JPH11509733A - 植物における遺伝子発現調節のための組成物および方法 - Google Patents

植物における遺伝子発現調節のための組成物および方法

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リボザイム・ファーマシューティカルズ・インコーポレーテッド
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Abstract

(57)【要約】 RNA切断活性を有する酵素的核酸分子であって、前記核酸分子は、植物において遺伝子の発現を調節する。RNA切断活性を有する酵素的核酸分子をコードする核酸を含むトランスジェニック植物であって、前記核酸分子は前記植物において遺伝子の発現を調節する。

Description

【発明の詳細な説明】 植物における遺伝子発現調節のための組成物および方法関連出願 本出願は1)”デンプン顆粒結合グルコースデンプングリコシルトランスフェ ラーゼ活性欠乏トランスジェニック植物製造法”と題し、U.S.S.N.08 /300,726として1994年9月2日に出願されたEdingtonによ る仮ではない出願;および2)”植物における脂肪酸飽和プロファイル改変のた めの組成物および方法”と題し、U.S.S.N.60/001,135として 1995年7月13日に出願されたZwickらによる仮出願の一部継続出願で ある。これらの出願の両方とも、図を含む全文のまま本明細書において援用され る。技術分野 本発明は植物における遺伝子発現調節のための、特に酵素的核酸分子を用いる 組成物および方法に関する。背景技術 以下の説明は植物における遺伝子発現制御の簡単な説明である。議論は完全な ものではなく、以下の発明の理解のために提供されているだけである。この要約 は、以下に記載された研究は請求された発明の先行技術であることを承認するも のではない。 植物において遺伝子発現を調節する種々の方法が存在する。伝統的には、アン チセンスRNA(Bourque,1995 Plant Sci 105,1 25−149に概説されている)および共抑制(Jorgensen,1995Science 268,686−691に概説されている)法が遺伝子発現を 調節するために使用されてきた。遺伝子の挿入突然変異誘発は遺伝子発現を沈黙 させるためにも使用されてきた。しかしながら、この方法は問題とする遺伝子を 特異的に不活性化するようには設計できない。出願者はリボザイム技術は植物に おける遺伝子発現を変える魅力的な手段を提供することを信じている。 天然に存在するアンチセンスRNAは10年以上も前に細菌において最初に発 見された(Simons and Kleckner,1983 Cell 3 4,683−691)。それは細菌がそれらの遺伝子発現を調節できるただ一つ の方法と考えられている(Green et al.,1986 Ann.Re v.Biochem .55:567−597;Simons 1988 Gen 72:35−44)。遺伝子発現のアンチセンス媒介阻害の最初の例は哺乳 類細胞において報告されている(Izant and Weintraub 1 984 Cell 36:1007−1015)。文献には植物における遺伝子 発現を調節するためにアンチセンスRNAを使用した多くの例がある。以下はそ の2,3の例である: Shewmaker et.al.,米国特許第5,107,065および5 ,453,566号はアンチセンスRNAを用いた植物における遺伝子発現を制 御するための方法を開示している。 植物において発現されたアンチセンス遺伝子は優性抑制遺伝子として働くこと が示されている。ジャガイモまたはカッサバ顆粒結合デンプン合成酵素(GBS S)に対してアンチセンスであるRNAを発現するトランスジェニックジャガイ モが産生されている。。これら両方の場合において、GBSS活性またはタンパ ク質が減少したまたはないトランスジェニック植物が構築されている。これらの トランスジェニック植物は、劇的に減少したアミローゼレベルを持つデンプンを 含むジャガイモのもととなる(Visser et al 1991,Mol. Gen.Genet .225:2889−296;Salehuzzaman et al.1993,Plant Mol.Biol.23:947−962 )。 Kull et al.,1995,J.Genet.& Breed 49 ,69−75は顆粒結合デンプン合成酵素(GBSS)遺伝子のアンチセンス配 列の発現により仲介されるトランスジェニックジャガイモ株からの塊茎中のアミ ローゼ生合成の阻害を報告している。しかしながら、筆者はGBSS RNAを 標的としたリボザイムのインビボ活性の観察には失敗したことが示されている。 キャノーラのΔ−9デサチュラーゼ酵素に対して標的化されたアンチセンスR NA構築物はステアリン酸(C18:0)のレベルを2%から40%増加させる ことが示されている(Knutzon et. al.,1992 Proc. Natl.Acad.Sci .89,2624)。一つの高ステアリン酸株にお いて、総油含量または発芽効率の減少はなかった。改良された油組成を持つ植物 の有用性を示したいくつかの最近の総説が入手可能である(Ohlrogge, J.B.1994 Plant Physiol.104,821;Kinne y,A.J.1994 Curr.Opin.Cell Biol.5,144 ;Gibson et al.1994 Plant Cell Envir. 17,627)。 相同的導入遺伝子不活性化は、導入遺伝子をセンス配向で挿入すると遺伝子お よび導入遺伝子の両方がダウンレギュレートされることが見いだされたという予 期されなかった結果として植物において最初に示されている(Napoli e t al.,1990 Plant Cell 2:279−289)。相同的 遺伝子配列の不活性化には少なくとも二つの機構が存在するようである。一つは メチル化を経る転写不活性化であるようであり、複製されたDNA領域が遺伝子 沈黙のための内在性機構に信号を送る。遺伝子活性調節のこの方法には、導入遺 伝子の多数のコピーの導入または問題とする遺伝子に相同的である導入遺伝子を 持つ植物の形質転換が含まれる(Ronchi et al,1995 EMB O J .14:5318−5328)。共抑制の他の機構は転写後であり、遺伝 子および導入遺伝子両方からの発現を合わせたレベルにより転写体が高レベルで 産生すると考えられ、それが両方のメッセージの閾値誘導分解の引き金になる( van Bokland et al,1994 Plant J.6:861 −877)。共抑制の正確な分子論的基礎は知られていない。 あいにく、アンチセンスおよび共抑制技術の両方とも所望特性の遺伝力におい て困った問題を起こしやすい(Finnegan and McElroy 1 994 Bio/Tcchnology 12:883−888)。現在、植物 においてDNAレベルで問題とする遺伝子を特異的に不活性化する簡単な方法は 存在しない(Pazkowski et al,1988 EMBO J.7: 4021−4026)。トランスポゾン突然変異誘発は不十分であり安定な事柄 ではなく、一方化学的突然変異誘発は特異的ではない。 リボザイムは魅力的な代替物であり、それらの作用の触媒機構のため、競合す る技術よりも利点を持っていると信じられる。しかしながら、植物系における遺 伝子発現の調節においてリボザイムの有効性を示すのは困難である(Mazzo lini et al.,1992 Plant Mol.Biol.20:7 15−731;Kull et al.,1995 J.Genet.& Br eed 49:69−76)。植物細胞でのリボザイム活性の文献が報告されて いるが、これらのほとんどは一過性アッセイでのレポーター遺伝子のような、内 因的に導入された遺伝子のダウンレギュレーションである(Steinecke et al.,1992 EMBO J.11:1525−1530; Pe rriman et al.,1993 Antisense Res.Dev .3:253−263;Perriman et al.,1995,Proc .Natl.Acad.Sci.USA ,92,6165)。 ウイルス複製、ウイルス遺伝子および/またはレポーター遺伝子の発現を調節 するためにハンマーヘッドリボザイムを用いることを提案しているいくつかの論 文もある[例えば、Lamb and Hay,1990,J.Gen.Vir ol .71,2257−2264;Gerlach et al.,国際PCT 出願番号WO91/13994;Xu et al.,1992,Scienc e in China(Ser.B) 35,1434−1443;Edingt on and Nelson,1992,Gene Regulation: Biology of antisense RNA and DNA ,R.P .EricksonおよびJ.G.Izant編,pp209−221,Rav cn Press,NY.;Atkins et al.,国際PCT出願番号 WO94/00012;Lenee et al.,国際PCT出願番号WO9 4/19476およびWO/9503404,Atkins et al,19 95,J.Gen.Virol.76,1781−1790;Gruber e t al.,1994,J.Cell.Biochem.Suppl.18A, 110(X1−406)およびFeyter et al.,1996,Mol .Gen.Genet .250,329−338]。これらの報告のいずれも植 物遺伝 子の発現を調節するためのリボザイムの使用については報告していない。 Mazzolini et al.,1992,Plant.Mol.Bio .20,715−731;Steinecke et al.,1992,EM BO.J .11,1525−1530;Perriman et al.,19 95,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.,92,6175−6 179;Wegener et al.,1994,Mol.Gen.Gene .245,465−470;およびSteinecke et al.,19 94,Gene,149,47−54は植物細胞におけるレポーター遺伝子の発 現を阻害するためのハンマーヘッドリボザイムの使用を記載している。 Bennett and Cullimore,1992 Nucleic Acids Res .20,831−837はファセオラス ブルガリスのグル タミン合成酵素をコードしているglnaglnbglng、およびgln RNAのハンマーヘッドリボザイム媒介インビトロ切断を示している。 Hitz et al.,(WO 91/18985)は植物油組成を改変す るため、ダイズΔ−9デサチュラーゼ酵素を用いる方法を記載している。その明 細書は他の種からΔ−9デサチュラーゼを分離するためのダイズΔ−9デサチュ ラーゼ配列の使用を記載している。 上に引用した参照文献はトウモロコシ中のリボザイムの使用を開示および/ま たは意図していないことによりここに請求される発明とは全く異なっている。さ らに、参照文献は植物細胞、いうまでもなく植物中の遺伝子をダウンレギュレー トためのリボザイムの使用を開示および/または可能にしていないと信じられる 。発明の要約 本発明は植物における遺伝子発現調節(特に酵素的核酸分子を用いる)を特色 としている。好適には、遺伝子は内在性遺伝子である。RNA切断活性を持つ酵 素的核酸分子はハンマーヘッド、ヘアピン、肝炎デルタウイルス、グループIイ ントロン、グループIIイントロン、RNaseP RNA、ニューロスポラVS RNAなどの形であるであろうが、それらに制限されるわけではない。RNA 切断活性を持つ酵素的核酸分子はモノマーまたはマルチマーとしてコードされて いる であろうが、好適にはマルチマーである。RNA切断活性を持つ酵素的核酸分子 をコードしている核酸は読み取り枠に機能するように連結されているであろう。 任意の植物種における遺伝子発現は、植物をRNA切断活性を持つ酵素的核酸分 子をコードしている核酸での形質転換により改変されるであろう。植物を形質転 換するための多くの技術が存在する:そのような技術にはアグロバクテリウムに よる形質転換、マイクロプロジェクタイル被覆DNAによるボンバーディング、 ウィスカーまたはエレクトロポレーションが含まれるが、それらに制限されるわ けではない。任意の標的遺伝子がRNA切断活性を持つ酵素的核酸分子をコード している核酸で修飾される。ここに例示されている二つの標的はデルタ9デサチ ュラーゼおよび顆粒結合デンプン合成酵素(GBSS)である。 本発明の発見までは、酵素的核酸(リボザイム)のような核酸に基づく試薬は 単子葉植物のような(例えば、トウモロコシ)植物における遺伝子発現を調節お よび/または阻害することは示されていない。リボザイムは例えば、生化学的経 路に含まれている酵素の活性を調節することにより、植物細胞の特異的特性の調 節に使用できる。いくつかの例においては、特定に遺伝子の発現を完全になくす よりも発現のレベルを減少させることが望ましいであろう:リボザイムはこのこ とを達成するために使用できる。酵素的核酸に基づく技術は改変された表現型を 持つ植物細胞、植物組織または植物を発生させるための遺伝子発現の直接調節を 可能にするためにここに開発された。 リボザイム(すなわち、酵素的核酸)はヌクレオチド塩基配列特異的様式で他 の独立したRNA分子を繰り返して切断できる酵素活性を持った核酸分子である 。そのような酵素的RNA分子は実質的に任意のRNA転写体を標的とすること ができ、インビトロおよびインビボで効率的な切断が達成されている(Zaug et al.,1986,Nature 324,429;Kim et a l.,1987,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84,87 88;Dreyfus,1988,Einstein Quarterly J .Bio.Med .6,92;Hascloff and Gerlach,1 988,Nature 334,585;Cech,1988,JAMA 26 0,3030;Murphy and Cech,1989,Proc.Nat l.Ac ad.Sci.USA .,86,9218;Jefferies et al. ,1989,Nucleic Acids Research 17,1371 )。 それらの配列特異性のため、トランス切断リボザイムは植物、動物およびヒト を含む種々の生物体での遺伝子発現を調節するための有効な道具として使用され る(Bennett et al.,上記文献;Edington et al .,上記文献;Usman & McSwiggen,1995 Ann.Re p.Med.Chem .30,285−294;Christoffersen and Marr,1995 J.Med.Chem.38,2023−20 37)。リボザイムは細胞RNAの背景の中で特異的RNA標的を切断するよう に設計できる。そのような切断はmRNAを非機能性とし、そのRNAからのタ ンパク質発現を無効にする。このようにして、特定の表現型および/または疾患 状態に付随するタンパク質の合成が選択的に阻害される。 本発明の他の特色および利点は、以下のその好適な態様の説明および請求の範 囲から明らかになるであろう。図の簡単な説明 図1は本分野で知られているハンマーヘッドリボザイムドメインの図的表現で ある。ステムIIは≧2塩基対長であろう。各々のNは任意のヌクレオチドであり 、各々の・は塩基対を表している。 図2は本分野で知られているハンマーヘッドリボザイムドメインの図的表現で ある;図2bはUhlenbeck(1987,Nature,327,596 −600)により基質および酵素部分に分割されたハンマーヘッドリボザイムの 図的表現であり;図2cはGerlach(1988,Nature,334, 585−591)により二つの部分へ分割されたハンマーヘッドを示している同 様の図であり;および図2dはJeffriesおよびSymons(1989 ,Nucl.Acids Res.,17,1371−1371)により二つの 部分へ分割されたハンマーヘッドを示している同様の図である。 図3はヘアピンリボザイムの一般構造の図的表現である。ヘリックス2(H2 )は最小の4塩基対(すなわち、nは1、2、3または4である)で提供され、 ヘ リックス5は随意に2またはそれ以上の塩基長(好適には3−20塩基、すなわ ちmは1−20またはそれ以上である)で提供されるかもしれない。ヘリックス 2およびヘリックス5は一つまたはそれ以上の塩基(すなわち、r≧1塩基)に より共有結合で連結されているであろう。ヘリックス1、4または5はリボザイ ム構造を安定化させるために二つまたはそれ以上の塩基対により伸長させてもよ く、好適にはタンパク質結合部位である。各々の例において、各々のNおよびN ’は独立して任意の正常または修飾塩基であり、各々のダッシュは可能性のある 塩基対形成相互作用を表している。これらのヌクレオチドは糖、塩基またはリン 酸が修飾されていてもよい。ヘリックスにおいては完全な塩基対形成は必要とは されないが、望ましくはある。ヘリックス1および4は、いくつかの塩基対形成 が維持される限りはどのようなサイズでもよい(すなわち、oおよびpは各々独 立して0から任意の数である、例えば、20)。必須塩基は構造中で特別の塩基 として示されているが、当業者は有意な影響を与えること無く一つまたはそれ以 上が化学的に修飾(非核酸、塩基、糖および/またはリン酸修飾)または別の塩 基で置換されることを認識するであろう。ヘリックス4は二つの別々の分子から 形成できる(すなわち結合ループなしで)。結合ループは、もしあるならば、塩 基、糖またはリン酸への修飾を持つまたは持たないリボヌクレオチドであろう。 ”q”は≧2塩基である。結合ループは非ヌクレオチド連結分子で置き換えるこ ともできる。Hは塩基A、UまたはCを意味する。Yはピリミジン塩基を意味し ている。”−”は共有結合を意味している。 図4は本分野で知られている肝炎Δウイルスリボザイムドメインの一般構造を 表している。 図5は自己切断VS RNAリボザイムドメインの一般構造を表している。 図6はRNaseH到達度アッセイの模式的表現である。特に、図6の左側は 標的RNA上の到達部位へ結合する相補的DNAオリゴヌクレオチドの図である 。相補的DNAオリゴヌクレオチドはA、BおよびCとラベルされた太線で示さ れている。標的RNAは細い、ねじれた線で示されている。図6の右側は切断を 行った標的RNAからの非切断標的RNAのゲル分離の図である。標的RNAの 検出は本体標識T7転写体のオートラジオグラフィーにより行った。各々のレー ン に共通のバンドは非切断標的RNAを示している;各々のレーンに独特なバンド は切断生成物を示している。 図7はGBSS RNAのRNaseH到達度のグラフ表現である。 図8は異なった温度でのリボザイムによるGBSS RNA切断のグラフ表現 である。 図9は多リボザイムによるGBSS RNA切断のグラフ表現である。 図10はゼア マイスから単離されたΔ−9デサチュラーゼcDNAのヌクレ オチド配列を掲げている。 図11および12は植物における脂肪酸生合成の図による表現である。図11 はGibson et.al.,1994,Plant Cell Envir .17,627を修正したものである。 図13および14はΔ−9デサチュラーゼRNAのRNaseH到達度のグラ フ表現である。 図15はインビトロでのリボザイムによるΔ−9デサチュラーゼの切断を示し ている。10/10はハンマーヘッド(HH)リボザイムの結合アームの長さを 示している。10/10はヘリックス1およびヘリックス3が各々標的RNA( 図1)と10塩基対を形成している。4/6および6/6はヘアピンリボザイム およびその標的間のヘリックス2/ヘリックス1相互作用を示している。4/6 はヘアピン(HP)リボザイムが標的と4塩基対形成ヘリックス2および6塩基 対形成ヘリックス1複合体を形成することを意味している(図3参照)。6/6 はヘアピンリボザイムが標的と6塩基対形成ヘリックス2および6塩基対形成ヘ リックス1複合体を形成することを意味している。切断反応は26℃で120分 実施された。 図16はインビトロでのHHおよびHPリボザイムの活性に対するアーム長変 化の影響を示している。7/7、10/10および12/12は本質的にHHリ ボザイムで説明した通りである。6/6、6/8、6/12はヘアピンリボザイ ムに対してヘリックス長を変化させ、ヘリックス2では一定(6bp)であるこ とを示している。切断反応は本質的に前に説明したように実施された。 図17、18、19および23はΔ−9デサチュラーゼRNA内の種々の部位 を標的とする多リボザイムモチーフ(同じでも異なっていてもよい)を含む転写 体を構築するための非制限的方法の図的表現である。 図20および21はバクテリオファージT7RNAポリメラーゼ酵素を用いて DNA鋳型から転写されたリボザイムによるΔ−9デサチュラーゼRNAのイン ビトロ切断を示している。 図22はGBSS RNA内の種々の部位を標的とする多リボザイムモチーフ (同じでも異なっていてもよい)を含む転写体を構築するための非制限的方法の 図的表現である。 図24はリボザイムによるΔ−9デサチュラーゼRNAの切断を示している。 453マルチマーはハンマーヘッドリボザイム部位453、464、475およ び484に対して標的化された多リボザイム構築物を表している。252マルチ マーはハンマーヘッドリボザイム部位252、271、313および326に対 して標的化された多リボザイム構築物を表している。238マルチマーは三つの ハンマーヘッドリボザイム部位252、259および326および一つのヘアピ ンリボザイム部位238(HP)に対して標的化された多リボザイム構築物を表 している。259マルチマーは二つのハンマーヘッドリボザイム部位271およ び313および一つのヘアピンリボザイム部位259(HP)に対して標的化さ れた多リボザイム構築物を表している。 図25はリボザイムを持たない対照(C、F,I、J,N、P,Q)および活 性リボザイムRPA63形質転換体(AA、DD、EE、FF、GG、HH、J J,KK)のGBSS mRNAレベルを示している。 図26は非形質転換植物(NT)、85−06高ステアリン酸植物(1、3、 5、8、12、14)および形質転換(不適切リボザイム)対照植物(RPA6 3−33、RPA63−51,RPA63−65)におけるΔ−9デサチュラー ゼmRNAレベルを示している。 図27は非形質転換植物(NTO)、85−15高ステアリン酸植物(01、 06、07、10、11、12)および85−15正常ステアリン酸植物(02 、05、09、14)におけるΔ−9デサチュラーゼmRNAレベルを示してい る。 図28は非形質転換植物(NTY)、113−06不活性リボザイム植物(0 2、04、07、10、11)におけるΔ−9デサチュラーゼmRNAレベルを 示している。 図29aおよび29bはトウモロコシ葉(R0)におけるΔ−9デサチュラー ゼタンパク質レベルを示している。(a)株HiII、非形質転換植物a−eおよ びリボザイム不活性株RPA113−17(植物1−6)。(b)リボザイム活 性株RPA−85−15、植物1−15。 図30はRPA−85−06植物の葉中のステアリン酸を示している。 図31は3回のアッセイの結果であるRPA−85−15植物の葉中のステア リン酸を示している。 図32はRPA113−06植物の葉中のステアリン酸を示している。 図33はRPA113−17植物の葉中のステアリン酸を示している。 図34は対照植物の葉中のステアリン酸を示している。 図35は高ステアリン酸植物交雑(RPA85−15.07自己)からのR1 植物の葉ステアリン酸を示している。 図36は次世代トウモロコシ葉中のΔ−9デサチュラーゼレベルを示している 。*はこれらの植物が高ステアリン酸含量を示したことを表している。 図37はアンチセンスΔ−9デサチュラーゼで形質転換された培養物(308 /430−012)の個々の体細胞胚中のステアリン酸を示している。 図38はアンチセンスΔ−9デサチュラーゼで形質転換された培養物(308 /430−015)の個々の体細胞胚中のステアリン酸を示している。 図39はアンチセンスΔ−9デサチュラーゼで形質転換された培養物(308 /430−012)から再生された植物の個々の葉中のステアリン酸を示してい る。 図40は非形質転換対照株(Q806およびアンチセンス株308/425− 12.2.1)の単一殻粒中のアミロース含量を示している。 図41はサザン陰性株(RPA63−0306)およびサザン陽性株(RPA 63−0218)の単一仁中のGBSS活性を示している。 図42は本発明の酵素的核酸を発現するための使用できる形質転換ベクターを 示している。発明の詳細な説明 本発明は、特に酵素的核酸分子を用いる植物の遺伝子発現を調節するための組 成物および方法に関している。 以下の句および用語は下記のように定義される: ”阻害する”または”調節する”とはGBSSおよびΔ−9デサチュラーゼの ような酵素の活性またはこれらの遺伝子によりコードされているmRNAのレベ ルが、酵素的核酸の不在で観察されるよりも低く、および好適にはmRNAの同 一部位へ結合できるがそのRNAを切断できない不活性RNA分子の存在下で観 察されるレベルよりも低く減少させられることを意味している。 ”酵素的核酸分子”とは特定された遺伝子標的への基質結合領域と相補的であ り、その標的を特異的に切断する活性を示す酵素活性も持っている核酸分子を意 味している。すなわち、酵素的核酸分子は分子内部的にRNA(またはDNA) を切断でき、それにより標的RNA分子を不活性化する。この相補性が標的RN Aへの酵素的核酸分子の十分なハイブリダイゼーションを可能にするように機能 し、切断を可能にする。100パーセント相補性が望ましいが、50−75%程 度の低い相補性でも本発明においては有用であろう。核酸は塩基、糖および/ま たはリン酸基が修飾されていてもよい。用語酵素的核酸はリボザイム、触媒的R NA、酵素的RNA、触媒的DNA、ヌクレオザイム、DNAzyme、RNA 酵素、RNAzyme、ポリリボザイム、分子ハサミ、自己スプライシングRN A、自己切断RNA、シスー切断RNA、自己分解RNA、エンドリボヌクレア ーゼ、ミニザイム、リードザイムまたはDNA酵素と相互交換可能的に使用され る。本用語は一つまたはそれ以上のリボヌクレオチドを含むおよび以下に記載さ れるような多数の他の型のヌクレオチドまたは偽塩基残基を含むであろう酵素的 RNA分子を包含している。 ”相補性”とは古典的ワトソンークリックまたは非古典的型(例えば、フーグ スティーン型)の塩基対相互作用により他のRNA配列と水素結合を形成できる 核酸を意味している。 ”ベクター”とは所望の核酸を送達および/または発現するために使用される 核酸および/またはウイルスに基づいた技術を意味している。 ”遺伝子”とはRNAをコードしている核酸を意味している。 ”植物遺伝子”とは植物によりコードされている遺伝子を意味している。 ”内在性”遺伝子とは植物細胞においてゲノム内の天然の位置に通常観察され る遺伝子を意味している。 ”外来”または”非相同”遺伝子とは宿主植物細胞には通常観察されず、標準 遺伝子導入技術により導入された遺伝子を意味している。 ”核酸”とは一本鎖または二本鎖で、糖、リン酸およびプリンまたはピリミジ ン塩基(同じでも異なっていてもよく、および修飾されていても修飾されていな くてもよい)を含むヌクレオチドから成る分子を意味している。 ”ゲノム”とは生物体の細胞および/またはウイルスに含まれている遺伝物質 を意味している。 ”mRNA”とは細胞によりタンパク質に翻訳されるであろうRNAを意味し ている。 ”cDNA”とはmRNAと相補的であり、mRNAから誘導されるDNAを 意味している。 ”dsDNA”とは二本鎖cDNAを意味している。 ”センス”RNAとはmRNA配列を含むRNA転写体を意味している。 ”アンチセンス”RNAとは標的RNAおよび/またはmRNAの全部または 一部と相補的な配列を含み、一次転写体および/またはmRNAの加工、輸送お よび/または翻訳を妨害することにより標的遺伝子の発現を阻害するRNA転写 体を意味している。相補性は標的RNAの任意の部分、すなわち、5’非コード 配列、3’非コード配列、イントロンまたはコード配列に存在してもよい。アン チセンスRNAは通常センスRNAの鏡像体である。 本明細書で使用される場合、”発現”とは植物細胞内部での酵素的核酸分子、 mRNAおよび/またはアンチセンスRNA、の転写および安定な蓄積を意味し ている。遺伝子の発現には遺伝子の転写およびmRNAの前駆または成熟タンパ ク質への翻訳が含まれる。 ”共抑制”とは遺伝子と実質的に相同的である外来遺伝子の発現を意味し、植 物細胞中では外来および/または内在性タンパク質生成物の活性の減少が起きる 。 ”改変されたレベル”とはトランスジェニック生物体の遺伝子産物の製造レベ ルが非トランスジェニック生物体のレベルと異なっていることを意味している。 ”プロモーター”とは遺伝子の発現を制御する遺伝子内のヌクレオチド配列要 素を意味している。プロモーター配列は効率のよい転写に必要とされるRNAポ リメラーゼおよび他の転写因子を認識する。種々の起源のプロモーターが、リボ ザイムを発現するために植物細胞中で効率よく使用できる。例えば、オクトピン 合成酵素プロモーター、ノパリン合成酵素プロモーター、マノピン合成酵素プロ モーターのような細菌起源のプロモーター;カリフラワーモザイクウイルス(3 5S)のようなウイルス起源のプロモーター;リブロース−1,6−ビホスフェ ート(RUBP)、カルボキシラーゼスモールサブユニット(ssu)のような 植物プロモーター、ベーターコングリシニンプロモーター、ファセオリンプロモ ーター、ADHプロモーター、熱ショックプロモーターおよび組織特異性プロモ ーター。プロモーターは転写効率を改良するある種のエンハンサー要素も含んで いるであろう。 ”エンハンサー”とはプロモーター活性を刺激できるヌクレオチド配列要素を 意味している(Adh)。 ”構成的プロモーター”とはすべての細胞型においておよびすべての時に連続 的遺伝子発現を起こさせるプロモーター要素を意味している(アクチン、ユビキ チン、CaMV 35S)。 ”組織特異的”プロモーターとは葉または種のような特定の細胞または組織型 において遺伝子発現に関与するプロモーター要素を意味している(ゼイン、オレ オシン、ナピン、ACP)。 ”分化特異的”プロモーターとは初期または後期胚発生のような特定の植物分 化段階で遺伝子発現に関与するプロモーター要素を意味している。 ”誘導可能プロモーター”とは物理的刺激(熱ショック遺伝子);光(RUB Pカルボキシラーゼ);ホルモン(Em);代謝物およびストレスのような特異 的信号に応答した遺伝子発現に関与するプロモーター要素を意味している。 ”植物”とは真核生物および原核生物両方の光合成生物体を意味している。 ”被子植物”とは子房で包まれた種を持つ植物を意味している(例えば、コー ヒー、タバコ、ソラマメ、エンドウ)。 ”裸子植物”とは子房で包まれていずにさらされた種を持つ植物を意味してい る(例えば、マツ、トウヒ)。 ”単子葉植物”とはただ一つの子葉(胚の最初の葉)の存在により特徴付けら れる植物を意味している。例えば、トウモロコシ、小麦、米その他。 ”双子葉植物”とは二つの子葉(胚の最初の葉)を持つ種を産生する植物を意 味している。例えば、コーヒー、キャノーラ、エンドウその他。 ”トランスジェニック植物”とは外来遺伝子を発現している植物を意味してい る。 ”読み取り枠”とは定義された翻訳開始および終止領域を持ち、アミノ酸配列 をコードしているイントロンなしのヌクレオチド配列を意味している。 本発明は所望の標的のRNAに高い特異性を示す一群の酵素的切断剤を製造す る方法を提供する。酵素的核酸分子は特異的遺伝子阻害が達成できるように標的 の特異的配列領域へ標的化されているであろう。もしくは、酵素的核酸は関連す る酵素ファミリーの遺伝子発現を阻害するために遺伝子ファミリーの高度に保存 されている領域へ標的化されているかもしれない。リボザイムは本発明の核酸を 発現するベクターで形質転換されている植物において発現されるであろう。 治療的処置に影響を及ぼすのに必要なリボザイムの濃度はより低いので、リボ ザイムの酵素的性質は他の技術よりも優れている。この利点は酵素的に働くリボ ザイムの能力を反映している。従って、一つのリボザイム分子は多くの標的RN A分子を切断することができる。さらに、リボザイムは高度に特異的な阻害剤で あり、阻害の特異性は標的RNAへの結合の塩基対形成機構のみでなく、標的R NA切断の機構にも依存する。切断部位近くの一つの不適当な組み合わせまたは 塩基置換はリボザイムの触媒活性を完全に除去することができる。 現在、天然に存在する酵素的RNAの六つの基本的な種類が知られている。各 々が生理学的条件下、トランスのRNAホスホジエステル結合の加水分解を触媒 できる。表Iはこれらのリボザイムのいくつかの特性を要約したものである。一 般に、酵素的核酸は最初に標的RNAに結合することにより作用する。そのよう な 結合は酵素的核酸の標的結合部分を通して起こり、標的RNAを切断するために 作用する分子の酵素的部分をきわめて接近して保つ。従って、酵素的核酸は相補 的塩基対形成を通して最初に標的RNAを認識した後に結合し、一度正しい部位 へ結合されたら酵素的に働いて標的RNAを切断する。そのような標的RNAの 戦略的切断は、コードされているタンパク質の合成を指示する能力を破壊するで あろう。酵素的核酸が結合してそのRNAを切断した後は、別の標的を探すため にRNAから放出され、新しい標的を繰り返し結合して切断できる。 本発明の一つの好適な態様では、酵素的核酸分子はハンマーヘッドまたはヘア ピンモチーフに形成されているが、肝炎Δウイルス、グループIイントロン、グ ループIIイントロン、RNaseP RNA(RNAガイド配列と共同して)ま たはニューロスポラVS RNAのモチーフに形成されてもよい。そのようなハ ンマーヘッドモチーフはDreyfus,上記文献,Rossi et al, 1992,AIDS Research and Human Retrovi ruses 8,183により記載されており;ヘアピンモチーフはHampe l et al,EP036O257,Hampel and Tritz,1 989 Biochemistry 28,4929,Feldstein et al,1989 Gene 82,53,Haseloff and Ger lach,1989,Gene,82,43,およびHampel et al .,1990 Nucleic Acids Res.18,299により記載 されており;肝炎ΔウイルスはPerrotta and Been,1992 Biochemistry 31,16により記載されており;RNaseP モチーフはGuerrier−Takada et al.,1983 Cell 35,849,Forster and Altman,1990,Scie nce 249,783,Li and Altman,1996,Nucleic Acids Res .24,835により記載されており;ニューロスポラV S RNAリボザイムはCollins(Saville and Colli ns,1990 Cell 61,685−696;Saville and Collins,1991 Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88,8826−8830;Collins and Olive,1993 ioc hemistry 32,2795−2799;Guo and Collin s,1995,EMBO.J.14,363)により記載されており;グループ IIイントロンはGriffin et al.,1995,Chem.Biol .2,761,Michels and Pyle,1995,Biochem istry 34,2965により記載されており;およびグループIイントロ ンはCech et al.,米国特許第4,987,071号に記載されてい る。これらの特異的モチーフは本発明を制限するものではなく、当業者は標的遺 伝子RNA領域の一つまたはそれ以上と相補的である特異的基質結合部位を持ち 、基質結合部位内またはその周囲に分子にRNA切断活性を与えるヌクレオチド 配列を持っていることが本発明の酵素的核酸分子に重要であることを認識するで あろう。 本発明の酵素的核酸は真核生物プロモーターから細胞内で発現されるであろう [Gerlach et.al.,国際PCT出願番号WO91/13994; Edington and Nelson,1992,Gene Regula tion:Biology of Antisense RNA and DN ,R.P.EricksonおよびJ.G.Izant編,pp 209−2 21,Raven Press,NY.;Atkins et al.,国際P CT出願番号WO94/00012;Lenee et al.,国際PCT出 願番号WO94/19476およびWO9503404,Atkins et al.,1995,J.Gen.Virol.76,1781−1790;Mc Elroy and Brettell,1994,TIBTECH 12,6 2;Gruber et al.,1994,J.Cell.Biochem. Suppl.18A ,110(X1−406)およびFeyter et al .,1996,Mol.Gen.Genet.250,329−338;これら のすべては本明細書において援用される]。当業者は本明細書の教えからリボザ イムは適当なプロモーターから真核生物植物細胞で発現できることを認識するで あろう。リボザイム発現は構成的プロモーター、組織特異的プロモーターまたは 誘導可能プロモーターの制御下にある。 リボザイム仲介調節を得るため、リボザイムRNAは植物内へ導入される。本 明細書に例示した形質転換実験で使用されたプラスミドの構築のために以下に実 施例が提供されるが、植物の形質転換で使用できる多数の異なった型のプラスミ ドを設計するのは当業者にはよく知られたことである。Bevan,1984,Nucl.Acids Res .12,8711−8721(本明細書において 援用される)を参照されたい。また植物を形質転換させる多くの方法がある。以 下の実施例において、胚発生トウモロコシ培養物はヘリウムが吹き付けられた。 遺伝子銃(Cornellの米国特許第4,945,050号およびDowEl ancoの第5,141,131号)を用いることに加えて、植物はアグロバク テリウム技術を用いて形質転換されるであろう、トレド大学の米国特許第5,1 77,010号、Texas A&Mの5,104,310号、欧州特許出願第 0131624B1号、Schilperootの欧州特許出願第120516 ,159418B1および176,112号、Schilperootの米国特 許出願第5,149,645、5,469,976、5,464,763および 4,940,838および4,693,976、MaxPlanckの欧州特許 出願第116718、290799、320500号、日本タバコの欧州特許出 願第604662および627752号、Ciba Geigyの欧州特許出願 第0267159および0292435号および米国特許出願第5,231,0 19号、Calgeneの米国特許出願第5,463,174および4,762 ,785、およびAgracetusの米国特許出願第5,004,863およ び5,159,135号を参照されたい;ウィスカー技術、Zenecaの米国 特許出願第5,302,523および5,464,765を参照されたい;エレ クトロポレーション技術、Boyce Thompson研究所のWO87/0 6614、Dekalbの第5,472,869および5,384,253号、 PGSのWO9209696およびWO9321335を参照されたい;これら のすべては全文のまま本明細書において援用される。植物を形質転換するための 多くの技術に加え、外来物質(典型的にはRNAまたはDNAを含んでいるプラ スミド)と接触させる組織の型も同様に変化するであろう。そのような組織には 胚発生組織、組織型IおよびII、形質転換および続いてのトランスジェニック植 物内への再生に受容的な任意の組織が含まれるであろうが、それらに制限される わけでは ない。別の変化しうるものは選択可能マーカーの選択である。特定のマーカーの 選択は当業者の判断であるが、以下の選択可能マーカーが、選択可能マーカーと して機能することができるであろう本明細書に掲げられていない他の遺伝子とと もに使用される。そのような選択可能マーカーにはクロロスルフロン、ヒグロマ イシン、PATおよび/またはbar、ブロモキシニル、カナマイシンなどが含 まれるが、これらに制限されるわけではない。bar遺伝子はストルプトムセス (特にヒグロスコピカスまたはビリドクロモゲネス種)から単離されるであろう 。bar遺伝子はホスフィノトリシン アセチルトランスフェラーゼ(PAT) をコードしており、除草剤ビアラホス ホスフィノトリシン(PPT)中の活性 成分を不活性化する。従って技術の多数の組み合わせが、リボザイム仲介調節を 用いると使用されるであろう。 リボザイムは個々に単量体として発現され、すなわち、一つの部位が標的化さ れた一つのリボザイムが転写体当たりで発現される。もしくは、一つ以上の標的 部位が標的化された二つまたはそれ以上のリボザイムが一つのRNA転写体の一 部として発現される。一つ以上の切断部位が標的化された一つ以上のリボザイム を含む一つのRNA転写体が遺伝子発現の効率的な調節を達成するために容易に 発生される。これらのマルチマー構築物内のリボザイムは同じかまたは異なって いる。例えば、マルチマー構築物は複数のハンマーヘッドリボザイムまたはヘア ピンリボザイムまたは他のリボザイムモチーフを含んでいてもよい。もしくは、 マルチマー構築物は、ハンマーヘッドおよびヘアピンリボザイムのような複数の 異なったリボザイムモチーフを含むように設計してもよい。特に、マルチマーリ ボザイム構築物は、一連のリボザイムモチーフが一つのRNA転写体に縦に一列 に並んでお互いに連結されるように設計される。リボザイムはヌクレオチドリン カー配列によりお互いに連結され、ここでリンカー配列は標的RNAに相補的で も相補的でなくてもよい。マルチマーリボザイム構築物(ポリリボザイム)は遺 伝子発現のリボザイム仲介調節の効率を改良しているようである。 リボザイムの活性はまた第二のリボザイムによる一次転写体からのそれらの放 出により増加できる(Draper et al.,PCT WO93/235 69、およびSullivan et al.,PCT WO94/02595 (両方とも本明細書において全文が援用される);Ohkawa,J.,et al.,1992,Nucleic Acids Symp Ser.,27, 15−6;Taira,K.,et al.,1991 ,Nucleic A cits Res .,19,5125−30;Ventura,M.,et a l.,1993,Nucleic Acids Res.,21,3249−5 5;Chowrira et al.,1994 J.Biol.Chem.2 69,25856)。 遺伝子発現のリボザイム仲介調節は被子植物、裸子植物、単子葉植物および双 子葉植物を含む広い範囲の植物で実施できる。問題とする植物には:米、小麦、 大麦、トウモロコシのような穀類;ダイズ、キャノーラ、ヒマワリ、綿、トウモ ロコシ、ココア、サフラワー、ギネアアブラヤシ、ココヤシ、アマ、ヒマ、ピー ナッツのような油をとる作物;コーヒーおよび紅茶のようなプランテーション作 物;パイナップル、パパイヤ、マンゴ、バナナ、ブドウ、オレンジ、リンゴのよ うな果実;カリフラワー、キャベツ、メロン、ピーマン、トマト、ニンジン、レ タス、セロリ、ジャガイモ、ブロッコリのような野菜;ダイズ、ソラマメ、エン ドウのような豆科植物;カーネーション、キク、デージー、チューリップ、カス ミソウ、アルストロメリア、マリーゴールド、ペチュニア、バラのような花;オ リーブ、コルク、ポプラ、マツのような木;ウォルナッツ、ピスタチオのような 堅果などが含まれるがそれらに制限されるわけではない。以下は遺伝子発現の調 節におけるリボザイムの一般的悠揚性を説明する非制限的実施例である。 カフェイン合成に含まれる遺伝子発現のリボザイム仲介ダウンレギュレーショ ンはコーヒー豆におけるカフェイン濃度を著しく変化させるのに使用できる。コ ーヒー植物における7−メチルキサントシンおよび/または3−メチルトランス フェラーゼのような遺伝子の発現は、カフェイン合成を減少させるためにリボザ イムを用いて容易に調節できる(AdamsおよびZarowitz、米国特許 出願第5,334,529号;本明細書において援用される)。 N−メチルプトレシン酸化酵素またはN−メチルトランスフェラーゼのような ニコチン産生に含まれている遺伝子を標的としたリボザイムを発現しているトラ ンスジェニックタバコ植物(Shewmaker et.al.,上記文献)は 改変されたニコチン濃度を持つ葉を産生するであろう。 エチレン形成酵素、ペクチン メチルトランスフェラーゼ、ペクチン エステ ラーゼ、ポリガラクチュロナーゼ、1−アミノシクロプロパンカルボン酸(AC C)合成酵素のような果実の熟成に含まれる遺伝子を標的とするリボザイムを発 現しているトランスジェニック植物(Smith et al.,1988, ature ,334,724;Gray et al.,1992,Pl.Mo l.Biol .,19,69;Tieman et al.,1992,Pla nt Cell ,4,667;Picton et al.,1993,The P lant J .3,469;Shewmaker et al.,上記文献;J ames et al,1996,Bio/Technology,14,56 )はトマトおよびリンゴのような果実の熟成を遅延させるであろう。 カルコン合成酵素(CHS)、カルコンフラバノン異性化酵素(CHI)、フ ェニルアラニン アンモニア脱離酵素またはデヒドロフラボノール(DF)ヒド ロキシラーゼ、DF還元酵素のような花色素形成に含まれる遺伝子を標的とする リボザイムを発現しているトランスジェニック植物(Krol van der ,et al.,1988,Nature,333,866;Krol van der,et al.,1990,Pl.Mol.Biol.,14,457 ;Shewmaker et al.,上記文献;Jorgensen,199 6,Science,268,686)は異なった色を持つバラ、ペチュニアの ような花をつけるであろう。 リグニンは植物の細胞壁の機械的強度を維持するために必要な有機化合物であ る。必須であるにもかかわらず、リグニンはいくつかの欠点を持っている。シラ ージ作物の不消化性を起こし、木材パルプからの紙生産には望ましくないなどで ある。O−メチルトランスフェラーゼ、シンナモイル−CoA:NADPH還元 酵素またはシンナモイルアルコール脱水素酵素のようなリグニン産生に含まれる 遺伝子を標的とするリボザイムを発現しているトランスジェニック植物(Doo rssclaere et al.,1995,The Plant J.8, 855;Atanassova et al.,1995,The Plant J .8,465;Shewmaker et al.,上記文献;Dwivedi e t al.,1994,Pl.Mol.Biol.,26,61)はリグニンの 改変されたレベルを持っているであろう。 有用なリボザイムの他の有用な標的はDraperら、国際PCT出願番号W O93/23569、Sullivanら、国際PCT出願番号WO94/02 595、ならびにStinchcombら、国際PCT出願番号WO95/31 541(全文のまま本明細書において援用される)に開示されている。植物における顆粒結合デンプン合成酵素遺伝子発現の調節 植物において、デンプン生合成は葉緑体(短期デンプン貯蔵)およびアミロプ ラスト(長期デンプン貯蔵)の両方で起こる。デンプン顆粒はα(1−4)結合 α−D−グルコース単位の直鎖(アミロース)およびα(1−6)結合により架 橋結合されたアミロースの分岐鎖形(アミロペクチン)から成っている。植物に おいてデンプンの合成に含まれている酵素はデンプン合成酵素であり、それはA DP−グルコースを用いてα(1−4)−グルコースの直鎖を産生する。二つの 主たるデンプン合成酵素の型が植物中で観察されている:顆粒結合デンプン合成 酵素(GBSS)および葉緑体の細胞間質およびアミロプラストに位置している 可溶性形(可溶性デンプン合成酵素)。この酵素の両方の型ともADP−D−グ ルコースを利用するが、顆粒結合形はまた優先してUDP−D−グルコースを利 用する。ろう質タンパク質として知られているGBSSはそれが特性付けられた 種々の植物で55から70kDaの分子量を持っている。いくつかの植物種にお いて、GBSS遺伝子に影響を及ぼす突然変異はアミロースの損失を生じたが、 デンプンの総量は比較的変化せずに残っていた。GBSS活性の損失に加え、こ れらの突然変異体ではGBSSタンパク質レベルが減少していたかまたはなくな っていた(Mac Donald and Preiss,Plant Phy siol .78:849−8S2(1985),Sano,Theor.App l.Genet .68:467−473(1984),Hovenkamp−H ermelink et al.Theor.Appl.Genet.75:2 17−221(1987),Shure et al.Cell 35,225 −233(1983),Echt and Schwartz,Genetic 99:275−284(1981))。GBSS突然変異体および野生型植 物の両方における分岐酵素並びに可溶性ADP−グルコースデンプングリコシル トランスフェラーゼの存在は、分岐鎖ポリマーアミロペクチンおよび直鎖ポリマ ーアミロース形成のための独立した経路の存在を示している。 Wx(ろう質)座位はデンプン生合成に含まれている顆粒結合グルコシルトラ ンスフェラーゼをコードしている。この酵素の発現はトウモロコシの内胚乳、花 粉および胚嚢に制限されている。この座位の突然変異は突然変異体殻粒の外観( 殻粒中のアミロース組成が減少した結果としての表現型)からろう質と称されて きた。トウモロコシにおいてこの酵素は発育している内胚乳のアミロプラスト内 へ輸送され、そこでアミロースの産生を触媒する。トウモロコシ殻粒は約70% がデンプンであり、その27%が直鎖アミロースであり、73%がアミロペクチ ンである。ろう質は顆粒結合デンプン合成酵素(GBSS)をコードしている遺 伝子の劣性突然変異である。この劣性突然変異のホモ接合性の植物はアミロペク チンの形のデンプンを100%含む殼粒を産生する。 触媒活性および促進された部位特異性を持つ(以下に説明するように)リボザ イムはアンチセンスオリゴヌクレオチドよりもより強力でおよび多分より特異的 な阻害分子であろう。さらに、これらのリボザイムはGBSS活性を阻害でき、 およびリボザイムの触媒活性はそれらの阻害効果に対して必要とされる。当業者 にとっては、トウモロコシ以外の植物種のGBSS活性に必要とされる標的mR NAを切断する他のリボザイムが設計されるであろうことは実施例から明かであ ろう。 従って、好適な態様において、本発明はアミロース産生に含まれる酵素を阻害 する(例えば、GBSS活性を減少させることにより)リボザイムを特色とする 。これらの内在的に発現されたRNA分子は、標的mRNAの到達可能領域に結 合する基質結合ドメインを含んでいる。本RNA分子はまたRNAの切断を触媒 するドメインも含んでいる。本RNAは好適にはハンマーヘッドまたはヘアピン モチーフのリボザイムである。結合により、リボザイムは標的mRNAを切断し 、翻訳およびタンパク質蓄積を妨げる。標的遺伝子の発現がないと、アミロース 産生は減少または阻害される。特異的実施例が下に提供される。 好適な態様は表IIIA、VAおよびVBの結合配列と相補的である結合アーム を持っているリボザイムを含んでいる。そのようなリボザイムの例は表IIIB− Vに示されている。当業者は、そのような例は一つの植物(例えばトウモロコシ )mRNAに対して設計されてはいるが、他の植物種のmRNAと相補的な類似 のリボザイムが作製できることを認識するであろう。相補性により、結合アーム は配列特異的様式で標的RNAとのリボザイムの相互作用を可能にし、植物mR NA標的の切断を起こす。そのようなリボザイムの例は本質的に表IIIB−Vに 示されている配列からなっている。 好適な態様はデンプン顆粒結合ADP(UDP)−グルコースの阻害に使用す るためのリボザイムおよび方法である:α(1−4)−D−グルカン 4−α− グルコシル トランスフェラーゼ、すなわち、植物の顆粒結合デンプン合成酵素 (GBSS)活性。このことはリボザイムによる遺伝子発現の阻害を通して達成 され、植物でのGBSS活性の減少または除去を生じる。 本発明の別の態様では、標的分子を切断してアミロース産生を阻害するリボザ イムは植物ゲノム内へ挿入された転写ユニットから発現される。好適には、植物 ゲノム内へ安定に組み込むことができ、およびリボザイムを発現している形質転 換体植物株の選択ができる組換え体ベクターは植物細胞中の構成的または誘導可 能プロモーターにより発現される。発現された後は、リボザイムは標的mRNA を切断し、宿主細胞のアミロース産生を減少させる。植物細胞で発現されたリボ ザイムは構成的プロモーター、組織特異的プロモーターまたは誘導可能プロモー ターの制御下にある。 トウモロコシデンプンの改変は特異的遺伝子発現の減少ができるリボザイム技 術の重要な応用である。高レベルのアミロペクチンはトウモロコシの湿式製粉工 程に望まれており、高アミロペクチントウモロコシは消化性を促進し、それによ り食品のエネルギー利用可能性を増加させるといういくつかの証拠もある。ほと んど10%の湿式製粉トウモロコシはろう質表現型を持ち、その劣った性質のた め伝統的なろう質種は取扱が非常に困難である。GBSS mRNAを切断する ように標的化されたリボザイムは植物のDBSS活性を減少させ、および特に、 トウモロコシ内胚乳は優勢な特性として働き、取扱がより容易であろうろう質表 現型を持つトウモロコシを産生するであろう。植物における脂肪酸飽和プロファイルの改変 植物における脂肪酸の生合成は葉緑体で開始される。脂肪酸は脂肪酸合成酵素 複合体(FAS)によりアシルキャリアタンパク質(ACP)のチオエステルと して合成される。16炭素の鎖長を持つ脂肪酸は以下の三つの経路の一つに従う :1)合成後直ちに放出され、葉緑体内でさらに修飾を受けるため葉緑体アシル トランスフェラーゼによりグリセロール 3−リン酸(G3P)に移される;2 )チオエステラーゼによるプラスチドからの排出により放出され、補酵素A(C oA)へ移される;または3)C18鎖長へさらに伸長される。C18鎖は迅速 にステアロイル−ACPデサチュラーゼによりC9位が不飽和化される。葉緑体 内でのG3Pへのオレイン酸(18:1)基の即時の輸送または葉緑体からの排 出およびチオエステラーゼによるオレイル−CoAへの変換が続く(Somer ville and Browse,1991 Science 252:80 −87)。C16脂肪酸の大多数は第三の経路に従う。 トウモロコシ種子油において主たるトリグリセリドは小胞体で製造される。ほ とんどのオレイン酸(18:1)およびいくらかのパルミチン酸(16:0)は ホスファチジン酸からG3P移され、次にジアシルグリセリドおよびホスファチ ジルコリンへ変換される。小胞体において膜結合デサチュラーゼによるホスファ チジルコリン上のアシル鎖のさらなる不飽和化が起こる。ジーおよびトリ−不飽 和化鎖は次にアセチル−CoAプールの中へ放出され、トリグリセリドの製造に おいてジアシルグリセロールのグリセロール主鎖のC3位へ移される(Fren tzen,1993 Lipid Metabolism in Plants ,p.195−230,(ed.Moore,T.S.)CRC Press, Boca Raton,FA.)。植物脂肪酸生合成経路のスキームが図11お よび12に示されている。トウモロコシ種子油における三つの主たる脂肪酸はリ ノール酸(18:2、約59%)、オレイン酸(18:1、約26%)およびパ ルミチン酸(16:0、約11%)である。これらは平均値であり、遺伝子型に 依存して幾分異なっているであろう;しかしながら、過去10年以上に渡って分 析 された米国コーンベルト産の油の複合試料はこの組成に一致していた(Glov er and Mertz,1987:Nutritional Qualit y of Cereal Grains:genetic and agron omic improvement .,p.183−336,(eds.Ols on,R.A.and Frey,K.J.)Am.Soc.Agronomy .Inc.Madison,WI.;Fitch−Haumann,1985 J.Am.Oil Chem.Soc .62:1524−1531;Strec ker et al.,1990 Edible fats and oils processiんg:basic principles and mod ern practices (ed.Erickson,D.R.)Am.Oi l Chemists Soc.Champaign,IL)。このC18鎖長 の優位性は、C18炭素鎖の産生に関与する脂肪酸合成酵素(18:1の産生に 対してはステアロイル−ACPデサチュラーゼ(Δ−9デサチュラーゼ)および 18:1から18:2への変換にはミクロソームΔ−12デサチュラーゼ)のよ うないくつかの鍵となる酵素の多さおよび活性を反映しているであろう。 植物のΔ−9デサチュラーゼ(ステアロイル−ACPデサチュラーゼとも称さ れる)は基質としてアシルキャリアタンパク質(ACP)に結合されたC18お よび時々C16アシル鎖を用いる可溶性葉緑体酵素である(McKeon,T. A. and Stumpf,P.K.,1982 J.Biol.Chem. 257:12141−12147)。これは哺乳類、低級真核生物およびラン藻 類Δ−9デサチュラーゼとは対照的である。ラットおよび酵母Δ−9デサチュラ ーゼは基質としてアシル−CoA鎖を用いる膜結合ミクロソーム酵素であり、ラ ン藻類Δ−9デサチュラーゼは基質としてジアシルグリセロール上のアシル鎖を 使用する。現在まで、双子葉植物からのいくつかのΔ−9デサチュラーゼcDN Aクローンが単離され特性付けられている(Shanklin and Som erville,1991 Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:2510−2514;Knutzon et al.,1991 Pla nt Physiol .96:344−345;Sato et.al.,19 92 Plant Physiol.99:362−363;Shanklin e t.al.,1991 Plant Physiol.97:467−468; Slocombe et al.,1992 Plant.Mol.Biol. 20:151−155;Taylor et al.,1992 Plant Physiol .100:533−534;Thompson et al., 1991 Proc.Nat.Acad.Sci.USA 88: 2578− 2582)。異なった植物のΔ−9デサチュラーゼ配列の比較は、これが高度に 保存された酵素であることを示唆しており、アミノ酸レベル(約90%)および ヌクレオチドレベル(約80%)の両方において高度のレベルで同一である。し かしながら、非常に異なった生理学的および酵素学的性質から予期されるように 、植物およびその他のΔ−9デサチュラーゼ間には配列類似性は存在していない (ShanklinおよびSomerville、上記文献)。 ヒマの実デサチュラーゼ(およびその他の)精製および特性付けは、Δ−9デ サチュラーゼはホモ二量体として活性であることを示している;サブユニット分 子量は約41kDa。本酵素は酸素、NADPH、NADPHフェレドキシン酸 化還元酵素およびフェレドキシンをインビトロでの活性に必要としている。Fo x et al.,1993(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2486−2490)は大腸菌での発現でヒマの実酵素はホモ二量体当た り4つの触媒的に活性な第一鉄原子を含んでいることを示している。酸化された 酵素は二つの同一のジ第二鉄クラスターを含んでおり、それはジチオナイト存在 下でジ第一鉄状態に還元される。ステアロイル−CoAおよびO2存在下、クラ スターはジ第一鉄状態へ戻る。このことはデサチュラーゼはジ鉄−オキソクラス ターを含んでいるO2活性化タンパク質に属していることを示唆している。この 群の他のメンバーはリボヌクレオチド還元酵素およびメタンモノオキシゲナーゼ ヒドロキシラーゼである。これらの触媒的に異なったタンパク質の予想された一 次構造の比較すると、すべてが約80−100アミノ酸により分離されたアミノ 酸配列の保存的対、(Asp/Glu)−Glu−Xaa−Arg−Hisを含 んでいることが示された。 伝統的植物繁殖計画は植物に有害な結果を与えることなく増加したステアリン 酸が達成できることを示している。サフラワー(Ladd and Knowl es,1970 Crop Sci.10:525−527)およびダイズ(H ammond and Fehr,1984 J.Amer.Oil Chem .Soc .61:1713−1716;Graef et al.,1985 Crop Sci .25:1076−1079)においてステアリン酸レベルが 著しく増加されている。このことは種子油の脂肪酸組成における融通性を示して いる。 Δ−9デサチュラーゼ活性の増加は酵母(Polashock et al. ,1992 Plant Physiol.100,894)またはラット(G rayburn et.al.,1992 BioTechnology 10 ,675)からのΔ−9デサチュラーゼ遺伝子でのタバコの形質転換により達成 されている。トランスジェニック植物の両方の組とも脂肪酸組成は著しく変化し ていたが、表現型的には対照植物と同一であった。 コーン(トウモロコシ)はマーガリン産物の製造にはほとんど使用されてこな かったのは、それが伝統的に油作物としては利用されてこなかったことおよびダ イズおよびキャノーラと比較すると種子油含量が比較的低いためである。しかし ながら、コーン油は低レベルのリノレン酸(18:3)および比較的高レベルの パルミチン酸(16:0)を含んでいる(マーガリンには望ましい)。Δ−9デ サチュラーゼ活性のダウンレギュレーションによるオレイン酸およびリノール酸 レベルの減少は、コーンを飽和油市場でのダイズおよびキャノーラの実行可能な 代替物にするであろうことを出願者は信じている。 マーガリンおよび菓子類の脂肪はダイズの様な植物からの油を化学的に水素添 加することにより製造されている。この過程はマーガリンの製造の費用を高め、 脂肪酸のシスおよびトランス異性体を発生させる。トランス異性体は植物由来の 油には天然に観察されておらず、潜在的な健康の危険性に対する関心が高まって いる。出願者は、不飽和化酵素がダウンレギュレートされるように植物を遺伝子 工学処理することが化学的水素添加の必要性を除去する一つの方法であることを 信じている。Δ−9デサチュラーゼは18炭素脂肪酸内へ最初の二重結合を導入 し、それは脂肪酸の不飽和化の程度に影響する鍵となる工程である。 従って、好適な態様において、本発明は植物における脂肪酸組成を改変するた めの組成物(およびそれらの使用のための方法)に関している。このことは、植 物おけるある種の酵素活性(Δ−9デサチュラーゼのような)の減少または除去 を生じる、リボザイム、アンチセンス核酸、共抑制またはトリプレックスDNA による遺伝子発現の阻害を通して達成される。そのような活性はトウモロコシ、 小麦、米、ヤシ、ココナッツなどの単子葉植物で減少させられた。Δ−9デサチ ュラーゼ活性もまたヒマワリ、サフラワー、綿、ピーナッツ、オリーブ、ゴマ、 キュフェア、アマ、ホウホウバ、ブドウなどの双子葉植物で減少されるであろう 。 従って、一つの態様において、本発明は脂肪酸不飽和化に含まれる酵素を阻害 する(例えば、Δ−9デサチュラーゼ活性を減少させることにより)リボザイム を特色とする。これらの内在的に発現されたRNA分子は標的mRNAの到達可 能領域に結合する基質結合ドメインを含んでいる。本RNA分子はまたRNAの 切断を触媒するドメインも含んでいる。本RNAは好適にはハンマーヘッドまた はヘアピンモチーフのリボザイムである。結合により、リボザイムは標的mRN Aを切断し、翻訳およびタンパク質蓄積を妨げる。標的遺伝子の発現がないと、 ステアリン酸レベルが増加し、不飽和脂肪酸産生は減少または阻害される。すぐ 下に掲げられた表の次に特異的実施例が提供される。 好適な態様において、リボザイムは表VIおよびVIIIの結合配列と相補的である 結合アームを持っている。当業者は、そのような例は一つの植物(例えばコーン )mRNAに対して設計されてはいるが、他の植物種のmRNAと相補的な類似 のリボザイムが作製できることを認識するであろう。相補性により、結合アーム は配列特異的様式で標的RNAとのリボザイムの相互作用を可能にし、リボザイ ムが植物mRNA標的の切断を起こすことを可能にする。そのようなリボザイム の例は典型的には表VIIおよびVIIIに定義されている配列である。活性リボザイ ムは典型的には実施例のものと等価な酵素中心、および標的部位で切断が起こる ように植物mRNAを結合できる結合アームを含んでいる。そのような結合およ び/または切断を妨害しない他の配列が存在していてもよい。 本研究で特に有用であるリボザイムの配列は表VIIおよびVIIIに示されている 。 当業者は表に掲げられているリボザイム配列は活性に影響を及ぼすためにリボ ザイムの酵素部分が改変された(結合アームを除いて)多くのそのような配列の 代表であることを認識するであろう。例えば、表IVに掲げたハンマーヘッドリボ ザイムのステムループII配列(5’−GGCGAAAGCC−3’)は任意の配 列を含むように(好適には最少2塩基対ステム構造が形成できるように)改変(置 換、欠損および/または挿入)できる。同様に、表VおよびVIIIに掲げたヘアピ ンリボザイムのステムループIV配列(5’−CACGUUGUG−3’)は任意 の配列を含むように(好適には最少2塩基対ステム構造が形成できるように)改 変(置換、欠損および/または挿入)できる。そのようなリボザイムは表に特別 に記載したリボザイムと等価である。 本発明の別の態様において、標的分子を切断し、植物の不飽和脂肪酸含量を減 少させるリボザイムは植物ゲノム内へ挿入された転写ユニットから発現される。 好適には、植物ゲノム内へ安定に組み込むことができ、およびリボザイムを発現 している形質転換体植物株の選択ができる組換え体ベクターは植物細胞中の構成 的または誘導可能プロモーターにより発現される。発現された後は、リボザイム は標的mRNAを切断し、宿主細胞の不飽和脂肪酸産生を減少させる。植物細胞 で発現されたリボザイムは構成的プロモーター、組織特異的プロモーターまたは 誘導可能プロモーターの制御下にある。 不飽和脂肪酸プロフィールの改変は、特異的遺伝子発現ができる核酸に基づく 技術の重要な応用である。商業的に重要な油を産生する植物において、高レベル の飽和脂肪酸が望まれている。 関連する態様において、本発明はトウモロコシのΔ−9デサチュラーゼをコー ドしているcDNAの単離を特色としている。 好適な態様において、Δ−9デサチュラーゼmRNAを切断するヘアピンおよ びハンマーヘッドリボザイムも記載されている。当業者は以下に記載した実施例 からΔ−9デサチュラーゼ活性に必要とされる標的RNAを切断する他のリボザ イムが容易に設計され、それは本発明の範囲内であることを理解するであろう。 コーンRNAの特異的実施例が提供されるが、当業者はこの教えはコーンに制 限されないことを認識するであろう。さらに、他の植物種においても同一の標的 が使用されるであろう。特異的植物RNA配列を標的とするのに適した相補的ア ームが特異的RNAを標的とするリボザイムで利用される。本明細書の実施例お よび教えは制限を与えるものではなく、当業者は、本明細書の教えを用いて、種々 の異なった遺伝子の発現を調節するために、種々の異なった植物中に同様の具体 化が容易に行え、それは本発明の範囲に含まれることを認識するであろう。 本明細書の実施例においては標準分子生物学技術に従った。追加の情報はSa mbrook,J.,Fritsch,E.F.,and Maniatis, T.(1989),Molecular Clonibg a Laborat ory Manual ,第二版,Cold Spring Harbor,Co ld Spring Harbor Laboratory Press、本明 細書において援用される)にみることができる。実施例 実施例1:ゼア マイスからのΔ−9デサチュラーゼcDNAの単離 縮重したPCRプライマーが植物Δ−9デサチュラーゼのジ鉄−オキソ基結合 に含まれている二つの保存的ペプチドのために設計および合成された。トウモロ コシ胚cDNAから276bp DNA断片がPCR増幅され、ベクター内へク ローン化された。この断片の予想されたアミノ酸配列は双子葉植物Δ−9デサチ ュラーゼタンパク質の二つの保存的ペプチドにより分離された領域の配列と同じ であった。総計で16のクローンが単離され;さらなる制限地図作製およびハイ ブリダイゼーションで一つのクローンが同定され、それは配列決定された。cD NA挿入物の特色は:1621 nt cDNA;145 nt 5’および2 94 nt 3’非翻訳領域(18 nt ポリAテイルを含む);44.7k Daポリペプチドをコードしている394アミノ酸読み取り枠;および予想され る成熟タンパク質はヒマの実Δ−9デサチュラーゼ遺伝子と85%のアミノ酸同 一性。完全配列は図10に示されている。実施例2:Δ−9デサチュラーゼに対する可能性のあるリボザイム切断部位の同 約250HHリボザイム部位および約43HP部位がコーンΔ−9デサチュラ ーゼmRNAで同定された。HH部位はウリジンおよびグアノシンを除くヌクレ オチドから成っている(UH)。表VIおよびVIIIはHHおよびHPリボザイム切 断部位のリストである。番号付けは、図10に示された配列を持っているΔ−9 デサチュラーゼcDNAクローンの5’末端の1から始まっている。 そのような切断部位に対する表VIIおよびVIIIに掲げたようなリボザイムは、 基質結合アームとして5から100またはそれ以上の塩基を持たせて容易に設計 および合成できる(図1−5参照)。リボザイム内のこれらの基質結合アームは リボザイムがそれらの標的と配列特異的様式で相互作用するのを可能にする。実施例3:Δ−9デサチュラーゼに対するリボザイム切断部位の選択 Δ−9デサチュラーゼmRNAの二次構造はM.Zuker(Zuker M .,1989 Science,244,48−52)により開発されたような アルゴリズムを用いるコンピューター分析により評価された。8つ以上のヌクレ オチドのRNA/RNAステムと二次折り畳み構造を形成せずおよび可能性のあ るハンマーヘッドリボザイム切断部位を含むmRNAの領域が同定された。 これらの部位はRNaseHアッセイによるオリゴヌクレオチド到達度が評価 された(下記実施例4を参照されたい)。実施例4:Δ−9デサチュラーゼに対するRNaseHアッセイ 各々21ヌクレオチド長の49のDNAオリゴヌクレオチドがRNase H アッセイで使用された。これらのオリゴヌクレオチドはΔ−9デサチュラーゼR NA内の108部位をカバーしている。RNase HアッセイはΔ−9デサチ ュラーゼcDNAの完全長転写体を用いて実施された。Draperら、上記文 献、に一般的に記載されている方法により切断部位への到達性でRNAがスクリ ーニングされた。簡単に記すと、リボザイム切断部位を示すDNAオリゴヌクレ オチドが合成された。コーンcDNAクローンからT7 RNAポリメラーゼ転 写のための基質を発生させるため、ポリメラーゼ連鎖反応が使用された。標識さ れたRNA転写体はこれらの鋳型からインビトロで合成された。オリゴヌクレオ チドおよび標識転写体はアニール化され、RNAseHが加えられ、混合物は3 7℃で10分間インキュベートされた。反応が停止され、RNAはシークエンシ ングポリアクリルアミドゲルで分離された。Molecular Dynami csホスホロイメージングシステムを用いたオートラジオグラフィーの定量によ り切断された基質のパーセントが決定された(図13および14)。実施例5:Δ−9デサチュラーゼのためのハンマーヘッドおよびヘアピンリボザ イム RNase Hアッセイで最もよく切断したオリゴにより覆われた部位へのハ ンマーヘッド(HH)およびヘアピン(HP)リボザイムが設計された。これら のリボザイムは次にコンピューター折り畳みによる分析にかけられ、著しい二次 構造を持っていたリボザイムは捨てられた。 リボザイムは化学的に合成された。RNA合成のための一般法は前に記載され ている。(Usman et al,1987,J.Am.Chem.Soc. ,109,7845−78S4およびScaringe et al.,199 0,Nucl.Acids Res.,18,5433−5341;Wincot t et al.,1995,Nucleic Acids Res.23,2 677)。小規模合成はアルキルシリル保護ヌクレオチドのための5分のカップ リング工程および2’−O−メチル化ヌクレオチドのための2.5分のカップリ ング工程を持つ修飾2.5μmol規模のプロトコールを用いた394Appl ied Biosystems,Inc.合成機で実施された。表IIは合成サイ クルで使用された試薬の量および接触時間が概説されている。各々のカップリン グサイクルにおいてポリマー結合5’−ヒドロキシルに比べて6.5倍過剰のホ スホロアミダイト(0.1Mを163μL=16.3μmol)および24倍過 剰のS−エチルテトラゾール(0.25Mを238μL=59.5μmol)が 使用された。トリチル分画の比色定量により決定された394上の平均カップリ ング収率は97.5−99%であった。394のための他のオリゴヌクレオチド 合成試薬:脱トリチル化溶液は2%TCAを含むメチレンクロリド(ABI)で あった;キャッピングは16%N−メチルイミダゾールを含むTHF(ABI) および10%無水酢酸/10%2,6−ルチジンを含むTHF(ABI)で実施 された;酸化溶液は16.9mMI2、49mMピリジン、9%水を含むTHF (Milli pore)であった。B & J Synthesis Gradeのアセトニ トリルは試薬瓶から直接使用された。S−エチルテトラゾール溶液(0.25M アセトニトリル)はAmerican International Chem ical,Inc.から入手された固形物から調製された。 RNAの脱保護は以下のように実施された。ポリマー結合オリゴヌクレオチド (トリチル−オフ)は合成カラムから4mLガラスねじ栓付きバイアルに移し、 65℃で10分間メチルアミン(MA)の溶液中で懸濁させた。−20℃に冷却 後、ポリマー支持体から上清液を除去した。支持体は1.0mlのEtOH:M eCN:H2O/3:1:1で3回ボルテックスして洗浄し、上清液は最初の上 清液に加えた。オリゴヌクレオチドを含んでいる合併した上清液を乾燥させると 白色粉末が得られた。 塩基脱保護オリゴヌクレオチドは無水TEA・HF/NMP溶液(1.5mL N−メチルピロリジノン、750μL TEAおよび1.4 M HF濃度にす るための1.0 mL TEA・3HFの溶液を250μL)65℃に1.5時 間加熱した。得られた(完全に脱保護された)オリゴマーはアニオン交換脱塩に 先だって50mM TEAB(9mL)で反応停止させた。 脱保護されたオリゴマーのアニオン交換脱塩のためTEAB溶液をQiage n 500Rアニオン交換カートリッジ(Qiagen Inc.)に加え、5 0mM TEAB(10mL)で前洗浄した。50 mM TEAB(10mL )でカートリッジを洗浄した後、RNAは2M TEAB(10mL)で溶出さ せ、白色粉末になるまで乾燥させた。 不活性ハンマーヘッドリボザイムはUをG5におよびUをA14(番号付けは(H ertel,K.J.,et al.,1992,Nucleic Acids R es .,20,3252)から)に置換することにより合成された。 ヘアピンリボザイムはハンマーヘッドRNAで説明したように合成された。 リボザイムはまたバクテリオファージT7 RNAポリメラーゼを用いるDN A鋳型からも合成された(Milligan and Uhlenbeck,1 989,Methods Enzymol.180,51)。リボザイムは一般 的方法を用いるゲル電気泳動により精製されるか、または高速液体クロマトグラ フィー(HPLC;Wincott et.al.,1996、上記文献、それ は全文本明細書において援用される)により精製され、水に再懸濁された。本研 究で使用された化学的合成リボザイムの配列は表VIIおよびVIIIに示されている 。実施例6:Δ−9デサチュラーゼリボザイムに対する長い基質試験 本研究で使用された標的RNAは1621nt長であり、Δ−9デサチュラー ゼRNAを標的とするすべてのHHおよびHPリボザイムのための切断部位を含 んでいる。Δ−9デサチュラーゼ標的配列の上流のT7 RNAポリメラーゼプ ロモーターを含む鋳型はcDNAクローンからPCR増幅された。標的RNAは このT7 RNAポリメラーゼを用いるPCR増幅鋳型から転写された。転写体 は転写の間に四つのリボヌクレオチド三リン酸の一つとして[α−32P]CTP を含ませることにより内部的に標識した。転写混合物は転写後にDNase−I を用いて37℃にて2時間処理し、転写で使用したDNA鋳型を消化して除く。 転写混合物は変性ポリアクリルアミドゲル上で分離した。完全長RNAに相当す るバンドをゲルスライスから単離し、RNAはイソプロパノールで沈澱させ、ペ レットは4℃で貯蔵した。 リボザイム切断反応はリボザイム過剰(kcat/KM)条件で実施された(He rschlag and Cech,1990,Biochemistry 2 9,10159−10171)。簡単に記すと、1mMのリボザイムおよび<1 0nM内部標識標的RNAは50mMトリス.HCl,pH7.5および10m MMgCl2存在下65℃で2分間加熱することにより別々に変性させた。RN Aは反応温度(37℃、26℃または20℃)を10−20分間冷却させること により復元させた。切断反応は適当な温度でリボザイムおよび標的RNAを混合 させることにより開始させた。一定の時間間隔で一部を採り、反応は等量の停止 緩衝液を加えることにより停止させた。試料は4%シ−クエンシングゲルで分離 させた。 26℃および20℃でのリボザイム切断反応の結果は表IXおよび図15および 16に要約されている。試験されたリボザイムの内、七つのハンマーヘッドおよ び二つのヘアピンがΔ−9デサチュラーゼRNAの著しい切断を示した(図15 および16)。他の部位へのリボザイムは種々のレベルの活性を示した。実施例7:Δ−9デサチュラーゼに対する多リボザイム組み合わせを用いた標的 RNAの切断 相補的RNA配列の隣接する範囲に埋め込まれた二つまたはそれ以上のリボザ イムを含む多リボザイム構築物内へいくつかの上記リボザイムが取り込まれた。 多リボザイムの非制限的例が図17、18、19および23に示されている。リ ボザイムは相補的オリゴヌクレオチドのアニーリングにより作製され、カリフラ ワーモザイクウイルス35S促進プロモーター(Franck et al., 1985 Cell 21,285)、トウモロコシAdh Iイントロン(D ennis et al.,1984 Nucl.Acids Res 12, 3983)およびNosポリアデニル化シグナル(DePicker et a l.,1982 J.Molec.Appl.Genet.1,561)を含む 発現ベクター内へクローニングされた。これらのマルチマー含有転写ユニットか ら作製されたT7転写体による切断アッセイは図20および21に示されている 。これらは非制限的例である;当業者は他のリボザイム組み合わせ、イントロン およびプロモーター要素から成る類似の具体例が本分野では既知の技術を用いて 容易に作製でき、それは本発明の範囲内であることを認識するであろう。実施例8:Δ−9デサチュラーゼのためのリボザイム発現転写ユニットの構築 Δ−9デサチュラーゼmRNAを切断することを標的としたリボザイムは、植 物ゲノム内へ挿入された遺伝子から(安定形質転換)、またはプラスミドベクタ ーまたはウイルス配列の一部であるエピソーム転写ユニット(一過性発現)から 植物中で内在的に発現される。これらのリボザイムはRNAポリメラーゼI、II またはIII植物または植物ウイルスプロモーター(CaMVのような)を経て発 現できる。プロモーターは構成的、組織特異的または発育的に発現されたもので あろう。Δ9 259単量体リボザイム構築物(RPA114、115) これらはΔ−9デサチュラーゼ259単量体ハンマーヘッドリボザイムクロー ンである。リボザイムは3bp長ステムIIおよび部位259を標的とした20b p(総計)長基質結合アームを持つように設計された。RPA114は活性であ り、RPA115は不活性である。親プラスミド、pDAB367はNotIで 消化され、平滑受容部位を作るためにクレノーが付けられた。ベクターは次にH indIII制限酵素で消化された。リボザイム含有プラスミドはEcoRIで切 断され、クレノーで満たされ、HindIIIで再切断された。全リボザイム転写 ユニットを含む挿入物はゲルで精製され、pDAB367ベクター内へ連結され た。構築物はSgfI/HindIIIおよびXbaI/SstIで消化すること により検査され、配列決定により確認された。Δ9 453マルチマーリボザイム構築物(RPA118、119) これらはΔ−9デサチュラーゼ453マルチマーハンマーヘッドリボザイムク ローンである(図17参照)。リボザイムは3bp長ステムII領域を持つように 設計された。マルチマー構築物の基質結合アームの総計の長さは42bpであっ た。RPA118は活性であり、RPA119は不活性である。構築物は259 単量体で説明したように作製された。マルチマー構築物はΔ−9デサチュラーゼ RNA内の部位453、464、475および484を標的とする四つのハンマ ーヘッドリボザイムを持つように設計された。Δ9 252マルチマーリボザイム構築物(RPA85、113) これらはbar(ホスホイノトリシン アセチルトランスフェラーゼ;Tho mpson et.al.,1987 EMBO J.6:2519−2523 )読み取り枠の3’末端に置かれたΔ−9デサチュラーゼ252マルチマーハン マーヘッドリボザイムクローンである。マルチマー構築物は3bp長ステムII領 域を持つように設計された。マルチマー構築物の基質結合アームの総計の長さは 91bpであった。RPA85は活性リボザイムであり、RPA113は不活性 である。ベクターは以下のように構築された:親プラスミドpDAB367はB glIIで部分消化され単一切断プラスミドはゲルで精製された。これはEcoR Iで再切断され、再びゲル精製して正しいBglII/EcoRI切断断片を単離 する。リボザイム構築物からのBamHI/EcoRI挿入物がゲル単離され( これはリボザイムおよびNOSポリA領域を含んでいる)、367ベクター内へ 連 結された。陽性プラスミドの同一性はNcoI/SstI消化および配列決定を 実施することにより確認された。 有用なトランスジェニック植物は標準アッセイにより同定できる。トランスジ ェニック植物は以下の実施例で説明するようにΔ−9デサチュラーゼ発現および Δ−9デサチュラーゼ活性を減少させることで評価できる。実施例9:GBSS RNAの潜在的リボザイム切断部位の同定 241ハンマーヘッドリボザイム部位がコーンGBSS mRNAポリペプチ ドコード領域で同定された(表IIIA参照)。ハンマーヘッド部位はウリジンお よびグアニンを除いた任意のヌクレオチドから成っている(UH)。下記はコー ンのGBSSコード領域の配列である(配列ID番号:25)。番号付けシステ ムは以下の配列を持つ(5’から3’)GBSS cDNAクローンの5’末端 の1から始まっている: GBSS mRNA中に約53の潜在的ヘアピンリボザイム部位が存在する。 リボザイムおよび標的配列は表Vに掲げられている。 上記のように基質結合アームとして5から100またはそれ以上の間の塩基を 持つそのような部位に対するリボザイムは容易に設計および合成できる。実施例10:GBSSに対するリボザイム切断部位の選択 GBSS mRNAの二次構造はM.Zuker(Zuker M.,198 9 Science,244,48−52)により開発されたようなアルゴリズ ムを用いるコンピューター分析により評価された。8つ以上のヌクレオチドのR NA/RNAステムと二次折り畳み構造を形成せずおよび可能性のあるハンマー ヘッドリボザイム切断部位を含むmRNAの領域が同定された。 これらの部位はRNaseHアッセイによるオリゴヌクレオチド到達度が評価 された(図6参照)。各々21ヌクレオチド長の58のDNAオリゴヌクレオチ ドがこれらのアッセイで使用された。これらのオリゴヌクレオチドは85部位を カバーしている。これらのオリゴヌクレオチドの位置および名称は195、20 5、240、307、390、424、472、481、539、592、62 5、636、678、725、741、811、859、891、897、91 2、918、928、951、958、969、993、999、1015、1 027、1032、1056、1084、1105、1156、11681、1 86、1195、1204、1213、1222、1240、1269、128 4、1293、1345、1351、1420、1471、1533、1563 、1714、1750、1786、1806、1819、1921、1954お よび1978であった。二次的部位もまたカバーされ、202、394、384 、385、484、624、627、628、679、862、901、930 、950、952、967、990、991、1026、1035、1108、 1159、1225、1273、1534、1564、1558および1717 が含まれた。実施例11:GBSSに対するRNaseHアッセイ RNase Hアッセイ(図7)はGBSSコード領域、3’非コード領域お よび5’非コード領域の一部の完全長転写体を用いて実施された。Draper ら(上記文献、本明細書において援用される)に一般的に記載されている方法に より切断部位への到達性でGBSS RNAがスクリーニングされた。簡単に記 すと、リボザイム切断部位を示すDNAオリゴヌクレオチドが合成された。コー ンcDNAクローンからT7 RNAポリメラーゼ転写のための基質を発生させ るため、ポリメラーゼ連鎖反応が使用された。標識されたRNA転写体はこれら の鋳型からインビトロで合成された。オリゴヌクレオチドおよび標識転写体はア ニール化され、RNAseHが加えられ、混合物は37℃で10分間インキュベ ートされた。反応が停止され、RNAはシークエンシングポリアクリルアミドゲ ルで分離された。ホスホロイメージングシステムを用いたオートラジオグラフィ ーの定量により切断された基質のパーセントが決定された(図7)。実施例12:GBSSのためのハンマーヘッドリボザイム RNase Hアッセイで最もよく切断したオリゴによりカバーされた部位に 対し、10/10(すなわち、リボザイムの各々のアームで10塩基対が形成で きる)ヌクレオチド結合アームを持つハンマーヘッドリボザイムが設計された。 これらのリボザイムは次にコンピューター折り畳みによる分析にかけられ、著し い二次構造を持っていたリボザイムは捨てられた。このスクリーニング法の結果 、23のリボザイムがGBSS mRNA中の最も開かれた領域に対して設計さ れ、これらのリボザイムは表IVに示されている。 リボザイムは化学的に合成された。使用された合成法は前に記載されたような 普通のRNA合成のための方法に従い(およびUsman et al,上記文 献、Scaringe et al.,上記文献、およびWincott et al.,上記文献、本明細書において援用される)、および5’末端でのジメト キシトリチルおよび3’末端でのホスホロアミダイトのような共通の核酸保護お よび結合基が使用された。平均段階的カップリング収率は>98%であった。不 活性リボザイムはUをG5におよびUをA14(Hertel et al.,上 記文献、からの番号付け)に置換することにより合成された。ヘアピンリボザイ ムは二つの部分が合成され、アニール化して活性リボザイムを再構築した(Ch owrira and Burke,1992,Nucleic Acids Res.,20,2835−)。すべてのリボザイムは2’−O−メチル基での 5’および3’末端の両方の五つのリボヌクレオチド修飾により安定性を促進す るように修飾された。リボザイムは一般的方法を用いるゲル電気泳動により精製 されるか(Ausubel et al.,1990 Current Pro tocols in Molecular Biology Wiley & Sons,NY)、または上記のように高速液体クロマトグラフィーにより精製 され、水に再懸濁された。実施例13:GBSSに対する長い基質試験 本研究で使用された標的RNAは900nt長であり、GBSS RNAを標 的とするすべてのHHリボザイムのための切断部位を含んでいる。GBSS標的 配列の上流のT7 RNAポリメラーゼプロモーターを含む鋳型はcDNAクロ ーンからPCR増幅された。標的RNAはこのT7 RNAポリメラーゼを用い るPCR増幅鋳型から転写された。転写体は転写の間に四つのリボヌクレオチド 三リン酸の一つとして[α−32P]CTPを含ませることにより内部的に標識し た。転写混合物は転写後にDNase−Iを用いて37℃にて2時間処理し、転 写で使用したDNA鋳型を消化して除く。転写混合物は変性ポリアクリルアミド ゲル上で分離した。完全長RNAに相当するバンドをゲルスライスから単離し、 RNAはイソプロパノールで沈澱させ、ペレットは4℃で貯蔵した。 リボザイム切断反応はリボザイム過剰(kcat/KM)条件で実施された(He rschlag and Cech,上記文献)。簡単に記すと、1000nM のリボザイムおよび<10nM内部標識標的RNAは50mMトリス.HCl、 pH7.5および10mM MgCl2存在下90℃で2分間加熱することによ り別々に変性させた。RNAは反応温度(37℃、26℃または20℃)を10 −20分間冷却させることにより復元させた。切断反応は適当な温度でリボザイ ムおよび標的RNAを混合させることにより開始させた。一定の時間間隔で一部 を採り、反応は等量の停止緩衝液を加えることにより停止させた。試料は4%シ −クエンシングゲルで分離させた。 三つの異なった温度でのリボザイム切断反応の結果は図8に要約されている。 七つの先導的リボザイムが選択された(425、892、919、959、96 8、1241および1787)。活性リボザイムの一つ(811)は切断生成物 の奇妙なパターンを生み出した;その結果、それは我々の先導的リボザイムの一 つとしては選択されなかった。実施例14:多リボザイム組み合わせを用いるGBSS RNAの切断 以下の組み合わせで先導的リボザイムの四つ(892、919、959、12 41)が内部標識標的RNAとインキュベートされた:892単独;892+9 19;892+919+959;892+919+959+1241。RNA切 断の分画は、切断反応に使用されたリボザイムの数の増加に従って加法的様式で 増加した(図9)。リボザイム切断反応は前記のように20℃で実施された。こ れらのデータは同一のmRNA上の異なった部位を標的とした多リボザイムは標 的RNAの減少を加法的様式で増加させるであろう。実施例15:GBSSに対するリボザイム発現転写ユニット GBSSマルチマーリボザイムRPA63(活性)およびRPA64(不活性) のクローニング GBSS mRNAの四つのハンマーヘッドリボザイム標的部位892、919 、959および968を含むマルチマーリボザイムが構築された。18ヌクレオ チドが重複している二つのDNAオリゴヌクレオチド(Macromolecu lar Resourses,Fort Collins,CO)が注文された 。これらの配列は以下のようである: オリゴ1: オリゴ2: 上記のオリゴの不活性版は各々のリボザイムモチーフの触媒コア内のTをG5に 、およびTをA14に置換することにより作製された。 これらは1xクレノー緩衝液(Gibco/BRL)中、90℃にて5分間ア ニール化され、徐々に室温(22℃)まで冷却された。NTPを0.2mMまで 加え、オリゴは37℃にて1時間、1単位/μlのクレノー酵素で伸長された。 これはフェノール/クロロホルム抽出され、エタノールで沈澱させた後、1X React3緩衝液(Gibco/BRL)に再懸濁し、37℃にて1時間、B amHIおよびSstIで消化された。DNAはQiagenゲル抽出キットを 用い、2%アガロースゲルでゲル精製された。 DNA断片はBamHI/SstI消化pDAB353内へ連結された。連結 は受容能のあるDH5αF’細菌へ形質転換する(Gibco/BRL)。可能 性のあるクローンはBamHI/EcoRIで消化することによりスクリーニン グした。クローンは配列決定することにより確認された。標的配列との相同性の 全長は96ヌクレオチドである。919モノマーリボザイム(RPA66) 10/10アームを持ち、GBSS mRNAの部位919に対する単一リボザ イムが以下のように構築された。二つのDNAオリゴが注文された: オリゴ1: オリゴ2: オリゴは1Xキナーゼ緩衝液(Gibco/BRL)中で個々にリン酸化され、 熱変性されおよび合併させ90℃で10分続いて室温(22℃)までゆっくりと 冷却することによりアニール化された。ベクターはpDAB353をSstIで 消化し、T4DNAポリメラーゼで平滑端化することにより調製された。ベクタ ーはBamHIで再消化し、前記のようにゲル精製された。アニール化オリゴは 16℃にて一夜、1X連結緩衝液(Gibco/BRL)中でベクターへ連結さ れた。可能性のあるクローンはBamHI/EcoRIで消化され、配列決定す ることにより確認された。実施例16:Δ9リボザイム実験で使用された植物形質転換プラスミドpDAB 367およびGBSSリボザイム実験で使用されたpDAB353 パートA pDAB367 プラスミドpDAB367は以下のDNA構造を持っている:pUC19(塩基 441;参照文献1)のSphI部位の最終C残基より後の塩基で始まり、La cZ遺伝子コード鎖に隣接する鎖、リンカー配列CTGCAGGCCGGCCT TAATTAAGCGGCCGCGTTTAAACGCCCGGGCATTTA AATGGCGCGCCGCGATCGCTTGCAGATCTGCATGGG TG、CaMV DNAのヌクレオチド7093から7344(2)、リンカー 配列CATCGATG、CaMVのヌクレオチド7093から7439、リンカ ー配列GGGGACTCTAGAGGATCCAG、MSVのヌクレオチド16 7から186(3)、MSVのヌクレオチド188から277(3)、エキソン 1およびイントロン1の一部を含むトウモロコシAdh 1Sのヌクレオチド1 19から209が続くC残基(4)、Adh 1Sイントロン1およびエキソン 2の一部を含むヌクレオチド555から672(4)、リンカー配列GACGG ATCTG、MSVのヌクレオチド278から317。これに二番目の位置でG CCアラニンコドンにより置換されたAGCセリンコドン、およびBglII部位 を除去するためにGからAへ変更されたコード領域のヌクレオチド546を持つ pIJ4104からの修飾BARコード領域(5)が続く。次に、リンカー配列 TGAGATCTGAGCTCGAATTTCCCC、Nosのヌクレオチド1 298から1554(6)およびpUC19配列の残り(EcoRI部位を含む )が続いたG残基。パートB pDAB353 プラスミドpDAB353は以下のDNA構造を持っている:pUC19(塩基 441;参照文献1)のSphI部位の最終C残基より後の塩基で始まり、La cZ遺伝子コード鎖に隣接する鎖、リンカー配列CTGCAGATCTGCAT GGGTG、CaMV DNAのヌクレオチド7093から7344(2)、リ ンカー配列CATCGATG、CaMVのヌクレオチド7093から7439、 リンカー配列GGGGACTCTAGAG、エキソン1およびイントロン1の一 部を含むトウモロコシAdh 1Sのヌクレオチド119から209(4)、A dh 1Sイントロン1およびエキソン2の一部を含むヌクレオチド555から 672(4)、およびリンカー配列GACGGATCCGTCGACC、ここで GGATCCはBamHI制限酵素の認識配列を示している。これにNcoI/ SacIとしてクローン化されたpRAJ275からのベーターグルクロニダー ゼ(GUS)遺伝子(7)、リンカー配列GAATTTCCCC、Nosのヌク レオチド1298から1554中のポリA領域(6)、およびpUC19配列の 残り(EcoRI部位を含む)が続いたG残基が続く。 以下の文献は本明細書において援用される: 1. Messing,J.(1983)”Methods in Enzym ology”(Wu,R.et al.,編)101:20−78。 2. Franck,A.,H.Guilley,G.Jonard,K.Ri chards,and L.Hirth(1980)カリフラワーモザイクウイ ルスDNAのヌクレオチド配列,Cell 21:285−294。 3. Mullineaux.P.M.,J.Donson,B.A.M.Mo rris−Krsinich M.I.Boulton and J.W.Da vies(1984)トウモロコシしまウイルスDNAのヌクレオチド配列,E MBO J.3:3063−3068。 4. Dennis.E.S.,W.L.Gerlach,A.J.Pryor ,J.L.Bennetzen A.Inglis,D.Llewellyn, M.M.Sachs,R.J.Ferl,and W.J.Peacock(1 984)トウモロコシのアルコールデヒドロゲナーゼ(Adhl)遺伝子の分子 分析Nucl.Acids Res.12:3983−4000。 5. White,J.,S−Y Chang,M.J.Bibb,and M .J.Bibb(1990)ストレプトミセス ヒグロスコピカスのbar遺伝 子を含むカセット:植物形質転換の選択可能マーカー,Nucl.Acids Res.18:1062。 6. DePicker,A.,S.Stachel,P.Dhaese,P. Zambryski,and H.M.Goodman(1982)ノパリン合 成酵素:転写体地図作製およびDNA配列,J.Molec.Appl.Gen et.1:561−573。 7. Jefferson,R.A.(1987)植物におけるキメラ遺伝子の アッセイ:GUS遺伝子融合系,Plant Molec.Biol.Repo rter 5:387−405。実施例17:ガンマ−ゼインプロモーター、アンチセンスGBSSおよびNos ポリアデニル化配列を含む植物形質転換プラスミドであるプラスミドpDAB3 59 プラスミドpDAB359は以下の配列要素を含む6702bpの二本鎖、環 状DNAである:塩基238から塩基404のlacオペロン配列およびM13 mp18ポリリンカーのHindIIIを持つ末端を含むpUC18からのヌクレ オチド1−404(1、2);ヌクレオチド412から668のNosポリアデ ニル化配列(3);GAGCTCをGAGCTTに変え、およびCTCGAGを 加えることによりSacI部位をXhoI部位に変換したヌクレオチド679− 690からの合成アダプター配列;塩基691から2953のトウモロコシ顆粒 結合デンプン合成酵素cDNA、配列ID番号:25のヌクレオチド1−225 5に対応している。プラスミドpDAB359中のGBSS配列は、酵素認識配 列を満たすためにクレノーを用い、5’XhoIおよび3’NcoI部位を加え 、ならびに内部NcoIおよびXhoI部位を欠損させることにより本来のcD NAを修飾した。塩基2971から4453はトウモロコシ27kDガンマーゼ イン遺伝子の5’非翻訳配列であり、報告されている配列のヌクレオチド107 8から2565に対応している(4)。ガンマーゼイン配列は5’KpnIおよ び3’BamH/SalI/NcoI部位を含むように修飾された。報告されて いる配列と比較して、ガンマ−ゼイン配列の追加の変化には、ヌクレオチド10 4でのT欠損、ヌクレオチド613でのTACA欠損、ヌクレオチド812での CからTへの変換、ヌクレオチド1165でのA欠損およびヌクレオチド135 3でのA挿入が挙げられる。最後に、pDAB359の4454から6720は p uc18の塩基456から2686と同一であり、4454から4471のM1 3/mp8のKpnI/EcoRI/SacI部位、4471から4697のl acオペロン断片および5642から6433のβ−ラクタマーゼ遺伝子を含ん でいる(1、2)。 以下の文献は本明細書において援用される: pUC18−Norrander,J.,Kempe,T.Messing,J .Gene(1983)26:101−106;Pouwels,P.H.,E nger−Valk,B.E.,Brammar.W.J.Cloning V ectors,Elsevier 1985 および付録。 NosA −DePicker,A.,Stachel,S.,Dhaese, P.,Zambryski,P.,and Goodman,H.M.(198 2)ノパリン合成酵素:転写体地図作製およびDNA配列,J.Molec.A ppl.Genet.1:561−573。 Maize 27kD ガンマ−ゼイン −Das,O.P.,Poliak, E.L.,Ward,K.,Messing,J.Nucleic Acids R esearch 19,3325−3330(1991)。実施例18:ユビキチンプロモーター/イントロン(Ubil)により発現され るアンチセンスΔ−9デサチュラーゼ含有プラスミドpDAB430の構築 パートA プラスミドpDAB421の構築 プラスミドpDAB421はトウモロコシ ユビキチンプロモーター/イントロ ンに隣接する特異的平滑末端SrfIクローニング部位およびノパリン合成酵素 ポリアデニル化配列を含んでいる。pDAb421は以下のように作製された: pDAB355を制限酵素KpnIおよびBamHIで消化して2.2kb断片 上のRコード領域を脱落させる。ゲル精製後、ベクターは二つのアニール化した オリゴヌクレオチドOF235およびOF236から成るアダプターに結合させ る。OF235は配列5’− GAT CCG CCC GGG GCC CG G GCG GTA C −3’を持ちOF236は配列5’− CGC CC G GGC CCC GGG CG −3’を持っている。このアダプターを含 むクローンはアダプターを切断するが、プラスミドの他の場所は切断しない酵素 SrfIおよびSmaIでプラスミドDNAを消化および線状化することにより 同定された。一つの代表的なクローンが、プラスミド内へアダプターがただ一つ 挿入されたことを確認するために配列決定された。得られたプラスミドpDAB 421は続いてのΔ−9デサチュラーゼアンチセンスプラスミドpDAB430 の構築に使用された。パートB プラスミドpDAB430(アンチセンスΔ−9デサチュラーゼ)の 構築 プラスミドpDAB430に存在するアンチセンスΔ−9デサチュラーゼ構築物 は、プラスミドpDAB421の平滑末端クローニング部位への増幅生成物のク ローニングにより製作された。同じ実験から二つの構築物が同時に製造された。 第一の構築物はユビキチンプロモーターの後ろにセンス配向しているΔ−9デサ チュラーゼ遺伝子、およびトランスジェニック株でのタンパク質の過剰産生の免 疫学的検出のためにΔ−9デサチュラーゼ読み取り枠のC末端に融合されたc− mycタグを含んでいる。この構築物はトウモロコシΔ−9デサチュラーゼを発 現しない系でのリボザイムの試験が意図されていた。この構築物は使用されなか ったが、Δ−9デサチュラーゼアンチセンス遺伝子の増幅および構築に使用され たプライマーは同一であった。本明細書に記載されたΔ−9デサチュラーゼcD NA配列は二つのプライマーで増幅された。N末端プライマーOF279は配列 5’− GTG CCC ACA ATG GCG CTC CGC CTC AAC GAC −3’を持っている。下線を付けた塩基はcDNA配列のヌク レオチド146−166に対応している。C末端プライマーOF280は配列5 ’− TCA TCA CAG GTC CTC CTC GCT GAT C AG CTT CTC CTC CAG TTG GAC CTG CCT A CC GTA −3’を持っており、それは配列5’− TAC GGT AG G GAC GTC CAA CTG GAG GAG AAG CTG AT C AGC GAG GAG GAC CTG TGA TGA −3’の逆補 体である。この配列において、この配列において下線を付けた塩基はcDNA配 列のヌクレオチド1304−1324に対応し、イタリック体の塩基はc−my cエ ピトープの配列に対応する。1179bpの増幅生成物は1.0%アガロースゲ ルを通して精製され、制限酵素SrfIで直線状化されたプラスミドpDAB4 21内へ連結された。コロニーハイブリダイゼーションが挿入物を持つpDAB 421プラスミドを含むクローンを選択するために使用された。挿入物の配向は プラスミドDNAの診断的酵素KpnIおよびBamHIを用いた制限消化によ り決定された。ユビキチンプロモーター/イントロンに関してセンス配向でΔ− 9デサチュラーゼコード配列を含むクローンが回収され、pDAB429と名付 けられた。プロモーターに関してアンチセンス配向でΔ−9デサチュラーゼコー ド配列を含む別のクローンはpDAB430と名付けられた。プラスミドpDA B430は配列分析にかけられ、期待される配列と比較してこの配列は三つのP CR誘導エラーを含むことが決定された。一つのエラーはプライマーOF280 に対応する配列内に観察され、コード配列の内部に二つのヌクレオチド変化が観 察された。アンチセンスダウンレギュレーションは、アンチセンス転写体および ダウンレギュレーション標的間の100%配列同一性を必要としないので、これ らのエラーは訂正されなかった。実施例19:胚形成トウモロコシ培養のヘリウムブラスティングおよび続いての トランスジェニック子孫の再生 パートA 胚形成トウモロコシ培養の確立。 形質転換実験に用いられた組織培 養は遺伝子型”Hi−II”の未成熟接合胚から開始された。Hi−IIはB73x A188交雑種(Armstrongら、1990)由来の2R3株をかけあわ せたハイブリッドである。培養した場合、この遺伝子型はタイプIIとして知られ ているカルス組織を産生する。タイプIIカルスは砕けやすく、急速に増殖し、お よび長期間に渡り高レベルの胚形成能を維持する能力を示す。 タイプII培養は温室生育Hi−II植物の制御された授粉により得られた1.5 −3.0mmの未成熟胚から開始された。使用された開始培地は1.0mg/L 2,4−D、25mM L−プロリン、100mg/Lカゼイン水解物、10m g/L AgNO3、2.5g/Lゲルライトおよび2%スクロースを含むpH 5.8に調整されたN6(Chu,1978)であった。約2−8週間でタイプ IIカルスおよび非胚形成性および/またはタイプIカルスの選択が起こる。タイ プIIカルスが選択されたら、AgNO3が除かれおよびL−プロリンを6mMに 減少させた維持培地に移した。 胚形成培養の質および量が増加した約3ヶ月後、培養物は形質転換実験での使 用に受容可能だと思われた。 パートB プラスミドDNAの調製。 プラスミドDNAは形質転換実験での使 用に先だって、金粒子の表面に吸着させた。GBSS標的での実験では球形で1 .5−3.0ミクロンの直径範囲を持つ金粒子が使用された(Aldrich Chemical Co.,Milwaukee,Wl)。Δ−9デサチュラー ゼ標的の形質転換実験では1.0ミクロンの金粒子が使用された(Bio−Ra d,Hercules,CA)。すべての金粒子は使用に先立ってエタノールで 表面が殺菌された。吸着は300μlのプラスミドDNAおよび滅菌H2Oへ7 4μlの2.5 M塩化カルシウムおよび30μlの0.1Mスペルミジンを加 えることにより達成された。プラスミドDNAの濃度は140μgであった。D NA被覆金粒子は直ちにボルテックスされ、放置して懸濁液を沈降させた。得ら れた透明の上清液を除去し、粒子は1mlの100%エタノールに再懸濁させた 。ヘリウムブラスティングですぐに使用できる最終希釈はエタノールml当たり 7.5mgDNA/金であった。 パートC 組織標的の調製およびヘリウムブラスティング。 標的当たり約60 0mgの胚形成カルス組織を、浸透圧剤として0.2Mソルビトールおよび0. 2Mマンニトールを加えたタイプIIカルス維持培地を含むペトリ皿の表面に広げ た。約4時間の前処置後、すべての組織を2%寒天ブラスティング培地(維持培 地に浸透圧剤および2%寒天を加えたもの)を含むペトリ皿に移した。 ヘリウムブラスティングは調製された組織標的に対しておよび内への懸濁した DNA被覆金粒子を加速するものである。使用された装置は初期の原型からDo wElanco、米国特許(第5,141,131号)(本明細書において援用 される)に記載されているものであるが、両方とも同様に機能する。装置は高圧 ヘリウム源、DNA/金懸濁液を含んでいるシリンジおよびヘリウム源および前 もって加えられているDNA/金懸濁液のループ間の制御された連結を提供する 気圧作動式多目的バルブから成っている。 ブラスティングに先立ち、衝撃の間に組織をその場所に保つように滅菌104 ミクロンステンレス鋼の網で標的を覆う。次に、装置中の主室を真空にして標的 を置いた。DNA被覆金粒子は1500psiのヘリウム圧を用いて4回標的に 加速して与えた。各々の吹き付けで20μlのDNA/金懸濁液が送達された。 ブラスティング直後、標的は回復のため16から24時間浸透圧剤を加えた維持 培地に戻した。 パートD 形質転換組織の選択およびトランスジェニック培養物からの植物の再 生。 ブラスティング16から24時間後、組織を小片に分割し、選択培地(維 持培地に30mg/LのBastaTMをくわえたもの)へ移した。3ヶ月の間4 週間毎に、組織片を選択しないで新しい選択培地に移した。8週間から24週間 後まで、増殖が阻害された組織のバックグラウンドに対して増殖が観察された区 域を取り出し単離した。推定形質転換組織は新しい選択培地で継代培養した。ト ランスジェニック培養物は1から3回さらに継代培養した後で確立された。 BastaTM耐性カルスが株として確立されたら、シトキニンに基づく誘導培 地を含むペトリ皿へカルス組織を移すことにより植物再生を開始させ、それは次 に弱い光(125ftカンデラ)に1週間置き続いて強い光(325ftカンデ ラ)の元に1週間置いた。誘導培地はMS塩およびビタミン類(Murashi ge and Skoog,1962)、30g/Lスクロース、100mg/ Lミオイノシトール、5mg/L6−ベンジルアミノプリン、0.025mg/ L 2,4−D、2.5g/Lゲルライトからなり、pHは5.7に調整されて いる。2週間の誘導期間後、組織は選択しないでホルモンを含まない再生培地に 移し、強い光を保った。再生培地はMS塩およびビタミン類、30g/Lスクロ ース、および2.5g/Lゲルライトからなり、pHは5.7に調整されている 。誘導および再生培地の両方とも30mg/LのBastaTMを含んでいる。組 織は2−4週間で若枝および根に分化し始めた。小さな(1.5−3cm)植物 を 採り、SH培地を含む試験管に入れた。SH培地はSH塩およびビタミン類(S chenk and Hildebrandt,1972)、10g/Lスクロ ース、100mg/Lミオイノシトール、5mL/L FeEDTAおよび7g /L寒天かまたは2.5g/Lゲルライトから成っており、pH5.8に調整さ れている。小植物が十分な根茎に発育および分化したら(1−2週間)すぐに約 0.1kgのMetro−MixR360(The Scotts Co.,M arysville,OH)を含む10cmのポットに移した。3−5枚の葉の 段階で、約4kgのMetro−MixR360を含む5ガロンのポットに移し 、発育させて成熟させる。これらのR0植物はトランスジェニック子孫を得るた めに自己授粉および/または非トランスジェニック近交種と交雑授粉させた。G BSS標的のために産生されたトランスジェニック植物の場合、R0授粉から産 生されたR1種子が再び植えられた。R1植物を成熟するまで成長させ、分析に必 要とされる量のR2種子を産生する。実施例20:Δ9トランスジェニック材料の製造および再生 パートA 胚形成カルスの形質転換および単離。 前に記載したΔ−9デサチュ ラーゼを標的とする6つのリボザイム構築物が前に記載したように再生可能なタ イプIIカルス培養物内へ形質転換された。これら6つの構築物は3つの活性/不 活性対から成っている;すなわち、RPA85/RPA113、RPA114/ RPA115およびRPA118/RPA119。総計で1621組織標的が準 備され、吹き付けられおよび選択された。これらのブラスティング実験から、3 34の独立したBastaR耐性形質転換体(”系統”)が単離され選択された 。これらの系統の約50%が、どれを再生まで進ませおよびどれを捨てるかを決 定する手段としてDNA PCRまたはGC/FAMEにより分析した。残りの 50%は、非胚形成的になったりまたは汚染したため分析されなかった。 パートB トランスジェニックカルスからのΔ9植物の再生。 トランスジェニ ックカルスの分析に続いて、再生のためリボザイム構築物当たり12の株が選択 され、株当たり産生されるべき15のR0植物。これらの株は一般的に10の分 析陽性株に2つの陰性対照が加えられているが、しかしながら、いくつかの培養 物では再生率が悪く、構築物RPA113、RPA115、RPA118および RPA119では12未満の株から植物が産生された。全体で854R0植物が 66の個々の株から再生された(表X参照)。植物が成熟したら、自己−または 関係種授粉が最も優先的に行われたが、このことが不可能な場合は、花粉供与体 および場合によっては花粉受容体として近交系CQ806、CS716、OQ4 14、またはHO1を用いる交雑受粉が行われた。715以上の制御された受粉 が行われ、その多くは(55%)自己−または関係種授粉から成っており、少数 派(45%)はF1交雑種から成っている。R1種子は授粉後約45日で集めら れた。実施例21:GBSSのためのトランスジェニックトウモロコシの産生および再 パートA 胚形成トウモロコシカルスの形質転換および続いての選択およびトラ ンスジェニック培養物の確立。 GBSSを標的とするリボザイムマルチマーの 活性/不活性対であるRPA63およびRPA64は、前に記載したようにタイ プIIカルス内へbar選択プラスミドpDAB308とともに挿入された。59 0のブラスティングした組織標的からの選択により総計で115のBastaR 耐性独立形質転換体が回収された。問題とする遺伝子の資格を決定するためにす べての確立された培養物からのカルス試料にサザン分析が実施された。 パートB GBSSを標的とするリボザイムで形質転換された培養物からの植物 の再生並びにR2発生への前進。 サザン”陽性”トランスジェニック培養物か ら植物を再生し、温室内で成熟するまで成長させた。一次再生物はR1種子を産 生するために授粉された。授粉後30から45日に種子を採取し、湿気含量を正 すために乾燥させ、再び種をまいた。総計で752のR1植物(16の元々の株 に相当する)を性成熟まで成長させ、授粉した。授粉後約19から22日に、穂 を採取し、穂当たり30の殻粒を無作為に切り出し、その後の分析のために冷凍 した。実施例22:安定に形質転換されたカルスであるトウモロコシ ブラックメキシ カンスイート(BMS)中のGBSS標的化リボザイムの試験 パートA GBSSおよびGBSS標的化リボザイムで安定に形質転換されたB MSカルスの産生。 BMSはトウモロコシで内在的に観察されるものに相同的 であるGBSS mRNAは産生しない。従って、標的およびリボザイムの両方 を発現する形質転換体を産生するために二重形質転換系が開発された。ヘリウム ブラスティングのため”ZM”BMS懸濁液(Jack Widholm,Un iversity of Illinoisから入手した、W. F. She ridan,”ブラックメキシカンスイート:組織培養でのその使用、Maiz e for Biological Research ,W.F.Sherid an編、University Press− University of North Dakokta,Grand Forks,ND,1982,pp .385−388も参照されたい)を調製し、100x20mmペトリ皿(Fi sher Scientific,Pittsburgh,PA)に移すことに より継代培養して4日後、液体培地を部分的に除いて細胞の薄いペーストを形成 させる。標的はブラスティング培地、60x20mmプレート中、2%TC寒天 (JRH Bioscienes Lenexa,Kansas)で固形化した DN6[N6塩およびビタミン類(Chu et al.,1978)、20g /Lスクロース、1.5 mg/L 2,4−ジクロロフェノキシ酢酸(2.4 −D)、25mM L−プロリン;pH=5.8、121℃で20分間オートク レーブする前]、の上に置いた1/2”抗生物質円盤(Schleicher and Schuell,Keene,NH)上の100−125mg新鮮重量 の細胞から成っている。DNAは金粒子上に沈澱させた。第一の形質転換のため 、pDAB426(Ubi/GBSS)およびpDAB308(35T/Bar )が使用された。標的はDowElancoヘリウムブラスティング装置1を用 いて個々に撃たれた。650mm Hgの真空圧および15.5cmの標的と装 置ノズルの距離で、各々の試料は500psiにてDNA/金混合物で一度ブラ スティングされた。ブラスティング直後、抗生物質円盤は標的組織の回復のため 0.8%T C寒天で作製したDN6培地に1週間移した。回復後、各々の標的は、3mg/ LのBastaR(Hoechst,Frankfort,Germany)を 加え、プロリンを除いたDN6上に置かれた5.5cmWhatman #4フ ィルター上に広げた。2週間後、フィルターを6mg/LのBastaRを加え た新しい選択培地に移した。2週間間隔で移し変えを行った。単離物はフィルタ ーから拾い上げ、6mg/LのBastaRを含む0.8%TC寒天で固化した AMCF−ARM培地(N6塩およびビタミン類、20g/Lスクロース、30 g/Lマンニトール、100mg/L酸カゼイン水解物および1mg/L 2, 4−D、24mM L−プロリン;pH=5.8、121℃で20分間オートク レーブする前)に置いた。単離物は2週間毎に新鮮な培地に継代培養することに より維持された。 GBSSを発現するBastaR耐性単離物は第二の形質転換にかけられた。 BMS懸濁液と同様に、トランスジェニックカルス標的は継代培養4日後に1/ 2”フィルター上に組織を広げることにより調製された。しかしながら、AMC F−ARM選択培地で形質転換体を維持するため、ブラスティングには2%TC 寒天を含むAMCF−ARM培地が使用された。各々の試料は滅菌104μmの メッシュ網で覆われ、1500psiでブラスティングが行われた。標的組織は pDAB319(35S−ALS;35T−GUS)およびRPA63(活性リ ボザイムマルチマー)またはpDAB319およびRPA64(不活性リボザイ ムマルチマー)で同時に、またはpDAB319単独で撃たれた。ブラスティン グ直後、すべての標的は回復のために1週間非選択培地(AMCF−ARM)に 移された。次に、標的は二つの選択試薬、6mg/LのBastaRおよび2μ g/Lのクロロスルフロン(CSN)を含むAMCF−ARM培地に置かれた。 パートB GBSSおよびGBSS−標的化リボザイムを発現しているBMS安 定形質転換の分析。 第一の形質転換からの単離物は機能性標的遺伝子(GBS S)の検出し、発現の相対的レベルを決定するためノーザンブロット分析により 評価された。分析された25の単離体の12でGBSS転写体が検出された。発 現の範囲が観察され、形質転換が独立して起こっていることを示している。第二 の形質転換で発生した単離物は連続したGBSS発現の検出はノーザンブロット 分析により、およびリボザイム転写体の存在のスクリーニングはRT−PCRに より評価された。一つの以前に形質転換した株からの試験された19の単離物の 18が活性リボザイム(RPA63)を発現しており、すべてGBSSを発現し ていた。GBSSは6つのベクター対照の各々で検出された;リボザイムはこれ らの試料で発現されていない。本明細書で記載されているように、RNase保 護アッセイ(RPA)およびノーザンブロット分析は、活性リボザイムの存在ま たは不在下でのGBSS転写体のレベルを比較するためにリボザイム発現および ベクター対照組織で実施された。GBSS値は内部対照(Δ−9デサチュラーゼ )に規格化された;ノーザンブロットデータは図25に示されている。ノーザン ブロットの結果はベクター対照と比較して、リボザイム存在下ではGBSSメッ セージのレベルを著しく下げることを明らかにした。RPAデータは活性リボザ イムを発現している個々の試料のいくつかは(”L”および”O”)ベクター対 照とは著しく異なっているが、非形質転換対照と類似していることを示している 。実施例23:植物およびカルス材料の分析 pDAB308およびベクター、pRPA63、pRPA64、pRPA85 、pRPA113、pRPA、114、pRPA115、pRPA118または pRPA119を含むリボザイムの一つで同時形質転換された植物材料がカルス レベル、R0レベルおよびF1で分析された選択株レベルで分析された。葉材料 は植物が6−8葉の段階に達したときに採取された。植物およびカルス材料から のDNAはSaghai−Maroof et al.(上記文献)により記載 されているように凍結乾燥組織から調製された。8マイクログラムの各々のDN Aは、各々の構築物に特異的な制限酵素により、製造元(Bethesda R esearch Laboratory,Gaithersburg,MD)に より示唆されている条件を用いて消化され、アガロースゲル電気泳動により分離 された。DNAはSouthern,E.1975”ゲル電気泳動により分離さ れたDNA断片の中での特異的配列の検出”J.Mol.Biol.98:50 3およびSouthern,E.1980”制限断片のゲル電気泳動”Meth o ds Enzmol.69:152(これらは本明細書において援用される)に 記載されているようにナイロン膜へブロットされた。 リボザイムコード領域に特異的なプローブは膜へハイブリダイズした。プロー ブDNAの50ngを10分間煮沸し、氷で迅速に冷却した後に50マイクロキ ューリーのα32P−dCTP(Amersham Life Science. Arlington Heights,IL)を持つReady−To−Go標 識ビーズ(Pharmacia LKB,Piscataway,NJ)に加え ることによりプローブDNAを調製する。プローブはナイロン膜上でゲノムDN Aにハイブリダイズした。膜は0.25XSSCおよび0.2%SDS中、60 ℃にて45分洗浄し、乾燥し、二つの補カスクリーンを用いてXAR−5フィル ムに一夜暴露した。 RPA63およびRPA64からのDNAは制限酵素HindIIIおよびEc oRIで消化され、これらの試料を含むブロットはRPA63プローブへハイブ リダイズされた。RPA63プローブはRPA63リボザイムマルチマーコード 領域から成っており、RPA63またはRPA64材料とハイブリダイズした場 合、単一の1.3kbハイブリダイゼーション生成物を産生しなければならない 。1.3kbハイブリダイゼーション生成物は促進された35Sプロモーター、 AdhIイントロン、リボザイムコード領域およびノパリン合成酵素ポリA3’ 末端を含んでいなければならない。RPA85およびRPA113からのDNA は制限酵素HindIIIおよびEcoRIで消化され、これらの試料を含むブロ ットはRPA122プローブへハイブリダイズされた。RPA122はGUSレ ポーターを置き換えたpDAB353中の252マルチマーリボザイムである。 RPA122プローブはRPA122リボザイムマルチマーコード領域およびノ パリン合成酵素3’末端から成っており、RPA85またはRPA113材料と ハイブリダイズした場合、単一の2.1kbハイブリダイゼーション生成物を産 生しなければならない。2.1kbハイブリダイゼーション生成物は促進された 35Sプロモーター、AdhIイントロン、bar遺伝子、リボザイムコード領 域およびノパリン合成酵素ポリA3’末端を含んでいなければならない。RPA 114およびRPA115からのDNAは制限酵素HindIIIおよびSmaI で消化され、 これらの試料を含むブロットはRPA115プローブへハイブリダイズされた。 RPA115プローブはRPA115リボザイムコード領域から成っており、R PA114またはRPA115材料とハイブリダイズした場合、単一の1.2k bハイブリダイゼーション生成物を産生しなければならない。1.2kbハイブ リダイゼーション生成物は促進された35Sプロモーター、AdhIイントロン 、リボザイムコード領域およびノパリン合成酵素ポリA3’末端を含んでいなけ ればならない。RPA118およびRPA119からのDNAは制限酵素Hin dIIIおよびSmaIで消化され、これらの試料を含むブロットはRPA118 プローブへハイブリダイズされた。RPA118プローブはRPA118リボザ イムコード領域から成っており、RPA118またはRPA119材料とハイブ リダイズした場合、単一の1.3kbハイブリダイゼーション生成物を産生しな ければならない。1.3kbハイブリダイゼーション生成物は促進された35S プロモーター、AdhIイントロン、リボザイムコード領域およびノパリン合成 酵素ポリA3’末端を含んでいなければならない。実施例24:トランスジェニックカルスからのゲノムDNAの抽出 300mgの活発に増殖しているカルスは急速にドライアイス上で凍結された 。それは冷やしたBessman Tissue Pulverizer(Sp ectrum,Houston,TX)で細かい粉末に挽かれ、400μlの2 xCTAB緩衝液(2%ヘキサデシルトリメチルアンモニウム ブロミド、10 0mMトリスpH 8.0、20mM EDTA、1.4M NaCl、1%ポ リビニルピロリドン)で抽出した。懸濁液は65℃で25分間溶解させ、等容量 のクロロホルム:イソアミルアルコールで抽出した。水相に0.1容量の10% CTAB緩衝液(10%ヘキサデシルトリメチルアンモニウム ブロミド、0. 7M NaCl)を加えた。続いて等容量のクロロホルム:イソアミルアルコー ルで抽出した。水相に0.6容量の冷イソプロピルアルコールを加え、−20℃ に30分置いた。14,000rpmで5分間遠心分離した後、得られた沈澱は 真空下10分間乾燥させた。それは200μlのTE(10mMトリス、1mM EDTA、pH8.0)に65℃で20分再懸濁した。20%キレックス(B io rad)を最終濃度が5%になるようにDNAに加え、不純物を除去するため5 6℃で15−30分インキュベートした。DNA濃度はHoefer Fluo rimeter(Hoefer,San Francisco)で測定した。実施例25:カルスゲノムDNAのPCR分析 トランスジェニックトウモロコシカルスの染色体内へのリボザイム遺伝子の安 定な挿入を示すためのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の使用。パートA リボザイムDNAを検出するために使用された方法 ポリメラーゼ連 鎖反応(PCR)がAmpliTaq DNAポリメラーゼ(GeneAmp P CRキット、Perkin Elmer,Cetus)を使用して供給元のプロ トコールに記載されているように実施された。300ngのカルスゲノムDNA の一部、1μlの50μM下流プライマー(5’ CGC AAG ACC G GC AAC AGG 3’)、1μlの上流プライマーおよび1μlのPer fect Match(Stratagene,Ca)PCRエンハンサーがキ ットの成分と混合された。PCR反応は以下のパラメーターを用いて40サイク ル実施された;94℃で1分間の変性、55℃で2分間のアニーリングおよび7 2℃で3分間の伸長。各々のPCR反応の0.2x容量が標準TAEアガロース ゲル条件を用いて2% 3:1アガロース(FMC)ゲルで電気泳動された。パートBΔ−9デサチュラーゼリボザイム遺伝子の検出に使用された上流プライ マー BAR 3’ORFに融合されたRPA85/RPA113 251マルチマ ー RPA114/RPA115 258リボザイムモノマー RPA118/RPA119 452リボザイムマルチマー 5’ TGG ATT GAT GTG ATA TCT CCA C 3’ このプライマーは35Sプロモーター中のEcoRVを横切っての増幅に使用 される。 プライマーはApplied Biosystemsモデル394DNA/RN A合成機により、標準オリゴ合成プロトコールを用いて製造された。実施例26:トランスジェニックトウモロコシカルスおよび植物からの全RNA の調製 パートA トランスジェニック非再生可能および再生可能カルス組織からの全R NAの調製。300mgの活発に増殖しているカルスは急速にドライアイス上で 凍結された。組織は冷やしたBessman Tissue Pulveriz er(Spectrum,Houston,TX)で細かい粉末に挽かれ、激し くボルテックスしてRNA抽出緩衝液(50mMトリス−HCl pH8.0、 4%パラーアミノサリチル酸、1%トリ−イソ−プロピルナフタレンスルホン酸 、10mMジチオスレイトールおよび10mMメタ−亜硫酸水素ナトリウム)で 抽出した。ホモジネートは次に等容量の0.1%8−ヒドロキシキノリンを含む フェノールで抽出された。遠心分離後、水層をクロロホルム:イソアミルアルコ ール(24:1)を含む等容量のフェノールで抽出し、続いてクロロホルム:オ クタノール(24:1)で抽出した。続いて、7.5M酢酸アンモニウムを最終 濃度が2.5Mになるように加え、RNAを4℃で1から3時間沈澱させた。4 ℃にて14,000rpmで遠心分離した後、RNAを滅菌水に再懸濁し、2. 5M NH4OAcおよび2容量の100%エタノールで沈澱させ、−20℃で 一夜インキュベートした。採取されたRNAペレットは70%エタノールで洗浄 し、真空下で乾燥させた。RNAは滅菌水に再懸濁し、−80℃で貯蔵した。 パートB トランスジェニックトウモロコシ植物からの全RNAの調製。活発に 成長しているトウモロコシ葉組織の5cm区域(約150mg)を切り出し、ド ライアイスで急速に凍結させた。葉は冷やしたモーターで細かい粉末に挽いた。 使用説明書に従い、Qaigen RNeasy Plant Total R NAキット(Qiagen Inc.,Chatsworth,CA)を用いて 全RNAが精製された。全RNAはRNeasyカラムから、前もって温めた( 50℃)滅菌水(各々30μl)の2回の連続的な溶出回転により放出され、− 80℃で貯蔵された。実施例27:トランスジェニックトウモロコシカルスおよび植物中のリボザイム の発現を示すためのRT−PCR分析の使用 パートA リボザイムRNAを検出するために使用された方法。熱安定性rTt h DNAポリメラーゼを用い、使用説明書に記載されているように逆転写−ポ リメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)が実施された(rTth DNAポリメラ ーゼRNA PCRキット、Perkin Elmer Cetus)。全RN A(葉またはカルス)の一部300ngおよび15μM下流プライマー(5’C GC AAG ACC GGC AAC AGG 3’)の1μlがキットのR T成分と混合された。逆転写反応は60℃、65℃および70℃での5分間のイ ンキュベーションによる3段階勾配で実施された。PCR反応のため、分析され ているリボザイムRNAに特異的な上流プライマーの1μlをPCR成分を含む RT反応液に加えた。PCR反応は以下のパラメーターを用いて35サイクル実 施された;96℃で1分間インキュベーション、94℃で30秒間の変性、55 ℃で30秒間のアニーリングおよび72℃で3分間の伸長。各々のPCR反応液 の0.2x容量が標準TAEアガロースゲル条件を用いて2% 3:1アガロー ス(FMC)ゲルで電気泳動された。 パートB GBSSリボザイムの検出に使用された特異的上流プライマー。 GBSS活性および不活性マルチマー 5’CAG ATC AAG TGC AAA GCT GCG GAC GG A TCT G 3’ このプライマーは第一のリボザイムアームの上流のAdh Iイントロンをカバ ーしている。 GBSS 918イントロン(−)モノマー: 5’ ATC CGA TGC CGT GGC TGA TG 3’ このプライマーは10塩基対リボザイムアームおよびリボザイム触媒ドメインの 最初の6塩基をカバーしている。 トランスジェニックカルスおよび植物におけるGBSSリボザイム発現はRT− PCRにより確認された。 安定に形質転換されたカルス中のGBSSマルチマーリボザイム発現もまたリ ボヌクレアーゼ保護アッセイにより決定された。 パートC Δ−9デサチュラーゼリボザイムの検出に使用された特異的上流プラ イマー。 BAR 3’ORFに融合されたRPA85/RPA113 252マルチマー 5’ GAT GAG ATC CGG TGG CAT TG 3’ このプライマーはBAR遺伝子およびRPA85/113リボザイムの接合部に 広がっている。 RPA114/RPA115 259リボザイムモノマー 5’ ATC CCC TTG GTG GAC TGA TG 3’ このプライマーは10塩基対リボザイムアームおよびリボザイム触媒ドメインの 最初の6塩基をカバーしている。 RPA118/RPA119 453リボザイムマルチマー 5’ CAG ATC AAG TGC AAA GCT GCG GAC G GA TCT G 3’ このプライマーは第一のリボザイムアームの上流のAdh Iイントロンをカバ ーしている。 トランスジェニック植物株85−06、113−06および85−15における Δ−9デサチュラーゼリボザイムの発現はRT−PCRにより確認された。 プライマーはApplied Biosystemsモデル394DNA/R NA合成機により、標準オリゴ合成プロトコールを用いて製造された。実施例28:トランスジェニックトウモロコシカルスおよび植物における標的m RNAレベルのリボザイム仲介減少の証明 パートA 標的mRNAレベルの減少を示すために使用されたノーザン分析法。 全RNAの5μgを真空下で乾燥し、充填緩衝液(20mMリン酸緩衝液pH6 .8、5mM EDTA、50%ホルムアミド:16%ホルムアルデヒド:10 % グリセロール)に再懸濁し、65℃で10分間変性させた。電気泳動は50ボル トで、20mMリン酸緩衝液(pH6.8)中、緩衝液を再循環させながら1% アガロースゲルを通した。BRL 0.24−9.5Kb RNAラダー(Gi bco/BRL,Gaithersburg,MD)はゲル中でエチジウムブロ ミドで染色された。RNAは滅菌水によるキャピラリー輸送によりGeneSc reenメンブランフィルター(DuPont NEN,Boston MA) へ移された。ハイブリダイゼーションはDeLeon et al.(1983 )により記載されているように42℃で実施され、フィルターは非ハイブリダイ ズプローブを除去するために55℃で洗浄された。ブロットは標的遺伝子および 内部RNA対照遺伝子からのcDNA断片で連続的に探査された。内部RNA標 品は真のリボザイム仲介RNA減少と充填または取扱エラーによる標的mRNA レベルの変化を区別するために利用された。各々の試料に対し、標的mRNAの レベルがその試料内の対照mRNAレベルと比較された。断片はQiaex樹脂 (Qaigen Inc.Chatsworth,CA)により1xTAEアガロ ースゲルから精製された。それらはアルファ32P dCTPを含むAmersh amニックトランスレーションキット(Amersham Corporati on, Arlington Heights,III.)を用いて切断修復標 識した。オートラジオグラフィーは−70℃にて補カスクリーン(DuPont ,Wilmington DE)を用いて1から3日行った。各々のプローブの オートラジオグラム信号は24時間暴露後にデンシトメーターにより測定され、 標的/内部対照mRNAレベルの比が計算された。 リボヌクレアーゼ保護アッセイは以下のように実施された:RNAはQiag en RNeasy Plant Total RNAキットを用いて、BMS 原形質体またはカルス材料から調製された。プローブはAmbion Maxi scriptキットを用いて作製され、典型的には108cpm/マイクログラ ムまたはそれ以上であった。プローブはそれらが使用される日と同じ日に作製さ れた。それらはゲル精製され、RNaseを含まない10mMトリス(pH8) に再懸濁して、氷上で保たれた。プローブは使用直前に5x105cpm/μl に希釈された。5μgのカルス由来のRNAまたは20μgの原形質体由来のR NAは4Mグアニジン緩衝液中で5x105cpmのプローブとインキュベート された。[4Mグアニジン緩衝液:4Mグアニジン チオシアネート/0.5% サルコシル/25mMクエン酸ナトリウム(pH7.4)]。40μlのPCR 鉱物油が蒸発を防ぐために各々のチューブに加えられた。試料は95℃に3分間 加熱され、すぐに45℃の水浴に入れられた。インキュベーションは一夜続けら れた。試料当たり600μlのRNase Treatment Mixが加え られ、37℃で30分インキュベートされた。(RNase Treatmen t Mix:400mM NaCl、40単位/ml RNaseおよびT1) 。チューブ当たり12μlの20%SDSが加えられ、直後に各々のチューブに 12μl(20mg/ml)のプロテイナーゼKが加えられた。チューブは穏や かにかき混ぜ、37℃で30分インキュベートした。各々のチューブに750μ lの室温のRNaseを含まないイソプロパノールを加え、繰り返し逆にしてS DSを溶液に溶解させる。試料は室温で20分間最高速度で微量遠心した。ペレ ットは45分、風乾した。15μlのRNA Running緩衝液を各々のチ ューブに加え、30秒間強くボルテックスした。(RNA Running緩衝 液:95%ホルムアミド・20mM EDTA/0.1%ブロモフェノール ブ ルー/0.1%キシレンサイアノール)。試料は95℃に3分間加熱し、8%変 性アクリルアミドゲルにのせた。ゲルは真空乾燥され、ホスホロイメージャース クリーンへ4から12時間暴露した。 パートB GBSSおよびGBSS標的化リボザイムRNAの両方を発現してい る非再生可能カルスにおけるGBSS mRNAレベルの減少を示している結果 。GBSS標的遺伝子に対するRNAおよびGBSS mRNAを標的とする活 性マルチマーリボザイムを発現している非再生可能カルスの産生が実施された。 GBSSおよびリボザイム(−)対照RNAを発現しているトランスジェニック もまた産生された。全RNAはトランスジェニック株から調製された。7つのリ ボザイム(−)対照形質転換体および8つの活性RPA63株にノーザン分析が 実施された。この分析のためのプローブは完全長トウモロコシGBSS cDN AおよびトウモロコシΔ9cDNA断片であった。充填または取扱エラーによる G BSS mRNAレベルの変位と真のリボザイム仲介RNA減少を区別するため 、GBSS mRNAのレベルがその試料内のΔ9mRNAのレベルと比較され た。リボザイム仲介標的RNA減少を示す株を同定するため、リボザイム発現お よびリボザイム(−)カルス間で完全長GBSS転写体のレベルが比較された。 ブロット間の変位は二重の分析で調節された。 GBSS/Δ9比の幅がリボザイム(−)トランスジェニック間で観察された 。標的mRNAは導入遺伝子により産生され、内在性Δ9mRNAよりも発現が 変化しやすいであろう。活性系統(RPA63)AA,EE、KKおよびJJは 、リボザイム(−)対照トランスジェニック物に比較して10倍ほどもGBSS /Δ9のレベルが減少しているのが示され、これは図25にグラフで示されてい る。これらの活性系統はここに説明されているRT−PCRによりGBSS標的 化リボザイムを発現していることが示された。 Δ9mRNAと比較したGBSSmRNAの減少はRNAse保護アッセイで も観察された。 パートC Δ−9デサチュラーゼmRNAを標的とするリボザイムを発現してい るトランスジェニック植物におけるΔ−9デサチュラーゼレベルの減少の実証。 高ステアリン酸トランスジェニック体、RPA85−06およびRPA85−1 5は各々融合リボザイムマルチマー遺伝子の無傷のコピーを含んでいる。各々の 株内で、植物はリボザイムRNAの存在をRT−PCRによりスクリーニングさ れた。実施例27に記載したプロトコールを使用した。RPA85リボザイム発 現は、葉に高ステアリン酸を含む85−06および85−15株の植物で実証さ れた。各々の株のからの6つの高ステアリン酸植物ならびに非形質転換(NT) および形質転換対照(TC)植物でノーザン分析が実施された。この分析のため のプローブはトウモロコシΔ−9デサチュラーゼcDNAおよびトウモロコシア クチンcDNAからのcDNA断片であった。充填または取扱エラーによるΔ9 mRNAレベルの変位を真のリボザイム仲介減少から区別するため、Δ9mRN Aのレベルはその試料内のアクチンmRNAのレベルと比較された。前記のデン シトメーター読み取りを用いて、各々の試料に対して比が計算された。0.55 から0.88の範囲のΔ9/アクチン比の値が85−06植物で計算された。非 形質転換対照の平均Δ9/アクチン比は2.7であった。86−06およびNT 葉の間にはΔ9/アクチン比で明かな4倍の減少があった。85−06高ステア リン酸およびTC植物間のΔ9/アクチン比の比較では、平均3倍の減少がΔ9 /アクチンで観察された。このデータは図26にグラフにされている。0.35 から0.53のΔ9/アクチン比の幅(平均0.43)がRPA85−15高ス テアリン酸トランスジェニック体で計算された。この実験において、NT植物に 対する平均Δ9/アクチン比は1.7であった。NT対照および85−15高ス テアリン酸植物間の平均Δ9/アクチン比を比較すると、85−15Δ9mRN Aにおいての3.9倍の減少が示された。Δ9/アクチン比が85−15高ステ アリン酸および正常ステアリン酸(TC)植物間で比較された場合、明かなΔ9 mRNAレベルの3倍の減少がRPA85−15高ステアリン酸トランスジェニ ック体で観察された。これらのデータは図27にグラフにされている。これらの データはRPA85リボザイムを発現し、葉に高められたレベルのステアリン酸 を産生しているトランスジェニック植物におけるΔ−9デサチュラーゼmRNA のリボザイム仲介減少を示している。実施例29:活性なリボザイム活性の結果としてのトウモロコシ葉におけるΔ− 9デサチュラーゼダウンレギュレーションの証拠 Δ−9デサチュラーゼリボザイム遺伝子の不活性体で形質転換された植物が製造 された。不活性Δ9リボザイムトランスジェニック株RPA113−06および 113−17においては対照レベルの葉ステアリン酸をデータは示している。リ ボザイム発現およびノーザン分析がRPA113−06株で実施された。Δ−9 デサチュラーゼタンパク質レベルがRPA113−06株の植物で決定された。 リボザイム発現は前に記載したように測定された。植物113−06−04、− 7および−10は検出可能なレベルのRPA113不活性Δ9リボザイムを発現 していた。1.8%−3.9%の葉ステアリン酸を持つ(すべて対照の範囲内に 含まれる)113−06株の5つの植物でノーザン分析が実施された。対照と比 較した場合、RPA113−16植物ではリボザイム発現または葉ステアリン酸 の上昇と相関したΔ−9デサチュラーゼmRNAの減少は観察されず、図28に グラフ化されている。タンパク質分析はRPA113−17植物での上昇した葉 ステアリン酸と相関したΔ−9デサチュラーゼタンパク質レベルの減少を示さな かった。このデータは図29(a)にグラフ化されている。二つのRPA113 不活性トランスジェニック株からのデータを一緒にすると、リボザイム活性はR PA85株で観察された高ステアリン酸表現型の原因であることを示している。 RPA85リボザイムはRPA113リボザイムの活性版である。実施例30:トウモロコシ葉(RO)におけるステアロイル−ACPΔ−9デサ チュラーゼレベル、トウモロコシ葉(RO)におけるΔ−9デサチュラーゼレベ ルのリボザイム仲介減少の実証 パートA トウモロコシ葉からのステアロイル−ACP Δ−9デサチュラーゼ の部分精製。特に記述しない限り、すべての方法は4℃で実施された。トウモロ コシ葉(50mg)を採取し、液体N2中、乳鉢および乳棒で細かい粉末になる まで挽いた。タンパク質は、25mMリン酸ナトリウム pH6.5、1mMエ チレンジアミン四酢酸、2mMジチオスレイトール、10mMフェニルメチルス ルホニウム フルオリド、5mMロイペプチンおよび5mMアンチパピンから成 る等容量の緩衝液Aで抽出した。粗ホモジネートは10,000xgで5分、遠 心分離した。上清はBio−Radタンパク質アッセイキット(Bio−Rad Laboratories,Hercules,CA)で総タンパク質濃度をア ッセイした。総タンパク質の100マイクログラムを緩衝液Aで希釈して500 μlの最終容量とし、50μlの混合SP−セファロースビーズ(Pharma cia Biotech Inc.,Piscataway,NJ)へ加え、簡 単にボルテックスして再懸濁した。氷上に10分間放置してタンパク質をセファ ロースビーズに結合させた。結合後、Δ−9デサチュラーゼ−セファロースを1 0秒遠心分離し(10,000xg)、デカントし、緩衝液A(500μl)で 3回洗浄し、200mM塩化ナトリウム(500μl)で1回洗浄した。50μ lの処理緩衝液(125mMトリス−HCl pH6.8、4%ドデシル硫酸ナ トリウム、20%グリセロールおよび10% 2−メルカプトエタノール)中で 5分間煮沸することにより溶出させた。試料は5分間遠心分離した(10,00 0xg)。上清をウェスタン分析にために保存し、セファロースビーズからなる ペレットは廃棄した。 パートB ステロイル−ADP Δ−9デサチュラーゼの減少を示すために使用 されたウェスタン分析法。部分的に精製されたタンパク質はLaemmli,U .K.(1970)”ファージT4の頭部の組立における構造タンパク質の切断 ”,Nature 227,660−685に記載されているようにドデシル硫 酸ナトリウム(SDS)−ポリアクリルアミドゲル(10% PAGE)で分離 した。各々のブロットに含まれるΔ−9デサチュラーゼレベルの変位を区別する ため、以下に説明するように大腸菌からの過剰発現されたΔ−9デサチュラーゼ が精製および定量され標品とされた。タンパク質はPharrnacia Se mi−Dry Blotter(Pharmacia Biotech Inc ..Piscataway,NJ)およびTowbin緩衝液(Towbin e t al.1979)を用いて電気泳動的にECLTMニトロセルロース膜(Am ersham Life Sciences,Arlington Heigh ts,Illinois)へ移された。非特異的結合部位は10%乾燥ミルクを 含むリン酸緩衝液で1時間かけて遮断した。免疫反応性ポリペプチドはECLTM ウェスタンブロッティング検出試薬(Amersham Life Scien ces,Arlington Heights,Illinois)を用い大腸 菌発現トウモロコシΔ−9デサチュラーゼに対して上げられた抗血清で検出され た。抗体はBerkeley Antibody Co.による標準プロトコー ルに従って産生された。第二抗体は西洋ワサビペルオキシダーゼ(BioRad )に複合されたヤギ抗ウサギ血清であった。オートラジオグラムはデンシトメー ターで走査され精製大腸菌Δ−9デサチュラーゼとの相対量に基づいて定量され た。これらの実験は2回行い、平均減少が記録された。 パートC Δ−9デサチュラーゼmRNAへ標的化されたリボザイムを発現して いるR0トウモロコシ葉中のΔ−9デサチュラーゼレベルの減少の実証。高ステ アリン酸トランスジェニック株、RPA85−15は融合マルチマー遺伝子の無 傷のコピーを含んでいる。本明細書に記載されているプロトコールを用いてR0 トウモロコシ葉からΔ−9デサチュラーゼが部分精製された。パートBで説明し たように、リボザイム活性(RPA85−15)およびリボザイム不活性(RP A113−17)植物および非形質転換(HiII)植物に対してウェスタン分析 が実施された。ウェスタン分析により、非形質転換株(HiII)でΔ−9デサチ ュラーゼの天然の変位が決定された、図29Aを参照されたい。リボザイム不活 性株RPA113−17ではΔ−9デサチュラーゼの減少は観察されず、非形質 転換株(HiII)と比較してもその範囲内であった。対照と比較した場合、Δ− 9デサチュラーゼの明かな50%減少が株RPA85−15の6つの植物で観察 された(図29B)。これと同時に、これら同一の6つの植物はステアリン酸が 増加し、Δ−9デサチュラーゼmRNAが減少していた(実施例28および32 に記載したように)。しかしながら、株RPA85−15からの9つの活性リボ ザイム植物は非形質転換株(HiII)およびリボザイム不活性株(RPA113 −17)と比較しても有意な減少を示さなかった(図29AおよびB)。ひとま とめにして、これらの結果は株RPA85−15からの6つの植物におけるリボ ザイム活性は減少したΔ−9デサチュラーゼの原因となっていることを示唆して いる。実施例31:大腸菌発現およびトウモロコシΔ−9デサチュラーゼ酵素の精製 パートA トウモロコシΔ−9デサチュラーゼcDNAの一部をコードしている 成熟タンパク質が細菌T7発現ベクターpET9D(Novagen Inc. ,Madison,WI)内へ挿入された。成熟タンパク質コード領域は成熟ヒ マの実ポリペプチド配列から演繹された。32位のアラニン(cDNAのnt2 39−241)は最初の残基と称されている。これは配列Ala.Val.Al a.Ser.Met.Thr内に観察される。制限エンドヌクレアーゼNheI 部位がPCRによりトウモロコシ配列内へ導入され、GCCTCCをGCTAG Cに換えることにより、およびBamHI部位が3’末端に加えられた。このこ とはタンパク質のアミノ酸配列は変化させない。cDNA配列はNheIおよび Ba mHI部位を用いてpET9dベクター内へクローン化された。この組換えプラ スミドはpDAB428と称された。細菌で発現されるトウモロコシΔ−9デサ チュラーゼタンパク質は追加のメチオニン残基を5’末端に持っている。このp DAB428プラスミドは細菌株BL21(Novagen,Inc.,Mad ison,WI)内へ形質転換され、LB/カナマイシンプレート(25mg/ ml)に置かれた。コロニーはカナマイシン(25mg/ml)およびIPTG (1mM)を含む10mlのLBに再懸濁され、37℃にて3時間振とう機で増 殖させた。4℃で10分、1000xgで遠心分離して細胞を採取した。細胞ペ レットは凍結−融解を2回繰り返し、続いて1mlの溶解緩衝液(10mMトリ ス−HCl pH8.0、1mM EDTA、150mM NaCl、0.1% トリトンX100、100μg/ml DNAse、100μg/ml RNA se、および1mg/ml リゾチーム)を加えることにより細胞を溶解させた 。混合物は37℃で15分インキュベートした後、4℃で10分1000xgで 遠心分離した。上清は可溶性タンパク質分画として使用される。 25mMリン酸緩衝液(pH6.0)に調整した上清は氷上で1時間冷却させ た。その後、羊毛のような沈澱は遠心分離により除去した。氷インキュベーショ ン工程をもう二回繰り返した後は、溶液は透明のままである。清澄化した溶液は 25mMリン酸緩衝液(pH6.0)で平衡化されているMono S HR1 0/10カラム(Pharmacia)に加えた。カラムマトリックスに吸着し た塩基性タンパク質は0ー500mM NaCl濃度勾配を用い、1時間以上か けて(2ml/min;2ml分画)溶出した。問題とする推定タンパク質はS DS−PAGEを行い、PVDF膜上にブロットし、クーマシーブルーで可視化 し、切り出し、およびアミノ末端配列分析のためHarvard Microc hemへ送られた。cDNAクローンによりコードされているタンパク質アミノ 末端配列との比較により、本タンパク質は本当にΔ9であったことが明らかにさ れた。発現されたタンパク質と会合しているジ鉄−オキソ成分の分光学的分析( Fox et al,1993 Proc.Natl.Acad.Sci.US .90,2486−2490)、ならびに非ヘム鉄株を用いる同定(Leong et al.,1992 Anal.Biochem.207,317−32 0) から精製されたタンパク質はΔ9であることが確認された。 パートB ポリクローナル抗血清の産生 大腸菌産生Δ−9タンパク質(アミノ末端配列決定により決定されたように) はウサギにおけるポリクローナル血清製造のため、SDS−PAGEによりゲル 精製し、切り出し、ゲルマトリックスに入れたままBerkeley Anti body Co.,Richmond,CAへ送られた。Δ9に対する抗体の力 価はECL検出系(Amersham,Inc.)を用いるウェスタン分析によ り決定された。 パートC コーン殻粒からのΔ−9デサチュラーゼの精製 タンパク質沈澱:ワーリングブレンダーを用い、25mM亜硫酸水素ナトリウム および2.5%ポリビニルポリピロリドンを含む25mMリン酸緩衝液(pH7 .0)中でホモジナイズしてコーン殻粒からΔ9が精製される。粗ホモジネート はチーズ布を通して濾過され、0.25時間遠心分離され(10,000xg) 、得られた上清はチーズ布をもう一度通して濾過された。ある場合は、上清は2 0%v/vでの、続いての80%v/vによる沈澱による飽和硫酸アンモニウム 沈澱により分画された。高油性胚原質から得られた抽出物は、5−および25% v/vの最終濃度で50%ポリエチレングリコール溶液(mw=8000)を添加 することにより分画された。すべての場合において、Δ9タンパク質は80%硫 酸アンモニウムまたは25%ポリエチレングリコールで沈澱された。得られたペ レットは25mMリン酸ナトリウム緩衝液(pH6.0)でよく透析された。 カチオン交換クロマトグラフィー:前記のように可溶化されたペレット物質は遠 心分離により清澄化され、25mMリン酸緩衝液(pH6.0)で平衡化されて いるMono S HR10/10カラムに加えた。よくカラムを洗浄した後、 カラムマトリックスに結合された塩基性タンパク質は0ー500mM NaCl 濃度勾配を用い、1時間以上かけて(2ml/min;2ml分画)溶出した。 酵素的およびウェスタン分析により決定されるように、典型的には、Δ9タンパ ク質は260−および350mM NaClの間で溶出された。透析後、この物 質はアシルキャリアタンパク質(ACP)−セファロースおよびフェニルセファ ロースクロマトグラフィーによりさらに分画された。 アシルキャリアタンパク質−セファロースクロマトグラフィー:ACPはビーズ に結合する前にSigma Chemical Companyから購入され、 pH4.1での沈澱により精製された(Rock and Cronan 19 81 J.Biol.Chem.254,7116−7122)。ACP−セフ ァロースは本質的にPharmacia Inc.により記載されているように 、包装品の100mgのACPをシアノーゲンブロミド活性化セファロース4B ビーズに共有結合させることにより調製される。結合、および残存部位をグリシ ンで塞いだ後、ACP−セファロースはHR5/5カラム(Pharmacia ,Inc.)に充填し、25mMリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.0)で平衡 化した。前記の同定された透析分画をカラムに加えた(McKcon and Stumpf,1982 J.Biol.Chem.257,12141−12 147;Thompson et al.,1991 Proc.Natl.A cad Sci.USA 88,2578−2582)。カラムをよく洗浄した 後、ACP−結合タンパク質は1M NaClを用いて溶出された。酵素的およ びウェスタン分析、続いてのアミノ末端配列決定は溶出液がΔ−9タンパク質を 含んでいることを示した。コーンから精製されたΔ−9タンパク質はSDS−P AGE分析により約38kDaの分子サイズを持っていることが決定された(H ames,1981,Gel Electrophoresis of Pro teins: A Practical Approach,Hames BD およびRickwood,D.編,IRL Prcss,Oxford)。 フェニルセファロースクロマトグラフィー:ACP−セファロースカラムから得 られたΔ9含有分画は0.4M硫酸アンモニウムに調整され(25mMリン酸ナ トリウム、pH7.0)、Pharmacia フェニルセファロースカラム( H R10/10)に加えられた。タンパク質は濃度勾配(0.4−0.0M硫酸ア ンモニウム)を行いながら2ml/minで1時間溶出させた。酵素的およびウ ェスタン分析により決定されたところ、Δ9タンパク質は典型的には60−およ び30mM硫酸アンモニウムの間で溶出された。実施例32:Δ−9デサチュラーゼリボザイムでの植物の形質転換の結果として 葉中のステアリン酸の増加の証拠 パートA 植物組織中のステアリン酸レベルの決定に使用された方法。植物組織 からの脂肪酸の抽出およびエステル化のための方法は以前に記載されている方法 (Browse et.al.,1986,Anal.Biochem.152 ,141−145)を修正したものである。20mgの植物組織の一つをPyr ex 13mmねじ栓付き試験管に入れた。1mlのメタノール性HCl(Su pelco,Bellefonte,PA)を加えた後、試験管は窒素ガスでパ ージして封をした。試験管は80℃で1時間加熱し、放置して冷却した。メタノ ール性HCl存在下で加熱すると、脂肪酸の抽出ならびにエステル化が行われる 。ヘキサンで抽出することにより、反応混合物から脂肪酸メチルエステルが除か れる。1mlのヘキサンおよび1mlの0.9%(w/v)NaClを加え、続 いて試験管を激しく振とうさせた。2000rpmで5分間試験管を遠心分離し 、上部のヘキサン層を取りだして、脂肪酸メチルエステルの分析に使用した。ガ スクロマトグラフ分析は、水素炎イオン化検出器およびJ&W Scienti fic(Folsom,CA)DB−23カラムを備えたHewlett Pa ckard(Wilmington,DE)Series II モデル5890 ガスクロマトグラフに1μlの試料を注入することにより実施した。測定を通し てオーブン温度は150℃であり、キャリアガス(ヘリウム)の流量は80cm /secであった。測定時間は20分であった。この条件は問題とする5つの脂 肪酸メチルエステルの分離を可能にする:C16:0、パルミチン酸メチルエス テル;C18:0、ステアリン酸メチルエステル;C18:1、オレイン酸メチ ルエステル;C18:2リノール酸メチルエステル;およびC18:3、リノレ ン酸メチルエステル。データ収集および分析はHewlett Packard Series IIモデル3396積分計およびPE Nelson(Perki n Elmer,Norwalk,CT)データ収集システムにより実施された 。試料中の各々の脂肪酸のパーセントはデータ収集システムの読み出しにより直 接的に得られた。各々の脂肪酸の定量的量は5つの脂肪酸メチルエステルの既知 の量を含む標準品(Matreya,Pleasant Gap,PA)のピー ク面積を用いて計算された。計算された量は、試料中の5つの脂肪酸により表さ れるパーセント(総新鮮重量の)の推定に使用された。抽出およびエステル化過 程の間の脂肪酸損失の補正は行われなかった。抽出およびエステル化過程にかけ た後の(組織なしで)標準試料の回収率は、試料の元々の量に依存して90から 100%の範囲であった。抽出混合物中に植物組織が存在しても、標準品の既知 の量の回収には何の影響も与えなかった。 パートB Δ−9デサチュラーゼリボザイムの導入による葉中のステアリン酸増 加の実証。個々の植物からの葉組織のステアリン酸がパートAに記載したように アッセイされた。活性Δ−9デサチュラーゼリボザイム(RPA85、RPA1 14、RPA118)で形質転換された35系統からの総計で428の植物およ びΔ−9デサチュラーゼ不活性リボザイム(RPA113、RPA115、RP A119)で形質転換された31系統からの406植物がアッセイされた。表X Iはこれらの植物中のステアリン酸レベルについて得られた結果を要約している 。活性系統からの植物の7パーセントは3%を超えるステアリン酸レベルを持っ ており、2%が5%を超えるレベルを持っていた。不活性系統からの植物の3% のみが3%を超えるステアリン酸レベルを持っていた。対照植物の2パーセント が3%を超えるステアリン酸を含む葉を持っていた。対照には49の非形質転換 植物および73のΔ−9デサチュラーゼに関係しない遺伝子で形質転換された植 物である。不活性系統または対照からの植物で4%を超える葉ステアリン酸を持 っているものはなかった。活性Δ−9デサチュラーゼリボザイムRPA85で形 質転換された系統の二つは葉にステアリン酸が増加した多くの植物を産生した。 系統RPA85−06はアッセイされた15の植物の内の6が3および4%の間 のステアリン酸レベルを持ち、対照の平均の約2倍である(図30)。対照植物( 1 22植物)の平均ステアリン酸含量は1.69%(SD±0.49%)であった 。系統RPA85−06からの葉の平均ステアリン酸含量は2.86%(±0. 57%)であった。系統RPA85−15のステアリン酸レベルがアッセイされ た15の植物の内の6は対照の平均より約4倍であった(図31)。系統RPA 85−15の平均葉ステアリン酸含量は3.83%(±2.53%)であった。 葉分析がRPA85−15植物で繰り返された場合、前に正常なステアリン酸レ ベルを示した植物からの葉中のステアリン酸レベルは正常のまま残っており、高 ステアリン酸を持つ植物からの葉は再び高いことが観察された(図31)。不活 性ででリボザイム(RPA113)で形質転換された二つの系統からの植物の葉 中のステアリン酸レベルは図32および33に示されている。RPA113−0 6は3%またはそれより高いステアリン酸含量を持つ3つの植物を持っていた。 系統RPA113−06からの葉の平均ステアリン酸含量は2.26%(±0. 65%)であった。RPA113−17は3%を超えるステアリン酸含量の葉を 含む植物は持っていない。系統RPA113−17からの葉の平均ステアリン酸 含量は1.76%(±0.29%)であった。15の対照植物からの葉のステア リン酸含量が図34に示されている。これら15の対照植物の平均ステアリン酸 含量は1.70%(±0.6%)であった。対照および不活性Δ−9デサチュラ ーゼリボザイムデータを比較した場合、RPA85−06およびRPA85−1 5中のステアリン酸含量から得られた結果は、Δ−9デサチュラーゼリボザイム の導入によるステアリン酸含量の増加を示している。実施例33:葉における高ステアリン酸特性の遺伝 A 高ステアリン酸植物の子孫の葉におけるステアリン酸レベルの結果 RPA85−15株由来の植物はここに述べる方法にて受粉された。受粉の2 5日後、接合子胚はこれらRPA85−15植物の未熟な種子より摘出され、再 生植物体の成長のためにここに記述された培地上に置かれた。その植物が温室へ 移された後、脂肪酸分析が葉組織で行われた。図35は交配のひとつ、RPA8 5−15.07の自家受粉で作られた10個の異なる植物体から得た葉のステア リン酸レベルを示す。50%の植物が高い葉中ステアリン酸値を示し、50%が 通常のステアリン酸値を示した。表12はRPA85−15植物体の5つの異な る交配の結果を示す。高ステアリン酸値を示した植物の範囲は20%から50% であった。 B△9デサチュラーゼmRNAを標的としたリボザイムを発現している、次世代 (R1)トウモロコシ葉における△9デサチュラーゼレベルの減少を示す結果 高ステアリン酸含量を示した次世代トウモロコシ植物体(上記A参照)におけ る△9デサチュラーゼは、ここに記述された方法を使ってR1トウモロコシ葉か ら部分精製された。ウエスタン分析が高ステアリン酸を示す植物のいくつかで行 われた。次世代の葉においては、高ステアリン酸含量をもつこれらの植物体で、 △9デサチュラーゼの40%から50%の減少が観察された(図36)。その減 少はR0トウモロコシ葉に匹敵した。この減少はRPA85−15花粉で受粉さ せたOQ414株でも、自家受粉または同胞の植物体の花粉で受粉させたRPA −85−15株でも観察された。その結果、リボザイムにコードされた遺伝子は 遺伝しうることが示唆された。実施例34 : アンチセンスー△9デサチュラーゼ不飽和酵素を用いた植物組 織におけるステアリン酸の増加 A トウモロコシ体細胞胚の培養法 トウモロコシ胚形成カルスの生産と再生がここで述べられた。体細胞胚はこの 胚形成カルスの大部分を形作っている。体細胞胚は二週間毎に継代されたため、 カルスの形態をとり続けた。胚形成カルス内の体細胞胚は増殖を続けたが、通常 培地中の2,4−Dの影響で胚発生の早いステージに留まっていた。カルスはこ こで述べられた再生法で処理されたため、小さな植物体へ再生した。体細胞胚は 再生中は根や芽を形成し、胚としての発生を終了した。体細胞胚は特別な培地で 処理することにより、胚形成カルスや非再生過程においてみられた発生初期のス テージを越えて種子胚として発生した。この培地処理は胚形成胚形成カルスを6 %(w/v)しょ糖含有、植物ホルモン不含のMurashigeとSkoog の培地(MS;Murashige and Skoog, 1962)へ移 すことを含んでいる。カルスは6%しょ糖を含むMS培地で7日間生育され、体 細胞胚は6%しよ糖と10uMアブシジン酸(ABA)を含んだMS培地に個々 に移された。体細胞胚はABA培地で3日から7日間生育後、ここに記述された ように脂肪酸組成を調べられた。上記培地で生育された体細胞胚の脂肪酸組成は 、胚形成カルスや受粉12日後のトウモロコシ接合子胚の脂肪酸組成と比較され た(表13)。体細胞胚の脂肪酸組成は、胚形成カルスの脂肪酸組成とは異なっ ていた。胚形成カルスはC16:0とC18:3の高いパーセンテージとC18 :1とC18:2の低いパーセンテージを持っていた。生重量当たりの脂肪の割 合は胚形成カルスと体細胞胚とを比較した場合、0.4%対4.0%で異なって いた。接合子胚と体細胞胚の脂肪酸組成はよく似ており、両者の生重量当たりの 脂肪の割合はほとんど同じであった。このことは上記の体細胞胚培養系がトウモ ロコシの胚発生において、脂肪合成に関係するいくつかの遺伝子の影響をテスト するための有用なin vitroの系となるであろうことを示している。 B △9デサチュラーゼ遺伝子導入の結果としてのトウモロコシ体細胞胚におけ るステアリン酸の増加 体細胞胚はpDAB308/pDAB430でトランスフォームした胚形成カ ルスから、ここに記述した方法を用いて作成した。16個の異なる株からの体細 胞胚の脂肪酸組成を測定した。308/430−12と308/430−15の 2つの株が高いステアリン酸値を持つ体細胞胚を作成した。これら2つの株から の量を図37、38のようにコントロール株の体細胞胚のステアリン酸量と比較 した。コントロール株はトランスフォームしないだけで、トランスフォームした 元の同じ培養からのものである。308/430−12株については体細胞胚に おけるステアリン酸の割合は1%から23%で、一方コントロールの割合は0. 5%から3%であった。308/430−15株については体細胞胚におけるス テアリン酸の割合は2%から15%であり、コントロールの割合は0.5%から 3%であった。トランスフォームした株の両方で50%以上の体細胞胚がコント ロールの上記の割合のステアリン酸値を持っていた。上記の結果はアンチセンス −△9デサチュラーゼ遺伝子がトウモロコシの体細胞胚においてステアリン酸値 を上昇させるのに使用できることを示している。 C アンチセンス−△9デサチュラーゼ遺伝子の導入による、葉におけるステア リン酸増加の証拠 308/430−12株と308/430−15株からの胚形成培養組織が植 物体の再生に用いられた。これらの植物体の葉は前述の方法を使って脂肪酸組成 が分析された。308/430−15培養組織から4個の植物体のみが得られた が、これらの植物体のステアリン酸レベルは正常、すなわち1−2%であった。 308/430−12株のの植物体の葉におけるステアリン酸レベルが図39に 示されている。308/430−12株からの植物体では葉におけるステアリン 酸レベルは1%から13%の範囲にあった。308/430−12株からの植物 体の約30%がコントロールで観察された範囲、1−2%を越えていた。これら の結果はアンチセンス−△デサチュラーゼ遺伝子の導入により、トウモロコシの 葉において増加しうることを示している。 「アンチセンス」によるというのは、RNA−RNA、あるいはRNA−DN A、あるいは RNA−PNA(protein nucleic acid; Egholm et al., 1993 Nature 365, 566) の相互作用によってRNA(標的となるRNA)と結合し、標的RNAの活性を 部分的に変える、非酵素的な核酸分子を意味する(総説としてStein an d Cheng, 1993, Science 261, 1004参照)。実施例35: 貯蔵されたデンプンの試料や種子1個中のトウモロコシのアミロ ース含量の分析 アミロース含量はHovenkamp−Hermelink et al.( Potato Research 31:241−246) の変法により分析 された。プールされたデンプン試料については、10mgから100mgのデン プンがプラスチックの培養チューブ中で、5mlの45%過塩素酸に溶解された 。その溶液はボルテックスによってときどき撹拌された。1時間後、0.2m lのデンプン溶液は水で10mlまで希釈された。0.4mlの希釈溶液はそれ から1mlのキュベット中で0.5mlの希釈されたルゴール液(Sigma) と混合された。618nmと550nmにおける吸光度が直ちに測定され、R比 (618nm/550nm)が計算された。ジャガイモのアミロースとトウモロ コシのアミロペクチン(シグマ、セントルイス)から作られた標準方程式を用い て、アミロース含量が決定された。冷凍された種子試料1個については、45% 過塩素酸中での抽出が1時間ではなくて20分であるということ以外は上記と同 じ方法が用いられた。実施例36: デンプンの精製と顆粒結合デンプン合成酵素(GBSS)分析 デンプンの精製と以下のGBSS活性測定はShure等の方法(Cell, 35:225−233, 1983)とネルソン等の方法(Plant Phy siology, 62: 383−386, 1978)を修正したものであ った。トウモロコシの種子は2倍量(v/w)の50mM Tris−HCl, pH 8.0, 10mM EDTA中でホモジナイズされ、120um のナ イロン膜で濾過された。材料はそれから5000gで2分間遠心分離され、上清 が捨てられた。沈殿は水に再溶解することによって3回洗浄され、遠心分離操作 によって上清が除かれた。洗浄後、デンプンは20umのナイロン膜で濾過され 、遠心分離された。沈殿はそれから凍結乾燥され、活性の測定に用いるまで−2 0℃で保存された。 標準GBSS反応混合液は、全量200ul中に0.2M Tricine、 pH8.5、25mMグルタチオン、5mM EDTA、1mM 14C AD PG (6 nci/ umol)、10mg デンプンを含んでいた。反応は 37℃で5分間行われ、200ulの70%エタノール(v/v)、0.1M KCl中を加えることにより止められた。材料は遠心分離され、上清中の結合し ていないADPGが除かれた。沈殿はそれから1mlの水で、同じ方法で4回洗 浄された。洗浄後、沈殿は500ulの水に溶かされ、シンチレーションバイア ル中に移され、取り込まれたADPGがベックマン(Fullerton,CA ) シンチレーションカウンターで測定された。比活性は1mgのデンプン中、1分 当たりにデンプン中に取り込まれたADPGの濃度、pmolで与えられた。実施例37: アンチセンス−GBSS植物体の解析 R2種子を分離するため、1個の種子がアミロース含量の分析に用いられ、表 現型が同定されるべきである。この研究では大量の試料が生ずるため、2段階の スクリーニング方法が用いられた。第一段階では30個の種子が同じ穂からラン ダムに取り出され、凍結乾燥され、デンプン粉の中にホモジナイズされた。デン プン粉の上でアミロース解析が行われた。アミロース含量の減少した株は統計解 析により決定された。第二段階ではアミロース含量が減少した株における種子1 個のアミロース含量がより詳細に調べられた(1穂当たり25から50個の種子) 。スクリーニングには2セットのコントロールが用いられた。そのセットのひと つは同じ遺伝的な背景をもつがトランスフォームしていない株であり、もうひと つは分離するためのトランスジーンを持たない(サザン分析がネガティブな株) トランスフォームした株である。 16個のトランスフォームを代表する81株がデンプン貯蔵量を調べられた。 それらの株のうち、統計処理によりアミロース含量が有意に減少していた6株に ついてさらに詳細な種子1個の解析が行われた。ある株、308/425−12 .2.1はアミロース含量の有意な減少を示した(図40)。 従来のトウモロコシの近交系であるCQ806株の、25個それぞれの種子が 分析された。CQ806株のアミロース含量は24.4%から32.2%の範囲 で、平均は29.1%であった。1個の種子におけるアミロース含量の分布は、 低アミロース含量に少し傾いていた。308/425−12.2.1.1株の4 9個の種子が分析された。半接合の個体の自家受粉から由来した308/425 −12.2.1.1については、内胚乳が3倍体なのでどう頻度で存在する、4 つの異なる遺伝的な種類より構成される分布が期待される。4つの遺伝学的なク ラスはそれぞれアンチセンス構築物を0、1、2、3コピー持つ個体によって構 成されている。導入遺伝子による大きな量的効果があるとすると、アミロース含 量の分布は4つのモードを持つはずである。得られた分布のうちのひとつのモー ドは導入遺伝子のなしの親と区別がつかない。もし導入遺伝子(1、2、3コピ ーの導入遺伝子を持つ個体は等価の表現形質を持つ)の量的効果が無いならば、 ひとつは親のモードと同一なふたつのモードを持つはずである。このモードでの 個体の数は遺伝子導入:親の比が3 : 1になるはずである。308/425 −12.2.1.1の分布は明瞭な3つのモードを持つ。中心のモードは他のふ たつのモードのサイズの約2倍である。2つの端のモードはおおよそ同じサイズ である。1:2:1比の適合度が調べられ、うまく行くことがわかった。 最も高いアミロース含量のモードが遺伝子を導入をされていない親と等しいと いうこを示すさらなる証拠を得ることできる。これはディスクリミナント分析を 使って行われた。CQ806と308/425−12.2.1.1のデータセッ トはこの分析のために結合された。この分析に用いる測定基準はアミロース含量 のデータのみを使って計算された。それぞれの分析からの分散の見積もりはすべ てのテストで用いられた。プールされない分散の見積もりが採用された。オリジ ナルデータはクラスの再編成のために用いられた。ディスクリミナント分析に基 づき、308/425−12.2.1.1の高いアミロース値を伴う全体のモー ドは親としてクラス分けするのがより望ましいかもしれない。その分布のこのモ ードが親からきていることは強く確かめられた。残り2つのモードにおいて、中 央のモードは最低のアミロース含量のモードの約2倍のサイズであった。このこ とから中央のモードはふたつの遺伝的なクラス、すなわちアンチセンスコンスト ラクトの1つか2つを持つ個体を含むことが期待されよう。もっとも低いアミロ ース含量を示すモードはこのようにそれらの個体がアンチセンスコンストラクト のコピー完全なホモ接合体(3コピー)表している。2:1の比率がテストされ 、データの基礎として却下することはできなかった。 この分析はアンチセンスGBSS遺伝子が308/425−12.2.1.1 において機能しているように、トウモロコシ種子におけるアミロース含量の濃度 依存的な減少を証明している。実施例38: リボザイム−DGBSS植物体の分析 アンチセンス研究(例37)と同様に2段階のスクリーニングがリボザイム− GBSS植物体の分析にも用いられた。11回のトランスフォーメーションに相 当する160株が貯蔵デンプンレベルを測定された。コントロール株(トランス フォーメーションしなかった株とサザン分析でネガティブだった株の両方)の中 でアミロース含量は28%から19%まで変化した。リボザイム遺伝子を維持し ているすべての株(サザン分析がポジティブだった株)においては有意な減少は 認められなかった。20株以上が種子1個のレベルでさらに分析されたが、分離 パターンと同様に有意なアミロースの減少も観察されなかった。このことはリボ ザイムが表現型においてはなんの変化も引き起こさないことを明らかにした。 トランスフォームした株はそれらのGBSS活性(例36で述べたように)に よってさらに調べられた。各株につき、30個の種子が冷凍保存された穂から取 り出され、デンプンが精製された。表14は貯蔵デンプン試料におけるGBSS 活性、貯蔵デンプンにおけるアミロース含量やサザン分析の結果について、ひと つのトランスフォーメーションに相当する9個の植物体に関する結果を示してい る。サザン分析がネガティブな3つの株、すなわちRPA63.0283、RP A63.0236、RPA63.0219は対照株として使われた。対照株RP A63.0283、RPA63.0236及びRPA63.0219のGBSS 活性は約300 units/mgデンプンであった。RPA63.0211、 RPA63.0218、RPA63.0209及びRPA63.0210株にお いて、GBSS活性の30%以上の減少が観察された。この群のサザン分析に対 するGBSS活性の相関はGBSS活性の減少はトウモロコシゲノムへ取り込ま れたリボザイム遺伝子の発現によることを示す。RPA63.0218株(サザ ン分析はポジティブで貯蔵デンプン中のGBSS活性が低下)の種子1個におけ るGBSS活性をRPA63.0306(サザン分析はネガティブで貯蔵デンプ ン中のGBSS活性は正常0を対照としてさらに検討した。それぞれの株より採 手された約30個の種子を個々の種子ごとに、デンプン試料の精製を行った。図 41はRPA63.0218株におけるGBSS活性は、RPA63.0306 と比較して明らかに低下することが示された。 他の態様は以下の請求の範囲に含まれている。 表1 天然に生ずるリボザイムの特徴 グループIイントロン ・サイズ:約150から>1000ヌクレオチド ・標的配列中、切断部位のすぐ5’側にUを必要とする。 ・切断部位の5’側で4−6ヌクレオチドに結合する。 ・反応メカニズム:グアノシンの3’−OHにより攻撃して、3’−OHおよび 5’−グアノシンを有する切断生成物を生成する。 ・場合により、折り畳みおよび活性構造の維持を助けるために別の蛋白質補助因 子を必要とする(1)。 ・このクラスには300個を越えるメンバーが知られている。Tetorahy mena thermophila rRNA、真菌ミトコンドリア、クロロプ ラスト、T4ファージ、らん藻類、および他のものにおいて介在配列として見い だされている。 ・主要な構造的特徴は、主に系統発生学的比較、突然変異、および生化学的研究 により確立された(2,3)。 ・1つのリボザイムについては、完全な速度論的フレームワークが確立されてい る(4,5,6,7)。 ・リボザイムの折り畳みおよび基質ドッキングの研究が進行中である(8,9, 10)。 ・重要な残基の化学的修飾研究はよく確立されている(11,12)。 ・小さい(4−6ヌクレオチド)結合部位のため、このリボザイムは標的RNA 切断に対して非常に非特異的であるが、TetorahymenaグループIイ ントロンは、新規b−ガラクトシダーゼ配列を不完全メッセージ上にライゲート することにより、「不完全」b−ガラクトシダーゼメッセージの修復に用いられ てきた(13)。 RNaseP RNA (M1 RNA) ・サイズ:約290から400ヌクレオチド ・偏在するリボヌクレオ蛋白質酵素のRNA部分。 ・tRNA前駆体を切断して、成熟tRNAを形成する(14)。 ・反応メカニズム:M2+−OHにより攻撃して、3’−OHおよび5’−ホスフ ェートを有する切断生成物を生成する可能性がある。 ・RNasePは原核生物および真核生物に広く見いだされる。RNAサブユニ ットは、細菌、酵母、齧歯類および霊長類から配列決定されている。 ・外部ガイド配列(EGS)を標的RNAにハイブリダイズさせることにより治 療での応用のための内因性RNasePの補給が可能である(15,16)。 ・重要なホスフェートと2’OHとの接触が最近同定された(17,18)。 グループIIイントロン ・サイズ:>1000ヌクレオチド ・最近、標的RNAのトランス切断が示された(19,20)。 ・配列要件は完全には決定されていない。 ・反応メカニズム:内部アデノシンの2’−OHが、3’−OHならびに3’− 5’および2’−5’分岐点を含む「輪縄」RNAを有する切断生成物を生成す る。 ・天然のリボザイムのみ、RNA切断およびライゲーションに加えてDNA切断 への関与が示されている(21,22)。 ・主要な構造的特徴は、主に系統発生学的比較により確立された(23)。 ・重要な2’OH接触が同定され始めている(24)。 ・速度論的フレームワークは開発中である(25)。 Neurospora VS RNA ・サイズ:約144ヌクレオチド ・最近、ヘアピン標的RNAのトランス切断が示された(26)。 ・配列要件は完全には決定されていない。 ・反応メカニズム:切れやすい結合の5’側の2’−OHにより攻撃して、2’ , 3’−環状ホスフェートおよび5’−OH末端を有する切断生成物を生成する。 ・結合部位および構造的要件は完全には決定されていない。 ・このクラスには1個のメンバーのみが知られている。Neurospora VS RNAにおいて見いだされている。 ハンマーヘッドリボザイム (参考文献については本文を参照されたい) ・サイズ:約13から40ヌクレオチド ・切断部位のすぐ5’側に標的配列UHを必要とする。 ・切断部位の両側で可変数のヌクレオチドに結合する。 ・反応メカニズム:切れやすい結合の5’側の2’−OHにより攻撃して、2’ ,3’−環状ホスフェートおよび5’−OH末端を有する切断生成物を生成する 。 ・このクラスには14個のメンバーが知られている。感染剤としてRNAを用い る多くの植物病原体(ウイルソイド)において見いだされている。 ・必須の構造的特徴はほぼ決定されており、2つの結晶構造を含む。 ・最小ライゲーション活性が示されている(インビトロ選択による工学的処置の ため)。 ・2つまたはそれ以上のリボザイムについて、完全な速度論的フレームワークが 確立されている。 ・重要な残基の化学的修飾研究はよく確立されている。 ヘアピンリボザイム ・サイズ:約50ヌクレオチド ・切断部位のすぐ3’側に標的配列GUCを必要とする。 ・切断部位の5’側の4−6ヌクレオチドおよび切断部位の3’側の可変数のヌ クレオチドに結合する。 ・反応メカニズム:切れやすい結合の5’側の2’−OHにより攻撃して、2’ ,3’−環状ホスフェートおよび5’−OH末端を有する切断生成物を生成する 。 ・このクラスには3個のメンバーが知られている。感染剤としてRNAを用いる 3つの植物病原体(タバコリングスポットウイルス、アラビスモザイクウイルス およびチコリイエローモットルウイルスのサテライトRNA)において見いださ れている。 ・必須の構造的特徴はほぼ決定されている(27,28,29,30)。 ・ライゲーション活性(切断活性に加えて)により、このリボザイムはインビト ロ選択による工学的処置が可能である(31)。 ・1つのリボザイムについて、完全な速度論的フレームワークが確立されている (32)。 ・重要な残基の化学的修飾研究が始められた(33,34)。 デルタ肝炎ウイルス(HDV)リボザイム ・サイズ:約60ヌクレオチド ・標的RNAのトランス切断が示された(35)。 ・結合部位および構造的要件は完全には決定されていないが、切断部位の5’側 の配列は必要ではない。折り畳まれたリボザイムはシュードノット構造を含む( 36)。 ・反応メカニズム:切れやすい結合の5’側の2’−OHにより攻撃して、2’ ,3’−環状ホスフェートおよび5’−OH末端を有する切断生成物を生成する 。 ・このクラスには2個のメンバーのみが知られている。ヒトHDVにおいて見い だされている。 ・環状形状のHDVは活性であり、増加したヌクレアーゼ安定性を示す(37) 。 * 待機時間は送達中の接触時間を含まない Xは、HHリボザイムのステムII領域を表す(Hertel et al.,1992 Nucleic Acids Res.20,3252)。ステムIIの長さは≧2塩基対でありうる。 Xは、HHリボザイムのステムII領域を表す(Hertel et al.,1992 Nucleic Acids Res.20,3252)。ステムIIの長さは≧2塩基対でありうる。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF ,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE, SN,TD,TG),AP(KE,LS,MW,SD,S Z,UG),UA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD ,RU,TJ,TM),AL,AM,AT,AU,AZ ,BB,BG,BR,BY,CA,CH,CN,CZ, DE,DK,EE,ES,FI,GB,GE,HU,I S,JP,KE,KG,KP,KR,KZ,LK,LR ,LS,LT,LU,LV,MD,MG,MK,MN, MW,MX,NO,NZ,PL,PT,RO,RU,S D,SE,SG,SI,SK,TJ,TM,TR,TT ,UA,UG,US,UZ,VN (72)発明者 エディントン,ブレント・ブイ アメリカ合衆国コロラド州80301,ボウル ダー,グレンウッド・ドライブ 2955,ナ ンバー 201 (72)発明者 マクスウィゲン,ジェームズ・エイ アメリカ合衆国コロラド州80301,ボウル ダー,フランクリン・ドライブ 4866 (72)発明者 マーロ,パトリシア・アン・オーウェンズ アメリカ合衆国インディアナ州46032,カ ーメル,ダービン・ドライブ 11845 (72)発明者 グオ,ライニング アメリカ合衆国インディアナ州46112,ブ ラウンズバーグ,ネルソン・サークル 7 (72)発明者 スコークト,トーマス・エイ アメリカ合衆国インディアナ州46032,カ ーメル,サットン・アベニュー 2539 (72)発明者 ヤング,スコット・エイ アメリカ合衆国インディアナ州46254,イ ンディアナポリス,ホリー・スプリング ス・ドライブ・イースト 5329 (72)発明者 フォルカーツ,オット アメリカ合衆国インディアナ州46032,カ ーメル,レッド・オーク・レーン 159 (72)発明者 マーロ,ドナルド・ジェイ アメリカ合衆国インディアナ州46032,カ ーメル,ダービン・ドライブ 11845

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.RNA切断活性を有する酵素的核酸分子であって、前記核酸分子は植物遺伝 子の発現を調節することを特徴とする核酸分子。 2.前記植物が単子葉植物である、請求項1記載の酵素的核酸分子。 3.前記植物が双子葉植物である、請求項1記載の酵素的核酸分子。 4.前記植物が裸子植物である、請求項1記載の酵素的核酸分子。 5.前記植物が被子植物である、請求項1記載の酵素的核酸分子。 6.前記核酸がハンマーヘッドコンフィギュレーションのものである、請求項1 記載の酵素的核酸分子。 7.前記核酸がヘアピンコンフィギュレーションのものである、請求項1記載の 酵素的核酸分子。 8.前記核酸が、肝炎Δウイルス、グループIイントロン、グループIIイント ロン、VS核酸またはRNaseP核酸コンフィギュレーションのものである、 請求項1記載の酵素的核酸分子。 9.前記核酸が前記遺伝子のRNAに相補的な12から100塩基を含む、請求 項1−8のいずれかに記載の酵素的核酸。 10.前記核酸が前記遺伝子のRNAに相補的な14から24塩基を含む、請求 項1−8のいずれかに記載の酵素的核酸。 11.前記ハンマーヘッドが2塩基対以上の長さのステムII領域を含む、請求項 6記載の酵素的核酸。 12.前記ヘアピンが3−7塩基対の長さのステムII領域を含む、請求項7記載 の酵素的核酸。 13.前記ヘアピンが、2塩基対以上の長さのステムIV領域を含む、請求項7記 載の酵素的核酸。 14.前記単子葉植物が、トウモロコシ、イネ、小麦、および大麦からなる群よ り選択される、請求項2記載の酵素的核酸。 15.前記双子葉植物が、カノーラ、ヒマワリ、ベニバナ、ダイズ、綿、落花生 、オリーブ、ゴマ、キュフェア、アマ、ホホバ、およびブドウからなる群より選 択 される、請求項3記載の酵素的核酸。 16.前記遺伝子が、前記植物における脂肪酸生合成に関与する、請求項1記載 の酵素的核酸。 17.前記遺伝子がΔ−9デサチュラーゼである、請求項16記載の酵素的核酸 。 18.前記植物が、トウモロコシ、カノーラ、アマ、ヒマワリ、綿、落花生s、 ベニバナ、ダイズおよびイネからなる群より選択される、請求項16または17 に記載の酵素的核酸。 19.前記遺伝子が、前記植物におけるデンプン生合成に関与する、請求項1記 載の酵素的核酸。 20.前記遺伝子が、顆粒結合デンプンシンターゼである、請求項19記載の酵 素的核酸。 21.前記植物が、トウモロコシ、ジャガイモ、小麦、およびカッサバからなる 群より選択される、請求項19または20に記載の酵素的核酸。 22.前記遺伝子がカフェイン合成に関与する、請求項1記載の酵素的核酸。 23.前記遺伝子が、7−メチルグアノシンおよび3−メチルトランスフェラー ゼからなる群より選択される、請求項22記載の酵素的核酸。 24.前記植物がコーヒーである、請求項22または23に記載の酵素的核酸。 25.前記遺伝子が、前記植物におけるニコチン生成に関与する、請求項1記載 の酵素的核酸。 26.前記遺伝子が、N−メチルプトレシンオキシダーゼおよびプトレシンN− メチルトランスフェラーゼからなる群より選択される、請求項25記載の酵素的 核酸。 27.前記植物がタバコである、請求項25または26のいずれかに記載の酵素 的核酸。 28.前記遺伝子が、前記植物における果実熟成過程に関与する、請求項1記載 の酵素的核酸。 29.前記遺伝子が、エチレン形成酵素、ペクチンメチルトランスフェラーゼ、 ペクチンエステラーゼ、ポリガラクチュロナーゼ、1−アミノシクロプロパンカ ルボン酸(ACC)シンターゼ、およびACCオキシダーゼからなる群より選択 される、請求項28記載の酵素的核酸。 30.前記植物が、リンゴ、トマト、ナシ、プラムおよびモモからなる群より選 択される、請求項28または29に記載の酵素的核酸。 31.前記遺伝子が、前記植物における花色素形成に関与する、請求項1記載の 酵素的核酸。 32.前記遺伝子が、カルコンシンターゼ、カルコンフラバノンイソメラーゼ、 フェニルアラニンアンモニアリアーゼ、デヒドロフラバノールヒドロキシラーゼ 、およびデヒドロフラバノールレダクターゼからなる群より選択される、請求項 31記載の酵素的核酸。 33.前記植物が、バラ、ペチュニア、キク、およびマリゴールドからなる群よ り選択される、請求項31または32に記載の酵素的核酸。 34.前記遺伝子が前記植物におけるリグニン生成に関与する、請求項1記載の 酵素的核酸。 35.前記遺伝子が、O−メチルトランスフェラーゼ、シンナモイル−CoA: NADPHレダクターゼおよびシンナモイルアルコールデヒドロゲナーゼからな る群より選択される、請求項34記載の酵素的核酸。 36.前記植物が、タバコ、ハコヤナギ、ポプラ、およびマツからなる群より選 択される、請求項34または35に記載の酵素的核酸。 37.トウモロコシΔ−9デサチュラーゼをコードするcDNA配列を含む核酸 フラグメントであって、前記配列が配列番号1で表されることを特徴とする核酸 フラグメント。 38.前記核酸が、表VIにおいて規定される配列のいずれかを特異的に切断し 、ここで前記核酸がハンマーヘッドコンフィギュレーションのものである、請求 項17記載の酵素的核酸分子。 39.前記核酸が表VIIIにおいて規定される配列のいずれかを特異的に切断 し、ここで前記核酸がヘアピンコンフィギュレーションのものである、請求項1 7記載の酵素的核酸分子。 40.本質的に表VIIおよびVIIIに示される群より選択される1またはそ れ以上の配列からなる、請求項38または39に記載の酵素的核酸分子。 41.前記核酸が、表IIIAにおいて規定される配列のいずれかを特異的に切 断し、ここで前記核酸がハンマーヘッドコンフィギュレーションのものである、 請求項20記載の酵素的核酸分子。 42.前記核酸が表VAおよびVBにおいて規定される配列のいずれかを特異的 に切断し、ここで前記核酸がヘアピンコンフィギュレーションのものである、請 求項20記載の酵素的核酸分子。 43.本質的に表IIIB、IV、VAおよびVBに示される群より選択される 1またはそれ以上の配列からなる、請求項41または42に記載の酵素的核酸分 子。 44.本質的に配列番号2−24のいずれかにより規定される配列からなる、請 求項41記載の酵素的核酸分子。 45.請求項1−8、11−17、19−20、22−23、25−26、28 −29、31−32、34−35、37−39、41−42または44のいずれ かに記載の酵素的核酸分子を含む植物細胞。 46.請求項1−8、11−17、19−20、22−23、25−26、28 −29、31−32、34−35、37−39、41−42または44のいずれ かに記載の酵素的核酸分子を含むトランスジェニック植物およびその子孫。 47.請求項1−8、11−17、19−20、22−23、25−26、28 −29、31−32、34−35、37−39、41−42または44のいずれ かに記載の酵素的核酸分子をコードする核酸を、植物細胞中において該酵素的核 酸分子の発現および/または送達を可能とするような様式で含む発現ベクター。 48.請求項1−8、11−17、19−20、22−23、25−26、28 −29、31−32、34−35、37−39、41−42または44のいずれ かに記載の複数の酵素的核酸分子をコードする核酸を、植物細胞中において前記 酵素的核酸分子の発現および/または送達を可能とするような様式で含む発現ベ クター。 49.請求項47記載の発現ベクターを含む植物細胞。 50.請求項48記載の発現ベクターを含む植物細胞。 51.請求項47記載の発現ベクターを含むトランスジェニック植物およびその 子孫。 52.請求項48記載の発現ベクターを含むトランスジェニック植物およびその 子孫。 53.請求項16または17に記載の酵素的核酸を含む植物細胞。 54.前記細胞がトウモロコシ細胞である、請求項53記載の植物細胞。 55.前記細胞がカノーラ細胞である、請求項53記載の植物細胞。 56.請求項16または17に記載の酵素的核酸を含むトランスジェニック植物 およびその子孫 57.前記植物がトウモロコシである、請求項56記載のトランスジェニック植 物およびその子孫。 58.前記植物がカノーラである、請求項56記載のトランスジェニック植物お よびその子孫。 59.請求項19または20に記載の酵素的核酸を含む植物細胞。 60.前記細胞がトウモロコシ細胞である、請求項59記載の植物細胞。 61.請求項19または20に記載の酵素的核酸を含むトランスジェニック植物 およびその子孫。 62.前記植物がトウモロコシである、請求項61記載のトランスジェニック植 物およびその子孫。 63.植物に請求項1−8に記載の酵素的核酸分子を投与することにより、前記 植物において遺伝子の発現を調節する方法。 64.前記植物が単子葉植物である、請求項63記載の方法。 65.前記植物が双子葉植物である、請求項63記載の方法。 66.前記植物が裸子植物である、請求項63記載の方法。 67.前記植物が被子植物である、請求項63記載の方法。 68.前記遺伝子がΔ−9デサチュラーゼである、請求項63記載の方法。 69.前記植物がトウモロコシである、請求項68記載の方法。 70.前記植物がカノーラである、請求項68記載の方法。 71.前記遺伝子が顆粒結合デンプンシンターゼである、請求項63記載の方法 。 72.前記植物がトウモロコシである、請求項71記載の方法。 73.前記ベクターが、 a) 転写開始領域; b) 転写終了領域; c) 少なくとも1つの前記酵素的核酸分子をコードする遺伝子; を含み、かつ、前記遺伝子が前記開始領域および前記終了領域に、前記植物細胞 中において前記酵素的分子の発現および/または送達を可能とするような様式で 、作動可能なように連結されている、請求項47記載の発現ベクター。 74.前記ベクターが、 a) 転写開始領域; b) 転写終了領域; c) オープンリーディングフレーム; d) 前記酵素的核酸分子をコードする少なくとも1つの遺伝子、ここで前記遺 伝子は前記オープンリーディングフレームの3’−末端に作動可能なように連結 されている; を含み、かつ、前記遺伝子は前記開始領域、前記オープンリーディングフレーム および前記終了領域に、前記植物細胞中における前記酵素的分子の発現および/ または送達を可能とするような様式で、作動可能なように連結されている、請求 項47記載の発現ベクター。 75.前記ベクターが、 a) 転写開始領域; b) 転写終了領域; c) イントロン; d) 前記酵素的核酸分子をコードする少なくとも1つの遺伝子; を含み、かつ、前記遺伝子が、前記開始領域、前記イントロンおよび前記終了領 域に、前記植物細胞中における前記酵素的分子の発現および/または送達を可能 とするような様式で、作動可能なように連結されている、請求項47記載の発現 ベクター。 76.前記ベクターが、 a) 転写開始領域; b) 転写終了領域; c) イントロン; d) オープンリーディングフレーム; e) 前記酵素的核酸分子をコードする少なくとも1つの遺伝子を含み、 前記遺伝子は前記オープンリーディングフレームの3’−末端に作動可能なよう に連結されており;かつ 前記遺伝子は、前記開始領域、前記イントロン、前記オープンリーディングフレ ームおよび前記終了領域に、前記植物細胞中における前記酵素的分子の発現およ び/または送達を可能とするような様式で、作動可能なように連結されている、 請求項47記載の発現ベクター。 77.前記植物が、トウモロコシ、イネ、ダイズ、カノーラ、アルファルファ、 綿、小麦、大麦、ヒマワリ、アマおよび落花生からなる群より選択される、請求 項1記載の酵素的核酸。 78.RNA切断活性を有する酵素的核酸分子をコードする核酸を含むトランス ジェニック植物であって、前記核酸分子は前記植物において遺伝子の発現を調節 することを特徴とするトランスジェニック植物。 79.前記植物が、トウモロコシ、イネ、ダイズ、カノーラ、アルファルファ、 綿、小麦、大麦、ヒマワリ、アマおよび落花生からなる群より選択される、請求 項78記載のトランスジェニック植物。 80.前記遺伝子が顆粒結合デンプンシンターゼ(GBSS)である、請求項7 8記載のトランスジェニック植物。 81.前記遺伝子がデルタ9デサチュラーゼである、請求項78記載のトランス ジェニック植物。 82.該植物が、アグロバクテリウム、DNA被覆マイクロ発射体による衝撃、 ホイスカー、またはエレクトロポレーションにより形質転換されている、請求項 78記載のトランスジェニック植物。 83.前記DNA被覆マイクロ発射体による衝撃が遺伝子銃により行われる、請 求項82記載のトランスジェニック植物。 84.前記植物が、クロロスルフロン、ヒグロマイシン、bar遺伝子、ブロモ キシニルおよびカナマイシンおよび類似のものからなる群より選択される選択マ ーカーを含む、請求項78または82に記載のトランスジェニック植物。 85.前記核酸が、オクトピンシンセターゼ、ノパリンシンターゼ、マノピンシ ンセターゼ、カリフラワーモザイクウイルス(35S);リブロース−1,6− ビホスフェート(RUBP)カルボキシラーゼスモールサブユニット(ssu) 、ベータ−コングリシニン、ファセオリンプロモーター、ナピン、ガンマゼイン 、グロブリン、ADHプロモーター、ヒートショック、アクチンおよびユビキチ ンからなる群より選択されるプロモーターに作動可能なように連結されている、 請求項78または82に記載のトランスジェニック植物。 86.前記酵素的核酸分子が、ハンマーヘッド、ヘアピン、デルタ肝炎ウイルス 、グループIイントロン、グループIIイントロン、VS核酸またはRNase P核酸コンフィギュレーションのものである、請求項78記載のトランスジェニ ック植物。 87.RNA切断活性を有する前記酵素的核酸が単量体としてコードされている 、請求項86記載のトランスジェニック植物。 88.RNA切断活性を有する前記酵素的核酸が多量体としてコードされている 、請求項86記載のトランスジェニック植物。 89.RNA切断活性を有する前記酵素的核酸分子をコードする核酸が、オープ ンリーディングフレームの3’末端に作動可能なように連結されている、請求項 78記載のトランスジェニック植物。 90.前記遺伝子が内因性遺伝子である、請求項78記載のトランスジェニック 植物。 91.転写の5’から3’方向に: 前記植物において機能的なプロモーター; 配列番号1のデルタ9遺伝子をコードする二本鎖DNA(dsDNA)配列、こ こで、前記dsDNAの転写された鎖は、前記植物に内因性であるRNAに相補 的であり;および 前記植物において機能的な終了領域; を含むトランスジェニックトウモロコシ植物。 92.転写の5’から3’方向に、 前記植物において機能的なプロモーター; 配列番号25の顆粒結合デンプンシンターゼ(GBSS)遺伝子をコードする二 本鎖DNA(dsDNA)配列、ここで、前記dsDNAの転写された鎖は、前 記植物に内因性であるRNAに相補的であり;および 前記植物において機能的な終了領域; を含むトランスジェニックトウモロコシ植物 93.前記遺伝子が内因性遺伝子である、請求項1記載の酵素的核酸分子。 94.請求項63記載の遺伝子の発現を調節する方法であって、前記遺伝子が内 因性遺伝子である方法。 95.図42のベクターであって、植物細胞の形質転換に用いられるベクター。
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