JP7271341B2 - 歯周病進行リスク測定方法及びキット - Google Patents
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Description
項1.
口腔内細菌検出用キットであって、
(1)Megasphaera属細菌検出用プローブ、
(2)Bergeyella属細菌検出用プローブ、
(3)Atopobium属細菌検出用プローブ、
(4)Actinomyces属細菌検出用プローブ、及び
(5)Haemophilus属細菌検出用プローブ
からなる群より選択される1、2、3、4、又は5の細菌検出用プローブ
を備えるキット。
項2.
(1)~(5)の細菌検出用プローブが、同一又は異なって、
その細菌を認識する抗体若しくはその断片、その細菌が有する核酸を認識する核酸、又は、その細菌が触媒する基質、あるいはこれらの組み合わせを含む、
項1に記載のキット。
項3.
(1)~(5)の細菌検出用プローブが、触媒する基質及び当該触媒反応を認識する指示薬を含む、項2に記載のキット。
項4.
(1)~(5)の細菌検出用プローブが、その細菌が有する核酸を特異的に増幅するプライマーを含む、項3に記載のキット。
項5.
(1)~(5)の細菌全てを検出するためのプローブを備える、項1~4のいずれかに記載のキット。
項6.
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
からなる群より選択される1、2、3、4、又は5の口腔内細菌の16SリボソームDNA及び/又は16SリボソームRNAのシークエンシング用である、
16SリボソームDNA及び/又は16SリボソームRNA増幅用プライマーセット、及び
前記プライマーセットによる増幅核酸をシークエンシングするための試薬
を備えるキット。
項7.
(1)~(5)の細菌の口腔内における存在量比を測定するための、項1~6のいずれかに記載のキット。
項8.
口腔内細菌存在量比測定用キットであって、
16SリボソームDNA及び/又は16SリボソームRNA増幅用プライマーセット、及び
前記プライマーセットによる増幅核酸をシークエンシングするための試薬
を備えるキット。
項9.
前記口腔内細菌が、歯肉炎患者の口腔内細菌である、項1~8のいずれかに記載のキット。
項10.
歯肉炎から歯周炎への進行リスク測定のためのデータ取得用である、請求項9に記載のキット。
項11.
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータ群と、
前記患者の歯肉炎が歯周炎へと進行したか否かを示すデータ群とを
学習データとして人工知能モデルに入力し、人工知能モデルに学習させる工程Aと、
前記歯肉炎患者とは異なる歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータを取得する工程Bと、
学習済みの前記人工知能モデルに対して、工程Bで取得した前記データを入力する工程Cと、
学習済みの前記人工知能モデルに、工程Bでデータ取得した患者の歯肉炎が歯周炎へと進行するかを算出させる工程Dとを含む、
歯肉炎が歯周炎へと進行するリスクを予測する方法。
項12.
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータに基づいて、
前記患者の歯肉炎が歯周炎へ進行するかを算出するよう、コンピュータを機能させるための学習済みモデルであって、
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータ群と、
前記患者の歯肉炎が歯周炎へと進行したか否かを示すデータ群とを
学習データとして人工知能モデル(好ましくはランダムフォレスト)に入力して学習させた、学習済みモデル。
項13.
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータを取得する工程Bと、
項12に記載の学習済みモデルに対して、工程Bで取得した前記データを入力する工程Cと、
前記学習済みモデルに、工程Bでデータ取得した患者の歯肉炎が歯周炎へと進行するかを算出させる工程Dとを含む、
歯肉炎が歯周炎へと進行するリスクを予測する方法。
項14.
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータを、
項12に記載の学習済みモデルに対して、入力する工程Cと、
前記学習済みモデルに、前記データ群を取得した患者の歯肉炎が歯周炎へと進行するかを算出させる工程Dとを含む、
歯肉炎が歯周炎へと進行するリスクを予測する方法。
項15.
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータ群に基づいて、
前記患者の歯肉炎が歯周炎へ進行したかを算出するよう、コンピュータを機能させるための学習済みモデルの製造方法であって、
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータ群と、
前記患者の歯肉炎が歯周炎へと進行したか否かを示すデータ群とを
学習データとして人工知能モデル(好ましくはランダムフォレスト)に入力して学習させることを含む、学習済みモデルの製造方法。
項16.
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータの、
歯肉炎が歯周炎へと進行するリスクを予測するための、使用。
項17.
歯肉炎患者の口腔内における
(1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の存在量を反映するデータと、
前記患者の歯肉炎が歯周炎へと進行したか否かを示すデータとの、
前記歯肉炎患者とは別の歯肉炎患者の歯肉炎が歯周炎へ進行したかを算出するようコンピュータを機能させるための学習済みモデルの製造のための、使用。
項18.
項12に記載の学習済みモデルを実装したコンピュータ。
工程A:歯肉炎患者の口腔内における(1)~(5)の細菌の存在量を反映するデータ群と、前記患者の歯肉炎が歯周炎へと進行したか否かを示すデータ群とを学習データとして人工知能モデルに入力し、人工知能モデルに学習させる工程。
工程B:前記歯肉炎患者とは異なる歯肉炎患者の口腔内における(1)~(5)の存在量を反映するデータを取得する工程。
工程C:学習済みの前記人工知能モデルに対して、工程Bで取得した前記データを入力する工程。
工程D:学習済みの前記人工知能モデルに、工程Bでデータ取得した患者の歯肉炎が歯周炎へと進行するかを算出させる工程D。
[プライマーセット]
フォワードプライマー:TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG
リバースプライマー:GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC
・DNA抽出された検体 10.5 μL
・16S V3 Forward primer 5μM 1.0 μL
・16S V4 Reverse primer 5μM 1.0 μL
・2×KAPA HiFi HotStart Ready Mix 12.5 μL
25.0 μL
・第1ステップで得られた検体 5.0 μL
・Nextera XT Index Primer 1 5.0 μL
・Nextera XT Index Primer 2 5.0 μL
・2×KAPA HiFi HotStart Ready Mix 25.0 μL
50.0 μL
Claims (7)
- 歯肉炎から歯周炎への進行リスク測定のためのデータ取得用の、口腔内細菌検出用キットであって、
(1)Megasphaera属細菌の検出用プローブ、
(2)Bergeyella属細菌の検出用プローブ、
(3)Atopobium属細菌の検出用プローブ、
(4)Actinomyces属細菌の検出用プローブ、及び
(5)Haemophilus属細菌の検出用プローブ
の全ての検出用プローブ
を備え、
(1)~(5)の細菌の検出用プローブが、同一又は異なって、
その細菌を認識する抗体若しくはその断片、又はその細菌が有する核酸を認識する核酸、あるいはこれらの組み合わせを含む、
キット。 - (1)~(5)の細菌の検出用プローブが、その細菌が有する核酸を特異的に増幅するプライマーを含む、請求項1に記載のキット。
- (1)Megasphaera属細菌、
(2)Bergeyella属細菌、
(3)Atopobium属細菌、
(4)Actinomyces属細菌、及び
(5)Haemophilus属細菌
の全ての口腔内細菌の16SリボソームDNA及び/又は16SリボソームRNAのシークエンシング用である、
16SリボソームDNA及び/又は16SリボソームRNA増幅用プライマーセット、及び
前記プライマーセットによる増幅核酸をシークエンシングするための試薬
を備える、歯肉炎から歯周炎への進行リスク測定のためのデータ取得のためのキット。 - (1)~(5)の細菌の口腔内細菌における存在量比を測定するための、請求項1~3のいずれかに記載のキット。
- 前記口腔内細菌が、歯肉炎患者の口腔内細菌である、請求項1~4のいずれかに記載のキット。
- 歯肉炎から歯周炎への進行リスク測定のためのデータ取得用の、口腔内細菌検出用キットセットであって、
(1)Megasphaera属細菌の検出用プローブ、
(2)Bergeyella属細菌の検出用プローブ、
(3)Atopobium属細菌の検出用プローブ、
(4)Actinomyces属細菌の検出用プローブ、及び
(5)Haemophilus属細菌の検出用プローブ
からなる群より選択される1、2、3、4、又は5の細菌の検出用プローブ
を備えるキットを2以上備え、且つ(1)~(5)の細菌の検出用プローブを全て備え、
(1)~(5)の細菌の検出用プローブが、同一又は異なって、
その細菌を認識する抗体若しくはその断片、又はその細菌が有する核酸を認識する核酸、あるいはこれらの組み合わせを含む、
キットセット。 - (1)~(5)の細菌の検出用プローブが、その細菌が有する核酸を特異的に増幅するプライマーを含む、請求項6に記載のキットセット。
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Publication Number | Publication Date |
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