JPH07507394A - 質量スペクトロメータを用いてペプチドの配列決定を行う為の方法及び物質 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 質量スペクトロメータを用いてペプチドの配列決定を行う為の方法及び物質 盟連瓜皿 本願は、同時係属の共同出願１９９２年５月２９日付第０７／８９１．１７７号 の一部継続出願である。

２皿のび肚 本発明は形成された、あるいは形成されつつあるポリペプチドの配列を質量スペ クトロメータを用いて決定する為の迅速かつ効果的な方法に関する。

ポリペプチドは、アミド結合によってα−アミノ酸残基が化学的に結合している 一部の化合物であり、アミド結合の際に一方のアミノ酸のカルボキシル基ともう 一方のアミノ酸のアミノ基との間で水か除去されている。従ってポリペプチドは 、多数のα−アミノ酸残基を含有し得るα−アミノ酸残基の重合体である。ペプ チドは、より少数のα−アミノ酸から成るということを除けば、ポリペプチドと 同様のものである。ポリペプチドとペプチドとの間を分別する明確な一線は存在 しない。便宜上、本開示及びクレームにおいては、「ポリペプチド」という用語 は、ペプチドとポリペプチドとに全般的に言及する為に用いる。

蛋白質は、定義された３次元構造にたたみ込まれたポリペプチド鎖である。それ らは、炭素、水素、窒素及び硫黄を含む複合的な高重合体であり、ペプチド結合 によって連結されたアミノ酸の線状鎖から成る。それらはポリペプチドに類似す るが、はるかに高い分子量を有している。

蛋白質に関わる生理学的反応を完全に理解する為には、それらの構造を理解する ことがしばしば必要となる。蛋白質の構造にはいくつかの面がある。それは、蛋 白質鎖のアミノ酸配列に関係する第−次構造及び蛋白質の三次元立体配置（ｔｈ ｒｅｅ　ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｃｏｎｆｉｇｕｒａｒｉｏｎ）に一般的に関連 する第二次、第三次及び第四次構造である。本発明は、蛋白質の第一次構造を決 定する助けとなる、ポリペプチドの配列決定に関する。本発明は、ポリペプチド の配列を決定する為の簡便カリ正確な方法を提供するものであり、また、蛋白質 末端のアミノ酸残基の配列決定にも応用することができる。

アミノ酸配列、即ちポリペプチド及び蛋白質の第一次構造、を決定する為に多く の方法が多年にわたり用いられてきた。現時点においては、そうした決定に利用 し得る最良な方法は、エドマン分解法（Ｅｄｍａｎ　ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ） である。この方法においては、分析されるべきポリペプチドから一度に−っのア ミノ末端アミノ酸残基が除去される。そのアミノ酸は通常、逆相高性能液体クロ マトグラフィー（ＨＰＬＣ）によって同定されるが、近年になって、この目的の 為の質量スペクトロメトリによる方法が示された（１）。エドマン分解サイクル は、ポリペプチドが完全に分解される迄、連続する個々の末端アミノ酸残基につ いて繰り返される。その過程は冗長で多くの時間を費すものである。一つの末端 アミノ酸を順次除去する為に２０ないし３０分を要する。従って中度な長さのポ リペプチド、例えば５ｏアミノ酸残基、であっても、配列決定には何時間をも必 要とする可能性がある。その方法は機械化されてきて、自動化されたシーケンサ の使用が可能であるが、配列分析を行う為には依然として許容できない量の時間 を要している。

その方法は広（用いられているが、より短時間でポリペプチド中に存在する修飾 されたあるいは通常的でないより広汎なアミノ酸残基についての情報が得られる 方法は、当該技術分野にとって極めて有用である。ポリペプチドの混合物の個々 の成分の配列決定に使用し得る方法は特に有用である。

質量スペクトルスコープ法（ｍａｓｓ　５ｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ）の技術分野 における最近の進歩によって、極度に少量のポリペプチドサンプルがら、特性を 示すデータが得られるようになった。例えば、分析されるへき物質のピコモルな いしサブピコモル量を利用して有用なデータを得る高感度で精巧な機器が使用で きる為それが現在可能である。更に、今始まったイオン捕５３（ｉｏｎ−ｔｒａ ｐ）技術は、更に優良な感度を約束し、既に１ｏ−１５なしいｔｏ−ｌｆｌサン プル範囲において有用なスペクトルを呈することが示されている。

一般に、エレクトロスプレィ及びマトリックス補助レーサー脱着イオン化法はい ずれも主として完全な分子イオンを発生する。

エレク）・ロスプレイ四極子（ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ）装置の分解能は凡そ２， ０００に対して１てあり、レーサー脱着タイムオブフライト（ｔｉｍｅ−ｏｆ４ １ｉｇｈｔ）装置のそれは凡そ４００に対して１である。いずれの技術も凡そ１ Ｏ−２０，０００ｉ１：対し１（即ち＋／　−０，０１％するいはそれ以上）の 質量の正確性を与える。分解能を１０倍にまで」二げ、当技術の感度を著しく改 良する可能性がある、タイムオブフライト（ｔｉｍｅ　ｏｆ　ｆｌｉｇｈｔ）ア ナライザの改変が提案されている。

これらの技術は、＋／−０，２分子質量ユニットあるいはそれ以りに到る正確な 質量測定をもたらす。本発明の方法を採用することによりそのポリペプチド自体 か既に形成されていても、形成されつつあっても、エドマン分解法のような段階 的分解法によってアミノ酸誘導体を遊離させるよりも、より容易に高速、高感度 、かつ高精度に配列決定が可能であることをこれらの能力は意味している。以下 に更に詳細に説明するように本発明の方法は、各々アミノ酸残基−個に違いのあ る“断片（ｆｒａｇｍｅｎｔｓ）”の一群を含有する混合物を生産した後、該混 合物を質量スペクトロスコピーで分析する新規な配列決定法を採用する。

発咀Ω廷要 本発明は、既に形成されたポリペプチド、あるいは形成されつつあるポリペプチ ドの断片から、制御された条件下、一連の隣接するポリペプチドを含有する混合 物であって該一連のポリペプチドの各々が隣り合うメンバーと１個のアミノ基残 基だけ異なるものを生産することによる、既に形成された、あるいは形成されつ つあるポリペプチドの配列を分析する為の方法を提供する。混合物は、次いで質 量スペクトロメトリにより分析され、該一連の個々のメンバーを示すピークを有 するスペクトルが発生する。そうした隣接したメンバーのスペクトルのピークの 位置と共に、そうした隣接するメンバー間の分子質量の差は当該アミノ酸残基の 種類（ｉｄｅ曲【）・）及び形成されたあるいは形成されつつあるポリペプチド の鎖におけるその位置を示すものである。

反応条件の制御された循環（ｃｙｃｌｉｎｇ）を利用し予測され得る構造のペプ チドラダー（ｌａｄｄｅｒｓ）を生産する本発明の方法は、制御されない化学的 分解に関する、エクソペプチダーゼ消化を含む、質量スペクトロスコピを採用す る、以前の方法とは対照的とされるべきである。参考文献２−５を参照。これら の以前の方法の制御されない性質故、不完全な配列情報しか得られなかった。

囲器の血爪な上町 第１図は、ｎアミノ酸残基を含有する単一の形成されたポリペプチド由来のポリ ペプチド一群あるいは混合物（これ以後ペプチドラダー（ｐｅｐｔｉｄｅ　１ａ ｄｄｅｒ）と定義する）を示す。その混合物は、本発明に従って分析され、もと のポリペプチドのアミノ酸配列が決定される。その配列中の各アミノ酸は、その ペプチドのアミン末端からスタートする番号により示される。又は終止基（Ｔｅ ｒｍｉｎａｔｉｎｇｇｒｏｕｐ）を示す。

第２図は、第１図に示された群に類似したポリペプチドのペプチドラダーの理想 化した質量スペクトルである。

第３図は、分析の為にフェニルイソチオシアナート（Ｐ　Ｉ　ＴＣ）をカップリ ング試薬として、フェニルイソシアナート（Ｐ　Ｉ　Ｃ）を終止試薬として利用 し、既に形成されているポリペプチドがらのペプチドラダー発生に係る反応を示 す。

第４図は、第３図に示されたプロセスの更に詳細な要約である。

第５図は一方はへ他方は旦と同定される２個の既に形成されているポリペプチド の混合物より得られたペプチドラダーの理想化された質量スペクトルである。

第６図は、既に形成されているペプチド［ＧＩｕ’ｌフィブリノペプチドＢの、 陽イオン、マトリックス補助レーザー脱着質量スペクトルである。

第７図は、既に形成されているポリペプチドを制御された方法で分解してペプチ ドラダーを含有する混合物を生産する本発明の具体例に従った、７サイクルの連 続的反応の後の［ＧＩｕ’）フィブリノペプチドＢの、陽イオンマトリックス補 助レーザー脱着スペクトルである。

第８図は、実施例２の混合物９９−６７より得られた８７−６７域のペプチドラ ダーのスペクトルである。

第９図は、実施例２で得られた混合物６６−３３のスペクトルである。

第１０図は、実施例２で得られた混合物６６−３３から得られた、低質量域のス ペクトルであり、ＨＩＶ−１プロテア一ゼ合成ｃｐ　ｌこ形成された副反応産物 を示す。

第１１図は、実施例３で得られた反応混合物のスペクトルである。

第１２図Ａ及びＢは、同時に複数のポリペプチド配列決定ができる、本発明具体 例で採用する反応サポートシステムを示す。

第１３図Ａ及びＢは、セリン残基を含有するリン酸化（１２Ａ）及び非リン酸化 （１２Ｂ）１６残基ペプチドの両方から形成されたペプチドラダーの質量スペク トルである。

第１４図は、不完全なエドマン分解法により生じた蛋白質ラダーのスペクトルを 示す。

第１５図は、実施例４で得られた混合物のスペクトルを示す。

以下に更に詳細に説明するが、第８図から第１０図までは、本発明の方法を採用 した形成されつつあるポリペプチドの配列決定において、得られたスペクトルで ある。

本発明は、不発明細書及びクレームで使用されている一定の用語が定義されれば より容易に理解される。

用語「ポリペプチド」は、ここでは、アミノ酸残基の線状共有結合重合体から成 る、高分子量及び低分子量生成物のいずれをも指称する包括的意味で用いられる 。本発明の記述が進むにつれ、１００またはそれ以上のアミノ酸残基を含有する 個々の成分を、あるいは、そうした残基を１または２しか含有しない個々の成分 を含有し得る混合物が生産されるということが判る。従来、そうした低分子量の 生成物はアミノ酸、ジペプチド、トリペプチドなどとして言及されるものである 。しかしながら、質量スペク）・ロメトリによる分析の為調製される混合物は、 従来ポリペプチドとして同定されるべく充分に高い分子量の生成物に加えそうし た成分を含有するので、便宜上、そうした物質すべてをポリペプチドとして言及 することにする。

用語「形成されたポリペプチド」は、配列決定されるべきものとして現存するポ リペプチドを指し示す。例えばそれは、実施例１の例示を目的として配列決定さ れる［Ｇｌｕ’）フィブリノペプチドＢを指し示す。本発明の方法は、蛋白質の 酵素的消化物の逆相ＨＰＬＣ等により単離された未知ポリペプチドの第１次構造 の配列決定に当然、極めて有用である。

用語「形成されるつつあるポリペプチド」は、実施例２に例示されたような固相 合成等によって形成途上になるポリペプチドを指し示す。

用語「ペプチドラダー（ｐｅｐｔｉｄｅ　１ａｄｄｅｒ）　Ｊは、形成された、 あるいは形成されつつあるポリペプチドのいずれかから、ここに記述した方法に よって生産される一連のポリペプチドを含有する混合物を指称する。種々の図及 び本発明のこの記述により判るように、ペプチドラダーは、その混合物の種々の 成分がその一連のメンバーのうちの隣り合うメンバーと１個のアミノ酸残基の分 子質量の分だけ相異する、ポリペプチド混合物を構成する。

「カップリング試薬（ｃｏｕｐｌｉｎｇ　ｒｅａｇｅｎｔ）　Ｊは、配列決定さ れるべきポリペプチドの末端アミノ酸残基との反応生成物を形成する反応体で、 残基と共に後に除去される。

「終止試薬（ｔｅｒｍｉｎａｔｉｎｇ　ｒｅａｇｅｎｔ）Ｊは、同様に、ポリペ プチドの末端アミノ酸との反応生成物を形成する反応体であり、後続の循環的（ （ｙｃｌｉｎｇ）過程に対し安定である。

発器の詳紐笠−皿 ペプチドラダーを構築する為にはいくつかの方法がある。あるものは形成された ポリペプチドの配列決定に適用し得、他のものは形成途上にあるポリペプチドの 配列決定に適用し得る。

そうしたプロセスの１つは、形成されたポリペプチドに適用され得る、本発明の 具体例を示す第３図を検討することにより理解される。この図は、５０あるいは それ以上にも達するあらゆる数のアミノ酸残基を含有し得る、もとの形成された ポリペプチドの配列決定を示す。ポリペプチドはここでは、従来の慣例に従いＲ １、Ｒ２あるいはＲ３によって表示される側鎖を各々有する３個の残基を含有す るものとして例示している。

図中に例示されるように、本発明のこの具体例の重要な特色は、反応条件が循環 し、最終的混合物中にペプチドラダーを生産することである。最終的混合物は、 質量スペクトロスコピによって分析されそのラダーの全成分の正確な質量が決定 され、それによってもとのポリペプチドの配列決定に必要な情報が蓄積される。

熟練した技術者ならば、以下のことを認識するであろう。即ち、形成されたポリ ペプチドの配列決定をするこの方法は分解化学反応を利用するが、しかし、新規 な原理、即ち、終止試薬をＸで示す第１図に見られる様にもとのポリペプチドは 各々が１個のアミノ酸だけ相異する一部の断片を生成するのに用いられるという 原理に基づく。典型的には、Ｘは、本発明の循環的分解法における後続のすべて の反応あるいは操作に対して耐性を有する終止試薬とする。下記に述べられるよ うに本発明の他の具体例との関連では、Ｘはまた水素であっても良い。　゛第３ 図に例示されたプロセスにおいては、ＰＩＴＣはカップリング試薬、ＰＩＣは終 止試薬である。完全な（ｉｎｔａｃｔ）分子イオン間の質量差に基づき、図に概 略して示したようにして調製された終止分子種（ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ　ｍｏｌ ｅｃｕｌａｒ　５ｐｅｃｉｅｓ）の一群あるいはペプチドラダーから、そのアミ ノ酸配列は一回の質量スペクトロメトリ操作により容易に読み取ることができる 。更に、近代的質量スペクトロメータの感度故、このようにして決定されるアミ ノ酸配列の正確さは、広い範囲（５倍あるいはそれ以上）にわたり混合物中に存 在する個々の分子種の量に左右されない。

第２図は、各ピークが一連の終止ポリペプチドの１メンバーを表す、ペプチドラ ダーの理想化された質量スペクトルを表し、その各メンバーは隣接するメンバー と１個のアミノ酸残基によって相異する。

従って、例えば、第２図中の最も高い質量のピークがアミン末端においてその最 初の５メンバーが Ｇｌｙ’−Ｌｅｕ　−Ｖａｌ　−Ｐｈｅ　−Ａｌａ５−　。

であり得るポリペプチドを示すならば、次のより低い質量のピークは、 Ｌｅｕ２−Ｖａｌ　−Ｐｈｅ　−Ａｌａ５−を表すことになる。後続ピークはア ミノ酸残基が１個少ない物質を示すことになる。一連のメンバーのうち隣接する メンバー間の質量差は、除去されたアミノ酸残基を示すものである。右側の最初 の物質と隣接する物質との間の分子質量の差異は、グリシン残基に相当すること となる。後続のピークはロイシン、バリン、フェニルアラニンモしてアラニン残 基が次々に除去されていることを示し、このようにして、もとのポリペプチドに おけるこれらアミノ酸残基の配列が確定される。

第３図は、反応の実際的な順序を例示する。これにより、もとの形成されたポリ ペプチドを配列決定する為、試薬としてＰＩＴＣ及びＰＩＣを利用し、反応条件 を循環させることにより、スペクトロメトリ分析に付す為のペプチドを生産する 、第１図及び２図の理想化された方法が行なわれ得る。

配列決定過程の第１段階において、塩基性条件下、もとのポリペプチドをＰＩＴ Ｃ及びＰＩＣの混合物と反応させる。過剰モル数の各試薬が用いられる。各循環 過程において、利用され得るほとんどのポリペプチドはカップリング試薬と反応 するが利用され得るペプチドのうちの測定可能な少量画分は、終止試薬と反応す るべく、ＰＩＣよりもはるかに多量のＰＩＴＣを利用する。終止試薬と反応した 画分は、カップリング試薬と終止試薬の相対的活性とその２試薬のモル比によっ て決定される。

サイクルの塩基性段階で形成される最初の反応生成物は、ＰＩＣで終止したもと のポリペプチド（ＰＣ−ポリペプチド）及びＰＩＴＣで終止したもとのポリペプ チド（ＰＴＣ−ポリペプチド）から成る。

ＰＩＣ終止ポリペプチド（ＰＣ−ポリペプチド）は、後続のすべての反応条件下 で安定あるいは本質的に安定であり、結果として、分析可能になっている最終混 合物中に測定可能量存在することになる。

その過程の次の段階は、ＰＴＣ−ポリペプチド／ＰＣ−ポリペプチド混合物を酸 性条件下に置き、反応生成物をＰＴＣ−ポリペプチドから分離することである。

この反応生成物は、もとのポリペプチドの末端アミノ酸残基を含有する。この物 質を分離すると結果として末端アミノ酸が開裂された為にもとのポリペプチドよ り１アミノ酸少なく含有する新しいポリペプチドか形成される。

このサイクルの最後に生成する反応混合物は、主要物質として以下のものを含有 する： １、未反応のカップリング及び終止試薬２、もとのポリペプチドと終止試薬との 反応生成物である最初の反応生成物。それは、ＰＣ終止ポリペプチド（ＰＣ−ポ リペプチド）である。

３、アミノ末端アミノ酸残基を取り除かれた新しいポリペプチド 熟練した技術者ならば、以下のことが容易に理解できるであろう。即ち、今記述 したサイクルの連続的反復の結果、測定可能な主要成分として、各々が、一連の メンバーのうち、次に重いメンバーよりも１アミノ酸残基だけ少な（含有する一 連のＰＣ−ポリペプチドを含む混合物が生成する。それら一連のメンバーのうち 最も高い分子質量のものは、もとのポリペプチドと終止試薬との間の最初の反応 生成物となる。その１連の後続反応生成物各々の分子質量は、そのうちの隣接す る次に重いメンバーの分子質量から、ＰＩＴＣとの反応で除去された末端アミノ 酸残基の分子質量を引いたものとなる。隣接するペプチドから除去された各アミ ノ酸残基の種類は分子質量の差で決定されるのであるから、ＰＩＣの分子質量も 、ブロッキングクループ（ｂｌｏｃｋｉｎｇ　ｇｒｏｕｐ）あるいは選択された 他のいかなるプロツキンク゛クループもスペクトロメトリ分析には無関係である 。これらの差はアミノ酸残基を同定し、そのスペクトルのデータセット中の質量 差の位置は、もとのポリペプチド中の同定された残基の位置を定義する。

記述された化学過程の１０サイクルを各サイクルにつき、利用され得るポリペプ チドを恒常的に５９６終止させると、各サイクル後のもとのポリペプチドのモル 画分が凡そ下記のようになるペプチドラダーが得られる。

画　分　モル （Ｘ）−１−２−３−４−５−６−７−８−９−１０−１１−１２−−・・−− −ｎ−（ＯＨ）　、０５０（Ｘ）−２−３−４−５−６−７−８−９−１０−１ １−１２−・・・・−ｎ−（ＯＨ）　、０４８（Ｘ）−３−４−５−６−７−８ −９−１０−１１−１２−・・・−・−ｎ−（ＯＨ）　、０４５（Ｘ）−４−５ −６−７−８−９−１０−１１−１２−−・・−−−ｎ−（ＯＨ）　、０４３（ Ｘ）−５−６−７−８−９−１０−１１−１２−−−−−−−ｎ−（ＯＨ）　、 ０４１（Ｘ）−６−７−８−９−１０−１１−１２−−−−−−−ｎ−（ＯＨ） 　、０３９（Ｘ）−７−８−９−１０−１１−１２−−−−・−ｎ−（ＯＨ）　 、０３７（Ｘ）−８−９−１０−１１−１２−・・・−−−ｎ−（ＯＨ）　、０ ３５（Ｘ）−９−１０−１１−１２−−・・・−ｎ−（ＯＨ）　、０３３（Ｘ） −１０−１１−１２−−−−−・−ｎ−（ＯＨ）　、０３１（Ｘ）−１１−１２ −・−−−−−ｎ−（ＯＨ）　、６０残渣 ペプチドラダー中の連続する各メンバー間の分子質量の差は質量スペクトロスコ ピによって非常に詳細に、直ちに、決定される。

比較的低分子量のポリペプチドについては、未反応のＰＩＴＣあるいはＰＩＣを 除去することなく各サイクルを繰り返すことが可能である。しかしながら、実施 例１に例示したように、一般に各サイクル完了時点て未反応のカップリング及び 終止試薬を除去するほうが良い。そうした除去は、カップリング試薬と末端アミ ノ酸との間の開裂反応（ｃｌｅａｖａｇｅ　ｒｅａｃｔｉｏｎ）による生成物の 除去をも含むことがある。

第４図は、第３図に例示され、上にｌｉ’ｆ、述された方法をより詳細に要約す るものである。それは「ワンポット（ｏｎｅｐｏｔ）Ｊテクニックを利用したプ ロセスを特定的に例示している。図中ｒＡＡＪはアミノ酸、そしてＡＴＺは、５ −アニリノチアゾリノンを示す。

それ以外のシンボルは上記と同一の意味を有する。

その図は制御されたラダー生成化学反応を用いた、形成されたポリペプチドから のペプチドラダー調製を例示する。少量のＰＩＣ及び主要な比率を占めるＰＩＴ Ｃを用いて段階的な分解を行なう。

ペプチドラダーを生成する化学反応の連続的サイクルは、遊離したアミノ酸誘導 体を中間に単離や分析することなく、上記のように遂行される。ペプチドラダー を含有する混合物は最後にレーサ脱着タイムオブフライト質量スペクトロメトリ （ＬＤＭＳ）によって一度に読み取られる。

カップリンク及び終止試薬は上記の１対に限定されない。この技術に熟練した者 は容易に他の均等な試薬を選択し得る。当然のことながら、分析されているポリ ペプチドのアミノ末端にも、カルボキシ末端にもこの方法は適用可能である。

形成されたポリペプチドからペプチドラダーを構築するもう一つの方法は、不完 全な終止を確保するように各サイクルを行うことである。そのプロセスは、カッ プリング試薬のみが用いられる点及び、隣接するメンバーと１個のアミノ酸にお いて各々相異するがそのいずれも終止試薬によって終止されない一連のポリペプ チドからそのペプチドラダーが構成されているという点を除けば上記の方法と同 様である。この方法において、第１図のＸは水素である。本発明のこの具体例の 原理は、そのサイクルにおいてカップリング試薬のみが用いられていることと、 もとの形成されたポリペプチドの全部が反応してしまわないように、例えば反応 時間を限定するなとにより、反応の範囲を制限することである。結果として、サ イクルが酸段階に移行した後、生成した反応混合物は以下のものを含有すること になる： １、未反応ＰＩＴＣ ２、ＰＩＴＣとそれに反応した末端アミノ酸残基との反応生成物（ＰＴＣ−ポリ ペプチド） ３、未反応のもとの、形成されたポリペプチド４、　もとのポリペプチドよりア ミノ酸残基が１何歩ないポリペプチド ラダーのポリペプチドメンバーが終止試薬でエンドブロックされていないことを 除けば、反応条件、サイクルの連続的反復を適度に調節することにより、カップ リング及び終止試薬の両方を採用する方法において生産されたラダーと同様の所 望のペプチドラダーが生産されることは自明である。このプロセスは、ポリペプ チドの混合物にも同様に適用され得る。

１つだけの試薬を用いてペプチドラダーを生成させるもう一つの方法は副反応に よる終止を包含する。そうしたプロセスの−っては、Ｐｌｌ”Ｃをカップリング 試薬として使用し、酸化の条件を制御しなから少量のＰＩＴＣ終止ポリペプチド を安定なＰＩＣ終止ペプチドへと変換し、選択された回数のサイクル後、ペプチ ドラダーを形成する。本発明のこうした側面において重要な点は、少量のＰＩＴ Ｃ終止ポリペプチドの酸化を制御し、後続の反応条件下で安定あるいは本質的に 安定なＰＩＣ終止ポリペプチドを生成することである。

そのプロセスを更に明細に記述すると反応段階は以下の通りである： １、塩基性条件下、配列決定しようとするポリペプチドを過剰量のＰＩＴｃで反 応させ、実質的にすべてのポリペプチドを円ＴＣ終止ポリペプチド（ＰＴＣ−ポ リペプチド）に変換する。

２、そのＰＴＣ−ポリペプチドを制限された量の酸素で反応させＰＴＣ−ポリペ プチドの小部分（５％位）をＰＣ−ポリペプチドに変換し、残りはそのままとす る。

３、その混合物を酸段階に移し、ＰＩＴＣ結合末端アミノ酸をＰＴＣ−ポリペプ チドから開裂し、もとのポリペプチドよりアミノ酸残基の１何歩ないポリペプチ ドを残す。

４、選択された回数、上記サイクルを反復し質量スペクトロメトリによる分析の 為のペプチドラダーを生成する。

本発明のプロセスの大変重要な利点は、一つの反応システムにおいて複数のペプ チドの配列決定ができることである。その利点は、主として、最近の質量スペク トロスコピの進歩による高度な正確性によるものである。

本発明のこの側面は、複数のペプチドラダーを生産する為の適切な手段を示す、 第１２図Ａ及びＢを参照することにより理解される。この図中、１は、反応支持 部材（ｒｅａｃｔｉｏｎ　５ｕｐｐｏｒｔ　ｍｅｍｂｅｒ）　テ、保持槽（ｈｏ ｌｄｉｎｇ　ｂａｓｉｎ）　２と貫通孔（ｔｈｒｏｕｇｈ　ｂｏｒｅ）　３を有 するシリンダーの形状をしていて、貫通孔３によって化学物質の通過が可能であ る。一連の吸収部材あるいはディスク４、例えば吸収膜（ａｂｓｏｒｂｅｎｔ　 ｍｅｍｂｒａｎｅｓ）は薄いフィルタ部材５で支持されている。フィルタ部材は 単にガラス繊維あるいは適当なフィルタ素材で良い。

実際には、各ディスク上の適切なペプチドラダー調製用試薬を、配列決定しよう とする各ポリペプチドに接触させるように、支持部材は閉じたシステム中に置か れる。サイクルの各段階後反応物は開口部３を通って支持部材から出ていく。反 応物は、それらを一連の貯蔵槽から回収、混合そして供給ノズルを通してその混 合物を移動するのに用いられるようなタイプの通常のポンプシステムによって反 応ゾーンに供給される。

本発明のこの具体例におけるように、固相支持体上に固定されたサンプルについ て、形成されたポリペプチドの配列決定をすることは、特に有利なものである。

なぜなら、それが、総サンプルの極めて少量に適用され得、また、手間の減少と 回収率の増大があるからである。

図に例示されたシステムに適用されているように、配列決定しようとする適宜の 数のポリペプチドを別々に個々のディスク４に吸収させる。ディスクは、例えば 、陽イオン性、親水性、電荷修ｆ　（ｃｈａｒｇｅ　ｍｏｄｉｆｉｅｄ）ポリビ ニリデンフルオライド膜（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社製イモピロン（Ｉｍｏｂｉｌｏ ｎ）　ＣＤ　）のような吸収膜である。

本発明によるペプチドラダーの生成に適切な、制御された循環的反応を行う為、 閉じたシステム中に支持部材１を置き、ディスクは支持部材の通過用貫通孔３上 方に支持されたろ紙５上に離隔して配置されている。

各セクメントに吸収されたポリペプチドの量はわずか１ピコモルあるいはそれ以 下でもあり得る。一般に凡そ１ないし凡そ１０ピコモルである。

典型的操作において、１ないし１０ピコモルの各ポリペプチドを別々に、選択さ れた膜性ディスクに吸収し、ろ紙上に別々に置き、それを次に、図示したように 支持部材上に置く。ペプチドは上記のＰＩＴＣ／ＰＩＣ／塩基／酸サイクルに付 され、各ディスク上にペプチドラダーを生成する。分析しようとする混合物を含 有する各ペプチドラダーは、少量の表面活性剤を含む有機溶媒で別個の膜から抽 出しても良い。通常の溶媒の一つはアセトニトリルと１−ｏ−ｎ−オクチル−β −グルコピラノシドとの１：１混合物中の２．５％トリフルオロ酢酸である。

第１４図は、上記不完全終止と共に吸収膜技術を用いて得たスペク）・ルを示す 。分析するペプチドラダーを生成する為に、イモピロン−ＣＤ　（Ｉｍｍｏｂｉ ｌｏｎ−ＣＤ　）膜上の［Ｇｌｕ−１］　７　イフリノペプチドＢ、５０ピコモ ルをＡＢＩ−４７１Ａ蛋白質シーケンサ（Ａｐｐｌｉｅｄ　ＢｉｏｓｙｓＬｅｍ ）に付した。各サイクルにおいて不完全反応を確保する為、シーケンサをカート リッチ温度５６℃、サイクルタイム５．５分にプロクラムした。６サイクルが行 われた。これらの条件下、反応率（ｒｅａｃｔｉｏｎ　ｙｉｅｌｄ）は約５６％ と評価された。得られたペプチドラダーは遊離Ｎ−末端アミンから成る。

本例は、配列決定の行なわれ得るスピードを示す。同様のスペクトルは、全体で わずか１ピコモルのポリペプチドを股上に負荷するだけで得られる。

当該ポリペプチドとの別々の反応に同一の化学試薬を用い形成された別々のポリ ペプチドの配列分析を複数、同時に行うことを、特定のカップリンク′及び終止 試薬の混合物の同一反応ゾーン中での使用に言及して特定的に記述したが、その プロセスは上記の他のプロセスにも適用し得るものであることは明らかであろう 。

システムは、当然のことなから、ポリペプチドあるいはポリペプチド混合物の配 列決定をする為に１個だけのディスクを使用する場合にも適用し得る。

ディスクは支持体上に別々に離れて示されているが、それらを積み上げたり、適 度に吸収性のあるバッキング素材のカラムで代用したりしても良い。

史に、−・の装置（ｄｅｖｉｃｅ）にい（つかの支持部材かあって化学物質か多 重システム（ｍａｎｉｆｏｌｄ　ｓ）・ｓｔｅｍ）を通じてその別々の支持部材 に供給されても良い。そうすれば、反応ゾーンを１個だけてなく複数にして同時 に配列決定されるポリペプチドの数を更に増加させることかできる。

本発明の特に重要な具体例は、ポリペプチド鎖」二の共有結合に関する修飾、特 に、生物学的に重要な生成物の翻訳段階後の修飾の位置を検索する方法を提供す ることである。これらの修飾は化学的または酵素的加水分解の際、リン酸化、ア セチル化（ａｃｃｙｌａｔｅｄ）、グルコシル化されたり、ジスルフィド結合で 架橋形成したり、その他の修飾を受けたポリペプチドを生成する。そうしたポリ ペプチドは本明細書及び請求の範囲では「修飾ポリペプチドと呼ぶ。

修飾ポリペプチドの、リン酸化残基のような修飾アミノ酸残基の同定、位置検索 及び定量が直接てきないという点が、標準的配列決定法の主要な短所であり、そ れは、シグナル導入のメカニズムといったような生物学的研究の近年重要な領域 に大きな制限を与えている。本発明のプロセスは、配列決定されるペプチド鎖中 に存在する翻訳段階後の修飾の直接的な同定に広汎に適用される。

修飾アミノ酸残基は、形成されたペプチドからのペプチドラダー生成に用いられ る条件に対して安定であるから、共有結合に関する修飾の部位で更なる質量差を 示す。上述のように、質量差から、修飾アミノ酸のアミノ酸配列における位置と 質量とが共に決定できる。生じたデータは、翻訳後修飾の化学的性質の明確な同 定を可能にする。

本発明のこの側面の典型例は、３’、５’　−サイクリックＡＭＰ依存性キナー ゼを用いた酵素反応によって調製されたリン酸化セリン残基を含有する、５ｃｈ ｎｏｌｚｅｒらによる方法（９）によって調製された１６残基ペプチドＬＲＲＡ ＳＧＬＩＹＮＮＴＬＭＡＲアミドのリン酸化型及び非リン酸化型の分析である。

上記の及び実施例１に例示した方法を用いて各型のペプチドにつき１０サイクル のＰＩＴＣ／ＰＩＣ化学反応を行なった後、２つの別々の配列決定断片混合物（ ペプチドラダー）をそれぞれレーザ脱着質量スペクトロメトリによって読み取る 。得られた蛋白質ラダーデータのセットは第１３図Ａ及びＢに示す。再度述へる が、質量差はアミノ酸のアイデンティティ−と順序を定義する。フォスフォペプ チド（第１３図Ａ）に関しては、Ｎ−末端から５番目のアミノ酸について１６６ ．７ダルトンの質量差が観測され、リン酸化されていないペプチドの同一残基に ついての質量差８７．０（第１３図Ｂ）と比較される。測定されたこの質量差は リン酸化セリン残基に相当し、質量の計算値は１６７．１ダルトンである。この ようにして、蛋白質ラダー配列決定法はそのペプチドの５番目の位置にある５ｅ ｒ（Ｐｉ）を直接同定し、その位置を決定した。フォスフォセリン残基からの検 出され得るようなリン酸塩の損失はなかった。フォスフォセリン残基は、当技術 分野においては、リン酸化アミノ酸の中で最も敏感で不安定であるとされている 。

ラダー生成化学反応は１０サイクルしか行なっていないのに１１個の残基に相当 する配列決定断片が観測された。これは、明らかに、少量の未成熟開裂（ｐｒｅ ｍａｔｕｒｅ　ｃｌｅａｖａｇｅ）　（１０）が原因である。この副作用は、エ ドマン法には深刻な結果を招き得るが、ラダー配列決定法には影響ない。

本発明の特異的で非常に重要な利点は、それが１のポリペプチドの分析に限定さ れないことである。ポリペプチドの混合物が、１個の反応槽中で同時に分析でき る。第４図中の理想型に示すように各ポリペプチドか別個のスペクトルを呈する 。この図中、混合物のもとの成分の分子質量は恣意的な質量差によって異なる。

配列決定しようとするポリペプチド間で分子質量のオーバーラツプか認められる ことかあるとしても個別のスペクトルを」−記のようにして分析することはでき る。このことは、図から明らかである。結果として、蛋白質の化学的または酵素 的加水分解により得られたポリペプチドの混合物を分析することにより、蛋白質 の配列決定をすることか可能である。そのプロセスは下記のように概略される： 数ナノモルあるいはそれ以下の量の蛋白質サンプル断片 分離したペプチドの回収 ペプチドラダーの混合物 大半のケースにおいて、蛋白質を分離するのにゲル電気泳動を、ポリペプチドを 分離するのにＨＰＬＣが採用される。従って、例えば、蛋白質混合物は電気泳動 によってその蛋白質成分に分けられ得、分かれた各成分は本発明のプロセスに従 って、ポリペプチドに分解され、分離され、そしてラダー配列決定かなされて、 得られたデータから蛋白質全体の配列か推定される。本発明のプロセスは、完全 な（ｉｎｔａｃｔ）蛋白質の１次構造に関する広範囲のデータをそれらのアミノ またはカルボキシ末端において入手するのにも使用することができる。

以下に本発明の、形成されつつあるペプチドへの適用について記述する。

段階的固相ペプチド合成は、一連の化学的段階（「合成サイクル）」の反復によ る保護されたペプチド鎖の構築に関する。それは通常メチルベンズヒドリルアミ ンのような樹脂の支持体に結合したアミノ酸またはペプチド鎖に１個のアミノ酸 残基を加える結果となる。最終的なポリペプチド鎖は合成サイクルの反復により 、通常Ｃ−末端から一度に１個の残基づつ構築される。ペプチド化学者によく知 られている通り、固相合成法は常にプランに従って進行するわけではない。なん らかの理由によって形成されたペプチドのいくつかは最終産物か生ずる前に終止 することかある。例えは、２０個のアミノ酸残基を含有するポリペプチドを生成 するよう意図された合成によって副産物として種々のより少数のアミノ酸残基を 含有するポリペプチド、例えばトリペプチド、オクタペプチド及びドデカペプチ ド、を生成する可能性かある。

固相合成において本発明の利点を利用する為、アミノ酸付加の各サイクル後にポ リペプチド−樹脂サンプルを回収する。合成の過程で得られた全サンプルを凡そ 同量ずつ混合すると、樹脂に結合したあらゆる長さのポリペプチドを含有するペ プチドラダーが得られる。そうした混合物から樹脂を開裂すると、共通のカルボ キシまたはアミノ末端を含有するあらゆる長さの遊離ポリペプチド鎖の混合物を 生ずる。通常、段階釣菌和合或はカルボキシ末端において開始し、進行する。こ れらのケースでは、結果として得られるペプチドラダーは、全て共通のカルボキ シ末端を有するポリペプチドを含有することになる。

ヘプタペプチドの生成に関する各段階を考察し、その過程を説明する。もし、生 成されるヘプタペプチドが下記の構造であれば：Ａｌａ’−Ｖａｌ−Ｇｌｙ−Ｌ ｅｕ−Ｐｈｅ−Ａｌａ−Ｇｌｙ’　。

合成の最初の段階は、樹脂とａｎｙとの間にスペーサ分子を伴なって、Ｇｌｙが 樹脂に付加されることである。次の段階はＧｌｙへのＮ’−ブロックＡｈの付加 であり、それは、合成を制御する為の周知のカップリング及び脱ブロック（ｄｅ ｂｌｏｃｋｉｎｇ）過程に続く。サイクルを反復し、ヘプタペプチドを樹脂上に 形成する。ヘプタペプチドは標準的な方法により樹脂から単離される。

本発明の方法によれば、各サイクル後、樹脂に付着した少量のポリペプチド試料 か除去される。合成完了後、７つの試料を一緒に加え、下記の成分を含有するペ プチドラダーを生成する。

Ｇ１）・−樹脂 Ａｌａ−Ｇｌｙ−樹脂 Ｐｈｅ−Ａｌａ−Ｇｌｙ−樹脂 Ｌｅｕ−Ｐｈｅ−Ａｌａ−Ｇｌｙ−樹脂Ｇｌｙ−Ｌｅｕ−Ｐｈｅ−Ａｌａ−Ｇｌ ｙ−樹脂Ｖａｌ−Ｇｌｙ−Ｌｅｕ−Ｐｈｅ−Ａｌａ−Ｇｌｙ−樹脂Ａｌａ−Ｖａ ｌ−Ｇｌｙ−Ｌｅｕ−Ｐｈｅ−Ａｌａ−Ｇｌｙ−樹脂次に混合物を、例えば、フ ッ化水素で処理し、樹脂に結合していない（ｒｅｓｉｎ−ｆｒｅｅ）ペプチドラ ダーを生成し、それを質量スペクトロメトリによる方法で分析する。これによっ て最終のへブタペプチドが所望のアミノ酸構造のものであることが確かめられる 。

段階的固相合成における副反応の想定され得るタイプの１つは、合成中の特定残 基（の段階）における低レベルブロッキングである。

以下のことが明らかである。すなわち、各反応が生じて、低レベルブロッキング のような副反応が生じた上記の段階の後に回収される別々の試料の混合物は、そ うした終止した副産物を最終のポリペプチドが構築される間中含有していること になり、結果として質量スペクトロメトリによる分析の為調整された最終混合物 中にそうした終止したペプチドの量か増幅されて存在する。従って、例えば、低 レベルブロッキングのようにある理由によって２０−残基ポリペプチドを生成さ せるべく設計された合成過程におけるデカペプチドの段階であるポリペプチドの 終止があったならば、後続の合成サイクルから得られる各試料は、終止したデカ ペプチドを含有し、そして最終の分析用サンプルは１０倍に増幅されたこの副産 物を含有する。この分析法より得られる情報は、ポリペプチド、とりわけ、高分 子量のポリペプチドの合成に最適の方法を設計する為に有用である。本発明の固 相合成への一つの適用を実施例２に例示する。

所望により、ペプチドラダーを形成する為に混合するに先立ち、例えばニンヒド リン法のような比色定量法によって、上記回収されたペプチド樹脂試料を測定し 反応生成量を測定評価しても良い。

この方法は、そのプロセスを制御し、測定評価する補足的な方策を提供する。

先に述べたプロセスにおいては、樹脂に付着したポリペプチドの試料は最終の分 析用混合物の調製の為の合成サイクルの各々の段階で回収した。最終サンプル調 製の為の別法は、合成サイクルの各段階において、形成されつつあるポリペプチ ドの少量を故意に終止させ、次いで樹脂からペプチドを全て除去し、直接分析用 混合物を生成させることである。

これは、サイクルの各段階で可逆的にブロックされた１個のアミノ酸残基の代わ りに、その一部は反応条件下安定、他の一部は制御された条件下そのブロッキン ググループが除去され得る、選択されたアミノ酸残基の混合物を利用することに より遂行される。

もし、例えば、形成されつつあるポリペプチドに加えられるアミノ酸残基がアラ ニンならば、そのカルボキシル基が、例えばヒドロキシベンゾトリアゾールエス テルのような、反応に適した形であるＢｏｃ−アラニンおよびＦｍｏｃ−アラニ ンの混合物を利用してペプチド結合が形成され得る。ペプチド結合形成後、ブロ ッキンググループのうちの１個、除去し得るクループを他のブロッキンググルー プが完全な状態で残されるような条件下で除去することかできる。このサイクル を反復すると、結果として各メンバーが樹脂に結合し、選択されたブロッキング グループによって終止した一連のポリペプチドから成るペプチドラダーと共に樹 脂上の所望のポリペプチドが生成される。

その方法は、下記のような特定ポリペプチドの調製を参照することによりより容 易に理解される。即ち：Ｇｌｙ’−Ｐｈｅ−Ａｌａ−Ｌｅｕ−１１ｅ５そうした ペンタペプチドの調製に関する化学的方法はペプチドラダーを生成するべく適用 される標準的固相ポリペプチド合成である。例示の目的で本発明に適用されてい るように、Ｃ−末端アミノ酸残基は、ｔ−Ｂｏｃ−イソロイシンを主要の比率で 、Ｆｍｏｃ−イソロイシンを低い比率で（例えば、１９：１の割合）で含有する 混合物として、典型的にはリンカ−を通じて、樹脂に結合する。

ｔ−Ｂｏｃブロッキンググループは次にトリフルオロ酢酸のような酸によって除 去される。Ｆｍｏｃグループは酸条件下安定であるので、樹脂に付着したＦｍｏ ｃ−イソロイシンはそのブロッキンググループを維持し、後続の全ての反応に対 して安定である。

この合成の次の段階では、Ｂｏｃ−ロイシンとＦｍｏｃ−ロイシンの混合物（１ ９：１）を１ｉｅ−樹脂に結合させ、酸条件下、選択的にＢｏｃブロッキンググ ループを除去する。合成サイクルのこの段階の結果、樹脂の状態は下記の通りで ある：Ｆｍｏｃ　−１１ｅ−樹脂 Ｆｍｏｃ−Ｌｅｕ　−１ｉｅ−樹脂 Ｌｅｕ　−１１ｅ−樹脂 これらのサイクルを反復する結果、下記のように表示し得るペプチドラダーから 成る最終樹脂混合物が得られる。

Ｆｍｏｃ　−１１ｅ−樹脂 Ｆｍｏｃ−Ｌｅｕ　−１１ｅ−樹脂 Ｆｍｏｃ−Ａｌａ　−Ｌｅｕ　−１１ｅ−樹脂Ｆｍｏｃ−Ｐｈｅ　−ＡＪａ　− Ｌｅｕ　−１１ｅ−樹脂Ｆｍｏｃ−Ｇｌｙ　−Ｐｈｅ　−Ａｌａ　−Ｌｅｕ　− １ｉｅ−樹脂Ｇｌｙ　−Ｐｈｅ　−Ａｌａ　−Ｌｅｕ−１１ｅ−樹脂このペプチ ド混合物は標準的固相法によって樹脂から除去されるが、当該固相法はまた所望 によりＦｍｏｃグループをも除去し、上記質量スペクトロスコピによる分析に直 ぐ使用可能な分析試料を生成する。

ペプチドラダーは、除去し得るグループとしてＦｍｏｃを、終止グループとして ｔ−ＢＯＣを用いる、逆の方法によっても形成され得る。

本発明の固相合成法への適用については実施例３及び第１１図に例示する。

鎖を構築する合成法の条件に安定ないかなるブロッキングも本発明のこの適用に 使用され得る。例えば、段階的固相合成において可逆的にＮ−保護されたアミノ 酸の各々に、合成の各段階で成長しつつあるペプチドを数パーセントブロックす るに適した量の酢酸を加えることができる。読み取りの結果は、上記の通り、一 連のポリペプチドのうち隣接するメンバー間の質量差に依存するのであるから、 ブロッキンググループの質量は、合成されたペプチドの配列を読み取る能力に影 響を与えない。

記述された方法を用いると、樹脂のビーズの夫々は完全な長さの標的ペプチドと ペプチドラダーの混合物を担持する。各ビーズは、典型的には１ないし１０ある いはそれ以」−のピコモル単位のポリペプチドを担持する。従って１個のビーズ から生成物を開裂するとそのビーズ」二のポリペプチドの配列を直接決定するこ とができる。

先述の方法は理想状態で記述され、チロシン及びセリン中のヒドロキシル基、シ カルボキシルアミノ酸中の「余剰（“ｅｘｔｒａ“）」カルボキシル基あるいは ２塩基アミノ酸（ｄｉｂａｓｉｃ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄｓ）中の［余剰（“ｅ ｘｔｒａ”）Ｊアミノ基といった他の官能基により可能な干渉を含まないものと 認識される。この記述法は明細書が不必要に長（なるのを避ける為に採用された 。当分野の技術者は、他の官能基によりもたらされる問題を認識するであろうし 、また、ペプチド化学者に良く知られている技術を使用してそれらにどう対処す るかについて知っているであろう。

また、記述された方法は比較的小さなポリペプチドに適用されることも認識され るであろう。それらは大きなポリペプチドにも同様に適用し得る。例えば、もし 、形成されつつあるポリペプチドが２０またはそれ以上のアミノ酸残基を含有す るものであれば、合成が計画通り進められていることを確かにする為、ペンタペ プチド、デカペプチド及びペンタデカペプチドの配列決定をすることが得策な場 合もある。

本発明による分析の為のペプチドラダーを生成するのに、他の種々の化学反応シ ステムが採用され得る。

本発明のプロセスにはいくつかの重要な利点があることか認識される。例えば、 低分子量の誘導体を各化学反応段階で回収分析するエドマン分解法のような湿式 化学段階的分解法によるよりも化学的分解反応の結果に対する要求がより穏やか でより容易に結果が得られる。他の利点は、正確さ、スピード、便利さ、試料の 回収及びペプチドにおけるリン酸化のような修飾を認識する能力である。比較的 単純で廉価な質量スペクトロメトり用機器、例えば、タイムオブフライト（ｔｉ ｍｅ　ｏｆ　ｆｌｉｇｈｔ）　、単一の四極子（ｓｉｎｇｌｅｑｕａｄｒｕｐｏ ｌｅ）等が使用され得る。

本発明のプロセスを採用することにより、１ピコモルあるいはそれよりも少量の ポリペプチドから１０以上のアミノ酸残基を含有するポリペプチドの配列を決定 すること力用常的操作として可能であり、その操作は循環的分解、質量スペクト ロメトリ及び解釈を含めて１時間あるいはそれ未満で完了する。

記述されたプロセスは、容易に自動化できる。例えばＸ、Ｙ、Ｚ、ケミカルロボ ットを用いてマイクロ滴定プレート中で行うことができる。更に、蛋白配列決定 用ラダーから得られた質量スペクトロメトリのデータからアミノ酸配列は、単純 なコンピュータアルゴリズムから容易に決定される。従って本発明のプロセスは 、生成したペプチドラダーのスペクトルのコンピュータによる読み取りを含む。

熟練した技術者は、上記のような本発明のプロセスには制限のあることを認識す るであろう。

例えば、ロイシン及びイソロイシン等のアミノ酸のペアは同じ分子量を有する。

従って一連の終止ポリペプチドの質量差によって区別することができない。この 難点を回避するいくつかの方法がある。一つはＣＤＮＡ配列決定によって区別す ることである。それらは高度に縮重したコドンであるから、対応する遺伝子の単 離／同定の為のＤＮＡプローブ／プライマ中のイノシン置換によって適応するこ とかできる。この制限は本発明の実際的運用にはほとんど影響しない。

更にアミノ酸のいくつかは１原子のみにおいて相異する。このことは、質量測定 の正確性をきひしく要求する。しかしながら本発明は、絶対的質量の決定ではな く、隣接ピーク間の質量差の測定を利用するものである。質量差は質量スペクト ロメトリによって大変正確に測定されるので、その制限は、そういう観点からも 実際的重要性をほとんと持たない 最後に、アミノまたはカルボキシ末端においてブロックされた試料はペプチドラ ダーを生成しないかもしれない。この問題はフロックされたポリペプチド鎖を化 学的または酵素的に断片化し、別個に分析し、得るブロックされていないセグメ ントを得ることによって回避できる。

次の非限定的実施例は例示の為にのみ述へられるのであり、本発明はその精神又 は範囲を逸脱しない多くの自明のバリエーションか行ない得るものであり、該実 施例は本発明を限定するものとして考えられるべきものではない。

実施皿よ Ｇｌｕ１］フ　ブリ　ペプチ゛Ｂの　η・２“［Ｇｌｕ’：ｌフィフリノペプチ ドＢはシグマケミカル社（ＳｉｇｍａＣｈｅｍｉｃａｌ　Ｃｏ、（Ｓｔ、　Ｌｏ ｕｉｓ、　Ｍｏ、）　）より購入した。配列Ｇｌｕ’−Ｇｌｙ−Ｖａｌ−Ａｓｎ −Ａｓｐ５−Ａｓｎ−ＧＩｕ−Ｇｌｕ−ＧＩｙ−Ｐｈｅ”−Ｐｈｅ−５ｅｒ−Ａ ｌａ−Ａｒｇ”が幸μ告された。マトリクス補助レーサ脱着マススペクトロメト リの結果はＭＷ　１５７０．６ダルトン（計算値：１５７０．８ダルトン）であ り、出発ペプチドか高純度であることを示した。カップリンク′の段階てＰＩＴ Ｃと５９６Ｖ／ＶフエニルイソシアナートＰＩＣの混合物を使用した。ＰＩＣは ポリペプチド鎖のＮＨ２−と反応し、エドマン分解法の条件に安定なＮ“−フェ ニルカル／＜ミル−ペプチドを生ずる。標準的な、手技によるエドマン分解法を 改変した方法（６）を用いた。すべての反応は、乾燥窒素プランケ・ソト下、同 一のＱ　、　５　ｍＬポリプロピレン微細管中で行われた。ペプチド（２００ピ コモル乃至１０ナノモル）は２０μｌのピリジン／水（１：ＩＶ／Ｖ　；　ｐＨ １０，１）に溶解させ、以下のものを含む２０μの力・ツブリング試薬哩ＩＴＣ ：ＰＩＣ：ピリジン：ヘキサフルオロイソプロパノール（２０：１ニア６：４Ｖ ／Ｖ）を反応ノくイアルζこ加えた。カップリンク反応は５０°Ｃにて３分間進 行させた。３００μＬのへブタン：酢酸エチル（ｌ　Ｏ：　Ｉ　Ｖ／Ｖ）を加え 、ボルテックスにより静かに振とうし次いて相を遠心分離すること（こよりカッ プＩルグ試薬と非ペプチド共産物を抽出した。上層（よ吸引し廃棄した。この洗 浄過程をもう一度繰り返し、次に、ヘプタン：酢酸エチル（２：　Ｉ　Ｖ／Ｖ） で洗浄した。ペプチド産物を含む残りの溶液を真空遠心機で乾燥させた。開裂（ ｃｌｅａｖａｇｅ）過程は、反応バイアル中の乾燥残渣に２０μＬの無水トリフ ルオロ酢酸を加え。

５０℃、２分間反応させ、次いて真空遠心機で乾燥させることにより行なった。

カップリング−洗浄−開裂の一連の過程は予め定めた回数繰り返された。各サイ クルで生じる低分子量ＡＴＺ／ＰＴＨ誘導体は分離／分析されなかった。最終的 に、総混合産物を更にＰＩＣで処理し、残りのブロックされていない全てのペプ チドをそれらのフェニルカルバミル誘導体へと変換した。この最終段階で、試料 をピリジン中の（１：　Ｉ　Ｖ／Ｖ）　トリメチルアミン／水（２５０６ｗｔ／ ｗｔ）　２０μＬに溶解させ、この反応ノヅアルに２０μＬのＰＩＣ／ピリジン ／ＨＦＩＰ　（１ニア６：４　ｖ／ｖ）を加えた。カップリング反応は５０℃に て５分間行なった。試薬は上述のようにして抽出した。ラダー（ｌａｄｄｅｒ） 形成化学反応の最終サイクルの後混合産物を０．１％水性トリフルオロ酢酸ニア セトニトリル（２：１、■／Ｖ）に溶解させた。１μＬアリコート（２５０ｐｍ ｏｌ総ペプチド、無損失と仮定）を９μＬのα−シアノ−４−ヒドロキシ−ケイ 皮酸　（０，１％トリフルオロ酢酸ニアセトニトリル、２：ＩＶ／Ｖ中５ｇ／Ｌ ）と混合し、総ペプチド産物（２５ｐｍｏｌ）とマトリックスの当該混合物１， ０μＬをプローブチップに付し室温の気流で乾燥させた０ロツクフエラー大学（ Ｒｏｃｋｃｆｅｌｌｅｒ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）で構築されたレーザー脱着タ イムオブフライト（ｆｉｍｅ−ｏｆ−ｆｌｉｇｈｔ）インストラメント（７）を 用いて、質量スペクトルは陽イオンモードで得られた。波長３５５ｎｍ、１５ｍ １／パルスで、２００パルスから得られたスペクトルは８０秒間に渡って得られ 、加えると、第７図の蛋白質配列決定ラダー（ｌａｄｄｅｒ）の質量スペクトル を与えた。質量は、既知質量のマトリクスピークを指標として汎１算した。

ペプ　γ１のａ甲　〔Ｇｌｕ’）フィフ゛リノペプチドＢの陽イオン（ＭＡＬＤ ＭＳ）スペクトルを第６図に示す。ｍ／２１５７２゜５（計算ｆ＋／ｊ　：　１ ５７１．８）において、プロトン化分子イオン〔Ｍ＋Ｈ）が観察された。

７サイクル後に得られた反応混合物のその陽イオンＭ　Ａ　Ｌ　Ｄ　ＭＳスペク トルは第６図に示す。スペクトルの各々のピークは、ペプチドラダー（ｌａｄｄ ｅｒ）中の関連するフェニルカルバモイルペプチド誘導体を表す（後に考察する いくつかのピークは除く。）アミン酸配列は隣接する２つのピークの質量の相違 から容易に読み取れる。例えば、ｍ／ｚ　ｌ　６９０．９及び１５６１．８にお けるピーク、ｍ／ｚｌ　Ｓ　６１．８及び１５０４．９におけるピーク、そして ｍ／ｚ　１５０４．９及び１４０５．７におけるピークの間の質量の相異は１２ ９．１．５６．９及び９９．２である。それらは各々グルタミン酸（約１２９゜ １２）、グリシン（約５７．０５）及びバリン（約９９．１３）に相当する。１ セツトの対をなしたピークの質量差は１１９．０（１０６２，１−９４３，１） でありそれはフェニルカルバモイル基に相当する。言い換えれば、これら２ピー クは、フェニルカルバモイル基を有するあるいは有しない１片のペプチドを表す 。ｍ／ｚ　１５５３−８におけるピークは、Ｎ末端においてピログルタミン酸を 有する部分的にブロックされた、ペプチドに相当する。これは、使用された反応 条件下におけるＮ末端Ｇｌｕの環化の結果である。このような反応産物は正確に 測定された質量から直ぐに同定され、化学反応の傾向を物語っている。

実施医１ ＨＩＶ−１プロテアーゼのモノマーに相当する９９アミノ酸残基ポリペプチド鎖 の段階的固相合成（ＳＦ２単離）：ＰＱＩＴＬＷＱＲＰＬＶＴＩＲＩＧＧＱＬＫ ＥＡＬＬＤＴＧＡＤＤＴＶＬＥＥＭＮＬＰＧＫＷＫＰＫＭＩＧＧＩＧＧＦＩＫＶ ＲＱＹＤＱＩＰＶＥ　Ｉ　（Ａｂａ）ＧＨＫＡＩＧＴＶＬＶＧＰＴＰＶＮＩ　Ｉ ＧＲＮＬＬＴＱＩＧ　（Ａｂａ）ＴＬＮＦ９９［Ａｂａ＝α−アミノ−ｎ−酪酸 〕を行なった。

Ｓ、Ｂ、　Ｈ，Ｋｅｎｔ　（８）記述の方法に従い、高性能のＢｏｃ−ｃｈｅｍ ｉｓｔｒｙ機器の助けにより、保護されたペプチド鎖の段階的構築を樹脂支持体 上で行なった。アミノ酸を付加する各サイクルの後に試料（３−８ｍｇ、約１μ ｍｏｌｅずつ）を採取した。保護されて０るペプチド−樹脂試料は、連続した３ バ・ソチの試料中で混合した：（番号は試料が採取されるｔｉｉｆのアミノ酸に 相当する。即ち、標的配列における残基の番号）９９−６７　；　６６−３３　 ；　３２−１゜そうした最初の混合物は以下のペプチドを含有していた。

９９−樹脂 ９８−９９−樹脂 ９７−９８−９９−樹脂 ９６−９７−９８−９９−樹脂 、、、、（ｅｔｃ、）、、、。

７０、、、．９６−９７−９８−９９−樹脂６９−７０．、、．９６−９７−９ ８−９９−樹脂６８−６９−７０．、、．９６−９７−９８−９９−樹脂６７− ６８−６９−７０．、、．９６−９７−９８−９９−樹脂地の２混合物について も同様。ペプチド−樹脂の混合ツク・ソチは保護を外し、Ｉ−（Ｆで開裂（１時 間、０℃にて５％クレソール１５％／チオクレソールを加えて）した。反応産物 をジエチルエーテルで沈澱し、酢酸−水９５０１５０％Ｖ／Ｖ）に溶解し、次い で凍結乾燥した。

ノペプ千°゛・Δ　０．１０６ＴＦＡこ゛・°゛１　：　２（Ｖ／Ｖ）の３００ ６アセトニトリル１０．１９６水性トリフルオロ函酸中４−ヒト七キシ−−シア ノケイヒ酸９μＬに、そのペプチド混合物１μＬ（１ペプチド成分につき１０μ Ｍ）を加えた。得られた混合物０．５μＬは質量スペクトロメータのプローブに 付し、インストラメントに挿入した（７）。第８図及び第９図に示すスペクトル は、２゜ルは、２．５レ一サーシヨツト／秒の速さで行なわれた１００レーザー シヨツトの各々のデータを加えた結果である。第８図は合成物の残基９９−６７ の混合試料を開裂して得られた混合物の質量スペクトルを示す。第９図は、合成 物の残基６６−３３の混合試料を開裂して得られた混合物の質量スペクトルを示 す。第１表は、これらのピークの選択された連続ピーク間の質量差の測定値を示 し、更にそれらを標的ペプチドの既知配列から計算される質量差と比較している 。その一致の度合は、当該合成の正確さを充分に確証し得るに十分近いものであ る。

第１１図は、合成物の残基（６６−３３）の混合試料から得られた混合物の質量 スペクトルを示す。

構築されたポリペプチド鎖の配列は、ペプチド混合物の質量スペクトルの連続ピ ーク間の質量差から直接的に読み取りが可能である。これにより、実際に合成さ れたペプチド鎖のアミノ酸配列が確認された。第１表に、そうした質量差により 決定したアミノ酸の同定を示す。

（以下余白） 第１表：　蛋白質ラダー配列決定におけるマトリックス補助レーサ脱着質量スペ クトロメトリを使用した質量差によるアミノ酸の同定 また、（ペプチド鎖がブロックされそれ以上成長しない場合、）そうしたブロッ ク発生段階後に採取された各々のペプチド−樹脂試料中に合成の終止した副産物 が存在する。従って終止時点の後には、バッチ中に樹脂試料の数に等しい増幅因 子がある。これは３３３９．０におけるピークを含む第１０図（試料＃６６−３ ３）に見ることかできる。それは、３２４２．９（Ｎ−末端Ｈｉｓ７１）プラス ９６．１ダルトンのペプチド７１−９９に相当する。質量の特質と合成に用いた 化学的知識から、ブロッキンググループはＣＦ３ＣＯ−（９７，１，−Ｈ＝９６ ．１ダルトン）と同定される。観測された副産物は、トリフルオロアセチル−ペ プチド、Ｎ″−Ｔｆａ−（７１−９９）である。この成分の量の他の成分の平均 量に対する割合は凡そ２：１である。この試料に連けいする（ｃｏｍｂｉｎｅｄ ）　３４の試料があった。このように終止した副産物Ｎ”−Ｔｆａ−（７１−９ ９）は約５　ｍｏ１％のレベルで生じていた。この副反応は、Ｎ−末端Ｈｉｓ− ペプチド鎖に特異的であり、以前には報告されていない。終止ペプチド検出の際 、この増幅効果が感度の上で重要な有利性をもたらすことを示すものである。こ うした副産物は他の手段によっては容易に検出されない。

去胞皿ｌ 魚ニゲ匣匹終止 ペプチドＬＲＲＡＦＧＬＩＧＮＮＰＬＭＡＲ−アミドの合成は、５ｃｈｎｏｌｚ ｅｒ　ｅｔ　ａｔによるｉｎ　５ｉｔｕ中和法（９）に従って、手操作によりｐ −メチルベンズヒドリルアミン樹脂及び０　、８　ｍｍｏｌｅアミノ酸（９５ｍ ｏｌ　９６　Ｎ−ａ　−Ｂｏｃ、　５ｍｏ１％Ｎ　−ａ−Ｆｍｏｃ）を用い、０ ゜２　ｍｍｏｌスケール」二で行なった。次の側鎖保護基（ｓｉｄｅ　ｃｈａｉ ｎｐｒｏｊｅｃｔｉｎｇ　ｇｒｏｕｐ）を使用した：　Ｂｏｃ−Ａｒｇ、　ｔｏ ｓｙｌ　；　Ｆｍｏｃ−Ａｒｇ、　２゜３．６４リメチル−４−メトキシベンゼ ンスルホニル（Ｍｔｒ）。トリフルオロ酎酸（ＴＦＡ）中でのより大きな安定性 数Ｆｍｏｃ　−Ａｒｇ（Ｍｔｒ）を用いた。鎖（ｃｈａｉｎ）の構築完了後、Ｆ ｍｏｃ基は５０％ピペリジン／ＤＭＦを用いて除去し、次いでＴ　Ｆ　Ａ中でＢ ｏｃ基を除去した。

ペプチド断片は、（０℃にて１時間）ＨＦ−１０％ｐ−０％ｐ−フレソール樹脂 から開裂した。得られた粗ペプチド生成物は沈澱させエーテルで洗浄、５０９６ 酎酸に溶解させ、水で希釈し、次いて凍結乾燥した。第１１図にこのようにして 得られた反応を昆合物の質量スペクトルを示す。

裏施皿土 ニンヒドリン「応″・の＠　５ｃｈｎｏｌｚｅｒ及びＫｅｎｔによるｉｎ　ｓｉ ＋ｕ−中和法（９）に従い、ペプチドＬＲＲＡＳＧＬ　ＩＹＮＮＰＬＭＡＲ−ニ エユ」−の構築を機械使用によりＭ　Ｂ　ＨＡ樹脂及び２．２　ｍｍｏｌ　Ｎ− α−Ｂｏｃアミノ酸を用い、０．２５ｍｍｏｌスケール上で行なった。以下の側 鎖保護基（ｓｉｄｅ　ｃｈａｉｎ　ｐｒｏｉｅｃｔｉｎｇ　ｇｒｏｕｐｓ）を用 いた：　ＡｒｇＳｔｏｓｙｌ　；Ａｓｎ、　ｘａｎｔｈｙｌ　；　Ｓｅｒ、ｂｅ ｎｚｙｌ（Ｂｚｌ）　；　Ｔｙｒ　、フ゛ロモベンジルオキシカルボニル（Ｂｒ Ｚ）。樹脂試料は合成の各過程で回収し、各試料につき別々に定量的ニンヒドリ ン反応を行なった。これらの試料をプールし、Ｂｏｃ基は水分を含有しない（ｎ ｅａＱＴ　Ｆ　Ａ中で除去した。ペプチド断片の樹脂からの開裂は、ＨＦ−１０ ９６ｐ−フレソール（０６１１時間）処理することにより行なった。得られた粗 ペプチド生成物は沈澱させ、エーテルて洗浄、５００６酎酸に溶解させ、水で希 釈し、次いで凍結乾燥した。混合物の質量スペクトルを第１５図に示す。

五組文献 本明細書は、以下の出版物を引用している。そのいずれについても全ての開示を ここに参考文献として引用により援用する。

１、　Ａｅｂｅｒｓｏｌｄｅｔａｌ、ＰｒｏｔｅｉｎＳｃｉｅｎｃｅ　１，４９ ４（１９９２）２　、　Ｒ，５ｅｌｆ、　Ａ、　Ｐａｒｅｎｔｅ、　Ｂｉｏｍｅ ｄ、　Ｍａｓｓ　Ｓ　ｅｃｔｒｏｍ、　１０．７８　（１９８３）３、Ｌ、　Ａ 、　Ｓｍ１ｔｈ、　Ｒ，Ｍ、　Ｃａｐｒｉｏｌｉ、　Ｂｉｏｍｅｄ、　Ｍａ、ｙ 　Ｓ　ｅｃｔｒｏｍ、　１０．９８４　、Ｂ、　Ｔ、　Ｃｈａｉｔ、　Ｔ、　Ｃ ｈａｕｄｈａｒｙ、　Ｆ、　Ｈ，Ｆｉｅｌｄ、“Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｐｒｏ ｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ａｎａｌｙｓｉｓ　１９８６”、　Ｋ、Ａ、　Ｗａ ｌｓｈ、　ｃｄ、、　）ｆｕｍａｎａ　Ｐｒｅｓｓ　１９８７．　ｐ吹B ４８３−４９３．　ａｎｄ　ｕｎｃｏｎ＋ｒｏｌｌｅｄ　ｃｈｅｍｉｃａｌ　ｄ ｅｇｒａｄａｔｉｏｎ５　、　Ａ、　Ｔｓｕｇｉｔａ、　Ｋ、　ＴａｋａｍｏＬ ｏ、　Ｍ、　Ｋａｍｏ、　Ｈ，Ｉｗａｄａｔｅ、　Ｅｕｒ、　Ｊ、　Ｂｉｏｃｈ ｅ香B ２０６、６９１　（１９９２） ６　、Ｇ、　Ｅ、　Ｔａｒｒ　（１９７７）、　ｉｎ　Ｍｅ市ａｄｓ　Ｅｎｚ　 ・ｍｏｌｏ　４７．３５５　。

７　、　Ｒ，Ｃ，Ｂｅａｖｉｓ　ａｎｄ　Ｂ、　Ｔ、　Ｃｈａｉｔ　（１９８９ ）、　Ｒａ　ｉｄ　Ｃｏｍｍｕｎ、Ｍａ、ｑｓ堕匹逆工、　３．２３３゜ ８　、　Ｓ、　Ｂ、　Ｈ，Ｋｅｎｔ、　Ａｎｎｕａｌ　Ｒｅｖ、　Ｂｉｏｃｈｅ ｍ、　５７．９５７−９８４（１９８８）９　、　５ｃｈｎｏｌｚｅｒ　ｅｔ　 ａｔ、Ｉｎｔ、　Ｊ、　Ｐｅ　ｔｉｄｅ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｒｅｓ、％　１９９ ２．１８０−１９３１０　、　Ｗ、　Ａ、　５ｃｈｒｏｅｄｅｒ、　Ｍｅｔｈ、 　Ｅｎｚｖｍｏｌ、　２５．２９８　（１９７２）１−２−３−４−５−６−７ −８−９−、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、ｎ−（ＯＨ）大、４ 〉１μ腎＾°７°テドＳ艮 （Ｘ）−１−２−３，４−５−６−７−８−９，、、、、、、、、、、、、、、 、、、、、、、、コ−（ＯＨ）（Ｘ）−２−３−４−５−６−７−８−９−、、 、、、、、、、、、、、、、、、、、、、−ｎ　−（ＯＨ）（Ｘ）−３−４−５ −６−７−８−９，、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、−ｎ−（ＯＨ ）（Ｘ）−４−５−６−７−８−９，、、、、、、、、、、、、、、、、、、、 、、−ｎ−（ＯＨ）（Ｘ）−５−６−７−８−９，、、、、、、、、、、、、、 、、、、、、、、−ｎ−（ＯＨ）ＦＩＧ、１ く ＰＣ−ＡＡｌ−ＡＡ２−ＡＡ３−ＡＡ４−ＡＡ５−−ＡＡｎ（ｗ７ｏ５−％＞） ＦＩＧ、４ ＦＩＧ、９ａ ＦＩＧ、９ｂ く フロントページの続き （８１）指定国　ＥＰ（ＡＴ、ＢＥ、ＣＨ，ＤＥ。

ＤＫ、ＥＳ、ＦＲ，ＧＢ、ＧＲ，ＩＥ、ＩＴ、ＬＵ、ＭＣ，ＮＬ、ＰＴ、　ＳＥ ）、０Ａ（ＢＦ、ＢＪ、ＣＦ、ＣＧ、　ＣＩ、　ＣＭ、　ＧＡ、　ＧＮ、　ＭＬ 、　ＭＲ，ＮＥ、　ＳＮ。

ＴＤ、　ＴＧ）、　ＡＴ、　ＡＵ、　ＢＢ、　ＢＧ、　ＢＲ，ＣＡ。

ＣＨ，ＤＥ、ＤＫ、ＥＳ、ＦＩ、ＧＢ、ＨＵ、ＪＰ、ＫＰ、　ＫＲ，ＬＫ、　Ｌ Ｕ、　ＭＧ、　ＭＮ、　ＭＷ、　ＮＬ、　Ｎ。

、ＰＬ、Ｒ○、ＲＵ、ＳＤ、ＳＥ、ＵＳ（７２）発明者　ワン、ロン アメリカ合衆国、１００２１　ニューヨーク、ニューヨーク、イースト　シック スティサード　ストリート　５００、アパートメント２６イー （７２）発明者　ケント、ステファン　ビイ、エイチ。

アメリカ合衆国、９２０３７　カリフォルニア、ラジョラ、コステベル　ドライ ブ　２７６６

Claims (1)

1. 【特許請求の範囲】 １．一連のポリペプチドの各メンバーが次に隣接するメンバーと１個のアミノ酸 残基だけ相異する、その一連の隣接するポリペプチドから成るペプチドラダーを 含有する反応混合物を生成し、次いで質量スペクトロスコープ法によって、その 一連の隣接するメンバー間の分子質量における差を測定する各段階から成り、そ うした差が当該隣接する一連のメンバーの位置と共に、形成されたまたは形成さ れつつあるペプチドにおける当該アミノ酸残基の種類と位置の表示をもたらす、 形成されたまたは形成されつつあるポリペプチドの配列分析の方法。 ２．同一の反応ゾーン中で、別々の形成されたポリペプチドから複数のペプチド ラダーが生産される、請求項１の方法。 ３．別々の反応ゾーン中で、別々の形成されたポリペプチドから複数のペプチド ラダーが生産される、請求項１の方法。 ４．ポリペプチドが膜支持体上に吸収される、請求項２または３の方法。 ５．形成されたポリペプチドが修飾ポリペプチドである請求項１の方法。 ６．そのポリペプチドがリン酸化されている、請求項５の方法。 ７．そのポリペプチドがリン酸化セリン残基を含む請求項５の方法。 ８．以下の段階を含む形成されたポリペプチドの配列分析をする方法： ａ：各々が同一の反応条件下、分析されるべきポリペプチドの末端アミノ酸残基 との反応生成物を形成するカップリング試薬と終止試薬とから成る１対の過剰モ ルの試薬とそのポリペプチドを反応させ；その終止試薬とそのポリペプチドの末 端アミノ酸残基との間に生成した反応生成物は後続の全ての反応条件下安定であ り；カップリング試薬と分析されるべきポリペプチドのアミノ酸残基との間に生 成した反応生成物は、それが付着している末端アミノ酸を伴なうもとのポリペプ チドから、開裂物として、反応条件を変化させることによって除去することがで きる段階；ｂ：開裂物が分離するように反応条件を変化させ、以下のものを含有 する反応混合物を生成する段階：ｉ．未反応のカップリング試薬及び終止試薬、 ｉｉ．もとのポリペプチドと終止試薬との間の反応生成物である最初の反応生成 物、 ｉｉｉ．末端アミノ酸残基が除去された、新たに形成されたポリペプチド； ｃ．段階ａ及びｂを選択された回数反復し、以下のものから成る最終混合物を生 成する段階： ｉ．もとのポリペプチドと終止試薬との間の反応生成物、ｉｉ．終止試薬と各サ イクルで新たに生成したポリペプチドの画分の末端アミノ酸残基との間の反応に よって生成した一連の隣接する反応生成物であるペプチドラダーであって、その 反応生成物の数が当該最初の反応生成物を含めて、行なわれたサイクルの数に等 しいペプチドラダー；及び ｄ．その一連の反応生成物の隣接するメンバー間の分子質量における差を質量ス ペクトロスコープ法により測定し、そうした差が、もとのポリペプチドから、及 び一連の後続ポリペプチドの各々から開裂されたアミノ酸残基の分子質量に等し く、そうした差は、質量スペクトルにおける当該隣接するメンバーの位置と共に もとのポリペプチド中のアミノ酸残基の種類と位置を示すものである段階。 ９．カップリング試薬及び終止試薬がもとのポリペプチドのアミノ末端において 末端アミノ酸と反応する請求項８の方法。 １０．カップリング試薬がフェニルイソチオシアナートであり、終止試薬がフェ ニルイソシアナートである請求項９の方法。 １１．カップリング試薬及び終止試薬がもとのポリペプチドのカルボキシ末端に おいて末端アミノ酸と反応する請求項８の方法。 １２．同一の反応混合物中で少なくとも２の異なるポリペプチドが同時に分析さ れる請求項８、９、１０または１１の方法。 １３．同一の反応ゾーン中で別個の形成されたポリペプチドから複数のペプチド ラダーが化成される請求項８、９、１０または１１の方法。 １４．別個の反応ゾーン中で、別個の形成されたポリペプチドから複数のペプチ ドラダーが生成される請求項８、９、１０または１１の方法。 １５．そのポリペプチドが膜支持体上に吸収される請求項１３の方法。 １６．そのポリペプチドが樹脂支持体上に吸収される請求項１４の方法。 １７．その形成されたポリペプチドが修飾ポリペプチドである請求項８、９、１ ０または１１の方法。 １８．その形成されたポリペプチドが、リン酸化によって修飾されている修飾ポ リペプチドである請求項８、９、１０または１１の方法。 １９．その形成されたポリペプチドが、リン酸化セリン残基の存在によって修飾 されている修飾ポリペプチドである請求項８、９、１０または１１の方法。 ２０．以下の段階から成る、形成されたポリペプチドの配列分析方法： ａ：分析されるべきポリペプチドの一部のみの末端アミノ酸残基がカップリング 試薬と反応し、そのカップリング試薬と分析されるべきポリペプチドの末端アミ ノ酸との間に生成した反応物生成物が、反応条件を変化させることによって、そ れが付着している末端アミノ酸とともにもとのアミノ酸から開裂物として除去し 得るような条件下で上記ポリペプチドと上記カップリング試薬とを反応させる段 階；ｂ：開裂物が分離するように反応条件を変化させ、それにより、以下のもの から成る反応混合物を形成する段階：ｉ．反応していないカップリング試薬、ｉ ｉ．開裂物、 ｉｉｉ．もとの未反応の形成されたポリペプチド、ｉｖ．もとのポリペプチドよ りもアミノ酸残基が１個少ない、新たに形成されたポリペプチド； ｃ：段階ａとｂを選択された数のサイクル反復し、その隣接するメンバーが１個 のアミノ酸残基だけ相異する一連の隣接するポリペプチドからなる最終混合物を 形成する段階；そして、 ｄ：一連の隣接するメンバー間の分子質量における差を質量スペクトロスコープ 法により測定し、そうした差がもとのポリペプチドから、及び、一連の後続の形 成されたポリペプチドから開裂されたアミノ酸残基の質量に等しく、そうした差 が当該隣接するメンバーの質量スペクトルにおける位置と共にもとのポリペプチ ド中のアミノ酸残基の種類と位置をもたらす段階。 ２１．そのカップリング試薬が、もとのポリペプチドのアミノ末端において、そ の末端アミノ酸と反応する請求項２０の方法。 ２２．そのカップリング試薬がフェニルイソチオシアナートである請求項２１の 方法。 ２３．そのカップリング試薬がもとのポリペプチドのカルボキシ末端においてそ の末端アミノ酸と反応する請求項２０の方法。 ２１．少なくとも２の異なるポリペプチドが、同一の反応混合物中で同時に分析 される請求項２０、２１、２２または２３の方法。 ２５．複数のペプチドラダーが同一反応ゾーン中で、別個の形成されたポリペプ チドから生産される請求項２０、２１、２２または２３の方法。 ２６．複数のペプチドラダーが別個の反応ゾーン中で、別個の形成されたポリペ プチドから生成される請求項２０、２１、２２または２３の方法。 ２７．そのポリペプチドが膜支持体上に吸収される請求項２５の方法。 ２８．そのポリペプチドが樹脂支持体上に吸収される請求項２６の方法。 ２９．その形成されたポリペプチドが修飾ポリペプチドである請求項２０、２１ 、２２または２３の方法。 ３０．その形成されたポリペプチドが、リン酸化により修飾された修飾ポリペプ チドである請求項２０、２１、２２または２３の方法。 ３１．その形成されたポリペプチドが、リン酸化セリン残基の存在によって修飾 されている修飾ポリペプチドである請求項２０、２１、２２または２３の方法。 ３２．循環的にカップリング及びＮα−ブロックアミノ酸残基の脱ブロックをし て支持体にその一方の末端が結合している最終ポリペプチドを形成することによ り形成されている、形成されつつあるポリペプチドの配列分析の方法であって、 その方法が、各サイクル後支持体に結合したサンプルを回収し、回収されたサン プルを混合し、回収されたサンプル中の支持体から、その上に形成されたそのポ リペプチドを開裂し、その一連のメンバーが隣接するメンバーと１個のアミノ酸 残基だけ相異する一連の隣接するポリペプチドから成るペプチドラダーを含有す る反応混合物を生産し、その後質量スペクトロスコープ法により一連の隣接する メンバー間の分子質量における差を測定することから成り、そうした差が当該一 連の隣接するメンバーの位置と共に、形成されたまたは形成されつつあるペプチ ド中の当該アミノ酸残基の種類及び位置をもたらす方法。 ３３．循環的にカップリング及びＮα−ブロックアミノ酸残基の脱ブロックをし てその一方の末端が支持体に結合している最終ポリペプチドを形成することによ り形成されている、形成されつつあるポリペプチドの配列分析の方法であって以 下のことから成る方法： ａ．その主要部分が、選択された反応条件下で除去し得るブロッキンググループ によってブロックされ、その小部分が当該反応条件下で安定なブロッキンググル ープでブロックされた同一アミノ酸残基の混合物によって各サイクルのカップリ ング段階を行ない、 ｂ．その除去し得るブロッキンググループが除去されるような条件下で各サイク ルの各脱ブロック段階を行ない、ｃ．段階ａ及びｂを反復し、そして ｄ．その支持体から生成物を除去して、一連のメンバーが各々、隣接するメンバ ーと１個のアミノ酸残基だけ相異する一連の隣接したポリペプチドから成るペプ チドラダーを含有する混合物を得、その後質量スペクトロスコープ法によって一 連の隣接するメンバー間の分子質量における差を測定し、そうした差が当該一連 の隣接するメンバーの位置と共に、その形成されたあるいは形成されつつあるペ プチドの当該アミノ酸残基の種類及び位置の表示をもたらす。