JP7483724B2 - 光学顕微鏡の基準焦点面を識別するための印刷カバースリップ及びスライド - Google Patents
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Description
(1) 方法であって、
カバースリップの表面又はスライドの表面上に印刷された基準マーカを識別することと、
光学顕微鏡を前記基準マーカに合焦させて、前記基準マーカの焦点距離を計算することと、
前記基準マーカの前記焦点距離に基づいて、前記カバースリップの前記表面又は前記スライドの前記表面を規定する基準焦点面を計算することと、を含む、方法。
(2) 前記方法が、
前記カバースリップの前記表面上に印刷された前記基準マーカを識別することと、
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することと、を含むように、前記基準マーカが、前記カバースリップの前記表面上に印刷されている、実施態様1に記載の方法。
(3) 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面が、前記カバースリップの前記底面を規定し、
前記カバースリップの前記底面を規定する前記基準焦点面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の頂面を更に規定する、実施態様2に記載の方法。
(4) 前記光学顕微鏡で前記カバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、実施態様2に記載の方法。
(5) 前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することが、
前記光学顕微鏡を、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準焦点面を計算することと、を含む、実施態様4に記載の方法。
2つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記2つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、実施態様5に記載の方法。
(7) 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの3つの基準マーカを識別することと、
前記3つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記全体像走査に対する前記3つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記3つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記3つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、実施態様5に記載の方法。
(8) 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの4つ以上の基準マーカを識別することと、
前記4つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記全体像走査に対する前記4つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記4つ以上の基準マーカの各々についての(x,y,z)座標を識別することと、
前記4つ以上の基準マーカの各々の前記(x,y,z)座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記カバースリップの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、実施態様5に記載の方法。
(9) 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、
1つ以上の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び/又は前記試料までの前記予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、実施態様2に記載の方法。
(10) 前記光学顕微鏡で前記カバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査内の前記基準マーカを識別することと、
前記基準マーカまでの前記焦点距離に基づいて、前記基準マーカのz軸場所を計算することと、
前記全体像走査に対する前記基準マーカの場所に基づいて、前記基準マーカのx軸場所及びy軸場所を計算することと、を更に含む、実施態様2に記載の方法。
長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、1つ以上のスポークと、を含み、
前記1つ以上のスポークのうちの少なくとも1つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記1つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施態様2に記載の方法。
(12) 前記カバースリップ上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記カバースリップの配向を判定することと、を更に含む、実施態様2に記載の方法。
(13) 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子深さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子深さが、前記粒子が前記カバースリップの前記底面に対して前記試料中に定位される、推定される深さである、実施態様2に記載の方法。
(14) 前記光学顕微鏡を前記予測される粒子深さに合焦させることが、前記基準焦点面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子深さを判定することを含む、実施態様13に記載の方法。
(15) 前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記カバースリップの画像を受信することと、
前記画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記カバースリップの新たな画像を受信することと、
前記新たな画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様2に記載の方法。
前記画像及び/又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記画像及び/若しくは前記新たな画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記画像及び/若しくは前記新たな画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記画像及び/又は前記新たな画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様15に記載の方法。
(17) 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズについての(x,y)座標を判定することと、
前記ステージ及び/又は前記対物レンズの前記(x,y)座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの(x,y)座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様16に記載の方法。
(18) 前記画像及び/又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記画像及び/又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の前記視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様15に記載の方法。
(19) 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズについての(x,y)座標を判定することと、
前記ステージ及び/又は前記対物レンズの前記(x,y)座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの(x,y)座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様18に記載の方法。
(20) 前記カバースリップ上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された第1の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、前記第1の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第1の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第1の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第1の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第1の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様2に記載の方法。
前記カバースリップの前記印刷領域に基づいて、前記カバースリップによって覆われた試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの1つ以上に基づいて最適化される、実施態様2に記載の方法。
(22) 前記方法が、
前記スライドの前記表面上に印刷された前記基準マーカを識別することと、
前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することと、を含むように、前記基準マーカが、前記スライドの前記表面上に印刷されている、実施態様1に記載の方法。
(23) 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記スライドの前記頂面が、試料と接触するようになっており、
前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面が、前記スライドの前記頂面を規定し、
前記スライドの前記頂面を規定する前記基準焦点面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の底面を更に規定する、実施態様22に記載の方法。
(24) 前記光学顕微鏡で前記スライドを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、実施態様22に記載の方法。
(25) 前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することが、
前記光学顕微鏡を、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準焦点面を計算することと、を含む、実施態様24に記載の方法。
2つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記2つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、実施態様25に記載の方法。
(27) 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの3つの基準マーカを識別することと、
前記3つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記全体像走査に対する前記3つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記3つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記3つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、実施態様25に記載の方法。
(28) 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの4つ以上の基準マーカを識別することと、
前記4つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記全体像走査に対する前記4つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記4つ以上の基準マーカの各々についての(x,y,z)座標を識別することと、
前記4つ以上の基準マーカの各々の前記(x,y,z)座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記スライドの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、実施態様25に記載の方法。
(29) 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、
1つ以上の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び/又は前記試料までの予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、実施態様22に記載の方法。
(30) 前記光学顕微鏡で前記スライドを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査内の前記基準マーカを識別することと、
前記基準マーカまでの前記焦点距離に基づいて、前記基準マーカのz軸場所を計算することと、
前記全体像走査に対する前記基準マーカの場所に基づいて、前記基準マーカのx軸場所及びy軸場所を計算することと、を更に含む、実施態様22に記載の方法。
長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、1つ以上のスポークと、を含み、
前記1つ以上のスポークのうちの少なくとも1つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記1つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施態様22に記載の方法。
(32) 前記スライド上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記スライドの配向を判定することと、を更に含む、実施態様22に記載の方法。
(33) 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子高さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子高さが、前記粒子が前記スライドの前記頂面に対して前記試料中に定位される、推定される垂直距離である、実施態様22に記載の方法。
(34) 前記光学顕微鏡を前記予測される粒子高さに合焦させることが、前記基準焦点面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子高さを判定することを含む、実施態様33に記載の方法。
(35) 前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記スライドの画像を受信することと、
前記画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記スライドの新たな画像を受信することと、
前記新たな画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様22に記載の方法。
前記画像及び/又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記画像及び/若しくは前記新たな画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記画像及び/若しくは前記新たな画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記画像及び/又は前記新たな画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様35に記載の方法。
(37) 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズについての(x,y)座標を判定することと、
前記ステージ及び/又は前記対物レンズの前記(x,y)座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの(x,y)座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様36に記載の方法。
(38) 前記画像及び/又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記画像及び/又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様35に記載の方法。
(39) 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズについての(x,y)座標を判定することと、
前記ステージ及び/又は前記対物レンズの前記(x,y)座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの(x,y)座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様38に記載の方法。
(40) 前記スライド上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、前記スライド上に印刷された第1の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、前記第1の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第1の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第1の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第1の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第1の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様22に記載の方法。
前記スライドの前記印刷領域に基づいて、前記スライド上に配設された試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの1つ以上に基づいて最適化される、実施態様22に記載の方法。
Claims (37)
- 光学顕微鏡で可視化する試料の位置を特定するための方法であって、
カメラでカバースリップ又はスライドの、概観画像を撮像することであって、前記概観画像は前記カバースリップ又はスライドの全体を描写する、撮像することと、
前記概観画像内で捕捉される基準マーカを識別することであって、前記概観画像を1つ又は複数のコンピュータで実行されるプログラムで処理して、前記概観画像内の不透明-透明遷移領域によって定義される前記基準マーカのエッジ輪郭を決定し、前記基準マーカが、前記カバースリップの表面又は前記スライドの表面上に印刷されている、基準マーカを識別することと、
前記概観画像内で前記基準マーカを識別することに応答して、前記基準マーカの位置を示すx座標とy座標を決定することと、
前記光学顕微鏡を前記基準マーカに合焦させることと、
前記光学顕微鏡を前記基準マーカに合焦させることに応答して、前記基準マーカまでの焦点距離を計算することであって、前記焦点距離は前記基準マーカの位置を示すz座標である、焦点距離を計算することと、
前記基準マーカの位置を示すx、y及びz座標に少なくとも部分的に基づいて、前記カバースリップ又はスライドの表面を規定する基準表面を生成することと、を含む、方法。 - 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又は前記光学顕微鏡が備えるカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準表面が、前記カバースリップの前記底面を規定し、
前記カバースリップの前記底面を規定する前記基準表面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の頂面を更に規定する、請求項1に記載の方法。 - 前記基準マーカが複数の基準マーカを備え、前記方法が、
前記概観画像に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された複数の基準マーカの量を計算することと、
前記概観画像に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準表面を計算することが、
前記光学顕微鏡を、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準表面を計算することと、を含む、請求項3に記載の方法。 - 前記基準表面を計算することが、
2つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記2つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、請求項4に記載の方法。 - 前記基準表面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの3つの基準マーカを識別することと、
前記3つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記概観画像に対する前記3つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記3つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記3つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、請求項4に記載の方法。 - 前記基準表面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの4つ以上の基準マーカを識別することと、
前記4つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記概観画像に対する前記4つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記4つ以上の基準マーカの各々についての(x,y,z)座標を識別することと、
前記4つ以上の基準マーカの各々の前記(x,y,z)座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記カバースリップの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、請求項4に記載の方法。 - 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又は前記光学顕微鏡が備えるカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、
前記複数の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び/又は前記試料までの前記予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記光学顕微鏡で撮像するための試料を、試料移送ツールを使用して前記試料をスライド上に置くことによって、調製することを更に含み、前記試料移送ツールが、
長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、1つ以上のスポークと、を含み、
前記1つ以上のスポークのうちの少なくとも1つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記1つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、請求項1に記載の方法。 - 前記カバースリップ上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記カバースリップの配向を判定することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又は前記光学顕微鏡が備えるカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子深さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子深さが、前記粒子が前記カバースリップの前記底面に対して前記試料中に定位される、推定される深さである、請求項1に記載の方法。
- 前記光学顕微鏡を前記予測される粒子深さに合焦させることが、前記基準表面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子深さを判定することを含む、請求項11に記載の方法。
- 前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記カバースリップの第1の画像を受信することと、
前記第1の画像を評価して、前記第1の画像内に前記基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記第1の画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記カバースリップの第2の画像を受信することと、
前記第2の画像を評価して、前記第1の画像内に前記基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記第1の画像及び/又は前記第2の画像内に前記基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記第1の画像及び/又は前記第2の画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記第1の画像及び/若しくは前記第2の画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記第1の画像及び/若しくは前記第2の画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記第1の画像及び/又は前記第2の画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記カバースリップの前記概観画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、請求項13に記載の方法。 - 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズについての(x,y)座標を判定することと、
前記ステージ及び/又は前記対物レンズの前記(x,y)座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの(x,y)座標をメモリに記憶することと、を更に含む、請求項14に記載の方法。 - 前記第1の画像及び/又は前記第2の画像内に前記基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記第1の画像及び/又は前記第2の画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記カバースリップの前記概観画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の前記視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、請求項13に記載の方法。 - 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズについての(x,y)座標を判定することと、
前記ステージ及び/又は前記対物レンズの前記(x,y)座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの(x,y)座標をメモリに記憶することと、を更に含む、請求項16に記載の方法。 - 前記基準マーカが複数の基準マーカを備え、前記方法が、
前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの全ての基準マーカを含む前記概観画像に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された第1の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記光学顕微鏡で捕捉された第1の画像に基づいて、前記第1の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第1の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第1の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第1の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第1の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記カバースリップの印刷領域を識別することと、
前記カバースリップの前記印刷領域に基づいて、前記カバースリップによって覆われた試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの1つ以上に基づいて最適化される、請求項1に記載の方法。 - 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又は前記光学顕微鏡の備えるカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記スライドの前記頂面が、試料と接触するようになっており、
前記スライドの前記表面を規定する前記基準表面が、前記スライドの前記頂面を規定し、
前記スライドの前記頂面を規定する前記基準表面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の底面を更に規定する、請求項1に記載の方法。 - 前記基準マーカが複数の基準マーカを備え、前記方法が、
前記概観画像に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された複数の基準マーカの量を計算することと、
前記概観画像に基づいて、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記スライドの前記表面を規定する前記基準表面を計算することが、
前記光学顕微鏡を、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準表面を計算することと、を含む、請求項21に記載の方法。 - 前記基準表面を計算することが、
2つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記2つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、請求項22に記載の方法。 - 前記基準表面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの3つの基準マーカを識別することと、
前記3つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記概観画像に対する前記3つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記3つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記3つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、請求項22に記載の方法。 - 前記基準表面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの4つ以上の基準マーカを識別することと、
前記4つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記概観画像に対する前記4つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記4つ以上の基準マーカの各々についての(x,y,z)座標を識別することと、
前記4つ以上の基準マーカの各々の前記(x,y,z)座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記スライドの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、請求項22に記載の方法。 - 前記複数の基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又は前記光学顕微鏡が備えるカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、
前記複数の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び/又は前記試料までの予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記光学顕微鏡で撮像するための試料を、試料移送ツールを使用して前記試料を前記スライド上に置くことによって、調製することを更に含み、前記試料移送ツールが、
長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、1つ以上のスポークと、を含み、
前記1つ以上のスポークのうちの少なくとも1つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記1つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、請求項1に記載の方法。 - 前記スライド上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記スライドの配向を判定することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記複数の基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又は前記光学顕微鏡が備えるカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子高さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子高さが、前記粒子が前記スライドの前記頂面に対して前記試料中に定位される、推定される垂直距離である、請求項1に記載の方法。
- 前記光学顕微鏡を前記予測される粒子高さに合焦させることが、前記基準表面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子高さを判定することを含む、請求項29に記載の方法。
- 前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記スライドの第1の画像を受信することと、
前記第1の画像を評価して、前記画像内に前記基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記第1の画像内に前記基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記スライドの第2の画像を受信することと、
前記第2の画像を評価して、前記第1の画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記第1の画像及び/又は前記第2の画像内に前記基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記第1の画像及び/又は前記第2の画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記第1の画像及び/若しくは前記第2の画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記第1の画像及び/若しくは前記第2の画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記第1の画像及び/又は前記第2の画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記カバースリップの概観画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、請求項31に記載の方法。 - 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズについての(x,y)座標を判定することと、
前記ステージ及び/又は前記対物レンズの前記(x,y)座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの(x,y)座標をメモリに記憶することと、を更に含む、請求項32に記載の方法。 - 前記第1の画像及び/又は前記第2の画像内に前記基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記第1の画像及び/又は前記第2の画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記カバースリップの前記概観画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、請求項31に記載の方法。 - 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記光学顕微鏡の前記ステージ及び/又は前記対物レンズについての(x,y)座標を判定することと、
前記ステージ及び/又は前記対物レンズの前記(x,y)座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの(x,y)座標をメモリに記憶することと、を更に含む、請求項34に記載の方法。 - 前記基準マーカが複数の基準マーカを備え、前記方法が、
前記スライド上に印刷された全ての基準マーカを含む前記概観画像に基づいて、前記スライド上に印刷された第1の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記光学顕微鏡で捕捉された第1の画像に基づいて、前記第1の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第1の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第1の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第1の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第1の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記スライドの印刷領域を識別することと、
前記スライドの前記印刷領域に基づいて、前記スライド上に配設された試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの1つ以上に基づいて最適化される、請求項1に記載の方法。
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