JP7097855B2 - 歯周病のリスクを判定する方法 - Google Patents
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Description
rs4939827:大腸がんに関するSNP(非特許文献 1)
rs153916:FEV1とFVCの比率に関するSNP(非特許文献 2)
rs4410790:カフェイン消費量に関するSNP(非特許文献 3)
rs4410790:コーヒーの消費量に関するSNP(非特許文献 4)
rs5945326:2型糖尿病に関するSNP(非特許文献 5)
rs342286:血の止まりやすさ(血小板の凝集反応:エピネフリン)に関するSNP(非特許文献 6)
rs12688220:膵炎に関するSNP(非特許文献 7)
rs214782:基底細胞がんに関するSNP(非特許文献 8)
rs6494537:平均赤血球ヘモグロビン量に関するSNP(非特許文献 9)
rs1934179:尿道下裂に関するSNP(非特許文献 10)
染色体番号 18
染色体上の位置 46453463
塩基配列 TCACAGCCTCATCCAAAAGAGGAAA[T/C]AGGACCCCAGAGCTCCCTCAGACTC(配列番号1)
染色体番号 5
染色体上の位置 95036700
塩基配列 AATGTTTGAACATTAGGGAGTATCA[A/G]TAAACTACAAAATTTGTTTTTTCAA(配列番号2)
染色体番号 7
染色体上の位置 17284577
塩基配列 AAATGTTTTCCTTATTTTATTACAT[T/C]AGCAGGGACCTTGAGTTAAAAGTTA(配列番号3)
染色体番号 X
染色体上の位置 152899922
塩基配列 ATTCCTTCCCTCCTGGGGTCTACAC[A/G]CATTGCTACGGCCCCATCCCAGAGC(配列番号4)
染色体番号 7
染色体上の位置 106364599
塩基配列 ATTTACAAAAATCAACTGTGTTTCA[A/G]TAATAATGGGAGAGTTTAACACCCC(配列番号5)
染色体番号 X
染色体上の位置 106244767
塩基配列 ATGTCCTTTGAGCATCATTTTTTAC[T/C]CCCATTGGGTGCTTTACATTTGTCT(配列番号6)
染色体番号 20
染色体上の位置 2281970
塩基配列 ATGACTCACAGCCTGTCGGTGACCA[A/G]GATCTGAGACCCGGCTTCTGGGCTA(配列番号7)
染色体番号 15
染色体上の位置 66051345
塩基配列 AGACCATAAAATCTCAGGGCAAAGA[T/C]ATTCTTACGTAGTATATACTTGTTT(配列番号8)
染色体番号 X
染色体上の位置 50182184
塩基配列 TGTATTTCTTCCAATAGTGACTGGC[T/C]TTTAGGAGCCAATTGATAGAAAAAT(配列番号9)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1~xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
Claims (2)
- 歯周病に罹患したヒトの遺伝子型データと、歯周病に罹患していないヒトの遺伝子型データと、を学習データとして用いて機械学習したモデルを用いて、歯周病と正の相関があるrs4410790、rs5945326、rs12688220、rs6494537、rs153916、rs1934179、及びrs342286と、歯周病と負の相関があるrs4939827、及びrs214782を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報であって、
rs4410790の遺伝子型がCC、rs5945326の遺伝子型がAG、rs12688220の遺伝子型がTC、rs6494537の遺伝子型がTT、rs153916の遺伝子型がAA、rs1934179の遺伝子型がTC、rs342286の遺伝子型がAA、rs4939827の遺伝子型がTC又はCC、及びrs214782の遺伝子型がAGであるか否かに関する遺伝子型情報に基づいて、歯周病のリスクを判定する、方法。 - リスクの判定を受ける対象者の体液サンプル、細胞サンプル又は体毛を用いる、請求項1に記載の方法。
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KR101894018B1 (ko) * | 2017-02-09 | 2018-08-31 | 주식회사 테라젠이텍스 | 치주 질환의 위험도를 예측하기 위한 조성물, 마이크로어레이, 및 키트, 및 이를 이용한 방법 |
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JP2017121237A (ja) | 2010-12-09 | 2017-07-13 | インターロイキン ジェネティクス, インコーポレイテッド | 歯周病の重症度および進行を決定するための改良された方法およびキット |
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JP2020178579A (ja) | 2020-11-05 |
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