JPH11511020A - 生物学的物質からの核酸を精製、安定化又は単離する方法 - Google Patents

生物学的物質からの核酸を精製、安定化又は単離する方法

Info

Publication number
JPH11511020A
JPH11511020A JP9508945A JP50894597A JPH11511020A JP H11511020 A JPH11511020 A JP H11511020A JP 9508945 A JP9508945 A JP 9508945A JP 50894597 A JP50894597 A JP 50894597A JP H11511020 A JPH11511020 A JP H11511020A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
nucleic acid
nucleic acids
samples
adsorption matrix
sample
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP9508945A
Other languages
English (en)
Other versions
JP4264133B2 (ja
Inventor
ミュラー オリヴァー
ドイター ライナー
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften eV
Original Assignee
Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften eV
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften eV filed Critical Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften eV
Publication of JPH11511020A publication Critical patent/JPH11511020A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP4264133B2 publication Critical patent/JP4264133B2/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Lifetime legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C12N15/1006Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Detergent Compositions (AREA)
  • Food Preservation Except Freezing, Refrigeration, And Drying (AREA)
  • Processing Of Solid Wastes (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

(57)【要約】 本発明は、生物学的物質からの核酸を精製、安定化又は/及び単離する方法に関し、これは、生物学的物質からの核酸含有試料に、夾雑物の結合のための炭水化物(例えば馬鈴薯粉)を主体とする吸着マトリックスを添加することを特徴とする。

Description

【発明の詳細な説明】 生物学的物質からの核酸を精製、 安定化又は単離する方法 本発明は、夾雑物、例えば核酸を害し酵素反応を抑制する物質を除去すること により、生物学的物質からの核酸を安定化、精製又は/及び単離する方法に関す る。この方法は、殊に糞便試料中の核酸を分析、検出又は単離するために好適で ある。更に、本発明の方法の実施のために好適である試薬キットを開示する。 種々の研究分野からの多くの例は、貯蔵の間に核酸を害し、例えば増幅による 核酸の酵素的操作を阻止する物質で不純化されている生物学的物質からの核酸の 分析の重要性を記載している。従って、生物学的物質中に含有されている核酸の 他の分析のための使用性にとって、これらの物質が非常に低い濃度でのみ存在し ているか又は全く試料から除去されることが重要である。 糞尿試料からの核酸の分析は特に重要性を有する。医療用の主用途は、消化管 の腫瘍の初期診断時のパラメータとして役立つことのできる糞便からの核酸DN Aの腫瘍特異的変化の検出である。同様に、核酸に基づく試験法により糞便試料 からの細菌及びウイルス性の感染病原体の検出の重要性が増大している。 糞便からの核酸を単離する1つの方法は、WO93/20235に開示されて いる。しかしながら、この方法は、核酸の低い収率のみを示している。更に、D NA−障害性又は/及びPCR−抑制性の物質は分離されない。従って、単離さ れたDNAは、長時間貯蔵することができず、このDNAの特異的な分析すべき 遺伝子部分の増殖のための増幅は、再現可能な結果を生じない。この公知方法の 特に重大な1つの欠点は、PCR−増幅時に、更なる分析に必要である単一の配 列を有する完全なDNA−フラグメントを生じないことである。これを得るため には、増幅された遺伝子部分の経費のかかるクローニングが必要である。この技 術水準の方法のもう一つの欠点は、著しく健康を害する溶剤フェノール及びクロ ロホルムを使用しなければならないことである。 従って、本発明の根底にある課題の一つは、生物学的物質中の核酸の分解を安 定化させ、核酸の酵素的操作を阻止する物質を分離することのできる方法を提供 することであった。殊に、糞尿試料からの核酸の確実な単離を可能とする方法が 提供されるべきである。 この課題は、生物学的物質からの核酸を精製、安定化又は/及び単離するため の法により解決され、この方法は、生物学的物質からの核酸含有試料に、夾雑物 の結合のための吸着マトリックス(Adsorptionsmatrix)を添加し、引き続き、 この核酸から場合により結合 した夾雑物を分離除去することを特徴とする。核酸含有試料と吸着マトリックス との接触は、直接又は液体中への試料を入れた後に行うことができる。 本発明の方法により、生物学的物質から単離された核酸、殊にDNAの使用性 を明らかに改善することができる。さらに、吸着マトリックスの添加により、核 酸を害する物質も酵素的操作を阻止する物質も充分に分離除去される。従って、 本発明の方法により安定化された核酸は、長時間にわたり貯蔵することができる 。更に、吸着マトリックスの添加により処理された核酸の例えばPCRによる増 幅時に再現可能な結果が得られる。この再現性は、核酸分析の際の結果の証言能 力にとって重要である。本発明の方法により精製された核酸の高い品質は、例え ば、これは、直接配列決定又はヘテロ二重分析により試験することができること で明らかである。クローニングは不必要である。更に、本発明の方法では、健康 を害する溶剤を使用する必要がない。 本発明の方法で使用される吸着マトリックスは、それが核酸を害する又は/及 び酵素反応の実施を阻止する又は/及び酵素反応を抑制する夾雑物、例えばヘモ グロビンの分解生成物、例えばビリルビン及びその分解生成物又は/及び胆汁酸 又はその塩又はその分解生成物及び他の植物又は動物起源の分解生成物に結合す ることができるような特性を有する。不溶性の吸着マ トリックスの場合には、試料からの容易な分離が可能であるので、これを使用す るのが有利である。 炭水化物又は/及びポリペプチドを主体とする吸着マトリックスを用いて良好 な結果が得られる。炭水化物をベースとする吸着マトリックス、例えば多糖類を 含有する吸着マトリックスが有利である。特に、α−又は/及びβ−グリコシド 結合した炭水化物、例えば澱粉、セルロース、グリコーゲン又は/及び他の生物 源又は非生物源の炭水化物及びその誘導体又はそれらの混合物を含有する吸着マ トリックスを使用するのが有利である。 穀紛、即ち主としてセルロース、澱粉、脂質及び塩又はそれからの成分の混合 物の使用が最も有利である。例えば、穀物、トウモロコシ、豆類、大豆及び馬鈴 薯又はこれらからの成分又は混合物からの穀粉が好適であると立証された。当業 者にとって、当然、前記の種類の穀紛と並んで、他の種類の穀粉又は数種の穀粉 又はそれらからの成分の混合物も使用できる。馬鈴薯紛又はこれからの成分の使 用が最も有利である。同様に精製炭水化物、例えばセルロース及び穀粉、例えば 馬鈴薯紛からの混合物も有利である。 更に、穀粉、殊に前記の種類の穀粉1種以上からの可溶性成分の組成の炭水化 物を主体とする吸着マトリックスの使用が有利である。 この吸着マトリックスを生物学的試料に添加する量 は、主として試料の特性、即ち夾雑物の量に依存する。吸着マトリックスを核酸 含有試料に対して0.05:1〜100:1の重量割合で使用する際に、良好な 結果が得られた。特にこの吸着マトリックスを0.1:1〜10:1の量で添加 するのが有利である。 本発明の方法により安定化されるべき核酸含有試料は、核酸を分解する又は酵 素的反応を抑制する夾雑物を含有する生物学的物質に由来する。特に核酸含有試 料は糞尿に由来する。しかしながら、これは、例えば他の起源、例えば全ての種 類の組織、骨髄、ヒト及び動物の体液、例えば血液、血清、血漿、尿、精液、脳 髄液、喀痰及び塗沫標本、植物、植物部分及び植物エキス、植物汁、菌類、微生 物、例えば細菌、化石化又はミイラ化された試料、土壌試料、沈殿汚泥、廃水及 び食料品に由来しうる。夾雑物としては、例えばヘモグロビンの分解生成物、例 えばビリルビン及びその分解生成物又は/及び胆汁酸又はその塩又はその分解生 成物又は他の種類の夾雑物も含有しうる。 この方法の良好な取扱いのために、生物学的物質からの試料を吸着マトリック スに添加する前に、緩衝液中に入れることが好適であると立証された。試料を吸 着マトリックスと一緒に恒温保持することは、室温で行うことができる。この恒 温保持時間は、広い範囲で変動することができる。この恒温保持の後に吸着マト リックスを例えば遠心により試料から分離することが できる。例えば液体試料の場合には、試料に直接、吸着マトリックスを添加する こともできる。更に、試料を吸着マトリックス上に遠心により、真空設定により 又は/及び重力を用いて導くことができ、この際、吸着マトリックスはカラム中 に充填されて存在するのが有利である。 この吸着マトリックスでの処理は、試料中に含有している核酸の充分な安定化 上昇をもたらし、引き続く核酸の単離の際に良好な再現性をもたらす。このこと は、殊に、この単離に核酸の酵素的操作、例えば増幅又は/及び制限切断を引き 続き行う場合に当てはまる。特に、増幅を、例えばPCR(ポリメラーゼ連鎖反 応)、LCR(リガーゼ連鎖反応)、NASBA(核酸塩基特異的増幅)又は3 SR(自己支持配列複製;Self Sustained Sequence Replication)により実施 するのが有利である。 本発明の特に有利な1態様は、糞便試料からの核酸、殊にDNAの分析、検出 又は単離である。本発明の方法により、糞尿試料から、突然変異、殊に腫瘍特異 性DNA−突然変異の検出に使用することのできる、きれいで増幅可能な核酸が 得られる。 本発明の方法は、夾雑物及び多量の細菌性核酸の存在下における核状の真核性 核酸の特異的検出を可能とするので、腫瘍診断のために極めて重要である。 本発明の方法の使用下での糞便−DNAの分析によ り、消化管の腫瘍、殊に膵臓−又は腸腫瘍を早期にかつ正確に診断することがで きる。この診断は、例えば腫瘍特異性のDNA−突然変異への癌遺伝子又は/及 び腫瘍抑制遺伝子の検査により行う。消化管の腫瘍の細胞は、連続的に糞便中に 剥離出現するので、本発明の方法により糞便中の腫瘍特異性DNA−突然変異の 検出が可能になる。さらに、本発明の方法は、腫瘍の除去に関連して現れる治療 のモニター及び腫瘍予防検診の規則的かつ確実な実施を可能とする。 結腸腫瘍に関する技術水準から公知の非侵襲性の特有の慣用の試験、糞便中の 潜血に関する試験とは反対に、本発明の方法では、誤−陽性の結果はないか又は 非常に希である。更に、既に腺腫期、即ち腫瘍進行の非常な早期に突然変異する 遺伝子中の突然変異の検出は、糞便−血液試験として明らかに早期のかつ特異的 診断を可能とする。この突然変異分析の好適な対象としては、殊に腫瘍抑制遺伝 子APC(アデノマトーゼ ポリポシス コリ;Adenomatoese Polyposis Coli )(Fearon und Vogelstein(1990)、Cell 61,759-761)及びras−癌遺伝子 を使用することができる。糞便試料からのDNA中のこれら双方の遺伝子の突然 変異分析により、殊に腸腫瘍、例えば大腸腫瘍及び膵臓腫瘍を検出することがで きる。このAPC−遺伝子及びras−遺伝子と並んで、勿論、他の腫瘍関連遺 伝子も癌診断のために、分析対象として使用することが できる。 腫瘍関連遺伝子を別として、このゲノムの翻訳されなかった反復部分も、癌診 断時の分析対象として使用することができる。これらのいわゆるマイクロサテラ イト部分を増幅させ、ゲル電気泳動により得られるバンド標本を健康な体物質か らのDNAのバンド標本と比較する。バンド標本の差異は、腫瘍の存在の立証を 示すことができる。 本発明の方法の使用のもう1つの例は、法廷分析における糞尿又は体物質から 精製された核酸の検査による個人の正確な同定である。このために、このゲノム の反復性多形の部分を増幅させ、この増幅生成物をゲル電気泳動により分離させ る。得られたバンド標本を他の疑わしい又は近縁の人のDNAの標本と比較する ことにより、当該個人を同定することができる。 糞尿試料からのDNAの本発明による単離のためのもう一つの重要な用途は、 動物生物学的な集団遺伝学的、評価遺伝学的及び植物学的研究及び動物及び植物 の調査である。従来は、このような調査は、屡々、動物種の希少性及び当該動物 が特定の場所で出現する低い確立により失敗している。おおよその居留場所が知 られている場合には、残存糞尿の本発明の方法による分析は、動物の血族関係の 度合い、残された移動経路又はその動物の食習慣に関する重要な立証を提供こと ができる。同様に、糞尿核酸の分析から、例えば微生 物又はウイルス性の核酸の検出により、例えば細菌性又はウイルス性の感染に関 する重要な診断学的情報を引き出すことができる。 本発明のもう一つの目的は、生物学的物質からの核酸の安定化及び精製のため の試薬キットであり、これは、 (a)核酸含有試料を収容するために好適である緩衝液及び (b)生物学的物質からの夾雑物の結合のための吸着マトリックス を包含する。 この吸着マトリックスは、分包された形で、例えば遠心分離可能なミニカラム のようなカラム中に充填されて存在していてよい。 この試薬キットは、付加的に核酸の精製のための薬剤(これは、例えば無機又 は/及び有機の担体及び場合によっては溶液、助剤又は/及び付属品を包含する )を含有するのが有利である。担体の無機成分は、例えば多孔性又は非多孔性の 金属酸化物又は金属混合酸化物、例えば酸化アルミニウム、二酸化チタン又は二 酸化ジルコニウム、シリカゲル、ガラス、例えば変性又は非変性ガラス粒子又は ガラス紛、石英、ゼオライト又は前記の物質の1種以上の混合物を主体とする物 質であってよい。他方、この担体は、例えば場合によって官能基で変性されたラ テックス粒子、合成ポリマ ー、例えばポリエチレン、ポリプロピレン、フッ化ポリビニリデン、殊に超高分 子量のポリエチレン又はHD−ポリエチレン又は前記物質1種以上の混合物から 選択される有機成分を含有していてもよい。 担体は、例えば平均粒径0.1μm〜1000μmを有する粒子の形で存在し うる。多孔性担体を使用する場合には、2μm〜1000μmの平均孔径が有利 である。この担体は、場合によっては、例えばガラス、石英又はセラミック製の 粒子、フイルター層、膜、例えばその中にシリカゲルが配置されている膜、無機 担体、例えば石英又はガラスウール製の繊維又は織物の弛るいバラ体の形で、及 び合成ポリマーからのラテックス又はフリット物質の形で存在することができる 。 更に、この試薬キットは、なお適当な溶液、例えば洗浄溶液又は試料の収容の ための緩衝液を含有していてもよい。核酸含有試料の収容のために好適である緩 衝液は、例えばトリス−HCl pH8.5〜9.5、EDTA及び場合によりN aClを主剤とする緩衝液系である。殊に糞便試料を収容するための特に好適な 緩衝液は、トリス−HClpH9 500ミリモル、EDTA 50ミリモル及 びNaCl 10ミリモルを含有する。 更に、本発明による試薬キットは、補助物質、例えば酵素及び他の核酸の処理 のための薬剤、例えば少なくとも1種の増幅プライマー及び核酸の増幅のために 好適である酵素、例えば核酸ポリメラーゼ又は/及び少なくとも1種の制限エン ドヌクレアーゼを含有していてもよい。 核酸の増幅のためのプライマーは、分析すべき遺伝子、即ち例えば癌遺伝子、 腫瘍抑制遺伝子又は/及びマイクロサテライト部分に由来するのが有利である。 核酸の増幅のために好適である酵素及び制限エンドヌクレアーゼは公知であり、 市場で入手できる。 更に、本発明を次の実施例につき詳述する。 例1 糞便試料からのDNAの分析 次の吸着マトリックスを試験した:不動態化された仔牛血清−アルブミン(R SA)、セルロース及び馬鈴薯澱粉(全て Sigma,Muenchen,DEから)及び馬鈴 薯粉(Honig,Postbus 45,1540 AA Koog a/d Zaan,NL)、ここで、これは、 実質的にセルロース、澱粉、脂質及び塩からの不溶性混合物である。 人の糞便試料を集め、凍結乾燥させ、−80℃で貯蔵した。糞便200mgを 糞便溶解緩衝液(SLP:トリス−HCl pH9.0 500ミリモル、ED TA50ミリモル、NaCl 10ミリモル)600μl中でホモゲナイズさせ た。このホモジェネートのそれぞれの1/4に、SLP200μlをそれぞれ吸 着マトリックス100mgと一緒に加えた。この混合物を激しく混合し、細菌及 び他の夾雑物の沈殿のために 、500×g又は13000×gでそれぞれ5分間、2回遠心にかけた。澄明な 上澄みを2.5mg/mlの濃度でのプロテイナーゼKでの処理の後に、DNA を、血液及び組織からのDNA−精製のために好適であるDNA−スピンカラム (Qiagen,Hilden,DE)の使用下に精製した。カラム処理及び洗浄工程を、製造者 が指定しているように実施した。 次いで、DNAを、スピンカラムから150μlの蒸留水の最終量中で溶離さ せ、使用までに−20℃で保存した。染色体DNAの収率を260nmでの吸収 の測定により測定した。 全ての調製物は、15〜20μgの比較可能な総−DNA−量を示した。分析 用アガロースゲルでは、吸着マトリックス用いる場合と用いない場合の調製物か らのゲノム性DNAの間の相違が認められなかった。吸着マトリックスの添加に より、抽出された染色体DNAの収率の増加も確認されなかった。 単離された核酸の安定性の試験のために、1週間保存の後のDNAを試験した 。結果を第1表に示す。最も安定なDNA−試料は、吸着マトリックスとしての 馬鈴薯粉の使用の後に得られた。 PCRによる増幅のために、精製染色体DNA 3μlを、トリス−HCl pH8.3 10ミリモル、KCl 50ミリモル、MgCl2 1.5ミリモル 、dATP、dCTP、dGTP及びdTTPそれぞれ 30マイクロモル、各プライマー400ナノモル、RSA100μg/ml及び Taq−ポリメラーゼ(AGS,Heidelberg,DE)0.75単位を含有する50μlの 総量中で用いた。 感度改善のために、Nested-PCR−法(Jackson et al.,(1991),McPhers on,N.J.Quirke,P.Taylor,G.R.(Hrsg.),PCR-A Practical Approach,Oxford University Press)を、ビオチン−標識されたNested-プライマーの使用下に 実施した。吸着マトリックスの不存在下に精製されたDNA−試料のPCRは、 完全にブロックされていた。吸着マトリックスとしてのRSA、セルロース又は 馬鈴薯澱粉の添加により、部分的に再現可能なPCR−結果を得ることができた (第1表)。 10の全ての分析された試料中の再現可能なPCR−結果は、吸着マトリック スとしての馬鈴薯粉の使用の際に得られた。PCR−フラグメントは、ヘテロ二 重分析時の使用のためにも直接配列決定のためにも好適であった。このために、 1本鎖DNAの調製を、製造者の指示に従い、ストレプトアビジン−結合マグネ ットビーズ(Dynal,Hamburg,DE)の使用下に行った。 a:分解によるDNA−損失率は、−20℃で1週間の保存の後に分析アガロ ースゲル電気泳動及びスペクトル分光分析により測定した。 b:10の種々の糞便試料からのDNAのPCRを実施した。PCRで分析可 能であった試料の数を示した。例2 糞便試料の精製 次の緩衝液を使用した: 緩衝液SLP:(例1参照) 緩衝液A :グアニジニウム/HCl 5.6モル ;Tween 20 20% 緩衝液B :トリス/HCl pH7.5 10ミリ モル;NaCl 100ミリモル;エ タノール70% 緩衝液C :トリス/HCl pH9.0 10ミ リモル; EDTA 0.5ミリモル 凍結乾燥された1糞便試料から3gを秤取し、緩衝液SLP 2mlと充分な 渦動により混合した。引き続き、カラムに馬鈴薯粉とセルロースとの1:1混合 物(w/w)を充填し、50mlの遠心分離管中に装入した。緩衝液中に入れら れた試料をこのカラム中に 移し、500upmで5分間の遠心分離により夾雑物から澄明にした。 この澄明化された試料1.2mlに、プロテイナーゼK−株溶液(1.785m g/ml)0.125ml及び緩衝液A 1.2mlを加えた。この試料を渦動に より1分間混合し、引き続き70℃で10分間恒温保持した。無水アルコール1 .3mlの添加及び充分な混合の後に、この溶液をQia−AMP−ミデイカラ ム(Qiagen)中に移し、核酸を遠心によりシリカマトリックス上に結合させた。 結合された核酸を 緩衝液B 2.5mlで2回洗浄することにより精製し、 緩衝液C 0.5mlでQia−AMP−ミデイカラムから溶離させ、更なる使 用まで−20℃で貯蔵した。 貯蔵された試料で例1と同様に実施したPCRで、再現可能な結果を得ること ができた。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.ヒト又は動物の組織、骨髄、完全血液を除く体液、植物、植物部分及び植物 エキス、菌類、微生物、化石化又はミイラ化された試料、土壌試料、沈殿汚泥、 廃水、糞尿及び食料品から選択された生物学的物質の試料からの核酸を精製、安 定化及び/又は単離する場合に、核酸含有試料に、夾雑物の結合のための吸着マ トリックスを添加することを特徴とする、生物学的物質の試料からの核酸を精製 、安定化又は/及び単離する方法。 2.炭水化物を主体とする吸着マトリックスを使用する、請求項1に記載の方法 。 3.核酸含有試料に、夾雑物の結合のための炭水化物を主体とする不溶性吸着マ トリックスを添加することを特徴とする、生物学的物質の試料からの核酸を精製 、安定化又は/及び単離する方法。 4.α−又は/及びβ−グリコシド結合した炭水化物を含有する吸着マトリック スを使用する、請求項2又は3に記載の方法。 5.澱粉、セルロース、グリコーゲン及び/又は他の生物源の又は非生物源の炭 水化物又はそれらの混合物を含有する吸着マトリックスを使用する、請求項1か ら4のいずれか1項に記載の方法。 6.吸着マトリックスとして、穀物、豆類、トウモロ コシ、大豆、馬鈴署からの穀粉又はこれらからの成分又はこれらの混合物を使用 する、請求項1から5のいずれか1項に記載の方法。 7.馬鈴薯粉又はこれからの成分を使用する、請求項6に記載の方法。 8.炭水化物を主体とする吸着マトリックスを穀粉からの可溶性成分と一緒に使 用する、請求項1から7のいずれか1項に記載の方法。 9.吸着マトリックスとして、精製された炭水化物及び/又は穀粉からの混合物 を使用する、請求項1から8のいずれか1項に記載の方法。 10.吸着マトリックスとして、セルロース及び馬鈴薯粉からの混合物を使用する 、請求項1から9のいずれか1項に記載の方法。 11.吸着マトリックスを核酸含有試料に対して0.05:1〜100:1の重量 割合で添加する、請求項1から10のいずれか1項に記載の方法。 12.核酸含有試料は、ヒト又は動物の組織、骨髄、体液、植物、植物部分及び植 物エキス、菌類、微生物、化石化又はミイラ化された試料、土壌試料、沈殿汚泥 、廃水、糞尿及び食料品に由来する、請求項1から13のいずれか1項に記載の 方法。 13.核酸含有試料は、夾雑物として、核酸を害する又は/及び酵素反応抑制性の 作用を有する物質を含有する、請求項1から12のいずれか1項に記載の方 法。 14.核酸含有試料は、夾雑物として、ヘモグロビンの分解生成物又は/及び胆汁 酸又はその塩又は/及び植物又は動物由来の分解生成物を含有する、請求項1か ら13のいずれか1項に記載の方法。 15.生物学的物質からの試料を吸着マトリックスの添加の前に、緩衝液中に入れ る、請求項1から14のいずれか1項に記載の方法。 16.生物学的物質からの試料に、直接、吸着マトリックスを添加する、請求項1 から15のいずれか1項に記載の方法。 17.試料を遠心により、真空設定により又は/及び重力を用いて、吸着マトリッ クス上に導く、請求項1から16のいずれか1項に記載の方法。 18.核酸の単離に引き続きその直接分析を行う、請求項1から17のいずれか1 項に記載の方法。 19.単離に引き続き核酸の酵素的操作を行う、請求項1から18のいずれか1項 に記載の方法。 20.酵素的操作は、増幅又は/及び制限切断を包含する、請求項19に記載の方 法。 21.増幅をPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)、LCR(リガーゼ連鎖反応)、N ASBA(核酸塩基特異的増幅)又は3SR(自己支持配列複製)により行う、 請求項20に記載の方法。 22.糞便試料からの核酸を分析、検出又は単離するた めの請求項1から21のいずれか1項に記載の方法の使用。 23.DNA−突然変異の検出のための請求項22に記載の使用。 24.核状の真核性核酸を分析、検出又は単離するための請求項22又は23に記 載の使用。 25.消化管の腫瘍、殊に膵臓−又は腸管腫瘍の診断のための請求項24に記載の 使用。 26.癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子又は/及びマイクロサテライト部分を検査する、 請求項25に記載の使用。 27.動物及び植物の検査のための請求項24に記載の使用。 28.細菌性又はウイルス性核酸の検出のための請求項22に記載の使用。 29.細菌性及びウイルス性感染症の診断のための請求項28に記載の使用。 30.個人の血族関係検査及び法廷同定のための請求項1から21までのいずれか 1項に記載の方法の使用。 31. (a)核酸含有試料の収容のために好適なな緩衝液及び (b)生物学的物質からの夾雑物を結合するための炭水化物を主体とする不溶 性吸着マトリックス を包含している、生物学的物質からの核酸を精製及び安定化するための試薬キ ット。 32.付加的に核酸を更に精製するための薬剤を包含している、請求項31に記載 の試薬キット。 33.核酸を更に精製するための薬剤、無機又は/及び有機の担体及び場合によっ ては溶液、補助物質又は/及び付属品を包含する、請求項32に記載の試薬キッ ト。 34.担体は、多孔性又は非多孔性金属酸化物又は金属混合酸化物、シリカゲル、 ガラス又は石英、ゼオライト又はそれらの混合物を主体とする物質からの無機成 分を含有している、請求項33に記載の試薬キット。 35.担体は、変性されていてもよいラテックス、合成ポリマー又はこれらの混合 物からの有機成分を含有している、請求項33に記載の試薬キット。 36.担体は0.1μm〜1000μmの平均粒径を有する粒子の形で存在する、 請求項33から35のいずれか1項に記載の試薬キット。 37.担体は、2μm〜1000μmの平均寸法の孔を有する、請求項33から3 6のいずれか1項に記載の試薬キット。 38.担体は、粒子、フィルター層、膜、織物、繊維又はフリットの弛るいバラ体 の形で存在する、請求項33から37のいずれか1項に記載の試薬キット。 39.吸着マトリックスがカラム中に充填されている、請求項31から38のいず れか1項に記載の試薬キット。
JP50894597A 1995-08-16 1996-08-14 生物学的物質からの核酸を精製、安定化又は単離する方法 Expired - Lifetime JP4264133B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE19530132A DE19530132C2 (de) 1995-08-16 1995-08-16 Verfahren zur Reinigung, Stabilisierung oder Isolierung von Nukleinsäuren aus biologischen Materialien
DE19530132.3 1995-08-16
PCT/EP1996/003595 WO1997007239A1 (de) 1995-08-16 1996-08-14 Verfahren zur reinigung, stabilisierung oder isolierung von nukleinsäuren aus biologischen materialien

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPH11511020A true JPH11511020A (ja) 1999-09-28
JP4264133B2 JP4264133B2 (ja) 2009-05-13

Family

ID=7769624

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP50894597A Expired - Lifetime JP4264133B2 (ja) 1995-08-16 1996-08-14 生物学的物質からの核酸を精製、安定化又は単離する方法

Country Status (9)

Country Link
US (1) US6084091A (ja)
EP (1) EP0851937B1 (ja)
JP (1) JP4264133B2 (ja)
AT (1) ATE215611T1 (ja)
AU (1) AU712331B2 (ja)
CA (1) CA2228769C (ja)
DE (2) DE19530132C2 (ja)
DK (1) DK0851937T3 (ja)
WO (1) WO1997007239A1 (ja)

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2003521250A (ja) * 2000-02-04 2003-07-15 キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング 阻害物質に富む糞便試料及び他の生物学的材料からの核酸の単離
JP2009011247A (ja) * 2007-07-05 2009-01-22 Sumitomo Bakelite Co Ltd 遺伝子の検出方法
WO2009060847A1 (ja) * 2007-11-05 2009-05-14 Eiken Kagaku Kabushiki Kaisha 核酸増幅用サンプルの調製方法及び調製キット
JP2009247250A (ja) * 2008-04-03 2009-10-29 Canon Inc 血液検体からの微生物核酸の抽出方法
WO2010010914A1 (ja) * 2008-07-23 2010-01-28 オリンパス株式会社 糞便試料からの核酸回収方法、核酸解析方法及び糞便試料処理装置
JP2012235716A (ja) * 2011-05-10 2012-12-06 Eiji Konishi Rna検出用試薬およびrna検出方法
JP2012235743A (ja) * 2011-05-12 2012-12-06 Sumitomo Osaka Cement Co Ltd Rna検出用試薬およびrna検出方法

Families Citing this family (57)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ATE378422T1 (de) * 1996-08-26 2007-11-15 Invitek Biotechnik & Biodesign Verfahren zum nachweis klinisch relevanter veränderungen der dns-sequenz des ki-ras-onkogens,seine verwendung und testkit zur früherkennung von tumoren
US6268136B1 (en) 1997-06-16 2001-07-31 Exact Science Corporation Methods for stool sample preparation
WO1998058081A1 (en) * 1997-06-16 1998-12-23 Exact Laboratories, Inc. Methods for stool sample preparation
US6406857B1 (en) 1997-06-16 2002-06-18 Exact Sciences Corporation Methods for stool sample preparation
US6241980B1 (en) * 1997-11-04 2001-06-05 Becton, Dickinson And Company Sample processing method using ion exchange resin
US7569342B2 (en) 1997-12-10 2009-08-04 Sierra Molecular Corp. Removal of molecular assay interferences
EP0939118A1 (en) * 1998-02-20 1999-09-01 Universiteit Maastricht Method for isolating DNA and RNA from faeces
ES2339725T3 (es) 1998-04-08 2010-05-24 Metabolix, Inc. Metodos para la separacion y purificacion de biopolimeros.
EP1086164B1 (en) 1998-06-09 2006-08-16 Metabolix, Inc. Methods and apparatus for the production of amorphous polymer suspensions
DE19900638C2 (de) * 1999-01-11 2002-12-19 Max Planck Gesellschaft Methode zur Isolierung von DNA aus biologischen Materialien
US6551777B1 (en) 1999-02-25 2003-04-22 Exact Sciences Corporation Methods for preserving DNA integrity
WO2000061808A2 (en) * 1999-04-09 2000-10-19 Exact Laboratories, Inc. Methods for detecting nucleic acids indicative of cancer
US6849403B1 (en) 1999-09-08 2005-02-01 Exact Sciences Corporation Apparatus and method for drug screening
US6586177B1 (en) 1999-09-08 2003-07-01 Exact Sciences Corporation Methods for disease detection
US6383783B1 (en) 1999-09-21 2002-05-07 3M Innovative Properties Company Nucleic acid isolation by adhering to hydrophobic solid phase and removing with nonionic surfactant
US6919174B1 (en) * 1999-12-07 2005-07-19 Exact Sciences Corporation Methods for disease detection
ATE458831T1 (de) 1999-12-07 2010-03-15 Exact Sciences Corp Verfahren zum nachweis von lungenneoplasmen in fäkalen proben
WO2001062976A1 (en) * 2000-02-23 2001-08-30 Wen Shao Rapid nucleic acid separation, isolation and purification methods
GB0015777D0 (en) * 2000-06-28 2000-08-16 Tayside University Hospitals N DNA Extraction
ATE491790T1 (de) * 2001-11-06 2011-01-15 Promega Corp Isolierung und reinigung von nucleinsäuren
GB0130821D0 (en) * 2001-12-24 2002-02-06 Tayside University Hospitals N DNA screening
AU2003213107A1 (en) 2002-02-15 2003-09-09 Exact Sciences Corporation Methods for analysis of molecular events
US7482116B2 (en) 2002-06-07 2009-01-27 Dna Genotek Inc. Compositions and methods for obtaining nucleic acids from sputum
US20040259101A1 (en) * 2003-06-20 2004-12-23 Shuber Anthony P. Methods for disease screening
EP1664295A4 (en) * 2003-09-09 2007-12-05 Fujifilm Corp PROCESS FOR INSULATING AND PURIFYING NUCLEIC ACID
US7638314B2 (en) * 2003-10-02 2009-12-29 Mississippi State University Production of biodiesel and other valuable chemicals from wastewater treatment plant sludges
US20050130177A1 (en) * 2003-12-12 2005-06-16 3M Innovative Properties Company Variable valve apparatus and methods
US20050142571A1 (en) * 2003-12-24 2005-06-30 3M Innovative Properties Company Methods for nucleic acid isolation and kits using solid phase material
US7727710B2 (en) 2003-12-24 2010-06-01 3M Innovative Properties Company Materials, methods, and kits for reducing nonspecific binding of molecules to a surface
US7939249B2 (en) 2003-12-24 2011-05-10 3M Innovative Properties Company Methods for nucleic acid isolation and kits using a microfluidic device and concentration step
KR20060129340A (ko) * 2003-12-30 2006-12-15 시그마-알드리치컴퍼니 효소 소화에 의한 핵산의 신속한 제조
US8426126B2 (en) * 2004-03-18 2013-04-23 Applied Biosystems, Llc Modified surfaces as solid supports for nucleic acid purification
WO2005111244A2 (en) * 2004-05-10 2005-11-24 Exact Sciences Corporation Methods for detecting a mutant nucleic acid
WO2006026654A2 (en) 2004-08-27 2006-03-09 Exact Sciences Corporation Method for detecting a recombinant event
US7195878B2 (en) * 2004-09-30 2007-03-27 Cryo-Genomics Device and method for fecal testing
US9109256B2 (en) 2004-10-27 2015-08-18 Esoterix Genetic Laboratories, Llc Method for monitoring disease progression or recurrence
US9777314B2 (en) * 2005-04-21 2017-10-03 Esoterix Genetic Laboratories, Llc Analysis of heterogeneous nucleic acid samples
JP4819427B2 (ja) 2005-07-15 2011-11-24 株式会社リコー 画像形成装置、画像形成方法、及びプロセスカートリッジ
JP4590344B2 (ja) 2005-11-21 2010-12-01 株式会社リコー 静電潜像担持体及びそれを用いた画像形成装置、プロセスカートリッジ及び画像形成方法
US10125388B2 (en) 2007-10-31 2018-11-13 Akonni Biosystems, Inc. Integrated sample processing system
US20090111193A1 (en) * 2007-10-31 2009-04-30 Cooney Christopher G Sample preparation device
US9428746B2 (en) 2007-10-31 2016-08-30 Akonni Biosystems, Inc. Method and kit for purifying nucleic acids
US7759112B2 (en) * 2007-10-31 2010-07-20 Akonni Biosystems, Inc. Apparatus, system, and method for purifying nucleic acids
WO2010028382A2 (en) * 2008-09-05 2010-03-11 Mayo Foundation For Medical Education And Research Collecting and processing complex macromolecular mixtures
WO2010134245A1 (ja) * 2009-05-20 2010-11-25 オリンパス株式会社 哺乳細胞由来核酸の回収方法、核酸解析方法、及び採便用キット
US8039613B2 (en) 2009-08-28 2011-10-18 Promega Corporation Methods of purifying a nucleic acid and formulation and kit for use in performing such methods
US8222397B2 (en) * 2009-08-28 2012-07-17 Promega Corporation Methods of optimal purification of nucleic acids and kit for use in performing such methods
HUE034870T2 (hu) 2010-01-07 2018-03-28 Bigtec Private Ltd Eljárás nukleinsavak izolációjára és ennek készlete
EP2721140B1 (en) 2011-06-19 2016-11-23 Abogen, Inc. Devices, solutions and methods for sample collection
US10308929B2 (en) * 2011-09-06 2019-06-04 North-West University Method of preparing biological material
US9234875B2 (en) 2011-11-04 2016-01-12 Bio-Rad Laboratories, Inc. Simultaneous purification of cell components
US9766207B2 (en) 2011-11-04 2017-09-19 Bio-Rad Laboratories, Inc. Affinity methods and compositions employing electronic control of pH
CN104254390B (zh) 2012-02-15 2017-05-10 生物辐射实验室股份有限公司 pH和离子强度的电子控制
US9321012B2 (en) 2012-04-04 2016-04-26 Bio-Rad Laboratories, Inc. Electronic protein fractionation
DK3114225T3 (da) 2014-03-07 2021-07-26 Dna Genotek Inc Sammensætning og fremgangsmåde til stabilisering af nukleinsyrer i biologiske prøver
CN108368539A (zh) 2015-09-10 2018-08-03 生命技术公司 环境或生物样本中的核酸纯化
CN113832141B (zh) * 2021-09-30 2024-03-08 苏州唯善生物科技有限公司 粪便人源基因组dna特异性纯化方法及试剂盒

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0189280A3 (en) * 1985-01-23 1987-01-07 Dekalb-Pfizer Genetics Qualitative testing for nucleic acid
NL8900725A (nl) * 1989-03-23 1990-10-16 Az Univ Amsterdam Werkwijze en combinatie van middelen voor het isoleren van nucleinezuur.
US5334499A (en) * 1989-04-17 1994-08-02 Eastman Kodak Company Methods of extracting, amplifying and detecting a nucleic acid from whole blood or PBMC fraction
ES2210239T3 (es) * 1992-04-01 2004-07-01 The Johns Hopkins University School Of Medicine Metodo para detectar acidos nucleicos de mamiferos aislados en heces y reactivos para el mismo.
CA2137690A1 (en) * 1992-06-12 1993-12-23 Thomas B. Ryder Preparation of nucleic acid from blood

Cited By (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2003521250A (ja) * 2000-02-04 2003-07-15 キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング 阻害物質に富む糞便試料及び他の生物学的材料からの核酸の単離
JP4776133B2 (ja) * 2000-02-04 2011-09-21 キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング 阻害物質に富む糞便試料及び他の生物学的材料からの核酸の単離
JP2009011247A (ja) * 2007-07-05 2009-01-22 Sumitomo Bakelite Co Ltd 遺伝子の検出方法
WO2009060847A1 (ja) * 2007-11-05 2009-05-14 Eiken Kagaku Kabushiki Kaisha 核酸増幅用サンプルの調製方法及び調製キット
US9347055B2 (en) 2007-11-05 2016-05-24 Eiken Kagaku Kabushiki Kaisha Method and kit for preparation of sample for use in nucleic acid amplification
JP2009247250A (ja) * 2008-04-03 2009-10-29 Canon Inc 血液検体からの微生物核酸の抽出方法
WO2010010914A1 (ja) * 2008-07-23 2010-01-28 オリンパス株式会社 糞便試料からの核酸回収方法、核酸解析方法及び糞便試料処理装置
JP2012235716A (ja) * 2011-05-10 2012-12-06 Eiji Konishi Rna検出用試薬およびrna検出方法
JP2012235743A (ja) * 2011-05-12 2012-12-06 Sumitomo Osaka Cement Co Ltd Rna検出用試薬およびrna検出方法

Also Published As

Publication number Publication date
DE59609027D1 (de) 2002-05-08
JP4264133B2 (ja) 2009-05-13
CA2228769C (en) 2011-04-12
WO1997007239A1 (de) 1997-02-27
AU6821696A (en) 1997-03-12
EP0851937B1 (de) 2002-04-03
DE19530132A1 (de) 1997-02-20
US6084091A (en) 2000-07-04
EP0851937A1 (de) 1998-07-08
ATE215611T1 (de) 2002-04-15
AU712331B2 (en) 1999-11-04
DE19530132C2 (de) 1998-07-16
DK0851937T3 (da) 2002-06-24
CA2228769A1 (en) 1997-02-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP4264133B2 (ja) 生物学的物質からの核酸を精製、安定化又は単離する方法
US6992182B1 (en) Method for isolating DNA from biological materials
JP4776133B2 (ja) 阻害物質に富む糞便試料及び他の生物学的材料からの核酸の単離
US10731146B2 (en) Purification of nucleic acid from environmental or biological samples
AU774214B2 (en) Methods for stool sample preparation
JPH10501246A (ja) 極度に少量でかつ非常に強く汚染された非常に種々の出発物質から核酸を単離および精製する一般的方法
US8574890B2 (en) Nucleic acid extraction from complex matrices
CN108410951A (zh) 一种新的核酸提取试剂及其应用
US20120171728A1 (en) Process for amplifying dna using tetratethylene glycol, kit of parts therefor and use thereof
JP4471659B2 (ja) 直接核酸増幅法
KR101912488B1 (ko) 분자 검출 분석법
WO2021026414A1 (en) Selective enrichment
CN116287144B (zh) 核酸检测系统、装置和方法
Zaorska et al. Multiplexed SNP Typing of DNA after Demineralization and Organic Extraction from a Bone
WO2012014694A1 (ja) 糞便由来核酸の合成方法
CN114041188A (zh) 用于检测粪便样品中的幽门螺杆菌水平的方法
JP2023536085A (ja) スルホン化dnaの精製

Legal Events

Date Code Title Description
A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20060328

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20060621

A602 Written permission of extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602

Effective date: 20060807

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20060927

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20080603

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20080822

A602 Written permission of extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602

Effective date: 20080929

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20081001

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20081008

A602 Written permission of extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602

Effective date: 20081110

A602 Written permission of extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602

Effective date: 20081121

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20090127

A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20090216

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20120220

Year of fee payment: 3

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130220

Year of fee payment: 4

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130220

Year of fee payment: 4

FPAY Renewal fee payment (event date is renewal date of database)

Free format text: PAYMENT UNTIL: 20140220

Year of fee payment: 5

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

EXPY Cancellation because of completion of term