KR20210100181A - 광 현미경검사를 위한 기준 초점 평면을 식별하기 위한 인쇄 커버슬립 및 슬라이드 - Google Patents

Abstract

광학 현미경검사와 관련하여 기준 초점 평면을 식별하기 위한 시스템, 방법, 및 장치. 방법은 광학 현미경검사와 관련하여 사용되는 커버슬립 또는 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 기점 마커를 식별하는 단계를 포함한다. 본 방법은 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱하여 기점 마커의 초점 거리를 계산하는 단계를 포함한다. 본 방법은 기점 마커의 초점 거리에 기초하여 커버슬립 또는 슬라이드의 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함한다.

Description

광 현미경검사를 위한 기준 초점 평면을 식별하기 위한 인쇄 커버슬립 및 슬라이드

본 발명은 광 현미경검사에 관한 것으로, 특히 광 현미경검사에 사용하기 위한 기준 초점 평면에 관한 것이다.

광 현미경검사는 가시 광, 및 이미지 또는 작은 물체를 확대시키기 위한 렌즈 시스템을 사용한다. 광 현미경검사는 광학 현미경을 사용하여 수행될 수 있다. 광학 현미경은 전형적으로 물체를 관찰하기 위한 아이피스(eyepiece) 및/또는 카메라를 포함한다. 사용자가 아이피스를 통해 물체를 관찰하는 경우, 사용자는 물체의 상이한 부분들을 관찰할 때 현미경의 초점을 수동으로 변경시킬 수 있다. 추가로, 물체 분석이 카메라와 통신하는 컴퓨터 프로그램에 의해 수행될 때, 컴퓨터 프로그램은 물체의 상이한 부분들을 관찰할 때 현미경의 초점을 반복적으로 변경시킬 수 있다. 그러나, 현미경의 초점을 반복적으로 변경시킬 이러한 필요성은 인간 또는 컴퓨터 프로그램에 의해 수행될 때 분석의 오차로 이어질 수 있다.

광학 현미경이 재료의 샘플을 관찰하기 위해 통상 사용된다. 샘플은 박테리아 또는 작은 유기체와 같은 유기 물질을 포함할 수 있고, 결정질 구조 또는 다른 재료와 같은 무기 물질을 포함할 수 있다. 샘플이 피사계의 광학 깊이보다 더 두꺼운 경우, 사용자 또는 컴퓨터 프로그램은 샘플의 상이한 영역들을 관찰하기 위해 현미경의 초점 깊이를 반복적으로 조정할 필요가 있을 수 있다. 일부 경우에, 샘플이 슬라이드 상에 균일하게 분포되는 것을 보장하기 위한 노력으로, 커버슬립(coverslip)이 샘플 위에 배치되어 샘플이 슬라이드와 커버슬립 사이에 개재되게 한다.

이상적으로는, 광 현미경검사에 사용되는 커버슬립 및 슬라이드는 매끄럽고, 평탄하고, 균일한 두께를 갖는다. 그러나, 커버슬립 및 슬라이드는 종종 이러한 이상적인 것으로부터 벗어난다. 많은 경우에, 커버슬립 및 슬라이드는 휨 곡률 또는 불균일한 두께를 갖는다. 일부 구현예에서, 샘플은 손 또는 다른 부정확한 수단에 의해 슬라이드 상에 배치될 수 있었던 유체 또는 가단성 매체로 이루어진다. 그러한 구현예에서, 커버슬립이 샘플의 위에 배치될 때, 슬라이드와 커버슬립 사이에 개재된 샘플의 형상 및 두께는 샘플을 가로질러 변하거나 가변될 수 있다. 이러한 변동은 슬라이드 또는 커버슬립의 곡률, 경사, 두께 변화, 또는 표면 결함에 의해 야기될 수 있다. 이러한 변동은 샘플의 불균일한 분포를 야기하고, 그에 따라서 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 샘플의 상이한 부분들을 관찰할 때 현미경의 초점이 반복적으로 변경되는 것을 필요로 한다.

전술한 내용에 비추어, 광 현미경검사를 위한 기준 프레임을 위한 시스템, 방법 및 디바이스가 본 명세서에 개시된다. 본 명세서에 개시된 기준 프레임은 슬라이드, 커버슬립, 및 샘플의 변동을 보상하고, 따라서 현미경검사 이미징을 개선한다.

본 발명의 비제한적이고 비포괄적인 구현예가 하기의 도면을 참조하여 설명되는데, 여기서 동일한 도면 부호는 달리 명시되지 않는 한 다양한 도면 전체에 걸쳐 동일한 부분을 지칭한다. 다양한 도면들이 단지 예시적인 목적을 위한 것이라는 것은 당업자에 의해 인식될 것이다. 본 발명의 특성 및 본 발명에 따른 다른 실시 형태는 하기의 상세한 설명, 첨부된 청구범위, 및 몇몇 도면을 참조하여 더 명확하게 이해될 수 있다.
도 1은 슬라이드 스캐너가 커버슬립의 표면 아래에서 하나 이상의 특정 오프셋으로 샘플을 스캔할 수 있도록 커버슬립의 하부 표면에 기준 초점 평면을 제공하는 데 사용되는 인쇄 커버슬립의 개념 측면도를 도시한다.
도 2a는 복수의 기점 마커를 포함하는 인쇄 커버슬립의 하부 표면의 조감도이다.
도 2b는 상부 표면을 통해 관찰할 때의 인쇄 커버슬립의 조감도이다.
도 3a는 복수의 기점 마커들 및 초점 프레임을 포함하는 인쇄 커버슬립의 하부 표면의 조감도이다.
도 3b는 상부 표면을 통해 관찰할 때의 인쇄 커버슬립의 조감도이다.
도 4는 슬라이드 스캐너가 슬라이드의 표면 위에서 하나 이상의 특정 오프셋으로 샘플을 스캔할 수 있도록 슬라이드의 상부 표면에 기준 초점 평면을 제공하는 데 사용되는 인쇄 슬라이드의 개념 측면도를 도시한다.
도 5는 슬라이드 스캐너가 커버슬립의 표면 아래에서 그리고/또는 슬라이드의 표면 위에서 하나 이상의 특정 오프셋으로 샘플을 스캔할 수 있도록 커버슬립의 하부 표면 및 슬라이드의 상부 표면에 기준 초점 평면을 제공하는 데 사용되는 인쇄 커버슬립 및 인쇄 슬라이드의 개념 측면도를 도시한다.
도 6은 커버슬립 또는 슬라이드 상에 인쇄된 기점 마커의 일부분의 예시적인 20x 배율 고해상도 이미지이다.
도 7은 커버슬립 또는 슬라이드 상에 인쇄된 기점 마커의 일부분의 예시적인 40x 배율 고해상도 이미지이다.
도 8은 커버슬립 또는 슬라이드 상에 인쇄된 기점 마커의 일부분의 예시적인 20x 배율 고해상도 이미지이다.
도 9는 커버슬립 또는 슬라이드 상에 인쇄된 기점 마커의 일부분의 예시적인 20x 배율 고해상도 이미지이다.
도 10a는 기점 마커의 예측된 에지를 기점 마커의 캡처된 에지와 비교하기 위해 인쇄 커버슬립 및/또는 인쇄 슬라이드와 함께 사용되는 자동 슬라이드 스캐너에 의해 생성된 예시적인 10x 배율 고해상도 이미지이다.
도 10b는 현재 시야가 기점 마커 내에 완전히 포함되는 것을 결정하기 위해 인쇄 커버슬립 및/또는 인쇄 슬라이드와 함께 사용되는 자동 슬라이드 스캐너에 의해 생성된 예시적인 10x 배율 고해상도 이미지이다.
도 11a는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 측면 사시도이다.
도 11b는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 정면 조감도이다.
도 11c는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 정측면도이다.
도 12a는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 측면 사시도이다.
도 12b는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 정면 조감도이다.
도 12c는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 정측면도이다.
도 13a는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 측면 사시도이다.
도 13b는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 정면 조감도이다.
도 13c는 샘플 전달 도구의 일 실시 형태의 정측면도이다.
도 14는 광학 현미경을 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법의 개략 흐름도이다.
도 15는 광학 현미경을 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법의 개략 흐름도이다.
도 16은 광학 현미경을 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법의 개략 흐름도이다.
도 17은 광학 현미경을 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법의 개략 흐름도이다.
도 18은 광학 현미경을 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법의 개략 흐름도이다.
도 19는 복수의 기점 마커에 기초하여 샘플에 대한 기준 초점 평면을 계산하기 위한 방법의 개략 흐름도이다.

광 현미경검사로 관찰된 샘플의 초점을 교정(refine)하기 위해 기준 초점 평면들을 결정하기 위한 시스템, 방법, 및 디바이스가 본 명세서에 개시된다. 본 발명의 일부 실시 형태는 광 현미경검사에 의해 이미징되는 샘플의 기준 초점 평면을 효율적으로 식별하기 위한 인쇄 커버슬립 및 인쇄 슬라이드에 관한 것이다. 기준 프레임은 슬라이드 및 커버슬립의 곡률, 두께, 또는 표면 평활도, 및 샘플 두께의 변동을 보상한다.

본 발명의 실시 형태는 광 현미경검사에 의해 이미징되는 샘플의 기준 초점 평면을 식별하기 위해 기점 마커를 사용한다. 일 실시 형태에서, 기점 마커는 광학 현미경과 함께 사용하기 위한 커버슬립 및/또는 슬라이드 상에 인쇄된다. 기준 초점 평면, 또는 기준 초점 평면으로부터의 특정 오프셋은 샘플의 초점 표면을 추가로 교정하기 위한 시작 포인트로서 사용될 수 있다. 일 실시 형태에서, 초점은 소정 위치에서의 샘플의 이미지에 기초하여 추가로 교정된다. 전체 샘플에 대한 이미지의 위치는 기점 마커에 기초하여 결정된다.

본 발명의 일 실시 형태는 샘플이 포커싱하기 어려운 경우에 광 현미경검사에 적용된다. 구현예에서, 샘플은 슬라이드와 커버슬립 사이에 개재된다. 슬라이드 또는 커버슬립 중 하나 이상은 기점 마커를 포함하도록 인쇄되었다. 샘플은 광학 현미경으로 스캔된다. 기점 마커는 커버슬립의 하부 표면 및/또는 슬라이드의 상부 표면으로서 한정된 샘플에 대한 기준 초점 표면을 한정하도록 스캔되고 평가된다. 이어서, 샘플은 기준 초점 표면에 대해 고정된 오프셋으로 스캔된다. 일부 경우에, 샘플 자체 상에 포커싱하거나 주어진 기준 위치로부터의 샘플의 초점을 어떻게 개선시킬지를 결정하기 위한 유의한 수단은 없다. 그러한 경우에, 이러한 예시적인 구현예는 샘플의 초점을 교정하는 데 그리고 적절한 초점을 달성하기 위한 시간을 앞당기는 데 특히 유용하다.

본 발명의 추가 실시 형태는 공기 품질 샘플을 스캔하기 위한 인쇄 커버슬립이다. 그러한 구현예에서, 샘플은 투명한 겔의 표면 상에 공기중 미립자를 포획함으로써 수집된다. 샘플은 염색되고 인쇄 커버슬립으로 커버되어 포획된 미립자 층이 커버슬립에 매우 가깝게 있게 한다. 일부 경우에, 캡처된 미립자 층은 0 내지 10 μm 범위의 액체 얼룩 층에 의해서만 분리된다. 실시 형태에서, 커버슬립의 인쇄 영역은 샘플을 둘러싸지만 샘플 그 자체와 중첩되지 않는다. 시스템은 인쇄 커버슬립을 통해 샘플을 관찰하고 커버슬립 상에 인쇄된 기점 마커 상에 포커싱한다. 기점 마커 상에 포커싱한 후, 샘플의 초점 위치가 보간법을 사용하여 추정된다. 이러한 추정은 인쇄 커버슬립 및 샘플의 불완전한 평탄도 및 가변하는 얼룩 층 깊이로 인해 불완전할 수 있다. 초기 추정은 추정된 초점 길이 근처의 상이한 초점 길이들에서 국소 초점 검색을 수행함으로써 교정된다. 그에 의해, 최적의 초점은, 커버슬립의 상부 상의 또는 샘플 아래의 슬라이드 표면 상의 부스러기와 같은 고초점 측정의 혼란 층(confounding layer)에 의해 혼동되지 않고서 식별된다. 이러한 구현예는 샘플링된 공기가 낮은 미립자 수를 가질 때 공기 품질 샘플이 희박할 수 있기 때문에 공기 품질 샘플에 대한 정확한 초점을 신속하고 정확하게 찾는 데 특히 효과적이다.

본 발명의 실시 형태와 일치하는 시스템 및 방법의 상세한 설명이 아래에 제공된다. 몇몇 실시 형태가 설명되지만, 본 발명이 어떤 하나의 실시 형태로 제한되지 않고, 그 대신, 다수의 대안, 수정, 및 등가물을 포괄하는 것으로 이해되어야 한다. 더욱이, 본 명세서에 개시된 실시 형태의 완전한 이해를 제공하기 위해 많은 구체적인 상세사항들이 하기의 설명에서 제시되지만, 일부 실시 형태는 이러한 상세사항의 일부 또는 전부가 없이도 실시될 수 있다. 더욱이, 명확함을 위해, 본 기술 분야에 공지된 소정의 기술적 내용은 본 발명을 불필요하게 모호하게 하는 것을 피하기 위해 상세히 설명되지 않았다.

도 1은 광학 현미경으로 이미징하기 위한 슬라이드(104)와 커버슬립(102) 사이에 개재된 샘플(106)의 개념 측면도이다. 커버슬립(102)은 샘플(106) 전체를 통해 분포된 물체를 관찰하기 위한 기준 초점 평면으로서 역할을 한다. 전형적인 광 현미경검사 분석에서, 샘플(106)은 광학 현미경으로 시각적으로 검사되어 도 1에 도시된 바와 같이 관심 입자(108)를 식별, 분석, 및/또는 정량화할 수 있도록 처리된다. 커버슬립(102)은 슬라이드 스캐너가 커버슬립(102)의 표면 아래에서 하나 이상의 특정 오프셋으로 샘플(106)을 스캔할 수 있도록 기준 초점 표면을 제공하기 위해 마킹을 포함한다.

커버슬립(102)은 하나 이상의 기점 마커(110a, 110b, 110c)(본 명세서에서 집합적으로 "110"으로 지칭됨)를 포함한다. 기점 마커(110)는 커버슬립 상에 인쇄된다. 일 실시 형태에서, 기점 마커(110)는 아이피스 또는 카메라에 대해 커버슬립(102)의 하부 표면 상에만 인쇄되며, 즉 샘플(106)과 접촉하게 되는 표면 상에 인쇄된다. 일 실시 형태에서, 기점 마커(110)는 도 2a 및 도 2b에 도시된 바와 같이 커버슬립(102)의 영역을 가로질러 인쇄된다. 기점 마커(110)는 샘플(106) 및/또는 샘플(106) 내의 입자(108) 상에 광학 현미경을 정확하고 효율적으로 포커싱하는 과정을 단순화시킨다. 기점 마커(110)는 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 먼저 기점 마커(110) 상에 포커싱하여 커버슬립(102)의 하부 표면의 위치를 식별하고 그에 의해 샘플(106)의 상부 표면의 위치를 식별하는 것을 가능하게 한다.

일 실시 형태에서, 각각의 기점 마커(110)는 매크로 카메라 이미지에서 그리고/또는 광학 현미경의 아이피스를 통해 관찰할 때 가시적이도록 하기에 적합한 크기의 형상이다. 추가로, 각각의 기점 마커(110)는 이미지 기반 포커싱을 용이하게 하기 위해 하부 조명될 때 기점 마커(110)가 내부 미립화된 대비(fine-grained contrast)를 나타내도록 인쇄될 수 있다. 그러한 실시 형태에서, 각각의 기점 마커(110)는 미립화된 공간 가변 투과율을 갖는 패턴 또는 텍스처로 구성될 수 있다. 기점 마커(110)는 도트 패턴, 해싱(hashing) 패턴, 평행선을 갖는 패턴, 무작위화된 패턴 등을 가질 수 있다.

일 실시 형태에서, 샘플(106)은 커버슬립(102)이 상부에 있는 슬라이드(104) 상에 배치된다. 샘플(106)은 슬라이드(104)를 통해 광학 현미경(또는 다른 장치)에 의해 후방 조명된다. 샘플(106)은 커버슬립(102)을 통해 광학 현미경(또는 다른 장치)에 의해 상부 조명된다. 적합한 스캔 시스템은 전체 커버슬립(102)의 매크로 이미지를 촬영하여, 그에 의해 모든 기점 마커(110)를 매크로 수준에서 패턴으로 시각화할 수 있다. 이어서, 샘플(106)의 일부분의 40X (또는 다른 적합한 배율의) 뷰(view)가 커버슬립(102)을 통해 촬영될 수 있다. 기점 마커(110)의 일부분이 가시적인 경우, 뷰는, 예를 들어 도 2a 및 도 2b에 도시된 그리드 패턴 기점 마커 상에서와 같이 기점 마커(110)의 패턴 상에서 전이부를 보도록 포커싱될 수 있다.

일 실시 형태에서, 커버슬립(102)은 샘플(106)과 접촉하는 커버슬립(102)의 하측 표면에 대한 초점 평면을 한정한다. 이는, 전이 영역 상에 포커싱하고 구체적으로는 기점 마커(110)의 공극 대 잉크(void to ink) 영역의 에지 상에 포커싱함으로써 달성된다. 일단 3개의 기점 마커(110)가 시각화될 수 있으면, 시스템은 기준 초점 평면으로서 역할을 하도록 커버슬립(102)의 하측 표면에 대응하는 베이스 평면을 한정할 수 있다. 추가 기점 마커(110)가 포커싱됨에 따라, 한정된 베이스 평면에 사용되는 모델은 커버슬립(102)의 하부 표면의 형상을 반영하도록 확장될 수 있다. 베이스 평면을 결정하기 위한 적합한 소프트웨어 및 수학적 계산이 기계 학습 또는 자동 슬라이드 스캔 시스템의 기능의 일부로서 통합될 수 있고 사용될 수 있는 것으로 인식될 것이다.

일 실시 형태에서, 샘플(106)은 자동 슬라이드 스캐너를 사용하여 시각화되고 평가된다. 자동 슬라이드 스캐너는 하나 이상의 한정된 초점 평면("DFP")을 따라 스캔하기 위해 대체적으로 수직 또는 z-축을 따르는 이동 범위를 사용하여 샘플(106)을 스캔한다. 한정된 초점 평면은 커버슬립(102)의 하측 표면에 대응하는 한정된 베이스 평면에 대체로 평행하다. 관심 입자(108)가 예측된 입자 깊이(112)(베이스 초점 평면으로부터의 깊이로 정의됨) 내에 존재하는 경우, 예측된 입자 깊이(112) 대역 내의 한정된 평면이 스캔될 수 있다. 일례에서, 예측된 입자 깊이(112) 대역은 베이스 초점 평면(커버슬립(102)의 하측 표면으로서 정의됨)으로부터 3 마이크로미터 내지 12 마이크로미터 깊이이다. 스캔은 3 마이크로미터 깊이, 5 마이크로미터 깊이, 7 마이크로미터 깊이, 9 마이크로미터 깊이, 11 마이크로미터 깊이, 13 마이크로미터 깊이, 및 15 마이크로미터 깊이, 또는 경우에 따라 결정되는 바와 같은 임의의 다른 적합한 범위에서 일어날 수 있다. 이러한 값들은 단지 예시적인 것이며, 다양한 응용에 대한 관심 입자 및 매체의 특성에 기초하여 달라질 것으로 인식되어야 한다.

관심 입자(108)가 슬라이드(104) 근처의 샘플(106)의 하측 단부에 더 가까운 대역 내에 존재할 수 있는 다른 실시 형태에서, 기점 마커(110)는 커버슬립(102)의 하측 표면 상에 배치되기보다는 슬라이드(104)의 상측 표면 상에 배치될 수 있다. 커버슬립(102) 상의 기점 마커(110)와 같이, 이러한 기점 마커(110)는 슬라이드(104) 상에 직접 인쇄함으로써 배치될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상이한 기점 마커(110)가 슬라이드(104) 및 커버슬립(102) 둘 모두 상에 존재할 수 있다. 이는 상측 초점 평면 및 하측 초점 평면 둘 모두를 사용하는 기술의 사용을 허용하게 하고 침강 또는 부유 특성에 기초하여 관심 입자(108)의 분석을 허용하게 할 것이다.

커버슬립(102)은 광학 현미경 슬라이드와 함께 사용하기에 적합한 크기 및 형상일 수 있다. 일 실시 형태에서, 커버슬립(202)은 약 22 mm × 22 mm의 크기를 갖는다. 일 실시 형태에서, 커버슬립(102)은 약 20 mm × 40 mm의 크기를 갖는다. 커버슬립(202)은 특정 응용에 대해, 예컨대, 특정 매크로 카메라 또는 광학 현미경에 대해 맞춤화된 크기 및 형상을 가질 수 있는 것으로 인식되어야 한다.

일부 구현예에서, 샘플(106)은 액체 형태로 준비된다. 일례에서, 샘플은 동물로부터 수집된 대변 샘플과 같은 배설물이다. 그러한 예에서, 샘플(106)은 배설물을 시약과 혼합하고, 여과하여 큰 오물을 제거하고, 원심분리를 수행함으로써 준비된다. 이어서, 준비된 샘플(106)은 관심 입자(108)의 존재에 대해 검사될 수 있다. 그러한 예에서, 동물은 기생 질환을 앓는 것으로 의심될 수 있고, 배설물은 알, 기생충 또는 부스러기와 같은 입자(108)의 존재를 식별하기 위해 검사될 수 있다. 샘플 처리는 기생충 알과 같은 관심 입자(108)가 비중 또는 유사한 특성으로 인해 샘플(106) 내에서 특정 높이로 존재하게 할 수 있다. 일부 경우에, 관심 입자(108)가 샘플(106) 내에 존재할 것으로 예상되는 기지의 예측된 입자 깊이(112)가 존재한다. 예시적인 실시 형태에서, 알은 샘플(106)의 상측 표면 아래의 약 3 마이크로미터 내지 약 12 마이크로미터의 깊이에 존재할 수 있다. 커버슬립(102)이 곡률 또는 다른 변동을 갖는 경우, 이는 관심 입자(108)의 실제 깊이가 변하게 할 수 있다. 그러한 경우에, 예측된 입자 깊이(112)에 대한 자동 표준 초점이 관심 입자(108)의 위치를 찾지 못할 것이다. 이러한 문제는 먼저 기점 마커(110) 상에 포커싱하여 커버슬립(102)의 하부 표면의 위치를 식별하고 그에 의해 샘플(106)의 상부 표면의 위치를 식별함으로써 극복된다. 기점 마커(110)의 식별된 깊이에 기초하여, 입자(108)는 기점 마커(110)의 깊이에 기초하여 결정된 바와 같이 예측된 입자 깊이(112)에 포커싱함으로써 식별될 수 있다.

본 명세서에 논의된 바와 같은 입자(108)는 먼지, 세포, 세포 군, 섬유, 물질의 부분, 유기체, 조직, 생물학적 물질, 미네랄, 또는 분류되거나 분석될 수 있는 임의의 다른 물품 또는 물질과 같은 물질의 임의의 단위 또는 부분을 포함한다. 입자(108)의 분류, 검출, 정량화, 또는 식별은 특정 유형의 입자 또는 특정 입자 또는 물질의 상태를 식별하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 세포는 특정 세포 유형으로 식별될 수 있을 뿐만 아니라, 이상, 질환, 감염 또는 암에 대응하는 질환과 같은 소정 질환을 갖거나 나타내는 것으로서 식별될 수 있다.

도 2a 및 도 2b는 커버슬립(202)의 조감도를 도시한다. 도 2a는 커버슬립(202)의 하부 표면(204)의 조감도를 도시하고, 도 2b는 커버슬립(202)의 상부 표면(208)의 조감도를 도시한다. 커버슬립(202)은 커버슬립(202) 상의 마킹이 하부 표면(204) 또는 상부 표면(208) 중 어느 하나에서 보일 수 있도록 유리 또는 플렉시글라스(plexiglass)와 같은 투명 재료로 구성될 수 있다. 하부 표면(204)은 광학 현미경의 카메라 또는 아이피스에 대한 하측 표면을 지칭한다. 하부 표면(204)은 샘플(106)과 접촉하게 되는 표면이다.

커버슬립(202)은, 하부 표면(204) 상에 인쇄되고 상부 표면(208)을 통해 커버슬립을 관찰할 때 가시적인 복수의 기점 마커(210)를 포함한다. 도 2a 및 도 2b에 도시된 실시 형태에서, 각각의 기점 마커(210)는 매크로 카메라 개관(overview) 이미지에서 상부 조명될 때 가시적이기에 적합한 직경의 원이다. 더욱이, 각각의 기점 마커(210)는, 하부 조명되고 아이피스 또는 카메라를 사용하여 광학 현미경의 대물렌즈를 통해 관찰될 때 이미지 기반 포커싱을 용이하게 하기 위해 내부 미립화된 대비를 제시한다. 일 실시 형태에서, 각각의 기점 마커(210)는 미립화된 공간 가변 투과율을 갖는 패턴 및/또는 텍스처로 구성된다. 예시적인 일 실시 형태에서, 각각의 기점 마커(210)는 대략 250 μm 내지 1.4 mm 직경의 범위 내의 원이다. 기점 마커(210)가 커버슬립(202)의 적용에 따라 임의의 적합한 크기 및 형상을 가질 수 있는 것으로 인식되어야 한다.

커버슬립(202)은 하부 표면(204) 상에 인쇄된 키랄 표시자(chiral indicator)(212)를 추가로 포함한다. 키랄 표시자(212)는 단어 또는 기호가 정확한 배향을 갖도록 키랄성이다. 키랄 표시자(212)의 키랄 특성은 사용자에게 정확한 배향으로 그리고 정확한 면이 위를 향하도록 커버슬립(202)을 배향하도록 안내한다. 도 2a 및 도 2b에 도시된 예에서, 키랄 표시자(212)는 단어 "CHIRAL INDICATOR"이며, 정확한 배향을 명확히 갖는다. 키랄 표시자(212)는 커버슬립(202)의 상측 표면(208)을 통해 관찰될 때 키랄 표시자(212)가 정확한 배향으로 관찰될 수 있도록 커버슬립(202)의 하부 표면(204) 상에 미러 이미지로서 인쇄된다. 이는 하부 표면(202)이 샘플(106)과 접촉하도록 실무자가 커버슬립(202)을 정확하게 배향시키는 것을 보장한다. 키랄 표시자(212)의 키랄 성질은 추가로, 커버슬립이 매크로 이미지 또는 고배율 이미지의 검사를 통해 정확한 배향을 갖는다는 것을 검토자 또는 컴퓨터 프로그램이 확인하는 것을 가능하게 한다. 키랄 표시자(212)는 도 2a 및 도 2b에 도시된 바와 같이 텍스트를 포함할 수 있거나, 기호 또는 형상을 포함할 수 있는 것으로 인식되어야 한다. 키랄 표시자(212)는 기하학적 형상, 필기된 텍스트, 일련의 선들, 패턴 등일 수 있다.

일 실시 형태에서, 기점 마커(210)는 후방 조명될 때 1.0 μm/픽셀 해상도를 갖는 500 μm × 500 μm 시야 내에서 고대비 에지가 선명한 공간 변동성을 제공한다. 기점 마커(210)는 시야의 전체를 가로질러 다수의 암-명(dark-light) 전이부를 추가로 제공한다. 이를 달성하기 위해, 공간적 변동은 200 μm 미만의 그리고 1 μm 직경만큼 미세한 미세 특징부 크기를 가질 수 있으며, 이때 더 미세한 구조 또는 텍스처가 바람직하다. 다중 주파수 텍스처 및 패턴이, 단일-주파수 또는 소수-주파수 패턴과 비교하여, 디포커싱될 때 간섭 아티팩트(interference artifact)를 최소화하기 위해 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이는 잉크 내의 안료 구조, 인쇄된 이미지 디자인 내의 명시적 구조, 또는 미세 스크린 인쇄를 통한 암시적 구조, 및 언더-잉킹(under-inking)을 포함하여, 다수의 방식으로 달성될 수 있다. 이는 또한 에칭, 레이저 인쇄, 오프셋 인쇄, 스탬핑, 잉크젯, 포토리소그래피, 3D 인쇄 또는 임의의 다른 실행가능한 마킹 메커니즘에 의해 달성될 수 있다. 미세 특징부 에지를 따른 명부로부터 암부로의 전이를 위한 하나의 이상적인 거리는 1 μm 미만일 수 있다. 기점 마커(210) 텍스처 및/또는 구조는 90도 증분의 회전 또는 임의의 각도의 회전에 대해 통계적으로 불변일 수 있다.

인쇄 면이 관심 샘플(106)의 용액과 접촉하는 상태에서 각각의 커버슬립(202)이 부유하는 것으로 예상됨에 따라, 인쇄된 기점 마커(210)는 이러한 환경에서 안정한 재료로 형성되어야 한다. 하측 표면 상에서의 스크린 인쇄가 적합할 수 있다. 미세한 상세내용이 통계적으로 일관되는 한, 인쇄는 정밀할 필요가 없고, 거친(coarse) 특징부가 공간적 변동을 용인할 수 있는 것으로 인식될 것이다. 실제로, 안정적인 채색된 잉크는 후방 조명 시 통계적으로 일관된 회전-불변의 고대비 미립화된 구조를 갖기 때문에 허용가능한 결과를 제공할 수 있다.

일부 실시 형태에서, 하나 이상의 기점 마커(210) 및 키랄 표시자(212)가 슬라이드(104) 상에 인쇄된다. 슬라이드(104)는 커버슬립(202)에 더하여 기점 마커(210)를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 슬라이드(104)는, 임의의 기점 마커(210)가 커버슬립(202) 상에 인쇄되는 대신에 기점 마커(210)를 포함한다. 이는 이미징되는 샘플(106)의 유형 및/또는 샘플(106) 내에 존재할 수 있는 관심 입자(108)의 유형에 기초하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 주어진 샘플 유형 및 준비 방법에 대한 입자(108)의 예상된 위치가 커버슬립 부근에 위치되는 경우, 인쇄 커버슬립이 최상이다. 대안적으로, 주어진 샘플 유형 및 준비 방법에 대한 입자(108)의 예상된 위치가 슬라이드 부근에 위치되는 경우, 인쇄 슬라이드가 최상이다. 추가로, 이는 샘플(106)이 슬라이드(104)를 통한 후방 조명으로 그리고/또는 커버슬립(102)을 통한 상부 조명으로 조명되는지에 기초하여 결정될 수 있다.

기점 마커(210)가 슬라이드(104) 상에 인쇄되는 실시 형태에서, 슬라이드(104)는 도 2a 및 도 2b에 도시된 커버슬립(202)과 유사하게 보일 수 있다. 하나의 차이는, 기점 마커(210)가 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄되는 것과는 대조적으로 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄된다는 것이다. 추가로, 키랄 표시자(212)는 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄되고, 거울형 이미지로서 인쇄되지 않고 대신에 정확한 판독가능 형태로 인쇄된다.

도 3a 및 도 3b는 도 2a 및 도 2b에 도시된 커버슬립(202)과 유사성을 갖는 커버슬립(302)의 실시 형태를 도시한다. 도 3a는 커버슬립(302)의 하부 표면(304)의 조감도이며, 여기서 하부 표면(304)은 현미경의 카메라 또는 아이피스에 대해 한정되고 샘플(106)과 접촉하게 되도록 의도된다. 도 3b는 커버슬립(302)의 상부 표면(308)의 조감도이며, 여기서 상부 표면(308)은 현미경의 카메라 또는 아이피스에 대해 한정되고 샘플(106)의 반대 방향을 향하도록 의도된다. 커버슬립(302)은 복수의 기점 마커(310) 및 키랄 표시자(312)를 포함한다. 더욱이, 커버슬립(302)은 샘플(306)이 위치되거나 관찰되어야 하는 곳을 한정하기 위해 커버슬립(302) 상에 인쇄될 수 있는 초점 프레임(314)을 포함한다.

도 3a 및 도 3b에 도시된 실시 형태에서, 10개의 인쇄된 기점 마커(310)가 있다. 기점 마커(310)가 임의의 적합한 크기 또는 형상일 수 있는 것으로 인식되어야 한다. 도 3a 및 도 3b에 도시된 실시 형태에서, 기점 마커(310) 각각은 매크로 카메라 이미지에서 상부 조명될 때 가시적일 그리드 패턴을 포함하는 적합한 직경의 원이다. 추가적으로, 기점 마커(310)는 이미지 기반 포커싱을 용이하게 하기 위해 하부 조명될 때 40x 대물렌즈에 내부 미립화된 대비를 제시한다.

커버슬립(302)은 키랄 표시자(312)를 추가로 포함한다. 이러한 실시 형태에서, 키랄 표시자(312)는 하부 표면(304) 상에 인쇄된 단어 "LEFT"이다. 키랄 표시자(312)는 키랄 표시자(312)가 사용자가 커버슬립(302)을 정확하게 배향시키는 것을 보조하도록 키랄성이다. 단어 LEFT는 도 3b에 도시된 바와 같이 상부 표면(308)을 통해 관찰될 때 단어가 정확하게 판독될 수 있도록 커버슬립(302)의 하부 표면(304) 상에 미러 이미지로서 인쇄된다. 단어 LEFT는 (상부 표면(308)이 상방으로 향하는 도 3b에서와 같이) 단어가 정확히 판독될 수 있을 때 커버슬립(302)이 정확하게 배향되는 것을 나타내고, 단어 LEFT는 현미경의 카메라 또는 아이피스를 통해 위에서부터 관찰될 때 커버슬립(302)의 좌측에 있다.

커버슬립(302)은 초점 프레임(314)을 추가로 포함한다. 초점 프레임은 커버슬립(302)의 중심 위치에 위치될 수 있거나, 응용에 따라, 커버슬립 상의 일부 다른 적합한 위치에 위치될 수 있다. 초점 프레임(314)은 이미징 목적을 위해 경계 박스로서 역할을 한다. 도시된 바와 같이, 초점 프레임(314)은 샘플(306) 위에 위치시키기 위한 선들이 없는 중심 공간 또는 윈도우를 갖는 형상을 한정하는 일련의 평행선들로서 형성될 수 있다. 도시된 실시 형태에서, 형상은 평행선과 동일 선상에 있는 2개의 더 긴 평행 변들 및 그에 대해 횡방향인 2개의 더 짧은 변들을 갖는 직사각형이다. 기점 마커들(310)에 더하여, 초점 프레임(314)의 선들은 초점 평면의 계산을 위해 샘플(306) 둘레의 초점 프레임(310) 내의 임의의 수의 위치들에 일련의 초점들을 생성하는 데 사용될 수 있다. 초점 프레임(314)이 임의의 적합한 형상일 수 있고 샘플(306)을 이미징할 목적으로 경계 박스로서 작용하도록 평행할 수 있거나 평행하지 않을 수 있는 선들, 도트들, 또는 다른 정보로부터 형성될 수 있는 것으로 인식될 것이다.

도 3a 및 도 3b의 실시 형태와 유사한 실시 형태에 대한 하나의 잠재적인 사용은, 내부에 임의의 입자를 포획하여 현미경검사에 의해 이후에 검사될 수 있는 샘플(306) 스트립을 생성하는 적합한 재료의 스트립 위로 공기의 스트림을 지향시킴으로써 이루어지는 공기 품질 샘플의 검사이다. 예시적인 일 실시 형태에서, 이러한 샘플(306) 스트립은 약 1 mm × 약 13 mm의 치수를 가질 수 있다. 주변 초점 프레임(314)은 약 7.5 mm × 약 19 mm의 치수를 가질 수 있고, 이때 중심 공간은 약 5 mm × 약 17 mm의 치수를 갖는다. 이들 형상 및 치수는 단지 예시적인 것이며 특정 샘플 크기가 상이한 검정에 따라 변하기 때문에 변할 수 있는 것으로 인식될 것이다. 예를 들어, 다른 표준 크기 및 형상의 샘플을 생성하는 테스트는 그러한 샘플로부터 이격된 적합한 프레임을 형성하기 위한 크기 및 형상을 갖는 초점 프레임(314)을 갖는 커버슬립을 이용할 수 있다.

일부 실시 형태에서, 하나 이상의 기점 마커(310) 및 키랄 표시자(312)가 슬라이드(104) 상에 인쇄된다. 슬라이드(104)는 커버슬립(302)에 더하여 기점 마커(310)를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 슬라이드(104)는, 임의의 기점 마커(310)가 커버슬립(302) 상에 인쇄되는 대신에 기점 마커(310)를 포함한다. 이는 이미징되는 샘플(106)의 유형 및/또는 샘플(106) 내에 존재할 수 있는 관심 입자(108)의 유형에 기초하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 주어진 샘플 유형 및 준비 방법에 대한 입자(108)의 예상된 위치가 커버슬립 부근에 위치되는 경우, 인쇄 커버슬립이 최상이다. 대안적으로, 주어진 샘플 유형 및 준비 방법에 대한 입자(108)의 예상된 위치가 슬라이드 부근에 위치되는 경우, 인쇄 슬라이드가 최상이다. 추가로, 이는 샘플(106)이 슬라이드(104)를 통한 후방 조명으로 그리고/또는 커버슬립(302)을 통한 상부 조명으로 조명되는지에 기초하여 결정될 수 있다.

기점 마커(310)가 슬라이드(104) 상에 인쇄되는 실시 형태에서, 슬라이드(104)는 도 3a 및 도 3b에 도시된 커버슬립(302)과 유사하게 보일 수 있다. 하나의 차이는, 기점 마커(310)가 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄되는 것과는 대조적으로 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄된다는 것이다. 추가로, 키랄 표시자(312)는 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄되고, 거울형 이미지로서 인쇄되지 않고 대신에 정확한 판독가능 형태로 인쇄된다.

도 4는 광학 현미경으로 이미징하기 위한 슬라이드(104)와 커버슬립(102) 사이에 개재된 샘플(106)의 개념 측면도이다. 도 4에 도시된 실시 형태에서, 기점 마커(110)는 도 1에 도시된 바와 같이 커버슬립(102)의 하부 표면보다는 슬라이드(104)의 상부 표면 상에 인쇄된다. 슬라이드(104)는 기준 초점 평면이 슬라이드(104) 상에 인쇄된 기점 마커(110d, 110e, 110f)(집합적으로 "110"으로 지칭됨)에 적어도 부분적으로 기초하여 결정될 수 있도록 인쇄된다. 슬라이드(104)는 슬라이드 스캐너가 슬라이드(104)의 표면 위에서 하나 이상의 특정 오프셋으로 샘플(106)을 스캔할 수 있도록 기준 초점 평면을 제공하기 위한 기점 마커(110)를 포함한다.

도 5는 광학 현미경으로 이미징하기 위한 슬라이드(104)와 커버슬립(102) 사이에 개재된 샘플(106)의 개념 측면도이다. 도 5에 도시된 실시 형태에서, 기점 마커(110)는 도 1에 도시된 바와 같은 커버슬립(102)만이 아닌 또는 도 4에 도시된 바와 같은 슬라이드(104)만이 아닌 커버슬립(102) 및 슬라이드(104) 상에 인쇄된다. 커버슬립(102) 및 슬라이드(104)는 각각, 기준 초점 평면이 커버슬립(102) 및 슬라이드(104) 상에 인쇄된 기점 마커(110a, 110b, 110c, 110d, 110e, 110f)(집합적으로 "110"으로 지칭됨)에 적어도 부분적으로 기초하여 결정될 수 있도록 인쇄된다.

도 1과 관련하여 논의된 스캔 기술은 또한 일부 변경을 갖고서 도 4 및 도 5에 도시된 대안적인 실시 형태에 적용된다. 기점 마커(110)가 커버슬립(102)의 하부 표면보다는 슬라이드(104)의 상부 표면 상에 인쇄될 때, 기준 초점 평면은 커버슬립(102)보다는 슬라이드(104)에 대해 식별된다. 달리 말하면, 기준 초점 평면은 슬라이드(104)의 상부 표면을 식별하였고, 그에 의해, 샘플(106)의 하부 표면을 식별한다. 이는, 도 1과 관련하여 논의된 바와 같이, 커버슬립(102)의 하부 표면을 식별하고 그에 의해 샘플(106)의 상부 표면을 식별하는 기준 초점 평면과 상이하다.

커버슬립(102) 또는 슬라이드(104) 상에서의 인쇄는 샘플 자체의 외관이 식별하기가 어려운 경우에도 사용자 또는 컴퓨터 프로그램이 샘플(106)의 위치를 검출하는 것을 가능하게 한다. 인쇄 커버슬립(102)의 경우에, 커버슬립(102)은 샘플(106) 위에 배치된다. 인쇄 슬라이드(104)의 경우에, 샘플(106)은 슬라이드(104)의 인쇄 영역 내에 배향된다. 어느 경우든, 스캔 영역은 개관 이미지에 의해 커버슬립(102) 또는 슬라이드(104)의 인쇄 영역을 식별하도록 최적화된다. 적절한 스캔 영역은 인쇄 영역에 기초하여 그러한 샘플 유형에 대해 한정된다.

예를 들어, 복수의 기점 마커를 갖는 젖은 배설물 커버슬립은 모든 기점 마커를 포괄하는 20 mm × 20 mm 경계 박스를 한정한다. 이어서, 이는, 스캔 전에, 최대 22 mm × 22 mm 커버슬립 영역까지 확대될 수 있거나 더 작은 영역으로 감소될 수 있다. 이는 스캔 시간과 스캔 파일 크기와 테스트 민감도 사이의 원하는 트레이드오프(tradeoff)에 기초하여 결정될 수 있다. 추가로, 예를 들어, 공기 품질 인쇄 패턴은 도 3a 및 도 3b에 도시된 바와 같이 샘플 영역을 둘러싸는 직사각형 박스를 포함한다. 직사각형 박스는 그러한 샘플 유형에 대한 스캔 영역을 한정하는 데 사용될 수 있다.

일 실시 형태에서, 전체 인쇄 커버슬립(102)의 개관 이미지를 캡처하는 것으로 방법이 시작된다. 대안적인 실시 형태에서, 커버슬립(102)보다는 슬라이드(104)가 임프린트(imprint)되고, 개관 이미지는 전체 인쇄 슬라이드를 캡처한다. 일 실시 형태에서, 샘플이 슬라이드 상에 배치되고, 커버슬립이 샘플 상에 배치되고, 개관 이미지가 커버슬립, 샘플 및 슬라이드 각각을 캡처한다. 개관 이미지는, 예를 들어, 도 2a 및 도 2b의 커버슬립(202) 상에 임프린트된 18개의 기점 마커들(210) 각각을 캡처할 것이다. 추가로, 개관 이미지는, 예를 들어, 도 3a 및 도 3b의 커버슬립(302) 상에 임프린트된 초점 프레임 및 10개의 기점 마커들 각각을 캡처할 것이다. 개관 이미지의 내용은 인쇄 커버슬립, 샘플 및/또는 인쇄 슬라이드의 구현예에 의존할 것으로 인식되어야 한다.

실시 형태에서, 개관 이미지가 캡처된 후, 기준 초점 평면이 계산된다. 커버슬립(102)이 임프린트되는 실시 형태에서, 기준 초점 평면은 커버슬립(102)의 하부 표면을 한정한다. 슬라이드(104)가 임프린트되는 실시 형태에서, 기준 초점 평면은 슬라이드(104)의 상부 표면을 한정한다. 어느 구현예에서든, 기준 초점 평면은 샘플(106)과 접촉하게 되는 커버슬립(102) 또는 슬라이드(104)의 표면을 한정한다. 샘플(106)은 커버슬립(102)과 슬라이드(104) 사이에 개재된다.

기준 초점 평면을 계산하는 것을 증진하기 위해, 광학 현미경은 기점 마커 상에 포커싱된다. 기점 마커로부터 대물 렌즈, 카메라, 렌즈, 아이피스, 또는 광학 현미경의 다른 적절한 구성요소까지의 초점 거리는 기점 마커 상에 포커싱한 결과에 기초하여 계산된다. 초점 거리는 기점 마커로부터 광학 현미경의 적절한 구성요소, 예컨대 대물 렌즈, 카메라 렌즈, 아이피스 렌즈, 이미지 센서 등까지의 거리이다. 초점 거리는 상이한 구현예들에 기초하여 상이한 거리를 한정할 수 있는 것으로 이해되어야 한다. 커버슬립(102)이 임프린트되는 실시 형태에서, 기점 마커에 대한 초점 거리는 커버슬립(102)의 하부 표면을 한정하고 샘플(106)의 상부 표면을 추가로 한정한다. 슬라이드(104)가 임프린트되는 실시 형태에서, 기점 마커에 대한 초점 거리는 슬라이드(104)의 상부 표면을 한정하고 샘플(106)의 하부 표면을 추가로 한정한다.

각각의 기점 마커에 대한 (x, y, z) 좌표는 소정 기점 마커에 대한 초점 거리 및 개관 이미지에 대한 소정 기점 마커에 대한 (x, y) 좌표에 기초하여 결정된다. 소정 기점 마커의 초점 거리는 그 기점 마커에 대한 z-축 좌표를 제공한다. 개관 이미지 내의 소정 기점 마커의 위치는 그 기점 마커에 대한 (x, y) 좌표를 제공한다. 기준 초점 평면은 복수의 기점 마커들 각각의 (x, y, z) 좌표에 기초하여 계산된다.

일 실시 형태에서, 기준 초점 평면은 2개 이상의 기점 마커들 사이의 공간에 대한 초점 거리들을 보간함으로써 계산된다. 일 실시 형태에서, 2개의 인접한 기점 마커들 사이의 커버슬립(102) 및/또는 슬라이드(104)의 표면 곡률이 2개의 인접한 기점 마커들에 대한 z-축 좌표를 보간함으로써 계산된다.

일 실시 형태에서, 기준 초점 평면은, 소정 기점 마커에 대한 초점 거리를 외삽하여 소정 기점 마커를 둘러싸는 영역에 대한 초점 거리를 추정함으로써 계산된다. 그러한 실시 형태에서, 소정 기점 마커를 둘러싸는 영역에 대한 커버슬립(102) 및/또는 슬라이드(104)의 표면 곡률은 소정 기점 마커의 (x, y, z) 좌표에 기초하여 계산된다.

일 실시 형태에서, 기준 초점 평면은, 3개의 기점 마커들을 식별하고 3개의 기점 마커들 사이의 (x, y, z) 거리를 계산함으로써 계산된다. 실시 형태에서, 3개의 기점 마커들의 (x, y, z) 좌표에 의해 한정되는 삼각형에 평면이 피팅된다. 이러한 과정은 3개의 기점 마커들의 다수의 세트에 대해 반복되어, 커버슬립(102) 및/또는 슬라이드(104)의 표면 곡률 및 치수를 한정하는 삼각형 메시(mesh)를 생성할 수 있다.

일 실시 형태에서, 기준 초점 평면은 4개 이상의 기점 마커들 및 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 (x, y, z) 좌표를 식별함으로써 계산된다. 실시 형태에서, 커버슬립(102) 및/또는 슬라이드(104)의 곡률은 4개 이상의 기점 마커의 좌표에 의해 한정된 (x, y, z) 포인트에 피팅된다. 이는 커버슬립(102) 및/또는 슬라이드(104)의 전체 표면에 근사한 표면 토폴로지를 계산하는 것을 증진하기 위해 수행된다.

기준 초점 평면이 본 명세서에 논의된 실시 형태들 중 하나 이상에 기초하여 계산될 수 있는 것으로 인식되어야 한다. 일 실시 형태에서, 기준 초점 평면은 보간, 외삽, 삼각형에 평면을 피팅하는 것에 기초하여, 그리고 추가로 복수의 기점 마커의 좌표에 기초하여 곡률을 추정함으로써 계산된다.

도 6 내지 도 9는 도 2a, 도 2b, 도 3a 및 도 3b에 도시된 것과 같은 기점 마커의 20x 내지 40x 배율 고해상도 이미지이다.

도 6은 기점 마커(110)의 일부분의 20x 배율 고해상도 이미지이다. 도 6은 이미지의 상측 에지 상의 둥근 프로파일(602)에 의해 표시된 기점 마커(110)의 상부 면을 도시한다. 외부 에지(602)는 초점 평가를 위한 대비를 이루는 영역을 제시하고, 또한 기점의 배향 및 위치를 결정하는 데 사용될 수 있다. 기점 내부의 인쇄 영역(604)은 배경 또는 샘플이 가시적인 외부 영역(606)과 시각적으로 구별된다. 내부 공극 영역(608)은 기점의 내부 영역이 불투명에서 투명으로의 전이 영역(610)을 포함하는 것을 보장하는데, 여기서 최적의 초점은 본 실시 형태에서 잉크 텍스처에 의해 제시되는 미립화된 대비를 이용하여 결정될 수 있다.

도 7은 전이 영역(610)과 외부 에지(602)의 대비를 이루는 텍스처에 대한 추가의 상세사항을 제공하는 기점 마커(110)의 일부분의 40x 배율 고해상도 이미지이다.

도 8은 기점 마커(110)의 일부분의 20x 배율 고해상도 이미지이다. 도 8은 이미지의 좌측 면 상의 둥근 프로파일(602)에 의해 표시된 기점 마커(110)의 좌측 면을 도시한다. 도 8에 도시된 이미지는 초점 최적화를 위해 사용될 수 있는 텍스처 전이 영역(610) 내의 미립화된 잉크 텍스처의 비교적 치밀한 분포를 포함한다.

도 9는 기점 마커(110)의 일부분의 20x 배율 고해상도 이미지이다. 도 9의 미립화된 잉크 텍스처는 도 8의 미립화된 잉크 텍스처보다 더 희박하고, 도 9가 기점 마커에 대한 적합한 잉크 분포 및 밀도의 범위의 하한을 예시하도록 큰 내부 공극 영역(608)을 갖는다. 비교적 많은 양의 변화를 용인함으로써, 커버슬립(102)에 대한 인쇄 공정은 단순하게 유지되고 비용을 감소시킨다.

도 10a 및 도 10b는 본 명세서에 논의된 바와 같은 인쇄 커버슬립(102)과 함께 사용되는 자동 슬라이드 스캐너에 의해 생성된 예시적인 이미지를 도시한다. 도 10a는 기점 마커(110)의 에지를 도시하는 이미지인데, 여기서 명부는 커버슬립(102)의 (기점 마커(110)가 없는) 투명한 부분을 나타내고, 암부는 기점 마커(110)를 나타낸다. 도 10b는 도 2a 및 도 2b 또는 도 3a 및 도 3b에 도시된 해싱 또는 도트 어레이와 같은 기점 마커(110)의 내부 그리드를 도시하는 이미지이다.

도 10a 및 도 10b에 도시된 이미지들을 캡처하는 것을 증진하기 위해, 자동 슬라이드 스캐너 대물렌즈가 기점 마커(110) 상에 위치되어 기점 상에 포커싱하기 전에 기점의 (x, y) 좌표를 계산한다. 도 10a 및 도 10b에서, 점선은 기점 마커(110)의 예상된 에지(1002)를 나타낸다. 예상된 에지(1002)는 자동 슬라이드 스캐너와 같은 시스템에 의해 계산된다. 예상된 에지(1002)는 전체 인쇄 커버슬립 또는 슬라이드의 개관 이미지와 같은 기준 이미지에 기초하여 계산될 수 있다. 실선은 도 10a 및 도 10b에 도시된 이미지에서 캡처된 바와 같은 기점 마커(110)의 캡처된 에지(1004)를 나타낸다. 도 10a 및 도 10b에 나타낸 이미지들은 자동 슬라이드 스캐너 대물 렌즈 및 카메라를 사용하여 캡처된 줌 아웃 이미지를 나타낼 수 있었다. 캡처된 에지(1002)는 고배율 시야에서 캡처될 때 기점 마커(110)의 명부로부터 암부로의 실제 전이를 나타낸다. 화살표는 현미경 대물렌즈를 기점 마커(110)의 중심에 배치하는 데 필요한 상대 위치 이동을 나타내는 위치 이동 또는 벡터(1006)를 나타낸다.

일 실시 형태에서, 커버슬립(102) 및 샘플(106)의 매크로 이미지가 캡쳐된 후, 자동 슬라이드 스캐너 또는 다른 시스템이 기점 마커(110)의 예상된 에지(1002)를 계산한다. 예상된 에지(1002)는 커버슬립(102) 상에 인쇄된 적어도 하나의 기점 마커(110)에 대한 예측된 크기 및 형상을 나타낸다. 일 실시 형태에서, 예상된 에지는 시스템 내로의 기점 마커(110)의 형상의 사전 입력에 기초하여 계산된다. 다른 실시 형태에서, 예상된 에지는 매크로 이미지에서의 기점 마커(110)의 형상에 기초하여 계산된다. 매크로 이미지 내의 기점 마커(110)의 위치는 기점 마커(110)를 자동 슬라이드 스캐너 대물 렌즈에 대한 고배율 시야 내로 가져올 현미경 스테이지 위치를 예측하는 데 사용된다. 시스템은 현미경 스테이지를 기점 마커(110)의 예측된 위치로 이동시키고, 내향 또는 외향 나선형 이동과 같은 검색 패턴으로 샘플(106)을 스캔한다. 기점 마커(110)의 적어도 일부분이 시야에 있을 때, 시스템은 기점 마커(110)의 캡처된 에지(1004)를 결정한다. 캡처된 에지(1004)는 기점 마커(110) 내의 명부로부터 암부로의 전이부의 위치인 것으로 결정된다. 시스템은 예상된 에지(1002)를 캡처된 에지(1004)와 비교하여 커버슬립(102)의 매크로 이미지에 대한 캡처된 고배율 이미지의 위치를 결정한다. 일 실시 형태에서, 커버슬립(102)에 대한 매크로 이미지의 위치는 용인된 허용오차 임계치 내에서 예상된 에지(1002)를 캡처된 에지(1004)에 매칭시킴으로써 결정된다.

도 10a에 도시된 바와 같이, 예상된 에지(1002)(점선으로 표시됨)는 명부로부터 암부로의 전이가 발생할 것으로 예측되는 기점 마커(110)의 예상된 에지 둘레에 곡선을 이룬다. 캡처된 에지(1004)(실선으로 표시됨)는 명부로부터 암부로의 전이가 실제로 발생하는 기점 마커(110)의 에지를 따르는 것으로 평가된다.

일부 경우에, 계산된 초점 평면의 생성을 위한 포인트의 원하는 배치는 기점 마커(110)의 실제 에지보다는 기점 마커(110)의 "내부 그리드"이다. 기점 마커(110)의 내부 그리드는 도 2a, 도 2b, 도 3a 및 도 3b에 도시된 바와 같이 기점 마커(110) 내의 도트 또는 해싱을 포함한다. 그러한 경우에, 시스템은 고배율 이미지 내에서의 암부와 명부의 상대 백분율 및 커버슬립(102)에 대한 매크로 이미지의 배치를 이용하여 기점 마커(110)의 중심에 현미경 대물렌즈를 배치하기 위한 상대 위치 이동 또는 벡터(1006)를 계산할 수 있다. 이러한 상대 위치 이동 또는 벡터(1006)는 도 10a에서 화살표로 표현된다.

일부 경우에, 캡처된 이미지는 기점 마커(110)의 내부 그리드의 묘사를 포함한다. 이는 도 10b에 도시되어 있다. 도 10b에 도시된 명부 영역 및 암부 영역은 기점 마커(110) 내의 해싱 또는 도트 어레이를 나타낸다. 도 10b에 도시된 이미지는 그 위치에서 이미징하는 데 필요한 위치 이동 또는 벡터(1006)를 계산함으로써 캡처될 수 있다. 대안적으로, 도 10b에 도시된 이미지는 시작 시 바로 그 위치를 이미징함으로써 캡처될 수 있다.

일 실시 형태에서, 예상된 에지(1002), 계산된 에지(1004), 및 위치 이동 또는 벡터(1006)는 시스템을 최적화하기 위한 다양한 목적으로 사용될 수 있다. 예를 들어, 이들 파라미터 중 하나 이상이 시스템 캘리브레이션을 위해, 데이터 보존을 위해, 또는 조작자 제어를 위해 사용될 수 있다. 더 낮은 해상도 이미지의 캡처 및 보존은 더 빠른 계산 및 데이터 조작 시간을 허용할 수 있다. 이는 데이터 저장의 비용을 추가적으로 낮춘다.

일 실시 형태에서, 고배율 이미지는 광학 현미경과 연관된 카메라에 의해 캡처된다. 고배율 이미지는 기점 마커가 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 평가된다. 이미지에서 캡처된 기점 마커가 없는 경우, 광학 현미경과 연관된 카메라에 대한 시야를 변경하도록 광학 현미경의 스테이지 또는 대물렌즈가 이동된다. 광학 현미경의 스테이지 또는 대물렌즈는 임의의 적합한 방식으로, 예를 들어 원래의 고배율 이미지 위치로부터 외향으로 이동하는 나선형 구성으로 이동될 수 있다. 스테이지 또는 대물렌즈가 이동된 후, 새로운 고배율 이미지가 캡처된다. 새로운 고배율 이미지는 기점 마커가 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 평가된다. 이러한 과정은 기점 마커가 고배율 이미지에서 캡처될 때까지 임의의 횟수로 반복될 수 있다.

기점 마커가 고배율 이미지에서 캡쳐되어 있다고 결정하는 것에 응답하여, 고배율 이미지는 기점 마커의 전체가 고배율 이미지에서 캡처되어 있는지 또는 기점 마커의 일부분만이 고배율 이미지에서 캡처되어 있는지를 결정하기 위해 평가된다. 대안적으로, 기점 마커가 광학 현미경 카메라에 의해 캡처된 고배율 시야보다 큰 경우, 이미지는 전체 시야가 기점 마커에 의해 커버되는지 또는 시야의 일부분만이 기점 마커를 포함하는지를 결정하기 위해 평가될 수 있다. 시야의 일부분만이 기점 마커를 포함하는 것 및 기점 마커의 일부분만이 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여, 기점 마커의 캡처된 에지(1004)가 식별된다. 캡처된 에지(1004)는 기점 마커의 예상된 에지(1002)와 비교된다. 예상된 에지(1002)는, 전체 인쇄 커버슬립 또는 슬라이드를 캡처하고 고배율 이미지에서 캡처된 기점 마커를 포함하는 개관 매크로 이미지에 기초하여 결정될 수 있다. 캡처된 에지(1004)와 예상된 에지(1002)는, 예상된 에지(1002)가 용인된 허용오차 임계치 내에서 캡처된 에지(1004)와 매칭되는지를 결정하기 위해 비교된다.

도 11a 내지 도 13c는 샘플 전달 도구(1100, 1200, 1300)의 상이한 실시 형태들의 다양한 도면들을 도시한다. 도 11a, 도 12a, 및 도 13a는 샘플 전달 도구(1100, 1200, 1300)의 상이한 실시 형태들의 사시도를 도시한다. 도 11b, 도 12b, 및 도 13b는 샘플 전달 도구(1100, 1200, 1300)의 상이한 실시 형태들의 정면 조감도를 도시한다. 도 11c, 도 12c, 및 도 13c는 샘플 전달 도구(1100, 1200, 1300)의 상이한 실시 형태들의 정측면도를 도시한다.

도 11a 내지 도 11c는 세장형 부재(1102)가 외부 루프(1104) 내에 중심설정되는 샘플 전달 도구(1100)의 일 실시 형태를 도시한다. 샘플 전달 도구(1100)는 액체 샘플에 대한 광 현미경검사 분석을 수행하기 위해 슬라이드(104) 상에 액체 샘플을 배치하는 데 사용될 수 있다. 샘플 전달 도구(1100)는 원통형 시험관과 같은 시험관 내에 저장된 샘플을 포획하는 데 특히 유용하다. 일부 경우에, 샘플(106)은 시험관 내에서 원심분리되어 관심 입자(108)를 샘플(106)의 다른 성분들, 예컨대 용매 또는 다른 용액으로부터 분리한다. 일부 경우에, 입자(108)는 원심분리 후에 샘플(106)의 최상부 부분에 위치된다. 그러한 경우에, 샘플 전달 도구(1100)는 시험관 내의 샘플(106)의 최상부 부분에 위치된 입자(108)를 포획하는 데 특히 효과적이다.

샘플 전달 도구(1100)는 손잡이로서 역할을 하는 세장형 부재(1102)를 포함한다. 세장형 부재(1102)의 일 단부에서, 샘플 전달 도구(1100)는 외부 루프(1104)를 포함하는데, 하나 이상의 스포크(1106)가 외부 루프(1104)에 부착되고 외부 루프(1104)에 의해 한정되는 내부 공간 내에 위치된다. 외부 루프(1104)와 조합된 하나 이상의 스포크(1106)는 샘플 포획 루프(1108)를 한정하는 역할을 한다. 샘플 포획 루프(1108)는 샘플이 표면 장력에 의해 포획되는 내부 공간을 한정한다.

샘플 포획 루프(1108)는 하나 이상의 스포크(1106)와 외부 루프(1104)의 일부분의 조합에 의해 한정된다. 도면이 단지 예시적인 목적만을 위해 샘플 포획 루프(1108)에 의해 한정되는 내부 공간을 가리킨다는 것에 유의한다. 샘플 포획 루프(1108) 각각은 표면 장력의 사용을 통해 샘플(108)을 포획 또는 "픽업"하는 역할을 한다. 샘플은 샘플 포획 루프(1108)를 한정하는 스포크(1106) 및 외부 루프(1104)에 부착될 수 있고, 샘플은 표면 장력에 의해 샘플 포획 루프(1108)에 의해 한정되는 빈 내부 공간을 가로질러 "신장"될 수 있다. 샘플 포획 루프(1108)는 도 11a 내지 도 11c에 도시된 바와 같이 반삼각형 형상일 수 있거나, 이는 원형 또는 타원형 형상, 직사각형 형상, 일부 다른 추상적 형상 등과 같은 임의의 적합한 형상을 한정할 수 있다.

외부 루프(1104)는 도시된 바와 같이 원형일 수 있거나, 이는 정사각형, 직사각형, 타원형 등과 같은 다른 적합한 형상일 수 있다. 도시된 바와 같이, 외부 루프(1104) 및 스포크(1106)는 세장형 부재(1102)에 대체로 직교하는 평면 내에 형성될 수 있다. 외부 루프(1104) 및 스포크(1106)는 액체 샘플 내로 삽입될 때 표면 장력에 의해 액체를 내부에 보유하도록 크기설정된다. 도시된 실시 형태에서, 외부 루프(1104) 내에는 4개의 스포크(1106)가 있다. 외부 루프(1104) 내에는 임의의 수의 스포크(1106)가 있을 수 있는 것으로 인식되어야 한다. 대안적으로, 외부 루프(1104) 내에 스포크(1106)가 없을 수 있고, 외부 루프(1104)는 세장형 부재(1102)에 직접 부착될 수 있다.

예시적인 일례의 구현예에서, 샘플 전달 도구(1100)는 광 현미경검사에 의한 분석을 위해 동물 배설물을 함유하는 액체 용액을 슬라이드(104)로 전달하기 위해 사용된다. 배설물 샘플은, 얻어진 대변 샘플을 적합한 시약과 혼합하고 혼합물을 여과하고, 시험관과 같은 적합한 용기 내에서 원심분리를 수행함으로써 준비될 수 있다. 예시적인 구현예에서, 배설물 내의 관심 입자(108)는 원심분리 후 용액의 최상부 부분에 위치된다. 따라서, 시험관 내에 위치된 샘플의 메니스커스(meniscus) 또는 최상부 부분만을 포획하는 것이 바람직한데, 이는 샘플의 이러한 부분이 관심 입자(108)를 포함하기 때문이다. 샘플 전달 도구(1100)는 샘플의 액체 부분과 접촉하도록 시험관 내로 삽입되도록 크기설정될 수 있다. 이어서, 액체는 표면 장력에 의해 샘플 전달 도구(1100)의 복수의 샘플 포획 루프(1108) 내에 보유된다. 이어서, 샘플 전달 도구(1100)는 현미경 슬라이드(104)와 접촉하도록 배치될 수 있다. 이어서, 슬라이드(104)와 접촉하는 액체는 샘플 포획 루프(1108)로부터 방출되어 슬라이드(104) 상에 풀(pool)을 형성할 수 있다. 이어서, 커버슬립(102)이 풀 위에 배치되어 분석을 위한 배열된 샘플을 형성할 수 있다. 샘플 전달 도구(1100)는 시험관 내로 삽입되도록 그리고 추가로, 원하는 분석을 위한 적합한 두께를 갖는 커버슬립(102)의 영역에 대응하는 풀을 외부 루프(1102)가 생성하도록 크기설정될 수 있다.

외부 루프(1104)는 내부 공간을 한정한다. 외부 루프(1104)는 원형 또는 타원형 형상인 도 11a 내지 도 13c에 도시된 바와 같은 실시 형태에서, 외부 루프(1104)의 내부 공간은 원형 또는 타원형 형상을 형성한다. 외부 루프(1104)는 대안적으로 정사각형 형상, 직사각형 형상, 오각형 형상, 육각형 형상, 팔각형 형상 등일 수 있다. 하나 이상의 스포크(1106)는 외부 루프(1104)에 부착되고 외부 루프(1104)에 의해 한정되는 내부 공간 내에 배치된다. 일 실시 형태에서, 하나 이상의 스포크(1106)는 세장형 부재(1102)에 수직이거나 세장형 부재(1102)에 대략 수직이다. 이어서, 외부 루프(1104)는 또한 세장형 부재(1102)에 수직이거나 세장형 부재(1102)에 대략 수직이다.

샘플 전달 도구(1100)는 폴리카르보네이트, 금속, 목재 등과 같은 강성 재료로 구성될 수 있다. 샘플 전달 도구(1100)는 반강성 재료로 구성될 수 있다.

하나 이상의 스포크(1106)와 조합된 외부 루프(1104)는 하나 이상의 샘플 포획 루프(1108)를 한정한다. 하나 이상의 샘플 포획 루프(1108) 각각은, 하나 이상의 스포크(1106)와 함께, 외부 루프(1104)에 의해 한정되는 내부 공간의 전체를 구성한다. 샘플 포획 루프(1108)는 표면 장력 특성에 의해 액체를 보유하도록 한정된다. 샘플 포획 루프(1108)는 샘플 전달 도구(1100)가 액체 샘플을 픽업하고 샘플 포획 루프(1108)를 가로질러 액체를 "신장"하는 것을 가능하게 한다. 샘플 포획 루프(1108)는 도 11a, 도 11b, 도 12a, 도 12b, 도 13a 및 도 13b에 도시된 바와 같이 외부 루프(1104)의 벽 및 하나 이상의 스포크(1106)에 의해 한정된다.

도 11a 내지 도 11c에 도시된 실시 형태에서, 샘플 전달 도구(1100)는 4개의 스포크(1106)를 포함한다. 4개의 스포크(1106)는, 외부 루프(1104)와 함께, 4개의 별개의 샘플 포획 루프(1108)를 집합적으로 한정한다. 샘플 전달 도구(1100)는 임의의 적합한 수의 스포크(1104)를 포함할 수 있고 그에 따라서 임의의 적합한 수의 샘플 포획 루프(1108)를 포함할 수 있는 것으로 인식되어야 한다.

일 실시 형태에서, 샘플 포획 루프(1308)의 수는 샘플 전달 도구(1100)를 위한 측정 구성요소를 제공한다. 일부 경우에, 전달되는 샘플의 유형 또는 그러한 샘플의 준비 방법에 따라, 많은 작은 샘플 포획 루프(1108)를 갖는 것이 바람직할 수 있다. 샘플 포획 루프(1108) 각각은 샘플 내의 관심 입자(108)를 픽업하는 데 효과적일 수 있다. 따라서, 샘플을 여러 번 전달하기보다는 많은 샘플 포획 루프(1108)를 갖는 샘플 전달 도구(1100)를 사용하는 것이 바람직할 수 있다. 일부 구현예에서, 샘플 전달 도구(1100)는 사용자가 샘플을 시험관에서 슬라이드로 단 한 번에 전달하는 것을 그리고 여전히 예시적인 수의 이미징될 관심 입자(108)를 수집하는 것을 가능하게 한다.

도 12a 내지 도 12c는 샘플 전달 도구(1200)의 일 실시 형태를 도시한다. 도 11a 내지 도 11c에 도시된 실시 형태와 유사하게, 샘플 전달 도구(1200)는 세장형 부재(1202), 외부 루프(1204), 하나 이상의 스포크(1206), 및 하나 이상의 스포크(1206)와 외부 루프의 조합에 의해 한정되는 하나 이상의 샘플 포획 루프(1208)를 포함한다. 도 12a 내지 도 12c에 도시된 실시 형태에서, 세장형 부재(1202)는 외부 루프(1204)의 중심으로부터 오프셋되고, 도 11a 내지 도 11c에 도시된 바와 같은 하나 이상의 스포크(1206)보다는 대신에 외부 루프(1204) 자체에 부착된다.

도 13a 내지 도 13c는 샘플 전달 도구(1300)의 일 실시 형태를 도시한다. 도 11a 내지 도 11c 및 도 12a 내지 도 12c에 도시된 실시 형태와 유사하게, 샘플 전달 도구(1300)는 세장형 부재(1302), 외부 루프(1304), 하나 이상의 스포크(1306), 및 하나 이상의 샘플 포획 루프(1308)를 포함한다. 하나 이상의 샘플 포획 루프(1308)는 하나 이상의 스포크(1306) 및 외부 루프(1304)의 적어도 일부분에 의해 한정된다. 샘플 포획 루프(1308)는 빈 내부 공간을 한정하는데, 여기서 샘플은 표면 장력의 사용을 통해 포획 및 픽업될 수 있다.

도 13a 내지 도 13c에 도시된 실시 형태에서, 외부 루프(1304)는 리브(rib) 또는 톱니(jag) 에지를 포함한다. 외부 루프(1304)의 리브는 샘플에 대한 추가 접촉 포인트를 제공하는 데 유용할 수 있고 그에 따라서 샘플이 샘플 전달 도구(1300)에 의해 포획될 가능성을 증가시키는 데 유용할 수 있다. 외부 루프(1304) 상의 리브는 소정 샘플 또는 용액에 특히 유용할 수 있다. 추가 실시 형태에서, 스포크(1304)는 리브 또는 톱니 에지를 추가로 포함할 수 있다.

추가로, 샘플 전달 도구(1300)의 본 실시 형태에서, 외부 루프(1304)에는 8개의 스포크(1306)가 부착되어 있다. 8개의 스포크(1306)는, 외부 루프(1304)와 함께, 8개의 별개의 샘플 포획 루프(1308)를 한정한다. 외부 루프(1304)에 의해 한정되는 내부 공간 내에는 임의의 수의 루프(1306)가 있을 수 있는 것으로 인식되어야 한다. 따라서, 샘플 전달 도구(1300)는 임의의 적합한 수의 샘플 포획 루프(1308)를 포함할 수 있다.

도 14는 광 현미경검사를 사용하여 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법(1400)의 개략 흐름도이다. 방법(1400)은 광학 현미경을 사용하는 사람에 의해 그리고/또는 광학 현미경의 카메라와 통신하는 컴퓨터 프로그램에 의해 수행될 수 있다. 방법(1400)은 광학 현미경에 의해 캡처된 이미지를 분석하는 기계 학습 알고리즘을 동작시키는 컴퓨터 시스템에 의해 수행될 수 있다.

방법(1400)이 시작되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1402에서 커버슬립의 표면 상에 인쇄된 기점 마커를 식별한다. 방법(1400)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1404에서 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱하여 기점 마커의 초점 거리를 계산한다. 방법(1400)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1406에서 기점 마커의 초점 거리에 적어도 부분적으로 기초하여 커버슬립의 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산한다. 기점 마커의 위치는 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱한 결과에 기초하여 결정될 수 있다.

도 15는 광 현미경검사를 사용하여 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법(1500)의 개략 흐름도이다. 방법(1500)은 광학 현미경을 사용하는 사람에 의해 그리고/또는 광학 현미경의 카메라와 통신하는 컴퓨터 프로그램에 의해 수행될 수 있다. 방법(1500)은 광학 현미경에 의해 캡처된 이미지를 분석하는 기계 학습 알고리즘을 동작시키는 컴퓨터 시스템에 의해 수행될 수 있다.

방법(1500)이 시작되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1502에서 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 기점 마커를 식별한다. 방법(1500)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1504에서 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱하여 기점 마커의 초점 거리를 계산한다. 방법(1500)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1506에서 기점 마커의 초점 거리에 적어도 부분적으로 기초하여 슬라이드의 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산한다. 기점 마커의 위치는 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱한 결과에 기초하여 결정될 수 있다.

도 16은 광 현미경검사를 사용하여 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법(1600)의 개략 흐름도이다. 방법(1600)은 광학 현미경을 사용하는 사람에 의해 그리고/또는 광학 현미경의 카메라와 통신하는 컴퓨터 프로그램에 의해 수행될 수 있다. 방법(1600)은 광학 현미경에 의해 캡처된 이미지를 분석하는 기계 학습 알고리즘을 동작시키는 컴퓨터 시스템에 의해 수행될 수 있다.

방법(1600)이 시작되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1602에서 커버슬립 상에 인쇄된 기점 마커를 식별하는데, 기점 마커는 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄된다. 방법(1600)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1604에서 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱한다. 방법(1600)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1606에서 기점 마커의 위치에 기초하여 커버슬립의 하부 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산한다. 기점 마커의 위치는 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱한 결과에 기초하여 결정될 수 있다.

도 17은 광 현미경검사를 사용하여 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법(1700)의 개략 흐름도이다. 방법(1700)은 광학 현미경을 사용하는 사람에 의해 그리고/또는 광학 현미경의 카메라와 통신하는 컴퓨터 프로그램에 의해 수행될 수 있다. 방법(1700)은 광학 현미경에 의해 캡처된 이미지를 분석하는 기계 학습 알고리즘을 동작시키는 컴퓨터 시스템에 의해 수행될 수 있다.

방법(1700)이 시작되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1702에서 슬라이드 상에 인쇄된 기점 마커를 식별하는데, 기점 마커는 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄된다. 방법(1700)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1704에서 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱한다. 방법(1700)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1706에서 기점 마커의 위치에 기초하여 슬라이드의 상부 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산한다. 기점 마커의 위치는 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱한 결과에 기초하여 결정될 수 있다.

도 18은 광 현미경검사를 사용하여 샘플 상에 포커싱하기 위한 방법(1800)의 개략 흐름도이다. 방법(1800)은 광학 현미경을 사용하는 사람에 의해 그리고/또는 광학 현미경의 카메라와 통신하는 컴퓨터 프로그램에 의해 수행될 수 있다. 방법(1800)은 광학 현미경에 의해 캡처된 이미지를 분석하는 기계 학습 알고리즘을 동작시키는 컴퓨터 시스템에 의해 수행될 수 있다.

방법(1800)이 시작되어, 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1802에서 커버슬립의 표면 또는 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 기점 마커를 식별한다. 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1804에서 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱하여 기점 마커의 초점 거리를 계산한다. 사람 또는 컴퓨터 프로그램이 1806에서 기점 마커의 초점 거리에 기초하여 커버슬립의 표면 또는 슬라이드의 표면 중 어느 하나를 한정하는 기준 초점 평면을 계산한다.

도 19는 커버슬립 또는 슬라이드 상에 인쇄된 복수의 기점 마커에 기초하여 커버슬립 또는 슬라이드에 대한 기준 초점 평면을 한정하기 위한 방법(1900)의 개략 흐름도이다. 방법(1900)은 광학 현미경을 사용하는 사람에 의해 그리고/또는 광학 현미경의 카메라와 통신하는 컴퓨터 프로그램에 의해 수행될 수 있다. 방법(1900)은 광학 현미경에 의해 캡처된 이미지를 분석하는 기계 학습 알고리즘을 동작시키는 컴퓨터 시스템에 의해 수행될 수 있다.

방법(1900)이 시작되어, 사람 또는 컴퓨팅 시스템이 1902에서 커버슬립 또는 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들 각각 상에 광학 현미경을 포커싱하여 복수의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리를 계산한다. 일 실시 형태에서, 광학 현미경은 복수의 기점 마커들 각각 상에 한 번에 하나씩 독립적으로 포커싱한다. 방법(1900)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨터 시스템이 1904에서 복수의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리를 복수의 기점 마커들 각각에 대한 대응하는 위치와 매칭시킨다. 대응하는 위치는 전체 커버슬립 또는 슬라이드의 개관 이미지에 기초하여 결정될 수 있다. 방법(1900)이 계속되어, 사람 또는 컴퓨팅 시스템이 1906에서 복수의 기점 마커들 각각의 대응하는 초점 거리 및 위치에 기초하여 커버슬립 또는 슬라이드에 대한 기준 초점 평면을 계산한다(1906). 커버슬립 또는 슬라이드에 대한 기준 초점 평면은 커버슬립과 슬라이드 사이에 개재된 샘플의 표면을 추가로 한정한다.

실시예

하기 실시예는 추가 실시 형태에 관한 것이다.

실시예 1은 방법이다. 본 방법은 커버슬립의 표면 상에 인쇄된 기점 마커를 식별하는 단계 및 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱하여 기점 마커의 초점 거리를 계산하는 단계를 포함한다. 본 방법은 기점 마커의 초점 거리에 기초하여 커버슬립의 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함한다.

실시예 2는 실시예 1에 있어서, 기점 마커는 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄되어, 하부 표면이 샘플과 접촉하게 하고; 커버슬립의 표면을 한정하는 기준 초점 평면은 커버슬립의 하부 표면을 한정하고; 커버슬립의 하부 표면을 한정하는 기준 초점 평면은 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 샘플의 상부 표면을 추가로 한정하는, 방법이다.

실시예 3은 실시예 1 또는 실시예 2에 있어서, 광학 현미경으로 커버슬립을 스캔하여 개관 스캔을 생성하는 단계; 개관 스캔에 기초하여 커버슬립의 표면 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들을 식별하는 단계; 개관 스캔에 기초하여 커버슬립의 표면 상에 인쇄된 기점 마커들의 양을 계산하는 단계; 및 개관 스캔에 기초하여 커버슬립 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들 각각의 위치를 식별하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 4는 실시예 1 내지 실시예 3 중 어느 한 실시예에 있어서, 커버슬립의 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산하는 단계는, 커버슬립 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들 각각 상에 광학 현미경을 포커싱하여 복수의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리를 계산하는 단계; 복수의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리를 복수의 기점 마커들 각각에 대한 대응하는 위치와 매칭시키는 단계; 및 복수의 기점 마커들 각각의 대응하는 초점 거리 및 위치에 기초하여 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함하는, 방법이다.

실시예 5는 실시예 1 내지 실시예 4 중 어느 한 실시예에 있어서, 기준 초점 평면을 계산하는 단계는, 2개 이상의 기점 마커들 사이의 공간에 대한 초점 거리들을 2개 이상의 기점 마커들에 대한 초점 거리들에 기초하여 보간하는 단계; 및 복수의 기점 마커들 중 소정 기점 마커에 대한 초점 거리를 외삽하여 소정 기점 마커를 둘러싸는 영역에 대한 초점 거리들을 추정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 6은 실시예 1 내지 실시예 5 중 어느 한 실시예에 있어서, 기준 초점 평면을 계산하는 단계는, 복수의 기점 마커들 중 3개의 기점 마커들을 식별하는 단계; 3개의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들을 식별하는 단계; 개관 스캔에 대해 3개의 기점 마커들 각각에 대한 위치들을 식별하는 단계; 및 3개의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들 및 위치들에 적어도 부분적으로 기초하여 3개의 기점 마커들에 의해 한정되는 삼각형들에 평면들을 피팅하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 7은 실시예 1 내지 실시예 6 중 어느 한 실시예에 있어서, 기준 초점 평면을 계산하는 단계는, 복수의 기점 마커들 중 4개 이상의 기점 마커들을 식별하는 단계; 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들 및 개관 스캔에 대한 4개 이상의 기점 마커들 각각의 위치들에 기초하여 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 (x, y, z) 좌표들을 식별하는 단계; 및 4개 이상의 기점 마커들 각각의 (x, y, z) 좌표들에 의해 한정되는 포인트들에 만곡된 표면들을 피팅하여 커버슬립의 전체 표면에 근사하는 표면 토폴로지를 생성하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 8은 실시예 1 내지 실시예 7 중 어느 한 실시예에 있어서, 기점 마커는 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄되어, 하부 표면이 샘플과 접촉하게 하고, 방법은, 하나 이상의 기점 마커들 상에서의 광학 현미경의 포커싱의 결과에 기초하여 샘플에 대한 예측된 초점 거리를 계산하는 단계; 및 샘플에 대한 예측된 초점 거리보다 크고/크거나 샘플에 대한 예측된 초점 거리보다 작은 초점 거리들의 임계치 범위를 테스트함으로써 샘플 상의 초점을 교정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 9는 실시예 1 내지 실시예 8 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경으로 커버슬립을 스캔하여 개관 스캔을 생성하는 단계; 개관 스캔 내에서 기점 마커를 식별하는 단계; 기점 마커에 대한 초점 거리에 기초하여 기점 마커의 z-축 위치를 계산하는 단계; 및 개관 스캔에 대한 기점 마커의 위치에 기초하여 기점 마커의 x-축 및 y-축 위치를 계산하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 10은 실시예 1 내지 실시예 9 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경으로 이미징하기 위한 샘플을, 샘플 전달 도구를 사용하여 샘플을 슬라이드 상에 배치함으로써 준비하는 단계를 추가로 포함하고, 샘플 전달 도구는, 세장형 부재; 내부 공간을 한정하는 외부 루프; 및 외부 루프에 부착되고 외부 루프의 내부 공간 내에 배치되는 하나 이상의 스포크들을 포함하고; 하나 이상의 스포크들 중 적어도 하나의 스포크 및 외부 루프의 적어도 일부분은 샘플을 포획하기 위한 샘플 포획 루프를 한정하고; 세장형 부재는 하나 이상의 스포크들에 대략 수직인, 방법이다.

실시예 11은 실시예 1 내지 실시예 10 중 어느 한 실시예에 있어서, 커버슬립 상의 키랄 표시자를 식별하는 단계 및 키랄 표시자에 기초하여 커버슬립의 배향을 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 12는 실시예 1 내지 실시예 11 중 어느 한 실시예에 있어서, 기점 마커는 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄되어, 하부 표면이 샘플과 접촉하게 하고, 방법은, 광학 현미경을 예측된 입자 깊이 상에 포커싱함으로써 샘플 내에 관심 입자를 위치시키는 단계를 추가로 포함하고, 예측된 입자 깊이는 입자가 커버슬립의 하부 표면에 대해 샘플 내에 위치되는 추정된 깊이인, 방법이다.

실시예 13은 실시예 1 내지 실시예 12 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경을 예측된 입자 깊이 상에 포커싱하는 것은 기준 초점 평면에 기초하여 광학 현미경에 대한 예측된 입자 깊이를 결정하는 것을 포함하는, 방법이다.

실시예 14는 실시예 1 내지 실시예 13 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경과 연관된 카메라에 의해 캡처된 커버슬립의 이미지를 수신하는 단계; 기점 마커가 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 이미지를 평가하는 단계; 기점 마커가 이미지에서 가시적이지 않은 것에 응답하여, 광학 현미경과 연관된 카메라에 대한 시야를 변경하는 단계; 변경된 시야로 카메라에 의해 캡처된 커버슬립의 새로운 이미지를 수신하는 단계; 및 기점 마커가 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 새로운 이미지를 평가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 15는 실시예 1 내지 실시예 14 중 어느 한 실시예에 있어서, 기점 마커가 이미지 및/또는 새로운 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여, 캡처된 기점 마커의 전체가 이미지 및/또는 새로운 이미지에 존재하는지 또는 캡처된 기점 마커의 일부분이 이미지 및/또는 새로운 이미지에 존재하는지를 결정하기 위해 이미지 및/또는 새로운 이미지를 평가하는 단계; 캡처된 기점 마커의 일부분만이 이미지 및/또는 새로운 이미지에 존재하는 것에 응답하여, 캡처된 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계; 모든 기점 마커들을 포함하는 커버슬립의 개관 이미지에 기초하여 캡처된 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 및 캡처된 기점 마커의 전체가 광학 현미경의 시야 내에 존재하도록 광학 현미경의 대물렌즈 또는 스테이지를 이동시키는 데 필요한 추정된 방향 및 거리를 계산하기 위해 캡처된 에지 외형선을 예상된 에지 외형선과 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 16은 실시예 1 내지 실시예 15 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지가 추정된 방향 및 거리에 따라 이동하게 하는 단계; 이동 후 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지에 대한 (x, y) 좌표들을 결정하는 단계; 및 대물렌즈 및/또는 스테이지의 (x, y) 좌표들에 기초하여 캡처된 기점 마커의 (x, y) 좌표를 메모리에 저장하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 17은 실시예 1 내지 실시예 16 중 어느 한 실시예에 있어서, 기점 마커가 이미지 및/또는 새로운 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여, 시야의 전체가 캡처된 기점 마커에 의해 커버되는지를 결정하기 위해 이미지 및/또는 새로운 이미지를 평가하는 단계; 시야의 일부분만이 캡처된 기점 마커에 의해 커버되는 것에 응답하여, 캡처된 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계; 모든 기점 마커들을 포함하는 커버슬립의 개관 이미지에 기초하여 캡처된 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 및 광학 현미경의 시야의 전체가 기점 마커에 의해 커버되도록 광학 현미경의 대물렌즈 또는 스테이지를 이동시키는 데 필요한 추정된 방향 및 거리를 계산하기 위해 캡처된 에지 외형선을 예상된 에지 외형선과 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 18은 실시예 1 내지 실시예 17 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지가 추정된 방향 및 거리에 따라 이동하게 하는 단계; 이동 후 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지에 대한 (x, y) 좌표들을 결정하는 단계; 및 대물렌즈 및/또는 스테이지의 (x, y) 좌표들에 기초하여 캡처된 기점 마커의 (x, y) 좌표를 메모리에 저장하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 19는 실시예 1 내지 실시예 18 중 어느 한 실시예에 있어서, 커버슬립 상에 인쇄된 모든 기점 마커들을 포함하는 개관 이미지에 기초하여 커버슬립 상에 인쇄된 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 광학 현미경으로 캡처된 이미지에 기초하여 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계; 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선과 비교하는 단계; 및 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선이 용인된 허용오차 임계치 내에서 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선과 매칭하는지를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 20은 실시예 1 내지 실시예 19 중 어느 한 실시예에 있어서, 커버슬립의 인쇄 영역을 식별하는 단계; 및 커버슬립의 인쇄 영역에 기초하여 커버슬립에 의해 커버된 샘플에 대한 스캔 영역을 최적화하는 단계를 추가로 포함하고; 스캔 영역은 스캔 시간, 스캔 파일 크기, 또는 테스트 민감도 중 하나 이상에 기초하여 최적화되는, 방법이다.

실시예 21은 방법이다. 본 방법은 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 기점 마커를 식별하는 단계 및 광학 현미경을 기점 마커 상에 포커싱하여 기점 마커의 초점 거리를 계산하는 단계를 포함한다. 본 방법은 기점 마커의 초점 거리에 기초하여 슬라이드의 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함한다.

실시예 22는 실시예 21에 있어서, 기점 마커는 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄되어, 슬라이드의 상부 표면이 샘플과 접촉하게 하고; 슬라이드의 표면을 한정하는 기준 초점 평면은 슬라이드의 상부 표면을 한정하고; 슬라이드의 상부 표면을 한정하는 기준 초점 평면은 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 샘플의 하부 표면을 추가로 한정하는, 방법이다.

실시예 23은 실시예 21 또는 실시예 22에 있어서, 광학 현미경으로 슬라이드를 스캔하여 개관 스캔을 생성하는 단계; 개관 스캔에 기초하여 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들을 식별하는 단계; 개관 스캔에 기초하여 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 기점 마커들의 양을 계산하는 단계; 및 개관 스캔에 기초하여 슬라이드 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들 각각의 위치를 식별하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 24는 실시예 21 내지 실시예 23 중 어느 한 실시예에 있어서, 슬라이드의 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산하는 단계는, 슬라이드 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들 각각 상에 광학 현미경을 포커싱하여 복수의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리를 계산하는 단계; 복수의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리를 복수의 기점 마커들 각각에 대한 대응하는 위치와 매칭시키는 단계; 및 복수의 기점 마커들 각각의 대응하는 초점 거리 및 위치에 기초하여 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함하는, 방법이다.

실시예 25는 실시예 21 내지 실시예 24 중 어느 한 실시예에 있어서, 기준 초점 평면을 계산하는 단계는, 2개 이상의 기점 마커들 사이의 공간에 대한 초점 거리들을 2개 이상의 기점 마커들에 대한 초점 거리들에 기초하여 보간하는 단계; 및 복수의 기점 마커들 중 소정 기점 마커에 대한 초점 거리를 외삽하여 소정 기점 마커를 둘러싸는 영역에 대한 초점 거리들을 추정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 26은 실시예 21 내지 실시예 25 중 어느 한 실시예에 있어서, 기준 초점 평면을 계산하는 단계는, 복수의 기점 마커들 중 3개의 기점 마커들을 식별하는 단계; 3개의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들을 식별하는 단계; 개관 스캔에 대해 3개의 기점 마커들 각각에 대한 위치들을 식별하는 단계; 및 3개의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들 및 위치들에 적어도 부분적으로 기초하여 3개의 기점 마커들에 의해 한정되는 삼각형들에 평면들을 피팅하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 27은 실시예 21 내지 실시예 26 중 어느 한 실시예에 있어서, 기준 초점 평면을 계산하는 단계는, 복수의 기점 마커들 중 4개 이상의 기점 마커들을 식별하는 단계; 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들 및 개관 스캔에 대한 4개 이상의 기점 마커들 각각의 위치들에 기초하여 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 (x, y, z) 좌표들을 식별하는 단계; 및 4개 이상의 기점 마커들 각각의 (x, y, z) 좌표들에 의해 한정되는 포인트들에 만곡된 표면들을 피팅하여 슬라이드의 전체 표면에 근사하는 표면 토폴로지를 생성하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 28은 실시예 21 내지 실시예 27 중 어느 한 실시예에 있어서, 기점 마커는 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄되어, 상부 표면이 샘플과 접촉하게 하고, 방법은, 하나 이상의 기점 마커들 상에서의 광학 현미경의 포커싱의 결과에 기초하여 샘플에 대한 예측된 초점 거리를 계산하는 단계; 및 샘플에 대한 예측된 초점 거리보다 크고/크거나 샘플에 대한 예측된 초점 거리보다 작은 초점 거리들의 임계치 범위를 테스트함으로써 샘플 상의 초점을 교정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 29는 실시예 21 내지 실시예 28 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경으로 슬라이드를 스캔하여 개관 스캔을 생성하는 단계; 개관 스캔 내에서 기점 마커를 식별하는 단계; 기점 마커에 대한 초점 거리에 기초하여 기점 마커의 z-축 위치를 계산하는 단계; 및 개관 스캔에 대한 기점 마커의 위치에 기초하여 기점 마커의 x-축 및 y-축 위치를 계산하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 30은 실시예 21 내지 실시예 29 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경으로 이미징하기 위한 샘플을, 샘플 전달 도구를 사용하여 샘플을 슬라이드 상에 배치함으로써 준비하는 단계를 추가로 포함하고, 샘플 전달 도구는, 세장형 부재 내부 공간을 한정하는 외부 루프; 및 외부 루프에 부착되고 외부 루프의 내부 공간 내에 배치되는 하나 이상의 스포크들을 포함하고; 하나 이상의 스포크들 중 적어도 하나의 스포크 및 외부 루프의 적어도 일부분은 샘플을 포획하기 위한 샘플 포획 루프를 한정하고; 세장형 부재는 하나 이상의 스포크들에 대략 수직인, 방법이다.

실시예 31은 실시예 21 내지 실시예 30 중 어느 한 실시예에 있어서, 슬라이드 상의 키랄 표시자를 식별하는 단계 및 키랄 표시자에 기초하여 슬라이드의 배향을 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 32는 실시예 21 내지 실시예 31 중 어느 한 실시예에 있어서, 기점 마커는 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄되어, 상부 표면이 샘플과 접촉하게 하고, 방법은, 광학 현미경을 예측된 입자 높이 상에 포커싱함으로써 샘플 내에 관심 입자를 위치시키는 단계를 추가로 포함하고, 예측된 입자 높이는 입자가 슬라이드의 상부 표면에 대해 샘플 내에 위치되는 추정된 수직 거리인, 방법이다.

실시예 33은 실시예 21 내지 실시예 32 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경을 예측된 입자 깊이 상에 포커싱하는 것은 기준 초점 평면에 기초하여 광학 현미경에 대한 예측된 입자 깊이를 결정하는 것을 포함하는, 방법이다.

실시예 34는 실시예 21 내지 실시예 33 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경과 연관된 카메라에 의해 캡처된 슬라이드의 이미지를 수신하는 단계; 기점 마커가 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 이미지를 평가하는 단계; 기점 마커가 이미지에서 가시적이지 않은 것에 응답하여, 광학 현미경과 연관된 카메라에 대한 시야를 변경하는 단계; 변경된 시야로 카메라에 의해 캡처된 슬라이드의 새로운 이미지를 수신하는 단계; 및 기점 마커가 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 새로운 이미지를 평가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 35는 실시예 21 내지 실시예 34 중 어느 한 실시예에 있어서, 기점 마커가 이미지 및/또는 새로운 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여, 캡처된 기점 마커의 전체가 이미지 및/또는 새로운 이미지에 존재하는지 또는 캡처된 기점 마커의 일부분이 이미지 및/또는 새로운 이미지에 존재하는지를 결정하기 위해 이미지 및/또는 새로운 이미지를 평가하는 단계; 캡처된 기점 마커의 일부분만이 이미지 및/또는 새로운 이미지에 존재하는 것에 응답하여, 캡처된 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계; 모든 기점 마커들을 포함하는 슬라이드의 개관 이미지에 기초하여 캡처된 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 및 캡처된 기점 마커의 전체가 광학 현미경의 시야 내에 존재하도록 광학 현미경의 대물렌즈 또는 스테이지를 이동시키는 데 필요한 추정된 방향 및 거리를 계산하기 위해 캡처된 에지 외형선을 예상된 에지 외형선과 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 36은 실시예 21 내지 실시예 35 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지가 추정된 방향 및 거리에 따라 이동하게 하는 단계; 이동 후 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지에 대한 (x, y) 좌표들을 결정하는 단계; 및 대물렌즈 및/또는 스테이지의 (x, y) 좌표들에 기초하여 캡처된 기점 마커의 (x, y) 좌표를 메모리에 저장하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 37은 실시예 21 내지 실시예 36 중 어느 한 실시예에 있어서, 기점 마커가 이미지 및/또는 새로운 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여, 시야의 전체가 캡처된 기점 마커에 의해 커버되는지를 결정하기 위해 이미지 및/또는 새로운 이미지를 평가하는 단계; 시야의 일부분만이 캡처된 기점 마커에 의해 커버되는 것에 응답하여, 캡처된 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계; 모든 기점 마커들을 포함하는 슬라이드의 개관 이미지에 기초하여 캡처된 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 및 광학 현미경의 시야의 전체가 기점 마커에 의해 커버되도록 광학 현미경의 대물렌즈 또는 스테이지를 이동시키는 데 필요한 추정된 방향 및 거리를 계산하기 위해 캡처된 에지 외형선을 예상된 에지 외형선과 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 38은 실시예 21 내지 실시예 37 중 어느 한 실시예에 있어서, 광학 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지가 추정된 방향 및 거리에 따라 이동하게 하는 단계; 이동 후 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지에 대한 (x, y) 좌표들을 결정하는 단계; 및 대물렌즈 및/또는 스테이지의 (x, y) 좌표들에 기초하여 캡처된 기점 마커의 (x, y) 좌표를 메모리에 저장하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 39는 실시예 21 내지 실시예 38 중 어느 한 실시예에 있어서, 슬라이드 상에 인쇄된 모든 기점 마커들을 포함하는 개관 이미지에 기초하여 슬라이드 상에 인쇄된 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 광학 현미경으로 캡처된 이미지에 기초하여 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계; 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선과 비교하는 단계; 및 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선이 용인된 허용오차 임계치 내에서 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선과 매칭하는지를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 40은 실시예 21 내지 실시예 39 중 어느 한 실시예에 있어서, 슬라이드의 인쇄 영역을 식별하는 단계; 및 슬라이드의 인쇄 영역에 기초하여 슬라이드 상에 배치된 샘플에 대한 스캔 영역을 최적화하는 단계를 추가로 포함하고; 스캔 영역은 스캔 시간, 스캔 파일 크기, 또는 테스트 민감도 중 하나 이상에 기초하여 최적화되는, 방법이다.

실시예 41은 장치이다. 장치는 세장형 부재, 및 내부 공간을 한정하는 외부 루프를 포함한다. 장치는, 외부 루프에 부착되고 외부 루프에 의해 한정되는 내부 공간 내에 배치되는 하나 이상의 스포크들을 포함한다.

실시예 42는 실시예 41에 있어서, 하나 이상의 스포크들 중 적어도 하나의 스포크 및 외부 루프의 적어도 일부분은 샘플 포획 루프를 한정하는, 장치이다. 샘플 포획 루프는 빈 내부 공간을 한정하고, 여기에서 액체 샘플이 표면 장력에 의해 포획될 수 있다.

실시예 43은 실시예 41 또는 실시예 42에 있어서, 세장형 부재는 하나 이상의 스포크들에 대략 수직인, 장치이다.

실시예 44는 실시예 41 내지 실시예 43 중 어느 한 실시예에 있어서, 하나 이상의 스포크들 중 적어도 하나는 세장형 부재에 부착되는, 장치이다.

실시예 45는 실시예 41 내지 실시예 44 중 어느 한 실시예에 있어서, 외부 루프 또는 하나 이상의 스포크들 중 하나 이상은 리브를 포함하는, 장치이다.

실시예 46은 방법이다. 본 방법은 광학 현미경으로 이미징하기 위한 샘플을, 실시예 41 내지 실시예 45 중 어느 한 실시예의 장치로 샘플을 픽업함으로써 준비하는 단계를 포함한다.

실시예 47은 실시예 46에 있어서, 샘플을 픽업하는 것은 시험관 내에 배치된 용액의 상부 표면을 실시예 41 내지 실시예 45 중 어느 한 실시예의 장치의 외부 표면과 접촉시키는 것을 포함하는, 방법이다.

실시예 48은 실시예 46 내지 실시예 47 중 어느 한 실시예에 있어서, 샘플을 픽업하는 것은 시험관 내에 배치된 샘플의 메니스커스를 실시예 41 내지 실시예 45 중 어느 한 실시예의 장치의 외부 표면과 접촉시키는 것을 포함하는, 방법이다.

실시예 49는 실시예 46 내지 실시예 48 중 어느 한 실시예에 있어서, 장치의 외부 루프를 슬라이드 상에서 탭핑함으로써 광학 현미경으로 이미징하기 위한 샘플을 슬라이드로 전달하는 단계를 추가로 포함하는, 방법이다.

실시예 50은 실시예 46 내지 실시예 49 중 어느 한 실시예에 있어서, 장치 내의 스포크의 수에 기초하여 실시예 41 내지 실시예 45 중 어느 한 실시예의 장치를 선택하는 단계를 추가로 포함하고, 스포크의 수는 샘플 내의 입자의 수, 샘플 내의 입자의 크기, 샘플 내의 입자의 예측된 입자 깊이 등 중 하나 이상에 기초하여 선택되는, 방법이다.

본 명세서 전체에 걸쳐 "일례"에 대한 언급은, 그 예와 관련하여 설명된 특정 특징부, 구조, 또는 특성이 본 발명의 적어도 하나의 실시 형태에 포함되는 것을 의미한다. 따라서, 본 명세서 전체에 걸쳐 다양한 곳에서 어구 "일례에 있어서"의 언급이 반드시 모두 동일한 실시 형태를 지칭하는 것은 아니다.

본 명세서에 사용되는 바와 같이, 복수의 항목, 구조적 요소, 구성 요소, 및/또는 재료가 편의상 공통의 목록에서 제시될 수 있다. 그러나, 이러한 목록은 목록의 각각의 구성원이 별개의 고유한 구성원으로서 개별적으로 식별되는 것처럼 해석되어야 한다. 따라서, 그러한 목록의 어떠한 개별 구성원도, 반대되는 암시 없이 공통의 그룹 내의 그의 제시에만 기초하여 동일한 목록의 임의의 다른 구성원의 사실상 동등한 것으로서 해석되어서는 안 된다. 더욱이, 본 발명의 다양한 실시 형태 및 실시예는 본 명세서에서, 그의 다양한 구성요소에 대한 대안예와 함께 언급될 수 있다. 그러한 실시 형태들, 실시예들, 및 대안예들은 사실상 서로 동등한 것들로서 해석되지 않아야 하지만, 본 발명의 별개의 자율적인 표현들로서 간주되어야 한다는 것이 이해된다.

전술한 내용이 명확성을 위해 일부 상세하게 설명되었지만, 소정 변경 및 수정이 그의 원리로부터 벗어남이 없이 이루어질 수 있다는 것은 명백할 것이다. 본 명세서에서 설명되는 과정 및 장치 둘 모두를 구현하는 많은 대안적인 방식이 있다는 것에 유의하여야 한다. 따라서, 본 실시 형태는 제한적인 것이 아니라 예시적인 것으로 간주되어야 한다.

당업자는 본 발명의 기본 원리로부터 벗어남이 없이 전술된 실시 형태의 상세사항에 대해 많은 변경이 이루어질 수 있다는 것을 인식할 것이다. 따라서, 본 발명의 범주는, 존재하는 경우, 청구범위에 의해서만 결정되어야 한다.

Claims (41)

1. 방법으로서,
   커버슬립의 표면 또는 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 기점 마커를 식별하는 단계;
   광학 현미경을 상기 기점 마커 상에 포커싱하여 상기 기점 마커의 초점 거리를 계산하는 단계; 및
   상기 기점 마커의 초점 거리에 기초하여 상기 커버슬립의 표면 또는 상기 슬라이드의 표면을 한정하는 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함하는, 방법.
2. 제1항에 있어서,
   상기 기점 마커는 상기 커버슬립의 표면 상에 인쇄되어, 상기 방법은,
   상기 커버슬립의 표면 상에 인쇄된 상기 기점 마커를 식별하는 단계; 및
   상기 커버슬립의 표면을 한정하는 상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함하는, 방법.
3. 제2항에 있어서,
   상기 기점 마커는 상기 광학 현미경의 아이피스(eyepiece) 또는 카메라에 대해 상기 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄되어, 상기 하부 표면이 샘플과 접촉하게 하고;
   상기 커버슬립의 표면을 한정하는 상기 기준 초점 평면은 상기 커버슬립의 하부 표면을 한정하고;
   상기 커버슬립의 하부 표면을 한정하는 상기 기준 초점 평면은 상기 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 상기 샘플의 상부 표면을 추가로 한정하는, 방법.
4. 제2항에 있어서,
   상기 광학 현미경으로 상기 커버슬립을 스캔하여 개관(overview) 스캔을 생성하는 단계;
   상기 개관 스캔에 기초하여 상기 커버슬립의 표면 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들을 식별하는 단계;
   상기 개관 스캔에 기초하여 상기 커버슬립의 표면 상에 인쇄된 기점 마커들의 양을 계산하는 단계; 및
   상기 개관 스캔에 기초하여 상기 커버슬립 상에 인쇄된 상기 복수의 기점 마커들 각각의 위치를 식별하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
5. 제4항에 있어서,
   상기 커버슬립의 표면을 한정하는 상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계는,
   상기 커버슬립 상에 인쇄된 상기 복수의 기점 마커들 각각 상에 상기 광학 현미경을 포커싱하여 상기 복수의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리를 계산하는 단계;
   상기 복수의 기점 마커들 각각에 대한 상기 초점 거리를 상기 복수의 기점 마커들 각각에 대한 대응하는 위치와 매칭시키는 단계; 및
   상기 복수의 기점 마커들 각각의 상기 대응하는 초점 거리 및 위치에 기초하여 상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함하는, 방법.
6. 제5항에 있어서,
   상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계는,
   2개 이상의 기점 마커들 사이의 공간에 대한 초점 거리들을 상기 2개 이상의 기점 마커들에 대한 초점 거리들에 기초하여 보간하는 단계; 및
   상기 복수의 기점 마커들 중 소정 기점 마커에 대한 초점 거리를 외삽하여 상기 소정 기점 마커를 둘러싸는 영역에 대한 초점 거리들을 추정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
7. 제5항에 있어서,
   상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계는,
   상기 복수의 기점 마커들 중 3개의 기점 마커들을 식별하는 단계;
   상기 3개의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들을 식별하는 단계;
   상기 개관 스캔에 대해 상기 3개의 기점 마커들 각각에 대한 위치들을 식별하는 단계; 및
   상기 3개의 기점 마커들 각각에 대한 상기 초점 거리들 및 상기 위치들에 적어도 부분적으로 기초하여 상기 3개의 기점 마커들에 의해 한정되는 삼각형들에 평면들을 피팅하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
8. 제5항에 있어서,
   상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계는,
   상기 복수의 기점 마커들 중 4개 이상의 기점 마커들을 식별하는 단계;
   상기 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들 및 상기 개관 스캔에 대한 상기 4개 이상의 기점 마커들 각각의 위치들에 기초하여 상기 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 (x, y, z) 좌표들을 식별하는 단계; 및
   상기 4개 이상의 기점 마커들 각각의 (x, y, z) 좌표들에 의해 한정되는 포인트들에 만곡된 표면들을 피팅하여 상기 커버슬립의 전체 표면에 근사하는 표면 토폴로지(topology)를 생성하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
9. 제2항에 있어서,
   상기 기점 마커는 상기 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 상기 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄되어, 상기 하부 표면이 샘플과 접촉하게 하고, 상기 방법은,
   하나 이상의 기점 마커들 상에서의 상기 광학 현미경의 포커싱의 결과에 기초하여 상기 샘플에 대한 예측된 초점 거리를 계산하는 단계; 및
   상기 샘플에 대한 상기 예측된 초점 거리보다 크고/크거나 상기 샘플에 대한 상기 예측된 초점 거리보다 작은 초점 거리들의 임계치 범위를 테스트함으로써 상기 샘플 상의 초점을 교정(refine)하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
10. 제2항에 있어서,
    상기 광학 현미경으로 상기 커버슬립을 스캔하여 개관 스캔을 생성하는 단계;
    상기 개관 스캔 내에서 상기 기점 마커를 식별하는 단계;
    상기 기점 마커에 대한 초점 거리에 기초하여 상기 기점 마커의 z-축 위치를 계산하는 단계; 및
    상기 개관 스캔에 대한 상기 기점 마커의 위치에 기초하여 상기 기점 마커의 x-축 및 y-축 위치를 계산하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
11. 제2항에 있어서,
    상기 광학 현미경으로 이미징하기 위한 샘플을, 샘플 전달 도구를 사용하여 상기 샘플을 슬라이드 상에 배치함으로써 준비하는 단계를 추가로 포함하고, 상기 샘플 전달 도구는,
    세장형 부재;
    내부 공간을 한정하는 외부 루프(loop); 및
    상기 외부 루프에 부착되고 상기 외부 루프의 내부 공간 내에 배치되는 하나 이상의 스포크(spoke)들을 포함하고;
    상기 하나 이상의 스포크들 중 적어도 하나의 스포크 및 상기 외부 루프의 적어도 일부분은 상기 샘플을 포획하기 위한 샘플 포획 루프를 한정하고;
    상기 세장형 부재는 상기 하나 이상의 스포크들에 대략 수직인, 방법.
12. 제2항에 있어서,
    상기 커버슬립 상의 키랄 표시자(chiral indicator)를 식별하는 단계 및 상기 키랄 표시자에 기초하여 상기 커버슬립의 배향을 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
13. 제2항에 있어서,
    상기 기점 마커는 상기 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 상기 커버슬립의 하부 표면 상에 인쇄되어, 상기 하부 표면이 샘플과 접촉하게 하고, 상기 방법은 상기 광학 현미경을 예측된 입자 깊이 상에 포커싱함으로써 상기 샘플 내에 관심 입자를 위치시키는 단계를 추가로 포함하고, 상기 예측된 입자 깊이는 상기 입자가 상기 커버슬립의 하부 표면에 대해 상기 샘플 내에 위치되는 추정된 깊이인, 방법.
14. 제13항에 있어서,
    상기 광학 현미경을 상기 예측된 입자 깊이 상에 포커싱하는 것은 상기 기준 초점 평면에 기초하여 상기 광학 현미경에 대한 상기 예측된 입자 깊이를 결정하는 것을 포함하는, 방법.
15. 제2항에 있어서,
    상기 광학 현미경과 연관된 카메라에 의해 캡처된 상기 커버슬립의 이미지를 수신하는 단계;
    기점 마커가 상기 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 상기 이미지를 평가하는 단계;
    기점 마커가 상기 이미지에서 가시적이지 않은 것에 응답하여, 상기 광학 현미경과 연관된 상기 카메라에 대한 시야를 변경하는 단계;
    상기 변경된 시야로 상기 카메라에 의해 캡처된 상기 커버슬립의 새로운 이미지를 수신하는 단계; 및
    기점 마커가 상기 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 상기 새로운 이미지를 평가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
16. 제15항에 있어서,
    기점 마커가 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여,
    상기 캡처된 기점 마커의 전체가 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에 존재하는지 또는 상기 캡처된 기점 마커의 일부분이 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에 존재하는지를 결정하기 위해 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지를 평가하는 단계;
    상기 캡처된 기점 마커의 일부분만이 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에 존재하는 것에 응답하여, 상기 캡처된 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계;
    모든 기점 마커들을 포함하는 상기 커버슬립의 개관 이미지에 기초하여 상기 캡처된 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출(retrieve)하는 단계; 및
    상기 캡처된 기점 마커의 전체가 상기 광학 현미경의 시야 내에 존재하도록 상기 광학 현미경의 대물렌즈 또는 스테이지를 이동시키는 데 필요한 추정된 방향 및 거리를 계산하기 위해 상기 캡처된 에지 외형선을 상기 예상된 에지 외형선과 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
17. 제16항에 있어서,
    상기 광학 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지가 상기 추정된 방향 및 거리에 따라 이동하게 하는 단계;
    이동 후 상기 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지에 대한 (x, y) 좌표들을 결정하는 단계; 및
    상기 대물렌즈 및/또는 상기 스테이지의 (x, y) 좌표들에 기초하여 상기 캡처된 기점 마커의 (x, y) 좌표를 메모리에 저장하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
18. 제15항에 있어서,
    기점 마커가 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여,
    상기 시야의 전체가 상기 캡처된 기점 마커에 의해 커버되는지를 결정하기 위해 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지를 평가하는 단계;
    상기 시야의 일부분만이 상기 캡처된 기점 마커에 의해 커버되는 것에 응답하여, 상기 캡처된 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계;
    모든 기점 마커들을 포함하는 상기 커버슬립의 개관 이미지에 기초하여 상기 캡처된 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 및
    상기 광학 현미경의 시야의 전체가 상기 기점 마커에 의해 커버되도록 상기 광학 현미경의 대물렌즈 또는 스테이지를 이동시키는 데 필요한 추정된 방향 및 거리를 계산하기 위해 상기 캡처된 에지 외형선을 상기 예상된 에지 외형선과 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
19. 제18항에 있어서,
    상기 광학 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지가 상기 추정된 방향 및 거리에 따라 이동하게 하는 단계;
    이동 후 상기 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지에 대한 (x, y) 좌표들을 결정하는 단계; 및
    상기 대물렌즈 및/또는 상기 스테이지의 (x, y) 좌표들에 기초하여 상기 캡처된 기점 마커의 (x, y) 좌표를 메모리에 저장하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
20. 제2항에 있어서,
    상기 커버슬립 상에 인쇄된 모든 기점 마커들을 포함하는 개관 이미지에 기초하여 상기 커버슬립 상에 인쇄된 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계;
    상기 광학 현미경으로 캡처된 이미지에 기초하여 상기 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계;
    상기 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 상기 제1 기점 마커의 상기 캡처된 에지 외형선과 비교하는 단계; 및
    상기 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선이 용인된 허용오차 임계치 내에서 상기 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선과 매칭하는지를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
21. 제2항에 있어서,
    상기 커버슬립의 인쇄 영역을 식별하는 단계; 및
    상기 커버슬립의 인쇄 영역에 기초하여 상기 커버슬립에 의해 커버된 샘플에 대한 스캔 영역을 최적화하는 단계를 추가로 포함하고;
    상기 스캔 영역은 스캔 시간, 스캔 파일 크기, 또는 테스트 민감도 중 하나 이상에 기초하여 최적화되는, 방법.
22. 제1항에 있어서,
    상기 기점 마커는 상기 슬라이드의 표면 상에 인쇄되어, 상기 방법은,
    상기 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 상기 기점 마커를 식별하는 단계; 및
    상기 슬라이드의 표면을 한정하는 상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함하는, 방법.
23. 제22항에 있어서,
    상기 기점 마커는 상기 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 상기 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄되어, 상기 슬라이드의 상부 표면이 샘플과 접촉하게 하고;
    상기 슬라이드의 표면을 한정하는 상기 기준 초점 평면은 상기 슬라이드의 상부 표면을 한정하고;
    상기 슬라이드의 상부 표면을 한정하는 상기 기준 초점 평면은 상기 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 상기 샘플의 하부 표면을 추가로 한정하는, 방법.
24. 제22항에 있어서,
    상기 광학 현미경으로 상기 슬라이드를 스캔하여 개관 스캔을 생성하는 단계;
    상기 개관 스캔에 기초하여 상기 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 복수의 기점 마커들을 식별하는 단계;
    상기 개관 스캔에 기초하여 상기 슬라이드의 표면 상에 인쇄된 기점 마커들의 양을 계산하는 단계; 및
    상기 개관 스캔에 기초하여 상기 슬라이드 상에 인쇄된 상기 복수의 기점 마커들 각각의 위치를 식별하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
25. 제24항에 있어서,
    상기 슬라이드의 표면을 한정하는 상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계는,
    상기 슬라이드 상에 인쇄된 상기 복수의 기점 마커들 각각 상에 상기 광학 현미경을 포커싱하여 상기 복수의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리를 계산하는 단계;
    상기 복수의 기점 마커들 각각에 대한 상기 초점 거리를 상기 복수의 기점 마커들 각각에 대한 대응하는 위치와 매칭시키는 단계; 및
    상기 복수의 기점 마커들 각각의 상기 대응하는 초점 거리 및 위치에 기초하여 상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계를 포함하는, 방법.
26. 제25항에 있어서,
    상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계는,
    2개 이상의 기점 마커들 사이의 공간에 대한 초점 거리들을 상기 2개 이상의 기점 마커들에 대한 초점 거리들에 기초하여 보간하는 단계; 및
    상기 복수의 기점 마커들 중 소정 기점 마커에 대한 초점 거리를 외삽하여 상기 소정 기점 마커를 둘러싸는 영역에 대한 초점 거리들을 추정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
27. 제25항에 있어서,
    상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계는,
    상기 복수의 기점 마커들 중 3개의 기점 마커들을 식별하는 단계;
    상기 3개의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들을 식별하는 단계;
    상기 개관 스캔에 대해 상기 3개의 기점 마커들 각각에 대한 위치들을 식별하는 단계; 및
    상기 3개의 기점 마커들 각각에 대한 상기 초점 거리들 및 상기 위치들에 적어도 부분적으로 기초하여 상기 3개의 기점 마커들에 의해 한정되는 삼각형들에 평면들을 피팅하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
28. 제25항에 있어서,
    상기 기준 초점 평면을 계산하는 단계는,
    상기 복수의 기점 마커들 중 4개 이상의 기점 마커들을 식별하는 단계;
    상기 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 초점 거리들 및 상기 개관 스캔에 대한 상기 4개 이상의 기점 마커들 각각의 위치들에 기초하여 상기 4개 이상의 기점 마커들 각각에 대한 (x, y, z) 좌표들을 식별하는 단계; 및
    상기 4개 이상의 기점 마커들 각각의 (x, y, z) 좌표들에 의해 한정되는 포인트들에 만곡된 표면들을 피팅하여 상기 슬라이드의 전체 표면에 근사하는 표면 토폴로지를 생성하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
29. 제22항에 있어서,
    상기 기점 마커는 상기 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 상기 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄되어, 상기 상부 표면이 샘플과 접촉하게 하고, 상기 방법은,
    하나 이상의 기점 마커들 상에서의 상기 광학 현미경의 포커싱의 결과에 기초하여 상기 샘플에 대한 예측된 초점 거리를 계산하는 단계; 및
    상기 샘플에 대한 상기 예측된 초점 거리보다 크고/크거나 상기 샘플에 대한 상기 예측된 초점 거리보다 작은 초점 거리들의 임계치 범위를 테스트함으로써 상기 샘플 상의 초점을 교정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
30. 제22항에 있어서,
    상기 광학 현미경으로 상기 슬라이드를 스캔하여 개관 스캔을 생성하는 단계;
    상기 개관 스캔 내에서 상기 기점 마커를 식별하는 단계;
    상기 기점 마커에 대한 초점 거리에 기초하여 상기 기점 마커의 z-축 위치를 계산하는 단계; 및
    상기 개관 스캔에 대한 상기 기점 마커의 위치에 기초하여 상기 기점 마커의 x-축 및 y-축 위치를 계산하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
31. 제22항에 있어서,
    상기 광학 현미경으로 이미징하기 위한 샘플을, 샘플 전달 도구를 사용하여 상기 샘플을 상기 슬라이드 상에 배치함으로써 준비하는 단계를 추가로 포함하고, 상기 샘플 전달 도구는,
    세장형 부재;
    내부 공간을 한정하는 외부 루프; 및
    상기 외부 루프에 부착되고 상기 외부 루프의 내부 공간 내에 배치되는 하나 이상의 스포크들을 포함하고;
    상기 하나 이상의 스포크들 중 적어도 하나의 스포크 및 상기 외부 루프의 적어도 일부분은 상기 샘플을 포획하기 위한 샘플 포획 루프를 한정하고;
    상기 세장형 부재는 상기 하나 이상의 스포크들에 대략 수직인, 방법.
32. 제22항에 있어서,
    상기 슬라이드 상의 키랄 표시자를 식별하는 단계 및 상기 키랄 표시자에 기초하여 상기 슬라이드의 배향을 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
33. 제22항에 있어서,
    상기 기점 마커는 상기 광학 현미경의 아이피스 또는 카메라에 대해 상기 슬라이드의 상부 표면 상에 인쇄되어, 상기 상부 표면이 샘플과 접촉하게 하고, 상기 방법은, 상기 광학 현미경을 예측된 입자 높이 상에 포커싱함으로써 상기 샘플 내에 관심 입자를 위치시키는 단계를 추가로 포함하고, 상기 예측된 입자 높이는 상기 입자가 상기 슬라이드의 상부 표면에 대해 상기 샘플 내에 위치되는 추정된 수직 거리인, 방법.
34. 제33항에 있어서,
    상기 광학 현미경을 상기 예측된 입자 높이 상에 포커싱하는 것은 상기 기준 초점 평면에 기초하여 상기 광학 현미경에 대한 상기 예측된 입자 높이를 결정하는 것을 포함하는, 방법.
35. 제22항에 있어서,
    상기 광학 현미경과 연관된 카메라에 의해 캡처된 상기 슬라이드의 이미지를 수신하는 단계;
    기점 마커가 상기 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 상기 이미지를 평가하는 단계;
    기점 마커가 상기 이미지에서 가시적이지 않은 것에 응답하여, 상기 광학 현미경과 연관된 상기 카메라에 대한 시야를 변경하는 단계;
    상기 변경된 시야로 상기 카메라에 의해 캡처된 상기 슬라이드의 새로운 이미지를 수신하는 단계; 및
    기점 마커가 상기 이미지에서 캡처되는지를 결정하기 위해 상기 새로운 이미지를 평가하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
36. 제35항에 있어서,
    기점 마커가 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여,
    상기 캡처된 기점 마커의 전체가 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에 존재하는지 또는 상기 캡처된 기점 마커의 일부분이 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에 존재하는지를 결정하기 위해 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지를 평가하는 단계;
    상기 캡처된 기점 마커의 일부분만이 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에 존재하는 것에 응답하여, 상기 캡처된 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계;
    모든 기점 마커들을 포함하는 상기 커버슬립의 개관 이미지에 기초하여 상기 캡처된 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 및
    상기 캡처된 기점 마커의 전체가 상기 광학 현미경의 시야 내에 존재하도록 상기 광학 현미경의 대물렌즈 또는 스테이지를 이동시키는 데 필요한 추정된 방향 및 거리를 계산하기 위해 상기 캡처된 에지 외형선을 상기 예상된 에지 외형선과 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
37. 제36항에 있어서,
    상기 광학 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지가 상기 추정된 방향 및 거리에 따라 이동하게 하는 단계;
    이동 후 상기 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지에 대한 (x, y) 좌표들을 결정하는 단계; 및
    상기 대물렌즈 및/또는 상기 스테이지의 (x, y) 좌표들에 기초하여 상기 캡처된 기점 마커의 (x, y) 좌표를 메모리에 저장하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
38. 제35항에 있어서,
    기점 마커가 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지에서 캡처되는 것에 응답하여,
    상기 시야의 전체가 상기 캡처된 기점 마커에 의해 커버되는지를 결정하기 위해 상기 이미지 및/또는 상기 새로운 이미지를 평가하는 단계;
    상기 시야의 일부분만이 상기 캡처된 기점 마커에 의해 커버되는 것에 응답하여, 상기 캡처된 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계;
    모든 기점 마커들을 포함하는 상기 커버슬립의 개관 이미지에 기초하여 상기 캡처된 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계; 및
    상기 광학 현미경의 시야의 전체가 상기 기점 마커에 의해 커버되도록 상기 광학 현미경의 대물렌즈 또는 스테이지를 이동시키는 데 필요한 추정된 방향 및 거리를 계산하기 위해 상기 캡처된 에지 외형선을 상기 예상된 에지 외형선과 비교하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
39. 제38항에 있어서,
    상기 광학 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지가 상기 추정된 방향 및 거리에 따라 이동하게 하는 단계;
    이동 후 상기 현미경의 대물렌즈 및/또는 스테이지에 대한 (x, y) 좌표들을 결정하는 단계; 및
    상기 대물렌즈 및/또는 상기 스테이지의 (x, y) 좌표들에 기초하여 상기 캡처된 기점 마커의 (x, y) 좌표를 메모리에 저장하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
40. 제22항에 있어서,
    상기 슬라이드 상에 인쇄된 모든 기점 마커들을 포함하는 개관 이미지에 기초하여 상기 슬라이드 상에 인쇄된 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 메모리로부터 취출하는 단계;
    상기 광학 현미경으로 캡처된 이미지에 기초하여 상기 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선을 식별하는 단계;
    상기 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선을 상기 제1 기점 마커의 상기 캡처된 에지 외형선과 비교하는 단계; 및
    상기 제1 기점 마커의 예상된 에지 외형선이 용인된 허용오차 임계치 내에서 상기 제1 기점 마커의 캡처된 에지 외형선과 매칭하는지를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
41. 제22항에 있어서,
    상기 슬라이드의 인쇄 영역을 식별하는 단계; 및
    상기 슬라이드의 인쇄 영역에 기초하여 상기 슬라이드 상에 배치된 샘플에 대한 스캔 영역을 최적화하는 단계를 추가로 포함하고;
    상기 스캔 영역은 스캔 시간, 스캔 파일 크기, 또는 테스트 민감도 중 하나 이상에 기초하여 최적화되는, 방법.

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