JP7099986B2 - 不正咬合のリスクを判定する方法 - Google Patents
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Description
rs4765623:腎臓がんに関するSNP(非特許文献 1)
rs5955543:腎芽細胞腫(ウィルムス腫瘍)に関するSNP(非特許文献 2)
rs4822492:カフェインによる不安の感じやすさに関するSNP(非特許文献 3)
rs5945326:2型糖尿病に関するSNP(非特許文献 4)
rs762551:カフェイン代謝の速さに関するSNP(非特許文献 5)
rs10521432:ストレスに対する反応性に関するSNP(非特許文献 6)
rs10521432:疎外感に関するSNP(非特許文献 7)
rs10521432:ネガティブ思考に関するSNP(非特許文献 8)
rs12688220:膵炎に関するSNP(非特許文献 9)
rs2857595:喉頭がんに関するSNP(非特許文献 10)
rs1934179:尿道下裂に関するSNP(非特許文献 11)
染色体番号 12
染色体上の位置 125320850
塩基配列 AGAATGTCCATCAGTACAGCCACCT[T/C]GGAGAGCCACTGGGCAAAATCTACT(配列番号1)
染色体番号 X
染色体上の位置 17698397
塩基配列 GGCTGATTATCCCCATGGGAGGAAG[A/G]GGCTGCTGAGGGAAGTGCATGGGCC(配列番号2)
染色体番号 22
染色体上の位置 24843594
塩基配列 TCACTGATTATGGATCATTTACTTT[C/G]TTCAACCCTATACTGTCCCATCTGT(配列番号3)
染色体番号 X
染色体上の位置 152899922
塩基配列 ATTCCTTCCCTCCTGGGGTCTACAC[A/G]CATTGCTACGGCCCCATCCCAGAGC(配列番号4)
染色体番号 15
染色体上の位置 75041917
塩基配列 TGCTCAAAGGGTGAGCTCTGTGGGC[A/C]CAGGACGCATGGTAGATGGAGCTTA(配列番号5)
染色体番号 X
染色体上の位置 43633740
塩基配列 ATAAAAAAAACTCATACTTTCTTGA[A/G]CATACTGATTATTGCTCACTTTTCA(配列番号6)
染色体番号 X
染色体上の位置 106244767
塩基配列 ATGTCCTTTGAGCATCATTTTTTAC[T/C]CCCATTGGGTGCTTTACATTTGTCT(配列番号7)
染色体番号 6
染色体上の位置 31568469
塩基配列 GATAAGACTTGGCCAGAGAAGTCAC[T/C]CAATCTCACCCCTGCCAGCACGTAG(配列番号8)
染色体番号 X
染色体上の位置 50182184
塩基配列 TGTATTTCTTCCAATAGTGACTGGC[T/C]TTTAGGAGCCAATTGATAGAAAAAT(配列番号9)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1~xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
Claims (2)
- 不正咬合に罹患したヒトの遺伝子型データと、不正咬合に罹患していないヒトの遺伝子型データと、を学習データとして用いて機械学習したモデルを用いて、不正咬合と正の相関があるrs5945326、rs12688220、rs4765623、rs1934179、rs10521432、rs4822492、及びrs5955543と、不正咬合と負の相関があるrs2857595と、不正咬合と正の相関又は負の相関があるrs762551を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報であって、
rs5945326の遺伝子型がAG、rs762551の遺伝子型がCC、rs12688220の遺伝子型がTC、rs4765623の遺伝子型がTT、rs1934179の遺伝子型がTC、rs10521432の遺伝子型がAG、rs4822492の遺伝子型がCG、rs5955543の遺伝子型がAG、rs2857595の遺伝子型がTC、及びrs762551の遺伝子型がAAであるか否かに関する遺伝子型情報に基づいて、不正咬合のリスクを判定する、方法。 - リスクの判定を受ける対象者の体液サンプル、細胞サンプル又は体毛を用いる、請求項1に記載の方法。
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Citations (2)
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---|---|---|---|---|
JP2004173505A (ja) | 2002-11-22 | 2004-06-24 | Mitsuo Itakura | 疾患感受性遺伝子の同定方法並びにそれに用いるプログラムおよびシステム |
JP2012094143A (ja) | 2010-10-27 | 2012-05-17 | Samsung Sds Co Ltd | バイオマーカー抽出装置および方法 |
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- 2019-04-24 JP JP2019082465A patent/JP7099986B2/ja active Active
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Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
Am J Orthod Dentofacial Orthop, 2017 Apr, vol. 151, no. 4, pp. 700-707 |
J Dent Res, 2015 Sep, vol. 94, no. 9, pp. 1196-1201 |
Medicine, 2017 Jun, vol. 96, no. 25, article no. e7240 (pp. 1-7) |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2020178580A (ja) | 2020-11-05 |
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