JP7274223B2 - マイクロサテライト不安定性(msi)癌の予防及び治療のための共通腫瘍ネオアンチゲンをベースとした万能ワクチン - Google Patents
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Description
(i)
a)概して、選択腫瘍型において閾値を超えて発現される遺伝子からのフレームシフトペプチドの選択、
b)健常被験体の組織では存在しない又は極めて稀なフレームシフトペプチドの選択、
c)正常ヒトタンパク質中の8アミノ酸以上の長さを有するセグメントと同一のセグメントのフレームシフトペプチドからの除外、及び、
c)多数の癌サンプルの使用、
等の様々な安全対策。
(ii)最小の推定CD8+T細胞エピトープ(8量体)よりも長さが短いフレームシフトペプチドの組入れ。これは、少なくとも8アミノ酸のペプチドを生成する、最大4つの野生型アミノ酸の付加によって達成される。
(iii)個々の癌サンプル(癌サンプルがワクチンの標的とされる集団である)が各々、ワクチンによってコードされるフレームシフトペプチドの一部分を含有し、この部分で表されるフレームシフトペプチドの全長が少なくとも400アミノ酸となるような、ワクチンに含まれるフレームシフトペプチドの最適なコレクションの選択。ウイルス抗原を標的とするワクチンの臨床試験から、概して、フレームシフトペプチドと同様に400アミノ酸のウイルス抗原、すなわち非自己抗原が各患者において少なくとも1回の免疫原性T細胞応答を生じるのに必要とされることが示された。各癌サンプルについてカバーされるフレームシフトペプチドの部分は異なるが(すなわち、各癌サンプルはフレームシフト突然変異の異なるサブセットを含有し、結果として、最適なコレクションからのフレームシフトペプチドの異なるサブセットが存在する)、最適なコレクションは、各腫瘍サンプル中のカバーされるフレームシフトペプチドの画分が少なくとも400アミノ酸の全長を有するように選択される。このため、この400アミノ酸の法則を開示の選択方法に組み込むことで、ワクチン標的集団の腫瘍中に存在するFSPに対するT細胞の誘導が確実になる。
(i)各々がフレームシフト突然変異(FSM)を含む核酸のコレクション(CFSM)を選択する工程であって、各FSMが各々異なる患者の少なくともM個の癌サンプル(CS)の1つ以上に存在し、前記患者の癌がMSI表現型を有する癌細胞を含み、
選択されるFSMの少なくとも50%が基準(a)、(b)、(c)及び/又は(d):
(a)前記FSMが6ヌクレオチド以上の長さを有するコード遺伝子のモノヌクレオチド反復(MNR)中に存在する;
(b)前記FSMが1ヌクレオチドの欠失に相当する;
(c)前記FSMを含むDNAシークエンシングリードの数が適合正常サンプルと比較して腫瘍サンプル中で有意に高い(0.05以下のFDR補正フィッシャー検定p値);
(d)前記FSMが25%未満の対立遺伝子頻度で適合正常サンプル中に存在する;
を満たす、工程と、
(ii)X個の異なるフレームシフトペプチド(FSP)を選択する工程であって、選択される各FSPが、FSMを有しない対応する野生型(wt)核酸の翻訳産物と比べて異なる最初のアミノ酸をコードするコドンから始まる少なくとも4アミノ酸長のCFSMのFSMを含む核酸のタンパク質コードセグメントの完全な翻訳産物であり、
Xが少なくとも20、より好ましくは少なくとも35であり、Mが少なくとも5である、工程と、を含む、方法に関する。
(a)少なくともY個のFSP又はその少なくとも8アミノ酸長のフラグメントを、本発明の第1の態様に従って選択されるCFSPから選択する工程と、
(b)以下の基準:
(i)前記FSPが4アミノ酸~9アミノ酸の長さを有する、及び/又は;
(ii)前記FSPが、同じFSMによってコードされる2つ以上のFSP中に存在する8アミノ酸以上の1つ以上の同一の連続ストレッチを含有する、及び/又は;
(iii)前記FSPが、wtヒトタンパク質中にも存在する8アミノ酸以上の1つ以上の連続ストレッチを含有する;
を満たすFSPの1つ以上又は全てのアミノ酸配列を修飾する工程であって、
(i)に従うFSPのアミノ酸配列が、該FSPのすぐ上流に存在する野生型(wt)アミノ酸配列の1個~4個のアミノ酸を該FSPのN末端に付加することによって修飾され、修飾FSP(mFSP)が少なくとも8アミノ酸の長さを有し、(ii)に従うFSPのアミノ酸配列が、最長のFSPを除く全てからこれらの連続ストレッチを除去することによって修飾されるが、但し、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有するFSPは、前記CVPから除外され、及び/又は(iii)に従うFSPのアミノ酸配列が、これらのストレッチを除去することによって修飾され、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有する修飾FSPが前記CVPから除外される、工程と、
を含み、前記CVPのアミノ酸配列が、工程(a)において選択され、及び/又は工程(b)において修飾される前記FSP又はそのフラグメントのアミノ酸配列を含み、
Yが少なくとも20、より好ましくは少なくとも35である、方法に関する。
(i)本発明の第2の態様の方法において決定されるアミノ酸又は核酸の配列情報を得る工程と、
(ii)1つ以上のポリペプチド中のCVPのアミノ酸配列又は前記配列を有する核酸のコレクションを合成すると共に、任意に前記核酸のコレクションを1つ以上の発現カセット及び/又は発現ベクターのコレクションに挿入する工程と、
を含む、方法に関する。
(a)前記FSPが、CS中に存在する癌型の少なくとも1つについて少なくとも5%であるM個の異なるCSのコレクションの一部である特定の型の癌のCSのサブセットについて観察される癌型特異的頻度(CF)で観察されるFSMによってコードされる、及び/又は;
(b)前記FSPをコードする前記FSMを有する遺伝子の平均mRNA発現レベルが、前記CS全体の各タンパク質コード遺伝子の平均mRNA発現値を表す分布の上位80パーセンタイル内にある、及び/又は;
(c)前記FSPを生じる前記FSMが、癌を有しない被験体のコホートにおいて正常組織の2%未満で観察される;
の1つ以上を満たし、
以下の基準:
(i)FSPが4アミノ酸~9アミノ酸の長さを有する、及び/又は;
(ii)前記FSPが、同じFSMによってコードされる2つ以上のFSP中に存在する8アミノ酸以上の1つ以上の同一の連続ストレッチを含有する、及び/又は;
(iii)前記FSPが、wtヒトタンパク質中にも存在する8アミノ酸以上の1つ以上の連続ストレッチを含有する;
を満たすこれらのFSPの1つ以上又は全てのアミノ酸配列が、(i)に従うFSPについては、該FSPのすぐ上流に存在する野生型(wt)アミノ酸配列の1個~4個のアミノ酸を該FSPのN末端に付加することによって修飾され、修飾FSP(mFSP)が少なくとも8アミノ酸の長さを有し、(ii)に従うFSPについては、最長のFSPを除く全てからこれらの連続ストレッチを除去することによって修飾されるが、但し、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有するFSPは、該CVPから除外され、及び/又は(iii)に従うFSPについては、これらのストレッチを除去することによって修飾され、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有する修飾FSPが該CVPから除外され、
Yが少なくとも20、より好ましくは少なくとも35であり、Mが少なくとも5である、CVP。
以下で、本明細書で頻繁に使用される用語の幾つかの定義を示す。これらの用語は、それらがそれぞれ使用される場合に、本明細書の残りの部分では、それぞれ定義される意味及び好ましい意味を有することとなる。
第1の態様では、本発明は、遺伝性及び散発性のMSI癌を含む癌を有するか、又はかかる癌を発症するリスクがある患者の予防法又は治療のための万能マイクロサテライト不安定性(MSI)癌ワクチンペプチドコレクション(CVP)を作製するためにフレームシフトペプチドのコレクション(CFSP)を選択する方法であって、
(i)各々がフレームシフト突然変異(FSM)を含む核酸のコレクション(CFSM)を選択する工程であって、各FSMが各々異なる患者の少なくともM個の癌サンプル(CS)の1つ以上に存在し、患者の癌がMSI表現型を有する癌細胞を含み、
選択されるFSMの少なくとも50%が基準(a)、(b)、(c)及び/又は(d):
(a)FSMが6ヌクレオチド以上の長さを有するコード遺伝子のモノヌクレオチド反復(MNR)中に存在する;
(b)FSMが1ヌクレオチドの欠失に相当する;
(c)FSMを含むDNAシークエンシングリードの数が適合正常サンプルと比較して腫瘍サンプル中で有意に高い(0.05以下のFDR補正フィッシャー検定p値);
(d)FSMが25%未満の対立遺伝子頻度で適合正常サンプル中に存在する;
を満たす、工程と、
(ii)X個の異なるフレームシフトペプチド(FSP)を選択する工程であって、選択される各FSPが、FSMを有しない対応する野生型(wt)核酸の翻訳産物と比べて異なる最初のアミノ酸をコードするコドンから始まる少なくとも4アミノ酸長のCFSMのFSMを含む核酸のタンパク質コードセグメントの完全な翻訳産物であり、
Xが少なくとも20、より好ましくは少なくとも35であり、Mが少なくとも5である、工程と、
を含む、方法に関する。
(a)FSPが、CS中に存在する癌型の少なくとも1つについて少なくとも5%であるM個の異なるCSのコレクションの一部である特定の型の癌のCSのサブセットについて観察される癌型特異的頻度(CF)で観察されるFSMによってコードされる、及び/又は;
(b)FSPをコードするFSMを有する遺伝子の平均mRNA発現レベルが、CS全体の各タンパク質コード遺伝子の平均mRNA発現値を表す分布の上位80パーセンタイル内にある、及び/又は;
(c)FSPを生じるFSMが、癌を有しない被験体のコホートにおいて正常組織の2%未満で観察される;
の1つ以上を用いてCFSPに含まれるFSPを選択することを更に想定する。
(i)CSがMSI腫瘍、好ましくは大腸癌及び/又は胃癌及び/又は子宮内膜癌、より好ましくは大腸癌、胃癌及び子宮内膜癌を有する患者に由来し、及び/又は、
(ii)Mが少なくとも30、好ましくは少なくとも50、より好ましくは少なくとも100、より好ましくは少なくとも200、最も好ましくは少なくとも300であり、及び/又は、
(iii)Xが少なくとも50、好ましくは少なくとも100、より好ましくは少なくとも200、より好ましくは少なくとも300である。
(a)少なくともY個のFSP又はその抗原フラグメントを、本発明の第1の態様に従って選択されるCFSPから選択する工程と、
(b)以下の基準:
(i)前記FSPが4アミノ酸~9アミノ酸の長さを有する、及び/又は;
(ii)前記FSPが、同じFSMによってコードされる2つ以上のFSP中に存在する8アミノ酸以上の1つ以上の同一の連続ストレッチを含有する、及び/又は;
(iii)前記FSPが、wtヒトタンパク質中にも存在する8アミノ酸以上の1つ以上の連続ストレッチを含有する;
を満たすFSPの1つ以上又は全てのアミノ酸配列を修飾する工程であって、
(i)に従うFSPのアミノ酸配列が、該FSPのすぐ上流に存在する野生型(wt)アミノ酸配列の1個、2個、3個、又は4個の間、好ましくは4個のアミノ酸を該FSPのN末端に付加することによって修飾され、修飾FSP(mFSP)が少なくとも8アミノ酸の長さを有し、(ii)に従うFSPのアミノ酸配列が、最長のFSPを除く全てからこれらの連続ストレッチを除去することによって修飾されるが、但し、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有するFSPは、前記CVPから除外され、及び/又は(iii)に従うFSPのアミノ酸配列が、これらのストレッチを除去することによって修飾され、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有する修飾FSPが前記CVPから除外される、工程と、
を含み、前記CVPのアミノ酸配列が、工程(a)において選択され、及び/又は工程(b)において修飾される前記FSP又はその抗原フラグメントのアミノ酸配列を含み、
Yが少なくとも20、より好ましくは少なくとも35である、方法に関する。
(i)各癌サンプルについてのCAFSPLは、既にCVPの一部であるFSP及び対応するFSMが癌サンプル中に存在するCFSPからの新たなFSPのアミノ酸長を合計することによって決定され、及び/又は、
(ii)閾値は、特定の癌型に属するCSからのサンプルの各サブセットについて別々に規定され、及び/又は、
(iii)スコアは、任意にCFが5%未満、より好ましくは4%未満、より好ましくは3%未満の癌型のCS中のFSMを計数することなく、FSPのアミノ酸長とFSPを生じるFSMがCSにおいて観察される全体的頻度との積として定義され、及び/又は、
(iv)癌サンプルのサブセットは、FSMが5%以上、より好ましくは10%以上、15%以上のCFで存在する腫瘍型の全ての癌サンプルを含み、及び/又は、
(v)5%未満、より好ましくは4%未満、より好ましくは3%未満の全体的頻度でFSMによって生じるFSPが選択から除外され、及び/又は、
(vi)CVPへの組入れが、CAFSPLが依然として閾値(TV)未満であるか、又はCVP中に存在する全てのFSPの累積長さがV個のアミノ酸の最大値に達した任意の癌サンプルのCAFSPLを増加させる更なるFSPが得られなくなるまで、新たなFSP及び/又は修飾FSPの付加を継続し、及び/又は、
(vii)同じFSMに由来するFSPを、個々のFSPのスコアの合計として算出される複合スコアを有する1つのFSPとして扱う。
(i)CVPへの組入れが、CAFSPLが依然としてTV未満である任意の癌サンプルのCAFSPLを増加させる更なるFSPが得られなくなるまで、新たなFSPの付加を継続し、及び/又は、
(ii)同じFSMに由来するFSPを、個々のFSPのスコアの合計として算出される複合スコアを有する1つのFSPとして扱う。
(a)前記TVが少なくとも400アミノ酸、好ましくは少なくとも600アミノ酸、より好ましくは少なくとも800アミノ酸であるか、又は、
(b)前記TVが、
(i)大腸癌及び胃癌について少なくとも400アミノ酸、好ましくは少なくとも600アミノ酸、より好ましくは少なくとも800アミノ酸であり、
(ii)子宮内膜癌について少なくとも200アミノ酸、好ましくは少なくとも300アミノ酸、より好ましくは少なくとも400アミノ酸である。
(i)前記CVPが前記CFSPから選択される各FSPの少なくとも4個のアミノ酸を含み、及び/又は、
(ii)Yが、前記CVPの一部である全てのペプチドの累積アミノ酸長Vが少なくとも280アミノ酸、好ましくは少なくとも6000アミノ酸となるように選択され、
(iii)Yが少なくとも35、好ましくは少なくとも50、好ましくは少なくとも100、より好ましくは少なくとも200であり、及び/又は、
(iv)前記CVPが配列番号1~1087に従うFSP及び/又はmFSPの群から選択され、好ましくは配列番号1~209に従うFSP及び/又はmFSPの群から選択されるFSP及び/又はmFSPを含む。
(i)本発明の第2の態様の方法において決定されるアミノ酸又は核酸の配列情報を得る工程と、
(ii)1つ以上のポリペプチド中のCVPのアミノ酸配列又は前記配列を有する核酸のコレクションを合成すると共に、任意に前記核酸のコレクションを1つ以上の発現カセット及び/又は発現ベクターのコレクションに挿入する工程と、
を含む、方法に関する。
(a)前記FSPが、CS中に存在する癌型の少なくとも1つについて少なくとも5%であるM個の異なるCSのコレクションの一部である特定の型の癌のCSのサブセットについて観察される癌型特異的頻度(CF)で観察されるFSMによってコードされる、及び/又は;
(b)前記FSPをコードする前記FSMを有する遺伝子の平均mRNA発現レベルが、前記CS全体の各タンパク質コード遺伝子の平均mRNA発現値を表す分布の上位80パーセンタイル内にある、及び/又は;
(c)前記FSPを生じる前記FSMが、癌を有しない被験体のコホートにおいて正常組織の2%未満で観察される;
の1つ以上を満たし、
以下の基準:
(i)FCによってコードされるアミノ酸から始まるFSMを含む核酸によってコードされるFSPが4アミノ酸~9アミノ酸の長さを有する、及び/又は;
(ii)前記FSPが、同じFSMによってコードされる2つ以上のFSP中に存在する8アミノ酸以上の1つ以上の同一の連続ストレッチを含有する、及び/又は;
(iii)前記FSPが、wtヒトタンパク質中にも存在する8アミノ酸以上の1つ以上の連続ストレッチを含有する;
を満たすこれらのFSPの1つ以上又は全てのアミノ酸配列が、(i)に従うFSPについては、該FSPのすぐ上流に存在する野生型(wt)アミノ酸配列の1個~4個のアミノ酸を該FSPのN末端に付加することによって修飾され、修飾FSP(mFSP)が少なくとも8アミノ酸の長さを有し、(ii)に従うFSPについては、最長のFSPを除く全てからこれらの連続ストレッチを除去することによって修飾されるが、但し、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有するFSPは、該CVPから除外され、及び/又は(iii)に従うFSPについては、これらのストレッチを除去することによって修飾され、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有する修飾FSPが該CVPから除外され、
Yが少なくとも20、より好ましくは少なくとも35であり、Mが少なくとも5である。
(i)CSがMSI腫瘍、好ましくは大腸癌及び/又は胃癌及び/又は子宮内膜癌、より好ましくは大腸癌、胃癌及び子宮内膜癌を有する患者に由来し、及び/又は、
(ii)Mが少なくとも10、好ましくは少なくとも20、好ましくは少なくとも30、好ましくは少なくとも50、より好ましくは少なくとも100、より好ましくは少なくとも200、最も好ましくは少なくとも300であり、及び/又は、
(iii)Yが少なくとも35、好ましくは少なくとも50、好ましくは少なくとも100、より好ましくは少なくとも200であり、及び/又は、
(iv)CVPが各FSPの少なくとも4個、好ましくは少なくとも6個、より好ましくは少なくとも8個のアミノ酸を含み、及び/又は、
(v)Yが、CVPの一部である全てのFSP及び/又はmFSP又はその抗原性フラグメントの累積アミノ酸長Vが少なくとも280アミノ酸、好ましくは少なくとも500アミノ酸、好ましくは少なくとも1000アミノ酸、好ましくは少なくとも1500アミノ酸、好ましくは少なくとも2000アミノ酸、好ましくは少なくとも2500アミノ酸、好ましくは少なくとも3000アミノ酸、好ましくは少なくとも3500アミノ酸、好ましくは少なくとも4000アミノ酸、好ましくは少なくとも4500アミノ酸、好ましくは少なくとも5000アミノ酸、好ましくは少なくとも5500アミノ酸、より好ましくは少なくとも6000アミノ酸となるように選択され、及び/又は、
(vi)CVPのFSP及び/又はmFSPが配列番号1~1087に従うFSP及び/又はmFSPの群から選択され、好ましくは配列番号1~209に従うFSP及び/又はmFSPの群から選択される。
(i)各癌サンプルについてのCAFSPLが、既に前記CVPの一部であるFSP及び対応するFSMが癌サンプル中に存在するCFSPPからの新たなFSPのアミノ酸長を合計することによって決定され、及び/又は、
(ii)前記閾値が、特定の癌型に属するCSからのサンプルの各サブセットについて別々に規定され、及び/又は、
(iii)前記スコアが、FSPのアミノ酸長とFSPを生じるFSMがCSにおいて観察される全体的頻度との積として定義され、及び/又は、
(iv)前記CVPへの組入れが、CAFSPLが依然として閾値(TV)未満である任意の癌サンプルのCAFSPLを増加させる更なるFSPが得られなくなるまで、新たなFSPの付加を継続し、及び/又は、
(v)同じFSMに由来するFSPを、個々のFSPのスコアの合計として算出される複合スコアを有する1つのFSPとして扱う。
(i)各癌サンプルについてのCAFSPLが、既に前記CVPの一部であるFSP及び対応するFSMが癌サンプル中に存在するCFSPからの新たなFSPのアミノ酸長を合計することによって決定され、及び/又は、
(ii)前記閾値が、特定の癌型に属するCSからのサンプルの各サブセットについて別々に規定され、及び/又は、
(iii)前記スコアが、CFが5%未満、より好ましくは4%未満、より好ましくは3%未満の癌型の癌サンプル中のFSMを計数することなく、FSPのアミノ酸長とFSPを生じるFSMの全体的頻度との積として定義され、及び/又は、
(iv)癌サンプルのサブセットが、FSMが5%以上、より好ましくは10%以上、15%以上のCFで存在する腫瘍型の全ての癌サンプルを含み、及び/又は、
(v)5%未満、より好ましくは4%未満、より好ましくは3%未満の全体的頻度でFSMによって生じるFSPが選択から除外され、及び/又は、
(vi)前記CVPへの組入れが、CAFSPLが依然としてTV未満であるか、若しくはCVP中に存在する全てのFSPの累積長さがV個のアミノ酸の最大値に達した任意の癌サンプルのCAFSPLを増加させる更なるFSPが得られなくなるまで、新たなFSPの付加を継続し、及び/又は、
(v)同じFSMに由来するFSPを、個々のFSPのスコアの合計として算出される複合スコアを有する1つのFSPとして扱う。
(a)前記TVが少なくとも400アミノ酸、好ましくは少なくとも600アミノ酸、より好ましくは少なくとも800アミノ酸であるか、又は、
(b)前記TVが、
(i)大腸癌及び胃癌について少なくとも400アミノ酸、好ましくは少なくとも600アミノ酸、より好ましくは少なくとも800アミノ酸であり、
(ii)子宮内膜癌について少なくとも200アミノ酸、好ましくは少なくとも300アミノ酸、より好ましくは少なくとも400アミノ酸である。
アデノベクターが、
(i)配列番号1219のヌクレオチド19386~19472によってコードされるアミノ酸(aa)配列、又は少なくとも85%のaa配列同一性を有し、aa位置27にAを有さず、好ましくはVを有するその変異体を含む第1の超可変領域HVR1、
(ii)配列番号1219のヌクレオチド19527~19571によってコードされるaa配列、又は少なくとも85%のaa配列同一性を有し、aa位置1にLを有さず、好ましくはIを有するその変異体を含む第2の超可変領域HVR2、
(iii)配列番号1219のヌクレオチド19623~19643によってコードされるaa配列、又は少なくとも85%のaa配列同一性を有し、aa位置7にVを有さず、好ましくはAを有するその変異体を含む第3の超可変領域HVR3、
(iv)配列番号1219のヌクレオチド19737~19772によってコードされるaa配列、又は少なくとも85%のaa配列同一性を有するその変異体を含む第4の超可変領域HVR4、
(v)配列番号1219のヌクレオチド19794~19838によってコードされるaa配列、又は少なくとも85%のaa配列同一性を有するその変異体を含む第5の超可変領域HVR5、
(vi)配列番号1219のヌクレオチド19908~19934によってコードされるaa配列、又は少なくとも85%のaa配列同一性を有するその変異体を含む第6の超可変領域HVR6、及び、
(vii)配列番号1219のヌクレオチド20259~20336によってコードされるaa配列、又は少なくとも85%のaa配列同一性を有し、aa位置1にIを有さず、好ましくはVを有するその変異体を含む第7の超可変領域HVR7、
を含むアデノウイルスヘキソンタンパク質をコードする。
(a)アデノウイルス5'末端、好ましくはアデノウイルス5'逆方向末端反復;
(b)アデノウイルスEla領域、又は13S領域、12S領域及び9S領域の中から選択されるそのフラグメント;
(c)アデノウイルスElb領域、又はスモールT領域、ラージT領域及びIX領域からなる群の中から選択されるそのフラグメント;
(d)アデノウイルスVA RNA領域、又はVA RNA I領域及びVA RNA II領域からなる群の中から選択されるそのフラグメント;
(e)アデノウイルスE2b領域、又はスモールpTP領域、ポリメラーゼ領域及びIVa2領域からなる群の中から選択されるそのフラグメント;
(f)アデノウイルスL1領域、又は28.1 kDタンパク質、ポリメラーゼ、アグノプロテイン、52/55 kDaタンパク質及びIIIaタンパク質からなる群から選択されるアデノウイルスタンパク質をコードするそのフラグメント;
(g)アデノウイルスL2領域、又は上で定義されるペントンタンパク質、VIIタンパク質、Vタンパク質及びXタンパク質からなる群から選択されるアデノウイルスタンパク質をコードするそのフラグメント;
(h)アデノウイルスL3領域、又はVIタンパク質、上で定義されるヘキソンタンパク質及びエンドプロテアーゼからなる群から選択されるアデノウイルスタンパク質をコードするそのフラグメント;
(i)アデノウイルスE2a領域、又はDBPタンパク質からなるアデノウイルスタンパク質をコードするそのフラグメント;
(j)アデノウイルスL4領域、又は100 kDタンパク質、22 kDホモログ、33 kDホモログ及びタンパク質VIIIからなる群から選択されるアデノウイルスタンパク質をコードするそのフラグメント;
(k)アデノウイルスE3領域、又はE3 ORF1、E3 ORF2、E3 ORF3、E3 ORF4、E3 ORF5、E3 ORF6、E3 ORF7、E3 ORF8及びE3 ORF9からなる群から選択されるそのフラグメント;
(l)アデノウイルスL5領域、又は上で定義されるファイバータンパク質をコードするそのフラグメント;
(m)アデノウイルスE4領域、又はE4 ORF6/7、E4 ORF6、E4 ORF5、E4 ORF4、E4 ORF3、E4 ORF2及びE4 ORF1からなる群から選択されるそのフラグメント;
(n)アデノウイルス3'末端、好ましくはアデノウイルス3'逆方向末端反復;及び/又は、
(o)アデノウイルスE1領域。
(i)別の異なる塩基性アミノ酸による塩基性アミノ酸の置換;
(ii)別の異なる酸性アミノ酸による酸性アミノ酸の置換;
(iii)別の異なる芳香族アミノ酸による芳香族アミノ酸の置換;
(iv)別の異なる非極性脂肪族アミノ酸による非極性脂肪族アミノ酸の置換;及び、
(v)別の異なる極性非荷電アミノ酸による極性非荷電アミノ酸の置換。
全エクソーム配列データ(4.0、公開日2016年10月31日)に基づき、TCGAデータポータル(https://gdc-portal.nci.nih.gov/)から利用可能な突然変異注釈フォーマット(Mutation Annotation Format;MAF)ファイルを、タンパク質コード遺伝子のエクソームのタンパク質コードセグメント内に位置する6ヌクレオチド長以上のMNR中のフレームシフト突然変異(FSM)の存在について分析した。TCGAサンプル注釈データで定義されるMSI表現型を有する腫瘍のみを分析時に考慮した。この群は、69個の高MSI(MSI-H)大腸癌(CRC)、85個のMSI胃癌及び166個のMSI子宮内膜(EC)癌に相当する合計320個の腫瘍サンプル及び適合正常対照サンプルを含むものであった。第2のフィルタリング工程では、1ヌクレオチド欠失によって生じるFSMのみを、このタイプのFSMがCRC及びEC腫瘍において最も頻繁に観察されることから受け入れた(1)。以下の基準を満たすFSMのみを受け入れることによって、得られるリストを更に改良した:(i)突然変異を有するリードの数が適合正常サンプルと比較して腫瘍中で有意に高かった(0.05以下のFDR補正フィッシャー検定p値);(ii)適合正常サンプル中のFSMの対立遺伝子頻度が25%以下であった。残りのFSMを、分析した3つの腫瘍型(CRC、胃癌、EC)の1つで少なくとも5%の腫瘍サンプル中に存在するFSMのみを保持することによって更にフィルタリングした。最終選択工程では、ワクチンに不適切であるとみなされることから以下のカテゴリーに入るFSMを除外した:(i)正常サンプルのコレクションからのサンプルの2%以上におけるFSMの存在(EXACデータベースhttp://exac.broadinstitute.org/)、及び/又は(ii)FSM保有遺伝子のmRNA発現(RSEM log2発現値)が、全ての3つの腫瘍型(CRC、EC及び胃癌)を考慮して発現された全てのタンパク質コード遺伝子(TCGA遺伝子レベルmRNA発現データ)の下位20パーセンタイル値内であった。このようにして得られたリストは1283個のFSMを含み、これらの腫瘍のCFSMとなる。
次いで、実施例1において選択されたCFSMのFSMの各々を、NCBI REFSEQデータベースからの対応するmRNA配列(単数又は複数)にANNOVARを用いてマッピングし(Wang K, et al. (2010) NAR, 38:e164)、野生型(wt)及び得られる突然変異mRNAの両方をタンパク質に翻訳した。wt及び突然変異タンパク質配列の比較により、対応するフレームシフトペプチド(FSP)のアミノ酸(aa)配列が決定された。FSMが複数のmRNAアイソフォームの存在のために異なる長さ及び/又はaa配列の複数のFSPを生じる場合、得られる全てのFSPを保持した。得られるリストをフィルタリングし、潜在的CD8 Tネオエピトープを生じることができないことから4 aaよりも短い全てのFSPを除外した。
配列番号1~1087は、本発明のCVPに含まれ得るFSP及びmFSPのアミノ酸配列を示す。この例示的なCFSPは、1087個のFSP及びmFSPを含む。実施例1及び2において概説される基準が変更される場合、CFSPが付加的な又はより少ないFSPを含み、したがってCVPは付加的な又はより少ないFSP及びmFSPを含む。CVP、例えばウイルスベクター、裸のDNA/RNAを投与する方法に応じて、このように多数のFSP及びmFSPのCVPを生成することが実際的又は経済的ではない場合もある。このため、本発明者らは、特定のMSI癌を患う患者の大部分の最適な免疫化又はMSI癌を発症する可能性がある患者における最適な予防法を達成するために、実施例1及び2において概説されるように生成したCFSPから、CVPに含まれるCFSPの好適な数のFSP又はFSPに由来するmFSPを選択する更なる選択基準を開発した。以下に、好ましいCVPに含まれるFSP及びmFSPのサブセットを決定するために本発明者らが用いたかかる付加的な選択基準を説明する。
Nous-209に含まれるFSP及びmFSPのリストの最初の検証工程として、本発明者らは、MSI細胞株のパネル(7個のCRC及び1個のEC)に対して次世代シークエンシング(NGS)を行った。ゲノムレベル(エクソームシークエンシング)では、Nous-209にも含まれる各細胞株において検出されたFSMの数は、全ての細胞株が400 aaの最小免疫原性カバレッジ閾値を大きく超えるものであり、平均カバレッジ(FSP累積長さ)は2037 aaであった(図2A)。
Nous-209中のFSPを4つのサブセットに分割し、各々が以下のウイルス骨格:大型類人猿アデノウイルス(GAd)及び改変ワクシニアウイルスアンカラ(MVA)へのクローニングに好適な約1500 aaをコードする、長さ約4500ヌクレオチドの人工遺伝子を生成した。各遺伝子を、いかなるリンカーも用いずにFSP配列を次々に接合することによって組み立てた。209個のFSPを、各遺伝子が実施例3に記載のアルゴリズムに従って同様のランクレベルを有するほぼ同じ数のFSPを含有し、対応するFSMが3つの癌型にわたって同様の観測頻度の全体的分布を有するFSPを含有することが確実となるように4つの遺伝子に分配した。この手順により以下のものが得られた:
遺伝子1=1507 aa(46個のFSP)
遺伝子2=1501 aa(54個のFSP)
遺伝子3=1506 aa(59個のFSP)
遺伝子4=1507 aa(51個のFSP)。
レイアウトA、B、C及びDの遺伝子1、遺伝子2、遺伝子3及び遺伝子4についての組み立てたポリペプチドのFSP組成。いずれの場合にも、FSPの配列番号は、組み立てたポリペプチド中の位置に基づいて列挙する(N末端からC末端)。
レイアウトAの4つの遺伝子を含有する4つのGAdベクター(GAd20-209-FSP)(ポリペプチド配列:配列番号1107~1110、ヌクレオチド配列:配列番号1139~1142)及びレイアウトBの4つの遺伝子を含有する4つのMVAベクター(MVA-209-FSP)(ポリペプチド配列:配列番号1111~1114、ヌクレオチド配列:配列番号1143~1146)の免疫原性をマウス(CB6F1マウス系統)において評価した。GAd20-209-FSPは、領域E3が欠失し、領域E1が遺伝子置換されたGAd20(配列番号1219)から構築した。マウスを各ベクターについて108個のウイルス粒子(vp)の用量のGAd20-209-FSPの単回筋肉内免疫化によって免疫化し、2週間後に107プラーク形成単位(pfu)の用量のMVA-209-FSPによってブーストした。ワクチンにコードされるFSPに対するT細胞応答の誘導を、209個のFSP配列をカバーする合成ペプチドを用いるELIspotアッセイによって測定した。合成ペプチドをDMSOに希釈し、混合して、16個のプールを形成した。免疫応答(脾細胞100万個当たりのインターフェロン-γ(IFN-γ)を産生するT細胞の数)をプライムの2週間後及びブーストの1週間後に分析した。データから、GAd20-209-FSPによるプライミング後のT細胞媒介性免疫応答の誘導及びMVA-209-FSPの投与後に得られた免疫応答の強力なブーストが示される(図8)。16個のペプチドプールの各々に対して検出されたことから、応答はワクチン構築物全体に分布している複数のFSPに対するものであった(図9)。重要なことには、ベクターの同時投与は単一ベクターによってコードされるFSPに対する免疫応答に影響を及ぼさず、FSPのワクチン混合物の存在下での免疫干渉が排除された(図10)。最後に、T細胞応答の品質を、2つのペプチドプール(プール1及びプール3)を用いることによる細胞内染色(ICS)によって評定し、FSP特異的CD4及びCD8 IFNγ+T細胞の誘導が示された(図11)。
i)構築物は高度に免疫原性であり、CD4及びCD8免疫応答を誘導する。
ii)免疫応答は16個の異なるペプチドプールに対するものであり、したがって少なくとも16個の異なるエピトープを認識する(各プールについて1個)。近交系マウス(実質的に遺伝的に同一のマウス)であっても、ワクチンの6000 aaに16個のエピトープを有することは、概して375 aa中に少なくとも1個の免疫原性エピトープに相当することから、400 aa中に少なくとも1個のエピトープの法則が確認されることが示される。
iii)ベクター1を単独で使用するか又は他の3つのベクターと組み合わせるかに関わらず、ベクター1にコードされる抗原に対する同等の免疫応答が測定されることから、明らかな干渉効果、特に個々のベクター間の抑制は見られない。同様に、ベクター2を単独で使用するか又は(or)他の3つと組み合わせるかに関わらず、ベクター2にコードされる抗原に対する同等の免疫応答が測定された。
図1
N. epitopes recognized by vaccine-induced T cells ワクチンにより誘導されるT細胞によって認識されるエピトープの数
# epitopes エピトープの数
Ag length Agの長さ
HCV: min 5, max 35 epitopes/volunteer HCV:最低5個、最高35個のエピトープ/ボランティア
HIV: min 3, max 20 epitopes/volunteer HIV:最低3個、最高20個のエピトープ/ボランティア
Empirical immunogenic rule: 400 aa contain at least 1 epitope, on average 2 (HCV) or 4 (HIV) 経験的な免疫原性の法則:400 aaは少なくとも1個、平均して2個(HCV)又は4個(HIV)のエピトープを含有する
図2
Exome sequencing エクソームシークエンシング
FSPs cumulative length FSPの累積長さ
図3
Coverage カバレッジ
Tumor ID 腫瘍ID
Stage 病期
Lynch リンチ
図4
N. predicted epitopes 予測エピトープの数
Tumor ID 腫瘍ID
Stage 病期
Lynch リンチ
図5
% of CD8 CD8の%
CD8 responses CD8応答
図6
LAYOUT レイアウト
Gene 遺伝子
Disorder tendency 不規則傾向
Residue position 残基位置
図7
cloning クローニング
Kozak コザック
hTPA or hINV hTPA又はhINV
poly-FSP polypeptide ポリFSPポリペプチド
HA tag HAタグ
STOP 停止
図8
splenocytes 脾細胞
peptide pools ペプチドプール
図9
splenocytes 脾細胞
peptide pools ペプチドプール
図10
Mixed vectors 混合ベクター
Single vector 単一ベクター
splenocytes 脾細胞
peptide pools ペプチドプール
Vaccine ワクチン
図11
peptide ペプチド
Claims (22)
- 遺伝性及び散発性のMSI癌を含む癌を有するか、又はかかる癌を発症するリスクがある患者の予防法又は治療のための万能マイクロサテライト不安定性(MSI)癌ワクチンペプチドコレクション(CVP)を作製するためにフレームシフトペプチドのコレクション(CFSP)を選択する方法であって、
(i)各々がフレームシフト突然変異(FSM)を含む核酸のコレクション(CFSM)を選択する工程であって、各FSMが各々異なる患者の少なくともM個の癌サンプル(CS)の1つ以上に存在し、前記患者の癌がMSI表現型を有する癌細胞を含み、
選択されるFSMの少なくとも50%が基準(a)、(b)、(c)及び(d):
(a)前記FSMが6ヌクレオチド以上の長さを有するコード遺伝子のモノヌクレオチド反復(MNR)中に存在する;
(b)前記FSMが1ヌクレオチドの欠失に相当する;
(c)前記FSMを含むDNAシークエンシングリードの数が適合正常サンプルと比較して腫瘍サンプル中で有意に高い(0.05以下のFDR補正フィッシャー検定p値);
(d)前記FSMが25%未満の対立遺伝子頻度で適合正常サンプル中に存在する;
を満たす、工程と、
(ii)X個の異なるフレームシフトペプチド(FSP)を選択する工程であって、選択される各FSPが、FSMを有しない対応する野生型(wt)核酸の翻訳産物と比べて異なる最初のアミノ酸をコードするコドンから始まる少なくとも4アミノ酸長のCFSMのFSMを含む核酸のタンパク質コードセグメントの完全な翻訳産物であり、
Xが少なくとも20であり、Mが少なくとも5である、工程と、
を含む、方法。 - 選択されるFSPの少なくとも50%が、以下の基準:
(a)前記FSPが、CS中に存在する癌型の少なくとも1つについて少なくとも5%であるM個の異なるCSのコレクションの一部である特定の型の癌のCSのサブセットについて観察される癌型特異的頻度(CF)で観察されるFSMを含む核酸によってコードされる、及び/又は;
(b)前記FSPをコードする前記FSMを有する遺伝子の平均mRNA発現レベルが、前記CS全体の各タンパク質コード遺伝子の平均mRNA発現値を表す分布の上位80パーセンタイル内にある、及び/又は;
(c)前記FSPを生じる前記FSMが、癌を有しない被験体のコホートにおいて正常組織の2%未満で観察される;
の1つ以上を満たす、請求項1に記載の方法。 - (i)前記CSがMSI腫瘍、又は大腸癌及び/又は胃癌及び/又は子宮内膜癌、又は大腸癌、胃癌及び子宮内膜癌を有する患者に由来し、及び/又は、
(ii)Mが少なくとも10、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも50、少なくとも100、少なくとも200、若しくは少なくとも300であり、及び/又は、
(iii)Xが少なくとも35、少なくとも50、少なくとも100、若しくは少なくとも200である、請求項1又は2に記載の方法。 - 癌ワクチンペプチドコレクション(CVP)に含まれるペプチドのアミノ酸配列又は該CVPに含まれるペプチドをコードする核酸配列を修飾する方法であって、
(a)少なくともY個のフレームシフトペプチド(FSP)又はその少なくとも8アミノ酸長のフラグメントを、請求項1~3のいずれか一項に従って選択されるフレームシフトペプチドのコレクション(CFSP)から選択する工程と、
(b)以下の基準:
(i)前記FSPが4アミノ酸~9アミノ酸の長さを有する、及び/又は;
(ii)前記FSPが、同じフレームシフト突然変異(FSM)を含む核酸によってコードされる2つ以上のFSP中に存在する8アミノ酸以上の1つ以上の同一の連続ストレッチを含有する、及び/又は;
(iii)前記FSPが、wtヒトタンパク質中にも存在する8アミノ酸以上の1つ以上の連続ストレッチを含有する;
を満たすFSPの1つ以上又は全てのアミノ酸配列を修飾する工程であって、
(i)に従うFSPのアミノ酸配列が、該FSPのすぐ上流に存在する野生型(wt)アミノ酸配列の1個~4個のアミノ酸を該FSPのN末端に付加することによって修飾され、修飾FSP(mFSP)が少なくとも8アミノ酸の長さを有し、(ii)に従うFSPのアミノ酸配列が、最長のFSPを除く全てからこれらの連続ストレッチを除去することによって修飾されるが、但し、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有するFSPは、前記CVPから除外され、及び/又は(iii)に従うFSPのアミノ酸配列が、これらのストレッチを除去することによって修飾され、連続ストレッチの除去後に4アミノ酸未満の長さを有する修飾FSPが前記CVPから除外される、工程と、
を含み、前記CVPのアミノ酸配列が、工程(a)において選択され、及び/又は工程(b)において修飾される前記FSP又はそのフラグメントのアミノ酸配列を含み、
Yが少なくとも20である、方法。 - 工程(a)において、前記CVPの前記FSPが前記CFSPから続けて選択され、各選択工程において、依然として閾値(TV)未満である最大数の癌サンプルにおける閾値に達するように全FSPアミノ酸長の累積量(CAFSPL)を増加させる新たなFSPが前記CFSPから選択される、請求項4に記載の方法。
- 工程(a)において、前記CVPの前記FSPが前記CFSPから続けて選択され、各選択工程において、依然として閾値(TV)未満である最大数の癌サンプルにおける閾値に達するように全FSPアミノ酸長の累積量(CAFSPL)を増加させる新たなFSPが前記CFSPから選択され、2つ以上のFSPにより、CAFSPLが依然として閾値未満である最大数の癌サンプルについてのCAFSPLが増加する場合、最高のスコアを有するFSPが選択される、請求項4に記載の方法。
- (i)各癌サンプルについてのCAFSPLが、既に前記CVPの一部であるFSP及び対応するFSMが前記癌サンプル中に存在するCFSPからの新たなFSPのアミノ酸長を合計することによって決定され、及び/又は、
(ii)前記閾値が、特定の癌型に属する癌サンプル(CS)からのサンプルの各サブセットについて別々に規定され、及び/又は、
(iii)前記スコアが、前記FSPのアミノ酸長と該FSPを生じるFSMが前記CSにおいて観察される全体的頻度との積として定義され、及び/又は、
(iv)前記癌サンプルのサブセットが、前記FSMが5%以上のCFで存在する腫瘍型の全ての癌サンプルを含み、及び/又は、
(v)5%未満の全体的頻度でFSMによって生じるFSPが選択から除外され、及び/又は、
(vi)前記CVPへの組入れが、CAFSPLが依然として閾値(TV)未満であるか、若しくは前記CVP中に存在する全てのFSPの累積長さがV個のアミノ酸の最大値に達した任意の癌サンプルのCAFSPLを増加させる更なるFSPが得られなくなるまで、新たなFSP及び/又は修飾FSPの付加を継続し、及び/又は、
(vii)同じFSMに由来するFSPを、個々のFSPのスコアの合計として算出される複合スコアを有する1つのFSPとして扱う、請求項6に記載の方法。 - (i)各癌サンプルについてのCAFSPLが、既に前記CVPの一部であるFSP及び対応するFSMが前記癌サンプル中に存在するCFSPからの新たなFSPのアミノ酸長を合計することによって決定され、及び/又は、
(ii)前記閾値が、特定の癌型に属する癌サンプル(CS)からのサンプルの各サブセットについて別々に規定され、及び/又は、
(iii)前記スコアが、癌型特異的頻度(CF)が5%未満の癌型のCS中のFSMを計数することなく、前記FSPのアミノ酸長と該FSPを生じるFSMが前記CSにおいて観察される全体的頻度との積として定義され、及び/又は、
(iv)前記癌サンプルのサブセットが、前記FSMが5%以上のCFで存在する腫瘍型の全ての癌サンプルを含み、及び/又は、
(v)5%未満の全体的頻度でFSMによって生じるFSPが選択から除外され、及び/又は、
(vi)前記CVPへの組入れが、CAFSPLが依然として閾値(TV)未満であるか、若しくは前記CVP中に存在する全てのFSPの累積長さがV個のアミノ酸の最大値に達した任意の癌サンプルのCAFSPLを増加させる更なるFSPが得られなくなるまで、新たなFSP及び/又は修飾FSPの付加を継続し、及び/又は、
(vii)同じFSMに由来するFSPを、個々のFSPのスコアの合計として算出される複合スコアを有する1つのFSPとして扱う、請求項6に記載の方法。 - 前記CVPへの組入れが、CAFSPLが依然としてTV未満である任意の癌サンプルのCAFSPLを増加させる更なるFSPが得られなくなるまで、新たなFSPの付加を継続し、及び/又は、
同じFSMに由来するFSPを、個々のFSPのスコアの合計として算出される複合スコアを有する1つのFSPとして扱う、請求項5~8のいずれか一項に記載の方法。 - (a)前記TVが少なくとも400アミノ酸、少なくとも600アミノ酸、若しくは少なくとも800アミノ酸であるか、又は、
(b)前記TVが、
(i)大腸癌及び胃癌について少なくとも400アミノ酸、少なくとも600アミノ酸、若しくは少なくとも800アミノ酸であり、
(ii)子宮内膜癌について少なくとも200アミノ酸、少なくとも300アミノ酸、若しくは少なくとも400アミノ酸である、請求項7~9のいずれか一項に記載の方法。 - (i)前記CVPが前記CFSPから選択される各FSPの少なくとも4個のアミノ酸を含み、及び/又は、
(ii)Yが、前記CVPの一部である全てのペプチドの累積アミノ酸長Vが少なくとも280アミノ酸若しくは少なくとも6000アミノ酸となるように選択され、
(iii)Yが少なくとも35、少なくとも50、少なくとも100、若しくは少なくとも200であり、及び/又は、
(iv)前記CVPが配列番号1~1087に従うFSP及び/又はmFSPの群から選択され、又は配列番号1~209に従うFSP及び/又はmFSPの群から選択されるFSP及び/又はmFSPを含む、請求項4~10のいずれか一項に記載の方法。 - 癌ワクチンペプチドコレクション(CVP)又はCVPをコードする核酸のコレクションを作製する方法であって、
(i)請求項4~9のいずれか一項に記載の方法において修飾されるアミノ酸又は核酸の配列を得る工程と、
(ii)1つ以上のポリペプチド中のCVPのアミノ酸配列又は前記配列を有する核酸のコレクションを合成する工程と、
を含む、方法。 - 癌ワクチンペプチドコレクション(CVP)又はCVPをコードする核酸のコレクションを作製する方法であって、
(i)請求項4~9のいずれか一項に記載の方法において修飾されるアミノ酸又は核酸の配列を得る工程と、
(ii)1つ以上のポリペプチド中のCVPのアミノ酸配列又は前記配列を有する核酸のコレクションを合成すると共に、前記核酸のコレクションを1つ以上の発現カセット及び/又は発現ベクターのコレクションに挿入する工程と、
を含む、方法。 - 配列番号1~209に従う209個のフレームシフトペプチド(FSP)及び修飾FSP(mFSP)を含む、癌ワクチンペプチドコレクション(CVP)。
- A)配列番号1088~1091、
B)配列番号1092~1095、
C)配列番号1155~1158、又は
D)配列番号1159~1162
に従うアミノ酸配列を有する4つのポリペプチドを含む、請求項14に記載の癌ワクチンペプチドコレクション。 - 請求項14又は15に記載の癌ペプチドコレクション(CVP)をコードする核酸のコレクション。
- 請求項16に記載の核酸のコレクションの全て又は一部を各々が含む発現ベクターのコレクションであって、該発現ベクターのコレクションの全体が請求項16に記載の核酸のコレクションの全てを含む、発現ベクターのコレクション。
- 前記発現ベクターの少なくとも1つが前記発現ベクターの免疫原性を増強する1つ以上の要素を含む、請求項17に記載の発現ベクターのコレクション。
- 前記発現ベクターの少なくとも1つが、癌ワクチンペプチドコレクション(CVP)の免疫原性を増強する要素:不変鎖配列又はそのフラグメント;ヒト組織型プラスミノーゲン活性化因子のシグナルペプチド;PEST配列;サイクリン破壊ボックス;ユビキチン化シグナル;SUMO化シグナル;インターロイキン、又はインターロイキン2、インターロイキン12又はインターロイキン15;チェックポイントタンパク質特異的リガンド、又は抗PD1抗体又はそのPD1結合フラグメント、抗CTLA4抗体又はその抗CTLA4結合フラグメント、抗LAG3抗体又は抗LAG3結合フラグメント、抗TIM3抗体又はその抗TIM3結合フラグメントをコードする1つ以上の核酸を含む、請求項17又は18に記載の発現ベクターのコレクション。
- 各発現ベクターがプラスミド、コスミド、RNA、アジュバントと配合されたRNA、リポソーム粒子中に配合されたRNA、自己増幅RNA(SAM)、アジュバントと配合されたSAM、リポソーム粒子中に配合されたSAM、ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、ベネズエラウマ脳炎(VEE)ウイルスベクター、シンドビス(SIN)ウイルスベクター、セムリキ森林ウイルス(SFV)ウイルスベクター、複製可能な又は複製不全のアデノウイルスベクター、チンパンジー又はボノボ又はゴリラに由来する複製可能な又は複製不全のアデノウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター又は改変ワクシニアウイルスアンカラ(MVA)ベクター、サル又はヒトサイトメガロウイルス(CMV)ベクター、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV)ベクター、並びにレトロウイルス又はレンチウイルスベクターからなる群から選択される、請求項17~19のいずれか一項に記載の発現ベクターのコレクション。
- MSI表現型を有する癌細胞を含む癌を有するか、又はかかる癌を発症するリスクがある患者の予防法又は治療に使用され、予防法が、MLH-1、MSH-2、MSH-6、PMS2及びTACSTD1/EPCAM等のミスマッチ修復系(MMR)に関与する遺伝子に生殖細胞突然変異を有する患者を含む、マイクロサテライト不安定性(MSI)癌を発症するリスクがあることが知られる患者に対するものであり、治療が、MSI状態の診断後の任意の組織に生じる全ての病期(I~IV)の癌を有する患者に対するものであり、かかるワクチンの使用が、自然発生の又は薬理学的に誘導されたものであり得るMSI状態を有する癌の治療を対象とし、癌が大腸癌、胃癌、子宮内膜癌、小腸癌、肝胆道癌、肝癌、神経内分泌癌、子宮頸癌、卵巣癌、子宮肉腫、脳癌及び皮膚癌からなる群から選択される、請求項14又は15に記載の癌ワクチンペプチドコレクション(CVP)、請求項16に記載の核酸のコレクション、請求項17~20のいずれか一項に記載の発現ベクターコレクション。
- マイクロサテライト不安定性(MSI)表現型を有する癌細胞を含む癌を有するか、又はかかる癌を発症するリスクがある患者の予防法又は治療に使用され、核酸のコレクション及び/又は発現ベクターコレクションが異種プライム-ブーストワクチン接種スキームで投与され、プライムがアデノウイルスベクターによるものであり、1回以上のブーストがポックスウイルスベクター若しくはMVAベクターによるものであり、予防法が、MLH-1、MSH-2、MSH-6、PMS2及びTACSTD1/EPCAM等のミスマッチ修復系(MMR)に関与する遺伝子に生殖細胞突然変異を有する患者を含む、MSI癌を発症するリスクがあることが知られる患者に対するものであり、治療が、MSI状態の診断後の任意の組織に生じる全ての病期(I~IV)の癌を有する患者に対するものであり、かかるワクチンの使用が、自然発生の又は薬理学的に誘導されたものであり得るMSI状態を有する癌の治療を対象とし、癌が大腸癌、胃癌、子宮内膜癌、小腸癌、肝胆道癌、肝癌、神経内分泌癌、子宮頸癌、卵巣癌、子宮肉腫、脳癌及び皮膚癌からなる群から選択される、請求項16に記載の核酸のコレクション及び/又は請求項17~20のいずれか一項に記載の発現ベクターコレクション。
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