JPH07506259A

JPH07506259A - 高分解遺伝子マッピング法

Info

Publication number: JPH07506259A
Application number: JP5519641A
Authority: JP
Inventors: ハウシール，ティモシー・ダブリュー
Original assignee: アイジー・ラボラトリーズ，インコーポレイテッド
Priority date: 1992-05-07
Filing date: 1993-05-07
Publication date: 1995-07-13
Also published as: CA2135072A1; WO1993022463A3; EP0640147A1; WO1993022463A2; AU4238593A

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】ヒトゲノムは４６個の染色体上の約３億塩基対のＤＮＡからなる。この遺伝子の青写真は、ヒトの細胞の成長、分化、維持および固有の作用性に必要な情報をコードしている。疾患に関連する遺伝子の同定を援助するために、ヒトゲノムマ・ソピノグに多大な興味がよせられてきた。実際、“ヒトゲノムプロジエクビの創立にあたり、合衆国政府はヒトゲノムの解明は国家的目的であるとの声明を発表した。

ヒトゲノム地図の２つのタイプは、遺伝子連鎖地図および物理的地図である。

遺伝子連鎖地図は主として、遺伝子ファミリーを研究することおよび２つの異なる特性が一緒に、あるいは連続して遺伝する頻度を測定することによって作成される。一方、物理的地図はヒトゲノムを形成するＤＮＡ分子上で行った測定から得られる。

物理的地図は、制限断片多型性またはゲノム断片の整列クローンの収集（コスミドなどを用いる）によって提供される情報に基づいて創作できる。各ゲノム断片が遺伝および分布しうるクローンとして利用できるので、ゲノム断片の整列クローンに基づく地図が特に有用である。これらのクローンは遺伝子の同定、その作用分析およびヌクレオチド配列の決定の出発点として役に立つ。整列クローンコレクンジンの製造とは、ＤＮＡ断片のクローニングを行い、該ゲノム中での整列を行い、さらに該断片を純粋型で遺伝させて、配列分析において広く利用しつるようにすることである。現今、利用しうる分解に限界が存在するため、ＤＮＡ断片の整列はもっとも難しいもののひとつとなっている。

ゲノムマツピングには、特定の染色体上のひとつのＤＮＡ断片の位置を直接検出しつるという理由で、ｉｎ　５ｉｔｕハイブリッド形成分析が有用であった。しかし、分裂期の染色体においてプローブを染色体バンドに局在させるための分解は、わずか数メガ塩基で行われる［リヒター（Ｌｉｃｈｔｅｒ、　Ｐ、　）ら鼾５ｃｉｅｎｃｅ’、　２４７．　６４−６９　（１９９０年）、ローレンス（Ｌａｗｒｅｎｃｅ、　Ｊ、　Ｂ、　）らのｒｓｃｉｅｎｃｅＪ　、２４９゜６４〜６９　（１９９０年）参照コ。高分解を達成するために、開部に収集された細胞標的にＦ　Ｔ　Ｓ　Ｈ（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓｅ　ｉｎ　５ｉｔｕ　ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）が適用されり［ローレンスらのｒｃｅｌ、ＩＪ　、　５２．　５１〜６１　（１９８８年）参照］。分裂期Ｉｎ対立するものである開部においては、細胞核内には染色質が分散状態で存在する。く１００Ｋｂから少なくともＩＭｂの距離で切断されたプローブが体細胞の間期核のＸ染色体上に配列された［ローレンスらのｒｓｃｉｅｎｃｅＪ　、２４９．　６４〜６９（１９９０年）；トラスフ（Ｔｒａｓｋ、　Ｂ、　Ｊ、　）らの「＾−，Ｊ、　ｆｌｕｓ、　Ｇｅｎｅｔ、Ｊ　、４８．　１〜１５　（１９９１年）参照コ。配偶子融合によって産生された雄性開期前核を用い、５０ｋｂ以下に切断されたプローブを分解した〔ブランドリフ（Ｂｒａｎｄｒｉｆｆ。

Ｂ）らのｒＧｅｎｏｍｉｃｓＪ、　１０．　７５〜８２　（１９９１年〕参照］。しかし、この技術には時間がかかり、高レベルの熟練が必要であり、はとんどの研究員にとって容易には入手できない材料が必要である。

遺伝子座を同定しようとしておびただしい数のプローブが作成される。これらのプローブの相対的整列を行うための単純で効果的な高分解法、および該プローブの公知のマーカーとの相対的な位置を決定することが必要である。

発明の要杓本発明は、染色体上の少なくとも２つの不連続なりＮＡ配列を整列させる方法に関する。ひとつの具体例においては、本発明は、ａ）対象となる染色体を含む真核細胞を、染色体解放をもたらす作用剤に接触させ：ｂ）解放された染色質を含むハイブリダイゼーション用細胞を調製し：次にＣ）ステップｂで製造した細胞を少なくとも２つのＤＮＡプローブ（各プローブは対象染色体上に存在する少なくともひとつの不連続なりＮＡ配列と相補的である）とハイブリダイズし１次にｄ）該染色体上のＤＮＡ配列の相対および絶対位置の指標として該プローブの存在および相対的順序を検出することを特徴とする。本発明方法を用いた開部染色質の解放によって、高分解開期マツピングを行うことができる。要するに、他方と隣接しているかまたはオーバーラツプさえもしているＤＮＡ配列を含む断片が分解しうる。さらに、ここに記載した方法により、該ＤＮＡのハイブリッド形成の容易さが増すため、より容易に結果が得られることになる。

もうひとつの具体例においては、本発明は、たとえば物理的手段、化学的手段またはそれらの組み合わせによって伸張されたＤＮＡ断片上の、少なくとも２つの不連続なりＮＡ配列を整列することを特徴とする。ＤＮＡを伸張するための好ましい物理的手段は、ゆるやかなスミアリング（こすり伸ばし）である。真核生物ゲノムから、伸張ＤＮＡを得るための好ましい化学的手段は、染色質とヒストンを除去する溶液とを接触させることである。ＤＮＡを伸張することにより、該ＤＮＡはハイブリダイゼーンジン用に調製され、少なくとも２つのＤＮＡプローブ（各プローブは対象染色体上に存在する少なくともひとつの不連続なりＮＡ配列と相補的である）とハイブリダイズすることができる。ハイブリダイズを行なうと、ＤＮＡ断片上のＤＮＡ配列の相対的および絶対的位置の指標として、該プローブの存在および相対的順序を検出することができる。本発明方法を用いてＤＮＡを伸張することにより、高分解マツピングを行うことができる。

発明の詳細な記載本発明は、特定の染色体またはＤＮＡ断片上のひと組（すなわち、少なくとも２つ）のＤＮＡ配列の整列ハイブリダイゼーションアッセイを行うことにより、“ 解放状態”（ｒｅｌａｘｅｄ）の染色体または”伸張状態”（ｅｘｔｅｎｄｅｄ）のＤＮＡが分析できるという発見に基づいている。したがって、本発明は、高分解状態での、ひと組の不連続なりＮＡ配列を整列させる２つの便利な方法を提供するものである。

不連続なりＮＡ配列を整列させることは、物理的マツピングなどにおいて有用である。本明細書で用いる語句“整列”（ｏｒｄｅｒｉｎｇ）とは、染色体または染色体の一部上における不連続なりＮＡ配列の、別の配列および／または公知のマーカーとの一次的関係を確立することを意味する。

本発明のひとつの態様は、細胞を解編（ｄｅｃｏｎｄｅｎｓａｔｉｏｎ）させる作用剤に接触させ、ハイブリダイゼーンジン用に調製し、少なくとも２つのＤＮＡプローブ（各プローブは対象染色体上に存在する少なくともひとつの不連続なりＮＡ配列と相補的である）を用いて分析することである。開部の細胞は染色質がすでに幾らか伸びた形状になっているため、これが好ましい。培地における細胞の成長は公知の方法を用いて同調させることができる。同調した細胞を用いることにより、細胞周期の開部段階にある細胞を、より高い割合で得ることができる。

本発明方法においては、まず細胞を解編させる作用剤に接触させる。たとえば、該貯綿用作用剤として、ヒストンを脱アセチル化するタンパク質（すなわち、ＤＮＡと相互作用して染色質を形成する一連のタンパク質）を阻害する化学薬品を挙げることができる。ヒストンが超アセチル化される場合、染色質は凝縮の程度が少なくなるかまたは解放されるようになる。短鎖脂肪酸の塩（酪酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウムおよびバレリアン酸ナトリウムなど）を細胞に加えた場合、ヒストンを脱アセチル化するタンパク質を阻害することによって染色質が解放されると思われる。

次いで、解放染色質を含む細胞を当業者には公知の方法を用いて、細胞を１ｎｓｉｔｕハイブリダイゼ−７ジン分析用に調製する。一般的なこれらの方法では、固体基質へ細胞を付着させ、固定し、軟燥し、次いで変性させて、／Ｍイブリダイゼー１／！Ｉンに適用しうる一本鎖ＤＮＡが得られる。細胞はガラス、プラスチックまたはニトロセルロースに付着させることができる。扱いやすく、顕微鏡で見ることができるので、ガラス顕微鏡スライドが好ましい。後の処理の間中、基質表面上へ細胞が固定されるように基質を”細胞粘着剤”で前処理することができる。

好ましい細胞粘着剤は３−アミノプロピルトリエトキシンランである。この粘着剤で処理することによって“シラン処理”基質が得られる。他の粘着剤としては、ポリ−■、す７ンおよびマノセルアドヘソシン（■ｕｓｓｅｌ　ａｄｈｅｓｉｎ）などが挙げられる。

固体基質の前処理は、細胞粘着剤の付着を確実にするならばいずれの方法を用いてもよい（たとえば、粘着剤に浸す、粘着剤を点滴器を用いて運搬するなど）。

前処理した固体基質は無塵環境に室温で貯蔵する。

次いて、ｉｎ　５ｉｔｕハイブリダイゼーション中の苛酷な条件下で核酸を保持するために、基質上の細胞を固定化処理に付して、核／染色体を組織学的に安定した状態で保存する。適当な固定液は当業界で公知であり、たとえば、５ｍＭＭｇＣ１２を含有するＩル酸塩緩衝液（ＰＢＳ）中の４％バラホルムアルデヒドまたはグルタルアルデヒド、エタノール３部と酢酸１部を含有する固定液、カーノイ（Ｃａｒｎｏ）・）の固定液、１％四酸化オスミウム、ポウイン（Ｂｏｕｉｎ）の固定液、インカー（Ｚｅｎｋｅｒ）の固定液などが挙げられる。

次いで、基本的にリヒターらのｒＨｕｍ、　Ｇｅｎｅｔ、Ｊ、８０．　２２４〜２３４（１９８８年）に記載に準じて行うハイブリダイゼーションおよび検出などの、当業界で公知の方法を用いて、解放された染色質を含む調製細胞を適当なプローブでハイブリダイズし、検出することができる。

本発明で使用するための検出可能なマーカーで標識されたデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）プローブは、−重鎖ＤＮＡ分子またはその断片から当業界で公知の操作に従って調製することができる。このような技術としては、放射性標識の結合、蛍光色素または酵素の直接付加、および核酸断片を免疫化学的あるいは他の親和性反応によって検出可能にする種々の化学的修飾が挙げられる。好ましい標識方法は、ハブテン化された三リン酸ヌクレオチド（ビオチン標１ｔｄＵＴＰなど）を用いるニツクトランスレーンランまたはランダムプライマー伸長［フェインベルグ（Ｆｅｉｎｂｅｒｇ）　＆フォーゲルシュタイン（Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ）の「Ａｎａｌ、　Ｂｉｏｃｈｅ（Ｊ、　１３７．２６６〜２６７　（１９８４年）参照コ　［ｄＵＴＰをＢｌｏ−１ｌ−ｄＵＴＰで置換するマルチプライムＤＮＡラベリングシステム（Ａｍｅｒｓｈａｍ製）などを使用］　［ランガー（Ｌａｎｇｅｒ、　Ｐ、　Ｒ，）らのｒＰｒｏｃ、　Ｎａｔｌ、＾ｃａｄ、　Ｓｃｉ、Ｕ、Ｓ、＾、Ｊ、７８．６６３３〜３７　（１９８１年）：ブリゴテ４　（Ｂｒｉｇａｔｉ、ＤＪ、）らのｒｖｉｒｏｌｏｇｙＪ、　１２６．　３２〜５０　（１９８３年）参照］。

ＤＮＡ配列の整列を行うために、各プローブは別々に標識すべきである。３組の識別しうる蛍光物質、たとえば緑色を発するフルオレセイン、赤色を発するローダミンまたはテキサスレッド、および青色を発するＡＭＣＡまたはカスケードブルーなどが、蛍光ｉｎ　５ｉｔｕハイブリダイゼーション（Ｆ　Ｉ　ＳＨ）に使用される代表的な蛍光物質である。したがって、標準的な操作を用い、少なくとも３つのプローブを組み合わせてＤＮＡ配列の整列に使用することができる。３つ以上のプローブの同時検出は、レイド（Ｒｅｉｄ）らの方法［ｒＰｒｏｃ、　Ｎａｔｌ、＾ｃａｄ、　Ｓｃｉ、Ｕ、Ｓ。

Ａ、Ｊ、　ｉｎ　ｐｒｅｓｓ　（１９９２年）］を用いて行うことができる。ＤＮＡ配列の整列はプローブ相互の相対的な位置の決定によって行いうるだけでなく、公知の染色体マーカー（セントロメアおよびテロメアなど）を用いても行うことができる。

もうひとつの具体例においては、本発明は、伸張ＤＮＡ断片上の少なくとも２つの不連続なりＮＡ配列を整列させることを特徴とする。真核生物染色体などからこのようなりＮＡが得られるが、まずヒストンを除去しなけらばならない。ヒストンはヒストン除去溶液を用いて除去することができる［ボールフン（Ｐａｕｌｓ。

ｎ）およびレムリ（Ｌａｅｍｍｌｉ）のｒｃｅｌｌＪ、１２．８１７〜８２８　（１９７７年）参照］。溶液中のＤＮＡ遊離体（原核生物または真核生物染色体から抽出し、タンパク質を除去したＤＮＡなど）は物理的手段によって伸張することができる。ＤＮＡを伸張するための好ましい物理的方法は、ピペットなどを用いて行うＤＮＡのゆるやかなスミアリングまたはプリング（引っ張り）である。ＤＮＡを伸ばしてハイブリダイゼーション用に調製し、前述の適当なプローブとハイブリダイズして、ＤＮＡ断片上のＤＮＡ配列の相対的および絶対的位置を決定することができる。

次にあげる実施例は、本発明をさらに詳しく説明するが、本発明はこれらの実施例に制限されるものではない。

実施例１　解放染色質を含む核の調製１、標準的仕方を用い、３７℃で７２時間インキュベートしてリンパ球の短期培養を行う。

２１度７ｍＭの酪酸ナトリウム（５００ｍＭのストックから）を培養物に加え、３７℃でさらに５〜６時間インキュベートする。

３、細胞をＢＴ緩衝液（２０ｍＭ酪酸ナトリウム、１ｍＭ）リス、２５ｍＭＫＣｌ、０．９ｍＭＭｇＣｈおよび０．９ｍＭ　ＣａＣ１ｚ、ｐＨ７，６）に再懸濁する。

４、細胞をＢＴ／ＰＭＳＦ　（ＢＴ緩衝液＋０．５ｍＭフェニルメチルスルホニルフルオリド）に再懸濁する。

５　細胞をＢＴ緩衝液に再懸濁し、次いで、数滴のカーノイの固定液（メタノール３部　酢酸１部）を細胞懸濁液に加えてゆるやかに混合する。

６、細胞をカーノイの固定液に警濁し、次いで、カーノイの固定液を数回交換して懸濁する。

７　細胞懸濁液を湿ったスライドに２フイートの高さから滴下し、湿潤雰囲気下でゆっくりと乾燥する。

８、使用前にスライドを６０℃の加温器で一夜ねかせる。

実施例２：伸張ＤＮＡ分子の調製１、細胞をペトリ皿中のガラスカバーガラス上で成長させて集合体にする。

２、培養培地を吸引除去し、０．０１％トリトンを含む０．０７５Ｍ　ＫＣＩを加え、次いで、培養物を３７℃で２０分間インキュベートする。

３、ＫＣＩ／トリトンを除去し、次いで、冷却した染色体同定緩衝液［１，ＯＭヘキンレングリコール、Ｑ、５ｍＭ　ＣａＣＩｚおよび０．１ｍＭ　ＰＩＰ、ＥＳ、ウレイ（ｆｒｅｙ）およびスタツブルフィールド（Ｓｔｕｂｂｌｅｆｉｅｌｄ）のｒＥｘｐ、　Ｃｅ１ｌ　Ｒｅ５１．５９．　４６９〜４７８　（１９７０年）参照］を静かに加え、４℃で２０分間インキュベートする。

４　緩衝液を除去し、次いで、冷却したヒストン除去溶液［０，２ｌｇ／閣ｌ硫酸デキストラン、０．　０２ｍｇ／ｍｌヘパリン、１０ｍＭ　ＥＤＴＡｌｌｏｍＭ）リス−ＨＣ１，ｐＨ９，０，０，１％Ｎｏｒｉｄｅｔ　Ｐ　−４０および１．０ｍＭ　ＰＭＳＦ；ボールノンポールソンおよびレムリのｒｃｅｌｌｊ　、　１２．　８１７〜８２８　（１９７７年）参照］を加え、４℃で３０分間インキュベートする。

５　大部分の溶液（カバーガラスが浸かったままになっている）を除去し、次いで、５０％のカーノイの固定液（ｄ）（！Ｏ中）を静かに加え、５分間静置する。

６、この溶液を除去し、カバーガラスを乾燥する。

７、カバーガラスをカーノイの固定液に浸して１０分間静置し、次いでカーノイ液を数回交換する。

８、カバーガラスを除去し、風乾する。

実施例１および２の記載に従って材料を調製する。

プローブは第１８番染色体または第２１番染色体のコンティグ由来のコスミドである。

第１８番染色体のコンティグ・このコンティグは第１８番染色体の１８０２３のバンドに位置し、全長１０９ｋｂの５つのコスミドを含む。このＤＮＡ分子はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（メリーランド州ロックビル）からアクセス番号６８９３４にて入手することができる。実験には、２つのフランキングコスミド［ｐＷＥ７　（ｆ１色の蛍光物質で標識）およびｐＷＥ５０ｗｌ　（緑色の蛍光物質で標！り］および中央コスミド［ｐＷＥ５０　（赤色の蛍光物質で標識）］を用いる。ｐＷＥ５０とｐＷＥ５０ｗ＋の間の大きなギャップの存在が公知てあり、ｐＷＥ７とｐＷＥ５０がオーバーラツプしている可能性が切断消化によって示されている。

第２１番染色体のフンティグ；このフンティグは第２１番染色体の２１ｑ２２゜３のバンドに位置し、全長１１８ｋｂの５つのコスミドを含む。実験には、２つのフランキングコスミド（ｃＨｃｌ−８ＡおよびｐＷＥ１８．３ｗ１２）および中央コスミド（ｐＷＥ１９．２）を用いる。このコンティグは制限酵素地図が作製されており、ｃＨｃｌ−８ＡとｐＷＥ１９．２には２．３ｋｂのオーバーラツプが存在し、ｐＷＥ１９．２とｐＷＥ１８．３ｗ１２には１．５ｋｂのギャップが存在する。

すべてのプローブは二ノクトランスレーンジンにより標識される。ハイブリダイゼーノジンカクテルには、ビオチンのノボキンゲニン−ｄＵＴＰで標識された５〜８ｎｇ／ａＬの各フランキングコスミドおよび交互／１ブテンで標識された５〜８ｎｇ／ａＬの中央コスミド、２００　ｎｇ／ルのヒトＣｏｔ−ｌＤＮＡ、およびＧｘｓｓｃ中の８００　ｎｇ／ルのサーモンＤＮＡ、１０％硫酸デキストランが含まれる。本質的にクリンガー（Ｋｌｉｎｇｅｔ）らの［＾ｍ、　Ｊ、　Ｈｕｍ　Ｇｅｎｅｔ、Ｊ、　５１　（１）　。

印刷中（１９９２年）の記載に基づき、次に述べる修飾を加えてサブレツンジンハイプリダイゼーノヨンおよび洗浄を行う。伸張ＤＮＡ分子を含むカバーガラスの検出前洗浄は、２ＸＳＳＣ１０，２ＸＳＳＣ，０，ｌＸ５ＳＣ中でそれぞれ５分間×１回；Ｏ，ｌＸ５ＳＣ中の６０％ホルムアミド中で５分間×３回；　２ＸＳＳＣ中で５分間×１回行い、３％ＢＳＡ／４ＸＳＳＣで５分間阻止する。すべてのカバーガラスを室温で洗浄する。０５部ｇ／−１のＦＩＴＣ−抗ジゴキシゲニンおよび２０部ｇ／１１１のＣｙ３−ストレプトアビジンでハイブリダイゼーションを検出する。Ｆ　Ｉ　Ｔ　Ｃ−Ｔｅｘａｓ　Ｒｅ１ｄ［オメガ・オプチカル（ＯＩｌｅｇａ　０ｐｔｉｃａｌ）製］またはＦＩＴＣ−ＴＲＩＴＣ［りＯ？ ’テクノロジー（Ｃｈｒｏｍａ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）製］２バ／ドパスフイルターを用い、コダンク・ゴールド４００フイルムで顕微鏡から直接写真を撮影する。この標識および検出スキムを用いると、予期される蛍光パターンは赤−緑一赤または緑−赤一線である。

堕袴酪酸塩処理した材料において、約７０ｋｂの分解が一貫して達成され、隣接コスミド（３０〜４０ｋｂ）はたまにしか分解されなかった。″解放されている１間期染色体によって、ハイブリダイゼーションにおける酪酸ナトリウムのアクセス可能性が増大した。これらの調製工程は非常に完成度が高いものであった１細胞質が核または分裂期拡散物と会合することはまれであった。これらの調製工程において、分裂期染色体は通常“ケバだっている”ようにみえた（このことは、染色体マツピングをやりにくくするような、解放染色体におけるループの存在を示唆している）が、酪酸塩が染色質の解放において予期される効果を有することが示された。

ハイブリダイゼーションは、伸張ＤＮＡ分子上に一貫して検出された。／１イブリダイズされた分子間ならびに該分子内部における凝縮の程度にかなりの多様性が見られたが、もっと伸張された断片においては、ノブナルは蛍光スポットの連鎖として現れた。これらの調製工程において、３つのコスミドを独自に同定することができた。蛍光の堅実なパターン（）１イブリダイズされたコスミドを表す）が同定され、特にどこでコスミドが相接するかが同定された。オーＩく−ラ・ソピングまたは隣接コスミドは一緒に移動する傾向にあったが、非蛍光ギャップは顕著に大きなギャップが存在することが明らかとなった。他の赤−線ペアは連続しているようにみえた。ひとつの赤−緑ベアの間にギヤ・ノブが存在し、他方のペアの間に小さいギャップが存在するかまたはギャップが存在しないというこの一般的パターンは必ず観察された。この分解によって３つのコスミドの絶対順序が決定できるようになった。

第２１番染色体由来の３つのコスミドのコンティグは、伸張ＤＮＡ分子へのハイブリダイゼーシヨンによって正確に分解された。２．３ｋｂのオーバーラツプと１．５ｋｂのギャップを多数の断片において同定することができた。

！亘惣当業者ならば、本明細書に記載した特定の具体例に対する多数の等価物を用いてさらなるルーチンの実験を行なうことのみで、本発明を理解するがまたは確かめることができよう。このような等価物は後記請求の範囲に包含されることを意図されるものである。

Claims

【特許請求の範囲】

１．対象となる間期染色体上の少なくとも２つの不連続なＤＮＡ配列の整列法であって、ａ）対象となる間期染色体を含む真核細胞を、解縮用作用剤に接触させ、それによって解放された染色質を製造し；ｂ）解放された染色質を含むハイブリダイゼーション用細胞を調製し；ｃ）ステップｂで製造した細胞を少なくとも２つの別の標識したＤＮＡプローブ（各プローブは対象染色体上に存在する少なくともひとつの不連続なＤＮＡ配列と相補的である）とハイブリダイズし；次にｄ）該染色体上のＤＮＡ配列の相対および絶対位置の指標として該プローブの存在および相対的順序を検出することを特徴とするＤＮＡ配列の整列法。
２．解縮用作用剤が短鎖脂肪酸の塩である請求項１に記載の整列法。
３．解縮用作用剤か短鎖脂肪酸の塩である請求項１に記載の整列法。
４．ＤＮＡ断片上の少なくとも２つの不連続なＤＮＡ配列の整列法であって、ａ）ＤＮＡ断片をスミアリングし、それによって伸張されたＤＮＡを製造し；ｂ）ハイブリダイゼーション用伸張されたＤＮＡを調製し；ｃ）ステップｂで製造したＤＮＡを少なくとも２つの別の標識したＤＮＡプローブ（各プローブは対象染色体上に存在する少なくともひとつの不連続なＤＮＡ配列と相補的である）とハイブリダイズし；次にｄ）該ＤＮＡ断片上のＤＮＡ配列の相対および絶対位置の指標として該プローブの存在および相対的順序を検出することを特徴とするＤＮＡ配列の整列法。
５．ステップａにおけるＤＮＡのスミアリングを物理的手段によって行う請求項４に記載の整列法。
６．ステップａにおけるＤＮＡのスミアリングを化学的手段によって行う請求項４に記載の整列法。
７．対象となる間期染色体上の少なくとも２つの不連続なＤＮＡ配列の整列法であって、ａ）対象となる間期染色体を含む真核細胞を、ヒストン超アセチル化を起こす作用剤に接触させ、それによって解放された染色質を製造し；ｂ）解放された染色質を含むハイブリダイゼーション用細胞を調製し；ｃ）ステップｂで製造した細胞を少なくとも２つの別の標識したＤＮＡプローブ（各プローブは対象染色体上に存在する少なくともひとつの不連続なＤＮＡ配列と相補的である）とハイブリダイズし；次にｄ）該染色体上のＤＮＡ配列の相対および絶対位置の指標として該プローブの存在および相対的順序を検出することを特徴とするＤＮＡ配列の整列法。
８．ヒストン超アセチル化を起こす作用剤が短鎖脂肪酸の塩である請求項７に記載の整列法。
９．短鎖脂肪酸の壇が酪酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウムおよびバレリアン酸ナトリウムから選ばれる請求項８に記載の整列法。
１０．短鎖脂肪酸の塩が酪酸ナトリウムである請求項８に記載の整列法。
１１．対象となる間期ヒト染色体上の少なくとも２つの不連続なＤＮＡ配列の整列法であって、ａ）対象となる間期染色体を含むヒト細胞を、ヒストン超アセチル化を起こす作用剤に接触させ、それによって解放された染色質を製造し；ｂ）解放された染色質を含むハイブリダイゼーション用細胞を調製し；ｃ）ステップｂで製造した細胞を少なくとも２つの別の標識したＤＮＡプローブ（各プローブは対象染色体上に存在する少なくともひとつの不連続なＤＮＡ配列と相補的である）とハイブリダイズし；次にｄ）該染色体上のＤＮＡ配列の相対および絶対位置の指標として該プローブの存在および相対的順序を検出することを特徴とするＤＮＡ配列の整列法。
１２．ヒストン超アセチル化を起こす作用剤が短鎖脂肪酸の塩である請求項１１に記載の整列法。
１３．短鎖脂肪酸の塩が酪酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウムおよびバレリアン酸ナトリウムから選ばれる請求項１２に記載の整列法。
１４．間期染色体を含む真核細胞をヒストン除去剤に接触させ、該染色体上に存在する少なくとも２つの不連続なＤＮＡ配列と相補的である、少なくとも２つの別の標識プローブを用いる蛍光ｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼーションによって該細胞を分析することを特徴とする間期染色体上の少なくとも２つの不連続なＤＮＡ配列の整列法。
１５．伸張されたＤＮＡ上に存在する少なくとも２つの不連続なＤＮＡ配列と相補的である、少なくとも２つの別の標識プローブを用いる蛍光ｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼーションによって伸張されたＤＮＡを分析することを特徴とするＤＮＡ断片上の少なくとも２つの不連続なＤＮＡ配列の整列法。
１６．短鎖脂肪酸の塩が酪酸ナトリウムである請求項２に記載の整列法。１７、短鎖脂肪酸の塩が酪酸ナトリウムである請求項８に記載の整列法。