JPH11253171A - ｄｅｘＢ - Google Patents

ｄｅｘＢ

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JPH11253171A
JPH11253171A JP10288630A JP28863098A JPH11253171A JP H11253171 A JPH11253171 A JP H11253171A JP 10288630 A JP10288630 A JP 10288630A JP 28863098 A JP28863098 A JP 28863098A JP H11253171 A JPH11253171 A JP H11253171A
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JP
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polynucleotide
seq
identity
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JP10288630A
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Martin K R Burnham
マーティン・ケイ・アール・バーナム
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SmithKline Beecham Corp
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 ｄｅｘＢポリペプチドおよび該ポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド、ならびに組換え法
によるかかるポリペプチドの製造方法を提供する。さら
に抗細菌化合物のスクリーニングのためのｄｅｘＢの使
用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２に全長にわたり配列番号：
２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性を
有する単離ポリペプチド、あるいは配列番号：１の全長
にわたり配列番号：１のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を有する単離ポリヌクレオチド。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関する。特に、本発明は、デ
キストラナーゼファミリーのポリヌクレオチドおよびポ
リペプチドならびにそれらの変種（以下、「ｄｅｘ
Ｂ」、「ｄｅｘＢポリヌクレオチド」、および「ｄｅｘ
Ｂポリペプチド」と称する）に関する。
【０００２】
【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに，例
えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞
炎、膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感染の
ごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患を引き起
こすことが知られている。ストレプトコッカス属の単離
から１００年以上も経過しているため、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoniae）
は、より詳細な研究が為された微生物の一つである。例
えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという初期の見解
の大部分は、この微生物を用いたGriffithならびに、Av
ery、MacleodおよびMcCartyの研究により示された。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエに関する研究は膨大
であるにも関わらず、この微生物の毒性に関しては多く
の疑問が残されている。抗生物質の開発のための標的と
してストレプトコッカス属の遺伝子および遺伝子産物を
用いるのはとりわけ好ましいことである。
【０００３】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２０〜３０年間に劇的に上昇している。こ
れは多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下し
た人口の増加に起因している。いくつかのまたはすべて
の標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめず
らしいことではない。この現象がこの生物に対する新し
い抗菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を
形成した。
【０００４】そのうえ、薬剤の発見方法は、現在のとこ
ろ、「機能的遺伝学」、すなわち、高処理量のゲノムま
たは遺伝子に基づく生物学を包含するので抜本的な改革
を受けている。このアプローチは、「位置的クローニン
グ」に基づく初期のアプローチおよび他の方法に取って
代わりつつある。機能的遺伝学は、現在利用可能な多く
の分子生物学的データベースならびに他のソースから潜
在的に興味ある遺伝子配列を同定するための種々の道具
に大きく依存している。薬剤の発見の標的としての、さ
らなる遺伝子および他のポリヌクレオチド配列ならびに
それらの関連ポリペプチドの同定および特徴づけをする
必要性があり続けている。
【０００５】抗微生物活性に関して化合物をスクリーニ
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
のｄｅｘＢ具体例のごとき因子に対する要望があること
は明白である。かかる因子はまた、感染、機能不全およ
び疾患の発生病理における役割を決定するのに有用であ
る。感染、機能不全および疾患を予防、改善または治癒
するための方法を見出すために、かかる因子ならびにそ
のアンタゴニストおよびアゴニストを同定および特徴づ
けする必要も明らかにある。
【０００６】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、ｄｅｘＢ、
詳細にはｄｅｘＢポリペプチドおよびｄｅｘＢポリヌク
レオチド、組み換え物質ならびにそれらの製造方法に関
する。もう１つの態様において、本発明は、かかるポリ
ペプチドおよびポリヌクレオチドの使用方法に関し、と
りわけ、微生物による疾病の治療を包含する。さらなる
態様において、本発明は、本発明により提供される材料
を用いるアゴニストおよびアンタゴニストの同定方法、
ならびに同定されたアゴニストまたはアンタゴニスト化
合物を用いる微生物による感染およびかかる感染に関連
した症状の治療方法に関する。さらなる態様において、
本発明は、微生物による感染およびかかる感染に関連し
た症状の検出のための診断アッセイ、例えば、ｄｅｘＢ
発現または活性の検出のためのアッセイに関する。
【０００７】開示された本発明の精神および範囲内での
種々の変更および修飾は、以下の説明を読み、本開示の
他の部分を読めば、当業者に容易に明らかになるであろ
う。
【０００８】
【課題を解決するための手段】以下により詳細に説明す
るように、本発明は、ｄｅｘＢポリペプチドおよびポリ
ヌクレオチドに関する。詳細には、本発明は、アルフ
ァ，１−６−グルコシダーゼ［Streptococcus pneumoni
ae］ポリペプチドに対するアミノ酸配列相同性により関
連づけられるストレプトコッカス・ニューモニアエ（St
reptococcus pneumoniae）のｄｅｘＢのポリペプチドお
よびポリヌクレオチドに関する。特に、本発明は、それ
ぞれ配列番号：１および配列番号：２として表１に示さ
れるヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有するｄｅｘＢ
に関する。後に記載する配列表において「ＤＮＡ」とし
て示す配列は、一般的にはリボポリヌクレオチドを包含
するポリヌクレオチド中に使用可能であると当業者が認
識するものであるので、本発明の典型例であることに注
意すること。
【０００９】 表１ ｄｅｘＢポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 （Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニアエのｄｅｘＢポリヌクレオチド配列［ 配列番号１］ 5'- ATGCAAGAAAAATGGTGGCATAATGCCGTAGTCTATCAAGTCTATCCAAAGAGTTTTATGGATAGTAATG GAGATGGAGTTGGTGATTTGCCAGGTATTACCAGTAAGTTGGACTATCTAGCTAAGTTAGGAATCACATC GATTTGGCTTTCTCCCGTTTATGACAGCCCTATGGATGATAATGGCTACGATATTGCTGATTATCAAGCG ATTGCGGCTATTTTTGGAACCATGGAGGACATGGATGAACTGATTGCAGAAGCTAAGAAGCGTGATATCC GTATCATCATGGACTTGGTGGTCAATCATACCTCGGATGAGCATGCCTGGTTTGTAGAGGCCTGTGAAAA TCCTAATAGCCCTGAGCGAGACTACTATATCTGGCGCGATGAACCCAATGACCTAGATTCTATCTTTAGT GGGTCTGCTTGGGAATACGATGAAAAGTCAGGTCAATACTATCTCCACTTTTTCAGCAAGAAACAGCCGG ATCTCAACTGGGAAAATGAAAAACTTCGCCAGAAAATTTATGAGATGATGAACTTCTGGATTGATAAGGG TATTGGTGGTTTCCGTATGGATGTTATTGACATGATTGGCAAAATTCCTGACGAGAAGGTAGTCAATAAT GGTCCTATGCTCCATCCCTATCTCAAGGAAATGAATCAGGCGACCTTTGGAGATAAGGATCTCTTGACAG TAGGGGAGACTTGGGGAGCAACGCCAGAGATTGCCAAACTCTACTCTGATCCAAAGGGGCAAGAATTGTC TATGGTCTTCCAGTTTGAACATATCGGTCTTCAGTATCAGGAAGGTCAGCCTAAATGGCACTATCAAAAA GAGCTGAATATCGCTAAGTTAAAAGAAATCTTCAACAAATGGCAGACAGAGTTAGGAGTTGAGGACGGCT GGAATTCCCTCTTCTGGAACAACCATGACCTCCCTCGTATTGTCTCAATCTGGGGAAATGACCAAGAATA CCGCGAAAAATCTGCCAAAGCCTTTGCAATCTTGCTTCATCTTATGAGAGGAACTCCTTATATCTACCAA GGTGAGGAGATTGGGATGACCAACTATCCGTTTGAAACACTGGATCAAGTAGAAGATATTGAATCTCTCA ACTATGCGCGTGAGGCTCTTGAAAAAGGTGTTCCGATGCAAGAAATCATGGACAGTATCCGTGTTATTGG ACGTGACAATGCCCGTACCCCTATGCAATGGGACGAGAGCAAAAACGCTGGTTTCTCAACAGGTCAACCT TGGTTGGCAGTTAATCCAAATTACGAGATGATCAACGTCCAAGAAGCGCTGGCAAATCCAGATTCTATTT TCTATACCTATCAGAAACTGGTCCAAATTCGCAAGGAGAATAGTTGGCTAATTCGAGCTGACTTTGAATT GCTTGATACGGCTGATAAGGTCTTTGCTTATATACGTAAGGATGGCGACCGTCGCTTCCTAGTTGTGGCT AACTTGTCCAATGAAGAGCAAGACTTGACAGTAGAAGGAAAAGTCAAATCTGTCTTGATTGAAAACACCC TAGCTCAAGAAGTCTTTGAAAAACAAATCTTAGTTCCATGGGATGCTTTCTGTGTGGAATTACTATAA-3'
【００１０】 （Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より推定されるストレプトコッカス・ニュ ーモニアエのｄｅｘＢポリペプチド配列［配列番号２］ NH2- MQEKWWHNAVVYQVYPKSFMDSNGDGVGDLPGITSKLDYLAKLGITSIWLSPVYDSPMDDNGYDIADYQA IAAIFGTMEDMDELIAEAKKRDIRIIMDLVVNHTSDEHAWFVEACENPNSPERDYYIWRDEPNDLDSIFS GSAWEYDEKSGQYYLHFFSKKQPDLNWENEKLRQKIYEMMNFWIDKGIGGFRMDVIDMIGKIPDEKVVNN GPMLHPYLKEMNQATFGDKDLLTVGETWGATPEIAKLYSDPKGQELSMVFQFEHIGLQYQEGQPKWHYQK ELNIAKLKEIFNKWQTELGVEDGWNSLFWNNHDLPRIVSIWGNDQEYREKSAKAFAILLHLMRGTPYIYQ GEEIGMTNYPFETLDQVEDIESLNYAREALEKGVPMQEIMDSIRVIGRDNARTPMQWDESKNAGFSTGQP WLAVNPNYEMINVQEALANPDSIFYTYQKLVQIRKENSWLIRADFELLDTADKVFAYIRKDGDRRFLVVA NLSNEEQDLTVEGKVKSVLIENTLAQEVFEKQILVPWDAFCVELL-COOH
【００１１】寄託材料 ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株
を含む寄託株を、１９９６年４月１１日に、スコットラ
ンド、ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードライ
ブ２３Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダ
ストリアル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッ
ド（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、ＮＣＩＭ
Ｂ受託番号４０７９４の下で寄託した。その寄託株は寄
託の際にストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３と命名された。１９９６年４月１７日に、同様
に、エシェリシア・コリ中のストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３ＤＮＡライブラリーがＮＣＩ
ＭＢに寄託され、受託番号４０８００が与えられた。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ寄託株を、本明細書
では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称する。
【００１２】寄託株は全長のｄｅｘＢ遺伝子を含んでい
る。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配列ならびに
それによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致に
おいても支配的である。寄託株の寄託は、特許手続き上
の微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条約の条件
下で行われている。特許が発行されると何ら制限または
条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者
の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条
の下に要求されるような、寄託が実施可能要件であるこ
とを承認するものではない。
【００１３】寄託株、それに由来の化合物を製造、使用
または販売するには、ライセンスが必要であるが、その
ようなライセンスはここで付与されるものではない。本
発明の一の態様は、寄託株に含まれるストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３株により発現可能な
成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分子を提供する
ことである。さらには、本発明は寄託株中のＤＮＡのｄ
ｅｘＢヌクレオチド配列およびそれによりコードされる
アミノ酸配列を提供する。また、本発明は寄託株より単
離されたｄｅｘＢポリペプチド配列およびそれに由来の
アミノ酸配列を提供する。
【００１４】ポリペプチド 本発明ｄｅｘＢポリペプチドは、系統発生論的に他のｄ
ｅｘＢファミリーの蛋白に実質的に関連している。本発
明の１の態様において、ストレプトコッカス・ニューモ
ニアエのポリペプチド（本明細書では「ｄｅｘＢ」およ
び「ｄｅｘＢポリペプチド」という）、ならびに生物学
的、診断上、予防上、臨床的または治療上有用なその変
種、ならびにそれを含む組成物が提供される。本発明の
とりわけ好ましい具体例は、ｄｅｘＢ遺伝子の自然発生
対立遺伝子によりコードされるｄｅｘＢポリペプチドの
変種である。
【００１５】さらに本発明は下記のものである単離ポリ
ペプチド：（ａ）配列番号：２の全長にわたって配列番
号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一
性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、より好まし
くは少なくとも９０％の同一性、さらにより好ましくは
少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも
９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一である
アミノ酸配列を含むかまたはそれよりなるポリペプチ
ド；（ｂ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１
に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なく
とも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％
の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同
一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性
を有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列
を含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドによ
りコードされるポリペプチド；（ｃ）配列番号：２の全
長にわたって配列番号：２のアミノ酸配列に対して少な
くとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の
同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さ
らにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、最も好
ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有するかま
たは全く同一であるポリペプチドをコードしているポリ
ヌクレオチド配列を含むかまたはそれよりなる単離ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを提供す
る。
【００１６】本発明のポリペプチドは、表１［配列番
号：２］のポリペプチド（とりわけ成熟ポリペプチド）
ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細には、
ｄｅｘＢの生物活性を有し、表１［配列番号：１］のポ
リペプチドまたはその該当部分と少なくとも７０％の同
一性、好ましくは表１［配列番号：２］のポリペプチド
と少なくとも８０％の同一性、より好ましくは表１［配
列番号：２］のポリペプチドと少なくとも９０％の類似
性（より好ましくは、少なくとも９０％の同一性）、さ
らにより好ましくは表１［配列番号：２］のポリペプチ
ドと少なくとも９５％の類似性（より好ましくは少なく
とも９５％の同一性）を有するポリペプチドおよびフラ
グメントを包含し、さらにかかるポリペプチドの部分も
包含し、一般に、ポリペプチドのかかる部分は少なくと
も３０個のアミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０
個のアミノ酸を含む。
【００１７】本発明はまた、 Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ ［式中、アミノ末端のＸは水素または金属であり、カル
ボキシル末端のＹは水素または金属であり、R1およびR3
はいずれかのアミノ酸残基または修飾アミノ酸残基であ
り、ｍは１〜１０００の整数または０であり、ｎは１〜
１０００の整数または０であり、R2は本発明のアミノ酸
配列、特に表１のアミノ酸配列またはそれらの修飾形態
を意味する］で示されるポリペプチドを包含する。上記
の式中、R2はアミノ末端残基がその左側でR1に結合し、
そのカルボキシ末端残基がその右側でR3に結合するよう
に方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい
場合、Ｒ1またはＲ3のいずれかでで表されるアミノ酸残
基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれ
であってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。本発明の
他の好ましい具体例は、ｍが１ないし５０、１００また
は５００の間の整数であり、ｎが１ないし５０、１００
または５００の間の整数のものである。本発明がストレ
プトコッカス・ニューモニアエ由来のものであるのが最
も好ましいが、同じ分類学上の属の他の生物由来のもの
であっても好ましい。また本発明ポリペプチドは、例え
ば、同じ科または目から得られるものであってもよい。
【００１８】フラグメントは、その全体が上記したポリ
ペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じ
であるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。
ｄｅｘＢポリペプチドと同様、フラグメントは「独立し
ている（free-standing）」であるか、またはそれらが
一の部分または領域、最も好ましくは単一の連続した領
域、単一のより大きなポリペプチドを形成するより大き
なポリペプチドの中に含まれていてもよい。
【００１９】好ましいフラグメントは、例えば、表１
［配列番号：２］のアミノ酸配列または、アミノ末端を
含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端を含む
連続した一連の残基のような、その変種の一部を有する
末端切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特に、ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ中の本発明のポリペ
プチドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘリック
スおよびアルファヘリックス形成領域、ベータシートお
よびベータシート形成領域、ターンおよびターン形成領
域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎水領
域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、フレ
キシブル領域、表面形成領域、基質結合領域、および高
抗原指数領域を含むフラグメントのような、構造的また
は機能的属性によって特徴づけられるフラグメントもま
た好ましいフラグメントである。
【００２０】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、ｄｅｘＢ
の活性を媒介するフラグメントである。さらに、動物、
特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であるフラグメ
ントも含まれる。特に好ましいものは、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエの生存に必須の機能または個体、
特に、ヒトにおいて疾患を開始または疾病を維持する能
力を与える酵素群の受容体またはドメインからなるフラ
グメントである。
【００２１】本発明のポリペプチドのフラグメントであ
る変種は、ペプチド合成法により対応する全長のポリペ
プチドの製造に使用することができる。したがって、こ
れらの変種は、本発明の全長ポリペプチドを製造するた
めの中間体として使用できる。
【００２２】アミノ酸に関する標準的１文字および３文
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もま
た、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられ
る。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在す
るいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのように
指定される位置にあってもよいことを意味する。
【００２３】ポリヌクレオチド ｄｅｘＢポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ド、詳細には、本明細書でｄｅｘＢと命名されるポリペ
プチドをコードしているポリヌクレオチドを提供するこ
とが本発明の１の目的である。本発明の特に好ましい具
体例において、ポリヌクレオチドは、全長の遺伝子を含
む、表１（配列番号：１）に示す配列を含むｄｅｘＢポ
リペプチド、またはその変種をコードしている領域を含
む。出願人らは、この全長の遺伝子は当該ポリペプチド
を有する生物（例えば、ストレプトコッカス・ニューモ
ニアエ）の増殖および／または生存に必須であると考え
る。本発明のさらなる態様として、ｄｅｘＢポリペプチ
ドおよびポリヌクレオチド、詳細には、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエのｄｅｘＢポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドをコードおよび／または発現する単離核
酸分子が提供され、核酸分子としては、例えば、未プロ
セッシングＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡ、ゲノムＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮＡが挙げられ
る。本発明のさらなる具体例は、生物学的、診断上、予
防上、臨床的または治療上有用なポリヌクレオチドおよ
びポリペプチド、ならびにその変種、ならびにそれらを
含む組成物を包含する。
【００２４】本発明のもう一つの態様は、表１［配列番
号：２］の推定アミノ酸配列を有するｄｅｘＢポリペプ
チドをコードする単離ポリヌクレオチド、それに密接に
関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種に関す
る。
【００２５】もう１つの特に好ましい本発明具体例にお
いて、表１（配列番号：２）のアミノ酸配列を含むかま
たはそれよりなる、ストレプトコッカス・ニューモニア
エ由来のｄｅｘＢポリペプチドが提供される。 表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチド配列のよ
うな本明細書の情報を使用し、出発材料としてストレプ
トコッカス・ニューモニアエ０１００９９３を使用し、
細菌からの染色体ＤＮＡフラグメントをクローニング
し、配列決定し、つづいて全長クローンを得る標準的ク
ローニングおよびスクリーニング法を使用して、ｄｅｘ
Ｂポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチド
を得ることができる。例えば、表１［配列番号：１］に
示す配列のような本発明のポリヌクレオチド配列を得る
には、典型的には、エシェリシア・コリまたは他の適当
な宿主中のストレプトコッカス・ニューモニアエ０１０
０９９３の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーを、
部分配列から由来する放射標識したオリゴヌクレオチ
ド、好ましくは１７量体またはそれより長いオリゴヌク
レオチドでプローブする。ついで、該プローブと同じＤ
ＮＡを有するクローンを厳密な条件を使用して区別でき
る。該オリジナル配列から設計された配列決定プライマ
ーで同定された個々のクローンを配列決定することによ
り、該配列を両方の方向に伸長し、全長を決定すること
が可能である。都合よくは、プラスミド・クローンから
調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いてかかる配列決定を
行う。適当な技法は、Maniatis,T.，Fritsch,E.F.およ
びSambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANU
AL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor, New York（1989）（特に、ハイブ
リダイゼーションによるスクリーニング１.９０および
変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の配列決定１３.７０を参照のこ
と）により記載されている。直接ゲノムＤＮＡ配列決定
を行って全長の遺伝子配列を得てもよい。例えば、表１
［配列番号：１］に示すポリヌクレオチドは、ストレプ
トコッカス・ニューモニアエ０１００９９３から由来す
るＤＮＡライブラリー中に見いだされたものである。
【００２６】そのうえ、表１［配列番号：１］のＤＮＡ
配列は、表１［配列番号：２］に示すのとほぼ同数のア
ミノ酸残基を有し、公知のアミノ酸残基の分子量から計
算できる推定分子量を有する蛋白をコードするオープン
リーディングフレームを有する。配列番号１のヌクレオ
チド番号１と、ヌクレオチド番号１６０６で始まる停止
コドンとの間の配列番号１のポリヌクレオチドが、配列
番号２のポリペプチドをコードする。
【００２７】さらなる態様において、本発明は、下記の
ポリヌクレオチドを含むかまたはそれらよりなる単離ポ
リヌクレオチドを提供する： （ａ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％の同
一性を有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド
配列； （ｂ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％またはちょうど１００％の同一性を有するポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列。 本発明ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド
（ストレプトコッカス・ニューモニアエ以外の種由来の
ホモログおよびオーソログを包含）を、厳密なハイブリ
ダイゼーション条件において、配列番号：１もしくは３
の配列またはそれらのフラグメントを含むかまたはそれ
らよりなる標識または検出可能プローブを用いて適当な
ライブラリーをスクリーニングし、次いで、該ポリヌク
レオチド配列を含む全長遺伝子および／またはゲノムク
ローンを単離する工程を含む。
【００２８】本発明は、表１［配列番号：１］のコーデ
ィング配列と、その全長にわたって同一であるポリヌク
レオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟ポリペ
プチドまたはそのフラグメント用のコーディング配列自
体ならびにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロまたは
プレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列のよう
な他のコーディング配列を有するリーディング・フレー
ム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントのコーディ
ング配列を提供する。ポリヌクレオチドはまた、例え
ば、転写されるが翻訳されない配列、終止シグナル（例
えば、ｒｈｏ−依存的およびｒｈｏ−非依存的終止シグ
ナル）、リボソーム結合部位、Kozak配列、ｍＲＮＡを
安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル
のごとき少なくとも１つの非コーディング５’および
３’配列を包含する非コーディング配列を含むが、これ
らに限定するものではない。また、ポリヌクレオチド配
列はさらなるアミノ酸をコードしているさらなるコーデ
ィング配列を含んでいてもよい。例えば、融合ポリペプ
チドの精製を促進するマーカー配列をコードすることが
できる。本発明のある種の具体例において、マーカー配
列は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において提供さ
れ、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：821
-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチド
であるか、またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767(1
984)）であり、ともにそれらに融合したポリペプチド配
列の精製において有用である。本発明ポリヌクレオチド
は、限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝子
の発現を調節する、本来的に結合している配列からなる
ポリヌクレオチドを包含する。
【００２９】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号１に示されるヌクレオチド１からヌクレオチド１６０
６のすぐ上流にあるヌクレオチドまたはそのヌクレオチ
ドを含むヌクレオチドまでを有するポリヌクレオチドで
あり、それは共にｄｅｘＢポリペプチドをコードする。
【００３０】本発明はまた、式： Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基であり、ｍは１〜３０００の整数または０であ
り、ｎは１〜３０００の整数または０であり、R2は本発
明の核酸配列または修飾核酸配列、特に表１より選択さ
れる核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチド
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、Ｒ1および／ま
たはＲ2のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロ
ポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、
ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、
ＸおよびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、前
記した式のポリヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオ
チドであり、それはその式が第２の鎖が相補性を有する
第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。も
う一つ別の具体例において、ｍおよび／またはｎは１と
１０００の間の整数である。他の好ましい本発明の具体
例は、ｍが１ないし５０、１００または５００の間の整
数であり、ｎが１ないし５０、１００または５００の間
の整数である。
【００３１】本発明のポリヌクレオチドはストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特
に、細菌性ポリペプチド、より詳細には、表１［配列番
号：２］に示すアミノ酸配列を有するストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ・ｄｅｘＢのポリペプチドをコード
する配列を含むポリヌクレオチドを包含する。この用語
はコードおよび／非コーディング配列を含んでもよいさ
らなる領域と共に、該ポリペプチドをコードする単一の
連続または非連続領域（例えば、組み込まれたファー
ジ、挿入された配列、組み込まれたベクター配列、組み
込まれたトランスポゾン配列、またはＲＮＡエデティン
グ（editing）もしくはゲノムＤＮＡ再組織化により中
断されている）を含むポリヌクレオチドを包含する。本
発明はさらに、表１［配列番号：２］の推定アミノ酸配
列を有するポリペプチドの変種をコードする、本明細書
に記載したポリヌクレオチドの変種に関する。本発明の
ポリヌクレオチドのフラグメントである変種は本発明の
全長ポリヌクレオチドの合成に使用できる。
【００３２】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号：２］のｄｅｘＢ
ポリペプチドのアミノ酸配列を有するｄｅｘＢ変種をコ
ードするポリヌクレオチドである。特に好ましくは、ｄ
ｅｘＢポリペプチドの特性、活性を変化させないサイレ
ント置換、付加および欠失である。
【００３３】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列をを有するｄｅｘ
Ｂポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの全長に
わたって少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレ
オチドおよびそのようなポリヌクレオチドに相補的なポ
リヌクレオチドである。また、最も好ましいものは、ｄ
ｅｘＢポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと全
長にわたって少なくとも８０％の同一性を有する領域か
らなるポリヌクレオチドおよびそれと相補的なポリヌク
レオチドである。この点で、その同じものと全長にわた
って少なくとも９０％の同一性を有するポリヌクレオチ
ドが特に好ましく、中でも少なくとも９５％の同一性を
有するものが特に好ましい。さらには、少なくとも９５
％の同一性を有するものの中で少なくとも９７％の同一
性を有するものがより好ましく、中でも少なくとも９８
％および少なくとも９９％の同一性を有するものが特に
好ましい。少なくとも９９％の同一性を有するものがよ
り好ましい。好ましい具体例は、表１［配列番号：１］
のＤＮＡによってコードされている成熟ポリペプチドと
実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドである。本発明の
ある好ましい具体例によれば、特に厳密な条件下で、例
えば表１のポリヌクレオチドのごときｄｅｘＢポリヌク
レオチド配列にハイブリダイゼーションするポリヌクレ
オチドが提供される。
【００３４】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドに厳密な条件下でハイブリダイ
ゼーションするポリヌクレオチドに関する。本明細書で
用いる場合、「厳密な条件」および「厳密なハイブリダ
イゼーション条件」という語は、ハイブリダイゼーショ
ンが、配列間に少なくとも９５％、好ましくは少なくと
も９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味す
る。厳密なハイブリダイゼーション条件の一例として、
５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎa
Ｃl、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン
酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denhard
t’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μｇ／
ｍｌ変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一
夜インキュベーションし、ついでハイブリダイゼーショ
ン支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄すること
が挙げられる。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件
は公知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLONING：ALABO
RATORY MANUAL，Second Edition，Cold Spring Harbor,
N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されている。本発
明により提供されるポリヌクレオチド配列に関して溶液
ハイブリダイゼーションを用いてもよい。
【００３５】本発明は、配列番号：１に示したポリヌク
レオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラリー
を、厳密なハイブリダイゼーション条件下、配列番号：
１に示す該ポリヌクレオチド配列の配列を有するプロー
ブまたはそのフラグメントでスクリーニングし、該ＤＮ
Ａ配列を単離することにより得ることができるポリヌク
レオチド配列を含むかまたはそれよりなるポリヌクレオ
チドを提供する。そのようなポリヌクレオチドを得るの
に有用なフラグメントには、例えば、本明細書のいずれ
かの場所で十分に説明するプローブおよびプライマーが
包含される。
【００３６】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用し、ｄｅｘＢをコードする全長ｃ
ＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ｄｅｘＢ遺伝子
に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡ
およびゲノムクローンを単離することができる。そのよ
うなプローブは、一般に、少なくとも１５塩基を含むで
あろう。好ましくは、そのようなプローブは少なくとも
３０塩基からなり、少なくとも５０塩基を有してもよ
い。特に好ましいプローブは、少なくとも２０塩基を有
し、３０以下の塩基を有する。例えば、ｄｅｘＢ遺伝子
のコード領域は、表１（配列番号：１）のＤＮＡ配列を
使用してスクリーニングしてオリゴヌクレオチド・プロ
ーブを合成することにより単離できる。ついで、本発明
の遺伝子の配列と相補性の配列を有する標識したオリゴ
ヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍ
ＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、ライブラリ
ーのどのメンバーがプローブとハイブリダイゼーション
するか決定する。
【００３７】全長のＤＮＡを得るための、あるいは短い
ＤＮＡを伸長させるための利用可能で当業者によく知ら
れたいくつかの方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅
速増幅（ＲＡＣＥ）（例えば、Frohman, et al., PNAS
USA 85,8998-9002, 1988参照）に基づく方法がある。ma
rathonTM法（Clontech Laboratories Inc.）に例示され
る当該方法の最近の変法は、例えば、より長いｃＤＮＡ
の検索を有意に簡単にしている。MarathonTM法におい
て、ｃＤＮＡは選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調
製され、各末端に「アダプター」配列が連結される。次
いで、遺伝子特異的かつアダプター特異的オリゴヌクレ
オチドプライマーを用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行って
ＤＮＡの「失われた」５’末端を増幅する。次いで、
「ネステッド」プライマー、すなわち、増幅生成物の範
囲ににアニールするように設計されたプライマー（典型
的には、アダプター配列中のさらなる３’にアニールす
るアダプター特異的プライマーならびに選択遺伝子配列
中のさらなる５’にアニールする遺伝子特異的プライマ
ー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、この反応
の生成物をＤＮＡ配列決定により分析し、次いで、存在
しているＤＮＡに生成物を直接結合して完全配列を得る
こと、あるいは５’プライマーの設計に関する新たな配
列の情報を用いて別個の全長ＰＣＲを行うことにより、
全長のＤＮＡを構築する。
【００３８】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号
１または２または３または４）の配列に由来するオリゴ
ヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明
細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに
使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体と
して、または部分的に感染組織において細菌中で転写さ
れるか否か測定する。そのような配列はまた、病原体が
達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性
がある。
【００３９】また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるア
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への蛋白
のプロセッシングにおいて役割を果たし、蛋白を運び、
蛋白の半減期を長くしたり、短くしたり、あるいは分析
または生産のための蛋白の取り扱いを容易にすることが
できる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は
細胞酵素により成熟蛋白からプロセッシングにより除か
れる。本発明の各ポリヌクレオチドおよび全ポリヌクレ
オチドについて、それに相捕的なポリヌクレオチドが提
供される。これらの相捕的ポリヌクレオチドが、相捕的
である各ポリヌクレオチドに対して十分に相捕的である
ことが好ましい。一またはそれ以上のプロ配列に融合し
たポリペプチドの成熟形態を有する前駆体蛋白は該ポリ
ペプチドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不
活性前駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ
配列のいくらかまたは全体を、活性化の前に除去でき
る。一般に、そのような前駆体はプロ蛋白と称される。
【００４０】核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎ
がそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成す
る効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、
４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡ
またはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味す
る。
【００４１】要するに、本発明のポリヌクレオチドは成
熟蛋白、リーダー配列の加わった成熟蛋白（プレ蛋白と
も称される）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１また
はそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、また
はリーダー配列と、一般に、ポリペプチドの活性な成熟
形態を生成するプロセッシング工程の間に除去される１
またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体で
あるプレプロ蛋白をコードする。
【００４２】ベクター、宿主細胞、発現系 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作される宿主細胞および組換え技術による本発明のポ
リペプチドの製造に関する。さらに無細胞翻訳系を用
い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用してかか
る蛋白を製造することができる。本発明の組み換えポリ
ペプチドを、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞か
ら、当業者によく知られた方法により製造してもよい。
したがって、さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む発現系、か
かる発現系で遺伝子操作された宿主細胞、ならびに組み
換え法による本発明ポリペプチドの製造に関する。組換
え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系も
しくはそれらの一部、または本発明のポリヌクレオチド
を取り込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞
への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、
ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、ト
ランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオ
ン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーシ
ョン、トランスダクション、スクレープ・ローディン
グ、弾道導入および感染のような、Davisら、BASIC MET
HODS IN MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrook
ら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd E
d. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring
Harbor, N.Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マ
ニュアルに記載されている方法によって行うことができ
る。
【００４３】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）、シアノバクテリア（cyanpobact
eria）、枯草菌（Bacillus subtilis）およびストレプ
トコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoni
ae）のごとき細菌細胞；クルベロミセス（Kluveromyce
s）、サッカロミセス（Saccharomyces）のごとき酵母細
胞、担子菌、カンジダ・アルビカンス（Candidaalbican
s）およびアスペルギルス（Aspergillus）；ドロソフィ
ラ（Drosophila）S2およびスポドプテラ（Spodoptera）
Sf9細胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T
3、BHK、293、CV-1およびボーウェス（Bowes）メラノー
マ細胞のごとき動物細胞；および裸子植物または被子植
物のごとき植物細胞を包含する。
【００４４】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多様な発現系を使用することができる。かかる系
は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来
の系、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファー
ジ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿
入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュ
ロウイルス、ＳＶ４０のごときパポバウイルス、ワクシ
ニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイ
ルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのような
ウイルス由来のベクター、およびコスミドおよびファー
ジミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺
伝因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに
由来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を
制御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。
一般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅ま
たは発現し、および／またはポリペプチドを発現するの
に適した系またはベクターを、この点にて発現に使用し
てもよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、
MOLECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示
されている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技
術のいずれかによって、発現系に挿入してもよい。
【００４５】真核細胞の組み換え発現系において、翻訳
された蛋白を小胞体内腔、周辺腔または細胞外環境に分
泌するために、適当な分泌シグナルを発現されるポリペ
プチドに挿入してもよい。これらのシグナルは、ポリペ
プチドに固有のものであってもよく、または異種のシグ
ナルであってもよい。本発明のポリペプチドは、硫酸ア
ンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、アニオンま
たはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロー
スクロマトグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィ
ー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシル
アパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマト
グラフィーを包含する、よく知られた方法によって組換
え細胞培養物から回収および精製できる。最も好ましく
は、高品質液体クロマトグラフィーが精製に使用され
る。ポリペプチドが単離および／または精製の間に変性
する場合、蛋白を再生するための周知方法を用いて、再
び活性な立体配座とすることができる。
【００４６】診断、予後、セロタイピングおよび変異ア
ッセイ また本発明は、診断試薬として使用するための本発明の
ｄｅｘＢポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生
物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｄｅｘＢポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの検出は、疾
患の診断、疾病の段階の決定、または薬剤に対する感染
生物の応答に関する診断方法を提供するであろう。ｄｅ
ｘＢ遺伝子または蛋白を含む生物に感染、または感染の
可能性がある真核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒト
を、種々のよく知られた方法ならびに本明細書記載の方
法により核酸レベルまたはアミノ酸レベルで検出でき
る。
【００４７】予後、診断または他の分析に供するポリペ
プチドおよびポリヌクレオチドは、感染していると思わ
れる個体および／または感染した個体の身体材料から得
られる。これらの源由来のポリヌクレオチド、特にＤＮ
ＡまたはＲＮＡを検出に直接用いてもよく、あるいは分
析に付す前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いるこ
とにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡ（詳細にはｍＲＮ
Ａ）、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡも同じようして使用
できる。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の種
および株を原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴
づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較した
増幅生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検
出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識したｄｅｘ
Ｂポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションさせ
ることにより同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮ
ase消化により、または融解温度の差により、誤対合二
重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変性剤
を伴ったまたは変性剤を含まないゲル中のＤＮＡフラグ
メントの電気泳動の移動度の変化により、または直接的
なＤＮＡの配列決定により検出できる。例えば、Myers
ら、Science，230:1242（1985）を参照のこと。特異的
な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ保護アッセ
イ、例えば、ＲＮaseおよびＳ１保護または化学的切断
法によっても明らかにすることができる。例えば、Cott
onら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，85:4397-4401（198
5）を参照のこと。ヌクレアーゼ保護アッセイ、例え
ば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１およびＳ２保護アッセイまたは化
学的開裂法により、特定位置における配列の変化を明ら
かにすることができる。例えば、Cotton et al., Proc.
Natl.Acad. Sci., USA, 85:4397-4401 (1985)参照。
【００４８】もう１つの具体例において、ｄｅｘＢヌク
レオチド配列またはそのフラグメントを含むオリゴヌク
レオチドプローブの一群を構築して、例えば遺伝学的変
異、セロタイプ、分類学的分類または同定のための効果
的なスクリーニングを行うことができる。アレイ法は適
応範囲が広く、遺伝子発現、遺伝学的連関、および遺伝
学的変化を包含する分子遺伝学における種々の問題を解
決するために用いられる（例えば、Chee et al., Scien
ce,274:610 (1996)参照）。
【００４９】よって、もう１つの態様において、本発明
は、（ａ）本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番
号：１のヌクレオチド配列、またはそのフラグメント；
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相捕的なヌク
レオチド配列；（ｃ）本発明ポリペプチド、好ましくは
配列番号：２のポリペプチド、またはそのフラグメン
ト；あるいは（ｄ）本発明ポリペプチドに対する抗体、
好ましくは配列番号：２のポリペプチドに対する抗体を
含む診断キットに関する。かかるキットにおいて、
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が重要な成分を含
んでいてもよいことが理解されよう。かかるキットは、
とりわけ疾病または疾病に対する感受性についての診断
において有用である。
【００５０】また本発明は、診断試薬としての本発明ポ
リヌクレオチドの使用にも関する。疾病または発病に関
連した本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、ポリヌクレ
オチドの発現低下、発現過剰または発現の変化により生
じる疾病の診断、疾病経過の予後、疾病段階の決定、ま
たは疾病に対する感受性の決定に加えて用いる診断用道
具、またはかかる診断等の決定のための道具を提供する
であろう。かかるポリヌクレオチドにおける変異を有す
る生物、特に感染生物を、本明細書記載のいずれかの場
所で説明するような種々の方法によりポリヌクレオチド
レベルで検出してもよい。
【００５１】本発明ヌクレオチド配列は生物の染色体の
同定にも価値がある。配列は特別に標的化され、生物
（詳細にはストレプトコッカス・ニューモニアエ）の染
色体上の特定の位置とハイブリダイゼーションしうる。
本発明染色体に関連した配列のマッピングは、それらの
配列を病原性および／または生物の環境学的地位および
／または生物の薬剤耐性とを関連づけ、さらには生物に
遺伝子を対応させることにおける重要な工程でありう
る。配列を正確な染色体位置にマッピングしたならば、
染色体上の配列の物理的位置を遺伝学的地図のデータと
関連づけることができる。かかるデータは、配列データ
ベースにおいてオンラインで見いだされる。次いで、遺
伝学的方法、例えば、連関（物理的に近接した遺伝子の
同時遺伝）の分析、あるいはコンジュゲーション（conj
ugation）のごとき接合の研究により、同じ染色体領域
にマッピングされた遺伝子と疾病との関係を同定する。
第１の表現型を有する生物と、異なる第２の表現型を有
する生物との間のポリヌクレオチドおよび／またはポリ
ペプチド配列の相違を調べることもできる。第１の表現
型を有する生物のいくつかまたは全部に変異が観察され
るが、第２の表現型を有する生物には変異が観察されな
い場合、変異は第１の表現型の発生原因である可能性が
ある。
【００５２】本発明のポリヌクレオチドおよび／またあ
ポリペプチド中に変異または多型性（対立遺伝子変異）
を担持する生物由来の細胞を、例えばセロタイピングを
可能にするような種々の技術によりＤＮＡレベルで検出
できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡにおける
変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出
系、例えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に
好ましい。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた
同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることがで
きる。一例として、ｄｅｘＢポリペプチドをコードする
核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて変異を同定お
よび分析することができる。典型的なプライマーの例を
下表２に示す。
【００５３】 表２ ｄｅｘＢポリヌクレオチド増幅用プライマー 配列番号 プライマー配列 5 5'-TTTGGCTTTC TCCCGTTTAT G-3' 6 5'-GACAATTCTTGCCCCTTTGG-3'
【００５４】また本発明は、式： Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基または修飾ヌクレオチド残基であり、ｍは１〜２
０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または０
であり、R2は本発明プライマー配列、特に表２より選択
される核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチ
ドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基
で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、好ましくは表１のポ
リヌクレオチドの領域に相捕的なヘテロポリマーであ
る。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは１
ないし１０の間の整数である。
【００５５】さらに本発明は、５’および／または３’
末端から１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたプライマーを提供する。特に、これらのプライマー
を、個体由来の試料、例えば身体材料から単離されたｄ
ｅｘＢＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に用いること
ができる。プライマーを用いて感染個体から単離された
ポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオチド配列研
究のための種々の方法に供してもよい。このようにし
て、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、変異を用
いて感染または感染段階もしくは経路を診断および／ま
たは予後を行い、あるいは感染物のセロタイプおよび／
または分類を行ってもよい。
【００５６】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１［配列番号：
１］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベルの上
昇を、個体由来のサンプルから決定することを特徴とす
る方法を提供する。ｄｅｘＢポリヌクレオチドの発現の
増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当
該分野で周知の方法である任意の方法、例えば増幅、Ｐ
ＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッテ
ィング、スペクトロメトリーおよびその他のハイブリダ
イゼーション法を用いて測定できる。
【００５７】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
ｄｅｘＢポリペプチドの過剰発現を検出するための本発
明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検
出することができる。宿主由来のサンプル中のｄｅｘＢ
ポリペプチドのレベルを決定するために用いることがで
きるアッセイ技法は、当業者に周知である。このような
アッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的結合アッ
セイ、ウェスタンブロット分析、抗体サンドイッチアッ
セイ、抗体検出およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。
【００５８】ディファレンシャル発現（differential e
xpression） 本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、ディフ
ァレンシャルスクリーニング法の試薬として用いてもよ
い。多くのディファレンシャルスクリーニングおよびデ
ィファレンシャルディスプレイ法が当該分野に存在し、
本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いるこ
とができる。例えば、ディファレンシャルディスプレイ
法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036 (19
93)に記載されている。この方法は、ランダムプライム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。
【００５９】インビボ発現法（ＩＶＥＴ）はCamilli et
al., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (199
4)に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物と
の比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。
【００６０】ＲＴ−ＰＣＲを用いて遺伝子発現パターン
を分析してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲ
Ｔ−ＰＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組
織、例えばネズミの感染後４８時間たった肺から単離
し、次いで、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされ
たＲＮＡ試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プラ
イマーペアーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲ
ＮＡ量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による
特定のｍＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中
で転写された細菌遺伝子についての情報を提供する。遺
伝子転写の分析を感染の異なる時点において行って細菌
による発病における遺伝子調節についての詳細な知識を
得て、いずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニング
のための標的であるのかを明確に理解することができ
る。使用ＰＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質によ
り、細菌ｍＲＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必
要があるとはいえないことが理解されよう。このこと
は、感染組織からの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能
にし、細菌中で非常に短命（半減期２分のオーダー）な
細菌ｍＲＮＡ種を得ることを可能にする。最適には、非
常に短時間のうちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存
在下で機械的に破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬お
よびＤＮＡａｓｅ処理を製造者の指示に従って行って夾
雑ＤＮＡを除去することにより、感染ネズミ肺組織から
細菌ｍＲＮＡを調製する。好ましくは、適当に標識され
た配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノー
ザンをプローブすることにより検出されるストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡが最
大量となるような条件を見いだすことによってプロセス
を最適化する。典型的には、５’色素標識プライマーを
ＰＣＲ反応において各ＰＣＲプライマーペアーに用い、
最適にはＰＣＲ反応を８ないし２５サイクルで終了す
る。ＰＣＲ生成物を６％ポリアクリルアミドで分離し、
GeneScanner（ＡＢＩにより製造されている）を用いて
検出し定量する。
【００６１】グリッディング（gridding）およびポリヌ
クレオチド引き算 方法は、いわゆる「高密度ＤＮＡアレイ（high density
array）」またはグリッドを用いる遺伝子発現および同
一性についての情報を得るためのものである。例えば、
M.Chee et al., Science, 274:610-614 (1996)およびそ
の中の引用文献参照。かかるグリッディングアッセイを
用いて、発現配列タグ（ＥＳＴ）と呼ばれるある種の新
規遺伝子配列が同定された（Adams et al., Science, 2
52:1651-1656 (1991)）。遺伝子産物に基づいて特定の
遺伝子配列を同定するための方法のバラエティーも記載
されている。例えば、１９９１年５月３０日公開国際特
許出願ＷＯ９１／０７０８７参照。さらに、所望配列の
増幅のための方法が記載されている。例えば、１９９１
年１１月１４日公開の国際特許出願ＷＯ９１／１７２７
１参照。
【００６２】本発明ポリヌクレオチドをポリヌクレオチ
ドアレイの成分として、好ましくは高密度アレイまたは
グリッドとして用いてもよい。これらの高密度アレイは
診断および予後目的に特に有用である。例えば、異なる
遺伝子、さらにはポリヌクレオチドまたは本発明ポリヌ
クレオチドを含む各スポットのセットをプロービング
（身体試料から得たプローブを用いるハイブリダイゼー
ションまたは核酸増幅を用いるプロービングのごとき）
に使用して、個体中の特定のヌクレオチド配列または関
連配列の存在を決定してもよい。かかる存在は、病原
体、特にストレプトコッカス・ニューモニアエの存在を
示す可能性があり、疾病または疾病経過の診断および／
または予後に有用である可能性がある。配列番号：１の
ポリヌクレオチド配列の多くの変種を含むグリッドが好
ましい。また、配列番号：２のポリペプチド配列をコー
ドしているポリヌクレオチド配列の多くの変種を含むも
のが好ましい。
【００６３】抗体 本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドまたはそれ
らの変種、あるいはそれらを発現する細胞を、かかるポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドそれぞれに対して免
疫特異的な抗体を得るための免疫原として用いることが
できる。１の好ましい本発明の具体例において、ｄｅｘ
Ｂポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対する抗体が
提供される。
【００６４】本発明のポリペプチドに対して得られる抗
体は、ポリペプチドあるいはエピトープが付いたフラグ
メント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の
動物に、慣用的プロトコールを用いて投与することによ
り得ることができる。モノクローナル抗体を調製する場
合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当該分野にて周知の技術を用いることができる。例え
ば、Kohler, G.およびMilstein, C., Nature，256：495
−497（1975）；Kozborら、Immunology Today, 4：72
（1983）；Coleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER
THERAPY, Alan R Liss,Inc.、77−96頁（1985）に記載
されるような種々の技法が挙げられる。
【００６５】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。
【００６６】別法として、ファージディスプレイ（phag
e display）技法を利用して、抗‐ｄｅｘＢの保持に関
してスクリーニングしたヒトのリンパ球のＰＣＲ増幅し
たｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無処理のライ
ブラリー由来の、ポリペプチドに対する結合活性を有す
る抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty,Ｊ.ら、Na
ture 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、Biotechnolog
y 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親和性はチェイ
ンシャフリング（chain shuffling）により改善するこ
ともできる（Clackson,T.ら、Nature 352:624-628（199
1））。
【００６７】前記の抗体を用いてポリペプチドを発現す
るクローンを単離または同定することができ、アフィニ
ティークロマトグラフィーにより該ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドを精製することができる。従って、と
りわけ、ｄｅｘＢポリペプチドまたはｄｅｘＢポリヌク
レオチドに対する抗体を用いて、感染、とりわけ細菌感
染を治療することができる。
【００６８】ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。
【００６９】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはその融合蛋白は、マウスまたは他
の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫するため
の抗原として使用される。融合蛋白はポリペプチドに安
定性を付与できる。抗原は、例えば抱合することによ
り、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブミン
（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペット・ヘモシアニ
ン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させ
ることができる。別法として、蛋白もしくはポリペプチ
ド、またはその抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペ
プチドの多重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫
原性を改良するのに十分な抗原性を有しており、キャリ
ヤを使用しなくてすむ。
【００７０】好ましくは、抗体またはその変種を修飾し
て個体における免疫原性を減少させる。例えば、個体が
ヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」され
ており；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明の１の態様によれば、治療または予防
目的、詳細には遺伝学的免疫化のための本発明ポリヌク
レオチドの使用が提供される。本発明の特に好ましい具
体例は、ｄｅｘＢポリヌクレオチドの自然発生対立遺伝
子変種およびそれによりコードされるポリペプチドであ
る。
【００７１】本発明ポリヌクレオチドの遺伝学的免疫に
おける使用には、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉
への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（199
2）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（196
3））、特異的蛋白キャリヤを複合させたＤＮＡの送達
（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、リン酸
カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS USA 83：9551（1986））、種々の形態のリポソ
ーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243：375
（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356：152（1
992）；Eisenbraunら、ＤＮＡ Cell Biol 12：791（199
3））およびクローン化レトロウイルスベクターを用い
たインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（198
4））などの適当な送達方法を用いる。
【００７２】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 さらに、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドを
用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブラ
リー、および天然産物の混合物中の、小分子基質とリガ
ンドとの結合を評価することもできる。これらの基質お
よびリガンドは天然の基質およびリガンドでよく、また
は構造上もしくは機能上の模倣物でもよい。例えば、Co
liganら、Current Protocols in Immunology 1（2）：
第5章（1991）を参照のこと。
【００７３】本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドは多くの生物学的機能の原因であり、該機能には多く
の疾病状態、詳細には上記疾病が包含される。それゆ
え、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能を刺激
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
法を工夫することが望ましい。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドならびに関連ポリペプチドおよびポリヌク
レオチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定する
ためのスクリーニング方法を提供する。一般的には、ア
ゴニストまたはアンタゴニストを上記疾病の治療および
予防のために用いてもよい。種々の源、例えば、細胞、
無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物の混合
物から化合物を同定できる。そのようにして同定された
かかるアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤は、天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素等であって
もよく、場合によってはｄｅｘＢポリペプチドおよびポ
リヌクレオチド、あるいはそれらの構造上または機能上
の模倣物であってもよい（Coligan et al., CurrentPro
tocols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1991)参
照）。
【００７４】スクリーニング法は、単に化合物のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドへの、あるいはポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドを有する細胞もしくは膜へ
の、あるいはポリペプチド含む融合蛋白への結合を、直
接的または間接的に候補化合物に結合した標識により測
定するものであってもよい。別法として、スクリーニン
グ法は標識競争物質との競争を用いるものであってもよ
い。さらに、これらのスクリーニング法は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドを含む細胞に適した検出系を
用いて、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性化
または阻害により生じるシグナルを化合物が発生させる
かどうかを試験するものであってもよい。一般的には、
既知アゴニスト存在下で活性化の阻害剤をアッセイし、
次いで、候補化合物存在下でのアゴニストによる活性化
の効果を観察する。構成的に活性のあるポリペプチドお
よび／または構成的に発現されるポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドを、アゴニストまたは阻害剤の効果を逆
転させる物質を探すスクリーニング法に用いてもよく、
候補化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活
性化を阻害するかどうかを試験することによる。さら
に、スクリーニング法は、単に、候補化合物を本発明ポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドを含有する溶液と混
合して混合物を作成し、混合物中のｄｅｘＢポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチド活性を測定し、次い
で、混合物中のｄｅｘＢポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチド活性を標準に対して比較することを特徴
とする。Ｆｃ部分および上記ｄｅｘＢポリペプチドから
作成されるような融合蛋白を用いて高処理量アッセイを
行って本発明ポリペプチドのアンタゴニストならびに系
統分類的および／または機能的に関連したポリペプチド
を同定することもできる（D.Bennett et al., J. Mol.
Recognition, 8:52-58 (1955);およびK.Johanson et a
l., J. Biol. Chem., 270(16):9549-9471 (1955)参
照）。
【００７５】本発明ポリペプチドと結合および／または
相互作用するポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび抗
体を用いて、細胞中のｍＲＮＡおよび／またはポリペプ
チドの精製に対する添加化合物の影響を検出するための
スクリーニング方法を組み立ててもよい。例えば、ＥＬ
ＩＳＡアッセイを構築して、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌または細胞
結合レベルを、当該分野において標準的な方法により測
定してもよい。これにより、適当に操作された細胞また
は組織からのポリペプチドの生成を阻害または促進しう
る作用剤（それぞれ、アンタゴニストまたはアゴニスト
という）を見いだすことができる。
【００７６】本発明はまた、ｄｅｘＢポリペプチドまた
はポリヌクレオチドの作用、特に静菌および／または殺
菌性である化合物の作用を亢進（アゴニスト）または遮
断（アンタゴニスト）する化合物を同定するための化合
物のスクリーニング方法を提供する。スクリーニング方
法には高処理量（high−throughput）技術が包含され
る。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリ
ーニングするために、ｄｅｘＢポリペプチドおよびかか
るポリペプチドの標識基質またはリガンドを含む合成反
応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のごと
き細胞コンパートメント、またはそれらのいずれかの調
製物を、ｄｅｘＢアゴニストまたはアンタゴニストであ
るかもしれない候補分子の存在下または不在下でインキ
ュベートする。候補分子がｄｅｘＢポリペプチドに作動
または拮抗する能力は、標識リガンドの結合の低下また
はかかる基質からの生成物の生成低下に反映される。結
合しても影響を及ぼさない分子、すなわちｄｅｘＢポリ
ペプチドの効果を誘起しない分子は、ほとんどの場合、
良好なアンタゴニストであろう。よく結合し、基質から
の生成物の生成速度を高め、シグナルトランスダクショ
ンを増大させ、あるいは化学チャンネル活性を増大させ
る分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成速
度、シグナルトランスダクション、あるいは化学チャン
ネル活性のレベルの検出はリポーターシステムを用いる
ことにより強調できる。この点に関して有用なリポータ
ーシステムは、生成物に転換される比色標識基質、ｄｅ
ｘＢポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に
応答するリポーター遺伝子、および当該分野で公知の結
合アッセイを包含するが、これらに限定するものではな
い。
【００７７】本発明ポリペプチドを用いて膜結合または
可溶性受容体を同定してもよく、かかるポリペプチドは
当該分野において標準的な受容体結合法により同定され
る。これらの方法、リガンド結合およびクロスリンキン
グアッセイを包含するが、これらに限らない。これらの
方法において、ポリペプチドを放射性標識（例えば12 5
Ｉ）、化学修飾（例えばビオチン化）または検出および
精製に適したペプチド配列に融合され、推定上の受容体
（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材
料）の源とともにインキュベーションする。他の方法は
表面プラスモン共鳴および分光学的法法を包含する。こ
れらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドのそ
の受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニスト
およびアンタゴニストを同定してもよい。かかるアッセ
イを行うための標準的方法は当該分野においてよく知ら
れている。
【００７８】蛍光タグを付した分子に関する蛍光分極値
は回転相関時間（rotational correlation time）また
は回転速度（tumbling rate）に依存する。別の応答レ
ギュレーターポリペプチドもしくは他のポリペプチドと
結合した応答レギュレーターポリペプチドのごとき蛋白
複合体であって蛍光標識分子を含むように標識されてい
るものは、蛍光標識されたモノマー蛋白よりも高い分極
値を有するであろう。この方法を用いて、ポリペプチド
複合体を分裂させる小型分子を特徴づけるのが好まし
い。
【００７９】蛍光エネルギー転移を用いて、応答レギュ
レーターポリペプチドダイマー、トリマー、テトラマ
ー、または高次構造、あるいは別のポリペプチドに結合
した応答レギュレーターポリペプチドにより形成される
構造の形成を妨害する小型分子を特徴づけてもよい。応
答レギュレーターポリペプチドをドナーおよびアクセプ
ター両方の蛍光発色団で標識することができる。２種の
標識種を混合し、ドナー蛍光発色団を励起したならば、
アクセプターの蛍光を観察することにより蛍光エネルギ
ー転移を検出することができる。ダイマー化をブロック
する化合物は蛍光エネルギー転移を阻害するであろう。
【００８０】表面プラスモン共鳴を用いて、応答レギュ
レーターポリペプチドの自己結合ならびに応答レギュレ
ーターポリペプチドと別のポリペプチドもしくは小型分
子との結合に対する小型分子の影響をモニターすること
ができる。低いサイト密度（site density）において応
答レギュレーターポリペプチドをセンサーチップにカッ
プリングさせて、共有結合分子がモノマー性となるよう
にすることができる。次いで、溶液蛋白を応答レギュレ
ーターポリペプチド被覆表面上に通し、局所屈折率の変
化により生じる共鳴角の変化をモニターすることにより
特異的結合をリアルタイムで検出することができる。こ
の方法を用いて、応答レギュレーターポリペプチドの自
己結合ならびに応答レギュレーターポリペプチドと別の
ポリペプチドもしくは小型分子との結合に関する反応速
度および平衡結合定数に対する小型分子の影響を特徴づ
けることができる。
【００８１】シンチレーション近接アッセイを用いて、
応答レギュレーターポリペプチドと別の応答レギュレー
ターポリペプチドもしくは別の分子との結合の間の相互
作用を特徴づけることができる。応答レギュレーターポ
リペプチドをシンチレーション充填ビーズにカップリン
グさせることができる。放射性標識応答レギュレーター
ポリペプチドの添加は結合を生じ、放射性源分子はシン
チレーション液に極めて近接した状態となる。よって、
応答レギュレーターポリペプチドの結合によりシグナル
が放出され、応答レギュレーターポリペプチドの自己結
合または応答レギュレーターポリペプチドと別のポリペ
プチドもしくは小型分子との結合を妨害する化合物はシ
グナルを減少させるであろう。
【００８２】ＩＣＳバイオセンサーはＡＭＢＲＩ（Aust
ralian Membrane Biotechnology Research Institute）
により記載されている。それらは高分子の自己結合をカ
ップリングし、懸濁膜二重層中のガンマシジンにより促
進されるイオンチャンネルを閉鎖し、それゆえバイオセ
ンサーのアドミッタンス（イン−ダンスと同様）の測定
可能な変化が起こる。このアプローチは６０回のアドミ
ッタンス変化でも直線性があり、理想的には、小型分子
コンビナトリアルライブラリーの大規模な高処理量スク
リーニングに適する。
【００８３】本発明の他の具体例において、本発明ポリ
ペプチドおよびまたはポリヌクレオチドと結合あるいは
相互作用して、その活性または発現を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドへの結合、あるいはポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との他
の相互作用を可能にする条件下で本発明ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき
化合物と接触させて、アゴニストとの結合あるいは他の
相互作用を評価し（該方法において、好ましくは、かか
る結合または相互作用はポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答した検出可能シグナルを提供しうる第２の化合物に関
連したものである）、次いで、ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作
用から生じるシグナルの存在または不存在を検出するこ
とにより、化合物がポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドと結合あるいは相互作用し、その活性または
発現を活性化または阻害するかどうかを決定する方法が
提供される。
【００８４】ｄｅｘＢアンタゴニストのアッセイのもう
１つの例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、ｄｅ
ｘＢおよび潜在的なアンタゴニストを、ｄｅｘＢ結合分
子、組換えｄｅｘＢ結合分子、天然基質もしくはリガン
ド、または基質もしくはリガンド模倣物と混合する、競
合アッセイである。ｄｅｘＢ分子を例えば放射活性また
は比色化合物により標識し、結合分子に結合した、ある
いは生成物に変換したｄｅｘＢ分子の数を正確に決定し
て、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
【００８５】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチドと結合し、そ
れによりその活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、
ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的
アンタゴニストはまた、ｄｅｘＢにより誘導される活性
を誘導しない結合分子のような結合分子の同一部位に結
合し、ｄｅｘＢを結合から排除することによりｄｅｘＢ
の作用を妨げる、密接に関連した蛋白または抗体のよう
な小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであってもよ
い。
【００８６】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合してその部位を占領し、それにより細
胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性
を妨害する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型
有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含するが、こ
れらに限定するものではない。その他の潜在的なアンタ
ゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子
についての記載に関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:
560（1991）；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE IN
HIBTORS OF GENE EXPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラ
ートン、フロリダ州（1988）を参照のこと）。好ましい
潜在的アンタゴニストは、ｄｅｘＢに関連する化合物お
よびその変種を包含する。好ましい潜在的なアンタゴニ
ストはｄｅｘＢに関連した化合物およびｄｅｘＢの変種
を包含する。潜在的なポリペプチドアンタゴニストの他
の例は抗体を包含し、あるいはいくつかの場合には、ポ
リペプチドのリガンド、基質、受容体、酵素等の密接に
関連したオリゴヌクレオチドまたは蛋白、あるいはリガ
ンド、基質、受容体、酵素等のフラグメント、あるいは
本発明ポリペプチドに結合するが応答を誘発せず、その
結果ポリペプチドの活性が阻害することとなる小型分子
を包含する。
【００８７】ある種の本発明ポリペプチドは天然ｄｅｘ
Ｂポリペプチドの生物学的模倣物、機能的模倣物であ
る。これらの機能的模倣物を、とりわけ、ｄｅｘＢポリ
ペプチドの活性に拮抗するように、あるいは本明細書に
いずれかの場所に記載の様式で抗原または免疫原として
用いてもよい。本発明ポリペプチドの機能的模倣物は末
端切断ポリペプチドを包含するが、これに限らない。例
えば、好ましい機能的模倣物は、配列番号：２に示すポ
リペプチドを含むポリペプチドであってアミノまたはカ
ルボキシ末端の２０、３０、４０、５０、６０、７０ま
たは８０個のアミノ酸を欠くポリペプチドを包含し、さ
らにこれらの末端切断配列の１つまたはそれ以上のもの
を含む融合蛋白を包含する。これらの機能的模倣物のそ
れぞれをコードしているポリヌクレオチドを発現カセッ
トとして用いて各模倣物ポリペプチドを発現させてもよ
い。これらのカセットが５’および３’制限部位を有し
ていて所望の場合にカセットを一緒にして連結するため
の便利な手段となることが好ましい。これらのカセット
が当該分野で知られたまたは本明細書にいずれかの場所
に記載された遺伝子発現シグナルを含むことがさらに好
ましい。
【００８８】よって、もう１つの態様において、本発明
は、本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドに関するアゴニスト、アンタゴニスト、リガンド、受
容体、基質、酵素等；あるいはかかるポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドの生成を減少または促進す
る化合物を同定するためのスクリーニングキットに関す
る。該キットは、（ａ）本発明ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチド；（ｂ）本発明ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドを発現する組み換え細胞；
（ｃ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する細胞膜；あるいは（ｄ）本発明ポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチドに対する抗体を含
むものであり、好ましくは該ポリペプチドは配列番号：
２のものであり、好ましくは該ポリヌクレオチドは配列
番号：１のものである。かかるキットにおいて、
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は重要成分を含有
していてもよいことが理解されよう。
【００８９】本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドを、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の構
造に基づく設計方法に用いてもよいことが、当業者に容
易に理解されよう。該方法は、（ａ）最初にポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチド、またはそれらの複
合体の３次元構造を決定し、（ｂ）アゴニスト、アンタ
ゴニストまたは阻害剤の反応部位、結合部位またはモチ
ーフである可能性のある部位の３次元構造を推定し、
（ｃ）推定された反応部位、結合部位および／またはモ
チーフと結合または反応すると予想される候補化合物を
合成し、次いで（ｄ）候補化合物が実際にアゴニスト、
アンタゴニストまたは阻害剤であるかどうかを試験する
ことを含む。これが繰り返しプロセスであり、自動およ
びコンピューター制御工程を用いてこの繰り返しプロセ
スを行ってもよいことが、さらに理解されよう。
【００９０】さらなる態様において、本発明は、例えば
ｄｅｘＢポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
の過剰発現、発現不足、上昇した活性、または低下した
活性に関連した疾病のごとき異常な状態の治療方法を提
供する。ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
の発現および／または活性が過剰な場合、いくつかの方
法を用いることができる。１の方法は、ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドの機能および／または発
現を阻害（例えば、リガンド、基質、受容体、酵素等の
結合をブロックすることにより、あるいは２次的シグナ
ルを阻害することにより）するに有効な量の上記阻害化
合物（アンタゴニスト）を医薬上許容される担体ととも
に対象に投与し、そのことにより異常なな症状を改善す
ることを含む。もう１つの方法において、やはり内在性
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと競争し
てリガンド、基質、受容体、酵素等に結合することがで
きる可溶性形態のポリペプチドを投与してもよい。かか
る競争物質の典型例はｄｅｘＢポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドのフラグメントを包含する。
【００９１】さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリペプチドまたはそのフラグメントおよび種々のサブ
クラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グロ
ブリンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含
む、遺伝子工学により得られる可溶性融合蛋白に関す
る。好ましい免疫グロブリンはヒトＩｇＧ（詳細にはＩ
ｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒンジ領域で
起こる。特定の具体例において、血液凝固因子Ｘａを用
いて開裂できる開裂配列を導入することによりＦｃ部分
を簡単に除去することができる。さらにそのうえ、本発
明は、遺伝子工学によるこれらの融合蛋白の製造方法、
ならびに薬剤スクリーニング、診断および治療における
それらの使用に関する。本発明のさらなる態様はかかる
融合蛋白をコードしているポリヌクレオチドにも関す
る。融合蛋白法の例は国際特許出願ＷＯ９４／２９４５
８およびＷＯ９４／２２９１４に見いだされる。
【００９２】さらにもう１つのアプローチにおいて、発
現ブロッキング法を用いて内在性ｄｅｘＢポリペプチド
をコードしている遺伝子の発現を阻害することができ
る。このブロッキングは遺伝子発現のいずれの工程を標
的としてもよいが、好ましくは、転写および／または翻
訳を標的とする。この種の既知方法の例は、体内で生じ
るかまたは別個に投与されるアンチセンス配列の使用を
包含する（例えば、Oligodeoxynucleotides as Antisen
se Inhibitors of Gene Expression, CRC Press,Bocca
Raton, FL (1988)中O'Connor, J. Neurochem (1991) 5
6:560参照）。別法として、遺伝子とともに三重らせん
を形成するオリゴヌクレオチドを提供してもよい。例え
ば、Lee et al., Nucleic Acids Res (1979) 6:3073; C
ooney et al., Science (1988) 241:456; Dervan et a
l., Science (1991) 251:1360参照。これらのオリゴヌ
クレオチドはそれ自体投与することができ、あるいは重
要部分のオリゴマーをインビボで発現させることもでき
る。
【００９３】本明細書で得られるＤＮＡ配列は、各々、
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現でコードされた蛋白は、抗菌薬物をスクリーニングす
るための標的として用いることができる。加えて、コー
ドされた蛋白のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列
あるいはシャイン・ガルガノまたは他の個々のｍＲＮＡ
の翻訳容易化配列を用いて、目的とするコーディング配
列の発現を調節するアンチセンス配列を構築することが
できる。
【００９４】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を
妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分
子は、細菌、特にグラム陽性菌が内在装置上の哺乳動物
細胞外マトリックス蛋白、または創傷部の細胞外マトリ
ックス蛋白に付着することを防御するために；真核生
物、好ましくは哺乳動物の細胞外マトリックス蛋白と組
織損傷を媒介する細菌性ｄｅｘＢ蛋白との間の細菌付着
を遮断するために；内在装置の埋め込みまたは他の外科
的手技以外により開始した感染における病因の通常の進
行を遮断するために使用することができる。
【００９５】本発明のさらに別の態様によれば、ｄｅｘ
Ｂのアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは静菌
性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供
される。本発明のアンタゴニストおよびアゴニストを用
いて、例えば、疾患を阻害し、治療することができる。
【００９６】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（ｄｅｘＢ
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニ
ストおよびアンタゴニスト）、特に狭スペクトルの抗生
物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療に有用であ
る。このような治療はヘリコバクター・ピロリ誘発性
癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はま
た胃潰瘍および胃炎も治癒する。
【００９７】ワクチン 生成物、組成物、ならびにｄｅｘＢ発現の評価、疾病の
治療、遺伝学的変異のアッセイ、および細菌、特にスト
レプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対する免疫学的
応答を生起させるためのｄｅｘＢポリペプチドおよび／
またはポリヌクレオチドの生物への投与方法が本発明に
より提供される。本発明の別の態様は、個体、特に哺乳
動物における免疫学的応答を誘発する方法であって、抗
体および／またはＴ細胞免疫応答を生成するのに適当な
ｄｅｘＢポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチ
ド、またはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種
し、該個体を感染、特に細菌感染、最も好ましくはスト
レプトコッカス・ニューモニアエ感染から防御すること
を含む方法に関する。さらに、そのような免疫学的応答
による細菌複製を遅らせる方法も提供する。本発明のさ
らにもう一つ別の態様は、個体における免疫学的応答を
誘発する方法であって、インビボでｄｅｘＢポリヌクレ
オチドおよび／またはポリペプチド、またはそのフラグ
メントまたは変種を発現するために、該ｄｅｘＢポリヌ
クレオチドおよび／またはポリペプチド、またはそのフ
ラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベクターを
該個体に送達し、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞また
は細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／またはＴ細胞免
疫応答を生じさせるように免疫学的応答を誘発し、該個
体にて疾患が既に確立されているか否かにかかわらず該
個体を疾患から保護することを含む方法に関する。遺伝
子を投与する一例は、粒子上のコーティングとして遺伝
子を所望の細胞に投与することによるものである。この
ような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、リボザイム、修
飾核酸、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−蛋白複
合体またはＲＮＡ−蛋白複合体を含んでいてもよい。
【００９８】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体においてｄｅｘＢポリヌ
クレオチドおよび／またはそれによりコードされるポリ
ペプチドに対する免疫学的応答を誘発する免疫学的組成
物であって、該ｄｅｘＢポリヌクレオチドおよび／また
はそれによりコードされるポリペプチド、または他の本
発明ポリペプチドの抗原をコードし、発現するＤＮＡを
含む組換えｄｅｘＢポリヌクレオチドおよび／またはそ
れによりコードされるポリペプチドを含む組成物に関す
る。免疫学的応答は、治療的および予防的に使用でき、
抗体免疫および／またはＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞か
ら生ずるような細胞性免疫から得ることができる。
【００９９】ｄｅｘＢポリペプチドまたはそのフラグメ
ントは、それ自体抗体を産生しないが、第１の蛋白の安
定化ならびに免疫原性および保護特性を有するであろう
融合蛋白の産生能を有する補蛋白（co−Protein）と融
合させることができる。このような融合組換え蛋白は、
好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフルエンザ
（Hemophilus influenzae）からのリポプロテインＤ、
グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）また
はベータガラクトシダーゼのような抗原性補蛋白、蛋白
を可溶化し、その産生および精製を容易にするような比
較的大きい補蛋白からなる。さらに、補蛋白は、免疫系
の全身的な刺激を与える上で、アジュバントとして作用
してもよい。補蛋白は第１の蛋白のアミノまたはカルボ
キシ末端のいずれかに結合してもよい。本発明は、本発
明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび、Sat
o，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載されるような
免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワクチン組成
物および方法を提供する。
【０１００】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染の動物モデルにおけるそのような遺伝
的免疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞
表面蛋白の非可変領域をコードすることが明らかにされ
た、記載されたポリヌクレオチドまたはその特定のフラ
グメントを使用する方法も提供する。そのような実験
は、予防的または治療的免疫応答を起こさせることので
きる蛋白エピトープの同定に特に有用である。この方法
により、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にス
トレプトコッカス・ニューモニアエ感染の予防剤または
治療剤の開発のために、動物の必須器官から感染の抵抗
または除去に特に有用なモノクローナル抗体を産生させ
ることができると考えられる。
【０１０１】宿主を免疫するための抗原として本発明ポ
リペプチドを用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を
遮断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生
じさせることができる。組織損傷の例としては、例え
ば、機械的、化学的または熱的損傷による、または内在
装置の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは
口、乳腺、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げ
られる。
【０１０２】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと適当な担
体とからなるワクチン処方も包含する。蛋白は胃で破壊
されうるので、非経口的投与（例えば、皮下、筋肉内、
静脈内、皮内等の投与を包含する）が望ましい。非経口
投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝剤、抗菌剤、およ
びその処方を個体の体液、好ましくは血液と等張にする
溶質を含有してもよい、水性および非水性滅菌注射溶
液；懸濁化剤または増粘剤を含有してもよい、水性およ
び非水性滅菌懸濁液を包含する。処方は、単位投与また
は複数投与用コンテナ、例えば、密封されたアンプルお
よびバイアルにて提供され、使用直前に滅菌液体担体を
添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵することができ
る。ワクチン処方はまた、水中油系のごとき処方の免疫
原性を高めるアジュバント系および当該分野において知
られている他の系を有してもよい。投与量はワクチンの
比活性に依存し、慣用的実験操作によって容易に決定で
きる。
【０１０３】本発明をある種のｄｅｘＢポリペプチドお
よびポリヌクレオチドについて記載したが、この記載は
天然のポリペプチドおよびポリヌクレオチドのフラグメ
ント、ならびに組換えポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドの免疫原性を実質的に変化させない付加、欠失また
は置換を有する同様なポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドも包含することが理解されるであろう。
【０１０４】組成物、キットおよび投与 本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生
物に投与される、ｄｅｘＢポリヌクレオチドおよび／ま
たはｄｅｘＢポリペプチドを含む組成物が提供される。
本発明はまた、上記したポリヌクレオチドおよび／また
はポリペプチドあるいはそれらのアゴニストまたはアン
タゴニストからなる組成物に関する。本発明のポリペプ
チドは、対象への投与に適した医薬担体のような細胞、
組織または器官用の未滅菌または滅菌担体と組み合わせ
て使用できる。かかる組成物は、例えば、媒体添加また
は治療上有効量の本発明のポリペプチドおよび／または
ポリヌクレオチドと、医薬上許容される担体または賦形
剤を含む。かかる担体は、限定するものではないが、食
塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロー
ル、エタノールおよびその組み合わせを包含する。処方
は投与方法に適していなければならない。本発明は、さ
らには、上記した本発明の組成物の一またはそれ以上の
成分を充填した、一またはそれ以上のコンテナを含む診
断および医薬用パックおよびキットに関する。
【０１０５】本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
および他の化合物を、単独で、または、治療用化合物な
どの他の化合物と組み合わせて用いてもよい。該医薬組
成物は、例えば、とりわけ、局所、経口、経肛門、経
膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路に
よる投与を含む、いずれかの有効な、都合のよい方法で
投与される。治療および予防において、活性成分は個体
に注射用組成物、例えば、好ましくは等張の滅菌水性分
散液として投与される。
【０１０６】また、組成物は、例えば、軟膏、クリー
ム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォ
ッシュ、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態
の局所用処方とすることができ、適当な通常の添加剤、
例えば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、軟膏やクリー
ムにおけるエモリエント等を含むことができる。そのよ
うな局所用処方はまた、適合する通常の担体、例えば、
クリームまたは軟膏基剤、ローション用のエタノールま
たはオレイルアルコールも含有することができる。この
ような担体は、処方の約１〜９８重量％を構成してもよ
く、より一般的には、処方の約８０重量％までを構成す
る。
【０１０７】さらなる態様において、本発明は、医薬上
許容される担体または賦形剤を混合された治療上有効量
のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、例え
ば可溶性形態の本発明ポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニストペプチ
ドまたは小型分子化合物を含む組成物が提供される。か
かる担体は、セイライン、緩衝化セイライン、デキスト
ロース、水、グリセロール、エタノール、およびそれら
の混合物を包含するが、これらに限らない。さらに本発
明は、上記本発明組成物の１種またはそれ以上の成分を
入れた１個またはそれ以上の容器を含む医薬パックおよ
びキットに関する。本発明のポリペプチド、ポリヌクレ
オチドおよび他の化合物を単独で、あるいは治療化合物
のごとき他の化合物と組み合わせて使用してもよい。組
成物を投与経路（例えば、全身投与または経口投与）に
適合させる。医薬組成物の全身投与の好ましい形態は、
注射、典型的には静脈注射を包含する。皮下、筋肉内ま
たは腹腔内のごとき他の注射経路を用いることもでき
る。全身投与のための別の手段は、胆汁酸塩またはフシ
ジン酸または他の界面活性剤のごとき浸透剤を用いる経
粘膜または経皮投与を包含する。さらに、腸溶処方また
はカプセル処方がうまく処方されるならば、経口投与も
可能である。これらの化合物の投与は局所的なものであ
ってもよく、膏薬、パスタ、ゲル等の形態であってもよ
い。
【０１０８】哺乳動物、特にヒトに投与するには、一日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。
【０１０９】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエの傷汚染を防
止するために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張
にも使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有す
るヒトは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質によ
る予防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重
篤な合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい
罹病率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、こ
の状況の予防的抗生物質の代替品として使用することに
まで拡張することができる。
【０１１０】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・蛋白への
細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予防に代
え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途に使用
できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前に内在
装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、好ましく
は、傷または内在装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜１０
ｍｇ／ｍｌの濃度で使用できる。
【０１１１】便利には、ワクチン組成物は注射剤の形態
である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を高め
ることができる。ワクチン用の適当な単位投与量は抗体
０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好ましくは
１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示した用量範
囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体へ
の投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。
【０１１２】配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズム ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、その２次
元および３次元構造を決定し、類似の相同性を有するさ
らなる配列を同定するための貴重な情報源を形成する。
配列をコンピューター読み込み可能媒体に保存し、次い
で、既知の高分子構造プログラムにおいて保存したデー
タを用いて、ＧＣＣのごときよく知られた既知検索ツー
ルを用いてデータベースを検索することにより、これら
のアプローチを最も容易に簡略化することができる。本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは検索分析に
有用なデータベースならびに配列分析アルゴリズム中の
成分として有用である。見出しのこのセクションならび
にこのセクションに関連した請求項の用語「配列データ
ベース、触知可能媒体中の配列、およびアルゴリズム」
「本発明ポリヌクレオチド」および「本発明ポリヌクレ
オチド配列」は、本発明ポリヌクレオチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。データベースおよびアルゴリズムという
見出しのこのセクションならびにそれに関連した請求項
で用いる用語「本発明ポリペプチド」および「本発明ポ
リペプチド配列」は、本発明ポリペプチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。
【０１１３】本発明は、本発明ポリペプチド配列および
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、チップ、ハー
ドドライブ、コンパクトディスク、およびビデオディス
クを包含する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配
列またはコードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明
により提供される。配列分析のための好ましい方法は、
例えば、同一性および類似性の分析のごとき配列相同性
分析、ＲＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディ
スティック（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読
み枠決定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基
トリミング、および配列決定クロマトグラムピーク分析
の方法を包含する。
【０１１４】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
１のポリヌクレオチド配列を少なくとも１つの第２のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同
性を同定する工程を含む。
【０１１５】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含む第１のポリペプチド配列をコンピューター
読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリペ
プチド配列を少なくとも１つの第２のポリヌクレオチド
またはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工
程を含む。
【０１１６】さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と少なくと
も１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配
列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
する工程を含む。
【０１１７】本発明のさらなる具体例はポリヌクレオチ
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリペプチド配列を含む第１
のポリペプチド配列をコンピューター読み込み可能媒体
中に提供し、次いで、該第１のポリペプチド配列と少な
くとも１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド配列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニ
ングする工程を含む。
【０１１８】本発明のもう１つの好ましい具体例におい
て、下記のものからなる群より選択されるメンバーを保
存したコンピューター読み込み可能媒体が提供される：
メンバーは、配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチ
ド；配列番号：２の配列を含むポリペプチド；少なくと
も１つの配列が配列番号：１の配列を含むものであるポ
リヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列が
配列番号：２の配列を含むものであるポリペプチド配列
のセット；配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチド
配列を表すデータセット；配列番号：２の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセット；配列番号：１の配列を含むポリヌ
クレオチド；配列番号：２の配列を含むポリペプチド；
少なくとも１つの配列が配列番号：１の配列を含むもの
であるポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つ
の配列が配列番号：２の配列を含むものであるポリペプ
チド配列のセット；配列番号：１の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；配列番号：２の配列
を含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオ
チド配列を表すデータセットである。さらなる好ましい
本発明の具体例は、相同性の同定を行うためのコンピュ
ーターによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１の
配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読み
込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド
配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペ
プチド配列を比較して相同性を同定する工程を含む。
【０１１９】さらなる好ましい本発明の具体例は、相同
性の同定を行うためのコンピューターによる方法を提供
し、配列番号：２の配列を含むポリペプチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポ
リペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドま
たはポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程
を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、ポリヌク
レオチドアッセンブリーのためのコンピューターによる
方法を提供し、該方法は、配列番号：１の配列を含む第
１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可
能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌクレオチド
配列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少なくとも
１つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。
【０１２０】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチド配列
をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つのポリヌ
クレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を
同定する工程を含む。
【０１２１】本明細書において引用したすべての文献
（特許および特許出願に限らない）は出典明示によりそ
の内容を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張す
るいずれの特許出願もまた出典明示により本明細書の一
部とする。
【０１２２】用語 本明細書中で頻繁に使用される特定の用語を、その理解
を容易にするために以下に定義する。「抗体（複数でも
可）」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体、キメラ、１本鎖、およびヒト化抗体、ならびにＦａ
ｂフラグメントを包含し、さらにＦａｂまたは他の免疫
グロブリン発現ライブラリーの産物を包含する。「抗原
的に等価な誘導体（複数でも可）」は、特定の抗体によ
り特異的に認識されるポリペプチド、ポリヌクレオチ
ド、またはいずれかの等価物を包含し、該特定の抗体
は、本発明蛋白、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に対して生成した場合に、病原体と哺乳動物宿主との間
の身体的相互作用を妨害するものである。「二特異的
（複数でも可）」とは、少なくとも２つの抗原結合ドメ
インを含む抗体を意味し、各ドメインは異なるエピトー
プに指向されている。「身体材料（複数でも可）」と
は、個体または生物由来の材料を意味し、骨、血液、血
清、脳脊髄液、精液、唾液、筋肉、軟骨、器官組織、皮
膚、尿、糞便または生検材料のごとき細胞、組織および
排泄物等を包含する。該生物は、個体に感染、侵入、ま
たは棲息するものである。「疾病（複数でも可）」は、
細菌感染により引き起こされる、あるいは細菌感染に関
連した疾病を意味し、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、
菌血症、脳髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および心内膜炎、
そして最も詳細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄液の感染を
包含する。「融合蛋白（複数でも可）」は、２種の、し
ばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラグメントに
よりコードされた蛋白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ
−０４６４には、別のヒト蛋白またはその一部と一緒に
なった免疫グロブリン分子の不変領域の種々の部分を含
む融合蛋白が開示されている。多くの場合、免疫グロブ
リンのＦｃ領域を融合蛋白の一部分として用いることは
治療および診断における使用に有利であり、例えば、改
善された薬物動態学的特性が得られる（例えば、ＥＰ−
Ａ ０２３２２６２参照）。一方、いくつかの用途に
は、融合蛋白が発現、検出および精製された後、Ｆｃ部
分を欠失できることが望ましいであろう。「宿主細胞
（複数でも可）」は外来性ポリヌクレオチド配列によっ
て形質転換またはトランスフェクションされた、あるい
は形質転換またはトランスフェクションされうる細胞で
ある。
【０１２３】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＳ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。
【０１２４】ポリペプチド配列の比較のためのパラメー
ターは以下のものを包含する： アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 4
8:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919 (1992)からのBLOSSUM
62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する： アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 4
8:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。
【０１２５】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnはヌクレオチド変化の数であり、ｘnは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘnとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘnから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnは核酸変化の数であり、ｘnは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘnとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘnから差
し引く。
【０１２６】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化数であり、ｘaは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘaとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘaから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化の数であり、ｘaは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘaとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘaから差し引く。
【０１２７】「免疫学的に等価な誘導体」は、ポリペプ
チド、ポリヌクレオチド、またはいずれかの等価物を包
含し、それらが脊椎動物において抗体を生成させるため
に適当な処方中に用いられた場合に、抗体は病原体と哺
乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害する
ように作用する。「免疫特異的」とは、他の関連ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド、特に先行技術のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに対してよりも本発明ポ
リペプチドまたは本発明ポリヌクレオチドに対して実質
的に大きなアフィニティーを有する抗体の特性を意味す
る。「個体（複数でも可）」とは多細胞真核生物を意味
し、後生動物類、哺乳動物、ヤギ類、ウシ類、類人猿、
霊長類およびヒトを包含するが、これらに限らない。
【０１２８】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
または他のいずれかの方法により生物に導入されている
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内に
あり、その生物が生きているまたは死んでいるとして
も、「単離された」ものである。
【０１２９】「生物（複数でも可）」は、（ｉ）Strept
ococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomy
ces、Streptomyces、Nocardia、Enterobacter、Yersini
a、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinetobacte
r、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、St
reptobacillus、Listeria、Calymmatobacterium、Bruce
lla、Bacillus、Closterdium、Treponema、Escherichi
a、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwin
ia、Borrelia、Leptospira、Spirillum、Campylobacte
r、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aeromonas、R
ickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasmaであ
る属（これらに限らない）のメンバー、ならびにグルー
プＡのStreptococcus、グループＢのStreptococcus、グ
ループＣのStreptococcus、グループＤのStreptococcu
s、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pneumo
niae、Streptococcus pyrogenes、Streptococcus agala
ctiae、Streptococcus faecalis、Streptococcus faeci
um、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、Ne
isseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Staph
ylococcus epidermidis、Corynebacterium diptheria
e、Garnella vaginalis、Mycobacterium tuberculosi
s、Mycobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、My
cobacterium leprae、Actinomyces israelli、Listeria
monocytogenes、Bordetella pretusis、Bordetella pa
rapretusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia
coli、Shigella dysenteriae、Haemophilus influenza
e、Haemophilus aegyptius、Haemophilus parainfluenz
ae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella ty
phi、Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Prot
eus vulgaris、Yersinia pestis、Klebsiella pneumoni
ae、Serratia marcessens、Vibrio cholera、Shigellad
ysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aerugino
sa、Franscisella tularensis、Brucella abortis、Bac
illus anthracis、Bacillus cereus、Clostridium perf
ringens、Clostridium tetani、Clostridium butulinu
m、Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよび
Chlamydia trachomitisである種またはグループ（これ
らに限らない）のメンバーを包含する原核生物、（ｉ
ｉ）Archaebacter（これに限らない）を包含する古細
菌、および（ｉｉｉ）原生動物、真菌類、Saccharomyce
s、KluveromycesまたはCandida属（これらに限らない）
のメンバー、およびSaccharomyces cerevisiae、Kluver
omyces lactisまたはCandida albicans種のメンバー
（これらに限らない）を包含する単細胞または糸状真核
生物を意味する。
【０１３０】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含含むハイブリッド分子を包含
するが、これに限定されない。さらに、本明細書におい
て用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、よ
り典型的には、分子のいくつかの領域のみを含む。三本
螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲ
ＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修
飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が
本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数
でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない
塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含
むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その
用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドであ
る。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、
当業者に公知のように多くの有用な目的に使用されてい
ることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレ
オチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学
的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウ
イルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞な
どの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を
包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。
【０１３１】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドま
たは蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマー
と称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードさ
れている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を含有しても
よい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロセッシ
ングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、また
は化学修飾技法のいずれかによって修飾されたものを有
する。かかる修飾は、基本テキストにて、およびより詳
細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく
記載されており、それらは当業者に周知である。同じ型
の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、
同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らか
であろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有
していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル
化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビ
ンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまた
はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導
体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、
交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、
共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメー
トの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖
形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード
化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形
成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカ
ルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル
化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移
ＲＮＡにより媒介される蛋白へのアミノ酸付加、および
ユビキチネーションを包含する。例えば、PROTEINS−ST
RUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃ
reighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1
993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT M
ODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein
Modifications：Perspectives and Prospects,pgs. 1
−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−64
6、およびRattanら, Protein Synthesis：Posttranslat
ional Modifications and Aging，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わない環状であっ
てもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、同様に全
く合成的な方法で合成できる。
【０１３２】「組み換え発現系（複数でも可）」は、本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造のため
に宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入または形質転
換された発現系またはその部分または本発明ポリヌクレ
オチドをいう。
【０１３３】「引き算セット（subtraction set）」
は、本発明の少なくとも１のポリヌクレオチドを含む１
種またはそれ以上、しかし好ましくは１００種未満のポ
リヌクレオチドである。
【０１３４】本明細書中で使用される「変種（複数でも
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対照標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。
【０１３５】
【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。
【０１３６】実施例１ 株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 表１（配列番号：１）に示すＤＮＡ配列を有するポリヌ
クレオチドは、エシェリシア・コリ中のストレプトコッ
カス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローンライブ
ラリーより得た。重複するストレプトコッカス・ニュー
モニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上のクロー
ンからの配列データを用いて、配列番号１の連続したＤ
ＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、例えば
以下の方法１および２により製造してもよい。全細胞Ｄ
ＮＡをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９
９３より、標準法に従って単離し、以下に示す二つの方
法のいずれかによりサイズ分画する。
【０１３７】方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
【０１３８】方法２ 全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
【０１３９】
【配列表】
<110> Burnham, Martin K. R. <120> dexB <130> GM10087 <150> 60/057,876 <151> 1997-09-02 <160> 4 <170> FastSEQ for Windows Version 3.0
【０１４０】<210> 1 <211> 1608 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <220> <221> CDS <222> (1)...(1605) <400> 1 atg caa gaa aaa tgg tgg cat aat gcc gta gtc tat caa gtc tat cca 48 Met Gln Glu Lys Trp Trp His Asn Ala Val Val Tyr Gln Val Tyr Pro 1 5 10 15 aag agt ttt atg gat agt aat gga gat gga gtt ggt gat ttg cca ggt 96 Lys Ser Phe Met Asp Ser Asn Gly Asp Gly Val Gly Asp Leu Pro Gly 20 25 30 att acc agt aag ttg gac tat cta gct aag tta gga atc aca tcg att 144 Ile Thr Ser Lys Leu Asp Tyr Leu Ala Lys Leu Gly Ile Thr Ser Ile 35 40 45 tgg ctt tct ccc gtt tat gac agc cct atg gat gat aat ggc tac gat 192 Trp Leu Ser Pro Val Tyr Asp Ser Pro Met Asp Asp Asn Gly Tyr Asp 50 55 60 att gct gat tat caa gcg att gcg gct att ttt gga acc atg gag gac 240 Ile Ala Asp Tyr Gln Ala Ile Ala Ala Ile Phe Gly Thr Met Glu Asp 65 70 75 80 atg gat gaa ctg att gca gaa gct aag aag cgt gat atc cgt atc atc 288 Met Asp Glu Leu Ile Ala Glu Ala Lys Lys Arg Asp Ile Arg Ile Ile 85 90 95 atg gac ttg gtg gtc aat cat acc tcg gat gag cat gcc tgg ttt gta 336 Met Asp Leu Val Val Asn His Thr Ser Asp Glu His Ala Trp Phe Val 100 105 110 gag gcc tgt gaa aat cct aat agc cct gag cga gac tac tat atc tgg 384 Glu Ala Cys Glu Asn Pro Asn Ser Pro Glu Arg Asp Tyr Tyr Ile Trp 115 120 125 cgc gat gaa ccc aat gac cta gat tct atc ttt agt ggg tct gct tgg 432 Arg Asp Glu Pro Asn Asp Leu Asp Ser Ile Phe Ser Gly Ser Ala Trp 130 135 140 gaa tac gat gaa aag tca ggt caa tac tat ctc cac ttt ttc agc aag 480 Glu Tyr Asp Glu Lys Ser Gly Gln Tyr Tyr Leu His Phe Phe Ser Lys 145 150 155 160 aaa cag ccg gat ctc aac tgg gaa aat gaa aaa ctt cgc cag aaa att 528 Lys Gln Pro Asp Leu Asn Trp Glu Asn Glu Lys Leu Arg Gln Lys Ile 165 170 175 tat gag atg atg aac ttc tgg att gat aag ggt att ggt ggt ttc cgt 576 Tyr Glu Met Met Asn Phe Trp Ile Asp Lys Gly Ile Gly Gly Phe Arg 180 185 190 atg gat gtt att gac atg att ggc aaa att cct gac gag aag gta gtc 624 Met Asp Val Ile Asp Met Ile Gly Lys Ile Pro Asp Glu Lys Val Val 195 200 205 aat aat ggt cct atg ctc cat ccc tat ctc aag gaa atg aat cag gcg 672 Asn Asn Gly Pro Met Leu His Pro Tyr Leu Lys Glu Met Asn Gln Ala 210 215 220 acc ttt gga gat aag gat ctc ttg aca gta ggg gag act tgg gga gca 720 Thr Phe Gly Asp Lys Asp Leu Leu Thr Val Gly Glu Thr Trp Gly Ala 225 230 235 240 acg cca gag att gcc aaa ctc tac tct gat cca aag ggg caa gaa ttg 768 Thr Pro Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Ser Asp Pro Lys Gly Gln Glu Leu 245 250 255 tct atg gtc ttc cag ttt gaa cat atc ggt ctt cag tat cag gaa ggt 816 Ser Met Val Phe Gln Phe Glu His Ile Gly Leu Gln Tyr Gln Glu Gly 260 265 270 cag cct aaa tgg cac tat caa aaa gag ctg aat atc gct aag tta aaa 864 Gln Pro Lys Trp His Tyr Gln Lys Glu Leu Asn Ile Ala Lys Leu Lys 275 280 285 gaa atc ttc aac aaa tgg cag aca gag tta gga gtt gag gac ggc tgg 912 Glu Ile Phe Asn Lys Trp Gln Thr Glu Leu Gly Val Glu Asp Gly Trp 290 295 300 aat tcc ctc ttc tgg aac aac cat gac ctc cct cgt att gtc tca atc 960 Asn Ser Leu Phe Trp Asn Asn His Asp Leu Pro Arg Ile Val Ser Ile 305 310 315 320 tgg gga aat gac caa gaa tac cgc gaa aaa tct gcc aaa gcc ttt gca 1008 Trp Gly Asn Asp Gln Glu Tyr Arg Glu Lys Ser Ala Lys Ala Phe Ala 325 330 335 atc ttg ctt cat ctt atg aga gga act cct tat atc tac caa ggt gag 1056 Ile Leu Leu His Leu Met Arg Gly Thr Pro Tyr Ile Tyr Gln Gly Glu 340 345 350 gag att ggg atg acc aac tat ccg ttt gaa aca ctg gat caa gta gaa 1104 Glu Ile Gly Met Thr Asn Tyr Pro Phe Glu Thr Leu Asp Gln Val Glu 355 360 365 gat att gaa tct ctc aac tat gcg cgt gag gct ctt gaa aaa ggt gtt 1152 Asp Ile Glu Ser Leu Asn Tyr Ala Arg Glu Ala Leu Glu Lys Gly Val 370 375 380 ccg atg caa gaa atc atg gac agt atc cgt gtt att gga cgt gac aat 1200 Pro Met Gln Glu Ile Met Asp Ser Ile Arg Val Ile Gly Arg Asp Asn 385 390 395 400 gcc cgt acc cct atg caa tgg gac gag agc aaa aac gct ggt ttc tca 1248 Ala Arg Thr Pro Met Gln Trp Asp Glu Ser Lys Asn Ala Gly Phe Ser 405 410 415 aca ggt caa cct tgg ttg gca gtt aat cca aat tac gag atg atc aac 1296 Thr Gly Gln Pro Trp Leu Ala Val Asn Pro Asn Tyr Glu Met Ile Asn 420 425 430 gtc caa gaa gcg ctg gca aat cca gat tct att ttc tat acc tat cag 1344 Val Gln Glu Ala Leu Ala Asn Pro Asp Ser Ile Phe Tyr Thr Tyr Gln 435 440 445 aaa ctg gtc caa att cgc aag gag aat agt tgg cta att cga gct gac 1392 Lys Leu Val Gln Ile Arg Lys Glu Asn Ser Trp Leu Ile Arg Ala Asp 450 455 460 ttt gaa ttg ctt gat acg gct gat aag gtc ttt gct tat ata cgt aag 1440 Phe Glu Leu Leu Asp Thr Ala Asp Lys Val Phe Ala Tyr Ile Arg Lys 465 470 475 480 gat ggc gac cgt cgc ttc cta gtt gtg gct aac ttg tcc aat gaa gag 1488 Asp Gly Asp Arg Arg Phe Leu Val Val Ala Asn Leu Ser Asn Glu Glu 485 490 495 caa gac ttg aca gta gaa gga aaa gtc aaa tct gtc ttg att gaa aac 1536 Gln Asp Leu Thr Val Glu Gly Lys Val Lys Ser Val Leu Ile Glu Asn 500 505 510 acc cta gct caa gaa gtc ttt gaa aaa caa atc tta gtt cca tgg gat 1584 Thr Leu Ala Gln Glu Val Phe Glu Lys Gln Ile Leu Val Pro Trp Asp 515 520 525 gct ttc tgt gtg gaa tta cta taa 1608 Ala Phe Cys Val Glu Leu Leu 530 535
【０１４１】<210> 2 <211> 535 <212> PRT <213> Streptococcus pneumoniae <400> 2 Met Gln Glu Lys Trp Trp His Asn Ala Val Val Tyr Gln Val Tyr Pro 1 5 10 15 Lys Ser Phe Met Asp Ser Asn Gly Asp Gly Val Gly Asp Leu Pro Gly 20 25 30 Ile Thr Ser Lys Leu Asp Tyr Leu Ala Lys Leu Gly Ile Thr Ser Ile 35 40 45 Trp Leu Ser Pro Val Tyr Asp Ser Pro Met Asp Asp Asn Gly Tyr Asp 50 55 60 Ile Ala Asp Tyr Gln Ala Ile Ala Ala Ile Phe Gly Thr Met Glu Asp 65 70 75 80 Met Asp Glu Leu Ile Ala Glu Ala Lys Lys Arg Asp Ile Arg Ile Ile 85 90 95 Met Asp Leu Val Val Asn His Thr Ser Asp Glu His Ala Trp Phe Val 100 105 110 Glu Ala Cys Glu Asn Pro Asn Ser Pro Glu Arg Asp Tyr Tyr Ile Trp 115 120 125 Arg Asp Glu Pro Asn Asp Leu Asp Ser Ile Phe Ser Gly Ser Ala Trp 130 135 140 Glu Tyr Asp Glu Lys Ser Gly Gln Tyr Tyr Leu His Phe Phe Ser Lys 145 150 155 160 Lys Gln Pro Asp Leu Asn Trp Glu Asn Glu Lys Leu Arg Gln Lys Ile 165 170 175 Tyr Glu Met Met Asn Phe Trp Ile Asp Lys Gly Ile Gly Gly Phe Arg 180 185 190 Met Asp Val Ile Asp Met Ile Gly Lys Ile Pro Asp Glu Lys Val Val 195 200 205 Asn Asn Gly Pro Met Leu His Pro Tyr Leu Lys Glu Met Asn Gln Ala 210 215 220 Thr Phe Gly Asp Lys Asp Leu Leu Thr Val Gly Glu Thr Trp Gly Ala 225 230 235 240 Thr Pro Glu Ile Ala Lys Leu Tyr Ser Asp Pro Lys Gly Gln Glu Leu 245 250 255 Ser Met Val Phe Gln Phe Glu His Ile Gly Leu Gln Tyr Gln Glu Gly 260 265 270 Gln Pro Lys Trp His Tyr Gln Lys Glu Leu Asn Ile Ala Lys Leu Lys 275 280 285 Glu Ile Phe Asn Lys Trp Gln Thr Glu Leu Gly Val Glu Asp Gly Trp 290 295 300 Asn Ser Leu Phe Trp Asn Asn His Asp Leu Pro Arg Ile Val Ser Ile 305 310 315 320 Trp Gly Asn Asp Gln Glu Tyr Arg Glu Lys Ser Ala Lys Ala Phe Ala 325 330 335 Ile Leu Leu His Leu Met Arg Gly Thr Pro Tyr Ile Tyr Gln Gly Glu 340 345 350 Glu Ile Gly Met Thr Asn Tyr Pro Phe Glu Thr Leu Asp Gln Val Glu 355 360 365 Asp Ile Glu Ser Leu Asn Tyr Ala Arg Glu Ala Leu Glu Lys Gly Val 370 375 380 Pro Met Gln Glu Ile Met Asp Ser Ile Arg Val Ile Gly Arg Asp Asn 385 390 395 400 Ala Arg Thr Pro Met Gln Trp Asp Glu Ser Lys Asn Ala Gly Phe Ser 405 410 415 Thr Gly Gln Pro Trp Leu Ala Val Asn Pro Asn Tyr Glu Met Ile Asn 420 425 430 Val Gln Glu Ala Leu Ala Asn Pro Asp Ser Ile Phe Tyr Thr Tyr Gln 435 440 445 Lys Leu Val Gln Ile Arg Lys Glu Asn Ser Trp Leu Ile Arg Ala Asp 450 455 460 Phe Glu Leu Leu Asp Thr Ala Asp Lys Val Phe Ala Tyr Ile Arg Lys 465 470 475 480 Asp Gly Asp Arg Arg Phe Leu Val Val Ala Asn Leu Ser Asn Glu Glu 485 490 495 Gln Asp Leu Thr Val Glu Gly Lys Val Lys Ser Val Leu Ile Glu Asn 500 505 510 Thr Leu Ala Gln Glu Val Phe Glu Lys Gln Ile Leu Val Pro Trp Asp 515 520 525 Ala Phe Cys Val Glu Leu Leu 530 535
【０１４２】<210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <400> 3 tttggctttc tcccgtttat g 21
【０１４３】<210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <400> 4 gacaattctt gcccctttgg 20
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 31/70 ６２３ Ａ６１Ｋ 31/70 ６２３ 35/76 35/76 39/09 39/09 39/395 39/395 Ｄ Ｒ 48/00 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 14/315 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 5/10 9/24 9/24 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ Ｇ０１Ｎ 33/53 33/566 33/566 33/577 Ｂ 33/577 Ｃ１２Ｐ 21/08 // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ Ｃ１２Ｒ 1:46）

Claims (15)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 （ｉ）配列番号：２の全長にわたって配
    列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド； （ｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列を含む単離ポリペ
    プチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列である単離ポリ
    ペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１のポリヌクレオチド配列を含む組
    み換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチ
    ドからなる群より選択される単離ポリペプチド。
  2. 【請求項２】 （ｉ）配列番号：２の全長にわたって配
    列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
    ド配列を含む単離ポリヌクレオチド； （ｉｉ）配列番号：２のポリペプチドをコードしている
    ヌクレオチド配列に対してその全長にわたって少なくと
    も （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオ
    チド； （ｉｉｉ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１
    のヌクレオチド配列に対して少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
    ド； （ｉｖ）配列番号：２のポリペプチドをコードしている
    ヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド； （ｖ）配列番号：１のポリヌクレオチドである単離ポリ
    ヌクレオチド。 （ｖｉ）厳密なハイブリダイゼーション条件下で配列番
    号：１の配列またはそのフラグメントの配列を有する標
    識プローブを用いて適当なライブラリーをスクリーニン
    グすることにより得ることのできる単離ポリヌクレオチ
    ド； （ｖｉｉ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ中に含
    まれるｄｅｘＢ遺伝子により発現される成熟ポリペプチ
    ドをコードしている単離ポリヌクレオチド；および （ｖｉｉｉ）（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉ
    ｖ）、（ｖ）、（ｖｉ）または（ｖｉｉ）の該単離ポリ
    ヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド配列か
    らなる群より選択される単離ポリヌクレオチド。
  3. 【請求項３】 請求項１のポリペプチドに対して抗原性
    のある、あるいは免疫特異的な抗体。
  4. 【請求項４】 個体の治療方法であって、 （ｉ）請求項１のポリペプチドの活性または発現の促進
    を必要とする個体については、 （ａ）該ポリペプチドに対する治療上有効量のアゴニス
    トを個体に投与すること；または （ｂ）インビボで該ポリペプチドの活性を生じるような
    形態の、該ポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
    チド配列を含む単離ポリヌクレオチドを個体に提供する
    ことを含み、あるいは （ｉｉ）請求項１のポリペプチドの活性または発現の阻
    害を必要とする個体については、 （ａ）該ポリペプチドに対する治療上有効量のアンタゴ
    ニストを個体に投与すること；または （ｂ）該ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
    ド配列の発現を阻害する核酸分子を個体に投与するこ
    と；または （ｃ）リガンド、基質、または受容体を求めて該ポリペ
    プチドと競争する治療上有効量のポリペプチドを個体に
    投与することを含む、の治療方法。
  5. 【請求項５】 個体における請求項１のポリペプチドの
    発現または活性に関連した、個体における疾病またはか
    かる疾病に対する感受性の診断または予後の方法であっ
    て、下記工程： （ａ）該個体のゲノム中の該ポリペプチドをコードして
    いるヌクレオチド配列における変異の存在または不存在
    を決定すること；または （ｂ）該個体由来の試料中の該ポリペプチドの発現の存
    在または量を分析することを含む方法。
  6. 【請求項６】 請求項１のポリペプチドの機能を活性化
    または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
    方法であって、 （ａ）候補化合物に直接または間接的に結合した標識を
    用いてポリペプチドまたはポリペプチドを有する細胞も
    しくは膜またはその融合蛋白への候補化合物の結合を測
    定すること； （ｂ）標識競争物質の存在下でポリペプチドまたはポリ
    ペプチドを有する細胞もしくは膜またはその融合蛋白へ
    の候補化合物の結合を測定すること； （ｃ）ポリペプチドを有する細胞もしくは細胞膜に適す
    る検出系を用いて、候補化合物がポリペプチドの活性化
    または阻害により発生するシグナルを生じさせるかどう
    かを試験すること； （ｄ）候補化合物と、請求項１のポリペプチドを含有す
    る溶液とを混合して混合物を作成し、混合物中のポリペ
    プチドの活性を測定し、次いで、混合物の活性を標準と
    比較すること； （ｅ）例えばＥＬＩＳＡアッセイを用いて細胞中で該ポ
    リペプチドをコードしているｍＲＮＡおよび該ポリペプ
    チドの生成に対する候補化合物の影響を検出すること、
    あるいは （ｆ）（１）化合物の相互作用を評価するために、化合
    物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下
    でポリペプチドを含む組成物をスクリーニングすべき化
    合物と接触させ（かかる相互作用は、化合物とポリペプ
    チドとの相互作用に応答した検出可能シグナルを生じる
    ことのできる第２の成分に関連したものである）；次い
    で （２）化合物とポリペプチドとの相互作用から生じるシ
    グナルの存在または不存在を検出することにより、化合
    物がポリペプチドと相互作用し、その活性を活性化また
    は阻害するかどうかを決定することからなる群から選択
    される方法を含む方法。
  7. 【請求項７】 請求項１のポリペプチドの活性または発
    現についてのアゴニストまたはアンタゴニスト。
  8. 【請求項８】 適合する宿主中に存在する場合に、請求
    項１のポリペプチドを生成する能力のあるポリヌクレオ
    チドを含む発現系。
  9. 【請求項９】 （ｉ）配列番号：２の全長にわたって配
    列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
    ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列を含む単離ポリペ
    プチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列である単離ポリ
    ペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１のポリヌクレオチド配列を含む組
    み換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチ
    ドからなる群より選択されるポリペプチドを発現する、
    請求項８の発現系を含む宿主細胞またはその膜。
  10. 【請求項１０】 （ｉ）配列番号：２の全長にわたって
    配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
    ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列を含む単離ポリペ
    プチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列である単離ポリ
    ペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１のポリヌクレオチド配列を含む組
    み換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチ
    ドからなる群より選択されるポリペプチドの製造方法で
    あって、該ポリペプチドの生成に十分な条件下で請求項
    ９の宿主細胞を培養することを含む方法。
  11. 【請求項１１】 （ｉ）配列番号：２の全長にわたって
    配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
    ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列を含む単離ポリペ
    プチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列である単離ポリ
    ペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１のポリヌクレオチド配列を含む組
    み換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチ
    ドからなる群より選択されるポリペプチドを発現する、
    請求項８の発現系を含む宿主細胞またはその膜の製造方
    法であって、適合宿主中に存在する場合に上記ポリペプ
    チド（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）を生
    成可能なポリヌクレオチドを含む発現系で細胞を形質転
    換またはトランスフェクションして、適当な培養条件下
    で宿主細胞が上記ポリペプチド（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉ
    ｉｉ）または（ｉｖ）を生成するようにすることを含む
    方法。
  12. 【請求項１２】 （ｉ）配列番号：２の全長にわたって
    配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
    ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列を含む単離ポリペ
    プチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２のアミノ酸配列である単離ポリ
    ペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１のポリヌクレオチド配列を含む組
    み換えポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチ
    ドからなる群より選択されるポリペプチドを発現する、
    請求項１１の方法により製造される宿主細胞またはその
    膜。
  13. 【請求項１３】 配列番号：１の配列を含むポリヌクレ
    オチド；配列番号：２の配列を含むポリペプチド；少な
    くとも１つの配列が配列番号：１の配列を含むものであ
    るポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配
    列が配列番号：２の配列を含むものであるポリペプチド
    配列のセット；配列番号：１の配列を含むポリヌクレオ
    チド配列を表すデータセット；配列番号：２の配列を含
    むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド
    配列を表すデータセット；配列番号：１の配列を含むポ
    リヌクレオチド；配列番号：２の配列を含むポリペプチ
    ド；少なくとも１つの配列が配列番号：１の配列を含む
    ものであるポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも
    １つの配列が配列番号：２の配列を含むものであるポリ
    ペプチド配列のセット；配列番号：１の配列を含むポリ
    ヌクレオチド配列を表すデータセット；配列番号：２の
    配列を含むポリペプチド配列をコードしているポリヌク
    レオチド配列を表すデータセットからなる群より選択さ
    れるメンバーを保存したコンピューター読み込み可能媒
    体。
  14. 【請求項１４】 相同性の同定を行うためのコンピュー
    ターによる方法であって、配列番号：１の配列を含むポ
    リヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可能媒体
    中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なく
    とも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列と
    比較して相同性を同定する工程を含む方法。
  15. 【請求項１５】 ポリクレオチドアッセンブリーのため
    のコンピューターによる方法であって、配列番号：１の
    配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピュータ
    ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリ
    ヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列との間
    の少なくとも１つの重複領域をスクリーニングする工程
    を含む方法。
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