又はペンで指して、該バンドの座標値をコン
ピュータ本体30に入力する。コンピュータ本体3oで
は、予め決定された各塩基コードA、G、C,Tに対応
するバンド範囲をもとに、入力された座標値を該当塩基
コードに変換し、ディスプレイ装置40に表示すると共
に音声合成出力装置50に出力する。
音声合成出力装置50では、コンピュータ本体30から
の塩基コードを「エイ」、「ジー」、「シー」、「ティ
」のように音声合成して出力する。なお。
コンピュータ本体30では、入力された座標値に対応す
る塩基コードを記憶しておき、後で一括して音声合成出
力装置50に出力し、音声合成出力装置50で一括して
読上げるようにしてもよい。
コンピュータ本体30に対する各種のファンクション指
定、塩基コードデータ入力等はキーボード20を用いて
行われる。また、コンピュータ本体30から出力される
DNAシーケンスは、必要に応じてプリンタ60でプリ
ントアウトされる。
第3図はデジタイザIOの動作原理を説明する図で、電
磁誘導方式を使用する場合の図である。
即ち、デジ゛タイザ10は、ペン又はカーソルを形成し
ている電磁コイル11とXおよびY方向に直交配列され
た多数のセンスループ12とからなり、電磁コイル11
に交流電流を流し、相互インダクタンスに比例する起電
力をセンスループ12で検知することにより、ペン又は
カーソルの座標値を得るものである。実際には、ディタ
イザ10はA/D変換器を内蔵し、センスループ12で
検知された座標値をディジタル信号に変換してコンピュ
ータ本体30に入力する。このようなデジタイザは周知
であるので、これ以上の説明は省略する。
第4図はコンピュータ本体30の概略構成図で、基本的
にはマイクロコンピュータアーキテクチャと同様である
。即ち、コンピュータ本体30は各種の処理を実行する
中央処理装置(CPU)31゜処理の途中データ等を格
納するランダムアクセスメモリ(RAM)32、プログ
ラムを格納するリードオンリーメモリ(ROM)33.
入出力(Ilo)インタフェース部34、及びこれらを
接続する内部バス35で構成される。第2図のデジタイ
ザio、キーボード20.ディスプレイ40゜音声合成
出力装置50およびプリンタ60はI10インタフェー
ス部34を介して該コンピュータ本体30と接続される
第5図は音声合成出力装置50の一実施例で。
音声データを記憶しておく音声データROM51、音声
データをアナログ信号に変換して合成する音声合成LS
I52、及び音声を出力するために用いるフィルタ53
.アンプ54、スピーカ55等から構成される。音声デ
ータR’0M51には、A。
G、C,Tの各塩基コード毎に、予め「エイ」、「ジー
」、「シー」、「ティ」の音声に対応するアナログ電気
信号を量子化、ディジタル化した音声データがそれぞれ
所定領域に記憶されている。
コンピュータ本体30から塩基コードが与えられると、
該塩基コードを先頭アドレスとして音声データROM5
1の連続するアドレスから1群の音声データが順次読み
出される。このROM51から読み出された1群の音声
データを音声合成LSI52でアナログ信号に変換して
合成した後、フ1 イルタ53.アンプ54を通すこと
により、スピーカ55から該塩基コードに対する音声が
出力される。
第6図はコンピュータ本体30を中心にした処理フロー
図であり、以下、これに従って動作を詳述する。
まず、フィルム上にX線像映されているA、G。
C,Tの各塩基コードに対応するバンドの有効範囲を入
力する(ステップ101)。例えば塩基コードAのバン
ドの有効範囲は、該当塩基コードに対応する文字rAJ
をキーボード20より入力した後、第2図に「X」印で
示した様に、デジタイザ10に載置したフィルム1上の
該塩基コードAのバンドの有効範囲を表わす4隅の座標
をA、。
A、、A、、A、をペン又はカーソルで指して入力する
ことで行う。他の塩基コードG、C,Tについても同様
である。コンピュータ本体30では。
入力された各塩基コード文字データとそのバンドの有効
範囲の座標値との対応テーブルを作成し、RAM32に
格納しておく (ステップ102)。
第7図に該対応テーブルの内容を示すにこまで !がD
NAシーケンスをコンピュータに入力する際の前処理で
ある。
次に、デジタイザ10に載置したフィルムl上のバンド
2を、DNAシーケンス順にイ1ロ、ハ。
二、・・・とペン又はカーソルで指し、その座標値をコ
ンピュータ本体30に入力する(ステップ103)。コ
ンピュータ本体30では、RAM32に格納されている
対応テーブルを参照して、入力された座標値がどの塩基
コードに対応するバンドの有効範囲にあるか調べ(ステ
ップ104)、その結果にもとづき、入力された座標値
に対応する塩基コードを得(ステップ105)、RAM
32内に設けた出力バッファに格納していく (ステッ
プ106)。同時に、コンピュータ本体30は請求まっ
た塩基コードを音声合成出力装置50に出力する。音声
合成出力装置50では、この塩基コードに対応した音声
を合成して出力する(ステップ107)。
次に、コンピュータ本体30は、キーボード20の終了
キーが押下されているかどうか調べ(ステップ108)
、押下されていなければステップ103からの処理を繰
り返す。一方、フィルム1れていると、コンピュータ本
体30は一括出力キーが押下されているかどうか調べ(
ステップ109)、押下されていなければ処理を終了と
する。
−柄出力キーが押下されている場合は、RAM 32の
出力バッファに格納されている内容を一括して出力し、
音声合成出力装置50により音声出力として一括返答す
る(ステップ110)。
以上、本発明の一実施例について説明したが、本発明は
これに限定されるものでないことは当然である。例えば
実施例では、フィルム上にX線像映されている各塩基コ
ードに対するバンドの有効範囲を入力する場合、各塩基
コードはキーボードにより入力して指定するとしたが、
デジタイザ上にA、G、C,Tに対応する4つのマーク
を印し。
該マークをカーソル又はペンで指すことにより。
コンピュータ本体が該当塩基コード入力を認識するよう
にしてもよい。
〔発明の効果〕
以上の説明から明らかな如く1本発明によれば。
r)NAシーケンスがX線像映されているフイルムをデ
ジタイザでコンピュータに入力する時、フィルム上の視
線を変えることなく連続して入力しながら入力確認でき
、従来のディスプレイによる確認に比べて約2〜3倍の
入力作業効率が向上する。
同様に、一括確認についても、入力データの視線を変え
ることなく連続して確認できるため、従来のプリントア
ウトされたデータにもとづいて目視゛により一括確認す
る場合に比べて、確認効率が10〜1・5倍向上する。
【図面の簡単な説明】
Fa5を図は本発明による遺伝子配列処理装置の一実施
例の全体構成図、第2図は遺伝子配列がX線像映されて
いるフィルムの一例を示す図、第3図はデジタイザの原
理説明図、第4図はコンピュータ本体の一実施例を示す
図、第5図は音声合成出力装置の一実施例を示す図、第
6図は第1図の動1 作を説明する処理フロー図、第7
図は塩基コードと有効囲の対応テーブルの一例を示す図
である。 1・・・フィルム、2・・・バンド、10・・・デジタ
イザ、20・・・キーボード、30・・・コンピュータ
本体、 40・・・ディスプレイ装置。 50・・・音声合成出力装置、60・・・プリンタ。

Claims (1)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)遺伝子配列がX線像映されているフィルムを載置
    し、カーソル又はペンで像映点を指すことによりその座
    標値を読み取るデジタイザと、前記デジタイザで読み取
    った座標値を入力し、予め用意しておいた各塩基コード
    (A、G、C,T)に対応するフィルム上の有効範囲を
    もとに、入力された座標値を塩基コードに変換して格納
    し、遺伝子配列の解析を行うコンピュータと、各塩基コ
    ードに対応する音声データが予め格納されており、前記
    コンピュータでまった塩基コードを個々に音声として出
    力する音声出力装置とを具備してなる遺伝子配列処理装
    置。
JP59085929A 1984-04-27 1984-04-27 遺伝子配列処理装置 Granted JPS60230061A (ja)

Priority Applications (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP59085929A JPS60230061A (ja) 1984-04-27 1984-04-27 遺伝子配列処理装置
US06/727,762 US4706192A (en) 1984-04-27 1985-04-26 Input apparatus for entering base sequence information of the gene
DE8585302955T DE3573667D1 (en) 1984-04-27 1985-04-26 Input apparatus for entering base sequence information of the gene
DE198585302955T DE160534T1 (de) 1984-04-27 1985-04-26 Eingabegeraet zur eingabe der genetischen grundfolgeinformation.
EP85302955A EP0160534B1 (en) 1984-04-27 1985-04-26 Input apparatus for entering base sequence information of the gene

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JPS60230061A true JPS60230061A (ja) 1985-11-15
JPH0430548B2 JPH0430548B2 (ja) 1992-05-22

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Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS5261435A (en) * 1975-11-17 1977-05-20 Hitachi Ltd Correction system of character input
JPS565600A (en) * 1979-06-07 1981-01-21 Philips Nv Device for reading printed code and converting it into sound signal
JPS58146933A (ja) * 1982-02-26 1983-09-01 Canon Inc 発音装置

Patent Citations (3)

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JPH0430548B2 (ja) 1992-05-22

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