JPH11253178A

JPH11253178A - Ａｂｃ輸送体

Info

Publication number: JPH11253178A
Application number: JP10322783A
Authority: JP
Inventors: Richard L Warren; リチャード・ロイド・ウォーレン
Original assignee: SmithKline Beecham Corp
Current assignee: SmithKline Beecham Corp
Priority date: 1997-10-07
Filing date: 1998-10-07
Publication date: 1999-09-21
Also published as: EP0908516A1; CA2249715A1; EP1074623A1

Abstract

(57)【要約】【課題】ＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよび該ポリペプ
チドをコードしているポリヌクレオチドを提供する。【解決手段】ＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよびＡＢＣ
輸送体ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチ
ド、ならびに組み換え法によるかかるポリペプチドの製
造方法を提供する。また、抗細菌化合物をスクリーニン
グするためにＡＢＣ輸送体ポリペプチドを利用する方法
を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関する。特に、本発明は、Ａ
ＢＣ輸送体ファミリーのポリヌクレオチドおよびポリペ
プチドならびにそれらの変種（以下、「ＡＢＣ輸送
体」、「ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチド」、および場合
により「ＡＢＣ輸送体ポリペプチド」と称する）に関す
る。

【０００２】

【従来の技術】スタフィロコッカス属（Staphylococc
i）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発に用い
ることは特に好ましい。スタフィロコッカス属は医学的
に重要な微生物属を形成している。それらは２つのタイ
プの疾病、すなわち、侵入的および毒素生成的疾病を引
き起こすことが知られている。一般的には、侵入的感染
は皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成に
より特徴づけられる。エス・アウレウス（S. aureus）
は癌患者における菌血症の第２の主要原因である。骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性細
菌性心内膜炎も比較的よく見られる。スタフィロコッカ
ス属の毒素生成的特性により生じる３つの臨床的症状が
ある。これらの疾病の明らかな徴候は、組織侵入および
菌血症に対立するものとしてのエンドトキシンの作用に
より生じる。これらの症状は、スタフィロコッカス食中
毒、熱傷皮膚症候群およびトキシンショック症候群を包
含する。

【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻
度は過去２０〜３０年間に劇的に上昇している。これは
多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人
口の増加に起因している。いくつかのまたはすべての標
準的な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカ
ス・アウレウス株を単離することはもはやめずらしいこ
とではない。この現象がこの生物に対する新しい抗菌
剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成し
た。

【０００４】そのうえ、薬剤の発見方法は、現在のとこ
ろ、「機能的遺伝学」、すなわち、高処理量のゲノムま
たは遺伝子に基づく生物学を包含するので抜本的な改革
を受けている。このアプローチは、「位置的クローニン
グ」に基づく初期のアプローチおよび他の方法に取って
代わりつつある。機能的遺伝学は、現在利用可能な多く
の分子生物学的データベースならびに他のソースから潜
在的に興味ある遺伝子配列を同定するための種々の道具
に大きく依存している。薬剤の発見の標的としての、さ
らなる遺伝子および他のポリヌクレオチド配列ならびに
それらの関連ポリペプチドの同定および特徴づけをする
必要性があり続けている。

【０００５】抗微生物質活性に関して化合物をスクリー
ニングするために有用であるという利点を有した、本発
明のＡＢＣ輸送体具体例のごとき因子に対する要望があ
ることは明白である。かかる因子はまた、感染、機能不
全および疾患の発生病理における役割を決定するのに有
用である。感染、機能不全および疾患を予防、改善また
は治癒するための方法を見出すために、かかる因子なら
びにそのアンタゴニストおよびアゴニストを同定および
特徴づけする必要も明らかにある。

【０００６】

【発明が解決しようとする課題】本発明は、ＡＢＣ輸送
体、詳細にはＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよびＡＢＣ輸
送体ポリヌクレオチド、組み換え物質ならびにそれらの
製造方法に関する。もう１つの態様において、本発明
は、かかるポリペプチドおよびポリヌクレオチドの使用
方法に関し、とりわけ、微生物による疾病の治療を包含
する。さらなる態様において、本発明は、本発明により
提供される材料を用いるアゴニストおよびアンタゴニス
トの同定方法、ならびに同定されたアゴニストまたはア
ンタゴニストを用いる微生物による感染およびかかる感
染に関連した症状の治療方法に関する。さらなる態様に
おいて、本発明は、微生物による感染およびかかる感染
に関連した症状の検出のための診断アッセイ、例えば、
ＡＢＣ輸送体発現または活性の検出のためのアッセイに
関する。

【０００７】開示された本発明の精神および範囲内での
種々の変更および修飾は、以下の説明を読み、本開示の
他の部分を読めば、当業者に容易に明らかになるであろ
う。

【０００８】

【課題を解決するための手段】以下により詳細に説明す
るように、本発明は、ＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよび
ポリヌクレオチドに関する。詳細には、本発明は、ＡＢ
Ｃ輸送体、ＡＴＰ−結合蛋白［Arheoglobus fulgidus］
ＡＥ００１０３３ポリペプチドに対するアミノ酸配列相
同性により関連づけられるスタフィロコッカス・アウレ
ウス（Staphylococcus aureus）のＡＢＣ輸送体のポリ
ペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特に、本発
明は、それぞれ配列番号：１および配列番号：２として
表１に示されるヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有す
るＡＢＣ輸送体に関する。当業者は、かかる配列をリボ
ポリヌクレオチドを包含するポリヌクレオチドに一般的
にうまく用られることを認識するであろうから、「ＤＮ
Ａ」として下記配列表に示す配列は本発明の典型例であ
る。

【０００９】表１ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列（Ａ）スタフィロコッカス・アウレウスのＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチド配列［配列番号１］ 5'- TGTGGATCCTATCGAAGCAATTGGAGGTGCAGAATAATGGCATTAGTCGTTAAAGATATCGTCAAAAATTTC GGAGAAGGTTTGTCTGAAACAAAAGTTTTAAAAGGTATTAATTTTGAAGTGGAACAAGGGGAATTTGTCATT TTAAATGGTGCCTCTGGTTCTGGGAAAACAACATTGCTAACGATATTAGGCGGATTGTTAAGTCAAACGAGT GGTACAGTGCTTTACAATGATGCACCATTGTTTGATAAACAGCATCCTCCTAGTGATTTGCGATTGGAAGAT ATTGGTATTATTATTCAATCTTCACATATAGTTCCTTATTTAAAAGTGATAGAGCAATTGACACTAGTAGGC CAAGAAGCGGGAATGACCAAACAACAAAGTTCAACAAGAGCAATACAACTTTTGAAAAATATTGGGTTAGAA GATCGCTTGAATGTATATCCGCATCAGTTATCTGGCGGTGAAAAGCAACGTGTTGCGATTATGAGAGCATTT ATGAATAATCCGAAAATCATTTTAGCAGATGAGCCCACAGCAAGCTTAGATGCCGATAGAGCAAAAAAAGTT GTTGAGATGATACGTCAACAAATTAAAGAACAACAAATGATTGGTATTATGATTACACACGATCGAAGATTA TTTGAATATGCAGATAGAGTGATAGAATTAGAAGATGGCAAAATAACTGATTAG-3'

【００１０】（Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より推定されるスタフィロコッカス・アウレウスのＡＢＣ輸送体ポリペプチド配列［配列番号２］ NH₂- CGSYRSNWRCRIMALVVKDIVKNFGEGLSETKVLKGINFEVEQGEFVILNGASGSGKTTLLTILGGLLSQTS GTVLYNDAPLFDKQHPPSDLRLEDIGIIIQSSHIVPYLKVIEQLTLVGQEAGMTKQQSSTRAIQLLKNIGLE DRLNVYPHQLSGGEKQRVAIMRAFMNNPKIILADEPTASLDADRAKKVVEMIRQQIKEQQMIGIMITHDRRL FEYADRVIELEDGKITD-COOH

【００１１】寄託材料スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株を含む
寄託株を、１９９６年４月１１日に、スコットランド、
ＡＢ２１ＲＹ、アバディーン、マチャードライブ２３
Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダストリ
アル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッド（本
明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、ＮＣＩＭＢ受託
番号４０７７１の下で寄託した。その寄託株は寄託の際
にスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９と命名
された。スタフィロコッカス・アウレウス寄託株を、本
明細書では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称す
る。

【００１２】寄託株は全長のＡＢＣ輸送体遺伝子を含ん
でいる。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配列なら
びにそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配
列は、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致
においても支配的である。寄託株の寄託は、特許手続き
上の微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条約の条
件下で行われている。特許が発行されると何ら制限また
は条件もなく、最終的に寄託株は分譲される。寄託株は
当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１
１２条の下に要求されるような、寄託が実施可能要件で
あることを承認するものではない。

【００１３】寄託株、それに由来の化合物を製造、使用
または販売するには、ライセンスが必要であるが、その
ようなライセンスはここで付与されるものではない。本
発明の一の態様は、寄託株に含まれるスタフィロコッカ
ス・アウレウスＷＣＵＨ２９株により発現可能な成熟ポ
リペプチドをコードする単離核酸分子を提供することで
ある。さらには、本発明は寄託株中のＤＮＡのＡＢＣ輸
送体ヌクレオチド配列およびそれによりコードされるア
ミノ酸配列を提供する。また、本発明は寄託株より単離
されたＡＢＣ輸送体ポリペプチド配列およびそれに由来
のアミノ酸配列を提供する。

【００１４】ポリペプチド本発明ＡＢＣ輸送体ポリペプチドは実質的には系統発生
論的に他のＡＢＣ輸送体ファミリーの蛋白に関連してい
る。本発明の１の態様において、スタフィロコッカス・
アウレウスのポリペプチド（本明細書ではＡＢＣ輸送体
およびＡＢＣ輸送体ポリペプチドという）、ならびに生
物学的、診断上、予防上、臨床的または治療上有用なそ
の変種、ならびにそれを含む組成物が提供される。本発
明のとりわけ好ましい具体例は、ＡＢＣ輸送体遺伝子の
自然発生対立遺伝子によりコードされるＡＢＣ輸送体ポ
リペプチドの変種である。

【００１５】さらに本発明は下記のものである単離ポリ
ペプチド：（ａ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配
列を含むかまたはそれよりなるポリペプチド；（ｂ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド；（ｃ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド；

【００１６】本発明のポリペプチドは、表１［配列番号
２］のポリペプチド（とりわけ成熟ポリペプチド）なら
びにポリペプチドおよびフラグメント、詳細には、ＡＢ
Ｃ輸送体の生物活性を有し、表１［配列番号１］のポリ
ペプチドまたはその該当部分と少なくとも７０％の同一
性、好ましくは表１［配列番号２］のポリペプチドと少
なくとも８０％の同一性、より好ましくは表１［配列番
号２］のポリペプチドと少なくとも９０％の類似性（よ
り好ましくは、少なくとも９０％の同一性）、さらによ
り好ましくは表１［配列番号２］のポリペプチドと少な
くとも９５％の類似性（より好ましくは少なくとも９５
％の同一性）を有するポリペプチドおよびフラグメント
を包含し、さらにかかるポリペプチドの部分も包含し、
一般に、ポリペプチドのかかる部分は少なくとも３０個
のアミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個のアミ
ノ酸を含む。

【００１７】本発明はまた、Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ［式中、アミノ末端のＸは水素または金属であるか、あ
るいは本明細書において修飾ポリペプチドについて説明
された他の残基であり、カルボキシル末端のＹは水素ま
たは金属であるか、あるいは本明細書において修飾ポリ
ペプチドについて説明された他の残基であり、R₁および
R₃はいずれかのアミノ酸残基または修飾アミノ酸残基で
あり、ｍは１〜１０００の整数または０であり、ｎは１
〜１０００の整数または０であり、R₂は本発明のアミノ
酸配列、特に表１のアミノ酸配列またはそれらの修飾形
態を意味する］で示されるポリペプチドを包含する。上
記の式中、R₂はアミノ末端残基がその左側でR₁に結合
し、そのカルボキシ末端残基がその右側でR₃に結合する
ように方向づけられる。ｍおよび／またはｎが１より大
きい場合、Ｒ₁またはＲ₃のいずれかでで表されるアミノ
酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのい
ずれであってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。本発
明の他の好ましい具体例は、ｍが１ないし５０、１００
または５００の間の整数であり、ｎが１ないし５０、１
００または５００の間の整数のものである。

【００１８】本発明がスタフィロコッカス・アウレウス
由来のものであるのが最も好ましいが、同じ分類学上の
属の他の生物由来のものであっても好ましい。また本発
明ポリペプチドは、例えば、同じ科または目から得られ
るものであってもよい。

【００１９】フラグメントは、その全体が上記したポリ
ペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じ
であるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。
ＡＢＣ輸送体ポリペプチドと同様、フラグメントは「独
立している（free-standing）」であるか、またはそれ
らが一の部分または領域、最も好ましくは単一の連続し
た領域、単一のより大きなポリペプチドを形成するより
大きなポリペプチドの中に含まれていてもよい。

【００２０】好ましいフラグメントは、例えば、表１
［配列番号２］のアミノ酸配列または、アミノ末端を含
む連続した一連の残基またはカルボキシル末端を含む連
続した一連の残基のような、その変種の一部を有する末
端切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特に、スタ
フィロコッカス・アウレウス中の本発明のポリペプチド
の分解型も好ましい。さらに、アルファヘリックスおよ
びアルファヘリックス形成領域、ベータシートおよびベ
ータシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コ
イルおよびコイル形成領域、親水領域、疎水領域、アル
ファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、フレキシブル
領域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原指数
領域を含むフラグメントのような、構造的または機能的
属性によって特徴づけられるフラグメントもまた好まし
いフラグメントである。

【００２１】さらに好ましいフラグメントは、配列番
号：２のアミノ酸配列由来の少なくとも１５、２０、３
０、４０、５０または１００個の連続したアミノ酸を有
するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド、あるいは配
列番号：２のアミノ酸配列由来の末端切断または欠失さ
れた少なくとも１５、２０、３０、４０、５０または１
００個の連続したアミノ酸を有するアミノ酸配列を含む
単離ポリペプチドを包含する。

【００２２】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、ＡＢＣ輸
送体の活性を媒介するフラグメントである。さらに、動
物、特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であるフラ
グメントも含まれる。特に好ましいものは、スタフィロ
コッカス・アウレウスの生存に必須の機能または個体、
特に、ヒトにおいて疾患を開始または疾病を維持する能
力を与える酵素群の受容体またはドメインからなるフラ
グメントである。

【００２３】本発明のポリペプチドのフラグメントであ
る変種は、ペプチド合成法により対応する全長のポリペ
プチドの製造に使用することができる。したがって、こ
れらの変種は、本発明の全長ポリペプチドを製造するた
めの中間体として使用できる。

【００２４】アミノ酸に関する標準的１文字および３文
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もま
た、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられ
る。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在す
るいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのように
指定される位置にあってもよいことを意味する。

【００２５】ポリヌクレオチドＡＢＣ輸送体ポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド、詳細には、本明
細書でＡＢＣ輸送体と命名されるポリペプチドをコード
しているポリヌクレオチドを提供することが本発明の１
の目的である。本発明の特に好ましい具体例において、
ポリヌクレオチドは、全長の遺伝子を含む、表１（配列
番号：１）に示す配列を含むＡＢＣ輸送体ポリペプチ
ド、またはその変種をコードしている領域を含む。出願
人らは、この全長の遺伝子は当該ポリペプチドを有する
生物（例えば、スタフィロコッカス・アウレウス）の増
殖および／または生存に必須であると考える。

【００２６】本発明のさらなる態様として、ＡＢＣ輸送
体ポリペプチドおよびポリヌクレオチド、詳細には、ス
タフィロコッカス・アウレウスのＡＢＣ輸送体ポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドをコードおよび／または発
現する単離核酸分子が提供され、核酸分子としては、例
えば、未プロセッシングＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍ
ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮ
Ａが挙げられる。本発明のさらなる具体例は、生物学
的、診断上、予防上、臨床的または治療上有用なポリヌ
クレオチドおよびポリペプチド、ならびにその変種、な
らびにそれらを含む組成物を包含する。

【００２７】本発明のもう一つの態様は、表１［配列番
号２］の推定アミノ酸配列を有するＡＢＣ輸送体ポリペ
プチドをコードする単離ポリヌクレオチド、それに密接
に関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種に関す
る。

【００２８】もう１つの特に好ましい本発明具体例にお
いて、表１（配列番号：２）のアミノ酸配列を含むかま
たはそれよりなる、スタフィロコッカス・アウレウス由
来のＡＢＣ輸送体ポリペプチドが提供される。表１［配
列番号１］に示すポリヌクレオチド配列のような本明細
書の情報を使用し、出発材料としてスタフィロコッカス
・アウレウスＷＣＵＨ２９を使用し、細菌からの染色体
ＤＮＡフラグメントをクローニングし、配列決定し、つ
づいて全長クローンを得る標準的クローニングおよびス
クリーニング法を使用して、ＡＢＣ輸送体ポリペプチド
をコードする本発明のポリヌクレオチドを得ることがで
きる。例えば、表１［配列番号１］に示す配列のような
本発明のポリヌクレオチド配列を得るには、典型的に
は、エシェリシア・コリまたは他の適当な宿主中のスタ
フィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮ
Ａのクローンのライブラリーを、部分配列から由来する
放射標識したオリゴヌクレオチド、好ましくは１７量体
またはそれより長いオリゴヌクレオチドでプローブす
る。ついで、該プローブと同じＤＮＡを有するクローン
を厳密な条件を使用して区別できる。該オリジナル配列
から設計された配列決定プライマーで同定された個々の
クローンを配列決定することにより、該配列を両方の方
向に伸長し、全長を決定することが可能である。都合よ
くは、プラスミド・クローンから調製された変性二本鎖
ＤＮＡを用いてかかる配列決定を行う。適当な技法は、
Maniatis,T.，Fritsch,E.F.およびSambrookら、MOLECUL
AR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed.；ColdSpri
ng Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Ne
w York（1989）（特に、ハイブリダイゼーションによる
スクリーニング１.９０および変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の
配列決定１３.７０を参照のこと）により記載されてい
る。直接ゲノムＤＮＡ配列決定を行って全長の遺伝子配
列を得てもよい。例えば、表１［配列番号１］に示すポ
リヌクレオチドは、スタフィロコッカス・アウレウスＷ
ＣＵＨ２９から由来するＤＮＡライブラリー中に見いだ
されたものである。

【００２９】そのうえ、表１［配列番号１］のＤＮＡ配
列は、表１［配列番号２］に示すのとほぼ同数のアミノ
酸残基を有し、当業者によく知られたアミノ酸残基の分
子量から計算できる推定分子量を有する蛋白をコードす
るオープンリーディングフレームを有する。配列番号：
１のヌクレオチド番号１とヌクレオチド番号７００から
開始するストップコドンとの間のポリヌクレオチドは配
列番号２のポリペプチドをコードする。

【００３０】さらなる態様において、本発明は、下記の
ポリヌクレオチドを含むかまたはそれらよりなる単離ポ
リヌクレオチドを提供する：（ａ）配列番号：１の全長
にわたって、あるいは配列番号：２をコードしている配
列番号：１の部分にわたって配列番号：１に対して少な
くとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも８０％の
同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、さ
らにより好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらに
より好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を有す
るかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％またはちょうど１００％の同一性を有するポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列。本発
明ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド（ス
タフィロコッカス・アウレウス以外の種由来のホモログ
およびオーソログを包含）を、厳密なハイブリダイゼー
ション条件において、配列番号：１の配列またはそれら
のフラグメントを含むかまたはそれらよりなる標識また
は検出可能プローブを用いて適当なライブラリーをスク
リーニングし、次いで、該ポリヌクレオチド配列を含む
全長遺伝子および／またはゲノムクローンを単離する工
程を含む方法により得てもよい。

【００３１】本発明は、表１［配列番号１］のコーディ
ング配列と、その全長にわたって同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。また、本発明は、成熟ポリペプ
チドまたはそのフラグメント用のコーディング配列自体
ならびにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロまたはプ
レプロ蛋白配列をコードするコーディング配列のような
他のコーディング配列を有するリーディング・フレーム
中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントのコーディン
グ配列を提供する。ポリヌクレオチドはまた、例えば、
転写されるが翻訳されない配列、終止シグナル（例え
ば、ｒｈｏ−依存的およびｒｈｏ−非依存的終止シグナ
ル）、リボソーム結合部位、Kozak配列、ｍＲＮＡを安
定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナルの
ごとき少なくとも１つの非コーディング５’および３’
配列を包含する非コーディング配列を含むが、これらに
限定するものではない。また、ポリヌクレオチド配列は
さらなるアミノ酸をコードしているさらなるコーディン
グ配列を含んでいてもよい。例えば、融合ポリペプチド
の精製を促進するマーカー配列をコードすることができ
る。本発明のある種の具体例において、マーカー配列
は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において提供さ
れ、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：821
-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチド
であるか、またはＨＡタグ（Wilsonら、Cell，37:767(1
984)）であり、ともにそれらに融合したポリペプチド配
列の精製において有用である。本発明ポリヌクレオチド
は、限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝子
の発現を調節する、本来的に結合している配列からなる
ポリヌクレオチドを包含する。

【００３２】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号１に示されるヌクレオチド１からヌクレオチド７００
のすぐ上流にあるヌクレオチドまでを含むかまたはその
ヌクレオチドをまでのポリヌクレオチドであり、それは
共にＡＢＣ輸送体ポリペプチドをコードする。

【００３３】本発明はまた、式：Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属、あるい
は修飾ヌクレオチド残基であるか、あるいはＹと一緒に
なって共有結合となり、分子の３’末端のＹは水素また
は金属、あるいは修飾ヌクレオチド残基であるか、ある
いはＸと一緒になって共有結合となり、R₁およびR₃は、
各々、独立していずれかの核酸残基または修飾核酸残基
であり、ｍは１〜３０００の整数または０であり、ｎは
１〜３０００の整数または０であり、R₂は本発明の核酸
配列または修飾核酸配列、特に表１より選択される核酸
配列を意味する］で示されるポリヌクレオチドを包含す
る。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂は５’末端残
基がその左側でR₁に結合し、その３’末端残基がその右
側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍおよび／ま
たはｎが１より大きい場合、Ｒ₁および／またはＲ₂のい
ずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまた
はホモポリマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマ
ーが好ましい。好ましい具体例において、ＸおよびＹが
一緒になって共有結合を形成する場合、前記した式のポ
リヌクレオチドは閉じた環状ポリヌクレオチドであり、
それはその式が第２の鎖が相補性を有する第１の鎖を示
す二本鎖ポリヌクレオチドであり得る。もう一つ別の具
体例において、ｍおよび／またはｎは１と１０００の間
の整数である。他の好ましい本発明の具体例は、ｍが１
ないし５０、１００または５００の間の整数であり、ｎ
が１ないし５０、１００または５００の間の整数であ
る。

【００３４】本発明のポリヌクレオチドはスタフィロコ
ッカス・アウレウス由来であるのが最も好ましいが、分
類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。また、例
えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。

【００３５】本明細書で使用する「ポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチド」なる用語は、本発明のポリペ
プチド、特に、細菌性ポリペプチド、より詳細には、表
１［配列番号２］に示すアミノ酸配列を有するスタフィ
ロコッカス・アウレウス・ＡＢＣ輸送体のポリペプチド
をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。
この用語はコードおよび／非コーディング配列を含んで
もよいさらなる領域と共に、該ポリペプチドをコードす
る単一の連続または非連続領域（例えば、組み込まれた
ファージ、挿入された配列、組み込まれたベクター配
列、組み込まれたトランスポゾン配列、またはＲＮＡエ
デティング（editing）もしくはゲノムＤＮＡ再組織化
により中断されている）を含むポリヌクレオチドを包含
する。本発明はさらに、表１［配列番号２］の推定アミ
ノ酸配列を有するポリペプチドの変種をコードする、本
明細書に記載したポリヌクレオチドの変種に関する。本
発明のポリヌクレオチドのフラグメントである変種は本
発明の全長ポリヌクレオチドの合成に使用できる。

【００３６】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２］のＡＢＣ輸送
体ポリペプチドのアミノ酸配列を有する、ＡＢＣ輸送体
変種をコードするポリヌクレオチドである。特に好まし
くは、ＡＢＣ輸送体ポリペプチドの特性、活性を変化さ
せないサイレント置換、付加および欠失である。

【００３７】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号２］に示すアミノ酸配列をを有するＡＢＣ輸
送体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの全長
にわたって少なくとも７０％の同一性を有するポリヌク
レオチドおよびそのようなポリヌクレオチドに相補的な
ポリヌクレオチドである。また、最も好ましいものは、
ＡＢＣ輸送体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドと全長にわたって少なくとも８０％の同一性を有する
領域からなるポリヌクレオチドおよびそれと相補的なポ
リヌクレオチドである。この点で、その同じものと全長
にわたって少なくとも９０％の同一性を有するポリヌク
レオチドが特に好ましく、中でも少なくとも９５％の同
一性を有するものが特に好ましい。さらには、少なくと
も９５％の同一性を有するものの中で少なくとも９７％
の同一性を有するものがより好ましく、中でも少なくと
も９８％および少なくとも９９％の同一性を有するもの
が特に好ましい。少なくとも９９％の同一性を有するも
のがより好ましい。好ましい具体例は、表１［配列番号
１］のＤＮＡによってコードされている成熟ポリペプチ
ドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドである。本発
明のある好ましい具体例によれば、特に厳密な条件下
で、例えば表１のポリヌクレオチドのごときＡＢＣ輸送
体ポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする
ポリヌクレオチドが提供される。

【００３８】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドに厳密な条件下でハイブリダイ
ゼーションするポリヌクレオチドに関する。本明細書で
用いる場合、「厳密な条件」および「厳密なハイブリダ
イゼーション条件」という語は、ハイブリダイゼーショ
ンが、配列間に少なくとも９５％、好ましくは少なくと
も９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味す
る。厳密なハイブリダイゼーション条件の一例として、
５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭＮa
Ｃl、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン
酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denhard
t’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μｇ／
ｍｌ変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一
夜インキュベーションし、ついでハイブリダイゼーショ
ン支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄すること
が挙げられる。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件
は公知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLONING：ALABO
RATORY MANUAL，Second Edition，Cold Spring Harbor,
N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されている。本発
明により提供されるポリヌクレオチド配列に関して溶液
ハイブリダイゼーションを用いてもよい。

【００３９】本発明は、配列番号１に示したポリヌクレ
オチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、
厳密なハイブリダイゼーション条件下、配列番号１に示
す該ポリヌクレオチド配列の配列を有するプローブまた
はそのフラグメントでスクリーニングし、該ＤＮＡ配列
を単離することにより得ることができるポリヌクレオチ
ド配列を含むかまたはそれよりなるポリヌクレオチドを
提供する。そのようなポリヌクレオチドを得るのに有用
なフラグメントには、例えば、本明細書のいずれかの場
所で十分に説明するプローブおよびプライマーが包含さ
れる。

【００４０】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用し、ＡＢＣ輸送体をコードする全
長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ＡＢＣ輸送
体遺伝子に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子の
ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離することができ
る。そのようなプローブは、一般に、少なくとも１５塩
基を含むであろう。好ましくは、そのようなプローブは
少なくとも３０塩基からなり、少なくとも５０塩基を有
してもよい。特に好ましいプローブは、少なくとも２０
塩基を有し、３０以下の塩基を有する。例えば、ＡＢＣ
輸送体遺伝子のコード領域は、表１（配列番号１）のＤ
ＮＡ配列を使用してスクリーニングしてオリゴヌクレオ
チド・プローブを合成することにより単離できる。つい
で、本発明の遺伝子の配列と相補性の配列を有する標識
したオリゴヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮ
ＡまたはｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、
ライブラリーのどのメンバーがプローブとハイブリダイ
ゼーションするか決定する。

【００４１】全長のＤＮＡを得るための、あるいは短い
ＤＮＡを伸長させるための利用可能で当業者によく知ら
れたいくつかの方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅
速増幅（ＲＡＣＥ）（例えば、Frohman, et al., PNAS
USA 85,8998-9002, 1988参照）に基づく方法がある。ma
rathon^TM法（Clontech Laboratories Inc.）に例示され
る当該方法の最近の変法は、例えば、より長いｃＤＮＡ
の検索を有意に簡単にしている。Marathon^TM法におい
て、ｃＤＮＡは選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調
製され、各末端に「アダプター」配列が連結される。次
いで、遺伝子特異的かつアダプター特異的オリゴヌクレ
オチドプライマーを用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行って
ＤＮＡの「失われた」５’末端を増幅する。次いで、
「ネステッド」プライマー、すなわち、増幅生成物の範
囲ににアニールするように設計されたプライマー（典型
的には、アダプター配列中のさらなる３’にアニールす
るアダプター特異的プライマーならびに選択遺伝子配列
中のさらなる５’にアニールする遺伝子特異的プライマ
ー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、この反応
の生成物をＤＮＡ配列決定により分析し、次いで、存在
しているＤＮＡに生成物を直接結合して完全配列を得る
こと、あるいは５’プライマーの設計に関する新たな配
列の情報を用いて別個の全長ＰＣＲを行うことにより、
全長のＤＮＡを構築する。

【００４２】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号１または２）の配列に由来するオリゴヌ
クレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本明細
書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに使
用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体とし
て、または部分的に感染組織において細菌中で転写され
るか否か測定する。そのような配列はまた、病原体が達
した感染の段階およびタイプの診断においても有用性が
ある。

【００４３】また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるア
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への蛋白
のプロセッシングにおいて役割を果たし、蛋白を運び、
蛋白の半減期を長くしたり、短くしたり、あるいは分析
または生産のための蛋白の取り扱いを容易にすることが
できる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は
細胞酵素により成熟蛋白からプロセッシングにより除か
れる。本発明の各ポリヌクレオチドおよび全ポリヌクレ
オチドについて、それに相捕的なポリヌクレオチドが提
供される。これらの相捕的ポリヌクレオチドが、相捕的
である各ポリヌクレオチドに対して十分に相捕的である
ことが好ましい。一またはそれ以上のプロ配列に融合し
たポリペプチドの成熟形態を有する前駆体蛋白は該ポリ
ペプチドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不
活性前駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ
配列のいくらかまたは全体を、活性化の前に除去でき
る。一般に、そのような前駆体はプロ蛋白と称される。

【００４４】核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎ
がそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成す
る効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、
４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡ
またはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味す
る。

【００４５】要するに、本発明のポリヌクレオチドは成
熟蛋白、リーダー配列の加わった成熟蛋白（プレ蛋白と
も称される）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１また
はそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、また
はリーダー配列と、一般に、ポリペプチドの活性な成熟
形態を生成するプロセッシング工程の間に除去される１
またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体で
あるプレプロ蛋白をコードする。

【００４６】ベクター、宿主細胞、発現系本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作される宿主細胞および組換え技術による本発明のポ
リペプチドの製造に関する。さらに無細胞翻訳系を用
い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用してかか
る蛋白を製造することができる。本発明の組み換えポリ
ペプチドを、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞か
ら、当業者によく知られた方法により製造してもよい。
したがって、さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む発現系、か
かる発現系で遺伝子操作された宿主細胞、ならびに組み
換え法による本発明ポリペプチドの製造に関する。組換
え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系も
しくはそれらの一部、または本発明のポリヌクレオチド
を取り込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞
への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、
ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、ト
ランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオ
ン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーシ
ョン、トランスダクション、スクレープ・ローディン
グ、弾道導入および感染のような、Davisら、BASIC MET
HODS IN MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrook
ら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd E
d. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring
Harbor, N.Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マ
ニュアルに記載されている方法によって行うことができ
る。

【００４７】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）、シアノバクテリア（cyanpobact
eria）、枯草菌（Bacillus subtilis）およびスタフィ
ロコッカス・アウレウス（Staphylococcus aureus）の
ごとき細菌細胞；クルベロミセス（Kluveromyces）、サ
ッカロミセス（Saccharomyces）のごとき酵母細胞、担
子菌、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）お
よびアスペルギルス（Aspergillus）；ドロソフィラ（D
rosophila）S2およびスポドプテラ（Spodoptera）Sf9細
胞のごとき昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T3、BH
K、293、CV-1およびボーウェス（Bowes）メラノーマ細
胞のごとき動物細胞；および裸子植物または被子植物の
ごとき植物細胞を包含する。

【００４８】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多様な発現系を使用することができる。かかる系
は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来
の系、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファー
ジ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿
入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュ
ロウイルス、ＳＶ４０のごときパポバウイルス、ワクシ
ニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイ
ルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのような
ウイルス由来のベクター、およびコスミドおよびファー
ジミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺
伝因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに
由来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を
制御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。
一般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅ま
たは発現し、および／またはポリペプチドを発現するの
に適した系またはベクターを、この点にて発現に使用し
てもよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、
MOLECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示
されている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技
術のいずれかによって、発現系に挿入してもよい。

【００４９】真核細胞の組み換え発現系において、翻訳
された蛋白を小胞体内腔、周辺腔または細胞外環境に分
泌するために、適当な分泌シグナルを発現されるポリペ
プチドに挿入してもよい。これらのシグナルは、ポリペ
プチドに固有のものであってもよく、または異種のシグ
ナルであってもよい。本発明のポリペプチドは、硫酸ア
ンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、アニオンま
たはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロー
スクロマトグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィ
ー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシル
アパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマト
グラフィーを包含する、よく知られた方法によって組換
え細胞培養物から回収および精製できる。最も好ましく
は、高品質液体クロマトグラフィーが精製に使用され
る。ポリペプチドが単離および／または精製の間に変性
する場合、蛋白を再生するための周知方法を用いて、再
び活性な立体配座とすることができる。

【００５０】診断、予後、セロタイピングおよび変異ア
ッセイまた本発明は、診断試薬として使用するための本発明の
ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドの使用にも関する。真核
生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるＡＢＣ輸送
体ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの検出
は、疾患の診断、疾病の段階の決定、または薬剤に対す
る感染生物の応答に関する診断方法を提供するであろ
う。ＡＢＣ輸送体遺伝子または蛋白を含む生物に感染、
または感染の可能性がある真核生物、とりわけ哺乳動
物、特にヒトを、種々のよく知られた方法ならびに本明
細書記載の方法により核酸レベルまたはアミノ酸レベル
で検出できる。

【００５１】予後、診断または他の分析に供するポリペ
プチドおよびポリヌクレオチドは、感染していると思わ
れる個体および／または感染した個体の身体材料から得
られる。これらの源由来のポリヌクレオチド、特にＤＮ
ＡまたはＲＮＡを検出に直接用いてもよく、あるいは分
析に付す前にＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いるこ
とにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡ（詳細にはｍＲＮ
Ａ）、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡも同じようして使用
できる。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の種
および株を原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴
づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較した
増幅生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検
出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識したＡＢＣ
輸送体ポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼーション
させることにより同定できる。完全に対合した配列は、
ＲＮase消化により、または融解温度の差により、誤対
合二重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変
性剤を伴ったまたは変性剤を含まないゲル中のＤＮＡフ
ラグメントの電気泳動の移動度の変化により、または直
接的なＤＮＡの配列決定により検出できる。例えば、My
ersら、Science，230:1242（1985）を参照のこと。特異
的な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ保護アッ
セイ、例えば、ＲＮaseおよびＳ１保護または化学的切
断法によっても明らかにすることができる。例えば、Co
ttonら、Proc.Natl.Acad.Sci.,USA，85:4397-4401（198
5）を参照のこと。ヌクレアーゼ保護アッセイ、例え
ば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１およびＳ２保護アッセイまたは化
学的開裂法により、特定位置における配列の変化を明ら
かにすることができる。例えば、Cotton et al., Proc.
Natl. Acad. Sci., USA, 85:4397-4401 (1985)参照。

【００５２】もう１つの具体例において、ＡＢＣ輸送体
ヌクレオチド配列またはそのフラグメントを含むオリゴ
ヌクレオチドプローブの一群を構築して、例えば遺伝学
的変異、セロタイプ、分類学的分類または同定のための
効果的なスクリーニングを行うことができる。アレイ法
は適応範囲が広く、遺伝子発現、遺伝学的連関、および
遺伝学的変化を包含する分子遺伝学における種々の問題
を解決するために用いられる（例えば、Chee et al., S
cience,274:610 (1996)参照）。

【００５３】よって、もう１つの態様において、本発明
は、（ａ）本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番
号：１のヌクレオチド配列、またはそのフラグメント；
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相捕的なヌク
レオチド配列；（ｃ）本発明ポリペプチド、好ましくは
配列番号：２のポリペプチド、またはそのフラグメン
ト；あるいは（ｄ）本発明ポリペプチドに対する抗体、
好ましくは配列番号：２のポリペプチドに対する抗体を
含む診断キットに関する。かかるキットにおいて、
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が重要な成分を含
んでいてもよいことが理解されよう。かかるキットは、
とりわけ疾病または疾病に対する感受性についての診断
において有用である。

【００５４】また本発明は、診断試薬としての本発明ポ
リヌクレオチドの使用にも関する。疾病または発病に関
連した本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、ポリヌクレ
オチドの発現低下、発現過剰または発現の変化により生
じる疾病の診断、疾病経過の予後、疾病段階の決定、ま
たは疾病に対する感受性の決定に加えて用いる診断用道
具、またはかかる診断等の決定のための道具を提供する
であろう。かかるポリヌクレオチドにおける変異を有す
る生物、特に感染生物を、本明細書記載のいずれかの場
所で説明するような種々の方法によりポリヌクレオチド
レベルで検出してもよい。本発明ヌクレオチド配列は生
物の染色体の同定にも価値がある。配列は特別に標的化
され、生物（詳細にはスタフィロコッカス・アウレウ
ス）の染色体上の特定の位置とハイブリダイゼーション
しうる。本発明染色体に関連した配列のマッピングは、
それらの配列を病原性および／または生物の環境学的地
位および／または生物の薬剤耐性とを関連づけ、さらに
は生物に遺伝子を対応させることにおける重要な工程で
ありうる。配列を正確な染色体位置にマッピングしたな
らば、染色体上の配列の物理的位置を遺伝学的地図のデ
ータと関連づけることができる。かかるデータは、配列
データベースにおいてオンラインで見いだされる。次い
で、遺伝学的方法、例えば、連関（物理的に近接した遺
伝子の同時遺伝）の分析、あるいはコンジュゲーション
（conjugation）のごとき接合の研究により、同じ染色
体領域にマッピングされた遺伝子と疾病との関係を同定
する。第１の表現型を有する生物と、異なる第２の表現
型を有する生物との間のポリヌクレオチドおよび／また
はポリペプチド配列の相違を調べることもできる。第１
の表現型を有する生物のいくつかまたは全部に変異が観
察されるが、第２の表現型を有する生物には変異が観察
されない場合、変異は第１の表現型の発生原因である可
能性がある。

【００５５】本発明のポリヌクレオチドおよび／または
ポリペプチド中に変異または多型性（対立遺伝子変異）
を担持する生物由来の細胞を、例えばセロタイピングを
可能にするような種々の技術によりＤＮＡレベルで検出
できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡにおける
変異を検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出
系、例えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に
好ましい。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた
同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることがで
きる。一例として、ＡＢＣ輸送体ポリペプチドをコード
する核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて変異を同
定および分析することができる。典型的なプライマーの
例を下表２に示す。

【００５６】表２ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチド増幅用プライマー配列番号プライマー配列 3 5'-ACTAGTAGGCCAAGAAGCGGG-3' 4 5'-TGCTCTCATAATCGCAACACGT-3'

【００５７】また本発明は、式：Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ［式中、分子の５’末端のＸは水素または金属あるいは
修飾ヌクレオチド残基であり、分子の３’末端のＹは水
素または金属あるいは修飾ヌクレオチド残基であり、R₁
およびR₃は、各々、独立していずれかの核酸残基または
修飾ヌクレオチド残基であり、ｍは１〜２０の整数また
は０であり、ｎは１〜２０の整数または０であり、R₂は
本発明プライマー配列、特に表２より選択される核酸配
列を意味する］で示されるポリヌクレオチドを包含す
る。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂は５’末端残
基がその左側でR₁に結合し、その３’末端残基がその右
側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍおよび／ま
たはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基で表される
核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーの
いずれであってもよく、好ましくは表１のポリヌクレオ
チドの領域に相捕的なヘテロポリマーである。好ましい
具体例において、ｍおよび／またはｎは１ないし１０の
間の整数である。

【００５８】さらに本発明は、５’および／または３’
末端から１、２、３または４個のヌクレオチドが除去さ
れたプライマーを提供する。特に、これらのプライマー
を、個体由来の試料、例えば身体材料から単離されたＡ
ＢＣ輸送体ＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に用いる
ことができる。プライマーを用いて感染個体から単離さ
れたポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオチド配
列研究のための種々の方法に供してもよい。このように
して、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、変異を
用いて感染または感染段階もしくは経路を診断および／
または予後を行い、あるいは感染物のセロタイプおよび
／または分類を行ってもよい。

【００５９】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはスタフィロコッカス・アウレウス
による感染の診断方法であって、表１［配列番号１］の
配列を有するポリヌクレオチドの発現レベルの上昇を、
個体由来のサンプルから決定することを特徴とする方法
を提供する。ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドの発現の増
加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該
分野で周知の方法である任意の方法、例えば増幅、ＰＣ
Ｒ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッティ
ング、スペクトロメトリーおよびその他のハイブリダイ
ゼーション法を用いて測定できる。

【００６０】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
ＡＢＣ輸送体ポリペプチドの過剰発現を検出するための
本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在
を検出することができる。宿主由来のサンプル中のＡＢ
Ｃ輸送体ポリペプチドのレベルを決定するために用いる
ことができるアッセイ技法は、当業者に周知である。こ
のようなアッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的
結合アッセイ、ウェスタンブロット分析、抗体サンドイ
ッチアッセイ、抗体検出およびＥＬＩＳＡアッセイを包
含する。

【００６１】ディファレンシャル発現（differential e
xpression）本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、ディフ
ァレンシャルスクリーニング法の試薬として用いてもよ
い。多くのディファレンシャルスクリーニングおよびデ
ィファレンシャルディスプレイ法が当該分野に存在し、
本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを用いるこ
とができる。例えば、ディファレンシャルディスプレイ
法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036 (19
93)に記載されている。この方法は、ランダムプライム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。インビボ発現法（ＩＶＥＴ）はCamilli et a
l., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (1994)
に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物との
比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。ＲＴ−ＰＣＲを用いて遺伝子発現パターンを分析
してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲＴ−Ｐ
ＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組織、例え
ばネズミの感染後４８時間たった肺から単離し、次い
で、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされたＲＮＡ
試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プライマーペ
アーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲＮＡ量を
評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による特定のｍ
ＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中で転写さ
れた細菌遺伝子についての情報を提供する。遺伝子転写
の分析を感染の異なる時点において行って細菌による発
病における遺伝子調節についての詳細な知識を得て、い
ずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニングのための
標的であるのかを明確に理解することができる。使用Ｐ
ＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質により、細菌ｍＲ
ＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必要があるとは
いえないことが理解されよう。このことは、感染組織か
らの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能にし、細菌中で
非常に短命（半減期２分のオーダー）な細菌ｍＲＮＡ種
を得ることを可能にする。最適には、非常に短時間のう
ちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存在下で機械的に
破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬およびＤＮＡａｓ
ｅ処理を製造者の指示に従って行って夾雑ＤＮＡを除去
することにより、感染ネズミ肺組織から細菌ｍＲＮＡを
調製する。好ましくは、適当に標識された配列特異的オ
リゴヌクレオチドプローブを用いてノーザンをプローブ
することにより検出されるスタフィロコッカス・アウレ
ウスの１６ＳリボソームＲＮＡが最大量となるような条
件を見いだすことによってプロセスを最適化する。典型
的には、５’色素標識プライマーをＰＣＲ反応において
各ＰＣＲプライマーペアーに用い、最適にはＰＣＲ反応
を８ないし２５サイクルで終了する。ＰＣＲ生成物を６
％ポリアクリルアミドで分離し、GeneScanner（ＡＢＩ
により製造されている）を用いて検出し定量する。

【００６２】グリッディング（gridding）およびポリヌ
クレオチド引き算（polynucleotideSubtraction）方法は、いわゆる「高密度ＤＮＡアレイ（high density
array）」またはグリッドを用いる遺伝子発現および同
一性についての情報を得るためのものである。例えば、
M.Chee et al., Science, 274:610-614 (1996)およびそ
の中の引用文献参照。かかるグリッディングアッセイを
用いて、発現配列タグ（ＥＳＴ）と呼ばれるある種の新
規遺伝子配列が同定された（Adams et al., Science, 2
52:1651-1656 (1991)）。遺伝子産物に基づいて特定の
遺伝子配列を同定するための方法のバラエティーも記載
されている。例えば、１９９１年５月３０日公開国際特
許出願ＷＯ９１／０７０８７参照。さらに、所望配列の
増幅のための方法が記載されている。例えば、１９９１
年１１月１４日公開の国際特許出願ＷＯ９１／１７２７
１参照。

【００６３】本発明ポリヌクレオチドをポリヌクレオチ
ドアレイの成分として、好ましくは高密度アレイまたは
グリッドとして用いてもよい。これらの高密度アレイは
診断および予後目的に特に有用である。例えば、異なる
遺伝子、さらにはポリヌクレオチドまたは本発明ポリヌ
クレオチドを含む各スポットのセットをプロービング
（身体試料から得たプローブを用いるハイブリダイゼー
ションまたは核酸増幅を用いるプロービングのごとき）
に使用して、個体中の特定のヌクレオチド配列または関
連配列の存在を決定してもよい。かかる存在は、病原
体、特にスタフィロコッカス・アウレウスの存在を示す
可能性があり、疾病または疾病経過の診断および／また
は予後に有用である可能性がある。配列番号：１のポリ
ヌクレオチド配列の多くの変種を含むグリッドが好まし
い。また、配列番号：２のポリペプチド配列をコードし
ているポリヌクレオチド配列の多くの変種を含むものが
好ましい。

【００６４】抗体本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドまたはそれ
らの変種、あるいはそれらを発現する細胞を、かかるポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドそれぞれに対して免
疫特異的な抗体を得るための免疫原として用いることが
できる。１の好ましい本発明の具体例において、ＡＢＣ
輸送体ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対する抗
体が提供される。

【００６５】本発明のポリペプチドに対して得られる抗
体は、ポリペプチドあるいはエピトープが付いたフラグ
メント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の
動物に、慣用的プロトコールを用いて投与することによ
り得ることができる。モノクローナル抗体を調製する場
合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当該分野にて周知の技術を用いることができる。例え
ば、Kohler, G.およびMilstein, C., Nature，256：495
−497（1975）；Kozborら、Immunology Today, 4：72
（1983）；Coleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER
THERAPY, Alan R Liss,Inc.、77−96頁（1985）に記載
されるような種々の技法が挙げられる。

【００６６】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。

【００６７】別法として、ファージディスプレイ（phag
e display）技法を利用して、抗‐ＡＢＣ輸送体の保持
に関してスクリーニングしたヒトのリンパ球のＰＣＲ増
幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無処理の
ライブラリー由来の、ポリペプチドに対する結合活性を
有する抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty,Ｊ.
ら、Nature 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、Biotec
hnology 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親和性は
チェインシャフリング（chain shuffling）により改善
することもできる（Clackson,T.ら、Nature 352:624-62
8（1991））。

【００６８】前記の抗体を用いてポリペプチドを発現す
るクローンを単離または同定することができ、アフィニ
ティークロマトグラフィーにより該ポリペプチドを精製
することができる。従って、とりわけ、ＡＢＣ輸送体ポ
リペプチドまたはＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドに対す
る抗体を用いて、感染、とりわけ細菌感染を治療するこ
とができる。

【００６９】ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。

【００７０】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはその融合蛋白は、マウスまたは他
の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫するため
の抗原として使用される。融合蛋白はポリペプチドに安
定性を付与できる。抗原は、例えば抱合することによ
り、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブミン
（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペット・ヘモシアニ
ン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合させ
ることができる。別法として、蛋白もしくはポリペプチ
ド、またはその抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペ
プチドの多重コピーを含む多重抗原性ペプチドは、免疫
原性を改良するのに十分な抗原性を有しており、キャリ
ヤを使用しなくてすむ。

【００７１】好ましくは、抗体またはその変種を修飾し
て個体における免疫原性を減少させる。例えば、個体が
ヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」され
ており；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明の１の態様によれば、治療または予防
目的、詳細には遺伝学的免疫化のための本発明ポリヌク
レオチドの使用が提供される。本発明の特に好ましい具
体例は、ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドの自然発生対立
遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペプチド
である。

【００７２】本発明ポリヌクレオチドの遺伝学的免疫に
おける使用には、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉
への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（199
2）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（196
3））、特異的蛋白キャリヤを複合させたＤＮＡの送達
（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、リン酸
カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS USA 83：9551（1986））、種々の形態のリポソ
ーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243：375
（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356：152（1
992）；Eisenbraunら、ＤＮＡ Cell Biol 12：791（199
3））およびクローン化レトロウイルスベクターを用い
たインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（198
4））などの適当な送達方法を用いる。

【００７３】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子さらに、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドを
用いて、例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブラ
リー、および天然産物の混合物中の、小分子基質とリガ
ンドとの結合を評価することもできる。これらの基質お
よびリガンドは天然の基質およびリガンドでよく、また
は構造上もしくは機能上の模倣物でもよい。例えば、Co
liganら、Current Protocols in Immunology 1（2）：
第5章（1991）を参照のこと。

【００７４】本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドは多くの生物学的機能の原因であり、該機能には多く
の疾病状態、詳細には上記疾病が包含される。それゆ
え、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能を刺激
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
法を工夫することが望ましい。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドならびに関連ポリペプチドおよびポリヌク
レオチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定する
ためのスクリーニング方法を提供する。一般的には、ア
ゴニストまたはアンタゴニストを上記疾病の治療および
予防のために用いてもよい。種々の源、例えば、細胞、
無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物の混合
物から化合物を同定できる。そのようにして同定された
かかるアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤は、天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素等であって
もよく、場合によってはＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよ
びポリヌクレオチド、あるいはそれらの構造上または機
能上の模倣物であってもよい（Coligan et al., Curren
t Protocols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1991)参
照）。

【００７５】スクリーニング法は、単に化合物のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドへの、あるいはポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドを有する細胞もしくは膜へ
の、あるいはポリペプチド含む融合蛋白への結合を、直
接的または間接的に候補化合物に結合した標識により測
定するものであってもよい。別法として、スクリーニン
グ法は標識競争物質との競争を用いるものであってもよ
い。さらに、これらのスクリーニング法は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドを含む細胞に適した検出系を
用いて、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性化
または阻害により生じるシグナルを化合物が発生させる
かどうかを試験するものであってもよい。一般的には、
既知アゴニスト存在下で活性化の阻害剤をアッセイし、
次いで、候補化合物存在下でのアゴニストによる活性化
の効果を観察する。構成的に活性のあるポリペプチドお
よび／または構成的に発現されるポリペプチドおよびポ
リヌクレオチドを、アゴニストまたは阻害剤の効果を逆
転させる物質を探すスクリーニング法に用いてもよく、
候補化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活
性化を阻害するかどうかを試験することによる。さら
に、スクリーニング法は、単に、候補化合物を本発明ポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドを含有する溶液と混
合して混合物を作成し、混合物中のＡＢＣ輸送体ポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチド活性を測定し、
次いで、混合物中のＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよび／
またはポリヌクレオチド活性を標準に対して比較するこ
とを特徴とする。Ｆｃ部分および上記ＡＢＣ輸送体ポリ
ペプチドから作成されるような融合蛋白を用いて高処理
量アッセイを行って本発明ポリペプチドのアンタゴニス
トならびに系統分類的および／または機能的に関連した
ポリペプチドを同定することもできる（D.Bennett et a
l., J. Mol. Recognition, 8:52-58 (1955);およびK.Jo
hanson et al., J. Biol. Chem., 270(16):9549-9471
(1955)参照）。本発明ポリペプチドと結合および／また
は相互作用するポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび
抗体を用いて、細胞中のｍＲＮＡおよび／またはポリペ
プチドの精製に対する添加化合物の影響を検出するため
のスクリーニング方法を組み立ててもよい。例えば、Ｅ
ＬＩＳＡアッセイを構築して、モノクローナルおよびポ
リクローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌または細
胞結合レベルを、当該分野において標準的な方法により
測定してもよい。これにより、適当に操作された細胞ま
たは組織からのポリペプチドの生成を阻害または促進し
うる作用剤（それぞれ、アンタゴニストまたはアゴニス
トという）を見いだすことができる。

【００７６】本発明はまた、ＡＢＣ輸送体ポリペプチド
またはポリヌクレオチドの作用、特に静菌および／また
は殺菌性である化合物の作用を亢進（アゴニスト）また
は遮断（アンタゴニスト）する化合物を同定するための
化合物のスクリーニング方法を提供する。スクリーニン
グ方法には高処理量（high−throughput）技術が包含さ
れる。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスク
リーニングするために、ＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよ
びかかるポリペプチドの標識基質またはリガンドを含む
合成反応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁
のごとき細胞コンパートメント、またはそれらのいずれ
かの調製物を、ＡＢＣ輸送体ゴニストまたはアンタゴニ
ストであるかもしれない候補分子の存在下または不在下
でインキュベートする。候補分子がＡＢＣ輸送体ポリペ
プチドに作動または拮抗する能力は、標識リガンドの結
合の低下またはかかる基質からの生成物の生成低下に反
映される。結合しても影響を及ぼさない分子、すなわち
ＡＢＣ輸送体ポリペプチドの効果を誘起しない分子は、
ほとんどの場合、良好なアンタゴニストであろう。よく
結合し、基質からの生成物の生成速度を高め、シグナル
トランスダクションを増大させ、あるいは化学チャンネ
ル活性を増大させる分子はアゴニストである。基質から
の生成物の生成速度、シグナルトランスダクション、あ
るいは化学チャンネル活性のレベルの検出はリポーター
システムを用いることにより強調できる。この点に関し
て有用なリポーターシステムは、生成物に転換される比
色標識基質、ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチド活性の変化に応答するリポーター遺伝子、およ
び当該分野で公知の結合アッセイを包含するが、これら
に限定するものではない。

【００７７】本発明ポリペプチドを用いて膜結合または
可溶性受容体を同定してもよく、かかるポリペプチドは
当該分野において標準的な受容体結合法により同定され
る。これらの方法、リガンド結合およびクロスリンキン
グアッセイを包含するが、これらに限らない。これらの
方法において、ポリペプチドを放射性標識（例えば¹² ⁵
Ｉ）、化学修飾（例えばビオチン化）または検出および
精製に適したペプチド配列に融合され、推定上の受容体
（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材
料）の源とともにインキュベーションする。他の方法は
表面プラスモン共鳴および分光学的法法を包含する。こ
れらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドのそ
の受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニスト
およびアンタゴニストを同定してもよい。かかるアッセ
イを行うための標準的方法は当該分野においてよく知ら
れている。

【００７８】蛍光タグを付した分子に関する蛍光分極値
は回転相関時間（rotational correlation time）また
は回転速度（tumbling rate）に依存する。別の応答レ
ギュレーターポリペプチドもしくは他のポリペプチドと
結合した応答レギュレーターポリペプチドのごとき蛋白
複合体であって蛍光標識分子を含むように標識されてい
るものは、蛍光標識されたモノマー蛋白よりも高い分極
値を有するであろう。この方法を用いて、ポリペプチド
複合体を分裂させる小型分子を特徴づけるのが好まし
い。

【００７９】蛍光エネルギー転移を用いて、応答レギュ
レーターポリペプチドダイマー、トリマー、テトラマ
ー、または高次構造、あるいは別のポリペプチドに結合
した応答レギュレーターポリペプチドにより形成される
構造の形成を妨害する小型分子を特徴づけてもよい。応
答レギュレーターポリペプチドをドナーおよびアクセプ
ター両方の蛍光発色団で標識することができる。２種の
標識種を混合し、ドナー蛍光発色団を励起したならば、
アクセプターの蛍光を観察することにより蛍光エネルギ
ー転移を検出することができる。ダイマー化をブロック
する化合物は蛍光エネルギー転移を阻害するであろう。

【００８０】表面プラスモン共鳴を用いて、応答レギュ
レーターポリペプチドの自己結合ならびに応答レギュレ
ーターポリペプチドと別のポリペプチドもしくは小型分
子との結合に対する小型分子の影響をモニターすること
ができる。低いサイト密度（site density）において応
答レギュレーターポリペプチドをセンサーチップにカッ
プリングさせて、共有結合分子がモノマー性となるよう
にすることができる。次いで、溶液蛋白を応答レギュレ
ーターポリペプチド被覆表面上に通し、局所屈折率の変
化により生じる共鳴角の変化をモニターすることにより
特異的結合をリアルタイムで検出することができる。こ
の方法を用いて、応答レギュレーターポリペプチドの自
己結合ならびに応答レギュレーターポリペプチドと別の
ポリペプチドもしくは小型分子との結合に関する反応速
度および平衡結合定数に対する小型分子の影響を特徴づ
けることができる。

【００８１】シンチレーション近接アッセイを用いて、
応答レギュレーターポリペプチドと別の応答レギュレー
ターポリペプチドもしくは別の分子との結合の間の相互
作用を特徴づけることができる。応答レギュレーターポ
リペプチドをシンチレーション充填ビーズにカップリン
グさせることができる。放射性標識応答レギュレーター
ポリペプチドの添加は結合を生じ、放射性源分子はシン
チレーション液に極めて近接した状態となる。よって、
応答レギュレーターポリペプチドの結合によりシグナル
が放出され、応答レギュレーターポリペプチドの自己結
合または応答レギュレーターポリペプチドと別のポリペ
プチドもしくは小型分子との結合を妨害する化合物はシ
グナルを減少させるであろう。

【００８２】ＩＣＳバイオセンサーはＡＭＢＲＩ（Aust
ralian Membrane Biotechnology Research Institute）
により記載されている。それらは高分子の自己結合をカ
ップリングし、懸濁膜二重層中のガンマシジンにより促
進されるイオンチャンネルを閉鎖し、それゆえバイオセ
ンサーのアドミッタンス（イン−ダンスと同様）の測定
可能な変化が起こる。このアプローチは６０回のアドミ
ッタンス変化でも直線性があり、理想的には、小型分子
コンビナトリアルライブラリーの大規模な高処理量スク
リーニングに適する。

【００８３】本発明の他の具体例において、本発明ポリ
ペプチドおよびまたはポリヌクレオチドと結合あるいは
相互作用して、その活性または発現を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドへの結合、あるいはポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との他
の相互作用を可能にする条件下で本発明ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき
化合物と接触させて、アゴニストとの結合あるいは他の
相互作用を評価し（該方法において、好ましくは、かか
る結合または相互作用はポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答した検出可能シグナルを提供しうる第２の化合物に関
連したものである）、次いで、ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作
用から生じるシグナルの存在または不存在を検出するこ
とにより、化合物がポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドと結合あるいは相互作用し、その活性または
発現を活性化または阻害するかどうかを決定する方法が
提供される。

【００８４】ＡＢＣ輸送体ンタゴニストのアッセイのも
う１つの例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、Ａ
ＢＣ輸送体および潜在的なアンタゴニストを、ＡＢＣ輸
送体結合分子、組換えＡＢＣ輸送体結合分子、天然基質
もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド模倣物
と混合する、競合アッセイである。ＡＢＣ輸送体分子を
例えば放射活性または比色化合物により標識し、結合分
子に結合した、あるいは生成物に変換したＡＢＣ輸送体
分子の数を正確に決定して、潜在的なアンタゴニストの
効果を評価できる。

【００８５】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドおよび／またはポリペプチドと結合し、そ
れによりその活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、
ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的
アンタゴニストはまた、ＡＢＣ輸送体により誘導される
活性を誘導しない結合分子のような結合分子の同一部位
に結合し、ＡＢＣ輸送体を結合から排除することにより
ＡＢＣ輸送体の作用を妨げる、密接に関連した蛋白また
は抗体のような小型有機分子、ペプチド、ポリペプチド
であってもよい。

【００８６】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合してその部位を占領し、それにより細
胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性
を妨害する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型
有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含するが、こ
れらに限定するものではない。その他の潜在的なアンタ
ゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子
についての記載に関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:
560（1991）；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE IN
HIBTORS OF GENE EXPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラ
ートン、フロリダ州（1988）を参照のこと）。好ましい
潜在的アンタゴニストは、ＡＢＣ輸送体に関連する化合
物およびその変種を包含する。潜在的なポリペプチドア
ンタゴニストの他の例は抗体を包含し、あるいはいくつ
かの場合には、ポリペプチドのリガンド、基質、受容
体、酵素等の密接に関連したオリゴヌクレオチドまたは
蛋白、あるいはリガンド、基質、受容体、酵素等のフラ
グメント、あるいは本発明ポリペプチドに結合するが応
答を誘発せず、その結果ポリペプチドの活性を阻害する
こととなる小型分子を包含する。

【００８７】ある種の本発明ポリペプチドは天然ＡＢＣ
輸送体ポリペプチドの生物学的模倣物、機能的模倣物で
ある。これらの機能的模倣物を、とりわけ、ＡＢＣ輸送
体ポリペプチドの活性に拮抗するように、あるいは本明
細書にいずれかの場所に記載の様式で抗原または免疫原
として用いてもよい。本発明ポリペプチドの機能的模倣
物は末端切断ポリペプチドを包含するが、これに限らな
い。例えば、好ましい機能的模倣物は、配列番号：２に
示すポリペプチドを含むポリペプチドであってアミノま
たはカルボキシ末端の２０、３０、４０、５０、６０、
７０または８０個のアミノ酸を欠くポリペプチドを包含
し、さらにこれらの末端切断配列の１つまたはそれ以上
のものを含む融合蛋白を包含する。これらの機能的模倣
物のそれぞれをコードしているポリヌクレオチドを発現
カセットとして用いて各模倣物ポリペプチドを発現させ
てもよい。これらのカセットが５’および３’制限部位
を有していて所望の場合にカセットを一緒にして連結す
るための便利な手段となることが好ましい。これらのカ
セットが当該分野で知られたまたは本明細書にいずれか
の場所に記載された遺伝子発現シグナルを含むことがさ
らに好ましい。

【００８８】よって、もう１つの態様において、本発明
は、本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドに関するアゴニスト、アンタゴニスト、リガンド、受
容体、基質、酵素等；あるいはかかるポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドの生成を減少または促進す
る化合物を同定するためのスクリーニングキットに関す
る。該キットは：（ａ）本発明ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチド；（ｂ）本発明ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドを発現する組み換え細胞；
（ｃ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する細胞膜；あるいは（ｄ）本発明ポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチドに対する抗体を含
むものであり、好ましくは該ポリペプチドは配列番号：
２のものであり、好ましくは該ポリヌクレオチドは配列
番号：１のものである。かかるキットにおいて、
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は重要成分を含有
していてもよいことが理解されよう。

【００８９】本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドを、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレ
オチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の構
造に基づく設計方法に用いてもよいことが、当業者に容
易に理解されよう。該方法は：（ａ）最初にポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチド、またはそれらの複
合体の３次元構造を決定し、（ｂ）アゴニスト、アンタ
ゴニストまたは阻害剤の反応部位、結合部位またはモチ
ーフである可能性のある部位の３次元構造を推定し、
（ｃ）推定された反応部位、結合部位および／またはモ
チーフと結合または反応すると予想される候補化合物を
合成し、次いで（ｄ）候補化合物が実際にアゴニスト、
アンタゴニストまたは阻害剤であるかどうかを試験する
ことを含む。これが繰り返しプロセスであり、自動およ
びコンピューター制御工程を用いてこの繰り返しプロセ
スを行ってもよいことが、さらに理解されよう。

【００９０】さらなる態様において、本発明は、例えば
ＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドの過剰発現、発現不足、上昇した活性、または低下
した活性に関連した疾病のごとき異常な状態の治療方法
を提供する。ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドの発現および／または活性が過剰な場合、いくつか
の方法を用いることができる。１の方法は、ポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチドの機能および／また
は発現を阻害（例えば、リガンド、基質、受容体、酵素
等の結合をブロックすることにより、あるいは２次的シ
グナルを阻害することにより）するに有効な量の上記阻
害化合物（アンタゴニスト）を医薬上許容される担体と
ともに対象に投与し、そのことにより異常なな症状を改
善することを含む。もう１つの方法において、やはり内
在性ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと競
争してリガンド、基質、受容体、酵素等に結合すること
ができる可溶性形態のポリペプチドを投与してもよい。
かかる競争物質の典型例はＡＢＣ輸送体ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドのフラグメントを包含す
る。

【００９１】さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリペプチドまたはそのフラグメントおよび種々のサブ
クラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グロ
ブリンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含
む、遺伝子工学により得られる可溶性融合蛋白に関す
る。好ましい免疫グロブリンはヒトＩｇＧ（詳細にはＩ
ｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒンジ領域で
起こる。特定の具体例において、血液凝固因子Ｘａを用
いて開裂できる開裂配列を導入することによりＦｃ部分
を簡単に除去することができる。さらにそのうえ、本発
明は、遺伝子工学によるこれらの融合蛋白の製造方法、
ならびに薬剤スクリーニング、診断および治療における
それらの使用に関する。本発明のさらなる態様はかかる
融合蛋白をコードしているポリヌクレオチドにも関す
る。融合蛋白法の例は国際特許出願ＷＯ９４／２９４５
８およびＷＯ９４／２２９１４に見いだされる。

【００９２】さらにもう１つのアプローチにおいて、発
現ブロッキング法を用いて内在性ＡＢＣ輸送体ポリペプ
チドをコードしている遺伝子の発現を阻害することがで
きる。このブロッキングは遺伝子発現のいずれの工程を
標的としてもよいが、好ましくは、転写および／または
翻訳を標的とする。この種の既知方法の例は、体内で生
じるかまたは別個に投与されるアンチセンス配列の使用
を包含する（例えば、Oligodeoxynucleotides as Antis
ense Inhibitors of Gene Expression, CRC Press, Boc
ca Raton, FL (1988)中O'Connor, J. Neurochem (1991)
56:560参照）。別法として、遺伝子とともに三重らせ
んを形成するオリゴヌクレオチドを提供してもよい。例
えば、Lee et al., Nucleic Acids Res (1979) 6:3073;
Cooneyet al., Science (1988) 241:456; Dervan et a
l., Science (1991) 251:1360参照。これらのオリゴヌ
クレオチドはそれ自体投与することができ、あるいは重
要部分のオリゴマーをインビボで発現させることもでき
る。

【００９３】本明細書で得られるＤＮＡ配列は、各々、
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現でコードされた蛋白は、抗菌薬物をスクリーニングす
るための標的として用いることができる。加えて、コー
ドされた蛋白のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列
あるいはシャイン・ダルガノまたは他の個々のｍＲＮＡ
の翻訳容易化配列を用いて、目的とするコーディング配
列の発現を調節するアンチセンス配列を構築することが
できる。

【００９４】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を
妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分
子は、細菌、特にグラム陽性菌が内在装置上の哺乳動物
細胞外マトリックス蛋白、または創傷部の細胞外マトリ
ックス蛋白に付着することを防御するために；真核生物
の、好ましくは哺乳動物の細胞外マトリックス蛋白と組
織損傷を媒介する細菌性ＡＢＣ輸送体蛋白との間の細菌
付着を遮断するために；内在装置の埋め込みまたは他の
外科的手技以外により開始した感染における病因の通常
の進行を遮断するために使用することができる。

【００９５】本発明のさらに別の態様によれば、ＡＢＣ
輸送体のアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは
静菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが
提供される。本発明のアンタゴニストおよびアゴニスト
を用いて、例えば、疾患を阻害し、治療することができ
る。

【００９６】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（ＡＢＣ輸
送体ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのア
ゴニストおよびアンタゴニスト）、特に広スペクトルの
抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療に有用
である。このような治療はヘリコバクター・ピロリ誘発
性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療は
また胃潰瘍および胃炎も治癒する。

【００９７】ワクチン生成物、組成物、ならびにＡＢＣ輸送体発現の評価、疾
病の治療、遺伝学的変異のアッセイ、および細菌、特に
スタフィロコッカス・アウレウス細菌に対する免疫学的
応答を生起させるためのＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドの生物への投与方法が本発
明により提供される。本発明の別の態様は、個体、特に
哺乳動物における免疫学的応答を誘発する方法であっ
て、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生成するのに
適当なＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドおよび／またはポ
リペプチド、またはそのフラグメントもしくは変種を個
体に接種し、該個体を感染、特に細菌感染、最も好まし
くはスタフィロコッカス・アウレウス感染から防御する
ことを含む方法に関する。さらに、そのような免疫学的
応答による細菌複製を遅らせる方法も提供する。本発明
のさらにもう一つ別の態様は、個体における免疫学的応
答を誘発する方法であって、インビボでＡＢＣ輸送体ポ
リヌクレオチドおよび／またはポリペプチド、またはそ
のフラグメントまたは変種を発現するために、該ＡＢＣ
輸送体ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド、
またはそのフラグメントまたは変種の発現を指向する核
酸ベクターを該個体に送達し、例えば、サイトカイン産
生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／ま
たはＴ細胞免疫応答を生じさせるように免疫学的応答を
誘発し、該個体にて疾患が既に確立されているか否かに
かかわらず該個体を疾患から保護することを含む方法に
関する。遺伝子を投与する一例は、粒子上のコーティン
グとして遺伝子を所望の細胞に投与することによるもの
である。このような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、リ
ボザイム、修飾核酸、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、Ｄ
ＮＡ−蛋白複合体またはＲＮＡ−蛋白複合体を含んでい
てもよい。

【００９８】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体においてＡＢＣ輸送体ポ
リヌクレオチドおよび／またはそれによりコードされる
ポリペプチドに対する免疫学的応答を誘発する免疫学的
組成物であって、該ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドおよ
び／またはそれによりコードされるポリペプチド、また
は他の本発明ポリペプチドの抗原をコードし、発現する
ＤＮＡを含む組換えＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドおよ
び／またはそれによりコードされるポリペプチドを含む
組成物に関する。免疫学的応答は、治療的および予防的
に使用でき、抗体免疫および／またはＣＴＬまたはＣＤ
４＋Ｔ細胞から生ずるような細胞性免疫から得ることが
できる。

【００９９】ＡＢＣ輸送体ポリペプチドまたはそのフラ
グメントは、それ自体抗体を産生しないが、第１の蛋白
の安定化ならびに免疫原性および保護特性を有するであ
ろう融合蛋白の産生能を有する補蛋白（co−Protein）
と融合させることができる。このような融合組換え蛋白
は、好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフルエン
ザ（Hemophilus influenzae）からのリポプロテイン
Ｄ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）
またはベータガラクトシダーゼのような抗原性補蛋白、
蛋白を可溶化し、その産生および精製を容易にするよう
な比較的大きい補蛋白からなる。さらに、補蛋白は、免
疫系の全身的な刺激を与える上で、アジュバントとして
作用してもよい。補蛋白は第１の蛋白のアミノまたはカ
ルボキシ末端のいずれかに結合してもよい。本発明は、
本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび、
Sato，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載されるよ
うな免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワクチン
組成物および方法を提供する。

【０１００】また、本発明は、スタフィロコッカス・ア
ウレウス感染の動物モデルにおけるそのような遺伝的免
疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞表面
蛋白の非可変領域をコードすることが明らかにされた、
記載されたポリヌクレオチドまたはその特定のフラグメ
ントを使用する方法も提供する。そのような実験は、予
防的または治療的免疫応答を起こさせることのできる蛋
白エピトープの同定に特に有用である。この方法によ
り、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にスタフ
ィロコッカス・アウレウス感染の予防剤または治療剤の
開発のために、動物の必須器官から感染の抵抗または除
去に特に有用なモノクローナル抗体を産生させることが
できると考えられる。

【０１０１】宿主を免疫するための抗原として本発明ポ
リペプチドを用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を
遮断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生
じさせることができる。組織損傷の例としては、例え
ば、機械的、化学的または熱的損傷による、または内在
装置の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは
口、乳腺、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げ
られる。

【０１０２】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えポ
リペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと適当な担
体とからなるワクチン処方も包含する。蛋白は胃で破壊
されうるので、非経口的投与（例えば、皮下、筋肉内、
静脈内、皮内等の投与を包含する）が望ましい。非経口
投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝剤、抗菌剤、およ
びその処方を個体の体液、好ましくは血液と等張にする
溶質を含有してもよい、水性および非水性滅菌注射溶
液；懸濁化剤または増粘剤を含有してもよい、水性およ
び非水性滅菌懸濁液を包含する。処方は、単位投与また
は複数投与用コンテナ、例えば、密封されたアンプルお
よびバイアルにて提供され、使用直前に滅菌液体担体を
添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵することができ
る。ワクチン処方はまた、水中油系のごとき処方の免疫
原性を高めるアジュバント系および当該分野において知
られている他の系を有してもよい。投与量はワクチンの
比活性に依存し、慣用的実験操作によって容易に決定で
きる。本発明をある種のＡＢＣ輸送体ポリペプチドおよ
びポリヌクレオチドについて記載したが、この記載は天
然のポリペプチドおよびポリヌクレオチドのフラグメン
ト、ならびに組換えポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドの免疫原性を実質的に変化させない付加、欠失または
置換を有する同様なポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドも包含することが理解されるであろう。

【０１０３】組成物、キットおよび投与本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生
物に投与される、ＡＢＣ輸送体ポリヌクレオチドおよび
／またはＡＢＣ輸送体ポリペプチドを含む組成物が提供
される。本発明はまた、上記したポリヌクレオチドおよ
び／またはポリペプチドあるいはそれらのアゴニストま
たはアンタゴニストからなる組成物に関する。本発明の
ポリペプチドは、対象への投与に適した医薬担体のよう
な細胞、組織または器官用の未滅菌または滅菌担体と組
み合わせて使用できる。かかる組成物は、例えば、媒体
添加または治療上有効量の本発明のポリペプチドおよび
／またはポリヌクレオチドと、医薬上許容される担体ま
たは賦形剤を含む。かかる担体は、限定するものではな
いが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリ
セロール、エタノールおよびその組み合わせを包含す
る。処方は投与方法に適していなければならない。本発
明は、さらには、上記した本発明の組成物の一またはそ
れ以上の成分を充填した、一またはそれ以上のコンテナ
を含む診断および医薬用パックおよびキットに関する。

【０１０４】本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
および他の化合物を、単独で、または、治療用化合物な
どの他の化合物と組み合わせて用いてもよい。該医薬組
成物は、例えば、とりわけ、局所、経口、経肛門、経
膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路に
よる投与を含む、いずれかの有効な、都合のよい方法で
投与される。治療および予防において、活性成分は個体
に注射用組成物、例えば、好ましくは等張の滅菌水性分
散液として投与される。

【０１０５】また、組成物は、例えば、軟膏、クリー
ム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォ
ッシュ、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態
の局所用処方とすることができ、適当な通常の添加剤、
例えば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、軟膏やクリー
ムにおけるエモリエント等を含むことができる。そのよ
うな局所用処方はまた、適合する通常の担体、例えば、
クリームまたは軟膏基剤、ローション用のエタノールま
たはオレイルアルコールも含有することができる。この
ような担体は、処方の約１〜９８重量％を構成してもよ
く、より一般的には、処方の約８０重量％までを構成す
る。

【０１０６】さらなる態様において、本発明は、医薬上
許容される担体または賦形剤を混合された治療上有効量
のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、例え
ば可溶性形態の本発明ポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニストペプチ
ドまたは小型分子化合物を含む組成物が提供される。か
かる担体は、セイライン、緩衝化セイライン、デキスト
ロース、水、グリセロール、エタノール、およびそれら
の混合物を包含するが、これらに限らない。さらに本発
明は、上記本発明組成物の１種またはそれ以上の成分を
入れた１個またはそれ以上の容器を含む医薬パックおよ
びキットに関する。本発明のポリペプチド、ポリヌクレ
オチドおよび他の化合物を単独で、あるいは治療化合物
のごとき他の化合物と組み合わせて使用してもよい。組
成物を投与経路（例えば、全身投与または経口投与）に
適合させる。医薬組成物の全身投与の好ましい形態は、
注射、典型的には静脈注射を包含する。皮下、筋肉内ま
たは腹腔内のごとき他の注射経路を用いることもでき
る。全身投与のための別の手段は、胆汁酸塩またはフシ
ジン酸または他の界面活性剤のごとき浸透剤を用いる経
粘膜または経皮投与を包含する。さらに、腸溶処方また
はカプセル処方がうまく処方されるならば、経口投与も
可能である。これらの化合物の投与は局所的なものであ
ってもよく、膏薬、パスタ、ゲル等の形態であってもよ
い。

【０１０７】哺乳動物、特にヒトに投与するには、一日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。

【０１０８】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、スタフィロコッカス・アウレウスの傷汚染を防止す
るために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張にも
使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒ
トは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質による予
防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重篤な
合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい罹病
率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、この状
況の予防的抗生物質の代替品として使用することにまで
拡張することができる。

【０１０９】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・蛋白への
細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予防に代
え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途に使用
できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前に内在
装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、好ましく
は、傷または内在装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜１０
ｍｇ／ｍｌの濃度で使用できる。

【０１１０】便利には、ワクチン組成物は注射剤の形態
である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を高め
ることができる。ワクチン用の適当な単位投与量は抗体
０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好ましくは
１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示した用量範
囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個体へ
の投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されない。

【０１１１】配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズムポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、その２次
元および３次元構造を決定し、類似の相同性を有するさ
らなる配列を同定するための貴重な情報源を形成する。
配列をコンピューター読み込み可能媒体に保存し、次い
で、既知の高分子構造プログラムにおいて保存したデー
タを用いて、ＧＣＣのごときよく知られた既知検索ツー
ルを用いてデータベースを検索することにより、これら
のアプローチを最も容易に簡略化することができる。本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは検索分析に
有用なデータベースならびに配列分析アルゴリズム中の
成分として有用である。見出しのこのセクションならび
にこのセクションに関連した請求項の用語「配列データ
ベース、触知可能媒体中の配列、およびアルゴリズム」
「本発明ポリヌクレオチド」および「本発明ポリヌクレ
オチド配列」は、本発明ポリヌクレオチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。データベースおよびアルゴリズムという
見出しのこのセクションならびにそれに関連した請求項
で用いる用語「本発明ポリペプチド」および「本発明ポ
リペプチド配列」は、本発明ポリペプチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。

【０１１２】本発明は、本発明ポリペプチド配列および
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、チップ、ハー
ドドライブ、コンパクトディスク、およびビデオディス
クを包含する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配
列またはコードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明
により提供される。配列分析のための好ましい方法は、
例えば、同一性および類似性の分析のごとき配列相同性
分析、ＲＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディ
スティック（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読
み枠決定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基
トリミング、および配列決定クロマトグラムピーク分析
の方法を包含する。

【０１１３】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
１のポリヌクレオチド配列を少なくとも１つの第２のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同
性を同定する工程を含む。

【０１１４】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含む第１のポリペプチド配列をコンピューター
読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリペ
プチド配列を少なくとも１つの第２のポリヌクレオチド
またはポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工
程を含む。

【０１１５】さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と少なくと
も１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配
列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
する工程を含む。

【０１１６】本発明のさらなる具体例はポリヌクレオチ
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリペプチド配列を含む第１
のポリペプチド配列をコンピューター読み込み可能媒体
中に提供し、次いで、該第１のポリペプチド配列と少な
くとも１つの第２のポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド配列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニ
ングする工程を含む。

【０１１７】本発明のもう１つの好ましい具体例におい
て、下記のものからなる群より選択されるメンバーを保
存したコンピューター読み込み可能媒体が提供される：
メンバーは、配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチ
ド；配列番号：２の配列を含むポリペプチド；少なくと
も１つの配列が配列番号：１の配列を含むものであるポ
リヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列が
配列番号：２の配列を含むものであるポリペプチド配列
のセット；配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチド
配列を表すデータセット；配列番号：２の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセット；配列番号：１の配列を含むポリヌ
クレオチド；配列番号：２の配列を含むポリペプチド；
少なくとも１つの配列が配列番号：１の配列を含むもの
であるポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つ
の配列が配列番号：２の配列を含むものであるポリペプ
チド配列のセット；配列番号：１の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；配列番号：２の配列
を含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオ
チド配列を表すデータセットである。さらなる好ましい
本発明の具体例は、相同性の同定を行うためのコンピュ
ーターによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１の
配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読み
込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド
配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペ
プチド配列を比較して相同性を同定する工程を含む。さ
らなる好ましい本発明の具体例は、相同性の同定を行う
ためのコンピューターによる方法を提供し、配列番号：
２の配列を含むポリペプチド配列をコンピューター読み
込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリペプチド配列
を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ド配列を比較して相同性を同定する工程を含む。さらな
る好ましい本発明の具体例は、ポリヌクレオチドアッセ
ンブリーのためのコンピューターによる方法を提供し、
該方法は、配列番号：１の配列を含む第１のポリヌクレ
オチド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と第２のポ
リヌクレオチド配列との間の少なくとも１つの重複領域
をスクリーニングする工程を含む。

【０１１８】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１の配列を含むポリヌクレオチド配列
をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つのポリヌ
クレオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を
同定する工程を含む。

【０１１９】本明細書において引用したすべての文献
（特許および特許出願に限らない）は出典明示によりそ
の内容を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張す
るいずれの特許出願もまた出典明示により本明細書の一
部とする。

【０１２０】用語本明細書中で頻繁に使用される特定の用語を、その理解
を容易にするために以下に定義する。「抗体（複数でも
可）」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体、キメラ、１本鎖、およびヒト化抗体、ならびにＦａ
ｂフラグメントを包含し、さらにＦａｂまたは他の免疫
グロブリン発現ライブラリーの産物を包含する。「抗原
的に等価な誘導体（複数でも可）」は、特定の抗体によ
り特異的に認識されるポリペプチド、ポリヌクレオチ
ド、またはいずれかの等価物を包含し、該特定の抗体
は、本発明蛋白、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
に対して生成した場合に、病原体と哺乳動物宿主との間
の身体的相互作用を妨害するものである。「二特異的
（複数でも可）」とは、少なくとも２つの抗原結合ドメ
インを含む抗体を意味し、各ドメインは異なるエピトー
プに指向されている。「身体材料（複数でも可）」と
は、個体または生物由来の材料を意味し、骨、血液、血
清、脳脊髄液、精液、唾液、筋肉、軟骨、器官組織、皮
膚、尿、糞便または生検材料のごとき細胞、組織および
排泄物等を包含する。該生物は、個体に感染、侵入、ま
たは棲息するものである。「疾病（複数でも可）」は、
例えば、上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、
急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿
症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、感染性心内膜炎）、
胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿
瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例え
ば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前中隔および眼
窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例えば、副睾
丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候
群）、皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、
蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに骨および関
節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）を包含する
細菌による感染により引き起こされる疾病、またはかか
る細菌による感染に関連した疾病を意味する。「融合蛋
白（複数でも可）」は、２種の、しばしば関係のない融
合遺伝子またはそのフラグメントによりコードされた蛋
白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ−０４６４には、別
のヒト蛋白またはその一部と一緒になった免疫グロブリ
ン分子の不変領域の種々の部分を含む融合蛋白が開示さ
れている。多くの場合、免疫グロブリンのＦｃ領域を融
合蛋白の一部分として用いることは治療および診断にお
ける使用に有利であり、例えば、改善された薬物動態学
的特性が得られる（例えば、ＥＰ−Ａ０２３２２６２
参照）。一方、いくつかの用途には、融合蛋白が発現、
検出および精製された後、Ｆｃ部分を欠失できることが
望ましいであろう。「宿主細胞（複数でも可）」は外来
性ポリヌクレオチド配列によって形質転換またはトラン
スフェクションされた、あるいは形質転換またはトラン
スフェクションされうる細胞である。

【０１２１】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＳ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。

【０１２２】ポリペプチド配列の比較のための好ましい
パラメーターは以下のものを包含する：アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 4
8:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919 (1992)からのBLOSSUM
62 ギャップペナルティー：１２ギャップ長ペナルティー：４これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する：アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Biol. 4
8:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ギャップペナルティー：５０ギャップ長ペナルティー：３これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。

【０１２３】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。（１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する：ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ）式中、ｎ_nはヌクレオチド変化の数であり、ｘ_nは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘ_nとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘ_nから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる：ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ）式中、ｎ_nは核酸変化の数であり、ｘ_nは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘ_nとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘ_nから差
し引く。

【０１２４】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する：ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ）式中、ｎ_aはアミノ酸変化数であり、ｘ_aは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘ_aとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘ_aから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する：ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ）式中、ｎ_aはアミノ酸変化の数であり、ｘ_aは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘ_aとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘ_aから差し引く。

【０１２５】「免疫学的に等価な誘導体」は、ポリペプ
チド、ポリヌクレオチド、またはいずれかの等価物を包
含し、それらが脊椎動物において抗体を生成させるため
に適当な処方中に用いられた場合に、抗体は病原体と哺
乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害する
ように作用する。「免疫特異的」とは、他の関連ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド、特に先行技術のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに対してよりも本発明ポ
リペプチドまたは本発明ポリヌクレオチドに対して実質
的に大きなアフィニティーを有する抗体の特性を意味す
る。「個体（複数でも可）」とは多細胞真核生物を意味
し、後生動物類、哺乳動物、ヤギ類、ウシ類、類人猿、
霊長類およびヒトを包含するが、これらに限らない。

【０１２６】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
または他のいずれかの方法により生物に導入されている
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内に
あり、その生物が生きているまたは死んでいるとして
も、「単離された」ものである。

【０１２７】「生物（複数でも可）」は、（ｉ）Strept
ococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomy
ces、Streptomyces、Nocardia、Enterobacter、Yersini
a、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinetobacte
r、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、St
reptobacillus、Listeria、Calymmatobacterium、Bruce
lla、Bacillus、Closterdium、Treponema、Escherichi
a、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwin
ia、Borrelia、Leptospira、Spirillum、Campylobacte
r、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aeromonas、R
ickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasmaであ
る属（これらに限らない）のメンバー、ならびにグルー
プＡのStreptococcus、グループＢのStreptococcus、グ
ループＣのStreptococcus、グループＤのStreptococcu
s、グループＧのStreptococcus、Staphylococcus aureu
s、Streptococcus pyrogenes、Streptococcus agalacti
ae、Streptococcus faecalis、Streptococcus faeciu
m、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、Nei
sseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Staphy
lococcus epidermidis、Corynebacterium diptheriae、
Garnella vaginalis、Mycobacterium tuberculosis、My
cobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、Mycobac
terium leprae、Actinomyces israelli、Listeria mono
cytogenes、Bordetella pretusis、Bordetella parapre
tusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia col
i、Shigella dysenteriae、Haemophilus influenzae、H
aemophilus aegyptius、Haemophilus parainfluenzae、
Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella typh
i、Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Proteu
s vulgaris、Yersinia pestis、Klebsiella pneumonia
e、Serratia marcessens、Vibrio cholera、Shigella d
ysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aerugino
sa、Franscisella tularensis、Brucella abortis、Bac
illus anthracis、Bacillus cereus、Clostridium perf
ringens、Clostridium tetani、Clostridium butulinu
m、Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよび
Chlamydia trachomitisである種またはグループ（これ
らに限らない）のメンバーを包含する原核生物、（ｉ
ｉ）Archaebacter（これに限らない）を包含する古細
菌、および（ｉｉｉ）原生動物、真菌類、Saccharomyce
s、KluveromycesまたはCandida属（これらに限らない）
のメンバー、およびSaccharomyces cerevisiae、Kluver
omyces lactisまたはCandida albicans種のメンバー
（これらに限らない）を包含する単細胞または糸状真核
生物を意味する。

【０１２８】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含含むハイブリッド分子を包含
するが、これに限定されない。さらに、本明細書におい
て用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上のすべてを含んでもよいが、よ
り典型的には、分子のいくつかの領域のみを含む。三本
螺旋領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチ
ドである。本明細書において用いる場合、「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」なる用語はまた、一つまたはそ
れ以上の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲ
ＮＡを包含する。すなわち、安定性または他の理由で修
飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも、該用語が
本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数
でも可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない
塩基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含
むＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その
用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドであ
る。多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、
当業者に公知のように多くの有用な目的に使用されてい
ることが理解されよう。本明細書で用いる「ポリヌクレ
オチド」なる語は、ポリヌクレオチドのこのような化学
的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウ
イルスおよび、例えば、単純型細胞および複雑型細胞な
どの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を
包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」はま
た、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称さ
れる比較的短いポリヌクレオチドも包含する。

【０１２９】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含含むいずれのペプチドま
たは蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」
は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマー
と称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い鎖
の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードさ
れている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を含有しても
よい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プロセッシ
ングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の工程、また
は化学修飾技法のいずれかによって修飾されたものを有
する。かかる修飾は、基本テキストにて、およびより詳
細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて詳しく
記載されており、それらは当業者に周知である。同じ型
の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつかの部位で、
同じまたは異なる程度にて存在してもよいことは明らか
であろう。また、所定のペプチドは多くの型の修飾を有
していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチ
ドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、アセチル
化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビ
ンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまた
はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導
体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、
交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、
共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピログルタメー
トの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシル化、ＧＰ
Ｉアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル
化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロセッシン
グ、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形成、脂質
付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカルボキシ
ル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル化、セレ
ノイル化、硫酸化、アルギニル化のごとき転移ＲＮＡに
より媒介される蛋白へのアミノ酸付加、およびユビキチ
ネーションを包含する。例えば、PROTEINS−STRUCTURE
AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃreighto
n，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（1993）お
よびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENTMODIFICAT
ION OF PROTEINS，Posttranslational Protein Modific
ations：Perspectives and Prospects,pgs. 1−12，B.
C.Johnson編，Academic Press，New York（1983）；Sei
fterら,Meth Enzymol.（1990）182：626−646、およびR
attanら, Protein Synthesis：Posttranslational Modi
fications and Aging，Ann N.Y.Acad Sci（1992）663：
48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分枝してもよ
く、分枝を伴ったまたは伴わない環状であってもよい。
環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、翻訳後の天
然のプロセッシングの結果であり、同様に全く合成的な
方法で合成できる。

【０１３０】「組み換え発現系（複数でも可）」は、本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造のため
に宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入または形質転
換された発現系またはその部分または本発明ポリヌクレ
オチドをいう。

【０１３１】「引き算セット（subtraction set）」
は、本発明の少なくとも１のポリヌクレオチドを含む１
種またはそれ以上、しかし好ましくは１００種未満のポ
リヌクレオチドである。

【０１３２】本明細書中で使用される「変種（複数でも
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後述するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対照標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。

【０１３３】

【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。実施例１株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定表１（配列番号１）に示すＤＮＡ配列を有するポリヌク
レオチドは、エシェリシア・コリ中のスタフィロコッカ
ス・アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンライブラリー
より得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスＤ
ＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローンからの配
列データを用いて、配列番号１の連続したＤＮＡ配列を
構築した。ライブラリーは常套手段、例えば以下の方法
１および２により製造してもよい。全細胞ＤＮＡをスタ
フィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９より、標準法
に従って単離し、以下に示す二つの方法のいずれかによ
りサイズ分画する。

【０１３４】方法１標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。

【０１３５】方法２全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅する。

【０１３６】実施例２ＡＢＣ輸送体の特徴づけＡＢＣ輸送体のスーパーファミリーは、蛋白、ペプチ
ド、多糖、ヘム、およびイオンを、細胞膜を越えて輸送
する（Michael J Fath and Roberto Kolter, 1993. Mic
robial Rewiews: 57: 995-1017）。ＡＢＣ輸送体の３つ
の主要サブファミリーが記載されている。１のサブファ
ミリーはペリプラスムパーメアーゼから構成される。こ
のサブファミリーはマルチサブユニットインポート系を
特徴とし、ＡＢＣＡＴＰ−結合ドメインを担持する親
水性の膜結合蛋白およびペリプラスム結合蛋白を伴って
いる。これらのインポーターは膜貫通ドメイン（ＭＳ
Ｄ）およびＡＴＰ−結合ドメインを別個のサブユニット
上に有している。細菌のＡＢＣエクスポーターは膜貫通
ドメイン（ＭＳＤ）およびＡＴＰ−結合ドメインを同じ
サブユニット上に有する傾向がある。いくつかの細菌の
エクスポーターはＭＳＤを欠いている。グラム陽性細菌
は単一の細胞膜を有するので、それらはグラム陰性細菌
により利用されている、外膜を越えて生成物を排出する
ためのアクセサリー因子を欠いている。

【０１３７】

【配列表】

<110> SmithKline Beecham Corporation <120> ABC輸送体 <130> GM10110-01 <150> 08/946,348 <151> 1997-10-07 <160> 4 <170> FastSEQ for Windows Version 3.0

【０１３８】<210> 1 <211> 702 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <220> <221> CDS <222> (1)...(699) <400> 1 tgt gga tcc tat cga agc aat tgg agg tgc aga ata atg gca tta gtc 48 Cys Gly Ser Tyr Arg Ser Asn Trp Arg Cys Arg Ile Met Ala Leu Val 1 5 10 15 gtt aaa gat atc gtc aaa aat ttc gga gaa ggt ttg tct gaa aca aaa 96 Val Lys Asp Ile Val Lys Asn Phe Gly Glu Gly Leu Ser Glu Thr Lys 20 25 30 gtt tta aaa ggt att aat ttt gaa gtg gaa caa ggg gaa ttt gtc att 144 Val Leu Lys Gly Ile Asn Phe Glu Val Glu Gln Gly Glu Phe Val Ile 35 40 45 tta aat ggt gcc tct ggt tct ggg aaa aca aca ttg cta acg ata tta 192 Leu Asn Gly Ala Ser Gly Ser Gly Lys Thr Thr Leu Leu Thr Ile Leu 50 55 60 ggc gga ttg tta agt caa acg agt ggt aca gtg ctt tac aat gat gca 240 Gly Gly Leu Leu Ser Gln Thr Ser Gly Thr Val Leu Tyr Asn Asp Ala 65 70 75 80 cca ttg ttt gat aaa cag cat cct cct agt gat ttg cga ttg gaa gat 288 Pro Leu Phe Asp Lys Gln His Pro Pro Ser Asp Leu Arg Leu Glu Asp 85 90 95 att ggt att att att caa tct tca cat ata gtt cct tat tta aaa gtg 336 Ile Gly Ile Ile Ile Gln Ser Ser His Ile Val Pro Tyr Leu Lys Val 100 105 110 ata gag caa ttg aca cta gta ggc caa gaa gcg gga atg acc aaa caa 384 Ile Glu Gln Leu Thr Leu Val Gly Gln Glu Ala Gly Met Thr Lys Gln 115 120 125 caa agt tca aca aga gca ata caa ctt ttg aaa aat att ggg tta gaa 432 Gln Ser Ser Thr Arg Ala Ile Gln Leu Leu Lys Asn Ile Gly Leu Glu 130 135 140 gat cgc ttg aat gta tat ccg cat cag tta tct ggc ggt gaa aag caa 480 Asp Arg Leu Asn Val Tyr Pro His Gln Leu Ser Gly Gly Glu Lys Gln 145 150 155 160 cgt gtt gcg att atg aga gca ttt atg aat aat ccg aaa atc att tta 528 Arg Val Ala Ile Met Arg Ala Phe Met Asn Asn Pro Lys Ile Ile Leu 165 170 175 gca gat gag ccc aca gca agc tta gat gcc gat aga gca aaa aaa gtt 576 Ala Asp Glu Pro Thr Ala Ser Leu Asp Ala Asp Arg Ala Lys Lys Val 180 185 190 gtt gag atg ata cgt caa caa att aaa gaa caa caa atg att ggt att 624 Val Glu Met Ile Arg Gln Gln Ile Lys Glu Gln Gln Met Ile Gly Ile 195 200 205 atg att aca cac gat cga aga tta ttt gaa tat gca gat aga gtg ata 672 Met Ile Thr His Asp Arg Arg Leu Phe Glu Tyr Ala Asp Arg Val Ile 210 215 220 gaa tta gaa gat ggc aaa ata act gat tag 702 Glu Leu Glu Asp Gly Lys Ile Thr Asp 225 230

【０１３９】<210> 2 <211> 233 <212> PRT <213> Staphylococcus aureus <400> 2 Cys Gly Ser Tyr Arg Ser Asn Trp Arg Cys Arg Ile Met Ala Leu Val 1 5 10 15 Val Lys Asp Ile Val Lys Asn Phe Gly Glu Gly Leu Ser Glu Thr Lys 20 25 30 Val Leu Lys Gly Ile Asn Phe Glu Val Glu Gln Gly Glu Phe Val Ile 35 40 45 Leu Asn Gly Ala Ser Gly Ser Gly Lys Thr Thr Leu Leu Thr Ile Leu 50 55 60 Gly Gly Leu Leu Ser Gln Thr Ser Gly Thr Val Leu Tyr Asn Asp Ala 65 70 75 80 Pro Leu Phe Asp Lys Gln His Pro Pro Ser Asp Leu Arg Leu Glu Asp 85 90 95 Ile Gly Ile Ile Ile Gln Ser Ser His Ile Val Pro Tyr Leu Lys Val 100 105 110 Ile Glu Gln Leu Thr Leu Val Gly Gln Glu Ala Gly Met Thr Lys Gln 115 120 125 Gln Ser Ser Thr Arg Ala Ile Gln Leu Leu Lys Asn Ile Gly Leu Glu 130 135 140 Asp Arg Leu Asn Val Tyr Pro His Gln Leu Ser Gly Gly Glu Lys Gln 145 150 155 160 Arg Val Ala Ile Met Arg Ala Phe Met Asn Asn Pro Lys Ile Ile Leu 165 170 175 Ala Asp Glu Pro Thr Ala Ser Leu Asp Ala Asp Arg Ala Lys Lys Val 180 185 190 Val Glu Met Ile Arg Gln Gln Ile Lys Glu Gln Gln Met Ile Gly Ile 195 200 205 Met Ile Thr His Asp Arg Arg Leu Phe Glu Tyr Ala Asp Arg Val Ile 210 215 220 Glu Leu Glu Asp Gly Lys Ile Thr Asp 225 230

【０１４０】<210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 3 actagtaggc caagaagcgg g 21

【０１４１】<210> 4 <211> 22 <212> DNA <213> Staphylococcus aureus <400> 4 tgctctcata atcgcaacac gt 22

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号ＦＩＧ０１Ｎ 33/53 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ 33/577 33/577 Ｂ // Ａ６１Ｋ 31/00 ６３１Ａ６１Ｋ 31/00 ６３１Ｃ 38/00 48/00 48/00 37/02 (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡＣ１２Ｒ 1:445）

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】配列番号：２の全長にわたって配列番
号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一
性を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド。
【請求項２】アミノ酸配列が少なくとも９５％の同一
性を有する請求項１記載の単離ポリペプチド。
【請求項３】配列番号：２のアミノ酸配列を含む請求
項１記載のポリペプチド。
【請求項４】配列番号：２の単離ポリペプチド。
【請求項５】配列番号：２の全長にわたって配列番
号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一
性を有するポリペプチドをコードしているヌクレオチド
配列を含む単離ポリヌクレオチド；あるいは該単離ポリ
ヌクレオチドに対して相捕的なヌクレオチド配列。
【請求項６】全コーディング領域にわたって、配列番
号：２のポリペプチドをコードしているヌクレオチド配
列に対して少なくとも７０％の同一性を有するヌクレオ
チド配列を含む単離ポリヌクレオチド；あるいは該単離
ポリヌクレオチドに対して相捕的なヌクレオチド配列。
【請求項７】配列番号：１の全長にわたって配列番
号：１のヌクレオチド配列に対して少なくとも７０％の
同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレ
オチド；あるいは該単離ポリヌクレオチドに対して相捕
的なヌクレオチド配列。
【請求項８】同一性が少なくとも９５％である請求項
５ないし７のいずれか１つに記載の単離ポリヌクレオチ
ド。
【請求項９】（ａ）配列番号：２のポリペプチドをコ
ードしているヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチ
ド；（ｂ）配列番号：１のポリヌクレオチド；および（ｃ）配列番号：１またはそのフラグメントの配列を有
する標識プローブを用いて厳密なハイブリダイゼーショ
ン条件下で適当なライブラリーをスクリーニングするこ
とにより得ることのできるポリヌクレオチドから選択さ
れる単離ポリヌクレオチド；あるいは該単離ポリヌクレ
オチドに対して相捕的なヌクレオチド配列。
【請求項１０】適合する宿主中に存在する場合に請求
項１のポリペプチドを生成しうるポリヌクレオチドを含
む発現系。
【請求項１１】請求項１０の発現系を含む宿主細胞ま
たは請求項１のポリペプチドを発現するその膜。
【請求項１２】請求項１のポリペプチドの生成に十分
な条件下で請求項１１の宿主細胞を培養し、ついで、培
地から該ポリペプチドを回収することを含む、請求項１
のポリペプチドの製造方法。
【請求項１３】請求項１のポリペプチドに対する免疫
特異的な抗体。
【請求項１４】請求項１のポリペプチドの機能を刺激
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
方法であって、（ａ）候補化合物に直接または間接的に結合した標識を
用いて、該ポリペプチド（または該ポリペプチドを有す
る細胞もしくは膜）またはその融合蛋白への候補化合物
の結合を測定すること；（ｂ）標識競争物質の存在下で該ポリペプチド（または
ポリペプチドを有する細胞もしくは膜）またはその融合
蛋白への候補化合物の結合を測定すること；（ｃ）該ポリペプチドを有する細胞もしくは細胞膜に適
する検出系を用いて、候補化合物が該ポリペプチドの活
性化または阻害により発生するシグナルを生じさせるか
どうかを試験すること；（ｄ）候補化合物と、請求項１のポリペプチドを含有す
る溶液とを混合して混合物を作成し、混合物中の該ポリ
ペプチドの活性を測定し、次いで、混合物の活性を標準
と比較すること；あるいは（ｅ）例えばＥＬＩＳＡアッセイを用いて細胞中で該ポ
リペプチドをコードしているｍＲＮＡおよび該ポリペプ
チドの生成に対する候補化合物の影響を検出することか
らなる群より選択される方法を含む方法。
【請求項１５】請求項１ないし４のポリペプチドに対
するアゴニストまたはアンタゴニスト。
【請求項１６】（ａ）請求項１ないし４のポリペプチ
ドに対するアゴニストまたはアンタゴニスト；（ｂ）請求項５ないし９の単離ポリヌクレオチド；また
は（ｃ）請求項１のポリペプチドをコードしているヌクレ
オチド配列の発現を転調させる核酸分子である、治療に
用いられる化合物。
【請求項１７】個体における請求項１のポリペプチド
の発現または活性に関連した個体の疾病またはかかる疾
病に対する感受性の診断方法であって、（ａ）該個体のゲノム中の該ポリペプチドをコードして
いるヌクレオチド配列における変異の有無を決定するこ
と；および／または（ｂ）該個体由来の試料中の該ポリペプチドの発現の存
在または量について分析することを含む方法。