JPH11178587A - ヒスチジンキナーゼ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 ヒスチジンキナーゼポリペプチドおよび該ポ
リペプチドをコードしているポリヌクレオチド、ならび
に組換え法によるかかるポリペプチドの製造方法を提供
する。さらに抗細菌化合物のスクリーニングのためのヒ
スチジンキナーゼの使用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２または４に全長にわたり配
列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも
７０％の同一性を有する単離ポリペプチド、あるいは配
列番号：１または３の全長にわたり配列番号：１または
３のヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％の同一
性を有する単離ポリヌクレオチド。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関する。特に、本発明は、ヒ
スチジンキナーゼファミリーのポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドならびにそれらの変種（以下、「ヒスチジ
ンキナーゼ」、「ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチ
ド」、および「ヒスチジンキナーゼポリペプチド」と称
する）に関する。

【０００２】

【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに，例
えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞
炎、膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感染の
ごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患を引き起
こすことが知られている。ストレプトコッカス属の単離
から１００年以上も経過しているため、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoniae）
は、より詳細な研究が為された微生物の一つである。例
えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという初期の見解
の大部分は、この微生物を用いたGriffithならびに、Av
ery、MacleodおよびMcCartyの研究により示された。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエに関する研究は膨大
であるにも関わらず、この微生物の毒性に関しては多く
の疑問が残されている。抗生物質の開発のための標的と
してストレプトコッカス属の遺伝子および遺伝子産物を
用いるのはとりわけ好ましいことである。

【０００３】多くの２成分シグナルトランスダクション
システム（ＴＣＳＴＳ）が細菌において同定されている
（Stock, J. B., Ninfa, A. J. & Stock, A. M. (1989)
Microbiol. Rev. 53, 450-490）。これらは、周囲をモ
ニターし、その環境の変化に適応する細菌の能力に関与
している。これらの細菌ＴＣＳＴＳのいくつかは宿主に
おける毒性および細菌の病原性に関与している。ヒスチ
ジンキナーゼは、ヒスチジン残基を自己リン酸化させる
ＴＣＳＴＳの成分である。次いで、リン酸基は同族の応
答レギュレーターに転移される。ヒスチジンキナーゼは
５つの短い保存されたアミノ酸配列を有する（Stock,
J. B., Ninfa, A. J. & Stock, A. M. (1989) Microbio
l. Rev. 53, 450-490, Swanson, R. V., Alex, L. A. &
Simon, M. I. (1994) TIBS 19 485-491）。これらはリ
ン酸化されたヒスチジン残基であり、約１００残基後に
保存されたアスパラギン残基が続く。さらに１５ないし
４５残基後にＤＸＧＸＧモチーフが見られ、さらに１０
〜２０残基後にＦＸＸＦモチーフが続く。さらに１０〜
２０残基後にもう１つのグリシンモチーフＧＸＧが見ら
れる。応答レギュレーターはＴＣＳＴＳの成分である。
これらの蛋白はヒスチジンキナーゼによりリン酸化さ
れ、いったんリン酸化されると、ＤＮＡ結合ドメインを
介する応答が活性化される。応答レギュレーターは、約
１００個のアミノ酸からなる保存されたＮ末端ドメイン
により特徴づけられる。応答レギュレーターのＮ末端ド
メインならびにＣｈｅＹ（Matsumura, P., Rydel, J.
J., Linzmeier,R. &Vacante,D. (1984) J. Bacteriol.
160, 36-41）における残基Ｄ１２、Ｄ１３、Ｄ５７、Ｔ
８７、Ｋ１０９に対応する５個の機能的に重要な残基を
保持することは、保存された構造的特徴を与えている
（Volz, K. (1993) Biochemistry 32,11741-11753）。
サルモネラ・チフィムリウム（Salmonella typhimuriu
m）（Stock, A. M., Mottonen, J. M., Stock, J. B. &
Schutt, C. E. (1989) Nature,337, 745-749）および
エシェリシア・コリ（Escherichia coli）（Volz, K. &
Matsumura, P. (1991) J. Biol. Chem. 266, 15511-155
19）由来のＣｈｅＹならびにエス・チフィムリウム（S.
typhimurium）由来の窒素調節蛋白ＣのＮ末端ドメイン
（Volkman, B. F., Nohaile, M. J., Amy, N. K., Kust
u, S. & Wemmer,D. E. (1995) Biochemistry, 34 1413-
1424）の３次元構造は、バチルス・ズブチリス（Bacill
us subtilis）由来のＳｐｏＯＦの２次構造（Feher, V.
A., Zapf, J. W., Hoch, J. A., Dahlquist, F. W., W
hiteley, J. M. & Cavanagh, J.(1995) Protein Scienc
e, 4, 1801-1814）とともに利用可能である。これらの
構造は（ａ／ｂ）₅折り畳みを有する。異なる応答レギ
ュレーター配列の間、特にβ−シート疎水性コア中の疎
水性残基およびα−ヘリックス由来の部位中の疎水性残
基の間において、いくつかの構造残基が保存されてい
る。この応答レギュレーターのファミリーは、Streptoc
occus変異株由来のＳａｐＲ蛋白を包含する。ＳａｐＲ
はサカシンＡ生成に関与するＴＣＳＴＳの応答レギュレ
ーターである。毒性因子、運動性、抗生物質耐性および
細胞複製はＴＣＳＴＳにより調節されるプロセスであ
る。ＴＣＳＴＳ蛋白の阻害剤は、発病に必要な因子を細
菌が産生することを妨害することにより、細菌が宿主に
おいて感染を確率し維持することを妨害するであろう。
それゆえ、ＴＣＳＴＳ蛋白の阻害は抗−細菌療法におい
て有用であろう。

【０００４】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２０〜３０年間に劇的に上昇している。こ
れは多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下し
た人口の増加に起因している。いくつかのまたはすべて
の標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめず
らしいことではない。この現象がこの生物に対する新し
い抗菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を
形成した。

【０００５】そのうえ、薬剤の発見方法は、現在のとこ
ろ、「機能的遺伝学」、すなわち、高処理量のゲノムま
たは遺伝子に基づく生物学を包含するので抜本的な改革
を受けている。このアプローチは、「位置的クローニン
グ」に基づく初期のアプローチおよび他の方法に取って
代わりつつある。機能的遺伝学は、現在利用可能な多く
の分子生物学的データベースならびに他のソースから潜
在的に興味ある遺伝子配列を同定するための種々の道具
に大きく依存している。薬剤の発見の標的としての、さ
らなる遺伝子および他のポリヌクレオチド配列ならびに
それらの関連ポリペプチドの同定および特徴づけをする
必要性があり続けている。

【０００６】抗微生物活性に関して化合物をスクリーニ
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
のヒスチジンキナーゼ具体例のごとき因子に対する要望
があることは明白である。かかる因子はまた、感染、機
能不全および疾患の発生病理における役割を決定するの
に有用である。感染、機能不全および疾患を予防、改善
または治癒するための方法を見出すために、かかる因子
ならびにそのアンタゴニストおよびアゴニストを同定お
よび特徴づけする必要も明らかにある。

【０００７】本発明のある種のポリペプチドは、ビー・
ズブチリス（B. subtilis）由来の既知のセンサーキナ
ーゼ蛋白に対して有意なアミノ酸配列相同性を有する。

【０００８】

【発明が解決しようとする課題】本発明は、ヒスチジン
キナーゼ、詳細にはヒスチジンキナーゼポリペプチドお
よびヒスチジンキナーゼポリヌクレオチド、組み換え物
質ならびにそれらの製造方法に関する。もう１つの態様
において、本発明は、かかるポリペプチドおよびポリヌ
クレオチドの使用方法に関し、とりわけ、微生物による
疾病の治療を包含する。さらなる態様において、本発明
は、本発明により提供される材料を用いるアゴニストお
よびアンタゴニストの同定方法、ならびに同定されたア
ゴニストまたはアンタゴニスト化合物を用いる微生物に
よる感染およびかかる感染に関連した症状の治療方法に
関する。さらなる態様において、本発明は、微生物によ
る感染およびかかる感染に関連した症状の検出のための
診断アッセイ、例えば、ヒスチジンキナーゼ発現または
活性の検出のためのアッセイに関する。

【０００９】開示された本発明の精神および範囲内での
種々の変更および修飾は、以下の説明を読み、本開示の
他の部分を読めば、当業者に容易に明らかになるであろ
う。

【００１０】

【課題を解決するための手段】以下により詳細に説明す
るように、本発明は、ヒスチジンキナーゼポリペプチド
およびポリヌクレオチドに関する。詳細には、本発明
は、ビー・ズブチリス由来のセンサーキナーゼポリペプ
チドに対するアミノ酸配列相同性により関連づけられる
ストレプトコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus
pneumoniae）のヒスチジンキナーゼのポリペプチドおよ
びポリヌクレオチドに関する。特に、本発明は、それぞ
れ配列番号：１または３および配列番号：２または４と
して表１に示されるヌクレオチドおよびアミノ酸配列を
有するヒスチジンキナーゼに関する。

【００１１】 表１ ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 （Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニアエのヒスチジンキナーゼポリヌクレオ チド配列［配列番号１］ 5'-GGGTGGCATCAATCTATCAGCCACAGTTTATTTACTTGTTTTTTCAGTAGTTTTGTTTGG TTTGACCATTTACCTTCAAGGTCATAAGGAGAATGCTTAATGCTTGAAAGACTGAAAAGC ATACATTATATGTTTTGGATCAGTTTAATTTTTATGGTTTTCCCCATCCTAACTGTAGTG ACTGGGTGGCTTTCTGCCTGGCATTTATTGATTGATATTCTATTTGTAGTGGCGTATTTG GGTGTTTTAACAACTAAGAGCCAGCGTCTATCTTGGCTATATTGGGGCATCCTGCTGACT TATGTAGTTGGGAATACTGCCTTTGTGGCTGTTAATTATATCTGGTTTTTCTTTTTCCTA TCCAATCTCTTAAGCTATCATTTCAGCGTAGGTGGTTTAAAGTCTTTACATGTCTGGACT TTTCTTCTTGCTCAAGTCCTTGTTGTGGGTCAACTGTTGATTTTTCAGAGAATCGAAGTT GAGTTTCTATTCTATCTACTTGTAATTCTTGCTTTTGTCGATTTAATGACTTTTGGCTTG GTTCGGATTCGAATTGTGGAGGATTTGAAAGAAGCACAGGCTAAGCAAAATGCCCAGATA AATCTATTGCTTGCTGAAAATGAACGCAATCGTATCGGTCAAGATTTGCATGATAGTCTG GGGCATACCTTTGCTATGCTTAGTGTTAAAACTGATCTAGCCTTGCAGTTATTTCAGATG GAGGCTTATCCACAGGTGGAAAAGGAATTAAAAGAAATTCACCAGATCAGCAAGGATTCC ATGAATGAAGTGCGAACCATTGTGGAAAATCTTAAGTCTAGAACTTTGACATCCGAACTA GAGACTGTGAAAAAGATGTTAGAAATTGCTGGAATTGAGGTTCAAGTTGAGAATCACTTA GACAAGGCTAGCTTGACCCAGGATGTGGAGTCGACGGCTGCTATGATTTTGCTTGAGTTG GTGACCAATATCATCAAACATGCCAAAGCGTTTAAAGCTTACTTAAAATTAGAACGGACA GAGAAGGAACTCATTTTAACAGTAAGTGATGATGGCTGCGGCTTTGCTTTTCTAAAAGGA GATGAGCTCCATACAGTCCGAGATCGTGTTTTTCCATTTTCAGGAGAAGTAAGTGTAATC AGTCAGAAACATCCAACGGAAGTGCAAGTTCGACTACCTTATAAGGAGAGAAACTAAGAT GAAAGTATTAGTCGCAGAAGATCAAAGTATGTTGCGAGATGCCATGTGTCAATTGCTCAC GCTTCAACCAGATGTGGAGTCTGTCCTTCAAACCAAGAATGGGCAAGAAGCAATCCAACT ATTAGAAAAGGAGTCTGTA-3'

【００１２】 （Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より推定されるストレプトコッカス・ニュ ーモニアエのヒスチジンキナーゼポリペプチド配列［配列番号２］ NH₂-MLERLKSIHYMFWISLIFMVFPILTVVTGWLSAWHLLIDILFVVAYLGVLTTKSQRLSWL YWGILLTYVVGNTAFVAVNYIWFFFFLSNLLSYHFSVGGLKSLHVWTFLLAQVLVVGQLL IFQRIEVEFLFYLLVILAFVDLMTFGLVRIRIVEDLKEAQAKQNAQINLLLAENERNRIG QDLHDSLGHTFAMLSVKTDLALQLFQMEAYPQVEKELKEIHQISKDSMNEVRTIVENLKS RTLTSELETVKKMLEIAGIEVQVENHLDKASLTQDVESTAAMILLELVTNIIKHAKAFKA YLKLERTEKELILTVSDDGCGFAFLKGDELHTVRDRVFPFSGEVSVISQKHPTEVQVRLP YKERN-COOH

【００１３】 （Ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニアエのヒスチジンキナーゼのＯＲＦ配列 ［配列番号３］ 5'-TTATCATTTCAGCGTAGGTGGTTTAAAGTCTTTACATGTCTGGACTTTTCTTCTTGCTCAAGTCCTTGT TGTGGGTCAACTGTTGATTTTTCAGAGAATCGAAGTTGAGTTTCTATTCTATCTACTTGTAATTCTTGCTTT TGTCGATTTAATGACTTTTGGCTTGGTTCGGATTCGAATTGTGGAGGATTTGAAAGAAGCACAGGCTAAGCA AAATGCCCAGATAAATCTATTGCTTGCTGAAAATGAACGCAATCGTATCGGTCAAGATTTGCATGATAGTCT GGGGCATACCTTTGCTATGCTTAGTGTTAAAACTGATCTAGCCTTGCAGTTATTTCAGATGGAGGCTTATCC ACAGGTGGAAAAGGAATTAAAAGAAATTCACCAGATCAGCAAGGATTCCATGAATGAAGTGCGAACCATTGT GGAAAATCTTAAGTCTAGAACTTTGACATCCGAACTAGAGACTGTGAAAAAGATGTTAGAAATTGCTGGAAT TGAGGTTCAAGTTGAGAATCACTTAGACAAGGCTAGCTTGACCCAGGATGTGGAGTCGACGGCTGCTATGAT TTTGCTTGAGTTGGTGACCAATATCATCAAACATGCCAAAGCGTTTAAAGCTTACTTAAAATTAGAACGGAC AGAGAAGGAACTCATTTTAACAGTAAGTGATGATGGCTGCGGCTTTGCTTTTCTAAAAGGAGATGAGCTCCA TACAGTCCGAGATCGTGTTTTTCCATTTTCAGGAGAAGTAAGTGTAATCAGTCAGAAACATCCAACGGAAGT GCAAGTTCGACTACCTTATAAGGAGAGAAACTAAGATGAAAGTATTAGTCGCAGAAGATCA-3'

【００１４】 （Ｄ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配列から推定されるストレプトコッカス ・ニューモニアエのヒスチジンキナーゼポリペプチド配列［配列番号：４］ NH₂-YHFSVGGLKSLHVWTFLLAQVLVVGQLLIFQRIEVEFLFYLLVILAFVDLMTFGLVRIRIVEDLKEAQ AKQNAQINLLLAENERNRIGQDLHDSLGHTFAMLSVKTDLALQLFQMEAYPQVEKELKEIHQISKDSMNEVR TIVENLKSRTLTSELETVKKMLEIAGIEVQVENHLDKASLTQDVESTAAMILLELVTNIIKHAKAFKAYLKL ERTEKELILTVSDDGCGFAFLKGDELHTVRDRVFPFSGEVSVISQKHPTEVQVRLPYKERN-COOH

【００１５】 （Ｅ）本発明ヒスチジンキナーゼの同族体である、ストレプトコッカス・ニュー モニアエの応答レギュレーター由来のポリヌクレオチド配列［配列番号：５］ GCTAGCTTGACCCAGGATGTGGAGTCGACGGCTGCTATGATTTTGCTTGAGTTGGTGACCAATATCATCAAA CATGCCAAAGCGTTTAAAGCTTACTTAAAATTAGAACGGACAGAGAAGGAACTCATTTTAACAGTAAGTGAT GATGGCTGCGGCTTTGCTTTTCTAAAAGGAGATGAGCTCCATACAGTCCGAGATCGTGTTTTTCCATTTTCA GGAGAAGTAAGTGTAATCAGTCAGAAACATCCAACGGAAGTGCAAGTTCGACTACCTTATAAGGAGAGAAAC TAAGATGAAAGTATTAGTCGCAGAAGATCAAAGTATGTTGCGAGATGCCATGTGTCAATTGCTCACGCTTCA ACCAGATGTGGAGTCTGTCCTTCAAACCAAGAATGGGCAAGAAGCAATCCAACTATTAGAAAAGGAGTCTGT AGATATCGCCATCCTTGACGTAGAAATGCCTGTTAAGACAGGTCTTGAAGTCTTGGAGTGGATACGATCAGA AAAGCTTGAAACAAAGGTGGTTGTGGTGACGACCTTCAAGCGTGCTGGGTATTTTGAACGTGCGGTCAAGGC TGGAGTGGATGCTTATGTATTAAAGGAACGAAGCATTGCAGACCTCATGCAAACCTTGCACACCGTCCTCGA AGGACGCAAGGAGTATTCGCCTGAATTGATGGAAGTGGTGATGACCCGTCCCAATCCGTTGACAGAACAAGA GATTGCTGTCTTAAAGGGAATCGCCCGGGGCTTATCCAACCAAGAAATCGCAGATCAGCTTTACCTCTCAAA CGGAACTATTCGAAACTATGTCACCAATATTCTTTCAAAACTGGATGCTGGTAATCGAACAGAGGCAGCTAA TATCGCAAAAGAATCTGGTTGGTTATGATGATATAATATTTTCATGAAGACTATGTGCTAA-3'

【００１６】 （Ｆ）本発明ヒスチジンキナーゼの同族体である、配列番号：３のポリヌクレオ チドから推定されるストレプトコッカス・ニューモニアエの応答レギュレーター 由来のポリペプチド配列［配列番号：６］ NH₂-MKVLVAEDQSMLRDAMCQLLTLQPDVESVLQTKNGQEAIQLLEKESVDIAILDVEMPVKTGLEVLEWI RSEKLETKVVVVTTFKRAGYFERAVKAGVDAYVLKERSIADLMQTLHTVLEGRKEYSPELMEVVMTRPNPLT EQEIAVLKGIARGLSNQEIADQLYLSNGTIRNYVTNILSKLDAGNRTEAANIAKESGWL-COOH

【００１７】寄託材料 ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株
を含む寄託株を、１９９６年４月１１日に、スコットラ
ンド、ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードライ
ブ２３Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダ
ストリアル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッ
ド（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、ＮＣＩＭ
Ｂ受託番号４０７９４の下で寄託した。その寄託株は寄
託の際にストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３と命名された。１９９６年４月１７日に、同様
に、エシェリシア・コリ中のストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３ＤＮＡライブラリーがＮＣＩ
ＭＢに寄託され、受託番号４０８００が与えられた。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ寄託株を、本明細書
では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称する。

【００１８】寄託株は全長のヒスチジンキナーゼ遺伝子
を含んでいる。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配
列ならびにそれによりコードされるポリペプチドのアミ
ノ酸配列は、本明細書における配列の記載とのいずれの
不一致においても支配的である。寄託株の寄託は、特許
手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条
約の条件下で行われている。特許が発行されると何ら制
限または条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株
は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.
１１２条の下に要求されるような、寄託が実施可能要件
であることを承認するものではない。

【００１９】寄託株、それに由来の化合物を製造、使用
または販売するには、ライセンスが必要であるが、その
ようなライセンスはここで付与されるものではない。本
発明の一の態様は、寄託株に含まれるストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３株により発現可能な
成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分子を提供する
ことである。さらには、本発明は寄託株中のＤＮＡのヒ
スチジンキナーゼヌクレオチド配列およびそれによりコ
ードされるアミノ酸配列を提供する。また、本発明は寄
託株より単離されたヒスチジンキナーゼポリペプチド配
列およびそれに由来のアミノ酸配列を提供する。

【００２０】ポリペプチド 本発明ヒスチジンキナーゼポリペプチドは、系統発生論
的に他のヒスチジンキナーゼファミリーの蛋白に実質的
に関連している。本発明の１の態様において、ストレプ
トコッカス・ニューモニアエのポリペプチド（本明細書
では「ヒスチジンキナーゼ」および「ヒスチジンキナー
ゼポリペプチド」という）、ならびに生物学的、診断
上、予防上、臨床的または治療上有用なその変種、なら
びにそれを含む組成物が提供される。本発明のとりわけ
好ましい具体例は、ヒスチジンキナーゼ遺伝子の自然発
生対立遺伝子によりコードされるヒスチジンキナーゼポ
リペプチドの変種である。

【００２１】さらに本発明は下記のものである単離ポリ
ペプチド： （ａ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配
列を含むかまたはそれよりなるポリペプチド； （ｂ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド； （ｃ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド； （ｄ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド； （ｅ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：３に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド；あるいは （ｆ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド； （ｇ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配
列を含むかまたはそれよりなるポリペプチドを提供す
る。

【００２２】本発明のポリペプチドは、表１［配列番号
２または４］のポリペプチド（とりわけ成熟ポリペプチ
ド）ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細に
は、ヒスチジンキナーゼの生物活性を有し、表１［配列
番号１または３］のポリペプチドまたはその該当部分と
少なくとも７０％の同一性、好ましくは表１［配列番号
２または４］のポリペプチドと少なくとも８０％の同一
性、より好ましくは表１［配列番号２または４］のポリ
ペプチドと少なくとも９０％の類似性（より好ましく
は、少なくとも９０％の同一性）、さらにより好ましく
は表１［配列番号２または４］のポリペプチドと少なく
とも９５％の類似性（より好ましくは少なくとも９５％
の同一性）を有するポリペプチドおよびフラグメントを
包含し、さらにかかるポリペプチドの部分も包含し、一
般に、ポリペプチドのかかる部分は少なくとも３０個の
アミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個のアミノ
酸を含む。

【００２３】本発明はまた、 Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ

【００２４】［式中、アミノ末端のＸは水素または金属
であり、カルボキシル末端のＹは水素または金属であ
り、R₁およびR₃はいずれかのアミノ酸残基または修飾ア
ミノ酸残基であり、ｍは１〜１０００の整数または０で
あり、ｎは１〜１０００の整数または０であり、R₂は本
発明のアミノ酸配列、特に表１のアミノ酸配列またはそ
れらの修飾形態を意味する］で示されるポリペプチドを
包含する。上記の式中、R₂はアミノ末端残基がその左側
でR₁に結合し、そのカルボキシ末端残基がその右側でR₃
に結合するように方向づけられる。ｍおよび／またはｎ
が１より大きい場合、Ｒ₁またはＲ₃のいずれかでで表さ
れるアミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポ
リマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好ま
しい。本発明の他の好ましい具体例は、ｍが１ないし５
０、１００または５００の間の整数であり、ｎが１ない
し５０、１００または５００の間の整数のものである。
本発明がストレプトコッカス・ニューモニアエ由来のも
のであるのが最も好ましいが、同じ分類学上の属の他の
生物由来のものであっても好ましい。また本発明ポリペ
プチドは、例えば、同じ科または目から得られるもので
あってもよい。

【００２５】フラグメントは、その全体が上記したポリ
ペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じ
であるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。
ヒスチジンキナーゼポリペプチドと同様、フラグメント
は「独立している（free-standing）」であるか、また
はそれらが一の部分または領域、最も好ましくは単一の
連続した領域、単一のより大きなポリペプチドを形成す
るより大きなポリペプチドの中に含まれていてもよい。

【００２６】好ましいフラグメントは、例えば、表１
［配列番号２または４］のアミノ酸配列または、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基のような、その変種の一部を
有する末端切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエ中の本発明の
ポリペプチドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘ
リックスおよびアルファヘリックス形成領域、ベータシ
ートおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン
形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎
水領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、
フレキシブル領域、表面形成領域、基質結合領域、およ
び高抗原指数領域を含むフラグメントのような、構造的
または機能的属性によって特徴づけられるフラグメント
もまた好ましいフラグメントである。

【００２７】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、ヒスチジ
ンキナーゼの活性を媒介するフラグメントである。さら
に、動物、特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であ
るフラグメントも含まれる。特に好ましいものは、スト
レプトコッカス・ニューモニアエの生存に必須の機能ま
たは個体、特に、ヒトにおいて疾患を開始または疾病を
維持する能力を与える酵素群の受容体またはドメインか
らなるフラグメントである。

【００２８】本発明のポリペプチドのフラグメントであ
る変種は、ペプチド合成法により対応する全長のポリペ
プチドの製造に使用することができる。したがって、こ
れらの変種は、本発明の全長ポリペプチドを製造するた
めの中間体として使用できる。

【００２９】アミノ酸に関する標準的１文字および３文
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もま
た、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられ
る。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在す
るいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのように
指定される位置にあってもよいことを意味する。

【００３０】ポリヌクレオチド ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコードしているポリ
ヌクレオチド、詳細には、本明細書でヒスチジンキナー
ゼと命名されるポリペプチドをコードしているポリヌク
レオチドを提供することが本発明の１の目的である。本
発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチド
は、全長の遺伝子を含む、表１（配列番号：１または
３）に示す配列を含むヒスチジンキナーゼポリペプチ
ド、またはその変種をコードしている領域を含む。出願
人らは、この全長の遺伝子は当該ポリペプチドを有する
生物（例えば、ストレプトコッカス・ニューモニアエ）
の増殖および／または生存に必須であると考える。本発
明のさらなる態様として、ヒスチジンキナーゼポリペプ
チドおよびポリヌクレオチド、詳細には、ストレプトコ
ッカス・ニューモニアエのヒスチジンキナーゼポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドをコードおよび／または発
現する単離核酸分子が提供され、核酸分子としては、例
えば、未プロセッシングＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍ
ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮ
Ａが挙げられる。本発明のさらなる具体例は、生物学
的、診断上、予防上、臨床的または治療上有用なポリヌ
クレオチドおよびポリペプチド、ならびにその変種、な
らびにそれらを含む組成物を包含する。

【００３１】本発明のもう一つの態様は、表１［配列番
号２または４］の推定アミノ酸配列を有するヒスチジン
キナーゼポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチ
ド、それに密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれ
らの変種に関する。

【００３２】もう１つの特に好ましい本発明具体例にお
いて、表１（配列番号：２または４）のアミノ酸配列を
含むかまたはそれよりなる、ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ由来のヒスチジンキナーゼポリペプチドが提
供される。表１［配列番号１または３］に示すポリヌク
レオチド配列のような本明細書の情報を使用し、出発材
料としてストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３を使用し、細菌からの染色体ＤＮＡフラグメント
をクローニングし、配列決定し、つづいて全長クローン
を得る標準的クローニングおよびスクリーニング法を使
用して、ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコードする
本発明のポリヌクレオチドを得ることができる。例え
ば、表１［配列番号１または３］に示す配列のような本
発明のポリヌクレオチド配列を得るには、典型的には、
エシェリシア・コリまたは他の適当な宿主中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエ０１００９９３の染色体Ｄ
ＮＡのクローンのライブラリーを、部分配列から由来す
る放射標識したオリゴヌクレオチド、好ましくは１７量
体またはそれより長いオリゴヌクレオチドでプローブす
る。ついで、該プローブと同じＤＮＡを有するクローン
を厳密な条件を使用して区別できる。該オリジナル配列
から設計された配列決定プライマーで同定された個々の
クローンを配列決定することにより、該配列を両方の方
向に伸長し、全長を決定することが可能である。都合よ
くは、プラスミド・クローンから調製された変性二本鎖
ＤＮＡを用いてかかる配列決定を行う。適当な技法は、
Maniatis,T.，Fritsch,E.F.およびSambrookら、MOLECUL
AR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed.；Cold Spr
ing Harbor Laboratory Press, ColdSpring Harbor, Ne
w York（1989）（特に、ハイブリダイゼーションによる
スクリーニング１.９０および変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の
配列決定１３.７０を参照のこと）により記載されてい
る。直接ゲノムＤＮＡ配列決定を行って全長の遺伝子配
列を得てもよい。例えば、表１［配列番号１または３］
に示すポリヌクレオチドは、ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３から由来するＤＮＡライブラ
リー中に見いだされたものである。

【００３３】そのうえ、表１［配列番号１または３］の
ＤＮＡ配列は、表１［配列番号２または４］に示すのと
ほぼ同数のアミノ酸残基を有し、公知のアミノ酸残基の
分子量から計算できる推定分子量を有する蛋白をコード
するオープンリーディングフレームを有する。配列番号
１のヌクレオチド番号１００と、ヌクレオチド番号１１
９５で始まる停止コドンとの間の配列番号１のポリヌク
レオチドが、配列番号２のポリペプチドをコードする。

【００３４】さらなる態様において、本発明は、下記の
ポリヌクレオチドを含むかまたはそれらよりなる単離ポ
リヌクレオチドを提供する： （ａ）配列番号：１の全長にわたって、あるいは配列番
号：２をコードする配列番号：１の部分の全長にわたっ
て、配列番号：１に対して少なくとも７０％の同一性、
好ましくは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは
少なくとも９０％の同一性、さらにより好ましくは少な
くとも９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくと
も９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一であ
るポリヌクレオチド配列； （ｂ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％またはちょうど１００％の同一性を有するポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列；ある
いは （ｃ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％また
は１００％の同一性を有するヌクレオチド配列； （ｄ）配列番号：３の全長にわたって、あるいは配列番
号：２または配列番号：４をコードする配列番号：３の
部分の全長にわたって、配列番号：３に対して少なくと
も７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の同一
性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さらに
より好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより
好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有するか
または全く同一であるヌクレオチド配列；または （ｅ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列。 本発明ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド
（ストレプトコッカス・ニューモニアエ以外の種由来の
ホモログおよびオーソログを包含）を、厳密なハイブリ
ダイゼーション条件において、配列番号：１もしくは３
の配列またはそれらのフラグメントを含むかまたはそれ
らよりなる標識または検出可能プローブを用いて適当な
ライブラリーをスクリーニングし、次いで、該ポリヌク
レオチド配列を含む全長遺伝子および／またはゲノムク
ローンを単離する工程を含む。

【００３５】本発明は、表１［配列番号１または３］の
コーディング配列と、その全長にわたって同一であるポ
リヌクレオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟
ポリペプチドまたはそのフラグメント用のコーディング
配列自体ならびにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ
またはプレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列
のような他のコーディング配列を有するリーディング・
フレーム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントのコ
ーディング配列を提供する。ポリヌクレオチドはまた、
例えば、転写されるが翻訳されない配列、終止シグナル
（例えば、ｒｈｏ−依存的およびｒｈｏ−非依存的終止
シグナル）、リボソーム結合部位、Kozak配列、ｍＲＮ
Ａを安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグ
ナルのごとき少なくとも１つの非コーディング５’およ
び３’配列を包含する非コーディング配列を含むが、こ
れらに限定するものではない。また、ポリヌクレオチド
配列はさらなるアミノ酸をコードしているさらなるコー
ディング配列を含んでいてもよい。例えば、融合ポリペ
プチドの精製を促進するマーカー配列をコードすること
ができる。本発明のある種の具体例において、マーカー
配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において提供
され、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：8
21-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチ
ドであるか、またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767
(1984)）であり、ともにそれらに融合したポリペプチド
配列の精製において有用である。本発明ポリヌクレオチ
ドは、限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝
子の発現を調節する、本来的に結合している配列からな
るポリヌクレオチドを包含する。

【００３６】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号１に示されるヌクレオチド１００からヌクレオチド１
１９５のすぐ上流にあるヌクレオチドまたはそのヌクレ
オチドを含むヌクレオチドまでを有するポリヌクレオチ
ドであり、それは共にヒスチジンキナーゼポリペプチド
をコードする。

【００３７】本発明はまた、式： Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R₁およびR₃は、各々、独立していずれかの核
酸残基であり、ｍは１〜３０００の整数または０であ
り、ｎは１〜３０００の整数または０であり、R₂は本発
明の核酸配列または修飾核酸配列、特に表１より選択さ
れる核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチド
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂は
５’末端残基がその左側でR₁に結合し、その３’末端残
基がその右側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、Ｒ₁および／ま
たはＲ₂のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロ
ポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、
ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、
ＸおよびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、前
記した式のポリヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオ
チドであり、それはその式が第２の鎖が相補性を有する
第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。も
う一つ別の具体例において、ｍおよび／またはｎは１と
１０００の間の整数である。他の好ましい本発明の具体
例は、ｍが１ないし５０、１００または５００の間の整
数であり、ｎが１ないし５０、１００または５００の間
の整数である。

【００３８】本発明のポリヌクレオチドはストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特
に、細菌性ポリペプチド、より詳細には、表１［配列番
号２または４］に示すアミノ酸配列を有するストレプト
コッカス・ニューモニアエ・ヒスチジンキナーゼのポリ
ペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含する。この用語はコードおよび／非コーディング配列
を含んでもよいさらなる領域と共に、該ポリペプチドを
コードする単一の連続または非連続領域（例えば、組み
込まれたファージ、挿入された配列、組み込まれたベク
ター配列、組み込まれたトランスポゾン配列、またはＲ
ＮＡエデティング（editing）もしくはゲノムＤＮＡ再
組織化により中断されている）を含むポリヌクレオチド
を包含する。本発明はさらに、表１［配列番号２または
４］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種を
コードする、本明細書に記載したポリヌクレオチドの変
種に関する。本発明のポリヌクレオチドのフラグメント
である変種は本発明の全長ポリヌクレオチドの合成に使
用できる。

【００３９】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２または４］のヒ
スチジンキナーゼポリペプチドのアミノ酸配列を有す
る、ヒスチジンキナーゼ変種をコードするポリヌクレオ
チドである。特に好ましくは、ヒスチジンキナーゼポリ
ペプチドの特性、活性を変化させないサイレント置換、
付加および欠失である。

【００４０】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号２または４］に示すアミノ酸配列をを有する
ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコードするポリヌク
レオチドの全長にわたって少なくとも７０％の同一性を
有するポリヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオ
チドに相補的なポリヌクレオチドである。また、最も好
ましいものは、ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチドと全長にわたって少なくとも８
０％の同一性を有する領域からなるポリヌクレオチドお
よびそれと相補的なポリヌクレオチドである。この点
で、その同じものと全長にわたって少なくとも９０％の
同一性を有するポリヌクレオチドが特に好ましく、中で
も少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好まし
い。さらには、少なくとも９５％の同一性を有するもの
の中で少なくとも９７％の同一性を有するものがより好
ましく、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９
％の同一性を有するものが特に好ましい。少なくとも９
９％の同一性を有するものがより好ましい。好ましい具
体例は、表１［配列番号１または３］のＤＮＡによって
コードされている成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。本発明のある好ましい具体
例によれば、特に厳密な条件下で、例えば表１のポリヌ
クレオチドのごときヒスチジンキナーゼポリヌクレオチ
ド配列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチド
が提供される。

【００４１】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドに厳密な条件下でハイブリダイ
ゼーションするポリヌクレオチドに関する。本明細書で
用いる場合、「厳密な条件」および「厳密なハイブリダ
イゼーション条件」という語は、ハイブリダイゼーショ
ンが、配列間に少なくとも９５％、好ましくは少なくと
も９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味す
る。厳密なハイブリダイゼーション条件の一例として、
５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎa
Ｃl、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン
酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denhard
t’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μｇ／
ｍｌ変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一
夜インキュベーションし、ついでハイブリダイゼーショ
ン支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄すること
が挙げられる。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件
は公知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLONING：ALABO
RATORY MANUAL，Second Edition，Cold Spring Harbor,
N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されている。本発
明により提供されるポリヌクレオチド配列に関して溶液
ハイブリダイゼーションを用いてもよい。

【００４２】本発明は、配列番号１または３に示したポ
リヌクレオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラ
リーを、厳密なハイブリダイゼーション条件下、配列番
号１または３に示す該ポリヌクレオチド配列の配列を有
するプローブまたはそのフラグメントでスクリーニング
し、該ＤＮＡ配列を単離することにより得ることができ
るポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれよりなるポ
リヌクレオチドを提供する。そのようなポリヌクレオチ
ドを得るのに有用なフラグメントには、例えば、本明細
書のいずれかの場所で十分に説明するプローブおよびプ
ライマーが包含される。

【００４３】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用し、ヒスチジンキナーゼをコード
する全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ヒス
チジンキナーゼ遺伝子に対して高い配列類似性を有する
他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離する
ことができる。そのようなプローブは、一般に、少なく
とも１５塩基を含むであろう。好ましくは、そのような
プローブは少なくとも３０塩基からなり、少なくとも５
０塩基を有してもよい。特に好ましいプローブは、少な
くとも２０塩基を有し、３０以下の塩基を有する。例え
ば、ヒスチジンキナーゼ遺伝子のコード領域は、表１
（配列番号１または３）のＤＮＡ配列を使用してスクリ
ーニングしてオリゴヌクレオチド・プローブを合成する
ことにより単離できる。ついで、本発明の遺伝子の配列
と相補性の配列を有する標識したオリゴヌクレオチドを
用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブ
ラリーをスクリーニングし、ライブラリーのどのメンバ
ーがプローブとハイブリダイゼーションするか決定す
る。

【００４４】全長のＤＮＡを得るための、あるいは短い
ＤＮＡを伸長させるための利用可能で当業者によく知ら
れたいくつかの方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅
速増幅（ＲＡＣＥ）（例えば、Frohman, et al., PNAS
USA 85,8998-9002, 1988参照）に基づく方法がある。ma
rathon^TM法（Clontech Laboratories Inc.）に例示され
る当該方法の最近の変法は、例えば、より長いｃＤＮＡ
の検索を有意に簡単にしている。Marathon^TM法におい
て、ｃＤＮＡは選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調
製され、各末端に「アダプター」配列が連結される。次
いで、遺伝子特異的かつアダプター特異的オリゴヌクレ
オチドプライマーを用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行って
ＤＮＡの「失われた」５’末端を増幅する。次いで、
「ネステッド」プライマー、すなわち、増幅生成物の範
囲ににアニールするように設計されたプライマー（典型
的には、アダプター配列中のさらなる３’にアニールす
るアダプター特異的プライマーならびに選択遺伝子配列
中のさらなる５’にアニールする遺伝子特異的プライマ
ー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、この反応
の生成物をＤＮＡ配列決定により分析し、次いで、存在
しているＤＮＡに生成物を直接結合して完全配列を得る
こと、あるいは５’プライマーの設計に関する新たな配
列の情報を用いて別個の全長ＰＣＲを行うことにより、
全長のＤＮＡを構築する。

【００４５】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号
１または２または３または４）の配列に由来するオリゴ
ヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明
細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに
使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体と
して、または部分的に感染組織において細菌中で転写さ
れるか否か測定する。そのような配列はまた、病原体が
達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性
がある。

【００４６】また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるア
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への蛋白
のプロセッシングにおいて役割を果たし、蛋白を運び、
蛋白の半減期を長くしたり、短くしたり、あるいは分析
または生産のための蛋白の取り扱いを容易にすることが
できる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は
細胞酵素により成熟蛋白からプロセッシングにより除か
れる。本発明の各ポリヌクレオチドおよび全ポリヌクレ
オチドについて、それに相捕的なポリヌクレオチドが提
供される。これらの相捕的ポリヌクレオチドが、相捕的
である各ポリヌクレオチドに対して十分に相捕的である
ことが好ましい。一またはそれ以上のプロ配列に融合し
たポリペプチドの成熟形態を有する前駆体蛋白は該ポリ
ペプチドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不
活性前駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ
配列のいくらかまたは全体を、活性化の前に除去でき
る。一般に、そのような前駆体はプロ蛋白と称される。

【００４７】核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎ
がそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成す
る効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、
４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡ
またはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味す
る。

【００４８】要するに、本発明のポリヌクレオチドは成
熟蛋白、リーダー配列の加わった成熟蛋白（プレ蛋白と
も称される）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１また
はそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、また
はリーダー配列と、一般に、ポリペプチドの活性な成熟
形態を生成するプロセッシング工程の間に除去される１
またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体で
あるプレプロ蛋白をコードする。

【００４９】ベクター、宿主細胞、発現系 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作される宿主細胞および組換え技術による本発明のポ
リペプチドの製造に関する。さらに無細胞翻訳系を用
い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用してかか
る蛋白を製造することができる。本発明の組み換えポリ
ペプチドを、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞か
ら、当業者によく知られた方法により製造してもよい。
したがって、さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む発現系、か
かる発現系で遺伝子操作された宿主細胞、ならびに組み
換え法による本発明ポリペプチドの製造に関する。組換
え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系も
しくはそれらの一部、または本発明のポリヌクレオチド
を取り込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞
への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、
ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、ト
ランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオ
ン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーシ
ョン、トランスダクション、スクレープ・ローディン
グ、弾道導入および感染のような、Davisら、BASIC MET
HODS IN MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrook
ら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd E
d. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring
Harbor, N.Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マ
ニュアルに記載されている方法によって行うことができ
る。

【００５０】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）、シアノバクテリア（cyanpobact
eria）、枯草菌（Bacillus subtilis）およびストレプ
トコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoni
ae）のごとき細菌細胞；クルベロミセス（Kluveromyce
s）、サッカロミセス（Saccharomyces）のごとき酵母細
胞、担子菌、カンジダ・アルビカンス（Candidaalbican
s）およびアスペルギルス（Aspergillus）；ドロソフィ
ラ（Drosophila）S2およびスポドプテラ（Spodoptera）
Sf9細胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T
3、BHK、293、CV-1およびボーウェス（Bowes）メラノー
マ細胞のごとき動物細胞；および裸子植物または被子植
物のごとき植物細胞を包含する。

【００５１】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多様な発現系を使用することができる。かかる系
は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来
の系、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファー
ジ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿
入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュ
ロウイルス、ＳＶ４０のごときパポバウイルス、ワクシ
ニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイ
ルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのような
ウイルス由来のベクター、およびコスミドおよびファー
ジミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺
伝因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに
由来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を
制御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。
一般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅ま
たは発現し、および／またはポリペプチドを発現するの
に適した系またはベクターを、この点にて発現に使用し
てもよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、
MOLECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示
されている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技
術のいずれかによって、発現系に挿入してもよい。

【００５２】真核細胞の組み換え発現系において、翻訳
された蛋白を小胞体内腔、周辺腔または細胞外環境に分
泌するために、適当な分泌シグナルを発現されるポリペ
プチドに挿入してもよい。これらのシグナルは、ポリペ
プチドに固有のものであってもよく、または異種のシグ
ナルであってもよい。本発明のポリペプチドは、硫酸ア
ンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、アニオンま
たはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロー
スクロマトグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィ
ー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシル
アパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマト
グラフィーを包含する、よく知られた方法によって組換
え細胞培養物から回収および精製できる。最も好ましく
は、高品質液体クロマトグラフィーが精製に使用され
る。ポリペプチドが単離および／または精製の間に変性
する場合、蛋白を再生するための周知方法を用いて、再
び活性な立体配座とすることができる。

【００５３】診断、予後、セロタイピングおよび変異ア
ッセイ また本発明は、診断試薬として使用するための本発明の
ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチドの使用にも関す
る。真核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるヒ
スチジンキナーゼポリヌクレオチドおよび／またはポリ
ペプチドの検出は、疾患の診断、疾病の段階の決定、ま
たは薬剤に対する感染生物の応答に関する診断方法を提
供するであろう。ヒスチジンキナーゼ遺伝子または蛋白
を含む生物に感染、または感染の可能性がある真核生
物、とりわけ哺乳動物、特にヒトを、種々のよく知られ
た方法ならびに本明細書記載の方法により核酸レベルま
たはアミノ酸レベルで検出できる。

【００５４】予後、診断または他の分析に供するポリペ
プチドおよびポリヌクレオチドは、感染していると思わ
れる個体および／または感染した個体の身体材料から得
られる。これらの源由来のポリヌクレオチド、特にＤＮ
ＡまたはＲＮＡを検出に直接用いてもよく、あるいは分
析に付す前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いるこ
とにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡ（詳細にはｍＲＮ
Ａ）、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡも同じようして使用
できる。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の種
および株を原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴
づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較した
増幅生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検
出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識したヒスチ
ジンキナーゼポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼー
ションさせることにより同定できる。完全に対合した配
列は、ＲＮase消化により、または融解温度の差によ
り、誤対合二重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の差は
また、変性剤を伴ったまたは変性剤を含まないゲル中の
ＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変化により、
または直接的なＤＮＡの配列決定により検出できる。例
えば、Myersら、Science，230:1242（1985）を参照のこ
と。特異的な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ
保護アッセイ、例えば、ＲＮaseおよびＳ１保護または
化学的切断法によっても明らかにすることができる。例
えば、Cottonら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，85:4397-4
401（1985）を参照のこと。ヌクレアーゼ保護アッセ
イ、例えば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１およびＳ２保護アッセイ
または化学的開裂法により、特定位置における配列の変
化を明らかにすることができる。例えば、Cotton et a
l., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 85:4397-4401 (198
5)参照。

【００５５】もう１つの具体例において、ヒスチジンキ
ナーゼヌクレオチド配列またはそのフラグメントを含む
オリゴヌクレオチドプローブの一群を構築して、例えば
遺伝学的変異、セロタイプ、分類学的分類または同定の
ための効果的なスクリーニングを行うことができる。ア
レイ法は適応範囲が広く、遺伝子発現、遺伝学的連関、
および遺伝学的変化を包含する分子遺伝学における種々
の問題を解決するために用いられる（例えば、Chee et
al., Science,274:610 (1996)参照）。

【００５６】よって、もう１つの態様において、本発明
は、 （ａ）本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１または３のヌクレオチド配列、またはそのフラグメン
ト； （ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相捕的なヌク
レオチド配列； （ｃ）本発明ポリペプチド、好ましくは配列番号：２ま
たは４のポリペプチド、またはそのフラグメント；ある
いは （ｄ）本発明ポリペプチドに対する抗体、好ましくは配
列番号：２または４のポリペプチドに対する抗体を含む
診断キットに関する。かかるキットにおいて、（ａ）、
（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が重要な成分を含んでいて
もよいことが理解されよう。かかるキットは、とりわけ
疾病または疾病に対する感受性についての診断において
有用である。

【００５７】また本発明は、診断試薬としての本発明ポ
リヌクレオチドの使用にも関する。疾病または発病に関
連した本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１または３のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、ポ
リヌクレオチドの発現低下、発現過剰または発現の変化
により生じる疾病の診断、疾病経過の予後、疾病段階の
決定、または疾病に対する感受性の決定に加えて用いる
診断用道具、またはかかる診断等の決定のための道具を
提供するであろう。かかるポリヌクレオチドにおける変
異を有する生物、特に感染生物を、本明細書記載のいず
れかの場所で説明するような種々の方法によりポリヌク
レオチドレベルで検出してもよい。本発明ヌクレオチド
配列は生物の染色体の同定にも価値がある。配列は特別
に標的化され、生物（詳細にはストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ）の染色体上の特定の位置とハイブリダイ
ゼーションしうる。本発明染色体に関連した配列のマッ
ピングは、それらの配列を病原性および／または生物の
環境学的地位および／または生物の薬剤耐性とを関連づ
け、さらには生物に遺伝子を対応させることにおける重
要な工程でありうる。配列を正確な染色体位置にマッピ
ングしたならば、染色体上の配列の物理的位置を遺伝学
的地図のデータと関連づけることができる。かかるデー
タは、配列データベースにおいてオンラインで見いださ
れる。次いで、遺伝学的方法、例えば、連関（物理的に
近接した遺伝子の同時遺伝）の分析、あるいはコンジュ
ゲーション（conjugation）のごとき接合の研究によ
り、同じ染色体領域にマッピングされた遺伝子と疾病と
の関係を同定する。第１の表現型を有する生物と、異な
る第２の表現型を有する生物との間のポリヌクレオチド
および／またはポリペプチド配列の相違を調べることも
できる。第１の表現型を有する生物のいくつかまたは全
部に変異が観察されるが、第２の表現型を有する生物に
は変異が観察されない場合、変異は第１の表現型の発生
原因である可能性がある。

【００５８】本発明のポリヌクレオチドおよび／またあ
ポリペプチド中に変異または多型性（対立遺伝子変異）
を担持する生物由来の細胞を、例えばセロタイピングを
可能にするような種々の技術によりＤＮＡレベルで検出
できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡにおける
変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出
系、例えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に
好ましい。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた
同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることがで
きる。一例として、ヒスチジンキナーゼポリペプチドを
コードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて変
異を同定および分析することができる。典型的なプライ
マーの例を下表２に示す。

【００５９】表２ ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチド増幅用プライマー 配列番号 プライマー配列 7 5'-ATGCTTGAAAGACTGAAAAGC-3' 8 5'-GTTTCTCTCCTTATAAGGTAGTC-3'

【００６０】また本発明は、式： Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R₁およびR₃は、各々、独立していずれかの核
酸残基または修飾ヌクレオチド残基であり、ｍは１〜２
０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または０
であり、R₂は本発明プライマー配列、特に表２より選択
される核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチ
ドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂は
５’末端残基がその左側でR₁に結合し、その３’末端残
基がその右側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基
で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、好ましくは表１のポ
リヌクレオチドの領域に相捕的なヘテロポリマーであ
る。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは１
ないし１０の間の整数である。

【００６１】さらに本発明は、５’および／または３’
末端から１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたプライマーを提供する。特に、これらのプライマー
を、個体由来の試料、例えば身体材料から単離されたヒ
スチジンキナーゼＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に
用いることができる。プライマーを用いて感染個体から
単離されたポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオ
チド配列研究のための種々の方法に供してもよい。この
ようにして、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、
変異を用いて感染または感染段階もしくは経路を診断お
よび／または予後を行い、あるいは感染物のセロタイプ
および／または分類を行ってもよい。

【００６２】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１
または３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベ
ルの上昇を、個体由来のサンプルから決定することを特
徴とする方法を提供する。ヒスチジンキナーゼポリヌク
レオチドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチド
の定量法として当該分野で周知の方法である任意の方
法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保
護、ノーザンブロッティング、スペクトロメトリーおよ
びその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。

【００６３】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
ヒスチジンキナーゼポリペプチドの過剰発現を検出する
ための本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染
の存在を検出することができる。宿主由来のサンプル中
のヒスチジンキナーゼポリペプチドのレベルを決定する
ために用いることができるアッセイ技法は、当業者に周
知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッ
セイ、競合的結合アッセイ、ウェスタンブロット分析、
抗体サンドイッチアッセイ、抗体検出およびＥＬＩＳＡ
アッセイを包含する。

【００６４】ディファレンシャル発現（differential e
xpression） 本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、ディフ
ァレンシャルスクリーニング法の試薬として用いてもよ
い。多くのディファレンシャルスクリーニングおよびデ
ィファレンシャルディスプレイ法が当該分野に存在し、
本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いるこ
とができる。例えば、ディファレンシャルディスプレイ
法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036 (19
93)に記載されている。この方法は、ランダムプライム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。

【００６５】インビボ発現法（ＩＶＥＴ）はCamilli et
al., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (199
4)に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物と
の比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。

【００６６】ＲＴ−ＰＣＲを用いて遺伝子発現パターン
を分析してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲ
Ｔ−ＰＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組
織、例えばネズミの感染後４８時間たった肺から単離
し、次いで、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされ
たＲＮＡ試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プラ
イマーペアーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲ
ＮＡ量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による
特定のｍＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中
で転写された細菌遺伝子についての情報を提供する。遺
伝子転写の分析を感染の異なる時点において行って細菌
による発病における遺伝子調節についての詳細な知識を
得て、いずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニング
のための標的であるのかを明確に理解することができ
る。使用ＰＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質によ
り、細菌ｍＲＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必
要があるとはいえないことが理解されよう。このこと
は、感染組織からの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能
にし、細菌中で非常に短命（半減期２分のオーダー）な
細菌ｍＲＮＡ種を得ることを可能にする。最適には、非
常に短時間のうちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存
在下で機械的に破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬お
よびＤＮＡａｓｅ処理を製造者の指示に従って行って夾
雑ＤＮＡを除去することにより、感染ネズミ肺組織から
細菌ｍＲＮＡを調製する。好ましくは、適当に標識され
た配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノー
ザンをプローブすることにより検出されるストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡが最
大量となるような条件を見いだすことによってプロセス
を最適化する。典型的には、５’色素標識プライマーを
ＰＣＲ反応において各ＰＣＲプライマーペアーに用い、
最適にはＰＣＲ反応を８ないし２５サイクルで終了す
る。ＰＣＲ生成物を６％ポリアクリルアミドで分離し、
GeneScanner（ＡＢＩにより製造されている）を用いて
検出し定量する。

【００６７】グリッディング（gridding）およびポリヌ
クレオチド引き算 方法は、いわゆる「高密度ＤＮＡアレイ（high density
array）」またはグリッドを用いる遺伝子発現および同
一性についての情報を得るためのものである。例えば、
M.Chee et al., Science, 274:610-614 (1996)およびそ
の中の引用文献参照。かかるグリッディングアッセイを
用いて、発現配列タグ（ＥＳＴ）と呼ばれるある種の新
規遺伝子配列が同定された（Adams et al., Science, 2
52:1651-1656 (1991)）。遺伝子産物に基づいて特定の
遺伝子配列を同定するための方法のバラエティーも記載
されている。例えば、１９９１年５月３０日公開国際特
許出願ＷＯ９１／０７０８７参照。さらに、所望配列の
増幅のための方法が記載されている。例えば、１９９１
年１１月１４日公開の国際特許出願ＷＯ９１／１７２７
１参照。

【００６８】本発明ポリヌクレオチドをポリヌクレオチ
ドアレイの成分として、好ましくは高密度アレイまたは
グリッドとして用いてもよい。これらの高密度アレイは
診断および予後目的に特に有用である。例えば、異なる
遺伝子、さらにはポリヌクレオチドまたは本発明ポリヌ
クレオチドを含む各スポットのセットをプロービング
（身体試料から得たプローブを用いるハイブリダイゼー
ションまたは核酸増幅を用いるプロービングのごとき）
に使用して、個体中の特定のヌクレオチド配列または関
連配列の存在を決定してもよい。かかる存在は、病原
体、特にストレプトコッカス・ニューモニアエの存在を
示す可能性があり、疾病または疾病経過の診断および／
または予後に有用である可能性がある。配列番号：１ま
たは３のポリヌクレオチド配列の多くの変種を含むグリ
ッドが好ましい。また、配列番号：２または４のポリペ
プチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列の多
くの変種を含むものが好ましい。

【００６９】抗体 本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドまたはそれ
らの変種、あるいはそれらを発現する細胞を、かかるポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドそれぞれに対して免
疫特異的な抗体を得るための免疫原として用いることが
できる。１の好ましい本発明の具体例において、ヒスチ
ジンキナーゼポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対
する抗体が提供される。

【００７０】本発明のポリペプチドに対して得られる抗
体は、ポリペプチドあるいはエピトープが付いたフラグ
メント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の
動物に、慣用的プロトコールを用いて投与することによ
り得ることができる。モノクローナル抗体を調製する場
合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当該分野にて周知の技術を用いることができる。例え
ば、Kohler, G.およびMilstein, C., Nature，256：495
−497（1975）；Kozborら、Immunology Today, 4：72
（1983）；Coleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER
THERAPY, Alan R Liss,Inc.、77−96頁（1985）に記載
されるような種々の技法が挙げられる。

【００７１】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。

【００７２】別法として、ファージディスプレイ（phag
e display）技法を利用して、抗‐ヒスチジンキナーゼ
の保持に関してスクリーニングしたヒトのリンパ球のＰ
ＣＲ増幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無
処理のライブラリー由来の、ポリペプチドに対する結合
活性を有する抗体遺伝子を選択してもよい（McCaffert
y,Ｊ.ら、Nature 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、B
iotechnology 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親
和性はチェインシャフリング（chain shuffling）によ
り改善することもできる（Clackson,T.ら、Nature 352:
624-628（1991））。

【００７３】前記の抗体を用いてポリペプチドを発現す
るクローンを単離または同定することができ、アフィニ
ティークロマトグラフィーにより該ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドを精製することができる。従って、と
りわけ、ヒスチジンキナーゼポリペプチドまたはヒスチ
ジンキナーゼポリヌクレオチドに対する抗体を用いて、
感染、とりわけ細菌感染を治療することができる。

【００７４】ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。

【００７５】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはその融合蛋白は、マウスまたは他
の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫するため
の抗原として使用される。融合蛋白はポリペプチドに安
定性を付与できる。抗原は、例えば抱合することによ
り、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブミン
（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペット・ヘモシアニ
ン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させ
ることができる。別法として、蛋白もしくはポリペプチ
ド、またはその抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペ
プチドの多重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫
原性を改良するのに十分な抗原性を有しており、キャリ
ヤを使用しなくてすむ。

【００７６】好ましくは、抗体またはその変種を修飾し
て個体における免疫原性を減少させる。例えば、個体が
ヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」され
ており；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明の１の態様によれば、治療または予防
目的、詳細には遺伝学的免疫化のための本発明ポリヌク
レオチドの使用が提供される。本発明の特に好ましい具
体例は、ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチドの自然発
生対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペ
プチドである。

【００７７】本発明ポリヌクレオチドの遺伝学的免疫に
おける使用には、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉
への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（199
2）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（196
3））、特異的蛋白キャリヤを複合させたＤＮＡの送達
（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、リン酸
カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS USA 83：9551（1986））、種々の形態のリポソ
ーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243：375
（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356：152（1
992）；Eisenbraunら、ＤＮＡ Cell Biol 12：791（199
3））およびクローン化レトロウイルスベクターを用い
たインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（198
4））などの適当な送達方法を用いる。

【００７８】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 さらに、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドを
用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブラ
リー、および天然産物の混合物中の、小分子基質とリガ
ンドとの結合を評価することもできる。これらの基質お
よびリガンドは天然の基質およびリガンドでよく、また
は構造上もしくは機能上の模倣物でもよい。例えば、Co
liganら、Current Protocols in Immunology 1（2）：
第5章（1991）を参照のこと。

【００７９】本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドは多くの生物学的機能の原因であり、該機能には多く
の疾病状態、詳細には上記疾病が包含される。それゆ
え、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能を刺激
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
法を工夫することが望ましい。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドならびに関連ポリペプチドおよびポリヌク
レオチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定する
ためのスクリーニング方法を提供する。一般的には、ア
ゴニストまたはアンタゴニストを上記疾病の治療および
予防のために用いてもよい。種々の源、例えば、細胞、
無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物の混合
物から化合物を同定できる。そのようにして同定された
かかるアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤は、天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素等であって
もよく、場合によってはヒスチジンキナーゼポリペプチ
ドおよびポリヌクレオチド、あるいはそれらの構造上ま
たは機能上の模倣物であってもよい（Coligan et al.,
Current Protocols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1
991)参照）。

【００８０】スクリーニング法は、単に化合物のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドへの、あるいはポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドを有する細胞もしくは膜へ
の、あるいはポリペプチド含む融合蛋白への結合を、直
接的または間接的に候補化合物に結合した標識により測
定するものであってもよい。別法として、スクリーニン
グ法は標識競争物質との競争を用いるものであってもよ
い。さらに、これらのスクリーニング法は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドを含む細胞に適した検出系を
用いて、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性化
または阻害により生じるシグナルを化合物が発生させる
かどうかを試験するものであってもよい。一般的には、
既知アゴニスト存在下で活性化の阻害剤をアッセイし、
次いで、候補化合物存在下でのアゴニストによる活性化
の効果を観察する。構成的に活性のあるポリペプチドお
よび／または構成的に発現されるポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドを、アゴニストまたは阻害剤の効果を逆
転させる物質を探すスクリーニング法に用いてもよく、
候補化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活
性化を阻害するかどうかを試験することによる。さら
に、スクリーニング法は、単に、候補化合物を本発明ポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドを含有する溶液と混
合して混合物を作成し、混合物中のヒスチジンキナーゼ
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド活性を測
定し、次いで、混合物中のヒスチジンキナーゼポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチド活性を標準に対し
て比較することを特徴とする。Ｆｃ部分および上記ヒス
チジンキナーゼポリペプチドから作成されるような融合
蛋白を用いて高処理量アッセイを行って本発明ポリペプ
チドのアンタゴニストならびに系統分類的および／また
は機能的に関連したポリペプチドを同定することもでき
る（D.Bennett et al., J. Mol. Recognition, 8:52-58
(1955);およびK.Johanson et al., J. Biol. Chem., 2
70(16):9549-9471 (1955)参照）。

【００８１】本発明ポリペプチドと結合および／または
相互作用するポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび抗
体を用いて、細胞中のｍＲＮＡおよび／またはポリペプ
チドの精製に対する添加化合物の影響を検出するための
スクリーニング方法を組み立ててもよい。例えば、ＥＬ
ＩＳＡアッセイを構築して、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌または細胞
結合レベルを、当該分野において標準的な方法により測
定してもよい。これにより、適当に操作された細胞また
は組織からのポリペプチドの生成を阻害または促進しう
る作用剤（それぞれ、アンタゴニストまたはアゴニスト
という）を見いだすことができる。

【００８２】本発明はまた、ヒスチジンキナーゼポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドの作用、特に静菌および
／または殺菌性である化合物の作用を亢進（アゴニス
ト）または遮断（アンタゴニスト）する化合物を同定す
るための化合物のスクリーニング方法を提供する。スク
リーニング方法には高処理量（high−throughput）技術
が包含される。例えば、アゴニストまたはアンタゴニス
トをスクリーニングするために、ヒスチジンキナーゼポ
リペプチドおよびかかるポリペプチドの標識基質または
リガンドを含む合成反応混合物、膜、細胞エンベロープ
もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、または
それらのいずれかの調製物を、ヒスチジンキナーゼアゴ
ニストまたはアンタゴニストであるかもしれない候補分
子の存在下または不在下でインキュベートする。候補分
子がヒスチジンキナーゼポリペプチドに作動または拮抗
する能力は、標識リガンドの結合の低下またはかかる基
質からの生成物の生成低下に反映される。結合しても影
響を及ぼさない分子、すなわちヒスチジンキナーゼポリ
ペプチドの効果を誘起しない分子は、ほとんどの場合、
良好なアンタゴニストであろう。よく結合し、基質から
の生成物の生成速度を高め、シグナルトランスダクショ
ンを増大させ、あるいは化学チャンネル活性を増大させ
る分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成速
度、シグナルトランスダクション、あるいは化学チャン
ネル活性のレベルの検出はリポーターシステムを用いる
ことにより強調できる。この点に関して有用なリポータ
ーシステムは、生成物に転換される比色標識基質、ヒス
チジンキナーゼポリヌクレオチドまたはポリペプチド活
性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野
で公知の結合アッセイを包含するが、これらに限定する
ものではない。

【００８３】本発明ポリペプチドを用いて膜結合または
可溶性受容体を同定してもよく、かかるポリペプチドは
当該分野において標準的な受容体結合法により同定され
る。これらの方法、リガンド結合およびクロスリンキン
グアッセイを包含するが、これらに限らない。これらの
方法において、ポリペプチドを放射性標識（例えば^{12 5}
Ｉ）、化学修飾（例えばビオチン化）または検出および
精製に適したペプチド配列に融合され、推定上の受容体
（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材
料）の源とともにインキュベーションする。他の方法は
表面プラスモン共鳴および分光学的法法を包含する。こ
れらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドのそ
の受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニスト
およびアンタゴニストを同定してもよい。かかるアッセ
イを行うための標準的方法は当該分野においてよく知ら
れている。

【００８４】蛍光タグを付した分子に関する蛍光分極値
は回転相関時間（rotational correlation time）また
は回転速度（tumbling rate）に依存する。別の応答レ
ギュレーターポリペプチドもしくは他のポリペプチドと
結合した応答レギュレーターポリペプチドのごとき蛋白
複合体であって蛍光標識分子を含むように標識されてい
るものは、蛍光標識されたモノマー蛋白よりも高い分極
値を有するであろう。この方法を用いて、ポリペプチド
複合体を分裂させる小型分子を特徴づけるのが好まし
い。

【００８５】蛍光エネルギー転移を用いて、応答レギュ
レーターポリペプチドダイマー、トリマー、テトラマ
ー、または高次構造、あるいは別のポリペプチドに結合
した応答レギュレーターポリペプチドにより形成される
構造の形成を妨害する小型分子を特徴づけてもよい。応
答レギュレーターポリペプチドをドナーおよびアクセプ
ター両方の蛍光発色団で標識することができる。２種の
標識種を混合し、ドナー蛍光発色団を励起したならば、
アクセプターの蛍光を観察することにより蛍光エネルギ
ー転移を検出することができる。ダイマー化をブロック
する化合物は蛍光エネルギー転移を阻害するであろう。

【００８６】表面プラスモン共鳴を用いて、応答レギュ
レーターポリペプチドの自己結合ならびに応答レギュレ
ーターポリペプチドと別のポリペプチドもしくは小型分
子との結合に対する小型分子の影響をモニターすること
ができる。低いサイト密度（site density）において応
答レギュレーターポリペプチドをセンサーチップにカッ
プリングさせて、共有結合分子がモノマー性となるよう
にすることができる。次いで、溶液蛋白を応答レギュレ
ーターポリペプチド被覆表面上に通し、局所屈折率の変
化により生じる共鳴角の変化をモニターすることにより
特異的結合をリアルタイムで検出することができる。こ
の方法を用いて、応答レギュレーターポリペプチドの自
己結合ならびに応答レギュレーターポリペプチドと別の
ポリペプチドもしくは小型分子との結合に関する反応速
度および平衡結合定数に対する小型分子の影響を特徴づ
けることができる。

【００８７】シンチレーション近接アッセイを用いて、
応答レギュレーターポリペプチドと別の応答レギュレー
ターポリペプチドもしくは別の分子との結合の間の相互
作用を特徴づけることができる。応答レギュレーターポ
リペプチドをシンチレーション充填ビーズにカップリン
グさせることができる。放射性標識応答レギュレーター
ポリペプチドの添加は結合を生じ、放射性源分子はシン
チレーション液に極めて近接した状態となる。よって、
応答レギュレーターポリペプチドの結合によりシグナル
が放出され、応答レギュレーターポリペプチドの自己結
合または応答レギュレーターポリペプチドと別のポリペ
プチドもしくは小型分子との結合を妨害する化合物はシ
グナルを減少させるであろう。

【００８８】ＩＣＳバイオセンサーはＡＭＢＲＩ（Aust
ralian Membrane Biotechnology Research Institute）
により記載されている。それらは高分子の自己結合をカ
ップリングし、懸濁膜二重層中のガンマシジンにより促
進されるイオンチャンネルを閉鎖し、それゆえバイオセ
ンサーのアドミッタンス（イン−ダンスと同様）の測定
可能な変化が起こる。このアプローチは６０回のアドミ
ッタンス変化でも直線性があり、理想的には、小型分子
コンビナトリアルライブラリーの大規模な高処理量スク
リーニングに適する。

【００８９】本発明の他の具体例において、本発明ポリ
ペプチドおよびまたはポリヌクレオチドと結合あるいは
相互作用して、その活性または発現を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドへの結合、あるいはポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との他
の相互作用を可能にする条件下で本発明ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき
化合物と接触させて、アゴニストとの結合あるいは他の
相互作用を評価し（該方法において、好ましくは、かか
る結合または相互作用はポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答した検出可能シグナルを提供しうる第２の化合物に関
連したものである）、次いで、ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作
用から生じるシグナルの存在または不存在を検出するこ
とにより、化合物がポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドと結合あるいは相互作用し、その活性または
発現を活性化または阻害するかどうかを決定する方法が
提供される。

【００９０】ヒスチジンキナーゼアンタゴニストのアッ
セイのもう１つの例は、競争阻害アッセイに適した条件
下で、ヒスチジンキナーゼおよび潜在的なアンタゴニス
トを、ヒスチジンキナーゼ結合分子、組換えヒスチジン
キナーゼ結合分子、天然基質もしくはリガンド、または
基質もしくはリガンド模倣物と混合する、競合アッセイ
である。ヒスチジンキナーゼ分子を例えば放射活性また
は比色化合物により標識し、結合分子に結合した、ある
いは生成物に変換したヒスチジンキナーゼ分子の数を正
確に決定して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価で
きる。

【００９１】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチドと結合し、そ
れによりその活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、
ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的
アンタゴニストはまた、ヒスチジンキナーゼにより誘導
される活性を誘導しない結合分子のような結合分子の同
一部位に結合し、ヒスチジンキナーゼを結合から排除す
ることによりヒスチジンキナーゼの作用を妨げる、密接
に関連した蛋白または抗体のような小型有機分子、ペプ
チド、ポリペプチドであってもよい。

【００９２】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合してその部位を占領し、それにより細
胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性
を妨害する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型
有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含するが、こ
れらに限定するものではない。その他の潜在的なアンタ
ゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子
についての記載に関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:
560（1991）；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE IN
HIBTORS OF GENE EXPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラ
ートン、フロリダ州（1988）を参照のこと）。好ましい
潜在的アンタゴニストは、ヒスチジンキナーゼに関連す
る化合物およびその変種を包含する。好ましい潜在的な
アンタゴニストはヒスチジンキナーゼに関連した化合物
およびヒスチジンキナーゼの変種を包含する。潜在的な
ポリペプチドアンタゴニストの他の例は抗体を包含し、
あるいはいくつかの場合には、ポリペプチドのリガン
ド、基質、受容体、酵素等の密接に関連したオリゴヌク
レオチドまたは蛋白、あるいはリガンド、基質、受容
体、酵素等のフラグメント、あるいは本発明ポリペプチ
ドに結合するが応答を誘発せず、その結果ポリペプチド
の活性が阻害することとなる小型分子を包含する。

【００９３】ある種の本発明ポリペプチドは天然ヒスチ
ジンキナーゼポリペプチドの生物学的模倣物、機能的模
倣物である。これらの機能的模倣物を、とりわけ、ヒス
チジンキナーゼポリペプチドの活性に拮抗するように、
あるいは本明細書にいずれかの場所に記載の様式で抗原
または免疫原として用いてもよい。本発明ポリペプチド
の機能的模倣物は末端切断ポリペプチドを包含するが、
これに限らない。例えば、好ましい機能的模倣物は、配
列番号：２に示すポリペプチドを含むポリペプチドであ
ってアミノまたはカルボキシ末端の２０、３０、４０、
５０、６０、７０または８０個のアミノ酸を欠くポリペ
プチドを包含し、さらにこれらの末端切断配列の１つま
たはそれ以上のものを含む融合蛋白を包含する。これら
の機能的模倣物のそれぞれをコードしているポリヌクレ
オチドを発現カセットとして用いて各模倣物ポリペプチ
ドを発現させてもよい。これらのカセットが５’および
３’制限部位を有していて所望の場合にカセットを一緒
にして連結するための便利な手段となることが好まし
い。これらのカセットが当該分野で知られたまたは本明
細書にいずれかの場所に記載された遺伝子発現シグナル
を含むことがさらに好ましい。

【００９４】よって、もう１つの態様において、本発明
は、本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドに関するアゴニスト、アンタゴニスト、リガンド、受
容体、基質、酵素等；あるいはかかるポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドの生成を減少または促進す
る化合物を同定するためのスクリーニングキットに関す
る。該キットは： （ａ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド； （ｂ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する組み換え細胞； （ｃ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する細胞膜；あるいは （ｄ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドに対する抗体を含むものであり、好ましくは該ポリ
ペプチドは配列番号：２のものであり、好ましくは該ポ
リヌクレオチドは配列番号：１のものである。かかるキ
ットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は
重要成分を含有していてもよいことが理解されよう。

【００９５】本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドを、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の構
造に基づく設計方法に用いてもよいことが、当業者に容
易に理解されよう。該方法は： （ａ）最初にポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド、またはそれらの複合体の３次元構造を決定し、
（ｂ）アゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の反応
部位、結合部位またはモチーフである可能性のある部位
の３次元構造を推定し、（ｃ）推定された反応部位、結
合部位および／またはモチーフと結合または反応すると
予想される候補化合物を合成し、次いで（ｄ）候補化合
物が実際にアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤で
あるかどうかを試験することを含む。これが繰り返しプ
ロセスであり、自動およびコンピューター制御工程を用
いてこの繰り返しプロセスを行ってもよいことが、さら
に理解されよう。

【００９６】さらなる態様において、本発明は、例えば
ヒスチジンキナーゼポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドの過剰発現、発現不足、上昇した活性、また
は低下した活性に関連した疾病のごとき異常な状態の治
療方法を提供する。ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドの発現および／または活性が過剰な場合、い
くつかの方法を用いることができる。１の方法は、ポリ
ペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの機能および
／または発現を阻害（例えば、リガンド、基質、受容
体、酵素等の結合をブロックすることにより、あるいは
２次的シグナルを阻害することにより）するに有効な量
の上記阻害化合物（アンタゴニスト）を医薬上許容され
る担体とともに対象に投与し、そのことにより異常なな
症状を改善することを含む。もう１つの方法において、
やはり内在性ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドと競争してリガンド、基質、受容体、酵素等に結合
することができる可溶性形態のポリペプチドを投与して
もよい。かかる競争物質の典型例はヒスチジンキナーゼ
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのフラグ
メントを包含する。

【００９７】さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリペプチドまたはそのフラグメントおよび種々のサブ
クラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グロ
ブリンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含
む、遺伝子工学により得られる可溶性融合蛋白に関す
る。好ましい免疫グロブリンはヒトＩｇＧ（詳細にはＩ
ｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒンジ領域で
起こる。特定の具体例において、血液凝固因子Ｘａを用
いて開裂できる開裂配列を導入することによりＦｃ部分
を簡単に除去することができる。さらにそのうえ、本発
明は、遺伝子工学によるこれらの融合蛋白の製造方法、
ならびに薬剤スクリーニング、診断および治療における
それらの使用に関する。本発明のさらなる態様はかかる
融合蛋白をコードしているポリヌクレオチドにも関す
る。融合蛋白法の例は国際特許出願ＷＯ９４／２９４５
８およびＷＯ９４／２２９１４に見いだされる。

【００９８】さらにもう１つのアプローチにおいて、発
現ブロッキング法を用いて内在性ヒスチジンキナーゼポ
リペプチドをコードしている遺伝子の発現を阻害するこ
とができる。このブロッキングは遺伝子発現のいずれの
工程を標的としてもよいが、好ましくは、転写および／
または翻訳を標的とする。この種の既知方法の例は、体
内で生じるかまたは別個に投与されるアンチセンス配列
の使用を包含する（例えば、Oligodeoxynucleotides as
Antisense Inhibitors of Gene Expression,CRC Pres
s, Bocca Raton, FL (1988)中O'Connor, J. Neurochem
(1991) 56:560参照）。別法として、遺伝子とともに三
重らせんを形成するオリゴヌクレオチドを提供してもよ
い。例えば、Lee et al., Nucleic Acids Res (1979)
6:3073; Cooney et al., Science (1988) 241:456; Der
van et al., Science (1991) 251:1360参照。これらの
オリゴヌクレオチドはそれ自体投与することができ、あ
るいは重要部分のオリゴマーをインビボで発現させるこ
ともできる。

【００９９】本明細書で得られるＤＮＡ配列は、各々、
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現でコードされた蛋白は、抗菌薬物をスクリーニングす
るための標的として用いることができる。加えて、コー
ドされた蛋白のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列
あるいはシャイン・ガルガノまたは他の個々のｍＲＮＡ
の翻訳容易化配列を用いて、目的とするコーディング配
列の発現を調節するアンチセンス配列を構築することが
できる。

【０１００】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を
妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分
子は、細菌、特にグラム陽性菌が内在装置上の哺乳動物
細胞外マトリックス蛋白、または創傷部の細胞外マトリ
ックス蛋白に付着することを防御するために；真核生
物、好ましくは哺乳動物の細胞外マトリックス蛋白と組
織損傷を媒介する細菌性ヒスチジンキナーゼ蛋白との間
の細菌付着を遮断するために；内在装置の埋め込みまた
は他の外科的手技以外により開始した感染における病因
の通常の進行を遮断するために使用することができる。

【０１０１】本発明は、（ｉ）応答レギュレーターとヒ
スチジンキナーゼとの相互作用を妨害する薬剤、および
／または（ｉｉ）ヒスチジンキナーゼの自己リン酸化能
を妨害する薬剤のスクリーニング方法を提供する。
（ｉ）の場合、該方法は、薬剤の存在下で応答レギュレ
ーターをヒスチジンキナーゼとともにインキュベーショ
ンし、次いで、この相互作用を妨害する薬剤の能力を測
定することを含む。（ｉｉ）の場合、該方法は、応答レ
ギュレーターを薬剤とともにインキュベーションし、次
いで、自己リン酸化を妨害する薬剤の能力を測定するこ
とを含む。

【０１０２】好ましくは、応答レギュレーターはヒスチ
ジンキナーゼについて同種の応答レギュレーターである
か、あるいは基質としてヒスチジンキナーゼを利用しう
る別の応答レギュレーターであり、好ましくはストレプ
トコッカス・ニューモニアエまたは別の微生物、例え
ば、バチルス（Bacillus）由来のものであってもよい。
本発明ヒスチジンキナーゼについて同種の応答レギュレ
ーターのポリペプチドおよびポリヌクレオチド配列を表
１（ＥおよびＦ）に示す。この新規応答レギュレーター
は、バチルス・ズブチリス由来のＤｅｇＵ応答レギュレ
ーターに対して３０％の同一性を示す。

【０１０３】本発明のさらに別の態様によれば、ヒスチ
ジンキナーゼのアゴニストおよびアンタゴニスト、好ま
しくは静菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニ
ストが提供される。本発明のアンタゴニストおよびアゴ
ニストを用いて、例えば、疾患を阻害し、治療すること
ができる。

【０１０４】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（ヒスチジ
ンキナーゼポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に狭スペク
トルの抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療
に有用である。このような治療はヘリコバクター・ピロ
リ誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる
治療はまた胃潰瘍および胃炎も治癒する。

【０１０５】ワクチン 生成物、組成物、ならびにヒスチジンキナーゼ発現の評
価、疾病の治療、遺伝学的変異のアッセイ、および細
菌、特にストレプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対
する免疫学的応答を生起させるためのヒスチジンキナー
ゼポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの生物
への投与方法が本発明により提供される。本発明の別の
態様は、個体、特に哺乳動物における免疫学的応答を誘
発する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応
答を生成するのに適当なヒスチジンキナーゼポリヌクレ
オチドおよび／またはポリペプチド、またはそのフラグ
メントもしくは変種を個体に接種し、該個体を感染、特
に細菌感染、最も好ましくはストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ感染から防御することを含む方法に関する。
さらに、そのような免疫学的応答による細菌複製を遅ら
せる方法も提供する。本発明のさらにもう一つ別の態様
は、個体における免疫学的応答を誘発する方法であっ
て、インビボでヒスチジンキナーゼポリヌクレオチドお
よび／またはポリペプチド、またはそのフラグメントま
たは変種を発現するために、該ヒスチジンキナーゼポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチド、またはその
フラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベクター
を該個体に送達し、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞ま
たは細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／またはＴ細胞
免疫応答を生じさせるように免疫学的応答を誘発し、該
個体にて疾患が既に確立されているか否かにかかわらず
該個体を疾患から保護することを含む方法に関する。遺
伝子を投与する一例は、粒子上のコーティングとして遺
伝子を所望の細胞に投与することによるものである。こ
のような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、リボザイム、
修飾核酸、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−蛋白
複合体またはＲＮＡ−蛋白複合体を含んでいてもよい。

【０１０６】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体においてヒスチジンキナ
ーゼポリヌクレオチドおよび／またはそれによりコード
されるポリペプチドに対する免疫学的応答を誘発する免
疫学的組成物であって、該ヒスチジンキナーゼポリヌク
レオチドおよび／またはそれによりコードされるポリペ
プチド、または他の本発明ポリペプチドの抗原をコード
し、発現するＤＮＡを含む組換えヒスチジンキナーゼポ
リヌクレオチドおよび／またはそれによりコードされる
ポリペプチドを含む組成物に関する。免疫学的応答は、
治療的および予防的に使用でき、抗体免疫および／また
はＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるような細胞性
免疫から得ることができる。

【０１０７】ヒスチジンキナーゼポリペプチドまたはそ
のフラグメントは、それ自体抗体を産生しないが、第１
の蛋白の安定化ならびに免疫原性および保護特性を有す
るであろう融合蛋白の産生能を有する補蛋白（co−Prot
ein）と融合させることができる。このような融合組換
え蛋白は、好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフ
ルエンザ（Hemophilus influenzae）からのリポプロテ
インＤ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳ
Ｔ）またはベータガラクトシダーゼのような抗原性補蛋
白、蛋白を可溶化し、その産生および精製を容易にする
ような比較的大きい補蛋白からなる。さらに、補蛋白
は、免疫系の全身的な刺激を与える上で、アジュバント
として作用してもよい。補蛋白は第１の蛋白のアミノま
たはカルボキシ末端のいずれかに結合してもよい。本発
明は、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドお
よび、Sato，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載さ
れるような免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワ
クチン組成物および方法を提供する。

【０１０８】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染の動物モデルにおけるそのような遺伝
的免疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞
表面蛋白の非可変領域をコードすることが明らかにされ
た、記載されたポリヌクレオチドまたはその特定のフラ
グメントを使用する方法も提供する。そのような実験
は、予防的または治療的免疫応答を起こさせることので
きる蛋白エピトープの同定に特に有用である。この方法
により、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にス
トレプトコッカス・ニューモニアエ感染の予防剤または
治療剤の開発のために、動物の必須器官から感染の抵抗
または除去に特に有用なモノクローナル抗体を産生させ
ることができると考えられる。

【０１０９】宿主を免疫するための抗原として本発明ポ
リペプチドを用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を
遮断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生
じさせることができる。組織損傷の例としては、例え
ば、機械的、化学的または熱的損傷による、または内在
装置の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは
口、乳腺、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げ
られる。

【０１１０】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと適当な担
体とからなるワクチン処方も包含する。蛋白は胃で破壊
されうるので、非経口的投与（例えば、皮下、筋肉内、
静脈内、皮内等の投与を包含する）が望ましい。非経口
投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝剤、抗菌剤、およ
びその処方を個体の体液、好ましくは血液と等張にする
溶質を含有してもよい、水性および非水性滅菌注射溶
液；懸濁化剤または増粘剤を含有してもよい、水性およ
び非水性滅菌懸濁液を包含する。処方は、単位投与また
は複数投与用コンテナ、例えば、密封されたアンプルお
よびバイアルにて提供され、使用直前に滅菌液体担体を
添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵することができ
る。ワクチン処方はまた、水中油系のごとき処方の免疫
原性を高めるアジュバント系および当該分野において知
られている他の系を有してもよい。投与量はワクチンの
比活性に依存し、慣用的実験操作によって容易に決定で
きる。

【０１１１】本発明をある種のヒスチジンキナーゼポリ
ペプチドおよびポリヌクレオチドについて記載したが、
この記載は天然のポリペプチドおよびポリヌクレオチド
のフラグメント、ならびに組換えポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドの免疫原性を実質的に変化させない付
加、欠失または置換を有する同様なポリペプチドおよび
ポリヌクレオチドも包含することが理解されるであろ
う。

【０１１２】組成物、キットおよび投与 本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生
物に投与される、ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチド
および／またはヒスチジンキナーゼポリペプチドを含む
組成物が提供される。本発明はまた、上記したポリヌク
レオチドおよび／またはポリペプチドあるいはそれらの
アゴニストまたはアンタゴニストからなる組成物に関す
る。本発明のポリペプチドは、対象への投与に適した医
薬担体のような細胞、組織または器官用の未滅菌または
滅菌担体と組み合わせて使用できる。かかる組成物は、
例えば、媒体添加または治療上有効量の本発明のポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと、医薬上許容
される担体または賦形剤を含む。かかる担体は、限定す
るものではないが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロー
ス、水、グリセロール、エタノールおよびその組み合わ
せを包含する。処方は投与方法に適していなければなら
ない。本発明は、さらには、上記した本発明の組成物の
一またはそれ以上の成分を充填した、一またはそれ以上
のコンテナを含む診断および医薬用パックおよびキット
に関する。

【０１１３】本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
および他の化合物を、単独で、または、治療用化合物な
どの他の化合物と組み合わせて用いてもよい。該医薬組
成物は、例えば、とりわけ、局所、経口、経肛門、経
膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路に
よる投与を含む、いずれかの有効な、都合のよい方法で
投与される。治療および予防において、活性成分は個体
に注射用組成物、例えば、好ましくは等張の滅菌水性分
散液として投与される。

【０１１４】また、組成物は、例えば、軟膏、クリー
ム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォ
ッシュ、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態
の局所用処方とすることができ、適当な通常の添加剤、
例えば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、軟膏やクリー
ムにおけるエモリエント等を含むことができる。そのよ
うな局所用処方はまた、適合する通常の担体、例えば、
クリームまたは軟膏基剤、ローション用のエタノールま
たはオレイルアルコールも含有することができる。この
ような担体は、処方の約１〜９８重量％を構成してもよ
く、より一般的には、処方の約８０重量％までを構成す
る。

【０１１５】さらなる態様において、本発明は、医薬上
許容される担体または賦形剤を混合された治療上有効量
のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、例え
ば可溶性形態の本発明ポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニストペプチ
ドまたは小型分子化合物を含む組成物が提供される。か
かる担体は、セイライン、緩衝化セイライン、デキスト
ロース、水、グリセロール、エタノール、およびそれら
の混合物を包含するが、これらに限らない。さらに本発
明は、上記本発明組成物の１種またはそれ以上の成分を
入れた１個またはそれ以上の容器を含む医薬パックおよ
びキットに関する。本発明のポリペプチド、ポリヌクレ
オチドおよび他の化合物を単独で、あるいは治療化合物
のごとき他の化合物と組み合わせて使用してもよい。組
成物を投与経路（例えば、全身投与または経口投与）に
適合させる。医薬組成物の全身投与の好ましい形態は、
注射、典型的には静脈注射を包含する。皮下、筋肉内ま
たは腹腔内のごとき他の注射経路を用いることもでき
る。全身投与のための別の手段は、胆汁酸塩またはフシ
ジン酸または他の界面活性剤のごとき浸透剤を用いる経
粘膜または経皮投与を包含する。さらに、腸溶処方また
はカプセル処方がうまく処方されるならば、経口投与も
可能である。これらの化合物の投与は局所的なものであ
ってもよく、膏薬、パスタ、ゲル等の形態であってもよ
い。

【０１１６】哺乳動物、特にヒトに投与するには、一日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。

【０１１７】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエの傷汚染を防
止するために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張
にも使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有す
るヒトは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質によ
る予防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重
篤な合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい
罹病率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、こ
の状況の予防的抗生物質の代替品として使用することに
まで拡張することができる。

【０１１８】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・蛋白への
細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予防に代
え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途に使用
できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前に内在
装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、好ましく
は、傷または内在装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜１０
ｍｇ／ｍｌの濃度で使用できる。

【０１１９】便利には、ワクチン組成物は注射剤の形態
である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を高め
ることができる。ワクチン用の適当な単位投与量は抗体
０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好ましくは
１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示した用量範
囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体へ
の投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。

【０１２０】配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズム ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、その２次
元および３次元構造を決定し、類似の相同性を有するさ
らなる配列を同定するための貴重な情報源を形成する。
配列をコンピューター読み込み可能媒体に保存し、次い
で、既知の高分子構造プログラムにおいて保存したデー
タを用いて、ＧＣＣのごときよく知られた既知検索ツー
ルを用いてデータベースを検索することにより、これら
のアプローチを最も容易に簡略化することができる。本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは検索分析に
有用なデータベースならびに配列分析アルゴリズム中の
成分として有用である。見出しのこのセクションならび
にこのセクションに関連した請求項の用語「配列データ
ベース、触知可能媒体中の配列、およびアルゴリズム」
「本発明ポリヌクレオチド」および「本発明ポリヌクレ
オチド配列」は、本発明ポリヌクレオチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。データベースおよびアルゴリズムという
見出しのこのセクションならびにそれに関連した請求項
で用いる用語「本発明ポリペプチド」および「本発明ポ
リペプチド配列」は、本発明ポリペプチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。

【０１２１】本発明は、本発明ポリペプチド配列および
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、チップ、ハー
ドドライブ、コンパクトディスク、およびビデオディス
クを包含する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配
列またはコードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明
により提供される。配列分析のための好ましい方法は、
例えば、同一性および類似性の分析のごとき配列相同性
分析、ＲＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディ
スティック（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読
み枠決定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基
トリミング、および配列決定クロマトグラムピーク分析
の方法を包含する。

【０１２２】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
１のポリヌクレオチド配列を少なくとも１つの第２のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同
性を同定する工程を含む。

【０１２３】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含む第１のポリペプチド配列をコンピューター
読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリペ
プチド配列を少なくとも１つの第２のポリヌクレオチド
またはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工
程を含む。

【０１２４】さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と少なくと
も１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配
列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
する工程を含む。

【０１２５】本発明のさらなる具体例はポリヌクレオチ
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリペプチド配列を含む第１
のポリペプチド配列をコンピューター読み込み可能媒体
中に提供し、次いで、該第１のポリペプチド配列と少な
くとも１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド配列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニ
ングする工程を含む。

【０１２６】本発明のもう１つの好ましい具体例におい
て、下記のものからなる群より選択されるメンバーを保
存したコンピューター読み込み可能媒体が提供される：
メンバーは、配列番号：１または３の配列を含むポリヌ
クレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポリペ
プチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１または３
の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセッ
ト；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の配
列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列番
号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表
すデータセット；配列番号：２または４の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を含
むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含
むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１
または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または
４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；
配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配
列を表すデータセット；配列番号：２または４の配列を
含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチ
ド配列を表すデータセットである。さらなる好ましい本
発明の具体例は、相同性の同定を行うためのコンピュー
ターによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１また
は３の配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレ
オチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたは
ポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程を含
む。

【０１２７】さらなる好ましい本発明の具体例は、相同
性の同定を行うためのコンピューターによる方法を提供
し、配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド配
列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレ
オチドまたはポリペプチド配列を比較して相同性を同定
する工程を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、
ポリヌクレオチドアッセンブリーのためのコンピュータ
ーによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１または
３の配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピュ
ーター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１の
ポリヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列と
の間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニングする
工程を含む。

【０１２８】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つ
のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して
相同性を同定する工程を含む。

【０１２９】本明細書において引用したすべての文献
（特許および特許出願に限らない）は出典明示によりそ
の内容を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張す
るいずれの特許出願もまた出典明示により本明細書の一
部とする。

【０１３０】用語 本明細書中で頻繁に使用される特定の用語を、その理解
を容易にするために以下に定義する。「抗体（複数でも
可）」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体、キメラ、１本鎖、およびヒト化抗体、ならびにＦａ
ｂフラグメントを包含し、さらにＦａｂまたは他の免疫
グロブリン発現ライブラリーの産物を包含する。「抗原
的に等価な誘導体（複数でも可）」は、特定の抗体によ
り特異的に認識されるポリペプチド、ポリヌクレオチ
ド、またはいずれかの等価物を包含し、該特定の抗体
は、本発明蛋白、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に対して生成した場合に、病原体と哺乳動物宿主との間
の身体的相互作用を妨害するものである。「二特異的
（複数でも可）」とは、少なくとも２つの抗原結合ドメ
インを含む抗体を意味し、各ドメインは異なるエピトー
プに指向されている。「身体材料（複数でも可）」と
は、個体または生物由来の材料を意味し、骨、血液、血
清、脳脊髄液、精液、唾液、筋肉、軟骨、器官組織、皮
膚、尿、糞便または生検材料のごとき細胞、組織および
排泄物等を包含する。該生物は、個体に感染、侵入、ま
たは棲息するものである。「疾病（複数でも可）」は、
細菌感染により引き起こされる、あるいは細菌感染に関
連した疾病を意味し、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、
菌血症、脳髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および心内膜炎、
そして最も詳細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄液の感染を
包含する。「融合蛋白（複数でも可）」は、２種の、し
ばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラグメントに
よりコードされた蛋白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ
−０４６４には、別のヒト蛋白またはその一部と一緒に
なった免疫グロブリン分子の不変領域の種々の部分を含
む融合蛋白が開示されている。多くの場合、免疫グロブ
リンのＦｃ領域を融合蛋白の一部分として用いることは
治療および診断における使用に有利であり、例えば、改
善された薬物動態学的特性が得られる（例えば、ＥＰ−
Ａ ０２３２２６２参照）。一方、いくつかの用途に
は、融合蛋白が発現、検出および精製された後、Ｆｃ部
分を欠失できることが望ましいであろう。「宿主細胞
（複数でも可）」は外来性ポリヌクレオチド配列によっ
て形質転換またはトランスフェクションされた、あるい
は形質転換またはトランスフェクションされうる細胞で
ある。

【０１３１】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＳ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。

【０１３２】ポリペプチド配列の比較のためのパラメー
ターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919 (1992)からのBLOSSUM
62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。

【０１３３】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する： ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ） 式中、ｎ_nはヌクレオチド変化の数であり、ｘ_nは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘ_nとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘ_nから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる： ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ） 式中、ｎ_nは核酸変化の数であり、ｘ_nは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘ_nとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘ_nから差
し引く。

【０１３４】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する： ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ） 式中、ｎ_aはアミノ酸変化数であり、ｘ_aは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘ_aとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘ_aから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する： ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ） 式中、ｎ_aはアミノ酸変化の数であり、ｘ_aは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘ_aとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘ_aから差し引く。

【０１３５】「免疫学的に等価な誘導体」は、ポリペプ
チド、ポリヌクレオチド、またはいずれかの等価物を包
含し、それらが脊椎動物において抗体を生成させるため
に適当な処方中に用いられた場合に、抗体は病原体と哺
乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害する
ように作用する。「免疫特異的」とは、他の関連ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド、特に先行技術のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに対してよりも本発明ポ
リペプチドまたは本発明ポリヌクレオチドに対して実質
的に大きなアフィニティーを有する抗体の特性を意味す
る。「個体（複数でも可）」とは多細胞真核生物を意味
し、後生動物類、哺乳動物、ヤギ類、ウシ類、類人猿、
霊長類およびヒトを包含するが、これらに限らない。

【０１３６】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
または他のいずれかの方法により生物に導入されている
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内に
あり、その生物が生きているまたは死んでいるとして
も、「単離された」ものである。

【０１３７】「生物（複数でも可）」は、（ｉ）Strept
ococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomy
ces、Streptomyces、Nocardia、Enterobacter、Yersini
a、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinetobacte
r、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、St
reptobacillus、Listeria、Calymmatobacterium、Bruce
lla、Bacillus、Closterdium、Treponema、Escherichi
a、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwin
ia、Borrelia、Leptospira、Spirillum、Campylobacte
r、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aeromonas、R
ickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasmaであ
る属（これらに限らない）のメンバー、ならびにグルー
プＡのStreptococcus、グループＢのStreptococcus、グ
ループＣのStreptococcus、グループＤのStreptococcu
s、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pneumo
niae、Streptococcus pyrogenes、Streptococcus agala
ctiae、Streptococcus faecalis、Streptococcus faeci
um、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、Ne
isseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Staph
ylococcus epidermidis、Corynebacterium diptheria
e、Garnella vaginalis、Mycobacterium tuberculosi
s、Mycobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、My
cobacterium leprae、Actinomyces israelli、Listeria
monocytogenes、Bordetella pretusis、Bordetella pa
rapretusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia
coli、Shigella dysenteriae、Haemophilus influenza
e、Haemophilus aegyptius、Haemophilus parainfluenz
ae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella ty
phi、Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Prot
eus vulgaris、Yersinia pestis、Klebsiella pneumoni
ae、Serratia marcessens、Vibrio cholera、Shigellad
ysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aerugino
sa、Franscisella tularensis、Brucella abortis、Bac
illus anthracis、Bacillus cereus、Clostridium perf
ringens、Clostridium tetani、Clostridium butulinu
m、Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよび
Chlamydia trachomitisである種またはグループ（これ
らに限らない）のメンバーを包含する原核生物、（ｉ
ｉ）Archaebacter（これに限らない）を包含する古細
菌、および（ｉｉｉ）原生動物、真菌類、Saccharomyce
s、KluveromycesまたはCandida属（これらに限らない）
のメンバー、およびSaccharomyces cerevisiae、Kluver
omyces lactisまたはCandida albicans種のメンバー
（これらに限らない）を包含する単細胞または糸状真核
生物を意味する。

【０１３８】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含含むハイブリッド分子を包含
するが、これに限定されない。さらに、本明細書におい
て用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、よ
り典型的には、分子のいくつかの領域のみを含む。三本
螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲ
ＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修
飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が
本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数
でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない
塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含
むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その
用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドであ
る。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、
当業者に公知のように多くの有用な目的に使用されてい
ることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレ
オチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学
的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウ
イルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞な
どの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を
包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。

【０１３９】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドま
たは蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマー
と称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードさ
れている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を含有しても
よい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロセッシ
ングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、また
は化学修飾技法のいずれかによって修飾されたものを有
する。かかる修飾は、基本テキストにて、およびより詳
細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく
記載されており、それらは当業者に周知である。同じ型
の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、
同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らか
であろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有
していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル
化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビ
ンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまた
はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導
体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、
交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、
共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメー
トの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖
形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード
化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形
成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカ
ルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル
化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移
ＲＮＡにより媒介される蛋白へのアミノ酸付加、および
ユビキチネーションを包含する。例えば、PROTEINS−ST
RUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃ
reighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1
993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT M
ODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein
Modifications：Perspectives and Prospects,pgs. 1
−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−64
6、およびRattanら, Protein Synthesis：Posttranslat
ional Modifications and Aging，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わない環状であっ
てもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、同様に全
く合成的な方法で合成できる。

【０１４０】「組み換え発現系（複数でも可）」は、本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造のため
に宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入または形質転
換された発現系またはその部分または本発明ポリヌクレ
オチドをいう。

【０１４１】「引き算セット（subtraction set）」
は、本発明の少なくとも１のポリヌクレオチドを含む１
種またはそれ以上、しかし好ましくは１００種未満のポ
リヌクレオチドである。

【０１４２】本明細書中で使用される「変種（複数でも
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対照標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。

【０１４３】

【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。

【０１４４】実施例１ 株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 表１（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を有する
ポリヌクレオチドは、エシェリシア・コリ中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローン
ライブラリーより得た。重複するストレプトコッカス・
ニューモニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上の
クローンからの配列データを用いて、配列番号１の連続
したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、
例えば以下の方法１および２により製造してもよい。全
細胞ＤＮＡをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３より、標準法に従って単離し、以下に示す二
つの方法のいずれかによりサイズ分画する。

【０１４５】方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。

【０１４６】方法２ 全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。

【０１４７】以下の配列表に「ＤＮＡ」として引用した
配列は本発明の典型例であり、かかる配列をポリヌクレ
オチド（リボポリヌクレオチドを包含）に使用できるこ
とを、当業者は認識するであろう。

【０１４８】

【配列表】

<110> SmithKline Beecham Corporation Wallis, Nicola G. Throup, John <120> ヒスチジンキナーゼ <130> GM10037 <150> 60/053,127 <151> 1997-07-18 <160> 8 <170> FastSEQ for Windows Version 3.0

【０１４９】 <210> 1 <211> 1339 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <220> <400> 1 gggtggcatc aatctatcag ccacagttta tttacttgtt ttttcagtag ttttgtttgg 60 tttgaccatt taccttcaag gtcataagga gaatgctta atg ctt gaa aga ctg 114 aaa agc ata cat tat atg ttt tgg atc agt tta att ttt atg gtt ttc 162 ccc atc cta act gta gtg act ggg tgg ctt tct gcc tgg cat tta ttg 210 att gat att cta ttt gta gtg gcg tat ttg ggt gtt tta aca act aag 258 agc cag cgt cta tct tgg cta tat tgg ggc atc ctg ctg act tat gta 306 gtt ggg aat act gcc ttt gtg gct gtt aat tat atc tgg ttt ttc ttt 354 ttc cta tcc aat ctc tta agc tat cat ttc agc gta ggt ggt tta aag 402 tct tta cat gtc tgg act ttt ctt ctt gct caa gtc ctt gtt gtg ggt 450 caa ctg ttg att ttt cag aga atc gaa gtt gag ttt cta ttc tat cta 498 ctt gta att ctt gct ttt gtc gat tta atg act ttt ggc ttg gtt cgg 546 att cga att gtg gag gat ttg aaa gaa gca cag gct aag caa aat gcc 594 cag ata aat cta ttg ctt gct gaa aat gaa cgc aat cgt atc ggt caa 642 gat ttg cat gat agt ctg ggg cat acc ttt gct atg ctt agt gtt aaa 690 act gat cta gcc ttg cag tta ttt cag atg gag gct tat cca cag gtg 738 gaa aag gaa tta aaa gaa att cac cag atc agc aag gat tcc atg aat 786 gaa gtg cga acc att gtg gaa aat ctt aag tct aga act ttg aca tcc 834 gaa cta gag act gtg aaa aag atg tta gaa att gct gga att gag gtt 882 caa gtt gag aat cac tta gac aag gct agc ttg acc cag gat gtg gag 930 tcg acg gct gct atg att ttg ctt gag ttg gtg acc aat atc atc aaa 978 cat gcc aaa gcg ttt aaa gct tac tta aaa tta gaa cgg aca gag aag 1026 gaa ctc att tta aca gta agt gat gat ggc tgc ggc ttt gct ttt cta 1074 aaa gga gat gag ctc cat aca gtc cga gat cgt gtt ttt cca ttt tca 1122 gga gaa gta agt gta atc agt cag aaa cat cca acg gaa gtg caa gtt 1170 cga cta cct tat aag gag aga aac taagatgaaa gtattagtcg cagaagatca 1224 aagtatgttg cgagatgcca tgtgtcaatt gctcacgctt caaccagatg tggagtctgt 1284 ccttcaaacc aagaatgggc aagaagcaat ccaactatta gaaaaggagt ctgta 1339

【０１５０】 <210> 2 <211> 365 <212> PRT <213> Streptococcus pneumoniae <400> 2 Met Leu Glu Arg Leu Lys Ser Ile His Tyr Met Phe Trp Ile Ser Leu 1 5 10 15 Ile Phe Met Val Phe Pro Ile Leu Thr Val Val Thr Gly Trp Leu Ser 20 25 30 Ala Trp His Leu Leu Ile Asp Ile Leu Phe Val Val Ala Tyr Leu Gly 35 40 45 Val Leu Thr Thr Lys Ser Gln Arg Leu Ser Trp Leu Tyr Trp Gly Ile 50 55 60 Leu Leu Thr Tyr Val Val Gly Asn Thr Ala Phe Val Ala Val Asn Tyr 65 70 75 80 Ile Trp Phe Phe Phe Phe Leu Ser Asn Leu Leu Ser Tyr His Phe Ser 85 90 95 Val Gly Gly Leu Lys Ser Leu His Val Trp Thr Phe Leu Leu Ala Gln 100 105 110 Val Leu Val Val Gly Gln Leu Leu Ile Phe Gln Arg Ile Glu Val Glu 115 120 125 Phe Leu Phe Tyr Leu Leu Val Ile Leu Ala Phe Val Asp Leu Met Thr 130 135 140 Phe Gly Leu Val Arg Ile Arg Ile Val Glu Asp Leu Lys Glu Ala Gln 145 150 155 160 Ala Lys Gln Asn Ala Gln Ile Asn Leu Leu Leu Ala Glu Asn Glu Arg 165 170 175 Asn Arg Ile Gly Gln Asp Leu His Asp Ser Leu Gly His Thr Phe Ala 180 185 190 Met Leu Ser Val Lys Thr Asp Leu Ala Leu Gln Leu Phe Gln Met Glu 195 200 205 Ala Tyr Pro Gln Val Glu Lys Glu Leu Lys Glu Ile His Gln Ile Ser 210 215 220 Lys Asp Ser Met Asn Glu Val Arg Thr Ile Val Glu Asn Leu Lys Ser 225 230 235 240 Arg Thr Leu Thr Ser Glu Leu Glu Thr Val Lys Lys Met Leu Glu Ile 245 250 255 Ala Gly Ile Glu Val Gln Val Glu Asn His Leu Asp Lys Ala Ser Leu 260 265 270 Thr Gln Asp Val Glu Ser Thr Ala Ala Met Ile Leu Leu Glu Leu Val 275 280 285 Thr Asn Ile Ile Lys His Ala Lys Ala Phe Lys Ala Tyr Leu Lys Leu 290 295 300 Glu Arg Thr Glu Lys Glu Leu Ile Leu Thr Val Ser Asp Asp Gly Cys 305 310 315 320 Gly Phe Ala Phe Leu Lys Gly Asp Glu Leu His Thr Val Arg Asp Arg 325 330 335 Val Phe Pro Phe Ser Gly Glu Val Ser Val Ile Ser Gln Lys His Pro 340 345 350 Thr Glu Val Gln Val Arg Leu Pro Tyr Lys Glu Arg Asn 355 360 365

【０１５１】 <210> 3 <211> 850 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <220> <221> CDS <222> (2)...(820) <400> 3 t tat cat ttc agc gta ggt ggt tta aag tct tta cat gtc tgg act tt 49 Tyr His Phe Ser Val Gly Gly Leu Lys Ser Leu His Val Trp Thr Phe 1 5 10 15 ctt ctt gct caa gtc ctt gtt gtg ggt caa ctg ttg att ttt cag aga 97 Leu Leu Ala Gln Val Leu Val Val Gly Gln Leu Leu Ile Phe Gln Arg 20 25 30 atc gaa gtt gag ttt cta ttc tat cta ctt gta att ctt gct ttt gtc 145 Ile Glu Val Glu Phe Leu Phe Tyr Leu Leu Val Ile Leu Ala Phe Val 35 40 45 gat tta atg act ttt ggc ttg gtt cgg att cga att gtg gag gat ttg 193 Asp Leu Met Thr Phe Gly Leu Val Arg Ile Arg Ile Val Glu Asp Leu 50 55 60 aaa gaa gca cag gct aag caa aat gcc cag ata aat cta ttg ctt gct 241 Lys Glu Ala Gln Ala Lys Gln Asn Ala Gln Ile Asn Leu Leu Leu Ala 65 70 75 80 gaa aat gaa cgc aat cgt atc ggt caa gat ttg cat gat agt ctg ggg 289 Glu Asn Glu Arg Asn Arg Ile Gly Gln Asp Leu His Asp Ser Leu Gly 85 90 95 cat acc ttt gct atg ctt agt gtt aaa act gat cta gcc ttg cag tta 337 His Thr Phe Ala Met Leu Ser Val Lys Thr Asp Leu Ala Leu Gln Leu 100 105 110 ttt cag atg gag gct tat cca cag gtg gaa aag gaa tta aaa gaa att 385 Phe Gln Met Glu Ala Tyr Pro Gln Val Glu Lys Glu Leu Lys Glu Ile 115 120 125 cac cag atc agc aag gat tcc atg aat gaa gtg cga acc att gtg gaa 433 His Gln Ile Ser Lys Asp Ser Met Asn Glu Val Arg Thr Ile Val Glu 130 135 140 aat ctt aag tct aga act ttg aca tcc gaa cta gag act gtg aaa aag 481 Asn Leu Lys Ser Arg Thr Leu Thr Ser Glu Leu Glu Thr Val Lys Lys 145 150 155 160 atg tta gaa att gct gga att gag gtt caa gtt gag aat cac tta gac 529 Met Leu Glu Ile Ala Gly Ile Glu Val Gln Val Glu Asn His Leu Asp 165 170 175 aag gct agc ttg acc cag gat gtg gag tcg acg gct gct atg att ttg 577 Lys Ala Ser Leu Thr Gln Asp Val Glu Ser Thr Ala Ala Met Ile Leu 180 185 190 ctt gag ttg gtg acc aat atc atc aaa cat gcc aaa gcg ttt aaa gct 625 Leu Glu Leu Val Thr Asn Ile Ile Lys His Ala Lys Ala Phe Lys Ala 195 200 205 tac tta aaa tta gaa cgg aca gag aag gaa ctc att tta aca gta agt 673 Tyr Leu Lys Leu Glu Arg Thr Glu Lys Glu Leu Ile Leu Thr Val Ser 210 215 220 gat gat ggc tgc ggc ttt gct ttt cta aaa gga gat gag ctc cat aca 721 Asp Asp Gly Cys Gly Phe Ala Phe Leu Lys Gly Asp Glu Leu His Thr 225 230 235 240 gtc cga gat cgt gtt ttt cca ttt tca gga gaa gta agt gta atc agt 769 Val Arg Asp Arg Val Phe Pro Phe Ser Gly Glu Val Ser Val Ile Ser 245 250 255 cag aaa cat cca acg gaa gtg caa gtt cga cta cct tat aag gag aga 817 Gln Lys His Pro Thr Glu Val Gln Val Arg Leu Pro Tyr Lys Glu Arg 260 265 270 aac taagatgaaa gtattagtcg cagaagatca 850

【０１５２】 <210> 4 <211> 272 <212> PRT <213> Streptococcus pneumoniae <400> 4 Tyr His Phe Ser Val Gly Gly Leu Lys Ser Leu His Val Trp Thr Phe 1 5 10 15 Leu Leu Ala Gln Val Leu Val Val Gly Gln Leu Leu Ile Phe Gln Arg 20 25 30 Ile Glu Val Glu Phe Leu Phe Tyr Leu Leu Val Ile Leu Ala Phe Val 35 40 45 Asp Leu Met Thr Phe Gly Leu Val Arg Ile Arg Ile Val Glu Asp Leu 50 55 60 Lys Glu Ala Gln Ala Lys Gln Asn Ala Gln Ile Asn Leu Leu Leu Ala 65 70 75 80 Glu Asn Glu Arg Asn Arg Ile Gly Gln Asp Leu His Asp Ser Leu Gly 85 90 95 His Thr Phe Ala Met Leu Ser Val Lys Thr Asp Leu Ala Leu Gln Leu 100 105 110 Phe Gln Met Glu Ala Tyr Pro Gln Val Glu Lys Glu Leu Lys Glu Ile 115 120 125 His Gln Ile Ser Lys Asp Ser Met Asn Glu Val Arg Thr Ile Val Glu 130 135 140 Asn Leu Lys Ser Arg Thr Leu Thr Ser Glu Leu Glu Thr Val Lys Lys 145 150 155 160 Met Leu Glu Ile Ala Gly Ile Glu Val Gln Val Glu Asn His Leu Asp 165 170 175 Lys Ala Ser Leu Thr Gln Asp Val Glu Ser Thr Ala Ala Met Ile Leu 180 185 190 Leu Glu Leu Val Thr Asn Ile Ile Lys His Ala Lys Ala Phe Lys Ala 195 200 205 Tyr Leu Lys Leu Glu Arg Thr Glu Lys Glu Leu Ile Leu Thr Val Ser 210 215 220 Asp Asp Gly Cys Gly Phe Ala Phe Leu Lys Gly Asp Glu Leu His Thr 225 230 235 240 Val Arg Asp Arg Val Phe Pro Phe Ser Gly Glu Val Ser Val Ile Ser 245 250 255 Gln Lys His Pro Thr Glu Val Gln Val Arg Leu Pro Tyr Lys Glu Arg 260 265 270

【０１５３】 <210> 5 <211> 925 <212> DNA <213> Strptococcus pneumoniae <220> <221> CDS <222> (293)...(890) <400> 5 gctagcttga cccaggatgt ggagtcgacg gctgctatga ttttgcttga gttggtgacc 60 aatatcatca aacatgccaa agcgtttaaa gcttacttaa aattagaacg gacagagaag 20 gaactcattt taacagtaag tgatgatggc tgcggctttg cttttctaaa aggagatgag 180 ctccatacag tccgagatcg tgtttttcca ttttcaggag aagtaagtgt aatcagtcag 240 aaacatccaa cggaagtgca agttcgacta ccttataagg agagaaacta ag atg aaa 298 Met Lys 1 gta tta gtc gca gaa gat caa agt atg ttg cga gat gcc atg tgt caa 346 Val Leu Val Ala Glu Asp Gln Ser Met Leu Arg Asp Ala Met Cys Gln 5 10 15 ttg ctc acg ctt caa cca gat gtg gag tct gtc ctt caa acc aag aat 394 Leu Leu Thr Leu Gln Pro Asp Val Glu Ser Val Leu Gln Thr Lys Asn 20 25 30 ggg caa gaa gca atc caa cta tta gaa aag gag tct gta gat atc gcc 442 Gly Gln Glu Ala Ile Gln Leu Leu Glu Lys Glu Ser Val Asp Ile Ala 35 40 45 50 atc ctt gac gta gaa atg cct gtt aag aca ggt ctt gaa gtc ttg gag 490 Ile Leu Asp Val Glu Met Pro Val Lys Thr Gly Leu Glu Val Leu Glu 55 60 65 tgg ata cga tca gaa aag ctt gaa aca aag gtg gtt gtg gtg acg acc 538 Trp Ile Arg Ser Glu Lys Leu Glu Thr Lys Val Val Val Val Thr Thr 70 75 80 ttc aag cgt gct ggg tat ttt gaa cgt gcg gtc aag gct gga gtg gat 586 Phe Lys Arg Ala Gly Tyr Phe Glu Arg Ala Val Lys Ala Gly Val Asp 85 90 95 gct tat gta tta aag gaa cga agc att gca gac ctc atg caa acc ttg 634 Ala Tyr Val Leu Lys Glu Arg Ser Ile Ala Asp Leu Met Gln Thr Leu 100 105 110 cac acc gtc ctc gaa gga cgc aag gag tat tcg cct gaa ttg atg gaa 682 His Thr Val Leu Glu Gly Arg Lys Glu Tyr Ser Pro Glu Leu Met Glu 115 120 125 130 gtg gtg atg acc cgt ccc aat ccg ttg aca gaa caa gag att gct gtc 730 Val Val Met Thr Arg Pro Asn Pro Leu Thr Glu Gln Glu Ile Ala Val 135 140 145 tta aag gga atc gcc cgg ggc tta tcc aac caa gaa atc gca gat cag 778 Leu Lys Gly Ile Ala Arg Gly Leu Ser Asn Gln Glu Ile Ala Asp Gln 150 155 160 ctt tac ctc tca aac gga act att cga aac tat gtc acc aat att ctt 826 Leu Tyr Leu Ser Asn Gly Thr Ile Arg Asn Tyr Val Thr Asn Ile Leu 165 170 175 tca aaa ctg gat gct ggt aat cga aca gag gca gct aat atc gca aaa 874 Ser Lys Leu Asp Ala Gly Asn Arg Thr Glu Ala Ala Asn Ile Ala Lys 180 185 190 gaa tct ggt tgg tta t gatgatataa tattttcatg aagactatgt gctaa 925 Glu Ser Gly Trp Leu 195

【０１５４】 <210> 6 <211> 199 <212> PRT <213> Strptococcus pneumoniae <400> 6 Met Lys Val Leu Val Ala Glu Asp Gln Ser Met Leu Arg Asp Ala Met 1 5 10 15 Cys Gln Leu Leu Thr Leu Gln Pro Asp Val Glu Ser Val Leu Gln Thr 20 25 30 Lys Asn Gly Gln Glu Ala Ile Gln Leu Leu Glu Lys Glu Ser Val Asp 35 40 45 Ile Ala Ile Leu Asp Val Glu Met Pro Val Lys Thr Gly Leu Glu Val 50 55 60 Leu Glu Trp Ile Arg Ser Glu Lys Leu Glu Thr Lys Val Val Val Val 65 70 75 80 Thr Thr Phe Lys Arg Ala Gly Tyr Phe Glu Arg Ala Val Lys Ala Gly 85 90 95 Val Asp Ala Tyr Val Leu Lys Glu Arg Ser Ile Ala Asp Leu Met Gln 100 105 110 Thr Leu His Thr Val Leu Glu Gly Arg Lys Glu Tyr Ser Pro Glu Leu 115 120 125 Met Glu Val Val Met Thr Arg Pro Asn Pro Leu Thr Glu Gln Glu Ile 130 135 140 Ala Val Leu Lys Gly Ile Ala Arg Gly Leu Ser Asn Gln Glu Ile Ala 145 150 155 160 Asp Gln Leu Tyr Leu Ser Asn Gly Thr Ile Arg Asn Tyr Val Thr Asn 165 170 175 Ile Leu Ser Lys Leu Asp Ala Gly Asn Arg Thr Glu Ala Ala Asn Ile 180 185 190 Ala Lys Glu Ser Gly Trp Leu 195

【０１５５】 <210> 7 <211> 21 <212> DNA <213> Strptococcus pneumoniae <400> 7 atgcttgaaa gactgaaaag c 21

【０１５６】 <210> 8 <211> 23 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <400> 8 gtttctctcc ttataaggta gtc 23

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 39/395 ＡＢＭ Ａ６１Ｋ 48/00 ＡＣＤ ＡＣＪ ＡＤＺ 48/00 ＡＣＤ Ｃ０７Ｋ 16/40 ＡＤＺ Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ０７Ｋ 16/40 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 1/19 9/12 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/00 5/10 Ｇ０１Ｎ 33/50 Ｐ 9/12 33/53 Ｄ Ｃ１２Ｑ 1/00 33/566 Ｇ０１Ｎ 33/50 33/569 Ｆ 33/53 Ａ６１Ｋ 37/52 ＡＢＡ 33/566 37/64 ＡＢＬ 33/569 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ Ｃ１２Ｒ 1:46） (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 ニコラ・ゲイル・ウォリス アメリカ合衆国19087ペンシルベニア州ウ ェイン、シュガータウン・ロード219番、 ケイ203 (72)発明者 ジョン・スループ アメリカ合衆国19426ペンシルベニア州ロ イヤーズフォード、ブルック・ドライブ 506番

Claims (17)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 （ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
   たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
   なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含む単離
   ポリペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
   離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
   単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
   を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
   リペプチドからなる群より選択される単離ポリペプチ
   ド。
2. 【請求項２】 （ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
   たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
   なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性を有するポリペプチドをコードし
   ているポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
   ド； （ｉｉ）配列番号：２または４のポリペプチドをコード
   しているヌクレオチド配列に対してその全長にわたって
   少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性を有するポリヌクレオチド配列を
   含む単離ポリヌクレオチド； （ｉｉｉ）配列番号：１または３の全長にわたって配列
   番号：１または３のヌクレオチド配列に対して少なくと
   も （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む
   単離ポリヌクレオチド； （ｉｖ）配列番号：２または４のポリペプチドをコード
   しているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
   ド； （ｖ）配列番号：１または３のポリヌクレオチドである
   単離ポリヌクレオチド。 （ｖｉ）厳密なハイブリダイゼーション条件下で配列番
   号：１または３の配列またはそのフラグメントの配列を
   有する標識プローブを用いて適当なライブラリーをスク
   リーニングすることにより得ることのできる単離ポリヌ
   クレオチド； （ｖｉｉ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ中に含
   まれるヒスチジンキナーゼ遺伝子により発現される成熟
   ポリペプチドをコードしている単離ポリヌクレオチド；
   および （ｖｉｉｉ）（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉ
   ｖ）、（ｖ）、（ｖｉ）または（ｖｉｉ）の該単離ポリ
   ヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド配列か
   らなる群より選択される単離ポリヌクレオチド。
3. 【請求項３】 請求項１のポリペプチドに対して抗原性
   のある、あるいは免疫特異的な抗体。
4. 【請求項４】 個体の治療方法であって、 （ｉ）請求項１のポリペプチドの活性または発現の促進
   を必要とする個体については、 （ａ）該ポリペプチドに対する治療上有効量のアゴニス
   トを個体に投与すること；または（ｂ）インビボで該ポ
   リペプチドの活性を生じるような形態の、該ポリペプチ
   ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含む単離ポ
   リヌクレオチドを個体に提供することを含み、あるいは （ｉｉ）請求項１のポリペプチドの活性または発現の阻
   害を必要とする個体については、 （ａ）該ポリペプチドに対する治療上有効量のアンタゴ
   ニストを個体に投与すること；または（ｂ）該ポリペプ
   チドをコードしているポリヌクレオチド配列の発現を阻
   害する核酸分子を個体に投与すること；または（ｃ）リ
   ガンド、基質、または受容体を求めて該ポリペプチドと
   競争する治療上有効量のポリペプチドを個体に投与する
   ことを含む、の治療方法。
5. 【請求項５】 個体における請求項１のポリペプチドの
   発現または活性に関連した、個体における疾病またはか
   かる疾病に対する感受性の診断または予後の方法であっ
   て、下記工程： （ａ）該個体のゲノム中の該ポリペプチドをコードして
   いるヌクレオチド配列における変異の存在または不存在
   を決定すること；または（ｂ）該個体由来の試料中の該
   ポリペプチドの発現の存在または量を分析することを含
   む方法。
6. 【請求項６】 請求項１のポリペプチドの機能を活性化
   または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
   方法であって、 （ａ）候補化合物に直接または間接的に結合した標識を
   用いてポリペプチドまたはポリペプチドを有する細胞も
   しくは膜またはその融合蛋白への候補化合物の結合を測
   定すること； （ｂ）標識競争物質の存在下でポリペプチドまたはポリ
   ペプチドを有する細胞もしくは膜またはその融合蛋白へ
   の候補化合物の結合を測定すること； （ｃ）ポリペプチドを有する細胞もしくは細胞膜に適す
   る検出系を用いて、候補化合物がポリペプチドの活性化
   または阻害により発生するシグナルを生じさせるかどう
   かを試験すること； （ｄ）候補化合物と、請求項１のポリペプチドを含有す
   る溶液とを混合して混合物を作成し、混合物中のポリペ
   プチドの活性を測定し、次いで、混合物の活性を標準と
   比較すること； （ｅ）例えばＥＬＩＳＡアッセイを用いて細胞中で該ポ
   リペプチドをコードしているｍＲＮＡおよび該ポリペプ
   チドの生成に対する候補化合物の影響を検出すること、
   あるいは （ｆ）（１）化合物の相互作用を評価するために、化合
   物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下
   でポリペプチドを含む組成物をスクリーニングすべき化
   合物と接触させ（かかる相互作用は、化合物とポリペプ
   チドとの相互作用に応答した検出可能シグナルを生じる
   ことのできる第２の成分に関連したものである）；次い
   で （２）化合物とポリペプチドとの相互作用から生じるシ
   グナルの存在または不存在を検出することにより、化合
   物がポリペプチドと相互作用し、その活性を活性化また
   は阻害するかどうかを決定することからなる群から選択
   される方法を含む方法。
7. 【請求項７】 請求項１のポリペプチドの活性または発
   現についてのアゴニストまたはアンタゴニスト。
8. 【請求項８】 適合する宿主中に存在する場合に、請求
   項１のポリペプチドを生成する能力のあるポリヌクレオ
   チドを含む発現系。
9. 【請求項９】 （ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
   たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
   なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性を有する群から選択されるアミノ
   酸配列を含む単離ポリペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
   離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
   単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
   を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
   リペプチドからなる群より選択されるポリペプチドを発
   現する、請求項８の発現系を含む宿主細胞またはその
   膜。
10. 【請求項１０】 （ｉ）配列番号：２または４の全長に
    わたって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して
    少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性を有する群から選択されるアミノ
    酸配列を含む単離ポリペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
    離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
    単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
    を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
    リペプチドからなる群より選択されるポリペプチドの製
    造方法であって、該ポリペプチドの生成に十分な条件下
    で請求項９の宿主細胞を培養することを含む方法。
11. 【請求項１１】 （ｉ）配列番号：２または４の全長に
    わたって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して
    少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性を有する群から選択されるアミノ
    酸配列を含む単離ポリペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
    離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
    単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
    を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
    リペプチドからなる群より選択されるポリペプチドを発
    現する、請求項８の発現系を含む宿主細胞またはその膜
    の製造方法であって、適合宿主中に存在する場合に上記
    ポリペプチド（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉ
    ｖ）を生成可能なポリヌクレオチドを含む発現系で細胞
    を形質転換またはトランスフェクションして、適当な培
    養条件下で宿主細胞が上記ポリペプチド（ｉ）、（ｉ
    ｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）を生成するようにする
    ことを含む方法。
12. 【請求項１２】 （ｉ）配列番号：２または４の全長に
    わたって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して
    少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性を有する群から選択されるアミノ
    酸配列を含む単離ポリペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
    離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
    単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
    を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
    リペプチドからなる群より選択されるポリペプチドを発
    現する、請求項１１の方法により製造される宿主細胞ま
    たはその膜。
13. 【請求項１３】 配列番号：１または３の配列を含むポ
    リヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポ
    リペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１また
    は３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセ
    ット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の
    配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列
    番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を
    表すデータセット；配列番号：２または４の配列を含む
    ポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配
    列を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を
    含むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を
    含むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：
    １または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配
    列のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２また
    は４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
    ト；配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチ
    ド配列を表すデータセット；配列番号：２または４の配
    列を含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレ
    オチド配列を表すデータセットからなる群より選択され
    るメンバーを保存したコンピューター読み込み可能媒
    体。
14. 【請求項１４】 相同性の同定を行うためのコンピュー
    ターによる方法であって、配列番号：１または３の配列
    を含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み
    可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド配列
    を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチ
    ド配列と比較して相同性を同定する工程を含む方法。
15. 【請求項１５】 ポリクレオチドアッセンブリーのため
    のコンピューターによる方法であって、配列番号：１ま
    たは３の配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
    ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
    １のポリヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配
    列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
    する工程を含む方法。
16. 【請求項１６】 （ａ）配列番号：３の全長にわたって
    配列番号：３に対して少なくとも７０％、８０％、９０
    ％、９５％、９７％の同一性を有するヌクレオチド配列
    を含む単離ポリヌクレオチド； （ｂ）配列番号：３のポリヌクレオチドを含む単離ポリ
    ヌクレオチド； （ｃ）配列番号：３のポリヌクレオチド；または （ｄ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
    ミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０
    ％、９５％、９７〜９９％の同一性を有するポリペプチ
    ドをコードしているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌ
    クレオチドからなる群より選択される単離ポリヌクレオ
    チド。
17. 【請求項１７】 （ａ）配列番号：４の全長にわたって
    配列番号：４のアミノ酸配列に対して少なくとも７０
    ％、８０％、９０％、９５％、９７〜９９％の同一性を
    有するアミノ酸配列を含むポリペプチド； （ｂ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
    ミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０
    ％、９５％、９７〜９９％同一であるアミノ酸配列を有
    するポリペプチド； （ｃ）配列番号：４のアミノ酸を含むポリペプチド； （ｄ）配列番号：４のポリペプチドであるポリペプチド （ｅ）配列番号：３に含まれる配列を含むポリヌクレオ
    チドによりコードされるポリペプチドからなる群より選
    択されるポリペプチド。