JPH11193298A - 応答レギュレーター - Google Patents
応答レギュレーターInfo
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- JPH11193298A JPH11193298A JP10296006A JP29600698A JPH11193298A JP H11193298 A JPH11193298 A JP H11193298A JP 10296006 A JP10296006 A JP 10296006A JP 29600698 A JP29600698 A JP 29600698A JP H11193298 A JPH11193298 A JP H11193298A
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- Japan
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- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- C12N9/1223—Phosphotransferases with a nitrogenous group as acceptor (2.7.3)
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- A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
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- A61P27/02—Ophthalmic agents
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- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/315—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Streptococcus (G), e.g. Enterococci
- C07K14/3156—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Streptococcus (G), e.g. Enterococci from Streptococcus pneumoniae (Pneumococcus)
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- Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
- Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
- Y10T436/10—Composition for standardization, calibration, simulation, stabilization, preparation or preservation; processes of use in preparation for chemical testing
- Y10T436/105831—Protein or peptide standard or control [e.g., hemoglobin, etc.]
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 応答レギュレーターポリペプチドおよび該ポ
リペプチドをコードしているポリヌクレオチド、ならび
に組換え法によるかかるポリペプチドの製造方法を提供
する。さらに抗細菌化合物のスクリーニングのための応
答レギュレーターの使用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２または４に全長にわたり配
列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも
７０％の同一性を有する単離ポリペプチド、あるいは配
列番号：１または３の全長にわたり配列番号：１または
３のヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％の同一
性を有する単離ポリヌクレオチド。
リペプチドをコードしているポリヌクレオチド、ならび
に組換え法によるかかるポリペプチドの製造方法を提供
する。さらに抗細菌化合物のスクリーニングのための応
答レギュレーターの使用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２または４に全長にわたり配
列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも
７０％の同一性を有する単離ポリペプチド、あるいは配
列番号：１または３の全長にわたり配列番号：１または
３のヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％の同一
性を有する単離ポリヌクレオチド。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関する。特に、本発明は、応
答レギュレーターファミリーのポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドならびにそれらの変種（以下、「応答レギ
ュレーター」、「応答レギュレーターポリヌクレオチ
ド」、および「応答レギュレーターポリペプチド」と称
する）に関する。
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関する。特に、本発明は、応
答レギュレーターファミリーのポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドならびにそれらの変種（以下、「応答レギ
ュレーター」、「応答レギュレーターポリヌクレオチ
ド」、および「応答レギュレーターポリペプチド」と称
する）に関する。
【０００２】
【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに，例
えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞
炎、膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感染の
ごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患を引き起
こすことが知られている。ストレプトコッカス属の単離
から１００年以上も経過しているため、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoniae）
は、より詳細な研究が為された微生物の一つである。例
えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという初期の見解
の大部分は、この微生物を用いたGriffithならびに、Av
ery、MacleodおよびMcCartyの研究により示された。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエに関する研究は膨大
であるにも関わらず、この微生物の毒性に関しては多く
の疑問が残されている。抗生物質の開発のための標的と
してストレプトコッカス属の遺伝子および遺伝子産物を
用いるのはとりわけ好ましいことである。病原性に関連
しているある種のストレプトコッカスの因子、例えば、
きょう膜多糖、ペプチドグリカン、ニューモリシン、Ｐ
ｓｐＡ相補因子Ｈ結合成分、オートリシン、ノイラミニ
ダーゼ、ペプチドパーメアーゼ、過酸化水素、ＩｇＡ１
プロテアーゼが同定されているが、これらがすべてでは
ない。さらに、感染中のかかる遺伝子の一時的発現およ
び哺乳動物宿主における疾病の進行については非常にわ
ずかしか分かっていない。感染の異なる段階で、詳細に
は感染の確立時に発現されうる細菌遺伝子のセットを見
いだすことは、発病を阻害しうる新規抗細菌剤のスクリ
ーニングおよび特徴づけについての重要な情報を提供す
る。既知蛋白に関するより十分な理解のほかに、かかる
アプローチは以前認識されていなかった標的を同定する
であろう。
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに，例
えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞
炎、膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感染の
ごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患を引き起
こすことが知られている。ストレプトコッカス属の単離
から１００年以上も経過しているため、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoniae）
は、より詳細な研究が為された微生物の一つである。例
えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという初期の見解
の大部分は、この微生物を用いたGriffithならびに、Av
ery、MacleodおよびMcCartyの研究により示された。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエに関する研究は膨大
であるにも関わらず、この微生物の毒性に関しては多く
の疑問が残されている。抗生物質の開発のための標的と
してストレプトコッカス属の遺伝子および遺伝子産物を
用いるのはとりわけ好ましいことである。病原性に関連
しているある種のストレプトコッカスの因子、例えば、
きょう膜多糖、ペプチドグリカン、ニューモリシン、Ｐ
ｓｐＡ相補因子Ｈ結合成分、オートリシン、ノイラミニ
ダーゼ、ペプチドパーメアーゼ、過酸化水素、ＩｇＡ１
プロテアーゼが同定されているが、これらがすべてでは
ない。さらに、感染中のかかる遺伝子の一時的発現およ
び哺乳動物宿主における疾病の進行については非常にわ
ずかしか分かっていない。感染の異なる段階で、詳細に
は感染の確立時に発現されうる細菌遺伝子のセットを見
いだすことは、発病を阻害しうる新規抗細菌剤のスクリ
ーニングおよび特徴づけについての重要な情報を提供す
る。既知蛋白に関するより十分な理解のほかに、かかる
アプローチは以前認識されていなかった標的を同定する
であろう。
【０００３】多くの２成分シグナルトランスダクション
システム（ＴＣＳＴＳ）が細菌において同定されている
（Stock, J. B., Ninfa, A. J. & Stock, A. M. (1989)
Microbiol. Rev. 53, 450-490）。これらは、周囲をモ
ニターし、その環境の変化に適応する細菌の能力に関与
している。これらの細菌ＴＣＳＴＳのいくつかは宿主に
おける毒性および細菌の病原性に関与している。応答レ
ギュレーターはＴＣＳＴＳの成分である。これらの蛋白
は応答レギュレーターによりリン酸化され、いったんリ
ン酸化されると、ＤＮＡ結合ドメインを介する応答が活
性化される。応答レギュレーターは、約１００個のアミ
ノ酸からなる保存されたＮ末端ドメインにより特徴づけ
られる。応答レギュレーターのＮ末端ドメインならびに
ＣｈｅＹ（Matsumura, P., Rydel, J.J., Linzmeier,R.
&Vacante,D. (1984) J. Bacteriol. 160, 36-41）にお
ける残基Ｄ１２、Ｄ１３、Ｄ５７、Ｔ８７、Ｋ１０９に
対応する５個の機能的に重要な残基を保持することは、
保存された構造的特徴を与えている（Volz, K. (1993)
Biochemistry 32,11741-11753）。サルモネラ・チフィ
ムリウム（Salmonella typhimurium）（Stock, A. M.,
Mottonen, J. M., Stock, J. B. & Schutt, C. E. (198
9) Nature,337, 745-749）およびエシェリシア・コリ
（Escherichia coli）（Volz, K. &Matsumura, P. (199
1) J. Biol. Chem. 266, 15511-15519）由来のＣｈｅＹ
ならびにエス・チフィムリウム（S. typhimurium）由来
の窒素調節蛋白ＣのＮ末端ドメイン（Volkman, B. F.,
Nohaile, M. J., Amy, N. K., Kustu, S. & Wemmer,D.
E. (1995) Biochemistry, 34 1413-1424）の３次元構造
は、バチルス・ズブチリス（Bacillus subtilis）由来
のＳｐｏＯＦの２次構造（Feher, V. A., Zapf, J. W.,
Hoch, J. A., Dahlquist, F. W., Whiteley, J. M. &
Cavanagh, J.(1995) Protein Science, 4, 1801-1814）
とともに利用可能である。これらの構造は（ａ／ｂ）5
折り畳みを有する。異なる応答レギュレーター配列の
間、特にβ−シート疎水性コア中の疎水性残基およびα
−ヘリックス由来の部位中の疎水性残基の間において、
いくつかの構造残基が保存されている。この応答レギュ
レーターのファミリーは、バチルス・ズブチリス（Baci
llus subtilis）由来のＤｅｇＵ蛋白を包含する。Ｄｅ
ｇＵは細胞外プロテアーゼの生成の調節に関与している
ＴＣＳＴＳの応答レギュレーターである。毒性因子、運
動性、抗生物質耐性および細胞複製はＴＣＳＴＳにより
調節されるプロセスである。ＴＣＳＴＳ蛋白の阻害剤
は、発病に必要な因子を細菌が産生することを妨害する
ことにより、細菌が宿主において感染を確率し維持する
ことを妨害するであろう。それゆえ、ＴＣＳＴＳ蛋白の
阻害は抗−細菌療法において有用であろう。ヒスチジン
キナーゼは、ヒスチジン残基を自己リン酸化させるＴＣ
ＳＴＳの成分である。次いで、リン酸基は同族の応答レ
ギュレーターに転移される。ヒスチジンキナーゼは５つ
の短い保存されたアミノ酸配列を有する（Stock, J.
B., Ninfa, A. J. & Stock, A. M. (1989) Microbiol.
Rev. 53, 450-490, Swanson, R. V., Alex, L. A. & Si
mon, M. I. (1994) TIBS 19 485-491）。これらはリン
酸化されたヒスチジン残基であり、約１００残基後に保
存されたアスパラギン残基が続く。さらに１５ないし４
５残基後にＤＸＧＸＧモチーフが見られ、さらに１０〜
２０残基後にＦＸＸＦモチーフが続く。さらに１０〜２
０残基後にもう１つのグリシンモチーフＧＸＧが見られ
る。２個のグリシンモチーフはヌクレオチド結合に関与
すると考えられる。毒性因子の産生、運動性、抗生物質
耐性および細胞複製はＴＣＳＴＳにより調節されるプロ
セスである。ＴＣＳＴＳ蛋白の阻害剤は、細菌が発病に
必要な因子を産生することを妨害することにより、細菌
が宿主の感染を確立および維持することを妨害するであ
ろう。
システム（ＴＣＳＴＳ）が細菌において同定されている
（Stock, J. B., Ninfa, A. J. & Stock, A. M. (1989)
Microbiol. Rev. 53, 450-490）。これらは、周囲をモ
ニターし、その環境の変化に適応する細菌の能力に関与
している。これらの細菌ＴＣＳＴＳのいくつかは宿主に
おける毒性および細菌の病原性に関与している。応答レ
ギュレーターはＴＣＳＴＳの成分である。これらの蛋白
は応答レギュレーターによりリン酸化され、いったんリ
ン酸化されると、ＤＮＡ結合ドメインを介する応答が活
性化される。応答レギュレーターは、約１００個のアミ
ノ酸からなる保存されたＮ末端ドメインにより特徴づけ
られる。応答レギュレーターのＮ末端ドメインならびに
ＣｈｅＹ（Matsumura, P., Rydel, J.J., Linzmeier,R.
&Vacante,D. (1984) J. Bacteriol. 160, 36-41）にお
ける残基Ｄ１２、Ｄ１３、Ｄ５７、Ｔ８７、Ｋ１０９に
対応する５個の機能的に重要な残基を保持することは、
保存された構造的特徴を与えている（Volz, K. (1993)
Biochemistry 32,11741-11753）。サルモネラ・チフィ
ムリウム（Salmonella typhimurium）（Stock, A. M.,
Mottonen, J. M., Stock, J. B. & Schutt, C. E. (198
9) Nature,337, 745-749）およびエシェリシア・コリ
（Escherichia coli）（Volz, K. &Matsumura, P. (199
1) J. Biol. Chem. 266, 15511-15519）由来のＣｈｅＹ
ならびにエス・チフィムリウム（S. typhimurium）由来
の窒素調節蛋白ＣのＮ末端ドメイン（Volkman, B. F.,
Nohaile, M. J., Amy, N. K., Kustu, S. & Wemmer,D.
E. (1995) Biochemistry, 34 1413-1424）の３次元構造
は、バチルス・ズブチリス（Bacillus subtilis）由来
のＳｐｏＯＦの２次構造（Feher, V. A., Zapf, J. W.,
Hoch, J. A., Dahlquist, F. W., Whiteley, J. M. &
Cavanagh, J.(1995) Protein Science, 4, 1801-1814）
とともに利用可能である。これらの構造は（ａ／ｂ）5
折り畳みを有する。異なる応答レギュレーター配列の
間、特にβ−シート疎水性コア中の疎水性残基およびα
−ヘリックス由来の部位中の疎水性残基の間において、
いくつかの構造残基が保存されている。この応答レギュ
レーターのファミリーは、バチルス・ズブチリス（Baci
llus subtilis）由来のＤｅｇＵ蛋白を包含する。Ｄｅ
ｇＵは細胞外プロテアーゼの生成の調節に関与している
ＴＣＳＴＳの応答レギュレーターである。毒性因子、運
動性、抗生物質耐性および細胞複製はＴＣＳＴＳにより
調節されるプロセスである。ＴＣＳＴＳ蛋白の阻害剤
は、発病に必要な因子を細菌が産生することを妨害する
ことにより、細菌が宿主において感染を確率し維持する
ことを妨害するであろう。それゆえ、ＴＣＳＴＳ蛋白の
阻害は抗−細菌療法において有用であろう。ヒスチジン
キナーゼは、ヒスチジン残基を自己リン酸化させるＴＣ
ＳＴＳの成分である。次いで、リン酸基は同族の応答レ
ギュレーターに転移される。ヒスチジンキナーゼは５つ
の短い保存されたアミノ酸配列を有する（Stock, J.
B., Ninfa, A. J. & Stock, A. M. (1989) Microbiol.
Rev. 53, 450-490, Swanson, R. V., Alex, L. A. & Si
mon, M. I. (1994) TIBS 19 485-491）。これらはリン
酸化されたヒスチジン残基であり、約１００残基後に保
存されたアスパラギン残基が続く。さらに１５ないし４
５残基後にＤＸＧＸＧモチーフが見られ、さらに１０〜
２０残基後にＦＸＸＦモチーフが続く。さらに１０〜２
０残基後にもう１つのグリシンモチーフＧＸＧが見られ
る。２個のグリシンモチーフはヌクレオチド結合に関与
すると考えられる。毒性因子の産生、運動性、抗生物質
耐性および細胞複製はＴＣＳＴＳにより調節されるプロ
セスである。ＴＣＳＴＳ蛋白の阻害剤は、細菌が発病に
必要な因子を産生することを妨害することにより、細菌
が宿主の感染を確立および維持することを妨害するであ
ろう。
【０００４】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２０〜３０年間に劇的に上昇している。こ
れは多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下し
た人口の増加に起因している。いくつかのまたはすべて
の標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめず
らしいことではない。この現象がこの生物に対する新し
い抗菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を
形成した。
の頻度は過去２０〜３０年間に劇的に上昇している。こ
れは多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下し
た人口の増加に起因している。いくつかのまたはすべて
の標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめず
らしいことではない。この現象がこの生物に対する新し
い抗菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を
形成した。
【０００５】そのうえ、薬剤の発見方法は、現在のとこ
ろ、「機能的遺伝学」、すなわち、高処理量のゲノムま
たは遺伝子に基づく生物学を包含するので抜本的な改革
を受けている。このアプローチは、「位置的クローニン
グ」に基づく初期のアプローチおよび他の方法に取って
代わりつつある。機能的遺伝学は、現在利用可能な多く
の分子生物学的データベースならびに他のソースから潜
在的に興味ある遺伝子配列を同定するための種々の道具
に大きく依存している。薬剤の発見の標的としての、さ
らなる遺伝子および他のポリヌクレオチド配列ならびに
それらの関連ポリペプチドの同定および特徴づけをする
必要性があり続けている。
ろ、「機能的遺伝学」、すなわち、高処理量のゲノムま
たは遺伝子に基づく生物学を包含するので抜本的な改革
を受けている。このアプローチは、「位置的クローニン
グ」に基づく初期のアプローチおよび他の方法に取って
代わりつつある。機能的遺伝学は、現在利用可能な多く
の分子生物学的データベースならびに他のソースから潜
在的に興味ある遺伝子配列を同定するための種々の道具
に大きく依存している。薬剤の発見の標的としての、さ
らなる遺伝子および他のポリヌクレオチド配列ならびに
それらの関連ポリペプチドの同定および特徴づけをする
必要性があり続けている。
【０００６】抗微生物活性に関して化合物をスクリーニ
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
の応答レギュレーター具体例のごとき因子に対する要望
があることは明白である。かかる因子はまた、感染、機
能不全および疾患の発生病理における役割を決定するの
に有用である。感染、機能不全および疾患を予防、改善
または治癒するための方法を見出すために、かかる因子
ならびにそのアンタゴニストおよびアゴニストを同定お
よび特徴づけする必要も明らかにある。
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
の応答レギュレーター具体例のごとき因子に対する要望
があることは明白である。かかる因子はまた、感染、機
能不全および疾患の発生病理における役割を決定するの
に有用である。感染、機能不全および疾患を予防、改善
または治癒するための方法を見出すために、かかる因子
ならびにそのアンタゴニストおよびアゴニストを同定お
よび特徴づけする必要も明らかにある。
【０００７】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、応答レギュ
レーター、詳細には応答レギュレーターポリペプチドお
よび応答レギュレーターポリヌクレオチド、組み換え物
質ならびにそれらの製造方法に関する。もう１つの態様
において、本発明は、かかるポリペプチドおよびポリヌ
クレオチドの使用方法に関し、とりわけ、微生物による
疾病の治療を包含する。さらなる態様において、本発明
は、本発明により提供される材料を用いるアゴニストお
よびアンタゴニストの同定方法、ならびに同定されたア
ゴニストまたはアンタゴニスト化合物を用いる微生物に
よる感染およびかかる感染に関連した症状の治療方法に
関する。さらなる態様において、本発明は、微生物によ
る感染およびかかる感染に関連した症状の検出のための
診断アッセイ、例えば、応答レギュレーター発現または
活性の検出のためのアッセイに関する。
レーター、詳細には応答レギュレーターポリペプチドお
よび応答レギュレーターポリヌクレオチド、組み換え物
質ならびにそれらの製造方法に関する。もう１つの態様
において、本発明は、かかるポリペプチドおよびポリヌ
クレオチドの使用方法に関し、とりわけ、微生物による
疾病の治療を包含する。さらなる態様において、本発明
は、本発明により提供される材料を用いるアゴニストお
よびアンタゴニストの同定方法、ならびに同定されたア
ゴニストまたはアンタゴニスト化合物を用いる微生物に
よる感染およびかかる感染に関連した症状の治療方法に
関する。さらなる態様において、本発明は、微生物によ
る感染およびかかる感染に関連した症状の検出のための
診断アッセイ、例えば、応答レギュレーター発現または
活性の検出のためのアッセイに関する。
【０００８】開示された本発明の精神および範囲内での
種々の変更および修飾は、以下の説明を読み、本開示の
他の部分を読めば、当業者に容易に明らかになるであろ
う。
種々の変更および修飾は、以下の説明を読み、本開示の
他の部分を読めば、当業者に容易に明らかになるであろ
う。
【０００９】
【課題を解決するための手段】以下により詳細に説明す
るように、本発明は、応答レギュレーターポリペプチド
およびポリヌクレオチドに関する。詳細には、本発明
は、バチルス・ズブチリス由来のＤｅｇＵポリペプチド
に対するアミノ酸配列相同性により関連づけられるスト
レプトコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pneu
moniae）の応答レギュレーターのポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドに関する。特に、本発明は、それぞれ配
列番号：１または３および配列番号：２または４として
表１に示されるヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有す
る応答レギュレーターに関する。下記配列表に「ＤＮ
Ａ」として示される配列は本発明の具体例である。なぜ
なら、当業者はリボポリヌクレオチドを包含するポリヌ
クレオチド中のかかる配列をうまく利用できるからであ
る。
るように、本発明は、応答レギュレーターポリペプチド
およびポリヌクレオチドに関する。詳細には、本発明
は、バチルス・ズブチリス由来のＤｅｇＵポリペプチド
に対するアミノ酸配列相同性により関連づけられるスト
レプトコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pneu
moniae）の応答レギュレーターのポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドに関する。特に、本発明は、それぞれ配
列番号：１または３および配列番号：２または４として
表１に示されるヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有す
る応答レギュレーターに関する。下記配列表に「ＤＮ
Ａ」として示される配列は本発明の具体例である。なぜ
なら、当業者はリボポリヌクレオチドを包含するポリヌ
クレオチド中のかかる配列をうまく利用できるからであ
る。
【００１０】 表１ 応答レギュレーターポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 （Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニアエの応答レギュレーターポリヌクレオ チド配列［配列番号１］ 5'- CTTATATGCAGAACATGGTTATAGCTTTCGGGAATACAGTTTGAAGGAGGCTTGGTCTCTTTACAAGCAAAA TTTTATCTCAAGCAACCTGATTTTCTATAGCTTTTTAGGTGTGGGTCTAGTTTTGACCTATGGTTTGTATCT CTTGGTGCAATTGCCTCATCAGACCATTGTTCATTTGATTGCGACCCTTTTGAATGTCCTAGTAGTTGCCCT GATCTTTTTGGCTTATACAGTATCTTTAAAATTACAAGTTTATTTTGCCTTGTCCTATCGAAATAGTCTCAA ATTATCCTTGATTGGCATCTTTATGAGTCTAGCAGCTGTGGCTAAGGTTCTCCTTGGGACTGTGCTACTTGT AGCAATTGGTTACTATATGCCTGCCCTGCTATTTTTTGTAGGAATTGGGATGTGGCATTTCTTTATCAGTGA TATGTTGGAACCTGTCTATGAAATCATCCATGAAAAATTGGCGACAAAATAGAATGAAGCACTTTTGGCTAC ATACGCTTCTAAGAACCTATAGTTCAGTGATGATCATTATCATTGCGAGTTTTGCAATCTTACTCTCTTACG CTGACTGGGATTCACGTGAAAAGGAAGCCCAGAGAGTAGCCCAGCGTGTAACTGCTAGAACAGTGAGTGAAA TTGAATATTACCATAGAGAGTCAACCCAGATAGCTCAGGCTTTAGTTGAAAACCAAGCTCGTATTGAGGGAA TCTATAAATACTTTAGCCTTAGCATGCCAGACTATTTTTACTGGCAATTAGAGCGGAAAGCTTCGCCTTATA TATCAGTCTCTCTGTATGAAAATGTTGATGACCTCTATGTTCGAAATGATTTTGTAACTGGGGTGGCCATTG CTTTTCAAGATTACAAGGAAGTCTATGTTTCTACTAAAGACAAACGTAGTGGAGAAAAAATCAGGGCTGAGG ATTTCAAACCAGCAGGAAATAGTTTTGCCATTCCAGTGTCAGATCCAGTGTCAGATCAAGACTTAGGAGTGA TTTACATCTCCTTGGATCCTGCTGTTTTATACCATGCCATTGATAATACTAGAGGTCATACTCCGATGGCAG TAACAGTGACCGAACCTTTTGATACGGAGATTTTTCATATTGGTGAGACAGTTGATAAGGAGAGTGAAAATT GGCTAGTTGGCTTAACTTCTCATGGTTATCAGGTTCAGGTGGCAGTTCCCAAAAACTTTGTTTTACAAGGAA CGGTGACCAGCTCTGCTTTGATTGTGGGCTTGAGCCTTCTCTTTATTGTCATTCTTTATCTGACTTTGAGGC AGACCTTTGCTAATTATCAAAAGCAGGTAGTGGATTTGGTGGATTCCATCCAAGCTATTGCCCAAGGACAAG AAGGTCTTCGCATTGATACGCTTGAAAAGGATCAGGAATTGCTCCTAATCGCGGAGACGACCAATGATATGT TGGATCGATTGGAAAAGAATATCCATGATATTTACCAGTTAGAACTCAGTCAAAAAGATGCCAATATGCGGG CCTTGCAGGCGCAAATCAATCCTCATTTTATGTATAATACGCTGGAGTTCTTGCGCATGTATGCAGTTATGC AGAGTCAAGATGAGTTGGCAGATATCATTTATGAATTCAGTAGTCTCTTGCGTAACAATATTTCCGACGAAA GAGAGACCCTCCTCAAACAGGAATTAGAATTTTGCCGTAAATACAGCTATCTCTGCATGGTTCGCTATCCCA AGTCCATTGCCTATGGTTTCAAGATAGATCCAGAGTTAGAGAATATGAAGATTCCCAAGTTTACCTTGCAAC CGCTGGTAGAAAACTATTTCGCGCATGGTGTTGACCACAGGCGGACAGATAATGTGATTAGCATCAAGGCTC TTAAACAGGATGGTTTTGTGGAAATTTTGGTGGTCGATAATGGTAGAGGAATGTCGGCTGAAAAGTTGGCAA ATATCCGAGAAAAATTAAGTCAGAGATATTTTGAACACCAAGCCAGCTACAGTGATCAAAGGCAGTCTATCG GGATTGTCAATGTACACGAGCGTTTTGTGCTCTATTTTGGAGACCGCTATGCCATTACTATAGAGTCTGCAG AGCAAGCCGGTGTTCAGTATCGTATTACAATTCAAGATGAGTAGAAAGGGAGAAAATGTATAAAGTATTATT AGTAGATGATGAGTACATGGTGACAGAAGGTCTGAAGCGTTTGATTCCCTTTGATAAGTGGGATATGGAGGT CGTCGCAACAGTCAGTCATGCCGATGAAGCTCTAGAATATGTTCAGGAAAATCCTGTCGATGTCATCATTTC CGATGTCAATATGCCAGACAAAACAGGGCTTGATATGATTCGGGAGATGAAAGAGATCTTACCAGATGCTGC CTATATCCTGCTCTCAGGTTATCAGGAGTTTGATTATGTAAAAAGAGCAATGAATCTTAGTGTGGTGGACTA TTTGGTCAAACCTGTTGATAAGGTAGAGCTGGGAAATCTGCTGGAGAAGATTGCAGGTCAGCTCGGCGAGAG AGGGAAGAAAAGTCAGACTCTTAGTCAAGAATTAGACGAGGCTGGATTTGTTAGTTATTTAGGGGATAAGGA GAATTGGTGGATAGGTCTATCCAAGGAAAAACAAGGTTCCTTCACCATTCCCTACTATGTCTTGGGTCAAGC CTGGCAGATTTTCATTTCTGACCAACCCCTAGATGGTTTAGTCGTTACACCTTTTGAAGCTCCTTATCAAGA ACATTTTGAACGCTGGAAGCTGAATGCTGAGAAAACCCTCTTTTACGGTTCTGTAAATCTGCAGCAGTCTGA GAGTCTCTTTGCCTATTACGAACCGATTTATAGGGTTATCATTCAGGGAAATCTCAATCAAATCGTAGAAGA GTTAAATCTCTTGGAGAAGGTAGTTCTTGAAAATACGCCGCGAATTCCGATTACTAAACAGCTTTTTATCCA GTTTGTCATGGATGTCTTCCATTTATTTGAACATCTCAAAGCTGATGATATGACGGACATTGTCAAAACCAT TCATGCTATTCAATCCTTCGATGAATTGGTTTCTTATATCAAGGAAACTCTGATCAGCTTTTTCGGTCAATA CCGTATGAATGAAAATGTGGTCAGTGTGCTGGAAGTCATTGGTCGTGATTACCAAAAAGAGCTTTCCCTCAA GGATATCAGTAAGGCCCTCTTTATCAATCCTGTCTATCTAGGGCAGTTGATTAAGCGTGAAACCGATTCGAC CTTTGCAGAGTTACTAAACAAACAACGTATTAAGGCTGCCCAACAACTTTTGCTTTCAACTAGTGACAGCAT CGAAAATATTTGTTATGCTGTTGGTTACAGTAACCTTGGATATTTCTATAAAGTTTTCCGAAAATTGTGCGG AAAATCGCCAAAAGCCTACCGAAAACAGGTAGAAACTATACTATAAGATTTGTATTCCTTTACAAAATG -3'
【００１１】 （Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より推定されるストレプトコッカス・ニュ ーモニアエの応答レギュレーターポリペプチド配列［配列番号２］ NH2- MYKVLLVDDEYMVTEGLKRLIPFDKWDMEVVATVSHADEALEYVQENPVDVIISDVNMPDKTGLDMIREMKE ILPDAAYILLSGYQEFDYVKRAMNLSVVDYLVKPVDKVELGNLLEKIAGQLGERGKKSQTLSQELDEAGFVS YLGDKENWWIGLSKEKQGSFTIPYYVLGQAWQIFISDQPLDGLVVTPFEAPYQEHFERWKLNAEKTLFYGSV NLQQSESLFAYYEPIYRVIIQGNLNQIVEELNLLEKVVLENTPRIPITKQLFIQFVMDVFHLFEHLKADDMT DIVKTIHAIQSFDELVSYIKETLISFFGQYRMNENVVSVLEVIGRDYQKELSLKDISKALFINPVYLGQLIK RETDSTFAELLNKQRIKAAQQLLLSTSDSIENICYAVGYSNLGYFYKVFRKLCGKSPKAYRKQVETIL -COOH
【００１２】 （Ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニアエの応答レギュレーターのＯＲＦ配列 ［配列番号３］ 5'- CTTATATGCAGAACATGGTTATAGCTTTCGGGAATACAGTTTGAAGGAGGCTTGGTCTCTTTACAAGCAAAA TTTTATCTCAAGCAACCTGATTTTCTATAGCTTTTTAGGTGTGGGTCTAGTTTTGACCTATGGTTTGTATCT CTTGGTGCAATTGCCTCATCAGACCATTGTTCATTTGATTGCGACCCTTTTGAATGTCCTAGTAGTTGCCCT GATCTTTTTGGCTTATACAGTATCTTTAAAATTACAAGTTTATTTTGCCTTGTCCTATCGAAATAGTCTCAA ATTATCCTTGATTGGCATCTTTATGAGTCTAGCAGCTGTGGCTAAGGTTCTCCTTGGGACTGTGCTACTTGT AGCAATTGGTTACTATATGCCTGCCCTGCTATTTTTTGTAGGAATTGGGATGTGGCATTTCTTTATCAGTGA TATGTTGGAACCTGTCTATGAAATCATCCATGAAAAATTGGCGACAAAATAGAATGAAGCACTTTTGGCTAC ATACGCTTCTAAGAACCTATAGTTCAGTGATGATCATTATCATTGCGAGTTTTGCAATCTTACTCTCTTACG CTGACTGGGATTCACGTGAAAAGGAAGCCCAGAGAGTAGCCCAGCGTGTAACTGCTAGAACAGTGAGTGAAA TTGAATATTACCATAGAGAGTCAACCCAGATAGCTCAGGCTTTAGTTGAAAACCAAGCTCGTATTGAGGGAA TCTATAAATACTTTAGCCTTAGCATGCCAGACTATTTTTACTGGCAATTAGAGCGGAAAGCTTCGCCTTATA TATCAGTCTCTCTGTATGAAAATGTTGATGACCTCTATGTTCGAAATGATTTTGTAACTGGGGTGGCCATTG CTTTTCAAGATTACAAGGAAGTCTATGTTTCTACTAAAGACAAACGTAGTGGAGAAAAAATCAGGGCTGAGG ATTTCAAACCAGCAGGAAATAGTTTTGCCATTCCAGTGTCAGATCCAGTGTCAGATCAAGACTTAGGAGTGA TTTACATCTCCTTGGATCCTGCTGTTTTATACCATGCCATTGATAATACTAGAGGTCATACTCCGATGGCAG TAACAGTGACCGAACCTTTTGATACGGAGATTTTTCATATTGGTGAGACAGTTGATAAGGAGAGTGAAAATT GGCTAGTTGGCTTAACTTCTCATGGTTATCAGGTTCAGGTGGCAGTTCCCAAAAACTTTGTTTTACAAGGAA CGGTGACCAGCTCTGCTTTGATTGTGGGCTTGAGCCTTCTCTTTATTGTCATTCTTTATCTGACTTTGAGGC AGACCTTTGCTAATTATCAAAAGCAGGTAGTGGATTTGGTGGATTCCATCCAAGCTATTGCCCAAGGACAAG AAGGTCTTCGCATTGATACGCTTGAAAAGGATCAGGAATTGCTCCTAATCGCGGAGACGACCAATGATATGT TGGATCGATTGGAAAAGAATATCCATGATATTTACCAGTTAGAACTCAGTCAAAAAGATGCCAATATGCGGG CCTTGCAGGCGCAAATCAATCCTCATTTTATGTATAATACGCTGGAGTTCTTGCGCATGTATGCAGTTATGC AGAGTCAAGATGAGTTGGCAGATATCATTTATGAATTCAGTAGTCTCTTGCGTAACAATATTTCCGACGAAA GAGAGACCCTCCTCAAACAGGAATTAGAATTTTGCCGTAAATACAGCTATCTCTGCATGGTTCGCTATCCCA AGTCCATTGCCTATGGTTTCAAGATAGATCCAGAGTTAGAGAATATGAAGATTCCCAAGTTTACCTTGCAAC CGCTGGTAGAAAACTATTTCGCGCATGGTGTTGACCACAGGCGGACAGATAATGTGATTAGCATCAAGGCTC TTAAACAGGATGGTTTTGTGGAAATTTTGGTGGTCGATAATGGTAGAGGAATGTCGGCTGAAAAGTTGGCAA ATATCCGAGAAAAATTAAGTCAGAGATATTTTGAACACCAAGCCAGCTACAGTGATCAAAGGCAGTCTATCG GGATTGTCAATGTACACGAGCGTTTTGTGCTCTATTTTGGAGACCGCTATGCCATTACTATAGAGTCTGCAG AGCAAGCCGGTGTTCAGTATCGTATTACAATTCAAGATGAGTAGAAAGGGAGAAAATGTATAAAGTATTATT AGTAGATGATGAGTACATGGTGACAGAAGGTCTGAAGCGTTTGATTCCCTTTGATAAGTGGGATATGGAGGT CGTCGCAACAGTCAGTCATGCCGATGAAGCTCTAGAATATGTTCAGGAAAATCCTGTCGATGTCATCATTTC CGATGTCAATATGCCAGACAAAACAGGGCTTGATATGATTCGGGAGATGAAAGAGATCTTACCAGATGCTGC CTATATCCTGCTCTCAGGTTATCAGGAGTTTGATTATGTAAAAAGAGCAATGAATCTTAGTGTGGTGGACTA TTTGGTCAAACCTGTTGATAAGGTAGAGCTGGGAAATCTGCTGGAGAAGATTGCAGGTCAGCTCGGCGAGAG AGGGAAGAAAAGTCAGACTCTTAGTCAAGAATTAGACGAGGCTGGATTTGTTAGTTATTTAGGGGATAAGGA GAATTGGTGGATAGGTCTATCCAAGGAAAAACAAGGTTCCTTCACCATTCCCTACTATGTCTTGGGTCAAGC CTGGCAGATTTTCATTTCTGACCAACCCCTAGATGGTTTAGTCGTTACACCTTTTGAAGCTCCTTATCAAGA ACATTTTGAACGCTGGAAGCTGAATGCTGAGAAAACCCTCTTTTACGGTTCTGTAAATCTGCAGCAGTCTGA GAGTCTCTTTGCCTATTACGAACCGATTTATAGGGTTATCATTCAGGGAAATCTCAATCAAATCGTAGAAGA GTTAAATCTCTTGGAGAAGGTAGTTCTTGAAAATACGCCGCGAATTCCGATTACTAAACAGCTTTTTATCCA GTTTGTCATGGATGTCTTCCATTTATTTGAACATCTCAAAGCTGATGATATGACGGACATTGTCAAAACCAT TCATGCTATTCAATCCTTCGATGAATTGGTTTCTTATATCAAGGAAACTCTGATCAGCTTTTTCGGTCAATA CCGTATGAATGAAAATGTGGTCAGTGTGCTGGAAGTCATTGGTCGTGATTACCAAAAAGAGCTTTCCCTCAA GGATATCAGTAAGGCCCTCTTTATCAATCCTGTCTATCTAGGGCAGTTGATTAAGCGTGAAACCGATTCGAC CTTTGCAGAGTTACTAAACAAACAACGTATTAAGGCTGCCCAACAACTTTTGCTTTCAACTAGTGACAGCAT CGAAAATATTTGTTATGCTGTTGGTTACAGTAACCTTGGATATTTCTATAAAGTTTTCCGAAAATTGTGCGG AAAATCGCCAAAAGCCTACCGAAAACAGGTAGAAACTATACTATAAGATTTGTATTCCTTTACAAAATG -3'
【００１３】 （Ｄ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配列から推定されるストレプトコッカス ・ニューモニアエの応答レギュレーターポリペプチド配列［配列番号：４］ NH2- MYKVLLVDDEYMVTEGLKRLIPFDKWDMEVVATVSHADEALEYVQENPVDVIISDVNMPDKTGLDMIREMKE ILPDAAYILLSGYQEFDYVKRAMNLSVVDYLVKPVDKVELGNLLEKIAGQLGERGKKSQTLSQELDEAGFVS YLGDKENWWIGLSKEKQGSFTIPYYVLGQAWQIFISDQPLDGLVVTPFEAPYQEHFERWKLNAEKTLFYGSV NLQQSESLFAYYEPIYRVIIQGNLNQIVEELNLLEKVVLENTPRIPITKQLFIQFVMDVFHLFEHLKADDMT DIVKTIHAIQSFDELVSYIKETLISFFGQYRMNENVVSVLEVIGRDYQKELSLKDISKALFINPVYLGQLIK RETDSTFAELLNKQRIKAAQQLLLSTSDSIENICYAVGYSNLGYFYKVFRKLCGKSPKAYRKQVETIL -COOH
【００１４】 （Ｅ）本発明応答レギュレーターの同族体である、ストレプトコッカス・ニュー モニアエのヒスチジンキナーゼ由来のポリヌクレオチド配列［配列番号：５］ 5'- CTTATATGCAGAACATGGTTATAGCTTTCGGGAATACAGTTTGAAGGAGGCTTGGTCTCTTTACAAGCAAAA TTTTATCTCAAGCAACCTGATTTTCTATAGCTTTTTAGGTGTGGGTCTAGTTTTGACCTATGGTTTGTATCT CTTGGTGCAATTGCCTCATCAGACCATTGTTCATTTGATTGCGACCCTTTTGAATGTCCTAGTAGTTGCCCT GATCTTTTTGGCTTATACAGTATCTTTAAAATTACAAGTTTATTTTGCCTTGTCCTATCGAAATAGTCTCAA ATTATCCTTGATTGGCATCTTTATGAGTCTAGCAGCTGTGGCTAAGGTTCTCCTTGGGACTGTGCTACTTGT AGCAATTGGTTACTATATGCCTGCCCTGCTATTTTTTGTAGGAATTGGGATGTGGCATTTCTTTATCAGTGA TATGTTGGAACCTGTCTATGAAATCATCCATGAAAAATTGGCGACAAAATAGAATGAAGCACTTTTGGCTAC ATACGCTTCTAAGAACCTATAGTTCAGTGATGATCATTATCATTGCGAGTTTTGCAATCTTACTCTCTTACG CTGACTGGGATTCACGTGAAAAGGAAGCCCAGAGAGTAGCCCAGCGTGTAACTGCTAGAACAGTGAGTGAAA TTGAATATTACCATAGAGAGTCAACCCAGATAGCTCAGGCTTTAGTTGAAAACCAAGCTCGTATTGAGGGAA TCTATAAATACTTTAGCCTTAGCATGCCAGACTATTTTTACTGGCAATTAGAGCGGAAAGCTTCGCCTTATA TATCAGTCTCTCTGTATGAAAATGTTGATGACCTCTATGTTCGAAATGATTTTGTAACTGGGGTGGCCATTG CTTTTCAAGATTACAAGGAAGTCTATGTTTCTACTAAAGACAAACGTAGTGGAGAAAAAATCAGGGCTGAGG ATTTCAAACCAGCAGGAAATAGTTTTGCCATTCCAGTGTCAGATCCAGTGTCAGATCAAGACTTAGGAGTGA TTTACATCTCCTTGGATCCTGCTGTTTTATACCATGCCATTGATAATACTAGAGGTCATACTCCGATGGCAG TAACAGTGACCGAACCTTTTGATACGGAGATTTTTCATATTGGTGAGACAGTTGATAAGGAGAGTGAAAATT GGCTAGTTGGCTTAACTTCTCATGGTTATCAGGTTCAGGTGGCAGTTCCCAAAAACTTTGTTTTACAAGGAA CGGTGACCAGCTCTGCTTTGATTGTGGGCTTGAGCCTTCTCTTTATTGTCATTCTTTATCTGACTTTGAGGC AGACCTTTGCTAATTATCAAAAGCAGGTAGTGGATTTGGTGGATTCCATCCAAGCTATTGCCCAAGGACAAG AAGGTCTTCGCATTGATACGCTTGAAAAGGATCAGGAATTGCTCCTAATCGCGGAGACGACCAATGATATGT TGGATCGATTGGAAAAGAATATCCATGATATTTACCAGTTAGAACTCAGTCAAAAAGATGCCAATATGCGGG CCTTGCAGGCGCAAATCAATCCTCATTTTATGTATAATACGCTGGAGTTCTTGCGCATGTATGCAGTTATGC AGAGTCAAGATGAGTTGGCAGATATCATTTATGAATTCAGTAGTCTCTTGCGTAACAATATTTCCGACGAAA GAGAGACCCTCCTCAAACAGGAATTAGAATTTTGCCGTAAATACAGCTATCTCTGCATGGTTCGCTATCCCA AGTCCATTGCCTATGGTTTCAAGATAGATCCAGAGTTAGAGAATATGAAGATTCCCAAGTTTACCTTGCAAC CGCTGGTAGAAAACTATTTCGCGCATGGTGTTGACCACAGGCGGACAGATAATGTGATTAGCATCAAGGCTC TTAAACAGGATGGTTTTGTGGAAATTTTGGTGGTCGATAATGGTAGAGGAATGTCGGCTGAAAAGTTGGCAA ATATCCGAGAAAAATTAAGTCAGAGATATTTTGAACACCAAGCCAGCTACAGTGATCAAAGGCAGTCTATCG GGATTGTCAATGTACACGAGCGTTTTGTGCTCTATTTTGGAGACCGCTATGCCATTACTATAGAGTCTGCAG AGCAAGCCGGTGTTCAGTATCGTATTACAATTCAAGATGAGTAGAAAGGGAGAAAATGTATAAAGTATTATT AGTAGATGATGAGTACATGGTGACAGAAGGTCTGAAGCGTTTGATTCCCTTTGATAAGTGGGATATGGAGGT CGTCGCAACAGTCAGTCATGCCGATGAAGCTCTAGAATATGTTCAGGAAAATCCTGTCGATGTCATCATTTC CGATGTCAATATGCCAGACAAAACAGGGCTTGATATGATTCGGGAGATGAAAGAGATCTTACCAGATGCTGC CTATATCCTGCTCTCAGGTTATCAGGAGTTTGATTATGTAAAAAGAGCAATGAATCTTAGTGTGGTGGACTA TTTGGTCAAACCTGTTGATAAGGTAGAGCTGGGAAATCTGCTGGAGAAGATTGCAGGTCAGCTCGGCGAGAG AGGGAAGAAAAGTCAGACTCTTAGTCAAGAATTAGACGAGGCTGGATTTGTTAGTTATTTAGGGGATAAGGA GAATTGGTGGATAGGTCTATCCAAGGAAAAACAAGGTTCCTTCACCATTCCCTACTATGTCTTGGGTCAAGC CTGGCAGATTTTCATTTCTGACCAACCCCTAGATGGTTTAGTCGTTACACCTTTTGAAGCTCCTTATCAAGA ACATTTTGAACGCTGGAAGCTGAATGCTGAGAAAACCCTCTTTTACGGTTCTGTAAATCTGCAGCAGTCTGA GAGTCTCTTTGCCTATTACGAACCGATTTATAGGGTTATCATTCAGGGAAATCTCAATCAAATCGTAGAAGA GTTAAATCTCTTGGAGAAGGTAGTTCTTGAAAATACGCCGCGAATTCCGATTACTAAACAGCTTTTTATCCA GTTTGTCATGGATGTCTTCCATTTATTTGAACATCTCAAAGCTGATGATATGACGGACATTGTCAAAACCAT TCATGCTATTCAATCCTTCGATGAATTGGTTTCTTATATCAAGGAAACTCTGATCAGCTTTTTCGGTCAATA CCGTATGAATGAAAATGTGGTCAGTGTGCTGGAAGTCATTGGTCGTGATTACCAAAAAGAGCTTTCCCTCAA GGATATCAGTAAGGCCCTCTTTATCAATCCTGTCTATCTAGGGCAGTTGATTAAGCGTGAAACCGATTCGAC CTTTGCAGAGTTACTAAACAAACAACGTATTAAGGCTGCCCAACAACTTTTGCTTTCAACTAGTGACAGCAT CGAAAATATTTGTTATGCTGTTGGTTACAGTAACCTTGGATATTTCTATAAAGTTTTCCGAAAATTGTGCGG AAAATCGCCAAAAGCCTACCGAAAACAGGTAGAAACTATACTATAAGATTTGTATTCCTTTACAAAATG -3'
【００１５】 （Ｆ）本発明応答レギュレーターの同族体である、配列番号：３のポリヌクレオ チドから推定されるストレプトコッカス・ニューモニアエのヒスチジンキナーゼ 由来のポリペプチド配列［配列番号：６］ NH2- MKSSMKNWRQNRMKHFWLHTLLRTYSSVMIIIIASFAILLSYADWDSREKEAQRVAQRVTARTVSEIEYY HRESTQIAQALVENQARIEGIYKYFSLSMPDYFYWQLERKASPYISVSLYENVDDLYVRNDFVTGVAIAF QDYKEVYVSTKDKRSGEKIRAEDFKPAGNSFAIPVSDPVSDQDLGVIYISLDPAVLYHAIDNTRGHTPMA VTVTEPFDTEIFHIGETVDKESENWLVGLTSHGYQVQVAVPKNFVLQGTVTSSALIVGLSLLFIVILYLT LRQTFANYQKQVVDLVDSIQAIAQGQEGLRIDTLEKDQELLLIAETTNDMLDRLEKNIHDIYQLELSQKD ANMRALQAQINPHFMYNTLEFLRMYAVMQSQDELADIIYEFSSLLRNNISDERETLLKQELEFCRKYSYL CMVRYPKSIAYGFKIDPELENMKIPKFTLQPLVENYFAHGVDHRRTDNVISIKALKQDGFVEILVVDNGR GMSAEKLANIREKLSQRYFEHQASYSDQRQSIGIVNVHERFVLYFGDRYAITIESAEQAGVQYRITIQDE -COOH
【００１６】寄託材料 ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株
を含む寄託株を、１９９６年４月１１日に、スコットラ
ンド、ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードライ
ブ２３Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダ
ストリアル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッ
ド（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、ＮＣＩＭ
Ｂ受託番号４０７９４の下で寄託した。その寄託株は寄
託の際にストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３と命名された。１９９６年４月１７日に、同様
に、エシェリシア・コリ中のストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３ＤＮＡライブラリーがＮＣＩ
ＭＢに寄託され、受託番号４０８００が与えられた。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ寄託株を、本明細書
では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称する。
を含む寄託株を、１９９６年４月１１日に、スコットラ
ンド、ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードライ
ブ２３Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダ
ストリアル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッ
ド（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、ＮＣＩＭ
Ｂ受託番号４０７９４の下で寄託した。その寄託株は寄
託の際にストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３と命名された。１９９６年４月１７日に、同様
に、エシェリシア・コリ中のストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３ＤＮＡライブラリーがＮＣＩ
ＭＢに寄託され、受託番号４０８００が与えられた。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ寄託株を、本明細書
では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称する。
【００１７】寄託株は全長の応答レギュレーター遺伝子
を含んでいる。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配
列ならびにそれによりコードされるポリペプチドのアミ
ノ酸配列は、本明細書における配列の記載とのいずれの
不一致においても支配的である。寄託株の寄託は、特許
手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条
約の条件下で行われている。特許が発行されると何ら制
限または条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株
は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.
１１２条の下に要求されるような、寄託が実施可能要件
であることを承認するものではない。
を含んでいる。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配
列ならびにそれによりコードされるポリペプチドのアミ
ノ酸配列は、本明細書における配列の記載とのいずれの
不一致においても支配的である。寄託株の寄託は、特許
手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条
約の条件下で行われている。特許が発行されると何ら制
限または条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株
は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.
１１２条の下に要求されるような、寄託が実施可能要件
であることを承認するものではない。
【００１８】寄託株、それに由来の化合物を製造、使用
または販売するには、ライセンスが必要であるが、その
ようなライセンスはここで付与されるものではない。本
発明の一の態様は、寄託株に含まれるストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３株により発現可能な
成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分子を提供する
ことである。さらには、本発明は寄託株中のＤＮＡの応
答レギュレーターヌクレオチド配列およびそれによりコ
ードされるアミノ酸配列を提供する。また、本発明は寄
託株より単離された応答レギュレーターポリペプチド配
列およびそれに由来のアミノ酸配列を提供する。
または販売するには、ライセンスが必要であるが、その
ようなライセンスはここで付与されるものではない。本
発明の一の態様は、寄託株に含まれるストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３株により発現可能な
成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分子を提供する
ことである。さらには、本発明は寄託株中のＤＮＡの応
答レギュレーターヌクレオチド配列およびそれによりコ
ードされるアミノ酸配列を提供する。また、本発明は寄
託株より単離された応答レギュレーターポリペプチド配
列およびそれに由来のアミノ酸配列を提供する。
【００１９】ポリペプチド 本発明応答レギュレーターポリペプチドは、系統発生論
的に他の応答レギュレーターファミリーの蛋白に実質的
に関連している。本発明の１の態様において、ストレプ
トコッカス・ニューモニアエのポリペプチド（本明細書
では「応答レギュレーター」および「応答レギュレータ
ーポリペプチド」という）、ならびに生物学的、診断
上、予防上、臨床的または治療上有用なその変種、なら
びにそれを含む組成物が提供される。本発明のとりわけ
好ましい具体例は、応答レギュレーター遺伝子の自然発
生対立遺伝子によりコードされる応答レギュレーターポ
リペプチドの変種である。
的に他の応答レギュレーターファミリーの蛋白に実質的
に関連している。本発明の１の態様において、ストレプ
トコッカス・ニューモニアエのポリペプチド（本明細書
では「応答レギュレーター」および「応答レギュレータ
ーポリペプチド」という）、ならびに生物学的、診断
上、予防上、臨床的または治療上有用なその変種、なら
びにそれを含む組成物が提供される。本発明のとりわけ
好ましい具体例は、応答レギュレーター遺伝子の自然発
生対立遺伝子によりコードされる応答レギュレーターポ
リペプチドの変種である。
【００２０】さらに本発明は下記のものである単離ポリ
ペプチド：（ａ）配列番号：２の全長にわたって配列番
号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一
性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、より好まし
くは少なくとも９０％の同一性、さらにより好ましくは
少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも
９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一である
アミノ酸配列を含むかまたはそれよりなるポリペプチ
ド；（ｂ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１
に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なく
とも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％
の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同
一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性
を有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列
を含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドによ
りコードされるポリペプチド；（ｃ）配列番号：２の全
長にわたって配列番号：２のアミノ酸配列に対して少な
くとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の
同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さ
らにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、最も好
ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有するかま
たは全く同一であるポリペプチドをコードしているポリ
ヌクレオチド配列を含むかまたはそれよりなる単離ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；（ｄ）
配列番号：３の全長にわたって配列番号：１に対して少
なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％
の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、
さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、最も
好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有するか
または全く同一であるポリヌクレオチド配列を含むかま
たはそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードさ
れるポリペプチド；（ｅ）配列番号：３の全長にわたっ
て配列番号：３に対して少なくとも７０％の同一性、好
ましくは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少
なくとも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なく
とも９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜
９９％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリヌ
クレオチド配列を含むかまたはそれよりなる単離ポリヌ
クレオチドによりコードされるポリペプチド；あるいは
（ｆ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド；（ｇ）配列番号：４の全長にわたって
配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％
の同一性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、より
好ましくは少なくとも９０％の同一性、さらにより好ま
しくは少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは少な
くとも９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一
であるアミノ酸配列を含むかまたはそれよりなるポリペ
プチドを提供する。
ペプチド：（ａ）配列番号：２の全長にわたって配列番
号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一
性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、より好まし
くは少なくとも９０％の同一性、さらにより好ましくは
少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも
９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一である
アミノ酸配列を含むかまたはそれよりなるポリペプチ
ド；（ｂ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１
に対して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なく
とも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％
の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同
一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性
を有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列
を含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドによ
りコードされるポリペプチド；（ｃ）配列番号：２の全
長にわたって配列番号：２のアミノ酸配列に対して少な
くとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の
同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さ
らにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、最も好
ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有するかま
たは全く同一であるポリペプチドをコードしているポリ
ヌクレオチド配列を含むかまたはそれよりなる単離ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；（ｄ）
配列番号：３の全長にわたって配列番号：１に対して少
なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％
の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、
さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、最も
好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有するか
または全く同一であるポリヌクレオチド配列を含むかま
たはそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードさ
れるポリペプチド；（ｅ）配列番号：３の全長にわたっ
て配列番号：３に対して少なくとも７０％の同一性、好
ましくは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少
なくとも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なく
とも９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜
９９％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリヌ
クレオチド配列を含むかまたはそれよりなる単離ポリヌ
クレオチドによりコードされるポリペプチド；あるいは
（ｆ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド；（ｇ）配列番号：４の全長にわたって
配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％
の同一性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、より
好ましくは少なくとも９０％の同一性、さらにより好ま
しくは少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは少な
くとも９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一
であるアミノ酸配列を含むかまたはそれよりなるポリペ
プチドを提供する。
【００２１】本発明のポリペプチドは、表１［配列番号
２または４］のポリペプチド（とりわけ成熟ポリペプチ
ド）ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細に
は、応答レギュレーターの生物活性を有し、表１［配列
番号１または３］のポリペプチドまたはその該当部分と
少なくとも７０％の同一性、好ましくは表１［配列番号
２または４］のポリペプチドと少なくとも８０％の同一
性、より好ましくは表１［配列番号２または４］のポリ
ペプチドと少なくとも９０％の類似性（より好ましく
は、少なくとも９０％の同一性）、さらにより好ましく
は表１［配列番号２または４］のポリペプチドと少なく
とも９５％の類似性（より好ましくは少なくとも９５％
の同一性）を有するポリペプチドおよびフラグメントを
包含し、さらにかかるポリペプチドの部分も包含し、一
般に、ポリペプチドのかかる部分は少なくとも３０個の
アミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個のアミノ
酸を含む。
２または４］のポリペプチド（とりわけ成熟ポリペプチ
ド）ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細に
は、応答レギュレーターの生物活性を有し、表１［配列
番号１または３］のポリペプチドまたはその該当部分と
少なくとも７０％の同一性、好ましくは表１［配列番号
２または４］のポリペプチドと少なくとも８０％の同一
性、より好ましくは表１［配列番号２または４］のポリ
ペプチドと少なくとも９０％の類似性（より好ましく
は、少なくとも９０％の同一性）、さらにより好ましく
は表１［配列番号２または４］のポリペプチドと少なく
とも９５％の類似性（より好ましくは少なくとも９５％
の同一性）を有するポリペプチドおよびフラグメントを
包含し、さらにかかるポリペプチドの部分も包含し、一
般に、ポリペプチドのかかる部分は少なくとも３０個の
アミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個のアミノ
酸を含む。
【００２２】本発明はまた、 Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ ［式中、アミノ末端のＸは水素または金属であり、カル
ボキシル末端のＹは水素または金属であり、R1およびR3
はいずれかのアミノ酸残基または修飾アミノ酸残基であ
り、ｍは１〜１０００の整数または０であり、ｎは１〜
１０００の整数または０であり、R2は本発明のアミノ酸
配列、特に表１のアミノ酸配列またはそれらの修飾形態
を意味する］で示されるポリペプチドを包含する。上記
の式中、R2はアミノ末端残基がその左側でR1に結合し、
そのカルボキシ末端残基がその右側でR3に結合するよう
に方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい
場合、Ｒ1またはＲ3のいずれかでで表されるアミノ酸残
基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれ
であってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。本発明の
他の好ましい具体例は、ｍが１ないし５０、１００また
は５００の間の整数であり、ｎが１ないし５０、１００
または５００の間の整数のものである。本発明がストレ
プトコッカス・ニューモニアエ由来のものであるのが最
も好ましいが、同じ分類学上の属の他の生物由来のもの
であっても好ましい。また本発明ポリペプチドは、例え
ば、同じ科または目から得られるものであってもよい。
ボキシル末端のＹは水素または金属であり、R1およびR3
はいずれかのアミノ酸残基または修飾アミノ酸残基であ
り、ｍは１〜１０００の整数または０であり、ｎは１〜
１０００の整数または０であり、R2は本発明のアミノ酸
配列、特に表１のアミノ酸配列またはそれらの修飾形態
を意味する］で示されるポリペプチドを包含する。上記
の式中、R2はアミノ末端残基がその左側でR1に結合し、
そのカルボキシ末端残基がその右側でR3に結合するよう
に方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい
場合、Ｒ1またはＲ3のいずれかでで表されるアミノ酸残
基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいずれ
であってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。本発明の
他の好ましい具体例は、ｍが１ないし５０、１００また
は５００の間の整数であり、ｎが１ないし５０、１００
または５００の間の整数のものである。本発明がストレ
プトコッカス・ニューモニアエ由来のものであるのが最
も好ましいが、同じ分類学上の属の他の生物由来のもの
であっても好ましい。また本発明ポリペプチドは、例え
ば、同じ科または目から得られるものであってもよい。
【００２３】フラグメントは、その全体が上記したポリ
ペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じ
であるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。
応答レギュレーターポリペプチドと同様、フラグメント
は「独立している（free-standing）」であるか、また
はそれらが一の部分または領域、最も好ましくは単一の
連続した領域、単一のより大きなポリペプチドを形成す
るより大きなポリペプチドの中に含まれていてもよい。
ペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じ
であるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。
応答レギュレーターポリペプチドと同様、フラグメント
は「独立している（free-standing）」であるか、また
はそれらが一の部分または領域、最も好ましくは単一の
連続した領域、単一のより大きなポリペプチドを形成す
るより大きなポリペプチドの中に含まれていてもよい。
【００２４】好ましいフラグメントは、例えば、表１
［配列番号２または４］のアミノ酸配列または、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基のような、その変種の一部を
有する末端切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエ中の本発明の
ポリペプチドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘ
リックスおよびアルファヘリックス形成領域、ベータシ
ートおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン
形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎
水領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、
フレキシブル領域、表面形成領域、基質結合領域、およ
び高抗原指数領域を含むフラグメントのような、構造的
または機能的属性によって特徴づけられるフラグメント
もまた好ましいフラグメントである。
［配列番号２または４］のアミノ酸配列または、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基のような、その変種の一部を
有する末端切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエ中の本発明の
ポリペプチドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘ
リックスおよびアルファヘリックス形成領域、ベータシ
ートおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン
形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎
水領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、
フレキシブル領域、表面形成領域、基質結合領域、およ
び高抗原指数領域を含むフラグメントのような、構造的
または機能的属性によって特徴づけられるフラグメント
もまた好ましいフラグメントである。
【００２５】さらなる好ましいフラグメントは、配列番
号：２のアミノ酸配列由来の少なくとも１５、２０、３
０、４０、５０または１００個の連続したアミノ酸を有
するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド、あるいは配
列番号：２のアミノ酸配列から少なくとも１５、２０、
３０、４０、５０または１００個の連続したアミノ酸が
末端切断または欠失されているアミノ酸配列を含む単離
ポリペプチドを包含する。
号：２のアミノ酸配列由来の少なくとも１５、２０、３
０、４０、５０または１００個の連続したアミノ酸を有
するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド、あるいは配
列番号：２のアミノ酸配列から少なくとも１５、２０、
３０、４０、５０または１００個の連続したアミノ酸が
末端切断または欠失されているアミノ酸配列を含む単離
ポリペプチドを包含する。
【００２６】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、応答レギ
ュレーターの活性を媒介するフラグメントである。さら
に、動物、特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であ
るフラグメントも含まれる。特に好ましいものは、スト
レプトコッカス・ニューモニアエの生存に必須の機能ま
たは個体、特に、ヒトにおいて疾患を開始または疾病を
維持する能力を与える酵素群の受容体またはドメインか
らなるフラグメントである。
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、応答レギ
ュレーターの活性を媒介するフラグメントである。さら
に、動物、特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であ
るフラグメントも含まれる。特に好ましいものは、スト
レプトコッカス・ニューモニアエの生存に必須の機能ま
たは個体、特に、ヒトにおいて疾患を開始または疾病を
維持する能力を与える酵素群の受容体またはドメインか
らなるフラグメントである。
【００２７】本発明のポリペプチドのフラグメントは、
ペプチド合成法により対応する全長のポリペプチドの製
造に使用することができる。したがって、これらの変種
は、本発明の全長ポリペプチドを製造するための中間体
として使用できる。
ペプチド合成法により対応する全長のポリペプチドの製
造に使用することができる。したがって、これらの変種
は、本発明の全長ポリペプチドを製造するための中間体
として使用できる。
【００２８】アミノ酸に関する標準的１文字および３文
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もま
た、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられ
る。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在す
るいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのように
指定される位置にあってもよいことを意味する。
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もま
た、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられ
る。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在す
るいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのように
指定される位置にあってもよいことを意味する。
【００２９】ポリヌクレオチド 応答レギュレーターポリペプチドをコードしているポリ
ヌクレオチド、詳細には、本明細書で応答レギュレータ
ーと命名されるポリペプチドをコードしているポリヌク
レオチドを提供することが本発明の１の目的である。本
発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチド
は、全長の遺伝子を含む、表１（配列番号：１または
３）に示す配列を含む応答レギュレーターポリペプチ
ド、またはその変種をコードしている領域を含む。出願
人らは、この全長の遺伝子は当該ポリペプチドを有する
生物（例えば、ストレプトコッカス・ニューモニアエ）
の増殖および／または生存に必須であると考える。本発
明のさらなる態様として、応答レギュレーターポリペプ
チドおよびポリヌクレオチド、詳細には、ストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの応答レギュレーターポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドをコードおよび／または発
現する単離核酸分子が提供され、核酸分子としては、例
えば、未プロセッシングＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍ
ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮ
Ａが挙げられる。本発明のさらなる具体例は、生物学
的、診断上、予防上、臨床的または治療上有用なポリヌ
クレオチドおよびポリペプチド、ならびにその変種、な
らびにそれらを含む組成物を包含する。
ヌクレオチド、詳細には、本明細書で応答レギュレータ
ーと命名されるポリペプチドをコードしているポリヌク
レオチドを提供することが本発明の１の目的である。本
発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチド
は、全長の遺伝子を含む、表１（配列番号：１または
３）に示す配列を含む応答レギュレーターポリペプチ
ド、またはその変種をコードしている領域を含む。出願
人らは、この全長の遺伝子は当該ポリペプチドを有する
生物（例えば、ストレプトコッカス・ニューモニアエ）
の増殖および／または生存に必須であると考える。本発
明のさらなる態様として、応答レギュレーターポリペプ
チドおよびポリヌクレオチド、詳細には、ストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの応答レギュレーターポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドをコードおよび／または発
現する単離核酸分子が提供され、核酸分子としては、例
えば、未プロセッシングＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍ
ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮ
Ａが挙げられる。本発明のさらなる具体例は、生物学
的、診断上、予防上、臨床的または治療上有用なポリヌ
クレオチドおよびポリペプチド、ならびにその変種、な
らびにそれらを含む組成物を包含する。
【００３０】本発明のもう一つの態様は、表１［配列番
号２または４］の推定アミノ酸配列を有する応答レギュ
レーターポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチ
ド、それに密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれ
らの変種に関する。
号２または４］の推定アミノ酸配列を有する応答レギュ
レーターポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチ
ド、それに密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれ
らの変種に関する。
【００３１】もう１つの特に好ましい本発明具体例にお
いて、表１（配列番号：２または４）のアミノ酸配列を
含むかまたはそれよりなる、ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ由来の応答レギュレーターポリペプチドが提
供される。表１［配列番号１または３］に示すポリヌク
レオチド配列のような本明細書の情報を使用し、出発材
料としてストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３を使用し、細菌からの染色体ＤＮＡフラグメント
をクローニングし、配列決定し、つづいて全長クローン
を得る標準的クローニングおよびスクリーニング法を使
用して、応答レギュレーターポリペプチドをコードする
本発明のポリヌクレオチドを得ることができる。例え
ば、表１［配列番号１または３］に示す配列のような本
発明のポリヌクレオチド配列を得るには、典型的には、
エシェリシア・コリまたは他の適当な宿主中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエ０１００９９３の染色体Ｄ
ＮＡのクローンのライブラリーを、部分配列から由来す
る放射標識したオリゴヌクレオチド、好ましくは１７量
体またはそれより長いオリゴヌクレオチドでプローブす
る。ついで、該プローブと同じＤＮＡを有するクローン
を厳密な条件を使用して区別できる。該オリジナル配列
から設計された配列決定プライマーで同定された個々の
クローンを配列決定することにより、該配列を両方の方
向に伸長し、全長を決定することが可能である。都合よ
くは、プラスミド・クローンから調製された変性二本鎖
ＤＮＡを用いてかかる配列決定を行う。適当な技法は、
Maniatis,T.，Fritsch,E.F.およびSambrookら、MOLECUL
AR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed.；Cold Spr
ing Harbor Laboratory Press, ColdSpring Harbor, Ne
w York（1989）（特に、ハイブリダイゼーションによる
スクリーニング１.９０および変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の
配列決定１３.７０を参照のこと）により記載されてい
る。直接ゲノムＤＮＡ配列決定を行って全長の遺伝子配
列を得てもよい。例えば、表１［配列番号１または３］
に示すポリヌクレオチドは、ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３から由来するＤＮＡライブラ
リー中に見いだされたものである。
いて、表１（配列番号：２または４）のアミノ酸配列を
含むかまたはそれよりなる、ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ由来の応答レギュレーターポリペプチドが提
供される。表１［配列番号１または３］に示すポリヌク
レオチド配列のような本明細書の情報を使用し、出発材
料としてストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３を使用し、細菌からの染色体ＤＮＡフラグメント
をクローニングし、配列決定し、つづいて全長クローン
を得る標準的クローニングおよびスクリーニング法を使
用して、応答レギュレーターポリペプチドをコードする
本発明のポリヌクレオチドを得ることができる。例え
ば、表１［配列番号１または３］に示す配列のような本
発明のポリヌクレオチド配列を得るには、典型的には、
エシェリシア・コリまたは他の適当な宿主中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエ０１００９９３の染色体Ｄ
ＮＡのクローンのライブラリーを、部分配列から由来す
る放射標識したオリゴヌクレオチド、好ましくは１７量
体またはそれより長いオリゴヌクレオチドでプローブす
る。ついで、該プローブと同じＤＮＡを有するクローン
を厳密な条件を使用して区別できる。該オリジナル配列
から設計された配列決定プライマーで同定された個々の
クローンを配列決定することにより、該配列を両方の方
向に伸長し、全長を決定することが可能である。都合よ
くは、プラスミド・クローンから調製された変性二本鎖
ＤＮＡを用いてかかる配列決定を行う。適当な技法は、
Maniatis,T.，Fritsch,E.F.およびSambrookら、MOLECUL
AR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed.；Cold Spr
ing Harbor Laboratory Press, ColdSpring Harbor, Ne
w York（1989）（特に、ハイブリダイゼーションによる
スクリーニング１.９０および変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の
配列決定１３.７０を参照のこと）により記載されてい
る。直接ゲノムＤＮＡ配列決定を行って全長の遺伝子配
列を得てもよい。例えば、表１［配列番号１または３］
に示すポリヌクレオチドは、ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３から由来するＤＮＡライブラ
リー中に見いだされたものである。
【００３２】そのうえ、表１［配列番号１または３］の
ＤＮＡ配列は、表１［配列番号２または４］に示すのと
ほぼ同数のアミノ酸残基を有し、公知のアミノ酸残基の
分子量から計算できる推定分子量を有する蛋白をコード
するオープンリーディングフレームを有する。配列番号
１のヌクレオチド番号２１４４と、ヌクレオチド番号３
４２８で始まる停止コドンとの間の配列番号１のポリヌ
クレオチドが、配列番号２のポリペプチドをコードす
る。配列番号：５のヌクレオチド４５０とヌクレオチド
２１３０で始まるストップコドンとの間のポリヌクレオ
チドは配列番号：６のポリペプチドをコードする。
ＤＮＡ配列は、表１［配列番号２または４］に示すのと
ほぼ同数のアミノ酸残基を有し、公知のアミノ酸残基の
分子量から計算できる推定分子量を有する蛋白をコード
するオープンリーディングフレームを有する。配列番号
１のヌクレオチド番号２１４４と、ヌクレオチド番号３
４２８で始まる停止コドンとの間の配列番号１のポリヌ
クレオチドが、配列番号２のポリペプチドをコードす
る。配列番号：５のヌクレオチド４５０とヌクレオチド
２１３０で始まるストップコドンとの間のポリヌクレオ
チドは配列番号：６のポリペプチドをコードする。
【００３３】さらなる態様において、本発明は、下記の
ポリヌクレオチドを含むかまたはそれらよりなる単離ポ
リヌクレオチドを提供する：（ａ）配列番号：１の全長
にわたって配列番号：１に対して少なくとも７０％の同
一性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、より好ま
しくは少なくとも９０％の同一性、さらにより好ましく
は少なくとも９５％の同一性、さらにより好ましくは少
なくとも９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く同
一であるポリヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号：２の
全長にわたって配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％
の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、
さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、さら
により好ましくは少なくとも９７〜９９％またはちょう
ど１００％の同一性を有するポリペプチドをコードして
いるポリヌクレオチド配列；あるいは（ｃ）配列番号：
３の全長にわたって配列番号：１に対して少なくとも７
０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、
より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さらにより
好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより好ま
しくは少なくとも９７〜９９％または１００％の同一性
を有するヌクレオチド配列；（ｄ）配列番号：３の全長
にわたって、あるいは配列番号：２または配列番号：４
をコードする配列番号：３の部分の全長にわたって、配
列番号：３に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一であるヌク
レオチド配列；または（ｅ）配列番号：４の全長にわた
って配列番号：４のアミノ酸配列に対して少なくとも７
０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、
より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さらにより
好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより好ま
しくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有するかまた
は全く同一であるポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチド配列。本発明ポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチド（ストレプトコッカス・ニューモニア
エ以外の種由来のホモログおよびオーソログを包含）
を、厳密なハイブリダイゼーション条件において、配列
番号：１または３の配列またはそれらのフラグメントを
含むかまたはそれらよりなる標識または検出可能プロー
ブを用いて適当なライブラリーをスクリーニングし、次
いで、該ポリヌクレオチド配列を含む全長遺伝子および
／またはゲノムクローンを単離する工程を含む。
ポリヌクレオチドを含むかまたはそれらよりなる単離ポ
リヌクレオチドを提供する：（ａ）配列番号：１の全長
にわたって配列番号：１に対して少なくとも７０％の同
一性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、より好ま
しくは少なくとも９０％の同一性、さらにより好ましく
は少なくとも９５％の同一性、さらにより好ましくは少
なくとも９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く同
一であるポリヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号：２の
全長にわたって配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％
の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、
さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、さら
により好ましくは少なくとも９７〜９９％またはちょう
ど１００％の同一性を有するポリペプチドをコードして
いるポリヌクレオチド配列；あるいは（ｃ）配列番号：
３の全長にわたって配列番号：１に対して少なくとも７
０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、
より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さらにより
好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより好ま
しくは少なくとも９７〜９９％または１００％の同一性
を有するヌクレオチド配列；（ｄ）配列番号：３の全長
にわたって、あるいは配列番号：２または配列番号：４
をコードする配列番号：３の部分の全長にわたって、配
列番号：３に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一であるヌク
レオチド配列；または（ｅ）配列番号：４の全長にわた
って配列番号：４のアミノ酸配列に対して少なくとも７
０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の同一性、
より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さらにより
好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより好ま
しくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有するかまた
は全く同一であるポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチド配列。本発明ポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチド（ストレプトコッカス・ニューモニア
エ以外の種由来のホモログおよびオーソログを包含）
を、厳密なハイブリダイゼーション条件において、配列
番号：１または３の配列またはそれらのフラグメントを
含むかまたはそれらよりなる標識または検出可能プロー
ブを用いて適当なライブラリーをスクリーニングし、次
いで、該ポリヌクレオチド配列を含む全長遺伝子および
／またはゲノムクローンを単離する工程を含む。
【００３４】本発明は、表１［配列番号１または３］の
コーディング配列と、その全長にわたって同一であるポ
リヌクレオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟
ポリペプチドまたはそのフラグメント用のコーディング
配列自体ならびにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ
またはプレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列
のような他のコーディング配列を有するリーディング・
フレーム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントのコ
ーディング配列を提供する。ポリヌクレオチドはまた、
例えば、転写されるが翻訳されない配列、終止シグナル
（例えば、ｒｈｏ−依存的およびｒｈｏ−非依存的終止
シグナル）、リボソーム結合部位、Kozak配列、ｍＲＮ
Ａを安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグ
ナルのごとき少なくとも１つの非コーディング５’およ
び３’配列を包含する非コーディング配列を含むが、こ
れらに限定するものではない。また、ポリヌクレオチド
配列はさらなるアミノ酸をコードしているさらなるコー
ディング配列を含んでいてもよい。例えば、融合ポリペ
プチドの精製を促進するマーカー配列をコードすること
ができる。本発明のある種の具体例において、マーカー
配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において提供
され、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：8
21-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチ
ドであるか、またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767
(1984)）であり、ともにそれらに融合したポリペプチド
配列の精製において有用である。本発明ポリヌクレオチ
ドは、限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝
子の発現を調節する、本来的に結合している配列からな
るポリヌクレオチドを包含する。
コーディング配列と、その全長にわたって同一であるポ
リヌクレオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟
ポリペプチドまたはそのフラグメント用のコーディング
配列自体ならびにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ
またはプレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列
のような他のコーディング配列を有するリーディング・
フレーム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントのコ
ーディング配列を提供する。ポリヌクレオチドはまた、
例えば、転写されるが翻訳されない配列、終止シグナル
（例えば、ｒｈｏ−依存的およびｒｈｏ−非依存的終止
シグナル）、リボソーム結合部位、Kozak配列、ｍＲＮ
Ａを安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグ
ナルのごとき少なくとも１つの非コーディング５’およ
び３’配列を包含する非コーディング配列を含むが、こ
れらに限定するものではない。また、ポリヌクレオチド
配列はさらなるアミノ酸をコードしているさらなるコー
ディング配列を含んでいてもよい。例えば、融合ポリペ
プチドの精製を促進するマーカー配列をコードすること
ができる。本発明のある種の具体例において、マーカー
配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において提供
され、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：8
21-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチ
ドであるか、またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767
(1984)）であり、ともにそれらに融合したポリペプチド
配列の精製において有用である。本発明ポリヌクレオチ
ドは、限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝
子の発現を調節する、本来的に結合している配列からな
るポリヌクレオチドを包含する。
【００３５】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号１に示されるヌクレオチド２１４４からヌクレオチド
３４２８のすぐ上流にあるヌクレオチドまたはそのヌク
レオチドを含むヌクレオチドまでを有するポリヌクレオ
チドであり、それは共に応答レギュレーターポリペプチ
ドをコードする。
号１に示されるヌクレオチド２１４４からヌクレオチド
３４２８のすぐ上流にあるヌクレオチドまたはそのヌク
レオチドを含むヌクレオチドまでを有するポリヌクレオ
チドであり、それは共に応答レギュレーターポリペプチ
ドをコードする。
【００３６】本発明はまた、式： Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基であり、ｍは１〜３０００の整数または０であ
り、ｎは１〜３０００の整数または０であり、R2は本発
明の核酸配列または修飾核酸配列、特に表１より選択さ
れる核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチド
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、Ｒ1および／ま
たはＲ2のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロ
ポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、
ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、
ＸおよびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、前
記した式のポリヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオ
チドであり、それはその式が第２の鎖が相補性を有する
第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。も
う一つ別の具体例において、ｍおよび／またはｎは１と
１０００の間の整数である。他の好ましい本発明の具体
例は、ｍが１ないし５０、１００または５００の間の整
数であり、ｎが１ないし５０、１００または５００の間
の整数である。
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基であり、ｍは１〜３０００の整数または０であ
り、ｎは１〜３０００の整数または０であり、R2は本発
明の核酸配列または修飾核酸配列、特に表１より選択さ
れる核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチド
を包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、Ｒ1および／ま
たはＲ2のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロ
ポリマーまたはホモポリマーのいずれであってもよく、
ヘテロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、
ＸおよびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、前
記した式のポリヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオ
チドであり、それはその式が第２の鎖が相補性を有する
第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。も
う一つ別の具体例において、ｍおよび／またはｎは１と
１０００の間の整数である。他の好ましい本発明の具体
例は、ｍが１ないし５０、１００または５００の間の整
数であり、ｎが１ないし５０、１００または５００の間
の整数である。
【００３７】本発明のポリヌクレオチドはストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特
に、細菌性ポリペプチド、より詳細には、表１［配列番
号２または４］に示すアミノ酸配列を有するストレプト
コッカス・ニューモニアエ・応答レギュレーターのポリ
ペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含する。この用語はコードおよび／非コーディング配列
を含んでもよいさらなる領域と共に、該ポリペプチドを
コードする単一の連続または非連続領域（例えば、組み
込まれたファージ、挿入された配列、組み込まれたベク
ター配列、組み込まれたトランスポゾン配列、またはＲ
ＮＡエデティング（editing）もしくはゲノムＤＮＡ再
組織化により中断されている）を含むポリヌクレオチド
を包含する。本発明はさらに、表１［配列番号２または
４］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種を
コードする、本明細書に記載したポリヌクレオチドの変
種に関する。本発明のポリヌクレオチドのフラグメント
である変種は本発明の全長ポリヌクレオチドの合成に使
用できる。
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特
に、細菌性ポリペプチド、より詳細には、表１［配列番
号２または４］に示すアミノ酸配列を有するストレプト
コッカス・ニューモニアエ・応答レギュレーターのポリ
ペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含する。この用語はコードおよび／非コーディング配列
を含んでもよいさらなる領域と共に、該ポリペプチドを
コードする単一の連続または非連続領域（例えば、組み
込まれたファージ、挿入された配列、組み込まれたベク
ター配列、組み込まれたトランスポゾン配列、またはＲ
ＮＡエデティング（editing）もしくはゲノムＤＮＡ再
組織化により中断されている）を含むポリヌクレオチド
を包含する。本発明はさらに、表１［配列番号２または
４］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種を
コードする、本明細書に記載したポリヌクレオチドの変
種に関する。本発明のポリヌクレオチドのフラグメント
である変種は本発明の全長ポリヌクレオチドの合成に使
用できる。
【００３８】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２または４］の応
答レギュレーターポリペプチドのアミノ酸配列を有する
応答レギュレーター変種をコードするポリヌクレオチド
である。特に好ましくは、応答レギュレーターポリペプ
チドの特性、活性を変化させないサイレント置換、付加
および欠失である。
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２または４］の応
答レギュレーターポリペプチドのアミノ酸配列を有する
応答レギュレーター変種をコードするポリヌクレオチド
である。特に好ましくは、応答レギュレーターポリペプ
チドの特性、活性を変化させないサイレント置換、付加
および欠失である。
【００３９】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号２または４］に示すアミノ酸配列をを有する
応答レギュレーターポリペプチドをコードするポリヌク
レオチドの全長にわたって少なくとも７０％の同一性を
有するポリヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオ
チドに相補的なポリヌクレオチドである。また、最も好
ましいものは、応答レギュレーターポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチドと全長にわたって少なくとも８
０％の同一性を有する領域からなるポリヌクレオチドお
よびそれと相補的なポリヌクレオチドである。この点
で、その同じものと全長にわたって少なくとも９０％の
同一性を有するポリヌクレオチドが特に好ましく、中で
も少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好まし
い。さらには、少なくとも９５％の同一性を有するもの
の中で少なくとも９７％の同一性を有するものがより好
ましく、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９
％の同一性を有するものが特に好ましい。少なくとも９
９％の同一性を有するものがより好ましい。好ましい具
体例は、表１［配列番号１または３］のＤＮＡによって
コードされている成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。本発明のある好ましい具体
例によれば、特に厳密な条件下で、例えば表１のポリヌ
クレオチドのごとき応答レギュレーターポリヌクレオチ
ド配列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチド
が提供される。
［配列番号２または４］に示すアミノ酸配列をを有する
応答レギュレーターポリペプチドをコードするポリヌク
レオチドの全長にわたって少なくとも７０％の同一性を
有するポリヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオ
チドに相補的なポリヌクレオチドである。また、最も好
ましいものは、応答レギュレーターポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチドと全長にわたって少なくとも８
０％の同一性を有する領域からなるポリヌクレオチドお
よびそれと相補的なポリヌクレオチドである。この点
で、その同じものと全長にわたって少なくとも９０％の
同一性を有するポリヌクレオチドが特に好ましく、中で
も少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好まし
い。さらには、少なくとも９５％の同一性を有するもの
の中で少なくとも９７％の同一性を有するものがより好
ましく、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９
％の同一性を有するものが特に好ましい。少なくとも９
９％の同一性を有するものがより好ましい。好ましい具
体例は、表１［配列番号１または３］のＤＮＡによって
コードされている成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。本発明のある好ましい具体
例によれば、特に厳密な条件下で、例えば表１のポリヌ
クレオチドのごとき応答レギュレーターポリヌクレオチ
ド配列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチド
が提供される。
【００４０】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドに厳密な条件下でハイブリダイ
ゼーションするポリヌクレオチドに関する。本明細書で
用いる場合、「厳密な条件」および「厳密なハイブリダ
イゼーション条件」という語は、ハイブリダイゼーショ
ンが、配列間に少なくとも９５％、好ましくは少なくと
も９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味す
る。厳密なハイブリダイゼーション条件の一例として、
５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎa
Ｃl、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン
酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denhard
t’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０マイク
ログラム／ｍｌ変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、
４２℃で一夜インキュベーションし、ついでハイブリダ
イゼーション支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗
浄することが挙げられる。ハイブリダイゼーションおよ
び洗浄条件は公知であり、Sambrookら、MOLECULARCLONI
NG：A LABORATORY MANUAL，Second Edition，Cold Spri
ng Harbor, N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されて
いる。本発明により提供されるポリヌクレオチド配列に
関して溶液ハイブリダイゼーションを用いてもよい。
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドに厳密な条件下でハイブリダイ
ゼーションするポリヌクレオチドに関する。本明細書で
用いる場合、「厳密な条件」および「厳密なハイブリダ
イゼーション条件」という語は、ハイブリダイゼーショ
ンが、配列間に少なくとも９５％、好ましくは少なくと
も９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味す
る。厳密なハイブリダイゼーション条件の一例として、
５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎa
Ｃl、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン
酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denhard
t’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０マイク
ログラム／ｍｌ変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、
４２℃で一夜インキュベーションし、ついでハイブリダ
イゼーション支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗
浄することが挙げられる。ハイブリダイゼーションおよ
び洗浄条件は公知であり、Sambrookら、MOLECULARCLONI
NG：A LABORATORY MANUAL，Second Edition，Cold Spri
ng Harbor, N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されて
いる。本発明により提供されるポリヌクレオチド配列に
関して溶液ハイブリダイゼーションを用いてもよい。
【００４１】本発明は、配列番号１または３に示したポ
リヌクレオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラ
リーを、厳密なハイブリダイゼーション条件下、配列番
号１または３に示す該ポリヌクレオチド配列の配列を有
するプローブまたはそのフラグメントでスクリーニング
し、該ＤＮＡ配列を単離することにより得ることができ
るポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれよりなるポ
リヌクレオチドを提供する。そのようなポリヌクレオチ
ドを得るのに有用なフラグメントには、例えば、本明細
書のいずれかの場所で十分に説明するプローブおよびプ
ライマーが包含される。
リヌクレオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラ
リーを、厳密なハイブリダイゼーション条件下、配列番
号１または３に示す該ポリヌクレオチド配列の配列を有
するプローブまたはそのフラグメントでスクリーニング
し、該ＤＮＡ配列を単離することにより得ることができ
るポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれよりなるポ
リヌクレオチドを提供する。そのようなポリヌクレオチ
ドを得るのに有用なフラグメントには、例えば、本明細
書のいずれかの場所で十分に説明するプローブおよびプ
ライマーが包含される。
【００４２】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用し、応答レギュレーターをコード
する全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、応答
レギュレーター遺伝子に対して高い配列類似性を有する
他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離する
ことができる。そのようなプローブは、一般に、少なく
とも１５塩基を含むであろう。好ましくは、そのような
プローブは少なくとも３０塩基からなり、少なくとも５
０塩基を有してもよい。特に好ましいプローブは、少な
くとも２０塩基を有し、３０以下の塩基を有する。例え
ば、応答レギュレーター遺伝子のコード領域は、表１
（配列番号１または３）のＤＮＡ配列を使用してスクリ
ーニングしてオリゴヌクレオチド・プローブを合成する
ことにより単離できる。ついで、本発明の遺伝子の配列
と相補性の配列を有する標識したオリゴヌクレオチドを
用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブ
ラリーをスクリーニングし、ライブラリーのどのメンバ
ーがプローブとハイブリダイゼーションするか決定す
る。
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用し、応答レギュレーターをコード
する全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、応答
レギュレーター遺伝子に対して高い配列類似性を有する
他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離する
ことができる。そのようなプローブは、一般に、少なく
とも１５塩基を含むであろう。好ましくは、そのような
プローブは少なくとも３０塩基からなり、少なくとも５
０塩基を有してもよい。特に好ましいプローブは、少な
くとも２０塩基を有し、３０以下の塩基を有する。例え
ば、応答レギュレーター遺伝子のコード領域は、表１
（配列番号１または３）のＤＮＡ配列を使用してスクリ
ーニングしてオリゴヌクレオチド・プローブを合成する
ことにより単離できる。ついで、本発明の遺伝子の配列
と相補性の配列を有する標識したオリゴヌクレオチドを
用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブ
ラリーをスクリーニングし、ライブラリーのどのメンバ
ーがプローブとハイブリダイゼーションするか決定す
る。
【００４３】全長のＤＮＡを得るための、あるいは短い
ＤＮＡを伸長させるための利用可能で当業者によく知ら
れたいくつかの方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅
速増幅（ＲＡＣＥ）（例えば、Frohman, et al., PNAS
USA 85,8998-9002, 1988参照）に基づく方法がある。ma
rathonTM法（Clontech Laboratories Inc.）に例示され
る当該方法の最近の変法は、例えば、より長いｃＤＮＡ
の検索を有意に簡単にしている。MarathonTM法におい
て、ｃＤＮＡは選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調
製され、各末端に「アダプター」配列が連結される。次
いで、遺伝子特異的かつアダプター特異的オリゴヌクレ
オチドプライマーを用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行って
ＤＮＡの「失われた」５’末端を増幅する。次いで、
「ネステッド」プライマー、すなわち、増幅生成物の範
囲ににアニールするように設計されたプライマー（典型
的には、アダプター配列中のさらなる３’にアニールす
るアダプター特異的プライマーならびに選択遺伝子配列
中のさらなる５’にアニールする遺伝子特異的プライマ
ー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、この反応
の生成物をＤＮＡ配列決定により分析し、次いで、存在
しているＤＮＡに生成物を直接結合して完全配列を得る
こと、あるいは５’プライマーの設計に関する新たな配
列の情報を用いて別個の全長ＰＣＲを行うことにより、
全長のＤＮＡを構築する。
ＤＮＡを伸長させるための利用可能で当業者によく知ら
れたいくつかの方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅
速増幅（ＲＡＣＥ）（例えば、Frohman, et al., PNAS
USA 85,8998-9002, 1988参照）に基づく方法がある。ma
rathonTM法（Clontech Laboratories Inc.）に例示され
る当該方法の最近の変法は、例えば、より長いｃＤＮＡ
の検索を有意に簡単にしている。MarathonTM法におい
て、ｃＤＮＡは選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調
製され、各末端に「アダプター」配列が連結される。次
いで、遺伝子特異的かつアダプター特異的オリゴヌクレ
オチドプライマーを用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行って
ＤＮＡの「失われた」５’末端を増幅する。次いで、
「ネステッド」プライマー、すなわち、増幅生成物の範
囲ににアニールするように設計されたプライマー（典型
的には、アダプター配列中のさらなる３’にアニールす
るアダプター特異的プライマーならびに選択遺伝子配列
中のさらなる５’にアニールする遺伝子特異的プライマ
ー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、この反応
の生成物をＤＮＡ配列決定により分析し、次いで、存在
しているＤＮＡに生成物を直接結合して完全配列を得る
こと、あるいは５’プライマーの設計に関する新たな配
列の情報を用いて別個の全長ＰＣＲを行うことにより、
全長のＤＮＡを構築する。
【００４４】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号
１または２または３または４）の配列に由来するオリゴ
ヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明
細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに
使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体と
して、または部分的に感染組織において細菌中で転写さ
れるか否か測定する。そのような配列はまた、病原体が
達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性
がある。
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号
１または２または３または４）の配列に由来するオリゴ
ヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明
細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに
使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体と
して、または部分的に感染組織において細菌中で転写さ
れるか否か測定する。そのような配列はまた、病原体が
達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性
がある。
【００４５】また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるア
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への蛋白
のプロセッシングにおいて役割を果たし、蛋白を運び、
蛋白の半減期を長くしたり、短くしたり、あるいは分析
または生産のための蛋白の取り扱いを容易にすることが
できる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は
細胞酵素により成熟蛋白からプロセッシングにより除か
れる。本発明の各ポリヌクレオチドおよび全ポリヌクレ
オチドについて、それに相捕的なポリヌクレオチドが提
供される。これらの相捕的ポリヌクレオチドが、相捕的
である各ポリヌクレオチドに対して十分に相捕的である
ことが好ましい。一またはそれ以上のプロ配列に融合し
たポリペプチドの成熟形態を有する前駆体蛋白は該ポリ
ペプチドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不
活性前駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ
配列のいくらかまたは全体を、活性化の前に除去でき
る。一般に、そのような前駆体はプロ蛋白と称される。
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への蛋白
のプロセッシングにおいて役割を果たし、蛋白を運び、
蛋白の半減期を長くしたり、短くしたり、あるいは分析
または生産のための蛋白の取り扱いを容易にすることが
できる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は
細胞酵素により成熟蛋白からプロセッシングにより除か
れる。本発明の各ポリヌクレオチドおよび全ポリヌクレ
オチドについて、それに相捕的なポリヌクレオチドが提
供される。これらの相捕的ポリヌクレオチドが、相捕的
である各ポリヌクレオチドに対して十分に相捕的である
ことが好ましい。一またはそれ以上のプロ配列に融合し
たポリペプチドの成熟形態を有する前駆体蛋白は該ポリ
ペプチドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不
活性前駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ
配列のいくらかまたは全体を、活性化の前に除去でき
る。一般に、そのような前駆体はプロ蛋白と称される。
【００４６】核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎ
がそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成す
る効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、
４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡ
またはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味す
る。
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎ
がそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成す
る効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、
４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡ
またはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味す
る。
【００４７】要するに、本発明のポリヌクレオチドは成
熟蛋白、リーダー配列の加わった成熟蛋白（プレ蛋白と
も称される）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１また
はそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、また
はリーダー配列と、一般に、ポリペプチドの活性な成熟
形態を生成するプロセッシング工程の間に除去される１
またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体で
あるプレプロ蛋白をコードする。
熟蛋白、リーダー配列の加わった成熟蛋白（プレ蛋白と
も称される）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１また
はそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、また
はリーダー配列と、一般に、ポリペプチドの活性な成熟
形態を生成するプロセッシング工程の間に除去される１
またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体で
あるプレプロ蛋白をコードする。
【００４８】ベクター、宿主細胞、発現系 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作される宿主細胞および組換え技術による本発明のポ
リペプチドの製造に関する。さらに無細胞翻訳系を用
い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用してかか
る蛋白を製造することができる。本発明の組み換えポリ
ペプチドを、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞か
ら、当業者によく知られた方法により製造してもよい。
したがって、さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む発現系、か
かる発現系で遺伝子操作された宿主細胞、ならびに組み
換え法による本発明ポリペプチドの製造に関する。組換
え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系も
しくはそれらの一部、または本発明のポリヌクレオチド
を取り込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞
への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、
ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、ト
ランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオ
ン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーシ
ョン、トランスダクション、スクレープ・ローディン
グ、弾道導入および感染のような、Davisら、BASIC MET
HODS IN MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrook
ら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd E
d. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring
Harbor, N.Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マ
ニュアルに記載されている方法によって行うことができ
る。
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作される宿主細胞および組換え技術による本発明のポ
リペプチドの製造に関する。さらに無細胞翻訳系を用
い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用してかか
る蛋白を製造することができる。本発明の組み換えポリ
ペプチドを、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞か
ら、当業者によく知られた方法により製造してもよい。
したがって、さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む発現系、か
かる発現系で遺伝子操作された宿主細胞、ならびに組み
換え法による本発明ポリペプチドの製造に関する。組換
え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系も
しくはそれらの一部、または本発明のポリヌクレオチド
を取り込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞
への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、
ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、ト
ランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオ
ン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーシ
ョン、トランスダクション、スクレープ・ローディン
グ、弾道導入および感染のような、Davisら、BASIC MET
HODS IN MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrook
ら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd E
d. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring
Harbor, N.Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マ
ニュアルに記載されている方法によって行うことができ
る。
【００４９】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）、シアノバクテリア（cyanpobact
eria）、枯草菌（Bacillus subtilis）およびストレプ
トコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoni
ae）のごとき細菌細胞；クルベロミセス（Kluveromyce
s）、サッカロミセス（Saccharomyces）のごとき酵母細
胞、担子菌、カンジダ・アルビカンス（Candidaalbican
s）およびアスペルギルス（Aspergillus）；ドロソフィ
ラ（Drosophila）S2およびスポドプテラ（Spodoptera）
Sf9細胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T
3、BHK、293、CV-1およびボーウェス（Bowes）メラノー
マ細胞のごとき動物細胞；および裸子植物または被子植
物のごとき植物細胞を包含する。
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）、シアノバクテリア（cyanpobact
eria）、枯草菌（Bacillus subtilis）およびストレプ
トコッカス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoni
ae）のごとき細菌細胞；クルベロミセス（Kluveromyce
s）、サッカロミセス（Saccharomyces）のごとき酵母細
胞、担子菌、カンジダ・アルビカンス（Candidaalbican
s）およびアスペルギルス（Aspergillus）；ドロソフィ
ラ（Drosophila）S2およびスポドプテラ（Spodoptera）
Sf9細胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T
3、BHK、293、CV-1およびボーウェス（Bowes）メラノー
マ細胞のごとき動物細胞；および裸子植物または被子植
物のごとき植物細胞を包含する。
【００５０】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多様な発現系を使用することができる。かかる系
は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来
の系、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファー
ジ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿
入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュ
ロウイルス、ＳＶ４０のごときパポバウイルス、ワクシ
ニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイ
ルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのような
ウイルス由来のベクター、およびコスミドおよびファー
ジミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺
伝因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに
由来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を
制御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。
一般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅ま
たは発現し、および／またはポリペプチドを発現するの
に適した系またはベクターを、この点にて発現に使用し
てもよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、
MOLECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示
されている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技
術のいずれかによって、発現系に挿入してもよい。
常に多様な発現系を使用することができる。かかる系
は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来
の系、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファー
ジ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿
入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュ
ロウイルス、ＳＶ４０のごときパポバウイルス、ワクシ
ニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイ
ルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのような
ウイルス由来のベクター、およびコスミドおよびファー
ジミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺
伝因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに
由来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を
制御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。
一般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅ま
たは発現し、および／またはポリペプチドを発現するの
に適した系またはベクターを、この点にて発現に使用し
てもよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、
MOLECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示
されている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技
術のいずれかによって、発現系に挿入してもよい。
【００５１】真核細胞の組み換え発現系において、翻訳
された蛋白を小胞体内腔、周辺腔または細胞外環境に分
泌するために、適当な分泌シグナルを発現されるポリペ
プチドに挿入してもよい。これらのシグナルは、ポリペ
プチドに固有のものであってもよく、または異種のシグ
ナルであってもよい。本発明のポリペプチドは、硫酸ア
ンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、アニオンま
たはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロー
スクロマトグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィ
ー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシル
アパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマト
グラフィーを包含する、よく知られた方法によって組換
え細胞培養物から回収および精製できる。最も好ましく
は、高品質液体クロマトグラフィーが精製に使用され
る。ポリペプチドが単離および／または精製の間に変性
する場合、蛋白を再生するための周知方法を用いて、再
び活性な立体配座とすることができる。
された蛋白を小胞体内腔、周辺腔または細胞外環境に分
泌するために、適当な分泌シグナルを発現されるポリペ
プチドに挿入してもよい。これらのシグナルは、ポリペ
プチドに固有のものであってもよく、または異種のシグ
ナルであってもよい。本発明のポリペプチドは、硫酸ア
ンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、アニオンま
たはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロー
スクロマトグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィ
ー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシル
アパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマト
グラフィーを包含する、よく知られた方法によって組換
え細胞培養物から回収および精製できる。最も好ましく
は、高品質液体クロマトグラフィーが精製に使用され
る。ポリペプチドが単離および／または精製の間に変性
する場合、蛋白を再生するための周知方法を用いて、再
び活性な立体配座とすることができる。
【００５２】診断、予後、セロタイピングおよび変異ア
ッセイ また本発明は、診断試薬として使用するための本発明の
応答レギュレーターポリヌクレオチドの使用にも関す
る。真核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおける応
答レギュレーターポリヌクレオチドおよび／またはポリ
ペプチドの検出は、疾患の診断、疾病の段階の決定、ま
たは薬剤に対する感染生物の応答に関する診断方法を提
供するであろう。応答レギュレーター遺伝子または蛋白
を含む生物に感染、または感染の可能性がある真核生
物、とりわけ哺乳動物、特にヒトを、種々のよく知られ
た方法ならびに本明細書記載の方法により核酸レベルま
たはアミノ酸レベルで検出できる。
ッセイ また本発明は、診断試薬として使用するための本発明の
応答レギュレーターポリヌクレオチドの使用にも関す
る。真核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおける応
答レギュレーターポリヌクレオチドおよび／またはポリ
ペプチドの検出は、疾患の診断、疾病の段階の決定、ま
たは薬剤に対する感染生物の応答に関する診断方法を提
供するであろう。応答レギュレーター遺伝子または蛋白
を含む生物に感染、または感染の可能性がある真核生
物、とりわけ哺乳動物、特にヒトを、種々のよく知られ
た方法ならびに本明細書記載の方法により核酸レベルま
たはアミノ酸レベルで検出できる。
【００５３】予後、診断または他の分析に供するポリペ
プチドおよびポリヌクレオチドは、感染していると思わ
れる個体および／または感染した個体の身体材料から得
られる。これらの源由来のポリヌクレオチド、特にＤＮ
ＡまたはＲＮＡを検出に直接用いてもよく、あるいは分
析に付す前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いるこ
とにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡ（詳細にはｍＲＮ
Ａ）、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡも同じようして使用
できる。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の種
および株を原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴
づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較した
増幅生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検
出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識した応答レ
ギュレーターポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼー
ションさせることにより同定できる。完全に対合した配
列は、ＲＮase消化により、または融解温度の差によ
り、誤対合二重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の差は
また、変性剤を伴ったまたは変性剤を含まないゲル中の
ＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変化により、
または直接的なＤＮＡの配列決定により検出できる。例
えば、Myersら、Science，230:1242（1985）を参照のこ
と。特異的な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ
保護アッセイ、例えば、ＲＮaseおよびＳ１保護または
化学的切断法によっても明らかにすることができる。例
えば、Cottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA， 85:
4397-4401 （1985）を参照のこと。ヌクレアーゼ保護ア
ッセイ、例えば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１およびＳ２保護アッ
セイまたは化学的開裂法により、特定位置における配列
の変化を明らかにすることができる。例えば、Cotton e
tal., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 85:4397-4401 (1
985)参照。
プチドおよびポリヌクレオチドは、感染していると思わ
れる個体および／または感染した個体の身体材料から得
られる。これらの源由来のポリヌクレオチド、特にＤＮ
ＡまたはＲＮＡを検出に直接用いてもよく、あるいは分
析に付す前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いるこ
とにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡ（詳細にはｍＲＮ
Ａ）、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡも同じようして使用
できる。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の種
および株を原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴
づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較した
増幅生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検
出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識した応答レ
ギュレーターポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼー
ションさせることにより同定できる。完全に対合した配
列は、ＲＮase消化により、または融解温度の差によ
り、誤対合二重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の差は
また、変性剤を伴ったまたは変性剤を含まないゲル中の
ＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変化により、
または直接的なＤＮＡの配列決定により検出できる。例
えば、Myersら、Science，230:1242（1985）を参照のこ
と。特異的な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ
保護アッセイ、例えば、ＲＮaseおよびＳ１保護または
化学的切断法によっても明らかにすることができる。例
えば、Cottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA， 85:
4397-4401 （1985）を参照のこと。ヌクレアーゼ保護ア
ッセイ、例えば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１およびＳ２保護アッ
セイまたは化学的開裂法により、特定位置における配列
の変化を明らかにすることができる。例えば、Cotton e
tal., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 85:4397-4401 (1
985)参照。
【００５４】もう１つの具体例において、応答レギュレ
ーターヌクレオチド配列またはそのフラグメントを含む
オリゴヌクレオチドプローブの一群を構築して、例えば
遺伝学的変異、セロタイプ、分類学的分類または同定の
ための効果的なスクリーニングを行うことができる。ア
レイ法は適応範囲が広く、遺伝子発現、遺伝学的連関、
および遺伝学的変化を包含する分子遺伝学における種々
の問題を解決するために用いられる（例えば、Chee et
al., Science,274:610 (1996)参照）。
ーターヌクレオチド配列またはそのフラグメントを含む
オリゴヌクレオチドプローブの一群を構築して、例えば
遺伝学的変異、セロタイプ、分類学的分類または同定の
ための効果的なスクリーニングを行うことができる。ア
レイ法は適応範囲が広く、遺伝子発現、遺伝学的連関、
および遺伝学的変化を包含する分子遺伝学における種々
の問題を解決するために用いられる（例えば、Chee et
al., Science,274:610 (1996)参照）。
【００５５】よって、もう１つの態様において、本発明
は、（ａ）本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番
号：１または３のヌクレオチド配列、またはそのフラグ
メント；（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相捕
的なヌクレオチド配列；（ｃ）本発明ポリペプチド、好
ましくは配列番号：２または４のポリペプチド、または
そのフラグメント；あるいは（ｄ）本発明ポリペプチド
に対する抗体、好ましくは配列番号：２または４のポリ
ペプチドに対する抗体を含む診断キットに関する。かか
るキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または
（ｄ）が重要な成分を含んでいてもよいことが理解され
よう。かかるキットは、とりわけ疾病または疾病に対す
る感受性についての診断において有用である。
は、（ａ）本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番
号：１または３のヌクレオチド配列、またはそのフラグ
メント；（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相捕
的なヌクレオチド配列；（ｃ）本発明ポリペプチド、好
ましくは配列番号：２または４のポリペプチド、または
そのフラグメント；あるいは（ｄ）本発明ポリペプチド
に対する抗体、好ましくは配列番号：２または４のポリ
ペプチドに対する抗体を含む診断キットに関する。かか
るキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または
（ｄ）が重要な成分を含んでいてもよいことが理解され
よう。かかるキットは、とりわけ疾病または疾病に対す
る感受性についての診断において有用である。
【００５６】また本発明は、診断試薬としての本発明ポ
リヌクレオチドの使用にも関する。疾病または発病に関
連した本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１または３のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、ポ
リヌクレオチドの発現低下、発現過剰または発現の変化
により生じる疾病の診断、疾病経過の予後、疾病段階の
決定、または疾病に対する感受性の決定に加えて用いる
診断用道具、またはかかる診断等の決定のための道具を
提供するであろう。かかるポリヌクレオチドにおける変
異を有する生物、特に感染生物を、本明細書記載のいず
れかの場所で説明するような種々の方法によりポリヌク
レオチドレベルで検出してもよい。本発明ヌクレオチド
配列は生物の染色体の同定にも価値がある。配列は特別
に標的化され、生物（詳細にはストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ）の染色体上の特定の位置とハイブリダイ
ゼーションしうる。本発明染色体に関連した配列のマッ
ピングは、それらの配列を病原性および／または生物の
環境学的地位および／または生物の薬剤耐性とを関連づ
け、さらには生物に遺伝子を対応させることにおける重
要な工程でありうる。配列を正確な染色体位置にマッピ
ングしたならば、染色体上の配列の物理的位置を遺伝学
的地図のデータと関連づけることができる。かかるデー
タは、配列データベースにおいてオンラインで見いださ
れる。次いで、遺伝学的方法、例えば、連関（物理的に
近接した遺伝子の同時遺伝）の分析、あるいはコンジュ
ゲーション（conjugation）のごとき接合の研究によ
り、同じ染色体領域にマッピングされた遺伝子と疾病と
の関係を同定する。第１の表現型を有する生物と、異な
る第２の表現型を有する生物との間のポリヌクレオチド
および／またはポリペプチド配列の相違を調べることも
できる。第１の表現型を有する生物のいくつかまたは全
部に変異が観察されるが、第２の表現型を有する生物に
は変異が観察されない場合、変異は第１の表現型の発生
原因である可能性がある。
リヌクレオチドの使用にも関する。疾病または発病に関
連した本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１または３のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、ポ
リヌクレオチドの発現低下、発現過剰または発現の変化
により生じる疾病の診断、疾病経過の予後、疾病段階の
決定、または疾病に対する感受性の決定に加えて用いる
診断用道具、またはかかる診断等の決定のための道具を
提供するであろう。かかるポリヌクレオチドにおける変
異を有する生物、特に感染生物を、本明細書記載のいず
れかの場所で説明するような種々の方法によりポリヌク
レオチドレベルで検出してもよい。本発明ヌクレオチド
配列は生物の染色体の同定にも価値がある。配列は特別
に標的化され、生物（詳細にはストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ）の染色体上の特定の位置とハイブリダイ
ゼーションしうる。本発明染色体に関連した配列のマッ
ピングは、それらの配列を病原性および／または生物の
環境学的地位および／または生物の薬剤耐性とを関連づ
け、さらには生物に遺伝子を対応させることにおける重
要な工程でありうる。配列を正確な染色体位置にマッピ
ングしたならば、染色体上の配列の物理的位置を遺伝学
的地図のデータと関連づけることができる。かかるデー
タは、配列データベースにおいてオンラインで見いださ
れる。次いで、遺伝学的方法、例えば、連関（物理的に
近接した遺伝子の同時遺伝）の分析、あるいはコンジュ
ゲーション（conjugation）のごとき接合の研究によ
り、同じ染色体領域にマッピングされた遺伝子と疾病と
の関係を同定する。第１の表現型を有する生物と、異な
る第２の表現型を有する生物との間のポリヌクレオチド
および／またはポリペプチド配列の相違を調べることも
できる。第１の表現型を有する生物のいくつかまたは全
部に変異が観察されるが、第２の表現型を有する生物に
は変異が観察されない場合、変異は第１の表現型の発生
原因である可能性がある。
【００５７】本発明のポリヌクレオチドおよび／または
ポリペプチド中に変異または多型性（対立遺伝子変異）
を担持する生物由来の細胞を、例えばセロタイピングを
可能にするような種々の技術によりＤＮＡレベルで検出
できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡにおける
変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出
系、例えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に
好ましい。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた
同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることがで
きる。一例として、応答レギュレーターポリペプチドを
コードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて変
異を同定および分析することができる。典型的なプライ
マーの例を下表２に示す。
ポリペプチド中に変異または多型性（対立遺伝子変異）
を担持する生物由来の細胞を、例えばセロタイピングを
可能にするような種々の技術によりＤＮＡレベルで検出
できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡにおける
変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出
系、例えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に
好ましい。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた
同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることがで
きる。一例として、応答レギュレーターポリペプチドを
コードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて変
異を同定および分析することができる。典型的なプライ
マーの例を下表２に示す。
【００５８】表２ 応答レギュレーターポリヌクレオチド増幅用プライマー 配列番号 プライマー配列 7 5'-ATGTATAAAGTATTATTAGTAGATG-3' 8 5'-TAGTATAGTTTCTACCTGTTTTCGG-3'
【００５９】また本発明は、式： Ｘ−（R1）m−（R2）−（R3）n−Ｙ ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基または修飾ヌクレオチド残基であり、ｍは１〜２
０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または０
であり、R2は本発明プライマー配列、特に表２より選択
される核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチ
ドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基
で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、好ましくは表１のポ
リヌクレオチドの領域に相捕的なヘテロポリマーであ
る。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは１
ないし１０の間の整数である。
Ｙと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端の
Ｙは水素または金属あるいはＸと一緒になって共有結合
を形成し、R1およびR3は、各々、独立していずれかの核
酸残基または修飾ヌクレオチド残基であり、ｍは１〜２
０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または０
であり、R2は本発明プライマー配列、特に表２より選択
される核酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチ
ドを包含する。上記した式のポリヌクレオチド中、R2は
５’末端残基がその左側でR1に結合し、その３’末端残
基がその右側でR3に結合するように方向付けられる。ｍ
および／またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基
で表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、好ましくは表１のポ
リヌクレオチドの領域に相捕的なヘテロポリマーであ
る。好ましい具体例において、ｍおよび／またはｎは１
ないし１０の間の整数である。
【００６０】さらに本発明は、５’および／または３’
末端から１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたプライマーを提供する。特に、これらのプライマー
を、個体由来の試料、例えば身体材料から単離された応
答レギュレーターＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に
用いることができる。プライマーを用いて感染個体から
単離されたポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオ
チド配列研究のための種々の方法に供してもよい。この
ようにして、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、
変異を用いて感染または感染段階もしくは経路を診断お
よび／または予後を行い、あるいは感染物のセロタイプ
および／または分類を行ってもよい。
末端から１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたプライマーを提供する。特に、これらのプライマー
を、個体由来の試料、例えば身体材料から単離された応
答レギュレーターＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に
用いることができる。プライマーを用いて感染個体から
単離されたポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオ
チド配列研究のための種々の方法に供してもよい。この
ようにして、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、
変異を用いて感染または感染段階もしくは経路を診断お
よび／または予後を行い、あるいは感染物のセロタイプ
および／または分類を行ってもよい。
【００６１】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１
または３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベ
ルの上昇を、個体由来のサンプルから決定することを特
徴とする方法を提供する。応答レギュレーターポリヌク
レオチドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチド
の定量法として当該分野で周知の方法である任意の方
法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保
護、ノーザンブロッティング、スペクトロメトリーおよ
びその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１
または３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベ
ルの上昇を、個体由来のサンプルから決定することを特
徴とする方法を提供する。応答レギュレーターポリヌク
レオチドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチド
の定量法として当該分野で周知の方法である任意の方
法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保
護、ノーザンブロッティング、スペクトロメトリーおよ
びその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。
【００６２】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
応答レギュレーターポリペプチドの過剰発現を検出する
ための本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染
の存在を検出することができる。宿主由来のサンプル中
の応答レギュレーターポリペプチドのレベルを決定する
ために用いることができるアッセイ技法は、当業者に周
知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッ
セイ、競争的結合アッセイ、ウェスタンブロット分析、
抗体サンドイッチアッセイ、抗体検出およびＥＬＩＳＡ
アッセイを包含する。
応答レギュレーターポリペプチドの過剰発現を検出する
ための本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染
の存在を検出することができる。宿主由来のサンプル中
の応答レギュレーターポリペプチドのレベルを決定する
ために用いることができるアッセイ技法は、当業者に周
知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッ
セイ、競争的結合アッセイ、ウェスタンブロット分析、
抗体サンドイッチアッセイ、抗体検出およびＥＬＩＳＡ
アッセイを包含する。
【００６３】ディファレンシャル発現（differential e
xpression） 本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、ディフ
ァレンシャルスクリーニング法の試薬として用いてもよ
い。多くのディファレンシャルスクリーニングおよびデ
ィファレンシャルディスプレイ法が当該分野に存在し、
本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いるこ
とができる。例えば、ディファレンシャルディスプレイ
法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036 (19
93)に記載されている。この方法は、ランダムプライム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。
xpression） 本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、ディフ
ァレンシャルスクリーニング法の試薬として用いてもよ
い。多くのディファレンシャルスクリーニングおよびデ
ィファレンシャルディスプレイ法が当該分野に存在し、
本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いるこ
とができる。例えば、ディファレンシャルディスプレイ
法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036 (19
93)に記載されている。この方法は、ランダムプライム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。
【００６４】インビボ発現法（ＩＶＥＴ）はCamilli et
al., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (199
4)に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物と
の比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。
al., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (199
4)に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物と
の比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。
【００６５】ＲＴ−ＰＣＲを用いて遺伝子発現パターン
を分析してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲ
Ｔ−ＰＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組
織、例えばネズミの感染後４８時間たった肺から単離
し、次いで、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされ
たＲＮＡ試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プラ
イマーペアーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲ
ＮＡ量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による
特定のｍＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中
で転写された細菌遺伝子についての情報を提供する。遺
伝子転写の分析を感染の異なる時点において行って細菌
による発病における遺伝子調節についての詳細な知識を
得て、いずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニング
のための標的であるのかを明確に理解することができ
る。使用ＰＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質によ
り、細菌ｍＲＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必
要があるとはいえないことが理解されよう。このこと
は、感染組織からの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能
にし、細菌中で非常に短命（半減期２分のオーダー）な
細菌ｍＲＮＡ種を得ることを可能にする。最適には、非
常に短時間のうちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存
在下で機械的に破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬お
よびＤＮＡａｓｅ処理を製造者の指示に従って行って夾
雑ＤＮＡを除去することにより、感染ネズミ肺組織から
細菌ｍＲＮＡを調製する。好ましくは、適当に標識され
た配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノー
ザンをプローブすることにより検出されるストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡが最
大量となるような条件を見いだすことによってプロセス
を最適化する。典型的には、５’色素標識プライマーを
ＰＣＲ反応において各ＰＣＲプライマーペアーに用い、
最適にはＰＣＲ反応を８ないし２５サイクルで終了す
る。ＰＣＲ生成物を６％ポリアクリルアミドで分離し、
GeneScanner（ＡＢＩにより製造されている）を用いて
検出し定量する。
を分析してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲ
Ｔ−ＰＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組
織、例えばネズミの感染後４８時間たった肺から単離
し、次いで、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされ
たＲＮＡ試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プラ
イマーペアーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲ
ＮＡ量を評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による
特定のｍＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中
で転写された細菌遺伝子についての情報を提供する。遺
伝子転写の分析を感染の異なる時点において行って細菌
による発病における遺伝子調節についての詳細な知識を
得て、いずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニング
のための標的であるのかを明確に理解することができ
る。使用ＰＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質によ
り、細菌ｍＲＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必
要があるとはいえないことが理解されよう。このこと
は、感染組織からの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能
にし、細菌中で非常に短命（半減期２分のオーダー）な
細菌ｍＲＮＡ種を得ることを可能にする。最適には、非
常に短時間のうちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存
在下で機械的に破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬お
よびＤＮＡａｓｅ処理を製造者の指示に従って行って夾
雑ＤＮＡを除去することにより、感染ネズミ肺組織から
細菌ｍＲＮＡを調製する。好ましくは、適当に標識され
た配列特異的オリゴヌクレオチドプローブを用いてノー
ザンをプローブすることにより検出されるストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの１６ＳリボソームＲＮＡが最
大量となるような条件を見いだすことによってプロセス
を最適化する。典型的には、５’色素標識プライマーを
ＰＣＲ反応において各ＰＣＲプライマーペアーに用い、
最適にはＰＣＲ反応を８ないし２５サイクルで終了す
る。ＰＣＲ生成物を６％ポリアクリルアミドで分離し、
GeneScanner（ＡＢＩにより製造されている）を用いて
検出し定量する。
【００６６】グリッディング（gridding）およびポリヌ
クレオチド引き算 方法は、いわゆる「高密度ＤＮＡアレイ（high density
array）」またはグリッドを用いる遺伝子発現および同
一性についての情報を得るためのものである。例えば、
M.Chee et al., Science, 274:610-614 (1996)およびそ
の中の引用文献参照。かかるグリッディングアッセイを
用いて、発現配列タグ（ＥＳＴ）と呼ばれるある種の新
規遺伝子配列が同定された（Adams et al., Science, 2
52:1651-1656 (1991)）。遺伝子産物に基づいて特定の
遺伝子配列を同定するための方法のバラエティーも記載
されている。例えば、１９９１年５月３０日公開国際特
許出願ＷＯ９１／０７０８７参照。さらに、所望配列の
増幅のための方法が記載されている。例えば、１９９１
年１１月１４日公開の国際特許出願ＷＯ９１／１７２７
１参照。
クレオチド引き算 方法は、いわゆる「高密度ＤＮＡアレイ（high density
array）」またはグリッドを用いる遺伝子発現および同
一性についての情報を得るためのものである。例えば、
M.Chee et al., Science, 274:610-614 (1996)およびそ
の中の引用文献参照。かかるグリッディングアッセイを
用いて、発現配列タグ（ＥＳＴ）と呼ばれるある種の新
規遺伝子配列が同定された（Adams et al., Science, 2
52:1651-1656 (1991)）。遺伝子産物に基づいて特定の
遺伝子配列を同定するための方法のバラエティーも記載
されている。例えば、１９９１年５月３０日公開国際特
許出願ＷＯ９１／０７０８７参照。さらに、所望配列の
増幅のための方法が記載されている。例えば、１９９１
年１１月１４日公開の国際特許出願ＷＯ９１／１７２７
１参照。
【００６７】本発明ポリヌクレオチドをポリヌクレオチ
ドアレイの成分として、好ましくは高密度アレイまたは
グリッドとして用いてもよい。これらの高密度アレイは
診断および予後目的に特に有用である。例えば、異なる
遺伝子、さらにはポリヌクレオチドまたは本発明ポリヌ
クレオチドを含む各スポットのセットをプロービング
（身体試料から得たプローブを用いるハイブリダイゼー
ションまたは核酸増幅を用いるプロービングのごとき）
に使用して、個体中の特定のヌクレオチド配列または関
連配列の存在を決定してもよい。かかる存在は、病原
体、特にストレプトコッカス・ニューモニアエの存在を
示す可能性があり、疾病または疾病経過の診断および／
または予後に有用である可能性がある。配列番号：１ま
たは３のポリヌクレオチド配列の多くの変種を含むグリ
ッドが好ましい。また、配列番号：２または４のポリペ
プチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列の多
くの変種を含むものが好ましい。
ドアレイの成分として、好ましくは高密度アレイまたは
グリッドとして用いてもよい。これらの高密度アレイは
診断および予後目的に特に有用である。例えば、異なる
遺伝子、さらにはポリヌクレオチドまたは本発明ポリヌ
クレオチドを含む各スポットのセットをプロービング
（身体試料から得たプローブを用いるハイブリダイゼー
ションまたは核酸増幅を用いるプロービングのごとき）
に使用して、個体中の特定のヌクレオチド配列または関
連配列の存在を決定してもよい。かかる存在は、病原
体、特にストレプトコッカス・ニューモニアエの存在を
示す可能性があり、疾病または疾病経過の診断および／
または予後に有用である可能性がある。配列番号：１ま
たは３のポリヌクレオチド配列の多くの変種を含むグリ
ッドが好ましい。また、配列番号：２または４のポリペ
プチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列の多
くの変種を含むものが好ましい。
【００６８】抗体 本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドまたはそれ
らの変種、あるいはそれらを発現する細胞を、かかるポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドそれぞれに対して免
疫特異的な抗体を得るための免疫原として用いることが
できる。１の好ましい本発明の具体例において、応答レ
ギュレーターポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対
する抗体が提供される。
らの変種、あるいはそれらを発現する細胞を、かかるポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドそれぞれに対して免
疫特異的な抗体を得るための免疫原として用いることが
できる。１の好ましい本発明の具体例において、応答レ
ギュレーターポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対
する抗体が提供される。
【００６９】本発明のポリペプチドに対して得られる抗
体は、ポリペプチドあるいはエピトープが付いたフラグ
メント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の
動物に、慣用的プロトコールを用いて投与することによ
り得ることができる。モノクローナル抗体を調製する場
合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当該分野にて周知の技術を用いることができる。例え
ば、Kohler, G.およびMilstein, C., Nature，256：495
−497（1975）；Kozborら、Immunology Today, 4：72
（1983）；Coleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER
THERAPY, Alan R Liss,Inc.、77−96頁（1985）に記載
されるような種々の技法が挙げられる。
体は、ポリペプチドあるいはエピトープが付いたフラグ
メント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の
動物に、慣用的プロトコールを用いて投与することによ
り得ることができる。モノクローナル抗体を調製する場
合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当該分野にて周知の技術を用いることができる。例え
ば、Kohler, G.およびMilstein, C., Nature，256：495
−497（1975）；Kozborら、Immunology Today, 4：72
（1983）；Coleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER
THERAPY, Alan R Liss,Inc.、77−96頁（1985）に記載
されるような種々の技法が挙げられる。
【００７０】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。
【００７１】別法として、ファージディスプレイ（phag
e display）技法を利用して、抗‐応答レギュレーター
の保持に関してスクリーニングしたヒトのリンパ球のＰ
ＣＲ増幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無
処理のライブラリー由来の、ポリペプチドに対する結合
活性を有する抗体遺伝子を選択してもよい（McCaffert
y,Ｊ.ら、Nature 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、B
iotechnology 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親
和性はチェインシャフリング（chain shuffling）によ
り改善することもできる（Clackson,T.ら、Nature 352:
624-628（1991））。
e display）技法を利用して、抗‐応答レギュレーター
の保持に関してスクリーニングしたヒトのリンパ球のＰ
ＣＲ増幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無
処理のライブラリー由来の、ポリペプチドに対する結合
活性を有する抗体遺伝子を選択してもよい（McCaffert
y,Ｊ.ら、Nature 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、B
iotechnology 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親
和性はチェインシャフリング（chain shuffling）によ
り改善することもできる（Clackson,T.ら、Nature 352:
624-628（1991））。
【００７２】前記の抗体を用いてポリペプチドを発現す
るクローンを単離または同定することができ、アフィニ
ティークロマトグラフィーにより該ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドを精製することができる。従って、と
りわけ、応答レギュレーターポリペプチドまたは応答レ
ギュレーターポリヌクレオチドに対する抗体を用いて、
感染、とりわけ細菌感染を治療することができる。
るクローンを単離または同定することができ、アフィニ
ティークロマトグラフィーにより該ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドを精製することができる。従って、と
りわけ、応答レギュレーターポリペプチドまたは応答レ
ギュレーターポリヌクレオチドに対する抗体を用いて、
感染、とりわけ細菌感染を治療することができる。
【００７３】ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。
【００７４】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはその融合蛋白は、マウスまたは他
の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫するため
の抗原として使用される。融合蛋白はポリペプチドに安
定性を付与できる。抗原は、例えば抱合することによ
り、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブミン
（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペット・ヘモシアニ
ン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させ
ることができる。別法として、蛋白もしくはポリペプチ
ド、またはその抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペ
プチドの多重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫
原性を改良するのに十分な抗原性を有しており、キャリ
ヤを使用しなくてすむ。
等価な誘導体、またはその融合蛋白は、マウスまたは他
の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫するため
の抗原として使用される。融合蛋白はポリペプチドに安
定性を付与できる。抗原は、例えば抱合することによ
り、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブミン
（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペット・ヘモシアニ
ン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させ
ることができる。別法として、蛋白もしくはポリペプチ
ド、またはその抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペ
プチドの多重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫
原性を改良するのに十分な抗原性を有しており、キャリ
ヤを使用しなくてすむ。
【００７５】好ましくは、抗体またはその変種を修飾し
て個体における免疫原性を減少させる。例えば、個体が
ヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」され
ており；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明の１の態様によれば、治療または予防
目的、詳細には遺伝学的免疫化のための本発明ポリヌク
レオチドの使用が提供される。本発明の特に好ましい具
体例は、応答レギュレーターポリヌクレオチドの自然発
生対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペ
プチドである。
て個体における免疫原性を減少させる。例えば、個体が
ヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」され
ており；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明の１の態様によれば、治療または予防
目的、詳細には遺伝学的免疫化のための本発明ポリヌク
レオチドの使用が提供される。本発明の特に好ましい具
体例は、応答レギュレーターポリヌクレオチドの自然発
生対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペ
プチドである。
【００７６】本発明ポリヌクレオチドの遺伝学的免疫に
おける使用には、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉
への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（199
2）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（196
3））、特異的蛋白キャリヤを複合させたＤＮＡの送達
（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、リン酸
カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS USA 83：9551（1986））、種々の形態のリポソ
ーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243：375
（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356：152（1
992）；Eisenbraunら、ＤＮＡ Cell Biol 12：791（199
3））およびクローン化レトロウイルスベクターを用い
たインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（198
4））などの適当な送達方法を用いる。
おける使用には、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉
への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（199
2）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（196
3））、特異的蛋白キャリヤを複合させたＤＮＡの送達
（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、リン酸
カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS USA 83：9551（1986））、種々の形態のリポソ
ーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243：375
（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356：152（1
992）；Eisenbraunら、ＤＮＡ Cell Biol 12：791（199
3））およびクローン化レトロウイルスベクターを用い
たインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（198
4））などの適当な送達方法を用いる。
【００７７】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 さらに、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドを
用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブラ
リー、および天然産物の混合物中の、小分子基質とリガ
ンドとの結合を評価することもできる。これらの基質お
よびリガンドは天然の基質およびリガンドでよく、また
は構造上もしくは機能上の模倣物でもよい。例えば、Co
liganら、Current Protocols in Immunology 1（2）：
第5章（1991）を参照のこと。
イおよび分子 さらに、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドを
用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブラ
リー、および天然産物の混合物中の、小分子基質とリガ
ンドとの結合を評価することもできる。これらの基質お
よびリガンドは天然の基質およびリガンドでよく、また
は構造上もしくは機能上の模倣物でもよい。例えば、Co
liganら、Current Protocols in Immunology 1（2）：
第5章（1991）を参照のこと。
【００７８】本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドは多くの生物学的機能の原因であり、該機能には多く
の疾病状態、詳細には上記疾病が包含される。それゆ
え、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能を刺激
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
法を工夫することが望ましい。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドならびに関連ポリペプチドおよびポリヌク
レオチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定する
ためのスクリーニング方法を提供する。一般的には、ア
ゴニストまたはアンタゴニストを上記疾病の治療および
予防のために用いてもよい。種々の源、例えば、細胞、
無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物の混合
物から化合物を同定できる。そのようにして同定された
かかるアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤は、天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素等であって
もよく、場合によっては応答レギュレーターポリペプチ
ドおよびポリヌクレオチド、あるいはそれらの構造上ま
たは機能上の模倣物であってもよい（Coligan et al.,
Current Protocols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1
991)参照）。
ドは多くの生物学的機能の原因であり、該機能には多く
の疾病状態、詳細には上記疾病が包含される。それゆ
え、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能を刺激
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
法を工夫することが望ましい。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドならびに関連ポリペプチドおよびポリヌク
レオチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定する
ためのスクリーニング方法を提供する。一般的には、ア
ゴニストまたはアンタゴニストを上記疾病の治療および
予防のために用いてもよい。種々の源、例えば、細胞、
無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物の混合
物から化合物を同定できる。そのようにして同定された
かかるアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤は、天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素等であって
もよく、場合によっては応答レギュレーターポリペプチ
ドおよびポリヌクレオチド、あるいはそれらの構造上ま
たは機能上の模倣物であってもよい（Coligan et al.,
Current Protocols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1
991)参照）。
【００７９】スクリーニング法は、単に化合物のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドへの、あるいはポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドを有する細胞もしくは膜へ
の、あるいはポリペプチド含む融合蛋白への結合を、直
接的または間接的に候補化合物に結合した標識により測
定するものであってもよい。別法として、スクリーニン
グ法は標識競争物質との競争を用いるものであってもよ
い。さらに、これらのスクリーニング法は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドを含む細胞に適した検出系を
用いて、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性化
または阻害により生じるシグナルを化合物が発生させる
かどうかを試験するものであってもよい。一般的には、
既知アゴニスト存在下で活性化の阻害剤をアッセイし、
次いで、候補化合物存在下でのアゴニストによる活性化
の効果を観察する。構成的に活性のあるポリペプチドお
よび／または構成的に発現されるポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドを、アゴニストまたは阻害剤の効果を逆
転させる物質を探すスクリーニング法に用いてもよく、
候補化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活
性化を阻害するかどうかを試験することによる。さら
に、スクリーニング法は、単に、候補化合物を本発明ポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドを含有する溶液と混
合して混合物を作成し、混合物中の応答レギュレーター
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド活性を測
定し、次いで、混合物中の応答レギュレーターポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチド活性を標準に対し
て比較することを特徴とする。Ｆｃ部分および上記応答
レギュレーターポリペプチドから作成されるような融合
蛋白を用いて高処理量アッセイを行って本発明ポリペプ
チドのアンタゴニストならびに系統分類的および／また
は機能的に関連したポリペプチドを同定することもでき
る（D.Bennett et al., J. Mol. Recognition, 8:52-58
(1955);およびK.Johanson et al., J. Biol. Chem., 2
70(16):9549-9471 (1955)参照）。
プチドまたはポリヌクレオチドへの、あるいはポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドを有する細胞もしくは膜へ
の、あるいはポリペプチド含む融合蛋白への結合を、直
接的または間接的に候補化合物に結合した標識により測
定するものであってもよい。別法として、スクリーニン
グ法は標識競争物質との競争を用いるものであってもよ
い。さらに、これらのスクリーニング法は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドを含む細胞に適した検出系を
用いて、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性化
または阻害により生じるシグナルを化合物が発生させる
かどうかを試験するものであってもよい。一般的には、
既知アゴニスト存在下で活性化の阻害剤をアッセイし、
次いで、候補化合物存在下でのアゴニストによる活性化
の効果を観察する。構成的に活性のあるポリペプチドお
よび／または構成的に発現されるポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドを、アゴニストまたは阻害剤の効果を逆
転させる物質を探すスクリーニング法に用いてもよく、
候補化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活
性化を阻害するかどうかを試験することによる。さら
に、スクリーニング法は、単に、候補化合物を本発明ポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドを含有する溶液と混
合して混合物を作成し、混合物中の応答レギュレーター
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド活性を測
定し、次いで、混合物中の応答レギュレーターポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチド活性を標準に対し
て比較することを特徴とする。Ｆｃ部分および上記応答
レギュレーターポリペプチドから作成されるような融合
蛋白を用いて高処理量アッセイを行って本発明ポリペプ
チドのアンタゴニストならびに系統分類的および／また
は機能的に関連したポリペプチドを同定することもでき
る（D.Bennett et al., J. Mol. Recognition, 8:52-58
(1955);およびK.Johanson et al., J. Biol. Chem., 2
70(16):9549-9471 (1955)参照）。
【００８０】本発明ポリペプチドと結合および／または
相互作用するポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび抗
体を用いて、細胞中のｍＲＮＡおよび／またはポリペプ
チドの精製に対する添加化合物の影響を検出するための
スクリーニング方法を組み立ててもよい。例えば、ＥＬ
ＩＳＡアッセイを構築して、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌または細胞
結合レベルを、当該分野において標準的な方法により測
定してもよい。これにより、適当に操作された細胞また
は組織からのポリペプチドの生成を阻害または促進しう
る作用剤（それぞれ、アンタゴニストまたはアゴニスト
という）を見いだすことができる。
相互作用するポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび抗
体を用いて、細胞中のｍＲＮＡおよび／またはポリペプ
チドの精製に対する添加化合物の影響を検出するための
スクリーニング方法を組み立ててもよい。例えば、ＥＬ
ＩＳＡアッセイを構築して、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌または細胞
結合レベルを、当該分野において標準的な方法により測
定してもよい。これにより、適当に操作された細胞また
は組織からのポリペプチドの生成を阻害または促進しう
る作用剤（それぞれ、アンタゴニストまたはアゴニスト
という）を見いだすことができる。
【００８１】本発明はまた、応答レギュレーターポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドの作用、特に静菌および
／または殺菌性である化合物の作用を亢進（アゴニス
ト）または遮断（アンタゴニスト）する化合物を同定す
るための化合物のスクリーニング方法を提供する。スク
リーニング方法には高処理量（high−throughput）技術
が包含される。例えば、アゴニストまたはアンタゴニス
トをスクリーニングするために、応答レギュレーターポ
リペプチドおよびかかるポリペプチドの標識基質または
リガンドを含む合成反応混合物、膜、細胞エンベロープ
もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、または
それらのいずれかの調製物を、応答レギュレーターアゴ
ニストまたはアンタゴニストであるかもしれない候補分
子の存在下または不在下でインキュベートする。候補分
子が応答レギュレーターポリペプチドに作動または拮抗
する能力は、標識リガンドの結合の低下またはかかる基
質からの生成物の生成低下に反映される。結合しても影
響を及ぼさない分子、すなわち応答レギュレーターポリ
ペプチドの効果を誘起しない分子は、ほとんどの場合、
良好なアンタゴニストであろう。よく結合し、基質から
の生成物の生成速度を高め、シグナルトランスダクショ
ンを増大させ、あるいは化学チャンネル活性を増大させ
る分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成速
度、シグナルトランスダクション、あるいは化学チャン
ネル活性のレベルの検出はリポーターシステムを用いる
ことにより強調できる。この点に関して有用なリポータ
ーシステムは、生成物に転換される比色標識基質、応答
レギュレーターポリヌクレオチドまたはポリペプチド活
性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野
で公知の結合アッセイを包含するが、これらに限定する
ものではない。
プチドまたはポリヌクレオチドの作用、特に静菌および
／または殺菌性である化合物の作用を亢進（アゴニス
ト）または遮断（アンタゴニスト）する化合物を同定す
るための化合物のスクリーニング方法を提供する。スク
リーニング方法には高処理量（high−throughput）技術
が包含される。例えば、アゴニストまたはアンタゴニス
トをスクリーニングするために、応答レギュレーターポ
リペプチドおよびかかるポリペプチドの標識基質または
リガンドを含む合成反応混合物、膜、細胞エンベロープ
もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、または
それらのいずれかの調製物を、応答レギュレーターアゴ
ニストまたはアンタゴニストであるかもしれない候補分
子の存在下または不在下でインキュベートする。候補分
子が応答レギュレーターポリペプチドに作動または拮抗
する能力は、標識リガンドの結合の低下またはかかる基
質からの生成物の生成低下に反映される。結合しても影
響を及ぼさない分子、すなわち応答レギュレーターポリ
ペプチドの効果を誘起しない分子は、ほとんどの場合、
良好なアンタゴニストであろう。よく結合し、基質から
の生成物の生成速度を高め、シグナルトランスダクショ
ンを増大させ、あるいは化学チャンネル活性を増大させ
る分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成速
度、シグナルトランスダクション、あるいは化学チャン
ネル活性のレベルの検出はリポーターシステムを用いる
ことにより強調できる。この点に関して有用なリポータ
ーシステムは、生成物に転換される比色標識基質、応答
レギュレーターポリヌクレオチドまたはポリペプチド活
性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野
で公知の結合アッセイを包含するが、これらに限定する
ものではない。
【００８２】本発明ポリペプチドを用いて膜結合または
可溶性受容体を同定してもよく、かかるポリペプチドは
当該分野において標準的な受容体結合法により同定され
る。これらの方法、リガンド結合およびクロスリンキン
グアッセイを包含するが、これらに限らない。これらの
方法において、ポリペプチドを放射性標識（例えば12 5
Ｉ）、化学修飾（例えばビオチン化）または検出および
精製に適したペプチド配列に融合され、推定上の受容体
（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材
料）の源とともにインキュベーションする。他の方法は
表面プラスモン共鳴および分光学的法法を包含する。こ
れらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドのそ
の受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニスト
およびアンタゴニストを同定してもよい。かかるアッセ
イを行うための標準的方法は当該分野においてよく知ら
れている。
可溶性受容体を同定してもよく、かかるポリペプチドは
当該分野において標準的な受容体結合法により同定され
る。これらの方法、リガンド結合およびクロスリンキン
グアッセイを包含するが、これらに限らない。これらの
方法において、ポリペプチドを放射性標識（例えば12 5
Ｉ）、化学修飾（例えばビオチン化）または検出および
精製に適したペプチド配列に融合され、推定上の受容体
（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材
料）の源とともにインキュベーションする。他の方法は
表面プラスモン共鳴および分光学的法法を包含する。こ
れらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドのそ
の受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニスト
およびアンタゴニストを同定してもよい。かかるアッセ
イを行うための標準的方法は当該分野においてよく知ら
れている。
【００８３】蛍光タグを付した分子に関する蛍光分極値
は回転相関時間（rotational correlation time）また
は回転速度（tumbling rate）に依存する。別の応答レ
ギュレーターポリペプチドもしくは他のポリペプチドと
結合した応答レギュレーターポリペプチドのごとき蛋白
複合体であって蛍光標識分子を含むように標識されてい
るものは、蛍光標識されたモノマー蛋白よりも高い分極
値を有するであろう。この方法を用いて、ポリペプチド
複合体を分裂させる小型分子を特徴づけるのが好まし
い。
は回転相関時間（rotational correlation time）また
は回転速度（tumbling rate）に依存する。別の応答レ
ギュレーターポリペプチドもしくは他のポリペプチドと
結合した応答レギュレーターポリペプチドのごとき蛋白
複合体であって蛍光標識分子を含むように標識されてい
るものは、蛍光標識されたモノマー蛋白よりも高い分極
値を有するであろう。この方法を用いて、ポリペプチド
複合体を分裂させる小型分子を特徴づけるのが好まし
い。
【００８４】蛍光エネルギー転移を用いて、応答レギュ
レーターポリペプチドダイマー、トリマー、テトラマ
ー、または高次構造、あるいは別のポリペプチドに結合
した応答レギュレーターポリペプチドにより形成される
構造の形成を妨害する小型分子を特徴づけてもよい。応
答レギュレーターポリペプチドをドナーおよびアクセプ
ター両方の蛍光発色団で標識することができる。２種の
標識種を混合し、ドナー蛍光発色団を励起したならば、
アクセプターの蛍光を観察することにより蛍光エネルギ
ー転移を検出することができる。ダイマー化をブロック
する化合物は蛍光エネルギー転移を阻害するであろう。
レーターポリペプチドダイマー、トリマー、テトラマ
ー、または高次構造、あるいは別のポリペプチドに結合
した応答レギュレーターポリペプチドにより形成される
構造の形成を妨害する小型分子を特徴づけてもよい。応
答レギュレーターポリペプチドをドナーおよびアクセプ
ター両方の蛍光発色団で標識することができる。２種の
標識種を混合し、ドナー蛍光発色団を励起したならば、
アクセプターの蛍光を観察することにより蛍光エネルギ
ー転移を検出することができる。ダイマー化をブロック
する化合物は蛍光エネルギー転移を阻害するであろう。
【００８５】表面プラスモン共鳴を用いて、応答レギュ
レーターポリペプチドの自己結合ならびに応答レギュレ
ーターポリペプチドと別のポリペプチドもしくは小型分
子との結合に対する小型分子の影響をモニターすること
ができる。低いサイト密度（site density）において応
答レギュレーターポリペプチドをセンサーチップにカッ
プリングさせて、共有結合分子がモノマー性となるよう
にすることができる。次いで、溶液蛋白を応答レギュレ
ーターポリペプチド被覆表面上に通し、局所屈折率の変
化により生じる共鳴角の変化をモニターすることにより
特異的結合をリアルタイムで検出することができる。こ
の方法を用いて、応答レギュレーターポリペプチドの自
己結合ならびに応答レギュレーターポリペプチドと別の
ポリペプチドもしくは小型分子との結合に関する反応速
度および平衡結合定数に対する小型分子の影響を特徴づ
けることができる。
レーターポリペプチドの自己結合ならびに応答レギュレ
ーターポリペプチドと別のポリペプチドもしくは小型分
子との結合に対する小型分子の影響をモニターすること
ができる。低いサイト密度（site density）において応
答レギュレーターポリペプチドをセンサーチップにカッ
プリングさせて、共有結合分子がモノマー性となるよう
にすることができる。次いで、溶液蛋白を応答レギュレ
ーターポリペプチド被覆表面上に通し、局所屈折率の変
化により生じる共鳴角の変化をモニターすることにより
特異的結合をリアルタイムで検出することができる。こ
の方法を用いて、応答レギュレーターポリペプチドの自
己結合ならびに応答レギュレーターポリペプチドと別の
ポリペプチドもしくは小型分子との結合に関する反応速
度および平衡結合定数に対する小型分子の影響を特徴づ
けることができる。
【００８６】シンチレーション近接アッセイを用いて、
応答レギュレーターポリペプチドと別の応答レギュレー
ターポリペプチドもしくは別の分子との結合の間の相互
作用を特徴づけることができる。応答レギュレーターポ
リペプチドをシンチレーション充填ビーズにカップリン
グさせることができる。放射性標識応答レギュレーター
ポリペプチドの添加は結合を生じ、放射性源分子はシン
チレーション液に極めて近接した状態となる。よって、
応答レギュレーターポリペプチドの結合によりシグナル
が放出され、応答レギュレーターポリペプチドの自己結
合または応答レギュレーターポリペプチドと別のポリペ
プチドもしくは小型分子との結合を妨害する化合物はシ
グナルを減少させるであろう。
応答レギュレーターポリペプチドと別の応答レギュレー
ターポリペプチドもしくは別の分子との結合の間の相互
作用を特徴づけることができる。応答レギュレーターポ
リペプチドをシンチレーション充填ビーズにカップリン
グさせることができる。放射性標識応答レギュレーター
ポリペプチドの添加は結合を生じ、放射性源分子はシン
チレーション液に極めて近接した状態となる。よって、
応答レギュレーターポリペプチドの結合によりシグナル
が放出され、応答レギュレーターポリペプチドの自己結
合または応答レギュレーターポリペプチドと別のポリペ
プチドもしくは小型分子との結合を妨害する化合物はシ
グナルを減少させるであろう。
【００８７】ＩＣＳバイオセンサーはＡＭＢＲＩ（Aust
ralian Membrane Biotechnology Research Institute）
により記載されている。それらは高分子の自己結合をカ
ップリングし、懸濁膜二重層中のガンマシジンにより促
進されるイオンチャンネルを閉鎖し、それゆえバイオセ
ンサーのアドミッタンス（イン−ダンスと同様）の測定
可能な変化が起こる。このアプローチは６０回のアドミ
ッタンス変化でも直線性があり、理想的には、小型分子
コンビナトリアルライブラリーの大規模な高処理量スク
リーニングに適する。
ralian Membrane Biotechnology Research Institute）
により記載されている。それらは高分子の自己結合をカ
ップリングし、懸濁膜二重層中のガンマシジンにより促
進されるイオンチャンネルを閉鎖し、それゆえバイオセ
ンサーのアドミッタンス（イン−ダンスと同様）の測定
可能な変化が起こる。このアプローチは６０回のアドミ
ッタンス変化でも直線性があり、理想的には、小型分子
コンビナトリアルライブラリーの大規模な高処理量スク
リーニングに適する。
【００８８】本発明の他の具体例において、本発明ポリ
ペプチドおよびまたはポリヌクレオチドと結合あるいは
相互作用して、その活性または発現を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドへの結合、あるいはポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との他
の相互作用を可能にする条件下で本発明ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき
化合物と接触させて、アゴニストとの結合あるいは他の
相互作用を評価し（該方法において、好ましくは、かか
る結合または相互作用はポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答した検出可能シグナルを提供しうる第２の化合物に関
連したものである）、次いで、ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作
用から生じるシグナルの存在または不存在を検出するこ
とにより、化合物がポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドと結合あるいは相互作用し、その活性または
発現を活性化または阻害するかどうかを決定する方法が
提供される。
ペプチドおよびまたはポリヌクレオチドと結合あるいは
相互作用して、その活性または発現を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドへの結合、あるいはポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との他
の相互作用を可能にする条件下で本発明ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき
化合物と接触させて、アゴニストとの結合あるいは他の
相互作用を評価し（該方法において、好ましくは、かか
る結合または相互作用はポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答した検出可能シグナルを提供しうる第２の化合物に関
連したものである）、次いで、ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作
用から生じるシグナルの存在または不存在を検出するこ
とにより、化合物がポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドと結合あるいは相互作用し、その活性または
発現を活性化または阻害するかどうかを決定する方法が
提供される。
【００８９】応答レギュレーターアンタゴニストのアッ
セイのもう１つの例は、競争阻害アッセイに適した条件
下で、応答レギュレーターおよび潜在的なアンタゴニス
トを、応答レギュレーター結合分子、組換え応答レギュ
レーター結合分子、天然基質もしくはリガンド、または
基質もしくはリガンド模倣物と混合する、競争アッセイ
である。応答レギュレーター分子を例えば放射活性また
は比色化合物により標識し、結合分子に結合した、ある
いは生成物に変換した応答レギュレーター分子の数を正
確に決定して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価で
きる。
セイのもう１つの例は、競争阻害アッセイに適した条件
下で、応答レギュレーターおよび潜在的なアンタゴニス
トを、応答レギュレーター結合分子、組換え応答レギュ
レーター結合分子、天然基質もしくはリガンド、または
基質もしくはリガンド模倣物と混合する、競争アッセイ
である。応答レギュレーター分子を例えば放射活性また
は比色化合物により標識し、結合分子に結合した、ある
いは生成物に変換した応答レギュレーター分子の数を正
確に決定して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価で
きる。
【００９０】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチドと結合し、そ
れによりその活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、
ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的
アンタゴニストはまた、応答レギュレーターにより誘導
される活性を誘導しない結合分子のような結合分子の同
一部位に結合し、応答レギュレーターを結合から排除す
ることにより応答レギュレーターの作用を妨げる、密接
に関連した蛋白または抗体のような小型有機分子、ペプ
チド、ポリペプチドであってもよい。
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチドと結合し、そ
れによりその活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、
ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的
アンタゴニストはまた、応答レギュレーターにより誘導
される活性を誘導しない結合分子のような結合分子の同
一部位に結合し、応答レギュレーターを結合から排除す
ることにより応答レギュレーターの作用を妨げる、密接
に関連した蛋白または抗体のような小型有機分子、ペプ
チド、ポリペプチドであってもよい。
【００９１】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合してその部位を占領し、それにより細
胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性
を妨害する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型
有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含するが、こ
れらに限定するものではない。その他の潜在的なアンタ
ゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子
についての記載に関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:
560（1991）；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE IN
HIBTORS OF GENE EXPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラ
ートン、フロリダ州（1988）を参照のこと）。好ましい
潜在的アンタゴニストは、応答レギュレーターに関連す
る化合物およびその変種を包含する。好ましい潜在的な
アンタゴニストは応答レギュレーターに関連した化合物
および応答レギュレーターの変種を包含する。潜在的な
ポリペプチドアンタゴニストの他の例は抗体を包含し、
あるいはいくつかの場合には、ポリペプチドのリガン
ド、基質、受容体、酵素等の密接に関連したオリゴヌク
レオチドまたは蛋白、あるいはリガンド、基質、受容
体、酵素等のフラグメント、あるいは本発明ポリペプチ
ドに結合するが応答を誘発せず、その結果ポリペプチド
の活性が阻害することとなる小型分子を包含する。
の結合部位に結合してその部位を占領し、それにより細
胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性
を妨害する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型
有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含するが、こ
れらに限定するものではない。その他の潜在的なアンタ
ゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子
についての記載に関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:
560（1991）；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE IN
HIBTORS OF GENE EXPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラ
ートン、フロリダ州（1988）を参照のこと）。好ましい
潜在的アンタゴニストは、応答レギュレーターに関連す
る化合物およびその変種を包含する。好ましい潜在的な
アンタゴニストは応答レギュレーターに関連した化合物
および応答レギュレーターの変種を包含する。潜在的な
ポリペプチドアンタゴニストの他の例は抗体を包含し、
あるいはいくつかの場合には、ポリペプチドのリガン
ド、基質、受容体、酵素等の密接に関連したオリゴヌク
レオチドまたは蛋白、あるいはリガンド、基質、受容
体、酵素等のフラグメント、あるいは本発明ポリペプチ
ドに結合するが応答を誘発せず、その結果ポリペプチド
の活性が阻害することとなる小型分子を包含する。
【００９２】ある種の本発明ポリペプチドは天然応答レ
ギュレーターポリペプチドの生物学的模倣物、機能的模
倣物である。これらの機能的模倣物を、とりわけ、応答
レギュレーターポリペプチドの活性に拮抗するように、
あるいは本明細書にいずれかの場所に記載の様式で抗原
または免疫原として用いてもよい。本発明ポリペプチド
の機能的模倣物は末端切断ポリペプチドを包含するが、
これに限らない。例えば、好ましい機能的模倣物は、配
列番号：２に示すポリペプチドを含むポリペプチドであ
ってアミノまたはカルボキシ末端の２０、３０、４０、
５０、６０、７０または８０個のアミノ酸を欠くポリペ
プチドを包含し、さらにこれらの末端切断配列の１つま
たはそれ以上のものを含む融合蛋白を包含する。これら
の機能的模倣物のそれぞれをコードしているポリヌクレ
オチドを発現カセットとして用いて各模倣物ポリペプチ
ドを発現させてもよい。これらのカセットが５’および
３’制限部位を有していて所望の場合にカセットを一緒
にして連結するための便利な手段となることが好まし
い。これらのカセットが当該分野で知られたまたは本明
細書にいずれかの場所に記載された遺伝子発現シグナル
を含むことがさらに好ましい。
ギュレーターポリペプチドの生物学的模倣物、機能的模
倣物である。これらの機能的模倣物を、とりわけ、応答
レギュレーターポリペプチドの活性に拮抗するように、
あるいは本明細書にいずれかの場所に記載の様式で抗原
または免疫原として用いてもよい。本発明ポリペプチド
の機能的模倣物は末端切断ポリペプチドを包含するが、
これに限らない。例えば、好ましい機能的模倣物は、配
列番号：２に示すポリペプチドを含むポリペプチドであ
ってアミノまたはカルボキシ末端の２０、３０、４０、
５０、６０、７０または８０個のアミノ酸を欠くポリペ
プチドを包含し、さらにこれらの末端切断配列の１つま
たはそれ以上のものを含む融合蛋白を包含する。これら
の機能的模倣物のそれぞれをコードしているポリヌクレ
オチドを発現カセットとして用いて各模倣物ポリペプチ
ドを発現させてもよい。これらのカセットが５’および
３’制限部位を有していて所望の場合にカセットを一緒
にして連結するための便利な手段となることが好まし
い。これらのカセットが当該分野で知られたまたは本明
細書にいずれかの場所に記載された遺伝子発現シグナル
を含むことがさらに好ましい。
【００９３】よって、もう１つの態様において、本発明
は、本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドに関するアゴニスト、アンタゴニスト、リガンド、受
容体、基質、酵素等；あるいはかかるポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドの生成を減少または促進す
る化合物を同定するためのスクリーニングキットに関す
る。該キットは：（ａ）本発明ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチド；（ｂ）本発明ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドを発現する組み換え細胞；
（ｃ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する細胞膜；あるいは（ｄ）本発明ポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチドに対する抗体を含
むものであり、好ましくは該ポリペプチドは配列番号：
２のものであり、好ましくは該ポリヌクレオチドは配列
番号：１のものである。かかるキットにおいて、
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は重要成分を含有
していてもよいことが理解されよう。
は、本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドに関するアゴニスト、アンタゴニスト、リガンド、受
容体、基質、酵素等；あるいはかかるポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドの生成を減少または促進す
る化合物を同定するためのスクリーニングキットに関す
る。該キットは：（ａ）本発明ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチド；（ｂ）本発明ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドを発現する組み換え細胞；
（ｃ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する細胞膜；あるいは（ｄ）本発明ポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチドに対する抗体を含
むものであり、好ましくは該ポリペプチドは配列番号：
２のものであり、好ましくは該ポリヌクレオチドは配列
番号：１のものである。かかるキットにおいて、
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は重要成分を含有
していてもよいことが理解されよう。
【００９４】本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドを、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の構
造に基づく設計方法に用いてもよいことが、当業者に容
易に理解されよう。該方法は：（ａ）最初にポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチド、またはそれらの複
合体の３次元構造を決定し、（ｂ）アゴニスト、アンタ
ゴニストまたは阻害剤の反応部位、結合部位またはモチ
ーフである可能性のある部位の３次元構造を推定し、
（ｃ）推定された反応部位、結合部位および／またはモ
チーフと結合または反応すると予想される候補化合物を
合成し、次いで（ｄ）候補化合物が実際にアゴニスト、
アンタゴニストまたは阻害剤であるかどうかを試験する
ことを含む。これが繰り返しプロセスであり、自動およ
びコンピューター制御工程を用いてこの繰り返しプロセ
スを行ってもよいことが、さらに理解されよう。
クレオチドを、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の構
造に基づく設計方法に用いてもよいことが、当業者に容
易に理解されよう。該方法は：（ａ）最初にポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチド、またはそれらの複
合体の３次元構造を決定し、（ｂ）アゴニスト、アンタ
ゴニストまたは阻害剤の反応部位、結合部位またはモチ
ーフである可能性のある部位の３次元構造を推定し、
（ｃ）推定された反応部位、結合部位および／またはモ
チーフと結合または反応すると予想される候補化合物を
合成し、次いで（ｄ）候補化合物が実際にアゴニスト、
アンタゴニストまたは阻害剤であるかどうかを試験する
ことを含む。これが繰り返しプロセスであり、自動およ
びコンピューター制御工程を用いてこの繰り返しプロセ
スを行ってもよいことが、さらに理解されよう。
【００９５】さらなる態様において、本発明は、例えば
応答レギュレーターポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドの過剰発現、発現不足、上昇した活性、また
は低下した活性に関連した疾病のごとき異常な状態の治
療方法を提供する。ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドの発現および／または活性が過剰な場合、い
くつかの方法を用いることができる。１の方法は、ポリ
ペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの機能および
／または発現を阻害（例えば、リガンド、基質、受容
体、酵素等の結合をブロックすることにより、あるいは
２次的シグナルを阻害することにより）するに有効な量
の上記阻害化合物（アンタゴニスト）を医薬上許容され
る担体とともに対象に投与し、そのことにより異常なな
症状を改善することを含む。もう１つの方法において、
やはり内在性ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドと競争してリガンド、基質、受容体、酵素等に結合
することができる可溶性形態のポリペプチドを投与して
もよい。かかる競争物質の典型例は応答レギュレーター
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのフラグ
メントを包含する。
応答レギュレーターポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドの過剰発現、発現不足、上昇した活性、また
は低下した活性に関連した疾病のごとき異常な状態の治
療方法を提供する。ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドの発現および／または活性が過剰な場合、い
くつかの方法を用いることができる。１の方法は、ポリ
ペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの機能および
／または発現を阻害（例えば、リガンド、基質、受容
体、酵素等の結合をブロックすることにより、あるいは
２次的シグナルを阻害することにより）するに有効な量
の上記阻害化合物（アンタゴニスト）を医薬上許容され
る担体とともに対象に投与し、そのことにより異常なな
症状を改善することを含む。もう１つの方法において、
やはり内在性ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドと競争してリガンド、基質、受容体、酵素等に結合
することができる可溶性形態のポリペプチドを投与して
もよい。かかる競争物質の典型例は応答レギュレーター
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのフラグ
メントを包含する。
【００９６】さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリペプチドまたはそのフラグメントおよび種々のサブ
クラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グロ
ブリンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含
む、遺伝子工学により得られる可溶性融合蛋白に関す
る。好ましい免疫グロブリンはヒトＩｇＧ（詳細にはＩ
ｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒンジ領域で
起こる。特定の具体例において、血液凝固因子Ｘａを用
いて開裂できる開裂配列を導入することによりＦｃ部分
を簡単に除去することができる。さらにそのうえ、本発
明は、遺伝子工学によるこれらの融合蛋白の製造方法、
ならびに薬剤スクリーニング、診断および治療における
それらの使用に関する。本発明のさらなる態様はかかる
融合蛋白をコードしているポリヌクレオチドにも関す
る。融合蛋白法の例は国際特許出願ＷＯ９４／２９４５
８およびＷＯ９４／２２９１４に見いだされる。
ポリペプチドまたはそのフラグメントおよび種々のサブ
クラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グロ
ブリンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含
む、遺伝子工学により得られる可溶性融合蛋白に関す
る。好ましい免疫グロブリンはヒトＩｇＧ（詳細にはＩ
ｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒンジ領域で
起こる。特定の具体例において、血液凝固因子Ｘａを用
いて開裂できる開裂配列を導入することによりＦｃ部分
を簡単に除去することができる。さらにそのうえ、本発
明は、遺伝子工学によるこれらの融合蛋白の製造方法、
ならびに薬剤スクリーニング、診断および治療における
それらの使用に関する。本発明のさらなる態様はかかる
融合蛋白をコードしているポリヌクレオチドにも関す
る。融合蛋白法の例は国際特許出願ＷＯ９４／２９４５
８およびＷＯ９４／２２９１４に見いだされる。
【００９７】さらにもう１つのアプローチにおいて、発
現ブロッキング法を用いて内在性応答レギュレーターポ
リペプチドをコードしている遺伝子の発現を阻害するこ
とができる。このブロッキングは遺伝子発現のいずれの
工程を標的としてもよいが、好ましくは、転写および／
または翻訳を標的とする。この種の既知方法の例は、体
内で生じるかまたは別個に投与されるアンチセンス配列
の使用を包含する（例えば、Oligodeoxynucleotides as
Antisense Inhibitors of Gene Expression,CRC Pres
s, Bocca Raton, FL (1988)中O'Connor, J. Neurochem
(1991) 56:560参照）。別法として、遺伝子とともに三
重らせんを形成するオリゴヌクレオチドを提供してもよ
い。例えば、Lee et al., Nucleic Acids Res (1979)
6:3073; Cooney et al., Science (1988) 241:456; Der
van et al., Science (1991) 251:1360参照。これらの
オリゴヌクレオチドはそれ自体投与することができ、あ
るいは重要部分のオリゴマーをインビボで発現させるこ
ともできる。
現ブロッキング法を用いて内在性応答レギュレーターポ
リペプチドをコードしている遺伝子の発現を阻害するこ
とができる。このブロッキングは遺伝子発現のいずれの
工程を標的としてもよいが、好ましくは、転写および／
または翻訳を標的とする。この種の既知方法の例は、体
内で生じるかまたは別個に投与されるアンチセンス配列
の使用を包含する（例えば、Oligodeoxynucleotides as
Antisense Inhibitors of Gene Expression,CRC Pres
s, Bocca Raton, FL (1988)中O'Connor, J. Neurochem
(1991) 56:560参照）。別法として、遺伝子とともに三
重らせんを形成するオリゴヌクレオチドを提供してもよ
い。例えば、Lee et al., Nucleic Acids Res (1979)
6:3073; Cooney et al., Science (1988) 241:456; Der
van et al., Science (1991) 251:1360参照。これらの
オリゴヌクレオチドはそれ自体投与することができ、あ
るいは重要部分のオリゴマーをインビボで発現させるこ
ともできる。
【００９８】本明細書で得られるＤＮＡ配列は、各々、
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現でコードされた蛋白は、抗菌薬物をスクリーニングす
るための標的として用いることができる。加えて、コー
ドされた蛋白のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列
あるいはシャイン・ガルガノまたは他の個々のｍＲＮＡ
の翻訳容易化配列を用いて、目的とするコーディング配
列の発現を調節するアンチセンス配列を構築することが
できる。
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現でコードされた蛋白は、抗菌薬物をスクリーニングす
るための標的として用いることができる。加えて、コー
ドされた蛋白のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列
あるいはシャイン・ガルガノまたは他の個々のｍＲＮＡ
の翻訳容易化配列を用いて、目的とするコーディング配
列の発現を調節するアンチセンス配列を構築することが
できる。
【００９９】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を
妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分
子は、細菌、特にグラム陽性菌が内在装置上の哺乳動物
細胞外マトリックス蛋白、または創傷部の細胞外マトリ
ックス蛋白に付着することを防御するために；真核生
物、好ましくは哺乳動物の細胞外マトリックス蛋白と細
菌性応答レギュレーター蛋白との間の組織損傷を媒介す
る細菌付着を遮断するために；内在装置の埋め込みまた
は他の外科的手技以外により開始した感染における病因
の通常の進行を遮断するために使用することができる。
病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を
妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分
子は、細菌、特にグラム陽性菌が内在装置上の哺乳動物
細胞外マトリックス蛋白、または創傷部の細胞外マトリ
ックス蛋白に付着することを防御するために；真核生
物、好ましくは哺乳動物の細胞外マトリックス蛋白と細
菌性応答レギュレーター蛋白との間の組織損傷を媒介す
る細菌付着を遮断するために；内在装置の埋め込みまた
は他の外科的手技以外により開始した感染における病因
の通常の進行を遮断するために使用することができる。
【０１００】本発明は、（ｉ）応答レギュレーターとヒ
スチジンキナーゼとの相互作用を妨害する薬剤；（ｉ
ｉ）応答レギュレーターがヒスチジンキナーゼからリン
酸基を自分自身に転移することを触媒する能力を妨害す
る薬剤；および／またはリン酸基が転移された場合の、
分子の自己脱リン酸化能を阻害する薬剤のスクリーニン
グ方法を提供する。（ｉ）の場合、該方法は、薬剤の存
在下で応答レギュレーターをヒスチジンキナーゼととも
にインキュベーションし、次いで、この相互作用を妨害
する薬剤の能力を測定することを含む。（ｉｉ）の場
合、該方法は、応答レギュレーターを薬剤とともにイン
キュベーションし、次いで、リン酸化されたヒスチジン
キナーゼからのリン酸除去を触媒する応答レギュレータ
ーの能力を測定することを含む。（ｉｉｉ）の場合、該
方法は、リン酸化された応答レギュレーターを薬剤とと
もにインキュベーションし、次いで、自己脱リン酸化を
触媒する応答レギュレーターの能力を測定することを含
む。
スチジンキナーゼとの相互作用を妨害する薬剤；（ｉ
ｉ）応答レギュレーターがヒスチジンキナーゼからリン
酸基を自分自身に転移することを触媒する能力を妨害す
る薬剤；および／またはリン酸基が転移された場合の、
分子の自己脱リン酸化能を阻害する薬剤のスクリーニン
グ方法を提供する。（ｉ）の場合、該方法は、薬剤の存
在下で応答レギュレーターをヒスチジンキナーゼととも
にインキュベーションし、次いで、この相互作用を妨害
する薬剤の能力を測定することを含む。（ｉｉ）の場
合、該方法は、応答レギュレーターを薬剤とともにイン
キュベーションし、次いで、リン酸化されたヒスチジン
キナーゼからのリン酸除去を触媒する応答レギュレータ
ーの能力を測定することを含む。（ｉｉｉ）の場合、該
方法は、リン酸化された応答レギュレーターを薬剤とと
もにインキュベーションし、次いで、自己脱リン酸化を
触媒する応答レギュレーターの能力を測定することを含
む。
【０１０１】好ましくは、ヒスチジンキナーゼは応答レ
ギュレーターについて同種のヒスチジンキナーゼである
か、あるいは応答レギュレーターの基質として作用しう
る別のヒスチジンキナーゼであり、ストレプトコッカス
・ニューモニアエまたは別の微生物、例えば、バチルス
由来のものであってもよい。本発明応答レギュレーター
について同種のキナーゼのポリペプチドおよびポリヌク
レオチド配列を表１（ＥおよびＦ）に示す。この新規ヒ
スチジンキナーゼは、バチルス・ズブチリス由来のＬｙ
ｔＳ蛋白に対して２１％の同一性を示す。
ギュレーターについて同種のヒスチジンキナーゼである
か、あるいは応答レギュレーターの基質として作用しう
る別のヒスチジンキナーゼであり、ストレプトコッカス
・ニューモニアエまたは別の微生物、例えば、バチルス
由来のものであってもよい。本発明応答レギュレーター
について同種のキナーゼのポリペプチドおよびポリヌク
レオチド配列を表１（ＥおよびＦ）に示す。この新規ヒ
スチジンキナーゼは、バチルス・ズブチリス由来のＬｙ
ｔＳ蛋白に対して２１％の同一性を示す。
【０１０２】本発明のさらに別の態様によれば、応答レ
ギュレーターのアゴニストおよびアンタゴニスト、好ま
しくは静菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニ
ストが提供される。本発明のアンタゴニストおよびアゴ
ニストを用いて、例えば、疾病を阻害し、治療すること
ができる。
ギュレーターのアゴニストおよびアンタゴニスト、好ま
しくは静菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニ
ストが提供される。本発明のアンタゴニストおよびアゴ
ニストを用いて、例えば、疾病を阻害し、治療すること
ができる。
【０１０３】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（応答レギ
ュレーターポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に狭スペク
トルの抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療
に有用である。このような治療はヘリコバクター・ピロ
リ誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる
治療はまた胃潰瘍および胃炎も治癒する。
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（応答レギ
ュレーターポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に狭スペク
トルの抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療
に有用である。このような治療はヘリコバクター・ピロ
リ誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる
治療はまた胃潰瘍および胃炎も治癒する。
【０１０４】ワクチン 生成物、組成物、ならびに応答レギュレーター発現の評
価、疾病の治療、遺伝学的変異のアッセイ、および細
菌、特にストレプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対
する免疫学的応答を生起させるための応答レギュレータ
ーポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの生物
への投与方法が本発明により提供される。本発明の別の
態様は、個体、特に哺乳動物における免疫学的応答を誘
発する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応
答を生成するのに適当な応答レギュレーターポリヌクレ
オチドおよび／またはポリペプチド、またはそのフラグ
メントもしくは変種を個体に接種し、該個体を感染、特
に細菌感染、最も好ましくはストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ感染から防御することを含む方法に関する。
さらに、そのような免疫学的応答による細菌複製を遅ら
せる方法も提供する。本発明のさらにもう一つ別の態様
は、個体における免疫学的応答を誘発する方法であっ
て、インビボで応答レギュレーターポリヌクレオチドお
よび／またはポリペプチド、またはそのフラグメントま
たは変種を発現するために、該応答レギュレーターポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチド、またはその
フラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベクター
を該個体に送達し、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞ま
たは細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／またはＴ細胞
免疫応答を生じさせるように免疫学的応答を誘発し、該
個体にて疾患が既に確立されているか否かにかかわらず
該個体を疾患から保護することを含む方法に関する。遺
伝子を投与する一例は、粒子上のコーティングとして遺
伝子を所望の細胞に投与することによるものである。こ
のような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、リボザイム、
修飾核酸、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−蛋白
複合体またはＲＮＡ−蛋白複合体を含んでいてもよい。
価、疾病の治療、遺伝学的変異のアッセイ、および細
菌、特にストレプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対
する免疫学的応答を生起させるための応答レギュレータ
ーポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの生物
への投与方法が本発明により提供される。本発明の別の
態様は、個体、特に哺乳動物における免疫学的応答を誘
発する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応
答を生成するのに適当な応答レギュレーターポリヌクレ
オチドおよび／またはポリペプチド、またはそのフラグ
メントもしくは変種を個体に接種し、該個体を感染、特
に細菌感染、最も好ましくはストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ感染から防御することを含む方法に関する。
さらに、そのような免疫学的応答による細菌複製を遅ら
せる方法も提供する。本発明のさらにもう一つ別の態様
は、個体における免疫学的応答を誘発する方法であっ
て、インビボで応答レギュレーターポリヌクレオチドお
よび／またはポリペプチド、またはそのフラグメントま
たは変種を発現するために、該応答レギュレーターポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチド、またはその
フラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベクター
を該個体に送達し、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞ま
たは細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／またはＴ細胞
免疫応答を生じさせるように免疫学的応答を誘発し、該
個体にて疾患が既に確立されているか否かにかかわらず
該個体を疾患から保護することを含む方法に関する。遺
伝子を投与する一例は、粒子上のコーティングとして遺
伝子を所望の細胞に投与することによるものである。こ
のような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、リボザイム、
修飾核酸、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−蛋白
複合体またはＲＮＡ−蛋白複合体を含んでいてもよい。
【０１０５】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体において応答レギュレー
ターポリヌクレオチドおよび／またはそれによりコード
されるポリペプチドに対する免疫学的応答を誘発する免
疫学的組成物であって、該応答レギュレーターポリヌク
レオチドおよび／またはそれによりコードされるポリペ
プチド、または他の本発明ポリペプチドの抗原をコード
し、発現するＤＮＡを含む組換え応答レギュレーターポ
リヌクレオチドおよび／またはそれによりコードされる
ポリペプチドを含む組成物に関する。免疫学的応答は、
治療的および予防的に使用でき、抗体免疫および／また
はＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるような細胞性
免疫から得ることができる。
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体において応答レギュレー
ターポリヌクレオチドおよび／またはそれによりコード
されるポリペプチドに対する免疫学的応答を誘発する免
疫学的組成物であって、該応答レギュレーターポリヌク
レオチドおよび／またはそれによりコードされるポリペ
プチド、または他の本発明ポリペプチドの抗原をコード
し、発現するＤＮＡを含む組換え応答レギュレーターポ
リヌクレオチドおよび／またはそれによりコードされる
ポリペプチドを含む組成物に関する。免疫学的応答は、
治療的および予防的に使用でき、抗体免疫および／また
はＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるような細胞性
免疫から得ることができる。
【０１０６】応答レギュレーターポリペプチドまたはそ
のフラグメントは、それ自体抗体を産生しないが、第１
の蛋白の安定化ならびに免疫原性および保護特性を有す
るであろう融合蛋白の産生能を有する補蛋白（co−Prot
ein）と融合させることができる。このような融合組換
え蛋白は、好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフ
ルエンザ（Hemophilus influenzae）からのリポプロテ
インＤ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳ
Ｔ）またはベータガラクトシダーゼのような抗原性補蛋
白、蛋白を可溶化し、その産生および精製を容易にする
ような比較的大きい補蛋白からなる。さらに、補蛋白
は、免疫系の全身的な刺激を与える上で、アジュバント
として作用してもよい。補蛋白は第１の蛋白のアミノま
たはカルボキシ末端のいずれかに結合してもよい。本発
明は、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドお
よび、Sato，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載さ
れるような免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワ
クチン組成物および方法を提供する。
のフラグメントは、それ自体抗体を産生しないが、第１
の蛋白の安定化ならびに免疫原性および保護特性を有す
るであろう融合蛋白の産生能を有する補蛋白（co−Prot
ein）と融合させることができる。このような融合組換
え蛋白は、好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフ
ルエンザ（Hemophilus influenzae）からのリポプロテ
インＤ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳ
Ｔ）またはベータガラクトシダーゼのような抗原性補蛋
白、蛋白を可溶化し、その産生および精製を容易にする
ような比較的大きい補蛋白からなる。さらに、補蛋白
は、免疫系の全身的な刺激を与える上で、アジュバント
として作用してもよい。補蛋白は第１の蛋白のアミノま
たはカルボキシ末端のいずれかに結合してもよい。本発
明は、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドお
よび、Sato，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載さ
れるような免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワ
クチン組成物および方法を提供する。
【０１０７】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染の動物モデルにおけるそのような遺伝
的免疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞
表面蛋白の非可変領域をコードすることが明らかにされ
た、記載されたポリヌクレオチドまたはその特定のフラ
グメントを使用する方法も提供する。そのような実験
は、予防的または治療的免疫応答を起こさせることので
きる蛋白エピトープの同定に特に有用である。この方法
により、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にス
トレプトコッカス・ニューモニアエ感染の予防剤または
治療剤の開発のために、動物の必須器官から感染の抵抗
または除去に特に有用なモノクローナル抗体を産生させ
ることができると考えられる。
ューモニアエ感染の動物モデルにおけるそのような遺伝
的免疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞
表面蛋白の非可変領域をコードすることが明らかにされ
た、記載されたポリヌクレオチドまたはその特定のフラ
グメントを使用する方法も提供する。そのような実験
は、予防的または治療的免疫応答を起こさせることので
きる蛋白エピトープの同定に特に有用である。この方法
により、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にス
トレプトコッカス・ニューモニアエ感染の予防剤または
治療剤の開発のために、動物の必須器官から感染の抵抗
または除去に特に有用なモノクローナル抗体を産生させ
ることができると考えられる。
【０１０８】宿主を免疫するための抗原として本発明ポ
リペプチドを用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を
遮断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生
じさせることができる。組織損傷の例としては、例え
ば、機械的、化学的または熱的損傷による、または内在
装置の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは
口、乳腺、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げ
られる。
リペプチドを用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を
遮断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生
じさせることができる。組織損傷の例としては、例え
ば、機械的、化学的または熱的損傷による、または内在
装置の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは
口、乳腺、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げ
られる。
【０１０９】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと適当な担
体とからなるワクチン処方も包含する。蛋白は胃で破壊
されうるので、非経口的投与（例えば、皮下、筋肉内、
静脈内、皮内等の投与を包含する）が望ましい。非経口
投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝剤、抗菌剤、およ
びその処方を個体の体液、好ましくは血液と等張にする
溶質を含有してもよい、水性および非水性滅菌注射溶
液；懸濁化剤または増粘剤を含有してもよい、水性およ
び非水性滅菌懸濁液を包含する。処方は、単位投与また
は複数投与用コンテナ、例えば、密封されたアンプルお
よびバイアルにて提供され、使用直前に滅菌液体担体を
添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵することができ
る。ワクチン処方はまた、水中油系のごとき処方の免疫
原性を高めるアジュバント系および当該分野において知
られている他の系を有してもよい。投与量はワクチンの
比活性に依存し、慣用的実験操作によって容易に決定で
きる。
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと適当な担
体とからなるワクチン処方も包含する。蛋白は胃で破壊
されうるので、非経口的投与（例えば、皮下、筋肉内、
静脈内、皮内等の投与を包含する）が望ましい。非経口
投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝剤、抗菌剤、およ
びその処方を個体の体液、好ましくは血液と等張にする
溶質を含有してもよい、水性および非水性滅菌注射溶
液；懸濁化剤または増粘剤を含有してもよい、水性およ
び非水性滅菌懸濁液を包含する。処方は、単位投与また
は複数投与用コンテナ、例えば、密封されたアンプルお
よびバイアルにて提供され、使用直前に滅菌液体担体を
添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵することができ
る。ワクチン処方はまた、水中油系のごとき処方の免疫
原性を高めるアジュバント系および当該分野において知
られている他の系を有してもよい。投与量はワクチンの
比活性に依存し、慣用的実験操作によって容易に決定で
きる。
【０１１０】本発明をある種の応答レギュレーターポリ
ペプチドおよびポリヌクレオチドについて記載したが、
この記載は天然のポリペプチドおよびポリヌクレオチド
のフラグメント、ならびに組換えポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドの免疫原性を実質的に変化させない付
加、欠失または置換を有する同様なポリペプチドおよび
ポリヌクレオチドも包含することが理解されるであろ
う。
ペプチドおよびポリヌクレオチドについて記載したが、
この記載は天然のポリペプチドおよびポリヌクレオチド
のフラグメント、ならびに組換えポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドの免疫原性を実質的に変化させない付
加、欠失または置換を有する同様なポリペプチドおよび
ポリヌクレオチドも包含することが理解されるであろ
う。
【０１１１】組成物、キットおよび投与 本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生
物に投与される、応答レギュレーターポリヌクレオチド
および／または応答レギュレーターポリペプチドを含む
組成物が提供される。本発明はまた、上記したポリヌク
レオチドおよび／またはポリペプチドあるいはそれらの
アゴニストまたはアンタゴニストからなる組成物に関す
る。本発明のポリペプチドは、対象への投与に適した医
薬担体のような細胞、組織または器官用の未滅菌または
滅菌担体と組み合わせて使用できる。かかる組成物は、
例えば、媒体添加または治療上有効量の本発明のポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと、医薬上許容
される担体または賦形剤を含む。かかる担体は、限定す
るものではないが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロー
ス、水、グリセロール、エタノールおよびその組み合わ
せを包含する。処方は投与方法に適していなければなら
ない。本発明は、さらには、上記した本発明の組成物の
一またはそれ以上の成分を充填した、一またはそれ以上
のコンテナを含む診断および医薬用パックおよびキット
に関する。
物に投与される、応答レギュレーターポリヌクレオチド
および／または応答レギュレーターポリペプチドを含む
組成物が提供される。本発明はまた、上記したポリヌク
レオチドおよび／またはポリペプチドあるいはそれらの
アゴニストまたはアンタゴニストからなる組成物に関す
る。本発明のポリペプチドは、対象への投与に適した医
薬担体のような細胞、組織または器官用の未滅菌または
滅菌担体と組み合わせて使用できる。かかる組成物は、
例えば、媒体添加または治療上有効量の本発明のポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと、医薬上許容
される担体または賦形剤を含む。かかる担体は、限定す
るものではないが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロー
ス、水、グリセロール、エタノールおよびその組み合わ
せを包含する。処方は投与方法に適していなければなら
ない。本発明は、さらには、上記した本発明の組成物の
一またはそれ以上の成分を充填した、一またはそれ以上
のコンテナを含む診断および医薬用パックおよびキット
に関する。
【０１１２】本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
および他の化合物を、単独で、または、治療用化合物な
どの他の化合物と組み合わせて用いてもよい。該医薬組
成物は、例えば、とりわけ、局所、経口、経肛門、経
膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路に
よる投与を含む、いずれかの有効な、都合のよい方法で
投与される。治療および予防において、活性成分は個体
に注射用組成物、例えば、好ましくは等張の滅菌水性分
散液として投与される。
および他の化合物を、単独で、または、治療用化合物な
どの他の化合物と組み合わせて用いてもよい。該医薬組
成物は、例えば、とりわけ、局所、経口、経肛門、経
膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路に
よる投与を含む、いずれかの有効な、都合のよい方法で
投与される。治療および予防において、活性成分は個体
に注射用組成物、例えば、好ましくは等張の滅菌水性分
散液として投与される。
【０１１３】また、組成物は、例えば、軟膏、クリー
ム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォ
ッシュ、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態
の局所用処方とすることができ、適当な通常の添加剤、
例えば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、軟膏やクリー
ムにおけるエモリエント等を含むことができる。そのよ
うな局所用処方はまた、適合する通常の担体、例えば、
クリームまたは軟膏基剤、ローション用のエタノールま
たはオレイルアルコールも含有することができる。この
ような担体は、処方の約１〜９８重量％を構成してもよ
く、より一般的には、処方の約８０重量％までを構成す
る。
ム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォ
ッシュ、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態
の局所用処方とすることができ、適当な通常の添加剤、
例えば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、軟膏やクリー
ムにおけるエモリエント等を含むことができる。そのよ
うな局所用処方はまた、適合する通常の担体、例えば、
クリームまたは軟膏基剤、ローション用のエタノールま
たはオレイルアルコールも含有することができる。この
ような担体は、処方の約１〜９８重量％を構成してもよ
く、より一般的には、処方の約８０重量％までを構成す
る。
【０１１４】さらなる態様において、本発明は、医薬上
許容される担体または賦形剤を混合された治療上有効量
のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、例え
ば可溶性形態の本発明ポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニストペプチ
ドまたは小型分子化合物を含む組成物が提供される。か
かる担体は、セイライン、緩衝化セイライン、デキスト
ロース、水、グリセロール、エタノール、およびそれら
の混合物を包含するが、これらに限らない。さらに本発
明は、上記本発明組成物の１種またはそれ以上の成分を
入れた１個またはそれ以上の容器を含む医薬パックおよ
びキットに関する。本発明のポリペプチド、ポリヌクレ
オチドおよび他の化合物を単独で、あるいは治療化合物
のごとき他の化合物と組み合わせて使用してもよい。組
成物を投与経路（例えば、全身投与または経口投与）に
適合させる。医薬組成物の全身投与の好ましい形態は、
注射、典型的には静脈注射を包含する。皮下、筋肉内ま
たは腹腔内のごとき他の注射経路を用いることもでき
る。全身投与のための別の手段は、胆汁酸塩またはフシ
ジン酸または他の界面活性剤のごとき浸透剤を用いる経
粘膜または経皮投与を包含する。さらに、腸溶処方また
はカプセル処方がうまく処方されるならば、経口投与も
可能である。これらの化合物の投与は局所的なものであ
ってもよく、膏薬、パスタ、ゲル等の形態であってもよ
い。
許容される担体または賦形剤を混合された治療上有効量
のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、例え
ば可溶性形態の本発明ポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニストペプチ
ドまたは小型分子化合物を含む組成物が提供される。か
かる担体は、セイライン、緩衝化セイライン、デキスト
ロース、水、グリセロール、エタノール、およびそれら
の混合物を包含するが、これらに限らない。さらに本発
明は、上記本発明組成物の１種またはそれ以上の成分を
入れた１個またはそれ以上の容器を含む医薬パックおよ
びキットに関する。本発明のポリペプチド、ポリヌクレ
オチドおよび他の化合物を単独で、あるいは治療化合物
のごとき他の化合物と組み合わせて使用してもよい。組
成物を投与経路（例えば、全身投与または経口投与）に
適合させる。医薬組成物の全身投与の好ましい形態は、
注射、典型的には静脈注射を包含する。皮下、筋肉内ま
たは腹腔内のごとき他の注射経路を用いることもでき
る。全身投与のための別の手段は、胆汁酸塩またはフシ
ジン酸または他の界面活性剤のごとき浸透剤を用いる経
粘膜または経皮投与を包含する。さらに、腸溶処方また
はカプセル処方がうまく処方されるならば、経口投与も
可能である。これらの化合物の投与は局所的なものであ
ってもよく、膏薬、パスタ、ゲル等の形態であってもよ
い。
【０１１５】哺乳動物、特にヒトに投与するには、一日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。
【０１１６】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエの傷汚染を防
止するために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張
にも使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有す
るヒトは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質によ
る予防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重
篤な合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい
罹病率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、こ
の状況の予防的抗生物質の代替品として使用することに
まで拡張することができる。
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエの傷汚染を防
止するために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張
にも使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有す
るヒトは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質によ
る予防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重
篤な合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい
罹病率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、こ
の状況の予防的抗生物質の代替品として使用することに
まで拡張することができる。
【０１１７】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・蛋白への
細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予防に代
え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途に使用
できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前に内在
装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、好ましく
は、傷または内在装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜１０
ｍｇ／ｍｌの濃度で使用できる。
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・蛋白への
細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予防に代
え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途に使用
できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前に内在
装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、好ましく
は、傷または内在装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜１０
ｍｇ／ｍｌの濃度で使用できる。
【０１１８】便利には、ワクチン組成物は注射剤の形態
である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を高め
ることができる。ワクチン用の適当な単位投与量は抗体
０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好ましくは
１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示した用量範
囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体へ
の投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。
である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を高め
ることができる。ワクチン用の適当な単位投与量は抗体
０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好ましくは
１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示した用量範
囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体へ
の投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。
【０１１９】配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズム ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、その２次
元および３次元構造を決定し、類似の相同性を有するさ
らなる配列を同定するための貴重な情報源を形成する。
配列をコンピューター読み込み可能媒体に保存し、次い
で、既知の高分子構造プログラムにおいて保存したデー
タを用いて、ＧＣＣのごときよく知られた既知検索ツー
ルを用いてデータベースを検索することにより、これら
のアプローチを最も容易に簡略化することができる。本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは検索分析に
有用なデータベースならびに配列分析アルゴリズム中の
成分として有用である。見出しのこのセクションならび
にこのセクションに関連した請求項の用語「配列データ
ベース、触知可能媒体中の配列、およびアルゴリズム」
「本発明ポリヌクレオチド」および「本発明ポリヌクレ
オチド配列」は、本発明ポリヌクレオチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。データベースおよびアルゴリズムという
見出しのこのセクションならびにそれに関連した請求項
で用いる用語「本発明ポリペプチド」および「本発明ポ
リペプチド配列」は、本発明ポリペプチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。
列、およびアルゴリズム ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、その２次
元および３次元構造を決定し、類似の相同性を有するさ
らなる配列を同定するための貴重な情報源を形成する。
配列をコンピューター読み込み可能媒体に保存し、次い
で、既知の高分子構造プログラムにおいて保存したデー
タを用いて、ＧＣＣのごときよく知られた既知検索ツー
ルを用いてデータベースを検索することにより、これら
のアプローチを最も容易に簡略化することができる。本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは検索分析に
有用なデータベースならびに配列分析アルゴリズム中の
成分として有用である。見出しのこのセクションならび
にこのセクションに関連した請求項の用語「配列データ
ベース、触知可能媒体中の配列、およびアルゴリズム」
「本発明ポリヌクレオチド」および「本発明ポリヌクレ
オチド配列」は、本発明ポリヌクレオチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。データベースおよびアルゴリズムという
見出しのこのセクションならびにそれに関連した請求項
で用いる用語「本発明ポリペプチド」および「本発明ポ
リペプチド配列」は、本発明ポリペプチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。
【０１２０】本発明は、本発明ポリペプチド配列および
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、チップ、ハー
ドドライブ、コンパクトディスク、およびビデオディス
クを包含する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配
列またはコードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明
により提供される。配列分析のための好ましい方法は、
例えば、同一性および類似性の分析のごとき配列相同性
分析、ＲＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディ
スティック（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読
み枠決定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基
トリミング、および配列決定クロマトグラムピーク分析
の方法を包含する。
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、チップ、ハー
ドドライブ、コンパクトディスク、およびビデオディス
クを包含する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配
列またはコードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明
により提供される。配列分析のための好ましい方法は、
例えば、同一性および類似性の分析のごとき配列相同性
分析、ＲＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディ
スティック（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読
み枠決定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基
トリミング、および配列決定クロマトグラムピーク分析
の方法を包含する。
【０１２１】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
１のポリヌクレオチド配列を少なくとも１つの第２のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同
性を同定する工程を含む。
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
１のポリヌクレオチド配列を少なくとも１つの第２のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同
性を同定する工程を含む。
【０１２２】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含む第１のポリペプチド配列をコンピューター
読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリペ
プチド配列を少なくとも１つの第２のポリヌクレオチド
またはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工
程を含む。
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含む第１のポリペプチド配列をコンピューター
読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリペ
プチド配列を少なくとも１つの第２のポリヌクレオチド
またはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工
程を含む。
【０１２３】さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と少なくと
も１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配
列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
する工程を含む。
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と少なくと
も１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配
列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
する工程を含む。
【０１２４】本発明のさらなる具体例はポリヌクレオチ
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリペプチド配列を含む第１
のポリペプチド配列をコンピューター読み込み可能媒体
中に提供し、次いで、該第１のポリペプチド配列と少な
くとも１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド配列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニ
ングする工程を含む。
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリペプチド配列を含む第１
のポリペプチド配列をコンピューター読み込み可能媒体
中に提供し、次いで、該第１のポリペプチド配列と少な
くとも１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド配列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニ
ングする工程を含む。
【０１２５】本発明のもう１つの好ましい具体例におい
て、下記のものからなる群より選択されるメンバーを保
存したコンピューター読み込み可能媒体が提供される：
メンバーは、配列番号：１または３の配列を含むポリヌ
クレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポリペ
プチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１または３
の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセッ
ト；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の配
列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列番
号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表
すデータセット；配列番号：２または４の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を含
むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含
むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１
または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または
４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；
配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配
列を表すデータセット；配列番号：２または４の配列を
含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチ
ド配列を表すデータセットである。さらなる好ましい本
発明の具体例は、相同性の同定を行うためのコンピュー
ターによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１また
は３の配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレ
オチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたは
ポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程を含
む。
て、下記のものからなる群より選択されるメンバーを保
存したコンピューター読み込み可能媒体が提供される：
メンバーは、配列番号：１または３の配列を含むポリヌ
クレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポリペ
プチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１または３
の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセッ
ト；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の配
列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列番
号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表
すデータセット；配列番号：２または４の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を含
むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含
むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１
または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または
４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；
配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配
列を表すデータセット；配列番号：２または４の配列を
含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチ
ド配列を表すデータセットである。さらなる好ましい本
発明の具体例は、相同性の同定を行うためのコンピュー
ターによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１また
は３の配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレ
オチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたは
ポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程を含
む。
【０１２６】さらなる好ましい本発明の具体例は、相同
性の同定を行うためのコンピューターによる方法を提供
し、配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド配
列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレ
オチドまたはポリペプチド配列を比較して相同性を同定
する工程を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、
ポリヌクレオチドアッセンブリーのためのコンピュータ
ーによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１または
３の配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピュ
ーター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１の
ポリヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列と
の間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニングする
工程を含む。
性の同定を行うためのコンピューターによる方法を提供
し、配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド配
列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレ
オチドまたはポリペプチド配列を比較して相同性を同定
する工程を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、
ポリヌクレオチドアッセンブリーのためのコンピュータ
ーによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１または
３の配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピュ
ーター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１の
ポリヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列と
の間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニングする
工程を含む。
【０１２７】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つ
のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して
相同性を同定する工程を含む。
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つ
のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して
相同性を同定する工程を含む。
【０１２８】本明細書において引用したすべての文献
（特許および特許出願に限らない）は出典明示によりそ
の内容を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張す
るいずれの特許出願もまた出典明示により本明細書の一
部とする。
（特許および特許出願に限らない）は出典明示によりそ
の内容を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張す
るいずれの特許出願もまた出典明示により本明細書の一
部とする。
【０１２９】用語 本明細書中で頻繁に使用される特定の用語を、その理解
を容易にするために以下に定義する。「抗体（複数でも
可）」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体、キメラ、１本鎖、およびヒト化抗体、ならびにＦａ
ｂフラグメントを包含し、さらにＦａｂまたは他の免疫
グロブリン発現ライブラリーの産物を包含する。「抗原
的に等価な誘導体（複数でも可）」は、特定の抗体によ
り特異的に認識されるポリペプチド、ポリヌクレオチ
ド、またはいずれかの等価物を包含し、該特定の抗体
は、本発明蛋白、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に対して生成した場合に、病原体と哺乳動物宿主との間
の身体的相互作用を妨害するものである。「二特異的
（複数でも可）」とは、少なくとも２つの抗原結合ドメ
インを含む抗体を意味し、各ドメインは異なるエピトー
プに指向されている。「身体材料（複数でも可）」と
は、個体または生物由来の材料を意味し、骨、血液、血
清、脳脊髄液、精液、唾液、筋肉、軟骨、器官組織、皮
膚、尿、糞便または生検材料のごとき細胞、組織および
排泄物等を包含する。該生物は、個体に感染、侵入、ま
たは棲息するものである。「疾病（複数でも可）」は、
細菌感染により引き起こされる、あるいは細菌感染に関
連した疾病を意味し、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、
菌血症、脳髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および心内膜炎、
そして最も詳細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄液の感染を
包含する。「融合蛋白（複数でも可）」は、２種の、し
ばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラグメントに
よりコードされた蛋白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ
−０４６４には、別のヒト蛋白またはその一部と一緒に
なった免疫グロブリン分子の不変領域の種々の部分を含
む融合蛋白が開示されている。多くの場合、免疫グロブ
リンのＦｃ領域を融合蛋白の一部分として用いることは
治療および診断における使用に有利であり、例えば、改
善された薬物動態学的特性が得られる（例えば、ＥＰ−
Ａ ０２３２２６２参照）。一方、いくつかの用途に
は、融合蛋白が発現、検出および精製された後、Ｆｃ部
分を欠失できることが望ましいであろう。「宿主細胞
（複数でも可）」は外来性ポリヌクレオチド配列によっ
て形質転換またはトランスフェクションされた、あるい
は形質転換またはトランスフェクションされうる細胞で
ある。
を容易にするために以下に定義する。「抗体（複数でも
可）」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体、キメラ、１本鎖、およびヒト化抗体、ならびにＦａ
ｂフラグメントを包含し、さらにＦａｂまたは他の免疫
グロブリン発現ライブラリーの産物を包含する。「抗原
的に等価な誘導体（複数でも可）」は、特定の抗体によ
り特異的に認識されるポリペプチド、ポリヌクレオチ
ド、またはいずれかの等価物を包含し、該特定の抗体
は、本発明蛋白、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に対して生成した場合に、病原体と哺乳動物宿主との間
の身体的相互作用を妨害するものである。「二特異的
（複数でも可）」とは、少なくとも２つの抗原結合ドメ
インを含む抗体を意味し、各ドメインは異なるエピトー
プに指向されている。「身体材料（複数でも可）」と
は、個体または生物由来の材料を意味し、骨、血液、血
清、脳脊髄液、精液、唾液、筋肉、軟骨、器官組織、皮
膚、尿、糞便または生検材料のごとき細胞、組織および
排泄物等を包含する。該生物は、個体に感染、侵入、ま
たは棲息するものである。「疾病（複数でも可）」は、
細菌感染により引き起こされる、あるいは細菌感染に関
連した疾病を意味し、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、
菌血症、脳髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および心内膜炎、
そして最も詳細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄液の感染を
包含する。「融合蛋白（複数でも可）」は、２種の、し
ばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラグメントに
よりコードされた蛋白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ
−０４６４には、別のヒト蛋白またはその一部と一緒に
なった免疫グロブリン分子の不変領域の種々の部分を含
む融合蛋白が開示されている。多くの場合、免疫グロブ
リンのＦｃ領域を融合蛋白の一部分として用いることは
治療および診断における使用に有利であり、例えば、改
善された薬物動態学的特性が得られる（例えば、ＥＰ−
Ａ ０２３２２６２参照）。一方、いくつかの用途に
は、融合蛋白が発現、検出および精製された後、Ｆｃ部
分を欠失できることが望ましいであろう。「宿主細胞
（複数でも可）」は外来性ポリヌクレオチド配列によっ
て形質転換またはトランスフェクションされた、あるい
は形質転換またはトランスフェクションされうる細胞で
ある。
【０１３０】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＧ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＧ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。
【０１３１】ポリペプチド配列の比較のためのパラメー
ターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919 (1992)からのBLOSSUM
62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する： アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 4
8:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。
ターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919 (1992)からのBLOSSUM
62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する： アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 4
8:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。
【０１３２】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnはヌクレオチド変化の数であり、ｘnは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘnとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘnから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnは核酸変化の数であり、ｘnは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘnとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘnから差
し引く。
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnはヌクレオチド変化の数であり、ｘnは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘnとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘnから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中、ｎnは核酸変化の数であり、ｘnは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘnとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘnから差
し引く。
【０１３３】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化数であり、ｘaは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘaとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘaから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化の数であり、ｘaは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘaとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘaから差し引く。
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化数であり、ｘaは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘaとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘaから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中、ｎaはアミノ酸変化の数であり、ｘaは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘaとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘaから差し引く。
【０１３４】「免疫学的に等価な誘導体」は、ポリペプ
チド、ポリヌクレオチド、またはいずれかの等価物を包
含し、それらが脊椎動物において抗体を生成させるため
に適当な処方中に用いられた場合に、抗体は病原体と哺
乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害する
ように作用する。「免疫特異的」とは、他の関連ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド、特に先行技術のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに対してよりも本発明ポ
リペプチドまたは本発明ポリヌクレオチドに対して実質
的に大きなアフィニティーを有する抗体の特性を意味す
る。「個体（複数でも可）」とは多細胞真核生物を意味
し、後生動物類、哺乳動物、ヤギ類、ウシ類、類人猿、
霊長類およびヒトを包含するが、これらに限らない。
チド、ポリヌクレオチド、またはいずれかの等価物を包
含し、それらが脊椎動物において抗体を生成させるため
に適当な処方中に用いられた場合に、抗体は病原体と哺
乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害する
ように作用する。「免疫特異的」とは、他の関連ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド、特に先行技術のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに対してよりも本発明ポ
リペプチドまたは本発明ポリヌクレオチドに対して実質
的に大きなアフィニティーを有する抗体の特性を意味す
る。「個体（複数でも可）」とは多細胞真核生物を意味
し、後生動物類、哺乳動物、ヤギ類、ウシ類、類人猿、
霊長類およびヒトを包含するが、これらに限らない。
【０１３５】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
または他のいずれかの方法により生物に導入されている
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内に
あり、その生物が生きているまたは死んでいるとして
も、「単離された」ものである。
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
または他のいずれかの方法により生物に導入されている
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内に
あり、その生物が生きているまたは死んでいるとして
も、「単離された」ものである。
【０１３６】「生物（複数でも可）」は、（ｉ）Strept
ococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomy
ces、Streptomyces、Nocardia、Enterobacter、Yersini
a、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinetobacte
r、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、St
reptobacillus、Listeria、Calymmatobacterium、Bruce
lla、Bacillus、Closterdium、Treponema、Escherichi
a、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwin
ia、Borrelia、Leptospira、Spirillum、Campylobacte
r、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aeromonas、R
ickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasmaであ
る属（これらに限らない）のメンバー、ならびにグルー
プＡのStreptococcus、グループＢのStreptococcus、グ
ループＣのStreptococcus、グループＤのStreptococcu
s、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pneumo
niae、Streptococcus pyrogenes、Streptococcus agala
ctiae、Streptococcus faecalis、Streptococcus faeci
um、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、Ne
isseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Staph
ylococcus epidermidis、Corynebacterium diptheria
e、Garnella vaginalis、Mycobacterium tuberculosi
s、Mycobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、My
cobacterium leprae、Actinomyces israelli、Listeria
monocytogenes、Bordetella pretusis、Bordetella pa
rapretusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia
coli、Shigella dysenteriae、Haemophilus influenza
e、Haemophilus aegyptius、Haemophilus parainfluenz
ae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella ty
phi、Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Prot
eus vulgaris、Yersinia pestis、Klebsiella pneumoni
ae、Serratia marcessens、Vibrio cholera、Shigellad
ysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aerugino
sa、Franscisella tularensis、Brucella abortis、Bac
illus anthracis、Bacillus cereus、Clostridium perf
ringens、Clostridium tetani、Clostridium butulinu
m、Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよび
Chlamydia trachomitisである種またはグループ（これ
らに限らない）のメンバーを包含する原核生物、（ｉ
ｉ）Archaebacter（これに限らない）を包含する古細
菌、および（ｉｉｉ）原生動物、真菌類、Saccharomyce
s、KluveromycesまたはCandida属（これらに限らない）
のメンバー、およびSaccharomyces cerevisiae、Kluver
omyces lactisまたはCandida albicans種のメンバー
（これらに限らない）を包含する単細胞または糸状真核
生物を意味する。
ococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomy
ces、Streptomyces、Nocardia、Enterobacter、Yersini
a、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinetobacte
r、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、St
reptobacillus、Listeria、Calymmatobacterium、Bruce
lla、Bacillus、Closterdium、Treponema、Escherichi
a、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwin
ia、Borrelia、Leptospira、Spirillum、Campylobacte
r、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aeromonas、R
ickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasmaであ
る属（これらに限らない）のメンバー、ならびにグルー
プＡのStreptococcus、グループＢのStreptococcus、グ
ループＣのStreptococcus、グループＤのStreptococcu
s、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pneumo
niae、Streptococcus pyrogenes、Streptococcus agala
ctiae、Streptococcus faecalis、Streptococcus faeci
um、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、Ne
isseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Staph
ylococcus epidermidis、Corynebacterium diptheria
e、Garnella vaginalis、Mycobacterium tuberculosi
s、Mycobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、My
cobacterium leprae、Actinomyces israelli、Listeria
monocytogenes、Bordetella pretusis、Bordetella pa
rapretusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia
coli、Shigella dysenteriae、Haemophilus influenza
e、Haemophilus aegyptius、Haemophilus parainfluenz
ae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella ty
phi、Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Prot
eus vulgaris、Yersinia pestis、Klebsiella pneumoni
ae、Serratia marcessens、Vibrio cholera、Shigellad
ysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aerugino
sa、Franscisella tularensis、Brucella abortis、Bac
illus anthracis、Bacillus cereus、Clostridium perf
ringens、Clostridium tetani、Clostridium butulinu
m、Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよび
Chlamydia trachomitisである種またはグループ（これ
らに限らない）のメンバーを包含する原核生物、（ｉ
ｉ）Archaebacter（これに限らない）を包含する古細
菌、および（ｉｉｉ）原生動物、真菌類、Saccharomyce
s、KluveromycesまたはCandida属（これらに限らない）
のメンバー、およびSaccharomyces cerevisiae、Kluver
omyces lactisまたはCandida albicans種のメンバー
（これらに限らない）を包含する単細胞または糸状真核
生物を意味する。
【０１３７】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含含むハイブリッド分子を包含
するが、これに限定されない。さらに、本明細書におい
て用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、よ
り典型的には、分子のいくつかの領域のみを含む。三本
螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲ
ＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修
飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が
本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数
でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない
塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含
むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その
用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドであ
る。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、
当業者に公知のように多くの有用な目的に使用されてい
ることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレ
オチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学
的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウ
イルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞な
どの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を
包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含含むハイブリッド分子を包含
するが、これに限定されない。さらに、本明細書におい
て用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、よ
り典型的には、分子のいくつかの領域のみを含む。三本
螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲ
ＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修
飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が
本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数
でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない
塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含
むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その
用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドであ
る。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、
当業者に公知のように多くの有用な目的に使用されてい
ることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレ
オチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学
的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウ
イルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞な
どの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を
包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。
【０１３８】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドま
たは蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマー
と称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードさ
れている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を含有しても
よい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロセッシ
ングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、また
は化学修飾技法のいずれかによって修飾されたものを有
する。かかる修飾は、基本テキストにて、およびより詳
細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく
記載されており、それらは当業者に周知である。同じ型
の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、
同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らか
であろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有
していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル
化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビ
ンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまた
はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導
体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、
交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、
共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメー
トの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖
形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード
化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形
成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカ
ルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル
化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移
ＲＮＡにより媒介される蛋白へのアミノ酸付加、および
ユビキチネーションを包含する。例えば、PROTEINS−ST
RUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃ
reighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1
993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT M
ODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein
Modifications：Perspectives and Prospects,pgs. 1
−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−64
6、およびRattanら, Protein Synthesis：Posttranslat
ional Modifications and Aging，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わない環状であっ
てもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、同様に全
く合成的な方法で合成できる。
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドま
たは蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマー
と称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードさ
れている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を含有しても
よい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロセッシ
ングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、また
は化学修飾技法のいずれかによって修飾されたものを有
する。かかる修飾は、基本テキストにて、およびより詳
細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく
記載されており、それらは当業者に周知である。同じ型
の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、
同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らか
であろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有
していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル
化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビ
ンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまた
はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導
体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、
交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、
共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメー
トの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖
形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード
化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形
成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカ
ルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル
化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移
ＲＮＡにより媒介される蛋白へのアミノ酸付加、および
ユビキチネーションを包含する。例えば、PROTEINS−ST
RUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃ
reighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1
993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT M
ODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein
Modifications：Perspectives and Prospects,pgs. 1
−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−64
6、およびRattanら, Protein Synthesis：Posttranslat
ional Modifications and Aging，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わない環状であっ
てもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、同様に全
く合成的な方法で合成できる。
【０１３９】「組み換え発現系（複数でも可）」は、本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造のため
に宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入または形質転
換された発現系またはその部分または本発明ポリヌクレ
オチドをいう。
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造のため
に宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入または形質転
換された発現系またはその部分または本発明ポリヌクレ
オチドをいう。
【０１４０】「引き算セット（subtraction set）」
は、本発明の少なくとも１のポリヌクレオチドを含む１
種またはそれ以上、しかし好ましくは１００種未満のポ
リヌクレオチドである。
は、本発明の少なくとも１のポリヌクレオチドを含む１
種またはそれ以上、しかし好ましくは１００種未満のポ
リヌクレオチドである。
【０１４１】本明細書中で使用される「変種（複数でも
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対照標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対照標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。
【０１４２】
【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。
【０１４３】実施例１ 株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 表１（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を有する
ポリヌクレオチドは、エシェリシア・コリ中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローン
ライブラリーより得た。重複するストレプトコッカス・
ニューモニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上の
クローンからの配列データを用いて、配列番号１の連続
したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、
例えば以下の方法１および２により製造してもよい。全
細胞ＤＮＡをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３より、標準法に従って単離し、以下に示す二
つの方法のいずれかによりサイズ分画する。
造および配列決定 表１（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を有する
ポリヌクレオチドは、エシェリシア・コリ中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローン
ライブラリーより得た。重複するストレプトコッカス・
ニューモニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上の
クローンからの配列データを用いて、配列番号１の連続
したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、
例えば以下の方法１および２により製造してもよい。全
細胞ＤＮＡをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３より、標準法に従って単離し、以下に示す二
つの方法のいずれかによりサイズ分画する。
【０１４４】方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
【０１４５】方法２ 全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。
【０１４６】実施例２ 応答レギュレーターの特徴づけ 感染中のストレプトコッカス・ニューモニアエからの遺
伝子発現の決定ストレプトコッカス・ニューモニアエ０
１００９９３に感染した４８時間目のマウスの切除され
た肺を、カオトロピック剤およびＲＮＡａｓｅ阻害剤の
存在下で効果的に破砕し処理して動物ＲＮＡおよび細菌
ＲＮＡの混合物を得る。安定な調合物および高収率の細
菌ＲＮＡを得るための破砕および処理の最適条件は、そ
の後のノーザンブロット上におけるストレプトコッカス
・ニューモニアエ １６Ｓ ＲＮＡに特異的な放射性標識
オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションの使用
による。得られたＲＮＡについてのＲＮＡａｓｅ不含、
ＤＮＡａｓｅ不含、ＤＮＡおよび蛋白不含の調合物は、
ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３の
各遺伝子の配列から設計されたユニークなプライマーペ
アーを用いる逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）に適する。
伝子発現の決定ストレプトコッカス・ニューモニアエ０
１００９９３に感染した４８時間目のマウスの切除され
た肺を、カオトロピック剤およびＲＮＡａｓｅ阻害剤の
存在下で効果的に破砕し処理して動物ＲＮＡおよび細菌
ＲＮＡの混合物を得る。安定な調合物および高収率の細
菌ＲＮＡを得るための破砕および処理の最適条件は、そ
の後のノーザンブロット上におけるストレプトコッカス
・ニューモニアエ １６Ｓ ＲＮＡに特異的な放射性標識
オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションの使用
による。得られたＲＮＡについてのＲＮＡａｓｅ不含、
ＤＮＡａｓｅ不含、ＤＮＡおよび蛋白不含の調合物は、
ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３の
各遺伝子の配列から設計されたユニークなプライマーペ
アーを用いる逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）に適する。
【０１４７】ａ）感染のマウス動物モデルからのストレ
プトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３感染組織
の単離 ＴＳＡ／５％ウマ血液プレート上またはＡＧＣＨ培地中
で、３７℃、一晩、５％ＣＯ2下でストレプトコッカス
・ニューモニアエ０１００９９３を増殖させる。細菌を
集め、リン酸塩緩衝化セイライン中にＡ６００が約０．
４となるよう再懸濁する。マウスをイソフルオランで麻
酔し、５０ｍｌの細菌懸濁液（約２ｘ１０5個）を、ピ
ペットマンを用いて鼻腔内投与する。マウスを回復さ
せ、水およびエサを自由に取らせる。４８時間後、二酸
化炭素過剰投与によりマウスを安楽死させ、無菌的に肺
を切除し、液体窒素中で瞬間凍結する。
プトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３感染組織
の単離 ＴＳＡ／５％ウマ血液プレート上またはＡＧＣＨ培地中
で、３７℃、一晩、５％ＣＯ2下でストレプトコッカス
・ニューモニアエ０１００９９３を増殖させる。細菌を
集め、リン酸塩緩衝化セイライン中にＡ６００が約０．
４となるよう再懸濁する。マウスをイソフルオランで麻
酔し、５０ｍｌの細菌懸濁液（約２ｘ１０5個）を、ピ
ペットマンを用いて鼻腔内投与する。マウスを回復さ
せ、水およびエサを自由に取らせる。４８時間後、二酸
化炭素過剰投与によりマウスを安楽死させ、無菌的に肺
を切除し、液体窒素中で瞬間凍結する。
【０１４８】ｂ）感染組織試料からのストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３の単離 ２ｍｌの凍結保存チューブ中の感染組織試料を−８０℃
の貯蔵庫からドライアイス−エタノール浴中に取り出
す。微生物安全キャビネット中で試料を一度に８個にま
で破砕し、残った試料をドライアイス−エタノール浴中
で保存する。組織試料中の細菌を破砕するために、５０
〜１００ｍｇの組織をシリカ／セラミックマトリックス
（BIO101）の入ったFastRNAチューブに移す。即座に１
ｍｌの抽出試薬（FastRNA試薬,BIO 101）を添加して試
薬に対する試料の体積比が約２０対１となるようにす
る。チューブを往復振盪装置（FastPrep FP120, BIO 10
1）で６０００ｒｐｍ，２０〜１２０分振盪する。粗Ｒ
ＮＡ調合物をクロロホルム／イソアミルアルコールで抽
出し、DEPC処理／イソプロパノール沈殿溶液（BIO 10
1）を用いて沈殿させる。必要ならば、ＲＮＡ調合物を
このイソプロパノール溶液中、−８０℃で保存する。Ｒ
ＮＡをペレット化し（１２０００ｇ、１０分）、７５％
エタノール（ｖ／ｖ，DEPC処理水中）で洗浄し、５〜１
０分風乾し、ついで、０．１ｍｌのＤＥＰＣ処理水に再
懸濁し、ついで、５５℃に５〜１０分置く。最後に、少
なくとも１分間氷上に置いた後、２００ユニットのＲｎ
ａｓｉｎ（Promega）を添加する。ＲＮＡ調合物は−８
０℃で１カ月まで保存される。長期保存には、プロトコ
ールの洗浄段階における７５％エタノール中のＲＮＡ沈
殿は−２０℃で少なくとも１年保存できる。１％アガロ
ースゲル上に試料を泳動することにより単離ＲＮＡの品
質を評価する。臭化エチジウム染色した１ｘＴＢＥゲル
を用いて収集全ＲＮＡを可視化する。感染組織からの細
菌ＲＮＡの単離を示すために、１ｘＭＯＰＳ、２．２Ｍ
ホルムアルデヒドゲルで泳動を行い、Hybond-N（Amersh
am）に減圧ブロッティングする。次いで、ブロットを、
スタフィロコッカス・スレウスの１６Ｓ ｒＲＮＡに特
異的な32Ｐ標識オリゴヌクレオチドプローブ5' AACTGAG
ACTGGCTTTAAGAGATTA 3' [配列番号：9]とハイブリダイ
ゼーションさせる。配列のオリゴヌクレオチドをプロー
ブとして使用する。ハイブリダイゼーションしているバ
ンドのサイズを、インビボ増殖したストレプトコッカス
・ニューモニアエ０１００９９３から単離された対照Ｒ
ＮＡのものとノーザンブロットにおいて比較する。全Ｒ
ＮＡ試料中において正しいサイズの細菌１６Ｓ ｒＲＮ
Ａバンドが検出でき、ＴＢＥゲル上で可視化した場合、
哺乳動物ＲＮＡの分解が示される。
ス・ニューモニアエ０１００９９３の単離 ２ｍｌの凍結保存チューブ中の感染組織試料を−８０℃
の貯蔵庫からドライアイス−エタノール浴中に取り出
す。微生物安全キャビネット中で試料を一度に８個にま
で破砕し、残った試料をドライアイス−エタノール浴中
で保存する。組織試料中の細菌を破砕するために、５０
〜１００ｍｇの組織をシリカ／セラミックマトリックス
（BIO101）の入ったFastRNAチューブに移す。即座に１
ｍｌの抽出試薬（FastRNA試薬,BIO 101）を添加して試
薬に対する試料の体積比が約２０対１となるようにす
る。チューブを往復振盪装置（FastPrep FP120, BIO 10
1）で６０００ｒｐｍ，２０〜１２０分振盪する。粗Ｒ
ＮＡ調合物をクロロホルム／イソアミルアルコールで抽
出し、DEPC処理／イソプロパノール沈殿溶液（BIO 10
1）を用いて沈殿させる。必要ならば、ＲＮＡ調合物を
このイソプロパノール溶液中、−８０℃で保存する。Ｒ
ＮＡをペレット化し（１２０００ｇ、１０分）、７５％
エタノール（ｖ／ｖ，DEPC処理水中）で洗浄し、５〜１
０分風乾し、ついで、０．１ｍｌのＤＥＰＣ処理水に再
懸濁し、ついで、５５℃に５〜１０分置く。最後に、少
なくとも１分間氷上に置いた後、２００ユニットのＲｎ
ａｓｉｎ（Promega）を添加する。ＲＮＡ調合物は−８
０℃で１カ月まで保存される。長期保存には、プロトコ
ールの洗浄段階における７５％エタノール中のＲＮＡ沈
殿は−２０℃で少なくとも１年保存できる。１％アガロ
ースゲル上に試料を泳動することにより単離ＲＮＡの品
質を評価する。臭化エチジウム染色した１ｘＴＢＥゲル
を用いて収集全ＲＮＡを可視化する。感染組織からの細
菌ＲＮＡの単離を示すために、１ｘＭＯＰＳ、２．２Ｍ
ホルムアルデヒドゲルで泳動を行い、Hybond-N（Amersh
am）に減圧ブロッティングする。次いで、ブロットを、
スタフィロコッカス・スレウスの１６Ｓ ｒＲＮＡに特
異的な32Ｐ標識オリゴヌクレオチドプローブ5' AACTGAG
ACTGGCTTTAAGAGATTA 3' [配列番号：9]とハイブリダイ
ゼーションさせる。配列のオリゴヌクレオチドをプロー
ブとして使用する。ハイブリダイゼーションしているバ
ンドのサイズを、インビボ増殖したストレプトコッカス
・ニューモニアエ０１００９９３から単離された対照Ｒ
ＮＡのものとノーザンブロットにおいて比較する。全Ｒ
ＮＡ試料中において正しいサイズの細菌１６Ｓ ｒＲＮ
Ａバンドが検出でき、ＴＢＥゲル上で可視化した場合、
哺乳動物ＲＮＡの分解が示される。
【０１４９】ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ
由来のＲＮＡからのＤＮＡの除去 最終体積５７マイクロリットルのバッファー中で、２０
ユニットのＲＮＡａｓｅ不含ＤＮＡａｓｅＩ（GenHunte
r）を用いて、３７℃で３０分処理することにより、５
０マイクロリットルのＲＮＡ試料からＤＮＡを除去し
た。製造者のプロトコールに従ってTRIzol LS試薬（Gib
co BRL, Life Technologies）によりＤＮＡａｓｅを不
活性化し除去した。ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡを、Ｒ
ｎａｓｉｎを添加したＤＰＥＣ処理水１００マイクロリ
ットル中に再懸濁した。
由来のＲＮＡからのＤＮＡの除去 最終体積５７マイクロリットルのバッファー中で、２０
ユニットのＲＮＡａｓｅ不含ＤＮＡａｓｅＩ（GenHunte
r）を用いて、３７℃で３０分処理することにより、５
０マイクロリットルのＲＮＡ試料からＤＮＡを除去し
た。製造者のプロトコールに従ってTRIzol LS試薬（Gib
co BRL, Life Technologies）によりＤＮＡａｓｅを不
活性化し除去した。ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡを、Ｒ
ｎａｓｉｎを添加したＤＰＥＣ処理水１００マイクロリ
ットル中に再懸濁した。
【０１５０】ｄ）感染組織由来のＲＮＡ試料からのｃＤ
ＮＡの調製 製造者の指示に従って、ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡ試
料３マイクログラムを、First Strand cDNA合成キット
用のSuperScript Preamplification System（Gibco BR
L, Life Technologies）を用いて逆転写する。１５０ナ
ノグラムのランダムヘキサマーを用いて各反応を開始す
る。SuperScriptII逆転写酵素を添加しない対照も反応
させる。＋／−ＲＴ双方の試料をＲＮａｓｅＨで処理
し、次いで、ＰＣＲ反応に供する。
ＮＡの調製 製造者の指示に従って、ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡ試
料３マイクログラムを、First Strand cDNA合成キット
用のSuperScript Preamplification System（Gibco BR
L, Life Technologies）を用いて逆転写する。１５０ナ
ノグラムのランダムヘキサマーを用いて各反応を開始す
る。SuperScriptII逆転写酵素を添加しない対照も反応
させる。＋／−ＲＴ双方の試料をＲＮａｓｅＨで処理
し、次いで、ＰＣＲ反応に供する。
【０１５１】ｅ）細菌ｃＤＮＡ種の存在を調べるための
ＰＣＲの使用 下記成分を添加することにより氷上で０．２ｍｌのチュ
ーブにおいてＰＣＲ反応物をセットアップする：４３マ
イクロリットルのPCR Master MIX（Advanced Biotechno
logies Ltd.）；１マイクロリットルのＰＣＲプライマ
ー（最適には、１８〜２５塩基対の長さで、類似のアニ
ーリング温度を有するように設計されたもの）（各プラ
イマーは初発濃度１０ｍＭ）；および５マイクロリット
ルのｃＤＮＡ。Perkin Elmer GeneAmp PCR System 9600
においてＰＣＲ反応を行った：９４℃で２分、次いでそ
れぞれ９４℃、５０℃そして７２℃で３０秒を５０サイ
クル、その後７２℃で７分、次いで、保持温度２０℃と
する（最適には、ＰＣＲ生成物の出現または欠乏を決定
するためのサイクル数は３０〜５０回、ＲＴ反応からの
初発ｃＤＮＡ量の評価を行う場合には、最適には８〜３
０サイクル）。次いで、１０マイクロリットルの部分試
料を１％ ＴＢＥゲルで泳動し、臭化エチジウム染色す
る。ＰＣＲ生成物については、存在するならば、１００
ｂｐのＤＮＡラダー（Gibco BRL, Life Technologies）
との比較によりサイズを評価する。別法として、便利に
は、標識ＰＣＲプライマー（例えば、５’末端を標識し
たもの）を用いてＰＣＲ生成物を標識し、ＰＣＲ生成物
の適当な部分試料をポリアクリルアミドゲルで泳動し、
適当なゲルスキャンニングシステム（例えば、Perkin E
lmerにより提供されるGeneScanTMソフトウェアを用いた
ABI PrismTM 377 Sequencer）を用いてその存在および
量を調べる。ＲＴ／ＰＣＲ対照は＋／−逆転写酵素反応
物、非転写ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１０
０９９３ゲノム配列からＰＣＲ生成物を生じるように設
計された１６Ｓ ｒＲＮＡプライマーもしくはＤＮＡ特
異的プライマーペアーを含んでいてもよい。プライマー
ペアーの効率を試験するために、それらをストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ０１００９９３全ＤＮＡを用い
るＤＮＡ ＰＣＲにおいて使用する。約１マイクログア
ムのＤＮＡをｃＤＮＡのかわりに用いて上記のごとくＰ
ＣＲ反応をセットアップし、反応させる。ＤＮＡ ＰＣ
ＲまたはＰＴ／ＰＣＲのいずれにおいても予想サイズの
生成物を生じないプライマーペアーはＰＣＲ反応でき
ず、そのようなものとしては不均一である。ＤＮＡ Ｐ
ＣＲで正しいサイズの生成物を生じるものは２つのクラ
スに分類される：１．インビボで転写されない遺伝子で
あって、ＲＴ／ＰＣＲにおいて生成物を生じる再現性が
ないもの；および２．インビボで転写される遺伝子であ
って、ＲＴ／ＰＣＲにおいて正しいサイズの生成物を再
現性をもって生じ、＋ＲＴ試料において−ＲＴ対照にお
けるシグナル（生じた場合には）よりも強力なシグナル
を生じるもの。これらの分析に基づいて、このストレプ
トコッカス・ニューモニアエの応答レギュレーター遺伝
子がインビボで転写されたことがわかった。
ＰＣＲの使用 下記成分を添加することにより氷上で０．２ｍｌのチュ
ーブにおいてＰＣＲ反応物をセットアップする：４３マ
イクロリットルのPCR Master MIX（Advanced Biotechno
logies Ltd.）；１マイクロリットルのＰＣＲプライマ
ー（最適には、１８〜２５塩基対の長さで、類似のアニ
ーリング温度を有するように設計されたもの）（各プラ
イマーは初発濃度１０ｍＭ）；および５マイクロリット
ルのｃＤＮＡ。Perkin Elmer GeneAmp PCR System 9600
においてＰＣＲ反応を行った：９４℃で２分、次いでそ
れぞれ９４℃、５０℃そして７２℃で３０秒を５０サイ
クル、その後７２℃で７分、次いで、保持温度２０℃と
する（最適には、ＰＣＲ生成物の出現または欠乏を決定
するためのサイクル数は３０〜５０回、ＲＴ反応からの
初発ｃＤＮＡ量の評価を行う場合には、最適には８〜３
０サイクル）。次いで、１０マイクロリットルの部分試
料を１％ ＴＢＥゲルで泳動し、臭化エチジウム染色す
る。ＰＣＲ生成物については、存在するならば、１００
ｂｐのＤＮＡラダー（Gibco BRL, Life Technologies）
との比較によりサイズを評価する。別法として、便利に
は、標識ＰＣＲプライマー（例えば、５’末端を標識し
たもの）を用いてＰＣＲ生成物を標識し、ＰＣＲ生成物
の適当な部分試料をポリアクリルアミドゲルで泳動し、
適当なゲルスキャンニングシステム（例えば、Perkin E
lmerにより提供されるGeneScanTMソフトウェアを用いた
ABI PrismTM 377 Sequencer）を用いてその存在および
量を調べる。ＲＴ／ＰＣＲ対照は＋／−逆転写酵素反応
物、非転写ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１０
０９９３ゲノム配列からＰＣＲ生成物を生じるように設
計された１６Ｓ ｒＲＮＡプライマーもしくはＤＮＡ特
異的プライマーペアーを含んでいてもよい。プライマー
ペアーの効率を試験するために、それらをストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ０１００９９３全ＤＮＡを用い
るＤＮＡ ＰＣＲにおいて使用する。約１マイクログア
ムのＤＮＡをｃＤＮＡのかわりに用いて上記のごとくＰ
ＣＲ反応をセットアップし、反応させる。ＤＮＡ ＰＣ
ＲまたはＰＴ／ＰＣＲのいずれにおいても予想サイズの
生成物を生じないプライマーペアーはＰＣＲ反応でき
ず、そのようなものとしては不均一である。ＤＮＡ Ｐ
ＣＲで正しいサイズの生成物を生じるものは２つのクラ
スに分類される：１．インビボで転写されない遺伝子で
あって、ＲＴ／ＰＣＲにおいて生成物を生じる再現性が
ないもの；および２．インビボで転写される遺伝子であ
って、ＲＴ／ＰＣＲにおいて正しいサイズの生成物を再
現性をもって生じ、＋ＲＴ試料において−ＲＴ対照にお
けるシグナル（生じた場合には）よりも強力なシグナル
を生じるもの。これらの分析に基づいて、このストレプ
トコッカス・ニューモニアエの応答レギュレーター遺伝
子がインビボで転写されたことがわかった。
【０１５２】実施例３ エス・ニューモニアエ（S. pne
umoniae）由来の応答レギュレーター−ヒスチジンキナ
ーゼペアーの必須性 ＰＣＲ法を用いて対立遺伝子置換カセットを得る。典型
的には、カセットは、エリスロマイシン耐性遺伝子に隣
接する５００ｂｐの染色体ＤＮＡフラグメントのペアー
からなる。通常には、染色体ＤＮＡ配列は目的遺伝子の
５００ｂｐ前または後にある。形質転換により対立遺伝
子置換カセットをエス・ニューモニアＲ６またはエス・
ニューモニアエ１００９９３中に導入する試みを行う。
公表されているプロトコルに従ってコンピテント細胞を
調製する。５００ｎｇの対立遺伝子置換カセットを１０
6個の細胞とともに３０℃で３０分インキュベーション
することによりＤＮＡを細胞中に導入する。細胞を３７
℃に移し９０分間置いてエリスロマイシン耐性遺伝子を
発現させる。１ｍｇあたり１μｇのエリスロマイシン含
有寒天中に細胞を撒く。３７℃で３６時間インキュベー
ション後、観察されるコロニーを拾い、０．５％酵母エ
キス補足Todd-Hewittブロス中で一晩増殖させる。典型
的には、非必須遺伝子を標的とする、２系パラレルで行
われる陽性対照実験において、適当な対立遺伝子を含む
１０2〜１０3個の形質転換体が得られる。エリスロマイ
シン耐性コロニーがエス・ニューモニアエＲ６を用いる
形質転換実験においてのみ観察される場合には、これら
の細胞由来のＤＮＡを用いてエス・ニューモニアエ１０
０９９３を形質転換する。形質転換手順は、コンピテン
ス刺激ヘプタデカペプチド（Havarstein et al., (199
5) P.N.A.S. 92, 11140-11144）を最初の形質転換混合
物中に１μｇ／ｍｌの濃度で添加すること以外は、エス
・ニューモニアエＲ６に関するものと同じである。１ｍ
ｌあたり１μｇのエリスロマイシン含有寒天中での増殖
能により変異株を選択する。３つの別個の形質転換実験
において形質転換体が得られない場合には、標的遺伝子
はインビトロにおいて必須であると考えられる。しかし
ながら、コロニーが得られる場合には、ＤＮＡをこれら
の細胞から調製し、診断用ＰＣＲを用いて試験する。対
立遺伝子置換カセット中の配列にハイブリダイゼーショ
ンするように設計されたオリゴヌクレオチドを、カセッ
ト外の染色体配列にハイブリダイゼーションするＤＮＡ
プライマーとともに使用して、特徴的なサイズのＰＣＲ
増幅されたＤＮＡ生成物を得る。この染色体ＤＮＡにつ
いてもサザンブロット分析を行って、適当な染色体ＤＮ
Ａ再配列が起こったことを証明する。変異が安定に維持
されることを示すためには、選択圧なしで欠損株を何世
代にもわたって増殖させ、次いで、エリスロマイシン不
存在または存在下での増殖能につきアッセイする。これ
らの分析に基づいて、応答レギュレーターおよびその同
種のヒスチジンキナーゼはともに欠失した場合に必須の
ものであることが示された。
umoniae）由来の応答レギュレーター−ヒスチジンキナ
ーゼペアーの必須性 ＰＣＲ法を用いて対立遺伝子置換カセットを得る。典型
的には、カセットは、エリスロマイシン耐性遺伝子に隣
接する５００ｂｐの染色体ＤＮＡフラグメントのペアー
からなる。通常には、染色体ＤＮＡ配列は目的遺伝子の
５００ｂｐ前または後にある。形質転換により対立遺伝
子置換カセットをエス・ニューモニアＲ６またはエス・
ニューモニアエ１００９９３中に導入する試みを行う。
公表されているプロトコルに従ってコンピテント細胞を
調製する。５００ｎｇの対立遺伝子置換カセットを１０
6個の細胞とともに３０℃で３０分インキュベーション
することによりＤＮＡを細胞中に導入する。細胞を３７
℃に移し９０分間置いてエリスロマイシン耐性遺伝子を
発現させる。１ｍｇあたり１μｇのエリスロマイシン含
有寒天中に細胞を撒く。３７℃で３６時間インキュベー
ション後、観察されるコロニーを拾い、０．５％酵母エ
キス補足Todd-Hewittブロス中で一晩増殖させる。典型
的には、非必須遺伝子を標的とする、２系パラレルで行
われる陽性対照実験において、適当な対立遺伝子を含む
１０2〜１０3個の形質転換体が得られる。エリスロマイ
シン耐性コロニーがエス・ニューモニアエＲ６を用いる
形質転換実験においてのみ観察される場合には、これら
の細胞由来のＤＮＡを用いてエス・ニューモニアエ１０
０９９３を形質転換する。形質転換手順は、コンピテン
ス刺激ヘプタデカペプチド（Havarstein et al., (199
5) P.N.A.S. 92, 11140-11144）を最初の形質転換混合
物中に１μｇ／ｍｌの濃度で添加すること以外は、エス
・ニューモニアエＲ６に関するものと同じである。１ｍ
ｌあたり１μｇのエリスロマイシン含有寒天中での増殖
能により変異株を選択する。３つの別個の形質転換実験
において形質転換体が得られない場合には、標的遺伝子
はインビトロにおいて必須であると考えられる。しかし
ながら、コロニーが得られる場合には、ＤＮＡをこれら
の細胞から調製し、診断用ＰＣＲを用いて試験する。対
立遺伝子置換カセット中の配列にハイブリダイゼーショ
ンするように設計されたオリゴヌクレオチドを、カセッ
ト外の染色体配列にハイブリダイゼーションするＤＮＡ
プライマーとともに使用して、特徴的なサイズのＰＣＲ
増幅されたＤＮＡ生成物を得る。この染色体ＤＮＡにつ
いてもサザンブロット分析を行って、適当な染色体ＤＮ
Ａ再配列が起こったことを証明する。変異が安定に維持
されることを示すためには、選択圧なしで欠損株を何世
代にもわたって増殖させ、次いで、エリスロマイシン不
存在または存在下での増殖能につきアッセイする。これ
らの分析に基づいて、応答レギュレーターおよびその同
種のヒスチジンキナーゼはともに欠失した場合に必須の
ものであることが示された。
【０１５３】
<110> Wallis, Nicola G. Ingraham, Karen A. Ge, Yigong Holmes, David J. Zalacain, Magdalena Throup, John Biswas, Sanjoy <120> Response Regulator <130> GM10091 <150> 60/060,714 <151> 1997-09-09 <160> 9 <170> FastSEQ for Windows Version 3.0
【０１５４】<210> 1 <211> 3453 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <220> <221> CDS <222> (2144)...(3427) <400> 1 cttatatgca gaacatggtt atagctttcg ggaatacagt ttgaaggagg cttggtctct 60 ttacaagcaa aattttatct caagcaacct gattttctat agctttttag gtgtgggtct 120 agttttgacc tatggtttgt atctcttggt gcaattgcct catcagacca ttgttcattt 180 gattgcgacc cttttgaatg tcctagtagt tgccctgatc tttttggctt atacagtatc 240 tttaaaatta caagtttatt ttgccttgtc ctatcgaaat agtctcaaat tatccttgat 300 tggcatcttt atgagtctag cagctgtggc taaggttctc cttgggactg tgctacttgt 360 agcaattggt tactatatgc ctgccctgct attttttgta ggaattggga tgtggcattt 420 ctttatcagt gatatgttgg aacctgtcta tgaaatcatc catgaaaaat tggcgacaaa 480 atagaatgaa gcacttttgg ctacatacgc ttctaagaac ctatagttca gtgatgatca 540 ttatcattgc gagttttgca atcttactct cttacgctga ctgggattca cgtgaaaagg 600 aagcccagag agtagcccag cgtgtaactg ctagaacagt gagtgaaatt gaatattacc 660 atagagagtc aacccagata gctcaggctt tagttgaaaa ccaagctcgt attgagggaa 720 tctataaata ctttagcctt agcatgccag actattttta ctggcaatta gagcggaaag 780 cttcgcctta tatatcagtc tctctgtatg aaaatgttga tgacctctat gttcgaaatg 840 attttgtaac tggggtggcc attgcttttc aagattacaa ggaagtctat gtttctacta 900 aagacaaacg tagtggagaa aaaatcaggg ctgaggattt caaaccagca ggaaatagtt 960 ttgccattcc agtgtcagat ccagtgtcag atcaagactt aggagtgatt tacatctcct 1020 tggatcctgc tgttttatac catgccattg ataatactag aggtcatact ccgatggcag 1080 taacagtgac cgaacctttt gatacggaga tttttcatat tggtgagaca gttgataagg 1140 agagtgaaaa ttggctagtt ggcttaactt ctcatggtta tcaggttcag gtggcagttc 1200 ccaaaaactt tgttttacaa ggaacggtga ccagctctgc tttgattgtg ggcttgagcc 1260 ttctctttat tgtcattctt tatctgactt tgaggcagac ctttgctaat tatcaaaagc 1320 aggtagtgga tttggtggat tccatccaag ctattgccca aggacaagaa ggtcttcgca 1380 ttgatacgct tgaaaaggat caggaattgc tcctaatcgc ggagacgacc aatgatatgt 1440 tggatcgatt ggaaaagaat atccatgata tttaccagtt agaactcagt caaaaagatg 1500 ccaatatgcg ggccttgcag gcgcaaatca atcctcattt tatgtataat acgctggagt 1560 tcttgcgcat gtatgcagtt atgcagagtc aagatgagtt ggcagatatc atttatgaat 1620 tcagtagtct cttgcgtaac aatatttccg acgaaagaga gaccctcctc aaacaggaat 1680 tagaattttg ccgtaaatac agctatctct gcatggttcg ctatcccaag tccattgcct 1740 atggtttcaa gatagatcca gagttagaga atatgaagat tcccaagttt accttgcaac 1800 cgctggtaga aaactatttc gcgcatggtg ttgaccacag gcggacagat aatgtgatta 1860 gcatcaaggc tcttaaacag gatggttttg tggaaatttt ggtggtcgat aatggtagag 1920 gaatgtcggc tgaaaagttg gcaaatatcc gagaaaaatt aagtcagaga tattttgaac 1980 accaagccag ctacagtgat caaaggcagt ctatcgggat tgtcaatgta cacgagcgtt 2040 ttgtgctcta ttttggagac cgctatgcca ttactataga gtctgcagag caagccggtg 2100 ttcagtatcg tattacaatt caagatgagt agaaagggag aaa atg tat aaa gta 2155 Met Tyr Lys Val 1 tta tta gta gat gat gag tac atg gtg aca gaa ggt ctg aag cgt ttg 2203 Leu Leu Val Asp Asp Glu Tyr Met Val Thr Glu Gly Leu Lys Arg Leu 5 10 15 20 att ccc ttt gat aag tgg gat atg gag gtc gtc gca aca gtc agt cat 2251 Ile Pro Phe Asp Lys Trp Asp Met Glu Val Val Ala Thr Val Ser His 25 30 35 gcc gat gaa gct cta gaa tat gtt cag gaa aat cct gtc gat gtc atc 2299 Ala Asp Glu Ala Leu Glu Tyr Val Gln Glu Asn Pro Val Asp Val Ile 40 45 50 att tcc gat gtc aat atg cca gac aaa aca ggg ctt gat atg att cgg 2347 Ile Ser Asp Val Asn Met Pro Asp Lys Thr Gly Leu Asp Met Ile Arg 55 60 65 gag atg aaa gag atc tta cca gat gct gcc tat atc ctg ctc tca ggt 2395 Glu Met Lys Glu Ile Leu Pro Asp Ala Ala Tyr Ile Leu Leu Ser Gly 70 75 80 tat cag gag ttt gat tat gta aaa aga gca atg aat ctt agt gtg gtg 2443 Tyr Gln Glu Phe Asp Tyr Val Lys Arg Ala Met Asn Leu Ser Val Val 85 90 95 100 gac tat ttg gtc aaa cct gtt gat aag gta gag ctg gga aat ctg ctg 2491 Asp Tyr Leu Val Lys Pro Val Asp Lys Val Glu Leu Gly Asn Leu Leu 105 110 115 gag aag att gca ggt cag ctc ggc gag aga ggg aag aaa agt cag act 2539 Glu Lys Ile Ala Gly Gln Leu Gly Glu Arg Gly Lys Lys Ser Gln Thr 120 125 130 ctt agt caa gaa tta gac gag gct gga ttt gtt agt tat tta ggg gat 2587 Leu Ser Gln Glu Leu Asp Glu Ala Gly Phe Val Ser Tyr Leu Gly Asp 135 140 145 aag gag aat tgg tgg ata ggt cta tcc aag gaa aaa caa ggt tcc ttc 2635 Lys Glu Asn Trp Trp Ile Gly Leu Ser Lys Glu Lys Gln Gly Ser Phe 150 155 160 acc att ccc tac tat gtc ttg ggt caa gcc tgg cag att ttc att tct 2683 Thr Ile Pro Tyr Tyr Val Leu Gly Gln Ala Trp Gln Ile Phe Ile Ser 165 170 175 180 gac caa ccc cta gat ggt tta gtc gtt aca cct ttt gaa gct cct tat 2731 Asp Gln Pro Leu Asp Gly Leu Val Val Thr Pro Phe Glu Ala Pro Tyr 185 190 195 caa gaa cat ttt gaa cgc tgg aag ctg aat gct gag aaa acc ctc ttt 2779 Gln Glu His Phe Glu Arg Trp Lys Leu Asn Ala Glu Lys Thr Leu Phe 200 205 210 tac ggt tct gta aat ctg cag cag tct gag agt ctc ttt gcc tat tac 2827 Tyr Gly Ser Val Asn Leu Gln Gln Ser Glu Ser Leu Phe Ala Tyr Tyr 215 220 225 gaa ccg att tat agg gtt atc att cag gga aat ctc aat caa atc gta 2875 Glu Pro Ile Tyr Arg Val Ile Ile Gln Gly Asn Leu Asn Gln Ile Val 230 235 240 gaa gag tta aat ctc ttg gag aag gta gtt ctt gaa aat acg ccg cga 2923 Glu Glu Leu Asn Leu Leu Glu Lys Val Val Leu Glu Asn Thr Pro Arg 245 250 255 260 att ccg att act aaa cag ctt ttt atc cag ttt gtc atg gat gtc ttc 2971 Ile Pro Ile Thr Lys Gln Leu Phe Ile Gln Phe Val Met Asp Val Phe 265 270 275 cat tta ttt gaa cat ctc aaa gct gat gat atg acg gac att gtc aaa 3019 His Leu Phe Glu His Leu Lys Ala Asp Asp Met Thr Asp Ile Val Lys 280 285 290 acc att cat gct att caa tcc ttc gat gaa ttg gtt tct tat atc aag 3067 Thr Ile His Ala Ile Gln Ser Phe Asp Glu Leu Val Ser Tyr Ile Lys 295 300 305 gaa act ctg atc agc ttt ttc ggt caa tac cgt atg aat gaa aat gtg 3115 Glu Thr Leu Ile Ser Phe Phe Gly Gln Tyr Arg Met Asn Glu Asn Val 310 315 320 gtc agt gtg ctg gaa gtc att ggt cgt gat tac caa aaa gag ctt tcc 3163 Val Ser Val Leu Glu Val Ile Gly Arg Asp Tyr Gln Lys Glu Leu Ser 325 330 335 340 ctc aag gat atc agt aag gcc ctc ttt atc aat cct gtc tat cta ggg 3211 Leu Lys Asp Ile Ser Lys Ala Leu Phe Ile Asn Pro Val Tyr Leu Gly 345 350 355 cag ttg att aag cgt gaa acc gat tcg acc ttt gca gag tta cta aac 3259 Gln Leu Ile Lys Arg Glu Thr Asp Ser Thr Phe Ala Glu Leu Leu Asn 360 365 370 aaa caa cgt att aag gct gcc caa caa ctt ttg ctt tca act agt gac 3307 Lys Gln Arg Ile Lys Ala Ala Gln Gln Leu Leu Leu Ser Thr Ser Asp 375 380 385 agc atc gaa aat att tgt tat gct gtt ggt tac agt aac ctt gga tat 3355 Ser Ile Glu Asn Ile Cys Tyr Ala Val Gly Tyr Ser Asn Leu Gly Tyr 390 395 400 ttc tat aaa gtt ttc cga aaa ttg tgc gga aaa tcg cca aaa gcc tac 3403 Phe Tyr Lys Val Phe Arg Lys Leu Cys Gly Lys Ser Pro Lys Ala Tyr 405 410 415 420 cga aaa cag gta gaa act ata cta taagatttgt attcctttac aaaatg 3453 Arg Lys Gln Val Glu Thr Ile Leu 425
【０１５５】<210> 2 <211> 428 <212> PRT <213> Streptococcus pneumoniae <400> 2 Met Tyr Lys Val Leu Leu Val Asp Asp Glu Tyr Met Val Thr Glu Gly 1 5 10 15 Leu Lys Arg Leu Ile Pro Phe Asp Lys Trp Asp Met Glu Val Val Ala 20 25 30 Thr Val Ser His Ala Asp Glu Ala Leu Glu Tyr Val Gln Glu Asn Pro 35 40 45 Val Asp Val Ile Ile Ser Asp Val Asn Met Pro Asp Lys Thr Gly Leu 50 55 60 Asp Met Ile Arg Glu Met Lys Glu Ile Leu Pro Asp Ala Ala Tyr Ile 65 70 75 80 Leu Leu Ser Gly Tyr Gln Glu Phe Asp Tyr Val Lys Arg Ala Met Asn 85 90 95 Leu Ser Val Val Asp Tyr Leu Val Lys Pro Val Asp Lys Val Glu Leu 100 105 110 Gly Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ala Gly Gln Leu Gly Glu Arg Gly Lys 115 120 125 Lys Ser Gln Thr Leu Ser Gln Glu Leu Asp Glu Ala Gly Phe Val Ser 130 135 140 Tyr Leu Gly Asp Lys Glu Asn Trp Trp Ile Gly Leu Ser Lys Glu Lys 145 150 155 160 Gln Gly Ser Phe Thr Ile Pro Tyr Tyr Val Leu Gly Gln Ala Trp Gln 165 170 175 Ile Phe Ile Ser Asp Gln Pro Leu Asp Gly Leu Val Val Thr Pro Phe 180 185 190 Glu Ala Pro Tyr Gln Glu His Phe Glu Arg Trp Lys Leu Asn Ala Glu 195 200 205 Lys Thr Leu Phe Tyr Gly Ser Val Asn Leu Gln Gln Ser Glu Ser Leu 210 215 220 Phe Ala Tyr Tyr Glu Pro Ile Tyr Arg Val Ile Ile Gln Gly Asn Leu 225 230 235 240 Asn Gln Ile Val Glu Glu Leu Asn Leu Leu Glu Lys Val Val Leu Glu 245 250 255 Asn Thr Pro Arg Ile Pro Ile Thr Lys Gln Leu Phe Ile Gln Phe Val 260 265 270 Met Asp Val Phe His Leu Phe Glu His Leu Lys Ala Asp Asp Met Thr 275 280 285 Asp Ile Val Lys Thr Ile His Ala Ile Gln Ser Phe Asp Glu Leu Val 290 295 300 Ser Tyr Ile Lys Glu Thr Leu Ile Ser Phe Phe Gly Gln Tyr Arg Met 305 310 315 320 Asn Glu Asn Val Val Ser Val Leu Glu Val Ile Gly Arg Asp Tyr Gln 325 330 335 Lys Glu Leu Ser Leu Lys Asp Ile Ser Lys Ala Leu Phe Ile Asn Pro 340 345 350 Val Tyr Leu Gly Gln Leu Ile Lys Arg Glu Thr Asp Ser Thr Phe Ala 355 360 365 Glu Leu Leu Asn Lys Gln Arg Ile Lys Ala Ala Gln Gln Leu Leu Leu 370 375 380 Ser Thr Ser Asp Ser Ile Glu Asn Ile Cys Tyr Ala Val Gly Tyr Ser 385 390 395 400 Asn Leu Gly Tyr Phe Tyr Lys Val Phe Arg Lys Leu Cys Gly Lys Ser 405 410 415 Pro Lys Ala Tyr Arg Lys Gln Val Glu Thr Ile Leu 420 425
【０１５６】<210> 3 <211> 3453 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <400> 3 cttatatgca gaacatggtt atagctttcg ggaatacagt ttgaaggagg cttggtctct 60 ttacaagcaa aattttatct caagcaacct gattttctat agctttttag gtgtgggtct 120 agttttgacc tatggtttgt atctcttggt gcaattgcct catcagacca ttgttcattt 180 gattgcgacc cttttgaatg tcctagtagt tgccctgatc tttttggctt atacagtatc 240 tttaaaatta caagtttatt ttgccttgtc ctatcgaaat agtctcaaat tatccttgat 300 tggcatcttt atgagtctag cagctgtggc taaggttctc cttgggactg tgctacttgt 360 agcaattggt tactatatgc ctgccctgct attttttgta ggaattggga tgtggcattt 420 ctttatcagt gatatgttgg aacctgtcta tgaaatcatc catgaaaaat tggcgacaaa 480 atagaatgaa gcacttttgg ctacatacgc ttctaagaac ctatagttca gtgatgatca 540 ttatcattgc gagttttgca atcttactct cttacgctga ctgggattca cgtgaaaagg 600 aagcccagag agtagcccag cgtgtaactg ctagaacagt gagtgaaatt gaatattacc 660 atagagagtc aacccagata gctcaggctt tagttgaaaa ccaagctcgt attgagggaa 720 tctataaata ctttagcctt agcatgccag actattttta ctggcaatta gagcggaaag 780 cttcgcctta tatatcagtc tctctgtatg aaaatgttga tgacctctat gttcgaaatg 840 attttgtaac tggggtggcc attgcttttc aagattacaa ggaagtctat gtttctacta 900 aagacaaacg tagtggagaa aaaatcaggg ctgaggattt caaaccagca ggaaatagtt 960 ttgccattcc agtgtcagat ccagtgtcag atcaagactt aggagtgatt tacatctcct 1020 tggatcctgc tgttttatac catgccattg ataatactag aggtcatact ccgatggcag 1080 taacagtgac cgaacctttt gatacggaga tttttcatat tggtgagaca gttgataagg 1140 agagtgaaaa ttggctagtt ggcttaactt ctcatggtta tcaggttcag gtggcagttc 1200 ccaaaaactt tgttttacaa ggaacggtga ccagctctgc tttgattgtg ggcttgagcc 1260 ttctctttat tgtcattctt tatctgactt tgaggcagac ctttgctaat tatcaaaagc 1320 aggtagtgga tttggtggat tccatccaag ctattgccca aggacaagaa ggtcttcgca 1380 ttgatacgct tgaaaaggat caggaattgc tcctaatcgc ggagacgacc aatgatatgt 1440 tggatcgatt ggaaaagaat atccatgata tttaccagtt agaactcagt caaaaagatg 1500 ccaatatgcg ggccttgcag gcgcaaatca atcctcattt tatgtataat acgctggagt 1560 tcttgcgcat gtatgcagtt atgcagagtc aagatgagtt ggcagatatc atttatgaat 1620 tcagtagtct cttgcgtaac aatatttccg acgaaagaga gaccctcctc aaacaggaat 1680 tagaattttg ccgtaaatac agctatctct gcatggttcg ctatcccaag tccattgcct 1740 atggtttcaa gatagatcca gagttagaga atatgaagat tcccaagttt accttgcaac 1800 cgctggtaga aaactatttc gcgcatggtg ttgaccacag gcggacagat aatgtgatta 1860 gcatcaaggc tcttaaacag gatggttttg tggaaatttt ggtggtcgat aatggtagag 1920 gaatgtcggc tgaaaagttg gcaaatatcc gagaaaaatt aagtcagaga tattttgaac 1980 accaagccag ctacagtgat caaaggcagt ctatcgggat tgtcaatgta cacgagcgtt 2040 ttgtgctcta ttttggagac cgctatgcca ttactataga gtctgcagag caagccggtg 2100 ttcagtatcg tattacaatt caagatgagt agaaagggag aaaatgtata aagtattatt 2160 agtagatgat gagtacatgg tgacagaagg tctgaagcgt ttgattccct ttgataagtg 2220 ggatatggag gtcgtcgcaa cagtcagtca tgccgatgaa gctctagaat atgttcagga 2280 aaatcctgtc gatgtcatca tttccgatgt caatatgcca gacaaaacag ggcttgatat 2340 gattcgggag atgaaagaga tcttaccaga tgctgcctat atcctgctct caggttatca 2400 ggagtttgat tatgtaaaaa gagcaatgaa tcttagtgtg gtggactatt tggtcaaacc 2460 tgttgataag gtagagctgg gaaatctgct ggagaagatt gcaggtcagc tcggcgagag 2520 agggaagaaa agtcagactc ttagtcaaga attagacgag gctggatttg ttagttattt 2580 aggggataag gagaattggt ggataggtct atccaaggaa aaacaaggtt ccttcaccat 2640 tccctactat gtcttgggtc aagcctggca gattttcatt tctgaccaac ccctagatgg 2700 tttagtcgtt acaccttttg aagctcctta tcaagaacat tttgaacgct ggaagctgaa 2760 tgctgagaaa accctctttt acggttctgt aaatctgcag cagtctgaga gtctctttgc 2820 ctattacgaa ccgatttata gggttatcat tcagggaaat ctcaatcaaa tcgtagaaga 2880 gttaaatctc ttggagaagg tagttcttga aaatacgccg cgaattccga ttactaaaca 2940 gctttttatc cagtttgtca tggatgtctt ccatttattt gaacatctca aagctgatga 3000 tatgacggac attgtcaaaa ccattcatgc tattcaatcc ttcgatgaat tggtttctta 3060 tatcaaggaa actctgatca gctttttcgg tcaataccgt atgaatgaaa atgtggtcag 3120 tgtgctggaa gtcattggtc gtgattacca aaaagagctt tccctcaagg atatcagtaa 3180 ggccctcttt atcaatcctg tctatctagg gcagttgatt aagcgtgaaa ccgattcgac 3240 ctttgcagag ttactaaaca aacaacgtat taaggctgcc caacaacttt tgctttcaac 3300 tagtgacagc atcgaaaata tttgttatgc tgttggttac agtaaccttg gatatttcta 3360 taaagttttc cgaaaattgt gcggaaaatc gccaaaagcc taccgaaaac aggtagaaac 3420 tatactataa gatttgtatt cctttacaaa atg 3453
【０１５７】<210> 4 <211> 428 <212> PRT <213> Streptococcus pneumoniae <400> 4 Met Tyr Lys Val Leu Leu Val Asp Asp Glu Tyr Met Val Thr Glu Gly 1 5 10 15 Leu Lys Arg Leu Ile Pro Phe Asp Lys Trp Asp Met Glu Val Val Ala 20 25 30 Thr Val Ser His Ala Asp Glu Ala Leu Glu Tyr Val Gln Glu Asn Pro 35 40 45 Val Asp Val Ile Ile Ser Asp Val Asn Met Pro Asp Lys Thr Gly Leu 50 55 60 Asp Met Ile Arg Glu Met Lys Glu Ile Leu Pro Asp Ala Ala Tyr Ile 65 70 75 80 Leu Leu Ser Gly Tyr Gln Glu Phe Asp Tyr Val Lys Arg Ala Met Asn 85 90 95 Leu Ser Val Val Asp Tyr Leu Val Lys Pro Val Asp Lys Val Glu Leu 100 105 110 Gly Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ala Gly Gln Leu Gly Glu Arg Gly Lys 115 120 125 Lys Ser Gln Thr Leu Ser Gln Glu Leu Asp Glu Ala Gly Phe Val Ser 130 135 140 Tyr Leu Gly Asp Lys Glu Asn Trp Trp Ile Gly Leu Ser Lys Glu Lys 145 150 155 160 Gln Gly Ser Phe Thr Ile Pro Tyr Tyr Val Leu Gly Gln Ala Trp Gln 165 170 175 Ile Phe Ile Ser Asp Gln Pro Leu Asp Gly Leu Val Val Thr Pro Phe 180 185 190 Glu Ala Pro Tyr Gln Glu His Phe Glu Arg Trp Lys Leu Asn Ala Glu 195 200 205 Lys Thr Leu Phe Tyr Gly Ser Val Asn Leu Gln Gln Ser Glu Ser Leu 210 215 220 Phe Ala Tyr Tyr Glu Pro Ile Tyr Arg Val Ile Ile Gln Gly Asn Leu 225 230 235 240 Asn Gln Ile Val Glu Glu Leu Asn Leu Leu Glu Lys Val Val Leu Glu 245 250 255 Asn Thr Pro Arg Ile Pro Ile Thr Lys Gln Leu Phe Ile Gln Phe Val 260 265 270 Met Asp Val Phe His Leu Phe Glu His Leu Lys Ala Asp Asp Met Thr 275 280 285 Asp Ile Val Lys Thr Ile His Ala Ile Gln Ser Phe Asp Glu Leu Val 290 295 300 Ser Tyr Ile Lys Glu Thr Leu Ile Ser Phe Phe Gly Gln Tyr Arg Met 305 310 315 320 Asn Glu Asn Val Val Ser Val Leu Glu Val Ile Gly Arg Asp Tyr Gln 325 330 335 Lys Glu Leu Ser Leu Lys Asp Ile Ser Lys Ala Leu Phe Ile Asn Pro 340 345 350 Val Tyr Leu Gly Gln Leu Ile Lys Arg Glu Thr Asp Ser Thr Phe Ala 355 360 365 Glu Leu Leu Asn Lys Gln Arg Ile Lys Ala Ala Gln Gln Leu Leu Leu 370 375 380 Ser Thr Ser Asp Ser Ile Glu Asn Ile Cys Tyr Ala Val Gly Tyr Ser 385 390 395 400 Asn Leu Gly Tyr Phe Tyr Lys Val Phe Arg Lys Leu Cys Gly Lys Ser 405 410 415 Pro Lys Ala Tyr Arg Lys Gln Val Glu Thr Ile Leu 420 425
【０１５８】<210> 5 <211> 3453 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <220> <221> CDS <222> (450)...(2129) <400> 5 cttatatgca gaacatggtt atagctttcg ggaatacagt ttgaaggagg cttggtctct 60 ttacaagcaa aattttatct caagcaacct gattttctat agctttttag gtgtgggtct 120 agttttgacc tatggtttgt atctcttggt gcaattgcct catcagacca ttgttcattt 180 gattgcgacc cttttgaatg tcctagtagt tgccctgatc tttttggctt atacagtatc 240 tttaaaatta caagtttatt ttgccttgtc ctatcgaaat agtctcaaat tatccttgat 300 tggcatcttt atgagtctag cagctgtggc taaggttctc cttgggactg tgctacttgt 360 agcaattggt tactatatgc ctgccctgct attttttgta ggaattggga tgtggcattt 420 ctttatcagt gatatgttgg aacctgtct atg aaa tca tcc atg aaa aat tgg 473 Met Lys Ser Ser Met Lys Asn Trp 1 5 cga caa aat aga atg aag cac ttt tgg cta cat acg ctt cta aga acc 521 Arg Gln Asn Arg Met Lys His Phe Trp Leu His Thr Leu Leu Arg Thr 10 15 20 tat agt tca gtg atg atc att atc att gcg agt ttt gca atc tta ctc 569 Tyr Ser Ser Val Met Ile Ile Ile Ile Ala Ser Phe Ala Ile Leu Leu 25 30 35 40 tct tac gct gac tgg gat tca cgt gaa aag gaa gcc cag aga gta gcc 617 Ser Tyr Ala Asp Trp Asp Ser Arg Glu Lys Glu Ala Gln Arg Val Ala 45 50 55 cag cgt gta act gct aga aca gtg agt gaa att gaa tat tac cat aga 665 Gln Arg Val Thr Ala Arg Thr Val Ser Glu Ile Glu Tyr Tyr His Arg 60 65 70 gag tca acc cag ata gct cag gct tta gtt gaa aac caa gct cgt att 713 Glu Ser Thr Gln Ile Ala Gln Ala Leu Val Glu Asn Gln Ala Arg Ile 75 80 85 gag gga atc tat aaa tac ttt agc ctt agc atg cca gac tat ttt tac 761 Glu Gly Ile Tyr Lys Tyr Phe Ser Leu Ser Met Pro Asp Tyr Phe Tyr 90 95 100 tgg caa tta gag cgg aaa gct tcg cct tat ata tca gtc tct ctg tat 809 Trp Gln Leu Glu Arg Lys Ala Ser Pro Tyr Ile Ser Val Ser Leu Tyr 105 110 115 120 gaa aat gtt gat gac ctc tat gtt cga aat gat ttt gta act ggg gtg 857 Glu Asn Val Asp Asp Leu Tyr Val Arg Asn Asp Phe Val Thr Gly Val 125 130 135 gcc att gct ttt caa gat tac aag gaa gtc tat gtt tct act aaa gac 905 Ala Ile Ala Phe Gln Asp Tyr Lys Glu Val Tyr Val Ser Thr Lys Asp 140 145 150 aaa cgt agt gga gaa aaa atc agg gct gag gat ttc aaa cca gca gga 953 Lys Arg Ser Gly Glu Lys Ile Arg Ala Glu Asp Phe Lys Pro Ala Gly 155 160 165 aat agt ttt gcc att cca gtg tca gat cca gtg tca gat caa gac tta 1001 Asn Ser Phe Ala Ile Pro Val Ser Asp Pro Val Ser Asp Gln Asp Leu 170 175 180 gga gtg att tac atc tcc ttg gat cct gct gtt tta tac cat gcc att 1049 Gly Val Ile Tyr Ile Ser Leu Asp Pro Ala Val Leu Tyr His Ala Ile 185 190 195 200 gat aat act aga ggt cat act ccg atg gca gta aca gtg acc gaa cct 1097 Asp Asn Thr Arg Gly His Thr Pro Met Ala Val Thr Val Thr Glu Pro 205 210 215 ttt gat acg gag att ttt cat att ggt gag aca gtt gat aag gag agt 1145 Phe Asp Thr Glu Ile Phe His Ile Gly Glu Thr Val Asp Lys Glu Ser 220 225 230 gaa aat tgg cta gtt ggc tta act tct cat ggt tat cag gtt cag gtg 1193 Glu Asn Trp Leu Val Gly Leu Thr Ser His Gly Tyr Gln Val Gln Val 235 240 245 gca gtt ccc aaa aac ttt gtt tta caa gga acg gtg acc agc tct gct 1241 Ala Val Pro Lys Asn Phe Val Leu Gln Gly Thr Val Thr Ser Ser Ala 250 255 260 ttg att gtg ggc ttg agc ctt ctc ttt att gtc att ctt tat ctg act 1289 Leu Ile Val Gly Leu Ser Leu Leu Phe Ile Val Ile Leu Tyr Leu Thr 265 270 275 280 ttg agg cag acc ttt gct aat tat caa aag cag gta gtg gat ttg gtg 1337 Leu Arg Gln Thr Phe Ala Asn Tyr Gln Lys Gln Val Val Asp Leu Val 285 290 295 gat tcc atc caa gct att gcc caa gga caa gaa ggt ctt cgc att gat 1385 Asp Ser Ile Gln Ala Ile Ala Gln Gly Gln Glu Gly Leu Arg Ile Asp 300 305 310 acg ctt gaa aag gat cag gaa ttg ctc cta atc gcg gag acg acc aat 1433 Thr Leu Glu Lys Asp Gln Glu Leu Leu Leu Ile Ala Glu Thr Thr Asn 315 320 325 gat atg ttg gat cga ttg gaa aag aat atc cat gat att tac cag tta 1481 Asp Met Leu Asp Arg Leu Glu Lys Asn Ile His Asp Ile Tyr Gln Leu 330 335 340 gaa ctc agt caa aaa gat gcc aat atg cgg gcc ttg cag gcg caa atc 1529 Glu Leu Ser Gln Lys Asp Ala Asn Met Arg Ala Leu Gln Ala Gln Ile 345 350 355 360 aat cct cat ttt atg tat aat acg ctg gag ttc ttg cgc atg tat gca 1577 Asn Pro His Phe Met Tyr Asn Thr Leu Glu Phe Leu Arg Met Tyr Ala 365 370 375 gtt atg cag agt caa gat gag ttg gca gat atc att tat gaa ttc agt 1625 Val Met Gln Ser Gln Asp Glu Leu Ala Asp Ile Ile Tyr Glu Phe Ser 380 385 390 agt ctc ttg cgt aac aat att tcc gac gaa aga gag acc ctc ctc aaa 1673 Ser Leu Leu Arg Asn Asn Ile Ser Asp Glu Arg Glu Thr Leu Leu Lys 395 400 405 cag gaa tta gaa ttt tgc cgt aaa tac agc tat ctc tgc atg gtt cgc 1721 Gln Glu Leu Glu Phe Cys Arg Lys Tyr Ser Tyr Leu Cys Met Val Arg 410 415 420 tat ccc aag tcc att gcc tat ggt ttc aag ata gat cca gag tta gag 1769 Tyr Pro Lys Ser Ile Ala Tyr Gly Phe Lys Ile Asp Pro Glu Leu Glu 425 430 435 440 aat atg aag att ccc aag ttt acc ttg caa ccg ctg gta gaa aac tat 1817 Asn Met Lys Ile Pro Lys Phe Thr Leu Gln Pro Leu Val Glu Asn Tyr 445 450 455 ttc gcg cat ggt gtt gac cac agg cgg aca gat aat gtg att agc atc 1865 Phe Ala His Gly Val Asp His Arg Arg Thr Asp Asn Val Ile Ser Ile 460 465 470 aag gct ctt aaa cag gat ggt ttt gtg gaa att ttg gtg gtc gat aat 1913 Lys Ala Leu Lys Gln Asp Gly Phe Val Glu Ile Leu Val Val Asp Asn 475 480 485 ggt aga gga atg tcg gct gaa aag ttg gca aat atc cga gaa aaa tta 1961 Gly Arg Gly Met Ser Ala Glu Lys Leu Ala Asn Ile Arg Glu Lys Leu 490 495 500 agt cag aga tat ttt gaa cac caa gcc agc tac agt gat caa agg cag 2009 Ser Gln Arg Tyr Phe Glu His Gln Ala Ser Tyr Ser Asp Gln Arg Gln 505 510 515 520 tct atc ggg att gtc aat gta cac gag cgt ttt gtg ctc tat ttt gga 2057 Ser Ile Gly Ile Val Asn Val His Glu Arg Phe Val Leu Tyr Phe Gly 525 530 535 gac cgc tat gcc att act ata gag tct gca gag caa gcc ggt gtt cag 2105 Asp Arg Tyr Ala Ile Thr Ile Glu Ser Ala Glu Gln Ala Gly Val Gln 540 545 550 tat cgt att aca att caa gat gag tagaaaggga gaaaatgtat aaagtattat 2159 Tyr Arg Ile Thr Ile Gln Asp Glu 555 560 tagtagatga tgagtacatg gtgacagaag gtctgaagcg tttgattccc tttgataagt 2219 gggatatgga ggtcgtcgca acagtcagtc atgccgatga agctctagaa tatgttcagg 2279 aaaatcctgt cgatgtcatc atttccgatg tcaatatgcc agacaaaaca gggcttgata 2339 tgattcggga gatgaaagag atcttaccag atgctgccta tatcctgctc tcaggttatc 2399 aggagtttga ttatgtaaaa agagcaatga atcttagtgt ggtggactat ttggtcaaac 2459 ctgttgataa ggtagagctg ggaaatctgc tggagaagat tgcaggtcag ctcggcgaga 2519 gagggaagaa aagtcagact cttagtcaag aattagacga ggctggattt gttagttatt 2579 taggggataa ggagaattgg tggataggtc tatccaagga aaaacaaggt tccttcacca 2639 ttccctacta tgtcttgggt caagcctggc agattttcat ttctgaccaa cccctagatg 2699 gtttagtcgt tacacctttt gaagctcctt atcaagaaca ttttgaacgc tggaagctga 2759 atgctgagaa aaccctcttt tacggttctg taaatctgca gcagtctgag agtctctttg 2819 cctattacga accgatttat agggttatca ttcagggaaa tctcaatcaa atcgtagaag 2879 agttaaatct cttggagaag gtagttcttg aaaatacgcc gcgaattccg attactaaac 2939 agctttttat ccagtttgtc atggatgtct tccatttatt tgaacatctc aaagctgatg 2999 atatgacgga cattgtcaaa accattcatg ctattcaatc cttcgatgaa ttggtttctt 3059 atatcaagga aactctgatc agctttttcg gtcaataccg tatgaatgaa aatgtggtca 3119 gtgtgctgga agtcattggt cgtgattacc aaaaagagct ttccctcaag gatatcagta 3179 aggccctctt tatcaatcct gtctatctag ggcagttgat taagcgtgaa accgattcga 3239 cctttgcaga gttactaaac aaacaacgta ttaaggctgc ccaacaactt ttgctttcaa 3299 ctagtgacag catcgaaaat atttgttatg ctgttggtta cagtaacctt ggatatttct 3359 ataaagtttt ccgaaaattg tgcggaaaat cgccaaaagc ctaccgaaaa caggtagaaa 3419 ctatactata agatttgtat tcctttacaa aatg 3453
【０１５９】<210> 6 <211> 560 <212> PRT <213> Streptococcus pneumoniae <400> 6 Met Lys Ser Ser Met Lys Asn Trp Arg Gln Asn Arg Met Lys His Phe 1 5 10 15 Trp Leu His Thr Leu Leu Arg Thr Tyr Ser Ser Val Met Ile Ile Ile 20 25 30 Ile Ala Ser Phe Ala Ile Leu Leu Ser Tyr Ala Asp Trp Asp Ser Arg 35 40 45 Glu Lys Glu Ala Gln Arg Val Ala Gln Arg Val Thr Ala Arg Thr Val 50 55 60 Ser Glu Ile Glu Tyr Tyr His Arg Glu Ser Thr Gln Ile Ala Gln Ala 65 70 75 80 Leu Val Glu Asn Gln Ala Arg Ile Glu Gly Ile Tyr Lys Tyr Phe Ser 85 90 95 Leu Ser Met Pro Asp Tyr Phe Tyr Trp Gln Leu Glu Arg Lys Ala Ser 100 105 110 Pro Tyr Ile Ser Val Ser Leu Tyr Glu Asn Val Asp Asp Leu Tyr Val 115 120 125 Arg Asn Asp Phe Val Thr Gly Val Ala Ile Ala Phe Gln Asp Tyr Lys 130 135 140 Glu Val Tyr Val Ser Thr Lys Asp Lys Arg Ser Gly Glu Lys Ile Arg 145 150 155 160 Ala Glu Asp Phe Lys Pro Ala Gly Asn Ser Phe Ala Ile Pro Val Ser 165 170 175 Asp Pro Val Ser Asp Gln Asp Leu Gly Val Ile Tyr Ile Ser Leu Asp 180 185 190 Pro Ala Val Leu Tyr His Ala Ile Asp Asn Thr Arg Gly His Thr Pro 195 200 205 Met Ala Val Thr Val Thr Glu Pro Phe Asp Thr Glu Ile Phe His Ile 210 215 220 Gly Glu Thr Val Asp Lys Glu Ser Glu Asn Trp Leu Val Gly Leu Thr 225 230 235 240 Ser His Gly Tyr Gln Val Gln Val Ala Val Pro Lys Asn Phe Val Leu 245 250 255 Gln Gly Thr Val Thr Ser Ser Ala Leu Ile Val Gly Leu Ser Leu Leu 260 265 270 Phe Ile Val Ile Leu Tyr Leu Thr Leu Arg Gln Thr Phe Ala Asn Tyr 275 280 285 Gln Lys Gln Val Val Asp Leu Val Asp Ser Ile Gln Ala Ile Ala Gln 290 295 300 Gly Gln Glu Gly Leu Arg Ile Asp Thr Leu Glu Lys Asp Gln Glu Leu 305 310 315 320 Leu Leu Ile Ala Glu Thr Thr Asn Asp Met Leu Asp Arg Leu Glu Lys 325 330 335 Asn Ile His Asp Ile Tyr Gln Leu Glu Leu Ser Gln Lys Asp Ala Asn 340 345 350 Met Arg Ala Leu Gln Ala Gln Ile Asn Pro His Phe Met Tyr Asn Thr 355 360 365 Leu Glu Phe Leu Arg Met Tyr Ala Val Met Gln Ser Gln Asp Glu Leu 370 375 380 Ala Asp Ile Ile Tyr Glu Phe Ser Ser Leu Leu Arg Asn Asn Ile Ser 385 390 395 400 Asp Glu Arg Glu Thr Leu Leu Lys Gln Glu Leu Glu Phe Cys Arg Lys 405 410 415 Tyr Ser Tyr Leu Cys Met Val Arg Tyr Pro Lys Ser Ile Ala Tyr Gly 420 425 430 Phe Lys Ile Asp Pro Glu Leu Glu Asn Met Lys Ile Pro Lys Phe Thr 435 440 445 Leu Gln Pro Leu Val Glu Asn Tyr Phe Ala His Gly Val Asp His Arg 450 455 460 Arg Thr Asp Asn Val Ile Ser Ile Lys Ala Leu Lys Gln Asp Gly Phe 465 470 475 480 Val Glu Ile Leu Val Val Asp Asn Gly Arg Gly Met Ser Ala Glu Lys 485 490 495 Leu Ala Asn Ile Arg Glu Lys Leu Ser Gln Arg Tyr Phe Glu His Gln 500 505 510 Ala Ser Tyr Ser Asp Gln Arg Gln Ser Ile Gly Ile Val Asn Val His 515 520 525 Glu Arg Phe Val Leu Tyr Phe Gly Asp Arg Tyr Ala Ile Thr Ile Glu 530 535 540 Ser Ala Glu Gln Ala Gly Val Gln Tyr Arg Ile Thr Ile Gln Asp Glu 545 550 555 560
【０１６０】<210> 7 <211> 25 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <400> 7 atgtataaag tattattagt agatg 25
【０１６１】<210> 8 <211> 25 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <400> 8 tagtatagtt tctacctgtt ttcgg 25
【０１６２】<210> 9 <211> 25 <212> DNA <213> Streptococcus pneumoniae <400> 9 aactgagact ggctttaaga gatta 25
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 31/00 ６３１ Ａ６１Ｋ 31/00 ６３１Ｃ 38/00 39/09 39/09 39/395 Ｄ 39/395 Ｒ 45/00 45/00 48/00 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/705 Ｃ０７Ｋ 14/705 16/12 16/12 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ Ｃ１２Ｑ 1/68 33/48 Ｚ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/566 33/48 33/577 Ｂ 33/566 Ａ６１Ｋ 37/02 33/577 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｒ 1:46） (72)発明者 カレン・エイ・イングラハム アメリカ合衆国17922ペンシルベニア州オ ーバーン、ルーラル・ルート２番、ボック ス108エイ (72)発明者 イゴン・ジェ アメリカ合衆国19468ペンシルベニア州ロ イヤーズフォード、ケオクック・ロード50 番、アパートメント・エフ14 (72)発明者 デイビッド・ジョン・ホームズ アメリカ合衆国19380ペンシルベニア州ウ エスト・チェスター、ウッドミント・ドラ イブ126番 (72)発明者 マグダレーナ・サラカイン アメリカ合衆国19380ペンシルベニア州ウ エスト・チェスター、ウッドミント・ドラ イブ126番 (72)発明者 ジョン・スループ アメリカ合衆国19426ペンシルベニア州ロ イヤーズフォード、ブルック・ドライブ 506番 (72)発明者 サンジョイ・ビスワス アメリカ合衆国19301ペンシルベニア州パ オリ、サウス・バレー・ロード77番、アパ ートメント・ビー４
Claims (17)
- 【請求項１】 （ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
リペプチド からなる群より選択される単離ポリペプチド。 - 【請求項２】 （ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ド配列を含む単離ポリヌクレオチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のポリペプチドをコード
しているヌクレオチド配列に対してその全長にわたって
少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオ
チド； （ｉｉｉ）配列番号：１または３の全長にわたって配列
番号：１または３のヌクレオチド配列に対して少なくと
も （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
ド； （ｉｖ）配列番号：２または４のポリペプチドをコード
しているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
ド； （ｖ）配列番号：１または３のポリヌクレオチドである
単離ポリヌクレオチド。 （ｖｉ）厳密なハイブリダイゼーション条件下で配列番
号：１または３の配列またはそのフラグメントの配列を
有する標識プローブを用いて適当なライブラリーをスク
リーニングすることにより得ることのできる単離ポリヌ
クレオチド； （ｖｉｉ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ中に含
まれる応答レギュレーター遺伝子により発現される成熟
ポリペプチドをコードしている単離ポリヌクレオチド；
および （ｖｉｉｉ）（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉ
ｖ）、（ｖ）、（ｖｉ）または（ｖｉｉ）の該単離ポリ
ヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド配列か
らなる群より選択される単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項３】 請求項１のポリペプチドに対して抗原性
のある、あるいは免疫特異的な抗体。 - 【請求項４】 個体の治療方法であって、 （ｉ）請求項１のポリペプチドの活性または発現の促進
を必要とする個体については、 （ａ）該ポリペプチドに対する治療上有効量のアゴニス
トを個体に投与すること；または （ｂ）インビボで該ポリペプチドの活性を生じるような
形態の、該ポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列を含む単離ポリヌクレオチドを個体に提供する
ことを含み、あるいは （ｉｉ）請求項１のポリペプチドの活性または発現の阻
害を必要とする個体については、 （ａ）該ポリペプチドに対する治療上有効量のアンタゴ
ニストを個体に投与すること；または （ｂ）該ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ド配列の発現を阻害する核酸分子を個体に投与するこ
と；または （ｃ）リガンド、基質、または受容体を求めて該ポリペ
プチドと競争する治療上有効量のポリペプチドを個体に
投与することを含む、の治療方法。 - 【請求項５】 個体における請求項１のポリペプチドの
発現または活性に関連した、個体における疾病またはか
かる疾病に対する感受性の診断または予後の方法であっ
て、下記工程： （ａ）該個体のゲノム中の該ポリペプチドをコードして
いるヌクレオチド配列における変異の存在または不存在
を決定すること；または （ｂ）該個体由来の試料中の該ポリペプチドの発現の存
在または量を分析することを含む方法。 - 【請求項６】 請求項１のポリペプチドの機能を活性化
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
方法であって、 （ａ）候補化合物に直接または間接的に結合した標識を
用いてポリペプチドまたはポリペプチドを有する細胞も
しくは膜またはその融合蛋白への候補化合物の結合を測
定すること； （ｂ）標識競争物質の存在下でポリペプチドまたはポリ
ペプチドを有する細胞もしくは膜またはその融合蛋白へ
の候補化合物の結合を測定すること； （ｃ）ポリペプチドを有する細胞もしくは細胞膜に適す
る検出系を用いて、候補化合物がポリペプチドの活性化
または阻害により発生するシグナルを生じさせるかどう
かを試験すること； （ｄ）候補化合物と、請求項１のポリペプチドを含有す
る溶液とを混合して混合物を作成し、混合物中のポリペ
プチドの活性を測定し、次いで、混合物の活性を標準と
比較すること； （ｅ）例えばＥＬＩＳＡアッセイを用いて細胞中で該ポ
リペプチドをコードしているｍＲＮＡおよび該ポリペプ
チドの生成に対する候補化合物の影響を検出すること、
あるいは （ｆ）（１）化合物の相互作用を評価するために、化合
物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下
でポリペプチドを含む組成物をスクリーニングすべき化
合物と接触させ（かかる相互作用は、化合物とポリペプ
チドとの相互作用に応答した検出可能シグナルを生じる
ことのできる第２の成分に関連したものである）；次い
で （２）化合物とポリペプチドとの相互作用から生じるシ
グナルの存在または不存在を検出することにより、化合
物がポリペプチドと相互作用し、その活性を活性化また
は阻害するかどうかを決定することからなる群から選択
される方法を含む方法。 - 【請求項７】 請求項１のポリペプチドの活性または発
現についてのアゴニストまたはアンタゴニスト。 - 【請求項８】 適合する宿主中に存在する場合に、請求
項１のポリペプチドを生成する能力のあるポリヌクレオ
チドを含む発現系。 - 【請求項９】 （ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
リペプチド からなる群より選択されるポリペプチドを発現する、請
求項８の発現系を含む宿主細胞またはその膜。 - 【請求項１０】 （ｉ）配列番号：２または４の全長に
わたって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して
少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
リペプチドからなる群より選択されるポリペプチドの製
造方法であって、該ポリペプチドの生成に十分な条件下
で請求項９の宿主細胞を培養することを含む方法。 - 【請求項１１】 （ｉ）配列番号：２または４の全長に
わたって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して
少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
リペプチドからなる群より選択されるポリペプチドを発
現する、請求項８の発現系を含む宿主細胞またはその膜
の製造方法であって、適合宿主中に存在する場合に上記
ポリペプチド（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉ
ｖ）を生成可能なポリヌクレオチドを含む発現系で細胞
を形質転換またはトランスフェクションして、適当な培
養条件下で宿主細胞が上記ポリペプチド（ｉ）、（ｉ
ｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）を生成するようにする
ことを含む方法。 - 【請求項１２】 （ｉ）配列番号：２または４の全長に
わたって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して
少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
単離ポリペプチド；および （ｖｉ）配列番号：１または３のポリヌクレオチド配列
を含む組み換えポリヌクレオチドによりコードされるポ
リペプチドからなる群より選択されるポリペプチドを発
現する、請求項１１の方法により製造される宿主細胞ま
たはその膜。 - 【請求項１３】 配列番号：１または３の配列を含むポ
リヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポ
リペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１また
は３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセ
ット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の
配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列
番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を
表すデータセット；配列番号：２または４の配列を含む
ポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配
列を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を
含むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を
含むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：
１または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配
列のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２また
は４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチ
ド配列を表すデータセット；配列番号：２または４の配
列を含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレ
オチド配列を表すデータセットからなる群より選択され
るメンバーを保存したコンピューター読み込み可能媒
体。 - 【請求項１４】 相同性の同定を行うためのコンピュー
ターによる方法であって、配列番号：１または３の配列
を含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み
可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド配列
を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド配列と比較して相同性を同定する工程を含む方法。 - 【請求項１５】 ポリクレオチドアッセンブリーのため
のコンピューターによる方法であって、配列番号：１ま
たは３の配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
１のポリヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配
列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
する工程を含む方法。 - 【請求項１６】 （ａ）配列番号：３の全長にわたって
配列番号：３に対して少なくとも７０％、８０％、９０
％、９５％、９７％の同一性を有するヌクレオチド配列
を含む単離ポリヌクレオチド； （ｂ）配列番号：３のポリヌクレオチドを含む単離ポリ
ヌクレオチド； （ｃ）配列番号：３のポリヌクレオチド；または （ｄ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０
％、９５％、９７〜９９％の同一性を有するポリペプチ
ドをコードしているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌ
クレオチドからなる群より選択される単離ポリヌクレオ
チド。 - 【請求項１７】 （ａ）配列番号：４の全長にわたって
配列番号：４のアミノ酸配列に対して少なくとも７０
％、８０％、９０％、９５％、９７〜９９％の同一性を
有するアミノ酸配列を含むポリペプチド； （ｂ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０
％、９５％、９７〜９９％同一であるアミノ酸配列を有
するポリペプチド； （ｃ）配列番号：４のアミノ酸を含むポリペプチド； （ｄ）配列番号：４のポリペプチドであるポリペプチド （ｅ）配列番号：３に含まれる配列を含むポリヌクレオ
チドによりコードされるポリペプチドからなる群より選
択されるポリペプチド。
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