JPH11137268A - ＧｉｄＡ１ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 化合物を抗生物質活性についてスクリーニン
グするために用いることができ、感染、機能障害および
疾患の発生病理にてその役割を決定するのに用いること
もできる因子の解明が望まれている。 【解決手段】 本発明は、配列番号２または４のアミノ
酸配列からなるポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌ
クレオチドからなる単離ポリヌクレオチド；ｇｉｄＡ１
ポリペプチドおよびｇｉｄＡ１ポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドおよび組換え技法により該ポリペプ
チドの製法を提供するものである。さらには、抗菌化合
物についてスクリーニングするのにｇｉｄＡ１ポリペプ
チドを利用する方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】関連出願 本出願は、１９９７年７月１日出願の米国仮特許出願第
６０／０５１３７９号の利益を主張する。

【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関する。特に、本発明は、ｇ
ｉｄＡ１ファミリーならびにならびにそれらの変種（以
下、「ｇｉｄＡ１」、「ｇｉｄＡ１ポリヌクレオチ
ド」、および「ｇｉｄＡ１ポリペプチド」と称する）の
ポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関する。

【０００２】

【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに，例
えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞
炎、膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感染の
ごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患を引き起
こすことが知られている。ストレプトコッカス属の単離
から１００年以上も経過しているため、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoniae）
は、より詳細な研究が為された微生物の一つである。例
えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという我々の初期
の理解の大部分は、この微生物を用いたGriffithならび
に、Avery、MacleodおよびMcCartyの研究にて断言され
た。ストレプトコッカス・ニューモニアエに関する研究
は膨大であるにもかかわらず、この微生物の毒性に関し
ては多くの疑問が残されている。抗生物質の開発のため
の標的としてストレプトコッカス属の遺伝子および遺伝
子産物を用いるのはとりわけ好ましいことである。

【０００３】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２、３０年間に劇的に上昇している。これ
は多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した
人の母集団の増加に起因している。いくつかのまたは全
ての標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプト
コッカス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめ
ずらしいことではない。この現象が医学的必要性、およ
び、この生物に対する新しい抗菌剤、ワクチンおよび診
断試験についての必要性を形成した。

【０００４】そのうえ、薬剤の発見方法は、現在のとこ
ろ、「機能的遺伝学」、すなわち、高処理量のゲノムま
たは遺伝子に基づく生物学を包含するので抜本的な改革
を受けている。このアプローチは、「位置的クローニン
グ」に基づく初期のアプローチおよび他の方法に取って
代わりつつある。機能的遺伝学は、現在利用可能な多く
の分子生物学的データベースならびに他のソースから潜
在的に興味ある遺伝子配列を同定するための生物学的情
報の種々の道具に大きく依存している。薬剤の発見の標
的としての、さらなる遺伝子および他のポリヌクレオチ
ド配列ならびにそれらの関連ポリペプチドの同定および
特徴づけをする必要性があり続けている。

【０００５】とりわけ、抗微生物質活性に関して化合物
をスクリーニングするために有用であるという利点を有
した、本発明のｇｉｄＡ１の具体例のごときポリヌクレ
オチドおよびポリペプチドに対する要望があることは明
白である。かかる因子はまた、感染、機能不全および疾
患の発生病理におけるそれらの役割を決定するのに有用
である。かかる感染、機能不全および疾患を予防、改善
または治癒するための方法を見出すために、かかる因子
ならびにそのアンタゴニストおよびアゴニストを同定お
よび特徴づけする必要も明らかにある。本発明のある種
のポリペプチドは、既知のｇｉｄＡタンパク質に対して
有意なアミノ酸配列相同性を有する。最初に記載された
ｇｉｄＡ遺伝子は、イー・コリ（E. coli）のものであ
った (vonMeyenburg et al (1980) ICN-UCLA Symp. Mo
l. Cell. Biol. 19, 137-159; Genbank accession numb
er P17112)。エス・ニューモニアエ（S. pneumoniae）
ｇｉｄＡ１の最も近似する相同体は、ラクトコッカス・
ラクチス（Lactococcus lactis）ｇｉｄＡである(Duwa
t, P. et al. (1997) J. Bacteriol. 179(14), 4473-7
9; Genbank accession number for polynucleotide is
U80409, and SwissProtaccession number for polypept
ide is 032806)。細菌ｇｉｄＡ遺伝子に関する他の参考
文献は、Ogasawara, N. & Yoshikawa, H. (1992) Mol.
Microbiol. 6(5), 629-634, and Kunst, F. et al. (19
97) Nature 390, 249-256 (Bacillus subtilis gidA);
Karita, M et al. (1997) Infection & Immunity 65(1
0), 4158-64 (Helicobacter pylori gidA); Fsihi, H.
et al. (1996) Microbiology 142(11), 3147-61 (Mycob
acterium leprae gidA)である。

【０００６】

【発明の要約】本発明は、ｇｉｄＡ１、詳細にはｇｉｄ
Ａ１ポリペプチドおよびｇｉｄＡ１ポリヌクレオチド、
組み換え物質ならびにそれらの製造方法に関する。もう
１つの態様において、本発明は、かかるポリペプチドお
よびポリヌクレオチドの使用方法に関し、とりわけ、微
生物による疾患の治療を包含する。さらなる態様におい
て、本発明は、本発明により提供される材料を用いるア
ゴニストおよびアンタゴニストの同定方法、ならびに同
定されたアゴニストまたはアンタゴニスト化合物を用い
る微生物による感染およびかかる感染に関連した症状の
治療方法に関する。さらなる態様において、本発明は、
微生物による感染およびかかる感染に関連した症状の検
出のための診断アッセイ、例えば、ｇｉｄＡ１発現また
は活性の検出のためのアッセイに関する。開示された本
発明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、
以下の説明を読み、本開示の他の部分読めば、当業者に
容易に明らかになるであろう。

【０００７】

【発明の詳説】以下に詳細に説明するように、本発明
は、ｇｉｄＡ１ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに
関する。詳細には、本発明は、ｇｉｄＡポリペプチドに
対するアミノ酸配列相同性により関連づけられるストレ
プトコッカス・ニューモニアエのｇｉｄＡ１のポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドに関する。特に、本発明
は、それぞれ配列番号１または３および配列番号２また
は４として表１に示されるヌクレオチドおよびアミノ酸
配列を有するｇｉｄＡ１に関する。

【０００８】表１ ｇｉｄＡ１ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列

【０００９】（Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニア
エのｇｉｄＡ１ポリヌクレオチド配列（配列番号１） 5'-GAGGATATCCAGCTAGTTCCAGCCTTTTTAAAAACGGCCCTACCAGA
TTGGGAAGGCCAACTAAGACACATTCATCTTGA GGAATAGGAGAGAAACATGACTTATCATTTTACTGAAGAATACGATATTA
TTGTAATTGGTGCGGGACACGCTGGGGTTG AGGCTTCCTTGGCCGCTAGCCGTATGGGCTGTAAGGTCCTGCTTGCGACC
ATCAATATTGAAATGCTGGCTTTCATGCCT TGTAATCCCTCTATCGGTGGTTCTGCTAAGGGGATTGTCGTACGTGAAGT
CGATGCCCTCGGTGGCGAGATGGCCAAGAC CATTGACAAGACTTACATCCAGATGAAGATGCTCAACACAGGGAAGGGCC
CAGCCGTTCGTGCCCTTCGTGCGCAGGCTG ATAAGGAACTTTACTCTAAGGAAATGCGCAAGACAGTTGAAAATCAAGAA
AATCTGACCCTTCGTCAAACCATGATTGAT GAGATTTTGGTGGAAGATGGCAAGGTTGTCGGTGTGCGTACAGCCACCCA
TCAAGAATATGCTGCTAAGGCTGTTATTGT GACGACAGGGACTGCTCTCCGTGGGGAAATTATCATCGGAGACCTCAAGT
ACTCATCAGGTTCTAACCACAGCTTGGCTT CTATTAACCTAGCTGACAATCTCAAGGAACTGGGTCTCGAAATCGGTCGT
TTCAAGACAGGAACCCCTCCACGTGTCAAG GCTTCTTCTATCAATTACGATGTGACGGAAATTCAGCCAGGAGACGAAGT
GCCTAATCATTTCTCATACACTTCACGTGA TGAGGATTATGTCAAAGATCAAGTGCCATGCTGGTTGACCTATACCAATG
GTACCAGTCATGAGATTATCCAAAACAACC TCCACCGTGCGCCTATGTTTACAGGTGTGGTCAAGGGAGTGGGGCCTCGT
TACTGTCCGTCGATTGAAGACAAGATTGTG CGCTTTGCGGACAAGGAACGTCACCAACTCTTCCTTGAGCCAGAAGGACG
CAATACTGAGGAAGTCTATGTTCAAGGACT TTCAACCAGTCTGCCTGAGGATGTCCAGCGTGACTTGGTTCATTCCATCA
AAGGTTTGGAAAATGCAGAGATGATGCGGA CAGGTTATGCTATTGAGTATGATATGGTCTTGCCTCATCAGTTGCGTGCG
ACTTTGGAAACCAAGAAAATCTCAGGTCTC TTCACTGCTGGTCAGACAAATGGAACATCAGGTTATGAAGAAGCTGCTGG
CCAAGGGATTATCGCGGGTATCAATGCGGC TCTGAAAATCCAAGGTAAACCTGAGTTGATTCTAAAACGAAGTGACGGTT
ATATCGGGGTGATGATCGACGACTTGGTGA CCAAGGGAACCATTGAACCTTACCGTCTCTTGACCAGTCGTGCTGAATAC
CGTCTCATTCTTCGTCATGACAATGCTGAT ATGCGCTTGACTGAGATGGGACGCGAGATTGGCCTTGTGGATGATGAACG
CTGGGCTCGTTTTGAAATCAAGAAAAATCA ATTTGATAATGAGATGAAACGCCTAGACAGTATCAAACTCAAGCCAGTCA
AGGAAACCAATGCTAAGGTTGAGGAAATGG GCTTCAAGCCGTTGACAGATGCGGTGACAGCCAAAGAATTCCTTCGCCGT
CCAGAAGTTTCTTACCAAGATGTGGTGGCC TTCATCGGACCAGCTGCAGAAGACTTGGATGACAAGATTATCGAATTGAT
TGAAACAGAAATCAAGTACGAAGGCTATAT TTCAAAAGCCATGGATCAGGTTGCCAAGATGAAACGTATGGAAGAAAAAC
GCATTCCAGCCAATATTGACTGGGATGACA TCGATTCTATTGCGACGGAAGCTCGTCAGAAGTTCAAACTCATCAATCCA
GAAACCATCGGCCAAGCCAGCCGTATTTCG GGAGTAAACCCAGCAGATATTTCTATTTTGATGGTGTATCTGGAAGGTAA
AAATCGTAGTATTTCTAAAACTCTTCAAAA ATCAAAATGATACGTCGTCGGCTTCTTACGAATGAGTTCAAAGCTTGGCT
TTGATTCATCTCCAGCCTCCCATAGTTCCC CGAACTATGGGAGCTAACTC-3'

【００１０】（Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より
推定されるストレプトコッカス・ニューモニアエのｇｉ
ｄＡ１ポリペプチド配列（配列番号２） NH₂-MTYHFTEEYDIIVIGAGHAGVEASLAASRMGCKVLLATINIEMLAF
MPCNPSIGGSAKGIVVREVDALGGEMAKTIDKTY IQMKMLNTGKGPAVRALRAQADKELYSKEMRKTVENQENLTLRQTMIDEI
LVEDGKVVGVRTATHQEYAAKAVIVTTGTA LRGEIIIGDLKYSSGSNHSLASINLADNLKELGLEIGRFKTGTPPRVKAS
SINYDVTEIQPGDEVPNHFSYTSRDEDYVK DQVPCWLTYTNGTSHEIIQNNLHRAPMFTGVVKGVGPRYCPSIEDKIVRF
ADKERHQLFLEPEGRNTEEVYVQGLSTSLP EDVQRDLVHSIKGLENAEMMRTGYAIEYDMVLPHQLRATLETKKISGLFT
AGQTNGTSGYEEAAGQGIIAGINAALKIQG KPELILKRSDGYIGVMIDDLVTKGTIEPYRLLTSRAEYRLILRHDNADMR
LTEMGREIGLVDDERWARFEIKKNQFDNEM KRLDSIKLKPVKETNAKVEEMGFKPLTDAVTAKEFLRRPEVSYQDVVAFI
GPAAEDLDDKIIELIETEIKYEGYISKAMD QVAKMKRMEEKRIPANIDWDDIDSIATEARQKFKLINPETIGQASRISGV
NPADISILMVYLEGKNRSISKTLQKSK-COOH

【００１１】（Ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニア
エのｇｉｄＡ１のＯＲＦ配列（配列番号３） 5'-GGTGCGGGACACGCTGGGGTTGAGGCTTCCTTGGCCGCTAGCCGTAT
GGGCTGTAAGGTCCTGCTTGCGACCATCAATAT TGAAATGCTGGCTTTCATGCCTTGTAATCCCTCTATCGGTGGTTCTGCTA
AGGGGATTGTCGTACGTGAAGTCGATGCCC TCGGTGGCGAGATGGCCAAGACCATTGACAAGACTTACATCCAGATGAAG
ATGCTCAACACAGGGAAGGGCCCAGCCGTT CGTGCCCTTCGTGCGCAGGCTGATAAGGAACTTTACTCTAAGGAAATGCG
CAAGACAGTTGAAAATCAAGAAAATCTGAC CCTTCGTCAAACCATGATTGATGAGATTTTGGTGGAAGATGGCAAGGTTG
TCGGTGTGCGTACAGCCACCCATCAAGAAT ATGCTGCTAAGGCTGTTATTGTGACGACAGGGACTGCTCTCCGTGGGGAA
ATTATCATCGGAGACCTCAAGTACTCATCA GGTTCTAACCACAGCTTGGCTTCTATTAACCTAGCTGACAATCTCAAGGA
ACTGGGTCTCGAAATCGGTCGTTTCAAGAC AGGAACCCCTCCACGTGTCAAGGCTTCTTCTATCAATTACGATGTGACGG
AAATTCAGCCAGGAGACGAAGTGCCTAATC ATTTCTCATACACTTCACGTGATGAGGATTATGTCAAAGATCAAGTGCCA
TGCTGGTTGACCTATACCAATGGTACCAGT CATGAGATTATCCAAAACAACCTCCACCGTGCGCCTATGTTTACAGGTGT
GGTCAAGGGAGTGGGGCCTCGTTACTGTCC GTCGATTGAAGACAAGATTGTGCGCTTTGCGGACAAGGAACGTCACCAAC
TCTTCCTTGAGCCAGAAGGACGCAATACTG AGGAAGTCTATGTTCAAGGACTTTCAACCAGTCTGCCTGAGGATGTCCAG
CGTGACTTGGTTCATTCCATCAAAGGTTTG GAAAATGCAGAGATGATGCGGACAGGTTATGCTATTGAGTATGATATGGT
CTTGCCTCATCAGTTGCGTGCGACTTTGGA AACCAAGAAAATCTCAGGTCTCTTCACTGCTGGTCAGACAAATGGAACAT
CAGGTTATGAAGAAGCTGCTGGCCAAGGGA TTATCGCGGGTATCAATGCGGCTCTGAAAATCCAAGGTAAACCTGAGTTG
ATTCTAAAACGAAGTGACGGTTATATCGGG GTGATGATCGACGACTTGGTGACCAAGGGAACCATTGAACCTTACCGTCT
CTTGACCAGTCGTGCTGAATACCGTCTCAT TCTTCGTCATGACAATGCTGATATGCGCTTGACTGAGATGGGACGCGAGA
TTGGCCTTGTGGATGATGAACGCTGGGCTC GTTTTGAAATCAAGAAAAATCAATTTGATAATGAGATGAAACGCCTAGAC
AGTATCAAACTCAAGCCAGTCAAGGAAACC AATGCTAAGGTTGAGGAAATGGGCTTCAAGCCGTTGACAGATGCGGTGAC
AGCCAAAGAATTCCTTCGCCGTCCAGAAGT TTCTTACCAAGATGTGGTGGCCTTCATCGGACCAGCTGCAGAAGACTTGG
ATGACAAGATTATCGAATTGATTGAAACAG AAATCAAGTACGAAGGGTATATTTCAAAAGCCATGGATCAGGTTGGCAAG
ATGAAACGTATGGAAGAAAAACGCATTCCA GCCAATATTGACTGGGATGACATCGATTCTATTGGGACGGAAGCTCGTCA
GAAGTTCAAACTCATCAATCCAGAAACCAT CGGGCAAGCCAGCCGTATTTCGGGAGTTAACCCAGCAGATATTTCTATTT
TGATGGTGTATCTGGAAGGTAAAAATCGTA GTATTTCTAAAACTCCTCCAAAATCAAAATG-3'

【００１２】（Ｄ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配
列より推定されるストレプトコッカス・ニューモニアエ
のｇｉｄＡ１ポリペプチド配列（配列番号４） NH₂-GAGHAGVEASLAASRMGCKVLLATINIEMLAFMPCNPSIGGSAKGI
VVREVDALGGEMAKTIDKTYIQMKMLNTGKGPAV RALRAQADKELYSKEMRKTVENQENLTLRQTMIDEILVEDGKVVGVRTAT
HQEYAAKAVIVTTGTALRGEIIIGDLKYSS GSNHSLASINLADNLKELGLEIGRFKTGTPPRVKASSINYDVTEIQPGDE
VPNHFSYTSRDEDYVKDQVPCWLTYTNGTS HEIIQNNLHRAPMFTGVVKGVGPRYCPSIEDKIVRFADKERHQLFLEPEG
RNTEEVYVQGLSTSLPEDVQRDLVHSIKGL ENAEMMRTGYAIEYDMVLPHQLRATLETKKISGLFTAGQTNGTSGYEEAA
GQGIIAGINAALKIQGKPELILKRSDGYIG VMIDDLVTKGTIEPYRLLTSRAEYRLILRHDNADMRLTEMGREIGLVDDE
RWARFEIKKNQFDNEMKRLDSIKLKPVKET NAKVEEMGFKPLTDAVTAKEFLRRPEVSYQDVVAFIGPAAEDLDDKIIEL
IETEIKYEGYISKAMDQVGKMKRMEEKRIP ANIDWDDIDSIGTEARQKFKLINPETIGQASRISGVNPADISILMVYLEG
KNRSISKTPPKSK-COOH

【００１３】寄託材料 ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株
を含む寄託株を、１９９６年４月１１日に、National C
ollections of Industrial and Marine Bacteria Ltd.
（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という、23 St. Machar
Drive, AberdeenAB2 1RY, Scotland）に、ＮＣＩＭＢ受
託番号４０７９４の下で寄託した。その寄託株は寄託の
際にストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９
３と命名された。１９９６年４月１７日に、同様に、イ
ー・コリ中のストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３ＤＮＡライブラリーがＮＣＩＭＢに寄託さ
れ、受託番号４０８００が与えられた。このストレプト
コッカス・ニューモニアエ寄託株を、本明細書では「寄
託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称する。

【００１４】寄託株は全長のｇｉｄＡ１遺伝子を含んで
いる。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配列ならび
にそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致に
おいても支配的である。寄託株の寄託は、特許手続き上
の微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条約の条件
下で行われている。特許が発行されると何ら制限または
条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者
の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条
の下に要求されるような、寄託が実施可能要件であるこ
とを承認するものではない。寄託株、それに由来の化合
物を製造、使用または販売するには、ライセンスが必要
であるが、そのようなライセンスはここで付与されるも
のではない。

【００１５】本発明の一の態様は、寄託株に含まれるス
トレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株に
より発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離核酸
分子を提供することである。さらには、本発明はＤＮＡ
およびＲＮＡなどの寄託株中のｇｉｄＡ１ポリヌクレオ
チド配列およびそれによりコードされるアミノ酸配列を
提供する。また、本発明は寄託株より単離されたｇｉｄ
Ａ１ポリペプチド配列およびポリヌクレオチド配列を提
供する。

【００１６】ポリペプチド 本発明のｇｉｄＡ１ポリペプチドは他のｇｉｄＡ１ファ
ミリーのタンパク質に実質的に系統発生的に関連してい
る。本発明の一態様において、本明細書において「ｇｉ
ｄＡ１」および「ｇｉｄＡ１ポリペプチド」と称するス
トレプトコッカス・ニューモニアエのポリペプチドなら
びに生物学的、診断上、予防上、臨床的または治療上有
用なその変種、ならびにそれを含む組成物が提供され
る。本発明のとりわけ好ましい具体例は、ｇｉｄＡ１遺
伝子の自然発生対立遺伝子によりコードされるｇｉｄＡ
１ポリペプチドの変種である。

【００１７】さらに本発明は下記のものである単離ポリ
ペプチド： （ａ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ
酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは
少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも
９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５
％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の
同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配列を
含むかまたはそれよりなるポリペプチド； （ｂ）配列番号１の全長にわたって配列番号１に対して
少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０
％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、
最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有す
るかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を含む
かまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコー
ドされるポリペプチド； （ｃ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ
酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは
少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも
９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５
％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の
同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド配列を含むかまたはそ
れよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされるポ
リペプチド； （ｄ）配列番号３の全長にわたって配列番号１に対して
少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０
％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、
最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有す
るかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を含む
かまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコー
ドされるポリペプチド； （ｅ）配列番号３の全長にわたって配列番号３に対して
少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０
％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、
最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有す
るかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を含む
かまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコー
ドされるポリペプチド；または （ｆ）配列番号４の全長にわたって配列番号４のアミノ
酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは
少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも
９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５
％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の
同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド配列を含むかまたはそ
れよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされるポ
リペプチド； （ｇ）配列番号４の全長にわたって配列番号２のアミノ
酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは
少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも
９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５
％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の
同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配列を
含むかまたはそれよりなるポリペプチドを提供する。

【００１８】本発明のポリペプチドは、表１（配列番号
２または４）のポリペプチド（特に、成熟ポリペプチ
ド）ならびに、特に、ｇｉｄＡ１の生物活性を有し、表
１（配列番号１または３）のポリペプチドまたはその該
当部分に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは
表１（配列番号２または４）のポリペプチドに対して少
なくとも８０％の同一性、より好ましくは表１（配列番
号２または４）のポリペプチドに対して少なくとも９０
％の同一性、さらにより好ましくは表１（配列番号２ま
たは４）のポリペプチドに対して少なくとも９５％の同
一性を有するポリペプチドおよびフラグメントを包含
し、さらに、一般に、少なくとも３０個のアミノ酸、よ
り好ましくは、少なくとも５０個のアミノ酸を含むポリ
ペプチドの部分を有するかかるポリペプチドの部分も包
含する。

【００１９】本発明はまた、式： Ｘ−（Ｒ₁）_m−（Ｒ₂）−（Ｒ₃）_n−Ｙ （式中、アミノ末端においてＸは水素、金属または修飾
ポリペプチドに関して本明細書中で記載した他の部分で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素、金属または
修飾ポリペプチドに関して本明細書中で記載した他の部
分であり、Ｒ₁およびＲ₃はいずれかのアミノ酸残基また
は修飾アミノ酸残基であり、ｍは１〜１０００の整数ま
たは０であり、ｎは１〜１０００の整数または０であ
り、Ｒ₂は本発明のアミノ酸配列、特に表１から選択さ
れるアミノ酸配列またはそれらの修飾形態を意味する）
で示されるポリペプチドを包含するかこれよりなるポリ
ペプチドを包含する。上記の式中、Ｒ₂はアミノ末端残
基がその左側でＲ₁に共有結合し、そのカルボキシ末端
残基がその右側でＲ₃に共有結合するように方向づけら
れる。ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、Ｒ₁ま
たはＲ₃のいずれかの基で表されるアミノ酸残基の伸長
鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれであ
ってもよく、好ましくはヘテロポリマーである。本発明
の他の好ましい具体例は、ｍが１ないし５０、１００ま
たは５００の間の整数であり、ｎが１ないし５０、１０
０または５００の間の整数のものである。

【００２０】本発明のポリペプチドがストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ由来のものであるのが最も好ましい
が、同じ分類学上の属の他の生物由来のものであっても
好ましい。また本発明のポリペプチドは、例えば、同じ
科または目の生物から得られるものであってもよい。フ
ラグメントは、その全体が、本発明のポリペプチドのア
ミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じであるアミノ
酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｇｉｄＡ１ポ
リペプチドと同様、フラグメントは「独立している」
か、またはそれらが一の部分または領域、最も好ましく
は単一のより大きなポリペプチド中の単一の連続した領
域を形成するより大きなポリペプチドの中に含まれてい
てもよい。

【００２１】好ましいフラグメントには、例えば、表１
（配列番号２または４）のアミノ酸配列または、アミノ
および／またはカルボキシ末端アミノ酸配列を含む連続
した一連の残基のような、その変種の一部を有する末端
切断ポリペプチドが包含される。宿主細胞、特に、スト
レプトコッカス・ニューモニアエにより生成されるかま
たその中の本発明のポリペプチドの分解型も好ましい。
さらに、アルファヘリックスおよびアルファヘリックス
形成領域、ベータシートおよびベータシート形成領域、
ターンおよびターン形成領域、コイルおよびコイル形成
領域、親水領域、疎水領域、アルファ両親媒性領域、ベ
ータ両親媒性領域、可変領域、界面形成領域、基質結合
領域、および高抗原指数領域を含んでなるフラグメント
のような、構造的または機能的属性によって特徴づけら
れるフラグメントもまた好ましい。

【００２２】さらに好ましいフラグメントには、配列番
号2のアミノ酸配列からの少なくとも１５、２０、３
０、４０、５０または１００の連続するアミノ酸を有す
るアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド、または、配列
番号2のアミノ酸配列から末端切断されたまたは欠失し
た少なくとも１５、２０、３０、４０、５０または１０
０の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列を含む単離
ポリペプチドが包含される。

【００２３】類似活性または改良活性を有するもの、ま
たは望ましくない活性が減少したフラグメントを含め、
ｇｉｄＡ１の活性を媒介するフラグメントである、生物
学的に活性なフラグメントも好ましい。さらに、動物、
特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であるフラグメ
ントも含まれる。特に好ましいものは、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエの生存に必須の機能または個体、
特に、ヒトにおける疾患の開始または原因維持能力を与
える酵素群のレセプターまたはドメインを含むフラグメ
ントである。本発明のポリペプチドのフラグメントは、
ペプチド合成法により対応する全長ポリペプチドの製造
に使用することができる；したがって、これらの変種
は、本発明の全長ポリペプチドを製造するための中間体
として使用できる。

【００２４】アミノ酸に関する標準的１文字および３文
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語用語も
また、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いら
れる。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在
するいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのよう
な指定する位置にあってもよいことを意味する。

【００２５】ポリヌクレオチド ｇｉｄＡ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ド、特に、本明細書でｇｉｄＡ１と称するポリペプチド
をコードするポリヌクレオチドを提供することが本発明
の一つの目的である。本発明の特に好ましい具体例にお
いて、ポリヌクレオチドは、全長の遺伝子を含む、表１
（配列番号１または３）に示す配列を含むｇｉｄＡ１ポ
リペプチドをコードする領域、またはその変種を含む。

【００２６】本発明のさらなる態様として、ｇｉｄＡ１
ポリペプチドおよびポリヌクレオチド、詳細には、スト
レプトコッカス・ニューモニアエのｇｉｄＡ１ポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドをコードおよび／または発
現する単離核酸分子が提供され、核酸分子としては、例
えば、未プロセッシングＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍ
ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮ
Ａが挙げられる。本発明のさらなる具体例は、生物学
的、診断上、予防上、臨床的または治療上有用なポリヌ
クレオチドおよびポリペプチド、ならびにその変種、な
らびにそれらを含む組成物を包含する。本発明の別の態
様は、少なくとも一つの全長遺伝子を含む、表１（配列
番号２または４）の推定アミノ酸配列を有するｇｉｄＡ
１ポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチドおよ
びそれに密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれら
の変種に関する。別の特に好ましい本発明具体例におい
て、表１（配列番号２または４）のアミノ酸配列を含む
かまたはそれよりなる、ストレプトコッカス・ニューモ
ニアエ由来のｇｉｄＡ１ポリペプチド、またはそれらの
変種が提供される。

【００２７】表１（配列番号１または３）に示すポリヌ
クレオチド配列などの本明細書において提供される情報
を使用し、出発材料としてストレプトコッカス・ニュー
モニアエ０１００９９３細胞を使用し、細菌からの染色
体ＤＮＡフラグメントをクローニングし、配列決定し、
つづいて全長クローンを得る標準的クローニングおよび
スクリーニング法を使用して、ｇｉｄＡ１ポリペプチド
をコードする本発明のポリヌクレオチドを得ることがで
きる。例えば、表１（配列番号１または３）に示す配列
などの本発明のポリヌクレオチド配列を得るには、典型
的には、イー・コリ（E.coli)または他の適当な宿主中
のストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３
の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーを、部分配列
由来の放射標識オリゴヌクレオチド、好ましくは１７量
体またはそれより長いオリゴヌクレオチドでプローブす
る。ついで、該プローブと同じＤＮＡを有するクローン
をストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を使
用して区別できる。該オリジナルポリペプチドまたはポ
リヌクレオチド配列から設計された配列決定プライマー
を用いるハイブリダイゼーションにより同定された個々
のクローンを配列決定することにより、ポリヌクレオチ
ド配列を両方の方向に伸長し、全長遺伝子配列を決定す
ることが可能である。都合よくは、例えば、プラスミド
・クローンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いてか
かる配列決定を行う。適当な技法は、Maniatis, T., Fr
itsch, E. F. and Sambrookら、MOLECULAR CLONING：A
LABORATORY MANUAL，2nd Ed.; Cold Spring Harbor Lab
oratory Press, Cold Spring Harbor, New York（198
9）（特に、Screening By Hybridization 1.90 and Seq
uencing Denatured Double-Stranded DNA Templates 1
3.70を参照のこと）により記載されている。直接ゲノム
ＤＮＡ配列決定を用いて全長遺伝子配列を得ることもで
きる。例えば、表１（配列番号１または３）に示す各ポ
リヌクレオチドは、ストレプトコッカス・ニューモニア
エ０１００９９３由来のＤＮＡライブラリー中で見いだ
したものである。

【００２８】さらに、表１（配列番号１または３）に示
される各々のＤＮＡ配列は、表１（配列番号２または
４）に示すのとほぼ同じアミノ酸残基を有し、当業者に
周知のアミノ酸残基の分子量から計算できる推定分子量
を有するタンパク質をコードするオープンリーディング
フレームを有する。配列番号1のヌクレオチド番号９７
とヌクレオチド番号２００８で始まる停止コドンの間の
配列番号１のポリヌクレオチドが、配列番号２のポリペ
プチドをコードする。

【００２９】さらなる態様において、本発明は、下記の
ポリヌクレオチドを含むかまたはそれらよりなる単離ポ
リヌクレオチドを提供する： （ａ）配列番号１の全長にわたって配列番号１に対し
て、または、配列番号２をコードする配列番号1の全長
に対して、少なくとも７０％の同一性、好ましくは少な
くとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０
％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の
同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％
の同一性を有するかまたは全く同一であるポリヌクレオ
チド配列； （ｂ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ
酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは
少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも
９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５
％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９
９％またはちょうど１００％の同一性を有するポリペプ
チドをコードするポリヌクレオチド配列；または （ｃ）配列番号３の全長にわたって配列番号１に対して
少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０
％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、
さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％または１
００％の同一性を有するヌクレオチド配列； （ｄ）配列番号３の全長にわたって配列番号３に対して
少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０
％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、
さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性
を有するかまたは全く同一であるヌクレオチド配列；ま
たは （ｅ）配列番号４の全長にわたって配列番号４のアミノ
酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは
少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも
９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５
％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９
９％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプ
チドをコードするポリヌクレオチド配列。

【００３０】本発明のポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド（ストレプトコッカス・ニューモニアエ以外
の種由来のホモログおよびオーソログを包含）を、スト
リンジェントなハイブリダイゼーション条件において、
配列番号１もしくは３の配列またはそれらのフラグメン
トを含むかまたはそれらよりなる標識または検出可能プ
ローブを用いて適当なライブラリーをスクリーニング
し、ついで、該ポリヌクレオチド配列を含む全長遺伝子
および／またはゲノムクローンを単離する工程を含む方
法により得ることができる。

【００３１】本発明は、表１（配列番号１または３）の
コーディング配列に対し、その全長にわたって同一であ
るポリヌクレオチド配列を提供する。また、本発明は、
成熟ポリペプチドまたはそのフラグメント用のコーディ
ング配列自体ならびにリーダーまたは分泌配列、プレ、
プロまたはプレプロタンパク質配列をコードする配列な
どの他のコーディング配列を有するリーディング・フレ
ーム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントのコーデ
ィング配列を提供する。本発明のポリヌクレオチドはま
た、例えば、転写されるが翻訳されない配列、終止シグ
ナル（ｒｈｏ−依存性およびｒｈｏ−非依存性終止シグ
ナル）、リボソーム結合部位、コザック（Kozak）配
列、ｍＲＮＡを安定化する配列、イントロン、ポリアデ
ニル化シグナルのような少なくとも一つの非コーディン
グ５’および３’配列を含む、少なくとも一つの非コー
ディング配列を含むが、これに限定するものではない。
ポリヌクレオチド配列は、付加アミノ酸をコードする付
加コーディング配列を含むこともできる。例えば、融合
ポリペプチドの精製を促進するマーカー配列をコードす
ることができる。本発明のある種の具体例において、マ
ーカー配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen, Inc.）におい
て提供され、Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1
989）86: 821-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチ
ジンペプチドであるか、またはＨＡペプチドタグ（Wils
onら、Cell, 37: 767(1984)）であり、これらは両方と
もそれらに融合するポリペプチド配列を精製するのに有
用である。本発明のポリヌクレオチドは、限定するもの
ではないが、構造遺伝子およびその遺伝子の発現を調節
する本来的に結合した配列を含むポリヌクレオチドを包
含する。

【００３２】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号１に示されるヌクレオチド９７からヌクレオチド２０
０８のすぐ上流にあるヌクレオチドまたはそのヌクレオ
チドを含むヌクレオチドまでを有するポリヌクレオチド
であり、それは共にｇｉｄＡ１ポリペプチドをコードす
る。

【００３３】本発明はまた、式： Ｘ−（Ｒ₁）_m−（Ｒ₂）−（Ｒ₃）_n−Ｙ ［式中、分子の５’末端においてＸは水素、金属または
修飾ヌクレオチド残基あるいはＹと一緒になって共有結
合を形成し、分子の３’末端においてＹは水素、金属ま
たは修飾ヌクレオチド残基あるいはＸと一緒になって共
有結合を形成し、Ｒ₁およびＲ₃は、各々、独立していず
れかの核酸残基または修飾核酸残基であり、ｍは１〜３
０００の整数または０であり、ｎは１〜３０００の整数
または０であり、Ｒ₂は本発明の核酸配列または修飾核
酸配列、特に表１より選択される核酸配列またはその修
飾核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチドを
含むかそれよりなるポリヌクレオチドを包含する。上記
した式のポリヌクレオチドにおいて、Ｒ₂は５’末端核
酸残基がその左側でＲ₁に結合し、その３’末端核酸残
基がその右側でＲ₃に結合するように方向付けられる。
ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、Ｒ₁および／
またはＲ₂のいずれかの基で表される核酸残基の伸長鎖
は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれであっ
てもよく、好ましくはヘテロポリマーである。好ましい
具体例において、ＸおよびＹが一緒になって共有結合を
形成する場合、前記した式のポリヌクレオチドは閉じた
環状ポリヌクレオチドであり、それは二本鎖ポリヌクレ
オチドであってもよく、その式は第２の鎖が相補性を有
する第１の鎖を示す。もう一つ別の好ましい具体例にお
いて、ｍおよび／またはｎは１と１０００の間の整数で
ある。他の好ましい本発明の具体例は、ｍが１ないし５
０、１００または５００の間の整数であり、ｎが１ない
し５０、１００または５００の間の整数である。

【００３４】本発明のポリヌクレオチドはストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の他の生物より得ることも好まし
い。本発明のポリヌクレオチドはまた、例えば、分類学
上同じ科または目の生物から得てもよい。本明細書で使
用する「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」
なる用語は、本発明のポリペプチド、詳しくは、細菌性
ポリペプチド、より詳しくは、表１（配列番号２または
４）に示すアミノ酸配列を有するストレプトコッカス・
ニューモニアエ・ｇｉｄＡ１のポリペプチドをコードす
る配列を含むポリヌクレオチドを包含する。この用語は
また、コードおよび／非コード配列を含んでもよいさら
なる領域と共に、該ポリペプチドをコードする単一の連
続または非連続領域（例えば、組み込まれたファージ、
挿入された配列、組み込まれたベクター配列、組み込ま
れたトランスポゾン配列、またはＲＮＡエデティング
（editing）もしくはゲノムＤＮＡ再組織化により中断
されているポリヌクレオチド）を含むポリヌクレオチド
を包含する。本発明はさらに、表１（配列番号２または
４）の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種を
コードする、本明細書に記載したポリヌクレオチドの変
種に関する。本発明のポリヌクレオチドのフラグメント
は、例えば、本発明の全長ポリヌクレオチドの合成に使
用できる。

【００３５】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失および／または付加された表１（配列番号２または
４）のｇｉｄＡ１ポリペプチドのアミノ酸配列を有す
る、ｇｉｄＡ１変種をコードするポリヌクレオチドであ
る。特に好ましくは、ｇｉｄＡ１ポリペプチドの特性お
よび活性を変化させないサイレント置換、付加および欠
失である。

【００３６】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
（配列番号２または４）に示すアミノ酸配列を有するｇ
ｉｄＡ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの
全長にわたって少なくとも７０％の同一性を有するポリ
ヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオチドに相補
性のポリヌクレオチドである。また、最も好ましいもの
は、ｇｉｄＡ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドに対し全長にわたって少なくとも８０％の同一性を
有する領域を含むポリヌクレオチドおよびそれと相補性
のポリヌクレオチドである。この点で、これに対し全長
にわたって少なくとも９０％の同一性を有するポリヌク
レオチドが特に好ましく、中でも少なくとも９５％の同
一性を有するものが特に好ましい。さらには、少なくと
も９５％の同一性を有するものの中で少なくとも９７％
の同一性を有するものがより好ましく、中でも少なくと
も９８％および少なくとも９９％の同一性を有するもの
が特に好ましい。少なくとも９９％の同一性を有するも
のがより好ましい。

【００３７】好ましい具体例は、表１（配列番号１また
は３）のＤＮＡによってコードされる成熟ポリペプチド
と実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリ
ペプチドをコードするポリヌクレオチドである。本発明
のある好ましい具体例によれば、特にストリンジェント
な条件下で、例えば表１のポリヌクレオチドのごときｇ
ｉｄＡ１ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポ
リヌクレオチドが提供される。

【００３８】さらに本発明は、本明細書にて提供するポ
リヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオ
チドに関する。この点において、本発明は特に、本明細
書にて記載するポリヌクレオチドにストリンジェントな
条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドに関す
る。本明細書で用いる「ストリンジェントな条件」およ
び「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」
なる語は、ハイブリダイゼーションが、配列間に少なく
とも９５％、好ましくは少なくとも９７％の同一性があ
る場合にのみ起こることを意味する。ストリンジェント
なハイブリダイゼーション条件の特定の例として、５０
％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ ＮaＣ
l、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸
ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denhardt'
s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０マイクロ
グラム／ｍｌ変性切断サケ精子ＤＮＡを含んでなる溶液
中、４２℃で一晩インキュベーションし、ついでハイブ
リダイゼーション支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）
で洗浄することが挙げられる。ハイブリダイゼーション
および洗浄条件は周知であり、Sambrookら、Molecular
Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold
Spring Harbor, N.Y., (1989)、特に、第11章に例示さ
れている。本発明により提供されるポリヌクレオチド配
列に関して溶液ハイブリダイゼーションを用いてもよ
い。

【００３９】本発明は、配列番号１または３に示すポリ
ヌクレオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラリ
ーを、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件
下、配列番号１または３に示す該ポリヌクレオチド配列
の配列を有するプローブまたはそのフラグメントでスク
リーニングし、該ＤＮＡ配列を単離することにより得る
ことができるポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれ
よりなるポリヌクレオチドを提供する。そのようなポリ
ヌクレオチドを得るのに有用なフラグメントには、例え
ば、本明細書に十分に記載するプローブおよびプライマ
ーが包含される。

【００４０】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドアッセイについて記載するように、例えば、本発明の
ポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤ
ＮＡに対するハイブリダイゼーション・プローブとして
使用し、ｇｉｄＡ１をコードする全長ｃＤＮＡおよびゲ
ノムクローンを単離し、ｇｉｄＡ１遺伝子に対して高い
同一性、特に高い配列同一性を有する他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離することができる。そ
のようなプローブは、一般に、少なくとも１５ヌクレオ
チド残基または塩基対を有してなるであろう。好ましく
は、そのようなプローブは少なくとも３０ヌクレオチド
残基または塩基対からなり、少なくとも５０ヌクレオチ
ド残基または塩基対を有してもよい。特に好ましいプロ
ーブは、少なくとも２０ヌクレオチド残基または塩基対
を有し、３０未満のヌクレオチド残基または塩基対を有
する。ｇｉｄＡ１遺伝子のコーディング領域は、表１
（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を使用してス
クリーニングしてオリゴヌクレオチド・プローブを合成
することにより単離できる。ついで、本発明の遺伝子の
配列と相補性の配列を有する標識したオリゴヌクレオチ
ドを用いて、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡの
ライブラリーをスクリーニングし、ライブラリーのどの
メンバーがプローブとハイブリダイズするか決定する。

【００４１】全長のＤＮＡを得る、あるいは短いＤＮＡ
を伸長させるための利用可能で当業者に周知のいくつか
の方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅（ＲＡ
ＣＥ）（例えば、Frohmanら、PNAS USA 85: 8998-9002,
1988参照）に基づく方法がある。Marathon^TM（登録商
標）法（Clontech Laboratories Inc.）に例示される該
方法の最近の変法は、例えば、より長いｃＤＮＡの検索
を有意に簡単にしている。Marathon^TM法において、ｃＤ
ＮＡは選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調製され、
各末端に「アダプター」配列が連結される。ついで、遺
伝子特異的かつアダプター特異的オリゴヌクレオチドプ
ライマーを用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行ってＤＮＡの
「失われた」５’末端を増幅する。ついで、「ネステッ
ド」プライマー、すなわち、増幅生成物内でアニールす
るように設計されたプライマー（典型的には、アダプタ
ー配列中のさらなる３’にアニールするアダプター特異
的プライマーならびに選択された遺伝子配列中のさらな
る５’にアニールする遺伝子特異的プライマー）を用い
てＰＣＲ反応を繰り返す。ついで、この反応の生成物を
ＤＮＡ配列決定により分析し、ついで、存在しているＤ
ＮＡに生成物を直接結合して完全配列を得ること、ある
いは５’プライ−の設計に関する新たな配列の情報を用
いて別個の全長ＰＣＲを行うことにより、全長のＤＮＡ
を構築する。

【００４２】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号
１または２または３または４）の配列由来のオリゴヌク
レオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明細書
に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに使用
し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体とし
て、または部分的に感染組織において細菌中で転写され
るか否か測定する。そのような配列はまた、病因が達し
た感染の段階およびタイプの診断においても有用性があ
る。

【００４３】また、本発明は、成熟タンパク質に、さら
なるアミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、
成熟ポリペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例え
ば、成熟形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場
合）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供
する。このような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形
態へのタンパク質のプロセッシングにおいて役割を果た
し、タンパク質を輸送し、タンパク質の半減期を長くし
たり、短くしたり、あるいは分析または生産のためのタ
ンパク質の操作を容易にすることができる。インビボで
一般的なように、該付加アミノ酸は細胞酵素により成熟
タンパク質からプロセッシングにより除かれる。本発明
の各ポリヌクレオチドおよび全ポリヌクレオチドについ
て、それに相捕的なポリヌクレオチドが提供される。こ
れらの相捕的ポリヌクレオチドが、相捕的である各ポリ
ヌクレオチドに対して十分に相捕的であることが好まし
い。一またはそれ以上のプロ配列に融合したポリペプチ
ドの成熟形態を有する前駆体タンパク質は、該ポリペプ
チドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不活性
前駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ配列
の幾らかまたは全体を、活性化の前に除去できる。一般
に、そのような前駆体はプロタンパク質と称される。

【００４４】ヌクレオチドに関する標準記号Ａ、Ｇ、
Ｃ、Ｔ／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特
定のポリヌクレオチドを記載するのに用いることができ
る。「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になっ
て作用する場合、正確な読み枠を読み取る場合で、Ｎが
そのような読み枠において未成熟終止コドンを形成する
効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、４
種のＤＮＡまたはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡまたは
ＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味する。

【００４５】総じて、本発明のポリヌクレオチドは成熟
タンパク質、リーダー配列の加わった成熟タンパク質
（プレタンパク質とも称される）、プレタンパク質のリ
ーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有す
る成熟タンパク質の前駆体、またはリーダー配列と、一
般に、ポリペプチドの活性な成熟形態を生成するプロセ
ッシング工程の間に除去される１またはそれ以上のプロ
配列を有するプロタンパク質の前駆体であるプレプロタ
ンパク質をコードする。

【００４６】ベクター、宿主細胞、発現系 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含んでなるベクター、本発明のベクターで
遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの製造に関する。また、無細胞翻訳系
を用い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用して
かかるタンパク質を製造することができる。本発明の組
み換えポリペプチドを、発現系を含む、遺伝子操作され
た宿主細胞から、当業者に周知の方法により製造しても
よい。したがって、さらなる態様において、本発明は、
本発明のポリヌクレオチドまたは複数のポリヌクレオチ
ドを含む発現系、かかる発現系で遺伝子操作された宿主
細胞、ならびに組み換え法による本発明のポリペプチド
の製造に関する。本発明のポリペプチドの組換え体製造
のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系もしくはそ
れらの一部、または本発明のポリヌクレオチドを取り込
むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入
は、Davisら、BASIC METHODS INMOLECULAR BIOLOGY（19
86）およびSambrookら、MOLECULAR CLONING: A LABORAT
ORY MANUAL, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory
Press,Cold Spring Harbor, N.Y.（1989）のごとき多
数の標準的研究室マニュアルに記載されている方法、例
えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡ
Ｅ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランス
ベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質
媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ・ローディング、弾道
導入および感染によって行うことができる。

【００４７】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）大腸菌（E.coli）、ストレプトマイセ
ス（streptomyces）、シアノバクテリア（cyanobacteri
a）、枯草菌（Bacillus subtilis）およびストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ（Streptococcus aureus）のご
とき細菌細胞；酵母、クルベロマイセス（Kluveromyce
s）、サッカロマイセス（Saccharomyces）、担子菌類
（basidiomycete）、カンジダ・アルビカンス（Candida
albicans）およびアスペルギルス（Aspergillus）のご
とき真菌細胞；ドロソフィラ（Drosophila）Ｓ２および
スポドプテラ（Spodoptera）Ｓｆ９細胞のごとき昆虫細
胞；ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、Ｂ
ＨＫ、２９３、ＣＶ−１およびボーウェス（Bowes）メ
ラノーマ細胞のごとき動物細胞；および裸子植物または
被子植物のごとき植物細胞を包含する。

【００４８】本発明のポリペプチド産生のために非常に
多様な発現系を使用することができる。かかるベクター
は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来
ベクター、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオフ
ァージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由
来、挿入因子由来、酵母染色体因子由来、バキュロウイ
ルス、ＳＶ４０のごときパポーバウイルス、ワクシニア
ウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイル
ス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのようなウ
イルス由来のベクター、およびコスミドおよびファージ
ミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺伝
因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに由
来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を制
御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。一
般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅また
は発現し、および／またはポリペプチドを発現するのに
適した系またはベクターを、この点にて発現に使用して
もよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、MO
LECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示さ
れている技術のごとき、種々の周知の慣用的技術のいず
れかによって、発現系に挿入してもよい。

【００４９】真核細胞における組換え発現系において、
翻訳されたタンパク質を、小胞体内腔、周辺腔または細
胞外環境に分泌するために、適当な分泌シグナルを発現
されるポリペプチドに挿入してもよい。これらのシグナ
ルは、ポリペプチドに固有のものであってもよく、また
は異種のシグナルであってもよい。本発明のポリペプチ
ドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽
出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィー、
ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水相互作用ク
ロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィーを包含する、周知の方法に
よって組換え細胞培養物から回収および精製できる。最
も好ましくは、高速液体クロマトグラフィーが精製に使
用される。ポリペプチドが単離および／または精製の間
に変性する場合、タンパク質を再生するための周知方法
を用いて、再び活性な立体配座とすることができる。

【００５０】診断、予後、セロタイピングおよび変異ア
ッセイまた本発明は、診断試薬として使用するための本
発明のｇｉｄＡ１ポリヌクレオチドおよびポリペプチド
の使用にも関する。真核生物、とりわけ哺乳動物、特に
ヒトにおけるｇｉｄＡ１ポリヌクレオチドおよび／また
はポリペプチドの検出は、疾患、疾患の段階または薬剤
に対する感染生物の応答の診断のための診断方法を提供
する。ｇｉｄＡ１遺伝子またはタンパク質を含む生物に
感染するか、または感染している恐れがある真核生物、
とりわけ哺乳動物、特にヒトを、種々の周知の方法なら
びに本明細書記載の方法により核酸レベルまたはアミノ
酸レベルで検出できる。

【００５１】予後、診断または他の分析に供するポリペ
プチドおよびポリヌクレオチドは、感染したと思われる
個体および／または感染個体の身体材料から得られる。
これらの源由来のポリヌクレオチド、特にＤＮＡまたは
ＲＮＡを検出に直接用いてもよく、あるいは分析に付す
前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより
酵素的に増幅できる。ＲＮＡ、詳細にはｍＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡも同じ方法にて使用できる。増
幅を用い、個体に存在する感染または耐性生物の種およ
び株を、生物の選択されたポリヌクレオチドの遺伝子型
の分析により特徴づけすることができる。関連する生
物、好ましくは同じ属の異なる種または同じ種の異なる
株から選択される対照配列の遺伝子型と比較した増幅生
成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出でき
る。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識したｇｉｄＡ１ポ
リヌクレオチド配列にハイブリダイズすることにより同
定できる。完全または有意に対合した配列は、ＤＮＡま
たはＲＮＡに対しそれぞれＤＮａｓｅまたはＲＮａｓｅ
消化により、または融解温度または再生キネティックス
の相違の検出により、不完全なまたはより有意な誤対合
二重らせんと区別できる。ポリヌクレオチド配列の相違
はまた、対照配列と比較して、ゲル中のポリヌクレオチ
ドフラグメントの電気泳動の移動度の変化により検出で
きる。これは、変性剤と共にまたなしで行ってもよい。
ポリヌクレオチドの相違はまた、直接的ＤＮＡまたはＲ
ＮＡの配列決定により検出することもできる。例えば、
Myersら、Science，230: 1242（1985）を参照のこと。
特異的な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ保護
アッセイ、例えば、ＲＮase、Ｖ１およびＳ１保護アッ
セイまたは化学的切断法によっても明らかにすることが
できる。例えば、Cottonら、Proc.Natl.Acad.Sci.,US
A，85:4397-4401（1985）を参照のこと。ヌクレアーゼ
保護アッセイ、例えば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１およびＳ２保
護アッセイまたは化学的開裂法により、特定位置におけ
る配列の変化を明らかにすることができる。例えば、Co
ttonら、 Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 85:4397-4401
(1985)参照。

【００５２】別の具体例において、ｇｉｄＡ１ヌクレオ
チド配列またはそのフラグメントを含むオリゴヌクレオ
チドプローブのアレイを構築して、例えば遺伝学的変
異、セロタイプ、分類学的分類または同定のための効果
的なスクリーニングを行うことができる。アレイ法は周
知であり、適応範囲が広く、遺伝子発現、遺伝学的連
関、および遺伝学的変化を包含する分子遺伝学における
種々の問題を解決するために用いることができる（例え
ば、Chee ら、Science, 274: 610 (1996)参照）。

【００５３】よって、別の態様において、本発明は、 （ａ）本発明のポリヌクレオチド、好ましくは配列番号
１または３のヌクレオチド配列、またはそのフラグメン
ト； （ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相捕的なヌク
レオチド配列； （ｃ）本発明のポリペプチド、好ましくは配列番号２ま
たは４のポリペプチド、またはそのフラグメント；ある
いは （ｄ）本発明のポリペプチドに対する抗体、好ましくは
配列番号２または４のポリペプチドに対する抗体 を含む診断キットに関する。かかるキットにおいて、
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が重要な成分を含
んでいてもよいことが理解されよう。かかるキットは、
とりわけ疾患または疾患に対する感受性についての診断
において有用である。

【００５４】また本発明は、診断試薬としての本発明の
ポリヌクレオチドの使用にも関する。疾患または発病に
関連した本発明のポリヌクレオチド、好ましくは配列番
号１または３のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、
ポリヌクレオチドの発現低下、発現過剰または発現の変
化により生じる疾患の診断、疾患経過の予後、疾患段階
の決定、または疾患に対する感受性の決定に加えて用い
る診断用道具、またはかかる診断等の決定のための道具
を提供するであろう。かかるポリヌクレオチドにおける
変異を有する生物、特に感染生物を、本明細書記載のご
とき種々の方法によりポリヌクレオチドレベルで検出し
てもよい。

【００５５】本発明のヌクレオチド配列は生物の染色体
の同定にも価値がある。配列は特別に標的化され、生物
の染色体（詳細にはストレプトコッカス・ニューモニア
エの染色体）の上の特定の位置とハイブリダイゼーショ
ンしうる。本発明の染色体に関連した配列のマッピング
は、それらの配列を病原性および／または生物の環境学
的位置および／または生物の薬剤耐性、ならびに生物に
対する遺伝子の必須性とを関連づける重要な工程であり
うる。配列を正確な染色体位置にマッピングしたなら
ば、染色体上の配列の物理的位置を遺伝学的地図のデー
タと関連づけることができる。かかるデータは、配列デ
ータベースにおいてオンラインで見いだされる。つい
で、例えば連関分析（物理的に近接した遺伝子の同時遺
伝）または接合などによる交配研究などの既知の遺伝学
的方法により、同じ染色体領域にマッピングされた遺伝
子と疾患との関係を同定する。第1の表現型を保持する
生物および異なる第２の表現型を保持する生物間のポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチド配列における
相違もまた決定することができる。第1の表現型を保持
する生物のいくつかまたは全部において変異が観察され
るが第２の表現型を保持する生物においては観察されな
い場合、その変異は第１の表現型の原因である可能性が
ある。

【００５６】本発明のポリヌクレオチドおよび／または
ポリペプチドに変異または多型性（対立遺伝子変異）を
担持する生物由来の細胞はまた、種々の技術により、Ｄ
ＮＡレベルで、例えばセロタイピングすることにより検
出できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡ中の変
異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出
系、例えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に
好ましい。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた
同じ目的でＰＣＲに用いることができる。一例として、
ｇｉｄＡ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
に相補的なＰＣＲプライマーを用いて変異を同定および
分析することができる。代表的なプライマーの例を以下
の表2に示す。

【００５７】表２ ｇｉｄＡ１ポリヌクレオチドの増幅用のプライマー 配列番号 プライマー配列 ５ 5'-ATGACTTATCATTTTACTGA-3' ６ 5'-TCATTTTGATTTTTGAAGAG-3'

【００５８】本発明はまた、式： Ｘ−（Ｒ₁）_m−（Ｒ₂）−（Ｒ₃）_n−Ｙ ［式中、分子の５’末端においてＸは水素、金属または
修飾ヌクレオチド残基、分子の３’末端においてＹは水
素、金属または修飾ヌクレオチド残基、Ｒ₁およびＲ
₃は、いずれかの核酸残基または修飾核酸残基であり、
ｍは１〜２０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整
数または０であり、Ｒ₂は本発明のプライマー配列、特
に表２より選択されるプライマー配列を意味する］で示
されるプライマーを包含する。上記した式のポリヌクレ
オチド中、Ｒ₂は５’末端ヌクレオチド残基がその左側
でＲ₁に結合し、その３’末端ヌクレオチド残基がその
右側でＲ₃に結合するように方向付けられる。ｍおよび
／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基で表さ
れる核酸残基の伸長鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポ
リマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが表１
のポリヌクレオチドの一領域と相補性であることが好ま
しい。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは
１〜１０の間の整数である。

【００５９】本発明はさらに５’および／または３’末
端から、１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたこれらのプライマーを提供する。特に、これらのプ
ライマーを、個体由来の試料、例えば身体材料から単離
されたｇｉｄＡ１ＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に
用いることができる。プライマーを用いて感染個体から
単離されたポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオ
チド配列研究のための種々の方法に供してもよい。この
ようにして、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、
感染または感染段階もしくは経路について診断および／
または予後を行い、あるいは感染物のセロタイピングお
よび／または分類を行ってもよい。

【００６０】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１（配列番号１
または３）の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベ
ルの上昇を、身体材料などの個体由来のサンプルから決
定することを含む方法を提供する。ｇｉｄＡ１ポリヌク
レオチドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチド
の定量法として当該分野で周知の方法である任意の方
法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保
護、ノーザンブロッティング、分光測定およびその他の
ハイブリダイゼーション法を用いて測定できる。

【００６１】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
ｇｉｄＡ１ポリペプチドの過剰発現を検出するための本
発明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を
検出することができる。身体材料などの宿主由来のサン
プルにおけるｇｉｄＡ１ポリペプチドのレベルを決定す
るために用いることができるアッセイ技法は、当業者に
周知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノア
ッセイ、競合的結合アッセイ、ウェスタンブロット分
析、抗体サンドウィッチアッセイ、抗体検出およびＥＬ
ＩＳＡアッセイを包含する。

【００６２】引き算発現 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、引き
算スクリーニング法の試薬として用いてもよい。多くの
引き算スクリーニングおよび引き算ディスプレイ法が当
該分野に存在し、本発明のポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチドを用いることができる。例えば、引き算ディス
プレイ法は、Chuangら、J. Bacteriol.175:2026-2036
(1993)に記載されている。この方法は、ランダムプラム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦに対合させることが
できる。

【００６３】インビボ発現法（ＩＶＥＴ）はCamilli
ら、Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 91:2634-2638 (199
4)に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物と
の比較を行って、感染において重要な役割を有する、感
染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同定す
る。この方法により同定されるＯＲＦは、感染の確立お
よび／または維持において重要な役割を有すると考えら
れる。この方法において、標的生物のランダムな染色体
フラグメントを、プラスミドベクター中のプロモーター
不含レコンビナーゼ（recombinase）遺伝子の上流にク
ローン化する。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接
した抗生物質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構
築物を導入する。抗生物質存在下での生育により、レコ
ンビナーゼ遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベクタ
ー中にクローン化されたフラグメントが集団から除去さ
れ、それゆえ、抗生物質耐性の消失が起こる。耐性集団
が宿主中に導入され、感染後の様々な時点において細菌
が回収され、抗生物質耐性の存在を評価してもよい。各
抗生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメン
トは感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝
子のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持してい
るはずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定に
よりアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能
となる。

【００６４】ＲＴ−ＰＣＲを用いて遺伝子発現パターン
を分析してもよい。本発明のポリヌクレオチドを用いる
ＲＴ−ＰＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組
織、例えばネズミの感染後４８時間たった肺から単離
し、ついで、ランダムヘキサヌクレオチドでプライムさ
れたＲＮＡ試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プ
ライマー対を用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲＮ
Ａ種の量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量によ
る特定のｍＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織
中で転写される細菌遺伝子についての情報を提供する。
遺伝子転写の分析を感染の異なる時点において行って細
菌による発病における遺伝子調節についての詳細な知識
を得て、いずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニン
グのための標的であるのかを明確に理解することができ
る。使用するＰＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質に
より、細菌ｍＲＮＡ調製物が哺乳動物ＲＮＡを含まない
ものである必要があるとはいえないことが理解されよ
う。このことは、感染組織からの簡単かつ迅速なＲＮＡ
の調製を可能にし、細菌中で非常に短命（半減期２分の
オーダー）な細菌ｍＲＮＡ種を得ることを可能にする。
最適には、非常に短時間のうちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GI
BCO-BRL）存在下で機械的に破砕し、ついで、ＴＲＩｚ
ｏｌｅ試薬およびＤＮＡａｓｅ処理を製造者の指示に従
って行って夾雑ＤＮＡを除去することにより、感染ネズ
ミ肺組織から細菌ｍＲＮＡを調製する。好ましくは、適
当に標識された配列特異的オリゴヌクレオチドプローブ
を用いてノーザンをプローブすることにより検出される
ストレプトコッカス・ニューモニアエの１６Ｓリボソー
ムＲＮＡが最大量となるような条件を見いだすことによ
ってプロセスを最適化する。典型的には、５’色素標識
プライマーをＰＣＲ反応において各ＰＣＲプライマー対
に用い、最適にはＰＣＲ反応を８ないし２５サイクルで
終了する。ＰＣＲ生成物を６％ポリアクリルアミドで分
離し、GeneScanner（ＡＢＩにより製造されている）を
用いて検出し定量する。

【００６５】グリッディングおよびポリヌクレオチド引
き抜き いわゆる「高密度ＤＮＡアレイ」またはグリッドを用い
る遺伝子発現および同定についての情報を得るための方
法が記載されている。例えば、M. Cheeら、Science, 27
4:610-614 (1996)およびそこに引用される他の参考文献
を参照のこと。かかるグリッディングアッセイは、発現
配列タグ（ＥＳＴ）と称される特定の新規な遺伝子配列
を同定するために適用されている(Adamsら、Science, 2
52:1651-1656 (1991))。それらの遺伝子産物に基づいて
特定の遺伝子配列を同定するための様々な方法が記載さ
れている。例えば、１９９１年５月３０日公開の国際特
許出願番号ＷＯ９１／０７０８７参照のこと。加えて、
所望の配列を増幅する方法が記載されている。例えば、
１９９１年１１月１４日公開の国際特許出願番号ＷＯ９
１／１７２７１参照のこと。

【００６６】本発明のポリヌクレオチドをポリヌクレオ
チドアレイ、好ましくは高密度アレイまたはグリッドの
成分として用いてもよい。これらの高密度アレイは、特
に診断および予後の目的に有用である。例えば、それぞ
れ、異なる遺伝子を含み、さらに本発明のポリヌクレオ
チドまたはポリヌクレオチドを含むスポットのセット
を、身体材料から得たまたは身体材料由来のプローブを
用いて、ハイブリダイゼーションまたは核酸増幅に用い
るようなプロ−ビングに用い、個体における特定のポリ
ヌクレオチド配列または関連する配列の存在を調べても
よい。そのような存在は、病原体、とくにストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの存在を示唆してもよく、疾患
もしくは疾患経過の診断および／または予後において有
用であることができる。配列番号１または３のポリヌク
レオチド配列の多数の変種を含むグリッドが好ましい。
配列番号２または４のポリペプチド配列をコードするポ
リヌクレオチド配列の多数の変種もまた好ましい。

【００６７】抗体 本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドまたはそ
れらの変種、あるいはそれらを発現する細胞を、かかる
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対して免疫特異
的な抗体を得るための免疫原として用いることができ
る。本発明の特定の好ましい具体例において、ｇｉｄＡ
１ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対する抗体が
提供される。

【００６８】本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドに対して作成される抗体は、本発明のポリペプチド
および／またはポリペプチド、あるいはいずれかのまた
は両方のエピトープが付いたフラグメント、いずれかの
または両方のアナログ、もしくは、いずれかのまたは両
方を発現している細胞を、好ましくはヒト以外の動物
に、慣用的プロトコールを用いて投与することにより得
ることができる。モノクローナル抗体を調製する場合、
連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する当該
分野にて知られる技術を用いることができる。例えば、
Kohler, G. and Milstein, C., Nature, 256: 495−497
(1975); Kozborら、Immunology Today, 4:72(1983); Co
le ら、pg. 77-96 in MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANC
ER THERAPY, Alan R. Liss, Inc. (1985)に記載される
ような種々の技法が挙げられる。

【００６９】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドに対する一本鎖抗体を得るこ
とができる。また、トランスジェニックマウスまたは他
の哺乳動物などの他の生物を用いて、本発明のポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドに対するヒト化抗体を発現
させることができる。

【００７０】別法として、ファージディスプレイ（phag
e display）技法を利用して、抗‐ｇｉｄＡ１の保持に
関してスクリーニングしたヒトのリンパ球のＰＣＲ増幅
したｖ遺伝子のレパートリー、または無処理のライブラ
リーから、ポリペプチドに対する結合活性を有する抗体
遺伝子を選択してもよい（McCafferty, Ｊ.ら、Nature
348, 552-554（1990）; Marks, J.ら、Biotechnology 1
0, 779-783(1992)）。これらの抗体の親和性は、例えば
チェインシャフリング（chain shuffling）により改善
することもできる（Clackson ら、(1991) Nature 352:
628）。

【００７１】前記の抗体を用いて本発明のポリペプチド
またはポリヌクレオチドを発現するクローンを単離また
は同定することができ、例えば、アフィニティークロマ
トグラフィーにより該ポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドを精製することができる。したがって、とりわけ、
ｇｉｄＡ１ポリペプチドまたはｇｉｄＡ１ポリヌクレオ
チドに対する抗体を用いて、感染、とりわけ細菌感染を
治療することができる。

【００７２】ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。抗原的または免疫学的に等価な誘
導体、またはポリペプチドの融合タンパク質などの本発
明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、マウスま
たは他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用される。融合タンパク質はポリ
ペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合に
より、免疫原性キャリヤタンパク質、例えばウシ血清ア
ルブミン、キーホール・リムペット・ヘモシアニン(key
hole limpet haemocyanin)または破傷風トキソイドに結
合させてもよい。別法として、ポリペプチド、またはそ
の抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペプチドの多重
コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫原性を改良す
るのに十分な抗原性を有しており、キャリヤを使用しな
くてすむ。

【００７３】好ましくは、抗体またはその変種を修飾し
て個体における免疫原性を減少させる。例えば、個体が
ヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」され
ており、例えばJones ら、(1986), Nature 321, 522-52
5 または Tempest ら、(1991) Biotechnology 9, 266-2
73に記載されてように、ハイブリドーマ由来の抗体の相
補性決定領域または複数の領域がヒトモノクローナル抗
体に移植されている。本発明の一の態様によれば、治療
または予防目的、詳細には遺伝学的免疫化のための本発
明のポリヌクレオチドの使用が提供される。本発明の特
に好ましい具体例には、ｇｉｄＡ１ポリヌクレオチドの
自然発生対立遺伝子変種およびそれによりコードされる
ポリペプチドがある。

【００７４】本発明のポリヌクレオチドの遺伝学的免疫
における使用には、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋
肉への直接注射（Wolff et al., Hum Mol Genet (1992)
1:363, Manthorpe et al., Hum. Gene Ther. (1983)
4: 419）、特異的タンパク質キャリヤを複合させたＤＮ
Ａの送達 (Wu et al., J Biol Chem. (1989) 264: 1698
5)、リン酸カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty
& Reshef, PNAS USA,(1986) 83: 9551)、種々の形態の
リポソーム中へのＤＮＡ封入（Kaneda et al., Science
(1989) 243: 375）、微粒子爆撃（Tang et al., Natur
e (1992) 356:152, Eisenbraun et al., DNA Cell Biol
(1993) 12: 791）およびクローン化レトロウイルスベ
クターを用いたインビボ感染（Seeger et al., PNAS US
A (1984)81: 5849）などの適当な送達方法を用いる。

【００７５】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 さらに、本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチド
を用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブ
ラリー、および天然産物の混合物中の、小分子基質とリ
ガンドとの結合を評価することもできる。これらの基質
およびリガンドは天然の基質およびリガンドでよく、ま
たは構造上もしくは機能上の模倣物でもよい。例えば、
Coliganら、Current Protocols in Immunology 1(2)：C
hapter 5(1991)を参照のこと。

【００７６】本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドは、多くの疾患状態、詳細には上記疾患を包含する
多くの生物学的機能の原因である。それゆえ、ポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドの機能を刺激または阻害す
る化合物を同定するためのスクリーニング法を工夫する
ことが所望される。したがって、さらなる態様におい
て、本発明は、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレ
オチドならびに関連するポリペプチドおよびポリヌクレ
オチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定するた
めのスクリーニング方法を提供する。一般的には、アゴ
ニストまたはアンタゴニストを上記疾患の治療および予
防のために用いてもよい。種々の源、例えば、細胞、無
細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物の混合物
から化合物を同定できる。そのようにして同定されたか
かるアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤は、場合
によってはｇｉｄＡ１ポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドの天然または修飾基質、リガンド、レセプター、酵
素等であってもよく、あるいはそれらの構造的または機
能的模倣物であってもよい（Coliganら、Current Proto
cols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1991)参照）。

【００７７】スクリーニング法は、簡単には、候補化合
物のポリペプチドまたはポリヌクレオチドへの、あるい
はポリペプチドまたはポリヌクレオチドを有する細胞ま
たは膜への、あるいはポリペプチドの融合タンパク質へ
の結合を、直接的または間接的に候補化合物に結合した
標識により測定するものであってもよい。別法として、
スクリーニング法は標識競合物質との競合を用いるもの
であってもよい。さらに、これらのスクリーニング法
は、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含む細胞に
適した検出系を用いて、ポリペプチドまたはポリヌクレ
オチドの活性化または阻害により生じるシグナルを化合
物が発生させるかどうかを試験するものであってもよ
い。一般的には、既知アゴニスト存在下で活性化の阻害
剤をアッセイし、候補化合物存在下でのアゴニストによ
る活性化の効果を観察する。本質的に活性なポリペプチ
ドおよび／または本質的に発現されるポリペプチドおよ
びポリヌクレオチドを、アゴニストまたは阻害剤の不存
在下で候補化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドの活性化を阻害するかどうかを試験することにより、
逆のアゴニストまたは阻害剤のスクリーニング法に用い
てもよい。さらに、スクリーニング法は、簡単には、候
補化合物を本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドを含有する溶液と混合して混合物を作成し、混合物中
のｇｉｄＡ１ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド活性を測定し、ついで、標準に対する混合物中のｇ
ｉｄＡ１ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
活性を比較する工程を含んでもよい。Ｆｃ部分および上
記ｇｉｄＡ１ポリペプチドから作成されるような融合タ
ンパク質を用いて、高処理量アッセイを行い、本発明の
ポリペプチドならびに系統分類的および／または機能的
に関連したポリペプチドのアンタゴニストを同定するこ
ともできる（D.Bennettら、J. Mol. Recognition, 8:52
-58 (1955);およびK.Johansonら、 J. Biol. Chem., 27
0(16):9549-9471 (1955)参照）。

【００７８】本発明のポリペプチドと結合および／また
は相互作用するポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび
抗体を用いて、細胞中のｍＲＮＡおよび／またはポリペ
プチドの生成に対する添加化合物の影響を検出するため
のスクリーニング方法を組み立ててもよい。例えば、Ｅ
ＬＩＳＡアッセイを構築して、ポリペプチドの分泌また
は細胞結合レベルを、モノクローナルおよびポリクロー
ナル抗体を用いて、当該分野において標準的な方法によ
り測定してもよい。これを用いて、適当に操作された細
胞または組織からのポリペプチドの生成を阻害または増
強しうる作用剤（それぞれ、アンタゴニストまたはアゴ
ニストと呼ばれる）を見いだすことができる。

【００７９】本発明はまた、ｇｉｄＡ１ポリペプチドま
たはポリヌクレオチドの作用を亢進（アゴニスト）また
は遮断（アンタゴニスト）する化合物、特に静菌および
／または殺菌性である化合物を同定するための化合物の
スクリーニング方法を提供する。スクリーニング方法に
は高処理量（high−throughput）技術が包含される。例
えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニン
グするために、ｇｉｄＡ１ポリペプチドおよびかかるポ
リペプチドの標識基質またはリガンドを含んでなる合成
反応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のご
とき細胞コンパートメント、またはそれらのいずれかの
調製物を、ｇｉｄＡ１アゴニストまたはアンタゴニスト
であるかもしれない候補分子の存在下または不在下でイ
ンキュベートする。候補分子がｇｉｄＡ１ポリペプチド
に作動または拮抗する能力は、標識リガンドの結合の低
下またはかかる基質からの生成物の生成低下に反映され
る。結合しても影響を及ぼさない分子、すなわちｇｉｄ
Ａ１ポリペプチドの効果を誘起しない分子は、ほとんど
の場合、良好なアンタゴニストであろう。よく結合し、
基質からの生成物の生成速度を高め、シグナルトランス
ダクションを増加し、または化学的チャンネル活性を増
加させる分子はアゴニストである。基質からの生成物の
生成、シグナルトランスダクション、または化学的チャ
ンネル活性の速度またはレベルの検出はリポーターシス
テムを用いることにより増強できる。この点に関して有
用なリポーターシステムは、生成物に転換される比色標
識基質、ｇｉｄＡ１ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド活性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該
分野で公知の結合アッセイを包含するが、これらに限定
するものではない。

【００８０】本発明のポリペプチドを用い、当該分野に
おいて公知の標準的なレセプター結合法により、膜結合
または可溶性レセプターを同定してもよい。これらの方
法は、リガンド結合およびクロスリンキングアッセイを
包含するが、これらに限らない。これらの方法におい
て、ポリペプチドは放射活性標識（例えば¹²⁵Ｉ）さ
れ、化学修飾（例えばビオチニル化）され、または検出
および精製に適したペプチド配列に融合され、推定上の
レセプター源（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽
出物、身体材料）とともにインキュベーションされる。
他の方法は表面プラスモン共鳴および分光学的法を包含
する。これらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプ
チドのそのレセプターへの結合と競合するポリペプチド
のアゴニストおよびアンタゴニストを同定してもよい。
かかるアッセイを行うための標準的方法は当該分野にお
いて周知である。

【００８１】蛍光−タグ化分子の蛍光分極値は、回転相
関時間またはタンブリング速度に依存する。他のｇｉｄ
Ａ１ポリペプチドまたは他のポリペプチドと結合したｇ
ｉｄＡ１ポリペプチドにより形成し、蛍光的に標識化さ
れた分子を含むように標識化されたタンパク質複合体
は、蛍光的に標識化されたモノマータンパク質よりも高
い分極値を有するであろう。この方法を用いてポリペプ
チド複合体を破壊する小分子の解析を行うことが好まし
い。蛍光エネルギー移動を、ｇｉｄＡ１ポリペプチド二
量体、三量体、四量体またはより高い種類の構造、また
は他のポリペプチドに結合したｇｉｄＡ１ポリペプチド
により形成される構造の形成を阻害する、小分子の解析
に用いてもよい。ｇｉｄＡ１ポリペプチドをドナーおよ
びアクセプター発蛍光団の両方で標識化できる。２つの
標識化種を混合し、ドナー発蛍光団が励起されると、蛍
光エネルギー移動をアクセプターの蛍光の観察により検
出できる。二量化を遮断する化合物は、蛍光エネルギー
移動を阻害するだろう。

【００８２】表面プラスモン共鳴をｇｉｄＡ１ポリペプ
チドの自己結合ならびにｇｉｄＡ１ポリペプチドおよび
他のポリペプチドまたは小分子の結合における小分子の
作用を追跡するのに用いることができる。ｇｉｄＡ１ポ
リペプチドを、共有的に結合した分子が一量体であるよ
うに低部位密度でセンサーチップに結合させることがで
きる。ついで、溶液タンパク質をｇｉｄＡ１被覆表面上
に通し、特異的結合を局所屈折率の変化により引き起こ
される共鳴角度における変化を追跡することによりリア
ルタイムで検出することができる。この方法をｇｉｄＡ
１ポリペプチド自己結合ならびにｇｉｄＡ１ポリペプチ
ドおよび他のポリペプチドまたは小分子の結合の運動速
度および平衡結合定数における小分子の作用を解析する
のに用いることができる。

【００８３】シンチレーション近接アッセイをｇｉｄＡ
１ポリペプチドと他のｇｉｄＡ１または異なるポリペプ
チドとの結合間の相互作用を解析するのに用いてもよ
い。ｇｉｄＡ１ポリペプチドをシンチレーション充填ビ
ーズと結合させることができる。放射性標識ｇｉｄＡ１
ポリペプチドの添加の結果として、放射活性源分子がシ
ンチレーション流体にきわめて近接している場合、結合
を生じる。それゆえ、ｇｉｄＡ１ポリペプチド結合時に
シグナルが発生し、ｇｉｄＡ１ポリペプチド自己結合ま
たはｇｉｄＡ１ポリペプチドおよび他のポリペプチドま
たは小分子の結合を妨げる化合物は、シグナルを減少さ
せるであろう。ＩＣＳバイオセンサーについて、ＡＭＢ
ＲＩ（Australian Membrane Biotechnology Research I
nstitute）により記載されている。これらは、懸濁膜二
重層中で、マクロ分子の自己結合をグラマシジン−促進
イオンチャンネルの閉鎖と関連付け、それゆえバイオセ
ンサーのアドミッタンス（インピーダンスと類似する）
における測定可能な変化と結合させる。この方法は、６
０年間のアドミッタンス変化において直線的であり、小
分子組み合わせライブラリーの大容量、高処理スクリー
ニングに理想的に適している。

【００８４】本発明の他の具体例において、本発明のポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと結合ある
いは相互作用して、その活性または発現を阻害または活
性化する化合物を同定する方法であって、ポリペプチド
および／またはポリヌクレオチドへの結合、あるいはポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物と
の他の相互作用を可能にする条件下で、本発明のポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドをスクリーニン
グすべき化合物と接触させて、アゴニストとの結合ある
いは他の相互作用を評価し（該方法において、好ましく
は、かかる結合または相互作用はポリペプチドおよび／
またはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互
作用に応答した検出可能シグナルを提供しうる第２の成
分に関連したものである）、ついで、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは
相互作用から生じるシグナルの存在または不存在を検出
することにより、化合物がポリペプチドおよび／または
ポリヌクレオチドと結合あるいは相互作用し、その活性
または発現を活性化または阻害するかどうかを決定する
方法が提供される。

【００８５】ｇｉｄＡ１アゴニストのアッセイの別の例
は、競合阻害アッセイに適した条件下で、ｇｉｄＡ１お
よび潜在的なアンタゴニストを、ｇｉｄＡ１結合分子、
組換えｇｉｄＡ１結合分子、天然基質もしくはリガン
ド、または基質もしくはリガンド模倣物と混合する、競
合アッセイである。ｇｉｄＡ１を例えば放射活性または
比色化合物により標識し、結合分子に結合した、あるい
は生成物に変換したｇｉｄＡ１分子の数を正確に決定し
て、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。

【００８６】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチドと結合し、そ
れによりその活性または発現を阻害または消滅させる小
型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を包含
する。潜在的アンタゴニストはまた、ｇｉｄＡ１誘発活
性を誘導しない結合分子のような、結合分子の同一部位
に結合し、ｇｉｄＡ１ポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチドを結合より排除することによりｇｉｄＡ１
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの作用ま
たは発現を妨げる、密接に関連したタンパク質または抗
体のような小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであ
ってもよい。

【００８７】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合してその部位を占領し、それにより細
胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性
を防御する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型
有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含するが、こ
れらに限定するものではない。その他の潜在的なアンタ
ゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子
についての記載に関しては、Okano, J., Neurochem. 5
6:560(1991); OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE IN
HIBTORS OF GENE EXPRESSION, CRC Press, Boca Raton,
FL (1988)を参照のこと）。好ましい潜在的アンタゴニ
ストは、ｇｉｄＡ１に関連する化合物およびその変種を
包含する。潜在的なポリペプチドアンタゴニストの他の
例は抗体を包含し、あるいはいくつかの場合には、ポリ
ペプチドのリガンド、基質、レセプター、酵素等に密接
に関連したオリゴヌクレオチドまたはタンパク質、ある
いはリガンド、基質、レセプター、酵素等のフラグメン
ト、あるいは本発明のポリペプチドに結合するが応答を
誘発せず、その結果ポリペプチドの活性を阻害すること
となる小型分子を包含する。

【００８８】本発明のポリペプチドのあるものは、天然
のｇｉｄＡ１ポリペプチドの生物模倣物、機能的模倣物
である。これらの機能的模倣物を、とりわけ、ｇｉｄＡ
１ポリペプチドの活性を拮抗するために、または、本明
細書のほかの場所で記載されるように抗原または免疫原
として用いてもよい。本発明のポリペプチドの機能的模
倣物には、末端切断ポリペプチドが包含されるがこれに
限定されるものではない。例えば、好ましい機能的模倣
物には、２０、３０、４０、５０、６０、７０または８
０個のアミノまたはカルボキシ末端アミノ酸残基が欠失
した配列番号２に示されるポリペプチド配列を含むポリ
ペプチドが包含され、これらの末端切断配列の一つまた
はそれ以上を含む融合タンパク質も包含される。これら
の機能的模倣物のそれぞれをコードするポリヌクレオチ
ドを発現カセットとして用い、それぞれの模倣ポリペプ
チドを発現させてもよい。これらのカセットが５’およ
び３’制限部位を含み、所望の場合にカッセットを一緒
にして連結するための簡便な手段となることが好まし
い。これらのカセットが当該分野にて既知のまたは本明
細書のほかの場所で記載される遺伝子発現シグナルを含
むことがさらに好ましい。

【００８９】かくして、他の態様において、本発明は、
本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
に関するアゴニスト、アンタゴニスト、リガンド、レセ
プター、基質、酵素等；あるいはかかるポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドの生成を減少または増強
する化合物を同定するためのスクリーニングキットであ
って： （ａ）本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチド； （ｂ）本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドを発現する組み換え細胞； （ｃ）本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドを発現する細胞膜；または （ｄ）本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドに対する抗体 を含むものであり、好ましくは該ポリペプチドは配列番
号２のものであり、好ましくは該ポリヌクレオチドは配
列番号１のものである、キットに関する。かかるキット
において、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は重要
成分を含有していてもよいことが理解されよう。

【００９０】本発明のポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチドを、ポリペプチドおよび／またはポリヌク
レオチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の
構造に基づく設計方法に用いてもよいことが、当業者に
理解されよう。該方法は： （ａ）最初にポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド、またはそれらの複合体の３次元構造を決定し、
（ｂ）アゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の反応
部位、結合部位またはモチーフである可能性のある部位
の３次元構造を推定し、（ｃ）推定された反応部位、結
合部位および／またはモチーフと結合または反応すると
予想される候補化合物を合成し、ついで（ｄ）候補化合
物が実際にアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤で
あるかどうかを試験することを含む。これが通常、繰り
返しプロセスであり、自動およびコンピューター制御工
程を用いてこの繰り返しプロセスを行ってもよいこと
が、さらに理解されよう。

【００９１】さらなる態様において、本発明は、例えば
ｇｉｄＡ１ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドの過剰発現、発現不足、上昇した活性、または低下し
た活性に関連した疾患のごとき異常な状態の治療方法を
提供する。ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドの発現および／または活性が過剰な場合、いくつかの
方法を用いることができる。１の方法は、ポリペプチド
および／またはポリヌクレオチドの機能および／または
発現を阻害（例えば、リガンド、基質、レセプター、酵
素等の結合をブロックすることにより、あるいはセカン
ドシグナルを阻害することにより）するに有効な量の上
記阻害化合物（アンタゴニスト）を医薬上許容される担
体とともに個体に投与し、そのことにより異常なな症状
を改善することを含む。もう１つの方法において、やは
り内在性ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
と競争してリガンド、基質、酵素、レセプター等に結合
することができる可溶性形態のポリペプチドを投与して
もよい。かかる競合物質の典型例はｇｉｄＡ１ポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチドのフラグメントを
含む。

【００９２】さらなる態様において、本発明は、本発明
のポリペプチドまたはそのフラグメントおよび種々のサ
ブクラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グ
ロブリンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含
んでなる、遺伝子工学により得られる可溶性融合タンパ
ク質に関する。好ましい免疫グロブリンはヒトＩｇＧ
（特にＩｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒン
ジ領域で起こる。特定の具体例において、血液凝固因子
Ｘａを用いて開裂できる開裂配列を導入することにより
Ｆｃ部分を簡単に除去することができる。そのうえ、本
発明は、遺伝子工学によるこれらの融合タンパク質の製
造方法、ならびに薬剤スクリーニング、診断および治療
におけるそれらの使用に関する。本発明のさらなる態様
はかかる融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド
にも関する。融合タンパク質法の例は国際特許出願ＷＯ
９４／２９４５８およびＷＯ９４／２２９１４に見いだ
される。

【００９３】さらに別のアプローチにおいて、発現ブロ
ッキング法を用いて内在性ｇｉｄＡ１ポリペプチドをコ
ードしている遺伝子の発現を阻害することができる。こ
のブロッキングは遺伝子発現のいずれの工程を標的とし
てもよいが、好ましくは、転写および／または翻訳を標
的とする。この種の既知方法の例は、体内で生じるかま
たは別個に投与されるアンチセンス配列の使用を包含す
る（例えば、O'Connor, J Neurochem (1991) 56:560 in
Oligodeoxynucleotides as Antisense Inhibitors of
Gene Expression, CRC Press, Boca Raton, FL (1988)
参照）。別法として、遺伝子とともに三重らせんを形成
するオリゴヌクレオチドを提供してもよい（例えば、Le
eら、Nucleic Acids Res(1979)6: 3073; Cooneyら、Sci
ence(1988)241: 456; Dervanら、Science(1991)251: 13
60参照）。これらのオリゴマーはそれ自体投与すること
ができ、あるいは重要部分のオリゴマーをインビボで発
現させることもできる。

【００９４】本明細書で得られるポリヌクレオチド配列
は、各々、抗菌化合物の発見および開発に用いることが
できる。コードされたタンパク質は、発現されると、抗
菌薬物をスクリーニングするための標的として用いるこ
とができる。加えて、コードされたタンパク質のアミノ
末端領域をコードするポリヌクレオチド配列あるいはシ
ャイン・ダルガーノまたは他の個々のｍＲＮＡの翻訳容
易化配列を用いて、目的とするコーディング配列の発現
を調節するアンチセンス配列を構築することができる。

【００９５】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病原体または複数の病原体および真核生物、特に哺乳動
物宿主間の最初の身体的相互作用を妨害するための、本
発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド、アゴニストま
たはアンタゴニストの使用を提供する。特に本発明の分
子は；細菌、特にグラム陽性菌および／またはグラム陰
性菌が内在装置上の真核生物、特に哺乳動物細胞外マト
リックスタンパク質、または創傷部の細胞外マトリック
スタンパク質に付着することを防御するのに；真核生
物、特に哺乳動物細胞外マトリックスタンパク質と組織
損傷を媒介する細菌性ｇｉｄＡ１タンパク質との間の細
菌付着を遮断するためにおよび／または；内在装置の埋
め込みまたは他の外科的手技以外により開始した感染に
おける病因の通常の進行を遮断するために使用すること
ができる。

【００９６】本発明のさらに別の態様によれば、ｇｉｄ
Ａ１のアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは静
菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提
供される。本発明のアンタゴニストおよびアゴニストを
用いて、例えば、疾患を阻害しおよび／または治療する
ことができる。ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacte
r pylori）（本明細書中、「エイチ・ピロリ（H. pylor
i）」という）菌は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している
世界中の人々の３分の１以上の胃に感染している（国際
癌研究機関（International Agency for Research on C
ancer）（1994）Schistomoses, Liver Flukes and Heli
cobacter Pylori（International Agency for Research
on Cancer，Lyon，France；http：／／www．uicc．ch
／ecp／ecp2904．htm））。さらに、この国際癌研究機
関は、最近になって、エイチ・ピロリと胃腺癌の間の因
果関係を認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌
物質と分類した。本発明により提供されるスクリーン法
を用いて見出された本発明の好ましい抗菌化合物（ｇｉ
ｄＡ１ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの
アゴニストおよびアンタゴニスト）、特に広域スペクト
ルの抗生物質は、エイチ・ピロリ感染の治療にて有用で
ある。このような治療はエイチ・ピロリ誘発性癌、例え
ば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はまた胃潰瘍
および胃炎も防御し、阻害しおよび／または治癒する。

【００９７】ワクチン 生成物、組成物、ならびにｇｉｄＡ１発現の評価、疾患
の治療、遺伝学的変異のアッセイ、および細菌、特にス
トレプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対する免疫学
的応答を惹起させるためのｇｉｄＡ１ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドの生物への投与方法が本発
明により提供される。

【００９８】本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物
における免疫学的応答を誘発する方法であって、抗体お
よび／またはＴ細胞免疫応答を生成するのに適当なｇｉ
ｄＡ１ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド、
またはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種し、
該個体を感染、特に細菌感染、最も好ましくはストレプ
トコッカス・ニューモニアエ感染から防御することを含
む方法に関する。さらに、そのような免疫学的応答によ
る細菌複製を遅らせる方法も提供する。本発明のさらに
もう一つ別の態様は、個体における免疫学的応答を誘発
する方法であって、インビボでｇｉｄＡ１ポリヌクレオ
チドおよび／またはポリペプチドまたはそのフラグメン
トまたは変種を発現するために、該ｇｉｄＡ１ポリヌク
レオチドおよび／またはポリヌクレオチドまたはそのフ
ラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベクター、
核酸またはリボザイムを該個体に送達し、例えば、サイ
トカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体
および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるように免疫
学的応答を誘発し、該個体にて疾患が既に確立されてい
るか、否かにかかわらず該個体、好ましくはヒトを疾患
から保護することを含む方法に関する。遺伝子を投与す
る一例は、粒子等上のコーティングとして遺伝子を所望
の細胞中に加速して投与することによるものである。こ
のような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、リボザイム、
修飾核酸、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−タン
パク質複合体またはＲＮＡ−タンパク質複合体からなっ
ていてもよい。

【００９９】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有する個体、好ましくはヒトに
導入されると、その個体においてｇｉｄＡ１ポリヌクレ
オチドおよび／またはそれからコードされるポリペプチ
ドに対する免疫学的応答を誘発する免疫学的組成物であ
って、組換えｇｉｄＡ１ポリヌクレオチドおよび／また
はそれによりコードされるポリペプチドを含み、さらに
／あるいは該ｇｉｄＡ１ポリヌクレオチド、それにより
コードされるポリペプチド、または本発明の他のポリペ
プチドの抗原をコードし、発現するＤＮＡおよび／また
はＲＮＡを含む組成物に関する。免疫学的応答は、治療
的および予防的に使用でき、抗体免疫および／またはＣ
ＴＬもしくはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるような細胞免疫
の形態であってもよい。

【０１００】ｇｉｄＡ１ポリペプチドまたはそのフラグ
メントは、それ自体抗体を産生するかまたはしなくても
よいが、第一タンパク質を安定化でき、免疫原性および
／または免疫原性特性、好ましくは保護特性を有するで
あろう融合または修飾タンパク質を産生できる共存タン
パク質（co−Protein）または化学的模倣物と融合させ
ることができる。このような融合組換えタンパク質は、
好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフルエンザ
（Hemophilus influenzae）からのリポプロテインＤ、
グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）また
はベータガラクトシダーゼなどの抗原性共存タンパク
質、または、タンパク質を可溶化し、その産生および精
製を容易にするような比較的大きい他の共存タンパク質
を含む。さらに、共存タンパク質は、タンパク質を受け
取る生物の免疫系の汎化した刺激を与える上で、アジュ
バントとして作用してもよい。補タンパク質は第一タン
パク質のアミノまたはカルボキシ末端のいずれかに結合
してもよい。本発明は、本発明のポリペプチドおよび／
またはポリヌクレオチドおよび、Sato，Y.ら，Scienc
e，273: 352(1996)に記載されるような免疫刺激ＤＮＡ
配列を含む組成物、特にワクチン組成物および方法を提
供する。

【０１０１】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染の動物モデルにおけるそのような遺伝
的免疫実験において使用したポリヌクレオチド構築物中
で細菌細胞表面タンパク質の非可変領域をコードするこ
とが明らかにされた記載のポリヌクレオチドまたはその
特定のフラグメントを使用する方法も提供する。そのよ
うな実験は、予防的または治療的免疫応答を起こさせる
ことのできるタンパク質エピトープの同定に特に有用で
ある。この方法により、哺乳動物、とりわけヒトにおけ
る細菌感染、特にストレプトコッカス・ニューモニアエ
感染の予防剤または治療剤の開発のために、動物の必要
な器官から感染の抵抗または除去に特に有用なモノクロ
ーナル抗体を産生させることができる。

【０１０２】本発明のポリペプチドを宿主を免疫化する
ための抗原として用い、例えば、損傷組織への細菌の付
着を遮断することにより、細菌の侵入に対して保護する
特異的抗体を生じさせることができる。組織損傷の例と
しては、例えば、機械的、化学的または熱的損傷によ
る、または内在装置の埋め込みによる皮膚や結合組織の
傷、あるいは口、咽喉、乳腺、尿道または膣のような粘
膜における傷が挙げられる。

【０１０３】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、および、
医薬上許容される担体などの適当な担体を含むワクチン
処方も包含する。ポリペプチドおよびポリヌクレオチド
は胃で破壊されうるので、それぞれ非経口的投与（例え
ば、皮下、筋肉内、静脈内、皮内等の投与を包含する）
が望ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸化剤、緩
衝剤、静菌性化合物、およびその処方を個体の体液、好
ましくは血液と等張にする溶質を含有してもよい、水性
および非水性滅菌注射溶液；懸濁化剤または増粘剤を含
有してもよい、水性および非水性滅菌懸濁液を包含す
る。処方は、単位投与または複数投与用容器、例えば、
密封されたアンプルおよびバイアルにて提供され、使用
直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥状態
で貯蔵することができる。ワクチン処方はまた、水中油
系のごとき処方の免疫原性を高めるアジュバント系およ
び当該分野において知られている他の系を有してもよ
い。投与量はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験操
作によって容易に決定できる。本発明をある種のｇｉｄ
Ａ１ポリペプチドおよびポリヌクレオチドについて記載
したが、この記載は天然のポリペプチドおよびポリヌク
レオチドのフラグメントおよび組換えポリペプチドまた
はポリヌクレオチドの免疫原特性を実質的に変化させな
い付加、欠失または置換を有する同様なタンパク質も包
含することが理解されるであろう。

【０１０４】組成物、キットおよび投与 本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生
物に投与される、ｇｉｄＡ１ポリヌクレオチドおよび／
またはｇｉｄＡ１ポリペプチドを含む組成物が提供され
る。本発明はまた、本明細書で記載するポリヌクレオチ
ドおよび／またはポリペプチドあるいはそれらのアゴニ
ストまたはアンタゴニストを含む組成物に関する。本発
明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、対象への
投与に適した医薬担体のような細胞、組織または器官用
の未滅菌または滅菌担体または複数の担体と組み合わせ
て使用できる。かかる組成物は、例えば、媒体添加また
は治療上有効量の本発明のポリペプチドおよび／または
ポリヌクレオチドと、医薬上許容される担体または賦形
剤を含む。かかる担体は、限定するものではないが、食
塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロー
ル、エタノールおよびその組み合わせを包含する。処方
は投与方法に適していなければならない。本発明は、さ
らには、上記した本発明の組成物の一またはそれ以上の
成分を充填した、一またはそれ以上の容器を含む診断お
よび医薬用パックおよびキットに関する。

【０１０５】本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
および他の化合物を、単独で、または、治療用化合物な
どの他の化合物と組み合わせて用いてもよい。該医薬組
成物は、例えば、とりわけ、局所、経口、経肛門、経
膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路に
よる投与を含む、いずれかの有効な、都合のよい方法で
投与される。治療および予防において、活性成分は個体
に注射用組成物、例えば、好ましくは等張の滅菌水性分
散液として投与される。

【０１０６】別法として、組成物は、例えば、軟膏、ク
リーム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点耳剤、洗口
剤、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態の局
所用処方とすることができ、適当な通常の添加剤、例え
ば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、軟膏やクリームに
おけるエモリエント等を含むことができる。そのような
局所用処方はまた、適合する通常の担体、例えば、クリ
ームまたは軟膏基剤、ローション用のエタノールまたは
オレイルアルコールも含有することができる。このよう
な担体は、処方の約１〜約９８重量％を構成してもよ
く、より一般的には、処方の約８０重量％までを構成す
る。

【０１０７】さらなる態様において、本発明は、医薬上
許容される担体または賦形剤と組み合わせて、治療上有
効量のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、
例えば可溶性形態の本発明のポリペプチドおよび／また
はポリヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニスト
ペプチドまたは小型分子化合物を含む組成物が提供され
る。かかる担体は、限定するものではないが、食塩水、
緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタ
ノールおよびその組み合わせを包含する。本発明は、さ
らには、上記した本発明の組成物の一またはそれ以上の
成分を充填した、一またはそれ以上の容器を含む医薬用
パックおよびキットに関する。本発明のポリペプチド、
ポリヌクレオチドおよび他の化合物を、単独で、また
は、治療用化合物などの他の化合物と組み合わせて用い
てもよい。組成物を投与経路、例えば、全身投与または
経口投与に適合させる。全身投与の好ましい形態は、注
射、典型的には静脈注射を包含する。皮下、筋肉内また
は腹腔内のごとき他の注射経路を用いることもできる。
全身投与のための別の手段は、胆汁酸塩またはフシジン
酸または他の界面活性剤のごとき浸透剤を用いる経粘膜
または経皮投与を包含する。さらに、本発明のポリペプ
チドまたは他の化合物が腸溶処方またはカプセル処方に
処方されるならば、経口投与も可能である。これらの化
合物の投与は局所および／または局在的なものであって
もよく、膏薬、パスタ、ゲル等の形態であってもよい。

【０１０８】哺乳動物、特にヒトに投与するためには、
活性薬剤の1日用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。

【０１０９】本発明の組成物を注射により投与し、内在
装置の挿入の直前に、関連する細菌に対する全身的効果
を得ることができる。手術後、装置が体内に在る時間、
治療を続けてよい。加えて、組成物を手術用の手術周辺
カバーを広げて、ストレプトコッカス・ニューモニアエ
創傷感染を防御するために用いることができる。多くの
整形外科医は、補綴関節を有するヒトは、菌血症を生じ
得る歯の治療前に抗生物質による予防を考慮すべきと考
えている。後の重い感染は、重篤な合併症となり、時
に、補綴関節の損失および著しい罹病率、致死率を伴
う。したがって、該活性物質を、この状況の予防的抗生
物質の代替品として使用することにまで拡張することが
できる。

【０１１０】前記の治療に加え、本発明の組成物は、一
般に、創傷組織に露出したマトリックスタンパク質に細
菌が付着するのを防ぐための創傷治療薬として使用で
き、歯科治療において抗生物質の予防法に代わって、ま
たはそれと組み合わせて、予防的に使用できる。別法と
して、本発明の組成物は挿入直前に内在装置を浸すのに
使用できる。該活性物質は、好ましくは、傷または内在
装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜１０mg／ｍｌの濃度で
使用できる。

【０１１１】ワクチン組成物は、都合よくは、注射可能
形態である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を
高めることができる。ワクチン化に適当な単位投与量は
抗原０.５〜５マイクログラム／ｋｇであり、かかる用
量を、好ましくは１〜３週間の間隔で１〜３回投与す
る。提示した投与量範囲では、本発明の化合物で、適当
な個体への投与を妨げるような、不利な毒性効果は観察
されない。

【０１１２】配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズム ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、その２次
元および３次元構造を決定し、類似の相同性を有するさ
らなる配列を同定するための貴重な情報源を形成する。
配列をコンピューター読み込み可能媒体に保存し、つい
で、既知の高分子構造プログラムにおいて保存したデー
タを用いて、ＧＣＣのごとき周知の検索ツールを用いて
配列データベースを検索することにより、これらのアプ
ローチを最も容易に簡略化することができる。

【０１１３】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは検索分析に有用なデータベースならびに配列分析
アルゴリズム中の成分として有用である。このセクショ
ンの見出しの「配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズム」、およびこのセクションに関
連した請求項の用語「本発明のポリヌクレオチド」およ
び「本発明のポリヌクレオチド配列」は、本発明のポリ
ヌクレオチドの検出可能な化学的または物理的特性を意
味し、触知可能媒体、好ましくはコンピューター読み込
み可能形態に還元または保存されていてもよいものであ
る。例えば、クロマトグラフィーのスキャンデータまた
はピークのデータ、写真のデータまたはそこから得られ
たスキャンデータ、コールドベース、および質量スペク
トル分析データが挙げられる。データベースおよびアル
ゴリズムという見出しのこのセクションならびにそれに
関連した請求項で用いる用語「本発明のポリペプチド」
および「本発明のポリペプチド配列」は、本発明のポリ
ペプチドの検出可能な化学的または物理的特性を意味
し、触知可能媒体、好ましくはコンピューター読み込み
可能形態に還元または保存されていてもよいものであ
る。例えば、クロマトグラフィーのスキャンデータまた
はピークのデータ、写真のデータまたはそこから得られ
たスキャンデータ、および質量スペクトル分析データが
挙げられる。

【０１１４】本発明は、本発明のポリペプチド配列およ
び／または本発明のポリヌクレオチド配列を保存したコ
ンピューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下
記のメンバーを含む、保存したコンピューター読み込み
可能媒体が提供される：本発明のポリヌクレオチドの配
列を含むポリヌクレオチド；本発明のポリペプチド配列
の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列が本
発明のポリヌクレオチド配列の配列を含むものであるポ
リヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列が
本発明のポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明のポリヌクレオチド配
列の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明のポリペプチド配列の配列を含むポリペプチ
ド配列をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデ
ータセット；本発明のポリヌクレオチド配列の配列を含
むポリヌクレオチド；本発明のポリペプチド配列の配列
を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列が本発明の
ポリヌクレオチド配列の配列を含むものであるポリヌク
レオチド配列のセット；少なくとも１つの配列が本発明
のポリペプチド配列の配列を含むものであるポリペプチ
ド配列のセット；本発明のポリヌクレオチド配列の配列
を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセット；本発
明のポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド配列を
コードしているポリヌクレオチド配列を示すデータセッ
ト。コンピューター読み込み可能媒体は情報またはデー
タを保存するのに用いる材料のいずれの組成物であって
もよく、例えば、市販フロッピーディスク、テープ、チ
ップ、ハードドライブ、コンパクトディスク、およびビ
デオディスクを包含する。

【０１１５】本発明により、特徴配列または鎖、詳細に
は遺伝学的配列またはコードされた遺伝学的配列の分析
方法が提供される。配列分析のための好ましい方法は、
例えば、同一性および類似性の分析のごとき配列相同性
分析、ＲＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディ
スティック（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読
み枠決定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基
トリミング、および配列決定クロマトグラムピーク分析
の方法を包含する。コンピューターによる方法は相同性
の同定を行うために提供される。この方法は、本発明の
ポリヌクレオチド配列を含む第一のポリヌクレオチド配
列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し；つい
で、該第一のポリヌクレオチド配列を少なくとも１つの
第二のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較
して相同性を同定する工程を含む。

【０１１６】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うためにも提供され、該方法は：本発明のポリペプ
チド配列を含む第一のポリペプチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し；ついで、該第一のポリ
ペプチド配列を少なくとも１つの第二のポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する
工程を含む。さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は：
本発明のポリヌクレオチドの配列を含む第一のポリヌク
レオチド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提
供し；ついで、該第一のポリヌクレオチド配列と少なく
とも１つの第二のポリヌクレオチド配列またはポリペプ
チド配列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリー
ニングする工程を含む。

【０１１７】さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は：
本発明のポリペプチド配列を含む第一のポリペプチド配
列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し；つい
で、該第一のポリペプチド配列を少なくとも１つの第二
のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列との間の少
なくとも１つの腸副領域をスクリーニングする方法を提
供する。

【０１１８】本発明のもう１つの好ましい具体例におい
て、下記のものからなる群より選択されるメンバーを保
存したコンピューター読み込み可能媒体が提供される：
配列番号１または３の配列を含むポリヌクレオチド；配
列番号２または４の配列を含むポリペプチド；少なくと
も１つの配列が配列番号１または３の配列を含むもので
あるポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの
配列が配列番号２または４の配列を含むものであるポリ
ペプチド配列のセット；配列番号１または３の配列を含
むポリヌクレオチド配列を表すデータセット；配列番号
２または４の配列を含むポリペプチド配列をコードして
いるポリヌクレオチド配列を表すデータセット；配列番
号１または３の配列を含むポリヌクレオチド；配列番号
２または４の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つ
の配列が配列番号１または３の配列を含むものであるポ
リヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列が
配列番号２または４の配列を含むものであるポリペプチ
ド配列のセット；配列番号１または３の配列を含むポリ
ヌクレオチド配列を表すデータセット；配列番号２また
は４の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を表すデータセット。さらなる好ま
しい本発明の具体例は、相同性の同定を行うためのコン
ピューターによる方法を提供し、該方法は、配列番号１
または３の配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュ
ーター読み込み可能媒体中に提供し；ついで、該ポリヌ
クレオチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドま
たはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工程
を含む。

【０１１９】さらなる好ましい本発明の具体例は、相同
性の同定を行うためのコンピューターによる方法を提供
し、該方法は：配列番号２または４の配列を含むポリペ
プチド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し；ついで、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド配列を比較して相同
性を同定する工程を含む。

【０１２０】さらなる好ましい本発明の具体例は、ポリ
ヌクレオチドアッセンブリーのためのコンピューターに
よる方法を提供し、該方法は：配列番号１または３の配
列を含む第一のポリヌクレオチド配列をコンピューター
読み込み可能媒体中に提供し；ついで、該第一のポリヌ
クレオチド配列と第二のポリヌクレオチド配列との間の
少なくとも１つの重複領域をスクリーニングする工程を
含む。本発明のさらなる具体例は、相同性の同定を行う
ためのコンピューターによる方法を提供し、該方法は：
配列番号１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列
をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し；つい
で、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つのポリヌ
クレオチドまたはポリペプチド配列を比較して相同性を
同定する工程を含む。

【０１２１】各々の個々の出版物または文献が参照によ
り本明細書に十分に示されていると個々に示されるよう
に、本明細書で引用した特許および特許出願を包含する
（これに限らない）すべての出版物および文献を、出典
明示によりその内容を本明細書の一部とする。本願が優
先権を主張するいずれの特許出願もまた、出版物および
参考文献について上記したように、出典明示によりその
内容を本明細書の一部とする。

【０１２２】定義 本明細書中で頻繁に使用されるある種の用語をその理解
を容易にするために以下に定義する。本明細書で用いる
「抗体（複数でも可）」は、ポリクローナル抗体および
モノクローナル抗体、キメラ、１本鎖、およびヒト化抗
体、ならびにＦａｂまたは他の免疫グロブリン発現ライ
ブラリーの産物を包含するＦａｂフラグメントを包含す
る。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導体（複数で
も可）」は、特定の抗体により特異的に認識されるポリ
ペプチド、ポリヌクレオチド、またはいずれかの等価物
を包含し、該特定の抗体は、本発明のタンパク質、ポリ
ペプチドまたはポリヌクレオチドに対して生成した場合
に、病原体と哺乳動物宿主との間の身体的相互作用を妨
害するものである。

【０１２３】「二特異的抗体（複数でも可）」とは、少
なくとも２つの抗原結合ドメインを含む抗体を意味し、
各ドメインは異なるエピトープに指向されている。「身
体材料（複数でも可）」とは、個体または個体に感染、
侵入または棲息する生物由来の材料を意味し、骨、血
液、血清、脳脊髄液、精液、唾液、筋肉、軟骨、器官組
織、皮膚、尿、糞便または生検材料のごとき細胞、組織
および排泄物等を包含するがこれに限定するものではな
い。

【０１２４】「疾患（複数でも可）」は、細菌感染によ
り引き起こされる、あるいは細菌感染に関連した疾患を
意味し、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、脳髄
膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および心内膜炎、そして最も詳
細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄液の感染を包含する。

【０１２５】「融合タンパク質（複数でも可）」は、２
種の、しばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラグ
メントによりコードされたタンパク質をいう。一例にお
いて、ＥＰ−Ａ−０４６４には、別のヒトタンパク質ま
たはその一部と一緒になった免疫グロブリン分子の不変
領域の種々の部分を含む融合タンパク質が開示されてい
る。多くの場合、免疫グロブリンのＦｃ領域を融合タン
パク質の一部分として用いることは治療および診断にお
ける使用に有利であり、例えば、改善された薬物動態学
的特性が得られる（例えば、ＥＰ−Ａ−０２３２２６２
参照）。一方、いくつかの用途には、融合タンパク質が
発現、検出および精製された後、Ｆｃ部分を欠失できる
ことが望ましいであろう。「宿主細胞（複数でも可）」
は外来性ポリヌクレオチド配列によってトランスフォー
ムまたはトランスフェクトされた、あるいはトランスフ
ォームまたはトランスフェクト可能な細胞である。

【０１２６】「同一性」は、当該分野で既知であり、配
列の比較で測定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
測定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は限定するものではないが、Computational Molecular
Biology, Lesk, A.M., ed., Oxford University Press,
New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Gen
ome Projects,Smith, D.W., ed., Academic Press, New
York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, P
art I, Griffin, A.M., and Griffin, H.G., eds., Hum
ana Press, New Jersey, 1994; Sequence Analysis in
Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press,
1987; and Sequence Analysis Primer, Gribskov, M.
and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New Yor
k, 1991; and Carillo, H., and Lipman, D., SIAM J.
Applied Math., 48: 1073 (1988)に記載されている方法
を含め、既知の方法により容易に決定することができ
る。同一性を測定する方法は、テストする配列間に最大
の対合を与えるように設計されている。さらに、同一性
を測定する方法は公に入手できるコンピュータ・プログ
ラムに組み込まれている。２つの配列の間の同一性を測
定するコンピュータ・プログラム方法には、限定するも
のではないが、例えば、ＧＣＳプログラムパッケージ
（Devereux,J.ら，Nucleic Acids Research(1984)12
(1): 387）、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮおよびＦＡＳ
ＴＡ（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol. (1990)215: 40
3−410）が包含される。ＢＬＡＳＴ ＸプログラムはＮ
ＣＢＩおよび他の源（BLAST Manual, Altshul, S．ら，
NCBI NLM NIH Bethesda， MD20894; Altschul,S．ら，
J.Mol. Biol., 215: 403−410(1990)）から公に入手で
きる。また、周知のスミス・ウォーターマン（Smith Wa
terman)アルゴリズムを用いて同一性を測定することも
できる。

【０１２７】ポリペプチド配列の比較のためのパラメー
ターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J. Mol Bio
l. 48: 443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc. N
atl. Acad. Sci. USA. 89:10915-10919 (1992)からのBL
OSSUM62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ペプチド比較のためのデフォルトパラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。

【０１２８】ポリヌクレオチド比較のための好ましいパ
ラメーターは下記のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J. Mol Bio
l. 48: 443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ Genetics Computer Group, Madison WI.から「ギャッ
プ」プログラムとして利用できる。上記パラメーターは
核酸比較のためのデフォルトパラメーターである。

【０１２９】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号１
の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有するポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
ド配列を包含し、かかるポリヌクレオチド配列は配列番
号１の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配
列と比較してある程度の数までのヌクレオチドの変化を
有していてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のヌ
クレオチドの欠失、置換（トランジションおよびトラン
スバージョンを包含）または挿入からなる群より選択さ
れ、該変化は対照ヌクレオチド配列の５’または３’末
端の位置あるいはそれらの末端位置の間の位置におい
て、対照配列中のヌクレオチドにおいて個々にまたは散
在して、あるいは対照配列中の１またはそれ以上の連続
した群として生じてもよい。配列番号１中の全ヌクレオ
チド数と個々の同一性パーセント値（１００で割ったも
の）とをかけて、その積を配列番号１中の全ヌクレオチ
ド数から差し引くことによりヌクレオチド変化の数を決
定する。これを下式により説明する： ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ） 式中、ｎ_nはヌクレオチド変化の数であり、ｘ_nは配列番
号１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、５０％なら
０．５０、６０％なら０．６０、７０％なら０．７０、
８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０％なら
０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．９７、
１００％なら１．００であり、・は積の演算子であり、
ｘ_nとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も近い整
数とした後、ｘ_nから差し引く。配列番号２のポリペプ
チドをコードしているポリヌクレオチド配列の変化は、
好ましくはコーディング配列中のナンセンス、ミスセン
スまたはフレームシフト変異を引き起こす可能性があ
り、それゆえ、かかる変化に随伴してポリヌクレオチド
によりコードされているポリペプチドが変化する。

【０１３０】例えば、本発明のポリヌクレオチド配列は
配列番号１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番号
１中の核酸数と個々の同一性パーセント値（１００で割
ったもの）とをかけて、その積を配列番号１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。これを下式により説明する： ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ） 式中、ｎ_nは核酸変化の数であり、ｘ_nは配列番号１中の
全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、８
５％なら０．８５等であり、・は積の演算子であり、ｘ
_nとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も近い整数
とした後、ｘ_nから差し引く。

【０１３１】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも５
０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７または
１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポリ
ペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号２の
対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列と比
較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有していて
もよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸の欠
失、置換（保存的および非保存的置換を包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプチド
配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいはそれ
らの末端位置の間の位置において、対照配列中のアミノ
酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配列中
の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよい。
配列番号２中の全アミノ酸数と同一性パーセント値（１
００で割ったもの）とをかけて、その積を配列番号２中
の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化の
数を決定する。これを下式により説明する： ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ） 式中、ｎ_aはアミノ酸変化数であり、ｘ_aは配列番号２中
の全アミノ酸数であり、ｙは、５０％なら０．５０、６
０％なら０．６０、７０％なら０．７０、８０％なら
０．８０、８５％なら０．８５、９０％なら０．９０、
９５％なら０．９５、９７％なら０．９７、１００％な
ら１．００であり、・は積の演算子であり、ｘ_aとｙと
の整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした
後、ｘ_aから差し引く。

【０１３２】例えば、本発明のポリペプチド配列は配列
番号２の対照配列と同一であってもよく、すなわち、１
００％同一であってもよく、あるいは対照配列と比較し
てある程度の数までのアミノ酸の変化を有していてもよ
い（その場合、同一性％は１００％未満である）。かか
る変化は、少なくとも１個のアミノ酸の欠失、置換（保
存的または非保存的置換を包含）または挿入からなる群
より選択され、該変化は対照ポリペプチド配列のアミノ
またはカルボキシ末端の位置あるいはそれらの末端位置
の間の位置において、対照配列中のアミノ酸において個
々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１またはそ
れ以上の連続した群として生じてもよい。配列番号２中
の全アミノ酸数と個々の同一性パーセント値（１００で
割ったもの）とをかけて、その積を配列番号２中の全ア
ミノ酸数から差し引くことにより同一性％値についての
アミノ酸変化数を決定する。これを下式により説明す
る： ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ） 式中、ｎ_aはアミノ酸変化の数であり、ｘ_aは配列番号２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８５％なら０．８５等であり、ｘ_aとｙとの整数
でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘ_a
から差し引く。

【０１３３】本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導
体（複数でも可）」は、ポリペプチド、ポリヌクレオチ
ド、またはいずれかの等価物を包含し、それらが脊椎動
物において抗体を生成させるために適当な処方中に用い
られた場合に、抗体は病原体と哺乳動物宿主との間の即
時的な身体的相互作用を妨害するように作用する。「免
疫特異的」とは、他の関連ポリペプチドまたはポリヌク
レオチド、特に先行技術のポリペプチドまたはポリヌク
レオチドに対してよりも本発明のポリペプチドまたは本
発明のポリヌクレオチドに対して実質的に大きなアフィ
ニティーを有する抗体の特性を意味する。「個体（複数
でも可）」とは多細胞真核生物を意味し、後生動物類、
哺乳動物、ヤギ類、ウシ類、類人猿、霊長類もよびヒト
を包含するが、これらに限らない。

【０１３４】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去さ
れたあるいは両方されたことを意味する。例えば、生体
に天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は「単離された」ものではないが、その天然状態で共存
する物質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポ
リペプチドは、本明細書で用いる用語としての「単離さ
れた」ものである。さらには、トランスフォーメーショ
ン、遺伝的操作により、またはいずれか他の方法により
生物に導入されているポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、まだ生物内にあり、その生物が生きているまた
は死んでいるとしても、「単離された」ものである。

【０１３５】「生物（複数でも可）」は、（ｉ）Strept
ococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseria、Haemophilus、Actinom
ycetes、Streptomycetes、Nocardia、Enterobacter、Ye
rsinia、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acineto
bacter、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillu
s、Streptobacillus、Listeria、Calymmatobacterium、
Brucella、Bacillus、Clostridium、Treponema、Escher
ichia、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、E
rwinia、Borrelia、Leptospira、Spirillum、Campyloba
cter、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aeromona
s、Rickettsia、Chlamydia、Borrelia および Mycoplas
である属（これらに限らない）のメンバー、ならびにグ
ループＡのStreptococcus、グループＢのStreptococcu
s、グループＣのStreptococcus、グループＤのStreptoc
occus、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pn
eumoniae、Streptococcus pyogenes、Streptococcus ag
alactiae、Streptococcusfaecalis、Streptococcus fae
cium、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、
Neisseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Sta
phylococcus epidermidis、Corynebacterium diptheria
e、Gardnerella vaginalis、Mycobacteriumtuberculosi
s、Mycobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、My
cobacterium leprae、Actinomyctes israelii、Listeri
a monocytogenes、Bordetella pertusis、Bordatella p
arapertusis、Bordetella bronchiseptica、Escherichi
a coli、Shigella dysenteriae、Haemophilus influenz
ae、Haemophilus aegyptius、Haemophilus parainfluen
zae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella t
yphi、Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Pro
teus vulgaris、Yersinia pestis、Kleibsiella pneumo
niae、Serratia marcessens、Serratia liquefaciens、
Vibrio cholera、Shigella dysenterii、Shigella flex
neri、Pseudomonas aeruginosa、Franscisella tularen
sis、Brucella abortis、Bacillus anthracis、Bacillu
s cereus、Clostridium perfringens、Clostridium tet
ani、Clostridium botulinum、Treponema pallidum、Ri
ckettsia rickettsii および Chlamydia trachomitisで
ある種またはグループ（これらに限らない）のメンバー
を包含する原核生物、（ｉｉ）Archaebacter（これに限
らない）を包含する古細菌、および（ｉｉｉ）原生動
物、真菌類、Saccharomyces、KluveromycesまたはCandi
da属（これらに限らない）のメンバー、およびSaccharo
myces cerevisiae、Kluveromyces lactisまたはCandida
albicans種のメンバー（これらに限らない）を包含す
る単細胞または糸状真核生物を意味する。

【０１３６】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、単
鎖および二本鎖ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単
鎖、二本鎖および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単
鎖および二本鎖ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物
であるＲＮＡ、および単鎖またはより典型的には二本鎖
または三本鎖領域または一本鎖および二本鎖領域の混合
物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含有してなるハ
イブリッド分子を包含するが、これに限定されない。加
えて、本明細書にて用いる「ポリヌクレオチド」は、Ｒ
ＮＡまたはＤＮＡ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方
からなる三本鎖領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分
子からのものでも、異なる分子からのものでもよい。該
領域は、これら分子の一またはそれ以上の全てを含んで
もよいが、より典型的には、分子の幾つかの領域のみを
含む。三本螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴ
ヌクレオチドである。本明細書にて用いる場合、「ポリ
ヌクレオチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つま
たはそれ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡま
たはＲＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理
由で修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも該用
語が本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド
（複数でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常
でない塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩
基を有してなるＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示
す）も、その用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレ
オチドである。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになさ
れており、当業者に既知のように多くの有用な目的に使
用されている。本明細書で用いる「ポリヌクレオチド
（複数でも可）」なる語は、ポリヌクレオチドのこのよ
うな化学的、酵素的または代謝的に修飾された形態、な
らびにウイルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑
型細胞などの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学
的形態を包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも
可）」はまた、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも
可）と称される比較的短いポリヌクレオチドも包含す
る。

【０１３７】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含有してなるいずれのペプ
チドまたはタンパク質をもいう。「ポリペプチド（複数
でも可）」は、通常、ペプチド、オリゴペプチドならび
にオリゴマーと称される短い鎖、および一般にタンパク
質と称される長い鎖の両方をいう。ポリペプチドは、遺
伝子コードされている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸
を含有してもよい。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、プロセッシングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自
然の工程、または化学修飾技法のいずれかによって修飾
されたものを包含する。かかる修飾は、基本テキストに
て、およびより詳細な研究論文にて、ならびに膨大な研
究文献にて詳しく記載されており、それらは当業者に周
知である。同じ型の修飾が、所定のポリペプチド中、い
くつかの部位で、同じまたは異なる程度にて存在しても
よいことは明らかであろう。また、所定のポリペプチド
は多くの型の修飾を有していてもよい。修飾は、ペプチ
ド骨格、アミノ酸側鎖、アミノまたはカルボキシル末端
を含め、ポリペプチドのどこででも起こりうる。修飾
は、例えば、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル
化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結
合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結
合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイ
ノシトールの共有結合、交差結合、環化、ジスルフィド
結合形成、脱メチル化、共有交差結合の形成、シスチン
の形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマ
ーカルボキシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル
化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タン
パク質分解的プロセッシング、リン酸化、プレニル化、
ラセミ化、糖鎖形成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸
残基のガンマーカルボキシル化、ヒドロキシル化および
ＡＤＰ−リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニ
ル化などの転移ＲＮＡ媒介のタンパク質へのアミノ酸付
加、およびユビキチネーションを包含する。例えば、PR
OTEINS - STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 2nd E
d., T. E. Creighton, W. H. Freeman and Company, Ne
w York (1993)および Wold, F., Posttranslational Pr
otein Modifications: Perspectives and Prospects, p
gs. 1-12 in POSTTRANSLATIONAL COVALENT MODIFICATIO
N OF PROTEINS, B. C. Johnson, Ed., Academic Press,
New York (1983); Seifterら、Meth. Enzymol. 182:62
6-646 (1990) およびRattanら、Protein Synthesis: Po
sttranslational Modifications and Aging, Ann. N.Y.
Acad. Sci. 663: 48-62 (1992)を参照のこと。ポリペ
プチドは、分枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わな
い環状であってもよい。環状、分枝および分枝環状ポリ
ペプチドは、翻訳後の自然の工程の結果であり、同様に
全く合成的な方法で合成できる。

【０１３８】「組み換え発現系（複数でも可）」は、本
発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造のた
めに宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入またはトラ
ンスフォームされた本発明の発現系またはその部分また
はポリヌクレオチドをいう。「引き算セット」は、少な
くとも一つの本発明のポリヌクレオチドを含む、一つま
たはそれ以上、好ましくは１００以下の、ポリヌクレオ
チドである。

【０１３９】本明細書中で用いる「変種（複数でも
可）」なる用語は、各々、対照標準のポリヌクレオチド
またはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持し
ているポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポ
リヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリ
ヌクレオチドとヌクレオチド配列において異なってい
る。変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準
のポリヌクレオチドによってコードされたポリペプチド
のアミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わっ
ていなくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後記するよ
うに、対照標準の配列によってコードされたポリペプチ
ドにおいて、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切
断をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別
の対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異
なっている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチド
とその変種の配列が全体的に非常に類似しており、多く
の領域においては同一であるように限定される。変種お
よび対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対象標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に既知の他の組換え法によ
って作られてもよい。

【０１４０】

【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な常套的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。

【０１４１】実施例１ 株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 表１（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を有する
ポリヌクレオチドは、イー・コリ中のストレプトコッカ
ス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローンライブラ
リーより得た。重複するストレプトコッカス・ニューモ
ニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローン
からの配列データを用いて、配列番号１の連続したＤＮ
Ａ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、例えば以
下の方法１および２により製造してもよい。全細胞ＤＮ
Ａをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９
３より、標準法に従って単離し、以下に示す二つの方法
のいずれかによりサイズ分画する。

【０１４２】方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａを注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまで
の大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌクレアーゼお
よびＤＮＡポリメラーゼで処理することによって末端切
断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フラグメント
を、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダＺａｐＩＩ
に連結し、標準的方法によりライブラリーをパッケージ
ングし、ついでパッケージングしたライブラリーでイー
・コリを感染させる。ライブラリーを標準方法により増
幅させる。

【０１４３】方法２ 全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素またはその組み合わせで部分的に加水分解し（例
えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５
Ｉ）、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、つい
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅させる。

【０１４４】実施例２ ｇｉｄＡ１解析 感染の間のストレプトコッカス・ニューモニアエ由来の
遺伝子発現の測定 最近になって、感染の間の全体的な遺伝子発現を追跡す
るためのいくつかの新規な方法が記載された(Chuang,
S. et al., (1993); Mahan, M.J. et al., Science 25
9:686-688 (1993); Hensel, M. et al., Science 269:4
00-403 (1995))。これらの新しい方法は、これまでのと
ころグラム陰性病原体感染について示されているが、グ
ラム陽性病原体での感染については示されておらず、こ
れはおそらく、全体的なトランスポゾン突然変異誘発お
よびこれらの生物におけるこれらの方法に必要な適当な
ベクターの開発が大変遅れていること、Chuang, S. et
al.,J. Bacteriol. 175:2026-2036 (1993)により記載さ
れた方法の場合、感染組織由来の哺乳動物ＲＮＡを含ま
ない細菌ＲＮＡの適当な量を単離し、十分に高い特異活
性にまで標識された細菌ＲＮＡを提供することが困難で
あったためであろう。本発明は、新規な方法を適用し、
哺乳類動物宿主の感染の異なる段階における病原体の遺
伝子発現を調べる。本発明方法の使用により、感染の間
に転写される細菌遺伝子、抗細菌治療において有用な阻
害剤の同定が可能となる。かかる遺伝子転写または生じ
たｍＲＮＡのその後の翻訳、もしくは対応する発現タン
パク質の機能の特異的阻害剤は、抗細菌治療において有
用性を有する。

【０１４５】感染の間のストレプトコッカス・ニューモ
ニアエからの遺伝子の発現の測定 ストレプトコッカス・ニューモニアエ＃１００９９３で
の肺感染２４時間のマウスから取り出した肺を効果的に
破壊し、酸フェノールおよび界面活性剤の存在下で処理
して、動物および細菌ＲＮＡの混合物を得る。液体窒素
中ですばやく組織を凍結し、凍結したままで組織試料を
処理することで、細菌ｍＲＮＡの量の変化を最小にす
る。得られる全ＲＮＡはＤＮＡおよびタンパク質（ＲＮ
ＡａｓｅおよびＤＮＡａｓｅを含む）を含まない。長い
転写物で細菌ｍＲＮＡを高収率で得るための破壊および
処理の最適条件についで、得られるｍＲＮＡのｃＤＮＡ
への逆転写および構成的なつ低いコピー数で発現するこ
とが知られている細菌遺伝子のＯＲＦ特異的プライマー
による増幅を行う。この実施例ＩＩ、パートｂの態様
は、公表されたプロトコールの修飾形である(Cheung, e
t al.; Anal Biochem (1994) 222:511-514)。

【０１４６】ａ）マウス気道感染モデルからのストレプ
トコッカス・ニューモニアエ＃０１００９９３で感染し
た肺組織の単離 ストレプトコッカス・ニューモニアエ＃１００９９３を
５％ウシ血液を含むＴＳＡ(Tryptic Soy Agar, BBL)プ
レート上に播き、３７℃において、ＣＯ₂インキュベー
ター中で一晩生育させた。生育した細菌を５ｍｌのリン
酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）に入れ、Ａ₆₀₀を約０．６とし
た（４×１０⁶個／ｍｌ）。マウス（オスＣＢＡ／Ｊ−
１マウス、約２０ｇ）をイソフルランで麻酔し、５０マ
イクロリットルの調製した細菌接種物を鼻腔内滴注によ
り伝達した。動物を回復させ、瀕死の徴候を１日に２回
観察した。感染４８時間後、動物を過量の二酸化炭素に
より安楽死させ、それらの胴体をエタノールついでＲＮ
ＡＺａｐでふき取った。ついで胴体を開け、肺を無菌的
に除去した。肺の各対の半分をクリオバイアル中に置
き、液体窒素中ですばやく凍結させた；他の半分を１ｍ
ｌのＰＢＳ中に組織をホモジナイゼーションした後、細
菌数測定に用いた。

【０１４７】ｂ）感染組織試料からのストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ＃０１００９９３ＲＮＡの単離 凍結組織を即時処理するために、２ｍｌのクリオ−保存
試験管中の感染組織試料を液体窒素保存から取り出す。
微生物学的安全キャビネット中で、試料を一度に８個ま
でに破砕する。組織試料中の細菌を破砕するために、５
０〜１００ｍｇの組織をシリカ／セラミック マトリッ
クス（BIO101）を含むＦａｓｔＲＮＡ試験管に移す。す
ぐに、１ｍｌの抽出試薬（ＦａｓｔＲＮＡ試薬、BIO10
1）を添加し、試料：試薬容積比を約１：２０とする。
試験管を往復シェーカー（FastPrepFP120、BIO101）中
で２０〜１２０秒間５．５〜６のセッティングで振盪さ
せる。粗ＲＮＡ調合品をクロロホルム／イソアミルアル
コールで抽出し、ＤＥＰＣ−処理／イソプロパノール沈
殿溶液（BIO101）で沈殿させる。必要ならば、ＲＮＡ調
合品をこのイソプロパノール溶液中−８０℃で保存す
る。ＲＮＡをペレット化し（１２０００ｇ、１０分
間）、７５％エタノール（ＤＥＰＣ−処理水中ｖ／ｖ）
で洗浄し、５〜１０分間空気乾燥させ、０．１ｍｌのＤ
ＥＰＣ−処理水中に再懸濁する。単離したＲＮＡの品質
をＲＴ−ＰＣＲにより２ｋｂの長さまで細菌転写物を検
出できる能力により評価する（セクションの以下に記
載）。感染組織からの細菌ＲＮＡの単離を示すために、
ＲＮＡの試料を逆転写し、構造的に発現した遺伝子の存
在をＴａｑＭａｎプローブの存在下、定量的ＰＣＲの使
用により検出する（以下に記載するように）。

【０１４８】ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ
（０１００９９３）−由来ＲＮＡからのＤＮＡの除去 最終容積５７マイクロリットルの緩衝液中で１０ユニッ
トのＲＮＡａｓｅ不含−ＤＮＡａｓｅI（GenHunter）で
３７℃で３０分間処理することにより、５０マイクログ
ラムのＲＮＡ試料からＤＮＡを除去した。ＤＮＡａｓｅ
を不活性化し、フェノール：クロロホルム抽出により除
去した。ＲＮＡを５マイクロリットルの３Ｍ ＮａＯＡ
ｃおよび２００マイクロリットルの１００％ＥｔＯＨで
沈殿させ、１２０００ｇで１０分間遠心分離して、ペレ
ット化した。ＲＮＡをペレット化し（１２０００ｇ、１
０分間）、７５％エタノール（ＤＥＰＣ−処理水中ｖ／
ｖ）で洗浄し、５〜１０分間空気乾燥させ、１０〜２０
マイクロリットルのＤＥＰＣ−処理水中に再懸濁する。
清浄化したＲＮＡ試料を１：１０００希釈後、ＲＮＡ収
率をＯＤ₂₆₀で量る。必要ならばＲＮＡを−８０℃で保
存し、一週間以内に逆転写する。

【０１４９】ｄ）感染組織由来のＲＮＡ試料からのｃＤ
ＮＡの調製 ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡの１０マイクロリットルの
試料を、製造者の指示に従ってSuperScript Preamplifi
cation System for First Strand cDNA Synthesis Kit
（Gibco BRL,Life Technologies）を用いて逆転写す
る。１ナノグラムのランダムヘキサマーを用いて各反応
を開始させる。SuperScriptII逆転写酵素を添加してい
ない対照も反応させる。＋／−両方のＲＴ試料をＲＮａ
ｓｅＨ処理し、ついで、ＰＣＲ反応を進行させる。

【０１５０】ｅ）感染組織由来の細菌ＲＮＡの品質を調
べるためのＰＣＲの使用 ペニシリン−結合タンパク質２（ＰＢＰ２）などの細菌
細胞内で低コピー数であると考えられる長い転写物を、
上記したようにランダムプライマーを用いて逆転写し、
ＯＲＦ−特異的プライマーを用いて以下のＰＣＲ法によ
り増幅し、抽出および精製の間に得られたｍＲＮＡの、
増幅した長さにより表わされる品質を確かめる。ＰＣＲ
反応を以下の成分（最終濃度）を添加して、全容積５０
μｌで０．２ｍｌ試験管中に氷上でセットアップする：
ＡｍｐｌｉＴａｑ ＰＣＲ緩衝液ＩＩ（１Ｘ）、１．５
ｍＭ ＭｇＣｌ₂、１ｍＭ ｄＮＴＰｓ、０．５μＭ正方
向プライマー、０．５μＭ逆方向プライマーおよび２μ
ｌ逆転写ＲＮＡ。ＰＣＲ反応をＰＥ ＧｅｎｅＡｍｐ Ｐ
ＣＲ システム９６００で、９４℃２分の開始工程、つ
いで、９４℃３０秒、４２℃３０秒、７２℃３０秒を３
５サイクル、７２℃７分の最終伸長工程で行う。

【０１５１】ｆ）細菌ｃＤＮＡ種の存在を調べるための
ＰＣＲの使用 ＰＣＲ反応を上記したように、各々０．５マイクロＭの
ＯＲＦ特異的正方向および逆方向プライマーを用いてセ
ットアップする。２０マイクロリットルのＰＣＲ産物の
部分試料を１〜１．５％１×ＴＢＥアガロースゲルまた
は１０％１×ＴＢＥアリクルアミドゲルを通す電気泳動
により、分離する。ＰＣＲ産物を臭化エチジウムを用い
てゲルを染色して可視化する。１００ｂｐのＤＮＡラダ
ー（Gibco BRL, Life Technologies）との比較により大
きさを評価する。別法として、ＰＣＲ生成物が標識化Ｐ
ＣＲプライマー（例えば、色素で５’末端を標識された
もの）の使用により便利に標識される場合には、ＰＣＲ
生成物の適当な部分試料をポリアクリルアミド配列決定
ゲルで泳動し、適当なゲルスキャンニングシステム（例
えば、Perkin Elmerにより提供されるGeneScan^TMソフト
ウェアを用いるABI Prism^TM377シークエンサー）を用い
てその存在および量を検出する。

【０１５２】ＲＴ／ＰＣＲ対照は、＋／−逆転写酵素反
応物、１６ｓ ｒＲＮＡプライマ−または非転写ストレ
プトコッカス・ニューモニアエ＃１００９９３ゲノム配
列からＰＣＲ生成物を得るように設計されたＤＮＡ特異
的プライマー対を含んでもよい。プライマー対の効率を
試験するために、それらをストレプトコッカス・ニュー
モニアエ＃１００９９３全ＤＮＡを用いるＤＮＡ ＰＣ
Ｒに使用する。ＰＣＲ反応をセットアップし、ｃＤＮＡ
のかわりに約１マイクログラムのＤＮＡを用いて、３５
サイクルのＰＣＲで、上記のごとく行う。ＤＮＡ ＰＣ
ＲにおいてもＲＴ／ＰＣＲにおいても予想サイズの生成
物を生じないプライマー対はＰＣＲを失敗させるもので
あり、それゆえ有用でない。ＤＮＡ ＰＣＲを用いて正
しいサイズの生成物を生じるプライマーのうち２つのク
ラスがＲＴ／ＰＣＲにおいて区別される：１．インビボ
で再現可能に転写されない遺伝子はＲＴ／ＰＣＲにおい
て生成物を生じない。２．インビボで再現可能に転写さ
れる遺伝子は、ＲＴ／ＰＣＲにおいて正しいサイズの生
成物を生じ、−ＲＴ対照におけるシグナル（存在する場
合）よりも強力なシグナルを＋ＲＴ試料において示す。

【０１５３】ｇ）細菌ｃＤＮＡ種の存在を測定するため
のＰＣＲおよび蛍光プローブの使用 ２個のＰＣＲプライマー間でアニールする、５’および
３’末端でそれぞれ、レポーターおよびクエンチャ−蛍
光色素で標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（ＦＱ
プローブ）の存在下、PE Applied Biosystems 7700 Seq
uence Detection System中で標的配列の増幅により、特
異的配列検出を行う。プローブがプライマー間で結合す
る場合、特異的産物のみが検出される。ＰＣＲ増幅が進
むと、はじめはＴａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ
活性がプローブからレポーター色素を開裂する。レポー
ター色素が物理的にクエンチャ−色素から分離するとき
に生じるシグナルを付属のＣＣＤカメラでシグナルを測
定することにより検出する。生じる各シグナルは、１つ
の標的鎖の増幅に対応する、開裂した一つのプローブと
等しい。各反応物が、５マイクロリットル１０×ＰＣＲ
緩衝液ＩＩ、７マイクロリットル２５ｍＭ ＭｇＣｌ₂、
５マイクロリットル３００ｎＭ 正方向プライマー、５
マイクロリットル逆方向プライマー、５マイクロリット
ル特異的ＦＱプローブ、各々１マイクロリットルの１０
ｍＭ ｄＡＴＰ、１０ｍＭ ｄＣＴＰ、１０ｍＭｄＧＴＰ
および２０ｍＭ ｄＵＴＰ、１３．２５マイクロリット
ル蒸留水、０．５マイクロリットルＡｍｐＥｒａｓｅＵ
ＮＧ、および、０．２５マイクロリットルＡｍｐｌｉＴ
ａｑＤＮＡポリメラーゼ含み、最終容積４５マイクロリ
ットルとなるように補足した、PE Applied Biosystem T
aqMan PCR Core Reagent Kitを用いてＰＣＲ反応をセッ
トアップする。

【０１５４】増幅を以下の温度サイクル条件で行う：５
０℃２分、９５℃１０分、９５℃１５秒および６０℃１
分を４０サイクル、ついで、試料を回収するまで２５℃
に保つ。検出をリアルタイムで行う。データを反応の終
了時に収集する。配列番号１および３の本発明の２個の
ポリヌクレオチド配列を上記試験においてインビボで転
写されるものとして同定した。配列番号２は、配列番号
１に示されるポリヌクレオチド配列から推定した。配列
番号４を配列番号３に示されるポリヌクレオチド配列か
ら推定した。遺伝子を同定するのに用いたＰＣＲプライ
マー対を配列番号５および６に示す。

【０１５５】

【配列表】

（１）一般的情報： （ｉ）出願人：カレンダー、ハワード パーマー、レスリー・エム フェドン、ジェイソン・シー レノックス、アナ・エル ワン、ミン ジャワースキー、デボラ・ディ （ｉｉ）発明の名称： ｇｉｄＡ１ （ｉｉｉ）配列の数：６ （ｉｖ）連絡先： （Ａ）名称：ディチャート、プライス＆ローズ （Ｂ）通り名：４０００ベル・アトランティック・タワ
ー、１７１７アーク・ストリート （Ｃ）都市名：フィラデルフィア （Ｄ）州名：ペンシルベニア州 （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）郵便番号：１９１０３−２７９３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体形態：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭ コンパチブル （Ｃ）オペレーティングシステム：Ｗｉｎｄｏｗｓ９５ （Ｄ）ソフトウェア：Ｗｉｎｄｏｗｓバージョン２．０
ｂ用 Ｆａｓｔ ＳＥＱ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ （Ａ）出願番号：６０／０５１，３７９ （Ｂ）出願日：１９９７年７月１日 （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：ファルク、ステファン・ティ （Ｂ）登録番号：３６，７９５ （Ｃ）代理人等における処理番号：ＧＭ１００２９ （ｉｘ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：２１５−９９４−２４８８ （Ｂ）テレファックス番号：２１５−９９４−２２２２ （Ｃ）テレックス：

【０１５６】（２） 配列番号１の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２１００塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：二本鎖 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号１： GAGGATATCC AGCTAGTTCC AGCCTTTTTA AAAACGGCCC TACCAGATTG GGAAGGCCAA 60 CTAAGACACA TTCATCTTGA GGAATAGGAG AGAAACATGA CTTATCATTT TACTGAAGAA 120 TACGATATTA TTGTAATTGG TGCGGGACAC GCTGGGGTTG AGGCTTCCTT GGCCGCTAGC 180 CGTATGGGCT GTAAGGTCCT GCTTGCGACC ATCAATATTG AAATGCTGGC TTTCATGCCT 240 TGTAATCCCT CTATCGGTGG TTCTGCTAAG GGGATTGTCG TACGTGAAGT CGATGCCCTC 300 GGTGGCGAGA TGGCCAAGAC CATTGACAAG ACTTACATCC AGATGAAGAT GCTCAACACA 360 GGGAAGGGCC CAGCCGTTCG TGCCCTTCGT GCGCAGGCTG ATAAGGAACT TTACTCTAAG 420 GAAATGCGCA AGACAGTTGA AAATCAAGAA AATCTGACCC TTCGTCAAAC CATGATTGAT 480 GAGATTTTGG TGGAAGATGG CAAGGTTGTC GGTGTGCGTA CAGCCACCCA TCAAGAATAT 540 GCTGCTAAGG CTGTTATTGT GACGACAGGG ACTGCTCTCC GTGGGGAAAT TATCATCGGA 600 GACCTCAAGT ACTCATCAGG TTCTAACCAC AGCTTGGCTT CTATTAACCT AGCTGACAAT 660 CTCAAGGAAC TGGGTCTCGA AATCGGTCGT TTCAAGACAG GAACCCCTCC ACGTGTCAAG 720 GCTTCTTCTA TCAATTACGA TGTGACGGAA ATTCAGCCAG GAGACGAAGT GCCTAATCAT 780 TTCTCATACA CTTCACGTGA TGAGGATTAT GTCAAAGATC AAGTGCCATG CTGGTTGACC 840 TATACCAATG GTACCAGTCA TGAGATTATC CAAAACAACC TCCACCGTGC GCCTATGTTT 900 ACAGGTGTGG TCAAGGGAGT GGGGCCTCGT TACTGTCCGT CGATTGAAGA CAAGATTGTG 960 CGCTTTGCGG ACAAGGAACG TCACCAACTC TTCCTTGAGC CAGAAGGACG CAATACTGAG 1020 GAAGTCTATG TTCAAGGACT TTCAACCAGT CTGCCTGAGG ATGTCCAGCG TGACTTGGTT 1080 CATTCCATCA AAGGTTTGGA AAATGCAGAG ATGATGCGGA CAGGTTATGC TATTGAGTAT 1140 GATATGGTCT TGCCTCATCA GTTGCGTGCG ACTTTGGAAA CCAAGAAAAT CTCAGGTCTC 1200 TTCACTGCTG GTCAGACAAA TGGAACATCA GGTTATGAAG AAGCTGCTGG CCAAGGGATT 1260 ATCGCGGGTA TCAATGCGGC TCTGAAAATC CAAGGTAAAC CTGAGTTGAT TCTAAAACGA 1320 AGTGACGGTT ATATCGGGGT GATGATCGAC GACTTGGTGA CCAAGGGAAC CATTGAACCT 1380 TACCGTCTCT TGACCAGTCG TGCTGAATAC CGTCTCATTC TTCGTCATGA CAATGCTGAT 1440 ATGCGCTTGA CTGAGATGGG ACGCGAGATT GGCCTTGTGG ATGATGAACG CTGGGCTCGT 1500 TTTGAAATCA AGAAAAATCA ATTTGATAAT GAGATGAAAC GCCTAGACAG TATCAAACTC 1560 AAGCCAGTCA AGGAAACCAA TGCTAAGGTT GAGGAAATGG GCTTCAAGCC GTTGACAGAT 1620 GCGGTGACAG CCAAAGAATT CCTTCGCCGT CCAGAAGTTT CTTACCAAGA TGTGGTGGCC 1680 TTCATCGGAC CAGCTGCAGA AGACTTGGAT GACAAGATTA TCGAATTGAT TGAAACAGAA 1740 ATCAAGTACG AAGGCTATAT TTCAAAAGCC ATGGATCAGG TTGCCAAGAT GAAACGTATG 1800 GAAGAAAAAC GCATTCCAGC CAATATTGAC TGGGATGACA TCGATTCTAT TGCGACGGAA 1860 GCTCGTCAGA AGTTCAAACT CATCAATCCA GAAACCATCG GCCAAGCCAG CCGTATTTCG 1920 GGAGTAAACC CAGCAGATAT TTCTATTTTG ATGGTGTATC TGGAAGGTAA AAATCGTAGT 1980 ATTTCTAAAA CTCTTCAAAA ATCAAAATGA TACGTCGTCG GCTTCTTACG AATGAGTTCA 2040 AAGCTTGGCT TTGATTCATC TCCAGCCTCC CATAGTTCCC CGAACTATGG GAGCTAACTC 2100

【０１５７】（２） 配列番号２の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：６３７アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：一本鎖 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号２： Met Thr Tyr His Phe Thr Glu Glu Tyr Asp Ile Ile Val Ile Gly Ala 1 5 10 15 Gly His Ala Gly Val Glu Ala Ser Leu Ala Ala Ser Arg Met Gly Cys 20 25 30 Lys Val Leu Leu Ala Thr Ile Asn Ile Glu Met Leu Ala Phe Met Pro 35 40 45 Cys Asn Pro Ser Ile Gly Gly Ser Ala Lys Gly Ile Val Val Arg Glu 50 55 60 Val Asp Ala Leu Gly Gly Glu Met Ala Lys Thr Ile Asp Lys Thr Tyr 65 70 75 80 Ile Gln Met Lys Met Leu Asn Thr Gly Lys Gly Pro Ala Val Arg Ala 85 90 95 Leu Arg Ala Gln Ala Asp Lys Glu Leu Tyr Ser Lys Glu Met Arg Lys 100 105 110 Thr Val Glu Asn Gln Glu Asn Leu Thr Leu Arg Gln Thr Met Ile Asp 115 120 125 Glu Ile Leu Val Glu Asp Gly Lys Val Val Gly Val Arg Thr Ala Thr 130 135 140 His Gln Glu Tyr Ala Ala Lys Ala Val Ile Val Thr Thr Gly Thr Ala 145 150 155 160 Leu Arg Gly Glu Ile Ile Ile Gly Asp Leu Lys Tyr Ser Ser Gly Ser 165 170 175 Asn His Ser Leu Ala Ser Ile Asn Leu Ala Asp Asn Leu Lys Glu Leu 180 185 190 Gly Leu Glu Ile Gly Arg Phe Lys Thr Gly Thr Pro Pro Arg Val Lys 195 200 205 Ala Ser Ser Ile Asn Tyr Asp Val Thr Glu Ile Gln Pro Gly Asp Glu 210 215 220 Val Pro Asn His Phe Ser Tyr Thr Ser Arg Asp Glu Asp Tyr Val Lys 225 230 235 240 Asp Gln Val Pro Cys Trp Leu Thr Tyr Thr Asn Gly Thr Ser His Glu 245 250 255 Ile Ile Gln Asn Asn Leu His Arg Ala Pro Met Phe Thr Gly Val Val 260 265 270 Lys Gly Val Gly Pro Arg Tyr Cys Pro Ser Ile Glu Asp Lys Ile Val 275 280 285 Arg Phe Ala Asp Lys Glu Arg His Gln Leu Phe Leu Glu Pro Glu Gly 290 295 300 Arg Asn Thr Glu Glu Val Tyr Val Gln Gly Leu Ser Thr Ser Leu Pro 305 310 315 320 Glu Asp Val Gln Arg Asp Leu Val His Ser Ile Lys Gly Leu Glu Asn 325 330 335 Ala Glu Met Met Arg Thr Gly Tyr Ala Ile Glu Tyr Asp Met Val Leu 340 345 350 Pro His Gln Leu Arg Ala Thr Leu Glu Thr Lys Lys Ile Ser Gly Leu 355 360 365 Phe Thr Ala Gly Gln Thr Asn Gly Thr Ser Gly Tyr Glu Glu Ala Ala 370 375 380 Gly Gln Gly Ile Ile Ala Gly Ile Asn Ala Ala Leu Lys Ile Gln Gly 385 390 395 400 Lys Pro Glu Leu Ile Leu Lys Arg Ser Asp Gly Tyr Ile Gly Val Met 405 410 415 Ile Asp Asp Leu Val Thr Lys Gly Thr Ile Glu Pro Tyr Arg Leu Leu 420 425 430 Thr Ser Arg Ala Glu Tyr Arg Leu Ile Leu Arg His Asp Asn Ala Asp 435 440 445 Met Arg Leu Thr Glu Met Gly Arg Glu Ile Gly Leu Val Asp Asp Glu 450 455 460 Arg Trp Ala Arg Phe Glu Ile Lys Lys Asn Gln Phe Asp Asn Glu Met 465 470 475 480 Lys Arg Leu Asp Ser Ile Lys Leu Lys Pro Val Lys Glu Thr Asn Ala 485 490 495 Lys Val Glu Glu Met Gly Phe Lys Pro Leu Thr Asp Ala Val Thr Ala 500 505 510 Lys Glu Phe Leu Arg Arg Pro Glu Val Ser Tyr Gln Asp Val Val Ala 515 520 525 Phe Ile Gly Pro Ala Ala Glu Asp Leu Asp Asp Lys Ile Ile Glu Leu 530 535 540 Ile Glu Thr Glu Ile Lys Tyr Glu Gly Tyr Ile Ser Lys Ala Met Asp 545 550 555 560 Gln Val Ala Lys Met Lys Arg Met Glu Glu Lys Arg Ile Pro Ala Asn 565 570 575 Ile Asp Trp Asp Asp Ile Asp Ser Ile Ala Thr Glu Ala Arg Gln Lys 580 585 590 Phe Lys Leu Ile Asn Pro Glu Thr Ile Gly Gln Ala Ser Arg Ile Ser 595 600 605 Gly Val Asn Pro Ala Asp Ile Ser Ile Leu Met Val Tyr Leu Glu Gly 610 615 620 Lys Asn Arg Ser Ile Ser Lys Thr Leu Gln Lys Ser Lys 625 630 635

【０１５８】（２） 配列番号３の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１８７１塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：二本鎖 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号３： GGTGCGGGAC ACGCTGGGGT TGAGGCTTCC TTGGCCGCTA GCCGTATGGG CTGTAAGGTC 60 CTGCTTGCGA CCATCAATAT TGAAATGCTG GCTTTCATGC CTTGTAATCC CTCTATCGGT 120 GGTTCTGCTA AGGGGATTGT CGTACGTGAA GTCGATGCCC TCGGTGGCGA GATGGCCAAG 180 ACCATTGACA AGACTTACAT CCAGATGAAG ATGCTCAACA CAGGGAAGGG CCCAGCCGTT 240 CGTGCCCTTC GTGCGCAGGC TGATAAGGAA CTTTACTCTA AGGAAATGCG CAAGACAGTT 300 GAAAATCAAG AAAATCTGAC CCTTCGTCAA ACCATGATTG ATGAGATTTT GGTGGAAGAT 360 GGCAAGGTTG TCGGTGTGCG TACAGCCACC CATCAAGAAT ATGCTGCTAA GGCTGTTATT 420 GTGACGACAG GGACTGCTCT CCGTGGGGAA ATTATCATCG GAGACCTCAA GTACTCATCA 480 GGTTCTAACC ACAGCTTGGC TTCTATTAAC CTAGCTGACA ATCTCAAGGA ACTGGGTCTC 540 GAAATCGGTC GTTTCAAGAC AGGAACCCCT CCACGTGTCA AGGCTTCTTC TATCAATTAC 600 GATGTGACGG AAATTCAGCC AGGAGACGAA GTGCCTAATC ATTTCTCATA CACTTCACGT 660 GATGAGGATT ATGTCAAAGA TCAAGTGCCA TGCTGGTTGA CCTATACCAA TGGTACCAGT 720 CATGAGATTA TCCAAAACAA CCTCCACCGT GCGCCTATGT TTACAGGTGT GGTCAAGGGA 780 GTGGGGCCTC GTTACTGTCC GTCGATTGAA GACAAGATTG TGCGCTTTGC GGACAAGGAA 840 CGTCACCAAC TCTTCCTTGA GCCAGAAGGA CGCAATACTG AGGAAGTCTA TGTTCAAGGA 900 CTTTCAACCA GTCTGCCTGA GGATGTCCAG CGTGACTTGG TTCATTCCAT CAAAGGTTTG 960 GAAAATGCAG AGATGATGCG GACAGGTTAT GCTATTGAGT ATGATATGGT CTTGCCTCAT 1020 CAGTTGCGTG CGACTTTGGA AACCAAGAAA ATCTCAGGTC TCTTCACTGC TGGTCAGACA 1080 AATGGAACAT CAGGTTATGA AGAAGCTGCT GGCCAAGGGA TTATCGCGGG TATCAATGCG 1140 GCTCTGAAAA TCCAAGGTAA ACCTGAGTTG ATTCTAAAAC GAAGTGACGG TTATATCGGG 1200 GTGATGATCG ACGACTTGGT GACCAAGGGA ACCATTGAAC CTTACCGTCT CTTGACCAGT 1260 CGTGCTGAAT ACCGTCTCAT TCTTCGTCAT GACAATGCTG ATATGCGCTT GACTGAGATG 1320 GGACGCGAGA TTGGCCTTGT GGATGATGAA CGCTGGGCTC GTTTTGAAAT CAAGAAAAAT 1380 CAATTTGATA ATGAGATGAA ACGCCTAGAC AGTATCAAAC TCAAGCCAGT CAAGGAAACC 1440 AATGCTAAGG TTGAGGAAAT GGGCTTCAAG CCGTTGACAG ATGCGGTGAC AGCCAAAGAA 1500 TTCCTTCGCC GTCCAGAAGT TTCTTACCAA GATGTGGTGG CCTTCATCGG ACCAGCTGCA 1560 GAAGACTTGG ATGACAAGAT TATCGAATTG ATTGAAACAG AAATCAAGTA CGAAGGGTAT 1620 ATTTCAAAAG CCATGGATCA GGTTGGCAAG ATGAAACGTA TGGAAGAAAA ACGCATTCCA 1680 GCCAATATTG ACTGGGATGA CATCGATTCT ATTGGGACGG AAGCTCGTCA GAAGTTCAAA 1740 CTCATCAATC CAGAAACCAT CGGGCAAGCC AGCCGTATTT CGGGAGTTAA CCCAGCAGAT 1800 ATTTCTATTT TGATGGTGTA TCTGGAAGGT AAAAATCGTA GTATTTCTAA AACTCCTCCA 1860 AAATCAAAAT G 1871

【０１５９】（２） 配列番号４の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：６２３アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：一本鎖 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号４： Gly Ala Gly His Ala Gly Val Glu Ala Ser Leu Ala Ala Ser Arg Met 1 5 10 15 Gly Cys Lys Val Leu Leu Ala Thr Ile Asn Ile Glu Met Leu Ala Phe 20 25 30 Met Pro Cys Asn Pro Ser Ile Gly Gly Ser Ala Lys Gly Ile Val Val 35 40 45 Arg Glu Val Asp Ala Leu Gly Gly Glu Met Ala Lys Thr Ile Asp Lys 50 55 60 Thr Tyr Ile Gln Met Lys Met Leu Asn Thr Gly Lys Gly Pro Ala Val 65 70 75 80 Arg Ala Leu Arg Ala Gln Ala Asp Lys Glu Leu Tyr Ser Lys Glu Met 85 90 95 Arg Lys Thr Val Glu Asn Gln Glu Asn Leu Thr Leu Arg Gln Thr Met 100 105 110 Ile Asp Glu Ile Leu Val Glu Asp Gly Lys Val Val Gly Val Arg Thr 115 120 125 Ala Thr His Gln Glu Tyr Ala Ala Lys Ala Val Ile Val Thr Thr Gly 130 135 140 Thr Ala Leu Arg Gly Glu Ile Ile Ile Gly Asp Leu Lys Tyr Ser Ser 145 150 155 160 Gly Ser Asn His Ser Leu Ala Ser Ile Asn Leu Ala Asp Asn Leu Lys 165 170 175 Glu Leu Gly Leu Glu Ile Gly Arg Phe Lys Thr Gly Thr Pro Pro Arg 180 185 190 Val Lys Ala Ser Ser Ile Asn Tyr Asp Val Thr Glu Ile Gln Pro Gly 195 200 205 Asp Glu Val Pro Asn His Phe Ser Tyr Thr Ser Arg Asp Glu Asp Tyr 210 215 220 Val Lys Asp Gln Val Pro Cys Trp Leu Thr Tyr Thr Asn Gly Thr Ser 225 230 235 240 His Glu Ile Ile Gln Asn Asn Leu His Arg Ala Pro Met Phe Thr Gly 245 250 255 Val Val Lys Gly Val Gly Pro Arg Tyr Cys Pro Ser Ile Glu Asp Lys 260 265 270 Ile Val Arg Phe Ala Asp Lys Glu Arg His Gln Leu Phe Leu Glu Pro 275 280 285 Glu Gly Arg Asn Thr Glu Glu Val Tyr Val Gln Gly Leu Ser Thr Ser 290 295 300 Leu Pro Glu Asp Val Gln Arg Asp Leu Val His Ser Ile Lys Gly Leu 305 310 315 320 Glu Asn Ala Glu Met Met Arg Thr Gly Tyr Ala Ile Glu Tyr Asp Met 325 330 335 Val Leu Pro His Gln Leu Arg Ala Thr Leu Glu Thr Lys Lys Ile Ser 340 345 350 Gly Leu Phe Thr Ala Gly Gln Thr Asn Gly Thr Ser Gly Tyr Glu Glu 355 360 365 Ala Ala Gly Gln Gly Ile Ile Ala Gly Ile Asn Ala Ala Leu Lys Ile 370 375 380 Gln Gly Lys Pro Glu Leu Ile Leu Lys Arg Ser Asp Gly Tyr Ile Gly 385 390 395 400 Val Met Ile Asp Asp Leu Val Thr Lys Gly Thr Ile Glu Pro Tyr Arg 405 410 415 Leu Leu Thr Ser Arg Ala Glu Tyr Arg Leu Ile Leu Arg His Asp Asn 420 425 430 Ala Asp Met Arg Leu Thr Glu Met Gly Arg Glu Ile Gly Leu Val Asp 435 440 445 Asp Glu Arg Trp Ala Arg Phe Glu Ile Lys Lys Asn Gln Phe Asp Asn 450 455 460 Glu Met Lys Arg Leu Asp Ser Ile Lys Leu Lys Pro Val Lys Glu Thr 465 470 475 480 Asn Ala Lys Val Glu Glu Met Gly Phe Lys Pro Leu Thr Asp Ala Val 485 490 495 Thr Ala Lys Glu Phe Leu Arg Arg Pro Glu Val Ser Tyr Gln Asp Val 500 505 510 Val Ala Phe Ile Gly Pro Ala Ala Glu Asp Leu Asp Asp Lys Ile Ile 515 520 525 Glu Leu Ile Glu Thr Glu Ile Lys Tyr Glu Gly Tyr Ile Ser Lys Ala 530 535 540 Met Asp Gln Val Gly Lys Met Lys Arg Met Glu Glu Lys Arg Ile Pro 545 550 555 560 Ala Asn Ile Asp Trp Asp Asp Ile Asp Ser Ile Gly Thr Glu Ala Arg 565 570 575 Gln Lys Phe Lys Leu Ile Asn Pro Glu Thr Ile Gly Gln Ala Ser Arg 580 585 590 Ile Ser Gly Val Asn Pro Ala Asp Ile Ser Ile Leu Met Val Tyr Leu 595 600 605 Glu Gly Lys Asn Arg Ser Ile Ser Lys Thr Pro Pro Lys Ser Lys 610 615 620

【０１６０】２） 配列番号５の情報： ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：一本鎖 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号５： ATGACTTATC ATTTTACTGA 20

【０１６１】（２） 配列番号６の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：一本鎖 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号６： TCATTTTGAT TTTTGAAGAG 20

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 45/00 ＡＣＤ Ａ６１Ｋ 45/00 ＡＣＤ 48/00 ＡＤＺ 48/00 ＡＤＺ Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 14/315 16/12 16/12 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｐ 33/566 33/566 33/569 33/569 Ｅ // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｃ１２Ｐ 21/08 (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｒ 1:46） (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 ハワード・カレンダー アメリカ合衆国19406ペンシルベニア州キ ング・オブ・プルシア、ビル・スミス・ブ ールバード1220番 (72)発明者 レスリー・マリー・パーマー アメリカ合衆国19407ペンシルベニア州オ ーデュボン、イーグルビル・ロード2820番 (72)発明者 ジェイソン・クレイグ・フェドン アメリカ合衆国19087ペンシルベニア州ス トラフォード、フェアフィールド・レイン 106番、アパートメント２ (72)発明者 アナ・リサ・レノックス アメリカ合衆国18901ペンシルベニア州ド イルズタウン、ペブル・ヒル・ロード482 番 (72)発明者 ミン・ワン アメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブ ルー・ベル、センテニアル・ドライブ302 番 (72)発明者 デボラ・ディ・ジャワースキー アメリカ合衆国19382ペンシルベニア州ウ エスト・チェスター、スキルズ・ブールバ ード1827番

Claims (17)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 （ｉ）配列番号２または４の全長にわた
   って配列番号２または４のアミノ酸配列に対して少なく
   とも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド； （ｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列を含む単離
   ポリペプチド、 （ｉｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列である単
   離ポリペプチド、および （ｉｖ）配列番号１または３のポリヌクレオチド配列を
   含む組換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペ
   プチド からなる群より選択される単離ポリペプチド。
2. 【請求項２】 （ｉ）配列番号２または４の全長にわた
   って配列番号２または４のアミノ酸配列に対して少なく
   とも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するポリペプチドをコードしているヌクレオチド配
   列を含む単離ポリヌクレオチド； （ｉｉ）配列番号２または４のポリペプチドをコードし
   ているポリヌクレオチド配列に対してその全長にわたっ
   て少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオ
   チド； （ｉｉｉ）配列番号１または３の全長にわたって配列番
   号１または３のヌクレオチド配列に対して少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
   ド； （ｉｖ）配列番号２または４のポリペプチドをコードし
   ているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド； （ｖ）配列番号１または３のポリヌクレオチドである単
   離ポリヌクレオチド。 （ｖｉ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条
   件下で配列番号１または３の配列またはそのフラグメン
   トの配列を有するプローブを用いて適当なライブラリー
   をスクリーニングすることにより得ることのできる単離
   ポリヌクレオチド； （ｖｉｉ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ中に含
   まれるｇｉｄＡ１遺伝子により発現される成熟ポリペプ
   チドをコードしている単離ポリヌクレオチド；および （ｖｉｉｉ）（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉ
   ｖ）、（ｖ）、（ｖｉ）または（ｖｉｉ）の単離ポリヌ
   クレオチドに対し相補的なポリヌクレオチド配列からな
   る群より選択される単離ポリヌクレオチド。
3. 【請求項３】 請求項１記載のポリペプチドに対して抗
   原的または免疫特異的な抗体。
4. 【請求項４】 （ｉ）（ａ）ポリペプチドに対する治療
   上有効量のアゴニストを個体に投与すること；または
   （ｂ）インビボでポリペプチド活性を生じるような形態
   でポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列
   を含む単離ポリヌクレオチドを個体に提供することの工
   程を含む、請求項１記載のポリペプチドの活性または発
   現の増強を必要とする個体； （ｉｉ）（ａ）ポリペプチドに対する治療上有効量のア
   ンタゴニストを個体に投与すること；または（ｂ）ポリ
   ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列の発現
   を阻害する核酸分子を個体に投与すること；または
   （ｃ）リガンド、基質またはレセプターに対してポリペ
   プチドと競合する治療上有効量のポリペプチドを個体に
   投与することを含む、請求項１記載のポリペプチドの活
   性または発現の阻害を必要とする個体の治療方法。
5. 【請求項５】 個体における請求項１記載のポリペプチ
   ドの発現または活性に関連した個体における疾患または
   かかる疾患に対する感受性の診断または予後の方法であ
   って、 （ａ）該個体のゲノム中の該ポリペプチドをコードして
   いるヌクレオチド配列における変異の存在または不存在
   を決定すること；または（ｂ）該個体由来の試料中の該
   ポリペプチドの発現の存在または量を分析することを含
   む方法。
6. 【請求項６】 請求項１記載のポリペプチドの機能を活
   性化または阻害する化合物を同定するためのスクリーニ
   ング方法であって： （ａ）候補化合物に直接または間接的に結合した標識を
   用いて候補化合物のポリペプチド、またはポリペプチド
   を有する細胞または膜、またはその融合タンパク質への
   結合を測定すること； （ｂ）標識競合物質の存在下で候補化合物のポリペプチ
   ド、またはポリペプチドを有する細胞または膜、または
   その融合タンパク質への結合を測定すること； （ｃ）ポリペプチドを有する細胞または細胞膜に適する
   検出系を用いて、候補化合物がポリペプチドの活性化ま
   たは阻害により発生するシグナルを生じさせるかどうか
   を試験すること； （ｄ）候補化合物と請求項１記載のポリペプチドを含有
   する溶液とを混合して、混合物を作成し、混合物中のポ
   リペプチドの活性を測定し、ついで、混合物の活性を標
   準と比較すること； （ｅ）例えばＥＬＩＳＡアッセイを用いて、細胞中で該
   ポリペプチドをコードしているｍＲＮＡおよび該ポリペ
   プチドの生成に対する候補化合物の影響を検出するこ
   と、または （ｆ）（１）化合物の相互作用を評価するために、化合
   物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下
   で、ポリペプチドを含む組成物をスクリーニングすべき
   化合物と接触させ（かかる相互作用は、化合物とポリペ
   プチドとの相互作用に応答した検出可能シグナルを生じ
   ることのできる第２の成分に関連したものである）；つ
   いで（２）化合物とポリペプチドとの相互作用から生じ
   るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
   化合物がポリペプチドと相互作用し、その活性を活性化
   または阻害するかどうかを決定することからなる群から
   選択される方法を含む方法。
7. 【請求項７】 請求項１記載のポリペプチドの活性また
   は発現についてのアゴニストまたはアンタゴニスト。
8. 【請求項８】 適合する宿主中に存在する場合に、請求
   項１記載のポリペプチドを生成する能力のあるポリヌク
   レオチドを含む発現系。
9. 【請求項９】 （ｉ）配列番号２または４の全長にわた
   って配列番号２または４のアミノ酸配列に対して少なく
   とも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
   ペプチド； （ｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列を含む単離
   ポリペプチド； （ｉｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列である単
   離ポリペプチド； （ｉｖ）配列番号１または３のポリヌクレオチド配列を
   含む組換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペ
   プチド からなる群より選択されるポリペプチドを発現する請求
   項８記載の発現系を含む宿主細胞またはその膜。
10. 【請求項１０】 （ｉ）配列番号２または４の全長にわ
    たって配列番号２または４のアミノ酸配列に対して少な
    くとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
    ペプチド； （ｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列を含む単離
    ポリペプチド； （ｉｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列である単
    離ポリペプチド； （ｉｖ）配列番号１または３のポリヌクレオチド配列を
    含む組換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペ
    プチド からなる群より選択されるポリペプチドの製造方法であ
    って、該ポリペプチドの生成に十分な条件下で請求項９
    記載の宿主細胞を培養する工程を含む方法。
11. 【請求項１１】 （ｉ）配列番号２または４の全長にわ
    たって配列番号２または４のアミノ酸配列に対して少な
    くとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
    ペプチド； （ｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列を含む単離
    ポリペプチド； （ｉｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列である単
    離ポリペプチド； （ｉｖ）配列番号１または３のポリヌクレオチド配列を
    含む組換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペ
    プチド からなる群より選択されるポリペプチドを発現する請求
    項８記載の発現系を含む宿主細胞またはその膜を製造す
    る方法であって、（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または
    （ｉｖ）のポリペプチドを生成する能力を有するポリヌ
    クレオチドを含む発現系で細胞をトランスフォームまた
    はトランスフェクトする工程を含み、発現系が適合する
    宿主細胞中に存在する場合に、適当な培養条件下で、該
    宿主細胞が（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉ
    ｖ）のポリペプチドを生成するものである方法。
12. 【請求項１２】 （ｉ）配列番号２または４の全長にわ
    たって配列番号２または４のアミノ酸配列に対して少な
    くとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
    ペプチド； （ｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列を含む単離
    ポリペプチド； （ｉｉｉ）配列番号２または４のアミノ酸配列である単
    離ポリペプチド； （ｉｖ）配列番号１または３のポリヌクレオチド配列を
    含む組換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペ
    プチド からなる群より選択されるポリペプチドを発現する請求
    項１１記載の方法により製造される宿主細胞またはその
    膜。
13. 【請求項１３】 配列番号１または３の配列を含むポリ
    ヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポリ
    ペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号１または３
    の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセッ
    ト；少なくとも１つの配列が配列番号２または４の配列
    を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列番号
    １または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデ
    ータセット；配列番号２または４の配列を含むポリペプ
    チド配列をコードしているポリヌクレオチド配列を表す
    データセット；配列番号１または３の配列を含むポリヌ
    クレオチド；配列番号２または４の配列を含むポリペプ
    チド；少なくとも１つの配列が配列番号１または３の配
    列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセット；少
    なくとも１つの配列が配列番号２または４の配列を含む
    ものであるポリペプチド配列のセット；配列番号１また
    は３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセ
    ット；配列番号２または４の配列を含むポリペプチド配
    列をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータ
    セットからなる群より選択されるメンバーを保存したコ
    ンピューター読み込み可能媒体。
14. 【請求項１４】 相同性の同定を行うためのコンピュー
    ターによる方法であって、配列番号１または３の配列を
    含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可
    能媒体中に提供し；ついで、該ポリヌクレオチド配列を
    少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド
    配列と比較して相同性を同定する工程を含む方法。
15. 【請求項１５】 ポリクレオチドアッセンブリーのため
    のコンピューターによる方法であって、配列番号１また
    は３の配列を含む第一のポリヌクレオチド配列をコンピ
    ューター読み込み可能媒体中に提供し；ついで、該第一
    のポリヌクレオチド配列と第二のポリヌクレオチド配列
    との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニングす
    る工程を含む方法。
16. 【請求項１６】 （ａ）配列番号３の全長にわたって配
    列番号３に対して少なくとも７０％、８０％、９０％、
    ９５％、９７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含
    む単離ポリヌクレオチド； （ｂ）配列番号３のポリヌクレオチドを含む単離ポリヌ
    クレオチド； （ｃ）配列番号３のポリヌクレオチド；または （ｄ）配列番号４の全長にわたって配列番号４のアミノ
    酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０％、９
    ５％、９７〜９９％の同一性を有するポリペプチドをコ
    ードしているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオ
    チドからなる群より選択される単離ポリヌクレオチド。
17. 【請求項１７】 （ａ）配列番号４の全長にわたって配
    列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８
    ０％、９０％、９５％、９７〜９９％の同一性を有する
    アミノ酸配列を含むポリペプチド； （ｂ）配列番号４の全長にわたって配列番号４のアミノ
    酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０％、９
    ５％、９７〜９９％同一であるアミノ酸配列を有するポ
    リペプチド； （ｃ）配列番号４のアミノ酸を含むポリペプチド； （ｄ）配列番号４のポリペプチドであるポリペプチド （ｅ）配列番号３に含まれる配列を含むポリヌクレオチ
    ドによりコードされるポリペプチド からなる群より選択されるポリペプチド。