JP7065539B2 - 大腸がんの予後バイオマーカー - Google Patents
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Description
(1)KRT17タンパク質若しくはそのペプチド断片、又はKRT17遺伝子の転写産物若しくはその核酸断片からなる、大腸がん患者の予後を予測するためのバイオマーカー。
(2)前記KRT17タンパク質が、以下の(a)~(c)のいずれかのタンパク質である、(1)に記載のバイオマーカー。
(a)配列番号1で示されるアミノ酸配列を含むタンパク質、
(b)配列番号1で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列を含むタンパク質、及び
(c)配列番号1で示されるアミノ酸配列に対して90%以上のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含むタンパク質
(3)前記KRT17遺伝子が、(2)に示すタンパク質をコードする、(1)又は(2)に記載のバイオマーカー。
(4)前記大腸がんが、ステージIIの大腸がんである、(1)~(3)のいずれかに記載のバイオマーカー。
(5)予後が再発リスクを含む、(1)~(4)のいずれかに記載のバイオマーカー。
(6)大腸がん患者の予後を予測するための、(1)~(5)のいずれかに記載のバイオマーカーの使用。
(7)大腸がん患者の予後を予測する方法であって、
大腸がん患者から得た大腸がん細胞又は組織における、(1)~(5)のいずれかに記載のバイオマーカーの量を測定する測定工程、及び
前記測定工程で得られた測定結果に基づいて、大腸がん患者の予後を予測する予測工程を含み、
ここで、前記大腸がん細胞又は組織が前記バイオマーカーについて陰性である場合、又はその発現レベルが低い場合、前記大腸がん患者の予後は良いと予測する、及び/又は前記大腸がん細胞又は組織が前記バイオマーカーについて陽性である場合又はその発現レベルが高い場合、前記大腸がん患者の予後は悪いと予測する、方法。
(8)(1)~(5)のいずれかに記載のバイオマーカーの量を測定するための試薬を含む、大腸がん患者の予後を予測するためのキット。
本明細書は本願の優先権の基礎となる日本国特許出願番号2019-021987号の開示内容を包含する。
一態様において、本発明は、大腸がん患者の予後を予測するためのバイオマーカーに関する。本発明に係るバイオマーカーは、KRT17タンパク質若しくはそのペプチド断片、又はKRT17遺伝子の転写産物若しくはその核酸断片からなる。
一態様において、本発明は、大腸がん患者の予後を予測するための、上述の本発明に係るバイオマーカーの使用に関する。
(1)測定工程
大腸がんは、進行度の低い方からステージ0、I、II、III及びIVに分類される。本発明では、病期(ステージ)の決定は、国際対がん連合(UICC)のTNM分類(UICC第7版; Sobin LH, Gospodarowicz MK, Wittekind C, International Union against Cancer. TNM classification of malignant tumours, 7th edn. Wiley-Blackwell (2010))に基づいて行う。上記の国際対がん連合(UICC)のTNM分類を、UICC-TNM分類と本明細書で称する。UICC-TNM分類では、壁深達度(T分類)、リンパ節転移(N分類)及び遠隔転移(M分類)の3つの因子により、がん病変の進行度を分類する。UICC-TNM分類に基づく病期の決定は当業者の通常の知識に従って行うことができる。
本工程では、前記測定工程で得られた測定結果に基づいて、大腸がん患者の予後を予測する。
一態様において、本発明は、上述の本発明に係るバイオマーカーの量を測定するための試薬を含む、大腸がん患者の予後を予測するためのキットも提供する。
バイオマーカーの量を測定するための試薬としては、例えば、上述のような抗体若しくは抗体断片、又はプローブ若しくはプライマーが挙げられる。キットは、公知の免疫組織化学染色、ELISA、ウエスタンブロット、又はRT-PCR用の試薬等、例えば、標識試薬、緩衝液、発色基質、二次抗体、ブロッキング剤、並びに試験に必要な器具及びコントロール等をさらに含んでもよい。
患者サンプル
本発明者らは以前に、福島県立医科大学(FMU)附属病院で治療されたステージ0-IV原発性大腸がんを有する368人の患者から得られた大量のFFPE組織サンプルについて記載している(Noda M et al、Clin. Cancer. Res., 2018, 24(18), 4468-4481)。そのうち、IHC検証セット1と名付けた、術前化学療法又は放射線療法を行っていない、2000年~2009年に外科的切除(R0)を受けたステージII患者のFFPE切片が利用可能な110の組織を使用した。さらなる検証のために、2010年~2013年に手術を受けたステージI-IVの大腸がんを有する141人の患者のうち、44人のステージII患者をIHC検証セット2として用いた。全ての腫瘍を悪性腫瘍のTNM分類に従って分類した(Sobin LH et al., TNM classification of malignant tumours, Wiley-Blackwell, 2010)。ステージII疾患の臨床的及び病理学的情報並びに高リスク特性は、2017年12月の最後の追跡調査を有する医療記録のレビューによって遡及的に得た。手術日から最初の再発の日までの期間として定義されるRFSを、主要エンドポイントとした。本実施例は、ヘルシンキ宣言に従って実施され、福島県立医科大学の研究倫理審査委員会の承認を受けた。
好適な抗体を、抗体ベースの網羅的なプロテオミクスデータが利用可能であるHuman Protein Atlasデータベース(www.proteinatlas.org)を用いて同定した(Noda M et al、上掲、及びUhlen M. et al., Science, 2017, vol.357)。マウスモノクローナル抗KRT17抗体(M7046、Cytokeratin17、[E3]、Dako、Glostrup、Denmark)を、KRT17染色のために用いた。4μmの厚さの切片をキシレン中で脱パラフィン化し、段階的なエタノール系列において再水和した。内在性ペルオキシダーゼを0.3%過酸化水素を含むメタノールでブロッキングした。抗原を10mMクエン酸緩衝液(105℃、pH6.0)中で5分間オートクレーブすることにより回収した。一次抗KRT17抗体をTween20(Sigma-Aldrich)を含有する10mMリン酸緩衝生理食塩水の1:40希釈液中で4℃で一晩インキュベートし、続いてホースラディッシュペルオキシダーゼ(HRP)結合抗マウスポリマー(Envision +System-HRP、Dako、CA、USA)、及びそれに続いてジアミノベンジジン(Dako)とインキュベートすることにより検出した。全ての切片をカラッチヘマトキシリンで対比染色した。正常な乳腺標本を、KRT17染色の陽性対照として用いた。少なくとも幾つかの腫瘍細胞又は腫瘍細胞クラスターが腫瘍標本において染色されたときに陽性と定義した。切片は、臨床データの事前知識がない2人の研究者によって独立して評価された。
MLH1、MSH2、MSH6、及びPMS2を含むMMRタンパク質のIHCを、MLH1(クローンES05、1:50;Dako)、MSH6(クローンEP49、1:200;Dako)及びPMS2(クローンEP51、1:50;Dako)に対するマウス又はウサギモノクローナル抗体を用いてDako EnVision+ Systemを用いて、以前記載した通りに(Noda M et al、上掲)行った。MMRタンパク質の欠損は、内部対照における陽性核染色の存在下での腫瘍細胞の核染色の不在として定義した。少なくとも一つのMMRタンパク質の欠失は、deficient MMR(dMMR)と定義し、インタクトなMMRタンパク質発現を有する腫瘍を、proficient MMR(pMMR)と定義した。
Student's t-検定、Mann-Whitney U 検定及び Fisherの正確確立検定を、2つの群間の臨床病理変数の差を決定するために用いた。ピアソン相関を、2つの群の発現レベルの間の相関を評価するために用いた。累積生存率は、カプランマイヤー法により推定し、2つの群間の差は、ログランク検定により解析した。単変量及び多変量モデルを、Cox比例ハザード回帰を用いて計算した。全ての統計的解析を両側で行い、またGraphpad Prism v7.0(Graphpad Software Inc.、La Jolla、CA、USA)又はSPSS Statistics version 24(IBM Corporation、NY、USA)を用いて行った。0.05未満のP値を、統計的に有意であるとみなした。
組織におけるKRT17の発現
KRT17は乳腺筋上皮細胞において発現することが知られているので、免疫組織化学によるFFPE標本におけるKRT17タンパク質発現を評価するために、正常な乳腺組織を陽性対照として用いた(図1A)。次に、2000年~2009年に、福島県立医科大学付属病院で根治手術を受けたステージII患者から得た110のFFPE腫瘍サンプル(IHC検証セット1と名付けた。患者特性を以下の表1に示す)において、免疫組織化学によりKRT17の発現を評価した。代表的な画像を図1B~Dに示す。KRT17タンパク質の細胞質発現は、組織において部分的に又はまばらに、癌細胞及び癌細胞クラスターにおいて見出された。110の腫瘍のうち、19の腫瘍(17.2%)においてKRT17発現が陽性であると決定された。
KRT17発現が、RFS不良であるステージII患者を同定するために用い得るかを調べるために、IHC検証セット1において生存分析を実施した。カプランマイヤー分析は、KRT17陽性腫瘍を有する患者が、KRT17陰性腫瘍を有する患者と比べて、手術後に有意に短いRFSを有していたことを示す(P=0.0294、図2A)。予後予測マーカーとしてのKRT17染色の有意性をさらに確かめるために、2000年~2013年に外科切除を受けた44人のステージII患者から、FFPE組織の追加の独立セットを新たに得た(IHC検証セット2と名付けた。患者特性を以下の表1に示す)。図2Bに示す通り、IHC検証セット2において、KRT17陽性腫瘍は、KRT17陰性腫瘍と比べて、RFS不良と有意に相関していた(P=0.0006)。
Cox回帰分析について、検定力を高めるために、IHC検証セット1及び2を組み合わせた。この組み合わせたIHCコホートにおいて、KRT17発現と他の臨床病理パラメーター(年齢、性別、腫瘍の位置、組織分化、MMRステータス、又は高リスク特性(表2))との間に、有意な相関は見いだされなかった。単変量Cox分析は、KRT17タンパク質の発現が、RFSと有意に相関していたことを示す(HR 6.60;95%CI 2.34-18.64;P<0.001)。さらに、KRT17タンパク質高発現のRFS予測に関する有意性は、従来の臨床因子及び多変量Cox分析によって見出された既知の高リスクステージII特性とは独立していた(HR 10.90;95%CI 2.98-39.85;P<0.001)(表3)。
Claims (8)
- KRT17タンパク質若しくはそのペプチド断片、又はKRT17遺伝子の転写産物若しくはその核酸断片からなる、大腸がん患者の予後を予測するためのバイオマーカー。
- 前記KRT17タンパク質が、以下の(a)~(c)のいずれかのタンパク質である、請求項1に記載のバイオマーカー。
(a)配列番号1で示されるアミノ酸配列を含むタンパク質、
(b)配列番号1で示されるアミノ酸配列において1若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換又は付加されたアミノ酸配列を含むタンパク質、及び
(c)配列番号1で示されるアミノ酸配列に対して90%以上のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含むタンパク質 - 前記KRT17遺伝子が、請求項2に示すタンパク質をコードする、請求項1又は2に記載のバイオマーカー。
- 前記大腸がんが、ステージIIの大腸がんである、請求項1~3のいずれか一項に記載のバイオマーカー。
- 予後が再発リスクを含む、請求項1~4のいずれか一項に記載のバイオマーカー。
- 大腸がん患者の予後を予測するための、請求項1~5のいずれか一項に記載のバイオマーカーの使用。
- 大腸がん患者の予後の予測のための方法であって、
大腸がん患者から得た大腸がん細胞又は組織における、請求項1~5のいずれか一項に記載のバイオマーカーの量を測定する測定工程、及び
前記測定工程で得られた測定結果と、健常個体に由来する試料で得られた測定結果とを比較して、前記大腸がん細胞又は組織が前記バイオマーカーについて陰性である場合又はその発現レベルが低い場合、前記大腸がん患者の予後は良いことを示唆し、及び/又は前記大腸がん細胞又は組織が前記バイオマーカーについて陽性である場合又はその発現レベルが高い場合、前記大腸がん患者の予後が悪いことを示唆する、
前記方法。 - 請求項1~5のいずれか一項に記載のバイオマーカーの量を測定するための試薬を含む、大腸がん患者の予後を予測するためのキット。
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