JP2019515265A - バイオマーカーを使用する漿液性卵巣がんの予後 - Google Patents
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Abstract
Description
この出願は、2016年4月20日に出願された米国仮特許出願第62/324,920号(この全体は、参考として本明細書に援用される)の利益を主張する。
EOCは、最近、卵管上皮に由来することが示されており、分子的に、低悪性度および高悪性度の亜型として再定義されている。最も高頻度に見られるEOCは、高悪性度漿液性卵巣がん(HGSOC)であり、EOCの約80%を占める。HGSOCは、腫瘍タンパク質p53における高い比率の変異を示す。研究は、EOC、特にHGSOCを継続して分子的に定義づけているが、卵巣がんは明らかに異なる転帰を有する不均質な疾患のままである。現在、医師がその後の治療的介入のために自身の患者を層別化して、治療により個別化されたアプローチをもたらし得る非侵襲的な血清ベースのモデルが必要とされている。
hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HE4+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間(overall survival)を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hOS(t)=h0OS(t)exp(1.213ANG2+0.171HE4+0.102プロスタシン−1.406EGFR+0.207IL8)
に基づいて計算される。
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HE4+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間(progression free survival)を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.077ANG2+0.123HE4+0.008プロスタシン−0.545EGFR+0.156IL8)
に基づいて計算される。
hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、以下のアルゴリズム:
hOS(t)=h0OS(t)exp(0.234HE4−1.464EGFR+0.273IL8)
に基づいて計算される。
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)
に基づき、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、およびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.124HE4−0.538EGFR+0.161IL8)
に基づいて計算される。
hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HE4+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hOS(t)=h0OS(t)exp(1.213ANG2+0.171HE4+0.102プロスタシン−1.406EGFR+0.207IL8)
に基づいて計算される。
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HE4+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEはそれぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.077ANG2+0.123HE4+0.008プロスタシン−0.545EGFR+0.156IL8)
に基づいて計算される。
hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、およびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hOS(t)=h0OS(t)exp(0.234HE4−1.464EGFR+0.273IL8)
に基づいて計算される。
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)
に基づき、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、およびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.124HE4−0.538EGFR+0.161IL8)
に基づいて計算される。
記載の態様に関する様々な用語は、明細書および特許請求の範囲全体にわたって使用される。このような用語は、他に指示がない限り、当技術分野におけるそれらの通常の意味を与えられるものとする。他の具体的に定義された用語は、本明細書において提供される定義と一致するように解釈されるべきである。
本明細書では、卵巣がんを有する患者から得られた生物学的試料中のタンパク質を検出する方法が提供される。記載されている方法の一態様は、患者から得られた生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップを含む。
本明細書において、卵巣がんを有する患者の定量的スコアを計算する方法が提供される。これらの方法は、患者から得られた生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップ、ならびに少なくとも3つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、患者の定量的スコアを計算するステップを含む。
hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HE4+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hOS(t)=h0OS(t)exp(1.213ANG2+0.171HE4+0.102プロスタシン−1.406EGFR+0.207IL8)
に基づいて計算される。
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HE4+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEはそれぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.077ANG2+0.123HE4+0.008プロスタシン−0.545EGFR+0.156IL8)
に基づいて計算される。
hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)
に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、およびCはそれぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hOS(t)=h0OS(t)exp(0.234HE4−1.464EGFR+0.273IL8)
に基づいて計算される。
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)
に基づき、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、およびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数であり、モデルは、卵巣がん患者の所与の集団について最大の予後情報を提供するように最適化される。一部の実施形態では、定量的スコアは、アルゴリズム:
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.124HE4−0.538EGFR+0.161IL8)
に基づいて計算される。
本明細書において、卵巣がんを有する患者における臨床転帰の尤度を予測する方法が提供される。これらの方法は、患者から得られた生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップ、少なくとも3つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、患者の定量的スコアを計算するステップ、ならびに定量的スコアに基づく患者の臨床転帰の尤度を予測するステップを含む。
本明細書では、卵巣がんを有する患者における3つまたはそれより多いバイオマーカーのレベルを測定するための試薬セットであって、このバイオマーカーは、ANG2、EGFR、HE4、IL8およびプロスタシンならびにそれらの測定可能な断片を含む、試薬セット、ならびに記載されている試薬セットを含む試験キットが提供される。一部の実施形態では、試薬セットは結合分子を含む。好ましい実施形態では、本明細書に記載されているバイオマーカーのセットを検出するための結合分子は、抗体、またはその抗原結合断片である。提供される抗体または抗原結合断片は、溶液中にあり得、凍結乾燥され得、基材、担体、もしくはプレートに固定され得、または検出可能な標識にコンジュゲートされ得る。
最初の外科手術および白金/タキサン化学療法から6〜24カ月後に再発した非粘液性EOCを有する合計1100人の女性を登録し、化学療法+ファルレツズマブまたはプラセボのいずれかに無作為化した。合計529人の患者は技術移転下位研究(translational sub−study)に同意し、処置前のベースライン血清試料は本研究における分析に利用できた;403人の被験体は、本明細書で調べられた漿液性サブグループであった。提示された分析について、403人の被験体を、プラセボ群(訓練セット)から132人の被験体、およびファルレツズマブ処置群(検証セット)から271人の被験体を代表する2つのコホートで分析した(図1)。
血清タンパク質を、技術移転下位研究に登録された全ての被験体について、ベースライン(処置前)血清試料で評価した。血清葉酸受容体アルファ(FRA)は、以前に記載されている電気化学発光(ECL)アッセイによって測定した(O’Shannessyら、J Ovarian Res、6巻(1号):29頁(2013年))。他の全てのマーカーは、Myriad−RBMでのLuminex(登録商標)マルチプレックス化アッセイを使用して測定した。簡単に説明すると、血清試料を室温で解凍し、ボルテックスし、清澄化のために回転させ、マスターマイクロタイタープレートにロードした。個々の試料アリコートを、Multi−Analyte PROFILE−Ov(MAP)の捕捉ミクロスフェアマルチプレックスの1つに導入し、続いて試料と捕捉マイクロスフェアを完全に混合した後、室温で1時間インキュベートした。各マルチプレックスについてビオチン化レポーター抗体のマルチプレックス化カクテルを添加し、室温でさらに1時間インキュベートした。室温で1時間のインキュベーション時間後に過剰のストレプトアビジン−フィコエリトリン溶液を使用してマルチプレックスを発色させ、その後、各マルチプレックス化反応物の体積を真空濾過により減少させた後にLuminex(登録商標)機器を使用して分析した。得られたデータストリームを、Myriad RBMによって開発されたデータ分析ソフトウェアを使用して解釈した。各マルチプレックスについて、キャリブレーターと対照の両方を各マイクロタイタープレート上に含めた。標準曲線、対照および試料品質管理(QC)を、適切なアッセイ性能を確実にするために行った。特定のマルチプレックスに局在化された検体の各々についての研究試料値を、4および5パラメータ、加重および非加重曲線の当てはめアルゴリズムを使用して決定した。
大部分の検体は右寄り(right−skewed)であり、また、外れ値の影響を緩和するため、log2変換した変数をこの分析を通じて使用した(表1)。全ての分析は、Rのバージョン3.0またはそれより上を使用して行った。両側p値<0.05を有意とみなした。p値は、多重仮説検定のために未調整と調整で報告する。
EOCの予後として文献に以前に記載されている合計24個の血清タンパク質検体を、本研究における132人の被験体の訓練セットにおける予後について最初に評価した。OSおよびPFSの単変量分析では、多数のこれらのマーカーを有意な個々の予後マーカーとして確認した(表2)。表2は、訓練セット(n=132)におけるPFSおよびOSの単変量Cox比例ハザードモデルからの全検体のp値を示す。p値をまた、複数試験のために調整する。表2において、p値は未調整のp値を表し、q値は複数試験のために調整されたp値を表す。
ラッソ変数選択
候補としての24個の全血清タンパク質検体を考慮した、ラッソ変数選択手法を使用して、訓練セット中の132人の被験体を使用して多変量CPHモデルを構築した。ラッソ手法は、係数をゼロに向けて縮小させ、係数のいくつかを正確にゼロにする(すなわち、モデルから除外する)ことにより、希薄さ(sparsity)を課する。適切な希薄さのレベルを決定するために、10回交差検証を使用した。OS(図3A)またはPFS(図3B)のいずれかが転帰として使用されるかに応じて、ラッソは、それぞれ5または3つの検体のいずれかを同定した。両方のモデル、すなわちPFS由来およびOS由来のものを、転帰としてOSまたはPFSを有する、観察されたデータに適合させた。
PFSを転帰として使用して、ラッソ手法は、3つの検体、すなわちHE4、EGFRおよびIL−8を選択した。これらの3つの検体を有するCPHモデルの使用は、OSまたはPFSのいずれが転帰として使用されるかに応じて、ハザードの2つの異なる推定をもたらす:
hOS(t)=h0OS(t)exp(0.234HE4−1.464EGFR+0.273IL8)
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.124HE4−0.538EGFR+0.161IL8)
OSを転帰として使用して、ラッソ手法は、5つの検体、すなわちHE4、EGFR、プロスタシン、IL−8およびANG−2を選択した。これらの変数をCPHモデルに含めると、OSおよびPFSのハザード関数は、以下のように別々に推定される:
hOS(t)=h0OS(t)exp(1.213ANG2+0.171HE4+0.102プロスタシン−1.406EGFR+0.207IL8)
hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.077ANG2+0.123HE4−0.008プロスタシン−0.545EGFR+0.156IL8)
実施形態
実施形態の以下のリストは、先の記載を置き換えるまたは優先するというよりはむしろ、補足することが意図される。
(実施形態1)
卵巣がんを有する患者から得られた生物学的試料中のタンパク質を検出する方法であって、
上記生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、上記少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップ
を含む、方法。
(実施形態2)
上記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、実施形態1に記載の方法。
(実施形態3)
上記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、実施形態1または2に記載の方法。
(実施形態4)
上記少なくとも3つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、先行する実施形態のいずれかに記載の方法。
(実施形態5)
上記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、実施形態4に記載の方法。
(実施形態6)
上記少なくとも3つのタンパク質が、EGFR、HE4およびIL8からなる、先行する実施形態のいずれかに記載の方法。
(実施形態7)
上記決定するステップが、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8のレベルを決定するステップを含む、実施形態1〜5のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態8)
卵巣がんを有する患者の定量的スコアを計算する方法であって、
上記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、上記少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップ;ならびに
上記少なくとも3つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、上記患者の定量的スコアを計算するステップ
を含む、方法。
(実施形態9)
上記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、実施形態8に記載の方法。
(実施形態10)
上記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、実施形態8または9に記載の方法。
(実施形態11)
上記少なくとも3つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、実施形態8〜10のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態12)
上記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、実施形態11に記載の方法。
(実施形態13)
ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8のレベルが決定される、実施形態8〜12のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態14)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HEF+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態13に記載の方法。
(実施形態15)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(1.213ANG2+0.171HE4+0.102プロスタシン−1.406EGFR+0.207 IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態14に記載の方法。
(実施形態16)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HEF+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態13に記載の方法。
(実施形態17)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.077ANG2+0.123HE4+0.008プロスタシン−0.545EGFR+0.156IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態16に記載の方法。
(実施形態18)
EGFR、HE4およびIL8のレベルが決定される、実施形態8〜12のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態19)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)に基づいて計算され、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態18に記載の方法。
(実施形態20)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(0.234HE4−1.464EGFR+0.273IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態19に記載の方法。
(実施形態21)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+C*IL8)に基づいて計算され、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態18に記載の方法。
(実施形態22)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.124HE4−0.538EGFR+0.161IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態21に記載の方法。
(実施形態23)
卵巣がんを有する患者における臨床転帰の尤度を予測する方法であって、
上記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、上記少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップ;
上記少なくとも3つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、上記患者の定量的スコアを計算するステップ;ならびに
上記定量的スコアに基づいて上記患者の臨床転帰の尤度を予測するステップ
を含む、方法。
(実施形態24)
上記定量的スコアの増加が、ポジティブな臨床転帰の尤度の減少と相関し、上記定量的スコアの減少が、ポジティブな臨床転帰の尤度の増加と相関する、実施形態23に記載の方法。
(実施形態25)
上記患者のネガティブな臨床転帰の尤度が、現在の卵巣がん治療を中止する決定および/または卵巣がん治療を開始する決定を通知し、上記患者のポジティブな臨床転帰の尤度が、上記卵巣がんの進行をモニタリングする決定および/または現在の卵巣がん治療を継続する決定を通知する、実施形態23または24に記載の方法。
(実施形態26)
上記ポジティブな臨床転帰が全生存期間の増加である、実施形態23〜25のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態27)
上記ポジティブな臨床転帰が無増悪生存期間である、実施形態23〜26のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態28)
上記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、実施形態23〜27のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態29)
上記卵巣がんが最初に診断されたときに、臨床転帰の上記尤度が予測される、実施形態23〜28のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態30)
上記卵巣がんが最初の処置の6〜24カ月後に最初に再発したときに、臨床転帰の上記尤度が予測される、実施形態23〜28のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態31)
上記卵巣がんが最初の処置後の任意の時点で再発したときに、臨床転帰の上記尤度が予測される、実施形態23〜28のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態32)
臨床転帰の上記尤度が、最初の診断後の任意の時点で予測される、実施形態23〜28のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態33)
上記最初の処置が外科手術および/または化学療法を含む、実施形態23〜32のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態34)
上記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、実施形態23〜33のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態35)
上記少なくとも3つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、実施形態23〜34のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態36)
上記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、実施形態35に記載の方法。
(実施形態37)
ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8のレベルが決定される、実施形態23〜36のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態38)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態37に記載の方法。
(実施形態39)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(1.213ANG2+0.171HE4+0.102プロスタシン−1.406EGFR+0.207IL8)に基づいて計算され、ここで、h0OS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態38に記載の方法。
(実施形態40)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=hOPFS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HEF+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態37に記載の方法。
(実施形態41)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.077ANG2+0.123HE4+0.008プロスタシン−0.545EGFR+0.156IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態40に記載の方法。
(実施形態42)
EGFR、HE4およびIL8のレベルが決定される、実施形態23〜36のいずれか一項に記載の方法。
(実施形態43)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)に基づいて計算され、h0OS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態42に記載の方法。
(実施形態44)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(0.234HE4−1.464EGFR+0.273IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態43に記載の方法。
(実施形態45)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、実施形態42に記載の方法。
(実施形態46)
上記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.124HE4−0.538EGFR+0.161IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、上記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、実施形態45に記載の方法。
(実施形態47)
卵巣がんを有する患者における3つまたはそれより多いバイオマーカーのレベルを測定するための試薬セットであって、上記バイオマーカーが、ANG2、EGFR、HE4、IL8およびプロスタシンならびにそれらの測定可能な断片を含む、試薬セット。
(実施形態48)
上記試薬が結合分子である、実施形態47に記載の試薬セット。
(実施形態49)
上記結合分子が抗体である、実施形態48に記載の試薬セット。
(実施形態50)
実施形態47に記載の試薬セットを含む、試験キット。
(実施形態51)
被験体における卵巣がんの尤度を予測するバイオマーカーの評価を行うための書面による指示をさらに含む、実施形態50に記載の試験キット。
Claims (51)
- 卵巣がんを有する患者から得られた生物学的試料中のタンパク質を検出する方法であって、
前記生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップ
を含む、方法。 - 前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、請求項1または2に記載の方法。
- 前記少なくとも3つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、請求項4に記載の方法。
- 前記少なくとも3つのタンパク質が、EGFR、HE4およびIL8からなる、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記決定するステップが、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8のレベルを決定するステップを含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 卵巣がんを有する患者の定量的スコアを計算する方法であって、
前記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップ;ならびに
前記少なくとも3つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、前記患者の定量的スコアを計算するステップ
を含む、方法。 - 前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、請求項8に記載の方法。
- 前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、請求項8または9に記載の方法。
- 前記少なくとも3つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、請求項8〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、請求項11に記載の方法。
- ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8のレベルが決定される、請求項8〜12のいずれか一項に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HEF+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項13に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(1.213ANG2+0.171HE4+0.102プロスタシン−1.406EGFR+0.207 IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項14に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HEF+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項13に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.077ANG2+0.123HE4+0.008プロスタシン−0.545EGFR+0.156IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項16に記載の方法。
- EGFR、HE4およびIL8のレベルが決定される、請求項8〜12のいずれか一項に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)に基づいて計算され、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項18に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(0.234HE4−1.464EGFR+0.273IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項19に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+C*IL8)に基づいて計算され、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項18に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.124HE4−0.538EGFR+0.161IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項21に記載の方法。
- 卵巣がんを有する患者における臨床転帰の尤度を予測する方法であって、
前記患者から得られた生物学的試料中の少なくとも3つのタンパク質のレベルを決定するステップであって、前記少なくとも3つのタンパク質が、ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8から選択される、ステップ;
前記少なくとも3つのタンパク質のレベルを臨床転帰へのそれらの寄与によって重み付けることにより、前記患者の定量的スコアを計算するステップ;ならびに
前記定量的スコアに基づいて前記患者の臨床転帰の尤度を予測するステップ
を含む、方法。 - 前記定量的スコアの増加が、ポジティブな臨床転帰の尤度の減少と相関し、前記定量的スコアの減少が、ポジティブな臨床転帰の尤度の増加と相関する、請求項23に記載の方法。
- 前記患者のネガティブな臨床転帰の尤度が、現在の卵巣がん治療を中止する決定および/または卵巣がん治療を開始する決定を通知し、前記患者のポジティブな臨床転帰の尤度が、前記卵巣がんの進行をモニタリングする決定および/または現在の卵巣がん治療を継続する決定を通知する、請求項23または24に記載の方法。
- 前記ポジティブな臨床転帰が全生存期間の増加である、請求項23〜25のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ポジティブな臨床転帰が無増悪生存期間である、請求項23〜26のいずれか一項に記載の方法。
- 前記卵巣がんが非粘液性上皮卵巣がんである、請求項23〜27のいずれか一項に記載の方法。
- 前記卵巣がんが最初に診断されたときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、請求項23〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記卵巣がんが最初の処置の6〜24カ月後に最初に再発したときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、請求項23〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記卵巣がんが最初の処置後の任意の時点で再発したときに、臨床転帰の前記尤度が予測される、請求項23〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 臨床転帰の前記尤度が、最初の診断後の任意の時点で予測される、請求項23〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記最初の処置が外科手術および/または化学療法を含む、請求項23〜32のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的試料が、血清、血漿または腹水である、請求項23〜33のいずれか一項に記載の方法。
- 前記少なくとも3つのタンパク質のレベルが、イムノアッセイを使用して決定される、請求項23〜34のいずれか一項に記載の方法。
- 前記イムノアッセイが電気化学発光アッセイである、請求項35に記載の方法。
- ANG−2、HE4、プロスタシン、EGFRおよびIL8のレベルが決定される、請求項23〜36のいずれか一項に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項37に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(1.213ANG2+0.171HE4+0.102プロスタシン−1.406EGFR+0.207IL8)に基づいて計算され、ここで、h0OS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項38に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=hOPFS(t)exp(〜A*ANG2+〜B*HEF+〜C*プロスタシン−〜D*EGFR+〜E*IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、B、C、D、およびEはそれぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項37に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.077ANG2+0.123HE4+0.008プロスタシン−0.545EGFR+0.156IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項40に記載の方法。
- EGFR、HE4およびIL8のレベルが決定される、請求項23〜36のいずれか一項に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)に基づいて計算され、h0OS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項42に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hOS(t)=h0OS(t)exp(0.234HE4−1.464EGFR+0.273IL8)に基づいて計算され、ここで、hOS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0OS(t)は転帰として全生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項43に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(〜A*HE4−〜B*EGFR+〜C*IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間(t)でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表し、係数A、BおよびCは、それぞれの各タンパク質について導出された係数である、請求項42に記載の方法。
- 前記定量的スコアが、アルゴリズム:hPFS(t)=h0PFS(t)exp(0.124HE4−0.538EGFR+0.161IL8)に基づいて計算され、ここで、hPFS(t)は時間でのハザードであり、h0PFS(t)は転帰として無増悪生存期間を有するベースラインハザードであり、前記式中の遺伝子記号はタンパク質レベルを表す、請求項45に記載の方法。
- 卵巣がんを有する患者における3つまたはそれより多いバイオマーカーのレベルを測定するための試薬セットであって、前記バイオマーカーが、ANG2、EGFR、HE4、IL8およびプロスタシンならびにそれらの測定可能な断片を含む、試薬セット。
- 前記試薬が結合分子である、請求項47に記載の試薬セット。
- 前記結合分子が抗体である、請求項48に記載の試薬セット。
- 請求項47に記載の試薬セットを含む、試験キット。
- 被験体における卵巣がんの尤度を予測するバイオマーカーの評価を行うための書面による指示をさらに含む、請求項50に記載の試験キット。
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