JPS60176589A - 非放射測定ポリヌクレオチドプローブ - Google Patents

非放射測定ポリヌクレオチドプローブ

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JPS60176589A
JPS60176589A JP60009997A JP999785A JPS60176589A JP S60176589 A JPS60176589 A JP S60176589A JP 60009997 A JP60009997 A JP 60009997A JP 999785 A JP999785 A JP 999785A JP S60176589 A JPS60176589 A JP S60176589A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 本発明は、研究および診断の試薬として有用な核酸交雑
プローブ(nucleic acidhybridiz
ation probe)に関する。
分子生物学の基本的研究の道具としてのDNA/RNA
交雑プローブの使用は、Grunst eI n e 
j & l 、 、 P r OC−N a t 、 
A Cad、sci、sci、UsA 72 : 39
61(1975)および5outhern、J、M。
1、Biol、98:503(1975)の独創的な論
文の刊行以来、隆盛をきわめてきた。これらの論文は、
放射線標識ポリヌクレオチドプローブを用いる交雑技術
を記載している。
臨床診断の道具としてのポリヌクレオチドプローブのH
(飽性は現在明らかである。しかしながら、今E1まで
、研究者の顕著に大部分は放射性同位元素で標識した原
子を用いてきた。これはプローブ/分析物(analy
te)のオートラジオグラフの検出をかなりの感度で可
能とする。臨床的診断におけるポリヌクレオチドプロー
ブの適用は、Lewin、5cience、221:1
167 (1983)およびKlausner et 
al、、Bio立T e c h n o l o 1
.3− 、ユ・471.(1983)により強調された
夜来の放射線標識プローブは許容されうる検出可能な限
界を提供したが、オードラジオグラフ検出に長い期間を
必要とすることがあり、そして作業肖による放射性物質
の監視および廃棄に関連する追加の経費を導入する。こ
うして、高い感度をもつ非放射Jlll定ポリヌクレオ
チドプローブは、同位覚素標識プローブの便利な、安価
な安全な代替物として重要性をもつ。
公開された欧州特許出願第82301804 。
91(Ward et al、)は、ポリペプチドと検
出可能な複合体を形成することができる部分へ用堝結合
したプリン、7−デアザプリン、またはピリミジンの塩
基からなるプローブ組成物を開示している。この部分は
プリン塩基へ8=位置において、デアザプリン塩基へ7
・−位置において、そしてピリミジン塩基へ5−位置に
おいて結合している。得られる変性されたヌクレオチド
は二、り翻訳(nick−translati。
n)技術によりDNAへ組み込まれる。
公開された欧州特許出願第82303701 。
5時(He11er et al、)は、光標識、 −
木調ポリヌクレオチド試薬を使用する標的ポリヌクレオ
チドを同定する交雑法を開示している。交雑は光放射に
より検出され、その光放射の強さは試料混合物中の標的
ポリヌクレオチドの濃度に関係する。化学ルミネセンス
、蛍光およびり〉・光の使用が開示されている。公開さ
れた欧州特許出願第82303699.1号(Hell
eret al、)は、ルミネセンスで標識した第1お
よび第2の一本釦試薬のセグメントを使用する均質光放
射交雑検定を開示している。非放射線エネルギー移動が
第1セグメントおよび蛍光性第2セグメントの光放射標
識の間で起こるように、前記第1および第2の−・禾釦
試薬のセグメントは標的ポリヌクレオチドに沿って互い
に密に近接して交雑される。光標識の少なくとも・方は
、他方の光標識から吸収されたエネルギーが二次波長に
おいて再放射されるように、吸収体/放射体型である。
このような−次放射は交雑が起こった場合にのみ起こる
ので、二次波長における放射の強さは試料のマトリック
ス中の標的ポリヌクレオチドの濃度に関係づけられる。
効率よい非放射測定ポリヌクレオチドプローブの、;り
計に対するアプローチは、新規な診断系における応用に
ついて現在探査されている代替法である。超感受性プロ
ーブ組成物は、カスケード増幅(cascade am
plificati。
n)検出反応を開始する役目をする、ポリヌクレオトド
および酵素の酵素原活性化因子(enzymatte 
zymogen activat。
r)の複合体の形で調製することができることが合同発
見された。
本発明によれば、式 %式%) 式中、 nは2〜500の整数であり、 Aは標的ポリヌクレオチドに対して実質的に相補的であ
る区域を有するポリヌクレオチドであり、そして 21〜znは、同一も1−〈は相異なり、賃金的にポリ
ヌクレオチド配列を形成するヌクレオチド部分であり、
ただしヌクレオチド部分Zl〜znの少なくとも1つは
部分Xからなり、ここでXは酵素原(zymogen)
を酵素的に活性化して検出67能な酵素反応カスケード
を開始することができるポリヌク17オチドからなる部
分である、 のボリヌクトオチドプローブ組成物が提供される。
また、本発明によれば、交雑条件(hybridtzi
ng)下に、」−に定義したポリヌクレオ)ドブローブ
組成物を試料と接触させて、プローブ、/標的雑種を形
成させ;プローブ/標的雑種を交雑していないプローブ
、VI成物から分離し;そしてプローブ/標的雑種を酵
素原と接触させて、検出可能な酵素反応カスケードを開
始する;ことを特徴とする試料中の標的ボリヌ、クレオ
チドの存在を検出する方法が提供される。
本発明は、種々の臨床的、環境的、または生物学的試料
のマトリックス中に存在するか、あるいはそれから誘導
することができる標的ポリヌクレオチドと検出可能な交
雑を形成できる非放射測定ポリヌクレオチドプローブ組
成物を提供するものである。ここに開示するプローブの
感度および特異性は、このような組成物および前記組成
物を使用する方法を、臨床的診断および生物学的研究に
おいて広く有用なものとする。本発明のプローブおよ゛
び方法の例は、遺伝疾患(geneticdisord
er)の特性づけ、特定のウィルス、微生物または他の
有機体の検出、および特定の核酸配列の同定を包含する
般にDNA交雑プローブ、およびとくに本発明のプロー
ブの独特の感度および特異性は、特定の病原体ばかりで
なく、また病原体の特定の遺伝特性、例えば、抗生物質
抵抗性を与える染色体または染色体外の要素(e l 
ement)の病原体中の存在について急速かつ明瞭な
同定を可能とする6従来、抗生物質抵抗性の特色の同定
は、骨の折れる反復的培養工程を経てのみ可能であり、
完結までに比較的長い期間を要した。
この明細書を通じて用いるとき、次の定義を適用する。
「ポリヌクレオチド」は、リポ核酸(RNA)またはデ
オキシリボ核酸(DNA)のポリマーを意味し、これら
は 本領または二本鎖であることができ、必要に地じて
、DNAまたはRNAポリマー中への組み込みを可能と
する合成、非天然または変更ヌクレオチドを組み込んで
いてもよい。[標的ポリヌクレオチド」は、試料マトリ
ックス中のその存在を検出すべき遺伝要素(genet
ic element)に相当する塩基配列を有するポ
リヌクレオチドから誘導された−・本領ポリヌクし・オ
チドのセグメントを意味する。
「塩基残基」は、N−グリコシド結合によりリポースま
たはデオキシリポース糖部分へ共有結合されて、ポリヌ
クレオチド中への組み込みを可能とするヌクレオチドを
形成するプリン、ピリミジン、変性プリン、例えば、デ
アザプリン、または変性ピリミジン部分を意味する。「
酵素原(zymogen)Jは、限定されたタンパク分
解により不nT逆的に活性化される酵素の実質的に不活
性なポリヌクレオチド前駆体を意味する。「酵素活性化
因子」は、本発明の分脈において、酵素原と反I4〜し
て酵素原誘導酵素を生成するタンパク分解酵素を意味す
る。「酵素原誘導酵素」は、酵素原と酵素活性化因子と
の間の生成物を意味し、これは検出可能な反応または反
応カスケードを開始することができる。[カスケード(
cascade)」は、9期の反応の生成物が反応の順
序において後の反応のだめの触媒である、結合された反
応の順序を意味する。
「架橋基(crosslinker)」または「結合基
」は、−二官能性分子R’−L−R“から1誘導された
部分を意味し、ここでR′およびR“は、同一であるか
あるいは相異なり、−NH,、−Co2H1−CO2R
のような官能基を表わし、ここでRは2−ヒドロキシピ
リジン、N−ヒ1゛ロキシスクジンイミド、−CO2M
eまたは他の活性エステル、アシルイミタゾール、マレ
イミド、トリフルオロアセテート、ジケテン、イミドエ
ステル、スルホネートエステル、イミン、−CHoll
、2−シクロヘキサンジオン、グリオキサール、スルフ
ェニルハライド、アルファへロケトン、アジドなとであ
り、そしてLはアルキレンまたは置換アルキレンである
。アルキレン鎖りはハロゲン(1,Br、C1,F)、
ヒドロキシ、シアノ、フェニル、アミノ、カルボキク、
アル午ル、アルコキシなどのような清適の基で置換され
ることができる。さらに、結合基りのアルキレン鎖は、
lまたは2以上の二価の基1例えば、−〇−1−3−、
−NH−1−CH=CH−1−C=C−、フェニル、−
5O2−などにより中断されることができる。しかしな
がら、官能基R′は、適当な条件下で、塩基残基Bの窒
素または炭素の原子と共有結合を形成できなくてはなら
ず、そして官能基R“は、適当な条件下で、ポリペプチ
ド酵素活性化因子Eの鎖または末端のアミン、カルボキ
シル 化物の基と共有結合を形成して、部分Xを形成しなくて
はならない。しかして、二官能性分子R′−L−R“は
適当な技術により、塩基残基または変性塩基残基および
ポリペプチドEと反応させて、アミド、エステル、アミ
ン、イミン、スルホンアミド、チオエステル、ホスフェ
ート、またはチオホスフェート結合基りにより結合して
塩基残XBおよびポリペプチドEの複合体を形成して、
4J8今的に部分Xを形成する。明らかなように、結合
基R’−L−R“および特定の複合化学の選択は、得ら
れるプローブ分子、すなわち、ペプチド、N−グリコシ
ドおよびホヌホジエステルの結合の完全性(integ
rity)に重要な他の高分子結合を保存する必要性を
考慮しなくてはならない。
あるいは、酵素原を酵素的に活性化することができるポ
リペプチドからなる部分Xは5′ホスフ工ート結合また
は3′ヒドロキシル結合を経て1または2以」二のヌク
レオチド部分21〜znへ結合することができ、あるい
は、直接あるいはエステルまたは他の結合基によりlま
たは2以上のヌクレオチド部分Z 1 、、、 Z n
の2’,3’または5′炭素原子へ結合して、本発明の
プローブ組成物を形成することができる。
標的とプローブのポリヌクレオチドとの間の交雑の検出
のための酵素原誘導酵素により開始されたM未反応カス
ケードの使用は本発明にとって重要である。このような
カスケードの出現は、検出Nzの有象の数の増@(am
plfficat ion)である。なぜなら、発生し
た第1生成物の1つの分子は第2生成物などの多数の分
子の生成を触媒することができるからである。酵素カス
ケードの場合シこおいて、回転@(turnover 
number)が大きいとき、有意の増幅、それゆえ検
出感度の増加を達成ることができる。
プローブポリヌクレオチド 前述のように、本発明のプローブ組成物は、次の式によ
り概略的に表わすことができる:A (Zl 、 、 
、Z”)または −ヒの式において、Aは標的ポリヌクレオチドに対して
実質的に相補的である区域を有するポリヌクレオチドで
あり,そしてzl 〜znはヌクレオチド部分であり,
それらの少なくとも1つはリポータ一部分(repor
ter moiety)Xがらなり、ここでXは酵素原
を酵素的に活性化して検出可能な酵素反応カスケードを
開始することができるポリペプチドからなる。本発明の
プローブは高度に特異性であり,プローブの塩基配列と
標的ポリヌクレオチドとの間の完全な相補性は交雑に不
必要であり,それゆえ検出に不必要である。本発明の分
脈において.「実質的な相補性」は適当な交雑条件下の
安定なプローブ−標的交雑性の形成を許すに十分な相同
性を示す。ポリヌクレオチドAは、デオキシリホキ炭酸
(DNA)、リポ核酸(RNA)、DNAまたはRNA
のポリマー中に組み込むことができるある種の合成,非
自然または変更ヌクレオチド、あるいは前記核酸の組み
合わせからなることがでさる。
プローブポリヌクレオチドAは,現在当業者にとって慣
用である技術を用いてプラスミドまたはファージ中の標
的ポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌクレオチド
配列のクローニングおよび増幅により、有用な駿で便利
にQ1離することができる。DNAの取扱いのほとんど
の面をカバーする有用な参考書は、Maniatis 
et a2)(Cold Spring Harber
Laboratory.1982)であり、その開示を
引用によってここに加える。
有用な品のプローブポリヌクレオチドの製造のだめのク
ローニングビヒクル(cloningvehicle)
は1次の文献に詳述されているpBR322(ATCC
37017)である:Rodringuez、et a
l、、Scotemic Press、New Yor
k、1977)、P、73.このプラスミドは、抗体の
テトラサイクリ〉・およびアンピシリンに対する抵抗性
を乍える遺伝子に加えて、単°のPst I、旦amI
、EcoRl、Hindmおよ5alI制限工ンドヌク
レアーゼ認識部位を含有する。プラスミドDNAは、C
lewell、J、Bacteriol、11.0 :
 667 (1972)(7)方゛法に従いクロランフ
ェニコール(170ルg/ml)の存在下の生長により
増幅し、そしてGuerry et al、、J、Ba
cteri。
上ユ ↓±6:1064 (1973)の透明化リゼイ
ト手順により精暫し、次いで適当なエンドヌクし・アー
ゼで消化することができる。例えば、ヱ互」■による消
化はアンピシリン抵抗性遺伝標識を不活性化し、P s
 t Iで同様に開裂したプローブポリヌクレオチド−
の結合に適する「粘着性末端」を発生する。次いで、得
られる組み換えプラスミドを使用して適当な宿主バクテ
リウム、例えば、E、coli K12 HBIOIを
形質転換することができる。クロランフェニコールの存
在下に生長させると、高いプラスミドのコピ一番Fy(
copy number)を達成し、前述のように組み
換えプラスミドDNAを弔離し、そして精製することが
できる。
しかしながら、プローブポリヌクレオチドの酸1告にと
くに好ましいベクター(vector)は、コリファー
ジ、M13、(ATCC15669−Bl)であり、こ
れは、pBR322と同様に、現在商業的に1手可能で
ある(New England Nuclear Co
rporat ion、Boston、Massach
uset t S 、 USA) 、 ファージDNA
および問題の標的DNAのに対して相補的なりNAの消
化により得られるDNA断片を結合し、増幅し、引き続
いて−・末鎖の形に精製し、次いでリポータ−分子、例
えば、酵素活性化因子ポリペプチド、例えば、ウロキナ
ーゼと複合化することができる。クローニゲビヒクルと
してM13ファージを使用することは、 M e S 
51 n g 、 Re COm b j n ant
 DNA Tech、Bull、2 : 43、(19
79)に記載されており、その開示を引用にってここに
加える。
プローブおよびタンパク の −化 ここで戊IIを参照すると、71〜znは、同一・であ
るかあるいは相異なり、好ましくは、式%式% Bは塩基残基であり、そして R5はHまたはXであり、ここで Xは酵素原を酵素的に活性化して検出可能な酵素反応カ
スケードを開始することができるポリペプチドからなる
部分であり、 R2およびHaはHlOH,X、1tたl*2以上のホ
スフェート基、隣接するヌクレオチド部分、部分Xもし
くは隣接するヌクレオチド部分へ共有結合したホスフェ
ート基、または部分Xおよび隣接するヌクレオチド部分
へ共有結合したホスフェート基であり、そして R4はHlOH、ホスフェート基、またはXでアjJ、
ただし、ヌクレオチド部分Zl、Z!1の少なくとも1
つについて、R1はBH3でありかつR5はXであるか
、あるいはR2、R3またはR4は部分Xからなる。
隣接するヌクレオトドZは、3”5’ホスホンエステル
結合の形成により共有結合している。
添字nは、ポリヌクレオチドAへ付加することができる
変性または未変性のヌクレオチドを示し、2〜500の
間で変化することができる整数である。 般に、nは5
〜50の値である。一般に、合成オリゴヌクレオチドか
らなるプローブは比較的わずかのヌクレオチドから成る
であろうが、核酸消化生成物から誘導されたプローブは
より大きい数のヌクレオトドを有するであろう。
mX残基Bはポリヌクレオチドの容量に有意に影響を及
ぼさないで一本領ポリヌクし7オチドに安定に組み込ん
で、実質的な相補性を有する標的ポリヌクレオチドとの
交雑を形成することができるプリン、変性(modif
ied)プリン、ピリミジンまたは変性ピリミジンの塩
基である。しかしながら、本発明において有用なすべて
の塩基残基の共通の特徴は結合基りの共有的結合に適当
な1または2以上の点である。こうして、「古典的な」
塩基のほかに、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシ
ルおよびチミン、他のそれほど首通ではない塩基、例え
ば、5−メチルシトシン、5−ヒドロキシルチルシ]・
シン、オロチン酸(o r 。
tie acid)、J導体2 メチル化塩基、例えば
、■−メチルグアニンなどを必要に応じて本発明のプロ
ーブ中に組み込むことができる。
さらに、ヌクレオチドZは、塩基または糖部分へ結合す
ることができ、かつ酵素原の活性化または相補画枠的ポ
リヌクレオチドとの交雑を形成する得られるポリヌクレ
オチドの能力に悪影響を及ぼさない、種々の置換基を必
要に応して含むことができる。
選択された酵素活性化因子のポリペプチド−2の複合化
(conjugation)に適するある数のヌクレオ
チドからなるポリマーの「テイル(tail)Jを、子
牛−胸腺末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラー
ゼ(T d T)の使用しこよりプローブポリヌクレオ
チドへ付加することかで5、前記トランスフェラーセは
一本鎖または一本鎖のDNAの3°−ヒドロキシル末端
へのデオキシヌクレオチドの付加を触媒する(Ro y
 choudhuryl et al、、Nu、cie
ic Ac1ds Res、3:101 (1976)
参照)。
結合基りは本発明の範囲内で広く変化することができる
。 般に、Lは少なくとも3個の炭素原子を有し、酸素
、窒素、またはイオウの原子を含有していてもよく、二
官能性R’−L−R”から、;^導された線状アルキレ
ン部分であり、官能基R”を介して塩基残基Bへ共有結
合することができ、かつ官能基R”を介してポリメクレ
オチド酵素活性化因子Eへ共有結合することができる。
本発明の核酸/ポリペプチドプローブの複合化に適する
m−官能性分子−の例は、N−スクシニミジル4−グリ
オキサリルベンツエート、カルボニル、イミダゾール、
ジメチルスベリミゾ−1,1−エチル−1,3−ジメチ
ルアミノプロピルカーポジ、イミド(EDAC)、パラ
−ニトロフェニル3−(2−ブロモ、3−ケトブチルス
ルホニル)−プロピオネートまたは核酸の活性エステル
、グルタルアルデヒド、および他の適当な同等物を包含
する。
好ましいB−L−E複合化技術の例は次の反応を包含す
る。次の式において、DはヌクレオチドZの残部を形成
するリポースまたはデオキシリホース糖を意味する。
l、シチジレートヌクレオチドおよびアルキルアミ〉・
またはアリールアミンのビサルファユ旦]勧ヒ l ■ 1 ■l) 前述のようにTdTを使用してプローブボIJヌクレオ
チド戸〜伺加されたシチジ1/−トヌクレオチド残基を
、n−アルキルまたはアルカリールアミンを使用するビ
サルファイト触媒アミン交換により、N4−置換シチジ
レート誘導体へ転化することができる。前記n−アルキ
ルまたはアルカリールアミンは、変性塩基を酵素活性化
因子ポリペプチドXと結合させるスペーサーアームの役
目をする。関連する複合化化学は次の文献に詳述されて
いる+5hapiro et al、、Biochem
、Bio hys、Res、Comm。
40:839(1970);Boni et al、、
J、BIochem、7 3 ° 821(1983)
;および5hapiro et al、、”Cross
linking of Nucleic Ac1ds 
a’nd Proteins bv B15ulfjt
e”、in AdVol、A、、(Plenum、Ne
w York、1977)p、634゜ j二の反応の順序を参照すると、シチジレート誘導体I
IIをビサルファイトイオンと20〜37℃、pH6,
0〜7.5において約6〜30時間反応させて、中間体
■を生成させる。0.1−1モルのビサルファイ14度
が適当である。アミン試薬NH2−L−R” (ここで
Lは上に定義したとおり仕る)の反応は N4−置換誘
導体Vを生成する。適当なアミンNH2−L−R“は、
リシン、グリシン、グリシルグリシン、メチルアミン、
ジメチルアミン、ピロリジン、アニリン、β−ナフチル
アミンなどを包含する。次いで、得られるN4−アルキ
ル化シチジレート残基を、塩基で処理し、次いでポリペ
プチド酵素活性化因子E、例えば、ウロキナーゼで、1
−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カーポ
ジ・イミド(EDAC)の存在下で約25℃において処
理する。得られるプローブ複合体は、すぐれた収率で、
適当な媒体を使用するクロマトグラフィーにより精製す
ることができる。
あるいは、セミカル八シト塩酸塩またはカーポヒドラジ
ドを上に表示したアミンの代わりに二官能性結合分子と
して使用することができる。ポリペプチドと核酸との間
のビサルファイトー媒介複合化反応におけるカーポヒド
ラジドの使用は、5harker pt al、、Me
thodsin En:す四日」ユ11−!虹1 、 
LIX 。
(Academic Press、New Y。
rk、1979)、p、155に開示されている。
2、タンパク質上の5−ブロモデオキシウリジン およ
びスルフヒドリル基夏良を北−一I D!) ■ − 5−ブロモデオキシウリジン(■)(これは商業的に入
手することがでS、あるいはVisser et al
、、J、Am、C’hem、S。
c、75:2017(1953)中に開示されている物
質により製造することができる)を、プローブポリヌク
し・オチド、例えば、−水銀M13またはpBR322
制限断片へ、末端デオキシヌ々レオチジルトランスフェ
ラーゼ(TdT)へ結合し、5−プロモデオキシウリジ
レートのテイルをもつポリヌクレオチド断片を生成する
ことができる。
次いで、得られるティルト(tajled)ポリヌクレ
オチドを側鎖のスルフヒドリル基が結合しているポリペ
プチド酵素活性化因子Eと反応さけることができる。適
当なスルフヒドリル結合基を結合させる1つの方法は、
2−イミノチオラン・MCIと適当なポリペプチド酵素
活性化因子、例えば、ウロキナーゼと反応させてメルカ
プトブチレートタンパク質を生成する。このタンパク質
は、5−プロモデオキシウリジレートのテイルをもつプ
ローブ断片と反応させると、プローブとタンパク質との
複合体が生成する。このプローブ複合体は、適当な媒質
を使用するクロマトグラフィーにより反応混合物から分
離することができる。
3、アデニレートおよびシチジレートヌクレオチド残基
とブロモスルフリル架橋体(crosslir+ker
 との ヒ ある柿のブロモスルホニル−官能性化合物、例えば、(
2−ブロモ−3−オキソブチルスルホニル)プロピオネ
ートの反応性エステルは、アデニレートまたはシリジレ
ートヌクレオチドと約6までのpH値において優先的に
反応する。次いで、(qられる変性ポリヌクレオチドを
ポリペプチド酵素活性化因子とpH7,5〜9において
反応させ、リジンまたは他の塩基性側鎖をアシル化し、
そしてヌクレオチド−ポリペプチド複合体を形成するこ
とができる。この反応の好ましい架橋体は3−(2−ブ
ロモ−3−オキソブチルスルホニル)プロピオン酸P−
ニトロフェニルエステルである。これはFink et
 al、、Bjochem、s*c、Trans 3:
1014 (1975)またはFink et al、
、Anal 、B i ochem、↓08:394(
1980)中に開示されている方法により製造すること
ができる。
4 4−グリオキサリル安息香酸エステルおよびグアニ
レートヌクレオナド の 刈 二官能性架橋剤の他のクラス、4−グリオキサリル安、
(1,香酸のエステルはグアニl/−1ヌクレオチ)”
 a :Jj;と複合体を優先的に形成する。次いで、
flBられる変性ポリヌクレオチドをポリペプチド酵素
活性化因子1例えば、ウロキナーゼと反応させて、プロ
ーブ−ポリペプチド複合体を得ることができる。この複
合化に好ましい試薬はスクシニミノル4−グリオキサリ
ルベンゾエートである。
5、シチジレート、アゾニレ−1・およびグアニレート
ヌクレオチド残基とジメチルホルムアミドアセタールと
の し A’ (cR’s ) 2 xIIIX■ X■ シチジレート、アデニレートおよびグアニレートヌクレ
オチド残基を室温においてジメチルホルムアミドアセタ
ール、例えば、ジメチルホルムアミドジインプロピルア
セタールまたはジメチルホルムアミドジエチルアセター
ルと反応させて、N−ジメチルアミノホルムアミジン誘
導体XIVを形成することができる。Ho1y et 
am、。
Co l I 、Czech、Chem、Commu旦
エ 394253 (1969)は単離されたりポヌク
レオチドの類似の反応を開示している。これらの化合物
は、引き続いて、カルボニルジイミダゾールを使用する
親核反応を経てタンパク質に結合させることができる。
FA素Lし1g −一ポリペプチド 木発明のプローブのリポータ−系において適当に使用す
ることができる多数の酵素原が知られている。酵素原は
、プローブ/標的交雑を検出する方7ノ、と1.て、試
薬の安定性、検出の増大、および低いバー2クグラウン
ド(background)の活性または「、′イズ(
noise)Jという利点を提供する。
酵素原は、限定されたタンパク分解により種々の生物活
性分子に不可逆的に転化されることができる。はとんど
の既知の酵素原は活性化されて酵素にyれるが、全身的
活性を有するペプチドホルモンに、あるいはセルファセ
ンブリ−(self−assembly)を行って構造
的細胞物質を生成することができる分子に、転化するこ
とができる多数の例が存在する。例示的な酵素原/酵素
原誘導体酵素対のリストを下表工に記載するニー犬ニー 一醍」1〜 −生上1u1分子− 1リプシノゲン トリプシン キモトリプシノゲン キモトリプシン プロコリパーゼ コリパーゼ プロホスホリパーゼ ホスホリパーゼ プロレンニン レンニン プロカルボキシペプチ カルボキシペプチダーゼダーゼ
A A プロカルボキシペプチ カルボキシペプチダーゼグーゼ
B B キニノゲン キニニ/ プロエラスターゼ エラスターゼ プし・カリクレイン カリクレイ〉′ ペブシノゲン ベプシン プラスミノゲン プラスミン フィブリノゲン フィブリン プロトロンビン トロンビン プラスミノゲンプロ活 プラスミノゲンプロ活性性化因
子C1s 化因子C! s (活性化されたもの) プロアクロシン アクロシン 凝結因子XI 凝結因子XIa 慶結固結因子I 凝結因子X II a凝結因子xm 
a結因子XIIIa プロコラゲナーゼ コラゲナーゼ プロココオナーゼ ココオナーゼ アンギオテンシノゲン アンギオテンシンブロインスリ
ン インスリン プロパラヂロイドホル パラチロイドホルモンプロコラ
ーゲン(可溶 プロコラーゲン(不溶性) 性) プロキチンシンセター キチンシンセターゼゼ(酵母) ウイルスコー[タンパ アセンブリー(asseり質前
駆物賀(パクテ mb’1y)−能力(c。
リオフ了−ジ) mpetent)ウィルスタンパク質 カルシウド/カルモ カルシウム独立酵素デ、リン依存
性酵素 NAD”キナーゼ NAD+キナーゼ (Ca+“依存性) (Ca+1独立)Ca” ” 7
Mg” ” A ATパーゼ、(ca+十Tバーゼ、を
推動物 独立) の筋肉(Ca++依存 性) 環式ヌクレオチドホ 環式ヌクレオチドホスホジェステ
ラーゼ スホジエステラーゼ(Ca++依存性) (C
a++独立)本発明の実施において利用することができ
、あるいは適合させることができるある数の生物学的カ
スケード、例えば、凝固、相補性、および消化のカステ
ートは知られている。 ・般に、酵素原誘導酵素と反応
して直接観測できる変更された基質の形態を生成する基
質の試薬を使用することができ、あるいは、酵素原誘導
酵素と反応したとき、着色した物質、蛍光を有する物質
、またはリン光を有する遺伝標識物質を生成する基質を
使用することができる。
酵素原を酵素原誘導酵素に転化するポリペプチド酵素活
性化因子Xは、通常タンパク分解活性を有するタンパク
質である。適当な活性化因子の例は、エンテロペプチダ
ーゼであり、これはトリプンノゲンを酵素的に活性なト
リプシンに転化する。プローブプリヌクレオチドおよび
エンテロペプチダーゼの複合体は、標的ポリヌクレオチ
ドとの交雑および交雑していない物質の除去後、トリプ
ジンノゲン、5.5’−ジチオビス2−二トロ安息香酸
(DTNB、S i gma)およびチオベンジルーベ
ンンジルオキシ力ルポニルーL−リジネ − ト (Z
LTBE、Pen1nsula Laboratori
es)からなる検出試薬と接触yせることができる。エ
ンテロペプチダーゼおよびトリプシン様酵素の両者(ト
リプシン分子を除外する)は、ZLTBEを急速に開裂
(cleave)l、て、DTNBの存在下に、405
nmにおいて吸収する着色物質を生ずる。トリプシノゲ
ン活性化の量は、接触してエンテロペプチダーゼ−プロ
ーブ複合体の数に依存し、活性化されたトリプシンの分
子の生ずるカスケードは基質を開裂(c je ave
)して検出可能な生成物を形成する。こうして、相補的
標的ポリヌクレオチドとの交雑として存在する少数のエ
ンテロペプチダーゼ−7’ロ一プ複合体は、ト1/プン
2′ゲンがらノ多数のトリプシン分子の生成物を触媒し
、検出6丁能な憤象の数を増幅し、そして交雑検出系の
感度を増加することができる。
本発明のプローブのために好ましい検11j糸は、プラ
スミ、Iゲン活性化因子、例えば、ストレプトキナーゼ
またはウロキナーゼとプローブポリヌクレオチドとの複
合体を使用し、そして1tij記複合体は交雑および交
雑していない物質の除去後、プラスミノケンに富んだフ
ィブリンのマス(masS)と接触さけることができる
。この明細書を通じて使用するとき、「プラスミノケン
活性化因子」はプラスミノケンを清浄化(clear)
L−c tl M素溶解的に(fibrinolyt 
+cazy)活性なプラスミンを生成することができる
ポリペプチドを意味する。ウロキナーゼは効力のある線
維素溶解活性化因子であり、これは高度〕 に特異性のプロテアーゼとして、酵素原のプラスミノケ
ンを線維素溶解的に活性なプラスミンに転化する。プラ
スミン、すなわち、プロテアーゼは不溶性フィブリンポ
リマーを効果的に消化して可溶性フィブリン断片にする
。さらに、ウロキナーゼはエステル分解活性およびアミ
ド分解活性を有する。
ウロキナーゼの急速な、感受性のある便利な検定は、事
実存在し、その例は蛍光測定、発色(Chromoge
nic)、カゼイン分解(caseinolytic)
およびフィブリン溶解の手順である。しかしながら、好
ましい検出系はウロキナーゼのフィブリン溶解性質を利
用し、ここでプラスミノケンを合成フィブリン凝塊へ添
加すると、より高い感度が得られる。こうして、得られ
る「富んだJフィブリンプレー)(fibrinpla
te)を活性ウロキナーゼと接触させるとき、タンパク
分解増幅カスケードが発生する。
このような系の従来の使用において、ウロキナーゼを含
有する試料をブイプリンポリマーを含有するペトリ皿の
表面へ適用する。37℃において1〜18時間の間で変
化することができる時間後、円形の液化区域が接触点に
おいて明らかとなり。
それは肉眼で容易に検出することができる。
「富んだ」フィブリンのプレー1の検定の感度は、プラ
スミノケン濃縮により提供される追加のタンパク分解増
幅から得られる。詳しくは、ウロキナーゼはフィブリン
溶解酵素、すなわち、プラスミンを生成し、これは3つ
の機能を有する。第1に、プラスミンはフィブリンポリ
マーを液状のフィブリン断片に直接分解する。第2に、
プラスミンは弱いプラスミノケン活性化因子として作用
し2、プラスミノケンから追加のプラスミンを生成する
ウロキナーゼの能力をまねる。第3に、プラスミンはプ
ラスミノケンAをB型に転化し、このB型はウロキナー
ゼ゛およびプラスミンによるプラスミノケンのプラスミ
ンへの転化を増強する。
プラスミノケン活性化因子、例えば、ウロキナーゼによ
るプラスミノケンの活性化は、フィブリンモノマー、フ
ィブリノケン、フィブリン()ケン)断片、L−リジン
、クエン酸塩緩衝液および他の試薬により有意に増強さ
れうる。例えば、Glu−プラスミノケンはGlu−プ
ラスミンヘウロキナーゼによりゆっくり活性化される;
ウロキナーゼ活性化因子によるタンノくり分解活性イヒ
は、フィブリンモノマー、フィブリメタン、フィブリン
(メタン)断片、およびL−リジンの存在ドに数倍増強
される。これらの効果は、また、プラスミンによるGl
u−プラスミノケンのLys−プラスミノケンへの開裂
速度を増大し、そしていったんLys−プラスミ、Iケ
ンが形成すると、フィブリン(メタン)およびフィブリ
ン(メタン)断片はそれへ強く結合する。次1.%で、
1ys−プラスミノケンはウロキナーゼ活性化を有に受
けやすく、そしてエフェクターへ結合すると、自己分解
から保護される。全体的に、これらの機構はプラスミ・
′ケン活性化因子活性を増大しならびに生ずるプラスミ
ン活性を自己分解から保護することにより、より大きい
フィブリン溶解効率を提供するために利用することがで
きる。
本発明のプローブと一緒に使用するために適合する他の
ウロキナーゼ検出検定は、次の文献中に開示されている
ものを包含する:Nieuwenhuizen et 
al、、Anal、Bi。
chem、83:143(1977);Zimmerm
an et al、、Proc、Nat−Acad、S
ci 、USA 75 : 750(1978);Br
akman et al、。
in Thrombosis and Bleedn口
5orders (Academic Press、N
ew York j971)p、332.およびHav
erkate et6(1974)。前者の2件の参考
文献はプラスミン活性についての蛍光検定を開示し、そ
して後者の2件の参考文献は従来のブイプリンプレート
検定技術を開示している。
本発明のプローブ組成物と標的ポリヌクレオチドとの間
の交雑は、当業者に知られた適当な方法により達成する
ことができる。一般に、便利な円滑な技術は適ちな交雑
膜フィルターを使用し、これに変性(denat ur
ed)標的DNA1lSoutern、J、Mo1.B
iol、98:503 (1975)の方法を他の適当
な手順により1M定する。必要に応じて、5〜10%の
硫酸デキストランまたは他の混和物(adultera
rat)を交雑溶奴中に混和して交雑を加速することが
できる。
プローブ組成物を使用する交雑および適当な洗浄工程後
、得られる固定化されたプローブ/標的交雑を含有する
膜を、ポリヌクレオチド−ウロキナーゼプローブ複合体
の場合において、濃縮したフィブリンプレートと直接接
触させることができ、あるいは、適当ならば、プラスミ
ノケンまたはJMな発色または蛍光の検出に適当な基質
と直接接触させることができる。
次の実施例により、本発明の種々の面および実施態様と
説明する。実施例において、すべての部およびパーセン
トは、特記しないかぎり、重りによる。すべての温度は
セ氏であり、そしてプロトン核磁気共鳴(”H−NMR
)化学シフトは、内を兆参照テトラメチル・シラン′か
らの夕′ウンフィールi:、)δ中位、ppmで報告す
る・ −災為誇一 実施例1: 5−プロモデオキジウリンレートヌクし、
オチドおよびウロキナーゼの複 合化 25mg(0,18ミリモル)の2−イミノチオラン−
MCIを、1 m lのホウ酸ナトリウム緩衝液(15
ミリモル、pH8,5)中の3mgのウロキナーゼの溶
液へ添加し、そして0℃において45分間、インキュベ
ーションした。次いで、得られる反応混合物を各500
m1の3交換のI・リス(T r i s)/EDTA
 (Jリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン)緩衝液
(10ミリモル/0.1ミリモル、pH7、4、以後r
TE緩衝液」)に対して、約5℃において透析する。保
持される部分は、TE緩衝液中にメルカプトブチレート
化ウロキナーゼを含有し、未反応のイミノチオランおよ
びその加水分解生成物を含有しない。
新しく調製したトランスフェラーゼ緩衝液(0,1モル
のカリウム力コジレート、pH7゜2.0.2ミリモル
のジチオスレイトール(DTT)およびo、ootモル
のCoCl2を含有する)中にpBR322且1副Tl
消化物(169pmo lの3′末端/ m l )お
よび5−ブロモデオキシウリジントリホスフェート(B
UdR。
1 、7 nmo 1./ml)を含有する混合物を、
15°Cにおいて15分間インキュベーションする6末
端デオキシヌクレオチジルトランスフエラーゼ(TdT
;360U/m1.2U/pmolの3゛末端)を添加
し、得られる反応混合物を15℃においてさらに2時間
インキュベーションする。十分な酢酸ナトリウム(N 
aOA c)結晶を添加してNa0Ac濃度を0.3モ
ルに調節した後、核酸をエタノール沈殿により反応混合
物から単離する。Maxam、et al、、Meth
odS in Enz molo Vol。
65、p、499 (1980)(71方法ニヨ4J、
DNA急冷ゲル−Er7) [82F] 5 ’ −末
端W、1LiR分(0,5gg)の分析は、付加された
ヌクレオチドのテイルの概算の数を示す。
BUdRティルトpBR322断片(100pmo’l
の末端、1mlのTE緩衝液中)を、上のように調製し
たメルカプトブチレート化ウロキナーゼ(1ml、3m
g)と 緒に37℃において42時間インキュベーショ
ンする。得られる混合物をセフ7デツクヌ(sepha
dex G−100)を含有するlX30cmのカラム
で分離し、追加のTE緩衝液で溶離する。生成物PBR
322−ウロキナーゼ複合体は260nmにおいて吸収
する分画中で同定され、そしてフィブリン#解活性は標
準のフィブリン凝塊検定により確証される。
実施例2二 −末鎖M13およびウロキナーゼとプロモ
スルホニルノ との ヒ サイトメガロウイルスを組織培地中で生長さげ、そして
培養抽出液から分離されたウィルスDNAをHindm
で消化した。Hi n dIIIノ20番目の断片を、
Bolivar et al、。
Methods jn Enz rnol。
Vol、旦8.(Wu、ed、、Academic P
ress、New Ycrk、1979)の方法により
pBR322中にクローニングした。再分離後、得られ
るCMV断片をMessにより、(rf型)中に再挿入
し、そして−・木flフy−シM 13−CMV D 
N Aを再分離した。
1!1られるs s M 13フアージDNAを66川
lのホスフェートa衝液(50ミリモルのホスフェート
、2.0モルのNaC1,pH8,0)中に溶解し、追
加の66g1のホスフェ−1)衝液を添加し、そして得
られる混合物を渦ミキサーで混合した。12klのホス
フェート緩衝液中のウロキナーゼ(0,714川g/p
−1)の溶液を混合しながら添加し、モしてジオキサン
中のp−こトロフェニル3−(2−ブロモ−3−オギン
ブチルスルホニル)プロピオネ−)(6gl、35ng
/gl)を4℃において添加した。得られる反応混合物
を4℃において66時間静置した。ホスフェ−11衝液
中のエタノールアミン(10゜4gl、0,2ミリモル
)を添加して反応を停止させ、混合物を37℃において
さらに15分間静置させた。次いで、得られる混合物を
TE緩衝液に対して18時間透析した。
得られる複合体を0.8%のアガロースゲルの電気泳動
により分析した。このゲル上のDNAを臭化エチジウム
で着色することにより検出し、そ17て標準フィブリン
凝塊をゲル上に注いでウロキナーゼの存在を検出した。
着色したDNAスボ、。
トおよび凝塊の溶解の両者はRfo、57において明ら
かであったが、溶解のみはRf 0 、73において存
在し、未反応のウロキナーゼを示した。
生ずる複合体の精製は、セファデックス(Sephad
ex)G100を含有するカラムチTE緩衝液中におい
てゲル濾過により得られた。複合体はボイド体積中で溶
離され、標準フィブリン凝塊検定により測定してウロキ
ナーゼ活性を含有した。遊離のウロキナーゼは、線維溶
解活性の第2の別のピークとしてカラムから溶離された
。複合体は標識相補的物質で交雑することが観測された
実施例3: 55M13およびウロキナーゼとグリオキ
サールノ 体との ヒ − a、N−スクシニミジル4−グリオキサリルベンゾエー
トの・製 18m1のジオキサン中のニー酸化セレン(2゜22g
、0.01モル)の混合物を50℃に加熱し、そしてす
べてのSeO2が溶解してしまうまでこの温度に保持し
た。この溶液に3.28gの4−アセチル安息香酸を添
加し、生ずる反応混合物を、黒色の金属セレンの追加の
沈殿が観察されなくなるまで(はぼ6時間)@流温度に
保持した。沈殿を濾紙を通過する濾過により除去し、そ
してジオキサンを減圧蒸発させた。残留油を沸騰本から
再結晶化すると、水和物として4−グリオキサリル安息
香酸の灰色の固体が得られた:融点 。
175−177℃、’ H−NMR(d、DMSO) 
: δ 5.7 (ip、br)、6.8 (2、br
 交換可能)、8.2 (4p、m)、他のエステルヲ
−1−のようにN−ヒドロキシスクシンイミドの添加に
より調製することができる。
222mg(1,5ミリモル)のN−ヒドロキシスクシ
ンイミドを、乾燥ジメチルホルムアミド中の196mg
(1ミリモル)の4−グリオキサリル安息香酸および3
09mg (1,5ミリモル)のジシクロへキシルカー
ポジイミドに添加した。生ずる混合物を窒素のもとに5
0℃において16時間撹拌し、そして形成する沈殿した
尿素誘導体を濾過により除去した。エーテルを反応混合
物へ滴々添加し、そして生成物のN−スルシニミジルベ
ンソエートは黄色固体として沈殿した、’H−NMR:
δ 2.9(4p、s)。
b、髪合進 ヒの実施例4に実質的に記載するように調製した、サイ
トメガロウィルス・インサートを含有する一本fiMI
3を、20ミリモルのホウ酸ナトリウムおよび1089
モルのMgCl2を含有する0、1モルのカリウムヵコ
ジレート(potassjum cacodylate
)i衝液、pH7,5と平衡化する。最終のDNAla
t度をほぼ2A26゜単位/ m lにする。
3%のジオキサンを含有するカコジレート緩衝液中のス
クシニミジル4−グリオキサリルベンゾエート(7) 
6 m g / m lの溶液の0.2mlを1mlの
前記s s M l 3溶液へ添加し、そして生ずる反
応混合物を37℃において1時間インキュベーションす
る。DNAを2体積の一70℃の冷エタ・′−ルの添加
により沈殿させ、次いで0゜4モルのNaC1を含有す
るホウ酸ナトリウム(0,,1モル、pH8、5) 1
jc7)200 gg/mlの溶液中に再懸濁させる。
この混合物を37℃において16時間インキュベーショ
ンし、そしてセファデックスG−1ooを含有するカラ
ムへ適用し、TE緩衝液で溶離する。複合体はボイド体
積中に溶離し、フィブリン凝塊検定によりウロキナーゼ
を保持することが証明される。遊離のウロキナーゼは、
線維溶解活性の第2ピークとして溶離する。
実施例4: ウロキナーゼおよびデオキシシチジレ−1
・のテイルをもつpBR322 とトリメチルオルトホルメートカル ボニルイミダゾール!e橋体との複合 化 50%の水性ホルムアミド中のジメチルホルムアミドジ
イソプロピルアセタールのloomg/m1の溶液の0
.25m1を、2A280単位/mlのC度においてリ
ン#塩/EDTA#衝液(0,1モル10 、01モル
、pH7,2)中の、前述のように調製した、dcTP
−ティルトpBR322制限断片の1mlへ添加した。
生ずる反応混合物を25℃において16時間静置させ、
そしてクロロホルムの370.5mlのアリコートで招
l出する。DNAを一70℃の2体積のエタノ・−ルで
沈殿させ、リン酸塩/NaC1、T)H8,5(0,1
モル10.4モル)中の0゜1 m g / m lの
ウロキナーゼを含有する溶液の0.5ml中に再懸濁さ
せる。ジオキサン中のカルボニルジイミダゾール(50
0,1,100m g / m l )の溶液を添加し
、そしてこの混合物を37℃において4時間インキュベ
ーションし、次いでクロロホルムで抽出する。複合体を
TE緩衝液中のセフアデックスG100を含有するl×
20cmのカラムのゲル濾過「より反応混合物から分離
し、そしてボイド体積中に溶離させ、次いで、標準フィ
ブリン凝塊検定により測定して、第2分画は遊離ウロキ
ナーゼを含有する。
′ガ施例5: プローブ複合体との交雑による人間の尿
試料中のサイトメガロウィルス の検−”′ a、フィブリン検定プレート(plate)の4製 96のくぼみ(we ! l)の微小力価(micro
titer)の個々のくぼみに、フィブリンプレー+1
衝液(33ILl、50ミリモルのナトリウム八ルビタ
ール、94ミリモルのNaCI、1.65ミリモルのC
a Cl 2.0.7ミリモルのMgC12、pH7,
75、[FPB] )、ヒトのフィブリノケン(16用
1、Kabi Diagnostica(スエーデン)
から人手、等級り、10mg/ml、水中で再&!成し
た)およびヒトのプラスミノケン(98pL1.10ミ
リモルのリン酸塩PH7,75中の25力ゼイン分解中
位/ml)を添加した。ウシのトロンビン(7gl、0
.9%cy)NaC1中のl0NIH単位/ml)釈添
加して凝結を誘発させた。プレートは、室温において4
5分間静置後使用できる状態である。
b、出rr′七の の −1−のように調製してフィブリンの感度を決定するた
めに、0.1fg−tPgの範囲の量のウロキナーゼを
含有する20L1の滴およびウロキナーゼを含有しない
対照滴を、プレートの重合したフィブリン表面上へスボ
ンティング(spotting)することにより、ウロ
キナーゼの勾配をプレート−適用した。このように調製
して微小/J価のプt、−−1−を37℃において8時
間インキュベーションし、次いで25℃において161
11JI;l!らにインキュベーションした。プレート
を検査すると、対照滴の位置あるい、はO,lfgのウ
ロキナーゼを含有するスポットの位置において溶解(I
ysfs)を観測することができなかった。
溶解の透明なゾーンは、lfg以上の量のウロキナーゼ
を適用したすべてのスポットの位置において明らかであ
った。
C,ダ■旦主ヅ兼辿 人間の尿のいくつかの試料を蒸発により1oOO倍に濃
縮する。96グリツド(g r i d)の適用装置を
使用して、濃縮した試料を交雑膜へ適用し、乾燥させる
。膜をベーキングしないで試料の固定化を行う。密封し
たプラスチック袋中で、5outhern、J、Mo1
.Biol、98: 503 (1975)の方法によ
り、サイトメガロウィルス/ s s M 13 /ウ
ロキナーゼ複合体を使用して、交雑を実施する。
交雑および洗浄後、交雑膜を試料の側が下になるように
してプラスミノケンに富んだフィブリン検定プレートヒ
に直接重ね、これを37℃において17時間インキュベ
ーションする。溶解活性のゾーンは、サイトメガロウィ
ルスを含有する尿の試料を適用したゾーンに相当する位
置において観察される。
実施例6: 非放射測定DNA−ウロキナーゼプローブ
および発色(chromog e n i c)プラスミン基質の検出系を使用するサ
イトメガロウィルスの 検出 この実施例は、サイトメガロウィルスDNAを検出する
ためのウロキナーゼと−・末鎖ファージM13−サイト
メカロウイルスDNAのプローブ複合体の使用を説明す
る。使用するプローブは、上の実施例4中に実質的に記
載するようにして調製I7た。プラスミンに対して特異
性の発色基質を使用して交雑を検出した。
3つの明確なりNA断片を次の実験において使用した。
第1断片はサイトメガロウィルス(CM■)ゲノムの相
補的Bam 78RFクローンであった;第2断片はC
MVゲノムの非相補的EcoR1’F断片であった;第
3断片はラムダファージDNAであった。0.05ng
 〜loongの範囲の量のDNAを、慣用の技術によ
り微孔質のナイロン交雑膜(GeneScreen@、
E、1.du Font de Nemoursand
 Company (Inc、)、Wilmingto
n、Delaware、U、S。
A、)上に固定化した。次いで、前記膜を0.5%のド
デシル硫酸ナトリウム(SDS)およびlOm g−/
 m lのウシ血清アルブミン(B S A)を含有す
る5×5SPE緩衝液中で、55℃において振盪水浴中
で・夜インキュベーションすることにより予備交雑した
。ここで使用するとき、「5SPEJは0.18モルの
NaC1および1.0ミリモルのエチレンジアミン四酢
m (EDTA)を含有する50ミリモルのリン酸ナト
リウム緩衝液、pH7,40を意味する。「5×5SP
E」は5倍濃俄の5SPEを意味する; r2XssP
EJは2倍濃度(7)S S PEを意味する; 「0
゜2XSSPEJは5倍希釈の5SPEを意味する。
・夜のインキュベーション後、膜を50m1(7)アリ
コートの5XSSPEで5回洗浄して残留するSDSを
除去した・。次いで膜を水密プラスチックパウチ内に入
れ、そして10%のホルムアミドおよび0.1mg/m
lのBSAを含有する5×5SPHの5.0mlを添加
した。次いで、ウロキナーゼ/DNAプローブを添加し
て50ng/ml(合計250ng)の最終濃度にした
。交雑はプラスチックパウチを4.0昨間55℃におい
て振盪浴中でインキュベーションすることにより実施し
た。
インキュベーション後、膜をパウチから取り出し、37
℃において125m1の7リコートの2XSSPEで2
回洗浄し1次いで125m1のアリコア1・の0.2X
SSPEで2回洗浄して非特異的に結合したプローブを
除去した。ウロキナーゼ−DNAプローブ−分析物(a
nalyte)交雑分子の検出は、ウロキナーゼプロー
ブ交雑によるプラスミンへのプラスミン基質の活性化に
頼る酵素原カスケード増幅系を使用して達成した。
プラスミンについて特異的な発色性基質、() −/<
リンーL−ロイシンーL−リジン−4−二トロアニリy
 (Kabi Diagnost ica、スエーデン
)を使用してプラスミンを検出した。次の手順を使用し
た。
コルク穴あけIJLを使用して、上のようにして調製し
た交雑膜の円形体を切り、試料の側を上にして、平担な
底の96のくぼみの微小力価プレートの個々のくぼみ内
に入れた。0.01モルのNaC1,0,1モルのし一
リジン、o、t%の[リドン(Triton)X−10
0および1ミリモルの前述の基質を含む0,05モルの
リン酸ナトリウム緩衝液、pH7,4中に、1 m g
 /mlのglu型プラスミノゲンケン有する検定溶液
を、検定プレートの微小力価の各くぼみへ添加した。次
いで、このプレートを37℃においておだやかに撹拌し
ながらインキュベーションした。
次いで、405nMにおける光学濃度を、各くぼみの内
容物をU形底の微小力価プレートの別々のくぼみへ移し
、そして各くぼみを自動微小力価プレート読取器で読む
。得られた結果を下表Hに記載する0表II中に記録さ
れる結果は、バックグラウンド(background
)(7)色の発生ニラいて補正されている。補正されな
い値は、表II中の4値へ0.287を加えることによ
り得ることができる。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 l、式 %式%) 式中、 nは2〜500の整数であり。 Aは標的ポリヌクレオチドに対して実質的に相補的であ
    る区域を有するポリヌクレオチドであり、そして zl、Znは、同一もしくは相異なり、集合的にポリヌ
    クレオチド配列を形成するヌクレオチド部分であり、た
    だしヌクレオチド部分71〜znの少なくとも1つは部
    分Xからなり、ここでXは酵素原を酵素的に活性化して
    検出可能な酵素反応カスケードを開始することができる
    ポリペプチドからなる部分である、 のポリヌクレオチドプローブ組成物。 2、式 %式%) 式中、 nは2〜500の整数であり、 Aは標的ポリヌクレオチドに対して実質的に相補的であ
    る区域を有するポリヌクレオチドであり、そして 71〜znは、同一 もしくは相異なり、集合的たポリ
    ヌクレオチド配列を形成するヌクレオチド部分であり、
    前記ヌクレオチド部分は、弐R”R’ を有し、ここで R1はBRIsであり、ここで Bは塩基残基であり、そして R5はHまたはXであり、ここで Xは酵素原を酵素的に活性化して検出可能な酵素反応カ
    スケードを開始することができるポリペプチドからなる
    部分であり、 R2およびR” はH,OH,X、1まli2以−ヒの
    ホスフェート基、隣接するヌクレオチド部分1部分Xも
    しくは隣接するヌクレオチド部分へ共有結合したホスフ
    ェート基、または部分Xおよび隣接するヌクレオチド部
    分へ共有結合したホスフェート基であり、そして R4はHlOH、ホスフェート基、またはXであり、た
    だし、ヌクレオチド部分21〜znの少なくとも1つに
    ついて、RLはBH3でありかつR6はXであるか、あ
    るいはR2,R3またはR4は部分Xからなる、 特許請求の範囲第1項記載のポリヌクレオチドプローブ
    組成物。 3、ヌクレオチド部分71〜znの少なくとも1つにつ
    いて、R1が であり、ここでR6はXである特許請求の範囲第2項記
    載の組成物。 4、ヌクレオチド部分21〜znの少なくとも1つにつ
    いて、R五が ■ であり、ここでR6はXである特許請求の範囲第2項記
    載の組成物。 5、ヌクレオチド部分z L 、、、 z nの少なく
    とも1つについて、R1が であり、ここでR6はXである特許請求の範囲第2項記
    載の組成物。 6、ヌクレオチド部分z ! 、 Znの少なくとも1
    つについて、R1が 鴛 であり、ここでR6はXである特許請求の範囲第2項記
    載の組成物。 7、式中、 XがLEであり、ここで Lは結合基であり、そして Eは酵素原活性化活性を有する酵素である特許請求の範
    囲第3項記載の組成物。 8、Eがタンパク分解活性を有する酵素である特許請求
    の範囲第7項記載の組成物。 9、Eがプラスミノゲン活性化因子である特許請求の範
    囲第8項記載の組成物。 1O1Eがウロキナーゼである特許請求の範囲第9項記
    載の組成物。 11、Eがエンテロペプチダーゼである特許請求の範囲
    第9項記載の組成物。 12、 ヌクレオチド部分71〜znの少なくとも1つ
    について、R2が部分Xからなる特許請求の範囲第2項
    記載の組成物。 13、ヌクレオチド部分Zl〜・Znの少なくとも1つ
    について、R3が部分Xからなる特許請求の範囲第2項
    記載の組成物。 14、ヌクレオチド部分Zl、、、Z1mの少なくとも
    1つについて、R4がXである特許請求の範囲第2項記
    載の組成物。 15、Aがバクテリア、マイコバクテリア、アクチノミ
    セテス、ヌピポセテス、リケンチア、クラミゾイア、マ
    イコプラズマ、菌類、ウィルス。 真核生物、または多細胞有機体から成る群より選択され
    る病原体の構造遺伝子特性のすべてまたは一部に対して
    実質的に相補的なヌクレオチド配列からなるポリヌクレ
    オチドである特許請求の範囲第1項記載の組成物。 16、Aが病原体による表現可能な抗生物質抵抗性表現
    型と関連する遺伝子のすべてまたは・・部に対して実質
    的に相補的なヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチ
    ドである特許請求の範囲第1項記載の組成物。 17、Aが遺伝疾患に関連する哺乳動物のDNAのすべ
    てまたは・部に対して実質的に相補的なヌクレオチド配
    列からなるポリヌクレオチドである特許請求の範囲第1
    項記載の組成物。 18、(a)交雑条件下に、特許請求の範囲第1項記載
    のポリヌクレオチドプローブ 組成物を試料と接触させて、プロー ブ/標的雑種を形成させ、 (b)プローブ/標的雑種を交雑していないプローブ組
    成物から分離し、そし て (c)プローブ、/標的雑種を酵素前駆体と接触させて
    、検出可能な酵素反応カ スケードを開始する、 ことからなることを特徴とする試料中の標的ポリヌクレ
    オチドの存在を検出する方法。 19、標的ポリヌクレオチドが病原体の特性をもつ特許
    請求の範囲第18項記載の方法。 20、標的ポリヌクレオチドが病原体により表現可能な
    抗生物質抵抗性表現型と関連する特許請求の範囲第18
    項記載の方法。 21、標的ポリヌクレオチドが遺伝疾患に関連する哺乳
    動物のDNAのすべてまたは一部を表現する特許請求の
    範囲第18項記載の方法。 2、特許請求の範囲第1項記載の組成物および検出基質
    からなり、前記検出基質は、酵素原活性化因子により活
    性化されたとき、検出可能な酵素反応カスケードを開始
    することができる酵素原からなることを特徴とする、病
    原体の特性であるがあるいはそれと関連する標的ポリヌ
    クレオチド、tfE牛物質抵抗性表現型を表現すること
    ができる病原体、または哺乳動物における遺伝疾患の存
    在を検出するための診断キット。
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