JP2024523363A - Ifnar1の発現を低減するための化合物及び方法 - Google Patents
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Abstract
細胞または動物におけるIFNAR1 RNAの量または活性を低減し、場合によっては、細胞または動物におけるIFNAR1タンパク質の量を低減するためのオリゴマー剤、オリゴマー化合物、方法、及び医薬組成物を提供する。かかるオリゴマー剤、オリゴマー化合物、方法、及び医薬組成物は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調を含めた神経炎症に関連する疾患及び状態を治療するのに有用である。
【選択図】なし
【選択図】なし
Description
配列表
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。当該配列表は、2022年6月8日に作成された589KBのサイズのBIOL0416WOSEQ_ST25.txtという名称のファイルとして提供される。該配列表の電子形式の情報は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
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細胞または動物におけるIFNAR1 RNAの量または活性を低減し、場合によっては、細胞または動物におけるIFNAR1タンパク質の量を低減するためのオリゴマー剤、オリゴマー化合物、方法、及び医薬組成物を提供する。かかるオリゴマー剤、オリゴマー化合物、方法、及び医薬組成物は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調を含めた神経炎症に関連する神経疾患または状態を治療するのに有用である。
エカルディ・グティエール症候群(AGS)は、発作、摂取困難、ジストニア、痙性、運動発達遅延、言語発達遅延、及び社会能力発達遅延を含めたいくつかの神経病理学的兆候に関連する進行性の炎症性脳症である。AGS患者の画像は、白質異常、T細胞浸潤、B細胞浸潤、線条体壊死、脳萎縮、基底核石灰化、及び小脳髄症を示し、患者はまた、脳脊髄液中で高レベルのインターフェロンアルファ(IFNa)及びリンパ球増加も有する。AGSは、10個の遺伝子、すなわち、TREX1(DNAエキソヌクレアーゼ)、RNASEH2A、BまたはC(RNASEH2のサブユニット)、SAMHD1(dNTPヒドロラーゼ)、ADAR1(RNA編集酵素)、MDA5(dsRNAセンサー)、USP18(I型IFNシグナル伝達の負の調節因子)、LSM11及びRNU7-1(複製依存的ヒストンpre-mRNAプロセッシング複合体の成分)のうちの1つにおける変異に関連している。これらの遺伝子のいずれか1つにおける変異により、抗ウイルス応答の異常活性化及び高レベルのIFNaがもたらされる(Adang,et al.,2020,J.Child Neurol.,35,7016、Rodero,et al.,2016,J.Esp.Med.,213,2527-2538)。
インターフェロンアルファ及びベータ受容体サブユニット1(IFNAR1)は、I型インターフェロンのシグナル伝達に関与するインターフェロンアルファ受容体の2つの成分のうちの1つである。I型インターフェロンのシグナル伝達は、AGS患者で上昇し、神経病理学の重要なメディエーターであると考えられている。I型インターフェロンのシグナル伝達のレベルの上昇はまた、脳卒中、脳損傷、アルツハイマー病、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、視神経脊髄炎、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、及び毛細血管拡張性運動失調に関連する神経炎症等の疾患または状態にも関連している(Wlodarczyk,et al.,2021,Glia 69,943-953、Santer,et al.,2009,J.Immunol.182,1192-1201、Zeng,et al.,2019,Arthritis Res.Ther.21,205.017、Karageorgas,et al.,2011,J Biomed Biotechnol 2011,273907、Roy,et al.,2020,J Clin Invest.130,1912-1930、Witcher,2021,J.Neurosci.JN-RM-2469-2420、Blank,et al.,2016,Immunity 44,901-912、Hartlova,et al.,2015,Immunity 44,901-912、McDonugh,et al.,2017,J Neurosci.37,8292-8308)。トランスジェニックマウスにおいて、IFNaの過剰発現により、I型インターフェロンのシグナル伝達のレベルが上昇し、神経変性の変化、T細胞浸潤、B細胞浸潤、ミクログリア細胞活性化、反応性星状細胞増加症、内皮細胞の活性化、ならびに視床及び小脳の石灰化がもたらされる(Hofer,et al.,2013,Cytokine & Growth Factor Reviews 24,257-267、Klok,et al.,2015,Ann.Clin.Transl.Neurol.,2,774-779)。I型インターフェロンのシグナル伝達により、Interferon Induced Protein with Tetratricopeptide Repeats 1(Ifit1)、Interferon Induced Protein with Tetratricopeptide Repeats 3(Ifit3)、及びInterferon Regulatory Factor 7(Irf7)を含めた数百の遺伝子の発現が誘導される(Li,et al.,2018,J.Biol.Chem.292,P5845-P5859)。アルツハイマー病のマウスモデルとIFNAR1ノックアウトマウスを掛け合わせると、I型インターフェロンのシグナル伝達が抑制され、グリア細胞の抗炎症反応がもたらされ、神経炎症が減少した(Minter,M.R.,et al.,2016,Acta Neuropathologica Commun.4:72)。
本明細書に記載のある特定の実施形態のオリゴマー剤、オリゴマー化合物、方法、及び医薬組成物は、細胞または動物におけるIFNAR1の発現の低減または阻害に有用である。ある特定の実施形態では、IFNAR1 RNAまたはタンパク質のレベルが細胞または動物において低減され得る。ある特定の実施形態では、該対象は、エカルディ・グティエール症候群を有する。ある特定の実施形態では、該対象は、TREX1、RNASEH2A、RNASEH2B、RNASEH2C、SAMHD1、ADAR1、MDA5、USP18、LSM11、またはRNU7-1における変異に関連する疾患または障害を有する。
I型インターフェロンのシグナル伝達の上昇に関連する疾患または障害の治療方法もまた提供し、ある特定の実施形態では、該疾患または障害は、AGS、脳卒中、てんかん、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、または毛細血管拡張性運動失調である。
前述の概要及び以下の詳細な説明はいずれも、例示及び説明にすぎず、制限するものではないことを理解されたい。本明細書において、単数形の使用は、別途明確に記述されない限り、複数形を含む。本明細書で使用される、「または」の使用は、別途定めのない限り、「及び/または」を意味する。さらに、「を含めて」という用語、ならびに「含む」及び「含まれる」等の他の形態の使用は、限定的なものではない。また、「要素」または「成分」等の用語は、別途明確に記述されない限り、1つのユニットを含む要素及び成分、ならびに2つ以上のサブユニットを含む要素及び成分の両方を包含する。
本明細書で使用される節の見出しは、構成目的のみのためであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。特許、特許出願、記事、書籍、及び論文が挙げられるがこれらに限定されない本出願において引用されるすべての文書または文書の一部は、本明細書で論じられる文書の一部に対して、かつそれらの全体において、参照により本明細書に明確に組み込まれる。
定義
具体的な定義が与えられない限り、本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに医化学及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知のものであり、当技術分野で一般的に使用されているものである。容認される場合、本開示の全体を通じて参照されるすべての特許、特許出願、特許出願公開、ならびに他の刊行物及び他のデータは、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
具体的な定義が与えられない限り、本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに医化学及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知のものであり、当技術分野で一般的に使用されているものである。容認される場合、本開示の全体を通じて参照されるすべての特許、特許出願、特許出願公開、ならびに他の刊行物及び他のデータは、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
別段の指示がない限り、下記の用語は、以下の意味を有する。
本明細書で使用される、「2’-デオキシヌクレオシド」は、2’-H(H)デオキシフラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態では、2’-デオキシヌクレオシドは、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を含み、これは、天然に存在するデオキシリボ核酸(DNA)に見られるようなβ-Dリボシル配置を有する。ある特定の実施形態では、2’-デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含む場合もあれば、RNA核酸塩基(ウラシル)を含む場合もある。
本明細書で使用される、「2’-MOE」とは、フラノシル糖部分の2’-OH基の代わりの2’-O(CH2)2OCH3基を意味する。「2’-MOE糖部分」または「2’-O-メトキシエチル糖部分」とは、フラノシル糖部分の2’-OH基の代わりに2’-O(CH2)2OCH3基を有する糖部分を意味する。別段の指示がない限り、2’-MOE糖部分は、β-D-リボシル配置にある。「MOE」は、O-メトキシエチルを意味する。
本明細書で使用される、「2’-MOEヌクレオシド」とは、2’-MOE糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される、「2’-OMe」とは、フラノシル糖部分の2’-OH基の代わりの2’-OCH3基を意味する。「2’-O-メチル糖部分」または「2’-OMe糖部分」とは、フラノシル糖部分の2’-OH基の代わりに2’-OCH3基を有する糖部分を意味する。別段の指示がない限り、2’-OMe糖部分は、β-D-リボシル配置にある。
本明細書で使用される、「2’-OMeヌクレオシド」とは、2’-OMe糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される、「2’-F」とは、フラノシル糖部分の2’-OH基の代わりの2’-フルオロ基を意味する。「2’-F糖部分」とは、フラノシル糖部分の2’-OH基の代わりに2’-F基を有する糖部分を意味する。別段の指示がない限り、2’-F糖部分は、β-Dリボシル立体化学配置にある。
本明細書で使用される、「2’-Fヌクレオシド」とは、2’-F糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される、「2’-NMA」とは、フラノシル糖部分の2’-OHの代わりの2’-OCH2C(=O)-N(H)CH3基を意味する。「2-NMA糖部分」または「2’-O-[2-(メチルアミノ)-2-オキソエチル]糖部分」とは、フラノシル糖部分の2’-OH基の代わりの2’-OCH2C(=O)-N(H)CH3基を有する糖部分を意味する。
「2’-NMA糖部分」とは、2’-NMAヌクレオシドの糖部分を意味する。
本明細書で使用される、「2’-置換ヌクレオシド」とは、2’-置換フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書で使用される、糖部分に関する「2’-置換」は、HまたはOH以外の少なくとも1つの2’-置換基を含む糖部分を意味する。
本明細書で使用される、「3’標的部位」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが標的核酸にハイブリダイズされる際の該アンチセンスオリゴヌクレオチドに相補的である標的核酸の最も3’側のヌクレオチドを指す。
本明細書で使用される、「5’標的部位」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが標的核酸にハイブリダイズされる際の該アンチセンスオリゴヌクレオチドに相補的である標的核酸の最も5’側のヌクレオチドを指す。
本明細書で使用される、「5-メチルシトシン」は、5位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。5-メチルシトシンは、修飾核酸塩基である。
本明細書で使用される、「脱塩基糖部分」は、核酸塩基に結合していないヌクレオシドの糖部分を意味する。かかる脱塩基糖部分は、当技術分野では「脱塩基ヌクレオシド」と呼ばれることがある。
本明細書で使用される、治療に関する「改善する」とは、少なくとも1つの症状または特徴における、治療をしない場合の同じ症状または特徴と比較した改善を意味する。ある特定の実施形態では、改善とは、症状もしくは特徴の重症度もしくは頻度の低下、または症状もしくは特徴の重症度もしくは頻度における発症の遅延もしくは進行の遅延である。ある特定の実施形態では、該症状または特徴は、てんかん、摂取困難、ジストニア、痙性、運動発達遅延、言語発達遅延、社会能力発達遅延、白質異常、T細胞浸潤、B細胞浸潤、線条体壊死、脳萎縮、基底核石灰化、及び小脳髄症のうちの1つ以上である。ある特定の実施形態では、該特徴は、当該対象の脳脊髄液におけるIFNaまたはリンパ球増加のレベルである。
本明細書で使用される、「二環式糖」または「二環式糖部分」とは、2つの環を含む修飾された糖部分を意味し、ここでは、第一の環の原子のうちの2つを結合する架橋を介して第二の環が形成され、それによって二環式構造が形成される。ある特定の実施形態では、該二環式糖部分の第一の環は、フラノシル部分である。ある特定の実施形態では、該二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。二環式糖部分の例としては、本明細書に定義するLNA(ロックド核酸)糖部分及びcEt糖部分が挙げられる。「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を含むヌクレオシドである。
本明細書で使用される、集団に関する「キラル濃縮」とは、同一の分子式の複数の分子を意味し、ここでは、特定のキラル中心で特定の立体化学配置を含む該集団内の分子の数またはパーセンテージは、該特定のキラル中心が本明細書に定義するステレオランダムであった場合に該集団内の同じ特定のキラル中心で同じ特定の立体化学配置を含むことが予想される分子の数またはパーセンテージよりも大きい。各分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラル濃縮集団は、1つ以上のステレオランダムなキラル中心を含み得る。ある特定の実施形態では、該分子は、修飾オリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、該分子は、修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、該キラル中心は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合のリン原子にある。ある特定の実施形態では、該キラル中心は、メシルホスホロアミデートヌクレオシド間結合のリン原子にある。
本明細書で使用される、「脳脊髄液」または「CSF」とは、脳及び脊髄の周囲の空間を満たす流体を意味する。「人工脳脊髄液」または「aCSF」とは、脳脊髄液と同様のある特定の特性(例えば、浸透圧、pH、及び/または電解質)を有し、CSFと生体適合性のある調製または製造された流体を意味する。
本明細書で使用される、「切断可能な部分」は、生理学的条件下で、例えば、細胞、動物、またはヒトの内部で切断される結合または原子団を意味する。
本明細書で使用される、オリゴヌクレオチドに関する「相補的」とは、当該オリゴヌクレオチド及び別の核酸の核酸塩基配列を反対の向きでアラインした場合に、該オリゴヌクレオチドの核酸塩基の少なくとも70%と、該別の核酸またはその1つ以上の領域の核酸塩基が、互いに水素結合が可能であることを意味する。オリゴヌクレオチドの領域に関する「相補的領域」とは、当該オリゴヌクレオチド及び別の核酸の核酸塩基配列を反対の向きでアラインした場合に、その領域の核酸塩基の少なくとも70%と、該別の核酸またはその1つ以上の領域の核酸塩基が、互いに水素結合が可能であることを意味する。相補的な核酸塩基とは、互いに水素結合を形成することが可能な核酸塩基を意味する。相補的な核酸塩基対としては、アデニン(A)とチミン(T)、アデニン(A)とウラシル(U)、シトシン(C)とグアニン(G)、5-メチルシトシン(mC)とグアニン(G)が挙げられる。天然の核酸塩基または他の修飾核酸塩基と対合するある特定の修飾核酸塩基は、当技術分野で知られており、別段の指示がない限り、本明細書に定義する相補的核酸塩基とは見なされない。例えば、イノシンは、アデノシン、シトシン、またはウラシルと対合することができるが、これらと相補的であるとは見なされない。相補的オリゴヌクレオチド及び/または核酸は、各ヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有することを必要としない。むしろ、いくつかのミスマッチは許容される。本明細書で使用される、オリゴヌクレオチドに関する「完全に相補的」または「100%相補的」とは、オリゴヌクレオチドが別のオリゴヌクレオチドまたは核酸に対して、該オリゴヌクレオチドの各核酸塩基において相補的であることを意味する。
本明細書で使用される、「コンジュゲート基」とは、オリゴヌクレオチドに直接結合した原子団を意味する。コンジュゲート基は、コンジュゲート部分及び該コンジュゲート部分を該オリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーを含む。
本明細書で使用される、「コンジュゲートリンカー」とは、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドにつなげる単結合、または少なくとも1つの結合を含む原子団を意味する。
本明細書で使用される、「コンジュゲート部分」とは、該コンジュゲート部分を欠く同一の分子と比較して、薬力学的特性、薬物動態学的特性、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスが挙げられるがこれらに限定されない1つ以上の分子特性を修飾する共有結合した原子団を意味する。
本明細書で使用される、「拘束エチル」または「cEt」または「cEt修飾糖部分」とは、二環式糖の第二の環がβ-Dリボシル糖部分の4’-炭素及び2’-炭素を結合する架橋を介して形成されているβ-Dリボシル二環式糖部分を意味し、ここでは、該架橋は、式4’-CH(CH3)-O-2’を有し、該架橋のメチル基は、S配置をとる。
本明細書で使用される、「cEtヌクレオシド」とは、cEt修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される、「デオキシ領域」とは、ヌクレオシドの少なくとも70%がβ-D-2’-デオキシリボシル糖部分を含む5~12個の連続するヌクレオチドの領域を意味する。ある特定の実施形態では、デオキシ領域は、ギャップマーのギャップである。
本明細書で使用される、「ホットスポット領域」とは、オリゴマー剤、オリゴマー化合物、アンチセンス化合物、またはアンチセンス剤の作用による標的核酸の量または活性の低減に適した標的核酸上の核酸塩基の範囲である。
本明細書で使用される、「ヌクレオシド間結合」とは、オリゴヌクレオチド中の隣接するヌクレオシド間の共有結合である。本明細書で使用される、「修飾ヌクレオシド間結合」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。
本明細書で使用される、「連結ヌクレオシド」とは、連続した配列においてつながっているヌクレオシドである(すなわち、連結されているヌクレオシド間に追加のヌクレオシドが存在しない)。
本明細書で使用される、「リンカーヌクレオシド」とは、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に直接または間接的のいずれかで連結するヌクレオシドを意味する。リンカーヌクレオシドは、オリゴマー化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカーヌクレオシドは、それらが該オリゴヌクレオチドと連続していても、該オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部とは見なされない。
本明細書で使用される、「ミスマッチ」または「非相補的」とは、第一及び第二の核酸配列がアラインされる場合に、第二の核酸配列または標的核酸の対応する核酸塩基と相補的ではない第一の核酸配列の核酸塩基を意味する。
本明細書で使用される、「モチーフ」とは、オリゴヌクレオチドにおける修飾されていない及び/または修飾された糖部分、核酸塩基、及び/またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
本明細書で使用される、「修飾ヌクレオシド」とは、修飾核酸塩基及び/または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される、「非二環式修飾糖部分」とは、第二の環を形成するための糖の2つの原子間に架橋を形成しない、置換基等の修飾を含む修飾糖部分を意味する。
本明細書で使用される、「核酸塩基」とは、非修飾核酸塩基または修飾核酸塩基を意味する。核酸塩基は、複素環式部分である。本明細書で使用される、「非修飾核酸塩基」は、アデニン(A)、チミン(T)、シトシン(C)、ウラシル(U)、またはグアニン(G)である。本明細書で使用される、「修飾核酸塩基」は、少なくとも1つの他の核酸塩基と対合することが可能な非修飾A、T、C、U、またはG以外の原子団である。「5-メチルシトシン」は、修飾核酸塩基である。ユニバーサル塩基とは、該5種類の非修飾核酸塩基のいずれか1つと対合することできる修飾核酸塩基である。
本明細書で使用される、「核酸塩基配列」は、任意の糖またはヌクレオシド間結合修飾とは無関係の核酸またはオリゴヌクレオチドにおける連続する核酸塩基の順序を意味する。
本明細書で使用される、「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物または化合物の断片を意味する。該核酸塩基及び糖部分は、各々独立して、非修飾であるか、または修飾されている。
本明細書で使用される、「オリゴマー剤」とは、オリゴマー化合物及び任意に1つ以上のさらなる特徴、例えば、第二のオリゴマー化合物を意味する。オリゴマー剤は、一本鎖オリゴマー化合物であってもよいし、2つの相補的なオリゴマー化合物によって形成されるオリゴマー二重鎖であってもよい。
本明細書で使用される、「オリゴマー化合物」とは、オリゴヌクレオチド、及び任意に、コンジュゲート基または末端基等の1つ以上のさらなる特徴を意味する。オリゴマー化合物は、第一のオリゴマー化合物に相補的な第二のオリゴマー化合物と対合してもよく、不対でもよい。「一本鎖オリゴマー化合物」は、不対オリゴマー化合物である。
「オリゴマー二重鎖」という用語は、相補的核酸塩基配列を有する2つのオリゴマー化合物によって形成される二重鎖を意味する。
本明細書で使用される、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間結合を介して接続した連結ヌクレオシドの鎖を意味し、各ヌクレオシド及びヌクレオシド間結合は修飾されていても非修飾でもよい。別段の指示がない限り、オリゴヌクレオチドは8~50個の連結ヌクレオシドからなる。本明細書で使用される、「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも1つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。本明細書で使用される、「非修飾オリゴヌクレオチド」とは、いずれのヌクレオシド修飾またはヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される、「医薬的に許容される担体または希釈剤」とは、動物への投与に使用するのに適した任意の物質を意味する。ある特定のかかる担体により、医薬組成物を、対象による経口摂取用の、例えば、錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液、及びロゼンジとして製剤化することが可能になる。ある特定の実施形態では、医薬的に許容される担体または希釈剤は、滅菌水、滅菌生理食塩水、滅菌緩衝液、または滅菌人工脳脊髄液である。
本明細書で使用される、「医薬的に許容される塩」とは、化合物の生理学的及び医薬的に許容される塩を意味する。医薬的に許容される塩は、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、かつそれに望ましくない毒物学的影響を与えない。
本明細書で使用される、「医薬組成物」とは、対象への投与に適した物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、オリゴマー化合物及び滅菌水溶液を含み得る。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、ある特定の細胞株における遊離状態での取り込み(free uptake)アッセイにおいて活性を示す。
本明細書で使用される、「プロドラッグ」とは、動物またはその細胞内で第二の形態に変換される、体外での第一の形態の治療薬を意味する。典型的には、動物内でのプロドラッグの変換は、細胞または組織に存在する酵素(例えば、内因性もしくはウイルス性酵素)もしくは化学物質の作用によって、及び/または生理学的条件によって促進される。ある特定の実施形態では、該プロドラッグの第一の形態は、第二の形態よりも活性が低い。
本明細書で使用される、「安定化リン酸基」とは、生物学的条件下で、非修飾ヌクレオシドの非修飾5’-リン酸の安定性と比較して、オリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレオシドの5’-リン酸部分の安定化をもたらす5’-化学部分を指す。かかる5’-リン酸基の安定化としては、ホスファターゼによる除去に対する耐性が挙げられるがこれに限定されない。安定化リン酸基としては、5’-ビニルホスホネート及び5’-シクロプロピルホスホネートが挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書で使用される、「標準細胞アッセイ」とは、実施例1及び2に記載されるアッセイならびにそれらの合理的な変形を意味する。
本明細書で使用される、同一の分子式の分子の集団の文脈における「ステレオランダム」または「ステレオランダムキラル中心」とは、特定の絶対立体化学的配置に関して、合成の過程で制御されないか、または合成後に濃縮されないキラル中心を意味する。キラル中心の立体化学的配置は、立体化学的配置を制御するように設計されていない合成法の結果である場合にはランダムであると見なされる。例えば、ステレオランダムキラル中心を含む分子集団において、(S)配置のステレオランダムキラル中心を有する分子の数は、(R)配置のステレオランダムキラル中心を有する分子の数と同じである場合もあるが、必ずしも同じではない(「ラセミ」)。ある特定の実施形態では、該ステレオランダムキラル中心は、1つの絶対配置が、合成の結果、例えば、濃縮された立体化学の隣接する糖部分に近接した非キラル試薬の作用によって優位を占めるために、ラセミではない。ある特定の実施形態では、ステレオランダムキラル中心は、ステレオランダムホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデートヌクレオシド間結合のリン原子にある。
本明細書で使用される、「糖部分」とは、非修飾糖部分または修飾糖部分を意味する。本明細書で使用される、「非修飾糖部分」とは、RNAに見られるような2’-OH(H)リボシル部分(「非修飾RNA糖部分」)、またはDNAに見られるような2’-H(H)デオキシリボシル糖部分(「非修飾DNA糖部分」)を意味する。非修飾糖部分は、1’、3’、及び4’位の各々に1個の水素、3’位に酸素、及び5’位に2個の水素を有する。本明細書で使用される、「修飾糖部分」または「修飾糖」とは、修飾されたフラノシル糖部分または糖サロゲートを意味する。
本明細書で使用される、「糖サロゲート」とは、核酸塩基を、オリゴヌクレオチドにおけるヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基等の別の基に結合し得るが、フラノシル糖部分でも二環式糖部分でもない修飾糖部分を意味する。糖サロゲートを含む修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内で1つ以上の位置に組み込まれることができ、かかるオリゴヌクレオチドは、相補的オリゴマー化合物または標的核酸にハイブリダイズすることが可能である。糖サロゲートの例としては、GNA(グリコール核酸)、FHNA(フルオロヘキシトール核酸)、モルホリノ、ならびに本明細書に記載の及び当技術分野で既知の他の構造が挙げられる。
本明細書で使用される、「症状または特徴」とは、疾患または障害の存在または程度を示す任意の物理的特徴または試験結果を意味する。ある特定の実施形態では、症状は、対象またはかかる対象を検査または試験する医療専門家にとって明らかである。ある特定の実施形態では、特徴は、死後検査が挙げられるがこれに限定されない侵襲的診断検査により明らかである。ある特定の実施形態では、特徴は、脳のMRIスキャンにより明らかである。
本明細書で使用される、「標的核酸」及び「標的RNA」は、オリゴマー化合物が作用するように設計されている核酸を意味する。標的RNAとは、RNA転写産物を意味し、別様に明記されない限り、pre-mRNA及び成熟mRNAを含む。
本明細書で使用される、「標的領域」とは、オリゴマー化合物がハイブリダイズするように設計される標的核酸の一部を意味する。
本明細書で使用される、「末端基」とは、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合した化学基または原子団を意味する。
本明細書で使用される、「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因し得る任意の検出可能な及び/または測定可能な変化を意味する。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物の不在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸またはかかる標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現の減少である。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性は、標的pre-mRNAのスプライシングの調節である。
本明細書で使用される、「アンチセンス剤」とは、アンチセンス化合物及び任意に1つ以上のさらなる特徴、例えば、センス化合物を意味する。
本明細書で使用される、「アンチセンス化合物」とは、アンチセンスオリゴヌクレオチド及び任意に1つ以上のさらなる特徴、例えば、コンジュゲート基を意味する。
本明細書で使用される、「センス化合物」とは、センスオリゴヌクレオチド及び任意に1つ以上のさらなる特徴、例えば、コンジュゲート基を意味する。
本明細書で使用される、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、標的核酸にハイブリダイズすることが可能でありかつ少なくとも1つのアンチセンス活性が可能なアンチセンス化合物のオリゴヌクレオチド部分を含めたオリゴヌクレオチドを意味する。アンチセンスオリゴヌクレオチドとしては、アンチセンスRNAiオリゴヌクレオチド及びアンチセンスRNase Hオリゴヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書で使用される、「センスオリゴヌクレオチド」とは、アンチセンスオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることが可能なセンス化合物のオリゴヌクレオチド部分を含めたオリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で使用される、「ギャップマー」とは、1つ以上のヌクレオシドを有する外部領域の間に配置される内部領域を含む修飾オリゴヌクレオチドを意味し、該内部領域を含むヌクレオシドは、該外部領域を含むヌクレオシド(複数可)とは化学的に異なり、該修飾オリゴヌクレオチドは、RNAse Hの切断を支援する。該内部領域は、「ギャップ」と称される場合があり、該外部領域は、「ウイング」と称される場合がある。ある特定の実施形態では、該内部領域は、デオキシ領域である。該内部領域またはギャップの位置は、該内部領域のヌクレオシドの順序を指し、該内部領域の5’末端から数えられる。別段の指示がない限り、「ギャップマー」は、糖モチーフを指す。ある特定の実施形態では、該内部領域は、デオキシ領域である。ある特定の実施形態では、該ギャップの各ヌクレオシドは、2’-β-D-デオキシヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、該ギャップは、該ギャップの1、2、3、4、または5位に1つの2’-置換ヌクレオシドを含み、該ギャップのヌクレオシドの残りは、2’-β-D-デオキシヌクレオシドである。本明細書で使用される、「MOEギャップマー」という用語は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドを含むギャップ及び2’-MOEヌクレオシドを含むウイングを有するギャップマーを示す。本明細書で使用される、「混合ウイングギャップマー」という用語は、少なくとも2つの異なる糖修飾を含む修飾ヌクレオシドを含むウイングを有するギャップマーを示す。別段の指示がない限り、ギャップマーは、1つ以上の修飾ヌクレオシド間結合及び/または修飾核酸塩基を含んでもよく、かかる修飾は、必ずしも該糖修飾のギャップマーパターンに従うとは限らない。
本明細書で使用される、「細胞標的化部分」とは、特定の細胞型(複数可)に結合することが可能なコンジュゲート基またはコンジュゲート基の部分を意味する。
本明細書で使用される、「ハイブリダイゼーション」とは、オリゴヌクレオチド及び/または核酸のアニーリングを意味する。特定のメカニズムに限定されないが、ハイブリダイゼーションの最も一般定なメカニズムは、相補的核酸塩基の間のワトソン・クリック、フーグスティーン、または逆フーグスティーン水素結合であり得る水素結合に関与する。ある特定の実施形態では、相補的核酸分子としては、アンチセンス化合物と核酸標的が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、相補的核酸分子としては、オリゴヌクレオチドと核酸標的が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書で使用される、「RNAi剤」とは、少なくとも部分的に、RISCまたはAgo2を介して、標的核酸及び/または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するように作用するアンチセンス剤を意味する。RNAi剤としては、二本鎖siRNA、一本鎖RNAi(ssRNAi)、及びマイクロRNA模倣体を含めたマイクロRNAが挙げられるがこれらに限定されない。RNAi剤は、コンジュゲート基及び/または末端基を含んでもよい。ある特定の実施形態では、RNAi剤は、標的核酸の量及び/または活性を調節する。RNAi剤という用語は、RNase Hを介して作用するアンチセンス剤は除外する。
本明細書で使用される、「RNase H剤」とは、RNase Hを介して作用して、標的核酸及び/または標的核酸によってコードされるタンパク質を調節するアンチセンス剤を意味する。ある特定の実施形態では、RNase H剤は、一本鎖である。ある特定の実施形態では、RNase H剤は、二本鎖である。RNase H化合物は、コンジュゲート基及び/または末端基を含み得る。ある特定の実施形態では、RNase H剤は、標的核酸の量及び/または活性を調節する。RNase H剤という用語は、主にRISC/Ago2を介して作用するアンチセンス剤を除外する。
本明細書で使用される、「治療すること」とは、本明細書に記載のオリゴマー剤またはオリゴマー化合物を投与することによって対象の疾患または状態を改善することを意味する。ある特定の実施形態では、対象を治療することにより、治療をしない場合の同じ症状と比較して症状が改善される。ある特定の実施形態では、治療により、症状の重症度もしくは頻度が低下するか、または症状の発現が遅れ、症状の進行が遅延し、もしくは症状の重症度もしくは頻度が低下する。
本明細書で使用される、「治療有効量」とは、動物に治療効果をもたらす薬剤または組成物の量を意味する。例えば、治療有効量は、疾患の症状を改善する。
特定の実施形態
実施形態1.8~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも80%相補的であり、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも1つの修飾を有する、前記オリゴマー化合物。
実施形態1.8~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも80%相補的であり、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも1つの修飾を有する、前記オリゴマー化合物。
実施形態2.前記IFNAR1核酸が、配列番号1または配列番号2のいずれかの核酸塩基配列を有する、実施形態1に記載のオリゴマー化合物。
実施形態3.前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1の核酸塩基5085~5133、19997~20061、20076~20133、20528~20616、22294~22329、22453~22476、22595~22626、25530~25565、25606~25652、25710~25767、25768~25827、28421~28468、29924~29949、29968~30021、31072~31096、31792~31837、32353~32386、または35016~35042内の等長部分に少なくとも80%相補的である、実施形態1または実施形態2に記載のオリゴマー化合物。
実施形態4.前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1の核酸塩基20003~20022、20104~20123、20591~20610、22455~22474、22456~22475、または29981~30000内の等長部分に少なくとも80%相補的である、実施形態1~3のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態5.前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である、実施形態1~4のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態6.8~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号12~2687の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、または少なくとも16個の連続する核酸塩基を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも1つの修飾を有する、前記オリゴマー化合物。
実施形態7.前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号12~2687のいずれかの核酸塩基配列を含む、実施形態6に記載のオリゴマー化合物。
実施形態8.前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号12~2687のいずれかの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する、実施形態7に記載のオリゴマー化合物。
実施形態9.前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号12~89の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、または16個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、実施形態6~8のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態10.前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号90~2687の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または20個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、実施形態6~8のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態11.前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または20個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、実施形態6~8のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態12.前記修飾オリゴヌクレオチドが、20~80個の連結したヌクレオシドからなり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679のいずれかの核酸塩基配列を含む、実施形態11に記載のオリゴマー化合物。
実施形態13.前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679のいずれか1つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する、実施形態12に記載のオリゴマー化合物。
実施形態14.前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的であり、前記IFNAR1核酸が、配列番号1または配列番号2の核酸塩基配列を有する、実施形態6~12のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態15.前記修飾オリゴヌクレオチドが、10~25、10~30、10~50、12~20、12~25、12~30、12~50、13~20、13~25、13~30、13~50、14~20、14~25、14~30、14~50、15~20、15~25、15~30、15~50、16~18,16~20、16~25、16~30、16~50、17~20、17~25、17~30、17~50、18~20、18~22、18~25、18~30、18~50、19~20、19~25、19~30、19~50、20~25、20~30、20~50、21~25、21~30、21~50、22~25、22~30、22~50、23~25、23~30、または23~50個の連結したヌクレオシドからなる、実施形態1~14のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態16.前記修飾オリゴヌクレオチドが、20個の連結したヌクレオシドからなる、実施形態1~14のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態17.前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、実施形態1~16のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態18.前記修飾糖部分が、二環式糖部分を含む、実施形態17に記載のオリゴマー化合物。
実施形態19.前記二環式糖部分が、-O-CH2-及び-O-CH(CH3)-から選択される2’-4’架橋を含む、実施形態18に記載のオリゴマー化合物。
実施形態20.前記修飾糖部分が、非二環式修飾糖部分を含む、実施形態17に記載のオリゴマー化合物。
実施形態21.前記非二環式修飾糖部分が、2’-MOE糖部分または2’-OMe糖部分である、実施形態20に記載のオリゴマー化合物。
実施形態22.前記修飾オリゴヌクレオチド化合物の少なくとも1つのヌクレオシドが、糖サロゲートを含む、実施形態1~21のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態23.前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、実施形態1~22のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態24.少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態23に記載のオリゴマー化合物。
実施形態25.各ヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、実施形態22または実施形態23に記載のオリゴマー化合物。
実施形態26.各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態25に記載のオリゴマー化合物。
実施形態27.前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、実施形態22~25のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態28.前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から選択される、実施形態1~23のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態29.前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、または少なくとも18個のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1~26または28のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態30.前記修飾オリゴヌクレオチドが、sssssssssssssss、soooossssssssssooss、sooosssssssssssooss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、sosoossssssssssooss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、sooooossssssssssoss、soooosssssssssssoss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、sosooossssssssssoss、sossoossssssssssoss、sosssossssssssssoss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択されるヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’)を含み、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す、実施形態23に記載のオリゴマー化合物。
実施形態31.前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの修飾核酸塩基を含む、実施形態1~30のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態32.前記修飾核酸塩基が、5-メチルシトシンである、実施形態31に記載のオリゴマー化合物。
実施形態33.各シトシンが、5-メチルシトシンである、実施形態32に記載のオリゴマー化合物。
実施形態34.前記修飾オリゴヌクレオチドが、デオキシ領域を含む、実施形態1~33のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態35.前記デオキシ領域の各ヌクレオシドが、2’-β-D-デオキシヌクレオシドである、実施形態34に記載のオリゴマー化合物。
実施形態36.前記デオキシ領域が、6、7、8、9、10、または6~10個の連結したヌクレオシドからなる、実施形態34または実施形態35に記載のオリゴマー化合物。
実施形態37.前記デオキシ領域に直接隣接した各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、実施形態34~36のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態38.前記デオキシ領域が、5’側に1~6個の連結した5’外部領域ヌクレオシドからなる5’外部領域、及び3’側に1~6個の連結した3’外部領域ヌクレオシドからなる3’外部領域が配置され、
前記5’外部領域の最も3’側のヌクレオシドは、修飾糖部分を含み、かつ
前記3’外部領域の最も5’側のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、実施形態34~37のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
前記5’外部領域の最も3’側のヌクレオシドは、修飾糖部分を含み、かつ
前記3’外部領域の最も5’側のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、実施形態34~37のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態39.前記3’外部領域の各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、実施形態38に記載のオリゴマー化合物。
実施形態40.前記5’外部領域の各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、実施形態38または実施形態39に記載のオリゴマー化合物。
実施形態41.前記修飾オリゴヌクレオチドが、
5個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
5個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシドである、実施形態40に記載のオリゴマー化合物。
5個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
5個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシドである、実施形態40に記載のオリゴマー化合物。
実施形態42.前記修飾オリゴヌクレオチドが、
6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
4個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシドである、実施形態40に記載のオリゴマー化合物。
6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
4個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシドである、実施形態40に記載のオリゴマー化合物。
実施形態43.前記修飾オリゴヌクレオチドが、
3個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
3個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、cEtヌクレオシドである、実施形態40に記載のオリゴマー化合物。
3個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
3個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、cEtヌクレオシドである、実施形態40に記載のオリゴマー化合物。
実施形態44.前記修飾オリゴヌクレオチドが、
1~6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
6~10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
1~6個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、cEtヌクレオシドまたは2’-MOEヌクレオシドであり、前記デオキシ領域ヌクレオシドの各々が、2’-β-D-デオキシヌクレオシドである、実施形態40に記載のオリゴマー化合物。
1~6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
6~10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
1~6個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、cEtヌクレオシドまたは2’-MOEヌクレオシドであり、前記デオキシ領域ヌクレオシドの各々が、2’-β-D-デオキシヌクレオシドである、実施形態40に記載のオリゴマー化合物。
実施形態45.前記修飾オリゴヌクレオチドが、
3~6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
7~8個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
3~6個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域
を含む糖モチーフを有し、
前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシド及びcEtヌクレオシドから選択され、前記5’外部領域が、以下の式:
(Nk)n(Nd)(Nx)
を有し、ここで、各Nkは、二環式ヌクレオシドであり、Nxは、2’-OMeヌクレオシドであり、Ndは、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、nは、1~4である、実施形態38~39または41~44のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
3~6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
7~8個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
3~6個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域
を含む糖モチーフを有し、
前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシド及びcEtヌクレオシドから選択され、前記5’外部領域が、以下の式:
(Nk)n(Nd)(Nx)
を有し、ここで、各Nkは、二環式ヌクレオシドであり、Nxは、2’-OMeヌクレオシドであり、Ndは、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、nは、1~4である、実施形態38~39または41~44のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態46.前記修飾オリゴヌクレオチドが、eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択される糖モチーフ(5’から3’)を有し、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す、実施形態1~38のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態47.以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
mCesTeoTeoTeoTeoTeo mCdsTdsGds mCdsTds mCdsTdsTdsAdsTdsAeo mCesGes mCe(配列番号2668)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
mCesTeoTeoTeoTeoTeo mCdsTdsGds mCdsTds mCdsTdsTdsAdsTdsAeo mCesGes mCe(配列番号2668)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
実施形態48.以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
mCesTeoGeoTeoTeoTeoTdsAds mCdsAdsTdsTdsTdsTdsTdsTdsTeoTes mCes mCe(配列番号2040)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
mCesTeoGeoTeoTeoTeoTdsAds mCdsAdsTdsTdsTdsTdsTdsTdsTeoTes mCes mCe(配列番号2040)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
実施形態49.以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
TesTeoTeoAeoTes mCds mCdsAdsAdsTdsTdsAdsTds mCds mCdsAeoTeo mCes mCes mCe(配列番号2670)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
TesTeoTeoAeoTes mCds mCdsAdsAdsTdsTdsAdsTds mCds mCdsAeoTeo mCes mCes mCe(配列番号2670)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
実施形態50.以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
Tes mCeoGeo mCeo mCesTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTeo mCesAes mCe(配列番号2679)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
Tes mCeoGeo mCeo mCesTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTeo mCesAes mCe(配列番号2679)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
実施形態51.以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
TesTeoTeo mCeoAeoTeoAdsTdsTdsTdsGdsTdsTdsAds mCdsTdsTeo mCes mCesTe(配列番号2625)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
TesTeoTeo mCeoAeoTeoAdsTdsTdsTdsGdsTdsTdsAds mCdsTdsTeo mCes mCesTe(配列番号2625)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
実施形態52.以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
TesTeo mCeoGeo mCeo mCeoTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTes mCesAe(配列番号1317)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
TesTeo mCeoGeo mCeo mCeoTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTes mCesAe(配列番号1317)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
実施形態53.前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、実施形態1~52のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態54.コンジュゲート基を含む、実施形態1~52のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態55.前記コンジュゲート基が、コンジュゲートリンカー及びコンジュゲート部分を含む、実施形態54に記載のオリゴマー化合物。
実施形態56.前記コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、実施形態54または実施形態55に記載のオリゴマー化合物。
実施形態57.前記コンジュゲートリンカーが、切断可能である、実施形態55または56のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態58.前記コンジュゲートリンカーが、1~3個のリンカーヌクレオシドを含む、実施形態55~57のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態59.前記コンジュゲートリンカーが、いずれのリンカーヌクレオシドも含まない、実施形態55~57のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態60.前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの5’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合される、実施形態54~59のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態61.前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの3’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合される、実施形態54~59のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態62.末端基を含む、実施形態1~61のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
実施形態63.前記末端基が、脱塩基糖部分である、実施形態62に記載のオリゴマー化合物。
実施形態64.一本鎖オリゴマー化合物である、実施形態1~62のいずれか1つに記載のオリゴマー化合物。
実施形態65.以下の化学構造:
(配列番号2668)に従う修飾オリゴヌクレオチド、またはその塩。
実施形態66.ナトリウム塩またはカリウム塩である、実施形態65に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態67.以下の化学構造:
(配列番号2668)に従う修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態68.以下の化学構造:
(配列番号2040)に従う修飾オリゴヌクレオチド、またはその塩。
実施形態69.ナトリウム塩またはカリウム塩である、実施形態68に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態70.以下の化学構造:
(配列番号2040)に従う修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態71.以下の化学構造:
(配列番号2670)に従う修飾オリゴヌクレオチド、またはその塩。
実施形態72.ナトリウム塩またはカリウム塩である、実施形態71に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態73.以下の化学構造:
(配列番号2670)に従う修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態74.以下の化学構造:
(配列番号2679)に従う修飾オリゴヌクレオチド、またはその塩。
実施形態75.ナトリウム塩またはカリウム塩である、実施形態74に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態76.以下の化学構造:
(配列番号2679)に従う修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態77.以下の化学構造:
(配列番号2625)に従う修飾オリゴヌクレオチド、またはその塩。
実施形態78.ナトリウム塩またはカリウム塩である、実施形態77に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態79.以下の化学構造:
(配列番号2625)に従う修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態80.以下の化学構造:
(配列番号1317)に従う修飾オリゴヌクレオチド、またはその塩。
実施形態81.ナトリウム塩またはカリウム塩である、実施形態80に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態82.以下の化学構造:
(配列番号1317)に従う修飾オリゴヌクレオチド。
実施形態83.実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物のキラル濃縮集団または実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル濃縮集団であって、特定の立体化学的配置を有する少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記集団。
実施形態84.(Sp)配置または(Rp)配置を有する少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態83に記載のキラル濃縮集団。
実施形態85.各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の独立して選択される立体化学的配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態83に記載のキラル濃縮集団。
実施形態86.1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合において(Rp)配置を有し、残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合の各々において(Sp)配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態83に記載のキラル濃縮集団。
実施形態87.5’から3’の方向に、Sp配置、Sp配置、及びRp配置で少なくとも3つの連続するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、実施形態83に記載のキラル濃縮集団。
実施形態88.実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物の集団、または実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドの集団であって、前記修飾オリゴヌクレオチドのホスホロチオエートヌクレオシド間結合のすべてがステレオランダムである、前記集団。
実施形態89.第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物、及び第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖であって、前記第一のオリゴマー化合物が、実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物である、前記オリゴマー二重鎖。
実施形態90.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、8~80個の連結したヌクレオシドからなり、前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも8個の核酸塩基の相補的領域を含む、実施形態89に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態91.前記第一の修飾オリゴヌクレオチドが、5’-安定化リン酸基を含む、実施形態89または実施形態90に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態92.前記5’-安定化リン酸基が、シクロプロピルホスホネートまたはビニルホスホネートを含む、実施形態91に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態93.前記第一の修飾オリゴヌクレオチドが、グリコール核酸(GNA)糖サロゲートを含む、実施形態89~92のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態94.前記第一の修飾オリゴヌクレオチドが、2’-NMA糖部分を含む、実施形態89~92のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態95.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、実施形態89~94のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態96.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの修飾糖部分が、二環式糖部分を含む、実施形態95に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態97.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの二環式糖部分が、-O-CH2-及び-O-CH(CH3)-から選択される2’-4’架橋を含む、実施形態96に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態98.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの修飾糖部分が、非二環式修飾糖部分を含む、実施形態95に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態99.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの非二環式修飾糖部分が、2’-MOE糖部分、2’-F糖部分、または2’-OMe糖部分である、実施形態98に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態100.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドが、糖サロゲートを含む、実施形態89~99のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態101.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、実施形態89~100のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態102.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態101に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態103.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、実施形態89~102のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態104.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態89~101または103のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態105.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの修飾核酸塩基を含む、実施形態89~104のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態106.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの修飾核酸塩基が、5-メチルシトシンである、実施形態105に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態107.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、コンジュゲート基を含む、実施形態89~106のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態108.前記コンジュゲート基が、コンジュゲートリンカー及びコンジュゲート部分を含む、実施形態107に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態109.前記コンジュゲート基が、前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの5’末端で前記第二の修飾オリゴヌクレオチドに結合される、実施形態107または実施形態108に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態110.前記コンジュゲート基が、前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの3’末端で前記第二の修飾オリゴヌクレオチドに結合される、実施形態107または実施形態108に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態111.前記コンジュゲート基が、脂質を含む、実施形態107~110のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態112.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、末端基を含む、実施形態107~111のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態113.前記末端基が、脱塩基糖部分である、実施形態112に記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態114.前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、10~25、10~30、10~50、12~20、12~25、12~30、12~50、13~20、13~25、13~30、13~50、14~20、14~25、14~30、14~50、15~20、15~25、15~30、15~50、16~18,16~20、16~25、16~30、16~50、17~20、17~25、17~30、17~50、18~20、18~22、18~25、18~30、18~50、19~20、19~25、19~30、19~50、20~25、20~30、20~50、21~25、21~30、21~50、22~25、22~30、22~50、23~25、23~30、または23~50個の連結したヌクレオシドからなる、実施形態89~113のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
実施形態115.アンチセンス化合物を含むアンチセンス剤であって、前記アンチセンス化合物が、実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物または実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドである、前記アンチセンス剤。
実施形態116.実施形態89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖である、実施形態115に記載のアンチセンス剤。
実施形態117.実施形態115または実施形態116に記載のアンチセンス剤であって、
i.RNase Hの活性化によりIFNAR1核酸の量を低減することが可能なRNase H剤、または
ii.RISC/Ago2の活性化によりIFNAR1核酸の量を低減することが可能なRNAi剤
である、前記アンチセンス剤。
i.RNase Hの活性化によりIFNAR1核酸の量を低減することが可能なRNase H剤、または
ii.RISC/Ago2の活性化によりIFNAR1核酸の量を低減することが可能なRNAi剤
である、前記アンチセンス剤。
実施形態118.コンジュゲート基を含む、実施形態115~117のいずれかに記載のアンチセンス剤であって、前記コンジュゲート基が、細胞標的化部分を含む、前記アンチセンス剤。
実施形態119.実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、実施形態83~88のいずれかに記載の集団、実施形態89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、または実施形態115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、及び医薬的に許容される希釈剤または担体を含む医薬組成物。
実施形態120.前記医薬的に許容される希釈剤が、リン酸緩衝生理食塩水または人工脳脊髄液である、実施形態119に記載の医薬組成物。
実施形態121.前記オリゴマー化合物、前記修飾オリゴヌクレオチド、前記集団、前記オリゴマー二重鎖、または前記アンチセンス剤、及び前記リン酸緩衝生理食塩水または前記人工脳脊髄液から本質的になる、実施形態120に記載の医薬組成物。
実施形態122.実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、実施形態83~88のいずれかに記載の集団、実施形態89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、実施形態115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または実施形態119~121のいずれかに記載の医薬組成物を、対象に投与することを含む方法。
実施形態123.I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患の治療方法であって、治療有効量の実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、実施形態83~88のいずれかに記載の集団、実施形態89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、実施形態115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または実施形態119~121のいずれかに記載の医薬組成物を、I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患を有する対象に投与し、それにより、前記I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患を治療することを含む、前記方法。
実施形態124.前記I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患が、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、または毛細血管拡張性運動失調である、実施形態123に記載の方法。
実施形態125.前記疾患が、インターフェロンアルファのレベルの上昇に関連している、実施形態123または実施形態124に記載の方法。
実施形態126.前記対象が、TREX1、RNASEH2A、RNASEH2B、RNASEH2C、SAMHD1、ADAR1、MDA5、USP18、LSM11、及びRNU7-1から選択される遺伝子に変異を有する、実施形態122~125のいずれかに記載の方法。
実施形態127.前記オリゴマー化合物、前記修飾オリゴヌクレオチド、前記集団、前記オリゴマー二重鎖、前記アンチセンス剤、または前記医薬組成物の投与により、前記対象において、発作、ジストニア、痙性、白質異常、T細胞浸潤、B細胞浸潤、線条体壊死、脳萎縮、基底核石灰化、もしくは小脳髄症が減少するか、または摂取、運動発達、言語発達、もしくは社会能力の発達が改善する、実施形態123~126に記載の方法。
実施形態128.前記オリゴマー化合物、前記修飾オリゴヌクレオチド、前記集団、前記オリゴマー二重鎖、前記アンチセンス剤、または前記医薬組成物の投与により、前記対象の脳脊髄液中のインターフェロンアルファ及び/またはリンパ球増加が減少する、実施形態123~127のいずれかに記載の方法。
実施形態129.前記対象がヒトである、実施形態122~128のいずれかに記載の方法。
実施形態130.細胞におけるIFNAR1の発現を低減する方法であって、前記細胞を、実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、実施形態83~88のいずれかに記載の集団、実施形態89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、実施形態115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または実施形態119~121のいずれかに記載の医薬組成物と接触させることを含む、前記方法。
実施形態131.前記細胞が、ニューロンまたはグリア細胞であり、任意に、前記細胞が、星状膠細胞またはミクログリア細胞である、実施形態130に記載の方法。
実施形態132.前記細胞がヒト細胞である、実施形態130または実施形態131に記載の方法。
実施形態133.実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、実施形態83~88のいずれかに記載の集団、実施形態89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、実施形態115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または実施形態119~121のいずれかに記載の医薬組成物の、I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患を治療するための使用。
実施形態134.実施形態1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、実施形態65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、実施形態83~88のいずれかに記載の集団、実施形態89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、実施形態115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または実施形態119~121のいずれかに記載の医薬組成物の、I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患を治療するための薬剤の製造における使用。
実施形態135.前記疾患が、インターフェロンアルファのレベルの上昇に関連している、実施形態133または実施形態134に記載の使用。
実施形態136.前記I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患が、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、または毛細血管拡張性運動失調である、実施形態133~135のいずれかに記載の使用。
特定のオリゴマー剤及びオリゴマー化合物
ある特定の実施形態では、IFNAR1核酸を標的とするオリゴマー剤を提供する。ある特定の実施形態では、該IFNAR1核酸は、各々が参照により全体として組み込まれるGENBANKアクセッション番号NC_000021.9、33321001から33363000まで切断されているもの(配列番号1)またはGENBANKアクセッション番号NM_000629.2(配列番号2)に示される配列を有する。ある特定の実施形態では、該オリゴマー剤は、一本鎖オリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、該オリゴマー剤は、オリゴマー二重鎖である。
ある特定の実施形態では、IFNAR1核酸を標的とするオリゴマー剤を提供する。ある特定の実施形態では、該IFNAR1核酸は、各々が参照により全体として組み込まれるGENBANKアクセッション番号NC_000021.9、33321001から33363000まで切断されているもの(配列番号1)またはGENBANKアクセッション番号NM_000629.2(配列番号2)に示される配列を有する。ある特定の実施形態では、該オリゴマー剤は、一本鎖オリゴマー化合物である。ある特定の実施形態では、該オリゴマー剤は、オリゴマー二重鎖である。
ある特定の実施形態は、8~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも80%相補的であり、該修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも1つの修飾を有する。ある特定の実施形態では、該IFNAR1核酸は、配列番号1または2の核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、該IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基3964~3983、4050~4069、4573~4592、4574~4593、4600~4619、4601~4620、4603~4622、4606~4625、4619~4638、4620~4639、4681~4700、4716~4735、4717~4736、4724~4743、4725~4744、4731~4750、4732~4751、4733~4752、4740~4759、4744~4763、4771~4790、4772~4791、4773~4792、4786~4805、4788~4807、4797~4816、4798~4817、4801~4820、4808~4827、4812~4831、4814~4833、4815~4834、4823~4838、4825~4844、4827~4846、4841~4860、4846~4865、4847~4866、4862~4881、4875~4894、4888~4907、4889~4908、4905~4924、4906~4925、4942~4961、4952~4971、4957~4976、4958~4977、5035~5054、5036~5055、5061~5080、5082~5101、5083~5102、5084~5103、5085~5104、5086~5101、5086~5105、5087~5102、5087~5106、5089~5104、5089~5108、5090~5105、5096~5115、5113~5132、5114~5133、5137~5156、5142~5161、5147~5162、5166~5185、5179~5198、5181~5200、5182~5201、5183~5202、5519~5538、5532~5551、5533~5552、5537~5556、5546~5565、5598~5617、5599~5618、5600~5619、5637~5656、5653~5672、5657~5676、5669~5688、5673~5692、5701~5720、5702~5721、5703~5722、5709~5728、5755~5774、5757~5776、5761~5780、5850~5869、5878~5897、5901~5920、5902~5921、5904~5923、5907~5926、5910~5929、5915~5934、5916~5935、5917~5936、5920~5939、5921~5940、5922~5941、5923~5942、5924~5943、5931~5950、5934~5953、5935~5954、5955~5974、5984~6003、5985~6004、6028~6047、6033~6052、6035~6054、6051~6070、6052~6071、6090~6109、6111~6130、6112~6131、6113~6132、6145~6164、6170~6189、6171~6190、6195~6214、6203~6222、6204~6223、6206~6225、6207~6226、6237~6256、6264~6283、6279~6298、6306~6325、6357~6376、6361~6380、6407~6426、6408~6427、6409~6428、6412~6431、6420~6439、6425~6444、6481~6500、6482~6501、6512~6527、6672~6691、6674~6689、6710~6729、6734~6753、6749~6768、6759~6778、6760~6779、6831~6850、6835~6854、6838~6857、6916~6935、6919~6938、6921~6940、6926~6945、6935~6954、6936~6955、6941~6960、6945~6964、7211~7230、7230~7249、7234~7253、7237~7256、7307~7326、7310~7329、7311~7330、7312~7331、7315~7334、7331~7350、7437~7456、7438~7457、7443~7462、7458~7477、7526~7545、7528~7547、7543~7562、7545~7564、7569~7588、7570~7589、7585~7604、7588~7607、7589~7608、7590~7609、7591~7610、7592~7607、7592~7611、7593~7608、7593~7612、7595~7610、7595~7614、7596~7611、7602~7621、7614~7633、7617~7636、7618~7637、7619~7638、7639~7658、7640~7659、7644~7663、7649~7664、7661~7680、7662~7681、7663~7682、7665~7684、7667~7686、7668~7687、7681~7700、7683~7702、7684~7703、7685~7704、7747~7766、7771~7790、7772~7791、7773~7792、7774~7793、7775~7794、7777~7796、7778~7797、7781~7800、7782~7801、7784~7803、7785~7804、7787~7806、7788~7807、7790~7809、7803~7822、7805~7824、7806~7825、7831~7850、7867~7882、7931~7950、7957~7976、7978~7997、7979~7998、7980~7999、8144~8163、8196~8215、8210~8229、8211~8230、8226~8245、8227~8246、8231~8250、8232~8251、8261~8280、8271~8286、8300~8319、8301~8320、8310~8329、8324~8343、8325~8344、8339~8358、8343~8362、8347~8366、8351~8370、8356~8375、8357~8376、8359~8378、8360~8379、8361~8380、8362~8381、8364~8383、8366~8385、8368~8387、8369~8388、8383~8402、8387~8406、8388~8407、8391~8410、8392~8411、8393~8412、8394~8413、8398~8417、8408~8427、8409~8428、8421~8440、8425~8444、8428~8447、8429~8448、8433~8452、8443~8462、8444~8463、8524~8543、8549~8568、8550~8569、8551~8570、8584~8603、8624~8643、8626~8645、8627~8646、8629~8648、8630~8649、8631~8650、8632~8651、8636~8655、8637~8656、8652~8671、8653~8672、8656~8675、8657~8676、8659~8678、8660~8679、8661~8680、8682~8701、8698~8717、8716~8735、8717~8736、8721~8740、8722~8741、8724~8743、8731~8750、8733~8752、8748~8767、8761~8780、8762~8781、8763~8782、8764~8783、8765~8784、8770~8789、8776~8795、8777~8796、8778~8797、8782~8801、8791~8806、8791~8810、8792~8811、8793~8808、8793~8812、8794~8809、8794~8813、8795~8810、8795~8814、8807~8826、8808~8827、8809~8828、8822~8841、8831~8850、8834~8853、8835~8854、8836~8855、8857~8876、8938~8957、8939~8958、8957~8972、8980~8999、9021~9040、9022~9041、9025~9044、9026~9041、9026~9045、9038~9057、9156~9175、9164~9183、9204~9223、9205~9224、9252~9271、9253~9272、9254~9273、9255~9274、9257~9276、9319~9338、9329~9348、9374~9393、9375~9394、9376~9395、9377~9396、9379~9398、9388~9407、9393~9412、9394~9413、9414~9433、9416~9435、9419~9438、9421~9440、9422~9441、9423~9442、9425~9444、9446~9465、9467~9486、9469~9488、9499~9518、9557~9576、9560~9579、9561~9580、9563~9582、9564~9583、9566~9585、9567~9586、9568~9587、9569~9588、9570~9589、9571~9590、9578~9597、9579~9598、9667~9686、9668~9687、9676~9695、9677~9696、9685~9704、9707~9726、9713~9732、9714~9733、9715~9734、9740~9759、9741~9760、9742~9761、9743~9762、9744~9763、9748~9767、9805~9824、9806~9825、9817~9836、9896~9915、10107~10126、10137~10156、10150~10169、10270~10289、10274~10293、10420~10439、10421~10440、10628~10647、10635~10654、10691~10710、10700~10719、10702~10721、10704~10723、10705~10724、10779~10798、10780~10799、11007~11026、11008~11027、11009~11028、11016~11035、11067~11086、11127~11146、11168~11187、11170~11189、11173~11192、11174~11193、11175~11194、11288~11307、11378~11397、11379~11398、11394~11413、11411~11430、11412~11431、11413~11432、11415~11434、11417~11436、11421~11440、11422~11441、11423~11442、11424~11443、11426~11445、11429~11448、11495~11514、11496~11515、11520~11539、11521~11540、11522~11541、11548~11567、11549~11568、11552~11571、11572~11591、11574~11593、11610~11629、11614~11633、11666~11685、11667~11686、11669~11688、11698~11717、11706~11725、11752~11771、11799~11818、11812~11831、11816~11835、11817~11836、11818~11837、11847~1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116~38135、38121~38140、38139~38158、38140~38159、38145~38164、38154~38173、38155~38174、38156~38175、38157~38176、38159~38178、
38168~38187、38171~38190、38172~38191、38175~38194、38176~38195、38177~38196、38181~38196、38204~38223、38205~38224、38272~38291、38273~38292、38277~38296、38279~38298、38295~38314、38318~38337、38319~38338、38321~38340、38322~38341、38326~38345、38328~38347、38361~38380、38362~38381、38363~38382、38367~38386、38375~38394、38417~38436、38468~38487、38469~38488、38470~38489、38516~38535、38537~38556、38540~38559、38542~38561、38552~38571、38553~38572、38557~38576、38583~38602、38620~38639、38623~38642、38633~38652、38659~38678、38698~38717、38720~38739、38743~38762、38745~38764、38747~38766、38783~38802、38785~38804、38788~38807、38789~38808、38790~38809、38791~38810、38792~38811、38829~38848、38830~38845、38831~38850、39011~39026、または39014~39029内の等長部分に少なくとも80%相補的である。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、該IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
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32373、32355~32374、32356~32375、32357~32376、32359~32378、32367~32386、32401~32420、32424~32439、32451~32470、32456~32475、32457~32476、32473~32492、32480~32499、32554~32573、32661~32680、32662~32681、32676~32695、32677~32696、32728~32747、32768~32787、32813~32828、32814~32833、32825~32844、32874~32893、32875~32894、32889~32908、32947~32966、32957~32976、32961~32980、32962~32981、32967~32986、32968~32987、32969~32988、32970~32989、33037~33056、33046~33065、33346~33365、33347~33366、33356~33375、33357~33376、33358~33377、33359~33378、33361~33380、33435~33454、33437~33456、33438~33457、33439~33458、33443~33462、33446~33465、33456~33475、33475~33494、33476~33495、33493~33512、33496~33515、33497~33516、33498~33517、33507~33526、33508~33527、33511~33530、33549~33568、33571~33590、33587~33606、33588~33607、33600~33619、33601~33620、33604~33623、33605~33624、33606~33625、33619~33638、33622~33641、33625~33644、33626~33645、33631~33646、33636~33655、33650~33669、33679~33698、33680~33699、33683~33702、33684~33703、33685~33704、33686~33705、33688~33707、33706~33725、33713~33732、33714~33733、33754~33773、33756~33775、33762~33781、33764~33783、33765~33784、33769~33788、33793~33812、33807~33826、33865~33884、33867~33886、33869~33888、33883~33902、33884~33903、33922~33941、33946~33965、33948~33967、33950~33969、33951~33970、33952~33971、33953~33972、33958~33977、33959~33978、34109~34128、34110~34129、34113~34132、34117~34136、34129~34144、34157~34176、34158~34177、34159~34178、34160~34179、34162~34181、34165~34184、34166~34185、34178~34197、34198~34217、34214~34233、34223~34242、34278~34297、34298~34317、34309~34328、34327~34346、34329~34348、34330~34349、34369~34388、34383~34402、34386~34405、34387~34406、34407~34426、34409~34428、34411~34430、34418~34437、34438~34457、34440~34459、34475~34494、34479~34498、34481~34500、34485~34504、34487~34506、34488~34507、34489~34508、34490~34509、34492~34511、34493~34512、34494~34513、34502~34521、34504~34523、34505~34524、34506~34525、34515~34534、34536~34555、34537~34556、34547~34566、34548~34567、34564~34583、34566~34585、34567~34586、34568~34587、34581~34600、34582~34601、34647~34666、34648~34667、34649~34668、34652~34671、34655~34674、34656~34675、34657~34676、34712~34731、34718~34737、34719~34738、35016~35035、35017~35036、35018~35037、35019~35038、35021~35040、35023~35042、35057~35076、35058~35077、35059~35078、35069~35088、35096~35115、35097~35116、35100~35119、35101~35120、35102~35121、35104~35123、35267~35286、35289~35308、35336~35355、35337~35356、35343~35362、35344~35363、35345~35364、35349~35368、35350~35369、35351~35370、35381~35400、35382~35401、35385~35404、35391~35406、35396~35411、35401~35420、35402~35421、35423~35442、35424~35443、35425~35444、35435~35454、35438~35457、35442~35461、35445~35464、35446~35465、35495~35510、35502~35517、35509~35524、35511~35530、35512~35531、35514~35533、35515~35534、35516~35535、35520~35535、35533~35552、35543~35562、35547~35566、35570~35589、35613~35632、35615~35634、35619~35638、35620~35639、35621~35640、35631~35650、35639~35658、35640~35659、35642~35661、35643~35662、35644~35663、35652~35671、35653~35672、35654~35673、35655~35674、35657~35676、35664~35683、35667~35686、35668~35687、35675~35690、35681~35700、35683~35702、35685~35704、35705~35724、35706~35725、35709~35728、35711~35730、35712~35731、35719~35738、35720~35739、35736~35755、35745~35764、35746~35765、35747~35766、35748~35767、35753~35772、35764~35783、35765~35784、35769~35788、35783~35802、35784~35803、35788~35807、35789~35808、35799~35818、35802~35821、35809~35828、35810~35829、35811~35830、35812~35831、35815~35834、35816~35835、35817~35836、35818~35837、35819~35838、35820~35839、35830~35849、35844~35859、35877~35896、35879~35898、35881~35900、35882~35901、35914~35933、35987~36006、35988~36007、35992~36011、35994~36013、35995~36014、35996~36015、35998~36017、36007~36026、36021~36040、36022~36041、36023~36042、36065~36084、36068~36087、36069~36088、36109~36128、36112~36131、36113~36132、36116~36135、36121~36140、36124~36143、36125~36144、36181~36200、36182~36201、36186~36205、36248~36267、36251~36270、36262~36281、36280~36299、36281~36300、36286~36305、36287~36306、36288~36307、36289~36308、36292~36311、36313~36332、36426~36445、36833~36852、36959~36978、36997~37012、37002~37021、37018~37037、37019~37038、37020~37039、37029~37048、37031~37050、37032~37051、37033~37052、37034~37053、37035~37054、37036~37055、37070~37089、37071~37090、37074~37093、37075~37094、37076~37095、37086~37105、37087~37106、37088~37107、37089~37108、37093~37112、37125~37144、37135~37154、37213~37232、37224~37243、37241~37260、37266~37285、37267~37286、37280~37299、37281~37300、37291~37310、37292~37311、37308~37327、37318~37337、37340~37355、37341~37356、37343~37358、37353~37372、37355~37370、37356~37375、37367~37386、37368~37387、37369~37388、37370~37389、37375~37394、37390~37409、37391~37410、37392~37407、37392~37411、37401~37420、37402~37421、37406~37425、37407~37426、37416~37435、37420~37439、37425~37444、37436~37455、37480~37499、37481~37500、37482~37501、37483~37502、37529~37548、37530~37549、37531~37550、37562~37581、37614~37633、37617~37636、37634~37649、37637~37656、37660~37679、37665~37684、37676~37695、37680~37699、37886~37905、37888~37907、37889~37908、37890~37909、37923~37942、37924~37943、37968~37983、38042~38061、38058~38073、38060~38079、38095~38114、38113~38132、38114~38133、38115~38134、38116~38135、38121~38140、38139~38158、38140~38159、38145~38164、38154~38173、38155~38174、38156~38175、38157~38176、38159~38178、
38168~38187、38171~38190、38172~38191、38175~38194、38176~38195、38177~38196、38181~38196、38204~38223、38205~38224、38272~38291、38273~38292、38277~38296、38279~38298、38295~38314、38318~38337、38319~38338、38321~38340、38322~38341、38326~38345、38328~38347、38361~38380、38362~38381、38363~38382、38367~38386、38375~38394、38417~38436、38468~38487、38469~38488、38470~38489、38516~38535、38537~38556、38540~38559、38542~38561、38552~38571、38553~38572、38557~38576、38583~38602、38620~38639、38623~38642、38633~38652、38659~38678、38698~38717、38720~38739、38743~38762、38745~38764、38747~38766、38783~38802、38785~38804、38788~38807、38789~38808、38790~38809、38791~38810、38792~38811、38829~38848、38830~38845、38831~38850、39011~39026、または39014~39029内の等長部分に少なくとも80%相補的である。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、該IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号2の核酸塩基216~235、218~237、220~239、521~540、670~689、1119~1138、1283~1302、1284~1303、1287~1306、1288~1307、1580~1599、1581~1600内の等長部分に少なくとも80%相補的である。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、該IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基5084~5133、19997~20061、20076~20133、20528~2061120616、22294~22329、22453~22476、2259722595~22626、25530~25565、25606~25652、25710~25767、25768~25827、28421~28468、29924~29949、29968~30021、31072~31096、31792~31837、32353~32386、または35016~35042内の等長部分に少なくとも80%相補的である。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基20003~20022、20104~20123、20591~20610、22455~22474、22456~22475、29981~30000内の等長部分に少なくとも80%相補的である。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、該IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
ある特定の実施形態は、8~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号12~2687の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、または少なくとも16個の連続する核酸塩基を含む。
ある特定の実施形態は、16~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号12~89の核酸塩基配列のいずれかの核酸塩基配列を含む。
ある特定の実施形態は、16個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号12~89の核酸塩基配列のいずれかの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態は、20~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号12~2687の核酸塩基配列のいずれかの核酸塩基配列を含む。
ある特定の実施形態は、20個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号90~2687の核酸塩基配列のいずれかの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する。
ある特定の実施形態は、16~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、または少なくとも16個の連続する核酸塩基を含む。
ある特定の実施形態は、20~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679の核酸塩基配列のいずれかの核酸塩基配列を含む。
ある特定の実施形態は、20個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を提供し、該修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679の核酸塩基配列のいずれかの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する。
本明細書に提供するオリゴマー化合物のいずれかにおいて、該修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である可能性があり、該IFNAR1核酸は、配列番号1または2の核酸塩基配列を有する。
本明細書に提供するオリゴマー化合物のいずれかにおいて、該修飾オリゴヌクレオチドは、10~25、10~30、10~50、12~20、12~25、12~30、12~50、13~20、13~25、13~30、13~50、14~20、14~25、14~30、14~50、15~20、15~25、15~30、15~50、16~18,16~20、16~25、16~30、16~50、17~20、17~25、17~30、17~50、18~20、18~22、18~25、18~30、18~50、19~20、19~25、19~30、19~50、20~25、20~30、20~50、21~25、21~30、21~50、22~25、22~30、22~50、23~25、23~30、または23~50個の連結したヌクレオシドからなり得る。
本明細書に提供するオリゴマー化合物のいずれかにおいて、該修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含み得る。ある特定の実施形態では、該修飾糖部分は、二環式糖部分、例えば、-O-CH2-及び-O-CH(CH3)-から選択される2’-4’架橋を含む二環式糖部分を含む。ある特定の実施形態では、該修飾糖部分は、非二環式糖部分、例えば、2’-MOE糖部分または2’-OMe糖部分を含む。
本明細書に提供するオリゴマー化合物のいずれかにおいて、該修飾オリゴヌクレオチド化合物の少なくとも1つのヌクレオシドは、糖サロゲートを含み得る。
本明細書に提供するオリゴマー化合物のいずれかにおいて、該修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合、例えば、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含み得る。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合であり得るか、または該修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり得る。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり得る。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から選択され得る。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、または少なくとも6個のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり得る。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、または少なくとも18個のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり得る。
本明細書に提供するオリゴマー化合物のいずれかにおいて、該修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの核酸塩基は、修飾核酸塩基、例えば、5-メチルシトシンであり得る。ある特定の実施形態では、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
本明細書に提供するオリゴマー化合物のいずれかにおいて、該修飾オリゴヌクレオチドは、5~12個の連続する2’-デオキシヌクレオシドからなるデオキシ領域を含み得る。ある特定の実施形態では、該デオキシ領域の各ヌクレオシドは、2’-β-D-デオキシヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、該デオキシ領域は、6、7、8、9、10、または6~10個の連結したヌクレオシドからなる。ある特定の実施形態では、該デオキシ領域に直接隣接する各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、該デオキシ領域は、5’側に1~6個の連結した5’外部領域ヌクレオシドからなる5’外部領域、及び3’側に1~6個の連結した3’外部領域ヌクレオシドからなる3’外部領域が配置され、該5’外部領域の最も3’側のヌクレオシドは、修飾糖部分を含み、かつ該3’外部領域の最も5’側のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、該3’外部領域の各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、該5’外部領域の各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。
1.化合物番号1489477
ある特定の実施形態では、化合物番号1489477は、配列(5’から3’へ)CTTTTTCTGCTCTTATACGC(配列番号2668)を有する6-10-4MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~6及び17~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド7~16の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、5から6、6から7、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、16から17、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489477は、配列(5’から3’へ)CTTTTTCTGCTCTTATACGC(配列番号2668)を有する6-10-4MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~6及び17~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド7~16の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、5から6、6から7、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、16から17、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489477は、以下の化学表記:
mCesTeoTeoTeoTeoTeo mCdsTdsGds mCdsTds mCdsTdsTdsAdsTdsAeo mCesGes mCe(配列番号2668)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
mCesTeoTeoTeoTeoTeo mCdsTdsGds mCdsTds mCdsTdsTdsAdsTdsAeo mCesGes mCe(配列番号2668)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489477は、以下の化学構造:
(配列番号2668)によって表される。
構造1.化合物番号1489477
構造1.化合物番号1489477
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、構造1によって表される修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩またはカリウム塩を含む。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489477のナトリウム塩は、以下の化学構造:
(配列番号2668)によって表される。
構造2.化合物番号1489477のナトリウム塩
構造2.化合物番号1489477のナトリウム塩
2.化合物番号1489494
ある特定の実施形態では、化合物番号1489494は、配列(5’から3’へ)CTGTTTTACATTTTTTTTCC(配列番号2040)を有する6-10-4MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~6及び17~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド7~16の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、5から6、6から7、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、16から17、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489494は、配列(5’から3’へ)CTGTTTTACATTTTTTTTCC(配列番号2040)を有する6-10-4MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~6及び17~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド7~16の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、5から6、6から7、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、16から17、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489494は、以下の化学表記:
mCesTeoGeoTeoTeoTeoTdsAds mCdsAdsTdsTdsTdsTdsTdsTdsTeoTes mCes mCe(配列番号2040)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
mCesTeoGeoTeoTeoTeoTdsAds mCdsAdsTdsTdsTdsTdsTdsTdsTeoTes mCes mCe(配列番号2040)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489494は、以下の化学構造:
(配列番号2040)によって表される。
構造3.化合物番号1489494
構造3.化合物番号1489494
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、構造3によって表される修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩またはカリウム塩を含む。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489494のナトリウム塩は、以下の化学構造:
(配列番号2040)によって表される。
構造4.化合物番号1489494のナトリウム塩
構造4.化合物番号1489494のナトリウム塩
3.化合物番号1489525
ある特定の実施形態では、化合物番号1489525は、配列(5’から3’へ)TTTATCCAATTATCCATCCC(配列番号2670)を有する5-10-5MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~5及び16~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド6~15の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、16から17、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、5から6、6から7、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489525は、配列(5’から3’へ)TTTATCCAATTATCCATCCC(配列番号2670)を有する5-10-5MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~5及び16~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド6~15の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、16から17、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、5から6、6から7、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489525は、以下の化学表記:
TesTeoTeoAeoTes mCds mCdsAdsAdsTdsTdsAdsTds mCds mCdsAeoTeo mCes mCes mCe(配列番号2670)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
TesTeoTeoAeoTes mCds mCdsAdsAdsTdsTdsAdsTds mCds mCdsAeoTeo mCes mCes mCe(配列番号2670)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489525は、以下の化学構造:
(配列番号2670)によって表される。
構造5.化合物番号1489525
構造5.化合物番号1489525
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、構造5によって表される修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩またはカリウム塩を含む。
ある特定の実施形態では、化合物番号1489525のナトリウム塩は、以下の化学構造:
(配列番号2670)によって表される。
構造6.化合物番号1489525のナトリウム塩
構造6.化合物番号1489525のナトリウム塩
4.化合物番号1492069
ある特定の実施形態では、化合物番号1492069は、配列(5’から3’へ)TCGCCTAATTTTTCTCTCAC(配列番号2679)を有する5-10-5MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~5及び16~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド6~15の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、16から17、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、5から6、6から7、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492069は、配列(5’から3’へ)TCGCCTAATTTTTCTCTCAC(配列番号2679)を有する5-10-5MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~5及び16~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド6~15の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、16から17、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、5から6、6から7、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492069は、以下の化学表記:
Tes mCeoGeo mCeo mCesTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTeo mCesAes mCe(配列番号2679)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
Tes mCeoGeo mCeo mCesTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTeo mCesAes mCe(配列番号2679)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492069は、以下の化学構造:
(配列番号2679)によって表される。
構造7.化合物番号1492069
構造7.化合物番号1492069
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、構造7によって表される修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩またはカリウム塩を含む。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492069のナトリウム塩は、以下の化学構造:
(配列番号2679)によって表される。
構造8.化合物番号1492069のナトリウム塩
構造8.化合物番号1492069のナトリウム塩
5.化合物番号1492082
ある特定の実施形態では、化合物番号1492082は、配列(5’から3’へ)TTTCATATTTGTTACTTCCT(配列番号2625)を有する6-10-4MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~6及び17~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド7~16の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、5から6、6から7、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、16から17、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492082は、配列(5’から3’へ)TTTCATATTTGTTACTTCCT(配列番号2625)を有する6-10-4MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~6及び17~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド7~16の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、5から6、6から7、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、16から17、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492082は、以下の化学表記:
TesTeoTeo mCeoAeoTeoAdsTdsTdsTdsGdsTdsTdsAds mCdsTdsTeo mCes mCesTe(配列番号2625)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
TesTeoTeo mCeoAeoTeoAdsTdsTdsTdsGdsTdsTdsAds mCdsTdsTeo mCes mCesTe(配列番号2625)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492082は、以下の化学構造:
(配列番号2625)によって表される。
構造9.化合物番号1492082
構造9.化合物番号1492082
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、構造9によって表される修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩またはカリウム塩を含む。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492082のナトリウム塩は、以下の化学構造:
(配列番号2625)によって表される。
構造10.化合物番号1492082のナトリウム塩
構造10.化合物番号1492082のナトリウム塩
6.化合物番号1492131
ある特定の実施形態では、化合物番号1492131は、配列(5’から3’へ)TTCGCCTAATTTTTCTCTCA(配列番号1317)を有する6-10-4MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~6及び17~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド7~16の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、5から6、6から7、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、16から17、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492131は、配列(5’から3’へ)TTCGCCTAATTTTTCTCTCA(配列番号1317)を有する6-10-4MOEギャップマーと特徴づけられ、ここで、ヌクレオシド1~6及び17~20(5’から3’へ)の各々は、2’-MOEヌクレオシドであり、ヌクレオシド7~16の各々は、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、ヌクレオシド2から3、3から4、4から5、5から6、6から7、及び17から18のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、ヌクレオシド1から2、7から8、8から9、9から10、10から11、11から12、12から13、13から14、14から15、15から16、16から17、18から19、及び19から20のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、各シトシンは、5-メチルシトシンである。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492131は、以下の化学表記:
TesTeo mCeoGeo mCeo mCeoTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTes mCesAe(配列番号1317)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
TesTeo mCeoGeo mCeo mCeoTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTes mCesAe(配列番号1317)によって表され、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492131は、以下の化学構造:
(配列番号1317)によって表される。
構造11.化合物番号1492131
構造11.化合物番号1492131
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、構造11によって表される修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩またはカリウム塩を含む。
ある特定の実施形態では、化合物番号1492131のナトリウム塩は、以下の化学構造:
(配列番号1317)によって表される。
構造12.化合物番号1492131のナトリウム塩
構造12.化合物番号1492131のナトリウム塩
特定のオリゴマー二重鎖
ある特定の実施形態は、第一のオリゴマー化合物及び第二のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖を対象とする。
ある特定の実施形態は、第一のオリゴマー化合物及び第二のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖を対象とする。
ある特定の実施形態では、オリゴマー二重鎖は、以下を含む:
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物であって、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1の核酸塩基3964~3983、4050~4069、4573~4592、4574~4593、4600~4619、4601~4620、4603~4622、4606~4625、4619~4638、4620~4639、4681~4700、4716~4735、4717~4736、4724~4743、4725~4744、4731~4750、4732~4751、4733~4752、4740~4759、4744~4763、4771~4790、4772~4791、4773~4792、4786~4805、4788~4807、4797~4816、4798~4817、4801~4820、4808~4827、4812~4831、4814~4833、4815~4834、4823~4838、4825~4844、4827~4846、4841~4860、4846~4865、4847~4866、4862~4881、4875~4894、4888~4907、4889~4908、4905~4924、4906~4925、4942~4961、4952~4971、4957~4976、4958~4977、5035~5054、5036~5055、5061~5080、5082~5101、5083~5102、5084~5103、5085~5104、5086~5101、5086~5105、5087~5102、5087~5106、5089~5104、5089~5108、5090~5105、5096~5115、5113~5132、5114~5133、5137~5156、5142~5161、5147~5162、5166~5185、5179~5198、5181~5200、5182~5201、5183~5202、5519~5538、5532~5551、5533~5552、5537~5556、5546~5565、5598~5617、5599~5618、5600~5619、5637~5656、5653~5672、5657~5676、5669~5688、5673~5692、5701~5720、5702~5721、5703~5722、5709~5728、5755~5774、5757~5776、5761~5780、5850~5869、5878~5897、5901~5920、5902~5921、5904~5923、5907~5926、5910~5929、5915~5934、5916~5935、5917~5936、5920~5939、5921~5940、5922~5941、5923~5942、5924~5943、5931~5950、5934~5953、5935~5954、5955~5974、5984~6003、5985~6004、6028~6047、6033~6052、6035~6054、6051~6070、6052~6071、6090~6109、6111~6130、6112~6131、6113~6132、6145~6164、6170~6189、6171~6190、6195~6214、6203~6222、6204~6223、6206~6225、6207~6226、6237~6256、6264~6283、6279~6298、6306~6325、6357~6376、6361~6380、6407~6426、6408~6427、6409~6428、6412~6431、6420~6439、6425~6444、6481~6500、6482~6501、6512~6527、6672~6691、6674~6689、6710~6729、6734~6753、6749~6768、6759~6778、6760~6779、6831~6850、6835~6854、6838~6857、6916~6935、6919~6938、6921~6940、6926~6945、6935~6954、6936~6955、6941~6960、6945~6964、7211~7230、7230~7249、7234~7253、7237~7256、7307~7326、7310~7329、7311~7330、7312~7331、7315~7334、7331~7350、7437~7456、7438~7457、7443~7462、7458~7477、7526~7545、7528~7547、7543~7562、7545~7564、7569~7588、7570~7589、7585~7604、7588~7607、7589~7608、7590~7609、7591~7610、7592~7607、7592~7611、7593~7608、7593~7612、7595~7610、7595~7614、7596~7611、7602~7621、7614~7633、7617~7636、7618~7637、7619~7638、7639~7658、7640~7659、7644~7663、7649~7664、7661~7680、7662~7681、7663~7682、7665~7684、7667~7686、7668~7687、7681~7700、7683~7702、7684~7703、7685~7704、7747~7766、7771~7790、7772~7791、7773~7792、7774~7793、7775~7794、7777~7796、7778~7797、7781~7800、7782~7801、7784~7803、7785~7804、7787~7806、7788~7807、7790~7809、7803~7822、7805~7824、7806~7825、7831~7850、7867~7882、7931~7950、7957~7976、7978~7997、7979~7998、7980~7999、8144~8163、8196~8215、8210~8229、8211~8230、8226~8245、8227~8246、8231~8250、8232~8251、8261~8280、8271~8286、8300~8319、8301~8320、8310~8329、8324~8343、8325~8344、8339~8358、8343~8362、8347~8366、8351~8370、8356~8375、8357~8376、8359~8378、8360~8379、8361~8380、8362~8381、8364~8383、8366~8385、8368~8387、8369~8388、8383~8402、8387~8406、8388~8407、8391~8410、8392~8411、8393~8412、8394~8413、8398~8417、8408~8427、8409~8428、8421~8440、8425~8444、8428~8447、8429~8448、8433~8452、8443~8462、8444~8463、8524~8543、8549~8568、8550~8569、8551~8570、8584~8603、8624~8643、8626~8645、8627~8646、8629~8648、8630~8649、8631~8650、8632~8651、8636~8655、8637~8656、8652~8671、8653~8672、8656~8675、8657~8676、8659~8678、8660~8679、8661~8680、8682~8701、8698~8717、8716~8735、8717~8736、8721~8740、8722~8741、8724~8743、8731~8750、8733~8752、8748~8767、8761~8780、8762~8781、8763~8782、8764~8783、8765~8784、8770~8789、8776~8795、8777~8796、8778~8797、8782~8801、8791~8806、8791~8810、8792~8811、8793~8808、8793~8812、8794~8809、8794~8813、8795~8810、8795~8814、8807~8826、8808~8827、8809~8828、8822~8841、8831~8850、8834~8853、8835~8854、8836~8855、8857~8876、8938~8957、8939~8958、8957~8972、8980~8999、9021~9040、9022~9041、9025~9044、9026~9041、9026~9045、9038~9057、9156~9175、9164~9183、9204~9223、9205~9224、9252~9271、9253~9272、9254~9273、9255~9274、9257~9276、9319~9338、9329~9348、9374~9393、9375~9394、9376~9395、9377~9396、9379~9398、9388~9407、9393~9412、9394~9413、9414~9433、9416~9435、9419~9438、9421~9440、9422~9441、9423~9442、9425~9444、9446~9465、9467~9486、9469~9488、9499~9518、9557~9576、9560~9579、9561~9580、9563~9582、9564~9583、9566~9585、9567~9586、9568~9587、9569~9588、9570~9589、9571~9590、9578~9597、9579~9598、9667~9686、9668~9687、9676~9695、9677~9696、9685~9704、9707~9726、9713~9732、9714~9733、9715~9734、9740~9759、9741~9760、9742~9761、9743~9762、9744~9763、9748~9767、9805~9824、9806~9825、9817~9836、9896~9915、10107~10126、10137~10156、10150~10169、10270~10289、10274~10293、10420~10439、10421~10440、10628~10647、10635~10654、10691~10710、10700~10719、10702~10721、10704~10723、10705~10724、10779~10798、10780~10799、11007~11026、11008~11027、11009~11028、11016~11035、11067~11086、11127~11146、11168~11187、11170~11189、11173~11192、11174~11193、11175~11194、11288~11307、11378~11397、11379~11398、11394~11413、11411~11430、11412~11431、11413~11432、11415~11434、11417~11436、11421~11440、11422~11441、11423~11442、11424~11443、11426~11445、11429~11448、11495~11514、11496~11515、11520~11539、11521~11540、11522~11541、11548~11567、11549~11568、11552~11571、11572~11591、11574~11593、11610~11629、11614~11633、11666~11685、11667~11686、11669~11688、11698~11717、11706~11725、11752~11771、11799~11818、11812~11831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32115、32246~32265、32259~32278、32353~32372、32354~32373、32355~32374、32356~32375、32357~32376、32359~32378、32367~32386、32401~32420、32424~32439、32451~32470、32456~32475、32457~32476、32473~32492、32480~32499、32554~32573、32661~32680、32662~32681、32676~32695、32677~32696、32728~32747、32768~32787、32813~32828、32814~32833、32825~32844、32874~32893、32875~32894、32889~32908、32947~32966、32957~32976、32961~32980、32962~32981、32967~32986、32968~32987、32969~32988、32970~32989、33037~33056、33046~33065、33346~33365、33347~33366、33356~33375、33357~33376、33358~33377、33359~33378、33361~33380、33435~33454、33437~33456、33438~33457、33439~33458、33443~33462、33446~33465、33456~33475、33475~33494、33476~33495、33493~33512、33496~33515、33497~33516、33498~33517、33507~33526、33508~33527、33511~33530、33549~33568、33571~33590、33587~33606、33588~33607、33600~33619、33601~33620、33604~33623、33605~33624、33606~33625、33619~33638、33622~33641、33625~33644、33626~33645、33631~33646、33636~33655、33650~33669、33679~33698、33680~33699、33683~33702、33684~33703、33685~33704、33686~33705、33688~33707、33706~33725、33713~33732、33714~33733、33754~33773、33756~33775、33762~33781、33764~33783、33765~33784、33769~33788、33793~33812、33807~33826、33865~33884、33867~33886、33869~33888、33883~33902、33884~33903、33922~33941、33946~33965、33948~33967、33950~33969、33951~33970、33952~33971、33953~33972、33958~33977、33959~33978、34109~34128、34110~34129、34113~34132、34117~34136、34129~34144、34157~34176、34158~34177、34159~34178、34160~34179、34162~34181、34165~34184、34166~34185、34178~34197、34198~34217、34214~34233、34223~34242、34278~34297、34298~34317、34309~34328、34327~34346、34329~34348、34330~34349、34369~34388、34383~34402、34386~34405、34387~34406、34407~34426、34409~34428、34411~34430、34418~34437、34438~34457、34440~34459、34475~34494、34479~34498、34481~34500、34485~34504、34487~34506、34488~34507、34489~34508、34490~34509、34492~34511、34493~34512、34494~34513、34502~34521、34504~34523、34505~34524、34506~34525、34515~34534、34536~34555、34537~34556、34547~34566、34548~34567、34564~34583、34566~34585、34567~34586、34568~34587、34581~34600、34582~34601、34647~34666、34648~34667、34649~34668、34652~34671、34655~34674、34656~34675、34657~34676、34712~34731、34718~34737、34719~34738、35016~35035、35017~35036、35018~35037、35019~35038、35021~35040、35023~35042、35057~35076、35058~35077、35059~35078、35069~35088、35096~35115、35097~35116、35100~35119、35101~35120、35102~35121、35104~35123、35267~35286、35289~35308、35336~35355、35337~35356、35343~35362、35344~35363、35345~35364、35349~35368、35350~35369、35351~35370、35381~35400、35382~35401、35385~35404、35391~35406、35396~35411、35401~35420、35402~35421、35423~35442、35424~35443、35425~35444、35435~35454、35438~35457、35442~35461、35445~35464、35446~35465、35495~35510、35502~35517、35509~35524、35511~35530、35512~35531、35514~35533、35515~35534、35516~35535、35520~35535、35533~35552、35543~35562、35547~35566、35570~35589、35613~35632、35615~35634、35619~35638、35620~35639、35621~35640、35631~35650、35639~35658、35640~35659、35642~35661、35643~35662、35644~35663、35652~35671、35653~35672、35654~35673、35655~35674、35657~35676、35664~35683、35667~35686、35668~35687、35675~35690、35681~35700、35683~35702、35685~35704、35705~35724、35706~35725、35709~35728、35711~35730、35712~35731、35719~35738、35720~35739、35736~35755、35745~35764、35746~35765、35747~35766、35748~35767、35753~35772、35764~35783、35765~35784、35769~35788、35783~35802、35784~35803、35788~35807、35789~35808、35799~35818、35802~35821、35809~35828、35810~35829、35811~35830、35812~35831、35815~35834、35816~35835、35817~35836、35818~35837、35819~35838、35820~35839、35830~35849、35844~35859、35877~35896、35879~35898、35881~35900、35882~35901、35914~35933、35987~36006、35988~36007、35992~36011、35994~36013、35995~36014、35996~36015、35998~36017、36007~36026、36021~36040、36022~36041、36023~36042、36065~36084、36068~36087、36069~36088、36109~36128、36112~36131、36113~36132、36116~36135、36121~36140、36124~36143、36125~36144、36181~36200、36182~36201、36186~36205、36248~36267、36251~36270、36262~36281、36280~36299、36281~36300、36286~36305、36287~36306、36288~36307、36289~36308、36292~36311、36313~36332、36426~36445、36833~36852、36959~36978、36997~37012、37002~37021、37018~37037、37019~37038、37020~37039、37029~37048、37031~37050、37032~37051、37033~37052、37034~37053、37035~37054、37036~37055、37070~37089、37071~37090、37074~37093、37075~37094、37076~37095、37086~37105、37087~37106、37088~37107、37089~37108、37093~37112、37125~37144、37135~37154、37213~37232、37224~37243、37241~37260、37266~37285、37267~37286、37280~37299、37281~37300、37291~37310、37292~37311、37308~37327、37318~37337、37340~37355、37341~37356、37343~37358、37353~37372、37355~37370、37356~37375、37367~37386、37368~37387、37369~37388、37370~37389、37375~37394、37390~37409、37391~37410、37392~37407、37392~37411、37401~37420、37402~37421、37406~37425、37407~37426、37416~37435、37420~37439、37425~37444、37436~37455、37480~37499、37481~37500、37482~37501、37483~37502、37529~37548、37530~37549、37531~37550、37562~37581、37614~37633、37617~37636、37634~37649、37637~37656、37660~37679、37665~37684、37676~37695、37680~37699、37886~37905、37888~37907、37889~37908、37890~37909、37923~37942、37924~37943、37968~37983、38042~38061、38058~38073、38060~38079、38095~38114、38113~38132、38114~38133、38115~38134、38116~38135、38121~38140、38139~38158、38140~38159、38145~38164、38154~38173、
38155~38174、38156~38175、38157~38176、38159~38178、38168~38187、38171~38190、38172~38191、38175~38194、38176~38195、38177~38196、38181~38196、38204~38223、38205~38224、38272~38291、38273~38292、38277~38296、38279~38298、38295~38314、38318~38337、38319~38338、38321~38340、38322~38341、38326~38345、38328~38347、38361~38380、38362~38381、38363~38382、38367~38386、38375~38394、38417~38436、38468~38487、38469~38488、38470~38489、38516~38535、38537~38556、38540~38559、38542~38561、38552~38571、38553~38572、38557~38576、38583~38602、38620~38639、38623~38642、38633~38652、38659~38678、38698~38717、38720~38739、38743~38762、38745~38764、38747~38766、38783~38802、38785~38804、38788~38807、38789~38808、38790~38809、38791~38810、38792~38811、38829~38848、38830~38845、38831~38850、39011~39026、もしくは39014~39029内の等長部分に少なくとも80%相補的であるもの、または配列番号2の核酸塩基216~235、218~237、220~239、521~540、670~689、1119~1138、1283~1302、1284~1303、1287~1306、1288~1307、1580~1599、1581~1600内の等長部分に少なくとも80%相補的であるもの、及び
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物であって、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも8個の核酸塩基の相補的領域を含むもの。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物であって、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1の核酸塩基3964~3983、4050~4069、4573~4592、4574~4593、4600~4619、4601~4620、4603~4622、4606~4625、4619~4638、4620~4639、4681~4700、4716~4735、4717~4736、4724~4743、4725~4744、4731~4750、4732~4751、4733~4752、4740~4759、4744~4763、4771~4790、4772~4791、4773~4792、4786~4805、4788~4807、4797~4816、4798~4817、4801~4820、4808~4827、4812~4831、4814~4833、4815~4834、4823~4838、4825~4844、4827~4846、4841~4860、4846~4865、4847~4866、4862~4881、4875~4894、4888~4907、4889~4908、4905~4924、4906~4925、4942~4961、4952~4971、4957~4976、4958~4977、5035~5054、5036~5055、5061~5080、5082~5101、5083~5102、5084~5103、5085~5104、5086~5101、5086~5105、5087~5102、5087~5106、5089~5104、5089~5108、5090~5105、5096~5115、5113~5132、5114~5133、5137~5156、5142~5161、5147~5162、5166~5185、5179~5198、5181~5200、5182~5201、5183~5202、5519~5538、5532~5551、5533~5552、5537~5556、5546~5565、5598~5617、5599~5618、5600~5619、5637~5656、5653~5672、5657~5676、5669~5688、5673~5692、5701~5720、5702~5721、5703~5722、5709~5728、5755~5774、5757~5776、5761~5780、5850~5869、5878~5897、5901~5920、5902~5921、5904~5923、5907~5926、5910~5929、5915~5934、5916~5935、5917~5936、5920~5939、5921~5940、5922~5941、5923~5942、5924~5943、5931~5950、5934~5953、5935~5954、5955~5974、5984~6003、5985~6004、6028~6047、6033~6052、6035~6054、6051~6070、6052~6071、6090~6109、6111~6130、6112~6131、6113~6132、6145~6164、6170~6189、6171~6190、6195~6214、6203~6222、6204~6223、6206~6225、6207~6226、6237~6256、6264~6283、6279~6298、6306~6325、6357~6376、6361~6380、6407~6426、6408~6427、6409~6428、6412~6431、6420~6439、6425~6444、6481~6500、6482~6501、6512~6527、6672~6691、6674~6689、6710~6729、6734~6753、6749~6768、6759~6778、6760~6779、6831~6850、6835~6854、6838~6857、6916~6935、6919~6938、6921~6940、6926~6945、6935~6954、6936~6955、6941~6960、6945~6964、7211~7230、7230~7249、7234~7253、7237~7256、7307~7326、7310~7329、7311~7330、7312~7331、7315~7334、7331~7350、7437~7456、7438~7457、7443~7462、7458~7477、7526~7545、7528~7547、7543~7562、7545~7564、7569~7588、7570~7589、7585~7604、7588~7607、7589~7608、7590~7609、7591~7610、7592~7607、7592~7611、7593~7608、7593~7612、7595~7610、7595~7614、7596~7611、7602~7621、7614~7633、7617~7636、7618~7637、7619~7638、7639~7658、7640~7659、7644~7663、7649~7664、7661~7680、7662~7681、7663~7682、7665~7684、7667~7686、7668~7687、7681~7700、7683~7702、7684~7703、7685~7704、7747~7766、7771~7790、7772~7791、7773~7792、7774~7793、7775~7794、7777~7796、7778~7797、7781~7800、7782~7801、7784~7803、7785~7804、7787~7806、7788~7807、7790~7809、7803~7822、7805~7824、7806~7825、7831~7850、7867~7882、7931~7950、7957~7976、7978~7997、7979~7998、7980~7999、8144~8163、8196~8215、8210~8229、8211~8230、8226~8245、8227~8246、8231~8250、8232~8251、8261~8280、8271~8286、8300~8319、8301~8320、8310~8329、8324~8343、8325~8344、8339~8358、8343~8362、8347~8366、8351~8370、8356~8375、8357~8376、8359~8378、8360~8379、8361~8380、8362~8381、8364~8383、8366~8385、8368~8387、8369~8388、8383~8402、8387~8406、8388~8407、8391~8410、8392~8411、8393~8412、8394~8413、8398~8417、8408~8427、8409~8428、8421~8440、8425~8444、8428~8447、8429~8448、8433~8452、8443~8462、8444~8463、8524~8543、8549~8568、8550~8569、8551~8570、8584~8603、8624~8643、8626~8645、8627~8646、8629~8648、8630~8649、8631~8650、8632~8651、8636~8655、8637~8656、8652~8671、8653~8672、8656~8675、8657~8676、8659~8678、8660~8679、8661~8680、8682~8701、8698~8717、8716~8735、8717~8736、8721~8740、8722~8741、8724~8743、8731~8750、8733~8752、8748~8767、8761~8780、8762~8781、8763~8782、8764~8783、8765~8784、8770~8789、8776~8795、8777~8796、8778~8797、8782~8801、8791~8806、8791~8810、8792~8811、8793~8808、8793~8812、8794~8809、8794~8813、8795~8810、8795~8814、8807~8826、8808~8827、8809~8828、8822~8841、8831~8850、8834~8853、8835~8854、8836~8855、8857~8876、8938~8957、8939~8958、8957~8972、8980~8999、9021~9040、9022~9041、9025~9044、9026~9041、9026~9045、9038~9057、9156~9175、9164~9183、9204~9223、9205~9224、9252~9271、9253~9272、9254~9273、9255~9274、9257~9276、9319~9338、9329~9348、9374~9393、9375~9394、9376~9395、9377~9396、9379~9398、9388~9407、9393~9412、9394~9413、9414~9433、9416~9435、9419~9438、9421~9440、9422~9441、9423~9442、9425~9444、9446~9465、9467~9486、9469~9488、9499~9518、9557~9576、9560~9579、9561~9580、9563~9582、9564~9583、9566~9585、9567~9586、9568~9587、9569~9588、9570~9589、9571~9590、9578~9597、9579~9598、9667~9686、9668~9687、9676~9695、9677~9696、9685~9704、9707~9726、9713~9732、9714~9733、9715~9734、9740~9759、9741~9760、9742~9761、9743~9762、9744~9763、9748~9767、9805~9824、9806~9825、9817~9836、9896~9915、10107~10126、10137~10156、10150~10169、10270~10289、10274~10293、10420~10439、10421~10440、10628~10647、10635~10654、10691~10710、10700~10719、10702~10721、10704~10723、10705~10724、10779~10798、10780~10799、11007~11026、11008~11027、11009~11028、11016~11035、11067~11086、11127~11146、11168~11187、11170~11189、11173~11192、11174~11193、11175~11194、11288~11307、11378~11397、11379~11398、11394~11413、11411~11430、11412~11431、11413~11432、11415~11434、11417~11436、11421~11440、11422~11441、11423~11442、11424~11443、11426~11445、11429~11448、11495~11514、11496~11515、11520~11539、11521~11540、11522~11541、11548~11567、11549~11568、11552~11571、11572~11591、11574~11593、11610~11629、11614~11633、11666~11685、11667~11686、11669~11688、11698~11717、11706~11725、11752~11771、11799~11818、11812~11831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32115、32246~32265、32259~32278、32353~32372、32354~32373、32355~32374、32356~32375、32357~32376、32359~32378、32367~32386、32401~32420、32424~32439、32451~32470、32456~32475、32457~32476、32473~32492、32480~32499、32554~32573、32661~32680、32662~32681、32676~32695、32677~32696、32728~32747、32768~32787、32813~32828、32814~32833、32825~32844、32874~32893、32875~32894、32889~32908、32947~32966、32957~32976、32961~32980、32962~32981、32967~32986、32968~32987、32969~32988、32970~32989、33037~33056、33046~33065、33346~33365、33347~33366、33356~33375、33357~33376、33358~33377、33359~33378、33361~33380、33435~33454、33437~33456、33438~33457、33439~33458、33443~33462、33446~33465、33456~33475、33475~33494、33476~33495、33493~33512、33496~33515、33497~33516、33498~33517、33507~33526、33508~33527、33511~33530、33549~33568、33571~33590、33587~33606、33588~33607、33600~33619、33601~33620、33604~33623、33605~33624、33606~33625、33619~33638、33622~33641、33625~33644、33626~33645、33631~33646、33636~33655、33650~33669、33679~33698、33680~33699、33683~33702、33684~33703、33685~33704、33686~33705、33688~33707、33706~33725、33713~33732、33714~33733、33754~33773、33756~33775、33762~33781、33764~33783、33765~33784、33769~33788、33793~33812、33807~33826、33865~33884、33867~33886、33869~33888、33883~33902、33884~33903、33922~33941、33946~33965、33948~33967、33950~33969、33951~33970、33952~33971、33953~33972、33958~33977、33959~33978、34109~34128、34110~34129、34113~34132、34117~34136、34129~34144、34157~34176、34158~34177、34159~34178、34160~34179、34162~34181、34165~34184、34166~34185、34178~34197、34198~34217、34214~34233、34223~34242、34278~34297、34298~34317、34309~34328、34327~34346、34329~34348、34330~34349、34369~34388、34383~34402、34386~34405、34387~34406、34407~34426、34409~34428、34411~34430、34418~34437、34438~34457、34440~34459、34475~34494、34479~34498、34481~34500、34485~34504、34487~34506、34488~34507、34489~34508、34490~34509、34492~34511、34493~34512、34494~34513、34502~34521、34504~34523、34505~34524、34506~34525、34515~34534、34536~34555、34537~34556、34547~34566、34548~34567、34564~34583、34566~34585、34567~34586、34568~34587、34581~34600、34582~34601、34647~34666、34648~34667、34649~34668、34652~34671、34655~34674、34656~34675、34657~34676、34712~34731、34718~34737、34719~34738、35016~35035、35017~35036、35018~35037、35019~35038、35021~35040、35023~35042、35057~35076、35058~35077、35059~35078、35069~35088、35096~35115、35097~35116、35100~35119、35101~35120、35102~35121、35104~35123、35267~35286、35289~35308、35336~35355、35337~35356、35343~35362、35344~35363、35345~35364、35349~35368、35350~35369、35351~35370、35381~35400、35382~35401、35385~35404、35391~35406、35396~35411、35401~35420、35402~35421、35423~35442、35424~35443、35425~35444、35435~35454、35438~35457、35442~35461、35445~35464、35446~35465、35495~35510、35502~35517、35509~35524、35511~35530、35512~35531、35514~35533、35515~35534、35516~35535、35520~35535、35533~35552、35543~35562、35547~35566、35570~35589、35613~35632、35615~35634、35619~35638、35620~35639、35621~35640、35631~35650、35639~35658、35640~35659、35642~35661、35643~35662、35644~35663、35652~35671、35653~35672、35654~35673、35655~35674、35657~35676、35664~35683、35667~35686、35668~35687、35675~35690、35681~35700、35683~35702、35685~35704、35705~35724、35706~35725、35709~35728、35711~35730、35712~35731、35719~35738、35720~35739、35736~35755、35745~35764、35746~35765、35747~35766、35748~35767、35753~35772、35764~35783、35765~35784、35769~35788、35783~35802、35784~35803、35788~35807、35789~35808、35799~35818、35802~35821、35809~35828、35810~35829、35811~35830、35812~35831、35815~35834、35816~35835、35817~35836、35818~35837、35819~35838、35820~35839、35830~35849、35844~35859、35877~35896、35879~35898、35881~35900、35882~35901、35914~35933、35987~36006、35988~36007、35992~36011、35994~36013、35995~36014、35996~36015、35998~36017、36007~36026、36021~36040、36022~36041、36023~36042、36065~36084、36068~36087、36069~36088、36109~36128、36112~36131、36113~36132、36116~36135、36121~36140、36124~36143、36125~36144、36181~36200、36182~36201、36186~36205、36248~36267、36251~36270、36262~36281、36280~36299、36281~36300、36286~36305、36287~36306、36288~36307、36289~36308、36292~36311、36313~36332、36426~36445、36833~36852、36959~36978、36997~37012、37002~37021、37018~37037、37019~37038、37020~37039、37029~37048、37031~37050、37032~37051、37033~37052、37034~37053、37035~37054、37036~37055、37070~37089、37071~37090、37074~37093、37075~37094、37076~37095、37086~37105、37087~37106、37088~37107、37089~37108、37093~37112、37125~37144、37135~37154、37213~37232、37224~37243、37241~37260、37266~37285、37267~37286、37280~37299、37281~37300、37291~37310、37292~37311、37308~37327、37318~37337、37340~37355、37341~37356、37343~37358、37353~37372、37355~37370、37356~37375、37367~37386、37368~37387、37369~37388、37370~37389、37375~37394、37390~37409、37391~37410、37392~37407、37392~37411、37401~37420、37402~37421、37406~37425、37407~37426、37416~37435、37420~37439、37425~37444、37436~37455、37480~37499、37481~37500、37482~37501、37483~37502、37529~37548、37530~37549、37531~37550、37562~37581、37614~37633、37617~37636、37634~37649、37637~37656、37660~37679、37665~37684、37676~37695、37680~37699、37886~37905、37888~37907、37889~37908、37890~37909、37923~37942、37924~37943、37968~37983、38042~38061、38058~38073、38060~38079、38095~38114、38113~38132、38114~38133、38115~38134、38116~38135、38121~38140、38139~38158、38140~38159、38145~38164、38154~38173、
38155~38174、38156~38175、38157~38176、38159~38178、38168~38187、38171~38190、38172~38191、38175~38194、38176~38195、38177~38196、38181~38196、38204~38223、38205~38224、38272~38291、38273~38292、38277~38296、38279~38298、38295~38314、38318~38337、38319~38338、38321~38340、38322~38341、38326~38345、38328~38347、38361~38380、38362~38381、38363~38382、38367~38386、38375~38394、38417~38436、38468~38487、38469~38488、38470~38489、38516~38535、38537~38556、38540~38559、38542~38561、38552~38571、38553~38572、38557~38576、38583~38602、38620~38639、38623~38642、38633~38652、38659~38678、38698~38717、38720~38739、38743~38762、38745~38764、38747~38766、38783~38802、38785~38804、38788~38807、38789~38808、38790~38809、38791~38810、38792~38811、38829~38848、38830~38845、38831~38850、39011~39026、もしくは39014~39029内の等長部分に少なくとも80%相補的であるもの、または配列番号2の核酸塩基216~235、218~237、220~239、521~540、670~689、1119~1138、1283~1302、1284~1303、1287~1306、1288~1307、1580~1599、1581~1600内の等長部分に少なくとも80%相補的であるもの、及び
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物であって、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも8個の核酸塩基の相補的領域を含むもの。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
ある特定の実施形態では、オリゴマー二重鎖は、以下を含む:
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物であって、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1の核酸塩基5084~5133、19997~20061、20076~20133、20528~2061120616、22294~22329、22453~22476、2259722595~22626、25530~25565、25606~25652、25710~25767、25768~25827、28421~28468、29924~29949、29968~30021、31072~31096、31792~31837、32353~32386、または35016~35042内の等長部分に少なくとも80%相補的であるもの、及び
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物であって、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも8個の核酸塩基の相補的領域を含むもの。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物であって、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1の核酸塩基5084~5133、19997~20061、20076~20133、20528~2061120616、22294~22329、22453~22476、2259722595~22626、25530~25565、25606~25652、25710~25767、25768~25827、28421~28468、29924~29949、29968~30021、31072~31096、31792~31837、32353~32386、または35016~35042内の等長部分に少なくとも80%相補的であるもの、及び
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物であって、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも8個の核酸塩基の相補的領域を含むもの。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
ある特定の実施形態では、オリゴマー二重鎖は、以下を含む:
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物であって、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号12~2687のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、または少なくとも16個の連続する核酸塩基を含み、各チミンがウラシルで置き換えられているもの、及び
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物であって、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも8個の核酸塩基の相補的領域を含むもの。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物であって、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号12~2687のいずれかの核酸塩基配列の少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、または少なくとも16個の連続する核酸塩基を含み、各チミンがウラシルで置き換えられているもの、及び
8~80個の連結したヌクレオシドからなる第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物であって、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも8個の核酸塩基の相補的領域を含むもの。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
ある特定の実施形態では、該第一のオリゴマー化合物は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、該第二のオリゴマー化合物は、センス化合物である。ある特定の実施形態では、該第二の修飾オリゴヌクレオチドは、センスオリゴヌクレオチドである。
ある特定の実施形態では、オリゴマー二重鎖は、以下を含む:
16~80個の連結したヌクレオシドからなる第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物であって、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号12~89のいずれかの核酸塩基配列を含み、各チミンがウラシルで置き換えられているもの、及び
16~80個の連結したヌクレオシドからなる第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物であって、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも16個の核酸塩基の相補的領域を含むもの。
16~80個の連結したヌクレオシドからなる第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物であって、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号12~89のいずれかの核酸塩基配列を含み、各チミンがウラシルで置き換えられているもの、及び
16~80個の連結したヌクレオシドからなる第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物であって、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも16個の核酸塩基の相補的領域を含むもの。
ある特定の実施形態では、該第一のオリゴマー化合物は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態では、該第二のオリゴマー化合物は、センス化合物である。ある特定の実施形態では、該第二の修飾オリゴヌクレオチドは、センスオリゴヌクレオチドである。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第一の修飾オリゴヌクレオチド及び/または該第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含み得る。適切な修飾糖部分の例としては、二環式糖部分、例えば、-O-CH2-及び-O-CH(CH3)-から選択される2’-4’架橋を含む二環式糖部分、ならびに非二環式糖部分、例えば、2’-MOE糖部分、2’-F糖部分、2’-OMe糖部分、または2’-NMA糖部分が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチド及び/または該第二の修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの少なくとも80%、少なくとも90%、または100%は、2’-F糖部分及び2’-OMe糖部分から選択される修飾糖部分を含む。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第一の修飾オリゴヌクレオチド及び/または該第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドは、糖サロゲートを含み得る。適切な糖サロゲートの例としては、モルホリノ、ペプチド核酸(PNA)、グリコール核酸(GNA)、及びアンロックド核酸(UNA)が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドは、糖サロゲートを含み、それはGNAであり得る。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第一の修飾オリゴヌクレオチド及び/または該第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合を含み得る。ある特定の実施形態では、該修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、該第一の修飾オリゴヌクレオチドの5’末端及び/または3’末端から一番目、二番目、または三番目のヌクレオシド間結合のうちの少なくとも1つは、ホスホロチオエート結合を含む。ある特定の実施形態では、該第二の修飾オリゴヌクレオチドの5’末端及び/または3’末端から一番目、二番目、または三番目のヌクレオシド間結合のうちの少なくとも1つは、ホスホロチオエート結合を含む。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第一の修飾オリゴヌクレオチド及び/または該第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み得る。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第一の修飾オリゴヌクレオチド及び/または該第二の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から選択され得る。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第一の修飾オリゴヌクレオチド及び/または該第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの核酸塩基は、修飾核酸塩基であり得る。ある特定の実施形態では、該修飾核酸塩基は、5-メチルシトシンである。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第一の修飾オリゴヌクレオチドは、最も5’側のヌクレオシドの5’位に結合した安定化リン酸基を含み得る。ある特定の実施形態では、該5’-安定化リン酸基は、シクロプロピルホスホネートまたは(E)-ビニルホスホネートを含む。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第一の修飾オリゴヌクレオチドは、コンジュゲート基を含み得る。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、コンジュゲートリンカー及びコンジュゲート部分を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、該第一の修飾オリゴヌクレオチドに該第一の修飾オリゴヌクレオチドの5’末端で結合される。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、該第一の修飾オリゴヌクレオチドに該修飾オリゴヌクレオチドの3’末端で結合される。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、N-アセチルガラクトサミンを含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、トランスフェリン受容体(TfR)、別名TfR1及びCD71に対して親和性を有する細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、抗TfR1抗体またはその断片を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、TfR1を結合することが可能なタンパク質またはペプチドを含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、TfR1を結合することが可能なアプタマーを含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、C22アルキル、C20アルキル、C16アルキル、C10アルキル、C21アルキル、C19アルキル、C18アルキル、C17アルキル、C15アルキル、C14アルキル、C13アルキル、C12アルキル、C11アルキル、C9アルキル、C8アルキル、C7アルキル、C6アルキル、C5アルキル、C22アルケニル、C20アルケニル、C16アルケニル、C10アルケニル、C21アルケニル、C19アルケニル、C18アルケニル、C17アルケニル、C15アルケニル、C14アルケニル、C13アルケニル、C12アルケニル、C11アルケニル、C9アルケニル、C8アルケニル、C7アルケニル、C6アルケニル、またはC5アルケニルのいずれかから選択されるコンジュゲート部分を含み得る。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、そのアルキル鎖が1つ以上の不飽和結合を有するC22アルキル、C20アルキル、C16アルキル、C10アルキル、C21アルキル、C19アルキル、C18アルキル、C17アルキル、C15アルキル、C14アルキル、C13アルキル、C12アルキル、C11アルキル、C9アルキル、C8アルキル、C7アルキル、C6アルキル、またはC5アルキルのいずれかから選択されるコンジュゲート部分を含み得る。
本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかにおいて、該第二の修飾オリゴヌクレオチドは、コンジュゲート基を含み得る。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、コンジュゲートリンカー及びコンジュゲート部分を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、該第二の修飾オリゴヌクレオチドに該第二の修飾オリゴヌクレオチドの5’末端で結合される。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、該第二の修飾オリゴヌクレオチドに該修飾オリゴヌクレオチドの3’末端で結合される。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、N-アセチルガラクトサミンを含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、トランスフェリン受容体(TfR)、別名TfR1及びCD71に対して親和性を有する細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、抗TfR1抗体またはその断片を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、TfR1を結合することが可能なタンパク質またはペプチドを含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、TfR1を結合することが可能なアプタマーを含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、C22アルキル、C20アルキル、C16アルキル、C10アルキル、C21アルキル、C19アルキル、C18アルキル、C17アルキル、C15アルキル、C14アルキル、C13アルキル、C12アルキル、C11アルキル、C9アルキル、C8アルキル、C7アルキル、C6アルキル、C5アルキル、C22アルケニル、C20アルケニル、C16アルケニル、C10アルケニル、C21アルケニル、C19アルケニル、C18アルケニル、C17アルケニル、C15アルケニル、C14アルケニル、C13アルケニル、C12アルケニル、C11アルケニル、C9アルケニル、C8アルケニル、C7アルケニル、C6アルケニル、またはC5アルケニルのいずれかから選択されるコンジュゲート部分を含み得る。ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、そのアルキル鎖が1つ以上の不飽和結合を有するC22アルキル、C20アルキル、C16アルキル、C10アルキル、C21アルキル、C19アルキル、C18アルキル、C17アルキル、C15アルキル、C14アルキル、C13アルキル、C12アルキル、C11アルキル、C9アルキル、C8アルキル、C7アルキル、C6アルキル、またはC5アルキルのいずれかから選択されるコンジュゲート部分を含み得る。
ある特定の実施形態では、アンチセンス剤は、アンチセンス化合物を含み、これは、本明細書に記載のオリゴマー化合物またはオリゴマー二重鎖を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載のオリゴマー化合物またはオリゴマー二重鎖を含み得るアンチセンス剤は、RISC/Ago2の活性化によりIFNAR1核酸の量を低減することが可能なRNAi剤である。
ある特定の実施形態は、2つ以上のオリゴマー二重鎖を含むオリゴマー剤を提供する。ある特定の実施形態では、オリゴマー剤は、本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかの2つ以上を含む。ある特定の実施形態では、オリゴマー剤は、2つ以上の同じオリゴマー二重鎖を含み、これは、本明細書に記載のオリゴマー二重鎖のいずれかであり得る。ある特定の実施形態では、該2つ以上のオリゴマー二重鎖は、合わせて結合される。ある特定の実施形態では、該2つ以上のオリゴマー二重鎖は、合わせて共有結合される。ある特定の実施形態では、該2つ以上のオリゴマー二重鎖の第二の修飾オリゴヌクレオチドは、合わせて共有結合される。ある特定の実施形態では、該2つ以上のオリゴマー二重鎖の第二の修飾オリゴヌクレオチドは、合わせてそれらの3’末端で共有結合される。ある特定の実施形態では、該2つ以上のオリゴマー二重鎖は、グリコールリンカー、例えば、テトラエチレングリコールリンカーによって合わせて共有結合される。ある特定のかかる化合物は、例えば、Alterman,et al.,Nature Biotech.,37:844-894,2019に記載されている。
I.特定のオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、連結したヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を本明細書に提供する。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド(RNAまたはDNA)の場合もあれば、修飾オリゴヌクレオチドの場合もある。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾RNAまたはDNAに対して少なくとも1つの修飾を含む。すなわち、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド(修飾糖部分及び/または修飾核酸塩基を含む)及び/または少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。修飾オリゴヌクレオチドでの使用に適切なある特定の修飾ヌクレオシド及び修飾ヌクレオシド間結合を以下に記載する。
ある特定の実施形態では、連結したヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を本明細書に提供する。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド(RNAまたはDNA)の場合もあれば、修飾オリゴヌクレオチドの場合もある。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾RNAまたはDNAに対して少なくとも1つの修飾を含む。すなわち、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド(修飾糖部分及び/または修飾核酸塩基を含む)及び/または少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。修飾オリゴヌクレオチドでの使用に適切なある特定の修飾ヌクレオシド及び修飾ヌクレオシド間結合を以下に記載する。
A.特定の修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基、または修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。ある特定の実施形態では、以下の修飾糖部分及び/または以下の修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドは、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基、または修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。ある特定の実施形態では、以下の修飾糖部分及び/または以下の修飾核酸塩基を含む修飾ヌクレオシドは、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれ得る。
1.特定の糖部分
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、非二環式修飾糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、二環式または三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖サロゲートである。かかる糖サロゲートは、他のタイプの修飾糖部分のものに対応する1つ以上の置換を含み得る。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、非二環式修飾糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、二環式または三環式糖部分である。ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖サロゲートである。かかる糖サロゲートは、他のタイプの修飾糖部分のものに対応する1つ以上の置換を含み得る。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、1つ以上の置換基を有するフラノシル環を含む非二環式修飾糖部分であり、該置換基のいずれも、該フラノシル環の2つの原子を2環式構造を形成するために架橋しない。かかる非架橋置換基は、2’、3’、4’、及び/または5’位での置換基が挙げられるがこれらに限定されない任意の該フラノシルの位置にあってよい。ある特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分の1つ以上の非架橋置換基は分岐している。非二環式修飾糖部分に適切な2’-置換基の例としては、2’-F、2’-OCH3(「OMe」または「O-メチル」)、及び2’-O(CH2)2OCH3(「MOE」または「O-メトキシエチル」)が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、2’-置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1-C10アルコキシ、O-C1-C10置換アルコキシ、O-C1-C10アルキル、O-C1-C10置換アルキル、S-アルキル、N(Rm)-アルキル、O-アルケニル、S-アルケニル、N(Rm)-アルケニル、O-アルキニル、S-アルキニル、N(Rm)-アルキニル、O-アルキレニル-O-アルキル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、O-アルカリル、O-アラルキル、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)またはOCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)の中から選択され、式中、各Rm及びRnは、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC1-C10アルキル、-O(CH2)2ON(CH3)2(「DMAOE」)、2’-O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2(「DMAEOE」)、ならびにCook et al.,U.S.6,531,584、Cook et al.,U.S.5,859,221、及びCook et al.,U.S.6,005,087に記載されている2’-置換基である。これらの2’-置換基のある特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ(NO2)、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルの中から独立して選択される1つ以上の置換基でさらに置換され得る。ある特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分は、3’位に置換基を含む。修飾糖部分の3’位に適切な置換基の例としては、アルコキシ(例えば、メトキシ)、アルキル(例えば、メチル、エチル)が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分は、4’位に置換基を含む。非二環式修飾糖部分に適切な4’置換基の例としては、アルコキシ(例えば、メトキシ)、アルキル、及びManoharan et al.,WO2015/106128に記載されているものが挙げられるがこれらに限定されない。非二環式修飾糖部分に適切な5’置換基の例としては、5’-メチル(RまたはS)、5’-ビニル、エチル、及び5’-メトキシが挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、非二環式修飾糖部分は、例えば、2’-F-5’-メチル糖部分、ならびにMigawa et al.,WO2008/101157及びRajeev et al.,US2013/0203836に記載の、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシドなど、2つ以上の非架橋糖置換基を含む。
ある特定の実施形態では、2’-置換非二環式修飾ヌクレオシドは、F、NH2、N3、OCF3、OCH3、O(CH2)3NH2、CH2CH=CH2、OCH2CH=CH2、O(CH2)2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2、及びN-置換アセトアミド(OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn))から選択される非架橋2’-置換基を含む糖部分を含み、式中、各Rm及びRnは、独立して、H、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のC1-C10アルキルである。
ある特定の実施形態では、2’-置換ヌクレオシド非二環式修飾ヌクレオシドは、F、OCF3、OCH3、O(CH2)2OCH3(MOE)、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2、O(CH2)2ON(CH3)2(「DMAOE」)、OCH2OCH2N(CH2)2(「DMAEOE」)、及びOCH2C(=O)-N(H)CH3(「NMA」)から選択される非架橋2’-置換基を含む糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、2’-置換非二環式修飾ヌクレオシドは、F、OCH3、及びO(CH2)2OCH3から選択される非架橋2’-置換基を含む糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、修飾フラノシル糖部分及びかかる修飾フラノシル糖部分を組み込むヌクレオシドは、異性体配置によってさらに定義される。例えば、2’-デオキシフラノシル糖部分は、天然に存在するβ-D-デオキシリボシル配置以外に7種の異性体配置をとり得る。かかる修飾糖部分は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるWO2019/157531に記載されている。2’修飾糖部分は、2’-デオキシフラノシル糖部分に対して2’位にさらなる立体中心を有する。従って、かかる糖部分は、合計で16種の異性体配置を有する可能性がある。本明細書に記載の2’修飾糖部分は、別様に明記されない限り、β-D-リボシル異性体配置にある。
天然に存在する核酸では、糖は3’と5’で互いに連結している。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、代替位置、例えば2’位において連結された、または5’から3’に逆に連結した、1つ以上のヌクレオシドもしくは糖部分を含む。例えば、連結が2’位にある場合、2’-置換基は、代わりに3’位にあってもよい。
ある特定の修飾糖部分は、第二の環を形成して二環式糖部分をもたらすフラノシル環の2つの原子を架橋する置換基を含む。かかる二環式糖部分を含むヌクレオシドは、二環式ヌクレオシド(BNA)、ロックドヌクレオシド、または配座固定されたヌクレオチド(CRN)と呼ばれている。ある特定のかかる化合物は、米国特許公開第2013/0190383号及びPCT公開第WO2013/036868号に記載されている。ある特定のかかる実施形態では、該二環式糖部分は、4’フラノース環原子と2’フラノース環原子の間に架橋を含む。ある特定のかかる実施形態では、該フラノース環は、リボース環である。かかる4’と2’を架橋する糖置換基の例としては、4’-CH2-2’、4’-(CH2)2-2’、4’-(CH2)3-2’、4’-CH2-O-2’(「LNA」)、4’-CH2-S-2’、4’-(CH2)2-O-2’(「ENA」)、4’-CH(CH3)-O-2’(S配置にある場合、「拘束エチル」または「cEt」と称される)、4’-CH2-O-CH2-2’、4’-CH2-N(R)-2’、4’-CH(CH2OCH3)-O-2’(「拘束MOE」または「cMOE」)及びその類似体(例えば、Seth et al.,U.S.7,399,845、Bhat et al.,U.S.7,569,686、Swayze et al.,U.S.7,741,457、及びSwayze et al.,U.S.8,022,193参照)、4’-C(CH3)(CH3)-O-2’及びその類似体(例えば、Seth et al.,U.S.8,278,283参照)、4’-CH2-N(OCH3)-2’及びその類似体(例えば、Prakash et al.,U.S.8,278,425参照)、4’-CH2-O-N(CH3)-2’(例えば、Allerson et al.,U.S.7,696,345及びAllerson et al.,U.S.8,124,745参照)、4’-CH2-C(H)(CH3)-2’(例えば、Zhou,et al.,J.Org.Chem.,2009,74,118-134参照)、4’-CH2-C(=CH2)-2’及びその類似体(例えば、Seth et al.,U.S.8,278,426参照)、4’-C(RaRb)-N(R)-O-2’、4’-C(RaRb)-O-N(R)-2’、4’-CH2-O-N(R)-2’、及び4’-CH2-N(R)-O-2’が挙げられるがこれらに限定されず、式中、各R、Ra、及びRbは、独立して、H、保護基、またはC1-C12アルキルである(例えば、Imanishi et al.,U.S.7,427,672参照)。
ある特定の実施形態では、かかる4’と2’の架橋は、独立して、-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-、及び-N(Ra)-から選択される1~4個の連結基を含み、
式中、
xは、0、1、または2であり、
nは、1、2、3、または4であり、
各Ra及びRbは、独立して、H、保護基、ヒドロキシル、C1-C12アルキル、置換C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換C2-C12アルキニル、C5-C20アリール、置換C5-C20アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、C5-C7脂環式ラジカル、置換C5-C7脂環式ラジカル、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)2-J1)、またはスルホキシル(S(=O)-J1)であり、
各J1及びJ2は、独立して、H、C1-C12アルキル、置換C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換C2-C12アルキニル、C5-C20アリール、置換C5-C20アリール、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、C1-C12アミノアルキル、置換C1-C12アミノアルキル、または保護基である。
式中、
xは、0、1、または2であり、
nは、1、2、3、または4であり、
各Ra及びRbは、独立して、H、保護基、ヒドロキシル、C1-C12アルキル、置換C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換C2-C12アルキニル、C5-C20アリール、置換C5-C20アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、C5-C7脂環式ラジカル、置換C5-C7脂環式ラジカル、ハロゲン、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、CN、スルホニル(S(=O)2-J1)、またはスルホキシル(S(=O)-J1)であり、
各J1及びJ2は、独立して、H、C1-C12アルキル、置換C1-C12アルキル、C2-C12アルケニル、置換C2-C12アルケニル、C2-C12アルキニル、置換C2-C12アルキニル、C5-C20アリール、置換C5-C20アリール、アシル(C(=O)-H)、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、C1-C12アミノアルキル、置換C1-C12アミノアルキル、または保護基である。
追加の二環式糖部分が当技術分野で知られている。例えば、Freier et al.,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443,Albaek et al.,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740,Singh et al.,Chem.Commun.,1998,4,455-456、Koshkin et al.,Tetrahedron,1998,54,3607-3630、Wahlestedt et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638、Kumar et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222、Singh et al.,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039、Srivastava et al.,J.Am.Chem.Soc.,2007,129,8362-8379、Elayadi et al.,Curr.Opinion Invens.Drugs,2001,2,558-561、Braasch et al.,Chem.Biol.,2001,8,1-7、Orum et al.,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,239-243、Wengel et al.,U.S.7,053,207,Imanishi et al.,U.S.6,268,490,Imanishi et al.U.S.6,770,748,Imanishi et al.,U.S.RE44,779、Wengel et al.,U.S.6,794,499,Wengel et al.,U.S.6,670,461、Wengel et al.,U.S.7,034,133,Wengel et al.,U.S.8,080,644、Wengel et al.,U.S.8,034,909、Wengel et al.,U.S.8,153,365、Wengel et al.,U.S.7,572,582、及びRamasamy et al.,U.S.6,525,191,Torsten et al.,WO2004/106356,Wengel et al.,WO1999/014226、Seth et al.,WO2007/134181、Seth et al.,U.S.7,547,684、Seth et al.,U.S.7,666,854、Seth et al.,U.S.8,088,746、Seth et al.,U.S.7,750,131、Seth et al.,U.S.8,030,467、Seth et al.,U.S.8,268,980、Seth et al.,U.S.8,546,556、Seth et al.,U.S.8,530,640、Migawa et al.,U.S.9,012,421、Seth et al.,U.S.8,501,805、Allerson et al.,US2008/0039618、及びMigawa et al.,US2015/0191727を参照されたい。ある特定の実施形態では、二環式糖部分及びかかる二環式糖部分を組み込むヌクレオシドは、異性体配置によってさらに定義される。例えば、LNAヌクレオシド(本明細書に記載される)は、α-L配置でもβ-D配置でもよい。
α-L-メチレンオキシ(4’-CH2-O-2’)またはα-L-LNA二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示したオリゴヌクレオチドに組み込まれている(Frieden et al.,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。ロックド核酸をsiRNAに添加すると、血清中のsiRNAの安定性が高まり、オフターゲット効果が減少することが示されている(Elmen,J.et al.,(2005)Nucleic Acids Research 33(1):439-447、Mook,OR.et al.,(2007)Mal Cane Ther 6(3):833-843、Grunweller,A.et al.,(2003)Nucleic Acids Research 31(12):3185-3193)。本明細書では、二環式ヌクレオシドの一般的表現には両方の異性体配置が含まれる。特定の二環式ヌクレオシド(例えば、LNAまたはcEt)の位置が、本明細書における例示的な実施形態において特定される場合、それらは別段に特定されない限り、β-D配置にある。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、1つ以上の非架橋糖置換基及び1つ以上の架橋糖置換基(例えば、5’置換及び4’-2’架橋糖)を含む。
ある特定の実施形態では、修飾糖部分は、糖サロゲートである。ある特定のかかる実施形態では、該糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素、または窒素原子で置き換えられる。ある特定のかかる実施形態では、かかる修飾糖部分はまた、本明細書に記載の架橋及び/または非架橋置換基も含む。例えば、ある特定の糖サロゲートは、4’-硫黄原子ならびに2’位(例えば、Bhat et al.,U.S.7,875,733及びBhat et al.,U.S.7,939,677参照)及び/または5’位における置換を含む。
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、5原子以外を有する環を含む。例えば、ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、6員のテトラヒドロピラン(「THP」)を含む。かかるテトラヒドロピランは、さらに修飾されても置換されてもよい。かかる修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドとしては、ヘキシトール核酸(「HNA」)、アニトール(anitol)核酸(「ANA」)、マニトール(manitol)核酸(「MNA」)(例えば、Leumann,CJ.Bioorg.& Med.Chem.2002,10,841-854参照)、フルオロHNA:
(「F-HNA」、例えば、Swayze et al.,U.S.8,088,904、Swayze et al.,U.S.8,440,803、Swayze et al.,U.S.8,796,437、及びSwayze et al.,U.S.9,005,906参照、F-HNAはまた、F-THPまたは3’-フルオロテトラヒドロピランとも称され得る)、ならびに以下の式を有するさらなる修飾THP化合物を含むヌクレオシドが挙げられるがこれらに限定されず、
式中、上記の修飾THPヌクレオシドの各々について、独立して
Bxは、核酸塩基部分であり、
T3及びT4は、各々独立して、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であるか、またはT3及びT4の一方は、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、または5’もしくは3’末端基であり、
q1、q2、q3、q4、q5、q6、及びq7は、各々独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり、
R1及びR2の各々は、独立して、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2、及びCNの中から選択され、式中、Xは、O、S、またはNJ1であり、各J1、J2、及びJ3は独立して、HまたはC1-C6アルキルである。
Bxは、核酸塩基部分であり、
T3及びT4は、各々独立して、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であるか、またはT3及びT4の一方は、修飾THPヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残りに結合するヌクレオシド間結合基であり、T3及びT4の他方は、H、ヒドロキシル保護基、コンジュゲート基、または5’もしくは3’末端基であり、
q1、q2、q3、q4、q5、q6、及びq7は、各々独立して、H、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、C2-C6アルケニル、置換C2-C6アルケニル、C2-C6アルキニル、または置換C2-C6アルキニルであり、
R1及びR2の各々は、独立して、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2、及びCNの中から選択され、式中、Xは、O、S、またはNJ1であり、各J1、J2、及びJ3は独立して、HまたはC1-C6アルキルである。
ある特定の実施形態では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7が各々Hである修飾THPヌクレオシドを提供する。ある特定の実施形態では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7の少なくとも1つは、H以外である。ある特定の実施形態では、q1、q2、q3、q4、q5、q6及びq7の少なくとも1つは、メチルである。ある特定の実施形態では、R1及びR2の一方がFである修飾THPヌクレオシドを提供する。ある特定の実施形態では、R1は、Fであり、R2は、Hであり、ある特定の実施形態では、R1は、メトキシであり、R2は、Hであり、ある特定の実施形態では、R1は、メトキシエトキシであり、R2は、Hである。
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、5個よりも多くの原子及び1個よりも多くのヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド、及びオリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用が報告されている(例えば、Braasch et al.,Biochemistry,2002,41,4503-4510、ならびにSummerton et al.,U.S.5,698,685、Summerton et al.,US5,166,315、Summerton et al.,U.S.5,185,444、及びSummerton et al.,U.S.5,034,506参照)。本明細書で使用される、「モルホリノ」という用語は、以下の構造を有する糖サロゲートを意味する。
ある特定の実施形態では、モルホリノは、例えば、上記のモルホリノ構造から種々の置換基を付加するかまたは変更することによって修飾されてもよい。かかる糖サロゲートは本明細書では「修飾モルホリノ」と呼ばれる。
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは非環式部分を含む。かかる非環式糖サロゲートを含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例としては、ペプチド核酸(「PNA」)、非環式ブチル核酸(例えば、Kumar et al.,Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865参照)、ならびにManoharan et al.,WO2011/133876に記載のヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、糖サロゲートは非環式部分を含む。かかる非環式糖サロゲートを含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例としては、ペプチド核酸(「PNA」)、非環式ブチル核酸(例えば、Kumar et al.,Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865参照)、ならびにManoharan et al.,US2013/130378に記載のヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。PNA化合物の調製を教示する代表的な米国特許としては、米国特許第5,539,082号、第5,714,331号、及び第5,719,262号が挙げられるがこれらに限定されない。本発明のオリゴヌクレオチドでの使用に適したさらなるPNA化合物は、例えば、Nielsen et al.,Science,1991,254,1497-1500に記載されている。
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、UNA(アンロックド核酸)ヌクレオシドの「アンロックド」糖構造である。UNAは、アンロックド非環式核酸であり、糖の結合のいずれかが除去されており、アンロックド糖サロゲートが形成される。UNAの調製を教示する代表的な米国公開としては、これらに限定されるわけではないが、米国特許第8,314,227号、ならびに米国特許公開第2013/0096289号、第2013/0011922号、及び第2011/0313020号が挙げられ、その各々の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
ある特定の実施形態では、糖サロゲートは、以下に示されるGNA(グリコール核酸)ヌクレオシドに見られるグリセロールであり:
式中、Bxは任意の核酸塩基を表す。
多くの他の二環式糖及び三環式糖ならびに糖サロゲートが当技術分野で知られており、これらは修飾ヌクレオシドに使用することができる。
2.特定の修飾核酸塩基
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む1つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない1つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上のイノシンヌクレオシド(すなわち、ヒポキサンチン核酸塩基を含むヌクレオシド)を含む。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む1つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される、核酸塩基を含まない1つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上のイノシンヌクレオシド(すなわち、ヒポキサンチン核酸塩基を含むヌクレオシド)を含む。
ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにN-2、N-6及びO-6置換プリンから選択される。ある特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5-メチルシトシン、2-アミノプロピルアデニン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、6-N-メチルグアニン、6-N-メチルアデニン、2-プロピルアデニン、2-チオウラシル、2-チオチミン及び2-チオシトシン、5-プロピニル(-C≡C-CH3)ウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、5-リボシルウラシル(シュードウラシル)、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、8-アザ及び他の8-置換プリン、5-ハロ、特に5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-ハロウラシル、及び5-ハロシトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、6-N-ベンゾイルアデニン、2-N-イソブチリルグアニン、4-N-ベンゾイルシトシン、4-N-ベンゾイルウラシル、5-メチル4-N-ベンゾイルシトシン、5-メチル4-N-ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、無差別塩基(promiscuous base)、サイズ拡張塩基(size-expanded base)及びフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば、1,3-ジアザフェノキサジン-2-オン、1,3-ジアザフェノチアジン-2-オン及び9-(2-アミノエトキシ)-1,3-ジアザフェノキサジン-2-オン(G-クランプ)が挙げられる。修飾核酸塩基としては、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環により置き換えられているもの、例えば、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン及び2-ピリドンを挙げることもできる。さらなる核酸塩基としては、Merigan et al.,U.S.3,687,808に開示されているもの、The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,Kroschwitz,J.I.,Ed.,John Wiley&Sons,1990,858-859、Englisch et al.,Angewandte Chemie,International Edition,1991,30,613、Sanghvi,Y.S.,Chapter 15,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.and Lebleu,B.,Eds.,CRC Press,1993,273-288に開示されているもの、ならびにChapters 6及び15,Antisense Drug Technology,Crooke S.T.,Ed.,CRC Press,2008,163-166及び442-443に開示されているものが挙げられる。
上述の修飾核酸塩基及び他の修飾核酸塩基のうちのいくつかについての調製を教示する刊行物としては、Manoharan et al.,US2003/0158403、Manoharan et al.,US2003/0175906、Dinh et al.,U.S.4,845,205、Spielvogel et al.,U.S.5,130,302、Rogers et al.,U.S.5,134,066、Bischofberger et al.,U.S.5,175,273、Urdea et al.,U.S.5,367,066、Benner et al.,U.S.5,432,272、Matteucci et al.,U.S.5,434,257、Gmeiner et al.,U.S.5,457,187、Cook et al.,U.S.5,459,255、Froehler et al.,U.S.5,484,908、Matteucci et al.,U.S.5,502,177、Hawkins et al.,U.S.5,525,711、Haralambidis et al.,U.S.5,552,540、Cook et al.,U.S.5,587,469、Froehler et al.,U.S.5,594,121、Switzer et al.,U.S.5,596,091、Cook et al.,U.S.5,614,617、Froehler et al.,U.S.5,645,985、Cook et al.,U.S.5,681,941、Cook et al.,U.S.5,811,534、Cook et al.,U.S.5,750,692、Cook et al.,U.S.5,948,903、Cook et al.,U.S.5,587,470、Cook et al.,U.S.5,457,191、Matteucci et al.,U.S.5,763,588、Froehler et al.,U.S.5,830,653、Cook et al.,U.S.5,808,027、Cook et al.,6,166,199、及びMatteucci et al.,U.S.6,005,096が挙げられるがこれらに限定されない。
3.特定の修飾ヌクレオシド間結合
RNA及びDNAの天然に存在するヌクレオシド間結合は、3’から5’へのホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、1つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を使用して連結され得る。ヌクレオシド間結合基の2つの主なクラスは、リン原子の存在または非存在により規定される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、ホスホジエステル結合(「P=O」)(非修飾結合または天然に存在する結合とも称される)、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミデート、ホスホロチオエート(「P=S」)、及びホスホロジチオエート(「HS-P=S」)を含むリン酸が挙げられるがこれらに限定されない。リンを含まない代表的なヌクレオシド間結合基としては、メチレンメチルイミノ(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、チオジエステル、チオノカルバメート(-O-C(=O)(NH)-S-)、シロキサン(-O-SiH2-O-)、及びN,N’-ジメチルヒドラジン(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)が挙げられるがこれらに限定されない。天然に存在するリン酸結合と比較して、修飾ヌクレオシド間結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変する、典型的には増加させるために使用され得る。ある特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として調製される場合もあれば別々のエナンチオマーとして調製される場合もある。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者には周知である。
RNA及びDNAの天然に存在するヌクレオシド間結合は、3’から5’へのホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、1つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を使用して連結され得る。ヌクレオシド間結合基の2つの主なクラスは、リン原子の存在または非存在により規定される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、ホスホジエステル結合(「P=O」)(非修飾結合または天然に存在する結合とも称される)、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミデート、ホスホロチオエート(「P=S」)、及びホスホロジチオエート(「HS-P=S」)を含むリン酸が挙げられるがこれらに限定されない。リンを含まない代表的なヌクレオシド間結合基としては、メチレンメチルイミノ(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、チオジエステル、チオノカルバメート(-O-C(=O)(NH)-S-)、シロキサン(-O-SiH2-O-)、及びN,N’-ジメチルヒドラジン(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)が挙げられるがこれらに限定されない。天然に存在するリン酸結合と比較して、修飾ヌクレオシド間結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を改変する、典型的には増加させるために使用され得る。ある特定の実施形態では、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として調製される場合もあれば別々のエナンチオマーとして調製される場合もある。リン含有及び非リン含有ヌクレオシド間結合の調製方法は、当業者には周知である。
ある特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、参照により本明細書に組み込まれるWO/2021/030778に記載されているもののいずれかである。ある特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、以下の式を含み:
式中、該修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基に関して独立して、
Xは、OまたはSから選択され、
R1は、H、C1-C6アルキル、及び置換C1-C6アルキルから選択され、
Tは、SO2R2、C(=O)R3、及びP(=O)R4R5から選択され、ここで、
R2は、アリール、置換アリール、複素環、置換複素環、芳香族複素環、置換芳香族複素環、ジアゾール、置換ジアゾール、C1-C6アルコキシ、C1-C6アルキル、C1-C6アルケニル、C1-C6アルキニル、置換C1-C6アルキル、置換C1-C6アルケニル置換C1-C6アルキニル、及びコンジュゲート基から選択され、
R3は、アリール、置換アリール、CH3、N(CH3)2、OCH3、及びコンジュゲート基から選択され、
R4は、OCH3、OH、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、及びコンジュゲート基から選択され、
R5は、OCH3、OH、C1-C6アルキル、及び置換C1-C6アルキルから選択される。
Xは、OまたはSから選択され、
R1は、H、C1-C6アルキル、及び置換C1-C6アルキルから選択され、
Tは、SO2R2、C(=O)R3、及びP(=O)R4R5から選択され、ここで、
R2は、アリール、置換アリール、複素環、置換複素環、芳香族複素環、置換芳香族複素環、ジアゾール、置換ジアゾール、C1-C6アルコキシ、C1-C6アルキル、C1-C6アルケニル、C1-C6アルキニル、置換C1-C6アルキル、置換C1-C6アルケニル置換C1-C6アルキニル、及びコンジュゲート基から選択され、
R3は、アリール、置換アリール、CH3、N(CH3)2、OCH3、及びコンジュゲート基から選択され、
R4は、OCH3、OH、C1-C6アルキル、置換C1-C6アルキル、及びコンジュゲート基から選択され、
R5は、OCH3、OH、C1-C6アルキル、及び置換C1-C6アルキルから選択される。
ある特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、以下の式を有するメシルホスホロアミデート結合基を含む:
ある特定の実施形態では、メシルホスホロアミデートヌクレオシド間結合は、キラル中心を含んでもよい。ある特定の実施形態では、(Rp)及び/または(Sp)メシルホスホロアミデートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ、以下の式のうちの1つ以上を含み、式中、「B」は、核酸塩基を示す:
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間結合としては、アルキルホスホネート、メシルホスホロアミデート、及びホスホロチオエートが挙げられるがこれらに限定されない。キラル中心を有するヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として、または特定の立体化学的配置にあるキラル中心を含むホスホロチオエートまたは他の結合を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製され得る。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合のすべてがステレオランダムである、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、メシルホスホロアミデートヌクレオシド間結合を含み、該メシルホスホロアミデートヌクレオシド間結合のすべては、ステレオランダムである。かかる修飾オリゴヌクレオチドは、各ホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデート結合の立体化学配置がランダムに選択される合成方法を使用して作製することができる。それにもかかわらず、各々個々のオリゴヌクレオチド分子の各々個々のホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデートには定義された立体配置がある。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、独立して選択される特定の立体化学配置にある特定のホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデートヌクレオシド間結合を1つ以上含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている。ある特定の実施形態では、該特定のホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデート結合の特定の配置は、該集団の分子の少なくとも65%に存在する。ある特定の実施形態では、該特定のホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデート結合の特定の配置は、該集団の分子の少なくとも70%に存在する。ある特定の実施形態では、該特定のホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデート結合の特定の配置は、該集団の分子の少なくとも80%に存在する。ある特定の実施形態では、該特定のホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデート結合の特定の配置は、該集団の分子の少なくとも90%に存在する。ある特定の実施形態では、該特定のホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデート結合の特定の配置は、該集団の分子の少なくとも99%に存在する。かかる修飾オリゴヌクレオチドのキラル濃縮集団は、当技術分野で既知の合成方法、例えば、Oka et al.,JACS 125,8307(2003)、Wan et al.Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)、及びWO2017/015555に記載される方法を使用して生成され得る。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、(Sp)配置にある少なくとも1つの示されるホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデートを有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、(Rp)配置にある少なくとも1つのホスホロチオエートまたはメシルホスホロアミデートを有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮される。ある特定の実施形態では、(Rp)及び/または(Sp)ホスホロチオエートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ、以下の式のうちの1つ以上を含み、式中、「B」は、核酸塩基を示す。
別段の指示がない限り、本明細書に記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラルヌクレオシド間結合は、ステレオランダムの場合もあれば、特定の立体化学的配置にある場合もある。
中性のヌクレオシド間結合としては、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、MMI(3’-CH2-N(CH3)-O-5’)、アミド-3(3’-CH2-C(=O)-N(H)-5’)、アミド-4(3’-CH2-N(H)-C(=O)-5’)、ホルムアセタール(3’-O-CH2-O-5’)、メトキシプロピル(MOP)、及びチオホルムアセタール(3’-S-CH2-O-5’)が挙げられるがこれらに限定されない。さらに中性のヌクレオシド間結合としては、シロキサン(ジアルキルシロキサン)、カルボン酸エステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホン酸エステル及びアミドを含む、非イオン性結合が挙げられる(例えば、Carbohydrate Modifications in Antisense Research;Y.S.Sanghvi and P.D.Cook,Eds.,ACS Symposium Series 580;Chapters 3及び4,40-65参照)。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、N、O、S及びCH2の構成成分を混合で含む非イオン結合が挙げられる。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、以下に示す1つ以上の反転ヌクレオシドを含み:
式中、各Bxは、独立して任意の核酸塩基を表す。
ある特定の実施形態では、反転ヌクレオシドは、末端(すなわち、オリゴヌクレオチドの一端の最後のヌクレオシド)であり、従って、上に示したヌクレオシド間結合は1つのみ存在する。ある特定のかかる実施形態では、さらなる特徴(コンジュゲート基等)を該反転ヌクレオシドに結合させてもよい。かかる末端反転ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一端または両末端に結合させることができる。
ある特定の実施形態では、かかる基は、核酸塩基を欠き、本明細書では反転糖部分と呼ばれる。ある特定の実施形態では、反転糖部分は、末端(すなわち、オリゴヌクレオチドの一端の最後のヌクレオシドに結合されている)であり、従って、上記ヌクレオシド間結合は1つのみ存在する。ある特定のかかる実施形態では、さらなる特徴(コンジュゲート基等)を該反転糖部分に結合させてもよい。かかる末端反転糖部分は、オリゴヌクレオチドの一端または両末端に結合させることができる。
ある特定の実施形態では、核酸は、標準的な3’から5’への結合ではなく、2’から5’へ結合される場合がある。かかる結合を以下に示す。
式中、各Bxは任意の核酸塩基を表す。
B.特定のモチーフ
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。かかる実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾、及び異なる修飾糖部分、核酸塩基、及び/またはヌクレオシド間結合は、パターンまたはモチーフを規定する。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは各々、互いに独立している。従って、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び/またはヌクレオシド間結合モチーフによって表され得る(本明細書で使用される、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立して、核酸塩基に対する修飾を表す)。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。かかる実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾、及び異なる修飾糖部分、核酸塩基、及び/またはヌクレオシド間結合は、パターンまたはモチーフを規定する。ある特定の実施形態では、糖部分、核酸塩基、及びヌクレオシド間結合のパターンは各々、互いに独立している。従って、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び/またはヌクレオシド間結合モチーフによって表され得る(本明細書で使用される、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立して、核酸塩基に対する修飾を表す)。
1.特定の糖モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたは糖モチーフで配置された1つ以上のタイプの修飾糖及び/または非修飾糖部分を含む。場合によっては、かかる糖モチーフとしては、本明細書で論じる糖修飾のいずれかが挙げられるがこれらに限定されない。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたは糖モチーフで配置された1つ以上のタイプの修飾糖及び/または非修飾糖部分を含む。場合によっては、かかる糖モチーフとしては、本明細書で論じる糖修飾のいずれかが挙げられるがこれらに限定されない。
ギャップマーオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、2つの外部領域、すなわち「ウイング」と、中央または内部領域、すなわち「ギャップ」とによって画定されるギャップマーモチーフを有する領域を含むかまたはそれからなる。ギャップマーモチーフの3つの領域(5’ウイング、ギャップ、及び3’ウイング)は、連続したヌクレオシド配列を形成し、ここで、両ウイングの各々のヌクレオシドの糖部分のうちの少なくともいくつかは、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくともいくつかとは異なる。具体的には、各ウイングの、少なくともギャップに最も近いヌクレオシド(5’-ウイングの最も3’側のヌクレオシド及び3’-ウイングの最も5’側のヌクレオシド)の糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、ひいてはウイングとギャップとの間の境界(すなわち、ウイング/ギャップ連結部)を画定する。ある特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は、互いに同じである。ある特定の実施形態では、該ギャップは、該ギャップの1つ以上の他のヌクレオシドの糖部分とは異なる糖部分を有する1つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、該2つのウイングの糖モチーフは、互いに同じである(対称ギャップマー)。ある特定の実施形態では、5’-ウイングの糖モチーフは、3’-ウイングの糖モチーフとは異なる(非対称ギャップマー)。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、2つの外部領域、すなわち「ウイング」と、中央または内部領域、すなわち「ギャップ」とによって画定されるギャップマーモチーフを有する領域を含むかまたはそれからなる。ギャップマーモチーフの3つの領域(5’ウイング、ギャップ、及び3’ウイング)は、連続したヌクレオシド配列を形成し、ここで、両ウイングの各々のヌクレオシドの糖部分のうちの少なくともいくつかは、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくともいくつかとは異なる。具体的には、各ウイングの、少なくともギャップに最も近いヌクレオシド(5’-ウイングの最も3’側のヌクレオシド及び3’-ウイングの最も5’側のヌクレオシド)の糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、ひいてはウイングとギャップとの間の境界(すなわち、ウイング/ギャップ連結部)を画定する。ある特定の実施形態では、ギャップ内の糖部分は、互いに同じである。ある特定の実施形態では、該ギャップは、該ギャップの1つ以上の他のヌクレオシドの糖部分とは異なる糖部分を有する1つ以上のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、該2つのウイングの糖モチーフは、互いに同じである(対称ギャップマー)。ある特定の実施形態では、5’-ウイングの糖モチーフは、3’-ウイングの糖モチーフとは異なる(非対称ギャップマー)。
ある特定の実施形態では、ギャップマーのウイングは、1~6個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも1つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも2つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも3つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの少なくとも4つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップは、7~12個のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの各ヌクレオシドは、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの少なくとも1つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。
ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、デオキシギャップマーである。ある特定の実施形態では、各ウイング/ギャップ連結部のギャップ側のヌクレオシドは2’-デオキシリボシル糖部分を含み、各ウイング/ギャップ連結部のウイング側のヌクレオシドは修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、該ギャップの各ヌクレオシドは、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーの各ウイングの各ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの少なくとも1つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、該ギャップの1つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含み、該ギャップの各残りのヌクレオシドは、2’-デオキシリボシル糖部分を含む。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップの少なくとも1つのヌクレオシドは、2’-OMe糖部分を含む。
本明細書では、ギャップマーの3つの領域の長さ(ヌクレオシドの数)は、表記法[5’-ウイング中のヌクレオシドの数]-[ギャップ中のヌクレオシドの数]-[3’-ウイング中のヌクレオシドの数]を用いて提供され得る。従って、3-10-3ギャップマーは、3個の連結したヌクレオシドを含む各ウイング及び10個の連結したヌクレオシドを含むギャップからなる。かかる命名の後に特定の修飾が続く場合、その修飾は、各ウイングの各糖部分の修飾であり、該ギャップヌクレオシドは、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を含む。従って、5-10-5MOEギャップマーは、5個の連結した2’-MOEヌクレオシドを含む5’-ウイング、10個の連結した2’-β-D-デオキシヌクレオシドを含むギャップ、及び5個の連結した2’-MOEヌクレオシドを含む3’-ウイングからなる。6-10-4MOEギャップマーは、6個の連結した2’-MOEヌクレオシドを含む5’-ウイング、10個の連結した2’-β-D-デオキシヌクレオシドを含むギャップ、及び4個の連結した2’-MOEヌクレオシドを含む3’-ウイングからなる。3-10-3cEtギャップマーは、3個の連結したcEtヌクレオシドを含む5’-ウイング、10個の連結した2’-β-D-デオキシヌクレオシドを含むギャップ、及び3個の連結したcEtヌクレオシドを含む3’-ウイングからなる。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5’から3’へ:eeeeeddddddddddeeeeeから選択される糖モチーフを有し、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表す。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5’から3’へ:eeeeeeddddddddddeeeeから選択される糖モチーフを有し、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表す。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5’から3’へ:kkkddddddddddkkkの糖モチーフを有し、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5’から3’へ:eeeeedyddddddddeeeeeの糖モチーフを有し、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「y」は、2’-OMe糖部分を表す。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5’から3’へ:eeeeeedyddddddddeeeeの糖モチーフを有し、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「y」は、2’-OMe糖部分を表す。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5’から3’へ:kkkdyddddddddkkkの糖モチーフを有し、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表し、各「y」は、2’-OMe糖部分を表す。
2.特定の核酸塩基モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたはモチーフで配置された修飾及び/または非修飾核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基が修飾されている。ある特定の実施形態では、該核酸塩基のうちのいずれも修飾されない。ある特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンが修飾される。ある特定の実施形態では、各アデニンが修飾される。ある特定の実施形態では、各グアニンが修飾される。ある特定の実施形態では、各チミンが修飾される。ある特定の実施形態では、各ウラシルが修飾される。ある特定の実施形態では、各シトシンが修飾される。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基のうちのいくつかまたはすべてが5-メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、該シトシン核酸塩基のすべては5-メチルシトシンであり、該修飾オリゴヌクレオチドの他の核酸塩基のすべては非修飾核酸塩基である。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたはモチーフで配置された修飾及び/または非修飾核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、各核酸塩基が修飾されている。ある特定の実施形態では、該核酸塩基のうちのいずれも修飾されない。ある特定の実施形態では、各プリンまたは各ピリミジンが修飾される。ある特定の実施形態では、各アデニンが修飾される。ある特定の実施形態では、各グアニンが修飾される。ある特定の実施形態では、各チミンが修飾される。ある特定の実施形態では、各ウラシルが修飾される。ある特定の実施形態では、各シトシンが修飾される。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドのシトシン核酸塩基のうちのいくつかまたはすべてが5-メチルシトシンである。ある特定の実施形態では、該シトシン核酸塩基のすべては5-メチルシトシンであり、該修飾オリゴヌクレオチドの他の核酸塩基のすべては非修飾核酸塩基である。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。ある特定のかかる実施形態では、該ブロックは、該オリゴヌクレオチドの3’末端にある。ある特定の実施形態では、該ブロックは、該オリゴヌクレオチドの3’末端の3ヌクレオシド以内にある。ある特定の実施形態では、該ブロックは、該オリゴヌクレオチドの5’末端にある。ある特定の実施形態では、該ブロックは、該オリゴヌクレオチドの5’末端の3ヌクレオシド以内にある。
ある特定の実施形態では、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。ある特定のかかる実施形態では、修飾核酸塩基を含む1つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップにある。ある特定のかかる実施形態では、かかるヌクレオシドの糖部分は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分である。ある特定の実施形態では、該修飾核酸塩基は、2-チオピリミジン及び5-プロピンピリミジンから選択される。
3.特定のヌクレオシド間結合モチーフ
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたはモチーフで配置された修飾及び/または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、各ヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合(P=O)である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合(P=S)である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から選択される。ある特定の実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、独立して、ステレオランダムホスホロチオエート、(Sp)ホスホロチオエート、及び(Rp)ホスホロチオエートから選択される。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って規定のパターンまたはモチーフで配置された修飾及び/または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。ある特定の実施形態では、各ヌクレオシド間結合基は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合(P=O)である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合(P=S)である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、独立して、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合及びホスホジエステルヌクレオシド間結合から選択される。ある特定の実施形態では、各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、独立して、ステレオランダムホスホロチオエート、(Sp)ホスホロチオエート、及び(Rp)ホスホロチオエートから選択される。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、該ギャップ内のヌクレオシド間結合はすべて修飾されている。ある特定のかかる実施形態では、該両ウイングにおけるヌクレオシド間結合のうちのいくつかまたはすべては、非修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。ある特定の実施形態では、末端のヌクレオシド間結合は、修飾されている。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、該ヌクレオシド間結合モチーフは、少なくとも一方のウイングに少なくとも1つのホスホジエステルヌクレオシド間結合を含み、この少なくとも1つのホスホジエステル結合は、末端ヌクレオシド間結合ではなく、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。ある特定のかかる実施形態では、該ホスホロチオエート結合のすべてが、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、該両ウイング内のすべてのホスホロチオエート結合は、(Sp)ホスホロチオエートであり、該ギャップは、少なくとも1つのSp、Sp、Rpモチーフを含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、かかるヌクレオシド間結合モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sssssssssssssssを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sosoossssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sossoossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sossossssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sosssssssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sosooossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sosssossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sooosssssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sooosossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sooossssssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):soooossssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):soooosssssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sooooossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):soosossssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):soossssssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):soosoossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):soossossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):soosssssssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):ssooossssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sssoossssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):ssssossssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):ssoooossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sssooossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):ssssoossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上のメシルホスホロアミデート結合基を含むヌクレオシド間結合モチーフを含む。ある特定の実施形態では、本明細書におけるヌクレオシド間結合モチーフの1つ以上のホスホロチオエートヌクレオシド間結合または1つ以上のホスホジエステルヌクレオシド間結合は、メシルホスホロアミデート結合基で置換される。
C.特定の長さ
オリゴヌクレオチドの長さを、活性を排除することなく増加または減少させることが可能である。例えば、Woolf et al.(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309,1992)では、13~25個の核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、卵母細胞注入モデルにおいて標的RNAの切断を誘導する能力について試験された。当該オリゴヌクレオチドの末端近くに8個または11個のミスマッチ塩基を含む25核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないオリゴヌクレオチドよりも低い程度であったが、標的RNAの特異的切断を導くことができた。同様に、1個または3個のミスマッチを有するものを含む13核酸塩基のオリゴヌクレオチドを使用して、標的特異的切断が達成された。
オリゴヌクレオチドの長さを、活性を排除することなく増加または減少させることが可能である。例えば、Woolf et al.(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309,1992)では、13~25個の核酸塩基長の一連のオリゴヌクレオチドが、卵母細胞注入モデルにおいて標的RNAの切断を誘導する能力について試験された。当該オリゴヌクレオチドの末端近くに8個または11個のミスマッチ塩基を含む25核酸塩基長のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないオリゴヌクレオチドよりも低い程度であったが、標的RNAの特異的切断を導くことができた。同様に、1個または3個のミスマッチを有するものを含む13核酸塩基のオリゴヌクレオチドを使用して、標的特異的切断が達成された。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド(修飾オリゴヌクレオチドを含む)は、様々な長さ範囲のいずれかを有し得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、X~Y個の連結したヌクレオシドからなり、ここで、Xは、その範囲のヌクレオシドの最小数を表し、Yは、その範囲のヌクレオシドの最大数を表す。ある特定のかかる実施形態では、X及びYは、各々独立して、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、及び50から選択されるが、X≦Yであることを条件とする。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、12~13個、12~14個、12~15個、12~16個、12~17個、12~18個、12~19個、12~20個、12~21個、12~22個、12~23個、12~24個、12~25個、12~26個、12~27個、12~28個、12~29個、12~30個、13~14個、13~15個、13~16個、13~17個、13~18個、13~19個、13~20個、13~21個、13~22個、13~23個、13~24個、13~25個、13~26個、13~27個、13~28個、13~29個、13~30個、14~15個、14~16個、14~17個、14~18個、14~19個、14~20個、14~21個、14~22個、14~23個、14~24個、14~25個、14~26個、14~27個、14~28個、14~29個、14~30個、15~16個、15~17個、15~18個、15~19個、15~20個、15~21個、15~22個、15~23個、15~24個、15~25個、15~26個、15~27個、15~28個、15~29個、15~30個、16~17個、16~18個、16~19個、16~20個、16~21個、16~22個、16~23個、16~24個、16~25個、16~26個、16~27個、16~28個、16~29個、16~30個、17~18個、17~19個、17~20個、17~21個、17~22個、17~23個、17~24個、17~25個、17~26個、17~27個、17~28個、17~29個、17~30個、18~19個、18~20個、18~21個、18~22個、18~23個、18~24個、18~25個、18~26個、18~27個、18~28個、18~29個、18~30個、19~20個、19~21個、19~22個、19~23個、19~24個、19~25個、19~26個、19~29個、19~28個、19~29個、19~30個、20~21個、20~22個、20~23個、20~24個、20~25個、20~26個、20~27個、20~28個、20~29個、20~30個、21~22個、21~23個、21~24個、21~25個、21~26個、21~27個、21~28個、21~29個、21~30個、22~23個、22~24個、22~25個、22~26個、22~27個、22~28個、22~29個、22~30個、23~24個、23~25個、23~26個、23~27個、23~28個、23~29個、23~30個、24~25個、24~26個、24~27個、24~28個、24~29個、24~30個、25~26個、25~27個、25~28個、25~29個、25~30個、26~27個、26~28個、26~29個、26~30個、27~28個、27~29個、27~30個、28~29個、28~30個、または29~30個の連結したヌクレオシドからなる。
D.特定の修飾オリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、上記の修飾(糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合)は、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、それらの修飾モチーフ及び全長によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、かかるパラメータは、各々互いに独立している。従って、別段の指示がない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても修飾されていなくてもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従う場合も従わない場合もある。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同じでも異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同じでも異なってもよい。同様に、かかる糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは無関係に1つ以上の修飾核酸塩基を含み得る。別段の指示がない限り、いずれの修飾も、核酸塩基配列とは独立している。
ある特定の実施形態では、上記の修飾(糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合)は、修飾オリゴヌクレオチドに組み込まれる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、それらの修飾モチーフ及び全長によって特徴付けられる。ある特定の実施形態では、かかるパラメータは、各々互いに独立している。従って、別段の指示がない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、修飾されていても修飾されていなくてもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従う場合も従わない場合もある。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同じでも異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同じでも異なってもよい。同様に、かかる糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは無関係に1つ以上の修飾核酸塩基を含み得る。別段の指示がない限り、いずれの修飾も、核酸塩基配列とは独立している。
E.修飾オリゴヌクレオチドの特定の集団
集団の修飾オリゴヌクレオチドがすべて同じ分子式を有する修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ステレオランダム集団の場合もキラル濃縮集団の場合もある。すべての修飾オリゴヌクレオチドのキラル中心のすべては、ステレオランダム集団ではステレオランダムである。キラル濃縮集団において、少なくとも1つの特定のキラル中心は、該集団の修飾オリゴヌクレオチドにおいてはステレオランダムではない。ある特定の実施形態では、キラル濃縮集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β-Dリボシル糖部分について濃縮されており、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合のすべては、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、キラル濃縮集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β-Dリボシル糖部分、及び特定の立体化学的配置にある少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方について濃縮されている。
集団の修飾オリゴヌクレオチドがすべて同じ分子式を有する修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ステレオランダム集団の場合もキラル濃縮集団の場合もある。すべての修飾オリゴヌクレオチドのキラル中心のすべては、ステレオランダム集団ではステレオランダムである。キラル濃縮集団において、少なくとも1つの特定のキラル中心は、該集団の修飾オリゴヌクレオチドにおいてはステレオランダムではない。ある特定の実施形態では、キラル濃縮集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β-Dリボシル糖部分について濃縮されており、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合のすべては、ステレオランダムである。ある特定の実施形態では、キラル濃縮集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β-Dリボシル糖部分、及び特定の立体化学的配置にある少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の両方について濃縮されている。
F.核酸塩基配列
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド(非修飾または修飾オリゴヌクレオチド)は、それらの核酸塩基配列によってさらに表される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第二のオリゴヌクレオチドまたは同定された参照核酸、例えば、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のかかる実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第二のオリゴヌクレオチドまたは同定された参照核酸、例えば、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または全長の核酸塩基配列は、第二のオリゴヌクレオチドまたは核酸、例えば、標的核酸に、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド(非修飾または修飾オリゴヌクレオチド)は、それらの核酸塩基配列によってさらに表される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、第二のオリゴヌクレオチドまたは同定された参照核酸、例えば、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のかかる実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域は、第二のオリゴヌクレオチドまたは同定された参照核酸、例えば、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの領域または全長の核酸塩基配列は、第二のオリゴヌクレオチドまたは核酸、例えば、標的核酸に、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である。
II.特定のオリゴマー化合物
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド(修飾または非修飾)ならびに任意に1つ以上のコンジュゲート基及び/または末端基からなるオリゴマー化合物を本明細書に提供する。コンジュゲート基は、1つ以上のコンジュゲート部分及び該コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの一端もしくは両末端及び/または任意の内部位置に結合され得る。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの2’位に結合される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一端または両末端に結合されたコンジュゲート基は、末端基である。ある特定のかかる実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの3’末端及び/または5’末端に結合される。ある特定のかかる実施形態では、コンジュゲート基(または末端基)は、オリゴヌクレオチドの3’末端に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの3’末端付近に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基(または末端基)は、オリゴヌクレオチドの5’末端に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの5’末端付近に結合される。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド(修飾または非修飾)ならびに任意に1つ以上のコンジュゲート基及び/または末端基からなるオリゴマー化合物を本明細書に提供する。コンジュゲート基は、1つ以上のコンジュゲート部分及び該コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの一端もしくは両末端及び/または任意の内部位置に結合され得る。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの2’位に結合される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの一端または両末端に結合されたコンジュゲート基は、末端基である。ある特定のかかる実施形態では、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの3’末端及び/または5’末端に結合される。ある特定のかかる実施形態では、コンジュゲート基(または末端基)は、オリゴヌクレオチドの3’末端に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの3’末端付近に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基(または末端基)は、オリゴヌクレオチドの5’末端に結合される。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの5’末端付近に結合される。
末端基の例としては、コンジュゲート基、キャッピング基、リン酸部分、保護基、修飾または非修飾ヌクレオシド、及び独立して修飾または非修飾である2つ以上のヌクレオシドが挙げられるがこれらに限定されない。
A.特定のコンジュゲート基
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のコンジュゲート基に共有結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合したオリゴヌクレオチドの薬力学的特性、薬物動態学的特性、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスが挙げられるがこれらに限定されない1つ以上の特性を修飾する。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上のコンジュゲート基に共有結合している。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合したオリゴヌクレオチドの薬力学的特性、薬物動態学的特性、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスが挙げられるがこれらに限定されない1つ以上の特性を修飾する。
ある特定の実施形態では、1つ以上の炭水化物部分の修飾オリゴヌクレオチドへのコンジュゲーションにより、当該修飾オリゴヌクレオチドの1つ以上の特性が最適化され得る。ある特定の実施形態では、該炭水化物部分は、該修飾オリゴヌクレオチドの修飾サブユニットに結合される。例えば、修飾オリゴヌクレオチドの1つ以上のリボヌクレオチドサブユニットのリボース糖は、別の部分、例えば、炭水化物リガンドが結合した非炭水化物(好ましくは環状)担体で置き換えられ得る。サブユニットのリボース糖がそのように置き換えられたリボヌクレオチドサブユニットは、本明細書では、修飾糖部分であるリボース置換修飾サブユニット(RRMS)と呼ばれる。環状担体は、炭素環系でよく、すなわち、1つ以上の環原子は、ヘテロ原子、例えば、窒素、酸素、硫黄であり得る。該環状担体は、単環式環系の場合もあれば、2つ以上の環、例えば、縮合環を含む場合もある。該環状担体は、完全に飽和した環系の場合もあれば、1つ以上の二重結合を含む場合もある。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、結合したオリゴヌクレオチドに新たな特性、例えば、該オリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基を付与する。ある特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分についてはこれまでに記載されており、例えば、コレステロール部分(Letsinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)、コリン酸(Manoharan et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060)、チオエーテル、例えばヘキシル-S-トリチルチオール(Manoharan et al.,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309、Manoharan et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770)、チオコレステロール(Oberhauser et al.,Nucl.Acids Res.,1992,20,533-538)、脂肪族鎖、例えばド-デカン-ジオールまたはウンデシル残基(Saison-Behmoaras et al.,EMBO J.,1991,10,1111-1118、Kabanov et al.,FEBS Lett.,1990,259,327-330、Svinarchuk et al.,Biochimie,1993,75,49-54),リン脂質、例えばジ-ヘキサデシル-rac-グリセロールまたはトリエチル-アンモニウム1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-H-ホスホネート(Manoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654、Shea et al.,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖(Manoharan et al.,Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973)、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分(Mishra et al.,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)、オクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ-カルボニル-オキシコレステロール部分(Crooke et al.,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937)、トコフェロール基(Nishina et al.,Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220、及びNishina et al.,Molecular Therapy,2008,16,734-740)、またはGalNAcクラスター(例えばWO2014/179620)である。
ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、C22アルキル、C20アルキル、C16アルキル、C10アルキル、C21アルキル、C19アルキル、C18アルキル、C15アルキル、C14アルキル、C13アルキル、C12アルキル、C11アルキル、C9アルキル、C8アルキル、C7アルキル、C6アルキル、C5アルキル、C22アルケニル、C20アルケニル、C16アルケニル、C10アルケニル、C21アルケニル、C19アルケニル、C18アルケニル、C15アルケニル、C14アルケニル、C13アルケニル、C12アルケニル、C11アルケニル、C9アルケニル、C8アルケニル、C7アルケニル、C6アルケニル、またはC5アルケニルのいずれかから選択されるコンジュゲート部分を含み得る。
ある特定の実施形態では、該コンジュゲート基は、そのアルキル鎖が1つ以上の不飽和結合を有するC22アルキル、C20アルキル、C16アルキル、C10アルキル、C21アルキル、C19アルキル、C18アルキル、C15アルキル、C14アルキル、C13アルキル、C12アルキル、C11アルキル、C9アルキル、C8アルキル、C7アルキル、C6アルキル、またはC5アルキルのいずれかから選択されるコンジュゲート部分を含み得る。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、以下の構造を有する脂質である。
1.コンジュゲート部分
コンジュゲート部分としては、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物(例えば、GalNAc)、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が挙げられるがこれらに限定されない。
コンジュゲート部分としては、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物(例えば、GalNAc)、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が挙げられるがこれらに限定されない。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート部分は、活性原薬、例えば、アスピリン、ワーファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、(S)-(+)-プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、2,3,5-トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾサイアジアザイド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメタシン、バルビツール酸、セファロスポリン、サルファ薬、糖尿病治療薬、抗菌薬または抗生物質を含む。
2.コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲートリンカーは単一の化学結合である(すなわち、コンジュゲート部分は単結合を介してオリゴヌクレオチドに直接結合される)。ある特定の実施形態では、該コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖等の鎖構造、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位等の繰り返し単位のオリゴマーを含む。
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに結合している。ある特定のオリゴマー化合物では、コンジュゲートリンカーは単一の化学結合である(すなわち、コンジュゲート部分は単結合を介してオリゴヌクレオチドに直接結合される)。ある特定の実施形態では、該コンジュゲートリンカーは、ヒドロカルビル鎖等の鎖構造、またはエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位等の繰り返し単位のオリゴマーを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、ピロリジンを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノ基から選択される1つ以上の基を含む。ある特定のかかる実施形態では、該コンジュゲートリンカーは、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、及びエーテル基から選択される1つ以上の基を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲートリンカーは、アルキル基及びアミド基から選択される1つ以上の基を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲートリンカーは、アルキル基及びエーテル基から選択される1つ以上の基を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲートリンカーは、少なくとも1つのリン部分を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲートリンカーは、少なくとも1つのリン酸基を含む。ある特定の実施形態では、該コンジュゲートリンカーは、少なくとも1つの中性結合基を含む。
ある特定の実施形態では、上記のコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲートリンカーは、二官能性の連結部分、例えば、本明細書に提供するオリゴヌクレオチド等の化合物にコンジュゲート部分を結合させるために有用であることが当分野で既知のものである。一般に、二官能性連結部分は、少なくとも2つの官能基を含む。該官能基のうちの一方は、化合物上の特定の部位と反応するように選択され、他方は、コンジュゲート部分と反応するように選択される。二官能性連結部分に使用される官能基の例としては、求核基と反応させるための求電子剤及び求電子基と反応させるための求核剤が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、二官能性連結部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される1つ以上の基を含む。
コンジュゲートリンカーの例としては、ピロリジン、8-アミノ-3,6-ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4-(N-マレイミドメチル)シクロヘキサン-1-カルボキシレート(SMCC)、及び6-アミノヘキサン酸(AHEXまたはAHA)が挙げられるがこれらに限定されない。他のコンジュゲートリンカーとしては、置換もしくは非置換C1-C10アルキル、置換もしくは非置換C2-C10アルケニル、または置換もしくは非置換C2-C10アルキニルが挙げられるがこれらに限定されず、ここで、好ましい置換基の非限定的なリストには、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが含まれる。
ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、1~10個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、2~5個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、厳密に3個のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、TCAモチーフを含む。ある特定の実施形態では、かかるリンカーヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。ある特定の実施形態では、かかるリンカーヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、非修飾である。ある特定の実施形態では、リンカーヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジン、または置換ピリミジンから選択される、任意に保護される複素環式塩基を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、4-N-ベンゾイルシトシン、5-メチルシトシン、4-N-ベンゾイル-5-メチルシトシン、アデニン、6-N-ベンゾイルアデニン、グアニン及び2-N-イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。リンカーヌクレオシドは、標的組織に到達した後、オリゴマー化合物から切断されることが通常は望ましい。従って、リンカーヌクレオシドは通常、切断可能な結合を介して互いにかつオリゴマー化合物の残部に結合される。ある特定の実施形態では、かかる切断可能な結合は、ホスホジエステル結合である。
本明細書において、リンカーヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの一部であるとは見なされない。従って、オリゴマー化合物が、特定の数または範囲の連結したヌクレオシド及び/または参照核酸に対する特定の相補性パーセントからなるオリゴヌクレオチドを含み、かつ該オリゴマー化合物が、リンカーヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基も含む実施形態では、これらのリンカーヌクレオシドは、該オリゴヌクレオチドの長さにカウントされず、該参照核酸に対する該オリゴヌクレオチドの相補性パーセントを決定するうえで用いられない。例えば、オリゴマー化合物は、(1)8~30個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチド、及び(2)修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと連続する1~10個のリンカーヌクレオシドを含むコンジュゲート基を含み得る。かかるオリゴマー化合物中の連続する連結したヌクレオシドの総数は30よりも多い。代替的に、オリゴマー化合物は、8~30個のヌクレオシドからなり、コンジュゲート基を含まない修飾オリゴヌクレオチドを含んでもよい。かかるオリゴマー化合物中の連続する連結したヌクレオシドの総数は、30以下である。別段の指示がない限り、コンジュゲートリンカーは、10個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、5個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、3個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、2個以下のリンカーヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲートリンカーは、わずか1個のリンカーヌクレオシドを含む。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基がオリゴヌクレオチドから切断されることが望ましい。例えば、ある特定の状況において、特定のコンジュゲート部分を含むオリゴマー化合物は、特定の細胞型により取り込まれやすいが、オリゴマー化合物が取り込まれた後、コンジュゲート基が切断されて、非コンジュゲートまたは親オリゴヌクレオチドが放出されることが望ましい。従って、ある特定のコンジュゲートリンカーは、1つ以上の切断可能な部分を含み得る。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、切断可能な結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、少なくとも1つの切断可能な結合を含む原子団である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、1つ、2つ、3つ、4つ、または4つよりも多くの切断可能な結合を有する原子団を含む。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、リソソーム等の細胞の内部または細胞内区画で選択的に切断される。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、ヌクレアーゼ等の内在性酵素によって選択的に切断される。
ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方もしくは両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、またはジスルフィドの中から選択される。ある特定の実施形態では、切断可能な結合は、ホスホジエステルの一方または両方のエステルである。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、リン酸またはホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態では、該切断可能な部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分またはコンジュゲート基との間のリン酸結合である。
ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、1つ以上のリンカーヌクレオシドを含むかまたはそれからなる。ある特定のかかる実施形態では、該1つ以上のリンカーヌクレオシドは、互いに及び/または切断可能な結合によってオリゴマー化合物の残りに結合される。ある特定の実施形態では、かかる切断可能な結合は、修飾されていないホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態では、切断可能な部分は、リン酸ヌクレオシド間結合によってオリゴヌクレオチドの3’または5’末端ヌクレオシドのいずれかに結合され、かつリン酸またはホスホロチオエート結合によってコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート部分の残りの部分に共有結合した2’-デオキシヌクレオシドである。ある特定のかかる実施形態では、該切断可能な部分は、2’-デオキシアデノシンである。
3.細胞標的化部分
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、下記の一般式を有し、
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、下記の一般式を有し、
式中、nは1~約3であり、nが1の場合mは0であり、nが2以上の場合mは1であり、jは1または0であり、kは1または0である。
ある特定の実施形態では、nは1であり、jは1であり、kは0である。ある特定の実施形態では、nは1であり、jは0であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは1であり、jは1であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは2であり、jは1であり、kは0である。ある特定の実施形態では、nは2であり、jは0であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは2であり、jは1であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは3であり、jは1であり、kは0である。ある特定の実施形態では、nは3であり、jは0であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは3であり、jは1であり、kは1である。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は少なくとも1つのテザーリガンドを有する細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合した2つのテザーリガンドを含む。
ある特定の実施形態では、細胞標的化部分の各リガンドは、標的細胞上の少なくとも1つの受容体型に親和性を有する。ある特定の実施形態では、各リガンドは、哺乳類の肝臓細胞の表面上の少なくとも1つの受容体型に親和性を有する。ある特定の実施形態では、各リガンドは、肝臓のアシアロ糖タンパク質受容体(ASGP-R)に親和性を有する。ある特定の実施形態では、各リガンドは、炭水化物である。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、細胞標的化コンジュゲート部分を含む。ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、下記の一般式を有し、
式中、nは1~約3であり、nが1の場合mは0であり、nが2以上の場合mは1であり、jは1または0であり、kは1または0である。
ある特定の実施形態では、nは1であり、jは1であり、kは0である。ある特定の実施形態では、nは1であり、jは0であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは1であり、jは1であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは2であり、jは1であり、kは0である。ある特定の実施形態では、nは2であり、jは0であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは2であり、jは1であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは3であり、jは1であり、kは0である。ある特定の実施形態では、nは3であり、jは0であり、kは1である。ある特定の実施形態では、nは3であり、jは1であり、kは1である。
ある特定の実施形態では、コンジュゲート基は、少なくとも1つのテザーリガンドを有する細胞標的化部分を含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合した2つのテザーリガンドを含む。ある特定の実施形態では、細胞標的化部分は、分岐基に共有結合した3つのテザーリガンドを含む。
B.特定の末端基
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、1つ以上の末端基を含む。ある特定のかかる実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化5’-リン酸を含む。安定化5’-リン酸としては、5’-ビニルホスホネートが挙げられるがこれに限定されない5’-ホスホネートが挙げられる。ある特定の実施形態では、末端基は、1つ以上の脱塩基糖部分及び/または反転ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、末端基は、1つ以上の2’-連結ヌクレオシドまたは糖部分を含む。ある特定のかかる実施形態では、該2’-連結基は、脱塩基糖部分である。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、1つ以上の末端基を含む。ある特定のかかる実施形態では、オリゴマー化合物は、安定化5’-リン酸を含む。安定化5’-リン酸としては、5’-ビニルホスホネートが挙げられるがこれに限定されない5’-ホスホネートが挙げられる。ある特定の実施形態では、末端基は、1つ以上の脱塩基糖部分及び/または反転ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態では、末端基は、1つ以上の2’-連結ヌクレオシドまたは糖部分を含む。ある特定のかかる実施形態では、該2’-連結基は、脱塩基糖部分である。
III.アンチセンス活性
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖は、標的核酸にハイブリダイズすることで少なくとも1つのアンチセンス活性を与えることが可能である。かかるオリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、標準細胞アッセイにおいて標的核酸の量または活性を25%以上低減するかまたは阻害する場合にアンチセンス活性を有する。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、1つ以上の標的核酸に選択的に作用する。かかるアンチセンス化合物は、1つ以上の標的核酸にハイブリダイズして1つ以上の所望のアンチセンス活性を与え、かつ1つ以上の非標的核酸にはハイブリダイズしないか、または重大な望ましくないアンチセンス活性をもたらすような形で1つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない核酸塩基配列を含む。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖は、標的核酸にハイブリダイズすることで少なくとも1つのアンチセンス活性を与えることが可能である。かかるオリゴマー化合物及びオリゴマー二重鎖は、アンチセンス化合物である。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、標準細胞アッセイにおいて標的核酸の量または活性を25%以上低減するかまたは阻害する場合にアンチセンス活性を有する。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物は、1つ以上の標的核酸に選択的に作用する。かかるアンチセンス化合物は、1つ以上の標的核酸にハイブリダイズして1つ以上の所望のアンチセンス活性を与え、かつ1つ以上の非標的核酸にはハイブリダイズしないか、または重大な望ましくないアンチセンス活性をもたらすような形で1つ以上の非標的核酸にハイブリダイズしない核酸塩基配列を含む。
ある特定のアンチセンス活性では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、該標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、RNase Hを介した標的核酸の切断をもたらす。RNase Hは、RNA:DNA二重鎖のRNA鎖を切断する細胞性エンドヌクレアーゼである。かかるRNA:DNA二重鎖のDNAは、非修飾DNAである必要はない。ある特定の実施形態では、RNase H活性を誘発するうえで充分に「DNA様」のアンチセンス化合物を本明細書に記載する。ある特定の実施形態では、ギャップマーのギャップ内で1つ以上の非DNA様ヌクレオシドが許容される。
ある特定のアンチセンス活性では、アンチセンス化合物またはアンチセンス化合物の部分は、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)に取り込まれ、最終的に標的核酸の切断をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、アルゴノートによる標的核酸の切断をもたらす。RISCに取り込まれるアンチセンス化合物は、RNAi化合物である。RNAi化合物は、二本鎖(siRNAもしくはdsRNAi)の場合も一本鎖(ssRNA)の場合もある。
ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、その標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらさない。ある特定の実施形態では、該アンチセンス化合物の該標的核酸へのハイブリダイゼーションは、該標的核酸のスプライシングの変化をもたらす。ある特定の実施形態では、標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションは、該標的核酸とタンパク質または他の核酸との結合相互作用の阻害をもたらす。ある特定の実施形態では、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、該標的核酸の翻訳の変化をもたらす。
アンチセンス活性は、直接的または間接的に観察され得る。ある特定の実施形態では、アンチセンス活性の観察または検出は、標的核酸の量もしくはかかる標的核酸によってコードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比率の変化、及び/または細胞もしくは動物における表現型の変化を観察または検出することを伴う。
IV.特定の標的核酸
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。ある特定の実施形態では、該標的核酸は、内在性RNA分子である。ある特定の実施形態では、該標的核酸は、タンパク質をコードする。ある特定のかかる実施形態では、該標的核酸は、成熟mRNA及びpre-mRNA(イントロン、エクソン、及び非翻訳領域を含む)から選択される。ある特定の実施形態では、該標的RNAは、成熟mRNAである。ある特定の実施形態では、該標的核酸は、pre-mRNAである。ある特定の実施形態では、該標的領域は、完全にイントロン内にある。ある特定の実施形態では、該標的領域は、イントロン/エクソン接合部にまたがる。ある特定の実施形態では、該標的領域は、イントロン内に少なくとも50%位置する。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。ある特定の実施形態では、該標的核酸は、内在性RNA分子である。ある特定の実施形態では、該標的核酸は、タンパク質をコードする。ある特定のかかる実施形態では、該標的核酸は、成熟mRNA及びpre-mRNA(イントロン、エクソン、及び非翻訳領域を含む)から選択される。ある特定の実施形態では、該標的RNAは、成熟mRNAである。ある特定の実施形態では、該標的核酸は、pre-mRNAである。ある特定の実施形態では、該標的領域は、完全にイントロン内にある。ある特定の実施形態では、該標的領域は、イントロン/エクソン接合部にまたがる。ある特定の実施形態では、該標的領域は、イントロン内に少なくとも50%位置する。
A.標的核酸に対する相補性/ミスマッチ及び二重鎖相補性
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドの全長にわたって標的核酸に相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に99%、95%、90%、85%、または80%相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドの全長にわたって標的核酸に少なくとも80%相補的であり、標的核酸に100%または完全に相補的な領域を含む。ある特定の実施形態では、該完全な相補性の領域は、6~20、10~18、または18~20核酸塩基長である。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドの全長にわたって標的核酸に相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に99%、95%、90%、85%、または80%相補的である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチドの全長にわたって標的核酸に少なくとも80%相補的であり、標的核酸に100%または完全に相補的な領域を含む。ある特定の実施形態では、該完全な相補性の領域は、6~20、10~18、または18~20核酸塩基長である。
活性を消失させることなくミスマッチ塩基を導入することが可能である。例えば、Gautschi et al(J.Natl.Cancer Inst.93:463-471,March 2001)は、bcl-2 mRNAに対して100%の相補性を有し、かつbcl-xL mRNAに対して3つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、インビトロ及びインビボでbcl-2とbcl-xLの両方の発現を低減できることを実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドは、インビボで強力な抗腫瘍活性も示した。Maher及びDolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)は、一連の核酸塩基14個からなるタンデムオリゴヌクレオチド、ならびにそれぞれ、2つまたは3つの該タンデムオリゴヌクレオチド配列を含む28個及び42個の核酸塩基のオリゴヌクレオチドを、ウサギ網状赤血球アッセイにおいてヒトDHFRの翻訳を停止させる能力について試験した。これら3つの14個の核酸塩基のオリゴヌクレオチドの各々は単独で翻訳を阻害することができたが、28個または42個の核酸塩基のオリゴヌクレオチドよりもレベルは低かった。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に対して1つ以上のミスマッチ核酸塩基を含む。ある特定の実施形態では、標的に対するアンチセンス活性は、かかるミスマッチによって低減されるが、非標的に対する活性はより大きく低減される。従って、ある特定の実施形態では、該オリゴヌクレオチドの選択性が改善される。ある特定の実施形態では、該ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に配置される。ある特定の実施形態では、該ミスマッチは、ギャップ領域の5’末端から1、2、3、4、5、6、7、または8位にある。ある特定の実施形態では、該ミスマッチは、ギャップ領域の3’末端から9、8、7、6、5、4、3、2、1位にある。ある特定の実施形態では、該ミスマッチは、ウイング領域の5’末端から1、2、3、または4位にある。ある特定の実施形態では、該ミスマッチは、ウイング領域の3’末端から4、3、2、または1位にある。
B.IFNAR1
ある特定の実施形態では、オリゴマー剤またはオリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、該標的核酸は、IFNAR1核酸である。ある特定の実施形態では、IFNAR1核酸は、配列番号1(GENBANKアクセッション番号NC_000021.9、ヌクレオシド33321001から33363000まで切断されている)または配列番号2(GENBANKアクセッション番号NM_000629.2)に示される配列を有する。ある特定の実施形態では、細胞を配列番号1または配列番号2に相補的なオリゴマー化合物と接触させることにより、IFNAR1 RNAの量が減少し、ある特定の実施形態では、IFNAR1タンパク質の量が減少する。ある特定の実施形態では、該オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、該オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基からなる。
ある特定の実施形態では、オリゴマー剤またはオリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、該標的核酸は、IFNAR1核酸である。ある特定の実施形態では、IFNAR1核酸は、配列番号1(GENBANKアクセッション番号NC_000021.9、ヌクレオシド33321001から33363000まで切断されている)または配列番号2(GENBANKアクセッション番号NM_000629.2)に示される配列を有する。ある特定の実施形態では、細胞を配列番号1または配列番号2に相補的なオリゴマー化合物と接触させることにより、IFNAR1 RNAの量が減少し、ある特定の実施形態では、IFNAR1タンパク質の量が減少する。ある特定の実施形態では、該オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、該オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート基からなる。
C.特定の組織における特定の標的核酸
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、該標的核酸は、薬理学的に関連する組織において発現される。ある特定の実施形態では、該薬理学的に関連する組織は、脳及び脊髄である。ある特定の実施形態では、該標的核酸は、薬理学的に関連する細胞において発現される。ある特定の実施形態では、該薬理学的に関連する細胞は、ニューロンまたはグリア細胞である。ある特定の実施形態では、該薬理学的に関連する細胞は、星状膠細胞またはミクログリア細胞である。ある特定の実施形態では、該薬理学的に関連する細胞は、血管平滑筋細胞、血管内皮細胞、または周皮細胞である。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、該標的核酸は、薬理学的に関連する組織において発現される。ある特定の実施形態では、該薬理学的に関連する組織は、脳及び脊髄である。ある特定の実施形態では、該標的核酸は、薬理学的に関連する細胞において発現される。ある特定の実施形態では、該薬理学的に関連する細胞は、ニューロンまたはグリア細胞である。ある特定の実施形態では、該薬理学的に関連する細胞は、星状膠細胞またはミクログリア細胞である。ある特定の実施形態では、該薬理学的に関連する細胞は、血管平滑筋細胞、血管内皮細胞、または周皮細胞である。
V.特定の方法及び使用
本明細書に提供するある特定の実施形態は、IFNAR1の発現を阻害する方法に関し、これは、対象における神経炎症に関連する疾患、例えば、I型インターフェロンのシグナル伝達の上昇、またはI型インターフェロンの過剰発現に関連する疾患の治療に有用である可能性があり、IFNAR1核酸に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドをそのいずれもが含むオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖を投与することによる。
本明細書に提供するある特定の実施形態は、IFNAR1の発現を阻害する方法に関し、これは、対象における神経炎症に関連する疾患、例えば、I型インターフェロンのシグナル伝達の上昇、またはI型インターフェロンの過剰発現に関連する疾患の治療に有用である可能性があり、IFNAR1核酸に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドをそのいずれもが含むオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖を投与することによる。
本明細書に提供するオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、オリゴマー二重鎖、及び方法で治療することができる疾患の例としては、神経炎症に関連する神経疾患または状態、例えば、I型インターフェロンのシグナル伝達の上昇、またはI型インターフェロンの過剰発現に関連する疾患が挙げられ、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調から選択される。ある特定の実施形態では、ある方法は、対象に対して、IFNAR1核酸に相補的な核酸塩基配列をそのいずれもが有するオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖を投与することを含む。ある特定の実施形態では、該対象は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調から選択される神経炎症に関連する神経疾患または状態を有する。ある特定の実施形態では、対象におけるエカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調から選択される神経炎症に関連する神経疾患または状態を治療する方法は、該対象に対して、IFNAR1核酸に相補的な核酸塩基配列をそのいずれもが有する治療有効量のオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖を投与することを含み、それにより、該対象を治療する。ある特定の実施形態では、該治療有効量のオリゴマー剤、オリゴマー化合物、または修飾オリゴヌクレオチドを投与することにより、神経炎症に関連する疾患または状態の症状または特徴が改善される。ある特定の実施形態では、該症状または特徴は、てんかん、摂取困難、ジストニア、痙性、運動発達遅延、言語発達遅延、社会能力発達遅延、白質異常、T細胞浸潤、B細胞浸潤、線条体壊死、脳萎縮、基底核石灰化、及び小脳髄症から選択される。ある特定の実施形態では、該治療有効量のオリゴマー剤、オリゴマー化合物、または修飾オリゴヌクレオチドを投与することにより、当該対象の脳脊髄液におけるI型IFNのシグナル伝達またはリンパ球増加が減少する。
ある特定の実施形態では、神経炎症に関連する疾患、例えば、I型インターフェロンのシグナル伝達の上昇、またはI型インターフェロンの過剰発現に関連する疾患を有する対象における、IFNAR1核酸、例えば、RNAの発現を阻害する方法は、該対象に対して、IFNAR1核酸に相補的な核酸塩基配列をそのいずれもが有するオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖を投与することを含み、それにより、該対象においてIFNAR1核酸の発現が阻害される。ある特定の実施形態では、該オリゴマー剤、該オリゴマー化合物、該修飾オリゴヌクレオチド、または該オリゴマー二重鎖を投与することにより、脳内または脊髄内のIFNAR1の発現が阻害される。ある特定の実施形態では、該対象は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調から選択される神経炎症に関連する神経疾患または状態を有する。ある特定の実施形態では、細胞におけるIFNAR1核酸の発現を阻害する方法は、該細胞を、IFNAR1核酸に相補的な核酸塩基配列をそのいずれもが有するオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖と接触させることを含み、それにより、該細胞においてIFNAR1核酸の発現が阻害される。ある特定の実施形態では、該細胞は、グリア細胞、例えば、星状膠細胞またはミクログリア細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調から選択される神経炎症に関連する神経疾患または状態を有する対象中に存在する。
ある特定の実施形態では、神経炎症に関連する疾患、例えば、I型インターフェロンのシグナル伝達の上昇、またはIFNaの過剰発現に関連する疾患の治療に使用するための、IFNAR1核酸に相補的な核酸塩基配列をそのいずれもが有するオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖を示す。ある特定の実施形態では、該疾患は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調から選択される神経炎症に関連する神経疾患または状態である。ある特定の実施形態では、オリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調から選択される神経炎症に関連する疾患または状態の症状または特徴の改善に使用するためのものである。ある特定の実施形態では、該症状または特徴は、てんかん、摂取困難、ジストニア、痙性、運動発達遅延、言語発達遅延、社会能力発達遅延、白質異常、T細胞浸潤、B細胞浸潤、線条体壊死、脳萎縮、基底核石灰化、及び小脳髄症から選択される。ある特定の実施形態では、オリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖は、対象の脳脊髄液におけるI型IFNのシグナル伝達またはリンパ球増加の低減に使用するためのものである。
ある特定の実施形態では、神経炎症に関連する疾患、例えば、I型インターフェロンのシグナル伝達の上昇、またはIFNaの過剰発現に関連する疾患の治療のための薬剤の製造または調製のための、IFNAR1核酸に相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドをそのいずれもが含むオリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖を示す。ある特定の実施形態では、該疾患は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調から選択される神経炎症に関連する神経疾患または状態である。ある特定の実施形態では、オリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖は、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、及び毛細血管拡張性運動失調に関連する症状または特徴の改善のための薬剤の製造または調製のためのものである。ある特定の実施形態では、該症状または特徴は、てんかん、摂取困難、ジストニア、痙性、運動発達遅延、言語発達遅延、社会能力発達遅延、白質異常、T細胞浸潤、B細胞浸潤、線条体壊死、脳萎縮、基底核石灰化、及び小脳髄症から選択される。ある特定の実施形態では、オリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖は、対象の脳脊髄液におけるI型IFNのシグナル伝達またはリンパ球増加の低減に使用するための薬剤の製造または調製のためのものである。
本明細書に記載の方法または使用のいずれかにおいて、該オリゴマー剤、オリゴマー化合物、修飾オリゴヌクレオチド、またはオリゴマー二重鎖は、本明細書に記載のいずれであってもよい。
VI.特定の医薬組成物
ある特定の実施形態では、1つ以上のオリゴマー化合物を含む医薬組成物を本明細書に提供する。ある特定の実施形態では、該1つ以上のオリゴマー化合物は、各々修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、該医薬組成物は、医薬的に許容される希釈剤または担体を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩水及び1つ以上のオリゴマー化合物を含むかまたはそれらからなる。ある特定の実施形態では、該滅菌生理食塩水は、医薬品グレードの生理食塩水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むかまたはそれらからなる。ある特定の実施形態では、該滅菌水は、医薬品グレードの水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝生理食塩水(PBS)を含むかまたはそれらからなる。ある特定の実施形態では、該滅菌PBSは、医薬品グレードのPBSである。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液を含むかまたはそれらからなる。ある特定の実施形態では、該人工脳脊髄液は、医薬品グレードの人工脳脊髄液である。
ある特定の実施形態では、1つ以上のオリゴマー化合物を含む医薬組成物を本明細書に提供する。ある特定の実施形態では、該1つ以上のオリゴマー化合物は、各々修飾オリゴヌクレオチドからなる。ある特定の実施形態では、該医薬組成物は、医薬的に許容される希釈剤または担体を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、滅菌生理食塩水及び1つ以上のオリゴマー化合物を含むかまたはそれらからなる。ある特定の実施形態では、該滅菌生理食塩水は、医薬品グレードの生理食塩水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つ以上のオリゴマー化合物及び滅菌水を含むかまたはそれらからなる。ある特定の実施形態では、該滅菌水は、医薬品グレードの水である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つ以上のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝生理食塩水(PBS)を含むかまたはそれらからなる。ある特定の実施形態では、該滅菌PBSは、医薬品グレードのPBSである。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つ以上のオリゴマー化合物及び人工脳脊髄液を含むかまたはそれらからなる。ある特定の実施形態では、該人工脳脊髄液は、医薬品グレードの人工脳脊髄液である。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及びPBSを含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及びPBSからなる。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及びPBSから本質的になる。ある特定の実施形態では、該PBSは、医薬品グレードである。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液からなる。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチド及び人工脳脊髄液から本質的になる。ある特定の実施形態では、該人工脳脊髄液は、医薬品グレードである。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、1つ以上のオリゴマー化合物及び1つ以上の賦形剤を含む。ある特定の実施形態では、賦形剤は、水、塩溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース及びポリビニルピロリドンから選択される。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、医薬組成物または製剤の調製のために医薬的に許容される活性及び/または不活性物質と混合されてもよい。医薬組成物を製剤化するための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度、または投与される用量が挙げられるがこれらに限定されないくつかの基準に依存する。
ある特定の実施形態では、オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、該オリゴマー化合物の任意の医薬的に許容される塩、該オリゴマー化合物のエステル、またはかかるエステルの塩を包含する。ある特定の実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含めた動物への投与時に、生物学的に活性な代謝産物またはその残渣を(直接的または間接的に)提供することが可能である。従って、例えば、本開示は、オリゴマー化合物の医薬的に許容される塩、プロドラッグ、かかるプロドラッグの医薬的に許容される塩、及び他の生物学的等価物にも関する。適切な医薬的に許容される塩としては、ナトリウム及びカリウム塩が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、プロドラッグは、オリゴヌクレオチドに結合している1つ以上のコンジュゲート基を含み、該コンジュゲート基は、体内で内在性ヌクレアーゼによって切断される。
脂質部分は、様々な方法で核酸療法において使用されている。ある特定のかかる方法において、オリゴマー化合物等の核酸は、カチオン性脂質と中性脂質との混合物でできた予め形成されたリポソームまたはリポプレックスに導入される。ある特定の方法において、モノまたはポリカチオン性脂質とのDNA複合体は、中性脂質の非存在下で形成される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞または組織への薬剤の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、脂肪組織への薬剤の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、筋組織への薬剤の分布を増加させるように選択される。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、送達系を含む。送達系の例としては、リポソーム及びエマルジョンが挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の送達系は、疎水性化合物を含むものを含めたある特定の医薬組成物の調製に有用である。ある特定の実施形態では、ジメチルスルホキシド等のある特定の有機溶媒が用いられる。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、特定の組織または細胞型に本発明の1つ以上の薬剤を送達するように設計された1つ以上の組織特異的送達分子を含む。例えば、ある特定の実施形態では、医薬組成物は、組織特異的抗体でコーティングされたリポソームを含む。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、共溶媒系を含む。ある特定のかかる共溶媒系は、例えば、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマー、及び水相を含む。ある特定の実施形態では、かかる共溶媒系は、疎水性化合物に使用される。かかる共溶媒系の非限定的な例はVPD共溶媒系であり、これは、3%w/vのベンジルアルコール、8%w/vの非極性界面活性剤Polysorbate 80(商標)及び65%w/vのポリエチレングリコール300を含む無水エタノールの溶液である。かかる共溶媒系の割合は、それらの溶解性及び毒性を著しく変えることがなければ、大幅に変化させてもよい。さらに、共溶媒成分の同一性は、変化してもよく、例えば、他の界面活性剤をPolysorbate 80(商標)の代わりに使用してもよく、ポリエチレングリコールの画分サイズを変化させてもよく、他の生体適合性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドンでポリエチレングリコールを置き換えてもよく、他の糖または多糖類でデキストロースを置換してもよい。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、経口投与用に調製される。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、頬側投与用に調製される。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、注射(例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄腔内(IT)、脳室内(ICV)等)による投与用に調製される。ある特定のかかる実施形態では、医薬組成物は、担体を含み、水溶液、例えば、水または生理学的に適合する緩衝液、例えば、ハンクス溶液、リンガー溶液、もしくは生理食塩水の緩衝液で製剤化される。ある特定の実施形態では、他の成分が含まれる(例えば、溶解性を補助するか、または防腐剤として役立つ成分)。ある特定の実施形態では、注射可能な懸濁液は、適切な液体担体、懸濁剤等を使用して調製される。注射用のある特定の医薬組成物は、単位剤形、例えば、アンプルまたは複数回投与容器に含まれる。注射用のある特定の医薬組成物は、油性または水性媒体の懸濁液、溶液、またはエマルジョンであり、懸濁剤、安定化剤、及び/または分散剤等の製剤化剤を含み得る。注射用の医薬組成物における使用に適したある特定の溶媒としては、親油性溶媒及び脂肪油、例えば、ゴマ油、合成脂肪酸エステル、例えば、オレイン酸エチルまたはトリグリセリド、及びリポソームが挙げられるがこれらに限定されない。
ある特定の条件下では、本明細書で開示するある特定の化合物は、酸として機能する。かかる化合物は、プロトン化された(遊離酸)形態で、またはイオン化されてカチオンと会合する(塩)形態で描写または記載され得るが、かかる化合物の水溶液は、かかる形態の間で平衡状態で存在する。例えば、水溶液中のオリゴヌクレオチドのリン酸結合は、遊離酸、アニオン及び塩形態の間で平衡状態で存在する。別段の指示がない限り、本明細書に開示する化合物は、すべてのかかる形態を含むことが意図される。さらに、ある特定のオリゴヌクレオチドは、いくつかのかかる結合を有し、その各々は均衡状態にある。従って、溶液中のオリゴヌクレオチドは、複数の位置ですべて均衡状態である形態の集合として存在する。「オリゴヌクレオチド」という用語は、すべてのかかる形態を含むことを意図する。図示される構造は、必然的に単一の形態を示す。それにもかかわらず、別段の指示がない限り、かかる図面は、同様に対応する形態を含むことを意図する。本明細書では、「またはその塩」という用語が後に続く化合物の遊離酸を示す構造は、完全または部分的にプロトン化され得る/脱プロトン化され得る/カチオンと会合し得るすべてのかかる形態を明示的に含む。ある特定の例では、1つ以上の特定のカチオンが特定される。
ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、ナトリウムとともに水溶液に含まれる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、カリウムとともに水溶液に含まれる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、PBSに含まれる。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、水に含まれる。ある特定のかかる実施形態では、該溶液のpHは、所望のpHに達するまでNaOH及び/またはHClで調整される。
本明細書では、ある特定の用量が記載される。用量は、用量単位の形態であり得る。明確にするため、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物のミリグラム単位での用量(または用量単位)は、当該修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物の遊離酸形態の質量を示す。上記のように、水溶液中では、該遊離酸は、アニオン形態及び塩形態と平衡状態にある。しかしながら、用量を計算する目的のため、該修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、無溶媒、無酢酸ナトリウム、無水、遊離酸として存在すると仮定される。例えば、修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物が、ナトリウムを含む溶液(例えば、生理食塩水)に含まれる場合、該修飾オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、部分的または完全に脱プロトン化され、Na+イオンと会合している可能性がある。しかしながら、このプロトンの質量は用量の重量に考慮され、Na+イオンの質量は用量の重量に考慮されない。従って、例えば、10mgの化合物番号1492069の用量または用量単位は、重量が10mgの完全にプロトン化された分子の数と等しい。これは、10.76mgの無溶媒、無酢酸ナトリウム、無水のナトリウム化された(sodiated)化合物番号1492069に相当する。オリゴマー化合物がコンジュゲート基を含む場合、該コンジュゲート基の質量は、かかるオリゴマー化合物の用量を計算する際に含まれ得る。該コンジュゲート基が酸も有する場合、該コンジュゲート基も同様に、用量を計算する目的で完全にプロトン化されていると仮定される。
VII.特定のホットスポット領域
1.配列番号1の核酸塩基5085~5133
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基5085~5133は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基5085~5133内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
1.配列番号1の核酸塩基5085~5133
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基5085~5133は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基5085~5133内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号31、33、37、69、376、411、528、616、709、766、838、及び945の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基5085~5133内の等長部分に相補的である。
化合物番号1273156、1273157、1273160、1273190、1321435、1322469、1322618、1322678、1322794、1322801、1323239、及び1323343の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基5085~5133内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基5085~5133内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも38%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基5085~5133内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均61%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
2.配列番号1の核酸塩基19997~20061
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基19997~20061は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基19997~20061内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基19997~20061は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基19997~20061内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号13、15、18、116、187、1604、1657、1779、1809、1868、1955、2079、2156、2231、2304、2334、2434、2531、2669、2670、及び2669の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基19997~20061内の等長部分に相補的である。
化合物番号1273127、1273129、1273132、1321102、1321374、1321458、1321651、1321671、1321717、1321779、1321943、1322460、1322611、1322887、1322962、1323010、1323056、1323090、1489524、1489525、1489527、1489531、1489532、1489533、1489534、1489535、1489536、1521445、1521446、1521447、1521448、1521449、1521593、1521594、1521595、1521596、1521597、1521598、1521599、1521600、1521601、1521602、1521603、1521604、1521608、1521609、1521610、1521611、1521612、1521613、1521614、1521615、1521616、1521617、及び1521618の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基19997~20061内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基19997~20061内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも28%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基19997~20061内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均65%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
3.配列番号1の核酸塩基20076~20133
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基20076~20133は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基20076~20133内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基20076~20133は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基20076~20133内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号709、714、811、818、933、943、1004、1017、1091、1120、1240、1266、1416、1424、2556、2557、2664、2665、2666、2667、2668、及び2682の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基20076~20133内の等長部分に相補的である。
化合物番号1320982、1321049、1321230、1321330、1321817、1322707、1322793、1323059、1323169、1323314、1410683、1413523、1413529、1489455、1489456、1489457、1489458、1489459、1489477、1489478、1489479、1489480、1489481、1489482、1489483、1489484、1489485、1489486、及び1489487の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基20076~20133内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基20076~20133内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも28%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基20076~20133内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均60%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
4.配列番号1の核酸塩基20528~20616
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基20528~20616は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基20528~20616内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基20528~20616は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基20528~20616内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号1952、1980、2040、2069、2164、2195、2272、2299、2388、2641、2642、2643、2644、2645、2646、2683、及び2684の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基20528~20616内の等長部分に相補的である。
化合物番号1321408、1321541、1321751、1321878、1323173、1323224、1413519、1489468、1489469、1489471、1489472、1489473、1489474、1489475、1489476、1489488、1489489、1489491、1489493、1489494、1489497、1489498、1489500、1489503、1489505、1489508、1521467、1521468、1521469、1521470、1521471、1521472、1521473、及び1521474の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基20528~20616内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基20528~20616内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも60%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基20528~20616内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均71%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
5.配列番号1の核酸塩基22294~22329
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22294~22329は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基22294~22329内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22294~22329は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基22294~22329内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号440、525、607、677、783、及び850の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基22294~22329内の等長部分に相補的である。
化合物番号1322270、1322424、1322428、1322725、1322905、及び1323347の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基22294~22329内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22294~22329内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも65%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22294~22329内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均84%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
6.配列番号1の核酸塩基22453~22476
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22453~22476は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基22453~22476内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22453~22476は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基22453~22476内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号1210、1317、1366、1449、及び2679の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基22453~22476内の等長部分に相補的である。
化合物番号1322169、1322319、1322497、1323084、1492069、1492128、1492129、1492130、1492131、1492132、1521478、1521479、1521480、1521481、1521482、1521483、1521484、1521485、1521486、1521487、1521488、及び1521489の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基22453~22476内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22453~22476内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも42%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22453~22476内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均56%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
7.配列番号1の核酸塩基22595~22626
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22595~22626は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基22595~22626内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22595~22626は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基22595~22626内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号22、1985、2059、2157、2199、及び2574の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基22595~22626内の等長部分に相補的である。
化合物番号1273136、1322165、1322183、1322197、1323110、1413580、及び1413741の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基22595~22626内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22595~22626内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも66%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基22595~22626内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均85%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
8.配列番号1の核酸塩基25530~25565
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25530~25565は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基25530~25565内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25530~25565は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基25530~25565内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号67、71、1836、1887、1980、2029、2115、2242、2253、及び2394の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基25530~25565内の等長部分に相補的である。
化合物番号1273181、1273185、1321177、1321321、1321687、1321737、1322093、1322468、1322976、1323187、及び1413682の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基25530~25565内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25530~25565内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも33%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25530~25565内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均72%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
9.配列番号1の核酸塩基25606~25652
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25606~25652は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基25606~25652内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25606~25652は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基25606~25652内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号201、287、341、415、547、587、676、754、2659、2660、2661、2662、2663、及び2687の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基25606~25652内の等長部分に相補的である。
化合物番号1321332、1321475、1322045、1322057、1322202、1322364、1322670、1323172、1413742、1489461、1489462、1489463、1489464、1489467、1489513、1489514、1489515、1489516、1489517、1489518、1489519、1489520、1492087、1492088、1492089、1492090、1492091、1492092、1492136、1492137、1492138、1492139、1492140、1492141、1492142、1492143、1521502、1521503、1521504、1521505、1521506、1521507、1521508、1521509、1521510、1521511、及び1521512の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基25606~25652内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25606~25652内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも56%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25606~25652内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均72%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
10.配列番号1の核酸塩基25710~25767
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25710~25767は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基25710~25767内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25710~25767は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基25710~25767内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号139、229、275、369、468、540、581、691、773、790、900、1013、1024、及び2566の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基25710~25767内の等長部分に相補的である。
化合物番号1321062、1321192、1321571、1322116、1322170、1322334、1322395、1322997、1323021、1323043、1323098、1323219、1323315、及び1413560の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基25710~25767内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25710~25767内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも40%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25710~25767内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均58%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
11.配列番号1の核酸塩基25768~25827
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25768~25827は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基25768~25827内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25768~25827は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基25768~25827内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号80、450、532、559、643、772、842、895、1008、1065、1111、1200、1247、1377、及び2637の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基25768~25827内の等長部分に相補的である。
化合物番号1273194、1320923、1321145、1321191、1321349、1322005、1322080、1322271、1322466、1322718、1322758、1322795、1323037、1323165、1413692、及び1413738の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基25768~25827内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25768~25827内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも37%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基25768~25827内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均55%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
12.配列番号1の核酸塩基28421~28468
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基28421~28468は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基28421~28468内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基28421~28468は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基28421~28468内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号21、30、33、449、522、617、及び660の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基28421~28468内の等長部分に相補的である。
化合物番号1273135、1273144、1273147、1321713、1322321、1322724、及び1322933の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基28421~28468内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基28421~28468内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも65%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基28421~28468内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均86%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
13.配列番号1の核酸塩基29924~29949
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基29924~29949は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基29924~29949内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基29924~29949は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基29924~29949内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号78、693、759、799、及び875の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基29924~29949内の等長部分に相補的である。
化合物番号1273192、1321249、1321440、1322800、及び1323073の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基29924~29949内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基29924~29949内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも69%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基29924~29949内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均81%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
14.配列番号1の核酸塩基29968~30021
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基29968~30021は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基29968~30021内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基29968~30021は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基29968~30021内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号1500、1625、1677、1733、1790、1896、1981、2036、2106、2217、2620、2625、2636、2654、2655、2656、2657、2658、及び2685の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基29968~30021内の等長部分に相補的である。
化合物番号1321074、1321328、1321462、1321599、1321700、1321967、1322094、1322252、1322697、1323127、1413685、1413711、1413736、1492051、1492052、1492053、1492054、1492055、1492056、1492074、1492075、1492076、1492077、1492078、1492080、1492081、及び1492082の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基29968~30021内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基29968~30021内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも24%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基29968~30021内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均68%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
15.配列番号1の核酸塩基31072~31096
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基31072~31096は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基31072~31096内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基31072~31096は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基31072~31096内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号125、210、289、335、2509、及び2614の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基31072~31096内の等長部分に相補的である。
化合物番号1321187、1321789、1321877、1322111、1322246、1413598、及び1413666の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基31072~31096内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基31072~31096内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも48%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基31072~31096内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均77%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
16.配列番号1の核酸塩基31792~31837
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基31792~31837は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基31792~31837内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基31792~31837は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基31792~31837内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号1345、1452、1477、1626、1685、1775、1838、1866、2014、及び2083の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基31792~31837内の等長部分に相補的である。
化合物番号1320893、1320952、1321682、1322525、1322590、1322596、1322914、1323167、1323217、及び1323262の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基31792~31837内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基31792~31837内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも41%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基31792~31837内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均64%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
17.配列番号1の核酸塩基32353~32386
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基32353~32386は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基32353~32386内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基32353~32386は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基32353~32386内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号99、2151、2210、2320、2353、2408、及び2483の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基32353~32386内の等長部分に相補的である。
化合物番号1321068、1321149、1321172、1321846、1322543、1322832、及び1323273の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基32353~32386内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基32353~32386内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも47%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基32353~32386内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均64%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
18.配列番号1の核酸塩基35016~35042
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基35016~35042は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基35016~35042内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基35016~35042は、ホットスポット領域を含む。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1の核酸塩基35016~35042内の等長部分に相補的である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20核酸塩基長である。ある特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、MOEギャップマーである。ある特定の実施形態では、該ギャップマーは、cEtギャップマーである。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択され、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合の組み合わせによって連結される。ある特定の実施形態では、該修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって連結される。ある特定の実施形態では、これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssss、sosoossssssssssooss、sossoossssssssssoss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、sosooossssssssssoss、sosssossssssssssoss、sooosssssssssssooss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soooossssssssssooss、soooosssssssssssoss、sooooossssssssssoss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択され、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。
配列番号1814、1933、1962、2056、2130、及び2237の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基35016~35042内の等長部分に相補的である。
化合物番号1321729、1321882、1322128、1322345、1323017、1323097、及び1413535の核酸塩基配列は、配列番号1の核酸塩基35016~35042内の等長部分に相補的である。
ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基35016~35042内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで少なくとも72%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。ある特定の実施形態では、配列番号1の核酸塩基35016~35042内の等長部分に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準細胞アッセイにおいてインビトロで平均83%のIFNAR1 RNAの低減を達成する。
非限定的な開示及び参照による援用
本明細書に列記される文献及び特許公開は各々、参照により全体として組み込まれる。
本明細書に列記される文献及び特許公開は各々、参照により全体として組み込まれる。
本明細書に記載のある特定の化合物、組成物、及び方法は、ある特定の実施形態に従って具体的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載の化合物を説明するためにのみ役立ち、それを限定することを意図しない。本出願に列挙される参考文献、GenBankアクセッション番号、ENSEMBL識別番号等の各々は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
本出願に添付される配列表は、必要に応じて各配列を「RNA」または「DNA」のいずれかと特定しているが、実際には、それらの配列は、化学修飾の任意の組み合わせで修飾され得る。当業者には、修飾オリゴヌクレオチドを記載するための「RNA」または「DNA」としての指定が、ある特定の例では任意であることが容易に理解されよう。例えば、2’-OH糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖(DNAの1つの2’-Hの代わりに2’-OH)を有するDNAとして、または修飾塩基(RNAのウラシルの代わりにチミン(メチル化ウラシル))を有するRNAとして記載することができる。従って、配列表中のものが挙げられるがこれらに限定されない本明細書に提供する核酸配列は、修飾核酸塩基を有するかかる核酸が挙げられるがこれらに限定されない天然または修飾RNA及び/またはDNAの任意の組み合わせを含む核酸を包含することを意図している。さらなる例として、限定することなく、核酸塩基配列「ATCGATCG」を有するオリゴマー化合物は、修飾されているかされていないかにかかわらず、これらに限定されないが、RNA塩基を含むかかる化合物、例えば、配列「AUCGAUCG」を有するものならびにいくつかのDNA塩基及びいくつかのRNA塩基、例えば、「AUCGATCG」を有するもの、ならびに「ATmCGAUCG」(mCは、5位にメチル基を含むシトシン塩基を示す)等の他の修飾核酸塩基を有するオリゴマー化合物を含めたかかる核酸塩基配列を有する任意のオリゴマー化合物を包含する。
本明細書に記載のある特定の化合物(例えば、修飾オリゴヌクレオチド)は、1つ以上の不斉中心を有し、ひいては絶対立体化学に関して、(R)もしくは(S)として、糖アノマー等の場合にはαもしくはβとして、またはアミノ酸等の場合では(D)もしくは(L)等として定義され得るエナンチオマー、ジアステレオマー、及び他の立体異性体配置を生じる。ある特定の立体異性体配置を有するものとして描写または記載される本明細書に提供する化合物は、示される化合物のみを含む。定義されていない立体化学で描写または記載される本明細書に提供する化合物は、別途指定されない限り、それらのステレオランダム及び光学的に純粋な形態を含めたすべてのかかる可能な異性体を含む。同様に、本明細書における化合物の互変異性体もまた、別段の指示がない限り含まれる。別段の指示がない限り、本明細書に記載の化合物は、対応する塩形態を含むことを意図している。
本明細書に記載の化合物は、1つ以上の原子が示される元素の非放射性同位体または放射性同位体と置き換えられている変形形態を含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、1H水素原子の各々について、考えられるすべての重水素置換を包含する。本明細書における化合物により包含される同位体の置換としては、1Hに代わる2Hまたは3H、12Cに代わる13Cまたは14C、14Nに代わる15N、16Oに代わる17Oまたは18O、及び32Sに代わる33S、34S、35S、または36Sが挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態では、非放射性同位体の置換は、治療ツールまたは研究ツールとしての使用に有益である新たな特性をオリゴマー化合物に与え得る。ある特定の実施形態では、放射性同位体の置換は、該化合物を研究目的または診断目的、例えば、画像化に適したものにし得る。
以下の実施例は、本開示のある特定の実施形態を例証するものであり、限定するものではない。さらに、特定の実施形態が提供される場合、本発明者らは、それらの特定の実施形態の一般的適用を企図している。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示は、同じモチーフまたは同様のモチーフを有するさらなるオリゴヌクレオチドへの合理的な支持を提供する。同様に、例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置にある場合、同じ位置における他の高親和性修飾も、別段の指示がない限り、適切であると見なされる。
実施例1:3-10-3cEt完全ホスホロチオエート修飾型オリゴヌクレオチドがインビトロ、単回投与でヒトIFNAR1 RNAに与える影響
ヒトIFNAR1核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、それらの単回投与がインビトロでIFNAR1 RNAに与える影響を調べた。
ヒトIFNAR1核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、それらの単回投与がインビトロでIFNAR1 RNAに与える影響を調べた。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、完全ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の3-10-3cEtギャップマーである。これらのギャップマーは、16ヌクレオシド長であり、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):kkkddddddddddkkkであり、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「k」は、cEt糖部分を表す。これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sssssssssssssssであり、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、5-メチルシトシンである。
「開始部位」は、標的核酸配列において、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である最も5’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、標的核酸配列において、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である最も3’側のヌクレオシドを示す。以下の表に記載されている各修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1(GENBANKアクセッション番号NC_000021.9、33321001から33363000まで切断されている)、配列番号2(GENBANKアクセッション番号NM_000629.2)、またはこれらの両方に100%相補的である。「N/A」は、修飾オリゴヌクレオチドがその特定の標的核酸配列に100%相補的ではないことを示す。
培養A431細胞を、濃度2000nMの修飾オリゴヌクレオチドで、遊離状態での取り込みにより、1ウェルあたり10,000細胞の密度で処理した。約48時間の処理期間の後、全RNAを細胞から単離し、IFNAR1 RNAレベルを定量的リアルタイムRTPCRによって測定した。IFNAR1 RNAレベルは、ヒトIFNAR1プライマー・プローブセットRTS44352(順方向配列CTTTCAAGTTCAGTGGCTCCA、本明細書では配列番号6として指定、逆方向配列CGTTTTGAGGAAAGACACACTG、本明細書では配列番号7として指定、プローブ配列AGTTTTGACATTTTCACAGTCAGGTATTTGTTTCC、本明細書では配列番号8として指定)によって測定した。IFNAR1 RNAレベルを、RIBOGREEN(登録商標)で測定した全RNA含有量に対して正規化した。IFNAR1 RNAの低減を、未処理の対照細胞における量に対するIFNAR1 RNAパーセント(%UTC)として以下の表に示す。各表は、個々のアッセイプレートの結果を表す。「†」がつけられている値は、その修飾オリゴヌクレオチドが、このプライマー・プローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。追加のアッセイを使用して、アンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力と有効性を測定してもよい。
実施例2:5-10-5MOE混合骨格修飾型オリゴヌクレオチドがインビトロ、単回投与でヒトIFNAR1 RNAに与える影響
ヒトIFNAR1核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、それらの単回投与がインビトロでIFNAR1 RNAに与える影響を調べた。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、同じ培養条件を有する一連の実験で試験した。
ヒトIFNAR1核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを設計し、それらの単回投与がインビトロでIFNAR1 RNAに与える影響を調べた。これらの修飾オリゴヌクレオチドを、同じ培養条件を有する一連の実験で試験した。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、混合PO/PSヌクレオシド間結合の5-10-5MOEギャップマーである。これらのギャップマーは、20ヌクレオシド長であり、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeeeであり、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表す。これらのギャップマーのヌクレオシド間結合モチーフは(5’から3’へ):sooosssssssssssoossであり、ここで、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表し、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、5-メチルシトシンである。
「開始部位」は、標的核酸配列において、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である最も5’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、標的核酸配列において、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である最も3’側のヌクレオシドを示す。以下の表に記載されている各修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1(本明細書の上記)、配列番号2(本明細書の上記)、またはこれらの両方に100%相補的である。「N/A」は、修飾オリゴヌクレオチドがその特定の標的核酸配列に100%相補的ではないことを示す。
培養A431細胞を、濃度4000nMの修飾オリゴヌクレオチドで、遊離状態での取り込みにより、1ウェルあたり10,000細胞の密度で処理した。約48時間の処理期間の後、全RNAを細胞から単離し、IFNAR1 RNAレベルを定量的リアルタイムRTPCRによって測定した。IFNAR1 RNAレベルは、ヒトプライマー・プローブセットRTS44352(本明細書の上記)によって測定した。IFNAR1 RNAレベルを、RIBOGREEN(登録商標)で測定した全RNA含有量に対して正規化した。IFNAR1 RNAの低減を、未処理の対照細胞における量に対するIFNAR1 RNAパーセント(%UTC)として以下の表に示す。各表は、個々のアッセイプレートの結果を表す。「†」がつけられている値は、その修飾オリゴヌクレオチドが、このプライマー・プローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。追加のアッセイを使用して、アンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力と有効性を測定してもよい。以下の表におけるN.D.とは、その値が不定義であったものを指す。
実施例3:修飾オリゴヌクレオチドがインビトロ、複数回投与でヒトIFNAR1に与える影響
上記の実施例から選択された修飾オリゴヌクレオチドを、A431細胞において様々な用量で試験した。1ウェルあたり10,000細胞の密度の培養A431細胞を、遊離状態での取り込みにより、以下の表に指定する様々な濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。約48時間の処理期間の後、全RNAを細胞から単離し、IFNAR1 RNAレベルを定量的リアルタイムRTPCRによって測定した。ヒトIFNAR1プライマー・プローブセットRTS44352(本明細書の上記)を使用して、RNAレベルを上記の通りに測定した。IFNAR1 RNAレベルを、RIBOGREEN(登録商標)で測定した全RNA含有量に対して正規化した。IFNAR1 RNAの低減を、未処理の対照細胞に対するIFNAR1 RNAパーセント(%UTC)として以下の表に示す。
上記の実施例から選択された修飾オリゴヌクレオチドを、A431細胞において様々な用量で試験した。1ウェルあたり10,000細胞の密度の培養A431細胞を、遊離状態での取り込みにより、以下の表に指定する様々な濃度の修飾オリゴヌクレオチドで処理した。約48時間の処理期間の後、全RNAを細胞から単離し、IFNAR1 RNAレベルを定量的リアルタイムRTPCRによって測定した。ヒトIFNAR1プライマー・プローブセットRTS44352(本明細書の上記)を使用して、RNAレベルを上記の通りに測定した。IFNAR1 RNAレベルを、RIBOGREEN(登録商標)で測定した全RNA含有量に対して正規化した。IFNAR1 RNAの低減を、未処理の対照細胞に対するIFNAR1 RNAパーセント(%UTC)として以下の表に示す。
各修飾オリゴヌクレオチドの半数最大阻害濃度(IC50)を、Excelのデータの対数/線形プロットに線形回帰を使用して計算し、これも以下の表に示す。以下の表におけるN.D.とは、その値が不定義であったものを指す。
実施例4:ヒトIFNAR1核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの設計
ヒトIFNAR1核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを、以下の表に記載の通りに設計した。「開始部位」は、標的核酸配列において、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である最も5’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、標的核酸配列において、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である最も3’側のヌクレオシドを示す。以下の表に記載されている各修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1(本明細書の上記)、配列番号2(本明細書の上記)、またはこれらの両方に100%相補的である。「N/A」は、修飾オリゴヌクレオチドがその特定の標的核酸配列に100%相補的ではないことを示す。
ヒトIFNAR1核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを、以下の表に記載の通りに設計した。「開始部位」は、標的核酸配列において、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である最も5’側のヌクレオシドを示す。「終結部位」は、標的核酸配列において、修飾オリゴヌクレオチドが相補的である最も3’側のヌクレオシドを示す。以下の表に記載されている各修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号1(本明細書の上記)、配列番号2(本明細書の上記)、またはこれらの両方に100%相補的である。「N/A」は、修飾オリゴヌクレオチドがその特定の標的核酸配列に100%相補的ではないことを示す。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、5-10-5MOEギャップマーである。これらのギャップマーは、20ヌクレオシド長であり、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeeeであり、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表す。これらのギャップマーは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):soooossssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、5-メチルシトシンである。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、5-10-5MOEギャップマーである。これらのギャップマーは、20ヌクレオシド長であり、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeeeであり、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表す。これらのギャップマーは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sooosssssssssssoossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、5-メチルシトシンである。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、5-10-5MOEギャップマーである。これらのギャップマーは、20ヌクレオシド長であり、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeddddddddddeeeeeであり、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表す。これらのヌクレオシド間結合は、以下の表に記載されており、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、5-メチルシトシンである。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、6-10-4MOEギャップマーである。これらのギャップマーは、20ヌクレオシド長であり、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeeddddddddddeeeeであり、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表す。これらのギャップマーは、ヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’へ):sooooossssssssssossを有し、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、5-メチルシトシンである。
以下の表の修飾オリゴヌクレオチドは、6-10-4MOEギャップマーである。これらのギャップマーは、20ヌクレオシド長であり、これらのギャップマーの糖モチーフは(5’から3’へ):eeeeeeddddddddddeeeeであり、ここで、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表す。これらのヌクレオシド間結合は、以下の表に記載されており、ここで、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す。各シトシン残基は、5-メチルシトシンである。
実施例5:トランスジェニックマウスにおけるヒトIFNAR1に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの活性
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、ヒトIFNAR1トランスジェニックマウスモデルにおいて試験した。ヒトIFNAR1転写産物を発現するトランスジェニックマウスを生成した。
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、ヒトIFNAR1トランスジェニックマウスモデルにおいて試験した。ヒトIFNAR1転写産物を発現するトランスジェニックマウスを生成した。
フォスミドABCS-41091_400N2からヒトIFNAR1遺伝子のエクソン1~6及び約4.9kBの上流配列を、ヒトIFNAR1遺伝子のエクソン7~11及び56kBの下流配列を含むBAC、CTD-2289N21にサブクローニングし、完全なIFNAR1導入遺伝子を生成した。この操作されたBACを、Not1で消化し、BAC骨格を除去した。この完全なヒトIFNAR1遺伝子を含む精製されたBAC断片を、C57BL/6マウスの受精卵に前核注入により導入し、3つの樹立系統を生成した。本明細書に記載の実験では系統17505を使用した。
処理
トランスジェニックマウスを、各2匹のマウスの群に分けた。各マウスに、200または300μgの修飾オリゴヌクレオチドの単回ICVボーラスを投与した。2~4匹のマウスの1つの群には、陰性対照としてPBSを投与した。
トランスジェニックマウスを、各2匹のマウスの群に分けた。各マウスに、200または300μgの修飾オリゴヌクレオチドの単回ICVボーラスを投与した。2~4匹のマウスの1つの群には、陰性対照としてPBSを投与した。
RNA分析
処理後2週間でマウスを屠殺し、RTPCR分析用のRNAを大脳皮質組織及び脊髄から抽出し、IFNAR1 RNAの量をヒトプライマー・プローブセットRTS44352(本明細書の上記)を使用して測定した。結果は、18SリボソームRNAに対して正規化した、PBS対照に対するヒトIFNAR1のパーセントとして表す。18SリボソームRNAは、マウス18Sプライム・プローブセットPPS54360(順方向配列GGAACTGAGGCCATGATTAAGA、本明細書では配列番号9として指定、逆方向配列ACCTCCGACTTTCGTTCTTG、本明細書では配列番号10として指定、プローブ配列AAGACGGACCAGAGCGAAAGCAT、本明細書では配列番号11として指定)を使用して増幅した。記号「†」がつけられている値は、その修飾オリゴヌクレオチドが、このプライマー・プローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。追加のアッセイを使用して、アンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力と有効性を測定してもよい。
処理後2週間でマウスを屠殺し、RTPCR分析用のRNAを大脳皮質組織及び脊髄から抽出し、IFNAR1 RNAの量をヒトプライマー・プローブセットRTS44352(本明細書の上記)を使用して測定した。結果は、18SリボソームRNAに対して正規化した、PBS対照に対するヒトIFNAR1のパーセントとして表す。18SリボソームRNAは、マウス18Sプライム・プローブセットPPS54360(順方向配列GGAACTGAGGCCATGATTAAGA、本明細書では配列番号9として指定、逆方向配列ACCTCCGACTTTCGTTCTTG、本明細書では配列番号10として指定、プローブ配列AAGACGGACCAGAGCGAAAGCAT、本明細書では配列番号11として指定)を使用して増幅した。記号「†」がつけられている値は、その修飾オリゴヌクレオチドが、このプライマー・プローブセットのアンプリコン領域に相補的であることを示す。追加のアッセイを使用して、アンプリコン領域に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力と有効性を測定してもよい。
実施例6:トランスジェニックマウスにおけるヒトIFNAR1 RNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドの効力
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、ヒトIFNAR1トランスジェニックマウス(本明細書の上記)において試験した。
上記の修飾オリゴヌクレオチドを、ヒトIFNAR1トランスジェニックマウス(本明細書の上記)において試験した。
処理
ヒトIFNAR1トランスジェニックマウスを、各4匹のマウスの群に分けた。各マウスに、以下の表に示す用量の修飾オリゴヌクレオチドの単回ICVボーラスを投与した。4匹のマウスの1つの群には、陰性対照としてPBSを投与した。
ヒトIFNAR1トランスジェニックマウスを、各4匹のマウスの群に分けた。各マウスに、以下の表に示す用量の修飾オリゴヌクレオチドの単回ICVボーラスを投与した。4匹のマウスの1つの群には、陰性対照としてPBSを投与した。
RNA分析
処理後2週間でマウスを屠殺し、プライマー・プローブセットRTS44352(本明細書の上記)を使用するIFNAR1のRNA発現の定量的リアルタイムRTPCR分析用のRNAを脊髄、大脳皮質、及び小脳から抽出した。結果は、18S PCRに調整した(本明細書の上記)、PBS対照に対するヒトIFNAR1 RNAのパーセントとして示す。
処理後2週間でマウスを屠殺し、プライマー・プローブセットRTS44352(本明細書の上記)を使用するIFNAR1のRNA発現の定量的リアルタイムRTPCR分析用のRNAを脊髄、大脳皮質、及び小脳から抽出した。結果は、18S PCRに調整した(本明細書の上記)、PBS対照に対するヒトIFNAR1 RNAのパーセントとして示す。
各修飾オリゴヌクレオチドの半数効果用量(ED50)を、GraphPad Prism 7ソフトウェア(GraphPad Software,San Diego,CA)を使用して計算した。ED50値は、用量及び個々の動物のIFNAR1 RNAレベルから、カスタム式:アゴニストvs反応-可変傾斜(4パラメータ)Y=Bottom+(Top-Bottom)/(1+(10^logED50/X)^HillSlope)、制限:bottom>0、top=100を使用して計算した。
以下の表に示す通り、修飾オリゴヌクレオチドでの処理により、IFNAR1 RNAの用量反応性の低減がPBS対照と比較して得られた。
Claims (136)
- 8~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも80%相補的であり、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも1つの修飾を有する、前記オリゴマー化合物。
- 前記IFNAR1核酸が、配列番号1または配列番号2の核酸塩基配列を有する、請求項1に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1の核酸塩基5085~5133、19997~20061、20076~20133、20528~20616、22294~22329、22453~22476、22595~22626、25530~25565、25606~25652、25710~25767、25768~25827、28421~28468、29924~29949、29968~30021、31072~31096、31792~31837、32353~32386、または35016~35042内の等長部分に少なくとも80%相補的である、請求項1または請求項2に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1の核酸塩基20003~20022、20104~20123、20591~20610、22455~22474、22456~22475、または29981~30000内の等長部分に少なくとも80%相補的である、請求項1~3のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的である、請求項1~4のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 8~80個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号12~2687の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、または少なくとも16個の連続する核酸塩基を含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド間結合から選択される少なくとも1つの修飾を有する、前記オリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号12~2687のいずれかの核酸塩基配列を含む、請求項6に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号12~2687のいずれかの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する、請求項7に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号12~89の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、または16個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、請求項6~8のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号90~2687の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または20個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、請求項6~8のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または20個の連続する核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、請求項6~10のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、20~80個の連結したヌクレオシドからなり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679のいずれかの核酸塩基配列を含む、請求項11に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号1317、2040、2625、2668、2670、または2679のいずれか1つの核酸塩基配列からなる核酸塩基配列を有する、請求項12に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、IFNAR1核酸の等長部分に少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、または100%相補的であり、前記IFNAR1核酸が、配列番号1または配列番号2の核酸塩基配列を有する、請求項6~12のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、10~25、10~30、10~50、12~20、12~25、12~30、12~50、13~20、13~25、13~30、13~50、14~20、14~25、14~30、14~50、15~20、15~25、15~30、15~50、16~18,16~20、16~25、16~30、16~50、17~20、17~25、17~30、17~50、18~20、18~22、18~25、18~30、18~50、19~20、19~25、19~30、19~50、20~25、20~30、20~50、21~25、21~30、21~50、22~25、22~30、22~50、23~25、23~30、または23~50個の連結したヌクレオシドからなる、請求項1~14のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、20個の連結したヌクレオシドからなる、請求項1~14のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、請求項1~16のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾糖部分が、二環式糖部分を含む、請求項17に記載のオリゴマー化合物。
- 前記二環式糖部分が、-O-CH2-及び-O-CH(CH3)-から選択される2’-4’架橋を含む、請求項18に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾糖部分が、非二環式修飾糖部分を含む、請求項17に記載のオリゴマー化合物。
- 前記非二環式修飾糖部分が、2’-MOE糖部分または2’-OMe糖部分である、請求項20に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチド化合物の少なくとも1つのヌクレオシドが、糖サロゲートを含む、請求項1~21のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項1~22のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項23に記載のオリゴマー化合物。
- 各ヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、請求項22または請求項23に記載のオリゴマー化合物。
- 各ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項25に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、請求項22~25のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から選択される、請求項1~23のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、または少なくとも18個のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項1~26または28のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、sssssssssssssss、soooossssssssssooss、sooosssssssssssooss、soosossssssssssooss、soossssssssssssooss、sosoossssssssssooss、sossossssssssssooss、sosssssssssssssooss、ssooossssssssssooss、sssoossssssssssooss、ssssossssssssssooss、sooooossssssssssoss、soooosssssssssssoss、sooosossssssssssoss、sooossssssssssssoss、soosoossssssssssoss、soossossssssssssoss、soosssssssssssssoss、sosooossssssssssoss、sossoossssssssssoss、sosssossssssssssoss、ssoooossssssssssoss、sssooossssssssssoss、及びssssoossssssssssossから選択されるヌクレオシド間結合モチーフ(5’から3’)を含み、各「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を表し、各「o」は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合を表す、請求項23に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの修飾核酸塩基を含む、請求項1~30のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾核酸塩基が、5-メチルシトシンである、請求項31に記載のオリゴマー化合物。
- 各シトシンが、5-メチルシトシンである、請求項32に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、デオキシ領域を含む、請求項1~33のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記デオキシ領域の各ヌクレオシドが、2’-β-D-デオキシヌクレオシドである、請求項34に記載のオリゴマー化合物。
- 前記デオキシ領域が、6、7、8、9、10、または6~10個の連結したヌクレオシドからなる、請求項34または請求項35に記載のオリゴマー化合物。
- 前記デオキシ領域に直接隣接した各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、請求項34~36のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記デオキシ領域が、5’側に1~6個の連結した5’外部領域ヌクレオシドからなる5’外部領域、及び3’側に1~6個の連結した3’外部領域ヌクレオシドからなる3’外部領域が配置され、
前記5’外部領域の最も3’側のヌクレオシドは、修飾糖部分を含み、かつ
前記3’外部領域の最も5’側のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、請求項34~37のいずれかに記載のオリゴマー化合物。 - 前記3’外部領域の各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、請求項38に記載のオリゴマー化合物。
- 前記5’外部領域の各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、請求項38または請求項39に記載のオリゴマー化合物。
- 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
5個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
5個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシドである、請求項40に記載のオリゴマー化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
4個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシドである、請求項40に記載のオリゴマー化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
3個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
3個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、cEtヌクレオシドである、請求項40に記載のオリゴマー化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
1~6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
6~10個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
1~6個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域を有し、
前記5’外部領域ヌクレオシドの各々及び前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、cEtヌクレオシドまたは2’-MOEヌクレオシドであり、前記デオキシ領域ヌクレオシドの各々が、2’-β-D-デオキシヌクレオシドである、請求項40に記載のオリゴマー化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
3~6個の連結したヌクレオシドからなる5’外部領域、
7~8個の連結したヌクレオシドからなるデオキシ領域、及び
3~6個の連結したヌクレオシドからなる3’外部領域
を含む糖モチーフを有し、
前記3’外部領域ヌクレオシドの各々が、2’-MOEヌクレオシド及びcEtヌクレオシドから選択され、前記5’外部領域が、以下の式:
(Nk)n(Nd)(Nx)
を有し、ここで、各Nkは、二環式ヌクレオシドであり、Nxは、2’-OMeヌクレオシドであり、Ndは、2’-β-D-デオキシヌクレオシドであり、nは、1~4である、請求項38~39または41~44のいずれかに記載のオリゴマー化合物。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドが、eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、及びkkkddddddddddkkkから選択される糖モチーフ(5’から3’)を有し、各「d」は、2’-β-D-デオキシリボシル糖部分を表し、各「e」は、2’-MOE糖部分を表し、各「k」は、cEt修飾糖部分を表す、請求項1~38のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
mCesTeoTeoTeoTeoTeo mCdsTdsGds mCdsTds mCdsTdsTdsAdsTdsAeo mCesGes mCe(配列番号2668)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。 - 以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
mCesTeoGeoTeoTeoTeoTdsAds mCdsAdsTdsTdsTdsTdsTdsTdsTeoTes mCes mCe(配列番号2040)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。 - 以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
TesTeoTeoAeoTes mCds mCdsAdsAdsTdsTdsAdsTds mCds mCdsAeoTeo mCes mCes mCe(配列番号2670)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。 - 以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
Tes mCeoGeo mCeo mCesTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTeo mCesAes mCe(配列番号2679)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。 - 以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
TesTeoTeo mCeoAeoTeoAdsTdsTdsTdsGdsTdsTdsAds mCdsTdsTeo mCes mCesTe(配列番号2625)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。 - 以下の化学表記に従う修飾オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物:
TesTeo mCeoGeo mCeo mCeoTdsAdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTds mCeoTes mCesAe(配列番号1317)、ここで、
A=アデニン核酸塩基、
mC=5-メチルシトシン核酸塩基、
G=グアニン核酸塩基、
T=チミン核酸塩基、
e=2’-MOE糖部分、
d=2’-β-D-デオキシリボシル糖部分、
s=ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び
o=ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。 - 前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、請求項1~52のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- コンジュゲート基を含む、請求項1~52のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲート基が、コンジュゲートリンカー及びコンジュゲート部分を含む、請求項54に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが、単結合からなる、請求項54または請求項55に記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが、切断可能である、請求項55または56のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが、1~3個のリンカーヌクレオシドを含む、請求項55~57のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲートリンカーが、いずれのリンカーヌクレオシドも含まない、請求項55~57のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの5’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合される、請求項54~59のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記コンジュゲート基が、前記修飾オリゴヌクレオチドの3’末端で前記修飾オリゴヌクレオチドに結合される、請求項54~59のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 末端基を含む、請求項1~61のいずれかに記載のオリゴマー化合物。
- 前記末端基が、脱塩基糖部分である、請求項62に記載のオリゴマー化合物。
- 一本鎖オリゴマー化合物である、請求項1~62のいずれか1項に記載のオリゴマー化合物。
- ナトリウム塩またはカリウム塩である、請求項65に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- ナトリウム塩またはカリウム塩である、請求項68に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- ナトリウム塩またはカリウム塩である、請求項71に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- ナトリウム塩またはカリウム塩である、請求項74に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- ナトリウム塩またはカリウム塩である、請求項77に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- ナトリウム塩またはカリウム塩である、請求項80に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
- 請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物のキラル濃縮集団または請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラル濃縮集団であって、特定の立体化学的配置を有する少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、前記集団。
- (Sp)配置または(Rp)配置を有する少なくとも1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項83に記載のキラル濃縮集団。
- 各ホスホロチオエートヌクレオシド間結合において特定の独立して選択される立体化学的配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項83に記載のキラル濃縮集団。
- 1つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間結合において(Rp)配置を有し、残りのホスホロチオエートヌクレオシド間結合の各々において(Sp)配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項83に記載のキラル濃縮集団。
- 5’から3’の方向に、Sp配置、Sp配置、及びRp配置で少なくとも3つの連続するホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有する修飾オリゴヌクレオチドについて濃縮されている、請求項83に記載のキラル濃縮集団。
- 請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物の集団、または請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドの集団であって、前記修飾オリゴヌクレオチドのホスホロチオエートヌクレオシド間結合のすべてがステレオランダムである、前記集団。
- 第一の修飾オリゴヌクレオチドを含む第一のオリゴマー化合物、及び第二の修飾オリゴヌクレオチドを含む第二のオリゴマー化合物を含むオリゴマー二重鎖であって、前記第一のオリゴマー化合物が、請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物である、前記オリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、8~80個の連結したヌクレオシドからなり、前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、前記第一の修飾オリゴヌクレオチドの等長部分に少なくとも90%相補的である少なくとも8個の核酸塩基の相補的領域を含む、請求項89に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第一の修飾オリゴヌクレオチドが、5’-安定化リン酸基を含む、請求項89または請求項90に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記5’-安定化リン酸基が、シクロプロピルホスホネートまたはビニルホスホネートを含む、請求項91に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第一の修飾オリゴヌクレオチドが、グリコール核酸(GNA)糖サロゲートを含む、請求項89~92のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第一の修飾オリゴヌクレオチドが、2’-NMA糖部分を含む、請求項89~92のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、請求項89~94のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの修飾糖部分が、二環式糖部分を含む、請求項95に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの二環式糖部分が、-O-CH2-及び-O-CH(CH3)-から選択される2’-4’架橋を含む、請求項96に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの修飾糖部分が、非二環式修飾糖部分を含む、請求項95に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの非二環式修飾糖部分が、2’-MOE糖部分、2’-F糖部分、または2’-OMe糖部分である、請求項98に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシドが、糖サロゲートを含む、請求項89~99のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、請求項89~100のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項101に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、ホスホジエステルヌクレオシド間結合である、請求項89~102のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合が、独立して、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合から選択される、請求項89~101または103のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの修飾核酸塩基を含む、請求項89~104のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの修飾核酸塩基が、5-メチルシトシンである、請求項105に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、コンジュゲート基を含む、請求項89~106のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲート基が、コンジュゲートリンカー及びコンジュゲート部分を含む、請求項107に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲート基が、前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの5’末端で前記第二の修飾オリゴヌクレオチドに結合される、請求項107または請求項108に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲート基が、前記第二の修飾オリゴヌクレオチドの3’末端で前記第二の修飾オリゴヌクレオチドに結合される、請求項107または請求項108に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記コンジュゲート基が、脂質を含む、請求項107~110のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、末端基を含む、請求項107~111のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記末端基が、脱塩基糖部分である、請求項112に記載のオリゴマー二重鎖。
- 前記第二の修飾オリゴヌクレオチドが、10~25、10~30、10~50、12~20、12~25、12~30、12~50、13~20、13~25、13~30、13~50、14~20、14~25、14~30、14~50、15~20、15~25、15~30、15~50、16~18,16~20、16~25、16~30、16~50、17~20、17~25、17~30、17~50、18~20、18~22、18~25、18~30、18~50、19~20、19~25、19~30、19~50、20~25、20~30、20~50、21~25、21~30、21~50、22~25、22~30、22~50、23~25、23~30、または23~50個の連結したヌクレオシドからなる、請求項89~113のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖。
- アンチセンス化合物を含むアンチセンス剤であって、前記アンチセンス化合物が、請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物または請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチドである、前記アンチセンス剤。
- 請求項89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖である、請求項115に記載のアンチセンス剤。
- 請求項115または請求項116に記載のアンチセンス剤であって、
i.RNase Hの活性化によりIFNAR1核酸の量を低減することが可能なRNase H剤、または
ii.RISC/Ago2の活性化によりIFNAR1核酸の量を低減することが可能なRNAi剤
である、前記アンチセンス剤。 - コンジュゲート基を含む、請求項115~117のいずれかに記載のアンチセンス剤であって、前記コンジュゲート基が、細胞標的化部分を含む、前記アンチセンス剤。
- 請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、請求項83~88のいずれかに記載の集団、請求項89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、または請求項115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、及び医薬的に許容される希釈剤または担体を含む医薬組成物。
- 前記医薬的に許容される希釈剤が、リン酸緩衝生理食塩水または人工脳脊髄液である、請求項119に記載の医薬組成物。
- 前記オリゴマー化合物、前記修飾オリゴヌクレオチド、前記集団、前記オリゴマー二重鎖、または前記アンチセンス剤、及び前記リン酸緩衝生理食塩水または前記人工脳脊髄液から本質的になる、請求項120に記載の医薬組成物。
- 請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、請求項83~88のいずれかに記載の集団、請求項89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、請求項115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または請求項119~121のいずれかに記載の医薬組成物を、対象に投与することを含む方法。
- I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患の治療方法であって、治療有効量の請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、請求項83~88のいずれかに記載の集団、請求項89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、請求項115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または請求項119~121のいずれかに記載の医薬組成物を、I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患を有する対象に投与し、それにより、前記I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患を治療することを含む、前記方法。
- 前記I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患が、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、または毛細血管拡張性運動失調である、請求項123に記載の方法。
- 前記疾患が、前記対象におけるインターフェロンアルファのレベルの上昇に関連している、請求項123または請求項124に記載の方法。
- 前記対象が、TREX1、RNASEH2A、RNASEH2B、RNASEH2C、SAMHD1、ADAR1、MDA5、USP18、LSM11、及びRNU7-1から選択される遺伝子に変異を有する、請求項122~125のいずれかに記載の方法。
- 前記オリゴマー化合物、前記修飾オリゴヌクレオチド、前記集団、前記オリゴマー二重鎖、前記アンチセンス剤、または前記医薬組成物の投与により、前記対象において、発作、ジストニア、痙性、白質異常、T細胞浸潤、B細胞浸潤、線条体壊死、脳萎縮、基底核石灰化、もしくは小脳髄症が減少するか、または前記対象において、摂取、運動発達、言語発達、もしくは社会能力の発達が改善する、請求項123~126のいずれかに記載の方法。
- 前記オリゴマー化合物、前記修飾オリゴヌクレオチド、前記集団、前記オリゴマー二重鎖、前記アンチセンス剤、または前記医薬組成物の投与により、前記対象の脳脊髄液中のインターフェロンアルファ及び/またはリンパ球増加が減少する、請求項123~127のいずれかに記載の方法。
- 前記対象がヒトである、請求項122~128のいずれかに記載の方法。
- 細胞におけるIFNAR1の発現を低減する方法であって、前記細胞を、請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、請求項83~88のいずれかに記載の集団、請求項89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、請求項115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または請求項119~121のいずれかに記載の医薬組成物と接触させることを含む、前記方法。
- 前記細胞が、ニューロンまたはグリア細胞であり、任意に、前記細胞が、星状膠細胞またはミクログリア細胞である、請求項130に記載の方法。
- 前記細胞がヒト細胞である、請求項130または請求項131に記載の方法。
- 請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、請求項83~88のいずれかに記載の集団、請求項89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、請求項115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または請求項119~121のいずれかに記載の医薬組成物の、I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患を治療するための使用。
- 請求項1~64のいずれかに記載のオリゴマー化合物、請求項65~82のいずれかに記載の修飾オリゴヌクレオチド、請求項83~88のいずれかに記載の集団、請求項89~114のいずれかに記載のオリゴマー二重鎖、請求項115~118のいずれかに記載のアンチセンス剤、または請求項119~121のいずれかに記載の医薬組成物の、I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患を治療するための薬剤の製造における使用。
- 前記疾患が、インターフェロンアルファのレベルの上昇に関連している、請求項133または請求項134に記載の使用。
- 前記I型インターフェロンのシグナル伝達に関連する疾患が、エカルディ・グティエール症候群、脳卒中、全身性エリテマトーデスによる神経精神病変、外傷性脳損傷後の神経炎症、神経自己免疫障害、アルツハイマー病、術後せん妄及び認識低下、頭蓋照射によって引き起こされる認識低下、ウイルス感染によって引き起こされる認識低下、視神経脊髄炎、または毛細血管拡張性運動失調である、請求項133~135のいずれかに記載の使用。
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US63/212,476 | 2021-06-18 |
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Publication Number | Publication Date |
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JP2024523363A true JP2024523363A (ja) | 2024-06-28 |
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