JP7550165B2 - Ｕｂｅ３ａ－ａｔｓを調節するための化合物及び方法 - Google Patents

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Description

配列表
本出願は、配列表とともに電子形式で出願されている。この配列表は、２０２０年３月１６日に作成された、１．８７ＭＢのサイズのファイル名がＢＩＯＬ０３４９ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｓｔのファイルとして提供されている。配列表の電子形式の情報は、本明細書に参照によってその全容を援用する。
細胞または対象内のユビキチンタンパク質リガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）の内因性アンチセンス転写物であるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳの量または活性を低下させるための、特定の場合において細胞または対象内の父親由来のＵＢＥ３Ａの発現及びＵＢＥ３Ａタンパク質の量を増加させるための化合物、方法、及び医薬組成物が提供される。かかる化合物、方法、及び医薬組成物は、神経遺伝性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用である。かかる症状及び特徴には、発達遅延、運動失調、言語障害、睡眠障害、発作、及びＥＥＧ異常が含まれる。かかる神経遺伝性疾患には、アンジェルマン症候群が含まれる。
アンジェルマン症候群（ＡＳ）は、出生児の約１／１５，０００に発症する発達障害であり、ユビキチンタンパク質リガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）の欠損によって引き起こされる。ニューロンのＵＢＥ３Ａ遺伝子の２つのコピーのうち、母親由来の遺伝子が通常は発現され、父親由来の遺伝子は遺伝子刷り込み及びサイレンシングを受ける。アンジェルマン症候群は、１５番染色体の突然変異、欠失、父親由来片親性ダイソミー、または刷り込みの欠陥のいずれかのためにＵＢＥ３Ａ遺伝子の機能的コピーが母親から遺伝しない場合に発生する。Ｂｕｉｔｉｎｇ，ｅｔ ａｌ．，“Ａｎｇｅｌｍａｎ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ－ｉｎｓｉｇｈｔｓ ｉｎｔｏ ａ ｒａｒｅ ｎｅｕｒｏｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｓｏｒｄｅｒ”，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏ．，２０１６，１２：５８４－５９３を参照されたい。
アンジェルマン症候群の患者は、発達遅延と言語障害を経験し、一般的に睡眠障害、発作、及びＥＥＧ異常を経験する。障害は通常、生後数年で診断され、遺伝子検査によって診断を確認することができる。しかしながら、アンジェルマン症候群の治療法は限られており、主として対症療法に重点を置いたものである。Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｃ．Ａ．ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｄ．，１２：３８５－３９５，２０１０を参照されたい。
最近になって、がん治療に現在使用されているトポイソメラーゼ阻害剤が、神経細胞培養系とマウスの両方で父親由来のＵＢＥ３Ａ発現を「アンサイレンス」することが判明した。Ｈｕａｎｇ，Ｈ．Ｓ．ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，４８１：１８５－１８９，２０１２を参照されたい。しかしながら、父親由来のＵＢＥ３Ａ発現をアンサイレンシングする正確な機序は不明であり、また、トポイソメラーゼ阻害剤は非特異的であり、一本鎖及び二本鎖切断などのＤＮＡ損傷を誘発することが知られており、安全上の懸念がある。
現在のところ、ＡＳなどの神経遺伝性疾患の治療に対する許容される選択肢はない。したがって、本発明の目的は、かかる疾患を治療するための化合物、方法、及び医薬組成物を提供することにある。
本明細書では、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの量または活性を減少させるための化合物、方法、及び医薬組成物、ならびに特定の実施形態では、細胞または対象内の父親由来ＵＢＥ３Ａ ＲＮＡまたはタンパク質の発現を増加させる化合物、方法及び医薬組成物を提供する。特定の実施形態では、対象は神経遺伝性疾患を有する。特定の実施形態では、対象はアンジェルマン症候群（ＡＳ）を有する。特定の実施形態では、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡまたはその一部の発現を低減するために有用な化合物は、オリゴマー化合物である。特定の実施形態では、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡまたはその一部の発現を低減するために有用な化合物は、改変オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、父親由来ＵＢＥ３Ａ ＲＮＡまたはそのタンパク質の発現を増大させるために有用な化合物は、オリゴマー化合物である。特定の実施形態では、父親由来ＵＢＥ３Ａ ＲＮＡまたはタンパク質の発現を増大させるために有用な化合物は、修飾オリゴヌクレオチドである。
神経遺伝性疾患の少なくとも１つの症状または特徴を改善するのに有用な方法も提供される。特定の実施形態では、神経遺伝性疾患は、アンジェルマン症候群である。特定の実施形態では、症状または特徴は、発達遅延、運動失調、言語障害、睡眠障害、発作、及び／またはＥＥＧ異常を含む。
上記の一般的な説明及び以下の詳細な説明はいずれもあくまで例示的かつ説明的なものに過ぎず、限定的なものではない点を理解されたい。本明細書において、単数形の使用は、別途明確に記述されない限り、複数形を含む。本明細書で使用する場合、「ｏｒ（または）」の使用は、別途記述されない限り、「及び／または（ａｎｄ／ｏｒ）」を意味する。さらに、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（～を含む）」という用語、ならびに「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（～を含む）」及び「ｉｎｃｌｕｄｅｄ（含まれる）」等の他の形態の使用は、限定的なものではない。また、「要素」または「成分」等の用語は、別途明確に記述されない限り、１つのユニットを含む要素及び成分、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素及び成分の両方を包含する。
本明細書で使用されるセクションの見出しは、あくまで構成上の目的のものであって、記載される発明の主題を限定するものとして解釈されるべきではない。特許、特許出願、記事、書籍、及び論文を含むが、これらに限定されない本出願において引用されるすべての文書または文書の一部は、本明細書で論じられる文書の一部に対して、かつそれらの全体において参照により本明細書に明確に組み込まれる。
定義
具体的な定義が与えられない限り、本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに医化学及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知のものであり、当技術分野で一般的に使用されているものである。容認される場合、本開示の全体を通じて参照されるすべての特許、特許出願、特許出願公開、ならびに他の刊行物及び他のデータは、それらの全容を参照によって本明細書に援用する。
別途示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
定義
本明細書で使用する場合、「２’－デオキシヌクレオシド」とは、２’－Ｈ（Ｈ）デオキシリボシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態では、２’－デオキシヌクレオシドは、２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）に見られるようなβ－Ｄ立体配置を有する２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む。特定の実施形態では、２’－デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含み得るか、またはＲＮＡ核酸塩基（例えば、ウラシル）を含み得る。
本明細書で使用する場合、「２’－ＭＯＥ」または「２’－ＭＯＥ糖部分」とは、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりの２’－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を意味する。本明細書で使用する場合、「ＭＯＥ」とは、メトキシエチルを意味する。特に明記しない限り、２’－ＭＯＥはβ－Ｄ立体化学的配置を有する。
本明細書で使用する場合、「２’－ＭＯＥヌクレオシド」とは、２’－ＭＯＥ糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用する場合、「２’－ＯＭｅ」または「２’－Ｏ－メチル糖部分」とは、リボシル糖部分の２’－ＯＨ基の代わりの２’－ＯＣＨ３基を意味する。特に明記しない限り、２’－ＯＭｅはβ－Ｄ立体化学的配置を有する。
本明細書で使用する場合、「２’－ＯＭｅヌクレオシド」とは、２’－ＯＭｅ糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用する場合、「２’－置換ヌクレオシド」とは、２’－置換糖部分を含むヌクレオシドを意味する。糖部分に関して本明細書で使用する場合、「２’－置換」とは、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’－置換基を含む糖部分を意味する。
本明細書で使用する場合、「５－メチルシトシン」とは、５位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５－メチルシトシンは修飾された核酸塩基である。
本明細書で使用する場合、「投与する」とは、対象に医薬品を与えることを意味する。
本明細書で使用する場合、「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因するあらゆる検出可能及び／または測定可能な変化を意味する。特定の実施形態では、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物の非存在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現の減少である。
本明細書で使用する場合、「アンチセンス化合物」とは、少なくとも１つのアンチセンス活性を得ることができるオリゴマー化合物を意味する。
治療に関して本明細書で使用する場合、「改善する」とは、治療を行わない場合の同じ症状と比較して、少なくとも１つの症状の改善を意味する。特定の実施形態では、改善は、症状の重症度もしくは頻度の低下、または発症の遅延もしくは症状の重症度もしくは頻度の進行の遅延である。特定の実施形態では、症状または特徴は、発達遅延、運動失調、言語障害、睡眠障害、発作、及びＥＥＧ異常を含む。
本明細書で使用されるとき、「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」とは、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用する場合、「二環式糖」または「二環式糖部分」とは、２つの環を有する修飾糖部分を意味し、第２の環は、原子の２つを結び付ける架橋を介して形成されることにより、二環式構造を形成する。特定の実施形態において、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。特定の実施形態において、二環式糖部分はフラノシル部分を含まない。
本明細書で使用する場合、「切断可能な部分」とは、生理学的条件下、例えば、細胞、対象、またはヒトの内部で切断される結合または原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドに関して本明細書で使用する場合、「相補的な」とは、オリゴヌクレオチドまたはその１つ以上の領域の核酸塩基と、標的核酸またはその１つ以上の領域の核酸塩基の少なくとも７０％が、そのオリゴヌクレオチドと他方の核酸の核酸塩基配列が逆方向に整列される場合に、互いに水素結合できることを意味する。本明細書で使用する場合、相補的な核酸塩基とは、互いに水素結合を形成することができる核酸塩基を意味する。相補的な核酸塩基対としては、アデニン（Ａ）とチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）とウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）とグアニン（Ｇ）、及び５－メチルシトシン（ｍＣ）とグアニン（Ｇ）が挙げられる。相補的なオリゴヌクレオチド及び／または標的核酸同士は、それぞれのヌクレオシドにおいて相補的な核酸塩基を有する必要はない。むしろ、いくつかのミスマッチが許容される。オリゴヌクレオチドまたはその一部に関して本明細書で使用する場合、「完全に相補的」または「１００％相補的」とは、オリゴヌクレオチドまたはその一部が、別のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸と、２つのオリゴヌクレオチドのうちの短い方のそれぞれの核酸塩基で別のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸と相補的であるか、またはオリゴヌクレオチドが同じ長さの場合はそれぞれのヌクレオシドで相補的であることを意味する。
本明細書で使用する場合、「コンジュゲート基」とは、オリゴヌクレオチドに直接的または間接的に結合した原子団を意味する。コンジュゲート基には、コンジュゲート部分、及びコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーが含まれる。
本明細書で使用する場合、「コンジュゲートリンカー」とは、例えばコンジュゲート基をオリゴヌクレオチドと接続する少なくとも１つの結合を含む原子団を意味する。
本明細書で使用する場合、「コンジュゲート部分」とは、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合された原子団を意味する。
オリゴヌクレオチドとの関連で本明細書で使用する場合、「連続した」とは、互いに直接隣接したヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続した核酸塩基」とは、配列中で互いに直接隣接した核酸塩基を意味する。
本明細書で使用する場合、「拘束エチル」または「ｃＥｔ」または「ｃＥｔ修飾糖部分」とは、β－Ｄリボシル二環式糖部分であって、二環式糖の第２の環がβ－Ｄリボシル糖部分の４’位の炭素と２’位の炭素とを接続する架橋によって形成され、この架橋が式：４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’を有し、架橋のメチル基がＳ配置にあるものを意味する。
本明細書で使用する場合、「ｃＥｔヌクレオシド」とは、ｃＥｔ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用する場合、「キラル濃縮集団」とは、同じ分子式の複数の分子であって、特定のキラル中心で特定の立体化学的配置を有する集団内の分子の数または比率が、その特定のキラル中心がステレオランダムである場合に集団内の同じ特定のキラル中心で同じ特定の立体化学的配置を有すると予想される分子の数または比率よりも大きいものを意味する。各分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラル濃縮集団は、１つ以上のステレオランダムなキラル中心を含み得る。特定の実施形態では、分子は修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、分子は修飾オリゴヌクレオチ化合物を含む化合物である。
本明細書で使用する「ギャップマー」とは、ＲＮａｓｅ Ｈ切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域が、１個以上のヌクレオシドを有する外部領域の間に位置する修飾オリゴヌクレオチドであって、内部領域を構成するヌクレオシドが外部領域を構成する１乃至複数のヌクレオシドとは化学的に異なっているものを意味する。内部領域は「ギャップ」と呼ぶ場合があり、外部領域は「ウイング」と呼ぶ場合がある。特に明記しない限り、「ギャップマー」とは糖モチーフを指す。特に明記しない限り、ギャップの各ヌクレオシドの糖部分は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分である。したがって、「ＭＯＥギャップマー」なる用語は、２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなるギャップと２’－ＭＯＥヌクレオシドを含むウイングをからなるギャップマーを示す。特に明記しない限り、ＭＯＥギャップマーは１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合及び／または修飾核酸塩基を含むことができるが、かかる修飾は必ずしも糖修飾のギャップマーパターンに従うとは限らない。
本明細書で使用する場合、「ホットスポット領域」とは、標的核酸の量または活性のオリゴマー化合物媒介性の減少を生じやすい標的核酸上の核酸塩基の範囲である。
本明細書で使用する場合、「ハイブリダイゼーション」とは、オリゴヌクレオチド及び／または核酸に相補的な対合またはアニーリングを意味する。特定の機構に限定されないが、最も一般的なハイブリダイゼーションの機構には水素結合が関与しており、これは相補的な核酸塩基間のワトソン・クリック型、フーグスティーン型、または逆フーグスティーン型の水素結合であり得る。
本明細書で使用する場合、「ヌクレオシド間結合」とは、オリゴヌクレオチド中の連続したヌクレオシド間の共有結合を意味する。本明細書で使用する場合、「修飾ヌクレオシド間結合」とは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。「ホスホロチオエートヌクレオシド間結合」とは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の非架橋酸素原子の１つが硫黄原子で置換された修飾ヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用する場合、「リンカーヌクレオシド」とは、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に直接的または間接的に結合するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドは、オリゴマー化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドと隣接している場合でも、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部とはみなされない。
本明細書で使用する場合、「非二環式修飾糖部分」とは、第２の環を形成するための糖の２個の原子間に架橋を形成しない、置換基などの修飾を有する修飾糖部分を意味する。
本明細書で使用する場合、「ミスマッチ」または「非相補性」とは、第１と第２のオリゴマー化合物とが整列される場合に第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基と相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。
本明細書で使用する場合、「モチーフ」とは、オリゴヌクレオチド中の非修飾及び／または修飾糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
本明細書で使用する場合、「神経遺伝性疾患」とは、これらに限定されるものではないが、突然変異、欠失、片親性ダイソミー、または刷り込みの欠陥を含む、遺伝性の遺伝的要因によって引き起こされる神経系の状態を意味する。
本明細書で使用する場合、「核酸塩基」とは、非修飾核酸塩基または修飾核酸塩基を意味する。本明細書において、「非修飾核酸塩基」とは、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、またはグアニン（Ｇ）が含まれる。本明細書で使用する場合、「修飾核酸塩基」とは、少なくとも１つの非修飾核酸塩基と対合することができる非修飾Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｕ、またはＧ以外の原子団である。「５－メチルシトシン」とは、修飾核酸塩基の１つである。ユニバーサル塩基とは、５種類の非修飾核酸塩基の任意の１つと対合できる核酸塩基である。本明細書で使用する場合、「核酸塩基配列」とは、いずれの糖またはヌクレオシド間結合修飾とも無関係の標的核酸またはオリゴヌクレオチド中の連続的な核酸塩基の順序を意味する。
本明細書で使用する場合、「ヌクレオシド」とは、核酸塩基と糖部分とを含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分はそれぞれ独立して修飾されないかまたは修飾される。本明細書で使用する場合、「修飾ヌクレオシド」とは、修飾核酸塩基及び／または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドには、核酸塩基を含まない脱塩基ヌクレオシドが含まれる。本明細書で使用する場合、「結合されたヌクレオシド」とは、連続した配列中で連結された（すなわち、結合されたヌクレオシド間に更なるヌクレオシドが存在しない）ヌクレオシドである。
本明細書で使用する場合、「オリゴマー化合物」とは、オリゴヌクレオチド、及び場合によりコンジュゲート基または末端基などの１つ以上の追加の特徴を意味する。オリゴマー化合物は、第１のオリゴマー化合物に相補的である第２のオリゴマー化合物と対合してもよく、または対合されなくともよい。「一本鎖オリゴマー化合物」とは、対合していないオリゴマー化合物である。「オリゴマー二本鎖」なる用語は、相補的な核酸塩基配列を有する２つのオリゴマー化合物によって形成される二本鎖を意味する。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物は、「二本鎖オリゴマー化合物」と呼ぶ場合がある。
本明細書で使用する場合、「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオシド間結合を介して結合された結合されたヌクレオシドの鎖を意味し、各ヌクレオシド及びヌクレオシド間結合は修飾されてもまたは修飾されなくてもよい。別途示されない限り、オリゴヌクレオチドは８～５０個の結合されたヌクレオシドで構成される。本明細書で使用する場合、「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。本明細書で使用する場合、「非修飾オリゴヌクレオチド」とは、いずれのヌクレオシド修飾もヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される担体または希釈剤」とは、動物への投与における使用に適した任意の物質を意味する。特定のかかる担体は、医薬組成物を、例えば、対象による経口摂取のための丸剤、錠剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液、及びトローチ剤として製剤化することを可能にする。特定の実施形態では、薬学的に許容される担体または希釈剤は、滅菌水、滅菌生理食塩水、滅菌緩衝液、または滅菌人工脳脊髄液である。
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される塩」とは、化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩を意味する。薬学的に許容される塩は、親化合物の望ましい生物学的活性を保持し、望ましくない毒物学的影響を親化合物に与えない。
本明細書で使用する場合、「医薬組成物」とは、対象への投与に適した物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物はオリゴマー化合物及び滅菌水溶液を含むことができる。特定の実施形態では、医薬組成物は、特定の細胞株での自由取り込みアッセイにおいて活性を示す。
本明細書で使用する場合、「プロドラッグ」とは、対象またはその細胞内で異なる形態に変換される、体外における形態の治療薬を意味する。一般的に、対象内におけるプロドラッグの変換は、細胞または組織に存在する酵素（例えば、内因性またはウイルス酵素）または化学物質の作用によって、及び／または生理学的条件によって促進される。
本明細書で使用する場合、「量または活性の低減または阻害」、「量または活性の低減」、または「量または活性の阻害」とは、非処理またはコントロール試料における転写発現または活性と比較した転写発現または活性の低減または遮断を指し、必ずしも転写発現または転写活性の完全な消失を示すものではない。
本明細書で使用する場合、「ＲＮＡ」とは、タンパク質をコードしていない内因性アンチセンス転写物（例えば、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ）を含むあらゆるＲＮＡ転写物を意味し、特に明記しない限り、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ及び成熟ｍＲＮＡも含む。
本明細書で使用する場合、「ＲＮＡｉ化合物」とは、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介して作用することで標的核酸及び／または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物には、これらに限定されるものではないが、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びｍｉｃｒｏＲＮＡ模倣体を含むｍｉｃｒｏＲＮＡが含まれる。特定の実施形態では、ＲＮＡｉ化合物は、標的核酸の量、活性、及び／またはスプライシングを調節する。ＲＮＡｉ化合物なる用語は、ＲＮａｓｅＨを介して作用するアンチセンス化合物は除外する。
オリゴヌクレオチドに関して本明細書で使用する場合、「自己相補的」とは、それ自体に対して少なくとも部分的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用する場合、「標準的細胞アッセイ」とは、実施例１に記載のアッセイ及びその妥当な変形例を意味する。
同じ分子式の分子集団との関連で本明細書で使用する場合、「ステレオランダムなキラル中心」とは、ランダムな立体化学的配置を有するキラル中心を意味する。例えば、ステレオランダムなキラル中心を含む分子集団において、（Ｓ）配置のステレオランダムなキラル中心を有する分子の数は、（Ｒ）配置のステレオランダムなキラル中心を有する分子の数と同じである場合もあるが、必ずしも同じではない。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されていない合成法の結果である場合にはランダムであるとみなされる。特定の実施形態では、ステレオランダムなキラル中心は、ステレオランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用する場合、「対象」とは、ヒトまたは非ヒト動物を意味する。
本明細書で使用する場合、「糖部分」とは、非修飾糖部分または修飾糖部分を意味する。本明細書で使用する場合、「非修飾糖部分」とは、ＲＮＡに見られるような２’－ＯＨ（Ｈ）β－Ｄ－リボシル部分（「非修飾ＲＮＡ糖部分」）、またはＤＮＡに見られるような２’－Ｈ（Ｈ）β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分（「非修飾ＤＮＡ糖部分」）を意味する。非修飾糖部分は１’、３’、及び４’位のそれぞれに１個の水素、３’位に１個の酸素、５’位に２個の水素を有する。本明細書で使用する場合、「修飾糖部分」または「修飾糖」とは、修飾フラノシル糖部分または糖代替物を意味する。
本明細書で使用する場合、「糖代替物」とは、核酸塩基を例えば、オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基などの別の基に結合することができるフラノシル部分以外を有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内の１つ以上位置に組み込むことができ、そのようなオリゴヌクレオチドは、相補的なオリゴマー化合物または標的核酸にハイブリダイズすることができる。
本明細書で使用する場合、「症状または特徴」とは、疾患または障害の存在または程度を示すあらゆる物理的特徴または試験結果を意味する。特定の実施形態では、症状は、対象または前記対象を検査または試験する医療専門家にとって明らかである。特定の実施形態では、特徴は、死後検査を含むがこれに限定されない侵襲的診断検査により明らかである。
本明細書で使用する場合、「標的核酸」及び「標的ＲＮＡ」とは、これに影響を与えるようにアンチセンス化合物が設計されている核酸を意味する。
本明細書で使用する場合、「標的領域」とは、これとハイブリダイズするようにオリゴマー化合物が設計されている標的核酸の一部を意味する。
本明細書で使用する場合、「末端基」とは、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合する化学基または原子団を意味する。
本明細書で使用する「治療有効量」とは、対象に治療効果をもたらす薬剤の量を意味する。例えば、治療有効量は疾患の症状または特徴を改善する。
特定の実施形態
本開示は、以下の非限定的な番号付けされた各実施形態を提供するものである。
実施形態１．１２個～３０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの等しい長さの部分と少なくとも９０％相補的であり、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
実施形態２．１２個～３０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号１７～２７６２、２７８６～２８６３、２８７２～２９０４のいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
実施形態３．１２個～３０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号２７６３～２７８５または２８６４～２８７１のいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、または１８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
実施形態４．１２個～３０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号１の核酸塩基４６１，４１３～４６１，４８７の等しい長さの部分、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の等しい長さの部分、または配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３の等しい長さの部分と相補的である、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
実施形態５．１２個～３０個の結合されたヌクレオシドからなり、
配列番号１０５３、１３２９、１５０１、１５７６、１８７３、１９４９、２０２５、２０９６、２２４５、２５１２、２５９１、２６８０～２６８２、及び２８４４、
配列番号３７６、３７７、２７５１～２７５６、２７７３～２７７６、２８７２、２８７３、２８７６～２８７８、または
配列番号１７２、７６４－７７０、９９５、１４４５、１６６８、１７４３、２２５５、２５９５、２７６２～２７６７から選択される配列の少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
実施形態６．前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６の核酸塩基配列に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、実施形態１～５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態７．前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１～６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態８．前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態９．前記修飾オリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１０．前記修飾オリゴヌクレオチドが、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋が、－Ｏ－ＣＨ２－、及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される、実施形態９に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１１．前記修飾オリゴヌクレオチドが、非二環式修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態７～１０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１２．前記非二環式修飾糖部分が、２’－ＭＯＥ修飾糖部分または２’－ＯＭｅ修飾糖部分である、実施形態１１に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１３．前記修飾オリゴヌクレオチドが、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態７または８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１４．前記修飾オリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖代用物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１３に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１５． 前記修飾オリゴヌクレオチドが二環式糖部分を含まない、実施形態１～８または１１～１４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１６．前記修飾オリゴヌクレオチドがギャップマーである、実施形態１～１５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１７． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１～６個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
６～１０個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
１～６個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を含む糖モチーフを有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドのそれぞれが修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１～１６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態１８． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
５個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
１０個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
５個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態１９． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
４個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
１０個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
６個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２０． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
６個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
１０個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
４個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２１． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
５個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
８個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
５個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２２． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
４個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
８個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
６個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２３． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
４個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
８個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
６個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、実施形態１７に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２４． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、実施形態１～２３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２５． 前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、実施形態２４に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２６． 前記修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態２４または２５に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２７． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、実施形態２４または２６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態２８． 各ヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から独立して選択される、実施形態２４、２６、または２７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態２９． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、またはｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓの中から選択されるヌクレオシド間結合モチーフを有し、ただし、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、実施形態１～２４または２７～２８に記載のオリゴマー化合物。
実施形態３０． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾核酸塩基を含む、実施形態１～２９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３１． 前記修飾核酸塩基が、５－メチルシトシンである、実施形態３０に記載のオリゴマー化合物。
実施形態３２． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、１２～３０個、１２～２２個、１２～２０個、１４～１８個、１４～２０個、１５～１７個、１５～２５個、１６～２０個、１８～２２個、または１８～２０個の結合されたヌクレオシドからなる、実施形態１～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３３． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、１８個の結合されたヌクレオシドからなる、実施形態１～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３４． 前記修飾オリゴヌクレオチドが、２０個の結合されたヌクレオシドからなる、実施形態１～２、４、または６～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３５． 前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、実施形態１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３６． コンジュゲート部分とコンジュゲートリンカーとを含むコンジュゲート基を含む、実施形態１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態３７． 前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、実施形態３６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態３８． 前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、実施形態３６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態３９． 前記コンジュゲートリンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態３６に記載のオリゴマー化合物。
実施形態４０． 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに結合される、実施形態３６～３９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態４１． 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに結合される、実施形態３６～３９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態４２． 末端基を含む、実施形態１～３４または３６～４１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態４３． 前記オリゴマー化合物が、一本鎖のオリゴマー化合物である、実施形態１～４２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態４４． 前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、実施形態１～３８または４０～４３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態４５． 実施形態１～４２または４４のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含む、オリゴマー二重鎖。
実施形態４６． 実施形態１～４４のいずれかに記載のオリゴマー化合物、または実施形態４５に記載のオリゴマー二重鎖を含むかまたはこれらからなる、アンチセンス化合物。
実施形態４７． 実施形態１～４４のいずれかに記載のオリゴマー化合物、または実施形態４５に記載のオリゴマー二重鎖と、薬学的に許容される担体もしくは希釈剤と、を含む、医薬組成物。
実施形態４８． 前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、実施形態４７に記載の医薬組成物。
実施形態４９． 前記医薬組成物が、前記修飾オリゴヌクレオチドと、リン酸緩衝生理食塩水とから本質的になる、実施形態４８に記載の医薬組成物。
実施形態５０． 実施形態４７～５０のいずれかに記載の医薬組成物を対象に投与することを含む方法。
実施形態５１． ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに関連する疾患を治療する方法であって、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに関連する疾患を有するかまたは発症するリスクのある個人に治療有効量の実施形態４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を投与し、これにより、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに関連する前記疾患を治療することを含む、前記方法。
実施形態５２． 前記ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ関連疾患が、アンジェルマン症候群である、実施形態５１に記載の方法。
実施形態５３． 前記ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ関連疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、実施形態５０～５２のいずれかに記載の方法。
実施形態５４． 前記症状または特徴が、発達遅延、運動失調、言語障害、睡眠障害、発作、またはＥＥＧ異常である、実施形態５３に記載の方法。
実施形態５５． 以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列１９４９）、またはその塩。
実施形態５６． 以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号１９４９）。
実施形態５７．以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：

（配列２７５１）、またはその塩。
実施形態５８．以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：

（配列番号２７５１）。
実施形態５９．以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：

（配列番号２７５２）、またはその塩。
実施形態６０．以下の化学構造に相当する修飾オリゴヌクレオチド：

（配列番号２７５２）。
実施形態６１．以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：

（配列番号７６５）、またはその塩。
実施形態６２．以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：

（配列番号７６５）。
実施形態６３． 以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：

（配列番号２８６６）、またはその塩。
実施形態６４．以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：

（配列番号２８６６）。
実施形態６５． 以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２８７３）、またはその塩。
実施形態６６．以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２８７３）。
実施形態６７． 前記化学構造のナトリウム塩である、実施形態５５、５７、５９、６１、６３、または６５のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態６８． 実施形態５５～６７のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。
実施形態６９． 前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、実施形態６８に記載の医薬組成物。
実施形態７０． 前記修飾オリゴヌクレオチドと、人工脳脊髄液とから本質的になる、実施形態６９に記載の医薬組成物。
実施形態７１． 以下の化学表記： ｍＣｅｓＡｅｏＴｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｄｓＧｄｓＡｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＧｄｓＴｄｓＡｅｏＡｅｏＧｅｓＧｅｓ ｍＣｅ（配列番号１９４９）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態７２． 以下の化学表記： Ｔｅｓ ｍＣｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓ ｍＣｅｏＴｅｓＴｅｓＡｅ （配列番号２７５１）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態７３． 以下の化学表記： ＴｅｓＴｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｅｏ ｍＣｅｓＴｅｓＴｅ （配列番号２７５２）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態７４． 以下の化学表記： Ｇｅｓ ｍＣｅｏＡｅｏＴｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＡｄｓＧｄｓＧｄｓＧｄｓＴｄｓＡｄｓＧｄｓＧｄｓＡｅｏＴｅｓＴｅｓ ｍＣｅ （配列番号７６５）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態７５． 以下の化学表記：Ａｅｓ ｍＣｅｏＧｅｏ ｍＣｅｓＡｄｓＡｄｓＴｄｓＧｄｓＴｄｓＡｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＡｅｏＧｅｏＧｅｏ ｍＣｅｓＡｅｓＡｅ （配列番号２８６６）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態７６． 以下の化学表記： Ａｅｓ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｅｏＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＴｅｏＴｅｏＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅ （配列番号２８７３）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
実施形態７７． コンジュゲート基に共有結合により結合された前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、実施形態７１～７６のいずれかに記載の化合物。
実施形態７８． 実施形態７１～７７のいずれに記載の医薬組成物、及び薬学的に許容される希釈剤または担体。
実施形態７９． 前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、実施形態７８に記載の医薬組成物。
実施形態８０． 前記修飾オリゴヌクレオチドと、人工脳脊髄液とから本質的になる、実施形態７９に記載の医薬組成物。
実施形態８１． 実施形態５５～６７のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル濃縮された集団であって、前記集団が、特定の立体化学配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記キラル濃縮された集団。
実施形態８２． 前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態８１に記載のキラル濃縮された集団。
実施形態８３． 前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態８１に記載の前記キラル濃縮された集団。
実施形態８４． 前記集団が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に特定の独立して選択された立体化学配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態８１に記載のキラル濃縮された集団。
実施形態８５． 前記集団が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態８４に記載のキラル濃縮された集団。
実施形態８６． 前記集団が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態８４に記載のキラル濃縮された集団。
実施形態８７． 前記集団が、１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）配置を有し、残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態８４に記載のキラル濃縮された集団。
実施形態８８． 前記集団が、５’から３’の方向にＳｐ、Ｓｐ、及びＲｐ配置の少なくとも３個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態８１または８４に記載のキラル濃縮された集団。
実施形態８９． 前記修飾オリゴヌクレオチドのすべての前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合がステレオランダムである、実施形態５５～６７のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル濃縮された集団。
Ｉ． 特定のオリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、本明細書において、結合されたヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供する。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であってもよく、または修飾オリゴヌクレオチドであってもよい。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾のＲＮＡまたはＤＮＡに対して少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド（修飾糖及び／または修飾核酸塩基を含むヌクレオシド）及び／または１個以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。
Ａ． 特定の修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基、または修飾糖部分と修飾核酸塩基の両方を含む。
１． 特定の糖部分
特定の実施形態では、修飾糖部分は、非二環式の修飾糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は二環式または三環式糖部分である。特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖代替物である。かかる糖代替物は、他のタイプの置換糖部分の置換に対応する１つ以上の置換を含み得る。
特定の実施形態では、修飾糖部分は、そのいずれもフラノシル環の２つの原子を架橋して二環式構造を形成しないような１つ以上の置換基を有するフラノシル環を含む非二環式修飾糖部分である。かかる非架橋置換基は、２’、４’、及び／または５’位の置換基を含むがこれらに限定されない、フラノシルの任意の位置にあってよい。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の１つ以上の非架橋置換基は分枝している。非二環式糖部分に適した２’－置換基の例としては、これらに限定されるものではないが、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」すなわち「Ｏ－メチル」）、及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３ （「ＭＯＥ」）が挙げられる。特定の実施形態では、２’－置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルコキシ、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０ アルキル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０置換アルキル、Ｓ－アルキル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキル、Ｏ－アルケニル、Ｓ－アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルケニル、Ｏ－アルキニル、Ｓ－アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）－アルキニル、Ｏ－アルキレニル－Ｏ－アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリール、Ｏ－アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）の中から選択され、ただし、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１～Ｃ１０アルキル、及び、Ｃｏｏｋ等によるＵＳ６，５３１，５８４、Ｃｏｏｋ等によるＵＳ５，８５９，２２１、及びＣｏｏｋ等によるＵＳ６，００５，０８７に記載される２’－置換基である。特定の実施形態のこれらの２’－置換基は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルの中から独立して選択される１つ以上の置換基でさらに置換され得る。非二環式修飾糖部分に適した４’－置換基の例としては、これらに限定されるものではないが、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ等によるＷＯ２０１５／１０６１２８に記載されているものが挙げられる。非二環式修飾糖部分に適した５’－置換基の例としては、これらに限定されるものではないが、５’－メチル（ＲまたはＳ）、５’－ビニル、及び５’－メトキシが挙げられる。特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分は、複数の非架橋糖置換基、例えば、２’－Ｆ－５’－メチル糖部分、ならびにＭｉｇａｗａ等によるＷＯ２００８／１０１１５７及びＲａｊｅｅｖ等によるＵＳ２０１３／０２０３８３６に記載される修飾糖部分及び修飾ヌクレオシドを含む 。
特定の実施形態では、２’－置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及び Ｎ－置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含み、ただし、各Ｒｍ及びＲｎ は、独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１～Ｃ１０アルキルである。
特定の実施形態では、２’－置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）ＣＨ３ （「ＮＭＡ」）から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含む。
特定の実施形態では、２’－置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される非架橋２’－置換基を含む糖部分を含む。
特定の修飾糖部分は、フラノシル環の２個の原子を架橋して第２の環を形成することで二環式糖部分を与える置換基を含む。特定のかかる実施形態では、二環式糖部分は、４’位と２’位のフラノース環原子間の架橋を含む。そのような４’－２’架橋糖置換基としては、これらに限定されるものではないが、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’ （「ＬＮＡ」）、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’ （「ＥＮＡ」）、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’（「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と呼ばれる）、４’－ＣＨ２－Ｏ－ＣＨ２－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’ （「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ等によるＵＳ７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ等によるＵＳ７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ等によるＵＳ８，０２２，１９３を参照）、４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’及びその類似体（例えば、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，２７８，２８３を参照）、４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’及びその類似体（例えば、Ｐｒａｋａｓｈ等によるＵＳ８，２７８，４２５を参照）、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎ等によるＵＳ７，６９６，３４５、及びＡｌｌｅｒｓｏｎ等によるＵＳ８，１２４，７４５を参照）、４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（例えば、Ｚｈｏｕ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．，２００９， ７４， １１８－１３４を参照）， ４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’及びその類似体（例えば、ＵＳ８，２７８，４２６を参照）、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’、４’－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、及び４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’が挙げられ、ただし、各Ｒ、Ｒａ、及びＲｂ は、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１～Ｃ１２アルキル（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉ等によるＵＳ７，４２７，６７２号を参照）である。
特定の実施形態では、かかる４’－２’架橋は、以下から独立して選択される１－４結合基を独立して含む：－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－、及び－Ｎ（Ｒａ）－；
式中、
ｘは、０、１、または２であり、
ｎは、１、２、３、または４であり、
各Ｒａ及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５～Ｃ７ 脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり、
各Ｊ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
さらなる二環式糖部分が当該技術分野で周知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， １９９７， ２５（２２）， ４４２９－４４４３、Ａｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．， ２００６， ７１， ７７３１－７７４０、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．， Ｃｈｅｍ． Ｃｏｍｍｕｎ．， １９９８， ４， ４５５－４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ， １９９８， ５４， ３６０７－３６３０；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．， Ｂｉｏｏｒｇ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． Ｌｅｔｔ．， １９９８， ８， ２２１９－２２２２；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．， １９９８， ６３， １００３５－１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．， ２００７， １２９， ８３６２－８３７９；Ｗｅｎｇｅｌ等によるＵＳ７，０５３，２０７、Ｉｍａｎｉｓｈｉ等によるＵＳ６，２６８，４９０、Ｉｍａｎｉｓｈｉ等によるＵＳ６，７７０，７４８、Ｉｍａｎｉｓｈｉ等によるＵＳＲＥ４４，７７９、Ｗｅｎｇｅｌ等によるＵＳ６，７９４，４９９、Ｗｅｎｇｅｌ等によるＵＳ６，６７０，４６１、Ｗｅｎｇｅｌ等によるＵＳ７，０３４，１３３、Ｗｅｎｇｅｌ等によるＵＳ８，０８０，６４４、Ｗｅｎｇｅｌ等によるＵＳ８，０３４，９０９、Ｗｅｎｇｅｌ等によるＵＳ８，１５３，３６５、Ｗｅｎｇｅｌ等によるＵＳ７，５７２，５８２、Ｒａｍａｓａｍｙ等によるＵＳ６，５２５，１９１、Ｔｏｒｓｔｅｎ等によるＷＯ ２００４／１０６３５６、Ｗｅｎｇｅｌ等によるＷＯ １９９９／０１４２２６、Ｓｅｔｈ等によるＷＯ ２００７／１３４１８１、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ７，５４７，６８４、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ７，６６６，８５４、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，０８８，７４６、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ７，７５０，１３１、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，０３０，４６７、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，２６８，９８０、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，５４６，５５６、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，５３０，６４０、Ｍｉｇａｗａ等によるＵＳ９，０１２，４２１、Ｓｅｔｈ等によるＵＳ８，５０１，８０５、ならびにＡｌｌｅｒｓｏｎ等による米国特許出願公開第ＵＳ２００８／００３９６１８及びＭｉｇａｗａ等によるＵＳ２０１５／０１９１７２７を参照されたい。
特定の実施形態では、二環式糖部分及びかかる二環式糖部分を含むヌクレオシドは、異性体配置によってさらに定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（上記に記載）は、α－Ｌ配置またはβ－Ｄ配置であり得る。

α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）またはα－Ｌ－ＬＮＡ二環式ヌクレオシドが、アンチセンス活性を示したオリゴヌクレオチドに組み込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２００３， ２１， ６３６５－６３７２）。本明細書では、二環式ヌクレオシドの一般的な記述には、両方の異性体配置が含まれる。特定の二環式ヌクレオシド（例えばＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が本明細書の例示的な実施形態で特定される場合、別途明記されない限り、それらはβ－Ｄ配置である。
特定の実施形態では、修飾糖部分は１つ以上の非架橋糖置換及び１つ以上の架橋糖置換（例えば５’－置換及び４’－２’架橋糖）を含む。
特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖代替物である。特定のかかる実施形態では、糖部分の酸素原子は、例えば硫黄、炭素または窒素原子で置換される。特定のかかる実施形態では、かかる修飾糖部分は、本明細書で上記に記載したような架橋及び／または非架橋置換も含む。例えば、特定の糖代替物は、４’－硫黄原子及び２’位（例えばＢｈａｔ等によるＵＳ７，８７５，７３３及びＢｈａｔ等によるＵＳ７，９３９，６７７を参照）及び／または５’位の置換を含む。
特定の実施形態では、糖代替物は５個以外の原子を有する環を含む。例えば、特定の実施形態では、糖代替物は６員のテトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。かかるテトラヒドロピランは、さらに修飾または置換され得る。かかる修飾テトラヒドロピランを含有するヌクレオシドとしては、これらに限定されるものではないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マニトール核酸（「ＭＮＡ」）（ｓｅｅ， ｅ．ｇ．， Ｌｅｕｍａｎｎ， ＣＪ． Ｂｉｏｏｒｇ． ＆ Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． ２００２， １０， ８４１－８５４）、フルオロＨＮＡ：

（「Ｆ－ＨＮＡ」、例えば、（Ｓｗａｙｚｅ等によるＵＳ８，０８８，９０４、Ｓｗａｙｚｅ等によるＵＳ８，４４０，８０３、Ｓｗａｙｚｅ等によるＵＳ８，７９６，４３７、及びＳｗａｙｚｅ等によるＵＳ９，００５，９０６を参照。Ｆ－ＨＮＡは、Ｆ－ＴＨＰまたは３’－フルオロテトラヒドロピランとも呼ぶことができる。）、及び下式を有するさらなる修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドが含まれる：

式中、上記の修飾ＴＨＰヌクレオシドのそれぞれについて、独立して
Ｂｘは、核酸塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りの部分と結合するヌクレオシド間結合基であるか、またはＴ３及びＴ４の一方は、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りの部分と結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基、または５’もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６ 及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２～Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮであり、ただし、Ｘは、Ｏ、ＳまたはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２、及びＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１～Ｃ６アルキルである。
特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６ 及びｑ７がそれぞれＨである修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６ 及びｑ７の少なくとも１つはＨ以外である。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６ 及びｑ７の少なくとも１つはメチルである。特定の実施形態では、Ｒ１及びＲ２の一方がＦである修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態では、Ｒ１はＦであり、Ｒ２はＨであり、特定の実施形態では、Ｒ１はメトキシであり、Ｒ２はＨであり、特定の実施形態では、Ｒ１はメトキシエトキシであり、Ｒ２はＨである。
特定の実施形態では、糖代替物は、５個よりも多い原子と１個よりも多いヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド、及びオリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３－４５１０、ならびにＳｕｍｍｅｒｔｏｎ等によるＵＳ５，６９８，６８５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ等によるＵＳ５，１６６，３１５、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ等によるＵＳ５，１８５，４４４、及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ等によるＵＳ５，０３４，５０６を参照）。本明細書で使用する場合、「モルホリノ」なる用語は、以下の構造を有する糖代替物を意味する：
特定の実施形態では、例えば、上記モルホリノ構造に様々な置換基を付加するかまたは改変することによって、モルホリノを修飾することができる。かかる糖代用物は本明細書では「修飾モルホリノ」と呼ばれる。
特定の実施形態では、糖代替物は非環式部分を含む。かかる非環式糖代替物を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例としては、これらに限定されるものではないが、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えばＫｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３－５８６５を参照）、及びＭａｎｏｈａｒａｎ等によるＷＯ２０１１／１３３８７６に記載されるヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられる。
修飾ヌクレオシドに使用することができる他の多くの二環式糖及び三環式糖ならびに糖代替物の環構造が、当該技術分野では周知である。
２． 特定の修飾核酸塩基
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと呼ばれる、核酸塩基を含まない１つ以上のヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、修飾核酸塩基は５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ－２、Ｎ－６及びＯ－６置換プリンから選択される。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２－アミノプロピルアデニン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、６－Ｎ－メチルグアニン、６－Ｎ－メチルアデニン、２－プロピルアデニン、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－プロピニル（－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、５－リボシルウラシル（偽ウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、８－アザ及び他の８－置換プリン、５－ハロ、とりわけ５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－ハロウラシル、及び５－ハロシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、２－Ｎ－イソブチリルグアニン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチル４－Ｎ－ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、無差別塩基（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ ｂａｓｅ）、サイズ拡張塩基（ｓｉｚｅ－ｅｘｐａｎｄｅｄ ｂａｓｅ）、及びフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン、１，３－ジアザフェノチアジン－２－オン及び９－（２－アミノエトキシ）－１，３－ジアザフェノキサジン－２－オン（Ｇ－クランプ）が挙げられる。修飾核酸塩基としては、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環、例えば、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、及び２－ピリドンで置換されたものも挙げられる。さらなる核酸塩基としては、Ｍｅｒｉｇａｎ等によるＵＳ３，６８７，８０８に開示されるもの、Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８－８５９；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３；Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ１５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３－２８８に開示されるもの、ならびにＡｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３－１６６及び４４２－４４３のＣｈａｐｔｅｒ６及び１５で開示されるものが挙げられる。
上記の修飾核酸塩基のうちの特定のもの、及び他の修飾核酸塩基の調製について教示する刊行物としては、これらに限定されるものではないが、Ｍａｎｏｈａｒａｎ等によるＵＳ２００３／０１５８４０３、Ｍａｎｏｈａｒａｎ等によるＵＳ２００３／０１７５９０６、Ｄｉｎｈ等によるＵ．Ｓ． ４，８４５，２０５、Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ等によるＵ．Ｓ． ５，１３０，３０２、Ｒｏｇｅｒｓ等によるＵ．Ｓ． ５，１３４，０６６、Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ等によるＵ．Ｓ． ５，１７５，２７３、Ｕｒｄｅａ等によるＵ．Ｓ． ５，３６７，０６６、Ｂｅｎｎｅｒ等によるＵ．Ｓ． ５，４３２，２７２、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ等によるＵ．Ｓ． ５，４３４，２５７、Ｇｍｅｉｎｅｒ等によるＵ．Ｓ． ５，４５７，１８７、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，４５９，２５５、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ等によるＵ．Ｓ． ５，４８４，９０８、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ等によるＵ．Ｓ． ５，５０２，１７７、Ｈａｗｋｉｎｓ等によるＵ．Ｓ． ５，５２５，７１１、Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ等によるＵ．Ｓ． ５，５５２，５４０、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，５８７，４６９、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ等によるＵ．Ｓ． ５，５９４，１２１、Ｓｗｉｔｚｅｒ等によるＵ．Ｓ． ５，５９６，０９１、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，６１４，６１７、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ等によるＵ．Ｓ． ５，６４５，９８５、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，６８１，９４１、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，８１１，５３４、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，７５０，６９２、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，９４８，９０３、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，５８７，４７０、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，４５７，１９１、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ等によるＵ．Ｓ． ５，７６３，５８８、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ等によるＵ．Ｓ． ５，８３０，６５３、Ｃｏｏｋ等によるＵ．Ｓ． ５，８０８，０２７、Ｃｏｏｋ等による６，１６６，１９９、及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ等によるＵ．Ｓ． ６，００５，０９６が挙げられる。
３． 特定の修飾ヌクレオシド間結合
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド同士は任意のヌクレオシド間結合を用いて互いに結合され得る。ヌクレオシド間結合基の２つの主なクラスは、リン原子の有無によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、これらに限定されるものではないが、ホスホジエステル結合（「Ｐ（Ｏ２）＝Ｏ」）（非修飾または天然の結合とも呼ばれる）を含むホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミデート、及びホスホロチオエート（「Ｐ（Ｏ２）＝Ｓ」）、及びホスホロジチオエート（「ＨＳ－Ｐ＝Ｓ」）が挙げられる。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基としては、これらに限定されるものではないが、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－Ｓ－）、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－ＳｉＨ２－Ｏ－）、及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－）が挙げられる。天然のリン酸結合と比較して、修飾ヌクレオシド間結合を用いることで、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変える（通常は増加させる）ことができる。特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として、または別々の鏡像異性体として調製され得る。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者には周知のものである。
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合としては、これらに限定されるものではないが、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられる。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として、または特定の立体化学的配置のホスホロチオエート結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製することができる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合のすべてがステレオランダムであるホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。かかる修飾オリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエート結合の立体化学配置のランダムな選択をもたらす合成方法を使用して生成することができる。しかしながら、当業者にはよく理解されているように、個々のオリゴヌクレオチド分子の個々のホスホロチオエートは、定義された立体配置を有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、特定の独立して選択される立体化学配置の１つ以上の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の分子の少なくとも６５％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の分子の少なくとも７０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の分子の少なくとも８０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の分子の少なくとも９０％に存在する。特定の実施形態では、特定のホスホロチオエート結合の特定の配置は、集団中の分子の少なくとも９９％に存在する。かかる修飾オリゴヌクレオチドのキラル濃縮された集団は、当該技術分野では周知の合成方法、例えば、Ｏｋａ ｅｔ ａｌ．， ＪＡＣＳ １２５， ８３０７ （２００３）， Ｗａｎ ｅｔ ａｌ． Ｎｕｃ． Ａｃｉｄ． Ｒｅｓ． ４２， １３４５６ （２０１４）、及びＷＯ２０１７／０１５５５５に記載される方法を用いて生成することができる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）配置の少なくとも１つの示されたホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）配置の少なくとも１つのされたホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。特定の実施形態では、（Ｒｐ）及び／または（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ、以下の式のうちの１つ以上を含む（式中、「Ｂ」は、核酸塩基を示す）。

特に明記しない限り、本明細書に記載される修飾オリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオシド間結合は、ステレオランダムまたは特定の立体化学配置であり得る。
中性のヌクレオシド間結合としては、これらに限定されるものではないが、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ （３’－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－５’）、アミド－３ （３’－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）－５’）、アミド－４ （３’－ＣＨ２－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－５’）、ホルムアセタール（３’－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、メトキシプロピル（ＭＯＰ）、及びチオホルムアセタール（３’－Ｓ－ＣＨ２－Ｏ－５’）が挙げられる。さらに中性のヌクレオシド間結合としては、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボン酸エステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホン酸エステル及びアミド（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ． Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ． Ｃｏｏｋ， Ｅｄｓ．， ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ ３ ａｎｄ ４， ４０－６５を参照）を含む、非イオン性結合が挙げられる。さらに、中性のヌクレオシド間結合としては、混在するＮ、Ｏ、Ｓ、及びＣＨ２成分部分を含む非イオン性結合が含まれる。
Ｂ． 特定のモチーフ
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含有する１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。かかる実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾された、修飾されない、及び異なる修飾の糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合が、パターンまたはモチーフを規定する。特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／または核酸塩基間結合モチーフによって記述することができる（本明細書で使用する場合、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは無関係に核酸塩基への修飾を記述する）。
１． 特定の糖モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは糖修飾モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその部分に沿って配置された１種類以上の修飾糖部分及び／または非修飾糖部分を含む。特定の例において、かかる糖モチーフには、これらに限定されるものではないが、本明細書で検討する糖修飾のいずれかが含まれる。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、２個の外部領域または「ウイング」と、中央または内部領域または「ギャップ」とによって定義されるギャップマーモチーフを有する。ギャップマー糖モチーフの３個の領域（５’－ウイング、ギャップ、及び３’－ウイング）は、ヌクレオシドの連続した配列を形成し、ウイングのそれぞれのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部と異なっている。具体的には、少なくとも、ギャップに最も近い（５’－ウイングの最も３’側のヌクレオシド及び３’－ウイングの最も５’側のヌクレオシド）各ウイングのヌクレオシドの糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、これにより、各ウイングとギャップとの間の境界（すなわち、ウイング／ギャップ接合部）を規定する。特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は、互いに同じである。特定の実施形態では、ギャップは、ギャップの１個以上の他のヌクレオシドの糖部分とは異なる糖部分を有する１個以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、２つのウイングの糖モチーフは、互いに同じである（対称性糖ギャップマー）。特定の実施形態では、５’－ウイングの糖モチーフは、３’－ウイングの糖モチーフと異なる（非対称性糖ギャップマー）。
特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングは、１～６個の二環式ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも１個のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも２個のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも３個のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも４個のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも５個のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。
特定のそのような実施形態では、ギャップマーのギャップは、７～１２個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの少なくとも１個のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。
特定の実施形態では、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。特定の実施形態では、各ウイング／ギャップ接合部のギャップ側のヌクレオシドは２’－デオキシリボシル糖部分を含み、各ウイング／ギャップ接合部のウイング側のヌクレオシドは修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップの各ヌクレオシドは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、ギャップのちょうど１つのヌクレオシドが修飾糖部分を含み、ギャップの残りの各ヌクレオシドは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する部分を含むか、またはそれからなる。かかる実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの完全に修飾された部分の各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド全体の各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、完全に修飾された糖モチーフを有する部分を含むか、またはそれからなり、完全に修飾された部分内の各ヌクレオシドは、本明細書で一様に修飾された糖モチーフと呼ばれる同じ修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、完全に修飾されたオリゴヌクレオチドは、一様に修飾されたオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態では、一様に修飾されたオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドは、同じ２’－修飾を含む。
ここで、ギャップマーの３つの領域の長さ（ヌクレオシドの数）は、［５’－ウイングのヌクレオシドの数］－［ギャップのヌクレオシドの数］－［３’－ウイングのヌクレオシドの数］という表記によって与えることができる。したがって、３－１０－３ギャップマーは、各ウイングの３個の結合されたヌクレオシドとギャップの１０個の結合されたヌクレオシドとから構成される。かかる命名法の後に特定の修飾が続く場合、その修飾は各ウイングの各糖部分の修飾であり、ギャップヌクレオシドは２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む。したがって、５－１０－５ＭＯＥギャップマーは、５’－ウイングの５個の結合された２’－ＭＯＥヌクレオシド、ギャップの１０個の結合された２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシド、及び３’－ウイングの５個の結合された２’－ＭＯＥヌクレオシドで構成される。３－１０－３ｃＥｔギャップマーは、５’－ウイングの３個の結合されたｃＥｔヌクレオシド、ギャップの１０個の結合された２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシド、及び３’－ウイングの３個の結合されたｃＥｔヌクレオシドで構成される。５－８－５ギャップマーは、５’－ウイングの修飾糖部分を含む５個の結合されたヌクレオシド、ギャップの８個の結合された２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシド、及び３’－ウイングの修飾糖部分を含む５個の結合ヌクレオシドで構成される。５－８－５混合ギャップマーは、５’－及び／または３’－ウイングに少なくとも２個の異なる修飾糖部分を有している。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、４－１０－６ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、６－１０－４ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、５－８－５ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、６－８－４ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、４－８－６ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、Ｘ－Ｙ－Ｚ ＭＯＥギャップマーであり、ただし、Ｘ及びＺは、１、２、３、４、５、または６から独立して選択され、Ｙは、７、８、９、１０、または１１である。
２． 特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその部分に沿って配置された修飾及び／または非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、各核酸塩基が修飾される。特定の実施形態では、核酸塩基のいずれも修飾されない。特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンが修飾される。特定の実施形態では、各アデニンが修飾される。特定の実施形態では、各グアニンが修飾される。特定の実施形態では、各チミンが修飾される。特定の実施形態では、各ウラシルが修飾される。特定の実施形態では、各シトシンが修飾される。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基のうちのいくつかまたはすべてが５－メチルシトシンである。特定の実施形態では、シトシン核酸塩基のすべては５－メチルシトシンであり、修飾オリゴヌクレオチドの他の核酸塩基のすべては非修飾核酸塩基である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のそのような実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に位置する。特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３個のヌクレオシド内に位置する。特定のそのような実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端に位置する。特定の実施形態では、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端の３個のヌクレオチド内に位置する。
特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、修飾核酸塩基を含む１個のヌクレオシドが、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップ内に位置する。特定のそのような実施形態では、前記ヌクレオシドの糖部分は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分である。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、２－チオピリミジン及び５－プロピンピリミジンから選択される。
３． 特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、規定されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその部分に沿って配置された修飾及び／または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態では、各ヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合（Ｐ（Ｏ２）＝ Ｏ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合（Ｐ（Ｏ２）＝ Ｓ）である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、ステレオランダムなホスホロチオエート、（Ｓｐ）ホスホロチオエート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオエートから独立して選択される。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合はすべて修飾される。特定のそのような実施形態では、ウイング内のヌクレオシド間結合のいくつかまたはすべては、非修飾のホスホジエステルヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、末端ヌクレオシド間結合は修飾される。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも一方のウイングに少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、この少なくとも１つのホスホジエステル結合は、末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定のそのような実施形態では、すべてのホスホロチオエート結合はステレオランダムである。特定の実施形態では、ウイング内のすべてのホスホロチオエート結合は（Ｓｐ）ホスホロチオエートであり、ギャップは少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、そのようなヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓを有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓを有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓを有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓを有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
Ｃ． 特定の全長
活性を失うことなく、オリゴヌクレオチドの長さを増加または減少させることができる。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７３０５－７３０９，１９９２では、核酸塩基１３～２５個の長さを有する一連のアンチセンスオリゴヌクレオチドが、卵母細胞注入モデルにおいて標的ＲＮＡの切断を誘導する能力について試験されている。末端近くに８個または１１個のミスマッチ塩基を含む核酸塩基２５個の長さのオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないアンチセンスオリゴヌクレオチドよりも低い程度であったが、標的ｍＲＮＡの特異的切断を導くことができた。同様に、１個または３個のミスマッチを有するものを含む核酸塩基１３個からなるオリゴヌクレオチドを使用して標的特異的切断が得られた。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（修飾オリゴヌクレオチドを含む）は、様々な範囲の長さのいずれかを有することができる。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、Ｘ～Ｙ個の結合されたヌクレオシドからなり、ただし、Ｘは、その範囲の最小数のヌクレオシドを表し、Ｙは、その範囲の最大数のヌクレオシドを表す。特定のそのような実施形態では、ＸがＹ以下であることを条件として、Ｘ及びＹは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０からそれぞれ独立して選択される。例えば、特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１２～１３個、１２～１４個、１２～１５個、１２～１６個、１２～１７個、１２～１８個、１２～１９個、１２～２０個、１２～２１個、１２～２２個、１２～２３個、１２～２４個、１２～２５個、１２～２６個、１２～２７個、１２～２８個、１２～２９個、１２～３０個、１３～１４個、１３～１５個、１３～１６個、１３～１７個、１３～１８個、１３～１９個、１３～２０個、１３～２１個、１３～２２個、１３～２３個、１３～２４個、１３～２５個、１３～２６個、１３～２７個、１３～２８個、１３～２９個、１３～３０個、１４～１５個、１４～１６個、１４～１７個、１４～１８個、１４～１９個、１４～２０個、１４～２１個、１４～２２個、１４～２３個、１４～２４個、１４～２５個、１４～２６個、１４～２７個、１４～２８個、１４～２９個、１４～３０個、１５～１６個、１５～１７個、１５～１８個、１５～１９個、１５～２０個、１５～２１個、１５～２２個、１５～２３個、１５～２４個、１５～２５個、１５～２６個、１５～２７個、１５～２８個、１５～２９個、１５～３０個、１６～１７個、１６～１８個、１６～１９個、１６～２０個、１６～２１個、１６～２２個、１６～２３個、１６～２４個、１６～２５個、１６～２６個、１６～２７個、１６～２８個、１６～２９個、１６～３０個、１７～１８個、１７～１９個、１７～２０個、１７～２１個、１７～２２個、１７～２３個、１７～２４個、１７～２５個、１７～２６個、１７～２７個、１７～２８個、１７～２９個、１７～３０個、１８～１９個、１８～２０個、１８～２１個、１８～２２個、１８～２３個、１８～２４個、１８～２５個、１８～２６個、１８～２７個、１８～２８個、１８～２９個、１８～３０個、１９～２０個、１９～２１個、１９～２２個、１９～２３個、１９～２４個、１９～２５個、１９～２６個、１９～２９個、１９～２８個、１９～２９個、１９～３０個、２０～２１個、２０～２２個、２０～２３個、２０～２４個、２０～２５個、２０～２６個、２０～２７個、２０～２８個、２０～２９個、２０～３０個、２１～２２個、２１～２３個、２１～２４個、２１～２５個、２１～２６個、２１～２７個、２１～２８個、２１～２９個、２１～３０個、２２～２３個、２２～２４個、２２～２５個、２２～２６個、２２～２７個、２２～２８個、２２～２９個、２２～３０個、２３～２４個、２３～２５個、２３～２６個、２３～２７個、２３～２８個、２３～２９個、２３～３０個、２４～２５個、２４～２６個、２４～２７個、２４～２８個、２４～２９個、２４～３０個、２５～２６個、２５～２７個、２５～２８個、２５～２９個、２５～３０個、２６～２７個、２６～２８個、２６～２９個、２６～３０個、２７～２８個、２７～２９個、２７～３０個、２８～２９個、２８～３０個、または２９～３０個の結合されたヌクレオシドからなり得る。
Ｄ． 特定の修飾オリゴヌクレオチド
特定の実施形態では、上記の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）が、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、それらの修飾モチーフ及び全長によって特徴付けられる。特定の実施形態では、そのようなパラメータはそれぞれ互いに独立している。したがって、別途示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されても修飾されなくてもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従わなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同じかまたは異なっていてよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同じかまたは異なっていてよい。同様に、かかる糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは無関係に１個以上の修飾核酸塩基を含み得る。別途示されない限り、いずれの修飾も、核酸塩基配列とは独立している。
Ｅ． 修飾オリゴヌクレオチドの特定の集団
集団のすべての修飾オリゴヌクレオチドが同じ分子式を有する修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ステレオランダムな集団またはキラル濃縮された集団であり得る。すべての修飾オリゴヌクレオチドのすべてのキラル中心は、ステレオランダム集団においてステレオランダムである。キラル濃縮された集団では、少なくとも１つの特定のキラル中心は、集団の修飾オリゴヌクレオチドにおいてステレオランダムではない。特定の実施形態では、キラル濃縮された集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β－Ｄリボシル糖部分について濃縮されており、すべてのホスホロチオエートヌクレオシド間結合はステレオランダムである。特定の実施形態では、キラル濃縮された集団の修飾オリゴヌクレオチドは、特定の立体化学配置のβ－Ｄリボシル糖部分及び少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方について濃縮される。
Ｆ． 核酸塩基配列
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（非修飾または修飾オリゴヌクレオチド）は、それらの核酸塩基配列によってさらに記述される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの同定されている参照核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。特定のそのような実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部は、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの同定されている参照核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一部または全長の核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸などの核酸と、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
ＩＩ． 特定のオリゴマー化合物
特定の実施形態では、本明細書において、オリゴヌクレオチド（修飾または非修飾）と場合により１つ以上のコンジュゲート基及び／または末端基とからなるオリゴマー化合物が提供される。コンジュゲート基は、１つ以上のコンジュゲート部分と、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーとからなる。コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの一方または両方の末端及び／または任意の内側の部位に結合させることができる。特定の実施形態では、コンジュゲート基は修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に結合される。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一方または両方の末端に結合されるコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’及び／または５’末端に結合される。特定のこのような実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に結合される。特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの３’末端付近に結合される。特定の実施形態では、コンジュゲート基（または末端基）はオリゴヌクレオチドの５’末端に結合される。特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの５’末端付近に結合される。
末端基の例としては、これらに限定されるものではないが、コンジュゲート基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾または未修飾のヌクレオシド、及び独立して修飾または非修飾である２つ以上のヌクレオシドが挙げられる。
Ａ． 特定のコンジュゲート基
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは１つ以上のコンジュゲート基に共有結合により結合される。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、これらに限定されるものではないが、薬力学的特性、薬物動態学的特性、安定特性、結合特性、吸収特性、組織分布特性、細胞分布特性、細胞取り込み特性、電荷特性及びクリアランス特性を含む結合オリゴヌクレオチドの１つ以上の特性を改変する。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合オリゴヌクレオチドに新たな特性、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にする蛍光団またはレポーター基を付与する。特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分についてはこれまでに記載されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３－６５５６）、コリン酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３－１０６０）、チオエーテル、例えばヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６－３０９、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９３，３，２７６５－２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３－５３８）、脂肪族鎖、例えばド－デカン－ジオール）またはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１－１１１８、Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７－３３０、Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９－５４），リン脂質、例えばジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロールまたはトリエチル－アンモニウム１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１－３６５４、Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７－３７８３）、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９－９７３）、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９－２３７）、オクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３－９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｎａ．２０１４．７２及びＮｉｓｈｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４－７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えばＷＯ２０１４／１７９６２０）である。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、Ｃ２２アルキル、Ｃ２０アルキル、Ｃ１６アルキル、Ｃ１０アルキル、Ｃ２１アルキル、Ｃ１９アルキル、Ｃ１８アルキル、Ｃ１５アルキル、Ｃ１４アルキル、Ｃ１３アルキル、Ｃ１２アルキル、Ｃ１１アルキル、Ｃ９アルキル、Ｃ８アルキル、Ｃ７アルキル、Ｃ６アルキル、Ｃ５アルキル、Ｃ２２アルケニル、Ｃ２０アルケニル、Ｃ１６アルケニル、Ｃ１０アルケニル、Ｃ２１アルケニル、Ｃ１９アルケニル、Ｃ１８アルケニル、Ｃ１５アルケニル、Ｃ１４アルケニル、Ｃ１３アルケニル、Ｃ１２アルケニル、Ｃ１１アルケニル、Ｃ９アルケニル、Ｃ８アルケニル、Ｃ７アルケニル、Ｃ６アルケニル、またはＣ５アルケニルのいずれかから選択することができる。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は、Ｃ２２アルキル、Ｃ２０アルキル、Ｃ１６アルキル、Ｃ１０アルキル、Ｃ２１アルキル、Ｃ１９アルキル、Ｃ１８アルキル、Ｃ１５アルキル、Ｃ１４アルキル、Ｃ１３アルキル、Ｃ１２アルキル、Ｃ１１アルキル、Ｃ９アルキル、Ｃ８アルキル、Ｃ７アルキル、Ｃ６アルキル、及びＣ５アルキルのいずれかから選択することができ、ただし、アルキル鎖は１つ以上の不飽和結合を有する。
１． コンジュゲート部分
コンジュゲート部分としては、これらに限定されるものではないが、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、糖、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、蛍光団、及び色素が挙げられる。
特定の実施形態では、コンジュゲート部分には、有効な製剤原料、例えばアスピリン、ワーファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン（ｆｅｎ－ｂｕｆｅｎ）、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５－トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジン、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメタシン（ｉｎｄｏ－ｍｅｔｈｉｃｉｎ）、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ薬、糖尿病治療薬、抗菌薬、または抗生物質が含まれる。
２． 共役リンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合される。特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲートリンカーは単結合である（すなわち、コンジュゲート部分は単結合を介してオリゴヌクレオチドに直接結合される）。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖、またはエチレングリコール、ヌクレオシドもしくはアミノ酸単位などの繰り返し単位のオリゴマーなどの鎖構造を含む。
特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つ以上の基を含む。特定のこのような実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン部分を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つのリン酸基を含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
特定の実施形態では、上記のコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲートリンカーは、二官能性の結合部分、例えば本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドのような親化合物にコンジュゲート基を結合するうえで有用であることが当該技術分野で知られているものである。一般に、二官能性結合部分には少なくとも２つの官能基が含まれる。官能基のうち一方は、親化合物の特定の部位に結合するように選択され、他方はコンジュゲート基に結合するように選択される。二官能性結合部分に使用される官能基の例としては、これらに限定されるものではないが、求核性基と反応するための求電子基及び求電子基と反応するための求核性基が挙げられる。特定の実施形態では、二官能性結合部分にはアミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つ以上の基が含まれる。
コンジュゲートリンカーの例としては、これらに限定されるものではないが、ピロリジン、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）及び６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が挙げられる。他のコンジュゲートリンカーとしては、これらに限定されるものではないが、置換もしくは無置換のＣ１～Ｃ１０アルキル、置換もしくは無置換のＣ２～Ｃ１０アルケニルまたは置換もしくは無置換のＣ２～Ｃ１０アルキニルが含まれ、ここで好ましい置換基の非限定的なリストには、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルが含まれる。
特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１～１０個のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２～５個のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ちょうど３個のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ＴＣＡモチーフを含む。特定の実施形態では、かかるリンカーヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、かかるリンカーヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは非修飾である。特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジン、または置換ピリミジンから選択される場合により保護された複素環式塩基を含む。特定の実施形態では、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４－Ｎ－ベンゾイルシトシン、５－メチルシトシン、４－Ｎ－ベンゾイル－５－メチルシトシン、アデニン、６－Ｎ－ベンゾイルアデニン、グアニン、及び２－Ｎ－イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。リンカーヌクレオシドは、標的組織に到達した後、オリゴマー化合物から切断されることが一般的に望ましい。したがって、リンカーヌクレオシドは、一般的には、切断可能な結合を介して互いに、及びオリゴマー化合物の残りの部分に結合される。特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、ホスホジエステル結合である。
本明細書では、リンカーヌクレオシドはオリゴヌクレオチドの一部とはみなされない。したがって、オリゴマー化合物が、特定の数または範囲の結合されたヌクレオシド及び／または参照核酸に対する特定の相補率（％）からなるオリゴヌクレオチドを含み、かつオリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基も含むような実施形態では、これらのリンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さにカウントされず、参照核酸に対するオリゴヌクレオチドの相補率（％）を決定するうえで用いられない。例えば、オリゴマー化合物は、（１）８～３０個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチド、及び（２）修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと隣接する１～１０個のリンカーヌクレオシドを含むコンジュゲート基を含み得る。そのようなオリゴマー化合物中の隣接する結合されたヌクレオシドの総数は３０よりも多い。あるいは、オリゴマー化合物は、８～３０個のヌクレオシドからなり、コンジュゲート基を含まない修飾オリゴヌクレオチドを含んでもよい。そのようなオリゴマー化合物中の隣接する結合されたヌクレオシドの総数は３０以下である。特に明記しない限り、コンジュゲートリンカーは１０個以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、５個以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、３個以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、２個以下のリンカーヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、１個以下のリンカーヌクレオシドを含む。
特定の実施形態では、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドから切断されることが望ましい。例えば、特定の状況において、特定のコンジュゲート部分を含むオリゴマー化合物は、特定の細胞型により取り込まれやすいが、オリゴマー化合物が取り込まれた後、コンジュゲート基が切断されて、非コンジュゲートまたは親オリゴヌクレオチドが放出されることが望ましい。したがって、特定のコンジュゲートリンカーは、１つ以上の切断可能な部分を含むことができる。特定の実施形態では、切断可能な部分は、切断可能な結合である。特定の実施形態では、切断可能な部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子団である。特定の実施形態では、切断可能な部分は、１個、２個、３個、４個、または４個よりも多い切断可能な結合を有する原子団を含む。特定の実施形態では、切断可能な部分は、細胞内部またはリソソームなどの細胞内区画内で選択的に切断される。特定の実施形態では、切断可能部分は、ヌクレアーゼなどの内因性酵素によって選択的に切断される。
特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド結合、エステル結合、エーテル結合、ホスホジエステル結合の一方または両方のエステル結合、リン酸エステル結合、カルバメート結合、またはジスルフィド結合の中から選択される。特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステル結合の一方または両方のエステル結合である。特定の実施形態では、切断可能な部分は、リン酸またはホスホジエステルを含む。特定の実施形態では、切断可能な部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分またはコンジュゲート基との間のリン酸またはホスホジエステル結合である。
特定の実施形態では、切断可能な部分は、１つ以上のリンカーヌクレオシドを含むか、またはそれからなる。特定のそのような実施形態では、１つ以上のリンカーヌクレオシドは、切断可能な結合を介して互いに、及び／またはオリゴマー化合物の残りの部分に結合される。特定の実施形態では、そのような切断可能な結合は、非修飾ホスホジエステル結合である。特定の実施形態では、切断可能な部分は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの３’または５’末端ヌクレオシドのいずれかに結合され、かつリン酸またはホスホロチオエート結合によってコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート部分の残りの部分に共有結合された２’－デオキシヌクレオシドである。特定のそのような実施形態では、切断可能な部分は、２’－デオキシアデノシンである。
３． 細胞標的化部分
特定の実施形態では、コンジュゲート基は細胞標的化部分を含む。特定の実施形態では、コンジュゲート基は、下記一般式を有する：

式中、ｎは１～約３であり、ｎが１の場合ｍは０であり、ｎが２以上の場合ｍは１であり、ｊは１または０であり、ｋは１または０である。
特定の実施形態では、ｎは１であり、ｊは１であり、ｋは０である。特定の実施形態では、ｎは１であり、ｊは０であり、ｋは１である。特定の実施形態では、ｎは１であり、ｊは１であり、ｋは１である。特定の実施形態では、ｎは２であり、ｊは１であり、ｋは０である。特定の実施形態では、ｎは２であり、ｊは０であり、ｋは１である。特定の実施形態では、ｎは２であり、ｊは１であり、ｋは１である。特定の実施形態では、ｎは３であり、ｊは１であり、ｋは０である。特定の実施形態では、ｎは３であり、ｊは０であり、ｋは１である。特定の実施形態では、ｎは３であり、ｊは１であり、ｋは１である。
特定の実施形態では、コンジュゲート基は少なくとも１つのテザーリガンドを有する細胞標的化部分を含む。特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分枝基に共有結合により結合された２個のテザーリガンドを含む。特定の実施形態では、細胞－標的化部分は分枝基に共有結合により結合された３個のテザーリガンドを含む。
Ｂ． 特定の末端基
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、１個以上の末端基を含む。特定のそのような実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化された５’－ホスフェートを含む。安定化された５’－ホスフェートとしては、５’－ビニルホスホネートを含むがこれに限定されない５’－ホスファネートが含まれる。特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の脱塩基ヌクレオシド及び／または逆ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、末端基は、１つ以上の２’結合ヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態では、２’結合ヌクレオシドは、脱塩基ヌクレオシドである。
ＩＩＩ．オリゴマー二重鎖
特定の実施形態では、本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は第２のオリゴマー化合物と対合してオリゴマー二重鎖を形成する。かかるオリゴマー二重鎖は、標的核酸に相補的な部分を有する第１のオリゴマー化合物と、第１のオリゴマー化合物に相補的な部分を有する第２のオリゴマー化合物とを含む。特定の実施形態では、オリゴマー二重鎖の第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾または非修飾オリゴヌクレオチド及び場合によりコンジュゲート基と、（２）第２の修飾または非修飾オリゴヌクレオチド及び場合によりコンジュゲート基と、を含むかまたはそれらからなる。オリゴマー二本鎖の一方または両方のオリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含み得る。オリゴマー二本鎖の各オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、非相補的な突出ヌクレオシドを含み得る。
ＩＶ． アンチセンス活性
特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二本鎖は標的核酸にハイブリダイズすることで少なくとも１つのアンチセンス活性を与えることができる。かかるオリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖はアンチセンス化合物である。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、標準的な細胞アッセイにおいて標的核酸の量または活性を２５％以上減少させるかまたは阻害する場合にアンチセンス活性を有する。特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸に選択的に影響する。かかるアンチセンス化合物は、１つ以上の標的核酸にハイブリダイズして１つ以上の所望のアンチセンス活性を与え、かつ１つ以上の非標的核酸にはハイブリダイズしないか、または重大な望ましくないアンチセンス活性をもたらすような形で１つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない核酸塩基配列を含む。
特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションによって、標的核酸を切断するタンパク質が動員される。例えば、特定のアンチセンス化合物は、ＲＮａｓｅＨを介した標的核酸の切断をもたらす。ＲＮａｓｅＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞性エンドヌクレアーゼである。かかるＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＤＮＡは、非修飾ＤＮＡである必要はない。特定の実施形態では、本明細書において、ＲＮａｓｅＨ活性を誘発するうえで充分に「ＤＮＡ様」のアンチセンス化合物を記載する。特定の実施形態では、ギャップマーのギャップ内の１つ以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドが許容される。
特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物またはアンチセンス化合物の一部がＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に取り込まれ、最終的に標的核酸が切断される。例えば、特定のアンチセンス化合物は、アルゴノートによる標的核酸の切断をもたらす。ＲＩＳＣに取り込まれるアンチセンス化合物はＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）または一本鎖（ｓｓＲＮＡ）の場合がある。
特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらさない。特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの変化をもたらす。特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質または他の核酸との結合相互作用の阻害をもたらす。特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の変化をもたらす。
アンチセンス活性は直接的または間接的に観察することができる。特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出は、標的核酸もしくはかかる標的核酸によってコードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライス変異体の比の変化、及び／または細胞もしくは対象の表現型の変化の観察または検出を行う。
Ｖ． 特定の標的核酸
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な部分を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態では、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のそのような実施形態では、標的核酸は、タンパク質（例えば、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳなど）をコードしない内因性アンチセンス転写物、成熟ｍＲＮＡ、ならびにイントロン、エキソン、及び非翻訳領域を含むｐｒｅ－ｍＲＮＡから選択される。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、アンチセンス転写物である。特定の実施形態では、標的ＲＮＡは、成熟ｍＲＮＡである。特定の実施形態では、標的核酸は、ｐｒｅ－ｍＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的領域は完全にイントロン内にある。特定の実施形態では、標的領域は、イントロン／エクソンジャンクションにまたがる。特定の実施形態では、標的領域は、イントロン内に少なくとも５０％位置する。特定の実施形態では、標的核酸は、レトロジーンのＲＮＡ転写物である。特定の実施形態では、標的核酸は、ノンコーディングＲＮＡである。特定のそのような実施形態では、標的ノンコーディングＲＮＡは、長鎖ノンコーディングＲＮＡ、短鎖ノンコーディングＲＮＡ、イントロンＲＮＡ分子から選択される。
Ａ． 標的核酸との相補性／ミスマッチ
活性を消失させることなくミスマッチ塩基を導入することが可能である。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ （Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３－４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１） は、ｂｃｌ－２ ｍＲＮＡに対して１００％の相補性を有し、かつｂｃｌ－ｘＬ ｍＲＮＡに対して３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、インビトロ及びインビボでｂｃｌ－２とｂｃｌ－ｘＬ両方の発現を低減できることを実証している。さらに、このオリゴヌクレオチドはインビボで強力な抗腫瘍活性も示した。Ｍａｈｅｒ及びＤｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１－３３５８，１９８８）は、一連の核酸塩基１４個からなるタンデムオリゴヌクレオチド、ならびにそれぞれタンデムオリゴヌクレオチドのうちの２つまたは３つの配列からなる核酸塩基２８個のオリゴヌクレオチド及び核酸塩基４２個のオリゴヌクレオチドを、ウサギ網状赤血球アッセイにおいてヒトＤＨＦＲの翻訳を停止させる能力について試験した。３つの核酸塩基１４個のオリゴヌクレオチドのそれぞれは単独で、核酸塩基２８個のオリゴヌクレオチドまたは核酸塩基４２個のオリゴヌクレオチドよりもレベルは低かったものの、翻訳を阻害することができた。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたって標的核酸に相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に９９％、９５％、９０％、８５％、または８０％相補的である。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたって標的核酸に少なくとも８０％相補的であり、標的核酸に１００％または完全に相補的な部分を含む。特定の実施形態では、完全に相補的な部分は、核酸塩基６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、または２４個の長さを有する。
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して１つ以上のミスマッチ核酸塩基を含む。特定の実施形態では、そのようなミスマッチによって標的に対するアンチセンス活性は減少するものの、非標的に対する活性はより大きく減少する。したがって、特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの選択性が改善される。特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に配置される。特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップ領域の５’末端から１、２、３、４、５、６、７、または８位にある。特定の実施形態では、ミスマッチは、ギャップ領域の３’末端から９、８、７、６、５、４、３、２、または１位にある。特定の実施形態では、ミスマッチは、ウイング領域の５’末端から１、２、３、または４位にある。特定の実施形態では、ミスマッチは、ウイング領域の３’末端から４、３、２、または１位にある。
Ｂ． ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的であるオリゴヌクレオチドまたはその一部を含むかまたはそれからなり、ただし、標的核酸はＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳである。特定の実施形態では、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ核酸は、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿００００１５．１０＿ＴＲＵＮＣ＿２４８２１６４７＿２５４４１０２８）、配列番号２９１５（Ｅｎｓｅｍｂｌｅ遺伝子番号ＥＮＳＧ０００００２２４０７８）、または配列番号２９１６（Ｅｎｓｅｍｂｌｅ転写物ＥＮＳＴ０００００５５４７２６．１のｃＤＮＡ）に記載の配列を有する。
特定の実施形態では、配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６に相補的なオリゴマー化合物は、細胞内のＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳを減少させることができる。特定の実施形態では、配列番号１に相補的なオリゴマー化合物は、細胞内のＵＢＥ３Ａ ＲＮＡまたはタンパク質を増加させることができる。特定の実施形態では、配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６に相補的なオリゴマー化合物は、細胞内の父親由来ＵＢＥ３Ａ ＲＮＡまたはタンパク質を増加させることができる。特定の実施形態では、細胞は、インビトロである。特定の実施形態では、細胞は、対象内に存在する。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６に相補的なオリゴマー化合物は、対象に投与された場合、神経遺伝性疾患の１つ以上の症状または特徴を改善することができる。特定の実施形態では、神経遺伝性疾患はＡＳである。特定の実施形態では、症状または特徴は、発達遅延、運動失調、言語障害、睡眠障害、発作、及びＥＥＧ異常から選択される。
特定の実施形態では、配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６に相補的なオリゴマー化合物は、インビトロで検出可能なＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの量を少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％減少させることができる。特定の実施形態では、配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６に相補的なオリゴマー化合物は、インビトロで検出可能なＵＢＥ３Ａタンパク質の量を少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％増加させることができる。特定の実施形態では、配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６に相補的なオリゴマー化合物は、対象のＣＳＦ中で検出可能なＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの量を少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％減少させることができる。特定の実施形態では、配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６に相補的なオリゴマー化合物は、対象のＣＳＦ中で検出可能なＵＢＥ３Ａタンパク質の量を少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％増加させることができる。
Ｃ． 特定の組織中の特定の標的核酸
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な部分を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、標的核酸は薬理学的に関連する組織において発現される。特定の実施形態では、薬理学的に関連する組織は、中枢神経系を構成する細胞及び組織である。このような組織としては、皮質、海馬、及び脊髄が挙げられる。
ＶＩ． 特定の医薬組成物
特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物を含む医薬組成物について本明細書で記載する。特定の実施形態では、１つ以上のオリゴマー化合物は、それぞれ修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、医薬組成物には薬学的に許容される希釈剤または担体が含まれる。特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩水及び１つ以上のオリゴマー化合物を含むかまたはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌生理食塩水は、医薬品グレードの生理食塩水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むかまたはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌水は医薬品グレードの水である。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含むかまたはそれらからなる。特定の実施形態では、滅菌ＰＢＳは医薬品グレードのＰＢＳである。特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液を含むかまたはそれらからなる。特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品グレードである。
特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液を含む。特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる。特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる。特定の実施形態では、人工脳脊髄液は、医薬品グレードである。
特定の実施形態では、医薬組成物は、１つ以上のオリゴマー化合物及び１つ以上の賦形剤を含む。特定のそのような実施形態では、賦形剤は、水、食塩水、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、滑石、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンから選択される。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、医薬組成物または製剤を調製するために薬学的に許容される活性及び／または不活性物質と混合することができる。医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法は、これらに限定されるものではないが、投与経路、疾患の程度、または投与量を含む多数の基準によって決まる。
特定の実施形態では、オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、オリゴマー化合物の任意の薬学的に許容される塩、オリゴマー化合物のエステル、またはかかるエステルの塩を包含する。特定の実施形態では、１つ以上のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む対象に投与される際、生物学的に活性な代謝物またはその残渣を（直接的または間接的に）与えることができる。したがって、例えば、本開示は、オリゴマー化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、かかるプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的等価物を対象とする。適当な薬学的に許容される塩としては、これらに限定されるものではないが、ナトリウム塩及びカリウム塩が挙げられる。特定の実施形態では、プロドラッグは、オリゴヌクレオチドに結合された１つ以上のコンジュゲート基を含み、このコンジュゲート基は、体内の内因性ヌクレアーゼによって切断される。
脂質部分は、核酸療法において様々な方法で用いられている。特定のそのような方法において、オリゴマー化合物のような核酸は、カチオン性脂質と中性脂質との混合物から調製された予め形成されたリポソームまたはリポプレックスに導入される。特定の方法において、モノまたはポリカチオン性脂質とのＤＮＡ複合体は、中性脂質の非存在下で形成される。特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞または組織への医薬品の分布を増加させるように選択される。特定の実施形態では、脂質部分は、脂肪組織への医薬品の分布を増加させるように選択される。特定の実施形態では、脂質部分は、筋肉組織への医薬品の分布を増加させるように選択される。
特定の実施形態では、医薬組成物は送達系を含む。送達系の例としては、これらに限定されるものではないが、リポソーム及びエマルジョンが挙げられる。特定の送達系は、疎水性化合物を含むものを含む特定の医薬組成物の調製に有用である。特定の実施形態では、ジメチルスルホキシド等の特定の有機溶媒が用いられる。
特定の実施形態では、医薬組成物は、特定の組織または細胞型に本発明の１つ以上の医薬品を送達するように設計された１つ以上の組織特異的送達分子を含む。例えば、特定の実施形態では、医薬組成物は、組織特異的抗体でコーティングされたリポソームを含む。
特定の実施形態では、本明細書に提供される医薬組成物は、共溶媒系を含む。特定のそのような共溶媒系は、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマー、及び水相を含む。特定の実施形態では、そのような共溶媒系は、疎水性化合物に用いられる。そのような共溶媒系の非限定的な例にはＶＰＤ共溶媒系があり、これは、３ｗ／ｖ％のベンジルアルコール、８ｗ／ｖ％の非極性界面活性剤ポリソルベート８０（商標）、及び６５ｗ／ｖ％のポリエチレングリコール３００を含む無水エタノールの溶液である。そのような共溶媒系の割合は、それらの溶解度及び毒性特性を著しく変化させることなく大幅に変えることができる。さらに、共溶媒成分の同一性は変化し得、例えば、他の界面活性剤をポリソルベート８０（商標）の代わりに使用してもよく、ポリエチレングリコールの画分サイズは変化し得、他の生体適合性ポリマーは、ポリエチレングリコール、例えば、ポリビニルピロリドンに取って代わり得、他の糖または多糖は、デキストロースと置き換わり得る。
特定の実施形態では、医薬組成物は、経口投与用に調製される。特定の実施形態では、医薬組成物は、口腔投与用に調製される。特定の実施形態では、医薬組成物は、注射投与（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄腔内（ＩＴ）、脳室内（ＩＣＶ）等）用に調製される。特定のそのような実施形態では、医薬組成物は、担体を含み、水溶液、例えば、水または生理学的に相溶性の緩衝液、例えば、ハンクス溶液、リンガー溶液、または生理学的生理食塩水緩衝液等の中で製剤化される。特定の実施形態では、他の成分（例えば、溶解に役立つか、または防腐剤の役目を果たす成分）が含まれる。特定の実施形態では、注射可能な懸濁液は、適当な液体担体、懸濁化剤等を用いて調製される。注射用の特定の医薬組成物は、単位剤形で、例えば、アンプル単位で提供されるか、または多用量容器内に提供される。注射用の特定の医薬組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁液、溶液、またはエマルジョンであり、懸濁化剤、安定化剤、及び／または分散剤等の製剤化剤を含有し得る。注射用の医薬組成物における使用に適した特定の溶媒としては、これらに限定されるものではないが、親油性溶媒及び脂肪油、例えば、ゴマ油、合成脂肪酸エステル、例えば、オレイン酸エチルまたはトリグリセリド、及びリポソームが挙げられる。
特定の条件下では、本明細書に開示される特定の化合物は酸として作用する。そのような化合物は、プロトン化された（遊離酸）形態、またはイオン化して陽イオン（塩）形態と会合した形態で描画または記述され得るが、そのような化合物の水溶液はそのような形態間の平衡状態で存在する。例えば、水溶液中のオリゴヌクレオチドのリン酸結合は、遊離酸、アニオン、及び塩の形態の間で平衡状態で存在する。特に明記しない限り、本明細書に記載の化合物は、すべてのそのような形態を含むことを意図している。さらに、特定のオリゴヌクレオチドは、それぞれが平衡状態にあるいくつかのそのような結合を有する。したがって、溶液中のオリゴヌクレオチドは、すべて平衡状態にある複数の位置の各形態の集合として存在する。「オリゴヌクレオチド」なる用語は、そのような形態のすべてを含むことを意図している。描写された構造は、必然的に単一の形態を表す。しかしながら、特に明記しない限り、かかる図面は対応する各形態を含むことを同様に意図している。本明細書において、化合物の遊離酸を示す構造の後に「またはその塩」なる用語が続く場合、完全にまたは部分的にプロトン化／脱プロトン化／カチオンと会合されたものであってよい、すべてのそのような形態を明示的に含むものとする。特定の例では、１つ以上の特定のカチオンが特定される。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、ナトリウムを含む水溶液中に存在する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、カリウムを含む水溶液中に存在する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、ＰＢＳ中に存在する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、水中に存在する。特定のそのような実施形態では、溶液のｐＨは、所望のｐＨが得られるよう、ＮａＯＨ及び／またはＨＣｌで調整される。
ここで、特定の具体的用量について記載する。用量は、用量単位の形とすることができる。説明を明確にするため、ミリグラム単位の修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物の用量（または投与単位）は、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物の遊離酸形態の質量を示す。上記のように、水溶液中では、遊離酸はアニオン型及び塩型と平衡状態にある。しかしながら、用量を計算する目的では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、無溶媒、酢酸ナトリウムフリー、無水の遊離酸として存在していると仮定する。例えば、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物がナトリウムを含む溶液（例えば、生理食塩水）中にある場合、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、部分的または完全に脱プロトン化され、Ｎａ＋イオンと会合し得る。しかしながら、陽子の質量は用量の重量にカウントされ、Ｎａ＋イオンの質量は用量の重量にカウントされない。したがって、例えば、１００ｍｇの化合物番号１２６３５１８の用量または投与単位は、重さ１００ｍｇの完全にプロトン化された分子の数に等しい。これは、無溶媒、酢酸ナトリウムフリー、無水のナトリウム化された化合物番号１２６３５１８の１０６ｍｇに相当する。オリゴマー化合物がコンジュゲート基を含む場合、コンジュゲート基の質量はそのようなオリゴマー化合物の用量を計算するうえで含まれる。コンジュゲート基も酸を有する場合、コンジュゲート基は、用量を計算する目的では完全にプロトン化されているものと同様に仮定する。
ＶＩＩ． 特定の組成物
１．化合物番号１０６５６４５
特定の実施形態では、化合物番号１０６５６４５は、ＣＡＴＣＡＴＧＡＴＣＴＴＧＧＴＡＡＧＧＣ（配列番号１９４９）の配列（５’から３’へ）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであって、ヌクレオシド１～５及び１６～２０（５’から３’へ）のそれぞれが２’－ＭＯＥヌクレオシドであり、ヌクレオシド６～１５のそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが５－メチルシトシンであるものとして特徴付けられる。
特定の実施形態では、化合物番号１０６５６４５は、以下の化学表記で表される： ｍＣｅｓＡｅｏＴｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｄｓＧｄｓＡｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＧｄｓＴｄｓＡｅｏＡｅｏＧｅｓＧｅｓ ｍＣｅ（配列番号１９４９）、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、化合物番号１０６５６４５は以下の化学構造によって表される：
（配列番号１９４９）。
構造１．化合物番号１０６５６４５
特定の実施形態では、化合物１０６５６４５のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号１９４９）。
構造２．化合物番号１０６５６４５のナトリウム塩
２．化合物番号１２６３５１７
特定の実施形態では、化合物番号１２６３５１７は、ＴＣＡＣＣＡＴＴＴＴＧＡＣＣＴＴＣＴＴＡ （配列番号２７５１）の配列（５’から３’へ）を有する ６－１０－４ＭＯＥギャップマーであって、ヌクレオシド１～６及び１７～２０（５’から３’へ）のそれぞれが２’－ＭＯＥヌクレオシドであり、ヌクレオシド７～１６のそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、６～７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが５－メチルシトシンであるものとして特徴付けられる。
特定の実施形態では、化合物番号１２６３５１７は、以下の化学表記によって表される：Ｔｅｓ ｍＣｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓ ｍＣｅｏＴｅｓＴｅｓＡｅ （配列番号２７５１）、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、化合物１２６３５１７は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号２７５１）。
構造３．化合物番号１２６３５１７
特定の実施形態では、化合物１２６３５１７のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号２７５１）。
構造４．化合物番号１２６３５１７のナトリウム塩
３．化合物番号１２６３５１８
特定の実施形態では、化合物番号１２６３５１８は、ＴＴＣＡＣＣＡＴＴＴＴＧＡＣＣＴＴＣＴＴ（配列番号２７５２）の配列（５’から３’へ）を有する ６－１０－４ＭＯＥギャップマーであって、ヌクレオシド１～６及び１７～２０（５’から３’へ）のそれぞれが２’－ＭＯＥヌクレオシドであり、ヌクレオシド７～１６のそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、６～７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが５－メチルシトシンであるものとして特徴付けられる。
特定の実施形態では、化合物１２６３５１８は、以下の化学表記によって表される：ＴｅｓＴｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｅｏ ｍＣｅｓＴｅｓＴｅ （配列番号２７５２）、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、化合物１２６３５１８は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号２７５２）。
構造５．化合物番号１２６３５１８
特定の実施形態では、化合物１２６３５１８のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号２７５２）。
構造６．化合物番号１２６３５１８のナトリウム塩
４．化合物番号１２６３５３３
特定の実施形態では、化合物番号１２６３５３３は、ＧＣＡＴＡＣＣＣＡＧＧＧＴＡＧＧＡＴＴＣ（配列番号７６５）の配列（５’から３’へ）を有する ６－１０－４ＭＯＥギャップマーであって、ヌクレオシド１～６及び１７～２０（５’から３’へ）のそれぞれが２’－ＭＯＥヌクレオシドであり、ヌクレオシド７～１６のそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、６～７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１６～１７、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが５－メチルシトシンであるものとして特徴付けられる。
特定の実施形態では、化合物番号１２６３５３３は、以下の化学表記により表される：Ｇｅｓ ｍＣｅｏＡｅｏＴｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＡｄｓＧｄｓＧｄｓＧｄｓＴｄｓＡｄｓＧｄｓＧｄｓＡｅｏＴｅｓＴｅｓ ｍＣｅ （配列番号７６５）、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、化合物１２６３５３３は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号７６５）。
構造７．化合物番号１２６３５３３
特定の実施形態では、化合物１２６３５３３のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号７６５）。
構造８．化合物番号１２６３５３３のナトリウム塩
５．化合物番号１２７３０３９
特定の実施形態では、化合物番号１２７３０３９は、ＧＣＡＴＡＣＣＣＡＧＧＧＴＡＧＧＡＴＴＣ（配列番号２８６６）の配列（５’から３’へ）を有する ４－８－６ＭＯＥギャップマーであって、ヌクレオシド１～４及び１３～１８（５’から３’へ）のそれぞれが２’－ＭＯＥヌクレオシドであり、ヌクレオシド５～１２のそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、１３～１４、１４～１５、及び１５～１６の間のヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、４～５、５～６、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが５－メチルシトシンであるものとして特徴付けられる。
特定の実施形態では、化合物番号１２７３０３９は、以下の化学表記によって表される：Ａｅｓ ｍＣｅｏＧｅｏ ｍＣｅｓＡｄｓＡｄｓＴｄｓＧｄｓＴｄｓＡｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＡｅｏＧｅｏＧｅｏ ｍＣｅｓＡｅｓＡｅ （配列番号２８６６）、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、化合物１２７３０３９は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号２８６６）。
構造９．化合物番号１２７３０３９
特定の実施形態では、化合物１２７３０３９のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号２８６６）。
構造１０． 化合物番号１２７３０３９のナトリウム塩
６．化合物番号１２７３０６２
特定の実施形態では、化合物番号１２７３０６２は、ＡＣＣＡＴＴＴＴＧＡＣＣＴＴＣＴＴＡＧＣ （配列番号２８７３）の配列（５’から３’へ）を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマーであって、ヌクレオシド１～５及び１６～２０（５’から３’へ）のそれぞれが２’－ＭＯＥヌクレオシドであり、ヌクレオシド６～１５のそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド２～３、３～４、４～５、５～６、１６～１７、及び１７～１８の間のヌクレオシド間結合がホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド１～２、６～７、７～８、８～９、９～１０、１０～１１、１１～１２、１２～１３、１３～１４、１４～１５、１５～１６、１８～１９、及び１９～２０の間のヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンが５－メチルシトシンであるものとして特徴付けられる。
特定の実施形態では、化合物番号１２７３０６２は、以下の化学表記によって表される： Ａｅｓ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｅｏＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＴｅｏＴｅｏＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅ（配列番号２８７３）、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態では、化合物１２７３０６２は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号２８７３）。
構造１１． 化合物番号１２７３０６２
特定の実施形態では、化合物１２７３０６２のナトリウム塩は、以下の化学構造によって表される：
（配列番号２８７３）。
構造１２． 化合物番号１２７３０６２のナトリウム塩
ＶＩＩＩ． 特定の比較用化合物
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号５８６＿９）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０２２を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０２２は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｌｄｄｌｄｌｄｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＡＡＡＴＴＡＴＴＴＡＴＡＣＡＣＣＡＴＣＡ（配列番号２９０５）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号５８６＿９が、１３、１５、及び１６位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０２２は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。Ｗａｎ及びＳｅｔｈによれば、「シトシンに５－メチル基を導入すると、特定のＤＮＡオリゴヌクレオチドの免疫刺激プロファイルが低下し、ヌクレアーゼの安定性も向上する」（Ｊ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． ２０１６， ５９， ９６４５－９６６７）。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号５７２＿７）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０２３を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０２３は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｌｌｄｄｌｄｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＴＴＴＡＴＣＡＡＴＡＴＣＴＴＣＴＣＡ （配列番号２９０６）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号５７２＿７が、１２及び１５位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０２３は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号５９１＿１）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０２４を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０２４は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｄｌｄｌｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＧＣＡＣＡＴＴＣＴＴＴＣＴＡＴＡＣＣＴ（配列番号２９０７）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号５９１＿１が、２、４、８、１２及び１７位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０２４は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号１６９＿５２）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０２５を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０２５は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｌｄｌｌｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＴＴＡＴＡＧＣＣＡＴＴＣＴＡＴＣＴ（配列番号２９０８）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号１６９＿５２が、７、８、及び１２位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０２５は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号６２４＿５）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０２６を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０２６は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｄｌｌｌｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＣＴＣＡＡＡＧＡＴＣＡＴＴＣＴＣＡ（配列番号２９０９）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号６２４＿５が、１０位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０２６は、その位置に５－メチルシトシンを有する。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号６２６＿８）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０２７を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０２７は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｄｌｄｌｄｌｄｄｄｄｄｄｄｄｄｌｄｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＴＴＡＣＡＣＴＴＡＡＴＴＡＴＡＣＴＴＣＣ （配列番号２９１０）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号６２６＿８が、４、６、及び１６位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０２７は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号６３９＿５）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０２８を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０２８は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌｄｌｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＧＴＴＴＣＣＡＴＣＴＡＣＴＡＴＴＡＡ（配列番号２９１１）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号６３９＿５が、５、６、９及び１２位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０２８は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号６４２＿１２）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０２９を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０２９は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｌｄｄｌｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＣＴＧＴＡＴＡＣＡＣＣＡＴＣＣＣＡ（配列番号２９１２）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号６４２＿１２が、８、１０、１１、１４及び１５位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０２９は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号３０４＿６）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０３０を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０３０は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｄｄｌｌｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＡＧＴＴＣＴＡＣＴＡＴＡＣＴＴＴＣ（配列番号２９１３）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号３０４＿６が、８及び１３位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０３０は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。
特定の実施形態では、その代替物（化合物番号５７３＿８）がＷＯ２０１７／０８１２２３（参照により本明細書に援用する）に示されている化合物番号１２１９０３１を比較用化合物として使用した。化合物番号１２１９０３１は、混合ＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、（５’から３’へ）ｌｌｄｄｌｄｌｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｌｌの糖モチーフを有し（ただし、各「ｌ」は、ＬＮＡ糖部分を表し、各「ｄ」は、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表す）、（５’から３’へ）ＴＡＴＡＣＣＴＴＴＣＴＴＴＡＡＣＣＣＴＴ（配列番号２９１４）の配列を有し（ただし、各「Ｃ」は、５－メチルシトシンである）、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であるものである。化合物番号５７３＿８が、６、１０、１６、１７及び１８位にシトシンを有するのに対して、化合物番号１２１９０３１は、これらの位置に５－メチルシトシンを有する。
化合物番号１２１９０２２～１２１９０３１（それぞれ化合物番号＃５８６＿９、＃５７２＿７、＃５９１＿１、＃１６９＿５２、＃６２４＿５、＃６２６＿８、＃６３９＿５、＃６４２＿１２、＃３０４＿６、＃５７３＿８に関連する）を、「効力及び有効性試験のために選択された」活性化合物のサブセットを示したＷＯ２０１７／０８１２２３の実施例７から比較用化合物として選択した。
特定の実施形態では、本明細書に記載の化合物は、インビボでの忍容性などの１つ以上の改善された特性を示すため、ＷＯ２０１７／０８１２２３に記載の化合物よりも優れている。
例えば、本明細書に記載されるように、特定の化合物である化合物番号１２６３５１７、化合物番号１２６３５１８、化合物番号１２６３５３３、化合物番号１２７３０３９、及び化合物番号１２７３０６２では、マウスにおいてそれぞれ、３時間ＦＯＢスコアとして１．０（表８８）、０．０（表８８）、１．０（表８８）、１．０（表９６）、及び０．０（表９６）が得られたのに対して、比較用化合物である化合物番号１２１９０２２、化合物番号１２１９０２４、化合物番号１２１９０２５、化合物番号１２１９０２８、化合物番号１２１９０２９、化合物番号１２１９０３０、及び化合物番号１２１９０３１のそれぞれでは、マウスにおいて７．０、５．３、４．０、６．０、６．３、５．０、及び５．３の３時間ＦＯＢスコアがそれぞれ得られた（表１１９）。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、このアッセイでは比較用化合物である化合物番号１２１９０２２、化合物番号１２１９０２４、化合物番号１２１９０２５、化合物番号１２１９０２８、化合物番号１２１９０２９、化合物番号１２１９０３０、及び化合物番号１２１９０３１よりも忍容性が高い。
例えば、本明細書に記載されるように、特定の化合物である化合物番号１０６５６４５、化合物番号１２６３５１７、化合物番号１２６３５１８、化合物番号１２６３５３３、化合物番号１２７３０３９、及び化合物番号１２７３０６２のそれぞれでは、マウスにおいて２週間ＦＯＢスコアとして０．０が得られた（実施例１２、表１１２）のに対して、化合物番号１２１９０２３、化合物番号１２１９０２４、化合物番号１２１９０２５、化合物番号１２１９０２６、化合物番号１２１９０２８、化合物番号１２１９０２９、化合物番号１２１９０３０、及び化合物番号１２１９０３１では、３．５、６．５、６．０、６．０、６．０、６．０、６．０、５．０、及び６．０のマウスにおける２週間遅延ＦＯＢスコアがそれぞれ得られた（表１１９）。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、このアッセイでは、比較用化合物である化合物番号１２１９０２３及び化合物番号１２１９０２６よりも忍容性が高い。
例えば、本明細書に記載されるように、特定の化合物である化合物番号１０６５６４５、化合物番号１２６３５１７、化合物番号１２６３５１８、化合物番号１２６３５３３、化合物番号１２７３０３９、及び化合物番号１２７３０６２は、８週間の実験においてＰＢＳ処置ラットと比較して体重に有意差を生じないが、化合物番号１２１９０２７による処置では、ＰＢＳ処置ラットと比較して１０％を上回る体重減少をもたらす（ｐ値＜０．０５、表１２０）。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、このアッセイでは、比較用化合物である化合物番号１２１９０２７よりも忍容性が高い。
ＩＸ． 特定のホットスポット領域
特定の実施形態では、以下に示される範囲の核酸塩基は、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳのホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳのホットスポット領域に相補的である修飾オリゴヌクレオチドによって、標準的な細胞アッセイにおいて、インビトロで平均５０％を上回るＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少が実現される。
１．配列番号１の核酸塩基４６１，４１３～４６１，４８７
特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４６１，４１３～４６１，４８７は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基４６１，４１３～４６１，４８７の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは核酸塩基２０個の長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基１８個の長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’の方向にｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、またはｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓの順序で配置される。
配列番号１０５３、１３２９、１５０１、１５７６、１８７３、１９４９、２０２５、２０９６、２２４５、２５１２、２５９１、２６８０～２６８２、及び２８４４の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基４６１４１３～４６１４８７の一部に相補的である。
化合物番号：７４９９０１～７４９９０４、１０６５６４１～１０６５６４６、１１６５５６２～１１６５５６３、１１６５８５７～１１６５８５８、及び１２７３００１の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基４６１，４１３～４６１，４８７の一部に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４６１，４１３～４６１，４８７の一部に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの少なくとも３６％の減少を実現する。特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４６１，４１３～４６１，４８７の一部に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの平均６０％の減少を実現する。
１．配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３
特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基２０個の長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基１８個の長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’の方向にｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、またはｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓの順序で配置される。
配列番号３７６、３７７、２７５１～２７５６、２７７３～２７７６、２８７２、２８７３、２８７６～２８７８の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の一部に相補的である。
化合物番号：７５００３１～７５００３２、１２６３４０８～１２６３４１１、１２６３４２６、１２６３４４１、１２６３４６０～１２６３４６５、１２６３４８６～１２６３４９２、１２６３５１７～１２６３５２３、１２７３０６１、１２７３０６２、及び１２７３０６５～１２７３０６７の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の一部に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の一部に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの少なくとも７５％の減少を実現する。特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の一部に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの平均７８％の減少を実現する。特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の一部に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、細胞培養中、６．７μＭでインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの平均４１０％のアップレギュレーションを実現する。
３．配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３
特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３は、ホットスポット領域を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３の一部に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基２０個の長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基１８個の長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、ギャップマーは、ＭＯＥギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、ホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）ヌクレオシド間結合は、５’から３’の方向にｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、またはｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓの順序で配置される。
配列番号１７２、７６４～７７０、９９５、１４４５、１６６８、１７４３、２２５５、２５９５、２７６２～２７６７の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３の一部に相補的である。
化合物番号：６１７５５７、６９９７８１、７５０１３８～７５０１４４、１０６５９１８～１０６５９２１、１１６５６２１、１１６５８７８、及び１２６３５３２～１２６３５５７の核酸塩基配列は、配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３の一部に相補的である。
特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３の一部に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの少なくとも２４％の減少を実現する。特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３の一部に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの平均６５％の減少を実現する。特定の実施形態では、配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の一部に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、細胞培養中、６．７μＭでインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの平均３３０％のアップレギュレーションを実現する。
４． さらなるホットスポット領域
特定の実施形態では、以下の表に記載される範囲は、ホットスポット領域を含む。各ホットスポット領域は、「開始部位配列番号１」の列で特定される配列番号１の核酸塩基で始まり、「終止部位配列番号１」の列で特定される配列番号１の核酸塩基で終わる。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、以下の表で定義されるようなホットスポット領域１～６１のいずれか内に相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基１８個の長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基２０個の長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、４－８－６、６－８－４、５－８－５、４－１０－６、６－１０－４、または５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。
以下の表の「範囲内の化合物番号」の列にリストされている化合物の核酸塩基配列は、指定されたホットスポット領域内で配列番号１に相補的である。以下の表の「範囲内の配列番号」の列にリストされているオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、指定されたホットスポット領域内で標的配列の配列番号１に相補的である。
特定の実施形態では、ホットスポット領域内の核酸塩基に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、以下の表に示すように、標準細胞アッセイにおいてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの少なくとも「最小減少率（％）」（非処理のコントロール細胞に対する最小の減少率（％））が得られる。特定の実施形態では、ホットスポット領域内の核酸塩基に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、以下の表に示すように、標準細胞アッセイ においてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの平均で「平均減少率（％）」（非処理のコントロール細胞に対する平均の減少率（％））が得られる。特定の実施形態では、ホットスポット領域内の核酸塩基に相補的な修飾オリゴヌクレオチドにより、以下の表に示すように、標準細胞アッセイ においてインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの最大の「最大減少率（％）」（非処理のコントロール細胞に対する最大減少率（％））が得られる。
表１
ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳホットスポット
Figure 0007550165000031
Figure 0007550165000032
Figure 0007550165000033
Figure 0007550165000034
 ＃このセクションに記載するオリゴヌクレオチドは、複数の部位でこのホットスポット領域に相補的である。これらの部位は、本明細書の以下の表４ｂに詳細に記載される（実施例１）。
参照による非限定的な開示及び援用
本明細書に引用される文献及び特許広報のそれぞれは、参照によってその全体を本明細書に援用する。
本明細書に記載される特定の化合物、組成物及び方法について、特定の実施形態に基づいて詳細に記載してきたが、以下の実施例は、あくまで本明細書に記載される化合物を例示する役割を果たすものに過ぎず、これを限定することを目的とするものではない。
本出願に記載される参考文献、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号等の各々は、参照によりその全体を本明細書に援用する。
本出願に添付される配列表は、必要に応じて各配列を「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれか一方として特定しているが、実際にはこれらの配列は、化学修飾の任意の組み合わせによって修飾され得る。
当業者には、修飾オリゴヌクレオチドを記述するための「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」といった指定は
特定の例では任意である点は直ちに理解されよう。例えば、２’－ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖（ＤＮＡの１個の２’－Ｈの代わりに２’－ＯＨ）を有するＤＮＡとして、または修飾塩基（ＲＮＡのウラシルの代わりにチミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡとして記述することができる。したがって、配列表中のものを含むが、これらに限定されない本明細書に提供される核酸配列は、修飾核酸塩基を有するそのような核酸を含むが、これらに限定されない天然または修飾ＲＮＡ及び／またはＤＮＡの任意の組み合わせを含有する核酸を包含するよう意図される。さらなる例として、限定するものではないが、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴマー化合物は、修飾または非修飾に関わらず、配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するようなＲＮＡ塩基を含むそのような化合物、及び「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」など一部のＤＮＡ塩基と一部のＲＮＡ塩基を有するもの、及び「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」（ただし、ｍＣは、５位にメチル基を有するシトシン塩基を示す）など他の修飾核酸塩基を有するオリゴマー化合物を含むが、これらに限定されないそのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物を包含する。
本明細書に記載の特定の化合物（例えば、オリゴヌクレオチド）は１つ以上の不斉中心を含有し、したがって、絶対立体化学に関して（Ｒ）もしくは（Ｓ）として、糖アノマー等の場合にはαもしくはβとして、またはアミノ酸等の場合では（Ｄ）もしくは（Ｌ）として定義され得る、エナンチオマー、ジアステレオマー、及び他の立体異性体配置を生じる。特定の立体異性体配置を有するものとして描写または記述される本明細書で提供される化合物には、示される化合物のみが含まれる。定義されない立体化学によって描写または記述される本明細書で提供される化合物には、別途明記されない限り、それらのステレオランダムな及び光学的に純粋な形態を含むすべてのそのような可能な異性体が含まれる。同様に、本明細書の化合物の互変異性体も、別途明記されない限り含まれる。別途明記されない限り、本明細書に記載の化合物は、対応する塩を含むことを意図している。
本明細書に記載される化合物は、１つ以上の原子が、示された元素の非放射性同位体または放射性同位体で置換された変例を含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子のそれぞれについてすべての可能な重水素置換を包含する。本明細書の化合物に包含される同位体置換としては、これらに限定されるものではないが、１Ｈの代わりの２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりの１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりの１５Ｎ、１６Ｏの代わりの１７Ｏまたは１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりの３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓが挙げられる。特定の実施形態では、非放射性同位体置換は、治療用または研究用のツールとしての使用に有益な新たな性質をオリゴマー化合物に付与することができる。特定の実施形態では、放射性同位体置換は、化合物を、イメージングなどの研究または診断目的に適したものにすることができる。
非限定的に、本発明は以下の態様を含む。
［態様１］
１２個～３０個の結合されたヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの等しい長さの部分と少なくとも９０％相補的であり、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも１つの修飾を含む、前記オリゴマー化合物。
［態様２］
１２～３０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号１７～２７６２、２７８６～２８６３、２８７２～２９０４のいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
［態様３］
１２個～３０個の結合されたヌクレオシドからなり、配列番号２７６３～２７８５または２８６４～２８７１のいずれかの少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、または１８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
［態様４］
１２～３０個の結合されたヌクレオシドからなり、
配列番号１の核酸塩基４６１，４１３～４６１，４８７の等しい長さの部分、
配列番号１の核酸塩基４６８，９６８～４６９，０１３の等しい長さの部分、または
配列番号１の核酸塩基４８３，９６５～４８４，００３の等しい長さの部分と相補的である、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、または少なくとも２０個の隣接する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
［態様５］
１２個～３０個の結合されたヌクレオシドからなり、
配列番号１０５３、１３２９、１５０１、１５７６、１８７３、１９４９、２０２５、２０９６、２２４５、２５１２、２５９１、２６８０～２６８２、及び２８４４、
配列番号３７６、３７７、２７５１～２７５６、２７７３～２７７６、２８７２、２８７３、２８７６～２８７８、または
配列番号１７２、７６４－７７０、９９５、１４４５、１６６８、１７４３、２２５５、２５９５、２７６２～２７６７から選択される配列の少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
［態様６］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列全体にわたって測定した場合に配列番号１、配列番号２９１５、または配列番号２９１６の核酸塩基配列に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である核酸塩基配列を有する、態様１～５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様７］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１～６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様８］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様７に記載のオリゴマー化合物。
［態様９］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様８に記載のオリゴマー化合物。
［態様１０］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、２’－４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’－４’架橋が、－Ｏ－ＣＨ２－、及び－Ｏ－ＣＨ（ＣＨ３）－から選択される、態様９に記載のオリゴマー化合物。
［態様１１］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、非二環式修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様７～１０のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１２］
前記非二環式修飾糖部分が、２’－ＭＯＥ修飾糖部分または２’－ＯＭｅ修飾糖部分である、態様１１に記載のオリゴマー化合物。
［態様１３］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、糖代替物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様７または８に記載のオリゴマー化合物。
［態様１４］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖代用物を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１３に記載のオリゴマー化合物。
［態様１５］
前記修飾オリゴヌクレオチドが二環式糖部分を含まない、態様１～８または１１～１４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１６］
前記修飾オリゴヌクレオチドがギャップマーである、態様１～１５のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１７］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１～６個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
６～１０個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
１～６個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を含む糖モチーフを有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドのそれぞれが修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１～１６のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様１８］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
５個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
１０個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
５個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１７に記載のオリゴマー化合物。
［態様１９］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
４個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
１０個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
６個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１７に記載のオリゴマー化合物。
［態様２０］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
６個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
１０個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
４個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１７に記載のオリゴマー化合物。
［態様２１］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
５個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
８個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
５個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１７に記載のオリゴマー化合物。
［態様２２］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
４個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
８個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
６個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１７に記載のオリゴマー化合物。
［態様２３］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
４個の結合された５’領域ヌクレオシドからなる５’領域と、
８個の結合された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
６個の結合された３’領域ヌクレオシドからなる３’領域と、を有し、
前記５’領域ヌクレオシドのそれぞれ及び前記３’領域ヌクレオシドが２’－ＭＯＥ修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドのそれぞれが２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を含む、態様１７に記載のオリゴマー化合物。
［態様２４］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、態様１～２３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２５］
前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、態様２４に記載のオリゴマー化合物。
［態様２６］
前記修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様２４または２５に記載のオリゴマー化合物。
［態様２７］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む、態様２４または２６に記載のオリゴマー化合物。
［態様２８］
各ヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から独立して選択される、態様２４、２６、または２７のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様２９］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、またはｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓの中から選択されるヌクレオシド間結合モチーフを有し、ただし、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、態様１～２４または２７～２８に記載のオリゴマー化合物。
［態様３０］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾核酸塩基を含む、態様１～２９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３１］
前記修飾核酸塩基が、５－メチルシトシンである、態様３０に記載のオリゴマー化合物。
［態様３２］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、１２～３０個、１２～２２個、１２～２０個、１４～１８個、１４～２０個、１５～１７個、１５～２５個、１６～２０個、１８～２２個、または１８～２０個の結合されたヌクレオシドからなる、態様１～３１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３３］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、１８個の結合されたヌクレオシドからなる、態様１～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３４］
前記修飾オリゴヌクレオチドが、２０個の結合されたヌクレオシドからなる、態様１～２、４、または６～３２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３５］
前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、態様１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３６］
コンジュゲート部分とコンジュゲートリンカーとを含むコンジュゲート基を含む、態様１～３４のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様３７］
前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、態様３６に記載のオリゴマー化合物。
［態様３８］
前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、態様３６に記載のオリゴマー化合物。
［態様３９］
前記コンジュゲートリンカーが、１～３個のリンカーヌクレオシドを含む、態様３６に記載のオリゴマー化合物。
［態様４０］
前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに結合される、態様３６～３９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様４１］
前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに結合される、態様３６～３９のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様４２］
末端基を含む、態様１～３４または３６～４１のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様４３］
前記オリゴマー化合物が、一本鎖のオリゴマー化合物である、態様１～４２のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様４４］
前記オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含まない、態様１～３８または４０～４３のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
［態様４５］
態様１～４２または４４のいずれかに記載のオリゴマー化合物を含む、オリゴマー二重鎖。
［態様４６］
態様１～４４のいずれかに記載のオリゴマー化合物、または態様４５に記載のオリゴマー二重鎖を含むかまたはこれらからなる、アンチセンス化合物。
［態様４７］
態様１～４４のいずれかに記載のオリゴマー化合物、または態様４５に記載のオリゴマー二重鎖と、薬学的に許容される担体もしくは希釈剤と、を含む、医薬組成物。
［態様４８］
前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、態様４７に記載の医薬組成物。
［態様４９］
前記医薬組成物が、前記修飾オリゴヌクレオチドと、リン酸緩衝生理食塩水とから本質的になる、態様４８に記載の医薬組成物。
［態様５０］
態様４７～５０のいずれかに記載の医薬組成物を対象に投与することを含む方法。
［態様５１］
ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに関連する疾患を治療する方法であって、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに関連する疾患を有するかまたは発症するリスクのある個人に治療有効量の態様４７～４９のいずれかに記載の医薬組成物を投与し、これにより、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに関連する前記疾患を治療することを含む、前記方法。
［態様５２］
前記ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ関連疾患が、アンジェルマン症候群である、態様５１に記載の方法。
［態様５３］
前記ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ関連疾患の少なくとも１つの症状または特徴が改善される、態様５０～５２のいずれかに記載の方法。
［態様５４］
前記症状または特徴が、発達遅延、運動失調、言語障害、睡眠障害、発作、またはＥＥＧ異常である、態様５３に記載の方法。
［態様５５］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列１９４９）、またはその塩。
［態様５６］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号１９４９）。
［態様５７］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２７５１）、またはその塩。
［態様５８］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２７５１）。
［態様５９］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２７５２）、またはその塩。
［態様６０］
以下の化学構造に相当する修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２７５２）。
［態様６１］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号７６５）、またはその塩。
［態様６２］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号７６５）。
［態様６３］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２８６６）、またはその塩。
［態様６４］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２８６６）。
［態様６５］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２８７３）、またはその塩。
［態様６６］
以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
（配列番号２８７３）。
［態様６７］
ナトリウム塩またはカリウム塩である、態様５５、５７、５９、６１、６３、または６５のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド。
［態様６８］
態様５５～６７のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈剤と、を含む、医薬組成物。
［態様６９］
前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、態様６８に記載の医薬組成物。
［態様７０］
前記修飾オリゴヌクレオチドと、人工脳脊髄液とから本質的になる、態様６９に記載の医薬組成物。
［態様７１］
以下の化学表記： ｍＣｅｓＡｅｏＴｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｄｓＧｄｓＡｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＧｄｓＴｄｓＡｅｏＡｅｏＧｅｓＧｅｓ ｍＣｅ（配列番号１９４９）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様７２］
以下の化学表記： Ｔｅｓ ｍＣｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓ ｍＣｅｏＴｅｓＴｅｓＡｅ （配列番号２７５１）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様７３］
以下の化学表記： ＴｅｓＴｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｅｏ ｍＣｅｓＴｅｓＴｅ （配列番号２７５２）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様７４］
以下の化学表記： Ｇｅｓ ｍＣｅｏＡｅｏＴｅｏＡｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＡｄｓＧｄｓＧｄｓＧｄｓＴｄｓＡｄｓＧｄｓＧｄｓＡｅｏＴｅｓＴｅｓ ｍＣｅ （配列番号７６５）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様７５］
以下の化学表記： Ａｅｓ ｍＣｅｏＧｅｏ ｍＣｅｓＡｄｓＡｄｓＴｄｓＧｄｓＴｄｓＡｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＡｅｏＧｅｏＧｅｏ ｍＣｅｓＡｅｓＡｅ （配列番号２８６６）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様７６］
以下の化学表記： Ａｅｓ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｅｏＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＴｅｏＴｅｏＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅ （配列番号２８７３）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
Ａは、アデニン核酸塩基であり、
ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
Ｔは、チミン核酸塩基であり、
ｅは、２’－ＭＯＥ糖部分であり、
ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様７７］
コンジュゲート基に共有結合により結合された前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、態様７１～７６のいずれかに記載の化合物。
［態様７８］
態様７１～７７のいずれに記載の医薬組成物、及び薬学的に許容される希釈剤または担体。
［態様７９］
前記薬学的に許容される希釈剤が、人工脳脊髄液である、態様７８に記載の医薬組成物。
［態様８０］
前記修飾オリゴヌクレオチドと、人工脳脊髄液とから本質的になる、態様７９に記載の医薬組成物。
［態様８１］
態様５５～６７のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル濃縮された集団であって、前記集団が、特定の立体化学配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記キラル濃縮された集団。
［態様８２］
前記集団が、（Ｓｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様８１に記載のキラル濃縮された集団。
［態様８３］
前記集団が、（Ｒｐ）配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様８１に記載のキラル濃縮された集団。
［態様８４］
前記集団が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に特定の独立して選択された立体化学配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様８１に記載のキラル濃縮された集団。
［態様８５］
前記集団が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様８４に記載のキラル濃縮された集団。
［態様８６］
前記集団が、それぞれのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様８４に記載のキラル濃縮された集団。
［態様８７］
前記集団が、１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合に（Ｒｐ）配置を有し、残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合に（Ｓｐ）配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様８４に記載のキラル濃縮された集団。
［態様８８］
前記集団が、５’から３’の方向にＳｐ、Ｓｐ、及びＲｐ配置の少なくとも３個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、態様８１または８４に記載のキラル濃縮された集団。
［態様８９］
前記修飾オリゴヌクレオチドのすべての前記ホスホロチオエートヌクレオシド間結合がステレオランダムである、態様５５～６７のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル濃縮された集団。
実施例
以下の実施例は、本開示の特定の実施形態を例示するものであって、限定するものではない。さらに、特定の実施形態が提供される場合、本発明者らは、それらの特定の実施形態の一般的適用を企図している。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示は、そのモチーフまたは同様のモチーフを有するさらなるオリゴヌクレオチドへの合理的な支持を提供する。同様に、例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置に見られる場合、同じ位置における他の高親和性修飾も、別途示されない限り、適当とみなされる。
実施例１：ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡに対する５－１０－５ＭＯＥギャップマー修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果、単回投与
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドがインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡレベルに及ぼす影響について試験した。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは長さが２０ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは１０個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、５’及び３’ウイングセグメントはそれぞれ５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。
化合物番号６１７４４１～６１７５９６（表２及び３）の各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。他のすべての化合物（表４～３３）は、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ（５’から３’に）を有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
すべてのシトシン残基は５－メチルシトシンである。
「開始部位」は、修飾オリゴヌクレオチドがヒト遺伝子配列において相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、修飾オリゴヌクレオチドが標的核酸配列において相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に記載される各修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１（ヌクレオチド２４８２１６４７～２５４４１０２８に切り詰められたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿００００１５．１０）に１００％相補的である。以下の表で選択された化合物は、３つ以上の特定の部位で標的核酸配列に相補的である。これらの化合物では、以下の表の「開始部位」及び「終止部位」の値をハッシュタグ（＃）で示し、化合物が相補的である最初の部位のみを示す。これらの化合物が相補的であるさらなる部位は、以下の表４ｂに示す。
ヒトＩＰＳＣ細胞由来のｉＣｅｌｌ ＧＡＢＡＮｅｕｒｏｎｓ（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ）を、製造者の指示に従ってウェルあたり２０，０００～６０，０００細胞で培養し（表の見出しに示す）、５，０００～１０，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチド（表の見出しに示す）を自由に取り込ませて処理した。約６日間の処理期間の後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴ ＰＣＲによって測定した。ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳプライマープローブセットＲＴＳ４７９６（本明細書で配列番号２として示される順方向配列ＣＴＣＣＣＣＣＡＧＴＴＣＴＧＧＡＡＴＧＡ、本明細書で配列番号３として示される逆方向配列ＴＡＣＡＣＡＧＧＧＡＴＴＴＧＡＧＣＣＴＧＣＴＡ、本明細書で配列番号４として示されるプローブ配列ＣＣＣＡＣＡＧＡＴＣＡＡＧＣＡＴＴＣＣＣＣＡＡＡＧＡ）を使用してＲＮＡレベルを測定した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少を、非処理のコントロール（ＵＴＣ）細胞に対するＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ量の割合（％）として以下の表に示す。各表は、個々のアッセイプレートの結果を表す。アスタリスク（＊）で示される値は、修飾オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。さらなるアッセイを使用してアンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定することができる。「Ｎ．Ｄ．」は、実験誤差のため、この実験では値が決定されなかったことを示す。しかしながら、実施例１で定義されていないものを含む、選択された修飾オリゴヌクレオチドの活性は、本明細書の以下の用量反応実験において支障なく実証されている。
表２
ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（６０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000047
Figure 0007550165000048
Figure 0007550165000049
表３
ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（６０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000050
Figure 0007550165000051
Figure 0007550165000052
表４
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む５，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３５，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000053
Figure 0007550165000054
Figure 0007550165000055
表４ｂ
配列番号１ 反復領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの開始部位
Figure 0007550165000056
Figure 0007550165000057
Figure 0007550165000058
Figure 0007550165000059
表５
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３５，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000060
Figure 0007550165000061
表６
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（４０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000062
Figure 0007550165000063
表７
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（４０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000064
Figure 0007550165000065
表８
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３５，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000066
Figure 0007550165000067
表９
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３５，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000068
Figure 0007550165000069
表１０
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む１０，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（４０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000070
Figure 0007550165000071
表１１
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（４０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000072
Figure 0007550165000073
Figure 0007550165000074
表１２
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（４０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000075
Figure 0007550165000076
表１３
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（４０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000077
Figure 0007550165000078
表１４
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000079
Figure 0007550165000080
表１５
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000081
Figure 0007550165000082
表１６
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000083
Figure 0007550165000084
表１７
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000085
Figure 0007550165000086
表１８
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000087
Figure 0007550165000088
表１９
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000089
Figure 0007550165000090
表２０
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000091
Figure 0007550165000092
表２１
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000093
Figure 0007550165000094
表２２
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000095
Figure 0007550165000096
表２３
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000097
Figure 0007550165000098
表２４
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000099
Figure 0007550165000100
表２５
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000101
Figure 0007550165000102
表２６
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000103
Figure 0007550165000104
表２７
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000105
Figure 0007550165000106
表２８
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000107
Figure 0007550165000108
表２９
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３７，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000109
Figure 0007550165000110
表３０
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（２０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000111
Figure 0007550165000112
表３１
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（２０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000113
Figure 0007550165000114
表３２
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（２０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000115
Figure 0007550165000116
表３３
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（２０，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000117
Figure 0007550165000118
Figure 0007550165000119
実施例２： ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡに対する５－１０－５ＭＯＥギャップマー修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果、単回投与
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドがインビトロでＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡレベルに及ぼす影響について試験した。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、５－１０－５ギャップマーである。ギャップマーは長さが２０ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは１０個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、５’及び３’ウイングセグメントはそれぞれ５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。
化合物番号６１７４５６、６１７４５７、６１７４６０、６１７４６１、及び６１７５５７の各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。他のすべての化合物は、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
すべてのシトシン残基は５－メチルシトシンである。
「開始部位」は、修飾オリゴヌクレオチドが標的核酸配列において相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、修飾オリゴヌクレオチドが標的核酸配列において相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に記載される各修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１に１００％相補的である。化合物７５０５１９の開始部位及び終止部位は、以下のいくつかの表においてハッシュタグ（＃）で示されている。化合物７５０５１９の開始部位の完全なリストを表４ｂに示す。
ヒトＩＰＳ細胞由来のＲｅｐｒｏＮｅｕｒｏ（商標）Ｎｅｕｒｏｎｓ（ＲｅｐｒｏＣＥＬＬ）を、製造者の指示に従ってウェルあたり４０，０００細胞で培養し、８，０００ｎＭの修飾オリゴヌクレオチドを自由に取り込ませて処理した。約５日間の処理期間の後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＲＴ ＰＣＲによって測定した。ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳプライマープローブセットＲＴＳ４７９６（本明細書の実施例１に記載）を使用して、ＲＮＡレベルを測定した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定した総ＲＮＡ含有量に対して正規化した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳの減少を、非処理のコントロール（ＵＴＣ）細胞に対するＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ量の割合（％）として以下の表に示す。各表は、個々のアッセイプレートの結果を表す。アスタリスク（＊）で示される値は、修飾オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。さらなるアッセイを使用してアンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定することができる。
表３４
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少
Figure 0007550165000120
Figure 0007550165000121
表３５
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少
Figure 0007550165000122
Figure 0007550165000123
表３６
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少
Figure 0007550165000124
Figure 0007550165000125
表３７
混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を含む８，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少
Figure 0007550165000126
Figure 0007550165000127
Figure 0007550165000128
実施例３： ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡに対する５－１０－５ＭＯＥギャップマー修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果、単回投与
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを、ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳプライマープローブセットＬＴＳ０１０７５（本明細書で配列番号５として示される順方向配列ＧＣＣＣＧＡＡＧＴＧＣＣＴＡＴＴＣＣＴＴ、本明細書で配列番号６として示される逆方向配列ＴＧＧＴＣＡＧＧＡＧＡＡＣＡＴＡＧＧＣＡＴＡＡＡ、本明細書において配列番号７として示されるプローブ配列ＡＣＴＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＡＴＧＧＧＣＴＡＣＡＴＣＣ）を使用してＲＮＡレベルを測定した点を除いて、実施例１の記載と基本的に同様にして、インビトロでのＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡレベルに対するそれらの効果について試験した。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、５－１０－５ギャップマーである。ギャップマーは長さが２０ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは１０個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、３’及び５’ウイングセグメントはそれぞれ５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。． 化合物番号６１７４５６、６１７４５７、６１７４６０、６１７４６１、及び６１７５５７の各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。他のすべての化合物は、ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを有し、ただし、各「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
すべてのシトシン残基は５－メチルシトシンである。
「開始部位」は、修飾オリゴヌクレオチドが標的核酸において相補的である最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、修飾オリゴヌクレオチドが標的核酸において相補的である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に記載される各修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１に１００％相補的である。
ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少を、非処理のコントロール（ＵＴＣ）細胞に対するＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ量の割合（％）として以下の表に示す。アスタリスク（＊）で示される値は、修飾オリゴヌクレオチドがプライマープローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。さらなるアッセイを用いてアンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定することができる。
表３８
ＰＳヌクレオシド間結合を含む７，０００ｎＭの５－１０－５ＭＯＥギャップマーによるＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡのインビトロでの減少（３５，０００細胞／ウェル）
Figure 0007550165000129
Figure 0007550165000130
実施例４：ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果、複数回投与
上記の例から選択した修飾オリゴヌクレオチドを、ヒトＩＰＳ由来のｉＣｅｌｌ ＧＡＢＡＮｅｕｒｏｎｓ（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ）において異なる用量で試験した。細胞をウェルあたり３５，０００～６０，０００細胞の密度でプレーティングし、製造者の指示に従って維持し、以下の表に示される異なる濃度で自由に取り込ませることにより修飾オリゴヌクレオチドで処理した。約６日間の処理期間の後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。上記に述べたヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳプライマープローブセットＲＴＳ４７９６を使用して、ＲＮＡレベルを測定した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定した総ＲＮＡ含有量に基づいて正規化した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少を、非処理のコントロール（ＵＴＣ）細胞に対するＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ量の割合（％）として以下の表に示す。
可能な場合、各修飾オリゴヌクレオチドの半数最大阻害濃度（ＩＣ５０）を、Ｅｘｃｅｌのデータの対数／線形プロットに線形回帰を使用して計算した。いくつかの場合では、ＩＣ５０が高い信頼度で計算できず、データポイントを「Ｎ．Ｃ．」として示している。「Ｎ．Ｄ．」として示した値は、この実験で値が決定されなかったことを示す。
Figure 0007550165000131
Figure 0007550165000132
Figure 0007550165000133
Figure 0007550165000134
Figure 0007550165000135
Figure 0007550165000136
Figure 0007550165000137
Figure 0007550165000138
Figure 0007550165000139
Figure 0007550165000140
Figure 0007550165000141
Figure 0007550165000142
Figure 0007550165000143
Figure 0007550165000144
Figure 0007550165000145
実施例５： ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果、複数回投与
上記の例から選択した修飾オリゴヌクレオチドを、ヒトＩＰＳ由来のＲｅｐｒｏＮｅｕｒｏ（商標）Ｎｅｕｒｏｎｓ （ＲｅｐｒｏＣＥＬＬ）において異なる用量で試験した。細胞をウェルあたり２０，０００細胞の密度でプレーティングし、製造者の指示に従って維持し、以下の表に示される異なる濃度で自由に取り込ませることにより修飾オリゴヌクレオチドで処理した。約５日間の処理期間の後、全ＲＮＡを細胞から単離し、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。上記に述べたヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳプライマープローブセットＲＴＳ４７９６を使用して、ＲＮＡレベルを測定した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定した総ＲＮＡ含有量に基づいて正規化した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少を、非処理のコントロール（ＵＴＣ）細胞に対するＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ量の割合（％）として以下の表に示す。
各修飾オリゴヌクレオチドの半数最大阻害濃度（ＩＣ５０）を、Ｅｘｃｅｌのデータの対数／線形プロットに線形回帰を使用して計算した。ＩＣ５０が計算できなかった場合では、ＩＣ５０をＮ．Ｃ．（Ｎｏｔ Ｃａｌｃｕｌａｔｅｄ）として示す。
Figure 0007550165000146
実施例６： ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ及びＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果、複数回投与
上記の実施例から選択された修飾オリゴヌクレオチドを、アンジェルマン症候群患者由来のＩＰＳ細胞に由来する１０週間分化させたヒト神経細胞において異なる用量で試験した（プロトコール及び細胞は、Ｃｈａｍｂｅｒｌａｉｎ ＳＪ．， ｅｔ ａｌ．， Ｉｎｄｕｃｅｄ ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｉｍｐｒｉｎｔｉｎｇ ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ Ａｎｇｅｌｍａｎ ａｎｄ Ｐｒａｄｅｒ－Ｗｉｌｌｉ ｓｙｎｄｒｏｍｅｓ．ＰＮＡＳ， ２０１０． ４１： １７６６８－１７６７３に記載されている）。１０週間の分化期間の終わりに、細胞を以下の表に示されるように異なる濃度で自由に取り込ませることによって修飾オリゴヌクレオチドで処理した。約６日間の処理期間の後、全ＲＮＡを細胞から単離した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ及びＵＢＥ３Ａ ＲＮＡの両方のレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより測定した。ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳプライマープローブセットＲＴＳ４７９６を使用して、上記のようにＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡレベルを測定した。ヒトＵＢＥ３ＡプライマープローブセットＲＴＳ３５９８４（本明細書で配列番号８として示される順方向配列ＣＡＣＣＣＴＧＡＴＧＴＣＡＣＣＧＡＡＴＧ、本明細書で配列番号９として示される逆方向配列ＧＣＧＴＴＣＴＡＴＴＡＧＡＴＧＣＴＴＴＧＣＡＧ、本明細書で配列番号１０として示されるプローブ配列ＡＣＴＧＡＧＧＴＴＣＴＣＣＴＧＡＴＣＴＴＴＴＡＣＡＡＧＣＴＧ）を使用してＵＢＥ３Ａ ＲＮＡレベルを測定した。ＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）で測定した総ＲＮＡ含有量に基づいて調整した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少またはＵＢＥ３Ａ ＲＮＡの誘導を、非処理のコントロール（ＵＴＣ）細胞に対するＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ量の割合（％）またはＵＢＥ３Ａ ＲＮＡの割合（％）として以下の表に示す。「Ｎ．Ｄ．」として示した値は、この実験で値が決定されなかったことを示す。
いくつかの修飾オリゴヌクレオチドは、アンジェルマン患者のＩＰＳ細胞由来ニューロンにおいて、ＵＢＥ３Ａ ＲＮＡの同時増加を伴って、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡを減少させることが見出された。
Figure 0007550165000147
Figure 0007550165000148
Figure 0007550165000149
Figure 0007550165000150
Figure 0007550165000151
Figure 0007550165000152
Figure 0007550165000153
実施例７：ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの設計及び合成
修飾オリゴヌクレオチドを、以下の表に示されるようにして合成した。
表６２の各化合物は、４－１０－６ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは長さが２０ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは１０個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、５’ウイングセグメントは４個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなり、３’ウイングセグメントは６個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。ギャップマーは、（５’から３’に）ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓを有し、ただし、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。すべてのシトシン残基は５メチルシトシンである。
表６２
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する４－１０－６ＭＯＥギャップマー
Figure 0007550165000154
Figure 0007550165000155
表６３の化合物は、５－１０－５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは長さが２０ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは１０個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、５’及び３’ウイングセグメントはそれぞれ５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。ギャップマーは、（５’から３’に）ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを有し、ただし、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。すべてのシトシン残基は５メチルシトシンである。
表６３
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する５－１０－５ＭＯＥギャップマー
Figure 0007550165000156
Figure 0007550165000157
Figure 0007550165000158
Figure 0007550165000159
表６４の化合物は、６－１０－４ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは長さが２０ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは１０個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、５’ウイングセグメントは６個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなり、３’ウイングセグメントは４個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。ギャップマーは、（５’から３’に）ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓを有し、ただし、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。すべてのシトシン残基は５メチルシトシンである。
表６４
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する６－１０－４ＭＯＥギャップマー
Figure 0007550165000160
Figure 0007550165000161
 表６５の各化合物は、４－８－６ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは長さが１８ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは８個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、５’セグメントは４個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなり、３’ウイングセグメントは６個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。ギャップマーは、（５’から３’に）ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓを有し、ただし、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。すべてのシトシン残基は５メチルシトシンである。
表６５
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する４－８－６ＭＯＥギャップマー
Figure 0007550165000162
表６６の化合物は、５－８－５ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは長さが１８ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは８個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、５’及び３’ウイングセグメントはそれぞれ５個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。ギャップマーは、（５’から３’に）ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓを有し、ただし、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。すべてのシトシン残基は５メチルシトシンである。
表６６
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する５－８－５ＭＯＥギャップマー
Figure 0007550165000163
表６７の化合物は、６－８－４ＭＯＥギャップマーである。ギャップマーは長さが１８ヌクレオシドであり、中央のギャップセグメントは８個の２’－β－Ｄ－デオキシヌクレオシドからなり、５’ウイングセグメントは６個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなり、３’ウイングセグメントは４個の２’－ＭＯＥヌクレオシドからなる。ギャップマーの糖モチーフは（５’から３’に）ｅｅｅｅｅｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｅｅｅであり、ただし「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を表し、「ｅ」は２’－ＭＯＥ糖部分を表す。ギャップマーは、（５’から３’に）ヌクレオシド間結合モチーフｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓを有し、ただし、「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。すべてのシトシン残基は５メチルシトシンである。
表６７
ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な混合ＰＯ／ＰＳヌクレオシド間結合を有する６－８－４ＭＯＥギャップマー
Figure 0007550165000164
実施例８： ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果、複数回投与
上記の実施例から選択した修飾オリゴヌクレオチドを、実施例４に記載されるようにして、ヒトＩＰＳ由来のｉＣｅｌｌ ＧＡＢＡＮｅｕｒｏｎｓ（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ）において異なる用量で試験した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少を、非処理のコントロール（ＵＴＣ）細胞に対するＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ量の割合（％）として以下の表に示す。可能な場合、各修飾オリゴヌクレオチドの半数最大阻害濃度（ＩＣ５０）を、Ｅｘｃｅｌのデータの対数／線形プロットに線形回帰を使用して計算した。いくつかの場合では、ＩＣ５０が高い信頼度で計算できず、データポイントを「Ｎ．Ｃ．」として示している。「Ｎ．Ｄ．」として示した値は、この実験で値が決定されなかったことを示す。
Figure 0007550165000165
Figure 0007550165000166
Figure 0007550165000167
Figure 0007550165000168
Figure 0007550165000169
Figure 0007550165000170
実施例９： ヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ及びＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡに対する修飾オリゴヌクレオチドのインビトロでの効果、複数回投与
上記の実施例から選択した修飾オリゴヌクレオチドを、実施例６で上記に記載されるようにして、アンジェルマン症候群患者由来ＩＰＳ細胞由来の１０週間分化させたヒト神経細胞において異なる用量で試験した。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少またはＵＢＥ３Ａ ＲＮＡの誘導を、非処理のコントロール（ＵＴＣ）細胞に対するＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡ量の割合（％）またはＵＢＥ３Ａ ＲＮＡの割合（％）として以下の表に示す。「Ｎ．Ｄ．」として示した値は、この実験で値が決定されなかったことを示す。
いくつかの修飾オリゴヌクレオチドは、アンジェルマン患者のＩＰＳ細胞由来ニューロンにおいて、ＵＢＥ３Ａ ＲＮＡの同時増加を伴って、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡを減少させることが見出された。
Figure 0007550165000171
Figure 0007550165000172
Figure 0007550165000173
Figure 0007550165000174
実施例１０： 野生型マウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの忍容性、３時間の実験
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価するために野生型雌性Ｃ５７／Ｂｌ６マウスで試験した。野生型雌性Ｃ５７／Ｂｌ６マウスのそれぞれに、７００μｇの以下の表に記載される修飾オリゴヌクレオチドを単回ＩＣＶ投与した。各処置群は４匹のマウスで構成された。４匹のマウスの１群に、各実験のネガティブコントロールとしてＰＢＳを投与した（以下の別々の表で識別される）。注射の３時間後に７つの異なる基準に従ってマウスを評価した。基準は次のとおりである。（１）マウスは活発、敏感で、反応が良かった。（２）マウスは刺激なしで立ちあがったり、背中を丸めたりした。（３）マウスは刺激なしで何らかの動きを示した。（４）マウスを持ち上げるとマウスは前方への動きを示した。（５）マウスを持ち上げるとマウスは何らかの動きを示した。（６）マウスは尾を摘まむと反応した。（７）規則的な呼吸。７つの基準のそれぞれについて、基準を満たした場合はサブスコア０を与え、満たさなかった場合にはサブスコア１を与えた（機能観察総合スコアまたはＦＯＢ）。７つの基準すべてを評価した後、スコアを各マウスについて合計し、各処置群内で平均した。結果を以下の表に示す。
Figure 0007550165000175
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Figure 0007550165000198
実施例１１： ラットにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの忍容性、３時間の実験
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価するためにラットで試験した。Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットのそれぞれに、３ｍｇの以下の表に記載されるオリゴヌクレオチドを単回髄腔内（ＩＴ）投与した。各処置群は４匹のラットで構成された４匹のラットの１群にネガティブコントロールとしてＰＢＳを投与した。注射の３時間後、各ラットについて身体の７つの異なる部位の動きを評価した。７つの身体の部位は、（１）ラットの尾、（２）ラットの後背部、（３）ラットの後肢、（４）ラットの後足、（５）ラットの前足、（６）ラットの前背部、（７）ラットの頭部、である。７つの異なる身体部位のそれぞれについて、身体部位が動いている場合は各ラットにサブスコア０を与え、身体部分が麻痺している場合はサブスコア１を与えた（能観察総合スコアまたはＦＯＢ）。７つの身体部位のそれぞれを評価した後、サブスコアを各ラットについて合計し、次いで各群について平均した。例えば、ラットの尾、頭部、及び他のすべての評価した身体部位が３ｍｇのＩＴ投与の３時間後に動いていた場合、ラットは合計スコア０を得る。別のラットが３ｍｇのＩＴ投与の３時間後に尾を動かしていなかったが、他のすべての評価した身体部位が動いていた場合、ラットはスコア１を得る。結果を各処置群の平均スコアとして示す。
Figure 0007550165000199
Figure 0007550165000200
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 ＊この群の４匹のラットのうちの１匹は手術中に死亡したため、この値から除外されている。
Figure 0007550165000206
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実施例１２： 野生型マウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの忍容性、２週間の実験
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価するために野生型雌性Ｃ５７／Ｂｌ６マウスで試験した。野生型雌性Ｃ５７／Ｂｌ６マウスのそれぞれに、７００μｇの以下の表に記載される修飾オリゴヌクレオチドを単回ＩＣＶ投与した。各処置群は４匹のマウスで構成された。４匹のマウスの１群に、各実験のネガティブコントロールとしてＰＢＳを投与した（以下の別々の表で識別される）。注射の２週間後に７つの異なる基準に従ってマウスを評価した。基準は次のとおりである。（１）マウスは活発、敏感で、反応が良かった。（２）マウスは刺激なしで立ちあがったり、背中を丸めたりした。（３）マウスは刺激なしで何らかの動きを示した。（４）マウスを持ち上げるとマウスは前方への動きを示した。（５）マウスを持ち上げるとマウスは何らかの動きを示した。（６）マウスは尾を摘まむと反応した。（７）規則的な呼吸。７つの基準のそれぞれについて、基準を満たした場合はサブスコア０を与え、満たさなかった場合にはサブスコア１を与えた（機能観察総合スコアまたはＦＯＢ）。７つの基準すべてを評価した後、スコアを各マウスについて合計し、各処置群内で平均した。結果を以下の表に示す。
Figure 0007550165000212
実施例１３：トランスジェニックマウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの活性
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＢＡＣトランスジェニックマウスモデルにおいて試験した。トランスジェニックマウスモデルは、ミシガン大学細菌人工染色体リコンビニアリングコア（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍｉｃｈｉｇａｎ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ Ｒｅｃｏｍｂｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｃｏｒｅ）で開発され、ヒト１５番染色体の領域２５１６３９３５～２５３４８８６７（ＧＲＣｈ３８ ／ ｈｇ３８アセンブリ）（ＢＡＣクローンＲＰ１１－６６４Ｂ１３からのもの）を含むものである。ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳの発現はＥＮＯ２プロモーターによってもたらされ、ＢＧＨ ｐｏｌｙ（Ａ）シグナルにより停止される。遺伝子断片を前核注射によってＣ５７ＢＬ ／ ６系マウスの受精卵に導入して系統ＲＰ１１－７４８を作製し、以下に述べる実験で使用する。
処置
ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳトランスジェニックマウスを各群２～４匹からなるマウスの群に分けた。各マウスに３５０μｇの修飾オリゴヌクレオチドをＩＣＶボーラスで単回投与した。４匹のマウスの１群にネガティブコントロールとしてＰＢＳを投与した。
ＲＮＡ分析
２週間後、マウスを屠殺し、皮質脳組織、海馬脳組織、及び脊髄からＲＮＡを抽出して、プライマープローブセットＲＴＳ４７９６（本明細書で上記に述べたもの）及び／またはプライマープローブセットＲＴＳ４０５９５（本明細書で配列番号１４として示される順方向配列ＴＣＣＴＴＣＣＣＴＡＣＣＴＴＡＧＴＣＴＴＧＡ、本明細書で配列番号１５として示される逆方向配列ＣＣＣＴＣＴＴＧＡＡＣＣＡＧＧＡＡＡＣＡ、本明細書で配列番号１６として示されるプローブ配列ＡＧＡＴＧＧＣＡＧＣＣＣＡＣＡＴＴＴＣＴＡＣＴＧＴ）を使用してＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳのＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析を行った。オリゴヌクレオチドがプライマープローブ結合部位から遠い部位に結合する場合、プライマープローブセットＲＴＳ４７９６の信頼性は低くなる。結果は、マウスＧＡＰＤＨに対して正規化されたＰＢＳコントロールに対するＲＮＡの変化率（％）として表される。マウスＧＡＰＤＨを、プライマープローブセットＲＴＳ１０８（本明細書で配列番号１１として示される順方向配列ＧＧＣＡＡＡＴＴＣＡＡＣＧＧＣＡＣＡＧＴ、本明細書で配列番号１２として示される逆方向配列ＧＧＧＴＣＴＣＧＣＴＣＣＴＧＧＡＡＧＡＴ、本明細書で配列番号１３として示されるプローブ配列ＡＡＧＧＣＣＧＡＧＡＡＴＧＧＧＡＡＧＣＴＴＧＴＣＡＴＣ）を使用して増幅した。場合によっては、ＲＴＰＣＲ値は特定の試料について定義されず、Ｎ．Ｄ．（定義されず）として示す。
以下の表に示されるように、修飾オリゴヌクレオチドによる処理によってＰＢＳコントロールと比較してＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡは減少した。
表１１３
トランスジェニックマウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少
Figure 0007550165000213
Figure 0007550165000214
表１１４
トランスジェニックマウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少
Figure 0007550165000215
 表１１５
トランスジェニックマウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少
Figure 0007550165000216
Figure 0007550165000217
 表１１６
トランスジェニックマウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少
Figure 0007550165000218
Figure 0007550165000219
 表１１７
トランスジェニックマウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの減少
Figure 0007550165000220
Figure 0007550165000221
実施例１４： トランスジェニックマウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの活性、複数回投与
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＢＡＣトランスジェニックマウスモデルＲＰ１１－７４８系において試験した。
処置
ＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳトランスジェニックマウスを各群３匹からなるマウスの群に分けた。各マウスに、１０、３０、１００、３００、または７００μｇの修飾オリゴヌクレオチドをＩＣＶボーラスで単回投与し、２週間後に屠殺した。８匹のマウスの１群にネガティブコントロールとしてＰＢＳを投与した。
ＲＮＡ分析
２週間後、マウスを屠殺し、皮質脳組織、海馬脳組織、及び脊髄からＲＮＡを抽出して、プライマープローブセットＲＴＳ４０５９５（本明細書で配列番号１４として示される順方向配列ＴＣＣＴＴＣＣＣＴＡＣＣＴＴＡＧＴＣＴＴＧＡ、本明細書で配列番号１５として示される逆方向配列ＣＣＣＴＣＴＴＧＡＡＣＣＡＧＧＡＡＡＣＡ、本明細書で配列番号１６として示されるプローブ配列ＡＧＡＴＧＧＣＡＧＣＣＣＡＣＡＴＴＴＣＴＡＣＴＧＴ）を使用してＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳのＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析を行った。結果は、マウスＧＡＰＤＨ（プライマー－プローブセットＲＴＳ１０８で測定）に対して正規化された、ＰＢＳコントロールに対するＲＮＡの変化率（％）として表される。
以下の表に示されるように、修飾オリゴヌクレオチドによる処理によってＰＢＳコントロールと比較してＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡは用量依存的に減少した。
表１１８
トランスジェニックマウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳ ＲＮＡの用量依存的減少率（％）
Figure 0007550165000222
Figure 0007550165000223
Figure 0007550165000224
実施例１５： 野生型マウスにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの忍容性、３時間及び２週間の実験
ＷＯ２０１７／０８１２２３に記載されるＬＮＡ／ＤＮＡオリゴヌクレオチドによく一致した修飾オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価するために雌性野生型Ｃ５７／Ｂ１６マウスで試験した。上記の「特定の比較用化合物」を参照されたい。野生型雌性Ｃ５７／Ｂｌ６マウスのそれぞれに、７００μｇの以下の表に記載される修飾オリゴヌクレオチドを単回ＩＣＶ投与した。各処置群は４匹のマウスで構成された。実験を行うため、４匹のマウスの１群にネガティブコントロールとしてＰＢＳを投与した。注射の３時間後及び注射の２週間後に７つの異なる基準に従ってマウスを評価した。基準は次のとおりである。（１）マウスは活発、敏感で、反応が良かった。（２）マウスは刺激なしで立ちあがったり、背中を丸めたりした。（３）マウスは刺激なしで何らかの動きを示した。（４）マウスを持ち上げるとマウスは前方への動きを示した。（５）マウスを持ち上げるとマウスは何らかの動きを示した。（６）マウスは尾を摘まむと反応した。（７）規則的な呼吸。７つの基準のそれぞれについて、基準を満たした場合はサブスコア０を与え、満たさなかった場合にはサブスコア１を与えた（機能観察総合スコアまたはＦＯＢ）。７つの基準すべてを評価した後、スコアを各マウスについて合計し、各処置群内で平均した。結果を以下の表に示す。
Figure 0007550165000225
 下付き文字「ｌ」は４’－２’ＬＮＡ修飾糖部分を示し、下付き文字「ｄ」は２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分を示し、下付き文字「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示し、Ｃの前の上付き文字「ｍ」は５－メチルシトシンを示す。
ｎ．ｄ． はデータがない（ｎｏｔ ｔｅｓｔｅｄ）を意味する。
実施例１６： ラットにおけるヒトＵＢＥ３Ａ－ＡＴＳに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの忍容性、８週間の実験
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドの忍容性を評価するためにラットで試験した。６～８週齢の雄性Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットの各群に、３ｍｇの以下の表に記載されるオリゴヌクレオチドを単回髄腔内（ＩＴ）投与した。各処置群は開始時の体重がほぼ一致した４匹のラットで構成した。４匹のラットの１群にネガティブコントロールとしてＰＢＳを投与した。投与前にラットの体重を測定し、投与８週間後に再び体重を測定した。ラットは成長のために実験過程で体重が増えることが予想され、体重増加が少なすぎれば化合物の毒性の兆候である。体重変化の絶対値をＰＢＳ処置群で観察された体重変化に対して正規化し、ＰＢＳ群の体重変化を１００％に設定して、ラットの平均開始体重が異なる２つの実験間で比較を行うことができるようにした。ＰＢＳ処置群と比較した体重変化の統計的有意性（ｐ値）を、Ｅｘｃｅｌで両側ウェルチＴ検定（２標本、不等分散）によって計算した。０．０５未満のｐ値は、観察された差がランダムサンプリングエラーによるものである可能性が５％未満であることを示す。
Figure 0007550165000226

Claims (17)

  1. 以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
    （配列番号２８７３）、またはその塩。
  2. ナトリウム塩またはカリウム塩である、請求項１に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  3. 以下の化学構造に基づく修飾オリゴヌクレオチド：
    （配列番号２８７３）。
  4. 請求項１に記載の修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される希釈剤とを含む、医薬組成物。
  5. 前記薬学的に許容される希釈剤が人工脳脊髄液である、請求項４に記載の医薬組成物。
  6. 前記修飾オリゴヌクレオチドと、人工脳脊髄液とからなる、請求項５に記載の医薬組成物。
  7. 請求項３に記載の修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される希釈剤とを含む、医薬組成物。
  8. 前記薬学的に許容される希釈剤が人工脳脊髄液である、請求項７に記載の医薬組成物。
  9. 前記修飾オリゴヌクレオチドと、人工脳脊髄液とからなる、請求項８に記載の医薬組成物。
  10. 以下の化学表記： Ａｅｓ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏＡｅｏＴｅｏＴｄｓＴｄｓＴｄｓＧｄｓＡｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓＴｄｓＴｄｓ ｍＣｄｓＴｅｏＴｅｏＡｅｓＧｅｓ ｍＣｅ （配列番号２８７３）に基づく修飾オリゴヌクレオチドであって、ただし、
    Ａは、アデニン核酸塩基であり、
    ｍＣは、５－メチルシトシン核酸塩基であり、
    Ｇは、グアニン核酸塩基であり、
    Ｔは、チミン核酸塩基であり、
    ｅは、２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３ β－Ｄ－リボシル糖部分であり、
    ｄは、２’－β－Ｄ－デオキシリボシル糖部分であり、
    ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
    ｏは、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である
    前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
  11. 請求項１０に記載の化合物と、薬学的に許容される希釈剤とを含む医薬組成物。
  12. 前記薬学的に許容される希釈剤が人工脳脊髄液である、請求項１１に記載の医薬組成物。
  13. 前記修飾オリゴヌクレオチドと、人工脳脊髄液とからなる、請求項１２に記載の医薬組成物。
  14. コンジュゲート基に共有結合により結合された前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項１０に記載の化合物。
  15. 請求項１４に記載の化合物と、薬学的に許容される希釈剤とを含む医薬組成物。
  16. 前記薬学的に許容される希釈剤が人工脳脊髄液である、請求項１５に記載の医薬組成物。
  17. 前記修飾オリゴヌクレオチドと、人工脳脊髄液とからなる、請求項１６に記載の医薬組成物。
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