JP7423083B2 - 大腸癌の発癌リスクを検出する方法及びキット - Google Patents
大腸癌の発癌リスクを検出する方法及びキット Download PDFInfo
- Publication number
- JP7423083B2 JP7423083B2 JP2021514840A JP2021514840A JP7423083B2 JP 7423083 B2 JP7423083 B2 JP 7423083B2 JP 2021514840 A JP2021514840 A JP 2021514840A JP 2021514840 A JP2021514840 A JP 2021514840A JP 7423083 B2 JP7423083 B2 JP 7423083B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- protein
- gene
- pigr
- nfkbiz
- traf3ip2
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 title claims description 27
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 27
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 title claims description 16
- 230000000711 cancerogenic effect Effects 0.000 title description 10
- 231100000315 carcinogenic Toxicity 0.000 title description 10
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 81
- 101150095279 PIGR gene Proteins 0.000 claims description 69
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 52
- 102100035187 Polymeric immunoglobulin receptor Human genes 0.000 claims description 41
- 230000004777 loss-of-function mutation Effects 0.000 claims description 35
- 102000013691 Interleukin-17 Human genes 0.000 claims description 29
- 108050003558 Interleukin-17 Proteins 0.000 claims description 29
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 27
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 claims description 27
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 claims description 26
- 101150115121 Nfkbiz gene Proteins 0.000 claims description 24
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 24
- 102100026009 NF-kappa-B inhibitor zeta Human genes 0.000 claims description 23
- 101001076431 Homo sapiens NF-kappa-B inhibitor zeta Proteins 0.000 claims description 22
- 101710140859 E3 ubiquitin ligase TRAF3IP2 Proteins 0.000 claims description 21
- 102100026620 E3 ubiquitin ligase TRAF3IP2 Human genes 0.000 claims description 21
- 101150000636 TRAF3IP2 gene Proteins 0.000 claims description 19
- 102100023882 Endoribonuclease ZC3H12A Human genes 0.000 claims description 18
- 101000976212 Homo sapiens Endoribonuclease ZC3H12A Proteins 0.000 claims description 18
- 101001124991 Homo sapiens Nitric oxide synthase, inducible Proteins 0.000 claims description 17
- 102100029438 Nitric oxide synthase, inducible Human genes 0.000 claims description 17
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 claims description 17
- 101150100944 Nos2 gene Proteins 0.000 claims description 14
- 101150092897 ZC3H12A gene Proteins 0.000 claims description 14
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 12
- 108010017525 Interleukin-17 Receptors Proteins 0.000 claims description 10
- 102000004554 Interleukin-17 Receptors Human genes 0.000 claims description 8
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 claims description 8
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 5
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 claims description 5
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 claims description 5
- 102000015696 Interleukins Human genes 0.000 claims description 4
- 108010063738 Interleukins Proteins 0.000 claims description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 3
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 claims description 3
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 claims description 3
- 208000022559 Inflammatory bowel disease Diseases 0.000 claims 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 claims 1
- 210000002220 organoid Anatomy 0.000 description 44
- 206010009900 Colitis ulcerative Diseases 0.000 description 28
- 201000006704 Ulcerative Colitis Diseases 0.000 description 28
- 101001019598 Homo sapiens Interleukin-17 receptor A Proteins 0.000 description 26
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 19
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 16
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 14
- 102100035018 Interleukin-17 receptor A Human genes 0.000 description 12
- 206010009887 colitis Diseases 0.000 description 11
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 11
- 102100029571 Immunoglobulin J chain Human genes 0.000 description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 9
- 238000001000 micrograph Methods 0.000 description 9
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 8
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 7
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 7
- 101000840258 Homo sapiens Immunoglobulin J chain Proteins 0.000 description 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 5
- 102100032700 Keratin, type I cytoskeletal 20 Human genes 0.000 description 5
- 108010066370 Keratin-20 Proteins 0.000 description 5
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 5
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 5
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 5
- 101100435489 Homo sapiens ARID1A gene Proteins 0.000 description 4
- 101710132152 Immunoglobulin J chain Proteins 0.000 description 4
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 4
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 4
- 102100034580 AT-rich interactive domain-containing protein 1A Human genes 0.000 description 3
- 101000924266 Homo sapiens AT-rich interactive domain-containing protein 1A Proteins 0.000 description 3
- 108020004485 Nonsense Codon Proteins 0.000 description 3
- 101150080074 TP53 gene Proteins 0.000 description 3
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 description 3
- 231100000221 frame shift mutation induction Toxicity 0.000 description 3
- 230000037433 frameshift Effects 0.000 description 3
- 108010082117 matrigel Proteins 0.000 description 3
- 230000037434 nonsense mutation Effects 0.000 description 3
- 108700025694 p53 Genes Proteins 0.000 description 3
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 238000007482 whole exome sequencing Methods 0.000 description 3
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 2
- 101150050923 JCHAIN gene Proteins 0.000 description 2
- 108010052014 Liberase Proteins 0.000 description 2
- 108010057466 NF-kappa B Proteins 0.000 description 2
- 102000003945 NF-kappa B Human genes 0.000 description 2
- 102400001107 Secretory component Human genes 0.000 description 2
- 102000015098 Tumor Suppressor Protein p53 Human genes 0.000 description 2
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 description 2
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 2
- 230000022534 cell killing Effects 0.000 description 2
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 2
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- VVIAGPKUTFNRDU-UHFFFAOYSA-N 6S-folinic acid Natural products C1NC=2NC(N)=NC(=O)C=2N(C=O)C1CNC1=CC=C(C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 VVIAGPKUTFNRDU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GAGWJHPBXLXJQN-UORFTKCHSA-N Capecitabine Chemical compound C1=C(F)C(NC(=O)OCCCCC)=NC(=O)N1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O1 GAGWJHPBXLXJQN-UORFTKCHSA-N 0.000 description 1
- GAGWJHPBXLXJQN-UHFFFAOYSA-N Capecitabine Natural products C1=C(F)C(NC(=O)OCCCCC)=NC(=O)N1C1C(O)C(O)C(C)O1 GAGWJHPBXLXJQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N Fluorouracil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000000802 Galectin 3 Human genes 0.000 description 1
- 108010001517 Galectin 3 Proteins 0.000 description 1
- 102000000805 Galectin 4 Human genes 0.000 description 1
- 108010001515 Galectin 4 Proteins 0.000 description 1
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 101001019602 Homo sapiens Interleukin-17 receptor C Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102100035012 Interleukin-17 receptor C Human genes 0.000 description 1
- 101710115530 NF-kappa-B inhibitor zeta Proteins 0.000 description 1
- 108010079855 Peptide Aptamers Proteins 0.000 description 1
- 235000010724 Wisteria floribunda Nutrition 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 229960002833 aflibercept Drugs 0.000 description 1
- 108010081667 aflibercept Proteins 0.000 description 1
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 210000002469 basement membrane Anatomy 0.000 description 1
- 229960000397 bevacizumab Drugs 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 229960004117 capecitabine Drugs 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 229960005395 cetuximab Drugs 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002052 colonoscopy Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000001839 endoscopy Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 description 1
- VVIAGPKUTFNRDU-ABLWVSNPSA-N folinic acid Chemical compound C1NC=2NC(N)=NC(=O)C=2N(C=O)C1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 VVIAGPKUTFNRDU-ABLWVSNPSA-N 0.000 description 1
- 235000008191 folinic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011672 folinic acid Substances 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 239000012737 fresh medium Substances 0.000 description 1
- 210000001703 glandular epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000000833 heterodimer Substances 0.000 description 1
- 230000036737 immune function Effects 0.000 description 1
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 229960004768 irinotecan Drugs 0.000 description 1
- UWKQSNNFCGGAFS-XIFFEERXSA-N irinotecan Chemical compound C1=C2C(CC)=C3CN(C(C4=C([C@@](C(=O)OC4)(O)CC)C=4)=O)C=4C3=NC2=CC=C1OC(=O)N(CC1)CCC1N1CCCCC1 UWKQSNNFCGGAFS-XIFFEERXSA-N 0.000 description 1
- 229960001691 leucovorin Drugs 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 210000004877 mucosa Anatomy 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 108091008104 nucleic acid aptamers Proteins 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- DWAFYCQODLXJNR-BNTLRKBRSA-L oxaliplatin Chemical compound O1C(=O)C(=O)O[Pt]11N[C@@H]2CCCC[C@H]2N1 DWAFYCQODLXJNR-BNTLRKBRSA-L 0.000 description 1
- 229960001756 oxaliplatin Drugs 0.000 description 1
- 229960001972 panitumumab Drugs 0.000 description 1
- 210000004180 plasmocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000034190 positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 229960002633 ramucirumab Drugs 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 239000013076 target substance Substances 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000031998 transcytosis Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
- A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57419—Specifically defined cancers of colon
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Hematology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
本発明は、大腸癌の発癌リスクを検出する方法及びキットに関する。本願は、２０１９年４月１８日に、日本に出願された特願２０１９－０７９５３５号に基づき優先権を主張し、その内容をここに援用する。
潰瘍性大腸炎の患者は発癌リスクが高いことが知られている。しかしながら、潰瘍性大腸炎患者の発癌リスクを検出することができる信頼性の高いマーカーは知られていない。このため、潰瘍性大腸炎を８年以上患っている患者は、１～２年ごとに内視鏡検査を受けることが推奨されている。しかしながら、潰瘍性大腸炎患者の内視鏡検査は高度に熟練した専門医が行う必要があり、患者への身体的負担も少なくない。このため、潰瘍性大腸炎患者の発癌リスクを簡便に検出する技術が求められている。
例えば、特許文献１には、ガレクチン－３及びガレクチン－４が大腸癌マーカーであることが記載されている。
本発明は、大腸癌の発癌リスクを検出する技術を提供することを目的とする。
本発明は以下の態様を含む。
［１］大腸癌の発癌リスクを検出する方法であって、被験者由来の大腸上皮組織試料における、インターロイキン（ＩＬ）－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する工程を含み、前記機能欠失変異が存在することが、前記被験者は大腸癌の発癌リスクが高いことを示す、方法。
［２］ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる前記遺伝子が、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ Ｚｅｔａ（ＮＦＫＢＩＺ）遺伝子、ＴＲＡＦ３ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ ２（ＴＲＡＦ３ＩＰ２）遺伝子、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ １７ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ａ（ＩＬ１７ＲＡ）遺伝子、Ｚｉｎｃ Ｆｉｎｇｅｒ ＣＣＣＨ－Ｔｙｐｅ Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２Ａ（ＺＣ３Ｈ１２Ａ）又はＮｉｔｒｉｃ Ｏｘｉｄｅ Ｓｙｎｔｈａｓｅ ２（ＮＯＳ２）遺伝子である、［１］に記載の方法。
［３］ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する前記工程が、被験者由来の大腸上皮組織試料における、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質又はＮＯＳ２タンパク質の免疫染色により行われ、前記免疫染色の結果、前記大腸上皮組織試料中に、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質又はＮＯＳ２タンパク質の発現が認められない細胞の存在が検出されることが、前記機能欠失変異が存在することを示す、［１］又は［２］に記載の方法。
［４］ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子の機能的欠失変異を検出するためのプローブ、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子を増幅するためのプライマー、又は、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質及びＮＯＳ２タンパク質からなる群より選択される１種又は２種以上のタンパク質に対する特異的結合物質、を含む、大腸癌の発癌リスクを検出するためのキット。
［１］大腸癌の発癌リスクを検出する方法であって、被験者由来の大腸上皮組織試料における、インターロイキン（ＩＬ）－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する工程を含み、前記機能欠失変異が存在することが、前記被験者は大腸癌の発癌リスクが高いことを示す、方法。
［２］ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる前記遺伝子が、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ Ｚｅｔａ（ＮＦＫＢＩＺ）遺伝子、ＴＲＡＦ３ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ ２（ＴＲＡＦ３ＩＰ２）遺伝子、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ １７ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ａ（ＩＬ１７ＲＡ）遺伝子、Ｚｉｎｃ Ｆｉｎｇｅｒ ＣＣＣＨ－Ｔｙｐｅ Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２Ａ（ＺＣ３Ｈ１２Ａ）又はＮｉｔｒｉｃ Ｏｘｉｄｅ Ｓｙｎｔｈａｓｅ ２（ＮＯＳ２）遺伝子である、［１］に記載の方法。
［３］ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する前記工程が、被験者由来の大腸上皮組織試料における、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質又はＮＯＳ２タンパク質の免疫染色により行われ、前記免疫染色の結果、前記大腸上皮組織試料中に、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質又はＮＯＳ２タンパク質の発現が認められない細胞の存在が検出されることが、前記機能欠失変異が存在することを示す、［１］又は［２］に記載の方法。
［４］ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子の機能的欠失変異を検出するためのプローブ、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子を増幅するためのプライマー、又は、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質及びＮＯＳ２タンパク質からなる群より選択される１種又は２種以上のタンパク質に対する特異的結合物質、を含む、大腸癌の発癌リスクを検出するためのキット。
本発明によれば、大腸癌の発癌リスクを検出する技術を提供することができる。
［大腸癌の発癌リスクを検出する方法］
１実施形態において、本発明は、大腸癌の発癌リスクを検出する方法であって、被験者由来の大腸上皮組織試料における、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する工程を含み、前記機能欠失変異が存在することが、前記被験者は大腸癌の発癌リスクが高いことを示す方法を提供する。本実施形態の方法において、被験者は潰瘍性大腸炎患者であることが好ましい。また、大腸上皮組織試料は、炎症を起こした領域の試料であることが好ましい。
１実施形態において、本発明は、大腸癌の発癌リスクを検出する方法であって、被験者由来の大腸上皮組織試料における、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する工程を含み、前記機能欠失変異が存在することが、前記被験者は大腸癌の発癌リスクが高いことを示す方法を提供する。本実施形態の方法において、被験者は潰瘍性大腸炎患者であることが好ましい。また、大腸上皮組織試料は、炎症を起こした領域の試料であることが好ましい。
本実施形態の方法は、大腸癌の発癌リスクを検出するためのデータを収集する方法であるということもできる。すなわち、本実施形態の方法は、大腸癌の発癌リスクを検出するためのデータを収集する方法であって、被験者由来の大腸上皮組織試料における、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する工程を含み、前記機能欠失変異が存在することが、前記被験者は大腸癌の発癌リスクが高いことを示すデータである方法であるということもできる。
実施例において後述するように、発明者らは、潰瘍性大腸炎患者の炎症を起こした領域には、高頻度でＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異が存在することを明らかにした。
更に、発明者らは、大腸上皮組織にＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を有する潰瘍性大腸炎患者は、大腸炎関連腫瘍を伴っている場合が多いことを明らかにした。
したがって、被験者由来の大腸上皮組織における、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異の存在は、前記被験者の大腸癌の発癌リスクが高いことを示す。本明細書において、被験者の発癌リスクが高いとは、被験者が近いうちに大腸炎関連腫瘍を生じる可能性が高いこと、被験者が既に良性又は悪性の腫瘍を有している可能性が高いこと、被験者が既に有している大腸炎関連腫瘍が悪性化する可能性が高いこと等を意味する。
本実施形態の方法において、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子としては、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子、ＮＯＳ２遺伝子等が挙げられる。
ＰＩＧＲ遺伝子のｃＤＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号はＮＭ＿００２６４４．３等である。本明細書ではＰＩＧＲ遺伝子にコードされるタンパク質をＰＩＧＲタンパク質という場合がある。ＰＩＧＲタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号はＮＰ＿００２６３５．２等である。
ＮＦＫＢＩＺ遺伝子のｃＤＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号はＮＭ＿００１００５４７４．２、ＮＭ＿０３１４１９．３等である。本明細書ではＮＦＫＢＩＺ遺伝子にコードされるタンパク質をＮＦＫＢＩＺタンパク質という場合がある。ＮＦＫＢＩＺタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号はＮＰ＿１１３６０７．１、ＮＰ＿００１００５４７４．１等である。
ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子のｃＤＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号はＮＭ＿００１１６４２８１．２、ＮＭ＿００１１６４２８３．２、ＮＭ＿１４７２００．２、ＮＭ＿１４７６８６．３、ＮＭ＿００１１６４２８２．１等である。本明細書ではＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子にコードされるタンパク質をＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質という場合がある。ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号はＮＰ＿６７１７３３．２、ＮＰ＿００１１５７７５３．１、ＮＰ＿６７９２１１．２等である。
ＩＬ１７ＲＡ遺伝子のｃＤＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号はＮＭ＿００１２８９９０５．１、ＮＭ＿０１４３３９．６等である。本明細書ではＩＬ１７ＲＡ遺伝子にコードされるタンパク質をＩＬ１７ＲＡタンパク質という場合がある。ＩＬ１７ＲＡタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号はＮＰ＿００１２７６８３４．１、ＮＰ＿０５５１５４．３等である。
ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子のｃＤＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号はＮＭ＿００１３２３５５０．１、ＮＭ＿００１３２３５５１．１、ＮＭ＿０２５０７９．２等である。本明細書ではＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子にコードされるタンパク質をＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質という場合がある。ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号はＮＰ＿０７９３５５．２、ＮＰ＿００１３１０４８０．１、ＮＰ＿００１３１０４７９．１等である。
ＮＯＳ２遺伝子のｃＤＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号はＮＭ＿０００６２５．４、ＮＭ＿１５３２９２．１等である。本明細書ではＮＯＳ２遺伝子にコードされるタンパク質をＮＯＳ２タンパク質という場合がある。ＮＯＳ２タンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号はＮＰ＿０００６１６．３等である。
ＩＬ－１７（ＩＬ－１７Ａ）の受容体は、ＩＬ１７ＲＡタンパク質とＩＬ１７ＲＣタンパク質のヘテロダイマーからなる。ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質（Ａｃｔ１タンパク質）は、ＩＬ－１７受容体アダプターであり、下流にあるＮＦ－κＢシグナルの活性化に必須である。
ＮＦＫＢＩＺタンパク質（ＩκＢζタンパク質）はＮＦ－κＢシグナルの活性化により活性化され、ポジティブフィードバック制御によりＮＦ－κＢを活性化する。ＩＬ－１７刺激は、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＰＩＧＲタンパク質等の発現を上方制御する。
したがって、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子は、ＰＩＧＲタンパク質の発現に関わる遺伝子であるということもできる。
免疫グロブリンの一種であるＩｇＡは、粘膜下の粘膜固有層に存在する多数の形質細胞から分泌され、粘膜上皮細胞の基底膜側の細胞膜上に発現するＰＩＧＲタンパク質にＪ鎖で結合し、そのままＰＩＧＲタンパク質と共に上皮細胞内に取り込まれる。続いて、取り込まれたＩｇＡ－ＰＩＧＲ複合体は細胞内を横断（トランスサイトーシス）し、粘膜面側でＰＩＧＲタンパク質の一部（Ｓｅｃｒｅｔａｒｙ Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ、ＳＣ）が切断される。その結果、ＩｇＡ－ＳＣタンパク質複合体（分泌型ＩｇＡ）が粘膜面側に放出される。分泌型ＩｇＡは、Ｊ鎖により結合された二量体のＩｇＡにＳＣタンパク質（分泌成分）が更に結合したものであるといえる。
Ｊ鎖はＪｏｉｎｉｎｇ Ｃｈａｉｎ Ｏｆ Ｍｕｌｔｉｍｅｒｉｃ ＩｇＡ Ａｎｄ ＩｇＭ（ＪＣＨＡＩＮ）遺伝子にコードされるタンパク質である。ＪＣＨＡＩＮ遺伝子のｃＤＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号はＮＭ＿１４４６４６．３等である。本明細書ではＪＣＨＡＩＮ遺伝子にコードされるタンパク質をＪＣＨＡＩＮタンパク質、Ｊ鎖等という場合がある。ＪＣＨＡＩＮタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号はＮＰ＿６５３２４７．１等である。
本実施形態の方法では、上述した、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子のいずれか１種について機能欠失変異を検出してもよいし、２種以上について機能欠失変異を検出してもよい。これらの遺伝子に機能欠失変異が存在した場合、被験者は大腸癌の発癌リスクが高いと判断することができる。
また、機能欠失変異は片アレルに存在していてもよいし、両アレルに存在していてもよいが、両アレルに機能欠失変異が存在する場合、片アレルに機能欠失変異を有している場合と比較して、被験者の大腸癌の発癌リスクはより高いと判断することができる。
また、機能欠失変異を有する遺伝子の数が多いほど、被験者の大腸癌の発癌リスクはより高いと判断することができる。
機能欠失変異としては、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる機能的なタンパク質が発現しなくなる変異であれば特に限定されず、例えば、ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異（短縮型変異）が挙げられる。ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異としては、ナンセンス変異、フレームシフト変異、スプライシング部位における変異等が挙げられる。
機能欠失変異を検出する工程は、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子、すなわち、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子、ＮＯＳ２遺伝子等のｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡのシーケンシングにより行ってもよい。あるいは、被験者由来の大腸上皮組織試料における、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質、ＮＯＳ２タンパク質等の免疫染色により行ってもよい。
機能欠失変異を検出する工程を免疫染色により行う場合、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質、ＮＯＳ２タンパク質のうちいずれか１種について免疫染色を行ってもよいし、２種以上について免疫染色を行ってもよい。なかでも、ＰＩＧＲタンパク質又は分泌型ＩｇＡタンパク質の免疫染色が好ましい。
分泌型ＩｇＡタンパク質の免疫染色は、抗ＩｇＡ抗体で染色することにより行ってもよいし、ＰＩＧＲタンパク質の一部であるＳＣタンパク質（分泌成分）に対する抗体（抗ＳＣ抗体）で染色することにより行ってもよいし、ＩｇＡ分子同士を結合して二量体ＩｇＡ分子を形成するＪ鎖に対する抗体（抗Ｊ鎖抗体）で染色することにより行ってもよい。
実施例において後述するように、免疫染色の結果、大腸上皮組織試料中にＰＩＧＲタンパク質又は分泌型ＩｇＡタンパク質の発現が認められない細胞の存在が検出された場合、ＰＩＧＲタンパク質の発現に関わる遺伝子の機能欠失変異が存在すると判断することができる。
より詳細には、免疫染色の結果、ＰＩＧＲタンパク質の発現が消失した腸陰窩が検出された場合、あるいは、細胞質内におけるＩｇＡ（分泌型ＩｇＡ）タンパク質が消失した腸陰窩が検出された場合、ＰＩＧＲタンパク質の発現に関わる遺伝子の機能欠失変異が存在すると判断することができる。
［キット］
１実施形態において、本発明は、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子の機能的欠失変異を検出するためのプローブ、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子を増幅するためのプライマー、又は、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質及びＮＯＳ２タンパク質からなる群より選択される１種又は２種以上のタンパク質に対する特異的結合物質、を含む、大腸癌の発癌リスクを検出するためのキットを提供する。
１実施形態において、本発明は、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子の機能的欠失変異を検出するためのプローブ、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子を増幅するためのプライマー、又は、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質及びＮＯＳ２タンパク質からなる群より選択される１種又は２種以上のタンパク質に対する特異的結合物質、を含む、大腸癌の発癌リスクを検出するためのキットを提供する。
本実施形態のキットを用いることにより、上述した大腸癌の発癌リスクを検出する方法を実施することができる。
本実施形態のキットがプローブを含む場合、プローブとしては、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子又はＮＯＳ２遺伝子のｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズし、シーケンシング又は変異の同定が可能なものであれば特に限定されない。プローブは、担体上に固定されてＤＮＡマイクロアレイを構成していることが好ましい。
プローブにこれらの遺伝子のｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡをハイブリダイズさせ、シーケンシング又は変異の同定を行った結果、これらの遺伝子にＩＬ－１７シグナル伝達に関わる機能的なタンパク質が発現しなくなる変異が存在していた場合、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異が存在すると判断することができる。
本実施形態のキットがプライマーを含む場合、当該プライマーを用いたＰＣＲ反応等により、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、Ｃ３Ｈ１２Ａ遺伝子又はＮＯＳ２遺伝子のｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡを増幅し、続いて、得られた増幅産物の塩基配列をシーケンシングする。
その結果、これらの遺伝子にＩＬ－１７シグナル伝達に関わる機能的なタンパク質が発現しなくなる変異が存在していた場合、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異が存在すると判断することができる。
ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる機能的なタンパク質が発現しなくなる変異としては、例えば、ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異（短縮型変異）が挙げられる。ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異としては、ナンセンス変異、フレームシフト変異、スプライシング部位における変異等が挙げられる。
本実施形態のキットが、ＰＩＧＲタンパク質、分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質又はＮＯＳ２タンパク質に対する特異的結合物質を含む場合、当該特異的結合物質を用いて被験者由来の大腸上皮組織試料を免疫染色する。
その結果、大腸上皮組織試料中に、ＰＩＧＲタンパク質又は分泌型ＩｇＡタンパク質の発現が認められない細胞の存在が検出された場合、ＰＩＧＲタンパク質の発現に関わる遺伝子の機能欠失変異が存在すると判断することができる。
上述したように、分泌型ＩｇＡタンパク質に対する特異的結合物質は、ＩｇＡに対する特異的結合物質であってもよいし、ＳＣタンパク質（分泌成分）に対する特異的結合物質であってもよいし、Ｊ鎖に対する特異的結合物質であってもよい。
特異的結合物質としては、例えば、抗体、抗体断片、アプタマー等が挙げられる。抗体は、マウス等の動物を免疫することによって作製したものであってもよく、ファージライブラリ等の抗体ライブラリのスクリーニングにより作製したものであってもよい。抗体断片としては、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ等が挙げられる。アプタマーとしては、対象物質に対する特異的結合能を有する物質であれば特に限定されず、核酸アプタマー、ペプチドアプタマー等が挙げられる。
［その他の実施形態］
１実施形態において、本発明は、被験者由来の大腸上皮組織試料における、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する工程と、前記機能欠失変異が存在した場合に、前記被験者に潰瘍性大腸炎の治療薬及び／又は抗癌剤を投与する工程と、を含む、大腸癌の治療方法を提供する。
１実施形態において、本発明は、被験者由来の大腸上皮組織試料における、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する工程と、前記機能欠失変異が存在した場合に、前記被験者に潰瘍性大腸炎の治療薬及び／又は抗癌剤を投与する工程と、を含む、大腸癌の治療方法を提供する。
本実施形態において、被験者としては、例えば、潰瘍性大腸炎患者が挙げられる。また、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子、当該遺伝子の機能欠失変異については上述したものと同様である。
また、抗癌剤としては、例えば、オキサリプラチン、イリノテカン、５－フルオロウラシル、カペシタビン等の殺細胞性抗癌剤；ベバシズマブ、ラムシルマブ、アフリベルセプト、セツキシマブ、パニツムマブ等の分子標的抗癌剤等が挙げられるがこれらに限定されない。また、上記殺細胞性抗癌剤と共にロイコボリンを投与してもよい。
次に実施例を示して本発明を更に詳細に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
［実験例１］
（オルガノイドの調製）
実験は慶應義塾大学医学部倫理委員会の承認に基づいて行った（承認番号２０１２００５７、２０１３０５１２、Ｇ３５５３－（７））。インフォームドコンセントを受け、大腸内視鏡検査又は手術を受けた潰瘍性大腸炎患者から、腸組織試料を採取した。
（オルガノイドの調製）
実験は慶應義塾大学医学部倫理委員会の承認に基づいて行った（承認番号２０１２００５７、２０１３０５１２、Ｇ３５５３－（７））。インフォームドコンセントを受け、大腸内視鏡検査又は手術を受けた潰瘍性大腸炎患者から、腸組織試料を採取した。
健常者由来の腸組織試料の場合、腸組織から間質を除去し、上皮組織を約１ｍｍ３の大きさに裁断した。上皮組織の破片は少なくとも５回氷冷したリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で洗浄した。続いて、２．５ｍＭ ＥＤＴＡ中で穏やかに撹拌しながら４℃で１時間処理し、腸陰窩を遊離させた。
続いて、遊離した腸陰窩をマトリゲル（登録商標、ＢＤバイオサイエンス社）に懸濁し、２５μＬずつの液滴として４８ウェルプレートに播種した。マトリゲルがゲル化した後、表１に示す組成の培地を積層した。
潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こしていない領域の試料（以下、「ＵＣｕｎｉｎｆ」という場合がある。）、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こした領域の試料（以下、「ＵＣｉｎｆ」という場合がある。）、及び、潰瘍性大腸炎患者由来の大腸炎関連腫瘍試料（以下、「ＣＡＮ」という場合がある。）の場合、断片化した粘膜組織をリベラーゼ（「リベラーゼＴＨ、研究グレード」、ロシュ社）を用いて３７℃で１時間消化した。続いて、残った断片をＴｒｙｐＬＥ Ｅｘｐｒｅｓｓ（サーモフィッシャーサイエンティフィック社）を用いて３７℃で２０分間消化した。続いて、消化した組織をマトリゲルに埋め込み、上述した培地を積層した。
培地は２日ごとに新しい培地に交換した。また、形成されたオルガノイドはＴｒｙｐＬＥ Ｅｘｐｒｅｓｓを用いて１週間に１回、１：１０の分割比でパッセージした。オルガノイドの樹立後２日間及びパッセージ後２日間は、培地に１０μＭのＹ－２７６３２（富士フィルムワコー純薬）を添加した。
その結果、４５人の潰瘍性大腸炎患者及び１３人の健常者に由来する１２２個の正常オルガノイド株（クローン）を得た。４５人の潰瘍性大腸炎患者のうち２２人は大腸炎関連腫瘍を有していた。そして、対応する正常オルガノイドを有しない５株を含む、１９株の大腸炎関連腫瘍に由来するオルガノイドを得た。
以下、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こしていない領域に由来するオルガノイドを「ＵＣｕｎｉｎｆオルガノイド」という場合がある。また、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こした領域に由来するオルガノイドを「ＵＣｉｎｆオルガノイド」という場合がある。また、健常者に由来するオルガノイドを「ＨＣオルガノイド」という場合がある。また、大腸炎関連腫瘍に由来するオルガノイドを「ＣＡＮオルガノイド」という場合がある。
［実験例２］
（ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異の検討１）
実験例１で樹立した各オルガノイドクローンの全エクソームシーケンシングにより、ＵＣｉｎｆオルガノイドに特異的な遺伝子変異が蓄積しているか否かを検討した。機能欠失変異の原因となる可能性がある、ナンセンス変異、フレームシフト変異、スプライシング部位における変異を含むｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異（短縮型変異）に着目した。
（ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異の検討１）
実験例１で樹立した各オルガノイドクローンの全エクソームシーケンシングにより、ＵＣｉｎｆオルガノイドに特異的な遺伝子変異が蓄積しているか否かを検討した。機能欠失変異の原因となる可能性がある、ナンセンス変異、フレームシフト変異、スプライシング部位における変異を含むｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異（短縮型変異）に着目した。
図１は解析結果を示す図である。図１中、横軸は各オルガノイドクローンのクローン名を示す。また、「ＵＣｉｎｆ」はＵＣｉｎｆオルガノイドであることを示し、「ＵＣｕｎｉｎｆ」はＵＣｕｎｉｎｆオルガノイドであることを示し、「ＨＣ」はＨＣオルガノイドであることを示す。また、「ＣＡＮ」において、黒四角は潰瘍性大腸炎患者が大腸炎関連腫瘍を有していることを示す。また、「Ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ」はｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異を示す。
また、「ＮＦＫＢＩＺ」はＮＦＫＢＩＺ遺伝子を示し、「ＰＩＧＲ」はＰＩＧＲ遺伝子を示し、「ＴＲＡＦ３ＩＰ２」はＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子を示し、「ＴＰ５３」はＴＰ５３遺伝子を示し、「ＡＲＩＤ１Ａ」はＡＲＩＤ１Ａ遺伝子を示す。
また、黒四角はヘテロ接合性消失変異（ｌｏｓｓ－ｏｆ－ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｕｓｉｔｙ、ＬＯＨ）を有していることを示し、黒三角は片アレルにｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異を有していることを示し、白斜線の入った黒四角は両アレルにｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異を有していることを示し、「Ｈｏｔｓｐｏｔ ａｍｉｎｏ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ」はホットスポットにアミノ酸置換変異を有していることを示す。
その結果、ＵＣｉｎｆオルガノイドでは、粘膜における免疫機能に関与するＮＦＫＢＩＺ遺伝子及びＰＩＧＲ遺伝子にｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が繰り返し生じていることが明らかとなった。
更に、５株のＵＣｉｎｆオルガノイドが、両アレルに、互いに変異パターンが異なるＮＦＫＢＩＺ遺伝子又はＰＩＧＲ遺伝子のｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異を有していた。この結果は、潰瘍性大腸炎の炎症環境下において特異的な選択が行われていることを示す。
また、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子及びＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子におけるｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異は、２株のＵＣｉｎｆオルガノイドにおいてヘテロ接合性消失変異（ＬＯＨ）を伴っていることが明らかとなった。
ＨＣオルガノイドではヘテロ接合性消失変異（ＬＯＨ）は稀であったのに対し、全エクソームシーケンシングデータの１塩基多型解析の結果、２９株のＵＣｉｎｆオルガノイドのうちの７株においてヘテロ接合性消失変異（ＬＯＨ）変異が検出された（データは示さず）。この結果は、潰瘍性大腸炎の炎症環境下において特異的な選択が行われていることを更に支持するものである。
図２は、ＵＣｉｎｆオルガノイドの例数を増やして解析した結果を示す図である。図２中、横軸は各オルガノイドクローンのクローン名を示す。また、「ＵＣｉｎｆ」はＵＣｉｎｆオルガノイドであることを示す。また、「ＰＩＧＲ」はＰＩＧＲ遺伝子を示し、「ＮＦＫＢＩＺ」はＮＦＫＢＩＺ遺伝子を示し、「ＩＬ１７ＲＡ」はＩＬ１７ＲＡ遺伝子を示し、「ＴＲＡＦ３ＩＰ２」はＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子を示し、「ＺＣ３Ｈ１２Ａ」はＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子を示し、「ＮＯＳ２」はＮＯＳ２遺伝子を示す。また、「ＣＡＮ」において、黒四角は潰瘍性大腸炎患者が大腸炎関連腫瘍を有していることを示す。
また、四角はｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が存在していたことを示し、四角の濃さは各遺伝子に存在していた異なる変異体の数に対応する。また、「ＶＡＦ」はＶａｒｉａｎｔ ａｌｌｅｌｅ ｆｒａｃｔｉｏｎを示し、各ドットは全リードに対する変異したアレルのリードの割合を示す。
その結果、ＰＩＧＲ遺伝子及びＮＦＫＢＩＺ遺伝子にｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が頻繁に生じていることが確認された。また、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子、ＮＯＳ２遺伝子にものｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が見出された。この結果は、ＵＣｉｎｆオルガノイドにおいてＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子にｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が蓄積することを更に支持するものである。
［実験例３］
（ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異の検討２）
実験例２ではオルガノイドクローンを用いてｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異の蓄積を検討した。本実験例では、４パッセージ以下の培養しか行っていないポリクローナルなＵＣｉｎｆオルガノイド、ＵＣｕｎｉｎｆオルガノイド及びＨＣオルガノイドからゲノムＤＮＡを抽出し、標的遺伝子をシーケンシングすることにより、ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異の蓄積を検討した。標的遺伝子としては、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子及び散発性大腸癌のドライバー遺伝子を含む３７遺伝子を検討した。
（ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異の検討２）
実験例２ではオルガノイドクローンを用いてｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異の蓄積を検討した。本実験例では、４パッセージ以下の培養しか行っていないポリクローナルなＵＣｉｎｆオルガノイド、ＵＣｕｎｉｎｆオルガノイド及びＨＣオルガノイドからゲノムＤＮＡを抽出し、標的遺伝子をシーケンシングすることにより、ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異の蓄積を検討した。標的遺伝子としては、ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子及び散発性大腸癌のドライバー遺伝子を含む３７遺伝子を検討した。
図３は解析結果を示す図である。図３中、横軸はそれぞれ独立して行った実験結果を示す。また、「ＵＣｉｎｆ」はＵＣｉｎｆオルガノイドであることを示し、「ＵＣｕｎｉｎｆ」はＵＣｕｎｉｎｆオルガノイドであることを示し、「ＨＣ」はＨＣオルガノイドであることを示す。
また、「ＰＩＧＲ」はＰＩＧＲ遺伝子を示し、「ＮＦＫＢＩＺ」はＮＦＫＢＩＺ遺伝子を示し、「ＡＲＩＤ１Ａ」はＡＲＩＤ１Ａ遺伝子を示し、「ＩＬ１７ＲＡ」はＩＬ１７ＲＡ遺伝子を示し、「ＴＲＡＦ３ＩＰ２」はＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子を示し、「ＺＣ３Ｈ１２Ａ」はＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子を示す。
また、四角はｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が存在していたことを示し、四角の濃さは各遺伝子に存在していた異なる変異体の数に対応する。また、「ＶＡＦ」はＶａｒｉａｎｔ ａｌｌｅｌｅ ｆｒａｃｔｉｏｎを示し、各ドットは全リードに対する変異したアレルのリードの割合を示す。
その結果、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子及びＰＩＧＲ遺伝子にｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が頻繁に生じていることが確認された。また、４つのＵＣｉｎｆオルガノイドにおいて実験例２では検出されなかった、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子のｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が見出された。この結果は、ＵＣｉｎｆオルガノイドにおいてＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子にｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が蓄積することを更に支持するものである。
［実験例４］
（ＰＩＧＲタンパク質の免疫染色１）
実験例２及び３において、ＵＣｉｎｆオルガノイドにはＰＩＧＲ遺伝子のｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が高い頻度で生じていることが明らかとなった。本実験例では、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こした領域の大腸上皮組織試料の薄切切片を免疫染色し、ＰＩＧＲタンパク質の発現を検討した。
（ＰＩＧＲタンパク質の免疫染色１）
実験例２及び３において、ＵＣｉｎｆオルガノイドにはＰＩＧＲ遺伝子のｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異が高い頻度で生じていることが明らかとなった。本実験例では、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こした領域の大腸上皮組織試料の薄切切片を免疫染色し、ＰＩＧＲタンパク質の発現を検討した。
また、比較のために、健常者由来の大腸上皮組織試料の薄切切片を免疫染色し、ＰＩＧＲタンパク質の発現を検討した。また、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こしていない領域の大腸上皮組織試料についても同様の検討を行った。
また、場合により、分泌型ＩｇＡタンパク質、サイトケラチン２０（ＣＫ２０）タンパク質の免疫染色も行った。なお、ＣＫ２０は腺上皮細胞のマーカーであり、免疫染色の際に試料のタンパク抗原の保持を確認するために染色した。ＰＩＧＲタンパク質の染色には抗ＰＩＧＲ抗体（カタログ番号「ＨＰＡ０１２０１２」、シグマ－アルドリッチ社）を使用した。分泌型ＩｇＡタンパク質の染色には抗ＳＣ抗体（カタログ番号「ａｂ３９２４」、アブカム社）を使用した。ＣＫ２０タンパク質の染色には抗ＣＫ２０抗体（カタログ番号「Ｍ７０１９」、ダコ社）を使用した。
図４（ａ）～（ｃ）は潰瘍性大腸炎患者由来の大腸上皮組織試料の免疫染色の結果を示す代表的な顕微鏡写真である。図４（ａ）はＰＩＧＲタンパク質を検出した結果であり、図４（ｂ）は分泌型ＩｇＡタンパク質を検出した結果であり、図４（ｃ）はＣＫ２０タンパク質を検出した結果である。
図４（ａ）～（ｃ）中、上部は低倍率の顕微鏡写真を示し、下部は低倍率の顕微鏡写真における四角で囲んだ領域を拡大した高倍率の顕微鏡写真を示す。低倍率の顕微鏡写真のスケールバーは５００μｍであり、高倍率の顕微鏡写真のスケールバーは１００μｍである。
また、図４（ｄ）は健常者由来の大腸上皮組織試料の大腸上皮組織試料の免疫染色により、ＰＩＧＲタンパク質の発現を検出した結果を示す代表的な顕微鏡写真である。図４（ｄ）中、上部は低倍率の顕微鏡写真を示し、下部は低倍率の顕微鏡写真における四角で囲んだ領域を拡大した高倍率の顕微鏡写真を示す。
その結果、図４（ａ）に示すように、健常者由来の大腸上皮組織試料、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こしていない領域の大腸上皮組織では、ＰＩＧＲタンパク質が遍在していたのに対し、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こした領域の大腸上皮組織では、ＰＩＧＲタンパク質の発現が消失した腸陰窩のクラスターが観察された。この結果は、ＰＩＧＲ遺伝子におけるｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異によるものであると考えられた。
更に、図４（ｂ）に示すように、ＰＩＧＲタンパク質の発現が消失した腸陰窩では、細胞質における分泌型ＩｇＡタンパク質の存在も消失していた。この結果は、潰瘍性大腸炎患者由来の炎症を起こした領域ではＰＩＧＲ遺伝子に機能欠失変異が生じたことを更に支持するものである。
［実験例５］
（ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異の検討３）
実験例１で樹立した大腸炎関連腫瘍に由来するオルガノイド（以下、「ＣＡＮオルガノイド」という場合がある。）クローンの全エクソームシーケンシングにより、実験例２で検討したＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＰＩＧＲ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＴＰ５３遺伝子及びＡＲＩＤ１Ａ遺伝子に特異的な遺伝子変異が蓄積しているか否かを検討した。
（ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異の検討３）
実験例１で樹立した大腸炎関連腫瘍に由来するオルガノイド（以下、「ＣＡＮオルガノイド」という場合がある。）クローンの全エクソームシーケンシングにより、実験例２で検討したＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＰＩＧＲ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＴＰ５３遺伝子及びＡＲＩＤ１Ａ遺伝子に特異的な遺伝子変異が蓄積しているか否かを検討した。
図５は解析結果を示す図である。図５中、横軸は各オルガノイドクローンを示す。また、「ＣＡＮ」はＣＡＮオルガノイドであることを示す。また、「ＮＦＫＢＩＺ」はＮＦＫＢＩＺ遺伝子を示し、「ＰＩＧＲ」はＰＩＧＲ遺伝子を示し、「ＴＲＡＦ３ＩＰ２」はＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子を示し、「ＴＰ５３」はＴＰ５３遺伝子を示し、「ＡＲＩＤ１Ａ」はＡＲＩＤ１Ａ遺伝子を示す。
また、黒三角は片アレルにｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異を有していることを示し、白斜線の入った黒四角は両アレルにｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異を有していることを示し、灰色の三角は片アレルにミスセンス変異を有していることを示し、白斜線の入った灰色の四角は両アレルにミスセンス変異を有していることを示す。
その結果、ＣＡＮオルガノイドでは、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子及びＰＩＧＲ遺伝子のｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異は稀であり、変異を有していてもヘテロ接合性であることが明らかとなった。この結果は、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子及びＰＩＧＲ遺伝子のｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ変異は、大腸炎に関連した発癌には直接的には寄与しないことを示唆するものである。
本発明によれば、大腸癌の発癌リスクを検出する技術を提供することができる。
Claims (3)
- 炎症性腸疾患患者の炎症領域が大腸癌を発癌するリスクを検出する方法であって、
前記患者由来の大腸の炎症領域の上皮組織試料における、インターロイキン（ＩＬ）－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する工程を含み、
前記機能欠失変異が存在することが、前記患者は大腸癌の発癌リスクが高いことを示し、
ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる前記遺伝子が、ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ Ｚｅｔａ（ＮＦＫＢＩＺ）遺伝子、ＴＲＡＦ３ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎ ２（ＴＲＡＦ３ＩＰ２）遺伝子、Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ １７ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ａ（ＩＬ１７ＲＡ）遺伝子、Ｚｉｎｃ Ｆｉｎｇｅｒ ＣＣＣＨ－Ｔｙｐｅ Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２Ａ（ＺＣ３Ｈ１２Ａ）遺伝子、Ｎｉｔｒｉｃ Ｏｘｉｄｅ Ｓｙｎｔｈａｓｅ ２（ＮＯＳ２）遺伝子から選択される少なくとも一つである、方法。 - ＩＬ－１７シグナル伝達に関わる遺伝子の機能欠失変異を検出する前記工程が、前記患者由来の大腸の炎症領域の上皮組織試料における、ＰＩＧＲタンパク質若しくはＰＩＧＲタンパク質の機能を反映する上皮細胞の細胞質における分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質又はＮＯＳ２タンパク質の免疫染色により行われ、
前記免疫染色の結果、前記上皮組織試料中に、ＰＩＧＲタンパク質若しくはＰＩＧＲタンパク質の機能を反映する上皮細胞の細胞質における分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質又はＮＯＳ２タンパク質の発現が認められない細胞の存在が検出されることが、前記機能欠失変異が存在することを示す、請求項１に記載の方法。 - ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子の機能的欠失変異を検出するためのプローブ、
ＰＩＧＲ遺伝子、ＮＦＫＢＩＺ遺伝子、ＴＲＡＦ３ＩＰ２遺伝子、ＩＬ１７ＲＡ遺伝子、ＺＣ３Ｈ１２Ａ遺伝子及びＮＯＳ２遺伝子からなる群より選択される１種又は２種以上の遺伝子を増幅するためのプライマー、又は、
ＰＩＧＲタンパク質又はＰＩＧＲタンパク質の機能を反映する上皮細胞の細胞質における分泌型ＩｇＡタンパク質、ＮＦＫＢＩＺタンパク質、ＴＲＡＦ３ＩＰ２タンパク質、ＩＬ１７ＲＡタンパク質、ＺＣ３Ｈ１２Ａタンパク質及びＮＯＳ２タンパク質からなる群より選択される１種又は２種以上のタンパク質に対する特異的結合物質、
を含む、炎症性腸疾患患者の炎症領域が大腸癌を発癌するリスクを検出するためのキット。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2019079535 | 2019-04-18 | ||
| JP2019079535 | 2019-04-18 | ||
| PCT/JP2020/012468 WO2020213344A1 (ja) | 2019-04-18 | 2020-03-19 | 大腸癌の発癌リスクを検出する方法及びキット |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPWO2020213344A1 JPWO2020213344A1 (ja) | 2020-10-22 |
| JPWO2020213344A5 JPWO2020213344A5 (ja) | 2023-03-28 |
| JP7423083B2 true JP7423083B2 (ja) | 2024-01-29 |
Family
ID=72837241
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2021514840A Active JP7423083B2 (ja) | 2019-04-18 | 2020-03-19 | 大腸癌の発癌リスクを検出する方法及びキット |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20220195534A1 (ja) |
| EP (1) | EP3957732A4 (ja) |
| JP (1) | JP7423083B2 (ja) |
| CN (1) | CN113710800A (ja) |
| WO (1) | WO2020213344A1 (ja) |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2004198419A (ja) | 2002-12-13 | 2004-07-15 | Bayer Healthcare Llc | Ｔｉｍｐ１を用いた検出方法 |
| JP2011033495A (ja) | 2009-08-03 | 2011-02-17 | Koto Biseibutsu Kenkyusho:Kk | 予後予測のための大腸癌組織の検査方法 |
| US20190078092A1 (en) | 2014-07-30 | 2019-03-14 | The Administrators Of The Tulane Educational Fund | Preventing tumor development and metastasis |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20130065258A1 (en) | 2010-05-25 | 2013-03-14 | Makoto Watanabe | Colorectal cancer marker galectin, method for analyzing galectin concentration in blood sample, and kit for detecting colorectal cancer marker galectin |
| CN105755152A (zh) * | 2016-05-09 | 2016-07-13 | 厦门稀土材料研究所 | Jam3基因在制备结直肠癌诊断试剂盒中的应用及试剂盒 |
| US10711312B2 (en) * | 2016-07-12 | 2020-07-14 | The Regents Of The University Of California | Methods for immunotherapy-based treatment and assessment of cancer |
| CN107385091B (zh) * | 2017-09-07 | 2021-02-12 | 暨南大学 | Cdc42bpa作为结直肠癌转移诊断与预测预后的生物标志物 |
| KR20190044878A (ko) | 2017-10-23 | 2019-05-02 | 삼성전자주식회사 | 뉴럴 네트워크에서 파라미터를 처리하는 방법 및 장치 |
-
2020
- 2020-03-19 CN CN202080028675.0A patent/CN113710800A/zh active Pending
- 2020-03-19 JP JP2021514840A patent/JP7423083B2/ja active Active
- 2020-03-19 EP EP20791329.4A patent/EP3957732A4/en active Pending
- 2020-03-19 WO PCT/JP2020/012468 patent/WO2020213344A1/ja active Application Filing
- 2020-03-19 US US17/603,808 patent/US20220195534A1/en active Pending
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2004198419A (ja) | 2002-12-13 | 2004-07-15 | Bayer Healthcare Llc | Ｔｉｍｐ１を用いた検出方法 |
| JP2011033495A (ja) | 2009-08-03 | 2011-02-17 | Koto Biseibutsu Kenkyusho:Kk | 予後予測のための大腸癌組織の検査方法 |
| US20190078092A1 (en) | 2014-07-30 | 2019-03-14 | The Administrators Of The Tulane Educational Fund | Preventing tumor development and metastasis |
Non-Patent Citations (8)
| Title |
|---|
| ALMEIDA DE OLIVEIRA G. et al.，Inducible Nitric Oxide Synthase in the Carcinogenesis of Gastrointestinal Cancers，ANTIOXIDANTS & REDOX SIGNALING，2017年11月18日，Vol.26, No.18，p.1059-1077 |
| Amatya N. et al.，IL-17 Signaling: The Yin and the Yang，Trends Immunol，2017年，Vol. 38，pp. 310-322 |
| Esteban-Jurado C. et al.，Whole-exome sequencing identifies rare pathogenic variants in new predisposition genes for familial colorectal cancer，Genet Med，Vol. 17，2015年，pp. 131-42 |
| Hao XP. et al.，Inducible nitric oxide synthase (iNOS) is expressed similarly in multiple aberrant crypt foci and colorectal tumors from the same patients，Cancer Res，2001年，Vol. 61，pp. 419-22 |
| Nanki K. et al.，Somatic inflammatory gene mutations in human ulcerative colitis epithelium，Nature，2019年12月18日，Vol. 577，pp. 254-259 |
| Traicoff JL. et al.，Templeton DJ, Casey G, Kaetzel CS. Characterization of the human polymeric immunoglobulin receptor (PIGR) 3'UTR and differential expression of PIGR mRNA during colon tumorigenesis，J Biomed Sci，2003年，Vol. 10，pp. 792-804 |
| YAN C. et al.，IL-17R deletion predicts high-grade colorectal cancer and poor clinical outcomes，Int. J. Cancer，2019年01月10日，Vol.145，p.548-558 |
| 鈴木 貴夫，大腸がんの発生メカニズムの解明と分子標的治療薬の臨床応用，仙台医療センター医学雑誌，2015年，Vol. ５，pp. 13-21 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN113710800A (zh) | 2021-11-26 |
| JPWO2020213344A1 (ja) | 2020-10-22 |
| EP3957732A4 (en) | 2023-01-18 |
| WO2020213344A1 (ja) | 2020-10-22 |
| EP3957732A1 (en) | 2022-02-23 |
| US20220195534A1 (en) | 2022-06-23 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6196338B2 (ja) | 診断および治療のための腫瘍関連抗原の同定 | |
| JP6285472B2 (ja) | 診断及び治療のための腫瘍関連マーカーの同定 | |
| Wendt et al. | Silencing of epithelial CXCL12 expression by DNA hypermethylation promotes colonic carcinoma metastasis | |
| EP3695408A1 (en) | Methods and compositions for detecting and modulating an immunotherapy resistance gene signature in cancer | |
| WO2018183921A1 (en) | Methods and compositions for detecting and modulating an immunotherapy resistance gene signature in cancer | |
| CN113694193A (zh) | 检查点阻断和微卫星不稳定性 | |
| JP2019516393A (ja) | オリゴヌクレオチドプローブおよびその使用 | |
| JP2019509282A (ja) | 癌の治療方法 | |
| KR20190027832A (ko) | 향상된 효능을 갖는 치료를 위한 질병-특이적 표적으로서 네오에피토프의 선택 | |
| JP2020530978A (ja) | Ｈｌａ−ｇ転写物およびアイソフォームおよびそれらの使用 | |
| US20110236396A1 (en) | Methods and compositions for diagnosing and treating a colorectal adenocarcinoma | |
| JP7423083B2 (ja) | 大腸癌の発癌リスクを検出する方法及びキット | |
| US20220363767A1 (en) | Hla-h, hla-j, hla-l, hla-v and hla-y as therapeutic and diagnostic targets | |
| Klag et al. | Human endogenous retroviruses: residues of ancient times are differentially expressed in Crohn’s disease | |
| EP1960544B1 (de) | Molekulare marker für eine tumordiagnose und -therapie | |
| KR20210134551A (ko) | 유두형 신장암의 재발 및 예후 예측용 바이오 마커 및 이의 용도 | |
| US10815533B2 (en) | Biomarker for diagnosing anticancer drug resistance of gastric cancer and use thereof | |
| WO2013142982A1 (en) | Colca1 and colca2 and their use for the treatment and risk assessment of colon cancer | |
| EP4202038A1 (en) | Pericytes for use as a medicament | |
| WO2022187660A1 (en) | Compositions for and methods of preventing metastases | |
| WO2024015702A1 (en) | Personalized longitudinal analysis of circulating material to monitor and adapt neoantigen cancer vaccines | |
| WO2021041669A1 (en) | Immune signatures predictive of response to pd-1 blockade in richter's transformation | |
| WO2022218999A1 (en) | Folr2+ macrophages and anti-tumor immunity | |
| WO1997018331A1 (en) | Tumor suppressor |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| RD01 | Notification of change of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7426 Effective date: 20211029 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20211029 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230316 |
|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20230316 |
|
| A871 | Explanation of circumstances concerning accelerated examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A871 Effective date: 20230316 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230606 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230804 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230905 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231101 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20231101 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20231219 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20240110 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7423083 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |